lowQualScore : 11111 111 1111111111111111 4444444444444444444444444444444444444444 1111111 22 11111 444444444444444444444444444444444444 111111111111 222222222222222222222 111111 11111111111111 11111111 11111111111111 2222222222222222222222222222222 222222 22222222222222222222222222222222222 33333333333 22222 11 1111 1 2222222222222 111111111111111111 111 1111111
lowQualScore : 66 7777 2 2 33 7777 2 55 4 66 33 9999999 2 2 2 444 2 00000 666 000 4 2 55 33 5555555555555555 2 66 5555 2 2 2 5 2 2 2 55 33 2 9999999999999999999999999999999999999999 555 2 2222222 55555 66666 3 3 44 44 4 77 4 8888 00000 7 55 3 3 0 88 7777 777777777777777777777777777777777777 555555555555 666 3 44 222222222222222222222 555 3 44 222222 3 3 22222222222222 3 555 3 99999999 44 88888888888888 3 44 444 6666666666666666666666666666666 3 999 6 3 888 33 999 3 000000 6 3 3 3 44444444444444444444444444444444444 7 666 3 9999 11111111111 7 11111 3 3 55 00 5555 55 7 55 7 3 4 4444444444444 3 777777777777777777 000 55 4 99 777 6666666
lowQualScore : .. .... . . .. .... . .. . .. .. ....... . . . ... . ..... ... ... . . .. .. ................ . .. .... . . . . . . . .. .. . ........................................ ... . ....... ..... ..... . . .. .. . .. . .... ..... . .. . . . .. .... .................................... ............ ... . .. ..................... ... . .. ...... . . .............. . ... . ........ .. .............. . .. ... ............................... . ... . . ... .. ... . ...... . . . . ................................... . ... . .... ........... . ..... . . .. .. .... .. . .. . . . ............. . .................. ... .. . .. ... .......
lowQualScore : 11 4444 4 4 22 4444 4 66 7 55 22 2222222 4 4 4 111 4 00000 555 666 7 5 99 44 8888888888888888 5 99 3333 5 5 5 0 5 5 9 44 99 5 4444444444444444444444444444444444444444 000 9 6666666 99999 88888 1 1 66 66 0 00 0 6666 00000 3 00 6 6 5 66 7777 666666666666666666666666666666666666 666666666666 444 3 22 777777777777777777777 444 1 22 888888 1 1 55555555555555 1 444 1 55555555 22 44444444444444 1 22 888 6666666666666666666666666666666 1 666 2 1 555 22 888 1 111111 2 1 1 1 88888888888888888888888888888888888 3 444 6 3333 00000000000 3 66666 6 6 00 00 5555 00 3 00 3 6 5 7777777777777 6 444444444444444444 999 55 0 55 888 2222222
consensus : GTAA--TGATA----T-A-TAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAA-AAT-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT---ATT---G-AA-TTTTT--AAAC--AA------G---AA-TG-TT-C--AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTTGAA---A---A--T--N--TTT---T----GT--T-T---GA-CA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATTATGTTT-GTT-TT-C--AGT-----GG-T--A-CA-AGAA--TA----A-----AA-T----------T--T-----G-T--T--AA----C-----A-TC---TA-A--C----C-A----C----A----G---T-C--TT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---GG-A--A-----TTTC--AA-T----A-------TAA-C--A--AT-T---ACA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-C-TA-T-----AAG-A-TG-T-TC--A---A--T----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-A--TT------A-T--CT-AA--A--T-GA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--T-A--GGG---GGGGG-------GGGGGGGGG
Reference ( gi|5 ) : GTAA--TGATA----T-A-TAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAA-AAT-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT---ATT---G-AA-TTTTT--AAAC--AA------G---AT-TG-TT-C--AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTTGAA---A---A--T--A--TTT---T----GT--T-T---G--CA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATTATGTT--GTT-TT-C--AGT-----GG-T--A-CA-AGAA--TA----A-----AA-T----------T--T-----G-T--T--AA----C-----A-TC---TA-A--C----C-A----C----A----G---T-C--TT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---GG-A--A-----TTTC--AA-T----A-------TAA-C--A--AT-T---ACA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-T-TA-T-----AAG-A-TG-T-TC--A---A--T----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-A--TT------A-T--CT-AA--A--T-GA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--T-A--GGG---GGGGG-------GGGGGGGGG
gi|2 : GTAA--TGATA----T-A-TAAG--G----C-CT--T-GC--T--G--AGAAAAAA-AAT-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT----TT---G-AA--TTTT--AAAC--AAGC----G---AA-TG-TT-C--AAAA----T-AT-CCC-AG-TAA-TT-A-AATA--TTTTGAAAT-A---A--T--T--TTA---T----GT--T-TG--G--CATTTT-TT---G---CCA---ATT---C-G-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCC
gi|3 : taatttctacttGTAA--TGATA----T-A---AA--G----G-CC--TTGC--T--G--AGA--AAA-AAT-AA-TTT---GAA-TA-----TTTT----TT---G-AA-TTTAT--AAAC--AA------GGCGAA-TG-TT-C--AACA----T-AT-CCC-AG-T-AATT-A-AATA--TTTTTGA---A---A--T--AATTTTA--T----GT--T-T---GG-CA---T-TTT--G---CCA---ATT---C-TGTTTA-AAT-TTAG--G--AAAA-CCCTCatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaattatgttttgttttaagtggtacaagaaattaaaattttgaacatctaccgacacagtcttttgtaagcgggaatttaactataacaattacaaagtcagtaaacactgttatagatgttcattcatattcattttttatctaaaattataaaaactctccaaagataatgttacaagtatgaaaatgtaaggggggggggggtgtaaagggggggg
gi|8 : taactGTAA--TGATA----T-A-TAA---G----G-CC--T-GC-----G--A----AAA-AAT-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT---ATT---G-AA-TTTTT--AAGC--AG------A---AT-GT-TT-C--AAGA----T-AT-CCC-AG-T-A-AT-T-AATA--TTTTGAAAT-A---A--T--T--TTA---T----GT--T-TTGGA--CA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AACA-CCCTCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaattatgttttgttttaagtggtaacaatgaaattattttgaacatctaagccacacagtctttttcagtaagcgggaatttaactataacaatatacaaagtcagtaaacactgttatagatgttcaaatcatattcatttatttatctaataattataaaaactctccaaaataaattgttacaagttgaaaatgtaagggggggggggggttgtaaaagggggggggg
gi|1 : ctatGTAA--TGATAA---T-A-TAAA--G----GTCC--T-GC--T--G--A----AAA-AAT-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT---ATT---G-AA-TTTTT--AAAC---A------G---AA-TG-TT-C--AAGA----T-ATACCC-AG-T-A-TA-T-AATA--TTTTGAAAT-A---A--T--T--TTA---T----GT--T-TTG-A--CA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTT--AATATTAG--G--AAAA--CCTCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaattatgtttgttttcagtggtacagagaataacaagtaatttttttaaaaatctaaccacacaacgtctttgtaagtcagggaatttcaactataacacaattaaaaatcataaacactggctatgagatgt
gi|13 : tctatGTAAGTTGATA----TCA-TAAA--GAAGGG-CC--T-GC--T--G--A----AAA-ATA-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT---ATT---GAAA-TTTTA--AAAC--AAAGGGAGG---AT-GT-TT-C--AAAAAAATT-AT-CCCGAG-T-A-TA-A-AATATTTTTTGAA---A---AAGT--A--ATT---TATTGGT--T-TG--G--CA---T-TT---GTTCCCA---A-----T-T-GTTA-AAT-TTAG--G--AAAA-CCCTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaattatgtttgttgctaagtggatacaaaaaatgggacagattattgtgatagcaatcgagtagaccacagcagtctttgtacaccaggtcagggagattattacaagtattataatacgagaaaacatcactaactaaacagcgtggctatggagaatgtttatatatccataattttcattttatttggagctgaaatgataaaaactcttaatccaaagaataaatattggttgacaagtgaagaaatttgaataaagggggggggggggt
gi|24 : ttctatgGTAG--TGATAATTAT-A-TAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAA-ATT-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTAT---ATT---G-AA-TTTTT--AAAC--AA------G---AA-TG-TT-A--AGAA----T-AT-CAC-AG-T-A-T
gi|25 : tcctatGTTA--TGATA----T-A-TAAA--T----G-CT--T-GC--T--G--A----AAA-ATT-AA-TTT---CAA-T-------------------------TTTT--AAAC--AA------G---AA-TG-GT-C--AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-
gi|26 : tttctatGTAA--TGATA----T-G-TAAA--G----G-CC--T-CC--T--GA-A----AAA-AAT-AA-TTT---CAA-TA--AT-TTTT---ATT---G-g
gi|14 : atttctatAA--TGATA----T-A-TAAA--G----G-TC--T-GC--T--GAAA----AAA-AAT-AATTTT---GAATTA--AT-TTTTA--ATT---A-CA-TTTTT--AAAC--AA------GA--AT-GG-TT-CAGAAAA----T-AC-CCC-AG-T-A-TTAA-AATA--TTTTGAA---A---G--A--A--TTT---TA---GT--T-T---GA-CA-----TT---G---CCA---TAT---T-T-TGAA-AATA-TAG--T--AAAA-CCCTC
gi|4 : atttctatcGATA----T-A-TAAA-------G-CC--TAGC--T--G--A----AAA-AAA-AA-TCT---GAA-TA--TTATTAT---ATTA--G-AA-TT------AAC--AA------G---AA-TG-T-------AA----TAAT-CCA-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTTTGA---A---A--T--AATTTT---T----GT--TAT---GAACA---T-AT---G---CCA---ACTCAAT-T-TTT--AATATTAGAAG--AAAA-CCCTCC
gi|18 : tttctatgtaacacaGATA----T-A-TAAA--G----A--C--T-GC--T--G---------A-AAC-TA-TTT---GAA-TACTATCTTTT---ATTTTGG-AATTTTTT--ACAC--AA------G---AA-TGTTT-C--AAAA----T-AA-TCC-AGAT-A-TT-A----G--TTTTGAAATCA---A--T--T--TTTA--T----GTCAT-T---GAACA---T-TTGGGG---CGA---ATT---TGT-TTTA-AATATTannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaaattacgtttgtttcagtagatacaagaataaaattctgttcaacgatcaccacacaagtacttgtaagtcaaggaattcaaaataaaataacattaaaaaatcataaaacactagcctatgaagatgtatcaatacaaatattattatattaatctaaataatgaaaaaactctccaaaataatgttaacaagtggaaaacttgtaagggaaggggga
gi|20 : ATG----T-A-TAAAAGG----G-CC--T-GC--TCTG--T----AGA-AAT-A--TTT---GAA-TA--AT-TTTT---ATT---G-AA-TTTTT--AAACCTAA------GGA-AT----TT-C--AAAA----A-AT-CCC-AG-T-A-TT-A----A--TTTTTGA---A---A--T--A--GTT---------T--T-T---GAACA---T-TT---G---TCA-----T---T-T-TGAA-AATATTAG--G--AAAA-Cgag
gi|7 : tatagtATA----A-A-TAAA--G----G-CCC-T-GC--T--G--A----AAAAAAT-AA-TTT---GAA--A--A--TTTT---ATT---G-AA---TTT--AAAC--AA------G---AA-AGTTT-C--AAAA----C-TT-CCC-A--T-A-TC-ATAATA--TTTT--A---A---A--TTAA--TCTA--T----GT--T-TG--G--CA---TATT--------CA---ATT---A-C-TTTA-ATCATTAG--GGAAAAA-CCCTCC
gi|17 : gttaagcttctatcttaataccATA----T-A-TAAA--G----A-C---T-GC--T--G--A----AA----C-TA-TTT---GAA-TACTATCTTTT---ATTTTGG-AA-TTTTTT-ACAC--AA------G---AA-TG-TTTC--AAAA----T-AA-TCC-AGAT-A-TT-A-G-----TTTTGAA---ATCAA--T--T--TTTA--T----GTCAT-T---GAACA---T-TT---GGGGCGA---ATT---TGT-TTTA-AATATTGA--G--Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaagttatttttttcctgtacaagaaaaaatttcgaacaatctatctaacacaacatcaatcttgtaagatcaattcgaaatataccatttaaaaaaaataataacactgctattaagattcaat
gi|21 : TA----T-AATAAA--A----A-CCCTT-GCCTT--G--A----AAA-AAT-AA-TTTTTCGAA-TA--AT-TTTTAAAATT---GAAA-TTTTTTAAAAC--AA------G---ATGTT-TT-CAAAAAA----T-AT--CC-AG-T-A-TT-G----A--TGTTGAA---G---A--T--A--TTTTTAT----GT--T-T---GA-CA---T-TT---G---CC
gi|6 : tcA----T-A-TAAA--G----C-CC--T-GC--T--G--A----AAA-AAT-AA-T------GA-TA--AG-TTT----ATT---G-AA-TTTTA--AAAC--AA------G---AA-TG--T-C--AAAA------AT-CCC-AG-T-A-GA-A-AATA--TTTT-AA---A---A--TA-A--TTT---T----ATG-T-T---GA-CA---T-TT---G---CCATTTTTT---T-T-TTTATAATATAGG--G--AAAACCCCTCC
gi|16 : ctattata----T-A-TAAA--AT---G-CC--T-GCCTT--G--A----AAA-TTTTAA-TTT---GAA-TA--TT-TTTT---TCT---G-AA-TTTTT--AAAT--TA------G---AA-TG-TT-C--AATA----T-AT-TCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTTGAA---AC--AT-T--T--TTT---T----CT--T-T---GA-CT---T-TT---A---CCA---AAT---T-C-TGAA-AATATTAA--G--AAAaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaattatgtttgtttcagtggtacaagaataaatttttaacaatctaacccacacatcttggtaatcagaattccaaataaacaataaaaatcataaacactggctatagatgttcaaatcatattcatgatttactaaatgattaaaaactctccaaaataaatgacaagtaaaattgtagg
gi|2 : tctattattatTAAATTATGTTTTGTT-TT-A--AGT-----GG-T--A-CA-AGAAATTA----A-----AA-T----------T--T-------T--G--AA----C-----A-TC---TA-C--CGA--C-A----C----A----G---T-C--TT-TT---G-T-A-----A---G----C-G---GG-A--A-----TTTA--AC-T----A-------TAA-C--A--AT-T---ACA------A------AGTCAG----T-A---AA-CA-C---T--G-T-TA-T------AG-A-TG-T-TC--A---T--T----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-T--TT------A-T--CTAAA--A--T-TA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--AGA-T-AA----TGTT-----AC-AAGTA-T-G-----A---A--AA----TG--T-A--AGG---GGGGG-------GGGGG
gi|8 : taatttctacttgtaatgatatataaggccttgctgagaaaaaaaataatttgaataatttttttgaattttaaacaagcgaatgttcaaaatatcccagtaattaaatattttgaaataattttatgtttggcattttttgccaattcgtttaaatattaggaaaacccatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTAAATTATGTTT-GTT-TT-C--AGT-----GG-T--A-CAGAGAA--TA----ACAAGTAA-T----------T--T-----T-T--TTAAA----A-----A-TC---TA-A--C----C-A----C----ACAACG---T-C--TT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---GGGA--A-----TTTC--AACT----A-------TAA-C--ACAAT-T---AAA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-C-TA-T-----GAG-A-TG-T-tgtaaagggggggg
gi|1 : ctatgtaatgatatataaggcctgcgaaaaaataatttgaataatttttattgaatttttaagcagaatgtttcaagatatcccagtaattaatattttgaaataattttatgttttggacatttgccaatttttttaaatattaggaacaccctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaTAAATTATGTTT-GTTGCT-A--AGT-----GGAT--A-CA-AAAAA-TGGGACA-----GA-T----------TATT-----G-TGAT--AG----C-----AATCGAGTAGA--C----C-A----C----A----GCAGT-C--TT-T----G-T-ACACCAG---G-T--C-A---GG-G--AGATTATTAC--AAGT----A-------TTA-T--A--AT-----ACG------AGAAAACA-TCACTAACT-A---AA-CAGCG--T-GG-C-TA-TGG---AGA-A-TG-T-TT--ATATA--T----------CCA--T-AATT----TTC-A---TT-TTA--TTTGG---A-G--CTGAA--A--T-GA-T--AAAAA--CTCTTAATC--CA-AAGA-A-TAAA----TATTGGTTGAC-AAG---T-G-----A---A--GAAATTTGAAT-A--AAG---GGGGG-------GGGGGGG
gi|6 : tctatgtaatgataatataaaggtcctgctgaaaaaataatttgaataatttttattgaatttttaaacagaatgttcaagatatacccagtatataatattttgaaataattttatgttttgacatttgccaatttttttaatattaggaaaacctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaTAAATTATGTT--TGT-TT-C--AGT-----GG-T--A-CA-AGAA--TA----A-----A--T----------T--T-------T--T--AA----C-----AATC---TA-A--C----CCA----C----AC---A---T-C--TT-G----G-T-A-----A-----T--C-A---G--A--A-----TTCC--AA------A-------TAAAC--A--AT-----AAA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-C-TA-T------AG-A-TG-T-TCA-A---A--T----------C-A--T-A-------TTC-A----T-G-A--TT------T-A--CT-AA--A--T-GATT--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-TAAA----TG-------AC-AAG---T-----------A--AAA--TTG--T-A--GGt
gi|23 : ctattataatataaagccctgctgaaaaaataatgataagtttattgaattttaaaacaagaatgtcaaaaatcccagtagaaaatattttaaaataattttatgttgacatttgccatttttttttttataatatagggaaaacccctccaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaTAAATTATGTTT-GTT-TT-TTTAGT-----GG-TTTA-CA-ACAA--TA----A-----AA-T----------T--TT----GCT--T--AA----C-----A-TC---TA-A--A----C-A----CACAAA----G---T-C--CTAT----G-T-A-----------T--C-C---AG-AT-T-----TTTC--AA-T----C-------TA
gi|4 : aAAATTACGTT--TGT-TT-C--AGT-----AGAT--A-CA-AGAA--TA----A-----AA-T----------TC-T-----G-T--TC-AA----CG----A-TC------A--C----C-A----C----ACAA-G---T-A--CT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---AG-G--A-----ATTC--AA-A----A-------TAA----A--AT-A---ACATTAAAAA------A-TCA-----T-A---AAACA-C---T-AG-CCTA-TG----AAG-A-TG-TATC--A---A--TA---------C-AAAT-A-------TT--A---TTAT-A--TT------AAT--CT-AA--A--T-AA-TGAAAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTTA----AC-AAG---T-G-----G---A--AAAC-TTG--T-A--AGG---GAAGG-------GGGgttaataca
gi|10 : tttctatgtaacacagatatataaagcctagctgaaaaaaaaatctgaatattattatattagaattaacaagaatgtaataatccaagtattaaatatttttgaaataatttttgttatgaacatatgccaactcaatttttaatattagaagaaaaccctccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaAAATTATGTTT-GTT-TTTC--AGTGGGGGGG-C--ACCA-CGAA--TA----AAG---AA-T----------T--CTAAAAA-C--T--AAAAACC-----A-CC---CA-A--C----C-A---------A----A---T-CTTTT-T----G-T-A-----AAGGG-TTCC-A---AG-A--AAATT-TCTC--AA-T----A-------TTA-C--A--AT-CAA-AAA------A------A-TCA-----TAA---AA-CA-C---T-GG-C-AA-T-----AAG-A-TG-T-TTCAA---A--T----------C-A--T-A-------TTC-A---AT-T-A--TTTA----A-T--CT-AA--AT-T-GA-T--AAAAAGCTTC----TC--CA-A--A-A-T-AAAAAGT-TT-----AC-AAG---T-G-----G---A--AAA--a
gi|7 : AAGTTATTTT---TT-TC-C----T-----G--T--A-CA-AGAA---A----A-----AA-T----------T--TC----G-------AA----CAATCTA-TC---TA-A--CA---C-AACATC----A----A---T-C---T-T----G-T-A-----A---GAT--C-A---A------------TTCGAAA-T----A-------TAC-C--A--TT-T---AAA------A------A-AAA-----T-AAT-AA-CA-C---T--G-C-TATT-----AAG-A----T-TC--A---A--T----------a
gi|3 : gttaagcttctatcttaataccataaataaaggccctgctgaaaaaaataatttgaaaattttattgaatttaaacaagaaagtttcaaaacttcccatatcataatattttaaattaatctatgtttggcatattcaattactttaatcattagggaaaaaccctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaAATTATGTTTTGTT-TT-A--AGT-----GG-T--A----ACAA--TG----A-----AA-T----------TA-T-----T-T--TG-AA----C-----A-TC---TA-AGCCA---C-A----C----A----G---T-C--TT-TTTCAG-T-A-----A---G----C-G---GG-A--A-----TTTA--AC-T----A-------TAA-C--A--ATAT---ACA------A------AGTCAG----T-A---AA-CA-C---T-G--T-TA-T-----A-G-A-TG-T-TC--A---AA-T----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-A--TTT-----A-T--CT-AATAA--T-TA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AAAT--TGTT-----AC-AAG---TTG-----A---A--AA----TG--T-AA-GGG---GGGGG-------GGGGG
gi|12 : taactgtaatgatataaaggccttgctgagaaaaaataatttgaatattttttgaatttataaacaaggcgaatgttcaacatatcccagtaattaaatatttttgaaataattttatgtttggcattttgccaattctgtttaaatttaggaaaaccctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntt--GTT-TT-C--AGT-----GG-T--A-CA-A-AT--TA----A-----AATT----------T--T-----G-T--T--AA----A-----T-TC---TA-A--C----C------C----A----G---TCC--TT-C----G-T-A-----A---G-T--C-A---GG-A--A-----TTTC--AA-T----A-------TAA-C--A-----------A------A------G-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-AG-C-TA-T-----AAACA-TG-T-TC--A---T--TGCCTTTCGCAC-A--TAA-------TTC-A---TA-T-AT-TT------A-T--CT-AAT-T--T-GA-T--AAAAA--CTC----TCCTCA-A--A-A-TAAA----TGTT-----ACAAAG---T-G---------A--AAT--TTG--T-ATTGGG---GGAGG-------GGGttgtaaaagggggggggg
gi|9 : -T--A-CC-AGAA--TA----AC----AA-TAGAGCCCCTGC--T-----G-T--T--AA----C-----A-TC---TA-A--CCAAAC-A----C----A----G---T-C--TTCT----GCT-A-----A---G-T--C-AGGCGG-A--A-----TTTC--AA-CTCGAG-------TAA-CCAG--AT-TCTAAC-------A------A-TCT-----T-ACAGAA-CA-C---T-GG-C-TA-T-----GAG-ATTGCT-TCAAA---A--T----------C-A--T-A-------TTCTA---TT-TCATTTT------A-T--CT-AA--AT-T-GA-T--AAAAA--ATCTTCTTC--CACA--A-A-TAAA----TGCTCTA--AC-AAGCTTT-G-----A---AAGAAA--TTG--T-A--TGGTTTGGGGG-------CGGGGGGGttt
gi|11 : aaattatgtttgtcttctccagtaaacacttacccgctac-A--C----A-A----C----A----G---T-T--TT-TC---G-TCA-----A---G-T--CTA---GG-ATAA-----TTTC--AA-T----ACGGCGTATAA-C--A--AT-T---ACA------A------A-TTAG----T-A---AA-CA-CACTT-GGGC-TA-TCCACGAAC-A-TG-T-TC--A---A--T----------C-GG-T-A-------CTC-GACTCT-T-A--TTTCGCTAG-T--CT-AAC-A--TTGA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--ATATT-AACAT-CGTT-----AC-AA----T-GTCACTA---ACCAAA--TTG--T-A--AGG---Gaggcaagctgcgggaaaagaattt
gi|15 : c--C----C-A----CC---A----G---T-C--TT-T----G-T-A-----C---G-T--C-A---GG-A--AA----TTTC--AA------A-------TAA-C--A-----T---A-------------------A-----T-A---GA-C------T-GG-C-TA-TT----GAGTA-TG-A-TC--G---AAGT----------C-A--T-AATCTTACTTCTA---TT-T-A--TT-----------CT-AA--GATT-GA-T--AAAAA--CTC----AC--CA-A--A-A-T-AA----T-TT-----AT-AAG---T-G-----AAACA--AAA--TTG--T-A--GGG---GTGTA-------GGGaacgagacgggcggtgctagggcggggg
gi|19 : acAG-C--A--AT-T---CAA------A------A-ACA-----T-A---AAACA-C---TTGG-C-TA-T-----AAG-A-TG-T-TC--A---A--T----------C-A--T-AC------TTC-A---TT-T-A--TT------A-TATCT-AA--T--T-GA-T--AAAAAATCTC----TC--CAGA--A-A-T-AAA---TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--TGA--GGG---GGGGGAGTTGTAGGGGGGGGG
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AAATTAAAAATCTTCTACCGCAAATATAAGTGATCTACAGCATTCAAAAGTAATTTATGTTCGTTTTGATGGTGGGGGTTTGGTAGAGGTGCTGGGGGAAAGATTT
Alignments
lowQualScore : 111 1 33333333 11 111 333333333333333 333333333333333333333333333333333333 1111111111 111111111111111111111 1111 1111111111 11111111111111 111111111111111111111 11111 111111 1111111111111111111 2222222 222222 11111 1111 1 2222 11111 111 111111111111 1111111
lowQualScore : 55 6666 2 33 6666 2 55 4 66 33 55 7777 2 2 2 333 2 88888 55555 000 2 33 4 2 888888888 33 444 2 1 8888 5555 2 2 2 4 2 2 444 33 2 11111111 2 777 2 5 777 2 00 2 33 8 444 2 222 444 555 1 555 5 2 2 44 44 3 8888 3 0 555 88888 222222222222222 3 3 77 7777 777777777777777777777777777777777777 2222222222 6 555 3 33 888888888888888888888 555 2 33 5 1111 2 2 99999999999999 2 555 5555555555 33 55555555555555 33 33 999999999999999999999 5 55555 2 888 5 2 777 2 2 2 5 555555 5 2 2 2 8888888888888888888 3 77 3 0000000 6 555 3 6 77 333333 3 44 6 99999 3 3 44 99 4444 44 6 44 6 3 3 0000 77777 3 000 3 333333333333 999 55 3 88 777 4444444
lowQualScore : .. .... . .. .... . .. . .. .. .. .... . . . ... . ..... ..... ... . .. . . ......... .. ... . . .... .... . . . . . . ... .. . ........ . ... . . ... . .. . .. . ... . ... ... ... . ... . . . .. .. . .... . . ... ..... ............... . . .. .... .................................... .......... . ... . .. ..................... ... . .. . .... . . .............. . ... .......... .. .............. .. .. ..................... . ..... . ... . . ... . . . . ...... . . . . ................... . .. . ....... . ... . . .. ...... . .. . ..... . . .. .. .... .. . .. . . . .... ..... . ... . ............ ... .. . .. ... .......
