lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 1 1 22 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 1111 111111111 11 11 111 222222222222222222222222 11 0000000000000000000000000000000000000 111 4444444444444 1
lowQualScore : 6 111 7 5 11 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 7777 6 8 666666666 1 3 4 11 11 555 0 555555555555555555555555 11 7777777777777777777777777777777777777 111 4 5 6666666666666 3 3 0 7
lowQualScore : . ... . . .. ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .. .... . . ......... . . . .. .. ... . ........................ .. ..................................... ... . . ............. . . . .
lowQualScore : 0 000 0 0 00 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00 0000 8 0 888888888 4 2 6 00 00 444 6 000000000000000000000000 00 0000000000000000000000000000000000000 888 0 0 0000000000000 2 3 7 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGACTGGATCTATGTTAACACCTTCCAGCAAATCCAAGCAAGA----AAATTCAAGAAAGAAGTTGTCAAC-TCCTGCCGGA-CAAGAGTACACAAA-ATGGCAGCCCAAGCAGATATTACACTATAG-TCCACAAGGAAGTGAGGAGGAGCGTG-AAAAAAGACAAACCATATTACATTGAGAGGCTTGCAG-AGCAAGCAGAACAAACAGCCTACAATGGG-AACATGAAGAAGTTCTATGCTACGACCAAGATACTCTCTGGAAAGTACATGTACATCAAACCATAACGGCCAGTCAAAGACAAGCGCGGGCAAAAC---AT----CTCAGACACTGAAA--AACAACTGGAAAGATGGGCAGAACACTTCGAGGAGCTTCAC--AATAGACCAGCACTAGAAAAACCCCCAAACATAGCAGAAGCTGATA--TAGACCTAGAGATAAATGTGTCAAGAGATCATTAGT---------GCTATTGAAA-AGTTGAAAAATGGCCAGGTAGCTGGTCCAGACGGAATCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGCTGCCNNCAAAAGGANACCGCAGCAATTGCGANAACTGNAGGGGCATNNCACTCCTGTCAGT-GCCGGAA--AAGGTGTTCAACAGGATTTTACTTGAGAGGATGAGAGACGCNNTTGANATTCAAGACCTNNGAGAC--GANCAGGCGGGNTTCAGACAGGGCGGATCNTGTACCGACCGGATCGC-----CACNCTNCGCAT--CATCGTNGAACA-ATCCATCGAATGGCAAA-GCAT-C-------C-TTGC--ATATATCGACTT-----------NGTAGA-C------------TTTGACAGCG---T----CNAC--AG-G-----ATANNAT--GGCATTC--TNAGACAC--TATGGGATNCCAGCGAAAATTGT--AGGTAGTTGCNATNCTATCCGCCAGCTGTATGA-GGACTTCACATCG-CAAGTAATCCGC--GANGCATCTATCA---CAGAC----------CCCTTCGACGTAAGNACGGGGGTAAAGCAAGGAT-GTCTACTNTCACCGACTC-TATTCTTCCTGGTNAT--CGACTGGGTNACGAG-------GCA---GA-CA-TCGACA--G------A---C--CAAN-A--GGG------A--T----CC-AGTGGAC--TNTNAC-AA-G-----------AANGT-TGGAAGACCTGGATTTTGC---CGACG---------------ATC-TCGCCCTACTGT-CNCAA---CAGATTAAAGACATCCGAGACA---AAAC-CAAAAGGATGAATNACATCGGA------AAGAAAACNG-----------GGCTCA-AA-ATCAG--CAACAGA--AAGACAAAA-ATC-----ATGAGAGTC-AAACAAGA-AAA--NAAGGNTCAGTG-C---ATC-----A-ACCGG-GGGAACGGAAATGGAATCGAGAAAGTTGA-GACAATTCACATATCTTG-----GAAGCGTNATCAGNAA-NACC-GGT-GGNACGGATGAAGACAT--A-A-N----GCC-GNATCAAC-AAAGCCAGT-CAAA-CC-TTCGC--CA---CGCT--ANANC-CAATTTGGA--GATC--NA----ACG-T-C-TTA----GTCAAAAC-C--CA--AAG--TC--AGAATCTTCAACNCCAAC-GTGA--AA-CACCGT-C-C-TTTTC-TA-ATGGATC----GCGTAGACCC-TGGAGACTAACAG--------CCGGACT-TCAAC---A-TAAAA-TCCT----G---GCGTTTACC--AACA----GATGCCTCGGACAT-ATT-TGTA-GAGTNTAG--TGGCC--AA-GAAAAATTACGAA--TGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCANATANC-AC----GTCAAG-GAAGG-G-ATGGAGGTGGATNGGCCACACAT------------CGCGAAAACC-GTATACCAGAA
Reference ( gi|1 ) : AAAAAGTCCTAGGAAAGAAAACCAACAAGAAGAAAGATTGGATGTCTGATAACAGCTGTCAGAAGGTTGAGGAAAAACGTAAAATGAAAGAAAAAA----TCAACATC--GCAAAAACAAGAGCACAAAAGTATGAT-GCCCAAGTAAACACCA----AGAGCTGCACAAAGGAGTGAACAA-ATCTTGTAGGAAAGACAAAAGAGATTACGTAAATCAGCTGGCAACAG-AAGCAGAACAAGCAGCATAC-ATAGGTGATATAAAGACACTTTATAATATCACTAAAAC-CTT------AAG--CATG-----CAAGTC-TAA--ACTAGTAAAAGATAA--------AAAATGCAATTGTACTCAATAAATCAAATGAGCAGATAGAAAGGTGGAATGAGCATTTCAAAAA--TTTACTAAATAGACCTGAACCAGA-------CCAACCA-GGCACA---TTATAACCAGGGCCAGAACTAAA--CATCAAGAAA-CATGAGGGGAAAAAAAGCT-TTGAAATCACTGAAAAATGGAAAATCAGCTGGAATAGATGGAATACCACCTGAAGCATCGAAACATGGAGGTGAAGAAATCTCTGAATTCTTGTTGAAATTGCTGAATAAGATCTGGGAAGCAAAACGAATACAAACAAAATAGAATAAAGGGTTATTAGTAAAACTACCAC--AAAGGAGGCCTAAGCTGTTGTGAAAACTGGAGGGGCATAACTCTTCTGCCAGTTGC---AAGCAAGATTTTATGCAGAGTGCTTCTTAATATAATGAAACACGCTATTGATA---AAGCTCTCCGTGAC--GAACAGGCAGCATTTAGACCAAATAGAAGCTGTAATGACCAGATTGC-----TACTCTAAGAAT--GATAGTGGAATA-ATCAGTAGAATGGCAAATGCAT-C-------C-CTGC--ATATATCAACTT-----------AGTAGA-C------------TTTGATAATG---T----CAAC--AGGG-----ATGGAATGTGGCATCTAATGAGACAC--TATGGCATACCATCAAAGATTGT--AAATA-TTGCCAAG--ATCC------TGTATGA-AGACTCTACAGTG-CAAATAATACAC--TAAGCATCTCTTA---CCGAC----------CCTTTCCATATGAAAACAGGTGTGAAACAAGGAT-CTTTGCTCTCACCTACTT-TATTCTTACTGGTGAT--TGATTGGATTACGAA-------GCA---GG-CATTTGACA--A------A---C--CAAA-A--GGG------A--T----TC-AGTGGAC--TATGAC-AA-G-----------AAGGT-TAGAAGATCTAGATTTTGC---TGATG---------------ATC-TCGCCCTACTGT-CTCAA---CAGATTAAAGACATCCGAGACA---AAAC-CGAAAGGATGAATAACATCGGA------AAGAAAATAG-----------GGCTTA-AA-ATCAA--CAACAGA--AAAACAAAG-ATT-----ATGAAGGTTCAAACAAGA-AAA--GAAGGGTCAGTG-----ATC-----ATGTTAG-GAGAACGGAACTCGGATCATGATAGTTGA-GACAGTTTACATATCTTG-----GAAGTGTCAT-AGTAA-GACC-GGT-GAAACAGATGAAGACAT--A-A-T----GCCAGAATATGC-AAAGCCCGT-CAAG-CC-TTCGC--CA---TGTT--AAAAC-CAGTTTGGA--AATC--AA----ACG-TGC-TTA----GTGAAAAC-C--CA--AAG--TC--AGAAT-TTCAACACCAAT-GTAA--AA-CACTGT-C-TATTTTCGTA-ATGGGTC----GTGTAAACCCCTGGAGACTAACAG--------CTGGACT-TCAAC---A-TAAAA-TCTT----G---GTATTTACC--AACA----AATGCCTCAGACAT-ATT-TGTA-GAGTGTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCATGAG--TGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAGATACCCAC----ATTAAAAGAAGG-GCATGGAAATGGATTGGCCACACAT------------GGCGAAAACC-GCATACCAGAA
gi|2 : AAAGACTGGATCTATGTTAACACCTTCCAGCAAATCCAAGCAAGA----AAATTCAAGAAAGAAGTTGTCAAC-TCCTGCCGGA-CAAGAGTACACAAA-ATGGCAGCCCAAGCAGATATTACACTATAG-TCCACAAGGAAGTGAGGAGGAGCGTG-AAAAAAGACAAACCATATTACATTGAGAGGCTTGCAG-AGCAAGCAGAACAAACAGCCTACAATGGG-AACATGAAGAAGTTCTATGCTACGACCAAGATACTCTCTGGAAAGTACATGTACATCAAACCATAACGGCCAGTCAAAGACAAGCGCGGGCAAAAC---AT----CTCAGACACTGAAA--AACAACTGGAAAGATGGGCAGAACACTTCGAGGAGCTTCAC--AATAGACCAGCACTAGAAAAACCCCCAAACATAGCAGAAGCTGATA--TAGACCTAGAGATAAATGTGTCAAGAGATCATTAGT---------GCTATTGAAA-AGTTGAAAAATGGCCAGGTAGCTGGTCCAGACGGAATCCC
gi|2 : actttggcaaggaacaagagatgcctttacagaaacattcaagccaaatacAAGCTGCCCCCAAAAAGATACCGCAGCAATTGCGAGAACTACAGAGGCATCTCACTCCTGTCAGT-GCCGGAA--AAGGTGTTCAACAGGATTTTACTTGAGAGGATGAGAGACGCGATTGACATTCA---TCTAAGAGAC--AACCAGGCGGGCTTCAGACAGGGCAGATCTTGCACCGACCAGATCGC-----CATGCTTCGCAT--CATCGTTGAGTA-ATCCCTTGAGT-GTAACTAC-T-C-------A-TTG----TATATCAACTT-----------TGTGGA-TTTCCTCAAGGCATTTGACAGCT---T----CCAC--CACG-----ATACCCTCTGGCAATTCCTCCGACAC--TACGGGATACCAGCTAAAATTAT--Acacagaaaccctcaaggactacaaccaattaatatgctgctacaacttttaaaagaaaaactgggaccaggaagaagtgccagctgattggaaagatcatcaagctgcccccaaaaagataccgcagcaattgcgagaactacagaggcatctcactcctgtcagtgccggaaaaggtgttcaacaggattttacttgagaggatgagagacgcgattgacattcatctaagagacaaccaggcgggcttcagacagggcagatcttgcaccgaccagatcgccatgcttcgcatcatcgttgagtaatcccttgagtgtaactactcattgtatatcaactttgtggatttcctcaaggcatttgacagcttccaccacgataccctctggcaattcctccgacactacgggataccagctaaaattatacgaacgattcagcagtcatatgagggtatggtttgccacgtcgttcatggaagtcagctgatgcatcgttttgacacaaggacagaggtaaggcaaggatgcctcctgtaccattcctattcctcctcgtcatcgactgggtgatgaggaaaacgacagatagacaaaggaatggtatctaatggaccctctggaaacagttgaactacctcaactttgctgatgaccttgttctgctctcgcacatttatcaacaaatgcagagcaaaaagccccgtctcctatgtcggcctccacatccatccaaacaagaaatgaacgcctccagcactgaggtaataaaactggatgacaacaacttggaagaggtcgaaacattcacctaccttgtgtgtgatcaaccaacagggaggaacagatacagatattaaaacccgcattggaaagacaagaacatctttcatggtcctcagaaacacgtcatgcaccaaagtccgcctcttcaattcaaatgttgtctgtcctgttttatggggcagaaacatggcgaactacaaaggccaccatcagaaaatttcaaacttttataaattcctgcttatgaagaatcctgaagatccactggccagataaaatcagtaacacagatctctgagaaaaaaacccaagtgccaatagaaaaagagattagaa
gi|4 : actttggcaaggaacaagagatgcctttacagaaacattcaagccaaatacaaagactggatctatgttaacaccttccagcaaatccaagcaagaaaattcaagaaagaagttgtcaactcctgccggacaagagtacacaaaatggcagcccaagcagatattacactatagtccacaaggaagtgaggaggagcgtgaaaaaagacaaaccatattacattgagaggcttgcagagcaagcagaacaaacagcctacaatgggaacatgaagaagttctatgctacgaccaagatactctctggaaagtacatgtacatcaaaccataacggccagtcaaagacaagcgcgggcaaaacatctcagacactgaaaaacaactggaaagatgggcagaacacttcgaggagcttcacaatagaccagcactagaaaaacccccaaacatagcagaagctgatatagacctagagataaatgtgtcaagagatcattagtgctattgaaaagttgaaaaatggccaggtagctggtccagacggaatccccacagaaaccctcaaggactacaaccaattaatatgctgctacaacttttaaaagaaaaactgggaccaggaagaagtgccagctgattggaaagatcatcCCAA--AAAGGAGA---------TTGCAATAACTGGAAGGGCATAACACTTCcgaacgattcagcagtcatatgagggtatggtttgccacgtcgttcatggaagtcagctgatgcatcgttttgacacaaggacagaggtaaggcaaggatgcctcctgtaccattcctattcctcctcgtcatcgactgggtgatgaggaaaacgacagatagacaaaggaatggtatctaatggaccctctggaaacagttgaactacctcaactttgctgatgaccttgttctgctctcgcacatttatcaacaaatgcagagcaaaaagccccgtctcctatgtcggcctccacatccatccaaacaagaaatgaacgcctccagcactgaggtaataaaactggatgacaacaacttggaagaggtcgaaacattcacctaccttgtgtgtgatcaaccaacagggaggaacagatacagatattaaaacccgcattggaaagacaagaacatctttcatggtcctcagaaacacgtcatgcaccaaagtccgcctcttcaattcaaatgttgtctgtcctgttttatggggcagaaacatggcgaactacaaaggccaccatcagaaaatttcaaacttttataaattcctgcttatgaagaatcctgaagatccactggccagataaaatcagtaacacagatctctgagaaaaaaacccaagtgccaatagaaaaagagattagaa
gi|4 : tggaaaatgatctcatctttaagctgtGCTCTTGAGA---AAGACCTCCG--ACTAGAACAAGCAGGTTTCCGCCC---TGG--GCGATCCTGCTCGGATTACATCTTCACTCT--GCATCAGATTCTGGAACAGATCAAT-GA---GCAAA--CATGC-------CACTG----TACATCAATTTCATTGACCTGGAGAAGATC------------TTTGACAGCA---T----CCACCAAGAATCTTTATAGAA----G-ATCC--TGAGGTAC--TATGGGGTCCCTGCGAAACTTGTCCAGGTAGTTGCAATGCTATCC------------A-GGACTTCAAATCC-CAAGTAATCTGC--GACACATAGATCA---CAGAC----------ACCTTCAACGTCAGCACGGGAGTAAAGCAGGGCTGCATT-CTATCGCCGTTTC-TCTTCGTCCTAGCCAT--GGACTGGATTATGAAAAATTCCGCG---GA----TGGAGA--G------A---T---GAG-A--GGG------A--T----CA-GGTGGAC--CATGAC-AATGTCAACAACAACAATGC-TAGAAGATATGGACTTTGC---TGACG---------------ATA-TTGCCCTGCTGT----AA---C-----ACCGCCA-CCGAGACATGCAAA----AAAAGACAGATGCCAT--GA------CA-AAAACAGCTGGAAACCTTGGCCCA-AAGGTCAG--CATCATA--AAGACCAAG-AGC-----GTGAGAAT--------GA-ATGCCGAA-GTTCTATGAC---ATC-----AAACT-----GAACGGTAATGAGATCGAGGAAGTTAATGAT--TTCACCTATCTTGAATCCAAAATGTCA-----AA-TACA-GGT-GATGTGGAAGTAGA-----A-A-TCCGGGCTCGACT-TGCTAAAG-CCGC-CTAGACC-TTCAC--CT---CACTCAAGAACACA---TGGA--------AG----AC--------A----GGGAACAT-C--C-----G--CCTGAGAATCTTCAAATCAAAT-GCGATTAC-CACCCT-C-C-TTT------ATGGATCAGAGGCATA-------GAAGATTACCA-----------AAACCATGAGC---AATAAA---CTT----G---ACGTCTTCCAAAACA----GATGCCTGAGACGC-ATTCTACG-CATTCTAT--TGGCC--AA-ATACAATCACCAA--TGAAG-AACTT-TA---CGGAATAACAGAA--ACCGA-----ACCCATCTCCACGCAAGTCAAACGAAAGCGT-TGGCGATGGATAGG--ACATGTCCTCTGCCAGTAGACGAAAACC-TTAT-CCAGAActtctcttgctgtcaaaactgacatcagctcttgagaaagacctccgactagaacaagcaggtttccgccctgggcgatcctgctcggattacatcttcactctgcatcagattctggaacagatcaatgagcaaacatgccactgtacatcaatttcattgacctggagaagatctttgacagcatccaccaagaatctttatagaagatcctgaggtactatggggtccctgcgaaacttgtccaggtagttgcaatgctatccaggacttcaaatcccaagtaatctgcgacacatagatcacagacaccttcaacgtcagcacgggagtaaagcagggctgcattctatcgccgtttctcttcgtcctagccatggactggattatgaaaaattccgcggatggagagatgagagggatcaggtggaccatgacaatgtcaacaacaacaatgctagaagatatggactttgctgacgatattgccctgctgtaacaccgccaccgagacatgcaaaaaaagacagatgccatgacaaaaacagctggaaaccttggcccaaaggtcagcatcataaagaccaagagcgtgagaatgaatgccgaagttctatgacatcaaactgaacggtaatgagatcgaggaagttaatgatttcacctatcttgaatccaaaatgtcaaatacaggtgatgtggaagtagaaatccgggctcgacttgctaaagccgcctagaccttcacctcactcaagaacacatggaagacagggaacatccgcctgagaatcttcaaatcaaatgcgattaccaccctcctttatggatcagaggcatagaagattaccaaaaccatgagcaataaacttgacgtcttccaaaacagatgcctgagacgcattctacgcattctattggccaaatacaatcaccaatgaagaactttacggaataacagaaaccgaacccatctccacgcaagtcaaacgaaagcgttggcgatggataggacatgtcctctgccagtagacgaaaaccttatccagaacagccctaagatgaattcaagacggccgacaaacgcgaggccgccccaaggaaacttggaggagaacaatggtgagggagatgaaggagaaaggttggacatggggccgc
gi|5 : tggaaaatgatctcatctttaagctgtccaaaaaggagattgcaataactggaagggcataacacttccttctcttgctgtcaaaactgacatca--GAGCAGGCAGGATTTAGACAGGACAGATCATGTACAGACCACATCGC-----CACCCTGCGCAT--CATA--CGAGCA-GTCCATCGAATGCCA---GTCT-C-------CGTTGT--ACAGAC---CTT-----------CGTTGA-C------------TTTGAcagccctaagatgaattcaagacggccgacaaacgcgaggccgccccaaggaaacttggaggagaacaatggtgagggagatgaaggagaaaggttggacatggggccgc
gi|6 : aaactaggcataagcctggtgaaactactcaagaaagtgacctttcccttgtggcaactggcgggggaatcatgcttgcttctccaccccagcaacgtgctgaccaggatcatcctggagagacgaaaagggggcgctagacaagagaatgagatcaTGTACTGACCCAATTGC-----GACATTACGAAT--CATTATAGAACA-AACCATTGAATGGCAG--GCAT-CACTATACC-TTGC--ATTTATAGATTTTG---------AGAAGG-CA-----------TTTGATAGTA---TAGACCATC--AA-------ATACTATGAAGCATTC--TCAGACAC--TATGGTATTCCAGAAAAAAAT-----AATA-T--CTATC--ATCCGCCAGCTGTATGATGGATTC-AC-TTGTCAAGTCATCCATGGTGGGAACCTA--A---CAGAT----------CCTTTTCCTGTATCCACCGGGGTCCAGCAAGGAT-GTCTACTCTCTCCT-CTT-C--TCTTTCTGATGGTAATGCCTGGGTCA-----------GCA---AAACATCTTACAGTA------A---A--CATT-T--GGGC-----A--T----CA-AATGGAC---ACTAC-AA-T-----------CATGTCTTGAAGACCTAGATTTTGCAGACGATGTTTGTCAGCTTTCACATCGTCACCC-ACACT-CACAAGAACA-ATTTAAG-CTTCC----------AAC-CT------TGAATCAAATTCGA------AAAAAAGTTT-----------GG-TTATAC-ATCAGTCCAACT----AAGACAAAATATTTGAGGATAAATGT--AAACAATACAAA--TAAAACTAAG-----------------GTCAG-AGGTGCCGAAATCGAA----GAT-GTTGG-G-CAATTTACCTACCTTG-----GAAGTGTCAT-CGGCA-CATTAGGA-GGGACCGATGAAGATAT--ACA-A----GCAAGGA------AAAA---GT--AAA-CC-TTTGC--AA---TCCT--CAAAC-CAATCTGGAGGAGGA--AA----AC--T-C-TCA----G--AACAT-CAACA--AAGA-TA--AGAATCTTCAACTCAAAC-GTAA--AATCA--GT-----TCTTC-TATGTGGATC----AGGGA----CATGGAGATCAACAG--------CTG--CT-TCCAC-----TAAAA-CCAT----ATATGTGTTTATA--AACAGATCGATGCCTAAGAAAC-A-T-CATAGGAATCAAG--TGGCC--AG-AAAAGCTTATG-------GC-AA-----AGG----ACCAAACAAG--AACCGGTCATGCAAACAATAAC----ATCAAGAAA------ATGGAGGTGGATTGACCACAAAT------------TGAGAAAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatcatagattggataacgaggaaaacaacagagggcagcaacaccggcatacagtggacatttcaccaaacagctggaggacctggattttgcggacgcattggcctattgtcccccacaagaaacatcatgcacagtccaagctcacactcaactcgccgaagtggccaagaaggaccgtcctgagaatcaacgccagaaagacataggctgatggcggctgaaacaaacaagacaagagcaacccattagcagttctgcaggagaacatcaaggagactgaattcgcttcactttacctcggaagtgtagtgcagcacagattggcgggcctgatgaagatgtatatgggagctcgcgtatcgcaaaagccagggttcacctcacaccctgcgacccttctgagactccgcaaagcccttatcccaaacgcacaagattcccgcatctttaacaccaaacgtgaaagcagtccttctatatggtccgaacatgcgagttaccaacaccgaaatcaccaacaagatgccagactttgaacaagtgcttgagaacatatctcatacatcaggtggccttgggaagatttcaaatgcagaactatggaatgaggagaaaccagccaaattc
gi|12 : agattaGAACA-AGCCATAGAATGG---A---AT-C-------C-CAACCTATATATCTTCTT-----------TGTAGA-T------------TTTGAGAAGGCATT----CGAC--AG--------TGAA------CA------GAGACACATTATGGAAGATCATGAAAAACTggaaaacacaaatgtgacacgccatgctctggaatggaatccccagggccactgacaggaagagaggtagaccaaaaaacaacctgggacgaagtggaggc
gi|7 : attatcGA-AGACTTTACAATG-CAAATAATACAC--GAAGCATCTCTCAGCCCCGGCTCTCATCGAACCCTTCCATGTGAAAACAGGTGTGAAACAAGGAT-GTTTACTCTCACCAACCT-TATTCTTACTGGTTAT--TGCCTGGATTACAAA-------GCA---GA-CATTTGACA--A------A---C--CAAG-A--GGGTTTCAAACTT----TC-AGTGGAC--TATGAC-GA-G-----------AAG---------ATCTAGATTTTGC---TGATG---------------ATC-TCGCCCTACTGT-CTCAC---AAGATTAAAGACATCCGAGACA---AAAC-CAAAAGGATGAATAACATCGGA------AAGAAAATAG-----------GGCTTA-AA-AATAA--CAACAGA--AAAACAAAC-ATT-----ATGAAGATTCAAACAAGG-AAA--GGAGGGTCAGTG-----A-C-----A-ATTGGAGGGGACG-AACTGGAA----GA-AGTTGA--ACAGTTTACACATCTAG-----GAAGTGTCATTAGTAA-GACC-GGT-GGCACAAATGAAGACAT--A-AAT----GCTAAAATATGC-AAAACCCGT-CAAG-CC-TTAGA--CA---TGTT--AAAAC-CAGTTTGGA--AATC--AA----ACG-TGC-TTA----GTGAAAACAT--CA--AGG--TC--AGAATATTCAACACCAAT-GTAA--AA-T-CTGT-C-C-TTTTC-TA--TGGGT-----GTG-AAACCA--GGACACTAACAG--------CTGGACT-TCAAC---A-TAAAA-TCCA----G---GTATTTACC--AACA----AATGCCTCGGACAT-ATT-TGTA-AAGTGTAG--TGGCC--AA--AAAAATCACGAA--TGAAC-AACTTCTGGATCGTACCATCCAAG--ATCCA-----GCAGATACacggaatcctcgataagatc
gi|2 : cgTTTTGACACAAGGACAGAGGTAAGGCAAGGAT-GCCTCCTGT-ACC-ATTCCTATTCCTCCTCGTCAT--CGACTGGGTGATGAG-------GAAAACGA-CA---GATA--G------A---C----AA-A--GGA------A--TGGTATCTAATGGACCCTCTGGA-AA-C-----------A--GT-TGAACTACCTCAACTTTGC---TGATG---------------ACC-TTGTTCTGCTCT-CGCAgctg
gi|3 : actttggcaaggaacaagagatgcctttacagaaacattcaagccaaatacaaagactggatctatgttaacaccttccagcaaatccaagcaagaaaattcaagaaagaagttgtcaactcctgccggacaagagtacacaaaatggcagcccaagcagatattacactatagtccacaaggaagtgaggaggagcgtgaaaaaagacaaaccatattacattgagaggcttgcagagcaagcagaacaaacagcctacaatgggaacatgaagaagttctatgctacgaccaagatactctctggaaagtacatgtacatcaaaccataacggccagtcaaagacaagcgcgggcaaaacatctcagacactgaaaaacaactggaaagatgggcagaacacttcgaggagcttcacaatagaccagcactagaaaaacccccaaacatagcagaagctgatatagacctagagataaatgtgtcaagagatcattagtgctattgaaaagttgaaaaatggccaggtagctggtccagacggaatccccacagaaaccctcaaggactacaaccaattaatatgctgctacaacttttaaaagaaaaactgggaccaggaagaagtgccagctgattggaaagatcatcaagctgcccccaaaaagataccgcagcaattgcgagaactacagaggcatctcactcctgtcagtgccggaaaaggtgttcaacaggattttacttgagaggatgagagacgcgattgacattcatctaagagacaaccaggcgggcttcagacagggcagatcttgcaccgaccagatcgccatgcttcgcatcatcgttgagtaatcccttgagtgtaactactcattgtatatcaactttgtggatttcctcaaggcatttgacagcttccaccacgataccctctggcaattcctccgacactacgggataccagctaaaattatacgaacgattcagcagtcatatgagggtatggtttgccacgtcgttcatggaagtcagctgatgcatcgGTAAT--CGACTGGGTCATGCG-------GCA---G-----TCGACA--ATAAGGAA---G--AAGACA--GGG------A--T----CC-AGTGGAC--ATTCACTAA-G-----------CAGCTGTGG--GACCTGGATTTCGC---CGACA---------------ACA-TTGCCCTCCTGT-CCC-A---CAGCATCAAGACGCCCAGGA-A---AAGCTCAACAGAGT------CGCCGGAGAAGCCGAGAAGACCG-----------GGCTCA-AG-ATCAA---AAT-GACCAAGACAGAA-GTC-----ATGAGAGTC--AAC-AGC-AAA--CAA----CA-TGCCCCCATCCAACTACACCAG-GAAAAT---------ATCAAAAAGGTTGA-CA-AATTCGTATACCTCG-----GCAGCGTAGTCAGCAA-CAAT-TGT-GGAGCGGACGAAGACAT--C-A-GGA--GCC-GCATCAAC-AAAGCCAGG-CACA-CCTTTCG---CA---CTCT--ACGCC-CAATCTGAA--GATCCTCA----GC----C-TTA-----TCCCAAC-A--CAACAAGA-TC--AGGATCTTCAACTCCAAC-GTGA--AGTCA--GTCC-TATTTcatttatcaacaaatgcagagcaaaaagccccgtctcctatgtcggcctccacatccatccaaacaagaaatgaacgcctccagcactgaggtaataaaactggatgacaacaacttggaagaggtcgaaacattcacctaccttgtgtgtgatcaaccaacagggaggaacagatacagatattaaaacccgcattggaaagacaagaacatctttcatggtcctcagaaacacgtcatgcaccaaagtccgcctcttcaattcaaatgttgtctgtcctgttttatggggcagaaacatggcgaactacaaaggccaccatcagaaaatttcaaacttttataaattcctgcttatgaagaatcctgaagatccactggccagataaaatcagtaacacagatctctgagaaaaaaacccaagtgccaatagaaaaagagattagaa
gi|5 : agtcaacagaagtgcaagagacgacaagaggagattcatccatgacctcacagaagaagcataaacagcggcgggccaacaaaacatgaaaaggctttacgagacaaccaggacactctctgggaaaaacagcaatcccaccagaccggtcaaagacaagaacgaagaaaccatcacaagagaggaggaccagaagacgagatggacggaacacttcaaggagacactcaacagacccccaccaccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcaaggccatcaagtccctcaagtccggcaaagcagcaggccctgatggcattccacccgaagccctgaaggcccacatccaaacctccaccaacatgctgcaccctctactgaagatgatctgagagaacgagagtgtgccagatgattggaagaagggacacctggtgaagctgccgaagaaaggagacctctcatcctgcaacaactggagaggcatcatgctccttcccataccggtgaaggttctcttcaggatcatcttggagaggctgaagaccgcgttggacaagacattccaagaggagcaggcagggttccggcaagaccgatcctgcactgaccacatagtgacgatgaggatcatcatcgcacagtccctggagtgccagactcccctgtacagcgtcttcgttgacttccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAT--AGATTGGATAACGAG-------GAA---AA-CA----ACA--G------AGGGCAGCAAC-ACCGGC------A--T----AC-AGTGGACA-TTTCAC-CA-A-----------ACAGC-TGGAGGACCTGGATTTTGC---GGACG-----------------CATTGGCCTATTGTCCCCCA---CA----AGAAACATCcagggctctaagacatggcgcaccacaaagacaaactcccacaaagctgcaaaccttcatcacagatgcctccgttgacatccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|9 : aaactaggcataagcctggtgaaactactcaagaaagtgacctttcccttgtggcaactggcgggggaatcatgcttgcttctccaccccagcaacgtgctgaccaggatcatcctggagagacgaaaagggggcgctagacaagagaatgagatcagagcaggcaggatttagacaggacagatcatgtacagaccacatcgccaccctgcgcatcatacgagcagtccatcgaatgccagtctccgttgtacagaccttcgttgactttgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatcCATATCTTG-----GGAGCGTGATCAGCAAAGACT-G-T-GGAACAGATGATGACATCAA-G-A----GCC-GCATCAAC-AAAGCTAGG-CACA-CA-TTCAA--CA---CTCT--GCAGT-CCATTTGGA--GATC--CA------G-TGCATTATCCCCTCAAAA-----CA--AGA--TC--AGGATATTCAATGCTAACGGGAA--GA-AA--GTCC-TCCTTT-----ATGGGTC-----TG-AGA--CCTAGAGAGTAAC----------C--GACA-CCAACCCTA-TGAGACTCCA----G---GCATTCATT--AACA----GATGTATC--ACATCAT-------GAACATCGCATGGCCTGAACGCAAACTTGTGGGAATGAACAAAC--CTAATTCCCATCAGTCAAGAAATCCA-----GAA-------AC----G-TAA----------ATGGGGTTGGATAGGGCATACAC------------CGTGAAGACCAGCAGAatgcacagtccaagctcacactcaactcgccgaagtggccaagaaggaccgtcctgagaatcaacgccagaaagacataggctgatggcggctgaaacaaacaagacaagagcaacccattagcagttctgcaggagaacatcaaggagactgaattcgcttcactttacctcggaagtgtagtgcagcacagattggcgggcctgatgaagatgtatatgggagctcgcgtatcgcaaaagccagggttcacctcacaccctgcgacccttctgagactccgcaaagcccttatcccaaacgcacaagattcccgcatctttaacaccaaacgtgaaagcagtccttctatatggtccgaacatgcgagttaccaacaccgaaatcaccaacaagatgccagactttgaacaagtgcttgagaacatatctcatacatcaggtggccttgggaagatttcaaatgcagaactatggaatgaggagaaaccagccaaattc
gi|10 : aaaagactggggtactgcgaatcagcaacaagcagcaagacccattacagcttcacggagaaaacatcactgtaacagacctCGTATCTTG-----GGAGCGTGAT-AGAAA-GGAC-GGTGGAAATAGATAGTGACATTCA-G-A----GCC-GCGTCAAC-AAAGCCAGTACA----C-TTCTCAACACTCTGT----GGTC-CA-TTTGGA--GACC--CAGTGCACGATCC-CT------TCAAAAC--------AAGCATT--GGATC-TTCAACACCAAC-GTGA--AG--GCTGT-CGCCTTTT-----ATGGATC-------TAGACCT-----GACCAACAGCAACTAGACCAGACT-CCAGC---A-TTCAC-TTTTAAAAG---GTGTTTACaacatcgc
gi|14 : cagaaagaagactgagatttagagcaatgcagggacagaccaccaccggaaacagatcgcttcacatacTATC--AACA----AATGTCTCGGACAT-ATT-TGTA-AAGTGTGG--CGGCC--AA-GAAAAATTACGAA--TG----AACTTCTGGATAGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCaccacatcatgaacatcagcagatggcccgaaaagatcttccac
gi|13 : AAGG-AAATGGAGGTGGATTGGCCACACAT------------TGAGAAAcacacatggcgaaaaccgtataccagcat
gi|14 : accggtcatgcaaacaataacatcGCCACACAT------------GGCGAAAACC-GTATACCAGggaaaacacagatgtgacacaccatgctctggaatggaatcccacaggaagagaggtagaccaa
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): AGTAGCCAATGAAGACCGGTCTATAATATTAGATACACCACAAAGACAGGAGTTGTAAAGCATGCTCGGTGTTTTGACTAACTCGAGAGAACCATTACAATCTACAAGTGGAAAAATCAAGTGAATGACTGAATCATGCTTCACTTACTCTGATGTGTTAGTCAGGACACCGACTGGTCGGCGCTGATGAGATGTATAGGAGGCCGTGAATACGCCAAAGGTCCGTAGGTTCGGCTCTCAACATCCCCTGCTGAACGCTATCTGGAGACCTACCATAAGCGTGTTAACGCCAGCGATAATACATGAGGCATCCCGCCATTTTTAAACCACCGACGTGAAAAAGCTCAGTCCTTCTATATGGGTCCGAGACAATGGGCGAGTCAACCAACCCCGTGAGATCACCAACAGATACCAGACTTTTGTCAAACAAGTGATTGAGACGCACCACTAAAAATCATCAGTCGTGCTGCCGAATAGATCTTCAAATTCCAGAACGCCTAATAATGGCAGAAAACCAGCCAAATTCC
Unaligned ( gi|11 ): CCCCTTTATGCATGGTGCTGAATCATGGAAAGTCACAAAACACATCACCAACAAACTACACACTTTCCAAACCAAATGTCGAAGAAGAATTCTAAAGACATTGTGGCCAAACATAGTAAGCAACAAAGAGCTGTATGAGAGAACAACGACCCATTTCCTCGC
Unaligned ( gi|15 ): GCCGCCCCAAGGGAACTTGGAGAACAGTAGAGAGGGAGGTGAAAAGAAGGGTTGGACATGGGGTCATC
Unaligned ( gi|16 ): CAACCAAGACCTCTGGGAGAGAACTAGATAAGTCCCCATCGAACAAGAGATTAAGAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444 2222 2 11 2 2 1 2222 2 1 2 1 1 4444444 22222 1 222 22222 22222222 333333333 1 222 11 2222 11 11 3333333 1 222 22 11 1 8888888888 1 22 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222 444444444 11 111 11 111 1111 1 1111 444444 111111 111 11 11 111111 55555555555555555555555555555555555555 55555555555555555 1111111111 111111 44444444444444444444444 555555555555555555555555555555 22222 111 11 11 66666666666666666666 111 111 11111111 4444444444444444444444444444444444444 222222 111 3333333333333333333 111 3333333333 111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 22222222222222222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33333333 11111 11111 11 4444444444444444444444444444444444 1111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333333333 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 11111 11 11111 6666666666666666666666666666666 3333333333333
lowQualScore : 2 3 4 2 3 2 2 2 2222 55 3333 0 88 2 0 2 0 5 3333 3 0 2 2 5 2 2 0 55 3 4 55 4 3 5 6 3333333 7 11111 4 1 0 6 3 88 7 4 6 7 666 77777 0 77777777 333333333 3 000 88 77 0 8888 0 4 0 33 88 7 1 2222222 3 5 2 000 2 77 2 3 88 5 3 3333333333 5 33 55 2 66 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4444 1 2 333333333 1 99 22 2 11 2 111 0 22 3 33 6 2 333 9999 0 6 5555 8 22 1 888888 000000 444 1 2 1 0 88 4 1 6 22 1 1 00 2 333333 1 5 5 22222222222222222222222222222222222222 5 1 55 11111111111111111 1 8888888888 1 666666 11111111111111111111111 1 2 1 99 3 0 555555555555555555555555555555 8 00000 444 44 99 8 8 1 11 00000000000000000000 44 8 1 22 4 3 1 1 4 1 999 1 3 111 1 8 1 4 99999999 8888888888888888888888888888888888888 222222 77 222 1 5 9999999999999999999 1 2 0 6 000 1 0 1 6666666666 4 5 666666666 4444444444444444444444444444444444444444444444444 6 1 3 6 999 00000 6 99 33 44444444444444444 1 1 555 1 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 22 1 00000000 1 4 11111 11111 2 0 1 00 77 4 1 99 1 4 4 6666666666666666666666666666666666 4444444 5 5 5 5 4 8888 1 5 77 55 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 1 5 66 555555555555555555555 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 7777 0000 88888 5 999 0 77 5 1 0 77 33 777 77 7777 222 666 1 99 44444 3333333333333333333333333333333 1 1 2 7777777777777 1 7
lowQualScore : . . . . . . . . .... .. .... . .. . . . . . .... . . . . . . . . .. . . .. . . . . ....... . ..... . . . . . .. . . . . ... ..... . ........ ......... . ... .. .. . .... . . . .. .. . . ....... . . . ... . .. . . .. . . .......... . .. .. . .. . ................................................................................................................... .... . . ......... . .. .. . .. . ... . .. . .. . . ... .... . . .... . .. . ...... ...... ... . . . . .. . . . .. . . .. . ...... . . . ...................................... . . .. ................. . .......... . ...... ....................... . . . .. . . .............................. . ..... ... .. .. . . . .. .................... .. . . .. . . . . . . ... . . ... . . . . ........ ..................................... ...... .. ... . . ................... . . . . ... . . . .......... . . ......... ................................................. . . . . ... ..... . .. .. ................. . . ... . .................................................................. . .. . ........ . . ..... ..... . . . .. .. . . .. . . . .................................. ....... . . . . . .... . . .. .. .......................................................... . . . .. ..................... . ................................................................................. . .... .... ..... . ... . .. . . . .. .. ... .. .... ... ... . .. ..... ............................... . . . ............. . .
lowQualScore : 5 0 0 5 0 5 5 5 5555 55 5555 0 00 5 0 5 0 5 5555 0 0 5 5 0 5 5 0 00 0 0 55 0 3 0 7 3333333 3 00000 0 0 7 7 7 33 3 0 0 3 333 77777 7 77777777 777777777 3 777 33 77 7 3333 7 7 7 33 33 7 0 0000000 0 5 5 555 5 55 5 0 00 5 0 0000000000 5 00 00 5 55 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0000 0 5 222222222 0 00 00 2 00 5 000 2 88 5 88 5 5 888 0000 0 5 2222 0 00 0 444444 444444 222 0 8 0 6 66 6 0 3 77 0 0 00 5 999999 0 1 3 11111111111111111111111111111111111111 7 0 66 77777777777777777 4 2222222222 0 000000 88888888888888888888888 0 5 0 00 2 2 222222222222222222222222222222 0 22222 000 88 00 0 0 0 00 22222222222222222222 00 2 8 44 6 2 8 4 0 0 000 0 2 777 0 9 0 0 00000000 4444444444444444444444444444444444444 111111 99 777 0 7 0000000000000000000 7 1 4 3 999 4 9 0 2222222222 2 2 000000000 8888888888888888888888888888888888888888888888888 7 0 7 7 888 22222 7 22 88 00000000000000000 4 4 999 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 11 1 44444444 9 4 11111 11111 4 7 0 11 00 4 0 33 0 4 4 2222222222222222222222222222222222 1111111 0 0 0 6 5 6666 0 0 00 22 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 0 0 99 222222222222222222222 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 8888 6666 55555 0 444 4 44 3 0 9 99 66 777 99 9999 999 000 5 22 33333 0000000000000000000000000000000 4 0 5 8888888888888 0 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGACTGGATNTNTGNTAACANCTNCCAGNAGGTCGAGGNAAGACGTAAAATNNAAGAAAGAAGTTGTCAACATCCTGCCGGAACAAGAGCACANAAGTATGGCAGCCCAAGCAGACACCACACTANAGCTNCACAAGGGAGTGAGNAGGANCNTGTAGGAAAGACAAANNANATTACGTNGANCGGCTCGCAG-AG-AAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGANGCTTTACGATACGACCAAGACACTCTCTGGGAAG-ACATGCA-ATCAAACCATAA-GACCGGTCAAAGACAAG-GCGGG-AAAAC---AT----CTC-AGA-A-TGAAA--AGCGACTAGAA----AGATGGACGGAACACTTCGAGGAG-TTCAC--AATAGACCCGCACCAGAAAAACCCCCAANCATGGCANAAGCTNATAACCAGGNCCAGAGNTAAATGCGTCAAGAGATCATNAGNGGAAAAAAAGCTATTGAAATCGCTGAAAAATGGNNAGNCAGCTGGNNCAGACGGAATNCCACCTGAAGCATCGAAACATGGAGGTGAAGAAATCTCTGAATTCTTGTTGAAATTGCTGAATAAGATCTGGGAAGCAAAACGAATACAAACAAAATAGAATAAAGGGTTATTAGTAAAGCTGCCNC-GAAAGGAGACCTC--AGC-GTTGCGANAACTGG-AGGGGCATCACGCT--CCTNCCCG-TGCCGGNA--AAGGTNCTNNNCAGGATCNTNCTTG-AGAGGATGAAA--GAC-GCGNTTGA-A--CAAGAC-CTCCGAGAC--GAGCAGGCAGGNTTCAGACA-GGACAGATCCTGCACNGACCANATCGCCACNCTGCGNATCA---TCGTCGAACAGTCCATNGAATG-GCAAA-GCA-T-C-------C-CTGCATAT-------ATCGA-CTTCGTAGA----C------------TTTGACA--GCG-T---CCA-C--A-GGAT--A--CT-ATG--GCAG-TCC--TNAGACACTATGGNATNCCAGCGAAAATTGT--AAATAGTTGCNATGC-ATCCG-CAGCCGTATGA-GGAC----TT---CACATCGT-CAAGTAA-TCCGC-GANGC--ATCTNTCA-----------CA--GACCCTTTCCACGTGAGNACAGGNGTGAAGCAAGGATGTCTNCTCTCACCGNCTCTATTCTTNCTG---GTNATCGACTGGGTNACGAG-------GCAGA-C-A-TC-G-ACA-----G--A---C--CAAGA---GGG------A--TCCAGTGGAC-TATNAC-GA-G-----------AANGC-TGGAAGACCTGGATTTTGCTGACGAT-C-TCGCCCTGCTGTCNCA-NCAG-TTAAAGACATCCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATNACGT--CGGA------AA------GAAA-ACCGGGCTNAAA-ATCAA--CAACAGA--AAGACA-AAG-ATTATG-A-----GAA-T-----CAAACAAGA-A-AAGAA-GGNTCAGTG-C----ATC-----A-AC-------CGG-GGGAAC-GAANTGGG--A--------TCGAGGAGGTTGA-GA--CAATTCACAT-A-----CCTTG-----GAAGCGTNAT-CAG-CA-AGANCGGTGGAA-CGGATGAAGACAT--A-----AAG--C---C-GNA-TCG-AC-----AAAGCCAG---TCANACC-T-T-CGCCACGCT--ANAAC-CAATTTGGA-GAT----CAA----ACG--C-CTTA----G----TCAAAAC--CA--AAGA--TC--A--GGATCTTCAACNCC-AACGTGA--AACGCNGT--CC-T-TTTC-TA-ATGGATC----GCGTAGA-ACNTG-GAG--ACCA-ACAG--------CCGGACT--CCAAC---A--------TAAAA-T-CCNG---GCGTTTACC--AACA----GATGCCT-CG--GACAT-AT-T-CGTA-GAGTNTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAGATA-NC-A-C----GTC-AA--GGAAG-G-ATGGAGGTGGATTGGCCACACATC------------GCGAAAACCGTATACCAGAA
Reference ( family-389 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGACTGGATCTATGTTAACACCTTCCAGCAAATCCAAGCAAGA----AAATTCAAGAAAGAAGTTGTCAAC-TCCTGCCGGA-CAAGAGTACACAAA-ATGGCAGCCCAAGCAGATATTACACTATAG-TCCACAAGGAAGTGAGGAGGAGCGTG-AAAAAAGACAAACCATATTACATTGAGAGGCTTGCAG-AGCAAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGAAGTTCTATGCTACGACCAAGATACTCTCTGGAAAGTACATGTACATCAAACCATAACGGCCAGTCAAAGACAAGCGCGGGCAAAAC---AT----CTC-AGACACTGAAA--AACAACTGGAA----AGATGGGCAGAACACTTCGAGGAGCTTCAC--AATAGACCAGCACTAGAAAAACCCCCAAACATAGCAGAAGCTGATA--TAGACCTAGAGATAAATGTGTCAAGAGATCATTAGT---------GCTATTGAAA-AGTTGAAAAATGGCCAGGTAGCTGGTCCAGACGGAATCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGCTGCCNNCAAAAGGANACCGC--AGCAATTGCGANAACTGN-AGGGGCATNNCACT--CCTGTCAG-TGCCGGAA--AAGGTGTTCAACAGGATTTTACTTG-AGAGGATGAGA--GAC-GCNNTTGANATTCAAGAC-CTNNGAGAC--GANCAGGCGGGNTTCAGACA-GGGCGGATCNTGTACCGACCGGATCGCCACNCTNCGCATCA---TCGTNGAACAATCCATCGAATG-GCAAA-GCA-T-C-------C-TTGCATAT-------ATCGA-CTTNGTAGA----C------------TTTGACA--GCG-T---CNA-C--A-GGAT--A--NN-ATG--GCA--TTC--TNAGACACTATGGGATNCCAGCGAAAATTGT--AGGTAGTTGCNATNCTATCCGCCAGCTGTATGA-GGAC----TT---CACATCG--CAAGTAA-TCCGC-GANGC--ATCTATCA-----------CA--GACCCCTTCGACGTAAGNACGGGGGTAAAGCAAGGATGTCTACTNTCACCGACTCTATTCTTCCTG---GTNATCGACTGGGTNACGAG-------GCAGA-C-A-TC-G-ACA-----G--A---C--CAANA---GGG------A--TCCAGTGGAC-TNTNAC-AA-G-----------AANGT-TGGAAGACCTGGATTTTGCCGACGAT-C-TCGCCCTACTGTCNCA-ACAGATTAAAGACATCCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATNACAT--CGGA------AA------GAAA-ACNGGGCTCAAA-ATCAG--CAACAGA--AAGACA-AAA-ATCATG-A-----GAG-T-----CAAACAAGA-A-AANAA-GGNTCAGTG-C----ATC-----A-AC-------CGG-GGGAACGGAAATGGA--A--------TCGAGAAAGTTGA-GA--CAATTCACAT-A-----TCTTG-----GAAGCGTNAT-CAG-NA-ANACCGGTGGNA-CGGATGAAGACAT--A-----ANG--C---C-GNA-TCA-AC-----AAAGCCAG---TCAAACC-T-T-CGCCACGCT--ANANC-CAATTTGGA-GAT----CNA----ACG--T-CTTA----G----TCAAAAC-CCA--AAG---TC--A--GAATCTTCAACNCC-AACGTGA--AACACCGT--CC-T-TTTC-TA-ATGGATC----GCGTAGA-CCCTG-GAG--ACTA-ACAG--------CCGGACT--TCAAC---A--------TAAAA-T-CCTG---GCGTTTACC--AACA----GATGCCT-CG--GACAT-AT-T-TGTA-GAGTNTAG--TGGCC--AA-GAAAAATTAC--GAATGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCANATA-NC-A-C----GTC-AA--GGAAGGG-ATGGAGGTGGATNGGCCACACATC------------GCGAAAACCGTATACCAGAA
gi|1 : AAAGATTGGATGTCTGATAACAGCTGTCAGAAGGTTGAGGAAAAACGTAAAATGAAAGAAAAAA----TCAACATC--GCAAAAACAAGAGCACAAAAGTATGAT-GCCCAAGTAAACACCA----AGAGCTGCACAAAGGAGTGAACAA-ATCTTGTAGGAAAGACAAAAGAGATTACGTAAATCAGCTGGCAACAG-AAGCAGAACAAGCAGC-------ATAC-ATAGGTGATATAAAGACACTTTATAATATCACTAAAAC-CTT------AAG--CATG-----CAAGTC-TAA--ACTAGTAAAAGATAA--------AAAATGCAATTGTACTC-AATAAATCAAATGAGCAGATAGAA----AGGTGGAATGAGCATTTCAAAAA--TTTACTAAATAGACCTGAACCAGA-------CCAACCA-GGCACA---TTATAACCAGGGCCAGAACTAAA--CATCAAGAAA-CATGAGGGGAAAAAAAGCT-TTGAAATCACTGAAAAATGGAAAATCAGCTGGAATAGATGGAATACCACCTGAAGCATCGAAACATGGAGGTGAAGAAATCTCTGAATTCTTGTTGAAATTGCTGAATAAGATCTGGGAAGCAAAACGAATACAAACAAAATAGAATAAAGGGTTATTAGTAAAACTACCAC--AAAGGAGGCCTA--AGCTGTTGTGAAAACTGG-AGGGGCATAACTCT--TCTGCCAGTTGC---AAGCAAGATTTTATGCAGAGTGCTTCTTA-ATATAATGAAA--CAC-GCTATTGATA---AAGCT-CTCCGTGAC--GAACAGGCAGCATTTAGACC-AAATAGAAGCTGTAATGACCAGATTGCTACTCTAAGAATGA---TAGTGGAATAATCAGTAGAATG-GCAAATGCA-T-C-------C-CTGCATAT-------ATCAA-CTTAGTAGA----C------------TTTGATA--ATG-T---CAA-C--AGGGATGGA--AT-GTG--GCA--TCTAATGAGACACTATGGCATACCATCAAAGATTGT--AAATA-TTGCCAAG--ATC------CTGTATGA-AGAC----TC---TACAGTG--CAAATAA-TACAC-TAAGC--ATCTCTTA-----------CC--GACCCTTTCCATATGAAAACAGGTGTGAAACAAGGATCTTTGCTCTCACCTACTTTATTCTTACTG---GTGATTGATTGGATTACGAA-------GCAGG-C-ATTT-G-ACA-----A--A---C--CAAAA---GGG------A--TTCAGTGGAC-TATGAC-AA-G-----------AAGGT-TAGAAGATCTAGATTTTGCTGATGAT-C-TCGCCCTACTGTCTCA-ACAGATTAAAGACATCCGAGACA---AAA-C-CGA---A---AG-----GA---TGAATAACAT--CGGA------AA------GAAA-ATAGGGCTTAAA-ATCAA--CAACAGA--AAAACA-AAG-ATTATG-A-----AGGTT-----CAAACAAGA-A-AAGAA-GGGTCAGTG------ATC-----ATGT-------TAG-GAGAACGGAACTCGG--A--------TCATGATAGTTGA-GA--CAGTTTACAT-A-----TCTTG-----GAAGTGTCAT--AG-TA-AGACCGGTGAAA-CAGATGAAGACAT--A-----ATG--C---CAGAA-TAT-GC-----AAAGCCCG---TCAAGCC-T-T-CGCCATGTT--AAAAC-CAGTTTGGA-AAT----CAA----ACG--TGCTTA----G----TGAAAAC-CCA--AAG---TC--A--GAAT-TTCAACACC-AATGTAA--AACACTGT--CTAT-TTTCGTA-ATGGGTC----GTGTAAACCCCTG-GAG--ACTA-ACAG--------CTGGACT--TCAAC---A--------TAAAA-T-CTTG---GTATTTACC--AACA----AATGCCT-CA--GACAT-AT-T-TGTA-GAGTGTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAT--GAGTGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAGATACCC-A-C----ATTAAA--AGAAGGGCATGGAAATGGATTGGCCACACATG------------GCGAAAACCGCATACCAGAA
gi|10 : aaaaagtcctaggaaagaaaaccaacaagaagTTCACAT-ACCGTATCTTG-----GGAGCGTGAT--AG-AA-AGGACGGTGGAAATAGATAGTGACATTCA-----GAG--C---C-GCG-TCA-AC-----AAAGCCAG---T-ACACT-TCT-CAACACTCT--GTGGT-CCATTTGGA-GAC----CCAGTGCACGATC-CCT----------TCAAAAC------AAG----C--ATTGGATCTTCAACACC-AACGTGA--AG-GCTGTCGCC-T-TTT-----ATGGATC-------TAGA-CCT-----G--ACCA-ACAGCAACTAGACCAGACT--CCAGC---ATTCACTTTTAAAA------G---GTGTTTAC
gi|12 : cagaaagaagactgagatttagagcaatgcagggacagaccaccaccggaaacagatcgcA---TTATCGAACAAGCCATAGAATG-GAATC-CCA-A-C-------C-T---ATAT-------ATCTT-CTTTGTAGA----T------------TTTGAGAAGGCATT---CGA-C--A-Gaccacatcatgaacatcagcagatggcccgaaaagatcttccac
gi|13 : -----GCAAACA-AT-AAC----ATC-AA--GGAA----ATGGAGGTGGATTGGCCACACATT------------GAGAAAtgaacagagacacattatggaagatcatgaaaaactacggaatcctcgataagatc
gi|14 : accggtcatTATC--AACA----AATGTCT-CG--GACAT-AT-T-TGTA-AAGTGTGG--CGGCC--AA-GAAAAATTAC--GAATG----AACTTCTGGATAGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCggaaaacacagatgtgacacaccatgctctggaatggaatcccacaggaagagaggtagaccaa
gi|14 : GCCACACATG------------GCGAAAACCGTATACCAGcacacatggcgaaaaccgtataccagcat
gi|2 : tatcaacaaatgtctcggacatatttgtaaagtgtggcggccaagaaaaattacgaatgaacttctggatagtaccaaccaagatccaAAAGACTGGATCTATGTTAACACCTTCCAGCAAATCCAAGCAAGA----AAATTCAAGAAAGAAGTTGTCAAC-TCCTGCCGGA-CAAGAGTACACAAA-ATGGCAGCCCAAGCAGATATTACACTATAG-TCCACAAGGAAGTGAGGAGGAGCGTG-AAAAAAGACAAACCATATTACATTGAGAGGCTTGCAG-AGCAAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGAAGTTCTATGCTACGACCAAGATACTCTCTGGAAAGTACATGTACATCAAACCATAACGGCCAGTCAAAGACAAGCGCGGGCAAAAC---AT----CTC-AGACACTGAAA--AACAACTGGAA----AGATGGGCAGAACACTTCGAGGAGCTTCAC--AATAGACCAGCACTAGAAAAACCCCCAAACATAGCAGAAGCTGATA--TAGACCTAGAGATAAATGTGTCAAGAGATCATTAGT---------GCTATTGAAA-AGTTGAAAAATGGCCAGGTAGCTGGTCCAGACGGAATCCCcat
gi|2 : actttggcaaggaacaagagatgcctttacagaaacattcaagccaaatacAAGCTGCCCCCAAAAAGATACCGC--AGCAATTGCGAGAACTAC-AGAGGCATCTCACT--CCTGTCAG-TGCCGGAA--AAGGTGTTCAACAGGATTTTACTTG-AGAGGATGAGA--GAC-GCGATTGACATTC---AT-CTAAGAGAC--AACCAGGCGGGCTTCAGACA-GGGCAGATCTTGCACCGACCAGATCGCCATGCTTCGCATCA---TCGTTGAGTAATCCCTTGAGTG-T--AA-CTACT-C-------A-TTG--TAT-------ATCAA-CTTTGTGGA----TTTCCTCAAGGCATTTGACA--GCT-T---CCACC--A-CGAT--ACCCT-CTG--GCAATTCC--TCCGACACTACGGGATACCAGCTAAAATTAT--A--------CGA-ACGATTCAGCAGTCATATGA-GGGTATGGTTTGCCACGTCGTTCATGGAAGTCAGCTGATGC--ATC--------------------G----TTTTGACACAAGGACAGAGGTAAGGCAAGGATGCCTCCTGT-ACCATTCCTATTCCTCCTC---GTCATCGACTGGGTGATGAG-------GAAAA-CGA-CA-G-ATA-----G--A---C--AAAGGAATGGT------A--TCTAATGGAC-CCTCTG-GA-A-----------ACAGT-TGAACTACCTCAACTTTGCTGATGAC-C-TTGTTCTGCTCTCGCA-cacagaaaccctcaaggactacaaccaattaatatgctgctacaacttttaaaagaaaaactgggaccaggaagaagtgccagctgattggaaagatcatcaagctgcccccaaaaagataccgcagcaattgcgagaactacagaggcatctcactcctgtcagtgccggaaaaggtgttcaacaggattttacttgagaggatgagagacgcgattgacattcatctaagagacaaccaggcgggcttcagacagggcagatcttgcaccgaccagatcgccatgcttcgcatcatcgttgagtaatcccttgagtgtaactactcattgtatatcaactttgtggatttcctcaaggcatttgacagcttccaccacgataccctctggcaattcctccgacactacgggataccagctaaaattatacgaacgattcagcagtcatatgagggtatggtttgccacgtcgttcatggaagtcagctgatgcatcgttttgacacaaggacagaggtaaggcaaggatgcctcctgtaccattcctattcctcctcgtcatcgactgggtgatgaggaaaacgacagatagacaaaggaatggtatctaatggaccctctggaaacagttgaactacctcaactttgctgatgaccttgttctgctctcgcacatttatcaacaaatgcagagcaaaaagccccgtctcctatgtcggcctccacatccatccaaacaagaaatgaacgcctccagcactgaggtaataaaactggatgacaacaacttggaagaggtcgaaacattcacctaccttgtgtgtgatcaaccaacagggaggaacagatacagatattaaaacccgcattggaaagacaagaacatctttcatggtcctcagaaacacgtcatgcaccaaagtccgcctcttcaattcaaatgttgtctgtcctgttttatggggcagaaacatggcgaactacaaaggccaccatcagaaaatttcaaacttttataaattcctgcttatgaagaatcctgaagatccactggccagataaaatcagtaacacagatctctgagaaaaaaacccaagtgccaatagaaaaagagattagaa
gi|2 : actttggcaaggaacaagagatgcctttacagaaacattcaagccaaatacaaagactggatctatgttaacaccttccagcaaatccaagcaagaaaattcaagaaagaagttgtcaactcctgccggacaagagtacacaaaatggcagcccaagcagatattacactatagtccacaaggaagtgaggaggagcgtgaaaaaagacaaaccatattacattgagaggcttgcagagcaagcagaacaaacagcctacaatgggaacatgaagaagttctatgctacgaccaagatactctctggaaagtacatgtacatcaaaccataacggccagtcaaagacaagcgcgggcaaaacatctcagacactgaaaaacaactggaaagatgggcagaacacttcgaggagcttcacaatagaccagcactagaaaaacccccaaacatagcagaagctgatatagacctagagataaatgtgtcaagagatcattagtgctattgaaaagttgaaaaatggccaggtagctggtccagacggaatccccacagaaaccctcaaggactacaaccaattaatatgctgctacaacttttaaaagaaaaactgggaccaggaagaagtgccagctgattggaaagatcatc-----CAAACAAGA-A-ATGAACGCCTC-----C----AGC-------AC-------TGA-GGTAATAAAACTGGATGACAACAACTTGGAAGAGGTCGA-AA--C-ATTCACCT-A-----CCTTG-----T--GTGTGAT-CAACCA-ACA-GGGAGGAA-CAGATACAGATATTAA-----AAC--C---C-GCA-Tcatttatcaacaaatgcagagcaaaaagccccgtctcctatgtcggcctccacatccatccaaacaagaaatgaacgcctccagcactgaggtaataaaactggatgacaacaacttggaagaggtcgaaacattcacctaccttgtgtgtgatcaaccaacagggaggaacagatacagatattaaaacccgcattggaaagacaagaacatctttcatggtcctcagaaacacgtcatgcaccaaagtccgcctcttcaattcaaatgttgtctgtcctgttttatggggcagaaacatggcgaactacaaaggccaccatcagaaaatttcaaacttttataaattcctgcttatgaagaatcctgaagatccactggccagataaaatcagtaacacagatctctgagaaaaaaacccaagtgccaatagaaaaagagattagaa
gi|3 : actttggcaaggaacaagagatgcctttacagaaacattcaagccaaatacaaagactggatctatgttaacaccttccagcaaatccaagcaagaaaattcaagaaagaagttgtcaactcctgccggacaagagtacacaaaatggcagcccaagcagatattacactatagtccacaaggaagtgaggaggagcgtgaaaaaagacaaaccatattacattgagaggcttgcagagcaagcagaacaaacagcctacaatgggaacatgaagaagttctatgctacgaccaagatactctctggaaagtacatgtacatcaaaccataacggccagtcaaagacaagcgcgggcaaaacatctcagacactgaaaaacaactggaaagatgggcagaacacttcgaggagcttcacaatagaccagcactagaaaaacccccaaacatagcagaagctgatatagacctagagataaatgtgtcaagagatcattagtgctattgaaaagttgaaaaatggccaggtagctggtccagacggaatccccacagaaaccctcaaggactacaaccaattaatatgctgctacaacttttaaaagaaaaactgggaccaggaagaagtgccagctgattggaaagatcatcaagctgcccccaaaaagataccgcagcaattgcgagaactacagaggcatctcactcctgtcagtgccggaaaaggtgttcaacaggattttacttgagaggatgagagacgcgattgacattcatctaagagacaaccaggcgggcttcagacagggcagatcttgcaccgaccagatcgccatgcttcgcatcatcgttgagtaatcccttgagtgtaactactcattgtatatcaactttgtggatttcctcaaggcatttgacagcttccaccacgataccctctggcaattcctccgacactacgggataccagctaaaattatacgaacgattcagcagtcatatgagggtatggtttgccacgtcgttcatggaagtcagctgatgcatcgttttgacacaaggacagaggtaaggcaaggatgcctcctgtaccattcctattcctcctcgtcatcgactgggtgatgaggaaaacgacagatagacaaaggaatggtatctaatggaccctctggaaacagttgaactacctcaactttgctgatgaccttgttctgctctcgcacatttatcaacaaatgcagagcaaaaagccccgtctcctatgtcggcctccacatccatcCTCACAG-AAGAAGCA---TAAACAGCGGCGGGCCAACAA-----AACATGAAAAGGCTTTACGAGACAACCAGGACACTCTCTGGGAAAAACA-GCA-ATCCCACCA----GACCGGTCAAAGACAAGAACGAAGAAACC---AT----CACAAGA----GAGG--AG-GACCAGAAGACGAGATGGACGGAACACTTCAAGGAGACACTC--AACAGACCCCCACCAtggaaagacaagaacatctttcatggtcctcagaaacacgtcatgcaccaaagtccgcctcttcaattcaaatgttgtctgtcctgttttatggggcagaaacatggcgaactacaaaggccaccatcagaaaatttcaaacttttataaattcctgcttatgaagaatcctgaagatccactggccagataaaatcagtaacacagatctctgagaaaaaaacccaagtgccaatagaaaaagagattagaa
