lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111 7777777777777777777777 1111 33333 2222222222 111111 111 222222222222222222222222222222222 1111 111111 11111111111111 3333333333333333333 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111 1111 222222 111111111111111 111111 77777777777777777777777777777777 2222222222222 44444444 1111111111111 22 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 44444444444444444444444444444444444444 1111 4444444444444444444444444 33333333333333333 666666666666
lowQualScore : 5 9 4 3 5 9 0 8 88 1 5 0000 9999999999999999999999 5 0 5 9999 55555 99 9999999999 2 999999 3 000 3 444444444444444444444444444444444 55 3333 111111 0 66666666666666 55 1 6666666666666666666 3 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55 888 7 0000 4 444444 4 777777777777777 55 7777 6666666 55 3 111111 66666666666666666666666666666666 3 33 2222222222222 44 33333333 6 3 5 3333333333333 00 22 33 1 2 9 1 777 44 33 444 5 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 666666 44 1 00000000000000000000000000000000000000 1 2222 1 1 1 999999999999 1 33333 0000000000000000000000000 33 11 88888888888888888 2222 11 1 222 11 44444 11 11 000000000000 1 3
lowQualScore : . . . . . . . . .. . . .... ...................... . . . .... ..... .. .......... . ...... . ... . ................................. .. .... ...... . .............. .. . ................... . . ............................................................................................................................................................ .. ... . .... . ...... . ............... .. .... ....... .. . ...... ................................ . .. ............. .. ........ . . . ............. .. .. .. . . . . ... .. .. ... . ...................................................................... ...... .. . ...................................... . .... . . . ............ . ..... ......................... .. .. ................. .... .. . ... .. ..... .. .. ............ . .
lowQualScore : 5 9 4 9 4 4 7 3 33 1 0 9999 0000000000000000000000 0 4 0 3333 66666 33 0000000000 0 444444 6 000 6 888888888888888888888888888888888 00 5555 666666 4 77777777777777 00 4 4444444444444444444 3 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55 666 3 5555 0 222222 0 555555555555555 00 7777 4444444 00 6 222222 33333333333333333333333333333333 3 55 5555555555555 33 33333333 7 3 5 0000000000000 99 99 99 9 9 5 3 777 77 77 444 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777777 99 9 33333333333333333333333333333333333333 4 2222 4 4 4 999999999999 4 44444 5555555555555555555555555 33 99 88888888888888888 9999 99 4 444 88 77777 88 88 555555555555 5 1
consensus : TTTCTTTAAAAATTC-ATGAAGAGATTTGATNTAAATATTGTAAATACATTGTTCTTT-GACTGAGCTTA-TGCAT---TTA-------TG-------------GCATTTC-TTATTTTGAATTA-GAATA--TTTAAAGT-NTN-AGAAATAAAGGGGGGGNGGG-GTC--TCTTTGGAGCGT-AAT-TT---C-AAAAA------CAAAT-T-A-----A-A-C-A------TGCA--TTTT-T--CAA--G---TGAAATAA---CT--T-----TTATGT--ACCTT---------A--------TTTTTATT-GAATG-TA--C----AT-A--------------CA-T--GC--A------T---------------------AT--------------A--T-T--------TC------CATT---TTC----TG----T-----CG-----AT----GN---GT--------GGG--GG---GGG-GAT---CAGA-AC----G-AGA-AAT-------GCTG----AT--AA----ACAATG-AA-A--TA--CTCT-GAAAA-----TT----C-----T-TATG-ATGTTAT-ATTTG--GTATAT-AAT-GT-T--------TGTATTGAGC-ATC-------A-CCA-GTAATGTT---T--T----AGTATTTAAT-TGA-TTCA-TNAATTTTT-T-AAAG-GAA--CAT---TTT-CAA----------T--T----A---A-A-------------A-----------------C-------------TA--G---ATG-ACC-A--------A-----T-----AG---AC-A---NC---ATTCT-GG-T-TT-AATCT-GAG-GAAA-----------T-C-----TG---GT-T------GT-TT---T---CAT--TA--TG-----T-----ATT--G----TG--T-G---CCCC--GC-----G--GGG--GGT--AT-T------AGTC-CCGA-AAGGACAGTT
Reference ( gi|5 ) : TTTCTTTAAAGATTC-ATGAAGAGATTTGATATAAATCTTGTAAATGCATTGTATTTT-GACTGAGCTTA-TGCAT---TTA-------CG-------------GCATTTC-TTATTTTGAATTA-GAATA--TATAAAGT-TAA-AGAAATAAGGGGGGGGAGGG-GTC--TCTTTGGAGTGT-AAT-TT---C-AAAAA------CAAAT-T-A-----A-A-C-A------TGCA--TTTT-T--CAA--G---TGAAATAC---CT--T-----TTATGT--ACCTT---------A--------TTTTTATT-GAATG-TA--C----AT-A--------------CA-T--GC--A------T---------------------AC--------------A--T-T--------TC------CATT---TTC----TG----T-----CG-----AT----GT---GT--------GGG--GG---GGG-GAT---TAGA-AC----G-AGA-AAT-------GCTG----AT--AA----ACAATG-AA-A--TA--CTTT-GAAAA-----TT----C-----T-TATA-ATGTTATCATTTG--GTATAT-AAT-GT-T--------TTCATTGAGT-AT--------A-CCA-GTAATGTT---T--T----AGTATTTAAT-TG--TTCA-TGAATTTTT-T-AAAG-GAA--CAT---TTT-CAA----------T--T----A---A-A-------------A-----------------C-------------TA--G---ATG-ACC-A--------A-----T-----AG---AC-A---TC---ATTCT-GG-T-TT-AATCT-GAG-GAAG-----------T-C-----TG-G-GT-T------AT-TT---C---CAT--TA--TA-----A-----ATT--G----TG--T-G---CCCC--GC-----G--GGG--GGTA-AA-A------AGTC-CCGA-AAGGACAGTT
gi|25 : TTTCTT-AAAAATTC-ATAAAGAGATTTGATATAAATATTGTAAATGCATTGTTTTTT-GACAGAGCTTA-TGCAT---TTA-------T--------------GCATTTC-TTATTTTGAATAT-GAATA--TTTAAAGT-ATA-AGAAATAA---GGGGGAGGG-GTC--TCTTTGG
gi|32 : aaataTTTCTT-AAACATTC-ATGAAGAGATTT-ATATT--TATTGTAAATGCTTTGTATTTT-GACTGTCTCTA-TGTGG---TTA-------AC-------------GCATTTTGTTATTTTGGATTA-GAATA--TGT
gi|1 : aaataTTCTT-AAAGATTTTATGAAGAGATTTGAATTAATTCGTGTAATTGCATTGTATTG--GACTGAAGTAT-TGCAC---TAA----------------------GCTTTTC-TTATTTTGAATTATAAATA--T-TAAAGTATTA-AGAA-TAGGGGGGGGT-----GTT--CCTTTGGAGTGTTAAT-TTTCAC-AAAAA------CAAATGT-A-----A-ATC-A------TGCA--TTT-----CAAT-G---TGATTTACACCCTCGT-----TTATGTTTACCTT---------A--------TTTTTATTAGTCTG-TA--C----ATGA--------------CA-TTCGC--AGAACCGT---------------------AT--------------A--T-T--------TCAAAATATATTCCATTC----TG----T-----TG-----ATAGGGGA---GT--------GGG--TG---GGGTAAT---CAGA-ACTCGAA-AGA-AATTTGTGGTGCGGGGGTAT--AA----ACAATG-GA-AGATA--CTTT-GAAAA-----TC----T-----T-TACG-A-ATTGGTATTTG--G-GTAT-AATTGT-T--------TT-ATGGAGT-ATTA------A-CCAAGTAATTGT---T--T----AGTATTTAAT-TGA-TCCA-TGA--TTTT-T-AAGG-AGA--TAT---TTT-CAAAT--------T--T----A---A-A-------------AAAAAA------------T-------------TA--T---ATATACT-A--------A-----TGA---AT---AC-ACT-TCT--ATTCT-GG-T-T--AATCT-GAG-GAAG-----------T-C------G-G-GTAT------AT-TT---C---CAT--TA--TA-----A-----ATT--G----TGATT-G-----CC--GC-----G--GGG--GGT--AT-T------AGTC-CCGA-AAGGACAGTTttt
gi|6 : acgtttcttgattaattttctacatttcattttatatcactatatgagagttgattgtgtttgagtacgagatcaatgcaagggttgtactggattttcatattatgagatcaaattttctcgccaatttaactttttttcccttattttacttaagtcatattgccgattatataacctgtgaaataaTTTAAA-ATTC-ATGA---GATTTGATATGAATATTGTAAATAAATTGTTCTTT-TACTGAGCTTA-TGCAA---TTA-------TG--------------CATTTT-GTATTCTGAATTA-GAATAATTTTAAAGT-ATT-AGAAATAAAGGGGGATA-----TC--TC---GGAG----AATATG---T-AAAAA-------AAA----A-----A-A-C----------CA--ATTT-----AA--A---CAAA-------CT--T-----TTATGT--ACCTT---------A--------TTTCTATT-GAATA-TA--C----AT------------------------------------------------------------------------------------------------------------G----T-----TG-----ATA---GT---AG--------GGG--GGTAGGGGTGAT---CAAA-AT----G-ACA-AAT-------GATA----AC--AA----ACAATG-AA-A--TA--CTCT-GAATA-----TT----C-----T------ATGT----ATT-G--GTATAT-AAT-GT-T--------GGTATTGAGC-ATC-------A-TCA-GTAATGTT---T--T----AGCATTTAAT-------CA-CTAATTTTT-----AGTGAA--CTT---TTT-CAA----------TAAT----A---A-A-------------AGAATGGTATTTTA----C-------------TA--G---ATA-ACC-A--------A-----T-----AG---AC-AACTTC---ATTCT-TG-T-TT-AATTT-GAG-GAAGGCATGTTTGTAT-T-----TG-G-GT-T------TT-TTTTTC---CAT--TA--TA-----T-----ATT--G----TG--T-G---CCCC--AT--------TGG--GGT--AT-T------AGTA-TCGA-AAGGACAGTTctagt
gi|4 : TTAAAAATTC-ATGAAGAGATTTGATTTAAATATTTTAATTACATTGTTCTTC-AATAAAACCCACTGCAT---TTC-------TGAAACTGAACTTATGCATTTC-TAATTTTAGATTA-GAACA--TTCAAAGT-CAT-AGAAA-AAAAGGGGGGTGGG-G--------TGAAGAAT--AT-TT---C-AAAAT------CAAAT-T-A-----T-A-C-A------T--A--TTTT-TAAAAA--G---TAAAA-AC---AA--T-----TTG-------------------A--------ATTTTAGT-GAATG-TT--CGA--AT-ATTTAGGATTTTTTCCATT--AT--A------T---------------------GC--------------A--T-A--------TC------CATT---TTC----TG----T-----TGGGGAAAA----GG---GG--------GGG--GG---GGG-Gcgtt
gi|35 : aaaaagtacatatcTTAAGAATTC-ATGAAGGGATTTCATTTAAACATTGTAAACACATTG-ATTTTAGACTGAgggnnnnntttatttagtggtatatggtatattttgtttgcattgaacatcatcaaaaatatattcataagctatttaaagcaacattttcaatttatgaaaaaaattaatataccagatgaccaattgattagacaacttttggtttaattggtggaaatctgtttgattcatttgcccgggggagggggtgggcatgtattagtcccagaaggatgtgctcgttaatgataatt
gi|2 : aggtgttttcaacttatggactttttttaaactgaaaaaaaaatgAAAAATTC-ATGAAGGGATTTCATTTAAACCGTGTAAATACATTGTTCATA-GAATGAACTTA-TGCATGTCTTAGACTGAACGTAT----------ACATTTC-TTATTTTAAAT--------------AAGT-TGTTGGACATAAGGGGGGGGGGG----C--TCTTTGAAGTAT-A-T-TT---C-AAAAC------CAAAT-T-A-----A-G-C-A------TGCA--TTTT-TAATAA--G---TAAAATAA---CA--T-----TTATGT--ACCTT---------ACATTCAGATTTTTAGT-GAATG-TA--T----GT-A--------------TA-T--TT--A------TGA-------------------AT--------------A--T-T--------TC------CATT---T-C----TG----TTATATCC-----AT----TTTCTGTTCTCCAAAAGG--GG---GGG-GAT---GTCA-AC------AGA-AAT-------TATG----AT--AA----ACAAT--------T---CTCT-GAAAA-----TC----C-----T------AT-TTAC----TG--GTATGT---T-GT-T--------TATATTGAAC-ATC-------A-CTA-GAAATAGT---T--T----AGTATTTAAT-TGA-TTCA-TTAGTTTTT-TTAAAG-CAA--CAT---TTT-CAA----------T--A----A---A-AAAAAATAT-----A-----------------C-------------TA--G---ATG-ACC-A--------ATTCATT-----AG---AC-A---AC----TTCT-GG-T-TT-AATCA-GAG-AAAG-----------T-C-------------T------AT-TT-------TGT--TAATTA-----C-----ATA--G----TG--C-G---CCCC--GC-----A--GAG--GGT--AT-T------GGTC-CCAA-AAGGACAGT
gi|18 : aggtttttttcccacttatggacatatttatttttctaacttaaaaagtatatcttaaaATAC-ATGAAGAGATTTC-TATAAATATTGTAAATATATTGTTCTTT-GACTGAGCTTA-T--------------------------------GCATTTC-TTATATTGAATTA-GAATG--T
gi|39 : taatttcttaaaatttcatgaagagattttttttttttataatgctttatttctgtgttgcatatatatcatattacatacTTC-ATGAAGAGATTTGATTTCAGCAATGTAAATATGTTGTTCTTA-GACTGAACTTA-TGCAT---TTt
gi|7 : ctaaaaagtatatcatgaaacTC-TTATTTTGAATTA-GAATA--TTTAAAGT-ATT-AGAAATAAAAAGGGGG------TC--TCTTTGGAGAA--AAT-TT---C-AAAAA------TAAAT-T-G-----A-A----------TGCA--TTTC-T--CAAAAG---TCAAATAA---CT--T-----GTATGT--AC------------------------TTATT-GAATG-TA--C----GT-A--------------TA-TTGAC--A------A---------------------AT--------------A--C-T--------TC------CATT---TTC----TA----T-----TG-----GT----A----GT--------GAGTTGG---GGT-GAT---ACGA-AA----G-AGA-AAT-------GATA----AT--AG----ACAATG-AA-A--TA--CTCT-TAAAA-----TT----C-----TATGTG-TTGGTATAAT-----GTATAT-AAT-GC-A--------TGTATTGAGC-ATC-------A-CCA-GAACTGTT---T--T----AGTATTTAAT-TGA-TTCA-TTATTTTTT-A-AAAG-GAA--CAT---TTT-AAA----------T--A----A---A-A-------------A-----------------AAATGATATTATAATA--G---GTG-ACA-A--------A-----T-----AG---ACTACT-TC---ATTTT-GG-T-TT-AATCT-GAG-GAAA-----------T-C-----TGTT-GT-T------TT-TT---C---CAT--TA--TAC----ATGTATATT--A----TG--T-G---TTCC--GC-----G--GGT--GGTcttagattgaac
gi|3 : acaA-AGAAATTATTGGGGGGGGGA-TTG--TCCTTG-AGTGT-ACT-TTT--C-AGAAA------AACAT-G-A-----A-AAC-A------TGCAATTTTTGT--CAA--C---AGGGAGAC---AT--TAATGATTATGT--ACCTT---------A--------TTTTTATT-AAATGTTAACC----AT-A--------------CG-T--GCGAA------T---------------------AC--------------
gi|37 : GGGTGGGCGTCCCTCTTTGGAGTGT-AAT-TT---CCAAAAA------CAAAT-T-ATTTAAA-A-C-ACCTGCTTGCA--TT------CAA--G---TGAACTAA---CT--T-----TTATGT--ACCTT---------A--------gagagagagagaagagcgataatatatgatcaatataatattatccatttctggccgattctagcgagagtttacacgaatctcggaagggatcagaattcaagagataatgctgatgcaatgaaatacttttgaaaaatggattataccggtgattatacatgttaattggaagtacatgaatactacaataacttgattaagtattgacaagcatccagtaatgtttttaaggggattaacttgatttcatttaataaggtaatacattttgcaagaaaaaaaatttatataagtatactattgtatatgacccaatgacaacttattctgggttcaatctgaaaagttctgtgttttctcatttatatttggtgtgccctgcgtatggggaggtatgtagtccggataaggacagttc
gi|15 : ggcaaa-GTC--TCTTTG-AGCGT-G-T-TT---C-AAAAAA-----CAAAT---G-----A-A-C-A------TGCA--TTTT-T--CAA--G---TGAAATAA---CT--T-----TTATGT---CCTT---------A---------TTTTATT-GAAT--TA--C----AT-A--------------CATT--GC--A------TATGATATTATAAATAATAATAAC--------------A--TAT--------TC------CA-T---TTC----TG----T-----CG-----AT----GGGA-GT--------GGG--GAT--GGG-GAT---TAGA-AC----G-ATA-AAT-------GC-----------A----ACAATG-A-------------------------T----C-----T-TATA-ATG-TA----TTG--GTATAT-AAT-GT-T--------T
gi|9 : gctTC--T-TTTGGAGAAT-A-T-TT---A-AAAAAAAAAAACGAAG-T-A-----A-A-C-ACCA---TACA--TTTT-T--TAA--AAAATAAAATGA---CA--T-----CTATGT--ACATTTACATTTTGA--------TTTTCAGT-GAATG-TA--TGATTAT-T--------------CA-T--GA--A------T---------------------AT--------------T--T-T--------CC------CCTT---TTC----TG----T-----gt
gi|8 : CTTTGGAGAAT-A-T-TT---A-AAAAAAAAAAACGAAG-T-A-----ACA-CCA------TACA--TTTT-T--AAA--A---ATAAATAC---A---T-----CTATGT--ACATTTACATTTTGA--------TTTTCAGT-GAATG-TA--TGA--AT----------------TA-T--TC--A------T---------------------GA--------------AATT-T--------TC------CCTT---TTC----TGTATAT-----CC-----ATTTA-CT---GTTG------GGG--GG---GGG-GGTCTCTACATTC------------T-------ACTG----ATTGAG----ACAAT--------CA--CTTC-----A-----TT----C-----TATAT-----CCATTATTT----T-CAC-AAT-----------------TTAAGTCATC-------A-CCA-G-AATGTTAA-TTAT----AATATTTGAT-TGA-TTCAGTAAATTTAT-T-AAAG-CAA--CATATCTTT-CAA----------T--T----A---A-AAAAAAAT------A-----------------C-------------TA--G---ATG-ACC-AAATG----A-----T-----AA---ACAA---T-----TTCT-GG-C-TT-AATCT-GAG-AAAG-----------T-C-----TG--------------T-TT---CGTTCAT--TA--T------------ATA--G----TG--T-G---TCTC--AC-----A--TGG--TAT-----T------AGT--CCGA-AAGGACAGTTatatccatttactgttgggggggggggggggggtctctaaacattctactgattggtatatagtttacattaagcatcaccagaatgttaattataatatttgattgattcagtaatttattaaagcaacattttcaatttaaaaaaatatactagatgaccaaatgattaaacaatttctggcttaatctgagaaagtctgtttcgttcattatatagtgtgtctcacaatgggtattagtcctgaaaggacagt
gi|30 : GTGT-A-T-TT---C-AAAA-------CAATT-TTA-----G-A-C-G------TGCA--TTTT-T--CAA--G---TGAAATAA---CT--T-----TTATGT--ACCTT---------A--------TTTTTATT-GAATG-TA--C----AT-A--------------CA-T--GC--A------T---------------------ACGTATGTCAATGAATA--T-T--------TC------CATT---TTc
gi|10 : TTTTATT-GAATG-TA--C----AT-A--------------CA-T--GC--A------T---------------------AT--------------G--T-T--------TC------CATT---TTC----TG----T-----CG-----ATAGGGGA---GT--------GGG--GGTG-GGG-GAT---CAGA-AC----G-AGA-AAT-------GC-G----AT--AA----ACAATG-AA-A--TA--CTTT-GAAAA-----TT----C-----T-TATA-ATGT----ATT-G--GTATAT-AAT-GT-T--------TGTATTGAGC-AT--------ATCCA-GTAATG---------------------AT-TGA-TTCA-TTAATTTTT---AAAG-GAA--CAT---TTT-CAA----------T--A----A---A-A-------------AAAATGATATTATA----C-------------TA--G---ATT-ACC-A--------G-----T-----AG---AC-G---TCTTCATTCT-GG-T-TT-AATCT-GAG-GATG-----------T-C-----TG-G-GG-T------TT-TT---C---CAT--GA--TA-----T-----ATT--G----TG--T-G---CCCT--GC-----G--GGG--GGT--AT-T------AGTC-CCAA-AAGGACAGTTtgg
gi|28 : aTTTATT-GAATG-TATAC----AT-AGAGGC---------TA-T--AC--G------T---------------------AT--------------A--T-CCAGATCAATC------CATT---TTCCCATTT----T-----CA-----GT-----T---GTTA------GGG--AGT--GGG-GAA---TCGA-AC----GCAGA-AAT-------GCTG----A----ATCTTACAATG-AA-A--TA--C-TT-GAAAA-----c
gi|3 : cG--GA---AGG-GAT---CAGA-ATTCAAG-AGATAAT-------GCTG----AT--G------CAATG-AA-A--TA--CTTTTGAAAAATGGATTATACCGGTGAT-TATACATGTTA--ATTGGAAGTACATGAAT-AC-TACAATAACTTGATTAAGT-ATTGACAAGCATCCA-GTAATGTT---T--TTAAGGGGATTAACT-TGATTTCA-T----TTAA-T-AAGG-TAATACAT---TTTGCAAGAAAAAAAATT--T----ATATA-AGTAT---------A-----------------C-------------TATTGTATATG-ACCCA--------A-----T------G---AC-AAC-TT---ATTCT-GGGT-TC-AATCT-GAA-AAGT-----------T-C-----TG-T-GT-T-------T-TC---T---CAT--T---TA-----T-----ATTTGG----TG--T-G---CCCT--GCGTATGG--GGA--GGTA-TG-T------AGTC-CGGATAAGGACAGTT
gi|11 : aagaaattattgggggggggattgtccttgagtgtacttttcagaaaaacatgaaaacatgcaatttttgtcaacagggagacattaatgattatgtaccttatttttattaaatgttaaccatacgtgcgaatacgagagagagagaagagcgataatatatgatcaatataatattatccatttctggccgattctagcgagagtttacacgaatctcG---AGG-GAT---CAGG-AC----A-AGA-AAT-------TATA----AT--AA----ACAGTG-AA-A--TATACTCT-GAAA------TT----G-----T-TATG-----TAT-----G--GTATAT-AA--GTAT--------TGTATTGAGC-ATC-------A-CCT-GTAATGTT---T--T----AGTATTTAAT-GGA-TTCA-TTAATTTCT-C-AAAG-GAA--CAT---TTT-CAAT---------T--T----A---A-A-------------AAAAAAAAATGATATTATC-------------TA--G---ATG-ACC-A--------A-----T-----AT---AC-AACTTC---ATTCT-GG-TATA-AATCT-GAT-GAAG-----------T-C-----TA-GCGT---------T-TT---T---CAT--TA--TA-----T-----ATT--G----TG--T-G---TTCC--G------A--GGG--GGT--AT-T------AGTA-CCGA-AGGGCCAGTTc
gi|13 : TA----AT--AA----ACAGTGCAATA--TA--CTCT-GAAA------TT----G-----T-TATG-----TAT----TG--GTATAT-AA--GTAT--------TGTATTGAGC-ATC-------A-CCT-GTAATGTT---T--T----ATTGTTTAATGTA--TTCA-TTAATTTCT-C-AAAG-GAA--CAT---ATT-CAA----------T--T----A---A-AAAAATGATATTATA-----------------C-------------TA--G---ATG-ACC-A--------A-----T-----AGACAAC-A---TC---AGTCT-GG-T-AT-AATCT-GAT-GAAA-----------T-C-----TA-G-CT-T------TT-TT---T---CAT--TA--TA-----T-----ATT--G----TG--T-G---CACC--GTA----G--GGG--GATG-TA-T------TATT-CCGA-AGGACCAGTTcta
gi|4 : ATATG--GTATAT-TTT-GT-T--------TGCATTGAAC-ATC-------A-TCA---AA---------------AATAT-------A--TTCA-TAAGCTATT-T-AAAG-CAA--CAT---TTT-CAA----------T--TTATGA---A-AAAAATTAATAT--A-----------------C-------------CA--G---ATG-ACC-A--------ATTGATT-----AG---AC-A---AC----TTTT-GG-T-TT-AATTG-GTG-GAAA-----------T-C-----TG-T-TT-G------AT-T--------CAT--T------------------------------T-G---CCCG--GG-----GGAGGG--GGTG-GGCATGTATTAGTC-CCAG-AAGGActg
gi|9 : aaaaagtacatatcttaaaaattcatgaagagatttgatttaaatattttaattacattgttcttcaataaaacccactgcatttctgaaactgaacttatgcatttctaattttagattagaacattcaaagtcatagaaaaaaaggggggtggggtgaagaatatttcaaaatcaaattatacatatttttaaaaagtaaaaacaatttgaattttagtgaatgttcgaatatttaggattttttccattatatgcatatccattttctgttggggaaaaggggggggggggggggnnnnntttatttagtggtTTG--GTATAT-A---GT-T--------TACATTAAGC-ATC-------A-CCA-G-AATGTTAATTA-T----AATATTTGAT-TGA-TTCA-GTAATTTAT-T-AAAG-CAA--CAT---TTT-CAAT---------T--T----A---A-AAAAATAT------A-----------------C-------------TA--G---ATG-ACC-A--------AATGATT-----AA---ACAA---T-----TTCT-GG-C-TT-AATCT-GAG-AAAG-----------T-C-----TG--------------T-TT---CGTTCAT--TA--T------------ATA--G----TG--T-G---TCTC--AC-----A--ATG--GGT--AT-T------AGTC-CTGA-AAGGACAGTtgtgctcgttaatgataatt
gi|14 : tcttttggagaatatttaaaaaaaaaaaacgaagtaaacaccatacattttttaaaaaataaaatgacatctatgtacatttacattttgattttcagtgaatgtatgattattcatgaatattttccccttttctgtatatccatttactgttgggggggggggggggggtctctaaacattctactgaT-GC-T--------TTCGTT---T-A---------A-CCA-GTCAAAAT---T--T----GGTCGTAAAT-CA--T--A-TGAGTTTTA-T-ATAG-GAA--AAA---ATT-AAAGTG-------T--T----AT--A-A-------------G-----------------CATATAA-------TA--T---ATT-ACC-ATGTTGATTA-----TG----AA---AC-T---TC---AGTTT----T-TG-AATCTTGAT-GAAA-----------T-C-----TG-T-AT--------GT-GT---T---CAT--TA--TA------------TTA-G----TG--T-G---CCCCTTG------G--GGG--GGTA-TT-T------AGTC-CCGA-AGGAACAGTT
gi|22 : gATGCA---T--T----AGTGC---AT-CG--TCCA-CAAATCCTC-T-ATAA-GAA--TAA---T-----A----------T--T----A-------------------------------------C-------------TA--T---ATTTACC-ATTG-----A-----TT----AC---AC-A----A---ATTCT-G----TT-AATCT-GAG-AAAA-----------T-C-----TG-T-TC-T------GTGTT---T---CAT--TA--TG-------------T--A----TG--T-G---CCCC--GC-----G--GGG--G-TA-TT-A------AGTC-CTGA-TAGGACAGTTctaggttgaatacaaatcttaccaataattttaaa
gi|16 : tgtT-TG--T-CA-CGAACTCCTCT-AAA---AA--CAA---T----AA----------T--T----A---ATA-------------G-----------------C-------------TT--T---ATT-ACC-ATTG-----A-----TTT---AG---AC-A---AA---CTTCT-GT-TGCT-AGTCT-GAGCAAAA-----------A-C-----TG----T-T------GTGCT---C---CATG-TA--TG-----T-----ATT--G----TG--------CCCC--GC-----G--GGGTTATTA-AA-A--------TC-CTGA-AAAGACAGTTca
gi|29 : aatgtataacattggtgggA--CAT---TTT-CAA----------T--T----A---A-A-------------A-----------------C-------------TA--G---ATG-ACC-A--------A-----T-----AG---AC-ATCTTC---ATTCT--G-T-T---ATCT-GAG-GAAG-----------T-C-----TG-G-GT-T------A--TT---C---CAT--CA--TA-----A-----ATT--G----TG--TGG---CCCC--GT--------GGG--GGT---A-T------AGTC-CCGA-AAGGACAGTTctagtt
gi|26 : AT---CTTACAA----------T--G----A---A-AT------------A-----------------C-------------T--------TG-AA--A--------A-----T-----AG---AC-A---TCTT-CTTCT-GG-T-TTTAATCT-GA--GAAG-----------T-CGGCGGGG-G-GT-CCATACAAT-T--------CAT--TA--TA-----T-----ATT--G----TG--T-GCTCCCCC--GC-----G--GGG--GGGG-GG-GGGTATTAGTC-CCGA-AAGGATAGTTctag
gi|20 : A----------T--T----A---A-C-------------A-----------------C-------------TA--G---ATG-ACC-A--------A-----T----------TC-A---TC---ATGCA-GA-C-----ATCT-GAG-GAAG-----------T-C-----TG-T-TT-T------GT-T--------CATAGTA--TAGTACGA-----A-C--G----TG--T-A---TCCC--AT-----G--GGT--GGTATTT-A------AGTC-CTGA-AACTATAGTTcta
gi|19 : gcttccatgtgttgtcagcaacttttcctaaacaataatA----------T--T----A---T-AT------------A-----------------T-------------TA--T---ATT-ACC-C--------A-----TTATG-AG---AC-A---AA---CTTCT-G----TT-AATCT-GAG-GAAA-----------T-C-----TT-G-TT-T------GTGTT---T---CAT--TA--TG-----G-----TAG--G----TG----G---CCCC--GC-----G--GGG--ctagt
gi|21 : aatgtatgcattagtgcatcgtcctcaactcctcctttaaag-------------A-----------------C-------------TA--T---ATT-ACC-C--------A-----TTGATTAG---AC-A---AC----TTCT-G--T-TT-AATCT-GAG-AAAA-----------T-C-----TG----T-T------GT-GT---T---CAT--TA--TG-----T-----A----G----TG--T-G---CCCC--GC-----G--GGG--GGT--AT-T------AGTC-CCGA-TAGGACAGTTtattagtccgattaggacattctagt
gi|17 : taatgtatgcattattgtgttgtccacaactcttcctaaacaataatat-------------A-----------------C-------------TA--T---ATT-ACC-C--------A-----TTGATTAG---AC-A---AC----TTC--AG-T-TT-AATCT-GAG-GAAA-----------T-C-----T----GT-T------GT-GT---T---CAT--TA--T------------ATA--G----TG--T-G---CCCC--TT-----G--GGG--GGT--AT-T------AGTC-CCGA-AAGGACAGct
gi|38 : aaaatgttggttgtaaatcatattagttttatataggaaaaaattaaaggtgtataacaatat-------------A-----------------C-------------TA--T---ATT-ACC-C--------A-----TTGATTAG---AC-A---AC---GT-CT-G----TT-AATCT-GAG-AAAAA----------T-C-----TG------T------GT-GT---T---CAT--TA--TG-----T-----A----G----TG--T-G---CCCC--GC-----G--GGG--G
gi|24 : taatat--------A-----T-----AG---A--A----C---ATTCTTAG-T-TT-AGTCT-GAA-AAAA-----------T-C-----TG----T-T------GT-GT---T---CAT---A--TG-----A-----AT---------G--T-G---CCCC--GC-----G--GCG--GTTT-AA---------GTC-CCGA-AAAGACAGTTtattagtccc
gi|23 : tgcgttgtcacactctccaaacaataatatatactatgtattacccgatatgg-----T-----AG---AC-A---AC----TTCT-GG-T-T--AATCT-GAG-AAAA-----------T-C-----TG----T-T------GT-GT---T---CAT--TA--TG-----T-----A----G----TG--T-G---CCC---GC-----G--GGG--GGT------TTT---AGTC-CCGA-TAGGACAGTTctaag
gi|31 : atgtatgcattagtgcattattctacaaccctccataaagaataatatactatatttacccattgat-----T-----AG---AC-A---AC----TTCT-G----TT-AATCT-GAA-AAAA-----------T-C-----TG----T-T------GT-GT---C---CAT--TA--TG-----T-----A----G----TG--T-G---CCC---GT-----G--TGG--GGTA-TT-A-------GTC-CCGA-TAGGACAGTTc
gi|41 : aattatatgcagattacccattgat-----T-----AG---AC-A---AC----TTCT-G----TT-AATCT-GAG-AAAA-----------T-C-----TG----T-T------GT-GT---T---CAT--TA--TG-----T-----A----G----TG--T-G---CCCC--GC-----G--GGG--Gctag
gi|40 : atatactattttaccattgat-----T-----AG---AC-A---AC----TTCT-G----TT-AGTCT-GAG-AAA------------T-C-----CG----T-T------GT-GT---T---CAT--TA--T--------------T--GCAGCTG--T-T---TTTG--GC-----G--GGG--GAT---A-T------AGTCACCGATTAGGACAtattag
gi|34 : acccatgatg-----AG---AC-A--------AGTCT-G----TT-AATCT-GAG-AAAA-----------T-C-----TG-T-GT-T------------------CAT--TA--TG-----T-----TTA--G----TG--T-G---CCCC--GC--------GGG--GGT--AT-T------AGTC-CCGA-TAG
gi|36 : atatactattttacccattgattta-----AG---AC-A---AC----TTCT-G----TT-AAT-T-GAG-AAAA-----------TTC-----TG----T-T------GT-GT---T---CAT--TA--TG-----T-----A----G----TG--T-G---CCC---GC-----G---GG--GGT--AT-T------AGT--CCGA-TAGGACAGTcgagt
gi|44 : atatatttattacccattgatgT-GAG-AAAA-----------T-C-----TG----T-T------GT-GT---C---CAT--TA--TG-----T-----A----G----TT--T-G---CCCC--TA-----G--GGG--GGT--AT-T------AGTC-CCGA-TAGGAC
gi|33 : --GC-----G--GGG--GGTA-TT-A------GGTC-CCGA-TAGGACAGTT
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATTTTTTTTTCATTTATGGAGTTTTTCTAACTTAAAAAAATCATGAAGATTTAAACATTGTAAAAAGTAGATAAATTGTTTTTGAATAGATTGATGTATTTTATATATCTAGAACATTTAAAGTATCAAAAGTAAAGGGTGTTTAACTAAACCTTTGAAGAATATTTCAAAAACACNCGAGATAGAGGTATTTTACTGTATTTCAAAAACAAGTCAAGCAACAACATTTAGGTACCTTACAATTCGATTTTAGTCAATGTA
Unaligned ( gi|27 ): TTTGGAGAATATTTCAAAAACAACTTAAATGTTAAATGTTTACATTTAAAAAAAAACTCATAGCACCTATATACCTTACATTTTGATTTTTAGTGAATGTTCTTGTAGTGATGTTAAATATTTTGTCGTTTTCAGT
Unaligned ( gi|42 ): GGTATATTTTACCAACATATGTACCATTGTCAAATTTGCTGCTGAGGGGTATTAGTCCCTTTGAGGACAATTCTAGTC
Unaligned ( gi|43 ): AATTTTTATATTGAGCAGCATTTCTAAATCATGCATGCTAGGGGGCTGTATATCACAATATCCATTTTTGGCC
Unaligned ( gi|45 ): GTAGAAGGTATTAGTCCCGATAGGACAGCTCTAGT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111111 55555555555555555555555555 22222 111111 222222 3333333333333333 1111111 1111111111 111111 44444444444444444444444444 11111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222222 111111111111111 4444444444444444444444444444444444444 2222222222222222 1111111111 1111111111 000000000000000000000000000000000 22222222222 333333333 1111 22222222222222222222222 2222222 111111
lowQualScore : 0 1 3 1 1111111 22 1 1 4 777 77777777777777777777777777 4 4 4 55 2 66 1 44 00000 44 6666 1 999999 888 3 000000 666 77777 3 2222222222222222 44 8888888 3333333333 444444 3 3 88888 3 44 22222222222222222222222222 1 2 555 66 33 44444 3 3 77777 3 88 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55 44 555 77 3 2 111111 3 888888888888888 44 7777 3 4444 44 1 3 5555555555555555555555555555555555555 44 1111111111111111 6 444 555 3 3 3 5 1 5555555555 1 2 1 55 44 44 33 444 5 7777777777 33 88888888 333 2 222222222222222222222222222222222 555555 2 2 333 33333333333 1 000000000 222 1 0000 1 1 22 66666666666 1 1 1 99999999999999999999999 33 555555 2 5555555 1 11 1 222 11 111111 4444444 7777777777 1 1 66 1 1 55
lowQualScore : . . . . ....... .. . . . ... .......................... . . . .. . .. . .. ..... .. .... . ...... ... . ...... ... ..... . ................ .. ....... .......... ...... . . ..... . .. .......................... . . ... .. .. ..... . . ..... . .. ............................................................................................................................. .. .. ... .. . . ...... . ............... .. .... . .... .. . . ..................................... .. ................ . ... ... . . . . . .......... . . . .. .. .. .. ... . .......... .. ........ ... . ................................. ...... . . ... ........... . ......... ... . .... . . .. ........... . . . ....................... .. ...... . ....... . .. . ... .. ...... ....... .......... . . .. . . ..
