lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 333333 1 11 1111 1111 1 222222222 1111111 33333333333333 111111 222 111 3333333333 111 222 22222 222222222222222222222222 1 1 22 11 1 111 1111 3333333333333333 11111 11 22222 11 1111 3333333 1 1111 33 11 1111 11111 22222 5555555555 111 88888888888888888888888888 11 222 222 1111 22222222222 1111 1 1111 1111111 22222222222 111111 11111111 1111 33333333333333333333333333333333 11 33333333 33333333333333333333333333 22222222222 1111 111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 1111 2 11 11 11 1111111 1 222222222222 222222 1111 111111 2222222222222222 33333333333333333333333 1111111 0000000000000000000000000000000000 333333333333333333333333333333 11111 222222 1111111111111 111 111111 2222222222222 222222222222222222 111111 111 2222222222 111111 1111 111111 22222222 111 11 111 111111 11 1111 555555555555 111111 11111 1 111
lowQualScore : 3 222222 3 44 7777 3 8888 5 1 5 777777777 5 5 5 6666666 33333333333333 6 2 666666 000 6 000 5 8888888888 66 999 77 5 5 000 4 00000 888888888888888888888888 77 77 5 777 77 1 5 5 888 5 5 5 11 33 5 1 5 111 5 5 2222 7777777777777777 77 77 5 1 77 5 5 5 5 77777 88 5 5 33 5 00000 88 5 77 5 5 999 33 5 1111 5 0 4444444 77 77 5 1 77 5 5 5555 66 5 99 5 33 6666 1 44444 5 5 00000 6666666666 5 5 666 77 66 77 5 5 5 0 11111111111111111111111111 3 1 55 77 777 5 3 77 444 5 4 2222 88888888888 2222 33 77 1 5 2222 77 8888888 77777777777 1 5 222222 33333333 0 0000 0 777 88888888888888888888888888888888 66 888 5 11 1 11111111 5 66666666666666666666666666 1 77 555 55555555555 2222 5 66 5 222 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 11111 5 66 5555 5 5 66 33 11 8 66 2222222 4 4 3 4 8 4 777777777777 66 000000 888 66 66 555 5 0000 999999 6666666666666666 0 5 22222222222222222222222 5 5 6666666 888 0000000000000000000000000000000000 5 66 5 111111111111111111111111111111 5 5 77777 888888 5 4444444444444 55 5 777 555555 0 6 77 9999999999999 77 5 999999999999999999 66 66 222222 5 888 222 55 1111111111 555555 66 2222 333333 00000000 555 66 55 888 111111 5 55 4 4 777 1111 4 9999 4 000000000000 4 4 66 777777 66 4 55555 66 4 5 0 5 5 222
lowQualScore : . ...... . .. .... . .... . . . ......... . . . ....... .............. . . ...... ... . ... . .......... .. ... .. . . ... . ..... ........................ .. .. . ... .. . . . ... . . . .. .. . . . ... . . .... ................ .. .. . . .. . . . . ..... .. . . .. . ..... .. . .. . . ... .. . .... . . ....... .. .. . . .. . . .... .. . .. . .. .... . ..... . . ..... .......... . . ... .. .. .. . . . . .......................... . . .. .. ... . . .. ... . . .... ........... .... .. .. . . .... .. ....... ........... . . ...... ........ . .... . ... ................................ .. ... . .. . ........ . .......................... . .. ... ........... .... . .. . ... .......................................................... ... ..... . .. .... . . .. .. .. . .. ....... . . . . . . ............ .. ...... ... .. .. ... . .... ...... ................ . . ....................... . . ....... ... .................................. . .. . .............................. . . ..... ...... . ............. .. . ... ...... . . .. ............. .. . .................. .. .. ...... . ... ... .. .......... ...... .. .... ...... ........ ... .. .. ... ...... . .. . . ... .... . .... . ............ . . .. ...... .. . ..... .. . . . . . ...
lowQualScore : 3 777777 3 00 4444 0 3333 7 4 7 000000000 7 7 7 7777777 55555555555555 7 5 222222 888 7 000 0 5555555555 99 111 99 7 7 666 3 00000 333333333333333333333333 99 99 7 333 99 4 1 7 000 7 7 7 44 66 7 4 7 444 7 7 1111 7777777777777777 99 99 7 7 99 7 7 7 7 44444 77 7 7 66 7 33333 00 7 99 7 7 999 66 7 7777 7 1 9999999 99 99 7 4 99 7 0 4444 11 7 33 7 00 0000 4 33333 7 0 00000 7777777777 7 7 777 99 33 99 7 7 7 7 77777777777777777777777777 0 4 77 99 000 7 0 99 999 4 7 1111 11111111111 1111 11 99 4 7 3333 99 6666666 11111111111 3 7 333333 55555555 4 6666 8 222 88888888888888888888888888888888 99 888 0 99 1 66666666 0 22222222222222222222222222 4 99 999 00000000000 1111 7 44 7 333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 888 00000 0 99 6666 0 0 99 88 55 5 11 9999999 4 4 3 4 9 4 888888888888 11 999999 111 11 11 777 0 6666 444444 4444444444444444 1 0 00000000000000000000000 0 0 2222222 888 4444444444444444444444444444444444 0 99 0 111111111111111111111111111111 0 0 55555 666666 7 4444444444444 66 7 333 000000 3 7 99 4444444444444 99 7 444444444444444444 99 99 888888 0 888 222 11 1111111111 000000 99 1111 777777 66666666 555 99 22 111 666666 0 44 4 4 888 7777 4 7777 4 888888888888 0 4 11 222222 77 4 66666 11 4 0 0 7 7 555
consensus : CAGGGCC-CACGC----T-GC-CGTTTCGCCATTTTTTCGCCAT--TGG-CGA-AA-GAATCTT-----CAAAAAAT-G-GCT-A---C-AGAAA--TT-TGCA-----ATT-GGCG-AA-G-CCA---A-TTT---TT-C--AG-T-G--TAT--TGAA-NTCA--C-GC-AA-N-GCCTAAT-ATT-GCGAA--TTAAA----AAA---AAAAAAT--G--TTAA-CC-GCG--ACAA-TCGCCATTT-CGG--TTTA-TT-TTC-GT--AT--CT-GG-G-GATTT-CCAA-GTT-TT----AAAAAAG----CTTTA--A---TT--TGATTGG--T-GCAA--TG-TAA-T-G-TGT-ACACAAAAC-AT-GG-CG--GCG-CC-T--GTCGA-AG-TTT--TCGAT-AA-CG-A-GGAG--AAAA-GAC---T-TTCGTTTTTT---CGC-GA--A--TATTTT-G-ATTAT--G-ATGAAAGT-T--GATT-CA-ACGGA-TTN-GAGCT-T--GAAGATG-----TA-TTAGTTCAT-----GTGGA--AA-----TG-ATAAAC-TCT-G-TC--CC-TAACG--AT-CAG-TCTGACA-AGGA-T-GCAAGTT--CATC-A-CGG-C--AACGGAAAA--TCTC--GAG-AAAT-TGACGA--TA--CAACAAAATAAAGTC----CTTA-G------CA-GC----GTAATNA--AGTT-AAGAA-TG--TNCC--T-------TG-----------AAT-TTAT----T-TTCC-CA-T---TTTAGTATG----ATATT--ACTAA-G--A--TCAC-CCG-------TT-GCA---T--CA---CTTTT-TA--AAAACAA----AG--A-AAACCAGT--------CG---T--ATGTC--TC-CAGTTA--TAATA-A-TGTT----TTGC---TT----G-A-GTAT-AC-GCA--AT-----------A------AA-------------TG-TAT-------AT----A-TG---GTC----AAA-CTA--C----TCAGCTA-AAA--TGA--TTTNCACTNAG--A-----CCAC-ACC-T-T-TA-ATT-AAC-------AAN--GGTT--AAT-G-AC-GATA--GA--GT--CC-AAAACAT-AA----AT------AATTAC---C-T-TA--A-A--TAGAT-AT--------------T-A-G----GC-ATGA-CA-------TT---TAT--------ATC-----------------------TTT-TT--G-T-G-------ATG---AT--AA-NTA-----AGAA-A-A-----TGA------G-AGAG---GAA-A---A-TNTG-AC-T-GGA----C-AAGAA-CTT--TCTTCAA-A----T--ATC--ATATG-AA--TCT--------TA---ATC--AG--CA-----GTG-T---T-G-CT-TA---TT-T---TAT----G-A--TA----TG---T--AAACA---TTGG-TTAAA--AGGTCA--TTTC-GAGTG--AAAAAG--GT-AAC-GCG-AT-CT-CT---GTGC-GA-AAG-ATA---TTTC-GC-----G-TT---ACG-CAAAA-C--AT------C-ATTTG-C-----A--C-AAA-AAGT-G-GCTA-C-A-CTTTTTT
Reference ( gi|6 ) : CAGGGCC-CACGC----T-GC-CGTTTCGCCATTTTTTCGCCAT--TTG-CGA-AA-GAATCTT-----CAAAAAAT-G-GCT-A---C-AGAAA--TT-TGCA-----ATT-GGCG-AA-G-CCA---A-TTT---TT-C--A--T-G--TAT--TGAA-TTCA--C-AC-AA-T-GCCTAAT-ATT-GCGAA--TTAAA----AAA---AAAAAAT--G--TTAA-TC-GTG--ACAA-TCTCCATTT-CAG--TTTA-TT-TTC-GT--AT--CT-GG-G-GATTT-CCAA-GTT-TT----AAAAAA-----CTTTC--A---TT--TGATTGG--T-GCAA--TG-TAA-T-G-TGT-ACACAAAAC-AT-GG-CG--GCG-C--T--GTCGA-AG-TTT--TCGAT-AA-CG-A-GGAG--AAAA-GAT---T-TTCGTTTTTT---CGC-GA--A--TATTTT-G-ATTAT--G-ATGAAAGT-T--GATT-CA-A--GA-TTT-GAGCT-T--GAAGATG-----TA-TTAGTTCAT-----GTGG---A------TG-ATAAAC-TCT-G-TC--CC-TAACG--AT-CAA-TCTGATA-AGGA-T-GCAAGTT--CATC-A-CGG-C--AATGGAAAA--TCTC--GAGGAAAT-TGACGA--TA-ACAACAAAATAAATTC----CTTA-G------TA-GC----GTAATGA--AGTT-AAGAA-TG--TTCC--T-------TG-----------AAT-TTAT----T-TTCC-CA-T---TTTAGTATG----ATATT--ACTA--G--A--TCAC-CTG-------TT-GC----T--CA---CTTTT-TA--AAAACAA----AG--A-AAACCAGT--------TG---T--ATGAC--TC-CAGTTA--TAATA-A-TGTT----TTGC---TT----G-A-GTAT-AT-GCA--AT-----------A------AA-------------TG-TAT-------AT----A-TG---GTC----AAA-CTA--C----TCA-CTA-AAA--TGA--TTTACACTCAG--A-----CCAC-ACC-T-T-TA-ATT-AAC-------AAC--GGTT--AAT-G-AC-GATA--AA--GT--CC-AAAACAT-AA----AT------AATTAC---C-T-TA--A-A--TAGAT-AT--------------T-A-G----GC-ATGA-CA-------TT---TAT--------ATC-----------------------TTT-TT--G-T-G-------ATG---AT--AA-ATA-----AGAA-A-A-----TGA------G-AGAG---GAA-A---A-TTTG-AC-T-GGA----C-AAGAA-CTT--TCTTCAA-A----T--ATC--ATATG-AA--TCT--------TA---ATC--AG--CA-----GTG-T---T-G-CT-TA---TT-T---TAT----G-A--TA----TG---T--AAACA---TCCG-TTAAA--AGGTCA--TTTC-AAGTG--AAAAAG--AT-AAC-GTG-AT-CT-CT---GTGC-GA-AAG-ATA---TTTC-GCT----A-TT---ACG-CAAAA-C--AT------C-ATTTG-C-----A--C-AAA-AAGT-G-GCTA-C-A-CTTTTTT
gi|1 : CAGGGTCTCACGCATCCT-GC-CGTTT-GCCAAT----CATCAC--GCG-CGA-AAAGAATTCT-----CACAAAATCG-GCTCA---C-AAAAAAATT-TGCAC----ATTTGGCA-AAAG-CCACAAA-TTTATTCT-C--AG-T-GCTTAT--TGAA-ATCA--CCAC-AAAT-GC-TAAT-ATT-GCGAAATTTAAA----AAA---AA----T--GCCTTAACTC-GTG--ACAA-TCGTCATTT-CAGATCTTA-TT-TTCCGTCAATTTCT-GG-G-GATTT-CCAAAGTTCTT----AAAAAAAG---CTATCTAA---TTCTTGATTGGACT-GCAACATG-TAAAT-G-TGT-ACACAAAATGAT-AG-CGCGGCG-CC-T--GTCAA-AG-TTTATCCGAT-AAACA-A-GGGATAAAAA-AAC---T-TTCGTTTTTT---CACCGA--AATCATTTTTGCATTATTGGCATGAAAGT-T--GATT-CA-ACGGA-TTT-GAGCTCT--GAA-ATGACTGATA-TTAGTTCATT----GTGG---AACCAAATGCATAAAC-TCTCG-TC--CCATAACG--AT-CAA-TCTGATA-ATGACT-GCAAGTTTTCATCCA-CGGAC--AACGGAAAACTTCTCCAGAAGAAAT-TGACGACCTT-ACAACAAAATAAATTC----CTTA-G------CA-GCACCAGTAATCA--AGTTCAAGAA-TGGTTCCC--T-------TG-----------AAT-TTATAATTT-TTAA-CA-TCTCTTGAGC-TT----ATATTTCACTA--AGAA--TCAC-TTG-------TT-GCA---T--CA---CTTTTATA--AAAACAA----AGTAA-AAACCAGT--------CG---A--TTGTC--AC-CAGATAAATAATA-A-TGCTATTCTTGCATTTT----GCA-GTAT-AT-GCC--AC-----------A------TA-------------TA-TATCAATCTTAT----AATG---GTC----AAA-CTA--C----TCAGCTA-AAACATGA--TTTTCCCTTAGGGA-----CCACCACC-TAT-TA-ATT-AGCC------AATTGGATT--AATTG-ACTGATA--GA--GT--TC-CGAACAC-AATAAAAT------AATTAC---CCT-TA--A-AC-TAGATTAT--------------T-A-G----GC-ATGA-CA-------TT---TAT--------ATC-----------------------TTT-TT--GTT-G-------ATGGACAT--AA-ATAAAG--AGAA-ACA-----TTA------GAAGAG---AAA-A---A-TTTGAAC-TAGGA----C-AAGAACCTT--TCTTCAACATAATT--ATC--AAATGTGA--TTT--------TA---ATCGAAG--CA-----GTG-T---TAG-CTCTAT--TT-T---TAT----GTA--TAATGCTA---C--AAACA---TGGT-TTAAA--AGGTCA--TTTT-CAGTG---AAAAG--ATAAAC-GTG-ATCCT-CT---GTGC-AACAAG-ATA---TTTC-GCTG---A-TTTAAACGCCAAAA-CCAATC-----C-ATTTG-CA----A--CAAAA-AAGT-G-GCTACC-A-CTTTTT
gi|2 : CAGGGCT-CACGC----TTGTTCGTTTCGCCATT----CGCCAT--TTGGCGACAA-GAATAT-------AAAAAAT-G-GCT-A---C-AAAAA--TT-CACA-----ATG-GCCG-AA-AACCATA-A-CTT---TT-C--AG-T-G--TTA--TGAA-T-CA--C-GT-AG-A-GCCTAAT-------------CACA----AAATTTAAAAAATTAG--TTAA-TC-GCG--ACAA-TCGCCATTTTCAG--TTGAATT-TTC-GTC-ATT-CT-GGCG-GATT--CCAA-GTT-TTTAAAAAAAAG-----CTTTA--A---AT--TGATTGG--T-GCAA--TGGTAA-T-G-TGT-TT-TAAAA---T-GG-CG--GCG-CCTT--GCAGG-AG-TTT--TCGAT-AA-CACATGGAG--AAAAAGAC---TCTTCGTTTTTT---TACCGA--A--TAATTT-G-ATTAT--G-ATGAAAGT-A--AATT-TA-ACGGA-TTCGGAGCTGTG-GAAGA-G-----TA-TT-GTTCAT-----ATGG---AAATT--CG-ATAAACTTCT-A-TC--CC-CAACG--AT-CAGTTCTGAC--AGGA-T-------------------A-C--AACGGAAAATTTCTC--AAG--AATCTGAAGA--TA-CAAACAAAATAAAGTCTAGGTTTAGG------CAGGC----GTAATCA--AGTT-AAGAA-TG--TATC--T-------TG-----------ACT-TTAT----T-TTCC-CATT---TTTAGTATGAAAAATA-T--ACTA--A--GTCTCAC-AAG-------TT-TCATATT--TA---CTTTT-TAT-AAGAGAATATGAA--A-AAACCattttaacaatccccagtgtgagc
gi|4 : AGGGCC-CACGC----T-GC-CGTT-CGCCATTTTT-CGC-ATGGTGG-CGACAA-GAATCT------CAAAAAAT-GAGCT-AAAAC-GTAAA--TTGTGCA------TT-G-CG-A--G-CCA---A-TTT---TTTC--AGTT-G--TAT--TGAA-T-----C-AC-AA-TAGCCTAAT-ATTCGCGAA--T-AAA----AAA---AAAAAAT--G--T--A-TCCGTGGGACAACTCTCCTTTT-CGC--TTTA-TT-CTC--T--CT--CT-GGCGCGATC--CCAA-GTT-TT----AAAAAA-------TTC--A---TT--TGATTGG--T-GCTA--CA-TTA-TCG-TGT-ACACAAAAC-ATCGG-CGA-GCT-G--T--GTCGATAG-TTT--CCGAT-AA-CG-A-GGAG--AAAA-GAT---T-T-CGTTTTTCGACCG--GA--A--TATTTT-GGATTAT--G-ATGAAAGT-T--GATTTCA-A--GA-TT--GAGCT-T--GAAGATG-----TAATTAGTTCAT-----GTGG---AA-----TG-A-AAAC-TCC-T-TC--CC-TAACG--AT-CAA-TCTGATA-AGGAGC-ACAGGTT--CATC-AACGG-C--AATGGAAAA--TCTC--GAG---AT-TGACGA--TA--CAACAAATAAAATTC----CTTA-G------TA-GC----GTAATGA--AGTT-AAGAA-TG--TTCT--T-------TG-----------AAT-TTAT----T-TCCC----T---TTTAGTATG----ATATT---CTA--G--A--TCAC-CTG-------TT-GCC---T--CA---CTTTT-TATAAAAACAA-----G--A-AAACCAGT--------TG---T--ATGAC--TC-CCATTA--TAATA-A-TGTT----T-GC---TT----G-A-GTAT-AT-GCA--AT-----------A------A--------------TG-TAT-------AT----A-TG----TC----AAAACTA--C----TCAACTA-AAA--TGA--TTTACACTCAG--A-----C-AC-ACC-T-T--A-ATT-AAC-------AAC--GGTT--AAT---AC-GATA--AA--GT--CC-AAAACAT-AA----AT------AATTAC---C-TGTT--A-A--TAG-T-AT--------------T-A-G----GC-ATGA-CA-------TT---TAT--------ATC-----------------------TTT-TT--G-T-T-------GTGA--AT--AA-ATA-----AGAG-A-AT----TGA------G-AGAG---GAA-A---A-TTTG-AC---GGA----C-CA-AA-CTT--TCTTCAA-A----T--ATC--ATATG-AA--TCTAACACAAATAATCATC--AG--CA-----GTGCT---T-GACT-TA---TT-T---TAT----G-A--TA----TG---A--AAACA---TTCGTTTAAAACAGGTCA--TTTC--AGTG---AAAAG--AT-AAC-GTGAAT-CT-CT---GTGC-GA-AAG-ATA----TTC-GCT----AGTT---ACG-CAAAA-C--AT------CAATTTG-C-----A--C-AAA-AAGT-GTGCTA-C-A-CTTTTTTcaagcctatgcgaactgttgttgtctagataaacatattatctcgtataatgagatagtgtatcgagtgtagttcagcgcataatgccaatatcgcgtcagaactaccagcataggagattactttaccatagagatcacaccgattatataaacaaaggttaatgacgatagatcaaaaatatcaaattaattaccttgggactagatattcagacatgacatttttctcgtgtttattttattatttatttattgtaatgataataagacaatgatcgagagaggaaatacatcggtctggacaaaggactttctgatcataattcagcagtgttacttattattcatatgatatttgaaaatattggttaaattggtcagttttcttagtggaaaaaaggaacgcgatctctgtgcgaagatatttcgcttacgcaaaacatcattgcacaagaagtaggctacatcttttttcaacccag
gi|13 : TTTTTCGCGAC--C-G-CAA-AA-ACACCTTTCTCACAAAAAGT-G-GCT-A---C-Aattcaaacccagctgtgag
gi|3 : tgttattaataaacaaaacattggttaaaagacaatttcaagtgagaacgtaatgacgtgtgtgcaaagaTTTTCGCCAT--TGG-CGC-GA------TT-----C-----AT-G-GTC-A-------AGA--TT-T-C------ATT-GGCG-AG-C-CCA---AGTTT---TT-T--T--T-GAACAG--TAAAGTTTAATC-AC-TA---GC----T-ATT-GCGAT--TT--------TA---AGAAATT--G--TTAT-CC-G-G--ACAA-TCGCCATTT-CGA----TA-TT-TT--GT--AT--GT-GG-G-GATTT--CAA-GTT-TA----AAAAAAG----CTTTT--AAATTT--TGATTGG--TGGCAA--TG-TAA-T-G-TGTAACACAA----AT-GG-CG--GCG-C--T---TCGA-CGTTTT--TCGAT--A-CG-A-GGAG--AAA---AT---T-TCCGTTTTTC---GGC-CG--A--TATTTG-T-ATTAC--G-ATG-AAGT-G--AATT-CA-ACGGATTTT-GAGCT-TGGGAAGGTA-----TA-TTA-CTCATGTAACGTGGAA-A------TG-ATACAC-TCT---TCCGCC-T-ACG--AT-CAA-TCTGACA-A------GCGAAT----AAC-A-CCG-------GAAAAA--TCTC--GAGAA-----GATGA--TGCACAAC--AAT-AATTC----CTGA--------CA-GC----GTAA-GATCAGTTAAAAAA-TG---CCC--TCACACAGTGCGACTTCCAACAATATTAT----G-GTCA-CT-T---TTTGGTTCC----ATTTT--AGTAATG--A--T-ACTCTGCAGGCATTT-GC----T--CA---CTTTT-AG--AAAATAA----CG--ATAAACCAGT--------CGAAAT--ACG----CC-CATTTA--TAATATA-TCTT----CTGC---TTTCGAA-A-GTAT-AC--CATTATCACTACTTGTCA------AA-------------GG-CAA-------ATTTCCA-TG---CTTAACAAAA-CTAATC----TCA--TA-GGAC-TGA--TTTCCACCGAG--A-----TT----CT-TCT-TA-ATT-AACCTCAAGTAAG--GGTCCAAAT-G-----------A--GTTGCC-AAAAC-T-AA----AT------AATTTCATAG-T-CA--ACA--TAACT-GTGTAGTCAAGTCCCAT-A-A----GT-ACGATCA-------TTCTCCCT--------CTC-----------------------TTT-TT--G-T-GTCATACCATA---TT--AA-TTA-----AAAA-A-ATCACGTGA------A-AGAG---TA-----------G-GT-C-GGA----A-AAGTT-ATT--CCGCCCA-A-------ATC---CATG-GA--TGT--------CA---ACC--A---CAAAATCATG-TAAAT---CT-TAACTCT-T---CAT----C-ATTTA----TGTATT--AAGCACTTTCAG-TTAAA----GTCA--TTTCTAAGTG--AAAAAG--GC--AC-GCGTAT-C---------------GAGTATAGCCTTAC-GC--------T---ACG-C-CAA-C--AT------C-ATTTG-CCTCCTA--C-AAACGATC-G-GCTA-actttttttcaacccagtgt
gi|14 : agggtcgtgcttacgTTCGCCAT--TGG-CGA-AA-GAAGCTC--------AAAAT-G-GCT-A---A-AGAAA--AA-T-CATAAACATT-GGCGAAA-G-CCA---A-TTT---TT-CCAG--T-A--TAT--TGAA-
gi|7 : CGCTAT--TGG-CGA-AT-GAATCTC-----CAAAAAAT-G-GCT-A---CAAGAAAATTC-TGCA-----ATT-GGCGAAA-G-CCA---A-TAT---TG-T--AAGTGG--TAT--TGAA-ATCA--C-AC-AA-T-CGCTAAT-ATT-GCGA----CGAATTTTGAA---AAAAAAT--G--TTAT-CT-TTG--ACAATTCGCCATTT-CAG--TTTA-TTGTTC-GTGAAT--CTGGG-G-GATTTCCCAA-GTT-TT----AAAAAAAAAAGATTTA--ATT-TT--TGATTGG--C-GC-A--TG-TAA-T-GTTGT-A-AC--AAC-A--GG-CG--GCG-C--CTGGTCG--AG-TTT--TCGATCAA-CG-A-GGAGA-AAAA-GAC---T-TTCG-TTTTT---CGCGGA--A--GATTTT-G--TTAT--G-ATGAAACT-TTGGACT-AACG--GA-TCT-AAGCT-T--T-AGATG-----TA-TT-GTTCAT-----GTGGAACA------TG-ATAA----CT-G-GT--CC-TAACGGCATACAA-TCGAATA-AGGA-T-GCAAGTT--CAT------G-CAAAACGG-AAA--TCTC--GAG--AAT-TGACGA--T---CCACAAATTAATGTC----CTTA-G------CA--C----GTAATGA--GGTT-CAGAAGTG--TTCC--T-------TG-----------AAT-TTTT----TATTCCGCA-----TTTAGTATG----ATATA--TCTA--G--AC-TCA--TTG-------TTAGC----TAACACGCCTTTT-TA--AAAACAA----AGA-A-AAACCAGT--------CG---T--ATGTC--TCACAATTA--T-ATA-AGTGTT----TGGC---TT----G-AGGTAT-AT-GCA--------------------------------------------------AT----A-TG---GTC-----AA-CTA--C----TCAGCTA-AAA--TGA--TTTTTACTGAG--AGATATTCAC--CA-T-T-TA-GTTGAAC-------AACT-GGTT--GAT-GAAA-GATAGTAA--GT--CC--AAACAT--A----AT------AATTCC---T-T-TA--T-A---AGAT-AT--------------T-A-GGGATGC-ATGA-CA-------TT---AAT--------AT------------------------TTT-TTAAG-T-G-------ATG---AT---A-TTAG----AAAA-A-A-----TGA------G-AGAG---GAA-A---ATTTTG-AC-TGGGA----C-AAGAA-CTTTCTCTTCAA-A----TA-ATC--ATATG-AA--CTT--------AA---ATC--AG--CA-----GTG-T---T-G-TT-TA----T-T---TAT----G-A--TA----TG---T---TACA---TTTG-ATTAA--AGGTCA--TTTC-AAGTG---ATAAG--AT-TAC-GTG-AT-CT-CTCTGGTGC-GA-AAG-ATA----TTC-GC--------T---ACG-CAA------AC------C-ATTTGCC-----A--C-AAA-AAGT-
