lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222                                                                                                                            1111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                             11111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                        111111111111111111111                                                 22222222222222222222222222222222222222222222222                                                                                                                                                                                                                                                  1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                         1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                       
lowQualScore                  :             55        3       222222222      111        22222             111    111   1                 33          222222                 11     4              22  11  11111      1111           33    999999999999999999999999999999999999999999999999999999              33          11             222        22       22             33               1   111               333333333333333   1111   3333      111   55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555        22222222222                           22   44444444           333333333       111     1  4444     55                7777777777777777777777777777777777777777777            222        1       11111        999999999999999999999   2        1   111        22           444               888888888           1    44       33333333333333333333333333333333333333333333333             777777                                 1    44      4                       666666         222222222222222222222                 4          55                   11111111111111111111111111111111111111111111111         1                         777777777   1                  333333     4            11  4444444444444       11  88888888888888888888888888888888        22222    33     2   4     4             2      1        3333       1  1             6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1     3333     1              111      22               3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333        333333        1111  11        3        11111      3333       222  111111     6666              1          7777       333  11           4444     1       44         1      1  1111  888888888888888888888888888888888       222      1  1  4444444444444444444444444444444444444444     1        999999      1  222222222       1    1        555555555555555555555555555555555555555555555555555            1   11     4444444444444444444      11     
lowQualScore                  :             00   6    0       777777777      111   6    88888   6     6   111    111   3  5            2 22          333333  8   8          44     0 888     0    33  11  88888 8    1111           55    999999999999999999999999999999999999999999999999999999    8    8 0  11  5   8   44         6   111        11       55       99  8 11 0             9   999          5    333333333333333   4444   2222      222   66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666        33333333333      8 3    8             22   55555555      9    555555555   8   111     6  0000     55    88       8  6666666666666666666666666666666666666666666   99       555        0       88888        999999999999999999999   7  3     0   777      0 44    2      555    6      6   111111111           5    77       88888888888888888888888888888888888888888888888     6    4  555555                                 7    66 6    0    6                  888888         777777777777777777777 6               0          55                   77777777777777777777777777777777777777777777777       6 5    6   6     6        3 666666666   5   2  3  55       777777     0       8    33  9999999999999       00  44444444444444444444444444444444     3  55555    33     3   0     0   6         6      3   8 7  5555   3 1 5  3          2  2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0     5555 2   0 2 2     2    777  2   88         0     4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444        333333    0 8 7777  11    8   2        88888      6666   3   777  444444 0   0000              0    3     4444       777  33        9  7777     5       88  88     0    2 0  7777  555555555555555555555555555555555       888      0  0  9999999999999999999999999999999999999999     0     8  111111  2   0  333333333       5    5  4     333333333333333333333333333333333333333333333333333      6     3   55     6666666666666666666      88     
lowQualScore                  :             ..   .    .       .........      ...   .    .....   .     .   ...    ...   .  .            . ..          ......  .   .          ..     . ...     .    ..  ..  ..... .    ....           ..    ......................................................    .    . .  ..  .   .   ..         .   ...        ..       ..       ..  . .. .             .   ...          .    ...............   ....   ....      ...   ..........................................................................        ...........      . .    .             ..   ........      .    .........   .   ...     .  ....     ..    ..       .  ...........................................   ..       ...        .       .....        .....................   .  .     .   ...      . ..    .      ...    .      .   .........           .    ..       ...............................................     .    .  ......                                 .    .. .    .    .                  ......         ..................... .               .          ..                   ...............................................       . .    .   .     .        . .........   .   .  .  ..       ......     .       .    ..  .............       ..  ................................     .  .....    ..     .   .     .   .         .      .   . .  ....   . . .  .          .  .................................................................................................... .     .... .   . . .     .    ...  .   ..         .     ...............................................................................        ......    . . ....  ..    .   .        .....      ....   .   ...  ...... .   ....              .    .     ....       ...  ..        .  ....     .       ..  ..     .    . .  ....  .................................       ...      .  .  ........................................     .     .  ......  .   .  .........       .    .  .     ...................................................      .     .   ..     ...................      ..     
lowQualScore                  :             88   7    2       222222222      777   7    33333   7     7   777    777   5  0            5 88          000000  0   0          00     0 222     8    00  00  44444 0    8888           00    444444444444444444444444444444444444444444444444444444    0    0 8  00  6   0   22         0   666        66       00       44  0 00 8             6   000          4    444444444444444   2222   0000      888   44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444        88888888888      0 0    0             88   22222222      6    444444444   0   888     0  2222     00    88       2  2222222222222222222222222222222222222222222   33       555        0       55555        888888888888888888888   8  2     0   000      2 22    5      000    7      7   000000000           0    00       77777777777777777777777777777777777777777777777     0    0  000000                                 0    00 0    0    0                  000000         000000000000000000000 0               0          00                   00000000000000000000000000000000000000000000000       0 0    0   0     0        0 555555555   5   5  0  00       333333     0       8    88  2222222222222       22  88888888888888888888888888888888     0  00000    77     7   0     0   0         7      3   3 0  3333   7 0 3  3          5  5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0     0000 0   0 5 5     5    555  2   88         7     1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111        000000    8 0 0000  00    0   0        88888      5555   2   555  888888 8   8888              0    0     2222       555  88        8  8888     5       88  00     0    5 0  2222  555555555555555555555555555555555       888      0  0  5555555555555555555555555555555555555555     0     8  000000  0   0  222222222       5    0  2     888888888888888888888888888888888888888888888888888      7     3   00     0000000000000000000      33     
consensus                     :  TATTTACATTT--GCA-ACTG-TTTTCTC-----CTA-CATAAC---ACT-ATTA-CGA-GCA-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATATGG--GGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATGTTGAAAAGT-AG--GTTACCGG-TACT-AC-TTTTACTAAGTA-TTAC---A---GA------T-CTAT-TA-----AA---TAGAT---GAAATCAAACANCACA-AAAT-ATTT-TTATGAT-TTTATTTTTTCTCCAGTCATTGGACTTTCG-TCAAAAATAAAAATAT-TTC-TAATAAAACACTGTCTTACTTATGGTATGGATGGGCTGTT-----A-AA------TGT----ATG--ACAAAAACC-GGAGC---AT-CCAGGGC----CACAAACCACAAAC-CACAAAGATA-TCAT-CCAT--AAAGAGGA-T-TCAANNA-AGAATCGC---TTCC-TA-TTTCAA-ACGTGC-TCCATCTTCGCCTGTTGT-ACTGCC-GGCAATATGTG-TGGTACA-ATC-TTC--AATTCATTTC--ATTTCCCGTGGC-TTAGAATTTCA-----------C-----------CAT-CAGT-G----CAT-T-ATTCATTTCACTTT-CAAAAGGA-TGAAAATGGC--CTGGAATAC--GCCAAACG--CTCGT--CATG-AAACACAA-CAA-A-AAAATTCC-AGGGTGGGAATTG--ATGTAATGAAGCTCC--ATCCG-ACAAACGAATTTATGAA--ATTCCAGGAGTGATGTGGTACATG-CCAATAAAAATGCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAAANCAGATC--CAAATGCTACANNNNNNNNNNNNNNNNNTTAACACATG-CACAAAGGACGCACTCTCTCTTCCAGCTTTG-AAATCCATTGTGGTACA-CAGCTCTCAGCG-----AAAAGGTCCTTCTCTGGATTTATGTCCGATGATATTTGTAAGTCCTCAA-----TG----TATATCAAAAACCTA-CACAACGCAC--TCACAA--GCCTGCGTGCACGGCCATCACGGCCATGAGCGANGCCGGCATCGGTTTCCANTCNCGNNAGATCAT-GTTA-TGTCG-GGGCATCGAAGC--GA-GGCGTCTT----TGAAAACC-TAGCTATAA------CA--AAGT-T--ATC---CGAGTCNAC-----AGAA--GCGTT-CAG-TGAGC-TCATGTTTGTCAAACAATTA-CAATTCCA---GACCGTCA-CT-ACCTTCGTCTGCTN----TT--GT--CAG------TTCTTT-TCANGTA-AT--TC-ACNTGCGT--------CCTC-ATCTGTCCCGTCTGTGT-A-A--TTATT--TG---C-CTACAAC--CTTGA-CNANTGCCGCCCTG---TCCTCA-CGTTCCCCCATCTCAGCT--TCT-TATA----TA---AACTCCGATATTNCCCTACG--ATATATC-T-TT-CA-AAATCA--GTCCATTCAAACAACTGTCT-NC--CTTTCAA-A----AA--TGAC-ACCGCATCACAANTGTTAGTGTAG---ACGTTGCG-GCG-CACCCCGAAC----TTCCGCCAGAATTC-AAATNATCAG-T--TTTTCGCA--AA--ATTAGACATAAG---AAGAGTTTTCAAT-CATNNACTTT-TAAANA-AA-TG-TA--TATN---GTC-TTTTTTATATAC-TTGCT--TTTTAACG--TCCTAA-TA-AT-TA-AAA--A----CAGC-TCTTC---A-TGT-CATNGA-ACTTT-GTTTTGGTG-----TTTCGT-CATTTTTGAAACGAAGCGTTTATGTGAGTCAA----------CA-------AT--------GTA-----T----GGA---NA-CATGTTGCTAAC-ACGA-TCAGCA-AT-GTTA-T---CGAT-CCAAAA--TGTAA
Reference ( gi|1 )            :  TATTTACATTTTTGCA-ACTGCTTTTCTC-----CTAACATAAC---ACT-ATTA-GAG-GCA-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATATGGAGGGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGC-ATGAAGTATTTGTTGAAAAAG-AG--GTAACC-G-TACT-AC-TTTTACTAAGT--TTAC---A---G-------T-CTAT-TA-----AA---TAGAT---G-AATCAAAAAACACA-AAAT-ATTTATTATGAT-TTTATTTTTTTTCCAGTCATTGGACTTTCA-TCAAAAAT-AAAATAT-TTC-TAATAAAACACTGTCTTATTTATGGTATGGATGGGATGTT-----A-AA------TGT----ATGACACAAAAACC-GGAGCAAAATGCCAGGGCGGGGC-CAAACCACAATTGCACAAAGATATTCAT-CCATC-ACAGAGGAATTTTAAAAAGAGAATCGC---TT-C-TA-TTTCAA-ATGTGC-TCCATCTTCGCCTTCTGTAACTGCCGGGCAATGTGTG-T-GTACAGATC-TTC--AATTCA-TTCAAATTTCC--TGGC-TTAGAATTCCA-----------CGTA------GGCAT-CA-T------CAT-T-ATTTTTTTCACTTTCCAAAAGGA-TGAAAATGGC--CTGGAATAC--GCCAAACGAATTCGTCCCATGAAAACACAA-CAA-A-AAAATTCCCAGGGTGGGAATTGGAATGTCATGAAGCTCCCAATCCACCCAAACGAATTTCTGAAACATTCCAGAAGTGGTATGGTCC----TCAATAAAAATGCTTCACTGCGCCTGCTGGATGAACAAAACA-ATCGGCAAATGCTACAACAAACACTCTTTAATATTAACTCATGATATAAAG-ACGCGCTCTCTCTTCCAGCTTTGCAAA--CATTGTGGT-CATCAGCT-TCAACACACAAAGAAGGTCCTTCTCTGG-TTTATGTCCG--GATATTTGTAAGTCCTCAAAGTCATGAAAGTGTATCAAAA-CTTAACACA-CACATGACCGCAACTGCCTGCGCGAACGGTCATTACAGCTATGAGTGATGATGATGACAGTTTCCAGTCACGCCAGATCATAGTTT-TGTCGCGGGCATCGAAGC--GA-GGT-TCGT----TGAAAACC-TA---ATAA------CG--AAAT-T--ATC---CGAGTCAAC-----AGAA-AGCGTTTCAGCTGAGCCTCACGTTTGTCAA-CAATTA-CAAATACA---GACCGTTAACT-ACCTTCGTCTGCTA----CT--GT--CAG------TTCTTTGTCAGGCAGAT--TC-ATCTGCGT------GTCCTCGATCTGTCCTGTCTGTG----A--TGATT--T----C-CTACA----CCTGA-CGACTGCCGCCCTG---TCTTCAATGTTCCCCCACCTCAGTCAGTCTCTAT-----TA---AACTCCAATAATGTCCAACG--GAATATC-T-T--CA-AAATTAAAGTCCTTTCAAACAACTGTCT-AC--TTTTCAA-A----AA--TGAC-ACC-CATCACAACTGTTAGTGTAG---ACGTTGCG-GCG-CACCCCAAACAAAATTCCGCCAGAATTC-AAATTATCAGATAATTTTCGC---AA--ATTAGACATAAGGAGAAGAGTTTTCAATGAATAAACTTT-TAAAGA-AA-TG-TA--TATG---GTCATTGCTTATA-ACTTTGCTG-TTTTAACG--TCCTAA-TA-AT-TA-AAA--A----CAGC-TCTTC---A-T-T-CAGGGA-ACTTT-GTTTTGGTGTTTAATTCCGT-CATTTTTGAAACGAAGCGTTTATGTAGGTCAA----------T--------AT--------GTA-----T----GGA---TA-CATGTTGCTAAC-ACAATTCAGCA-ATGATTA-T---CGATACCAAAA--TGTAA
gi|17                         :  TATTTACATTT--GCA-ACTGTTTTTC-------CTA-CATAAC---ACT-ATTACGAG-CAA-ATACA-------TTACC--ACTACAT
gi|4                          :   ATTTACATTT--GCA-ACTG-TTTTCTC-----CTA-TATAAC---ACT-ATTA-TGA-GCA-ATACG-TAT---TTATC--ACT-CA-AAA---CTATATTG--GGTCAACAGA------GGGTCAACAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATGTTGAAAAGT-AG--GTTCCG-G-TACT-AC-TTTTACTAAGTA-TTAC---A---GATCTAAGT-CTAT-TA-----AGGCCTAGG-----------AAACACACA-AAATTATTT--TATGAT-TTTATTTTTCTCCC-GTCAT-GGACTTTCA-TCAAAAA---AAATAT-ATC-TA-TAAAACACTGACCTACTTATG-TATGGATGGGCTGTT-----A-AA------TGT----ATG--ACAAAAACC--GAGC---AT-CCAG-------------CCACAAAC-CACAAAGATA-TCATCCCAT--AAAGAGGA---TCAACAA-AGAATCAC---TTCC-TA-TTTCAA-ACGTGC-TCTATCTTCGCCTGTTGT-ACTG-CGGGCAATATGTG-TGGTAATAATCTTTC--AATTCA-TTTTCATTTCCCGTGGCTTTAGAATTTCACCATCATGTTGCGTACATCCCGGCGTACA-TGG----GAT-TCATTCATTTCACTTT-CAAAAGGA-TGAAAATGGT--CTGGAATAC--GCC--ACG--CTCGT--CATG-AAACACAA-CAACA-AAAATTTCCAGGGCGGAATTT---ATGTAATGAAGCTCC--ATCCG-ACAAACGAATTTATGAA--ATTCCAGGAATGAT-TGATACATGTCCAATAAAAATGCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAAATCAGATC--CAAATGCTACA
gi|15                         :   ATTTACATT-------ACTTGTTTTCTTTATCACTAACAAAAC----CT-ATTA-ACGAGCA-ATACG-TATCTCTTATCCTACTCCATAAATACCTATATGGGGTGTc
gi|6                          : tacTTTACATTT--GCA-ACTG-TTTTCTC-----C--ACATAAC---ACT---TA-CGA-GCACATACGCTAT---TTAC---ACTGCA-AATTACCTATTTGA--GGTCAACAGA------G--TCA-CA-TTGTGCGTTATGAA-T-TTTGTTGAAAAGT-AG--GTTACC-GGTACTTAC-TTTTACTGAGTA-TTAC---ATAAG-------T-ATATATT-----AA---TAGATTG-A-AATCAAAC--CACA-AAAT-ATTTTTTA-GGTATTTATTTTTTCCTCAGTT----GACTTTC--TCAAAAATAAAAATAT-TTC-T-ATAAAACACTGTCTTA-TTATG--ATGGATGGAATGTT-----ATTA------TGT----ATG--ACAAAAACC-GGAG--ACAT-CCTGGCCGG-----AA--CACAAAT-CACAAACATA-TCAT-CCAT--ACAGAGG--TTCT--ATATAGAATCGCT--TT-C-CATTTTCAACATATGC-TCCATCTCCGCCTGTTGT-ACTGC---GCAATGTGTG-T-GTACA-ATC-TTTCAAATTCA-TT----TTTCCTGTGGC--TAGCATTTCA-----------C-----------CAA-CAGT------CAT-T-ATTTTTTCCCCT---CAAAAAGA-TGAAAAT--C--CTGGAATA---G-CAAACG--------TCATG-AAACACAA-CAA-A-AAAATTCC--AGGT-GGAATTG--ATGTCATGAAGCTCT--ATACG-ACAAATGCATTTATGAA--ATTCCAG----GATGTG-----------ATACACAT-CTCCACT--GCTT-----ATGAGCAAAACAGATT--CAAATGCTAC
gi|3                          :    TTTACATTT--GCAGACTG--TTTCTC-----TTA-TATAACCCAACTCACTG-TGA-GCA-ATACG-TAT---TTACG--ACT-CATAAATACCTATATGGA-GGTCAACAAAAGACACGG-TCA-CAGCCGT-CGT-ATGAA-TA-ATGTTGAAAAA--AGTAGTACCG-G-TACT----CTTTACTAAGTAATTACGA-A---G-------TGCAAT-TAGGCCTAA----AGATCTCA-GATGAAATAACACACAAAC-ATTT-TTATGAT-TTT-CTTTTTCTCCAGTC--TGGGCGTTC--TCAAAACA-AAAGTAT-ATCATA--AAAACACTGTCTTA-TTATTGTATGGATGGGCTGTT-----A-AAGGAAATTGTTTTAATGACA-ATAAACCTAGAGC---AT-CCACGGC----CACAAACCAC-AT------AAGATA-TAAT-CCAT--AAAGAGGAG--TCAACATAAGTATCGCATGTC-C-T--TTTCAA-ACGTGCATTTATCTTCGCCTGTTGT-ACTAAC--ACAATATGTGTT-GTACACATT-TTC---ATTCA-TTCATTTTTCCCGTGGC-TTAGAATTTCA-----------C-----------CAT-CA-
gi|8                          :     TTACATTT--GCA-ACCG-TTTTCTC-----CTA-CATAAC---ACT-ACTA-CGA-GCA-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATAT---GGGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATATTG--AAAGTAG--GTTACCGG-TACT-ACTTTTTACTAAGA--TTAC---A---GAA-----G-TTAT-T------AA---TAGAT---GAAATC-AACACCACA-AAAT-A-------------------TTTCTCCA-TCATTGGACTTTCATTCAAAAAC-AAAAAATATTC-T-AT-AAACACTGTCTTACTTAT-GTATGGATGGGCTGTTA----A-AA------TGT----ATG---CAAACAT-------------CCAGGGC----CACAAAC--------CACAAAGATA-TCATGCCATCAAAAGAGG-ATCT---ACAGAGAATAGC---TTCC-TA-TTTCAA-ACGTGT-TCCATCTTCGCCTGTTGT-ACTGC--GGCAATATGTG-TGGTAC-TTTC-TTC--AATTCATTTC--ATTTCCCGTGGC-TTAGAATTGCA-----------C-----------CAT-CAGTTGCGTACATGG-ATTCATTTCACTTT-CAAAAGGA-TAAAAATGGT--TTGGAATAC--G-CAAACG--CTCAT--TATG-AAACACAA-CAA-A-CAAATTACAAGGGTGGAAAgtaaaaacttcgttgcgtacaatggtaaaatttccgatgatacatatctacttttaaaaaggaatgaaaaaaacgtctggaataaaagcaacgcttctgtcatgaaacacaaacaaccaaaattccaggtgggaattggatgtaatgaagtccatcccacaaacgatattataaaatccagaagttgaattgtacatgtcaataaaagcctcacatgctgatgagcaagttcagatccaaag
gi|12                         :                                                                                       ataATAAATACCTATATGG--GGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATTTGTTGAAAAGT-AG--ATTACCGG-TACT-AC-TTTTACTAAGTA-TTACAGAA---G-------T-CTAT-T------AA---TAGAT---GAAATC-AACACCACA-AAAT-ATTT-TTATAAT-TTTA-TTTTTTTCCTGTCAGTGGACTTTTG-TCAAAAATAAAAATAT-TTC-T-ATAAAACACCGTCTTACTTA-AGTATGGATGGGATGTTTTAAAA-AA------TGT----ATG--ACAAAAACC-GGAG
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ccattgacatccctaA------TGT----ATGACA--AAAACT-GGAGCA---T-CCAG-----------AACTACAAAC-CACAAATATAT-----------ACAGAG---------------AATCGC---TT-CCTA-TTTCAA-ACGTGC-TCCATCTTCGCCTGATGT-ACTGC--GGCAAT--------------ACT-TTC--AATTCATTTC--ATTTCCCGTGGC-TTAaatcctattgagagcgtaagtaaagggcataaagtttgcatcatccgtattcactgatgcatatgacatgctctcca
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ACTTTTAAAAAGGAATGAAAAAAACGTCTGGAATAAAAGC--AACGCTTCTGTC--ATGAAA-CACAAACAA-CCAAAATTCC--AGGTGGGAATTGG-ATGTAATGAAG-TCC--ATCC-CACAAACGATATTATAAAA---TCCAGAAGTTGAATTGTACATG-TCAATAAAA--GCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tttacatttgcagactgtttctcttatataacccaactcactgtgagcaatacgtatttacgactcataaatacctatatggaggtcaacaaaagacacggtcacagccgtcgtatgaataatgttgaaaaaagtagtaccggtactctttactaagtaattacgaagtgcaattaggcctaaagatctcagatgaaataacacacaaacatttttatgattttctttttctccagtctgggcgttctcaaaacaaaagtatatcataaaaacactgtcttattattgtatggatgggctgttaaaggaaattgttttaatgacaataaacctagagcatccacggccacaaaccacataagatataatccataaagaggagtcaacataagtatcgcatgtccttttcaaacgtgcatttatcttcgcctgttgtactaacacaatatgtgttgtacacattttcattcattcatttttcccgtggcttagaatttcaccatcagtaaaaacttcgttgcgtacaatggtaaaatttccgatgatacatatctTTAACACATG-CACAAAGGACGCACTCTCTCTTCCAGCTTTG-AAATCCATTGTGGTACA-CAGCTCTCAGCG-----AAAAGGTCCTTCTCTGGATTTATGTCCGATGATATTTGTAAGTCCTCAA-----TG----TATATCAAAAACCTA-CACAACGCAC--TCACAA--GCCTGCGTGCACGGCCATCACAGCCATGAGTGATGCCG------GTTTCCATTCACGCCAGATCATCTTTA-TGTCG-GGGCATCGAAGC--GAAGGTGTCGT----TGAAAACTATA---AGAA----------AAATCT--ATC----GAGTCAAC-----AGAACAGCGTT-CAG-TGAGC-TCATGTTTGTCAA-CAATTA-CAATTCCA---GACCGTCA-CT-ACCTTCGTCTGCTAGGACCTATGT--CAG------TTCTT---CAGGAAGAT--TC-ATCTGCGT--------CCTC----TGTCCTGTCTGTGTGA-A--TTATT--TG---C-CTACA----CCTGA-CGAGTGCCGCCCTG---TCCTTCATGTTCCCCCACCTCAGTC--TTTCTGT-----T----AACTCCGA-AATGTCC-ACG--AAATATC-TCT--CA-AAATCA-------TTC-AACAACTGTCT-GCAACTTTC-A-A----AA--TGAC-ACCGCATCACAACTGTTAGTGTA----ATATTGC--GCG-CACCCCAAAC----TTCCGCCAGAATTCAAAATTATCAGTT--TTTTTGCAAAAA--ATTAGACATAAGG---AGAGTTTTCAAT-CATATACTTT-TAAAGA-AATTG-TA--TAT----GTC-TTCTTTATATAC-TTGCT--TTTTAGCG--TCCTAA-TA-AT-T--AAA--A----CAGC-TCTTC---ATT-T-CATGGA-ACTTT-GTTTT-GTGT----TTTCGT-CATTTT--GAACGAAGCG-TTATGTGGGTCAA----------CAATGTGAAAT--------GTA-----T----GGA---AA-CATGTTGCTAAC-ACAATTCAGC--ATGATTA-T---CGAT-CAAAAA--TGgttcagatccaaag
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   cctctTCACGGCCATGAGCGAGGCTGGCATCGGTT-CCAGTCCCGAAAAATGAT-GTCCATGTCG-GGGCACCGCTGC--GA---T-TCTTCATTTTAAAAAG-TA---CTAC------CA--ACATAT--ATCTCTCAAGTGAAC-----AGAA-aa
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 agcccCATGGCTA-TGTTA-GGGCATCTAAGCCCGATGGCGTCTT----TGAAAACC-TAGCTATAAACATTATA--AGGT-TGGATC---CGAGTCCACCTTTTAGAA--GCTGTTCAG-TGAGC-TCATGTTTGTCAAACAATTATCTATTATATCCAACCACTCACTTACCTTCGTCTGCTT----TT--AT--CTA------TTCTATAT---ATA-AT--TC-ACATGCGT--------CC---ATCTGCC--GTCTGTGTTATA--TTATT--G----C-CTACAATCTCTTGAACCACTGTCGCCCTG---TCCTCA--GTTCCCCCATCTCAGCT--TCT-TATA----CACCTAACTCC-ATATTTCCTTATT--ATATATCTT-T--CC-AAATC--AGTCC--ACAAA-AACTGTCT--C--CTTTCAATATATTAA--TGACTACCGCATCACAAA----AATGTAGTTAACG-TGTGTGCGACACTACAAAC----TTCTGCCAGAATTC-AAATGATCAG-T--TTTTCGCA--AA--ATTAGACA-AATTATAAGAG-TTTCAAT-CATTAACTTT-TAGATA-TA-TATTA--TTTATTTGTC-TTTTTTAGATAC-TTGCC--TTTTAAC---TCCTAA-TATAT-TA-TAT--ATTTTCTAT-TCTTTTCAA-TGT-CATGAC-ACTTT-GTTTTGGT------TTTCGT-CA--TTTGACGCAGAGCGTTTAT-TAAGTCAACCAAATGTTTT--------AT--------ATA-----TTTTATGA---AA-CATGTTGCTAACTATGAATCATCATAT--TTA-TATCTGAT--CAAAAACTGTAA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GGGCATC-AAGC--GA-GGCGTCTT----TGAAAACC-TAGCTATAA------CATAAAGT-T--ATC----GAGTCCAC-----AGAA--GCGTT-CAG-TGAGC-TCATGTTTGTCAAACAATTA-CAAATCCA----ACCCTCACTT-ACCTTCGTCTGCTT----TT--AT--C-G------TT-----TCAA-TA-AT--TC-ACATGCGT--------CC---ATCT---CCGTCTG-G----A--T-ATTATT----C-CTACAAC--CTTGA-CCACTGTCGCCCTG---TCCTCA--GTTCCCCCATCTCAGCT--TCT-TATACACCTA---TACTCCA-TATTTCCTTACGTTATATATC-T-TTCCA-ATATCA--GTCCA--CAAA-AACTGTCT-CC--TTTCAAA-A----AA--TGAC-ACCGCATCACAAAAAT--GTGTTA---ACGTTGTG--CG-CAC-----ACAAACTTCTGCCAGAATTC-AAATGATCAG-T--TTTTCGCA--AA--ATTAGACAAAA----AAGAG-TTTCAAT-CATTAACTTT-TAAGTATAA-TG-TATTTATT---GTTATTTTTAAT--ACTTTGCAT-TTTTAAC---TCCTAA-TA-ATATATATATTA----CATC-TTTCA---A-TGT-CAATGACACTTT-GTTTTGGT------TTTCGT-CA--TTTGAA--GAGGCGTTTAT-TAAGTCAA----------TCC------AT--------GT------T----GAA---TATTATGT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ttaTCCGTCT--TA----TT--GTTTCAGCTATTCTTCTTTTTCATGCGCATCATCTATCTGCGTCCTGTAGTCATCAAT--GTCGTG---GTG----AATTTATT--TGCTGCGCTACA----CTTGA-CGAGTGCCG-CCTGTCATCTTCATCGCTCCTCaaatgtgaaacatg
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gtcttccttcgtggattgtccttaagtcgcgattgatgacatctgtaagtcccatccatgtataatttttccatataacttagatctaaatcgcacttccacagcctgcgtgcccgacgcccacacggcctcggagctgatgcggtttcctattacagttgtccaggatcatttctctatgtcgggttgcaatcaatagtgtgaggtgtttgaatcaaaccgatagtatgaaaacagctcaagtcacagacatcagtttttcaacgcttctgagagtcttcaatttgttccacccattacaactctcagaactgttctccagtcctttcggtacccttctgcatctgctatggtt---AACTCCA-TATTGTCCA-CG--ATATATC-T-TT-CC-AAATCA--GTCCA--CAAA-AACTGTCT-TC--CTTTCAA-A----AA--TGAC-ACCGCAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              G--GAATATC-T-C--GAGAAATCAG-----CTTCAT-CAACTGTCTTAA--ATTTCAA-A----AAAGTGAC-ACC-GATCACGACTGTTAGTGTA----ACGTTGC--GCG----CCCGAAC----TTCCGCCTGAATTC-TAATTACCAG-TA---TTTAC---AAGCATTAGACATAAG--GAAGAGTTTCTAATTCATATACTTTAGAAAGA-AA--G-TA--T-TG---TTT-TTG-TTA-A-A---TACTGCTTTTAACGCATCCTAATTA-AT-TG-AAG--A-----AGCATCTTC---A-T-TACA-TGA-ACTTTGGTCTTTGTG---ATTTCCGTGCATTTT---AACGAAGCG-TTATGTGCGTCAA----------CA-------ATTGATTTGAGTATTGGCT----AGATTTTA-CATGTT-CTAAC-ACA--TCAGCA-A--GTTATT---CGAT-CCAAAA--
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): AGAATTCAAATTTAATCTAATCTTTATGCTTCTGGCAAAATTAGACATTGGAAGAGTTTATCAATCATAATTGAATGAATAATAAATAATTGTCGTACGTTCTTTAGTGATTATTTTTTAGCTAGTGTTCAGAGCGTCCTTTAGTTCTATAATTAAATTACATATGCTCTCACCATTCTACATTGGATCTTTTGTTAATGTGGGTTATCGTACTTGTGGTAATCGAAAAAGTGCGCTTTTGATTAGTGGCAGACTAATATCTTGCGTTGAAATGTGTATCGGTAAATCACTGTTGTCTAACAAATGAATCACGGATTGGTCGCAATTGCTCATCGATCAAAAATGTAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
lowQualScore                  :                    11                1       11111111                         111          1                 11          111111                                                                             6666666666666666666666666666666666666666666                1                                       111        1                        1                     1               11111    222222   1111                      111       2222222222          11               1    11       2222222222222                                                      222            11111111       111111     1111   444444444444                          33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333                       11           11        2222222    11111111111                 111       1     1         22               11    11                 11         2222222      22222                22222      1          11      11           11111111111111111          1   2                           2   11         1  2     1     55555                     33333      33333                   11    5555555555     333333     1     1    333333     33333    222          222                          4444444       222222                 4444444                                          111   1111  11      33333333333333333333333333         11111    444444444444     1          11             1              222222  11      111111   1       2222222     000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000          11    55555555   11             33333     2222222     22  11                  111        22               1111   1   3333333333      2        11   11                 111       2222222        222222      111111  11                            2222        11             1111                   111      1111    222222222                    11111                                     3333333333333333333     22222       1    1    111       222              222222222222          111  1                      222   22222      11  1           1    1        88888888888888888888888888888888888888888  1111              1  3333     22222222  1  1   1      1     
lowQualScore                  :               77   33   5 5          1  5    33333333  5    5     5 5     5   000    888   0  3              33          999999  6   6           6     6   7         99    1           6      6        6    3333333333333333333333333333333333333333333    6   3 55    6            6       6   3     44       333        4 6      4    88      6  5               9     5          2    66666  5 222222   2222   77    5     5 0  5 000  5    8888888888  3       88          6 2  3    55 3     9999999999999        6 6 1      6   6      6                  6    000      4     55555555   6   111111     5555   333333333333     6 1     6 3          99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999    6    88    8       11        3  11        1111111    99999999999    8        8   111    8  6     0   3     33    3      2   33    00                 33  3      4444444      77777        3 2     55555 9    0          11  2   33           77777777777777777     4    5   0                           0   88         5  0     5     00000              6   7  33333      33333  7                88    2222222222     888888  7  3   0 3    555555     22222    555          333       3       3 2     1  4444444   3   888888  1  1  22       0000000       6  99  6   666   99 888   2  6     111   0000  33  6   99999999999999999999999999      7  66666  6 333333333333   8 6     8    99    3     8  5        8   4 000000  88    8 888888   6       6666666     333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333      1   11    33333333   11  5    0     11111     2222222     88  11   8 1 1          444   8  8 44               5555   0   4444444444      3     1  77   11 1         5  6  000  6    9999999        000000      111111  55    6            77  5      7777   0    88  8 0 3  2   7777              6    000   6  3333    999999999  99   6       99   11111      7  6    6 6   22     6    1 6  4444444444444444444 7   33333       5    3    555       111      8  8  8 222222222222    8     444  0   99  8     8     5  999   00000   8  11  0   3       0    0  1     77777777777777777777777777777777777777777  5555 8      2     0  1111     44444444  0  0   0 2    0     
lowQualScore                  :               ..   ..   . .          .  .    ........  .    .     . .     .   ...    ...   .  .              ..          ......  .   .           .     .   .         ..    .           .      .        .    ...........................................    .   . ..    .            .       .   .     ..       ...        . .      .    ..      .  .               .     .          .    .....  . ......   ....   ..    .     . .  . ...  .    ..........  .       ..          . .  .    .. .     .............        . . .      .   .      .                  .    ...      .     ........   .   ......     ....   ............     . .     . .          ...........................................................    .    ..    .       ..        .  ..        .......    ...........    .        .   ...    .  .     .   .     ..    .      .   ..    ..                 ..  .      .......      .....        . .     ..... .    .          ..  .   ..           .................     .    .   .                           .   ..         .  .     .     .....              .   .  .....      .....  .                ..    ..........     ......  .  .   . .    ......     .....    ...          ...       .       . .     .  .......   .   ......  .  .  ..       .......       .  ..  .   ...   .. ...   .  .     ...   ....  ..  .   ..........................      .  .....  . ............   . .     .    ..    .     .  .        .   . ......  ..    . ......   .       .......     ...............................................................      .   ..    ........   ..  .    .     .....     .......     ..  ..   . . .          ...   .  . ..               ....   .   ..........      .     .  ..   .. .         .  .  ...  .    .......        ......      ......  ..    .            ..  .      ....   .    ..  . . .  .   ....              .    ...   .  ....    .........  ..   .       ..   .....      .  .    . .   ..     .    . .  ................... .   .....       .    .    ...       ...      .  .  . ............    .     ...  .   ..  .     .     .  ...   .....   .  ..  .   .       .    .  .     .........................................  .... .      .     .  ....     ........  .  .   . .    .     