lowQualScore : 9 4 6 0 8888888 88 6 4 0 000 11111111111111111111111111 0 0 0 55 0 00 0 66 88888 66 5555 4 000000 555 1 888888 555 77777 1 1111111111111111 22 5555555 4444444444 222222 1 1 55555 1 22 33333333333333333333333333 4 9 000 88 99 22222 1 1 77777 1 55 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 00 66 444 33 1 4 111111 6 999999999999999 66 1111 3 9999 22 9 1 0000000000000000000000000000000000000 22 5555555555555555 2 444 888 3 3 3 5 1 4444444444 1 9 0 99 99 77 77 444 0 2222222222 11 11111111 999 2 222222222222222222222222222222222 000000 0 0 333 55555555555 4 333333333 555 4 8888 4 3 77 33333333333 3 3 3 11111111111111111111111 22 222222 7 9999999 3 88 3 333 88 444444 1111111 7777777777 2 3 11 3 3 00
consensus : TTTCTTTAAAAATTCATGAAGAGATTTGATNTAAATATTGTAAA-------TACATTGTTCTTTGACTGAGCTTA-TGCAT---TTA---TG-------------G-------CATTTC-TTATTTTGAAT-TA-GAATA--TTTAAAGTA-TTAGAAATAAAGGGGGGGNGG-GTC--T----CTTTGGAGNAT-AATTT---C-AAAAA------CAAAT-T-A-----A-A-C-A------------TGCA--TTTT----T--CAA--G---T---GAAA------TA-A-CN----TTTA-TGT--ACCTT---------A--------T-------TTTTATT-GAA---TG--TA--C-----A-T-A-----CA-T--GCA------T--------------AT-AT---------------------T---------------TC------CA---------------TT---TTC----TGT----CG-----AT----GG---GT--GGG--G---G--GGG-GATCAGAAC----G-AGA-AAT-------GCTG----AT--AA----ACAATG-AA-A--TA--CTCT-GAAAA-----TT----C-----T-TATG-ATGTTAT-ATTTG--GTATATAA--------------T-GT-TT--GTATTGA---G-CATCA-CCA-GTAATGTT---T-T----AGTATTTAATTGATTCA-TTAA-TTTTT-TAAAG-GAA--CAT---TTT-CAA----------T--T--------A---A-A---------------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----AGAC-A---AC---AT---TCT-GG-T-TT-AATCT-GAG-GAA-----------A-TC-T-G---G----T-T-GT-N-------TTCAT--TA------T-GTAT---T--G-TG--T-GC---CCC--GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-AAGGACAGTT
Reference ( family-377 ) : TTTCTTTAAAAATTCATGAAGAGATTTGATNTAAATATTGTAAA-------TACATTGTTCTTTGACTGAGCTTA-TGCAT---TTA---TG-------------G-------CATTTC-TTATTTTGAAT-TA-GAATA--TTTAAAGTN-TNAGAAATAAAGGGGGGGNGGGGTC--T----CTTTGGAGCGT-AATTT---C-AAAAA------CAAAT-T-A-----A-A-C-A------------TGCA--TTTT----T--CAA--G---T---GAAA------TA-A-CT----TTTA-TGT--ACCTT---------A--------T-------TTTTATT-GAA---TG--TA--C-----A-T-A-----CA-T--GCA------T--------------AT-AT---------------------T---------------TC------CA---------------TT---TTC----TGT----CG-----AT----GN---GT--GGG--G---G--GGG-GATCAGAAC----G-AGA-AAT-------GCTG----AT--AA----ACAATG-AA-A--TA--CTCT-GAAAA-----TT----C-----T-TATG-ATGTTAT-ATTTG--GTATATAA--------------T-GT-TT--GTATTGA---G-CATCA-CCA-GTAATGTT---T-T----AGTATTTAATTGATTCA-TNAA-TTTTT-TAAAG-GAA--CAT---TTT-CAA----------T--T--------A---A-A---------------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----AGAC-A---NC---AT---TCT-GG-T-TT-AATCT-GAG-GAA-----------A-TC-T-G---G----T-T-GT-T-------TTCAT--TA------T-GTAT---T--G-TG--T-GC---CCC--GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-AAGGACAGTT
gi|1 : TTCTTAAAGATTTTATGAAGAGATTTGAATTAATTCGTGTAAT-------TGCATTGT-ATTGGACTGAAGTAT-TGCAC---TAA------------------G-------CTTTTC-TTATTTTGAAT-TATAAATA--TT-AAAGTA-TTAAGAATA----GGGGGGGGTGTT--C----CTTTGGAGTGTTAATTTTCAC-AAAAA------CAAATGT-A-----A-ATC-A------------TGCA--TTT--------CAAT-G---T---GATT------TACA-CCCTCGTTTA-TGTTTACCTT---------A--------T-------TTTTATTAGTC---TG--TA--C-----A-TGA-----CA-TTCGCAGAACCGT--------------AT-AT---------------------T---------------TCAAAATATA---------------TTCCATTC----TGT----TG-----ATAGGGGA---GT--GGG--T---G--GGGTAATCAGAACTCGAA-AGA-AATTTGTGGTGCGGGGGTAT--AA----ACAATG-GA-AGATA--CTTT-GAAAA-----TC----T-----T-TACG-AATTGGT-ATTTG--G-GTATAA--------------TTGT-TT---TATGGA---G-TATTAACCAAGTAATTGT---T-T----AGTATTTAATTGATCCA-TGA---TTTT-TAAGG-AGA--TAT---TTT-CAAAT--------T--T--------A---A-A---------------AAAAAA------------TTA--T---ATATACT-A---A-----TGA---ATAC-A---CTTCTAT---TCT-GG-T-T--AATCT-GAG-GAA-----------G-TC-G-G---G----TAT-AT-T-------TCCAT--TA------T-AAAT---T--G-TGATT-GC---C----GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-AAGGACAGTT
gi|10 : acgtttcttgattaattttctacatttcattttatatcactatatgagagttgattgtgtttgagtacgagatcaatgcaagggttgtactggattttcatattatgagatcaaattttctcgccaatttaactttttttcccttattttacttaagtcatattgccgattatataacctgtgaaataa-------TTTTATT-GAA---TG--TA--C-----A-T-A-----CA-T--GCA------T--------------AT-GT---------------------T---------------TC------CA---------------TT---TTC----TGT----CG-----ATAGGGGA---GT--GGG--G---GTGGGG-GATCAGAAC----G-AGA-AAT-------GC-G----AT--AA----ACAATG-AA-A--TA--CTTT-GAAAA-----TT----C-----T-TATA-ATGT----ATT-G--GTATATAA--------------T-GT-TT--GTATTGA---G-CATAT-CCA-GTAATG--------------------ATTGATTCA-TTAA-TTTTT--AAAG-GAA--CAT---TTT-CAA----------T--A--------A---A-A---------------AAAATGATATTATA----CTA--G---ATT-ACC-A---G-----T-----AGAC-G---TCTTCAT---TCT-GG-T-TT-AATCT-GAG-GAT-----------G-TC-T-G---GGG--T-T--T-T-------TCCAT--GA------T-ATAT---T--G-TG--T-GC---CCT--GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCAA-AAGGACAGTTctagt
gi|11 : a---G--AGG-GATCAGGAC----A-AGA-AAT-------TATA----AT--AA----ACAGTG-AA-A--TATACTCT-GAAA----------------------T---TGTTAT-GTATG--GTATATAA----------------GTATT--GTATTGA---G-CATCA-CCT-GTAATGTT---T-T----AGTATTTAATGGATTCA-TTAA-TTTCT-CAAAG-GAA--CAT---TTT-CAAT---------T--T--------A---A-A---------------AAAAAAAAATGATATTATCTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----ATAC-AACTTC---AT---TCT-GG-TATA-AATCT-GAT-GAA-----------G-TC-T-A---G----C-G-TT-T-------TTCAT--TA------T-ATAT---T--G-TG--T-GT---TCC--G------AGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TA-CCGA-AGGGCCAGTTc
gi|12 : CTTAAAAAAATCATGAAGA-------TTTAAACATTGTAAAAAGTAGATAAATTGTT-TTTGA--------A-TAGAT---TGA---TG---------------------TATTTT-ATAT-----ATCTA-GAACA--TTTAAAGTA-TCAAAAGTAAAGGGTGTTTAA---C--TAAACCTTTGAAGAAT--ATTT---C-AAAAA------CACNC-G-A-----G-A-T-AGAGGTATTTTACTGTA--TTTCAAAAA--CAA--G---TCAAGCAA------CA-A-CA----TTTA-GGT--ACCTT---------A--------CAATTCGATTTTAGT-CAA---TG--TA--cta
gi|13 : atttttttttcatttatggagtttttctaaTA----AT--AA----ACAGTGCAATA--TA--CTCT-GAAA------TT----G-----T-TATG-------T-ATT-G--GTATATAA----------------GTATT--GTATTGA---G-CATCA-CCT-GTAATGTT---T-T----ATTGTTTAATGTATTCA-TTAA-TTTCT-CAAAG-GAA--CAT---ATT-CAA----------T--T--------A---A-AAAAATGATATTAT--A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----AGAC-A---AC---ATCAGTCT-GG-T-AT-AATCT-GAT-GAA-----------A-TC-T-A---GC---T-T-TT-T-------TTCAT--TA------T-ATAT---T--G-TG--T-GC---ACC--GT-----AGGG-------GGAT-------GT-AT-T--A--TT-CCGA-AGGACCAGTT
gi|14 : -T-TG-AATCTTGAT-GAA-----------A-TC-T-G---T----A-T-GT-G-------TTCAT--TA------T---AT---TA-G-TG--T-GC---CCCTTG------GGGG-------G----------GT-AT-TT-AG-TC-CCGA-AGGAACAGTTctg
gi|15 : gtgctttcgtttaaccagtcaaaatttggtcgtaaatcatatgagttttatataggaaaaaattaaagtgttataagcatataatatattaccatgttgattatgaaacttcagtttGTC--T----CTTTG-AGCGT-G-TTT---C-AAAAAA-----CAAAT---G-----A-A-C-A------------TGCA--TTTT----T--CAA--G---T---GAAA------TA-A-CT----TTTA-TGT---CCTT---------A----------------TTTTATT-GAA---T---TA--C-----A-T-A-----CATT--GCA------T--------------ATGATATTATAAATAATAATAACATAT---------------TC------CA----------------T---TTC----TGT----CG-----ATGG--GA---GT--GGG--G---AT-GGG-GATTAGAAC----G-ATA-AAT-------GC-----------A----ACAATG-A-------------------------T----C-----T-TATA-ATG-TA----TTG--GTATATAA--------------T-GT-TT--GTctaggttgaatacaaatcttaccaataattttaaa
gi|16 : gctTCA-CGAA-CTCCTCTAAA---AA--CAA---T----AA----------T--T--------A---ATA---------------G-----------------CTT--T---ATT-ACC-ATTGA-----TTT---AGAC-A---AA---CT---TCT-GT-TGCT-AGTCT-GAGCAAA-----------A-AC-T-G--------T-T-GTGC-------TCCATG-TA------T-GTAT---T--G-TG-----C---CCC--GC------GGG-------G----------TT-AT-TAAAA-TC-CTGA-AAAGACAGTT
gi|17 : aatgtataacattggtgggttgA-TTAG-TTTTA-TATAG-GAA--AA---------AA----------T--T--------A---A-AGGTGTATAACAATATA-----------------CTA--T---ATT-ACC-C---A-----TTGATTAGAC-A---AC----T---TC--AG-T-TT-AATCT-GAG-GAA-----------A-TC-T-G--------T-T-GT-G-------TTCAT--TA------T-ATA-------G-TG--T-GC---CCC--TT-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-AAGGACAGctagtt
gi|18 : aaaatgttggttgtaaatcatTTTCTT-AAAATTTCATGAAGAGATTT
gi|18 : taaATACATGAAGAGATTTC-TATAAATATTGTAAA-------TATATTGTTCTTTGACTGAGCTTA-T----------------------------G-------CATTTC-TTATATTGAAT-TA-GAATG--TTtttttttttataatgctttatttctgtgttgcatatatatcatattacatacatacatgaagagatttctataaatattgtaaatatattgttctttgactgagcttatgcatttcttatattgaattagaatgtt
gi|19 : taatttcttaaaatttcatgaagagattttttttttttataatgctttatttctgtgttgcatatatatcatattacatacA----------T--T--------A---T-AT--------------A-----------------TTA--T---ATT-ACC-C---A-----TTATG-AGAC-A---AA---CT---TCT-G----TT-AATCT-GAG-GAA-----------A-TCTT-G---T----T-T-GTGT-------TTCAT--TA------TGGTA----G--G-TG----GC---CCC--GC-------GG-------G----------GT-AT-T--AG-T--CCGATTAGGACA
gi|2 : aatgtatgcattagtgcatcgtcctcaactcctcctttaaagAAAAATTCATGAAGGGATTTCATTTAAACCGTGTAAA-------TACATTGTTCATAGAATGAACTTA-TGCATGTCTTAGACTG-------------AACGTATACATTTC-TTATTTTAAAT---------------AAGTTGTTGGACATAAGGGGGGGGGGG---C--T----CTTTGAAGTAT-A-TTT---C-AAAAC------CAAAT-T-A-----A-G-C-A------------TGCA--TTTT----TAATAA--G---T---AAAA------TA-A-CA----TTTA-TGT--ACCTT---------ACATTCAGAT-------TTTTAGT-GAA---TG--TA--T-----G-T-A-----TA-T--TTA------TGA------------AT-AT---------------------T---------------TC------CATTTCTGTTATATCCATT---TTC----TGT----TC-----TC----CA---AA--AGG--G---G--GGG-GATGTCAAC------AGA-AAT-------TATG----AT--AA----ACAAT--------T---CTCT-GAAAA------T----C-----C-TAT-----TTA----CTG--GTATGT----------------T-GT-TT--ATATTGA---A-CATCA-CTA-GAAATAGT---T-T----AGTATTTAATTGATTCA-TTAGTTTTTT-TAAAG-CAA--CAT---TTT-CAA----------T--A--------A---A-AAAAAATAT-------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---ATTCATT-----AGAC-A---AC----T---TCT-GG-T-TT-AATCA-GAG-AAA-----------G-TC-T-----A----T-T-TT-G-------TTAAT--TA------C-ATA-------G-TG--C-GC---CCC--GC-----AGAG-------G----------GT-AT-T--GG-TC-CCAA-AAGGACAGTttctagt
gi|20 : aggtttttttcccacttatggacatatttatttttctaacttaaaaagtatatcttaaaA----------T--T--------A---A-C---------------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----T--C-A---TC---AT---GCA-GA-C-----ATCT-GAG-GAA-----------G-TC-T-----G----T-T-TT-G-------TTCATAGTA------TAGTACGAAC--G-TG--T-AT---CCC--AT-----GGGT-------G----------GT-AT-TTAAG-TC-CTGA-AACTATAGTT
gi|21 : gcttccatgtgttgtcagcaacttttcctaaacaataat---------------A-----------------CTA--T---ATT-ACC-C---A-----TTGATTAGAC-A---AC----T---TCT-G--T-TT-AATCT-GAG-AAA-----------A-TC-T-G--------T-T-GT-G-------TTCAT--TA------T-GTA-------G-TG--T-GC---CCC--GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-TAGGACAGTTctagt
gi|22 : taatgtatgcattattgtgttgtccacaactcttcctaaacaataatat-----T-----ACAC-A---A----AT---TCT-G----TT-AATCT-GAG-AAA-----------A-TC-T-G---T----TCT-GTGT-------TTCAT--TA------T-GTAT---------G--T-GC---CCC--GC------GGG-------G----------GT-AT-TA-AG-TC-CTGA-TAGGACAGTTct
gi|23 : tgtatgcattagtgcatcgtccacaaatcctctataagaataatattactatatttaccattgat-----T-----AGAC-A---AC----T---TCT-GG-T-T--AATCT-GAG-AAA-----------A-TC-T-G--------T-T-GT-G-------TTCAT--TA------T-GTA-------G-TG--T-GC---CC---GC-----GGGG-------G----------GT-TT-T--AG-TC-CCGA-TAGGACAGTTca
gi|24 : atgtatgcattagtgcattattctacaaccctccataaagaataatatactatatttacccattgat---A-----T-----AGA------AC---AT---TCTTAG-T-TT-AGTCT-GAA-AAA-----------A-TC-T-G--------T-T-GT-G-------TTCAT---A------T-GAAT---------G--T-GC---CCC--GC-----GGCG-------G----------TT--T-A--AG-TC-CCGA-AAAGACAGTTc
gi|25 : tgcgttgtcacactctccaaacaataatatatactatgtattacccgatatggTTTCTT-AAAAATTCATAAAGAGATTTGATATAAATATTGTAAA-------TGCATTGTTTTTTGACAGAGCTTA-TGCAT---TTA---T--------------G-------CATTTC-TTATTTTGAAT-AT-GAATA--TTTAAAGTA-TAAGAAATAA---GGGGGAGGGGTC--T----CTTTGGctaag
gi|26 : aaataAT---CTTACAA----------T--G--------A---A-AT--------------A-----------------CT--------TG-AA--A---A-----T-----AGAC-A---TCTT-CT---TCT-GG-T-TTTAATCT-GAG--AA-----------G-TC-G-GCGGG----G-G-GT-CCATACAATTCAT--TA------T-ATAT---T--G-TG--T-GCTCCCCC--GC-----GGGGGGGGGGGG----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-AAGGATAGTT
gi|28 : TTTATT-GAA---TGTATA--C-----A-T-AGAGGCTA-T--ACG------T--------------AT-AT---------------------CCAGATCAA-------TC------CA---------------TT---TTCCCATTTT----CA-----GT----TG---TT--AGG--GAGTG--GGG-AATC-GAAC----GCAGA-AAT-------GCTG--------AATCTTACAATG-AA-A--TA--CT-T-GAAAA-----cta
gi|29 : cA--CAT---TTT-CAA----------T--T--------A---A-A---------------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----AGAC-ATCTTC---AT---TCT--G-T-T---ATCT-GAG-GAA-----------G-TC-T-G---G----G-T-TA-T-------TCCAT--CA------T-AAAT---T--G-TG--TGGC---CCC--GT------GGG-------G----------GT-A--T--AG-TC-CCGA-AAGGACAGTT
gi|3 : AGAAATTATTGGGGGGGGGATTG--T----CCTTG-AGTGT-ACTTTT--C-AGAAA------AACAT-G-A-----A-AAC-A------------TGCAATTTTTG---T--CAACAG---G---GAGACAT---TA-A-TG----ATTA-TGT--ACCTT---------A--------T-------TTTTATT-AAA---TGT-TAACC-----A-T-A-----CG-T--GCG------A--------------AT-Actag
gi|3 : aG--G---A--AGG-GATCAGAATTCAAG-AGATAAT-------GCTG----AT--G------CAATG-AA-A--TA--CTTTTGAAAAATGGATTATACCGGTGAT-TATACATGTTA--ATTGGAAGTACATGAATACTACAATAACTT-GA-TTAAGTATTGACAAG-CATC---CA-GTAATGTT---T-TTAAGGGGATTAACTTGATT---TCA--TTTAA-TAAGG-TAATACAT---TTTGCAAGAAAAAAAATT--T--------ATATA-AGTAT-----------A-----------------CTATTGTATATG-ACCCA---A-----T------GAC-A---ACTT-AT---TCT-GGGT-TC-AATCT-GAA-AAG-----------T-TC-T-GT--G----T-T--T-T-------CTCAT--T-------T-ATAT---TTGG-TG--T-GC---CCT--GCGTATGGGGA-------G----------GT-ATGT--AG-TC-CGGATAAGGACAGTTcgagagagagagaagagcgataatatatgatcaatataatattatccatttctggccgattctagcgagagtttacacgaatctcggaagggatcagaattcaagagataatgctgatgcaatgaaatacttttgaaaaatggattataccggtgattatacatgttaattggaagtacatgaatactacaataacttgattaagtattgacaagcatccagtaatgtttttaaggggattaacttgatttcatttaataaggtaatacattttgcaagaaaaaaaatttatataagtatactattgtatatgacccaatgacaacttattctgggttcaatctgaaaagttctgtgttttctcatttatatttggtgtgccctgcgtatggggaggtatgtagtccggataaggacagttc
gi|30 : aagaaattattgggggggggattgtccttgagtgtacttttcagaaaaacatgaaaacatgcaatttttgtcaacagggagacattaatgattatgtaccttatttttattaaatgttaaccatacgtgcgaatacgagagagagagaagagcgataatatatgatcaatataatattatccatttctggccgattctagcgagagtttacacgaatctcATTT---C-AAAA-------CAATT-TTA-----G-A-C-G------------TGCA--TTTT----T--CAA--G---T---GAAA------TA-A-CT----TTTA-TGT--ACCTT---------A--------T-------TTTTATT-GAA---TG--TA--C-----A-T-A-----CA-T--GCA------TACGTATGTCAATGAAT-AT---------------------T---------------TC------CA---------------TT---TTc
gi|31 : gtgt-----T-----AGAC-A---AC----T---TCT-G----TT-AATCT-GAA-AAA-----------A-TC-T-G--------T-T-GT-G-------TCCAT--TA------T-GTA-------G-TG--T-GC---CC---GT-----GTGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-TAGGACAGTTtgg
gi|32 : aattatatgcagattacccattgatTTTCTT-AAACATTCATGAAGAGATTT-ATAT--TTATTGTAAA-------TGCTTTGTATTTTGACTGTCTCTA-TGTGG---TTA---AC-------------G-------CATTTTGTTATTTTGGAT-TA-GAATA--Tctag
gi|33 : aaata--GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AGGTC-CCGA-TAGGACAGTTgtttt
gi|34 : atgtatgcattagtgcatcgtccacaactcctcctaaagaattatatgctatatacccattgatagacaactctt-----AGAC-A--------AG---TCT-G----TT-AATCT-GAG-AAA-----------A-TC-T-G----------T-GT-T---------CAT--TA------T-GTTT---A--G-TG--T-GC---CCC--GC------GGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-TAG
gi|35 : atatactattttacccattgatttaTTAAGAATTCATGAAGGGATTTCATTTAAACATTGTAAA-------CACATTGATTTTAGACTGAcgagt
gi|36 : aggtgttttcaacttatggactttttttaaactgaaaaaaaaatg-----AGAC-A---AC----T---TCT-G----TT-AAT-T-GAG-AAA-----------A-TT-C-T---G----T-T-GT-G-------TTCAT--TA------T-GTA-------G-TG--T-G----CCC--GC------GGG-------G----------GT-AT-T--AG-T--CCGA-TAGGACAGT
gi|37 : atatatttattacccattgatgAAAGGGTGGGCG---TCCCT----CTTTGGAGTGT-AATTT---CCAAAAA------CAAAT-T-ATTTAAA-A-C-ACCTGCT------TGCA--TT---------CAA--G---T---GAAC------TA-A-CT----TTTA-TGT--ACCTT---------A--------
gi|38 : ggc---------------A-----------------CTA--T---ATT-ACC-C---A-----TTGATTAGAC-A---AC---GT----CT-G----TT-AATCT-GAG-AAA-----------AATC-T-G----------T-GT-G-------TTCAT--TA------T-GTA-------G-TG--T-GC---CCC--GC------GGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CC
gi|39 : taatatTGAAACTTCATGAAGAGATTTGATTTCAGCAATGTAAA-------TATGTTGTTCTTAGACTGAACTTA-TGCAT---TT
gi|4 : ctaaaaagtatatcaTTAAAAATTCATGAAGAGATTTGATTTAAATATTTTAAT-------TACATTGTTCTTCAATAAAACCCACTGCAT---TTC---TGAAACTGAACTTATG-------CATTTC-TAATTTTAGAT-TA-GAACA--TTCAAAGTC-ATAGAAA-AAAAGGGGGGTGGGG------------TGAAGAAT--ATTT---C-AAAAT------CAAAT-T-A-----T-A-C-A------------T--A--TTTT----TAAAAA--G---T---AAAAACAATTTG-A-AT----TTTAGTGA--ATGTTCGA------A--------T-------ATTTA---GGATTTTT--TC--C-----ATT-A-----TA-T--GCA------T--------------A-----------------------------------------TC------CA---------------TT---TTC----TGT----TGGGGAAAA----GG---GG--GGG--G---G--GGG-Gcttagattgaac
gi|4 : aaaaagtacatatcT-ATATG--GTATATTT--------------T-GT-TT--GCATTGA---A-CATCA-TCA---AA--------------AATAT-------ATTCA-TAAG-CTATT-TAAAG-CAA--CAT---TTT-CAA----------T--TTATGAAAAA---A-ATTAATAT--------A-----------------CCA--G---ATG-ACC-A---ATTGATT-----AGAC-A---AC----T---TTT-GG-T-TT-AATTG-GTG-GAA-----------A-TC-T-G---T----T-T-G--A-------TTCAT--T-------------------------T-GC---CCG--GG-----GGAG-------GGGGTGGGCATGT-AT-T--AG-TC-CCAG-AAGGAgggnnnnntttatttagtggtatatggtatattttgtttgcattgaacatcatcaaaaatatattcataagctatttaaagcaacattttcaatttatgaaaaaaattaatataccagatgaccaattgattagacaacttttggtttaattggtggaaatctgtttgattcatttgcccgggggagggggtgggcatgtattagtcccagaaggatgtgctcgttaatgataatt
