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gi|15 : c------T-G----C-TG----------CTG-------A---TT-------ATT---------A--GAACTT--GGC---------A-----A----A------TAT-G---C-A-GAA-AGGA---A-A-AT-----C-A--CA----TA---C-AT---------GT--A---TTTTGGGGGT---------AA-A--TAT-TC-TTTTA--ACTA-ATTCTCAGGagtgcctgaataaagtttggggcacttgttagaaattcttatg
gi|25 : gggcacctgtggtaaaagaataaatcttgtttgatac------ATT---------A--GAATGT--AGCT------TAA-----G----A------AAT-A---A-A-GAGCAG-G---A-ATCT-----T-T--C-----TA---G------T--TTCCT--A-T-CTTGGGGACT---------AATC--GAT-AC-TTTTAATACTA-ATACTCAGGTAGACTGATAAGtgaccaaaaaagcctgtgggacctcttagcttgtcagcatgaattatatgctcaggt
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gi|19 : aat------ATT---------A--GAATTT------------T-A-----G----A------T-------T-A-GAAAAAT------A-AT-----T-A--T------A---G-AT---T--TCA-T--AGC-TCGTGGGGCT---------AG-T--GGT-AT-TT----------A-ACTCAGGT-GACCGATAAGGggacccacgtgggcctcctgtacaaaatgttt
gi|31 : cattcatcagtatggggttttttttttcagaggcgttttttttatactgctgaggaat------ATT---------A--AAGTTT--ACCG------C-A-----G----G------TAT-T---T-A-GAACAGTAT--A-C-AG-----T-T--T-----TA---G-AT---T---CCAT--AAC-CCATGTCACT---------AG-T--GAT-AC-TTTccctggatcttgtttcgatctctattgaatatc
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gi|37 : -A--T-----T----G-AT---T--TCC-T--AGC-CCATGGATCT---------AG-T--GGT-ACTTTTCAA---TA-ATACTCGGG-TGAGCGATAgaaggtaaggtctgtcggtctcttgttt
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8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-368 ) : CAAAATTGTGAATTTCGCAACCC-CAAGG-TTCTGACTCT-AGGGCGGGTCCAA---A-AT--AGTCA-----------TA--TA----CAGTGTTA-ATATA--AC--A--TAN---CN---T---AT-----T---------ATGTAAAGTCTTTCATCAGTAT---GGG------TAC--GGGCACTTTCG--NGGGCATTTGTG--------------TG----TT----TTTA--A-G---AGCAC-AT-----------T--------T-G-----------C-T-----------CTGAATAT-T-A----------TTA--GAAT-------TT--AGCT------TA-----GA------T----AT-GC---AGAAC-AG-GA---A-A----T--------T-A--T---------------T-----A---G-AT---T----TCCG--TA-GCCCTTGGGG-CT---------AGT-GAT-ACTTTTAA-AC---T-A-A-TACTCAGGTTGACCG-ATAAGGC
gi|1 : ---------ATGTTTAGTCTTTCTTCACTAC---ATG------TAT--GAGCAAATTTA--TGGGCATTTGTG--------------T------------TAA--A-G---ATCAC-AT-----------C--------TAG-----------T-T-----------TT--ATAC-T-A----------CTGTTGAATATGAAAATT--AGCG------TG-----GA------T----AT-GC---AGAGC-AG-GA---A-AAAATTGCAA----T-A--T---------------G-----ACATG-AT---T----TC-A--TA-ACTCTTTAGA-CTTAT------AAT-GAT-ACTGTT-A-AT---T-G-A-TACTCAAG-TGGCCA-ATAAGGC
gi|10 : TTATGAGTTT-GAAATCT-TAGTG-TTTTGCCT-T-AGGACAGCCCCAA---G-GT--AGTCA-----------TAAGCA----CAGccgtgagcctcacggtttttttcattggataccaatatttgttggttcagtgtgttattgtgccaaaccatgaaaccaaattattaatgatttagaattcttgatgtttccacaaaa
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gi|15 : --------T-G-----------C-TG----------CTGA---T-T-A----------TTA--GAAC-------TT--GGC--------A-----AA------T----AT-GC---AGAA--AG-GA---A-A---------------A--T---------------C-----A---C-AT---A----CATG--TA---TTTTGGGG-GT---------AAA-TAT-TCTTTTAA--C---T-A-A-TTCTCAGG-TGACCA-AAAAAGCaattcattagagtattggctgtaacatttttacgatatggacatcaagtt
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gi|17 : ctgaaagacttttttacgtttattttaaatacggtactaaaactaaatacatatgtatCAAAATTATTAATTTTGCAACC--------TTTTAACTC--ATCACAAGTCGAA---A-TT--AGTCA-----------TA--T-----C-GTTTTA-ATGTT--AC--A--TA---------T---AT-----T---------ATGTAAAGTCTTTAATCAGTAT---
gi|18 : caactgaaagacttctttatcattgctgattcggtataaaaactaattgtatatttcggaaaagcaggaaaagatgtacTTCA--GGGGCATCTGTA--------------TGCATCTTG---TTTA--A-------TACTAG-----------C--------T-G-----------C-TG----------CTGA---T-T-A----------CTA---AAT-------TC--AGCT------TAATACCGG------T----AT-CC---AGAAC-AG-GA---A-AA---T--------T-A--A---------------T-----ACA-G-AT---T----TC-A--TA-GCCTTTGGCA-CTTATATATATAGT-GAT-ACTTTT-A-AC---T-A-A-TATTCAAG-TGATTG-ATATGG
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gi|2 : caCAAAATTGAGAATTTCGCGACCC-CAACG-TTCTGA---T-AGAGCGGGTCCAA---A-AT--TGTTA-----------TA--TA----CAGTGTTG-ATACG--AC--A--TAA---CT---T---AT-----C---------ATGTAAAGTCTTTCGTTAGTAT---GGG------TAC--GGGTACTTTCG--TGGGCATTTATG--------------TG----TT----TTTACGA-G---AGCAC-AT-----------T--------T-G-----------C-T-----------CTGAATAT-TGA----------TTA--GAAT-------TT--AGCT------TA-----GA------T----AT-GC---AGAGC-AGTGA---A-A----T--------T-A--T---------------T-----A---G-AT---T----TCCC--TA-GCCTCTGGGG-CT---------AGA-GAT-ACTTTCAG-GT---T-A-A-TATTCAGGCCGGCCG-ATAAGACccctggatcttgtttcgatctctattgaatatc
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gi|22 : AAATTATGAATTCCGTAACCTTCAAGG-TTCTAACTCT-AGGACGGGTCCAA---A-GT--AGTTACTAGTACATTGTA--TA----TAATGTTA-ATATA--Actgtgggcctct
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gi|34 : AAAATTGTGAATTTCGCAA-CG-CAAGGTTTCTAACCCT-ttgcctttgggcctcttgttt
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|20 : A--A-GAACA-CAACC-T----------TG----T-----------T-------------------TT--------AATGC-------T-G----------CTGCTGAAT-----------AGG--------A-----GAAT----T----TTG-C---AGAAC-AG-GA---A-AA---T--------T-A--CATGTAATATAAATGGT-----A---A-AT---TGTTTTCCT--CA-GCCCTTGGTG-CT---------AGA-AATGA-C-TTTA--AC---TA-A-TTCTCAG-G-T-GTCCA-ATGAGG
gi|21 : attaatcggcataatgtgataagggttaaGCACCTTTGG--GGGCATTTGTGC-----------TAGA--A-GAACA-GA-TC-T----------TG----T-----------T-------------------TT---------ATAT-------T-GATTCTGAGTTTTG--GAAT-------TT--AGCT------AA-----GG------T----ATAAC---A-AAC-AG-GA---AGA----T--------T-G--T---------------TTAT--A---G-AT---T----TC-A--TA-TTCCTTGGGA-CT---------AGT-GCTAA-A-TT-A--AC---TA-AATACCCAA-G-T-GAATG-ATAAGGC
gi|22 : AAATTATGAATTCCGTAACCTTCAAGGTTCTA-ACTCT-AGGACGGGTCCAA---A-GT--AGTTACTAGTACATTGTA--TA----TAATG-TTA---ATATA--A---ctgtgggcctct
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gi|24 : -------T-A----------TTA--GAAT-------GT--AGCT------TAA----GA------A----ATA-A---AGAGC-AG-GA---ATC----T--------T-T--C---------------T-----A---G--T---T----TCC---TA---TCTTGGGGACT---------AATCGATAC-T-TTTAATAC---TA-A-TACTCAG-G-TAGACTG-ATAAGG
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gi|27 : ctgctgcagaaCAAAATTGTGAATTTCACATCCT-CTGGTCTCTG-ACTCT-TGACTGCTTTTAA---A-AC--AGTC-------------A--TA----CAGTG-TAA---ATATA--A---C--A--tttggggcacttgttagaaattcttatg