lowQualScore : 55 9999 2 11 9999 2 33 4 11 11 33 8888 2 2 2 999 2 44444 33333 000 2 22 7 4 333333333 22 111 4 8 2222 0000 4 4 4 7 4 4 111 77 7 77777777 7 333 7 3 333 7 00 7 77 0 777 7 000 777 000 0 000 7 9 9 22 22 6 7777 3 4 888 33333 111111111111111 3 3 99 1111 666666666666666666666666666666666666 9999999999 7 888 1 99 444444444444444444444 000 9 99 7 8888 9 9 66666666666666 9 000 1111111111 99 11111111111111 99 99 666666666666666666666 7 77777 9 999 7 9 999 9 9 9 7 111111 7 9 9 9 9999999999999999999 3 99 3 0000000 7 888 3 7 99 333333 3 66 7 11111 3 3 66 22 2222 66 7 66 7 3 3 8888 55555 3 444 3 999999999999 222 00 6 66 000 4444444
consensus : GTAA--TGATA----T-ATAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAA-AAT-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-TTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTT-GAAAT---A--A-T--TT-TT-T---G-T--T-T--G-ACA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATTATGTTT-G--TT-TTC---AGT-----GG---------------TA-CA-AGAA--TA----A-----AA-T----------T--T-----G-T--T--AA----C-----A-TC---TA-A--C----C-A----C----A----G---T-C--TT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---GG-A--A-----TTTC--AA-T----A-------TAAC--A--AT-T---ACA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-C-TA-T-----AAG-A-TG-T-TC--A---A-T----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-A--TT------A-T--CT-AA--A--T-GA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--T-A--GGG---GGGGG-------GGGGGGGGG
Reference ( family-335 ) : GTAA--TGATA----T-ATAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAA-AAT-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-TTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTT-GAA-----A--A-T--NT-TT-T---G-T--T-T--G-ACA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATTATGTTT-G--TT-TTC---AGT-----GG---------------TA-CA-AGAA--TA----A-----AA-T----------T--T-----G-T--T--AA----C-----A-TC---TA-A--C----C-A----C----A----G---T-C--TT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---GG-A--A-----TTTC--AA-T----A-------TAAC--A--AT-T---ACA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-C-TA-T-----AAG-A-TG-T-TC--A---A-T----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-A--TT------A-T--CT-AA--A--T-GA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--T-A--GGG---GGGGG-------GGGGGGGGG
gi|1 : GTAA--TGATAA---T-ATAAA--G----GTCC--T-GC--T--G--A----AAA-AAT-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---------A--G---AAT-G-TTC----AAGA----T-ATACCC-AG-T-A-TA-T-AATA--TTTT-GAAAT---A--A-T--TT-TA-T---GTT--T-T--G-ACA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTT--AATATTAG--G--AAAA--CCTCC
gi|1 : tctatTAAATTATGTTT-G--TTGCTA---AGT-----GGA--------------TA-CA-AAAAA-TGGGACA-----GA-T----------TATT-----G-TGAT--AG----C-----AATCGAGTAGA--C----C-A----C----A----GCAGT-C--TT-T----G-T-ACACCAG---G-T--C-A---GG-G--AGATTATTAC--AAGT----A-------TTAT--A--AT-----ACG------AGAAAACA-TCACTAACT-A---AA-CAGCG--T-GG-C-TA-TGG---AGA-A-TG-T-TT--ATATA-T----------CCA--T-AATT----TTC-A---TT-TTA--TTTGG---A-G--CTGAA--A--T-GA-T--AAAAA--CTCTTAATC--CA-AAGA-A-TAAA----TATTGGTTGAC-AAG---T-G-----A---A--GAAATTTGAAT-A--AAG---GGGGG-------GGGGGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaattatgtttgttgctaagtggatacaaaaaatgggacagattattgtgatagcaatcgagtagaccacagcagtctttgtacaccaggtcagggagattattacaagtattataatacgagaaaacatcactaactaaacagcgtggctatggagaatgtttatatatccataattttcattttatttggagctgaaatgataaaaactcttaatccaaagaataaatattggttgacaagtgaagaaatttgaataaagggggggggggggt
gi|10 : tctatgtaatgataatataaaggtcctgctgaaaaaataatttgaataatttttattgaatttttaaacagaatgttcaagatatacccagtatataatattttgaaataattttatgttttgacatttgccaatttttttaatattaggaaaacctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaAAATTATGTTT-GT-TT-TTC---AGTGGGGGGG---------------CACCA-CGAA--TA----AAG---AA-T----------T--CTAAAAA-C--T--AAAAACC-----A-CC---CA-A--C----C-A---------A----A---T-CTTTT-T----G-T-A-----AAGGG-TTCC-A---AG-A--AAATT-TCTC--AA-T----A-------TTAC--A--AT-CAA-AAA------A------A-TCA-----TAA---AA-CA-C---T-GG-C-AA-T-----AAG-A-TG-T-TTCAA---A-T----------C-A--T-A-------TTC-A---AT-T-A--TTTA----A-T--CT-AA--AT-T-GA-T--AAAAAGCTTC----TC--CA-A--A-A-T-AAAAAGT-TT-----AC-AAG---T-G-----G---A--AAA--t
gi|11 : -A--C----A-A----C----A----G---T-T--TT-TC---G-TCA-----A---G-T--CTA---GG-ATAA-----TTTC--AA-T----ACGGCGTATAAC--A--AT-T---ACA------A------A-TTAG----T-A---AA-CA-CACTT-GGGC-TA-TCCACGAAC-A-TG-T-TC--A---A-T----------C-GG-T-A-------CTC-GACTCT-T-A--TTTCGCTAG-T--CT-AAC-A--TTGA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--ATATT-AACAT-CGTT-----AC-AA----T-GTCACTA---ACCAAA--TTG--T-A--AGG---Ga
gi|12 : c-G--TT-TTC---AGT-----GG---------------TA-CA-A-AT--TA----A-----AATT----------T--T-----G-T--T--AA----A-----T-TC---TA-A--C----C------C----A----G---TCC--TT-C----G-T-A-----A---G-T--C-A---GG-A--A-----TTTC--AA-T----A-------TAAC--A-----------A------A------G-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-AG-C-TA-T-----AAACA-TG-T-TC--A---T-TGCCTTTCGCAC-A--TAA-------TTC-A---TA-T-AT-TT------A-T--CT-AAT-T--T-GA-T--AAAAA--CTC----TCCTCA-A--A-A-TAAA----TGTT-----ACAAAG---T-G---------A--AAT--TTG--T-ATTGGG---GGAGG-------GGGaacgagacgggcggtgctagggcggggg
gi|13 : GTAAGTTGATA----TCATAAA--GAAGGG-CC--T-GC--T--G--A----AAA-ATA-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---GAAA--TTTTA-AAA-C---AAAGGGA--G---GAT-GTTTC----AAAAAAATT-AT-CCCGAG-T-A-TA-A-AATATTTTTT-GAAAAAGTA--A-T--TTATT-G---G-T--T-T--G-GCA---T-TT---GTTCCCA---A-----T-T-GTTA-AAT-TTAG--G--AAAA-CCCTCttt
gi|14 : ttctatgAA--TGATA----T-ATAAA--G----G-TC--T-GC--T--GAAA----AAA-AAT-AATTTT---GAATTA--AT-TTTTAA---TT---A-CA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---AATGG-TTCAG--AAAA----T-AC-CCC-AG-T-A-TTAA-AATA--TTTT-GAA-----A--G-A--AT-TT-TA--G-T--T-T--G-ACA-----TT---G---CCA---TAT---T-T-TGAA-AATA-TAG--T--AAAA-CCCTC
gi|15 : atttctatc--C----C-A----CC---A----G---T-C--TT-T----G-T-A-----C---G-T--C-A---GGAA--A-----TTTC--AA------A-------TAAC--A-----T---A-------------------A-----T-A---G---A-C---T-GG-C-TATT-----GAGTA-TG-A-TCGAA---G-T----------C-A--T-AATCTTACTTCTA---TT-T-A--T---------T--CT-AA--GATT-GA-T--AAAAA--CTC----AC--CA-A--A-A-T-AA----T-TT-----AT-AAG---T-G-----AAACA--AAA--TTG--T-A--GGG---GTGTA-------GGG
gi|16 : ac----T-ATAAA--AT---G-CC--T-GCCTT--G--A----AAA-TTTTAA-TTT---GAA-TA--TT-TTTT-T---CT---G-AA--TTTTT-AAA-T---T-----A--G---AAT-G-TTC----AATA----T-AT-TCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTT-GAA-----AC-ATT--TT-TT-T---C-T--T-T--G-ACT---T-TT---A---CCA---AAT---T-C-TGAA-AATATTAA--G--AAA
gi|17 : tctattattatATA----T-ATAAA--G----A-C---T-GC--T--G--A----AA----C-TA-TTT---GAA-TACTATCTTTT-A---TTTTGG-AA--TTTTTTACA-C---A-----A--G---AAT-GTTTC----AAAA----T-AA-TCC-AGAT-A-TT-A----G--TTTT-GAAATC--A--A-T--TT-TTAT---G-TCAT-T--GAACA---T-TTGGGG---CGA---ATT---TGT-TTTA-AATATTGA--G--A
gi|18 : GATA----T-ATAAA--G----A-C---T-GC--T--G--A----AA----C-TA-TTT---GAA-TACTATCTTTT-A---TTTTGG-AA--TTTTTTACA-C---A-----A--G---AAT-GTTTC----AAAA----T-AA-TCC-AGAT-A-TT-A----G--TTTT-GAAATC--A--A-T--TT-TTAT---G-TCAT-T--GAACA---T-TTGGGG---CGA---ATT---TGT-TTTA-AATATT
gi|19 : AGC--A--AT-T---CAA------A------A-ACA-----T-A---AAACA-C---TTGG-C-TA-T-----AAG-A-TG-T-TC--A---A-T----------C-A--T-AC------TTC-A---TT-T-A--TT------A-TATCT-AA--T--T-GA-T--AAAAAATCTC----TC--CAGA--A-A-T-AAA---TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--TGA--GGG---GGGGGAGTTGTAGGGGGGGGGgag
gi|2 : attattaGTAA--TGATA----T-ATAAG--G----C-CT--T-GC--T--G--AGAAAAAA-AAT-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-----TT---G-AA---TTTT-AAA-C---A-----AGCG---AAT-G-TTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-TAA-TT-A-AATA--TTTT-GAAAT---A--A-T--TT-TA-T---G-T--T-T--G-GCATTTT-TT---G---CCA---ATT---C-G-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCCga
gi|2 : taatttctacttTAAATTATGTTTTG--TT-TTA---AGT-----GG---------------TA-CA-AGAAATTA----A-----AA-T----------T--T-------T--G--AA----C-----A-TC---TA-C--CGA--C-A----C----A----G---T-C--TT-TT---G-T-A-----A---G----C-G---GG-A--A-----TTTA--AC-T----A-------TAAC--A--AT-T---ACA------A------AGTCAG----T-A---AA-CA-C---T--G-T-TA-T------AG-A-TG-T-TC--A---T-T----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-T--TT------A-T--CTAAA--A--T-TA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--AGA-T-AA----TGTT-----AC-AAGTA-T-G-----A---A--AA----TG--T-A--AGG---GGGGG-------GGGGGatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaattatgttttgttttaagtggtacaagaaattaaaattttgaacatctaccgacacagtcttttgtaagcgggaatttaactataacaattacaaagtcagtaaacactgttatagatgttcattcatattcattttttatctaaaattataaaaactctccaaagataatgttacaagtatgaaaatgtaaggggggggggggtgtaaagggggggg
gi|20 : taatttctacttgtaatgatatataaggccttgctgagaaaaaaaataatttgaataatttttttgaattttaaacaagcgaatgttcaaaatatcccagtaattaaatattttgaaataattttatgtttggcattttttgccaattcgtttaaatattaggaaaacccatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntATG----T-ATAAAAGG----G-CC--T-GC--TCTG--T----AGA-AAT-A--TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-CCTAA-----G--G---AAT---TTC----AAAA----A-AT-CCC-AG-T-A-TT---AAT---TTTT-GAA-----AT-A-G--TT-TT-T---G---------A-ACA---T-TT---G---TCA-----T---T-T-TGAA-AATATTAG--G--AAAA-Ctgtaaagggggggg
gi|21 : tatagtATA------ATAAA--A----A-CCCTT-GCCTT--G--A----AAA-AAT-AA-TTTTTCGAA-TA--AT-TTTT-AAAATT---G-AAATTTTTT-AAAAC---A-----A--G---A-T-G-TTTTCAAAAAA----T-AT-CC--AG-T-A-TT-G-A-----TGTT-GAA-----G--A-T--AT-TT-TTATG-T--T-T--G-ACA---T-TT---G---CC
gi|23 : tctTAAATTATGTTT-GTTTT-TTT---AGT-----GGTT-------------TA-CA-ACAA--TA----A-----AATT----------T--T-----GCT--T--AA----C-----A-TC---TA-A--A----C-A----CACAAA----G---T-C--CTAT----G-T-A-----------T--C-C---AG-AT-T-----TTTC--AA-T----C-------TA
gi|24 : aGTAG--TGATAATTAT-ATAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAA-ATT-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTAT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-TTA----AGAA----T-AT-CAC-AG-T-A-Tgttaataca
gi|25 : tcctatGTTA--TGATA----T-ATAAA--T----G-CT--T-GC--T--G--A----AAA-ATT-AA-TTT---CAA-T---------------------------TTTT-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-GTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-
gi|26 : tttctatGTAA--TGATA----T-GTAAA--G----G-CC--T-CC--T--GA-A----AAA-AAT-AA-TTT---CAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-g
gi|3 : atttctatGTAA--TGATA----T-A--AA--G----G-CC--TTGC--T--G--AGA--AAA-AAT-AA-TTT---GAA-TA-----TTTT-----TT---G-AA--TTTAT-AAA-C---A-----A--GGCGAAT-G-TTC----AACA----T-AT-CCC-AG-T-AATT-A-AATA--TTTTTGAA-----ATAA-T--TT-TA-T---G-T--T-T--G-GCA---T-TTT--G---CCA---ATT---C-TGTTTA-AAT-TTAG--G--AAAA-CCCTC
gi|3 : taactAATTATGTTTTG--TT-TTA---AGT-----GG---------------TA----ACAA--TG----A-----AA-T----------TA-T-----T-T--TG-AA----C-----A-TC---TA-AGCCA---C-A----C----A----G---T-C--TT-TTTCAG-T-A-----A---G----C-G---GG-A--A-----TTTA--AC-T----A-------TAAC--A--ATAT---ACA------A------AGTCAG----T-A---AA-CA-C---T-G--T-TA-T-----A-G-A-TG-T-TC--A---AAT----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-A--TTT-----A-T--CT-AATAA--T-TA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AAAT--TGTT-----AC-AAG---TTG-----A---A--AA----TG--T-AA-GGG---GGGGG-------GGGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaattatgttttgttttaagtggtaacaatgaaattattttgaacatctaagccacacagtctttttcagtaagcgggaatttaactataacaatatacaaagtcagtaaacactgttatagatgttcaaatcatattcatttatttatctaataattataaaaactctccaaaataaattgttacaagttgaaaatgtaagggggggggggggttgtaaaagggggggggg
gi|4 : taactgtaatgatataaaggccttgctgagaaaaaataatttgaatattttttgaatttataaacaaggcgaatgttcaacatatcccagtaattaaatatttttgaaataattttatgtttggcattttgccaattctgtttaaatttaggaaaaccctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttGATA----T-ATAAA-------G-CC--TAGC--T--G--A----AAA-AAA-AA-TCT---GAA-TA--TTATTAT-A---TTA--G-AA--TT-----AA-C---A-----A--G---AAT-G-T--------AA----TAAT-CCA-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTT-TGA-----A--A-TAATT-TT-T---G-T--TAT--GAACA---T-AT---G---CCA---ACTCAAT-T-TTT--AATATTAGAAG--AAAA-CCCTCCttgtaaaagggggggggg
gi|4 : tttctatgtaacacaAAATTACGTTT-G--TT-T-C---AGT-----AGA--------------TA-CA-AGAA--TA----A-----AA-T----------TC-T-----G-T--TC-AA----CG----A-TC------A--C----C-A----C----ACAA-G---T-A--CT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---AG-G--A-----ATTC--AA-A----A-------TAA---A--AT-A---ACATTAAAAA------A-TCA-----T-A---AAACA-C---T-AG-CCTA-TG----AAG-A-TG-TATC--A---A-TA---------C-AAAT-A-------TT--A---TTAT-A--TT------AAT--CT-AA--A--T-AA-TGAAAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTTA----AC-AAG---T-G-----G---A--AAAC-TTG--T-A--AGG---GAAGG-------GGGannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaaattacgtttgtttcagtagatacaagaataaaattctgttcaacgatcaccacacaagtacttgtaagtcaaggaattcaaaataaaataacattaaaaaatcataaaacactagcctatgaagatgtatcaatacaaatattattatattaatctaaataatgaaaaaactctccaaaataatgttaacaagtggaaaacttgtaagggaaggggga
gi|5 : tttctatgtaacacagatatataaagcctagctgaaaaaaaaatctgaatattattatattagaattaacaagaatgtaataatccaagtattaaatatttttgaaataatttttgttatgaacatatgccaactcaatttttaatattagaagaaaaccctccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaGTAA--TGATA----T-ATAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAA-AAT-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---ATT-G-TTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTT-GAA-----A--A-T--AT-TT-T---G-T--T-T--G--CA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCCTCCa
gi|5 : TAAATTATGTT--G--TT-TTC---AGT-----GG---------------TA-CA-AGAA--TA----A-----AA-T----------T--T-----G-T--T--AA----C-----A-TC---TA-A--C----C-A----C----A----G---T-C--TT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---GG-A--A-----TTTC--AA-T----A-------TAAC--A--AT-T---ACA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-T-TA-T-----AAG-A-TG-T-TC--A---A-T----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-A--TT------A-T--CT-AA--A--T-GA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--T-A--GGG---GGGGG-------GGGGGGGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaattatgttgttttcagtggtacaagaataaaatttgttaacatctaaccacagtctttgtaagtcaggaatttcaatataacaattacaaatcataaacactggttataagatgttcaatcatattcatttattatctaaatgataaaaactctccaaaataatgttacaagtgaaaaattgtaggggggggggggggggg
gi|6 : gtaatgatatataaaggcctgctgaaaaaataatttgaataatttttattgaatttttaaacaagattgttcaaaatatcccagtattaaatattttgaaaatattttgtttgcatttgccaatttttttaaatattaggaaaaccctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA----T-ATAAA--G----C-CC--T-GC--T--G--A----AAA-AAT-AA-T------GA-TA--AG-TTT--A---TT---G-AA--TTTTA-AAA-C---A-----A--G---AAT-G--TC----AAAA------AT-CCC-AG-T-A-GA-A-AATA--TTTT--AA-----A--A-TA-AT-TT-T---A-TG-T-T--G-ACA---T-TT---G---CCATTTTTT---T-T-TTTATAATATAGG--G--AAAACCCCTCC
gi|6 : ctattataTAAATTATGTTT-G--TT-T-C---AGT-----GG---------------TA-CA-AGAA--TA----A-----A--T----------T--T-------T--T--AA----C-----AATC---TA-A--C----CCA----C----AC---A---T-C--TT-G----G-T-A-----A-----T--C-A---G--A--A-----TTCC--AAAT----A--------AAC--A--AT-----AAA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-C-TA-T------AG-A-TG-T-TCA-A---A-T----------C-A--T-A-------TTC-A----T-G-A--TT------T-A--CT-AA--A--T-GATT--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-TAAA----TG-------AC-AAG---T-----------A--AAA--TTG--T-A--GGaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaattatgtttgtttcagtggtacaagaataaatttttaacaatctaacccacacatcttggtaatcagaattccaaataaacaataaaaatcataaacactggctatagatgttcaaatcatattcatgatttactaaatgattaaaaactctccaaaataaatgacaagtaaaattgtagg
gi|7 : ctattataatataaagccctgctgaaaaaataatgataagtttattgaattttaaaacaagaatgtcaaaaatcccagtagaaaatattttaaaataattttatgttgacatttgccatttttttttttataatatagggaaaacccctccaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaATA----A-ATAAA--G----G-CCC-T-GC--T--G--A----AAAAAAT-AA-TTT---GAA--A--A--TTTT-A---TT---G-AA----TTT-AAA-C---A-----A--G---AAA-GTTTC----AAAA----C-TT-CCC-A--T-A-TC-ATAATA--TTTT-AAATT---A--A-T--C--TA-T---G-T--T-T--G-GCA---TATT--------CA---ATT---A-C-TTTA-ATCATTAG--GGAAAAA-CCCTCC
gi|7 : gttaagcttctatcttaataccAAGTTAT-TTT----TT-TCC-----T-----G----------------TA-CA-AGAA---A----A-----AA-T----------T--TC----G-------AA----CAATCTA-TC---TA-A--CA---C-AACATC----A----A---T-C---T-T----G-T-A-----A---GAT--C-A---A------------TTCGAAA-T----A-------TACC--A--TT-T---AAA------A------A-AAA-----T-AAT-AA-CA-C---T--G-C-TATT-----AAG-A----T-TC--A---A-T----------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaagttatttttttcctgtacaagaaaaaatttcgaacaatctatctaacacaacatcaatcttgtaagatcaattcgaaatataccatttaaaaaaaataataacactgctattaagattcaat
gi|8 : gttaagcttctatcttaataccataaataaaggccctgctgaaaaaaataatttgaaaattttattgaatttaaacaagaaagtttcaaaacttcccatatcataatattttaaattaatctatgtttggcatattcaattactttaatcattagggaaaaaccctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaGTAA--TGATA----T-ATAA---G----G-CC--T-GC-----G--A----AAA-AAT-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAG-C---------A--G---AAT-GTTTC----AAGA----T-AT-CCC-AG-T-A-AT-T-AATA--TTTT-GAAAT---A--A-T--TT-TA-T---G-T--T-TTGG-ACA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AACA-CCCTCC
gi|8 : ctatTAAATTATGTTT-G--TT-TTC---AGT-----GG---------------TA-CAGAGAA--TA----ACAAGTAA-T----------T--T-----T-T--TTAAA----A-----A-TC---TA-A--C----C-A----C----ACAACG---T-C--TT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---GGGA--A-----TTTC--AACT----A-------TAAC--ACAAT-T---AAA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-C-TA-T-----GAG-A-TG-T-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaattatgtttgttttcagtggtacagagaataacaagtaatttttttaaaaatctaaccacacaacgtctttgtaagtcagggaatttcaactataacacaattaaaaatcataaacactggctatgagatgt
gi|9 : ctatgtaatgatatataaggcctgcgaaaaaataatttgaataatttttattgaatttttaagcagaatgtttcaagatatcccagtaattaatattttgaaataattttatgttttggacatttgccaatttttttaaatattaggaacaccctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaAAATTATGTTT-G--TC-TTCTCCAGT-----AAACACTTACCCGCTACTA-CC-AGAA--TA----AC----AA-TAGAGCCCCTGC--T-----G-T--T--AA----C-----A-TC---TA-A--CCAAAC-A----C----A----G---T-C--TTCT----GCT-A-----A---G-T--C-AGGCGG-A--A-----TTTC--AA-CTCGAG-------TAACCAG--AT-TCTAAC-------A------A-TCT-----T-ACAGAA-CA-C---T-GG-C-TA-T-----GAG-ATTGCT-TCAAA---A-T----------C-A--T-A-------TTCTA---TT-TCATTTT------A-T--CT-AA--AT-T-GA-T--AAAAA--ATCTTCTTC--CACA--A-A-TAAA----TGCTCTA--AC-AAGCTTT-G-----A---AAGAAA--TTG--T-A--TGGTTTGGGGG-------CGGGGGGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AAATTAAAAATCTTCTACCGCAAATATAAGTGATCTACAGCATTCAAAAGTAATTTATGTTCGTTTTGATGGTGGGGGTTTGGTAGAGGTGCTGGGGGAAAGATTT
Alignments
lowQualScore : 111 1 333333333333333 333333333333333333333333333333333333 1111111111 111111111111111111111 1111 1111111111 11111111111111 111111111111111111111 11111 111111 1111111111111111111 2222222 222222 11111 1111 1 2222 11111 111 111111111111 1111111
lowQualScore : 55 6666 2 33 6666 2 55 4 66 33 55 7777 2 2 2 333 2 66 6 55555 000 2 33 4 2 888888888 33 444 2 1 8888 5555 2 2 2 4 2 2 444 66 2 2 444 5 4 2 88 7777 2 33 8 777 2 999 444 555 1 555 5 2 2 44 44 3 8888 3 0 555 88888 222222222222222 3 3 77 7777 777777777777777777777777777777777777 2222222222 6 555 3 33 888888888888888888888 555 2 33 5 1111 2 2 99999999999999 2 555 5555555555 33 55555555555555 33 33 999999999999999999999 5 55555 2 888 5 2 777 2 2 2 5 555555 5 2 2 2 8888888888888888888 3 77 3 0000000 6 555 3 6 77 333333 3 44 6 99999 3 3 44 99 4444 44 6 44 6 3 3 0000 77777 3 000 3 333333333333 999 55 3 88 777 4444444
lowQualScore : .. .... . .. .... . .. . .. .. .. .... . . . ... . .. . ..... ... . .. . . ......... .. ... . . .... .... . . . . . . ... .. . . ... . . . .. .... . .. . ... . ... ... ... . ... . . . .. .. . .... . . ... ..... ............... . . .. .... .................................... .......... . ... . .. ..................... ... . .. . .... . . .............. . ... .......... .. .............. .. .. ..................... . ..... . ... . . ... . . . . ...... . . . . ................... . .. . ....... . ... . . .. ...... . .. . ..... . . .. .. .... .. . .. . . . .... ..... . ... . ............ ... .. . .. ... .......