gi|40 : aaaaagtacatatcttaaaaattcatgaagagatttgatttaaatattttaattacattgttcttcaataaaacccactgcatttctgaaactgaacttatgcatttctaattttagattagaacattcaaagtcatagaaaaaaaggggggtggggtgaagaatatttcaaaatcaaattatacatatttttaaaaagtaaaaacaatttgaattttagtgaatgttcgaatatttaggattttttccattatatgcatatccattttctgttggggaaaaggggggggggggggggnnnnntttatttagtgg-----T-----AGAC-A---AC----T---TCT-G----TT-AGTCT-GAG--AA-----------A-TC-C-G--------T-T-GT-G-------TTCAT--TAT-----T-GCA-------GCTG--T-TT---TTG--GC-----GGGG-------G----------AT-A--T--AG-TCACCGATTAGGACAtgtgctcgttaatgataatt
gi|41 : acccatgatg-----T-----AGAC-A---AC----T---TCT-G----TT-AATCT-GAG-AAA-----------A-TC-T-G--------T-T-GT-G-------TTCAT--TA------T-GTA-------G-TG--T-GC---CCC--GC------GGG-------G----------GT-AT-T--AG-
gi|44 : atatactattttaccattgatT-GAG-AAA-----------A-TC-T-G--------T-T-GT-G-------TCCAT--TA------T-GTA-------G-TT--T-GC---CCC--TA-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-TAGGAC
gi|45 : -------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-TAGGACAGCT
gi|5 : gtagaaTTTCTTTAAAGATTCATGAAGAGATTTGATATAAATCTTGTAAA-------TGCATTGTATTTTGACTGAGCTTA-TGCAT---TTA---CG-------------G-------CATTTC-TTATTTTGAAT-TA-GAATA--TATAAAGTT-AAAGAAATAAGGGGGGGGAGGGGTC--T----CTTTGGAGTGT-AATTT---C-AAAAA------CAAAT-T-A-----A-A-C-A------------TGCA--TTTT----T--CAA--G---T---GAAA------TA-C-CT----TTTA-TGT--ACCTT---------A--------T-------TTTTATT-GAA---TG--TA--C-----A-T-A-----CA-T--GCA------T--------------AC-AT---------------------T---------------TC------CA---------------TT---TTC----TGT----CG-----AT----GT---GT--GGG--G---G--GGG-GATTAGAAC----G-AGA-AAT-------GCTG----AT--AA----ACAATG-AA-A--TA--CTTT-GAAAA-----TT----C-----T-TATA-ATGTTATCATTTG--GTATATAA--------------T-GT-TT--TCATTGA---G-TAT-A-CCA-GTAATGTT---T-T----AGTATTTAATTG-TTCA-TGAA-TTTTT-TAAAG-GAA--CAT---TTT-CAA----------T--T--------A---A-A---------------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----AGAC-A---TC---AT---TCT-GG-T-TT-AATCT-GAG-GAA-----------G-TC-TGG---G----T-T-AT-T-------TCCAT--TA------T-AAAT---T--G-TG--T-GC---CCC--GC-----GGGG-------G----------GTAAA-A--AG-TC-CCGA-AAGGACAGTTctagt
gi|6 : TTTAAAA-TTCATGA---GATTTGATATGAATATTGTAAA-------TAAATTGTTCTTTTACTGAGCTTA-TGCAA---TTA---TG---------------------CATTTT-GTATTCTGAAT-TA-GAATAATTTTAAAGTA-TTAGAAATAAAGGGGGATA----TC--T----C---GGAGAAT-A--TG---T-AAAAA-------AAA----A-----A-A-C----------------CA--ATTT---------------------AAA------CA-AACT----TTTA-TGT--ACCTT---------A--------T-------TTCTATT-GAA---TA--TA--C-----A-T-G-----T--T--G-----------------------AT-A----------------------------------------------------------------------------GT----AG-----GG----GG---GT--AGG--G---G--TG---ATCAAAAT----G-ACA-AAT-------GATA----AC--AA----ACAATG-AA-A--TA--CTCT-GAATA-----TT----C-----T------ATGT----ATT-G--GTATATAA--------------T-GT-TG--GTATTGA---G-CATCA-TCA-GTAATGTT---T-T----AGCATTTAAT-----CA-CTAA-TTTTT----AGTGAA--CTT---TTT-CAA----------TAAT--------A---A-A---------------AGAATGGTATTTTA----CTA--G---ATA-ACC-A---A-----T-----AGAC-A---ACTTCAT---TCT-TG-T-TT-AATTT-GAG-GAAGGCATGTTTGTA-TT-T-G---GGTTTT-T-TT-T-------TCCAT--TA------T-ATAT---T--G-TG--T-GC---CCC--AT------TGG-------G----------GT-AT-T--AG-TA-TCGA-AAGGACAGTT
gi|7 : TC-TTATTTTGAAT-TA-GAATA--TTTAAAGTA-TTAGAAATAAAAAGGGGG-----TC--T----CTTTGGAGAA--AATTT---C-AAAAA------TAAAT-T-G-----A-A----------------TGCA--TTTC----T--CAAAAG---T---CAAA------TA-A-CT----TGTA-TGT--AC-------------------------------TTATT-GAA---TG--TA--C-----G-T-A-----TA-TTGACA------A--------------AT-AC---------------------T---------------TC------CA---------------TT---TTC----TAT----TG-----GT-----A---GT--GAGTTG---G--GGT-GATACGAAA----G-AGA-AAT-------GATA----AT--AG----ACAATG-AA-A--TA--CTCT-TAAAA-----TT----C-----TATGTG-TTGGTAT-AAT----GTATATAA--------------T-GC-AT--GTATTGA---G-CATCA-CCA-GAACTGTT---T-T----AGTATTTAATTGATTCA-TTAT-TTTTT-AAAAG-GAA--CAT---TTT-AAA----------T--A--------A---A-AAAAATGATATTAT--A-----------------ATA--G---GTG-ACA-A---A-----T-----AGACTACT-TC---AT---TTT-GG-T-TT-AATCT-GAG-GAA-----------A-TC-T-GTT-G----T-T-TT-T-------TCCAT--TATACATGT-ATAT---T--A-TG--T-GT---TCC--GC-----GGGT-------G----------GT-cgtt
gi|8 : aca----CTTTGGAGAAT-A-TTT---A-AAAAAAAAAAACGAAG-T-A-----ACA-CCA------------TACA--TTTT----T--AAA--A---A---TAAA------TA---CA----TCTA-TGT--ACATTTACATTTTGA--------T-------TTTCAGT-GAA---TG--TA--TGAATTA-T-T-----CA-T--GAA---------------------AT--T---------------------T---------------TC------CC---------------TT---TTC----TGTATATCC-----AT----TTACTGTTGGGG--G---G--GGG-GGTCTCTAC-----------ATTCT----ACTG----ATTGAG----ACAAT--------CA--CTTC-----A-----TT----C-----TATATC--CATTAT--TTT------CACAA--------------T-----------TTAA---GTCATCA-CCA-G-AATGTTAATTAT----AATATTTGATTGATTCAGTAAA-TTTAT-TAAAG-CAA--CATATCTTT-CAA----------T--T--------A---A-A---------------AAAAAATA----------CTA--G---ATG-ACC-A---AATGA-T-----AAAC-A---AT----T---TCT-GG-C-TT-AATCT-GAG-AAA-----------G-TC-T-G---T----T-TCG----------TTCAT--TA------T-ATA-------G-TG--T-GT---CTC--AC-------AT-------G----------GT-AT-T--AG-T--CCGA-AAGGACAGTT
gi|9 : TC--T-----TTTGGAGAAT-A-TTT---A-AAAAAAAAAAACGAAG-T-A-----A-A-C-ACCA---------TACA--TTTT----T--TAA--AAAAT---AAAA------TG-A-CA----TCTA-TGT--ACATTTACATTTTGA--------T-------TTTCAGT-GAA---TG--TA--TGATT-A-T-T-----CA-T--GAA------T--------------AT-TT---------------------TCCCCTTTTCTGTATATC------CA---------------TT---TAC----TGT----TG-----GG----GG---GG--GGG--G---G--GGG-GGTCc
gi|9 : --CTCT-AAACA-----TT----C-----T-ACTG-AT---------TG--GTATATA-----------------GT-TT--ACATTAA---G-CATCA-CCA-G-AATGTTAATTAT----AATATTTGATTGATTCA-GTAA-TTTAT-TAAAG-CAA--CAT---TTT-CAAT---------T--T--------A---A-AAAAATAT--------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---AATGATT-----AAAC-A---AT----T---TCT-GG-C-TT-AATCT-GAG-AAA-----------G-TC-T-G---T----T-TCG----------TTCAT--TA------T-ATA-------G-TG--T-GT---CTC--AC-----AATG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CTGA-AAGGACAGTtctaaacattctactgattggtatatagtttacattaagcatcaccagaatgttaattataatatttgattgattcagtaatttattaaagcaacattttcaatttaaaaaaatatactagatgaccaaatgattaaacaatttctggcttaatctgagaaagtctgtttcgttcattatatagtgtgtctcacaatgggtattagtcctgaaaggacagt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TTTGGAGAATATTTCAAAAACAACTTAAATGTTAAATGTTTACATTTAAAAAAAAACTCATAGCACCTATATACCTTACATTTTGATTTTTAGTGAATGTTCTTGTAGTGATGTTAAATATTTTGTCGTTTTCAGT
Unaligned ( gi|42 ): GGTATATTTTACCAACATATGTACCATTGTCAAATTTGCTGCTGAGGGGTATTAGTCCCTTTGAGGACAATTCTAGTC
Unaligned ( gi|43 ): AATTTTTATATTGAGCAGCATTTCTAAATCATGCATGCTAGGGGGCTGTATATCACAATATCCATTTTTGGCC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111111 55555555555555555555555555 111111 1 111111 33333333333333333333 11111111111 1111111111 222222 44444444444444444444444444 11111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222222 111111111111111 4444444444444444444444444444444444444 2222222222222222 1111111111 1111111111 000000000000000000000000000000000 22222222222 222222222 1111 2222222222 2222222 111111
lowQualScore : 0 1 3 1 1111111 22 1 1 4 777 77777777777777777777777777 4 4 4 55 2 5 3 666666 3 6666 0 1 3 7 777 2 999999 555 77777 2 66666666666666666666 33 99999999999 4444444444 000000 333 77777 2 33 88888888888888888888888888 2 2 444 66 33 44444 3 3 77777 3 88 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44 555 77 3 4 111111 3 888888888888888 44 7777 3 4444 44 1 3 5555555555555555555555555555555555555 44 1111111111111111 6 444 555 3 3 3 5 1 5555555555 1 3 3 33 2 3 6666 2 444 5 7777777777 33 88888888 333 2 222222222222222222222222222222222 555555 2 2 333 11111111111 333 777777777 222 1 1111 33 1 22 66666666666 1 1 4444444444 2 2 888888888 1 1 33 555555 2 5555555 1 11 1 222 11 000000 4444444 7777777777 1 1 66 1 1 55
lowQualScore : . . . . ....... .. . . . ... .......................... . . . .. . . . ...... . .... . . . . ... . ...... ... ..... . .................... .. ........... .......... ...... ... ..... . .. .......................... . . ... .. .. ..... . . ..... . .. ................................................................................................................................. .. ... .. . . ...... . ............... .. .... . .... .. . . ..................................... .. ................ . ... ... . . . . . .......... . . . .. . . .... . ... . .......... .. ........ ... . ................................. ...... . . ... ........... ... ......... ... . .... .. . .. ........... . . .......... . . ......... . . .. ...... . ....... . .. . ... .. ...... ....... .......... . . .. . . ..
lowQualScore : 9 4 6 0 8888888 88 6 4 0 000 11111111111111111111111111 0 0 0 55 0 0 9 666666 3 5555 6 0 1 2 999 9 333333 444 11111 9 77777777777777777777 99 99999999999 1111111111 444444 000 11111 9 99 33333333333333333333333333 3 7 777 33 99 22222 1 1 77777 1 55 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 444 33 1 5 111111 6 999999999999999 66 1111 3 9999 22 9 1 0000000000000000000000000000000000000 22 5555555555555555 2 444 888 3 3 3 5 1 4444444444 1 3 1 33 9 7 9999 7 444 0 2222222222 11 11111111 999 2 222222222222222222222222222222222 000000 0 0 333 55555555555 888 888888888 444 4 1111 33 3 77 33333333333 3 3 9999999999 7 4 000000000 3 3 22 222222 7 9999999 3 88 3 333 88 666666 1111111 7777777777 2 3 11 3 3 00
consensus : TTTCTTTAAAAATTCATGAAGAGATTTGATNTAAATATTGTAAA-------TACATTGTTCTTTGACTGAGCTTA-TGCAT---TTA---TG-------------G-------CATTTC-TTATTTTGAAT-TA-GAATA--TTTAAAGT-ATTAGAAATAAAGGGGGGGGGGG-TC-T----CTTTGGAGNAT-AATTT---C-AAAAA------CAAAT-T-A-----A-A-C-----A------------TGCA--TTT---T----T--CAA--G---T---GAAA------TA-A-CN----TTTA-TGT--ACCTT---------A--------T-------TTTTATT-GAA---TG--TA--C-----A-T-A-----CA-T--GCA------T--------------AT-AT---------------------T---------------TC------CA---------------TT---TTC----TGT----CG-----ATGG---G----T--GGG--G---G--GGG-GATCAGAAC----G-AGA-AAT-------GCTG----AT--AA----ACAATG-AA-A--TA--CTCT-GAAAA-----TT----C-----T-TATG-ATGTTAT-ATTTG--GTATATAA--------------T-GT-TT--GTATTGA---G-CATCA-CCA-GTAATGTT---T-T----AGTATTTAATTGATT-CATT-AA-TTTT-TTAAAG-G--A-ACAT---TTT-CAA----------T--T--------A---A-A---------------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----AGACA---A---C----AT---TCT-GG-T-TT--AATCT-GAG-GAA-----------A-TC-T-G---G----T-TGT-G-------TT-C-AT--TA------T-GTAT---T--G-TG--T-GC---CCC--GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-AAGGACAGTT
Reference ( family-377 ) : TTTCTTTAAAAATTCATGAAGAGATTTGATNTAAATATTGTAAA-------TACATTGTTCTTTGACTGAGCTTA-TGCAT---TTA---TG-------------G-------CATTTC-TTATTTTGAAT-TA-GAATA--TTTAAAGT-ATTAGAAATAAAGGGGGGGNGGG-TC-T----CTTTGGAGNAT-AATTT---C-AAAAA------CAAAT-T-A-----A-A-C-----A------------TGCA--TTT---T----T--CAA--G---T---GAAA------TA-A-CN----TTTA-TGT--ACCTT---------A--------T-------TTTTATT-GAA---TG--TA--C-----A-T-A-----CA-T--GCA------T--------------AT-AT---------------------T---------------TC------CA---------------TT---TTC----TGT----CG-----ATGG---G----T--GGG--G---G--GGG-GATCAGAAC----G-AGA-AAT-------GCTG----AT--AA----ACAATG-AA-A--TA--CTCT-GAAAA-----TT----C-----T-TATG-ATGTTAT-ATTTG--GTATATAA--------------T-GT-TT--GTATTGA---G-CATCA-CCA-GTAATGTT---T-T----AGTATTTAATTGATT-CATT-AA-TTTT-TTAAAG-G--A-ACAT---TTT-CAA----------T--T--------A---A-A---------------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----AGACA---A---C----AT---TCT-GG-T-TT--AATCT-GAG-GAA-----------A-TC-T-G---G----T-TGT-N-------TT-C-AT--TA------T-GTAT---T--G-TG--T-GC---CCC--GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-AAGGACAGTT
gi|1 : TTCTTAAAGATTTTATGAAGAGATTTGAATTAATTCGTGTAAT-------TGCATTGT-ATTGGACTGAAGTAT-TGCAC---TAA------------------G-------CTTTTC-TTATTTTGAAT-TATAAATA--TT-AAAGT-ATTAAGAATA---GGGGGGGGTG-TT-C----CTTTGGAGTGTTAATTTTCAC-AAAAA------CAAATGT-A-----A-ATC-----A------------TGCA--TTT-----------CAAT-G---T---GATT------TACA-CCCTCGTTTA-TGTTTACCTT---------A--------T-------TTTTATTAGTC---TG--TA--C-----A-TGA-----CA-TTCGCAGAACCGT--------------AT-AT---------------------T---------------TCAAAATATA---------------TTCCATTC----TGT----TG-----ATAG---GGGAGT--GGG--T---G--GGGTAATCAGAACTCGAA-AGA-AATTTGTGGTGCGGGGGTAT--AA----ACAATG-GA-AGATA--CTTT-GAAAA-----TC----T-----T-TACG-AATTGGT-ATTTG--G-GTATAA--------------TTGT-TT---TATGGA---G-TATTAACCAAGTAATTGT---T-T----AGTATTTAATTGATC-CATG-A---TTT-TTAAGG-A--G-ATAT---TTT-CAAAT--------T--T--------A---A-A---------------AAAAAA------------TTA--T---ATATACT-A---A-----T-----GAATAC--A---CTTCTAT---TCT-GG-T-T---AATCT-GAG-GAA-----------G-TC-G-G---G----TATAT-T-------TC-C-AT--TA------T-AAAT---T--G-TGATT-GC---C----GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-AAGGACAGTT
gi|10 : acgtttcttgattaattttctacatttcattttatatcactatatgagagttgattgtgtttgagtacgagatcaatgcaagggttgtactggattttcatattatgagatcaaattttctcgccaatttaactttttttcccttattttacttaagtcatattgccgattatataacctgtgaaataa-------TTTTATT-GAA---TG--TA--C-----A-T-A-----CA-T--GCA------T--------------AT-GT---------------------T---------------TC------CA---------------TT---TTC----TGT----CG-----ATAG---GGGAGT--GGG--G---GTGGGG-GATCAGAAC----G-AGA-AAT-------GC-G----AT--AA----ACAATG-AA-A--TA--CTTT-GAAAA-----TT----C-----T-TATA-ATGT----ATT-G--GTATATAA--------------T-GT-TT--GTATTGA---G-CATAT-CCA-GTAATG--------------------ATTGATT-CATT-AA-TTTT-T-AAAG-G--A-ACAT---TTT-CAA----------T--A--------A---A-A---------------AAAATGATATTATA----CTA--G---ATT-ACC-A---G-----T-----AGACG---T---CTTC-AT---TCT-GG-T-TT--AATCT-GAG-GAT-----------G-TC-T-G---GGG--T-T-T-T-------TC-C-AT--GA------T-ATAT---T--G-TG--T-GC---CCT--GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCAA-AAGGACAGTTctagt
gi|11 : a---G--AGG-GATCAGGAC----A-AGA-AAT-------TATA----AT--AA----ACAGTG-AA-A--TATACTCT-GAAA----------------------T---TGTTAT-GTATG--GTATATAA----------------GTATT--GTATTGA---G-CATCA-CCT-GTAATGTT---T-T----AGTATTTAATGGATT-CATT-AA-TTTC-TCAAAG-G--A-ACAT---TTT-CAAT---------T--T--------A---A-A---------------AAAAAAAAATGATATTATCTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----ATACA---ACTTC----AT---TCT-GG-TATA--AATCT-GAT-GAA-----------G-TC-T-A---G----C-GTT-T-------TT-C-AT--TA------T-ATAT---T--G-TG--T-GT---TCC--G------AGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TA-CCGA-AGGGCCAGTTc
gi|12 : CTTAAAAAAATCATGAAGA-------TTTAAACATTGTAAAAAGTAGATAAATTGTT-TTTGA--------A-TAGAT---TGA---TG---------------------TATTTT-ATAT-----ATCTA-GAACA--TTTAAAGT-ATCAAAAGTAAAGGGTGTTTAA---C-TAAACCTTTGAAGAAT-A-TTT---C-AAAAA------CACNC-G-A-----G-A-T-----AGAGGTATTTTACTGTA--TTT---CAAAAA--CAA--G---TCAAGCAA------CA-A-CA----TTTA-GGT--ACCTT---------A--------CAATTCGATTTTAGT-CAA---TG--TA--cta
gi|13 : atttttttttcatttatggagtttttctaaTA----AT--AA----ACAGTGCAATA--TA--CTCT-GAAA------TT----G-----T-TATG-------T-ATT-G--GTATATAA----------------GTATT--GTATTGA---G-CATCA-CCT-GTAATGTT---T-T----ATTGTTTAATGTATT-CATT-AA-TTTC-TCAAAG-G--A-ACAT---ATT-CAA----------T--T--------A---A-AAAAATGATATTAT--A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----AGACA---A---C----ATCAGTCT-GG-T-AT--AATCT-GAT-GAA-----------A-TC-T-A---GC---T-TTT-T-------TT-C-AT--TA------T-ATAT---T--G-TG--T-GC---ACC--GT-----AGGG-------GGAT-------GT-AT-T--A--TT-CCGA-AGGACCAGTT
gi|14 : A---A---C-----T---TCA-GT-T-TTTGAATCTTGAT-GAA-----------A-TC-T-G---T----A-TGT-G-------TT-C-AT--TA------T---AT---TA-G-TG--T-GC---CCCTTG------GGGG-------G----------GT-AT-TT-AG-TC-CCGA-AGGAACAGTTctg
gi|15 : gtgctttcgtttaaccagtcaaaatttggtcgtaaatcatatgagttttatataggaaaaaattaaagtgttataagcatataatatattaccatgttgattatgaG-TC-T----CTTTG-AGCGT-G-TTT---C-AAAAAA-----CAAAT---G-----A-A-C-----A------------TGCA--TTT---T----T--CAA--G---T---GAAA------TA-A-CT----TTTA-TGT---CCTT---------A----------------TTTTATT-GAA---T---TA--C-----A-T-A-----CATT--GCA------T--------------ATGATATTATAAATAATAATAACATAT---------------TC------CA----------------T---TTC----TGT----CG-----ATGGGA-G----T--GGG--G---AT-GGG-GATTAGAAC----G-ATA-AAT-------GC-----------A----ACAATG-A-------------------------T----C-----T-TATA-ATG-TA----TTG--GTATATAA--------------T-GT-TT--GTctaggttgaatacaaatcttaccaataattttaaa
gi|16 : gctT-CTAAA-----A-ACAA---T----AA----------T--T--------A---ATA---------------G-----------------CTT--T---ATT-ACC-ATTGA-----TTT---AGACA---A---A----CT---TCT-GT-TGCT--AGTCT-GAGCAAA-----------A-AC-T-G--------T-TGT-G-------CT-CCATG-TA------T-GTAT---T--G-TG-----C---CCC--GC------GGG-------G----------TT-AT-TAAAA-TC-CTGA-AAAGACAGTT
gi|17 : aatgtataacattggtgggttgtcacgaactccATT-AG-TTTT-ATATAG-G--A-AAA---------AA----------T--T--------A---A-AGGTGTATAACAATATA-----------------CTA--T---ATT-ACC-C---A-----TTGATTAGACA---A---C-----T---TC--AG-T-TT--AATCT-GAG-GAA-----------A-TC-T-G--------T-TGT-G-------TT-C-AT--TA------T-ATA-------G-TG--T-GC---CCC--TT-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-AAGGACAGctagtt
gi|18 : aaaatgttggttgtaaatcatTTTCTT-AAAATTTCATGAAGAGATTT
gi|18 : taaATACATGAAGAGATTTC-TATAAATATTGTAAA-------TATATTGTTCTTTGACTGAGCTTA-T----------------------------G-------CATTTC-TTATATTGAAT-TA-GAATG--TTtttttttttataatgctttatttctgtgttgcatatatatcatattacatacatacatgaagagatttctataaatattgtaaatatattgttctttgactgagcttatgcatttcttatattgaattagaatgtt
gi|19 : taatttcttaaaatttcatgaagagattttttttttttataatgctttatttctgtgttgcatatatatcatattacatacA----------T--T--------A---T-AT--------------A-----------------TTA--T---ATT-ACC-C---A-----TTATG-AGACA---A---A----CT---TCT-G----TT--AATCT-GAG-GAA-----------A-TCTT-G---T----T-TGTGT-------TT-C-AT--TA------TGGTA----G--G-TG----GC---CCC--GC-------GG-------G----------GT-AT-T--AG-T--CCGATTAGGACA
