lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 22 111111111111 11111111 2222 11 22 111 222 11 222222 11 111 5555555555555555555555 11 222222222222 11 1 2 11 3333333333 2222 22222222 99999999999999999999999999999999999999999 1 1 2222 3333333333333 22222 222222 11 22222 1 5555555555555555 1111111 333333333 1 11 11111 55555555555555555 1 111 33333 11 11111 1111 1 44444 1 1 1 1 2222 1 11 1 1 77777777 777
lowQualScore : 555 5 77 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 3 3 555 999 3 44 3 44 11 00 44 777777777777 3 66666666 3 44 0000 55 6 6 22 6 0 5 5 000 111 00 555555 11 444 2222222222222222222222 33 555555555555 33 3 0 0 8 2 88 7777777777 4444 6 44444444 3 44444444444444444444444444444444444444444 0 0 7777 3333333333333 8 88 8 88888 444444 99 8 00000 0 999 8 99 8 0 7777777777777777 8888888 333333333 0 33 88888 0 55555555555555555 0 777 77777 44 55555 8888 0 3 22222 0 5 2 5 0 1111 9 11 5 5 33333333 000
lowQualScore : ... . .. ..................................................................................................................................................................................... . . . ... ... . .. . .. .. .. .. ............ . ........ . .. .... .. . . .. . . . . ... ... .. ...... .. ... ...................... .. ............ .. . . . . . .. .......... .... . ........ . ......................................... . . .... ............. . .. . ..... ...... .. . ..... . ... . .. . . ................ ....... ......... . .. ..... . ................. . ... ..... .. ..... .... . . ..... . . . . . .... . .. . . ........ ...
lowQualScore : 999 7 99 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 1 1 444 222 3 66 3 66 22 99 66 888888888888 3 77777777 3 66 8888 88 7 7 33 7 3 7 7 000 444 00 222222 00 222 0000000000000000000000 88 555555555555 88 2 0 0 0 0 88 0000000000 8888 5 88888888 2 55555555555555555555555555555555555555555 0 0 5555 5555555555555 0 88 0 00000 000000 00 0 00000 8 222 0 44 0 6 3333333333333333 5555555 555555555 5 88 55555 2 55555555555555555 0 555 00000 00 00000 2222 0 2 55555 0 5 5 5 0 2222 0 22 5 0 00000000 000
consensus : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTTATCGATA-T--C---T-CATT-TAA-------TA---T-CGCC--T-C-C--A---A-CAT-TG-AA-CCC--G--AC-----TA--TT--T-ACCAG-TC-TT-TCC---------TT--C-------A--TAT-----------T---TG--A-----------TA-T-------A-T-G-GT-C-GG-G---TT---CA-AT--G-TT--G--GAGGCCG--AAT--A--TAA-A--GCG-AT--------AAGT-CT--AT-N--CGG--ACATA-GTTTTT-AACTT-GGATTAATTAG-T-CA---G---TGGN-GCTAA--T---TTTAA--GGG--TA---T---------CCC------AA--GCT----TT--A---TTCA--AAATAA-ACAA-TTGAAAA-GTAT-GTTT--A-GT----AATC-A-AATGCCAACCT-C-TGT--ATGT-NC-A-GATC---A-A-TGCC---AG---------------TA-GATAAA-CTAGG--ATTCG-A--AA-TT----TATT-AAA-TTG-TGC----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAGA-A-G---GGTA------A--CTCTTGT--TAA---A-GGATATTT--N-AT-TACAC---A-AG-TTTT---TGGAAA-A--AAAA-NTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAAGC---CT-TTTATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATAATTT-TTGTTACTAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGCCAAA-TGTATTTTTTTTTTCCGTTTT---AAAAACAAATCTAAAAA
Reference ( gi|2 ) : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTTATCGATAAT-TCGATTACATTGTAA-------TA---T-CGCC--T-C-C--A---A-CAT-TG-A--CCC--G--AC-----TA--TT--T-ACCAG-TC-TT-TCC---------TT--C-------A--TAT-----------T---TG--A-----------TA-T-------A-T-G-GT-C-GG-G---TT---CA-AT--G-TT--G--GAGGCCG--AAT--A--TAA-A--GCG-AT--------AAGT-CT--AT-T--CGG--ACCTA-GTTTTA-AACTT-GGATTAATTAG-T-CA---G---TGGT-GCTAA--T---TCTAA--GGG--TA---T---------TCC------AA--GCT----TT--A---TTCA--AAATAA-ACAA-TTGAAAG-GTGT-GTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-CC-A-GAT----A-A-TGCC---A----------------TA-GATAAA-CTATA--ATTCG-A--GA-TT----TATT-AAA-TTG-TG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAGA-A-G---GGTA------A--CTCCTGT--TAA---A-GGATATTT--T-AT-TAAAC---A-AG-TTTT---TGGAAG----AAAA-TTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA-----CT-TTTATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATCATTT-TTGTTACTAATATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGACAAAATGTA---TTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAA
gi|3 : GGAACCGTA-AA-A-ATTA-GA--TTTAT-GATA---------------TAA-------T----T-CGCCC-T-CGC--A---A-CAT-TG-AA-CCC--G--AC-----TA--TT--T-ACGAG-TC-TT-TCT---------TC--C-------AA-TAT-----------T---TG--A-----------TA-TCA-----G-T-G-GT-C-GG-G---TTT--CA-AT--A-TT--GAGGAGGC-G--AAT--A--TAT----GCG-AT--------AAGT-CT--ATAC--CGG--A--TA-GTTTTTTAACTT-GGATTACTTAG-T-CA---GG--TGGT-GCTA---T---TCTAA--GG---TA---T---------CCC------AA--GCT----TTTAA---TTCAGAAAATAA-ACAAATTGAAAA-GTAT-GTTT--CCGT----AATTAA-AATGCCACCGT-CCTGT--ATGT-CCCA-GAT----A-CCTGCC---A----------------TAAGATAAA-CTA-G--ATTCG-A---A-TT----TATT-AAAATTGGTG-----ATCAAAG-A---TG--TTG-C-----CT-G-T-T-TTTT-CATT-CATAT--------CA------TTCAAGA-AAG---GGTA------A--CTC-TAT--TAA---ATGGATATTT--TTAT-TA--C---A-AGGTTTT---TGGAAA----AAAA-TTAT-C-A-TGTGT---TCCA-TTTTAAA-----CT-TTTA-TTCAA-TTTTTGGTTT-G----AATATTATTT-TT
gi|5 : attaaggtagtatgaaacgttcgtccaagttatccatagactaagtgacgcgttgtgccgcttgaaacacgggcctacttttcggtttaacgtttatgtcgaggaaagaaaacgtttaaGGAACCGCACCA-A-AATA-GA--TTTGT-----AT--CG-CTGTATTG--A-------T----T-CGCT--T-C-C--A---A-CAT-TG-AA-CCC--GG-AC-----TA--C-----AC-AG-T---T-TCT---------TT--C-------AACTTT-----------TAA-TG--A-----------TA-TGAATATGA-T-G-GT-C-AGAG---AT---CA-AT--GCTT--G--GAGGC-G--AAT-----TAA----GCG-AT--------AACT-CT--AC-TAACGG--ACATAAGTTATT-AACTG-AGGATAATTAG-T-CAAAAG---TGGG-ATTAAATT---TTTAA--GGAGATA---T---------CCC------AACAGCT----TT--A---TTCA--AA-TAAGACTA-TTGAATGAGTAT-TTTT--A-GTTAATAAT--ACAATACCAACCT-C-TGTGAATGT-TC-A-GATTAA-A-A-TGCC---AG---------------TA-GATAAAACTAGA--TTTCGGA--AA-TT----TATTTAAA-TT--TGC----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CATT-C-T-TTTT-AATT-CC-ATAATG---ACA------TTCAAGA-A-GAAAGGTA------A--CTCTTGT--TAA---A-GATTACTTA-A-AT-TACAT---AGAG-TTTT---TGGAAGAA--AAAA-ATAT-CAA-TGTGT---CCGT-TTTT-AA-----CTATTTA-TTCAA-TTTTTGGTTTAG----AATAT-ATTA-TTGTAACtaa
gi|1 : tttagtcgaggaagaaagtataGGAACCGCACAAGA-ATTAAGA--TTTATTGA-AGT-T------------AA-------TA---TTCGCCA-T-C-C--A---A-CATATG-AA-CCC--G--AC-----TA--TT--TTACCAG-TC-TT-TCC---------TT--C-------A--TAT-----------T---TG--A-----------TA---------A-T---GT-C-GG-G---TT---CA-AT--G-TT--G--GAGG-CG--AAA--A--T-A-A--GCG-AT--------AAGTCCT--AT-a
gi|6 : ttaaggtagtatgaaacgttcgtccatatcaataactaagtactcgttttccacgcttgaaaccacgtcttactttccgtttaacttagtcgaggaagaaaaaagtttaGGAACTGAACAA-A-AT-A-GAAGTGTATCG-------C--TTATATT--AA-------CA---C-CCCCAATAC-C--ATGAA-CAT-T-----CGC--G--ACAAAAATA--AT----ACCAG-TC-TT-TTCAACTTTTAATT--G-------A--TAT-----------T---TG--A-----------TAAT-------A-T-GTGT-C-GG-GATTTT---CA-AT--G-TT--G--AAA-CTGTGAAT--A--TAA----GCG-AT--------AAGT-CT--AT-A--CGG--ACCCC-ATTTTATAACTT-GAATTAAATAG-T-CA---GT--TTGTAGCTAAT-T---TTTAA--GGG--TATATT---------TTCACGCCAAA--GCTTGTGTT--ATTTTTCA--AAATAA-ACAATTTGAAAG-agcgtctattctatattctttataaccatactggataatagtcatttttttctgtaaattctataccattagatagatcagatgcgttgctaagtaaatctaatagggtatatctttaaccccaagctttattcaaaataaacaattgaaaagtattttaggtaatcaaatgccaaccctaatagtaacatgatagatgccagagtaggcacgtgatttagatgagctatgatattcgaagaattttactattaaattgtaatcaaattaagttgtttgccttttcttgcatattttcattatctatttataggacgatcattttcaaaagagggtatatctgactctagttctaaatcaggatattaaattatactataggtttttaatggaaacaataaaatttattaaatgtttatcctcttttagagcgttcttttattcattttttggtttgttgtaataaaattcattgttttaatac
gi|9 : taagtagtataaacttcgccatattattaactaactgattgtttcacactggaaaacaccggtttctactttcaggtaaaaataacgttttagtcgaggaagaaaagatataGGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTTATTG-------------CAT----A-------TAT--T-CGCC--T-C-C--A---A-CAT-TGAA--CCC--A--AC-----Tttatttt
gi|4 : ttattctcacacagtaaacagtgtaggaacaaaagtctctgcaatgagcttgtggccttcataaagtataAGCCGCACAA-ATATTA-GA--CTTATCAGTATTATCCTTTGCCTTTTAAAATCGATTATATT-CGCC--T-C-CCAA---G-CAT-TG-A--CCC--G--AC-----TATTTT--T-ACCAGCTC-TT-TCC---------TT--CATCACTTA--TAT-----------TGCATA--AT----------TA-T-------A-T---GT-C-GG-G---TTGCATA-ATAAA-TT--GA-GAG--CG--AAT--AGTTAATA--GCG-ACTATAGTCAAAGG-CT--AT-TACCGGT-ACATA-G--TTG-AACTTGGGATTATTAAG-TGCA---G---T
gi|7 : ACCGCACAA-C-ATTA-GA--TTTATTGAT--------------T-TAA-------TA---T-CGCC--T-C-C------A-CAT-TGAA--CCC--G--AC-----TA--TT--T-ACCAG-TCTTT-TCC---------TT--C-----------AT-----------T---TGAAA-----------TA-T-------A-T-G-GTCC-GG-G---CT---CA-AT--G-TT--G--GAGGC----GAT--A--TAA-G--CCGCAT--------AAGT-C---AT-A--CGGACACCTA-GTTTTT-AAttgaaataataaatccaacctacatatatgtacaatctttaatgccctaatagataaactagaattcgaaaatttattaattgtgcagacaagaaaatggtttgaccttgactttttatattccatacattcaagaagggtaaacttcctattaaagtattttttctatgtacaaaggtttaggaatatttattacaaggttttttcggaaaaaataaaagaacaaaaaaaaaaaaaaatattcactgtgtgcctttttaaaacttttttatatcaatttttgcgtttgactataatatatgtt
gi|5 : ggtagtaatgaaagtttcgccatatccataacaaagtgacgcattccgcttgaaaaaacggtaatactttcgtttaacatttttaagtcgaaggaagaacaaagtttagccgaacTAA-------T----T-CGCC--T-C-C--A---AGCAT-TG-A--TCTCTG--AC-----CA--TCA-T-AT----TC-ATATCA---------TT--A-------A--AAG-----------T---TG--AAAGAAAC----TG-T-------G-T-A-GT-CCGG-G---TT---CA-AT--G-TT--G--GAAG-CG--AATCAA--TAC-A--GCG-ATAC------AAAT-CT--AT-T--
gi|3 : tttagtcgaggaagaaagtataggaaccgcaccaaA-------TA---TTCGCC--T-C-CTCA---A-TAT-TG-AAACCC--G--AC-----CA--CTGAT-ATCAA-------------------------------A--TAT-----------T---GG--AAGAAAGACTCGTA-A-------A-T-A-GT-C-GG-G---TT---CA-AT--G-TT--GC-GAGGGCG--AAT-----TAT-A--TC--AT--------AAAT-CT--Aagcgataactctactaacggacataagttattaactgaggataattagtcaaaagtgggattaaatttttaaggagatatcccaacagctttattcaaataagactattgaatgagtatttttagttaataatacaataccaacctctgtgaatgttcagattaaaatgccagtagataaaactagatttcggaaatttatttaaatttgcatcaaaatgttgccattctttttaattccataatgacattcaagaagaaaggtaactcttgttaaagattacttaaattacatagagtttttggaagaaaaaaatatcaatgtgtccgtttttaactatttattcaatttttggtttagaatatattattgtaaca
gi|7 : attaaggtagtatgaaacgttcgtccaagttatccatagactaagtgacgcgttgtgccgcttgaaacacgggcctacttttcggtttaacgtttatgtcgaggaaagaaaacgtttaaggaaccgtaaaaatA-------TA---T-CGCC--T-C-C--A---A-CAT-TG-AG-CCC--GG-AC-----CA--TA--T-AT----------------------TT--C-------A--AATGAAGGAAAAGAC---TG--G-----------TA-A-------A-T-A-GT-C-GG-G---TT---CA-AT--G--T--G--GAGGC----GAT--AT-TAA-A--TCA-AT--------AAAT-CT--Aatgcgataagtctataccggatagttttttaacttggattacttagtcaggtggtgctattctaaggtatcccaagcttttaattcagaaaataaacaaattgaaaagtatgtttccgtaattaaaatgccaccgtcctgtatgtcccagatacctgccataagataaactagattcgaatttattaaaattggtgatcaaagatgttgcctgttttttcattcatatcattcaagaaagggtaactctattaaatggatatttttattacaaggtttttggaaaaaaattatcatgtgttccattttaaacttttattcaatttttggtttgaatattattttttaa
gi|1 : ggtagtaatgaaagtttcgccatatccataacaaagtgacgcattccgcttgaaaaaacggtaatactttcgtttaacatttttaagtcgaaggaagaacaaagtttagccgaacaccgcacaacat---T-CGCC--T-C-C--A---A-CAT-TG-AA-CCC--G--AC------A--TT----ATCAA-------------------------------A--TATGAAGGAAAGA-C---TG--G-----------TA-A-------AAT-A-GT-C-GG-G---TT---CATAT--G-TT--G--GATGGCG--AAT--A--TTA-ACTTCA-AT--------AAAT-CTTAAT-T--Caagccgcataagtcatacggacacctagtttttaa
gi|8 : ttaaggtagtatgaaacgttcgtccatatcaataactaagtactcgttttccacgcttgaaaccacgtcttactttccgtttaacttagtcgaggaagaaaaaagtttaggaaccgcacaa---T-CGCC--T-C-C--AC--A-CAT-TG-A--GCC--ATCGC-----TA--TT--A-TCCAGCTC-TT-TCC---------TTGTC-------A--TAT-----------T---TT--G-----------TA-T-------A-TCC-GT-C-GG-G---Taaataagcgataagtcctatagcgtctattctatattctttataaccatactggataatagtcatttttttctgtaaattctataccattagatagatcagatgcgttgctaagtaaatctaatagggtatatctttaaccccaagctttattcaaaataaacaattgaaaagtattttaggtaatcaaatgccaaccctaatagtaacatgatagatgccagagtaggcacgtgatttagatgagctatgatattcgaagaattttactattaaattgtaatcaaattaagttgtttgccttttcttgcatattttcattatctatttataggacgatcattttcaaaagagggtatatctgactctagttctaaatcaggatattaaattatactataggtttttaatggaaacaataaaatttattaaatgtttatcctcttttagagcgttcttttattcattttttggtttgttgtaataaaattcattgttttaatac
gi|4 : acttaaggtagtatgaaacgttcgtcctatccatgcagaatgaggtcctcttgaaaacacgcgttactttcggtaacgtttttagtgaaatatagacgttgtatcagtttc-------A-T-A-GT-C-GG-G---T----CA-AT--G-CTTGG--GAGGC-G--AAT--A--TAA-a
gi|9 : agccgcacaaatattagacttatcagtattatcctttgccttttaaaatcga-GT-T-GG-G---TT---CA-AT--G-TT--G--GAGG-CG--AAT--A--T-A-T--GCA-AT--------AAAT-CT--Attttaccagctctttccttcatcacttatattgcataattatatgtcgggttgcataataaattgagagcgaatagttaatagcgactatagtcaaaggctattaccggtacatagttgaacttgggattattaagtgcagtttgaaataataaatccaacctacatatatgtacaatctttaatgccctaatagataaactagaattcgaaaatttattaattgtgcagacaagaaaatggtttgaccttgactttttatattccatacattcaagaagggtaaacttcctattaaagtattttttctatgtacaaaggtttaggaatatttattacaaggttttttcggaaaaaataaaagaacaaaaaaaaaaaaaaatattcactgtgtgcctttttaaaacttttttatatcaatttttgcgtttgactataatatatgtt
gi|10 : ttattctcacacagtaaacagtgtaggaacaaaagtctctgcaatgagcttgtggccttcataaagtataggaaccgcacaaaatCG-AT--------AAGT-CT--AT-A--CGG--ACATA-GTTTTT-AACTA-GGATTAATTAG-T-CA---G---TGGG-GATAA--T---TTTAA--GGG--TA---T---------t
gi|16 : -AACTT-GGATTAATTAG-T-CA---G---TGGA-GCTAA--T---Tcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggtgaaggatatg
gi|1 : ATTAGATAGAT-CA---GATGCGTT-GCTAAG-TAAATCTAATAGGG--TA---TATCTTTAACCCC------AA--GCT----TT--A---TTCA--AAATAA-ACAA-TTGAAAA-GTAT--TTT--AGGT----AATC-A-AATGCCAACCC-T-AAT--A-GTAAC-ATGAT----AGA-TGCC---AGAGTAGGCACGTGATTTA-GATGAG-CTATGATATTCG-AAGAA-TTTTACTATT-AAA-TTG-TA-----ATCAAATTAAGTTGT-TTG-CCTTTTCTTG-CATATTTT-CATTATCTATTTATAGGACGATCATTTTCAAAAGA-G---GGTATATCTGA--CTCTAGTTCTAAATCA-GGATATTA--A-AT-TATACTATA-GG-TTTTTAATGGAAACAATAAAATTTAT-T-A-AATGTTTATCCTCTTTTAGAGCGTTCT-TTTATTC--ATTTTTTGGTTT-GTTGTAATAAAATTCATTGTT-TTAATA
gi|4 : ttaaggtagtatgaaacgttcgtccatatcaataactaagtactcgttttccacgcttgaaaccacgtcttactttccgtttaacttagtcgaggaagaaaaaagtttaggaaccgcacaagaattaagatttattgaagttaatattcgccatccaacatatgaacccgactattttaccagtctttccttcatatttgataatgtcgggttcaatgttggaggcgaaaataagcgataagtcctatagcgtctattctatattctttataaccatactggataatagtcatttttttctgtaaattctataccAA-GTGCAGTTTGAA-AT----AAT--A-AAT-CCAACCTACATAT--ATGT-AC-A--ATCTTTA-A-TGCCCTAA----------------TA-GATAAA-CTAGA--ATTCG-A--AAATT----TATT-AA--TTG-TGCAGACAAGAAA--A---TGGTTTGAC-----CTTGAC-T-TTTTATATT-CC-AT-------ACA------TTCAAGA-A-G---GGTA------AACTTCCTAT--TAA---A-GTATTTTTTCT-ATGTACA----A-AG-GTTT---AGGAAc
gi|14 : agccgcacaaatattagacttatcagtattatcctttgccttttaaaatcgattatattcgcctcccaagcattgacccgactatttttaccagctctttccttcatcacttatattgcataattatatgtcgggttgcataataaattgagagcgaatagttaatagcgactatagtcaaaggctattaccggtacatagttgaacttgggattatt-AAA-TTG-TG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTCT-TATT-CCTAT-------Atatttattacaaggttttttcggaaaaaataaaagaacaaaaaaaaaaaaaaatattcactgtgtgcctttttaaaacttttttatatcaatttttgcgtttgactataatatatgtt
gi|4 : AAA----AAAA-ATATTC-ACTGTGT---GCCT-TTTTAAAACT--TT-TTTATATCAATTTTTGCGTTT-G----ACTATAATAT-ATGTT
gi|13 : agccgcacaaatattagacttatcagtattatcctttgccttttaaaatcgattatattcgcctcccaagcattgacccgactatttttaccagctctttccttcatcacttatattgcataattatatgtcgggttgcataataaattgagagcgaatagttaatagcgactatagtcaaaggctattaccggtacatagttgaacttgggattattaagtgcagtttgaaataataaatccaacctacatatatgtacaatctttaatgccctaatagataaactagaattcgaaaatttattaattgtgcagacaagaaaatggtttgaccttgactttttatattccatacattcaagaagggtaaacttcctattaaagtattttttctatgtacaaaggtttaggaatatttattacaaggttttttcggaaaaaataaaagaacaaaaaaaTTAGGCCAAA-TGTATTTTTTTTTTCCGTTTT---AAAAACAAATCTAAAAA
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TAAAGTAGTATGAAACGTTCGTCCATATTATAACTAAGTGACATGTTTTCACTTGAAACACGGCCTACTTTCGGTTTAACG
Unaligned ( gi|12 ): TGCCGCTTGAAATCACGGTCTACGTGTCGGAGGTTTAAAAGTGTTACGTCGAGAGAAAGAA
Unaligned ( gi|15 ): ACCAGTTTAAGGTAGTATGAAACGTTCGTCCA
Unaligned ( gi|17 ): ATTAAGGTAGTATGAAACGTTCGTCCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111 11 11 11111 111 1 222222222 222222222 111 111 22 1 1111 111111 11 444444444 111111111111 1111 333333 111 11 11 33333333 6666666666666666666 2222 1111 1111 1 2 2222222222 11 11111 4444444444444444 111 222222222 777777777777777777777777777777777777777 11 2222 111111 8888888888888888888888888888 111 333333 1 1 1111 1 2 222 333
lowQualScore : 5 5 5 66 66 2 777777777777777777777777777777777777777777 8 4 66 4 00 3 777 00 4 11111 555 0 5 000000000 66 9999 5 66 66 555555555 222 5 5 333 5 77 77 22 5 2 3 5 5 0 3333 9999 5 5 5 1 1 555555 6 11 0 0 77 555555555 6 99 666666666666 99 6 6 88 555 9999 8 111111 3 777 11 0 77 8 22222222 0000000000000000000 8 0000 9999 8 7777 3 6 3 6 1111111111 55 6 66666 3 6 6 6 6 6 7 2222222222222222 8 8 444 555555555 6 111111111111111111111111111111111111111 8 66 7777 8 666666 5555555555555555555555555555 1 999 8 444 8 888888 8 8 0 0 8 7777 0 8 7 2 0 111 555
lowQualScore : . . . .. .. . .......................................... . . .. . .. . ... .. . ..... ... . . ......... .. .... . .. .. ......... ... . . ... . .. .. .. . . . . . . .... .... . . . . . ...... . .. . . .. ......... . .. ............ .. . . .. ... .... . ...... . ... .. . .. . ........ ................... . .... .... . .... . . . . .......... .. . ..... . . . . . . . ................ . . ... ......... . ....................................... . .. .... . ...... ............................ . ... . ... . ...... . . . . . .... . . . . . ... ...