gi|5 : T---TT-C--AG-T-G--TAT--TGAA-ATCA--C-GC-CA-A-GCCTAAT---C-GCGAA--TTAAA----AAA---AT----T--G--TTAA-CA-CCG--ACAA-TCGCCATTT-CAG--TTTA-TT-TTC-GT--AT--CT-GG-G-GATTT-CCAA-GTT-TA----AAAAAAG----CTTTA--A---TT--TGATTGG--T-GCAA--TG-TAA-T-G-TGT-TCA-AAAAC-AT-GG-CG--GCA-CC-T--GTCGG-AG-TTT--TCGAT-AA-CG-T-AGAG--AAAA-GAC---T-TTCGTTTTTT---ACT-GA--A--TATTTC-G-ATAAT--G-ATGAAAGT-A--AATT-TA-ACGGA-TTG-GAGCT-T--GAAGATA-----TA-TAAGTTCAT-----ATGG---AAA----TG-ATAAAC-TCT-A-CC--CC-AAACG--AT-CAG-TCTGACA-AGGA-T-ACAA---------------------CGGAAAT--TCTC--GAG--AAT-TGAAGA--TA--CAACAAAATAATGTC----CTTA-G---------GC----TTAGCAG--CGT-----AA-TG--TACC--T-------TG-----------ACT-TTAT----T-TTCC-CA-T---TTTAGTATG----AAATT--ACTAA-G--T--TCAC-TCG-------TT-ACAC--T--TA---CTTTT-TA--AAATTAA----GA--A-AAGCCAGCGTGGAAAATG---TTAATAATAATA-CAGTTA--TAAT-----GTT----TTGC---TT----G-A-GCATTATCGCA--AT-----------ATGGTTAAACCATAGACGTCTTTGCTAT-------ATGTCTA-TG---GTT----TAA-CTA--CA---CCAGCTAGAAA--TGACTTTTAGCTTGAG--A-----TCAC-ACTAT-T-GA-ATT-CAT-------AA---GGTA--CAT-GTAC-GATA--GACTGT--CG-AAAACAT-AA----ATCTAAGCAGTTA------T-TG--A-ACTTAGAT-AT--------------T-ACG----ACTATGA-CA-------TT---TGT---------TCTCGGTTTTGGTTTTTTCTTTCTTTTT-TT--G-T-T-------TTT---TT--AT-ATACTTTTAGAA-A-A-----TGATCCGACG-AGAGTATAAATA---A-TAAG-ACAT-GGAAGCAC-AGGGA-CTT--TCT---G-A----TTCATCGTATATG-TACGTCT--------TA---ATC--AGGTCA-----GTG-T---T-A-CT-TA---TT-T---TGTTACTG-A--TA----TG---T--AAACA---CATGGTTAAA--TGGTCA--TTTT-GAGTG--GAAAAA--GT-AACAGCGAAT-CTCCT---GTGCTAA-AAG-ATA---TTTC-GCC------TT---ACG-Cttttttttt
gi|9 : tgT-C--AG-T-G--TATGATCAA-T-CA--C-GCTAA-A-GCCTAATCAC---CGAA--TTTAA----AAA---T-----T--G--TTAA-TC-GCG--ACAA-TG-CCATTT-CAG--TTTA-TT-TTC-GT--AT--CC--T-G-GATTT-AAAC-GTT-TT-----AAAAG-----CTTTA--A---TT----ATT-G--T-GCAA--TG-TAA-T-G-TGT--TA-AAAAC-AT-GGCCG--GCGCC--T--GCCGA-G---TT--TCGAT-AA-CA-T-GGAG--AAAA-GACCCAT-ATCGTTTTTT---ACA-GAAGA--TATTTT-G-ATTAT--G-ATG-AAGTAT--AATT-TA-ACGGA-TTA-GAGC--T--GCAAATG-----TA--TAGTTCAT-----ATGGA--A------AG-ATAAAC-TCT-GATC--CC-AAACG--AT-CAG-TCTGACAGAGGA-TAGCA-----------A-CGG-T--AAT--------TCTC--GGAGAAAT-TGAAGA--TA-ctatttagcgcagtcattttgcacctttttttcaacccagcg
gi|12 : AACAAA-TAAAGTC----CTTA-GGCTTAGCA-GC----GTAATCA--AGTT-AAGAA-TG--TACCTTT-------TG-----------ACT-TTAA----T-TTCC-CA-T---TTT-GTATG----AAATT--ACTA--A--AG-TTGC-CTC-------AT-AC----T--TA---C-TTT-TA--GATATAAG---AA--A-AAACCc
gi|16 : ---TTTAGTATG----AAATT--ACTAA-G--T--TCAC-TCA-------TT-AT----T--TA---CTTTT-TA--GAATTAA-----G--A-AAACCAGT--------CG---A--ATGTC--Tgccatcgaatt
gi|10 : TTA--TAATA-A-TGTC----TT------T----G-A-CTCT-A--GTA--CT-----------T------AA-------------TG-GTC-------A-----G-TGAGCGTC----AAA-CTA--CACACGCA-CTA-GAA--TGAGATTTA-ACCTAG--A-----T-AC-ACC-T-T-TAGATT-AAC-------AAA--GGTT--AAT-A----GATA--GA--GT--C--AAAGCAT-AA----AT------AATTACAATC-C-GA--A-G--TAGAT-AT--------------T-A-G----AC-A-GA-CAAATTCTTCT---CATGTTCAGTAATCTA---------------------TTT-TT--G-TGG-------ATG---ATTGAA-TTA-----AGAATA-A-----TGA------G-AGAG---G-A-A---A-TATG-AC-T-Gaata
gi|8 : --TAATA-A-TGTT------G----TT----G-A--TAT-AC--CA--AT-----------A------A-----------------------------------TG---GTC----AAA-CTA--C----TAC-CTA-AAAA-TGA--TTTTAACTGAG--A-----CCAC-ACC-T-TATA-ATT-AACCT-----AAA--TGTT--A-T-G-A---AAA--AA--GT--CCCAAAACAT-AA----AT------AAT-AG---C-T-TA--A-A--TAGAT-AT----------------G-G----GA-AT-A-CA-------TC---TAT--------ATC-----------------------TTT-TT--G-T-G-------ATGGGAAT--AACATA-----AGAG-A-A-----caa
gi|15 : cctaccgaacaattctacataggatagcaccaaagttcaatttggcatcaacggtaacaaatcttctcagaatttccacaatttgaccaatacccaacaaaaaattcccgagcagtctggaactgaagaagcatatagtctttgcctctaggcaaagattatttcccgaggtgtagctataacgatttatttaatctaacacctcgtatggactccccagctcttactagtgagaacacaaccaaaatctaatgatataaacacagacgtgtaaccatggctgcgttccacatccctat----A-TG---GTC----AAA-CTA--C----TCAGCTA-AAA--TGA--TTTTCCCTTAG--A-----CCAC-ACC-T-T-TA-ATT-AGC-------AAT--GGTT--AAT-G-AC-GATA--GA--GT--CC-attatcaattttatgacgaaggtagaaaggaatgctgacacaggaaacgccacaacaaacttgcttcaaaaaattatgctattagaatctctttaatatcagaattagaagtatgtctatatttaattagaaatgtttaacaacatttggtttaaaaagttgtacattt
gi|2 : AG--A-----TCAC-ACC-GAT-TATATA-AAC-------AAA--GGTT--AAT-G-AC-GATA--GA---T--CA-AAAATATCAA----ATT-----AATTAC---C-T-TGGGA-C--TAGAT-AT--------------TCA-G----AC-ATGA-CA-------TT---TTT--------CTCGTGTTTATTTTATTATTTA----TTTATT--G-T-A-------ATG---AT--AA--TA-----AGAC-A-A-----TGATCGA--G-AGAG---GAA-ATACA-TCGG-TC-T-GGA----CAAAGGA-CTT--TCT----------G--ATC--AT----AA--T----------------TC--AG--CA-----GTG-T---T-A-CT-TA---TTATTCATAT----G-A--TA----TT---TGAAAATA---TTGG-TTAAAT-TGGTCAGTTTTCTTAGTGGAAAAAAG--G--AAC-GCG-AT-CT-CT---GTGC-G--AAG-ATA---TTTC-GC-------TT---ACG-CAAAA-C--AT------C-A-TTG-C-----A--C-AAG-AAGTAG-GCTA-C-ATCTTTTTT
gi|2 : cagggctcacgcttgttcgtttcgccattcgccatttggcgacaagaatataaaaaatggctacaaaaattcacaatggccgaaaaccataacttttcagtgttatgaatcacgtagagcctaatcacaaaatttaaaaaattagttaatcgcgacaatcgccattttcagttgaattttcgtcattctggcggattccaagtttttaaaaaaaagctttaaattgattggtgcaatggtaatgtgttttaaaatggcggcgccttgcaggagttttcgataacacatggagaaaaagactcttcgtttttttaccgaataatttgattatgatgaaagtaaatttaacggattcggagctgtggaagagtattgttcatatggaaattcgataaacttctatccccaacgatcagttctgacaggatacaacggaaaatttctcaagaatctgaagatacaaacaaaataaagtctaggtttaggcaggcgtaatcaagttaagaatgtatcttgactttattttcccatttttagtatgaaaaatatactaagtctcacaagtttcatatttactttttataagagaatatgaaaaaacccaagcctatgcgaactgttgttgtctagataaacatattatctcgtataatgagatagtgtatcgagtgtagttcagcgcataatgccaatatcgcgtcagaactaccagcataggagattactttaccatag--TTTTCAA-A----T--ATC--ATATG-AA-------------TA---ATA--AG--TA-----ACA-C---T-G-CT-GA----A-T---TAT----G-A--Tcaacccag
gi|11 : cagggctcacgcttgttcgtttcgccattcgccatttggcgacaagaatataaaaaatggctacaaaaattcacaatggccgaaaaccataacttttcagtgttatgaatcacgtagagcctaatcacaaaatttaaaaaattagttaatcgcgacaatcgccattttcagttgaattttcgtcattctggcggattccaagtttttaaaaaaaagctttaaattgattggtgcaatggtaatgtgttttaaaatggcggcgccttgcaggagttttcgataacacatggagaaaaagactcttcgtttttttaccgaataatttgattatgatgaaagtaaatttaacggattcggagctgtggaagagtattgttcatatggaaattcgataaacttctatccccaacgatcagttctgacaggatacaacggaaaatttctcaagaatctgaagatacaaacaaaataaagtctaggtttaggcaggcgtaatcaagttaagaatgtatcttgactttattttcccatttttagtatgaaaaatatactaagtctcacaagtttcatatttactttttataagagaatatgaaaaaacccaagcctatgcgaactgttgttgtctagataaacatattatctcgtataatgagatagtgtatcgagtgtagttcagcgcataatgccaatatcgcgtcagaactaccagcataggagattactttaccatagagatcacaccgattatataaacaaaggttaatgacgatagatcaaaaatatcaaattaattaccttgggactagatattcagacatgacatttttctcgtgtttattttattatttatttattgtaatgataataagacaatgatcgagagaggaaatacatcggtctggacaaaggactttctg--TCT--------TA---ATC--AG--GA------TG-T---T-A-CT--G---TT-A---TAT------A--CA----TG---T--AAACA---TTGG-TTAAA--AGGTCA--TTTC-AAATG--AGAAAG--GT-AAC-CCA-TT-CT-TT---GAGC-AA-AAG-ATG---TTTC-GCTCACGG-TG---ACG-GAGAA-C--ATATAGGCT-ATTT--C-----ACTC-AAA-AAGT-G-GCTA-C-A-CTTTCTTtattggttaaattggtcagttttcttagtggaaaaaaggaacgcgatctctgtgcgaagatatttcgcttacgcaaaacatcattgcacaagaagtaggctacatcttttttcaacccag
gi|13 : --AAACA---TTGG-TTAAA--AGACAA--TTTC-AAGTG--AGAACGTAAT-GAC-GTG--------T---GTGC--A-AAG-ATT---TTTC-GCG----A-C-----CG-CAAAAAC--AC------C-TTTCT-C-----A--C-AAA-AAGT-G-GCTA-CAA-CTTTTTTttaacc
gi|13 : tgttattaataaacaT-TT-TT---GTGA-GA-AAG-GTG---TTTTTGCG----G-T-----CG-CGAAA-A--AT------C--TTTG-C-----A--C-Atcaacccagtgt
gi|11 : tgttattaataaacaaaacattggttaaaagacaatttcaagtgagaacgtaatgacgtgG-CGAAA-C--AT------C-TTTTG-C-----T--C-AAA-GAATGG-GTTA-C---CTTTCTgtggctacaactttttttcaacccagtgt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): CTTTTTAGAATTAAGAAAAACCAGTCGAATTGTCTNAATATA
Unaligned ( gi|18 ): GAAAGTAAATTTAACGGATTGGAGCTTGAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 222222 1 1111 1 11 11111 11 222222 1 111 1 333333333333 111 1111 222222222 1 11 11 1 2222 11111 1 11 2222222 11 1 1111 111 11111 11111111 111 666666666666666666666666 11 111 111 1111 111111 1111 1 1111111 22222222222 222222 11111 111 111 111 22222 11111111 111111111 333333333333333333333 222222222 1111111111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 1111 111111 111 2222222 1111 111111 111111 11111 11 22222222222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 33333333333333333333333333333333 11111111111 1111111111111 11 111 222222222222 3333333 44444444444444444444444444444 1111 111 111 11 111 1 1111 33333333333 111111 11111
lowQualScore : 0 222222 0 55 7777 8888 1 5 00 4 5 5 5 66666 1 55 5 6 555555 5 0 1 7777 777 5 888 8 9999 66 5 9999 66 222222222222 000 0 0000 888888888 66 66 0 5 4 66 0 5 2 66 5 5 5 88 11 5 0 5 88 5 6666 2 66 66 66 9999 66 5 0 66 5 5 5 5 00000 66 5 5 66 55 0 55 66 5 5 5 777 11 5 9999 5 6666666 33 5 0 66 5 2222 77 1 444 8 4 66 66 5 5 5 3 5 22222 99999999 5 5 333 66 5 66 5 5 5 444444444444444444444444 55 33 333 8888 1 888 5 44 5 0 000 0000 999999 0 5 0000 1 66 0 5 66 1 66 6666666 33333333333 5 555555 5 22222 5 99999 4 9999 000 4 444 000 4 66666 0 777 777 99 4 0 44444444 4 55 888888888 4 666666666666666666666 5 000000000 66 9999 4 4 5555555555555555 9999 4 4 4 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 777 55 555555 55 4 2222 4 4 99 99 55 8888888 1 55 333333 4 444 4 8 4 2222222 0000 6666 888888 55 55 99 4 9999 4 222222 77777 4 66 4 00 4 66666666666666 4 4 9999 4 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 99 666 4 66666666666666666666666666666666 4 88888888888 7777777777777 55 00 444 444444444444 5 5 5 99999 6 5 3333333 66 7777 66 00000000000000000000000000000 66 66 1 4 999 8 4 4 777 5555 4 9999 888888888 555 444 4 000 8888 55 88 555 555 4 4 3 4 4 777 1111 4 4 33333333333 4 4 5 66 999999 5 5 77777 66 5 5 5 5 5 6 6
lowQualScore : . ...... . .. .... .... . . .. . . . . ..... . .. . . ...... . . . .... ... . ... . .... .. . .... .. ............ ... . .... ......... .. .. . . . .. . . . .. . . . .. .. . . . .. . .... . .. .. .. .... .. . . .. . . . . ..... .. . . .. .. . .. .. . . . ... .. . .... . ....... .. . . .. . .... .. . ... . . .. .. . . . . . ..... ........ . . ... .. . .. . . . ........................ .. .. ... .... . ... . .. . . ... .... ...... . . .... . .. . . .. . .. ....... ........... . ...... . ..... . ..... . .... ... . ... ... . ..... . ... ... .. . . ........ . .. ......... . ..................... . ......... .. .... . . ................ .... . . . .................................................................. . ... .. ...... .. . .... . . .. .. .. ....... . .. ...... . ... . . . ....... .... .... ...... .. .. .. . .... . ...... ..... . .. . .. . .............. . . .... . . ........................................................................................... .. .. ... . ................................ . ........... ............. .. .. ... ............ . . . ..... . . ....... .. .... .. ............................. .. .. . . ... . . . ... .... . .... ......... ... ... . ... .... .. .. ... ... . . . . . ... .... . . ........... . . . .. ...... . . ..... .. . . . . . . .
lowQualScore : 0 222222 0 88 4444 0000 4 7 00 9 7 7 7 44444 7 77 7 6 000000 7 7 4 4444 999 7 888 9 6666 11 6 4444 00 222222222222 222 9 6666 000000000 99 99 8 0 2 99 0 0 0 99 0 0 0 88 99 0 0 0 22 0 2222 5 99 99 99 0000 99 0 4 99 0 0 0 0 55555 44 0 0 99 22 0 99 99 0 0 0 555 99 0 0000 0 8888888 88 0 0 99 0 9999 11 1 222 9 4 11 11 0 0 0 2 0 55555 88888888 0 0 444 99 0 99 0 0 0 888888888888888888888888 44 88 888 8888 4 888 0 66 0 4 000 6666 444444 2 0 6666 0 99 0 0 99 0 99 2222222 88888888888 0 000000 0 55555 0 99999 4 4444 999 4 333 000 4 77777 9 000 000 55 0 5 88888888 0 55 666666666 4 888888888888888888888 7 000000000 11 4444 4 4 9999999999999999 4444 4 4 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 000 55 000000 55 0 7777 0 0 55 55 55 5555555 0 55 000000 0 333 0 0 0 5555555 5555 9999 444444 55 55 55 4 4444 4 888888 33333 4 11 4 66 4 11111111111111 4 4 4444 4 4 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 88 777 4 99999999999999999999999999999999 4 33333333333 6666666666666 44 66 333 888888888888 0 0 0 66666 5 0 2222222 99 0000 11 00000000000000000000000000000 11 11 1 4 888 9 4 4 888 6666 4 4444 777777777 000 444 0 666 5555 55 99 111 222 4 4 3 4 4 888 7777 4 4 66666666666 4 4 0 99 444444 0 0 55555 99 0 0 0 7 7 7 7
consensus : CAGGGCC-CACGC----T-GC-CGTTTCGCCATTTTTTCGCCAT--T-GGCGA-AA-GAATCTTCAAAAAAT-G-GCT-A---C-AGAAA--TT-TGCA-----ATT-GGCG-AA-G-CCA---AT-TT---TT-CAGT-G--TATTGA--AATCAC-GC-AAA-GCCTAAT--------ATT-GCGAA--TTAAA----AAA---AAAAAAT--G--TTAAC-CGCG--ACAA-TCGCCATTT-CAG--TTTA-TT-TTC-GT--AT--CT-GG-G-GATTT-CCAA-GTTTT-A--AAAAAAGCT--TT--AA--TT--T-GATTGG--TG-CAA--TG-TAA-T-G-TGTA-CACAAAAC-AT-GGC-G--GCGCC-T-GTCGA-AGTTT--T-CGAT-AA-CG-A-GGAG--AAAA-GAC---T-TTCGTTTTTT---CGC-GAA--TATTTT-G-ATTAT--G-ATGAAAGT-N--GATT-CAACGGATT-N-GAGCT-T-G--AA--GA-TG-TA-TTAGTTCAT-GT-----GGAA----AT--G-ATAAAC-TCT-G-TC--CC-TAACG--AT-CAA-TCTGACA-AGGA-TGCAAGTT--CATC-ACGG-C--AACGG-AAAA--TCTC---GAG-AAATTGACGA---TA-C-AACAA-AATAAAG-TC----CTTA------GCA-GC----GTAATGA--AGTT-AAGAA-TG--TNCC--T-------TG-----------AAT-TTAT------T-TT-----CC-CA-T---TTTAGT-ATG----ATATT--ACTA-AG-N-TCACCCGTT-GC-A---TCA---CT---TTT--TA-AAAACAA----AG--A-AAACC--AGTCG---T-----A-TG-----------TC--------TC-CAG---------TTA--TA----ATA-A-TG---TT----TTGC---TT----G-A-GTAT-A------CGCA--AT-----------A------AA-------------TG-TAT-------AT----A-TG---G--TC----A-AACTA--C-TCA---GC-T-A--AAA--TGA--TTT--NCA--CTNAG--A-----CCAC-ACC-T-T-TA-ATT-AAC-------AA-N--GGTT--A-AT-G-AC-GATAG--A--GT--CCAAAACAT-AA----A-T------AATTAC---C-T-T--AA-A--TAGAT-AT--------------T-A-G----GC-ATGA-CA-------T--------------------T---TAT--------ATC---TTT-----------------TT--G-T-G-------ATG---AT--AA-NTA---AGAA-A-------------A-----T----GA------G-AGA-------G---GAA---A---A-----T-CTG--AC-T-GG-------A----C-AA-GAA-CTT--T--CTTCAA-A----T--ATC--ATAT--G-AA--TCT--------T-----------A---A----TC--AG--CAGTG-TT-G-CT-TA-TT-T---TAT----G-ATA----TG--T--A--AACA---T-T-GG-TTAAA--AGGT----CA--TTTC-AAGTG--AAAAAGGT-AAC-G-CG-AT-CT-CT---GTGC-GA-AAG-ATA-TTTCGCT----GTT---AC-G-CAAAA-C--AT------C-ATTTG-C-----A--C-AAA-AAGT-G-GCTA-C-A-CTTTTTT
Reference ( family-340 ) : CAGGGCC-CACGC----T-GC-CGTTTCGCCATTTTTTCGCCAT--T-GGCGA-AA-GAATCTTCAAAAAAT-G-GCT-A---C-AGAAA--TT-TGCA-----ATT-GGCG-AA-G-CCA---AT-TT---TT-CAGT-G--TATTGA--ANTCAC-GC-AAN-GCCTAAT--------ATT-GCGAA--TTAAA----AAA---AAAAAAT--G--TTAAC-CGCG--ACAA-TCGCCATTT-CGG--TTTA-TT-TTC-GT--AT--CT-GG-G-GATTT-CCAA-GTTTT----AAAAAAGCT--TT--AA--TT--T-GATTGG--TG-CAA--TG-TAA-T-G-TGTA-CACAAAAC-AT-GGC-G--GCGCC-T-GTCGA-AGTTT--T-CGAT-AA-CG-A-GGAG--AAAA-GAC---T-TTCGTTTTTT---CGC-GAA--TATTTT-G-ATTAT--G-ATGAAAGT-T--GATT-CAACGGATT-N-GAGCT-T-G--AA--GA-TG-TA-TTAGTTCAT-GT-----GGAA----AT--G-ATAAAC-TCT-G-TC--CC-TAACG--AT-CAG-TCTGACA-AGGA-TGCAAGTT--CATC-ACGG-C--AACGG-AAAA--TCTC---GAG-AAATTGACGA---TA-C-AACAA-AATAAAG-TC----CTTA------GCA-GC----GTAATNA--AGTT-AAGAA-TG--TNCC--T-------TG-----------AAT-TTAT------T-TT-----CC-CA-T---TTTAGT-ATG----ATATT--ACTA-AG-A-TCACCCGTT-GC-A---TCA---CT---TTT--TA-AAAACAA----AG--A-AAACC--AGTCG---T-----A-TG-----------TC--------TC-CAG---------TTA--TA----ATA-A-TG---TT----TTGC---TT----G-A-GTAT-A------CGCA--AT-----------A------AA-------------TG-TAT-------AT----A-TG---G--TC----A-AACTA--C-TCA---GC-T-A--AAA--TGA--TTT--NCA--CTNAG--A-----CCAC-ACC-T-T-TA-ATT-AAC-------AA-N--GGTT--A-AT-G-AC-GATAG--A--GT--CCAAAACAT-AA----A-T------AATTAC---C-T-T--AA-A--TAGAT-AT--------------T-A-G----GC-ATGA-CA-------T--------------------T---TAT--------ATC---TTT-----------------TT--G-T-G-------ATG---AT--AA-NTA---AGAA-A-------------A-----T----GA------G-AGA-------G---GAA---A---A-----T-NTG--AC-T-GG-------A----C-AA-GAA-CTT--T--CTTCAA-A----T--ATC--ATAT--G-AA--TCT--------T-----------A---A----TC--AG--CAGTG-TT-G-CT-TA-TT-T---TAT----G-ATA----TG--T--A--AACA---T-T-GG-TTAAA--AGGT----CA--TTTC-GAGTG--AAAAAGGT-AAC-G-CG-AT-CT-CT---GTGC-GA-AAG-ATA-TTTCGC-----GTT---AC-G-CAAAA-C--AT------C-ATTTG-C-----A--C-AAA-AAGT-G-GCTA-C-A-CTTTTTT
gi|1 : CAGGGTCTCACGCATCCT-GC-CGTTT-GCCAAT----CATCAC--G-CGCGA-AAAGAATTCTCACAAAATCG-GCTCA---C-AAAAAAATT-TGCAC----ATTTGGCA-AAAG-CCACAAAT-TTATTCT-CAGT-GCTTATTGA--AATCACCAC-AAA-TGCTAAT--------ATT-GCGAAATTTAAA----AAA---AA----T--GCCTTAACTCGTG--ACAA-TCGTCATTT-CAGATCTTA-TT-TTCCGTCAATTTCT-GG-G-GATTT-CCAAAGTTCTTA--AAAAAAGCTATCT--AA--TTCTT-GATTGGACTG-CAACATG-TAAAT-G-TGTA-CACAAAATGAT-AGC-GCGGCGCC-T-GTCAA-AGTTTATC-CGAT-AAACA-A-GGGATAAAAA-AAC---T-TTCGTTTTTT---CACCGAAATCATTTTTGCATTATTGGCATGAAAGT-T--GATT-CAACGGATT-T-GAGCTCT-G--AAATGACTGATA-TTAGTTCATTGT-----GGAACCAAAT--GCATAAAC-TCTCG-TC--CCATAACG--AT-CAA-TCTGATA-ATGACTGCAAGTTTTCATCCACGGAC--AACGG-AAAACTTCTCCAGAAG-AAATTGACGACCTTA-C-AACAA-AATAAAT-TC----CTTA------GCA-GCACCAGTAATCA--AGTTCAAGAA-TGGTTCCC--T-------TG-----------AAT-TTATAATT--T-TT-----AA-CA-TCTCTTGAGC--TT----ATATTTCACTA-AG-AATCACTTGTT-GC-A---TCA---CT---TTTA-TA-AAAACAA----AGTAA-AAACC--AGTCG---A-----T-TG-----------TC--------AC-CAG---------ATAAATA----ATA-A-TG---CTATTCTTGCATTTT----GCA-GTAT-A------TGCC--AC-----------A------TA-------------TA-TATCAATCTTAT----AATG---G--TC----A-AACTA--C-TCA---GC-T-A--AAACATGA--TTT--TCC--CTTAGGGA-----CCACCACC-TAT-TA-ATT-AGCC------AA-TTGGATT--A-ATTG-ACTGATAG--A--GT--TCCGAACAC-AATAAAA-T------AATTAC---CCT-T--AA-AC-TAGATTAT--------------T-A-G----GC-ATGA-CA-------T--------------------T---TAT--------ATC---TTT-----------------TT--GTT-G-------ATGGACAT--AA-ATAAAGAGAA-AC------------A-----T----TA------GAAGA-------G---AAA---A---A-----T-TTGA-AC-TAGG-------A----C-AA-GAACCTT--T--CTTCAACATAATT--ATC--AAAT--GTGA--TTT--------T-----------A---A----TCGAAG--CAGTG-TTAG-CTCTATTT-T---TAT----GTATAATGCTA--C--A--AACA---T-G-GT-TTAAA--AGGT----CA--TTTT-CAGTG---AAAAGATAAAC-G-TG-ATCCT-CT---GTGC-AACAAG-ATA-TTTCGCTG---ATTTAAAC-GCCAAAA-CCAATC-----C-ATTTG-CA----A--CAAAA-AAGT-G-GCTACC-A-CTTTTT