gi|2 : aatgtatgcattagtgcatcgtcctcaactcctcctttaaagAAAAATTCATGAAGGGATTTCATTTAAACCGTGTAAA-------TACATTGTTCATAGAATGAACTTA-TGCATGTCTTAGACTG-------------AACGTATACATTTC-TTATTTTAAAT---------------AAGTTGTTGGACATAAGGGGGGGGGGG---C-T----CTTTGAAGTAT-A-TTT---C-AAAAC------CAAAT-T-A-----A-G-C-----A------------TGCA--TTT---T----TAATAA--G---T---AAAA------TA-A-CA----TTTA-TGT--ACCTT---------ACATTCAGAT-------TTTTAGT-GAA---TG--TA--T-----G-T-A-----TA-T--TTA------TGA------------AT-AT---------------------T---------------TC------CATTTCTGTTATATCCATT---TTC----TGTTCTCCA-----AAAG-----------GGG--G---G--GGA-TGTC--AAC------AGA-AAT-------TATG----AT--AA----ACAAT--------T---CTCT-GAAAA------T----C-----C-TAT-----TTA----CTG--GTATGT----------------T-GT-TT--ATATTGA---A-CATCA-CTA-GAAATAGT---T-T----AGTATTTAATTGATT-CATT-AGTTTTT-TTAAAG-C--A-ACAT---TTT-CAA----------T--A--------A---A-AAAAAATAT-------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---ATTCATT-----AGACA---A---C-----T---TCT-GG-T-TT--AATCA-GAG-AAA-----------G-TC-T-----A----T-TTT-G-------TT-A-AT--TA------C-ATA-------G-TG--C-GC---CCC--GC-----AGAG-------G----------GT-AT-T--GG-TC-CCAA-AAGGACAGTttctagt
gi|20 : aggtttttttcccacttatggacatatttatttttctaacttaaaaagtatatcttaaaA----------T--T--------A---A-C---------------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----T--CA---T---C----AT---GCA-GA-C------ATCT-GAG-GAA-----------G-TC-T-----G----T-TTT-G-------TT-C-ATAGTA------TAGTACGAAC--G-TG--T-AT---CCC--AT-----GGGT-------G----------GT-AT-TTAAG-TC-CTGA-AACTATAGTT
gi|21 : gcttccatgtgttgtcagcaacttttcctaaacaataat---------------A-----------------CTA--T---ATT-ACC-C---A-----TTGATTAGACA---A---C-----T---TCT-G--T-TT--AATCT-GAG-AAA-----------A-TC-T-G--------T-TGT-G-------TT-C-AT--TA------T-GTA-------G-TG--T-GC---CCC--GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-TAGGACAGTTctagt
gi|22 : taatgtatgcattattgtgttgtccacaactcttcctaaacaataatat-----T-----ACACA---A--------AT---TCT-G----TT--AATCT-GAG-AAA-----------A-TC-T-G---T----TCTGT-G-------TTTC-AT--TA------T-GTAT---------G--T-GC---CCC--GC------GGG-------G----------GT-AT-TA-AG-TC-CTGA-TAGGACAGTTct
gi|23 : tgtatgcattagtgcatcgtccacaaatcctctataagaataatattactatatttaccattgat-----T-----AGACA---A---C-----T---TCT-GG-T-T---AATCT-GAG-AAA-----------A-TC-T-G--------T-TGT-G-------TT-C-AT--TA------T-GTA-------G-TG--T-GC---CC---GC-----GGGG-------G----------GT-TT-T--AG-TC-CCGA-TAGGACAGTTca
gi|24 : atgtatgcattagtgcattattctacaaccctccataaagaataatatactatatttacccattgat---A-----T-----AGA-----A---C----AT---TCTTAG-T-TT--AGTCT-GAA-AAA-----------A-TC-T-G--------T-TGT-G-------TT-C-AT---A------T-GAAT---------G--T-GC---CCC--GC-----GGCG-------G----------TT--T-A--AG-TC-CCGA-AAAGACAGTTc
gi|25 : tgcgttgtcacactctccaaacaataatatatactatgtattacccgatatggTTTCTT-AAAAATTCATAAAGAGATTTGATATAAATATTGTAAA-------TGCATTGTTTTTTGACAGAGCTTA-TGCAT---TTA---T--------------G-------CATTTC-TTATTTTGAAT-AT-GAATA--TTTAAAGT-ATAAGAAATAA--GGGGGAGGGG-TC-T----CTTTGGctaag
gi|26 : aaataAT---CTTACAA----------T--G--------A---A-AT--------------A-----------------CT--------TG-AA--A---A-----T-----AGACA---T---CTT--CT---TCT-GG-T-TTT-AATCT-GAG--AA-----------G-TC-G-GCGGG----G-GGT-CCATACAATT-C-AT--TA------T-ATAT---T--G-TG--T-GCTCCCCC--GC-----GGGGGGGGGGGG----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-AAGGATAGTT
gi|27 : TTTGGAGAAT-A-TTT---C-AAAAA------CAACT-T-A-----A-A-TGTTAAA------------TG----TTTACAT----T--TAA--A---A---AAAAACTCA-TA-G-CA----CCTA-TAT--ACCTTACATTTTG-A--------T-------TTTTAGT-GAA---TG--Tcta
gi|28 : TTTATT-GAA---TGTATA--C-----A-T-AGAGGCTA-T--ACG------T--------------AT-AT---------------------CCAGATCAA-------TC------CA---------------TT---TTCCCATTTT----CA-----GTTG---T----T--AGG--GAGTG--GGG-AATC-GAAC----GCAGA-AAT-------GCTG--------AATCTTACAATG-AA-A--TA--CT-T-GAAAA-----tcttgtagtgatgttaaatattttgtcgttttcagt
gi|29 : c-ACAT---TTT-CAA----------T--T--------A---A-A---------------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----AGACATCTT---C----AT---TCT--G-T-T----ATCT-GAG-GAA-----------G-TC-TGG---G----T-TAT---------TC-C-AT--CA------T-AAAT---T--G-TG--TGGC---CCC--GT------GGG-------G----------GT-A--T--AG-TC-CCGA-AAGGACAGTT
gi|3 : AGAAATTATTGGGGGGGGGA-TTGT----CCTTG-AGTGT-ACTTTT--C-AGAAA------AACAT-G-A-----A-AAC-----A------------TGCAATTTT---TG---T--CAACAG---G---GAGACAT---TA-A-TG----ATTA-TGT--ACCTT---------A--------T-------TTTTATT-AAA---TGT-TAACC-----A-T-A-----CG-T--GCG------A--------------AT-Actag
gi|3 : aG--G---A--AGG-GATCAGAATTCAAG-AGATAAT-------GCTG----AT--G------CAATG-AA-A--TA--CTTTTGAAAAATGGATTATACCGGTGAT-TATACATGTTA--ATTGGAAGTACATGAATACTACAATAACTT-GA-TTAAGTATTGACAAG-CATC---CA-GTAATGTT---T-TTAAGGGGATTAACTTGATTTCATTTAA-T-------AAG-GTAATACAT---TTTGCAAGAAAAAAAATT--T--------ATATA-AGTAT-----------A-----------------CTATTGTATATG-ACCCA---A-----T------GACA---A---CTT--AT---TCT-GGGT-TC--AATCT-GAA-AAG-----------T-TC-T-GT--G----T-T-T-T-------CT-C-AT--T-------T-ATAT---TTGG-TG--T-GC---CCT--GCGTATGGGGA-------G----------GT-ATGT--AG-TC-CGGATAAGGACAGTTcgagagagagagaagagcgataatatatgatcaatataatattatccatttctggccgattctagcgagagtttacacgaatctcggaagggatcagaattcaagagataatgctgatgcaatgaaatacttttgaaaaatggattataccggtgattatacatgttaattggaagtacatgaatactacaataacttgattaagtattgacaagcatccagtaatgtttttaaggggattaacttgatttcatttaataaggtaatacattttgcaagaaaaaaaatttatataagtatactattgtatatgacccaatgacaacttattctgggttcaatctgaaaagttctgtgttttctcatttatatttggtgtgccctgcgtatggggaggtatgtagtccggataaggacagttc
gi|30 : aagaaattattgggggggggattgtccttgagtgtacttttcagaaaaacatgaaaacatgcaatttttgtcaacagggagacattaatgattatgtaccttatttttattaaatgttaaccatacgtgcgaatacgagagagagagaagagcgataatatatgatcaatataatattatccatttctggccgattctagcgagagtttacacgaatctcATTT---C-AAAA-------CAATT-TTA-----G-A-C-----G------------TGCA--TTT---T----T--CAA--G---T---GAAA------TA-A-CT----TTTA-TGT--ACCTT---------A--------T-------TTTTATT-GAA---TG--TA--C-----A-T-A-----CA-T--GCA------TACGTATGTCAATGAAT-AT---------------------T---------------TC------CA---------------TT---TTc
gi|31 : gtgt-----T-----AGACA---A---C-----T---TCT-G----TT--AATCT-GAA-AAA-----------A-TC-T-G--------T-TGT-G-------TC-C-AT--TA------T-GTA-------G-TG--T-GC---CC---GT-----GTGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-TAGGACAGTTtgg
gi|32 : aattatatgcagattacccattgatTTTCTT-AAACATTCATGAAGAGATTT-ATAT--TTATTGTAAA-------TGCTTTGTATTTTGACTGTCTCTA-TGTGG---TTA---AC-------------G-------CATTTTGTTATTTTGGAT-TA-GAATA--Tctag
gi|33 : aaata--GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AGGTC-CCGA-TAGGACAGTTgtttt
gi|34 : atgtatgcattagtgcatcgtccacaactcctcctaaagaattatatgctatatacccattgatagacaactctt-----AGACA---A---G---------TCT-G----TT--AATCT-GAG-AAA-----------A-TC-T-G------------T-G-------TT-C-AT--TA------T-GTTT---A--G-TG--T-GC---CCC--GC------GGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-TAG
gi|35 : atatactattttacccattgatttaTTAAGAATTCATGAAGGGATTTCATTTAAACATTGTAAA-------CACATTGATTTTAGACTGAcgagt
gi|36 : aggtgttttcaacttatggactttttttaaactgaaaaaaaaatg-----AGACA---A---C-----T---TCT-G----TT--AAT-T-GAG-AAA-----------A-TT-C-T---G----T-TGT-G-------TT-C-AT--TA------T-GTA-------G-TG--T-G----CCC--GC------GGG-------G----------GT-AT-T--AG-T--CCGA-TAGGACAGT
gi|37 : atatatttattacccattgatgAAAGGGTGGGCGTC-CC-T----CTTTGGAGTGT-AATTT---CCAAAAA------CAAAT-T-ATTTAAA-A-C-----ACCTGCT------TGCA--TT------------CAA--G---T---GAAC------TA-A-CT----TTTA-TGT--ACCTT---------A--------
gi|38 : ggc---------------A-----------------CTA--T---ATT-ACC-C---A-----TTGATTAGACA---A---C----GT----CT-G----TT--AATCT-GAG-AAA-----------AATC-T-G----------TGT-G-------TT-C-AT--TA------T-GTA-------G-TG--T-GC---CCC--GC------GGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CC
gi|39 : taatatTGAAACTTCATGAAGAGATTTGATTTCAGCAATGTAAA-------TATGTTGTTCTTAGACTGAACTTA-TGCAT---TT
gi|4 : ctaaaaagtatatcaTTAAAAATTCATGAAGAGATTTGATTTAAATATTTTAAT-------TACATTGTTCTTCAATAAAACCCACTGCAT---TTC---TGAAACTGAACTTATG-------CATTTC-TAATTTTAGAT-TA-GAACA--TTCAAAGT-CATAGAAAAAAAGGGGGGTGGGG------------TGAAGAAT--ATTT---C-AAAAT------CAAAT-T-A-----T-A-C-----A------------T--A--TTT---T----TAAAAA--G---T---AAAAACAATTTG-A-AT----TTTAGTGA--ATGTTCGA------A--------T-------ATTTA---GGATTTTT--TC--C-----ATT-A-----TA-T--GCA------T--------------A-----------------------------------------TC------CA---------------TT---TTC----TGT----TGGGGAAAAGG---G----G--GGG--G---G--GGG-Gcttagattgaac
gi|4 : aaaaagtacatatcT-ATATG--GTATATTT--------------T-GT-TT--GCATTGA---A-CATCA-TCA---AA--------------AATAT-------ATT-CATA-AG-CTAT-TTAAAG-C--A-ACAT---TTT-CAA----------T--TTATGAAAAA---A-ATTAATAT--------A-----------------CCA--G---ATG-ACC-A---ATTGATT-----AGACA---A---C-----T---TTT-GG-T-TT--AATTG-GTG-GAA-----------A-TC-T-G---T----T-TG--A-------TT-C-AT--T-------------------------T-GC---CCG--GG-----GGAG-------GGGGTGGGCATGT-AT-T--AG-TC-CCAG-AAGGAgggnnnnntttatttagtggtatatggtatattttgtttgcattgaacatcatcaaaaatatattcataagctatttaaagcaacattttcaatttatgaaaaaaattaatataccagatgaccaattgattagacaacttttggtttaattggtggaaatctgtttgattcatttgcccgggggagggggtgggcatgtattagtcccagaaggatgtgctcgttaatgataatt
gi|40 : aaaaagtacatatcttaaaaattcatgaagagatttgatttaaatattttaattacattgttcttcaataaaacccactgcatttctgaaactgaacttatgcatttctaattttagattagaacattcaaagtcatagaaaaaaaggggggtggggtgaagaatatttcaaaatcaaattatacatatttttaaaaagtaaaaacaatttgaattttagtgaatgttcgaatatttaggattttttccattatatgcatatccattttctgttggggaaaaggggggggggggggggnnnnntttatttagtgg-----T-----AGACA---A---C-----T---TCT-G----TT--AGTCT-GAG--AA-----------A-TC-C-G--------T-TGT-G-------TT-C-AT--TAT-----T-GCA-------GCTG--T-TT---TTG--GC-----GGGG-------G----------AT-A--T--AG-TCACCGATTAGGACAtgtgctcgttaatgataatt
gi|41 : acccatgatg-----T-----AGACA---A---C-----T---TCT-G----TT--AATCT-GAG-AAA-----------A-TC-T-G--------T-TGT-G-------TT-C-AT--TA------T-GTA-------G-TG--T-GC---CCC--GC------GGG-------G----------GT-AT-T--AG-
gi|44 : atatactattttaccattgatT-GAG-AAA-----------A-TC-T-G--------T-TGT-G-------TC-C-AT--TA------T-GTA-------G-TT--T-GC---CCC--TA-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-TAGGAC
gi|45 : -------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-TAGGACAGCT
gi|5 : gtagaaTTTCTTTAAAGATTCATGAAGAGATTTGATATAAATCTTGTAAA-------TGCATTGTATTTTGACTGAGCTTA-TGCAT---TTA---CG-------------G-------CATTTC-TTATTTTGAAT-TA-GAATA--TATAAAGT-TAAAGAAATAAGGGGGGGGAGGGGTC-T----CTTTGGAGTGT-AATTT---C-AAAAA------CAAAT-T-A-----A-A-C-----A------------TGCA--TTT---T----T--CAA--G---T---GAAA------TA-C-CT----TTTA-TGT--ACCTT---------A--------T-------TTTTATT-GAA---TG--TA--C-----A-T-A-----CA-T--GCA------T--------------AC-AT---------------------T---------------TC------CA---------------TT---TTC----TGT----CG-----ATGT---G----T--GGG--G---G--GGG-GATTAGAAC----G-AGA-AAT-------GCTG----AT--AA----ACAATG-AA-A--TA--CTTT-GAAAA-----TT----C-----T-TATA-ATGTTATCATTTG--GTATATAA--------------T-GT-TT--TCATTGA---G-TAT-A-CCA-GTAATGTT---T-T----AGTATTTAATTG-TT-CATG-AA-TTTT-TTAAAG-G--A-ACAT---TTT-CAA----------T--T--------A---A-A---------------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----AGACA---T---C----AT---TCT-GG-T-TT--AATCT-GAG-GAA-----------G-TC-TGG---G----T-TAT-T-------TC-C-AT--TA------T-AAAT---T--G-TG--T-GC---CCC--GC-----GGGG-------G----------GTAAA-A--AG-TC-CCGA-AAGGACAGTTctagt
gi|6 : TTTAAAA-TTCATGA---GATTTGATATGAATATTGTAAA-------TAAATTGTTCTTTTACTGAGCTTA-TGCAA---TTA---TG---------------------CATTTT-GTATTCTGAAT-TA-GAATAATTTTAAAGT-ATTAGAAATAAAGGGGGATA----TC-T----C---GGAGAAT-A--TG---T-AAAAA-------AAA----A-----A-A-C--------------------CA--ATT---T---------------------AAA------CA-AACT----TTTA-TGT--ACCTT---------A--------T-------TTCTATT-GAA---TA--TA--C-----A-T-G-----T--T--G-----------------------AT-A----------------------------------------------------------------------------GT----AG-----GGGG---G----T--AGG--G---G--TG---ATCAAAAT----G-ACA-AAT-------GATA----AC--AA----ACAATG-AA-A--TA--CTCT-GAATA-----TT----C-----T------ATGT----ATT-G--GTATATAA--------------T-GT-TG--GTATTGA---G-CATCA-TCA-GTAATGTT---T-T----AGCATTTAAT------CACT-AA-TTTT-T---AGTG--A-ACTT---TTT-CAA----------TAAT--------A---A-A---------------AGAATGGTATTTTA----CTA--G---ATA-ACC-A---A-----T-----AGACA---A---CTTC-AT---TCT-TG-T-TT--AATTT-GAG-GAAGGCATGTTTGTA-TT-T-G---GGTTTT-TTT-T-------TC-C-AT--TA------T-ATAT---T--G-TG--T-GC---CCC--AT-----TGGG-------G-----------T-AT-T--AG-TA-TCGA-AAGGACAGTT
gi|7 : TC-TTATTTTGAAT-TA-GAATA--TTTAAAGT-ATTAGAAATAAAAAGGGGG-----TC-T----CTTTGGAGAA--AATTT---C-AAAAA------TAAAT-T-G-----A-A--------------------TGCA--TTT---C----T--CAAAAG---T---CAAA------TA-A-CT----TGTA-TGT--AC-------------------------------TTATT-GAA---TG--TA--C-----G-T-A-----TA-TTGACA------A--------------AT-AC---------------------T---------------TC------CA---------------TT---TTC----TAT----TG-----GTAG--------T--GAGTTG---G--GGT-GATACGAAA----G-AGA-AAT-------GATA----AT--AG----ACAATG-AA-A--TA--CTCT-TAAAA-----TT----C-----TATGTG-TTGGTAT-AAT----GTATATAA--------------T-GC-AT--GTATTGA---G-CATCA-CCA-GAACTGTT---T-T----AGTATTTAATTGATT-CATT-AT-TTTT-TAAAAG-G--A-ACAT---TTT-AAA----------T--A--------A---A-AAAAATGATATTAT--A-----------------ATA--G---GTG-ACA-A---A-----T-----AGACT---ACTTC----AT---TTT-GG-T-TT--AATCT-GAG-GAA-----------A-TC-T-GTT-G----T-TTT-T-------TC-C-AT--TATACATGT-ATAT---T--A-TG--T-GT---TCC--GC-----GGGT-------G----------GT-cgtt
gi|8 : aca----CTTTGGAGAAT-A-TTT---A-AAAAAAAAAAACGAAG-T-A-----ACA-CC----A------------TACA--TTT---T----T--AAA--A---A---TAAA------TA---CA----TCTA-TGT--ACATTTACATTTTGA--------T-------TTTCAGT-GAA---TG--TA--TGAATTA-T-T-----CA-T--GAA---------------------AT--T---------------------T---------------TC------CC---------------TT---TTC----TGTATATCC-----ATTTACTG----TTGGGG--G---G--GGG-GGTCTCTAC-----------ATTCT----ACTG----ATTGAG----ACAAT--------CA--CTTC-----A-----TT----C-----TATATC--CATTAT--TTT------CACAA--------------T-----------TTAA---GTCATCA-CCA-G-AATGTTAATTAT----AATATTTGATTGATT-CAGT-AA-ATTTATTAAAG-C--A-ACATATCTTT-CAA----------T--T--------A---A-A---------------AAAAAATA----------CTA--G---ATG-ACC-A---AATGA-T-----AAACA---A---T-----T---TCT-GG-C-TT--AATCT-GAG-AAA-----------G-TC-T-----G----T-TTC-G-------TT-C-AT--TA------T-ATA-------G-TG--T-GT---CTC--AC-------AT-------G----------GT-AT-T--AG-T--CCGA-AAGGACAGTT
gi|9 : -TC-T-----TTTGGAGAAT-A-TTT---A-AAAAAAAAAAACGAAG-T-A-----A-A-C-----ACCA---------TACA--TTT---T----T--TAA--AAAAT---AAAA------TG-A-CA----TCTA-TGT--ACATTTACATTTTGA--------T-------TTTCAGT-GAA---TG--TA--TGATT-A-T-T-----CA-T--GAA------T--------------AT-TT---------------------TCCCCTTTTCTGTATATC------CA---------------TT---TAC----TGT----TG-----GGGG---G----G--GGG--G---G--GGG-GGTCc
gi|9 : --CTCT-AAACA-----TT----C-----T-ACTG-AT---------TG--GTATATA-----------------GT-TT--ACATTAA---G-CATCA-CCA-G-AATGTTAATTAT----AATATTTGATTGATT-CAGT-AA-TTTA-TTAAAG-C--A-ACAT---TTT-CAAT---------T--T--------A---A-AAAAATAT--------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---AATGATT-----AAACA---A---T-----T---TCT-GG-C-TT--AATCT-GAG-AAA-----------G-TC-T-----G----T-TTC-G-------TT-C-AT--TA------T-ATA-------G-TG--T-GT---CTC--AC-----AATG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CTGA-AAGGACAGTtctaaacattctactgattggtatatagtttacattaagcatcaccagaatgttaattataatatttgattgattcagtaatttattaaagcaacattttcaatttaaaaaaatatactagatgaccaaatgattaaacaatttctggcttaatctgagaaagtctgtttcgttcattatatagtgtgtctcacaatgggtattagtcctgaaaggacagt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|42 ): GGTATATTTTACCAACATATGTACCATTGTCAAATTTGCTGCTGAGGGGTATTAGTCCCTTTGAGGACAATTCTAGTC
Unaligned ( gi|43 ): AATTTTTATATTGAGCAGCATTTCTAAATCATGCATGCTAGGGGGCTGTATATCACAATATCCATTTTTGGCC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111111 55555555555555555555555555 11111111 111 111111 33333333333333333333 11111111111 1111111111 222222 44444444444444444444444444 11111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222222 111111111111111 4444444444444444444444444444444444444 2222222222222222 1111111111 1111111111 000000000000000000000000000000000 22222222222 222222222 1111 2222222 2222222 111111
lowQualScore : 0 1 3 1 1111111 22 1 1 4 777 77777777777777777777777777 4 4 4 55 2 5 88 55555 3 11111111 0 1 666 777 2 999999 555 77777 2 66666666666666666666 33 99999999999 4444444444 000000 333 77777 2 33 88888888888888888888888888 2 2 444 66 33 44444 3 3 77777 3 88 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44 555 77 3 4 111111 3 888888888888888 44 7777 3 4444 44 1 3 5555555555555555555555555555555555555 44 1111111111111111 6 444 555 3 3 3 5 1 5555555555 1 3 3 33 2 3 6666 2 444 5 7777777777 33 88888888 333 2 222222222222222222222222222222222 555555 2 2 333 11111111111 333 777777777 222 1 1111 33 1 22 1 2 0000000 2 777777777777 99999999999999 1 33 555555 2 5555555 1 11 1 222 11 000000 4444444 7777777777 1 1 66 1 1 55
lowQualScore : . . . . ....... .. . . . ... .......................... . . . .. . . .. ..... . ........ . . ... ... . ...... ... ..... . .................... .. ........... .......... ...... ... ..... . .. .......................... . . ... .. .. ..... . . ..... . .. ................................................................................................................................. .. ... .. . . ...... . ............... .. .... . .... .. . . ..................................... .. ................ . ... ... . . . . . .......... . . . .. . . .... . ... . .......... .. ........ ... . ................................. ...... . . ... ........... ... ......... ... . .... .. . .. . . ....... . ............ .............. . .. ...... . ....... . .. . ... .. ...... ....... .......... . . .. . . ..