lowQualScore : 0 0 0 99 99 2 222222222222222222222222222222222222222222 9 4 11 4 66 6 888 66 4 11111 222 0 0 000000000 99 0000 0 99 99 222222222 555 0 0 888 7 99 99 66 7 0 9 0 0 1 9999 9999 7 7 7 6 4 999999 6 99 1 7 99 777777777 7 22 333333333333 22 7 7 33 888 6666 0 222222 2 222 00 8 00 0 88888888 2222222222222222222 0 6666 8888 0 0000 3 7 3 7 2222222222 88 7 77777 5 7 7 7 7 7 3 0000000000000000 0 0 000 000000000 8 222222222222222222222222222222222222222 0 88 2222 0 000000 6666666666666666666666666666 0 222 0 000 0 000000 0 0 6 6 0 0000 8 0 3 5 0 555 000
consensus : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATA--T----C---T----CAT-T-TAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA-T-------AT-G-GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-N--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGNGCTAA--TTTTAAGGG--TAT---------CCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTATGTTT--A-GT-AAT--A---AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-NCA-GATN---AA--TGCC--AG---------------TAGATAAA-CTANA--ATTCG-A--AA-TT----TATT-AAATT-GTG-AT-CAA---A--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATA-TTT-NATTACAC---A-GGTTTT---T--GGAA---------------------A----AAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA-C---CT-TTT-ATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATNATTT-TTGTTACTAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGNCAAAATGTATTTTTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAA
Reference ( family-346 ) : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATA--T----C---T----CAT-T-TAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA-T-------AT-G-GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-N--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGNGCTAA--TTTTAAGGG--TAT---------CCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTATGTTT--A-GT-AATC-A---AATGCCAACCT-C-TGT--ATGT-NCA-GATC---AA--TGCC--AG---------------TAGATAAA-CTAGG--ATTCG-A--AA-TT----TATT-AAATT-GTGCAT-CAA---A--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------A--CTCTTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATA-TTT-NATTACAC---A-AGTTTT---T--GGAA---------------------A----AAAAANTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAAGC---CT-TTT-ATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATAATTT-TTGTTACTAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGCCAAA-TGTATTTTTTTTTTCCGTTTT---AAAAACAAATCTAAAAA
gi|1 : GGAACCGCACAAGA-ATTAAGA--TTT--ATTGA-------------------AG-T-TAA---------TA-TTCGCCATC-C--A-ACATA-TGAAC---C--CG-AC-----TATTTT-ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA---------AT---GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--G-CGAAAA-T-AAGCG-ATAAGTCCTAT-
gi|1 : ttaaggtagtatgaaacgttcgtccatatcaataactaagtactcgttttccacgcttgaaaccacgtcttactttccgtttaacttagtcgaggaagaaaaaagtttaCTAA--T----AGGG--TATATCTTTAACCCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTAT-TTT--AGGT-AATC-A---AATGCCAACCC-T-AAT--A-GTAACATGATA---GA--TGCC--AGAGTAGGCACGTGATTTAGATGAG-CTATGATATTCG-AAGAA-TTTTACTATT-AAATT-GTA-AT-CAA---ATTAAGTTGT-TTG-CCTTTTCTTG-CATATTTT-CATTATCTATTTATAGGACGATCATTTTCAAA-AGAG---GGTATATCTGA--CTCTAGTTCT--------------------AAATCA-GG-------ATA-TTA-AATTATACTATA-GGTTTTTAAT--GGAA---------------------ACAATAAAATTTAT-T-A-AATGTTTATCCTCTTTTAGAGCGTTCT-TTT-ATTC--ATTTTTTGGTTT-GTTGTAATAAAATTCATTGTT-TTAATAagcgtctattctatattctttataaccatactggataatagtcatttttttctgtaaattctataccattagatagatcagatgcgttgctaagtaaatctaatagggtatatctttaaccccaagctttattcaaaataaacaattgaaaagtattttaggtaatcaaatgccaaccctaatagtaacatgatagatgccagagtaggcacgtgatttagatgagctatgatattcgaagaattttactattaaattgtaatcaaattaagttgtttgccttttcttgcatattttcattatctatttataggacgatcattttcaaaagagggtatatctgactctagttctaaatcaggatattaaattatactataggtttttaatggaaacaataaaatttattaaatgtttatcctcttttagagcgttcttttattcattttttggtttgttgtaataaaattcattgttttaatac
gi|10 : ttaaggtagtatgaaacgttcgtccatatcaataactaagtactcgttttccacgcttgaaaccacgtcttactttccgtttaacttagtcgaggaagaaaaaagtttaggaaccgcacaagaattaagatttattgaagttaatattcgccatccaacatatgaacccgactattttaccagtctttccttcatatttgataatgtcgggttcaatgttggaggcgaaaataagcgataagtcctatagcgtctattctatattctttataaccatactggataatagtcatttttttctgtaaattctataccattagatagatcagatgcgttgctaagtaaatCG-ATAAGT-CTAT-A--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTAGGATTAATTAGTCA---G--TGGGGATAA--TTTTAAGGG--TAT---------Cc
gi|13 : TTAGGCCAAA-TGTATTTTTTTTTTCCGTTTT---AAAAACAAATCTAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggtgaaggatatg
gi|14 : -AAATT-GTG-AT-CAA---A--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTCT-TATT-CCTAT-------A
gi|16 : AACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGAGCTAA--TT
gi|2 : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATAATT----CGATTA---CAT-TGTAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGA-C---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA-T-------AT-G-GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-T--CGGACC--TA-G-TTTT-AAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGTGCTAA--TTCTAAGGG--TAT---------TCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AGGTGTGTTT--A-GT-AAT--A---AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-CCA-GAT----AA--TGCC--A----------------TAGATAAA-CTATA--ATTCG-A--GA-TT----TATT-AAATT-GTG-AT-CAA---A--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATA-TTT-TATTAAAC---A-AGTTTT---T--GG-A---------------------A----GAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA-----CT-TTT-ATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATCATTT-TTGTTACTAATA
gi|2 : TTAGGACAAAATGTATTTTT---TTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAAtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaggacaaaatgtatttttttccgtttttaaaaaaacaaatctaaaaa
gi|3 : ggaaccgcacaaaattagatttatcgataattcgattacattgtaatatcgcctccaacattgacccgactatttaccagtctttccttcatatttgatatatggtcgggttcaatgttggaggccgaatataaagcgataagtctattcggacctagttttaaacttggattaattagtcagtggtgctaattctaagggtattccaagctttattcaaaataaacaattgaaaggtgtgtttagtaataaatgccaacctctatatgtccagataatgccatagataaactataattcgagatttattaaattgtgatcaaaatgttgccttgctttttcattcctatacattcaagaagggtaactcctgttaaaggatattttattaaacaagtttttggaagaaaattatcatgtgttcctttttaaacttttatttcaattttttggtttgaatatcatttttgttactaatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGAACCGTA-AA-A-ATTA-GA--TTT--AT-GATA--T--------------------AA---------T--T-CGCCCTCGC--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACGAG-TC-TTTCT---------TC--CAA--T-ATT--TG--ATA-TCA-----GT-G-GT-CGG-GT--TTCAATA-TTGAGGAG--G-CGAATA-T-ATGCG-ATAAGT-CTATAC--CGG--A--TA-GTTTTT-TAACTTGGATTACTTAGTCAG--G--TGGTGCT-A--TTCTAA-GG--TAT---------CCCA-A--GCT----TTTAA---TTCAGAAAATAA-ACAAATTGAA-AAGTATGTTTC-C-GT-AATTAA---AATGCCACCGTCC-TGT--ATGTCCCA-GATA---CC--TGCC--AT---------------AAGATAAA-CTA-G--ATTCG----AA-TT----TATTAAAATTGGTG-AT-CAA---AG-A---TG--TTG-C-----C-TG-T-T-TTTT-CATT-CATAT--------CA------TTCAAGAA-AG---GGTA------A--CTC-TAT--T--------------------AA---ATGG-------ATATTTT-TATTACA----A-GGTTTT---T--GG-A---------------------A----AAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCA-TTTTAAA-----CT-TTT-A-TTCAA-TTTTTGGTTT-G----AATATTATTT-TT
gi|4 : attaaggtagtatgaaacgttcgtccaagttatccatagactaagtgacgcgttgtgccgcttgaaacacgggcctacttttcggtttaacgtttatgtcgaggaaagaaaacgtttaaAGCCGCACAA-ATATTA-GA--CTT--ATCAGTA--TTATCC---TTTGCCTT-T-TAAAATCGATTATA-TTCGCC-TC-CCAA-GCAT--TGA-C---C--CG-AC-----TATTTTTACCAGCTC-TTTCC---------TT--C-A--TCACT--T-----A-T-------AT-T-GC-ATA-A---TTATATG-TC--GG----GTTGCATAATAAATTG-AGA---------G--CGAA----TA-G-TTAA-TAGC---GACTA--TAGTCA---A--AGG--CTA-----TTACCGG--TA------------CATA--GTT----GA--A---CTT--GGGATTA-TT-AAGTGCA-------GTTTGAA-AT-AAT--A---AAT-CCAACCTACATAT--ATGT-ACA--ATCTTTAA--TGCCCTAA---------------TAGATAAA-CTAGA--ATTCG-A--AAATT----TATT-AA-TT-GTGCAGACAAGAAA--A---TGGTTTGAC-----CTTGAC-T-TTTTATATT-CC-AT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------AACTTCCTAT--TAAAGTATTTTTTCTATGTACAA---A-GGTTTAGGAATA-TTT--ATTACA----A-GGTTTT---TTCGGAAAAAATAAAAGAACAAAAAAAAA----AAAAAATATTC-ACTGTGT---GCCT-TTTTAAAAC---TT-TTTTATATCAATTTTTGCGTTT-G----ACTATAATAT-ATGTTtaa
gi|5 : GGAACCGCACCA-A-AATA-GA--TTTGTATCGCTG--T--------------AT-T--GA---------T--T-CGCT-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CGGAC-----TAC----AC-AG-T---TTCT---------TT--C-AACT-TTTAATG--ATA-TGAATATGAT-G-GT-CAGAG---ATCAATGCTT--GGAG--GC-GAAT--TAA-GCG-ATAACT-CTAC-TAACGGACA--TAAG-TTAT-TAACTGAGGATAATTAGTCAAAAG--TGGGATTAAATTTTTAAGGAGATAT---------CCCA-ACAGCT----TT--A---TTC--AAA-TAAGAC-TATTGAATGAGTATTTTT--A-GTTAATA-ATACAATACCAACCT-C-TGTGAATGT-TCA-GATT---AAAATGCC--AG---------------TAGATAAAACTAGA--TTTCGGA--AA-TT----TATTTAAATT--TGCAT-CAA---A--A---TG--TTG-C-----CATT-C-T-TTTT-AATT-CC-ATAATG---ACA------TTCAAG-A-AGAAAGGTA------A--CTCTTGT--T--------------------AA---A-GA-------TTA-CTTAAATTACAT---AGAGTTTT---T--GGAAG--------------------A----AAAAAATAT-CAA-TGTGT---CCGT-TTTTAA------CTATTT-A-TTCAA-TTTTTGGTTTAG----AATAT-ATTA-TTGTAAC
gi|6 : tttagtcgaggaagaaagtataGGAACTGAACAA-A-AT-A-GAAGTGT--ATCG----------C---T----TATAT-TAA--------------CACC-CC-C--A-ATACCATGAACATTCG-CG-ACAAAAATAAT---ACCAG-TC-TTTTCAACTTTTAATT--G-A--T-ATT--TG--ATAAT-------AT-GTGT-CGG-GATTTTCAATG-TT--GAAACTGT-GAATA-T-AAGCG-ATAAGT-CTAT-A--CGGACC--CC-A-TTTTATAACTTGAATTAAATAGTCA---GTTTGTAGCTAAT-TTTTAAGGG--TATATTTTCACGCCAA-A--GCTTGTGTT--ATTTTTC--AAAATAA-AC-AATTTGA-AAGT-TATTT--a
gi|7 : taagtagtataaacttcgccatattattaactaactgattgtttcacactggaaaacaccggtttctactttcaggtaaaaataacgttttagtcgaggaagaaaagatataACCGCACAA-C-ATTA-GA--TTT--ATTGAT---------------------T-TAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A--CAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TCTTTTCC---------TT--C------ATT--TGAAATA-T-------AT-G-GTCCGG-G---CTCAATG-TT--GGAG--GC--GATA-TAAGCCGCATAAGT-C-AT-A--CGGACACCTA-G-TTTT-TAAt
gi|8 : ggtagtaatgaaagtttcgccatatccataacaaagtgacgcattccgcttgaaaaaacggtaatactttcgtttaacatttttaagtcgaaggaagaacaaagtttagccgaac-T-CGCC-TC-C--ACACAT--TGAGC---CATCG--C-----TATTA--TCCAGCTC-TTTCC---------TTGTC-A--T-ATT--TT--GTA-T-------ATCC-GT-CGG-G---T
gi|9 : acttaaggtagtatgaaacgttcgtcctatccatgcagaatgaggtcctcttgaaaacacgcgttactttcggtaacgtttttagtgaaatatagacgttgtatcagtttcGGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATTG-------------------CAT-----A---------TATT-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CA-AC-----Ta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TAAAGTAGTATGAAACGTTCGTCCATATTATAACTAAGTGACATGTTTTCACTTGAAACACGGCCTACTTTCGGTTTAACG
Unaligned ( gi|12 ): TGCCGCTTGAAATCACGGTCTACGTGTCGGAGGTTTAAAAGTGTTACGTCGAGAGAAAGAA
Unaligned ( gi|15 ): ACCAGTTTAAGGTAGTATGAAACGTTCGTCCA
Unaligned ( gi|17 ): ATTAAGGTAGTATGAAACGTTCGTCCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111 11 11 11111 111 1 222222222 222222222 111 111 22 1 1111 111111 11 444444444 111111111111 2222222222 11 111 11 11 22222222 6666666666666666666 1111 1111 1111 1 22222 111111 11 11111 4444444444444444 111 222222222 777777777777777777777777777777777777777 11 2222 111111 8888888888888888888888888888 111 444444 1111 1 1111 1 222 222
lowQualScore : 5 5 5 66 66 2 777777777777777777777777777777777777777777 8 4 66 4 00 3 777 00 4 11111 555 0 5 000000000 66 9999 5 66 66 555555555 222 5 5 333 5 77 77 22 5 2 3 5 5 0 3333 9999 5 5 5 1 1 555555 6 11 0 0 77 555555555 6 99 666666666666 99 6 6 88 555 0000000000 99 8 3 777 11 0 77 8 88888888 0000000000000000000 8 5555 9999 8 7777 3 6 33333 888888 55 6 66666 3 6 6 6 6 6 7 2222222222222222 8 8 444 555555555 111111111111111111111111111111111111111 8 66 7777 8 666666 5555555555555555555555555555 1 999 8 444 8 111111 8 2222 0 8 7777 8 8 7 1 5 111 111
lowQualScore : . . . .. .. . .......................................... . . .. . .. . ... .. . ..... ... . . ......... .. .... . .. .. ......... ... . . ... . .. .. .. . . . . . . .... .... . . . . . ...... . .. . . .. ......... . .. ............ .. . . .. ... .......... .. . . ... .. . .. . ........ ................... . .... .... . .... . . ..... ...... .. . ..... . . . . . . . ................ . . ... ......... ....................................... . .. .... . ...... ............................ . ... . ... . ...... . .... . . .... . . . . . ... ...