gi|10 : ---------TTA--TA----ATA-A-TG---TC----TT------T----G-A-CTCT-A-------GTA--CT-----------T------AA-------------TG-GTC-------A-----G-TGAGCG--TC----A-AACTA--C-ACACGCAC-T-A--GAA--TGAGATTT--A-A--CCTAG--A-----T-AC-ACC-T-T-TAGATT-AAC-------AA-A--GGTT--A-AT-A----GATAG--A--GT--C-AAAGCAT-AA----A-T------AATTACAATC-C-G--AA-G--TAGAT-AT--------------T-A-G----AC-A-GA-CAAATTCTTC--------------------T---CATGTTCAGTAATCTA-TTT-----------------TT--G-TGG-------ATG---ATTGAA-TTA---AGAATA-------------A-----T----GA------G-AGA-------G---G-A---A---A-----T-ATG--AC-T-Gattttaacaatccccagtgtgagc
gi|11 : --TCT--------T-----------A---A----TC--AG--GA-TG-TT-A-CT--G-TT-A---TAT------ACA----TG--T--A--AACA---T-T-GG-TTAAA--AGGT----CA--TTTC-AAATG--AGAAAGGT-AAC-C-CA-TT-CT-TT---GAGC-AA-AAG-ATG-TTTCGCTCACGGTG---AC-G-GAGAA-C--ATATAGGCT-ATTT--C-----ACTC-AAA-AAGT-G-GCTA-C-A-CTTTCTTcaa
gi|12 : -AACAA-A-TAAAG-TC----CTTAGGCTTAGCA-GC----GTAATCA--AGTT-AAGAA-TG--TACCTTT-------TG-----------ACT-TTAA------T-TT-----CC-CA-T---TTT-GT-ATG----AAATT--ACTA-AA-G-TTGCCT-----C-A---T-A---CTTACTTT--TA-GATATAAG---AA--A-AAACC--ttaacc
gi|13 : --A--AACA---T-T-GG-TTAAA--AGAC----AA--TTTC-AAGTG--AGAACG-T-AAT-GACG-----T-GT---GTGC--A-AAG-ATT-TTTCGC-----G-----ACCG-CAAAAAC--AC------C-TTTCT-C-----A--C-AAA-AAGT-G-GCTA-CAA-CTTTTTTgccatcgaatt
gi|14 : tgttattaataaacaTTCGCCAT--T-GGCGA-AA-GAAGCTC---AAAAT-G-GCT-A---A-AGAAA--AA-T-CATAAACATT-GGCGAAA-G-CCA---AT-TT---TTCCAGT-A--TATTGA--Atcaacccagtgt
gi|15 : ----A-TG---G--TC----A-AACTA--C-TCA---GC-T-A--AAA--TGA--TTT--TCC--CTTAG--A-----CCAC-ACC-T-T-TA-ATT-AGC-------AA-T--GGTT--A-AT-G-AC-GATAG--A--GT--CC
gi|16 : ---TTTAGT-ATG----AAATT--ACTA-AG-T-TCACTCATT-AT-----TTA---CT---TTT--T--AGAATTA----AG--A-AAACC--AGTCG---A-----A-TG-----------TC--------T
gi|17 : ---CT---TTT--TA-GAATTAA----GA--A-AAACC--AGTCG---A-----ATTG-----------TC--------Taata
gi|18 : GAAAGT-A--AATT-TAACGGATT-G-GAGCT-T-G--AA--naatata
gi|2 : CAGGGCT-CACGC----TTGTTCGTTTCGCCATT----CGCCAT--TTGGCGACAA-GAATAT--AAAAAAT-G-GCT-A---C-AAAAA--TT-CACA-----ATG-GCCG-AA-AACCATA-AC-TT---TT-CAGT-G--TTATGA--A-TCAC-GT-AGA-GCCTAAT--------------------CACA----AAATTTAAAAAATTAG--TTAAT-CGCG--ACAA-TCGCCATTTTCAG--TTGAATT-TTC-GTC-ATT-CT-GGCG-GATT--CCAA-GTTTTTAA-AAAAAAGCT--TT--AA--AT--T-GATTGG--TG-CAA--TGGTAA-T-G-TGTT-T-TAAAA---T-GGC-G--GCGCC-TTGCAGG-AGTTT--T-CGAT-AA-CACATGGAG--AAAAAGAC---TCTTCGTTTTTT---TACCGAA--TAATTT-G-ATTAT--G-ATGAAAGT-A--AATT-TAACGGATTCG-GAGCTGTGG--AA--GA--G-TA-TT-GTTCAT-AT-----GGAA----ATTCG-ATAAACTTCT-A-TC--CC-CAACG--AT-CAGTTCTGAC--AGGA-T-----------------A-C--AACGG-AAAATTTCTC---AAG-AATCTGAAGA---TA-CAAACAA-AATAAAG-TCTAGGTTTAG-----GCAGGC----GTAATCA--AGTT-AAGAA-TG--TATC--T-------TG-----------ACT-TTAT------T-TT-----CC-CATT---TTTAGT-ATGAAAAATA-T--ACTA-AGTC-TCACAAGTT-TC-ATATTTA---CT---TTT--TATAAGAGAATATGAA--A-AAACCCAAGCC----T-----A-TGCGAACTGTTGTTG--------TC-TAGATAAACATATTA--TCTCGTATA-A-TGAGATA----GTGTA--TC----G-A-GTGT-AGTTCAGCGC---AT------------------AA-------------TG-CCA-------AT----A-TC---GCGTC----AGAACTA--C--CA---GCAT-AGGAGA--TTA--CTTTACCA--TAGAG--A-----TCAC-ACC-GAT-TATATA-AAC-------AA-A--GGTT--A-AT-G-AC-GATAG--A---T--CAAAAATATCAA----ATT------AATTAC---C-T-TGGGA-C--TAGAT-AT--------------TCA-G----AC-ATGA-CA-------T--------------------T---TTT--------CTCGTGTTTATTTTATTATTTATTTATT--G-T-A-------ATG---AT--AA--TA---AGAC-A-------------A-----TGATCGA------G-AGA-------G---GAA---ATACA-----T-CGG--TC-T-GG-------A----CAAA-GGA-CTT--T--CT----------G--ATC--AT------AA--T-------------------------------TC--AG--CAGTG-TT-A-CT-TA-TTATTCATAT----G-ATA----TT--TGAA--AATA---T-T-GG-TTAAAT-TGGT----CAGTTTTCTTAGTGGAAAAAAGG--AAC-G-CG-AT-CT-CT---GTGC-G--AAG-ATA-TTTCGC------TT---AC-G-CAAAA-C--AT------C-A-TTG-C-----A--C-AAG-AAGTAG-GCTA-C-ATCTTTTTT
gi|3 : TTTTCGCCAT--T-GGCGC-GA------TTCA-----T-G-GTC-A-------AGA--TT-T-CA------TT-GGCG-AG-C-CCA---AG-TT---TT---------TTTTGA--A--CA--GT-AAA-GTTTAATCACTAGCTATT-GCGAT--TTTAA----GAA---AT----T--G--TTATC-CG-G--ACAA-TCGCCATTT-CGA--T--A-TT-TT--GT--AT--GT-GG-G-GATTT-C-AA-GTTTA----AAAAAAGCT--TTTAAA--TT--TTGATTGG--TGGCAA--TG-TAA-T-G-TGTAACACAAA----T-GGC-G--GCGCT-T---CGA-CGTTT--TTCGAT-A--CG-A-GGAG--AAAA---T---T-TCCGTTTTTC---GGC-CGA--TATTTG-T-ATTAC--G-ATGAA-GT-G--AATT-CAACGGATT-TTGAGCT-T-GGGAA--GG-TA-TA-TTA-CTCAT-GTAACGTGGAA----AT--G-ATACAC-TCT---TCCGCC-T-ACG--AT-CAA-TCTGACA-A-----GCGAAT----AAC-AC--------CGGAAAAA--TCTC---GAG-AA---GATGA---TG-C--ACAACAATAA---TT----CCTG------ACA-GC----GTAA-GATCAGTTAAAAAA-TG---CCC--TCACACAGTGCGACTTCCAACAATATTATGGTCACT-TTTTGGTTC-CA-T---TTTAGTAATG----ATACT---CTGCAG-G--CAT---TT-GC-----TCA---CT---TTT--AG-AAAATAA----CG--ATAAACC--AGTCGAAAT-----A-CG---------------------CC-CAT---------TTA--TA----ATATA-TC---TT----CTGC---TTTCGAA-A-GTAT-A------C-CATTATCACTACTTGTCA------AA-------------GG-CAA-------ATTTCCA-TG---C--TTAACAA-AACTAATC-TCA------T-A--GGAC-TGA--TTT--CCA--CCGAG--A-----TT----CT-TCT-TA-ATT-AACCTCAAGTAA-G--GGTCCAA-AT----------G--A--GTTGCCAAAAC-T-AA----A-T------AATTTCATAG-T-C--AACA--TAACT-GTGTAGTCAAGTCCCAT-A-A----GT-ACGATCA-------T--------------------TCTCCCT--------CTC---TTT-----------------TT--G-T-GTCATACCATA---TT--AA-TTA---AAAA-A-------------ATCACGT----GA------A-AGAGTAGGTCG---GAA---A---AGTTATT-CCG--CC-C-AA-------ATC--C-AT-GGA-TGT--CAACCACAA-A-------ATC--ATGT--A-AA--TCT--------T-----------A---ACTCTTC--AT--CA----------------T-T---TAT----G--TA----T---T--A--AGCACTTT-C-AG-TTAAA----GT----CA--TTTCTAAGTG--AAAAAGGC--AC-G-CGTAT-C---------------GAGTATAGCCTTAC-----GCT---AC-G-C-CAA-C--AT------C-ATTTG-CCTCCTA--C-AAACGATC-G-GCTA-caacccag
gi|4 : agggtcgtgcttacgAGGGCC-CACGC----T-GC-CGTT-CGCCATTTTT-CGC-ATGGT-GGCGACAA-GAATCT-CAAAAAAT-GAGCT-AAAAC-GTAAA--TTGTGCA------TT-G-CG-A--G-CCA---AT-TT---TTTCAGTTG--TATTGA--A-TCAC----AATAGCCTAAT--------ATTCGCGAA--T-AAA----AAA---AAAAAAT--G--T-ATC-CGTGGGACAACTCTCCTTTT-CGC--TTTA-TT-CTC--T--CT--CT-GGCGCGATC--CCAA-GTTTT----AAAAAA-----TT--CA--TT--T-GATTGG--TG-CTA--CA-TTA-TCG-TGTA-CACAAAAC-ATCGGC-G--A-GCTGT-GTCGATAGTTT--C-CGAT-AA-CG-A-GGAG--AAAA-GA----T-TTCGTTTTTCGACCG--GAA--TATTTT-GGATTAT--G-ATGAAAGT-T--GATTTCAA--GATT---GAGCT-T-G--AA--GA-TG-TAATTAGTTCAT-GT-----GGAA-----T--G-A-AAAC-TCC-T-TC--CC-TAACG--AT-CAA-TCTGATA-AGGAGCACAGGTT--CATCAACGG-C--AATGG-AAAA--TCTC---GAG---ATTGACGA---TA-C-AAC-A-AATAAAATTC----CTTA------GTA-GC----GTAATGA--AGTT-AAGAA-TG--TTCT--T-------TG-----------AAT-TTAT------T-TC-----CC----T---TTTAGT-ATG----ATATT---CT--AG-A-TCACCTGTT-GC-C---TCA---CT---TTTTATA-AAAAC-A----AG--A-AAACC--AGTTG---T-----A-TG-----------AC--------TC-CCA---------TTA--TA----ATA-A-TG----T----TTGC---TT----G-A-GTAT-A------TGCA--AT------------------AA-------------TG-TAT-------AT----A-T----G--TCA---A-AACTA--C-TCA---AC-T-A--AAA--TGA--TTT--ACA--CTCAG--A------CAC-ACC---T-TA-ATT-AAC-------AA-C--GGTT--A-AT---AC-GATAA--A--GT--CCAAAACAT-AA----A-T------AATTAC---C-TGT--TA-A--TAG-T-AT--------------T-A-G----GC-ATGA-CA-------T--------------------T---TAT--------ATC---TTT-----------------TT--G-T-T-------GTGA--AT--AA-ATA---AGAG-A-------------AT----T----GA------G-AGA-------G---GAA---A---A-----T-TTG--AC---GG-------A----C-CA--AA-CTT--T--CTTCAA-A----T--ATC--ATAT--G-AA--TCTAACACAAAT-----------AATCA----TC--AG--CAGTGCTT-GACT-TA-TT-T---TAT----G-ATA----TG--A--A--AACA---T-TCGT-TTAAAACAGGT----CA--TTTC--AGTG---AAAAGAT-AAC-G-TGAAT-CT-CT---GTGC-GA-AAG-ATA--TTCGCTA---GTT---AC-G-CAAAA-C--AT------CAATTTG-C-----A--C-AAA-AAGT-GTGCTA-C-A-CTTTTTT
gi|5 : T---TT-CAGT-G--TATTGA--AATCAC-GC-CAA-GCCTAAT----------C-GCGAA--TTAAA----AAA---AT----T--G--TTAAC-ACCG--ACAA-TCGCCATTT-CAG--TTTA-TT-TTC-GT--AT--CT-GG-G-GATTT-CCAA-GTTTA----AAAAAAGCT--TT--AA--TT--T-GATTGG--TG-CAA--TG-TAA-T-G-TGTT-CA-AAAAC-AT-GGC-G--GCACC-T-GTCGG-AGTTT--T-CGAT-AA-CG-T-AGAG--AAAA-GAC---T-TTCGTTTTTT---ACT-GAA--TATTTC-G-ATAAT--G-ATGAAAGT-A--AATT-TAACGGATT-G-GAGCT-T-G--AA--GA-TA-TA-TAAGTTCAT-AT-----GGAA----AT--G-ATAAAC-TCT-A-CC--CC-AAACG--AT-CAG-TCTGACA-AGGA-TACAA--------------------CGG-AAAT--TCTC---GAG-AA-TTGAAGA---TA-C-AACAA-AATAATG-TC----CTTA------G---GC----TTAGCAG--CGT-----AA-TG--TACC--T-------TG-----------ACT-TTAT------T-TT-----CC-CA-T---TTTAGT-ATG----AAATT--ACTA-AG-T-TCACTCGTT-AC-AC--TTA---CT---TTT--TA-AAATTAA----GA--A-AAGCC--AG-CG---TGGAAAA-TG-----------TTAATAATAATA-CAG---------TTA--TA----AT-----G---TT----TTGC---TT----G-A-GCATTAT-----CGCA--AT-----------ATGGTTAAACCATAGACGTCTTTGCTAT-------ATGTCTA-TG---G--TT----T-AACTA--CACCA---GC-T-AG-AAA--TGA--CTT--TTAGCTTGAG--A-----TCAC-ACTAT-T-GA-ATT-CAT-------AA-G--G--T--ACAT-GTAC-GATAG--ACTGT--CGAAAACAT-AA----A-TCTAAGCAGTTA------T-T--GA-ACTTAGAT-AT--------------T-ACG----ACTATGA-CA-------TTTGTTCTCGGTTTTGGTTTTT---TCT--------TTC---TTT-----------------TT--T-T-GTTTTTTTAT----AT--AC-TTTT--AGAA-A-------------A-----T----GATCCGACG-AGA-------GTATAAAT--A---A-----T-AAG--ACAT-GG-------AAGCAC-AG-GGA-CTT--T--CT---G-A----TTCATCGTATAT--G-TACGTCT--------T-----------A---A----TC--AGGTCAGTG-TT-A-CT-TA-TT-T---TGTTACTG-ATA----TG--T--A--AACA---CAT-GG-TTAAA--TGGT----CA--TTTT-GAGTG--GAAAAAGT-AACAG-CGAAT-CTCCT---GTGCTAA-AAG-ATA-TTTCGC-----CTT---AC-G-Cattcaaacccagctgtgag
gi|6 : tgCAGGGCC-CACGC----T-GC-CGTTTCGCCATTTTTTCGCCAT--T-TGCGA-AA-GAATCTTCAAAAAAT-G-GCT-A---C-AGAAA--TT-TGCA-----ATT-GGCG-AA-G-CCA---AT-TT---TT-CA-T-G--TATTGA--ATTCAC-AC-AAT-GCCTAAT--------ATT-GCGAA--TTAAA----AAA---AAAAAAT--G--TTAAT-CGTG--ACAA-TCTCCATTT-CAG--TTTA-TT-TTC-GT--AT--CT-GG-G-GATTT-CCAA-GTTTT----AAAAAA-CT--TT--CA--TT--T-GATTGG--TG-CAA--TG-TAA-T-G-TGTA-CACAAAAC-AT-GGC-G--GCGC--T-GTCGA-AGTTT--T-CGAT-AA-CG-A-GGAG--AAAA-GAT---T-TTCGTTTTTT---CGC-GAA--TATTTT-G-ATTAT--G-ATGAAAGT-T--GATT-CAA--GATT-T-GAGCT-T-G--AA--GA-TG-TA-TTAGTTCAT-GT-----GGA------T--G-ATAAAC-TCT-G-TC--CC-TAACG--AT-CAA-TCTGATA-AGGA-TGCAAGTT--CATC-ACGG-C--AATGG-AAAA--TCTC---GAGGAAATTGACGA---TAAC-AACAA-AATAAAT-TC----CTTA------GTA-GC----GTAATGA--AGTT-AAGAA-TG--TTCC--T-------TG-----------AAT-TTAT------T-TT-----CC-CA-T---TTTAGT-ATG----ATATT--ACTA--G-A-TCACCTGTT-GC-----TCA---CT---TTT--TA-AAAACAA----AG--A-AAACC--AGTTG---T-----A-TG-----------AC--------TC-CAG---------TTA--TA----ATA-A-TG---TT----TTGC---TT----G-A-GTAT-A------TGCA--AT-----------A------AA-------------TG-TAT-------AT----A-TG---G--TC----A-AACTA--C-TCA----C-T-A--AAA--TGA--TTT--ACA--CTCAG--A-----CCAC-ACC-T-T-TA-ATT-AAC-------AA-C--GGTT--A-AT-G-AC-GATAA--A--GT--CCAAAACAT-AA----A-T------AATTAC---C-T-T--AA-A--TAGAT-AT--------------T-A-G----GC-ATGA-CA-------T--------------------T---TAT--------ATC---TTT-----------------TT--G-T-G-------ATG---AT--AA-ATA---AGAA-A-------------A-----T----GA------G-AGA-------G---GAA---A---A-----T-TTG--AC-T-GG-------A----C-AA-GAA-CTT--T--CTTCAA-A----T--ATC--ATAT--G-AA--TCT--------T-----------A---A----TC--AG--CAGTG-TT-G-CT-TA-TT-T---TAT----G-ATA----TG--T--A--AACA---T-C-CG-TTAAA--AGGT----CA--TTTC-AAGTG--AAAAAGAT-AAC-G-TG-AT-CT-CT---GTGC-GA-AAG-ATA-TTTCGCT----ATT---AC-G-CAAAA-C--AT------C-ATTTG-C-----A--C-AAA-AAGT-G-GCTA-C-A-CTTTTTTctatttagcgcagtcattttgcacctttttttcaacccagcg
gi|7 : CGCTAT--T-GGCGA-AT-GAATCTCCAAAAAAT-G-GCT-A---CAAGAAAATTC-TGCA-----ATT-GGCGAAA-G-CCA---ATATT---GT-AAGTGG--TATTGA--AATCAC-AC-AAT-CGCTAAT--------ATT-GCGA----CGAATTTTGAA---AAAAAAT--G--TTATC-TTTG--ACAATTCGCCATTT-CAG--TTTA-TTGTTC-GTGAAT--CTGGG-G-GATTTCCCAA-GTTTTAAAAAAAAAAGAT--TT--AATTTT--T-GATTGG--CG-C-A--TG-TAA-T-GTTGTA--AC--AAC-A--GGC-G--GCGCC-TGGTCG--AGTTT--T-CGATCAA-CG-A-GGAGA-AAAA-GAC---T-TTCG-TTTTT---CGCGGAA--GATTTT-G--TTAT--G-ATGAAACT-TTGGACT--AACGGATC-T-AAGCT-T-T---A--GA-TG-TA-TT-GTTCAT-GT-----GGAAC---AT--G-ATAA----CT-G-GT--CC-TAACGGCATACAA-TCGAATA-AGGA-TGCAAGTT--CAT-----G-CAAAACGG--AAA--TCTC---GAG--AATTGACGA---T--C-CACAA-ATTAATG-TC----CTTA------GCA--C----GTAATGA--GGTT-CAGAAGTG--TTCC--T-------TG-----------AAT-TTTT------TATT-----CCGCA-----TTTAGT-ATG----ATATA--TCTA-GA-C-TCA-TTGTTAGCTA---ACACGCCT---TTT--TA-AAAACAA----AGA-A-AAACC--AGTCG---T-----A-TG-----------TC--------TCACAA---------TTA--T-----ATA-AGTG---TT----TGGC---TT----G-AGGTAT-A------TGCA--------------------------------------------------AT----A-TG---G--TC------AACTA--C-TCA---GC-T-A--AAA--TGA--TTT--TTA--CTGAG--AGATATTCAC--CA-T-T-TA-GTTGAAC-------AACT--GGTT--G-AT-GAAA-GATAGTAA--GT--CC-AAACAT--A----A-T------AATTCC---T-T-T--AT-A---AGAT-AT--------------T-A-GGGATGC-ATGA-CA-------T--------------------T---AAT--------AT----TTT-----------------TTAAG-T-G-------ATG---AT---A-TTAG--AAAA-A-------------A-----T----GA------G-AGA-------G---GAA---A---AT----T-TTG--AC-TGGG-------A----C-AA-GAA-CTTTCT--CTTCAA-A----TA-ATC--ATAT--G-AA--CTT--------A-----------A---A----TC--AG--CAGTG-TT-G-TT-TA--T-T---TAT----G-ATA----TG--T-----TACAT--T-T-GA-TT-AA--AGGT----CA--TTTC-AAGTG---ATAAGAT-TAC-G-TG-AT-CT-CTCTGGTGC-GA-AAG-ATA-TT---C-----GCT---AC-G-CAA------AC------C-ATTTGCC-----A--C-AAA-AAGT-
gi|8 : --TA----ATA-A-TG---TT------G----TT----G-A--TAT-A------C-CA--AT-----------A------A-----------------------------------TG---G--TC----A-AACTA--C-T-A---CC-TAA--AAA--TGA--TTT--TAA--CTGAG--A-----CCAC-ACC-T-TATA-ATT-AACCT-----AA-A--TGTT----AT-G-A---AAAA--A--GTC-CCAAAACAT-AA----A-T------AA-TAG---C-T-T--AA-A--TAGAT-A---------------T-G-G----GA-AT-A-CA-------T--------------------C---TAT--------ATC---TTT-----------------TT--G-T-G-------ATGGGAAT--AACATA---AGAG-AAATTATCAATTTTA-----T----GAC-----G-AAG-------GTA-GAAAGGA---A-----TGCTGACAC-A-GGAAACGCCA----C-AACAAA-CTT--G--CTTCAA-AAAATT--ATG--CTATTAG-AA--TCT--------CTTTAATATCAGA---A----TT--AG--AAGTA-TG-T-CTATA-TT-T---AATTA--G-AAA----TGTTT--AACAACAT--T-T-GGTTTAAA--AAGTTGTACA--TTTttttttttt
gi|9 : cctaccgaacaattctacataggatagcaccaaagttcaatttggcatcaacggtaacaaatcttctcagaatttccacaatttgaccaatacccaacaaaaaattcccgagcagtctggaactgaagaagcatatagtctttgcctctaggcaaagattatttcccgaggtgtagctataacgatttatttaatctaacacctcgtatggactccccagctcttactagtgagaacacaaccaaaatctaatgatataaacacagacgtgtaaccatggctgcgttccacatccctatT-CAGT-G--TAT-GATCAATCAC-GCTAAA-GCCTAATC-------AC---CGAA--TTTAA----AAA---T-----T--G--TTAAT-CGCG--ACAA-T-GCCATTT-CAG--TTTA-TT-TTC-GT--AT--CC-TG-G--ATTT-AAAC-GTTTT----AAAA--GCT--TT--AA--TT-----ATTG---TG-CAA--TG-TAA-T-G-TGT--TA-AAAAC-AT-GGCCG--GCGCC-T-GCCGA-G--TT--T-CGAT-AA-CA-T-GGAG--AAAA-GACCCAT-ATCGTTTTTT---ACA-GAAGATATTTT-G-ATTAT--G-ATG-AAGTAT--AATT-TAACGGATT-A-GAGC--T-G--CA--AA-TG-TA--TAGTTCAT-AT-----GGAA----A---G-ATAAAC-TCT-GATC--CC-AAACG--AT-CAG-TCTGACAGAGGA-T----------------AG-C--AACGG-TAAT--TCTCG--GAG-AAATTGAAGA---TA-C-
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 222222 1 1111 1 11 11111 11 222222 1 111 1 333333333333 111 1111 222222222 1 11 11 1 1111 11111 1 11 2222222 11 1 111 11111 11111111 111 666666666666666666666666 11 111 111 1111 111111 1111 1 1111111 22222222222 222222 11111 111 111 22222 11111111 111111111 333333333333333333333 222222222 1111111111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 1111 111111 111 2222222 1111 111111 111111 11111 11 22222222222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 33333333333333333333333333333333 11111111111 1111111111111 11 111 222222222222 3333333 44444444444444444444444444444 1111 111 111 11 222 1 1111 444444444444 111111 11111
lowQualScore : 0 222222 0 55 7777 8888 1 5 00 4 5 5 5 66666 1 55 5 6 555555 5 0 1 7777 777 5 888 8 9999 66 2 9999 5 222222222222 000 0 0000 888888888 66 66 0 5 4 66 0 5 66 5 5 5 88 11 5 0 5 88 5 5 8888 6 66 66 66 9999 66 5 0 66 5 5 5 5 00000 66 5 5 66 55 0 55 66 5 5 5 777 11 5 9999 5 6666666 33 5 0 66 5 66 55 77 1 444 8 4 66 66 5 5 5 3 5 22222 99999999 5 5 333 66 5 66 5 5 5 444444444444444444444444 55 33 333 8888 1 888 5 44 5 0 000 0000 999999 0 5 0000 1 66 0 5 66 1 66 6666666 33333333333 5 555555 5 22222 5 99999 4 9999 000 4 999 000 4 66666 0 777 777 99 4 0 44444444 4 55 888888888 4 666666666666666666666 5 000000000 66 9999 4 4 5555555555555555 9999 4 4 4 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 777 55 555555 55 4 2222 4 4 99 99 55 8888888 1 55 333333 4 444 4 8 4 2222222 0000 6666 888888 55 55 99 4 9999 4 222222 77777 4 66 4 00 4 66666666666666 4 4 9999 4 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 99 666 4 66666666666666666666666666666666 4 88888888888 7777777777777 77 00 444 444444444444 5 5 5 99999 6 5 3333333 66 7777 66 00000000000000000000000000000 66 66 1 4 999 8 4 4 777 5555 4 9999 888888888 555 444 4 000 8888 55 22 000 4 4 4 3 4 4 777 1111 4 9999 222222222222 4 4 66 999999 5 5 77777 66 5 5 5 5 5 6 6
lowQualScore : . ...... . .. .... .... . . .. . . . . ..... . .. . . ...... . . . .... ... . ... . .... .. . .... . ............ ... . .... ......... .. .. . . . .. . . .. . . . .. .. . . . .. . . .... . .. .. .. .... .. . . .. . . . . ..... .. . . .. .. . .. .. . . . ... .. . .... . ....... .. . . .. . .. .. .. . ... . . .. .. . . . . . ..... ........ . . ... .. . .. . . . ........................ .. .. ... .... . ... . .. . . ... .... ...... . . .... . .. . . .. . .. ....... ........... . ...... . ..... . ..... . .... ... . ... ... . ..... . ... ... .. . . ........ . .. ......... . ..................... . ......... .. .... . . ................ .... . . . .................................................................. . ... .. ...... .. . .... . . .. .. .. ....... . .. ...... . ... . . . ....... .... .... ...... .. .. .. . .... . ...... ..... . .. . .. . .............. . . .... . . ........................................................................................... .. .. ... . ................................ . ........... ............. .. .. ... ............ . . . ..... . . ....... .. .... .. ............................. .. .. . . ... . . . ... .... . .... ......... ... ... . ... .... .. .. ... . . . . . . ... .... . .... ............ . . .. ...... . . ..... .. . . . . . . .