gi|3 : agtcaacagaagtgcaagagacgacaagaggagattcatccatgacAAGCTGCCGAAGAAAGGAGACCTCTCATC--CTGCAACAACTGG-AGAGGCATCATGCT--CCTTCCCA-TACCGGTG--AAGGTTCTCTTCAGGATCAT-CTTGGAGAGGCTGA-A--GACCGCGTTGGA----CAAGACATTCCAAGAG--GAGCAGGCAGGGTTCCGGCA-AGACCGATCCTGCACTGACCACATAGTGACGATGAGGATCA---TCATCGCACAGTCCCTGGAGTG-CCAGA--CT-C-C-------C-CTG--TAC-------AGCGT-CTTCGTTGA----C------------TTccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcaaggccatcaagtccctcaagtccggcaaagcagcaggccctgatggcattccacccgaagccctgaaggcccacatccaaacctccaccaacatgctgcaccctctactgaagatgatctgagagaacgagagtgtgccagatgattggaagaagggacacctggtgaagctgccgaagaaaggagacctctcatcctgcaacaactggagaggcatcatgctccttcccataccggtgaaggttctcttcaggatcatcttggagaggctgaagaccgcgttggacaagacattccaagaggagcaggcagggttccggcaagaccgatcctgcactgaccacatagtgacgatgaggatcatcatcgcacagtccctggagtgccagactcccctgtacagcgtcttcgttgacttccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaatcgactgggtcatgcggcagtcgacaataaggaagaagacagggatccagtggacattcactaagcagctgtgggacctggatttcgccgacaacattgccctcctgtcccacagcatcaagacgcccaggaaaagctcaacagagtcgccggagaagccgagaagaccgggctcaagatcaaaatgaccaagacagaagtcatgagagtcaacagcaaacaacatgcccccatccaactacaccaggaaaatatcaaaaaggttgacaaattcgtatacctcggcagcgtagtcagcaacaattgtggagcggacgaagacatcaggagccgcatcaacaaagccaggcacacctttcgcactctacgcccaatctgaagatcctcagccttatcccaacacaacaagatcaggatcttcaactccaacgtgaagtcagtcctatttcagggctctaagacatggcgcaccacaaagacaaactcccacaaagctgcaaaccttcatcacagatgcctccgttgacatccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|3 : agtcaacagaagtgcaagagacgacaagaggagattcatccatgacctcacagaagaagcataaacagcggcgggccaacaaaacatgaaaaggctttacgagacaaccaggacactctctgggaaaaacagcaatcccaccagaccggtcaaagacaagaacgaagaaaccatcacaagagaggaggaccagaagacgagatggacggaacacttcaaggagacactcaacagacccccaccaccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcaaggccatcaagtccctcaagtccggcaaagcagcaggccctgatggcattccacccgaagccctgaaggcccacatccaaacctccaccaacatgctgcaccctctactgaagatgatctgagagaacgagagtgtgccagatgattggaagaagggacacctggtg---GTAATCGACTGGGTCATGCG-------GCAG------TC-G-ACAATAAGG--A---A--GAAGACA-GGG------A--TCCAGTGGAC-ATTCACTAA-G-----------CA-GC-TGTGGGACCTGGATTTCGCCGACAAC-A-TTGCCCTCCTGTCCCA--CAGCATCAAGACGCCCAGGA-A---AAG-CTCAA---C---AG-----AG---T------CGC--CGGA------GAAGCCGAGAAG-ACCGGGCTCAAG-ATCAA---AAT-GACCAAGACA-GAA-GTCATG-A-----GAG-T-----CAA-CA-GC-A-AACAA-----CA-TG-CCCCCATCCAACTACAC-------CAG-GA------AAAT-----A--------TCAAAAAGGTTGA-CA---AATTCGTAT-A-----CCTCG-----GCAGCGTAGT-CAG-CA-ACAATTGTGGAG-CGGACGAAGACAT--C-----AGGAGC---C-GCA-TCA-AC-----AAAGCCAG---GCACACCTT-T-CG-CACTCT--ACGCC-CAATCTGAA-GAT----CCT----CAG--C-CTTA---------TCCCAAC-ACAACAAGA--TC--A--GGATCTTCAACTCC-AACGTGA--AGT-CAGT--CC-TATTTC----AGGGCTC-------TAAG-ACATG-GCGC-ACCACAAAG--------ACAAACT--CC--C---A--------CAAAG----CTGCAAACCTTCATC---ACA----GATGCCTCCGTTGACAT-ccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaatcgactgggtcatgcggcagtcgacaataaggaagaagacagggatccagtggacattcactaagcagctgtgggacctggatttcgccgacaacattgccctcctgtcccacagcatcaagacgcccaggaaaagctcaacagagtcgccggagaagccgagaagaccgggctcaagatcaaaatgaccaagacagaagtcatgagagtcaacagcaaacaacatgcccccatccaactacaccaggaaaatatcaaaaaggttgacaaattcgtatacctcggcagcgtagtcagcaacaattgtggagcggacgaagacatcaggagccgcatcaacaaagccaggcacacctttcgcactctacgcccaatctgaagatcctcagccttatcccaacacaacaagatcaggatcttcaactccaacgtgaagtcagtcctatttcagggctctaagacatggcgcaccacaaagacaaactcccacaaagctgcaaaccttcatcacagatgcctccgttgacatccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|4 : agtcaacagaagtgcaagagacgacaagaggagattcatccatgacctcacagaagaagcataaacagcggcgggccaacaaaacatgaaaaggctttacgagacaaccaggacactctctgggaaaaacagcaatcccaccagaccggtcaaagacaagaacgaagaaaccatcacaagagaggaggaccagaagacgagatggacggaacacttcaaggagacactcaacagacccccaccaccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcaaggccatcaagtccctcaagtccggcaaagcagcaggccctgatggcattccacccgaagccctgaaggcccacatccaaacctccaccaacatgctgcaccctctactgaagatgatctgagagaacgagagtgtgccagatgattggaagaagggacacctggtgaagctgccgaagaaaggagacctctcatcctgcaacaactggagaggcatcatgctccttcccataccggtgaaggttctcttcaggatcatcttggagaggctgaagaccgcgttggacaagacattccaagaggagcaggcagggttccggcaagaccgatcctgcactgaccacatagtgacgatgaggatcatcatcgcacagtccctggagtgccagactcccctgtacagcgtcttcgttgacttccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAAGCTGTCCA-AAAAGGAGA-----------TTGCAATAACTGG-AAGGGCATAACACT--TCccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|4 : tggaaaatgatctcatcttt-GCTCTTGAGA---AAGAC-CTCCGACTA--GAACAAGCAGGTTTCCGCCCTGGGCG-ATCCTGCTCGGATTACATCTTCACTCT--GCATCAGATTC-TGGAACAG---ATC-AATGAGCAAA--CA-TGC-------CACTGTACATCAATTTCATTGA-CCTGG-AGAAGATC------------TTTGACA--GCA-T---CCA-CCAA-GAAT--C--TTTATA--GAAGATCC--TGAGGTACTATGGGGTCCCTGCGAAACTTGTCCAGGTAGTTGCAATGCTATCC------------A-GGAC----TT---CAAATCC--CAAGTAA-TCTGC-GACAC--ATAGATCA-----------CA--GACACCTTCAACGTCAGCACGGGAGTAAAGCAGGGCTGCATTCTATCGCCGTTTCTCTTCGTCCTA---GCCATGGACTGGATTATGAAAAATTCCGCGG----A-TG-G-AGA-----G--A------TGAGA---GGG------A--TCAGGTGGAC-CATGAC-AATGTCAACAACAACAATGC-TAGAAGATATGGACTTTGCTGACGAT-A-TTGCCCTGCTGTAACA-CC--------GCCA-CCGAGACATGCAA-----AA---A---AA-----GA---CAGATGCCATGACAAA------AACAGCTGGAAA-CCTTGGCCCAAAGGTCAG--CATCATA--AAGACC-AAG-AGCGTG-A-----GAA-T------------GA-ATGCCGA-AGTTCTATGAC----ATC-----A-AA-------C----TGAACGGTAATGAG--A--------TCGAGGAAGTTAATGA--T--TTCACCT-A-----TCTTGAATCCAAAATGTCA-------A-ATACAGGTGATG-TGGAAGTAGAAAT-------------C---C-GGGCTCG-ACTTGCTAAAGCCGC---CTAGACC-T-T-CACCTCACTCAAGAACACA---TGGA---------AG----AC--------A----G----GGAACAT-CC-----G---CCTGA--GAATCTTCAAATCA-AATGCGATTACCACCCT--CC-T-TT------ATGGATCAGAGGCATAGA--------AG--ATTA-CCA-----------AAACCA-TGAGCA--A--------TAAA----CTTG---ACGTCTTCCAAAACA----GATGCCT-GA--GACGC-AT-TCTACG-CATTCTAT--TGGCC--AA-ATACAATCAC--CAATGAAG-AACTT-TA---CGGAATAACAGAA--ACCGA-----ACCCATCTCC-A-CGCAAGTC-AAACGAAAGCG-TTGGCGATGGATAGG--ACATGTCCTCTGCCAGTAGACGAAAACCTTAT-CCAGAActtctcttgctgtcaaaactgacatcagctcttgagaaagacctccgactagaacaagcaggtttccgccctgggcgatcctgctcggattacatcttcactctgcatcagattctggaacagatcaatgagcaaacatgccactgtacatcaatttcattgacctggagaagatctttgacagcatccaccaagaatctttatagaagatcctgaggtactatggggtccctgcgaaacttgtccaggtagttgcaatgctatccaggacttcaaatcccaagtaatctgcgacacatagatcacagacaccttcaacgtcagcacgggagtaaagcagggctgcattctatcgccgtttctcttcgtcctagccatggactggattatgaaaaattccgcggatggagagatgagagggatcaggtggaccatgacaatgtcaacaacaacaatgctagaagatatggactttgctgacgatattgccctgctgtaacaccgccaccgagacatgcaaaaaaagacagatgccatgacaaaaacagctggaaaccttggcccaaaggtcagcatcataaagaccaagagcgtgagaatgaatgccgaagttctatgacatcaaactgaacggtaatgagatcgaggaagttaatgatttcacctatcttgaatccaaaatgtcaaatacaggtgatgtggaagtagaaatccgggctcgacttgctaaagccgcctagaccttcacctcactcaagaacacatggaagacagggaacatccgcctgagaatcttcaaatcaaatgcgattaccaccctcctttatggatcagaggcatagaagattaccaaaaccatgagcaataaacttgacgtcttccaaaacagatgcctgagacgcattctacgcattctattggccaaatacaatcaccaatgaagaactttacggaataacagaaaccgaacccatctccacgcaagtcaaacgaaagcgttggcgatggataggacatgtcctctgccagtagacgaaaaccttatccagaacagccctaagatgaattcaagacggccgacaaacgcgaggccgccccaaggaaacttggaggagaacaatggtgagggagatgaaggagaaaggttggacatggggccgc
gi|5 : tggaaaatgatctcatctttaagctgtccaaaaaggagattgcaataactggaagggcataacacttccttctcttgctgtcaaaactgacatcaTTGTGGCAACTGGCGGGGGAATCATGCTTGCTTCTCCA-CCCCAGCA--ACG-TGCTGACCAGGATCATCCTGG-AGAG-ACGAAAAGGGG-GCGCTAGA----CAAGAG-A-ATGAGATCAGAGCAGGCAGGATTTAGACA-GGACAGATCATGTACAGACCACATCGCCACCCTGCGCATCA---TA--CGAGCAGTCCATCGAATG-CC--A-GTC-T-C-------CGTTGTACA-----------GACCTTCGTTGA----C------------TTTGAcagccctaagatgaattcaagacggccgacaaacgcgaggccgccccaaggaaacttggaggagaacaatggtgagggagatgaaggagaaaggttggacatggggccgc
gi|5 : aaactaggcataagcctggtgaaactactcaagaaagtgacctttcccTCATAGATTGGATAACGAG-------GAAAA-C-A------ACA-----G--AGGGCAGCAACACC-GGC------A--TACAGTGGACATTTCAC-CA-A-----------ACAGC-TGGAGGACCTGGATTTTGCGGACG---CATTGGCCTATTGTCCCCCACA----AGAAACATC--ATGCA---CAGTC-CAA---GCTCAC-----AC---TCAACT-CGC--CGAAGTGGCCAA------GAAGGACCGTCCTGAGA-ATCAA--CGCCAGA--AAGACATAGG-CTGATG-GCGGCTGAA-A-----CAAACAAGA-C-AAGAG-----CAACC-C----ATT-----A-GCAGTTCTGCAG-GAGAAC-----------A--------TCAAGGAGACTGA--ATTCGCTTCACTTTA-----CCTCG-----GAAGTGTAGTGCAG-CACAGATTGGCGGGC-CTGATGAAGATGT--ATATGGGAG--CTCGC-GTA-TCG-CA-----AAAGCCAGGGTTC--ACC-T-CACACCCTGC----GACC-C--TTCTGA-GACTCCGCAA----AGC--C-CTTA----T----CCCAAAC-GCAC-AAGATTCC--C--GCATCTTTAACACCAAACGTGA--AA-GCAGT--CC----TTC-TATATGG-TC-----C---GA-ACATGCGAGTTACCA-ACA---------CCGAAATCACCAAC-------------AAGA-TGCCAG---AC-TTTG----AACA----AGTGCTTGAG--AACAT-ATCT-CATA-CA-TCAGG--TGGCCT-TG-GGAAGATTTC--AAATGCAG-AACTgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatcatagattggataacgaggaaaacaacagagggcagcaacaccggcatacagtggacatttcaccaaacagctggaggacctggattttgcggacgcattggcctattgtcccccacaagaaacatcatgcacagtccaagctcacactcaactcgccgaagtggccaagaaggaccgtcctgagaatcaacgccagaaagacataggctgatggcggctgaaacaaacaagacaagagcaacccattagcagttctgcaggagaacatcaaggagactgaattcgcttcactttacctcggaagtgtagtgcagcacagattggcgggcctgatgaagatgtatatgggagctcgcgtatcgcaaaagccagggttcacctcacaccctgcgacccttctgagactccgcaaagcccttatcccaaacgcacaagattcccgcatctttaacaccaaacgtgaaagcagtccttctatatggtccgaacatgcgagttaccaacaccgaaatcaccaacaagatgccagactttgaacaagtgcttgagaacatatctcatacatcaggtggccttgggaagatttcaaatgcagaactatggaatgaggagaaaccagccaaattc
gi|6 : aaactaggcataagcctggtgaaactactcaagaaagtgacctttcccttgtggcaactggcgggggaatcatgcttgcttctccaccccagcaacgtgctgaccaggatcatcctggagagacgaaaagggggcgctagacaagagaatgagatcagagcaggcaggatttagacaggacagatcatgtacagaccacatcgccaccctgcgcatcatacgagcagtccatcgaatgccagtctccgttgtacagaccttcgttgactttgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaGATTATGTACTGACCCAATTGCGACATTACGAATCA---TTATAGAACAAACCATTGAATG-GCAG--GCA-T-CACTATACC-TTGCATTT-------ATAGA-TTTTG-AGAAGG-CA-----------TTTGATA--GTA-TAGACCA-T--C-AAAT--A--CT-ATGAAGCA--TTC--TCAGACACTATGGTATTCCAG--AAAA------AAATAATATCTATC--ATCCGCCAGCTGTATGATGGA-----TT---CAC-TTGT-CAAGTCA-TCCAT-GGTGGGAACCTA--A-----------CA--GATCCTTTTCCTGTATCCACCGGGGTCCAGCAAGGATGTCTACTCTCTCC---TCTTCTCTTTCTGATGGTAAT-GCCTGGGTCA-----------GCAAAAC-A-TC-TTACA-----GTAA---A--CATTT---GGGC-----A--TCAAATGGAC--ACTAC-AA-T-----------CATGTCTTGAAGACCTAGATTTTGCAGACGATGT-TTGTCA-GCTTTCACA-TCG--TCACCCACACTC---ACA---AGA-A-CAATTTA---AGCTTCCAACCTTGAATCAAAT--TCGA------AA------AAAA-GTTTGGTTATAC-ATCAGTCCAACT----AAGACA-AAATATT-TG-A-----GGA-TAAATGTAAACAATACA-AATAA-AACTAAG--------GTC-----A------------G-AGGTGCCGAAAT---------------CGAAGATGTTGG-G---CAATTTACCT-A-----CCTTG-----GAAGTGTCAT-CGG-CA-CATTAGGAGGGA-CCGATGAAGATAT--AC----AAG--C---AAGGA------------AAA---AG---T-AAACC-T-T-TGCAATCCT--CAAAC-CAATCTGGAGGAG----GAA----AAC--T-CTCA----GAACATCAA-----CA--AAGA--TA--A--GAATCTTCAACTCA-AACGTAA--AAT-CAGT--TC----TTC-TATGTGGATC----AGG--GA--CATG-GAG--ATCA-ACAG--------CTG--CT--TCCAC------------TAAAA-C-CATATATGTGTTTATA--AACAGATCGATGCCT-AA--GAAAC-A--T-CATAGGAATCAAG--TGGCC--AG-AAAAGCTTAT--G-----GC-AA-----AGG----ACCAAACAAG--AACCGGTCATGCAAACA-ATAA-C----ATC-AA--GAAA----ATGGAGGTGGATTGACCACAAATT------------GAGAAAatggaatgaggagaaaccagccaaattc
gi|7 : aGA-AGAC----TT---TACAATG--CAAATAA-TACAC-GAAGC--ATCTCTCAGCCCCGGCTCTCATCGAACCCTTCCATGTGAAAACAGGTGTGAAACAAGGATGTTTACTCTCACCAACCTTATTCTTACTG---GTTATTGCCTGGATTACAAA-------GCAGA-C-A-TTTG-ACA-----A--A---C--CAAGA---GGGTTTCAAACTTTCAGTGGAC-TATGAC-GA-G-----------AA---------GATCTAGATTTTGCTGATGAT-C-TCGCCCTACTGTCTCA-CAAGATTAAAGACATCCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATAACAT--CGGA------AA------GAAA-ATAGGGCTTAAA-AATAA--CAACAGA--AAAACA-AAC-ATTATGAA-----GAT-T-----CAAACAAGG-A-AAGGA-GGGTCAGTG------A-C-----A-AT-------TGGAGGGGAC-GAACTGGA--A-------------GAAGTTGA--A--CAGTTTACAC-A-----TCTAG-----GAAGTGTCAT-TAG-TA-AGACCGGTGGCA-CAAATGAAGACATA-A-----ATG--C---T-AAA-ATATGC-----AAAACCCG---TCAAGCC-T-T-AGACATGTT--AAAAC-CAGTTTGGA-AAT----CAA----ACG--TGCTTA----G----TGAAAACATCA--AGG---TC--A--GAATATTCAACACC-AATGTAA--AAT-CTGT--CC-T-TTTC-T--ATGG-------GTGTGAA-ACCAG-GAC--ACTA-ACAG--------CTGGACT--TCAAC---A--------TAAAA-T-CCAG---GTATTTACC--AACA----AATGCCT-CG--GACAT-AT-T-TGTA-AAGTGTAG--TGGCC--AA--AAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTGGATCGTACCATCCAAG--ATCCA-----GCAGATA-ggaaaacacaaatgtgacacgccatgctctggaatggaatccccagggccactgacaggaagagaggtagaccaaaaaacaacctgggacgaagtggaggc
gi|9 : cgCAT-A-----TCTTG-----GGAGCGTGAT-CAG-CA-AAGACTGTGGAA-CAGATGATGACATCAA-----GAG--C---C-GCA-TCA-AC-----AAAGCTAG---GCACACA-T-T-CAACACTCT--GCAGT-CCATTTGGA-GAT----CCA----GTG--C-ATTATCCCC----TCAAAA---CA--AGA---TC--A--GGATATTCAATGCT-AACG-GG--AAGAAAGT--CC-T-CCTT-T--ATGGGTC-----TG-AGA--CCTA-GAG--AGTA-AC----------C--GACA--CCAACCCTA--------TGAGACT-CCAG---GCATTCATT--AACA----GATGTAT-C----ACATCAT--------GAACATCGCATGGCCTGAACGCAAACTTGTGGGAATGAACAAAC--CTAATTCCCATCAGTCAAGAAATCCA-----GAA--------A-C----GT--AA----------ATGGGGTTGGATAGGGCATACACC------------GTGAAGACCcgctg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): AGTAGCCAATGAAGACCGGTCTATAATATTAGATACACCACAAAGACAGGAGTTGTAAAGCATGCTCGGTGTTTTGACTAACTCGAGAGAACCATTACAATCTACAAGTGGAAAAATCAAGTGAATGACTGAATCATGCTTCACTTACTCTGATGTGTTAGTCAGGACACCGACTGGTCGGCGCTGATGAGATGTATAGGAGGCCGTGAATACGCCAAAGGTCCGTAGGTTCGGCTCTCAACATCCCCTGCTGAACGCTATCTGGAGACCTACCATAAGCGTGTTAACGCCAGCGATAATACATGAGGCATCCCGCCATTTTTAAACCACCGACGTGAAAAAGCTCAGTCCTTCTATATGGGTCCGAGACAATGGGCGAGTCAACCAACCCCGTGAGATCACCAACAGATACCAGACTTTTGTCAAACAAGTGATTGAGACGCACCACTAAAAATCATCAGTCGTGCTGCCGAATAGATCTTCAAATTCCAGAACGCCTAATAATGGCAGAAAACCAGCCAAATTCC
Unaligned ( gi|11 ): CCCCTTTATGCATGGTGCTGAATCATGGAAAGTCACAAAACACATCACCAACAAACTACACACTTTCCAAACCAAATGTCGAAGAAGAATTCTAAAGACATTGTGGCCAAACATAGTAAGCAACAAAGAGCTGTATGAGAGAACAACGACCCATTTCCTCGC
Unaligned ( gi|15 ): GCCGCCCCAAGGGAACTTGGAGAACAGTAGAGAGGGAGGTGAAAAGAAGGGTTGGACATGGGGTCATC
Unaligned ( gi|16 ): CAACCAAGACCTCTGGGAGAGAACTAGATAAGTCCCCATCGAACAAGAGATTAAGAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 2222 1 11 1 1 1 2222 1 11111 1 1 1 22222 4444444 222222 22222 22 111 33333333333 77777777777777777777777777777777777 11 2222 44444444444 3333333 1 222 11 11 1 3333333333 55555 33333333 222222 33333 2 1 222 22 1 2222 4444444444 11 33333333333333333333333333333333 111 111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 55555555555555555555555555555555 33333333333333333333 1111 55555555555555555555 444444444444444444444444444444444444444444444444 222222 111 3333333333333333 111 4444444444444 111 111 55555555555555555555555555555555555555555555555 111 11111 2222222 11111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22222222 11111 11111 11 22222222222 1111111111111111111 11111 1 1111 11 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 222 33333333333 5555555555555555 1111111 2222222222222222222222222222222222222 111111111 1111 11111 111 11 11111 66666666666666666666666666666666 3333333333333
lowQualScore : 1 1 1 1 1 1 2 1 3333 22 3333 5 88 2 5 1 5 5 3333 1 5 1 11 66666 2 0 3 3 22 1 7 0 44 888 3 11111 6 3333333 888888 1 0 3 7 11111 00 7 777 99999999999 0 44444444444444444444444444444444444 88 77 8888 3 0 00000000000 3 2222222 1 5 1 000 1 88 1 1 88 5 1 2222222222 7 6 999 22 11 22 0 1 3 00000 55 44444444 888888 4 3 66666 3 4 0 5 4 111 77 4 4 4 3 1 1 8 8888 0 5555555555 1 8 1 99 1 99 44 8 1 333 99 1 0 33333333333333333333333333333333 5 444 1 1 0 88 3 1 1 1 1 1 3 333333 3 5 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 1 1 1 8 0 3 0 55555555555555555555555555555555 8 22222222222222222222 8 4444 1 88888888888888888888 44 1 22 1 1 1 1 77 0 1 1 1 8 1 4 333333333333333333333333333333333333333333333333 222222 77 333 1 4 7777777777777777 5 1 2 0 0 000 1 0 1 0000000000000 88 33 0 000 444 44444444444444444444444444444444444444444444444 6 000 1 99 00000 6 88 3333333 2 44444 1 1 5 77 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 55555555 1 4 11111 11111 2 0 1 00 4 4 1 55 4 4 99999999999 4 5555555555555555555 0 33333 5 4 4 0 1 5 2222 4 22 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 66 1 2 1 1 44 0 66 777 1 66 22222222222 3333333333333333 1 0000000 4 7777777777777777777777777777777777777 666666666 5 7777 0000 88888 0 77 4 555 5 1 0 77 33 777 77 7777 222 666 1 99 44444 44444444444444444444444444444444 1 1 2 7777777777777 1 7
lowQualScore : . . . . . . . . .... .. .... . .. . . . . . .... . . . .. ..... . . . . .. . . . .. ... . ..... . ....... ...... . . . . ..... .. . ... ........... . ................................... .. .. .... . . ........... . ....... . . . ... . .. . . .. . . .......... . . ... .. .. .. . . . ..... .. ........ ...... . . ..... . . . . . ... .. . . . . . . . .... . .......... . . . .. . .. .. . . ... .. . . ................................ . ... . . . .. . . . . . . . ...... . . . ..................................................................................................................................... .. . . . . . . . ................................ . .................... . .... . .................... .. . .. . . . . .. . . . . . . . ................................................ ...... .. ... . . ................ . . . . . ... . . . ............. .. .. . ... ... ............................................... . ... . .. ..... . .. ....... . ..... . . . .. ..................................................................... . ........ . . ..... ..... . . . .. . . . .. . . ........... . ................... . ..... . . . . . . .... . .. . .................................................... .. .. . . . . .. . .. ... . .. ........... ................ . ....... . ..................................... ......... . .... .... ..... . .. . ... . . . .. .. ... .. .... ... ... . .. ..... ................................ . . . ............. . .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 5 0 5555 00 5555 5 00 5 5 0 5 5 5555 0 0 0 77 33333 3 7 3 3 00 0 3 7 77 333 7 00000 7 3333333 333333 0 7 7 3 00000 77 3 777 33333333333 7 00000000000000000000000000000000000 33 33 3333 7 7 00000000000 7 0000000 0 5 0 555 0 00 0 0 00 5 0 5555555555 3 7 333 00 77 00 7 0 0 00000 00 55555555 000000 0 0 55555 0 0 0 0 0 555 55 0 0 0 3 0 0 0 4444 8 0000000000 0 0 4 00 0 44 88 2 0 000 00 0 6 22222222222222222222222222222222 0 222 4 0 6 66 2 0 0 0 0 0 3 999999 0 1 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 00 0 0 0 8 2 2 2 55555555555555555555555555555555 0 66666666666666666666 0 0000 0 66666666666666666666 00 4 44 0 4 4 0 44 6 8 0 0 9 0 0 000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 99 666 0 0 7777777777777777 7 7 1 4 3 999 4 4 0 1111111111111 00 77 1 000 999 22222222222222222222222222222222222222222222222 7 222 0 22 22222 7 33 5555555 2 33333 4 4 7 99 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 66666666 9 4 11111 11111 4 7 0 11 4 4 9 77 4 4 77777777777 4 6666666666666666666 7 00000 3 4 4 1 2 7 8888 4 33 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 99 11 8 7 1 0 66 9 11 444 0 11 99999999999 2222222222222222 0 7777777 4 7777777777777777777777777777777777777 555555555 4 8888 6666 55555 9 11 0 333 3 0 4 99 66 777 99 9999 999 000 5 22 33333 44444444444444444444444444444444 4 4 5 8888888888888 0 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGACTGGATNTNTGNTAACANCTNCCAGNAGGTCGAGGNAAGACGTAAAATNNAAGAAAGAAGTTGTCAACATCCTGCCGGAACAAGAGCACANAAGTATGGCAGCCCAAGCAGACACCACACTANAGCTNCACAAGGGAGTGAACAGGAGC-TGCAAGAAA-GACAA-ANGAGATTACGTCGATNAGCTCGCAG-A-G-AAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGANGCTTTACGATACGACCAAGACACTCTCTGGG-AAG-ACATGCA-A-TC---CCATAA-GACCGGTCAAAGACAAG-GCG-GG-AAAAC---AT----CTCAA--A-A-TGAAA--AGCGACTAGAA----AGATGGACGGAACACTTCGAGGAG-TTCA--C--AATAGACCCGCACCAGAAAAACCCCCAANCATGGCANAAGCTNATAACCAGGNCCAGAGNTAAATGCGTCAAGAGATCATNAGNGGAAAAAAGGCTATCGAAATCGCTGAAAAACGGCAAAGCAGCTGGNCCAGACGGAATNCCACCCGAAGCNCCGAAGGCCCACATNNAGGTGAAGAAACCTCCGCCAATTCNTGCTGNANCCTCTGCTGAANANGATCTGGGAGAGCGAGACGNGTGCAAACAGATGATNGGANGAAGGGNCAC-TGGTGAAGCTGC-CNA-GAAAGGAGACCTC--ANC---TTGCGANAACTGG-AGGGGCATCACGCTT-CCTNCCCG-TGCCGGCGAAGGTNCTNANCAGGATCA-TCCTTGAGAGGATGAAA--GACGCGATTGAACA-AGAC-C-TCCGAGAC--GAGCAGGCAGGNTTCAGACA-GGACAGATCCTGCACNGACCANATCGCCACNCTGCGNATCA---TCGTCGAACAGTCCATNGAATG-GCAAA--CA-T-------CC-CTGC--ATATATCGA-CTTCGT-----------AGA---C------------TTTGACA--GCGT---CC-A-C--A-G--------GAT--A--C--T--ATG--GCAGATCC--TGAGACACTACGGNATNCCAGCGAAAATTGT--A--AATAGTTGCNATGC-ATCCG-CAGCCGTATGA-GGAC----TT---CACATCG-T-CAAGTAA-TCCGC-G--ANGCATCTNTCA-----------CA--GACCCTTTCCACGTGAGNACAGGNGTGAAGCAAGGATGTCTNCTCTCACCNNTTCTATTCCTNCTGGTNATCGACTGGGTNACGAG-------GC-AGAC-A-TC-GACA-----G--A---C--CAAGA---GGG------A--TCCAGTGGAC-TATNACGA-G-----------AANG-CTGGAAGACCTGGATTTTGCTGACGAT-C-TCGCCCTGCTGTCNCACCAG-T-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATNACGTCGGA------AA------GAAA-ACC--GGGCTNAAAATCAA--CAACAGA--AAGACAAAG-ATT-ATG-A-----GANT-----CAAACAAGA-AAA--GAA-GGNTCAGTG-C----ATC-----A-AC-------CGG-GGGAAC-GA-A-T--GAT--C---------GAGGAGGTTGA-GA--CAATTCACAT-ACC-----TTG-----GAAGCGTNAT-CAG-CA-AGANCGGTGGAA-CGGATGAAGACAT--A-----A--A-GC---C-GNA-TCGAC-----AAAGCCAG---NCANACC-T-TCGNCACGCT--GCGAC-CAATTTGGA-GAT----CA---A----AC---G--C-CTTA----G----TCA-AAAC--CA--AAG-AT--CAGGATCTTCAACNCC-AACGTGA--AACG-CNGT--CC-T-TTTC-T--ATGGGTC----G-GTAG-A-ACATG-GAG--ACCA-ACAG--------CCG-GACT--CCAAC---A--------TAAAA-T-C---CAGGCGTTTACC--AACA----GATGCCT-CG--GACATAT-TCGTA-G-AGTNTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAGATA-NC-A-C----GTC-AA--GGAAG-G--ATGGAGGTGGATTGGCCACACATC------------GCGAAAACCGTATACCAGAA
Reference ( family-389 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGACTGGATNTNTGNTAACANCTNCCAGNAGGTCGAGGNAAGACGTAAAATNNAAGAAAGAAGTTGTCAACATCCTGCCGGAACAAGAGCACANAAGTATGGCAGCCCAAGCAGACACCACACTANAGCTNCACAAGGGAGTGAGNAGGANCNTGTAGGAAA-GACAA-ANNANATTACGTNGANCGGCTCGCAG-A-G-AAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGANGCTTTACGATACGACCAAGACACTCTCTGGG-AAG-ACATGCA-A-TCAAACCATAA-GACCGGTCAAAGACAAG-GCG-GG-AAAAC---AT----CTCAG--A-A-TGAAA--AGCGACTAGAA----AGATGGACGGAACACTTCGAGGAG-TTCA--C--AATAGACCCGCACCAGAAAAACCCCCAANCATGGCANAAGCTNATAACCAGGNCCAGAGNTAAATGCGTCAAGAGATCATNAGNGGAAAAAAAGCTATTGAAATCGCTGAAAAATGGNNAGNCAGCTGGNNCAGACGGAATNCCACCTGAAGCATCGAA-----ACATGGAGGTGAAGAAATCTCTG--AATTCTTGTTGAAAT---TGCTGAATAAGATCTGGGA-AGCAAAACGAATACAAACAAA--ATAGAATAAAGGGTTAT-TAGTAAAGCTGC-CNC-GAAAGGAGACCTC--AGC-G-TTGCGANAACTGG-AGGGGCATCACGCT--CCTNCCCG-TGCCGGNAAAGGTNCTNNNCAGGATCN-TNCTTGAGAGGATGAAA--GACGCGNTTGAACA-AGAC-C-TCCGAGAC--GAGCAGGCAGGNTTCAGACA-GGACAGATCCTGCACNGACCANATCGCCACNCTGCGNATCA---TCGTCGAACAGTCCATNGAATG-GCAAA-GCA-T-------CC-CTGC--ATATATCGA-CTTCGT-----------AGA---C------------TTTGACA--GCGT---CC-A-C--A-G--------GAT--A--C--T--ATG--GCAG-TCC--TNAGACACTATGGNATNCCAGCGAAAATTGT--A--AATAGTTGCNATGC-ATCCG-CAGCCGTATGA-GGAC----TT---CACATCG-T-CAAGTAA-TCCGC-G--ANGCATCTNTCA-----------CA--GACCCTTTCCACGTGAGNACAGGNGTGAAGCAAGGATGTCTNCTCTCACCGNCTCTATTCTTNCTGGTNATCGACTGGGTNACGAG-------GC-AGAC-A-TC-GACA-----G--A---C--CAAGA---GGG------A--TCCAGTGGAC-TATNACGA-G-----------AANG-CTGGAAGACCTGGATTTTGCTGACGAT-C-TCGCCCTGCTGTCNCANCAG-T-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATNACGTCGGA------AA------GAAA-ACC--GGGCTNAAAATCAA--CAACAGA--AAGACAAAG-ATT-ATG-A-----GAAT-----CAAACAAGA-AAA--GAA-GGNTCAGTG-C----ATC-----A-AC-------CGG-GGGAAC-GA-ANTGGGAT--C---------GAGGAGGTTGA-GA--CAATTCACAT-ACC-----TTG-----GAAGCGTNAT-CAG-CA-AGANCGGTGGAA-CGGATGAAGACAT--A-----A--A-GC---C-GNA-TCGAC-----AAAGCCAG---TCANACC-T-TCGCCACGCT--ANAAC-CAATTTGGA-GAT----CA---A----AC---G--C-CTTA----G----TCA-AAAC--CA--AAG-AT--CAGGATCTTCAACNCC-AACGTGA--AACG-CNGT--CC-T-TTTC-TA-ATGGATC----GCGTAG-A-ACNTG-GAG--ACCA-ACAG--------CCG-GACT--CCAAC---A--------TAAAA-T-C---CNGGCGTTTACC--AACA----GATGCCT-CG--GACATAT-TCGTA-G-AGTNTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAGATA-NC-A-C----GTC-AA--GGAAG-G--ATGGAGGTGGATTGGCCACACATC------------GCGAAAACCGTATACCAGAA
gi|1 : AAAGATTGGATGTCTGATAACAGCTGTCAGAAGGTTGAGGAAAAACGTAAAATGAAAGAAAAAA----TCAACATC--GCAAAAACAAGAGCACAAAAGTATGAT-GCCCAAGTAAACACCA----AGAGCTGCACAAAGGAGTGAACAA-ATCTTGTAGGAAA-GACAA-AAGAGATTACGTAAATCAGCTGGCAACA-G-AAGCAGAACAAGCAGC-------ATACA-TAGGTGATATAAAGACACTTTATAATATCACTAAAAC---CTT-----AAG--CATGCA-AGTC------TAA--ACTAGTAAAAGATAA---------AAAATGCAATTGTACTCAATAA-A-TCAAATGAGCAGATAGAA----AGGTGGAATGAGCATTTCAAAAA--TTTA--CTAAATAGACCTGAACCAGA-------CCAACCA-GGCACA---TTATAACCAGGGCCAGAACTAAA--CATCAAGAAA-CATGAGGGGAAAAAAAGCT-TTGAAATCACTGAAAAATGGAAAATCAGCTGGAATAGATGGAATACCACCTGAAGCATCGAA-----ACATGGAGGTGAAGAAATCTCTG--AATTCTTGTTGAAAT---TGCTGAATAAGATCTGGGA-AGCAAAACGAATACAAACAAA--ATAGAATAAAGGGTTAT-TAGTAAAACTAC-CAC--AAAGGAGGCCTA--AGCTG-TTGTGAAAACTGG-AGGGGCATAACTCT--TCTGCCAGTTGCAAGC-AAGATTTTATGCAGAGTGC-TTCTTAATATAATGAAA--CACGCTATTGATAA-AGCT-C-TCCGTGAC--GAACAGGCAGCATTTAGACC-AAATAGAAGCTGTAATGACCAGATTGCTACTCTAAGAATGA---TAGTGGAATAATCAGTAGAATG-GCAAATGCA-T-------CC-CTGC--ATATATCAA-CTTAGT-----------AGA---C------------TTTGATA--ATGT---CA-A-C--AGG--------GATGGA--A--T--GTG--GCA--TCTAATGAGACACTATGGCATACCATCAAAGATTGT--A--AATA-TTGCCAAG--ATC------CTGTATGA-AGAC----TC---TACA--G-TGCAAATAA-TACAC-T--AAGCATCTCTTA-----------CC--GACCCTTTCCATATGAAAACAGGTGTGAAACAAGGATCTTTGCTCTCACCTACTTTATTCTTACTGGTGATTGATTGGATTACGAA-------GC-AGGC-ATTT-GACA-----A--A---C--CAAAA---GGG------A--TTCAGTGGAC-TATGACAA-G-----------AAGG-TTAGAAGATCTAGATTTTGCTGATGAT-C-TCGCCCTACTGTCTCAACAGAT-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CGA---A---AG-----GA---TGAATAACATCGGA------AA------GAAA-ATA--GGGCTTAAAATCAA--CAACAGA--AAAACAAAG-ATT-ATGAA-----GGTT-----CAAACAAGA-AAA--GAA-GGGTCAGTG------ATC-----ATGT-------TAG-GAGAACGGA-ACTCGGAT--C---------ATGATAGTTGA-GA--CAGTTTACAT-ATC-----TTG-----GAAGTGTCAT--AG-TA-AGACCGGTGAAA-CAGATGAAGACAT--A-----A--T-GC---CAGAA-TATGC-----AAAGCCCG---TCAAGCC-T-TCGCCATGTT--AAAAC-CAGTTTGGA-AAT----CA---A----AC---G--TGCTTA----G----TGA-AAAC--CC--AAA-GT--CAGAAT-TTCAACACC-AATGTAA--AACA-CTGT--CTAT-TTTCGTA-ATGGGTC----GTGTAA-ACCCCTG-GAG--ACTA-ACAG--------CTG-GACT--TCAAC---A--------TAAAA-T-C---TTGGTATTTACC--AACA----AATGCCT-CA--GACATAT-TTGTA-G-AGTGTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAT--GAGTGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAGATACCC-A-C----ATTAAA--AGAAG-GGCATGGAAATGGATTGGCCACACATG------------GCGAAAACCGCATACCAGAA
gi|10 : aaaaagtcctaggaaagaaaaccaacaagaagTTCACAT-ACCGTATCTTG-----GGAGCGTGAT--AG-AA-AGGACGGTGGAAATAGATAGTGACATTCA-----G--A-GC---C-GCG-TCAAC-----AAAGCCAG---T-ACACT-TCTCAACACTCT--GTGGT-CCATTTGGA-GAC----CC---AGTGCAC---GATC-CCT----------TCA-AAAC------AAGCAT--T-GGATCTTCAACACC-AACGTGA--AG-G-CTGTCGCC-T-TTT-----ATGGATC-------TAG---ACCT----G--ACCA-ACAGCAACTAGACCA-GACT--CCAGC---ATTCACTTTTAAAA---------GGTGTTTAC
gi|12 : cagaaagaagactgagatttagagcaatgcagggacagaccaccaccggaaacagatcgcA---TTATCGAACAAGCCATAGAATG-G---A---A-T-------CC-CAACCTATATATCTT-CTTTGT-----------AGA---T------------TTTGAGAAGGCAT---TCGA-C--A-GTGAACAGAGAC--A--CATT--ATG--GAAGATCA--TGAAAAACTACGGAATCCaccacatcatgaacatcagcagatggcccgaaaagatcttccac
gi|13 : -----GCAAACA-AT-AAC----ATC-AA--GGAA-----ATGGAGGTGGATTGGCCACACATT------------GAGAAAtcgataagatc
gi|14 : accggtcatTATC--AACA----AATGTCT-CG--GACATAT-TTGTA-A-AGTGTGG--CGGCC--AA-GAAAAATTAC--GAATG----AACTTCTGGATAGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCggaaaacacagatgtgacacaccatgctctggaatggaatcccacaggaagagaggtagaccaa
gi|14 : GCCACACATG------------GCGAAAACCGTATACCAGcacacatggcgaaaaccgtataccagcat
gi|2 : tatcaacaaatgtctcggacatatttgtaaagtgtggcggccaagaaaaattacgaatgaacttctggatagtaccaaccaagatccaAAAGACTGGATCTATGTTAACACCTTCCAGCAAATCCAAGCAAGA----AAATTCAAGAAAGAAGTTGTCAAC-TCCTGCCGGA-CAAGAGTACACAAA-ATGGCAGCCCAAGCAGATATTACACTATAG-TCCACAAGGAAGTGAGGAGGAGCGTG-AAAAAA-GACAA-ACCATATTACATTGAGAGGCTTGCAG-A-GCAAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGAAGTTCTATGCTACGACCAAGATACTCTCTGGA-AAGTACATGTACA-TCAAACCATAACGGCCAGTCAAAGACAAGCGCG-GGCAAAAC---AT----CTCAG--ACACTGAAA--AACAACTGGAA----AGATGGGCAGAACACTTCGAGGAGCTTCA--C--AATAGACCAGCACTAGAAAAACCCCCAAACATAGCAGAAGCTGATA--TAGACCTAGAGATAAATGTGTCAAGAGATCATTAGT---------GCTATTGAAA-AGTTGAAAAATGGCCAGGTAGCTGGTCCAGACGGAATCCCcat
gi|2 : actttggcaaggaacaagagatgcctttacagaaacattcaagccaaatacAAGCTGC-CCCCAAAAAGATACCGC--AGC-AATTGCGAGAACTAC-AGAGGCATCTCACT--CCTGTCAG-TGCCGGAAAAGGTGTTCAACAGGATTT-TACTTGAGAGGATGAGA--GACGCGATTG-ACATTCAT-C-TAAGAGAC--AACCAGGCGGGCTTCAGACA-GGGCAGATCTTGCACCGACCAGATCGCCATGCTTCGCATCA---TCGTTGAGTAATCCCTTGAGTG-T--AA-CTACT-------CA-TTG----TATATCAA-CTTTGT-----------GGA---TTTCCTCAAGGCATTTGACA--GCTT---CC-ACC--A-C--------GAT--ACCC--T--CTG--GCAATTCC--TCCGACACTACGGGATACCAGCTAAAATTAT--ACGAA------CGAT----TCAG-CAGTCATATGA-GGGTATGGTTTGCCACGTCGTT-CATGGAAGTCAGCTG--ATGCATC--------------------G----TTTTGACACAAGGACAGAGGTAAGGCAAGGATGCCTCCTGT-ACCATTCCTATTCCTCCTCGTCATCGACTGGGTGATGAG-------GA-AAACGA-CA-GATA-----G--A---C--AAAGGAATGGT------A--TCTAATGGAC-CCTCTGGA-A-----------ACAG-TTGAACTACCTCAACTTTGCTGATGAC-C-TTGTTCTGCTCTCGCA-CAT-T-TATCA-ACAAATGCAGAG-CA---AAA-cacagaaaccctcaaggactacaaccaattaatatgctgctacaacttttaaaagaaaaactgggaccaggaagaagtgccagctgattggaaagatcatcaagctgcccccaaaaagataccgcagcaattgcgagaactacagaggcatctcactcctgtcagtgccggaaaaggtgttcaacaggattttacttgagaggatgagagacgcgattgacattcatctaagagacaaccaggcgggcttcagacagggcagatcttgcaccgaccagatcgccatgcttcgcatcatcgttgagtaatcccttgagtgtaactactcattgtatatcaactttgtggatttcctcaaggcatttgacagcttccaccacgataccctctggcaattcctccgacactacgggataccagctaaaattatacgaacgattcagcagtcatatgagggtatggtttgccacgtcgttcatggaagtcagctgatgcatcgttttgacacaaggacagaggtaaggcaaggatgcctcctgtaccattcctattcctcctcgtcatcgactgggtgatgaggaaaacgacagatagacaaaggaatggtatctaatggaccctctggaaacagttgaactacctcaactttgctgatgaccttgttctgctctcgcacatttatcaacaaatgcagagcaaaaagccccgtctcctatgtcggcctccacatccatccaaacaagaaatgaacgcctccagcactgaggtaataaaactggatgacaacaacttggaagaggtcgaaacattcacctaccttgtgtgtgatcaaccaacagggaggaacagatacagatattaaaacccgcattggaaagacaagaacatctttcatggtcctcagaaacacgtcatgcaccaaagtccgcctcttcaattcaaatgttgtctgtcctgttttatggggcagaaacatggcgaactacaaaggccaccatcagaaaatttcaaacttttataaattcctgcttatgaagaatcctgaagatccactggccagataaaatcagtaacacagatctctgagaaaaaaacccaagtgccaatagaaaaagagattagaa
gi|2 : actttggcaaggaacaagagatgcctttacagaaacattcaagccaaatacaaagactggatctatgttaacaccttccagcaaatccaagcaagaaaattcaagaaagaagttgtcaactcctgccggacaagagtacacaaaatggcagcccaagcagatattacactatagtccacaaggaagtgaggaggagcgtgaaaaaagacaaaccatattacattgagaggcttgcagagcaagcagaacaaacagcctacaatgggaacatgaagaagttctatgctacgaccaagatactctctggaaagtacatgtacatcaaaccataacggccagtcaaagacaagcgcgggcaaaacatctcagacactgaaaaacaactggaaagatgggcagaacacttcgaggagcttcacaatagaccagcactagaaaaacccccaaacatagcagaagctgatatagacctagagataaatgtgtcaagagatcattagtgctattgaaaagttgaaaaatggccaggtagctggtccagacggaatccccacagaaaccctcaaggactacaaccaattaatatgctgctacaacttttaaaagaaaaactgggaccaggaagaagtgccagctgattggaaagatcatc-----CAAACAAGA-AAT--GAACGCCTC-----C----AGC-------AC-------TGA-GGTAAT-AA-AACTGGATGACAACAACTTGGAAGAGGTCGA-AA--C-ATTCACCT-ACC-----TTG-----T--GTGTGAT-CAACCA-ACAG-GGAGGAA-CAGATACAGATATTAA-----A--A-CC---C-GCA-TTGG------AAAGACAA---GAACATC-T-T--TCATGGT------C-C---TCAG----------A---A----AC---A--C---------G----TCATGCAC--CA--AAG--T--CCGCCTCTTCAATTCA-AATGT------TGTCTGT--CC-T-GTTT-T--ATGGG--------GCAGAA-ACATG-GCG--AACT-ACAA---------AG-GCCA--CCATC---A--------GAAAA-T-agccccgtctcctatgtcggcctccacatccatccaaacaagaaatgaacgcctccagcactgaggtaataaaactggatgacaacaacttggaagaggtcgaaacattcacctaccttgtgtgtgatcaaccaacagggaggaacagatacagatattaaaacccgcattggaaagacaagaacatctttcatggtcctcagaaacacgtcatgcaccaaagtccgcctcttcaattcaaatgttgtctgtcctgttttatggggcagaaacatggcgaactacaaaggccaccatcagaaaatttcaaacttttataaattcctgcttatgaagaatcctgaagatccactggccagataaaatcagtaacacagatctctgagaaaaaaacccaagtgccaatagaaaaagagattagaa
gi|3 : actttggcaaggaacaagagatgcctttacagaaacattcaagccaaatacaaagactggatctatgttaacaccttccagcaaatccaagcaagaaaattcaagaaagaagttgtcaactcctgccggacaagagtacacaaaatggcagcccaagcagatattacactatagtccacaaggaagtgaggaggagcgtgaaaaaagacaaaccatattacattgagaggcttgcagagcaagcagaacaaacagcctacaatgggaacatgaagaagttctatgctacgaccaagatactctctggaaagtacatgtacatcaaaccataacggccagtcaaagacaagcgcgggcaaaacatctcagacactgaaaaacaactggaaagatgggcagaacacttcgaggagcttcacaatagaccagcactagaaaaacccccaaacatagcagaagctgatatagacctagagataaatgtgtcaagagatcattagtgctattgaaaagttgaaaaatggccaggtagctggtccagacggaatccccacagaaaccctcaaggactacaaccaattaatatgctgctacaacttttaaaagaaaaactgggaccaggaagaagtgccagctgattggaaagatcatcaagctgcccccaaaaagataccgcagcaattgcgagaactacagaggcatctcactcctgtcagtgccggaaaaggtgttcaacaggattttacttgagaggatgagagacgcgattgacattcatctaagagacaaccaggcgggcttcagacagggcagatcttgcaccgaccagatcgccatgcttcgcatcatcgttgagtaatcccttgagtgtaactactcattgtatatcaactttgtggatttcctcaaggcatttgacagcttccaccacgataccctctggcaattcctccgacactacgggataccagctaaaattatacgaacgattcagcagtcatatgagggtatggtttgccacgtcgttcatggaagtcagctgatgcatcgttttgacacaaggacagaggtaaggcaaggatgcctcctgtaccattcctattcctcctcgtcatcgactgggtgatgaggaaaacgacagatagacaaaggaatggtatctaatggaccctctggaaacagttgaactacctcaactttgctgatgaccttgttctgctctcgcacatttatcaacaaatgcagagcaaaaagccccgtctcctatgtcggcctccacatccatcAGTCAACAGAAG--TGCAAGAGACGACAAGAGGAGATT-CATCCATGACCTCACAG-AAG-AAGCA---TAAACAGCGGCGGGCCAACAA-----AACATGAAAAGGCTTTACGAGACAACCAGGACACTCTCTGGGAAAA-ACA-GCA-A-TC---CCACCA-GACCGGTCAAAGACAAGAACGAAG-AAACC---AT----CACAA--G-A--GAGG--AG-GACCAGAAGACGAGATGGACGGAACACTTCAAGGAG--ACACTC--AACAGACCCCCACCAttcaaacttttataaattcctgcttatgaagaatcctgaagatccactggccagataaaatcagtaacacagatctctgagaaaaaaacccaagtgccaatagaaaaagagattagaa
gi|3 : AAGGCCATC-AAGTCCCTCAAGTCCGGCAAAGCAGCAGGCCCTGATGGCATTCCACCCGAAGCCCTGAAGGCCCACATCCA--------AACCTCCACCAA--CATGCTGCACCCTCTACTGAAGATGATCTGAGAGAACGAGA-GTGTGC---CAGATGATTGGAAGAAGGGACACCTGGTGAAGCTGC-CGAAGAAAGGAGACCTCTCATC---CTGCAACAACTGG-AGAGGCATCATGCT--CCTTCCCA-TACCGGTGAAGGTTCTCTTCAGGATCA-TCTTGGAGAGGCTGAAG--ACCGCG-TTGGACA-AGACAT-TCCAAGAG--GAGCAGGCAGGGTTCCGGCA-AGACCGATCCTGCACTGACCACATAGTGACGATGAGGATCA---TCATCGCACAGTCCCTGGAGTG-CCAGA--CT-C-------CC-CTG----TACAGCGT-CTTCGT-----------TGA---C------------TTccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcaaggccatcaagtccctcaagtccggcaaagcagcaggccctgatggcattccacccgaagccctgaaggcccacatccaaacctccaccaacatgctgcaccctctactgaagatgatctgagagaacgagagtgtgccagatgattggaagaagggacacctggtgaagctgccgaagaaaggagacctctcatcctgcaacaactggagaggcatcatgctccttcccataccggtgaaggttctcttcaggatcatcttggagaggctgaagaccgcgttggacaagacattccaagaggagcaggcagggttccggcaagaccgatcctgcactgaccacatagtgacgatgaggatcatcatcgcacagtccctggagtgccagactcccctgtacagcgtcttcgttgacttccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaatcgactgggtcatgcggcagtcgacaataaggaagaagacagggatccagtggacattcactaagcagctgtgggacctggatttcgccgacaacattgccctcctgtcccacagcatcaagacgcccaggaaaagctcaacagagtcgccggagaagccgagaagaccgggctcaagatcaaaatgaccaagacagaagtcatgagagtcaacagcaaacaacatgcccccatccaactacaccaggaaaatatcaaaaaggttgacaaattcgtatacctcggcagcgtagtcagcaacaattgtggagcggacgaagacatcaggagccgcatcaacaaagccaggcacacctttcgcactctacgcccaatctgaagatcctcagccttatcccaacacaacaagatcaggatcttcaactccaacgtgaagtcagtcctatttcagggctctaagacatggcgcaccacaaagacaaactcccacaaagctgcaaaccttcatcacagatgcctccgttgacatccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|3 : agtcaacagaagtgcaagagacgacaagaggagattcatccatgacctcacagaagaagcataaacagcggcgggccaacaaaacatgaaaaggctttacgagacaaccaggacactctctgggaaaaacagcaatcccaccagaccggtcaaagacaagaacgaagaaaccatcacaagagaggaggaccagaagacgagatggacggaacacttcaaggagacactcaacagacccccaccaccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcGTAATCGACTGGGTCATGCG-------GC-AG-----TC-GACAATAAGG--A---A--GAAGACA-GGG------A--TCCAGTGGAC-ATTCACTA-A-----------GCAG-CTGTGGGACCTGGATTTCGCCGACAAC-A-TTGCCCTCCTGTCCCA-CAG-CATC--A-AGACGC-CCAGGA-A---AAG-CTCAA---C---AG-----AG---T------CGCCGGA------GAAGCCGAGAAG-ACC--GGGCTCAAGATCAA---AAT-GACCAAGACAGAA-GTC-ATG-A-----GAGT-----CAA-CA-GC-AAA--CAA-----CA-TG-CCCCCATCCAACTACAC-------CAG-GAAAAT----------AT--C---------AAAAAGGTTGA-CA---AATTCGTAT-ACC-----TCG-----GCAGCGTAGT-CAG-CA-ACAATTGTGGAG-CGGACGAAGACAT--C-----AGGA-GC---C-GCA-TCAAC-----AAAGCCAG---GCACACCTT-TCG-CACTCT--ACGCC-CAATCTGAA-GAT----C----------CTCAG--C-CTTA---------TCC-CAACA-CAACAAG-AT--CAGGATCTTCAACTCC-AACGTGA--AGT--CAGT--CC-TATTTC----AGGGCTC-------TAA-G-ACATG-GCGC-ACCACAAAG--------ACA-AACT--CCCAC---A---------AAGC-T-G---CAAACCTTCATC---ACA----GATGCCTCCGTTGACATccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaatcgactgggtcatgcggcagtcgacaataaggaagaagacagggatccagtggacattcactaagcagctgtgggacctggatttcgccgacaacattgccctcctgtcccacagcatcaagacgcccaggaaaagctcaacagagtcgccggagaagccgagaagaccgggctcaagatcaaaatgaccaagacagaagtcatgagagtcaacagcaaacaacatgcccccatccaactacaccaggaaaatatcaaaaaggttgacaaattcgtatacctcggcagcgtagtcagcaacaattgtggagcggacgaagacatcaggagccgcatcaacaaagccaggcacacctttcgcactctacgcccaatctgaagatcctcagccttatcccaacacaacaagatcaggatcttcaactccaacgtgaagtcagtcctatttcagggctctaagacatggcgcaccacaaagacaaactcccacaaagctgcaaaccttcatcacagatgcctccgttgacatccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|4 : agtcaacagaagtgcaagagacgacaagaggagattcatccatgacctcacagaagaagcataaacagcggcgggccaacaaaacatgaaaaggctttacgagacaaccaggacactctctgggaaaaacagcaatcccaccagaccggtcaaagacaagaacgaagaaaccatcacaagagaggaggaccagaagacgagatggacggaacacttcaaggagacactcaacagacccccaccaccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcaaggccatcaagtccctcaagtccggcaaagcagcaggccctgatggcattccacccgaagccctgaaggcccacatccaaacctccaccaacatgctgcaccctctactgaagatgatctgagagaacgagagtgtgccagatgattggaagaagggacacctggtgaagctgccgaagaaaggagacctctcatcctgcaacaactggagaggcatcatgctccttcccataccggtgaaggttctcttcaggatcatcttggagaggctgaagaccgcgttggacaagacattccaagaggagcaggcagggttccggcaagaccgatcctgcactgaccacatagtgacgatgaggatcatcatcgcacagtccctggagtgccagactcccctgtacagcgtcttcgttgacttccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAAGCTGT-CCA-AAAAGGAGA------------TTGCAATAACTGG-AAGGGCATAACACTT-CCTTCTCT-TGCTGTCAAA---ACTGAC----ATCAGCTCTTGAGA-----------------------A-AGAC-C-TCCGACTA--GAACAAGCAGGTTTCCGCCCTGGGC-GATCCTGCTCGGATTACATCTTCACTCTGC--ATCAGATTC-TGGAACAG---ATC-AATGAGCAAA--CA-TG------CCACTG----TACATCAA-TTTCATTGACCTGGAGAAGAT--C------------TTTGACA--GCAT---CC-A-CCAA-G--------AAT-----C--TTTATA--GAAGATCC--TGAGGTACTATGGGGTCCCTGCGAAACTTGTCCA--GGTAGTTGCAATGCTATCC------------A-GGAC----TT---CAAATC--C-CAAGTAA-TCTGC-G--ACACATAGATCA-----------CA--GACACCTTCAACGTCAGCACGGGAGTAAAGCAGGGCTGCATTCTATCGCCGTTTCTCTTCGTCCTAGCCATGGACTGGATTATGAAAAATTCCGC-GGA----TG-GAGA-----G--A---T---GAGA---GGG------A--TCAGGTGGAC-CATGACAATGTCAACAACAACAATG-CTAGAAGATATGGACTTTGCTGACGAT-A-TTGCCCTGCTGTAACACC------------GCCA--CCGAGACATGCAAA----AA---A---AGACA--GA---TG--CCATGACAAA------AACAGCT-GGAA-ACCTTGGCCCAAAGGTCAG--CATCATA--AAGACCAAG-AGC-GTG-A-----GAAT------------GA-ATGCCGAA--GTTCTATGAC----ATC-----A-AA-------C----TGAAC-GGTAATGAGAT--C---------GAGGAAGTTAATGA--T--TTCACCT-ATC-----TTGAATCCAAAATGTCA-------A-ATACAGGTG--A-TG--TGGAAGTAG--A-----A--A-TC---C-GGGCTCGACTTGCTAAAGCCGC---CTAGACC-T-TCACCTCACTCAAGAACACA---TGGA-AGA----CAGGGA----AC---A--T-CC------G----CC-----------------T--GAGAATCTTCAAATCA-AATGCGATTACCA-CCCT--CC-T-TT------ATGGATCAGAGGCATAG-A-AGAT----T--ACCA-A-AA--------CCATGA----GCA-----A--------TAAA----C---TTGACGTCTTCCAAAACA----GATGCCT-GA--GACGCAT-TC-TACGCATTCTAT--TGGCC--AA-ATACAATCAC--CAATGAAG-AACTT-TA---CGGAATAACAGAA--ACCGA-----ACCCATCTCC-A-CGCAAGTC-AAACGAAAGCG--TTGGCGATGGATAGG--ACATGTCCTCTGCCAGTAGACGAAAACCTTAT-CCAGAAccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|5 : tggaaaatgatctcatcttt-TGGTGAAACTACTCAA-GAAAGT-GACCTT--TCC-C-TTGTGGCAACTGGCGGGGGAATCATGCTTGCTTCTCCA-CCCCAGCAACG-TGCTGACCAGGATCA-TCCTGGAGAG-ACGAAAAGGGGGCGCTAGA-CA-AGAG-AAT--GAGATCAGAGCAGGCAGGATTTAGACA-GGACAGATCATGTACAGACCACATCGCCACCCTGCGCATCA---TA--CGAGCAGTCCATCGAATG-CCA-----G-T-------CT-CCGT---TGTACAGACCTTCGT-----------TGA---C------------TTTGAcagccctaagatgaattcaagacggccgacaaacgcgaggccgccccaaggaaacttggaggagaacaatggtgagggagatgaaggagaaaggttggacatggggccgc
gi|5 : aaactaggcataagccTCATAGATTGGATAACGAG-------GA-AAAC-A-----ACA-----G--AGGGCAGCAACACC-GGC------A--TACAGTGGACATTTCACCA-A-----------ACAG-CTGGAGGACCTGGATTTTGCGGACG---CATTGGCCTATTGTCCC-CCA----CA--AGAAACAT-C--ATGCA---CAGTC-CAA---GCTCAC-----AC---TCAACT-CGCCGAAGTGGCCAA------GAAGGACC--GTCCTGAGAATCAA--CGCCAGA--AAGACATAG-GCTGATG-GCGGCTGAAA-----CAAACAAGA-CAA--GAG-----CAACC-C----ATT-----A-GCAGTTCTGCAG-GAGAAC----------AT--C---------AAGGAGACTGA--ATTCGCTTCACTTTACC-----TCG-----GAAGTGTAGTGCAG-CACAGATTGGCGGGC-CTGATGAAGATGT--ATATGGG--A-GCTCGC-GTA-TCGCA-----AAAGCCAGGGTTCA---C-C-TCA-CACCCT--GCGAC-C-CTTCTGA-GACTCCGCA---A----AG---C--C-CTTA----T----CCC-AAACG-CAC-AAG-ATTCCCGCATCTTTAACACCAAACGTGA--AA-G-CAGT--CC----TTC-TATATGG-TC-----C---G-A-ACATGCGAGTTACCA-ACA---------CCG-AAATCACCAAC-------------AAGA-TGC---CAGAC-TTTG----AACA----AGTGCTTGAG--AACATATCTCATA-C-A-TCAGG--TGGCCT-TG-GGAAGATTTC--AAATGCAG-AACTgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatcatagattggataacgaggaaaacaacagagggcagcaacaccggcatacagtggacatttcaccaaacagctggaggacctggattttgcggacgcattggcctattgtcccccacaagaaacatcatgcacagtccaagctcacactcaactcgccgaagtggccaagaaggaccgtcctgagaatcaacgccagaaagacataggctgatggcggctgaaacaaacaagacaagagcaacccattagcagttctgcaggagaacatcaaggagactgaattcgcttcactttacctcggaagtgtagtgcagcacagattggcgggcctgatgaagatgtatatgggagctcgcgtatcgcaaaagccagggttcacctcacaccctgcgacccttctgagactccgcaaagcccttatcccaaacgcacaagattcccgcatctttaacaccaaacgtgaaagcagtccttctatatggtccgaacatgcgagttaccaacaccgaaatcaccaacaagatgccagactttgaacaagtgcttgagaacatatctcatacatcaggtggccttgggaagatttcaaatgcagaactatggaatgaggagaaaccagccaaattc
gi|6 : aaactaggcataagcctggtgaaactactcaagaaagtgacctttcccttgtggcaactggcgggggaatcatgcttgcttctccaccccagcaacgtgctgaccaggatcatcctggagagacgaaaagggggcgctagacaagagaatgagatcagagcaggcaggatttagacaggacagatcatgtacagaccacatcgccaccctgcgcatcatacgagcagtccatcgaatgccagtctccgttgtacagaccttcgttgactttgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaAGATTATGTACTGACCCAATTGCGACATTACGAATCA---TTATAGAACAAACCATTGAATG-GC-AG-GCA-TCACTATACC-TTGC--ATTTATAGA-TTTTG------------AGAAGGCA-----------TTTGATA--GTATAGACC-A-T--C-A--------AAT--A--C--T--ATGAAGCA--TTC--TCAGACACTATGGTATTCCA--GAAAA------A--AATAATATCTAT-C-ATCCGCCAGCTGTATGATGGA-----TT---CAC-TTG-T-CAAGTCA-TCCAT-GGTGGGAACCTA--A-----------CA--GATCCTTTTCCTGTATCCACCGGGGTCCAGCAAGGATGTCTACTCTCTCCTCTTCTCTTTCTGATGGTAAT-GCCTGGGTCA-----------GCAAAAC-A-TCTTACA-----GTAA---A--CATTT---GGGC-----A--TCAAATGGAC--ACTACAA-T-----------CATGTCTTGAAGACCTAGATTTTGCAGACGATGT-TTGTCA-GCTTTCACATC-G-T-CA--C-CCACAC-TC---ACA---AGA-A-CAATTTA---AGCTTCCAACCTTGAATCAAATTCGA------AA------AAAA-GTT--TGGTTATACATCAGTCCAAC--T--AAGACAAAATATT--TG-A-----GGATAAATGTAAACAATACAAA--TAA-AACTAAG--------GTC-----A-----------GA-GGTGCC-GA-A-----AT--C---------GAAGATGTTG--GG--CAATTTACCT-ACC-----TTG-----GAAGTGTCAT-CGG-CA-CATTAGGAGGGA-CCGATGAAGATAT--AC----A--A-GC---A-AG----GAA-----AAAG--------TAAACC-T-TTGCAATCCT--CAAAC-CAATCTGGAGGAG----GA---A----AA---C--T-CTCA----GAACATCA-A-----CA--AAG-AT--AAGAATCTTCAACTCA-AACGTAA--AAT--CAGT--TC----TTC-TATGTGGATC----A---GG-G-ACATG-GAG--ATCA-ACAG--------CTG---CT--TCCAC------------TAAAA-C-CATATATGTGTTTATA--AACAGATCGATGCCT-AA--GAAACA--TCATAGG-AATCAAG--TGGCC--AG-AAAAGCTTAT--G-----GC-AA-----AGG----ACCAAACAAG--AACCGGTCATGCAAACA-ATAA-C----ATC-AA--GAAA-----ATGGAGGTGGATTGACCACAAATT------------GAGAAAatggaatgaggagaaaccagccaaattc
gi|7 : GA-AGAC----TT---TACAATG---CAAATAA-TACAC-G--AAGCATCTCTCAGCCCCGGCTCTCATCGAACCCTTCCATGTGAAAACAGGTGTGAAACAAGGATGTTTACTCTCACCAACCTTATTCTTACTGGTTATTGCCTGGATTACAAA-------GC-AGAC-A-TTTGACA-----A--A---C--CAAGA---GGGTTTCAAACTTTCAGTGGAC-TATGACGA-G-----------AA---------GATCTAGATTTTGCTGATGAT-C-TCGCCCTACTGTCTCACAAGAT-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATAACATCGGA------AA------GAAA-ATA--GGGCTTAAAAATAA--CAACAGA--AAAACAAAC-ATT-ATGAA-----GATT-----CAAACAAGG-AAA--GGA-GGGTCAGTG------A-C-----A-AT-------TGGAGGGGAC-GA-ACTG----------------GAAGAAGTTGA--A--CAGTTTACAC-ATC-----TAG-----GAAGTGTCAT-TAG-TA-AGACCGGTGGCA-CAAATGAAGACAT--A-----A--ATGC---TAAAA-TATGC-----AAAACCCG---TCAAGCC-T-TAGACATGTT--AAAAC-CAGTTTGGA-AAT----CA---A----AC---G--TGCTTA----G----TGA-AAACATC---AAG-GT--CAGAATATTCAACACC-AATGTAA--AAT--CTGT--CC-T-TTTC-T--ATGG-------GTGTGA-A-ACCAG-GAC--ACTA-ACAG--------CTG-GACT--TCAAC---A--------TAAAA-T-C---CAGGTATTTACC--AACA----AATGCCT-CG--GACATAT-TTGTA-A-AGTGTAG--TGGCC--AA--AAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTGGATCGTACCATCCAAG--ATCCA-----GCAGATA-ggaaaacacaaatgtgacacgccatgctctggaatggaatccccagggccactgacaggaagagaggtagaccaaaaaacaacctgggacgaagtggaggc
gi|9 : cgCAT-ATC-----TTG-----GGAGCGTGAT-CAG-CA-AAGACTGTGGAA-CAGATGATGACATCAA-----G--A-GC---C-GCA-TCAAC-----AAAGCTAG---GCACACA-T-TCAACACTCT--GCAGT-CCATTTGGA-GAT----CC---A----GT---G--C-ATTATCCCC----TCA-AAAC------AAG-AT--CAGGATATTCAATGCT-AACG-GG--AAGA-AAGT--CC-T-CCTT-T--ATGGGTC-------TGA-G-ACCTA-GAG--AGTA-AC----------C---GACA--CCAACCCTA--------TGAGACT-C---CAGGCATTCATT--AACA----GATGTAT-C----ACA----TCAT--G-AACATCGCATGGCCTGAACGCAAACTTGTGGGAATGAACAAAC--CTAATTCCCATCAGTCAAGAAATCCA-----GAA--------A-C----GT--AA-----------ATGGGGTTGGATAGGGCATACACC------------GTGAAGACCcgctg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): AGTAGCCAATGAAGACCGGTCTATAATATTAGATACACCACAAAGACAGGAGTTGTAAAGCATGCTCGGTGTTTTGACTAACTCGAGAGAACCATTACAATCTACAAGTGGAAAAATCAAGTGAATGACTGAATCATGCTTCACTTACTCTGATGTGTTAGTCAGGACACCGACTGGTCGGCGCTGATGAGATGTATAGGAGGCCGTGAATACGCCAAAGGTCCGTAGGTTCGGCTCTCAACATCCCCTGCTGAACGCTATCTGGAGACCTACCATAAGCGTGTTAACGCCAGCGATAATACATGAGGCATCCCGCCATTTTTAAACCACCGACGTGAAAAAGCTCAGTCCTTCTATATGGGTCCGAGACAATGGGCGAGTCAACCAACCCCGTGAGATCACCAACAGATACCAGACTTTTGTCAAACAAGTGATTGAGACGCACCACTAAAAATCATCAGTCGTGCTGCCGAATAGATCTTCAAATTCCAGAACGCCTAATAATGGCAGAAAACCAGCCAAATTCC