lowQualScore : 9 4 6 0 8888888 88 6 4 0 000 11111111111111111111111111 0 0 0 55 0 0 00 99999 3 22222222 6 0 555 999 9 333333 444 11111 9 77777777777777777777 99 99999999999 1111111111 444444 000 11111 9 99 33333333333333333333333333 3 7 777 33 99 22222 1 1 77777 1 55 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 444 33 1 5 111111 6 999999999999999 66 1111 3 9999 22 9 1 0000000000000000000000000000000000000 22 5555555555555555 2 444 888 3 3 3 5 1 4444444444 1 3 1 33 9 7 9999 7 444 0 2222222222 11 11111111 999 2 222222222222222222222222222222222 000000 0 0 333 55555555555 888 888888888 444 4 1111 33 3 77 3 7 6666666 7 999999999999 22222222222222 3 22 222222 7 9999999 3 88 3 333 88 666666 1111111 7777777777 2 3 11 3 3 00
consensus : TTTCTTTAAAAATTCATGAAGAGATTTGATNTAAATATTGTAAA-------TACATTGTTCTTTGACTGAGCTTA-TGCAT---TTA---TG-------------G-------CATTTC-TTATTTTGAAT-TA-GAATA--TTTAAAGT-ATTAGAAATAAAGGGGGGG-GGGGTC-T--------CTTTGGAGNAT-AATTT---C-AAAAA------CAAAT-T-A-----A-A-C-----A------------TGCA--TTT---T----T--CAA--G---T---GAAA------TA-A-CN----TTTA-TGT--ACCTT---------A--------T-------TTTTATT-GAA---TG--TA--C-----A-T-A-----CA-T--GCA------T--------------AT-AT---------------------T---------------TC------CA---------------TT---TTC----TGT----CG-----ATGG---G----T--GGG--G---G--GGG-GATCAGAAC----G-AGA-AAT-------GCTG----AT--AA----ACAATG-AA-A--TA--CTCT-GAAAA-----TT----C-----T-TATG-ATGTTAT-ATTTG--GTATATAA--------------T-GT-TT--GTATTGA---G-CATCA-CCA-GTAATGTT---T-T----AGTATTTAATTGATT-CATT-AA-TTTT-TTAAAG-G--A-ACAT---TTT-CAA----------T--T--------A---A-A---------------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----AGACA---A---C----AT---TCT-GG-T-TT--AATCT-GAG-GAAA-TC-T-G--G--T-TGTG-----------TT--------------C-AT--TA------T-GTAT---T--G-TG--T-GC---CCC--GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-AAGGACAGTT
Reference ( family-377 ) : TTTCTTTAAAAATTCATGAAGAGATTTGATNTAAATATTGTAAA-------TACATTGTTCTTTGACTGAGCTTA-TGCAT---TTA---TG-------------G-------CATTTC-TTATTTTGAAT-TA-GAATA--TTTAAAGT-ATTAGAAATAAAGGGGGGG-GGGGTC-T--------CTTTGGAGNAT-AATTT---C-AAAAA------CAAAT-T-A-----A-A-C-----A------------TGCA--TTT---T----T--CAA--G---T---GAAA------TA-A-CN----TTTA-TGT--ACCTT---------A--------T-------TTTTATT-GAA---TG--TA--C-----A-T-A-----CA-T--GCA------T--------------AT-AT---------------------T---------------TC------CA---------------TT---TTC----TGT----CG-----ATGG---G----T--GGG--G---G--GGG-GATCAGAAC----G-AGA-AAT-------GCTG----AT--AA----ACAATG-AA-A--TA--CTCT-GAAAA-----TT----C-----T-TATG-ATGTTAT-ATTTG--GTATATAA--------------T-GT-TT--GTATTGA---G-CATCA-CCA-GTAATGTT---T-T----AGTATTTAATTGATT-CATT-AA-TTTT-TTAAAG-G--A-ACAT---TTT-CAA----------T--T--------A---A-A---------------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----AGACA---A---C----AT---TCT-GG-T-TT--AATCT-GAG-GAAA-TC-T-G--G--T-TGTG-----------TT--------------C-AT--TA------T-GTAT---T--G-TG--T-GC---CCC--GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-AAGGACAGTT
gi|1 : TTCTTAAAGATTTTATGAAGAGATTTGAATTAATTCGTGTAAT-------TGCATTGT-ATTGGACTGAAGTAT-TGCAC---TAA------------------G-------CTTTTC-TTATTTTGAAT-TATAAATA--TT-AAAGT-ATTAAGAATA---GGGGGG-GGTGTT-C--------CTTTGGAGTGTTAATTTTCAC-AAAAA------CAAATGT-A-----A-ATC-----A------------TGCA--TTT-----------CAAT-G---T---GATT------TACA-CCCTCGTTTA-TGTTTACCTT---------A--------T-------TTTTATTAGTC---TG--TA--C-----A-TGA-----CA-TTCGCAGAACCGT--------------AT-AT---------------------T---------------TCAAAATATA---------------TTCCATTC----TGT----TG-----ATAG---GGGAGT--GGG--T---G--GGGTAATCAGAACTCGAA-AGA-AATTTGTGGTGCGGGGGTAT--AA----ACAATG-GA-AGATA--CTTT-GAAAA-----TC----T-----T-TACG-AATTGGT-ATTTG--G-GTATAA--------------TTGT-TT---TATGGA---G-TATTAACCAAGTAATTGT---T-T----AGTATTTAATTGATC-CATG-A---TTT-TTAAGG-A--G-ATAT---TTT-CAAAT--------T--T--------A---A-A---------------AAAAAA------------TTA--T---ATATACT-A---A-----T-----GAATAC--A---CTTCTAT---TCT-GG-T-T---AATCT-GAG-GAAG-TC-G-G--G--TATATT-----------TC--------------C-AT--TA------T-AAAT---T--G-TGATT-GC---C----GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-AAGGACAGTT
gi|10 : acgtttcttgattaattttctacatttcattttatatcactatatgagagttgattgtgtttgagtacgagatcaatgcaagggttgtactggattttcatattatgagatcaaattttctcgccaatttaactttttttcccttattttacttaagtcatattgccgattatataacctgtgaaataa-------TTTTATT-GAA---TG--TA--C-----A-T-A-----CA-T--GCA------T--------------AT-GT---------------------T---------------TC------CA---------------TT---TTC----TGT----CG-----ATAG---GGGAGT--GGG--G---GTGGGG-GATCAGAAC----G-AGA-AAT-------GC-G----AT--AA----ACAATG-AA-A--TA--CTTT-GAAAA-----TT----C-----T-TATA-ATGT----ATT-G--GTATATAA--------------T-GT-TT--GTATTGA---G-CATAT-CCA-GTAATG--------------------ATTGATT-CATT-AA-TTTT-T-AAAG-G--A-ACAT---TTT-CAA----------T--A--------A---A-A---------------AAAATGATATTATA----CTA--G---ATT-ACC-A---G-----T-----AGACG---T---CTTC-AT---TCT-GG-T-TT--AATCT-GAG-GATG-TC-T-G--GGGT-TTT------------TC--------------C-AT--GA------T-ATAT---T--G-TG--T-GC---CCT--GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCAA-AAGGACAGTTctagt
gi|11 : a---G--AGG-GATCAGGAC----A-AGA-AAT-------TATA----AT--AA----ACAGTG-AA-A--TATACTCT-GAAA----------------------T---TGTTAT-GTATG--GTATATAA----------------GTATT--GTATTGA---G-CATCA-CCT-GTAATGTT---T-T----AGTATTTAATGGATT-CATT-AA-TTTC-TCAAAG-G--A-ACAT---TTT-CAAT---------T--T--------A---A-A---------------AAAAAAAAATGATATTATCTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----ATACA---ACTTC----AT---TCT-GG-TATA--AATCT-GAT-GAAG-TC-T-A--G--C-GTTT-----------TT--------------C-AT--TA------T-ATAT---T--G-TG--T-GT---TCC--G------AGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TA-CCGA-AGGGCCAGTTc
gi|12 : CTTAAAAAAATCATGAAGA-------TTTAAACATTGTAAAAAGTAGATAAATTGTT-TTTGA--------A-TAGAT---TGA---TG---------------------TATTTT-ATAT-----ATCTA-GAACA--TTTAAAGT-ATCAAAAGTAAA------G-GGTGTT-TAACTAAACCTTTGAAGAAT--ATTT---C-AAAAA------CACNC-G-A-----G-A-T-----AGAGGTATTTTACTGTA--TTT---CAAAAA--CAA--G---TCAAGCAA------CA-A-CA----TTTA-GGT--ACCTT---------A--------CAATTCGATTTTAGT-CAA---TG--TA--cta
gi|13 : atttttttttcatttatggagtttttctaaTA----AT--AA----ACAGTGCAATA--TA--CTCT-GAAA------TT----G-----T-TATG-------T-ATT-G--GTATATAA----------------GTATT--GTATTGA---G-CATCA-CCT-GTAATGTT---T-T----ATTGTTTAATGTATT-CATT-AA-TTTC-TCAAAG-G--A-ACAT---ATT-CAA----------T--T--------A---A-AAAAATGATATTAT--A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----AGACA---A---C----ATCAGTCT-GG-T-AT--AATCT-GAT-GAAA-TC-T-A--GC-T-TTTT-----------TT--------------C-AT--TA------T-ATAT---T--G-TG--T-GC---ACC--GT-----AGGG-------GGAT-------GT-AT-T--A--TT-CCGA-AGGACCAGTT
gi|14 : A---A---C-----T---TCA-GT-T-TTTGAATCTTGAT-GAAA-TC-T-G--T--A-TGTG-----------TT--------------C-AT--TA------T---AT---TA-G-TG--T-GC---CCCTTG------GGGG-------G----------GT-AT-TT-AG-TC-CCGA-AGGAACAGTTctg
gi|15 : gtgctttcgtttaaccagtcaaaatttggtcgtaaatcatatgagttttatataggaaaaaattaaagtgttataagcatataatatattaccatgttgattatgaGTC-T--------CTTTG-AGCGT-G-TTT---C-AAAAAA-----CAAAT---G-----A-A-C-----A------------TGCA--TTT---T----T--CAA--G---T---GAAA------TA-A-CT----TTTA-TGT---CCTT---------A----------------TTTTATT-GAA---T---TA--C-----A-T-A-----CATT--GCA------T--------------ATGATATTATAAATAATAATAACATAT---------------TC------CA----------------T---TTC----TGT----CG-----ATGGGA-G----T--GGG--G---AT-GGG-GATTAGAAC----G-ATA-AAT-------GC-----------A----ACAATG-A-------------------------T----C-----T-TATA-ATG-TA----TTG--GTATATAA--------------T-GT-TT--GTctaggttgaatacaaatcttaccaataattttaaa
gi|16 : gctT-CTAAA-----A-ACAA---T----AA----------T--T--------A---ATA---------------G-----------------CTT--T---ATT-ACC-ATTGA-----TTT---AGACA---A---A----CT---TCT-GT-TGCT--AGTCT-GAGCAAAA-AC-T-G-----T-TGTG-----------CT--------------CCATG-TA------T-GTAT---T--G-TG-----C---CCC--GC------GGG-------G----------TT-AT-TAAAA-TC-CTGA-AAAGACAGTT
gi|17 : aatgtataacattggtgggttgtcacgaactccATT-AG-TTTT-ATATAG-G--A-AAA---------AA----------T--T--------A---A-AGGTGTATAACAATATA-----------------CTA--T---ATT-ACC-C---A-----TTGATTAGACA---A---C-----T---TC--AG-T-TT--AATCT-GAG-GAAA-TC-T-G-----T-TGTG-----------TT--------------C-AT--TA------T-ATA-------G-TG--T-GC---CCC--TT-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-AAGGACAGctagtt
gi|18 : aaaatgttggttgtaaatcatTTTCTT-AAAATTTCATGAAGAGATTT
gi|18 : taaATACATGAAGAGATTTC-TATAAATATTGTAAA-------TATATTGTTCTTTGACTGAGCTTA-T----------------------------G-------CATTTC-TTATATTGAAT-TA-GAATG--TTtttttttttataatgctttatttctgtgttgcatatatatcatattacatacatacatgaagagatttctataaatattgtaaatatattgttctttgactgagcttatgcatttcttatattgaattagaatgtt
gi|19 : taatttcttaaaatttcatgaagagattttttttttttataatgctttatttctgtgttgcatatatatcatattacatacA----------T--T--------A---T-AT--------------A-----------------TTA--T---ATT-ACC-C---A-----TTATG-AGACA---A---A----CT---TCT-G----TT--AATCT-GAG-GAAA-TCTT-G--T--T-TGTGT----------TT--------------C-AT--TA------TGGTA----G--G-TG----GC---CCC--GC-------GG-------G----------GT-AT-T--AG-T--CCGATTAGGACA
gi|2 : aatgtatgcattagtgcatcgtcctcaactcctcctttaaagAAAAATTCATGAAGGGATTTCATTTAAACCGTGTAAA-------TACATTGTTCATAGAATGAACTTA-TGCATGTCTTAGACTG-------------AACGTATACATTTC-TTATTTTAAAT---------------AAGTTGTTGGACATAAGGGGGGGG-GGG--C-T--------CTTTGAAGTAT-A-TTT---C-AAAAC------CAAAT-T-A-----A-G-C-----A------------TGCA--TTT---T----TAATAA--G---T---AAAA------TA-A-CA----TTTA-TGT--ACCTT---------ACATTCAGAT-------TTTTAGT-GAA---TG--TA--T-----G-T-A-----TA-T--TTA------TGA------------AT-AT---------------------T---------------TC------CATTTCTGTTATATCCATT---TTC----TGTTCTCCA-----AAAG-----------GGG--G---G--GGA-TGTC--AAC------AGA-AAT-------TATG----AT--AA----ACAAT--------T---CTCT-GAAAA------T----C-----C-TAT-----TTA----CTG--GTATGT----------------T-GT-TT--ATATTGA---A-CATCA-CTA-GAAATAGT---T-T----AGTATTTAATTGATT-CATT-AGTTTTT-TTAAAG-C--A-ACAT---TTT-CAA----------T--A--------A---A-AAAAAATAT-------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---ATTCATT-----AGACA---A---C-----T---TCT-GG-T-TT--AATCA-GAG-AAAG-TC-T----A--T-TTTG-----------TT--------------A-AT--TA------C-ATA-------G-TG--C-GC---CCC--GC-----AGAG-------G----------GT-AT-T--GG-TC-CCAA-AAGGACAGTttctagt
gi|20 : aggtttttttcccacttatggacatatttatttttctaacttaaaaagtatatcttaaaA----------T--T--------A---A-C---------------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----T--CA---T---C----AT---GCA-GA-C------ATCT-GAG-GAAG-TC-T----G--T-TTTG-----------TT--------------C-ATAGTA------TAGTACGAAC--G-TG--T-AT---CCC--AT-----GGGT-------G----------GT-AT-TTAAG-TC-CTGA-AACTATAGTT
gi|21 : gcttccatgtgttgtcagcaacttttcctaaacaataat---------------A-----------------CTA--T---ATT-ACC-C---A-----TTGATTAGACA---A---C-----T---TCT-G--T-TT--AATCT-GAG-AAAA-TC-T-G-----T-TGTG-----------TT--------------C-AT--TA------T-GTA-------G-TG--T-GC---CCC--GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-TAGGACAGTTctagt
gi|22 : taatgtatgcattattgtgttgtccacaactcttcctaaacaataatat-----T-----ACACA---A--------AT---TCT-G----TT--AATCT-GAG-AAAA-TC-T-G--T--TCTGTG-----------TTT-------------C-AT--TA------T-GTAT---------G--T-GC---CCC--GC------GGG-------G----------GT-AT-TA-AG-TC-CTGA-TAGGACAGTTct
gi|23 : tgtatgcattagtgcatcgtccacaaatcctctataagaataatattactatatttaccattgat-----T-----AGACA---A---C-----T---TCT-GG-T-T---AATCT-GAG-AAAA-TC-T-G-----T-TGTG-----------TT--------------C-AT--TA------T-GTA-------G-TG--T-GC---CC---GC-----GGGG-------G----------GT-TT-T--AG-TC-CCGA-TAGGACAGTTca
gi|24 : atgtatgcattagtgcattattctacaaccctccataaagaataatatactatatttacccattgat---A-----T-----AGA-----A---C----AT---TCTTAG-T-TT--AGTCT-GAA-AAAA-TC-T-G-----T-TGTG-----------TT--------------C-AT---A------T-GAAT---------G--T-GC---CCC--GC-----GGCG-------G----------TT--T-A--AG-TC-CCGA-AAAGACAGTTc
gi|25 : tgcgttgtcacactctccaaacaataatatatactatgtattacccgatatggTTTCTT-AAAAATTCATAAAGAGATTTGATATAAATATTGTAAA-------TGCATTGTTTTTTGACAGAGCTTA-TGCAT---TTA---T--------------G-------CATTTC-TTATTTTGAAT-AT-GAATA--TTTAAAGT-ATAAGAAATAA--GGGGGA-GGGGTC-T--------CTTTGGctaag
gi|26 : aaataAT---CTTACAA----------T--G--------A---A-AT--------------A-----------------CT--------TG-AA--A---A-----T-----AGACA---T---CTT--CT---TCT-GG-T-TTT-AATCT-GAG--AAG-TC---G--G--C-GGGGGGTCCATACAATT--------------C-AT--TA------T-ATAT---T--G-TG--T-GCTCCCCC--GC-----GGGGGGGGGGGG----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-AAGGATAGTT
gi|27 : TTTGGAGAAT-A-TTT---C-AAAAA------CAACT-T-A-----A-A-TGTTAAA------------TG----TTTACAT----T--TAA--A---A---AAAAACTCA-TA-G-CA----CCTA-TAT--ACCTT---------ACATTTTGAT-------TTTTAGT-GAA---TG--Tcta
gi|28 : TTTATT-GAA---TGTATA--C-----A-T-AGAGGCTA-T--ACG------T--------------AT-AT---------------------CCAGATCAA-------TC------CA---------------TT---TTCCCATTTT----CA-----GTTG---T----T--AGG--GAGTG--GGG-AATC-GAAC----GCAGA-AAT-------GCTG--------AATCTTACAATG-AA-A--TA--CT-T-GAAAA-----tcttgtagtgatgttaaatattttgtcgttttcagt
gi|29 : c-ACAT---TTT-CAA----------T--T--------A---A-A---------------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----AGACATCTT---C----AT---TCT--G-T-T----ATCT-GAG-GAAG-TC-TGG--G--T-TAT------------TC--------------C-AT--CA------T-AAAT---T--G-TG--TGGC---CCC--GT------GGG-------G----------GT-A--T--AG-TC-CCGA-AAGGACAGTT
gi|3 : AGAAATTATTGGGGGG-GGGATTGT--------CCTTG-AGTGT-ACTTTT--C-AGAAA------AACAT-G-A-----A-AAC-----A------------TGCAATTTT---TG---T--CAACAG---G---GAGACAT---TA-A-TG----ATTA-TGT--ACCTT---------A--------T-------TTTTATT-AAA---TGT-TAACC-----A-T-A-----CG-T--GCG------A--------------AT-Actag
gi|3 : aG--G---A--AGG-GATCAGAATTCAAG-AGATAAT-------GCTG----AT--G------CAATG-AA-A--TA--CTTTTGAAAAATGGATTATACCGGTGAT-TATACATGTTA--ATTGGAAGTACATGAATACTACAATAACTT-GA-TTAAGTATTGACAAG-CATC---CA-GTAATGTT---T-TTAAGGGGATTAACTTGATTTCATTTAA-T-------AAG-GTAATACAT---TTTGCAAGAAAAAAAATT--T--------ATATA-AGTAT-----------A-----------------CTATTGTATATG-ACCCA---A-----T------GACA---A---CTT--AT---TCT-GGGT-TC--AATCT-GAA-AAGT-TC-T-GT-G--T-TTT------------CT--------------C-AT--T-------T-ATAT---TTGG-TG--T-GC---CCT--GCGTATGGGGA-------G----------GT-ATGT--AG-TC-CGGATAAGGACAGTTcgagagagagagaagagcgataatatatgatcaatataatattatccatttctggccgattctagcgagagtttacacgaatctcggaagggatcagaattcaagagataatgctgatgcaatgaaatacttttgaaaaatggattataccggtgattatacatgttaattggaagtacatgaatactacaataacttgattaagtattgacaagcatccagtaatgtttttaaggggattaacttgatttcatttaataaggtaatacattttgcaagaaaaaaaatttatataagtatactattgtatatgacccaatgacaacttattctgggttcaatctgaaaagttctgtgttttctcatttatatttggtgtgccctgcgtatggggaggtatgtagtccggataaggacagttc
gi|30 : aagaaattattgggggggggattgtccttgagtgtacttttcagaaaaacatgaaaacatgcaatttttgtcaacagggagacattaatgattatgtaccttatttttattaaatgttaaccatacgtgcgaatacgagagagagagaagagcgataatatatgatcaatataatattatccatttctggccgattctagcgagagtttacacgaatctcATTT---C-AAAA-------CAATT-TTA-----G-A-C-----G------------TGCA--TTT---T----T--CAA--G---T---GAAA------TA-A-CT----TTTA-TGT--ACCTT---------A--------T-------TTTTATT-GAA---TG--TA--C-----A-T-A-----CA-T--GCA------TACGTATGTCAATGAAT-AT---------------------T---------------TC------CA---------------TT---TTc
gi|31 : gtgt-----T-----AGACA---A---C-----T---TCT-G----TT--AATCT-GAA-AAAA-TC-T-G-----T-TGTG-----------TC--------------C-AT--TA------T-GTA-------G-TG--T-GC---CC---GT-----GTGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-TAGGACAGTTtgg
gi|32 : aattatatgcagattacccattgatTTTCTT-AAACATTCATGAAGAGATTT-ATAT--TTATTGTAAA-------TGCTTTGTATTTTGACTGTCTCTA-TGTGG---TTA---AC-------------G-------CATTTTGTTATTTTGGAT-TA-GAATA--Tctag
gi|33 : aaata--GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AGGTC-CCGA-TAGGACAGTTgtttt
gi|34 : atgtatgcattagtgcatcgtccacaactcctcctaaagaattatatgctatatacccattgatagacaactctt-----AGACA---A---G---------TCT-G----TT--AATCT-GAG-AAAA-TC-T-G---------TG-----------TT--------------C-AT--TA------T-GTTT---A--G-TG--T-GC---CCC--GC------GGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-TAG
gi|35 : atatactattttacccattgatttaTTAAGAATTCATGAAGGGATTTCATTTAAACATTGTAAA-------CACATTGATTTTAGACTGAcgagt
gi|36 : aggtgttttcaacttatggactttttttaaactgaaaaaaaaatg-----AGACA---A---C-----T---TCT-G----TT--AAT-T-GAG-AAAA-TT-C-T--G--T-TGTG-----------TT--------------C-AT--TA------T-GTA-------G-TG--T-G----CCC--GC------GGG-------G----------GT-AT-T--AG-T--CCGA-TAGGACAGT
gi|37 : atatatttattacccattgatgAAAGGGTGGG-CGTCCC-T--------CTTTGGAGTGT-AATTT---CCAAAAA------CAAAT-T-ATTTAAA-A-C-----ACCTGCT------TGCA--TT------------CAA--G---T---GAAC------TA-A-CT----TTTA-TGT--ACCTT---------A--------
gi|38 : ggc---------------A-----------------CTA--T---ATT-ACC-C---A-----TTGATTAGACA---A---C----GT----CT-G----TT--AATCT-GAG-AAAAATC-T-G-------TGTG-----------TT--------------C-AT--TA------T-GTA-------G-TG--T-GC---CCC--GC------GGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CC
gi|39 : taatatTGAAACTTCATGAAGAGATTTGATTTCAGCAATGTAAA-------TATGTTGTTCTTAGACTGAACTTA-TGCAT---TT
gi|4 : ctaaaaagtatatcaTTAAAAATTCATGAAGAGATTTGATTTAAATATTTTAAT-------TACATTGTTCTTCAATAAAACCCACTGCAT---TTC---TGAAACTGAACTTATG-------CATTTC-TAATTTTAGAT-TA-GAACA--TTCAAAGT-CATAGAAAAAAAGGGGGGT-GGGG---------------TGAAGAAT--ATTT---C-AAAAT------CAAAT-T-A-----T-A-C-----A------------T--A--TTT---T----TAAAAA--G---T---AAAAACAATTTG-A-AT----TTTAGTGA--ATGTTCGA------A--------T-------ATTTA---GGATTTTT--TC--C-----ATT-A-----TA-T--GCA------T--------------A-----------------------------------------TC------CA---------------TT---TTC----TGT----TGGGGAAAAGG---G----G--GGG--G---G--GGG-Gcttagattgaac
gi|4 : aaaaagtacatatcT-ATATG--GTATATTT--------------T-GT-TT--GCATTGA---A-CATCA-TCA---AA--------------AATAT-------ATT-CATA-AG-CTAT-TTAAAG-C--A-ACAT---TTT-CAA----------T--TTATGAAAAA---A-ATTAATAT--------A-----------------CCA--G---ATG-ACC-A---ATTGATT-----AGACA---A---C-----T---TTT-GG-T-TT--AATTG-GTG-GAAA-TC-T-G--T--T-TG-A-----------TT--------------C-AT--T-------------------------T-GC---CCG--GG-----GGAG-------GGGGTGGGCATGT-AT-T--AG-TC-CCAG-AAGGAgggnnnnntttatttagtggtatatggtatattttgtttgcattgaacatcatcaaaaatatattcataagctatttaaagcaacattttcaatttatgaaaaaaattaatataccagatgaccaattgattagacaacttttggtttaattggtggaaatctgtttgattcatttgcccgggggagggggtgggcatgtattagtcccagaaggatgtgctcgttaatgataatt
gi|40 : aaaaagtacatatcttaaaaattcatgaagagatttgatttaaatattttaattacattgttcttcaataaaacccactgcatttctgaaactgaacttatgcatttctaattttagattagaacattcaaagtcatagaaaaaaaggggggtggggtgaagaatatttcaaaatcaaattatacatatttttaaaaagtaaaaacaatttgaattttagtgaatgttcgaatatttaggattttttccattatatgcatatccattttctgttggggaaaaggggggggggggggggnnnnntttatttagtgg-----T-----AGACA---A---C-----T---TCT-G----TT--AGTCT-GAG--AAA-TC-C-G-----T-TGTG-----------TT--------------C-AT--TAT-----T-GCA-------GCTG--T-TT---TTG--GC-----GGGG-------G----------AT-A--T--AG-TCACCGATTAGGACAtgtgctcgttaatgataatt
gi|41 : acccatgatg-----T-----AGACA---A---C-----T---TCT-G----TT--AATCT-GAG-AAAA-TC-T-G-----T-TGTG-----------TT--------------C-AT--TA------T-GTA-------G-TG--T-GC---CCC--GC------GGG-------G----------GT-AT-T--AG-
gi|44 : atatactattttaccattgatT-GAG-AAAA-TC-T-G-----T-TGTG-----------TC--------------C-AT--TA------T-GTA-------G-TT--T-GC---CCC--TA-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-TAGGAC
gi|45 : -------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-TAGGACAGCT
gi|5 : gtagaaTTTCTTTAAAGATTCATGAAGAGATTTGATATAAATCTTGTAAA-------TGCATTGTATTTTGACTGAGCTTA-TGCAT---TTA---CG-------------G-------CATTTC-TTATTTTGAAT-TA-GAATA--TATAAAGT-TAAAGAAATAAGGGGGGGGAGGGGTC-T--------CTTTGGAGTGT-AATTT---C-AAAAA------CAAAT-T-A-----A-A-C-----A------------TGCA--TTT---T----T--CAA--G---T---GAAA------TA-C-CT----TTTA-TGT--ACCTT---------A--------T-------TTTTATT-GAA---TG--TA--C-----A-T-A-----CA-T--GCA------T--------------AC-AT---------------------T---------------TC------CA---------------TT---TTC----TGT----CG-----ATGT---G----T--GGG--G---G--GGG-GATTAGAAC----G-AGA-AAT-------GCTG----AT--AA----ACAATG-AA-A--TA--CTTT-GAAAA-----TT----C-----T-TATA-ATGTTATCATTTG--GTATATAA--------------T-GT-TT--TCATTGA---G-TAT-A-CCA-GTAATGTT---T-T----AGTATTTAATTG-TT-CATG-AA-TTTT-TTAAAG-G--A-ACAT---TTT-CAA----------T--T--------A---A-A---------------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----AGACA---T---C----AT---TCT-GG-T-TT--AATCT-GAG-GAAG-TC-TGG--G--T-TATT-----------TC--------------C-AT--TA------T-AAAT---T--G-TG--T-GC---CCC--GC-----GGGG-------G----------GTAAA-A--AG-TC-CCGA-AAGGACAGTTctagt
gi|6 : TTTAAAA-TTCATGA---GATTTGATATGAATATTGTAAA-------TAAATTGTTCTTTTACTGAGCTTA-TGCAA---TTA---TG---------------------CATTTT-GTATTCTGAAT-TA-GAATAATTTTAAAGT-ATTAGAAATAAAGGGGGAT-A---TC-T--------C---GGAGAAT-A--TG---T-AAAAA-------AAA----A-----A-A-C--------------------CA--ATT---T---------------------AAA------CA-AACT----TTTA-TGT--ACCTT---------A--------T-------TTCTATT-GAA---TA--TA--C-----A-T-G-----T--T--G-----------------------AT-A----------------------------------------------------------------------------GT----AG-----GGGG---G----T--AGG--G---G--TG---ATCAAAAT----G-ACA-AAT-------GATA----AC--AA----ACAATG-AA-A--TA--CTCT-GAATA-----TT----C-----T------ATGT----ATT-G--GTATATAA--------------T-GT-TG--GTATTGA---G-CATCA-TCA-GTAATGTT---T-T----AGCATTTAAT------CACT-AA-TTTT-T---AGTG--A-ACTT---TTT-CAA----------TAAT--------A---A-A---------------AGAATGGTATTTTA----CTA--G---ATA-ACC-A---A-----T-----AGACA---A---CTTC-AT---TCT-TG-T-TT--AATTT-GAG-GAAG-GCAT-G--T--T-TGTA-----------TTTGGGTTTTTTTTTCC-AT--TA------T-ATAT---T--G-TG--T-GC---CCC--AT-----TGGG-------G-----------T-AT-T--AG-TA-TCGA-AAGGACAGTT
gi|7 : TC-TTATTTTGAAT-TA-GAATA--TTTAAAGT-ATTAGAAATAAAAAGGGGG-----TC-T--------CTTTGGAGAA--AATTT---C-AAAAA------TAAAT-T-G-----A-A--------------------TGCA--TTT---C----T--CAAAAG---T---CAAA------TA-A-CT----TGTA-TGT--AC-------------------------------TTATT-GAA---TG--TA--C-----G-T-A-----TA-TTGACA------A--------------AT-AC---------------------T---------------TC------CA---------------TT---TTC----TAT----TG-----GTAG--------T--GAGTTG---G--GGT-GATACGAAA----G-AGA-AAT-------GATA----AT--AG----ACAATG-AA-A--TA--CTCT-TAAAA-----TT----C-----TATGTG-TTGGTAT-AAT----GTATATAA--------------T-GC-AT--GTATTGA---G-CATCA-CCA-GAACTGTT---T-T----AGTATTTAATTGATT-CATT-AT-TTTT-TAAAAG-G--A-ACAT---TTT-AAA----------T--A--------A---A-AAAAATGATATTAT--A-----------------ATA--G---GTG-ACA-A---A-----T-----AGACT---ACTTC----AT---TTT-GG-T-TT--AATCT-GAG-GAAA-TC-T-GTTG--T-TTTT-----------TC--------------C-AT--TATACATGT-ATAT---T--A-TG--T-GT---TCC--GC-----GGGT-------G----------GT-cgtt
gi|8 : aca--------CTTTGGAGAAT-A-TTT---A-AAAAAAAAAAACGAAG-T-A-----ACA-CC----A------------TACA--TTT---T----T--AAA--A---A---TAAA------TA---CA----TCTA-TGT--ACATTTACATTTTGA--------T-------TTTCAGT-GAA---TG--TA--TGAATTA-T-T-----CA-T--GAA---------------------AT--T---------------------T---------------TC------CC---------------TT---TTC----TGTATATCC-----ATTTACTG----TTGGGG--G---G--GGG-GGTCTCTAC-----------ATTCT----ACTG----ATTGAG----ACAAT--------CA--CTTC-----A-----TT----C-----TATATC--CATTAT--TTT------CACAA--------------T-----------TTAA---GTCATCA-CCA-G-AATGTTAATTAT----AATATTTGATTGATT-CAGT-AA-ATTTATTAAAG-C--A-ACATATCTTT-CAA----------T--T--------A---A-A---------------AAAAAATA----------CTA--G---ATG-ACC-A---AATGA-T-----AAACA---A---T-----T---TCT-GG-C-TT--AATCT-GAG-AAAG-TC-T----G--T-TTCG-----------TT--------------C-AT--TA------T-ATA-------G-TG--T-GT---CTC--AC-------AT-------G----------GT-AT-T--AG-T--CCGA-AAGGACAGTT
gi|9 : TC-T---------TTTGGAGAAT-A-TTT---A-AAAAAAAAAAACGAAG-T-A-----A-A-C-----ACCA---------TACA--TTT---T----T--TAA--AAAAT---AAAA------TG-A-CA----TCTA-TGT--ACATTTACATTTTGA--------T-------TTTCAGT-GAA---TG--TA--TGATT-A-T-T-----CA-T--GAA------T--------------AT-TT---------------------TCCCCTTTTCTGTATATC------CA---------------TT---TAC----TGT----TG-----GGGG---G----G--GGG--G---G--GGG-GGTCc
gi|9 : --CTCT-AAACA-----TT----C-----T-ACTG-AT---------TG--GTATATA-----------------GT-TT--ACATTAA---G-CATCA-CCA-G-AATGTTAATTAT----AATATTTGATTGATT-CAGT-AA-TTTA-TTAAAG-C--A-ACAT---TTT-CAAT---------T--T--------A---A-AAAAATAT--------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---AATGATT-----AAACA---A---T-----T---TCT-GG-C-TT--AATCT-GAG-AAAG-TC-T----G--T-TTCG-----------TT--------------C-AT--TA------T-ATA-------G-TG--T-GT---CTC--AC-----AATG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CTGA-AAGGACAGTtctaaacattctactgattggtatatagtttacattaagcatcaccagaatgttaattataatatttgattgattcagtaatttattaaagcaacattttcaatttaaaaaaatatactagatgaccaaatgattaaacaatttctggcttaatctgagaaagtctgtttcgttcattatatagtgtgtctcacaatgggtattagtcctgaaaggacagt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|42 ): GGTATATTTTACCAACATATGTACCATTGTCAAATTTGCTGCTGAGGGGTATTAGTCCCTTTGAGGACAATTCTAGTC
Unaligned ( gi|43 ): AATTTTTATATTGAGCAGCATTTCTAAATCATGCATGCTAGGGGGCTGTATATCACAATATCCATTTTTGGCC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111111 55555555555555555555555555 11111111 111 111111 33333333333333333333 11111111111 1111111111 222222 44444444444444444444444444 11111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222222 111111111111111 4444444444444444444444444444444444444 2222222222222222 1111111111 1111111111 000000000000000000000000000000000 22222222222 222222222 1111 2222222 2222222 111111
lowQualScore : 0 1 3 1 1111111 22 1 1 4 777 77777777777777777777777777 4 4 4 55 2 5 88 55555 3 11111111 0 1 666 777 2 999999 555 77777 2 66666666666666666666 33 99999999999 4444444444 000000 333 77777 2 33 88888888888888888888888888 2 2 444 66 33 44444 3 3 77777 3 88 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44 555 77 3 4 111111 3 888888888888888 44 7777 3 4444 44 1 3 5555555555555555555555555555555555555 44 1111111111111111 6 444 555 3 3 3 5 1 5555555555 1 3 3 33 2 3 6666 2 444 5 7777777777 33 88888888 333 2 222222222222222222222222222222222 555555 2 2 333 11111111111 333 777777777 222 1 1111 33 1 22 1 2 0000000 2 777777777777 99999999999999 1 33 555555 2 5555555 1 11 1 222 11 000000 4444444 7777777777 1 1 66 1 1 55
lowQualScore : . . . . ....... .. . . . ... .......................... . . . .. . . .. ..... . ........ . . ... ... . ...... ... ..... . .................... .. ........... .......... ...... ... ..... . .. .......................... . . ... .. .. ..... . . ..... . .. ................................................................................................................................. .. ... .. . . ...... . ............... .. .... . .... .. . . ..................................... .. ................ . ... ... . . . . . .......... . . . .. . . .... . ... . .......... .. ........ ... . ................................. ...... . . ... ........... ... ......... ... . .... .. . .. . . ....... . ............ .............. . .. ...... . ....... . .. . ... .. ...... ....... .......... . . .. . . ..