lowQualScore : 0 222222 0 88 4444 0000 4 7 00 9 7 7 7 44444 7 77 7 6 000000 7 7 4 4444 999 7 888 9 6666 11 6 4444 0 222222222222 222 9 6666 000000000 99 99 8 0 2 99 0 0 99 0 0 0 88 99 0 0 0 22 0 0 9999 2 99 99 99 0000 99 0 4 99 0 0 0 0 55555 44 0 0 99 22 0 99 99 0 0 0 555 99 0 0000 0 8888888 88 0 0 99 0 11 44 11 1 222 9 4 11 11 0 0 0 2 0 55555 88888888 0 0 444 99 0 99 0 0 0 888888888888888888888888 44 88 888 8888 4 888 0 66 0 4 000 6666 444444 2 0 6666 4 99 0 0 99 0 99 2222222 88888888888 0 000000 0 55555 0 99999 4 4444 999 4 999 000 4 77777 9 000 000 55 0 5 88888888 0 55 666666666 4 888888888888888888888 7 000000000 11 4444 4 4 9999999999999999 4444 4 4 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 000 55 000000 55 0 7777 0 0 55 55 55 5555555 0 55 000000 0 333 0 0 0 5555555 5555 9999 444444 55 55 55 4 4444 4 888888 33333 4 11 4 66 4 11111111111111 4 4 4444 4 4 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 88 777 4 99999999999999999999999999999999 4 33333333333 6666666666666 11 66 333 888888888888 0 0 0 66666 5 0 2222222 99 0000 11 00000000000000000000000000000 11 11 1 4 888 9 4 4 888 6666 4 4444 777777777 000 444 0 666 5555 55 66 666 4 4 4 3 4 4 888 7777 4 7777 333333333333 4 4 99 444444 0 0 55555 99 0 0 0 7 7 7 7
consensus : CAGGGCC-CACGC----T-GC-CGTTTCGCCATTTTTTCGCCAT--T-GGCGA-AA-GAATCTTCAAAAAAT-G-GCT-A---C-AGAAA--TT-TGCA-----ATT-GGCG-AA-G-CCA---AT-TT---TT-CAGT-G--TATTGA--AATCAC-GC-AA-AGCCTAAT--------ATT-GCGAA--TTAAA----AAA---AAAAAAT--G--TTAAC-CGCG--ACAA-TCGCCATTT-CAG--TTTA-TT-TTC-GT--AT--CT-GG-G-GATTT-CCAA-GTT-TT---AAAAAAAGCT--TT--AA--TT--T-GATTGG--TG-CAA--TG-TAA-T-G-TGTA-CACAAAAC-AT-GGC-G--GCGCC-T-GTCGA-AGTTT--T-CGAT-AA-CG-A-GGAG--AAAA-GAC---T-TTCGTTTTTT---CGC-GAA--TATTTT-G-ATTAT--G-ATGAAA--GT-NGATT-CAACGGATT-N-GAGCT-T-G--AA--GA-TG-TA-TTAGTTCAT-GT-----GGAA----AT--G-ATAAAC-TCT-G-TC--CC-TAACG--AT-CAA-TCTGACA-AGGA-TGCAAGTT--CATC-ACGG-C--AACGG-AAAA--TCTC---GAG-AAATTGACGA---TA-C-AACAA-AATAAAG-TC----CTTA------GCA-GC----GTAATGA--AGTT-AAGAA-TG--TNCC--T-------TG-----------AAT-TTAT------T-TT-----CC-CA-T---TTTAGT-ATG----ATATT--ACTA-AG-N-TCACCCGTT-GC-A---TCA---CT---TTT--TA-AAAACAA----AG--A-AAACC--AGTCG---T-----A-TG-----------TC--------TC-CAG---------TTA--TA----ATA-A-TG---TT----TTGC---TT----G-A-GTAT-A------CGCA--AT-----------A------AA-------------TG-TAT-------AT----A-TG---G--TC----A-AACTA--C-TCA---GC-T-A--AAA--TGA--TTT--NCA--CTNAG--A-----CCAC-ACC-T-T-TA-ATT-AAC-------AA-N--GGTT--A-AT-G-AC-GATAG--A--GT--CCAAAACAT-AA----A-T------AATTAC---C-T-T--AA-A--TAGAT-AT--------------T-A-G----GC-ATGA-CA-------T--------------------T---TAT--------ATC---TTT-----------------TT--G-T-G-------ATG---AT--AA-NTA---AGAA-A-------------A-----T----GA------G-AGA-------G---GAA---A---A-----T-CTG--AC-T-GG-------A----C-AA-GAA-CTT--T--CTTCAA-A----T--ATC--ATAT--G-AA--TCT--------T-----------A---A----TC--AG--CAGTG-TT-G-CT-TA-TT-T---TAT----G-ATA----TG--T--A--AACA---T-T-GG-TTAAA--AGGT----CA--TTTC-AAGTG--AAAAAGGT-AAC-G-CG-AT-CT-CT---GTGC-GA-AAG-ATA---TTTCGCT----G-TT---ACG-C-AAAAC--AT------C-ATTTG-C-----A--C-AAA-AAGT-G-GCTA-C-A-CTTTTTT
Reference ( family-340 ) : CAGGGCC-CACGC----T-GC-CGTTTCGCCATTTTTTCGCCAT--T-GGCGA-AA-GAATCTTCAAAAAAT-G-GCT-A---C-AGAAA--TT-TGCA-----ATT-GGCG-AA-G-CCA---AT-TT---TT-CAGT-G--TATTGA--AATCAC-GC-AA-AGCCTAAT--------ATT-GCGAA--TTAAA----AAA---AAAAAAT--G--TTAAC-CGCG--ACAA-TCGCCATTT-CAG--TTTA-TT-TTC-GT--AT--CT-GG-G-GATTT-CCAA-GTT-TT---AAAAAAAGCT--TT--AA--TT--T-GATTGG--TG-CAA--TG-TAA-T-G-TGTA-CACAAAAC-AT-GGC-G--GCGCC-T-GTCGA-AGTTT--T-CGAT-AA-CG-A-GGAG--AAAA-GAC---T-TTCGTTTTTT---CGC-GAA--TATTTT-G-ATTAT--G-ATGAAA--GT-NGATT-CAACGGATT-N-GAGCT-T-G--AA--GA-TG-TA-TTAGTTCAT-GT-----GGAA----AT--G-ATAAAC-TCT-G-TC--CC-TAACG--AT-CAA-TCTGACA-AGGA-TGCAAGTT--CATC-ACGG-C--AACGG-AAAA--TCTC---GAG-AAATTGACGA---TA-C-AACAA-AATAAAG-TC----CTTA------GCA-GC----GTAATGA--AGTT-AAGAA-TG--TNCC--T-------TG-----------AAT-TTAT------T-TT-----CC-CA-T---TTTAGT-ATG----ATATT--ACTA-AG-N-TCACCCGTT-GC-A---TCA---CT---TTT--TA-AAAACAA----AG--A-AAACC--AGTCG---T-----A-TG-----------TC--------TC-CAG---------TTA--TA----ATA-A-TG---TT----TTGC---TT----G-A-GTAT-A------CGCA--AT-----------A------AA-------------TG-TAT-------AT----A-TG---G--TC----A-AACTA--C-TCA---GC-T-A--AAA--TGA--TTT--NCA--CTNAG--A-----CCAC-ACC-T-T-TA-ATT-AAC-------AA-N--GGTT--A-AT-G-AC-GATAG--A--GT--CCAAAACAT-AA----A-T------AATTAC---C-T-T--AA-A--TAGAT-AT--------------T-A-G----GC-ATGA-CA-------T--------------------T---TAT--------ATC---TTT-----------------TT--G-T-G-------ATG---AT--AA-NTA---AGAA-A-------------A-----T----GA------G-AGA-------G---GAA---A---A-----T-CTG--AC-T-GG-------A----C-AA-GAA-CTT--T--CTTCAA-A----T--ATC--ATAT--G-AA--TCT--------T-----------A---A----TC--AG--CAGTG-TT-G-CT-TA-TT-T---TAT----G-ATA----TG--T--A--AACA---T-T-GG-TTAAA--AGGT----CA--TTTC-AAGTG--AAAAAGGT-AAC-G-CG-AT-CT-CT---GTGC-GA-AAG-ATA---TTTCGCT----G-TT---ACG-C-AAAAC--AT------C-ATTTG-C-----A--C-AAA-AAGT-G-GCTA-C-A-CTTTTTT
gi|1 : CAGGGTCTCACGCATCCT-GC-CGTTT-GCCAAT----CATCAC--G-CGCGA-AAAGAATTCTCACAAAATCG-GCTCA---C-AAAAAAATT-TGCAC----ATTTGGCA-AAAG-CCACAAAT-TTATTCT-CAGT-GCTTATTGA--AATCACCAC-AA-ATGCTAAT--------ATT-GCGAAATTTAAA----AAA---AA----T--GCCTTAACTCGTG--ACAA-TCGTCATTT-CAGATCTTA-TT-TTCCGTCAATTTCT-GG-G-GATTT-CCAAAGTTCTT---AAAAAAAGCTATCT--AA--TTCTT-GATTGGACTG-CAACATG-TAAAT-G-TGTA-CACAAAATGAT-AGC-GCGGCGCC-T-GTCAA-AGTTTATC-CGAT-AAACA-A-GGGATAAAAA-AAC---T-TTCGTTTTTT---CACCGAAATCATTTTTGCATTATTGGCATGAAA--GT-TGATT-CAACGGATT-T-GAGCTCT-G--AAATGACTGATA-TTAGTTCATTGT-----GGAACCAAAT--GCATAAAC-TCTCG-TC--CCATAACG--AT-CAA-TCTGATA-ATGACTGCAAGTTTTCATCCACGGAC--AACGG-AAAACTTCTCCAGAAG-AAATTGACGACCTTA-C-AACAA-AATAAAT-TC----CTTA------GCA-GCACCAGTAATCA--AGTTCAAGAA-TGGTTCCC--T-------TG-----------AAT-TTATAATT--T-TT-----AA-CA-TCTCTTGAGC--TT----ATATTTCACTA-AG-AATCACTTGTT-GC-A---TCA---CT---TTTA-TA-AAAACAA----AGTAA-AAACC--AGTCG---A-----T-TG-----------TC--------AC-CAG---------ATAAATA----ATA-A-TG---CTATTCTTGCATTTT----GCA-GTAT-A------TGCC--AC-----------A------TA-------------TA-TATCAATCTTAT----AATG---G--TC----A-AACTA--C-TCA---GC-T-A--AAACATGA--TTT--TCC--CTTAGGGA-----CCACCACC-TAT-TA-ATT-AGCC------AA-TTGGATT--A-ATTG-ACTGATAG--A--GT--TCCGAACAC-AATAAAA-T------AATTAC---CCT-T--AA-AC-TAGATTAT--------------T-A-G----GC-ATGA-CA-------T--------------------T---TAT--------ATC---TTT-----------------TT--GTT-G-------ATGGACAT--AA-ATAAAGAGAA-AC------------A-----T----TA------GAAGA-------G---AAA---A---A-----T-TTGA-AC-TAGG-------A----C-AA-GAACCTT--T--CTTCAACATAATT--ATC--AAAT--GTGA--TTT--------T-----------A---A----TCGAAG--CAGTG-TTAG-CTCTATTT-T---TAT----GTATAATGCTA--C--A--AACA---T-G-GT-TTAAA--AGGT----CA--TTTT-CAGTG---AAAAGATAAAC-G-TG-ATCCT-CT---GTGC-AACAAG-ATA---TTTCGCT----GATTTAAACGCC-AAAACCAATC-----C-ATTTG-CA----A--CAAAA-AAGT-G-GCTACC-A-CTTTTT
gi|10 : ---------TTA--TA----ATA-A-TG---TC----TT------T----G-A-CTCT-A-------GTA--CT-----------T------AA-------------TG-GTC-------A-----G-TGAGCG--TC----A-AACTA--C-ACACGCAC-T-A--GAA--TGAGATTT--A-A--CCTAG--A-----T-AC-ACC-T-T-TAGATT-AAC-------AA-A--GGTT--A-AT-A----GATAG--A--GT--C-AAAGCAT-AA----A-T------AATTACAATC-C-G--AA-G--TAGAT-AT--------------T-A-G----AC-A-GA-CAAATTCTTC--------------------T---CATGTTCAGTAATCTA-TTT-----------------TT--G-TGG-------ATG---ATTGAA-TTA---AGAATA-------------A-----T----GA------G-AGA-------G---G-A---A---A-----T-ATG--AC-T-Gattttaacaatccccagtgtgagc
gi|11 : --TCT--------T-----------A---A----TC--AG--GA-TG-TT-A-CT--G-TT-A---TAT------ACA----TG--T--A--AACA---T-T-GG-TTAAA--AGGT----CA--TTTC-AAATG--AGAAAGGT-AAC-C-CA-TT-CT-TT---GAGC-AA-AAG-ATG---TTTCGCTCACGG-TG---ACG-G-AGAAC--ATATAGGCT-ATTT--C-----ACTC-AAA-AAGT-G-GCTA-C-A-CTTTCTTcaa
gi|12 : -AACAA-A-TAAAG-TC----CTTAGGCTTAGCA-GC----GTAATCA--AGTT-AAGAA-TG--TACCTTT-------TG-----------ACT-TTAA------T-TT-----CC-CA-T---TTT-GT-ATG----AAATT--ACTA-AA-G-TTGCCT-----C-A---T-A---CTTACTTT--TA-GATATAAG---AA--A-AAACC--ttaacc
gi|13 : --A--AACA---T-T-GG-TTAAA--AGAC----AA--TTTC-AAGTG---AGAACGT-AAT-GACG-----T-GT---GTGC--A-AAG-ATT---TTTCGCG----A-C-----CG-CAAAAAC--AC------C-TTTCT-C-----A--C-AAA-AAGT-G-GCTA-CAA-CTTTTTTgccatcgaatt
gi|14 : tgttattaataaacaTTCGCCAT--T-GGCGA-AA-GAAGCTC---AAAAT-G-GCT-A---A-AGAAA--AA-T-CATAAACATT-GGCGAAA-G-CCA---AT-TT---TTCCAGT-A--TATTGA--Atcaacccagtgt
gi|15 : ----A-TG---G--TC----A-AACTA--C-TCA---GC-T-A--AAA--TGA--TTT--TCC--CTTAG--A-----CCAC-ACC-T-T-TA-ATT-AGC-------AA-T--GGTT--A-AT-G-AC-GATAG--A--GT--CC
gi|16 : ---TTTAGT-ATG----AAATT--ACTA-AG-T-TCACTCATT-AT-----TTA---CT---TTT--T--AGAATTA----AG--A-AAACC--AGTCG---A-----A-TG-----------TC--------T
gi|17 : ---CT---TTT--TA-GAATTAA----GA--A-AAACC--AGTCG---A-----ATTG-----------TC--------Taata
gi|18 : GAAA--GT-AAATT-TAACGGATT-G-GAGCT-T-G--AA--naatata
gi|2 : CAGGGCT-CACGC----TTGTTCGTTTCGCCATT----CGCCAT--TTGGCGACAA-GAATAT--AAAAAAT-G-GCT-A---C-AAAAA--TT-CACA-----ATG-GCCG-AA-AACCATA-AC-TT---TT-CAGT-G--TTATGA--A-TCAC-GT-AG-AGCCTAAT--------------------CACA----AAATTTAAAAAATTAG--TTAAT-CGCG--ACAA-TCGCCATTTTCAG--TTGAATT-TTC-GTC-ATT-CT-GGCG-GATT--CCAA-GTT-TTTA-AAAAAAAGCT--TT--AA--AT--T-GATTGG--TG-CAA--TGGTAA-T-G-TGTT-T-TAAAA---T-GGC-G--GCGCC-TTGCAGG-AGTTT--T-CGAT-AA-CACATGGAG--AAAAAGAC---TCTTCGTTTTTT---TACCGAA--TAATTT-G-ATTAT--G-ATGAAA--GT-AAATT-TAACGGATTCG-GAGCTGTGG--AA--GA--G-TA-TT-GTTCAT-AT-----GGAA----ATTCG-ATAAACTTCT-A-TC--CC-CAACG--AT-CAGTTCTGAC--AGGA-T-----------------A-C--AACGG-AAAATTTCTC---AAG-AATCTGAAGA---TA-CAAACAA-AATAAAG-TCTAGGTTTAG-----GCAGGC----GTAATCA--AGTT-AAGAA-TG--TATC--T-------TG-----------ACT-TTAT------T-TT-----CC-CATT---TTTAGT-ATGAAAAATA-T--ACTA-AGTC-TCACAAGTT-TC-ATATTTA---CT---TTT--TATAAGAGAATATGAA--A-AAACCCAAGCC----T-----A-TGCGAACTGTTGTTG--------TC-TAGATAAACATATTA--TCTCGTATA-A-TGAGATA----GTGTA--TC----G-A-GTGT-AGTTCAGCGC---AT------------------AA-------------TG-CCA-------AT----A-TC---GCGTC----AGAACTA--C--CA---GCAT-AGGAGA--TTA--CTTTACCA--TAGAG--A-----TCAC-ACC-GAT-TATATA-AAC-------AA-A--GGTT--A-AT-G-AC-GATAG--A---T--CAAAAATATCAA----ATT------AATTAC---C-T-TGGGA-C--TAGAT-AT--------------TCA-G----AC-ATGA-CA-------T--------------------T---TTT--------CTCGTGTTTATTTTATTATTTATTTATT--G-T-A-------ATG---AT--AA--TA---AGAC-A-------------A-----TGATCGA------G-AGA-------G---GAA---ATACA-----T-CGG--TC-T-GG-------A----CAAA-GGA-CTT--T--CT----------G--ATC--AT------AA--T-------------------------------TC--AG--CAGTG-TT-A-CT-TA-TTATTCATAT----G-ATA----TT--TGAA--AATA---T-T-GG-TTAAAT-TGGT----CAGTTTTCTTAGTGGAAAAAAGG--AAC-G-CG-AT-CT-CT---GTGC-G--AAG-ATA---TTTCGC-------TT---ACG-C-AAAAC--AT------C-A-TTG-C-----A--C-AAG-AAGTAG-GCTA-C-ATCTTTTTT
gi|3 : TTTTCGCCAT--T-GGCGC-GA------TTCA-----T-G-GTC-A-------AGA--TT-T-CA------TT-GGCG-AG-C-CCA---AG-TT---TT---------TTTTGA--A--CA--GT-AA-AGTTTAATCACTAGCTATT-GCGAT--TTTAA----GAA---AT----T--G--TTATC-CG-G--ACAA-TCGCCATTT-CGA--T--A-TT-TT--GT--AT--GT-GG-G-GATTT-C-AA-GTT-T----AAAAAAAGCT--TTTAAA--TT--TTGATTGG--TGGCAA--TG-TAA-T-G-TGTAACACAAA----T-GGC-G--GCGCT-T---CGA-CGTTT--TTCGAT-A--CG-A-GGAG--AAAA---T---T-TCCGTTTTTC---GGC-CGA--TATTTG-T-ATTAC--G-ATGAA---GT-GAATT-CAACGGATT-TTGAGCT-T-GGGAA--GG-TA-TA-TTA-CTCAT-GTAACGTGGAA----AT--G-ATACAC-TCT---TCCGCC-T-ACG--AT-CAA-TCTGACA-A-----GCGAAT----AAC-AC--------CGGAAAAA--TCTC---GAG-AA---GATGA---TG-C--ACAACAATAA---TT----CCTG------ACA-GC----GTAA-GATCAGTTAAAAAA-TG---CCC--TCACACAGTGCGACTTCCAACAATATTATGGTCACT-TTTTGGTTC-CA-T---TTTAGTAATG----ATACT---CTGCAG-G--CAT---TT-GC-----TCA---CT---TTT--AG-AAAATAA----CG--ATAAACC--AGTCGAAAT-----A-CG---------------------CC-CAT---------TTA--TA----ATATA-TC---TT----CTGC---TTTCGAA-A-GTAT-A------C-CATTATCACTACTTGTCA------AA-------------GG-CAA-------ATTTCCA-TG---C--TTAACAA-AACTAATC-TCA------T-A--GGAC-TGA--TTT--CCA--CCGAG--A-----TT----CT-TCT-TA-ATT-AACCTCAAGTAA-G--GGTCCAA-AT----------G--A--GTTGCCAAAAC-T-AA----A-T------AATTTCATAG-T-C--AACA--TAACT-GTGTAGTCAAGTCCCAT-A-A----GT-ACGATCA-------T--------------------TCTCCCT--------CTC---TTT-----------------TT--G-T-GTCATACCATA---TT--AA-TTA---AAAA-A-------------ATCACGT----GA------A-AGAGTAGGTCG---GAA---A---AGTTATT-CCG--CC-C-AA-------ATC--C-AT-GGA-TGT--CAACCACAA-A-------ATC--ATGT--A-AA--TCT--------T-----------A---ACTCTTC--AT--CA----------------T-T---TAT----G--TA----T---T--A--AGCACTTT-C-AG-TTAAA----GT----CA--TTTCTAAGTG--AAAAAGGC--AC-G-CGTAT-C---------------GAGTATAGCCTTACGC--------T---ACG-C--CAAC--AT------C-ATTTG-CCTCCTA--C-AAACGATC-G-GCTA-caacccag
gi|4 : agggtcgtgcttacgAGGGCC-CACGC----T-GC-CGTT-CGCCATTTTT-CGC-ATGGT-GGCGACAA-GAATCT-CAAAAAAT-GAGCT-AAAAC-GTAAA--TTGTGCA------TT-G-CG-A--G-CCA---AT-TT---TTTCAGTTG--TATTGA--A-TCAC----AATAGCCTAAT--------ATTCGCGAA--T-AAA----AAA---AAAAAAT--G--T-ATC-CGTGGGACAACTCTCCTTTT-CGC--TTTA-TT-CTC--T--CT--CT-GGCGCGATC--CCAA-GTT-TT---AAAAAA------TT--CA--TT--T-GATTGG--TG-CTA--CA-TTA-TCG-TGTA-CACAAAAC-ATCGGC-G--A-GCTGT-GTCGATAGTTT--C-CGAT-AA-CG-A-GGAG--AAAA-GA----T-TTCGTTTTTCGACCG--GAA--TATTTT-GGATTAT--G-ATGAAA--GT-TGATTTCAA--GATT---GAGCT-T-G--AA--GA-TG-TAATTAGTTCAT-GT-----GGAA-----T--G-A-AAAC-TCC-T-TC--CC-TAACG--AT-CAA-TCTGATA-AGGAGCACAGGTT--CATCAACGG-C--AATGG-AAAA--TCTC---GAG---ATTGACGA---TA-C-AAC-A-AATAAAATTC----CTTA------GTA-GC----GTAATGA--AGTT-AAGAA-TG--TTCT--T-------TG-----------AAT-TTAT------T-TC-----CC----T---TTTAGT-ATG----ATATT---CT--AG-A-TCACCTGTT-GC-C---TCA---CT---TTTTATA-AAAAC-A----AG--A-AAACC--AGTTG---T-----A-TG-----------AC--------TC-CCA---------TTA--TA----ATA-A-TG----T----TTGC---TT----G-A-GTAT-A------TGCA--AT------------------AA-------------TG-TAT-------AT----A-T----G--TCA---A-AACTA--C-TCA---AC-T-A--AAA--TGA--TTT--ACA--CTCAG--A------CAC-ACC---T-TA-ATT-AAC-------AA-C--GGTT--A-AT---AC-GATAA--A--GT--CCAAAACAT-AA----A-T------AATTAC---C-TGT--TA-A--TAG-T-AT--------------T-A-G----GC-ATGA-CA-------T--------------------T---TAT--------ATC---TTT-----------------TT--G-T-T-------GTGA--AT--AA-ATA---AGAG-A-------------AT----T----GA------G-AGA-------G---GAA---A---A-----T-TTG--AC---GG-------A----C-CA--AA-CTT--T--CTTCAA-A----T--ATC--ATAT--G-AA--TCTAACACAAAT-----------AATCA----TC--AG--CAGTGCTT-GACT-TA-TT-T---TAT----G-ATA----TG--A--A--AACA---T-TCGT-TTAAAACAGGT----CA--TTTC--AGTG---AAAAGAT-AAC-G-TGAAT-CT-CT---GTGC-GA-AAG-ATA----TTCGCTA---G-TT---ACG-C-AAAAC--AT------CAATTTG-C-----A--C-AAA-AAGT-GTGCTA-C-A-CTTTTTT
gi|5 : T---TT-CAGT-G--TATTGA--AATCAC-GC-CA-AGCCTAAT----------C-GCGAA--TTAAA----AAA---AT----T--G--TTAAC-ACCG--ACAA-TCGCCATTT-CAG--TTTA-TT-TTC-GT--AT--CT-GG-G-GATTT-CCAA-GTT-T----AAAAAAAGCT--TT--AA--TT--T-GATTGG--TG-CAA--TG-TAA-T-G-TGTT-CA-AAAAC-AT-GGC-G--GCACC-T-GTCGG-AGTTT--T-CGAT-AA-CG-T-AGAG--AAAA-GAC---T-TTCGTTTTTT---ACT-GAA--TATTTC-G-ATAAT--G-ATGAAA--GT-AAATT-TAACGGATT-G-GAGCT-T-G--AA--GA-TA-TA-TAAGTTCAT-AT-----GGAA----AT--G-ATAAAC-TCT-A-CC--CC-AAACG--AT-CAG-TCTGACA-AGGA-TACAA--------------------CGG-AAAT--TCTC---GAG-AA-TTGAAGA---TA-C-AACAA-AATAATG-TC----CTTA------G---GC----TTAGCAG--CGT-----AA-TG--TACC--T-------TG-----------ACT-TTAT------T-TT-----CC-CA-T---TTTAGT-ATG----AAATT--ACTA-AG-T-TCACTCGTT-AC-AC--TTA---CT---TTT--TA-AAATTAA----GA--A-AAGCC--AG-CG---TGGAAAA-TG-----------TTAATAATAATA-CAG---------TTA--TA----AT-----G---TT----TTGC---TT----G-A-GCATTAT-----CGCA--AT-----------ATGGTTAAACCATAGACGTCTTTGCTAT-------ATGTCTA-TG---G--TT----T-AACTA--CACCA---GC-T-AG-AAA--TGA--CTT--TTAGCTTGAG--A-----TCAC-ACTAT-T-GA-ATT-CAT-------AA-G--G--T--ACAT-GTAC-GATAG--ACTGT--CGAAAACAT-AA----A-TCTAAGCAGTTA------T-T--GA-ACTTAGAT-AT--------------T-ACG----ACTATGA-CA-------TTTGTTCTCGGTTTTGGTTTTT---TCT--------TTC---TTT-----------------TT--T-T-GTTTTTTTAT----AT--AC-TTTT--AGAA-A-------------A-----T----GATCCGACG-AGA-------GTATAAAT--A---A-----T-AAG--ACAT-GG-------AAGCAC-AG-GGA-CTT--T--CT---G-A----TTCATCGTATAT--G-TACGTCT--------T-----------A---A----TC--AGGTCAGTG-TT-A-CT-TA-TT-T---TGTTACTG-ATA----TG--T--A--AACA---CAT-GG-TTAAA--TGGT----CA--TTTT-GAGTG--GAAAAAGT-AACAG-CGAAT-CTCCT---GTGCTAA-AAG-ATA---TTTCGCC------TT---ACG-C-attcaaacccagctgtgag
gi|6 : tgCAGGGCC-CACGC----T-GC-CGTTTCGCCATTTTTTCGCCAT--T-TGCGA-AA-GAATCTTCAAAAAAT-G-GCT-A---C-AGAAA--TT-TGCA-----ATT-GGCG-AA-G-CCA---AT-TT---TT-CA-T-G--TATTGA--ATTCAC-AC-AA-TGCCTAAT--------ATT-GCGAA--TTAAA----AAA---AAAAAAT--G--TTAAT-CGTG--ACAA-TCTCCATTT-CAG--TTTA-TT-TTC-GT--AT--CT-GG-G-GATTT-CCAA-GTT-TT---AAAAAA--CT--TT--CA--TT--T-GATTGG--TG-CAA--TG-TAA-T-G-TGTA-CACAAAAC-AT-GGC-G--GCGC--T-GTCGA-AGTTT--T-CGAT-AA-CG-A-GGAG--AAAA-GAT---T-TTCGTTTTTT---CGC-GAA--TATTTT-G-ATTAT--G-ATGAAA--GT-TGATT-CAA--GATT-T-GAGCT-T-G--AA--GA-TG-TA-TTAGTTCAT-GT-----GGA------T--G-ATAAAC-TCT-G-TC--CC-TAACG--AT-CAA-TCTGATA-AGGA-TGCAAGTT--CATC-ACGG-C--AATGG-AAAA--TCTC---GAGGAAATTGACGA---TAAC-AACAA-AATAAAT-TC----CTTA------GTA-GC----GTAATGA--AGTT-AAGAA-TG--TTCC--T-------TG-----------AAT-TTAT------T-TT-----CC-CA-T---TTTAGT-ATG----ATATT--ACTA--G-A-TCACCTGTT-GC-----TCA---CT---TTT--TA-AAAACAA----AG--A-AAACC--AGTTG---T-----A-TG-----------AC--------TC-CAG---------TTA--TA----ATA-A-TG---TT----TTGC---TT----G-A-GTAT-A------TGCA--AT-----------A------AA-------------TG-TAT-------AT----A-TG---G--TC----A-AACTA--C-TCA----C-T-A--AAA--TGA--TTT--ACA--CTCAG--A-----CCAC-ACC-T-T-TA-ATT-AAC-------AA-C--GGTT--A-AT-G-AC-GATAA--A--GT--CCAAAACAT-AA----A-T------AATTAC---C-T-T--AA-A--TAGAT-AT--------------T-A-G----GC-ATGA-CA-------T--------------------T---TAT--------ATC---TTT-----------------TT--G-T-G-------ATG---AT--AA-ATA---AGAA-A-------------A-----T----GA------G-AGA-------G---GAA---A---A-----T-TTG--AC-T-GG-------A----C-AA-GAA-CTT--T--CTTCAA-A----T--ATC--ATAT--G-AA--TCT--------T-----------A---A----TC--AG--CAGTG-TT-G-CT-TA-TT-T---TAT----G-ATA----TG--T--A--AACA---T-C-CG-TTAAA--AGGT----CA--TTTC-AAGTG--AAAAAGAT-AAC-G-TG-AT-CT-CT---GTGC-GA-AAG-ATA---TTTCGCT----A-TT---ACG-C-AAAAC--AT------C-ATTTG-C-----A--C-AAA-AAGT-G-GCTA-C-A-CTTTTTTctatttagcgcagtcattttgcacctttttttcaacccagcg