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gi|35 : ggtgatactgtataagaattgaaagaatgtgaagaaaatccagaaacgcatgtacca---G-AC---T----T--G--TA-GCC-TTGGGA-CT---------AGT-GATAC-T-TTTA--AC---TA-A-TACTCAG-G-T-GACTG-ATAAGGC
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gi|8 : tgctgatacagcatatttaggaaaaacagaaaaggatgtatCATAATTGTGAATTTTGCAATCC-CAATATTTTA-ACTAA-AGAATGCATCCAA---ATTT--AGTCA-----------TA--T--------TGTTTA---ATGTT--A---C--A----------TA---TT---------GTGTAAAGCCTTTCATTAG-TA------------T--AGGCACTTTGGA--GGTGATTTA---A----AT----TTTA--A-GAACA-CA-TC-T----------TG----T-----------T-------------------TT---------ATAC-------T-A----------TT
gi|9 : gaaaggacgttttgaagtttacaaatacaatatagaaaataaatgcataattatatacCACAATTGCTGATTTTGCA-CCC-CGAGGTTT--------------AGGTCCAA---A------GTCA-----------CA--T-----C-GTG-TTG---A-A-G--G---C--A--TATTC---TG---TT---------TTCAAAAG---------AG-TA--TAC-----G-T--A-----TCTTGT--G---ATTTTT-------TT----TTT-----GAT------TT-T----------T-----------------T-------------------TTT-------AACATA------T-A----------TTA--GAAT-------TT--AACT------TA-----GA------TCTATATG-C---AGAGC-AG-GA----------T--------T----T---------------T-----G------T---T----TTCA--TAAGCCCGTCGGG-CT---------A------AC-T-------AG---TA-A-TACTCGG-G-T-GACCA-GTAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|40 ): ACGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
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lowQualScore : . . .. . ... ... .. .. ........................ . ... .. ................................ .. .................. .. ....................................................................................................... . .......... ... ....... .. ....... ..... ...... .... . ... .. . .................................................................... . . ......... . . . .. ... . . . . . .
lowQualScore : 7 7 22 9 333 111 11 11 444444444444444444444444 2 999 11 88888888888888888888888888888888 88 000000000000000000 88 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 6666666666 111 9999999 55 7777777 22222 777777 9999 8 000 66 5 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7 3 666666666 3 7 7 11 777 1 2 1 1 2 1
consensus : CAAAATTGTGAATTTCGCAACCC-CAGGGTTTTG-ACTCT-AGGACGGGTCCAA---A-AT--AGTCA-----------TA--TA----CAGTG-TTA---ATATAAC--AT----A---NA--T----A---TT---------ATGTAAAGTCTTTCATCAG--TA--TGG-----G-T--GGGCACTTTCGG--GGGCATTTGTGTG----TT----TTTA--A-GAACACA-TC-T----------TG-T-----------T-------------------CTG-------A-ATAT-------T-A----------TTA--GAAT-------TT--AGCT------TA-----GA------T----ATG-C---AGAAC-AG-GA---A-A----T--------T-A--T---------------T-----A---G-AT---T----TCCG--TA-GCCCTTGGGG-CT---------AGT-GATAC-T-TTTA--AC---TA-A-TACTCAG-G-T-GACCG-ATAAGGC
Reference ( family-368 ) : CAAAATTGTGAATTTCGCAACCC-CAGGGTTTTG-ACTCT-AGGACGGGTCCAA---A-AT--AGTCA-----------TA--TA----CAGTG-TTA---ATATAAC--AT----A---NN--T----A---TT---------ATGTAAAGTCTTTCATCAG--TA--TGG-----G-T--GGGCACTTTCGG--GGGCATTTGTGTG----TT----TTTA--A-GANCACA-TC-T----------TG-T-----------T-------------------CTG-------A-ATAT-------T-A----------TTA--GAAT-------TT--AGCT------TA-----GA------T----ATG-C---AGAAC-AG-GA---A-A----T--------T-A--T---------------T-----A---G-AT---T----TCCG--TA-GCCCTTGGGG-CT---------AGT-GATAC-T-TTTA--AC---TA-A-TACTCAG-G-T-GACCG-ATAAGGC
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gi|10 : TTATGAGTTT-GAAATCT-TAGTGTTTTG-CCT-T-AGGACAGCCCCAA---G-GT--AGTCA-----------TAAGCA----CAGccgtgagcctcacggtttttttcattggataccaatatttgttggttcagtgtgttattgtgccaaaccatgaaaccaaattattaatgatttagaattcttgatgtttccacaaaa
gi|11 : ttatgatatggaagacttctctgtgtttactgatacagtataaaactaatgtaggaaaagcagggcagaatgtacattgtaccTCCAA---A-AT--AATCA-----------TA--TT------GTG-TCA---ATATAAT--AT----A---AA--TGAATA---TT---------ATGTAAAATCTCTCATCAA--TA--TG--------T-----CACTTTCAG--A---ATTTGT-------TT----TTTA--AAGAATACG-TC-T----------TG-T-----------TTAATATTTCAG--------CTG-------A-ATAT-------T-A----------ATA-----T-------TT--GACT------TA-----AA------T----ATG-CTATAAAAT-AA-GA----------T--------T-A--TGA-------------T-----A---G-AT---T----TC-G--TA-GCCCTTGGTG-CA---------AGT-GATAC-T-TTacaccttcatccatttttaagaacacatcttgtatactgttgctaattatattaaatattag
gi|12 : TAACTTAT----A---CTAGT----A---GT---------ATGTAAAGTCTTTCATCAGA-TC--TAGAATACA-T--GGGCACTTTCTG--GGTGATCTGTA-------T----TTTG--A-GAGCACA-TT-T----------TG-T-----------T-------------------TTATGCTAGTG-ATACTGTTGAAT-A----------TTA--AAAT-------TT--AGAT------TA-----GA------T----GTG-C---ATGAG-AGTAA---A-A----TTA------T-A--T---------------T-----C---G-A----T----TCTG--TA-GCCCTTGAGT-CT---------AGT-G
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gi|14 : tagtaagaatgaaaactggttacagcttATCAG--T-----------G-T--GGGTACTTCCGG--GGACATTT-----------------TA--A-GAACACG-TC-T----------TG-TATAATACTCTTT-------------------CTT-------A-ATAT-------T-A----------T-----AAT-------TT--AGCT------TA-----CA------T----TTG-A---AGGAC-AG-GAC--A-A----T--------T-AATC---------------T-----A---G-AT---A----TCC---TA-GTTCTTGGAG-TT---------AGT-GATAC-T-TTctgttgtcttcttgtctgtgtcaagattaatttctatgcaagcaggt
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|9 : gaaaggacgttttgaagtttacaaatacaatatagaaaataaatgcataattatatacCACAATTGCTGATTTTGCA-CCC-CGAGGTTT--------------AGGTCCAA---A------GTCA-----------CA--T-----C-GTG-TTG---A------AG----G---C---A----T----A---TTC---------TGT------TTTCAAAAGAGTA--TAC-----G-T--A-----TCTTGT--G---ATTTTT-------TT----TTT-G--A---------TT-T----------TT-T-----------T-------------------TTA-------ACATAT---------A----------TTA--GAAT-------TT--AACT------TA-----GA------TCTATATG-C-AGAGC-AG-G-A----------T--------T----T---------------T-----G------T---T----TTCA--TAAGCCCGTCGGG-C---------T---A------AC-T-------AG---TA-A-TACTCGG-G-T-GACCA-GTAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): TTGGTTCAGTATTCGTGCAGCTATCACCAGTATCATTTTTCCATTGGCGATGCAATATTTCTTCCTTGATATTCAAAATCCAAAGAAATCAAAGTGTTATAACAAATTTGATTTAGATTTTGCATAAAAT
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lowQualScore : . . .. . ... ... .. .. ........................ . ... .................................. .. .................. .. ........................................................................................................ . .......... ... ....... .. ....... ..... ...... .... . ... .. . . .................................................................... . . ......... ... . . . .. ... . . . . . .