lowQualScore                  :               99   66   7 7          4  7    11111111  7    7     7 7     7   000    666   1  2              66          222222  7   7           7     7   8         22    0           7      7        7    3333333333333333333333333333333333333333333    7   2 77    3            7       7   2     22       555        7 7      2    33      7  5               3     0          5    77777  7 111111   1111   99    7     7 7  7 000  7    0000000000  2       77          7 5  3    88 0     8888888888888        7 7 0      7   7      7                  7    000      2     33333333   7   888888     0000   333333333333     7 0     7 5          44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444    0    88    0       00        2  00        6666666    44444444444    0        0   888    0  0     0   2     88    0      5   88    22                 88  2      2222222      00000        2 5     00000 2    0          00  5   88           00000000000000000     0    0   0                           0   00         5  0     0     00000              7   3  33333      33333  3                33    7777777777     333333  3  3   7 3    000000     77777    777          333       2       2 5     0  2222222   2   888888  0  0  00       0000000       7  22  7   888   22 777   5  7     777   0000  33  7   77777777777777777777777777      5  77777  7 333333333333   0 0     0    00    8     0  4        0   4 000000  00    0 222222   0       0000000     000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000      0   00    44444444   00  6    8     88888     6666666     66  00   0 0 0          000   0  0 44               0000   0   5555555555      2     0  22   00 4         5  7  222  7    0000000        888888      888888  88    7            00  6      2222   8    00  0 8 2  8   0000              7    222   7  5555    333333333  22   7       22   88888      3  7    7 7   00     7    0 7  7777777777777777777 5   33333       7    3    000       000      0  0  0 444444444444    0     000  0   88  0     0     0  000   00000   0  22  6   8       6    0  8     00000000000000000000000000000000000000000  0000 0      5     0  5555     88888888  0  0   0 5    0     
consensus                     :    TATTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTTCTCCTA-CA-TAAC---A----CT-ATTA-CGAGC-A-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATATGG--GGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATGTTGAAAA--GTAGGTTACCGGTACT-ACTTTT-ACTAAGTA-TTAC-----------A---G-A--TCTA------TTAA-A---T---AGAT-GAAATCAAACA-CACAAAATATTT-TTATGAT-TTTATTTTTTCTCCAGTCATTGGACTTTCGT-CAAAAATAAAAA-TATTTC-TAATAAAACACTGTCTTACTTATGGTATGGATGGGNTGTT-----AA-A------TGT----ATG--ACAA-AAACC-GGAG-C---AT-CCAGGGC----CGCAAACCACAAAC-CACAAAGATA-TCAT-CCAT--AAAGAGGA--TTCAACA-A-AGAATCGC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGC-TCCATCTTCGCCTGTTGT-ACTGCC-GGCAATATGTGTGGT-ACA-ATC-TTC--A---ATTCA-T--TTC------------ATTTC-CCGTGGC-TTAGAATTTCAC-----CAT-CA------G-TG----------C-A------------------T---T--ATTCATTTC-ACTTT-CAAAAGG--ATGAAAATGGC--CTGGAATAC--GCCAAACG--CTC--GT--CATG-AAACACAA-CAA-A-AAAA-TT-CCAGGGTGGGAATTGG-ATGTNATGAAGCTCC--ATCCG-ACAAACGAATTTATGAA--ATTCCAGGAGT-GATATGGTACACG-TCAATAAAAATGCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAAA-NCAGATC--CAAATGCTACAACAAACACTCTTTAATATTAACNCATGCACATAAGGACGCGCTCTCTCTTCCAGCTTTGCAAATCCATTGTGGTACATCAGCTCTCAGCACACAGAGAAGGTCCTTCTCTGGATT-----TATGTC-----CGATGATATTTGTAAGTCC--TCAA--T-------GTATA------TCAAA-AACTT-ACAC---AA-CGCAC--T--CGCAA--GCCTGCGCGC---ACGGCCATCACGGCCATGAGCGANGCTGGCGT-CGGTTTC------CAGTCGCGCNAGATCAT-G-TC--TATGTCG-GG--GC-ATCGA-AGC--G-A-GGCGTC-TTTGA---AAACC--TAGCTA-TAA------CA--A-AG--TT--ATC---CGAGTCAAC-----AG-A------------AGC-G-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TCAAACAATTA-CAANT----C-CAG-ACCG-T----C-ACTTACCTTCG-------TCTGC--------------------T-----NT-TG--TCAG---TTC----TTT-TCANG----TAGATTCATCTGC--GTCC-----TC-ATC--TGTCCCGTCTGTGT-A-ATTATTTGC----CTACAA-CT--TGA-CGACTGCCGCCCTG---TCC-TC-A-CGTTCCCCCACCTCAGCT--TCT-TATA----TA---AACTCC-ATATTTCCCTACG--ATATATCTTTCNAA-ATC--AG-TCCAT-CAAACAACTGTCT-C--C-TTTCAA---A--AA--TGAC-ACCGCATCACAACTGTTAGTGTAG---ACGTTGCG-GCG-CACCCCAAAC----TTCCGCCAGAATTC-AAATT--ATC-AG-T--TTTT------C--GC--AAA-ATTAGAC--ATA---A-GAAGAGTTT-TCAA-T-CATAAACTTT-TAAANA-AA-TGTA--T-----A-----TTGTC-----TTTTTTA-ATAC-TTGC-T-TTTTAACG--TCCTAA-TA-AT-TA-AAA--A----CAGC-TCTTC---ATNTCATGGA-ACTTT-GTTTTGGTG--TTT-----CGT-CATTTTTGAAACGAAGCGTTTATGTAGGTCAA-C-A-----AAT--------G---TA-----TG--------GA---TA-CATGTTGCTAAC-ACG-ATTCAGCA-ATGAT-TA-TC-GAT-CNAAAA-TGTAA
Reference ( family-367 )      :    TATTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTTCTCCTA-CA-TAAC---A----CT-ATTA-CGAGC-A-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATATGG--GGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATGTTGAAAA--GTAGGTTACCGGTACT-ACTTTT-ACTAAGTA-TTAC-----------A---G-A--TCTA------TTAA-A---T---AGAT-GAAATCAAACANCACAAAATATTT-TTATGAT-TTTATTTTTTCTCCAGTCATTGGACTTTCGT-CAAAAATAAAAA-TATTTC-TAATAAAACACTGTCTTACTTATGGTATGGATGGGCTGTT-----AA-A------TGT----ATG--ACAA-AAACC-GGAG-C---AT-CCAGGGC----CACAAACCACAAAC-CACAAAGATA-TCAT-CCAT--AAAGAGGA--TTCAANN-A-AGAATCGC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGC-TCCATCTTCGCCTGTTGT-ACTGCC-GGCAATATGTGTGGT-ACA-ATC-TTC--A---ATTCA-T--TTC------------ATTTC-CCGTGGC-TTAGAATTTCAC-----CAT-CA------G-TG----------C-A------------------T---T--ATTCATTTC-ACTTT-CAAAAGG--ATGAAAATGGC--CTGGAATAC--GCCAAACG--CTC--GT--CATG-AAACACAA-CAA-A-AAAA-TT-CCAGGGTGGGAATTG--ATGTAATGAAGCTCC--ATCCG-ACAAACGAATTTATGAA--ATTCCAGGAGT-GATGTGGTACATG-CCAATAAAAATGCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAAA-NCAGATC--CAAATGCTACANNNNNNNNNNNNNNNNNTTAACACATGCACA-AAGGACGCACTCTCTCTTCCAGCTTTG-AAATCCATTGTGGTACA-CAGCTCTCAGC-----GAAAAGGTCCTTCTCTGGATT-----TATGTC-----CGATGATATTTGTAAGTCC--TCAA--T-------GTATA------TCAAA-AACCT-ACAC---AA-CGCAC--T--CACAA--GCCTGCGTGC---ACGGCCATCACGGCCATGAGCGANGCCGGCAT-CGGTTTC------CANTCNCGNNAGATCAT-G-T---TATGTCG-GG--GC-ATCGA-AGC--G-A-GGCGTC-TTTGA---AAACC--TAGCTA-TAA------CA--A-AG--TT--ATC---CGAGTCNAC-----AG-A------------AGC-G-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TCAAACAATTA-CAATT----C-CAG-ACCG-T----C-ACT-ACCTTCG-------TCTGC--------------------T-----NT-TG--TCAG---TTC----TTT-TCANG----TA-ATTCACNTGC--GTCC-----TC-ATC--TGTCCCGTCTGTGT-A-ATTATTTGC----CTACAACCT--TGA-CNANTGCCGCCCTG---TCC-TC-A-CGTTCCCCCATCTCAGCT--TCT-TATA----TA---AACTCCGATATTNCCCTACG--ATATATCTTTCAAA-ATC--AG-TCCATTCAAACAACTGTCTNC--C-TTTCAA---A--AA--TGAC-ACCGCATCACAANTGTTAGTGTAG---ACGTTGCG-GCG-CACCCCGAAC----TTCCGCCAGAATTC-AAATN--ATC-AG-T--TTTT------C--GC--AAA-ATTAGAC--ATA---A-GAAGAGTTT-TCAA-T-CATNNACTTT-TAAANA-AA-TGTA--T-----A-----TNGTC-----TTTTTTATATAC-TTGC-T-TTTTAACG--TCCTAA-TA-AT-TA-AAA--A----CAGC-TCTTC---ATGTCATNGA-ACTTT-GTTTTGGTG--TTT-----CGT-CATTTTTGAAACGAAGCGTTTATGTGAGTCAA-C-------AAT--------G---TA-----TG--------GA---NA-CATGTTGCTAAC-ACG-A-TCAGCA-ATG-T-TA-TC-GAT-CCAAAA-TGTAA
gi|1                          :    TATTTACATTTTTGCA--ACT-GCTTTTCTCCTAACA-TAAC---A----CT-ATTA-GAGGC-A-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATATGGAGGGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGC-ATGAAGTATTTGTTGAAAA--AGAGGTAACCG-TACT-ACTTTT-ACTAAGT--TTAC-----------A---G----TCTA------TTAA-A---T---AGAT-GAA-TCAAAAAACACAAAATATTTATTATGAT-TTTATTTTTTTTCCAGTCATTGGACTTTCAT-CAAAAATAAAA--TATTTC-TAATAAAACACTGTCTTATTTATGGTATGGATGGGATGTT-----AA-A------TGT----ATGACACAA-AAACC-GGAG-CAAAATGCCAGGGCGGGGC-CAAACCACAATTGCACAAAGATATTCAT-CCATC-ACAGAGGAATTTTAAAA-AGAGAATCGC-T-T-CTATTT-CAA-ATGTGC-TCCATCTTCGCCTTCTGTAACTGCCGGGCAATGTGTGT-GT-ACAGATC-TTC--A---ATTCA----TTCAA----------ATTTC-C--TGGC-TTAGAATTCCACGTAGGCAT-CA--------T-----------C-A------------------T---T--ATTTTTTTC-ACTTTCCAAAAGG--ATGAAAATGGC--CTGGAATAC--GCCAAACGAATTC--GTCCCATGAAAACACAA-CAA-A-AAAA-TTCCCAGGGTGGGAATTGGAATGTCATGAAGCTCCCAATCCACCCAAACGAATTTCTGAAACATTCCAGAAGT-GGTATGGTCC----TCAATAAAAATGCTTCACTGCGCCTGCTGGATGAACAAA-ACA-ATCGGCAAATGCTACAACAAACACTCTTTAATATTAACTCATG-ATATAAAGACGCGCTCTCTCTTCCAGCTTTGCAAA--CATTGTGGT-CATCAGCT-TCAACACACAAAGAAGGTCCTTCTCTGG-TT-----TATGTC-----CG--GATATTTGTAAGTCC--TCAAAGTCATGAAAGTGTA------TC-AA-AACTTAACAC----A-CACATGAC--CGCAACTGCCTGCGCGA---ACGGTCATTACAGCTATGAGTGATGATGATGA-CAGTTTC------CAGTCACGCCAGATCATAG-T---TTTGTCGCGG--GC-ATCGA-AGC--G-A-GGT-TC-GTTGA---AAACC--TA---A-TAA------CG--A-AA--TT--ATC---CGAGTCAAC-----AGAA------------AGC-GTTTCAGCTGAGC-CTCACGTTTG-TC-AACAATTA-CAAAT----A-CAG-ACCG-T----TAACT-ACCTTCG-------TCTGC--------------------T-----AC-TG--TCAG---TTC----TTTGTCAGG----CAGATTCATCTGCGTGTCC-----TCGATC--TGTCCTGTCTGTG----ATGATTT-C----CTACA--CC--TGA-CGACTGCCGCCCTG---TCT-TCAA-TGTTCCCCCACCTCAGTCAGTCTCTAT-----TA---AACTCCAATAATGTCCAACG--GAATATC-TTCAAA-ATTAAAG-TCCTTTCAAACAACTGTCTAC--T-TTTCAA---A--AA--TGAC-ACC-CATCACAACTGTTAGTGTAG---ACGTTGCG-GCG-CACCCCAAACAAAATTCCGCCAGAATTC-AAATT--ATC-AGATAATTTT------C--GC---AA-ATTAGAC--ATAAGGA-GAAGAGTTT-TCAA-TGAATAAACTTT-TAAAGA-AA-TGTA--T-----A-----TGGTCA----TTGCTTATA-ACTTTGC-TGTTTTAACG--TCCTAA-TA-AT-TA-AAA--A----CAGC-TCTTC---AT-TCAGGGA-ACTTT-GTTTTGGTG--TTTAATTCCGT-CATTTTTGAAACGAAGCGTTTATGTAGGTCAA-T--------AT--------G---TA-----TG--------GA---TA-CATGTTGCTAAC-ACA-ATTCAGCA-ATGAT-TA-TC-GATACCAAAA-TGTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ATATCTCGAGAA-ATC--AGCTTCAT-----CAACTGTCTTA--AATTTCAA---A--AAAGTGAC-ACCG-ATCACGACTGTTAGTGTA----ACGTTGCG--CG-C---CCGAAC----TTCCGCCTGAATTC-TAATT--ACC-AG-T--ATTT---------AC--AAGCATTAGAC--ATA---AGGAAGAGTTT-CTAATT-CATATACTTTAGAAAGA-AA----G--T-----A-----TTGTT-----TTTGTTAAATAC--TGC---TTTTAACGCATCCTAATTA-AT-TG-AAG--A-----AGCATCTTC---ATTACAT-GA-ACTTTGGTCTTTGTGATTTC-----CGTGCATTTT---AACGAAGCG-TTATGTGCGTCAA-C-------AATTGATTTGAG---TATTGGCTA--------GATTTTA-CATGTT-CTAAC-AC--A-TCAGCA-A-G-T-TATTC-GAT-CCAAAA-
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ggaAGAATTC-AAATTTAATCTAA-T--CTTTATGCTTCTGGC--AAA-ATTAGAC--ATT---G-GAAGAGTTTATCAA-T-CATAA----T-TGAATG-AA-TA-A--TAAATAA-----TTGTCGTACGTTCTTTA-GTGA-TTAT-T-TTTTAGC
gi|12                         :                                                                                              ATAAATACCTATATGG--GGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATTTGTTGAAAA--GTAGATTACCGGTACT-ACTTTT-ACTAAGTA-TTAC-----------A---G-AAGTCTA------TT-A-A---T---AGAT-GAAATC-AACACCACAAAATATTT-TTATAAT-TTTATTTTTT-TCCTGTCAGTGGACTTTTGT-CAAAAATAAAAA-TATTTC-T-ATAAAACACCGTCTTACTTA-AGTATGGATGGGATGTTTTAAAAA-A------TGT----ATG--ACAA-AAACC-GGAG-A---AT-CCtagtgttcagagcgtcctttagttctataattaaattacatatgctctcaccattctacattggatcttttgttaatgtgggttatcgtacttgtggtaatcgaaaaagtgcgcttttgattagtggcagactaatatcttgcgttgaaatgtgtatcggtaaatcactgttgtctaacaaatgaatcacggattggtcgcaattgctcatcgatcaaaaatgtaaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ccattgacatcccta-A------TGT----ATG--ACAA-AAACT-GGAG-C---AT-CCAG-----------AACTACAAAC-CACAAATATA-T------------------------ACA-G-AGAATCGC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGC-TCCATCTTCGCCTGATGT-ACTG-C-GGCAAT--------------ACT-TTC--A---ATTCA-T--TTC------------ATTTC-CCGTGGC-TTAtattgagagcgtaagtaaagggcataaagtttgcatcatccgtattcactgatgcatatgacatgctctcca
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GCCCTCACGGCCATGAGCGAGGCTGGCAT-CGG-TTC------CAGTCCCGAAAAATGAT-G-TC--CATGTCG-GG--GC-ACCGC-TGC--G-A-TTCTTCATTTTA---AAAAG--TA-CTACCAA------CA--T-A----T--ATCTCTCAAGTGAAC-----AG-A------------A
gi|15                         :       aTACATTT--ACATTACTTG-TTTTCTT-TATCACTAAC---AAAACCT-ATTAACGAGC-A-ATACG-TATCTCTTATCCTACTCCATAAATACCTATATGG--GGT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ---AACTCC-ATATTGTCC-ACG--ATATATCTTTCCAA-ATC--AG-TCCA--CAAA-AACTGTCTTC--C-TTTCAA---A--AA--TGAC-ACCGCATgt
gi|17                         :    TATTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTT-TCCTA-CA-TAAC---A----CT-ATTA-CGAGCAA-ATACA-------TTACC--ACTACAT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTAACACATGCACA-AAGGACGCACTCTCTCTTCCAGCTTTG-AAATCCATTGTGGTACA-CAGCTCTCAGC-----GAAAAGGTCCTTCTCTGGATT-----TATGTC-----CGATGATATTTGTAAGTCC--TCAA--T-------GTATA------TCAAA-AACCT-ACAC---AA-CGCAC--T--CACAA--GCCTGCGTGC---ACGGCCATCACAGCCATGAGTGATGC-------CGGTTTC------CATTCACGCCAGATCATCT-T---TATGTCG-GG--GC-ATCGA-AGC--GAA-GGTGTC-GTTGA---AAA-------CTA-TAA------GA--A-AAATCT--AT----CGAGTCAAC-----AG-AAC----------AGC-G-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TC-AACAATTA-CAATT----C-CAG-ACCG-T----C-ACT-ACCTTCG-------TCTGC--------------------TAGGACCTATG--TCAG---TTC------T-TCAGG----AAGATTCATCTGC--GTCC---------TC--TGTCCTGTCTGTGTGA-ATTATTTGC----CTACA--CC--TGA-CGAGTGCCGCCCTG---TCCTTC-A-TGTTCCCCCACCTCAG-T--CTT-TCTG----TT---AACTCCGAAATGTCC--ACG--AAATATCTCTCAAA-AT--------CATTC-AACAACTGTCTGCAAC-TTTC-A---A--AA--TGAC-ACCGCATCACAACTGTTAGTGTA----ATATTGC--GCG-CACCCCAAAC----TTCCGCCAGAATTCAAAATT--ATC-AGTT--TTTT------T--GCAAAAA-ATTAGAC--ATA---A-GGAGAGTTT-TCAA-T-CATATACTTT-TAAAGA-AATTGTA--T-----A-----T-GTC-----TTCTTTATATAC-TTGC-T-TTTTAGCG--TCCTAA-TA-AT-T--AAA--A----CAGC-TCTTC---ATTTCATGGA-ACTTT-GTTTT-GTGT-TTT-----CGT-CATTTT--GAACGAAGCG-TTATGTGGGTCAA-CAATGTGAAAT--------G---TA-----TG--------GA---AA-CATGTTGCTAAC-ACA-ATTCAGC--ATGAT-TA-TC-GAT-CAAAAA-TG
gi|3                          : cctctTTTACATTT--GCAG-ACT-G-TTT-CTCTTA-TA-TAACCCAA----CTCACTG-TGAGC-A-ATACG-TAT---TTACG--ACT-CATAAATACCTATATGGA-GGTCAACAAAAGACACGG-TCA-CAGCCGT-CGT-ATGAA-TA-ATGTTGAAAAAAGTAG--TACCGGTACT---CTTT-ACTAAGTAATTACGAAGTGCAATTA---G-G--CCTA--------AAGA---TCTCAGAT-GAAAT--AACA-CACAAA-CATTT-TTATGAT-TTT-CTTTTTCTCCAGTC--TGGGCGTTC-T-CAAAA-CAAAAG-TATATCATAA--AAACACTGTCTTA-TTATTGTATGGATGGGCTGTT-----AA-AGGAAATTGTTTTAATG--ACAATAAACCTAGAG-C---AT-CCACGGC----CACAAACCACATA-------AGATA-TAAT-CCAT--AAAGAGGA--GTCAACATA-AGTATCGCATGTCCT-TTT-CAA-ACGTGCATTTATCTTCGCCTGTTGT-ACTAAC-A-CAATATGTGTTGT-ACACATT-TTC--ATTCATTCA-TTTTTCCCGTGGCTTAGAATTTCACCATCAG-TAAAAACTTCGTTG---CGTACA------A-TGGTAAAATTTCCGA------------------T---G--ATACATATCTACTTT-TAAAAAGGAATGAAAAAAACGTCTGGAATAAAAGC--AACG--CTTCTGT--CATG-AAACACAAACAA-CCAAAA-TT-CCAGG-TGGGAATTGG-ATGTAATGAAG-TCC--ATCCC-ACAAACGATATTATAAA--AT-CCAGAAGTTGA-ATTGTACATG-TCAATAAAA--GCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAAGTTCAGATC--CAAAaa
gi|4                          :     ATTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTTCTCCTA-TA-TAAC---A----CT-ATTA-TGAGC-A-ATACG-TAT---TTATC--ACT-CA-AAA---CTATATTG--GGTCAACAGA------GGGTCAACAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATGTTGAAAA--GTAGGTT-CCGGTACT-ACTTTT-ACTAAGTA-TTAC-----------A---G-A--TCTAAGTCTATTAA-GGCCT---AGG--------AAACA-CACAAAATTATT-TTATGAT-TTTATTTTT-CTCCCGTCAT-GGACTTTCAT-CAAAAA---AAA-TATATC-TA-TAAAACACTGACCTACTTATG-TATGGATGGGCTGTT-----AA-A------TGT----ATG--ACAA-AAACC-G-AG-C---AT-CCAG-------------CCACAAAC-CACAAAGATA-TCATCCCAT--AAAGAGGA---TCAACA-A-AGAATCAC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGC-TCTATCTTCGCCTGTTGT-ACTGCG-GGCAATATGTGTGGTAATA-ATCTTTC--A---ATTCATT--TTC------------ATTTC-CCGTGGCTTTAGAATTTCAC-----CAT-CATGTTGCG-TA----------C-ATCCCGGCGTACATGGGATT---C--ATTCATTTC-ACTTT-CAAAAGG--ATGAAAATGGT--CTGGAATAC--GCC--ACG--CTC--GT--CATG-AAACACAA-CAACA-AAAATTT-CCAGGGC-GGAATTT--ATGTAATGAAGCTCC--ATCCG-ACAAACGAATTTATGAA--ATTCCAGGAAT-GAT-TGATACATGTCCAATAAAAATGCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAAA-TCAGATC--CAAATGCTACAg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CAT-GGC---TATGTTA-GG--GC-ATCTA-AGCCCG-ATGGCGTC-TTTGA---AAACC--TAGCTA-TAAACATTATA--A-GG--TTGGATC---CGAGTCCACCTTTTAG-A------------AGCTG-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TCAAACAATTATCTATTATATC-CA--ACCACT----C-ACTTACCTTCG-------TCTGC--------------------T-----TT-TA--TCTA---TTC----TAT---ATA----TA-ATTCACATGC--GTCC--------ATC--TG--CCGTCTGTGTTATATTATT-GC----CTACAATCTCTTGAACCACTGTCGCCCTG---TCC-TC-A--GTTCCCCCATCTCAGCT--TCT-TATA----CACCTAACTCC-ATATTTCCTTATT--ATATATCTTTCCAA-ATC--AG-TCCA--CAAA-AACTGTCT-C--C-TTTCAATATATTAA--TGACTACCGCATCACAAA----AATGTAGTTAACG-TGTGTGCGACACTACAAAC----TTCTGCCAGAATTC-AAATG--ATC-AG-T--TTTT------C--GC--AAA-ATTAGACAAATT---A-TAAGAG-TT-TCAA-T-CATTAACTTT-TAGATA-TA-TAT---T-----ATTTATTTGTC-----TTTTTTAGATAC-TTGC-C-TTTTAAC---TCCTAA-TATAT-TA-TAT--ATTTTCTAT-TCTTTTCAATGTCATGAC-ACTTT-GTTTTGGT---TTT-----CGT-CA--TTTGACGCAGAGCGTTTAT-TAAGTCAA-CCA-----AAT--------GTTTTA-----TATATTTTATGA---AA-CATGTTGCTAACTATGAA-TCATCATATT-TATA-TCTGAT-CAAAAACTGTAAc
gi|6                          :      TTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTTCTCC-A-CA-TAAC---A----CT---TA-CGAGC-ACATACGCTAT---TTAC---ACTGCA-AATTACCTATTTGA--GGTCAACAGA------G--TCA-CA-TTGTGCGTTATGAA-TTT-TGTTGAAAA--GTAGGTTACCGGTACTTACTTTT-ACTGAGTA-TTAC-----------ATAAGTA--TATA------TTAA-----T---AGATTGAAATCAAAC--CACAAAATATTT-TTTAGGTATTTATTTTTTCCTCAGTT----GACTTTC-T-CAAAAATAAAAA-TATTTC-TA-TAAAACACTGTCTTA-TTATG--ATGGATGGAATGTT-----ATTA------TGT----ATG--ACAA-AAACC-GGAGAC---AT-CC-TGGC----CGGAA--CACAAAT-CACAAACATA-TCAT-CCAT--ACAGAGG---TTCTATA-T-AGAATCGC-T-TTCCATTTTCAACATATGC-TCCATCTCCGCCTGTTGT-ACTGC---GCAATGTGTGTG-T-ACA-ATC-TTTCAA---ATTCA-T--TT---------------TTC-CTGTGGC-T-AGCATTTCAC-----CAA-CA------G-T-----------C-A------------------T---T--ATTT-TTTC--CCCT-CAAAAAG--ATGAAAAT--C--CTGGAATA---GC-AAACG--------T--CATG-AAACACAA-CAA-A-AAAA-TT-CCAGG-TGG-AATTG--ATGTCATGAAGCTCT--ATACG-ACAAATGCATTTATGAA--ATTCCAGGA-----TGTGATACAC-----------AT-CTCCA-----C-TGCT-TATGAGCAAA-ACAGATT--CAAATGCTAC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -GG--GC-ATC-A-AGC--G-A-GGCGTC-TTTGA---AAACC--TAGCTA-TAA------CATAA-AG--TT--ATC----GAGTCCAC-----AG-A------------AGC-G-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TCAAACAATTA-CAAAT----C-CA--ACCC-T----C-ACTTACCTTCG-------TCTGC--------------------T-----TT-TA--TCG------------TT-TCAA-----TA-ATTCACATGC--GTCC--------ATC--T---CCGTCTGGAT-A--TTATT--C----CTACAACCT--TGA-CCACTGTCGCCCTG---TCC-TC-A--GTTCCCCCATCTCAGCT--TCT-TATACACCTA---TACTCC-ATATTTCCTTACGTTATATATCTTTCCAATATC--AG-TCCA--CAAA-AACTGTCT-C--C-TTTCAA---A--AAA-TGAC-ACCGCATCACAAAAAT--GTGTTA---ACGTTGTG--CG-CACAC-AAAC----TTCTGCCAGAATTC-AAATG--ATC-AG-T--TTTT------C--GC--AAA-ATTAGAC--A-A---A-AAAGAG-TT-TCAA-T-CATTAACTTT-TAAGTATAA-TGTATTT-----A-----TTGTT-----ATTTTTA-ATACTTTGCAT-TTTTAAC---TCCTAA-TA-ATATATATATTA----CATC-TTTCA---ATGTCAATGACACTTT-GTTTTGGT---TTT-----CGT-CA--TTTGAA--GAGGCGTTTAT-TAAGTCAATC-------CAT--------G---T------TG--------AA---TATTATGT
gi|8                          :    ttaTTACATTT--GCA--ACC-G-TTTTCTCCTA-CA-TAAC---A----CT-ACTA-CGAGC-A-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATATGG--G-TCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATATTGAAA---GTAGGTTACCGGTACT-ACTTTTTACTAAG-A-TTAC-----------A---G-AAGT-TA------TTAA-----T---AGAT-GAAATCAA-CACCACAAAATATTT-------------------CTCCA-TCATTGGACTTTCATTCAAAAACAAAAAATATT-C-TA-TAAA-CACTGTCTTACTTATG-TATGGATGGGCTGTT-----AA-AA-----TGT----ATG---CAA-A----------C---AT-CCAGGGC----CACAAACCACAAA--------GATA-TCATGCCATCAAAAGAGGA--T-CTACA-G-AGAATAGC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGT-TCCATCTTCGCCTGTTGT-ACTGC--GGCAATATGTGTGGT-ACT-TTC-TTC--A---ATTCA-T--TTC------------ATTTC-CCGTGGC-TTAGAATTGCAC-----CAT-CA------GTTG----------C-G------------------TACATGGATTCATTTC-ACTTT-CAAAAGG--ATAAAAATGGT--TTGGAATAC--G-CAAACG--CTC--AT--TATG-AAACACAA-CAA-A-CAAA-TTACAAGGGTGGAAAaaatgtgaaacatg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ataTCCTTCG-TGGATTGTCCTTAAGTCGCGATTGATGACATCTGTAAGTCCCATCCA--T-------GTATAATTTTTCCATATAACTT-AGATCTAAATCGCAC--TTCCACA---GCCTGCGTGCCCGACGCCCA-CACGGCC-T---CGGAGCTG--ATGCGGTTTCCTATTACAGTTGTCCAGGATCAT-T-TCTCTATGTCG-GGTTGCAATCAATAGT--G-T-GAGGTG-TTTGAATCAAACCGATAG-TA-TGA------AA--ACAG--CT--------CAAGTC-AC-----AG-ACATCAGTTTTTCAAC-GCTTCTG-AGAGTCTTCA-ATTTGTTCCACCCATTA-CAACT----CTCAGAACTG-TTCTCC-AGT-CCTTTCGGTACCCTTCTGCATCTGCTATGGTTTCCGTCTT-----AT-TGTTTCAGCTATTCTTCTTTT-TCATGCGCATC-ATCTATCTGC--GTCCTGTAGTC-ATCAATGTCGTG---GTGA-A-TTTATTTGCTGCGCTACA--CT--TGA-CGAGTGCCG-CCTGTCATCT-TC-ATCGCTCCTC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                    
lowQualScore                  :                    11                1       11111111                         111          1                 11          111111                                                                             6666666666666666666666666666666666666666666          111    11                                       111        1                        1                     1               11111    222222   1111                      111     777777777777777777777                 111      1    11       2222222   111                                                      222            11111111       111111     1111   444444444444                          33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333                       11           11        2222222    11111111111                 111       1     1        222               11    11                 11         2222222          1        11      22222      1          11      11                                      1   1                           1   11         1  1     1     22222                     33333      33333                   11    5555555555555555555555555       1   3333333     11     2222          222                            2222       222222                11                                               111   1111  11      33333333333333333333333333         11111    444444444444     1          11             1         22222        11      3333333333333333      1111       66666666666666666666666666666666666666666666666666666  11         11    55555555   11             33333     2222222    22222                     111        22               1111   1   3333333333      1        11   11                          222    1         2222222      111111  11                            2222        11             1111                            1111    222222222                    11111                                     3333333333333333333     11111      111   1111    111    3333333333333   111       11111             22222222222222      1111111       111                      222  1111111          1111       11111        111          11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111              11        3333333333333333333     111                 
lowQualScore                  :               77   33   5 5          1  5    33333333  5    5     5 5     5   000    888   0  3              33          999999  6   6           6     6   7         99    1           6      6        6    3333333333333333333333333333333333333333333    6 3   222 6  44            6       6   3     44       333        4 6      77    6      6  5               9     5          1    66666  5 222222   2222   77    5     5 0  5 000  5  555555555555555555555      5    5     000 5 0  1    33 3     3333333   333        6 6 1      6   6      6                  6    000      4     55555555   6   111111     5555   333333333333     6 1     6 3          99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999    6    88    8       11        3  11        1111111    99999999999    8        8   111    8  6     0   6    111    1      2   33    00                 33 3       0000000    3   0 0 3      22      55555 9    0          11  2   33                                 1    5   5                           5   88         5  5     5     66666              6   7  33333      33333  7                88    6666666666666666666666666       3   0000000     88  3  2222       0  333       3       3 2     1  3 4444   3   888888     4   1      11 8    0     6  99  6   666   99 888   2  6     111   0000  33  6   99999999999999999999999999      7  66666  6 333333333333   8 6     8    99    3     8  5         00000  1  8  88    8 4444444444444444      7777       88888888888888888888888888888888888888888888888888888  11  8      11    33333333   11  5    0     11111     2222222    55555 8    8              444   8  8 44               5555   0   4444444444      6     0  77   11 1         1  6   99  6   555    9       6 1111111      111111  55    6             6  5      7777   0    88  8 0 3      7777              6     99   6  3333    999999999  99   6       99   11111      7  6    6 6          6    1 6  4444444444444444444     66666      555   2222    555    6666666666666   555   99  66666 6  6  6 88  88888888888888  6   3333333  7  6 111      6   6   99 6 2  222  6666666   6  9   4444  6    66666   9    555   6    6 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444  6     8     99   77   7777777777777777777   8 444    8 1    8     
lowQualScore                  :               ..   ..   . .          .  .    ........  .    .     . .     .   ...    ...   .  .              ..          ......  .   .           .     .   .         ..    .           .      .        .    ...........................................    . .   ... .  ..            .       .   .     ..       ...        . .      ..    .      .  .               .     .          .    .....  . ......   ....   ..    .     . .  . ...  .  .....................      .    .     ... . .  .    .. .     .......   ...        . . .      .   .      .                  .    ...      .     ........   .   ......     ....   ............     . .     . .          ...........................................................    .    ..    .       ..        .  ..        .......    ...........    .        .   ...    .  .     .   .    ...    .      .   ..    ..                 .. .       .......    .   . . .      ..      ..... .    .          ..  .   ..                                 .    .   .                           .   ..         .  .     .     .....              .   .  .....      .....  .                ..    .........................       .   .......     ..  .  ....       .  ...       .       . .     .  . ....   .   ......     .   .      .. .    .     .  ..  .   ...   .. ...   .  .     ...   ....  ..  .   ..........................      .  .....  . ............   . .     .    ..    .     .  .         .....  .  .  ..    . ................      ....       .....................................................  ..  .      ..    ........   ..  .    .     .....     .......    ..... .    .              ...   .  . ..               ....   .   ..........      .     .  ..   .. .         .  .   ..  .   ...    .       . .......      ......  ..    .             .  .      ....   .    ..  . . .      ....              .     ..   .  ....    .........  ..   .       ..   .....      .  .    . .          .    . .  ...................     .....      ...   ....    ...    .............   ...   ..  ..... .  .  . ..  ..............  .   .......  .  . ...      .   .   .. . .  ...  .......   .  .   ....  .    .....   .    ...   .    . ..............................................................  .     .     ..   ..   ...................   . ...    . .    .     