Unaligned ( gi|11 ): CCCCTTTATGCATGGTGCTGAATCATGGAAAGTCACAAAACACATCACCAACAAACTACACACTTTCCAAACCAAATGTCGAAGAAGAATTCTAAAGACATTGTGGCCAAACATAGTAAGCAACAAAGAGCTGTATGAGAGAACAACGACCCATTTCCTCGC
Unaligned ( gi|15 ): GCCGCCCCAAGGGAACTTGGAGAACAGTAGAGAGGGAGGTGAAAAGAAGGGTTGGACATGGGGTCATC
Unaligned ( gi|16 ): CAACCAAGACCTCTGGGAGAGAACTAGATAAGTCCCCATCGAACAAGAGATTAAGAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 2222 1 11 1 1 1 2222 1 22 1 1 1 22222 4444444 222222 333 1 22222222222 66666666666666666666666666666666666 11 2222 44444444444 3333333 1 222 11 11 1 3333333333 11111 888888888888888888888888 111 22 2 333 111 11 1111 44444444444444 1 3333333333333333333333333333333333 111 111111 44444444444444444444444444 555555555555555555555555555555 11 555555555555555555555555555555555555 11111 11 55555555555555555555555555555555 2222222222222222222 1111 55555555555555555555 44444444444444444444444444444444444444444444444 222222 111 3333333333333333 111 3333333333333 111 111 55555555555555555555555555555555555555555555555 111 11 22222 111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333333333 11111 11111 11 22222222222 1111111111111111111 111 1111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 333333 11 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111 11111 111 11 11111 66666666666666666666666666666666 3333333333333
lowQualScore : 1 1 1 1 1 1 2 1 3333 22 3333 5 88 2 5 1 5 5 3333 1 5 1 0 55 2 3 3 1 7 0 77 1 3 11111 6 3333333 888888 1 0 3 7 7777 444 7 3 55555555555 0 99999999999999999999999999999999999 88 77 8888 3 0 00000000000 3 2222222 1 5 1 000 1 88 1 1 88 5 1 2222222222 7 77 999 0 1 0 1 3 1 0 33333 22 000000000000000000000000 1 1 444 77 1 1 88 0 3 1 777 7 1 666 1 66 0 0 999 4444 0 33333333333333 1 8 1 11 1 8 1 8 6 5 1 333 1 8 0 9999999999999999999999999999999999 5 444 1 1 0 88 3 1 1 1 1 1 3 333333 3 5 1 5 55555555555555555555555555 0 5 0 444444444444444444444444444444 1 11 4 666666666666666666666666666666666666 33333 11 1 1 8 0 3 0 55555555555555555555555555555555 8 7777777777777777777 8 4444 1 88888888888888888888 44 1 22 1 1 1 1 22 0 1 1 1 8 1 4 33333333333333333333333333333333333333333333333 222222 77 333 1 4 7777777777777777 5 1 2 0 0 000 1 0 1 8888888888888 88 33 0 000 444 44444444444444444444444444444444444444444444444 6 000 1 99 5 77 0 5 22 5 00000 1 222222 0 3 5 66 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 2 111111111 66 11111 11111 2 0 1 00 4 4 1 55 4 4 99999999999 4 5555555555555555555 88888 1 4 222 5 8888 99 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 66 1 2 1 55 1 4 55 222222 1 4 1 00 4 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 0000 9999 88888 0 77 4 555 5 1 0 77 33 777 77 7777 222 666 1 99 44444 44444444444444444444444444444444 1 1 2 7777777777777 1 7
lowQualScore : . . . . . . . . .... .. .... . .. . . . . . .... . . . . .. . . . . . . .. . . ..... . ....... ...... . . . . .... ... . . ........... . ................................... .. .. .... . . ........... . ....... . . . ... . .. . . .. . . .......... . .. ... . . . . . . . ..... .. ........................ . . ... .. . . .. . . . ... . . ... . .. . . ... .... . .............. . . . .. . . . . . . . ... . . . .................................. . ... . . . .. . . . . . . . ...... . . . . .......................... . . . .............................. . .. . .................................... ..... .. . . . . . . ................................ . ................... . .... . .................... .. . .. . . . . .. . . . . . . . ............................................... ...... .. ... . . ................ . . . . . ... . . . ............. .. .. . ... ... ............................................... . ... . .. . .. . . .. . ..... . ...... . . . .. ...................................................................... .. . ......... .. ..... ..... . . . .. . . . .. . . ........... . ................... ..... . . ... . .... .. . .................................................... .. .. . . . .. . . .. ...... . . . .. . ................................................................................... . .... .... ..... . .. . ... . . . .. .. ... .. .... ... ... . .. ..... ................................ . . . ............. . .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 5 0 5555 00 5555 5 00 5 5 0 5 5 5555 0 0 0 7 33 0 3 3 0 3 7 33 0 7 00000 7 3333333 333333 0 7 7 3 7777 000 3 3 00000000000 7 33333333333333333333333333333333333 33 33 3333 7 7 00000000000 7 0000000 0 5 0 555 0 00 0 0 00 5 0 2222222222 3 33 333 7 0 7 0 7 0 7 77777 00 777777777777777777777777 0 0 777 33 0 0 33 7 3 0 777 3 0 777 0 55 2 2 222 0000 8 00000000000000 0 0 4 66 0 0 4 0 4 0 0 444 0 0 6 0000000000000000000000000000000000 0 222 4 0 6 66 2 0 0 0 0 0 3 999999 0 1 0 7 11111111111111111111111111 4 7 4 000000000000000000000000000000 4 00 6 666666666666666666666666666666666666 22222 00 0 0 8 2 2 2 55555555555555555555555555555555 0 6666666666666666666 0 0000 0 66666666666666666666 00 4 44 0 4 4 0 00 6 4 0 0 9 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000 111111 99 666 0 0 7777777777777777 7 7 1 4 3 999 4 4 0 1111111111111 00 77 1 000 999 22222222222222222222222222222222222222222222222 7 222 0 22 0 99 3 7 99 7 00000 0 888888 1 1 0 99 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55 2 999999999 33 11111 11111 4 7 0 11 4 4 9 77 4 4 77777777777 4 6666666666666666666 77777 0 4 111 7 2222 66 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 11 8 7 6 55 0 0 55 222222 0 0 9 44 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 9999 4444 55555 9 11 0 333 3 0 4 99 66 777 99 9999 999 000 5 22 33333 44444444444444444444444444444444 4 4 5 8888888888888 0 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGACTGGATNTNTGNTAACANCTNCCAGNAGGTCGAGGNAAGACGTAAAATNNAAGAAAGAAGTTGTCAACATCCTGCCGGAACAAGAGCACANAAGTATGGCAGCCCAAGCAGACACCACACTANAGCTNCACAAGGGAGTGAACAGAAGC-TGCAAGAAA-GACAA-ANGAGATTACGTCGATNAGCTCGCAG-A-G-AAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGANGCTTTACGATACGACCAAGACACTCTCTGGGAAG-A-CATGCA-ATC---CCATAA-GACCGGTCAAAGACAAG-GCG-GG-AAAAC---AT----CTCAA--A-A-TGAAA--AGCGACTAGAA----AGATGGACGGAACACTTCGAGGAG-TTCA--C--AATAGACCCGCACCAGAAAAACCCCCAANCATGGCANAAGCTNATAACCAGGNCCAGAGNTAAATGCGTCAAGAGATCATNAGNGGAAAAAAGGCTATCGAAATCGCTGAAAAACGGCAAAGCAGCTGGNCCAGACGGAATNCCACCCGAAGCCCCGAAGG-CCACATCCAG-TGA---AACCTCCGC-AA--C-TGCTGCAACCTCTACTGAAGAAGATCTGGGA--AGCGAGA-GAGTGC---CAGATGATTGGA-GAAGGGTCAC-TGGTGAAGCTG-C-CNA-GAAAGGAGACCT--C--ANC--T--TGCGANAACTGG-AGGGGCATCACGCTTCCTTC-CCGT-GCCGGCGAAGGTNCTNANCAGGATCATC-CTTGAGAGGATGAAA----GACGCGATTGGACA-AGAC-C-TCCGAGAC--GAGCAGGCAGGNTTCAGACA-GGACAGATCCTGCACNGACCANATCGCCACNCTGCGNATCA---TCGTCGAACAGTCCATNGAATG-GCAA--A--CAT-------CC-CTGC--ATATATCGA-CTTCGT-----------AGA---C------------TTTGACA--GCGT---CC--------A-C--AG-G-AT--A--C--T--ATGGNAG-ATCC--TGAGACACTACGGNATNCCAGCGAAAATTGT--A--AATAGTTGCNATGC-ATCCG-CAGCCGTATGA-GGAC----TT---CACATCG-TCAAGTAA-TCCGC-G--ANGCATCTNTCA-----------CA--GACCCTTTCCACGTGAGNACAGGNGTGAAGCAAGGATGTCTNCTCTCACCNNTTCTATTCCTNCTGGTNATCGACTGGGTNACGAG-------GC-AGAC-ATNTGACA-----G--A---C--CAAGA---GGG------A--TCCAGTGGAC-TATNACGA-G-----------AANG-CTGGAAGACCTGGATTTTGCTGACGAT-C-TCGCCCTGCTGTCNCACCAG-T-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATNACGTCGGA------AA------GAAA-ACC--GGGCTNAAAATCAA--CAACAGA--AAGACAAAG-ATT-ATG-A-----GANT-----CAAACAAGA-AAA--GAAGGN-TCAGTG-C----ATC-A-AC-------CGG---G---G-----GAAC-GAA--T--GA--------TCGAGGAGGTTGA-GA--CAGTTCAC-ATACC-----TTG-----GAAGCGTNAT-CAG-CA-AGANCGGTGGAA-CGGATGAAGACAT--A-----A--A-GC---C-GNA-TCGAC-----AAAGCCA-GNCACACCT-TCGNCACGCTGC--GACCAATTCGGA-GAT----CA---A----AC---G--C-CTTA----G----TCA-AAAC--CA--AAG-AT--CAGGATCTTCAA--CNCC-AACGTGA--AA---CG-CNGTCC-TTCTN-TA-TGGGTC--GTAGAACA-TG---GAG----ACCA-ACAG--------CCG-GA---CT--CCAAC---A--------TAAAA-T-C---CAGGCGTTTACC--AACA----GATGCCT-CG--GACATAT-TCGTA-G-AGTNTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAGATA-NC-A-C----GTC-AA--GGAAG-G--ATGGAGGTGGATTGGCCACACATC------------GCGAAAACCGTATACCAGAA
Reference ( family-389 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGACTGGATNTNTGNTAACANCTNCCAGNAGGTCGAGGNAAGACGTAAAATNNAAGAAAGAAGTTGTCAACATCCTGCCGGAACAAGAGCACANAAGTATGGCAGCCCAAGCAGACACCACACTANAGCTNCACAAGGGAGTGAACAGGAGC-TGCAAGAAA-GACAA-ANGAGATTACGTCGATNAGCTCGCAG-A-G-AAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGANGCTTTACGATACGACCAAGACACTCTCTGGGAAG-A-CATGCA-ATC---CCATAA-GACCGGTCAAAGACAAG-GCG-GG-AAAAC---AT----CTCAA--A-A-TGAAA--AGCGACTAGAA----AGATGGACGGAACACTTCGAGGAG-TTCA--C--AATAGACCCGCACCAGAAAAACCCCCAANCATGGCANAAGCTNATAACCAGGNCCAGAGNTAAATGCGTCAAGAGATCATNAGNGGAAAAAAGGCTATCGAAATCGCTGAAAAACGGCAAAGCAGCTGGNCCAGACGGAATNCCACCCGAAGCNCCGAAGGCCCACATNNAGGTGAAGAAACCTCCGCCAATTCNTGCTGNANCCTCTGCTGAANANGATCTGGGA-GAGCGAGACGNGTGCAAACAGATGATNGGANGAAGGGNCAC-TGGTGAAGCTG-C-CNA-GAAAGGAGACCT--C--ANC--T--TGCGANAACTGG-AGGGGCATCACGCTTCCTNC-CCGT-GCCGGCGAAGGTNCTNANCAGGATCATC-CTTGAGAGGATGAAA----GACGCGATTGAACA-AGAC-C-TCCGAGAC--GAGCAGGCAGGNTTCAGACA-GGACAGATCCTGCACNGACCANATCGCCACNCTGCGNATCA---TCGTCGAACAGTCCATNGAATG-GCAA--A--CAT-------CC-CTGC--ATATATCGA-CTTCGT-----------AGA---C------------TTTGACA--GCGT---CC--------A-C--AG-G-AT--A--C--T--ATGGCAG-ATCC--TGAGACACTACGGNATNCCAGCGAAAATTGT--A--AATAGTTGCNATGC-ATCCG-CAGCCGTATGA-GGAC----TT---CACATCG-TCAAGTAA-TCCGC-G--ANGCATCTNTCA-----------CA--GACCCTTTCCACGTGAGNACAGGNGTGAAGCAAGGATGTCTNCTCTCACCNNTTCTATTCCTNCTGGTNATCGACTGGGTNACGAG-------GC-AGAC-ATC-GACA-----G--A---C--CAAGA---GGG------A--TCCAGTGGAC-TATNACGA-G-----------AANG-CTGGAAGACCTGGATTTTGCTGACGAT-C-TCGCCCTGCTGTCNCACCAG-T-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATNACGTCGGA------AA------GAAA-ACC--GGGCTNAAAATCAA--CAACAGA--AAGACAAAG-ATT-ATG-A-----GANT-----CAAACAAGA-AAA--GAAGGN-TCAGTG-C----ATC-A-AC-------CGG---G---G-----GAAC-GAA--T--GA--------TCGAGGAGGTTGA-GA--CAATTCAC-ATACC-----TTG-----GAAGCGTNAT-CAG-CA-AGANCGGTGGAA-CGGATGAAGACAT--A-----A--A-GC---C-GNA-TCGAC-----AAAGCCA-GNCANACCT-TCGNCACGCTGC--GACCAATTTGGA-GAT----CA---A----AC---G--C-CTTA----G----TCA-AAAC--CA--AAG-AT--CAGGATCTTCAA--CNCC-AACGTGA--AA---CG-CNGTCC-TTTTC-TA-TGGGTCG-GTAGAACA-TG---GAG----ACCA-ACAG--------CCG-GA---CT--CCAAC---A--------TAAAA-T-C---CAGGCGTTTACC--AACA----GATGCCT-CG--GACATAT-TCGTA-G-AGTNTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAGATA-NC-A-C----GTC-AA--GGAAG-G--ATGGAGGTGGATTGGCCACACATC------------GCGAAAACCGTATACCAGAA
gi|1 : AAAGATTGGATGTCTGATAACAGCTGTCAGAAGGTTGAGGAAAAACGTAAAATGAAAGAAAAAA----TCAACATC--GCAAAAACAAGAGCACAAAAGTATGAT-GCCCAAGTAAACACCA----AGAGCTGCACAAAGGAGTGAACAAATCT-TGTAGGAAA-GACAA-AAGAGATTACGTAAATCAGCTGGCAACA-G-AAGCAGAACAAGCAGC-------ATACA-TAGGTGATATAAAGACACTTTATAATATCACTAAAAC---CTT----AAG---CATGCA-AGT---C--TAA--ACTAGTAAAAGATAA---------AAAATGCAATTGTACTCAATAA-A-TCAAATGAGCAGATAGAA----AGGTGGAATGAGCATTTCAAAAA--TTTA--CTAAATAGACCTGAACCAGA-------CCAACCA-GGCACA---TTATAACCAGGGCCAGAACTAAA--CATCAAGAAA-CATGAGGGGAAAAAAAGCT-TTGAAATCACTGAAAAATGGAAAATCAGCTGGAATAGATGGAATACCACCTGAAGCATCGAA-----ACATGGAGGTGAAGAAATCTCTG--AATTCTTGTTGAAAT---TGCTGAATAAGATCTGGGA--AGCAAAACGAATACAAACAAA--ATAGAATAAAGGGTTAT-TAGTAAAACTA-C-C-A-CAAAGGAGGCCT--A--AGC--TGTTGTGAAAACTGG-AGGGGCATAACTCTTC-TGC-CAGTTGCAAGC-AAGATTTTATGCAGAGTGCTT-CTTAATATAATGAAA----CACGCTATTGATAA-AGCT-C-TCCGTGAC--GAACAGGCAGCATTTAGACC-AAATAGAAGCTGTAATGACCAGATTGCTACTCTAAGAATGA---TAGTGGAATAATCAGTAGAATG-GCAA--ATGCAT-------CC-CTGC--ATATATCAA-CTTAGT-----------AGA---C------------TTTGATA--ATGT---CA--------A-C--AG-GGATGGA--A--T--GTGGCA---TCTAATGAGACACTATGGCATACCATCAAAGATTGT--A--AATA-TTGCCAAG--ATCC------TGTATGA-AGAC----TC---TACAGTG--CAAATAA-TACAC-T--AAGCATCTCTTA-----------CC--GACCCTTTCCATATGAAAACAGGTGTGAAACAAGGATCTTTGCTCTCACCTACTTTATTCTTACTGGTGATTGATTGGATTACGAA-------GC-AGGC-ATTTGACA-----A--A---C--CAAAA---GGG------A--TTCAGTGGAC-TATGACAA-G-----------AAGG-TTAGAAGATCTAGATTTTGCTGATGAT-C-TCGCCCTACTGTCTCAACAGAT-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CGA---A---AG-----GA---TGAATAACATCGGA------AA------GAAA-ATA--GGGCTTAAAATCAA--CAACAGA--AAAACAAAG-ATT-ATG-AA----GGTT-----CAAACAAGA-AAA--GAAGGG-TCAGTG------ATC-ATGT-------TAG---G---A-----GAAC-GGAACTCGGA--------TCATGATAGTTGA-GA--CAGTTTAC-ATATC-----TTG-----GAAGTGTCAT--AG-TA-AGACCGGTGAAA-CAGATGAAGACAT--A-----A--T-GC---CAGAA-TATGC-----AAAGCCC-GTCAAGCCT-TCGCCATGTTAA--AACCAGTTTGGA-AAT----CA---A----AC---G--TGCTTA----G----TGA-AAAC--CC--AAA-GT--CAGAAT-TTCAA--CACC-AATGTAA--AA---CA-CTGTCTATTTTCGTAATGGGTCGTGTAAACCCCTG---GAG----ACTA-ACAG--------CTG-GA---CT--TCAAC---A--------TAAAA-T-C---TTGGTATTTACC--AACA----AATGCCT-CA--GACATAT-TTGTA-G-AGTGTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAT--GAGTGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAGATACCC-A-C----ATTAAA--AGAAG-GGCATGGAAATGGATTGGCCACACATG------------GCGAAAACCGCATACCAGAA
gi|10 : aaaaagtcctaggaaagaaaaccaacaagaagCAGA--AAGA---AG-ACT---G-A-----GATT-----TAGA---GC-AAT--GCAGGG-ACAGAC-C----ACC-A--C-------CGG---A----------AAC-A-------GA--------TCG---------------C--TTCAC-ATACCGTATCTTG-----GGAGCGTGAT--AG-AA-AGGACGGTGGAAATAGATAGTGACATTCA-----G--A-GC---C-GCG-TCAAC-----AAAGCCA-GT-ACACTTCTCAACACTCTGT--GGTCCATTTGGA-GAC----CC---AGTGCAC---GATC-CCT----------TCA-AAAC------AAGCAT--T-GGATCTTCAA--CACC-AACGTGA--AG----G-CTGTCG-CCTTT-TA-TGGATC---TAG-ACC-T------G----ACCA-ACAGCAACTAGACCA-GA---CT--CCAGC---ATTCACTTTTAAA---------AGGTGTTTAC
gi|12 : A---TTATCGAACAAGCCATAGAATG-G-----A---AT-------CC-CAACCTATATATCTT-CTTTGT-----------AGA---T------------TTTGAGAAGGCAT---TCGACAGTGAA-C--AGAG-AC--A--CATT--ATGGAAG-ATCA--TGAAAAACTACGGAATCCaccacatcatgaacatcagcagatggcccgaaaagatcttccac
gi|13 : -----GCAAACA-AT-AAC----ATC-AA--GGAA-----ATGGAGGTGGATTGGCCACACATT------------GAGAAAtcgataagatc
gi|14 : accggtcatTATC--AACA----AATGTCT-CG--GACATAT-TTGTA-A-AGTGTGG--CGGCC--AA-GAAAAATTAC--GAATG----AACTTCTGGATAGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCggaaaacacagatgtgacacaccatgctctggaatggaatcccacaggaagagaggtagaccaa
gi|14 : GCCACACATG------------GCGAAAACCGTATACCAGcacacatggcgaaaaccgtataccagcat
gi|2 : tatcaacaaatgtctcggacatatttgtaaagtgtggcggccaagaaaaattacgaatgaacttctggatagtaccaaccaagatccaAAAGACTGGATCTATGTTAACACCTTCCAGCAAATCCAAGCAAGA----AAATTCAAGAAAGAAGTTGTCAAC-TCCTGCCGGA-CAAGAGTACACAAA-ATGGCAGCCCAAGCAGATATTACACTATAG-TCCACAAGGAAGTGAGGAGGAGCGTG-AAAAAA-GACAA-ACCATATTACATTGAGAGGCTTGCAG-A-GCAAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGAAGTTCTATGCTACGACCAAGATACTCTCTGGAAAGTA-CATGTACATCAAACCATAACGGCCAGTCAAAGACAAGCGCG-GGCAAAAC---AT----CTCAG--ACACTGAAA--AACAACTGGAA----AGATGGGCAGAACACTTCGAGGAGCTTCA--C--AATAGACCAGCACTAGAAAAACCCCCAAACATAGCAGAAGCTGATA--TAGACCTAGAGATAAATGTGTCAAGAGATCATTAGT---------GCTATTGAAA-AGTTGAAAAATGGCCAGGTAGCTGGTCCAGACGGAATCCCCACAGAAACCCTCAAGGACTACAACCAATTAA-------TATGC-------TGCTACAACTTTTA--AAAGAAAAACTGGGACCAGGAAGA--AGTGC---CAGCTGATTG---GAAAGATCA-----TCAAGCTGCC-CCC-AAAAAGATACCG--C--AGCAAT--TGCGAGAACTAC-AGAGGCATCTCAC-TCCTGT-CAGT-GCCGGAAAAGGTGTTCAACAGGATTTTA-CTTGAGAGGATGAGA----GACGCGATTG-ACATTCAT-C-TAAGAGAC--AACCAGGCGGGCTTCAGACA-GGGCAGATCTTGCACCGACCAGATCGCCATGCTTCGCATCA---TCGTTGAGTAATCCCTTGAGT--GTAACTA--C-T-------CA-TTG----TATATCAA-CTTTGT-----------GGA---TTTCCTCAAGGCATTTGACA--GCTT---CC--------ACC--AC-G-AT--ACCC--T--CTGGCAA-TTCC--TCCGACACTACGGGATACCAGCTAAAATTAT--ACGAA------CGAT----TCAG-CAGTCATATGA-GGGTATGGTTTGCCACGTCGTTCATGGAAGTCAGCTG--ATGCATC--------------------G----TTTTGACACAAGGACAGAGGTAAGGCAAGGATGCCTCCTGT-ACCATTCCTATTCCTCCTCGTCATCGACTGGGTGATGAG-------GA-AAACGACA-GATA-----G--A---C--AAAGGAATGGT------A--TCTAATGGAC-CCTCTGGA-A-----------ACAG-TTGAACTACCTCAACTTTGCTGATGAC-C-TTGTTCTGCTCTCGCA-CAT-T-TATCA-ACAAATGCAGAG-CA---AAA-cat
gi|2 : actttggcaaggaacaagagatgcctttacagaaacattcaagccaaatacATC-----CAAACAAGA-AAT--GAACGCCTC-----C----AGC-A--C-------TGA---G---GTAATAAAACTGGA--T--GACAACAACTTGGAAGAGGTCGA-AA--CA-TTCAC-CTACC-----TTG-----T--GTGTGAT-CAACCA-ACAG-GGAGGAA-CAGATACAGATATTAA-----A--A-CC---C-GCA-TTGG------AAAGACA-AGAACATCT-T--TCATGGT------CC---TCAG----------A---A----AC---A--C---------G----TCATGCAC--CA--AAG--T--CCGCCTCTTCAA--TTCA-AATGT---------TGTCTGTCC-TGTTT-TA-TGGGGCA-G--AAACA-TG---GCG----AACT-ACAA---------AG-GC---CA--CCATC---A--------GAAAATT-T---CAAACTTTTAagccccgtctcctatgtcggcctccacatccatccaaacaagaaatgaacgcctccagcactgaggtaataaaactggatgacaacaacttggaagaggtcgaaacattcacctaccttgtgtgtgatcaaccaacagggaggaacagatacagatattaaaacccgcattggaaagacaagaacatctttcatggtcctcagaaacacgtcatgcaccaaagtccgcctcttcaattcaaatgttgtctgtcctgttttatggggcagaaacatggcgaactacaaaggccaccatcagaaaatttcaaacttttataaattcctgcttatgaagaatcctgaagatccactggccagataaaatcagtaacacagatctctgagaaaaaaacccaagtgccaatagaaaaagagattagaa
gi|3 : actttggcaaggaacaagagatgcctttacagaaacattcaagccaaatacaaagactggatctatgttaacaccttccagcaaatccaagcaagaaaattcaagaaagaagttgtcaactcctgccggacaagagtacacaaaatggcagcccaagcagatattacactatagtccacaaggaagtgaggaggagcgtgaaaaaagacaaaccatattacattgagaggcttgcagagcaagcagaacaaacagcctacaatgggaacatgaagaagttctatgctacgaccaagatactctctggaaagtacatgtacatcaaaccataacggccagtcaaagacaagcgcgggcaaaacatctcagacactgaaaaacaactggaaagatgggcagaacacttcgaggagcttcacaatagaccagcactagaaaaacccccaaacatagcagaagctgatatagacctagagataaatgtgtcaagagatcattagtgctattgaaaagttgaaaaatggccaggtagctggtccagacggaatccccacagaaaccctcaaggactacaaccaattaatatgctgctacaacttttaaaagaaaaactgggaccaggaagaagtgccagctgattggaaagatcatcaagctgcccccaaaaagataccgcagcaattgcgagaactacagaggcatctcactcctgtcagtgccggaaaaggtgttcaacaggattttacttgagaggatgagagacgcgattgacattcatctaagagacaaccaggcgggcttcagacagggcagatcttgcaccgaccagatcgccatgcttcgcatcatcgttgagtaatcccttgagtgtaactactcattgtatatcaactttgtggatttcctcaaggcatttgacagcttccaccacgataccctctggcaattcctccgacactacgggataccagctaaaattatacgaacgattcagcagtcatatgagggtatggtttgccacgtcgttcatggaagtcagctgatgcatcgttttgacacaaggacagaggtaaggcaaggatgcctcctgtaccattcctattcctcctcgtcatcgactgggtgatgaggaaaacgacagatagacaaaggaatggtatctaatggaccctctggaaacagttgaactacctcaactttgctgatgaccttgttctgctctcgcacatttatcaacaaatgcagagcaaaaagccccgtctcctatgtcggcctccacatccAGTCAACAGAAG--TGCAAGAGACGACAAGAGGAGATT-CATCCATGACCTCACAG-AAG-AAGCA---TAAACAGCGGCGGGCCAACAA-----AACATGAAAAGGCTTTACGAGACAACCAGGACACTCTCTGGGAAA-AACA-GCA-ATC---CCACCA-GACCGGTCAAAGACAAGAACGAAG-AAACC---AT----CACAA--G-A--GAGG--AG-GACCAGAAGACGAGATGGACGGAACACTTCAAGGAG--ACACTC--AACAGACCCCCACCAtaaattcctgcttatgaagaatcctgaagatccactggccagataaaatcagtaacacagatctctgagaaaaaaacccaagtgccaatagaaaaagagattagaa
gi|3 : AAGGCCATC-AAGTCCCTCAAGTCCGGCAAAGCAGCAGGCCCTGATGGCATTCCACCCGAAGCCCTGAAGGCCCACATCCA--------AACCTCCACCAA--CATGCTGCACCCTCTACTGAAGATGATCTGAGA-GAACGAGA-GTGTGC---CAGATGATTGGAAGAAGGGACACCTGGTGAAGCTG-C-CGAAGAAAGGAGACCT--CTCATC--C--TGCAACAACTGG-AGAGGCATCATGCT-CCTTC-CCAT-ACCGGTGAAGGTTCTCTTCAGGATCATC-TTGGAGAGGCTGAAG----ACCGCG-TTGGACA-AGACAT-TCCAAGAG--GAGCAGGCAGGGTTCCGGCA-AGACCGATCCTGCACTGACCACATAGTGACGATGAGGATCA---TCATCGCACAGTCCCTGGAGTG-CCAG--A--CTC-------CC-CTG----TACAGCGT-CTTCGT-----------TGA---C------------TTccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcaaggccatcaagtccctcaagtccggcaaagcagcaggccctgatggcattccacccgaagccctgaaggcccacatccaaacctccaccaacatgctgcaccctctactgaagatgatctgagagaacgagagtgtgccagatgattggaagaagggacacctggtgaagctgccgaagaaaggagacctctcatcctgcaacaactggagaggcatcatgctccttcccataccggtgaaggttctcttcaggatcatcttggagaggctgaagaccgcgttggacaagacattccaagaggagcaggcagggttccggcaagaccgatcctgcactgaccacatagtgacgatgaggatcatcatcgcacagtccctggagtgccagactcccctgtacagcgtcttcgttgacttccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaatcgactgggtcatgcggcagtcgacaataaggaagaagacagggatccagtggacattcactaagcagctgtgggacctggatttcgccgacaacattgccctcctgtcccacagcatcaagacgcccaggaaaagctcaacagagtcgccggagaagccgagaagaccgggctcaagatcaaaatgaccaagacagaagtcatgagagtcaacagcaaacaacatgcccccatccaactacaccaggaaaatatcaaaaaggttgacaaattcgtatacctcggcagcgtagtcagcaacaattgtggagcggacgaagacatcaggagccgcatcaacaaagccaggcacacctttcgcactctacgcccaatctgaagatcctcagccttatcccaacacaacaagatcaggatcttcaactccaacgtgaagtcagtcctatttcagggctctaagacatggcgcaccacaaagacaaactcccacaaagctgcaaaccttcatcacagatgcctccgttgacatccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|3 : agtcaacagaagtgcaagagacgacaagaggagattcatccatgacctcacagaagaagcataaacagcggcgggccaacaaaacatgaaaaggctttacgagacaaccaggacactctctgggaaaaacagcaatcccaccagaccggtcaaagacaagaacgaagaaaccatcacaagagaggaggaccagaagacgagatggacggaacacttcaaggagacactcaacagacccccaccaccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcGTAATCGACTGGGTCATGCG-------GC-AG----TC-GACAATAAGG--A---A--GAAGACA-GGG------A--TCCAGTGGAC-ATTCACTA-A-----------GCAG-CTGTGGGACCTGGATTTCGCCGACAAC-A-TTGCCCTCCTGTCCCAC-AG-CATC--A-AGACGC-CCAGGA-A---AAG-CTCAA---C---AG-----AG---T------CGCCGGA------GAAGCCGAGAAG-ACC--GGGCTCAAGATCAA---AAT-GACCAAGACAGAA-GTC-ATG-A-----GAGT-----CAA-CA-GC-AAA--CAA-----CA-TG-CCCCCATCCA-AC-------TAC---ACCAG-----GAA---AA--T---A--------TCAAAAAGGTTGA-CA---AATTCGT-ATACC-----TCG-----GCAGCGTAGT-CAG-CA-ACAATTGTGGAG-CGGACGAAGACAT--C-----AGGA-GC---C-GCA-TCAAC-----AAAGCCA-GGCACACCT-TTCGCACTCTAC--GCCCAATCTGAA-GAT----C----------CTCAG--C-CTTA---------TCC-CAACA-CAACAAG-AT--CAGGATCTTCAA--CTCC-AACGTGA--AG---T--CAGTCC-TATTT-CA-GGGCTC---TAAGACA-TG---GCGC---ACCACAAAG--------ACA-AA---CT--CCCAC---A---------AAGC-T-G---CAAACCTTCATC---ACA----GATGCCTCCGTTGACATccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaatcgactgggtcatgcggcagtcgacaataaggaagaagacagggatccagtggacattcactaagcagctgtgggacctggatttcgccgacaacattgccctcctgtcccacagcatcaagacgcccaggaaaagctcaacagagtcgccggagaagccgagaagaccgggctcaagatcaaaatgaccaagacagaagtcatgagagtcaacagcaaacaacatgcccccatccaactacaccaggaaaatatcaaaaaggttgacaaattcgtatacctcggcagcgtagtcagcaacaattgtggagcggacgaagacatcaggagccgcatcaacaaagccaggcacacctttcgcactctacgcccaatctgaagatcctcagccttatcccaacacaacaagatcaggatcttcaactccaacgtgaagtcagtcctatttcagggctctaagacatggcgcaccacaaagacaaactcccacaaagctgcaaaccttcatcacagatgcctccgttgacatccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|4 : agtcaacagaagtgcaagagacgacaagaggagattcatccatgacctcacagaagaagcataaacagcggcgggccaacaaaacatgaaaaggctttacgagacaaccaggacactctctgggaaaaacagcaatcccaccagaccggtcaaagacaagaacgaagaaaccatcacaagagaggaggaccagaagacgagatggacggaacacttcaaggagacactcaacagacccccaccaccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcaaggccatcaagtccctcaagtccggcaaagcagcaggccctgatggcattccacccgaagccctgaaggcccacatccaaacctccaccaacatgctgcaccctctactgaagatgatctgagagaacgagagtgtgccagatgattggaagaagggacacctggtgaagctgccgaagaaaggagacctctcatcctgcaacaactggagaggcatcatgctccttcccataccggtgaaggttctcttcaggatcatcttggagaggctgaagaccgcgttggacaagacattccaagaggagcaggcagggttccggcaagaccgatcctgcactgaccacatagtgacgatgaggatcatcatcgcacagtccctggagtgccagactcccctgtacagcgtcttcgttgacttccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAAGCTG-T-CCA-AAAAGGAGA-------------T--TGCAATAACTGG-AAGGGCATAACACTTCCTTC-TCTT-GCTGTCAAA---ACTGAC----ATCAGCTCTTGAGA-------------------------A-AGAC-C-TCCGACTA--GAACAAGCAGGTTTCCGCCCTGGGC-GATCCTGCTCGGATTACATCTTCACTCTGC--ATCAGATTC-TGGAACAG---ATC-AATGAGCAA--A--CATG------CCACTG----TACATCAA-TTTCATTGACCTGGAGAAGAT--C------------TTTGACA--GCAT---CC--------A-CCAAG-A-AT-----C--TTTATAGAAG-ATCC--TGAGGTACTATGGGGTCCCTGCGAAACTTGTCCA--GGTAGTTGCAATGCTATCC------------A-GGAC----TT---CAAATC--CCAAGTAA-TCTGC-G--ACACATAGATCA-----------CA--GACACCTTCAACGTCAGCACGGGAGTAAAGCAGGGCTGCATTCTATCGCCGTTTCTCTTCGTCCTAGCCATGGACTGGATTATGAAAAATTCCGC-GG---ATG-GAGA-----G--A------TGAGA---GGG------A--TCAGGTGGAC-CATGACAATGTCAACAACAACAATG-CTAGAAGATATGGACTTTGCTGACGAT-A-TTGCCCTGCTGTAACACC------------GCCA--CCGAGACATGCAAA----AA---A---AGACA--GA---TG--CCATGACAAA------AACAGCT-GGAA-ACCTTGGCCCAAAGGTCAG--CATCATA--AAGACCAAG-AGC-GTG-A-----GAAT------------GA-ATGCCGAA-GT-TCTATGAC----ATC-A-AA-------CTGAACG---G-----TAAT-GA------GA--------TCGAGGAAGTTAATGA--T--TTCAC-CTATC-----TTGAATCCAAAATGTCA-------A-ATACAGGTG--A-TG--TGGAAGTAG--A-----A--A-TC---C-GGGCTCGACTTGCTAAAGCCG-CCTAGACCT-TCACCTCACT-CAAGAACACATGGAA-GA-----CAGGGA----AC---A--T-CC------G----CC-----------------T--GAGAATCTTCAA--ATCA-AATGCGATTAC---CA-CCCTCC-TT----TA-TGGATCA-G-AG-GCA-TA---GAAGATTACCA-A-AA--------CCATGA-------GCA-----A--------TAAAC-T-T-----GACGTCTTCCAAAACA----GATGCCT-GA--GACGCAT-TC-TACGCATTCTAT--TGGCC--AA-ATACAATCAC--CAATGAAG-AACTT-TA---CGGAATAACAGAA--ACCGA-----ACCCATCTCC-A-CGCAAGTC-AAACGAAAGCG--TTGGCGATGGATAGG--ACATGTCCTCTGCCAGTAGACGAAAACCTTAT-CCAGAAccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|5 : tggaaaatgatctcatctttC-TGGTGAAACTA-CTCAA-GAAAGT-GACCTTTC---CC--T--TGTGGCAACTGGCGGGGGAATCATGCTTGCTTCTCCAC-CCCAGC-AACGTGCTGACCAGGATCATC-CTGGAGAG-ACGAAAAGGGGGCGC---TAGACA-AGAG-AAT--GAGATCAGAGCAGGCAGGATTTAGACA-GGACAGATCATGTACAGACCACATCGCCACCCTGCGCATCA---TA--CGAGCAGTCCATCGAATG-CCA-------GT-------CT-CCGT---TGTACAGACCTTCGT-----------TGA---C------------TTTGAcagccctaagatgaattcaagacggccgacaaacgcgaggccgccccaaggaaacttggaggagaacaatggtgagggagatgaaggagaaaggttggacatggggccgc
gi|5 : aaactaggcataagcTCATAGATTGGATAACGAG-------GA-AAAC-A----ACA-----G--AGGGCAGCAACACC-GGC------A--TACAGTGGACATTTCACCA-A-----------ACAG-CTGGAGGACCTGGATTTTGCGGACG---CATTGGCCTATTGTCCC-CCA----CA--AGAAACAT-C--ATGCA---CAGTC-CAA---GCTCAC-----AC---TCAACT-CGCCGAAGTGGCCAA------GAAGGACC--GTCCTGAGAATCAA--CGCCAGA--AAGACATAG-GCTGATG-GCGGCTGAAA-----CAAACAAGA-CAA--GAG-----CAACC-C----ATT-A-GCAGTTCTGCAG---G---A-----GAAC----------A--------TCAAGGAGACTGA--ATTCGCTTCACTTTACC-----TCG-----GAAGTGTAGTGCAG-CACAGATTGGCGGGC-CTGATGAAGATGT--ATATGGG--A-GCTCGC-GTA-TCGCA-----AAAGCCAGGGTTCACCT-C--ACACCCTGC--GACC-CTTCTGA-GACTCCGCA---A----AG---C--C-CTTA----T----CCC-AAACG-CAC-AAG-ATTCCCGCATCTTTAA--CACCAAACGTGA--AA----G-CAGTCC-TTCTA-TA-TGGTCC-----GAACA-TGC--GAGTT--ACCA-ACA---------CCG-AA---ATCACCAAC-------------AAGA-TGC---CAGAC-TTTG----AACA----AGTGCTTGAG--AACATATCTCATA-C-A-TCAGG--TGGCCT-TG-GGAAGATTTC--AAATGCAG-AACTgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatcatagattggataacgaggaaaacaacagagggcagcaacaccggcatacagtggacatttcaccaaacagctggaggacctggattttgcggacgcattggcctattgtcccccacaagaaacatcatgcacagtccaagctcacactcaactcgccgaagtggccaagaaggaccgtcctgagaatcaacgccagaaagacataggctgatggcggctgaaacaaacaagacaagagcaacccattagcagttctgcaggagaacatcaaggagactgaattcgcttcactttacctcggaagtgtagtgcagcacagattggcgggcctgatgaagatgtatatgggagctcgcgtatcgcaaaagccagggttcacctcacaccctgcgacccttctgagactccgcaaagcccttatcccaaacgcacaagattcccgcatctttaacaccaaacgtgaaagcagtccttctatatggtccgaacatgcgagttaccaacaccgaaatcaccaacaagatgccagactttgaacaagtgcttgagaacatatctcatacatcaggtggccttgggaagatttcaaatgcagaactatggaatgaggagaaaccagccaaattc
gi|6 : aaactaggcataagcctggtgaaactactcaagaaagtgacctttcccttgtggcaactggcgggggaatcatgcttgcttctccaccccagcaacgtgctgaccaggatcatcctggagagacgaaaagggggcgctagacaagagaatgagatcagagcaggcaggatttagacaggacagatcatgtacagaccacatcgccaccctgcgcatcatacgagcagtccatcgaatgccagtctccgttgtacagaccttcgttgactttgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaAGATTATGTACTGACCCAATTGCGACATTACGAATCA---TTATAGAACAAACCATTGAATG-GCAG--G--CATCACTATACC-TTGC--ATTTATAGA-TTTTG------------AGAAGGCA-----------TTTGATA--GTATAGACC--------A-T--CA-A-AT--A--C--T--ATGA-AGCATTC--TCAGACACTATGGTATTCCA--GAAAA------A--AATAATATCTAT-C-ATCCGCCAGCTGTATGATGGA-----TT---CAC-TTG-TCAAGTCA-TCCAT-GGTGGGAACCTA--A-----------CA--GATCCTTTTCCTGTATCCACCGGGGTCCAGCAAGGATGTCTACTCTCTCCTCTTCTCTTTCTGATGGTAAT-GCCTGGGTCA-----------GCAAAAC-ATCTTACA-----GTAA---A--CATTT---GGGC-----A--TCAAATGGAC--ACTACAA-T-----------CATGTCTTGAAGACCTAGATTTTGCAGACGATGT-TTGTCA-GCTTTCACATC-G-T-CA--C-CCACAC-TC---ACA---AGA-A-CAATTTA---AGCTTCCAACCTTGAATCAAATTCGA------AA------AAAA-GTT--TGGTTATACATCAGTCCAAC--T--AAGACAAAATATT--TG-A-----GGATAAATGTAAACAATACAAA--TAAAAC-TAAG--------GTC-A-----------GA---G---G-----TGCC-GAA------A--------TCGAAGATGTTG--GG--CAATTTAC-CTACC-----TTG-----GAAGTGTCAT-CGG-CA-CATTAGGAGGGA-CCGATGAAGATAT--AC----A--A-GC---A-AG----GAA-----AAAG------TAAACCT-TTGCAATCCTCA--AACCAATCTGGAGGAG----GA---A----AA---C--T-CTCA----GAACATCA-A-----CA--AAG-AT--AAGAATCTTCAA--CTCA-AACGTAA--AA---T--CAGTTC-TTCTA-TG-TGGATCA-G--GGACA-TG---GAG----ATCA-ACAG--------CTG------CT--TCCAC------------TAAAA-C-CATATATGTGTTTATA--AACAGATCGATGCCT-AA--GAAACA--TCATAGG-AATCAAG--TGGCC--AG-AAAAGCTTAT--G-----GC-AA-----AGG----ACCAAACAAG--AACCGGTCATGCAAACA-ATAA-C----ATC-AA--GAAA-----ATGGAGGTGGATTGACCACAAATT------------GAGAAAatggaatgaggagaaaccagccaaattc
gi|7 : GA-AGAC----TT---TACAATG--CAAATAA-TACAC-G--AAGCATCTCTCAGCCCCGGCTCTCATCGAACCCTTCCATGTGAAAACAGGTGTGAAACAAGGATGTTTACTCTCACCAACCTTATTCTTACTGGTTATTGCCTGGATTACAAA-------GC-AGAC-ATTTGACA-----A--A---C--CAAGA---GGGTTTCAAACTTTCAGTGGAC-TATGACGA-G-----------AA---------GATCTAGATTTTGCTGATGAT-C-TCGCCCTACTGTCTCACAAGAT-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATAACATCGGA------AA------GAAA-ATA--GGGCTTAAAAATAA--CAACAGA--AAAACAAAC-ATT-ATGAA-----GATT-----CAAACAAGG-AAA--GGAGGG-TCAGTG------A-C-A-AT-------TGGA--G---G-----GGAC-GAAC-T--G-----------GAAGAAGTTGA--A--CAGTTTAC-ACATC-----TAG-----GAAGTGTCAT-TAG-TA-AGACCGGTGGCA-CAAATGAAGACAT--A-----A--ATGC---TAAAA-TATGC-----AAAACCC-GTCAAGCCT-TAGACATGTTAA--AACCAGTTTGGA-AAT----CA---A----AC---G--TGCTTA----G----TGA-AAACATC---AAG-GT--CAGAATATTCAA--CACC-AATGTAA--AA---T--CTGTCC-TTTTC-TA-TGGGT---GTGAAACC-AG---GAC----ACTA-ACAG--------CTG-GA---CT--TCAAC---A--------TAAAA-T-C---CAGGTATTTACC--AACA----AATGCCT-CG--GACATAT-TTGTA-A-AGTGTAG--TGGCC--AA--AAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTGGATCGTACCATCCAAG--ATCCA-----GCAGATA-ggaaaacacaaatgtgacacgccatgctctggaatggaatccccagggccactgacaggaagagaggtagaccaaaaaacaacctgggacgaagtggaggc
gi|8 : cgATTTTTAAACCACC-GACGTGA--AAAAGCT-CAGTCC-TTCTA-TA-TGGGTCC-G-AGACAA-TGGGCGAGTCA-ACCA-AC-C--------CCGTGAGATCA--CCAAC---A--------GATA----C---CAGACTTTTGTCA-AACA----AGTGcgctg
gi|9 : agtagccaatgaagaccggtctataatattagatacaccacaaagacaggagttgtaaagcatgctcggtgttttgactaactcgagagaaccattacaatctacaagtggaaaaatcaagtgaatgactgaatcatgcttcacttactctgatgtgttagtcaggacaccgactggtcggcgctgatgagatgtataggaggccgtgaatacgccaaaggtccgtaggttcggctctcaacatcccctgctgaacgctatctggagacctaccataagcgtgttaacgccagcgataatacatgaggcatcccgccC-ATATC-----TTG-----GGAGCGTGAT-CAG-CA-AAGACTGTGGAA-CAGATGATGACATCAA-----G--A-GC---C-GCA-TCAAC-----AAAGCTA-GGCACACAT-TCAACACTCTGC--AGTCCATTTGGA-GAT----CC---A----GT---G--C-ATTATCCCC----TCA-AAAC------AAG-AT--CAGGATATTCAA--TGCT-AACG-GG--AA---GA-AAGTCC-TCCTT-TA-TGGGTCT-G-AG-ACC-TA---GAG----AGTA-AC----------C---GA---CA--CCAACCCTA--------TGAGACT-C---CAGGCATTCATT--AACA----GATGTAT-C----ACA----TCAT--G-AACATCGCATGGCCTGAACGCAAACTTGTGGGAATGAACAAAC--CTAATTCCCATCAGTCAAGAAATCCA-----GAA--------A-C----GT--AA-----------ATGGGGTTGGATAGGGCATACACC------------GTGAAGACCattgagacgcaccactaaaaatcatcagtcgtgctgccgaatagatcttcaaattccagaacgcctaataatggcagaaaaccagccaaattcc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CCCCTTTATGCATGGTGCTGAATCATGGAAAGTCACAAAACACATCACCAACAAACTACACACTTTCCAAACCAAATGTCGAAGAAGAATTCTAAAGACATTGTGGCCAAACATAGTAAGCAACAAAGAGCTGTATGAGAGAACAACGACCCATTTCCTCGC
Unaligned ( gi|15 ): GCCGCCCCAAGGGAACTTGGAGAACAGTAGAGAGGGAGGTGAAAAGAAGGGTTGGACATGGGGTCATC
Unaligned ( gi|16 ): CAACCAAGACCTCTGGGAGAGAACTAGATAAGTCCCCATCGAACAAGAGATTAAGAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 2222 1 11 1 1 1 2222 1 22 1 1 1 22222 4444444 222222 333 1 22222222222 66666666666666666666666666666666666 11 2222 44444444444 3333333 1 222 11 11 1 3333333333 333333 99999999999999999999999999 111 33 22 222 333 11 1111 44444444444444 1 3333333333333333333333333333333333 111 111111 44444444444444444444444444 555555555555555555555555555555 11 555555555555555555555555555555555555 11 55555555555555555555555555555555 2222222222222222222 1111 55555555555555555555 11111111 111 3333333333333333333333333 222222 111 3333333333333333 111 3333333333333 111 111 55555555555555555555555555555555555555555555555 111 11111 2222222 11111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222222222222 11111 11111 11 22222222222 1111111111111111111 111 1111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 333333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 11111 111 11 11111 66666666666666666666666666666666 3333333333333
lowQualScore : 1 1 1 1 1 1 2 1 3333 22 3333 5 88 2 5 1 5 5 3333 1 5 1 55 2 3 3 1 7 0 77 1 3 11111 6 3333333 888888 1 0 3 7 7777 444 7 3 55555555555 0 99999999999999999999999999999999999 88 77 8888 3 0 00000000000 3 2222222 1 5 1 000 1 88 1 1 88 5 1 2222222222 7 77 999 0 1 0 1 3 0 333333 66666666666666666666666666 444 6 11 0 00 333 7 777 66 0 0 999 4444 0 33333333333333 1 8 1 11 0 8 1 8 6 5 1 333 1 8 0 5555555555555555555555555555555555 5 444 1 1 0 88 3 1 1 1 1 1 3 333333 3 5 1 5 55555555555555555555555555 0 5 0 444444444444444444444444444444 1 11 4 666666666666666666666666666666666666 1 99 11 1 1 8 0 3 0 55555555555555555555555555555555 8 7777777777777777777 8 4444 1 88888888888888888888 44 1 22 1 1 1 1 22 0 1 1 1 8 1 4 99999999 5 000 3333333333333333333333333 222222 77 333 1 4 7777777777777777 5 1 2 0 0 000 1 0 1 8888888888888 88 33 0 000 444 44444444444444444444444444444444444444444444444 6 000 1 99 00000 6 88 3333333 1 44444 1 1 5 77 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 4444444444444 66 11111 11111 2 0 1 00 4 4 1 55 4 4 99999999999 4 5555555555555555555 88888 1 4 222 5 8888 99 3 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66 1 2 1 55 1 4 333333 1 777 0 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 0000 9999 88888 0 77 4 555 5 1 0 77 33 777 77 7777 222 666 1 99 44444 44444444444444444444444444444444 1 1 2 7777777777777 1 7
lowQualScore : . . . . . . . . .... .. .... . .. . . . . . .... . . . .. . . . . . . .. . . ..... . ....... ...... . . . . .... ... . . ........... . ................................... .. .. .... . . ........... . ....... . . . ... . .. . . .. . . .......... . .. ... . . . . . . ...... .......................... ... . .. . .. ... . ... .. . . ... .... . .............. . . . .. . . . . . . . ... . . . .................................. . ... . . . .. . . . . . . . ...... . . . . .......................... . . . .............................. . .. . .................................... . .. .. . . . . . . ................................ . ................... . .... . .................... .. . .. . . . . .. . . . . . . . ........ . ... ......................... ...... .. ... . . ................ . . . . . ... . . . ............. .. .. . ... ... ............................................... . ... . .. ..... . .. ....... . ..... . . . .. ...................................................................... . ............. .. ..... ..... . . . .. . . . .. . . ........... . ................... ..... . . ... . .... .. . . .......................................................... .. . . . .. . . ...... . ... . . ..................................................................................... . .... .... ..... . .. . ... . . . .. .. ... .. .... ... ... . .. ..... ................................ . . . ............. . .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 5 0 5555 00 5555 5 00 5 5 0 5 5 5555 0 0 0 33 0 3 3 0 3 7 33 0 7 00000 7 3333333 333333 0 7 7 3 7777 000 3 3 00000000000 7 33333333333333333333333333333333333 33 33 3333 7 7 00000000000 7 0000000 0 5 0 555 0 00 0 0 00 5 0 2222222222 3 33 333 7 0 7 0 7 7 777777 77777777777777777777777777 777 7 77 7 00 333 3 777 55 2 2 222 0000 8 00000000000000 0 0 4 66 6 0 4 0 4 0 0 444 0 0 6 6666666666666666666666666666666666 0 222 4 0 6 66 2 0 0 0 0 0 3 999999 0 1 0 7 11111111111111111111111111 4 7 4 000000000000000000000000000000 4 00 6 666666666666666666666666666666666666 0 22 00 0 0 8 2 2 2 55555555555555555555555555555555 0 6666666666666666666 0 0000 0 66666666666666666666 00 4 44 0 4 4 0 00 6 4 0 0 9 0 0 00000000 7 000 7777777777777777777777777 111111 99 666 0 0 7777777777777777 7 7 1 4 3 999 4 4 0 1111111111111 00 77 1 000 999 22222222222222222222222222222222222222222222222 7 222 0 22 22222 7 33 5555555 0 33333 4 4 7 99 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 6666666666666 33 11111 11111 4 7 0 11 4 4 9 77 4 4 77777777777 4 6666666666666666666 77777 1 4 111 7 2222 66 4 4 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 8 7 6 55 0 0 888888 0 000 5 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 9999 4444 55555 9 11 0 333 3 0 4 99 66 777 99 9999 999 000 5 22 33333 44444444444444444444444444444444 4 4 5 8888888888888 0 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGACTGGATNTNTGNTAACANCTNCCAGNAGGTCGAGGNAAGACGTAAAATNNAAGAAAGAAGTTGTCAACATCCTGCCGGAACAAGAGCACANAAGTATGGCAGCCCAAGCAGACACCACACTANAGCTNCACAAGGGAGTGAACAGAAGC-TGCAAGAAA-GACAA-ANGAGATTACGTCGATNAGCTCGCAG-A-G-AAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGANGCTTTACGATACGACCAAGACACTCTCTGGGAAG-A-CATGCA-ATC---CCATAA-GACCGGTCAAAGACAAG-GCG-GG-AAAAC---AT----CTCAA--A-A-TGAAA--AGCGACTAGAA----AGATGGACGGAACACTTCGAGGAG-TTCA--C--AATAGACCCGCACCAGAAAAACCCCCAANCATGGCANAAGCTNATAACCAGGNCCAGAGNTAAATGCGTCAAGAGATCATNAGNGGAAAAAAGGCTATCGAAATCGCTGAAAAACGGCAAAGCAGCTGGNCCAGACGGAATNCCACCCGAAGCCCCGAAGG-CC-ACATCCAG-T-AA---ACCTCCG--AAC-T---GCTGCAACCTCTACTGAAGAAGATCTGGGA--AGCGAGA-GAGTGC---CAGATGATTGGA-GAAGGGTCAC-TGGTGAAGCTG-C-CNA-GAAAGGAGACCT--C--ANC--T--TGCGANAACTGG-AGGGGCATCACGCTTCCTTC-CCGT-GCCGGCGAAGGTNCTNANCAGGATCATC-CTTGAGAGGATGAAA----GACGCGATTGGACA-AGAC-C-TCCGAGAC--GAGCAGGCAGGNTTCAGACA-GGACAGATCCTGCACNGACCANATCGCCACNCTGCGNATCA---TCGTCGAACAGTCCATNGAATG-GCAA--A--CAT-------CC-CTGC--ATATATCGA-CTTCGT-----------AGA---C------------TTTGACA--GCGT---CC--------A-C--AG-G-AT--A--C--T--ATGGAAGATCC--TGAGACACTACGGNATNCCAGCGAAAATTGT--A--AATAGTTGCNATGC-ATCCG-CAGCCGTATGA-GGAC----TT---CACATCG-TCAAGTAA-TCCGC-G--ANGCATCTNTCA-----------CA--GACCCTTTCCACGTGAGNACAGGNGTGAAGCAAGGATGTCTNCTCTCACCNNTTCTATTCCTNCTGGTNATCGACTGGGTNACGAG-------GC-AG---ACGTCTGACAG--A---C--CAAGA---GGG------A--TCCAGTGGAC-TATNACGA-G-----------AANG-CTGGAAGACCTGGATTTTGCTGACGAT-C-TCGCCCTGCTGTCNCACCAG-T-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATNACGTCGGA------AA------GAAA-ACC--GGGCTNAAAATCAA--CAACAGA--AAGACAAAG-ATT-ATG-A-----GANT-----CAAACAAGA-AAA--GAA-GN-TCAGTG-C----ATC-A-AC-------CGG---G---G-----GAAC-GAA-T---GA--------TCGAGGAGGTTGA-GA--CAG-----TTCAC-ATACC-----TTG-----GAAGCGTNAT-CAG-CA-AGANCGGTGGAA-CGGATGAAGACAT--A-----A--A-GC---C-GNA-TCGAC-----AAAGCCA-GNCACACCT-TCGNCACGCTGC--GACCAATTCGGA-GAT----CA---A----AC---G--C-CTTA----G----TCA-AAAC--CA-A--AG-AT--CAGGATCTTCAA--CNCC-AACGTGAAA---TG-CNGTC---CTTCTTTATGGGTC-TGG-A-A---CATG---GAG----ACCA-ACAG--------CCG-GA---CT--CCAAC---A--------TAAAA-T-C---CAGGCGTTTACC--AACA----GATGCCT-CG--GACATAT-TCGTA-G-AGTNTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAGATA-NC-A-C----GTC-AA--GGAAG-G--ATGGAGGTGGATTGGCCACACATC------------GCGAAAACCGTATACCAGAA
Reference ( family-389 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGACTGGATNTNTGNTAACANCTNCCAGNAGGTCGAGGNAAGACGTAAAATNNAAGAAAGAAGTTGTCAACATCCTGCCGGAACAAGAGCACANAAGTATGGCAGCCCAAGCAGACACCACACTANAGCTNCACAAGGGAGTGAACAGAAGC-TGCAAGAAA-GACAA-ANGAGATTACGTCGATNAGCTCGCAG-A-G-AAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGANGCTTTACGATACGACCAAGACACTCTCTGGGAAG-A-CATGCA-ATC---CCATAA-GACCGGTCAAAGACAAG-GCG-GG-AAAAC---AT----CTCAA--A-A-TGAAA--AGCGACTAGAA----AGATGGACGGAACACTTCGAGGAG-TTCA--C--AATAGACCCGCACCAGAAAAACCCCCAANCATGGCANAAGCTNATAACCAGGNCCAGAGNTAAATGCGTCAAGAGATCATNAGNGGAAAAAAGGCTATCGAAATCGCTGAAAAACGGCAAAGCAGCTGGNCCAGACGGAATNCCACCCGAAGCCCCGAAGG-CC-ACATCCAG-TGAA---ACCTCCGC-AAC-T---GCTGCAACCTCTACTGAAGAAGATCTGGGA--AGCGAGA-GAGTGC---CAGATGATTGGA-GAAGGGTCAC-TGGTGAAGCTG-C-CNA-GAAAGGAGACCT--C--ANC--T--TGCGANAACTGG-AGGGGCATCACGCTTCCTTC-CCGT-GCCGGCGAAGGTNCTNANCAGGATCATC-CTTGAGAGGATGAAA----GACGCGATTGGACA-AGAC-C-TCCGAGAC--GAGCAGGCAGGNTTCAGACA-GGACAGATCCTGCACNGACCANATCGCCACNCTGCGNATCA---TCGTCGAACAGTCCATNGAATG-GCAA--A--CAT-------CC-CTGC--ATATATCGA-CTTCGT-----------AGA---C------------TTTGACA--GCGT---CC--------A-C--AG-G-AT--A--C--T--ATGGNAGATCC--TGAGACACTACGGNATNCCAGCGAAAATTGT--A--AATAGTTGCNATGC-ATCCG-CAGCCGTATGA-GGAC----TT---CACATCG-TCAAGTAA-TCCGC-G--ANGCATCTNTCA-----------CA--GACCCTTTCCACGTGAGNACAGGNGTGAAGCAAGGATGTCTNCTCTCACCNNTTCTATTCCTNCTGGTNATCGACTGGGTNACGAG-------GC-AG---ACATNTGACAG--A---C--CAAGA---GGG------A--TCCAGTGGAC-TATNACGA-G-----------AANG-CTGGAAGACCTGGATTTTGCTGACGAT-C-TCGCCCTGCTGTCNCACCAG-T-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATNACGTCGGA------AA------GAAA-ACC--GGGCTNAAAATCAA--CAACAGA--AAGACAAAG-ATT-ATG-A-----GANT-----CAAACAAGA-AAA--GAAGGN-TCAGTG-C----ATC-A-AC-------CGG---G---G-----GAAC-GAA-T---GA--------TCGAGGAGGTTGA-GA--CAG-----TTCAC-ATACC-----TTG-----GAAGCGTNAT-CAG-CA-AGANCGGTGGAA-CGGATGAAGACAT--A-----A--A-GC---C-GNA-TCGAC-----AAAGCCA-GNCACACCT-TCGNCACGCTGC--GACCAATTCGGA-GAT----CA---A----AC---G--C-CTTA----G----TCA-AAAC--CA-A--AG-AT--CAGGATCTTCAA--CNCC-AACGTGAAA---CG-CNGTC---CTTCTNTATGGGTCGTAG-A-A---CATG---GAG----ACCA-ACAG--------CCG-GA---CT--CCAAC---A--------TAAAA-T-C---CAGGCGTTTACC--AACA----GATGCCT-CG--GACATAT-TCGTA-G-AGTNTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAGATA-NC-A-C----GTC-AA--GGAAG-G--ATGGAGGTGGATTGGCCACACATC------------GCGAAAACCGTATACCAGAA
gi|1 : AAAGATTGGATGTCTGATAACAGCTGTCAGAAGGTTGAGGAAAAACGTAAAATGAAAGAAAAAA----TCAACATC--GCAAAAACAAGAGCACAAAAGTATGAT-GCCCAAGTAAACACCA----AGAGCTGCACAAAGGAGTGAACAAATCT-TGTAGGAAA-GACAA-AAGAGATTACGTAAATCAGCTGGCAACA-G-AAGCAGAACAAGCAGC-------ATACA-TAGGTGATATAAAGACACTTTATAATATCACTAAAAC---CTT----AAG---CATGCA-AGT---C--TAA--ACTAGTAAAAGATAA---------AAAATGCAATTGTACTCAATAA-A-TCAAATGAGCAGATAGAA----AGGTGGAATGAGCATTTCAAAAA--TTTA--CTAAATAGACCTGAACCAGA-------CCAACCA-GGCACA---TTATAACCAGGGCCAGAACTAAA--CATCAAGAAA-CATGAGGGGAAAAAAAGCT-TTGAAATCACTGAAAAATGGAAAATCAGCTGGAATAGATGGAATACCACCTGAAGCATCGAA------ACATGGAGGTGAAGAAATCTCTG--AAT-TCTTGTTGAAAT---TGCTGAATAAGATCTGGGA--AGCAAAACGAATACAAACAAA--ATAGAATAAAGGGTTAT-TAGTAAAACTA-C-C-A-CAAAGGAGGCCT--A--AGC--TGTTGTGAAAACTGG-AGGGGCATAACTCTTC-TGC-CAGTTGCAAGC-AAGATTTTATGCAGAGTGCTT-CTTAATATAATGAAA----CACGCTATTGATAA-AGCT-C-TCCGTGAC--GAACAGGCAGCATTTAGACC-AAATAGAAGCTGTAATGACCAGATTGCTACTCTAAGAATGA---TAGTGGAATAATCAGTAGAATG-GCAA--ATGCAT-------CC-CTGC--ATATATCAA-CTTAGT-----------AGA---C------------TTTGATA--ATGT---CA--------A-C--AG-GGATGGA--A--T--GTGGCA--TCTAATGAGACACTATGGCATACCATCAAAGATTGT--A--AATA-TTGCCAAG--ATCC------TGTATGA-AGAC----TC---TACAGTG--CAAATAA-TACAC-T--AAGCATCTCTTA-----------CC--GACCCTTTCCATATGAAAACAGGTGTGAAACAAGGATCTTTGCTCTCACCTACTTTATTCTTACTGGTGATTGATTGGATTACGAA-------GC-AG---GCATTTGACAA--A---C--CAAAA---GGG------A--TTCAGTGGAC-TATGACAA-G-----------AAGG-TTAGAAGATCTAGATTTTGCTGATGAT-C-TCGCCCTACTGTCTCAACAGAT-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CGA---A---AG-----GA---TGAATAACATCGGA------AA------GAAA-ATA--GGGCTTAAAATCAA--CAACAGA--AAAACAAAG-ATT-ATGAA-----GGTT-----CAAACAAGA-AAA--GAAGGG-TCAGTG------ATC-ATGT-------TAG---G---A-----GAACGGAA-CTCGGA--------TCATGATAGTTGA-GA--CAG-----TTTAC-ATATC-----TTG-----GAAGTGTCAT--AG-TA-AGACCGGTGAAA-CAGATGAAGACAT--A-----A--T-GC---CAGAA-TATGC-----AAAGCCC-GTCAAGCCT-TCGCCATGTTAA--AACCAGTTTGGA-AAT----CA---A----AC---G--TGCTTA----G----TGA-AAAC--CC-A--AA-GT--CAGAAT-TTCAA--CACC-AATGTAAAA---CA-CTGTCTATTTTCGTAATGGGTCGTGT-A-AACCCCTG---GAG----ACTA-ACAG--------CTG-GA---CT--TCAAC---A--------TAAAA-T-C---TTGGTATTTACC--AACA----AATGCCT-CA--GACATAT-TTGTA-G-AGTGTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAT--GAGTGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAGATACCC-A-C----ATTAAA--AGAAG-GGCATGGAAATGGATTGGCCACACATG------------GCGAAAACCGCATACCAGAA