lowQualScore : 55 9999 2 11 9999 2 33 4 11 11 33 8888 2 2 2 999 2 11 7 33333 000 2 22 7 4 333333333 22 111 4 8 2222 0000 4 4 4 7 4 4 111 33 7 7 777 3 1 7 55 5555 7 77 0 333 7 333 777 000 0 000 7 9 9 22 22 6 7777 3 4 888 33333 111111111111111 3 3 99 1111 666666666666666666666666666666666666 9999999999 7 888 1 99 444444444444444444444 000 9 99 7 8888 9 9 66666666666666 9 000 1111111111 99 11111111111111 99 99 666666666666666666666 7 77777 9 999 7 9 999 9 9 9 7 111111 7 9 9 9 9999999999999999999 3 99 3 0000000 7 888 3 7 99 333333 3 66 7 11111 3 3 66 22 2222 66 7 66 7 3 3 8888 55555 3 444 3 999999999999 222 00 6 66 000 4444444
consensus : GTAA--TGATA----T-ATAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-TTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTT-GAA-A---T-AATTT-TN-TG-T--T-T--G-ACA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATTATGTTT-G--TT-TTC---AGT-----GG---------------TA-CA-AGAA--TA----A-----AA-T----------T--T-----G-T--T--AA----C-----A-TC---TA-A--C----C-A----C----A----G---T-C--TT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---GG-A--A-----TTTC--AA-T----A-------TAAC--A--AT-T---ACA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-C-TA-T-----AAG-A-TG-T-TC--A---A-T----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-A--TT------A-T--CT-AA--A--T-GA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--T-A--GGG---GGGGG-------GGGGGGGGG
Reference ( family-335 ) : GTAA--TGATA----T-ATAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-TTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTT-GAA-A---T-AATTT-TT-TG-T--T-T--G-ACA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATTATGTTT-G--TT-TTC---AGT-----GG---------------TA-CA-AGAA--TA----A-----AA-T----------T--T-----G-T--T--AA----C-----A-TC---TA-A--C----C-A----C----A----G---T-C--TT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---GG-A--A-----TTTC--AA-T----A-------TAAC--A--AT-T---ACA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-C-TA-T-----AAG-A-TG-T-TC--A---A-T----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-A--TT------A-T--CT-AA--A--T-GA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--T-A--GGG---GGGGG-------GGGGGGGGG
gi|1 : GTAA--TGATAA---T-ATAAA--G----GTCC--T-GC--T--G--A----AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---------A--G---AAT-G-TTC----AAGA----T-ATACCC-AG-T-A-TA-T-AATA--TTTT-GAA-A---T-AATTT-TA-TGTT--T-T--G-ACA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTT--AATATTAG--G--AAAA--CCTCC
gi|1 : tctatTAAATTATGTTT-G--TTGCTA---AGT-----GGA--------------TA-CA-AAAAA-TGGGACA-----GA-T----------TATT-----G-TGAT--AG----C-----AATCGAGTAGA--C----C-A----C----A----GCAGT-C--TT-T----G-T-ACACCAG---G-T--C-A---GG-G--AGATTATTAC--AAGT----A-------TTAT--A--AT-----ACG------AGAAAACA-TCACTAACT-A---AA-CAGCG--T-GG-C-TA-TGG---AGA-A-TG-T-TT--ATATA-T----------CCA--T-AATT----TTC-A---TT-TTA--TTTGG---A-G--CTGAA--A--T-GA-T--AAAAA--CTCTTAATC--CA-AAGA-A-TAAA----TATTGGTTGAC-AAG---T-G-----A---A--GAAATTTGAAT-A--AAG---GGGGG-------GGGGGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaattatgtttgttgctaagtggatacaaaaaatgggacagattattgtgatagcaatcgagtagaccacagcagtctttgtacaccaggtcagggagattattacaagtattataatacgagaaaacatcactaactaaacagcgtggctatggagaatgtttatatatccataattttcattttatttggagctgaaatgataaaaactcttaatccaaagaataaatattggttgacaagtgaagaaatttgaataaagggggggggggggt
gi|10 : tctatgtaatgataatataaaggtcctgctgaaaaaataatttgaataatttttattgaatttttaaacagaatgttcaagatatacccagtatataatattttgaaataattttatgttttgacatttgccaatttttttaatattaggaaaacctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaAAATTATGTTT-GT-TT-TTC---AGTGGGGGGG---------------CACCA-CGAA--TA----AAG---AA-T----------T--CTAAAAA-C--T--AAAAACC-----A-CC---CA-A--C----C-A---------A----A---T-CTTTT-T----G-T-A-----AAGGG-TTCC-A---AG-A--AAATT-TCTC--AA-T----A-------TTAC--A--AT-CAA-AAA------A------A-TCA-----TAA---AA-CA-C---T-GG-C-AA-T-----AAG-A-TG-T-TTCAA---A-T----------C-A--T-A-------TTC-A---AT-T-A--TTTA----A-T--CT-AA--AT-T-GA-T--AAAAAGCTTC----TC--CA-A--A-A-T-AAAAAGT-TT-----AC-AAG---T-G-----G---A--AAA--t
gi|11 : -A--C----A-A----C----A----G---T-T--TT-TC---G-TCA-----A---G-T--CTA---GG-ATAA-----TTTC--AA-T----ACGGCGTATAAC--A--AT-T---ACA------A------A-TTAG----T-A---AA-CA-CACTT-GGGC-TA-TCCACGAAC-A-TG-T-TC--A---A-T----------C-GG-T-A-------CTC-GACTCT-T-A--TTTCGCTAG-T--CT-AAC-A--TTGA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--ATATT-AACAT-CGTT-----AC-AA----T-GTCACTA---ACCAAA--TTG--T-A--AGG---Ga
gi|12 : c-G--TT-TTC---AGT-----GG---------------TA-CA-A-AT--TA----A-----AATT----------T--T-----G-T--T--AA----A-----T-TC---TA-A--C----C------C----A----G---TCC--TT-C----G-T-A-----A---G-T--C-A---GG-A--A-----TTTC--AA-T----A-------TAAC--A-----------A------A------G-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-AG-C-TA-T-----AAACA-TG-T-TC--A---T-TGCCTTTCGCAC-A--TAA-------TTC-A---TA-T-AT-TT------A-T--CT-AAT-T--T-GA-T--AAAAA--CTC----TCCTCA-A--A-A-TAAA----TGTT-----ACAAAG---T-G---------A--AAT--TTG--T-ATTGGG---GGAGG-------GGGaacgagacgggcggtgctagggcggggg
gi|13 : GTAAGTTGATA----TCATAAA--GAAGGG-CC--T-GC--T--G--A----AAAAT-A-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---GAAA--TTTTA-AAA-C---AAAGGGA--G---GAT-GTTTC----AAAAAAATT-AT-CCCGAG-T-A-TA-A-AATATTTTTT-GAA-AAAGT-AATTTATT-GG-T--T-T--G-GCA---T-TT---GTTCCCA---A-----T-T-GTTA-AAT-TTAG--G--AAAA-CCCTCttt
gi|14 : ttctatgAA--TGATA----T-ATAAA--G----G-TC--T-GC--T--GAAA----AAAAA-T-AATTTT---GAATTA--AT-TTTTAA---TT---A-CA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---AATGG-TTCAG--AAAA----T-AC-CCC-AG-T-A-TTAA-AATA--TTTT-GAA-A---G-AA-TT-TT-AG-T--T-T--G-ACA-----TT---G---CCA---TAT---T-T-TGAA-AATA-TAG--T--AAAA-CCCTC
gi|15 : atttctatc--C----C-A----CC---A----G---T-C--TT-T----G-T-A-----C---G-T--C-A---GGAA--A-----TTTC--AA------A-------TAAC--A-----T---A-------------------A-----T-A---G---A-C---T-GG-C-TATT-----GAGTA-TG-A-TCGAA---G-T----------C-A--T-AATCTTACTTCTA---TT-T-A--T---------T--CT-AA--GATT-GA-T--AAAAA--CTC----AC--CA-A--A-A-T-AA----T-TT-----AT-AAG---T-G-----AAACA--AAA--TTG--T-A--GGG---GTGTA-------GGG
gi|16 : ac----T-ATAAA--AT---G-CC--T-GCCTT--G--A----AAATT-TTAA-TTT---GAA-TA--TT-TTTT-T---CT---G-AA--TTTTT-AAA-T---T-----A--G---AAT-G-TTC----AATA----T-AT-TCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTT-GAA-A---C-ATTTT-TT-TC-T--T-T--G-ACT---T-TT---A---CCA---AAT---T-C-TGAA-AATATTAA--G--AAA
gi|17 : tctattattatATA----T-ATAAA--G----A-C---T-GC--T--G--A----AA----C-TA-TTT---GAA-TACTATCTTTT-A---TTTTGG-AA--TTTTTTACA-C---A-----A--G---AAT-GTTTC----AAAA----T-AA-TCC-AGAT-A-TT-A----G--TTTT-GAA-A---TCAATTT-TTATG-TCAT-T--GAACA---T-TTGGGG---CGA---ATT---TGT-TTTA-AATATTGA--G--A
gi|18 : GATA----T-ATAAA--G----A-C---T-GC--T--G--A----AA----C-TA-TTT---GAA-TACTATCTTTT-A---TTTTGG-AA--TTTTTTACA-C---A-----A--G---AAT-GTTTC----AAAA----T-AA-TCC-AGAT-A-TT-A----G--TTTT-GAA-A---TCAATTT-TTATG-TCAT-T--GAACA---T-TTGGGG---CGA---ATT---TGT-TTTA-AATATT
gi|19 : AGC--A--AT-T---CAA------A------A-ACA-----T-A---AAACA-C---TTGG-C-TA-T-----AAG-A-TG-T-TC--A---A-T----------C-A--T-AC------TTC-A---TT-T-A--TT------A-TATCT-AA--T--T-GA-T--AAAAAATCTC----TC--CAGA--A-A-T-AAA---TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--TGA--GGG---GGGGGAGTTGTAGGGGGGGGGgag
gi|2 : attattaGTAA--TGATA----T-ATAAG--G----C-CT--T-GC--T--G--AGAAAAAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-----TT---G-AA---TTTT-AAA-C---A-----AGCG---AAT-G-TTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-TAA-TT-A-AATA--TTTT-GAA-A---T-AATTT-TA-TG-T--T-T--G-GCATTTT-TT---G---CCA---ATT---C-G-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCCga
gi|2 : taatttctacttTAAATTATGTTTTG--TT-TTA---AGT-----GG---------------TA-CA-AGAAATTA----A-----AA-T----------T--T-------T--G--AA----C-----A-TC---TA-C--CGA--C-A----C----A----G---T-C--TT-TT---G-T-A-----A---G----C-G---GG-A--A-----TTTA--AC-T----A-------TAAC--A--AT-T---ACA------A------AGTCAG----T-A---AA-CA-C---T--G-T-TA-T------AG-A-TG-T-TC--A---T-T----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-T--TT------A-T--CTAAA--A--T-TA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--AGA-T-AA----TGTT-----AC-AAGTA-T-G-----A---A--AA----TG--T-A--AGG---GGGGG-------GGGGGatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaattatgttttgttttaagtggtacaagaaattaaaattttgaacatctaccgacacagtcttttgtaagcgggaatttaactataacaattacaaagtcagtaaacactgttatagatgttcattcatattcattttttatctaaaattataaaaactctccaaagataatgttacaagtatgaaaatgtaaggggggggggggtgtaaagggggggg
gi|20 : taatttctacttgtaatgatatataaggccttgctgagaaaaaaaataatttgaataatttttttgaattttaaacaagcgaatgttcaaaatatcccagtaattaaatattttgaaataattttatgtttggcattttttgccaattcgtttaaatattaggaaaacccatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntATG----T-ATAAAAGG----G-CC--T-GC--TCTG--T----AGAAA-T-A--TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-CCTAA-----G--G---AAT---TTC----AAAA----A-AT-CCC-AG-T-A-TT---AAT---TTTT-GAA-A---T-AG-TT-TT-TG---------A-ACA---T-TT---G---TCA-----T---T-T-TGAA-AATATTAG--G--AAAA-Ctgtaaagggggggg
gi|21 : tatagtATA------ATAAA--A----A-CCCTT-GCCTT--G--A----AAAAA-T-AA-TTTTTCGAA-TA--AT-TTTT-AAAATT---G-AAATTTTTT-AAAAC---A-----A--G---A-T-G-TTTTCAAAAAA----T-AT-CC--AG-T-A-TT-G-A-----TGTT-GAAGA---T-ATTTT-TA-TG-T--T-T--G-ACA---T-TT---G---CC
gi|23 : tctTAAATTATGTTT-GTTTT-TTT---AGT-----GGTT-------------TA-CA-ACAA--TA----A-----AATT----------T--T-----GCT--T--AA----C-----A-TC---TA-A--A----C-A----CACAAA----G---T-C--CTAT----G-T-A-----------T--C-C---AG-AT-T-----TTTC--AA-T----C-------TA
gi|24 : aGTAG--TGATAATTAT-ATAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAAAT-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTAT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-TTA----AGAA----T-AT-CAC-AG-T-A-Tgttaataca
gi|25 : tcctatGTTA--TGATA----T-ATAAA--T----G-CT--T-GC--T--G--A----AAAAT-T-AA-TTT---CAA-T---------------------------TTTT-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-GTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-
gi|26 : tttctatGTAA--TGATA----T-GTAAA--G----G-CC--T-CC--T--GA-A----AAAAA-T-AA-TTT---CAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-g
gi|3 : atttctatGTAA--TGATA----T-A--AA--G----G-CC--TTGC--T--G--AGA--AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA-----TTTT-----TT---G-AA--TTTAT-AAA-C---A-----A--GGCGAAT-G-TTC----AACA----T-AT-CCC-AG-T-AATT-A-AATA--TTTTTGAA-A---T-AATTT-TA-TG-T--T-T--G-GCAT--T-TT---G---CCA---ATT---C-TGTTTA-AAT-TTAG--G--AAAA-CCCTC
gi|3 : taactAATTATGTTTTG--TT-TTA---AGT-----GG---------------TA----ACAA--TG----A-----AA-T----------TA-T-----T-T--TG-AA----C-----A-TC---TA-AGCCA---C-A----C----A----G---T-C--TT-TTTCAG-T-A-----A---G----C-G---GG-A--A-----TTTA--AC-T----A-------TAAC--A--ATAT---ACA------A------AGTCAG----T-A---AA-CA-C---T-G--T-TA-T-----A-G-A-TG-T-TC--A---AAT----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-A--TTT-----A-T--CT-AATAA--T-TA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AAAT--TGTT-----AC-AAG---TTG-----A---A--AA----TG--T-AA-GGG---GGGGG-------GGGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaattatgttttgttttaagtggtaacaatgaaattattttgaacatctaagccacacagtctttttcagtaagcgggaatttaactataacaatatacaaagtcagtaaacactgttatagatgttcaaatcatattcatttatttatctaataattataaaaactctccaaaataaattgttacaagttgaaaatgtaagggggggggggggttgtaaaagggggggggg
gi|4 : taactgtaatgatataaaggccttgctgagaaaaaataatttgaatattttttgaatttataaacaaggcgaatgttcaacatatcccagtaattaaatatttttgaaataattttatgtttggcattttgccaattctgtttaaatttaggaaaaccctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttGATA----T-ATAAA-------G-CC--TAGC--T--G--A----AAAAA-A-AA-TCT---GAA-TA--TTATTAT-A---TTA--G-AA--TT-----AA-C---A-----A--G---AAT-G-T--------AA----TAAT-CCA-AG-T-A-TT-A-AATAT-TTTT-GAA-A---T-AA-TT-TT-TG-T--TAT--GAACA---T-AT---G---CCA---ACTCAAT-T-TTT--AATATTAGAAG--AAAA-CCCTCCttgtaaaagggggggggg
gi|4 : tttctatgtaacacaAAATTACGTTT-G--TT-T-C---AGT-----AGA--------------TA-CA-AGAA--TA----A-----AA-T----------TC-T-----G-T--TC-AA----CG----A-TC------A--C----C-A----C----ACAA-G---T-A--CT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---AG-G--A-----ATTC--AA-A----A-------TAA---A--AT-A---ACATTAAAAA------A-TCA-----T-A---AAACA-C---T-AG-CCTA-TG----AAG-A-TG-TATC--A---A-TA---------C-AAAT-A-------TT--A---TTAT-A--TT------AAT--CT-AA--A--T-AA-TGAAAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTTA----AC-AAG---T-G-----G---A--AAAC-TTG--T-A--AGG---GAAGG-------GGGannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaaattacgtttgtttcagtagatacaagaataaaattctgttcaacgatcaccacacaagtacttgtaagtcaaggaattcaaaataaaataacattaaaaaatcataaaacactagcctatgaagatgtatcaatacaaatattattatattaatctaaataatgaaaaaactctccaaaataatgttaacaagtggaaaacttgtaagggaaggggga
gi|5 : tttctatgtaacacagatatataaagcctagctgaaaaaaaaatctgaatattattatattagaattaacaagaatgtaataatccaagtattaaatatttttgaaataatttttgttatgaacatatgccaactcaatttttaatattagaagaaaaccctccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaGTAA--TGATA----T-ATAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---ATT-G-TTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTT-GAA-------AATAT-TT-TG-T--T-T--G--CA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCCTCCa
gi|5 : TAAATTATGTT--G--TT-TTC---AGT-----GG---------------TA-CA-AGAA--TA----A-----AA-T----------T--T-----G-T--T--AA----C-----A-TC---TA-A--C----C-A----C----A----G---T-C--TT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---GG-A--A-----TTTC--AA-T----A-------TAAC--A--AT-T---ACA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-T-TA-T-----AAG-A-TG-T-TC--A---A-T----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-A--TT------A-T--CT-AA--A--T-GA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--T-A--GGG---GGGGG-------GGGGGGGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaattatgttgttttcagtggtacaagaataaaatttgttaacatctaaccacagtctttgtaagtcaggaatttcaatataacaattacaaatcataaacactggttataagatgttcaatcatattcatttattatctaaatgataaaaactctccaaaataatgttacaagtgaaaaattgtaggggggggggggggggg
gi|6 : gtaatgatatataaaggcctgctgaaaaaataatttgaataatttttattgaatttttaaacaagattgttcaaaatatcccagtattaaatattttgaaaatattttgtttgcatttgccaatttttttaaatattaggaaaaccctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA----T-ATAAA--G----C-CC--T-GC--T--G--A----AAAAA-T-AA-T------GA-TA--AG-TTT--A---TT---G-AA--TTTTA-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-T-C----AAAA------AT-CCC-AG-T-A-GA-A-AATA--TTTT-AAA-A---T-AATTT-TA-TG----T-T--G-ACA---T-TT---G---CCATTTTTT---T-T-TTTATAATATAGG--G--AAAACCCCTCC
gi|6 : ctattataTAAATTATGTTT-G--TT-T-C---AGT-----GG---------------TA-CA-AGAA--TA----A-----A--T----------T--T-------T--T--AA----C-----AATC---TA-A--C----CCA----C----AC---A---T-C--TT-G----G-T-A-----A-----T--C-A---G--A--A-----TTCC--AAAT----A--------AAC--A--AT-----AAA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-C-TA-T------AG-A-TG-T-TCA-A---A-T----------C-A--T-A-------TTC-A----T-G-A--TT------T-A--CT-AA--A--T-GATT--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-TAAA----TG-------AC-AAG---T-----------A--AAA--TTG--T-A--GGaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaattatgtttgtttcagtggtacaagaataaatttttaacaatctaacccacacatcttggtaatcagaattccaaataaacaataaaaatcataaacactggctatagatgttcaaatcatattcatgatttactaaatgattaaaaactctccaaaataaatgacaagtaaaattgtagg
gi|7 : ctattataatataaagccctgctgaaaaaataatgataagtttattgaattttaaaacaagaatgtcaaaaatcccagtagaaaatattttaaaataattttatgttgacatttgccatttttttttttataatatagggaaaacccctccaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaATA----A-ATAAA--G----G-CCC-T-GC--T--G--A----AAAAAAT-AA-TTT---GAA--A--AT-TTT--A---TT---G-AA--TTT---AAA-C---A-----A--G---AAA-GTTTC----AAAA----C-TT-CCC-A--T-A-TC-ATAATA--TTTT-AAA-T---T-AA-TC-TA-TG-T--T-T--G-GCA---TATT--------CA---ATT---A-C-TTTA-ATCATTAG--GGAAAAA-CCCTCC
gi|7 : gttaagcttctatcttaataccAAGTTAT-TTT----TT-TCC-----T-----G----------------TA-CA-AGAA---A----A-----AA-T----------T--TC----G-------AA----CAATCTA-TC---TA-A--CA---C-AACATC----A----A---T-C---T-T----G-T-A-----A---GAT--C-A---A------------TTCGAAA-T----A-------TACC--A--TT-T---AAA------A------A-AAA-----T-AAT-AA-CA-C---T--G-C-TATT-----AAG-A----T-TC--A---A-T----------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaagttatttttttcctgtacaagaaaaaatttcgaacaatctatctaacacaacatcaatcttgtaagatcaattcgaaatataccatttaaaaaaaataataacactgctattaagattcaat
gi|8 : gttaagcttctatcttaataccataaataaaggccctgctgaaaaaaataatttgaaaattttattgaatttaaacaagaaagtttcaaaacttcccatatcataatattttaaattaatctatgtttggcatattcaattactttaatcattagggaaaaaccctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaGTAA--TGATA----T-ATAA---G----G-CC--T-GC-----G--A----AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAG-C---------A--G---AAT-GTTTC----AAGA----T-AT-CCC-AG-T-A-AT-T-AATA--TTTT-GAA-A---T-AATTT-TA-TG-T--T-TTGG-ACA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AACA-CCCTCC