gi|7 : CGCTAT--T-GGCGA-AT-GAATCTCCAAAAAAT-G-GCT-A---CAAGAAAATTC-TGCA-----ATT-GGCGAAA-G-CCA---ATATT---GT-AAGTGG--TATTGA--AATCAC-AC-AA-TCGCTAAT--------ATT-GCGA----CGAATTTTGAA---AAAAAAT--G--TTATC-TTTG--ACAATTCGCCATTT-CAG--TTTA-TTGTTC-GTGAAT--CTGGG-G-GATTTCCCAA-GTT-TTAAAAAAAAAAGAT--TT--AATTTT--T-GATTGG--CG-C-A--TG-TAA-T-GTTGTA--AC--AAC-A--GGC-G--GCGCC-TGGTCG--AGTTT--T-CGATCAA-CG-A-GGAGA-AAAA-GAC---T-TTCG-TTTTT---CGCGGAA--GATTTT-G--TTAT--G-ATGAAACTTT-GGACT--AACGGATC-T-AAGCT-T-T---A--GA-TG-TA-TT-GTTCAT-GT-----GGAAC---AT--G-ATAA----CT-G-GT--CC-TAACGGCATACAA-TCGAATA-AGGA-TGCAAGTT--CAT-----G-CAAAACGG--AAA--TCTC---GAG--AATTGACGA---T--C-CACAA-ATTAATG-TC----CTTA------GCA--C----GTAATGA--GGTT-CAGAAGTG--TTCC--T-------TG-----------AAT-TTTT------TATT-----CCGCA-----TTTAGT-ATG----ATATA--TCTA-GA-C-TCA-TTGTTAGCTA---ACACGCCT---TTT--TA-AAAACAA----AGA-A-AAACC--AGTCG---T-----A-TG-----------TC--------TCACAA---------TTA--T-----ATA-AGTG---TT----TGGC---TT----G-AGGTAT-A------TGCA--------------------------------------------------AT----A-TG---G--TC------AACTA--C-TCA---GC-T-A--AAA--TGA--TTT--TTA--CTGAG--AGATATTCAC--CA-T-T-TA-GTTGAAC-------AACT--GGTT--G-AT-GAAA-GATAGTAA--GT--CC-AAACAT--A----A-T------AATTCC---T-T-T--AT-A---AGAT-AT--------------T-A-GGGATGC-ATGA-CA-------T--------------------T---AAT--------AT----TTT-----------------TTAAG-T-G-------ATG---AT---A-TTAG--AAAA-A-------------A-----T----GA------G-AGA-------G---GAA---A---AT----T-TTG--AC-TGGG-------A----C-AA-GAA-CTTTCT--CTTCAA-A----TA-ATC--ATAT--G-AA--CTT--------A-----------A---A----TC--AG--CAGTG-TT-G-TT-TA--T-T---TAT----G-ATA----TG--T-----TACAT--T-T-GA-TT-AA--AGGT----CA--TTTC-AAGTG---ATAAGAT-TAC-G-TG-AT-CT-CTCTGGTGC-GA-AAG-ATA----TTCGC--------T---ACG-C-AA-----AC------C-ATTTGCC-----A--C-AAA-AAGT-
gi|8 : --TA----ATA-A-TG---TT------G----TT----G-A--TAT-A------C-CA--AT-----------A------A-----------------------------------TG---G--TC----A-AACTA--C-T-A---CC-TAA--AAA--TGA--TTT--TAA--CTGAG--A-----CCAC-ACC-T-TATA-ATT-AACCT-----AA-A--TGTT----AT-G-A---AAAA--A--GTC-CCAAAACAT-AA----A-T------AA-TAG---C-T-T--AA-A--TAGAT-A---------------T-G-G----GA-AT-A-CA-------T--------------------C---TAT--------ATC---TTT-----------------TT--G-T-G-------ATGGGAAT--AACATA---AGAG-AAATTATCAATTTTA-----T----GAC-----G-AAG-------GTA-GAAAGGA---A-----TGCTGACAC-A-GGAAACGCCA----C-AACAAA-CTT--G--CTTCAA-AAAATT--ATG--CTATTAG-AA--TCT--------CTTTAATATCAGA---A----TT--AG--AAGTA-TG-T-CTATA-TT-T---AATTA--G-AAA----TGTTT--AACAACAT--T-T-GGTTTAAA--AAGTTGTACA--TTTttttttttt
gi|9 : cctaccgaacaattctacataggatagcaccaaagttcaatttggcatcaacggtaacaaatcttctcagaatttccacaatttgaccaatacccaacaaaaaattcccgagcagtctggaactgaagaagcatatagtctttgcctctaggcaaagattatttcccgaggtgtagctataacgatttatttaatctaacacctcgtatggactccccagctcttactagtgagaacacaaccaaaatctaatgatataaacacagacgtgtaaccatggctgcgttccacatccctatT-CAGT-G--TAT-GATCAATCAC-GCTAA-AGCCTAATC-------AC---CGAA--TTTAA----AAA---T-----T--G--TTAAT-CGCG--ACAA-T-GCCATTT-CAG--TTTA-TT-TTC-GT--AT--CC-TG-G--ATTT-AAAC-GTT-TT---AAAA---GCT--TT--AA--TT-----ATTG---TG-CAA--TG-TAA-T-G-TGT--TA-AAAAC-AT-GGCCG--GCGCC-T-GCCGA-G--TT--T-CGAT-AA-CA-T-GGAG--AAAA-GACCCAT-ATCGTTTTTT---ACA-GAAGATATTTT-G-ATTAT--G-ATG-AA--GTATAATT-TAACGGATT-A-GAGC--T-G--CA--AA-TG-TA--TAGTTCAT-AT-----GGAA----A---G-ATAAAC-TCT-GATC--CC-AAACG--AT-CAG-TCTGACAGAGGA-T----------------AG-C--AACGG-TAAT--TCTCG--GAG-AAATTGAAGA---TA-C-
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 222222 1 1111 1 11 11111 11 222222 1 111 1 333333333333 111 1111 222222222 1 11 11 1 1111 11111 1 11 2222222 11 1 111 11111 11111111 111 666666666666666666666666 11 111 111 1111 111111 1111 1 1111111 22222222222 222222 11111 111 111 22222 11111111 111111111 333333333333333333333 222222222 1111111111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 1111 111111 111 2222222 1111 111111 111111 11111 11 22222222222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 33333333333333333333333333333333 11111111111 1111111111111 11 111 222222222222 3333333 44444444444444444444444444444 1111 111 111 11 222 1 1111 444444444444 111111 11111
lowQualScore : 0 222222 0 55 7777 8888 1 5 00 4 5 5 5 66666 1 55 5 6 555555 5 0 1 7777 777 5 888 8 9999 66 2 9999 5 222222222222 000 0 0000 888888888 66 66 0 5 4 66 0 5 66 5 5 5 88 11 5 0 5 88 5 5 8888 6 66 66 66 9999 66 5 0 66 5 5 5 5 00000 66 5 5 66 55 0 55 66 5 5 5 777 11 5 9999 5 6666666 33 5 0 66 5 66 55 77 1 444 8 4 66 66 5 5 5 3 5 22222 99999999 5 5 333 66 5 66 5 5 5 444444444444444444444444 55 33 333 8888 1 888 5 44 5 0 000 0000 999999 0 5 0000 1 66 0 5 66 1 66 6666666 33333333333 5 555555 5 22222 5 99999 4 9999 000 4 999 000 4 66666 0 777 777 99 4 0 44444444 4 55 888888888 4 666666666666666666666 5 000000000 66 9999 4 4 5555555555555555 9999 4 4 4 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 777 55 555555 55 4 2222 4 4 99 99 55 8888888 1 55 333333 4 444 4 8 4 2222222 0000 6666 888888 55 55 99 4 9999 4 222222 77777 4 66 4 00 4 66666666666666 4 4 9999 4 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 99 666 4 66666666666666666666666666666666 4 88888888888 7777777777777 77 00 444 444444444444 5 5 5 99999 6 5 3333333 66 7777 66 00000000000000000000000000000 66 66 1 4 999 8 4 4 777 5555 4 9999 888888888 555 444 4 000 8888 55 22 000 4 4 4 3 4 4 777 1111 4 9999 222222222222 4 4 66 999999 5 5 77777 66 5 5 5 5 5 6 6
lowQualScore : . ...... . .. .... .... . . .. . . . . ..... . .. . . ...... . . . .... ... . ... . .... .. . .... . ............ ... . .... ......... .. .. . . . .. . . .. . . . .. .. . . . .. . . .... . .. .. .. .... .. . . .. . . . . ..... .. . . .. .. . .. .. . . . ... .. . .... . ....... .. . . .. . .. .. .. . ... . . .. .. . . . . . ..... ........ . . ... .. . .. . . . ........................ .. .. ... .... . ... . .. . . ... .... ...... . . .... . .. . . .. . .. ....... ........... . ...... . ..... . ..... . .... ... . ... ... . ..... . ... ... .. . . ........ . .. ......... . ..................... . ......... .. .... . . ................ .... . . . .................................................................. . ... .. ...... .. . .... . . .. .. .. ....... . .. ...... . ... . . . ....... .... .... ...... .. .. .. . .... . ...... ..... . .. . .. . .............. . . .... . . ........................................................................................... .. .. ... . ................................ . ........... ............. .. .. ... ............ . . . ..... . . ....... .. .... .. ............................. .. .. . . ... . . . ... .... . .... ......... ... ... . ... .... .. .. ... . . . . . . ... .... . .... ............ . . .. ...... . . ..... .. . . . . . . .
lowQualScore : 0 222222 0 88 4444 0000 4 7 00 9 7 7 7 44444 7 77 7 6 000000 7 7 4 4444 999 7 888 9 6666 11 6 4444 0 222222222222 222 9 6666 000000000 99 99 8 0 2 99 0 0 99 0 0 0 88 99 0 0 0 22 0 0 9999 2 99 99 99 0000 99 0 4 99 0 0 0 0 55555 44 0 0 99 22 0 99 99 0 0 0 555 99 0 0000 0 8888888 88 0 0 99 0 11 44 11 1 222 9 4 11 11 0 0 0 2 0 55555 88888888 0 0 444 99 0 99 0 0 0 888888888888888888888888 44 88 888 8888 4 888 0 66 0 4 000 6666 444444 2 0 6666 4 99 0 0 99 0 99 2222222 88888888888 0 000000 0 55555 0 99999 4 4444 999 4 999 000 4 77777 9 000 000 55 0 5 88888888 0 55 666666666 4 888888888888888888888 7 000000000 11 4444 4 4 9999999999999999 4444 4 4 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 000 55 000000 55 0 7777 0 0 55 55 55 5555555 0 55 000000 0 333 0 0 0 5555555 5555 9999 444444 55 55 55 4 4444 4 888888 33333 4 11 4 66 4 11111111111111 4 4 4444 4 4 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 88 777 4 99999999999999999999999999999999 4 33333333333 6666666666666 11 66 333 888888888888 0 0 0 66666 5 0 2222222 99 0000 11 00000000000000000000000000000 11 11 1 4 888 9 4 4 888 6666 4 4444 777777777 000 444 0 666 5555 55 66 666 4 4 4 3 4 4 888 7777 4 7777 333333333333 4 4 99 444444 0 0 55555 99 0 0 0 7 7 7 7
consensus : CAGGGCC-CACGC----T-GC-CGTTTCGCCATTTTTTCGCCAT--T-GGCGA-AA-GAATCTTCAAAAAAT-G-GCT-A---C-AGAAA--TT-TGCA-----ATT-GGCG-AA-G-CCA---AT-TT---TT-CAGT-G--TATTGA--AATCAC-GC-AA-AGCCTAAT--------ATT-GCGAA--TTAAA----AAA---AAAAAAT--G--TTAAC-CGCG--ACAA-TCGCCATTT-CAG--TTTA-TT-TTC-GT--AT--CT-GG-G-GATTT-CCAA-GTT-TT---AAAAAAAGCT--TT--AA--TT--T-GATTGG--TG-CAA--TG-TAA-T-G-TGTA-CACAAAAC-AT-GGC-G--GCGCC-T-GTCGA-AGTTT--T-CGAT-AA-CG-A-GGAG--AAAA-GAC---T-TTCGTTTTTT---CGC-GAA--TATTTT-G-ATTAT--G-ATGAAA--GT-NGATT-CAACGGATT-N-GAGCT-T-G--AA--GA-TG-TA-TTAGTTCAT-GT-----GGAA----AT--G-ATAAAC-TCT-G-TC--CC-TAACG--AT-CAA-TCTGACA-AGGA-TGCAAGTT--CATC-ACGG-C--AACGG-AAAA--TCTC---GAG-AAATTGACGA---TA-C-AACAA-AATAAAG-TC----CTTA------GCA-GC----GTAATGA--AGTT-AAGAA-TG--TNCC--T-------TG-----------AAT-TTAT------T-TT-----CC-CA-T---TTTAGT-ATG----ATATT--ACTA-AG-N-TCACCCGTT-GC-A---TCA---CT---TTT--TA-AAAACAA----AG--A-AAACC--AGTCG---T-----A-TG-----------TC--------TC-CAG---------TTA--TA----ATA-A-TG---TT----TTGC---TT----G-A-GTAT-A------CGCA--AT-----------A------AA-------------TG-TAT-------AT----A-TG---G--TC----A-AACTA--C-TCA---GC-T-A--AAA--TGA--TTT--NCA--CTNAG--A-----CCAC-ACC-T-T-TA-ATT-AAC-------AA-N--GGTT--A-AT-G-AC-GATAG--A--GT--CCAAAACAT-AA----A-T------AATTAC---C-T-T--AA-A--TAGAT-AT--------------T-A-G----GC-ATGA-CA-------T--------------------T---TAT--------ATC---TTT-----------------TT--G-T-G-------ATG---AT--AA-NTA---AGAA-A-------------A-----T----GA------G-AGA-------G---GAA---A---A-----T-CTG--AC-T-GG-------A----C-AA-GAA-CTT--T--CTTCAA-A----T--ATC--ATAT--G-AA--TCT--------T-----------A---A----TC--AG--CAGTG-TT-G-CT-TA-TT-T---TAT----G-ATA----TG--T--A--AACA---T-T-GG-TTAAA--AGGT----CA--TTTC-AAGTG--AAAAAGGT-AAC-G-CG-AT-CT-CT---GTGC-GA-AAG-ATA---TTTCGCT----G-TT---ACG-C-AAAAC--AT------C-ATTTG-C-----A--C-AAA-AAGT-G-GCTA-C-A-CTTTTTT
Reference ( family-340 ) : CAGGGCC-CACGC----T-GC-CGTTTCGCCATTTTTTCGCCAT--T-GGCGA-AA-GAATCTTCAAAAAAT-G-GCT-A---C-AGAAA--TT-TGCA-----ATT-GGCG-AA-G-CCA---AT-TT---TT-CAGT-G--TATTGA--AATCAC-GC-AA-AGCCTAAT--------ATT-GCGAA--TTAAA----AAA---AAAAAAT--G--TTAAC-CGCG--ACAA-TCGCCATTT-CAG--TTTA-TT-TTC-GT--AT--CT-GG-G-GATTT-CCAA-GTT-TT---AAAAAAAGCT--TT--AA--TT--T-GATTGG--TG-CAA--TG-TAA-T-G-TGTA-CACAAAAC-AT-GGC-G--GCGCC-T-GTCGA-AGTTT--T-CGAT-AA-CG-A-GGAG--AAAA-GAC---T-TTCGTTTTTT---CGC-GAA--TATTTT-G-ATTAT--G-ATGAAA--GT-NGATT-CAACGGATT-N-GAGCT-T-G--AA--GA-TG-TA-TTAGTTCAT-GT-----GGAA----AT--G-ATAAAC-TCT-G-TC--CC-TAACG--AT-CAA-TCTGACA-AGGA-TGCAAGTT--CATC-ACGG-C--AACGG-AAAA--TCTC---GAG-AAATTGACGA---TA-C-AACAA-AATAAAG-TC----CTTA------GCA-GC----GTAATGA--AGTT-AAGAA-TG--TNCC--T-------TG-----------AAT-TTAT------T-TT-----CC-CA-T---TTTAGT-ATG----ATATT--ACTA-AG-N-TCACCCGTT-GC-A---TCA---CT---TTT--TA-AAAACAA----AG--A-AAACC--AGTCG---T-----A-TG-----------TC--------TC-CAG---------TTA--TA----ATA-A-TG---TT----TTGC---TT----G-A-GTAT-A------CGCA--AT-----------A------AA-------------TG-TAT-------AT----A-TG---G--TC----A-AACTA--C-TCA---GC-T-A--AAA--TGA--TTT--NCA--CTNAG--A-----CCAC-ACC-T-T-TA-ATT-AAC-------AA-N--GGTT--A-AT-G-AC-GATAG--A--GT--CCAAAACAT-AA----A-T------AATTAC---C-T-T--AA-A--TAGAT-AT--------------T-A-G----GC-ATGA-CA-------T--------------------T---TAT--------ATC---TTT-----------------TT--G-T-G-------ATG---AT--AA-NTA---AGAA-A-------------A-----T----GA------G-AGA-------G---GAA---A---A-----T-CTG--AC-T-GG-------A----C-AA-GAA-CTT--T--CTTCAA-A----T--ATC--ATAT--G-AA--TCT--------T-----------A---A----TC--AG--CAGTG-TT-G-CT-TA-TT-T---TAT----G-ATA----TG--T--A--AACA---T-T-GG-TTAAA--AGGT----CA--TTTC-AAGTG--AAAAAGGT-AAC-G-CG-AT-CT-CT---GTGC-GA-AAG-ATA---TTTCGCT----G-TT---ACG-C-AAAAC--AT------C-ATTTG-C-----A--C-AAA-AAGT-G-GCTA-C-A-CTTTTTT
gi|1 : CAGGGTCTCACGCATCCT-GC-CGTTT-GCCAAT----CATCAC--G-CGCGA-AAAGAATTCTCACAAAATCG-GCTCA---C-AAAAAAATT-TGCAC----ATTTGGCA-AAAG-CCACAAAT-TTATTCT-CAGT-GCTTATTGA--AATCACCAC-AA-ATGCTAAT--------ATT-GCGAAATTTAAA----AAA---AA----T--GCCTTAACTCGTG--ACAA-TCGTCATTT-CAGATCTTA-TT-TTCCGTCAATTTCT-GG-G-GATTT-CCAAAGTTCTT---AAAAAAAGCTATCT--AA--TTCTT-GATTGGACTG-CAACATG-TAAAT-G-TGTA-CACAAAATGAT-AGC-GCGGCGCC-T-GTCAA-AGTTTATC-CGAT-AAACA-A-GGGATAAAAA-AAC---T-TTCGTTTTTT---CACCGAAATCATTTTTGCATTATTGGCATGAAA--GT-TGATT-CAACGGATT-T-GAGCTCT-G--AAATGACTGATA-TTAGTTCATTGT-----GGAACCAAAT--GCATAAAC-TCTCG-TC--CCATAACG--AT-CAA-TCTGATA-ATGACTGCAAGTTTTCATCCACGGAC--AACGG-AAAACTTCTCCAGAAG-AAATTGACGACCTTA-C-AACAA-AATAAAT-TC----CTTA------GCA-GCACCAGTAATCA--AGTTCAAGAA-TGGTTCCC--T-------TG-----------AAT-TTATAATT--T-TT-----AA-CA-TCTCTTGAGC--TT----ATATTTCACTA-AG-AATCACTTGTT-GC-A---TCA---CT---TTTA-TA-AAAACAA----AGTAA-AAACC--AGTCG---A-----T-TG-----------TC--------AC-CAG---------ATAAATA----ATA-A-TG---CTATTCTTGCATTTT----GCA-GTAT-A------TGCC--AC-----------A------TA-------------TA-TATCAATCTTAT----AATG---G--TC----A-AACTA--C-TCA---GC-T-A--AAACATGA--TTT--TCC--CTTAGGGA-----CCACCACC-TAT-TA-ATT-AGCC------AA-TTGGATT--A-ATTG-ACTGATAG--A--GT--TCCGAACAC-AATAAAA-T------AATTAC---CCT-T--AA-AC-TAGATTAT--------------T-A-G----GC-ATGA-CA-------T--------------------T---TAT--------ATC---TTT-----------------TT--GTT-G-------ATGGACAT--AA-ATAAAGAGAA-AC------------A-----T----TA------GAAGA-------G---AAA---A---A-----T-TTGA-AC-TAGG-------A----C-AA-GAACCTT--T--CTTCAACATAATT--ATC--AAAT--GTGA--TTT--------T-----------A---A----TCGAAG--CAGTG-TTAG-CTCTATTT-T---TAT----GTATAATGCTA--C--A--AACA---T-G-GT-TTAAA--AGGT----CA--TTTT-CAGTG---AAAAGATAAAC-G-TG-ATCCT-CT---GTGC-AACAAG-ATA---TTTCGCT----GATTTAAACGCC-AAAACCAATC-----C-ATTTG-CA----A--CAAAA-AAGT-G-GCTACC-A-CTTTTT
gi|10 : ---------TTA--TA----ATA-A-TG---TC----TT------T----G-A-CTCT-A-------GTA--CT-----------T------AA-------------TG-GTC-------A-----G-TGAGCG--TC----A-AACTA--C-ACACGCAC-T-A--GAA--TGAGATTT--A-A--CCTAG--A-----T-AC-ACC-T-T-TAGATT-AAC-------AA-A--GGTT--A-AT-A----GATAG--A--GT--C-AAAGCAT-AA----A-T------AATTACAATC-C-G--AA-G--TAGAT-AT--------------T-A-G----AC-A-GA-CAAATTCTTC--------------------T---CATGTTCAGTAATCTA-TTT-----------------TT--G-TGG-------ATG---ATTGAA-TTA---AGAATA-------------A-----T----GA------G-AGA-------G---G-A---A---A-----T-ATG--AC-T-Gattttaacaatccccagtgtgagc
gi|11 : --TCT--------T-----------A---A----TC--AG--GA-TG-TT-A-CT--G-TT-A---TAT------ACA----TG--T--A--AACA---T-T-GG-TTAAA--AGGT----CA--TTTC-AAATG--AGAAAGGT-AAC-C-CA-TT-CT-TT---GAGC-AA-AAG-ATG---TTTCGCTCACGG-TG---ACG-G-AGAAC--ATATAGGCT-ATTT--C-----ACTC-AAA-AAGT-G-GCTA-C-A-CTTTCTTcaa
gi|12 : -AACAA-A-TAAAG-TC----CTTAGGCTTAGCA-GC----GTAATCA--AGTT-AAGAA-TG--TACCTTT-------TG-----------ACT-TTAA------T-TT-----CC-CA-T---TTT-GT-ATG----AAATT--ACTA-AA-G-TTGCCT-----C-A---T-A---CTTACTTT--TA-GATATAAG---AA--A-AAACC--ttaacc
gi|13 : --A--AACA---T-T-GG-TTAAA--AGAC----AA--TTTC-AAGTG---AGAACGT-AAT-GACG-----T-GT---GTGC--A-AAG-ATT---TTTCGCG----A-C-----CG-CAAAAAC--AC------C-TTTCT-C-----A--C-AAA-AAGT-G-GCTA-CAA-CTTTTTTgccatcgaatt
gi|14 : tgttattaataaacaTTCGCCAT--T-GGCGA-AA-GAAGCTC---AAAAT-G-GCT-A---A-AGAAA--AA-T-CATAAACATT-GGCGAAA-G-CCA---AT-TT---TTCCAGT-A--TATTGA--Atcaacccagtgt
gi|15 : ----A-TG---G--TC----A-AACTA--C-TCA---GC-T-A--AAA--TGA--TTT--TCC--CTTAG--A-----CCAC-ACC-T-T-TA-ATT-AGC-------AA-T--GGTT--A-AT-G-AC-GATAG--A--GT--CC
gi|16 : ---TTTAGT-ATG----AAATT--ACTA-AG-T-TCACTCATT-AT-----TTA---CT---TTT--T--AGAATTA----AG--A-AAACC--AGTCG---A-----A-TG-----------TC--------T
gi|17 : ---CT---TTT--TA-GAATTAA----GA--A-AAACC--AGTCG---A-----ATTG-----------TC--------Taata
gi|18 : GAAA--GT-AAATT-TAACGGATT-G-GAGCT-T-G--AA--naatata