gi|10 : aaaaagtcctaggaaagaaaaccaacaagaagGA-AA--CAGATCGCTTCAC-ATACCGTATCTTG-----GGAGCGTGAT--AG-AA-AGGACGGTGGAAATAGATAGTGACATTCA-----G--A-GC---C-GCG-TCAAC-----AAAGCCA-GT-ACACTTCTCAACACTCTGT--GGTCCATTTGGA-GAC----CC---AGTGCAC---GATC-CCT----------TCA-AAAC-----A--AGCAT--T-GGATCTTCAA--CACC-AACGTGAAG----G-CTGTC---GCCTTTTATGGATC-TAG---A---CCT------G----ACCA-ACAGCAACTAGACCA-GA---CT--CCAGC---ATTCACTTTTAAA---------AGGTGTTTAC
gi|12 : cagaaagaagactgagatttagagcaatgcagggacagaccaccaccgA---TTATCGAACAAGCCATAGAATG-G-----A---AT-------CC-CAACCTATATATCTT-CTTTGT-----------AGA---T------------TTTGAGAAGGCAT---TCGACAGTGAA-C--AGAG-AC--A--CATT--ATGGAAGATCA--TGAAAAACTACGGAATCCaccacatcatgaacatcagcagatggcccgaaaagatcttccac
gi|13 : -----GCAAACA-AT-AAC----ATC-AA--GGAA-----ATGGAGGTGGATTGGCCACACATT------------GAGAAAtcgataagatc
gi|14 : accggtcatTATC--AACA----AATGTCT-CG--GACATAT-TTGTA-A-AGTGTGG--CGGCC--AA-GAAAAATTAC--GAATG----AACTTCTGGATAGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCggaaaacacagatgtgacacaccatgctctggaatggaatcccacaggaagagaggtagaccaa
gi|14 : GCCACACATG------------GCGAAAACCGTATACCAGcacacatggcgaaaaccgtataccagcat
gi|2 : tatcaacaaatgtctcggacatatttgtaaagtgtggcggccaagaaaaattacgaatgaacttctggatagtaccaaccaagatccaAAAGACTGGATCTATGTTAACACCTTCCAGCAAATCCAAGCAAGA----AAATTCAAGAAAGAAGTTGTCAAC-TCCTGCCGGA-CAAGAGTACACAAA-ATGGCAGCCCAAGCAGATATTACACTATAG-TCCACAAGGAAGTGAGGAGGAGCGTG-AAAAAA-GACAA-ACCATATTACATTGAGAGGCTTGCAG-A-GCAAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGAAGTTCTATGCTACGACCAAGATACTCTCTGGAAAGTA-CATGTACATCAAACCATAACGGCCAGTCAAAGACAAGCGCG-GGCAAAAC---AT----CTCAG--ACACTGAAA--AACAACTGGAA----AGATGGGCAGAACACTTCGAGGAGCTTCA--C--AATAGACCAGCACTAGAAAAACCCCCAAACATAGCAGAAGCTGATA--TAGACCTAGAGATAAATGTGTCAAGAGATCATTAGT---------GCTATTGAAA-AGTTGAAAAATGGCCAGGTAGCTGGTCCAGACGGAATCCCCACAGAAACCCTCAAGGACT-ACAACCAA-TTAA------TATG----C-T---GCTACAACTTTTA--AAAGAAAAACTGGGACCAGGAAGA--AGTGC---CAGCTGATTG---GAAAGATCA-----TCAAGCTGCC-CCC-AAAAAGATACCG--C--AGCAAT--TGCGAGAACTAC-AGAGGCATCTCAC-TCCTGT-CAGT-GCCGGAAAAGGTGTTCAACAGGATTTTA-CTTGAGAGGATGAGA----GACGCGATT-GACATTCAT-C-TAAGAGAC--AACCAGGCGGGCTTCAGACA-GGGCAGATCTTGCACCGACCAGATCGCCATGCTTCGCATCA---TCGTTGAGTAATCCCTTGAGT--GTAACTA--C-T-------CA-TTG----TATATCAA-CTTTGT-----------GGA---TTTCCTCAAGGCATTTGACA--GCTT---CC--------ACC--AC-G-AT--ACCC--T--CTGGCAATTCC--TCCGACACTACGGGATACCAGCTAAAATTAT--ACGAA------CGAT----TCAG-CAGTCATATGA-GGGTATGGTTTGCCACGTCGTTCATGGAAGTCAGCTG--ATGCATC--------------------G----TTTTGACACAAGGACAGAGGTAAGGCAAGGATGCCTCCTGT-ACCATTCCTATTCCTCCTCGTCATCGACTGGGTGATGAG-------GA-AA---ACGACAGATAG--A---C--AAAGGAATGGT------A--TCTAATGGAC-CCTCTGGA-A-----------ACAG-TTGAACTACCTCAACTTTGCTGATGAC-C-TTGTTCTGCTCTCGCA-CAT-T-TATCA-ACAAATGCAGAG-CA---AAA-cat
gi|2 : actttggcaaggaacaagagatgcctttacagaaacattcaagccaaatacATC-----CAAACAAGA-AAT--GAACGCCTC-----C----AGC-A--C-------TGA---G---GTAATAAAACTGGA-T---GACAACAACTTGGAAGAGGTCGA-AA--CA------TTCAC-CTACC-----TTG-----T--GTGTGAT-CAACCA-ACAG-GGAGGAA-CAGATACAGATATTAA-----A--A-CC---C-GCA-TTGG------AAAGACA-AGAACATCT-T--TCATGGT------CC---TCAG----------A---A----AC---A--C---------G----TCATGCAC--CA-A--AG--T--CCGCCTCTTCAA--TTCA-AATGT-------TGTCTGTC---CTGTTTTATGGG--GCAGAA-A---CATG---GCG----AACT-ACAA---------AG-GC---CA--CCATC---A--------GAAAATT-T---CAAACTTTTAagccccgtctcctatgtcggcctccacatccatccaaacaagaaatgaacgcctccagcactgaggtaataaaactggatgacaacaacttggaagaggtcgaaacattcacctaccttgtgtgtgatcaaccaacagggaggaacagatacagatattaaaacccgcattggaaagacaagaacatctttcatggtcctcagaaacacgtcatgcaccaaagtccgcctcttcaattcaaatgttgtctgtcctgttttatggggcagaaacatggcgaactacaaaggccaccatcagaaaatttcaaacttttataaattcctgcttatgaagaatcctgaagatccactggccagataaaatcagtaacacagatctctgagaaaaaaacccaagtgccaatagaaaaagagattagaa
gi|3 : actttggcaaggaacaagagatgcctttacagaaacattcaagccaaatacaaagactggatctatgttaacaccttccagcaaatccaagcaagaaaattcaagaaagaagttgtcaactcctgccggacaagagtacacaaaatggcagcccaagcagatattacactatagtccacaaggaagtgaggaggagcgtgaaaaaagacaaaccatattacattgagaggcttgcagagcaagcagaacaaacagcctacaatgggaacatgaagaagttctatgctacgaccaagatactctctggaaagtacatgtacatcaaaccataacggccagtcaaagacaagcgcgggcaaaacatctcagacactgaaaaacaactggaaagatgggcagaacacttcgaggagcttcacaatagaccagcactagaaaaacccccaaacatagcagaagctgatatagacctagagataaatgtgtcaagagatcattagtgctattgaaaagttgaaaaatggccaggtagctggtccagacggaatccccacagaaaccctcaaggactacaaccaattaatatgctgctacaacttttaaaagaaaaactgggaccaggaagaagtgccagctgattggaaagatcatcaagctgcccccaaaaagataccgcagcaattgcgagaactacagaggcatctcactcctgtcagtgccggaaaaggtgttcaacaggattttacttgagaggatgagagacgcgattgacattcatctaagagacaaccaggcgggcttcagacagggcagatcttgcaccgaccagatcgccatgcttcgcatcatcgttgagtaatcccttgagtgtaactactcattgtatatcaactttgtggatttcctcaaggcatttgacagcttccaccacgataccctctggcaattcctccgacactacgggataccagctaaaattatacgaacgattcagcagtcatatgagggtatggtttgccacgtcgttcatggaagtcagctgatgcatcgttttgacacaaggacagaggtaaggcaaggatgcctcctgtaccattcctattcctcctcgtcatcgactgggtgatgaggaaaacgacagatagacaaaggaatggtatctaatggaccctctggaaacagttgaactacctcaactttgctgatgaccttgttctgctctcgcacatttatcaacaaatgcagagcaaaaagccccgtctcctatgtcggcctccacatccAGTCAACAGAAG--TGCAAGAGACGACAAGAGGAGATT-CATCCATGACCTCACAG-AAG-AAGCA---TAAACAGCGGCGGGCCAACAA-----AACATGAAAAGGCTTTACGAGACAACCAGGACACTCTCTGGGAAA-AACA-GCA-ATC---CCACCA-GACCGGTCAAAGACAAGAACGAAG-AAACC---AT----CACAA--G-A--GAGG--AG-GACCAGAAGACGAGATGGACGGAACACTTCAAGGAG--ACACTC--AACAGACCCCCACCAtaaattcctgcttatgaagaatcctgaagatccactggccagataaaatcagtaacacagatctctgagaaaaaaacccaagtgccaatagaaaaagagattagaa
gi|3 : AAGGCCATC-AAGTCCCTCAAGTCCGGCAAAGCAGCAGGCCCTGATGGCATTCCACCCGAAGCCCTGAAGG-CCCACATCCA-----A---ACCTCCACCAACAT---GCTGCACCCTCTACTGAAGATGATCTGAGAG-AACGAGA-GTGTGC---CAGATGATTGGAAGAAGGGACACCTGGTGAAGCTG-C-CGAAGAAAGGAGACCT--CTCATC--C--TGCAACAACTGG-AGAGGCATCATGCT-CCTTC-CCAT-ACCGGTGAAGGTTCTCTTCAGGATCATC-TTGGAGAGGCTGAAG----ACCGCG-TTGGACA-AGACAT-TCCAAGAG--GAGCAGGCAGGGTTCCGGCA-AGACCGATCCTGCACTGACCACATAGTGACGATGAGGATCA---TCATCGCACAGTCCCTGGAGTG-CCAG--A--CTC-------CC-CTG----TACAGCGT-CTTCGT-----------TGA---C------------TTccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcaaggccatcaagtccctcaagtccggcaaagcagcaggccctgatggcattccacccgaagccctgaaggcccacatccaaacctccaccaacatgctgcaccctctactgaagatgatctgagagaacgagagtgtgccagatgattggaagaagggacacctggtgaagctgccgaagaaaggagacctctcatcctgcaacaactggagaggcatcatgctccttcccataccggtgaaggttctcttcaggatcatcttggagaggctgaagaccgcgttggacaagacattccaagaggagcaggcagggttccggcaagaccgatcctgcactgaccacatagtgacgatgaggatcatcatcgcacagtccctggagtgccagactcccctgtacagcgtcttcgttgacttccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaatcgactgggtcatgcggcagtcgacaataaggaagaagacagggatccagtggacattcactaagcagctgtgggacctggatttcgccgacaacattgccctcctgtcccacagcatcaagacgcccaggaaaagctcaacagagtcgccggagaagccgagaagaccgggctcaagatcaaaatgaccaagacagaagtcatgagagtcaacagcaaacaacatgcccccatccaactacaccaggaaaatatcaaaaaggttgacaaattcgtatacctcggcagcgtagtcagcaacaattgtggagcggacgaagacatcaggagccgcatcaacaaagccaggcacacctttcgcactctacgcccaatctgaagatcctcagccttatcccaacacaacaagatcaggatcttcaactccaacgtgaagtcagtcctatttcagggctctaagacatggcgcaccacaaagacaaactcccacaaagctgcaaaccttcatcacagatgcctccgttgacatccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|3 : agtcaacagaagtgcaagagacgacaagaggagattcatccatgacctcacagaagaagcataaacagcggcgggccaacaaaacatgaaaaggctttacgagacaaccaggacactctctgggaaaaacagcaatcccaccagaccggtcaaagacaagaacgaagaaaccatcacaagagaggaggaccagaagacgagatggacggaacacttcaaggagacactcaacagacccccaccaccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcGTAATCGACTGGGTCATGCG-------GC-AGTCGACA-ATAA-GG--A---A--GAAGACA-GGG------A--TCCAGTGGAC-ATTCACTA-A-----------GCAG-CTGTGGGACCTGGATTTCGCCGACAAC-A-TTGCCCTCCTGTCCCAC-AG-CATC--A-AGACGC-CCAGGA-A---AAG-CTCAA---C---AG-----AG---T------CGCCGGA------GAAGCCGAGAAG-ACC--GGGCTCAAGATCAA---AAT-GACCAAGACAGAA-GTC-ATG-A-----GAGT-----CAA-CA-GC-AAA--CAA-----CA-TG-CCCCCATCCA-AC-------TAC---ACCAG-----GAA---AA-T----A--------TCAAAAAGGTTGA-CA---AA-----TTCGT-ATACC-----TCG-----GCAGCGTAGT-CAG-CA-ACAATTGTGGAG-CGGACGAAGACAT--C-----AGGA-GC---C-GCA-TCAAC-----AAAGCCA-GGCACACCT-TTCGCACTCTAC--GCCCAATCTGAA-GAT----C----------CTCAG--C-CTTA---------TCC-CAACA-CA-ACAAG-AT--CAGGATCTTCAA--CTCC-AACGTGAAG---T--CAGTC---CTATTTCAGGGCTC-TAA-G-A---CATG---GCGC---ACCACAAAG--------ACA-AA---CT--CCCAC---A---------AAGC-T-G---CAAACCTTCATC--A-CA----GATGCCTCCGTTGACATccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaatcgactgggtcatgcggcagtcgacaataaggaagaagacagggatccagtggacattcactaagcagctgtgggacctggatttcgccgacaacattgccctcctgtcccacagcatcaagacgcccaggaaaagctcaacagagtcgccggagaagccgagaagaccgggctcaagatcaaaatgaccaagacagaagtcatgagagtcaacagcaaacaacatgcccccatccaactacaccaggaaaatatcaaaaaggttgacaaattcgtatacctcggcagcgtagtcagcaacaattgtggagcggacgaagacatcaggagccgcatcaacaaagccaggcacacctttcgcactctacgcccaatctgaagatcctcagccttatcccaacacaacaagatcaggatcttcaactccaacgtgaagtcagtcctatttcagggctctaagacatggcgcaccacaaagacaaactcccacaaagctgcaaaccttcatcacagatgcctccgttgacatccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|4 : agtcaacagaagtgcaagagacgacaagaggagattcatccatgacctcacagaagaagcataaacagcggcgggccaacaaaacatgaaaaggctttacgagacaaccaggacactctctgggaaaaacagcaatcccaccagaccggtcaaagacaagaacgaagaaaccatcacaagagaggaggaccagaagacgagatggacggaacacttcaaggagacactcaacagacccccaccaccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcaaggccatcaagtccctcaagtccggcaaagcagcaggccctgatggcattccacccgaagccctgaaggcccacatccaaacctccaccaacatgctgcaccctctactgaagatgatctgagagaacgagagtgtgccagatgattggaagaagggacacctggtgaagctgccgaagaaaggagacctctcatcctgcaacaactggagaggcatcatgctccttcccataccggtgaaggttctcttcaggatcatcttggagaggctgaagaccgcgttggacaagacattccaagaggagcaggcagggttccggcaagaccgatcctgcactgaccacatagtgacgatgaggatcatcatcgcacagtccctggagtgccagactcccctgtacagcgtcttcgttgacttccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAAGCTG-T-CCA-AAAAGGAGA-------------T--TGCAATAACTGG-AAGGGCATAACACTTCCTTC-TCTT-GCTGTCAAA---ACTGAC----ATCAGCTCTTGAGA-------------------------A-AGAC-C-TCCGACTA--GAACAAGCAGGTTTCCGCCCTGGGC-GATCCTGCTCGGATTACATCTTCACTCTGC--ATCAGATTC-TGGAACAG---ATC-AATGAGCAA--A--CATG------CCACTG----TACATCAA-TTTCATTGACCTGGAGAAGAT--C------------TTTGACA--GCAT---CC--------A-CCAAG-A-AT-----C--TTTATAGAAGATCC--TGAGGTACTATGGGGTCCCTGCGAAACTTGTCCA--GGTAGTTGCAATGCTATCC------------A-GGAC----TT---CAAATC--CCAAGTAA-TCTGC-G--ACACATAGATCA-----------CA--GACACCTTCAACGTCAGCACGGGAGTAAAGCAGGGCTGCATTCTATCGCCGTTTCTCTTCGTCCTAGCCATGGACTGGATTATGAAAAATTCCGC-GG---ATG---GAGAG--A---T---GAGA---GGG------A--TCAGGTGGAC-CATGACAATGTCAACAACAACAATG-CTAGAAGATATGGACTTTGCTGACGAT-A-TTGCCCTGCTGTAACACC------------GCCA--CCGAGACATGCAAA----AA---A---AGACA--GA---TG--CCATGACAAA------AACAGCT-GGAA-ACCTTGGCCCAAAGGTCAG--CATCATA--AAGACCAAG-AGC-GTG-A-----GAAT------------GA-ATGCCGAA-GT-TCTATGAC----ATC-A-AA-------CTGAACG---G-----TAAT-GA------GA--------TCGAGGAAGTTAATGA--T-------TTCAC-CTATC-----TTGAATCCAAAATGTCA-------A-ATACAGGTG--A-TG--TGGAAGTAG--A-----A--A-TC---C-GGGCTCGACTTGCTAAAGCCG-CCTAGACCT-TCACCTCACT-CAAGAACACATGGAA-GA-----CAGGGA----AC---A--T-CC------G----CC------------------T--GAGAATCTTCAA--ATCA-AATGCG-AT---TA-CCACC---CTCCTTTATGGATC--AG-AGG---CATA---GAAGATTACCA-A-AA--------CCATGA-------GCA-----A--------TAAAC-T-T-----GACGTCTTCCAAAACA----GATGCCT-GA--GACGCAT-TC-TACGCATTCTAT--TGGCC--AA-ATACAATCAC--CAATGAAG-AACTT-TA---CGGAATAACAGAA--ACCGA-----ACCCATCTCC-A-CGCAAGTC-AAACGAAAGCG--TTGGCGATGGATAGG--ACATGTCCTCTGCCAGTAGACGAAAACCTTAT-CCAGAAccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|5 : tggaaaatgatctcatctttC-TGGTGAAACTA-CTCAA-GAAAGT-GACCTTTC---CC--T--TGTGGCAACTGGCGGGGGAATCATGCTTGCTTCTCCAC-CCCAGC-AACGTGCTGACCAGGATCATC-CTGGAGAG-ACGAAAAGGGGGCGC---TAGACA-AGAG-AAT--GAGATCAGAGCAGGCAGGATTTAGACA-GGACAGATCATGTACAGACCACATCGCCACCCTGCGCATCA---TA--CGAGCAGTCCATCGAATG-CCA-------GT-------CT-CCGT---TGTACAGACCTTCGT-----------TGA---C------------TTTGAcagccctaagatgaattcaagacggccgacaaacgcgaggccgccccaaggaaacttggaggagaacaatggtgagggagatgaaggagaaaggttggacatggggccgc
gi|5 : aaactaggcataagcTCATAGATTGGATAACGAG-------GA-AA---ACA----ACAG--AGGGCAGCAACACC-GGC------A--TACAGTGGACATTTCACCA-A-----------ACAG-CTGGAGGACCTGGATTTTGCGGACG---CATTGGCCTATTGTCCC-CCA----CA--AGAAACAT-C--ATGCA---CAGTC-CAA---GCTCAC-----AC---TCAACT-CGCCGAAGTGGCCAA------GAAGGACC--GTCCTGAGAATCAA--CGCCAGA--AAGACATAG-GCTGATG-GCGGCTGAAA-----CAAACAAGA-CAA--GAG-----CAACC-C----ATT-A-GCAGTTCTGCAG---G---A-----GAAC----------A--------TCAAGGAGACTGA--ATTCGC-----TTCACTTTACC-----TCG-----GAAGTGTAGTGCAG-CACAGATTGGCGGGC-CTGATGAAGATGT--ATATGGG--A-GCTCGC-GTA-TCGCA-----AAAGCCAGGGTTCACCT-C--ACACCCTGC--GACC-CTTCTGA-GACTCCGCA---A----AG---C--C-CTTA----T----CCC-AAACG-CACA--AG-ATTCCCGCATCTTTAA--CACCAAACGTGAAA----G-CAGTC---CTTCTATATGGTCC---G-A-A---CATGC--GAGTT--ACCA-ACA---------CCG-AA---ATCACCAAC-------------AAGA-TGC---CAGAC-TTTG----AACA----AGTGCTTGAG--AACATATCTCATA-C-A-TCAGG--TGGCCT-TG-GGAAGATTTC--AAATGCAG-AACTgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatcatagattggataacgaggaaaacaacagagggcagcaacaccggcatacagtggacatttcaccaaacagctggaggacctggattttgcggacgcattggcctattgtcccccacaagaaacatcatgcacagtccaagctcacactcaactcgccgaagtggccaagaaggaccgtcctgagaatcaacgccagaaagacataggctgatggcggctgaaacaaacaagacaagagcaacccattagcagttctgcaggagaacatcaaggagactgaattcgcttcactttacctcggaagtgtagtgcagcacagattggcgggcctgatgaagatgtatatgggagctcgcgtatcgcaaaagccagggttcacctcacaccctgcgacccttctgagactccgcaaagcccttatcccaaacgcacaagattcccgcatctttaacaccaaacgtgaaagcagtccttctatatggtccgaacatgcgagttaccaacaccgaaatcaccaacaagatgccagactttgaacaagtgcttgagaacatatctcatacatcaggtggccttgggaagatttcaaatgcagaactatggaatgaggagaaaccagccaaattc
gi|6 : aaactaggcataagcctggtgaaactactcaagaaagtgacctttcccttgtggcaactggcgggggaatcatgcttgcttctccaccccagcaacgtgctgaccaggatcatcctggagagacgaaaagggggcgctagacaagagaatgagatcagagcaggcaggatttagacaggacagatcatgtacagaccacatcgccaccctgcgcatcatacgagcagtccatcgaatgccagtctccgttgtacagaccttcgttgactttgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaAGATTATGTACTGACCCAATTGCGACATTACGAATCA---TTATAGAACAAACCATTGAATG-GCAG--G--CATCACTATACC-TTGC--ATTTATAGA-TTTTG------------AGAAGGCA-----------TTTGATA--GTATAGACC--------A-T--CA-A-AT--A--C--T--ATGAAGCATTC--TCAGACACTATGGTATTCCA--GAAAA------A--AATAATATCTAT-C-ATCCGCCAGCTGTATGATGGA-----TT---CAC-TTG-TCAAGTCA-TCCAT-GGTGGGAACCTA--A-----------CA--GATCCTTTTCCTGTATCCACCGGGGTCCAGCAAGGATGTCTACTCTCTCCTCTTCTCTTTCTGATGGTAAT-GCCTGGGTCA-----------GCAAA---ACATCTTACAGTAA---A--CATTT---GGGC-----A--TCAAATGGAC--ACTACAA-T-----------CATGTCTTGAAGACCTAGATTTTGCAGACGATGT-TTGTCA-GCTTTCACATC-G-T-CA--C-CCACAC-TC---ACA---AGA-A-CAATTTA---AGCTTCCAACCTTGAATCAAATTCGA------AA------AAAA-GTT--TGGTTATACATCAGTCCAAC--T--AAGACAAAATATT--TG-A-----GGATAAATGTAAACAATACAAA--TAAAAC-TAAG--------GTC-A-----------GA---G---G-----TGCC-GAA------A--------TCGAAGATGTTG--GG--CAA-----TTTAC-CTACC-----TTG-----GAAGTGTCAT-CGG-CA-CATTAGGAGGGA-CCGATGAAGATAT--AC----A--A-GC---A-AG----GAA-----AAAG------TAAACCT-TTGCAATCCTCA--AACCAATCTGGAGGAG----GA---A----AA---C--T-CTCA----GAACATCA-A-----CA-A--AG-AT--AAGAATCTTCAA--CTCA-AACGTAAAA---T--CAGTT---CTTCTATGTGGATCA-GG-G-A---CATG---GAG----ATCA-ACAG--------CTG------CT--TCCAC------------TAAAA-C-CATATATGTGTTTATA--AACAGATCGATGCCT-AA--GAAACA--TCATAGG-AATCAAG--TGGCC--AG-AAAAGCTTAT--G-----GC-AA-----AGG----ACCAAACAAG--AACCGGTCATGCAAACA-ATAA-C----ATC-AA--GAAA-----ATGGAGGTGGATTGACCACAAATT------------GAGAAAatggaatgaggagaaaccagccaaattc
gi|7 : GA-AGAC----TT---TACAATG--CAAATAA-TACAC-G--AAGCATCTCTCAGCCCCGGCTCTCATCGAACCCTTCCATGTGAAAACAGGTGTGAAACAAGGATGTTTACTCTCACCAACCTTATTCTTACTGGTTATTGCCTGGATTACAAA-------GC-AG---ACATTTGACAA--A---C--CAAGA---GGGTTTCAAACTTTCAGTGGAC-TATGACGA-G-----------AA---------GATCTAGATTTTGCTGATGAT-C-TCGCCCTACTGTCTCACAAGAT-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATAACATCGGA------AA------GAAA-ATA--GGGCTTAAAAATAA--CAACAGA--AAAACAAAC-ATT-ATG-AA----GATT-----CAAACAAGG-AAA--GGAGGG-TCAGTG------A-C-A-AT-------TGGA--G---G-----GGAC-GAACT---G-----------GAAGAAGTTGA--A--CAG-----TTTAC-ACATC-----TAG-----GAAGTGTCAT-TAG-TA-AGACCGGTGGCA-CAAATGAAGACAT--A-----A--ATGC---T-AAAATATGC-----AAAACCC-GTCAAGCCT-TAGACATGTTAA--AACCAGTTTGGA-AAT----CA---A----AC---G--TGCTTA----G----TGA-AAACATCA-A--GG--T--CAGAATATTCAA--CACC-AATGTAAAA---T--CTGTC---CTTTTCTATGGGT-GTGA-A-A---CCAG---GAC----ACTA-ACAG--------CTG-GA---CT--TCAAC---A--------TAAAA-T-C---CAGGTATTTACC--AACA----AATGCCT-CG--GACATAT-TTGTA-A-AGTGTAG--TGGCC--AA--AAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTGGATCGTACCATCCAAG--ATCCA-----GCAGATA-ggaaaacacaaatgtgacacgccatgctctggaatggaatccccagggccactgacaggaagagaggtagaccaaaaaacaacctgggacgaagtggaggc
gi|8 : cgATTTTTAAACCACC-GACGTGAAAAAGCT-CAGTC---CTTCTATATGGGTCCGAG-A-C---AATGGGCGAGTCA-ACCA-AC-C--------CCGTGAGATCA--CCAAC---A--------GATA----C---CAGACTTTTGTCA-AACA----AGTGcgctg
gi|9 : agtagccaatgaagaccggtctataatattagatacaccacaaagacaggagttgtaaagcatgctcggtgttttgactaactcgagagaaccattacaatctacaagtggaaaaatcaagtgaatgactgaatcatgcttcacttactctgatgtgttagtcaggacaccgactggtcggcgctgatgagatgtataggaggccgtgaatacgccaaaggtccgtaggttcggctctcaacatcccctgctgaacgctatctggagacctaccataagcgtgttaacgccagcgataatacatgaggcatcccgccA--CAG-----ACCTC-ATATC-----TTG-----GGAGCGTGAT-CAG-CA-AAGACTGTGGAA-CAGATGATGACATCAA-----G--A-GC---C-GCA-TCAAC-----AAAGCTA-GGCACACAT-TCAACACTCTGC--AGTCCATTTGGA-GAT----CC---A----GT---G--C-ATTATCCCC----TCA-AAAC-----A--AG-AT--CAGGATATTCAA--TGCT-AACG-GGAA---GA-AAGTC---CTCCTTTATGGGTC-TGA-G-A---CCTA---GAG----AGTA-AC----------C---GA---CA--CCAACCCTA--------TGAGACT-C---CAGGCATTCATT--AACA----GATGTAT-C----ACA----TCAT--G-AACATCGCATGGCCTGAACGCAAACTTGTGGGAATGAACAAAC--CTAATTCCCATCAGTCAAGAAATCCA-----GAA--------A-C----GT--AA-----------ATGGGGTTGGATAGGGCATACACC------------GTGAAGACCattgagacgcaccactaaaaatcatcagtcgtgctgccgaatagatcttcaaattccagaacgcctaataatggcagaaaaccagccaaattcc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CCCCTTTATGCATGGTGCTGAATCATGGAAAGTCACAAAACACATCACCAACAAACTACACACTTTCCAAACCAAATGTCGAAGAAGAATTCTAAAGACATTGTGGCCAAACATAGTAAGCAACAAAGAGCTGTATGAGAGAACAACGACCCATTTCCTCGC
Unaligned ( gi|15 ): GCCGCCCCAAGGGAACTTGGAGAACAGTAGAGAGGGAGGTGAAAAGAAGGGTTGGACATGGGGTCATC
Unaligned ( gi|16 ): CAACCAAGACCTCTGGGAGAGAACTAGATAAGTCCCCATCGAACAAGAGATTAAGAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 2222 1 11 1 1 1 2222 1 22 1 1 1 22222 4444444 222222 333 1 22222222222 66666666666666666666666666666666666 11 2222 44444444444 3333333 1 222 11 11 1 3333333333 333333 88888888888888888888888888 111 33 22 222 333 11 1111 44444444444444 1 3333333333333333333333333333333333 111 111111 44444444444444444444444444 555555555555555555555555555555 11 666666666666666666666666666666666 222222 11 55555555555555555555555555555555 2222222222222222222 1111 55555555555555555555 11111111 1111 111 333333333333333333 222222 111 3333333333333333 111 3333333333333 111 111 55555555555555555555555555555555555555555555555 111 11111 2222222 11111 11 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222222222222 11111 11111 11 22222222222 1111111111111111111 111 1111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 3333333 111 2222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 11111 111 11 11111 66666666666666666666666666666666 3333333333333
lowQualScore : 1 1 1 1 1 1 2 1 3333 22 3333 5 88 2 5 1 5 5 3333 1 5 1 55 2 3 3 1 7 0 77 1 3 11111 6 3333333 888888 1 0 3 7 7777 444 7 3 55555555555 0 99999999999999999999999999999999999 88 77 8888 3 0 00000000000 3 2222222 1 5 1 000 1 88 1 1 88 5 1 2222222222 7 77 999 0 1 0 1 3 0 333333 22222222222222222222222222 444 6 11 0 00 333 7 777 66 0 0 999 4444 0 33333333333333 1 8 1 11 0 8 1 8 6 5 1 333 1 8 0 5555555555555555555555555555555555 5 444 1 1 0 88 3 1 1 1 1 1 3 333333 3 5 1 5 55555555555555555555555555 0 5 0 444444444444444444444444444444 1 11 4 000000000000000000000000000000000 333333 11 1 1 8 0 3 0 55555555555555555555555555555555 8 7777777777777777777 8 4444 1 88888888888888888888 44 1 22 1 1 1 1 22 0 1 1 1 8 1 4 99999999 5 0 5555 000 111111111111111111 222222 77 333 1 4 7777777777777777 5 1 2 0 0 000 1 0 1 8888888888888 88 33 0 000 444 44444444444444444444444444444444444444444444444 6 000 1 99 00000 6 88 3333333 1 44444 1 77 5 33 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 4444444444444 66 11111 11111 2 0 1 00 4 4 1 55 4 4 99999999999 4 5555555555555555555 88888 1 4 222 5 8888 99 3 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 66 1 2 1 55 1 4 2222222 1 777 0 0 99999 777 44 111 5555 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 0000 9999 88888 0 77 4 555 5 1 0 77 33 777 77 7777 222 666 1 99 44444 44444444444444444444444444444444 1 1 2 7777777777777 1 7
lowQualScore : . . . . . . . . .... .. .... . .. . . . . . .... . . . .. . . . . . . .. . . ..... . ....... ...... . . . . .... ... . . ........... . ................................... .. .. .... . . ........... . ....... . . . ... . .. . . .. . . .......... . .. ... . . . . . . ...... .......................... ... . .. . .. ... . ... .. . . ... .... . .............. . . . .. . . . . . . . ... . . . .................................. . ... . . . .. . . . . . . . ...... . . . . .......................... . . . .............................. . .. . ................................. ...... .. . . . . . . ................................ . ................... . .... . .................... .. . .. . . . . .. . . . . . . . ........ . . .... ... .................. ...... .. ... . . ................ . . . . . ... . . . ............. .. .. . ... ... ............................................... . ... . .. ..... . .. ....... . ..... . .. . .. ..................................................................... . ............. .. ..... ..... . . . .. . . . .. . . ........... . ................... ..... . . ... . .... .. . . .................................................... .. .. . . . .. . . ....... . ... . . ..... ... .. ... .... . ..................................................... . .... .... ..... . .. . ... . . . .. .. ... .. .... ... ... . .. ..... ................................ . . . ............. . .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 5 0 5555 00 5555 5 00 5 5 0 5 5 5555 0 0 0 33 0 3 3 0 3 7 33 0 7 00000 7 3333333 333333 0 7 7 3 7777 000 3 3 00000000000 7 33333333333333333333333333333333333 33 33 3333 7 7 00000000000 7 0000000 0 5 0 555 0 00 0 0 00 5 0 2222222222 3 33 333 7 0 7 0 7 7 777777 77777777777777777777777777 777 7 77 7 00 333 3 777 55 2 2 222 0000 8 00000000000000 0 0 4 66 6 0 4 0 4 0 0 444 0 0 6 6666666666666666666666666666666666 0 222 4 0 6 66 2 0 0 0 0 0 3 999999 0 1 0 7 11111111111111111111111111 4 7 4 000000000000000000000000000000 4 00 6 000000000000000000000000000000000 222222 00 0 0 8 2 2 2 55555555555555555555555555555555 0 6666666666666666666 0 0000 0 66666666666666666666 00 4 44 0 4 4 0 00 6 4 0 0 9 0 0 00000000 7 1 1111 000 999999999999999999 111111 99 666 0 0 7777777777777777 7 7 1 4 3 999 4 4 0 1111111111111 00 77 1 000 999 22222222222222222222222222222222222222222222222 7 222 0 22 22222 7 33 5555555 0 33333 4 11 7 66 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 6666666666666 33 11111 11111 4 7 0 11 4 4 9 77 4 4 77777777777 4 6666666666666666666 77777 1 4 111 7 2222 66 4 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 11 8 7 6 55 0 0 0000000 0 000 5 3 55555 000 66 000 0000 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 9999 4444 55555 9 11 0 333 3 0 4 99 66 777 99 9999 999 000 5 22 33333 44444444444444444444444444444444 4 4 5 8888888888888 0 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGACTGGATNTNTGNTAACANCTNCCAGNAGGTCGAGGNAAGACGTAAAATNNAAGAAAGAAGTTGTCAACATCCTGCCGGAACAAGAGCACANAAGTATGGCAGCCCAAGCAGACACCACACTANAGCTNCACAAGGGAGTGAACAGAAGC-TGCAAGAAA-GACAA-ANGAGATTACGTCGATNAGCTCGCAG-A-G-AAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGANGCTTTACGATACGACCAAGACACTCTCTGGGAAG-A-CATGCA-ATC---CCATAA-GACCGGTCAAAGACAAG-GCG-GG-AAAAC---AT----CTCAA--A-A-TGAAA--AGCGACTAGAA----AGATGGACGGAACACTTCGAGGAG-TTCA--C--AATAGACCCGCACCAGAAAAACCCCCAANCATGGCANAAGCTNATAACCAGGNCCAGAGNTAAATGCGTCAAGAGATCATNAGNGGAAAAAAGGCTATCGAAATCGCTGAAAAACGGCAAAGCAGCTGGNCCAGACGGAATNCCACCCGAAGCCCCGAAGG-CC-ACATCCAG-T-----AATCTCCG--AAC-T---GCTGCAACCTCTACTGAAGAAGATCTGGGA--AGCGAGA-GAGTGC---CAGATGATTGGA-GAAGGGTCAC-TGGTGAAGCTG-C-CNA-GAAAGGAGACCT--C--ANC--T--TGCGANAACTGG-AGGGGCATCACGCTTCCTTC-CCGT-GCCGGCGAAGGTNCTNANCAGGATCATC-CTTGAGAGGATGAAA----GACGCGATTGGACA-AGAC-C-TCCGAGAC--GAGCAGGCAGGNTTCAGACA-GGACAGATCCTGCACNGACCANATCGCCACNCTGCGNATCA---TCGTCGAACAGTCCATNGAATG-GCAA--A--CAT-------CC-CTGC--ATATATCGA-CTTCGT-----------AGA---C------------TTTGACA--GCGT---CC--------A-C--AG-GATA--C--T--ATGGAA----G-ATCC--TGAGACACTACGGNATNCCAGCGAAAATTGT--A--AATAGTTGCNATGC-ATCCG-CAGCCGTATGA-GGAC----TT---CACATCG-TCAAGTAA-TCCGC-G--ANGCATCTNTCA-----------CA--GACCCTTTCCACGTGAGNACAGGNGTGAAGCAAGGATGTCTNCTCTCACCNNTTCTATTCCTNCTGGTNATCGACTGGGTNACGAG-------GC-AGACGTCTGA---CA-----G--ACCAAGA---GGG------A--TCCAGTGGAC-TATNACGA-G-----------AANG-CTGGAAGACCTGGATTTTGCTGACGAT-C-TCGCCCTGCTGTCNCACCAG-T-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATNACGTCGGA------AA------GAAA-ACC--GGGCTNAAAATCAA--CAACAGA--AAGACAAAG-ATT-ATG-A-----GANT-----CAAACAA-GA-AAA--GAA-GGTCAGTG-C----ATC-A-AC-------CGG---G---G-----GAAC-GAA-T---GA--------TCGAGGAGGTTGA-GA--CAG-----TTCAC-ATACC-----TTG-----GAAGCGTNAT-CAGC-A-AGANCGGTGGAA-CGGATGAAGACAT--A-----A--A-GC---C-GNA-TCGAC-----AAAGCCA-GNCACACCT-TCGNCACGCTGC--GACCAATTCGGA-GAT----CA---A----AC---G--C-CTTA----G----TCA-AAAC--CA--AAG-AT--CAGGATCTTCAA--CNCC-AACGTGAAA----TG-CNGTC---CTTCTTTATGGGTC-NGAGA---C-ATG---GAG----ACCA-ACAG--------CCG-GA---CT--CCAAC---A--------TAAAA-T-C---CAGGCGTTTACC--AACA----GATGCCT-CG--GACATAT-TCGTA-G-AGTNTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAGATA-NC-A-C----GTC-AA--GGAAG-G--ATGGAGGTGGATTGGCCACACATC------------GCGAAAACCGTATACCAGAA
Reference ( family-389 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGACTGGATNTNTGNTAACANCTNCCAGNAGGTCGAGGNAAGACGTAAAATNNAAGAAAGAAGTTGTCAACATCCTGCCGGAACAAGAGCACANAAGTATGGCAGCCCAAGCAGACACCACACTANAGCTNCACAAGGGAGTGAACAGAAGC-TGCAAGAAA-GACAA-ANGAGATTACGTCGATNAGCTCGCAG-A-G-AAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGANGCTTTACGATACGACCAAGACACTCTCTGGGAAG-A-CATGCA-ATC---CCATAA-GACCGGTCAAAGACAAG-GCG-GG-AAAAC---AT----CTCAA--A-A-TGAAA--AGCGACTAGAA----AGATGGACGGAACACTTCGAGGAG-TTCA--C--AATAGACCCGCACCAGAAAAACCCCCAANCATGGCANAAGCTNATAACCAGGNCCAGAGNTAAATGCGTCAAGAGATCATNAGNGGAAAAAAGGCTATCGAAATCGCTGAAAAACGGCAAAGCAGCTGGNCCAGACGGAATNCCACCCGAAGCCCCGAAGG-CC-ACATCCAG-T----AAACCTCCG--AAC-T---GCTGCAACCTCTACTGAAGAAGATCTGGGA--AGCGAGA-GAGTGC---CAGATGATTGGA-GAAGGGTCAC-TGGTGAAGCTG-C-CNA-GAAAGGAGACCT--C--ANC--T--TGCGANAACTGG-AGGGGCATCACGCTTCCTTC-CCGT-GCCGGCGAAGGTNCTNANCAGGATCATC-CTTGAGAGGATGAAA----GACGCGATTGGACA-AGAC-C-TCCGAGAC--GAGCAGGCAGGNTTCAGACA-GGACAGATCCTGCACNGACCANATCGCCACNCTGCGNATCA---TCGTCGAACAGTCCATNGAATG-GCAA--A--CAT-------CC-CTGC--ATATATCGA-CTTCGT-----------AGA---C------------TTTGACA--GCGT---CC--------A-C--AG-GATA--C--T--ATGGAA----G-ATCC--TGAGACACTACGGNATNCCAGCGAAAATTGT--A--AATAGTTGCNATGC-ATCCG-CAGCCGTATGA-GGAC----TT---CACATCG-TCAAGTAA-TCCGC-G--ANGCATCTNTCA-----------CA--GACCCTTTCCACGTGAGNACAGGNGTGAAGCAAGGATGTCTNCTCTCACCNNTTCTATTCCTNCTGGTNATCGACTGGGTNACGAG-------GC-AGACGTCTGA---CA-----G--ACCAAGA---GGG------A--TCCAGTGGAC-TATNACGA-G-----------AANG-CTGGAAGACCTGGATTTTGCTGACGAT-C-TCGCCCTGCTGTCNCACCAG-T-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATNACGTCGGA------AA------GAAA-ACC--GGGCTNAAAATCAA--CAACAGA--AAGACAAAG-ATT-ATG-A-----GANT-----CAAACAA-GA-AAA--GAA-GNTCAGTG-C----ATC-A-AC-------CGG---G---G-----GAAC-GAA-T---GA--------TCGAGGAGGTTGA-GA--CAG-----TTCAC-ATACC-----TTG-----GAAGCGTNAT-CAGC-A-AGANCGGTGGAA-CGGATGAAGACAT--A-----A--A-GC---C-GNA-TCGAC-----AAAGCCA-GNCACACCT-TCGNCACGCTGC--GACCAATTCGGA-GAT----CA---A----AC---G--C-CTTA----G----TCA-AAAC--CA--AAG-AT--CAGGATCTTCAA--CNCC-AACGTGAAA----TG-CNGTC---CTTCTTTATGGGTC-TGGAA---C-ATG---GAG----ACCA-ACAG--------CCG-GA---CT--CCAAC---A--------TAAAA-T-C---CAGGCGTTTACC--AACA----GATGCCT-CG--GACATAT-TCGTA-G-AGTNTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAGATA-NC-A-C----GTC-AA--GGAAG-G--ATGGAGGTGGATTGGCCACACATC------------GCGAAAACCGTATACCAGAA
gi|1 : AAAGATTGGATGTCTGATAACAGCTGTCAGAAGGTTGAGGAAAAACGTAAAATGAAAGAAAAAA----TCAACATC--GCAAAAACAAGAGCACAAAAGTATGAT-GCCCAAGTAAACACCA----AGAGCTGCACAAAGGAGTGAACAAATCT-TGTAGGAAA-GACAA-AAGAGATTACGTAAATCAGCTGGCAACA-G-AAGCAGAACAAGCAGC-------ATACA-TAGGTGATATAAAGACACTTTATAATATCACTAAAAC---CTT----AAG---CATGCA-AGT---C--TAA--ACTAGTAAAAGATAA---------AAAATGCAATTGTACTCAATAA-A-TCAAATGAGCAGATAGAA----AGGTGGAATGAGCATTTCAAAAA--TTTA--CTAAATAGACCTGAACCAGA-------CCAACCA-GGCACA---TTATAACCAGGGCCAGAACTAAA--CATCAAGAAA-CATGAGGGGAAAAAAAGCT-TTGAAATCACTGAAAAATGGAAAATCAGCTGGAATAGATGGAATACCACCTGAAGCATCGAA------ACATGGAGGTGAAGAAATCTCTG--AAT-TCTTGTTGAAAT---TGCTGAATAAGATCTGGGA--AGCAAAACGAATACAAACAAA--ATAGAATAAAGGGTTAT-TAGTAAAACTA-C-C-A-CAAAGGAGGCCT--A--AGC--TGTTGTGAAAACTGG-AGGGGCATAACTCTTC-TGC-CAGTTGCAAGC-AAGATTTTATGCAGAGTGCTT-CTTAATATAATGAAA----CACGCTATTGATAA-AGCT-C-TCCGTGAC--GAACAGGCAGCATTTAGACC-AAATAGAAGCTGTAATGACCAGATTGCTACTCTAAGAATGA---TAGTGGAATAATCAGTAGAATG-GCAA--ATGCAT-------CC-CTGC--ATATATCAA-CTTAGT-----------AGA---C------------TTTGATA--ATGT---CA--------A-C--AG-GG----------ATGGAATGTGGCATCTAATGAGACACTATGGCATACCATCAAAGATTGT--A--AATA-TTGCCAAG--ATCC------TGTATGA-AGAC----TC---TACAGTG--CAAATAA-TACAC-T--AAGCATCTCTTA-----------CC--GACCCTTTCCATATGAAAACAGGTGTGAAACAAGGATCTTTGCTCTCACCTACTTTATTCTTACTGGTGATTGATTGGATTACGAA-------GC-AGGCATTTGA---CA-----A--ACCAAAA---GGG------A--TTCAGTGGAC-TATGACAA-G-----------AAGG-TTAGAAGATCTAGATTTTGCTGATGAT-C-TCGCCCTACTGTCTCAACAGAT-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CGA---A---AG-----GA---TGAATAACATCGGA------AA------GAAA-ATA--GGGCTTAAAATCAA--CAACAGA--AAAACAAAG-ATT-ATGAA-----GGTT-----CAAACAA-GA-AAA--GAAGGGTCAGTG------ATC-ATGT-------TAG---G---A-----GAACGGAA-CTCGGA--------TCATGATAGTTGA-GA--CAG-----TTTAC-ATATC-----TTG-----GAAGTGTCAT--AGT-A-AGACCGGTGAAA-CAGATGAAGACAT--A-----A--T-GC---CAGAA-TATGC-----AAAGCCC-GTCAAGCCT-TCGCCATGTTAA--AACCAGTTTGGA-AAT----CA---A----AC---G--TGCTTA----G----TGA-AAAC--CC--AAA-GT--CAGAAT-TTCAA--CACC-AATGTAAAA----CA-CTGTCTATTTTCGTAATGGGTCGTGTAAACCC-CTG---GAG----ACTA-ACAG--------CTG-GA---CT--TCAAC---A--------TAAAA-T-C---TTGGTATTTACC--AACA----AATGCCT-CA--GACATAT-TTGTA-G-AGTGTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAT--GAGTGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAGATACCC-A-C----ATTAAA--AGAAG-GGCATGGAAATGGATTGGCCACACATG------------GCGAAAACCGCATACCAGAA
gi|10 : aaaaagtcctaggaaagaaaaccaacaagaagGA-AA--CAGATCGCTTCAC-ATACCGTATCTTG-----GGAGCGTGAT--AGA-A-AGGACGGTGGAAATAGATAGTGACATTCA-----G--A-GC---C-GCG-TCAAC-----AAAGCCA-GT-ACACTTCTCAACACTCTGT--GGTCCATTTGGA-GAC----CC---AGTGCAC---GATC-CCT----------TCA-AAAC------AAGCAT--T-GGATCTTCAA--CACC-AACGTGAAG-----G-CTGTC---GCCTTTTATGGATC-TAG-A---C-CT------G----ACCA-ACAGCAACTAGACCA-GA---CT--CCAGC---ATTCACTTTTAAA---------AGGTGTTTAC
gi|12 : cagaaagaagactgagatttagagcaatgcagggacagaccaccaccgA---TTATCGAACAAGCCATAGAATG-G-----A---AT-------CC-CAACCTATATATCTT-CTTTGT-----------AGA---T------------TTTGAGAAGGCAT---TCGACAGTGAA-C--AGAGACA--CATT--ATGGAA----G-ATCA--TGAAAAACTACGGAATCCaccacatcatgaacatcagcagatggcccgaaaagatcttccac
gi|13 : -----GCAAACA-AT-AAC----ATC-AA--GGAA-----ATGGAGGTGGATTGGCCACACATT------------GAGAAAtcgataagatc
gi|14 : accggtcatTATC--AACA----AATGTCT-CG--GACATAT-TTGTA-A-AGTGTGG--CGGCC--AA-GAAAAATTAC--GAATG----AACTTCTGGATAGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCggaaaacacagatgtgacacaccatgctctggaatggaatcccacaggaagagaggtagaccaa
gi|14 : GCCACACATG------------GCGAAAACCGTATACCAGcacacatggcgaaaaccgtataccagcat
gi|2 : tatcaacaaatgtctcggacatatttgtaaagtgtggcggccaagaaaaattacgaatgaacttctggatagtaccaaccaagatccaAAAGACTGGATCTATGTTAACACCTTCCAGCAAATCCAAGCAAGA----AAATTCAAGAAAGAAGTTGTCAAC-TCCTGCCGGA-CAAGAGTACACAAA-ATGGCAGCCCAAGCAGATATTACACTATAG-TCCACAAGGAAGTGAGGAGGAGCGTG-AAAAAA-GACAA-ACCATATTACATTGAGAGGCTTGCAG-A-GCAAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGAAGTTCTATGCTACGACCAAGATACTCTCTGGAAAGTA-CATGTACATCAAACCATAACGGCCAGTCAAAGACAAGCGCG-GGCAAAAC---AT----CTCAG--ACACTGAAA--AACAACTGGAA----AGATGGGCAGAACACTTCGAGGAGCTTCA--C--AATAGACCAGCACTAGAAAAACCCCCAAACATAGCAGAAGCTGATA--TAGACCTAGAGATAAATGTGTCAAGAGATCATTAGT---------GCTATTGAAA-AGTTGAAAAATGGCCAGGTAGCTGGTCCAGACGGAATCCCCACAGAAACCCTCAAGGACT-ACAACCAA-T----TAATAT------GC-T---GCTACAACTTTTA--AAAGAAAAACTGGGACCAGGAAGA--AGTGC---CAGCTGATTG---GAAAGATCA-----TCAAGCTGCC-CCC-AAAAAGATACCG--C--AGCAAT--TGCGAGAACTAC-AGAGGCATCTCAC-TCCTGT-CAGT-GCCGGAAAAGGTGTTCAACAGGATTTTA-CTTGAGAGGATGAGA----GACGCGATT-GACATTCAT-C-TAAGAGAC--AACCAGGCGGGCTTCAGACA-GGGCAGATCTTGCACCGACCAGATCGCCATGCTTCGCATCA---TCGTTGAGTAATCCCTTGAGT--GTAACTA--C-T-------CA-TTG----TATATCAA-CTTTGT-----------GGA---TTTCCTCAAGGCATTTGACA--GCTT---CC--------ACC--AC-GATACCC--T--CTGGCA----A-TTCC--TCCGACACTACGGGATACCAGCTAAAATTAT--ACGAA------CGAT----TCAG-CAGTCATATGA-GGGTATGGTTTGCCACGTCGTTCATGGAAGTCAGCTG--ATGCATC--------------------G----TTTTGACACAAGGACAGAGGTAAGGCAAGGATGCCTCCTGT-ACCATTCCTATTCCTCCTCGTCATCGACTGGGTGATGAG-------GA-AAACGACAGA---TA-----G--ACAAAGGAATGGT------A--TCTAATGGAC-CCTCTGGA-A-----------ACAG-TTGAACTACCTCAACTTTGCTGATGAC-C-TTGTTCTGCTCTCGCA-CAT-T-TATCA-ACAAATGCAGAG-CA---AAA-cat
gi|2 : actttggcaaggaacaagagatgcctttacagaaacattcaagccaaatacATC-----CAAACAA-GA-AAT--GAA-CGCC--TC-C----AGC-A--C-------TGA---G---GTAATAAAACTGGA-T---GACAACAACTTGGAAGAGGTCGA-AA--CA------TTCAC-CTACC-----TTG-----T--GTGTGAT-CAACCA-ACAG-GGAGGAA-CAGATACAGATATTAA-----A--A-CC---C-GCA-TTGG------AAAGACA-AGAACATCT-T--TCATGGT------CC---TCAG----------A---A----AC---A--C---------G----TCATGCAC--CA--AAG--T--CCGCCTCTTCAA--TTCA-AATGT--------TGTCTGTC---CTGTTTTATGGGGC-AGAAA---C-ATG---GCG----AACT-ACAA---------AG-GC---CA--CCATC---A--------GAAAATT-T---CAAACTTTTAagccccgtctcctatgtcggcctccacatccatccaaacaagaaatgaacgcctccagcactgaggtaataaaactggatgacaacaacttggaagaggtcgaaacattcacctaccttgtgtgtgatcaaccaacagggaggaacagatacagatattaaaacccgcattggaaagacaagaacatctttcatggtcctcagaaacacgtcatgcaccaaagtccgcctcttcaattcaaatgttgtctgtcctgttttatggggcagaaacatggcgaactacaaaggccaccatcagaaaatttcaaacttttataaattcctgcttatgaagaatcctgaagatccactggccagataaaatcagtaacacagatctctgagaaaaaaacccaagtgccaatagaaaaagagattagaa
gi|3 : actttggcaaggaacaagagatgcctttacagaaacattcaagccaaatacaaagactggatctatgttaacaccttccagcaaatccaagcaagaaaattcaagaaagaagttgtcaactcctgccggacaagagtacacaaaatggcagcccaagcagatattacactatagtccacaaggaagtgaggaggagcgtgaaaaaagacaaaccatattacattgagaggcttgcagagcaagcagaacaaacagcctacaatgggaacatgaagaagttctatgctacgaccaagatactctctggaaagtacatgtacatcaaaccataacggccagtcaaagacaagcgcgggcaaaacatctcagacactgaaaaacaactggaaagatgggcagaacacttcgaggagcttcacaatagaccagcactagaaaaacccccaaacatagcagaagctgatatagacctagagataaatgtgtcaagagatcattagtgctattgaaaagttgaaaaatggccaggtagctggtccagacggaatccccacagaaaccctcaaggactacaaccaattaatatgctgctacaacttttaaaagaaaaactgggaccaggaagaagtgccagctgattggaaagatcatcaagctgcccccaaaaagataccgcagcaattgcgagaactacagaggcatctcactcctgtcagtgccggaaaaggtgttcaacaggattttacttgagaggatgagagacgcgattgacattcatctaagagacaaccaggcgggcttcagacagggcagatcttgcaccgaccagatcgccatgcttcgcatcatcgttgagtaatcccttgagtgtaactactcattgtatatcaactttgtggatttcctcaaggcatttgacagcttccaccacgataccctctggcaattcctccgacactacgggataccagctaaaattatacgaacgattcagcagtcatatgagggtatggtttgccacgtcgttcatggaagtcagctgatgcatcgttttgacacaaggacagaggtaaggcaaggatgcctcctgtaccattcctattcctcctcgtcatcgactgggtgatgaggaaaacgacagatagacaaaggaatggtatctaatggaccctctggaaacagttgaactacctcaactttgctgatgaccttgttctgctctcgcacatttatcaacaaatgcagagcaaaaagccccgtctcctatgtcggcctccacatccAGTCAACAGAAG--TGCAAGAGACGACAAGAGGAGATT-CATCCATGACCTCACAG-AAG-AAGCA---TAAACAGCGGCGGGCCAACAA-----AACATGAAAAGGCTTTACGAGACAACCAGGACACTCTCTGGGAAA-AACA-GCA-ATC---CCACCA-GACCGGTCAAAGACAAGAACGAAG-AAACC---AT----CACAA--G-A--GAGG--AG-GACCAGAAGACGAGATGGACGGAACACTTCAAGGAG--ACACTC--AACAGACCCCCACCAtaaattcctgcttatgaagaatcctgaagatccactggccagataaaatcagtaacacagatctctgagaaaaaaacccaagtgccaatagaaaaagagattagaa
gi|3 : AAGGCCATC-AAGTCCCTCAAGTCCGGCAAAGCAGCAGGCCCTGATGGCATTCCACCCGAAGCCCTGAAGG-CCCACATCCA--------AACCTCCACCAACAT---GCTGCACCCTCTACTGAAGATGATCTGAGAG-AACGAGA-GTGTGC---CAGATGATTGGAAGAAGGGACACCTGGTGAAGCTG-C-CGAAGAAAGGAGACCT--CTCATC--C--TGCAACAACTGG-AGAGGCATCATGCT-CCTTC-CCAT-ACCGGTGAAGGTTCTCTTCAGGATCATC-TTGGAGAGGCTGAAG----ACCGCG-TTGGACA-AGACAT-TCCAAGAG--GAGCAGGCAGGGTTCCGGCA-AGACCGATCCTGCACTGACCACATAGTGACGATGAGGATCA---TCATCGCACAGTCCCTGGAGTG-CCAG--A--CTC-------CC-CTG----TACAGCGT-CTTCGT-----------TGA---C------------TTccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcaaggccatcaagtccctcaagtccggcaaagcagcaggccctgatggcattccacccgaagccctgaaggcccacatccaaacctccaccaacatgctgcaccctctactgaagatgatctgagagaacgagagtgtgccagatgattggaagaagggacacctggtgaagctgccgaagaaaggagacctctcatcctgcaacaactggagaggcatcatgctccttcccataccggtgaaggttctcttcaggatcatcttggagaggctgaagaccgcgttggacaagacattccaagaggagcaggcagggttccggcaagaccgatcctgcactgaccacatagtgacgatgaggatcatcatcgcacagtccctggagtgccagactcccctgtacagcgtcttcgttgacttccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaatcgactgggtcatgcggcagtcgacaataaggaagaagacagggatccagtggacattcactaagcagctgtgggacctggatttcgccgacaacattgccctcctgtcccacagcatcaagacgcccaggaaaagctcaacagagtcgccggagaagccgagaagaccgggctcaagatcaaaatgaccaagacagaagtcatgagagtcaacagcaaacaacatgcccccatccaactacaccaggaaaatatcaaaaaggttgacaaattcgtatacctcggcagcgtagtcagcaacaattgtggagcggacgaagacatcaggagccgcatcaacaaagccaggcacacctttcgcactctacgcccaatctgaagatcctcagccttatcccaacacaacaagatcaggatcttcaactccaacgtgaagtcagtcctatttcagggctctaagacatggcgcaccacaaagacaaactcccacaaagctgcaaaccttcatcacagatgcctccgttgacatccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|3 : agtcaacagaagtgcaagagacgacaagaggagattcatccatgacctcacagaagaagcataaacagcggcgggccaacaaaacatgaaaaggctttacgagacaaccaggacactctctgggaaaaacagcaatcccaccagaccggtcaaagacaagaacgaagaaaccatcacaagagaggaggaccagaagacgagatggacggaacacttcaaggagacactcaacagacccccaccaccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcGTAATCGACTGGGTCATGCG-------GC-AG---TC-GA---CAATAAGG--AAGAAGACA-GGG------A--TCCAGTGGAC-ATTCACTA-A-----------GCAG-CTGTGGGACCTGGATTTCGCCGACAAC-A-TTGCCCTCCTGTCCCAC-AG-CATC--A-AGACGC-CCAGGA-A---AAG-CTCAA---C---AG-----AG---T------CGCCGGA------GAAGCCGAGAAG-ACC--GGGCTCAAGATCAA---AAT-GACCAAGACAGAA-GTC-ATG-A-----GAGT-----CAA-CA--GC-AAA--CAA----CA-TG-CCCCCATCCA-AC-------TAC---ACCAG-----GAA---AA-T----A--------TCAAAAAGGTTGA-CA---AA-----TTCGT-ATACC-----TCG-----GCAGCGTAGT-CAGC-A-ACAATTGTGGAG-CGGACGAAGACAT--C-----AGGA-GC---C-GCA-TCAAC-----AAAGCCA-GGCACACCT-TTCGCACTCTAC--GCCCAATCTGAA-GAT----C----------CTCAG--C-CTTA---------TCC-CAACA-CAACAAG-AT--CAGGATCTTCAA--CTCC-AACGTGAAG----T--CAGTC---CTATTTCAGGGCTC-TAAGA---C-ATG---GCGC---ACCACAAAG--------ACA-AA---CT--CCCAC---A---------AAGC-T-G---CAAACCTTCATC---ACA----GATGCCTCCGTTGACATccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaatcgactgggtcatgcggcagtcgacaataaggaagaagacagggatccagtggacattcactaagcagctgtgggacctggatttcgccgacaacattgccctcctgtcccacagcatcaagacgcccaggaaaagctcaacagagtcgccggagaagccgagaagaccgggctcaagatcaaaatgaccaagacagaagtcatgagagtcaacagcaaacaacatgcccccatccaactacaccaggaaaatatcaaaaaggttgacaaattcgtatacctcggcagcgtagtcagcaacaattgtggagcggacgaagacatcaggagccgcatcaacaaagccaggcacacctttcgcactctacgcccaatctgaagatcctcagccttatcccaacacaacaagatcaggatcttcaactccaacgtgaagtcagtcctatttcagggctctaagacatggcgcaccacaaagacaaactcccacaaagctgcaaaccttcatcacagatgcctccgttgacatccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|4 : agtcaacagaagtgcaagagacgacaagaggagattcatccatgacctcacagaagaagcataaacagcggcgggccaacaaaacatgaaaaggctttacgagacaaccaggacactctctgggaaaaacagcaatcccaccagaccggtcaaagacaagaacgaagaaaccatcacaagagaggaggaccagaagacgagatggacggaacacttcaaggagacactcaacagacccccaccaccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcaaggccatcaagtccctcaagtccggcaaagcagcaggccctgatggcattccacccgaagccctgaaggcccacatccaaacctccaccaacatgctgcaccctctactgaagatgatctgagagaacgagagtgtgccagatgattggaagaagggacacctggtgaagctgccgaagaaaggagacctctcatcctgcaacaactggagaggcatcatgctccttcccataccggtgaaggttctcttcaggatcatcttggagaggctgaagaccgcgttggacaagacattccaagaggagcaggcagggttccggcaagaccgatcctgcactgaccacatagtgacgatgaggatcatcatcgcacagtccctggagtgccagactcccctgtacagcgtcttcgttgacttccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAAGCTG-T-CCA-AAAAGGAGA-------------T--TGCAATAACTGG-AAGGGCATAACACTTCCTTC-TCTT-GCTGTCAAA---ACTGAC----ATCAGCTCTTGAGA-------------------------A-AGAC-C-TCCGACTA--GAACAAGCAGGTTTCCGCCCTGGGC-GATCCTGCTCGGATTACATCTTCACTCTGC--ATCAGATTC-TGGAACAG---ATC-AATGAGCAA--A--CATG------CCACTG----TACATCAA-TTTCATTGACCTGGAGAAGAT--C------------TTTGACA--GCAT---CC--------A-CCAAG-AAT---C--TTTATAGAA----G-ATCC--TGAGGTACTATGGGGTCCCTGCGAAACTTGTCCA--GGTAGTTGCAATGCTATCC------------A-GGAC----TT---CAAATC--CCAAGTAA-TCTGC-G--ACACATAGATCA-----------CA--GACACCTTCAACGTCAGCACGGGAGTAAAGCAGGGCTGCATTCTATCGCCGTTTCTCTTCGTCCTAGCCATGGACTGGATTATGAAAAATTCCGC-GGATG---GA---GA-----G--AT-GAGA---GGG------A--TCAGGTGGAC-CATGACAATGTCAACAACAACAATG-CTAGAAGATATGGACTTTGCTGACGAT-A-TTGCCCTGCTGTAACACC------------GCCA--CCGAGACATGCAAA----AA---A---AGACA--GA---TG--CCATGACAAA------AACAGCT-GGAA-ACCTTGGCCCAAAGGTCAG--CATCATA--AAGACCAAG-AGC-GTG-A-----GAAT-------------GA-ATGCCGAA-GTTCTATGAC----ATC-A-AA-------CTGAACG---G-----TAAT-GA------GA--------TCGAGGAAGTTAATGA--T-------TTCAC-CTATC-----TTGAATCCAAAATGTCA-------A-ATACAGGTG--A-TG--TGGAAGTAG--A-----A--A-TC---C-GGGCTCGACTTGCTAAAGCCG-CCTAGACCT-TCACCTCACT-CAAGAACACATGGAA-GA-----CAGGGA----AC---A--T-CC------G----CC-----------------T--GAGAATCTTCAA--ATCA-AATGCG-AT----TA-CCACC---CTCCTTTATGGATC-AGAGG---C-ATA---GAAGATTACCA-A-AA--------CCATGA-------GCA-----A--------TAAAC-T-T-----GACGTCTTCCAAAACA----GATGCCT-GA--GACGCAT-TC-TACGCATTCTAT--TGGCC--AA-ATACAATCAC--CAATGAAG-AACTT-TA---CGGAATAACAGAA--ACCGA-----ACCCATCTCC-A-CGCAAGTC-AAACGAAAGCG--TTGGCGATGGATAGG--ACATGTCCTCTGCCAGTAGACGAAAACCTTAT-CCAGAAccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|5 : tggaaaatgatctcatctttC-TGGTGAAACTA-CTCAA-GAAAGT-GACCTTTC---CC--T--TGTGGCAACTGGCGGGGGAATCATGCTTGCTTCTCCAC-CCCAGC-AACGTGCTGACCAGGATCATC-CTGGAGAG-ACGAAAAGGGGGCGC---TAGACA-AGAG-AAT--GAGATCAGAGCAGGCAGGATTTAGACA-GGACAGATCATGTACAGACCACATCGCCACCCTGCGCATCA---TA--CGAGCAGTCCATCGAATG-CCA-------GT-------CT-CCGT---TGTACAGACCTTCGT-----------TGA---C------------TTTGAcagccctaagatgaattcaagacggccgacaaacgcgaggccgccccaaggaaacttggaggagaacaatggtgagggagatgaaggagaaaggttggacatggggccgc