lowQualScore                  :               99   66   7 7          4  7    11111111  7    7     7 7     7   000    666   1  2              66          222222  7   7           7     7   8         22    0           7      7        7    3333333333333333333333333333333333333333333    7 2   333 7  00            7       7   2     22       555        7 7      33    7      7  5               3     0          0    77777  7 111111   1111   99    7     7 7  7 000  7  777777777777777777777      7    7     000 7 7  4    66 0     2222222   777        7 7 0      7   7      7                  7    000      2     33333333   7   888888     0000   333333333333     7 0     7 5          44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444    0    88    0       00        2  00        6666666    44444444444    0        0   888    0  0     0   4    222    0      5   88    22                 88 2       8888888    2   2 0 2      22      00000 2    0          00  5   88                                 0    0   5                           0   00         5  5     0     55555              7   3  33333      33333  3                33    7777777777777777777777777       3   3333333     33  7  7777       7  333       2       2 5     0  2 5555   2   888888     2   0      00 0    8     7  22  7   888   22 777   5  7     777   0000  33  7   77777777777777777777777777      2  77777  7 333333333333   0 0     0    00    8     0  4         00000  0  0  00    0 0000000000000000      0000       22222222222222222222222222222222222222222222222222222  00  0      00    44444444   00  6    8     88888     6666666    44444 0    0              000   0  0 44               0000   0   5555555555      0     6  22   00 4         0  7   22  7   555    2       7 2222222      888888  88    7             0  6      2222   8    00  0 8 2      0000              7     22   7  5555    333333333  22   7       22   88888      3  7    7 7          7    0 7  7777777777777777777     77777      333   7777    000    7777777777777   888   22  77777 7  7  7 33  55555555555555  7   7777777  5  7 777      7   7   22 7 5  555  8888888   7  8   8888  0    77777   8    888   7    7 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222  7     0     00   00   2222222222222222222   0 000    0 0    0     
consensus                     :    TATTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTTCTCCTA-CA-TAAC---A----CT-ATTA-CGAGC-A-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATATGG--GGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATGTTGAAAA--GTAGGTTACCGGTACT-ACTTTT-ACTAAGTA-TTAC-----------A---G-A--TCTA------TTAA-A---T---AGAT-GAAATC-AA-ACA-CACAAAATATTT-TTATGAT-TTTATTTTTTCTCCAGTCATTGGACTTTCGT-CAAAAATAAAAA-TATTTC-TAATAAAACACTGTCTTACTTATGGTATGGATGGGNTGTT-----AA-A------TGT----ATG--ACAA-AAACC-GGAG-C---AT-CC-----AGGGCCG----AA-CCACAAAC-CACA-AAGAT---A-TCAT-CCAT--AAAGAGGA--TTCAACA-A-AGAATCGC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGC-TCCATCTTCGCCTGTTGT-ACTGCC-GGCAATATGTGTGGT-ACA-ATC-TTC--A---ATTCA-T--TTC------------ATTTC-CCGTGGC-TTAGAATTTCAC-----CAT-CA------G-TG----------C-A------------------T---T--ATTCATTTC-ACTTT-CAAAAGG--ATGAAAATGGC--CTGGAATAC--GCCAAACG--CTC--GT--CATG-AAACACAA-CAA-A-AAAA-TT-CCAGGGTGGGAATTGG-ATGTNATGAAGCTCC--ATCCG-ACAAACGAATTTATGAA--ATTCCAGGAG-TGATATGGTACACGT-CAATAAAAATGCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAAA-NCAGATC--CAAATGCTACAACAAACACTCTTTAATATTAACNCATGCACATAAGGACGCGCTCTCTCTTCCAGCTTTGCAAATCCATTGTGGTACATCAGCTCTCAGCACACAGAGAAGGTCCTTCTCTGGATT-----TATGTC-----CGATGATATTTGTAAGTCC--TCAA--T-------GTATA------TCA-AAAACTT-ACA--CAA--CGCAC--TCGCA-A--GCCTGCGCGC---ACGGCCATCACGGCCATGAGCGANGCTGACG-CGGTTTC------CAGTCGCGCNAGATCA--T-GTCTATGTCG-GG--GC-ATCGA-AGC--G-A-GGCGTC-TTTGA---AAACC--TAGCTA-TAA------CA--A-AG--TT--ATC---CGAGTCAAC-----AG-A------------AGC-G-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TCAAACAATTAC-----AAATC-CAG-ACCG-T----CA---CT-----TACCTT----CGTCTGC--------------T-----NT-TG--TCAG---TTC----TTT-TCANGCAGAT--TC-ATCTGC--GTCC-----TC-ATC--TGTCCCGTCTGTGT-A-ATTATTTGC----CTACAA---C-TTGA-CGACTGCCGCCCTG---TCC-TC-A-CGTTCCCCCACCTCAGCT--TCT-TATA----TA---AACTCC-ATATTTCCCTACG--ATATATCTTTCNAA-ATC--AG-TCC-A-CAAA-AACTGTC-T-C--C--TTTCAA---A--AA--TGAC-ACCGCATCACAACTGTTAGTGTAG---ACGTTGCG-GCG-CACCCCAAAC----TTCCGCCAGAATTC-AAATT--ATC-AG-T--TTTT------C--GC--AAA-ATTAGAC--ATA---A-GAAGAGTTT-TCAA-T-CATAAACTTT-TAAANA-AA-TGTA--T-----A-----TTGTC-----TTTTTT-A-ATA--C-TTGC-T-TTTT-------------AACG--TCC--TA-----A-TA-AT-TA-AA-N--A----CA---GC-TCT--TC---ATTTC-A---TGGAAC-TTT-GTT--T-TGGTG--TT-T-----CGT-CATTTTTG--AAACGAA-----GCGTTTATG--TAG-GTCA-A-C---------------AA---A--T----G------------TA-----TGGA---TA---CA-TGTTG-CTAAC--ACGANTCA----------GCA-A-TGATTA-T---CGAT-CAAAAA-TGTAA
Reference ( family-367 )      :    TATTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTTCTCCTA-CA-TAAC---A----CT-ATTA-CGAGC-A-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATATGG--GGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATGTTGAAAA--GTAGGTTACCGGTACT-ACTTTT-ACTAAGTA-TTAC-----------A---G-A--TCTA------TTAA-A---T---AGAT-GAAATC-AA-ACA-CACAAAATATTT-TTATGAT-TTTATTTTTTCTCCAGTCATTGGACTTTCGT-CAAAAATAAAAA-TATTTC-TAATAAAACACTGTCTTACTTATGGTATGGATGGGNTGTT-----AA-A------TGT----ATG--ACAA-AAACC-GGAG-C---AT-CC-----AGGGCCG---CAAACCACAAAC-CACA-AAGAT---A-TCAT-CCAT--AAAGAGGA--TTCAACA-A-AGAATCGC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGC-TCCATCTTCGCCTGTTGT-ACTGCC-GGCAATATGTGTGGT-ACA-ATC-TTC--A---ATTCA-T--TTC------------ATTTC-CCGTGGC-TTAGAATTTCAC-----CAT-CA------G-TG----------C-A------------------T---T--ATTCATTTC-ACTTT-CAAAAGG--ATGAAAATGGC--CTGGAATAC--GCCAAACG--CTC--GT--CATG-AAACACAA-CAA-A-AAAA-TT-CCAGGGTGGGAATTGG-ATGTNATGAAGCTCC--ATCCG-ACAAACGAATTTATGAA--ATTCCAGGAG-TGATATGGTACACGT-CAATAAAAATGCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAAA-NCAGATC--CAAATGCTACAACAAACACTCTTTAATATTAACNCATGCACATAAGGACGCGCTCTCTCTTCCAGCTTTGCAAATCCATTGTGGTACATCAGCTCTCAGCACACAGAGAAGGTCCTTCTCTGGATT-----TATGTC-----CGATGATATTTGTAAGTCC--TCAA--T-------GTATA------TCA-AAAACTT-ACA--CAA--CGCAC--TCGCA-A--GCCTGCGCGC---ACGGCCATCACGGCCATGAGCGANGCTGGCGTCGGTTTC------CAGTCGCGCNAGATCA--T-GTCTATGTCG-GG--GC-ATCGA-AGC--G-A-GGCGTC-TTTGA---AAACC--TAGCTA-TAA------CA--A-AG--TT--ATC---CGAGTCAAC-----AG-A------------AGC-G-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TCAAACAATTAC-----AANTC-CAG-ACCG-T----CA---CT-----TACCTT----CGTCTGC--------------T-----NT-TG--TCAG---TTC----TTT-TCANGTAGAT--TC-ATCTGC--GTCC-----TC-ATC--TGTCCCGTCTGTGT-A-ATTATTTGC----CTACAA---C-TTGA-CGACTGCCGCCCTG---TCC-TC-A-CGTTCCCCCACCTCAGCT--TCT-TATA----TA---AACTCC-ATATTTCCCTACG--ATATATCTTTCNAA-ATC--AG-TCC-ATCAAACAACTGTC-T-C--C--TTTCAA---A--AA--TGAC-ACCGCATCACAACTGTTAGTGTAG---ACGTTGCG-GCG-CACCCCAAAC----TTCCGCCAGAATTC-AAATT--ATC-AG-T--TTTT------C--GC--AAA-ATTAGAC--ATA---A-GAAGAGTTT-TCAA-T-CATAAACTTT-TAAANA-AA-TGTA--T-----A-----TTGTC-----TTTTTT-A-ATA--C-TTGC-T-TTTT-------------AACG--TCC--TA-----A-TA-AT-TA-AA-A--A----CA---GC-TCT--TC---ATNTC-A---TGGAAC-TTT-GTT--T-TGGTG--TT-T-----CGT-CATTTTTG--AAACGAA-----GCGTTTATG--TAG-GTCA-A-C---------------AA---A--T----G------------TA-----TGGA---TA---CA-TGTTG-CTAAC--ACGATTCA----------GCA-A-TGATTA-T---CGAT-CNAAAA-TGTAA
gi|1                          :    TATTTACATTTTTGCA--ACT-GCTTTTCTCCTAACA-TAAC---A----CT-ATTA-GAGGC-A-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATATGGAGGGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGC-ATGAAGTATTTGTTGAAAA--AGAGGTAACCG-TACT-ACTTTT-ACTAAGT--TTAC-----------A---G----TCTA------TTAA-A---T---AGAT-G-AATCAAA-AAA-CACAAAATATTTATTATGAT-TTTATTTTTTTTCCAGTCATTGGACTTTCAT-CAAAAAT-AAAA-TATTTC-TAATAAAACACTGTCTTATTTATGGTATGGATGGGATGTT-----AA-A------TGT----ATGACACAA-AAACC-GGAG-CAAAATGCC-----AGGGCGGGGCCAAACCACAATTGCACA-AAGAT---ATTCAT-CCATC-ACAGAGGAATTTTAAAA-AGAGAATCGC-T-T-CTATTT-CAA-ATGTGC-TCCATCTTCGCCTTCTGTAACTGCCGGGCAATGTGTGT-GT-ACAGATC-TTC--A---ATTCA----TTCAA----------ATTTC-C--TGGC-TTAGAATTCCACGTAGGCAT-CA--------T-----------C-A------------------T---T--ATTTTTTTC-ACTTTCCAAAAGG--ATGAAAATGGC--CTGGAATAC--GCCAAACGAATTC--GTCCCATGAAAACACAA-CAA-A-AAAA-TTCCCAGGGTGGGAATTGGAATGTCATGAAGCTCCCAATCCACCCAAACGAATTTCTGAAACATTCCAGAAG-TGGTATGGT---CCT-CAATAAAAATGCTTCACTGCGCCTGCTGGATGAACAAA-ACA-ATCGGCAAATGCTACAACAAACACTCTTTAATATTAACTCATG-ATATAAAGACGCGCTCTCTCTTCCAGCTTTGCAAA--CATTGTGGT-CATCAGCT-TCAACACACAAAGAAGGTCCTTCTCTGG-TT-----TATGTC-----CG--GATATTTGTAAGTCC--TCAAAGTCATGAAAGTGTA------TC--AAAACTTAACA--C-A--CACATGACCGCA-ACTGCCTGCGCGA---ACGGTCATTACAGCTATGAGTGATGATGATGACAGTTTC------CAGTCACGCCAGATCA--TAGTTT-TGTCGCGG--GC-ATCGA-AGC--G-A-GGT-TC-GTTGA---AAACC--TA---A-TAA------CG--A-AA--TT--ATC---CGAGTCAAC-----AGAA------------AGC-GTTTCAGCTGAGC-CTCACGTTTG-TC-AACAATTAC-----AAATA-CAG-ACCG-T----TA---AC-----TACCTT----CGTCTGC--------------T-----AC-TG--TCAG---TTC----TTTGTCAGGCAGAT--TC-ATCTGCGTGTCC-----TCGATC--TGTCCTGTCTGTG----ATGATTT-C----CTAC-A---C-CTGA-CGACTGCCGCCCTG---TCT-TCAA-TGTTCCCCCACCTCAGTCAGTCTCTAT-----TA---AACTCCAATAATGTCCAACG--GAATATC-TTCAAA-ATTAAAG-TCCTTTCAAACAACTGTC-TAC--T--TTTCAA---A--AA--TGAC-ACC-CATCACAACTGTTAGTGTAG---ACGTTGCG-GCG-CACCCCAAACAAAATTCCGCCAGAATTC-AAATT--ATC-AGATAATTTT------C--GC---AA-ATTAGAC--ATAAGGA-GAAGAGTTT-TCAA-TGAATAAACTTT-TAAAGA-AA-TGTA--T-----A-----TGGTC-----ATTGCT-T-ATAACT-TTGC-TGTTTT-------------AACG--TCC--TA-----A-TA-AT-TA-AA-A--A----CA---GC-TCT--TC---AT-TC-A---GGGAAC-TTT-GTT--T-TGGTG--TT-TAATTCCGT-CATTTTTG--AAACGAA-----GCGTTTATG--TAG-GTCA-A-T--------------------A--T----G------------TA-----TGGA---TA---CA-TGTTG-CTAAC--ACAATTCA----------GCA-A-TGATTA-T---CGATACCAAAA-TGTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATATCTCGAGAA-ATC--AGCTTC-ATCAA----CTGTC-T-T--AAATTTCAA---A--AAAGTGAC-ACCG-ATCACGACTGTTAGTGTA----ACGTTGCG--CG-C---CCGAAC----TTCCGCCTGAATTC-TAATT--ACC-AG-T--ATTT---------AC--AAGCATTAGAC--ATA---AGGAAGAGTTT-CTAATT-CATATACTTTAGAAAGA-AA----G--T-----A-----TTGTT-----TTTGTTAA-ATA--C--TGC---TTTT-------------AACGCATCC--TA-----ATTA-AT-TG-AA-G--A-----A---GCATCT--TC---ATTAC-A---T-GAAC-TTTGGTC--T-TTGTGATTT-C-----CGTGCATTTT-----AACGAA-----GCG-TTATG--TGC-GTCA-A-C---------------AATTGA--TTTGAG------------TATTGGCTAGATTTTA---CA-TGTT--CTAAC--ACA--TCA----------GCA-A---GTTATT---CGAT-CCAAAA-
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ggaAGAATTC-AAATTTAATCTAA-T--CTTTATGCTTCTGGC--AAA-ATTAGAC--ATT---G-GAAGAGTTTATCAA-T-CATAA----T-TGAATG-AA-TA-A--TAAATAA-----TTGTCGTACGTTCTTT-A-GTG--A-TTAT-T-TTTTAGCTAGTGTTCAGAGCG--TCCTTTAGTTCTA-TA-AT-TA-AATT--A----CATATGC-TCTCACC---ATTCT-ACATTGGATCTTTT-GTTAATGTGG-G--TTAT-----CGT--ACTTGTGGTAATCGAAAAAGTGCGCTTTTGATTAGTGGCAGA-CTAATATCTTGCGTTGAA---ATGT----G------------TA-----TCGG---TAAATCACTGTTGTCTAACAAATGAATCACGGATTGGTCGCA-ATTGCTCA-T---CGAT-CAAAAA-TGTAA
gi|12                         :                                                                                              ATAAATACCTATATGG--GGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATTTGTTGAAAA--GTAGATTACCGGTACT-ACTTTT-ACTAAGTA-TTAC-----------A---G-AAGTCTA------TT-A-A---T---AGAT-GAAATC--A-ACACCACAAAATATTT-TTATAAT-TTTATTTTTT-TCCTGTCAGTGGACTTTTGT-CAAAAATAAAAA-TATTTC-T-ATAAAACACCGTCTTACTTA-AGTATGGATGGGATGTTTTAAAAA-A------TGT----ATG--ACAA-AAACC-GGAG-A---AT-CCTATTGAGAG-CG---TAAG-TAAAGGG-CATA-AAGTTTGCA-TCAT-CCGT--Aa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ccattgacatcccta-A------TGT----ATG--ACAA-AAACT-GGAG-C---AT-CC-----AG----------AACTACAAAC-CACA-AATAT---A-T------------------------ACA-G-AGAATCGC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGC-TCCATCTTCGCCTGATGT-ACTG-C-GGCAAT--------------ACT-TTC--A---ATTCA-T--TTC------------ATTTC-CCGTGGC-TTAttcactgatgcatatgacatgctctcca
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GCCCTCACGGCCATGAGCGAGGCTGGCATCGG-TTC------CAGTCCCGAAAAATGA--T-GTCCATGTCG-GG--GC-ACCGC-TGC--G-A-TTCTTCATTTTA---AAAAG--TA-CTACCAA------CA--T-A----T--ATCTCTCAAGTGAAC-----AG-A------------A
gi|15                         :       aTACATTT--ACATTACTTG-TTTTCTT-TATCACTAAC---AAAACCT-ATTAACGAGC-A-ATACG-TATCTCTTATCCTACTCCATAAATACCTATATGG--GGT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ---AACTCC-ATATTGTCC-ACG--ATATATCTTTCCAA-ATC--AG-TCC-A-CAAA-AACTGTCTT-C--C--TTTCAA---A--AA--TGAC-ACCGCATgt
gi|17                         :    TATTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTT-TCCTA-CA-TAAC---A----CT-ATTA-CGAGCAA-ATACA-------TTACC--ACTACAT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTAACACATGCACA-AAGGACGCACTCTCTCTTCCAGCTTTG-AAATCCATTGTGGTACA-CAGCTCTCAGC-----GAAAAGGTCCTTCTCTGGATT-----TATGTC-----CGATGATATTTGTAAGTCC--TCAA--T-------GTATA------TCA-AAAACCT-ACA--CAA--CGCAC--TCACA-A--GCCTGCGTGC---ACGGCCATCACAGCCATGAGTGATGC------CGGTTTC------CATTCACGCCAGATCA--T-CTTTATGTCG-GG--GC-ATCGA-AGC--GAA-GGTGTC-GTTGA---AAA-------CTA-TAA------GA--A-AAATCT--AT----CGAGTCAAC-----AG-AAC----------AGC-G-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TC-AACAATTAC-----AATTC-CAG-ACCG-T----CA---C------TACCTT----CGTCTGC--------------TAGGACCTATG--TCAG---TTC------T-TCAGGAAGAT--TC-ATCTGC--GTCC---------TC--TGTCCTGTCTGTGTGA-ATTATTTGC----CTAC-A---C-CTGA-CGAGTGCCGCCCTG---TCCTTC-A-TGTTCCCCCACCTCAG-T--CTT-TCTG----TT---AACTCCGAAATGTCC--ACG--AAATATCTCTCAAA-ATC--AT-TC------AACAACTGTC-TGCAAC--TTTC-A---A--AA--TGAC-ACCGCATCACAACTGTTAGTGTA----ATATTGC--GCG-CACCCCAAAC----TTCCGCCAGAATTCAAAATT--ATC-AGTT--TTTT------T--GCAAAAA-ATTAGAC--ATA---A-GGAGAGTTT-TCAA-T-CATATACTTT-TAAAGA-AATTGTA--T-----A------TGTC-----TTCTTT-ATATA--C-TTGC-T-TTTT-------------AGCG--TCC--TA-----A-TA-AT-T--AA-A--A----CA---GC-TCT--TC---ATTTC-A---TGGAAC-TTT-GTT--T-T-GTGT-TT-T-----CGT-CATTTT----GAACGAA-----GCG-TTATG--TGG-GTCA-A-CAATGTG---------AA---A--T----G------------TA-----TGGA---AA---CA-TGTTG-CTAAC--ACAATTCA----------GC--A-TGATTA-T---CGAT-CAAAAA-TG
gi|3                          : cctctTTTACATTT--GCAG-ACT-G-TTT-CTCTTA-TA-TAACCCAA----CTCACTG-TGAGC-A-ATACG-TAT---TTACG--ACT-CATAAATACCTATATGGA-GGTCAACAAAAGACACGG-TCA-CAGCCGT-CGT-ATGAA-TA-ATGTTGAAAAAAGTAG--TACCGGTACT---CTTT-ACTAAGTAATTACGAAGTGCAATTA---G-G--CCTA--------AAGA---TCTCAGAT-GAAAT---A-ACA-CACAAA-CATTT-TTATGAT-TTT-CTTTTTCTCCAGTC--TGGGCGTTC-T-CAAAA-CAAAAG-TATATCATAA--AAACACTGTCTTA-TTATTGTATGGATGGGCTGTT-----AA-AGGAAATTGTTTTAATG--ACAATAAACCTAGAG-C---AT-CC-----ACGGCC----------ACAAAC-CACATAAGAT---A-TAAT-CCAT--AAAGAGGA--GTCAACATA-AGTATCGCATGTCCT-TTT-CAA-ACGTGCATTTATCTTCGCCTGTTGT-ACTAAC-A-CAATATGTGTTGT-ACACATT-TTC--ATTCATTCA-TTTTTCCCGTGGCTTAGAATTTCACCATCAG-TAAAAACTTCGTTG---CGTACA------A-TGGTAAAATTTCCGA------------------T---G--ATACATATCTACTTT-TAAAAAGGAATGAAAAAAACGTCTGGAATAAAAGC--AACG--CTTCTGT--CATG-AAACACAAACAA-CCAAAA-TT-CCAGG-TGGGAATTGG-ATGTAATGAAG-TCC--ATCCC-ACAAACGATATTATAAA--A-TCCAGAAGTTGA-ATTGTACATGT-CAATAAAA--GCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAAGTTCAGATC--CAAAaa
gi|4                          :     ATTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTTCTCCTA-TA-TAAC---A----CT-ATTA-TGAGC-A-ATACG-TAT---TTATC--ACT-CA-AAA---CTATATTG--GGTCAACAGA------GGGTCAACAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATGTTGAAAA--GTAGGTT-CCGGTACT-ACTTTT-ACTAAGTA-TTAC-----------A---G-A--TCTAAGTCTATTAA-GGCCT---AGG---------AA-ACA-CACAAAATTATT-TTATGAT-TTTATTTTT-CTCCCGTCAT-GGACTTTCAT-CAAAAA---AAA-TATATC-TA-TAAAACACTGACCTACTTATG-TATGGATGGGCTGTT-----AA-A------TGT----ATG--ACAA-AAACC-G-AG-C---AT-CC-----AG------------CCACAAAC-CACA-AAGAT---A-TCATCCCAT--AAAGAGGA---TCAACA-A-AGAATCAC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGC-TCTATCTTCGCCTGTTGT-ACTGCG-GGCAATATGTGTGGTAATA-ATCTTTC--A---ATTCATT--TTC------------ATTTC-CCGTGGCTTTAGAATTTCAC-----CAT-CATGTTGCG-TA----------C-ATCCCGGCGTACATGGGATT---C--ATTCATTTC-ACTTT-CAAAAGG--ATGAAAATGGT--CTGGAATAC--GCC--ACG--CTC--GT--CATG-AAACACAA-CAACA-AAAATTT-CCAGGGCGGAATTT---ATGTAATGAAGCTCC--ATCCG-ACAAACGAATTTATGAA--ATTCCAGGAA-TGAT-TGATACATGTCCAATAAAAATGCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAAA-TCAGATC--CAAATGCTACAg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 CA--T-GGCTATGTTA-GG--GC-ATCTA-AGCCCG-ATGGCGTC-TTTGA---AAACC--TAGCTA-TAAACATTATA--A-GG--TTGGATC---CGAGTCCACCTTTTAG-A------------AGCTG-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TCAAACAATTATCTATTATATC-CA--ACCACT----CA---CT-----TACCTT----CGTCTGC--------------T-----TT-TA--TCTA---TTC----TAT---ATATA-AT--TC-ACATGC--GTCC--------ATC--TG--CCGTCTGTGTTATATTATT-GC----CTACAATCTC-TTGAACCACTGTCGCCCTG---TCC-TC-A--GTTCCCCCATCTCAGCT--TCT-TATA----CACCTAACTCC-ATATTTCCTTATT--ATATATCTTTCCAA-ATC--AG-TCC-A-CAAA-AACTGTC-T-C--C--TTTCAATATATTAA--TGACTACCGCATCACAAA----AATGTAGTTAACG-TGTGTGCGACACTACAAAC----TTCTGCCAGAATTC-AAATG--ATC-AG-T--TTTT------C--GC--AAA-ATTAGACAAATT---A-TAAGAG-TT-TCAA-T-CATTAACTTT-TAGATA-TA-TAT---T-----ATTTATTTGTC-----TTTTTT-AGATA--C-TTGC-C-TTTT-------------AAC---TCC--TA-----A-TATAT-TA-TA-T--ATTTTCT---AT-TCT--TTTCAATGTC-A---TGACAC-TTT-GTT--T-TGGT---TT-T-----CGT-CA--TTTG--ACGCAGA-----GCGTTTAT---TAA-GTCA-ACC---------------AA---A--T----GTTTTATATATTTTA-----TGAA----A---CA-TGTTG-CTAACT-ATGAATCA----------TCATA-T--TTA-TATCTGAT-CAAAAACTGTAAc
gi|6                          :      TTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTTCTCC-A-CA-TAAC---A----CT---TA-CGAGC-ACATACGCTAT---TTAC---ACTGCA-AATTACCTATTTGA--GGTCAACAGA------G--TCA-CA-TTGTGCGTTATGAA-TTT-TGTTGAAAA--GTAGGTTACCGGTACTTACTTTT-ACTGAGTA-TTAC-----------ATAAGTA--TATA------TTAA-----T---AGATTGAAATC-AA-AC--CACAAAATATTT-TTTAGGTATTTATTTTTTCCTCAGTT----GACTTTC-T-CAAAAATAAAAA-TATTTC-TA-TAAAACACTGTCTTA-TTATG--ATGGATGGAATGTT-----ATTA------TGT----ATG--ACAA-AAACC-GGAGAC---AT-CC------TGGCCG---GAA--CACAAAT-CACA-AACAT---A-TCAT-CCAT--ACAGAGG---TTCTATA-T-AGAATCGC-T-TTCCATTTTCAACATATGC-TCCATCTCCGCCTGTTGT-ACTGC---GCAATGTGTGTG-T-ACA-ATC-TTTCAA---ATTCA-T--TT---------------TTC-CTGTGGC-T-AGCATTTCAC-----CAA-CA------G-T-----------C-A------------------T---T--ATTT-TTTC--CCCT-CAAAAAG--ATGAAAAT--C--CTGGAATA---GC-AAACG--------T--CATG-AAACACAA-CAA-A-AAAA-TT-CCAGG-TGG-AATTG--ATGTCATGAAGCTCT--ATACG-ACAAATGCATTTATGAA--ATTCCAGGA-----TGTGATACACAT-C-----------TCCA-----C-TGCT-TATGAGCAAA-ACAGATT--CAAATGCTAC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -GG--GC-ATC-A-AGC--G-A-GGCGTC-TTTGA---AAACC--TAGCTA-TAA------CATAA-AG--TT--ATC----GAGTCCAC-----AG-A------------AGC-G-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TCAAACAATTAC-----AAATC-CA--ACCC-T----CA---CT-----TACCTT----CGTCTGC--------------T-----TT-TA--TCG------------TT-TCAA-TA-AT--TC-ACATGC--GTCC--------ATC--T---CCGTCTGGAT-A--TTATT--C----CTACAA---CCTTGA-CCACTGTCGCCCTG---TCC-TC-A--GTTCCCCCATCTCAGCT--TCT-TATACACCTA---TACTCC-ATATTTCCTTACGTTATATATCTTTCCAATATC--AG-TCC-A-CAAA-AACTGTC-T-C--C--TTTCAA---A--AAA-TGAC-ACCGCATCACAAAAAT--GTGTTA---ACGTTGTG--CG-CACAC-AAAC----TTCTGCCAGAATTC-AAATG--ATC-AG-T--TTTT------C--GC--AAA-ATTAGAC--A-A---A-AAAGAG-TT-TCAA-T-CATTAACTTT-TAAGTATAA-TGTATTT-----A-----TTGTT-----ATTTTT-A-ATA--CTTTGCAT-TTTT-------------AAC---TCC--TA-----A-TA-ATATATAT-ATTA----CA---TC-TTT--CA---ATGTCAA---TGACAC-TTT-GTT--T-TGGT---TT-T-----CGT-CA--TTTG--AA--GAG-----GCGTTTAT---TAA-GTCA-A-T---------------CC---A--T----G------------T------TGAA---TAT--TA-TGT
gi|8                          :    ttaTTACATTT--GCA--ACC-G-TTTTCTCCTA-CA-TAAC---A----CT-ACTA-CGAGC-A-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATATGG--G-TCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATATTGAAA---GTAGGTTACCGGTACT-ACTTTTTACTAAG-A-TTAC-----------A---G-AAGT-TA------TTAA-----T---AGAT-GAAATC-AACAC--CACAAAATATTT-------------------CTCCA-TCATTGGACTTTCATTCAAAAACAAAAAATATT-C-TA-TAAA-CACTGTCTTACTTATG-TATGGATGGGCTGTT-----AA-AA-----TGT----ATG---CAA-A----------C---AT-CC-----AGGGCC----------ACAAAC-CACA-AAGAT---A-TCATGCCATCAAAAGAGGA--T-CTACA-G-AGAATAGC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGT-TCCATCTTCGCCTGTTGT-ACTGC--GGCAATATGTGTGGT-ACT-TTC-TTC--A---ATTCA-T--TTC------------ATTTC-CCGTGGC-TTAGAATTGCAC-----CAT-CA------GTTG----------C-G------------------TACATGGATTCATTTC-ACTTT-CAAAAGG--ATAAAAATGGT--TTGGAATAC--G-CAAACG--CTC--AT--TATG-AAACACAA-CAA-A-CAAA-TTACAAGGGTGGAAAaaatgtgaaacatg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ataTCCTTCG-TGGATTGTCCTTAAGTCGCGATTGATGACATCTGTAAGTCCCATCCA--T-------GTATAATTTTTCCATATAACTT-AGATCTAAATCGCAC--TTCCACA--GCCTGCGTGCCCGACGCCCA-CACGGCC-T---CGGAGCTGATG-CGGTTTCCTATTACAGTTGTCCAGGATCATTT-CTCTATGTCG-GGTTGCAATCAATAGT--G-T-GAGGTG-TTTGAATCAAACCGATAG-TA-TGA------AA--ACAG--CT--------CAAGTC-AC-----AG-ACATCAGTTTTTCAAC-GCTTCTG-AGAGTCTTCA-ATTTGTTCCACCCATTAC-----AACTCTCAGAACTG-TTCTCCAGTCCTTTCGGTACCCTTCTGCATCTGCTATGGTTTCCGTCTT-----AT-TGTTTCAGCTATTCTTCTTTT-TCATGCGCATCATCTATCTGC--GTCCTGTAGTC-ATCAATGTCGTG---GTGA-A-TTTATTTGCTGCGCTAC-A---C-TTGA-CGAGTGCCG-CCTGTCATCT-TC-ATCGCTCCTC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                    
lowQualScore                  :                    11                1       11111111                         111          1                 11          111111                                                                             6666666666666666666666666666666666666666666          111    11                                       111        1                        1                     1               11111    222222   1111                      111     555555555555555555555                 111      1    11       2222222   111                                                      222            11111111       111111     1111   444444444444                          33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333                       11           11        2222222    11111111111                 111       1     1        222               11    11                 11         2222222          1        11      22222      1          11      11                                      1   1                           1   11         1  1     1     22222                     33333      33333                   11    5555555555555555555555555       1   3333333     11     2222          222                            2222       222222                11                                               111   1111  11      33333333333333333333333333         11111    444444444444     1          11             1         22222        11      3333333333333333      1111       66666666666666666666666666666666666666666666666666666  11         11    55555555   11             33333     2222222    22222                     111        22               1111   1   3333333333      1        11   11                                          2222222        1111  11                            2222        11             1111                            1111    222222222                    11111                                     3333333333333333333     11111      111   1111    111    3333333333333   111       11111          22222222222222222      1111111       111                      222  1111111          1111       11111        111          11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111              11        3333333333333333333     111                 
lowQualScore                  :               77   33   5 5          1  5    33333333  5    5     5 5     5   000    888   0  3              33          999999  6   6           6     6   7         99    1           6      6        6    3333333333333333333333333333333333333333333    6 3   222 6  44            6       6   3     44       333        4 6      77    6      6  5               9     5          1    66666  5 222222   2222   77    5     5 0  5 000  5  333333333333333333333      5    5     000 5 0  1    33 3     3333333   333        6 6 1      6   6      6                  6    000      4     55555555   6   111111     5555   333333333333     6 1     6 3          99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999    6    88    8       11        3  11        1111111    99999999999    8        8   111    8  6     0   6    111    1      2   33    00                 33  3      0000000    3   0 0 3      22      55555 9    0          11  2   33                                 1    5   5                           5   88         5  5     5     66666              6   7  33333      33333  7                88    6666666666666666666666666       3   0000000     88  3  2222       0  333       3       3 2     1  3 5555   3   888888     4   1      11 8    0     6  99  6   666   99 888   2  6     111   0000  33  6   99999999999999999999999999      7  66666  6 333333333333   8 6     8    99    3     8  5         00000  1  8  88    8 4444444444444444      7777       77777777777777777777777777777777777777777777777777777  11  8      11    33333333   11  5    0     11111     2222222    55555 8    8              444   8  8 44               5555   0   4444444444      6     0  77   11 1         1  6   99     99     6       6 1111111      6 4444  55    6             6  5      7777   0    88  8 0 3      7777              6     99   6  3333    999999999  99   6       99   11111      7  6    6 6          6    1 6  4444444444444444444     66666      555   2222    555    6666666666666   555   99  66666 6  6  6  77777777777777777  6   3333333     6 111      6   6   99 6 2  222  6666666   6  9   4444  6    66666   9    555   6    6 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444  6     8     99  6 1   7777777777777777777   8 444    8 0    8     
lowQualScore                  :               ..   ..   . .          .  .    ........  .    .     . .     .   ...    ...   .  .              ..          ......  .   .           .     .   .         ..    .           .      .        .    ...........................................    . .   ... .  ..            .       .   .     ..       ...        . .      ..    .      .  .               .     .          .    .....  . ......   ....   ..    .     . .  . ...  .  .....................      .    .     ... . .  .    .. .     .......   ...        . . .      .   .      .                  .    ...      .     ........   .   ......     ....   ............     . .     . .          ...........................................................    .    ..    .       ..        .  ..        .......    ...........    .        .   ...    .  .     .   .    ...    .      .   ..    ..                 ..  .      .......    .   . . .      ..      ..... .    .          ..  .   ..                                 .    .   .                           .   ..         .  .     .     .....              .   .  .....      .....  .                ..    .........................       .   .......     ..  .  ....       .  ...       .       . .     .  . ....   .   ......     .   .      .. .    .     .  ..  .   ...   .. ...   .  .     ...   ....  ..  .   ..........................      .  .....  . ............   . .     .    ..    .     .  .         .....  .  .  ..    . ................      ....       .....................................................  ..  .      ..    ........   ..  .    .     .....     .......    ..... .    .              ...   .  . ..               ....   .   ..........      .     .  ..   .. .         .  .   ..     ..     .       . .......      . ....  ..    .             .  .      ....   .    ..  . . .      ....              .     ..   .  ....    .........  ..   .       ..   .....      .  .    . .          .    . .  ...................     .....      ...   ....    ...    .............   ...   ..  ..... .  .  .  .................  .   .......     . ...      .   .   .. . .  ...  .......   .  .   ....  .    .....   .    ...   .    . ..............................................................  .     .     ..  . .   ...................   . ...    . .    .     