gi|2 : CAGGGCT-CACGC----TTGTTCGTTTCGCCATT----CGCCAT--TTGGCGACAA-GAATAT--AAAAAAT-G-GCT-A---C-AAAAA--TT-CACA-----ATG-GCCG-AA-AACCATA-AC-TT---TT-CAGT-G--TTATGA--A-TCAC-GT-AG-AGCCTAAT--------------------CACA----AAATTTAAAAAATTAG--TTAAT-CGCG--ACAA-TCGCCATTTTCAG--TTGAATT-TTC-GTC-ATT-CT-GGCG-GATT--CCAA-GTT-TTTA-AAAAAAAGCT--TT--AA--AT--T-GATTGG--TG-CAA--TGGTAA-T-G-TGTT-T-TAAAA---T-GGC-G--GCGCC-TTGCAGG-AGTTT--T-CGAT-AA-CACATGGAG--AAAAAGAC---TCTTCGTTTTTT---TACCGAA--TAATTT-G-ATTAT--G-ATGAAA--GT-AAATT-TAACGGATTCG-GAGCTGTGG--AA--GA--G-TA-TT-GTTCAT-AT-----GGAA----ATTCG-ATAAACTTCT-A-TC--CC-CAACG--AT-CAGTTCTGAC--AGGA-T-----------------A-C--AACGG-AAAATTTCTC---AAG-AATCTGAAGA---TA-CAAACAA-AATAAAG-TCTAGGTTTAG-----GCAGGC----GTAATCA--AGTT-AAGAA-TG--TATC--T-------TG-----------ACT-TTAT------T-TT-----CC-CATT---TTTAGT-ATGAAAAATA-T--ACTA-AGTC-TCACAAGTT-TC-ATATTTA---CT---TTT--TATAAGAGAATATGAA--A-AAACCCAAGCC----T-----A-TGCGAACTGTTGTTG--------TC-TAGATAAACATATTA--TCTCGTATA-A-TGAGATA----GTGTA--TC----G-A-GTGT-AGTTCAGCGC---AT------------------AA-------------TG-CCA-------AT----A-TC---GCGTC----AGAACTA--C--CA---GCAT-AGGAGA--TTA--CTTTACCA--TAGAG--A-----TCAC-ACC-GAT-TATATA-AAC-------AA-A--GGTT--A-AT-G-AC-GATAG--A---T--CAAAAATATCAA----ATT------AATTAC---C-T-TGGGA-C--TAGAT-AT--------------TCA-G----AC-ATGA-CA-------T--------------------T---TTT--------CTCGTGTTTATTTTATTATTTATTTATT--G-T-A-------ATG---AT--AA--TA---AGAC-A-------------A-----TGATCGA------G-AGA-------G---GAA---ATACA-----T-CGG--TC-T-GG-------A----CAAA-GGA-CTT--T--CT----------G--ATC--AT------AA--T-------------------------------TC--AG--CAGTG-TT-A-CT-TA-TTATTCATAT----G-ATA----TT--TGAA--AATA---T-T-GG-TTAAAT-TGGT----CAGTTTTCTTAGTGGAAAAAAGG--AAC-G-CG-AT-CT-CT---GTGC-G--AAG-ATA---TTTCGC-------TT---ACG-C-AAAAC--AT------C-A-TTG-C-----A--C-AAG-AAGTAG-GCTA-C-ATCTTTTTT
gi|3 : TTTTCGCCAT--T-GGCGC-GA------TTCA-----T-G-GTC-A-------AGA--TT-T-CA------TT-GGCG-AG-C-CCA---AG-TT---TT---------TTTTGA--A--CA--GT-AA-AGTTTAATCACTAGCTATT-GCGAT--TTTAA----GAA---AT----T--G--TTATC-CG-G--ACAA-TCGCCATTT-CGA--T--A-TT-TT--GT--AT--GT-GG-G-GATTT-C-AA-GTT-T----AAAAAAAGCT--TTTAAA--TT--TTGATTGG--TGGCAA--TG-TAA-T-G-TGTAACACAAA----T-GGC-G--GCGCT-T---CGA-CGTTT--TTCGAT-A--CG-A-GGAG--AAAA---T---T-TCCGTTTTTC---GGC-CGA--TATTTG-T-ATTAC--G-ATGAA---GT-GAATT-CAACGGATT-TTGAGCT-T-GGGAA--GG-TA-TA-TTA-CTCAT-GTAACGTGGAA----AT--G-ATACAC-TCT---TCCGCC-T-ACG--AT-CAA-TCTGACA-A-----GCGAAT----AAC-AC--------CGGAAAAA--TCTC---GAG-AA---GATGA---TG-C--ACAACAATAA---TT----CCTG------ACA-GC----GTAA-GATCAGTTAAAAAA-TG---CCC--TCACACAGTGCGACTTCCAACAATATTATGGTCACT-TTTTGGTTC-CA-T---TTTAGTAATG----ATACT---CTGCAG-G--CAT---TT-GC-----TCA---CT---TTT--AG-AAAATAA----CG--ATAAACC--AGTCGAAAT-----A-CG---------------------CC-CAT---------TTA--TA----ATATA-TC---TT----CTGC---TTTCGAA-A-GTAT-A------C-CATTATCACTACTTGTCA------AA-------------GG-CAA-------ATTTCCA-TG---C--TTAACAA-AACTAATC-TCA------T-A--GGAC-TGA--TTT--CCA--CCGAG--A-----TT----CT-TCT-TA-ATT-AACCTCAAGTAA-G--GGTCCAA-AT----------G--A--GTTGCCAAAAC-T-AA----A-T------AATTTCATAG-T-C--AACA--TAACT-GTGTAGTCAAGTCCCAT-A-A----GT-ACGATCA-------T--------------------TCTCCCT--------CTC---TTT-----------------TT--G-T-GTCATACCATA---TT--AA-TTA---AAAA-A-------------ATCACGT----GA------A-AGAGTAGGTCG---GAA---A---AGTTATT-CCG--CC-C-AA-------ATC--C-AT-GGA-TGT--CAACCACAA-A-------ATC--ATGT--A-AA--TCT--------T-----------A---ACTCTTC--AT--CA----------------T-T---TAT----G--TA----T---T--A--AGCACTTT-C-AG-TTAAA----GT----CA--TTTCTAAGTG--AAAAAGGC--AC-G-CGTAT-C---------------GAGTATAGCCTTACGC--------T---ACG-C--CAAC--AT------C-ATTTG-CCTCCTA--C-AAACGATC-G-GCTA-caacccag
gi|4 : agggtcgtgcttacgAGGGCC-CACGC----T-GC-CGTT-CGCCATTTTT-CGC-ATGGT-GGCGACAA-GAATCT-CAAAAAAT-GAGCT-AAAAC-GTAAA--TTGTGCA------TT-G-CG-A--G-CCA---AT-TT---TTTCAGTTG--TATTGA--A-TCAC----AATAGCCTAAT--------ATTCGCGAA--T-AAA----AAA---AAAAAAT--G--T-ATC-CGTGGGACAACTCTCCTTTT-CGC--TTTA-TT-CTC--T--CT--CT-GGCGCGATC--CCAA-GTT-TT---AAAAAA------TT--CA--TT--T-GATTGG--TG-CTA--CA-TTA-TCG-TGTA-CACAAAAC-ATCGGC-G--A-GCTGT-GTCGATAGTTT--C-CGAT-AA-CG-A-GGAG--AAAA-GA----T-TTCGTTTTTCGACCG--GAA--TATTTT-GGATTAT--G-ATGAAA--GT-TGATTTCAA--GATT---GAGCT-T-G--AA--GA-TG-TAATTAGTTCAT-GT-----GGAA-----T--G-A-AAAC-TCC-T-TC--CC-TAACG--AT-CAA-TCTGATA-AGGAGCACAGGTT--CATCAACGG-C--AATGG-AAAA--TCTC---GAG---ATTGACGA---TA-C-AAC-A-AATAAAATTC----CTTA------GTA-GC----GTAATGA--AGTT-AAGAA-TG--TTCT--T-------TG-----------AAT-TTAT------T-TC-----CC----T---TTTAGT-ATG----ATATT---CT--AG-A-TCACCTGTT-GC-C---TCA---CT---TTTTATA-AAAAC-A----AG--A-AAACC--AGTTG---T-----A-TG-----------AC--------TC-CCA---------TTA--TA----ATA-A-TG----T----TTGC---TT----G-A-GTAT-A------TGCA--AT------------------AA-------------TG-TAT-------AT----A-T----G--TCA---A-AACTA--C-TCA---AC-T-A--AAA--TGA--TTT--ACA--CTCAG--A------CAC-ACC---T-TA-ATT-AAC-------AA-C--GGTT--A-AT---AC-GATAA--A--GT--CCAAAACAT-AA----A-T------AATTAC---C-TGT--TA-A--TAG-T-AT--------------T-A-G----GC-ATGA-CA-------T--------------------T---TAT--------ATC---TTT-----------------TT--G-T-T-------GTGA--AT--AA-ATA---AGAG-A-------------AT----T----GA------G-AGA-------G---GAA---A---A-----T-TTG--AC---GG-------A----C-CA--AA-CTT--T--CTTCAA-A----T--ATC--ATAT--G-AA--TCTAACACAAAT-----------AATCA----TC--AG--CAGTGCTT-GACT-TA-TT-T---TAT----G-ATA----TG--A--A--AACA---T-TCGT-TTAAAACAGGT----CA--TTTC--AGTG---AAAAGAT-AAC-G-TGAAT-CT-CT---GTGC-GA-AAG-ATA----TTCGCTA---G-TT---ACG-C-AAAAC--AT------CAATTTG-C-----A--C-AAA-AAGT-GTGCTA-C-A-CTTTTTT
gi|5 : T---TT-CAGT-G--TATTGA--AATCAC-GC-CA-AGCCTAAT----------C-GCGAA--TTAAA----AAA---AT----T--G--TTAAC-ACCG--ACAA-TCGCCATTT-CAG--TTTA-TT-TTC-GT--AT--CT-GG-G-GATTT-CCAA-GTT-T----AAAAAAAGCT--TT--AA--TT--T-GATTGG--TG-CAA--TG-TAA-T-G-TGTT-CA-AAAAC-AT-GGC-G--GCACC-T-GTCGG-AGTTT--T-CGAT-AA-CG-T-AGAG--AAAA-GAC---T-TTCGTTTTTT---ACT-GAA--TATTTC-G-ATAAT--G-ATGAAA--GT-AAATT-TAACGGATT-G-GAGCT-T-G--AA--GA-TA-TA-TAAGTTCAT-AT-----GGAA----AT--G-ATAAAC-TCT-A-CC--CC-AAACG--AT-CAG-TCTGACA-AGGA-TACAA--------------------CGG-AAAT--TCTC---GAG-AA-TTGAAGA---TA-C-AACAA-AATAATG-TC----CTTA------G---GC----TTAGCAG--CGT-----AA-TG--TACC--T-------TG-----------ACT-TTAT------T-TT-----CC-CA-T---TTTAGT-ATG----AAATT--ACTA-AG-T-TCACTCGTT-AC-AC--TTA---CT---TTT--TA-AAATTAA----GA--A-AAGCC--AG-CG---TGGAAAA-TG-----------TTAATAATAATA-CAG---------TTA--TA----AT-----G---TT----TTGC---TT----G-A-GCATTAT-----CGCA--AT-----------ATGGTTAAACCATAGACGTCTTTGCTAT-------ATGTCTA-TG---G--TT----T-AACTA--CACCA---GC-T-AG-AAA--TGA--CTT--TTAGCTTGAG--A-----TCAC-ACTAT-T-GA-ATT-CAT-------AA-G--G--T--ACAT-GTAC-GATAG--ACTGT--CGAAAACAT-AA----A-TCTAAGCAGTTA------T-T--GA-ACTTAGAT-AT--------------T-ACG----ACTATGA-CA-------TTTGTTCTCGGTTTTGGTTTTT---TCT--------TTC---TTT-----------------TT--T-T-GTTTTTTTAT----AT--AC-TTTT--AGAA-A-------------A-----T----GATCCGACG-AGA-------GTATAAAT--A---A-----T-AAG--ACAT-GG-------AAGCAC-AG-GGA-CTT--T--CT---G-A----TTCATCGTATAT--G-TACGTCT--------T-----------A---A----TC--AGGTCAGTG-TT-A-CT-TA-TT-T---TGTTACTG-ATA----TG--T--A--AACA---CAT-GG-TTAAA--TGGT----CA--TTTT-GAGTG--GAAAAAGT-AACAG-CGAAT-CTCCT---GTGCTAA-AAG-ATA---TTTCGCC------TT---ACG-C-attcaaacccagctgtgag
gi|6 : tgCAGGGCC-CACGC----T-GC-CGTTTCGCCATTTTTTCGCCAT--T-TGCGA-AA-GAATCTTCAAAAAAT-G-GCT-A---C-AGAAA--TT-TGCA-----ATT-GGCG-AA-G-CCA---AT-TT---TT-CA-T-G--TATTGA--ATTCAC-AC-AA-TGCCTAAT--------ATT-GCGAA--TTAAA----AAA---AAAAAAT--G--TTAAT-CGTG--ACAA-TCTCCATTT-CAG--TTTA-TT-TTC-GT--AT--CT-GG-G-GATTT-CCAA-GTT-TT---AAAAAA--CT--TT--CA--TT--T-GATTGG--TG-CAA--TG-TAA-T-G-TGTA-CACAAAAC-AT-GGC-G--GCGC--T-GTCGA-AGTTT--T-CGAT-AA-CG-A-GGAG--AAAA-GAT---T-TTCGTTTTTT---CGC-GAA--TATTTT-G-ATTAT--G-ATGAAA--GT-TGATT-CAA--GATT-T-GAGCT-T-G--AA--GA-TG-TA-TTAGTTCAT-GT-----GGA------T--G-ATAAAC-TCT-G-TC--CC-TAACG--AT-CAA-TCTGATA-AGGA-TGCAAGTT--CATC-ACGG-C--AATGG-AAAA--TCTC---GAGGAAATTGACGA---TAAC-AACAA-AATAAAT-TC----CTTA------GTA-GC----GTAATGA--AGTT-AAGAA-TG--TTCC--T-------TG-----------AAT-TTAT------T-TT-----CC-CA-T---TTTAGT-ATG----ATATT--ACTA--G-A-TCACCTGTT-GC-----TCA---CT---TTT--TA-AAAACAA----AG--A-AAACC--AGTTG---T-----A-TG-----------AC--------TC-CAG---------TTA--TA----ATA-A-TG---TT----TTGC---TT----G-A-GTAT-A------TGCA--AT-----------A------AA-------------TG-TAT-------AT----A-TG---G--TC----A-AACTA--C-TCA----C-T-A--AAA--TGA--TTT--ACA--CTCAG--A-----CCAC-ACC-T-T-TA-ATT-AAC-------AA-C--GGTT--A-AT-G-AC-GATAA--A--GT--CCAAAACAT-AA----A-T------AATTAC---C-T-T--AA-A--TAGAT-AT--------------T-A-G----GC-ATGA-CA-------T--------------------T---TAT--------ATC---TTT-----------------TT--G-T-G-------ATG---AT--AA-ATA---AGAA-A-------------A-----T----GA------G-AGA-------G---GAA---A---A-----T-TTG--AC-T-GG-------A----C-AA-GAA-CTT--T--CTTCAA-A----T--ATC--ATAT--G-AA--TCT--------T-----------A---A----TC--AG--CAGTG-TT-G-CT-TA-TT-T---TAT----G-ATA----TG--T--A--AACA---T-C-CG-TTAAA--AGGT----CA--TTTC-AAGTG--AAAAAGAT-AAC-G-TG-AT-CT-CT---GTGC-GA-AAG-ATA---TTTCGCT----A-TT---ACG-C-AAAAC--AT------C-ATTTG-C-----A--C-AAA-AAGT-G-GCTA-C-A-CTTTTTTctatttagcgcagtcattttgcacctttttttcaacccagcg
gi|7 : CGCTAT--T-GGCGA-AT-GAATCTCCAAAAAAT-G-GCT-A---CAAGAAAATTC-TGCA-----ATT-GGCGAAA-G-CCA---ATATT---GT-AAGTGG--TATTGA--AATCAC-AC-AA-TCGCTAAT--------ATT-GCGA----CGAATTTTGAA---AAAAAAT--G--TTATC-TTTG--ACAATTCGCCATTT-CAG--TTTA-TTGTTC-GTGAAT--CTGGG-G-GATTTCCCAA-GTT-TTAAAAAAAAAAGAT--TT--AATTTT--T-GATTGG--CG-C-A--TG-TAA-T-GTTGTA--AC--AAC-A--GGC-G--GCGCC-TGGTCG--AGTTT--T-CGATCAA-CG-A-GGAGA-AAAA-GAC---T-TTCG-TTTTT---CGCGGAA--GATTTT-G--TTAT--G-ATGAAACTTT-GGACT--AACGGATC-T-AAGCT-T-T---A--GA-TG-TA-TT-GTTCAT-GT-----GGAAC---AT--G-ATAA----CT-G-GT--CC-TAACGGCATACAA-TCGAATA-AGGA-TGCAAGTT--CAT-----G-CAAAACGG--AAA--TCTC---GAG--AATTGACGA---T--C-CACAA-ATTAATG-TC----CTTA------GCA--C----GTAATGA--GGTT-CAGAAGTG--TTCC--T-------TG-----------AAT-TTTT------TATT-----CCGCA-----TTTAGT-ATG----ATATA--TCTA-GA-C-TCA-TTGTTAGCTA---ACACGCCT---TTT--TA-AAAACAA----AGA-A-AAACC--AGTCG---T-----A-TG-----------TC--------TCACAA---------TTA--T-----ATA-AGTG---TT----TGGC---TT----G-AGGTAT-A------TGCA--------------------------------------------------AT----A-TG---G--TC------AACTA--C-TCA---GC-T-A--AAA--TGA--TTT--TTA--CTGAG--AGATATTCAC--CA-T-T-TA-GTTGAAC-------AACT--GGTT--G-AT-GAAA-GATAGTAA--GT--CC-AAACAT--A----A-T------AATTCC---T-T-T--AT-A---AGAT-AT--------------T-A-GGGATGC-ATGA-CA-------T--------------------T---AAT--------AT----TTT-----------------TTAAG-T-G-------ATG---AT---A-TTAG--AAAA-A-------------A-----T----GA------G-AGA-------G---GAA---A---AT----T-TTG--AC-TGGG-------A----C-AA-GAA-CTTTCT--CTTCAA-A----TA-ATC--ATAT--G-AA--CTT--------A-----------A---A----TC--AG--CAGTG-TT-G-TT-TA--T-T---TAT----G-ATA----TG--T-----TACAT--T-T-GA-TT-AA--AGGT----CA--TTTC-AAGTG---ATAAGAT-TAC-G-TG-AT-CT-CTCTGGTGC-GA-AAG-ATA----TTCGC--------T---ACG-C-AA-----AC------C-ATTTGCC-----A--C-AAA-AAGT-
gi|8 : --TA----ATA-A-TG---TT------G----TT----G-A--TAT-A------C-CA--AT-----------A------A-----------------------------------TG---G--TC----A-AACTA--C-T-A---CC-TAA--AAA--TGA--TTT--TAA--CTGAG--A-----CCAC-ACC-T-TATA-ATT-AACCT-----AA-A--TGTT----AT-G-A---AAAA--A--GTC-CCAAAACAT-AA----A-T------AA-TAG---C-T-T--AA-A--TAGAT-A---------------T-G-G----GA-AT-A-CA-------T--------------------C---TAT--------ATC---TTT-----------------TT--G-T-G-------ATGGGAAT--AACATA---AGAG-AAATTATCAATTTTA-----T----GAC-----G-AAG-------GTA-GAAAGGA---A-----TGCTGACAC-A-GGAAACGCCA----C-AACAAA-CTT--G--CTTCAA-AAAATT--ATG--CTATTAG-AA--TCT--------CTTTAATATCAGA---A----TT--AG--AAGTA-TG-T-CTATA-TT-T---AATTA--G-AAA----TGTTT--AACAACAT--T-T-GGTTTAAA--AAGTTGTACA--TTTttttttttt
gi|9 : cctaccgaacaattctacataggatagcaccaaagttcaatttggcatcaacggtaacaaatcttctcagaatttccacaatttgaccaatacccaacaaaaaattcccgagcagtctggaactgaagaagcatatagtctttgcctctaggcaaagattatttcccgaggtgtagctataacgatttatttaatctaacacctcgtatggactccccagctcttactagtgagaacacaaccaaaatctaatgatataaacacagacgtgtaaccatggctgcgttccacatccctatT-CAGT-G--TAT-GATCAATCAC-GCTAA-AGCCTAATC-------AC---CGAA--TTTAA----AAA---T-----T--G--TTAAT-CGCG--ACAA-T-GCCATTT-CAG--TTTA-TT-TTC-GT--AT--CC-TG-G--ATTT-AAAC-GTT-TT---AAAA---GCT--TT--AA--TT-----ATTG---TG-CAA--TG-TAA-T-G-TGT--TA-AAAAC-AT-GGCCG--GCGCC-T-GCCGA-G--TT--T-CGAT-AA-CA-T-GGAG--AAAA-GACCCAT-ATCGTTTTTT---ACA-GAAGATATTTT-G-ATTAT--G-ATG-AA--GTATAATT-TAACGGATT-A-GAGC--T-G--CA--AA-TG-TA--TAGTTCAT-AT-----GGAA----A---G-ATAAAC-TCT-GATC--CC-AAACG--AT-CAG-TCTGACAGAGGA-T----------------AG-C--AACGG-TAAT--TCTCG--GAG-AAATTGAAGA---TA-C-
blockSeqs : . TT T TC TTTT GGT C . TC A . A . AAAC G AT G A TAAACA . A AAA TA A . C TG TC A GCT T CACTAGCTATT T TTTT TTTAAAAAA TA . . C GG C T . A G . GA T G C C TC . . TAAA A . TA TT TT . G . G . C T AACAC C C C . TG T AT . T C . CAT A A CCCA C GACCG GA . G . . CT AT TC C CG G G GG . . . A A . AACGT ATTC . T GA CG . GC A T G GCACAGGTTCATCAACGGC AA TT G GAAA A . A AA C AAT TAGG GGCTTA G . C TC A G . A TT CACACAG CGACTTCCAAC A GGTCAC A TTGGT G TT A AAAA A C TC TCA A ATAT CGC TAC TA T TATGAA T CA TGGAAA T CGAACTGTTGTTG A ATAAACATA . TCGT T G AGATAGTGTA TCGA . G T TCGCAATATGGTTAAACCATAGACGTCTTTGCTATATGTCT . AGC CG AACAA AT A CGCA A A GG C GA TACCA T . GATATT . GA A G G CTCAAGT CT CAA GTAC TA CT TG C . T CTAAGC AATC G GG C CT . GTAGTCAAGTCCCA C C GGAT T T TTTGTTCTCGGTTTTGGTTTTTTCTTTCTTTTTTTGTTTTTTTAT TG CA T T AATTATCAATTTTATGAC . GTAGGTCG AAGTTAT GC AC AT AAACGCCA A C . CAA A . AAATT GT TAG CG AACACAAATAATCA . GT G C GA A . A TCA TACT . . GTTTAAC CTT TC T ACA TGTA GT TT GAA . A A T . C CTG TAA T GCCT TCACGGTG . A . ATAGGC A C CTCCT CT . C A T . A T
blockSeqs : . T . TC TTTT TT C . TC A . . . CA A . . G A . A AG . . . T GG . T GT . ATTC A . AAAAAA . . . T . T . . . . . C . . C . T . . TTA A . . . T . . . . . . . ACAC C . . . C G G . . . . A . . C . TACC . . . . . . A T C TT . . . . . . . A . . CAT . . A . . . . . . TGCAAGTTCATCACGGC A . . AAT T . . A . AG . G . . C . . . . A . . . . . . . . T . . A . G AAG . AC . . . . GAA . . AAAT . TTAATAATAA . . . . . . TTCTGC . . . . CCATTATCACTACTTGTCAAAGGCAAATTTCC . . . AG . . G . . G . . TTAGC T . T . TC . T . CT A AC GAAA . . C . . . . ATAG . . . . . . . . . . . TTTTTCTCGTGTTTATTTTATTATTTATTTATTGTAATG . T G . ATGATCCGAC . GTAT ATACA A . TG AAGCA . . . TCT T . TTC . A . CTTTAATATCAGAA . . G . A . . . . TA . . TTGAA T AT . TT . . TA A . . . A . . . AA . T TAGTT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . C TTT T . . CC A . . . A T . . G A . . GC . . . . A . A GT . ATT A . AAAAAA . . . C . . . . . . . . . . . . T . . T A . . . T . . . . . . . ACAC C . . . T . A . . . . A . . T . CGCG . . . . . . A T C G . . . . . . . A . . AT . . T . . . . . . TGCAAGTTCATGCAA A . . AAA C . . A . AG . . . . G . . . . C . . . . . . . . T . . A . T CTG . TA . . . . AGA . . A . TC . . . . . . TTTTGC . . . . GTTCAGCGCATAATGCCAAT . . . AA . . G . . . . . TCC G . C . AT . . . . T A GAC . . . . . . . C . . . . . . . . . . . AATTCTTCTCATGTTCAGTAATCTATTTTTGTGGATG . T . . ATCACGTGA . GTA AGGAA C . T ATC . . . T T . TA . G . TAACTCT . . G . A . . . . . . . GTA T T . A . . A A . . . A . . . GA . T TATT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . C A . . . C G . . G A . . AG . . . . G . A GC . ATT A . AAAAAA . . . T . . . . . . . . . . . . T . . T A . . . T . . . . . . . TTT C . . . C . G . . . . T . . C . GGC . . . . . . G C C G . . . . . . . A . . AT . . A . . . . . . GCGAATAACAC A . . AA A . . A . TG . . . . G . . . . T . . . . . . . . T . . A . G TCG . A . . . . AG . . A . TC . . . . . . TTTTGC . . . . TGCAATAAATGTATAT . . . A . . A . . . . . CCA G . T . T . . . . A A GAC . . . . . . . C . . . . . . . . . . . TTCTCCCTCTCTTTTTGTGTCATACCATA . A . . ATGATCGA . G TAA C . T A . . . T T . G . G . TAA . . G . A . . . . . . . GAA . T . A . . A G . . . . . . . GA . T GAC . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . C . . . . C G . . . . . . AG . . . . G . . AC . CAC A . AT . . . T . . . . . . . . . . . . T . . T . . . . T . . . . . . . TCA C . . . C . A . . . . A . . T . ACT . . . . . . T T C T . . . . . . . A . . T . . G . . . . . . TACAA A . . AA C . . A . AT . . . . A . . . . A . . . . . . . . T . . A . A CTG . C . . . . GA . . T . AC . . . . . . TTTGGC . . . . TGCAATAATGTATAT . . . A . . G . . . . . ACA C . T . T . . . . G A GAC . . . . . . . C . . . . . . . . . . . TCTATATCTTTTTGTGATGGGA . T . . ATTGA . G AAT T . C A . . . T T . T . G . TAA . . G . G . . . . . . . GTA . T . T . . G A . . . . . . . GA . T CTT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . G . . AC . C . . AT . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . AAC . . . . C . A . . . . A . . C . CGC . . . . . . A C C T . . . . . . . . . . T . . G . . . . . . TAGC T . . AA C . . C . TG . . . . G . . . . T . . . . . . . . T . . T . T TTG . . . . . . CG . . T . AC . . . . . . TTTGC . . . . GTACTTAATGGTCA . . . T . . G . . . . . ACA G . T . T . . . . C A AC . . . . . . . T . . . . . . . . . . . TTTATATCTTTTTGTTGTGA . A . . ATGA . G AA A . T A . . . T . . T . G . TAA . . G . G . . . . . . . GTA . C . A . . A . . . . . . . . A . T TT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . T . . . . ACA . . . . . . T T . A . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . TAC . . . A A . . . . . . . . . G . . . . T . . . . . . . . . . . . . A CT . . . . . . AG . . T . TC . . . . . TCTT . . . . CCAATAA . . . A . . C . . . . . TTA C . C . T . . . . G A GA . . . . . . . C . . . . . . . . . . . TTAATATTTTTTAAGTGATG . T . . ATGA . G AA T . A A . . . G . . . . . . AAA . . . . T . . . . . . . TA . C . A . . A . . . . . . . . G . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . C . . . . . . . GA . . T . . . . . . TTG . . . . TGCAAT . . . A . . . . . . . . TAA G . C . T . . . . C G A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTTATATCTTTTTGTGATG . . . . ATGA . G AA T . . . . . . . . . . . . . . . . GT . T . A . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . AG . . . . . . . . . . . . . . AA G . . . . . . . . A . . . . . . T . . . .