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Reference ( family-368 ) : CAAAATTGTGAATTTCGCAACCC-CAGGGTTTTG-ACTCT-AGGACGGGTCCAA---A-AT--AGTCA-----------TA--TA----CAGTG-TTA---ATATAACAT-A----T---A----T---A---TT---------ATGTAAAGTCTTTCATCAG--TA--TGG-----G-T--GGGCACTTTCGG--GGGCATTTGTGTG----TT----TTTA--A-GAACAC-A-TC-T----------TG-T-----------T-------------------CTG-------A-ATAT-------T-A----------TTA--GAAT-------TT--AGCT------TA-----GA------T----ATG-C---AGAAC-AG-G-A---A-A----T--------T-A--T---------------T-----A---G-AT---T----TCCG--TA-GCCCTTGGGG-C---------T---AGT-GATAC-T-TTTA--AC---TA-A-TACTCAG-G-T-GACCG-ATAAGGC
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gi|12 : TAACTT-A----T---ACTAGT---A---GT---------ATGTAAAGTCTTTCATCAGA-TC--TAGAATACA-T--GGGCACTTTCTG--GGTGATCTGTA-------T----TTTG--A-GAGCAC-A-TT-T----------TG-T-----------T-------------------TTATGCTAGTG-ATACTGTTGAAT-A----------TTA--AAAT-------TT--AGAT------TA-----GA------T----GTG-C---ATGAG-AGTA-A---A-A----TTA------T-A--T---------------T-----C---G-A----T----TCTG--TA-GCCCTTGAGT-C---------T---AGT-G
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lowQualScore : . . .. . ... ... .. .. ........................ . ... .................................. .. .................. .. ........................................................................................................ . .......... ... ....... .. ....... ..... ...... .... . ... .. . . .................................................................... . . ......... ... . . . .. ... . . . . . .
lowQualScore : 7 7 22 9 333 111 11 11 444444444444444444444444 2 999 8888888888888888888888888888888888 88 000000000000000000 88 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 6666666666 111 9999999 55 7777777 22222 777777 9999 8 000 66 5 7 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 3 777777777 999 3 7 7 11 777 1 2 1 1 2 1
consensus : CAAAATTGTGAATTTCGCAACCC-CAGGGTTTTG-ACTCT-AGGACGGGTCCAA---A-AT--AGTCA-----------TA--TA----CAGTG-TTA---ATATAACAT-A----T---A----T---A---TT---------ATGTAAAGTCTTTCATCAG--TA--TGG-----G-T--GGGCACTTTCGG--GGGCATTTGTGTG----TT----TTTA--A-GAACAC-A-TC-T----------TG-T-----------T-------------------CTG-------A-ATAT-------T-A----------TTA--GAAT-------TT--AGCT------TA-----GA------T----ATG-C---AGAAC-AG-G-A---A-A----T--------T-A--T---------------T-----A---G-AT---T----TCCG--TA-GCCCTTGGGG-C---------T---AGT-GATAC-T-TTTA--AC---TA-A-TACTCAG-G-T-GACCG-ATAAGGC
Reference ( family-368 ) : CAAAATTGTGAATTTCGCAACCC-CAGGGTTTTG-ACTCT-AGGACGGGTCCAA---A-AT--AGTCA-----------TA--TA----CAGTG-TTA---ATATAACAT-A----T---A----T---A---TT---------ATGTAAAGTCTTTCATCAG--TA--TGG-----G-T--GGGCACTTTCGG--GGGCATTTGTGTG----TT----TTTA--A-GAACAC-A-TC-T----------TG-T-----------T-------------------CTG-------A-ATAT-------T-A----------TTA--GAAT-------TT--AGCT------TA-----GA------T----ATG-C---AGAAC-AG-G-A---A-A----T--------T-A--T---------------T-----A---G-AT---T----TCCG--TA-GCCCTTGGGG-C---------T---AGT-GATAC-T-TTTA--AC---TA-A-TACTCAG-G-T-GACCG-ATAAGGC
gi|1 : ---------ATGTTTAGTCTTTCTTCAC--TACATGT-----A-T--GAGCAAATTTAT--GGGCATTTGTGT------------TAA--A-GATCAC-A-TC-T----------AG-T-----------T-------------------TT----------ATAC-------T-A----------CTGTTGAATATGAAAATT--AGCG------TG-----GA------T----ATG-C---AGAGC-AG-G-A---A-AAAATTGCAA----T-A--T---------------G-----ACATG-AT---T----TC-A--TA-ACTCTTTAGA-C---------TTATAAT-GATAC-T-GTTA--AT---TG-A-TACTCAA-G-T-GGCCA-ATAAGGC
gi|10 : TTATGAGTTT-GAAATCT-TAGTGTTTTG-CCT-T-AGGACAGCCCCAA---G-GT--AGTCA-----------TAAGCA----CAGccgtgagcctcacggtttttttcattggataccaatatttgttggttcagtgtgttattgtgccaaaccatgaaaccaaattattaatgatttagaattcttgatgtttccacaaaa
gi|11 : ttatgatatggaagacttctctgtgtttactgatacagtataaaactaatgtaggaaaagcagggcagaatgtacattgtaccTCCAA---A-AT--AATCA-----------TA--TT------GTG-TCA---ATATAATAT-AAA--TGA-A----T---A---TT---------ATGTAAAATCTCTCATCAA--TA--TG--------T-----CACTTTCAG--A---ATTTGT-------TT----TTTA--AAGAATAC-G-TC-T----------TG-T-----------TTAATATTTCAG--------CTG-------A-ATAT-------T-A----------ATA-----T-------TT--GACT------TA-----AA------T----ATG-CTATAAAAT-AA-G-A----------T--------T-A--TGA-------------T-----A---G-AT---T----TC-G--TA-GCCCTTGGTG-C---------A---AGT-GATAC-T-TTacaccttcatccatttttaagaacacatcttgtatactgttgctaattatattaaatattag
gi|12 : TAACTT-A----T---ACTAGT---A---GT---------ATGTAAAGTCTTTCATCAGA-TC--TAGAATACA-T--GGGCACTTTCTG--GGTGATCTGTA-------T----TTTG--A-GAGCAC-A-TT-T----------TG-T-----------T-------------------TTATGCTAGTG-ATACTGTTGAAT-A----------TTA--AAAT-------TT--AGAT------TA-----GA------T----GTG-C---ATGAG-AGTA-A---A-A----TTA------T-A--T---------------T-----C---G-A----T----TCTG--TA-GCCCTTGAGT-C---------T---AGT-G