gi|8 : ctatTAAATTATGTTT-G--TT-TTC---AGT-----GG---------------TA-CAGAGAA--TA----ACAAGTAA-T----------T--T-----T-T--TTAAA----A-----A-TC---TA-A--C----C-A----C----ACAACG---T-C--TT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---GGGA--A-----TTTC--AACT----A-------TAAC--ACAAT-T---AAA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-C-TA-T-----GAG-A-TG-T-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaattatgtttgttttcagtggtacagagaataacaagtaatttttttaaaaatctaaccacacaacgtctttgtaagtcagggaatttcaactataacacaattaaaaatcataaacactggctatgagatgt
gi|9 : ctatgtaatgatatataaggcctgcgaaaaaataatttgaataatttttattgaatttttaagcagaatgtttcaagatatcccagtaattaatattttgaaataattttatgttttggacatttgccaatttttttaaatattaggaacaccctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaAAATTATGTTT-G--TC-TTCTCCAGT-----AAACACTTACCCGCTACTA-CC-AGAA--TA----AC----AA-TAGAGCCCCTGC--T-----G-T--T--AA----C-----A-TC---TA-A--CCAAAC-A----C----A----G---T-C--TTCT----GCT-A-----A---G-T--C-AGGCGG-A--A-----TTTC--AA-CTCGAG-------TAACCAG--AT-TCTAAC-------A------A-TCT-----T-ACAGAA-CA-C---T-GG-C-TA-T-----GAG-ATTGCT-TCAAA---A-T----------C-A--T-A-------TTCTA---TT-TCATTTT------A-T--CT-AA--AT-T-GA-T--AAAAA--ATCTTCTTC--CACA--A-A-TAAA----TGCTCTA--AC-AAGCTTT-G-----A---AAGAAA--TTG--T-A--TGGTTTGGGGG-------CGGGGGGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AAATTAAAAATCTTCTACCGCAAATATAAGTGATCTACAGCATTCAAAAGTAATTTATGTTCGTTTTGATGGTGGGGGTTTGGTAGAGGTGCTGGGGGAAAGATTT
Alignments
lowQualScore : 111 1 333333333333333 333333333333333333333333333333333333 1111111111 111111111111111111111 1111 1111111111 11111111111111 111111111111111111111 11111 111111 1111111111111111111 2222222 222222 11111 1111 1 2222 11111 111 111111111111 1111111
lowQualScore : 55 6666 2 33 6666 2 55 4 66 33 55 7777 2 2 2 333 2 66 6 55555 000 2 33 4 2 888888888 33 444 2 1 8888 5555 2 2 2 4 2 2 444 66 2 2 444 5 5 2 6 7777 2 33 8 777 2 999 444 555 1 555 5 2 2 44 44 3 8888 3 0 555 88888 222222222222222 3 3 77 7777 777777777777777777777777777777777777 2222222222 6 555 3 33 888888888888888888888 555 2 33 5 1111 2 2 99999999999999 2 555 5555555555 33 55555555555555 33 33 999999999999999999999 5 55555 2 888 5 2 777 2 2 2 5 555555 5 2 2 2 8888888888888888888 3 77 3 0000000 6 555 3 6 77 333333 3 44 6 99999 3 3 44 99 4444 44 6 44 6 3 3 0000 77777 3 000 3 333333333333 999 55 3 88 777 4444444
lowQualScore : .. .... . .. .... . .. . .. .. .. .... . . . ... . .. . ..... ... . .. . . ......... .. ... . . .... .... . . . . . . ... .. . . ... . . . . .... . .. . ... . ... ... ... . ... . . . .. .. . .... . . ... ..... ............... . . .. .... .................................... .......... . ... . .. ..................... ... . .. . .... . . .............. . ... .......... .. .............. .. .. ..................... . ..... . ... . . ... . . . . ...... . . . . ................... . .. . ....... . ... . . .. ...... . .. . ..... . . .. .. .... .. . .. . . . .... ..... . ... . ............ ... .. . .. ... .......
lowQualScore : 55 9999 2 11 9999 2 33 4 11 11 33 8888 2 2 2 999 2 11 7 33333 000 2 22 7 4 333333333 22 111 4 8 2222 0000 4 4 4 7 4 4 111 33 7 7 777 3 3 7 2 5555 7 77 0 333 7 333 777 000 0 000 7 9 9 22 22 6 7777 3 4 888 33333 111111111111111 3 3 99 1111 666666666666666666666666666666666666 9999999999 7 888 1 99 444444444444444444444 000 9 99 7 8888 9 9 66666666666666 9 000 1111111111 99 11111111111111 99 99 666666666666666666666 7 77777 9 999 7 9 999 9 9 9 7 111111 7 9 9 9 9999999999999999999 3 99 3 0000000 7 888 3 7 99 333333 3 66 7 11111 3 3 66 22 2222 66 7 66 7 3 3 8888 55555 3 444 3 999999999999 222 00 6 66 000 4444444
consensus : GTAA--TGATA----T-ATAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-TTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTT-GAA-A---T-AA-TTT-TATG-T--T-T--G-ACA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATTATGTTT-G--TT-TTC---AGT-----GG---------------TA-CA-AGAA--TA----A-----AA-T----------T--T-----G-T--T--AA----C-----A-TC---TA-A--C----C-A----C----A----G---T-C--TT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---GG-A--A-----TTTC--AA-T----A-------TAAC--A--AT-T---ACA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-C-TA-T-----AAG-A-TG-T-TC--A---A-T----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-A--TT------A-T--CT-AA--A--T-GA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--T-A--GGG---GGGGG-------GGGGGGGGG
Reference ( family-335 ) : GTAA--TGATA----T-ATAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-TTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTT-GAA-A---T-AA-TTT-TNTG-T--T-T--G-ACA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATTATGTTT-G--TT-TTC---AGT-----GG---------------TA-CA-AGAA--TA----A-----AA-T----------T--T-----G-T--T--AA----C-----A-TC---TA-A--C----C-A----C----A----G---T-C--TT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---GG-A--A-----TTTC--AA-T----A-------TAAC--A--AT-T---ACA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-C-TA-T-----AAG-A-TG-T-TC--A---A-T----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-A--TT------A-T--CT-AA--A--T-GA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--T-A--GGG---GGGGG-------GGGGGGGGG
gi|1 : GTAA--TGATAA---T-ATAAA--G----GTCC--T-GC--T--G--A----AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---------A--G---AAT-G-TTC----AAGA----T-ATACCC-AG-T-A-TA-T-AATA--TTTT-GAA-A---T-AA-TTT-TATGTT--T-T--G-ACA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTT--AATATTAG--G--AAAA--CCTCC
gi|1 : tctatTAAATTATGTTT-G--TTGCTA---AGT-----GGA--------------TA-CA-AAAAA-TGGGACA-----GA-T----------TATT-----G-TGAT--AG----C-----AATCGAGTAGA--C----C-A----C----A----GCAGT-C--TT-T----G-T-ACACCAG---G-T--C-A---GG-G--AGATTATTAC--AAGT----A-------TTAT--A--AT-----ACG------AGAAAACA-TCACTAACT-A---AA-CAGCG--T-GG-C-TA-TGG---AGA-A-TG-T-TT--ATATA-T----------CCA--T-AATT----TTC-A---TT-TTA--TTTGG---A-G--CTGAA--A--T-GA-T--AAAAA--CTCTTAATC--CA-AAGA-A-TAAA----TATTGGTTGAC-AAG---T-G-----A---A--GAAATTTGAAT-A--AAG---GGGGG-------GGGGGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaattatgtttgttgctaagtggatacaaaaaatgggacagattattgtgatagcaatcgagtagaccacagcagtctttgtacaccaggtcagggagattattacaagtattataatacgagaaaacatcactaactaaacagcgtggctatggagaatgtttatatatccataattttcattttatttggagctgaaatgataaaaactcttaatccaaagaataaatattggttgacaagtgaagaaatttgaataaagggggggggggggt
gi|10 : tctatgtaatgataatataaaggtcctgctgaaaaaataatttgaataatttttattgaatttttaaacagaatgttcaagatatacccagtatataatattttgaaataattttatgttttgacatttgccaatttttttaatattaggaaaacctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaAAATTATGTTT-GT-TT-TTC---AGTGGGGGGG---------------CACCA-CGAA--TA----AAG---AA-T----------T--CTAAAAA-C--T--AAAAACC-----A-CC---CA-A--C----C-A---------A----A---T-CTTTT-T----G-T-A-----AAGGG-TTCC-A---AG-A--AAATT-TCTC--AA-T----A-------TTAC--A--AT-CAA-AAA------A------A-TCA-----TAA---AA-CA-C---T-GG-C-AA-T-----AAG-A-TG-T-TTCAA---A-T----------C-A--T-A-------TTC-A---AT-T-A--TTTA----A-T--CT-AA--AT-T-GA-T--AAAAAGCTTC----TC--CA-A--A-A-T-AAAAAGT-TT-----AC-AAG---T-G-----G---A--AAA--t
gi|11 : -A--C----A-A----C----A----G---T-T--TT-TC---G-TCA-----A---G-T--CTA---GG-ATAA-----TTTC--AA-T----ACGGCGTATAAC--A--AT-T---ACA------A------A-TTAG----T-A---AA-CA-CACTT-GGGC-TA-TCCACGAAC-A-TG-T-TC--A---A-T----------C-GG-T-A-------CTC-GACTCT-T-A--TTTCGCTAG-T--CT-AAC-A--TTGA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--ATATT-AACAT-CGTT-----AC-AA----T-GTCACTA---ACCAAA--TTG--T-A--AGG---Ga
gi|12 : c-G--TT-TTC---AGT-----GG---------------TA-CA-A-AT--TA----A-----AATT----------T--T-----G-T--T--AA----A-----T-TC---TA-A--C----C------C----A----G---TCC--TT-C----G-T-A-----A---G-T--C-A---GG-A--A-----TTTC--AA-T----A-------TAAC--A-----------A------A------G-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-AG-C-TA-T-----AAACA-TG-T-TC--A---T-TGCCTTTCGCAC-A--TAA-------TTC-A---TA-T-AT-TT------A-T--CT-AAT-T--T-GA-T--AAAAA--CTC----TCCTCA-A--A-A-TAAA----TGTT-----ACAAAG---T-G---------A--AAT--TTG--T-ATTGGG---GGAGG-------GGGaacgagacgggcggtgctagggcggggg
gi|13 : GTAAGTTGATA----TCATAAA--GAAGGG-CC--T-GC--T--G--A----AAAAT-A-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---GAAA--TTTTA-AAA-C---AAAGGGA--G---GAT-GTTTC----AAAAAAATT-AT-CCCGAG-T-A-TA-A-AATATTTTTT-GAA-AAAGT-AA-TTTATTGG-T--T-T--G-GCA---T-TT---GTTCCCA---A-----T-T-GTTA-AAT-TTAG--G--AAAA-CCCTCttt
gi|14 : ttctatgAA--TGATA----T-ATAAA--G----G-TC--T-GC--T--GAAA----AAAAA-T-AATTTT---GAATTA--AT-TTTTAA---TT---A-CA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---AATGG-TTCAG--AAAA----T-AC-CCC-AG-T-A-TTAA-AATA--TTTT-GAA-A---G-AA-TTT-TA-G-T--T-T--G-ACA-----TT---G---CCA---TAT---T-T-TGAA-AATA-TAG--T--AAAA-CCCTC
gi|15 : atttctatc--C----C-A----CC---A----G---T-C--TT-T----G-T-A-----C---G-T--C-A---GGAA--A-----TTTC--AA------A-------TAAC--A-----T---A-------------------A-----T-A---G---A-C---T-GG-C-TATT-----GAGTA-TG-A-TCGAA---G-T----------C-A--T-AATCTTACTTCTA---TT-T-A--T---------T--CT-AA--GATT-GA-T--AAAAA--CTC----AC--CA-A--A-A-T-AA----T-TT-----AT-AAG---T-G-----AAACA--AAA--TTG--T-A--GGG---GTGTA-------GGG
gi|16 : ac----T-ATAAA--AT---G-CC--T-GCCTT--G--A----AAATT-TTAA-TTT---GAA-TA--TT-TTTT-T---CT---G-AA--TTTTT-AAA-T---T-----A--G---AAT-G-TTC----AATA----T-AT-TCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTT-GAA-A---C-AT-TTT-TTTC-T--T-T--G-ACT---T-TT---A---CCA---AAT---T-C-TGAA-AATATTAA--G--AAA
gi|17 : tctattattatATA----T-ATAAA--G----A-C---T-GC--T--G--A----AA----C-TA-TTT---GAA-TACTATCTTTT-A---TTTTGG-AA--TTTTTTACA-C---A-----A--G---AAT-GTTTC----AAAA----T-AA-TCC-AGAT-A-TT-A----G--TTTT-GAA-A---TCAATTTT-TATG-TCAT-T--GAACA---T-TTGGGG---CGA---ATT---TGT-TTTA-AATATTGA--G--A
gi|18 : GATA----T-ATAAA--G----A-C---T-GC--T--G--A----AA----C-TA-TTT---GAA-TACTATCTTTT-A---TTTTGG-AA--TTTTTTACA-C---A-----A--G---AAT-GTTTC----AAAA----T-AA-TCC-AGAT-A-TT-A----G--TTTT-GAA-A---TCAATTTT-TATG-TCAT-T--GAACA---T-TTGGGG---CGA---ATT---TGT-TTTA-AATATT
gi|19 : AGC--A--AT-T---CAA------A------A-ACA-----T-A---AAACA-C---TTGG-C-TA-T-----AAG-A-TG-T-TC--A---A-T----------C-A--T-AC------TTC-A---TT-T-A--TT------A-TATCT-AA--T--T-GA-T--AAAAAATCTC----TC--CAGA--A-A-T-AAA---TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--TGA--GGG---GGGGGAGTTGTAGGGGGGGGGgag
gi|2 : attattaGTAA--TGATA----T-ATAAG--G----C-CT--T-GC--T--G--AGAAAAAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-----TT---G-AA---TTTT-AAA-C---A-----AGCG---AAT-G-TTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-TAA-TT-A-AATA--TTTT-GAA-A---T-AA-TTT-TATG-T--T-T--G-GCATTTT-TT---G---CCA---ATT---C-G-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCCga
gi|2 : taatttctacttTAAATTATGTTTTG--TT-TTA---AGT-----GG---------------TA-CA-AGAAATTA----A-----AA-T----------T--T-------T--G--AA----C-----A-TC---TA-C--CGA--C-A----C----A----G---T-C--TT-TT---G-T-A-----A---G----C-G---GG-A--A-----TTTA--AC-T----A-------TAAC--A--AT-T---ACA------A------AGTCAG----T-A---AA-CA-C---T--G-T-TA-T------AG-A-TG-T-TC--A---T-T----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-T--TT------A-T--CTAAA--A--T-TA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--AGA-T-AA----TGTT-----AC-AAGTA-T-G-----A---A--AA----TG--T-A--AGG---GGGGG-------GGGGGatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaattatgttttgttttaagtggtacaagaaattaaaattttgaacatctaccgacacagtcttttgtaagcgggaatttaactataacaattacaaagtcagtaaacactgttatagatgttcattcatattcattttttatctaaaattataaaaactctccaaagataatgttacaagtatgaaaatgtaaggggggggggggtgtaaagggggggg
gi|20 : taatttctacttgtaatgatatataaggccttgctgagaaaaaaaataatttgaataatttttttgaattttaaacaagcgaatgttcaaaatatcccagtaattaaatattttgaaataattttatgtttggcattttttgccaattcgtttaaatattaggaaaacccatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntATG----T-ATAAAAGG----G-CC--T-GC--TCTG--T----AGAAA-T-A--TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-CCTAA-----G--G---AAT---TTC----AAAA----A-AT-CCC-AG-T-A-TT---AAT---TTTT-GAA-A---T-AG-TTT-T-TG---------A-ACA---T-TT---G---TCA-----T---T-T-TGAA-AATATTAG--G--AAAA-Ctgtaaagggggggg
gi|21 : tatagtATA------ATAAA--A----A-CCCTT-GCCTT--G--A----AAAAA-T-AA-TTTTTCGAA-TA--AT-TTTT-AAAATT---G-AAATTTTTT-AAAAC---A-----A--G---A-T-G-TTTTCAAAAAA----T-AT-CC--AG-T-A-TT-G-A-----TGTT-GAAGA---T-AT-TTT-TATG-T--T-T--G-ACA---T-TT---G---CC
gi|23 : tctTAAATTATGTTT-GTTTT-TTT---AGT-----GGTT-------------TA-CA-ACAA--TA----A-----AATT----------T--T-----GCT--T--AA----C-----A-TC---TA-A--A----C-A----CACAAA----G---T-C--CTAT----G-T-A-----------T--C-C---AG-AT-T-----TTTC--AA-T----C-------TA
gi|24 : aGTAG--TGATAATTAT-ATAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAAAT-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTAT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-TTA----AGAA----T-AT-CAC-AG-T-A-Tgttaataca
gi|25 : tcctatGTTA--TGATA----T-ATAAA--T----G-CT--T-GC--T--G--A----AAAAT-T-AA-TTT---CAA-T---------------------------TTTT-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-GTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-
gi|26 : tttctatGTAA--TGATA----T-GTAAA--G----G-CC--T-CC--T--GA-A----AAAAA-T-AA-TTT---CAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-g
gi|3 : atttctatGTAA--TGATA----T-A--AA--G----G-CC--TTGC--T--G--AGA--AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA-----TTTT-----TT---G-AA--TTTAT-AAA-C---A-----A--GGCGAAT-G-TTC----AACA----T-AT-CCC-AG-T-AATT-A-AATA--TTTTTGAA-A---T-AA-TTT-TATG-T--T-T--G-GCAT--T-TT---G---CCA---ATT---C-TGTTTA-AAT-TTAG--G--AAAA-CCCTC
gi|3 : taactAATTATGTTTTG--TT-TTA---AGT-----GG---------------TA----ACAA--TG----A-----AA-T----------TA-T-----T-T--TG-AA----C-----A-TC---TA-AGCCA---C-A----C----A----G---T-C--TT-TTTCAG-T-A-----A---G----C-G---GG-A--A-----TTTA--AC-T----A-------TAAC--A--ATAT---ACA------A------AGTCAG----T-A---AA-CA-C---T-G--T-TA-T-----A-G-A-TG-T-TC--A---AAT----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-A--TTT-----A-T--CT-AATAA--T-TA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AAAT--TGTT-----AC-AAG---TTG-----A---A--AA----TG--T-AA-GGG---GGGGG-------GGGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaattatgttttgttttaagtggtaacaatgaaattattttgaacatctaagccacacagtctttttcagtaagcgggaatttaactataacaatatacaaagtcagtaaacactgttatagatgttcaaatcatattcatttatttatctaataattataaaaactctccaaaataaattgttacaagttgaaaatgtaagggggggggggggttgtaaaagggggggggg
gi|4 : taactgtaatgatataaaggccttgctgagaaaaaataatttgaatattttttgaatttataaacaaggcgaatgttcaacatatcccagtaattaaatatttttgaaataattttatgtttggcattttgccaattctgtttaaatttaggaaaaccctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttGATA----T-ATAAA-------G-CC--TAGC--T--G--A----AAAAA-A-AA-TCT---GAA-TA--TTATTAT-A---TTA--G-AA--TT-----AA-C---A-----A--G---AAT-G-T--------AA----TAAT-CCA-AG-T-A-TT-A-AATAT-TTTT-GAA-A---T-AA-TTT-T-TG-T--TAT--GAACA---T-AT---G---CCA---ACTCAAT-T-TTT--AATATTAGAAG--AAAA-CCCTCCttgtaaaagggggggggg
gi|4 : tttctatgtaacacaAAATTACGTTT-G--TT-T-C---AGT-----AGA--------------TA-CA-AGAA--TA----A-----AA-T----------TC-T-----G-T--TC-AA----CG----A-TC------A--C----C-A----C----ACAA-G---T-A--CT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---AG-G--A-----ATTC--AA-A----A-------TAA---A--AT-A---ACATTAAAAA------A-TCA-----T-A---AAACA-C---T-AG-CCTA-TG----AAG-A-TG-TATC--A---A-TA---------C-AAAT-A-------TT--A---TTAT-A--TT------AAT--CT-AA--A--T-AA-TGAAAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTTA----AC-AAG---T-G-----G---A--AAAC-TTG--T-A--AGG---GAAGG-------GGGannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaaattacgtttgtttcagtagatacaagaataaaattctgttcaacgatcaccacacaagtacttgtaagtcaaggaattcaaaataaaataacattaaaaaatcataaaacactagcctatgaagatgtatcaatacaaatattattatattaatctaaataatgaaaaaactctccaaaataatgttaacaagtggaaaacttgtaagggaaggggga
gi|5 : tttctatgtaacacagatatataaagcctagctgaaaaaaaaatctgaatattattatattagaattaacaagaatgtaataatccaagtattaaatatttttgaaataatttttgttatgaacatatgccaactcaatttttaatattagaagaaaaccctccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaGTAA--TGATA----T-ATAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---ATT-G-TTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTT-GAA-------AA-TAT-TTTG-T--T-T--G--CA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCCTCCa
gi|5 : TAAATTATGTT--G--TT-TTC---AGT-----GG---------------TA-CA-AGAA--TA----A-----AA-T----------T--T-----G-T--T--AA----C-----A-TC---TA-A--C----C-A----C----A----G---T-C--TT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---GG-A--A-----TTTC--AA-T----A-------TAAC--A--AT-T---ACA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-T-TA-T-----AAG-A-TG-T-TC--A---A-T----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-A--TT------A-T--CT-AA--A--T-GA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--T-A--GGG---GGGGG-------GGGGGGGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaattatgttgttttcagtggtacaagaataaaatttgttaacatctaaccacagtctttgtaagtcaggaatttcaatataacaattacaaatcataaacactggttataagatgttcaatcatattcatttattatctaaatgataaaaactctccaaaataatgttacaagtgaaaaattgtaggggggggggggggggg