lowQualScore                  :               99   66   7 7          4  7    11111111  7    7     7 7     7   000    666   1  2              66          222222  7   7           7     7   8         22    0           7      7        7    3333333333333333333333333333333333333333333    7 2   333 7  00            7       7   2     22       555        7 7      33    7      7  5               3     0          0    77777  7 111111   1111   99    7     7 7  7 000  7  333333333333333333333      7    7     000 7 7  4    66 0     2222222   777        7 7 0      7   7      7                  7    000      2     33333333   7   888888     0000   333333333333     7 0     7 5          44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444    0    88    0       00        2  00        6666666    44444444444    0        0   888    0  0     0   4    222    0      5   88    22                 88  2      8888888    2   2 0 2      22      00000 2    0          00  5   88                                 0    0   5                           0   00         5  5     0     55555              7   3  33333      33333  3                33    7777777777777777777777777       3   3333333     33  7  7777       7  333       2       2 5     0  2 2222   2   888888     2   0      00 0    8     7  22  7   888   22 777   5  7     777   0000  33  7   77777777777777777777777777      2  77777  7 333333333333   0 0     0    00    8     0  4         00000  0  0  00    0 0000000000000000      0000       44444444444444444444444444444444444444444444444444444  00  0      00    44444444   00  6    8     88888     6666666    44444 0    0              000   0  0 44               0000   0   5555555555      0     6  22   00 4         0  7   22     22     7       7 2222222      7 2222  88    7             0  6      2222   8    00  0 8 2      0000              7     22   7  5555    333333333  22   7       22   88888      3  7    7 7          7    0 7  7777777777777777777     77777      333   7777    000    7777777777777   888   22  77777 7  7  7  00000000000000000  7   7777777     7 777      7   7   22 7 5  555  8888888   7  8   8888  0    77777   8    888   7    7 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222  7     0     00  4 0   2222222222222222222   0 000    0 6    0     
consensus                     :    TATTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTTCTCCTA-CA-TAAC---A----CT-ATTA-CGAGC-A-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATATGG--GGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATGTTGAAAA--GTAGGTTACCGGTACT-ACTTTT-ACTAAGTA-TTAC-----------A---G-A--TCTA------TTAA-A---T---AGAT-GAAATC-AA-ACA-CACAAAATATTT-TTATGAT-TTTATTTTTTCTCCAGTCATTGGACTTTCGT-CAAAAATAAAAA-TATTTC-TAATAAAACACTGTCTTACTTATGGTATGGATGGGNTGTT-----AA-A------TGT----ATG--ACAA-AAACC-GGAG-C---AT-CC-----A-----GGGCC-AACCACAAAC-CACA-AAGAT---A-TCAT-CCAT--AAAGAGGA--TTCAACA-A-AGAATCGC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGC-TCCATCTTCGCCTGTTGT-ACTGCC-GGCAATATGTGTGGT-ACA-ATC-TTC--A---ATTCA-T--TTC------------ATTTC-CCGTGGC-TTAGAATTTCAC-----CAT-CA------G-TG----------C-A------------------T---T--ATTCATTTC-ACTTT-CAAAAGG--ATGAAAATGGC--CTGGAATAC--GCCAAACG--CTC--GT--CATG-AAACACAA-CAA-A-AAAA-TT-CCAGGGTGGGAATTGG-ATGTNATGAAGCTCC--ATCCG-ACAAACGAATTTATGAA--ATTCCAGGAGT-GATATGGTACACGT-CAATAAAAATGCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAAA-NCAGATC--CAAATGCTACAACAAACACTCTTTAATATTAACNCATGCACATAAGGACGCGCTCTCTCTTCCAGCTTTGCAAATCCATTGTGGTACATCAGCTCTCAGCACACAGAGAAGGTCCTTCTCTGGATT-----TATGTC-----CGATGATATTTGTAAGTCC--TCAA--T-------GTATA------TCA-AAAACTT-ACA--CAA--CGCAC--TCGCA-A--GCCTGCGCGC---ACGGCCATCACGGCCATGAGCGANGCTGACG-CGGTTTC------CAGTCGCGCNAGATCA--T-GTCTATGTCG-GG--GC-ATCGA-AGC--G-A-GGCGTC-TTTGA---AAACC--TAGCTA-TAA------CA--A-AG--TT--ATC---CGAGTCAAC-----AG-A------------AGC-G-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TCAAACAATTAC-----AAATC-CAG-ACCG-T----CA---CT-----TACCTT----CGTCTGC--------------T-----NT-TG--TCAG---TTC----TTT-TCANGCAGAT--TC-ATCTGC--GTCC-----TC-ATC--TGTCCCGTCTGTGT-A-ATTATTTGC----CTACAA---C-TTGA-CGACTGCCGCCCTG---TCC-TC-A-CGTTCCCCCACCTCAGCT--TCT-TATA----TA---AACTCC-ATATTTCCCTACG--ATATATCTTTCNAA-ATC--AGTCC--ACAAA-AACTGTC-T-C--C--TTTCAA-A----AA--TGAC-ACCGCATCACAACTGTTAGTGTAG---ACGTTGCG-GCG-CACCCCAAAC----TTCCGCCAGAATTC-AAATT--ATC-AG-T--TTTT------C--GC--AAA-ATTAGAC--ATA---A-GAAGAGTTT-TCAA-T-CATAAACTTT-TAAANA-AA-TGTA--T-----A-----TTGTC-----TTTTTT-A-ATA--C-TTGC-T-TTTT-------------AACG--TCC--TA-----A-TA-AT-TA---AA-TA----CA---GC-TCT--TC---ATTTC-A---TGGAAC-TTT-GTT--T-TGGTG--TT-T-----CGT-CATTTTTG--AAACGAA-----GCGTTTATG--TAG-GTCA-A-C---------------AA---A--T----G------------TA-----TGGA---TA---CA-TGTTG-CTAAC--ACGAATCA----------GCA-A-TGATTA-T---CGAT-CAAAAA-TGTAA
Reference ( family-367 )      :    TATTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTTCTCCTA-CA-TAAC---A----CT-ATTA-CGAGC-A-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATATGG--GGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATGTTGAAAA--GTAGGTTACCGGTACT-ACTTTT-ACTAAGTA-TTAC-----------A---G-A--TCTA------TTAA-A---T---AGAT-GAAATC-AA-ACA-CACAAAATATTT-TTATGAT-TTTATTTTTTCTCCAGTCATTGGACTTTCGT-CAAAAATAAAAA-TATTTC-TAATAAAACACTGTCTTACTTATGGTATGGATGGGNTGTT-----AA-A------TGT----ATG--ACAA-AAACC-GGAG-C---AT-CC-----A-----GGGCCGAACCACAAAC-CACA-AAGAT---A-TCAT-CCAT--AAAGAGGA--TTCAACA-A-AGAATCGC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGC-TCCATCTTCGCCTGTTGT-ACTGCC-GGCAATATGTGTGGT-ACA-ATC-TTC--A---ATTCA-T--TTC------------ATTTC-CCGTGGC-TTAGAATTTCAC-----CAT-CA------G-TG----------C-A------------------T---T--ATTCATTTC-ACTTT-CAAAAGG--ATGAAAATGGC--CTGGAATAC--GCCAAACG--CTC--GT--CATG-AAACACAA-CAA-A-AAAA-TT-CCAGGGTGGGAATTGG-ATGTNATGAAGCTCC--ATCCG-ACAAACGAATTTATGAA--ATTCCAGGAGT-GATATGGTACACGT-CAATAAAAATGCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAAA-NCAGATC--CAAATGCTACAACAAACACTCTTTAATATTAACNCATGCACATAAGGACGCGCTCTCTCTTCCAGCTTTGCAAATCCATTGTGGTACATCAGCTCTCAGCACACAGAGAAGGTCCTTCTCTGGATT-----TATGTC-----CGATGATATTTGTAAGTCC--TCAA--T-------GTATA------TCA-AAAACTT-ACA--CAA--CGCAC--TCGCA-A--GCCTGCGCGC---ACGGCCATCACGGCCATGAGCGANGCTGACG-CGGTTTC------CAGTCGCGCNAGATCA--T-GTCTATGTCG-GG--GC-ATCGA-AGC--G-A-GGCGTC-TTTGA---AAACC--TAGCTA-TAA------CA--A-AG--TT--ATC---CGAGTCAAC-----AG-A------------AGC-G-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TCAAACAATTAC-----AAATC-CAG-ACCG-T----CA---CT-----TACCTT----CGTCTGC--------------T-----NT-TG--TCAG---TTC----TTT-TCANGCAGAT--TC-ATCTGC--GTCC-----TC-ATC--TGTCCCGTCTGTGT-A-ATTATTTGC----CTACAA---C-TTGA-CGACTGCCGCCCTG---TCC-TC-A-CGTTCCCCCACCTCAGCT--TCT-TATA----TA---AACTCC-ATATTTCCCTACG--ATATATCTTTCNAA-ATC--AGTCC--ACAAA-AACTGTC-T-C--C--TTTCAA-A----AA--TGAC-ACCGCATCACAACTGTTAGTGTAG---ACGTTGCG-GCG-CACCCCAAAC----TTCCGCCAGAATTC-AAATT--ATC-AG-T--TTTT------C--GC--AAA-ATTAGAC--ATA---A-GAAGAGTTT-TCAA-T-CATAAACTTT-TAAANA-AA-TGTA--T-----A-----TTGTC-----TTTTTT-A-ATA--C-TTGC-T-TTTT-------------AACG--TCC--TA-----A-TA-AT-TA---AA-NA----CA---GC-TCT--TC---ATTTC-A---TGGAAC-TTT-GTT--T-TGGTG--TT-T-----CGT-CATTTTTG--AAACGAA-----GCGTTTATG--TAG-GTCA-A-C---------------AA---A--T----G------------TA-----TGGA---TA---CA-TGTTG-CTAAC--ACGANTCA----------GCA-A-TGATTA-T---CGAT-CAAAAA-TGTAA
gi|1                          :    TATTTACATTTTTGCA--ACT-GCTTTTCTCCTAACA-TAAC---A----CT-ATTA-GAGGC-A-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATATGGAGGGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGC-ATGAAGTATTTGTTGAAAA--AGAGGTAACCG-TACT-ACTTTT-ACTAAGT--TTAC-----------A---G----TCTA------TTAA-A---T---AGAT-G-AATCAAA-AAA-CACAAAATATTTATTATGAT-TTTATTTTTTTTCCAGTCATTGGACTTTCAT-CAAAAAT-AAAA-TATTTC-TAATAAAACACTGTCTTATTTATGGTATGGATGGGATGTT-----AA-A------TGT----ATGACACAA-AAACC-GGAG-CAAAATGCC-----AGGGCGGGGCCAAACCACAATTGCACA-AAGAT---ATTCAT-CCATC-ACAGAGGAATTTTAAAA-AGAGAATCGC-T-T-CTATTT-CAA-ATGTGC-TCCATCTTCGCCTTCTGTAACTGCCGGGCAATGTGTGT-GT-ACAGATC-TTC--A---ATTCA----TTCAA----------ATTTC-C--TGGC-TTAGAATTCCACGTAGGCAT-CA--------T-----------C-A------------------T---T--ATTTTTTTC-ACTTTCCAAAAGG--ATGAAAATGGC--CTGGAATAC--GCCAAACGAATTC--GTCCCATGAAAACACAA-CAA-A-AAAA-TTCCCAGGGTGGGAATTGGAATGTCATGAAGCTCCCAATCCACCCAAACGAATTTCTGAAACATTCCAGAAGT-GGTATGGT---CCT-CAATAAAAATGCTTCACTGCGCCTGCTGGATGAACAAA-ACA-ATCGGCAAATGCTACAACAAACACTCTTTAATATTAACTCATG-ATATAAAGACGCGCTCTCTCTTCCAGCTTTGCAAA--CATTGTGGT-CATCAGCT-TCAACACACAAAGAAGGTCCTTCTCTGG-TT-----TATGTC-----CG--GATATTTGTAAGTCC--TCAAAGTCATGAAAGTGTA------TC--AAAACTTAACA--C-A--CACATGACCGCA-ACTGCCTGCGCGA---ACGGTCATTACAGCTATGAGTGATGATGATGACAGTTTC------CAGTCACGCCAGATCA--TAGTTT-TGTCGCGG--GC-ATCGA-AGC--G-A-GGT-TC-GTTGA---AAACC--TA---A-TAA------CG--A-AA--TT--ATC---CGAGTCAAC-----AGAA------------AGC-GTTTCAGCTGAGC-CTCACGTTTG-TC-AACAATTAC-----AAATA-CAG-ACCG-T----TA---AC-----TACCTT----CGTCTGC--------------T-----AC-TG--TCAG---TTC----TTTGTCAGGCAGAT--TC-ATCTGCGTGTCC-----TCGATC--TGTCCTGTCTGTG----ATGATTT-C----CTAC-A---C-CTGA-CGACTGCCGCCCTG---TCT-TCAA-TGTTCCCCCACCTCAGTCAGTCTCTAT-----TA---AACTCCAATAATGTCCAACG--GAATATC-TTCAAA-ATTAAAGTCCTTTCAAACAACTGTC-TAC--T--TTTCAA-A----AA--TGAC-ACC-CATCACAACTGTTAGTGTAG---ACGTTGCG-GCG-CACCCCAAACAAAATTCCGCCAGAATTC-AAATT--ATC-AGATAATTTT------C--GC---AA-ATTAGAC--ATAAGGA-GAAGAGTTT-TCAA-TGAATAAACTTT-TAAAGA-AA-TGTA--T-----A-----TGGTC-----ATTGCT-T-ATAACT-TTGC-TGTTTT-------------AACG--TCC--TA-----A-TA-AT-TA---AA-AA----CA---GC-TCT--TC---A-TTC-A---GGGAAC-TTT-GTT--T-TGGTG--TT-TAATTCCGT-CATTTTTG--AAACGAA-----GCGTTTATG--TAG-GTCA-A-T--------------------A--T----G------------TA-----TGGA---TA---CA-TGTTG-CTAAC--ACAATTCA----------GCA-A-TGATTA-T---CGATACCAAAA-TGTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATATCTCGAGAA-ATC--AG-CT--TCATC-AACTGTC-T-T--AAATTTCAA-A----AAAGTGAC-ACCG-ATCACGACTGTTAGTGTA----ACGTTGCG--CG-C---CCGAAC----TTCCGCCTGAATTC-TAATT--ACC-AG-T--ATTT---------AC--AAGCATTAGAC--ATA---AGGAAGAGTTT-CTAATT-CATATACTTTAGAAAGA-AA----G--T-----A-----TTGTT-----TTTGTTAA-ATA--C--TGC---TTTT-------------AACGCATCC--TA-----ATTA-AT-TG---AA-GA-----A---GCATCT--TC---ATTAC-A---T-GAAC-TTTGGTC--T-TTGTGATTT-C-----CGTGCATTTT-----AACGAA-----GCG-TTATG--TGC-GTCA-A-C---------------AATTGA--TTTGAG------------TATTGGCTAGATTTTA---CA-TGTT--CTAAC--AC--ATCA----------GCA-A---GTTATT---CGAT-CCAAAA-
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ggaAGAATTC-AAATTTAATCTAA-T--CTTTATGCTTCTGGC--AAA-ATTAGAC--ATT---G-GAAGAGTTTATCAA-T-CATAA----T-TGAATG-AA-TA-A--TAAATAA-----TTGTCGTACGTTCTTT-A-GTG--A-TTAT-T-TTTTAGCTAGTGTTCAGAGCG--TCCTTTAGTTCTA-TA-AT-TA---AATTA----CATATGC-TCTCACC---ATTCT-ACATTGGATCTTTT-GTTAATGTGG-G--TTAT-----CGT--ACTTGTGGTAATCGAAAAAGTGCGCTTTTGATTAGTGGCAGA-CTAATATCTTGCGTTGAA---ATGT----G------------TA-----TCGG---TAAATCACTGTTGTCTAACAAATGAATCACGGATTGGTCGCA-ATTGCTCA-T---CGAT-CAAAAA-TGTAA
gi|12                         :                                                                                              ATAAATACCTATATGG--GGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATTTGTTGAAAA--GTAGATTACCGGTACT-ACTTTT-ACTAAGTA-TTAC-----------A---G-AAGTCTA------TT-A-A---T---AGAT-GAAATC--A-ACACCACAAAATATTT-TTATAAT-TTTATTTTTT-TCCTGTCAGTGGACTTTTGT-CAAAAATAAAAA-TATTTC-T-ATAAAACACCGTCTTACTTA-AGTATGGATGGGATGTTTTAAAAA-A------TGT----ATG--ACAA-AAACC-GGAG-A---AT-CCTATTGA-----GAGCGTAAGTAAAGGG-CATA-AAGTTTGCA-TCAT-CCGT--Aa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ccattgacatcccta-A------TGT----ATG--ACAA-AAACT-GGAG-C---AT-CC-----A-----G-----AACTACAAAC-CACA-AATAT---A-T------------------------ACA-G-AGAATCGC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGC-TCCATCTTCGCCTGATGT-ACTG-C-GGCAAT--------------ACT-TTC--A---ATTCA-T--TTC------------ATTTC-CCGTGGC-TTAttcactgatgcatatgacatgctctcca
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GCCCTCACGGCCATGAGCGAGGCTGGCATCGG-TTC------CAGTCCCGAAAAATGA--T-GTCCATGTCG-GG--GC-ACCGC-TGC--G-A-TTCTTCATTTTA---AAAAG--TA-CTACCAA------CA--T-A----T--ATCTCTCAAGTGAAC-----AG-A------------A
gi|15                         :       aTACATTT--ACATTACTTG-TTTTCTT-TATCACTAAC---AAAACCT-ATTAACGAGC-A-ATACG-TATCTCTTATCCTACTCCATAAATACCTATATGG--GGT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ---AACTCC-ATATTGTCC-ACG--ATATATCTTTCCAA-ATC--AGTCC--ACAAA-AACTGTCTT-C--C--TTTCAA-A----AA--TGAC-ACCGCATgt
gi|17                         :    TATTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTT-TCCTA-CA-TAAC---A----CT-ATTA-CGAGCAA-ATACA-------TTACC--ACTACAT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTAACACATGCACA-AAGGACGCACTCTCTCTTCCAGCTTTG-AAATCCATTGTGGTACA-CAGCTCTCAGC-----GAAAAGGTCCTTCTCTGGATT-----TATGTC-----CGATGATATTTGTAAGTCC--TCAA--T-------GTATA------TCA-AAAACCT-ACA--CAA--CGCAC--TCACA-A--GCCTGCGTGC---ACGGCCATCACAGCCATGAGTGATGC------CGGTTTC------CATTCACGCCAGATCA--T-CTTTATGTCG-GG--GC-ATCGA-AGC--GAA-GGTGTC-GTTGA---AAA-------CTA-TAA------GA--A-AAATCT--AT----CGAGTCAAC-----AG-AAC----------AGC-G-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TC-AACAATTAC-----AATTC-CAG-ACCG-T----CA---C------TACCTT----CGTCTGC--------------TAGGACCTATG--TCAG---TTC------T-TCAGGAAGAT--TC-ATCTGC--GTCC---------TC--TGTCCTGTCTGTGTGA-ATTATTTGC----CTAC-A---C-CTGA-CGAGTGCCGCCCTG---TCCTTC-A-TGTTCCCCCACCTCAG-T--CTT-TCTG----TT---AACTCCGAAATGTCC--ACG--AAATATCTCTCAAA-ATC--ATTCA--AC----AACTGTC-TGCAAC--TTTC-A-A----AA--TGAC-ACCGCATCACAACTGTTAGTGTA----ATATTGC--GCG-CACCCCAAAC----TTCCGCCAGAATTCAAAATT--ATC-AGTT--TTTT------T--GCAAAAA-ATTAGAC--ATA---A-GGAGAGTTT-TCAA-T-CATATACTTT-TAAAGA-AATTGTA--T-----A------TGTC-----TTCTTT-ATATA--C-TTGC-T-TTTT-------------AGCG--TCC--TA-----A-TA-AT-TA---AA--A----CA---GC-TCT--TC---ATTTC-A---TGGAAC-TTT-GTT--T-T-GTGT-TT-T-----CGT-CATTTT----GAACGAA-----GCG-TTATG--TGG-GTCA-A-CAATGTG---------AA---A--T----G------------TA-----TGGA---AA---CA-TGTTG-CTAAC--ACAATTCA----------GC--A-TGATTA-T---CGAT-CAAAAA-TG
gi|3                          : cctctTTTACATTT--GCAG-ACT-G-TTT-CTCTTA-TA-TAACCCAA----CTCACTG-TGAGC-A-ATACG-TAT---TTACG--ACT-CATAAATACCTATATGGA-GGTCAACAAAAGACACGG-TCA-CAGCCGT-CGT-ATGAA-TA-ATGTTGAAAAAAGTAG--TACCGGTACT---CTTT-ACTAAGTAATTACGAAGTGCAATTA---G-G--CCTA--------AAGA---TCTCAGAT-GAAAT---A-ACA-CACAAA-CATTT-TTATGAT-TTT-CTTTTTCTCCAGTC--TGGGCGTTC-T-CAAAA-CAAAAG-TATATCATAA--AAACACTGTCTTA-TTATTGTATGGATGGGCTGTT-----AA-AGGAAATTGTTTTAATG--ACAATAAACCTAGAG-C---AT-CC-----A-----CGGCC-----ACAAAC-CACATAAGAT---A-TAAT-CCAT--AAAGAGGA--GTCAACATA-AGTATCGCATGTCCT-TTT-CAA-ACGTGCATTTATCTTCGCCTGTTGT-ACTAAC-A-CAATATGTGTTGT-ACACATT-TTC--ATTCATTCA-TTTTTCCCGTGGCTTAGAATTTCACCATCAG-TAAAAACTTCGTTG---CGTACA------A-TGGTAAAATTTCCGA------------------T---G--ATACATATCTACTTT-TAAAAAGGAATGAAAAAAACGTCTGGAATAAAAGC--AACG--CTTCTGT--CATG-AAACACAAACAA-CCAAAA-TT-CCAGG-TGGGAATTGG-ATGTAATGAAG-TCC--ATCCC-ACAAACGATATTATAAA--AT-CCAGAAGTTGA-ATTGTACATGT-CAATAAAA--GCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAAGTTCAGATC--CAAAaa
gi|4                          :     ATTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTTCTCCTA-TA-TAAC---A----CT-ATTA-TGAGC-A-ATACG-TAT---TTATC--ACT-CA-AAA---CTATATTG--GGTCAACAGA------GGGTCAACAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATGTTGAAAA--GTAGGTT-CCGGTACT-ACTTTT-ACTAAGTA-TTAC-----------A---G-A--TCTAAGTCTATTAA-GGCCT---AGG---------AA-ACA-CACAAAATTATT-TTATGAT-TTTATTTTT-CTCCCGTCAT-GGACTTTCAT-CAAAAA---AAA-TATATC-TA-TAAAACACTGACCTACTTATG-TATGGATGGGCTGTT-----AA-A------TGT----ATG--ACAA-AAACC-G-AG-C---AT-CC-----A-----G-------CCACAAAC-CACA-AAGAT---A-TCATCCCAT--AAAGAGGA---TCAACA-A-AGAATCAC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGC-TCTATCTTCGCCTGTTGT-ACTGCG-GGCAATATGTGTGGTAATA-ATCTTTC--A---ATTCATT--TTC------------ATTTC-CCGTGGCTTTAGAATTTCAC-----CAT-CATGTTGCG-TA----------C-ATCCCGGCGTACATGGGATT---C--ATTCATTTC-ACTTT-CAAAAGG--ATGAAAATGGT--CTGGAATAC--GCC--ACG--CTC--GT--CATG-AAACACAA-CAACA-AAAATTT-CCAGGGCGGAATTT---ATGTAATGAAGCTCC--ATCCG-ACAAACGAATTTATGAA--ATTCCAGGAAT-GAT-TGATACATGTCCAATAAAAATGCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAAA-TCAGATC--CAAATGCTACAg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 CA--T-GGCTATGTTA-GG--GC-ATCTA-AGCCCG-ATGGCGTC-TTTGA---AAACC--TAGCTA-TAAACATTATA--A-GG--TTGGATC---CGAGTCCACCTTTTAG-A------------AGCTG-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TCAAACAATTATCTATTATATC-CA--ACCACT----CA---CT-----TACCTT----CGTCTGC--------------T-----TT-TA--TCTA---TTC----TAT---ATATA-AT--TC-ACATGC--GTCC--------ATC--TG--CCGTCTGTGTTATATTATT-GC----CTACAATCTC-TTGAACCACTGTCGCCCTG---TCC-TC-A--GTTCCCCCATCTCAGCT--TCT-TATA----CACCTAACTCC-ATATTTCCTTATT--ATATATCTTTCCAA-ATC--AGTCC--ACAAA-AACTGTC-T-C--C--TTTCAATATATTAA--TGACTACCGCATCACAAA----AATGTAGTTAACG-TGTGTGCGACACTACAAAC----TTCTGCCAGAATTC-AAATG--ATC-AG-T--TTTT------C--GC--AAA-ATTAGACAAATT---A-TAAGAG-TT-TCAA-T-CATTAACTTT-TAGATA-TA-TAT---T-----ATTTATTTGTC-----TTTTTT-AGATA--C-TTGC-C-TTTT-------------AAC---TCC--TA-----A-TATAT-TA---TA-TATTTTCT---AT-TCT--TTTCAATGTC-A---TGACAC-TTT-GTT--T-TGGT---TT-T-----CGT-CA--TTTG--ACGCAGA-----GCGTTTAT---TAA-GTCA-ACC---------------AA---A--T----GTTTTATATATTTTA-----TGAA----A---CA-TGTTG-CTAACT-ATGAATCA----------TCATA-T--TTA-TATCTGAT-CAAAAACTGTAAc
gi|6                          :      TTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTTCTCC-A-CA-TAAC---A----CT---TA-CGAGC-ACATACGCTAT---TTAC---ACTGCA-AATTACCTATTTGA--GGTCAACAGA------G--TCA-CA-TTGTGCGTTATGAA-TTT-TGTTGAAAA--GTAGGTTACCGGTACTTACTTTT-ACTGAGTA-TTAC-----------ATAAGTA--TATA------TTAA-----T---AGATTGAAATC-AA-AC--CACAAAATATTT-TTTAGGTATTTATTTTTTCCTCAGTT----GACTTTC-T-CAAAAATAAAAA-TATTTC-TA-TAAAACACTGTCTTA-TTATG--ATGGATGGAATGTT-----ATTA------TGT----ATG--ACAA-AAACC-GGAGAC---AT-CC-----------TGGCCGGAACACAAAT-CACA-AACAT---A-TCAT-CCAT--ACAGAGG---TTCTATA-T-AGAATCGC-T-TTCCATTTTCAACATATGC-TCCATCTCCGCCTGTTGT-ACTGC---GCAATGTGTGTG-T-ACA-ATC-TTTCAA---ATTCA-T--TT---------------TTC-CTGTGGC-T-AGCATTTCAC-----CAA-CA------G-T-----------C-A------------------T---T--ATTT-TTTC--CCCT-CAAAAAG--ATGAAAAT--C--CTGGAATA---GC-AAACG--------T--CATG-AAACACAA-CAA-A-AAAA-TT-CCAGG-TGG-AATTG--ATGTCATGAAGCTCT--ATACG-ACAAATGCATTTATGAA--ATTCCAGGA-----TGTGATACACAT-C-----------TCCA-----C-TGCT-TATGAGCAAA-ACAGATT--CAAATGCTAC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -GG--GC-ATC-A-AGC--G-A-GGCGTC-TTTGA---AAACC--TAGCTA-TAA------CATAA-AG--TT--ATC----GAGTCCAC-----AG-A------------AGC-G-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TCAAACAATTAC-----AAATC-CA--ACCC-T----CA---CT-----TACCTT----CGTCTGC--------------T-----TT-TA--TCG------------TT-TCAA-TA-AT--TC-ACATGC--GTCC--------ATC--T---CCGTCTGGAT-A--TTATT--C----CTACAA---CCTTGA-CCACTGTCGCCCTG---TCC-TC-A--GTTCCCCCATCTCAGCT--TCT-TATACACCTA---TACTCC-ATATTTCCTTACGTTATATATCTTTCCAATATC--AGTCC--ACAAA-AACTGTC-T-C--C--TTTCAA-A----AAA-TGAC-ACCGCATCACAAAAAT--GTGTTA---ACGTTGTG--CG-CACAC-AAAC----TTCTGCCAGAATTC-AAATG--ATC-AG-T--TTTT------C--GC--AAA-ATTAGAC--A-A---A-AAAGAG-TT-TCAA-T-CATTAACTTT-TAAGTATAA-TGTATTT-----A-----TTGTT-----ATTTTT-A-ATA--CTTTGCAT-TTTT-------------AAC---TCC--TA-----A-TA-ATATATATAT-TA----CA---TC-TTT--CA---ATGTCAA---TGACAC-TTT-GTT--T-TGGT---TT-T-----CGT-CA--TTTG--AA--GAG-----GCGTTTAT---TAA-GTCA-A-T---------------CC---A--T----G------------T------TGAA---TAT--TA-TGT
gi|8                          :    ttaTTACATTT--GCA--ACC-G-TTTTCTCCTA-CA-TAAC---A----CT-ACTA-CGAGC-A-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATATGG--G-TCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATATTGAAA---GTAGGTTACCGGTACT-ACTTTTTACTAAG-A-TTAC-----------A---G-AAGT-TA------TTAA-----T---AGAT-GAAATC-AACAC--CACAAAATATTT-------------------CTCCA-TCATTGGACTTTCATTCAAAAACAAAAAATATT-C-TA-TAAA-CACTGTCTTACTTATG-TATGGATGGGCTGTT-----AA-AA-----TGT----ATG---CAA-A----------C---AT-CC-----A-----GGGCC-----ACAAAC-CACA-AAGAT---A-TCATGCCATCAAAAGAGGA--T-CTACA-G-AGAATAGC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGT-TCCATCTTCGCCTGTTGT-ACTGC--GGCAATATGTGTGGT-ACT-TTC-TTC--A---ATTCA-T--TTC------------ATTTC-CCGTGGC-TTAGAATTGCAC-----CAT-CA------GTTG----------C-G------------------TACATGGATTCATTTC-ACTTT-CAAAAGG--ATAAAAATGGT--TTGGAATAC--G-CAAACG--CTC--AT--TATG-AAACACAA-CAA-A-CAAA-TTACAAGGGTGGAAAaaatgtgaaacatg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ataTCCTTCG-TGGATTGTCCTTAAGTCGCGATTGATGACATCTGTAAGTCCCATCCA--T-------GTATAATTTTTCCATATAACTT-AGATCTAAATCGCAC--TTCCACA--GCCTGCGTGCCCGACGCCCA-CACGGCC-T---CGGAGCTGATG-CGGTTTCCTATTACAGTTGTCCAGGATCATTT-CTCTATGTCG-GGTTGCAATCAATAGT--G-T-GAGGTG-TTTGAATCAAACCGATAG-TA-TGA------AA--ACAG--CT--------CAAGTC-AC-----AG-ACATCAGTTTTTCAAC-GCTTCTG-AGAGTCTTCA-ATTTGTTCCACCCATTAC-----AACTCTCAGAACTG-TTCTCCAGTCCTTTCGGTACCCTTCTGCATCTGCTATGGTTTCCGTCTT-----AT-TGTTTCAGCTATTCTTCTTTT-TCATGCGCATCATCTATCTGC--GTCCTGTAGTC-ATCAATGTCGTG---GTGA-A-TTTATTTGCTGCGCTAC-A---C-TTGA-CGAGTGCCG-CCTGTCATCT-TC-ATCGCTCCTC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                    
lowQualScore                  :                    11                1       11111111                         111          1                 11          111111                                                                             6666666666666666666666666666666666666666666          111    11                                       111        1                        1                     1               11111    222222   1111                      111     444444444444444444444                 111      1    11       2222222   111                                                      222            11111111       111111     1111   444444444444                          33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333                       11           11        2222222    11111111111                 111       1     1        222               11    11                 11         2222222          1        11      22222      1          11      11                                      1   1                           1   11         1  1     1     22222                     33333      33333                   11    5555555555555555555555555       1   3333333     11     2222          222                            2222       222222                11                                               111   1111  11      33333333333333333333333333         11111    444444444444     1          11             1         22222        11      3333333333333333      1111       66666666666666666666666666666666666666666666666666666  11         11    55555555   11             33333     2222222    22222                     111        22               1111   1   3333333333      1        11   11                                          2222222        1111  11                            2222        11             1111                            1111    222222222                    11111                                     3333333333333333333     11111      111   1111    111    3333333333333   111       11111          22222222222222222      1111111       111                      222  1111111          1111       11111        111          11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111              11        3333333333333333333     111                 
lowQualScore                  :               77   33   5 5          1  5    33333333  5    5     5 5     5   000    888   0  3              33          999999  6   6           6     6   7         99    1           6      6        6    3333333333333333333333333333333333333333333    6 3   222 6  44            6       6   3     44       333        4 6      77    6      6  5               9     5          1    66666  5 222222   2222   77    5     5 0  5 000  5  666666666666666666666      5    5     000 5 0  1    33 3     3333333   333        6 6 1      6   6      6                  6    000      4     55555555   6   111111     5555   333333333333     6 1     6 3          99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999    6    88    8       11        3  11        1111111    99999999999    8        8   111    8  6     0   6    111    1      2   33    00                 33  3      0000000    3   0 0 3      22      55555 9    0          11  2   33                                 1    5   5                           5   88         5  5     5     66666              6   7  33333      33333  7                88    6666666666666666666666666       3   0000000     88  3  2222       0  333       3       3 2     1  3 5555   3   888888     4   1      11 8    0     6  99  6   666   99 888   2  6     111   0000  33  6   99999999999999999999999999      7  66666  6 333333333333   8 6     8    99    3     8  5         00000  1  8  88    8 4444444444444444      7777       77777777777777777777777777777777777777777777777777777  11  8      11    33333333   11  5    0     11111     2222222    55555 8    8              444   8  8 44               5555   0   4444444444      6     0  77   11 1         1  6   99     99     6       6 1111111      6 4444  55    6             6  5      7777   0    88  8 0 3      7777              6     99   6  3333    999999999  99   6       99   11111      7  6    6 6          6    1 6  4444444444444444444     66666      555   2222    555    6666666666666   555   99  66666 6  6  6  77777777777777777  6   3333333     6 111      6   6   99 6 2  222  6666666   6  9   4444  6    66666   9    555   6    6 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444  6     8     99  6 1   7777777777777777777   8 444    8 0    8     