gi|5 : aaactaggcataagcTCATAGATTGGATAACGAG-------GA-AAACAACAGAGGGCA-----G----CAACACC-GGC------A--TACAGTGGACATTTCACCA-A-----------ACAG-CTGGAGGACCTGGATTTTGCGGACG---CATTGGCCTATTGTCCC-CCA----CA--AGAAACAT-C--ATGCA---CAGTC-CAA---GCTCAC-----AC---TCAACT-CGCCGAAGTGGCCAA------GAAGGACC--GTCCTGAGAATCAA--CGCCAGA--AAGACATAG-GCTGATG-GCGGCTGAAA-----CAAACAA-GA-CAA--GAG----CAACC-C----ATT-A-GCAGTTCTGCAG---G---A-----GAAC----------A--------TCAAGGAGACTGA--ATTCGC-----TTCACTTTACC-----TCG-----GAAGTGTAGTGCAGC-ACAGATTGGCGGGC-CTGATGAAGATGT--ATATGGG--A-GCTCGC-GTA-TCGCA-----AAAGCCAGGGTTCACCT-C--ACACCCTGC--GACC-CTTCTGA-GACTCCGCA---A----AG---C--C-CTTA----T----CCC-AAACG-CAC-AAG-ATTCCCGCATCTTTAA--CACCAAACGTGAAA-----G-CAGTC---CTTCTATAT-GGTC-C-GAA---C-ATGC--GAGTT--ACCA-ACA---------CCG-AA---ATCACCAAC-------------AAGA-TGC---CAGAC-TTTG----AACA----AGTGCTTGAG--AACATATCTCATA-C-A-TCAGG--TGGCCT-TG-GGAAGATTTC--AAATGCAG-AACTgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatcatagattggataacgaggaaaacaacagagggcagcaacaccggcatacagtggacatttcaccaaacagctggaggacctggattttgcggacgcattggcctattgtcccccacaagaaacatcatgcacagtccaagctcacactcaactcgccgaagtggccaagaaggaccgtcctgagaatcaacgccagaaagacataggctgatggcggctgaaacaaacaagacaagagcaacccattagcagttctgcaggagaacatcaaggagactgaattcgcttcactttacctcggaagtgtagtgcagcacagattggcgggcctgatgaagatgtatatgggagctcgcgtatcgcaaaagccagggttcacctcacaccctgcgacccttctgagactccgcaaagcccttatcccaaacgcacaagattcccgcatctttaacaccaaacgtgaaagcagtccttctatatggtccgaacatgcgagttaccaacaccgaaatcaccaacaagatgccagactttgaacaagtgcttgagaacatatctcatacatcaggtggccttgggaagatttcaaatgcagaactatggaatgaggagaaaccagccaaattc
gi|6 : aaactaggcataagcctggtgaaactactcaagaaagtgacctttcccttgtggcaactggcgggggaatcatgcttgcttctccaccccagcaacgtgctgaccaggatcatcctggagagacgaaaagggggcgctagacaagagaatgagatcagagcaggcaggatttagacaggacagatcatgtacagaccacatcgccaccctgcgcatcatacgagcagtccatcgaatgccagtctccgttgtacagaccttcgttgactttgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaAGATTATGTACTGACCCAATTGCGACATTACGAATCA---TTATAGAACAAACCATTGAATG-GCAG--G--CATCACTATACC-TTGC--ATTTATAGA-TTTTG------------AGAAGGCA-----------TTTGATA--GTATAGACC--------A-T--CA-AATA--C--T--ATGAAG----C-ATTC--TCAGACACTATGGTATTCCA--GAAAA------A--AATAATATCTAT-C-ATCCGCCAGCTGTATGATGGA-----TT---CAC-TTG-TCAAGTCA-TCCAT-GGTGGGAACCTA--A-----------CA--GATCCTTTTCCTGTATCCACCGGGGTCCAGCAAGGATGTCTACTCTCTCCTCTTCTCTTTCTGATGGTAAT-GCCTGGGTCA-----------GCAAAACATCTTA---CA-----GTAAACATTT---GGGC-----A--TCAAATGGAC--ACTACAA-T-----------CATGTCTTGAAGACCTAGATTTTGCAGACGATGT-TTGTCA-GCTTTCACATC-G-T-CA--C-CCACAC-TC---ACA---AGA-A-CAATTTA---AGCTTCCAACCTTGAATCAAATTCGA------AA------AAAA-GTT--TGGTTATACATCAGTCCAAC--T--AAGACAAAATATT--TG-A-----GGATAAATGTAAACAA-TACAAAT-AAA-ACTAAG--------GTC-A-----------GA---G---G-----TGCC-GAA------A--------TCGAAGATGTTG--GG--CAA-----TTTAC-CTACC-----TTG-----GAAGTGTCAT-CGGC-A-CATTAGGAGGGA-CCGATGAAGATAT--AC----A--A-GC---A-AG----GAA-----AAAG------TAAACCT-TTGCAATCCTCA--AACCAATCTGGAGGAG----GA---A----AA---C--T-CTCA----GAACATCA-A-----CA--AAG-AT--AAGAATCTTCAA--CTCA-AACGTAAAA----T--CAGTT---CTTCTATGTGGATC-AGGGA---C-ATG---GAG----ATCA-ACAG--------CTG------CT--TCCAC------------TAAAA-C-CATATATGTGTTTATA--AACAGATCGATGCCT-AA--GAAACA--TCATAGG-AATCAAG--TGGCC--AG-AAAAGCTTAT--G-----GC-AA-----AGG----ACCAAACAAG--AACCGGTCATGCAAACA-ATAA-C----ATC-AA--GAAA-----ATGGAGGTGGATTGACCACAAATT------------GAGAAAatggaatgaggagaaaccagccaaattc
gi|7 : GA-AGAC----TT---TACAATG--CAAATAA-TACAC-G--AAGCATCTCTCAGCCCCGGCTCTCATCGAACCCTTCCATGTGAAAACAGGTGTGAAACAAGGATGTTTACTCTCACCAACCTTATTCTTACTGGTTATTGCCTGGATTACAAA-------GC-AGACATTTGA---CA-----A--ACCAAGA---GGGTTTCAAACTTTCAGTGGAC-TATGACGA-G-----------AA---------GATCTAGATTTTGCTGATGAT-C-TCGCCCTACTGTCTCACAAGAT-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATAACATCGGA------AA------GAAA-ATA--GGGCTTAAAAATAA--CAACAGA--AAAACAAAC-ATT-ATGAA-----GATT-----CAAACAAGGA-AAG--GAG-GGTCAGTG------A-C-A-AT-------TGGA--G---G-----GGAC-GAACT---G-----------GAAGAAGTTGA--A--CAG-----TTTAC-ACATC-----TAG-----GAAGTGTCAT-TAGT-A-AGACCGGTGGCA-CAAATGAAGACAT--A-----A--ATGC---TAAAA-TATGC-----AAAACCC-GTCAAGCCT-TAGACATGTTAA--AACCAGTTTGGA-AAT----CA---A----AC---G--TGCTTA----G----TGA-AAACATC---AAG-GT--CAGAATATTCAA--CACC-AATGTAAAA----T--CTGTC---CTTTTCTATGGGTG-TGAAA---C-CAG---GAC----ACTA-ACAG--------CTG-GA---CT--TCAAC---A--------TAAAA-T-C---CAGGTATTTACC--AACA----AATGCCT-CG--GACATAT-TTGTA-A-AGTGTAG--TGGCC--AA--AAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTGGATCGTACCATCCAAG--ATCCA-----GCAGATA-ggaaaacacaaatgtgacacgccatgctctggaatggaatccccagggccactgacaggaagagaggtagaccaaaaaacaacctgggacgaagtggaggc
gi|8 : cgATTTTTAAACCACC-GACGTGAAAAAGCT--CAGTC---CTTCTATATGGGTC-CGAGA---CAATGGGCGAGTCA-ACCA-AC-C--------CCGTGAGATCA--CCAAC---A--------GATA----C---CAGACTTTTGTCA-AACA----AGTGcgctg
gi|9 : agtagccaatgaagaccggtctataatattagatacaccacaaagacaggagttgtaaagcatgctcggtgttttgactaactcgagagaaccattacaatctacaagtggaaaaatcaagtgaatgactgaatcatgcttcacttactctgatgtgttagtcaggacaccgactggtcggcgctgatgagatgtataggaggccgtgaatacgccaaaggtccgtaggttcggctctcaacatcccctgctgaacgctatctggagacctaccataagcgtgttaacgccagcgataatacatgaggcatcccgccA--CAG-----ACCTC-ATATC-----TTG-----GGAGCGTGAT-CAGC-A-AAGACTGTGGAA-CAGATGATGACATCAA-----G--A-GC---C-GCA-TCAAC-----AAAGCTA-GGCACACAT-TCAACACTCTGC--AGTCCATTTGGA-GAT----CC---A----GT---G--C-ATTATCCCC----TCA-AAAC------AAG-AT--CAGGATATTCAA--TGCT-AACG-GGAA----GA-AAGTC---CTCCTTTATGGGTC-TGAGA---C-CTA---GAG----AGTA-AC----------C---GA---CA--CCAACCCTA--------TGAGACT-C---CAGGCATTCATT--AACA----GATGTAT-C----ACA----TCAT--G-AACATCGCATGGCCTGAACGCAAACTTGTGGGAATGAACAAAC--CTAATTCCCATCAGTCAAGAAATCCA-----GAA--------A-C----GT--AA-----------ATGGGGTTGGATAGGGCATACACC------------GTGAAGACCattgagacgcaccactaaaaatcatcagtcgtgctgccgaatagatcttcaaattccagaacgcctaataatggcagaaaaccagccaaattcc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CCCCTTTATGCATGGTGCTGAATCATGGAAAGTCACAAAACACATCACCAACAAACTACACACTTTCCAAACCAAATGTCGAAGAAGAATTCTAAAGACATTGTGGCCAAACATAGTAAGCAACAAAGAGCTGTATGAGAGAACAACGACCCATTTCCTCGC
Unaligned ( gi|15 ): GCCGCCCCAAGGGAACTTGGAGAACAGTAGAGAGGGAGGTGAAAAGAAGGGTTGGACATGGGGTCATC
Unaligned ( gi|16 ): CAACCAAGACCTCTGGGAGAGAACTAGATAAGTCCCCATCGAACAAGAGATTAAGAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 2222 1 11 1 1 1 2222 1 22 1 1 1 22222 4444444 222222 333 1 22222222222 66666666666666666666666666666666666 11 2222 44444444444 3333333 1 222 11 11 1 22222222 333333 9999999999999999999999999 11 33 22 222 22 11 2222 44444444444 11 11111 1 3333333333333333333333333333333333 111 111111 444444444444444444444444444444 333333333333333333333333333333333 11 666666666666666666666666666666 222222 11 55555555555555555555555555555555 33333333333333333333 1111 55555555555555555555 11111111 1111 111 333333333333333333 222222 111 3333333333333333 111 3333333333333 111 111 55555555555555555555555555555555555555555555555 111 11111 2222222 11111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222222222222 11111 11111 11 22222222222 1111111111111111111 111 1111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 3333333 111 2222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 11111 111 11 11111 66666666666666666666666666666666 3333333333333
lowQualScore : 1 1 1 1 1 1 2 1 3333 22 3333 5 88 2 5 1 5 5 3333 1 5 1 55 2 3 3 1 7 0 77 1 3 11111 6 3333333 888888 1 0 3 7 7777 444 7 3 55555555555 0 99999999999999999999999999999999999 88 77 8888 3 0 00000000000 3 2222222 1 5 1 000 1 88 1 1 88 5 1 1 88888888 7 77 999 0 1 0 1 3 0 333333 7777777777777777777777777 00 0 6 11 0 00 333 7 77 7 66 0 0 8 2222 0 99999999999 1 8 1 55 0 00000 6 5 1 333 1 8 0 5555555555555555555555555555555555 5 444 1 1 0 88 3 1 1 1 1 1 3 333333 3 5 1 999999999999999999999999999999 0 5 0 666666666666666666666666666666666 1 11 4 000000000000000000000000000000 333333 11 1 1 8 0 3 0 55555555555555555555555555555555 8 22222222222222222222 8 4444 1 88888888888888888888 44 1 22 1 1 1 1 22 0 1 1 1 8 1 4 99999999 5 0 5555 000 111111111111111111 222222 77 333 1 4 7777777777777777 5 1 2 0 0 000 1 0 1 8888888888888 88 33 0 000 444 44444444444444444444444444444444444444444444444 6 000 1 99 00000 6 88 3333333 1 44444 1 77 5 77 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 4444444444444 66 11111 11111 2 0 1 00 4 4 1 55 4 4 99999999999 4 5555555555555555555 88888 1 4 222 5 8888 99 3 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 66 1 2 1 55 1 4 2222222 1 777 0 0 5555 55 44 111 5555 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 0000 9999 88888 0 77 4 555 5 1 0 77 33 777 77 7777 222 666 1 99 44444 44444444444444444444444444444444 1 1 2 7777777777777 1 7
lowQualScore : . . . . . . . . .... .. .... . .. . . . . . .... . . . .. . . . . . . .. . . ..... . ....... ...... . . . . .... ... . . ........... . ................................... .. .. .... . . ........... . ....... . . . ... . .. . . .. . . . ........ . .. ... . . . . . . ...... ......................... .. . . .. . .. ... . .. . .. . . . .... . ........... . . . .. . ..... . . . ... . . . .................................. . ... . . . .. . . . . . . . ...... . . . .............................. . . . ................................. . .. . .............................. ...... .. . . . . . . ................................ . .................... . .... . .................... .. . .. . . . . .. . . . . . . . ........ . . .... ... .................. ...... .. ... . . ................ . . . . . ... . . . ............. .. .. . ... ... ............................................... . ... . .. ..... . .. ....... . ..... . .. . .. ..................................................................... . ............. .. ..... ..... . . . .. . . . .. . . ........... . ................... ..... . . ... . .... .. . . .................................................... .. .. . . . .. . . ....... . ... . . .... .. .. ... .... . ..................................................... . .... .... ..... . .. . ... . . . .. .. ... .. .... ... ... . .. ..... ................................ . . . ............. . .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 5 0 5555 00 5555 5 00 5 5 0 5 5 5555 0 0 0 33 0 3 3 0 3 7 33 0 7 00000 7 3333333 333333 0 7 7 3 7777 000 3 3 00000000000 7 33333333333333333333333333333333333 33 33 3333 7 7 00000000000 7 0000000 0 5 0 555 0 00 0 0 00 5 0 0 77777777 3 33 333 7 0 7 0 7 7 777777 7777777777777777777777777 33 7 7 77 7 00 333 3 33 3 55 2 2 0 0000 8 00000000000 0 0 4 66 6 66666 4 0 0 444 0 0 6 6666666666666666666666666666666666 0 222 4 0 6 66 2 0 0 0 0 0 3 999999 0 1 0 000000000000000000000000000000 4 7 4 000000000000000000000000000000000 4 00 6 000000000000000000000000000000 222222 00 0 0 8 2 2 2 55555555555555555555555555555555 0 66666666666666666666 0 0000 0 66666666666666666666 00 4 44 0 4 4 0 00 6 4 0 0 9 0 0 00000000 7 1 1111 000 999999999999999999 111111 99 666 0 0 7777777777777777 7 7 1 4 3 999 4 4 0 1111111111111 00 77 1 000 999 22222222222222222222222222222222222222222222222 7 222 0 22 22222 7 33 5555555 0 33333 4 11 7 99 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 6666666666666 33 11111 11111 4 7 0 11 4 4 9 77 4 4 77777777777 4 6666666666666666666 77777 1 4 111 7 2222 66 4 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 11 8 7 6 55 0 0 0000000 0 000 5 3 6666 55 66 000 0000 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 9999 4444 55555 9 11 0 333 3 0 4 99 66 777 99 9999 999 000 5 22 33333 44444444444444444444444444444444 4 4 5 8888888888888 0 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGACTGGATNTNTGNTAACANCTNCCAGNAGGTCGAGGNAAGACGTAAAATNNAAGAAAGAAGTTGTCAACATCCTGCCGGAACAAGAGCACANAAGTATGGCAGCCCAAGCAGACACCACACTANAGCTNCACAAGGGAGTGAACAGAAGC-TGCAAGAAA-GACAA-ANGAGATTACGTCGATNAGCTCGCAG-A-G-AAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGANGCTTTACGATACGACCAAGACACTCTCTGGGAAG-A-CATGCA-ATC---CCATAA-GACCGGTCAAAGACAAG-GCG-GG-AAAAC---AT----CTCAA--A-A-TGAAA--AGCGACTAGAA----AGATGGACGGAACACTTCGAGGAG-TTCA--C--AATAGACCCGCACCAGAAAAACCCCCAANCATGGCANAAGCTNATAACCAGGNCCAGAGNTAAATGCGTCAAGAGATCATNAGNGGAAAAAAGGCTATCGAAATCGCTGAAAAACGGCAAAGCAGCTGGNCCAGACGGAATNCCACCCGAAGCCCCGAAGG-CC-ACATCCA-GT-----AATCTCCG--AA---C-TGCTGCAACCTTTACTGAAGAAGATCTGGGA--AGCGAGA-GAGTGC---CAGATGATTGGA-AAAGGGTCAC-TGGTGAAGCTGC-CNA-GAAAGGAGACCT--C--ANC--TTGCGANAACTGG-AGGGGCATCACGCTTCCTTC-CCG-TGCCGGCGAAGGTNCTNANCAGGATCATC-CTTGAGAGGATGAAA----GACGCGATTGGACAAG-AC-C-TCCGAGAC--GAGCAGGCAGGNTTCAGACA-GGACAGATCCTGCACNGACCANATCGCCACNCTGCGNATCA---TCGTCGAACAGTCCATNGAATG-GCAA--A--CAT-------CC-CTGC--ATATATCGA-CTTCGT-----------AGA---C-TT------------TGACA--GCGT---CC--------ACC-AG-GATAC--T--ATGGAA-G----ATCC--TGAGACACTACGGNATNCCAGCGAAAATTGT--A--AATAGTTGCNATGC-ATCCG-CAGCCGTATGA-GGAC----TT---CACATCG-T-CAAGTAA-TCCGC-G--ANGCATCTNTCA-----------CA--GACCCTTTCCACGTGAGNACAGGNGTGAAGCAAGGATGTCTNCTCTCACCNNTTCTATTCCTNCTGGTNATCGACTGGGTNACGAG-------GC-AGACGTCTGA---CA-----G--ACCAAGA---GGG------A--TCCAGTGGAC-TATNACGA-G-----------AANG-CTGGAAGACCTGGATTTTGCTGACGAT-C-TCGCCCTGCTGTCNCACCAG-T-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATNACGTCGGA------AA------GAAA-ACC--GGGCTNAAAATCAA--CAACAGA--AAGACAAAG-ATT-ATG-A-----GANT-----CAAACAA-GA-AAA--GAA-GGTCAATG-C----ATC-A-AC-------CGG---G---G-----GAAC-GAA-T---GA--------TCGAGGAGGTTGA-GA--CAG-----TTCAC-ATACC-----TTG-----GAAGCGTNAT-CAG-CA-AGANCGGTGGAA-CGGATGAAGACAT--A-----A--A-GC---C-GNA-TCGAC-----AAAGCCA-GNCACACCT-TCGNCACGCTGC--GACCAATTCGGA-GAT----CA---A----AC---G--C-CTTA----G----TCA-AAAC--CA--AAG-AT--CAGGATCTTCAA--CNCC-AACGTGAAA----TG-CNGTC---CTTCTTTATGGGTC-NG-AGA--C-ATG---GAG----ACCA-ACAG--------CCG-GA---CT--CCAAC---A--------TAAAA-T-C---CAGGCGTTTACC--AACA----GATGCCT-CG--GACATAT-TCGTA-G-AGTNTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAGATA-NC-A-C----GTC-AA--GGAAG-G--ATGGAGGTGGATTGGCCACACATC------------GCGAAAACCGTATACCAGAA
Reference ( family-389 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGACTGGATNTNTGNTAACANCTNCCAGNAGGTCGAGGNAAGACGTAAAATNNAAGAAAGAAGTTGTCAACATCCTGCCGGAACAAGAGCACANAAGTATGGCAGCCCAAGCAGACACCACACTANAGCTNCACAAGGGAGTGAACAGAAGC-TGCAAGAAA-GACAA-ANGAGATTACGTCGATNAGCTCGCAG-A-G-AAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGANGCTTTACGATACGACCAAGACACTCTCTGGGAAG-A-CATGCA-ATC---CCATAA-GACCGGTCAAAGACAAG-GCG-GG-AAAAC---AT----CTCAA--A-A-TGAAA--AGCGACTAGAA----AGATGGACGGAACACTTCGAGGAG-TTCA--C--AATAGACCCGCACCAGAAAAACCCCCAANCATGGCANAAGCTNATAACCAGGNCCAGAGNTAAATGCGTCAAGAGATCATNAGNGGAAAAAAGGCTATCGAAATCGCTGAAAAACGGCAAAGCAGCTGGNCCAGACGGAATNCCACCCGAAGCCCCGAAGG-CC-ACATCCA-GT-----AATCTCCG--AA---C-TGCTGCAACCTCTACTGAAGAAGATCTGGGA--AGCGAGA-GAGTGC---CAGATGATTGGA-GAAGGGTCAC-TGGTGAAGCTGC-CNA-GAAAGGAGACCT--C--ANC--TTGCGANAACTGG-AGGGGCATCACGCTTCCTTC-CCG-TGCCGGCGAAGGTNCTNANCAGGATCATC-CTTGAGAGGATGAAA----GACGCGATTGGACAAG-AC-C-TCCGAGAC--GAGCAGGCAGGNTTCAGACA-GGACAGATCCTGCACNGACCANATCGCCACNCTGCGNATCA---TCGTCGAACAGTCCATNGAATG-GCAA--A--CAT-------CC-CTGC--ATATATCGA-CTTCGT-----------AGA---C-TT------------TGACA--GCGT---CC--------AC--AG-GATAC--T--ATGGAA-G----ATCC--TGAGACACTACGGNATNCCAGCGAAAATTGT--A--AATAGTTGCNATGC-ATCCG-CAGCCGTATGA-GGAC----TT---CACATCG-T-CAAGTAA-TCCGC-G--ANGCATCTNTCA-----------CA--GACCCTTTCCACGTGAGNACAGGNGTGAAGCAAGGATGTCTNCTCTCACCNNTTCTATTCCTNCTGGTNATCGACTGGGTNACGAG-------GC-AGACGTCTGA---CA-----G--ACCAAGA---GGG------A--TCCAGTGGAC-TATNACGA-G-----------AANG-CTGGAAGACCTGGATTTTGCTGACGAT-C-TCGCCCTGCTGTCNCACCAG-T-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATNACGTCGGA------AA------GAAA-ACC--GGGCTNAAAATCAA--CAACAGA--AAGACAAAG-ATT-ATG-A-----GANT-----CAAACAA-GA-AAA--GAA-GGTCAGTG-C----ATC-A-AC-------CGG---G---G-----GAAC-GAA-T---GA--------TCGAGGAGGTTGA-GA--CAG-----TTCAC-ATACC-----TTG-----GAAGCGTNAT-CAG-CA-AGANCGGTGGAA-CGGATGAAGACAT--A-----A--A-GC---C-GNA-TCGAC-----AAAGCCA-GNCACACCT-TCGNCACGCTGC--GACCAATTCGGA-GAT----CA---A----AC---G--C-CTTA----G----TCA-AAAC--CA--AAG-AT--CAGGATCTTCAA--CNCC-AACGTGAAA----TG-CNGTC---CTTCTTTATGGGTC-NG-AGA--C-ATG---GAG----ACCA-ACAG--------CCG-GA---CT--CCAAC---A--------TAAAA-T-C---CAGGCGTTTACC--AACA----GATGCCT-CG--GACATAT-TCGTA-G-AGTNTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAGATA-NC-A-C----GTC-AA--GGAAG-G--ATGGAGGTGGATTGGCCACACATC------------GCGAAAACCGTATACCAGAA
gi|1 : AAAGATTGGATGTCTGATAACAGCTGTCAGAAGGTTGAGGAAAAACGTAAAATGAAAGAAAAAA----TCAACATC--GCAAAAACAAGAGCACAAAAGTATGAT-GCCCAAGTAAACACCA----AGAGCTGCACAAAGGAGTGAACAAATCT-TGTAGGAAA-GACAA-AAGAGATTACGTAAATCAGCTGGCAACA-G-AAGCAGAACAAGCAGC-------ATACA-TAGGTGATATAAAGACACTTTATAATATCACTAAAAC---CTT----AAG---CATGCA-AGT---C--TAA--ACTAGTAAAAGATAA---------AAAATGCAATTGTACTCAATAA-A-TCAAATGAGCAGATAGAA----AGGTGGAATGAGCATTTCAAAAA--TTTA--CTAAATAGACCTGAACCAGA-------CCAACCA-GGCACA---TTATAACCAGGGCCAGAACTAAA--CATCAAGAAA-CATGAGGGGAAAAAAAGCT-TTGAAATCACTGAAAAATGGAAAATCAGCTGGAATAGATGGAATACCACCTGAAGCATCGAA------ACATGGAGGTGAAGAAATCTCTG--AATTCT-TGTTGAAA---TTGCTGAATAAGATCTGGGA--AGCAAAACGAATACAAACAAA--ATAGAATAAAGGGTTAT-TAGTAAAACTAC-C-A-CAAAGGAGGCCT--A--AGCTGTTGTGAAAACTGG-AGGGGCATAACTCTT-CTGC-CAGTTGCAAGC-AAGATTTTATGCAGAGTGCTT-CTTAATATAATGAAA----CACGCTATTGATAAAG-CT-C-TCCGTGAC--GAACAGGCAGCATTTAGACC-AAATAGAAGCTGTAATGACCAGATTGCTACTCTAAGAATGA---TAGTGGAATAATCAGTAGAATG-GCAA--ATGCAT-------CC-CTGC--ATATATCAA-CTTAGT-----------AGA---C-TT------------TGATA--ATGT---CA--------AC--AG-GG--------ATGGAATGTGGCATCTAATGAGACACTATGGCATACCATCAAAGATTGT--A--AATA-TTGCCAAG--ATC------CTGTATGA-AGAC----TC---TACA--G-TGCAAATAA-TACAC-T--AAGCATCTCTTA-----------CC--GACCCTTTCCATATGAAAACAGGTGTGAAACAAGGATCTTTGCTCTCACCTACTTTATTCTTACTGGTGATTGATTGGATTACGAA-------GC-AGGCATTTGA---CA-----A--ACCAAAA---GGG------A--TTCAGTGGAC-TATGACAA-G-----------AAGG-TTAGAAGATCTAGATTTTGCTGATGAT-C-TCGCCCTACTGTCTCAACAGAT-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CGA---A---AG-----GA---TGAATAACATCGGA------AA------GAAA-ATA--GGGCTTAAAATCAA--CAACAGA--AAAACAAAG-ATT-ATGAA-----GGTT-----CAAACAA-GA-AAA--GAAGGGTCAGTG------ATC-ATGT-------TAG---G---A-----GAACGGAA-CTCGGA--------TCATGATAGTTGA-GA--CAG-----TTTAC-ATATC-----TTG-----GAAGTGTCAT--AG-TA-AGACCGGTGAAA-CAGATGAAGACAT--A-----A--T-GC---CAGAA-TATGC-----AAAGCCC-GTCAAGCCT-TCGCCATGTTAA--AACCAGTTTGGA-AAT----CA---A----AC---G--TGCTTA----G----TGA-AAAC--CC--AAA-GT--CAGAAT-TTCAA--CACC-AATGTAAAA----CA-CTGTCTATTTTCGTAATGGGTCGTGTAAACCC-CTG---GAG----ACTA-ACAG--------CTG-GA---CT--TCAAC---A--------TAAAA-T-C---TTGGTATTTACC--AACA----AATGCCT-CA--GACATAT-TTGTA-G-AGTGTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAT--GAGTGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAGATACCC-A-C----ATTAAA--AGAAG-GGCATGGAAATGGATTGGCCACACATG------------GCGAAAACCGCATACCAGAA
gi|10 : aaaaagtcctaggaaagaaaaccaacaagaagGA-AA--CAGATCGCTTCAC-ATACCGTATCTTG-----GGAGCGTGAT--AG-AA-AGGACGGTGGAAATAGATAGTGACATTCA-----G--A-GC---C-GCG-TCAAC-----AAAGCCA-GT-ACACTTCTCAACACTCTGT--GGTCCATTTGGA-GAC----CC---AGTGCAC---GATC-CCT----------TCA-AAAC------AAGCAT--T-GGATCTTCAA--CACC-AACGTGAAG-----G-CTGTC---GCCTTTTATGGATC-T--AGA--C-CT------G----ACCA-ACAGCAACTAGACCA-GA---CT--CCAGC---ATTCACTTTTAAA---------AGGTGTTTAC
gi|12 : cagaaagaagactgagatttagagcaatgcagggacagaccaccaccgA---TTATCGAACAAGCCATAGAATG-G-----A---AT-------CC-CAACCTATATATCTT-CTTTGT-----------AGA---T-TT------------TGAGAAGGCAT---TCGACAGTGAAC--AGAGACACATT--ATGGAA-G----ATCA--TGAAAAACTACGGAATCCaccacatcatgaacatcagcagatggcccgaaaagatcttccac
gi|13 : -----GCAAACA-AT-AAC----ATC-AA--GGAA-----ATGGAGGTGGATTGGCCACACATT------------GAGAAAtcgataagatc
gi|14 : accggtcatTATC--AACA----AATGTCT-CG--GACATAT-TTGTA-A-AGTGTGG--CGGCC--AA-GAAAAATTAC--GAATG----AACTTCTGGATAGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCggaaaacacagatgtgacacaccatgctctggaatggaatcccacaggaagagaggtagaccaa
gi|14 : GCCACACATG------------GCGAAAACCGTATACCAGcacacatggcgaaaaccgtataccagcat
gi|2 : tatcaacaaatgtctcggacatatttgtaaagtgtggcggccaagaaaaattacgaatgaacttctggatagtaccaaccaagatccaAAAGACTGGATCTATGTTAACACCTTCCAGCAAATCCAAGCAAGA----AAATTCAAGAAAGAAGTTGTCAAC-TCCTGCCGGA-CAAGAGTACACAAA-ATGGCAGCCCAAGCAGATATTACACTATAG-TCCACAAGGAAGTGAGGAGGAGCGTG-AAAAAA-GACAA-ACCATATTACATTGAGAGGCTTGCAG-A-GCAAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGAAGTTCTATGCTACGACCAAGATACTCTCTGGAAAGTA-CATGTACATCAAACCATAACGGCCAGTCAAAGACAAGCGCG-GGCAAAAC---AT----CTCAG--ACACTGAAA--AACAACTGGAA----AGATGGGCAGAACACTTCGAGGAGCTTCA--C--AATAGACCAGCACTAGAAAAACCCCCAAACATAGCAGAAGCTGATA--TAGACCTAGAGATAAATGTGTCAAGAGATCATTAGTG---------CTATTGAAA-AGTTGAAAAATGGCCAGGTAGCTGGTCCAGACGGAATCCCCACAGAAACCCTCAAGGACT-ACAACCA-ATT----AATAT------G---C-TGCTACAACTTTTA--AAAGAAAAACTGGGACCAGGAAGA--AGTGC---CAGCTGATTGGA-AA--GATCA-----TCAAGCTGC-CCCCAAAAAGATACCG--C--AGCAATTGCGAGAACTAC-AGAGGCATCTCACT-CCTGT-CAG-TGCCGGAAAAGGTGTTCAACAGGATTTTA-CTTGAGAGGATGAGA----GACGCGATTG-ACATTCAT-C-TAAGAGAC--AACCAGGCGGGCTTCAGACA-GGGCAGATCTTGCACCGACCAGATCGCCATGCTTCGCATCA---TCGTTGAGTAATCCCTTGAGTG--TAACTA--C-T-------CA-TTG----TATATCAA-CTTTGT-----------GGA---T-TTCCTCAAGGCATTTGACA--GCTT---CC--------ACC-AC-GATACCCT--CTGGCA-A----TTCC--TCCGACACTACGGGATACCAGCTAAAATTAT--ACGAA------CGAT----TCAG-CAGTCATATGA-GGGTATGGTTTGCCACGTCGTT-CATGGAAGTCAGCTG--ATGCATC--------------------G----TTTTGACACAAGGACAGAGGTAAGGCAAGGATGCCTCCTGT-ACCATTCCTATTCCTCCTCGTCATCGACTGGGTGATGAG-------GA-AAACGACAGA---TA-----G--ACAAAGGAATGGT------A--TCTAATGGAC-CCTCTGGA-A-----------ACAG-TTGAACTACCTCAACTTTGCTGATGAC-C-TTGTTCTGCTCTCGCA-CAT-T-TATCA-ACAAATGCAGAG-CA---AAA-cat
gi|2 : actttggcaaggaacaagagatgcctttacagaaacattcaagccaaatacATC-----CAAACAA-GA-AAT--GAA-CGCC--TC-C----AGC-A--C-------TGA---G---GTAATAAAACTGGA-T---GACAACAACTTGGAAGAGGTCGA-AA--CA------TTCAC-CTACC-----TTG-----T--GTGTGAT-CAACCA-ACAG-GGAGGAA-CAGATACAGATATTAA-----A--A-CC---C-GCA-TTGG------AAAGACA-AGAACATCT-T--TCATGGT------CC---TCAG----------A---A----AC---A--C---------G----TCATGCAC--CA--AAG--T--CCGCCTCTTCAA--TTCA-AATGT--------TGTCTGTC---CTGTTTTATGGGGC-AG-AAA--C-ATG---GCG----AACT-ACAA---------AG-GC---CA--CCATC---A--------GAAAATT-T---CAAACTTTTAagccccgtctcctatgtcggcctccacatccatccaaacaagaaatgaacgcctccagcactgaggtaataaaactggatgacaacaacttggaagaggtcgaaacattcacctaccttgtgtgtgatcaaccaacagggaggaacagatacagatattaaaacccgcattggaaagacaagaacatctttcatggtcctcagaaacacgtcatgcaccaaagtccgcctcttcaattcaaatgttgtctgtcctgttttatggggcagaaacatggcgaactacaaaggccaccatcagaaaatttcaaacttttataaattcctgcttatgaagaatcctgaagatccactggccagataaaatcagtaacacagatctctgagaaaaaaacccaagtgccaatagaaaaagagattagaa
gi|3 : actttggcaaggaacaagagatgcctttacagaaacattcaagccaaatacaaagactggatctatgttaacaccttccagcaaatccaagcaagaaaattcaagaaagaagttgtcaactcctgccggacaagagtacacaaaatggcagcccaagcagatattacactatagtccacaaggaagtgaggaggagcgtgaaaaaagacaaaccatattacattgagaggcttgcagagcaagcagaacaaacagcctacaatgggaacatgaagaagttctatgctacgaccaagatactctctggaaagtacatgtacatcaaaccataacggccagtcaaagacaagcgcgggcaaaacatctcagacactgaaaaacaactggaaagatgggcagaacacttcgaggagcttcacaatagaccagcactagaaaaacccccaaacatagcagaagctgatatagacctagagataaatgtgtcaagagatcattagtgctattgaaaagttgaaaaatggccaggtagctggtccagacggaatccccacagaaaccctcaaggactacaaccaattaatatgctgctacaacttttaaaagaaaaactgggaccaggaagaagtgccagctgattggaaagatcatcaagctgcccccaaaaagataccgcagcaattgcgagaactacagaggcatctcactcctgtcagtgccggaaaaggtgttcaacaggattttacttgagaggatgagagacgcgattgacattcatctaagagacaaccaggcgggcttcagacagggcagatcttgcaccgaccagatcgccatgcttcgcatcatcgttgagtaatcccttgagtgtaactactcattgtatatcaactttgtggatttcctcaaggcatttgacagcttccaccacgataccctctggcaattcctccgacactacgggataccagctaaaattatacgaacgattcagcagtcatatgagggtatggtttgccacgtcgttcatggaagtcagctgatgcatcgttttgacacaaggacagaggtaaggcaaggatgcctcctgtaccattcctattcctcctcgtcatcgactgggtgatgaggaaaacgacagatagacaaaggaatggtatctaatggaccctctggaaacagttgaactacctcaactttgctgatgaccttgttctgctctcgcacatttatcaacaaatgcagagcaaaaagccccgtctcctatgtcggcctccacatccAGTCAACAGAAG--TGCAAGAGACGACAAGAGGAGATT-CATCCATGACCTCACAG-AAG-AAGCA---TAAACAGCGGCGGGCCAACAA-----AACATGAAAAGGCTTTACGAGACAACCAGGACACTCTCTGGGAAA-AACA-GCA-ATC---CCACCA-GACCGGTCAAAGACAAGAACGAAG-AAACC---AT----CACAA--G-A--GAGG--AG-GACCAGAAGACGAGATGGACGGAACACTTCAAGGAG--ACACTC--AACAGACCCCCACCAtaaattcctgcttatgaagaatcctgaagatccactggccagataaaatcagtaacacagatctctgagaaaaaaacccaagtgccaatagaaaaagagattagaa
gi|3 : AAGGCCATC-AAGTCCCTCAAGTCCGGCAAAGCAGCAGGCCCTGATGGCATTCCACCCGAAGCCCTGAAGG-CCCACATCCA--------AACCTCCACCAA---CATGCTGCACCCTCTACTGAAGATGATCTGAGAG-AACGAGA-GTGTGC---CAGATGATTGGAAGAAGGGACACCTGGTGAAGCTGC-CGAAGAAAGGAGACCT--CTCATC--CTGCAACAACTGG-AGAGGCATCATGCT-CCTTC-CCA-TACCGGTGAAGGTTCTCTTCAGGATCATC-TTGGAGAGGCTGAAG----ACCGCG-TTGGACAAG-ACAT-TCCAAGAG--GAGCAGGCAGGGTTCCGGCA-AGACCGATCCTGCACTGACCACATAGTGACGATGAGGATCA---TCATCGCACAGTCCCTGGAGTG-CCAG--A--CTC-------CC-CTG----TACAGCGT-CTTCGT-----------TGA---C-TT------------ccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcaaggccatcaagtccctcaagtccggcaaagcagcaggccctgatggcattccacccgaagccctgaaggcccacatccaaacctccaccaacatgctgcaccctctactgaagatgatctgagagaacgagagtgtgccagatgattggaagaagggacacctggtgaagctgccgaagaaaggagacctctcatcctgcaacaactggagaggcatcatgctccttcccataccggtgaaggttctcttcaggatcatcttggagaggctgaagaccgcgttggacaagacattccaagaggagcaggcagggttccggcaagaccgatcctgcactgaccacatagtgacgatgaggatcatcatcgcacagtccctggagtgccagactcccctgtacagcgtcttcgttgacttccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaatcgactgggtcatgcggcagtcgacaataaggaagaagacagggatccagtggacattcactaagcagctgtgggacctggatttcgccgacaacattgccctcctgtcccacagcatcaagacgcccaggaaaagctcaacagagtcgccggagaagccgagaagaccgggctcaagatcaaaatgaccaagacagaagtcatgagagtcaacagcaaacaacatgcccccatccaactacaccaggaaaatatcaaaaaggttgacaaattcgtatacctcggcagcgtagtcagcaacaattgtggagcggacgaagacatcaggagccgcatcaacaaagccaggcacacctttcgcactctacgcccaatctgaagatcctcagccttatcccaacacaacaagatcaggatcttcaactccaacgtgaagtcagtcctatttcagggctctaagacatggcgcaccacaaagacaaactcccacaaagctgcaaaccttcatcacagatgcctccgttgacatccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|3 : agtcaacagaagtgcaagagacgacaagaggagattcatccatgacctcacagaagaagcataaacagcggcgggccaacaaaacatgaaaaggctttacgagacaaccaggacactctctgggaaaaacagcaatcccaccagaccggtcaaagacaagaacgaagaaaccatcacaagagaggaggaccagaagacgagatggacggaacacttcaaggagacactcaacagacccccaccaccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcGTAATCGACTGGGTCATGCG-------GC-AG---TC-GA---CAATAAGG--AAGAAGACA-GGG------A--TCCAGTGGAC-ATTCACTA-A-----------GCAG-CTGTGGGACCTGGATTTCGCCGACAAC-A-TTGCCCTCCTGTCCCAC-AG-CATC--A-AGACGC-CCAGGA-A---AAG-CTCAA---C---AG-----AG---T------CGCCGGA------GAAGCCGAGAAG-ACC--GGGCTCAAGATCAA---AAT-GACCAAGACAGAA-GTC-ATG-A-----GAGT-----CAA-CA--GC-AAA--CAA----CA-TG-CCCCCATCCA-AC-------TAC---ACCAG-----GAA---AA-T----A--------TCAAAAAGGTTGA-CA---AA-----TTCGT-ATACC-----TCG-----GCAGCGTAGT-CAG-CA-ACAATTGTGGAG-CGGACGAAGACAT--C-----AGGA-GC---C-GCA-TCAAC-----AAAGCCA-GGCACACCT-TTCGCACTCTAC--GCCCAATCTGAA-GAT----C----------CTCAG--C-CTTA---------TCC-CAACA-CAACAAG-AT--CAGGATCTTCAA--CTCC-AACGTGAAG----T--CAGTC---CTATTTCAGGGCTC-TA-AGA--C-ATG---GCGC---ACCACAAAG--------ACA-AA---CT--CCCAC---A---------AAGC-T-G---CAAACCTTCATC---ACA----GATGCCTCCGTTGACATccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaatcgactgggtcatgcggcagtcgacaataaggaagaagacagggatccagtggacattcactaagcagctgtgggacctggatttcgccgacaacattgccctcctgtcccacagcatcaagacgcccaggaaaagctcaacagagtcgccggagaagccgagaagaccgggctcaagatcaaaatgaccaagacagaagtcatgagagtcaacagcaaacaacatgcccccatccaactacaccaggaaaatatcaaaaaggttgacaaattcgtatacctcggcagcgtagtcagcaacaattgtggagcggacgaagacatcaggagccgcatcaacaaagccaggcacacctttcgcactctacgcccaatctgaagatcctcagccttatcccaacacaacaagatcaggatcttcaactccaacgtgaagtcagtcctatttcagggctctaagacatggcgcaccacaaagacaaactcccacaaagctgcaaaccttcatcacagatgcctccgttgacatccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|4 : agtcaacagaagtgcaagagacgacaagaggagattcatccatgacctcacagaagaagcataaacagcggcgggccaacaaaacatgaaaaggctttacgagacaaccaggacactctctgggaaaaacagcaatcccaccagaccggtcaaagacaagaacgaagaaaccatcacaagagaggaggaccagaagacgagatggacggaacacttcaaggagacactcaacagacccccaccaccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcaaggccatcaagtccctcaagtccggcaaagcagcaggccctgatggcattccacccgaagccctgaaggcccacatccaaacctccaccaacatgctgcaccctctactgaagatgatctgagagaacgagagtgtgccagatgattggaagaagggacacctggtgaagctgccgaagaaaggagacctctcatcctgcaacaactggagaggcatcatgctccttcccataccggtgaaggttctcttcaggatcatcttggagaggctgaagaccgcgttggacaagacattccaagaggagcaggcagggttccggcaagaccgatcctgcactgaccacatagtgacgatgaggatcatcatcgcacagtccctggagtgccagactcccctgtacagcgtcttcgttgacttccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAAGCTGT-CCA-AAAAGGAGA-------------TTGCAATAACTGG-AAGGGCATAACACTTCCTTC-TCT-TGCTGTCAAA---ACTGAC----ATCAGCTCTTGAGA-------------------------AAG-AC-C-TCCGACTA--GAACAAGCAGGTTTCCGCCCTGGGC-GATCCTGCTCGGATTACATCTTCACTCTGC--ATCAGATTC-TGGAACAG---ATC-AATGAGCAA--A--CATG------CCACTG----TACATCAA-TTTCATTGACCTGGAGAAGAT--C-TT------------TGACA--GCAT---CC--------ACCAAG-AAT-C--TTTATAGAA-G----ATCC--TGAGGTACTATGGGGTCCCTGCGAAACTTGTCCA--GGTAGTTGCAATGCTATCC------------A-GGAC----TT---CAAATC--C-CAAGTAA-TCTGC-G--ACACATAGATCA-----------CA--GACACCTTCAACGTCAGCACGGGAGTAAAGCAGGGCTGCATTCTATCGCCGTTTCTCTTCGTCCTAGCCATGGACTGGATTATGAAAAATTCCGC-GGATG---GA---GA-----G--AT-GAGA---GGG------A--TCAGGTGGAC-CATGACAATGTCAACAACAACAATG-CTAGAAGATATGGACTTTGCTGACGAT-A-TTGCCCTGCTGTAACACC------------GCCA--CCGAGACATGCAAA----AA---A---AGACA--GA---TG--CCATGACAAA------AACAGCT-GGAA-ACCTTGGCCCAAAGGTCAG--CATCATA--AAGACCAAG-AGC-GTG-A-----GAAT-------------GA-ATGCCGAA-GTTCTATGAC----ATC-A-AA-------CTGAACG---G-----TAAT-GA------GA--------TCGAGGAAGTTAATGA--T-------TTCAC-CTATC-----TTGAATCCAAAATGTCA-------A-ATACAGGTG--A-TG--TGGAAGTAG--A-----A--A-TC---C-GGGCTCGACTTGCTAAAGCCG-CCTAGACCT-TCACCTCACT-CAAGAACACATGGAA-GA-----CAGGGA----AC---A--T-CC------G----CC-----------------T--GAGAATCTTCAA--ATCA-AATGCG-AT----TA-CCACC---CTCCTTTATGGATC-AG-AGG--C-ATA---GAAGATTACCA-A-AA--------CCATGA-------GCA-----A--------TAAAC-T-T-----GACGTCTTCCAAAACA----GATGCCT-GA--GACGCAT-TC-TACGCATTCTAT--TGGCC--AA-ATACAATCAC--CAATGAAG-AACTT-TA---CGGAATAACAGAA--ACCGA-----ACCCATCTCC-A-CGCAAGTC-AAACGAAAGCG--TTGGCGATGGATAGG--ACATGTCCTCTGCCAGTAGACGAAAACCTTAT-CCAGAAccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|5 : tggaaaatgatctcatctttC-TGGTGAAACTACTCAA-GAAAGT-GACCTTTC---CC--TTGTGGCAACTGGCGGGGGAATCATGCTTGCTTCTCCA-CCCCAGC-AACGTGCTGACCAGGATCATC-CTGGAGAG-ACGAAAAGGGGGCGC---TAGACAAG-AG-AAT--GAGATCAGAGCAGGCAGGATTTAGACA-GGACAGATCATGTACAGACCACATCGCCACCCTGCGCATCA---TA--CGAGCAGTCCATCGAATG-CCA-------GT-------CT-CCGT---TGTACAGACCTTCGT-----------TGA---C-TT------------TGAcagccctaagatgaattcaagacggccgacaaacgcgaggccgccccaaggaaacttggaggagaacaatggtgagggagatgaaggagaaaggttggacatggggccgc
gi|5 : aaactaggcataagcTCATAGATTGGATAACGAG-------GA-AAACAACAGAGGGCA-----G----CAACACC-GGC------A--TACAGTGGACATTTCACCA-A-----------ACAG-CTGGAGGACCTGGATTTTGCGGACG---CATTGGCCTATTGTCCC-CCA----CA--AGAAACAT-C--ATGCA---CAGTC-CAA---GCTCAC-----AC---TCAACT-CGCCGAAGTGGCCAA------GAAGGACC--GTCCTGAGAATCAA--CGCCAGA--AAGACATAG-GCTGATG-GCGGCTGAAA-----CAAACAA-GA-CAA--GAG----CAACC-C----ATT-A-GCAGTTCTGCAG---G---A-----GAAC----------A--------TCAAGGAGACTGA--ATTCGC-----TTCACTTTACC-----TCG-----GAAGTGTAGTGCAG-CACAGATTGGCGGGC-CTGATGAAGATGT--ATATGGG--A-GCTCGC-GTA-TCGCA-----AAAGCCAGGGTTCACCT-C--ACACCCTGC--GACC-CTTCTGA-GACTCCGCA---A----AG---C--C-CTTA----T----CCC-AAACG-CAC-AAG-ATTCCCGCATCTTTAA--CACCAAACGTGAAA-----G-CAGTC---CTTCTATAT-GGTC-CG-A-A--C-ATGC--GAGTT--ACCA-ACA---------CCG-AA---ATCACCAAC-------------AAGA-TGC---CAGAC-TTTG----AACA----AGTGCTTGAG--AACATATCTCATA-C-A-TCAGG--TGGCCT-TG-GGAAGATTTC--AAATGCAG-AACTgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatcatagattggataacgaggaaaacaacagagggcagcaacaccggcatacagtggacatttcaccaaacagctggaggacctggattttgcggacgcattggcctattgtcccccacaagaaacatcatgcacagtccaagctcacactcaactcgccgaagtggccaagaaggaccgtcctgagaatcaacgccagaaagacataggctgatggcggctgaaacaaacaagacaagagcaacccattagcagttctgcaggagaacatcaaggagactgaattcgcttcactttacctcggaagtgtagtgcagcacagattggcgggcctgatgaagatgtatatgggagctcgcgtatcgcaaaagccagggttcacctcacaccctgcgacccttctgagactccgcaaagcccttatcccaaacgcacaagattcccgcatctttaacaccaaacgtgaaagcagtccttctatatggtccgaacatgcgagttaccaacaccgaaatcaccaacaagatgccagactttgaacaagtgcttgagaacatatctcatacatcaggtggccttgggaagatttcaaatgcagaactatggaatgaggagaaaccagccaaattc
gi|6 : aaactaggcataagcctggtgaaactactcaagaaagtgacctttcccttgtggcaactggcgggggaatcatgcttgcttctccaccccagcaacgtgctgaccaggatcatcctggagagacgaaaagggggcgctagacaagagaatgagatcagagcaggcaggatttagacaggacagatcatgtacagaccacatcgccaccctgcgcatcatacgagcagtccatcgaatgccagtctccgttgtacagaccttcgttgactttgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaAGATTATGTACTGACCCAATTGCGACATTACGAATCA---TTATAGAACAAACCATTGAATG-GCAG--G--CATCACTATACC-TTGC--ATTTATAGA-TTTTG------------AGAAGGCATT------------TGATA--GTATAGACC--------AT--CA-AATAC--T--ATGAAG-C----ATTC--TCAGACACTATGGTATTCCA--GAAAA------A--AATAATATCTAT-C-ATCCGCCAGCTGTATGATGGA-----TT---CAC-TTG-T-CAAGTCA-TCCAT-GGTGGGAACCTA--A-----------CA--GATCCTTTTCCTGTATCCACCGGGGTCCAGCAAGGATGTCTACTCTCTCCTCTTCTCTTTCTGATGGTAAT-GCCTGGGTCA-----------GCAAAACATCTTA---CA-----GTAAACATTT---GGGC-----A--TCAAATGGAC--ACTACAA-T-----------CATGTCTTGAAGACCTAGATTTTGCAGACGATGT-TTGTCA-GCTTTCACATC-G-T-CA--C-CCACAC-TC---ACA---AGA-A-CAATTTA---AGCTTCCAACCTTGAATCAAATTCGA------AA------AAAA-GTT--TGGTTATACATCAGTCCAAC--T--AAGACAAAATATT--TG-A-----GGATAAATGTAAACAA-TACAAA--TAA-AACTAAGG-------TC-A-----------GA---G---G-----TGCC-GAA------A--------TCGAAGATGTTG--GG--CAA-----TTTAC-CTACC-----TTG-----GAAGTGTCAT-CGG-CA-CATTAGGAGGGA-CCGATGAAGATAT--AC----A--A-GC---A-AG----GAA-----AAAG------TAAACCT-TTGCAATCCTCA--AACCAATCTGGAGGAG----GA---A----AA---C--T-CTCA----GAACATCA-A-----CA--AAG-AT--AAGAATCTTCAA--CTCA-AACGTAAAA----T--CAGTT---CTTCTATGTGGATC-AG-GGA--C-ATG---GAG----ATCA-ACAG--------CTG------CT--TCCAC------------TAAAA-C-CATATATGTGTTTATA--AACAGATCGATGCCT-AA--GAAACA--TCATAGG-AATCAAG--TGGCC--AG-AAAAGCTTAT--G-----GC-AA-----AGG----ACCAAACAAG--AACCGGTCATGCAAACA-ATAA-C----ATC-AA--GAAA-----ATGGAGGTGGATTGACCACAAATT------------GAGAAAatggaatgaggagaaaccagccaaattc
gi|7 : GA-AGAC----TT---TACAATG---CAAATAA-TACAC-G--AAGCATCTCTCAGCCCCGGCTCTCATCGAACCCTTCCATGTGAAAACAGGTGTGAAACAAGGATGTTTACTCTCACCAACCTTATTCTTACTGGTTATTGCCTGGATTACAAA-------GC-AGACATTTGA---CA-----A--ACCAAGA---GGGTTTCAAACTTTCAGTGGAC-TATGACGA-G-----------AA---------GATCTAGATTTTGCTGATGAT-C-TCGCCCTACTGTCTCACAAGAT-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATAACATCGGA------AA------GAAA-ATA--GGGCTTAAAAATAA--CAACAGA--AAAACAAAC-ATT-ATGAA-----GATT-----CAAACAAGGA-AAG--GAG-GGTCAGTG------A-C-A-AT-------TGGA--G---G-----GGAC-GAACT---G-----------GAAGAAGTTGA--A--CAG-----TTTAC-ACATC-----TAG-----GAAGTGTCAT-TAG-TA-AGACCGGTGGCA-CAAATGAAGACAT--A-----A--ATGC---TAAAA-TATGC-----AAAACCC-GTCAAGCCT-TAGACATGTTAA--AACCAGTTTGGA-AAT----CA---A----AC---G--TGCTTA----G----TGA-AAACATC---AAG-GT--CAGAATATTCAA--CACC-AATGTAAAA----T--CTGTC---CTTTTCTATGGGTG-TG-AAA--C-CAG---GAC----ACTA-ACAG--------CTG-GA---CT--TCAAC---A--------TAAAA-T-C---CAGGTATTTACC--AACA----AATGCCT-CG--GACATAT-TTGTA-A-AGTGTAG--TGGCC--AA--AAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTGGATCGTACCATCCAAG--ATCCA-----GCAGATA-ggaaaacacaaatgtgacacgccatgctctggaatggaatccccagggccactgacaggaagagaggtagaccaaaaaacaacctgggacgaagtggaggc
gi|8 : cgATTTTTAAACCACC-GACGTGAAAAAGCT--CAGTC---CTTCTATATGGGTC-CG-AGA--CAATGGGCGAGTCA-ACCA-AC-C--------CCGTGAGATCA--CCAAC---A--------GATA----C---CAGACTTTTGTCA-AACA----AGTGcgctg
gi|9 : agtagccaatgaagaccggtctataatattagatacaccacaaagacaggagttgtaaagcatgctcggtgttttgactaactcgagagaaccattacaatctacaagtggaaaaatcaagtgaatgactgaatcatgcttcacttactctgatgtgttagtcaggacaccgactggtcggcgctgatgagatgtataggaggccgtgaatacgccaaaggtccgtaggttcggctctcaacatcccctgctgaacgctatctggagacctaccataagcgtgttaacgccagcgataatacatgaggcatcccgccA--CAG-----ACCTC-ATATC-----TTG-----GGAGCGTGAT-CAG-CA-AAGACTGTGGAA-CAGATGATGACATCAA-----G--A-GC---C-GCA-TCAAC-----AAAGCTA-GGCACACAT-TCAACACTCTGC--AGTCCATTTGGA-GAT----CC---A----GT---G--C-ATTATCCCC----TCA-AAAC------AAG-AT--CAGGATATTCAA--TGCT-AACG-GGAA----GA-AAGTC---CTCCTTTATGGGTC-TG-AGA--C-CTA---GAG----AGTA-AC----------C---GA---CA--CCAACCCTA--------TGAGACT-C---CAGGCATTCATT--AACA----GATGTAT-C----ACA----TCAT--G-AACATCGCATGGCCTGAACGCAAACTTGTGGGAATGAACAAAC--CTAATTCCCATCAGTCAAGAAATCCA-----GAA--------A-C----GT--AA-----------ATGGGGTTGGATAGGGCATACACC------------GTGAAGACCattgagacgcaccactaaaaatcatcagtcgtgctgccgaatagatcttcaaattccagaacgcctaataatggcagaaaaccagccaaattcc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CCCCTTTATGCATGGTGCTGAATCATGGAAAGTCACAAAACACATCACCAACAAACTACACACTTTCCAAACCAAATGTCGAAGAAGAATTCTAAAGACATTGTGGCCAAACATAGTAAGCAACAAAGAGCTGTATGAGAGAACAACGACCCATTTCCTCGC
Unaligned ( gi|15 ): GCCGCCCCAAGGGAACTTGGAGAACAGTAGAGAGGGAGGTGAAAAGAAGGGTTGGACATGGGGTCATC
Unaligned ( gi|16 ): CAACCAAGACCTCTGGGAGAGAACTAGATAAGTCCCCATCGAACAAGAGATTAAGAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 2222 1 11 1 1 1 2222 1 22 1 1 1 22222 4444444 222222 333 1 22222222222 66666666666666666666666666666666666 11 2222 44444444444 3333333 1 222 11 11 1 3333333333 333333 99999999999999999999999999 11 33 22 222 111 11 1111 44444444444 11111 1 3333333333333333333333333333333333 111 111111 44444444444444444444444444 555555555555555555555555555555 11 111 44444444444444444444444 11 55555555555555555555555555555555 33333333333333333333 1111 55555555555555555555 11111111 1111 111 333333333333333333 222222 111 3333333333333333 111 3333333333333 111 111 55555555555555555555555555555555555555555555555 111 11111 2222222 11111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222222222222 11111 11111 11 22222222222 1111111111111111111 111 111 1111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 3333333 111 2222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 11111 111 11 11111 66666666666666666666666666666666 3333333333333
lowQualScore : 1 1 1 1 1 1 2 1 3333 22 3333 5 88 2 5 1 5 5 3333 1 5 1 55 2 3 3 1 7 0 77 1 3 11111 6 3333333 888888 1 0 3 7 7777 444 7 3 55555555555 0 99999999999999999999999999999999999 88 77 8888 3 0 00000000000 3 2222222 1 5 1 000 1 88 1 1 88 5 1 2222222222 7 77 999 0 1 0 1 3 0 333333 77777777777777777777777777 00 6 11 0 00 333 7 111 55 99 3 3 999 4444 0 99999999999 1 8 1 666 0 00000 6 5 1 333 1 8 0 5555555555555555555555555555555555 5 444 1 1 0 88 3 1 1 1 1 1 3 333333 3 5 1 5 55555555555555555555555555 0 5 0 444444444444444444444444444444 1 11 4 444 66666666666666666666666 777 11 1 1 8 0 3 0 55555555555555555555555555555555 8 22222222222222222222 8 4444 1 88888888888888888888 44 1 22 1 1 1 1 22 0 1 1 1 8 1 4 99999999 5 0 5555 000 111111111111111111 222222 77 333 1 4 7777777777777777 5 1 2 0 0 000 1 0 1 8888888888888 88 33 0 000 444 44444444444444444444444444444444444444444444444 6 000 1 99 00000 6 88 3333333 1 44444 1 77 5 77 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 4444444444444 1 4 11111 11111 2 0 1 00 4 4 1 55 4 4 99999999999 4 5555555555555555555 0 000 1 4 222 5 8888 99 3 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 66 1 2 1 55 1 4 2222222 1 777 0 0 5555 55 44 111 5555 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 0000 9999 88888 0 77 4 555 5 1 0 77 33 777 77 7777 222 666 1 99 44444 44444444444444444444444444444444 1 1 2 7777777777777 1 7
lowQualScore : . . . . . . . . .... .. .... . .. . . . . . .... . . . .. . . . . . . .. . . ..... . ....... ...... . . . . .... ... . . ........... . ................................... .. .. .... . . ........... . ....... . . . ... . .. . . .. . . .......... . .. ... . . . . . . ...... .......................... .. . .. . .. ... . ... .. .. . . ... .... . ........... . . . ... . ..... . . . ... . . . .................................. . ... . . . .. . . . . . . . ...... . . . . .......................... . . . .............................. . .. . ... ....................... ... .. . . . . . . ................................ . .................... . .... . .................... .. . .. . . . . .. . . . . . . . ........ . . .... ... .................. ...... .. ... . . ................ . . . . . ... . . . ............. .. .. . ... ... ............................................... . ... . .. ..... . .. ....... . ..... . .. . .. ....................................................................... . ............. . . ..... ..... . . . .. . . . .. . . ........... . ................... . ... . . ... . .... .. . . .................................................... .. .. . . . .. . . ....... . ... . . .... .. .. ... .... . ..................................................... . .... .... ..... . .. . ... . . . .. .. ... .. .... ... ... . .. ..... ................................ . . . ............. . .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 5 0 5555 00 5555 5 00 5 5 0 5 5 5555 0 0 0 33 0 3 3 0 3 7 33 0 7 00000 7 3333333 333333 0 7 7 3 7777 000 3 3 00000000000 7 33333333333333333333333333333333333 33 33 3333 7 7 00000000000 7 0000000 0 5 0 555 0 00 0 0 00 5 0 2222222222 3 33 333 7 0 7 0 7 7 777777 77777777777777777777777777 33 7 77 7 00 333 3 000 88 22 2 2 222 0000 8 00000000000 0 0 4 666 6 66666 4 0 0 444 0 0 6 6666666666666666666666666666666666 0 222 4 0 6 66 2 0 0 0 0 0 3 999999 0 1 0 7 11111111111111111111111111 4 7 4 000000000000000000000000000000 4 00 6 000 88888888888888888888888 666 00 0 0 8 2 2 2 55555555555555555555555555555555 0 66666666666666666666 0 0000 0 66666666666666666666 00 4 44 0 4 4 0 00 6 4 0 0 9 0 0 00000000 7 1 1111 000 999999999999999999 111111 99 666 0 0 7777777777777777 7 7 1 4 3 999 4 4 0 1111111111111 00 77 1 000 999 22222222222222222222222222222222222222222222222 7 222 0 22 22222 7 33 5555555 0 33333 4 11 7 99 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 6666666666666 9 4 11111 11111 4 7 0 11 4 4 9 77 4 4 77777777777 4 6666666666666666666 7 777 1 4 111 7 2222 66 4 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 11 8 7 6 55 0 0 0000000 0 000 5 3 6666 55 66 000 0000 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 9999 4444 55555 9 11 0 333 3 0 4 99 66 777 99 9999 999 000 5 22 33333 44444444444444444444444444444444 4 4 5 8888888888888 0 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGACTGGATNTNTGNTAACANCTNCCAGNAGGTCGAGGNAAGACGTAAAATNNAAGAAAGAAGTTGTCAACATCCTGCCGGAACAAGAGCACANAAGTATGGCAGCCCAAGCAGACACCACACTANAGCTNCACAAGGGAGTGAACAGAAGC-TGCAAGAAA-GACAA-ANGAGATTACGTCGATNAGCTCGCAG-A-G-AAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGANGCTTTACGATACGACCAAGACACTCTCTGGGAAG-A-CATGCA-ATC---CCATAA-GACCGGTCAAAGACAAG-GCG-GG-AAAAC---AT----CTCAA--A-A-TGAAA--AGCGACTAGAA----AGATGGACGGAACACTTCGAGGAG-TTCA--C--AATAGACCCGCACCAGAAAAACCCCCAANCATGGCANAAGCTNATAACCAGGNCCAGAGNTAAATGCGTCAAGAGATCATNAGNGGAAAAAAGGCTATCGAAATCGCTGAAAAACGGCAAAGCAGCTGGNCCAGACGGAATNCCACCCGAAGCCCCGAAGG-CC-ACATCCA-G-T-----AATCTCCG--AA---C-TGCTGCAACCTTTACTGAAGAAGATCTGGGA--AGCGAGA-GAGTGC---CAGATGATTGGA-A-AAGGGTCAC-TGGTNAAGCTG-C-CNA-GAAAGGAGACCT--C--ANC--TTGCGANAACTGG-AGGGGCATCACGCTTCCTTC-CCG-TGCCGGCGAAGGTNCTNANCAGGATCATC-CTTGAGAGGATGAAA----GACGCGATTGGACA-AGAC-C-TCCGAGAC--GAGCAGGCAGGNTTCAGACA-GGACAGATCCTGCACNGACCANATCGCCACNCTGCGNATCA---TCGTCGAACAGTCCATNGAATG-GCAA--A--CAT-------CC-CTGC--ATATATCGA-CTTCGT-----------AGA---C------------TTTGACA--GCGT---CCACCAG--------GAT--A--C--T--ATGGAANATCC--TGAGACACTACGGNATNCCAGCGAAAATTGT--A--AATAGTTGCNATGC-ATCCG-CAGCCGTATGA-GGAC----TT---CACATCG-T-CAAGTAA-TCCGC-G--ANGCATCTNTCA-----------CA--GACCCTTTCCACGTGAGNACAGGNGTGAAGCAAGGATGTCTNCTCTCACCNNTTCTATTCCTNCTGGTNATCGACTGGGTNACGAG-------GC-AGACGTCTGA---CA-----G--ACCAAGA---GGG------A--TCCAGTGGAC-TATNACGA-G-----------AANG-CTGGAAGACCTGGATTTTGCTGACGAT-C-TCGCCCTGCTGTCNCACCAG-T-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATNACGTCGGA------AA------GAAA-ACC--GGGCTNAAAATCAA--CAACAGA--AAGACAAAG-ATT-ATG-A-----GANT-----CAAACAA-GA-AAA--GAA-GGT---------CAA-TG-CATCA-GC-------CGG---GG-----GAAC-GAA-T---GA--------TCGAGGAGGTTGA-GA--CAG-----TTCACAT-ACC-----TTG-----GAAGCGTNAT-CAG-CA-AGANCGGTGGAA-CGGATGAAGACAT--A-----A--A-GC---C-GNA-TCGAC-----AAAGCCAGN-CACACCT-TCGNCACGCTGC--GACCAATTCGGA-GAT----CA---A----AC---G--C-CTTA----G----TCA-AAAC--CA--AAG-AT--CAGGATCTTCAA--CNCCAA-CGTGAAA----TG-CNGTC---CTTCTTTATGGGTC-NG-AGA--C-ATG---GAG----ACCA-ACAG--------CCG-GA---CT--CCAAC---A--------TAAAA-T-C---CAGGCGTTTACC--AACA----GATGCCT-CG--GACATAT-TCGTA-G-AGTNTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAGATA-NC-A-C----GTC-AA--GGAAG-G--ATGGAGGTGGATTGGCCACACATC------------GCGAAAACCGTATACCAGAA