lowQualScore : 0 0 0 99 99 2 222222222222222222222222222222222222222222 9 4 11 4 66 6 888 66 4 11111 222 0 0 000000000 99 0000 0 99 99 222222222 555 0 0 888 7 99 99 66 7 0 9 0 0 1 9999 9999 7 7 7 6 4 999999 6 99 1 7 99 777777777 7 22 333333333333 22 7 7 33 888 8888888888 00 0 2 222 00 8 00 0 44444444 2222222222222222222 0 8888 8888 0 0000 3 7 33333 555555 88 7 77777 5 7 7 7 7 7 3 0000000000000000 0 0 000 000000000 222222222222222222222222222222222222222 0 88 2222 0 000000 6666666666666666666666666666 4 222 0 000 0 000000 0 6666 6 0 0000 8 0 3 0 5 555 555
consensus : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATA--T----C---T----CAT-T-TAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA-T-------AT-G-GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-N--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGNGCTAA--TTTTAAGGG--TAT---------CCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTATGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-NCA-GATN---AA--TGCC--AG---------------TAGATAAA-CTAGA--ATTCG-A--AA-TT----TATT-AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATA-TTT-NATTACAC---AG-GTTTT---T--GGAA---------------------A----AAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA-----CT-TTT--ATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATNATTT-TTGTTACTAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGNCAAAATGTATTTTTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAA
Reference ( family-346 ) : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATA--T----C---T----CAT-T-TAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA-T-------AT-G-GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-N--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGNGCTAA--TTTTAAGGG--TAT---------CCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTATGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-NCA-GATN---AA--TGCC--AG---------------TAGATAAA-CTANA--ATTCG-A--AA-TT----TATT-AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATA-TTT-NATTACAC---AG-GTTTT---T--GGAA---------------------A----AAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA----CCT-TTT--ATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATNATTT-TTGTTACTAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGNCAAAATGTATTTTTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAA
gi|1 : GGAACCGCACAAGA-ATTAAGA--TTT--ATTGA-------------------AG-T-TAA---------TA-TTCGCCATC-C--A-ACATA-TGAAC---C--CG-AC-----TATTTT-ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA---------AT---GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--G-CGAAAA-T-AAGCG-ATAAGTCCTAT-
gi|1 : ttaaggtagtatgaaacgttcgtccatatcaataactaagtactcgttttccacgcttgaaaccacgtcttactttccgtttaacttagtcgaggaagaaaaaagtttaCTAA--T----AGGG--TATATCTTTAACCCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTAT-TTT--AGGT----AATC-A-AATGCCAACCC-T-AAT--A-GTAACATGATA---GA--TGCC--AGAGTAGGCACGTGATTTAGATGAG-CTATGATATTCG-AAGAA-TTTTACTATT-AAATT-GTA-----ATCAAATTAAGTTGT-TTG-CCTTTTCTTG-CATATTTT-CATTATCTATTTATAGGACGATCATTTTCAAA-AGAG---GGTATATCTGA--CTCTAGTTCT--------------------AAATCA-GG-------ATA-TTA-AATTATACTATAG-GTTTTTAAT--GGAA---------------------ACAATAAAATTTAT-T-A-AATGTTTATCCTCTTTTAGAGCGTTCT-TTT--ATTC--ATTTTTTGGTTT-GTTGTAATAAAATTCATTGTT-TTAATAagcgtctattctatattctttataaccatactggataatagtcatttttttctgtaaattctataccattagatagatcagatgcgttgctaagtaaatctaatagggtatatctttaaccccaagctttattcaaaataaacaattgaaaagtattttaggtaatcaaatgccaaccctaatagtaacatgatagatgccagagtaggcacgtgatttagatgagctatgatattcgaagaattttactattaaattgtaatcaaattaagttgtttgccttttcttgcatattttcattatctatttataggacgatcattttcaaaagagggtatatctgactctagttctaaatcaggatattaaattatactataggtttttaatggaaacaataaaatttattaaatgtttatcctcttttagagcgttcttttattcattttttggtttgttgtaataaaattcattgttttaatac
gi|10 : ttaaggtagtatgaaacgttcgtccatatcaataactaagtactcgttttccacgcttgaaaccacgtcttactttccgtttaacttagtcgaggaagaaaaaagtttaggaaccgcacaagaattaagatttattgaagttaatattcgccatccaacatatgaacccgactattttaccagtctttccttcatatttgataatgtcgggttcaatgttggaggcgaaaataagcgataagtcctatagcgtctattctatattctttataaccatactggataatagtcatttttttctgtaaattctataccattagatagatcagatgcgttgctaagtaaatCG-ATAAGT-CTAT-A--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTAGGATTAATTAGTCA---G--TGGGGATAA--TTTTAAGGG--TAT---------Cc
gi|13 : TTAGGCCAAA-TGTATTTTTTTTTTCCGTTTT---AAAAACAAATCTAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggtgaaggatatg
gi|14 : -AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTCT-TATT-CCTAT-------A
gi|16 : AACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGAGCTAA--TT
gi|2 : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATAATT----CGATTA---CAT-TGTAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGA-C---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA-T-------AT-G-GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-T--CGGACC--TA-G-TTTT-AAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGTGCTAA--TTCTAAGGG--TAT---------TCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AGGTGTGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-CCA-GAT----AA--TGCC--A----------------TAGATAAA-CTATA--ATTCG-A--GA-TT----TATT-AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATA-TTT-TATTAAAC---AA-GTTTT---T--GG-A---------------------A----GAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA-----CT-TTT--ATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATCATTT-TTGTTACTAATA
gi|2 : TTAGGACAAAATGTA---TTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAAtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaggacaaaatgtatttttttccgtttttaaaaaaacaaatctaaaaa
gi|3 : ggaaccgcacaaaattagatttatcgataattcgattacattgtaatatcgcctccaacattgacccgactatttaccagtctttccttcatatttgatatatggtcgggttcaatgttggaggccgaatataaagcgataagtctattcggacctagttttaaacttggattaattagtcagtggtgctaattctaagggtattccaagctttattcaaaataaacaattgaaaggtgtgtttagtaataaatgccaacctctatatgtccagataatgccatagataaactataattcgagatttattaaattgtgatcaaaatgttgccttgctttttcattcctatacattcaagaagggtaactcctgttaaaggatattttattaaacaagtttttggaagaaaattatcatgtgttcctttttaaacttttatttcaattttttggtttgaatatcatttttgttactaatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGAACCGTA-AA-A-ATTA-GA--TTT--AT-GATA--T--------------------AA---------T--T-CGCCCTCGC--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACGAG-TC-TTTCT---------TC--CAA--T-ATT--TG--ATA-TCA-----GT-G-GT-CGG-GT--TTCAATA-TTGAGGAG--G-CGAATA-T-ATGCG-ATAAGT-CTATAC--CGG--A--TA-GTTTTT-TAACTTGGATTACTTAGTCAG--G--TGGTGCT-A--TTCTAA-GG--TAT---------CCCA-A--GCT----TTTAA---TTCAGAAAATAA-ACAAATTGAA-AAGTATGTTTC-C-GT----AATTAA-AATGCCACCGTCC-TGT--ATGTCCCA-GATA---CC--TGCC--AT---------------AAGATAAA-CTAG---ATTCG----AA-TT----TATTAAAATTGGTG-----ATCAAAG-A---TG--TTG-C-----C-TG-T-T-TTTT-CATT-CATAT--------CA------TTCAAGAA-AG---GGTA------A--CT-CTAT--T--------------------AA---ATGG-------ATATTTT-TATTACA----AG-GTTTT---T--GG-A---------------------A----AAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCA-TTTTAAA-----CT-TTT--A-TTCAA-TTTTTGGTTT-G----AATATTATTT-TT
gi|4 : attaaggtagtatgaaacgttcgtccaagttatccatagactaagtgacgcgttgtgccgcttgaaacacgggcctacttttcggtttaacgtttatgtcgaggaaagaaaacgtttaaAGCCGCACAA-ATATTA-GA--CTT--ATCAGTA--TTATCC---TTTGCCTT-T-TAAAATCGATTATA-TTCGCC-TC-CCAA-GCAT--TGA-C---C--CG-AC-----TATTTTTACCAGCTC-TTTCC---------TT--C-A--TCACT--T-----A-T-------AT-T-GC-ATA-A---TTATATG-TC--GG----GTTGCATAATAAATTG-AGA---------G--CGAA----TA-G-TTAA-TAGC---GACTA--TAGTCA---A--AGG--CTA-----TTACCGG--TA------------CATA--GTT----GA--A---CTT--GGGATTA-TT-AAGTGCA-------GTTTGAA-AT----AAT--A-AAT-CCAACCTACATAT--ATGT-ACA--ATCTTTAA--TGCCCTAA---------------TAGATAAA-CTAGA--ATTCG-A--AAATT----TATT-AA-TT-GTGCAGACAAGAAA--A---TGGTTTGAC-----CTTGAC-T-TTTTATATT-CC-AT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------AACTTCCTAT--TAAAGTATTTTTTCTATGTACAA---A-GGTTTAGGAATA-TTT--ATTACA----AG-GTTTT---TTCGGAAAAAATAAAAGAACAAAAAAAAA----AAAAAATATTC-ACTGTGT---GCCT-TTTTAAA----ACT-TTTTTATATCAATTTTTGCGTTT-G----ACTATAATAT-ATGTTtaa
gi|5 : GGAACCGCACCA-A-AATA-GA--TTTGTATCGCTG--T--------------AT-T--GA---------T--T-CGCT-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CGGAC-----TAC----AC-AG-T---TTCT---------TT--C-AACT-TTTAATG--ATA-TGAATATGAT-G-GT-CAGAG---ATCAATGCTT--GGAG--GC-GAAT--TAA-GCG-ATAACT-CTAC-TAACGGACA--TAAG-TTAT-TAACTGAGGATAATTAGTCAAAAG--TGGGATTAAATTTTTAAGGAGATAT---------CCCA-ACAGCT----TT--A---TTC--AAA-TAAGAC-TATTGAATGAGTATTTTT--A-GTTAATAAT--ACAATACCAACCT-C-TGTGAATGT-TCA-GATT---AAAATGCC--AG---------------TAGATAAAACTAGA--TTTCGGA--AA-TT----TATTTAAATT--TGC----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CATT-C-T-TTTT-AATT-CC-ATAATG---ACA------TTCAAG-A-AGAAAGGTA------A--CTCTTGT--T--------------------AA---A-GA-------TTA-CTTAAATTACAT---AGAGTTTT---T--GGAAG--------------------A----AAAAAATAT-CAA-TGTGT---CCGT-TTTTAA------CTATTT--A-TTCAA-TTTTTGGTTTAG----AATAT-ATTA-TTGTAAC
gi|6 : tttagtcgaggaagaaagtataGGAACTGAACAA-A-AT-A-GAAGTGT--ATCG----------C---T----TATAT-TAA--------------CACC-CC-C--A-ATACCATGAACATTCG-CG-ACAAAAATAAT---ACCAG-TC-TTTTCAACTTTTAATT--G-A--T-ATT--TG--ATAAT-------AT-GTGT-CGG-GATTTTCAATG-TT--GAAACTGT-GAATA-T-AAGCG-ATAAGT-CTAT-A--CGGACC--CC-A-TTTTATAACTTGAATTAAATAGTCA---GTTTGTAGCTAAT-TTTTAAGGG--TATATTTTCACGCCAA-A--GCTTGTGTT--ATTTTTC--AAAATAA-AC-AATTTGA-AAGT-TATTT--a
gi|7 : taagtagtataaacttcgccatattattaactaactgattgtttcacactggaaaacaccggtttctactttcaggtaaaaataacgttttagtcgaggaagaaaagatataACCGCACAA-C-ATTA-GA--TTT--ATTGAT---------------------T-TAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A--CAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TCTTTTCC---------TT--C------ATT--TGAAATA-T-------AT-G-GTCCGG-G---CTCAATG-TT--GGAG--GC--GATA-TAAGCCGCATAAGT-C-AT-A--CGGACACCTA-G-TTTT-TAAt
gi|8 : ggtagtaatgaaagtttcgccatatccataacaaagtgacgcattccgcttgaaaaaacggtaatactttcgtttaacatttttaagtcgaaggaagaacaaagtttagccgaac-T-CGCC-TC-C--ACACAT--TGAGC---CATCG--C-----TATTA--TCCAGCTC-TTTCC---------TTGTC-A--T-ATT--TT--GTA-T-------ATCC-GT-CGG-G---T
gi|9 : acttaaggtagtatgaaacgttcgtcctatccatgcagaatgaggtcctcttgaaaacacgcgttactttcggtaacgtttttagtgaaatatagacgttgtatcagtttcGGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATTG-------------------CAT-----A---------TATT-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CA-AC-----Ta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TAAAGTAGTATGAAACGTTCGTCCATATTATAACTAAGTGACATGTTTTCACTTGAAACACGGCCTACTTTCGGTTTAACG
Unaligned ( gi|12 ): TGCCGCTTGAAATCACGGTCTACGTGTCGGAGGTTTAAAAGTGTTACGTCGAGAGAAAGAA
Unaligned ( gi|15 ): ACCAGTTTAAGGTAGTATGAAACGTTCGTCCA
Unaligned ( gi|17 ): ATTAAGGTAGTATGAAACGTTCGTCCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111 11 11 11111 111 1 222222222 222222222 111 111 22 1 1111 111111 11 444444444 111111111111 2222222222 11 111 11 11 22222222 6666666666666666666 1111 1111 1111 1 22222 111111 11 11111 4444444444444444 111 222222222 777777777777777777777777777777777777777 11 2222 111111 8888888888888888888888888888 111 33333 1 1 1111 1 222 222
lowQualScore : 5 5 5 66 66 2 777777777777777777777777777777777777777777 8 4 66 4 00 3 777 00 4 11111 555 0 5 000000000 66 9999 5 66 66 555555555 222 5 5 333 5 77 77 22 5 2 3 5 5 0 3333 9999 5 5 5 1 1 555555 6 11 0 0 77 555555555 6 99 666666666666 99 6 6 88 555 0000000000 99 8 3 777 11 0 77 8 88888888 0000000000000000000 8 1111 9999 8 7777 3 6 33333 888888 55 6 66666 3 6 6 6 6 6 7 2222222222222222 8 8 444 555555555 111111111111111111111111111111111111111 8 66 7777 8 666666 5555555555555555555555555555 1 999 8 444 8 0 44444 8 0 0 8 7777 8 8 7 1 5 111 111
lowQualScore : . . . .. .. . .......................................... . . .. . .. . ... .. . ..... ... . . ......... .. .... . .. .. ......... ... . . ... . .. .. .. . . . . . . .... .... . . . . . ...... . .. . . .. ......... . .. ............ .. . . .. ... .......... .. . . ... .. . .. . ........ ................... . .... .... . .... . . ..... ...... .. . ..... . . . . . . . ................ . . ... ......... ....................................... . .. .... . ...... ............................ . ... . ... . . ..... . . . . .... . . . . . ... ...
lowQualScore : 0 0 0 99 99 2 222222222222222222222222222222222222222222 9 4 11 4 66 6 888 66 4 11111 222 0 0 000000000 99 0000 0 99 99 222222222 555 0 0 888 7 99 99 66 7 0 9 0 0 1 9999 9999 7 7 7 6 4 999999 6 99 1 7 99 777777777 7 22 333333333333 22 7 7 33 888 8888888888 00 0 2 222 00 8 00 0 44444444 2222222222222222222 0 8888 8888 0 0000 3 7 33333 555555 88 7 77777 5 7 7 7 7 7 3 0000000000000000 0 0 000 000000000 222222222222222222222222222222222222222 0 88 2222 0 000000 6666666666666666666666666666 4 222 0 000 0 8 00000 0 6 6 0 0000 8 0 3 0 5 555 555
consensus : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATA--T----C---T----CAT-T-TAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA-T-------AT-G-GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-N--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGNGCTAA--TTTTAAGGG--TAT---------CCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTATGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-NCA-GATN---AA--TGCC--AG---------------TAGATAAA-CTA-GA-ATTCG-A--AA-TT----TATT-AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATA-TTT-NATTACAC---AG-GTTTT---T--GGAA---------------------A----AAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA-C---CT-TTTATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATNATTT-TTGTTACTAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGNCAAAATGTATTTTTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAA
Reference ( family-346 ) : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATA--T----C---T----CAT-T-TAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA-T-------AT-G-GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-N--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGNGCTAA--TTTTAAGGG--TAT---------CCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTATGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-NCA-GATN---AA--TGCC--AG---------------TAGATAAA-CTA-GA-ATTCG-A--AA-TT----TATT-AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATA-TTT-NATTACAC---AG-GTTTT---T--GGAA---------------------A----AAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA-----CT-TTTATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATNATTT-TTGTTACTAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGNCAAAATGTATTTTTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAA
gi|1 : GGAACCGCACAAGA-ATTAAGA--TTT--ATTGA-------------------AG-T-TAA---------TA-TTCGCCATC-C--A-ACATA-TGAAC---C--CG-AC-----TATTTT-ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA---------AT---GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--G-CGAAAA-T-AAGCG-ATAAGTCCTAT-
gi|1 : ttaaggtagtatgaaacgttcgtccatatcaataactaagtactcgttttccacgcttgaaaccacgtcttactttccgtttaacttagtcgaggaagaaaaaagtttaCTAA--T----AGGG--TATATCTTTAACCCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTAT-TTT--AGGT----AATC-A-AATGCCAACCC-T-AAT--A-GTAACATGATA---GA--TGCC--AGAGTAGGCACGTGATTTAGATGAG-CTATGATATTCG-AAGAA-TTTTACTATT-AAATT-GTA-----ATCAAATTAAGTTGT-TTG-CCTTTTCTTG-CATATTTT-CATTATCTATTTATAGGACGATCATTTTCAAA-AGAG---GGTATATCTGA--CTCTAGTTCT--------------------AAATCA-GG-------ATA-TTA-AATTATACTATAG-GTTTTTAAT--GGAA---------------------ACAATAAAATTTAT-T-A-AATGTTTATCCTCTTTTAGAGCGTTCT-TTTATTC--ATTTTTTGGTTT-GTTGTAATAAAATTCATTGTT-TTAATAagcgtctattctatattctttataaccatactggataatagtcatttttttctgtaaattctataccattagatagatcagatgcgttgctaagtaaatctaatagggtatatctttaaccccaagctttattcaaaataaacaattgaaaagtattttaggtaatcaaatgccaaccctaatagtaacatgatagatgccagagtaggcacgtgatttagatgagctatgatattcgaagaattttactattaaattgtaatcaaattaagttgtttgccttttcttgcatattttcattatctatttataggacgatcattttcaaaagagggtatatctgactctagttctaaatcaggatattaaattatactataggtttttaatggaaacaataaaatttattaaatgtttatcctcttttagagcgttcttttattcattttttggtttgttgtaataaaattcattgttttaatac
gi|10 : ttaaggtagtatgaaacgttcgtccatatcaataactaagtactcgttttccacgcttgaaaccacgtcttactttccgtttaacttagtcgaggaagaaaaaagtttaggaaccgcacaagaattaagatttattgaagttaatattcgccatccaacatatgaacccgactattttaccagtctttccttcatatttgataatgtcgggttcaatgttggaggcgaaaataagcgataagtcctatagcgtctattctatattctttataaccatactggataatagtcatttttttctgtaaattctataccattagatagatcagatgcgttgctaagtaaatCG-ATAAGT-CTAT-A--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTAGGATTAATTAGTCA---G--TGGGGATAA--TTTTAAGGG--TAT---------Cc
gi|13 : TTAGGCCAAA-TGTATTTTTTTTTTCCGTTTT---AAAAACAAATCTAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggtgaaggatatg
gi|14 : -AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTCT-TATT-CCTAT-------A
gi|16 : AACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGAGCTAA--TT
gi|2 : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATAATT----CGATTA---CAT-TGTAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGA-C---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA-T-------AT-G-GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-T--CGGACC--TA-G-TTTT-AAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGTGCTAA--TTCTAAGGG--TAT---------TCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AGGTGTGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-CCA-GAT----AA--TGCC--A----------------TAGATAAA-CTA-TA-ATTCG-A--GA-TT----TATT-AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATA-TTT-TATTAAAC---AA-GTTTT---T--GG-A---------------------A----GAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA-----CT-TTTATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATCATTT-TTGTTACTAATA
gi|2 : TTAGGACAAAATGTA---TTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAAtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaggacaaaatgtatttttttccgtttttaaaaaaacaaatctaaaaa
gi|3 : ggaaccgcacaaaattagatttatcgataattcgattacattgtaatatcgcctccaacattgacccgactatttaccagtctttccttcatatttgatatatggtcgggttcaatgttggaggccgaatataaagcgataagtctattcggacctagttttaaacttggattaattagtcagtggtgctaattctaagggtattccaagctttattcaaaataaacaattgaaaggtgtgtttagtaataaatgccaacctctatatgtccagataatgccatagataaactataattcgagatttattaaattgtgatcaaaatgttgccttgctttttcattcctatacattcaagaagggtaactcctgttaaaggatattttattaaacaagtttttggaagaaaattatcatgtgttcctttttaaacttttatttcaattttttggtttgaatatcatttttgttactaatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGAACCGTA-AA-A-ATTA-GA--TTT--AT-GATA--T--------------------AA---------T--T-CGCCCTCGC--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACGAG-TC-TTTCT---------TC--CAA--T-ATT--TG--ATA-TCA-----GT-G-GT-CGG-GT--TTCAATA-TTGAGGAG--G-CGAATA-T-ATGCG-ATAAGT-CTATAC--CGG--A--TA-GTTTTT-TAACTTGGATTACTTAGTCAG--G--TGGTGCT-A--TTCTAA-GG--TAT---------CCCA-A--GCT----TTTAA---TTCAGAAAATAA-ACAAATTGAA-AAGTATGTTTC-C-GT----AATTAA-AATGCCACCGTCC-TGT--ATGTCCCA-GATA---CC--TGCC--AT---------------AAGATAAA-CTA-G--ATTCG----AA-TT----TATTAAAATTGGTG-----ATCAAAG-A---TG--TTG-C-----C-TG-T-T-TTTT-CATT-CATAT--------CA------TTCAAGAA-AG---GGTA------A--CT-CTAT--T--------------------AA---ATGG-------ATATTTT-TATTACA----AG-GTTTT---T--GG-A---------------------A----AAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCA-TTTTAAA-----CT-TTTA-TTCAA-TTTTTGGTTT-G----AATATTATTT-TT
gi|4 : attaaggtagtatgaaacgttcgtccaagttatccatagactaagtgacgcgttgtgccgcttgaaacacgggcctacttttcggtttaacgtttatgtcgaggaaagaaaacgtttaaAGCCGCACAA-ATATTA-GA--CTT--ATCAGTA--TTATCC---TTTGCCTT-T-TAAAATCGATTATA-TTCGCC-TC-CCAA-GCAT--TGA-C---C--CG-AC-----TATTTTTACCAGCTC-TTTCC---------TT--C-A--TCACT--T-----A-T-------AT-T-GC-ATA-A---TTATATG-TC--GG----GTTGCATAATAAATTG-AGA---------G--CGAA----TA-G-TTAA-TAGC---GACTA--TAGTCA---A--AGG--CTA-----TTACCGG--TA------------CATA--GTT----GA--A---CTT--GGGATTA-TT-AAGTGCA-------GTTTGAA-AT----AAT--A-AAT-CCAACCTACATAT--ATGT-ACA--ATCTTTAA--TGCCCTAA---------------TAGATAAA-CTA-GA-ATTCG-A--AAATT----TATT-AA-TT-GTGCAGACAAGAAA--A---TGGTTTGAC-----CTTGAC-T-TTTTATATT-CC-AT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------AACTTCCTAT--TAAAGTATTTTTTCTATGTACAA---A-GGTTTAGGAATA-TTT--ATTACA----AG-GTTTT---TTCGGAAAAAATAAAAGAACAAAAAAAAA----AAAAAATATTC-ACTGTGT---GCCT-TTTTAAAACT--TT-TTTATATCAATTTTTGCGTTT-G----ACTATAATAT-ATGTTtaa
gi|5 : GGAACCGCACCA-A-AATA-GA--TTTGTATCGCTG--T--------------AT-T--GA---------T--T-CGCT-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CGGAC-----TAC----AC-AG-T---TTCT---------TT--C-AACT-TTTAATG--ATA-TGAATATGAT-G-GT-CAGAG---ATCAATGCTT--GGAG--GC-GAAT--TAA-GCG-ATAACT-CTAC-TAACGGACA--TAAG-TTAT-TAACTGAGGATAATTAGTCAAAAG--TGGGATTAAATTTTTAAGGAGATAT---------CCCA-ACAGCT----TT--A---TTC--AAA-TAAGAC-TATTGAATGAGTATTTTT--A-GTTAATAAT--ACAATACCAACCT-C-TGTGAATGT-TCA-GATT---AAAATGCC--AG---------------TAGATAAAACTA-GA-TTTCGGA--AA-TT----TATTTAAATT--TGC----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CATT-C-T-TTTT-AATT-CC-ATAATG---ACA------TTCAAG-A-AGAAAGGTA------A--CTCTTGT--T--------------------AA---A-GA-------TTA-CTTAAATTACAT---AGAGTTTT---T--GGAAG--------------------A----AAAAAATAT-CAA-TGTGT---CCGT-TTTT-AA-----CTATTTA-TTCAA-TTTTTGGTTTAG----AATAT-ATTA-TTGTAAC
gi|6 : tttagtcgaggaagaaagtataGGAACTGAACAA-A-AT-A-GAAGTGT--ATCG----------C---T----TATAT-TAA--------------CACC-CC-C--A-ATACCATGAACATTCG-CG-ACAAAAATAAT---ACCAG-TC-TTTTCAACTTTTAATT--G-A--T-ATT--TG--ATAAT-------AT-GTGT-CGG-GATTTTCAATG-TT--GAAACTGT-GAATA-T-AAGCG-ATAAGT-CTAT-A--CGGACC--CC-A-TTTTATAACTTGAATTAAATAGTCA---GTTTGTAGCTAAT-TTTTAAGGG--TATATTTTCACGCCAA-A--GCTTGTGTT--ATTTTTC--AAAATAA-AC-AATTTGA-AAGT-TATTT--a
gi|7 : taagtagtataaacttcgccatattattaactaactgattgtttcacactggaaaacaccggtttctactttcaggtaaaaataacgttttagtcgaggaagaaaagatataACCGCACAA-C-ATTA-GA--TTT--ATTGAT---------------------T-TAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A--CAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TCTTTTCC---------TT--C------ATT--TGAAATA-T-------AT-G-GTCCGG-G---CTCAATG-TT--GGAG--GC--GATA-TAAGCCGCATAAGT-C-AT-A--CGGACACCTA-G-TTTT-TAAt
gi|8 : ggtagtaatgaaagtttcgccatatccataacaaagtgacgcattccgcttgaaaaaacggtaatactttcgtttaacatttttaagtcgaaggaagaacaaagtttagccgaac-T-CGCC-TC-C--ACACAT--TGAGC---CATCG--C-----TATTA--TCCAGCTC-TTTCC---------TTGTC-A--T-ATT--TT--GTA-T-------ATCC-GT-CGG-G---T
gi|9 : acttaaggtagtatgaaacgttcgtcctatccatgcagaatgaggtcctcttgaaaacacgcgttactttcggtaacgtttttagtgaaatatagacgttgtatcagtttcGGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATTG-------------------CAT-----A---------TATT-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CA-AC-----Ta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TAAAGTAGTATGAAACGTTCGTCCATATTATAACTAAGTGACATGTTTTCACTTGAAACACGGCCTACTTTCGGTTTAACG
Unaligned ( gi|12 ): TGCCGCTTGAAATCACGGTCTACGTGTCGGAGGTTTAAAAGTGTTACGTCGAGAGAAAGAA
Unaligned ( gi|15 ): ACCAGTTTAAGGTAGTATGAAACGTTCGTCCA
Unaligned ( gi|17 ): ATTAAGGTAGTATGAAACGTTCGTCCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111 11 11 11111 111 1 222222222 222222222 111 111 22 1 1111 111111 11 444444444 111111111111 2222222222 11 111 11 11 22222222 6666666666666666666 1111 1111 1111 1 22222 111111 11 11111 4444444444444444 111 222222222 777777777777777777777777777777777777777 11 2222 111111 8888888888888888888888888888 111 444444 1111 1 1111 1 222 222
lowQualScore : 5 5 5 66 66 2 777777777777777777777777777777777777777777 8 4 66 4 00 3 777 00 4 11111 555 0 5 000000000 66 9999 5 66 66 555555555 222 5 5 333 5 77 77 22 5 2 3 5 5 0 3333 9999 5 5 5 1 1 555555 6 11 0 0 77 555555555 6 99 666666666666 99 6 6 88 555 0000000000 99 8 3 777 11 0 77 8 88888888 0000000000000000000 8 1111 9999 8 7777 3 6 33333 888888 55 6 66666 3 6 6 6 6 6 7 2222222222222222 8 8 444 555555555 111111111111111111111111111111111111111 8 66 7777 8 666666 5555555555555555555555555555 1 999 8 444 8 111111 8 2222 0 8 7777 8 8 7 1 5 111 111
lowQualScore : . . . .. .. . .......................................... . . .. . .. . ... .. . ..... ... . . ......... .. .... . .. .. ......... ... . . ... . .. .. .. . . . . . . .... .... . . . . . ...... . .. . . .. ......... . .. ............ .. . . .. ... .......... .. . . ... .. . .. . ........ ................... . .... .... . .... . . ..... ...... .. . ..... . . . . . . . ................ . . ... ......... ....................................... . .. .... . ...... ............................ . ... . ... . ...... . .... . . .... . . . . . ... ...