lowQualScore                  :               ..   ..   . .          .  .    ........  .    .     . .     .   ...    ...   .  .              ..          ......  .   .           .     .   .         ..    .           .      .        .    ...........................................    . .   ... .  ..            .       .   .     ..       ...        . .      ..    .      .  .               .     .          .    .....  . ......   ....   ..    .     . .  . ...  .  .....................      .    .     ... . .  .    .. .     .......   ...        . . .      .   .      .                  .    ...      .     ........   .   ......     ....   ............     . .     . .          ...........................................................    .    ..    .       ..        .  ..        .......    ...........    .        .   ...    .  .     .   .    ...    .      .   ..    ..                 ..  .      .......    .   . . .      ..      ..... .    .          ..  .   ..                                 .    .   .                           .   ..         .  .     .     .....              .   .  .....      .....  .                ..    .........................       .   .......     ..  .  ....       .  ...       .       . .     .  . ....   .   ......     .   .      .. .    .     .  ..  .   ...   .. ...   .  .     ...   ....  ..  .   ..........................      .  .....  . ............   . .     .    ..    .     .  .         .....  .  .  ..    . ................      ....       .....................................................  ..  .      ..    ........   ..  .    .     .....     .......    ..... .    .              ...   .  . ..               ....   .   ..........      .     .  ..   .. .         .  .   ..     ..     .       . .......      . ....  ..    .             .  .      ....   .    ..  . . .      ....              .     ..   .  ....    .........  ..   .       ..   .....      .  .    . .          .    . .  ...................     .....      ...   ....    ...    .............   ...   ..  ..... .  .  .  .................  .   .......     . ...      .   .   .. . .  ...  .......   .  .   ....  .    .....   .    ...   .    . ..............................................................  .     .     ..  . .   ...................   . ...    . .    .     
lowQualScore                  :               99   66   7 7          4  7    11111111  7    7     7 7     7   000    666   1  2              66          222222  7   7           7     7   8         22    0           7      7        7    3333333333333333333333333333333333333333333    7 2   333 7  00            7       7   2     22       555        7 7      33    7      7  5               3     0          0    77777  7 111111   1111   99    7     7 7  7 000  7  777777777777777777777      7    7     000 7 7  4    66 0     2222222   777        7 7 0      7   7      7                  7    000      2     33333333   7   888888     0000   333333333333     7 0     7 5          44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444    0    88    0       00        2  00        6666666    44444444444    0        0   888    0  0     0   4    222    0      5   88    22                 88  2      8888888    2   2 0 2      22      00000 2    0          00  5   88                                 0    0   5                           0   00         5  5     0     55555              7   3  33333      33333  3                33    7777777777777777777777777       3   3333333     33  7  7777       7  333       2       2 5     0  2 2222   2   888888     2   0      00 0    8     7  22  7   888   22 777   5  7     777   0000  33  7   77777777777777777777777777      2  77777  7 333333333333   0 0     0    00    8     0  4         00000  0  0  00    0 0000000000000000      0000       44444444444444444444444444444444444444444444444444444  00  0      00    44444444   00  6    8     88888     6666666    44444 0    0              000   0  0 44               0000   0   5555555555      0     6  22   00 4         0  7   22     22     7       7 2222222      7 2222  88    7             0  6      2222   8    00  0 8 2      0000              7     22   7  5555    333333333  22   7       22   88888      3  7    7 7          7    0 7  7777777777777777777     77777      333   7777    000    7777777777777   888   22  77777 7  7  7  00000000000000000  7   7777777     7 777      7   7   22 7 5  555  8888888   7  8   8888  0    77777   8    888   7    7 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222  7     0     00  4 4   2222222222222222222   0 000    0 6    0     
consensus                     :    TATTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTTCTCCTA-CA-TAAC---A----CT-ATTA-CGAGC-A-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATATGG--GGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATGTTGAAAA--GTAGGTTACCGGTACT-ACTTTT-ACTAAGTA-TTAC-----------A---G-A--TCTA------TTAA-A---T---AGAT-GAAATC-AA-ACA-CACAAAATATTT-TTATGAT-TTTATTTTTTCTCCAGTCATTGGACTTTCGT-CAAAAATAAAAA-TATTTC-TAATAAAACACTGTCTTACTTATGGTATGGATGGGNTGTT-----AA-A------TGT----ATG--ACAA-AAACC-GGAG-C---AT-CC-----AGGGC----C--AACCACAAAC-CACA-AAGAT---A-TCAT-CCAT--AAAGAGGA--TTCAACA-A-AGAATCGC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGC-TCCATCTTCGCCTGTTGT-ACTGCC-GGCAATATGTGTGGT-ACA-ATC-TTC--A---ATTCA-T--TTC------------ATTTC-CCGTGGC-TTAGAATTTCAC-----CAT-CA------G-TG----------C-A------------------T---T--ATTCATTTC-ACTTT-CAAAAGG--ATGAAAATGGC--CTGGAATAC--GCCAAACG--CTC--GT--CATG-AAACACAA-CAA-A-AAAA-TT-CCAGGGTGGGAATTGG-ATGTNATGAAGCTCC--ATCCG-ACAAACGAATTTATGAA--ATTCCAGGAGT-GATATGGTACACGT-CAATAAAAATGCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAAA-NCAGATC--CAAATGCTACAACAAACACTCTTTAATATTAACNCATGCACATAAGGACGCGCTCTCTCTTCCAGCTTTGCAAATCCATTGTGGTACATCAGCTCTCAGCACACAGAGAAGGTCCTTCTCTGGATT-----TATGTC-----CGATGATATTTGTAAGTCC--TCAA--T-------GTATA------TCA-AAAACTT-ACA--CAA--CGCAC--TCGCA-A--GCCTGCGCGC---ACGGCCATCACGGCCATGAGCGANGCTGACG-CGGTTTC------CAGTCGCGCNAGATCA--T-GTCTATGTCG-GG--GC-ATCGA-AGC--G-A-GGCGTC-TTTGA---AAACC--TAGCTA-TAA------CA--A-AG--TT--ATC---CGAGTCAAC-----AG-A------------AGC-G-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TCAAACAATTAC-----AAATC-CAG-ACCG-T----CA---CT-----TACCTT----CGTCTGC--------------T-----NT-TG--TCAG---TTC----TTT-TCANGCAGAT--TC-ATCTGC--GTCC-----TC-ATC--TGTCCCGTCTGTGT-A-ATTATTTGC----CTACAA---C-TTGA-CGACTGCCGCCCTG---TCC-TC-A-CGTTCCCCCACCTCAGCT--TCT-TATA----TA---AACTCC-ATATTTCCCTACG--ATATATCTTTCNAA-ATC--AGTCC--ACAAA-AACTGTC-T-C--C--TTTCAA-A----AA--TGAC-ACCGCATCACAACTGTTAGTGTAG---ACGTTGCG-GCG-CACCCCAAAC----TTCCGCCAGAATTC-AAATT--ATC-AG-T--TTTT------C--GC--AAA-ATTAGAC--ATA---A-GAAGAGTTT-TCAA-T-CATAAACTTT-TAAANA-AA-TGTA--T-----A-----TTGTC-----TTTTTT-A-ATA--C-TTGC-T-TTTT-------------AACG--TCC--TA-----A-TA-AT-TA---AA-TA----CA---GC-TCT--TC---ATTTC-A---TGGAAC-TTT-GTT--T-TGGTG--TT-T-----CGT-CATTTTTG--AAACGAA-----GCGTTTATG--TAG-GTCA-A-C---------------AA---A--T----G------------TA-----TGGA---TA---CA-TGTTG-CTAAC--ACGAATCA----------GCA-A-TGATTA-T---CGAT-CAAAAA-TGTAA
Reference ( family-367 )      :    TATTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTTCTCCTA-CA-TAAC---A----CT-ATTA-CGAGC-A-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATATGG--GGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATGTTGAAAA--GTAGGTTACCGGTACT-ACTTTT-ACTAAGTA-TTAC-----------A---G-A--TCTA------TTAA-A---T---AGAT-GAAATC-AA-ACA-CACAAAATATTT-TTATGAT-TTTATTTTTTCTCCAGTCATTGGACTTTCGT-CAAAAATAAAAA-TATTTC-TAATAAAACACTGTCTTACTTATGGTATGGATGGGNTGTT-----AA-A------TGT----ATG--ACAA-AAACC-GGAG-C---AT-CC-----AGGGC----C--AACCACAAAC-CACA-AAGAT---A-TCAT-CCAT--AAAGAGGA--TTCAACA-A-AGAATCGC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGC-TCCATCTTCGCCTGTTGT-ACTGCC-GGCAATATGTGTGGT-ACA-ATC-TTC--A---ATTCA-T--TTC------------ATTTC-CCGTGGC-TTAGAATTTCAC-----CAT-CA------G-TG----------C-A------------------T---T--ATTCATTTC-ACTTT-CAAAAGG--ATGAAAATGGC--CTGGAATAC--GCCAAACG--CTC--GT--CATG-AAACACAA-CAA-A-AAAA-TT-CCAGGGTGGGAATTGG-ATGTNATGAAGCTCC--ATCCG-ACAAACGAATTTATGAA--ATTCCAGGAGT-GATATGGTACACGT-CAATAAAAATGCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAAA-NCAGATC--CAAATGCTACAACAAACACTCTTTAATATTAACNCATGCACATAAGGACGCGCTCTCTCTTCCAGCTTTGCAAATCCATTGTGGTACATCAGCTCTCAGCACACAGAGAAGGTCCTTCTCTGGATT-----TATGTC-----CGATGATATTTGTAAGTCC--TCAA--T-------GTATA------TCA-AAAACTT-ACA--CAA--CGCAC--TCGCA-A--GCCTGCGCGC---ACGGCCATCACGGCCATGAGCGANGCTGACG-CGGTTTC------CAGTCGCGCNAGATCA--T-GTCTATGTCG-GG--GC-ATCGA-AGC--G-A-GGCGTC-TTTGA---AAACC--TAGCTA-TAA------CA--A-AG--TT--ATC---CGAGTCAAC-----AG-A------------AGC-G-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TCAAACAATTAC-----AAATC-CAG-ACCG-T----CA---CT-----TACCTT----CGTCTGC--------------T-----NT-TG--TCAG---TTC----TTT-TCANGCAGAT--TC-ATCTGC--GTCC-----TC-ATC--TGTCCCGTCTGTGT-A-ATTATTTGC----CTACAA---C-TTGA-CGACTGCCGCCCTG---TCC-TC-A-CGTTCCCCCACCTCAGCT--TCT-TATA----TA---AACTCC-ATATTTCCCTACG--ATATATCTTTCNAA-ATC--AGTCC--ACAAA-AACTGTC-T-C--C--TTTCAA-A----AA--TGAC-ACCGCATCACAACTGTTAGTGTAG---ACGTTGCG-GCG-CACCCCAAAC----TTCCGCCAGAATTC-AAATT--ATC-AG-T--TTTT------C--GC--AAA-ATTAGAC--ATA---A-GAAGAGTTT-TCAA-T-CATAAACTTT-TAAANA-AA-TGTA--T-----A-----TTGTC-----TTTTTT-A-ATA--C-TTGC-T-TTTT-------------AACG--TCC--TA-----A-TA-AT-TA---AA-TA----CA---GC-TCT--TC---ATTTC-A---TGGAAC-TTT-GTT--T-TGGTG--TT-T-----CGT-CATTTTTG--AAACGAA-----GCGTTTATG--TAG-GTCA-A-C---------------AA---A--T----G------------TA-----TGGA---TA---CA-TGTTG-CTAAC--ACGAATCA----------GCA-A-TGATTA-T---CGAT-CAAAAA-TGTAA
gi|1                          :    TATTTACATTTTTGCA--ACT-GCTTTTCTCCTAACA-TAAC---A----CT-ATTA-GAGGC-A-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATATGGAGGGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGC-ATGAAGTATTTGTTGAAAA--AGAGGTAACCG-TACT-ACTTTT-ACTAAGT--TTAC-----------A---G----TCTA------TTAA-A---T---AGAT-G-AATCAAA-AAA-CACAAAATATTTATTATGAT-TTTATTTTTTTTCCAGTCATTGGACTTTCAT-CAAAAAT-AAAA-TATTTC-TAATAAAACACTGTCTTATTTATGGTATGGATGGGATGTT-----AA-A------TGT----ATGACACAA-AAACC-GGAG-CAAAATGCC-----AGGGCGGGGCCAAACCACAATTGCACA-AAGAT---ATTCAT-CCATC-ACAGAGGAATTTTAAAA-AGAGAATCGC-T-T-CTATTT-CAA-ATGTGC-TCCATCTTCGCCTTCTGTAACTGCCGGGCAATGTGTGT-GT-ACAGATC-TTC--A---ATTCA----TTCAA----------ATTTC-C--TGGC-TTAGAATTCCACGTAGGCAT-CA--------T-----------C-A------------------T---T--ATTTTTTTC-ACTTTCCAAAAGG--ATGAAAATGGC--CTGGAATAC--GCCAAACGAATTC--GTCCCATGAAAACACAA-CAA-A-AAAA-TTCCCAGGGTGGGAATTGGAATGTCATGAAGCTCCCAATCCACCCAAACGAATTTCTGAAACATTCCAGAAGT-GGTATGGT---CCT-CAATAAAAATGCTTCACTGCGCCTGCTGGATGAACAAA-ACA-ATCGGCAAATGCTACAACAAACACTCTTTAATATTAACTCATG-ATATAAAGACGCGCTCTCTCTTCCAGCTTTGCAAA--CATTGTGGT-CATCAGCT-TCAACACACAAAGAAGGTCCTTCTCTGG-TT-----TATGTC-----CG--GATATTTGTAAGTCC--TCAAAGTCATGAAAGTGTA------TC--AAAACTTAACA--C-A--CACATGACCGCA-ACTGCCTGCGCGA---ACGGTCATTACAGCTATGAGTGATGATGATGACAGTTTC------CAGTCACGCCAGATCA--TAGTTT-TGTCGCGG--GC-ATCGA-AGC--G-A-GGT-TC-GTTGA---AAACC--TA---A-TAA------CG--A-AA--TT--ATC---CGAGTCAAC-----AGAA------------AGC-GTTTCAGCTGAGC-CTCACGTTTG-TC-AACAATTAC-----AAATA-CAG-ACCG-T----TA---AC-----TACCTT----CGTCTGC--------------T-----AC-TG--TCAG---TTC----TTTGTCAGGCAGAT--TC-ATCTGCGTGTCC-----TCGATC--TGTCCTGTCTGTG----ATGATTT-C----CTAC-A---C-CTGA-CGACTGCCGCCCTG---TCT-TCAA-TGTTCCCCCACCTCAGTCAGTCTCTAT-----TA---AACTCCAATAATGTCCAACG--GAATATC-TTCAAA-ATTAAAGTCCTTTCAAACAACTGTC-TAC--T--TTTCAA-A----AA--TGAC-ACC-CATCACAACTGTTAGTGTAG---ACGTTGCG-GCG-CACCCCAAACAAAATTCCGCCAGAATTC-AAATT--ATC-AGATAATTTT------C--GC---AA-ATTAGAC--ATAAGGA-GAAGAGTTT-TCAA-TGAATAAACTTT-TAAAGA-AA-TGTA--T-----A-----TGGTC-----ATTGCT-T-ATAACT-TTGC-TGTTTT-------------AACG--TCC--TA-----A-TA-AT-TA---AA-AA----CA---GC-TCT--TC---A-TTC-A---GGGAAC-TTT-GTT--T-TGGTG--TT-TAATTCCGT-CATTTTTG--AAACGAA-----GCGTTTATG--TAG-GTCA-A-T--------------------A--T----G------------TA-----TGGA---TA---CA-TGTTG-CTAAC--ACAATTCA----------GCA-A-TGATTA-T---CGATACCAAAA-TGTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATATCTCGAGAA-ATC--AG-CT--TCATC-AACTGTC-T-T--AAATTTCAA-A----AAAGTGAC-ACCG-ATCACGACTGTTAGTGTA----ACGTTGCG--CG-C---CCGAAC----TTCCGCCTGAATTC-TAATT--ACC-AG-T--ATTT---------AC--AAGCATTAGAC--ATA---AGGAAGAGTTT-CTAATT-CATATACTTTAGAAAGA-AA----G--T-----A-----TTGTT-----TTTGTTAA-ATA--C--TGC---TTTT-------------AACGCATCC--TA-----ATTA-AT-TG---AA-GA-----A---GCATCT--TC---ATTAC-A---T-GAAC-TTTGGTC--T-TTGTGATTT-C-----CGTGCATTTT-----AACGAA-----GCG-TTATG--TGC-GTCA-A-C---------------AATTGA--TTTGAG------------TATTGGCTAGATTTTA---CA-TGTT--CTAAC--AC--ATCA----------GCA-A---GTTATT---CGAT-CCAAAA-
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ggaAGAATTC-AAATTTAATCTAA-T--CTTTATGCTTCTGGC--AAA-ATTAGAC--ATT---G-GAAGAGTTTATCAA-T-CATAA----T-TGAATG-AA-TA-A--TAAATAA-----TTGTCGTACGTTCTTT-A-GTG--A-TTAT-T-TTTTAGCTAGTGTTCAGAGCG--TCCTTTAGTTCTA-TA-AT-TA---AATTA----CATATGC-TCTCACC---ATTCT-ACATTGGATCTTTT-GTTAATGTGG-G--TTAT-----CGT--ACTTGTGGTAATCGAAAAAGTGCGCTTTTGATTAGTGGCAGA-CTAATATCTTGCGTTGAA---ATGT----G------------TA-----TCGG---TAAATCACTGTTGTCTAACAAATGAATCACGGATTGGTCGCA-ATTGCTCA-T---CGAT-CAAAAA-TGTAA
gi|12                         :                                                                                              ATAAATACCTATATGG--GGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATTTGTTGAAAA--GTAGATTACCGGTACT-ACTTTT-ACTAAGTA-TTAC-----------A---G-AAGTCTA------TT-A-A---T---AGAT-GAAATC--A-ACACCACAAAATATTT-TTATAAT-TTTATTTTTT-TCCTGTCAGTGGACTTTTGT-CAAAAATAAAAA-TATTTC-T-ATAAAACACCGTCTTACTTA-AGTATGGATGGGATGTTTTAAAAA-A------TGT----ATG--ACAA-AAACC-GGAG-A---AT-CCTATTGAGAGCG---T--AAGTAAAGGG-CATA-AAGTTTGCA-TCAT-CCGT--Aa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ccattgacatcccta-A------TGT----ATG--ACAA-AAACT-GGAG-C---AT-CC-----AG----------AACTACAAAC-CACA-AATAT---A-T------------------------ACA-G-AGAATCGC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGC-TCCATCTTCGCCTGATGT-ACTG-C-GGCAAT--------------ACT-TTC--A---ATTCA-T--TTC------------ATTTC-CCGTGGC-TTAttcactgatgcatatgacatgctctcca
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GCCCTCACGGCCATGAGCGAGGCTGGCATCGG-TTC------CAGTCCCGAAAAATGA--T-GTCCATGTCG-GG--GC-ACCGC-TGC--G-A-TTCTTCATTTTA---AAAAG--TA-CTACCAA------CA--T-A----T--ATCTCTCAAGTGAAC-----AG-A------------A
gi|15                         :       aTACATTT--ACATTACTTG-TTTTCTT-TATCACTAAC---AAAACCT-ATTAACGAGC-A-ATACG-TATCTCTTATCCTACTCCATAAATACCTATATGG--GGT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ---AACTCC-ATATTGTCC-ACG--ATATATCTTTCCAA-ATC--AGTCC--ACAAA-AACTGTCTT-C--C--TTTCAA-A----AA--TGAC-ACCGCATgt
gi|17                         :    TATTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTT-TCCTA-CA-TAAC---A----CT-ATTA-CGAGCAA-ATACA-------TTACC--ACTACAT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTAACACATGCACA-AAGGACGCACTCTCTCTTCCAGCTTTG-AAATCCATTGTGGTACA-CAGCTCTCAGC-----GAAAAGGTCCTTCTCTGGATT-----TATGTC-----CGATGATATTTGTAAGTCC--TCAA--T-------GTATA------TCA-AAAACCT-ACA--CAA--CGCAC--TCACA-A--GCCTGCGTGC---ACGGCCATCACAGCCATGAGTGATGC------CGGTTTC------CATTCACGCCAGATCA--T-CTTTATGTCG-GG--GC-ATCGA-AGC--GAA-GGTGTC-GTTGA---AAA-------CTA-TAA------GA--A-AAATCT--AT----CGAGTCAAC-----AG-AAC----------AGC-G-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TC-AACAATTAC-----AATTC-CAG-ACCG-T----CA---C------TACCTT----CGTCTGC--------------TAGGACCTATG--TCAG---TTC------T-TCAGGAAGAT--TC-ATCTGC--GTCC---------TC--TGTCCTGTCTGTGTGA-ATTATTTGC----CTAC-A---C-CTGA-CGAGTGCCGCCCTG---TCCTTC-A-TGTTCCCCCACCTCAG-T--CTT-TCTG----TT---AACTCCGAAATGTCC--ACG--AAATATCTCTCAAA-ATC--ATTCA--AC----AACTGTC-TGCAAC--TTTC-A-A----AA--TGAC-ACCGCATCACAACTGTTAGTGTA----ATATTGC--GCG-CACCCCAAAC----TTCCGCCAGAATTCAAAATT--ATC-AGTT--TTTT------T--GCAAAAA-ATTAGAC--ATA---A-GGAGAGTTT-TCAA-T-CATATACTTT-TAAAGA-AATTGTA--T-----A------TGTC-----TTCTTT-ATATA--C-TTGC-T-TTTT-------------AGCG--TCC--TA-----A-TA-AT-TA---AA--A----CA---GC-TCT--TC---ATTTC-A---TGGAAC-TTT-GTT--T-T-GTGT-TT-T-----CGT-CATTTT----GAACGAA-----GCG-TTATG--TGG-GTCA-A-CAATGTG---------AA---A--T----G------------TA-----TGGA---AA---CA-TGTTG-CTAAC--ACAATTCA----------GC--A-TGATTA-T---CGAT-CAAAAA-TG
gi|3                          : cctctTTTACATTT--GCAG-ACT-G-TTT-CTCTTA-TA-TAACCCAA----CTCACTG-TGAGC-A-ATACG-TAT---TTACG--ACT-CATAAATACCTATATGGA-GGTCAACAAAAGACACGG-TCA-CAGCCGT-CGT-ATGAA-TA-ATGTTGAAAAAAGTAG--TACCGGTACT---CTTT-ACTAAGTAATTACGAAGTGCAATTA---G-G--CCTA--------AAGA---TCTCAGAT-GAAAT---A-ACA-CACAAA-CATTT-TTATGAT-TTT-CTTTTTCTCCAGTC--TGGGCGTTC-T-CAAAA-CAAAAG-TATATCATAA--AAACACTGTCTTA-TTATTGTATGGATGGGCTGTT-----AA-AGGAAATTGTTTTAATG--ACAATAAACCTAGAG-C---AT-CC-----ACGGC----C--A----CAAAC-CACATAAGAT---A-TAAT-CCAT--AAAGAGGA--GTCAACATA-AGTATCGCATGTCCT-TTT-CAA-ACGTGCATTTATCTTCGCCTGTTGT-ACTAAC-A-CAATATGTGTTGT-ACACATT-TTC--ATTCATTCA-TTTTTCCCGTGGCTTAGAATTTCACCATCAG-TAAAAACTTCGTTG---CGTACA------A-TGGTAAAATTTCCGA------------------T---G--ATACATATCTACTTT-TAAAAAGGAATGAAAAAAACGTCTGGAATAAAAGC--AACG--CTTCTGT--CATG-AAACACAAACAA-CCAAAA-TT-CCAGG-TGGGAATTGG-ATGTAATGAAG-TCC--ATCCC-ACAAACGATATTATAAA--AT-CCAGAAGTTGA-ATTGTACATGT-CAATAAAA--GCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAAGTTCAGATC--CAAAaa
gi|4                          :     ATTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTTCTCCTA-TA-TAAC---A----CT-ATTA-TGAGC-A-ATACG-TAT---TTATC--ACT-CA-AAA---CTATATTG--GGTCAACAGA------GGGTCAACAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATGTTGAAAA--GTAGGTT-CCGGTACT-ACTTTT-ACTAAGTA-TTAC-----------A---G-A--TCTAAGTCTATTAA-GGCCT---AGG---------AA-ACA-CACAAAATTATT-TTATGAT-TTTATTTTT-CTCCCGTCAT-GGACTTTCAT-CAAAAA---AAA-TATATC-TA-TAAAACACTGACCTACTTATG-TATGGATGGGCTGTT-----AA-A------TGT----ATG--ACAA-AAACC-G-AG-C---AT-CC-----AG------------CCACAAAC-CACA-AAGAT---A-TCATCCCAT--AAAGAGGA---TCAACA-A-AGAATCAC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGC-TCTATCTTCGCCTGTTGT-ACTGCG-GGCAATATGTGTGGTAATA-ATCTTTC--A---ATTCATT--TTC------------ATTTC-CCGTGGCTTTAGAATTTCAC-----CAT-CATGTTGCG-TA----------C-ATCCCGGCGTACATGGGATT---C--ATTCATTTC-ACTTT-CAAAAGG--ATGAAAATGGT--CTGGAATAC--GCC--ACG--CTC--GT--CATG-AAACACAA-CAACA-AAAATTT-CCAGGGCGGAATTT---ATGTAATGAAGCTCC--ATCCG-ACAAACGAATTTATGAA--ATTCCAGGAAT-GAT-TGATACATGTCCAATAAAAATGCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAAA-TCAGATC--CAAATGCTACAg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 CA--T-GGCTATGTTA-GG--GC-ATCTA-AGCCCG-ATGGCGTC-TTTGA---AAACC--TAGCTA-TAAACATTATA--A-GG--TTGGATC---CGAGTCCACCTTTTAG-A------------AGCTG-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TCAAACAATTATCTATTATATC-CA--ACCACT----CA---CT-----TACCTT----CGTCTGC--------------T-----TT-TA--TCTA---TTC----TAT---ATATA-AT--TC-ACATGC--GTCC--------ATC--TG--CCGTCTGTGTTATATTATT-GC----CTACAATCTC-TTGAACCACTGTCGCCCTG---TCC-TC-A--GTTCCCCCATCTCAGCT--TCT-TATA----CACCTAACTCC-ATATTTCCTTATT--ATATATCTTTCCAA-ATC--AGTCC--ACAAA-AACTGTC-T-C--C--TTTCAATATATTAA--TGACTACCGCATCACAAA----AATGTAGTTAACG-TGTGTGCGACACTACAAAC----TTCTGCCAGAATTC-AAATG--ATC-AG-T--TTTT------C--GC--AAA-ATTAGACAAATT---A-TAAGAG-TT-TCAA-T-CATTAACTTT-TAGATA-TA-TAT---T-----ATTTATTTGTC-----TTTTTT-AGATA--C-TTGC-C-TTTT-------------AAC---TCC--TA-----A-TATAT-TA---TA-TATTTTCT---AT-TCT--TTTCAATGTC-A---TGACAC-TTT-GTT--T-TGGT---TT-T-----CGT-CA--TTTG--ACGCAGA-----GCGTTTAT---TAA-GTCA-ACC---------------AA---A--T----GTTTTATATATTTTA-----TGAA----A---CA-TGTTG-CTAACT-ATGAATCA----------TCATA-T--TTA-TATCTGAT-CAAAAACTGTAAc
gi|6                          :      TTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTTCTCC-A-CA-TAAC---A----CT---TA-CGAGC-ACATACGCTAT---TTAC---ACTGCA-AATTACCTATTTGA--GGTCAACAGA------G--TCA-CA-TTGTGCGTTATGAA-TTT-TGTTGAAAA--GTAGGTTACCGGTACTTACTTTT-ACTGAGTA-TTAC-----------ATAAGTA--TATA------TTAA-----T---AGATTGAAATC-AA-AC--CACAAAATATTT-TTTAGGTATTTATTTTTTCCTCAGTT----GACTTTC-T-CAAAAATAAAAA-TATTTC-TA-TAAAACACTGTCTTA-TTATG--ATGGATGGAATGTT-----ATTA------TGT----ATG--ACAA-AAACC-GGAGAC---AT-CC-----TGGCC----G--GAACACAAAT-CACA-AACAT---A-TCAT-CCAT--ACAGAGG---TTCTATA-T-AGAATCGC-T-TTCCATTTTCAACATATGC-TCCATCTCCGCCTGTTGT-ACTGC---GCAATGTGTGTG-T-ACA-ATC-TTTCAA---ATTCA-T--TT---------------TTC-CTGTGGC-T-AGCATTTCAC-----CAA-CA------G-T-----------C-A------------------T---T--ATTT-TTTC--CCCT-CAAAAAG--ATGAAAAT--C--CTGGAATA---GC-AAACG--------T--CATG-AAACACAA-CAA-A-AAAA-TT-CCAGG-TGG-AATTG--ATGTCATGAAGCTCT--ATACG-ACAAATGCATTTATGAA--ATTCCAGGA-----TGTGATACACAT-C-----------TCCA-----C-TGCT-TATGAGCAAA-ACAGATT--CAAATGCTAC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -GG--GC-ATC-A-AGC--G-A-GGCGTC-TTTGA---AAACC--TAGCTA-TAA------CATAA-AG--TT--ATC----GAGTCCAC-----AG-A------------AGC-G-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TCAAACAATTAC-----AAATC-CA--ACCC-T----CA---CT-----TACCTT----CGTCTGC--------------T-----TT-TA--TCG------------TT-TCAA-TA-AT--TC-ACATGC--GTCC--------ATC--T---CCGTCTGGAT-A--TTATT--C----CTACAA---CCTTGA-CCACTGTCGCCCTG---TCC-TC-A--GTTCCCCCATCTCAGCT--TCT-TATACACCTA---TACTCC-ATATTTCCTTACGTTATATATCTTTCCAATATC--AGTCC--ACAAA-AACTGTC-T-C--C--TTTCAA-A----AAA-TGAC-ACCGCATCACAAAAAT--GTGTTA---ACGTTGTG--CG-CACAC-AAAC----TTCTGCCAGAATTC-AAATG--ATC-AG-T--TTTT------C--GC--AAA-ATTAGAC--A-A---A-AAAGAG-TT-TCAA-T-CATTAACTTT-TAAGTATAA-TGTATTT-----A-----TTGTT-----ATTTTT-A-ATA--CTTTGCAT-TTTT-------------AAC---TCC--TA-----A-TA-ATATATATAT-TA----CA---TC-TTT--CA---ATGTCAA---TGACAC-TTT-GTT--T-TGGT---TT-T-----CGT-CA--TTTG--AA--GAG-----GCGTTTAT---TAA-GTCA-A-T---------------CC---A--T----G------------T------TGAA---TAT--TA-TGT
gi|8                          :    ttaTTACATTT--GCA--ACC-G-TTTTCTCCTA-CA-TAAC---A----CT-ACTA-CGAGC-A-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATATGG--G-TCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATATTGAAA---GTAGGTTACCGGTACT-ACTTTTTACTAAG-A-TTAC-----------A---G-AAGT-TA------TTAA-----T---AGAT-GAAATC-AACAC--CACAAAATATTT-------------------CTCCA-TCATTGGACTTTCATTCAAAAACAAAAAATATT-C-TA-TAAA-CACTGTCTTACTTATG-TATGGATGGGCTGTT-----AA-AA-----TGT----ATG---CAA-A----------C---AT-CC-----AGGGC----C--A----CAAAC-CACA-AAGAT---A-TCATGCCATCAAAAGAGGA--T-CTACA-G-AGAATAGC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGT-TCCATCTTCGCCTGTTGT-ACTGC--GGCAATATGTGTGGT-ACT-TTC-TTC--A---ATTCA-T--TTC------------ATTTC-CCGTGGC-TTAGAATTGCAC-----CAT-CA------GTTG----------C-G------------------TACATGGATTCATTTC-ACTTT-CAAAAGG--ATAAAAATGGT--TTGGAATAC--G-CAAACG--CTC--AT--TATG-AAACACAA-CAA-A-CAAA-TTACAAGGGTGGAAAaaatgtgaaacatg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ataTCCTTCG-TGGATTGTCCTTAAGTCGCGATTGATGACATCTGTAAGTCCCATCCA--T-------GTATAATTTTTCCATATAACTT-AGATCTAAATCGCAC--TTCCACA--GCCTGCGTGCCCGACGCCCA-CACGGCC-T---CGGAGCTGATG-CGGTTTCCTATTACAGTTGTCCAGGATCATTT-CTCTATGTCG-GGTTGCAATCAATAGT--G-T-GAGGTG-TTTGAATCAAACCGATAG-TA-TGA------AA--ACAG--CT--------CAAGTC-AC-----AG-ACATCAGTTTTTCAAC-GCTTCTG-AGAGTCTTCA-ATTTGTTCCACCCATTAC-----AACTCTCAGAACTG-TTCTCCAGTCCTTTCGGTACCCTTCTGCATCTGCTATGGTTTCCGTCTT-----AT-TGTTTCAGCTATTCTTCTTTT-TCATGCGCATCATCTATCTGC--GTCCTGTAGTC-ATCAATGTCGTG---GTGA-A-TTTATTTGCTGCGCTAC-A---C-TTGA-CGAGTGCCG-CCTGTCATCT-TC-ATCGCTCCTC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                    
lowQualScore                  :                    11                1       11111111                         111          1                 11          111111                                                                             6666666666666666666666666666666666666666666          111    11                                       111        1                        1                     1               11111    222222   1111                      111     444444444444444444444                 111      1    11       2222222   111                                                      222            11111111       111111     1111   444444444444                          33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333                       11           11        2222222    11111111111                 111       1     1        222               11    11                 11         2222222          1        11      22222      1          11      11                                      1   1                           1   11         1  1     1     22222                     33333      33333                   11    5555555555555555555555555       1   3333333     11     2222          222                            2222       222222                11                                               111   1111  11      33333333333333333333333333         11111    444444444444     1          11             1         22222        11      3333333333333333      1111       66666666666666666666666666666666666666666666666666666  11         11    55555555   11             33333     2222222    22222                     111        22               1111   1   3333333333      1        11   11                                          2222222        1111  11                            2222        11             1111                            1111    222222222                    11111                                     3333333333333333333     11111      111   1111    111    3333333333333   111       11111          22222222222222222      1111111       111                      222  1111111          1111       11111        111          11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111              11        3333333333333333333     111                 