Reference ( family-389 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGACTGGATNTNTGNTAACANCTNCCAGNAGGTCGAGGNAAGACGTAAAATNNAAGAAAGAAGTTGTCAACATCCTGCCGGAACAAGAGCACANAAGTATGGCAGCCCAAGCAGACACCACACTANAGCTNCACAAGGGAGTGAACAGAAGC-TGCAAGAAA-GACAA-ANGAGATTACGTCGATNAGCTCGCAG-A-G-AAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGANGCTTTACGATACGACCAAGACACTCTCTGGGAAG-A-CATGCA-ATC---CCATAA-GACCGGTCAAAGACAAG-GCG-GG-AAAAC---AT----CTCAA--A-A-TGAAA--AGCGACTAGAA----AGATGGACGGAACACTTCGAGGAG-TTCA--C--AATAGACCCGCACCAGAAAAACCCCCAANCATGGCANAAGCTNATAACCAGGNCCAGAGNTAAATGCGTCAAGAGATCATNAGNGGAAAAAAGGCTATCGAAATCGCTGAAAAACGGCAAAGCAGCTGGNCCAGACGGAATNCCACCCGAAGCCCCGAAGG-CC-ACATCCA-G-T-----AATCTCCG--AA---C-TGCTGCAACCTTTACTGAAGAAGATCTGGGA--AGCGAGA-GAGTGC---CAGATGATTGGA-A-AAGGGTCAC-TGGTGAAGCTG-C-CNA-GAAAGGAGACCT--C--ANC--TTGCGANAACTGG-AGGGGCATCACGCTTCCTTC-CCG-TGCCGGCGAAGGTNCTNANCAGGATCATC-CTTGAGAGGATGAAA----GACGCGATTGGACA-AGAC-C-TCCGAGAC--GAGCAGGCAGGNTTCAGACA-GGACAGATCCTGCACNGACCANATCGCCACNCTGCGNATCA---TCGTCGAACAGTCCATNGAATG-GCAA--A--CAT-------CC-CTGC--ATATATCGA-CTTCGT-----------AGA---C------------TTTGACA--GCGT---CCACCAG--------GAT--A--C--T--ATGGAAGATCC--TGAGACACTACGGNATNCCAGCGAAAATTGT--A--AATAGTTGCNATGC-ATCCG-CAGCCGTATGA-GGAC----TT---CACATCG-T-CAAGTAA-TCCGC-G--ANGCATCTNTCA-----------CA--GACCCTTTCCACGTGAGNACAGGNGTGAAGCAAGGATGTCTNCTCTCACCNNTTCTATTCCTNCTGGTNATCGACTGGGTNACGAG-------GC-AGACGTCTGA---CA-----G--ACCAAGA---GGG------A--TCCAGTGGAC-TATNACGA-G-----------AANG-CTGGAAGACCTGGATTTTGCTGACGAT-C-TCGCCCTGCTGTCNCACCAG-T-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATNACGTCGGA------AA------GAAA-ACC--GGGCTNAAAATCAA--CAACAGA--AAGACAAAG-ATT-ATG-A-----GANT-----CAAACAA-GA-AAA--GAA-GGT---------CAA-TG-CATCA-AC-------CGG---GG-----GAAC-GAA-T---GA--------TCGAGGAGGTTGA-GA--CAG-----TTCACAT-ACC-----TTG-----GAAGCGTNAT-CAG-CA-AGANCGGTGGAA-CGGATGAAGACAT--A-----A--A-GC---C-GNA-TCGAC-----AAAGCCAGN-CACACCT-TCGNCACGCTGC--GACCAATTCGGA-GAT----CA---A----AC---G--C-CTTA----G----TCA-AAAC--CA--AAG-AT--CAGGATCTTCAA--CNCCAA-CGTGAAA----TG-CNGTC---CTTCTTTATGGGTC-NG-AGA--C-ATG---GAG----ACCA-ACAG--------CCG-GA---CT--CCAAC---A--------TAAAA-T-C---CAGGCGTTTACC--AACA----GATGCCT-CG--GACATAT-TCGTA-G-AGTNTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAGATA-NC-A-C----GTC-AA--GGAAG-G--ATGGAGGTGGATTGGCCACACATC------------GCGAAAACCGTATACCAGAA
gi|1 : AAAGATTGGATGTCTGATAACAGCTGTCAGAAGGTTGAGGAAAAACGTAAAATGAAAGAAAAAA----TCAACATC--GCAAAAACAAGAGCACAAAAGTATGAT-GCCCAAGTAAACACCA----AGAGCTGCACAAAGGAGTGAACAAATCT-TGTAGGAAA-GACAA-AAGAGATTACGTAAATCAGCTGGCAACA-G-AAGCAGAACAAGCAGC-------ATACA-TAGGTGATATAAAGACACTTTATAATATCACTAAAAC---CTT----AAG---CATGCA-AGT---C--TAA--ACTAGTAAAAGATAA---------AAAATGCAATTGTACTCAATAA-A-TCAAATGAGCAGATAGAA----AGGTGGAATGAGCATTTCAAAAA--TTTA--CTAAATAGACCTGAACCAGA-------CCAACCA-GGCACA---TTATAACCAGGGCCAGAACTAAA--CATCAAGAAA-CATGAGGGGAAAAAAAGCT-TTGAAATCACTGAAAAATGGAAAATCAGCTGGAATAGATGGAATACCACCTGAAGCATCGAA------ACATGGAGG-TGAAGAAATCTCTG--AATTCT-TGTTGAAA---TTGCTGAATAAGATCTGGGA--AGCAAAACGAATACAAACAAA--ATAGAATA-AAGGGTTAT-TAGTAAAACTA-C-C-A-CAAAGGAGGCCT--A--AGCTGTTGTGAAAACTGG-AGGGGCATAACTCTT-CTGC-CAGTTGCAAGC-AAGATTTTATGCAGAGTGCTT-CTTAATATAATGAAA----CACGCTATTGATAA-AGCT-C-TCCGTGAC--GAACAGGCAGCATTTAGACC-AAATAGAAGCTGTAATGACCAGATTGCTACTCTAAGAATGA---TAGTGGAATAATCAGTAGAATG-GCAA--ATGCAT-------CC-CTGC--ATATATCAA-CTTAGT-----------AGA---C------------TTTGATA--ATGT---CAACAGG--------GATGGA--A--T--GTGG--CATCTAATGAGACACTATGGCATACCATCAAAGATTGT--A--AATA-TTGCCAAG--ATC------CTGTATGA-AGAC----TC---TACA--G-TGCAAATAA-TACAC-T--AAGCATCTCTTA-----------CC--GACCCTTTCCATATGAAAACAGGTGTGAAACAAGGATCTTTGCTCTCACCTACTTTATTCTTACTGGTGATTGATTGGATTACGAA-------GC-AGGCATTTGA---CA-----A--ACCAAAA---GGG------A--TTCAGTGGAC-TATGACAA-G-----------AAGG-TTAGAAGATCTAGATTTTGCTGATGAT-C-TCGCCCTACTGTCTCAACAGAT-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CGA---A---AG-----GA---TGAATAACATCGGA------AA------GAAA-ATA--GGGCTTAAAATCAA--CAACAGA--AAAACAAAG-ATT-ATGAA-----GGTT-----CAAACAA-GA-AAA--GAAGGGT---------CAG-TG--ATCATGT-------TAG---GA-----GAACGGAA-CTCGGA--------TCATGATAGTTGA-GA--CAG-----TTTACAT-ATC-----TTG-----GAAGTGTCAT--AG-TA-AGACCGGTGAAA-CAGATGAAGACAT--A-----A--T-GC---CAGAA-TATGC-----AAAGCCCGT-CAAGCCT-TCGCCATGTTAA--AACCAGTTTGGA-AAT----CA---A----AC---G--TGCTTA----G----TGA-AAAC--CC--AAA-GT--CAGAAT-TTCAA--CACCAA-TGTAAAA----CA-CTGTCTATTTTCGTAATGGGTCGTGTAAACCC-CTG---GAG----ACTA-ACAG--------CTG-GA---CT--TCAAC---A--------TAAAA-T-C---TTGGTATTTACC--AACA----AATGCCT-CA--GACATAT-TTGTA-G-AGTGTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAT--GAGTGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAGATACCC-A-C----ATTAAA--AGAAG-GGCATGGAAATGGATTGGCCACACATG------------GCGAAAACCGCATACCAGAA
gi|10 : aaaaagtcctaggaaagaaaaccaacaagaagGA-AA--CAGATCGCTTCACAT-ACCGTATCTTG-----GGAGCGTGAT--AG-AA-AGGACGGTGGAAATAGATAGTGACATTCA-----G--A-GC---C-GCG-TCAAC-----AAAGCCAGT--ACACTTCTCAACACTCTGT--GGTCCATTTGGA-GAC----CC---AGTGCAC---GATC-CCT----------TCA-AAAC------AAGCAT--T-GGATCTTCAA--CACCAA-CGTGAAG-----G-CTGTC---GCCTTTTATGGATC-T--AGA--C-CT------G----ACCA-ACAGCAACTAGACCA-GA---CT--CCAGC---ATTCACTTTTAAA---------AGGTGTTTAC
gi|12 : cagaaagaagactgagatttagagcaatgcagggacagaccaccaccgA---TTATCGAACAAGCCATAGAATG-G-----A---AT-------CC-CAACCTATATATCTT-CTTTGT-----------AGA---T------------TTTGAGAAGGCAT---TCGACAGTGAACAGAGAC--A--CATT--ATGGAAGATCA--TGAAAAACTACGGAATCCaccacatcatgaacatcagcagatggcccgaaaagatcttccac
gi|13 : -----GCAAACA-AT-AAC----ATC-AA--GGAA-----ATGGAGGTGGATTGGCCACACATT------------GAGAAAtcgataagatc
gi|14 : accggtcatTATC--AACA----AATGTCT-CG--GACATAT-TTGTA-A-AGTGTGG--CGGCC--AA-GAAAAATTAC--GAATG----AACTTCTGGATAGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCggaaaacacagatgtgacacaccatgctctggaatggaatcccacaggaagagaggtagaccaa
gi|14 : GCCACACATG------------GCGAAAACCGTATACCAGcacacatggcgaaaaccgtataccagcat
gi|2 : tatcaacaaatgtctcggacatatttgtaaagtgtggcggccaagaaaaattacgaatgaacttctggatagtaccaaccaagatccaAAAGACTGGATCTATGTTAACACCTTCCAGCAAATCCAAGCAAGA----AAATTCAAGAAAGAAGTTGTCAAC-TCCTGCCGGA-CAAGAGTACACAAA-ATGGCAGCCCAAGCAGATATTACACTATAG-TCCACAAGGAAGTGAGGAGGAGCGTG-AAAAAA-GACAA-ACCATATTACATTGAGAGGCTTGCAG-A-GCAAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGAAGTTCTATGCTACGACCAAGATACTCTCTGGAAAGTA-CATGTACATCAAACCATAACGGCCAGTCAAAGACAAGCGCG-GGCAAAAC---AT----CTCAG--ACACTGAAA--AACAACTGGAA----AGATGGGCAGAACACTTCGAGGAGCTTCA--C--AATAGACCAGCACTAGAAAAACCCCCAAACATAGCAGAAGCTGATA--TAGACCTAGAGATAAATGTGTCAAGAGATCATTAGT---------GCTATTGAAA-AGTTGAAAAATGGCCAGGTAGCTGGTCCAGACGGAATCCCCACAGAAACCCTCAAGGACT-ACAACCA-ATT-----AATAT------G---C-TGCTACAACTTTTA--AAAGAAAAACTGGGACCAGGAAGA--AGTGC---CAGCTGATTGGA-A-A--GATCA-----TCAAGCTGCC-CCC-AAAAAGATACCG--C--AGCAATTGCGAGAACTAC-AGAGGCATCTCAC-TCCTGT-CAG-TGCCGGAAAAGGTGTTCAACAGGATTTTA-CTTGAGAGGATGAGA----GACGCGATT-GACATTCAT-C-TAAGAGAC--AACCAGGCGGGCTTCAGACA-GGGCAGATCTTGCACCGACCAGATCGCCATGCTTCGCATCA---TCGTTGAGTAATCCCTTGAGT--GTAACTA--C-T-------CA-TTG----TATATCAA-CTTTGT-----------GGA---TTTCCTCAAGGCATTTGACA--GCTT---CCACCAC--------GAT--ACCC--T--CTGGCAATTCC--TCCGACACTACGGGATACCAGCTAAAATTAT--ACGAA------CGAT----TCAG-CAGTCATATGA-GGGTATGGTTTGCCACGTCGTT-CATGGAAGTCAGCTG--ATGCATC--------------------G----TTTTGACACAAGGACAGAGGTAAGGCAAGGATGCCTCCTGT-ACCATTCCTATTCCTCCTCGTCATCGACTGGGTGATGAG-------GA-AAACGACAGA---TA-----G--ACAAAGGAATGGT------A--TCTAATGGAC-CCTCTGGA-A-----------ACAG-TTGAACTACCTCAACTTTGCTGATGAC-C-TTGTTCTGCTCTCGCA-CAT-T-TATCA-ACAAATGCAGAG-CA---AAA-cat
gi|2 : actttggcaaggaacaagagatgcctttacagaaacattcaagccaaatacATC-----CAAACAA-GA-AAT--GAA-CGC---------C---TC-CAGCA--C-------TGA---GGTAATAAAACTGGA-T---GACAACAACTTGGAAGAGGTCGA-AA--CA------TTCACCT-ACC-----TTG-----T--GTGTGAT-CAACCA-ACAG-GGAGGAA-CAGATACAGATATTAA-----A--A-CC---C-GCA-TTGG------AAAGACAAG-AACATCT-T--TCATGGT------CC---TCAG----------A---A----AC---A--C---------G----TCATGCAC--CA--AAG--T--CCGCCTCTTCAA--TTCAAA-TGT--------TGTCTGTC---CTGTTTTATGGGGC-AG-AAA--C-ATG---GCG----AACT-ACAA---------AG-GC---CA--CCATC---A--------GAAAATT-T---CAAACTTTTAagccccgtctcctatgtcggcctccacatccatccaaacaagaaatgaacgcctccagcactgaggtaataaaactggatgacaacaacttggaagaggtcgaaacattcacctaccttgtgtgtgatcaaccaacagggaggaacagatacagatattaaaacccgcattggaaagacaagaacatctttcatggtcctcagaaacacgtcatgcaccaaagtccgcctcttcaattcaaatgttgtctgtcctgttttatggggcagaaacatggcgaactacaaaggccaccatcagaaaatttcaaacttttataaattcctgcttatgaagaatcctgaagatccactggccagataaaatcagtaacacagatctctgagaaaaaaacccaagtgccaatagaaaaagagattagaa
gi|3 : actttggcaaggaacaagagatgcctttacagaaacattcaagccaaatacaaagactggatctatgttaacaccttccagcaaatccaagcaagaaaattcaagaaagaagttgtcaactcctgccggacaagagtacacaaaatggcagcccaagcagatattacactatagtccacaaggaagtgaggaggagcgtgaaaaaagacaaaccatattacattgagaggcttgcagagcaagcagaacaaacagcctacaatgggaacatgaagaagttctatgctacgaccaagatactctctggaaagtacatgtacatcaaaccataacggccagtcaaagacaagcgcgggcaaaacatctcagacactgaaaaacaactggaaagatgggcagaacacttcgaggagcttcacaatagaccagcactagaaaaacccccaaacatagcagaagctgatatagacctagagataaatgtgtcaagagatcattagtgctattgaaaagttgaaaaatggccaggtagctggtccagacggaatccccacagaaaccctcaaggactacaaccaattaatatgctgctacaacttttaaaagaaaaactgggaccaggaagaagtgccagctgattggaaagatcatcaagctgcccccaaaaagataccgcagcaattgcgagaactacagaggcatctcactcctgtcagtgccggaaaaggtgttcaacaggattttacttgagaggatgagagacgcgattgacattcatctaagagacaaccaggcgggcttcagacagggcagatcttgcaccgaccagatcgccatgcttcgcatcatcgttgagtaatcccttgagtgtaactactcattgtatatcaactttgtggatttcctcaaggcatttgacagcttccaccacgataccctctggcaattcctccgacactacgggataccagctaaaattatacgaacgattcagcagtcatatgagggtatggtttgccacgtcgttcatggaagtcagctgatgcatcgttttgacacaaggacagaggtaaggcaaggatgcctcctgtaccattcctattcctcctcgtcatcgactgggtgatgaggaaaacgacagatagacaaaggaatggtatctaatggaccctctggaaacagttgaactacctcaactttgctgatgaccttgttctgctctcgcacatttatcaacaaatgcagagcaaaaagccccgtctcctatgtcggcctccacatccAGTCAACAGAAG--TGCAAGAGACGACAAGAGGAGATT-CATCCATGACCTCACAG-AAG-AAGCA---TAAACAGCGGCGGGCCAACAA-----AACATGAAAAGGCTTTACGAGACAACCAGGACACTCTCTGGGAAA-AACA-GCA-ATC---CCACCA-GACCGGTCAAAGACAAGAACGAAG-AAACC---AT----CACAA--G-A--GAGG--AG-GACCAGAAGACGAGATGGACGGAACACTTCAAGGAG--ACACTC--AACAGACCCCCACCAtaaattcctgcttatgaagaatcctgaagatccactggccagataaaatcagtaacacagatctctgagaaaaaaacccaagtgccaatagaaaaagagattagaa
gi|3 : AAGGCCATC-AAGTCCCTCAAGTCCGGCAAAGCAGCAGGCCCTGATGGCATTCCACCCGAAGCCCTGAAGG-CCCACATCCA---------AACCTCCACCAA---CATGCTGCACCCTCTACTGAAGATGATCTGAGAG-AACGAGA-GTGTGC---CAGATGATTGGA-AGAAGGGACACCTGGTGAAGCTG-C-CGAAGAAAGGAGACCT--CTCATC--CTGCAACAACTGG-AGAGGCATCATGCT-CCTTC-CCA-TACCGGTGAAGGTTCTCTTCAGGATCATC-TTGGAGAGGCTGAAG----ACCGCG-TTGGACA-AGACAT-TCCAAGAG--GAGCAGGCAGGGTTCCGGCA-AGACCGATCCTGCACTGACCACATAGTGACGATGAGGATCA---TCATCGCACAGTCCCTGGAGTG-CCAG--A--CTC-------CC-CTG----TACAGCGT-CTTCGT-----------TGA---C------------TTccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcaaggccatcaagtccctcaagtccggcaaagcagcaggccctgatggcattccacccgaagccctgaaggcccacatccaaacctccaccaacatgctgcaccctctactgaagatgatctgagagaacgagagtgtgccagatgattggaagaagggacacctggtgaagctgccgaagaaaggagacctctcatcctgcaacaactggagaggcatcatgctccttcccataccggtgaaggttctcttcaggatcatcttggagaggctgaagaccgcgttggacaagacattccaagaggagcaggcagggttccggcaagaccgatcctgcactgaccacatagtgacgatgaggatcatcatcgcacagtccctggagtgccagactcccctgtacagcgtcttcgttgacttccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaatcgactgggtcatgcggcagtcgacaataaggaagaagacagggatccagtggacattcactaagcagctgtgggacctggatttcgccgacaacattgccctcctgtcccacagcatcaagacgcccaggaaaagctcaacagagtcgccggagaagccgagaagaccgggctcaagatcaaaatgaccaagacagaagtcatgagagtcaacagcaaacaacatgcccccatccaactacaccaggaaaatatcaaaaaggttgacaaattcgtatacctcggcagcgtagtcagcaacaattgtggagcggacgaagacatcaggagccgcatcaacaaagccaggcacacctttcgcactctacgcccaatctgaagatcctcagccttatcccaacacaacaagatcaggatcttcaactccaacgtgaagtcagtcctatttcagggctctaagacatggcgcaccacaaagacaaactcccacaaagctgcaaaccttcatcacagatgcctccgttgacatccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|3 : agtcaacagaagtgcaagagacgacaagaggagattcatccatgacctcacagaagaagcataaacagcggcgggccaacaaaacatgaaaaggctttacgagacaaccaggacactctctgggaaaaacagcaatcccaccagaccggtcaaagacaagaacgaagaaaccatcacaagagaggaggaccagaagacgagatggacggaacacttcaaggagacactcaacagacccccaccaccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcGTAATCGACTGGGTCATGCG-------GC-AG---TC-GA---CAATAAGG--AAGAAGACA-GGG------A--TCCAGTGGAC-ATTCACTA-A-----------GCAG-CTGTGGGACCTGGATTTCGCCGACAAC-A-TTGCCCTCCTGTCCCAC-AG-CATC--A-AGACGC-CCAGGA-A---AAG-CTCAA---C---AG-----AG---T------CGCCGGA------GAAGCCGAGAAG-ACC--GGGCTCAAGATCAA---AAT-GACCAAGACAGAA-GTC-ATG-A-----GAGT-----CAA-CA--GC-AAA--CAA-CATGCCCCCATCCAACTA-CACCA-----------------G-----GAA---AA-T----A--------TCAAAAAGGTTGA-CA---AA-----TTCGTAT-ACC-----TCG-----GCAGCGTAGT-CAG-CA-ACAATTGTGGAG-CGGACGAAGACAT--C-----AGGA-GC---C-GCA-TCAAC-----AAAGCCAGG-CACACCT-TTCGCACTCTAC--GCCCAATCTGAA-GAT----C----------CTCAG--C-CTTA---------TCC-CAACA-CAACAAG-AT--CAGGATCTTCAA--CTCCAA-CGTGAAG----T--CAGTC---CTATTTCAGGGCTC-TA-AGA--C-ATG---GCGC---ACCACAAAG--------ACA-AA---CT--CCCAC---A---------AAGC-T-G---CAAACCTTCATC---ACA----GATGCCTCCGTTGACATccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaatcgactgggtcatgcggcagtcgacaataaggaagaagacagggatccagtggacattcactaagcagctgtgggacctggatttcgccgacaacattgccctcctgtcccacagcatcaagacgcccaggaaaagctcaacagagtcgccggagaagccgagaagaccgggctcaagatcaaaatgaccaagacagaagtcatgagagtcaacagcaaacaacatgcccccatccaactacaccaggaaaatatcaaaaaggttgacaaattcgtatacctcggcagcgtagtcagcaacaattgtggagcggacgaagacatcaggagccgcatcaacaaagccaggcacacctttcgcactctacgcccaatctgaagatcctcagccttatcccaacacaacaagatcaggatcttcaactccaacgtgaagtcagtcctatttcagggctctaagacatggcgcaccacaaagacaaactcccacaaagctgcaaaccttcatcacagatgcctccgttgacatccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|4 : agtcaacagaagtgcaagagacgacaagaggagattcatccatgacctcacagaagaagcataaacagcggcgggccaacaaaacatgaaaaggctttacgagacaaccaggacactctctgggaaaaacagcaatcccaccagaccggtcaaagacaagaacgaagaaaccatcacaagagaggaggaccagaagacgagatggacggaacacttcaaggagacactcaacagacccccaccaccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcaaggccatcaagtccctcaagtccggcaaagcagcaggccctgatggcattccacccgaagccctgaaggcccacatccaaacctccaccaacatgctgcaccctctactgaagatgatctgagagaacgagagtgtgccagatgattggaagaagggacacctggtgaagctgccgaagaaaggagacctctcatcctgcaacaactggagaggcatcatgctccttcccataccggtgaaggttctcttcaggatcatcttggagaggctgaagaccgcgttggacaagacattccaagaggagcaggcagggttccggcaagaccgatcctgcactgaccacatagtgacgatgaggatcatcatcgcacagtccctggagtgccagactcccctgtacagcgtcttcgttgacttccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaTGGA-A-AATGATCTCATCTTTAAGCTG-T-CCA-AAAAGGAGA-------------TTGCAATAACTGG-AAGGGCATAACACTTCCTTC-TCT-TGCTGTCAAA---ACTGAC----ATCAGCTCTTGAGA-------------------------A-AGAC-C-TCCGACTA--GAACAAGCAGGTTTCCGCCCTGGGC-GATCCTGCTCGGATTACATCTTCACTCTGC--ATCAGATTC-TGGAACAG---ATC-AATGAGCAA--A--CATG------CCACTG----TACATCAA-TTTCATTGACCTGGAGAAGAT--C------------TTTGACA--GCAT---CCACCAA--------GAA--T--C--TTTATAGAAGATCC--TGAGGTACTATGGGGTCCCTGCGAAACTTGTCCA--GGTAGTTGCAATGCTATCC------------A-GGAC----TT---CAAATC--C-CAAGTAA-TCTGC-G--ACACATAGATCA-----------CA--GACACCTTCAACGTCAGCACGGGAGTAAAGCAGGGCTGCATTCTATCGCCGTTTCTCTTCGTCCTAGCCATGGACTGGATTATGAAAAATTCCGC-GGATG---GA---GA-----G--AT-GAGA---GGG------A--TCAGGTGGAC-CATGACAATGTCAACAACAACAATG-CTAGAAGATATGGACTTTGCTGACGAT-A-TTGCCCTGCTGTAACACC------------GCCA--CCGAGACATGCAAA----AA---A---AGACA--GA---TG--CCATGACAAA------AACAGCT-GGAA-ACCTTGGCCCAAAGGTCAG--CATCATA--AAGACCAAG-AGC-GTG-A-----GAAT-------------GA-ATGCCGAA-GTT---------CTA-TGACATCA-AA-------CTGAACGG-----TAAT-GA------GA--------TCGAGGAAGTTAATGA--T-------TTCACCT-ATC-----TTGAATCCAAAATGTCA-------A-ATACAGGTG--A-TG--TGGAAGTAG--A-----A--A-TC---C-GGGCTCGACTTGCTAAAGCCGCC-TAGACCT-TCACCTCACT-CAAGAACACATGGAA-GA-----CAGGGA----AC---A--T-CC------G----CC-----------------T--GAGAATCTTCAA--ATCAAA-TGCG-AT----TA-CCACC---CTCCTTTATGGATC-AG-AGG--C-ATA---GAAGATTACCA-A-AA--------CCATGA-------GCA-----A--------TAAAC-T-T-----GACGTCTTCCAAAACA----GATGCCT-GA--GACGCAT-TC-TACGCATTCTAT--TGGCC--AA-ATACAATCAC--CAATGAAG-AACTT-TA---CGGAATAACAGAA--ACCGA-----ACCCATCTCC-A-CGCAAGTC-AAACGAAAGCG--TTGGCGATGGATAGG--ACATGTCCTCTGCCAGTAGACGAAAACCTTAT-CCAGAAccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|5 : C-TGGTGAAACTA-CTCAA-GAAAGT-GACCTTTC---CC--TTGTGGCAACTGGCGGGGGAATCATGCTTGCTTCTCCA-CCCCAGC-AACGTGCTGACCAGGATCATC-CTGGAGAG-ACGAAAAGGGGGCGC---TAGACA-AGAG-AAT--GAGATCAGAGCAGGCAGGATTTAGACA-GGACAGATCATGTACAGACCACATCGCCACCCTGCGCATCA---TA--CGAGCAGTCCATCGAATG-CCA-------GT-------CT-CCGT---TGTACAGACCTTCGT-----------TGA---C------------TTTGAcagccctaagatgaattcaagacggccgacaaacgcgaggccgccccaaggaaacttggaggagaacaatggtgagggagatgaaggagaaaggttggacatggggccgc
gi|5 : aaactaggcataagcTCATAGATTGGATAACGAG-------GA-AAACAACAGAGGGCA-----G----CAACACC-GGC------A--TACAGTGGACATTTCACCA-A-----------ACAG-CTGGAGGACCTGGATTTTGCGGACG---CATTGGCCTATTGTCCC-CCA----CA--AGAAACAT-C--ATGCA---CAGTC-CAA---GCTCAC-----AC---TCAACT-CGCCGAAGTGGCCAA------GAAGGACC--GTCCTGAGAATCAA--CGCCAGA--AAGACATAG-GCTGATG-GCGGCTGAAA-----CAAACAA-GA-CAA--GAG-------------CAA-CC-CATTA-GCAGTTCTGCAG---GA-----GAAC----------A--------TCAAGGAGACTGA--ATTCGC-----TTCACTTTACC-----TCG-----GAAGTGTAGTGCAG-CACAGATTGGCGGGC-CTGATGAAGATGT--ATATGGG--A-GCTCGC-GTA-TCGCA-----AAAGCCAGGGTTCACCT-C--ACACCCTGC--GACCC-TTCTGA-GACTCCGCA---A----AG---C--C-CTTA----T----CCC-AAACG-CAC-AAG-ATTCCCGCATCTTTAA--CACCAAACGTGAAA-----G-CAGTC---CTTCTATAT-GGTC-CG-A-A--C-ATGC--GAGTT--ACCA-ACA---------CCG-AA---ATCACCAAC-------------AAGA-TGC---CAGAC-TTTG----AACA----AGTGCTTGAG--AACATATCTCATA-C-A-TCAGG--TGGCCT-TG-GGAAGATTTC--AAATGCAG-AACTgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatcatagattggataacgaggaaaacaacagagggcagcaacaccggcatacagtggacatttcaccaaacagctggaggacctggattttgcggacgcattggcctattgtcccccacaagaaacatcatgcacagtccaagctcacactcaactcgccgaagtggccaagaaggaccgtcctgagaatcaacgccagaaagacataggctgatggcggctgaaacaaacaagacaagagcaacccattagcagttctgcaggagaacatcaaggagactgaattcgcttcactttacctcggaagtgtagtgcagcacagattggcgggcctgatgaagatgtatatgggagctcgcgtatcgcaaaagccagggttcacctcacaccctgcgacccttctgagactccgcaaagcccttatcccaaacgcacaagattcccgcatctttaacaccaaacgtgaaagcagtccttctatatggtccgaacatgcgagttaccaacaccgaaatcaccaacaagatgccagactttgaacaagtgcttgagaacatatctcatacatcaggtggccttgggaagatttcaaatgcagaactatggaatgaggagaaaccagccaaattc
gi|6 : aaactaggcataagcctggtgaaactactcaagaaagtgacctttcccttgtggcaactggcgggggaatcatgcttgcttctccaccccagcaacgtgctgaccaggatcatcctggagagacgaaaagggggcgctagacaagagaatgagatcagagcaggcaggatttagacaggacagatcatgtacagaccacatcgccaccctgcgcatcatacgagcagtccatcgaatgccagtctccgttgtacagaccttcgttgactttgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaAGATTATGTACTGACCCAATTGCGACATTACGAATCA---TTATAGAACAAACCATTGAATG-GCAG--G--CATCACTATACC-TTGC--ATTTATAGA-TTTTG------------AGAAGGCA-----------TTTGATA--GTATAGACCATCA---------AAT--A--C--T--ATGAAGCATTC--TCAGACACTATGGTATTCCA--GAAAA------A--AATAATATCTAT-C-ATCCGCCAGCTGTATGATGGA-----TT---CAC-TTG-T-CAAGTCA-TCCAT-GGTGGGAACCTA--A-----------CA--GATCCTTTTCCTGTATCCACCGGGGTCCAGCAAGGATGTCTACTCTCTCCTCTTCTCTTTCTGATGGTAAT-GCCTGGGTCA-----------GCAAAACATCTTA---CA-----GTAAACATTT---GGGC-----A--TCAAATGGAC--ACTACAA-T-----------CATGTCTTGAAGACCTAGATTTTGCAGACGATGT-TTGTCA-GCTTTCACATC-G-T-CA--C-CCACAC-TC---ACA---AGA-A-CAATTTA---AGCTTCCAACCTTGAATCAAATTCGA------AA------AAAA-GTT--TGGTTATACATCAGTCCAAC--T--AAGACAAAATATT--TG-A-----GGATAAATGTAAACAA-TACAAA--TAA-AAC---------TAA-GG---TCA-----------GA---GG-----TGCC-GAA------A--------TCGAAGATGTTG--GG--CAA-----TTTACCT-ACC-----TTG-----GAAGTGTCAT-CGG-CA-CATTAGGAGGGA-CCGATGAAGATAT--AC----A--A-GC---A-AG----GAA-----AAAG------TAAACCT-TTGCAATCCTCA--AACCAATCTGGAGGAG----GA---A----AA---C--T-CTCA----GAACATCA-A-----CA--AAG-AT--AAGAATCTTCAA--CTCAAA-CGTAAAA----T--CAGTT---CTTCTATGTGGATC-AG-GGA--C-ATG---GAG----ATCA-ACAG--------CTG------CT--TCCAC------------TAAAA-C-CATATATGTGTTTATA--AACAGATCGATGCCT-AA--GAAACA--TCATAGG-AATCAAG--TGGCC--AG-AAAAGCTTAT--G-----GC-AA-----AGG----ACCAAACAAG--AACCGGTCATGCAAACA-ATAA-C----ATC-AA--GAAA-----ATGGAGGTGGATTGACCACAAATT------------GAGAAAatggaatgaggagaaaccagccaaattc
gi|7 : GA-AGAC----TT---TACAATG---CAAATAA-TACAC-G--AAGCATCTCTCAGCCCCGGCTCTCATCGAACCCTTCCATGTGAAAACAGGTGTGAAACAAGGATGTTTACTCTCACCAACCTTATTCTTACTGGTTATTGCCTGGATTACAAA-------GC-AGACATTTGA---CA-----A--ACCAAGA---GGGTTTCAAACTTTCAGTGGAC-TATGACGA-G-----------AA---------GATCTAGATTTTGCTGATGAT-C-TCGCCCTACTGTCTCACAAGAT-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATAACATCGGA------AA------GAAA-ATA--GGGCTTAAAAATAA--CAACAGA--AAAACAAAC-ATT-ATGAA-----GATT-----CAAACAAGGA-AAG--GAG-GGT---------CAG-TG--A-CA-AT-------TGGA--GG-----GGAC-GAACT---G-----------GAAGAAGTTGA--A--CAG-----TTTACAC-ATC-----TAG-----GAAGTGTCAT-TAG-TA-AGACCGGTGGCA-CAAATGAAGACAT--A-----A--ATGC---TAAAA-TATGC-----AAAACCCGT-CAAGCCT-TAGACATGTTAA--AACCAGTTTGGA-AAT----CA---A----AC---G--TGCTTA----G----TGA-AAACATC---AAG-GT--CAGAATATTCAA--CACCAA-TGTAAAA----T--CTGTC---CTTTTCTATGGGTG-TG-AAA--C-CAG---GAC----ACTA-ACAG--------CTG-GA---CT--TCAAC---A--------TAAAA-T-C---CAGGTATTTACC--AACA----AATGCCT-CG--GACATAT-TTGTA-A-AGTGTAG--TGGCC--AA--AAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTGGATCGTACCATCCAAG--ATCCA-----GCAGATA-ggaaaacacaaatgtgacacgccatgctctggaatggaatccccagggccactgacaggaagagaggtagaccaaaaaacaacctgggacgaagtggaggc
gi|8 : cgATTTTTAAACCACCGA-CGTGAAAAAGCT--CAGTC---CTTCTATATGGGTC-CG-AGA--CAATGGGCGAGTCA-ACCA-AC-C--------CCGTGAGATCA--CCAAC---A--------GATA----C---CAGACTTTTGTCA-AACA----AGTGcgctg
gi|9 : agtagccaatgaagaccggtctataatattagatacaccacaaagacaggagttgtaaagcatgctcggtgttttgactaactcgagagaaccattacaatctacaagtggaaaaatcaagtgaatgactgaatcatgcttcacttactctgatgtgttagtcaggacaccgactggtcggcgctgatgagatgtataggaggccgtgaatacgccaaaggtccgtaggttcggctctcaacatcccctgctgaacgctatctggagacctaccataagcgtgttaacgccagcgataatacatgaggcatcccgccA--CAG-----ACCTCAT-ATC-----TTG-----GGAGCGTGAT-CAG-CA-AAGACTGTGGAA-CAGATGATGACATCAA-----G--A-GC---C-GCA-TCAAC-----AAAGCTAGG-CACACAT-TCAACACTCTGC--AGTCCATTTGGA-GAT----CC---A----GT---G--C-ATTATCCCC----TCA-AAAC------AAG-AT--CAGGATATTCAA--TGCTAA-CG-GGAA----GA-AAGTC---CTCCTTTATGGGTC-TG-AGA--C-CTA---GAG----AGTA-AC----------C---GA---CA--CCAACCCTA--------TGAGACT-C---CAGGCATTCATT--AACA----GATGTAT-C----ACA----TCAT--G-AACATCGCATGGCCTGAACGCAAACTTGTGGGAATGAACAAAC--CTAATTCCCATCAGTCAAGAAATCCA-----GAA--------A-C----GT--AA-----------ATGGGGTTGGATAGGGCATACACC------------GTGAAGACCattgagacgcaccactaaaaatcatcagtcgtgctgccgaatagatcttcaaattccagaacgcctaataatggcagaaaaccagccaaattcc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CCCCTTTATGCATGGTGCTGAATCATGGAAAGTCACAAAACACATCACCAACAAACTACACACTTTCCAAACCAAATGTCGAAGAAGAATTCTAAAGACATTGTGGCCAAACATAGTAAGCAACAAAGAGCTGTATGAGAGAACAACGACCCATTTCCTCGC
Unaligned ( gi|15 ): GCCGCCCCAAGGGAACTTGGAGAACAGTAGAGAGGGAGGTGAAAAGAAGGGTTGGACATGGGGTCATC
Unaligned ( gi|16 ): CAACCAAGACCTCTGGGAGAGAACTAGATAAGTCCCCATCGAACAAGAGATTAAGAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 2222 1 11 1 1 1 2222 1 22 1 1 1 22222 4444444 222222 333 1 22222222222 66666666666666666666666666666666666 11 2222 44444444444 3333333 1 222 11 11 1 3333333333 333333 99999999999999999999999999 11 33 22 222 111 11 1111 44444444444 11111 1 3333333333333333333333333333333333 111 111111 44444444444444444444444444 555555555555555555555555555555 11 111 44444444444444444444444 11 55555555555555555555555555555555 33333333333333333333 1111 55555555555555555555 11111111 1111 111 333333333333333333 222222 111 3333333333333333 111 3333333333333 111 111 55555555555555555555555555555555555555555555555 111 11111 2222222 11111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222222222222 11111 11111 11 22222222222 1111111111111111111 111 1111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 3333333 111 2222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 11111 111 11 11111 66666666666666666666666666666666 3333333333333
lowQualScore : 1 1 1 1 1 1 2 1 3333 22 3333 5 88 2 5 1 5 5 3333 1 5 1 55 2 3 3 1 7 0 77 1 3 11111 6 3333333 888888 1 0 3 7 7777 444 7 3 55555555555 0 99999999999999999999999999999999999 88 77 8888 3 0 00000000000 3 2222222 1 5 1 000 1 88 1 1 88 5 1 2222222222 7 77 999 0 1 0 1 3 0 333333 77777777777777777777777777 00 6 11 0 00 333 7 111 55 99 3 1 999 4444 0 99999999999 1 8 1 666 0 00000 6 5 1 333 1 8 0 5555555555555555555555555555555555 5 444 1 1 0 88 3 1 1 1 1 1 3 333333 3 5 1 5 55555555555555555555555555 0 5 0 444444444444444444444444444444 1 11 4 444 66666666666666666666666 5 1 11 1 1 8 0 3 0 55555555555555555555555555555555 8 22222222222222222222 8 4444 1 88888888888888888888 44 1 22 1 1 1 1 22 0 1 1 1 8 1 4 99999999 5 0 5555 000 111111111111111111 222222 77 333 1 4 7777777777777777 5 1 2 0 0 000 1 0 1 8888888888888 88 33 0 000 444 44444444444444444444444444444444444444444444444 6 000 1 99 00000 6 88 3333333 1 44444 1 77 5 77 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 4444444444444 66 11111 11111 2 0 1 00 4 4 1 55 4 4 99999999999 4 5555555555555555555 88888 1 4 222 5 8888 99 3 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 66 1 2 1 55 1 4 2222222 1 777 0 0 5555 55 44 111 5555 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 0000 9999 88888 0 77 4 555 5 1 0 77 33 777 77 7777 222 666 1 99 44444 44444444444444444444444444444444 1 1 2 7777777777777 1 7
lowQualScore : . . . . . . . . .... .. .... . .. . . . . . .... . . . .. . . . . . . .. . . ..... . ....... ...... . . . . .... ... . . ........... . ................................... .. .. .... . . ........... . ....... . . . ... . .. . . .. . . .......... . .. ... . . . . . . ...... .......................... .. . .. . .. ... . ... .. .. . . ... .... . ........... . . . ... . ..... . . . ... . . . .................................. . ... . . . .. . . . . . . . ...... . . . . .......................... . . . .............................. . .. . ... ....................... . . .. . . . . . . ................................ . .................... . .... . .................... .. . .. . . . . .. . . . . . . . ........ . . .... ... .................. ...... .. ... . . ................ . . . . . ... . . . ............. .. .. . ... ... ............................................... . ... . .. ..... . .. ....... . ..... . .. . .. ....................................................................... . ............. .. ..... ..... . . . .. . . . .. . . ........... . ................... ..... . . ... . .... .. . . .................................................... .. .. . . . .. . . ....... . ... . . .... .. .. ... .... . ..................................................... . .... .... ..... . .. . ... . . . .. .. ... .. .... ... ... . .. ..... ................................ . . . ............. . .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 5 0 5555 00 5555 5 00 5 5 0 5 5 5555 0 0 0 33 0 3 3 0 3 7 33 0 7 00000 7 3333333 333333 0 7 7 3 7777 000 3 3 00000000000 7 33333333333333333333333333333333333 33 33 3333 7 7 00000000000 7 0000000 0 5 0 555 0 00 0 0 00 5 0 2222222222 3 33 333 7 0 7 0 7 7 777777 77777777777777777777777777 33 7 77 7 00 333 3 000 88 22 2 0 222 0000 8 00000000000 0 0 4 666 6 66666 4 0 0 444 0 0 6 6666666666666666666666666666666666 0 222 4 0 6 66 2 0 0 0 0 0 3 999999 0 1 0 7 11111111111111111111111111 4 7 4 000000000000000000000000000000 4 00 6 000 88888888888888888888888 6 0 00 0 0 8 2 2 2 55555555555555555555555555555555 0 66666666666666666666 0 0000 0 66666666666666666666 00 4 44 0 4 4 0 00 6 4 0 0 9 0 0 00000000 7 1 1111 000 999999999999999999 111111 99 666 0 0 7777777777777777 7 7 1 4 3 999 4 4 0 1111111111111 00 77 1 000 999 22222222222222222222222222222222222222222222222 7 222 0 22 22222 7 33 5555555 0 33333 4 11 7 99 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 6666666666666 33 11111 11111 4 7 0 11 4 4 9 77 4 4 77777777777 4 6666666666666666666 77777 1 4 111 7 2222 66 4 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 11 8 7 6 55 0 0 0000000 0 000 5 3 6666 55 66 000 0000 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 9999 4444 55555 9 11 0 333 3 0 4 99 66 777 99 9999 999 000 5 22 33333 44444444444444444444444444444444 4 4 5 8888888888888 0 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGACTGGATNTNTGNTAACANCTNCCAGNAGGTCGAGGNAAGACGTAAAATNNAAGAAAGAAGTTGTCAACATCCTGCCGGAACAAGAGCACANAAGTATGGCAGCCCAAGCAGACACCACACTANAGCTNCACAAGGGAGTGAACAGAAGC-TGCAAGAAA-GACAA-ANGAGATTACGTCGATNAGCTCGCAG-A-G-AAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGANGCTTTACGATACGACCAAGACACTCTCTGGGAAG-A-CATGCA-ATC---CCATAA-GACCGGTCAAAGACAAG-GCG-GG-AAAAC---AT----CTCAA--A-A-TGAAA--AGCGACTAGAA----AGATGGACGGAACACTTCGAGGAG-TTCA--C--AATAGACCCGCACCAGAAAAACCCCCAANCATGGCANAAGCTNATAACCAGGNCCAGAGNTAAATGCGTCAAGAGATCATNAGNGGAAAAAAGGCTATCGAAATCGCTGAAAAACGGCAAAGCAGCTGGNCCAGACGGAATNCCACCCGAAGCCCCGAAGG-CC-ACATCCA-G-T-----AATCTCCG--AA---C-TGCTGCAACCTTTACTGAAGAAGATCTGGGA--AGCGAGA-GAGTGC---CAGATGATTGGA-A-AAGGGTCAC-TGGTNAAGCTG-C-CNA-GAAAGGAGACCT--C--ANC--TTGCGANAACTGG-AGGGGCATCACGCTTCCTTC-CCG-TGCCGGCGAAGGTNCTNANCAGGATCATC-CTTGAGAGGATGAAA----GACGCGATTGGACA-AGAC-C-TCCGAGAC--GAGCAGGCAGGNTTCAGACA-GGACAGATCCTGCACNGACCANATCGCCACNCTGCGNATCA---TCGTCGAACAGTCCATNGAATG-GCAA--A--CAT-------CC-CTGC--ATATATCGA-CTTCGT-----------AGA---C------------TTTGACA--GCGT---CCACCAG--------GAT--A--C--T--ATGGAANATCC--TGAGACACTACGGNATNCCAGCGAAAATTGT--A--AATAGTTGCNATGC-ATCCG-CAGCCGTATGA-GGAC----TT---CACATCG-T-CAAGTAA-TCCGC-G--ANGCATCTNTCA-----------CA--GACCCTTTCCACGTGAGNACAGGNGTGAAGCAAGGATGTCTNCTCTCACCNNTTCTATTCCTNCTGGTNATCGACTGGGTNACGAG-------GC-AGACGTCTGA---CA-----G--ACCAAGA---GGG------A--TCCAGTGGAC-TATNACGA-G-----------AANG-CTGGAAGACCTGGATTTTGCTGACGAT-C-TCGCCCTGCTGTCNCACCAG-T-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATNACGTCGGA------AA------GAAA-ACC--GGGCTNAAAATCAA--CAACAGA--AAGACAAAG-ATT-ATG-A-----GANT-----CAAACAA-GA-AAA--GAA-GGT---------CAA-TG-CATCA-GC-------CGG---GG-----GAAC-GAA-T---GA--------TCGAGGAGGTTGA-GA--CAG-----TTCAC-ATACC-----TTG-----GAAGCGTNAT-CAG-CA-AGANCGGTGGAA-CGGATGAAGACAT--A-----A--A-GC---C-GNA-TCGAC-----AAAGCCA-GNCACACCT-TCGNCACGCTGC--GACCAATTCGGA-GAT----CA---A----AC---G--C-CTTA----G----TCA-AAAC--CA--AAG-AT--CAGGATCTTCAA--CNCC-AACGTGAAA----TG-CNGTC---CTTCTTTATGGGTC-NG-AGA--C-ATG---GAG----ACCA-ACAG--------CCG-GA---CT--CCAAC---A--------TAAAA-T-C---CAGGCGTTTACC--AACA----GATGCCT-CG--GACATAT-TCGTA-G-AGTNTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAGATA-NC-A-C----GTC-AA--GGAAG-G--ATGGAGGTGGATTGGCCACACATC------------GCGAAAACCGTATACCAGAA
Reference ( family-389 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGACTGGATNTNTGNTAACANCTNCCAGNAGGTCGAGGNAAGACGTAAAATNNAAGAAAGAAGTTGTCAACATCCTGCCGGAACAAGAGCACANAAGTATGGCAGCCCAAGCAGACACCACACTANAGCTNCACAAGGGAGTGAACAGAAGC-TGCAAGAAA-GACAA-ANGAGATTACGTCGATNAGCTCGCAG-A-G-AAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGANGCTTTACGATACGACCAAGACACTCTCTGGGAAG-A-CATGCA-ATC---CCATAA-GACCGGTCAAAGACAAG-GCG-GG-AAAAC---AT----CTCAA--A-A-TGAAA--AGCGACTAGAA----AGATGGACGGAACACTTCGAGGAG-TTCA--C--AATAGACCCGCACCAGAAAAACCCCCAANCATGGCANAAGCTNATAACCAGGNCCAGAGNTAAATGCGTCAAGAGATCATNAGNGGAAAAAAGGCTATCGAAATCGCTGAAAAACGGCAAAGCAGCTGGNCCAGACGGAATNCCACCCGAAGCCCCGAAGG-CC-ACATCCA-G-T-----AATCTCCG--AA---C-TGCTGCAACCTTTACTGAAGAAGATCTGGGA--AGCGAGA-GAGTGC---CAGATGATTGGA-A-AAGGGTCAC-TGGTNAAGCTG-C-CNA-GAAAGGAGACCT--C--ANC--TTGCGANAACTGG-AGGGGCATCACGCTTCCTTC-CCG-TGCCGGCGAAGGTNCTNANCAGGATCATC-CTTGAGAGGATGAAA----GACGCGATTGGACA-AGAC-C-TCCGAGAC--GAGCAGGCAGGNTTCAGACA-GGACAGATCCTGCACNGACCANATCGCCACNCTGCGNATCA---TCGTCGAACAGTCCATNGAATG-GCAA--A--CAT-------CC-CTGC--ATATATCGA-CTTCGT-----------AGA---C------------TTTGACA--GCGT---CCACCAG--------GAT--A--C--T--ATGGAANATCC--TGAGACACTACGGNATNCCAGCGAAAATTGT--A--AATAGTTGCNATGC-ATCCG-CAGCCGTATGA-GGAC----TT---CACATCG-T-CAAGTAA-TCCGC-G--ANGCATCTNTCA-----------CA--GACCCTTTCCACGTGAGNACAGGNGTGAAGCAAGGATGTCTNCTCTCACCNNTTCTATTCCTNCTGGTNATCGACTGGGTNACGAG-------GC-AGACGTCTGA---CA-----G--ACCAAGA---GGG------A--TCCAGTGGAC-TATNACGA-G-----------AANG-CTGGAAGACCTGGATTTTGCTGACGAT-C-TCGCCCTGCTGTCNCACCAG-T-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATNACGTCGGA------AA------GAAA-ACC--GGGCTNAAAATCAA--CAACAGA--AAGACAAAG-ATT-ATG-A-----GANT-----CAAACAA-GA-AAA--GAA-GGT---------CAA-TG-CATCA-GC-------CGG---GG-----GAAC-GAA-T---GA--------TCGAGGAGGTTGA-GA--CAG-----TTCAC-ATACC-----TTG-----GAAGCGTNAT-CAG-CA-AGANCGGTGGAA-CGGATGAAGACAT--A-----A--A-GC---C-GNA-TCGAC-----AAAGCCA-GNCACACCT-TCGNCACGCTGC--GACCAATTCGGA-GAT----CA---A----AC---G--C-CTTA----G----TCA-AAAC--CA--AAG-AT--CAGGATCTTCAA--CNCC-AACGTGAAA----TG-CNGTC---CTTCTTTATGGGTC-NG-AGA--C-ATG---GAG----ACCA-ACAG--------CCG-GA---CT--CCAAC---A--------TAAAA-T-C---CAGGCGTTTACC--AACA----GATGCCT-CG--GACATAT-TCGTA-G-AGTNTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAGATA-NC-A-C----GTC-AA--GGAAG-G--ATGGAGGTGGATTGGCCACACATC------------GCGAAAACCGTATACCAGAA
gi|1 : AAAGATTGGATGTCTGATAACAGCTGTCAGAAGGTTGAGGAAAAACGTAAAATGAAAGAAAAAA----TCAACATC--GCAAAAACAAGAGCACAAAAGTATGAT-GCCCAAGTAAACACCA----AGAGCTGCACAAAGGAGTGAACAAATCT-TGTAGGAAA-GACAA-AAGAGATTACGTAAATCAGCTGGCAACA-G-AAGCAGAACAAGCAGC-------ATACA-TAGGTGATATAAAGACACTTTATAATATCACTAAAAC---CTT----AAG---CATGCA-AGT---C--TAA--ACTAGTAAAAGATAA---------AAAATGCAATTGTACTCAATAA-A-TCAAATGAGCAGATAGAA----AGGTGGAATGAGCATTTCAAAAA--TTTA--CTAAATAGACCTGAACCAGA-------CCAACCA-GGCACA---TTATAACCAGGGCCAGAACTAAA--CATCAAGAAA-CATGAGGGGAAAAAAAGCT-TTGAAATCACTGAAAAATGGAAAATCAGCTGGAATAGATGGAATACCACCTGAAGCATCGAA------ACATGGAGG-TGAAGAAATCTCTG--AATTCT-TGTTGAAA---TTGCTGAATAAGATCTGGGA--AGCAAAACGAATACAAACAAA--ATAGAATA-AAGGGTTAT-TAGTAAAACTA-C-C-A-CAAAGGAGGCCT--A--AGCTGTTGTGAAAACTGG-AGGGGCATAACTCTT-CTGC-CAGTTGCAAGC-AAGATTTTATGCAGAGTGCTT-CTTAATATAATGAAA----CACGCTATTGATAA-AGCT-C-TCCGTGAC--GAACAGGCAGCATTTAGACC-AAATAGAAGCTGTAATGACCAGATTGCTACTCTAAGAATGA---TAGTGGAATAATCAGTAGAATG-GCAA--ATGCAT-------CC-CTGC--ATATATCAA-CTTAGT-----------AGA---C------------TTTGATA--ATGT---CAACAGG--------GATGGA--A--T--GTGG--CATCTAATGAGACACTATGGCATACCATCAAAGATTGT--A--AATA-TTGCCAAG--ATC------CTGTATGA-AGAC----TC---TACA--G-TGCAAATAA-TACAC-T--AAGCATCTCTTA-----------CC--GACCCTTTCCATATGAAAACAGGTGTGAAACAAGGATCTTTGCTCTCACCTACTTTATTCTTACTGGTGATTGATTGGATTACGAA-------GC-AGGCATTTGA---CA-----A--ACCAAAA---GGG------A--TTCAGTGGAC-TATGACAA-G-----------AAGG-TTAGAAGATCTAGATTTTGCTGATGAT-C-TCGCCCTACTGTCTCAACAGAT-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CGA---A---AG-----GA---TGAATAACATCGGA------AA------GAAA-ATA--GGGCTTAAAATCAA--CAACAGA--AAAACAAAG-ATT-ATGAA-----GGTT-----CAAACAA-GA-AAA--GAAGGGT---------CAG-TG--ATCATGT-------TAG---GA-----GAACGGAA-CTCGGA--------TCATGATAGTTGA-GA--CAG-----TTTAC-ATATC-----TTG-----GAAGTGTCAT--AG-TA-AGACCGGTGAAA-CAGATGAAGACAT--A-----A--T-GC---CAGAA-TATGC-----AAAGCCC-GTCAAGCCT-TCGCCATGTTAA--AACCAGTTTGGA-AAT----CA---A----AC---G--TGCTTA----G----TGA-AAAC--CC--AAA-GT--CAGAAT-TTCAA--CACC-AATGTAAAA----CA-CTGTCTATTTTCGTAATGGGTCGTGTAAACCC-CTG---GAG----ACTA-ACAG--------CTG-GA---CT--TCAAC---A--------TAAAA-T-C---TTGGTATTTACC--AACA----AATGCCT-CA--GACATAT-TTGTA-G-AGTGTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAT--GAGTGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAGATACCC-A-C----ATTAAA--AGAAG-GGCATGGAAATGGATTGGCCACACATG------------GCGAAAACCGCATACCAGAA
gi|10 : aaaaagtcctaggaaagaaaaccaacaagaagGA-AA--CAGATCGCTTCAC-ATACCGTATCTTG-----GGAGCGTGAT--AG-AA-AGGACGGTGGAAATAGATAGTGACATTCA-----G--A-GC---C-GCG-TCAAC-----AAAGCCA-GT-ACACTTCTCAACACTCTGT--GGTCCATTTGGA-GAC----CC---AGTGCAC---GATC-CCT----------TCA-AAAC------AAGCAT--T-GGATCTTCAA--CACC-AACGTGAAG-----G-CTGTC---GCCTTTTATGGATC-T--AGA--C-CT------G----ACCA-ACAGCAACTAGACCA-GA---CT--CCAGC---ATTCACTTTTAAA---------AGGTGTTTAC
gi|12 : cagaaagaagactgagatttagagcaatgcagggacagaccaccaccgA---TTATCGAACAAGCCATAGAATG-G-----A---AT-------CC-CAACCTATATATCTT-CTTTGT-----------AGA---T------------TTTGAGAAGGCAT---TCGACAGTGAACAGAGAC--A--CATT--ATGGAAGATCA--TGAAAAACTACGGAATCCaccacatcatgaacatcagcagatggcccgaaaagatcttccac
gi|13 : -----GCAAACA-AT-AAC----ATC-AA--GGAA-----ATGGAGGTGGATTGGCCACACATT------------GAGAAAtcgataagatc
gi|14 : accggtcatTATC--AACA----AATGTCT-CG--GACATAT-TTGTA-A-AGTGTGG--CGGCC--AA-GAAAAATTAC--GAATG----AACTTCTGGATAGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCggaaaacacagatgtgacacaccatgctctggaatggaatcccacaggaagagaggtagaccaa
gi|14 : GCCACACATG------------GCGAAAACCGTATACCAGcacacatggcgaaaaccgtataccagcat
gi|2 : tatcaacaaatgtctcggacatatttgtaaagtgtggcggccaagaaaaattacgaatgaacttctggatagtaccaaccaagatccaAAAGACTGGATCTATGTTAACACCTTCCAGCAAATCCAAGCAAGA----AAATTCAAGAAAGAAGTTGTCAAC-TCCTGCCGGA-CAAGAGTACACAAA-ATGGCAGCCCAAGCAGATATTACACTATAG-TCCACAAGGAAGTGAGGAGGAGCGTG-AAAAAA-GACAA-ACCATATTACATTGAGAGGCTTGCAG-A-GCAAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGAAGTTCTATGCTACGACCAAGATACTCTCTGGAAAGTA-CATGTACATCAAACCATAACGGCCAGTCAAAGACAAGCGCG-GGCAAAAC---AT----CTCAG--ACACTGAAA--AACAACTGGAA----AGATGGGCAGAACACTTCGAGGAGCTTCA--C--AATAGACCAGCACTAGAAAAACCCCCAAACATAGCAGAAGCTGATA--TAGACCTAGAGATAAATGTGTCAAGAGATCATTAGT---------GCTATTGAAA-AGTTGAAAAATGGCCAGGTAGCTGGTCCAGACGGAATCCCCACAGAAACCCTCAAGGACT-ACAACCA-ATT-----AATAT------G---C-TGCTACAACTTTTA--AAAGAAAAACTGGGACCAGGAAGA--AGTGC---CAGCTGATTGGA-A-A--GATCA-----TCAAGCTGCC-CCC-AAAAAGATACCG--C--AGCAATTGCGAGAACTAC-AGAGGCATCTCAC-TCCTGT-CAG-TGCCGGAAAAGGTGTTCAACAGGATTTTA-CTTGAGAGGATGAGA----GACGCGATT-GACATTCAT-C-TAAGAGAC--AACCAGGCGGGCTTCAGACA-GGGCAGATCTTGCACCGACCAGATCGCCATGCTTCGCATCA---TCGTTGAGTAATCCCTTGAGT--GTAACTA--C-T-------CA-TTG----TATATCAA-CTTTGT-----------GGA---TTTCCTCAAGGCATTTGACA--GCTT---CCACCAC--------GAT--ACCC--T--CTGGCAATTCC--TCCGACACTACGGGATACCAGCTAAAATTAT--ACGAA------CGAT----TCAG-CAGTCATATGA-GGGTATGGTTTGCCACGTCGTT-CATGGAAGTCAGCTG--ATGCATC--------------------G----TTTTGACACAAGGACAGAGGTAAGGCAAGGATGCCTCCTGT-ACCATTCCTATTCCTCCTCGTCATCGACTGGGTGATGAG-------GA-AAACGACAGA---TA-----G--ACAAAGGAATGGT------A--TCTAATGGAC-CCTCTGGA-A-----------ACAG-TTGAACTACCTCAACTTTGCTGATGAC-C-TTGTTCTGCTCTCGCA-CAT-T-TATCA-ACAAATGCAGAG-CA---AAA-cat
gi|2 : actttggcaaggaacaagagatgcctttacagaaacattcaagccaaatacATC-----CAAACAA-GA-AAT--GAA-CGC---------C---TC-CAGCA--C-------TGA---GGTAATAAAACTGGA-T---GACAACAACTTGGAAGAGGTCGA-AA--CA------TTCAC-CTACC-----TTG-----T--GTGTGAT-CAACCA-ACAG-GGAGGAA-CAGATACAGATATTAA-----A--A-CC---C-GCA-TTGG------AAAGACA-AGAACATCT-T--TCATGGT------CC---TCAG----------A---A----AC---A--C---------G----TCATGCAC--CA--AAG--T--CCGCCTCTTCAA--TTCA-AATGT--------TGTCTGTC---CTGTTTTATGGGGC-AG-AAA--C-ATG---GCG----AACT-ACAA---------AG-GC---CA--CCATC---A--------GAAAATT-T---CAAACTTTTAagccccgtctcctatgtcggcctccacatccatccaaacaagaaatgaacgcctccagcactgaggtaataaaactggatgacaacaacttggaagaggtcgaaacattcacctaccttgtgtgtgatcaaccaacagggaggaacagatacagatattaaaacccgcattggaaagacaagaacatctttcatggtcctcagaaacacgtcatgcaccaaagtccgcctcttcaattcaaatgttgtctgtcctgttttatggggcagaaacatggcgaactacaaaggccaccatcagaaaatttcaaacttttataaattcctgcttatgaagaatcctgaagatccactggccagataaaatcagtaacacagatctctgagaaaaaaacccaagtgccaatagaaaaagagattagaa
gi|3 : actttggcaaggaacaagagatgcctttacagaaacattcaagccaaatacaaagactggatctatgttaacaccttccagcaaatccaagcaagaaaattcaagaaagaagttgtcaactcctgccggacaagagtacacaaaatggcagcccaagcagatattacactatagtccacaaggaagtgaggaggagcgtgaaaaaagacaaaccatattacattgagaggcttgcagagcaagcagaacaaacagcctacaatgggaacatgaagaagttctatgctacgaccaagatactctctggaaagtacatgtacatcaaaccataacggccagtcaaagacaagcgcgggcaaaacatctcagacactgaaaaacaactggaaagatgggcagaacacttcgaggagcttcacaatagaccagcactagaaaaacccccaaacatagcagaagctgatatagacctagagataaatgtgtcaagagatcattagtgctattgaaaagttgaaaaatggccaggtagctggtccagacggaatccccacagaaaccctcaaggactacaaccaattaatatgctgctacaacttttaaaagaaaaactgggaccaggaagaagtgccagctgattggaaagatcatcaagctgcccccaaaaagataccgcagcaattgcgagaactacagaggcatctcactcctgtcagtgccggaaaaggtgttcaacaggattttacttgagaggatgagagacgcgattgacattcatctaagagacaaccaggcgggcttcagacagggcagatcttgcaccgaccagatcgccatgcttcgcatcatcgttgagtaatcccttgagtgtaactactcattgtatatcaactttgtggatttcctcaaggcatttgacagcttccaccacgataccctctggcaattcctccgacactacgggataccagctaaaattatacgaacgattcagcagtcatatgagggtatggtttgccacgtcgttcatggaagtcagctgatgcatcgttttgacacaaggacagaggtaaggcaaggatgcctcctgtaccattcctattcctcctcgtcatcgactgggtgatgaggaaaacgacagatagacaaaggaatggtatctaatggaccctctggaaacagttgaactacctcaactttgctgatgaccttgttctgctctcgcacatttatcaacaaatgcagagcaaaaagccccgtctcctatgtcggcctccacatccAGTCAACAGAAG--TGCAAGAGACGACAAGAGGAGATT-CATCCATGACCTCACAG-AAG-AAGCA---TAAACAGCGGCGGGCCAACAA-----AACATGAAAAGGCTTTACGAGACAACCAGGACACTCTCTGGGAAA-AACA-GCA-ATC---CCACCA-GACCGGTCAAAGACAAGAACGAAG-AAACC---AT----CACAA--G-A--GAGG--AG-GACCAGAAGACGAGATGGACGGAACACTTCAAGGAG--ACACTC--AACAGACCCCCACCAtaaattcctgcttatgaagaatcctgaagatccactggccagataaaatcagtaacacagatctctgagaaaaaaacccaagtgccaatagaaaaagagattagaa