lowQualScore : 9 4 6 0 8888888 88 6 4 0 000 11111111111111111111111111 0 0 0 55 0 0 00 99999 3 22222222 6 0 555 999 9 333333 444 11111 9 77777777777777777777 99 99999999999 1111111111 444444 000 11111 9 99 33333333333333333333333333 3 7 777 33 99 22222 1 1 77777 1 55 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 444 33 1 5 111111 6 999999999999999 66 1111 3 9999 22 9 1 0000000000000000000000000000000000000 22 5555555555555555 2 444 888 3 3 3 5 1 4444444444 1 3 1 33 9 7 9999 7 444 0 2222222222 11 11111111 999 2 222222222222222222222222222222222 000000 0 0 333 55555555555 888 888888888 444 4 1111 33 3 77 3 7 6666666 7 999999999999 22222222222222 3 22 222222 7 9999999 3 88 3 333 88 666666 1111111 7777777777 2 3 11 3 3 00
consensus : TTTCTTTAAAAATTCATGAAGAGATTTGATNTAAATATTGTAAA-------TACATTGTTCTTTGACTGAGCTTA-TGCAT---TTA---TG-------------G-------CATTTC-TTATTTTGAAT-TA-GAATA--TTTAAAGT-ATTAGAAATAAAGGGGGGG-GGGGTC-T--------CTTTGGAGNAT-AATTT---C-AAAAA------CAAAT-T-A-----A-A-C-----A------------TGCA--TTT---T----T--CAA--G---T---GAAA------TA-A-CN----TTTA-TGT--ACCTT---------A--------T-------TTTTATT-GAA---TG--TA--C-----A-T-A-----CA-T--GCA------T--------------AT-AT---------------------T---------------TC------CA---------------TT---TTC----TGT----CG-----ATGG---G----T--GGG--G---G--GGG-GATCAGAAC----G-AGA-AAT-------GCTG----AT--AA----ACAATG-AA-A--TA--CTCT-GAAAA-----TT----C-----T-TATG-ATGTTAT-ATTTG--GTATATAA--------------T-GT-TT--GTATTGA---G-CATCA-CCA-GTAATGTT---T-T----AGTATTTAATTGATT-CATT-AA-TTTT-TTAAAG-G--A-ACAT---TTT-CAA----------T--T--------A---A-A---------------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----AGACA---A---C----AT---TCT-GG-T-TT--AATCT-GAG-GAAA-TC-T-G--G--T-TGTG-----------TT--------------C-AT--TA------T-GTAT---T--G-TG--T-GC---CCC--GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-AAGGACAGTT
Reference ( family-377 ) : TTTCTTTAAAAATTCATGAAGAGATTTGATNTAAATATTGTAAA-------TACATTGTTCTTTGACTGAGCTTA-TGCAT---TTA---TG-------------G-------CATTTC-TTATTTTGAAT-TA-GAATA--TTTAAAGT-ATTAGAAATAAAGGGGGGG-GGGGTC-T--------CTTTGGAGNAT-AATTT---C-AAAAA------CAAAT-T-A-----A-A-C-----A------------TGCA--TTT---T----T--CAA--G---T---GAAA------TA-A-CN----TTTA-TGT--ACCTT---------A--------T-------TTTTATT-GAA---TG--TA--C-----A-T-A-----CA-T--GCA------T--------------AT-AT---------------------T---------------TC------CA---------------TT---TTC----TGT----CG-----ATGG---G----T--GGG--G---G--GGG-GATCAGAAC----G-AGA-AAT-------GCTG----AT--AA----ACAATG-AA-A--TA--CTCT-GAAAA-----TT----C-----T-TATG-ATGTTAT-ATTTG--GTATATAA--------------T-GT-TT--GTATTGA---G-CATCA-CCA-GTAATGTT---T-T----AGTATTTAATTGATT-CATT-AA-TTTT-TTAAAG-G--A-ACAT---TTT-CAA----------T--T--------A---A-A---------------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----AGACA---A---C----AT---TCT-GG-T-TT--AATCT-GAG-GAAA-TC-T-G--G--T-TGTG-----------TT--------------C-AT--TA------T-GTAT---T--G-TG--T-GC---CCC--GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-AAGGACAGTT
gi|1 : TTCTTAAAGATTTTATGAAGAGATTTGAATTAATTCGTGTAAT-------TGCATTGT-ATTGGACTGAAGTAT-TGCAC---TAA------------------G-------CTTTTC-TTATTTTGAAT-TATAAATA--TT-AAAGT-ATTAAGAATA---GGGGGG-GGTGTT-C--------CTTTGGAGTGTTAATTTTCAC-AAAAA------CAAATGT-A-----A-ATC-----A------------TGCA--TTT-----------CAAT-G---T---GATT------TACA-CCCTCGTTTA-TGTTTACCTT---------A--------T-------TTTTATTAGTC---TG--TA--C-----A-TGA-----CA-TTCGCAGAACCGT--------------AT-AT---------------------T---------------TCAAAATATA---------------TTCCATTC----TGT----TG-----ATAG---GGGAGT--GGG--T---G--GGGTAATCAGAACTCGAA-AGA-AATTTGTGGTGCGGGGGTAT--AA----ACAATG-GA-AGATA--CTTT-GAAAA-----TC----T-----T-TACG-AATTGGT-ATTTG--G-GTATAA--------------TTGT-TT---TATGGA---G-TATTAACCAAGTAATTGT---T-T----AGTATTTAATTGATC-CATG-A---TTT-TTAAGG-A--G-ATAT---TTT-CAAAT--------T--T--------A---A-A---------------AAAAAA------------TTA--T---ATATACT-A---A-----T-----GAATAC--A---CTTCTAT---TCT-GG-T-T---AATCT-GAG-GAAG-TC-G-G--G--TATATT-----------TC--------------C-AT--TA------T-AAAT---T--G-TGATT-GC---C----GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-AAGGACAGTT
gi|10 : acgtttcttgattaattttctacatttcattttatatcactatatgagagttgattgtgtttgagtacgagatcaatgcaagggttgtactggattttcatattatgagatcaaattttctcgccaatttaactttttttcccttattttacttaagtcatattgccgattatataacctgtgaaataa-------TTTTATT-GAA---TG--TA--C-----A-T-A-----CA-T--GCA------T--------------AT-GT---------------------T---------------TC------CA---------------TT---TTC----TGT----CG-----ATAG---GGGAGT--GGG--G---GTGGGG-GATCAGAAC----G-AGA-AAT-------GC-G----AT--AA----ACAATG-AA-A--TA--CTTT-GAAAA-----TT----C-----T-TATA-ATGT----ATT-G--GTATATAA--------------T-GT-TT--GTATTGA---G-CATAT-CCA-GTAATG--------------------ATTGATT-CATT-AA-TTTT-T-AAAG-G--A-ACAT---TTT-CAA----------T--A--------A---A-A---------------AAAATGATATTATA----CTA--G---ATT-ACC-A---G-----T-----AGACG---T---CTTC-AT---TCT-GG-T-TT--AATCT-GAG-GATG-TC-T-G--GGGT-TTT------------TC--------------C-AT--GA------T-ATAT---T--G-TG--T-GC---CCT--GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCAA-AAGGACAGTTctagt
gi|11 : a---G--AGG-GATCAGGAC----A-AGA-AAT-------TATA----AT--AA----ACAGTG-AA-A--TATACTCT-GAAA----------------------T---TGTTAT-GTATG--GTATATAA----------------GTATT--GTATTGA---G-CATCA-CCT-GTAATGTT---T-T----AGTATTTAATGGATT-CATT-AA-TTTC-TCAAAG-G--A-ACAT---TTT-CAAT---------T--T--------A---A-A---------------AAAAAAAAATGATATTATCTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----ATACA---ACTTC----AT---TCT-GG-TATA--AATCT-GAT-GAAG-TC-T-A--G--C-GTTT-----------TT--------------C-AT--TA------T-ATAT---T--G-TG--T-GT---TCC--G------AGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TA-CCGA-AGGGCCAGTTc
gi|12 : CTTAAAAAAATCATGAAGA-------TTTAAACATTGTAAAAAGTAGATAAATTGTT-TTTGA--------A-TAGAT---TGA---TG---------------------TATTTT-ATAT-----ATCTA-GAACA--TTTAAAGT-ATCAAAAGTAAA------G-GGTGTT-TAACTAAACCTTTGAAGAAT--ATTT---C-AAAAA------CACNC-G-A-----G-A-T-----AGAGGTATTTTACTGTA--TTT---CAAAAA--CAA--G---TCAAGCAA------CA-A-CA----TTTA-GGT--ACCTT---------A--------CAATTCGATTTTAGT-CAA---TG--TA--cta
gi|13 : atttttttttcatttatggagtttttctaaTA----AT--AA----ACAGTGCAATA--TA--CTCT-GAAA------TT----G-----T-TATG-------T-ATT-G--GTATATAA----------------GTATT--GTATTGA---G-CATCA-CCT-GTAATGTT---T-T----ATTGTTTAATGTATT-CATT-AA-TTTC-TCAAAG-G--A-ACAT---ATT-CAA----------T--T--------A---A-AAAAATGATATTAT--A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----AGACA---A---C----ATCAGTCT-GG-T-AT--AATCT-GAT-GAAA-TC-T-A--GC-T-TTTT-----------TT--------------C-AT--TA------T-ATAT---T--G-TG--T-GC---ACC--GT-----AGGG-------GGAT-------GT-AT-T--A--TT-CCGA-AGGACCAGTT
gi|14 : A---A---C-----T---TCA-GT-T-TTTGAATCTTGAT-GAAA-TC-T-G--T--A-TGTG-----------TT--------------C-AT--TA------T---AT---TA-G-TG--T-GC---CCCTTG------GGGG-------G----------GT-AT-TT-AG-TC-CCGA-AGGAACAGTTctg
gi|15 : gtgctttcgtttaaccagtcaaaatttggtcgtaaatcatatgagttttatataggaaaaaattaaagtgttataagcatataatatattaccatgttgattatgaGTC-T--------CTTTG-AGCGT-G-TTT---C-AAAAAA-----CAAAT---G-----A-A-C-----A------------TGCA--TTT---T----T--CAA--G---T---GAAA------TA-A-CT----TTTA-TGT---CCTT---------A----------------TTTTATT-GAA---T---TA--C-----A-T-A-----CATT--GCA------T--------------ATGATATTATAAATAATAATAACATAT---------------TC------CA----------------T---TTC----TGT----CG-----ATGGGA-G----T--GGG--G---AT-GGG-GATTAGAAC----G-ATA-AAT-------GC-----------A----ACAATG-A-------------------------T----C-----T-TATA-ATG-TA----TTG--GTATATAA--------------T-GT-TT--GTctaggttgaatacaaatcttaccaataattttaaa
gi|16 : gctT-CTAAA-----A-ACAA---T----AA----------T--T--------A---ATA---------------G-----------------CTT--T---ATT-ACC-ATTGA-----TTT---AGACA---A---A----CT---TCT-GT-TGCT--AGTCT-GAGCAAAA-AC-T-G-----T-TGTG-----------CT--------------CCATG-TA------T-GTAT---T--G-TG-----C---CCC--GC------GGG-------G----------TT-AT-TAAAA-TC-CTGA-AAAGACAGTT
gi|17 : aatgtataacattggtgggttgtcacgaactccATT-AG-TTTT-ATATAG-G--A-AAA---------AA----------T--T--------A---A-AGGTGTATAACAATATA-----------------CTA--T---ATT-ACC-C---A-----TTGATTAGACA---A---C-----T---TC--AG-T-TT--AATCT-GAG-GAAA-TC-T-G-----T-TGTG-----------TT--------------C-AT--TA------T-ATA-------G-TG--T-GC---CCC--TT-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-AAGGACAGctagtt
gi|18 : aaaatgttggttgtaaatcatTTTCTT-AAAATTTCATGAAGAGATTT
gi|18 : taaATACATGAAGAGATTTC-TATAAATATTGTAAA-------TATATTGTTCTTTGACTGAGCTTA-T----------------------------G-------CATTTC-TTATATTGAAT-TA-GAATG--TTtttttttttataatgctttatttctgtgttgcatatatatcatattacatacatacatgaagagatttctataaatattgtaaatatattgttctttgactgagcttatgcatttcttatattgaattagaatgtt
gi|19 : taatttcttaaaatttcatgaagagattttttttttttataatgctttatttctgtgttgcatatatatcatattacatacA----------T--T--------A---T-AT--------------A-----------------TTA--T---ATT-ACC-C---A-----TTATG-AGACA---A---A----CT---TCT-G----TT--AATCT-GAG-GAAA-TCTT-G--T--T-TGTGT----------TT--------------C-AT--TA------TGGTA----G--G-TG----GC---CCC--GC-------GG-------G----------GT-AT-T--AG-T--CCGATTAGGACA
gi|2 : aatgtatgcattagtgcatcgtcctcaactcctcctttaaagAAAAATTCATGAAGGGATTTCATTTAAACCGTGTAAA-------TACATTGTTCATAGAATGAACTTA-TGCATGTCTTAGACTG-------------AACGTATACATTTC-TTATTTTAAAT---------------AAGTTGTTGGACATAAGGGGGGGG-GGG--C-T--------CTTTGAAGTAT-A-TTT---C-AAAAC------CAAAT-T-A-----A-G-C-----A------------TGCA--TTT---T----TAATAA--G---T---AAAA------TA-A-CA----TTTA-TGT--ACCTT---------ACATTCAGAT-------TTTTAGT-GAA---TG--TA--T-----G-T-A-----TA-T--TTA------TGA------------AT-AT---------------------T---------------TC------CATTTCTGTTATATCCATT---TTC----TGTTCTCCA-----AAAG-----------GGG--G---G--GGA-TGTC--AAC------AGA-AAT-------TATG----AT--AA----ACAAT--------T---CTCT-GAAAA------T----C-----C-TAT-----TTA----CTG--GTATGT----------------T-GT-TT--ATATTGA---A-CATCA-CTA-GAAATAGT---T-T----AGTATTTAATTGATT-CATT-AGTTTTT-TTAAAG-C--A-ACAT---TTT-CAA----------T--A--------A---A-AAAAAATAT-------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---ATTCATT-----AGACA---A---C-----T---TCT-GG-T-TT--AATCA-GAG-AAAG-TC-T----A--T-TTTG-----------TT--------------A-AT--TA------C-ATA-------G-TG--C-GC---CCC--GC-----AGAG-------G----------GT-AT-T--GG-TC-CCAA-AAGGACAGTttctagt
gi|20 : aggtttttttcccacttatggacatatttatttttctaacttaaaaagtatatcttaaaA----------T--T--------A---A-C---------------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----T--CA---T---C----AT---GCA-GA-C------ATCT-GAG-GAAG-TC-T----G--T-TTTG-----------TT--------------C-ATAGTA------TAGTACGAAC--G-TG--T-AT---CCC--AT-----GGGT-------G----------GT-AT-TTAAG-TC-CTGA-AACTATAGTT
gi|21 : gcttccatgtgttgtcagcaacttttcctaaacaataat---------------A-----------------CTA--T---ATT-ACC-C---A-----TTGATTAGACA---A---C-----T---TCT-G--T-TT--AATCT-GAG-AAAA-TC-T-G-----T-TGTG-----------TT--------------C-AT--TA------T-GTA-------G-TG--T-GC---CCC--GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-TAGGACAGTTctagt
gi|22 : taatgtatgcattattgtgttgtccacaactcttcctaaacaataatat-----T-----ACACA---A--------AT---TCT-G----TT--AATCT-GAG-AAAA-TC-T-G--T--TCTGTG-----------TTT-------------C-AT--TA------T-GTAT---------G--T-GC---CCC--GC------GGG-------G----------GT-AT-TA-AG-TC-CTGA-TAGGACAGTTct
gi|23 : tgtatgcattagtgcatcgtccacaaatcctctataagaataatattactatatttaccattgat-----T-----AGACA---A---C-----T---TCT-GG-T-T---AATCT-GAG-AAAA-TC-T-G-----T-TGTG-----------TT--------------C-AT--TA------T-GTA-------G-TG--T-GC---CC---GC-----GGGG-------G----------GT-TT-T--AG-TC-CCGA-TAGGACAGTTca
gi|24 : atgtatgcattagtgcattattctacaaccctccataaagaataatatactatatttacccattgat---A-----T-----AGA-----A---C----AT---TCTTAG-T-TT--AGTCT-GAA-AAAA-TC-T-G-----T-TGTG-----------TT--------------C-AT---A------T-GAAT---------G--T-GC---CCC--GC-----GGCG-------G----------TT--T-A--AG-TC-CCGA-AAAGACAGTTc
gi|25 : tgcgttgtcacactctccaaacaataatatatactatgtattacccgatatggTTTCTT-AAAAATTCATAAAGAGATTTGATATAAATATTGTAAA-------TGCATTGTTTTTTGACAGAGCTTA-TGCAT---TTA---T--------------G-------CATTTC-TTATTTTGAAT-AT-GAATA--TTTAAAGT-ATAAGAAATAA--GGGGGA-GGGGTC-T--------CTTTGGctaag
gi|26 : aaataAT---CTTACAA----------T--G--------A---A-AT--------------A-----------------CT--------TG-AA--A---A-----T-----AGACA---T---CTT--CT---TCT-GG-T-TTT-AATCT-GAG--AAG-TC---G--G--C-GGGGGGTCCATACAATT--------------C-AT--TA------T-ATAT---T--G-TG--T-GCTCCCCC--GC-----GGGGGGGGGGGG----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-AAGGATAGTT
gi|27 : TTTGGAGAAT-A-TTT---C-AAAAA------CAACT-T-A-----A-A-TGTTAAA------------TG----TTTACAT----T--TAA--A---A---AAAAACTCA-TA-G-CA----CCTA-TAT--ACCTT---------ACATTTTGAT-------TTTTAGT-GAA---TG--Tcta
gi|28 : TTTATT-GAA---TGTATA--C-----A-T-AGAGGCTA-T--ACG------T--------------AT-AT---------------------CCAGATCAA-------TC------CA---------------TT---TTCCCATTTT----CA-----GTTG---T----T--AGG--GAGTG--GGG-AATC-GAAC----GCAGA-AAT-------GCTG--------AATCTTACAATG-AA-A--TA--CT-T-GAAAA-----tcttgtagtgatgttaaatattttgtcgttttcagt
gi|29 : c-ACAT---TTT-CAA----------T--T--------A---A-A---------------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----AGACATCTT---C----AT---TCT--G-T-T----ATCT-GAG-GAAG-TC-TGG--G--T-TAT------------TC--------------C-AT--CA------T-AAAT---T--G-TG--TGGC---CCC--GT------GGG-------G----------GT-A--T--AG-TC-CCGA-AAGGACAGTT
gi|3 : AGAAATTATTGGGGGG-GGGATTGT--------CCTTG-AGTGT-ACTTTT--C-AGAAA------AACAT-G-A-----A-AAC-----A------------TGCAATTTT---TG---T--CAACAG---G---GAGACAT---TA-A-TG----ATTA-TGT--ACCTT---------A--------T-------TTTTATT-AAA---TGT-TAACC-----A-T-A-----CG-T--GCG------A--------------AT-Actag
gi|3 : aG--G---A--AGG-GATCAGAATTCAAG-AGATAAT-------GCTG----AT--G------CAATG-AA-A--TA--CTTTTGAAAAATGGATTATACCGGTGAT-TATACATGTTA--ATTGGAAGTACATGAATACTACAATAACTT-GA-TTAAGTATTGACAAG-CATC---CA-GTAATGTT---T-TTAAGGGGATTAACTTGATTTCATTTAA-T-------AAG-GTAATACAT---TTTGCAAGAAAAAAAATT--T--------ATATA-AGTAT-----------A-----------------CTATTGTATATG-ACCCA---A-----T------GACA---A---CTT--AT---TCT-GGGT-TC--AATCT-GAA-AAGT-TC-T-GT-G--T-TTT------------CT--------------C-AT--T-------T-ATAT---TTGG-TG--T-GC---CCT--GCGTATGGGGA-------G----------GT-ATGT--AG-TC-CGGATAAGGACAGTTcgagagagagagaagagcgataatatatgatcaatataatattatccatttctggccgattctagcgagagtttacacgaatctcggaagggatcagaattcaagagataatgctgatgcaatgaaatacttttgaaaaatggattataccggtgattatacatgttaattggaagtacatgaatactacaataacttgattaagtattgacaagcatccagtaatgtttttaaggggattaacttgatttcatttaataaggtaatacattttgcaagaaaaaaaatttatataagtatactattgtatatgacccaatgacaacttattctgggttcaatctgaaaagttctgtgttttctcatttatatttggtgtgccctgcgtatggggaggtatgtagtccggataaggacagttc
gi|30 : aagaaattattgggggggggattgtccttgagtgtacttttcagaaaaacatgaaaacatgcaatttttgtcaacagggagacattaatgattatgtaccttatttttattaaatgttaaccatacgtgcgaatacgagagagagagaagagcgataatatatgatcaatataatattatccatttctggccgattctagcgagagtttacacgaatctcATTT---C-AAAA-------CAATT-TTA-----G-A-C-----G------------TGCA--TTT---T----T--CAA--G---T---GAAA------TA-A-CT----TTTA-TGT--ACCTT---------A--------T-------TTTTATT-GAA---TG--TA--C-----A-T-A-----CA-T--GCA------TACGTATGTCAATGAAT-AT---------------------T---------------TC------CA---------------TT---TTc
gi|31 : gtgt-----T-----AGACA---A---C-----T---TCT-G----TT--AATCT-GAA-AAAA-TC-T-G-----T-TGTG-----------TC--------------C-AT--TA------T-GTA-------G-TG--T-GC---CC---GT-----GTGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-TAGGACAGTTtgg
gi|32 : aattatatgcagattacccattgatTTTCTT-AAACATTCATGAAGAGATTT-ATAT--TTATTGTAAA-------TGCTTTGTATTTTGACTGTCTCTA-TGTGG---TTA---AC-------------G-------CATTTTGTTATTTTGGAT-TA-GAATA--Tctag
gi|33 : aaata--GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AGGTC-CCGA-TAGGACAGTTgtttt
gi|34 : atgtatgcattagtgcatcgtccacaactcctcctaaagaattatatgctatatacccattgatagacaactctt-----AGACA---A---G---------TCT-G----TT--AATCT-GAG-AAAA-TC-T-G---------TG-----------TT--------------C-AT--TA------T-GTTT---A--G-TG--T-GC---CCC--GC------GGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-TAG
gi|35 : atatactattttacccattgatttaTTAAGAATTCATGAAGGGATTTCATTTAAACATTGTAAA-------CACATTGATTTTAGACTGAcgagt
gi|36 : aggtgttttcaacttatggactttttttaaactgaaaaaaaaatg-----AGACA---A---C-----T---TCT-G----TT--AAT-T-GAG-AAAA-TT-C-T--G--T-TGTG-----------TT--------------C-AT--TA------T-GTA-------G-TG--T-G----CCC--GC------GGG-------G----------GT-AT-T--AG-T--CCGA-TAGGACAGT
gi|37 : atatatttattacccattgatgAAAGGGTGGG-CGTCCC-T--------CTTTGGAGTGT-AATTT---CCAAAAA------CAAAT-T-ATTTAAA-A-C-----ACCTGCT------TGCA--TT------------CAA--G---T---GAAC------TA-A-CT----TTTA-TGT--ACCTT---------A--------
gi|38 : ggc---------------A-----------------CTA--T---ATT-ACC-C---A-----TTGATTAGACA---A---C----GT----CT-G----TT--AATCT-GAG-AAAAATC-T-G-------TGTG-----------TT--------------C-AT--TA------T-GTA-------G-TG--T-GC---CCC--GC------GGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CC
gi|39 : taatatTGAAACTTCATGAAGAGATTTGATTTCAGCAATGTAAA-------TATGTTGTTCTTAGACTGAACTTA-TGCAT---TT
gi|4 : ctaaaaagtatatcaTTAAAAATTCATGAAGAGATTTGATTTAAATATTTTAAT-------TACATTGTTCTTCAATAAAACCCACTGCAT---TTC---TGAAACTGAACTTATG-------CATTTC-TAATTTTAGAT-TA-GAACA--TTCAAAGT-CATAGAAAAAAAGGGGGGT-GGGG---------------TGAAGAAT--ATTT---C-AAAAT------CAAAT-T-A-----T-A-C-----A------------T--A--TTT---T----TAAAAA--G---T---AAAAACAATTTG-A-AT----TTTAGTGA--ATGTTCGA------A--------T-------ATTTA---GGATTTTT--TC--C-----ATT-A-----TA-T--GCA------T--------------A-----------------------------------------TC------CA---------------TT---TTC----TGT----TGGGGAAAAGG---G----G--GGG--G---G--GGG-Gcttagattgaac