lowQualScore : 0 0 0 99 99 2 222222222222222222222222222222222222222222 9 4 11 4 66 6 888 66 4 11111 222 0 0 000000000 99 0000 0 99 99 222222222 555 0 0 888 7 99 99 66 7 0 9 0 0 1 9999 9999 7 7 7 6 4 999999 6 99 1 7 99 777777777 7 22 333333333333 22 7 7 33 888 8888888888 00 0 2 222 00 8 00 0 44444444 2222222222222222222 0 8888 8888 0 0000 3 7 33333 555555 88 7 77777 5 7 7 7 7 7 3 0000000000000000 0 0 000 000000000 222222222222222222222222222222222222222 0 88 2222 0 000000 6666666666666666666666666666 4 222 0 000 0 000000 0 6666 6 0 0000 8 0 3 0 5 555 555
consensus : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATA--T----C---T----CAT-T-TAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA-T-------AT-G-GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-N--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGNGCTAA--TTTTAAGGG--TAT---------CCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTATGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-NCA-GATN---AA--TGCC--AG---------------TAGATAAA-CTA-GA-ATTCG-A--AA-TT----TATT-AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATA-TTT-NATTACAC---AG-GTTTT---T--GGAA---------------------A----AAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA-----CT-TTT--ATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATNATTT-TTGTTACTAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGNCAAAATGTATTTTTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAA
Reference ( family-346 ) : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATA--T----C---T----CAT-T-TAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA-T-------AT-G-GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-N--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGNGCTAA--TTTTAAGGG--TAT---------CCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTATGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-NCA-GATN---AA--TGCC--AG---------------TAGATAAA-CTA-GA-ATTCG-A--AA-TT----TATT-AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATA-TTT-NATTACAC---AG-GTTTT---T--GGAA---------------------A----AAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA----CCT-TTT--ATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATNATTT-TTGTTACTAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGNCAAAATGTATTTTTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAA
gi|1 : GGAACCGCACAAGA-ATTAAGA--TTT--ATTGA-------------------AG-T-TAA---------TA-TTCGCCATC-C--A-ACATA-TGAAC---C--CG-AC-----TATTTT-ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA---------AT---GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--G-CGAAAA-T-AAGCG-ATAAGTCCTAT-
gi|1 : ttaaggtagtatgaaacgttcgtccatatcaataactaagtactcgttttccacgcttgaaaccacgtcttactttccgtttaacttagtcgaggaagaaaaaagtttaCTAA--T----AGGG--TATATCTTTAACCCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTAT-TTT--AGGT----AATC-A-AATGCCAACCC-T-AAT--A-GTAACATGATA---GA--TGCC--AGAGTAGGCACGTGATTTAGATGAG-CTATGATATTCG-AAGAA-TTTTACTATT-AAATT-GTA-----ATCAAATTAAGTTGT-TTG-CCTTTTCTTG-CATATTTT-CATTATCTATTTATAGGACGATCATTTTCAAA-AGAG---GGTATATCTGA--CTCTAGTTCT--------------------AAATCA-GG-------ATA-TTA-AATTATACTATAG-GTTTTTAAT--GGAA---------------------ACAATAAAATTTAT-T-A-AATGTTTATCCTCTTTTAGAGCGTTCT-TTT--ATTC--ATTTTTTGGTTT-GTTGTAATAAAATTCATTGTT-TTAATAagcgtctattctatattctttataaccatactggataatagtcatttttttctgtaaattctataccattagatagatcagatgcgttgctaagtaaatctaatagggtatatctttaaccccaagctttattcaaaataaacaattgaaaagtattttaggtaatcaaatgccaaccctaatagtaacatgatagatgccagagtaggcacgtgatttagatgagctatgatattcgaagaattttactattaaattgtaatcaaattaagttgtttgccttttcttgcatattttcattatctatttataggacgatcattttcaaaagagggtatatctgactctagttctaaatcaggatattaaattatactataggtttttaatggaaacaataaaatttattaaatgtttatcctcttttagagcgttcttttattcattttttggtttgttgtaataaaattcattgttttaatac
gi|10 : ttaaggtagtatgaaacgttcgtccatatcaataactaagtactcgttttccacgcttgaaaccacgtcttactttccgtttaacttagtcgaggaagaaaaaagtttaggaaccgcacaagaattaagatttattgaagttaatattcgccatccaacatatgaacccgactattttaccagtctttccttcatatttgataatgtcgggttcaatgttggaggcgaaaataagcgataagtcctatagcgtctattctatattctttataaccatactggataatagtcatttttttctgtaaattctataccattagatagatcagatgcgttgctaagtaaatCG-ATAAGT-CTAT-A--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTAGGATTAATTAGTCA---G--TGGGGATAA--TTTTAAGGG--TAT---------Cc
gi|13 : TTAGGCCAAA-TGTATTTTTTTTTTCCGTTTT---AAAAACAAATCTAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggtgaaggatatg
gi|14 : -AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTCT-TATT-CCTAT-------A
gi|16 : AACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGAGCTAA--TT
gi|2 : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATAATT----CGATTA---CAT-TGTAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGA-C---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA-T-------AT-G-GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-T--CGGACC--TA-G-TTTT-AAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGTGCTAA--TTCTAAGGG--TAT---------TCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AGGTGTGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-CCA-GAT----AA--TGCC--A----------------TAGATAAA-CTA-TA-ATTCG-A--GA-TT----TATT-AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATA-TTT-TATTAAAC---AA-GTTTT---T--GG-A---------------------A----GAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA-----CT-TTT--ATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATCATTT-TTGTTACTAATA
gi|2 : TTAGGACAAAATGTA---TTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAAtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaggacaaaatgtatttttttccgtttttaaaaaaacaaatctaaaaa
gi|3 : ggaaccgcacaaaattagatttatcgataattcgattacattgtaatatcgcctccaacattgacccgactatttaccagtctttccttcatatttgatatatggtcgggttcaatgttggaggccgaatataaagcgataagtctattcggacctagttttaaacttggattaattagtcagtggtgctaattctaagggtattccaagctttattcaaaataaacaattgaaaggtgtgtttagtaataaatgccaacctctatatgtccagataatgccatagataaactataattcgagatttattaaattgtgatcaaaatgttgccttgctttttcattcctatacattcaagaagggtaactcctgttaaaggatattttattaaacaagtttttggaagaaaattatcatgtgttcctttttaaacttttatttcaattttttggtttgaatatcatttttgttactaatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGAACCGTA-AA-A-ATTA-GA--TTT--AT-GATA--T--------------------AA---------T--T-CGCCCTCGC--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACGAG-TC-TTTCT---------TC--CAA--T-ATT--TG--ATA-TCA-----GT-G-GT-CGG-GT--TTCAATA-TTGAGGAG--G-CGAATA-T-ATGCG-ATAAGT-CTATAC--CGG--A--TA-GTTTTT-TAACTTGGATTACTTAGTCAG--G--TGGTGCT-A--TTCTAA-GG--TAT---------CCCA-A--GCT----TTTAA---TTCAGAAAATAA-ACAAATTGAA-AAGTATGTTTC-C-GT----AATTAA-AATGCCACCGTCC-TGT--ATGTCCCA-GATA---CC--TGCC--AT---------------AAGATAAA-CTA-G--ATTCG----AA-TT----TATTAAAATTGGTG-----ATCAAAG-A---TG--TTG-C-----C-TG-T-T-TTTT-CATT-CATAT--------CA------TTCAAGAA-AG---GGTA------A--CT-CTAT--T--------------------AA---ATGG-------ATATTTT-TATTACA----AG-GTTTT---T--GG-A---------------------A----AAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCA-TTTTAAA-----CT-TTT--A-TTCAA-TTTTTGGTTT-G----AATATTATTT-TT
gi|4 : attaaggtagtatgaaacgttcgtccaagttatccatagactaagtgacgcgttgtgccgcttgaaacacgggcctacttttcggtttaacgtttatgtcgaggaaagaaaacgtttaaAGCCGCACAA-ATATTA-GA--CTT--ATCAGTA--TTATCC---TTTGCCTT-T-TAAAATCGATTATA-TTCGCC-TC-CCAA-GCAT--TGA-C---C--CG-AC-----TATTTTTACCAGCTC-TTTCC---------TT--C-A--TCACT--T-----A-T-------AT-T-GC-ATA-A---TTATATG-TC--GG----GTTGCATAATAAATTG-AGA---------G--CGAA----TA-G-TTAA-TAGC---GACTA--TAGTCA---A--AGG--CTA-----TTACCGG--TA------------CATA--GTT----GA--A---CTT--GGGATTA-TT-AAGTGCA-------GTTTGAA-AT----AAT--A-AAT-CCAACCTACATAT--ATGT-ACA--ATCTTTAA--TGCCCTAA---------------TAGATAAA-CTA-GA-ATTCG-A--AAATT----TATT-AA-TT-GTGCAGACAAGAAA--A---TGGTTTGAC-----CTTGAC-T-TTTTATATT-CC-AT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------AACTTCCTAT--TAAAGTATTTTTTCTATGTACAA---A-GGTTTAGGAATA-TTT--ATTACA----AG-GTTTT---TTCGGAAAAAATAAAAGAACAAAAAAAAA----AAAAAATATTC-ACTGTGT---GCCT-TTTTAAA----ACT-TTTTTATATCAATTTTTGCGTTT-G----ACTATAATAT-ATGTTtaa
gi|5 : GGAACCGCACCA-A-AATA-GA--TTTGTATCGCTG--T--------------AT-T--GA---------T--T-CGCT-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CGGAC-----TAC----AC-AG-T---TTCT---------TT--C-AACT-TTTAATG--ATA-TGAATATGAT-G-GT-CAGAG---ATCAATGCTT--GGAG--GC-GAAT--TAA-GCG-ATAACT-CTAC-TAACGGACA--TAAG-TTAT-TAACTGAGGATAATTAGTCAAAAG--TGGGATTAAATTTTTAAGGAGATAT---------CCCA-ACAGCT----TT--A---TTC--AAA-TAAGAC-TATTGAATGAGTATTTTT--A-GTTAATAAT--ACAATACCAACCT-C-TGTGAATGT-TCA-GATT---AAAATGCC--AG---------------TAGATAAAACTA-GA-TTTCGGA--AA-TT----TATTTAAATT--TGC----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CATT-C-T-TTTT-AATT-CC-ATAATG---ACA------TTCAAG-A-AGAAAGGTA------A--CTCTTGT--T--------------------AA---A-GA-------TTA-CTTAAATTACAT---AGAGTTTT---T--GGAAG--------------------A----AAAAAATAT-CAA-TGTGT---CCGT-TTTTAA------CTATTT--A-TTCAA-TTTTTGGTTTAG----AATAT-ATTA-TTGTAAC
gi|6 : tttagtcgaggaagaaagtataGGAACTGAACAA-A-AT-A-GAAGTGT--ATCG----------C---T----TATAT-TAA--------------CACC-CC-C--A-ATACCATGAACATTCG-CG-ACAAAAATAAT---ACCAG-TC-TTTTCAACTTTTAATT--G-A--T-ATT--TG--ATAAT-------AT-GTGT-CGG-GATTTTCAATG-TT--GAAACTGT-GAATA-T-AAGCG-ATAAGT-CTAT-A--CGGACC--CC-A-TTTTATAACTTGAATTAAATAGTCA---GTTTGTAGCTAAT-TTTTAAGGG--TATATTTTCACGCCAA-A--GCTTGTGTT--ATTTTTC--AAAATAA-AC-AATTTGA-AAGT-TATTT--a
gi|7 : taagtagtataaacttcgccatattattaactaactgattgtttcacactggaaaacaccggtttctactttcaggtaaaaataacgttttagtcgaggaagaaaagatataACCGCACAA-C-ATTA-GA--TTT--ATTGAT---------------------T-TAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A--CAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TCTTTTCC---------TT--C------ATT--TGAAATA-T-------AT-G-GTCCGG-G---CTCAATG-TT--GGAG--GC--GATA-TAAGCCGCATAAGT-C-AT-A--CGGACACCTA-G-TTTT-TAAt
gi|8 : ggtagtaatgaaagtttcgccatatccataacaaagtgacgcattccgcttgaaaaaacggtaatactttcgtttaacatttttaagtcgaaggaagaacaaagtttagccgaac-T-CGCC-TC-C--ACACAT--TGAGC---CATCG--C-----TATTA--TCCAGCTC-TTTCC---------TTGTC-A--T-ATT--TT--GTA-T-------ATCC-GT-CGG-G---T
gi|9 : acttaaggtagtatgaaacgttcgtcctatccatgcagaatgaggtcctcttgaaaacacgcgttactttcggtaacgtttttagtgaaatatagacgttgtatcagtttcGGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATTG-------------------CAT-----A---------TATT-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CA-AC-----Ta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TAAAGTAGTATGAAACGTTCGTCCATATTATAACTAAGTGACATGTTTTCACTTGAAACACGGCCTACTTTCGGTTTAACG
Unaligned ( gi|12 ): TGCCGCTTGAAATCACGGTCTACGTGTCGGAGGTTTAAAAGTGTTACGTCGAGAGAAAGAA
Unaligned ( gi|15 ): ACCAGTTTAAGGTAGTATGAAACGTTCGTCCA
Unaligned ( gi|17 ): ATTAAGGTAGTATGAAACGTTCGTCCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111 11 11 11111 111 1 222222222 222222222 111 111 22 1 1111 111111 11 444444444 111111111111 2222222222 11 111 11 11 22222222 6666666666666666666 1111 1111 1111 1 22222 111111 11 11111 4444444444444444 111 222222222 777777777777777777777777777777777777777 11 2222 111111 8888888888888888888888888888 111 33333 1 1 1111 1 222 222
lowQualScore : 5 5 5 66 66 2 777777777777777777777777777777777777777777 8 4 66 4 00 3 777 00 4 11111 555 0 5 000000000 66 9999 5 66 66 555555555 222 5 5 333 5 77 77 22 5 2 3 5 5 0 3333 9999 5 5 5 1 1 555555 6 11 0 0 77 555555555 6 99 666666666666 99 6 6 88 555 0000000000 99 8 3 777 11 0 77 8 88888888 0000000000000000000 8 1111 9999 8 7777 3 6 33333 888888 55 6 66666 3 6 6 6 6 6 7 2222222222222222 8 8 444 555555555 111111111111111111111111111111111111111 8 66 7777 8 666666 5555555555555555555555555555 1 999 8 444 8 0 44444 8 0 0 8 7777 8 8 7 1 5 111 111
lowQualScore : . . . .. .. . .......................................... . . .. . .. . ... .. . ..... ... . . ......... .. .... . .. .. ......... ... . . ... . .. .. .. . . . . . . .... .... . . . . . ...... . .. . . .. ......... . .. ............ .. . . .. ... .......... .. . . ... .. . .. . ........ ................... . .... .... . .... . . ..... ...... .. . ..... . . . . . . . ................ . . ... ......... ....................................... . .. .... . ...... ............................ . ... . ... . . ..... . . . . .... . . . . . ... ...