blockSeqCons : TTT* ** A***** AG** *** *** G*** GC** A** AAAAAN*** ** ** ** ** ** T*** ** ** ACAC* C* ** ** ** ANC**** ** ** ** AT****** G** TACAAATGC*************** ** *** AA** *** **** ** ****** T**** A** N** A**** ** AG****** ** TTTTGC********** ** ** T** ******* N*** GAC*** **** C**** ** *** ATGA**************************** ** T** T****** G*** ** A** **** A** GA** TTT********* ** ****** *****
originalCons : CAGGGCC-CACGC----T-GC-CGTTTCGCCATTTTTTCGCCAT--T-GGCGA-AA-GAATCTTCAAAAAAT-G-GCT-A---C-AGAAA--TT-TGCA-----ATT-GGCG-AA-G-CCA---AT-TT---TT-CAGT-G--TATTGA--AATCAC-GC-AA-AGCCTAAT--------ATT-GCGAA--TTAAA----AAA---AAAAAAT--G--TTAAC-CGCG--ACAA-TCGCCATTT-CAG--TTTA-TT-TTC-GT--AT--CT-GG-G-GATTT-CCAA-GTT-TT---AAAAAAAGCT--TT--AA--TT--T-GATTGG--TG-CAA--TG-TAA-T-G-TGTA-CACAAAAC-AT-GGC-G--GCGCC-T-GTCGA-AGTTT--T-CGAT-AA-CG-A-GGAG--AAAA-GAC---T-TTCGTTTTTT---CGC-GAA--TATTTT-G-ATTAT--G-ATGAAA--GT-NGATT-CAACGGATT-N-GAGCT-T-G--AA--GA-TG-TA-TTAGTTCAT-GT-----GGAA----AT--G-ATAAAC-TCT-G-TC--CC-TAACG--AT-CAA-TCTGACA-AGGA-TGCAAGTT--CATC-ACGG-C--AACGG-AAAA--TCTC---GAG-AAATTGACGA---TA-C-AACAA-AATAAAG-TC----CTTA------GCA-GC----GTAATGA--AGTT-AAGAA-TG--TNCC--T-------TG-----------AAT-TTAT------T-TT-----CC-CA-T---TTTAGT-ATG----ATATT--ACTA-AG-N-TCACCCGTT-GC-A---TCA---CT---TTT--TA-AAAACAA----AG--A-AAACC--AGTCG---T-----A-TG-----------TC--------TC-CAG---------TTA--TA----ATA-A-TG---TT----TTGC---TT----G-A-GTAT-A------CGCA--AT-----------A------AA-------------TG-TAT-------AT----A-TG---G--TC----A-AACTA--C-TCA---GC-T-A--AAA--TGA--TTT--NCA--CTNAG--A-----CCAC-ACC-T-T-TA-ATT-AAC-------AA-N--GGTT--A-AT-G-AC-GATAG--A--GT--CCAAAACAT-AA----A-T------AATTAC---C-T-T--AA-A--TAGAT-AT--------------T-A-G----GC-ATGA-CA-------T--------------------T---TAT--------ATC---TTT-----------------TT--G-T-G-------ATG---AT--AA-NTA---AGAA-A-------------A-----T----GA------G-AGA-------G---GAA---A---A-----T-CTG--AC-T-GG-------A----C-AA-GAA-CTT--T--CTTCAA-A----T--ATC--ATAT--G-AA--TCT--------T-----------A---A----TC--AG--CAGTG-TT-G-CT-TA-TT-T---TAT----G-ATA----TG--T--A--AACA---T-T-GG-TTAAA--AGGT----CA--TTTC-AAGTG--AAAAAGGT-AAC-G-CG-AT-CT-CT---GTGC-GA-AAG-ATA---TTTCGCT----G-TT---ACG-C-AAAAC--AT------C-ATTTG-C-----A--C-AAA-AAGT-G-GCTA-C-A-CTTTTTT
finalCons : CAGGGCC-CACGC----T-GC-CGTTTCGCCATTTTT-CGCCAT--T-GGCGA-AA-GAATCTTCAAAAAAT-G-GCT-A---C-AGAAA--TT-TGCAA-----TT-GGCG-AAG--CCA---AT-TT---TT-CAGTG---TATTGA--AATCACGC--AA-AGCCTAAT--------ATT-GCGAA--TTAAA----AAAAAAAAN---T--G--TTAAC-CGCG--ACAA-TCGCCATTT-CAG--TTTA-TT-TTC-GT--AT--CT-GG-G-GATTT-CCAA-GTT-TT---AAAAAAAGCT--TT--AA--TTT---GATTGG--TG-CAA--TG-TAA-T-G-TGTACAC-AAAAC-AT-GGC-G--GCGCC-T-GTCGA-AGTTT--T-CGAT-AA-CG-A-GGAG--AAAA-GAC---T-TTCGTTTTTTANC----GAA--TATTTT-G-ATTAT--G-ATGAAA--GT-NGATT-CAACGGATT-N-GAGCT-T-G--AA--GA-TG-TA-TTAGTTCAT-GT-----GGAAAT------G-ATAAAC-TCTG--TC--CC-TAACG--AT-CAA-TCTGACA-AGGATACAAATGC---------------AACGG-AAAA--TCTC---GAGAA--TTGACGA---TA-C-AACAA-AATAAAG-TC----CTTA------GCA-GC----GTAATGA--AGTT-AAGAA-TG--TNCC--T-------TG-----------AAT-TTAT------T-TT-----CC-CAT----TTTAGT-ATG----ATATTA--CTA-AGN--TCACCCGTT-GCA----TCA---CT---TTT--TA-AAAACAAAG------A-AAACC--AGTCG---T-----A-TG-----------TC--------TC-CAG---------TTA--TA----ATA-A-TGTTTTGC----------TT----G-A-GTAT-A------CGCA--AT-----------A------AA-------------TG-TAT-------AT----A-TG---G--TC----A-AACTA--C-TCA---GC-T-A--AAA--TGA--TTT--NCA--CTNAG--A-----CCAC-ACCT--T-TA-ATT-AAC-------AAN---GGTT--A-ATGAC---GATAG--A--GT--CCAAAACAT-AA----A-T------AATTACC----T-T--AA-A--TAGAT-AT--------------T-A-G----GC-ATGA-CA-------T--------------------T---TAT--------ATC---TTT-----------------TT--G-T-G-------ATG---AT--AA-NTA---AGAA-AATGA----------------------------G-AGA-------G---GAA---A---A-----T-CTG--ACT--GG-------A----C-AA-GAA-CTT--T--CTTCAA-AT------ATC--ATATG---AA--TCT--------T-----------A---A----TC--AG--CAGTG-TTA--CT-TA-TT-T---TAT----G-ATA----TG--T--A--AACA---T-T-GG-TTAAA--AGGT----CA--TTTC-AAGTGA--AAAAGGT-AAC-G-CG-AT-CT-CT---GTGCGA--AAG-ATA---TTTCGCTTT---------ACG-C-AAAAC--AT------C-ATTTG-C-----A--C-AAA-AAGT-G-GCTA-C-A-CTTTTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 222222 1 1111 1 11 11111 11 222222 1 111 1 3333333333333333 11 444444 1 11 11 1 1111 11111 1 11 111111 11 1 111 11111 11111 1111 111 9999999999999999999999999 11 2222 111 1111 111111 1111 1 1111111 22222222222 11111111111 11111 111 111 22222 11111111 111111111 333333333333333333333 222222222 1111 1111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111 1111 111111 111 1111111 111 11111 1111 111111 11111 11 22222222222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 33333333333333333333333333333333 11111111111 1111111111111 11 111 222222222222 3333333 44444444444444444444444444444 1111 1111 111 111 11 222 1 1111 33333333333 1111 111111 11111
lowQualScore : 0 222222 0 55 4444 8888 1 5 00 4 5 5 5 66666 1 55 5 6 555555 5 0 1 7777 777 5 888 8 9999 66 2 9999 5 5555555555555555 33 0 111111 5 66 0 5 4 66 0 5 66 5 5 5 88 11 5 0 5 88 5 5 8888 6 66 66 66 9999 66 5 0 66 5 5 5 5 00000 66 5 5 66 55 0 55 66 5 5 5 777 11 5 9999 5 555555 33 5 0 66 5 66 55 77 1 444 8 4 66 22222 5 3 5 22222 0000 99999 5 5 333 66 5 66 5 5 5 4444444444444444444444444 66 55 33 5 2222 5 1 888 5 44 5 0 000 0000 999999 0 5 0000 1 66 0 5 66 1 66 6666666 33333333333 5 99999999999 5 22222 5 99999 4 9999 000 4 99 000 4 66666 0 777 777 99 4 0 44444444 4 55 888888888 4 666666666666666666666 5 000000000 66 9999 4 4 7777 0 2222 9999 4 4 4 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 777 55 555555 55 4 2222 4 4 99 55 4 55 8888888 1 55 333333 4 444 4 8 4 4 8888888 000 6666 4 44444 55 55 99 3333 4 222222 88888 4 66 4 00 4 66666666666666 4 4 9999 4 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 99 666 4 66666666666666666666666666666666 4 88888888888 7777777777777 77 00 444 444444444444 5 5 5 99999 6 5 3333333 66 7777 66 00000000000000000000000000000 66 66 1 0000 8 4 4 777 5555 4 9999 888888888 555 444 4 000 8888 55 22 000 4 4 4 3 4 4 777 1111 4 7 88888888888 4 4 4 0000 66 999999 5 5 77777 66 5 5 5 5 5 6 6
lowQualScore : . ...... . .. .... .... . . .. . . . . ..... . .. . . ...... . . . .... ... . ... . .... .. . .... . ................ .. . ...... . .. . . . .. . . .. . . . .. .. . . . .. . . .... . .. .. .. .... .. . . .. . . . . ..... .. . . .. .. . .. .. . . . ... .. . .... . ...... .. . . .. . .. .. .. . ... . . .. ..... . . . ..... .... ..... . . ... .. . .. . . . ......................... .. .. .. . .... . . ... . .. . . ... .... ...... . . .... . .. . . .. . .. ....... ........... . ........... . ..... . ..... . .... ... . .. ... . ..... . ... ... .. . . ........ . .. ......... . ..................... . ......... .. .... . . .... . .... .... . . . ............................................................... ... .. ...... .. . .... . . .. .. . .. ....... . .. ...... . ... . . . . ....... ... .... . ..... .. .. .. .... . ...... ..... . .. . .. . .............. . . .... . . ........................................................................................... .. .. ... . ................................ . ........... ............. .. .. ... ............ . . . ..... . . ....... .. .... .. ............................. .. .. . .... . . . ... .... . .... ......... ... ... . ... .... .. .. ... . . . . . . ... .... . . ........... . . . .... .. ...... . . ..... .. . . . . . . .
lowQualScore : 0 222222 0 88 3333 0000 4 7 00 9 7 7 7 44444 7 77 7 6 000000 7 7 4 4444 999 7 888 9 6666 11 6 4444 0 0000000000000000 88 8 222222 0 99 8 0 2 99 0 0 99 0 0 0 88 99 0 0 0 22 0 0 9999 2 99 99 99 0000 99 0 4 99 0 0 0 0 55555 44 0 0 99 22 0 99 99 0 0 0 555 99 0 0000 0 888888 88 0 0 99 0 11 44 11 1 222 9 4 11 55555 0 2 0 55555 6666 11111 0 0 444 99 0 99 0 0 0 1111111111111111111111111 99 44 88 0 5555 0 4 888 0 66 0 4 000 6666 444444 2 0 6666 4 99 0 0 99 0 99 2222222 88888888888 0 22222222222 0 55555 0 99999 4 4444 999 4 99 000 4 77777 9 000 000 55 0 5 88888888 0 55 666666666 4 888888888888888888888 7 000000000 99 4444 4 4 2222 8 3333 4444 4 4 4 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 000 55 000000 55 0 7777 0 0 55 55 0 55 5555555 0 55 000000 0 333 0 0 0 0 5555555 555 9999 0 44444 55 55 55 9999 4 888888 33333 4 11 4 66 4 11111111111111 4 4 4444 4 4 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 88 777 4 99999999999999999999999999999999 4 33333333333 6666666666666 11 66 333 888888888888 0 0 0 66666 5 0 2222222 99 0000 11 00000000000000000000000000000 11 11 1 4444 9 4 4 888 6666 4 4444 777777777 000 444 0 666 5555 55 66 666 4 4 4 3 4 4 888 7777 4 3 99999999999 4 4 4 6666 99 444444 0 0 55555 99 0 0 0 7 7 7 7
consensus : CAGGGCC-CACGC----T-GC-CGTTTCGCCATTTTT-CGCCAT--T-GGCGA-AA-GAATCTTCAAAAAAT-G-GCT-A---C-AGAAA--TT-TGCA-----ATT-GGCG-AA-G-CCA---AT-TT---TT-CAGT-G--TATTGA--AATCAC-GC-AA-AGCCTAAT--------ATC-G---CGAA--TTAAAAAAAAAAATT-G--TTAAC-CGCG--ACAA-TCGCCATTT-CAG--TTTA-TT-TTC-GT--AT--CT-GG-G-GATTT-CCAA-GTT-TT---AAAAAAAGCT--TT--AA--TT--T-GATTGG--TG-CAA--TG-TAA-T-G-TGTA-CACAAAAC-AT-GGC-G--GCGCC-T-GTCGA-AGTTT--T-CGAT-AA-CG-A-GGAG--AAAA-GAC---T-TTCGTTTTTC-GCC--GAA--TATTTT-G-ATTAT--G-ATGAAA--GT-NGATT-CAACGGATT-N-GAGCT-T-G--AAGATG-----TA-TTAGTTCA-TGT-----GG----AA-AT--G-ATAAAC-TCT-G-TC--CC-TAACG--AT-CAA-TCTGACA-AGGA-TGCAA----GT------------GC--AACGG-AAAA--TCTC-GAG----AAT-TGACGA---TA-C-AACAA-AATAAAG-TC----CTTA------GCA-GC----GTAATGA--AGTT-AAGAA-TG--TNCC--T-------TG-----------AAT-TTA----T------T-TT-----CC-CA-T---TTTAGT-ATG----ATATT--ACTA-AG-NTCACCCGTT-GC-A---TCA---CT---TTT--TA-AAAACAA----AG--A-AAACC--AGTCG---T-----A-TG-----------TC--------TC-CAG---------TT--ATA----ATA-A-TG----TTTTGC---TT----G-A-GTAT-A------CGCA--AT-----------A------AA-------------TG-TAT--AT------ATG---G--TC----A-AACTA--C-TCA---GC-T-A--AA--A-TGA--TTT--NCA--CTNA--GA-----CCA-CACC-T-T-TA-ATT-AA-C-------AA--NGGTT--A-A-TG-AC-GATAG--A--GT--CCAAAACAT----AAA-T------AATTA-C---CT-T--AA-A--TAGA-TAT--------------T-A-G----GC-ATGA-CA-------T--------------------T---TAT--------ATC---TTT-----------------TT--G-T-G-------ATG---AT--AA-NTA---AGAA-A-------------A-----T----GA------G-AGA-------G---GAA---A---A-----T-CTG--AC-T-GG-------A----C-AA-GAA-CTT--T--CTTCAA-A----T--ATC--ATAT--G-AA--TCT--------T-----------A---A----TC--AG--CAGTGTT--A-CT-TA-TT-T---TAT----G-ATA----TG--T--A--AACA---T-T-GG-TTAAA--AGGT----CA--TTTC-AAGTG--AAAAAGGT-AAC-G-CG-AT-CT-CT---GTGC-GA-AAG-ATATTTCGCT-----TT---A-CG-C-AA----AAC--AT------C-ATTTG-C-----A--C-AAA-AAGT-G-GCTA-C-A-CTTTTTT
Reference ( family-340 ) : CAGGGCC-CACGC----T-GC-CGTTTCGCCATTTTT-CGCCAT--T-GGCGA-AA-GAATCTTCAAAAAAT-G-GCT-A---C-AGAAA--TT-TGCA-----ATT-GGCG-AA-G-CCA---AT-TT---TT-CAGT-G--TATTGA--AATCAC-GC-AA-AGCCTAAT--------ATT-G---CGAA--TTAAAAAAAAAAANT-G--TTAAC-CGCG--ACAA-TCGCCATTT-CAG--TTTA-TT-TTC-GT--AT--CT-GG-G-GATTT-CCAA-GTT-TT---AAAAAAAGCT--TT--AA--TT--T-GATTGG--TG-CAA--TG-TAA-T-G-TGTA-CACAAAAC-AT-GGC-G--GCGCC-T-GTCGA-AGTTT--T-CGAT-AA-CG-A-GGAG--AAAA-GAC---T-TTCGTTTTTT-ANC--GAA--TATTTT-G-ATTAT--G-ATGAAA--GT-NGATT-CAACGGATT-N-GAGCT-T-G--AAGATG-----TA-TTAGTTCA-TGT-----GG----AA-AT--G-ATAAAC-TCT-G-TC--CC-TAACG--AT-CAA-TCTGACA-AGGA-TACAA----AT------------GC--AACGG-AAAA--TCTC-GAG----AAT-TGACGA---TA-C-AACAA-AATAAAG-TC----CTTA------GCA-GC----GTAATGA--AGTT-AAGAA-TG--TNCC--T-------TG-----------AAT-TTA----T------T-TT-----CC-CA-T---TTTAGT-ATG----ATATT--ACTA-AG-NTCACCCGTT-GC-A---TCA---CT---TTT--TA-AAAACAA----AG--A-AAACC--AGTCG---T-----A-TG-----------TC--------TC-CAG---------TT--ATA----ATA-A-TG----TTTTGC---TT----G-A-GTAT-A------CGCA--AT-----------A------AA-------------TG-TAT--AT------ATG---G--TC----A-AACTA--C-TCA---GC-T-A--AA--A-TGA--TTT--NCA--CTNA--GA-----CCA-CACC-T-T-TA-ATT-AA-C-------AA--NGGTT--A-A-TG-AC-GATAG--A--GT--CCAAAACAT----AAA-T------AATTA-C---CT-T--AA-A--TAGA-TAT--------------T-A-G----GC-ATGA-CA-------T--------------------T---TAT--------ATC---TTT-----------------TT--G-T-G-------ATG---AT--AA-NTA---AGAA-A-------------A-----T----GA------G-AGA-------G---GAA---A---A-----T-CTG--AC-T-GG-------A----C-AA-GAA-CTT--T--CTTCAA-A----T--ATC--ATAT--G-AA--TCT--------T-----------A---A----TC--AG--CAGTGTT--A-CT-TA-TT-T---TAT----G-ATA----TG--T--A--AACA---T-T-GG-TTAAA--AGGT----CA--TTTC-AAGTG--AAAAAGGT-AAC-G-CG-AT-CT-CT---GTGC-GA-AAG-ATATTTCGCT-----TT---A-CG-C-AA----AAC--AT------C-ATTTG-C-----A--C-AAA-AAGT-G-GCTA-C-A-CTTTTTT
gi|1 : CAGGGTCTCACGCATCCT-GC-CGTTT-GCCAAT----CATCAC--G-CGCGA-AAAGAATTCTCACAAAATCG-GCTCA---C-AAAAAAATT-TGCAC----ATTTGGCA-AAAG-CCACAAAT-TTATTCT-CAGT-GCTTATTGA--AATCACCAC-AA-ATGCTAAT--------ATT-G---CGAAATTTAAAAAAAA----T-GCCTTAACTCGTG--ACAA-TCGTCATTT-CAGATCTTA-TT-TTCCGTCAATTTCT-GG-G-GATTT-CCAAAGTTCTT---AAAAAAAGCTATCT--AA--TTCTT-GATTGGACTG-CAACATG-TAAAT-G-TGTA-CACAAAATGAT-AGC-GCGGCGCC-T-GTCAA-AGTTTATC-CGAT-AAACA-A-GGGATAAAAA-AAC---T-TTCGTTTTTTCACC--GAAATCATTTTTGCATTATTGGCATGAAA--GT-TGATT-CAACGGATT-T-GAGCTCT-G--AA-ATGACTGATA-TTAGTTCATTGT-----GGAACCAA-AT--GCATAAAC-TCTCG-TC--CCATAACG--AT-CAA-TCTGATA-ATGACTGCAA----GTTTTCATCCACGGAC--AACGG-AAAACTTCTC-CAGAAGAAAT-TGACGACCTTA-C-AACAA-AATAAAT-TC----CTTA------GCA-GCACCAGTAATCA--AGTTCAAGAA-TGGTTCCC--T-------TG-----------AAT-TTATAATT------T-TT-----AA-CA-TCTCTTGAGC--TT----ATATTTCACTA-AGAATCACTTGTT-GC-A---TCA---CT---TTTA-TA-AAAACAA----AGTAA-AAACC--AGTCG---A-----T-TG-----------TC--------AC-CAG---------ATAAATA----ATA-A-TGCTATTCTTGCATTTT----GCA-GTAT-A------TGCC--AC-----------A------TA-------------TA-TATCAATCTTATAATG---G--TC----A-AACTA--C-TCA---GC-T-A--AAACA-TGA--TTT--TCC--CTTAGGGA-----CCACCACC-TAT-TA-ATT-AGCC-------AATTGGATT--A-ATTG-ACTGATAG--A--GT--TCCGAACACAATAAAA-T------AATTACC---CT-T--AA-AC-TAGATTAT--------------T-A-G----GC-ATGA-CA-------T--------------------T---TAT--------ATC---TTT-----------------TT--GTT-G-------ATGGACAT--AA-ATAAAGAGAA-AC------------A-----T----TA------GAAGA-------G---AAA---A---A-----T-TTGA-AC-TAGG-------A----C-AA-GAACCTT--T--CTTCAACATAATT--ATC--AAAT--GTGA--TTT--------T-----------A---A----TCGAAG--CAGTGTT--AGCTCTATTT-T---TAT----GTATAATGCTA--C--A--AACA---T-G-GT-TTAAA--AGGT----CA--TTTT-CAGTG---AAAAGATAAAC-G-TG-ATCCT-CT---GTGC-AACAAG-ATATTTCGCTGA---TTTAAA-CGCC-AA----AACCAATC-----C-ATTTG-CA----A--CAAAA-AAGT-G-GCTACC-A-CTTTTT