gi|6 : gtaatgatatataaaggcctgctgaaaaaataatttgaataatttttattgaatttttaaacaagattgttcaaaatatcccagtattaaatattttgaaaatattttgtttgcatttgccaatttttttaaatattaggaaaaccctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA----T-ATAAA--G----C-CC--T-GC--T--G--A----AAAAA-T-AA-T------GA-TA--AG-TTT--A---TT---G-AA--TTTTA-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-T-C----AAAA------AT-CCC-AG-T-A-GA-A-AATA--TTTT-AAA-A---T-AA-TTT-TATG----T-T--G-ACA---T-TT---G---CCATTTTTT---T-T-TTTATAATATAGG--G--AAAACCCCTCC
gi|6 : ctattataTAAATTATGTTT-G--TT-T-C---AGT-----GG---------------TA-CA-AGAA--TA----A-----A--T----------T--T-------T--T--AA----C-----AATC---TA-A--C----CCA----C----AC---A---T-C--TT-G----G-T-A-----A-----T--C-A---G--A--A-----TTCC--AAAT----A--------AAC--A--AT-----AAA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-C-TA-T------AG-A-TG-T-TCA-A---A-T----------C-A--T-A-------TTC-A----T-G-A--TT------T-A--CT-AA--A--T-GATT--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-TAAA----TG-------AC-AAG---T-----------A--AAA--TTG--T-A--GGaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaattatgtttgtttcagtggtacaagaataaatttttaacaatctaacccacacatcttggtaatcagaattccaaataaacaataaaaatcataaacactggctatagatgttcaaatcatattcatgatttactaaatgattaaaaactctccaaaataaatgacaagtaaaattgtagg
gi|7 : ctattataatataaagccctgctgaaaaaataatgataagtttattgaattttaaaacaagaatgtcaaaaatcccagtagaaaatattttaaaataattttatgttgacatttgccatttttttttttataatatagggaaaacccctccaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaATA----A-ATAAA--G----G-CCC-T-GC--T--G--A----AAAAAAT-AA-TTT---GAA--A--AT-TTT--A---TT---G-AA--TTT---AAA-C---A-----A--G---AAA-GTTTC----AAAA----C-TT-CCC-A--T-A-TC-ATAATA--TTTT-AAA-T---T-AA--TC-TATG-T--T-T--G-GCA---TATT--------CA---ATT---A-C-TTTA-ATCATTAG--GGAAAAA-CCCTCC
gi|7 : gttaagcttctatcttaataccAAGTTAT-TTT----TT-TCC-----T-----G----------------TA-CA-AGAA---A----A-----AA-T----------T--TC----G-------AA----CAATCTA-TC---TA-A--CA---C-AACATC----A----A---T-C---T-T----G-T-A-----A---GAT--C-A---A------------TTCGAAA-T----A-------TACC--A--TT-T---AAA------A------A-AAA-----T-AAT-AA-CA-C---T--G-C-TATT-----AAG-A----T-TC--A---A-T----------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaagttatttttttcctgtacaagaaaaaatttcgaacaatctatctaacacaacatcaatcttgtaagatcaattcgaaatataccatttaaaaaaaataataacactgctattaagattcaat
gi|8 : gttaagcttctatcttaataccataaataaaggccctgctgaaaaaaataatttgaaaattttattgaatttaaacaagaaagtttcaaaacttcccatatcataatattttaaattaatctatgtttggcatattcaattactttaatcattagggaaaaaccctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaGTAA--TGATA----T-ATAA---G----G-CC--T-GC-----G--A----AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAG-C---------A--G---AAT-GTTTC----AAGA----T-AT-CCC-AG-T-A-AT-T-AATA--TTTT-GAA-A---T-AA-TTT-TATG-T--T-TTGG-ACA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AACA-CCCTCC
gi|8 : ctatTAAATTATGTTT-G--TT-TTC---AGT-----GG---------------TA-CAGAGAA--TA----ACAAGTAA-T----------T--T-----T-T--TTAAA----A-----A-TC---TA-A--C----C-A----C----ACAACG---T-C--TT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---GGGA--A-----TTTC--AACT----A-------TAAC--ACAAT-T---AAA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-C-TA-T-----GAG-A-TG-T-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaattatgtttgttttcagtggtacagagaataacaagtaatttttttaaaaatctaaccacacaacgtctttgtaagtcagggaatttcaactataacacaattaaaaatcataaacactggctatgagatgt
gi|9 : ctatgtaatgatatataaggcctgcgaaaaaataatttgaataatttttattgaatttttaagcagaatgtttcaagatatcccagtaattaatattttgaaataattttatgttttggacatttgccaatttttttaaatattaggaacaccctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaAAATTATGTTT-G--TC-TTCTCCAGT-----AAACACTTACCCGCTACTA-CC-AGAA--TA----AC----AA-TAGAGCCCCTGC--T-----G-T--T--AA----C-----A-TC---TA-A--CCAAAC-A----C----A----G---T-C--TTCT----GCT-A-----A---G-T--C-AGGCGG-A--A-----TTTC--AA-CTCGAG-------TAACCAG--AT-TCTAAC-------A------A-TCT-----T-ACAGAA-CA-C---T-GG-C-TA-T-----GAG-ATTGCT-TCAAA---A-T----------C-A--T-A-------TTCTA---TT-TCATTTT------A-T--CT-AA--AT-T-GA-T--AAAAA--ATCTTCTTC--CACA--A-A-TAAA----TGCTCTA--AC-AAGCTTT-G-----A---AAGAAA--TTG--T-A--TGGTTTGGGGG-------CGGGGGGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AAATTAAAAATCTTCTACCGCAAATATAAGTGATCTACAGCATTCAAAAGTAATTTATGTTCGTTTTGATGGTGGGGGTTTGGTAGAGGTGCTGGGGGAAAGATTT
Alignments
lowQualScore : 111 1 333333333333333 333333333333333333333333333333333333 1111111111 111111111111111111111 1111 1111111111 11111111111111 111111111111111111111 11111 111111 1111111111111111111 2222222 222222 11111 1111 1 2222 11111 111 111111111111 1111111
lowQualScore : 55 6666 2 33 6666 2 55 4 66 33 55 7777 2 2 2 333 2 66 6 55555 000 2 33 4 2 888888888 33 444 2 1 8888 5555 2 2 2 4 2 2 444 66 2 2 444 5 5 1 33 7777 2 33 8 777 2 999 444 555 1 555 5 2 2 44 44 3 8888 3 0 555 88888 222222222222222 3 3 77 7777 777777777777777777777777777777777777 2222222222 6 555 3 33 888888888888888888888 555 2 33 5 1111 2 2 99999999999999 2 555 5555555555 33 55555555555555 33 33 999999999999999999999 5 55555 2 888 5 2 777 2 2 2 5 555555 5 2 2 2 8888888888888888888 3 77 3 0000000 6 555 3 6 77 333333 3 44 6 99999 3 3 44 99 4444 44 6 44 6 3 3 0000 77777 3 000 3 333333333333 999 55 3 88 777 4444444
lowQualScore : .. .... . .. .... . .. . .. .. .. .... . . . ... . .. . ..... ... . .. . . ......... .. ... . . .... .... . . . . . . ... .. . . ... . . . .. .... . .. . ... . ... ... ... . ... . . . .. .. . .... . . ... ..... ............... . . .. .... .................................... .......... . ... . .. ..................... ... . .. . .... . . .............. . ... .......... .. .............. .. .. ..................... . ..... . ... . . ... . . . . ...... . . . . ................... . .. . ....... . ... . . .. ...... . .. . ..... . . .. .. .... .. . .. . . . .... ..... . ... . ............ ... .. . .. ... .......
lowQualScore : 55 9999 2 11 9999 2 33 4 11 11 33 8888 2 2 2 999 2 11 7 33333 000 2 22 7 4 333333333 22 111 4 8 2222 0000 4 4 4 7 4 4 111 33 7 7 777 3 3 0 77 5555 7 77 0 333 7 333 777 000 0 000 7 9 9 22 22 6 7777 3 4 888 33333 111111111111111 3 3 99 1111 666666666666666666666666666666666666 9999999999 7 888 1 99 444444444444444444444 000 9 99 7 8888 9 9 66666666666666 9 000 1111111111 99 11111111111111 99 99 666666666666666666666 7 77777 9 999 7 9 999 9 9 9 7 111111 7 9 9 9 9999999999999999999 3 99 3 0000000 7 888 3 7 99 333333 3 66 7 11111 3 3 66 22 2222 66 7 66 7 3 3 8888 55555 3 444 3 999999999999 222 00 6 66 000 4444444
consensus : GTAA--TGATA----T-ATAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-TTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTT-GAA-A---T-AA-TTTTAT--G-T--T-T--G-ACA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATTATGTTT-G--TT-TTC---AGT-----GG---------------TA-CA-AGAA--TA----A-----AA-T----------T--T-----G-T--T--AA----C-----A-TC---TA-A--C----C-A----C----A----G---T-C--TT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---GG-A--A-----TTTC--AA-T----A-------TAAC--A--AT-T---ACA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-C-TA-T-----AAG-A-TG-T-TC--A---A-T----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-A--TT------A-T--CT-AA--A--T-GA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--T-A--GGG---GGGGG-------GGGGGGGGG
Reference ( family-335 ) : GTAA--TGATA----T-ATAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-TTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTT-GAA-A---T-AA-TTTTAT--G-T--T-T--G-ACA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATTATGTTT-G--TT-TTC---AGT-----GG---------------TA-CA-AGAA--TA----A-----AA-T----------T--T-----G-T--T--AA----C-----A-TC---TA-A--C----C-A----C----A----G---T-C--TT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---GG-A--A-----TTTC--AA-T----A-------TAAC--A--AT-T---ACA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-C-TA-T-----AAG-A-TG-T-TC--A---A-T----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-A--TT------A-T--CT-AA--A--T-GA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--T-A--GGG---GGGGG-------GGGGGGGGG
gi|1 : GTAA--TGATAA---T-ATAAA--G----GTCC--T-GC--T--G--A----AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---------A--G---AAT-G-TTC----AAGA----T-ATACCC-AG-T-A-TA-T-AATA--TTTT-GAA-A---T-AA-TTTTAT--GTT--T-T--G-ACA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTT--AATATTAG--G--AAAA--CCTCC
gi|1 : tctatTAAATTATGTTT-G--TTGCTA---AGT-----GGA--------------TA-CA-AAAAA-TGGGACA-----GA-T----------TATT-----G-TGAT--AG----C-----AATCGAGTAGA--C----C-A----C----A----GCAGT-C--TT-T----G-T-ACACCAG---G-T--C-A---GG-G--AGATTATTAC--AAGT----A-------TTAT--A--AT-----ACG------AGAAAACA-TCACTAACT-A---AA-CAGCG--T-GG-C-TA-TGG---AGA-A-TG-T-TT--ATATA-T----------CCA--T-AATT----TTC-A---TT-TTA--TTTGG---A-G--CTGAA--A--T-GA-T--AAAAA--CTCTTAATC--CA-AAGA-A-TAAA----TATTGGTTGAC-AAG---T-G-----A---A--GAAATTTGAAT-A--AAG---GGGGG-------GGGGGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaattatgtttgttgctaagtggatacaaaaaatgggacagattattgtgatagcaatcgagtagaccacagcagtctttgtacaccaggtcagggagattattacaagtattataatacgagaaaacatcactaactaaacagcgtggctatggagaatgtttatatatccataattttcattttatttggagctgaaatgataaaaactcttaatccaaagaataaatattggttgacaagtgaagaaatttgaataaagggggggggggggt
gi|10 : tctatgtaatgataatataaaggtcctgctgaaaaaataatttgaataatttttattgaatttttaaacagaatgttcaagatatacccagtatataatattttgaaataattttatgttttgacatttgccaatttttttaatattaggaaaacctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaAAATTATGTTT-GT-TT-TTC---AGTGGGGGGG---------------CACCA-CGAA--TA----AAG---AA-T----------T--CTAAAAA-C--T--AAAAACC-----A-CC---CA-A--C----C-A---------A----A---T-CTTTT-T----G-T-A-----AAGGG-TTCC-A---AG-A--AAATT-TCTC--AA-T----A-------TTAC--A--AT-CAA-AAA------A------A-TCA-----TAA---AA-CA-C---T-GG-C-AA-T-----AAG-A-TG-T-TTCAA---A-T----------C-A--T-A-------TTC-A---AT-T-A--TTTA----A-T--CT-AA--AT-T-GA-T--AAAAAGCTTC----TC--CA-A--A-A-T-AAAAAGT-TT-----AC-AAG---T-G-----G---A--AAA--t
gi|11 : -A--C----A-A----C----A----G---T-T--TT-TC---G-TCA-----A---G-T--CTA---GG-ATAA-----TTTC--AA-T----ACGGCGTATAAC--A--AT-T---ACA------A------A-TTAG----T-A---AA-CA-CACTT-GGGC-TA-TCCACGAAC-A-TG-T-TC--A---A-T----------C-GG-T-A-------CTC-GACTCT-T-A--TTTCGCTAG-T--CT-AAC-A--TTGA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--ATATT-AACAT-CGTT-----AC-AA----T-GTCACTA---ACCAAA--TTG--T-A--AGG---Ga
gi|12 : c-G--TT-TTC---AGT-----GG---------------TA-CA-A-AT--TA----A-----AATT----------T--T-----G-T--T--AA----A-----T-TC---TA-A--C----C------C----A----G---TCC--TT-C----G-T-A-----A---G-T--C-A---GG-A--A-----TTTC--AA-T----A-------TAAC--A-----------A------A------G-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-AG-C-TA-T-----AAACA-TG-T-TC--A---T-TGCCTTTCGCAC-A--TAA-------TTC-A---TA-T-AT-TT------A-T--CT-AAT-T--T-GA-T--AAAAA--CTC----TCCTCA-A--A-A-TAAA----TGTT-----ACAAAG---T-G---------A--AAT--TTG--T-ATTGGG---GGAGG-------GGGaacgagacgggcggtgctagggcggggg
gi|13 : GTAAGTTGATA----TCATAAA--GAAGGG-CC--T-GC--T--G--A----AAAAT-A-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---GAAA--TTTTA-AAA-C---AAAGGGA--G---GAT-GTTTC----AAAAAAATT-AT-CCCGAG-T-A-TA-A-AATATTTTTT-GAA-AAAGT-AA--TTTATTGG-T--T-T--G-GCA---T-TT---GTTCCCA---A-----T-T-GTTA-AAT-TTAG--G--AAAA-CCCTCttt
gi|14 : ttctatgAA--TGATA----T-ATAAA--G----G-TC--T-GC--T--GAAA----AAAAA-T-AATTTT---GAATTA--AT-TTTTAA---TT---A-CA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---AATGG-TTCAG--AAAA----T-AC-CCC-AG-T-A-TTAA-AATA--TTTT-GAA-A---G-AA-TTTTA---G-T--T-T--G-ACA-----TT---G---CCA---TAT---T-T-TGAA-AATA-TAG--T--AAAA-CCCTC
gi|15 : atttctatc--C----C-A----CC---A----G---T-C--TT-T----G-T-A-----C---G-T--C-A---GGAA--A-----TTTC--AA------A-------TAAC--A-----T---A-------------------A-----T-A---G---A-C---T-GG-C-TATT-----GAGTA-TG-A-TCGAA---G-T----------C-A--T-AATCTTACTTCTA---TT-T-A--T---------T--CT-AA--GATT-GA-T--AAAAA--CTC----AC--CA-A--A-A-T-AA----T-TT-----AT-AAG---T-G-----AAACA--AAA--TTG--T-A--GGG---GTGTA-------GGG
gi|16 : ac----T-ATAAA--AT---G-CC--T-GCCTT--G--A----AAATT-TTAA-TTT---GAA-TA--TT-TTTT-T---CT---G-AA--TTTTT-AAA-T---T-----A--G---AAT-G-TTC----AATA----T-AT-TCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTT-GAA-A---C-AT-TTTTTT--C-T--T-T--G-ACT---T-TT---A---CCA---AAT---T-C-TGAA-AATATTAA--G--AAA
gi|17 : tctattattatATA----T-ATAAA--G----A-C---T-GC--T--G--A----AA----C-TA-TTT---GAA-TACTATCTTTT-A---TTTTGG-AA--TTTTTTACA-C---A-----A--G---AAT-GTTTC----AAAA----T-AA-TCC-AGAT-A-TT-A----G--TTTT-GAA-A---TCAATTTTTAT--G-TCAT-T--GAACA---T-TTGGGG---CGA---ATT---TGT-TTTA-AATATTGA--G--A
gi|18 : GATA----T-ATAAA--G----A-C---T-GC--T--G--A----AA----C-TA-TTT---GAA-TACTATCTTTT-A---TTTTGG-AA--TTTTTTACA-C---A-----A--G---AAT-GTTTC----AAAA----T-AA-TCC-AGAT-A-TT-A----G--TTTT-GAA-A---TCAATTTTTAT--G-TCAT-T--GAACA---T-TTGGGG---CGA---ATT---TGT-TTTA-AATATT
gi|19 : AGC--A--AT-T---CAA------A------A-ACA-----T-A---AAACA-C---TTGG-C-TA-T-----AAG-A-TG-T-TC--A---A-T----------C-A--T-AC------TTC-A---TT-T-A--TT------A-TATCT-AA--T--T-GA-T--AAAAAATCTC----TC--CAGA--A-A-T-AAA---TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--TGA--GGG---GGGGGAGTTGTAGGGGGGGGGgag
gi|2 : attattaGTAA--TGATA----T-ATAAG--G----C-CT--T-GC--T--G--AGAAAAAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-----TT---G-AA---TTTT-AAA-C---A-----AGCG---AAT-G-TTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-TAA-TT-A-AATA--TTTT-GAA-A---T-AA-TTTTAT--G-T--T-T--G-GCATTTT-TT---G---CCA---ATT---C-G-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCCga
gi|2 : taatttctacttTAAATTATGTTTTG--TT-TTA---AGT-----GG---------------TA-CA-AGAAATTA----A-----AA-T----------T--T-------T--G--AA----C-----A-TC---TA-C--CGA--C-A----C----A----G---T-C--TT-TT---G-T-A-----A---G----C-G---GG-A--A-----TTTA--AC-T----A-------TAAC--A--AT-T---ACA------A------AGTCAG----T-A---AA-CA-C---T--G-T-TA-T------AG-A-TG-T-TC--A---T-T----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-T--TT------A-T--CTAAA--A--T-TA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--AGA-T-AA----TGTT-----AC-AAGTA-T-G-----A---A--AA----TG--T-A--AGG---GGGGG-------GGGGGatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaattatgttttgttttaagtggtacaagaaattaaaattttgaacatctaccgacacagtcttttgtaagcgggaatttaactataacaattacaaagtcagtaaacactgttatagatgttcattcatattcattttttatctaaaattataaaaactctccaaagataatgttacaagtatgaaaatgtaaggggggggggggtgtaaagggggggg
gi|20 : taatttctacttgtaatgatatataaggccttgctgagaaaaaaaataatttgaataatttttttgaattttaaacaagcgaatgttcaaaatatcccagtaattaaatattttgaaataattttatgtttggcattttttgccaattcgtttaaatattaggaaaacccatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntATG----T-ATAAAAGG----G-CC--T-GC--TCTG--T----AGAAA-T-A--TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-CCTAA-----G--G---AAT---TTC----AAAA----A-AT-CCC-AG-T-A-TT---AAT---TTTT-GAA-A---T-AG-TTTT-T--G---------A-ACA---T-TT---G---TCA-----T---T-T-TGAA-AATATTAG--G--AAAA-Ctgtaaagggggggg
gi|21 : tatagtATA------ATAAA--A----A-CCCTT-GCCTT--G--A----AAAAA-T-AA-TTTTTCGAA-TA--AT-TTTT-AAAATT---G-AAATTTTTT-AAAAC---A-----A--G---A-T-G-TTTTCAAAAAA----T-AT-CC--AG-T-A-TT-G-A-----TGTT-GAAGA---T-AT-TTTTAT--G-T--T-T--G-ACA---T-TT---G---CC
gi|23 : tctTAAATTATGTTT-GTTTT-TTT---AGT-----GGTT-------------TA-CA-ACAA--TA----A-----AATT----------T--T-----GCT--T--AA----C-----A-TC---TA-A--A----C-A----CACAAA----G---T-C--CTAT----G-T-A-----------T--C-C---AG-AT-T-----TTTC--AA-T----C-------TA
gi|24 : aGTAG--TGATAATTAT-ATAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAAAT-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTAT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-TTA----AGAA----T-AT-CAC-AG-T-A-Tgttaataca
gi|25 : tcctatGTTA--TGATA----T-ATAAA--T----G-CT--T-GC--T--G--A----AAAAT-T-AA-TTT---CAA-T---------------------------TTTT-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-GTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-
gi|26 : tttctatGTAA--TGATA----T-GTAAA--G----G-CC--T-CC--T--GA-A----AAAAA-T-AA-TTT---CAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-g
gi|3 : atttctatGTAA--TGATA----T-A--AA--G----G-CC--TTGC--T--G--AGA--AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA-----TTTT-----TT---G-AA--TTTAT-AAA-C---A-----A--GGCGAAT-G-TTC----AACA----T-AT-CCC-AG-T-AATT-A-AATA--TTTTTGAA-A---T-AA-TTTTAT--G-T--T-T--G-GCAT--T-TT---G---CCA---ATT---C-TGTTTA-AAT-TTAG--G--AAAA-CCCTC
gi|3 : taactAATTATGTTTTG--TT-TTA---AGT-----GG---------------TA----ACAA--TG----A-----AA-T----------TA-T-----T-T--TG-AA----C-----A-TC---TA-AGCCA---C-A----C----A----G---T-C--TT-TTTCAG-T-A-----A---G----C-G---GG-A--A-----TTTA--AC-T----A-------TAAC--A--ATAT---ACA------A------AGTCAG----T-A---AA-CA-C---T-G--T-TA-T-----A-G-A-TG-T-TC--A---AAT----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-A--TTT-----A-T--CT-AATAA--T-TA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AAAT--TGTT-----AC-AAG---TTG-----A---A--AA----TG--T-AA-GGG---GGGGG-------GGGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaattatgttttgttttaagtggtaacaatgaaattattttgaacatctaagccacacagtctttttcagtaagcgggaatttaactataacaatatacaaagtcagtaaacactgttatagatgttcaaatcatattcatttatttatctaataattataaaaactctccaaaataaattgttacaagttgaaaatgtaagggggggggggggttgtaaaagggggggggg