gi|13 : -A-TA-T----------TG-C-----------T-------------------TTA-------A-ATAT-------T--------------A--GAAT-------TT--AGCCCATCGGTA-----GA------T----ATG------GAA-------A---A-A----T--------T-G------------------------A---G-AT---C----AACGCATA-GCACTTAGGG-C---------T---AGT-CACAC-G-TTTA--AC---TA-A-TATTCGG-G-T-AACCG-ATAAGACtaataggagatact
gi|14 : tagtaagaatgaaaactggttacagcttATCAG--T-----------G-T--GGGTACTTCCGG--GGACATTT-----------------TA--A-GAACAC-G-TC-T----------TG-TATAATACTCTTT-------------------CTT-------A-ATAT-------T-A----------T-----AAT-------TT--AGCT------TA-----CA------T----TTG-A---AGGAC-AG-G-AC--A-A----T--------T-AATC---------------T-----A---G-AT---A----TCC---TA-GTTCTTGGAG-T---------T---AGT-GATAC-T-TTctgttgtcttcttgtctgtgtcaagattaatttctatgcaagcaggt
gi|15 : --GGGCACCTGTG-G----TA----A--A--A-GAATAA-A-TC-T----------TG-T-----------TTGATACTG-----------CTG-------C-TGAT-------T-A----------TTA--GAAC-------TT--GGC--------A-----AA------T----ATG-C---AGAA--AG-G-A---A-A---------------A--T---------------C-----A---C-AT---A----CATG--TA---TTTTGGGG-G---------T---AAA-TATTC-T-TTTA--AC---TA-A-TTCTCAG-G-T-GACCA-AAAAAGCaattcattagagtattggctgtaacatttttacgatatggacatcaagtt
gi|16 : CAATGTTATGAATTTTGCAACTC-CATGTTTTGG-ATTTT-AAGACGGGTTCAA---A-TT--AGTGA-----------AA--T-----CA-TG-TTA---ATGCTACAT-A----TGTAA----T---A---TC---------ATGGAAAGTCTT-CATCAG--TA------------T--AAGCACTCTCGA--GGctgtgggacctcttagcttgtcagcatgaattatatgctcaggt
gi|17 : ctgaaagacttttttacgtttattttaaatacggtactaaaactaaatacatatgtatCAAAATTATTAATTTTGCAACC-------TTTTA-ACTC--ATCACAAGTCGAA---A-TT--AGTCA-----------TA--T-----C-GTT-TTA---ATGTTACAT-A----T------------A---TT---------ATGTAAAGTCTTTAATCAG--TA--T
gi|18 : caactgaaagacttctttatcattgctgattcggtataaaaactaattgtatatttcggaaaagcaggaaaagatgtacTTCAG--GGGCATCTGTATGCATCTTG---TTT------AATACTA-GC-T----------GC-T-----------G-------------------CTG-----------AT-------T-A----------CTA---AAT-------TC--AGCT------TAATACCGG------T----ATC-C---AGAAC-AG-GAA---A-A----T--------T-A--A---------------TAC---A---G-AT---T----T-CA--TA-GCCTTTGGCA-CTTATATATAT---AGT-GATAC-T-TTTA--AC---TA-A-TATTCAA-G-T-GATTG-ATATGG
gi|19 : TTCATCAG--TA--TGG-----GGT--TTTTTTTTTCAG--AGGCGTTT---------TT----TTTA-------TAC-----------------TG---------------------------------CTG-------A-GGAA-------T-A----------TTA--GAAT-------TT------------TA-----GA------T--------T---AGAA--AA-A-T---A-A----T--------T-A--T---------------------A---G-AT---T----TC-A--TA-GCTCGTGGGG-C---------T---AGT-GGTA----TTTA--AC---T--------CAG-G-T-GACCG-ATAAGGCtctcttgtttc
gi|2 : caCAAAATTGAGAATTTCGCGACCC-CAACGTTCTG-A---T-AGAGCGGGTCCAA---A-AT--TGTTA-----------TA--TA----CAGTG-TTG---ATACGACAT-AAC--T--------T---A---TC---------ATGTAAAGTCTTTCGTTAG--TA--TGG-----G-TACGGGTACTTTCGT--GGGCATTTATGTG----TT----TTTACGA-GAGCAC-A-T--T----------TG-C-----------T-------------------CTG-------A-ATAT-------TGA----------TTA--GAAT-------TT--AGCT------TA-----GA------T----ATG-C---AGAGC-AGTG-A---A-A----T--------T-A--T---------------T-----A---G-AT---T----TCCC--TA-GCCTCTGGGG-C---------T---AGA-GATAC-T-TTCAG-GT---TA-A-TATTCAG-GCC-GGCCG-ATAAGACccctggatcttgtttcgatctctattgaatatc
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gi|21 : attaatcggcataatgtgataagggttaaGCACCTTTGG--GGGCATTTGTGC-----------TAGA--A-GAACAG-A-TC-T----------TG-T-----------T-------------------TT----------ATAT-------T-GATTCTGAGTTTTG--GAAT-------TT--AGCT------AA-----GG------T----ATAAC---A-AAC-AG-G-A---AGA----T--------T-G--T---------------TTAT--A---G-AT---T----TC-A--TA-TTCCTTGGGA-C---------T---AGT-GCTAA-A-TT-A--AC---TA-AATACCCAA-G-T-GAATG-ATAAGGC
gi|22 : AAATTATGAATTCCGTAACCTTCAAGGTTCTA-ACTCT-AGGACGGGTCCAA---A-GT--AGTTACTAGTACATTGTA--TA----TAATG-TTA---ATATAActgtgggcctct
gi|23 : attttgctgattatgaatacaatctacacgcatatttaggaaaatgcagaaagaattgtacacT--AGTCA-----------TA--------CAATA-TTA---ACAAAACAC-A----T---A----TCATA---TC---------ATGTAAAGTATTTTACCAA--TA--T---------T---GACACTTTCGGTACAGCATTTGTGTT----TTA---TTTA--A--------A-TT-T----------AG-T-----------T-------------------TTG---------ACAT-------T-------------------------------------------------GA------T----ATG-C---AGAATAAG-G-A---A-A----T--------T-C--TTG-------------T-----G---G-AT---T----
gi|24 : -------T-A----------TTA--GAAT-------GT--AGCT------TAA----GA------A----ATA-A---AGAGC-AG-G-A---ATC----T--------T-T--C---------------T-----A---G--T---T----TCC---TA---TCTTGGGGAC---------T---AATCGATAC-T-TTTAATAC---TA-A-TACTCAG-G-TAGACTG-ATAAGG
gi|25 : aa-------T-A----------TTA--GAAT-------GT--AGCT------TAA----GA------A----ATA-A---AGAGC-AG-G-A---ATC----T--------T-T--C---------------T-----A---G--T---T----TCC---TA---TCTTGGGGAC---------T---AATCGATAC-T-TTTAATAC---TA-A-TACTCAG-G-TAGACTG-ATAAGGgacccacgtgggcctcctgtacaaaatgttt