gi|10 : ---------TT--ATA----ATA-A-TG----TCTT------T----G-A-CTCT-A-------GTA--CT-----------T------AA-------------TG-GTC--A-------GTGAGCG--TC----A-AACTA--C-ACACGCAC-T-A--GA--A-TGAGATTT--A-A--CCTA--GA-----T-A-CACC-T-T-TAGATT-AA-C-------AA--AGGTT--A-A-TA----GATAG--A--GT--C-AAAGCAT----AAA-T------AATTA-CAATCC-G--AA-G--TAGA-TAT--------------T-A-G----AC-A-GA-CAAATTCTTC--------------------T---CATGTTCAGTAATCTA-TTT-----------------TT--G-TGG-------ATG---ATTGAA-TTA---AGAATA-------------A-----T----GA------G-AGA-------G---G-A---A---A-----T-ATG--AC-T-Gattttaacaatccccagtgtgagc
gi|11 : --TCT--------T-----------A---A----TC--AG--GA-TGTT--A-CT--G-TT-A---TAT------ACA----TG--T--A--AACA---T-T-GG-TTAAA--AGGT----CA--TTTC-AAATG--AGAAAGGT-AAC-C-CA-TT-CT-TT---GAGC-AA-AAG-ATGTTTCGCTCACGGTG---A-CG-G-AG----AAC--ATATAGGCT-ATTT--C-----ACTC-AAA-AAGT-G-GCTA-C-A-CTTTCTTcaa
gi|12 : -AACAA-A-TAAAG-TC----CTTAGGCTTAGCA-GC----GTAATCA--AGTT-AAGAA-TG--TACCTTT-------TG-----------ACT-TTA----A------T-TT-----CC-CA-T---TTT-GT-ATG----AAATT--ACTA-AA-GTTGCCT-----C-A---T-A---CTTACTTT--TA-GATATAAG---AA--A-AAACC--ttaacc
gi|13 : --A--AACA---T-T-GG-TTAAA--AGAC----AA--TTTC-AAGTG---AGAACGT-AAT-GACG-----T-GT---GTGC--A-AAG-ATTTTTCGC-------G---ACCG-CAAA----AAC--AC------C-TTTCT-C-----A--C-AAA-AAGT-G-GCTA-CAA-CTTTTTTgccatcgaatt
gi|14 : tgttattaataaacaTT-CGCCAT--T-GGCGA-AA-GAAGCTC---AAAAT-G-GCT-A---A-AGAAA--AA-T-CATAAACATT-GGCGAAA-G-CCA---AT-TT---TTCCAGT-A--TATTGA--Atcaacccagtgt
gi|15 : ------ATG---G--TC----A-AACTA--C-TCA---GC-T-A--AA--A-TGA--TTT--TCC--CTTA--GA-----CCA-CACC-T-T-TA-ATT-AG-C-------AA--TGGTT--A-A-TG-AC-GATAG--A--GT--CC
gi|16 : ---TTTAGT-ATG----AAATT--ACTA-AG-TTCACTCATT-AT-----TTA---CT---TTT--T--AGAATTA----AG--A-AAACC--AGTCG---A-----A-TG-----------TC--------T
gi|17 : ---CT---TTT--TA-GAATTAA----GA--A-AAACC--AGTCG---A-----ATTG-----------TC--------Taata
gi|18 : GAAA--GT-AAATT-TAACGGATT-G-GAGCT-T-G--AAnaatata
gi|2 : CAGGGCT-CACGC----TTGTTCGTTTCGCCATT----CGCCAT--TTGGCGACAA-GAATAT--AAAAAAT-G-GCT-A---C-AAAAA--TT-CACA-----ATG-GCCG-AA-AACCATA-AC-TT---TT-CAGT-G--TTATGA--A-TCAC-GT-AG-AGCCTAAT----------C-A---CAAAATTTAAAAAA-----TTAG--TTAAT-CGCG--ACAA-TCGCCATTTTCAG--TTGAATT-TTC-GTC-ATT-CT-GGCG-GATT--CCAA-GTT-TTTA-AAAAAAAGCT--TT--AA--AT--T-GATTGG--TG-CAA--TGGTAA-T-G-TGTT-T-TAAAA---T-GGC-G--GCGCC-TTGCAGG-AGTTT--T-CGAT-AA-CACATGGAG--AAAAAGAC---TCTTCGTTTTTTTACC--GAA--TAATTT-G-ATTAT--G-ATGAAA--GT-AAATT-TAACGGATTCG-GAGCTGTGG--AAGA-G-----TA-TT-GTTCA-TAT-----GG----AA-ATTCG-ATAAACTTCT-A-TC--CC-CAACG--AT-CAGTTCTGAC--AGGA-TA----------------------C--AACGG-AAAATTTCTC-AAG----AATCTGAAGA---TA-CAAACAA-AATAAAG-TCTAGGTTTAG-----GCAGGC----GTAATCA--AGTT-AAGAA-TG--TATC--T-------TG-----------ACT-TTA----T------T-TT-----CC-CATT---TTTAGT-ATGAAAAATA-T--ACTA-AGTCTCACAAGTT-TC-ATATTTA---CT---TTT--TATAAGAGAATATGAA--A-AAACCCAAGCC----T-----A-TGCGAACTGTTGTTG--------TC-TAGATAAACATATT--ATCTCGTATA-A-TGAGA-TAGTGTA--TC----G-A-GTGT-AGTTCAGCGC---AT------------------AA-------------TG-CCA--AT------ATC---GCGTC----AGAACTA--C--CA---GCAT-AGGAG--A-TTA--CTTTACCA--TAGA--GA-----TCA-CACC-GAT-TATATA-AA-C-------AA--AGGTT--A-A-TG-AC-GATAG--A---T--CAAAAATATC---AAATT------AATTA-C---CT-TGGGA-C--TAGA-TAT--------------TCA-G----AC-ATGA-CA-------T--------------------T---TTT--------CTCGTGTTTATTTTATTATTTATTTATT--G-T-A-------ATG---AT--AA--TA---AGAC-A-------------A-----TGATCGA------G-AGA-------G---GAA---ATACA-----T-CGG--TC-T-GG-------A----CAAA-GGA-CTT--T--CT----------G--ATC--AT------AA--T-------------------------------TC--AG--CAGTGTT--A-CT-TA-TTATTCATAT----G-ATA----TT--TGAA--AATA---T-T-GG-TTAAAT-TGGT----CAGTTTTCTTAGTGGAAAAAAGG--AAC-G-CG-AT-CT-CT---GTGC-G--AAG-ATATTTCGC------TT---A-CG-C-AA----AAC--AT------C-A-TTG-C-----A--C-AAG-AAGTAG-GCTA-C-ATCTTTTTT
gi|3 : TTTT-CGCCAT--T-GGCGC-GA------TTCA-----T-G-GTC-A-------AGA--TT-T-CA------TT-GGCG-AG-C-CCA---AG-TT---TT---------TTTTGA--A--CA--GT-AA-AGTTTAATCACTAGCTATT-G---CGAT--TTTAAGAAA----TT-G--TTATC-CG-G--ACAA-TCGCCATTT-CGA--T--A-TT-TT--GT--AT--GT-GG-G-GATTT-C-AA-GTT-T----AAAAAAAGCT--TTTAAA--TT--TTGATTGG--TGGCAA--TG-TAA-T-G-TGTAACACAAA----T-GGC-G--GCGCT-T---CGA-CGTTT--TTCGAT-A--CG-A-GGAG--AAAA---T---T-TCCGTTTTTC-GGC--CGA--TATTTG-T-ATTAC--G-ATGAA---GT-GAATT-CAACGGATT-TTGAGCT-T-GGGAAGGTA-----TA-TTA-CTCA-TGTAACGTGG----AA-AT--G-ATACAC-TCT---TCCGCC-T-ACG--AT-CAA-TCTGACA-AG-----CGA----ATA-----------AC--ACCGGAAAAA--TCTC-GAG----AA---GATGA---TG-C--ACAACAATAA---TT----CCTG------ACA-GC----GTAA-GATCAGTTAAAAAA-TG---CCC--TCACACAGTGCGACTTCCAACAATATTA----TGGTCACT-TTTTGGTTC-CA-T---TTTAGTAATG----ATACT---CTGCAG-G-CAT---TT-GC-----TCA---CT---TTT--AG-AAAATAA----CG--ATAAACC--AGTCGAAAT-----A-CG---------------------CC-CAT---------TT--ATA----ATATA-TC----TTCTGC---TTTCGAA-A-GTAT-A------C-CATTATCACTACTTGTCA------AA-------------GG-CAA--ATTTCC--ATG---C--TTAACAA-AACTAATC-TCA------T-A--GG--ACTGA--TTT--CCA--CCGA--GA-----TT----CT-TCT-TA-ATT-AA-CCTCAAGTAA--GGGTCCAA-A-T---------G--A--GTTGCCAAAAC-T----AAA-T------AATTT-CATAGT-C--AACA--TAAC-TGTGTAGTCAAGTCCCAT-A-A----GT-ACGATCA-------T--------------------TCTCCCT--------CTC---TTT-----------------TT--G-T-GTCATACCATA---TT--AA-TTA---AAAA-A-------------ATCACGT----GA------A-AGAGTAGGTCG---GAA---A---AGTTATT-CCG--CC-C-AA-------ATC--C-AT-GGA-TGT--CAACCACAA-A-------ATC--ATGT--A-AA--TCT--------T-----------A---ACTCTTC--AT--CA----------------T-T---TAT----G--TA----T---T--A--AGCACTTT-C-AG-TTAAA----GT----CA--TTTCTAAGTG--AAAAAGGC--AC-G-CGTAT-C---------------GAGTATA----GCC-----TT---A-CG-C-TACGCCAAC--AT------C-ATTTG-CCTCCTA--C-AAACGATC-G-GCTA-caacccag
gi|4 : agggtcgtgcttacgAGGGCC-CACGC----T-GC-CGTT-CGCCATTTTT-CGC-ATGGT-GGCGACAA-GAATCT-CAAAAAAT-GAGCT-AAAAC-GTAAA--TTGTGCA------TT-G-CG-A--G-CCA---AT-TT---TTTCAGTTG--TATTGA--A-TCAC----AATAGCCTAAT--------ATTCG---CGAA--T-AAAAAAAAAAAAT-G--T-ATC-CGTGGGACAACTCTCCTTTT-CGC--TTTA-TT-CTC--T--CT--CT-GGCGCGATC--CCAA-GTT-TT---AAAAAA------TT--CA--TT--T-GATTGG--TG-CTA--CA-TTA-TCG-TGTA-CACAAAAC-ATCGGC-G--A-GCTGT-GTCGATAGTTT--C-CGAT-AA-CG-A-GGAG--AAAA-GA----T-TTCGTTTTTC-GACCGGAA--TATTTT-GGATTAT--G-ATGAAA--GT-TGATTTCAA--GATT---GAGCT-T-G--AAGATG-----TAATTAGTTCA-TGT-----GG----AA--T--G-A-AAAC-TCC-T-TC--CC-TAACG--AT-CAA-TCTGATA-AGGAGCACAG----GTTCATCAACG---GC--AATGG-AAAA--TCTC-GAG----A-T-TGACGA---TA-C-AAC-A-AATAAAATTC----CTTA------GTA-GC----GTAATGA--AGTT-AAGAA-TG--TTCT--T-------TG-----------AAT-TTA----T------T-TC-----CC----T---TTTAGT-ATG----ATATT---CT--AG-ATCACCTGTT-GC-C---TCA---CT---TTTTATA-AAAAC-A----AG--A-AAACC--AGTTG---T-----A-TG-----------AC--------TC-CCA---------TT--ATA----ATA-A-TG-----TTTGC---TT----G-A-GTAT-A------TGCA--AT------------------AA-------------TG-TAT--AT------AT----G--TCA---A-AACTA--C-TCA---AC-T-A--AA--A-TGA--TTT--ACA--CTCA--GA------CA-CACC---T-TA-ATT-AA-C-------AA--CGGTT--A-A-T--AC-GATAA--A--GT--CCAAAACAT----AAA-T------AATTA-C---CTGT--TA-A--TAG--TAT--------------T-A-G----GC-ATGA-CA-------T--------------------T---TAT--------ATC---TTT-----------------TT--G-T-T-------GTGA--AT--AA-ATA---AGAG-A-------------AT----T----GA------G-AGA-------G---GAA---A---A-----T-TTG--AC---GG-------A----C-CA--AA-CTT--T--CTTCAA-A----T--ATC--ATAT--G-AA--TCTAACACAAAT-----------AATCA----TC--AG--CAGTGCTTGA-CT-TA-TT-T---TAT----G-ATA----TG--A--A--AACA---T-TCGT-TTAAAACAGGT----CA--TTTC--AGTG---AAAAGAT-AAC-G-TGAAT-CT-CT---GTGC-GA-AAG-ATA-TTCGCTAG---TT---A-CG-C-AA----AAC--AT------CAATTTG-C-----A--C-AAA-AAGT-GTGCTA-C-A-CTTTTTT
gi|5 : T---TT-CAGT-G--TATTGA--AATCAC-GC-CA-AGCCTAAT----------C-G---CGAA--TTAAAAAAA----TT-G--TTAAC-ACCG--ACAA-TCGCCATTT-CAG--TTTA-TT-TTC-GT--AT--CT-GG-G-GATTT-CCAA-GTT-T----AAAAAAAGCT--TT--AA--TT--T-GATTGG--TG-CAA--TG-TAA-T-G-TGTT-CA-AAAAC-AT-GGC-G--GCACC-T-GTCGG-AGTTT--T-CGAT-AA-CG-T-AGAG--AAAA-GAC---T-TTCGTTTTTT-ACT--GAA--TATTTC-G-ATAAT--G-ATGAAA--GT-AAATT-TAACGGATT-G-GAGCT-T-G--AAGATA-----TA-TAAGTTCA-TAT-----GG----AA-AT--G-ATAAAC-TCT-A-CC--CC-AAACG--AT-CAG-TCTGACA-AGGA-TACAA------------------------CGG-AAAT--TCTC-GAG----AAT-TGAAGA---TA-C-AACAA-AATAATG-TC----CTTA------G---GC----TTAGCAG--CGT-----AA-TG--TACC--T-------TG-----------ACT-TTA----T------T-TT-----CC-CA-T---TTTAGT-ATG----AAATT--ACTA-AG-TTCACTCGTT-AC-AC--TTA---CT---TTT--TA-AAATTAA----GA--A-AAGCC--AG-CG---TGGAAAA-TG-----------TTAATAATAATA-CAG---------TT--ATA----AT-----G----TTTTGC---TT----G-A-GCATTAT-----CGCA--AT-----------ATGGTTAAACCATAGACGTCTTTGCTAT--ATGTCT--ATG---G--TT----T-AACTA--CACCA---GC-T-AG-AA--A-TGA--CTT--TTAGCTTGA--GA-----TCA-CACTAT-T-GA-ATT-CA-T-------AA--GG--T--ACA-TGTAC-GATAG--ACTGT--CGAAAACAT----AAA-TCTAAGCAGTTA------T-T--GA-ACTTAGA-TAT--------------T-ACG----ACTATGA-CA-------TTTGTTCTCGGTTTTGGTTTTT---TCT--------TTC---TTT-----------------TT--T-T-GTTTTTTTAT----AT--AC-TTTT--AGAA-A-------------A-----T----GATCCGACG-AGA-------GTATAAAT--A---A-----T-AAG--ACAT-GG-------AAGCAC-AG-GGA-CTT--T--CT---G-A----TTCATCGTATAT--G-TACGTCT--------T-----------A---A----TC--AGGTCAGTGTT--A-CT-TA-TT-T---TGTTACTG-ATA----TG--T--A--AACA---CAT-GG-TTAAA--TGGT----CA--TTTT-GAGTG--GAAAAAGT-AACAG-CGAAT-CTCCT---GTGCTAA-AAG-ATATTTCGCC-----TT---A-CG-C-attcaaacccagctgtgag
gi|6 : tgCAGGGCC-CACGC----T-GC-CGTTTCGCCATTTTTTCGCCAT--T-TGCGA-AA-GAATCTTCAAAAAAT-G-GCT-A---C-AGAAA--TT-TGCA-----ATT-GGCG-AA-G-CCA---AT-TT---TT-CA-T-G--TATTGA--ATTCAC-AC-AA-TGCCTAAT--------ATT-G---CGAA--TTAAAAAAAAAAAAT-G--TTAAT-CGTG--ACAA-TCTCCATTT-CAG--TTTA-TT-TTC-GT--AT--CT-GG-G-GATTT-CCAA-GTT-TT---AAAAAA--CT--TT--CA--TT--T-GATTGG--TG-CAA--TG-TAA-T-G-TGTA-CACAAAAC-AT-GGC-G--GCGC--T-GTCGA-AGTTT--T-CGAT-AA-CG-A-GGAG--AAAA-GAT---T-TTCGTTTTTT-CGC--GAA--TATTTT-G-ATTAT--G-ATGAAA--GT-TGATT-CAA--GATT-T-GAGCT-T-G--AAGATG-----TA-TTAGTTCA-TGT-----GG----A---T--G-ATAAAC-TCT-G-TC--CC-TAACG--AT-CAA-TCTGATA-AGGA-TGCAA----GTTCATCACG----GC--AATGG-AAAA--TCTC-GAGGA--AAT-TGACGA---TAAC-AACAA-AATAAAT-TC----CTTA------GTA-GC----GTAATGA--AGTT-AAGAA-TG--TTCC--T-------TG-----------AAT-TTA----T------T-TT-----CC-CA-T---TTTAGT-ATG----ATATT--ACTA--G-ATCACCTGTT-GC-----TCA---CT---TTT--TA-AAAACAA----AG--A-AAACC--AGTTG---T-----A-TG-----------AC--------TC-CAG---------TT--ATA----ATA-A-TG----TTTTGC---TT----G-A-GTAT-A------TGCA--AT-----------A------AA-------------TG-TAT--AT------ATG---G--TC----A-AACTA--C-TCA----C-T-A--AA--A-TGA--TTT--ACA--CTCA--GA-----CCA-CACC-T-T-TA-ATT-AA-C-------AA--CGGTT--A-A-TG-AC-GATAA--A--GT--CCAAAACAT----AAA-T------AATTA-C---CT-T--AA-A--TAGA-TAT--------------T-A-G----GC-ATGA-CA-------T--------------------T---TAT--------ATC---TTT-----------------TT--G-T-G-------ATG---AT--AA-ATA---AGAA-A-------------A-----T----GA------G-AGA-------G---GAA---A---A-----T-TTG--AC-T-GG-------A----C-AA-GAA-CTT--T--CTTCAA-A----T--ATC--ATAT--G-AA--TCT--------T-----------A---A----TC--AG--CAGTGTT--G-CT-TA-TT-T---TAT----G-ATA----TG--T--A--AACA---T-C-CG-TTAAA--AGGT----CA--TTTC-AAGTG--AAAAAGAT-AAC-G-TG-AT-CT-CT---GTGC-GA-AAG-ATATTTCGCTA----TT---A-CG-C-AA----AAC--AT------C-ATTTG-C-----A--C-AAA-AAGT-G-GCTA-C-A-CTTTTTTctatttagcgcagtcattttgcacctttttttcaacccagcg
gi|7 : -CGCTAT--T-GGCGA-AT-GAATCTCCAAAAAAT-G-GCT-A---CAAGAAAATTC-TGCA-----ATT-GGCGAAA-G-CCA---ATATT---GT-AAGTGG--TATTGA--AATCAC-AC-AA-TCGCTAAT--------ATT-GCGACGAA--TTTTGAAAAAAAA-T-G--TTATC-TTTG--ACAATTCGCCATTT-CAG--TTTA-TTGTTC-GTGAAT--CTGGG-G-GATTTCCCAA-GTT-TTAAAAAAAAAAGAT--TT--AATTTT--T-GATTGG--CG-C-A--TG-TAA-T-GTTGTA--AC--AAC-A--GGC-G--GCGCC-TGGTCG--AGTTT--T-CGATCAA-CG-A-GGAGA-AAAA-GAC---T-TTCGTTTTTC-GCG--GAA--GATTTT-G--TTAT--G-ATGAAACTTT-GGACT--AACGGATC-T-AAGCT-T-T---AGATG-----TA-TT-GTTCA-TGT-----GG----AACAT--G-ATAA----CT-G-GT--CC-TAACGGCATACAA-TCGAATA-AGGA-TGCAAGTTCAT------------GCAAAACGG--AAA--TCTC-GAG----AAT-TGACGA---T--C-CACAA-ATTAATG-TC----CTTA------GCA--C----GTAATGA--GGTT-CAGAAGTG--TTCC--T-------TG-----------AAT-TTT----T------TATT-----CCGCA-----TTTAGT-ATG----ATATA--TCTA-GA-CTCA-TTGTTAGCTA---ACACGCCT---TTT--TA-AAAACAA----AGA-A-AAACC--AGTCG---T-----A-TG-----------TC--------TCACAA---------TT--AT-----ATA-AGTG----TTTGGC---TT----G-AGGTAT-A------TGCA---------------------------------------------AT------ATG---G--TC------AACTA--C-TCA---GC-T-A--AA--A-TGA--TTT--TTA--CTGA--GAGATATTCA-C-CA-T-T-TA-GTTGAA-C-------AAC-TGGTT--G-A-TGAAA-GATAGTAA--GT--CC-AAACAT-----AA-T------AATTC-C---TT-T--AT-A---AGA-TAT--------------T-A-GGGATGC-ATGA-CA-------T--------------------T---AAT--------AT----TTT-----------------TTAAG-T-G-------ATG---AT---A-TTAG--AAAA-A-------------A-----T----GA------G-AGA-------G---GAA---A---AT----T-TTG--AC-TGGG-------A----C-AA-GAA-CTTTCT--CTTCAA-A----TA-ATC--ATAT--G-AA--CTT--------A-----------A---A----TC--AG--CAGTGTT--G-TT-TA--T-T---TAT----G-ATA----TG--T-----TACAT--T-T-GA-TT-AA--AGGT----CA--TTTC-AAGTG---ATAAGAT-TAC-G-TG-AT-CT-CTCTGGTGC-GA-AAG-ATA-TTCGC-------T---A-CG-C-AA---------AC------C-ATTTGCC-----A--C-AAA-AAGT-
gi|8 : TA----ATA-A-TG----TT--G----TT----G-A--TAT-A------C-CA--AT-----------A------A-------------------------------TG---G--TC----A-AACTA--C-T-A---CC-TAA--AA--A-TGA--TTT--TAA--CTGA--GA-----CCA-CACC-T-TATA-ATT-AA-CCT-----AA--ATGTT----A-TG-A---AAAA--A--GTC-CCAAAACAT----AAA-T------AA-TA-G---CT-T--AA-A--TAGA-TA---------------T-G-G----GA-AT-A-CA-------T--------------------C---TAT--------ATC---TTT-----------------TT--G-T-G-------ATGGGAAT--AACATA---AGAG-AAATTATCAATTTTA-----T----GAC-----G-AAG-------GTA-GAAAGGA---A-----TGCTGACAC-A-GGAAACGCCA----C-AACAAA-CTT--G--CTTCAA-AAAATT--ATG--CTATTAG-AA--TCT--------CTTTAATATCAGA---A----TT--AG--AAGTATG--T-CTATA-TT-T---AATTA--G-AAA----TGTTT--AACAACAT--T-T-GGTTTAAA--AAGTTGTACA--TTTttttttttt
gi|9 : cctaccgaacaattctacataggatagcaccaaagttcaatttggcatcaacggtaacaaatcttctcagaatttccacaatttgaccaatacccaacaaaaaattcccgagcagtctggaactgaagaagcatatagtctttgcctctaggcaaagattatttcccgaggtgtagctataacgatttatttaatctaacacctcgtatggactccccagctcttactagtgagaacacaaccaaaatctaatgatataaacacagacgtgtaaccatggctgcgttccacatccctatT-CAGT-G--TAT-GATCAATCAC-GCTAA-AGCCTAATC-------AC------CGAA--TTTAAAAA-----TT-G--TTAAT-CGCG--ACAA-T-GCCATTT-CAG--TTTA-TT-TTC-GT--AT--CC-TG-G--ATTT-AAAC-GTT-TT---AAAA---GCT--TT--AA--TT-----ATTG---TG-CAA--TG-TAA-T-G-TGT--TA-AAAAC-AT-GGCCG--GCGCC-T-GCCGA-G--TT--T-CGAT-AA-CA-T-GGAG--AAAA-GACCCAT-ATCGTTTTTT-ACA--GAAGATATTTT-G-ATTAT--G-ATG-AA--GTATAATT-TAACGGATT-A-GAGC--T-G--CAAATG-----TA--TAGTTCA-TAT-----GG----AA-A---G-ATAAAC-TCT-GATC--CC-AAACG--AT-CAG-TCTGACAGAGGA-TA---------------------GC--AACGG-TAAT--TCTCGGAGA---AAT-TGAAGA---TA-C-