gi|4 : aaaaagtacatatcT-ATATG--GTATATTT--------------T-GT-TT--GCATTGA---A-CATCA-TCA---AA--------------AATAT-------ATT-CATA-AG-CTAT-TTAAAG-C--A-ACAT---TTT-CAA----------T--TTATGAAAAA---A-ATTAATAT--------A-----------------CCA--G---ATG-ACC-A---ATTGATT-----AGACA---A---C-----T---TTT-GG-T-TT--AATTG-GTG-GAAA-TC-T-G--T--T-TG-A-----------TT--------------C-AT--T-------------------------T-GC---CCG--GG-----GGAG-------GGGGTGGGCATGT-AT-T--AG-TC-CCAG-AAGGAgggnnnnntttatttagtggtatatggtatattttgtttgcattgaacatcatcaaaaatatattcataagctatttaaagcaacattttcaatttatgaaaaaaattaatataccagatgaccaattgattagacaacttttggtttaattggtggaaatctgtttgattcatttgcccgggggagggggtgggcatgtattagtcccagaaggatgtgctcgttaatgataatt
gi|40 : aaaaagtacatatcttaaaaattcatgaagagatttgatttaaatattttaattacattgttcttcaataaaacccactgcatttctgaaactgaacttatgcatttctaattttagattagaacattcaaagtcatagaaaaaaaggggggtggggtgaagaatatttcaaaatcaaattatacatatttttaaaaagtaaaaacaatttgaattttagtgaatgttcgaatatttaggattttttccattatatgcatatccattttctgttggggaaaaggggggggggggggggnnnnntttatttagtgg-----T-----AGACA---A---C-----T---TCT-G----TT--AGTCT-GAG--AAA-TC-C-G-----T-TGTG-----------TT--------------C-AT--TAT-----T-GCA-------GCTG--T-TT---TTG--GC-----GGGG-------G----------AT-A--T--AG-TCACCGATTAGGACAtgtgctcgttaatgataatt
gi|41 : acccatgatg-----T-----AGACA---A---C-----T---TCT-G----TT--AATCT-GAG-AAAA-TC-T-G-----T-TGTG-----------TT--------------C-AT--TA------T-GTA-------G-TG--T-GC---CCC--GC------GGG-------G----------GT-AT-T--AG-
gi|44 : atatactattttaccattgatT-GAG-AAAA-TC-T-G-----T-TGTG-----------TC--------------C-AT--TA------T-GTA-------G-TT--T-GC---CCC--TA-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-TAGGAC
gi|45 : -------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-TAGGACAGCT
gi|5 : gtagaaTTTCTTTAAAGATTCATGAAGAGATTTGATATAAATCTTGTAAA-------TGCATTGTATTTTGACTGAGCTTA-TGCAT---TTA---CG-------------G-------CATTTC-TTATTTTGAAT-TA-GAATA--TATAAAGT-TAAAGAAATAAGGGGGGGGAGGGGTC-T--------CTTTGGAGTGT-AATTT---C-AAAAA------CAAAT-T-A-----A-A-C-----A------------TGCA--TTT---T----T--CAA--G---T---GAAA------TA-C-CT----TTTA-TGT--ACCTT---------A--------T-------TTTTATT-GAA---TG--TA--C-----A-T-A-----CA-T--GCA------T--------------AC-AT---------------------T---------------TC------CA---------------TT---TTC----TGT----CG-----ATGT---G----T--GGG--G---G--GGG-GATTAGAAC----G-AGA-AAT-------GCTG----AT--AA----ACAATG-AA-A--TA--CTTT-GAAAA-----TT----C-----T-TATA-ATGTTATCATTTG--GTATATAA--------------T-GT-TT--TCATTGA---G-TAT-A-CCA-GTAATGTT---T-T----AGTATTTAATTG-TT-CATG-AA-TTTT-TTAAAG-G--A-ACAT---TTT-CAA----------T--T--------A---A-A---------------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----AGACA---T---C----AT---TCT-GG-T-TT--AATCT-GAG-GAAG-TC-TGG--G--T-TATT-----------TC--------------C-AT--TA------T-AAAT---T--G-TG--T-GC---CCC--GC-----GGGG-------G----------GTAAA-A--AG-TC-CCGA-AAGGACAGTTctagt
gi|6 : TTTAAAA-TTCATGA---GATTTGATATGAATATTGTAAA-------TAAATTGTTCTTTTACTGAGCTTA-TGCAA---TTA---TG---------------------CATTTT-GTATTCTGAAT-TA-GAATAATTTTAAAGT-ATTAGAAATAAAGGGGGAT-A---TC-T--------C---GGAGAAT-A--TG---T-AAAAA-------AAA----A-----A-A-C--------------------CA--ATT---T---------------------AAA------CA-AACT----TTTA-TGT--ACCTT---------A--------T-------TTCTATT-GAA---TA--TA--C-----A-T-G-----T--T--G-----------------------AT-A----------------------------------------------------------------------------GT----AG-----GGGG---G----T--AGG--G---G--TG---ATCAAAAT----G-ACA-AAT-------GATA----AC--AA----ACAATG-AA-A--TA--CTCT-GAATA-----TT----C-----T------ATGT----ATT-G--GTATATAA--------------T-GT-TG--GTATTGA---G-CATCA-TCA-GTAATGTT---T-T----AGCATTTAAT------CACT-AA-TTTT-T---AGTG--A-ACTT---TTT-CAA----------TAAT--------A---A-A---------------AGAATGGTATTTTA----CTA--G---ATA-ACC-A---A-----T-----AGACA---A---CTTC-AT---TCT-TG-T-TT--AATTT-GAG-GAAG-GCAT-G--T--T-TGTA-----------TTTGGGTTTTTTTTTCC-AT--TA------T-ATAT---T--G-TG--T-GC---CCC--AT-----TGGG-------G-----------T-AT-T--AG-TA-TCGA-AAGGACAGTT
gi|7 : TC-TTATTTTGAAT-TA-GAATA--TTTAAAGT-ATTAGAAATAAAAAGGGGG-----TC-T--------CTTTGGAGAA--AATTT---C-AAAAA------TAAAT-T-G-----A-A--------------------TGCA--TTT---C----T--CAAAAG---T---CAAA------TA-A-CT----TGTA-TGT--AC-------------------------------TTATT-GAA---TG--TA--C-----G-T-A-----TA-TTGACA------A--------------AT-AC---------------------T---------------TC------CA---------------TT---TTC----TAT----TG-----GTAG--------T--GAGTTG---G--GGT-GATACGAAA----G-AGA-AAT-------GATA----AT--AG----ACAATG-AA-A--TA--CTCT-TAAAA-----TT----C-----TATGTG-TTGGTAT-AAT----GTATATAA--------------T-GC-AT--GTATTGA---G-CATCA-CCA-GAACTGTT---T-T----AGTATTTAATTGATT-CATT-AT-TTTT-TAAAAG-G--A-ACAT---TTT-AAA----------T--A--------A---A-AAAAATGATATTAT--A-----------------ATA--G---GTG-ACA-A---A-----T-----AGACT---ACTTC----AT---TTT-GG-T-TT--AATCT-GAG-GAAA-TC-T-GTTG--T-TTTT-----------TC--------------C-AT--TATACATGT-ATAT---T--A-TG--T-GT---TCC--GC-----GGGT-------G----------GT-cgtt
gi|8 : aca--------CTTTGGAGAAT-A-TTT---A-AAAAAAAAAAACGAAG-T-A-----ACA-CC----A------------TACA--TTT---T----T--AAA--A---A---TAAA------TA---CA----TCTA-TGT--ACATTTACATTTTGA--------T-------TTTCAGT-GAA---TG--TA--TGAATTA-T-T-----CA-T--GAA---------------------AT--T---------------------T---------------TC------CC---------------TT---TTC----TGTATATCC-----ATTTACTG----TTGGGG--G---G--GGG-GGTCTCTAC-----------ATTCT----ACTG----ATTGAG----ACAAT--------CA--CTTC-----A-----TT----C-----TATATC--CATTAT--TTT------CACAA--------------T-----------TTAA---GTCATCA-CCA-G-AATGTTAATTAT----AATATTTGATTGATT-CAGT-AA-ATTTATTAAAG-C--A-ACATATCTTT-CAA----------T--T--------A---A-A---------------AAAAAATA----------CTA--G---ATG-ACC-A---AATGA-T-----AAACA---A---T-----T---TCT-GG-C-TT--AATCT-GAG-AAAG-TC-T----G--T-TTCG-----------TT--------------C-AT--TA------T-ATA-------G-TG--T-GT---CTC--AC-------AT-------G----------GT-AT-T--AG-T--CCGA-AAGGACAGTT
gi|9 : TC-T---------TTTGGAGAAT-A-TTT---A-AAAAAAAAAAACGAAG-T-A-----A-A-C-----ACCA---------TACA--TTT---T----T--TAA--AAAAT---AAAA------TG-A-CA----TCTA-TGT--ACATTTACATTTTGA--------T-------TTTCAGT-GAA---TG--TA--TGATT-A-T-T-----CA-T--GAA------T--------------AT-TT---------------------TCCCCTTTTCTGTATATC------CA---------------TT---TAC----TGT----TG-----GGGG---G----G--GGG--G---G--GGG-GGTCc
gi|9 : --CTCT-AAACA-----TT----C-----T-ACTG-AT---------TG--GTATATA-----------------GT-TT--ACATTAA---G-CATCA-CCA-G-AATGTTAATTAT----AATATTTGATTGATT-CAGT-AA-TTTA-TTAAAG-C--A-ACAT---TTT-CAAT---------T--T--------A---A-AAAAATAT--------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---AATGATT-----AAACA---A---T-----T---TCT-GG-C-TT--AATCT-GAG-AAAG-TC-T----G--T-TTCG-----------TT--------------C-AT--TA------T-ATA-------G-TG--T-GT---CTC--AC-----AATG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CTGA-AAGGACAGTtctaaacattctactgattggtatatagtttacattaagcatcaccagaatgttaattataatatttgattgattcagtaatttattaaagcaacattttcaatttaaaaaaatatactagatgaccaaatgattaaacaatttctggcttaatctgagaaagtctgtttcgttcattatatagtgtgtctcacaatgggtattagtcctgaaaggacagt
blockSeqs : A A C T AAGTAGA TC T G C GTC TGAAACTGAACTTATG G C . AT T T GG AGGGG G AACTAAAC A AC T C AAAAAA TT TTTAA C TAGAGGTATTTTAC AT CAAAAA GTCAA ACAATT AA A G . TACATTTTGAT T . TTT TA AC GAATT T . GAGGC T TG TATGATATTATAAATAATAATAACATATTCCATTTCTGTCGATGGGAGT TT AGT TG . A TCAAG T TCTACTG TG TCTT C TA TA T T AATGGATTATACCGGTGATTATACATGTTAATTG AA ATACTACAATAACTT A AAG CAA T . . T T TTTAAG T T T GT A C GTA T ATC A GAAAAAAAAT AA TATGAAAA TAT T AAAAAAAAATGATATTAT TTGTAT . C TTG TTGATT TCT CTTCA CAG T GTA TG T CA A T GGGG C GGGTCCATACAA TGGGTTTTTTTTTC C AG TACATG G CGAAC C . G TCC TT GTATGG GGGGGGG GGGTGGGCAT A G AA G A TT
blockSeqs : T T C A . TC T A . . GACTGAACGTATA . . . . T . TT GGTG . . C AA . . AAAAAA G . . CACCTGCT . ACATT AAAAT ACTCA A T . . TACATTTTGAT G . . T . GATT . . . . . TGAATATTTCCATTTCTGTTATATCCATTTTCTGTTCTCCAAAAG . . T . A GC . TATA . . . A . C . ATTCTTATAATGTTATCATTT . T A G . . . . T T AATTAT G . . A . C TG . . G T . . . . GGTGTATAACAATATA G . . . TTCATT . CTTCA . . TTG T . G . A GTTG . GT T . G T A TTTG . . . . . G . GAT . . TA . . TA
blockSeqs : T A G T . TT A G . . ACG . . . . C . AG GGGG . . T AA . . A T . . TGTTAAA . TTAA CAGG CAT A A . . ACATTCAGAT T . . . . . . . . . . TATTTTCCCCTTTTCTGTATATCCATTTACTGTTGGGGGGG . . . . A G . TATG . . . A . C . ATTCTATGTGTTGGTATAAT . T . G . . . . T G AATTAT G . . A . T G . . . T . . . . AAAATGATATTATA G . . . TTGATT . CTTCA . . GGT . . G . . AGC . T . . . . . TTA . . . . . A . . . . T . . TT
blockSeqs : T A C A . AT T C . . CGG . . . . T . AG GGGA . . A AA . . . T . . CACCA . TTAA AAGT . A A . . ACATTTTGAT G . . . . . . . . . . TATATCCAGATCAATCCATTTTCCCATTTTCAGTTGTT . . . . A A . GCTG . . . A . C . ATTCTATATCCATTATTTT . T . G . . . . A T TT T . . A . T G . . . . . . . . AAAATGATATTATA G . . . TTGATT . CTTCA . . GT . . G . . GGG . T . . . . . TT . . . . . A . . . . A . . A
blockSeqs : T A G A . TT T A . . TG . . . . T . GG CGTC . . T A . . . G . . ACA . TGT GT . G G . . ACAATTCGA G . . . . . . . . . . ATTTTCCCTTTTCTGTATATCCATTTACTGTTG . . . . A G . GCTG . . . A . T . ATTCTTATAATGTATT . T . G . . . . T T TT T . . G . T G . . . . . . . . AGAATGGTATTTTA T . . . TTGATT . CTTC . . GT . . G . . GTG . G . . . . . TT . . . . . G . . . . . . . A
blockSeqs : T A G T . TC A A . . TG . . . . T . AG GGGG . . T G . . . T . . CCA . TT GT . A T . . CGAAT T . . . . . . . . . . TATGTTTCCATTTTCTGTCGATAGGGGAGT . . . . A G . GCTG . . . A . T . TCTTATAATGTATT . T . A . . . . T T TT T . . A . T G . . . . . . . . AAAATGATATTATA T . . . ATGATT . CTTA . . TT . . G . . GGG . G . . . . . TT . . . . . G . . . . . . . A
blockSeqs : . A G T . TC A G . . TG . . . . . . AA GGG . . A A . . . T . . CA . TT AA . A T . . AT T . . . . . . . . . . TATCCATTTTCTGTTGGGGAAAAGGGG . . . . C G . GATA . . . A . C . TTGTTATGTATT . T . G . . . . T T TT T . . G . T C . . . . . . . . AAAAATATA T . . . TTATG . CA . . GT . . G . . AG . G . . . . . TT . . . . . A . . . . . . . A
blockSeqs : . C G T . AT C G . . G . . . . A A . . T A . . . T . . CA . TT GT . A T . . AT T . . . . . . . . . . TACATTTCCATTTTCTGTCGATGTGT . . . . T G . GATA . . . A . C . ATCCTATTTACT . T . T . . . . A T TT T . . A . A C . . . . . . . . TTAATATA G . . . ATGAT . AC . . GT . . A . . GT . G . . . . . TT . . . . . G . . . . . . . A
blockSeqs : . A . A . TC T . . . . . . . . . . . A A . . . T . . CG . CT GT . A T . . AT T . . . . . . . . . . AATACTTCCATTTTCTATTGGTAGT . . . . . . . GCG . . . . . T . ATTCTATGTATT . T . G . . . . . T TT T . . A . T G . . . . . . . . AAAAAATA G . . . TTT . AC . . AC . . G . . GT . G . . . . . TT . . . . . G . . . . . . . A
blockSeqs : A . A . T T . . A A . . . T . . CA . TT GT . C T . . AT T . . . . . . . . . . ATAGTAGGGGGGT . . . . . . . GC . . . . . C . ATTCTACTGATT . . . G . . . . . . . . . . T . T G . . . . . . . . AAAATATA T . . . T . CA . . GT . . A . . GT . G . . . . . TA . . . . . G . . . . . . . A
blockSeqs : . . . A A . . . T . . CA . TT GT . A T . . A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTGTTATGTAT . . . A . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . GTATA G . . . T . CA . . GT . . A . . GG . G . . . . . TT . . . . . G . . . . . . . A
blockSeqs : . A A . . . . . . C . T AA . A A . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . TA T . . . T . CA . . GT . . A . . TG . G . . . . . TT . . . . . G . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . G . . . . . . . . . . . . . . . TA G . . . T . CG . . GT . . A . . GT . G . . . . . TT . . . . . G . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G G . . . T . CA . . GT . . G . . GT . G . . . . . G . . . . . G . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . A G . . . T . C . . GT . . A . . G . G . . . . . T . . . . . G . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . A G . . . T . C . . GT . . A . . G . G . . . . . T . . . . . G . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . A G . . . T . C . . GT . . A . . A . G . . . . . . . . . . . G . . . . . . . A
blockSeqs : A G . . . T . C . . GC . . A . . G . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . T
blockSeqs : A . . . . T . A . . GC . . A . . G . G . . . . . . . . . . . T . . . . . . . T
blockSeqs : . T . C . . T . . G . . G . G . . . . . . . . . . . G . . . . . . . T
blockSeqs : T . C . . . . . A . . G . G . . . . . . . . . . . A . . . . . . . T
blockSeqs : T . G . . . . . A . . G . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : T . C . . . . . G . . G . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : T . C . . . . . G . . G . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : T . C . . . . . G . . G . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . C . . . . . A . . G . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . T . . . . . A . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : TC CG************************ AG A** *** T** CA****************** TT********* GT******** A** N**** ** ** G***** GATG*********** A*** ATTCTTGTAATGTATT********************* T*************** G** A* ********** AAAATATA************************* *** C******** G****** TT***** **
originalCons : TTTCTTTAAAAATTCATGAAGAGATTTGATNTAAATATTGTAAA-------TACATTGTTCTTTGACTGAGCTTA-TGCAT---TTA---TG-------------G-------CATTTC-TTATTTTGAAT-TA-GAATA--TTTAAAGT-ATTAGAAATAAAGGGGGGG-GGGGTC-T--------CTTTGGAGNAT-AATTT---C-AAAAA------CAAAT-T-A-----A-A-C-----A------------TGCA--TTT---T----T--CAA--G---T---GAAA------TA-A-CN----TTTA-TGT--ACCTT---------A--------T-------TTTTATT-GAA---TG--TA--C-----A-T-A-----CA-T--GCA------T--------------AT-AT---------------------T---------------TC------CA---------------TT---TTC----TGT----CG-----ATGG---G----T--GGG--G---G--GGG-GATCAGAAC----G-AGA-AAT-------GCTG----AT--AA----ACAATG-AA-A--TA--CTCT-GAAAA-----TT----C-----T-TATG-ATGTTAT-ATTTG--GTATATAA--------------T-GT-TT--GTATTGA---G-CATCA-CCA-GTAATGTT---T-T----AGTATTTAATTGATT-CATT-AA-TTTT-TTAAAG-G--A-ACAT---TTT-CAA----------T--T--------A---A-A---------------A-----------------CTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----AGACA---A---C----AT---TCT-GG-T-TT--AATCT-GAG-GAAA-TC-T-G--G--T-TGTG-----------TT--------------C-AT--TA------T-GTAT---T--G-TG--T-GC---CCC--GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-AAGGACAGTT
finalCons : TTTCTTTAAAAATTCATGAAGAGATTTGATNTAAATATTGTAAA-------TACATTGTTCTTTGACTGAGCTTA-TGCAT---TTACG------------------------CATTTC-TTATTTTGAAT-TA-GAATA--TTTAAAGT-ATTAGAAATAAAGGGGGGG-GGGGTC-T--------CTTTGGAGNATA--TTT---C-AAAAA------CAAATT--A-----A-ACA------------------TGCA--TTTTT---------CAAGT--------GAAA------TAA--CN----TTTA-TGT--ACCTT---------A--------T-------TTTTATT-GAA---TG--TA--C-----A-T-A-----CA-T--GCA------T--------------AT-AT---------------------T---------------TC------CA---------------TT---TTC----TGT----CG-----ATGG---G----T--GGG--G---G--GGG-GATCAGAACG-----AGA-AATGATG-----------AT--AA----ACAATG-AAA---TA--CTCT-GAAAATTCTTGTAATGTATT---------------------G--GTATATAAT---------------GT-TTG--TATTGA---G-CATCA-CCA-GTAATGTT---T-T----AGTATTTAATTGATT-CATT-AA-TTTT-TTAAAG-G--A-ACAT---TTT-CAA----------T--T--------A---A-AAAAATATA-------------------------CTA--G---ATG-ACC-A---A-----T-----AGACA---AC--------T---TCT-GG-T-TT--AATCT-GAG-GAAA-TC-TG------T-TGTG-----------TT--------------C-AT--TA------T-GTATT-----G-TG--T-GC---CCC--GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-AAGGACAGTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|42 ): GGTATATTTTACCAACATATGTACCATTGTCAAATTTGCTGCTGAGGGGTATTAGTCCCTTTGAGGACAATTCTAGTC
Unaligned ( gi|43 ): AATTTTTATATTGAGCAGCATTTCTAAATCATGCATGCTAGGGGGCTGTATATCACAATATCCATTTTTGGCC
Alignments
lowQualScore : 1 1111111 4444444444444444444444444444444 11111111111111111 11 111111 111111 3333333333333333333333 11111111111 11 222222 44444444444444444444444444 1111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 1111111 1111 3333333333333333333333333 1111111 222222222222222 1111111111 1111111111111 222222222222222222222 1111111 3333333333333333333333333 1111 111 11111111111111 2222222 111111
lowQualScore : 0 1 3 1 1111111 22 1 1 4 3333333333333333333333333333333 4 4 4 55 5 3 66666666666666666 0 1 33 00 333333 111111 555 77777 2 6666666666666666666666 33 555 88888888888 00 555 000000 999999 1 2 33 88888888888888888888888888 2 2 444 66 1111111111 3 3 77777 3 88 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 77 555 77 3 55 222222 8888 7 1111111 1111 88 3 44 1 3 4444444444444444444444444 44 3 44 7777 3 555 0000000 444444444444444 6 44 555 3 3 3 5 1 5555555555 33 2 33 33 444 2 2 5555555555555 9999999 888888888888888888888 1 666666 4444 3333 1111111 66 1 7777777777777777777777777 1 33333 2 5555 222 5555 333 111 33 1 22 1 1 2 33 44 1 11 1 99999999999 11 55555555555555 1 33 555555 2 6666666 1 11 1 222 11 111111 4444444 7777777777 1 1 66 1 1 55
lowQualScore : . . . . ....... .. . . . ............................... . . . .. . . ................. . . .. .. ...... ...... ... ..... . ...................... .. ... ........... .. ... ...... ...... . . .. .......................... . . ... .. .......... . . ..... . .. ................................................................................................................................... .. ... .. . .. ...... .... . ....... .... .. . .. . . ......................... .. . .. .... . ... ....... ............... . .. ... . . . . . .......... .. . .. .. ... . . ............. ....... ..................... . ...... .... .... ....... .. . ......................... . ..... . .... ... .... ... ... .. . .. . . . .. .. . .. . ........... .. .............. . .. ...... . ....... . .. . ... .. ...... ....... .......... . . .. . . ..