gi|4 : taactgtaatgatataaaggccttgctgagaaaaaataatttgaatattttttgaatttataaacaaggcgaatgttcaacatatcccagtaattaaatatttttgaaataattttatgtttggcattttgccaattctgtttaaatttaggaaaaccctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttGATA----T-ATAAA-------G-CC--TAGC--T--G--A----AAAAA-A-AA-TCT---GAA-TA--TTATTAT-A---TTA--G-AA--TT-----AA-C---A-----A--G---AAT-G-T--------AA----TAAT-CCA-AG-T-A-TT-A-AATAT-TTTT-GAA-A---T-AA-TTTT-T--G-T--TAT--GAACA---T-AT---G---CCA---ACTCAAT-T-TTT--AATATTAGAAG--AAAA-CCCTCCttgtaaaagggggggggg
gi|4 : tttctatgtaacacaAAATTACGTTT-G--TT-T-C---AGT-----AGA--------------TA-CA-AGAA--TA----A-----AA-T----------TC-T-----G-T--TC-AA----CG----A-TC------A--C----C-A----C----ACAA-G---T-A--CT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---AG-G--A-----ATTC--AA-A----A-------TAA---A--AT-A---ACATTAAAAA------A-TCA-----T-A---AAACA-C---T-AG-CCTA-TG----AAG-A-TG-TATC--A---A-TA---------C-AAAT-A-------TT--A---TTAT-A--TT------AAT--CT-AA--A--T-AA-TGAAAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTTA----AC-AAG---T-G-----G---A--AAAC-TTG--T-A--AGG---GAAGG-------GGGannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaaattacgtttgtttcagtagatacaagaataaaattctgttcaacgatcaccacacaagtacttgtaagtcaaggaattcaaaataaaataacattaaaaaatcataaaacactagcctatgaagatgtatcaatacaaatattattatattaatctaaataatgaaaaaactctccaaaataatgttaacaagtggaaaacttgtaagggaaggggga
gi|5 : tttctatgtaacacagatatataaagcctagctgaaaaaaaaatctgaatattattatattagaattaacaagaatgtaataatccaagtattaaatatttttgaaataatttttgttatgaacatatgccaactcaatttttaatattagaagaaaaccctccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaGTAA--TGATA----T-ATAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---ATT-G-TTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTT-GAA-------AA-TATTTT--G-T--T-T--G--CA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCCTCCa
gi|5 : TAAATTATGTT--G--TT-TTC---AGT-----GG---------------TA-CA-AGAA--TA----A-----AA-T----------T--T-----G-T--T--AA----C-----A-TC---TA-A--C----C-A----C----A----G---T-C--TT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---GG-A--A-----TTTC--AA-T----A-------TAAC--A--AT-T---ACA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-T-TA-T-----AAG-A-TG-T-TC--A---A-T----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-A--TT------A-T--CT-AA--A--T-GA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--T-A--GGG---GGGGG-------GGGGGGGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaattatgttgttttcagtggtacaagaataaaatttgttaacatctaaccacagtctttgtaagtcaggaatttcaatataacaattacaaatcataaacactggttataagatgttcaatcatattcatttattatctaaatgataaaaactctccaaaataatgttacaagtgaaaaattgtaggggggggggggggggg
gi|6 : gtaatgatatataaaggcctgctgaaaaaataatttgaataatttttattgaatttttaaacaagattgttcaaaatatcccagtattaaatattttgaaaatattttgtttgcatttgccaatttttttaaatattaggaaaaccctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA----T-ATAAA--G----C-CC--T-GC--T--G--A----AAAAA-T-AA-T------GA-TA--AG-TTT--A---TT---G-AA--TTTTA-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-T-C----AAAA------AT-CCC-AG-T-A-GA-A-AATA--TTTT-AAA-A---T-AA-TTTTAT--G----T-T--G-ACA---T-TT---G---CCATTTTTT---T-T-TTTATAATATAGG--G--AAAACCCCTCC
gi|6 : ctattataTAAATTATGTTT-G--TT-T-C---AGT-----GG---------------TA-CA-AGAA--TA----A-----A--T----------T--T-------T--T--AA----C-----AATC---TA-A--C----CCA----C----AC---A---T-C--TT-G----G-T-A-----A-----T--C-A---G--A--A-----TTCC--AAAT----A--------AAC--A--AT-----AAA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-C-TA-T------AG-A-TG-T-TCA-A---A-T----------C-A--T-A-------TTC-A----T-G-A--TT------T-A--CT-AA--A--T-GATT--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-TAAA----TG-------AC-AAG---T-----------A--AAA--TTG--T-A--GGaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaattatgtttgtttcagtggtacaagaataaatttttaacaatctaacccacacatcttggtaatcagaattccaaataaacaataaaaatcataaacactggctatagatgttcaaatcatattcatgatttactaaatgattaaaaactctccaaaataaatgacaagtaaaattgtagg
gi|7 : ctattataatataaagccctgctgaaaaaataatgataagtttattgaattttaaaacaagaatgtcaaaaatcccagtagaaaatattttaaaataattttatgttgacatttgccatttttttttttataatatagggaaaacccctccaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaATA----A-ATAAA--G----G-CCC-T-GC--T--G--A----AAAAAAT-AA-TTT---GAA--A--AT-TTT--A---TT---G-AA--TTT---AAA-C---A-----A--G---AAA-GTTTC----AAAA----C-TT-CCC-A--T-A-TC-ATAATA--TTTT-AAA-T---T-AA--TCTAT--G-T--T-T--G-GCA---TATT--------CA---ATT---A-C-TTTA-ATCATTAG--GGAAAAA-CCCTCC
gi|7 : gttaagcttctatcttaataccAAGTTAT-TTT----TT-TCC-----T-----G----------------TA-CA-AGAA---A----A-----AA-T----------T--TC----G-------AA----CAATCTA-TC---TA-A--CA---C-AACATC----A----A---T-C---T-T----G-T-A-----A---GAT--C-A---A------------TTCGAAA-T----A-------TACC--A--TT-T---AAA------A------A-AAA-----T-AAT-AA-CA-C---T--G-C-TATT-----AAG-A----T-TC--A---A-T----------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaagttatttttttcctgtacaagaaaaaatttcgaacaatctatctaacacaacatcaatcttgtaagatcaattcgaaatataccatttaaaaaaaataataacactgctattaagattcaat
gi|8 : gttaagcttctatcttaataccataaataaaggccctgctgaaaaaaataatttgaaaattttattgaatttaaacaagaaagtttcaaaacttcccatatcataatattttaaattaatctatgtttggcatattcaattactttaatcattagggaaaaaccctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaGTAA--TGATA----T-ATAA---G----G-CC--T-GC-----G--A----AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAG-C---------A--G---AAT-GTTTC----AAGA----T-AT-CCC-AG-T-A-AT-T-AATA--TTTT-GAA-A---T-AA-TTTTAT--G-T--T-TTGG-ACA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AACA-CCCTCC
gi|8 : ctatTAAATTATGTTT-G--TT-TTC---AGT-----GG---------------TA-CAGAGAA--TA----ACAAGTAA-T----------T--T-----T-T--TTAAA----A-----A-TC---TA-A--C----C-A----C----ACAACG---T-C--TT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---GGGA--A-----TTTC--AACT----A-------TAAC--ACAAT-T---AAA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-C-TA-T-----GAG-A-TG-T-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaattatgtttgttttcagtggtacagagaataacaagtaatttttttaaaaatctaaccacacaacgtctttgtaagtcagggaatttcaactataacacaattaaaaatcataaacactggctatgagatgt
gi|9 : ctatgtaatgatatataaggcctgcgaaaaaataatttgaataatttttattgaatttttaagcagaatgtttcaagatatcccagtaattaatattttgaaataattttatgttttggacatttgccaatttttttaaatattaggaacaccctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaAAATTATGTTT-G--TC-TTCTCCAGT-----AAACACTTACCCGCTACTA-CC-AGAA--TA----AC----AA-TAGAGCCCCTGC--T-----G-T--T--AA----C-----A-TC---TA-A--CCAAAC-A----C----A----G---T-C--TTCT----GCT-A-----A---G-T--C-AGGCGG-A--A-----TTTC--AA-CTCGAG-------TAACCAG--AT-TCTAAC-------A------A-TCT-----T-ACAGAA-CA-C---T-GG-C-TA-T-----GAG-ATTGCT-TCAAA---A-T----------C-A--T-A-------TTCTA---TT-TCATTTT------A-T--CT-AA--AT-T-GA-T--AAAAA--ATCTTCTTC--CACA--A-A-TAAA----TGCTCTA--AC-AAGCTTT-G-----A---AAGAAA--TTG--T-A--TGGTTTGGGGG-------CGGGGGGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AAATTAAAAATCTTCTACCGCAAATATAAGTGATCTACAGCATTCAAAAGTAATTTATGTTCGTTTTGATGGTGGGGGTTTGGTAGAGGTGCTGGGGGAAAGATTT
Alignments
lowQualScore : 111 1 333333333333333 333333333333333333333333333333333333 1111111111 111111111111111111111 1111 1111111111 11111111111111 111111111111111111111 11111 111111 1111111111111111111 2222222 222222 11111 1111 1 2222 11111 111 111111111111 1111111
lowQualScore : 55 6666 2 33 6666 2 55 4 66 33 55 7777 2 2 2 333 2 66 6 55555 000 2 33 4 2 888888888 33 444 2 1 8888 5555 2 2 2 4 2 2 444 66 2 2 444 5 5 1 33 7777 2 33 8 777 2 999 444 555 1 555 5 2 2 44 44 3 8888 3 0 555 88888 222222222222222 3 3 77 7777 777777777777777777777777777777777777 2222222222 6 555 3 33 888888888888888888888 555 2 33 5 1111 2 2 99999999999999 2 555 5555555555 33 55555555555555 33 33 999999999999999999999 5 55555 2 888 5 2 777 2 2 2 5 555555 5 2 2 2 8888888888888888888 3 77 3 0000000 6 555 3 6 77 333333 3 44 6 99999 3 3 44 99 4444 44 6 44 6 3 3 0000 77777 3 000 3 333333333333 999 55 3 88 777 4444444
lowQualScore : .. .... . .. .... . .. . .. .. .. .... . . . ... . .. . ..... ... . .. . . ......... .. ... . . .... .... . . . . . . ... .. . . ... . . . .. .... . .. . ... . ... ... ... . ... . . . .. .. . .... . . ... ..... ............... . . .. .... .................................... .......... . ... . .. ..................... ... . .. . .... . . .............. . ... .......... .. .............. .. .. ..................... . ..... . ... . . ... . . . . ...... . . . . ................... . .. . ....... . ... . . .. ...... . .. . ..... . . .. .. .... .. . .. . . . .... ..... . ... . ............ ... .. . .. ... .......
lowQualScore : 55 9999 2 11 9999 2 33 4 11 11 33 8888 2 2 2 999 2 11 7 33333 000 2 22 7 4 333333333 22 111 4 8 2222 0000 4 4 4 7 4 4 111 33 7 7 777 3 3 0 77 5555 7 77 0 333 7 333 777 000 0 000 7 9 9 22 22 6 7777 3 4 888 33333 111111111111111 3 3 99 1111 666666666666666666666666666666666666 9999999999 7 888 1 99 444444444444444444444 000 9 99 7 8888 9 9 66666666666666 9 000 1111111111 99 11111111111111 99 99 666666666666666666666 7 77777 9 999 7 9 999 9 9 9 7 111111 7 9 9 9 9999999999999999999 3 99 3 0000000 7 888 3 7 99 333333 3 66 7 11111 3 3 66 22 2222 66 7 66 7 3 3 8888 55555 3 444 3 999999999999 222 00 6 66 000 4444444
consensus : GTAA--TGATA----T-ATAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-TTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTT-GAA-A---T-AA-TTTTAT--G-T--T-T--G-ACA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATTATGTTT-G--TT-TTC---AGT-----GG---------------TA-CA-AGAA--TA----A-----AA-T----------T--T-----G-T--T--AA----C-----A-TC---TA-A--C----C-A----C----A----G---T-C--TT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---GG-A--A-----TTTC--AA-T----A-------TAAC--A--AT-T---ACA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-C-TA-T-----AAG-A-TG-T-TC--A---A-T----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-A--TT------A-T--CT-AA--A--T-GA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--T-A--GGG---GGGGG-------GGGGGGGGG
Reference ( family-335 ) : GTAA--TGATA----T-ATAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-TTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTT-GAA-A---T-AA-TTTTAT--G-T--T-T--G-ACA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATTATGTTT-G--TT-TTC---AGT-----GG---------------TA-CA-AGAA--TA----A-----AA-T----------T--T-----G-T--T--AA----C-----A-TC---TA-A--C----C-A----C----A----G---T-C--TT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---GG-A--A-----TTTC--AA-T----A-------TAAC--A--AT-T---ACA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-C-TA-T-----AAG-A-TG-T-TC--A---A-T----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-A--TT------A-T--CT-AA--A--T-GA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--T-A--GGG---GGGGG-------GGGGGGGGG
gi|1 : GTAA--TGATAA---T-ATAAA--G----GTCC--T-GC--T--G--A----AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---------A--G---AAT-G-TTC----AAGA----T-ATACCC-AG-T-A-TA-T-AATA--TTTT-GAA-A---T-AA-TTTTAT--GTT--T-T--G-ACA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTT--AATATTAG--G--AAAA--CCTCC
gi|1 : tctatTAAATTATGTTT-G--TTGCTA---AGT-----GGA--------------TA-CA-AAAAA-TGGGACA-----GA-T----------TATT-----G-TGAT--AG----C-----AATCGAGTAGA--C----C-A----C----A----GCAGT-C--TT-T----G-T-ACACCAG---G-T--C-A---GG-G--AGATTATTAC--AAGT----A-------TTAT--A--AT-----ACG------AGAAAACA-TCACTAACT-A---AA-CAGCG--T-GG-C-TA-TGG---AGA-A-TG-T-TT--ATATA-T----------CCA--T-AATT----TTC-A---TT-TTA--TTTGG---A-G--CTGAA--A--T-GA-T--AAAAA--CTCTTAATC--CA-AAGA-A-TAAA----TATTGGTTGAC-AAG---T-G-----A---A--GAAATTTGAAT-A--AAG---GGGGG-------GGGGGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaattatgtttgttgctaagtggatacaaaaaatgggacagattattgtgatagcaatcgagtagaccacagcagtctttgtacaccaggtcagggagattattacaagtattataatacgagaaaacatcactaactaaacagcgtggctatggagaatgtttatatatccataattttcattttatttggagctgaaatgataaaaactcttaatccaaagaataaatattggttgacaagtgaagaaatttgaataaagggggggggggggt
gi|10 : tctatgtaatgataatataaaggtcctgctgaaaaaataatttgaataatttttattgaatttttaaacagaatgttcaagatatacccagtatataatattttgaaataattttatgttttgacatttgccaatttttttaatattaggaaaacctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaAAATTATGTTT-GT-TT-TTC---AGTGGGGGGG---------------CACCA-CGAA--TA----AAG---AA-T----------T--CTAAAAA-C--T--AAAAACC-----A-CC---CA-A--C----C-A---------A----A---T-CTTTT-T----G-T-A-----AAGGG-TTCC-A---AG-A--AAATT-TCTC--AA-T----A-------TTAC--A--AT-CAA-AAA------A------A-TCA-----TAA---AA-CA-C---T-GG-C-AA-T-----AAG-A-TG-T-TTCAA---A-T----------C-A--T-A-------TTC-A---AT-T-A--TTTA----A-T--CT-AA--AT-T-GA-T--AAAAAGCTTC----TC--CA-A--A-A-T-AAAAAGT-TT-----AC-AAG---T-G-----G---A--AAA--t
gi|11 : -A--C----A-A----C----A----G---T-T--TT-TC---G-TCA-----A---G-T--CTA---GG-ATAA-----TTTC--AA-T----ACGGCGTATAAC--A--AT-T---ACA------A------A-TTAG----T-A---AA-CA-CACTT-GGGC-TA-TCCACGAAC-A-TG-T-TC--A---A-T----------C-GG-T-A-------CTC-GACTCT-T-A--TTTCGCTAG-T--CT-AAC-A--TTGA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--ATATT-AACAT-CGTT-----AC-AA----T-GTCACTA---ACCAAA--TTG--T-A--AGG---Ga
gi|12 : c-G--TT-TTC---AGT-----GG---------------TA-CA-A-AT--TA----A-----AATT----------T--T-----G-T--T--AA----A-----T-TC---TA-A--C----C------C----A----G---TCC--TT-C----G-T-A-----A---G-T--C-A---GG-A--A-----TTTC--AA-T----A-------TAAC--A-----------A------A------G-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-AG-C-TA-T-----AAACA-TG-T-TC--A---T-TGCCTTTCGCAC-A--TAA-------TTC-A---TA-T-AT-TT------A-T--CT-AAT-T--T-GA-T--AAAAA--CTC----TCCTCA-A--A-A-TAAA----TGTT-----ACAAAG---T-G---------A--AAT--TTG--T-ATTGGG---GGAGG-------GGGaacgagacgggcggtgctagggcggggg
gi|13 : GTAAGTTGATA----TCATAAA--GAAGGG-CC--T-GC--T--G--A----AAAAT-A-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---GAAA--TTTTA-AAA-C---AAAGGGA--G---GAT-GTTTC----AAAAAAATT-AT-CCCGAG-T-A-TA-A-AATATTTTTT-GAA-AAAGT-AA--TTTATTGG-T--T-T--G-GCA---T-TT---GTTCCCA---A-----T-T-GTTA-AAT-TTAG--G--AAAA-CCCTCttt
gi|14 : ttctatgAA--TGATA----T-ATAAA--G----G-TC--T-GC--T--GAAA----AAAAA-T-AATTTT---GAATTA--AT-TTTTAA---TT---A-CA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---AATGG-TTCAG--AAAA----T-AC-CCC-AG-T-A-TTAA-AATA--TTTT-GAA-A---G-AA-TTTTA---G-T--T-T--G-ACA-----TT---G---CCA---TAT---T-T-TGAA-AATA-TAG--T--AAAA-CCCTC
gi|15 : atttctatc--C----C-A----CC---A----G---T-C--TT-T----G-T-A-----C---G-T--C-A---GGAA--A-----TTTC--AA------A-------TAAC--A-----T---A-------------------A-----T-A---G---A-C---T-GG-C-TATT-----GAGTA-TG-A-TCGAA---G-T----------C-A--T-AATCTTACTTCTA---TT-T-A--T---------T--CT-AA--GATT-GA-T--AAAAA--CTC----AC--CA-A--A-A-T-AA----T-TT-----AT-AAG---T-G-----AAACA--AAA--TTG--T-A--GGG---GTGTA-------GGG
gi|16 : ac----T-ATAAA--AT---G-CC--T-GCCTT--G--A----AAATT-TTAA-TTT---GAA-TA--TT-TTTT-T---CT---G-AA--TTTTT-AAA-T---T-----A--G---AAT-G-TTC----AATA----T-AT-TCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTT-GAA-A---C-AT-TTTTTT--C-T--T-T--G-ACT---T-TT---A---CCA---AAT---T-C-TGAA-AATATTAA--G--AAA
gi|17 : tctattattatATA----T-ATAAA--G----A-C---T-GC--T--G--A----AA----C-TA-TTT---GAA-TACTATCTTTT-A---TTTTGG-AA--TTTTTTACA-C---A-----A--G---AAT-GTTTC----AAAA----T-AA-TCC-AGAT-A-TT-A----G--TTTT-GAA-A---TCAATTTTTAT--G-TCAT-T--GAACA---T-TTGGGG---CGA---ATT---TGT-TTTA-AATATTGA--G--A
gi|18 : GATA----T-ATAAA--G----A-C---T-GC--T--G--A----AA----C-TA-TTT---GAA-TACTATCTTTT-A---TTTTGG-AA--TTTTTTACA-C---A-----A--G---AAT-GTTTC----AAAA----T-AA-TCC-AGAT-A-TT-A----G--TTTT-GAA-A---TCAATTTTTAT--G-TCAT-T--GAACA---T-TTGGGG---CGA---ATT---TGT-TTTA-AATATT
gi|19 : AGC--A--AT-T---CAA------A------A-ACA-----T-A---AAACA-C---TTGG-C-TA-T-----AAG-A-TG-T-TC--A---A-T----------C-A--T-AC------TTC-A---TT-T-A--TT------A-TATCT-AA--T--T-GA-T--AAAAAATCTC----TC--CAGA--A-A-T-AAA---TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--TGA--GGG---GGGGGAGTTGTAGGGGGGGGGgag
gi|2 : attattaGTAA--TGATA----T-ATAAG--G----C-CT--T-GC--T--G--AGAAAAAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-----TT---G-AA---TTTT-AAA-C---A-----AGCG---AAT-G-TTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-TAA-TT-A-AATA--TTTT-GAA-A---T-AA-TTTTAT--G-T--T-T--G-GCATTTT-TT---G---CCA---ATT---C-G-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCCga
gi|2 : taatttctacttTAAATTATGTTTTG--TT-TTA---AGT-----GG---------------TA-CA-AGAAATTA----A-----AA-T----------T--T-------T--G--AA----C-----A-TC---TA-C--CGA--C-A----C----A----G---T-C--TT-TT---G-T-A-----A---G----C-G---GG-A--A-----TTTA--AC-T----A-------TAAC--A--AT-T---ACA------A------AGTCAG----T-A---AA-CA-C---T--G-T-TA-T------AG-A-TG-T-TC--A---T-T----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-T--TT------A-T--CTAAA--A--T-TA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--AGA-T-AA----TGTT-----AC-AAGTA-T-G-----A---A--AA----TG--T-A--AGG---GGGGG-------GGGGGatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaattatgttttgttttaagtggtacaagaaattaaaattttgaacatctaccgacacagtcttttgtaagcgggaatttaactataacaattacaaagtcagtaaacactgttatagatgttcattcatattcattttttatctaaaattataaaaactctccaaagataatgttacaagtatgaaaatgtaaggggggggggggtgtaaagggggggg