lowQualScore : 0 0 0 99 99 2 222222222222222222222222222222222222222222 9 4 11 4 66 6 888 66 4 11111 222 0 0 000000000 99 0000 0 99 99 222222222 555 0 0 888 7 99 99 66 7 0 9 0 0 1 9999 9999 7 7 7 6 4 999999 6 99 1 7 99 777777777 7 22 333333333333 22 7 7 33 888 8888888888 00 0 2 222 00 8 00 0 44444444 2222222222222222222 0 8888 8888 0 0000 3 7 33333 555555 88 7 77777 5 7 7 7 7 7 3 0000000000000000 0 0 000 000000000 222222222222222222222222222222222222222 0 88 2222 0 000000 6666666666666666666666666666 4 222 0 000 0 8 00000 0 6 6 0 0000 8 0 3 0 5 555 555
consensus : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATA--T----C---T----CAT-T-TAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA-T-------AT-G-GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-N--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGNGCTAA--TTTTAAGGG--TAT---------CCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTATGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-NCA-GATN---AA--TGCC--AG---------------TAGATAAA-CTA-GA-ATTCG-A--AA-TT----TATT-AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATA-TTT-NATTACAC---AG-GTTTT---T--GGAA---------------------A----AAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA-C---CT-TTTATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATNATTT-TTGTTACTAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGNCAAAATGTATTTTTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAA
Reference ( family-346 ) : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATA--T----C---T----CAT-T-TAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA-T-------AT-G-GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-N--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGNGCTAA--TTTTAAGGG--TAT---------CCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTATGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-NCA-GATN---AA--TGCC--AG---------------TAGATAAA-CTA-GA-ATTCG-A--AA-TT----TATT-AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATA-TTT-NATTACAC---AG-GTTTT---T--GGAA---------------------A----AAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA-----CT-TTTATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATNATTT-TTGTTACTAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGNCAAAATGTATTTTTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAA
gi|1 : GGAACCGCACAAGA-ATTAAGA--TTT--ATTGA-------------------AG-T-TAA---------TA-TTCGCCATC-C--A-ACATA-TGAAC---C--CG-AC-----TATTTT-ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA---------AT---GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--G-CGAAAA-T-AAGCG-ATAAGTCCTAT-
gi|1 : ttaaggtagtatgaaacgttcgtccatatcaataactaagtactcgttttccacgcttgaaaccacgtcttactttccgtttaacttagtcgaggaagaaaaaagtttaCTAA--T----AGGG--TATATCTTTAACCCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTAT-TTT--AGGT----AATC-A-AATGCCAACCC-T-AAT--A-GTAACATGATA---GA--TGCC--AGAGTAGGCACGTGATTTAGATGAG-CTATGATATTCG-AAGAA-TTTTACTATT-AAATT-GTA-----ATCAAATTAAGTTGT-TTG-CCTTTTCTTG-CATATTTT-CATTATCTATTTATAGGACGATCATTTTCAAA-AGAG---GGTATATCTGA--CTCTAGTTCT--------------------AAATCA-GG-------ATA-TTA-AATTATACTATAG-GTTTTTAAT--GGAA---------------------ACAATAAAATTTAT-T-A-AATGTTTATCCTCTTTTAGAGCGTTCT-TTTATTC--ATTTTTTGGTTT-GTTGTAATAAAATTCATTGTT-TTAATAagcgtctattctatattctttataaccatactggataatagtcatttttttctgtaaattctataccattagatagatcagatgcgttgctaagtaaatctaatagggtatatctttaaccccaagctttattcaaaataaacaattgaaaagtattttaggtaatcaaatgccaaccctaatagtaacatgatagatgccagagtaggcacgtgatttagatgagctatgatattcgaagaattttactattaaattgtaatcaaattaagttgtttgccttttcttgcatattttcattatctatttataggacgatcattttcaaaagagggtatatctgactctagttctaaatcaggatattaaattatactataggtttttaatggaaacaataaaatttattaaatgtttatcctcttttagagcgttcttttattcattttttggtttgttgtaataaaattcattgttttaatac
gi|10 : ttaaggtagtatgaaacgttcgtccatatcaataactaagtactcgttttccacgcttgaaaccacgtcttactttccgtttaacttagtcgaggaagaaaaaagtttaggaaccgcacaagaattaagatttattgaagttaatattcgccatccaacatatgaacccgactattttaccagtctttccttcatatttgataatgtcgggttcaatgttggaggcgaaaataagcgataagtcctatagcgtctattctatattctttataaccatactggataatagtcatttttttctgtaaattctataccattagatagatcagatgcgttgctaagtaaatCG-ATAAGT-CTAT-A--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTAGGATTAATTAGTCA---G--TGGGGATAA--TTTTAAGGG--TAT---------Cc
gi|13 : TTAGGCCAAA-TGTATTTTTTTTTTCCGTTTT---AAAAACAAATCTAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggtgaaggatatg
gi|14 : -AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTCT-TATT-CCTAT-------A
gi|16 : AACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGAGCTAA--TT
gi|2 : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATAATT----CGATTA---CAT-TGTAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGA-C---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA-T-------AT-G-GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-T--CGGACC--TA-G-TTTT-AAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGTGCTAA--TTCTAAGGG--TAT---------TCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AGGTGTGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-CCA-GAT----AA--TGCC--A----------------TAGATAAA-CTA-TA-ATTCG-A--GA-TT----TATT-AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATA-TTT-TATTAAAC---AA-GTTTT---T--GG-A---------------------A----GAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA-----CT-TTTATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATCATTT-TTGTTACTAATA
gi|2 : TTAGGACAAAATGTA---TTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAAtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaggacaaaatgtatttttttccgtttttaaaaaaacaaatctaaaaa
gi|3 : ggaaccgcacaaaattagatttatcgataattcgattacattgtaatatcgcctccaacattgacccgactatttaccagtctttccttcatatttgatatatggtcgggttcaatgttggaggccgaatataaagcgataagtctattcggacctagttttaaacttggattaattagtcagtggtgctaattctaagggtattccaagctttattcaaaataaacaattgaaaggtgtgtttagtaataaatgccaacctctatatgtccagataatgccatagataaactataattcgagatttattaaattgtgatcaaaatgttgccttgctttttcattcctatacattcaagaagggtaactcctgttaaaggatattttattaaacaagtttttggaagaaaattatcatgtgttcctttttaaacttttatttcaattttttggtttgaatatcatttttgttactaatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGAACCGTA-AA-A-ATTA-GA--TTT--AT-GATA--T--------------------AA---------T--T-CGCCCTCGC--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACGAG-TC-TTTCT---------TC--CAA--T-ATT--TG--ATA-TCA-----GT-G-GT-CGG-GT--TTCAATA-TTGAGGAG--G-CGAATA-T-ATGCG-ATAAGT-CTATAC--CGG--A--TA-GTTTTT-TAACTTGGATTACTTAGTCAG--G--TGGTGCT-A--TTCTAA-GG--TAT---------CCCA-A--GCT----TTTAA---TTCAGAAAATAA-ACAAATTGAA-AAGTATGTTTC-C-GT----AATTAA-AATGCCACCGTCC-TGT--ATGTCCCA-GATA---CC--TGCC--AT---------------AAGATAAA-CTA-G--ATTCG----AA-TT----TATTAAAATTGGTG-----ATCAAAG-A---TG--TTG-C-----C-TG-T-T-TTTT-CATT-CATAT--------CA------TTCAAGAA-AG---GGTA------A--CT-CTAT--T--------------------AA---ATGG-------ATATTTT-TATTACA----AG-GTTTT---T--GG-A---------------------A----AAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCA-TTTTAAA-----CT-TTTA-TTCAA-TTTTTGGTTT-G----AATATTATTT-TT
gi|4 : attaaggtagtatgaaacgttcgtccaagttatccatagactaagtgacgcgttgtgccgcttgaaacacgggcctacttttcggtttaacgtttatgtcgaggaaagaaaacgtttaaAGCCGCACAA-ATATTA-GA--CTT--ATCAGTA--TTATCC---TTTGCCTT-T-TAAAATCGATTATA-TTCGCC-TC-CCAA-GCAT--TGA-C---C--CG-AC-----TATTTTTACCAGCTC-TTTCC---------TT--C-A--TCACT--T-----A-T-------AT-T-GC-ATA-A---TTATATG-TC--GG----GTTGCATAATAAATTG-AGA---------G--CGAA----TA-G-TTAA-TAGC---GACTA--TAGTCA---A--AGG--CTA-----TTACCGG--TA------------CATA--GTT----GA--A---CTT--GGGATTA-TT-AAGTGCA-------GTTTGAA-AT----AAT--A-AAT-CCAACCTACATAT--ATGT-ACA--ATCTTTAA--TGCCCTAA---------------TAGATAAA-CTA-GA-ATTCG-A--AAATT----TATT-AA-TT-GTGCAGACAAGAAA--A---TGGTTTGAC-----CTTGAC-T-TTTTATATT-CC-AT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------AACTTCCTAT--TAAAGTATTTTTTCTATGTACAA---A-GGTTTAGGAATA-TTT--ATTACA----AG-GTTTT---TTCGGAAAAAATAAAAGAACAAAAAAAAA----AAAAAATATTC-ACTGTGT---GCCT-TTTTAAAACT--TT-TTTATATCAATTTTTGCGTTT-G----ACTATAATAT-ATGTTtaa
gi|5 : GGAACCGCACCA-A-AATA-GA--TTTGTATCGCTG--T--------------AT-T--GA---------T--T-CGCT-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CGGAC-----TAC----AC-AG-T---TTCT---------TT--C-AACT-TTTAATG--ATA-TGAATATGAT-G-GT-CAGAG---ATCAATGCTT--GGAG--GC-GAAT--TAA-GCG-ATAACT-CTAC-TAACGGACA--TAAG-TTAT-TAACTGAGGATAATTAGTCAAAAG--TGGGATTAAATTTTTAAGGAGATAT---------CCCA-ACAGCT----TT--A---TTC--AAA-TAAGAC-TATTGAATGAGTATTTTT--A-GTTAATAAT--ACAATACCAACCT-C-TGTGAATGT-TCA-GATT---AAAATGCC--AG---------------TAGATAAAACTA-GA-TTTCGGA--AA-TT----TATTTAAATT--TGC----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CATT-C-T-TTTT-AATT-CC-ATAATG---ACA------TTCAAG-A-AGAAAGGTA------A--CTCTTGT--T--------------------AA---A-GA-------TTA-CTTAAATTACAT---AGAGTTTT---T--GGAAG--------------------A----AAAAAATAT-CAA-TGTGT---CCGT-TTTT-AA-----CTATTTA-TTCAA-TTTTTGGTTTAG----AATAT-ATTA-TTGTAAC
gi|6 : tttagtcgaggaagaaagtataGGAACTGAACAA-A-AT-A-GAAGTGT--ATCG----------C---T----TATAT-TAA--------------CACC-CC-C--A-ATACCATGAACATTCG-CG-ACAAAAATAAT---ACCAG-TC-TTTTCAACTTTTAATT--G-A--T-ATT--TG--ATAAT-------AT-GTGT-CGG-GATTTTCAATG-TT--GAAACTGT-GAATA-T-AAGCG-ATAAGT-CTAT-A--CGGACC--CC-A-TTTTATAACTTGAATTAAATAGTCA---GTTTGTAGCTAAT-TTTTAAGGG--TATATTTTCACGCCAA-A--GCTTGTGTT--ATTTTTC--AAAATAA-AC-AATTTGA-AAGT-TATTT--a
gi|7 : taagtagtataaacttcgccatattattaactaactgattgtttcacactggaaaacaccggtttctactttcaggtaaaaataacgttttagtcgaggaagaaaagatataACCGCACAA-C-ATTA-GA--TTT--ATTGAT---------------------T-TAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A--CAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TCTTTTCC---------TT--C------ATT--TGAAATA-T-------AT-G-GTCCGG-G---CTCAATG-TT--GGAG--GC--GATA-TAAGCCGCATAAGT-C-AT-A--CGGACACCTA-G-TTTT-TAAt
gi|8 : ggtagtaatgaaagtttcgccatatccataacaaagtgacgcattccgcttgaaaaaacggtaatactttcgtttaacatttttaagtcgaaggaagaacaaagtttagccgaac-T-CGCC-TC-C--ACACAT--TGAGC---CATCG--C-----TATTA--TCCAGCTC-TTTCC---------TTGTC-A--T-ATT--TT--GTA-T-------ATCC-GT-CGG-G---T
gi|9 : acttaaggtagtatgaaacgttcgtcctatccatgcagaatgaggtcctcttgaaaacacgcgttactttcggtaacgtttttagtgaaatatagacgttgtatcagtttcGGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATTG-------------------CAT-----A---------TATT-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CA-AC-----Ta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TAAAGTAGTATGAAACGTTCGTCCATATTATAACTAAGTGACATGTTTTCACTTGAAACACGGCCTACTTTCGGTTTAACG
Unaligned ( gi|12 ): TGCCGCTTGAAATCACGGTCTACGTGTCGGAGGTTTAAAAGTGTTACGTCGAGAGAAAGAA
Unaligned ( gi|15 ): ACCAGTTTAAGGTAGTATGAAACGTTCGTCCA
Unaligned ( gi|17 ): ATTAAGGTAGTATGAAACGTTCGTCCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111 11 11 11111 111 1 222222222 222222222 111 111 22 1 1111 111111 11 444444444 111111111111 2222222222 11 111 11 11 22222222 6666666666666666666 1111 1111 1111 1 22222 111111 11 11111 4444444444444444 111 222222222 777777777777777777777777777777777777777 11 2222 111111 8888888888888888888888888888 111 444444 1111 1 1111 1 222 222
lowQualScore : 5 5 5 66 66 2 777777777777777777777777777777777777777777 8 4 66 4 00 3 777 00 4 11111 555 0 5 000000000 66 9999 5 66 66 555555555 222 5 5 333 5 77 77 22 5 2 3 5 5 0 3333 9999 5 5 5 1 1 555555 6 11 0 0 77 555555555 6 99 666666666666 99 6 6 88 555 0000000000 99 8 3 777 11 0 77 8 88888888 0000000000000000000 8 1111 9999 8 7777 3 6 33333 888888 55 6 66666 3 6 6 6 6 6 7 2222222222222222 8 8 444 555555555 111111111111111111111111111111111111111 8 66 7777 8 666666 5555555555555555555555555555 1 999 8 444 8 111111 8 2222 0 8 7777 8 8 7 1 5 111 111
lowQualScore : . . . .. .. . .......................................... . . .. . .. . ... .. . ..... ... . . ......... .. .... . .. .. ......... ... . . ... . .. .. .. . . . . . . .... .... . . . . . ...... . .. . . .. ......... . .. ............ .. . . .. ... .......... .. . . ... .. . .. . ........ ................... . .... .... . .... . . ..... ...... .. . ..... . . . . . . . ................ . . ... ......... ....................................... . .. .... . ...... ............................ . ... . ... . ...... . .... . . .... . . . . . ... ...
lowQualScore : 0 0 0 99 99 2 222222222222222222222222222222222222222222 9 4 11 4 66 6 888 66 4 11111 222 0 0 000000000 99 0000 0 99 99 222222222 555 0 0 888 7 99 99 66 7 0 9 0 0 1 9999 9999 7 7 7 6 4 999999 6 99 1 7 99 777777777 7 22 333333333333 22 7 7 33 888 8888888888 00 0 2 222 00 8 00 0 44444444 2222222222222222222 0 8888 8888 0 0000 3 7 33333 555555 88 7 77777 5 7 7 7 7 7 3 0000000000000000 0 0 000 000000000 222222222222222222222222222222222222222 0 88 2222 0 000000 6666666666666666666666666666 4 222 0 000 0 000000 0 6666 6 0 0000 8 0 3 0 5 555 555
consensus : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATA--T----C---T----CAT-T-TAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA-T-------AT-G-GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-N--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGNGCTAA--TTTTAAGGG--TAT---------CCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTATGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-NCA-GATN---AA--TGCC--AG---------------TAGATAAA-CTA-GA-ATTCG-A--AA-TT----TATT-AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATA-TTT-NATTACAC---AG-GTTTT---T--GGAA---------------------A----AAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA-----CT-TTT--ATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATNATTT-TTGTTACTAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGNCAAAATGTATTTTTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAA
Reference ( family-346 ) : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATA--T----C---T----CAT-T-TAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA-T-------AT-G-GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-N--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGNGCTAA--TTTTAAGGG--TAT---------CCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTATGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-NCA-GATN---AA--TGCC--AG---------------TAGATAAA-CTA-GA-ATTCG-A--AA-TT----TATT-AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATA-TTT-NATTACAC---AG-GTTTT---T--GGAA---------------------A----AAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA----CCT-TTT--ATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATNATTT-TTGTTACTAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGNCAAAATGTATTTTTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAA
gi|1 : GGAACCGCACAAGA-ATTAAGA--TTT--ATTGA-------------------AG-T-TAA---------TA-TTCGCCATC-C--A-ACATA-TGAAC---C--CG-AC-----TATTTT-ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA---------AT---GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--G-CGAAAA-T-AAGCG-ATAAGTCCTAT-
gi|1 : ttaaggtagtatgaaacgttcgtccatatcaataactaagtactcgttttccacgcttgaaaccacgtcttactttccgtttaacttagtcgaggaagaaaaaagtttaCTAA--T----AGGG--TATATCTTTAACCCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTAT-TTT--AGGT----AATC-A-AATGCCAACCC-T-AAT--A-GTAACATGATA---GA--TGCC--AGAGTAGGCACGTGATTTAGATGAG-CTATGATATTCG-AAGAA-TTTTACTATT-AAATT-GTA-----ATCAAATTAAGTTGT-TTG-CCTTTTCTTG-CATATTTT-CATTATCTATTTATAGGACGATCATTTTCAAA-AGAG---GGTATATCTGA--CTCTAGTTCT--------------------AAATCA-GG-------ATA-TTA-AATTATACTATAG-GTTTTTAAT--GGAA---------------------ACAATAAAATTTAT-T-A-AATGTTTATCCTCTTTTAGAGCGTTCT-TTT--ATTC--ATTTTTTGGTTT-GTTGTAATAAAATTCATTGTT-TTAATAagcgtctattctatattctttataaccatactggataatagtcatttttttctgtaaattctataccattagatagatcagatgcgttgctaagtaaatctaatagggtatatctttaaccccaagctttattcaaaataaacaattgaaaagtattttaggtaatcaaatgccaaccctaatagtaacatgatagatgccagagtaggcacgtgatttagatgagctatgatattcgaagaattttactattaaattgtaatcaaattaagttgtttgccttttcttgcatattttcattatctatttataggacgatcattttcaaaagagggtatatctgactctagttctaaatcaggatattaaattatactataggtttttaatggaaacaataaaatttattaaatgtttatcctcttttagagcgttcttttattcattttttggtttgttgtaataaaattcattgttttaatac
gi|10 : ttaaggtagtatgaaacgttcgtccatatcaataactaagtactcgttttccacgcttgaaaccacgtcttactttccgtttaacttagtcgaggaagaaaaaagtttaggaaccgcacaagaattaagatttattgaagttaatattcgccatccaacatatgaacccgactattttaccagtctttccttcatatttgataatgtcgggttcaatgttggaggcgaaaataagcgataagtcctatagcgtctattctatattctttataaccatactggataatagtcatttttttctgtaaattctataccattagatagatcagatgcgttgctaagtaaatCG-ATAAGT-CTAT-A--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTAGGATTAATTAGTCA---G--TGGGGATAA--TTTTAAGGG--TAT---------Cc
gi|13 : TTAGGCCAAA-TGTATTTTTTTTTTCCGTTTT---AAAAACAAATCTAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggtgaaggatatg
gi|14 : -AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTCT-TATT-CCTAT-------A
gi|16 : AACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGAGCTAA--TT
gi|2 : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATAATT----CGATTA---CAT-TGTAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGA-C---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA-T-------AT-G-GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-T--CGGACC--TA-G-TTTT-AAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGTGCTAA--TTCTAAGGG--TAT---------TCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AGGTGTGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-CCA-GAT----AA--TGCC--A----------------TAGATAAA-CTA-TA-ATTCG-A--GA-TT----TATT-AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATA-TTT-TATTAAAC---AA-GTTTT---T--GG-A---------------------A----GAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA-----CT-TTT--ATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATCATTT-TTGTTACTAATA
gi|2 : TTAGGACAAAATGTA---TTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAAtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaggacaaaatgtatttttttccgtttttaaaaaaacaaatctaaaaa
gi|3 : ggaaccgcacaaaattagatttatcgataattcgattacattgtaatatcgcctccaacattgacccgactatttaccagtctttccttcatatttgatatatggtcgggttcaatgttggaggccgaatataaagcgataagtctattcggacctagttttaaacttggattaattagtcagtggtgctaattctaagggtattccaagctttattcaaaataaacaattgaaaggtgtgtttagtaataaatgccaacctctatatgtccagataatgccatagataaactataattcgagatttattaaattgtgatcaaaatgttgccttgctttttcattcctatacattcaagaagggtaactcctgttaaaggatattttattaaacaagtttttggaagaaaattatcatgtgttcctttttaaacttttatttcaattttttggtttgaatatcatttttgttactaatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGAACCGTA-AA-A-ATTA-GA--TTT--AT-GATA--T--------------------AA---------T--T-CGCCCTCGC--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACGAG-TC-TTTCT---------TC--CAA--T-ATT--TG--ATA-TCA-----GT-G-GT-CGG-GT--TTCAATA-TTGAGGAG--G-CGAATA-T-ATGCG-ATAAGT-CTATAC--CGG--A--TA-GTTTTT-TAACTTGGATTACTTAGTCAG--G--TGGTGCT-A--TTCTAA-GG--TAT---------CCCA-A--GCT----TTTAA---TTCAGAAAATAA-ACAAATTGAA-AAGTATGTTTC-C-GT----AATTAA-AATGCCACCGTCC-TGT--ATGTCCCA-GATA---CC--TGCC--AT---------------AAGATAAA-CTA-G--ATTCG----AA-TT----TATTAAAATTGGTG-----ATCAAAG-A---TG--TTG-C-----C-TG-T-T-TTTT-CATT-CATAT--------CA------TTCAAGAA-AG---GGTA------A--CT-CTAT--T--------------------AA---ATGG-------ATATTTT-TATTACA----AG-GTTTT---T--GG-A---------------------A----AAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCA-TTTTAAA-----CT-TTT--A-TTCAA-TTTTTGGTTT-G----AATATTATTT-TT
gi|4 : attaaggtagtatgaaacgttcgtccaagttatccatagactaagtgacgcgttgtgccgcttgaaacacgggcctacttttcggtttaacgtttatgtcgaggaaagaaaacgtttaaAGCCGCACAA-ATATTA-GA--CTT--ATCAGTA--TTATCC---TTTGCCTT-T-TAAAATCGATTATA-TTCGCC-TC-CCAA-GCAT--TGA-C---C--CG-AC-----TATTTTTACCAGCTC-TTTCC---------TT--C-A--TCACT--T-----A-T-------AT-T-GC-ATA-A---TTATATG-TC--GG----GTTGCATAATAAATTG-AGA---------G--CGAA----TA-G-TTAA-TAGC---GACTA--TAGTCA---A--AGG--CTA-----TTACCGG--TA------------CATA--GTT----GA--A---CTT--GGGATTA-TT-AAGTGCA-------GTTTGAA-AT----AAT--A-AAT-CCAACCTACATAT--ATGT-ACA--ATCTTTAA--TGCCCTAA---------------TAGATAAA-CTA-GA-ATTCG-A--AAATT----TATT-AA-TT-GTGCAGACAAGAAA--A---TGGTTTGAC-----CTTGAC-T-TTTTATATT-CC-AT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------AACTTCCTAT--TAAAGTATTTTTTCTATGTACAA---A-GGTTTAGGAATA-TTT--ATTACA----AG-GTTTT---TTCGGAAAAAATAAAAGAACAAAAAAAAA----AAAAAATATTC-ACTGTGT---GCCT-TTTTAAA----ACT-TTTTTATATCAATTTTTGCGTTT-G----ACTATAATAT-ATGTTtaa
gi|5 : GGAACCGCACCA-A-AATA-GA--TTTGTATCGCTG--T--------------AT-T--GA---------T--T-CGCT-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CGGAC-----TAC----AC-AG-T---TTCT---------TT--C-AACT-TTTAATG--ATA-TGAATATGAT-G-GT-CAGAG---ATCAATGCTT--GGAG--GC-GAAT--TAA-GCG-ATAACT-CTAC-TAACGGACA--TAAG-TTAT-TAACTGAGGATAATTAGTCAAAAG--TGGGATTAAATTTTTAAGGAGATAT---------CCCA-ACAGCT----TT--A---TTC--AAA-TAAGAC-TATTGAATGAGTATTTTT--A-GTTAATAAT--ACAATACCAACCT-C-TGTGAATGT-TCA-GATT---AAAATGCC--AG---------------TAGATAAAACTA-GA-TTTCGGA--AA-TT----TATTTAAATT--TGC----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CATT-C-T-TTTT-AATT-CC-ATAATG---ACA------TTCAAG-A-AGAAAGGTA------A--CTCTTGT--T--------------------AA---A-GA-------TTA-CTTAAATTACAT---AGAGTTTT---T--GGAAG--------------------A----AAAAAATAT-CAA-TGTGT---CCGT-TTTTAA------CTATTT--A-TTCAA-TTTTTGGTTTAG----AATAT-ATTA-TTGTAAC
gi|6 : tttagtcgaggaagaaagtataGGAACTGAACAA-A-AT-A-GAAGTGT--ATCG----------C---T----TATAT-TAA--------------CACC-CC-C--A-ATACCATGAACATTCG-CG-ACAAAAATAAT---ACCAG-TC-TTTTCAACTTTTAATT--G-A--T-ATT--TG--ATAAT-------AT-GTGT-CGG-GATTTTCAATG-TT--GAAACTGT-GAATA-T-AAGCG-ATAAGT-CTAT-A--CGGACC--CC-A-TTTTATAACTTGAATTAAATAGTCA---GTTTGTAGCTAAT-TTTTAAGGG--TATATTTTCACGCCAA-A--GCTTGTGTT--ATTTTTC--AAAATAA-AC-AATTTGA-AAGT-TATTT--a
gi|7 : taagtagtataaacttcgccatattattaactaactgattgtttcacactggaaaacaccggtttctactttcaggtaaaaataacgttttagtcgaggaagaaaagatataACCGCACAA-C-ATTA-GA--TTT--ATTGAT---------------------T-TAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A--CAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TCTTTTCC---------TT--C------ATT--TGAAATA-T-------AT-G-GTCCGG-G---CTCAATG-TT--GGAG--GC--GATA-TAAGCCGCATAAGT-C-AT-A--CGGACACCTA-G-TTTT-TAAt
gi|8 : ggtagtaatgaaagtttcgccatatccataacaaagtgacgcattccgcttgaaaaaacggtaatactttcgtttaacatttttaagtcgaaggaagaacaaagtttagccgaac-T-CGCC-TC-C--ACACAT--TGAGC---CATCG--C-----TATTA--TCCAGCTC-TTTCC---------TTGTC-A--T-ATT--TT--GTA-T-------ATCC-GT-CGG-G---T
gi|9 : acttaaggtagtatgaaacgttcgtcctatccatgcagaatgaggtcctcttgaaaacacgcgttactttcggtaacgtttttagtgaaatatagacgttgtatcagtttcGGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATTG-------------------CAT-----A---------TATT-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CA-AC-----Ta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TAAAGTAGTATGAAACGTTCGTCCATATTATAACTAAGTGACATGTTTTCACTTGAAACACGGCCTACTTTCGGTTTAACG
Unaligned ( gi|12 ): TGCCGCTTGAAATCACGGTCTACGTGTCGGAGGTTTAAAAGTGTTACGTCGAGAGAAAGAA
Unaligned ( gi|15 ): ACCAGTTTAAGGTAGTATGAAACGTTCGTCCA
Unaligned ( gi|17 ): ATTAAGGTAGTATGAAACGTTCGTCCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111 11 11 11111 111 1 222222222 222222222 111 111 22 1 1111 111111 11 444444444 111111111111 2222222222 11 111 11 11 22222222 6666666666666666666 1111 1111 1111 1 22222 111111 11 11111 4444444444444444 111 222222222 777777777777777777777777777777777777777 11 2222 111111 8888888888888888888888888888 111 33333 1 1 1111 1 222 222
lowQualScore : 5 5 5 66 66 2 777777777777777777777777777777777777777777 8 4 66 4 00 3 777 00 4 11111 555 0 5 000000000 66 9999 5 66 66 555555555 222 5 5 333 5 77 77 22 5 2 3 5 5 0 3333 9999 5 5 5 1 1 555555 6 11 0 0 77 555555555 6 99 666666666666 99 6 6 88 555 0000000000 99 8 3 777 11 0 77 8 88888888 0000000000000000000 8 1111 9999 8 7777 3 6 33333 888888 55 6 66666 3 6 6 6 6 6 7 2222222222222222 8 8 444 555555555 111111111111111111111111111111111111111 8 66 7777 8 666666 5555555555555555555555555555 1 999 8 444 8 0 44444 8 0 0 8 7777 8 8 7 1 5 111 111
lowQualScore : . . . .. .. . .......................................... . . .. . .. . ... .. . ..... ... . . ......... .. .... . .. .. ......... ... . . ... . .. .. .. . . . . . . .... .... . . . . . ...... . .. . . .. ......... . .. ............ .. . . .. ... .......... .. . . ... .. . .. . ........ ................... . .... .... . .... . . ..... ...... .. . ..... . . . . . . . ................ . . ... ......... ....................................... . .. .... . ...... ............................ . ... . ... . . ..... . . . . .... . . . . . ... ...