gi|3 : AAGGCCATC-AAGTCCCTCAAGTCCGGCAAAGCAGCAGGCCCTGATGGCATTCCACCCGAAGCCCTGAAGG-CCCACATCCA---------AACCTCCACCAA---CATGCTGCACCCTCTACTGAAGATGATCTGAGAG-AACGAGA-GTGTGC---CAGATGATTGGA-AGAAGGGACACCTGGTGAAGCTG-C-CGAAGAAAGGAGACCT--CTCATC--CTGCAACAACTGG-AGAGGCATCATGCT-CCTTC-CCA-TACCGGTGAAGGTTCTCTTCAGGATCATC-TTGGAGAGGCTGAAG----ACCGCG-TTGGACA-AGACAT-TCCAAGAG--GAGCAGGCAGGGTTCCGGCA-AGACCGATCCTGCACTGACCACATAGTGACGATGAGGATCA---TCATCGCACAGTCCCTGGAGTG-CCAG--A--CTC-------CC-CTG----TACAGCGT-CTTCGT-----------TGA---C------------TTccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcaaggccatcaagtccctcaagtccggcaaagcagcaggccctgatggcattccacccgaagccctgaaggcccacatccaaacctccaccaacatgctgcaccctctactgaagatgatctgagagaacgagagtgtgccagatgattggaagaagggacacctggtgaagctgccgaagaaaggagacctctcatcctgcaacaactggagaggcatcatgctccttcccataccggtgaaggttctcttcaggatcatcttggagaggctgaagaccgcgttggacaagacattccaagaggagcaggcagggttccggcaagaccgatcctgcactgaccacatagtgacgatgaggatcatcatcgcacagtccctggagtgccagactcccctgtacagcgtcttcgttgacttccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaatcgactgggtcatgcggcagtcgacaataaggaagaagacagggatccagtggacattcactaagcagctgtgggacctggatttcgccgacaacattgccctcctgtcccacagcatcaagacgcccaggaaaagctcaacagagtcgccggagaagccgagaagaccgggctcaagatcaaaatgaccaagacagaagtcatgagagtcaacagcaaacaacatgcccccatccaactacaccaggaaaatatcaaaaaggttgacaaattcgtatacctcggcagcgtagtcagcaacaattgtggagcggacgaagacatcaggagccgcatcaacaaagccaggcacacctttcgcactctacgcccaatctgaagatcctcagccttatcccaacacaacaagatcaggatcttcaactccaacgtgaagtcagtcctatttcagggctctaagacatggcgcaccacaaagacaaactcccacaaagctgcaaaccttcatcacagatgcctccgttgacatccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|3 : agtcaacagaagtgcaagagacgacaagaggagattcatccatgacctcacagaagaagcataaacagcggcgggccaacaaaacatgaaaaggctttacgagacaaccaggacactctctgggaaaaacagcaatcccaccagaccggtcaaagacaagaacgaagaaaccatcacaagagaggaggaccagaagacgagatggacggaacacttcaaggagacactcaacagacccccaccaccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcGTAATCGACTGGGTCATGCG-------GC-AG---TC-GA---CAATAAGG--AAGAAGACA-GGG------A--TCCAGTGGAC-ATTCACTA-A-----------GCAG-CTGTGGGACCTGGATTTCGCCGACAAC-A-TTGCCCTCCTGTCCCAC-AG-CATC--A-AGACGC-CCAGGA-A---AAG-CTCAA---C---AG-----AG---T------CGCCGGA------GAAGCCGAGAAG-ACC--GGGCTCAAGATCAA---AAT-GACCAAGACAGAA-GTC-ATG-A-----GAGT-----CAA-CA--GC-AAA--CAA-CATGCCCCCATCCAACTA-CACCA-G---------------------GAA---AA-T----A--------TCAAAAAGGTTGA-CA---AA-----TTCGT-ATACC-----TCG-----GCAGCGTAGT-CAG-CA-ACAATTGTGGAG-CGGACGAAGACAT--C-----AGGA-GC---C-GCA-TCAAC-----AAAGCCA-GGCACACCT-TTCGCACTCTAC--GCCCAATCTGAA-GAT----C----------CTCAG--C-CTTA---------TCC-CAACA-CAACAAG-AT--CAGGATCTTCAA--CTCC-AACGTGAAG----T--CAGTC---CTATTTCAGGGCTC-TA-AGA--C-ATG---GCGC---ACCACAAAG--------ACA-AA---CT--CCCAC---A---------AAGC-T-G---CAAACCTTCATC---ACA----GATGCCTCCGTTGACATccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaatcgactgggtcatgcggcagtcgacaataaggaagaagacagggatccagtggacattcactaagcagctgtgggacctggatttcgccgacaacattgccctcctgtcccacagcatcaagacgcccaggaaaagctcaacagagtcgccggagaagccgagaagaccgggctcaagatcaaaatgaccaagacagaagtcatgagagtcaacagcaaacaacatgcccccatccaactacaccaggaaaatatcaaaaaggttgacaaattcgtatacctcggcagcgtagtcagcaacaattgtggagcggacgaagacatcaggagccgcatcaacaaagccaggcacacctttcgcactctacgcccaatctgaagatcctcagccttatcccaacacaacaagatcaggatcttcaactccaacgtgaagtcagtcctatttcagggctctaagacatggcgcaccacaaagacaaactcccacaaagctgcaaaccttcatcacagatgcctccgttgacatccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|4 : agtcaacagaagtgcaagagacgacaagaggagattcatccatgacctcacagaagaagcataaacagcggcgggccaacaaaacatgaaaaggctttacgagacaaccaggacactctctgggaaaaacagcaatcccaccagaccggtcaaagacaagaacgaagaaaccatcacaagagaggaggaccagaagacgagatggacggaacacttcaaggagacactcaacagacccccaccaccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcaaggccatcaagtccctcaagtccggcaaagcagcaggccctgatggcattccacccgaagccctgaaggcccacatccaaacctccaccaacatgctgcaccctctactgaagatgatctgagagaacgagagtgtgccagatgattggaagaagggacacctggtgaagctgccgaagaaaggagacctctcatcctgcaacaactggagaggcatcatgctccttcccataccggtgaaggttctcttcaggatcatcttggagaggctgaagaccgcgttggacaagacattccaagaggagcaggcagggttccggcaagaccgatcctgcactgaccacatagtgacgatgaggatcatcatcgcacagtccctggagtgccagactcccctgtacagcgtcttcgttgacttccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaTGGA-A-AATGATCTCATCTTTAAGCTG-T-CCA-AAAAGGAGA-------------TTGCAATAACTGG-AAGGGCATAACACTTCCTTC-TCT-TGCTGTCAAA---ACTGAC----ATCAGCTCTTGAGA-------------------------A-AGAC-C-TCCGACTA--GAACAAGCAGGTTTCCGCCCTGGGC-GATCCTGCTCGGATTACATCTTCACTCTGC--ATCAGATTC-TGGAACAG---ATC-AATGAGCAA--A--CATG------CCACTG----TACATCAA-TTTCATTGACCTGGAGAAGAT--C------------TTTGACA--GCAT---CCACCAA--------GAA--T--C--TTTATAGAAGATCC--TGAGGTACTATGGGGTCCCTGCGAAACTTGTCCA--GGTAGTTGCAATGCTATCC------------A-GGAC----TT---CAAATC--C-CAAGTAA-TCTGC-G--ACACATAGATCA-----------CA--GACACCTTCAACGTCAGCACGGGAGTAAAGCAGGGCTGCATTCTATCGCCGTTTCTCTTCGTCCTAGCCATGGACTGGATTATGAAAAATTCCGC-GGATG---GA---GA-----G--A-TGAGA---GGG------A--TCAGGTGGAC-CATGACAATGTCAACAACAACAATG-CTAGAAGATATGGACTTTGCTGACGAT-A-TTGCCCTGCTGTAACACC------------GCCA--CCGAGACATGCAAA----AA---A---AGACA--GA---TG--CCATGACAAA------AACAGCT-GGAA-ACCTTGGCCCAAAGGTCAG--CATCATA--AAGACCAAG-AGC-GTG-A-----GAAT-------------GA-ATGCCGAA-GTT---------CTA-TGACATCA-AA-------CTGAACGG-----TAAT-GA------GA--------TCGAGGAAGTTAATGA--T-------TTCAC-CTATC-----TTGAATCCAAAATGTCA-------A-ATACAGGTG--A-TG--TGGAAGTAG--A-----A--A-TC---C-GGGCTCGACTTGCTAAAGCCG-CCTAGACCT-TCACCTCACT-CAAGAACACATGGAA-GA-----CAGGGA----AC---A--T-CC------G----CC-----------------T--GAGAATCTTCAA--ATCA-AATGCG-AT----TA-CCACC---CTCCTTTATGGATC-AG-AGG--C-ATA---GAAGATTACCA-A-AA--------CCATGA-------GCA-----A--------TAAAC-T-T-----GACGTCTTCCAAAACA----GATGCCT-GA--GACGCAT-TC-TACGCATTCTAT--TGGCC--AA-ATACAATCAC--CAATGAAG-AACTT-TA---CGGAATAACAGAA--ACCGA-----ACCCATCTCC-A-CGCAAGTC-AAACGAAAGCG--TTGGCGATGGATAGG--ACATGTCCTCTGCCAGTAGACGAAAACCTTAT-CCAGAAccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|5 : C-TGGTGAAACTA-CTCAA-GAAAGT-GACCTTTC---CC--TTGTGGCAACTGGCGGGGGAATCATGCTTGCTTCTCCA-CCCCAGC-AACGTGCTGACCAGGATCATC-CTGGAGAG-ACGAAAAGGGGGCGC---TAGACA-AGAG-AAT--GAGATCAGAGCAGGCAGGATTTAGACA-GGACAGATCATGTACAGACCACATCGCCACCCTGCGCATCA---TA--CGAGCAGTCCATCGAATG-CCA-------GT-------CT-CCGT---TGTACAGACCTTCGT-----------TGA---C------------TTTGAcagccctaagatgaattcaagacggccgacaaacgcgaggccgccccaaggaaacttggaggagaacaatggtgagggagatgaaggagaaaggttggacatggggccgc
gi|5 : aaactaggcataagcTCATAGATTGGATAACGAG-------GA-AAACAACAGAGGGCA-----G----CAACACC-GGC------A--TACAGTGGACATTTCACCA-A-----------ACAG-CTGGAGGACCTGGATTTTGCGGACG---CATTGGCCTATTGTCCC-CCA----CA--AGAAACAT-C--ATGCA---CAGTC-CAA---GCTCAC-----AC---TCAACT-CGCCGAAGTGGCCAA------GAAGGACC--GTCCTGAGAATCAA--CGCCAGA--AAGACATAG-GCTGATG-GCGGCTGAAA-----CAAACAA-GA-CAA--GAG-------------CAA-CC-CATTA-GCAGTTCTGCAG---GA-----GAAC----------A--------TCAAGGAGACTGA--ATTCGC-----TTCACTTTACC-----TCG-----GAAGTGTAGTGCAG-CACAGATTGGCGGGC-CTGATGAAGATGT--ATATGGG--A-GCTCGC-GTA-TCGCA-----AAAGCCAGGGTTCACCT-C--ACACCCTGC--GACC-CTTCTGA-GACTCCGCA---A----AG---C--C-CTTA----T----CCC-AAACG-CAC-AAG-ATTCCCGCATCTTTAA--CACCAAACGTGAAA-----G-CAGTC---CTTCTATAT-GGTC-CG-A-A--C-ATGC--GAGTT--ACCA-ACA---------CCG-AA---ATCACCAAC-------------AAGA-TGC---CAGAC-TTTG----AACA----AGTGCTTGAG--AACATATCTCATA-C-A-TCAGG--TGGCCT-TG-GGAAGATTTC--AAATGCAG-AACTgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatcatagattggataacgaggaaaacaacagagggcagcaacaccggcatacagtggacatttcaccaaacagctggaggacctggattttgcggacgcattggcctattgtcccccacaagaaacatcatgcacagtccaagctcacactcaactcgccgaagtggccaagaaggaccgtcctgagaatcaacgccagaaagacataggctgatggcggctgaaacaaacaagacaagagcaacccattagcagttctgcaggagaacatcaaggagactgaattcgcttcactttacctcggaagtgtagtgcagcacagattggcgggcctgatgaagatgtatatgggagctcgcgtatcgcaaaagccagggttcacctcacaccctgcgacccttctgagactccgcaaagcccttatcccaaacgcacaagattcccgcatctttaacaccaaacgtgaaagcagtccttctatatggtccgaacatgcgagttaccaacaccgaaatcaccaacaagatgccagactttgaacaagtgcttgagaacatatctcatacatcaggtggccttgggaagatttcaaatgcagaactatggaatgaggagaaaccagccaaattc
gi|6 : aaactaggcataagcctggtgaaactactcaagaaagtgacctttcccttgtggcaactggcgggggaatcatgcttgcttctccaccccagcaacgtgctgaccaggatcatcctggagagacgaaaagggggcgctagacaagagaatgagatcagagcaggcaggatttagacaggacagatcatgtacagaccacatcgccaccctgcgcatcatacgagcagtccatcgaatgccagtctccgttgtacagaccttcgttgactttgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaAGATTATGTACTGACCCAATTGCGACATTACGAATCA---TTATAGAACAAACCATTGAATG-GCAG--G--CATCACTATACC-TTGC--ATTTATAGA-TTTTG------------AGAAGGCA-----------TTTGATA--GTATAGACCATCA---------AAT--A--C--T--ATGAAGCATTC--TCAGACACTATGGTATTCCA--GAAAA------A--AATAATATCTAT-C-ATCCGCCAGCTGTATGATGGA-----TT---CAC-TTG-T-CAAGTCA-TCCAT-GGTGGGAACCTA--A-----------CA--GATCCTTTTCCTGTATCCACCGGGGTCCAGCAAGGATGTCTACTCTCTCCTCTTCTCTTTCTGATGGTAAT-GCCTGGGTCA-----------GCAAAACATCTTA---CA-----GTAAACATTT---GGGC-----A--TCAAATGGAC--ACTACAA-T-----------CATGTCTTGAAGACCTAGATTTTGCAGACGATGT-TTGTCA-GCTTTCACATC-G-T-CA--C-CCACAC-TC---ACA---AGA-A-CAATTTA---AGCTTCCAACCTTGAATCAAATTCGA------AA------AAAA-GTT--TGGTTATACATCAGTCCAAC--T--AAGACAAAATATT--TG-A-----GGATAAATGTAAACAA-TACAAA--TAA-AAC---------TAA-GG---TCA-----------GA---GG-----TGCC-GAA------A--------TCGAAGATGTTG--GG--CAA-----TTTAC-CTACC-----TTG-----GAAGTGTCAT-CGG-CA-CATTAGGAGGGA-CCGATGAAGATAT--AC----A--A-GC---A-AG----GAA-----AAAG------TAAACCT-TTGCAATCCTCA--AACCAATCTGGAGGAG----GA---A----AA---C--T-CTCA----GAACATCA-A-----CA--AAG-AT--AAGAATCTTCAA--CTCA-AACGTAAAA----T--CAGTT---CTTCTATGTGGATC-AG-GGA--C-ATG---GAG----ATCA-ACAG--------CTG------CT--TCCAC------------TAAAA-C-CATATATGTGTTTATA--AACAGATCGATGCCT-AA--GAAACA--TCATAGG-AATCAAG--TGGCC--AG-AAAAGCTTAT--G-----GC-AA-----AGG----ACCAAACAAG--AACCGGTCATGCAAACA-ATAA-C----ATC-AA--GAAA-----ATGGAGGTGGATTGACCACAAATT------------GAGAAAatggaatgaggagaaaccagccaaattc
gi|7 : GA-AGAC----TT---TACAATG---CAAATAA-TACAC-G--AAGCATCTCTCAGCCCCGGCTCTCATCGAACCCTTCCATGTGAAAACAGGTGTGAAACAAGGATGTTTACTCTCACCAACCTTATTCTTACTGGTTATTGCCTGGATTACAAA-------GC-AGACATTTGA---CA-----A--ACCAAGA---GGGTTTCAAACTTTCAGTGGAC-TATGACGA-G-----------AA---------GATCTAGATTTTGCTGATGAT-C-TCGCCCTACTGTCTCACAAGAT-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATAACATCGGA------AA------GAAA-ATA--GGGCTTAAAAATAA--CAACAGA--AAAACAAAC-ATT-ATGAA-----GATT-----CAAACAAGGA-AAG--GAG-GGT---------CAG-TG--A-CA-AT-------TGGA--GG-----GGAC-GAACT---G-----------GAAGAAGTTGA--A--CAG-----TTTAC-ACATC-----TAG-----GAAGTGTCAT-TAG-TA-AGACCGGTGGCA-CAAATGAAGACAT--A-----A--ATGC---TAAAA-TATGC-----AAAACCC-GTCAAGCCT-TAGACATGTTAA--AACCAGTTTGGA-AAT----CA---A----AC---G--TGCTTA----G----TGA-AAACATC---AAG-GT--CAGAATATTCAA--CACC-AATGTAAAA----T--CTGTC---CTTTTCTATGGGTG-TG-AAA--C-CAG---GAC----ACTA-ACAG--------CTG-GA---CT--TCAAC---A--------TAAAA-T-C---CAGGTATTTACC--AACA----AATGCCT-CG--GACATAT-TTGTA-A-AGTGTAG--TGGCC--AA--AAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTGGATCGTACCATCCAAG--ATCCA-----GCAGATA-ggaaaacacaaatgtgacacgccatgctctggaatggaatccccagggccactgacaggaagagaggtagaccaaaaaacaacctgggacgaagtggaggc
gi|8 : cgATTTTTAAACCACC-GACGTGAAAAAGCT--CAGTC---CTTCTATATGGGTC-CG-AGA--CAATGGGCGAGTCA-ACCA-AC-C--------CCGTGAGATCA--CCAAC---A--------GATA----C---CAGACTTTTGTCA-AACA----AGTGcgctg
gi|9 : agtagccaatgaagaccggtctataatattagatacaccacaaagacaggagttgtaaagcatgctcggtgttttgactaactcgagagaaccattacaatctacaagtggaaaaatcaagtgaatgactgaatcatgcttcacttactctgatgtgttagtcaggacaccgactggtcggcgctgatgagatgtataggaggccgtgaatacgccaaaggtccgtaggttcggctctcaacatcccctgctgaacgctatctggagacctaccataagcgtgttaacgccagcgataatacatgaggcatcccgccA--CAG-----ACCTC-ATATC-----TTG-----GGAGCGTGAT-CAG-CA-AAGACTGTGGAA-CAGATGATGACATCAA-----G--A-GC---C-GCA-TCAAC-----AAAGCTA-GGCACACAT-TCAACACTCTGC--AGTCCATTTGGA-GAT----CC---A----GT---G--C-ATTATCCCC----TCA-AAAC------AAG-AT--CAGGATATTCAA--TGCT-AACG-GGAA----GA-AAGTC---CTCCTTTATGGGTC-TG-AGA--C-CTA---GAG----AGTA-AC----------C---GA---CA--CCAACCCTA--------TGAGACT-C---CAGGCATTCATT--AACA----GATGTAT-C----ACA----TCAT--G-AACATCGCATGGCCTGAACGCAAACTTGTGGGAATGAACAAAC--CTAATTCCCATCAGTCAAGAAATCCA-----GAA--------A-C----GT--AA-----------ATGGGGTTGGATAGGGCATACACC------------GTGAAGACCattgagacgcaccactaaaaatcatcagtcgtgctgccgaatagatcttcaaattccagaacgcctaataatggcagaaaaccagccaaattcc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CCCCTTTATGCATGGTGCTGAATCATGGAAAGTCACAAAACACATCACCAACAAACTACACACTTTCCAAACCAAATGTCGAAGAAGAATTCTAAAGACATTGTGGCCAAACATAGTAAGCAACAAAGAGCTGTATGAGAGAACAACGACCCATTTCCTCGC
Unaligned ( gi|15 ): GCCGCCCCAAGGGAACTTGGAGAACAGTAGAGAGGGAGGTGAAAAGAAGGGTTGGACATGGGGTCATC
Unaligned ( gi|16 ): CAACCAAGACCTCTGGGAGAGAACTAGATAAGTCCCCATCGAACAAGAGATTAAGAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 2222 1 11 1 1 1 2222 1 22 1 1 1 22222 4444444 222222 333 1 22222222222 66666666666666666666666666666666666 11 2222 44444444444 3333333 1 222 11 11 1 3333333333 333333 99999999999999999999999999 11 33 22 222 111 11 1111 44444444444 11111 1 3333333333333333333333333333333333 111 111111 44444444444444444444444444 555555555555555555555555555555 11 111 44444444444444444444444 11 55555555555555555555555555555555 33333333333333333333 1111 55555555555555555555 11111111 1111 111 333333333333333333 222222 111 3333333333333333 111 3333333333333 111 111 55555555555555555555555555555555555555555555555 111 11111 2222222 11111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222222222222 11111 11111 11 22222222222 1111111111111111111 111 1111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 3333333 111 2222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 11111 111 11 11111 66666666666666666666666666666666 3333333333333
lowQualScore : 1 1 1 1 1 1 2 1 3333 22 3333 5 88 2 5 1 5 5 3333 1 5 1 55 2 3 3 1 7 0 77 1 3 11111 6 3333333 888888 1 0 3 7 7777 444 7 3 55555555555 0 99999999999999999999999999999999999 88 77 8888 3 0 00000000000 3 2222222 1 5 1 000 1 88 1 1 88 5 1 2222222222 7 77 999 0 1 0 1 3 0 333333 77777777777777777777777777 00 6 11 0 00 333 7 111 55 99 3 1 999 4444 0 99999999999 1 8 1 666 0 00000 6 5 1 333 1 8 0 5555555555555555555555555555555555 5 444 1 1 0 88 3 1 1 1 1 1 3 333333 3 5 1 5 55555555555555555555555555 0 5 0 444444444444444444444444444444 1 11 4 444 66666666666666666666666 5 1 11 1 1 8 0 3 0 55555555555555555555555555555555 8 22222222222222222222 8 4444 1 88888888888888888888 44 1 22 1 1 1 1 22 0 1 1 1 8 1 4 99999999 5 0 5555 000 111111111111111111 222222 77 333 1 4 7777777777777777 5 1 2 0 0 000 1 0 1 8888888888888 88 33 0 000 444 44444444444444444444444444444444444444444444444 6 000 1 99 00000 6 88 3333333 1 44444 1 77 5 77 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 4444444444444 66 11111 11111 2 0 1 00 4 4 1 55 4 4 99999999999 4 5555555555555555555 88888 1 4 222 5 8888 99 3 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 66 1 2 1 55 1 4 2222222 1 777 0 0 5555 55 44 111 5555 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 0000 9999 88888 0 77 4 555 5 1 0 77 33 777 77 7777 222 666 1 99 44444 44444444444444444444444444444444 1 1 2 7777777777777 1 7
lowQualScore : . . . . . . . . .... .. .... . .. . . . . . .... . . . .. . . . . . . .. . . ..... . ....... ...... . . . . .... ... . . ........... . ................................... .. .. .... . . ........... . ....... . . . ... . .. . . .. . . .......... . .. ... . . . . . . ...... .......................... .. . .. . .. ... . ... .. .. . . ... .... . ........... . . . ... . ..... . . . ... . . . .................................. . ... . . . .. . . . . . . . ...... . . . . .......................... . . . .............................. . .. . ... ....................... . . .. . . . . . . ................................ . .................... . .... . .................... .. . .. . . . . .. . . . . . . . ........ . . .... ... .................. ...... .. ... . . ................ . . . . . ... . . . ............. .. .. . ... ... ............................................... . ... . .. ..... . .. ....... . ..... . .. . .. ....................................................................... . ............. .. ..... ..... . . . .. . . . .. . . ........... . ................... ..... . . ... . .... .. . . .................................................... .. .. . . . .. . . ....... . ... . . .... .. .. ... .... . ..................................................... . .... .... ..... . .. . ... . . . .. .. ... .. .... ... ... . .. ..... ................................ . . . ............. . .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 5 0 5555 00 5555 5 00 5 5 0 5 5 5555 0 0 0 33 0 3 3 0 3 7 33 0 7 00000 7 3333333 333333 0 7 7 3 7777 000 3 3 00000000000 7 33333333333333333333333333333333333 33 33 3333 7 7 00000000000 7 0000000 0 5 0 555 0 00 0 0 00 5 0 2222222222 3 33 333 7 0 7 0 7 7 777777 77777777777777777777777777 33 7 77 7 00 333 3 000 88 22 2 0 222 0000 8 00000000000 0 0 4 666 6 66666 4 0 0 444 0 0 6 6666666666666666666666666666666666 0 222 4 0 6 66 2 0 0 0 0 0 3 999999 0 1 0 7 11111111111111111111111111 4 7 4 000000000000000000000000000000 4 00 6 000 88888888888888888888888 6 0 00 0 0 8 2 2 2 55555555555555555555555555555555 0 66666666666666666666 0 0000 0 66666666666666666666 00 4 44 0 4 4 0 00 6 4 0 0 9 0 0 00000000 7 1 1111 000 999999999999999999 111111 99 666 0 0 7777777777777777 7 7 1 4 3 999 4 4 0 1111111111111 00 77 1 000 999 22222222222222222222222222222222222222222222222 7 222 0 22 22222 7 33 5555555 0 33333 4 11 7 99 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 6666666666666 33 11111 11111 4 7 0 11 4 4 9 77 4 4 77777777777 4 6666666666666666666 77777 1 4 111 7 2222 66 4 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 11 8 7 6 55 0 0 0000000 0 000 5 3 6666 55 66 000 0000 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 9999 4444 55555 9 11 0 333 3 0 4 99 66 777 99 9999 999 000 5 22 33333 44444444444444444444444444444444 4 4 5 8888888888888 0 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGACTGGATNTNTGNTAACANCTNCCAGNAGGTCGAGGNAAGACGTAAAATNNAAGAAAGAAGTTGTCAACATCCTGCCGGAACAAGAGCACANAAGTATGGCAGCCCAAGCAGACACCACACTANAGCTNCACAAGGGAGTGAACAGAAGC-TGCAAGAAA-GACAA-ANGAGATTACGTCGATNAGCTCGCAG-A-G-AAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGANGCTTTACGATACGACCAAGACACTCTCTGGGAAG-A-CATGCA-ATC---CCATAA-GACCGGTCAAAGACAAG-GCG-GG-AAAAC---AT----CTCAA--A-A-TGAAA--AGCGACTAGAA----AGATGGACGGAACACTTCGAGGAG-TTCA--C--AATAGACCCGCACCAGAAAAACCCCCAANCATGGCANAAGCTNATAACCAGGNCCAGAGNTAAATGCGTCAAGAGATCATNAGNGGAAAAAAGGCTATCGAAATCGCTGAAAAACGGCAAAGCAGCTGGNCCAGACGGAATNCCACCCGAAGCCCCGAAGG-CC-ACATCCA-G-T-----AATCTCCG--AA---C-TGCTGCAACCTTTACTGAAGAAGATCTGGGA--AGCGAGA-GAGTGC---CAGATGATTGGA-A-AAGGGTCAC-TGGTNAAGCTG-C-CNA-GAAAGGAGACCT--C--ANC--TTGCGANAACTGG-AGGGGCATCACGCTTCCTTC-CCG-TGCCGGCGAAGGTNCTNANCAGGATCATC-CTTGAGAGGATGAAA----GACGCGATTGGACA-AGAC-C-TCCGAGAC--GAGCAGGCAGGNTTCAGACA-GGACAGATCCTGCACNGACCANATCGCCACNCTGCGNATCA---TCGTCGAACAGTCCATNGAATG-GCAA--A--CAT-------CC-CTGC--ATATATCGA-CTTCGT-----------AGA---C------------TTTGACA--GCGT---CCACCAG--------GAT--A--C--T--ATGGAANATCC--TGAGACACTACGGNATNCCAGCGAAAATTGT--A--AATAGTTGCNATGC-ATCCG-CAGCCGTATGA-GGAC----TT---CACATCG-T-CAAGTAA-TCCGC-G--ANGCATCTNTCA-----------CA--GACCCTTTCCACGTGAGNACAGGNGTGAAGCAAGGATGTCTNCTCTCACCNNTTCTATTCCTNCTGGTNATCGACTGGGTNACGAG-------GC-AGACGTCTGA---CA-----G--ACCAAGA---GGG------A--TCCAGTGGAC-TATNACGA-G-----------AANG-CTGGAAGACCTGGATTTTGCTGACGAT-C-TCGCCCTGCTGTCNCACCAG-T-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATNACGTCGGA------AA------GAAA-ACC--GGGCTNAAAATCAA--CAACAGA--AAGACAAAG-ATT-ATG-A-----GANT-----CAAACAA-GA-AAA--GAA-GGT---------CAA-TG-CATCA-GC-------CGG---GG-----GAAC-GAA-T---GA--------TCGAGGAGGTTGA-GA--CAG-----TTCAC-ATACC-----TTG-----GAAGCGTNAT-CAG-CA-AGANCGGTGGAA-CGGATGAAGACAT--A-----A--A-GC---C-GNA-TCGAC-----AAAGCCA-GNCACACCT-TCGNCACGCTGC--GACCAATTCGGA-GAT----CA---A----AC---G--C-CTTA----G----TCA-AAAC--CA--AAG-AT--CAGGATCTTCAA--CNCC-AACGTGAAA----TG-CNGTC---CTTCTTTATGGGTC-NG-AGA--C-ATG---GAG----ACCA-ACAG--------CCG-GA---CT--CCAAC---A--------TAAAA-T-C---CAGGCGTTTACC--AACA----GATGCCT-CG--GACATAT-TCGTA-G-AGTNTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAGATA-NC-A-C----GTC-AA--GGAAG-G--ATGGAGGTGGATTGGCCACACATC------------GCGAAAACCGTATACCAGAA
Reference ( family-389 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGACTGGATNTNTGNTAACANCTNCCAGNAGGTCGAGGNAAGACGTAAAATNNAAGAAAGAAGTTGTCAACATCCTGCCGGAACAAGAGCACANAAGTATGGCAGCCCAAGCAGACACCACACTANAGCTNCACAAGGGAGTGAACAGAAGC-TGCAAGAAA-GACAA-ANGAGATTACGTCGATNAGCTCGCAG-A-G-AAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGANGCTTTACGATACGACCAAGACACTCTCTGGGAAG-A-CATGCA-ATC---CCATAA-GACCGGTCAAAGACAAG-GCG-GG-AAAAC---AT----CTCAA--A-A-TGAAA--AGCGACTAGAA----AGATGGACGGAACACTTCGAGGAG-TTCA--C--AATAGACCCGCACCAGAAAAACCCCCAANCATGGCANAAGCTNATAACCAGGNCCAGAGNTAAATGCGTCAAGAGATCATNAGNGGAAAAAAGGCTATCGAAATCGCTGAAAAACGGCAAAGCAGCTGGNCCAGACGGAATNCCACCCGAAGCCCCGAAGG-CC-ACATCCA-G-T-----AATCTCCG--AA---C-TGCTGCAACCTTTACTGAAGAAGATCTGGGA--AGCGAGA-GAGTGC---CAGATGATTGGA-A-AAGGGTCAC-TGGTNAAGCTG-C-CNA-GAAAGGAGACCT--C--ANC--TTGCGANAACTGG-AGGGGCATCACGCTTCCTTC-CCG-TGCCGGCGAAGGTNCTNANCAGGATCATC-CTTGAGAGGATGAAA----GACGCGATTGGACA-AGAC-C-TCCGAGAC--GAGCAGGCAGGNTTCAGACA-GGACAGATCCTGCACNGACCANATCGCCACNCTGCGNATCA---TCGTCGAACAGTCCATNGAATG-GCAA--A--CAT-------CC-CTGC--ATATATCGA-CTTCGT-----------AGA---C------------TTTGACA--GCGT---CCACCAG--------GAT--A--C--T--ATGGAANATCC--TGAGACACTACGGNATNCCAGCGAAAATTGT--A--AATAGTTGCNATGC-ATCCG-CAGCCGTATGA-GGAC----TT---CACATCG-T-CAAGTAA-TCCGC-G--ANGCATCTNTCA-----------CA--GACCCTTTCCACGTGAGNACAGGNGTGAAGCAAGGATGTCTNCTCTCACCNNTTCTATTCCTNCTGGTNATCGACTGGGTNACGAG-------GC-AGACGTCTGA---CA-----G--ACCAAGA---GGG------A--TCCAGTGGAC-TATNACGA-G-----------AANG-CTGGAAGACCTGGATTTTGCTGACGAT-C-TCGCCCTGCTGTCNCACCAG-T-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATNACGTCGGA------AA------GAAA-ACC--GGGCTNAAAATCAA--CAACAGA--AAGACAAAG-ATT-ATG-A-----GANT-----CAAACAA-GA-AAA--GAA-GGT---------CAA-TG-CATCA-GC-------CGG---GG-----GAAC-GAA-T---GA--------TCGAGGAGGTTGA-GA--CAG-----TTCAC-ATACC-----TTG-----GAAGCGTNAT-CAG-CA-AGANCGGTGGAA-CGGATGAAGACAT--A-----A--A-GC---C-GNA-TCGAC-----AAAGCCA-GNCACACCT-TCGNCACGCTGC--GACCAATTCGGA-GAT----CA---A----AC---G--C-CTTA----G----TCA-AAAC--CA--AAG-AT--CAGGATCTTCAA--CNCC-AACGTGAAA----TG-CNGTC---CTTCTTTATGGGTC-NG-AGA--C-ATG---GAG----ACCA-ACAG--------CCG-GA---CT--CCAAC---A--------TAAAA-T-C---CAGGCGTTTACC--AACA----GATGCCT-CG--GACATAT-TCGTA-G-AGTNTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAGATA-NC-A-C----GTC-AA--GGAAG-G--ATGGAGGTGGATTGGCCACACATC------------GCGAAAACCGTATACCAGAA
gi|1 : AAAGATTGGATGTCTGATAACAGCTGTCAGAAGGTTGAGGAAAAACGTAAAATGAAAGAAAAAA----TCAACATC--GCAAAAACAAGAGCACAAAAGTATGAT-GCCCAAGTAAACACCA----AGAGCTGCACAAAGGAGTGAACAAATCT-TGTAGGAAA-GACAA-AAGAGATTACGTAAATCAGCTGGCAACA-G-AAGCAGAACAAGCAGC-------ATACA-TAGGTGATATAAAGACACTTTATAATATCACTAAAAC---CTT----AAG---CATGCA-AGT---C--TAA--ACTAGTAAAAGATAA---------AAAATGCAATTGTACTCAATAA-A-TCAAATGAGCAGATAGAA----AGGTGGAATGAGCATTTCAAAAA--TTTA--CTAAATAGACCTGAACCAGA-------CCAACCA-GGCACA---TTATAACCAGGGCCAGAACTAAA--CATCAAGAAA-CATGAGGGGAAAAAAAGCT-TTGAAATCACTGAAAAATGGAAAATCAGCTGGAATAGATGGAATACCACCTGAAGCATCGAA------ACATGGAGG-TGAAGAAATCTCTG--AATTCT-TGTTGAAA---TTGCTGAATAAGATCTGGGA--AGCAAAACGAATACAAACAAA--ATAGAATA-AAGGGTTAT-TAGTAAAACTA-C-C-A-CAAAGGAGGCCT--A--AGCTGTTGTGAAAACTGG-AGGGGCATAACTCTT-CTGC-CAGTTGCAAGC-AAGATTTTATGCAGAGTGCTT-CTTAATATAATGAAA----CACGCTATTGATAA-AGCT-C-TCCGTGAC--GAACAGGCAGCATTTAGACC-AAATAGAAGCTGTAATGACCAGATTGCTACTCTAAGAATGA---TAGTGGAATAATCAGTAGAATG-GCAA--ATGCAT-------CC-CTGC--ATATATCAA-CTTAGT-----------AGA---C------------TTTGATA--ATGT---CAACAGG--------GATGGA--A--T--GTGG--CATCTAATGAGACACTATGGCATACCATCAAAGATTGT--A--AATA-TTGCCAAG--ATC------CTGTATGA-AGAC----TC---TACA--G-TGCAAATAA-TACAC-T--AAGCATCTCTTA-----------CC--GACCCTTTCCATATGAAAACAGGTGTGAAACAAGGATCTTTGCTCTCACCTACTTTATTCTTACTGGTGATTGATTGGATTACGAA-------GC-AGGCATTTGA---CA-----A--ACCAAAA---GGG------A--TTCAGTGGAC-TATGACAA-G-----------AAGG-TTAGAAGATCTAGATTTTGCTGATGAT-C-TCGCCCTACTGTCTCAACAGAT-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CGA---A---AG-----GA---TGAATAACATCGGA------AA------GAAA-ATA--GGGCTTAAAATCAA--CAACAGA--AAAACAAAG-ATT-ATGAA-----GGTT-----CAAACAA-GA-AAA--GAAGGGT---------CAG-TG--ATCATGT-------TAG---GA-----GAACGGAA-CTCGGA--------TCATGATAGTTGA-GA--CAG-----TTTAC-ATATC-----TTG-----GAAGTGTCAT--AG-TA-AGACCGGTGAAA-CAGATGAAGACAT--A-----A--T-GC---CAGAA-TATGC-----AAAGCCC-GTCAAGCCT-TCGCCATGTTAA--AACCAGTTTGGA-AAT----CA---A----AC---G--TGCTTA----G----TGA-AAAC--CC--AAA-GT--CAGAAT-TTCAA--CACC-AATGTAAAA----CA-CTGTCTATTTTCGTAATGGGTCGTGTAAACCC-CTG---GAG----ACTA-ACAG--------CTG-GA---CT--TCAAC---A--------TAAAA-T-C---TTGGTATTTACC--AACA----AATGCCT-CA--GACATAT-TTGTA-G-AGTGTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAT--GAGTGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAGATACCC-A-C----ATTAAA--AGAAG-GGCATGGAAATGGATTGGCCACACATG------------GCGAAAACCGCATACCAGAA
gi|10 : aaaaagtcctaggaaagaaaaccaacaagaagGA-AA--CAGATCGCTTCAC-ATACCGTATCTTG-----GGAGCGTGAT--AG-AA-AGGACGGTGGAAATAGATAGTGACATTCA-----G--A-GC---C-GCG-TCAAC-----AAAGCCA-GT-ACACTTCTCAACACTCTGT--GGTCCATTTGGA-GAC----CC---AGTGCAC---GATC-CCT----------TCA-AAAC------AAGCAT--T-GGATCTTCAA--CACC-AACGTGAAG-----G-CTGTC---GCCTTTTATGGATC-T--AGA--C-CT------G----ACCA-ACAGCAACTAGACCA-GA---CT--CCAGC---ATTCACTTTTAAA---------AGGTGTTTAC
gi|12 : cagaaagaagactgagatttagagcaatgcagggacagaccaccaccgA---TTATCGAACAAGCCATAGAATG-G-----A---AT-------CC-CAACCTATATATCTT-CTTTGT-----------AGA---T------------TTTGAGAAGGCAT---TCGACAGTGAACAGAGAC--A--CATT--ATGGAAGATCA--TGAAAAACTACGGAATCCaccacatcatgaacatcagcagatggcccgaaaagatcttccac
gi|13 : -----GCAAACA-AT-AAC----ATC-AA--GGAA-----ATGGAGGTGGATTGGCCACACATT------------GAGAAAtcgataagatc
gi|14 : accggtcatTATC--AACA----AATGTCT-CG--GACATAT-TTGTA-A-AGTGTGG--CGGCC--AA-GAAAAATTAC--GAATG----AACTTCTGGATAGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCggaaaacacagatgtgacacaccatgctctggaatggaatcccacaggaagagaggtagaccaa
gi|14 : GCCACACATG------------GCGAAAACCGTATACCAGcacacatggcgaaaaccgtataccagcat
gi|2 : tatcaacaaatgtctcggacatatttgtaaagtgtggcggccaagaaaaattacgaatgaacttctggatagtaccaaccaagatccaAAAGACTGGATCTATGTTAACACCTTCCAGCAAATCCAAGCAAGA----AAATTCAAGAAAGAAGTTGTCAAC-TCCTGCCGGA-CAAGAGTACACAAA-ATGGCAGCCCAAGCAGATATTACACTATAG-TCCACAAGGAAGTGAGGAGGAGCGTG-AAAAAA-GACAA-ACCATATTACATTGAGAGGCTTGCAG-A-GCAAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGAAGTTCTATGCTACGACCAAGATACTCTCTGGAAAGTA-CATGTACATCAAACCATAACGGCCAGTCAAAGACAAGCGCG-GGCAAAAC---AT----CTCAG--ACACTGAAA--AACAACTGGAA----AGATGGGCAGAACACTTCGAGGAGCTTCA--C--AATAGACCAGCACTAGAAAAACCCCCAAACATAGCAGAAGCTGATA--TAGACCTAGAGATAAATGTGTCAAGAGATCATTAGT---------GCTATTGAAA-AGTTGAAAAATGGCCAGGTAGCTGGTCCAGACGGAATCCCCACAGAAACCCTCAAGGACT-ACAACCA-ATT-----AATAT------G---C-TGCTACAACTTTTA--AAAGAAAAACTGGGACCAGGAAGA--AGTGC---CAGCTGATTGGA-A-A--GATCA-----TCAAGCTGCC-CCC-AAAAAGATACCG--C--AGCAATTGCGAGAACTAC-AGAGGCATCTCAC-TCCTGT-CAG-TGCCGGAAAAGGTGTTCAACAGGATTTTA-CTTGAGAGGATGAGA----GACGCGATT-GACATTCAT-C-TAAGAGAC--AACCAGGCGGGCTTCAGACA-GGGCAGATCTTGCACCGACCAGATCGCCATGCTTCGCATCA---TCGTTGAGTAATCCCTTGAGT--GTAACTA--C-T-------CA-TTG----TATATCAA-CTTTGT-----------GGA---TTTCCTCAAGGCATTTGACA--GCTT---CCACCAC--------GAT--ACCC--T--CTGGCAATTCC--TCCGACACTACGGGATACCAGCTAAAATTAT--ACGAA------CGAT----TCAG-CAGTCATATGA-GGGTATGGTTTGCCACGTCGTT-CATGGAAGTCAGCTG--ATGCATC--------------------G----TTTTGACACAAGGACAGAGGTAAGGCAAGGATGCCTCCTGT-ACCATTCCTATTCCTCCTCGTCATCGACTGGGTGATGAG-------GA-AAACGACAGA---TA-----G--ACAAAGGAATGGT------A--TCTAATGGAC-CCTCTGGA-A-----------ACAG-TTGAACTACCTCAACTTTGCTGATGAC-C-TTGTTCTGCTCTCGCA-CAT-T-TATCA-ACAAATGCAGAG-CA---AAA-cat
gi|2 : actttggcaaggaacaagagatgcctttacagaaacattcaagccaaatacATC-----CAAACAA-GA-AAT--GAA-CGC---------C---TC-CAGCA--C-------TGA---GGTAATAAAACTGGA-T---GACAACAACTTGGAAGAGGTCGA-AA--CA------TTCAC-CTACC-----TTG-----T--GTGTGAT-CAACCA-ACAG-GGAGGAA-CAGATACAGATATTAA-----A--A-CC---C-GCA-TTGG------AAAGACA-AGAACATCT-T--TCATGGT------CC---TCAG----------A---A----AC---A--C---------G----TCATGCAC--CA--AAG--T--CCGCCTCTTCAA--TTCA-AATGT--------TGTCTGTC---CTGTTTTATGGGGC-AG-AAA--C-ATG---GCG----AACT-ACAA---------AG-GC---CA--CCATC---A--------GAAAATT-T---CAAACTTTTAagccccgtctcctatgtcggcctccacatccatccaaacaagaaatgaacgcctccagcactgaggtaataaaactggatgacaacaacttggaagaggtcgaaacattcacctaccttgtgtgtgatcaaccaacagggaggaacagatacagatattaaaacccgcattggaaagacaagaacatctttcatggtcctcagaaacacgtcatgcaccaaagtccgcctcttcaattcaaatgttgtctgtcctgttttatggggcagaaacatggcgaactacaaaggccaccatcagaaaatttcaaacttttataaattcctgcttatgaagaatcctgaagatccactggccagataaaatcagtaacacagatctctgagaaaaaaacccaagtgccaatagaaaaagagattagaa
gi|3 : actttggcaaggaacaagagatgcctttacagaaacattcaagccaaatacaaagactggatctatgttaacaccttccagcaaatccaagcaagaaaattcaagaaagaagttgtcaactcctgccggacaagagtacacaaaatggcagcccaagcagatattacactatagtccacaaggaagtgaggaggagcgtgaaaaaagacaaaccatattacattgagaggcttgcagagcaagcagaacaaacagcctacaatgggaacatgaagaagttctatgctacgaccaagatactctctggaaagtacatgtacatcaaaccataacggccagtcaaagacaagcgcgggcaaaacatctcagacactgaaaaacaactggaaagatgggcagaacacttcgaggagcttcacaatagaccagcactagaaaaacccccaaacatagcagaagctgatatagacctagagataaatgtgtcaagagatcattagtgctattgaaaagttgaaaaatggccaggtagctggtccagacggaatccccacagaaaccctcaaggactacaaccaattaatatgctgctacaacttttaaaagaaaaactgggaccaggaagaagtgccagctgattggaaagatcatcaagctgcccccaaaaagataccgcagcaattgcgagaactacagaggcatctcactcctgtcagtgccggaaaaggtgttcaacaggattttacttgagaggatgagagacgcgattgacattcatctaagagacaaccaggcgggcttcagacagggcagatcttgcaccgaccagatcgccatgcttcgcatcatcgttgagtaatcccttgagtgtaactactcattgtatatcaactttgtggatttcctcaaggcatttgacagcttccaccacgataccctctggcaattcctccgacactacgggataccagctaaaattatacgaacgattcagcagtcatatgagggtatggtttgccacgtcgttcatggaagtcagctgatgcatcgttttgacacaaggacagaggtaaggcaaggatgcctcctgtaccattcctattcctcctcgtcatcgactgggtgatgaggaaaacgacagatagacaaaggaatggtatctaatggaccctctggaaacagttgaactacctcaactttgctgatgaccttgttctgctctcgcacatttatcaacaaatgcagagcaaaaagccccgtctcctatgtcggcctccacatccAGTCAACAGAAG--TGCAAGAGACGACAAGAGGAGATT-CATCCATGACCTCACAG-AAG-AAGCA---TAAACAGCGGCGGGCCAACAA-----AACATGAAAAGGCTTTACGAGACAACCAGGACACTCTCTGGGAAA-AACA-GCA-ATC---CCACCA-GACCGGTCAAAGACAAGAACGAAG-AAACC---AT----CACAA--G-A--GAGG--AG-GACCAGAAGACGAGATGGACGGAACACTTCAAGGAG--ACACTC--AACAGACCCCCACCAtaaattcctgcttatgaagaatcctgaagatccactggccagataaaatcagtaacacagatctctgagaaaaaaacccaagtgccaatagaaaaagagattagaa
gi|3 : AAGGCCATC-AAGTCCCTCAAGTCCGGCAAAGCAGCAGGCCCTGATGGCATTCCACCCGAAGCCCTGAAGG-CCCACATCCA---------AACCTCCACCAA---CATGCTGCACCCTCTACTGAAGATGATCTGAGAG-AACGAGA-GTGTGC---CAGATGATTGGA-AGAAGGGACACCTGGTGAAGCTG-C-CGAAGAAAGGAGACCT--CTCATC--CTGCAACAACTGG-AGAGGCATCATGCT-CCTTC-CCA-TACCGGTGAAGGTTCTCTTCAGGATCATC-TTGGAGAGGCTGAAG----ACCGCG-TTGGACA-AGACAT-TCCAAGAG--GAGCAGGCAGGGTTCCGGCA-AGACCGATCCTGCACTGACCACATAGTGACGATGAGGATCA---TCATCGCACAGTCCCTGGAGTG-CCAG--A--CTC-------CC-CTG----TACAGCGT-CTTCGT-----------TGA---C------------TTccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcaaggccatcaagtccctcaagtccggcaaagcagcaggccctgatggcattccacccgaagccctgaaggcccacatccaaacctccaccaacatgctgcaccctctactgaagatgatctgagagaacgagagtgtgccagatgattggaagaagggacacctggtgaagctgccgaagaaaggagacctctcatcctgcaacaactggagaggcatcatgctccttcccataccggtgaaggttctcttcaggatcatcttggagaggctgaagaccgcgttggacaagacattccaagaggagcaggcagggttccggcaagaccgatcctgcactgaccacatagtgacgatgaggatcatcatcgcacagtccctggagtgccagactcccctgtacagcgtcttcgttgacttccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaatcgactgggtcatgcggcagtcgacaataaggaagaagacagggatccagtggacattcactaagcagctgtgggacctggatttcgccgacaacattgccctcctgtcccacagcatcaagacgcccaggaaaagctcaacagagtcgccggagaagccgagaagaccgggctcaagatcaaaatgaccaagacagaagtcatgagagtcaacagcaaacaacatgcccccatccaactacaccaggaaaatatcaaaaaggttgacaaattcgtatacctcggcagcgtagtcagcaacaattgtggagcggacgaagacatcaggagccgcatcaacaaagccaggcacacctttcgcactctacgcccaatctgaagatcctcagccttatcccaacacaacaagatcaggatcttcaactccaacgtgaagtcagtcctatttcagggctctaagacatggcgcaccacaaagacaaactcccacaaagctgcaaaccttcatcacagatgcctccgttgacatccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|3 : agtcaacagaagtgcaagagacgacaagaggagattcatccatgacctcacagaagaagcataaacagcggcgggccaacaaaacatgaaaaggctttacgagacaaccaggacactctctgggaaaaacagcaatcccaccagaccggtcaaagacaagaacgaagaaaccatcacaagagaggaggaccagaagacgagatggacggaacacttcaaggagacactcaacagacccccaccaccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcGTAATCGACTGGGTCATGCG-------GC-AG---TC-GA---CAATAAGG--AAGAAGACA-GGG------A--TCCAGTGGAC-ATTCACTA-A-----------GCAG-CTGTGGGACCTGGATTTCGCCGACAAC-A-TTGCCCTCCTGTCCCAC-AG-CATC--A-AGACGC-CCAGGA-A---AAG-CTCAA---C---AG-----AG---T------CGCCGGA------GAAGCCGAGAAG-ACC--GGGCTCAAGATCAA---AAT-GACCAAGACAGAA-GTC-ATG-A-----GAGT-----CAA-CA--GC-AAA--CAA-CATGCCCCCATCCAACTA-CACCA-G---------------------GAA---AA-T----A--------TCAAAAAGGTTGA-CA---AA-----TTCGT-ATACC-----TCG-----GCAGCGTAGT-CAG-CA-ACAATTGTGGAG-CGGACGAAGACAT--C-----AGGA-GC---C-GCA-TCAAC-----AAAGCCA-GGCACACCT-TTCGCACTCTAC--GCCCAATCTGAA-GAT----C----------CTCAG--C-CTTA---------TCC-CAACA-CAACAAG-AT--CAGGATCTTCAA--CTCC-AACGTGAAG----T--CAGTC---CTATTTCAGGGCTC-TA-AGA--C-ATG---GCGC---ACCACAAAG--------ACA-AA---CT--CCCAC---A---------AAGC-T-G---CAAACCTTCATC---ACA----GATGCCTCCGTTGACATccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaatcgactgggtcatgcggcagtcgacaataaggaagaagacagggatccagtggacattcactaagcagctgtgggacctggatttcgccgacaacattgccctcctgtcccacagcatcaagacgcccaggaaaagctcaacagagtcgccggagaagccgagaagaccgggctcaagatcaaaatgaccaagacagaagtcatgagagtcaacagcaaacaacatgcccccatccaactacaccaggaaaatatcaaaaaggttgacaaattcgtatacctcggcagcgtagtcagcaacaattgtggagcggacgaagacatcaggagccgcatcaacaaagccaggcacacctttcgcactctacgcccaatctgaagatcctcagccttatcccaacacaacaagatcaggatcttcaactccaacgtgaagtcagtcctatttcagggctctaagacatggcgcaccacaaagacaaactcccacaaagctgcaaaccttcatcacagatgcctccgttgacatccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|4 : agtcaacagaagtgcaagagacgacaagaggagattcatccatgacctcacagaagaagcataaacagcggcgggccaacaaaacatgaaaaggctttacgagacaaccaggacactctctgggaaaaacagcaatcccaccagaccggtcaaagacaagaacgaagaaaccatcacaagagaggaggaccagaagacgagatggacggaacacttcaaggagacactcaacagacccccaccaccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcaaggccatcaagtccctcaagtccggcaaagcagcaggccctgatggcattccacccgaagccctgaaggcccacatccaaacctccaccaacatgctgcaccctctactgaagatgatctgagagaacgagagtgtgccagatgattggaagaagggacacctggtgaagctgccgaagaaaggagacctctcatcctgcaacaactggagaggcatcatgctccttcccataccggtgaaggttctcttcaggatcatcttggagaggctgaagaccgcgttggacaagacattccaagaggagcaggcagggttccggcaagaccgatcctgcactgaccacatagtgacgatgaggatcatcatcgcacagtccctggagtgccagactcccctgtacagcgtcttcgttgacttccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaTGGA-A-AATGATCTCATCTTTAAGCTG-T-CCA-AAAAGGAGA-------------TTGCAATAACTGG-AAGGGCATAACACTTCCTTC-TCT-TGCTGTCAAA---ACTGAC----ATCAGCTCTTGAGA-------------------------A-AGAC-C-TCCGACTA--GAACAAGCAGGTTTCCGCCCTGGGC-GATCCTGCTCGGATTACATCTTCACTCTGC--ATCAGATTC-TGGAACAG---ATC-AATGAGCAA--A--CATG------CCACTG----TACATCAA-TTTCATTGACCTGGAGAAGAT--C------------TTTGACA--GCAT---CCACCAA--------GAA--T--C--TTTATAGAAGATCC--TGAGGTACTATGGGGTCCCTGCGAAACTTGTCCA--GGTAGTTGCAATGCTATCC------------A-GGAC----TT---CAAATC--C-CAAGTAA-TCTGC-G--ACACATAGATCA-----------CA--GACACCTTCAACGTCAGCACGGGAGTAAAGCAGGGCTGCATTCTATCGCCGTTTCTCTTCGTCCTAGCCATGGACTGGATTATGAAAAATTCCGC-GGATG---GA---GA-----G--A-TGAGA---GGG------A--TCAGGTGGAC-CATGACAATGTCAACAACAACAATG-CTAGAAGATATGGACTTTGCTGACGAT-A-TTGCCCTGCTGTAACACC------------GCCA--CCGAGACATGCAAA----AA---A---AGACA--GA---TG--CCATGACAAA------AACAGCT-GGAA-ACCTTGGCCCAAAGGTCAG--CATCATA--AAGACCAAG-AGC-GTG-A-----GAAT-------------GA-ATGCCGAA-GTT---------CTA-TGACATCA-AA-------CTGAACGG-----TAAT-GA------GA--------TCGAGGAAGTTAATGA--T-------TTCAC-CTATC-----TTGAATCCAAAATGTCA-------A-ATACAGGTG--A-TG--TGGAAGTAG--A-----A--A-TC---C-GGGCTCGACTTGCTAAAGCCG-CCTAGACCT-TCACCTCACT-CAAGAACACATGGAA-GA-----CAGGGA----AC---A--T-CC------G----CC-----------------T--GAGAATCTTCAA--ATCA-AATGCG-AT----TA-CCACC---CTCCTTTATGGATC-AG-AGG--C-ATA---GAAGATTACCA-A-AA--------CCATGA-------GCA-----A--------TAAAC-T-T-----GACGTCTTCCAAAACA----GATGCCT-GA--GACGCAT-TC-TACGCATTCTAT--TGGCC--AA-ATACAATCAC--CAATGAAG-AACTT-TA---CGGAATAACAGAA--ACCGA-----ACCCATCTCC-A-CGCAAGTC-AAACGAAAGCG--TTGGCGATGGATAGG--ACATGTCCTCTGCCAGTAGACGAAAACCTTAT-CCAGAAccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|5 : C-TGGTGAAACTA-CTCAA-GAAAGT-GACCTTTC---CC--TTGTGGCAACTGGCGGGGGAATCATGCTTGCTTCTCCA-CCCCAGC-AACGTGCTGACCAGGATCATC-CTGGAGAG-ACGAAAAGGGGGCGC---TAGACA-AGAG-AAT--GAGATCAGAGCAGGCAGGATTTAGACA-GGACAGATCATGTACAGACCACATCGCCACCCTGCGCATCA---TA--CGAGCAGTCCATCGAATG-CCA-------GT-------CT-CCGT---TGTACAGACCTTCGT-----------TGA---C------------TTTGAcagccctaagatgaattcaagacggccgacaaacgcgaggccgccccaaggaaacttggaggagaacaatggtgagggagatgaaggagaaaggttggacatggggccgc
gi|5 : aaactaggcataagcTCATAGATTGGATAACGAG-------GA-AAACAACAGAGGGCA-----G----CAACACC-GGC------A--TACAGTGGACATTTCACCA-A-----------ACAG-CTGGAGGACCTGGATTTTGCGGACG---CATTGGCCTATTGTCCC-CCA----CA--AGAAACAT-C--ATGCA---CAGTC-CAA---GCTCAC-----AC---TCAACT-CGCCGAAGTGGCCAA------GAAGGACC--GTCCTGAGAATCAA--CGCCAGA--AAGACATAG-GCTGATG-GCGGCTGAAA-----CAAACAA-GA-CAA--GAG-------------CAA-CC-CATTA-GCAGTTCTGCAG---GA-----GAAC----------A--------TCAAGGAGACTGA--ATTCGC-----TTCACTTTACC-----TCG-----GAAGTGTAGTGCAG-CACAGATTGGCGGGC-CTGATGAAGATGT--ATATGGG--A-GCTCGC-GTA-TCGCA-----AAAGCCAGGGTTCACCT-C--ACACCCTGC--GACC-CTTCTGA-GACTCCGCA---A----AG---C--C-CTTA----T----CCC-AAACG-CAC-AAG-ATTCCCGCATCTTTAA--CACCAAACGTGAAA-----G-CAGTC---CTTCTATAT-GGTC-CG-A-A--C-ATGC--GAGTT--ACCA-ACA---------CCG-AA---ATCACCAAC-------------AAGA-TGC---CAGAC-TTTG----AACA----AGTGCTTGAG--AACATATCTCATA-C-A-TCAGG--TGGCCT-TG-GGAAGATTTC--AAATGCAG-AACTgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatcatagattggataacgaggaaaacaacagagggcagcaacaccggcatacagtggacatttcaccaaacagctggaggacctggattttgcggacgcattggcctattgtcccccacaagaaacatcatgcacagtccaagctcacactcaactcgccgaagtggccaagaaggaccgtcctgagaatcaacgccagaaagacataggctgatggcggctgaaacaaacaagacaagagcaacccattagcagttctgcaggagaacatcaaggagactgaattcgcttcactttacctcggaagtgtagtgcagcacagattggcgggcctgatgaagatgtatatgggagctcgcgtatcgcaaaagccagggttcacctcacaccctgcgacccttctgagactccgcaaagcccttatcccaaacgcacaagattcccgcatctttaacaccaaacgtgaaagcagtccttctatatggtccgaacatgcgagttaccaacaccgaaatcaccaacaagatgccagactttgaacaagtgcttgagaacatatctcatacatcaggtggccttgggaagatttcaaatgcagaactatggaatgaggagaaaccagccaaattc
gi|6 : aaactaggcataagcctggtgaaactactcaagaaagtgacctttcccttgtggcaactggcgggggaatcatgcttgcttctccaccccagcaacgtgctgaccaggatcatcctggagagacgaaaagggggcgctagacaagagaatgagatcagagcaggcaggatttagacaggacagatcatgtacagaccacatcgccaccctgcgcatcatacgagcagtccatcgaatgccagtctccgttgtacagaccttcgttgactttgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaAGATTATGTACTGACCCAATTGCGACATTACGAATCA---TTATAGAACAAACCATTGAATG-GCAG--G--CATCACTATACC-TTGC--ATTTATAGA-TTTTG------------AGAAGGCA-----------TTTGATA--GTATAGACCATCA---------AAT--A--C--T--ATGAAGCATTC--TCAGACACTATGGTATTCCA--GAAAA------A--AATAATATCTAT-C-ATCCGCCAGCTGTATGATGGA-----TT---CAC-TTG-T-CAAGTCA-TCCAT-GGTGGGAACCTA--A-----------CA--GATCCTTTTCCTGTATCCACCGGGGTCCAGCAAGGATGTCTACTCTCTCCTCTTCTCTTTCTGATGGTAAT-GCCTGGGTCA-----------GCAAAACATCTTA---CA-----GTAAACATTT---GGGC-----A--TCAAATGGAC--ACTACAA-T-----------CATGTCTTGAAGACCTAGATTTTGCAGACGATGT-TTGTCA-GCTTTCACATC-G-T-CA--C-CCACAC-TC---ACA---AGA-A-CAATTTA---AGCTTCCAACCTTGAATCAAATTCGA------AA------AAAA-GTT--TGGTTATACATCAGTCCAAC--T--AAGACAAAATATT--TG-A-----GGATAAATGTAAACAA-TACAAA--TAA-AAC---------TAA-GG---TCA-----------GA---GG-----TGCC-GAA------A--------TCGAAGATGTTG--GG--CAA-----TTTAC-CTACC-----TTG-----GAAGTGTCAT-CGG-CA-CATTAGGAGGGA-CCGATGAAGATAT--AC----A--A-GC---A-AG----GAA-----AAAG------TAAACCT-TTGCAATCCTCA--AACCAATCTGGAGGAG----GA---A----AA---C--T-CTCA----GAACATCA-A-----CA--AAG-AT--AAGAATCTTCAA--CTCA-AACGTAAAA----T--CAGTT---CTTCTATGTGGATC-AG-GGA--C-ATG---GAG----ATCA-ACAG--------CTG------CT--TCCAC------------TAAAA-C-CATATATGTGTTTATA--AACAGATCGATGCCT-AA--GAAACA--TCATAGG-AATCAAG--TGGCC--AG-AAAAGCTTAT--G-----GC-AA-----AGG----ACCAAACAAG--AACCGGTCATGCAAACA-ATAA-C----ATC-AA--GAAA-----ATGGAGGTGGATTGACCACAAATT------------GAGAAAatggaatgaggagaaaccagccaaattc
gi|7 : GA-AGAC----TT---TACAATG---CAAATAA-TACAC-G--AAGCATCTCTCAGCCCCGGCTCTCATCGAACCCTTCCATGTGAAAACAGGTGTGAAACAAGGATGTTTACTCTCACCAACCTTATTCTTACTGGTTATTGCCTGGATTACAAA-------GC-AGACATTTGA---CA-----A--ACCAAGA---GGGTTTCAAACTTTCAGTGGAC-TATGACGA-G-----------AA---------GATCTAGATTTTGCTGATGAT-C-TCGCCCTACTGTCTCACAAGAT-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATAACATCGGA------AA------GAAA-ATA--GGGCTTAAAAATAA--CAACAGA--AAAACAAAC-ATT-ATGAA-----GATT-----CAAACAAGGA-AAG--GAG-GGT---------CAG-TG--A-CA-AT-------TGGA--GG-----GGAC-GAACT---G-----------GAAGAAGTTGA--A--CAG-----TTTAC-ACATC-----TAG-----GAAGTGTCAT-TAG-TA-AGACCGGTGGCA-CAAATGAAGACAT--A-----A--ATGC---TAAAA-TATGC-----AAAACCC-GTCAAGCCT-TAGACATGTTAA--AACCAGTTTGGA-AAT----CA---A----AC---G--TGCTTA----G----TGA-AAACATC---AAG-GT--CAGAATATTCAA--CACC-AATGTAAAA----T--CTGTC---CTTTTCTATGGGTG-TG-AAA--C-CAG---GAC----ACTA-ACAG--------CTG-GA---CT--TCAAC---A--------TAAAA-T-C---CAGGTATTTACC--AACA----AATGCCT-CG--GACATAT-TTGTA-A-AGTGTAG--TGGCC--AA--AAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTGGATCGTACCATCCAAG--ATCCA-----GCAGATA-ggaaaacacaaatgtgacacgccatgctctggaatggaatccccagggccactgacaggaagagaggtagaccaaaaaacaacctgggacgaagtggaggc
gi|8 : cgATTTTTAAACCACC-GACGTGAAAAAGCT--CAGTC---CTTCTATATGGGTC-CG-AGA--CAATGGGCGAGTCA-ACCA-AC-C--------CCGTGAGATCA--CCAAC---A--------GATA----C---CAGACTTTTGTCA-AACA----AGTGcgctg
gi|9 : agtagccaatgaagaccggtctataatattagatacaccacaaagacaggagttgtaaagcatgctcggtgttttgactaactcgagagaaccattacaatctacaagtggaaaaatcaagtgaatgactgaatcatgcttcacttactctgatgtgttagtcaggacaccgactggtcggcgctgatgagatgtataggaggccgtgaatacgccaaaggtccgtaggttcggctctcaacatcccctgctgaacgctatctggagacctaccataagcgtgttaacgccagcgataatacatgaggcatcccgccA--CAG-----ACCTC-ATATC-----TTG-----GGAGCGTGAT-CAG-CA-AAGACTGTGGAA-CAGATGATGACATCAA-----G--A-GC---C-GCA-TCAAC-----AAAGCTA-GGCACACAT-TCAACACTCTGC--AGTCCATTTGGA-GAT----CC---A----GT---G--C-ATTATCCCC----TCA-AAAC------AAG-AT--CAGGATATTCAA--TGCT-AACG-GGAA----GA-AAGTC---CTCCTTTATGGGTC-TG-AGA--C-CTA---GAG----AGTA-AC----------C---GA---CA--CCAACCCTA--------TGAGACT-C---CAGGCATTCATT--AACA----GATGTAT-C----ACA----TCAT--G-AACATCGCATGGCCTGAACGCAAACTTGTGGGAATGAACAAAC--CTAATTCCCATCAGTCAAGAAATCCA-----GAA--------A-C----GT--AA-----------ATGGGGTTGGATAGGGCATACACC------------GTGAAGACCattgagacgcaccactaaaaatcatcagtcgtgctgccgaatagatcttcaaattccagaacgcctaataatggcagaaaaccagccaaattcc
blockSeqs : C A T C T C C C . TC GTTG . CT C . C . A CACT T . C CG C C G C A TG A T AGC G GGCGGGC ATGGG A G A TGGA TA T C AAACCATAACG GCGCGGGCAAAACATCTCAGACACT . CA GACG A GCTTCAC A AAAACCC A T G AGC G . C A TG T T T A TG TCC T C A GGACT AACCTCCACCAACA CT C CC G . T AG AG CC G C CC GAAG GCAGCAA G C A TTC TCCA A G G CAA T T GACGAAAAGGGGGCGCTAGACAAGAGAA A TCA C C CT A T C G C G C GATTC C G A A GGCATCACTATACCTTGCA C GGATTTCCTCAAGGCA G AG A AGA GTGAACAGAGACACATT A G . A C G T AAATAATATCTATCATCCGCCAGCTG T TATGGTTTGCCACGTCGTT G GGT T TCTCAGCCCCGGCTCTCATC AC A GG G A C C AT C C C C G T AAAATTCC A GACA GGG ATAAGGAAGAAGACA TTTCAA CT ATT C G TGTCAACAACAACAAT T G C CA T G CATTTATCA TG AG TGC CT TTTAAGCTTCCAACCTTGAATCAAATTCGAAA G CTT C TC GACC T GA GCGGCT T AAATG A AG C CC CGCCTCCAGCACTGAGGTAATAAAACTGGATGACAACAACT AACAGATCGC TT GTATC AATCC G G GC C C G AC A A ATATGGG T CGGGCTCGACTTGCT AGGGT C C CAA T CAA CA T G CTCCGCAAAGCCCTTATCCCAAACGCAC CA TC C G C AC A A AAGCT T . AG . AA GGC GATT C AGCAACTAGACCAGACTCCAGCATTCACTTTTAAA G CCAA GATC CCGTT TC G CGC G G CA TG CGC GG AACA TTC GAT T AA GTCAT CATCTCCACGCAAGTCAAACGAAAGCG G T C CCTCTGCCAGTAG A A
blockSeqs : . . . . G . CC G C AAG . . A G A A TGGG AA . . CCACCAG GAACGAAGAAACCATCACAAGA . G . G GACACTC C A C AG C T C GGCCC ATTAATATGC CC . G . . T A AT CA C G CT CCA TCTCATC C . G TTG CAG G G T CTT A . GGATGAGAGACGCGATTGACATTCATC C C G G A C C T C G G G TTA T T T . AATCCCAACCTA . TGACCTGGAGAAGATC C . T . CGATACCCT C A . G A G T CCAGGTAGTTGCAATGCTATCC . CTTCAAATCC . TG C GATCACA AT C GC A A A T GT G C A C C T G . AACA . GACAAAGGAAT C . CC C T AACA . G G GT T C CAAGATTAA C CA . TC GCTCACACTCAACTCGCCGAAGTGGCCAA . C A . ATA . A AA G . A A . . GTTCTATGACATCAAACTGAACGGTAATGAGA ATTCGC A . . C G C . . C AT . A TCAG . TCGCGTATCGCA AAGA C . TCG G GT AA C . CCCAGTGCACGATCCCTTCAAAAC A . A C C . T . TGT T . TA . C C TCA . CCCGTGAGATCACCAACAGATACC T TCA . GAG T A GG T C . T GA . AAG TTC GAT G . . AACAATAACATCAAGGAA A A C T C .