lowQualScore                  :               77   33   5 5          1  5    33333333  5    5     5 5     5   000    888   0  3              33          999999  6   6           6     6   7         99    1           6      6        6    3333333333333333333333333333333333333333333    6 3   222 6  44            6       6   3     44       333        4 6      77    6      6  5               9     5          1    66666  5 222222   2222   77    5     5 0  5 000  5  666666666666666666666      5    5     000 5 0  1    33 3     3333333   333        6 6 1      6   6      6                  6    000      4     55555555   6   111111     5555   333333333333     6 1     6 3          99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999    6    88    8       11        3  11        1111111    99999999999    8        8   111    8  6     0   6    111    1      2   33    00                 33  3      0000000    3   0 0 3      22      55555 9    0          11  2   33                                 1    5   5                           5   88         5  5     5     66666              6   7  33333      33333  7                88    6666666666666666666666666       3   0000000     88  3  2222       0  333       3       3 2     1  3 5555   3   888888     4   1      11 8    0     6  99  6   666   99 888   2  6     111   0000  33  6   99999999999999999999999999      7  66666  6 333333333333   8 6     8    99    3     8  5         00000  1  8  88    8 4444444444444444      7777       77777777777777777777777777777777777777777777777777777  11  8      11    33333333   11  5    0     11111     2222222    55555 8    8              444   8  8 44               5555   0   4444444444      6     0  77   11 1         1  6   99     99     6       6 1111111      6 4444  55    6             6  5      7777   0    88  8 0 3      7777              6     99   6  3333    999999999  99   6       99   11111      7  6    6 6          6    1 6  4444444444444444444     66666      555   2222    555    6666666666666   555   99  66666 6  6  6  77777777777777777  6   3333333     6 111      6   6   99 6 2  222  6666666   6  9   4444  6    66666   9    555   6    6 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444  6     8     99  6 1   7777777777777777777   8 444    8 0    8     
lowQualScore                  :               ..   ..   . .          .  .    ........  .    .     . .     .   ...    ...   .  .              ..          ......  .   .           .     .   .         ..    .           .      .        .    ...........................................    . .   ... .  ..            .       .   .     ..       ...        . .      ..    .      .  .               .     .          .    .....  . ......   ....   ..    .     . .  . ...  .  .....................      .    .     ... . .  .    .. .     .......   ...        . . .      .   .      .                  .    ...      .     ........   .   ......     ....   ............     . .     . .          ...........................................................    .    ..    .       ..        .  ..        .......    ...........    .        .   ...    .  .     .   .    ...    .      .   ..    ..                 ..  .      .......    .   . . .      ..      ..... .    .          ..  .   ..                                 .    .   .                           .   ..         .  .     .     .....              .   .  .....      .....  .                ..    .........................       .   .......     ..  .  ....       .  ...       .       . .     .  . ....   .   ......     .   .      .. .    .     .  ..  .   ...   .. ...   .  .     ...   ....  ..  .   ..........................      .  .....  . ............   . .     .    ..    .     .  .         .....  .  .  ..    . ................      ....       .....................................................  ..  .      ..    ........   ..  .    .     .....     .......    ..... .    .              ...   .  . ..               ....   .   ..........      .     .  ..   .. .         .  .   ..     ..     .       . .......      . ....  ..    .             .  .      ....   .    ..  . . .      ....              .     ..   .  ....    .........  ..   .       ..   .....      .  .    . .          .    . .  ...................     .....      ...   ....    ...    .............   ...   ..  ..... .  .  .  .................  .   .......     . ...      .   .   .. . .  ...  .......   .  .   ....  .    .....   .    ...   .    . ..............................................................  .     .     ..  . .   ...................   . ...    . .    .     
lowQualScore                  :               99   66   7 7          4  7    11111111  7    7     7 7     7   000    666   1  2              66          222222  7   7           7     7   8         22    0           7      7        7    3333333333333333333333333333333333333333333    7 2   333 7  00            7       7   2     22       555        7 7      33    7      7  5               3     0          0    77777  7 111111   1111   99    7     7 7  7 000  7  777777777777777777777      7    7     000 7 7  4    66 0     2222222   777        7 7 0      7   7      7                  7    000      2     33333333   7   888888     0000   333333333333     7 0     7 5          44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444    0    88    0       00        2  00        6666666    44444444444    0        0   888    0  0     0   4    222    0      5   88    22                 88  2      8888888    2   2 0 2      22      00000 2    0          00  5   88                                 0    0   5                           0   00         5  5     0     55555              7   3  33333      33333  3                33    7777777777777777777777777       3   3333333     33  7  7777       7  333       2       2 5     0  2 2222   2   888888     2   0      00 0    8     7  22  7   888   22 777   5  7     777   0000  33  7   77777777777777777777777777      2  77777  7 333333333333   0 0     0    00    8     0  4         00000  0  0  00    0 0000000000000000      0000       44444444444444444444444444444444444444444444444444444  00  0      00    44444444   00  6    8     88888     6666666    44444 0    0              000   0  0 44               0000   0   5555555555      0     6  22   00 4         0  7   22     22     7       7 2222222      7 2222  88    7             0  6      2222   8    00  0 8 2      0000              7     22   7  5555    333333333  22   7       22   88888      3  7    7 7          7    0 7  7777777777777777777     77777      333   7777    000    7777777777777   888   22  77777 7  7  7  00000000000000000  7   7777777     7 777      7   7   22 7 5  555  8888888   7  8   8888  0    77777   8    888   7    7 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222  7     0     00  4 4   2222222222222222222   0 000    0 6    0     
consensus                     :    TATTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTTCTCCTA-CA-TAAC---A----CT-ATTA-CGAGC-A-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATATGG--GGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATGTTGAAAA--GTAGGTTACCGGTACT-ACTTTT-ACTAAGTA-TTAC-----------A---G-A--TCTA------TTAA-A---T---AGAT-GAAATC-AA-ACA-CACAAAATATTT-TTATGAT-TTTATTTTTTCTCCAGTCATTGGACTTTCGT-CAAAAATAAAAA-TATTTC-TAATAAAACACTGTCTTACTTATGGTATGGATGGGNTGTT-----AA-A------TGT----ATG--ACAA-AAACC-GGAG-C---AT-CC-----AGGGC----C--AACCACAAAC-CACA-AAGAT---A-TCAT-CCAT--AAAGAGGA--TTCAACA-A-AGAATCGC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGC-TCCATCTTCGCCTGTTGT-ACTGCC-GGCAATATGTGTGGT-ACA-ATC-TTC--A---ATTCA-T--TTC------------ATTTC-CCGTGGC-TTAGAATTTCAC-----CAT-CA------G-TG----------C-A------------------T---T--ATTCATTTC-ACTTT-CAAAAGG--ATGAAAATGGC--CTGGAATAC--GCCAAACG--CTC--GT--CATG-AAACACAA-CAA-A-AAAA-TT-CCAGGGTGGGAATTGG-ATGTNATGAAGCTCC--ATCCG-ACAAACGAATTTATGAA--ATTCCAGGAGT-GATATGGTACACGT-CAATAAAAATGCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAAA-NCAGATC--CAAATGCTACAACAAACACTCTTTAATATTAACNCATGCACATAAGGACGCGCTCTCTCTTCCAGCTTTGCAAATCCATTGTGGTACATCAGCTCTCAGCACACAGAGAAGGTCCTTCTCTGGATT-----TATGTC-----CGATGATATTTGTAAGTCC--TCAA--T-------GTATA------TCA-AAAACTT-ACA--CAA--CGCAC--TCGCA-A--GCCTGCGCGC---ACGGCCATCACGGCCATGAGCGANGCTGACG-CGGTTTC------CAGTCGCGCNAGATCA--T-GTCTATGTCG-GG--GC-ATCGA-AGC--G-A-GGCGTC-TTTGA---AAACC--TAGCTA-TAA------CA--A-AG--TT--ATC---CGAGTCAAC-----AG-A------------AGC-G-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TCAAACAATTAC-----AAATC-CAG-ACCG-T----CA---CT-----TACCTT----CGTCTGC--------------T-----NT-TG--TCAG---TTC----TTT-TCANGCAGAT--TC-ATCTGC--GTCC-----TC-ATC--TGTCCCGTCTGTGT-A-ATTATTTGC----CTACAA---C-TTGA-CGACTGCCGCCCTG---TCC-TC-A-CGTTCCCCCACCTCAGCT--TCT-TATA----TA---AACTCC-ATATTTCCCTACG--ATATATCTTTCNAA-ATC--AGTCC--ACAAA-AACTGTC-T-C--C--TTTCAA-A----AA--TGAC-ACCGCATCACAACTGTTAGTGTAG---ACGTTGCG-GCG-CACCCCAAAC----TTCCGCCAGAATTC-AAATT--ATC-AG-T--TTTT------C--GC--AAA-ATTAGAC--ATA---A-GAAGAGTTT-TCAA-T-CATAAACTTT-TAAANA-AA-TGTA--T-----A-----TTGTC-----TTTTTT-A-ATA--C-TTGC-T-TTTT-------------AACG--TCC--TA-----A-TA-AT-TA---AA-TA----CA---GC-TCT--TC---ATTTC-A---TGGAAC-TTT-GTT--T-TGGTG--TT-T-----CGT-CATTTTTG--AAACGAA-----GCGTTTATG--TAG-GTCA-A-C---------------AA---A--T----G------------TA-----TGGA---TA---CA-TGTTG-CTAAC--ACGAATCA----------GCA-A-TGATTA-T---CGAT-CAAAAA-TGTAA
Reference ( family-367 )      :    TATTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTTCTCCTA-CA-TAAC---A----CT-ATTA-CGAGC-A-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATATGG--GGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATGTTGAAAA--GTAGGTTACCGGTACT-ACTTTT-ACTAAGTA-TTAC-----------A---G-A--TCTA------TTAA-A---T---AGAT-GAAATC-AA-ACA-CACAAAATATTT-TTATGAT-TTTATTTTTTCTCCAGTCATTGGACTTTCGT-CAAAAATAAAAA-TATTTC-TAATAAAACACTGTCTTACTTATGGTATGGATGGGNTGTT-----AA-A------TGT----ATG--ACAA-AAACC-GGAG-C---AT-CC-----AGGGC----C--AACCACAAAC-CACA-AAGAT---A-TCAT-CCAT--AAAGAGGA--TTCAACA-A-AGAATCGC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGC-TCCATCTTCGCCTGTTGT-ACTGCC-GGCAATATGTGTGGT-ACA-ATC-TTC--A---ATTCA-T--TTC------------ATTTC-CCGTGGC-TTAGAATTTCAC-----CAT-CA------G-TG----------C-A------------------T---T--ATTCATTTC-ACTTT-CAAAAGG--ATGAAAATGGC--CTGGAATAC--GCCAAACG--CTC--GT--CATG-AAACACAA-CAA-A-AAAA-TT-CCAGGGTGGGAATTGG-ATGTNATGAAGCTCC--ATCCG-ACAAACGAATTTATGAA--ATTCCAGGAGT-GATATGGTACACGT-CAATAAAAATGCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAAA-NCAGATC--CAAATGCTACAACAAACACTCTTTAATATTAACNCATGCACATAAGGACGCGCTCTCTCTTCCAGCTTTGCAAATCCATTGTGGTACATCAGCTCTCAGCACACAGAGAAGGTCCTTCTCTGGATT-----TATGTC-----CGATGATATTTGTAAGTCC--TCAA--T-------GTATA------TCA-AAAACTT-ACA--CAA--CGCAC--TCGCA-A--GCCTGCGCGC---ACGGCCATCACGGCCATGAGCGANGCTGACG-CGGTTTC------CAGTCGCGCNAGATCA--T-GTCTATGTCG-GG--GC-ATCGA-AGC--G-A-GGCGTC-TTTGA---AAACC--TAGCTA-TAA------CA--A-AG--TT--ATC---CGAGTCAAC-----AG-A------------AGC-G-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TCAAACAATTAC-----AAATC-CAG-ACCG-T----CA---CT-----TACCTT----CGTCTGC--------------T-----NT-TG--TCAG---TTC----TTT-TCANGCAGAT--TC-ATCTGC--GTCC-----TC-ATC--TGTCCCGTCTGTGT-A-ATTATTTGC----CTACAA---C-TTGA-CGACTGCCGCCCTG---TCC-TC-A-CGTTCCCCCACCTCAGCT--TCT-TATA----TA---AACTCC-ATATTTCCCTACG--ATATATCTTTCNAA-ATC--AGTCC--ACAAA-AACTGTC-T-C--C--TTTCAA-A----AA--TGAC-ACCGCATCACAACTGTTAGTGTAG---ACGTTGCG-GCG-CACCCCAAAC----TTCCGCCAGAATTC-AAATT--ATC-AG-T--TTTT------C--GC--AAA-ATTAGAC--ATA---A-GAAGAGTTT-TCAA-T-CATAAACTTT-TAAANA-AA-TGTA--T-----A-----TTGTC-----TTTTTT-A-ATA--C-TTGC-T-TTTT-------------AACG--TCC--TA-----A-TA-AT-TA---AA-TA----CA---GC-TCT--TC---ATTTC-A---TGGAAC-TTT-GTT--T-TGGTG--TT-T-----CGT-CATTTTTG--AAACGAA-----GCGTTTATG--TAG-GTCA-A-C---------------AA---A--T----G------------TA-----TGGA---TA---CA-TGTTG-CTAAC--ACGAATCA----------GCA-A-TGATTA-T---CGAT-CAAAAA-TGTAA
gi|1                          :    TATTTACATTTTTGCA--ACT-GCTTTTCTCCTAACA-TAAC---A----CT-ATTA-GAGGC-A-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATATGGAGGGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGC-ATGAAGTATTTGTTGAAAA--AGAGGTAACCG-TACT-ACTTTT-ACTAAGT--TTAC-----------A---G----TCTA------TTAA-A---T---AGAT-G-AATCAAA-AAA-CACAAAATATTTATTATGAT-TTTATTTTTTTTCCAGTCATTGGACTTTCAT-CAAAAAT-AAAA-TATTTC-TAATAAAACACTGTCTTATTTATGGTATGGATGGGATGTT-----AA-A------TGT----ATGACACAA-AAACC-GGAG-CAAAATGCC-----AGGGCGGGGCCAAACCACAATTGCACA-AAGAT---ATTCAT-CCATC-ACAGAGGAATTTTAAAA-AGAGAATCGC-T-T-CTATTT-CAA-ATGTGC-TCCATCTTCGCCTTCTGTAACTGCCGGGCAATGTGTGT-GT-ACAGATC-TTC--A---ATTCA----TTCAA----------ATTTC-C--TGGC-TTAGAATTCCACGTAGGCAT-CA--------T-----------C-A------------------T---T--ATTTTTTTC-ACTTTCCAAAAGG--ATGAAAATGGC--CTGGAATAC--GCCAAACGAATTC--GTCCCATGAAAACACAA-CAA-A-AAAA-TTCCCAGGGTGGGAATTGGAATGTCATGAAGCTCCCAATCCACCCAAACGAATTTCTGAAACATTCCAGAAGT-GGTATGGT---CCT-CAATAAAAATGCTTCACTGCGCCTGCTGGATGAACAAA-ACA-ATCGGCAAATGCTACAACAAACACTCTTTAATATTAACTCATG-ATATAAAGACGCGCTCTCTCTTCCAGCTTTGCAAA--CATTGTGGT-CATCAGCT-TCAACACACAAAGAAGGTCCTTCTCTGG-TT-----TATGTC-----CG--GATATTTGTAAGTCC--TCAAAGTCATGAAAGTGTA------TC--AAAACTTAACA--C-A--CACATGACCGCA-ACTGCCTGCGCGA---ACGGTCATTACAGCTATGAGTGATGATGATGACAGTTTC------CAGTCACGCCAGATCA--TAGTTT-TGTCGCGG--GC-ATCGA-AGC--G-A-GGT-TC-GTTGA---AAACC--TA---A-TAA------CG--A-AA--TT--ATC---CGAGTCAAC-----AGAA------------AGC-GTTTCAGCTGAGC-CTCACGTTTG-TC-AACAATTAC-----AAATA-CAG-ACCG-T----TA---AC-----TACCTT----CGTCTGC--------------T-----AC-TG--TCAG---TTC----TTTGTCAGGCAGAT--TC-ATCTGCGTGTCC-----TCGATC--TGTCCTGTCTGTG----ATGATTT-C----CTAC-A---C-CTGA-CGACTGCCGCCCTG---TCT-TCAA-TGTTCCCCCACCTCAGTCAGTCTCTAT-----TA---AACTCCAATAATGTCCAACG--GAATATC-TTCAAA-ATTAAAGTCCTTTCAAACAACTGTC-TAC--T--TTTCAA-A----AA--TGAC-ACC-CATCACAACTGTTAGTGTAG---ACGTTGCG-GCG-CACCCCAAACAAAATTCCGCCAGAATTC-AAATT--ATC-AGATAATTTT------C--GC---AA-ATTAGAC--ATAAGGA-GAAGAGTTT-TCAA-TGAATAAACTTT-TAAAGA-AA-TGTA--T-----A-----TGGTC-----ATTGCT-T-ATAACT-TTGC-TGTTTT-------------AACG--TCC--TA-----A-TA-AT-TA---AA-AA----CA---GC-TCT--TC---A-TTC-A---GGGAAC-TTT-GTT--T-TGGTG--TT-TAATTCCGT-CATTTTTG--AAACGAA-----GCGTTTATG--TAG-GTCA-A-T--------------------A--T----G------------TA-----TGGA---TA---CA-TGTTG-CTAAC--ACAATTCA----------GCA-A-TGATTA-T---CGATACCAAAA-TGTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATATCTCGAGAA-ATC--AG-CT--TCATC-AACTGTC-T-T--AAATTTCAA-A----AAAGTGAC-ACCG-ATCACGACTGTTAGTGTA----ACGTTGCG--CG-C---CCGAAC----TTCCGCCTGAATTC-TAATT--ACC-AG-T--ATTT---------AC--AAGCATTAGAC--ATA---AGGAAGAGTTT-CTAATT-CATATACTTTAGAAAGA-AA----G--T-----A-----TTGTT-----TTTGTTAA-ATA--C--TGC---TTTT-------------AACGCATCC--TA-----ATTA-AT-TG---AA-GA-----A---GCATCT--TC---ATTAC-A---T-GAAC-TTTGGTC--T-TTGTGATTT-C-----CGTGCATTTT-----AACGAA-----GCG-TTATG--TGC-GTCA-A-C---------------AATTGA--TTTGAG------------TATTGGCTAGATTTTA---CA-TGTT--CTAAC--AC--ATCA----------GCA-A---GTTATT---CGAT-CCAAAA-
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ggaAGAATTC-AAATTTAATCTAA-T--CTTTATGCTTCTGGC--AAA-ATTAGAC--ATT---G-GAAGAGTTTATCAA-T-CATAA----T-TGAATG-AA-TA-A--TAAATAA-----TTGTCGTACGTTCTTT-A-GTG--A-TTAT-T-TTTTAGCTAGTGTTCAGAGCG--TCCTTTAGTTCTA-TA-AT-TA---AATTA----CATATGC-TCTCACC---ATTCT-ACATTGGATCTTTT-GTTAATGTGG-G--TTAT-----CGT--ACTTGTGGTAATCGAAAAAGTGCGCTTTTGATTAGTGGCAGA-CTAATATCTTGCGTTGAA---ATGT----G------------TA-----TCGG---TAAATCACTGTTGTCTAACAAATGAATCACGGATTGGTCGCA-ATTGCTCA-T---CGAT-CAAAAA-TGTAA
gi|12                         :                                                                                              ATAAATACCTATATGG--GGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATTTGTTGAAAA--GTAGATTACCGGTACT-ACTTTT-ACTAAGTA-TTAC-----------A---G-AAGTCTA------TT-A-A---T---AGAT-GAAATC--A-ACACCACAAAATATTT-TTATAAT-TTTATTTTTT-TCCTGTCAGTGGACTTTTGT-CAAAAATAAAAA-TATTTC-T-ATAAAACACCGTCTTACTTA-AGTATGGATGGGATGTTTTAAAAA-A------TGT----ATG--ACAA-AAACC-GGAG-A---AT-CCTATTGAGAGCG---T--AAGTAAAGGG-CATA-AAGTTTGCA-TCAT-CCGT--Aa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ccattgacatcccta-A------TGT----ATG--ACAA-AAACT-GGAG-C---AT-CC-----AG----------AACTACAAAC-CACA-AATAT---A-T------------------------ACA-G-AGAATCGC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGC-TCCATCTTCGCCTGATGT-ACTG-C-GGCAAT--------------ACT-TTC--A---ATTCA-T--TTC------------ATTTC-CCGTGGC-TTAttcactgatgcatatgacatgctctcca
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GCCCTCACGGCCATGAGCGAGGCTGGCATCGG-TTC------CAGTCCCGAAAAATGA--T-GTCCATGTCG-GG--GC-ACCGC-TGC--G-A-TTCTTCATTTTA---AAAAG--TA-CTACCAA------CA--T-A----T--ATCTCTCAAGTGAAC-----AG-A------------A
gi|15                         :       aTACATTT--ACATTACTTG-TTTTCTT-TATCACTAAC---AAAACCT-ATTAACGAGC-A-ATACG-TATCTCTTATCCTACTCCATAAATACCTATATGG--GGT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ---AACTCC-ATATTGTCC-ACG--ATATATCTTTCCAA-ATC--AGTCC--ACAAA-AACTGTCTT-C--C--TTTCAA-A----AA--TGAC-ACCGCATgt
gi|17                         :    TATTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTT-TCCTA-CA-TAAC---A----CT-ATTA-CGAGCAA-ATACA-------TTACC--ACTACAT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTAACACATGCACA-AAGGACGCACTCTCTCTTCCAGCTTTG-AAATCCATTGTGGTACA-CAGCTCTCAGC-----GAAAAGGTCCTTCTCTGGATT-----TATGTC-----CGATGATATTTGTAAGTCC--TCAA--T-------GTATA------TCA-AAAACCT-ACA--CAA--CGCAC--TCACA-A--GCCTGCGTGC---ACGGCCATCACAGCCATGAGTGATGC------CGGTTTC------CATTCACGCCAGATCA--T-CTTTATGTCG-GG--GC-ATCGA-AGC--GAA-GGTGTC-GTTGA---AAA-------CTA-TAA------GA--A-AAATCT--AT----CGAGTCAAC-----AG-AAC----------AGC-G-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TC-AACAATTAC-----AATTC-CAG-ACCG-T----CA---C------TACCTT----CGTCTGC--------------TAGGACCTATG--TCAG---TTC------T-TCAGGAAGAT--TC-ATCTGC--GTCC---------TC--TGTCCTGTCTGTGTGA-ATTATTTGC----CTAC-A---C-CTGA-CGAGTGCCGCCCTG---TCCTTC-A-TGTTCCCCCACCTCAG-T--CTT-TCTG----TT---AACTCCGAAATGTCC--ACG--AAATATCTCTCAAA-ATC--ATTCA--AC----AACTGTC-TGCAAC--TTTC-A-A----AA--TGAC-ACCGCATCACAACTGTTAGTGTA----ATATTGC--GCG-CACCCCAAAC----TTCCGCCAGAATTCAAAATT--ATC-AGTT--TTTT------T--GCAAAAA-ATTAGAC--ATA---A-GGAGAGTTT-TCAA-T-CATATACTTT-TAAAGA-AATTGTA--T-----A------TGTC-----TTCTTT-ATATA--C-TTGC-T-TTTT-------------AGCG--TCC--TA-----A-TA-AT-TA---AA--A----CA---GC-TCT--TC---ATTTC-A---TGGAAC-TTT-GTT--T-T-GTGT-TT-T-----CGT-CATTTT----GAACGAA-----GCG-TTATG--TGG-GTCA-A-CAATGTG---------AA---A--T----G------------TA-----TGGA---AA---CA-TGTTG-CTAAC--ACAATTCA----------GC--A-TGATTA-T---CGAT-CAAAAA-TG
gi|3                          : cctctTTTACATTT--GCAG-ACT-G-TTT-CTCTTA-TA-TAACCCAA----CTCACTG-TGAGC-A-ATACG-TAT---TTACG--ACT-CATAAATACCTATATGGA-GGTCAACAAAAGACACGG-TCA-CAGCCGT-CGT-ATGAA-TA-ATGTTGAAAAAAGTAG--TACCGGTACT---CTTT-ACTAAGTAATTACGAAGTGCAATTA---G-G--CCTA--------AAGA---TCTCAGAT-GAAAT---A-ACA-CACAAA-CATTT-TTATGAT-TTT-CTTTTTCTCCAGTC--TGGGCGTTC-T-CAAAA-CAAAAG-TATATCATAA--AAACACTGTCTTA-TTATTGTATGGATGGGCTGTT-----AA-AGGAAATTGTTTTAATG--ACAATAAACCTAGAG-C---AT-CC-----ACGGC----C--A----CAAAC-CACATAAGAT---A-TAAT-CCAT--AAAGAGGA--GTCAACATA-AGTATCGCATGTCCT-TTT-CAA-ACGTGCATTTATCTTCGCCTGTTGT-ACTAAC-A-CAATATGTGTTGT-ACACATT-TTC--ATTCATTCA-TTTTTCCCGTGGCTTAGAATTTCACCATCAG-TAAAAACTTCGTTG---CGTACA------A-TGGTAAAATTTCCGA------------------T---G--ATACATATCTACTTT-TAAAAAGGAATGAAAAAAACGTCTGGAATAAAAGC--AACG--CTTCTGT--CATG-AAACACAAACAA-CCAAAA-TT-CCAGG-TGGGAATTGG-ATGTAATGAAG-TCC--ATCCC-ACAAACGATATTATAAA--AT-CCAGAAGTTGA-ATTGTACATGT-CAATAAAA--GCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAAGTTCAGATC--CAAAaa
gi|4                          :     ATTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTTCTCCTA-TA-TAAC---A----CT-ATTA-TGAGC-A-ATACG-TAT---TTATC--ACT-CA-AAA---CTATATTG--GGTCAACAGA------GGGTCAACAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATGTTGAAAA--GTAGGTT-CCGGTACT-ACTTTT-ACTAAGTA-TTAC-----------A---G-A--TCTAAGTCTATTAA-GGCCT---AGG---------AA-ACA-CACAAAATTATT-TTATGAT-TTTATTTTT-CTCCCGTCAT-GGACTTTCAT-CAAAAA---AAA-TATATC-TA-TAAAACACTGACCTACTTATG-TATGGATGGGCTGTT-----AA-A------TGT----ATG--ACAA-AAACC-G-AG-C---AT-CC-----AG------------CCACAAAC-CACA-AAGAT---A-TCATCCCAT--AAAGAGGA---TCAACA-A-AGAATCAC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGC-TCTATCTTCGCCTGTTGT-ACTGCG-GGCAATATGTGTGGTAATA-ATCTTTC--A---ATTCATT--TTC------------ATTTC-CCGTGGCTTTAGAATTTCAC-----CAT-CATGTTGCG-TA----------C-ATCCCGGCGTACATGGGATT---C--ATTCATTTC-ACTTT-CAAAAGG--ATGAAAATGGT--CTGGAATAC--GCC--ACG--CTC--GT--CATG-AAACACAA-CAACA-AAAATTT-CCAGGGCGGAATTT---ATGTAATGAAGCTCC--ATCCG-ACAAACGAATTTATGAA--ATTCCAGGAAT-GAT-TGATACATGTCCAATAAAAATGCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAAA-TCAGATC--CAAATGCTACAg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 CA--T-GGCTATGTTA-GG--GC-ATCTA-AGCCCG-ATGGCGTC-TTTGA---AAACC--TAGCTA-TAAACATTATA--A-GG--TTGGATC---CGAGTCCACCTTTTAG-A------------AGCTG-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TCAAACAATTATCTATTATATC-CA--ACCACT----CA---CT-----TACCTT----CGTCTGC--------------T-----TT-TA--TCTA---TTC----TAT---ATATA-AT--TC-ACATGC--GTCC--------ATC--TG--CCGTCTGTGTTATATTATT-GC----CTACAATCTC-TTGAACCACTGTCGCCCTG---TCC-TC-A--GTTCCCCCATCTCAGCT--TCT-TATA----CACCTAACTCC-ATATTTCCTTATT--ATATATCTTTCCAA-ATC--AGTCC--ACAAA-AACTGTC-T-C--C--TTTCAATATATTAA--TGACTACCGCATCACAAA----AATGTAGTTAACG-TGTGTGCGACACTACAAAC----TTCTGCCAGAATTC-AAATG--ATC-AG-T--TTTT------C--GC--AAA-ATTAGACAAATT---A-TAAGAG-TT-TCAA-T-CATTAACTTT-TAGATA-TA-TAT---T-----ATTTATTTGTC-----TTTTTT-AGATA--C-TTGC-C-TTTT-------------AAC---TCC--TA-----A-TATAT-TA---TA-TATTTTCT---AT-TCT--TTTCAATGTC-A---TGACAC-TTT-GTT--T-TGGT---TT-T-----CGT-CA--TTTG--ACGCAGA-----GCGTTTAT---TAA-GTCA-ACC---------------AA---A--T----GTTTTATATATTTTA-----TGAA----A---CA-TGTTG-CTAACT-ATGAATCA----------TCATA-T--TTA-TATCTGAT-CAAAAACTGTAAc
gi|6                          :      TTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTTCTCC-A-CA-TAAC---A----CT---TA-CGAGC-ACATACGCTAT---TTAC---ACTGCA-AATTACCTATTTGA--GGTCAACAGA------G--TCA-CA-TTGTGCGTTATGAA-TTT-TGTTGAAAA--GTAGGTTACCGGTACTTACTTTT-ACTGAGTA-TTAC-----------ATAAGTA--TATA------TTAA-----T---AGATTGAAATC-AA-AC--CACAAAATATTT-TTTAGGTATTTATTTTTTCCTCAGTT----GACTTTC-T-CAAAAATAAAAA-TATTTC-TA-TAAAACACTGTCTTA-TTATG--ATGGATGGAATGTT-----ATTA------TGT----ATG--ACAA-AAACC-GGAGAC---AT-CC-----TGGCC----G--GAACACAAAT-CACA-AACAT---A-TCAT-CCAT--ACAGAGG---TTCTATA-T-AGAATCGC-T-TTCCATTTTCAACATATGC-TCCATCTCCGCCTGTTGT-ACTGC---GCAATGTGTGTG-T-ACA-ATC-TTTCAA---ATTCA-T--TT---------------TTC-CTGTGGC-T-AGCATTTCAC-----CAA-CA------G-T-----------C-A------------------T---T--ATTT-TTTC--CCCT-CAAAAAG--ATGAAAAT--C--CTGGAATA---GC-AAACG--------T--CATG-AAACACAA-CAA-A-AAAA-TT-CCAGG-TGG-AATTG--ATGTCATGAAGCTCT--ATACG-ACAAATGCATTTATGAA--ATTCCAGGA-----TGTGATACACAT-C-----------TCCA-----C-TGCT-TATGAGCAAA-ACAGATT--CAAATGCTAC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -GG--GC-ATC-A-AGC--G-A-GGCGTC-TTTGA---AAACC--TAGCTA-TAA------CATAA-AG--TT--ATC----GAGTCCAC-----AG-A------------AGC-G-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TCAAACAATTAC-----AAATC-CA--ACCC-T----CA---CT-----TACCTT----CGTCTGC--------------T-----TT-TA--TCG------------TT-TCAA-TA-AT--TC-ACATGC--GTCC--------ATC--T---CCGTCTGGAT-A--TTATT--C----CTACAA---CCTTGA-CCACTGTCGCCCTG---TCC-TC-A--GTTCCCCCATCTCAGCT--TCT-TATACACCTA---TACTCC-ATATTTCCTTACGTTATATATCTTTCCAATATC--AGTCC--ACAAA-AACTGTC-T-C--C--TTTCAA-A----AAA-TGAC-ACCGCATCACAAAAAT--GTGTTA---ACGTTGTG--CG-CACAC-AAAC----TTCTGCCAGAATTC-AAATG--ATC-AG-T--TTTT------C--GC--AAA-ATTAGAC--A-A---A-AAAGAG-TT-TCAA-T-CATTAACTTT-TAAGTATAA-TGTATTT-----A-----TTGTT-----ATTTTT-A-ATA--CTTTGCAT-TTTT-------------AAC---TCC--TA-----A-TA-ATATATATAT-TA----CA---TC-TTT--CA---ATGTCAA---TGACAC-TTT-GTT--T-TGGT---TT-T-----CGT-CA--TTTG--AA--GAG-----GCGTTTAT---TAA-GTCA-A-T---------------CC---A--T----G------------T------TGAA---TAT--TA-TGT
gi|8                          :    ttaTTACATTT--GCA--ACC-G-TTTTCTCCTA-CA-TAAC---A----CT-ACTA-CGAGC-A-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATATGG--G-TCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATATTGAAA---GTAGGTTACCGGTACT-ACTTTTTACTAAG-A-TTAC-----------A---G-AAGT-TA------TTAA-----T---AGAT-GAAATC-AACAC--CACAAAATATTT-------------------CTCCA-TCATTGGACTTTCATTCAAAAACAAAAAATATT-C-TA-TAAA-CACTGTCTTACTTATG-TATGGATGGGCTGTT-----AA-AA-----TGT----ATG---CAA-A----------C---AT-CC-----AGGGC----C--A----CAAAC-CACA-AAGAT---A-TCATGCCATCAAAAGAGGA--T-CTACA-G-AGAATAGC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGT-TCCATCTTCGCCTGTTGT-ACTGC--GGCAATATGTGTGGT-ACT-TTC-TTC--A---ATTCA-T--TTC------------ATTTC-CCGTGGC-TTAGAATTGCAC-----CAT-CA------GTTG----------C-G------------------TACATGGATTCATTTC-ACTTT-CAAAAGG--ATAAAAATGGT--TTGGAATAC--G-CAAACG--CTC--AT--TATG-AAACACAA-CAA-A-CAAA-TTACAAGGGTGGAAAaaatgtgaaacatg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ataTCCTTCG-TGGATTGTCCTTAAGTCGCGATTGATGACATCTGTAAGTCCCATCCA--T-------GTATAATTTTTCCATATAACTT-AGATCTAAATCGCAC--TTCCACA--GCCTGCGTGCCCGACGCCCA-CACGGCC-T---CGGAGCTGATG-CGGTTTCCTATTACAGTTGTCCAGGATCATTT-CTCTATGTCG-GGTTGCAATCAATAGT--G-T-GAGGTG-TTTGAATCAAACCGATAG-TA-TGA------AA--ACAG--CT--------CAAGTC-AC-----AG-ACATCAGTTTTTCAAC-GCTTCTG-AGAGTCTTCA-ATTTGTTCCACCCATTAC-----AACTCTCAGAACTG-TTCTCCAGTCCTTTCGGTACCCTTCTGCATCTGCTATGGTTTCCGTCTT-----AT-TGTTTCAGCTATTCTTCTTTT-TCATGCGCATCATCTATCTGC--GTCCTGTAGTC-ATCAATGTCGTG---GTGA-A-TTTATTTGCTGCGCTAC-A---C-TTGA-CGAGTGCCG-CCTGTCATCT-TC-ATCGCTCCTC