lowQualScore : 0 0 0 99 99 2 222222222222222222222222222222222222222222 9 4 11 4 66 6 888 66 4 11111 222 0 0 000000000 99 0000 0 99 99 222222222 555 0 0 888 7 99 99 66 7 0 9 0 0 1 9999 9999 7 7 7 6 4 999999 6 99 1 7 99 777777777 7 22 333333333333 22 7 7 33 888 8888888888 00 0 2 222 00 8 00 0 44444444 2222222222222222222 0 8888 8888 0 0000 3 7 33333 555555 88 7 77777 5 7 7 7 7 7 3 0000000000000000 0 0 000 000000000 222222222222222222222222222222222222222 0 88 2222 0 000000 6666666666666666666666666666 4 222 0 000 0 8 00000 0 6 6 0 0000 8 0 3 0 5 555 555
consensus : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATA--T----C---T----CAT-T-TAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA-T-------AT-G-GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-N--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGNGCTAA--TTTTAAGGG--TAT---------CCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTATGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-NCA-GATN---AA--TGCC--AG---------------TAGATAAA-CTA-GA-ATTCG-A--AA-TT----TATT-AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATA-TTT-NATTACAC---AG-GTTTT---T--GGAA---------------------A----AAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA-C---CT-TTTATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATNATTT-TTGTTACTAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGNCAAAATGTATTTTTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAA
Reference ( family-346 ) : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATA--T----C---T----CAT-T-TAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA-T-------AT-G-GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-N--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGNGCTAA--TTTTAAGGG--TAT---------CCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTATGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-NCA-GATN---AA--TGCC--AG---------------TAGATAAA-CTA-GA-ATTCG-A--AA-TT----TATT-AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATA-TTT-NATTACAC---AG-GTTTT---T--GGAA---------------------A----AAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA-----CT-TTTATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATNATTT-TTGTTACTAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGNCAAAATGTATTTTTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAA
gi|1 : GGAACCGCACAAGA-ATTAAGA--TTT--ATTGA-------------------AG-T-TAA---------TA-TTCGCCATC-C--A-ACATA-TGAAC---C--CG-AC-----TATTTT-ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA---------AT---GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--G-CGAAAA-T-AAGCG-ATAAGTCCTAT-
gi|1 : ttaaggtagtatgaaacgttcgtccatatcaataactaagtactcgttttccacgcttgaaaccacgtcttactttccgtttaacttagtcgaggaagaaaaaagtttaCTAA--T----AGGG--TATATCTTTAACCCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTAT-TTT--AGGT----AATC-A-AATGCCAACCC-T-AAT--A-GTAACATGATA---GA--TGCC--AGAGTAGGCACGTGATTTAGATGAG-CTATGATATTCG-AAGAA-TTTTACTATT-AAATT-GTA-----ATCAAATTAAGTTGT-TTG-CCTTTTCTTG-CATATTTT-CATTATCTATTTATAGGACGATCATTTTCAAA-AGAG---GGTATATCTGA--CTCTAGTTCT--------------------AAATCA-GG-------ATA-TTA-AATTATACTATAG-GTTTTTAAT--GGAA---------------------ACAATAAAATTTAT-T-A-AATGTTTATCCTCTTTTAGAGCGTTCT-TTTATTC--ATTTTTTGGTTT-GTTGTAATAAAATTCATTGTT-TTAATAagcgtctattctatattctttataaccatactggataatagtcatttttttctgtaaattctataccattagatagatcagatgcgttgctaagtaaatctaatagggtatatctttaaccccaagctttattcaaaataaacaattgaaaagtattttaggtaatcaaatgccaaccctaatagtaacatgatagatgccagagtaggcacgtgatttagatgagctatgatattcgaagaattttactattaaattgtaatcaaattaagttgtttgccttttcttgcatattttcattatctatttataggacgatcattttcaaaagagggtatatctgactctagttctaaatcaggatattaaattatactataggtttttaatggaaacaataaaatttattaaatgtttatcctcttttagagcgttcttttattcattttttggtttgttgtaataaaattcattgttttaatac
gi|10 : ttaaggtagtatgaaacgttcgtccatatcaataactaagtactcgttttccacgcttgaaaccacgtcttactttccgtttaacttagtcgaggaagaaaaaagtttaggaaccgcacaagaattaagatttattgaagttaatattcgccatccaacatatgaacccgactattttaccagtctttccttcatatttgataatgtcgggttcaatgttggaggcgaaaataagcgataagtcctatagcgtctattctatattctttataaccatactggataatagtcatttttttctgtaaattctataccattagatagatcagatgcgttgctaagtaaatCG-ATAAGT-CTAT-A--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTAGGATTAATTAGTCA---G--TGGGGATAA--TTTTAAGGG--TAT---------Cc
gi|13 : TTAGGCCAAA-TGTATTTTTTTTTTCCGTTTT---AAAAACAAATCTAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggtgaaggatatg
gi|14 : -AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTCT-TATT-CCTAT-------A
gi|16 : AACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGAGCTAA--TT
gi|2 : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATAATT----CGATTA---CAT-TGTAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGA-C---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA-T-------AT-G-GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-T--CGGACC--TA-G-TTTT-AAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGTGCTAA--TTCTAAGGG--TAT---------TCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AGGTGTGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-CCA-GAT----AA--TGCC--A----------------TAGATAAA-CTA-TA-ATTCG-A--GA-TT----TATT-AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATA-TTT-TATTAAAC---AA-GTTTT---T--GG-A---------------------A----GAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA-----CT-TTTATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATCATTT-TTGTTACTAATA
gi|2 : TTAGGACAAAATGTA---TTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAAtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaggacaaaatgtatttttttccgtttttaaaaaaacaaatctaaaaa
gi|3 : ggaaccgcacaaaattagatttatcgataattcgattacattgtaatatcgcctccaacattgacccgactatttaccagtctttccttcatatttgatatatggtcgggttcaatgttggaggccgaatataaagcgataagtctattcggacctagttttaaacttggattaattagtcagtggtgctaattctaagggtattccaagctttattcaaaataaacaattgaaaggtgtgtttagtaataaatgccaacctctatatgtccagataatgccatagataaactataattcgagatttattaaattgtgatcaaaatgttgccttgctttttcattcctatacattcaagaagggtaactcctgttaaaggatattttattaaacaagtttttggaagaaaattatcatgtgttcctttttaaacttttatttcaattttttggtttgaatatcatttttgttactaatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGAACCGTA-AA-A-ATTA-GA--TTT--AT-GATA--T--------------------AA---------T--T-CGCCCTCGC--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACGAG-TC-TTTCT---------TC--CAA--T-ATT--TG--ATA-TCA-----GT-G-GT-CGG-GT--TTCAATA-TTGAGGAG--G-CGAATA-T-ATGCG-ATAAGT-CTATAC--CGG--A--TA-GTTTTT-TAACTTGGATTACTTAGTCAG--G--TGGTGCT-A--TTCTAA-GG--TAT---------CCCA-A--GCT----TTTAA---TTCAGAAAATAA-ACAAATTGAA-AAGTATGTTTC-C-GT----AATTAA-AATGCCACCGTCC-TGT--ATGTCCCA-GATA---CC--TGCC--AT---------------AAGATAAA-CTA-G--ATTCG----AA-TT----TATTAAAATTGGTG-----ATCAAAG-A---TG--TTG-C-----C-TG-T-T-TTTT-CATT-CATAT--------CA------TTCAAGAA-AG---GGTA------A--CT-CTAT--T--------------------AA---ATGG-------ATATTTT-TATTACA----AG-GTTTT---T--GG-A---------------------A----AAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCA-TTTTAAA-----CT-TTTA-TTCAA-TTTTTGGTTT-G----AATATTATTT-TT
gi|4 : attaaggtagtatgaaacgttcgtccaagttatccatagactaagtgacgcgttgtgccgcttgaaacacgggcctacttttcggtttaacgtttatgtcgaggaaagaaaacgtttaaAGCCGCACAA-ATATTA-GA--CTT--ATCAGTA--TTATCC---TTTGCCTT-T-TAAAATCGATTATA-TTCGCC-TC-CCAA-GCAT--TGA-C---C--CG-AC-----TATTTTTACCAGCTC-TTTCC---------TT--C-A--TCACT--T-----A-T-------AT-T-GC-ATA-A---TTATATG-TC--GG----GTTGCATAATAAATTG-AGA---------G--CGAA----TA-G-TTAA-TAGC---GACTA--TAGTCA---A--AGG--CTA-----TTACCGG--TA------------CATA--GTT----GA--A---CTT--GGGATTA-TT-AAGTGCA-------GTTTGAA-AT----AAT--A-AAT-CCAACCTACATAT--ATGT-ACA--ATCTTTAA--TGCCCTAA---------------TAGATAAA-CTA-GA-ATTCG-A--AAATT----TATT-AA-TT-GTGCAGACAAGAAA--A---TGGTTTGAC-----CTTGAC-T-TTTTATATT-CC-AT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------AACTTCCTAT--TAAAGTATTTTTTCTATGTACAA---A-GGTTTAGGAATA-TTT--ATTACA----AG-GTTTT---TTCGGAAAAAATAAAAGAACAAAAAAAAA----AAAAAATATTC-ACTGTGT---GCCT-TTTTAAAACT--TT-TTTATATCAATTTTTGCGTTT-G----ACTATAATAT-ATGTTtaa
gi|5 : GGAACCGCACCA-A-AATA-GA--TTTGTATCGCTG--T--------------AT-T--GA---------T--T-CGCT-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CGGAC-----TAC----AC-AG-T---TTCT---------TT--C-AACT-TTTAATG--ATA-TGAATATGAT-G-GT-CAGAG---ATCAATGCTT--GGAG--GC-GAAT--TAA-GCG-ATAACT-CTAC-TAACGGACA--TAAG-TTAT-TAACTGAGGATAATTAGTCAAAAG--TGGGATTAAATTTTTAAGGAGATAT---------CCCA-ACAGCT----TT--A---TTC--AAA-TAAGAC-TATTGAATGAGTATTTTT--A-GTTAATAAT--ACAATACCAACCT-C-TGTGAATGT-TCA-GATT---AAAATGCC--AG---------------TAGATAAAACTA-GA-TTTCGGA--AA-TT----TATTTAAATT--TGC----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CATT-C-T-TTTT-AATT-CC-ATAATG---ACA------TTCAAG-A-AGAAAGGTA------A--CTCTTGT--T--------------------AA---A-GA-------TTA-CTTAAATTACAT---AGAGTTTT---T--GGAAG--------------------A----AAAAAATAT-CAA-TGTGT---CCGT-TTTT-AA-----CTATTTA-TTCAA-TTTTTGGTTTAG----AATAT-ATTA-TTGTAAC
gi|6 : tttagtcgaggaagaaagtataGGAACTGAACAA-A-AT-A-GAAGTGT--ATCG----------C---T----TATAT-TAA--------------CACC-CC-C--A-ATACCATGAACATTCG-CG-ACAAAAATAAT---ACCAG-TC-TTTTCAACTTTTAATT--G-A--T-ATT--TG--ATAAT-------AT-GTGT-CGG-GATTTTCAATG-TT--GAAACTGT-GAATA-T-AAGCG-ATAAGT-CTAT-A--CGGACC--CC-A-TTTTATAACTTGAATTAAATAGTCA---GTTTGTAGCTAAT-TTTTAAGGG--TATATTTTCACGCCAA-A--GCTTGTGTT--ATTTTTC--AAAATAA-AC-AATTTGA-AAGT-TATTT--a
gi|7 : taagtagtataaacttcgccatattattaactaactgattgtttcacactggaaaacaccggtttctactttcaggtaaaaataacgttttagtcgaggaagaaaagatataACCGCACAA-C-ATTA-GA--TTT--ATTGAT---------------------T-TAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A--CAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TCTTTTCC---------TT--C------ATT--TGAAATA-T-------AT-G-GTCCGG-G---CTCAATG-TT--GGAG--GC--GATA-TAAGCCGCATAAGT-C-AT-A--CGGACACCTA-G-TTTT-TAAt
gi|8 : ggtagtaatgaaagtttcgccatatccataacaaagtgacgcattccgcttgaaaaaacggtaatactttcgtttaacatttttaagtcgaaggaagaacaaagtttagccgaac-T-CGCC-TC-C--ACACAT--TGAGC---CATCG--C-----TATTA--TCCAGCTC-TTTCC---------TTGTC-A--T-ATT--TT--GTA-T-------ATCC-GT-CGG-G---T
gi|9 : acttaaggtagtatgaaacgttcgtcctatccatgcagaatgaggtcctcttgaaaacacgcgttactttcggtaacgtttttagtgaaatatagacgttgtatcagtttcGGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATTG-------------------CAT-----A---------TATT-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CA-AC-----Ta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TAAAGTAGTATGAAACGTTCGTCCATATTATAACTAAGTGACATGTTTTCACTTGAAACACGGCCTACTTTCGGTTTAACG
Unaligned ( gi|12 ): TGCCGCTTGAAATCACGGTCTACGTGTCGGAGGTTTAAAAGTGTTACGTCGAGAGAAAGAA
Unaligned ( gi|15 ): ACCAGTTTAAGGTAGTATGAAACGTTCGTCCA
Unaligned ( gi|17 ): ATTAAGGTAGTATGAAACGTTCGTCCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111 11 11 11111 111 1 222222222 222222222 111 111 22 1 1111 111111 11 444444444 111111111111 2222222222 11 111 11 11 22222222 6666666666666666666 1111 1111 1111 1 22222 111111 11 11111 4444444444444444 111 222222222 777777777777777777777777777777777777777 11 2222 111111 8888888888888888888888888888 111 444444 1111 1 1111 1 222 222
lowQualScore : 5 5 5 66 66 2 777777777777777777777777777777777777777777 8 4 66 4 00 3 777 00 4 11111 555 0 5 000000000 66 9999 5 66 66 555555555 222 5 5 333 5 77 77 22 5 2 3 5 5 0 3333 9999 5 5 5 1 1 555555 6 11 0 0 77 555555555 6 99 666666666666 99 6 6 88 555 0000000000 99 8 3 777 11 0 77 8 88888888 0000000000000000000 8 1111 9999 8 7777 3 6 33333 888888 55 6 66666 3 6 6 6 6 6 7 2222222222222222 8 8 444 555555555 111111111111111111111111111111111111111 8 66 7777 8 666666 5555555555555555555555555555 1 999 8 444 8 111111 8 2222 0 8 7777 8 8 7 1 5 111 111
lowQualScore : . . . .. .. . .......................................... . . .. . .. . ... .. . ..... ... . . ......... .. .... . .. .. ......... ... . . ... . .. .. .. . . . . . . .... .... . . . . . ...... . .. . . .. ......... . .. ............ .. . . .. ... .......... .. . . ... .. . .. . ........ ................... . .... .... . .... . . ..... ...... .. . ..... . . . . . . . ................ . . ... ......... ....................................... . .. .... . ...... ............................ . ... . ... . ...... . .... . . .... . . . . . ... ...