gi|26 : aa-------T-A----------TTA--GAAT-------TTTAAGCT------T--------------C----ATG-C---AAAAC-AG-G-A---A-A----T--------T------------------------------G-AT---T----T-CA--TT-GTCCTTGGTC-T---------T---AGC-TATAC-TCTTTA--AC---CA-A-TACTCAGAG-T-GCCTGAATAAAGgacccacgtgggcctcctgtacaaaatgttt
gi|27 : ctgctgcagaaCAAAATTGTGAATTTCACATCCT-CTGGTCTCTG-ACTCT-TGACTGCTTTTAA---A-AC--AGTC-------------A--TA----CAGTG-TAA---ATATAACAtttggggcacttgttagaaattcttatg
gi|29 : catggtgattactgtgtaaaaactaaattacatatttaggagaaacaaaaatggttgtacCGAAACT-TGAATATCGCAACCC--AGGGTTTTG-ACT
gi|3 : tatcatttgaaagacttcctctagctttgttgatgctgtacaaaaataaatttgtactatgtaggaaaagcagaatcggatgaaCAAAATTGTGAATTTCGCAAACA-CGGGGCTTTG-ACTCT-AGGGTCATTCCAA---G-AT--TATTG-----------TCT-TA----C--TG-TTA---ATATAACAC-ATAG-T---A----T---A---TA---------ATGTAAAATCTTGTATCAG--TA--CGG-----G-C----GCATTCT-----GGGCATTTGTGTA-------------A--A-GAAGAC-A-TC-A----------TG-T-----------TTACATGTTTAGCACTGTTGCTG-------A-A----------T-A----------TCA--GAAT-------TT--AGTT------TA-----GA------T----AGA-C---AGAAC-TG-G-A---------------------------------------------------------------------A-GCCCCTGAAG-C---------T---AGT-GATAC-T-TTTA--Ata
gi|30 : aaaagccgaaaggggtgtacTTGTACTCG-AAGACGGGTCCAATTTA-ATTCAATCA-----------TG--TT----TA-TG-CTACATATATAATATCA----TGGAA----T---AGGTCC---------ATGGAGAGTCTTTCATAAG--TA------------T--AGACACTCTCGG--AGG
gi|31 : -------T-A----------TTA--AAGT-------TT--ACCG------CA-----GG------T----ATT-T---AGAAC-AG-T-ATACA-G----T--------T----T---------------T-----A---G-AT---T-----CCA--TA-ACCCATGTCA-C---------T---AGT-GATAC---TTTA--ACTTTTA-ATTGCTTAG-G-T-GACCG--TAAggggggggggg
gi|32 : ------T----ATG-C---AGAAC-AG-G-A---A-A---------------A--A---------------T-----A---GCATCGAT----TCTA--TA-GCCTTCGGGA-C---------T---ACT-GATAC-T-TTTG--GC---TA-T-TGCTCAA-G-G-AA--G-GTAAGGtgttttgtcc
gi|33 : AAC-GG-G-A---A-A----T----------A--T---------------TTTTCTA---G-AT---T----TC-A--TA-GCCTTTGGGA-C---------T---AGA-AATAC-T-TTTA--AC---TA-A-TACGCAG-G-C-GACTG-TTAtctgtcggtctcttgttt
gi|34 : AAAATTGTGAATTTCGCAACGC-AAGGTTTCTA-ACCCT-ttgcctttgggcctcttgttt
gi|35 : ggtgatactgtataagaattgaaagaatgtgaagaaaatccagaaacgcatgtacca---G-AC---T----T--G--TA-GCC-TTGGGA-C---------T---AGT-GATAC-T-TTTA--AC---TA-A-TACTCAG-G-T-GACTG-ATAAGGC
gi|36 : agaaaaat-AGGGTGGGTCCAA---A-AT--GGTCA-----------TA--T------TGTG-TTG---ATATAACAC-A----T---AT---T---A---CTAGTACCGGAATGTGAATACTTTTATCAG--TA--TGG-----G-ccctggccttttcttca
gi|37 : -A--T---------------T---------G-AT---T----TCC---TA-GCCCATGGAT-C---------T---AGT-GGTAC-T-TTTC--AA---TA-A-TACTCGG-G-T-GAGCG-ATACGGC
gi|38 : acA--TA----CAG-----A---GTATA---T-A----T---G----T---A---TT---------ATGTAAAGTATTTCATCAA--TA------------T--GGGCATTTTCAT--TAGCATTTATG-G----TT----Tcagtgagcctcttctt
gi|39 : tcatttagcTCCAA---A-AC--AGTCA-----------TA--TAGTGTTACTG-TTA---ATGTAACAT-A----T------------A---TT---------ATGTAAAGTCTTCCATTAG--TA--CGA-----G-T--Gat
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gi|6 : CCAT---A-AT--AATCA-----------TA--TA------GTG-TTA---ACATA---T------T---A----T---A---TT---------ATGTGAATTCTTTCATCAG--TA--TGG-----G-T------ATTTTTGG--AAGCATTTTTGTG----T-----------A-GACTAC-----------------TG---------------------------------CCA-------A------------T-A----------TTA--GAAT-------TT--AGCT------AA-----GA------T----ATG-C---AAAACAAG-A-A---A-A----T--------T-A--TAGCTG----------T-----A---G-AT---T----T-TG--AA-GCCCTTGGTG-C---------T---AAT-GATACTT-TTTA--AC---AA-A-TACCCGG-G-T-GACTG-ATAAttgtgagcttcatgtttgga
gi|7 : CAAAATAGTGTATATAACAAATC-TAGGGTTTTG-AGACC-TGGACAGGTCCAA---A-TT--AGTTG-----------TAT-TG----TA-TT-TTA---ATGTTACAT-A----------------------T---------ATGTAAAGCGTTTCAT-AG--TA------------T--AGGCACTTTCAA--GGGC-------TG----TTAAAGTTTA--A-GAGCAC-A-TCAT----------TG-TACAC-------TTTTA---------------CTG-------A-A----------T-A----------TCA--AAAT-------TT--AGTT------TA-----cgtttttggtcccttatgtataaaatgtgt
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blockSeqs : C . TT . A . TATAGTGTTAC . . CATGGAATAGGTCC A TGGGTACGGG . GTGTAAAGAAGACATCATGTTTACATGTTTAGCACTGTTGCTGAA . . A . . T A AT . . G CA T . ATCCCCCCCCCCCTAATTTTCC . A . . C . . AT . . T . . A .
blockSeqs : C . CT . T . TATACAG . . ATACTAGTAGT . TGGGGTTTT . GTTTTTTAAAGAATACGTCTTGTTTAATATTTCAGCTGAATAT . . G . . T A . . . . T . . AATTATAGCTGTAGATTTTG . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : C . CT . T . TATTGTA . . GAATGTATATG . CGGGCG . TGTTAAAGTTTAAGAGCACATCATTGTACACTTTTACTGAA . . G . . T . . . . . G . . AGATTGTTTATAGATTTCA . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . CT . A . ATACAG . . ATGTAATATC . TACGTA . GTGTTTATTAGATGATATCTAGTTTTATACTGCTTCTGAA . . G . . T . . . . . C . . AATATTTTTCTAGATTTCA . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . CG . G . TCTTAC . . ATATCATATC . GTGGG . GTTTTCAGAATACATCTTGTTTGATATTTCAGCTGAATAT . . G . . T . . . . . C . . CAATTAATCTAGATATCC . . . . . . . . . . . . . . .