blockSeqs                     :               .    TT   T .          T  C    AAAAC     C    A     A C     C   CTC    CCT   C  T              A           AGACAC  G   A           T     .   T         AA    A           T      T        A    GAAGTGCAATTAGGCCTAAAGATCTC                     T A   CA  C  AC            .       A   A     TC       AGT        G T      TA    A      A  A               C     G          A    TTAAA  T GGAAAT   TTTA   .     T     T    A .    .  TATTGAGAGCGTAAGT           .    T     TGC .    C    CA A     AGTCA     TA         A G C      T   C      A                  .    AC       A     TGTACAC    T   ATTC       TTT    CCGTGGCTTAGA     A C     T T          CATCATGTTGCGTACATCCCGGCGTACATGGGATTC                           A    TA    .       GA        A  GT        AAAGC      CTTCTGT        .        A   CC     T  A     G   G    GG     A      C   .     C                  .   T      GTTGAA     A     C A      AT      .     A    .          TT  G   .                                  A    C   .                           .   TC         A  .     C     .                  C   A  GTCCT      GCGAT  A                CA    TGTATAATTTTTCCAT                .   TCTAAAT     .   A  CA            CCG       T       A G     G  T GCAT   T   CTATTA     C   A      TT .          .  TT  A   AAT   CC AA    T  A     ATC   CCGA  GC  C   ACATTATAAGGTTGGATC              A  CTTTT  . CATCAGTTTTTC   T C     .    TC    T     T  A         CTATT  T  T  GA    C TCTCCAGTCCTTTCGG      TCTG       TATGGTTTCCGTCTTATTGTTTCAGCTATTCTTCTTTTTCATGCGC         CA  T      .     TGTAGTC    AA  T          TTATA     TGCTGCG    AATCT C    A              TCA   T  . TC               CT     .   ACACCTA         G        TT   TT T         G  T   .      .      .       T GCAAC        T TATT  AG    T             T  T      GTTA        TG  A   C      .                 A     TA   T  TT      ATGCTTCTG  AA   C       AA   AG         T  A    T .          A    G T  TAATAAATAA              GTACG      AA    CT      AT     AGCTAGTGTTCAG   GCA   TT  GTTCT T  T  A  AATTACATAT         A   TTTCA       A CAT      T   G   AA G T  GAT  AT        G  T   TGGT  A    AAAGT   C    GAT   T    G CTAATATCTTGCGTTGAAATGTGTATCGGTAAAT                              C     T     AA  G A   CGGATTGGTCGCAATTGC    T ATC    .      C
blockSeqs                     :               .    G    . .          .  .    CCAA      .    .     . .     .   .      C     A  T              .           .       .   .           .     .   A         .     G           .      .        .    AGATCTAAGTCTATTAAGGCCT                         . A   CA  .  A             .       .   A     TC       ATT        A .      CA    .      .  A               C     G          C    .      . A        .      .     .     .    . .    .  TGGCCGGAAC                 .    .     .   .    G    .  A     ATCA      G          . . C      .   .      .                  .    CG       A     GGTAATA    .   CAA        TT     .                . C     . A          TGCGTACAATGGTAAAATTTCCGATG                                     A    A     .       .         G  .         CGCC       CTCGT          .        .   CA     .  .     G   A    G      A      C   .     G                  .   T      ATGAT      A     . A      .       .     A    .          T   G   .                                                                                                                        .   A  .          .      A                .     TGTATATCA                       .   CAA         .   C  A             .         T       A G     T  T ATG    T   .          A   C      .  .          .  .   .   GC    .  AT    G  .     .     AG    GC  .   CATAAAGTTATC                    A  .      . AC             . .     .    .     T     .  A         .      A  .  G     . CACT                  .          TAGGACCTATGTCAGTTCTTCAGGAAG                            .   .      .     .          .   T          TGAA      TGC        AA    .    .              .     .  . T                CT     .   ACACCT          .        TT   .  A         C  .   .      .      .       . TAAA         . .     A     .             T  T      A           G   .   T      .                 .     .    .  T       T          .    .       .    G          T  .    . .          .    T .  TATTATTTAT              .          AT    C       T      .               G     .   .     .  .  .  TATATTTTCT         .   CACC        . .        .   .   .  . G  GT   C         .  C   TG    T    .       T    G     .    . CAATTGATTTGAGTATTGGCTAGATTTTA                                   .     .     T   A A   GCATGA                . .      .      .
blockSeqs                     :               .    .    . .          .  .    A         .    .     . .     .   .      G     G  T              .           .       .   .           .     .   A         .     G           .      .        .    ATAAGTATATATTAAT                               . A   C   .  A             .       .   A     T        AT         A .      TA    .      .  .               C     .          C    .      . .        .      .     .     .    . .    .  ACGGCCA                    .    .     .   .    .    .  C     TTCT      A          . . C      .   .      .                  .    C        G     GGTACT     .   A          T      .                . C     . T          CATCAGTTGCGTACATGG                                             A    A     .       .         G  .         CGCA       CTCAT          .        .   A      .  .     .   A    .      C      .   .     G                  .   .      TG         A     . .      .       .     .    .          A   G   .                                                                                                                                                                                                                                                       .       . .     A  . .      .   .          G   A      .  .          .  .   .   GA    .  A     G  .     .     CC    C   .   CATATATCTCT                     C  .      . .              . .     .    .     T     .  C         .      A  .  .     . CACT                  .          TTTTATCTATTCTATATATA                                   .   .      .     .          .   .          AAT       GC         A     .    .              .     .  . .                T      .   GTT             .        C    .  T         A  .   .      .      .       . CC           . .     .     .             A  .      .           .   .   A      .                 .     .    .  T       C          .    .       .    A          T  .    . .          .    G .  TGTATTTA                .          AG    A       T      .               G     .   .     .  .  .  TATATTACA          .   TC          . .        .   .   .  . G  G    T         .  T   TG    A    .       T    G     .    . CCAAATGTTTTATATATTTTATGAAA                                      .     .     .   G T   TCATAT                . .      .      .
blockSeqs                     :               .    .    . .          .  .    A         .    .     . .     .   .      C     G  T              .           .       .   .           .     .   A         .     G           .      .        .    AGAAGTCTATTAAT                                 . A   A   .  .             .       .   .     C        T          . .      CA    .      .  .               .     .          A    .      . .        .      .     .     .    . .    .  AGGGCCA                    .    .     .   .    .    .  A     ATCT      T          . . T      .   .      .                  .    C        A     GTACA      .   A          T      .                . T     . T          CAACAGTCATT                                                    .    .     .       .         .  .         GCA        T              .        .   A      .  .     .   .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        .  .          .  .   .   TA    .  A     G  .     .     CC    C   .   GAAAAATCTAT                     C  .      . .              . .     .    .     .     .  .         .      C  .  .     . CAC                   .          TTTTATCGTTTCAATA                                       .   .      .     .          .   .          TA        C          A     .    .              .     .  . .                                           .        .    .  T         C  .   .      .      .       . CC           . .     .     .             .  .      .           .   .   .      .                 .     .    .  T       C          .    .       .    A          .  .    . .          .    T .  TTGTATA                 .          A     C       C      .               .     .   .     .  .  .  AAGAA              .   TC          . .        .   .   .  . G  .    T         .  .   .     G    .       .    .     .    . CAATGTGAAATGTATGGAAA                                            .     .     .   . A   GCAAG                 . .      .      .
blockSeqs                     :               .    .    . .          .  .    A         .    .     . .     .   .      C     .  T              .           .       .   .           .     .   .         .     .           .      .        .    AGAAGTTATTAAT                                  . .   .   .  .             .       .   .     C        .          . .      .     .      .  .               .     .          C    .      . .        .      .     .     .    . .    .  AGAACT                     .    .     .   .    .    .  .     .         G          . . C      .   .      .                  .    C        .     .          .   A          T      .                . C     . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .  .   .   A     .  T     G  .     .     .     G   .   AAACAGCT                        .  .      . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             C  .   .      .      .       . CC           . .     .     .                                                                    .     .    .  T       .          .    .       .    A          .  .    . .          .    T .  GTA                     .          A     C       .      .               .     .   .     .  .  .  AAACA              .   CA          . .        .   .   .  . .  .    T         .  .   .     .    .       .    .     .    . TCCATGTTGAATAT                                                  .                                                            
blockSeqs                     :               .    .    . .          .  .    A         .    .     . .     .   .      .     .  .              .                                                                                                                                                                                                                                                                                    . .        .      .     .     .    . .    .  AGCC                       .    .     .   .    .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                
blockSeqs                     :                                                                                               .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     


blockSeqCons                  :               **                                                                                             **                                                                                             AGAAGTCTATTAAT*****************************          CA*                                    C*                           CA                                                                             **                 ***     AGGGCCG**************                               **       ATCT***   G**                                                      C**            GGTACN**                  T***   ************                                                                                                                                   GC*****    CTCGT******                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           C*      NATAAAGCTATC**************                                              **                                    G*                                                                                                         **    ********                  TAA**     GC*****                                         T*                                                                            **     **               CC*****                                            G***        **             ****                            T***                                 A****                                     TGTATTA************                AN*   C***    T**                    G**                      AAATTACA*********                                             G**  T******          TG**                    G**                                                                                                GCATGC*************
originalCons                  :    TATTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTTCTCCTA-CA-TAAC---A----CT-ATTA-CGAGC-A-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATATGG--GGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATGTTGAAAA--GTAGGTTACCGGTACT-ACTTTT-ACTAAGTA-TTAC-----------A---G-A--TCTA------TTAA-A---T---AGAT-GAAATC-AA-ACA-CACAAAATATTT-TTATGAT-TTTATTTTTTCTCCAGTCATTGGACTTTCGT-CAAAAATAAAAA-TATTTC-TAATAAAACACTGTCTTACTTATGGTATGGATGGGNTGTT-----AA-A------TGT----ATG--ACAA-AAACC-GGAG-C---AT-CC-----AGGGC----C--AACCACAAAC-CACA-AAGAT---A-TCAT-CCAT--AAAGAGGA--TTCAACA-A-AGAATCGC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGC-TCCATCTTCGCCTGTTGT-ACTGCC-GGCAATATGTGTGGT-ACA-ATC-TTC--A---ATTCA-T--TTC------------ATTTC-CCGTGGC-TTAGAATTTCAC-----CAT-CA------G-TG----------C-A------------------T---T--ATTCATTTC-ACTTT-CAAAAGG--ATGAAAATGGC--CTGGAATAC--GCCAAACG--CTC--GT--CATG-AAACACAA-CAA-A-AAAA-TT-CCAGGGTGGGAATTGG-ATGTNATGAAGCTCC--ATCCG-ACAAACGAATTTATGAA--ATTCCAGGAGT-GATATGGTACACGT-CAATAAAAATGCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAAA-NCAGATC--CAAATGCTACAACAAACACTCTTTAATATTAACNCATGCACATAAGGACGCGCTCTCTCTTCCAGCTTTGCAAATCCATTGTGGTACATCAGCTCTCAGCACACAGAGAAGGTCCTTCTCTGGATT-----TATGTC-----CGATGATATTTGTAAGTCC--TCAA--T-------GTATA------TCA-AAAACTT-ACA--CAA--CGCAC--TCGCA-A--GCCTGCGCGC---ACGGCCATCACGGCCATGAGCGANGCTGACG-CGGTTTC------CAGTCGCGCNAGATCA--T-GTCTATGTCG-GG--GC-ATCGA-AGC--G-A-GGCGTC-TTTGA---AAACC--TAGCTA-TAA------CA--A-AG--TT--ATC---CGAGTCAAC-----AG-A------------AGC-G-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TCAAACAATTAC-----AAATC-CAG-ACCG-T----CA---CT-----TACCTT----CGTCTGC--------------T-----NT-TG--TCAG---TTC----TTT-TCANGCAGAT--TC-ATCTGC--GTCC-----TC-ATC--TGTCCCGTCTGTGT-A-ATTATTTGC----CTACAA---C-TTGA-CGACTGCCGCCCTG---TCC-TC-A-CGTTCCCCCACCTCAGCT--TCT-TATA----TA---AACTCC-ATATTTCCCTACG--ATATATCTTTCNAA-ATC--AGTCC--ACAAA-AACTGTC-T-C--C--TTTCAA-A----AA--TGAC-ACCGCATCACAACTGTTAGTGTAG---ACGTTGCG-GCG-CACCCCAAAC----TTCCGCCAGAATTC-AAATT--ATC-AG-T--TTTT------C--GC--AAA-ATTAGAC--ATA---A-GAAGAGTTT-TCAA-T-CATAAACTTT-TAAANA-AA-TGTA--T-----A-----TTGTC-----TTTTTT-A-ATA--C-TTGC-T-TTTT-------------AACG--TCC--TA-----A-TA-AT-TA---AA-TA----CA---GC-TCT--TC---ATTTC-A---TGGAAC-TTT-GTT--T-TGGTG--TT-T-----CGT-CATTTTTG--AAACGAA-----GCGTTTATG--TAG-GTCA-A-C---------------AA---A--T----G------------TA-----TGGA---TA---CA-TGTTG-CTAAC--ACGAATCA----------GCA-A-TGATTA-T---CGAT-CAAAAA-TGTAA
finalCons                     :    TATTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTTCTCCTA-CA-TAAC---A----CT-ATTA-CGAGC-A-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATATGG--GGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATGTTGAAAA--GTAGGTTACCGGTACT-ACTTTT-ACTAAGTA-TTACAGAAGTCTATTAAT-----------------------------AGAT-GAAATCA-A-ACA-CACAAAATATTT-TTATGAT-TTTATTTTTC-TCCAGTCATTGGACTTTCGT-CAAAAACAAAAA-TATTTC-TAATAAAACACTGTCTTACTTATGGTATGGATGGGNTGTT-----AA-A------TGT----ATG--ACAA-AAACC-GGAG-C---AT-CCAGGGCCG--------------ACAAAC-CACA-AAGAT---A-TCAT-CCAT--AAAGAGGATCT---ACAG--AGAATCGC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGC-TCCATCTTCGCCTGTTGT-ACTGC--GGCAATATGTGTGGTACN--ATC-TTC--A---ATTCAT---TTC------------ATTTC-CCGTGGC-TTAGAATTTCAC-----CAT-CA------G-TG----------C-A------------------T---T--ATTCATTTC-ACTTT-CAAAAGG--ATGAAAATGGC--CTGGAATAGC-----AACGCTCGT------CATG-AAACACAA-CAA-A-AAAA-TT-CCAGGGTGGGAATTGG-ATGTNATGAAGCTCC--ATCCG-ACAAACGAATTTATGAA--ATTCCAGGAGT-GATATGGTACACGT-CAATAAAAATGCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAAA-NCAGATC--CAAATGCTACAACAAACACTCTTTAATATTAACNCATGCACATAAGGACGCGCTCTCTCTTCCAGCTTTGCAAATCCATTGTGGTACATCAGCTCTCAGCACACAGAGAAGGTCCTTCTCTGGATT-----TATGTC-----CGATGATATTTGTAAGTCC--TCAA--T-------GTATA------TCA-AAAACTT-ACA--CAA--CGCAC--TCGCA-A--GCCTGCGCGC---ACGGCCATCACGGCCATGAGCGANGCTGACG-CGGTTTC------CAGTCGCGCNAGATCA--T-GTCTATGTCG-GG--GC-ATCGA-AGC--G-A-GGCGTC-TTTGA---AAACC--TAC-TA-TAANATAAAGCTATC--------------CGAGTCAAC-----AG-A------------AGC-G-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TCAAACAATTAC-----AAATC-CAG-ACCG-T----CA---CT-----TACCTT----CGTCTGC--------------T-----NT-TG--TCAG---TTC----TTT-TCANGCAGAT--TC-ATCTGC--GTCC--------ATC--TGTCCCGTCTGTGTAA--TTATTGC-----CTACAA---C-TTGA-CGACTGCCGCCCTG---TCC-TC-AT-GTTCCCCCACCTCAGCT--TCT-TATA----TA---AACTCC-ATATTTCCCTACG--ATATATCTTTCNAA-ATC--AGTCC--ACAAA-AACTGTC-TCC-----TTTCAA-A----AA--TGAC-ACCGCATCACAACTGTTAGTGTAG---ACGTTGCG--CG-CACCCCAAAC----TTCCGCCAGAATTC-AAATT--ATC-AGT---TTTT------C--GC--AAA-ATTAGAC--ATAA----GAAGAGTTT-TCAA-T-CATAAACTTT-TAAANA-AATGTATTA------------TTGTC-----TTTTTTAN-ATAC---TTGCT--TTTT-------------AACG--TCC--TA-----A-TA-AT-TAAAATTACA---------GC-TCT--TC---ATTTC-A---TGGAAC-TTT-GTT--T-TGGTG--TTT------CGT-CATTTTTG--AAACGAA-----GCGTTTATG--TAG-GTCA-A-C---------------AA---A--T----G------------TA-----TGGA---TA---CA-TGTTG-CTAAC--ACGAATCAGCATGC-------------TTA-T---CGAT-CAAAAA-TGTAA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                    
lowQualScore                  :                    11                1       11111111                         111          1                 11          111111                                                                                1111            444444444444444444                22                                   11             1                        1                     1               11111    222222   1111                      111           44444444     22222222                      11       111111111                                                            11                  1111      111111     1111   444444444444                          33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333                       11           11        333  11    11   11  11                 111       1     1        222               11    11                 11         2222222          1        11      22222      1          11      11                                      1   1                           1   11         1  1     1     22222                     33333      33333                   11    5555555555     333333     1     1    333333     11     2222          222                            2222       222222                11                                               111         11      2222222      22222         11111    444444444444     1          11             1         22222        11      3333333333333333      1111       66666666666666666666666666666666666666666666666666666  11         11   333333333333  11             3333    1    1111    33333                    111        11               1111   1   3333333333      1        11   11                                          2222222         1111                                2222                       1111                            1111    222222222                    11111                               111  22222222222222222     22222            1    111    3333333333333   111       11111             44444444444444444                  111                      222  1111111          1111       11111        111          11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111              11        3333333333    11111     111                 
lowQualScore                  :               77   33   5 5          1  5    33333333  5    5     5 5     5   000    888   0  3              33          999999  6   6           6     6   7         99    1           6      6        6       4444   99   99  111111111111111111    6   3 55 6  00            6       6    6     3   00   3         4 6      99    6      6  5               9     5          1    66666  5 222222   2222   77    5     5 0  5 000  5    1   00000000     44444444    6      6 2  6  6  55 3     999999999   6         6 6 1      6   6      6                  6     55 1          99 6  7777  6   111111     5555   333333333333     6 1     6 3          99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999    6    88    8       11        3  11        888  99    11   11  11    8        8   111    8  6     0   6    111    1      2   33    00                 33 3       0000000    3   0 0 3      22      55555 9    0          11  2   33                                 1    5   5                           5   88         5  5     5     66666              6   7  33333      33333  7                88    2222222222     888888  7  3     3    555555     88  3  2222       0  333       3       3 2     1  3 5555   3   888888     4   1      11 8    0     6  99  6   666   99 888   2  6     111     99  55  6   1111111   1  66666      7  66666  6 333333333333   8 6     8    99    3     8  5         00000  1  8  88    8 4444444444444444      7777       77777777777777777777777777777777777777777777777777777  11  8      11   000000000000  11  5    0     5555    6  5 7777    33333     8              444   8  8 88               5555   0   4444444444      6     0  77   11 1         1  6   99     99     6       6 1111111    6  6 4444  99    6             6  5      7777    8   8   8 55       7777              6     99   6  3333    999999999  99   6       99   11111      7  6    6 6              111  88888888888888888     33333       7    3    555    6666666666666   555   99  66666 6  6  6 88  88888888888888888  6   99  6     6 111      6   6   99 6 2  222  6666666   6  9   4444  6    66666   9    555   6    6 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444  6     8     99  6 1   5555555555  8 33333   8 444    8 0    8     
lowQualScore                  :               ..   ..   . .          .  .    ........  .    .     . .     .   ...    ...   .  .              ..          ......  .   .           .     .   .         ..    .           .      .        .       ....   ..   ..  ..................    .   . .. .  ..            .       .    .     .   ..   .         . .      ..    .      .  .               .     .          .    .....  . ......   ....   ..    .     . .  . ...  .    .   ........     ........    .      . .  .  .  .. .     .........   .         . . .      .   .      .                  .     .. .          .. .  ....  .   ......     ....   ............     . .     . .          ...........................................................    .    ..    .       ..        .  ..        ...  ..    ..   ..  ..    .        .   ...    .  .     .   .    ...    .      .   ..    ..                 .. .       .......    .   . . .      ..      ..... .    .          ..  .   ..                                 .    .   .                           .   ..         .  .     .     .....              .   .  .....      .....  .                ..    ..........     ......  .  .     .    ......     ..  .  ....       .  ...       .       . .     .  . ....   .   ......     .   .      .. .    .     .  ..  .   ...   .. ...   .  .     ...     ..  ..  .   .......   .  .....      .  .....  . ............   . .     .    ..    .     .  .         .....  .  .  ..    . ................      ....       .....................................................  ..  .      ..   ............  ..  .    .     ....    .  . ....    .....     .              ...   .  . ..               ....   .   ..........      .     .  ..   .. .         .  .   ..     ..     .       . .......    .  . ....  ..    .             .  .      ....    .   .   . ..       ....              .     ..   .  ....    .........  ..   .       ..   .....      .  .    . .              ...  .................     .....       .    .    ...    .............   ...   ..  ..... .  .  . ..  .................  .   ..  .     . ...      .   .   .. . .  ...  .......   .  .   ....  .    .....   .    ...   .    . ..............................................................  .     .     ..  . .   ..........  . .....   . ...    . .    .     