lowQualScore : 9 4 6 0 8888888 88 6 4 0 3333333333333333333333333333333 0 0 0 55 0 9 33333333333333333 6 0 99 77 222222 111111 444 11111 9 7777777777777777777777 99 000 66666666666 77 000 444444 111111 0 9 99 33333333333333333333333333 3 7 777 33 4444444444 1 1 77777 1 55 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99 444 33 2 55 333333 5555 1 8888888 4444 66 6 66 6 3 8888888888888888888888888 66 3 66 1111 3 888 8888888 111111111111111 7 66 888 3 3 3 5 1 4444444444 55 9 77 22 111 2 2 2222222222222 5555555 666666666666666666666 5 555555 8888 3333 7777777 22 5 9999999999999999999999999 4 44444 8 9999 444 3333 888 444 33 3 77 3 3 7 77 55 3 88 3 00000000000 88 22222222222222 3 22 222222 7 7777777 3 88 3 333 88 444444 1111111 7777777777 2 3 11 3 3 00
consensus : TTTCTTTAAAAATTCATGAAGAGATTTGATNTAAATATTGTAAA-------TACATTGTTCTTTGACTGAGCTTA-TGCAT--------------TT-A-------CG----CATTTC-TTATTTTGAAT-TA-GAATA--TTTAAAGT-ATTAGAAATAAAGGGGGGG-GGGGTC-T--------CTTTGGAGNGT--A--TTT------CAAAAA------CAAAT-T-A-----A-A---C-----A------------TGCA--TTT---T----T--C---AA--GT---GAAA------TA-A----CNTTTA-TG--TACCTT---------A--------T-------TTTTATT-GAA---TG--TA----C-----A-T-A-----CA-T--GCA------T--------------AT-AT---------------------T--------TC------CA---------------TT---TTC----TGT------------CG-----AT----GG--G----TGGG--G---G--GGGGATCAGAA--C----G-AGAAA----TGATG-------ATAA----ACAATG--AA-ATA--CTCT-GAAAA-----TT----C-----TTAT-A-AT--G-T--A----T-TGG---TATA-------TAA--------------TGT-TT--GTATTGA---G-CATC-ACC-AGTAATGTT---T-T----AGTATTTAATTGATTCATTAA-TTTT-TTAAAG-GA--ACAT---TTT-C-AA---T--T------AAA-------AA--A-------A----------T-A------T----A----CTA--G----ATN-A-CC-------A---A-----TT------AGA-C-----AA-C----T---TC----T---GGT-TT--AATCT-GAG-GAAA-T-C-T--G--T-T--G-TG-----------T--T--------------C-AT--TA------T-GTAT---T--G-TG--T-GC---CCC--GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-AAGGACAGTT
Reference ( family-377 ) : TTTCTTTAAAAATTCATGAAGAGATTTGATNTAAATATTGTAAA-------TACATTGTTCTTTGACTGAGCTTA-TGCAT--------------TT-A-------CG----CATTTC-TTATTTTGAAT-TA-GAATA--TTTAAAGT-ATTAGAAATAAAGGGGGGG-GGGGTC-T--------CTTTGGAGNAT--A--TTT------CAAAAA------CAAAT-T-A-----A-A---C-----A------------TGCA--TTT---T----T--C---AA--GT---GAAA------TA-A----CNTTTA-TG--TACCTT---------A--------T-------TTTTATT-GAA---TG--TA----C-----A-T-A-----CA-T--GCA------T--------------AT-AT---------------------T--------TC------CA---------------TT---TTC----TGT------------CG-----AT----GG--G----TGGG--G---G--GGGGATCAGAA--C----G-AGAAA----TGATG-------ATAA----ACAATG--AA-ATA--CTCT-GAAAA-----TT----C-----TTGT-A-AT--G-T--A----T-TGG---TATA-------TAA--------------TGT-TT--GTATTGA---G-CATC-ACC-AGTAATGTT---T-T----AGTATTTAATTGATTCATTAA-TTTT-TTAAAG-GA--ACAT---TTT-C-AA---T--T------AAA-------AA--A-------A----------T-A------T----A----CTA--G----ATG-A-CC-------A---A-----T-------AGA-C-----AA-C----T---TC----T---GGT-TT--AATCT-GAG-GAAA-T-C-T--G--T-T--G-TG-----------T--T--------------C-AT--TA------T-GTAT---T--G-TG--T-GC---CCC--GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-AAGGACAGTT
gi|1 : TTCTTAAAGATTTTATGAAGAGATTTGAATTAATTCGTGTAAT-------TGCATTGT-ATTGGACTGAAGTAT-TGCAC--------------T--A-------AG----CTTTTC-TTATTTTGAAT-TATAAATA---TTAAAGT-ATTAAGAATA---GGGGGG-GGTGTT-C--------CTTTGGAGTGTTAA--TTTTCA---CAAAAA------CAAATGT-A-----A-AT--C-----A------------TGCA----T---T----T--C---AAT-GT---GATT------TACACCCTCGTTTA-TGTTTACCTT---------A--------T-------TTTTATTAGTC---TG--TA----C-----A-TGA-----CA-TTCGCAGAACCGT--------------AT-AT---------------------T--------TCAAAATATA---------------TTCCATTC----TGT------------TG-----ATAGGGGA--G----TGGGT-G---G--GGTAATCAGAA--CTCGAA-AGAAATTTGTGGTGCGGGGGTATAA----ACAATGGAAG-ATA--CTTT-GAAAA-----TC----T-----TTACGA-ATTGG-T--A----T-TTG---GGTA-------TAAT-------------TGT-TT---TATGGA---G-TATTAACCAAGTAATTGT---T-T----AGTATTTAATTGATCCATGA---TTT-TTAAGG-AG--ATAT---TTT-C-AAAT-T--T------AAA-------AA--AAAATTATA----------T-A------T----A----CTA-------ATG------------A---A-----T-------ACA-C-----TT-CTA--T---TC----T---GG--TT--AATCT-GAG-GAAG-T-C-G--G--G-T--A-TA-----------T--TTC------------C-AT--TA------T-AAAT---T--G-TGATT-G-----CC--GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-AAGGACAGTT
gi|10 : acgtttcttgattaattttctacatttcattttatatcactatatgagagttgattgtgtttgagtacgagatcaatgcaagggttgtactggattttcatattatgagatcaaattttctcgccaatttaactttttttcccttattttacttaagtcatattgccgattatataacctgtgaaataa-------TTTTATT-GAA---TG--TA----C-----A-T-A-----CA-T--GCA------T--------------AT-GT---------------------T--------TC------CA---------------TT---TTC----TGT------------CG-----AT----AG--GGGAGTGGG--G---GTGGGGGATCAGAA--C----G-AGAAA----TG-CG-------ATAA----ACAATG--AA-ATA--CTTT-GAAAA-----TT----C-----TTAT-A-AT--G-T--A----T-TGG---TATA-------TAA--------------TGT-TT--GTATTGA---G-CATA-TCC-AGTAATG--------------------ATTGATTCATTAA--TTT-TTAAAG-GA--ACAT---TTT-C-AA---T--A------AAA-------AA--A-------ATGATAT----T-A------T----A----CTA--G----ATT-A-CC-------A---G-----T-------AGA-C-----GT-CTTCAT---TC----T---GGT-TT--AATCT-GAG-GATG-T-C-T--G--G-G--G-TT-----------T--TTC------------C-AT--GA------T-ATAT---T--G-TG--T-GC---CCT--GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCAA-AAGGACAGTTctagt
gi|11 : a---G--AGGGATCAGGA--C----A-AGAAA----TTATA-------ATAA----ACAGTG--AA-ATATACTCT-GAAA------------------TTGT-T-AT--G-T--A----T--GG---TATA-------TAA---------------GTATT--GTATTGA---G-CATC-ACC-TGTAATGTT---T-T----AGTATTTAATGGATTCATTAA-TTTC-TCAAAG-GA--ACAT---TTT-C-AA---T--TTAAAAAAAA-------AA--A-------A----------TGA------T----ATTATCTA--G----ATG-A-CC-------A---A-----T-------ATA-C-----AA-CTTCAT---TC----T---GGTATA--AATCT-GAT-GAAG-T-C-T--A--G-C--GTTT-----------T--T--------------C-AT--TA------T-ATAT---T--G-TG--T-GT---TCC--G------AGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TA-CCGA-AGGGCCAGTTc
gi|12 : CTTAAAAAAATCATGAAGA-------TTTAAACATTGTAAAAAGTAGATAAATTGTT-TTTGA--------A-TAGAT--------------TG-A-------TG----TATTTT-ATAT-----ATCTA-GAACA--TTTAAAGT-ATCAAAAGTAAAGGGTG-------TT-TAACTAAACCTTTGAAGAAT--A--TTT------CAAAAA------CACNC-G-A-----G-A---T-----AGAGGTATTTTACTGTA--TTT---CAAAAA--C---AA--GTCAAGCAA------CA-A----CATTTA-GG--TACCTT---------A--------CAATTCGATTTTAGT-CAA---TG--TA----cta
gi|13 : atttttttttcatttatggagtttttctaaTA-------ATAA----ACAGTGC-AATATA--CTCT-GAAA------------------TTGT-T-AT--G-T--A----T-TGG---TATA-------TAA---------------GTATT--GTATTGA---G-CATC-ACC-TGTAATGTT---T-T----ATTGTTTAATGTATTCATTAA-TTTC-TCAAAG-GA--ACAT---ATT-C-AA---T--T------AAA-------AA--A-------ATGATAT----T-A------T----A----CTA--G----ATG-A-CC-------A---A-----T-------AGA-C-----AA-CA---TCAGTC----T---GGT-AT--AATCT-GAT-GAAA-T-C-T--AGCT-T--T-TT-----------T--T--------------C-AT--TA------T-ATAT---T--G-TG--T-GC---ACC--GT-----AGGG-------GGAT-------GT-AT-T--A--TT-CCGA-AGGACCAGTT
gi|14 : ATGAG-TTTT-ATATAG-GA--AAAA---ATT-A-AAGTGT--T------ATA-------AG--C-------A----------T-A------T----A----ATA--T----ATT-A-CC-------AT--G-----T-------TGA-TTATGAAA-C----T---TC----A---GTT-TTTGAATCTTGAT-GAAA-T-C-T--G--TAT--G-TG-----------T--T--------------C-AT--TA------T---AT---TA-G-TG--T-GC---CCCTTG------GGGG-------G----------GT-AT-TT-AG-TC-CCGA-AGGAACAGTTctg
gi|15 : gtgctttcgtttaaccagtcaaaatttggtcgtaaatcatGTC-T--------CTTTG-AGCGT--G--TTT------CAAAAAA-----CAAAT---G-----A-A---C-----A------------TGCA--TTT---T----T--C---AA--GT---GAAA------TA-A----CTTTTA-TG--T-CCTT---------A----------------TTTTATT-GAA---T---TA----C-----A-T-A-----CATT--GCA------T--------------ATGATATTATAAATAATAATAACATAT--------TC------CA----------------T---TTC----TGT------------CG-----AT----GGGAG----TGGG--G---AT-GGGGATTAGAA--C----G-ATAAA----TG------------CA----ACAATG--A-----------------------T----C-----TTAT-A-AT--G-T--A----T-TGG---TATA-------TAA--------------TGT-TT--GTctaggttgaatacaaatcttaccaataattttaaa
gi|16 : gct--T------AAA-------AAC-A-------A----------T-AAT----T----A----ATA--GCTTTATT-A-CC-------ATTGA-----TTT-----AGA-C-----AAAC----T---TC----T---GTTGCT--AGTCT-GAGCAAAA-A-C-T--G--T-T--G-TG-----------C--T--------------CCATG-TA------T-GTAT---T--G-TG-----C---CCC--GC------GGG-------G----------TT-AT-TAAAA-TC-CTGA-AAAGACAGTT
gi|17 : aatgtataacattggtgggttgtcacgaactcctcATTAG-TTTT-ATATAG-GA--AAA----------AA---T--T------AAAGGTGTATAAC-A-------A----------T-A------T----A----CTA--T----ATT-A-CC-------C---A-----TTGATT--AGA-C-----AA-C----T---TC--------AGT-TT--AATCT-GAG-GAAA-T-C-T--G--T-T--G-TG-----------T--T--------------C-AT--TA------T-ATA-------G-TG--T-GC---CCC--TT-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-AAGGACAGctagtt
gi|18 : aaaatgttggttgtaaatcatTTTCTT-AAAATTTCATGAAGAGATTT
gi|18 : taaATACATGAAGAGATTTC-TATAAATATTGTAAA-------TATATTGTTCTTTGACTGAGCTTA-T------------------------------G----CATTTC-TTATATTGAAT-TA-GAATG--TTtttttttttataatgctttatttctgtgttgcatatatatcatattacatacatacatgaagagatttctataaatattgtaaatatattgttctttgactgagcttatgcatttcttatattgaattagaatgtt
gi|19 : taatttcttaaaatttcatgaagagattttttttttttataatgctttatttctgtgttgcatatatatcatattacatac---T--T------AAA-------GA--TT------A----------T-A------T----A----TTA--T----ATT-A-CC-------C---A-----TTATG---AGA-C-----AAAC----T---TC----T---G---TT--AATCT-GAG-GAAA-T-CTT--GT-T-T--G-TGT----------T--T--------------C-AT--TA------TGGTA----G--G-TG----GC---CCC--GC-------GG-------G----------GT-AT-T--AG-T--CCGATTAGGACA
gi|2 : aatgtatgcattagtgcatcgtcctcaactcctcctAAAAATTCATGAAGGGATTTCATTTAAACCGTGTAAA-------TACATTGTTCATAGAATGAACTTA-TGCATGTC-----------TT-AGACTGAACGTATACATTTC-TTATTTTAAAT---------------AAGTTGTTGGACATAAGGGGGGGG-GGG--C-T--------CTTTGAAGTAT--A--TTT------CAAAAC------CAAAT-T-A-----A-G---C-----A------------TGCA--TTT---T----TAAT---AA--GT---AAAA------TA-A----CATTTA-TG--TACCTT---------ACATTCAGAT-------TTTTAGT-GAA---TG--TA----T-----G-T-A-----TA-T--TTA------TGA------------AT-AT---------------------T--------TC------CATTTCTGTTATATCCATT---TTC----TGTTCTC--------CA-----AA----AG--------GGG--G---G--GGATGTC--AA--C------AGAAA----TTATG-------ATAA----ACAAT-------T---CTCT-GAAAA-----TC----C-----T------AT--T-T--A----C-TGG---TATG-------T----------------TGT-TT--ATATTGA---A-CATC-ACT-AGAAATAGT---T-T----AGTATTTAATTGATTCATTAGTTTTT-TTAAAG-CA--ACAT---TTT-C-AA---TA-A------AAA-------AA--A-------A----------T-A------T----A----CTA--G----ATG-A-CC-------A---ATTCATT-------AGA-C-----AA-C----T---TC----T---GGT-TT--AATCA-GAG-AAAG-T-C-T--A--T-T--T-TG-----------T--T--------------A-AT--TA------C-ATA-------G-TG--C-GC---CCC--GC-----AGAG-------G----------GT-AT-T--GG-TC-CCAA-AAGGACAGTttctagt
gi|20 : aggtttttttcccacttatggacatatttatttttctaacttaaaaagtatatcttaaaAG-CA--AC-T---TTT-C------C--T------AAAC------AAT-A-------A----------T-A------TTAACA----CTA--G----ATG-A-CC-------A---A-----T-------TCATC-----A-------T---GC----A---GAC------ATCT-GAG-GAAG-T-C-T--G--T-T--T-TG-----------T--T--------------C-ATAGTA------TAGTACGAAC--G-TG--T-AT---CCC--AT-----GGGT-------G----------GT-AT-TTAAG-TC-CTGA-AACTATAGTT
gi|21 : gcttccatgtgttgtc--T------AAAC------AAT-A-------A----------T-A------T----A----CTA--T----ATT-A-CC-------C---A-----TTGATT--AGA-C-----AA-C----T---TC----T---G-T-TT--AATCT-GAG-AAAA-T-C-T--G--T-T--G-TG-----------T--T--------------C-AT--TA------T-GTA-------G-TG--T-GC---CCC--GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-TAGGACAGTTctagt
gi|22 : taatgtatgcattattgtgttgtccacaactcttcc--T------AAG-------AAT-A-------A----------T-A------TT---A----CTA--T----ATTTA-CC-------ATTGA-----TT------ACA-C-----AA-A----T---TC----T---G---TT--AATCT-GAG-AAAA-T-C-T--G--T-TCTG-TG-----------T--TT-------------C-AT--TA------T-GTAT---------G--T-GC---CCC--GC------GGG-------G----------GT-AT-TA-AG-TC-CTGA-TAGGACAGTTct
gi|23 : tgtatgcattagtgcatcgtccacaaatcctctaT-C-CA---T--A------AAG-------AAT-A-------A----------T-A------T----A----CTA--T----ATTTA-CC-------C---A-----TTGATT--AGA-C-----AA-C----T---TC----T---GGT-T---AATCT-GAG-AAAA-T-C-T--G--T-T--G-TG-----------T--T--------------C-AT--TA------T-GTA-------G-TG--T-G----CCC--GC-----GGGG-------G----------GT-TT-T--AG-TC-CCGA-TAGGACAGTTca
gi|24 : atgtatgcattagtgcattattctacaaccc--ACAC---TCT-CCAA---A--C------AAT-------AA--T-------A----------T-A------T----A----CTAT-GT---ATT-A-CCCGATATGG---A-----T-------AGA-A-----CA-T----T---CT----T---AGT-TT--AGTCT-GAA-AAAA-T-C-T--G--T-T--G-TG-----------T--T--------------C-A---TA------T-GAA---------TG--T-GC---CCC--GC-----GGCG-------G----------TT--T-A--AG-TC-CCGA-AAAGACAGTTc
gi|25 : tgcgttgtcTTTCTT-AAAAATTCATAAAGAGATTTGATATAAATATTGTAAA-------TGCATTGTTTTTTGACAGAGCTTA-TGCAT--------------TT-A-------TG----CATTTC-TTATTTTGAAT-AT-GAATA--TTTAAAGT-ATAAGAAATAA--GGGGGA-GGGGTC-T--------CTTTGGctaag
gi|26 : aaata-------A---A-----T-------AGA-C-----AT-C----T---TC----TTCTGGT-TTT-AATCT-GAG--AAG-T-C-G--G--C-G--G-GGGGTCCATACAAT--T--------------C-AT--TA------T-ATAT---T--G-TG--T-GCTCCCCC--GC-----GGGGGGGGGGGG----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-AAGGATAGTT
gi|27 : atcttacaatgaaatacttgaaTTTGGAGAAT--A--TTT------CAAAAA------CAACT-T-A-----A-A---TGTTAAA------------TG----TTTACAT----T--T---AA--AA---AAAAACTCA-TA-G----CACCTA-TA--TACCTT---------ACATTTTGAT-------TTTTAGT-GAA---TG--Tcta
gi|28 : TTTATT-GAA---TGTATA----C-----A-T-AGAGGCTA-T--ACG------T--------------AT-AT---------------------CCAGATCAATC------CA---------------TT---TTCCCATTTT------------CA-----GT----TG--T----TAGG--GAGTG--GGGAATC-GAA--C----GCAGAAA----TGCTG---------AATCTTACAATG--AA-ATA--CT-T-GAAAA-----tcttgtagtgatgttaaatattttgtcgttttcagt
gi|29 : c--ACAT---TTT-C-AA---T--T------AAA-------A-----------------------------------------CTA--G----ATG-A-CC-------A---A-----T-------AGA-C-----AT-C----T---TCATT-C---TGT-T----ATCT-GAG-GAAG-T-C-TGGG--T-T--A-T------------T--C--------------C-AT--CA------T-AAAT---T--G-TG--TGGC---CCC--GT------GGG-------G----------GT-A--T--AG-TC-CCGA-AAGGACAGTT
gi|3 : AGAAATTATTGGGGGG-GGGATTGT--------CCTTG-AGTGT--ACTTTT------CAGAAA------AACAT-G-A-----A-AA--C-----A------------TGCAATTTT---TG---T--C---AACAGG---GAGACAT---TA-A----TGATTA-TG--TACCTT---------A--------T-------TTTTATT-AAA---TGT-TAAC--C-----A-T-A-----CG-T--GCG------A--------------AT-Actag
gi|3 : aG--G---A--AGGGATCAGAATTC----A-AGAGA----TAATG-------CTGAT---GCAATG--AA-ATA--CTTTTGAAAAATGGATTATACCGGTGATTAT-ACAT--G-TTAA----T-TGGAAGTACA-------TGAATACTACAATAACTTGA-TTAAGTATTGACAAG-CATC---C-AGTAATGTT---T-TTAAGGGGATTAACTTGAT---TTCA-TTTA-ATAAGG-TAATACAT---TTTGC-AA---G--A------AAA-------AA--A-------ATTTATATAAGT-A------T----A----CTATTGTAT-ATG-ACCC-------A---A-----T--------GA-C-----AA-CTTA-T---TC----TG--GGT-TC--AATCT-GAA-AAGT-T-C-T--G----T--G-TT-----------TTCT--------------C-AT--T-------T-ATAT---TTGG-TG--T-GC---CCT--GCGTATGGGGA-------G----------GT-ATGT--AG-TC-CGGATAAGGACAGTTcgagagagagagaagagcgataatatatgatcaatataatattatccatttctggccgattctagcgagagtttacacgaatctcggaagggatcagaattcaagagataatgctgatgcaatgaaatacttttgaaaaatggattataccggtgattatacatgttaattggaagtacatgaatactacaataacttgattaagtattgacaagcatccagtaatgtttttaaggggattaacttgatttcatttaataaggtaatacattttgcaagaaaaaaaatttatataagtatactattgtatatgacccaatgacaacttattctgggttcaatctgaaaagttctgtgttttctcatttatatttggtgtgccctgcgtatggggaggtatgtagtccggataaggacagttc
gi|30 : aagaaattattgggggggggattgtccttgagtgtacttttcagaaaaacatgaaaacatgcaatttttgtcaacagggagacattaatgattatgtaccttatttttattaaatgttaaccatacgtgcgaatacgagagagagagaagagcgataatatatgatcaatataatattatccatttctggccgattctagcgagagtttacacgaatctcGTGT--A--TTT------CAAAA-------CAATT-TTA-----G-A---C-----G------------TGCA--TTT---T----T--C---AA--GT---GAAA------TA-A----CTTTTA-TG--TACCTT---------A--------T-------TTTTATT-GAA---TG--TA----C-----A-T-A-----CA-T--GCA------TACGTATGTCAATGAAT-AT---------------------T--------TC------CA---------------TT---TTc
gi|31 : -------A----------T-A------T----G----C-A--G----ATT-A-CC-------C---A-----TTGATT--AGA-C-----AA-C----T---TC----T---G---TT--AATCT-GAA-AAAA-T-C-T--G--T-T--G-TG-----------T--C--------------C-AT--TA------T-GTA-------G-TG--T-G----CCC--GT-----GTGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-TAGGACAGTTtgg
gi|32 : aattTTTCTT-AAACATTCATGAAGAGATTT-ATAT--TTATTGTAAA-------TGCTTTGTATTTTGACTGTCTCTA-TGTGG--------------TTAA-------CG----CATTTTGTTATTTTGGAT-TA-GAATA--Tctag
gi|33 : aaata--GC-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AGGTC-CCGA-TAGGACAGTTgtttt
gi|34 : atgtatgcattagtgcatcgtccacaactcctcctaaagaattatatgctatatacccattgatagacaactctt-------A----------T-A------T----A----CTA--T----TTT-A-CC-------C---A-----TTGATTTAAGA-C-----AA-G----T----C----T---G---TT--AATCT-GAG-AAAA-T-C-T--G--T-------G-----------T--T--------------C-AT--TA------T-GTTT---A--G-TG--T-GC---CCC--GC------GGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-TAG
gi|35 : TTAAGAATTCATGAAGGGATTTCATTTAAACATTGTAAA-------CACATTGATTTTAGACTGAcgagt
gi|36 : aggtgttttcaacttatggactttttttaaactgaaaaaaaaatg-------AGA-C-----AA-C----T---TC----T---G---TT--AAT-T-GAG-AAAA-TTC-T--G--T-T--G-TG-----------T--T--------------C-AT--TA------T-GTA-------G-TG--T-G----CCC--GC------GGG-------G----------GT-AT-T--AG-T--CCGA-TAGGACAGT
gi|37 : atatatttattacccattgatgAAAGGGTGGG-CGTCCC-T--------CTTTGGAGTGT--AATTTC------CAAAAA------CAAAT-T-ATTTAAA-A---C-----ACCTGCT------TGCA--TT------------C---AA--GT---GAAC------TA-A----CTTTTA-TG--TACCTT---------A--------
gi|38 : ggc--A-------A----------T-A------T----A----CTA--T----ATT-A-CC-------C---A-----TTGATT--AGA-C-----AA-C----G---TC----T---G---TT--AATCT-GAG-AAAAAT-C-T--G--T----G-TG-----------T--T--------------C-AT--TA------T-GTA-------G-TG--T-GC---CCC--GC------GGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CC
gi|39 : tTGAAACTTCATGAAGAGATTTGATTTCAGCAATGTAAA-------TATGTTGTTCTTAGACTGAACTTA-TGCAT--------------TT-
gi|4 : ctaaaaagtatatcaTTAAAAATTCATGAAGAGATTTGATTTAAATATTTTAAT-------TACATTGTTCTTCAATAAAACCCACTGCATTTCTGAAACTGAACTT-A-------TG----CATTTC-TAATTTTAGAT-TA-GAACA--TTCAAAGT-CATAGAAAAAAAGGGGGGT-GGGG---------------TGAAGAAT--A--TTT------CAAAAT------CAAAT-T-A-----T-A---C-----A------------T--A--TTT---T----TAAA---AA--GT---AAAAACAATTTG-A----ATTTTAGTG--AATGTTCGA------A--------T-------ATTTA---GGATTTTT--TC----C-----ATT-A-----TA-T--GCA------T--------------A----------------------------------TC------CA---------------TT---TTC----TGT------------TGGGGAAAA----GG--G----GGGG--G---G--GGGGcttagattgaac
gi|4 : aaaaagtacatatc--G-T--A----TATGG---TATA-------TTT--------------TGT-TT--GCATTGA---A-CATC-ATC-A--AA--------------AATAT-------ATTCATAAG-CTAT-TTAAAG-CA--ACAT---TTT-C-AA---T--TTATGAAAAA-------AATTA-------A----------T-A------T----A----CCA--G----ATG-A-CC-------A---A-----TTGATT--AGA-C-----AA-C----T---TT----T---GGT-TT--AATTG-GTG-GAAA-T-C-T--G--T-T----TGA----------T--T--------------C-AT--T-------------------------T-GC---CCG--GG-----GGAG-------GGGGTGGGCATGT-AT-T--AG-TC-CCAG-AAGGAgggnnnnntttatttagtggtatatggtatattttgtttgcattgaacatcatcaaaaatatattcataagctatttaaagcaacattttcaatttatgaaaaaaattaatataccagatgaccaattgattagacaacttttggtttaattggtggaaatctgtttgattcatttgcccgggggagggggtgggcatgtattagtcccagaaggatgtgctcgttaatgataatt
gi|40 : aaaaagtacatatcttaaaaattcatgaagagatttgatttaaatattttaattacattgttcttcaataaaacccactgcatttctgaaactgaacttatgcatttctaattttagattagaacattcaaagtcatagaaaaaaaggggggtggggtgaagaatatttcaaaatcaaattatacatatttttaaaaagtaaaaacaatttgaattttagtgaatgttcgaatatttaggattttttccattatatgcatatccattttctgttggggaaaaggggggggggggggggnnnnntttatttagtg-----T-------AGA-C-----AA-C----T---TC----T---G---TT--AGTCT-GAG--AAA-T-C-C--G--T-T--G-TG-----------T--T--------------C-AT--TAT-----T-GCA-------GCTG--T-TT---TTG--GC-----GGGG-------G----------AT-A--T--AG-TCACCGATTAGGACAtgtgctcgttaatgataatt
gi|41 : acccatgatg-------A----------T-A------T----A----CTA--T----TTT-A-CC-------ATTGA-----TT------AGA-C-----AA-C----T---TC----T---G---TT--AATCT-GAG-AAAA-T-C-T--G--T-T--G-TG-----------T--T--------------C-AT--TA------T-GTA-------G-TG--T-GC---CCC--GC------GGG-------G----------GT-AT-T--AG-
gi|44 : T-GAG-AAAA-T-C-T--G--T-T--G-TG-----------T--C--------------C-AT--TA------T-GTA-------G-TT--T-GC---CCC--TA-----GGGG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-TAGGAC
gi|45 : -------G----------GT-AT-T--AG-TC-CCGA-TAGGACAGCT
gi|5 : gtagaaTTTCTTTAAAGATTCATGAAGAGATTTGATATAAATCTTGTAAA-------TGCATTGTATTTTGACTGAGCTTA-TGCAT--------------TT-A-------CGG---CATTTC-TTATTTTGAAT-TA-GAATA--TATAAAGT-TAAAGAAATAAGGGGGGGGAGGGGTC-T--------CTTTGGAGTGT--AA-TTT------CAAAAA------CAAAT-T-A-----A-A---C-----A------------TGCA--TTT---T----T--C---AA--GT---GAAA------TA-C----CTTTTA-TG--TACCTT---------A--------T-------TTTTATT-GAA---TG--TA----C-----A-T-A-----CA-T--GCA------T--------------AC-AT---------------------T--------TC------CA---------------TT---TTC----TGT------------CG-----AT----GT--G----TGGG--G---G--GGGGATTAGAA--C----G-AGAAA----TGCTG-------ATAA----ACAATG--AA-ATA--CTTT-GAAAA-----TT----C-----TTAT-A-AT--GTT--ATCATT-TGG---TATA-------TAA--------------TGT-TT--TCATTGA---G-TAT--ACC-AGTAATGTT---T-T----AGTATTTAATTG-TTCATGAA-TTTT-TTAAAG-GA--ACAT---TTT-C-AA---T--T------AAA--------------------------------------------A----CTA--G----ATG-A-CC-------A---A-----T-------AGA-C-----AT-CA---T---TC----T---GGT-TT--AATCT-GAG-GAAG-T-C-TGGG--T-T--A-TT-----------T--C--------------C-AT--TA------T-AAAT---T--G-TG--T-GC---CCC--GC-----GGGG-------G----------GTAAA-A--AG-TC-CCGA-AAGGACAGTTctagt
gi|6 : TTTAAAA-TTCATGA---GATTTGATATGAATATTGTAAA-------TAAATTGTTCTTTTACTGAGCTTA-TGCAA--------------TT-A-------TG----CATTTT-GTATTCTGAAT-TA-GAATAATTTTAAAGT-ATTAGAAATAAAGGGGGAT-A---TC-T--------C---GGAGAAT--A--TGT-------AAAAA-------AAA----A-----A-A---C--------------------CA--ATT---T---------------------AAA------CA-AA---CTTTTA-TG--TACCTT---------A--------T-------TTCTATT-GAA---TA--TA----C-----A-T-G-----T--T--G-----------------------AT-A---------------------------------------------------------------------GT------------AG-----GG----GG--G----TAGG--G---G--TG--ATCAAAA--T----G-ACAAA----TGATA-------ACAA----ACAATG--AA-ATA--CTCT-GAATA-----TT----C-----T------AT--G-T--A----T-TGG---TATA-------TAA--------------TGT-TG--GTATTGA---G-CATC-ATC-AGTAATGTT---T-T----AGCATTTAA-----TCACTAA-TTTT-T---AGTGA--ACTT---TTT-C-AA---TAAT------AAA-------AG--A-------A----------T-GGTATTTT----A----CTA--G----ATA-A-CC-------A---A-----T-------AGA-C-----AA-CTTCAT---TC----T---TGT-TT--AATTT-GAG-GAAG-G-CAT--GT-T-T--G-TA-----------T--TTGGGTTTTTTTTTCC-AT--TA------T-ATAT---T--G-TG--T-GC---CCC--AT------TGG-------G----------GT-AT-T--AG-TA-TCGA-AAGGACAGTT
gi|7 : TC-TTATTTTGAAT-TA-GAATA--TTTAAAGT-ATTAGAAATAAAAAGGGGG-----TC-T--------CTTTGGAGAAA--A--TTT------CAAAAA------TAAAT-T-G-----A-A----------------------TGCA--TTT---C----T--C---AAAAGT---CAAA------TA-A----CTTGTA-TG--TAC-------------------------------TTATT-GAA---TG--TA----C-----G-T-A-----TA-TTGACA------A--------------AT-AC---------------------T--------TC------CA---------------TT---TTC----TAT------------TG-----GT----AG-------TGAGTTG---G--GGTGATACGAA--A----G-AGAAA----TGATA-------ATAG----ACAATG--AA-ATA--CTCT-TAAAA-----TT----C-----T------AT--G-T--G----T-TGG---TATAATGTATATAA--------------TGC-AT--GTATTGA---G-CATC-ACC-AGAACTGTT---T-T----AGTATTTAATTGATTCATTAT-TTTT-TAAAAG-GA--ACAT---TTT-A-AA---T--A------AAA-------AA--A-------ATGATAT----T-A------T----A----ATA--G----GTG-A-CA-------A---A-----T-------AGA-C-----TA-C----T---TCATTTT---GGT-TT--AATCT-GAG-GAAA-T-C-T--G--T-T--G-TT-----------T--TTTC-----------C-AT--TATACATGT-ATAT---T--A-TG--T-GT---TCC--GC-----GGGT-------G----------GT-cgtt
gi|8 : aca--------CTTTGGAGAAT--A--TTT------AAAAAAAAAAAACGAAG-T-A-----ACA---CC----A------------TACA--TTT---T----T--A---AA--AA---TAAA------TA------CATCTA-TG--TACATTTACATTTTGA--------T-------TTTCAGT-GAA---TG--TA----TGAATTA-T-T-----CA-T--GAA---------------------AT--T---------------------T--------TC------CC---------------TT---TTC----TGTATATCCATTTACTG-----TT----GG--G-----GGG--G---G--GGG
gi|8 : TTAA---GTCATC-ACC-AG-AATGTTAATTAT----AATATTTGATTGATTCAGTAA-ATTTATTAAAG-CA--ACATATCTTT-C-AA---T--T------AAA-------AA--A-------A----------A-A------T----A----CTA--G----ATG-A-CC-------A---AATGA-T-------AAA-C-----AA-T----T---TC----T---GGC-TT--AATCT-GAG-AAAG-T-C-T--G--T-T--T-CG-----------T--T--------------C-AT--TA------T-ATA-------G-TG--T-GT---CTC--AC-------AT-------G----------GT-AT-T--AG-T--CCGA-AAGGACAGTTtctctacattctactgattgagacaatcacttcattctatatccattattttcacaatttaagtcatcaccagaatgttaattataatatttgattgattcagtaaatttattaaagcaacatatctttcaattaaaaaaaaatactagatgaccaaatgataaacaatttctggcttaatctgagaaagtctgtttcgttcattatatagtgtgtctcacatggtattagtccgaaaggacagttc
gi|9 : ctttggagaatatttaaaaaaaaaaaacgaagtaacaccatacatttttaaaaataaatacatctatgtacatttacattttgattttcagtgaatgtatgaattattcatgaaattttcccttttctgtatatccatttactgttgggggggggggtctctacattctactgattgagacaatcacttcattctatatccattattttcacaatTC-T---------TTTGGAGAAT--A--TTTAAAAAAAAAAAA------CGAAG-T-A-----A-ACACC-----A------------TACA--TTT---T----T--TAAAAA--AT---AAAA------TG-A----CATCTA-TG--TACATTTACATTTTGA--------T-------TTTCAGT-GAA---TG--TATGATT-----A-T-T-----CA-T--GAA------T--------------AT-TT---------------------T--------CC------CC---------------TT---TTC----TGTATATCCATTTACTG-----TT----GG--G----GGGG--G---G--GGGGc
gi|9 : --CTCT-AAACA-----TT----C-----T----A-CT--G----A----T-TGG---TATA-------TA----------------GT-TT--ACATTAA---G-CATC-ACC-AG-AATGTTAATTAT----AATATTTGATTGATTCAGTAA-TTTA-TTAAAG-CA--ACAT---TTT-C-AA---T--TT-----AAA-------AA--A-------A----------T-A------T----A----CTA--G----ATG-A-CC-------A---AATGATT-------AAA-C-----AA-T----T---TC----T---GGC-TT--AATCT-GAG-AAAG-T-C-T--G--T-T--T-CG-----------T--T--------------C-AT--TA------T-ATA-------G-TG--T-GT---CTC--AC-----AATG-------G----------GT-AT-T--AG-TC-CTGA-AAGGACAGTggggtctctaaacattctactgattggtatatagtttacattaagcatcaccagaatgttaattataatatttgattgattcagtaatttattaaagcaacattttcaatttaaaaaaatatactagatgaccaaatgattaaacaatttctggcttaatctgagaaagtctgtttcgttcattatatagtgtgtctcacaatgggtattagtcctgaaaggacagt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|42 ): GGTATATTTTACCAACATATGTACCATTGTCAAATTTGCTGCTGAGGGGTATTAGTCCCTTTGAGGACAATTCTAGTC
Unaligned ( gi|43 ): AATTTTTATATTGAGCAGCATTTCTAAATCATGCATGCTAGGGGGCTGTATATCACAATATCCATTTTTGGCC