blockSeqs : A . C G T C CAA TTTCCC T . A TC CCA A C A GAC A . GGCTGAAGACCGCGTTGGACAAGACAT C G A T A A C G C C T C TCG C T G . AACATGCCACTG . AGAAGGCA C . A . AGAATCTTT A G . G C . . ACGAACGATTCAGCAGTCA . CTTTACAATG . G G TAACA AA A CC G C C A TC C G C G T T G . ATCT . GTAAACATTT . . AT G A AGCA . A A C T A CAGCATCA T CG . A AAGACAGATGCCATGACAAAAACAGCT . C G . AGA . G A A . A A . . CATGCCCCCATCCAACTACACCAGGAAAATA GGCAA C . . A A C . . C CA . G TAAA . TAAAATATGC AGGC C . CAC T AC AC T . TCCTCAGCCTTATCCCAACACAAC A . A G C . T . TA A . AG . A . TT . AAAGGCCACCATCAGAAAATTTC C TC . CG T A A A C . . AT . CAG TT ATT T . . AACAATAACATCAAGAAA G T C G C
blockSeqs : . . G T AAG . C . G TC TCT . . G GAC A . AAGACC . A G A A A A A C C C A TCA G T C . ACTACTCATTG . AGAT T . A . AATACT A C . T T . TTCACTTGT . G A . . G AA T G T A AA T A C A A C G . ATTT . GCAACACC . . CA C C AACA . G G A T C CCACAAG C CG . C CAGAGTCGCCGGAGAAGCCGA . T A . AGA . A A A . A A . . CAACCCATTAGCAGTTCTGCAGGAGAACA AACA A . . A C C . . T TT . G CAGG . CGCGTCAAC GCCT G . TGC A GC AA G . TCAAACGTGCTTAGTGAAAACATC A . C A C . T . GA C . CG . A . C . ACCGAAATCACCAACAAGATGCC G TC . GA T G C G C . . GG . AAC C GG C . . ACGTAA T A G T A
blockSeqs : . A T A G A . TTA C A C . GACTCCCCTG . TGAC A T C C A . TC . AACCAAGA . . TA T A TCAT . T A A T A TCGTCAC T C . . AAGGATGAATAACATCGGAAA . A T . T . . A A . . . . . GGTCAGTGACAATTGGAGGGGACGAACTG CAAA C . . A A T . . G TA . T CAAG . CGCATCAAC CGTC C . AGA C CA AG C . TCCAGTGCATTATCCCCTCAAAAC G . A C C . A . G A . AG . A . . . AGCTGCTTCCACTAAAACCATAT G TA . AA . A A A G . . AA . GC . . . . . . C T
blockSeqs : TA A . T . GTCTCCGT . TGAC T . T . . . G . GATGAGA . . A G G GAA . . . C C T CC . . . T . . . . . AACTAAGGTCAGAGGTGCCGAAA TGAT C . . A C C . . A CC . C ACA . CGCATCAAC AGGC A . CAA C AA CA T . GGAAAACTCTCAGAACATCAACA A . A A C . T . T A . TG . A . . . AGCTGGACTTCAACATAAAATCC A CC . CG . . G . A . . A . . .
blockSeqs : ACAG A . . G C . . . G AC . A AA . CGCATTGG AGT A . T G GC C T . AAACACGTCATGCACCA . . A A A . A . G T . CG . A . . . CGACACCAACCCTATGAGACTCC T TT . C
blockSeqs : A . . . G . . . A G . A AA . AAGGAA T C . A T . . T . CAGGGAACATCCGCC . . . G T . A . T A . TG . C . . . AGACAAACTCCCACAAAGCTGC A . .
blockSeqs : A . G . T A . T . C . . . AACCATGAGCAATAAACTT .
blockSeqCons : ** CAA* CCG** GACATCCCCTG*************** ** TACA**************** C** A****** NAAA********* C* CGAG******* CGCATCGAC********** T****** *** NG** ** AACAGCAACGTCAAGGAA**************
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGACTGGATNTNTGNTAACANCTNCCAGNAGGTCGAGGNAAGACGTAAAATNNAAGAAAGAAGTTGTCAACATCCTGCCGGAACAAGAGCACANAAGTATGGCAGCCCAAGCAGACACCACACTANAGCTNCACAAGGGAGTGAACAGAAGC-TGCAAGAAA-GACAA-ANGAGATTACGTCGATNAGCTCGCAG-A-G-AAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGANGCTTTACGATACGACCAAGACACTCTCTGGGAAG-A-CATGCA-ATC---CCATAA-GACCGGTCAAAGACAAG-GCG-GG-AAAAC---AT----CTCAA--A-A-TGAAA--AGCGACTAGAA----AGATGGACGGAACACTTCGAGGAG-TTCA--C--AATAGACCCGCACCAGAAAAACCCCCAANCATGGCANAAGCTNATAACCAGGNCCAGAGNTAAATGCGTCAAGAGATCATNAGNGGAAAAAAGGCTATCGAAATCGCTGAAAAACGGCAAAGCAGCTGGNCCAGACGGAATNCCACCCGAAGCCCCGAAGG-CC-ACATCCA-G-T-----AATCTCCG--AA---C-TGCTGCAACCTTTACTGAAGAAGATCTGGGA--AGCGAGA-GAGTGC---CAGATGATTGGA-A-AAGGGTCAC-TGGTNAAGCTG-C-CNA-GAAAGGAGACCT--C--ANC--TTGCGANAACTGG-AGGGGCATCACGCTTCCTTC-CCG-TGCCGGCGAAGGTNCTNANCAGGATCATC-CTTGAGAGGATGAAA----GACGCGATTGGACA-AGAC-C-TCCGAGAC--GAGCAGGCAGGNTTCAGACA-GGACAGATCCTGCACNGACCANATCGCCACNCTGCGNATCA---TCGTCGAACAGTCCATNGAATG-GCAA--A--CAT-------CC-CTGC--ATATATCGA-CTTCGT-----------AGA---C------------TTTGACA--GCGT---CCACCAG--------GAT--A--C--T--ATGGAANATCC--TGAGACACTACGGNATNCCAGCGAAAATTGT--A--AATAGTTGCNATGC-ATCCG-CAGCCGTATGA-GGAC----TT---CACATCG-T-CAAGTAA-TCCGC-G--ANGCATCTNTCA-----------CA--GACCCTTTCCACGTGAGNACAGGNGTGAAGCAAGGATGTCTNCTCTCACCNNTTCTATTCCTNCTGGTNATCGACTGGGTNACGAG-------GC-AGACGTCTGA---CA-----G--ACCAAGA---GGG------A--TCCAGTGGAC-TATNACGA-G-----------AANG-CTGGAAGACCTGGATTTTGCTGACGAT-C-TCGCCCTGCTGTCNCACCAG-T-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATNACGTCGGA------AA------GAAA-ACC--GGGCTNAAAATCAA--CAACAGA--AAGACAAAG-ATT-ATG-A-----GANT-----CAAACAA-GA-AAA--GAA-GGT---------CAA-TG-CATCA-GC-------CGG---GG-----GAAC-GAA-T---GA--------TCGAGGAGGTTGA-GA--CAG-----TTCAC-ATACC-----TTG-----GAAGCGTNAT-CAG-CA-AGANCGGTGGAA-CGGATGAAGACAT--A-----A--A-GC---C-GNA-TCGAC-----AAAGCCA-GNCACACCT-TCGNCACGCTGC--GACCAATTCGGA-GAT----CA---A----AC---G--C-CTTA----G----TCA-AAAC--CA--AAG-AT--CAGGATCTTCAA--CNCC-AACGTGAAA----TG-CNGTC---CTTCTTTATGGGTC-NG-AGA--C-ATG---GAG----ACCA-ACAG--------CCG-GA---CT--CCAAC---A--------TAAAA-T-C---CAGGCGTTTACC--AACA----GATGCCT-CG--GACATAT-TCGTA-G-AGTNTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAGATA-NC-A-C----GTC-AA--GGAAG-G--ATGGAGGTGGATTGGCCACACATC------------GCGAAAACCGTATACCAGAA
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGACTGGATNTNTGNTAACANCTNCCAGNAGGTCGAGGNAAGACGTAAAATNNAAGAAAGAAGTTGTCAACATCCTGCCGGAACAAGAGCACANAAGTATGGCAGCCCAAGCAGACACCACACTANAGCTNCACAAGGGAGTGAACAGAAGC-TGCAAGAAA-GACAA-ANGAGATTACGTCGATNAGCTCGCAG-A-G-AAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGANGCTTTACGATACGACCAAGACACTCTCTGGGAAG-A-CATGCA-ATC---CCATAA-GACCGGTCAAAGACAAG-GCG-GG-AAAAC---AT----CTCAA--A-A-TGAAA--AGCGACTAGAA----AGATGGACGGAACACTTCGAGGAG-TTCA--C--AATAGACCCGCACCAGAAAAACCCCCAANCATGGCANAAGCTNATAACCAGGNCCAGAGNTAAATGCGTCAAGAGATCATNAGNGGAAAAAAGGCTATCGAAATCGCTGAAAAACGGCAAAGCAGCTGGNCCAGACGGAATNCCACCCGAAGCCCCGAAGG-CC-ACATCCA-G-T-----AATCTCCG--AA---C-TGCTGCAACCTTTACTGAAGAAGATCTGGGA--AGCGAGA-GAGTGC---CAGATGATTGGA-A-AAGGGTCA--TGGTNAAGCTG-C-CCAA-AAAGGAGACCT--C--ANC--TTGCGANAACTGG-AGGGGCATCACGCTTCCTTCCCG--TGCCGGCGAAGGTNCTNANCAGGATCATC-CTTGAGAGGATGAAA----GACGCGATTGGACA-AGAC-C-TCCGAGAC--GAGCAGGCAGGNTTCAGACA-GGACAGATCCTGCACNGACCANATCGCCACNCTGCGNATCA---TCGTCGAACAGTCCATNGAATG-GCAGACATCCCCTG---------------TATATCGA-CTTCGT-----------AGA---C------------TTTGACA--GCGT---CCACCAG--------GAT--A--C--T--ATGGAANATCC--TGAGACACTACGGNATNCCAGCGAAAATTGT--A--AATAGTTGCNATGC-ATCCG-CAGCCGTATGA-GGAC----TT---CACATCG-T-CAAGTAA-TCCGC-G--ANGCATCTACA----------------GACCCTTTCCACGTGAGNACAGGNGTGAAGCAAGGATGTCTNCTCTCACCNNTTCTATTCCTNCTGGTNATCGACTGGGTNACGAG-------GC-AGACGTCTGA---CA-----G--ACCAAGA---GGG------A--TCCAGTGGAC-TATNACGA-G-----------AANG-CTGGAAGACCTGGATTTTGCTGACGAT-C-TCGCCCTGCTGTCNCACCAG-T-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAAC--CAA---A---AG-----GA---TGAATNACGTCGGA------AA------GAAA-ACC--GGGCTNAAAATCAA--CAACAGA--AAGACAAAG-ATT-ATGA------GANT-----CAAACAA-GA-AAA--GAA-GGT---------CAA-TG-CATCA-GC-------CGG---GG-----GAAC-GAA-T---GA--------TCGAGGAGGTTGANAAA---------TTCAC-ATACC-----TTG-----GAAGCGTNATC-AG-CA-AGANCGGTGGAA-CGGATGAAGACATCGAG-------A-GCCGCATCGAC----------AAAGCCA-GNCACACCT-TCGNCACGCTGC--GACCAATTCGGA-GAT----CA---A----AC---G--C-CTTA----G----TCA-AAAC--CA--AAG-AT--CAGGATCTTCAA--CNCC-AACGTGAAAT------CNGTC---CTTCTTTATGGGTCNG--AGA--C-ATG---GAG----ACCA-ACAG--------CCG-GA---CT--CCAAC---A--------TAAAA-T-C---CAGGCGTTTACC--AACA----GATGCCT-CG--GACATAT-TCGTA-G-AGTNTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTAGATCGTACCAACCAAG--ATCCA-----GCAAACAGCAACGTCAAGGAA--------------ATGGAGGTGGATTGGCCACACATC------------GCGAAAACCGTATACCAGAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CCCCTTTATGCATGGTGCTGAATCATGGAAAGTCACAAAACACATCACCAACAAACTACACACTTTCCAAACCAAATGTCGAAGAAGAATTCTAAAGACATTGTGGCCAAACATAGTAAGCAACAAAGAGCTGTATGAGAGAACAACGACCCATTTCCTCGC
Unaligned ( gi|15 ): GCCGCCCCAAGGGAACTTGGAGAACAGTAGAGAGGGAGGTGAAAAGAAGGGTTGGACATGGGGTCATC
Unaligned ( gi|16 ): CAACCAAGACCTCTGGGAGAGAACTAGATAAGTCCCCATCGAACAAGAGATTAAGAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 2222 1 11 1 1 1 2222 1 22 1 1 1 22222 4444444 222222 333 1 22222222222 66666666666666666666666666666666666 11 2222 44444444444 3333333 1 222 11 11 1 3333333333 333333 99999999999999999999999999 11 33 22 222 111 2222222 11 44444444444 11111 1 3333333333333333333333333333333333 111 111111 2222222222222222222 555555555555555555555555555555 11 111 44444444444444444444444 11 55555555555555555555555555555555 33333333333333333333 1111 888888888888888888888888 11111111 1111 111 333333333333333333 222222 111 3333333333333333 111 3333333333333 111 111 55555555555555555555555555555555555555555555555 111 11111 2222222 11111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 1111111 11111 11111 11 33333333333333333333333333333333 111 111 1111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 111 2222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 11111 111 11 111 111 111111111111111 111111 222222222 3333333333333
lowQualScore : 1 1 1 1 1 1 2 1 3333 22 3333 5 88 2 5 1 5 5 3333 1 5 1 55 2 3 3 1 7 0 77 1 3 11111 6 3333333 888888 1 0 3 7 7777 444 7 3 55555555555 0 99999999999999999999999999999999999 88 77 8888 3 0 00000000000 3 2222222 1 5 1 000 1 88 1 1 88 5 1 2222222222 7 77 999 0 1 0 1 3 0 333333 77777777777777777777777777 00 6 11 0 00 333 7 111 55 7777777 1 11 8 99999999999 1 8 1 666 0 00000 6 5 1 333 1 8 0 5555555555555555555555555555555555 5 444 1 1 0 88 3 1 1 1 1 1 3 333333 3 5 1 5 8888888888888888888 77 77 1 0 5 0 444444444444444444444444444444 1 11 4 444 66666666666666666666666 5 1 11 1 1 8 0 3 0 55555555555555555555555555555555 8 22222222222222222222 8 4444 1 666666666666666666666666 5 44 1 22 1 1 1 1 22 0 1 1 1 8 1 4 99999999 5 0 5555 000 111111111111111111 222222 77 333 1 4 7777777777777777 5 1 2 0 0 000 1 0 1 8888888888888 88 33 0 000 444 44444444444444444444444444444444444444444444444 6 000 1 99 00000 6 88 3333333 1 44444 1 77 5 77 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 555 4444444 11111 11111 2 0 1 00 4 4 1 55 4 4 55555555555555555555555555555555 0 000 1 4 222 5 8888 99 3 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 66 1 2 1 55 1 4 4 5555555 1 777 0 0 5555 55 44 111 5555 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 0000 9999 88888 0 77 4 555 5 1 0 77 33 777 77 7777 222 99 000 111 99 999999999999999 222222 555555555 1 1 2 7777777777777 1 7
lowQualScore : . . . . . . . . .... .. .... . .. . . . . . .... . . . .. . . . . . . .. . . ..... . ....... ...... . . . . .... ... . . ........... . ................................... .. .. .... . . ........... . ....... . . . ... . .. . . .. . . .......... . .. ... . . . . . . ...... .......................... .. . .. . .. ... . ... .. ....... . .. . ........... . . . ... . ..... . . . ... . . . .................................. . ... . . . .. . . . . . . . ...... . . . . ................... .. .. . . . . .............................. . .. . ... ....................... . . .. . . . . . . ................................ . .................... . .... . ........................ . .. . .. . . . . .. . . . . . . . ........ . . .... ... .................. ...... .. ... . . ................ . . . . . ... . . . ............. .. .. . ... ... ............................................... . ... . .. ..... . .. ....... . ..... . .. . .. ....................................................................... . ... ....... ..... ..... . . . .. . . . .. . . ................................ . ... . . ... . .... .. . . .................................................... .. .. . . . .. . . . ....... . ... . . .... .. .. ... .... . ..................................................... . .... .... ..... . .. . ... . . . .. .. ... .. .... ... .. ... ... .. ............... ...... ......... . . . ............. . .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 5 0 5555 00 5555 5 00 5 5 0 5 5 5555 0 0 0 33 0 3 3 0 3 7 33 0 7 00000 7 3333333 333333 0 7 7 3 7777 000 3 3 00000000000 7 33333333333333333333333333333333333 33 33 3333 7 7 00000000000 7 0000000 0 5 0 555 0 00 0 0 00 5 0 2222222222 3 33 333 7 0 7 0 7 7 777777 77777777777777777777777777 33 7 77 7 00 333 3 000 88 8888888 0 22 0 00000000000 0 0 4 666 6 66666 4 0 0 444 0 0 6 6666666666666666666666666666666666 0 222 4 0 6 66 2 0 0 0 0 0 3 999999 0 1 0 7 4444444444444444444 99 99 4 4 7 4 000000000000000000000000000000 4 00 6 000 88888888888888888888888 6 0 00 0 0 8 2 2 2 55555555555555555555555555555555 0 66666666666666666666 0 0000 0 000000000000000000000000 4 00 4 44 0 4 4 0 00 6 4 0 0 9 0 0 00000000 7 1 1111 000 999999999999999999 111111 99 666 0 0 7777777777777777 7 7 1 4 3 999 4 4 0 1111111111111 00 77 1 000 999 22222222222222222222222222222222222222222222222 7 222 0 22 22222 7 33 5555555 0 33333 4 11 7 99 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 777 6666666 11111 11111 4 7 0 11 4 4 9 77 4 4 44444444444444444444444444444444 7 777 1 4 111 7 2222 66 4 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 11 8 7 6 55 0 0 0 5555555 0 000 5 3 6666 55 66 000 0000 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 9999 4444 55555 9 11 0 333 3 0 4 99 66 777 99 9999 999 22 888 777 22 333333333333333 222222 000000000 4 4 5 8888888888888 0 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGACTGGATNTNTGNTAACANCTNCCAGNAGGTCGAGGNAAGACGTAAAATNNAAGAAAGAAGTTGTCAACATCCTGCCGGAACAAGAGCACANAAGTATGGCAGCCCAAGCAGACACCACACTANAGCTNCACAAGGGAGTGAACAGAAGC-TGCAAGAAA-GACAA-ANGAGATTACGTCGATNAGCTCGCAG-A-G-AAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGANGCTTTACGATACGACCAAGACACTCTCTGGGAAG-A-CATGCA-ATC---CCATAA-GACCGGTCAAAGACAAG-GCG-GG-AAAAC---AT----CTCAA--A-A-TGAAA--AGCGACTAGAA----AGATGGACGGAACACTTCGAGGAG-TTCA--C--AATAGACCCGCACCAGAAAAACCCCCAANCATGGCANAAGCTNATAACCAGGNCCAGAGNTAAATGCGTCAAGAGATCATNAGNGGAAAAAAGGCTATCGAAATCGCTGAAAAACGGCAAAGCAGCTGGNCCAGACGGAATNCCACCCGAAGCCCCGAAGG-CC-ACATCCA-G-T-----AATCTCCG--AA---C-TGCTGCAACCTTTACTGAAGAAGATCTGGGA--AGCGAGA-GAGTGC---CAGATGATTGGA-A-AAGGGTC--A--TGGTNAAGCTG-CCCAA-AAAGGAGACCT--C--ANC--TTGCGANAACTGG-AGGGGCATCACGCTTCCTTC-CCG-TGCCGGCGAAGGTNCTNANCAGGATCATC-CTTGAGAGGATGAAA----GACGCGATTGGACA-AGAC-C-TCCGAGAC--GAGCAGGCAGGNTTCAGACA-GGACAGATCCTGCACNGACCANATCGCCACNCTGCGNATCA---TCGTCGAACAGTCCATNGAATG-GCAGA--CATC------CC---CTG--TA--CATCGA-CTTCGT-----------AGA---C------------TTTGACA--GCGT---CCACCAG--------GAT--A--C--T--ATGGAANATCC--TGAGACACTACGGNATNCCAGCGAAAATTGT--A--AATAGTTGCNATGC-ATCCG-CAGCCGTATGA-GGAC----TT---CACATCG-T-CAAGTAA-TCCGC-G--ANGCAT---C---T----------------ACNGACCCTTTCCACGTGAGNACAGGNGTGAAGCAAGGATGTCTNCTCTCACCNNTTCTATTCCTNCTGGTNATCGACTGGGTNACGAG-------GC-AGACGTCTGA---CA-----G--ACCAAGA---GGG------A--TCCAGTGGAC-TATNACGA-G-----------AANG-CTGGAAGACCTGGATTTTGCTGACGAT-C-TCGCCCTGCTGTCNCACCAG-T-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATNACGTCGGA------AA------GAAA-ACC--GGGCTNAAAATCAA--CAACAGA--AAGACAAAG-ATT-ATG-A-----GANT-----CAAACAA-GA-AAA--GAA-GGT---------CAA-TG-CATCA-GC-------CGG---GG-----GAAC-GAA-T---GA--------TCGAGGAGGTTGANA-AATTCAC---A---TACC-----TTG-----GAAGCGTNAT-CAG-CA-AGANCGGTGGAA-CGGATGAAGACAT---CAAGAGC---C-GC----ATCGAC-----AAAGCCAGN-CACACCT-TCGNCACGCTGC--GACCAATTCGGA-GAT----CA---A----AC---G--C-CTTA----G----TCA-AAAC--CA--AAG-AT--CAGGATCTTCAA--CNCCAA-CG-TGAAA----N-CNGTC---CTTCTTTATGGGTC-NG-AGA--C-ATG---GAG----ACCA-ACAG--------CCG-GA---CT--CCAAC---A--------TAAAA-T-C---CAGGCGTTTACC--AACA----GATGCCT-CG--GACATAT-TCGTA-G-AGTNTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTA--GATCGTACC---AACCAAG--ATCCA-----GC-AGACAACAACGTC-AAG-GAA----A----TGGAGGTGGATTGGCCACACATC------------GCGAAAACCGTATACCAGAA
Reference ( family-389 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGACTGGATNTNTGNTAACANCTNCCAGNAGGTCGAGGNAAGACGTAAAATNNAAGAAAGAAGTTGTCAACATCCTGCCGGAACAAGAGCACANAAGTATGGCAGCCCAAGCAGACACCACACTANAGCTNCACAAGGGAGTGAACAGAAGC-TGCAAGAAA-GACAA-ANGAGATTACGTCGATNAGCTCGCAG-A-G-AAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGANGCTTTACGATACGACCAAGACACTCTCTGGGAAG-A-CATGCA-ATC---CCATAA-GACCGGTCAAAGACAAG-GCG-GG-AAAAC---AT----CTCAA--A-A-TGAAA--AGCGACTAGAA----AGATGGACGGAACACTTCGAGGAG-TTCA--C--AATAGACCCGCACCAGAAAAACCCCCAANCATGGCANAAGCTNATAACCAGGNCCAGAGNTAAATGCGTCAAGAGATCATNAGNGGAAAAAAGGCTATCGAAATCGCTGAAAAACGGCAAAGCAGCTGGNCCAGACGGAATNCCACCCGAAGCCCCGAAGG-CC-ACATCCA-G-T-----AATCTCCG--AA---C-TGCTGCAACCTTTACTGAAGAAGATCTGGGA--AGCGAGA-GAGTGC---CAGATGATTGGA-A-AAGGGTC--A--TGGTNAAGCTG-CCCAA-AAAGGAGACCT--C--ANC--TTGCGANAACTGG-AGGGGCATCACGCTTCCTTC-CCG-TGCCGGCGAAGGTNCTNANCAGGATCATC-CTTGAGAGGATGAAA----GACGCGATTGGACA-AGAC-C-TCCGAGAC--GAGCAGGCAGGNTTCAGACA-GGACAGATCCTGCACNGACCANATCGCCACNCTGCGNATCA---TCGTCGAACAGTCCATNGAATG-GCAGA--CATC------CC---CTG--TA--TATCGA-CTTCGT-----------AGA---C------------TTTGACA--GCGT---CCACCAG--------GAT--A--C--T--ATGGAANATCC--TGAGACACTACGGNATNCCAGCGAAAATTGT--A--AATAGTTGCNATGC-ATCCG-CAGCCGTATGA-GGAC----TT---CACATCG-T-CAAGTAA-TCCGC-G--ANGCAT---C---T----------------ACAGACCCTTTCCACGTGAGNACAGGNGTGAAGCAAGGATGTCTNCTCTCACCNNTTCTATTCCTNCTGGTNATCGACTGGGTNACGAG-------GC-AGACGTCTGA---CA-----G--ACCAAGA---GGG------A--TCCAGTGGAC-TATNACGA-G-----------AANG-CTGGAAGACCTGGATTTTGCTGACGAT-C-TCGCCCTGCTGTCNCACCAG-T-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATNACGTCGGA------AA------GAAA-ACC--GGGCTNAAAATCAA--CAACAGA--AAGACAAAG-ATT-ATG-A-----GANT-----CAAACAA-GA-AAA--GAA-GGT---------CAA-TG-CATCA-GC-------CGG---GG-----GAAC-GAA-T---GA--------TCGAGGAGGTTGANA-AATTCAC---A---TACC-----TTG-----GAAGCGTNAT-CAG-CA-AGANCGGTGGAA-CGGATGAAGACAT---CGAGAGC---C-GC----ATCGAC-----AAAGCCAGN-CACACCT-TCGNCACGCTGC--GACCAATTCGGA-GAT----CA---A----AC---G--C-CTTA----G----TCA-AAAC--CA--AAG-AT--CAGGATCTTCAA--CNCCAA-CG-TGAAA----T-CNGTC---CTTCTTTATGGGTC-NG-AGA--C-ATG---GAG----ACCA-ACAG--------CCG-GA---CT--CCAAC---A--------TAAAA-T-C---CAGGCGTTTACC--AACA----GATGCCT-CG--GACATAT-TCGTA-G-AGTNTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTA--GATCGTACC---AACCAAG--ATCCA-----GC-AAACAGCAACGTC-AAG-GAA----A----TGGAGGTGGATTGGCCACACATC------------GCGAAAACCGTATACCAGAA
gi|1 : AAAGATTGGATGTCTGATAACAGCTGTCAGAAGGTTGAGGAAAAACGTAAAATGAAAGAAAAAA----TCAACATC--GCAAAAACAAGAGCACAAAAGTATGAT-GCCCAAGTAAACACCA----AGAGCTGCACAAAGGAGTGAACAAATCT-TGTAGGAAA-GACAA-AAGAGATTACGTAAATCAGCTGGCAACA-G-AAGCAGAACAAGCAGC-------ATACA-TAGGTGATATAAAGACACTTTATAATATCACTAAAAC---CTT----AAG---CATGCA-AGT---C--TAA--ACTAGTAAAAGATAA---------AAAATGCAATTGTACTCAATAA-A-TCAAATGAGCAGATAGAA----AGGTGGAATGAGCATTTCAAAAA--TTTA--CTAAATAGACCTGAACCAGA-------CCAACCA-GGCACA---TTATAACCAGGGCCAGAACTAAA--CATCAAGAAA-CATGAGGGGAAAAAAAGCT-TTGAAATCACTGAAAAATGGAAAATCAGCTGGAATAGATGGAATACCACCTGAAGCATCGAA------ACATGGAGG-TGAAGAAATCTCTG--AATTCT-TGTTGAAA---TTGCTGAATAAGATCTGGGA--AGCAAAACGAATACAAACAAA--ATAGAATA-AAGGGTT--AT-TAGTAAAACTA--CCAC-AAAGGAGGCCT--A--AGCTGTTGTGAAAACTGG-AGGGGCATAACTCTT-CTGC-CAGTTGCAAGC-AAGATTTTATGCAGAGTGCTT-CTTAATATAATGAAA----CACGCTATTGATAA-AGCT-C-TCCGTGAC--GAACAGGCAGCATTTAGACC-AAATAGAAGCTGTAATGACCAGATTGCTACTCTAAGAATGA---TAGTGGAATAATCAGTAGAATG-GCAAATGCAT-------CC---CTGCATA--TATCAA-CTTAGT-----------AGA---C------------TTTGATA--ATGT---CAACAGG--------GATGGA--A--T--GTGG--CATCTAATGAGACACTATGGCATACCATCAAAGATTGT--A--AATA-TTGCCAAG--ATC------CTGTATGA-AGAC----TC---TACA--G-TGCAAATAA-TACAC-T--AAGCAT---CTCTT----------------ACCGACCCTTTCCATATGAAAACAGGTGTGAAACAAGGATCTTTGCTCTCACCTACTTTATTCTTACTGGTGATTGATTGGATTACGAA-------GC-AGGCATTTGA---CA-----A--ACCAAAA---GGG------A--TTCAGTGGAC-TATGACAA-G-----------AAGG-TTAGAAGATCTAGATTTTGCTGATGAT-C-TCGCCCTACTGTCTCAACAGAT-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CGA---A---AG-----GA---TGAATAACATCGGA------AA------GAAA-ATA--GGGCTTAAAATCAA--CAACAGA--AAAACAAAG-ATT-ATGAA-----GGTT-----CAAACAA-GA-AAA--GAAGGGT---------CAG-TG--ATCATGT-------TAG---GA-----GAACGGAA-CTCGGA--------TCATGATAGTTGAGACAGTTTAC---A---TATC-----TTG-----GAAGTGTCAT--AG-TA-AGACCGGTGAAA-CAGATGAAGACAT-----AATGC---CAGA----ATATGC-----AAAGCCCGT-CAAGCCT-TCGCCATGTTAA--AACCAGTTTGGA-AAT----CA---A----AC---G--TGCTTA----G----TGA-AAAC--CC--AAA-GT--CAGAAT-TTCAA--CACCAA-TG-TAAAA----CACTGTCTATTTTCGTAATGGGTCGTGTAAACCC-CTG---GAG----ACTA-ACAG--------CTG-GA---CT--TCAAC---A--------TAAAA-T-C---TTGGTATTTACC--AACA----AATGCCT-CA--GACATAT-TTGTA-G-AGTGTGG--TGGCC--AA-GAAAAATCAT--GAGTGAAC-AACTTCTA--GATCGTACC---AACCAAG--ATCCA-----GC-AGATACCCACATTAAAA-GAAGGGCA----TGGAAATGGATTGGCCACACATG------------GCGAAAACCGCATACCAGAA
gi|10 : aaaaagtcctaggaaagaaaaccaacaagaagTTCAC---A---TACCGTATCTTG-----GGAGCGTGAT--AG-AA-AGGACGGTGGAAATAGATAGTGACAT---TCAGAGC---C-GC----GTCAAC-----AAAGCCAGT--ACACTTCTCAACACTCTGT--GGTCCATTTGGA-GAC----CC---AGTGCAC---GATC-CCT----------TCA-AAAC------AAGCAT--T-GGATCTTCAA--CACCAA-CG-TGAAG----G-CTGTC---GCCTTTTATGGATC-T--AGA--C-CT------G----ACCA-ACAGCAACTAGACCA-GA---CT--CCAGC---ATTCACTTTTAAA---------AGGTGTTTAC
gi|12 : cagaaagaagactgagatttagagcaatgcagggacagaccaccaccggaaacagatcgcA---TTATCGAACAAGCCATAGAATG-G---A---ATC------CCAACCTA--TA--TATCTT-CTTTGT-----------AGA---T------------TTTGAGAAGGCAT---TCGACAGTGAACAGAGAC--A--CATT--ATGGAAGATCA--TGAAAAACTACGGAATCCaccacatcatgaacatcagcagatggcccgaaaagatcttccac
gi|13 : -----GC-AAACAATAACATC-AAG-GAA----A----TGGAGGTGGATTGGCCACACATT------------GAGAAAtcgataagatc
gi|14 : accggtcatTATC--AACA----AATGTCT-CG--GACATAT-TTGTA-A-AGTGTGG--CGGCC--AA-GAAAAATTAC--GAATG----AACTTCTG--GATAGTACC---AACCAAG--ATCCA-----GC-ggaaaacacagatgtgacacaccatgctctggaatggaatcccacaggaagagaggtagaccaa
gi|14 : GCCACACATG------------GCGAAAACCGTATACCAGcacacatggcgaaaaccgtataccagcat
gi|2 : tatcaacaaatgtctcggacatatttgtaaagtgtggcggccaagaaaaattacgaatgaacttctggatagtaccaaccaagatccaAAAGACTGGATCTATGTTAACACCTTCCAGCAAATCCAAGCAAGA----AAATTCAAGAAAGAAGTTGTCAAC-TCCTGCCGGA-CAAGAGTACACAAA-ATGGCAGCCCAAGCAGATATTACACTATAG-TCCACAAGGAAGTGAGGAGGAGCGTG-AAAAAA-GACAA-ACCATATTACATTGAGAGGCTTGCAG-A-GCAAGCAGAACAAACAGC-------CTACAATGGG-AACATGAAGAAGTTCTATGCTACGACCAAGATACTCTCTGGAAAGTA-CATGTACATCAAACCATAACGGCCAGTCAAAGACAAGCGCG-GGCAAAAC---AT----CTCAG--ACACTGAAA--AACAACTGGAA----AGATGGGCAGAACACTTCGAGGAGCTTCA--C--AATAGACCAGCACTAGAAAAACCCCCAAACATAGCAGAAGCTGATA--TAGACCTAGAGATAAATGTGTCAAGAGATCATTAGT---------GCTATTGAAA-AGTTGAAAAATGGCCAGGTAGCTGGTCCAGACGGAATCCCCACAGAAACCCTCAAGGACT-ACAACCA-ATT-----AATAT------G---C-TGCTACAACTTTTA--AAAGAAAAACTGGGACCAGGAAGA--AGTGC---CAGCTGATTGGA-A-A--GATC--A-----TCAAGCTGCCCCCA-AAAAGATACCG--C--AGCAATTGCGAGAACTAC-AGAGGCATCTCAC-TCCTGT-CAG-TGCCGGAAAAGGTGTTCAACAGGATTTTA-CTTGAGAGGATGAGA----GACGCGATT-GACATTCAT-C-TAAGAGAC--AACCAGGCGGGCTTCAGACA-GGGCAGATCTTGCACCGACCAGATCGCCATGCTTCGCATCA---TCGTTGAGTAATCCCTTGAGT--GTAAC--TACT------CA---TTG--TA--TATCAA-CTTTGT-----------GGA---TTTCCTCAAGGCATTTGACA--GCTT---CCACCAC--------GAT--ACCC--T--CTGGCAATTCC--TCCGACACTACGGGATACCAGCTAAAATTAT--ACGAA------CGAT----TCAG-CAGTCATATGA-GGGTATGGTTTGCCACGTCGTT-CATGGAAGTCAGCTG--ATGCAT---C-----------------------G----TTTTGACACAAGGACAGAGGTAAGGCAAGGATGCCTCCTGT-ACCATTCCTATTCCTCCTCGTCATCGACTGGGTGATGAG-------GA-AAACGACAGA---TA-----G--ACAAAGGAATGGT------A--TCTAATGGAC-CCTCTGGA-A-----------ACAG-TTGAACTACCTCAACTTTGCTGATGAC-C-TTGTTCTGCTCTCGCA-CAT-T-TATCA-ACAAATGCAGAG-CA---AAA-cat
gi|2 : actttggcaaggaacaagagatgcctttacagaaacattcaagccaaatacATC-----CAAACAA-GA-AAT--GAA-CGC---------C---TC-CAGCA--C-------TGA---GGTAATAAAACTGGA-T---GACAACAACTTGGAAGAGGTCGAAA-CATTCAC---C---TACC-----TTG-----T--GTGTGAT-CAACCA-ACAG-GGAGGAA-CAGATACAGATAT---TAAAACC---C-GC----ATTGG------AAAGACAAG-AACATCT-T--TCATGGT------CC---TCAG----------A---A----AC---A--C---------G----TCATGCAC--CA--AAG--T--CCGCCTCTTCAA--TTCAAA-TGTTG-------T-CTGTC---CTGTTTTATGGGGC-AG-AAA--C-ATG---GCG----AACT-ACAA---------AG-GC---CA--CCATC---A--------GAAAATT-T---CAAACTTTTAagccccgtctcctatgtcggcctccacatccatccaaacaagaaatgaacgcctccagcactgaggtaataaaactggatgacaacaacttggaagaggtcgaaacattcacctaccttgtgtgtgatcaaccaacagggaggaacagatacagatattaaaacccgcattggaaagacaagaacatctttcatggtcctcagaaacacgtcatgcaccaaagtccgcctcttcaattcaaatgttgtctgtcctgttttatggggcagaaacatggcgaactacaaaggccaccatcagaaaatttcaaacttttataaattcctgcttatgaagaatcctgaagatccactggccagataaaatcagtaacacagatctctgagaaaaaaacccaagtgccaatagaaaaagagattagaa
gi|3 : actttggcaaggaacaagagatgcctttacagaaacattcaagccaaatacaaagactggatctatgttaacaccttccagcaaatccaagcaagaaaattcaagaaagaagttgtcaactcctgccggacaagagtacacaaaatggcagcccaagcagatattacactatagtccacaaggaagtgaggaggagcgtgaaaaaagacaaaccatattacattgagaggcttgcagagcaagcagaacaaacagcctacaatgggaacatgaagaagttctatgctacgaccaagatactctctggaaagtacatgtacatcaaaccataacggccagtcaaagacaagcgcgggcaaaacatctcagacactgaaaaacaactggaaagatgggcagaacacttcgaggagcttcacaatagaccagcactagaaaaacccccaaacatagcagaagctgatatagacctagagataaatgtgtcaagagatcattagtgctattgaaaagttgaaaaatggccaggtagctggtccagacggaatccccacagaaaccctcaaggactacaaccaattaatatgctgctacaacttttaaaagaaaaactgggaccaggaagaagtgccagctgattggaaagatcatcaagctgcccccaaaaagataccgcagcaattgcgagaactacagaggcatctcactcctgtcagtgccggaaaaggtgttcaacaggattttacttgagaggatgagagacgcgattgacattcatctaagagacaaccaggcgggcttcagacagggcagatcttgcaccgaccagatcgccatgcttcgcatcatcgttgagtaatcccttgagtgtaactactcattgtatatcaactttgtggatttcctcaaggcatttgacagcttccaccacgataccctctggcaattcctccgacactacgggataccagctaaaattatacgaacgattcagcagtcatatgagggtatggtttgccacgtcgttcatggaagtcagctgatgcatcgttttgacacaaggacagaggtaaggcaaggatgcctcctgtaccattcctattcctcctcgtcatcgactgggtgatgaggaaaacgacagatagacaaaggaatggtatctaatggaccctctggaaacagttgaactacctcaactttgctgatgaccttgttctgctctcgcacatttatcaacaaatgcagagcaaaaagccccgtctcctatgtcggcctccacatccAGTCAACAGAAG--TGCAAGAGACGACAAGAGGAGATT-CATCCATGACCTCACAG-AAG-AAGCA---TAAACAGCGGCGGGCCAACAA-----AACATGAAAAGGCTTTACGAGACAACCAGGACACTCTCTGGGAAA-AACA-GCA-ATC---CCACCA-GACCGGTCAAAGACAAGAACGAAG-AAACC---AT----CACAA--G-A--GAGG--AG-GACCAGAAGACGAGATGGACGGAACACTTCAAGGAG--ACACTC--AACAGACCCCCACCAtaaattcctgcttatgaagaatcctgaagatccactggccagataaaatcagtaacacagatctctgagaaaaaaacccaagtgccaatagaaaaagagattagaa
gi|3 : AAGGCCATC-AAGTCCCTCAAGTCCGGCAAAGCAGCAGGCCCTGATGGCATTCCACCCGAAGCCCTGAAGG-CCCACATCCA---------AACCTCCACCAA---CATGCTGCACCCTCTACTGAAGATGATCTGAGAG-AACGAGA-GTGTGC---CAGATGATTGGA-AGAAGGGAC--ACCTGGTGAAGCTG-CCGAAGAAAGGAGACCT--CTCATC--CTGCAACAACTGG-AGAGGCATCATGCT-CCTTC-CCA-TACCGGTGAAGGTTCTCTTCAGGATCATC-TTGGAGAGGCTGAAG----ACCGCG-TTGGACA-AGACAT-TCCAAGAG--GAGCAGGCAGGGTTCCGGCA-AGACCGATCCTGCACTGACCACATAGTGACGATGAGGATCA---TCATCGCACAGTCCCTGGAGTG-CCAGA--C-TC------CC---CTG--TA--CAGCGT-CTTCGT-----------TGA---C------------TTccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcaaggccatcaagtccctcaagtccggcaaagcagcaggccctgatggcattccacccgaagccctgaaggcccacatccaaacctccaccaacatgctgcaccctctactgaagatgatctgagagaacgagagtgtgccagatgattggaagaagggacacctggtgaagctgccgaagaaaggagacctctcatcctgcaacaactggagaggcatcatgctccttcccataccggtgaaggttctcttcaggatcatcttggagaggctgaagaccgcgttggacaagacattccaagaggagcaggcagggttccggcaagaccgatcctgcactgaccacatagtgacgatgaggatcatcatcgcacagtccctggagtgccagactcccctgtacagcgtcttcgttgacttccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaatcgactgggtcatgcggcagtcgacaataaggaagaagacagggatccagtggacattcactaagcagctgtgggacctggatttcgccgacaacattgccctcctgtcccacagcatcaagacgcccaggaaaagctcaacagagtcgccggagaagccgagaagaccgggctcaagatcaaaatgaccaagacagaagtcatgagagtcaacagcaaacaacatgcccccatccaactacaccaggaaaatatcaaaaaggttgacaaattcgtatacctcggcagcgtagtcagcaacaattgtggagcggacgaagacatcaggagccgcatcaacaaagccaggcacacctttcgcactctacgcccaatctgaagatcctcagccttatcccaacacaacaagatcaggatcttcaactccaacgtgaagtcagtcctatttcagggctctaagacatggcgcaccacaaagacaaactcccacaaagctgcaaaccttcatcacagatgcctccgttgacatccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|3 : agtcaacagaagtgcaagagacgacaagaggagattcatccatgacctcacagaagaagcataaacagcggcgggccaacaaaacatgaaaaggctttacgagacaaccaggacactctctgggaaaaacagcaatcccaccagaccggtcaaagacaagaacgaagaaaccatcacaagagaggaggaccagaagacgagatggacggaacacttcaaggagacactcaacagacccccaccaccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcGTAATCGACTGGGTCATGCG-------GC-AG---TC-GA---CAATAAGG--AAGAAGACA-GGG------A--TCCAGTGGAC-ATTCACTA-A-----------GCAG-CTGTGGGACCTGGATTTCGCCGACAAC-A-TTGCCCTCCTGTCCCAC-AG-CATC--A-AGACGC-CCAGGA-A---AAG-CTCAA---C---AG-----AG---T------CGCCGGA------GAAGCCGAGAAG-ACC--GGGCTCAAGATCAA---AAT-GACCAAGACAGAA-GTC-ATG-A-----GAGT-----CAA-CA--GC-AAA--CAA-CATGCCCCCATCCAACTA-CACCA-G---------------------GAA---AA-T----A--------TCAAAAAGGTTGACA-AATTCGT---A---TACC-----TCG-----GCAGCGTAGT-CAG-CA-ACAATTGTGGAG-CGGACGAAGACAT---CAGGAGC---C-GC----ATCAAC-----AAAGCCAGG-CACACCT-TTCGCACTCTAC--GCCCAATCTGAA-GAT----C----------CTCAG--C-CTTA---------TCC-CAACA-CAACAAG-AT--CAGGATCTTCAA--CTCCAA-CG-TGAAG----T-CAGTC---CTATTTCAGGGCTC-TA-AGA--C-ATG---GCGC---ACCACAAAG--------ACA-AA---CT--CCCAC---A---------AAGC-T-G---CAAACCTTCATC---ACA----GATGCCTCCGTTGACATccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaatcgactgggtcatgcggcagtcgacaataaggaagaagacagggatccagtggacattcactaagcagctgtgggacctggatttcgccgacaacattgccctcctgtcccacagcatcaagacgcccaggaaaagctcaacagagtcgccggagaagccgagaagaccgggctcaagatcaaaatgaccaagacagaagtcatgagagtcaacagcaaacaacatgcccccatccaactacaccaggaaaatatcaaaaaggttgacaaattcgtatacctcggcagcgtagtcagcaacaattgtggagcggacgaagacatcaggagccgcatcaacaaagccaggcacacctttcgcactctacgcccaatctgaagatcctcagccttatcccaacacaacaagatcaggatcttcaactccaacgtgaagtcagtcctatttcagggctctaagacatggcgcaccacaaagacaaactcccacaaagctgcaaaccttcatcacagatgcctccgttgacatccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|4 : agtcaacagaagtgcaagagacgacaagaggagattcatccatgacctcacagaagaagcataaacagcggcgggccaacaaaacatgaaaaggctttacgagacaaccaggacactctctgggaaaaacagcaatcccaccagaccggtcaaagacaagaacgaagaaaccatcacaagagaggaggaccagaagacgagatggacggaacacttcaaggagacactcaacagacccccaccaccggtcccacctgacataccaccaacagcccagttacttgacatcaacaccaaccctccaactaagactgagatcgtcaaggccatcaagtccctcaagtccggcaaagcagcaggccctgatggcattccacccgaagccctgaaggcccacatccaaacctccaccaacatgctgcaccctctactgaagatgatctgagagaacgagagtgtgccagatgattggaagaagggacacctggtgaagctgccgaagaaaggagacctctcatcctgcaacaactggagaggcatcatgctccttcccataccggtgaaggttctcttcaggatcatcttggagaggctgaagaccgcgttggacaagacattccaagaggagcaggcagggttccggcaagaccgatcctgcactgaccacatagtgacgatgaggatcatcatcgcacagtccctggagtgccagactcccctgtacagcgtcttcgttgacttccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaTGGA-A-AATGATCTCA--TCTTTAAGCTG-TCCAA-AAAGGAGA-------------TTGCAATAACTGG-AAGGGCATAACACTTCCTTC-TCT-TGCTGTCAAA---ACTGAC----ATCAGCTCTTGAGA-------------------------A-AGAC-C-TCCGACTA--GAACAAGCAGGTTTCCGCCCTGGGC-GATCCTGCTCGGATTACATCTTCACTCTGC--ATCAGATTC-TGGAACAG---ATC-AATGAGCAAA--CATG------CCA--CTG--TA--CATCAA-TTTCATTGACCTGGAGAAGAT--C------------TTTGACA--GCAT---CCACCAA--------GAA--T--C--TTTATAGAAGATCC--TGAGGTACTATGGGGTCCCTGCGAAACTTGTCCA--GGTAGTTGCAATGCTATCC------------A-GGAC----TT---CAAATC--C-CAAGTAA-TCTGC-G--ACACATAGAT---C----------------ACAGACACCTTCAACGTCAGCACGGGAGTAAAGCAGGGCTGCATTCTATCGCCGTTTCTCTTCGTCCTAGCCATGGACTGGATTATGAAAAATTCCGC-GGATG---GA---GA-----G--A-TGAGA---GGG------A--TCAGGTGGAC-CATGACAATGTCAACAACAACAATG-CTAGAAGATATGGACTTTGCTGACGAT-A-TTGCCCTGCTGTAACACC------------GCCA--CCGAGACATGCAAA----AA---A---AGACA--GA---TG--CCATGACAAA------AACAGCT-GGAA-ACCTTGGCCCAAAGGTCAG--CATCATA--AAGACCAAG-AGC-GTG-A-----GAAT-------------GA-ATGCCGAA-GTT---------CTA-TGACATCA-AA-------CTGAACGG-----TAAT-GA------GA--------TCGAGGAAGTTAATG-ATTTCAC---C---TATC-----TTGAATCCAAAATGTCA-------A-ATACAGGTGATG-TGGAAGTAGAAAT---C-CGGGC------------TCGACTTGCTAAAGCCGCC-TAGACCT-TCACCTCACT-CAAGAACACATGGAA-GA-----CAGGGA----AC---A--T-CC------G----CC-----------------T--GAGAATCTTCAA--ATCAAA-TG-CGATT----A-CCACC---CTCCTTTATGGATC-AG-AGG--C-ATA---GAAGATTACCA-A-AA--------CCATGA-------GCA-----A--------TAAAC-T-T-----GACGTCTTCCAAAACA----GATGCCT-GA--GACGCAT-TC-TACGCATTCTAT--TGGCC--AA-ATACAATCAC--CAATGAAG-AACTT-TACGGA--ATAACAGAAACCGA---ACCCA-----TCTCCAC-GCAA-GTC-AAACGAA----AGCGTTGGCGATGGATAGG--ACATGTCCTCTGCCAGTAGACGAAAACCTTAT-CCAGAAccccaacatcagatggccagaggtgatctccaaccaagacctctgggagagaactagacaagtccccatcgagcaagagatcaagaa
gi|5 : --TGGTGAAACTA-CTCAA-GAAAGTGACCTTTC---CC--TTGTGGCAACTGGCGGGGGAATCATGCTTGCTTCTCCA-CCCCAGC-AACGTGCTGACCAGGATCATC-CTGGAGAG-ACGAAAAGGGGGCGC---TAGACA-AGAG-AAT--GAGATCAGAGCAGGCAGGATTTAGACA-GGACAGATCATGTACAGACCACATCGCCACCCTGCGCATCA---TA--CGAGCAGTCCATCGAATG-CCAGT--C-TC------CG---TTG--TA--CA--GACCTTCGT-----------TGA---C------------TTTGAcagccctaagatgaattcaagacggccgacaaacgcgaggccgccccaaggaaacttggaggagaacaatggtgagggagatgaaggagaaaggttggacatggggccgc
gi|5 : aaactaggcataagccTCATAGATTGGATAACGAG-------GA-AAACAACAGAGGGCA-----G----CAACACC-GGC------A--TACAGTGGACATTTCACCA-A-----------ACAG-CTGGAGGACCTGGATTTTGCGGACG---CATTGGCCTATTGTCCC-CCA----CA--AGAAACAT-C--ATGCA---CAGTC-CAA---GCTCAC-----AC---TCAACT-CGCCGAAGTGGCCAA------GAAGGACC--GTCCTGAGAATCAA--CGCCAGA--AAGACATAG-GCTGATG-GCGGCTGAAA-----CAAACAA-GA-CAA--GAG-------------CAA-CC-CATTA-GCAGTTCTGCAG---GA-----GAAC----------A--------TCAAGGAGACTGA----ATTCGCTTCACTTTACC-----TCG-----GAAGTGTAGTGCAG-CACAGATTGGCGGGC-CTGATGAAGATGTATATGGGAGCTCGC-GT----ATCGCA-----AAAGCCAGGGTTCACCT-C--ACACCCTGC--GACCC-TTCTGA-GACTCCGCA---A----AG---C--C-CTTA----T----CCC-AAACG-CAC-AAG-ATTCCCGCATCTTTAA--CACCAAACG-TGAAA----G-CAGTC---CTTCTATAT-GGTC-CG-A-A--C-ATGC--GAGTT--ACCA-ACA---------CCG-AA---ATCACCAAC-------------AAGA-TGC---CAGAC-TTTG----AACA----AGTGCTTGAG--AACATATCTCATA-C-A-TCAGG--TGGCCT-TG-GGAAGATTTC--AAATGCAG-AACTgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatcatagattggataacgaggaaaacaacagagggcagcaacaccggcatacagtggacatttcaccaaacagctggaggacctggattttgcggacgcattggcctattgtcccccacaagaaacatcatgcacagtccaagctcacactcaactcgccgaagtggccaagaaggaccgtcctgagaatcaacgccagaaagacataggctgatggcggctgaaacaaacaagacaagagcaacccattagcagttctgcaggagaacatcaaggagactgaattcgcttcactttacctcggaagtgtagtgcagcacagattggcgggcctgatgaagatgtatatgggagctcgcgtatcgcaaaagccagggttcacctcacaccctgcgacccttctgagactccgcaaagcccttatcccaaacgcacaagattcccgcatctttaacaccaaacgtgaaagcagtccttctatatggtccgaacatgcgagttaccaacaccgaaatcaccaacaagatgccagactttgaacaagtgcttgagaacatatctcatacatcaggtggccttgggaagatttcaaatgcagaactatggaatgaggagaaaccagccaaattc
gi|6 : aaactaggcataagcctggtgaaactactcaagaaagtgacctttcccttgtggcaactggcgggggaatcatgcttgcttctccaccccagcaacgtgctgaccaggatcatcctggagagacgaaaagggggcgctagacaagagaatgagatcagagcaggcaggatttagacaggacagatcatgtacagaccacatcgccaccctgcgcatcatacgagcagtccatcgaatgccagtctccgttgtacagaccttcgttgactttgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaAGATTATGTACTGACCCAATTGCGACATTACGAATCA---TTATAGAACAAACCATTGAATG-GCAGG--CATCACTATACC---TTG--CATTTATAGA-TTTTG------------AGAAGGCA-----------TTTGATA--GTATAGACCATCA---------AAT--A--C--T--ATGAAGCATTC--TCAGACACTATGGTATTCCA--GAAAA------A--AATAATATCTAT-C-ATCCGCCAGCTGTATGATGGA-----TT---CAC-TTG-T-CAAGTCA-TCCAT-GGTGGGAAC---C---TA---------------ACAGATCCTTTTCCTGTATCCACCGGGGTCCAGCAAGGATGTCTACTCTCTCCTCTTCTCTTTCTGATGGTAAT-GCCTGGGTCA-----------GCAAAACATCTTA---CA-----GTAAACATTT---GGGC-----A--TCAAATGGAC--ACTACAA-T-----------CATGTCTTGAAGACCTAGATTTTGCAGACGATGT-TTGTCA-GCTTTCACATC-G-T-CA--C-CCACAC-TC---ACA---AGA-A-CAATTTA---AGCTTCCAACCTTGAATCAAATTCGA------AA------AAAA-GTT--TGGTTATACATCAGTCCAAC--T--AAGACAAAATATT--TG-A-----GGATAAATGTAAACAA-TACAAA--TAA-AAC---------TAA-GG---TCA-----------GA---GG-----TGCC-GAA------A--------TCGAAGATGTTGGGC-AATTTAC---C---TACC-----TTG-----GAAGTGTCAT-CGG-CA-CATTAGGAGGGA-CCGATGAAGATATA--CAA---------GC----AAGGAA-----AAAG------TAAACCT-TTGCAATCCTCA--AACCAATCTGGAGGAG----GA---A----AA---C--T-CTCA----GAACATCA-A-----CA--AAG-AT--AAGAATCTTCAA--CTCAAA-CG-TAAAA----T-CAGTT---CTTCTATGTGGATC-AG-GGA--C-ATG---GAG----ATCA-ACAG--------CTG------CT--TCCAC------------TAAAA-C-CATATATGTGTTTATA--AACAGATCGATGCCT-AA--GAAACA--TCATAGG-AATCAAG--TGGCC--AG-AAAAGCTTAT--G-----GC-AA-----A--GG----ACC---AAACAAG--AACCGGTCATGC-AAACAATAACATC-AAG-AAA----A----TGGAGGTGGATTGACCACAAATT------------GAGAAAatggaatgaggagaaaccagccaaattc
gi|7 : GA-AGAC----TT---TACAATG---CAAATAA-TACAC-G--AAGCAT---C---TCTCAGCCCCGGCTCTCATCGAACCCTTCCATGTGAAAACAGGTGTGAAACAAGGATGTTTACTCTCACCAACCTTATTCTTACTGGTTATTGCCTGGATTACAAA-------GC-AGACATTTGA---CA-----A--ACCAAGA---GGGTTTCAAACTTTCAGTGGAC-TATGACGA-G-----------AA---------GATCTAGATTTTGCTGATGAT-C-TCGCCCTACTGTCTCACAAGAT-TA--A-AGACAT-CCGAGACA---AAA-C-CAA---A---AG-----GA---TGAATAACATCGGA------AA------GAAA-ATA--GGGCTTAAAAATAA--CAACAGA--AAAACAAAC-ATT-ATGAA-----GATT-----CAAACAAGGA-AAG--GAG-GGT---------CAG-TG--A-CA-AT-------TGGA--GG-----GGAC-GAACT---G-----------GAAGAAGTTGAAC-AGTTTAC---A---CATC-----TAG-----GAAGTGTCAT-TAG-TA-AGACCGGTGGCA-CAAATGAAGACAT-----AAA-----T-GCTAAAATATGC-----AAAACCCGT-CAAGCCT-TAGACATGTTAA--AACCAGTTTGGA-AAT----CA---A----AC---G--TGCTTA----G----TGA-AAACATC---AAG-GT--CAGAATATTCAA--CACCAA-TG-TAAAA----T-CTGTC---CTTTTCTATGGGTG-TG-AAA--C-CAG---GAC----ACTA-ACAG--------CTG-GA---CT--TCAAC---A--------TAAAA-T-C---CAGGTATTTACC--AACA----AATGCCT-CG--GACATAT-TTGTA-A-AGTGTAG--TGGCC--AA--AAAAATCAC--GAATGAAC-AACTTCTG--GATCGTACC---ATCCAAG--ATCCA-----GC-AGATAggaaaacacaaatgtgacacgccatgctctggaatggaatccccagggccactgacaggaagagaggtagaccaaaaaacaacctgggacgaagtggaggc
gi|8 : cgATTTTTAAACCACCGA-CG-TGAAAAAGCT-CAGTC---CTTCTATATGGGTC-CG-AGA--CAATGGGCGAGTCA-ACCA-AC-C--------CCGTGAGATCA--CCAAC---A--------GATA----C---CAGACTTTTGTCA-AACA----AGTGcgctg
gi|9 : agtagccaatgaagaccggtctataatattagatacaccacaaagacaggagttgtaaagcatgctcggtgttttgactaactcgagagaaccattacaatctacaagtggaaaaatcaagtgaatgactgaatcatgcttcacttactctgatgtgttagtcaggacaccgactggtcggcgctgatgagatgtataggaggccgtgaatacgccaaaggtccgtaggttcggctctcaacatcccctgctgaacgctatctggagacctaccataagcgtgttaacgccagcgataatacatgaggcatcccgccC---A---TATC-----TTG-----GGAGCGTGAT-CAG-CA-AAGACTGTGGAA-CAGATGATGACAT---CAAGAGC---C-GC----ATCAAC-----AAAGCTAGG-CACACAT-TCAACACTCTGC--AGTCCATTTGGA-GAT----CC---A----GT---G--C-ATTATCCCC----TCA-AAAC------AAG-AT--CAGGATATTCAA--TGCTAA-CG-GGAAG----A-AAGTC---CTCCTTTATGGGTC-TG-AGA--C-CTA---GAG----AGTA-AC----------C---GA---CA--CCAACCCTA--------TGAGACT-C---CAGGCATTCATT--AACA----GATGTAT-C----ACA----TCAT--G-AACATCGCATGGCCTGAACGCAAACTTGTGGGAATGAACAAAC--CTA--ATTCCCATC---AGTCAAGAAATCCA-----G--A------AACGT-------AA----A----TGGGGTTGGATAGGGCATACACC------------GTGAAGACCattgagacgcaccactaaaaatcatcagtcgtgctgccgaatagatcttcaaattccagaacgcctaataatggcagaaaaccagccaaattcc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CCCCTTTATGCATGGTGCTGAATCATGGAAAGTCACAAAACACATCACCAACAAACTACACACTTTCCAAACCAAATGTCGAAGAAGAATTCTAAAGACATTGTGGCCAAACATAGTAAGCAACAAAGAGCTGTATGAGAGAACAACGACCCATTTCCTCGC
Unaligned ( gi|15 ): GCCGCCCCAAGGGAACTTGGAGAACAGTAGAGAGGGAGGTGAAAAGAAGGGTTGGACATGGGGTCATC
Unaligned ( gi|16 ): CAACCAAGACCTCTGGGAGAGAACTAGATAAGTCCCCATCGAACAAGAGATTAAGAA