lowQualScore : 0 0 0 99 99 2 222222222222222222222222222222222222222222 9 4 11 4 66 6 888 66 4 11111 222 0 0 000000000 99 0000 0 99 99 222222222 555 0 0 888 7 99 99 66 7 0 9 0 0 1 9999 9999 7 7 7 6 4 999999 6 99 1 7 99 777777777 7 22 333333333333 22 7 7 33 888 8888888888 00 0 2 222 00 8 00 0 44444444 2222222222222222222 0 8888 8888 0 0000 3 7 33333 555555 88 7 77777 5 7 7 7 7 7 3 0000000000000000 0 0 000 000000000 222222222222222222222222222222222222222 0 88 2222 0 000000 6666666666666666666666666666 4 222 0 000 0 000000 0 6666 6 0 0000 8 0 3 0 5 555 555
consensus : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATA--T----C---T----CAT-T-TAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA-T-------AT-G-GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-N--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGNGCTAA--TTTTAAGGG--TAT---------CCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTATGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-NCA-GATN---AA--TGCC--AG---------------TAGATAAA-CTA-GA-ATTCG-A--AA-TT----TATT-AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATA-TTT-NATTACAC---AG-GTTTT---T--GGAA---------------------A----AAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA-----CT-TTT--ATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATNATTT-TTGTTACTAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGNCAAAATGTATTTTTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAA
Reference ( family-346 ) : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATA--T----C---T----CAT-T-TAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA-T-------AT-G-GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-N--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGNGCTAA--TTTTAAGGG--TAT---------CCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTATGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-NCA-GATN---AA--TGCC--AG---------------TAGATAAA-CTA-GA-ATTCG-A--AA-TT----TATT-AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATA-TTT-NATTACAC---AG-GTTTT---T--GGAA---------------------A----AAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA----CCT-TTT--ATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATNATTT-TTGTTACTAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGNCAAAATGTATTTTTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAA
gi|1 : GGAACCGCACAAGA-ATTAAGA--TTT--ATTGA-------------------AG-T-TAA---------TA-TTCGCCATC-C--A-ACATA-TGAAC---C--CG-AC-----TATTTT-ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA---------AT---GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--G-CGAAAA-T-AAGCG-ATAAGTCCTAT-
gi|1 : ttaaggtagtatgaaacgttcgtccatatcaataactaagtactcgttttccacgcttgaaaccacgtcttactttccgtttaacttagtcgaggaagaaaaaagtttaCTAA--T----AGGG--TATATCTTTAACCCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTAT-TTT--AGGT----AATC-A-AATGCCAACCC-T-AAT--A-GTAACATGATA---GA--TGCC--AGAGTAGGCACGTGATTTAGATGAG-CTATGATATTCG-AAGAA-TTTTACTATT-AAATT-GTA-----ATCAAATTAAGTTGT-TTG-CCTTTTCTTG-CATATTTT-CATTATCTATTTATAGGACGATCATTTTCAAA-AGAG---GGTATATCTGA--CTCTAGTTCT--------------------AAATCA-GG-------ATA-TTA-AATTATACTATAG-GTTTTTAAT--GGAA---------------------ACAATAAAATTTAT-T-A-AATGTTTATCCTCTTTTAGAGCGTTCT-TTT--ATTC--ATTTTTTGGTTT-GTTGTAATAAAATTCATTGTT-TTAATAagcgtctattctatattctttataaccatactggataatagtcatttttttctgtaaattctataccattagatagatcagatgcgttgctaagtaaatctaatagggtatatctttaaccccaagctttattcaaaataaacaattgaaaagtattttaggtaatcaaatgccaaccctaatagtaacatgatagatgccagagtaggcacgtgatttagatgagctatgatattcgaagaattttactattaaattgtaatcaaattaagttgtttgccttttcttgcatattttcattatctatttataggacgatcattttcaaaagagggtatatctgactctagttctaaatcaggatattaaattatactataggtttttaatggaaacaataaaatttattaaatgtttatcctcttttagagcgttcttttattcattttttggtttgttgtaataaaattcattgttttaatac
gi|10 : ttaaggtagtatgaaacgttcgtccatatcaataactaagtactcgttttccacgcttgaaaccacgtcttactttccgtttaacttagtcgaggaagaaaaaagtttaggaaccgcacaagaattaagatttattgaagttaatattcgccatccaacatatgaacccgactattttaccagtctttccttcatatttgataatgtcgggttcaatgttggaggcgaaaataagcgataagtcctatagcgtctattctatattctttataaccatactggataatagtcatttttttctgtaaattctataccattagatagatcagatgcgttgctaagtaaatCG-ATAAGT-CTAT-A--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTAGGATTAATTAGTCA---G--TGGGGATAA--TTTTAAGGG--TAT---------Cc
gi|13 : TTAGGCCAAA-TGTATTTTTTTTTTCCGTTTT---AAAAACAAATCTAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggtgaaggatatg
gi|14 : -AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTCT-TATT-CCTAT-------A
gi|16 : AACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGAGCTAA--TT
gi|2 : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATAATT----CGATTA---CAT-TGTAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGA-C---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA-T-------AT-G-GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-T--CGGACC--TA-G-TTTT-AAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGTGCTAA--TTCTAAGGG--TAT---------TCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AGGTGTGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-CCA-GAT----AA--TGCC--A----------------TAGATAAA-CTA-TA-ATTCG-A--GA-TT----TATT-AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATA-TTT-TATTAAAC---AA-GTTTT---T--GG-A---------------------A----GAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA-----CT-TTT--ATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATCATTT-TTGTTACTAATA
gi|2 : TTAGGACAAAATGTA---TTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAAtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaggacaaaatgtatttttttccgtttttaaaaaaacaaatctaaaaa
gi|3 : ggaaccgcacaaaattagatttatcgataattcgattacattgtaatatcgcctccaacattgacccgactatttaccagtctttccttcatatttgatatatggtcgggttcaatgttggaggccgaatataaagcgataagtctattcggacctagttttaaacttggattaattagtcagtggtgctaattctaagggtattccaagctttattcaaaataaacaattgaaaggtgtgtttagtaataaatgccaacctctatatgtccagataatgccatagataaactataattcgagatttattaaattgtgatcaaaatgttgccttgctttttcattcctatacattcaagaagggtaactcctgttaaaggatattttattaaacaagtttttggaagaaaattatcatgtgttcctttttaaacttttatttcaattttttggtttgaatatcatttttgttactaatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGAACCGTA-AA-A-ATTA-GA--TTT--AT-GATA--T--------------------AA---------T--T-CGCCCTCGC--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACGAG-TC-TTTCT---------TC--CAA--T-ATT--TG--ATA-TCA-----GT-G-GT-CGG-GT--TTCAATA-TTGAGGAG--G-CGAATA-T-ATGCG-ATAAGT-CTATAC--CGG--A--TA-GTTTTT-TAACTTGGATTACTTAGTCAG--G--TGGTGCT-A--TTCTAA-GG--TAT---------CCCA-A--GCT----TTTAA---TTCAGAAAATAA-ACAAATTGAA-AAGTATGTTTC-C-GT----AATTAA-AATGCCACCGTCC-TGT--ATGTCCCA-GATA---CC--TGCC--AT---------------AAGATAAA-CTA-G--ATTCG----AA-TT----TATTAAAATTGGTG-----ATCAAAG-A---TG--TTG-C-----C-TG-T-T-TTTT-CATT-CATAT--------CA------TTCAAGAA-AG---GGTA------A--CT-CTAT--T--------------------AA---ATGG-------ATATTTT-TATTACA----AG-GTTTT---T--GG-A---------------------A----AAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCA-TTTTAAA-----CT-TTT--A-TTCAA-TTTTTGGTTT-G----AATATTATTT-TT
gi|4 : attaaggtagtatgaaacgttcgtccaagttatccatagactaagtgacgcgttgtgccgcttgaaacacgggcctacttttcggtttaacgtttatgtcgaggaaagaaaacgtttaaAGCCGCACAA-ATATTA-GA--CTT--ATCAGTA--TTATCC---TTTGCCTT-T-TAAAATCGATTATA-TTCGCC-TC-CCAA-GCAT--TGA-C---C--CG-AC-----TATTTTTACCAGCTC-TTTCC---------TT--C-A--TCACT--T-----A-T-------AT-T-GC-ATA-A---TTATATG-TC--GG----GTTGCATAATAAATTG-AGA---------G--CGAA----TA-G-TTAA-TAGC---GACTA--TAGTCA---A--AGG--CTA-----TTACCGG--TA------------CATA--GTT----GA--A---CTT--GGGATTA-TT-AAGTGCA-------GTTTGAA-AT----AAT--A-AAT-CCAACCTACATAT--ATGT-ACA--ATCTTTAA--TGCCCTAA---------------TAGATAAA-CTA-GA-ATTCG-A--AAATT----TATT-AA-TT-GTGCAGACAAGAAA--A---TGGTTTGAC-----CTTGAC-T-TTTTATATT-CC-AT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------AACTTCCTAT--TAAAGTATTTTTTCTATGTACAA---A-GGTTTAGGAATA-TTT--ATTACA----AG-GTTTT---TTCGGAAAAAATAAAAGAACAAAAAAAAA----AAAAAATATTC-ACTGTGT---GCCT-TTTTAAA----ACT-TTTTTATATCAATTTTTGCGTTT-G----ACTATAATAT-ATGTTtaa
gi|5 : GGAACCGCACCA-A-AATA-GA--TTTGTATCGCTG--T--------------AT-T--GA---------T--T-CGCT-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CGGAC-----TAC----AC-AG-T---TTCT---------TT--C-AACT-TTTAATG--ATA-TGAATATGAT-G-GT-CAGAG---ATCAATGCTT--GGAG--GC-GAAT--TAA-GCG-ATAACT-CTAC-TAACGGACA--TAAG-TTAT-TAACTGAGGATAATTAGTCAAAAG--TGGGATTAAATTTTTAAGGAGATAT---------CCCA-ACAGCT----TT--A---TTC--AAA-TAAGAC-TATTGAATGAGTATTTTT--A-GTTAATAAT--ACAATACCAACCT-C-TGTGAATGT-TCA-GATT---AAAATGCC--AG---------------TAGATAAAACTA-GA-TTTCGGA--AA-TT----TATTTAAATT--TGC----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CATT-C-T-TTTT-AATT-CC-ATAATG---ACA------TTCAAG-A-AGAAAGGTA------A--CTCTTGT--T--------------------AA---A-GA-------TTA-CTTAAATTACAT---AGAGTTTT---T--GGAAG--------------------A----AAAAAATAT-CAA-TGTGT---CCGT-TTTTAA------CTATTT--A-TTCAA-TTTTTGGTTTAG----AATAT-ATTA-TTGTAAC
gi|6 : tttagtcgaggaagaaagtataGGAACTGAACAA-A-AT-A-GAAGTGT--ATCG----------C---T----TATAT-TAA--------------CACC-CC-C--A-ATACCATGAACATTCG-CG-ACAAAAATAAT---ACCAG-TC-TTTTCAACTTTTAATT--G-A--T-ATT--TG--ATAAT-------AT-GTGT-CGG-GATTTTCAATG-TT--GAAACTGT-GAATA-T-AAGCG-ATAAGT-CTAT-A--CGGACC--CC-A-TTTTATAACTTGAATTAAATAGTCA---GTTTGTAGCTAAT-TTTTAAGGG--TATATTTTCACGCCAA-A--GCTTGTGTT--ATTTTTC--AAAATAA-AC-AATTTGA-AAGT-TATTT--a
gi|7 : taagtagtataaacttcgccatattattaactaactgattgtttcacactggaaaacaccggtttctactttcaggtaaaaataacgttttagtcgaggaagaaaagatataACCGCACAA-C-ATTA-GA--TTT--ATTGAT---------------------T-TAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A--CAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TCTTTTCC---------TT--C------ATT--TGAAATA-T-------AT-G-GTCCGG-G---CTCAATG-TT--GGAG--GC--GATA-TAAGCCGCATAAGT-C-AT-A--CGGACACCTA-G-TTTT-TAAt
gi|8 : ggtagtaatgaaagtttcgccatatccataacaaagtgacgcattccgcttgaaaaaacggtaatactttcgtttaacatttttaagtcgaaggaagaacaaagtttagccgaac-T-CGCC-TC-C--ACACAT--TGAGC---CATCG--C-----TATTA--TCCAGCTC-TTTCC---------TTGTC-A--T-ATT--TT--GTA-T-------ATCC-GT-CGG-G---T
gi|9 : acttaaggtagtatgaaacgttcgtcctatccatgcagaatgaggtcctcttgaaaacacgcgttactttcggtaacgtttttagtgaaatatagacgttgtatcagtttcGGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATTG-------------------CAT-----A---------TATT-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CA-AC-----Ta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TAAAGTAGTATGAAACGTTCGTCCATATTATAACTAAGTGACATGTTTTCACTTGAAACACGGCCTACTTTCGGTTTAACG
Unaligned ( gi|12 ): TGCCGCTTGAAATCACGGTCTACGTGTCGGAGGTTTAAAAGTGTTACGTCGAGAGAAAGAA
Unaligned ( gi|15 ): ACCAGTTTAAGGTAGTATGAAACGTTCGTCCA
Unaligned ( gi|17 ): ATTAAGGTAGTATGAAACGTTCGTCCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111 11 11 11111 111 1 222222222 222222222 111 111 22 1 1111 111111 11 444444444 111111111111 2222222222 11 111 11 11 22222222 6666666666666666666 1111 1111 1111 1 22222 111111 11 11111 4444444444444444 111 222222222 777777777777777777777777777777777777777 11 2222 111111 8888888888888888888888888888 111 33333 1 1 1111 1 222 222
lowQualScore : 5 5 5 66 66 2 777777777777777777777777777777777777777777 8 4 66 4 00 3 777 00 4 11111 555 0 5 000000000 66 9999 5 66 66 555555555 222 5 5 333 5 77 77 22 5 2 3 5 5 0 3333 9999 5 5 5 1 1 555555 6 11 0 0 77 555555555 6 99 666666666666 99 6 6 88 555 0000000000 99 8 3 777 11 0 77 8 88888888 0000000000000000000 8 1111 9999 8 7777 3 6 33333 888888 55 6 66666 3 6 6 6 6 6 7 2222222222222222 8 8 444 555555555 111111111111111111111111111111111111111 8 66 7777 8 666666 5555555555555555555555555555 1 999 8 444 8 0 44444 8 0 0 8 7777 8 8 7 1 5 111 111
lowQualScore : . . . .. .. . .......................................... . . .. . .. . ... .. . ..... ... . . ......... .. .... . .. .. ......... ... . . ... . .. .. .. . . . . . . .... .... . . . . . ...... . .. . . .. ......... . .. ............ .. . . .. ... .......... .. . . ... .. . .. . ........ ................... . .... .... . .... . . ..... ...... .. . ..... . . . . . . . ................ . . ... ......... ....................................... . .. .... . ...... ............................ . ... . ... . . ..... . . . . .... . . . . . ... ...
lowQualScore : 0 0 0 99 99 2 222222222222222222222222222222222222222222 9 4 11 4 66 6 888 66 4 11111 222 0 0 000000000 99 0000 0 99 99 222222222 555 0 0 888 7 99 99 66 7 0 9 0 0 1 9999 9999 7 7 7 6 4 999999 6 99 1 7 99 777777777 7 22 333333333333 22 7 7 33 888 8888888888 00 0 2 222 00 8 00 0 44444444 2222222222222222222 0 8888 8888 0 0000 3 7 33333 555555 88 7 77777 5 7 7 7 7 7 3 0000000000000000 0 0 000 000000000 222222222222222222222222222222222222222 0 88 2222 0 000000 6666666666666666666666666666 4 222 0 000 0 8 00000 0 6 6 0 0000 8 0 3 0 5 555 555
consensus : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATA--T----C---T----CAT-T-TAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA-T-------AT-G-GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-N--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGNGCTAA--TTTTAAGGG--TAT---------CCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTATGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-NCA-GATN---AA--TGCC--AG---------------TAGATAAA-CTA-GA-ATTCG-A--AA-TT----TATT-AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATA-TTT-NATTACAC---AG-GTTTT---T--GGAA---------------------A----AAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA-C---CT-TTTATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATNATTT-TTGTTACTAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGNCAAAATGTATTTTTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAA
Reference ( family-346 ) : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATA--T----C---T----CAT-T-TAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA-T-------AT-G-GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-N--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGNGCTAA--TTTTAAGGG--TAT---------CCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTATGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-NCA-GATN---AA--TGCC--AG---------------TAGATAAA-CTA-GA-ATTCG-A--AA-TT----TATT-AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATA-TTT-NATTACAC---AG-GTTTT---T--GGAA---------------------A----AAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA-----CT-TTTATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATNATTT-TTGTTACTAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGNCAAAATGTATTTTTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAA
gi|1 : GGAACCGCACAAGA-ATTAAGA--TTT--ATTGA-------------------AG-T-TAA---------TA-TTCGCCATC-C--A-ACATA-TGAAC---C--CG-AC-----TATTTT-ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA---------AT---GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--G-CGAAAA-T-AAGCG-ATAAGTCCTAT-
gi|1 : ttaaggtagtatgaaacgttcgtccatatcaataactaagtactcgttttccacgcttgaaaccacgtcttactttccgtttaacttagtcgaggaagaaaaaagtttaCTAA--T----AGGG--TATATCTTTAACCCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTAT-TTT--AGGT----AATC-A-AATGCCAACCC-T-AAT--A-GTAACATGATA---GA--TGCC--AGAGTAGGCACGTGATTTAGATGAG-CTATGATATTCG-AAGAA-TTTTACTATT-AAATT-GTA-----ATCAAATTAAGTTGT-TTG-CCTTTTCTTG-CATATTTT-CATTATCTATTTATAGGACGATCATTTTCAAA-AGAG---GGTATATCTGA--CTCTAGTTCT--------------------AAATCA-GG-------ATA-TTA-AATTATACTATAG-GTTTTTAAT--GGAA---------------------ACAATAAAATTTAT-T-A-AATGTTTATCCTCTTTTAGAGCGTTCT-TTTATTC--ATTTTTTGGTTT-GTTGTAATAAAATTCATTGTT-TTAATAagcgtctattctatattctttataaccatactggataatagtcatttttttctgtaaattctataccattagatagatcagatgcgttgctaagtaaatctaatagggtatatctttaaccccaagctttattcaaaataaacaattgaaaagtattttaggtaatcaaatgccaaccctaatagtaacatgatagatgccagagtaggcacgtgatttagatgagctatgatattcgaagaattttactattaaattgtaatcaaattaagttgtttgccttttcttgcatattttcattatctatttataggacgatcattttcaaaagagggtatatctgactctagttctaaatcaggatattaaattatactataggtttttaatggaaacaataaaatttattaaatgtttatcctcttttagagcgttcttttattcattttttggtttgttgtaataaaattcattgttttaatac
gi|10 : ttaaggtagtatgaaacgttcgtccatatcaataactaagtactcgttttccacgcttgaaaccacgtcttactttccgtttaacttagtcgaggaagaaaaaagtttaggaaccgcacaagaattaagatttattgaagttaatattcgccatccaacatatgaacccgactattttaccagtctttccttcatatttgataatgtcgggttcaatgttggaggcgaaaataagcgataagtcctatagcgtctattctatattctttataaccatactggataatagtcatttttttctgtaaattctataccattagatagatcagatgcgttgctaagtaaatCG-ATAAGT-CTAT-A--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTAGGATTAATTAGTCA---G--TGGGGATAA--TTTTAAGGG--TAT---------Cc
gi|13 : TTAGGCCAAA-TGTATTTTTTTTTTCCGTTTT---AAAAACAAATCTAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggtgaaggatatg
gi|14 : -AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTCT-TATT-CCTAT-------A
gi|16 : AACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGAGCTAA--TT
gi|2 : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATAATT----CGATTA---CAT-TGTAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGA-C---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA-T-------AT-G-GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-T--CGGACC--TA-G-TTTT-AAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGTGCTAA--TTCTAAGGG--TAT---------TCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AGGTGTGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-CCA-GAT----AA--TGCC--A----------------TAGATAAA-CTA-TA-ATTCG-A--GA-TT----TATT-AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATA-TTT-TATTAAAC---AA-GTTTT---T--GG-A---------------------A----GAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA-----CT-TTTATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATCATTT-TTGTTACTAATA
gi|2 : TTAGGACAAAATGTA---TTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAAtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaggacaaaatgtatttttttccgtttttaaaaaaacaaatctaaaaa
gi|3 : ggaaccgcacaaaattagatttatcgataattcgattacattgtaatatcgcctccaacattgacccgactatttaccagtctttccttcatatttgatatatggtcgggttcaatgttggaggccgaatataaagcgataagtctattcggacctagttttaaacttggattaattagtcagtggtgctaattctaagggtattccaagctttattcaaaataaacaattgaaaggtgtgtttagtaataaatgccaacctctatatgtccagataatgccatagataaactataattcgagatttattaaattgtgatcaaaatgttgccttgctttttcattcctatacattcaagaagggtaactcctgttaaaggatattttattaaacaagtttttggaagaaaattatcatgtgttcctttttaaacttttatttcaattttttggtttgaatatcatttttgttactaatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGAACCGTA-AA-A-ATTA-GA--TTT--AT-GATA--T--------------------AA---------T--T-CGCCCTCGC--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACGAG-TC-TTTCT---------TC--CAA--T-ATT--TG--ATA-TCA-----GT-G-GT-CGG-GT--TTCAATA-TTGAGGAG--G-CGAATA-T-ATGCG-ATAAGT-CTATAC--CGG--A--TA-GTTTTT-TAACTTGGATTACTTAGTCAG--G--TGGTGCT-A--TTCTAA-GG--TAT---------CCCA-A--GCT----TTTAA---TTCAGAAAATAA-ACAAATTGAA-AAGTATGTTTC-C-GT----AATTAA-AATGCCACCGTCC-TGT--ATGTCCCA-GATA---CC--TGCC--AT---------------AAGATAAA-CTA-G--ATTCG----AA-TT----TATTAAAATTGGTG-----ATCAAAG-A---TG--TTG-C-----C-TG-T-T-TTTT-CATT-CATAT--------CA------TTCAAGAA-AG---GGTA------A--CT-CTAT--T--------------------AA---ATGG-------ATATTTT-TATTACA----AG-GTTTT---T--GG-A---------------------A----AAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCA-TTTTAAA-----CT-TTTA-TTCAA-TTTTTGGTTT-G----AATATTATTT-TT
gi|4 : attaaggtagtatgaaacgttcgtccaagttatccatagactaagtgacgcgttgtgccgcttgaaacacgggcctacttttcggtttaacgtttatgtcgaggaaagaaaacgtttaaAGCCGCACAA-ATATTA-GA--CTT--ATCAGTA--TTATCC---TTTGCCTT-T-TAAAATCGATTATA-TTCGCC-TC-CCAA-GCAT--TGA-C---C--CG-AC-----TATTTTTACCAGCTC-TTTCC---------TT--C-A--TCACT--T-----A-T-------AT-T-GC-ATA-A---TTATATG-TC--GG----GTTGCATAATAAATTG-AGA---------G--CGAA----TA-G-TTAA-TAGC---GACTA--TAGTCA---A--AGG--CTA-----TTACCGG--TA------------CATA--GTT----GA--A---CTT--GGGATTA-TT-AAGTGCA-------GTTTGAA-AT----AAT--A-AAT-CCAACCTACATAT--ATGT-ACA--ATCTTTAA--TGCCCTAA---------------TAGATAAA-CTA-GA-ATTCG-A--AAATT----TATT-AA-TT-GTGCAGACAAGAAA--A---TGGTTTGAC-----CTTGAC-T-TTTTATATT-CC-AT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------AACTTCCTAT--TAAAGTATTTTTTCTATGTACAA---A-GGTTTAGGAATA-TTT--ATTACA----AG-GTTTT---TTCGGAAAAAATAAAAGAACAAAAAAAAA----AAAAAATATTC-ACTGTGT---GCCT-TTTTAAAACT--TT-TTTATATCAATTTTTGCGTTT-G----ACTATAATAT-ATGTTtaa
gi|5 : GGAACCGCACCA-A-AATA-GA--TTTGTATCGCTG--T--------------AT-T--GA---------T--T-CGCT-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CGGAC-----TAC----AC-AG-T---TTCT---------TT--C-AACT-TTTAATG--ATA-TGAATATGAT-G-GT-CAGAG---ATCAATGCTT--GGAG--GC-GAAT--TAA-GCG-ATAACT-CTAC-TAACGGACA--TAAG-TTAT-TAACTGAGGATAATTAGTCAAAAG--TGGGATTAAATTTTTAAGGAGATAT---------CCCA-ACAGCT----TT--A---TTC--AAA-TAAGAC-TATTGAATGAGTATTTTT--A-GTTAATAAT--ACAATACCAACCT-C-TGTGAATGT-TCA-GATT---AAAATGCC--AG---------------TAGATAAAACTA-GA-TTTCGGA--AA-TT----TATTTAAATT--TGC----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CATT-C-T-TTTT-AATT-CC-ATAATG---ACA------TTCAAG-A-AGAAAGGTA------A--CTCTTGT--T--------------------AA---A-GA-------TTA-CTTAAATTACAT---AGAGTTTT---T--GGAAG--------------------A----AAAAAATAT-CAA-TGTGT---CCGT-TTTT-AA-----CTATTTA-TTCAA-TTTTTGGTTTAG----AATAT-ATTA-TTGTAAC
gi|6 : tttagtcgaggaagaaagtataGGAACTGAACAA-A-AT-A-GAAGTGT--ATCG----------C---T----TATAT-TAA--------------CACC-CC-C--A-ATACCATGAACATTCG-CG-ACAAAAATAAT---ACCAG-TC-TTTTCAACTTTTAATT--G-A--T-ATT--TG--ATAAT-------AT-GTGT-CGG-GATTTTCAATG-TT--GAAACTGT-GAATA-T-AAGCG-ATAAGT-CTAT-A--CGGACC--CC-A-TTTTATAACTTGAATTAAATAGTCA---GTTTGTAGCTAAT-TTTTAAGGG--TATATTTTCACGCCAA-A--GCTTGTGTT--ATTTTTC--AAAATAA-AC-AATTTGA-AAGT-TATTT--a
gi|7 : taagtagtataaacttcgccatattattaactaactgattgtttcacactggaaaacaccggtttctactttcaggtaaaaataacgttttagtcgaggaagaaaagatataACCGCACAA-C-ATTA-GA--TTT--ATTGAT---------------------T-TAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A--CAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TCTTTTCC---------TT--C------ATT--TGAAATA-T-------AT-G-GTCCGG-G---CTCAATG-TT--GGAG--GC--GATA-TAAGCCGCATAAGT-C-AT-A--CGGACACCTA-G-TTTT-TAAt
gi|8 : ggtagtaatgaaagtttcgccatatccataacaaagtgacgcattccgcttgaaaaaacggtaatactttcgtttaacatttttaagtcgaaggaagaacaaagtttagccgaac-T-CGCC-TC-C--ACACAT--TGAGC---CATCG--C-----TATTA--TCCAGCTC-TTTCC---------TTGTC-A--T-ATT--TT--GTA-T-------ATCC-GT-CGG-G---T
gi|9 : acttaaggtagtatgaaacgttcgtcctatccatgcagaatgaggtcctcttgaaaacacgcgttactttcggtaacgtttttagtgaaatatagacgttgtatcagtttcGGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATTG-------------------CAT-----A---------TATT-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CA-AC-----Ta
blockSeqs : . T . AG GT C GTATTATCCTTTGCCTTTTAAAATCGATTATATT C G CA C CA A ATT AT G AAAAA TTT C T AACTTTTAA GT AAC C AA AA TGAATATG GT C A ATT C GA CT CC A A A C . TAA CACC A T A T A AAAG A AT GA ATTTTCACG T CA TGTGTTATTT AG G A TG GTG AGTTAAT TA C G ACA GA CC . CTTTAA CTAA A TA GA A . A G CAGAC GA GT A . T A . . A . T AATGACA A . AAA AAC TAAAGTATTTTTTCTATGTACAAAGGTTTAGGA T AA C A TTC AAAAAATAAAAGAACAAAAAAAAA T TC C . . ACT A T T A . C . A A A . TAA
blockSeqs : . . . . . C ATAATTCGATTACATTGTAATAT . . . . . A . G . . T C . . . AA . . . TCA CC . . T . . . TT . A T . . AC CC . . . T A GTT T T . . . . TTTAA . . . A ATG GAAAT . . G CC . C . TAAAA AT . GA A . . T . C A . . . T . . . . . T ACA . . . A TAAATGG . T T . T AAGA T CA . . . . . T T . . T . A
blockSeqs : . . . . . C CTGTATTGATT . . . . . A . . . . T . . . . A . . . AT G . . . . . . C . A A . . T CA . . . T C GG T . . . . . TTA . . . A ATT CCGT . . A C . A . ACC AG . GA A . . . . . A . . . T . . . . . T ACA . . . A TAAAGG . T . . T AA A C . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . C CTTATATTAA . . . . . A . . . . T . . . . A . . . T G . . . . . . C . A A . . G CC . . . G A G G . . . . . GAA . . . A TA AGT . . . C . T . AA A . G . . . . . . A . . . A . . . . . . CA . . . A TAAAGA . . . . T AA A C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T ATTTAATAT . . . . . G . . . . A . . . . A . . . T T . . . . . . T . . G . . A A . . . T A G A . . . . . TTA . . . . G . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T ATATAATT . . . . . A . . . . . . . . . A . . . T G . . . . . . C . . . . . A . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . CATATATT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ATATAATT********************************** ** T** T******** G** ********* ATG ** N* CAA***** A****************** GA** A*** **** A***** ** ***** ACA************* A******** TAAAGG********************************* C*** T***** AAGA************************ *** ***** ****
originalCons : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATA--T----C---T----CAT-T-TAA---------TA-T-CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATA-T-------AT-G-GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-N--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGNGCTAA--TTTTAAGGG--TAT---------CCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTATGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-NCA-GATN---AA--TGCC--AG---------------TAGATAAA-CTA-GA-ATTCG-A--AA-TT----TATT-AAATT-GTG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------ACA------TTCAAG-A-AG---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATA-TTT-NATTACAC---AG-GTTTT---T--GGAA---------------------A----AAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA-C---CT-TTTATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATNATTT-TTGTTACTAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGNCAAAATGTATTTTTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAA
finalCons : GGAACCGCACAA-A-ATTA-GA--TTT--ATCGATATAATT----------------------------------CGCC-TC-C--A-ACAT--TGAAC---C--CG-AC-----TATTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--C-A--T-ATT--TG--ATAT--------ATG--GT-CGG-G---TTCAATG-TT--GGAG--GCCGAATA-TAAAGCG-ATAAGT-CTAT-N--CGGACA--TA-G-TTTT-TAACTTGGATTAATTAGTCA---G--TGGNGCTAA--TTTTAAGGG--TAT---------CCCA-A--GCT----TT--A---TTC--AAAATAA-AC-AATTGAA-AAGTATGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGTN-CA-GATCAA-----TGCCA------------------TAGATAAA-CTAGA--ATTCGA---AA-TT----TATT-AAATT-GTG-----ATCAAAA-----TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTATACA-------------TTCAAG-A-AG---GGTAA--------CTCCTGTTAAAGG---------------------------------ATA-TTT-NATTACAC---AG-GTTTTT-----GGAAGA------------------------AAAAATTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA-----CT-TTTATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATNATTT-TTGTTACTAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGNCAAAATGTATTTTTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TAAAGTAGTATGAAACGTTCGTCCATATTATAACTAAGTGACATGTTTTCACTTGAAACACGGCCTACTTTCGGTTTAACG
Unaligned ( gi|12 ): TGCCGCTTGAAATCACGGTCTACGTGTCGGAGGTTTAAAAGTGTTACGTCGAGAGAAAGAA
Unaligned ( gi|15 ): ACCAGTTTAAGGTAGTATGAAACGTTCGTCCA
Unaligned ( gi|17 ): ATTAAGGTAGTATGAAACGTTCGTCCA
Alignments
lowQualScore : 11 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 111 1 111111111 22222 11 2222222222 111 111 11 22222 11 11 11111111 11111 1111 111111 111 444444444 111111111111 2222222222 11 111 11 33333333 66666666666666666666 11 11111 1111 22222 111111 11 11111 44444444444444444444 111 222222222 777777777777777777777777777777777777777 11 2222 111111 888888888888888888888888 111 33333 1 1 1111 1 222 222
lowQualScore : 4 4 4 4 22 4 55 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 55 555 99 2 777 99 4 00000 66 222 3 4 777777777 66 11111 4 4 66 00 7777777777 666 4 4 777 333 66 5 11 33333 11 3 00 4 66666666 4 44444 5 5 2222 5 666 55 3 5 222222 6 555 0 77 555555555 6 99 666666666666 99 6 6 88 555 2222222222 99 8 3 777 11 0 99 8 8 22222222 66666666666666666666 8 8 8 44 8 33333 7777 6 6 6 33333 888888 55 6 66666 6 6 6 6 6 7 22222222222222222222 8 8 444 555555555 6 111111111111111111111111111111111111111 66 8 7777 8 666666 888888888888888888888888 99 999 8 444 8 0 44444 8 0 0 8 7777 8 8 7 1 5 111 111
lowQualScore : . . . . .. . .. ................................................................... . .. ... .. . ... .. . ..... .. ... . . ......... .. ..... . . .. .. .......... ... . . ... ... .. . .. ..... .. . .. . ........ . ..... . . .... . ... .. . . ...... . ... . .. ......... . .. ............ .. . . .. ... .......... .. . . ... .. . .. . . ........ .................... . . . .. . ..... .... . . . ..... ...... .. . ..... . . . . . . .................... . . ... ......... . ....................................... .. . .... . ...... ........................ .. ... . ... . . ..... . . . . .... . . . . . ... ...