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blockSeqs : C . AA . A . AATCA . . ATGTATT . TAAG . ATGTGTTTTTACGAGAGCACATTTGCTCTGAATAT . . G . . T . . . . . C . . AATTATATTCGATTCTG . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . C . A . TATCG . . ACATATT . TTGA . GTATGCATCTTGTTTAATACTAGCTGCTGCTGAT . . G . . T . . . . . C . . AATTAATACAGATTTCA . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . A . TACAA . . GCATATT . TAGA . GTGCTAGAAGAACAGATCTTGTTTTATAT . . G . . T . . . . . C . . TACAGTTTTAGATTCCA . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . TATTG . . TATATT . TGGG . AAATTTTAAGAACACATCTTGTTTTATAC . . A . . G . . . . . C . . AATTGAGATCAACGCA . . . . . . . . . . . . . . .
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blockSeqs : . A . TATAG . . ATATT . TAGG . TTTTTTTGATTTTTTTTTAACATAT . . G . . T . . . . . C . . TTATGATAGATTTCG . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . TATAG . . AT . TGT . TTTTTATACTGCTGAGGAA . . A . . T . . . . . C . . ATCTTTCTAGTTTCC . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . CATCG . . T . TGT . TTGTGTAGACTACTGCCAA . . G . . T . . . . . C . . ATCTTTCTAGTTTCC . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . TAT . . . . . . . . . T . . . . . C . . AAATCACATACATG . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . AATTATAGATTTCA . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . AATTGATTTCA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . TTTTGTTTTCA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : CT* TATCG******************* ATGTATT*************************** TGGG************** G** ******* ***
originalCons : CAAAATTGTGAATTTCGCAACCC-CAGGGTTTTG-ACTCT-AGGACGGGTCCAA---A-AT--AGTCA-----------TA--TA----CAGTG-TTA---ATATAACAT-A----T---A----T---A---TT---------ATGTAAAGTCTTTCATCAG--TA--TGG-----G-T--GGGCACTTTCGG--GGGCATTTGTGTG----TT----TTTA--A-GAACAC-A-TC-T----------TG-T-----------T-------------------CTG-------A-ATAT-------T-A----------TTA--GAAT-------TT--AGCT------TA-----GA------T----ATG-C---AGAAC-AG-G-A---A-A----T--------T-A--T---------------T-----A---G-AT---T----TCCG--TA-GCCCTTGGGG-C---------T---AGT-GATAC-T-TTTA--AC---TA-A-TACTCAG-G-T-GACCG-ATAAGGC
finalCons : CAAAATTGTGAATTTCGCAACCC-CAGGGTTTTG-ACTCT-AGGACGGGTCCAA---A-AT--AGTCATATCG-------------------TG-TTA---ATATAACATATGTATT---------------------------ATGTAAAGTCTTTCATCAG--TATGGG--------------CACTTTCGG--GGGCATTTGTGTG----TT----TTTA--A-GAACAC-A-TC-T----------TG-T-----------T-------------------CTG-------A-ATAT-------T-A----------TTAG--AAT-------TT--AGCT------TA-----GA------T----ATG-C---AGAAC-AG-G-A---A-A----T--------T-A--T---------------T-----A---G-AT---T----TCCG--TA-GCCCTTGGGG-C---------T---AGT-GATAC-T-TTTA--AC---TA-A-TACTCAG-G-T-GACCG-ATAAGGC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): TTGGTTCAGTATTCGTGCAGCTATCACCAGTATCATTTTTCCATTGGCGATGCAATATTTCTTCCTTGATATTCAAAATCCAAAGAAATCAAAGTGTTATAACAAATTTGATTTAGATTTTGCATAAAAT
Unaligned ( gi|40 ): ACGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
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lowQualScore : 0 0 33 2 555 444 44 55 33 2222222222222 555 33 000000 33 1111111111111111111111111111 666666 555555 1111111111 0 55555 666666 3333 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 7777777777 555 5555555 22 5555555 88888 777777 3333 1 3 44 3 1 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 3 666666666 222 3 1 1 77 333 2 4 2 2 4 2
lowQualScore : . . .. . ... ... .. .. .. ............. ... .. ...... .. ............................ ...... ...... .......... . ..... ...... .... ........................................................................................................ . .......... ... ....... .. ....... ..... ...... .... . . .. . . .................................................................... . . ......... ... . . . .. ... . . . . . .
lowQualScore : 7 7 22 9 333 111 00 33 11 2222222222222 000 22 999999 11 2222222222222222222222222222 444444 888888 5555555555 8 00000 111111 9999 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 6666666666 444 9999999 55 7777777 22222 777777 9999 8 6 00 5 7 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 3 777777777 999 3 7 7 11 777 1 2 1 1 2 1
consensus : CAAAATTGTGAATTTCGCAACCC-CAGGGTTTTG-ACTCT-AGGACGGGTCCAA---AA-T--A--GT-------------CATAT-C-GTG--TTA------ATAT--AACAT--A--T-------G---T---AT-T---ATGT------AAAGTCTTTCATCA------G----------TATGGG-----CAC------TTTCGG--GGGCATTTGTGTG----TT----TTT-A--AGAACAC-A-TC-T----------TG-T-----------T-------------------CTG-------A-ATAT-------T-A----------TTA--GAAT-------TT--AGCT------TA-----GA------T----ATG-C-AGAAC-AG-G-A---A-A----T--------T-A--T---------------T-----A---G-AT---T----TCCG--TA-GCCCTTGGGG-C---------T---AGT-GATAC-T-TTTA--AC---TA-A-TACTCAG-G-T-GACCG-ATAAGGC
Reference ( family-368 ) : CAAAATTGTGAATTTCGCAACCC-CAGGGTTTTG-ACTCT-AGGACGGGTCCAA---AA-T--A--GT-------------CATAT-C-GTG--TTA------ATAT--AACAT--A--T-------G---T---AT-T---ATGT------AAAGTCTTTCATCA------G----------TATGGG-----CAC------TTTCGG--GGGCATTTGTGTG----TT----TTT-A--AGAACAC-A-TC-T----------TG-T-----------T-------------------CTG-------A-ATAT-------T-A----------TTA--GAAT-------TT--AGCT------TA-----GA------T----ATG-C-AGAAC-AG-G-A---A-A----T--------T-A--T---------------T-----A---G-AT---T----TCCG--TA-GCCCTTGGGG-C---------T---AGT-GATAC-T-TTTA--AC---TA-A-TACTCAG-G-T-GACCG-ATAAGGC