lowQualScore                  :               99   66   7 7          4  7    11111111  7    7     7 7     7   000    666   1  2              66          222222  7   7           7     7   8         22    0           7      7        7       2222   22   22  222222222222222222    7   2 77 7  77            7       7    7     7   00   0         7 7      55    7      7  5               3     0          0    77777  7 111111   1111   99    7     7 7  7 000  7    0   22222222     22222222    7      7 5  7  7  88 0     888888888   7         7 7 0      7   7      7                  7     88 0          22 7  8888  7   888888     0000   333333333333     7 0     7 5          44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444    0    88    0       00        2  00        000  00    00   00  00    0        0   888    0  0     0   4    222    0      5   88    22                 88 2       8888888    2   2 0 2      22      00000 2    0          00  5   88                                 0    0   5                           0   00         5  5     0     55555              7   3  33333      33333  3                33    7777777777     333333  3  3     3    000000     33  7  7777       7  333       2       2 5     0  2 2222   2   888888     2   0      00 0    8     7  22  7   888   22 777   5  7     777     22  88  7   8888888   0  55555      2  77777  7 333333333333   0 0     0    00    8     0  4         00000  0  0  00    0 0000000000000000      0000       44444444444444444444444444444444444444444444444444444  00  0      00   888888888888  00  6    8     6666    0  0 0000    44444     0              000   0  0 66               0000   0   5555555555      0     6  22   00 4         0  7   22     22     7       7 2222222    7  7 2222  22    7             0  6      2222    0   0   0 88       0000              7     22   7  5555    333333333  22   7       22   88888      3  7    7 7              888  22222222222222222     33333       5    3    000    7777777777777   888   22  77777 7  7  7 33  55555555555555555  7   22  7     7 777      7   7   22 7 5  555  8888888   7  8   8888  0    77777   8    888   7    7 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222  7     0     00  4 4   0000000000  0 66666   0 000    0 6    0     
consensus                     :    TATTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTTCTCCTA-CA-TAAC---A----CT-ATTA-CGAGC-A-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATATGG--GGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATGTTGAAAA--GTAGGTTACCGGTACT-ACTTTT-ACTAAGTA-TTACAGA----AGT-CTAT--TA---------A----T---AGAT-GAAATCAA-ACA-CACAAAATATTT-TTATGAT-TTTA-TTTTTCTCCAGTCATTGGACTTTCGT-CAAAAATAAAAA-TATTTC-TAATAAAACACTGTCTTACTTATGGTATGGATGGGNTGTT-----AA-A------TGT----ATG--ACAA-AAACC-GGAG-C---AT-CCAGGGCC-----A--CAAAC--------CACA-AAGATA-TCAT-CC-AT--AAAGAGG-A-TCT---ACA-GAGAATCGC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGC-TCCATCTTCGCCTGTTGT-ACTGC--GGCAATATGTGTGGT-AC-N-ATC-TTC--A---ATTCA-T--TTC------------ATTTC-CCGTGGC-TTAGAATTTCAC-----CAT-CA------G-TG----------C-A------------------T---T--ATTCATTTC-ACTTT-CAAAAGG--ATGAAAATGGC--CTGGAATAC--GC--AACG--CTC--GT--CATG-AAACACAA-CAA-A-AAAA-TT-CCAGGGTGGGAATTGG-ATGTNATGAAGCTCC--ATCCG-ACAAACGAATTTATGAA--ATTCCAGGAG-TGATATGGTACACGT-CAATAAAAATGCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAAA-NCAGATC--CAAATGCTACAACAAACACTCTTTAATATTAACNCATGCACATAAGGACGCGCTCTCTCTTCCAGCTTTGCAAATCCATTGTGGTACATCAGCTCTCAGCACACAGAGAAGGTCCTTCTCTGGATT-----TATGTC-----CGATGATATTTGTAAGTCC--TCAA--T-------GTATA------TCAAA-AACTT-ACAC---AA-CGCAC--TCGCA-A--GCCTGCGCGC---ACGGCCATCACGGCCATGAGCGANGCTGACG-CGGTTTC------CAGTCGCGCNAGATCA--T-GTCTATGTCG-GG--GC-ATCGA-AGC--G-A-GGCGTC-TTTGA---AAACC--TA-CTA-TAAN----ATAAAGCT--AT-CGAGTCAAC-----AG-A------------AGC-G-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TCAAACAATTAC-----AAATC-CAG-ACCG-T----CA---CT-----TACCTT----CGTCTGC--------------T-----NT-TG--TCAG---TTC----TTT-TCANGCAGAT--TC-ATCTGC--GTC-------C---ATC--TGTCCCGTCTGTGT-A-ATTATTTGC----CTACAA---CTTGA-CGACTGCCGCCCTG---TCC-TC-AT-GTTCCCCCACCTCAGCT--TCT-TATA----TA---AACTCC-ATATTTCCCTACG--ATATATCTTTCNAA-ATC--AGTCC--ACAAA-AACTGTC-T-C--C--TTTC-AA-A----AA--TGAC-ACCGCATCACAACTGTTAGTGTAG---ACGT-TGC-GCG-CACCCCAAAC----TTCCGCCAGAATTC-AAATT--ATC-AG-T--TTTT------C--GC--AAA-ATTAGAC--ATA---A-GAAGAGTTT-TCAA-T-CATAAACTTTTAAANA-AA-T-GT--A-TTA-----TTGTC-----TTTTTTANATAC-TTGC-T-TTTT-------------AACG--TCC--TA-----A-TA-AT-TA-AA--------ATTACA---GC-TCT--TC-ATTTC-A---TGGAAC-TTT-GTT--T-TGGTG--TT-T-----CGT-CATTTTTG--AAACGAA-----GCGTTTATG--TAG-GTCA-A-C---------------AA---A--T----G------------TA-----TGGA---TA---CA-TGTTG-CTAAC--ACGAATCA----------GC-A--TGNTTA-T---CGAT-CAAAAA-TGTAA
Reference ( family-367 )      :    TATTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTTCTCCTA-CA-TAAC---A----CT-ATTA-CGAGC-A-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATATGG--GGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATGTTGAAAA--GTAGGTTACCGGTACT-ACTTTT-ACTAAGTA-TTACAGA----AGT-CTAT--TA---------A----T---AGAT-GAAATCAA-ACA-CACAAAATATTT-TTATGAT-TTTA-TTTTTCTCCAGTCATTGGACTTTCGT-CAAAAACAAAAA-TATTTC-TAATAAAACACTGTCTTACTTATGGTATGGATGGGNTGTT-----AA-A------TGT----ATG--ACAA-AAACC-GGAG-C---AT-CCAGGGCCG----A--CAAAC--------CACA-AAGATA-TCAT-CC-AT--AAAGAGG-A-TCT---ACA-GAGAATCGC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGC-TCCATCTTCGCCTGTTGT-ACTGC--GGCAATATGTGTGGT-AC-N-ATC-TTC--A---ATTCA-T--TTC------------ATTTC-CCGTGGC-TTAGAATTTCAC-----CAT-CA------G-TG----------C-A------------------T---T--ATTCATTTC-ACTTT-CAAAAGG--ATGAAAATGGC--CTGGAATA---GC--AACG--CTC--GT--CATG-AAACACAA-CAA-A-AAAA-TT-CCAGGGTGGGAATTGG-ATGTNATGAAGCTCC--ATCCG-ACAAACGAATTTATGAA--ATTCCAGGAG-TGATATGGTACACGT-CAATAAAAATGCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAAA-NCAGATC--CAAATGCTACAACAAACACTCTTTAATATTAACNCATGCACATAAGGACGCGCTCTCTCTTCCAGCTTTGCAAATCCATTGTGGTACATCAGCTCTCAGCACACAGAGAAGGTCCTTCTCTGGATT-----TATGTC-----CGATGATATTTGTAAGTCC--TCAA--T-------GTATA------TCAAA-AACTT-ACAC---AA-CGCAC--TCGCA-A--GCCTGCGCGC---ACGGCCATCACGGCCATGAGCGANGCTGACG-CGGTTTC------CAGTCGCGCNAGATCA--T-GTCTATGTCG-GG--GC-ATCGA-AGC--G-A-GGCGTC-TTTGA---AAACC--TA-CTA-TAAN----ATAAAGCT--ATCCGAGTCAAC-----AG-A------------AGC-G-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TCAAACAATTAC-----AAATC-CAG-ACCG-T----CA---CT-----TACCTT----CGTCTGC--------------T-----NT-TG--TCAG---TTC----TTT-TCANGCAGAT--TC-ATCTGC--GTC-------C---ATC--TGTCCCGTCTGTGT-A-ATTA-TTGC----CTACAA---CTTGA-CGACTGCCGCCCTG---TCC-TC-AT-GTTCCCCCACCTCAGCT--TCT-TATA----TA---AACTCC-ATATTTCCCTACG--ATATATCTTTCNAA-ATC--AGTCC--ACAAA-AACTGTC-T-C--C--TTTC-AA-A----AA--TGAC-ACCGCATCACAACTGTTAGTGTAG---ACGT-TGC-GCG-CACCCCAAAC----TTCCGCCAGAATTC-AAATT--ATC-AG-T--TTTT------C--GC--AAA-ATTAGAC--ATA---A-GAAGAGTTT-TCAA-T-CATAAACTTTTAAANA-AA-T-GT--A-TTA-----TTGTC-----TTTTTTANATAC-TTGC-T-TTTT-------------AACG--TCC--TA-----A-TA-AT-TA-AA--------ATTACA---GC-TCT--TC-ATTTC-A---TGGAAC-TTT-GTT--T-TGGTG--TT-T-----CGT-CATTTTTG--AAACGAA-----GCGTTTATG--TAG-GTCA-A-C---------------AA---A--T----G------------TA-----TGGA---TA---CA-TGTTG-CTAAC--ACGAATCA----------GC-A--TGCTTA-T---CGAT-CAAAAA-TGTAA
gi|1                          :    TATTTACATTTTTGCA--ACT-GCTTTTCTCCTAACA-TAAC---A----CT-ATTA-GAGGC-A-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATATGGAGGGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGC-ATGAAGTATTTGTTGAAAA--AGAGGTAACCG-TACT-ACTTTT-ACTAAGT--TTACAG-------T-CTAT--TA---------AA---T---AGAT-GAA-TCAA-AAAACACAAAATATTTATTATGAT-TTTATTTTTTTTCCAGTCATTGGACTTTCAT-CAAAAAT-AAAA-TATTTC-TAATAAAACACTGTCTTATTTATGGTATGGATGGGATGTT-----AA-A------TGT----ATGACACAA-AAACC-GGAG-CAAAATGCCAGGGCGG----GGCCAAACCACAATTGCACA-AAGATATTCAT-CC-ATC-ACAGAGGAA-TTTTAAAAA-GAGAATCGC-T-T-CTATTT-CAA-ATGTGC-TCCATCTTCGCCTTCTGTAACTGCCGGGCAATGTGTGT-GT-ACAG-ATC-TTC--A---ATTCA----TTCAA----------ATTTC-C--TGGC-TTAGAATTCCACGTAGGCAT-CA--------T-----------C-A------------------T---T--ATTTTTTTC-ACTTTCCAAAAGG--ATGAAAATGGC--CTGGAATAC--GCCAAACGAATTC--GTCCCATGAAAACACAA-CAA-A-AAAA-TTCCCAGGGTGGGAATTGGAATGTCATGAAGCTCCCAATCCACCCAAACGAATTTCTGAAACATTCCAGAAG-TGGTATGGT---CCT-CAATAAAAATGCTTCACTGCGCCTGCTGGATGAACAAA-ACA-ATCGGCAAATGCTACAACAAACACTCTTTAATATTAACTCATG-ATATAAAGACGCGCTCTCTCTTCCAGCTTTGCAAA--CATTGTGGT-CATCAGCT-TCAACACACAAAGAAGGTCCTTCTCTGG-TT-----TATGTC-----CG--GATATTTGTAAGTCC--TCAAAGTCATGAAAGTGTA------TC-AA-AACTTAACAC----A-CACATGACCGCA-ACTGCCTGCGCGA---ACGGTCATTACAGCTATGAGTGATGATGATGACAGTTTC------CAGTCACGCCAGATCA--TAGTTT-TGTCGCGG--GC-ATCGA-AGC--G-A-GGT-TC-GTTGA---AAACC--TA---A-TAAC------GAAATT--ATCCGAGTCAAC-----AGAA------------AGC-GTTTCAGCTGAGC-CTCACGTTTG-TC-AACAATTAC-----AAATA-CAG-ACCG-T----TA---AC-----TACCTT----CGTCTGC--------------T-----AC-TG--TCAG---TTC----TTTGTCAGGCAGAT--TC-ATCTGCGTGTC-------CTCGATC--TGTCCTGTCTGTG----ATGA-TTTC----CTAC-A---CCTGA-CGACTGCCGCCCTG---TCT-TCAAT-GTTCCCCCACCTCAGTCAGTCTCTAT-----TA---AACTCCAATAATGTCCAACG--GAATATC-TTCAAA-ATTAAAGTCCTTTCAAACAACTGTC-TAC--T--TTTC-AA-A----AA--TGAC-ACC-CATCACAACTGTTAGTGTAG---ACGT-TGCGGCG-CACCCCAAACAAAATTCCGCCAGAATTC-AAATT--ATC-AGATAATTTT------C--GC---AA-ATTAGAC--ATAAGGA-GAAGAGTTT-TCAA-TGAATAAACTTTTAAAGA-AA-T-GT--A--TA-----TGGTCA----TTGCTTATA-ACTTTGC-TGTTTT-------------AACG--TCC--TA-----A-TA-AT-TA-AA--------A--ACA---GC-TCT--TC-A-TTC-A---GGGAAC-TTT-GTT--T-TGGTG--TT-TAATTCCGT-CATTTTTG--AAACGAA-----GCGTTTATG--TAG-GTCA-A-T--------------------A--T----G------------TA-----TGGA---TA---CA-TGTTG-CTAAC--ACAATTCA----------GCAA--TGATTA-T---CGATACCAAAA-TGTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ATATCTCGAGAA-ATC--AG-CT--TCATC-AACTGTC-T-T--AAATTTC-AA-A----AAAGTGAC-ACCG-ATCACGACTGTTAGTGTA----ACGT-TGC-GCG-C---CCGAAC----TTCCGCCTGAATTC-TAATT--ACC-AG-T--ATTT---------AC--AAGCATTAGAC--ATA---AGGAAGAGTTT-CTAATT-CATATACTTTAGAAAG-AA-------A-GTA-----TTGTT-----TTTGTTAAATAC--TGC---TTTT-------------AACGCATCC--TA-----ATTA-AT-TG-AA--------G--A-A---GCATCT--TC-ATTAC-A---T-GAAC-TTTGGTC--T-TTGTGATTT-C-----CGTGCATTTT-----AACGAA-----GCG-TTATG--TGC-GTCA-A-C---------------AATTGA--TTTGAG------------TATTGGCTAGATTTTA---CA-TGTT--CTAAC--AC--ATCA----------GC-A--AG-TTATT---CGAT-CCAAAA-
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ggaAGAATTC-AAATTTAATCTAA-T--CTTTATGCTTCTGGC--AAA-ATTAGAC--ATT---G-GAAGAGTTTATCAA-T-CATAA----TTGAATG-AA-TAATAAA-TAA-----TTGTCGTACGTTCTTTAG-TGA-TTAT-T-TTTTAGCTAGTGTTCAGAGCG--TCCTTTAGTTCTA-TA-AT-T--AA--------ATTACATATGC-TCTCACC-ATTCT-ACATTGGATCTTTT-GTTAATGTGG-G--TTAT-----CGT--ACTTGTGGTAATCGAAAAAGTGCGCTTTTGATTAGTGGCAGA-CTAATATCTTGCGTTGAA---ATGT----G------------TA-----TCGG---TAAATCACTGTTGTCTAACAAATGAATCACGGATTGGTCGC-AATTGCTCA-T---CGAT-CAAAAA-TGTAA
gi|12                         :                                                                                              ATAAATACCTATATGG--GGTCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATTTGTTGAAAA--GTAGATTACCGGTACT-ACTTTT-ACTAAGTA-TTACAGA----AGT-CTAT--TA---------A----T---AGAT-GAAATC-A-ACACCACAAAATATTT-TTATAAT-TTTA-TTTTTTTCCTGTCAGTGGACTTTTGT-CAAAAATAAAAA-TATTTC-T-ATAAAACACCGTCTTACTTA-AGTATGGATGGGATGTTTTAAAAA-A------TGT----ATG--ACAA-AAACC-GGAG-A---AT-CCa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ccattgacatcccta-A------TGT----ATG--ACAA-AAACT-GGAG-C---AT-CCAGAACT-----A--CAAAC--------CACA-AATATA-T---------------------------ACA-GAGAATCGC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGC-TCCATCTTCGCCTGATGT-ACTGC--GGCAA---------T-AC-T-----TTC--A---ATTCA-T--TTC------------ATTTC-CCGTGGC-TTAtattgagagcgtaagtaaagggcataaagtttgcatcatccgtattcactgatgcatatgacatgctctcca
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GCCCTCACGGCCATGAGCGAGGCTGGCATCGG-TTC------CAGTCCCGAAAAATGA--T-GTCCATGTCG-GG--GC-ACCGC-TGC--G-A-TTCTTCATTTTA---AAAAG--TA-CTACCAAC----ATATATCT--CT-CAAGTGAAC-----AG-A------------A
gi|15                         :       aTACATTT--ACATTACTTG-TTTTCTT-TATCACTAAC---AAAACCT-ATTAACGAGC-A-ATACG-TATCTCTTATCCTACTCCATAAATACCTATATGG--GGT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ---AACTCC-ATATTGTCC-ACG--ATATATCTTTCCAA-ATC--AGTCC--ACAAA-AACTGTCTT-C--C--TTTC-AA-A----AA--TGAC-ACCGCATgt
gi|17                         :    TATTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTT-TCCTA-CA-TAAC---A----CT-ATTA-CGAGCAA-ATACA-------TTACC--ACTACAT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTAACACATGCACA-AAGGACGCACTCTCTCTTCCAGCTTTG-AAATCCATTGTGGTACA-CAGCTCTCAGC-----GAAAAGGTCCTTCTCTGGATT-----TATGTC-----CGATGATATTTGTAAGTCC--TCAA--T-------GTATA------TCAAA-AACCT-ACAC---AA-CGCAC--TCACA-A--GCCTGCGTGC---ACGGCCATCACAGCCATGAGTGATGC------CGGTTTC------CATTCACGCCAGATCA--T-CTTTATGTCG-GG--GC-ATCGA-AGC--GAA-GGTGTC-GTTGA---AA------A-CTA-TAAG----AAAAATCT--AT-CGAGTCAAC-----AG-AAC----------AGC-G-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TC-AACAATTAC-----AATTC-CAG-ACCG-T----CA---C------TACCTT----CGTCTGC--------------TAGGACCTATG--TCAG---TTC------T-TCAGGAAGAT--TC-ATCTGC--GTC-------C----TC--TGTCCTGTCTGTGTGA-ATTATTTGC----CTAC-A---CCTGA-CGAGTGCCGCCCTG---TCCTTC-AT-GTTCCCCCACCTCAG-T--CTT-TCTG----TT---AACTCCGAAATGTCC--ACG--AAATATCTCTCAAA-ATC--ATTCA--AC----AACTGTC-TGCAAC--TTTC--A-A----AA--TGAC-ACCGCATCACAACTGTTAGTGTA----ATAT-TGC-GCG-CACCCCAAAC----TTCCGCCAGAATTCAAAATT--ATC-AGTT--TTTT------T--GCAAAAA-ATTAGAC--ATA---A-GGAGAGTTT-TCAA-T-CATATACTTTTAAAGA-AATT-GT--A--TA------TGTC-----TTCTTTATATAC-TTGC-T-TTTT-------------AGCG--TCC--TA-----A-TA-AT-TA-AA-----------ACA---GC-TCT--TC-ATTTC-A---TGGAAC-TTT-GTT--T-T-GTGT-TT-T-----CGT-CATTTT----GAACGAA-----GCG-TTATG--TGG-GTCA-A-CAATGTG---------AA---A--T----G------------TA-----TGGA---AA---CA-TGTTG-CTAAC--ACAATTCA----------GC-A--TGATTA-T---CGAT-CAAAAA-TG
gi|3                          : cctctTTTACATTT--GCAG-ACT-G-TTT-CTCTTA-TA-TAACCCAA----CTCACTG-TGAGC-A-ATACG-TAT---TTACG--ACT-CATAAATACCTATATGGA-GGTCAACAAAAGACACGG-TCA-CAGCCGT-CGT-ATGAA-TA-ATGTTGAAAAAAGTAG--TACCGGTACT---CTTT-ACTAAGTAATTAC-GA----AGTGCAAT--TAGGCCTAAAGA----TCTCAGAT-GAAAT--A-ACA-CACAAA-CATTT-TTATGAT-TTTC-TTTTTCTCCAGTC--TGGGCGTTC-T-CAAAA-CAAAAG-TATATCATAA--AAACACTGTCTTA-TTATTGTATGGATGGGCTGTT-----AA-AGGAAATTGTTTTAATG--ACAATAAACCTAGAG-C---AT-CCACGGCC-----A--CAAAC--------CACATAAGATA-TAAT-CC-AT--AAAGAGG-AGTCA---ACATAAGTATCGCATGTCCT-TTT-CAA-ACGTGCATTTATCTTCGCCTGTTGT-ACTAA--CACAATATGTGTTGT-AC-ACATT-TTC--ATTCATTCA-TTTTTCCCGTGGCTTAGAATTTCACCATCAG-TAAAAACTTCGTTG---CGTACA------A-TGGTAAAATTTCCGA------------------T---G--ATACATATCTACTTT-TAAAAAGGAATGAAAAAAACGTCTGGAATAAAAGC--AACG--CTTCTGT--CATG-AAACACAAACAA-CCAAAA-TT-CCAGG-TGGGAATTGG-ATGTAATGAAG-TCC--ATCCC-ACAAACGATATTATAAA--A-TCCAGAAGTTGA-ATTGTACATGT-CAATAAAA--GCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAAGTTCAGATC--CAAAaa
gi|4                          :     ATTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTTCTCCTA-TA-TAAC---A----CT-ATTA-TGAGC-A-ATACG-TAT---TTATC--ACT-CA-AAA---CTATATTG--GGTCAACAGA------GGGTCAACAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATGTTGAAAA--GTAGGTT-CCGGTACT-ACTTTT-ACTAAGTA-TTACAGATCTAAGT-CTAT--TA---------AGGCCT---AGG--------AA-ACA-CACAAAATTATT-TTATGAT-TTTA-TTTTTCTCCCGTCAT-GGACTTTCAT-CAAAAA---AAA-TATATC-TA-TAAAACACTGACCTACTTATG-TATGGATGGGCTGTT-----AA-A------TGT----ATG--ACAA-AAACC-G-AG-C---AT-CCAG--CC-----A--CAAAC--------CACA-AAGATA-TCAT-CCCAT--AAAGAGG-A-TCA---ACA-AAGAATCAC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGC-TCTATCTTCGCCTGTTGT-ACTGCG-GGCAATATGTGTGGTAAT-A-ATCTTTC--A---ATTCATT--TTC------------ATTTC-CCGTGGCTTTAGAATTTCAC-----CAT-CATGTTGCG-TA----------C-ATCCCGGCGTACATGGGATT---C--ATTCATTTC-ACTTT-CAAAAGG--ATGAAAATGGT--CTGGAATAC--GC--CACG--CTC--GT--CATG-AAACACAA-CAACA-AAAATTT-CCAGGGCGGAATTT---ATGTAATGAAGCTCC--ATCCG-ACAAACGAATTTATGAA--ATTCCAGGAA-TGAT-TGATACATGTCCAATAAAAATGCCTCA-----CATGCT-GATGAGCAAA-TCAGATC--CAAATGCTACAg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CA--T-GGCTATGTTA-GG--GC-ATCTA-AGCCCG-ATGGCGTC-TTTGA---AAACC--TAGCTA-TAAACATTATAAGGTTGGATCCGAGTCCACCTTTTAG-A------------AGCTG-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TCAAACAATTATCTATTATATC-CA--ACCACT----CA---CT-----TACCTT----CGTCTGC--------------T-----TT-TA--TCTA---TTC----TAT---ATATA-AT--TC-ACATGC--GTC-------C---ATC--TG--CCGTCTGTGTTATATTA-TTGC----CTACAATCTCTTGAACCACTGTCGCCCTG---TCC-TC-A--GTTCCCCCATCTCAGCT--TCT-TATA----CACCTAACTCC-ATATTTCCTTATT--ATATATCTTTCCAA-ATC--AGTCC--ACAAA-AACTGTC-T-C--C--TTTC-AATATATTAA--TGACTACCGCATCACAAA----AATGTAGTTAACGTGTGT-GCGACACTACAAAC----TTCTGCCAGAATTC-AAATG--ATC-AG-T--TTTT------C--GC--AAA-ATTAGACAAATT---A-TAAGAG-TT-TCAA-T-CATTAACTTTTAGAT---A-T-AT--A-TTATTTATTTGTC-----TTTTTTAGATAC-TTGC-C-TTTT-------------AAC---TCC--TA-----A-TATAT-TA-TATATTTTCTATT-------C-TTT--TCAATGTC-A---TGACAC-TTT-GTT--T-TGGT---TT-T-----CGT-CA--TTTG--ACGCAGA-----GCGTTTAT---TAA-GTCA-ACC---------------AA---A--T----GTTTTATATATTTTA-----TGAA----A---CA-TGTTG-CTAACT-ATGAATCA----------TC-A--TATTTA-TATCTGAT-CAAAAACTGTAAc
gi|6                          :      TTTACATTT--GCA--ACT-G-TTTTCTCC-A-CA-TAAC---A----CT---TA-CGAGC-ACATACGCTAT---TTAC---ACTGCA-AATTACCTATTTGA--GGTCAACAGA------G--TCA-CA-TTGTGCGTTATGAA-TTT-TGTTGAAAA--GTAGGTTACCGGTACTTACTTTT-ACTGAGTA-TTACATA----AGT-ATATATTA---------A----T---AGATTGAAATCAA-AC--CACAAAATATTT-TTTAGGTATTTA-TTTTT-TCC--TCAGTTGACTTTC-T-CAAAAATAAAAA-TATTTC-TA-TAAAACACTGTCTTA-TTATG--ATGGATGGAATGTT-----ATTA------TGT----ATG--ACAA-AAACC-GGAGAC---AT-CC-TGGCCGGAACA--CAAAT--------CACA-AACATA-TCAT-CC-AT--ACAGAGG-T-TCT---ATA-TAGAATCGC-T-TTCCATTTTCAACATATGC-TCCATCTCCGCCTGTTGT-ACTGC--G-CAATGTGTGTG-T-AC-A-ATC-TTTCAA---ATTCA-T--TT---------------TTC-CTGTGGC-T-AGCATTTCAC-----CAA-CA------G-T-----------C-A------------------T---T--ATTT-TTTC--CCCT-CAAAAAG--ATGAAAAT--C--CTGGAATA---GC--AAA-----C--GT--CATG-AAACACAA-CAA-A-AAAA-TT-CCAGG-TGG-AATTG--ATGTCATGAAGCTCT--ATACG-ACAAATGCATTTATGAA--ATTCCAGGA-----TGTGATACACAT-C-----------TCCA-----C-TGCT-TATGAGCAAA-ACAGATT--CAAATGCTAC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -GG--GC-ATC-A-AGC--G-A-GGCGTC-TTTGA---AAACC--TAGCTA-TAAC----ATAAAGTT--AT-CGAGTCCAC-----AG-A------------AGC-G-TTCAG-TGAG--CTCATGTTTG-TCAAACAATTAC-----AAATC-CA--ACCC-T----CA---CT-----TACCTT----CGTCTGC--------------T-----TT-TA--TCG------------TT-TCAA-TA-AT--TC-ACATGC--GTC-------C---ATC--T---CCGTCTGGAT---ATTA-TT-C----CTACAAC--CTTGA-CCACTGTCGCCCTG---TCC-TC-A--GTTCCCCCATCTCAGCT--TCT-TATACACCTA---TACTCC-ATATTTCCTTACGTTATATATCTTTCCAATATC--AGTCC--ACAAA-AACTGTC-T-C--C--TTTCAAA-A----AA--TGAC-ACCGCATCACAAAAAT--GTGTTA---ACGT-TGT-GCG-CA-CACAAAC----TTCTGCCAGAATTC-AAATG--ATC-AG-T--TTTT------C--GC--AAA-ATTAGAC--A-A---A-AAAGAG-TT-TCAA-T-CATTAACTTTTAAGTATAA-T-GT--ATTTA-----TTGTT-----ATTTTTA-ATACTTTGCAT-TTTT-------------AAC---TCC--TA-----A-TA-ATATATAT--------ATTACA---TC-TTT--CA-ATGTCAA---TGACAC-TTT-GTT--T-TGGT---TT-T-----CGT-CA--TTTG--AA--GAG-----GCGTTTAT---TAA-GTCA-A-T---------------CC---A--T----G------------T------TGAA---TAT--TA-TGT
gi|8                          :    ttaTTACATTT--GCA--ACC-G-TTTTCTCCTA-CA-TAAC---A----CT-ACTA-CGAGC-A-ATACG-TAT---TTACC--ACTGCATAAATACCTATATGG--G-TCAACAGA------GG-TCA-CAGCTGTGCGT-ATGAA-TATATATTGAAA---GTAGGTTACCGGTACT-ACTTTTTACTAAG-A-TTACAGA----AGT--TAT--TA---------A----T---AGAT-GAAATCAACAC--CACAAAATATTT-------------------CTCCA-TCATTGGACTTTCATTCAAAAACAAAAAATATT-C-TA-TAAA-CACTGTCTTACTTATG-TATGGATGGGCTGTT-----AA-AA-----TGT----ATG---CAA-A----------C---AT-CCAGGGCC-----A--CAAAC--------CACA-AAGATA-TCATGCC-ATCAAAAGAGG-A-TCT---ACA-GAGAATAGC-T-TCCTATTT-CAA-ACGTGT-TCCATCTTCGCCTGTTGT-ACTGC--GGCAATATGTGTGGT-AC-T-TTC-TTC--A---ATTCA-T--TTC------------ATTTC-CCGTGGC-TTAGAATTGCAC-----CAT-CA------GTTG----------C-G------------------TACATGGATTCATTTC-ACTTT-CAAAAGG--ATAAAAATGGT--TTGGAATAC--GCA-AACG--CTC--AT--TATG-AAACACAA-CAA-A-CAAA-TTACAAGGGTGGAAAaaatgtgaaacatg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ataTCCTTCG-TGGATTGTCCTTAAGTCGCGATTGATGACATCTGTAAGTCCCATCCA--T-------GTATAATTTTTCCATATAACTT-AGATCTAAATCGCAC--TTCCACA--GCCTGCGTGCCCGACGCCCA-CACGGCC-T---CGGAGCTGATG-CGGTTTCCTATTACAGTTGTCCAGGATCATTT-CTCTATGTCG-GGTTGCAATCAATAGT--G-T-GAGGTG-TTTGAATCAAACCGATA-GTA-TGAA----A-ACAGCT-----CAAGTC-AC-----AG-ACATCAGTTTTTCAAC-GCTTCTG-AGAGTCTTCA-ATTTGTTCCACCCATTAC-----AACTCTCAGAACTG-TTCTCCAGTCCTTTCGGTACCCTTCTGCATCTGCTATGGTTTCCGTCTT-----AT-TGTTTCAGCTATTCTTCTTTT-TCATGCGCATCATCTATCTGC--GTCCTGTAGTC---ATCAATGTCGTG---GTGA-A-TTTATTTGCTGCGCTAC-A---CTTGA-CGAGTGCCG-CCTGTCATCT-TC-ATCGCTCCTC