gi|20 : taatttctacttgtaatgatatataaggccttgctgagaaaaaaaataatttgaataatttttttgaattttaaacaagcgaatgttcaaaatatcccagtaattaaatattttgaaataattttatgtttggcattttttgccaattcgtttaaatattaggaaaacccatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntATG----T-ATAAAAGG----G-CC--T-GC--TCTG--T----AGAAA-T-A--TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-CCTAA-----G--G---AAT---TTC----AAAA----A-AT-CCC-AG-T-A-TT---AAT---TTTT-GAA-A---T-AG-TTTT-T--G---------A-ACA---T-TT---G---TCA-----T---T-T-TGAA-AATATTAG--G--AAAA-Ctgtaaagggggggg
gi|21 : tatagtATA------ATAAA--A----A-CCCTT-GCCTT--G--A----AAAAA-T-AA-TTTTTCGAA-TA--AT-TTTT-AAAATT---G-AAATTTTTT-AAAAC---A-----A--G---A-T-G-TTTTCAAAAAA----T-AT-CC--AG-T-A-TT-G-A-----TGTT-GAAGA---T-AT-TTTTAT--G-T--T-T--G-ACA---T-TT---G---CC
gi|23 : tctTAAATTATGTTT-GTTTT-TTT---AGT-----GGTT-------------TA-CA-ACAA--TA----A-----AATT----------T--T-----GCT--T--AA----C-----A-TC---TA-A--A----C-A----CACAAA----G---T-C--CTAT----G-T-A-----------T--C-C---AG-AT-T-----TTTC--AA-T----C-------TA
gi|24 : aGTAG--TGATAATTAT-ATAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAAAT-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTAT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-TTA----AGAA----T-AT-CAC-AG-T-A-Tgttaataca
gi|25 : tcctatGTTA--TGATA----T-ATAAA--T----G-CT--T-GC--T--G--A----AAAAT-T-AA-TTT---CAA-T---------------------------TTTT-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-GTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-
gi|26 : tttctatGTAA--TGATA----T-GTAAA--G----G-CC--T-CC--T--GA-A----AAAAA-T-AA-TTT---CAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-g
gi|3 : atttctatGTAA--TGATA----T-A--AA--G----G-CC--TTGC--T--G--AGA--AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA-----TTTT-----TT---G-AA--TTTAT-AAA-C---A-----A--GGCGAAT-G-TTC----AACA----T-AT-CCC-AG-T-AATT-A-AATA--TTTTTGAA-A---T-AA-TTTTAT--G-T--T-T--G-GCAT--T-TT---G---CCA---ATT---C-TGTTTA-AAT-TTAG--G--AAAA-CCCTC
gi|3 : taactAATTATGTTTTG--TT-TTA---AGT-----GG---------------TA----ACAA--TG----A-----AA-T----------TA-T-----T-T--TG-AA----C-----A-TC---TA-AGCCA---C-A----C----A----G---T-C--TT-TTTCAG-T-A-----A---G----C-G---GG-A--A-----TTTA--AC-T----A-------TAAC--A--ATAT---ACA------A------AGTCAG----T-A---AA-CA-C---T-G--T-TA-T-----A-G-A-TG-T-TC--A---AAT----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-A--TTT-----A-T--CT-AATAA--T-TA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AAAT--TGTT-----AC-AAG---TTG-----A---A--AA----TG--T-AA-GGG---GGGGG-------GGGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaattatgttttgttttaagtggtaacaatgaaattattttgaacatctaagccacacagtctttttcagtaagcgggaatttaactataacaatatacaaagtcagtaaacactgttatagatgttcaaatcatattcatttatttatctaataattataaaaactctccaaaataaattgttacaagttgaaaatgtaagggggggggggggttgtaaaagggggggggg
gi|4 : taactgtaatgatataaaggccttgctgagaaaaaataatttgaatattttttgaatttataaacaaggcgaatgttcaacatatcccagtaattaaatatttttgaaataattttatgtttggcattttgccaattctgtttaaatttaggaaaaccctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttGATA----T-ATAAA-------G-CC--TAGC--T--G--A----AAAAA-A-AA-TCT---GAA-TA--TTATTAT-A---TTA--G-AA--TT-----AA-C---A-----A--G---AAT-G-T--------AA----TAAT-CCA-AG-T-A-TT-A-AATAT-TTTT-GAA-A---T-AA-TTTT-T--G-T--TAT--GAACA---T-AT---G---CCA---ACTCAAT-T-TTT--AATATTAGAAG--AAAA-CCCTCCttgtaaaagggggggggg
gi|4 : tttctatgtaacacaAAATTACGTTT-G--TT-T-C---AGT-----AGA--------------TA-CA-AGAA--TA----A-----AA-T----------TC-T-----G-T--TC-AA----CG----A-TC------A--C----C-A----C----ACAA-G---T-A--CT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---AG-G--A-----ATTC--AA-A----A-------TAA---A--AT-A---ACATTAAAAA------A-TCA-----T-A---AAACA-C---T-AG-CCTA-TG----AAG-A-TG-TATC--A---A-TA---------C-AAAT-A-------TT--A---TTAT-A--TT------AAT--CT-AA--A--T-AA-TGAAAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTTA----AC-AAG---T-G-----G---A--AAAC-TTG--T-A--AGG---GAAGG-------GGGannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaaattacgtttgtttcagtagatacaagaataaaattctgttcaacgatcaccacacaagtacttgtaagtcaaggaattcaaaataaaataacattaaaaaatcataaaacactagcctatgaagatgtatcaatacaaatattattatattaatctaaataatgaaaaaactctccaaaataatgttaacaagtggaaaacttgtaagggaaggggga
gi|5 : tttctatgtaacacagatatataaagcctagctgaaaaaaaaatctgaatattattatattagaattaacaagaatgtaataatccaagtattaaatatttttgaaataatttttgttatgaacatatgccaactcaatttttaatattagaagaaaaccctccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaGTAA--TGATA----T-ATAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---ATT-G-TTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTT-GAA-------AA-TATTTT--G-T--T-T--G--CA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCCTCCa
gi|5 : TAAATTATGTT--G--TT-TTC---AGT-----GG---------------TA-CA-AGAA--TA----A-----AA-T----------T--T-----G-T--T--AA----C-----A-TC---TA-A--C----C-A----C----A----G---T-C--TT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---GG-A--A-----TTTC--AA-T----A-------TAAC--A--AT-T---ACA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-T-TA-T-----AAG-A-TG-T-TC--A---A-T----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-A--TT------A-T--CT-AA--A--T-GA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--T-A--GGG---GGGGG-------GGGGGGGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaattatgttgttttcagtggtacaagaataaaatttgttaacatctaaccacagtctttgtaagtcaggaatttcaatataacaattacaaatcataaacactggttataagatgttcaatcatattcatttattatctaaatgataaaaactctccaaaataatgttacaagtgaaaaattgtaggggggggggggggggg
gi|6 : gtaatgatatataaaggcctgctgaaaaaataatttgaataatttttattgaatttttaaacaagattgttcaaaatatcccagtattaaatattttgaaaatattttgtttgcatttgccaatttttttaaatattaggaaaaccctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA----T-ATAAA--G----C-CC--T-GC--T--G--A----AAAAA-T-AA-T------GA-TA--AG-TTT--A---TT---G-AA--TTTTA-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-T-C----AAAA------AT-CCC-AG-T-A-GA-A-AATA--TTTT-AAA-A---T-AA-TTTTAT--G----T-T--G-ACA---T-TT---G---CCATTTTTT---T-T-TTTATAATATAGG--G--AAAACCCCTCC
gi|6 : ctattataTAAATTATGTTT-G--TT-T-C---AGT-----GG---------------TA-CA-AGAA--TA----A-----A--T----------T--T-------T--T--AA----C-----AATC---TA-A--C----CCA----C----AC---A---T-C--TT-G----G-T-A-----A-----T--C-A---G--A--A-----TTCC--AAAT----A--------AAC--A--AT-----AAA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-C-TA-T------AG-A-TG-T-TCA-A---A-T----------C-A--T-A-------TTC-A----T-G-A--TT------T-A--CT-AA--A--T-GATT--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-TAAA----TG-------AC-AAG---T-----------A--AAA--TTG--T-A--GGaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaattatgtttgtttcagtggtacaagaataaatttttaacaatctaacccacacatcttggtaatcagaattccaaataaacaataaaaatcataaacactggctatagatgttcaaatcatattcatgatttactaaatgattaaaaactctccaaaataaatgacaagtaaaattgtagg
gi|7 : ctattataatataaagccctgctgaaaaaataatgataagtttattgaattttaaaacaagaatgtcaaaaatcccagtagaaaatattttaaaataattttatgttgacatttgccatttttttttttataatatagggaaaacccctccaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaATA----A-ATAAA--G----G-CCC-T-GC--T--G--A----AAAAAAT-AA-TTT---GAA--A--AT-TTT--A---TT---G-AA--TTT---AAA-C---A-----A--G---AAA-GTTTC----AAAA----C-TT-CCC-A--T-A-TC-ATAATA--TTTT-AAA-T---T-AA--TCTAT--G-T--T-T--G-GCA---TATT--------CA---ATT---A-C-TTTA-ATCATTAG--GGAAAAA-CCCTCC
gi|7 : gttaagcttctatcttaataccAAGTTAT-TTT----TT-TCC-----T-----G----------------TA-CA-AGAA---A----A-----AA-T----------T--TC----G-------AA----CAATCTA-TC---TA-A--CA---C-AACATC----A----A---T-C---T-T----G-T-A-----A---GAT--C-A---A------------TTCGAAA-T----A-------TACC--A--TT-T---AAA------A------A-AAA-----T-AAT-AA-CA-C---T--G-C-TATT-----AAG-A----T-TC--A---A-T----------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaagttatttttttcctgtacaagaaaaaatttcgaacaatctatctaacacaacatcaatcttgtaagatcaattcgaaatataccatttaaaaaaaataataacactgctattaagattcaat
gi|8 : gttaagcttctatcttaataccataaataaaggccctgctgaaaaaaataatttgaaaattttattgaatttaaacaagaaagtttcaaaacttcccatatcataatattttaaattaatctatgtttggcatattcaattactttaatcattagggaaaaaccctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaGTAA--TGATA----T-ATAA---G----G-CC--T-GC-----G--A----AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAG-C---------A--G---AAT-GTTTC----AAGA----T-AT-CCC-AG-T-A-AT-T-AATA--TTTT-GAA-A---T-AA-TTTTAT--G-T--T-TTGG-ACA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AACA-CCCTCC
gi|8 : ctatTAAATTATGTTT-G--TT-TTC---AGT-----GG---------------TA-CAGAGAA--TA----ACAAGTAA-T----------T--T-----T-T--TTAAA----A-----A-TC---TA-A--C----C-A----C----ACAACG---T-C--TT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---GGGA--A-----TTTC--AACT----A-------TAAC--ACAAT-T---AAA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-C-TA-T-----GAG-A-TG-T-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaattatgtttgttttcagtggtacagagaataacaagtaatttttttaaaaatctaaccacacaacgtctttgtaagtcagggaatttcaactataacacaattaaaaatcataaacactggctatgagatgt
gi|9 : ctatgtaatgatatataaggcctgcgaaaaaataatttgaataatttttattgaatttttaagcagaatgtttcaagatatcccagtaattaatattttgaaataattttatgttttggacatttgccaatttttttaaatattaggaacaccctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaAAATTATGTTT-G--TC-TTCTCCAGT-----AAACACTTACCCGCTACTA-CC-AGAA--TA----AC----AA-TAGAGCCCCTGC--T-----G-T--T--AA----C-----A-TC---TA-A--CCAAAC-A----C----A----G---T-C--TTCT----GCT-A-----A---G-T--C-AGGCGG-A--A-----TTTC--AA-CTCGAG-------TAACCAG--AT-TCTAAC-------A------A-TCT-----T-ACAGAA-CA-C---T-GG-C-TA-T-----GAG-ATTGCT-TCAAA---A-T----------C-A--T-A-------TTCTA---TT-TCATTTT------A-T--CT-AA--AT-T-GA-T--AAAAA--ATCTTCTTC--CACA--A-A-TAAA----TGCTCTA--AC-AAGCTTT-G-----A---AAGAAA--TTG--T-A--TGGTTTGGGGG-------CGGGGGGG
blockSeqs : GT ATTA C AG AAGG . CT T CT CT AA GAAA A T T TTC T CT C AAAA TTG A AT T A AAAGGG GC GCG G T TCAA AAAT A . G A A A AA TT T G AAG C T A TG TCA A TG A TTT A GGG TTC TTT A CAA G G T AA GA C GTT . TCC GGGGG ACACTTACCCGCTAC C G AT . CAATAGAGCCCCTGCTGTT CAATCT A . . GC ACAACATCA . C TT A TTCA C C AAGGGTTC T GGC AAAATT GA TACGGCGTA CA CA AACATTAAAAA G G A CAG A . ACT T G C T CCACGA C T C A ATTGCCTTTCGCA . AA A ATCTTAC T ACT A C TT TCGCTA A AT A GAT T T GA GC TTCT CT G . T T A AAAG CTA A CTT T TCACTAACC AC . G TT TTT AGTTGTA
blockSeqs : . . . . T . C A CT . A GA . . . . . CT C AA TTG . . T . CTAA . . . T AG . . . . A . . AT T . . . C T A . TCA . . A T . GGG . . A . G . . . . . GT . . . TT . . . . AGAATTCTAAAAACT AAACC . . . . CACACAAA . . . C C . . AGAT . . ATAA . CTCGAG . . CAAAAAA G G . AT A . . . . . T GA T . . . CAAAT . G . C T . . . T TA . . . TAA . . . AT . . C . G . A CAT A . TA . AAACA A . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A A . . . . A . . . T . . . . . . . . A . . . . . . T . T . . A . . . . . T . . . . . . . TG . . . A . . . . CAAGTAATTTTTTTA CG . . . . CACACAAC . . . . T . . AGT . . AAA . ATA . . TCTAACA . G . . . . . . . . . A . . . . GAAGT . . . . . . . . . T . . . AT . . . . . . . . . . A AT . . . . AAAG A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . T . . . . . . . . A . . . . . . A . T . . . . . . . . T . . . . . . . TG . . . . . . . . AATTTTGCTT A . . . . CAAACACA . . . . . . . AGT . . ATT . CTA . . ATACAA . . . . . . . . . . . A . . . . AAAAT . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . . . . . . A . . . . GA T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . T . . . . . . . . A . . . . . . A . T . . . . . . . . T . . . . . . . G . . . . . . . . AATTATTTTG C . . . . CACACAA . . . . . . . CGT . . GAA . TA . . TACAA . . . . . . . . . . . G . . . . AAAT . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . AA A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . T . . . . . . . . T . . . . . . . G . . . . . . . . AATTCTGTTC C . . . . GACACA . . . . . . . AGT . . AA . TA . . TCAAA . . . . . . . . . . . A . . . . AATA . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . AA A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . T . . . . . . . . C . . . . . . . G . . . . . . . . AATTTTGTT C . . . . CCACAC . . . . . . . AGT . . AA . TA . . TACAA . . . . . . . . . . . A . . . . AAAT . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . AA A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . G . . . . . . A . T . . . . . . . . T . . . . . . . G . . . . . . . . AATTTGTT C . . . . CACCA . . . . . . . AGT . . AA . TC . . TACAA . . . . . . . . . . . A . . . . AAT . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . GA A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . . . . T . T . . . . . . . . T . . . . . . . G . . . . . . . . AATTTTG C . . . . ACACA . . . . . . . AGT . . GA . TA . . TAAAA . . . . . . . . . . . A . . . . AAT . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . AA A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . T . . . . . . . . T . . . . . . . G . . . . . . . . AATTTCG A . . . . AACA . . . . . . . AG . . AA . AA . . TAAAA . . . . . . . . . . . G . . . . ATT . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . T . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . ATTTTT C . . . . CACA . . . . . . . AG . . AA . TA . . AAAA . . . . . . . . . . . G . . . . AAT . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . T . . . . . . . . . . . . . . . . . CAA . . . . . . . AT . . AA . TA . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . AAT
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CCA . . . . . . . T . . . . A . . TA . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : **** A******** T*** *************** ** **** AATTTTGTT*************************** *** CACACAA************** *** AGT*********** AA******** TA************ TAAAA**************** ***** *** A***** AAT**************** ******* ****** **** ** ***** A** **
originalCons : GTAA--TGATA----T-ATAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-TTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTT-GAA-A---T-AA-TTTTAT--G-T--T-T--G-ACA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATTATGTTT-G--TT-TTC---AGT-----GG---------------TA-CA-AGAA--TA----A-----AA-T----------T--T-----G-T--T--AA----C-----A-TC---TA-A--C----C-A----C----A----G---T-C--TT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---GG-A--A-----TTTC--AA-T----A-------TAAC--A--AT-T---ACA------A------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-C-TA-T-----AAG-A-TG-T-TC--A---A-T----------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-A--TT------A-T--CT-AA--A--T-GA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--T-A--GGG---GGGGG-------GGGGGGGGG
finalCons : GTAA--TGATA----T-ATAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-CA--------A--G---AAT-G-TTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTT-GAA-A---T-AA-TTTTAT--GT---T-T--G-ACA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATTATGTTT-G--TT-TTC---AGT-----GG---------------TA-CA-AGAA--TA----AAATTTTGTT---------------------------AA----C-----A-TC---TA-A--CCACACAA--------------G---T-C--TT-T----G-T-AAGT-----------C-A---GGAA--------TTTC--AATA------------TAAC--A--ATTAAAA----------------A-TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-C-TA-TA-----AG-A-TG-T-TCAAT----------------C-A--T-A-------TTC-A---TT-T-A--TT------A-T--CT-AA--A--T-GA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--T-A--GGG---GGGGG-------GGGGGGGGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AAATTAAAAATCTTCTACCGCAAATATAAGTGATCTACAGCATTCAAAAGTAATTTATGTTCGTTTTGATGGTGGGGGTTTGGTAGAGGTGCTGGGGGAAAGATTT
Alignments
lowQualScore : 111 1 444444444444444 11111 1111111111111111111 11111 111111 1111 11111111 11111111111111 11111111111111 11111 11111 11111111111111111111 2222222 2222222222 22222 1111 1 2222 11111 111 111111111111 1111111
lowQualScore : 55 6666 2 33 6666 2 55 4 66 33 55 7777 2 2 2 333 2 66 6 55555 000 2 33 4 2 888888888 33 444 2 1 8888 5555 2 2 2 4 2 2 444 66 2 2 444 5 5 1 33 7777 2 33 8 777 2 999 444 555 1 555 5 2 2 44 44 3 6 44 3 777777 000000000000000 3 3 77 7777 11111 44 8888888888888888888 3 88888 555 3 888 3 6 555 777777 5 5555 2 2 99999999999999 2 555 2 77777777 33 55555555555555 33 77777777777777 2 33 55555 2 888 5 2 777 2 5 2 66666 5 2 2 2 88888888888888888888 77 3 3 0000000 6 555 3 6 77 6666666666 3 22222 3 3 44 99 4444 44 6 44 6 3 3 0000 77777 3 000 3 333333333333 999 55 3 88 777 4444444
lowQualScore : .. .... . .. .... . .. . .. .. .. .... . . . ... . .. . ..... ... . .. . . ......... .. ... . . .... .... . . . . . . ... .. . . ... . . . .. .... . .. . ... . ... ... ... . ... . . . .. .. . . .. . ...... ............... . . .. .... ..... .. ................... . ..... ... . ... . . ... ...... . .... . . .............. . ... . ........ .. .............. .. .............. . .. ..... . ... . . ... . . . ..... . . . . .................... .. . . ....... . ... . . .. .......... . ..... . . .. .. .... .. . .. . . . .... ..... . ... . ............ ... .. . .. ... .......