gi|1 : ---ATGT------TTAGTCTTTCTTCACTACATG----------TATGAG-----CAA------ATTTAT--GGGCATTTGTGT------------TA-A--AGATCAC-A-TC-T----------AG-T-----------T-------------------TT----------ATAC-------T-A----------CTGTTGAATATGAAAATT--AGCG------TG-----GA------T----ATG-C-AGAGC-AG-G-A---A-AAAATTGCAA----T-A--T---------------G-----ACATG-AT---T----TC-A--TA-ACTCTTTAGA-C---------TTATAAT-GATAC-T-GTTA--AT---TG-A-TACTCAA-G-T-GGCCA-ATAAGGC
gi|10 : TTATGAGTTT-GAAATCT-TAGTGTTTTG-CCT-T-AGGACAGCCCCAA---GG-T--A--GT-------------CATAccgtgagcctcacggtttttttcattggataccaatatttgttggttcagtgtgttattgtgccaaaccatgaaaccaaattattaatgatttagaattcttgatgtttccacaaaa
gi|11 : ttatgatatggaagacttctctgtgtttactgatacagtataaaactaatgtaggaaaagcagggcagaatgtacattgtaccTCCAA---AA-T--A--AT-------------CATAT-T-GTG--TCA------ATAT--AATATAAA--T-------GAA-T---AT-T---ATGT------AAAATCTCTCATCA------A----------TAT-GT-----CAC------TTTCAG--A---ATTTGT-------TT----TTTAA--AGAATAC-G-TC-T----------TG-T-----------TTAATATTTCAG--------CTG-------A-ATAT-------T-A----------AT-----AT-------TT--GACT------TA-----AA------T----ATG-CTATAAA-AT-A-A---G-A----T--------T-A--TGA-------------T-----A---G-AT---T----T-CG--TA-GCCCTTGGTG-C---------A---AGT-GATAC-T-TTagcacagacaccttcatccatttttaagaacacatcttgtatactgttgctaattatattaaatattag
gi|12 : T--AACTT--A--TACTA---G---T---AG-T---ATGT------AAAGTCTTTCATCA------GATCTAGAATACATGGG-----CAC------TTTCTG--GGTGATCTGTA-------T----TTT-G--AGAGCAC-A-TT-T----------TG-T-----------T-------------------TTATGCTAGTG-ATACTGTTGAAT-A----------TTA--AAAT-------TT--AGAT------TA-----GA------T----GTG-C-ATGAG-AGTA-A---A-A----TTA------T-A--T---------------T-----C---G-A----T----TCTG--TA-GCCCTTGAGT-C---------T---AGT-G
gi|13 : -A-TA-T----------TG-C-----------T-------------------TTA-------A-ATAT-------T--------------A--GAAT-------TT--AGCCCATCGGTA-----GA------T----ATG----GAA-------A---A-A----T--------T-G------------------------A---G-AT---C----AACGCATA-GCACTTAGGG-C---------T---AGT-CACAC-G-TTTA--AC---TA-A-TATTCGG-G-T-AACCG-ATAAGACtaataggagatact
gi|14 : tagtaagaatgaaaactggttacagcttATCA------G----------TGTGGG-----TAC------TTCCGG--GGACATTT-----------------T-A--AGAACAC-G-TC-T----------TG-TATAATACTCTTT-------------------CTT-------A-ATAT-------T-A----------T-----AAT-------TT--AGCT------TA-----CA------T----TTG-A-AGGAC-AG-G-AC--A-A----T--------T-AATC---------------T-----A---G-AT---A----TCC---TA-GTTCTTGGAG-T---------T---AGT-GATAC-T-TTctgttgtcttcttgtctgtgtcaagattaatttctatgcaagcaggt
gi|15 : --GGGCACCTGTG-G----TA----A---A--AGAATAA-A-TC-T----------TG-T-----------TTGATACTG-----------CTG-------C-TGAT-------T-A----------TTA--GAAC-------TT--GGC--------A-----AA------T----ATG-C-AGAA--AG-G-A---A-A---------------A--T---------------C-----A---C-AT---A----CATG--TA---TTTTGGGG-G---------T---AAA-TATTC-T-TTTA--AC---TA-A-TTCTCAG-G-T-GACCA-AAAAAGCaattcattagagtattggctgtaacatttttacgatatggacatcaagtt
gi|16 : CAATGTTATGAATTTTGCAACTC-CATGTTTTGG-ATTTT-AAGACGGGTTCAA---AT-T--A--GT-------------GAAAT-C-ATG--TTA------ATGC--TACAT--A--T-------GTAAT---AT-C---ATGG------AAAGTC-TTCATCA------G----------TATAAG-----CAC------TCTCGA--GGctgtgggacctcttagcttgtcagcatgaattatatgctcaggt
gi|17 : ctgaaagacttttttacgtttattttaaatacggtactaaaactaaatacatatgtatCAAAATTATTAATTTTGCAACC-------TTTTA-ACTC--ATCACAAGTCGAA---AT-T--A--GT-------------CATAT-C-GTT--TTA------ATGT--TACAT--A--T---------------AT-T---ATGT------AAAGTCTTTAATCA------G----------TAT
gi|18 : caactgaaagacttctttatcattgctgattcggtataaaaactaattgtatatttcggaaaagcaggaaaagatgtacTTCAG--GGGCATCTGTATGCATCTTG---TTT------AATACTA-GC-T----------GC-T-----------G-------------------CTG-----------AT-------T-A----------CTA---AAT-------TC--AGCT------TAATACCGG------T----ATC-C-AGAAC-AG-GAA---A-A----T--------T-A--A---------------TAC---A---G-AT---T----T-CA--TA-GCCTTTGGCA-CTTATATATAT---AGT-GATAC-T-TTTA--AC---TA-A-TATTCAA-G-T-GATTG-ATATGG
gi|19 : TTCATCA------G----------TATGGGGTTTTTTT------TTTCAG--AGGCGTTT---------TT----TTT-A------TAC-----------------TG---------------------------------CTG-------A-GGAA-------T-A----------TTA--GAAT-------TT------------TA-----GA------T--------T-AGAA--AA-A-T---A-A----T--------T-A--T---------------------A---G-AT---T----TC-A--TA-GCTCGTGGGG-C---------T---AGT-GGTA----TTTA--AC---T--------CAG-G-T-GACCG-ATAAGGCtctcttgtttc
gi|2 : caCAAAATTGAGAATTTCGCGACCC-CAACGTTCTG-A---T-AGAGCGGGTCCAA---AA-T--T--GT-------------TATATACAGTG--TTG------ATAC--GACAT--AACT-----------T---AT-C---ATGT------AAAGTCTTTCGTTA------G----------TATGGG-----TACGGGTACTTTCGT--GGGCATTTATGTG----TT----TTT-ACGAGAGCAC-A-T--T----------TG-C-----------T-------------------CTG-------A-ATAT-------TGA----------TTA--GAAT-------TT--AGCT------TA-----GA------T----ATG-C-AGAGC-AGTG-A---A-A----T--------T-A--T---------------T-----A---G-AT---T----TCCC--TA-GCCTCTGGGG-C---------T---AGA-GATAC-T-TTCAG-GT---TA-A-TATTCAG-GCC-GGCCG-ATAAGACccctggatcttgtttcgatctctattgaatatc
gi|20 : -A--AGAACAC-AACC-T----------TG-T-----------T-------------------TT--------A-ATGC-------T-G----------CTGCTGAAT-----------AGG--------A-----GAAT----T----TTG-C-AGAAC-AG-G-A---A-AA---T--------T-A--CATGTAATATAAATGGT-----A---A-AT---TGTTTTCCT--CA-GCCCTTGGTG-C---------T---AGA-AATGA-C-TTTA--AC---TA-A-TTCTCAG-G-T-GTCCA-ATGAGG