lowQualScore : 4 4 4 4 22 4 55 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 55 444 55 3 000 55 0 00000 11 666 3 4 888888888 11 77777 4 4 11 66 6666666666 222 4 4 888 888 99 0 99 55555 99 2 11 4 11111111 4 00000 0 0 4444 0 777 22 4 0 666666 6 111 1 99 777777777 7 22 333333333333 22 7 7 33 888 2222222222 00 0 2 222 00 8 00 0 0 88888888 00000000000000000000 0 0 0 00 0 88888 0000 7 7 7 33333 555555 88 7 77777 7 7 7 7 7 3 00000000000000000000 0 0 000 000000000 4 222222222222222222222222222222222222222 88 0 2222 0 000000 888888888888888888888888 44 222 0 000 0 8 00000 0 6 6 0 0000 8 0 3 0 5 555 555
consensus : GGAACCGCACAA-A-AT-TA-GA--TT-T--ATCG---A---T-A--------------T-A---AT-TC---GCC-T------------------------C-C--A-A-CAT--TGAAC---C--CG-AC-----TA--TTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--CA-----T-AT-T--TG--ATA--T-------AT-G-GT-CGG-G---TT---CAAT--G-TTG--GAG--GCCGAATA--TAA-AGCG-AT--------AAGT-CTAT--N--C-GG-ACA--TA-GTTTT-T-AACTT-GGATTAATTAGT-CA---G--TGGNGCTAA--TTTTAAGGG--TAT---------CCCA-A--GCT----TT--A---TTCA--AAATAA-ACAA-TTGAA-AAGTATGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-NC-A-GATN---AA--TGCC---AG---------------TA-GATAAA-CTA-GA-ATTCG-A--AA-TT----TATT-AAA-TTG-TG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------A----CA------TTCAAGA-A-G---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATATTTN-A-TTACAC---AG-GTTTT---T--GGAAG-AA--------------------AAAA-TTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA-C---CT-TTTATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATNATTT-TTGTTACTAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGNCAAAATGTATTTTTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAA
Reference ( family-346 ) : GGAACCGCACAA-A-AT-TA-GA--TT-T--ATCG---A---T-A--------------T-A---AT-TC---GCC-T------------------------C-C--A-A-CAT--TGAAC---C--CG-AC-----TA--TTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--CA-----T-AT-T--TG--ATA--T-------AT-G-GT-CGG-G---TT---CAAT--G-TTG--GAG--GCCGAATA--TAA-AGCG-AT--------AAGT-CTAT--N--C-GG-ACA--TA-GTTTT-T-AACTT-GGATTAATTAGT-CA---G--TGGNGCTAA--TTTTAAGGG--TAT---------CCCA-A--GCT----TT--A---TTCA--AAATAA-ACAA-TTGAA-AAGTATGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-NC-A-GATC---AA--TGCC---A----------------TA-GATAAA-CTA-GA-ATTCG-A--AA-TT----TATT-AAA-TTG-TG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------A----CA------TTCAAGA-A-G---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATATTTN-A-TTACAC---AG-GTTTT---T--GGAAG-AA--------------------AAAA-TTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA-----CT-TTTATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATNATTT-TTGTTACTAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGNCAAAATGTATTTTTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAA
gi|1 : GGAACCGCACAAGA-AT-TAAGA--TT-T--ATTG---AAGTT-A--------------A-T---AT-TC---GCCAT------------------------C-C--A-A-CATA-TGAAC---C--CG-AC-----TA--TTTT-ACCAG-TC-TTTCC---------TT--CA-----T-AT-T--TG--ATA----------AT---GT-CGG-G---TT---CAAT--G-TTG--GAG--G-CGAAAA--T-A-AGCG-AT--------AAGTCCTAT--
gi|1 : ttaaggtagtatgaaacgttcgtccatatcaataactaagtactcgttttccacgcttgaaaccacgtcttactttccgtttaacttagtcgaggaagaaaaaagtttaCTAA--T----AGGG--TATATCTTTAACCCCA-A--GCT----TT--A---TTCA--AAATAA-ACAA-TTGAA-AAGTAT-TTT--AGGT----AATC-A-AATGCCAACCC-T-AAT--A-GTAAC-ATGATA---GA--TGCC---AGAGTAGGCACGTGATTTA-GATGAG-CTATGATATTCG-AAGAA-TTTTACTATT-AAA-TTG-TA-----ATCAAATTAAGTTGT-TTG-CCTTTTCTTG-CATATTTT-CATTATCTATTTATAGGA----CGATCATTTTCAAAAGA-G---GGTATATCTGA--CTCTAGTTCT--------------------AAATCA-GG-------ATATTAA-A-TTATACTATAG-GTTTTTAAT--GGAAACAAT-------------------AAAATTTAT-T-A-AATGTTTATCCTCTTTTAGAGCGTTCT-TTTATTC--ATTTTTTGGTTT-GTTGTAATAAAATTCATTGTT-TTAATAagcgtctattctatattctttataaccatactggataatagtcatttttttctgtaaattctataccattagatagatcagatgcgttgctaagtaaatctaatagggtatatctttaaccccaagctttattcaaaataaacaattgaaaagtattttaggtaatcaaatgccaaccctaatagtaacatgatagatgccagagtaggcacgtgatttagatgagctatgatattcgaagaattttactattaaattgtaatcaaattaagttgtttgccttttcttgcatattttcattatctatttataggacgatcattttcaaaagagggtatatctgactctagttctaaatcaggatattaaattatactataggtttttaatggaaacaataaaatttattaaatgtttatcctcttttagagcgttcttttattcattttttggtttgttgtaataaaattcattgttttaatac
gi|10 : ttaaggtagtatgaaacgttcgtccatatcaataactaagtactcgttttccacgcttgaaaccacgtcttactttccgtttaacttagtcgaggaagaaaaaagtttaggaaccgcacaagaattaagatttattgaagttaatattcgccatccaacatatgaacccgactattttaccagtctttccttcatatttgataatgtcgggttcaatgttggaggcgaaaataagcgataagtcctatagcgtctattctatattctttataaccatactggataatagtcatttttttctgtaaattctataccattagatagatcagatgcgttgctaagtaaatCG-AT--------AAGT-CTAT--A--C-GG-ACA--TA-GTTTT-T-AACTA-GGATTAATTAGT-CA---G--TGGGGATAA--TTTTAAGGG--TAT---------Cc
gi|13 : TTAGGCCAAA-TGTATTTTTTTTTTCCGTTTT---AAAAACAAATCTAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggtgaaggatatg
gi|14 : -AAA-TTG-TG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTCT-TATT-CCTAT-------A----
gi|16 : -AACTT-GGATTAATTAGT-CA---G--TGGAGCTAA--TT
gi|2 : GGAACCGCACAA-A-AT-TA-GA--TT-T--ATCG---A---T-AATTCGATTACATTGT-A---ATATC---GCC-T------------------------C-C--A-A-CAT--TGA-C---C--CG-AC-----TA--TTT--ACCAG-TC-TTTCC---------TT--CA-----T-AT-T--TG--ATA--T-------AT-G-GT-CGG-G---TT---CAAT--G-TTG--GAG--GCCGAATA--TAA-AGCG-AT--------AAGT-CTAT--T--C-GG-ACC--TA-GTTTT-A-AACTT-GGATTAATTAGT-CA---G--TGGTGCTAA--TTCTAAGGG--TAT---------TCCA-A--GCT----TT--A---TTCA--AAATAA-ACAA-TTGAA-AGGTGTGTTT--A-GT----AAT--A-AATGCCAACCT-C-TAT--ATGT-CC-A-GAT----AA--TGCC---A----------------TA-GATAAA-CTA-TA-ATTCG-A--GA-TT----TATT-AAA-TTG-TG-----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CTTG-C-T-TTTT-CATT-CCTAT-------A----CA------TTCAAGA-A-G---GGTA------A--CTCCTGT--T--------------------AA---A-GG-------ATATTTT-A-TTAAAC---AA-GTTTT---T--GGAAG-----------------------AAAA-TTAT-C-A-TGTGT---TCCT-TTTTAAA-----CT-TTTATTTCAATTTTTTGGTTT-G----AATATCATTT-TTGTTACTAATA
gi|2 : TTAGGACAAAATGTA---TTTTTTTCCGTTTTTAAAAAAACAAATCTAAAAAtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaggacaaaatgtatttttttccgtttttaaaaaaacaaatctaaaaa
gi|3 : ggaaccgcacaaaattagatttatcgataattcgattacattgtaatatcgcctccaacattgacccgactatttaccagtctttccttcatatttgatatatggtcgggttcaatgttggaggccgaatataaagcgataagtctattcggacctagttttaaacttggattaattagtcagtggtgctaattctaagggtattccaagctttattcaaaataaacaattgaaaggtgtgtttagtaataaatgccaacctctatatgtccagataatgccatagataaactataattcgagatttattaaattgtgatcaaaatgttgccttgctttttcattcctatacattcaagaagggtaactcctgttaaaggatattttattaaacaagtttttggaagaaaattatcatgtgttcctttttaaacttttatttcaattttttggtttgaatatcatttttgttactaatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGAACCGTA-AA-A-AT-TA-GA--TT-T--AT-G---A---T-A--------------T-A---AT-TC---GCCCT------------------------CGC--A-A-CAT--TGAAC---C--CG-AC-----TA--TTT--ACGAG-TC-TTTCT---------TC--CAA----T-AT-T--TG--ATA--TCA-----GT-G-GT-CGG-G---TTT--CAAT--A-TTGAGGAG--GC-GAATA--TAT--GCG-AT--------AAGT-CTAT--A--CCGG-A----TA-GTTTT-TTAACTT-GGATTACTTAGT-CA---GG-TGGTGCTA---TTCTAAGG---TAT---------CCCA-A--GCT----TTTAA---TTCAGAAAATAA-ACAAATTGAA-AAGTATGTTT--CCGT----AATTAA-AATGCCACCGT-CCTGT--ATGT-CCCA-GATA---CC--TGCC---A----------------TAAGATAAA-CTA-GA--TTCG-A--A--TT----TATT-AAAATTGGTG-----ATCAAAG-A---TG--TTG-C-----CT-G-T-T-TTTT-CATT-CATAT------------CA------TTCAAGA-AAG---GGTA------A--CTC-TAT--T--------------------AA---ATGG-------ATATTTTTA-TTACA----AG-GTTTT---T--GGAA---A--------------------AAAA-TTAT-C-A-TGTGT---TCCA-TTTTAAA-----CT-TTTA-TTCAA-TTTTTGGTTT-G----AATATTATTT-TT
gi|4 : attaaggtagtatgaaacgttcgtccaagttatccatagactaagtgacgcgttgtgccgcttgaaacacgggcctacttttcggtttaacgtttatgtcgaggaaagaaaacgtttaaAGCCGCACAA-ATAT-TA-GA--CT-T--ATCA---G---T-A--------------T-T---AT-CCTTTGCC-TTTTAAAATCGATTATATTCGCCTCC-C--A-AGCAT--TG-AC---C--CG-AC-----TATTTTT--ACCAGCTC-TTTCC---------TT--CATCACTT-ATAT--TGC-ATAATT-------AT-ATGT-CGG-G---TTGCATAATAAA-TTGA-GAG----CGAATAGTTAATAGCG-ACTATAGTCAAAGG-CTATTAC--C-GGTACA--TA-G--TT-G-AACTTGGGATTATTAAGTGCA---G--Ttaa
gi|4 : --ATCG---A---TTA--------------T-A----T-TC---GCC-T------------------------C-CCAA-G-CAT--TGA-C---C--CG-AC-----TA--TTTTTACCAGCTC-TTTCC---------TT--CA-----TCAC-T--T-----A--T-------AT-T-GC-ATA-A---TT---ATAT--G-TCG--G----GTTGCATAA-TAA-ATTG-AG--------A----------G--C-GA-A----TA-GTTAA-T-AGC----GACTA--TAGT-CA---A--AGG--CTA-----TTACCGG--TA------------CATA--GTT----GA--A---CTTG--GGATTA-TTAA-GTGCA-------GTTTGAA-AT----AAT--A-AAT-CCAACCTACATAT--ATGT-AC-A--ATCTTTAA--TGCCCTAA----------------TA-GATAAA-CTA-GA-ATTCG-A--AAATT----TATT-AA--TTG-TGCAGACAAGAAA--A---TGGTTTGAC-----CTTGAC-T-TTTTATATT-CC-AT-------A----CA------TTCAAGA-A-G---GGTA------AACTTCCTAT--TAAAGTATTTTTTCTATGTACAA---A-GGTTTAGGAATATTT--A-TTACA----AG-GTTTT---TTCGGAAA-AAATAAAAGAACAAAAAAAAAAAAAA-ATATTC-ACTGTGT---GCCT-TTTTAAAACT--TT-TTTATATCAATTTTTGCGTTT-G----ACTATAATAT-ATGTTttgaaataataaatccaacctacatatatgtacaatctttaatgccctaatagataaactagaattcgaaaatttattaattgtgcagacaagaaaatggtttgaccttgactttttatattccatacattcaagaagggtaaacttcctattaaagtattttttctatgtacaaaggtttaggaatatttattacaaggttttttcggaaaaaataaaagaacaaaaaaaaaaaaaaatattcactgtgtgcctttttaaaacttttttatatcaatttttgcgtttgactataatatatgtt
gi|5 : agccgcacaaatattagacttatcagtattatcctttgccttttaaaGGAACCGCACCA-A-AA-TA-GA--TT-TGTATCG---C---T-G--------------T-ATTGAT-TC---GCT-T------------------------C-C--A-A-CAT--TGAAC---C--CGGAC-----TA--C----AC-AG-T---TTCT---------TT--CAAC---T-TT-TAATG--ATA--TGAATATGAT-G-GT-CAGAG---AT---CAAT--GCTTG--GAG--GC-GAAT---TAA--GCG-AT--------AACT-CTAC--TAAC-GG-ACA--TAAGTTAT-T-AACTG-AGGATAATTAGT-CAAAAG--TGGGATTAAATTTTTAAGGAGATAT---------CCCA-ACAGCT----TT--A---TTCA--AA-TAAGACTA-TTGAATGAGTATTTTT--A-GTTAATAAT--ACAATACCAACCT-C-TGTGAATGT-TC-A-GATT---AAAATGCC---AG---------------TA-GATAAAACTA-GA-TTTCGGA--AA-TT----TATTTAAA-TT--TGC----ATCAAA--A---TG--TTG-C-----CATT-C-T-TTTT-AATT-CC-AT-------AATGACA------TTCAAGA-A-GAAAGGTA------A--CTCTTGT--T--------------------AA---A-GA-------TTACTTA-AATTACAT---AGAGTTTT---T--GGAAG-AA--------------------AAAA-ATAT-CAA-TGTGT---CCGT-TTTT-AA-----CTATTTA-TTCAA-TTTTTGGTTTAG----AATAT-ATTA-TTGTAAC
gi|6 : tttagtcgaggaagaaagtataGGAACTGAACAA-A-AT--A-GAAGTG-T--ATCGCTTA---T-A--------------TTA---A---C---ACC-C------------------------C-C--A-A-TACCATGAACATTCG-CG-ACAAAAATA--AT---ACCAG-TC-TTTTCAACTTTTAATT--GA-----T-AT-T--TG--ATAA-T-------AT-GTGT-CGG-GATTTT---CAAT--G-TTG--AAACTGT-GAATA--T-A-AGCG-AT--------AAGT-CTAT--A--C-GG-ACC--CC-ATTTTAT-AACTT-GAATTAAATAGT-CA---GTTTGTAGCTAAT-TTTTAAGGG--TATATTTTCACGCCAA-A--GCTTGTGTT--ATTTTTCA--AAATAA-ACAA-TTTGA-AAGT-TATTT--a
gi|7 : taagtagtataaacttcgccatattattaactaactgattgtttcacactggaaaacaccggtttctactttcaggtaaaaataacgttttagtcgaggaagaaaagatataACCGCACAA-C-AT-TA-GA--TT-T--ATTG---A---T-T--------------T-A---ATATC---GCC-T------------------------C-C--A---CAT--TGAAC---C--CG-AC-----TA--TTT--ACCAG-TCTTTTCC---------TT--C--------AT-T--TGAAATA--T-------AT-G-GTCCGG-G---CT---CAAT--G-TTG--GAG--GC--GATA--TAA-GCCGCAT--------AAGT-C-AT--A--C-GG-ACACCTA-GTTTT-T-AAt
gi|8 : ggtagtaatgaaagtttcgccatatccataacaaagtgacgcattccgcttgaaaaaacggtaatactttcgtttaacatttttaagtcgaaggaagaacaaagtttagccgaacA-A-ATATA-GACGTTGT--ATCA---G---T-T--------------T------C-TC---GCC-T------------------------C-C--ACA-CAT--TGAGC---CATCG--C-----TA--TTA--TCCAGCTC-TTTCC---------TTGTCA-----T-AT-T--TT--GTA--T-------ATCC-GT-CGG-G---T
gi|9 : acttaaggtagtatgaaacgttcgtcctatccatgcagaatgaggtcctcttgaaaacacgcgttactttcggtaacgtttttagtgGGAACCGCACAA-A-AT-TA-GA--TT-T--ATTGC--A---T-A--------------T-----AT-TC---GCC-T------------------------C-C--A-A-CAT--TGAAC---C--CA-AC-----Ta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TAAAGTAGTATGAAACGTTCGTCCATATTATAACTAAGTGACATGTTTTCACTTGAAACACGGCCTACTTTCGGTTTAACG
Unaligned ( gi|12 ): TGCCGCTTGAAATCACGGTCTACGTGTCGGAGGTTTAAAAGTGTTACGTCGAGAGAAAGAA
Unaligned ( gi|15 ): ACCAGTTTAAGGTAGTATGAAACGTTCGTCCA
Unaligned ( gi|17 ): ATTAAGGTAGTATGAAACGTTCGTCCA