lowQualScore : 55 9999 2 11 9999 2 33 4 11 11 33 8888 2 2 2 999 2 11 7 33333 000 2 22 7 4 333333333 22 111 4 8 2222 0000 4 4 4 7 4 4 111 33 7 7 777 3 3 0 77 5555 7 77 0 333 7 333 777 000 0 000 7 9 9 22 22 6 7 66 3 222222 444444444444444 3 3 99 1111 77777 66 1111111111111111111 3 33333 888 1 555 1 2 000 555555 7 7777 9 9 66666666666666 9 000 9 44444444 99 11111111111111 99 44444444444444 9 99 77777 9 999 7 9 999 9 7 9 88888 7 9 9 9 99999999999999999999 99 3 3 0000000 7 888 3 7 99 9999999999 3 44444 3 3 66 22 2222 66 7 66 7 3 3 8888 55555 3 444 3 999999999999 222 00 6 66 000 4444444
consensus : GTAA--TGATA----T-ATAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-TTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTT-GAA-A---T-AA-TTTTAT--G-T--T-T--G-ACA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATTATGTTT-G--TT-TT-C---AGTGG---------------TACA-A-GAA--TA----A-----A--AT--------T-TTG-T--T-AAC-A-----TC---TA-A---C-C-AC---AC-A-A--GTCTT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---GG-A--A-----TTTC--AA-T----A-------TAAC--A----AT----T-A-AAA-A--TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-CTA-T-----AAG-A-TG-T-TC--A---A--T----------C--A-T-A-------TTC-A---TT-T-A--TT------AT--CT-AA--A--T-GA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--T-A--GGG---GGGGG-------GGGGGGGGG
Reference ( family-335 ) : GTAA--TGATA----T-ATAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-TTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTT-GAA-A---T-AA-TTTTAT--G-T--T-T--G-ACA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATTATGTTT-G--TT-TT-C---AGTGG---------------TACA-A-GAA--TA----A-----A--AT--------T-TTG-T--T-AAC-A-----TC---TA-A---C-C-AC---AC-A-A--GTCTT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---GG-A--A-----TTTC--AA-T----A-------TAAC--A----AT----T-A-AAA-A--TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-CTA-T-----AAG-A-TG-T-TC--A---A--T----------C--A-T-A-------TTC-A---TT-T-A--TT------AT--CT-AA--A--T-GA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--T-A--GGG---GGGGG-------GGGGGGGGG
gi|1 : GTAA--TGATAA---T-ATAAA--G----GTCC--T-GC--T--G--A----AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---------A--G---AAT-G-TTC----AAGA----T-ATACCC-AG-T-A-TA-T-AATA--TTTT-GAA-A---T-AA-TTTTAT--GTT--T-T--G-ACA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTT--AATATTAG--G--AAAA--CCTCC
gi|1 : tctatTAAATTATGTTT-G--TTGCT-A---AGTGGA--------------TACA-A-AAAA-TGGGACA-----G--AT--------TATTG-TGAT-AGC-AA----TCGAGTAGA---C-C-AC---AG-C-A--GTCTT-T----G-T-ACACCAG---G-T--C-A---GG-G--AGATTATTAC--AAGT----A-------TTAT--A----ATACGAG-A-AAACA--TCACTAACT-A---AA-CAGCG--T-GG-CTA-TGG---AGA-A-TG-T-TT--ATATA--T----------CC-A-T-AATT----TTC-A---TT-TTA--TTTGG---AG--CTGAA--A--T-GA-T--AAAAA--CTCTTAATC--CA-AAGA-A-TAAA----TATTGGTTGAC-AAG---T-G-----A---A--GAAATTTGAAT-A--AAG---GGGGG-------GGGGGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaattatgtttgttgctaagtggatacaaaaaatgggacagattattgtgatagcaatcgagtagaccacagcagtctttgtacaccaggtcagggagattattacaagtattataatacgagaaaacatcactaactaaacagcgtggctatggagaatgtttatatatccataattttcattttatttggagctgaaatgataaaaactcttaatccaaagaataaatattggttgacaagtgaagaaatttgaataaagggggggggggggt
gi|10 : tctatgtaatgataatataaaggtcctgctgaaaaaataatttgaataatttttattgaatttttaaacagaatgttcaagatatacccagtatataatattttgaaataattttatgttttgacatttgccaatttttttaatattaggaaaacctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaAAATTATGTTT-G--TT-TTTC---AGTGGGGGGG----------CACC-ACGAA--TA----A-----AGAAT--------T-CT-------AAA-A-----AC---TA-AAAAC-C-ACCCAACCA-A--ATCTT-TTT--G-T-A-----AAGGG-TTCC-A---AG-A--AAATT-TCTC--AA-T----A-------TTAC--A----AT----C-A-AAA-AAATCA-----T-A---AAACA-C---T-GG-CAA-T-----AAG-A-TG-T-TTCAA---A--T----------C--A-T-A-------TTC-A---AT-T-A--TTTA----AT--CT-AA--AT-T-GA-T--AAAAAGCTTC----TC--CA-A--A-A-T-AAAAAGT-TT-----AC-AAG---T-G-----G---A--AAA--t
gi|11 : C---AC-A-ACAGTTTT-TC---G-TCA-----A---G-T--CTA---GG-ATAA-----TTTC--AA-T----ACGGCGTATAAC--A----AT----T-A-CAA-A--TTAG----T-A---AA-CA-CACTT-GGGCTA-TCCACGAAC-A-TG-T-TC--A---A--T----------C--GGT-A-------CTC-GACTCT-T-A--TTTCGCTAGT--CT-AAC-A--TTGA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--ATATT-AACAT-CGTT-----AC-AA----T-GTCACTA---ACCAAA--TTG--T-A--AGG---Ga
gi|12 : -G--TT-TT-C---AGTGG---------------TACA-A--AT--TA----A-----A--AT--------T-TTG-T--T-AAA-T-----TC---TA-A---C-C-------C-A-G--TCCTT-C----G-T-A-----A---G-T--C-A---GG-A--A-----TTTC--AA-T----A-------TAAC-----------------AAA-G--TCA-----T-A---AA-CA-C---T-AG-CTA-T-----AAACA-TG-T-TC--A---T--TGCCTTTCGCAC--A-TAA-------TTC-A---TA-T-AT-TT------AT--CT-AAT-T--T-GA-T--AAAAA--CTC----TCCTCA-A--A-A-TAAA----TGTT-----ACAAAG---T-G---------A--AAT--TTG--T-ATTGGG---GGAGG-------GGGaacgagacgggcggtgctagggcggggg
gi|13 : GTAAGTTGATA----TCATAAA--GAAGGG-CC--T-GC--T--G--A----AAAAT-A-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---GAAA--TTTTA-AAA-C---AAAGGGA--G---GAT-GTTTC----AAAAAAATT-AT-CCCGAG-T-A-TA-A-AATATTTTTT-GAA-AAAGT-AA--TTTATTGG-T--T-T--G-GCA---T-TT---GTTCCCA---A-----T-T-GTTA-AAT-TTAG--G--AAAA-CCCTCttt
gi|14 : ttctatgAA--TGATA----T-ATAAA--G----G-TC--T-GC--T--GAAA----AAAAA-T-AATTTT---GAATTA--AT-TTTTAA---TT---A-CA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---AATGG-TTCAG--AAAA----T-AC-CCC-AG-T-A-TTAA-AATA--TTTT-GAA-A---G-AA-TTTTA---G-T--T-T--G-ACA-----TT---G---CCA---TAT---T-T-TGAA-AATA-TAG--T--AAAA-CCCTC
gi|15 : atttctatc-A---C-C--C---AC-C-A--GTCTT-T----G-T-A-----C---G-T--C-A---GG-A--AA----TTTC--AA------A-------TAAC--A----------T-A-A--------------T-A---GA-C------T-GG-CTA-TT----GAGTA-TG-A-TC--G---AAGT----------C--A-T-AATCTTACTTCTA---TT-T-A--TT----------CT-AA--GATT-GA-T--AAAAA--CTC----AC--CA-A--A-A-T-AA----T-TT-----AT-AAG---T-G-----AAACA--AAA--TTG--T-A--GGG---GTGTA-------GGG
gi|16 : ----T-ATAAA--AT---G-CC--T-GCCTT--G--A----AAATT-TTAA-TTT---GAA-TA--TT-TTTT-T---CT---G-AA--TTTTT-AAA-T---T-----A--G---AAT-G-TTC----AATA----T-AT-TCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTT-GAA-A---C-AT-TTTTTT--C-T--T-T--G-ACT---T-TT---A---CCA---AAT---T-C-TGAA-AATATTAA--G--AAA
gi|17 : tctattattatATA----T-ATAAA--G----A-C---T-GC--T--G--A----AA----C-TA-TTT---GAA-TACTATCTTTT-A---TTTTGG-AA--TTTTTTACA-C---A-----A--G---AAT-GTTTC----AAAA----T-AA-TCC-AGAT-A-TT-A----G--TTTT-GAA-A---TCAATTTTTAT--G-TCAT-T--GAACA---T-TTGGGG---CGA---ATT---TGT-TTTA-AATATTGA--G--A
gi|18 : GATA----T-ATAAA--G----A-C---T-GC--T--G--A----AA----C-TA-TTT---GAA-TACTATCTTTT-A---TTTTGG-AA--TTTTTTACA-C---A-----A--G---AAT-GTTTC----AAAA----T-AA-TCC-AGAT-A-TT-A----G--TTTT-GAA-A---TCAATTTTTAT--G-TCAT-T--GAACA---T-TTGGGG---CGA---ATT---TGT-TTTA-AATATT
gi|19 : AGC--A----AT----T-C-AAA-A--ACA-----T-A---AAACA-C---TTGG-CTA-T-----AAG-A-TG-T-TC--A---A--T----------C--A-T-AC------TTC-A---TT-T-A--TT------ATATCT-AA--T--T-GA-T--AAAAAATCTC----TC--CAGA--A-A-T-AAA---TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--TGA--GGG---GGGGGAGTTGTAGGGGGGGGGgag
gi|2 : attattaGTAA--TGATA----T-ATAAG--G----C-CT--T-GC--T--G--AGAAAAAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-----TT---G-AA---TTTT-AAA-C---A-----AGCG---AAT-G-TTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-TAA-TT-A-AATA--TTTT-GAA-A---T-AA-TTTTAT--G-T--T-T--G-GCATTTT-TT---G---CCA---ATT---C-G-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCCga
gi|2 : taatttctacttTAAATTATGTTTTG--TT-TT-A---AGTGG---------------TACA-A-GAAATTA----A-----A--AT--------T-TTG------AAC-A-----TC---TA-C---C-G-AC---AC-A----GTCTT-TT---G-T-A-----A---G----C-G---GG-A--A-----TTTA--AC-T----A-------TAAC--A----AT----T-ACAAA-G--TCAG----T-A---AA-CA-C---T-G--TTA-T-----A-G-A-TG-T-TC--A---T--T----------C--A-T-A-------TTC-A---TT-T-T--TT------AT--CT-AA--AA-T-TA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--AGA-T-AA----TGTT-----AC-AAGTA-T-G-----A---A--AA----TG--T-A--AGG---GGGGG-------GGGGGatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaattatgttttgttttaagtggtacaagaaattaaaattttgaacatctaccgacacagtcttttgtaagcgggaatttaactataacaattacaaagtcagtaaacactgttatagatgttcattcatattcattttttatctaaaattataaaaactctccaaagataatgttacaagtatgaaaatgtaaggggggggggggtgtaaagggggggg
gi|20 : taatttctacttgtaatgatatataaggccttgctgagaaaaaaaataatttgaataatttttttgaattttaaacaagcgaatgttcaaaatatcccagtaattaaatattttgaaataattttatgtttggcattttttgccaattcgtttaaatattaggaaaacccatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntATG----T-ATAAAAGG----G-CC--T-GC--TCTG--T----AGAAA-T-A--TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-CCTAA-----G--G---AAT---TTC----AAAA----A-AT-CCC-AG-T-A-TT---AAT---TTTT-GAA-A---T-AG-TTTT-T--G---------A-ACA---T-TT---G---TCA-----T---T-T-TGAA-AATATTAG--G--AAAA-Ctgtaaagggggggg
gi|21 : tatagtATA------ATAAA--A----A-CCCTT-GCCTT--G--A----AAAAA-T-AA-TTTTTCGAA-TA--AT-TTTT-AAAATT---G-AAATTTTTT-AAAAC---A-----A--G---A-T-G-TTTTCAAAAAA----T-AT-CC--AG-T-A-TT-G-A-----TGTT-GAAGA---T-AT-TTTTAT--G-T--T-T--G-ACA---T-TT---G---CC
gi|23 : tctTAAATTATGTTT-GTTTT-TT-T---AGTGGTT-------------TACA-A-CAA--TA----A-----A--AT--------T-TTGCT--T-AAC-A-----TC---TA-A---A-C-AC---ACAA-A--GTCCTAT----G-T-A-----------T--C-C---AG-AT-T-----TTTC--AA-T----C-------TA
gi|24 : aGTAG--TGATAATTAT-ATAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAAAT-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTAT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-TTA----AGAA----T-AT-CAC-AG-T-A-Tgttaataca
gi|25 : tcctatGTTA--TGATA----T-ATAAA--T----G-CT--T-GC--T--G--A----AAAAT-T-AA-TTT---CAA-T---------------------------TTTT-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-GTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-
gi|26 : tttctatGTAA--TGATA----T-GTAAA--G----G-CC--T-CC--T--GA-A----AAAAA-T-AA-TTT---CAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-g
gi|3 : atttctatGTAA--TGATA----T-A--AA--G----G-CC--TTGC--T--G--AGA--AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA-----TTTT-----TT---G-AA--TTTAT-AAA-C---A-----A--GGCGAAT-G-TTC----AACA----T-AT-CCC-AG-T-AATT-A-AATA--TTTTTGAA-A---T-AA-TTTTAT--G-T--T-T--G-GCAT--T-TT---G---CCA---ATT---C-TGTTTA-AAT-TTAG--G--AAAA-CCCTC
gi|3 : taactAATTATGTTTTG--TT-TT-A---AGTGG---------------TA---A-CAA--TG----A-----A--AT--------TATTT-T--G-AAC-A-----TC---TA-AG--C-C-AC---AC-A----GTCTT-TTTCAG-T-A-----A---G----C-G---GG-A--A-----TTTA--AC-T----A-------TAAC--A----ATA---T-ACAAA-G--TCAG----T-A---AA-CA-C---T-G--TTA-T-----A-G-A-TG-T-TC--A---AA-T----------C--A-T-A-------TTC-A---TT-T-A--TTT-----AT--CT-AATAA--T-TA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AAAT--TGTT-----AC-AAG---TTG-----A---A--AA----TG--T-AA-GGG---GGGGG-------GGGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaattatgttttgttttaagtggtaacaatgaaattattttgaacatctaagccacacagtctttttcagtaagcgggaatttaactataacaatatacaaagtcagtaaacactgttatagatgttcaaatcatattcatttatttatctaataattataaaaactctccaaaataaattgttacaagttgaaaatgtaagggggggggggggttgtaaaagggggggggg
gi|4 : taactgtaatgatataaaggccttgctgagaaaaaataatttgaatattttttgaatttataaacaaggcgaatgttcaacatatcccagtaattaaatatttttgaaataattttatgtttggcattttgccaattctgtttaaatttaggaaaaccctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttGATA----T-ATAAA-------G-CC--TAGC--T--G--A----AAAAA-A-AA-TCT---GAA-TA--TTATTAT-A---TTA--G-AA--TT-----AA-C---A-----A--G---AAT-G-T--------AA----TAAT-CCA-AG-T-A-TT-A-AATAT-TTTT-GAA-A---T-AA-TTTT-T--G-T--TAT--GAACA---T-AT---G---CCA---ACTCAAT-T-TTT--AATATTAGAAG--AAAA-CCCTCCttgtaaaagggggggggg
gi|4 : tttctatgtaacacaAAATTACGTTT-G--TT-T--C---AGTAGA--------------TACA-A-GAA--TA----A-----A--AT--------T-CTG-T--TCAACGA-----TC------A---C-C-AC---AC-A-A--GTACT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---AG-G--A-----ATTC--AA-A----A-------TAAA--ATAACAT----TAA-AAA-A--TCA-----TAA---AA-CA-C---T-AGCCTA-TG----AAG-A-TG-TATC--A---A--TA---------CAAA-T-A-------TT--A---TTAT-A--TTA-----AT--CT-AA--A--T-AA-TGAAAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTTA----AC-AAG---T-G-----G---A--AAAC-TTG--T-A--AGG---GAAGG-------GGGannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaaattacgtttgtttcagtagatacaagaataaaattctgttcaacgatcaccacacaagtacttgtaagtcaaggaattcaaaataaaataacattaaaaaatcataaaacactagcctatgaagatgtatcaatacaaatattattatattaatctaaataatgaaaaaactctccaaaataatgttaacaagtggaaaacttgtaagggaaggggga
gi|5 : tttctatgtaacacagatatataaagcctagctgaaaaaaaaatctgaatattattatattagaattaacaagaatgtaataatccaagtattaaatatttttgaaataatttttgttatgaacatatgccaactcaatttttaatattagaagaaaaccctccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaGTAA--TGATA----T-ATAAA--G----G-CC--T-GC--T--G--A----AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAA-C---A-----A--G---ATT-G-TTC----AAAA----T-AT-CCC-AG-T-A-TT-A-AATA--TTTT-GAA-------AA-TATTTT--G-T--T-T--G--CA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AAAA-CCCTCCa
gi|5 : TAAATTATGTT--G--TT-TT-C---AGTGG---------------TACA-A-GAA--TA----A-----A--AT--------T-T-G-T--T-AAC-A-----TC---TA-A---C-C-AC---A-------GTCTT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---GG-A--A-----TTTC--AA-T----A-------TAAC--A----AT----T-A-CAA-A--TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-TTA-T-----AAG-A-TG-T-TC--A---A--T----------C--A-T-A-------TTC-A---TT-T-A--TT------AT--CT-AA--A--T-GA-T--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-T-AA----TGTT-----AC-AAG---T-G-----A---A--AAA--TTG--T-A--GGG---GGGGG-------GGGGGGGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaattatgttgttttcagtggtacaagaataaaatttgttaacatctaaccacagtctttgtaagtcaggaatttcaatataacaattacaaatcataaacactggttataagatgttcaatcatattcatttattatctaaatgataaaaactctccaaaataatgttacaagtgaaaaattgtaggggggggggggggggg
gi|6 : gtaatgatatataaaggcctgctgaaaaaataatttgaataatttttattgaatttttaaacaagattgttcaaaatatcccagtattaaatattttgaaaatattttgtttgcatttgccaatttttttaaatattaggaaaaccctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA----T-ATAAA--G----C-CC--T-GC--T--G--A----AAAAA-T-AA-T------GA-TA--AG-TTT--A---TT---G-AA--TTTTA-AAA-C---A-----A--G---AAT-G-T-C----AAAA------AT-CCC-AG-T-A-GA-A-AATA--TTTT-AAA-A---T-AA-TTTTAT--G----T-T--G-ACA---T-TT---G---CCATTTTTT---T-T-TTTATAATATAGG--G--AAAACCCCTCC
gi|6 : ctattataTAAATTATGTTT-G--TT-T--C---AGTGG---------------TACA-A-GAA--TA----A-----A------------T-TT--T--T-AAC-AA----TC---TA-A---C-CCAC---AC-A-----TCTT-G----G-T-A-----A-----T--C-A---G--A--A-----TTCC--AAAT----A--------AAC--A----AT------A-AAA-A--TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-CTA-T------AG-A-TG-T-TCA-A---A--T----------C--A-T-A-------TTC-A----T-G-A--TT------TA--CT-AA--A--T-GATT--AAAAA--CTC----TC--CA-A--A-A-TAAA----TG-------AC-AAG---T-----------A--AAA--TTG--T-A--GGaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaattatgtttgtttcagtggtacaagaataaatttttaacaatctaacccacacatcttggtaatcagaattccaaataaacaataaaaatcataaacactggctatagatgttcaaatcatattcatgatttactaaatgattaaaaactctccaaaataaatgacaagtaaaattgtagg
gi|7 : ctattataatataaagccctgctgaaaaaataatgataagtttattgaattttaaaacaagaatgtcaaaaatcccagtagaaaatattttaaaataattttatgttgacatttgccatttttttttttataatatagggaaaacccctccaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaATA----A-ATAAA--G----G-CCC-T-GC--T--G--A----AAAAAAT-AA-TTT---GAA--A--AT-TTT--A---TT---G-AA--TTT---AAA-C---A-----A--G---AAA-GTTTC----AAAA----C-TT-CCC-A--T-A-TC-ATAATA--TTTT-AAA-T---T-AA--TCTAT--G-T--T-T--G-GCA---TATT--------CA---ATT---A-C-TTTA-ATCATTAG--GGAAAAA-CCCTCC
gi|7 : gttaagcttctatcttaataccAAGTTAT-TTT----TT-TC-C-----TG----------------TACA-A-GAA---A----A-----A--AT--------T-TCG------AAC-AATCTATC---TA-A---CACAAC---AT-C-A--ATC-T-T----G-T-A-----A---GAT--C-A---A------------TTCGAAA-T----A-------TACC--A----TT----T-A-AAA-A--AAA-----T-AAT-AA-CA-C---T--G-CTATT-----AAG-A----T-TC--A---A--T----------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaagttatttttttcctgtacaagaaaaaatttcgaacaatctatctaacacaacatcaatcttgtaagatcaattcgaaatataccatttaaaaaaaataataacactgctattaagattcaat
gi|8 : gttaagcttctatcttaataccataaataaaggccctgctgaaaaaaataatttgaaaattttattgaatttaaacaagaaagtttcaaaacttcccatatcataatattttaaattaatctatgtttggcatattcaattactttaatcattagggaaaaaccctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaGTAA--TGATA----T-ATAA---G----G-CC--T-GC-----G--A----AAAAA-T-AA-TTT---GAA-TA--AT-TTTT-A---TT---G-AA--TTTTT-AAG-C---------A--G---AAT-GTTTC----AAGA----T-AT-CCC-AG-T-A-AT-T-AATA--TTTT-GAA-A---T-AA-TTTTAT--G-T--T-TTGG-ACA---T-TT---G---CCA---ATT---T-T-TTTA-AATATTAG--G--AACA-CCCTCC
gi|8 : ctatTAAATTATGTTT-G--TT-TT-C---AGTGG---------------TACAGA-GAA--TA----ACAAGTA--AT--------T-TTT-T--T-AAA-AA----TC---TA-A---C-C-AC---AC-A-AC-GTCTT-T----G-T-A-----A---G-T--C-A---GGGA--A-----TTTC--AACT----A-------TAAC--ACA--AT----T-A-AAA-A--TCA-----T-A---AA-CA-C---T-GG-CTA-T-----GAG-A-TG-T-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaattatgtttgttttcagtggtacagagaataacaagtaatttttttaaaaatctaaccacacaacgtctttgtaagtcagggaatttcaactataacacaattaaaaatcataaacactggctatgagatgt
gi|9 : ctatgtaatgatatataaggcctgcgaaaaaataatttgaataatttttattgaatttttaagcagaatgtttcaagatatcccagtaattaatattttgaaataattttatgttttggacatttgccaatttttttaaatattaggaacaccctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaAAATTATGTTT-G--TC-TT-CTCCAGTAAACACTTACCCGCTACTACC-A-GAA--TA----AC----A--ATAGAGCCCCTGCTG-T--T-AAC-A-----TC---TA-A---C-C-AA---AC-ACA--GTCTTCT----GCT-A-----A---G-T--C-AGGCGG-A--A-----TTTC--AA-CTCGAG-------TAACCAG----ATTC--T-A-ACA-A--TCT-----T-ACAGAA-CA-C---T-GG-CTA-T-----GAG-ATTGCT-TCAAA---A--T----------C--A-T-A-------TTCTA---TT-TCATTTT------AT--CT-AA--AT-T-GA-T--AAAAA--ATCTTCTTC--CACA--A-A-TAAA----TGCTCTA--AC-AAGCTTT-G-----A---AAGAAA--TTG--T-A--TGGTTTGGGGG-------CGGGGGGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AAATTAAAAATCTTCTACCGCAAATATAAGTGATCTACAGCATTCAAAAGTAATTTATGTTCGTTTTGATGGTGGGGGTTTGGTAGAGGTGCTGGGGGAAAGATTT