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gi|22 : AAATTATGAATTCCGTAACCTTCAAGGTTCTA-ACTCT-AGGACGGGTCCAA---AG-T--A--GTTACTAGTACATTGTATAT-A-ATG--TTA------ATAT--AActgtgggcctct
gi|23 : attttgctgattatgaatacaatctacacgcatatttaggaaaatgcagaaagaattgtacac-T--A--GT-------------CATAC-A-ATA--TTA------ACAA--AACAC--A--T-------A---TCATAT-C---ATGT------AAAGTATTTTACCA------A----------TATTGA-----CAC------TTTCGGTACAGCATTTGTGTT----TTA---TTT-A--A-------A-TT-T----------AG-T-----------T-------------------TTG---------ACAT-------T-------------------------------------------------GA------T----ATG-C-AGAATAAG-G-A---A-A----T--------T-C--TTG-------------T-----G---G-AT---T----
gi|24 : -------T-A----------TTA--GAAT-------GT--AGCT------TAA----GA------A----ATA-A-AGAGC-AG-G-A---ATC----T--------T-T--C---------------T-----A---G--T---T----TCC---TA---TCTTGGGGAC---------T---AATCGATAC-T-TTTAATAC---TA-A-TACTCAG-G-TAGACTG-ATAAGG
gi|25 : aa-------T-A----------TTA--GAAT-------GT--AGCT------TAA----GA------A----ATA-A-AGAGC-AG-G-A---ATC----T--------T-T--C---------------T-----A---G--T---T----TCC---TA---TCTTGGGGAC---------T---AATCGATAC-T-TTTAATAC---TA-A-TACTCAG-G-TAGACTG-ATAAGGgacccacgtgggcctcctgtacaaaatgttt
gi|26 : aa-------T-A----------TTA--GAAT-------TTTAAGCT------T--------------C----ATG-C-AAAAC-AG-G-A---A-A----T--------T------------------------------G-AT---T----T-CA--TT-GTCCTTGGTC-T---------T---AGC-TATAC-TCTTTA--AC---CA-A-TACTCAGAG-T-GCCTGAATAAAGgacccacgtgggcctcctgtacaaaatgttt
gi|27 : ctgctgcagaaCAAAATTGTGAATTTCACATCCT-CTGGTCTCTG-ACTCT-TGACTGCTTTTAA---AA-C--A--GT-------------CATAC-A-GTG--TAA------ATAT--AACAtttggggcacttgttagaaattcttatg
gi|29 : catggtgattactgtgtaaaaactaaattacatatttaggagaaacaaaaatggttgtacCGAAACT-TGAATATCGCAACCC--AGGGTTTTG-ACT
gi|3 : tatcatttgaaagacttcctctagctttgttgatgctgtacaaaaataaatttgtactatgtaggaaaagcagaatcggatgaaCAAAATTGTGAATTTCGCAAACA-CGGGGCTTTG-ACTCT-AGGGTCATTCCAA---GATT--ATTGT-------------CTTAC----TG--TTA------ATAT--AACAC--A--TA------G---T---ATATA--ATGT------AAAATCTTGTATCA------G----------TACGGG-----CGC------ATTC-T--GGGCATTTGTGTA--------------A--AGAAGAC-A-TC-A----------TG-T-----------TTACATGTTTAGCACTGTTGCTG-------A-A----------T-A----------TCA--GAAT-------TT--AGTT------TA-----GA------T----AGA-C-AGAAC-TG-G-A---------------------------------------------------------------------A-GCCCCTGAAG-C---------T---AGT-GATAC-T-TTTA--Ata
gi|30 : aaaagccgaaaggggtgtacTTGTACTCG-AAGACGGGTCCAATTTAA-TTCA--AT-------------CATGT-TTATG--CTACAT---ATAT--AATATC-A--T-------G---G---AA-T---AGGTCCATGGAGAGTCTTTCATAA------G----------TATAGA-----CAC------TCTCGG--AGG
gi|31 : -------T-A----------TTA--AAGT-------TT--ACCG------CA-----GG------T----ATT-T-AGAAC-AG-T-ATACA-G----T--------T----T---------------T-----A---G-AT---T-----CCA--TA-ACCCATGTCA-C---------T---AGT-GATAC---TTTA--ACTTTTA-ATTGCTTAG-G-T-GACCG--TAAggggggggggg
gi|32 : ------T----ATG-C-AGAAC-AG-G-A---A-A---------------A--A---------------T-----A---GCATCGAT----TCTA--TA-GCCTTCGGGA-C---------T---ACT-GATAC-T-TTTG--GC---TA-T-TGCTCAA-G-G-AA--G-GTAAGGtgttttgtcc
gi|33 : AAC-GG-G-A---A-A----T----------A--T---------------TTTTCTA---G-AT---T----TC-A--TA-GCCTTTGGGA-C---------T---AGA-AATAC-T-TTTA--AC---TA-A-TACGCAG-G-C-GACTG-TTAtctgtcggtctcttgttt
gi|34 : AAAATTGTGAATTTCGCAACGC-AAGGTTTCTA-ACCCT-ttgcctttgggcctcttgttt
gi|35 : ggtgatactgtataagaattgaaagaatgtgaagaaaatccagaaacgcatgtacca---G-AC---T----T--G--TA-GCC-TTGGGA-C---------T---AGT-GATAC-T-TTTA--AC---TA-A-TACTCAG-G-T-GACTG-ATAAGGC
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gi|37 : -A--T---------------T---------G-AT---T----TCC---TA-GCCCATGGAT-C---------T---AGT-GGTAC-T-TTTC--AA---TA-A-TACTCGG-G-T-GAGCG-ATACGGC
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gi|5 : tacTCCCA---AA-T--A--AC-------------GATAT-A-GTA--TCA------AAAT--AACATGAA--T-------G---T---ATATG--ATGT------CAAGTCTTTCATTA------A----------TAT-GT-----CAC------TTACAG--AGTC-TCTG---------T----TTT-C--AGAATAC-A-TC-T----------TG-T-----------TTGATATTTCAG--------CTG-------A-ATAT-------T-A----------GT-----AT-------TT--GACT------TA-----GA------T----ATG-TGACAAA-AA-T-A---A-A----T--------TGA--TGA-------------T-----A---G-AT---T----T-TG--TA-GGCCTTGAAG-C---------C---AAT-GACGA-T-TTTT--AC---TATA-TACTCAG-G-T-GACCG-ATAAGGC
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gi|7 : CAAAATAGTGTATATAACAAATC-TAGGGTTTTG-AGACC-TGGACAGGTCCAA---AT-T--A--GT-------------TGTAT-T-GTATTTTA------ATGT--TACAT--A---------------------T---ATGT------AAAGCGTTTCAT-A------G----------TATAGG-----CAC------TTTCAA--GGGC-------TG----TTAAAGTTT-A--AGAGCAC-A-TCAT----------TG-TACAC-------TTTTA---------------CTG-------A-A----------T-A----------TCA--AAAT-------TT--AGTT------TA-----cgtttttggtcccttatgtataaaatgtgt
gi|8 : tgctgatacagcatatttaggaaaaacagaaaaggatgtatCATAATTGTGAATTTTGCAATCC-CAATATTTTA-ACTAA-AGAATGCATCCAA---AT-TT-A--GT-------------CATAT-T-GT---TTA------ATGT--TACAT--A--T------------------T---GTGT------AAAGCCTTTCATTA------G----------TATAGG-----CAC------TTTGGA--GGTGATTTA---A----AT----TTT-A--AGAACAC-A-TC-T----------TG-T-----------T-------------------TT----------ATAC-------T-A----------TT
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): TTGGTTCAGTATTCGTGCAGCTATCACCAGTATCATTTTTCCATTGGCGATGCAATATTTCTTCCTTGATATTCAAAATCCAAAGAAATCAAAGTGTTATAACAAATTTGATTTAGATTTTGCATAAAAT
Unaligned ( gi|40 ): ACGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN