lowQualScore : 11111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 11 333333 1 1111111 1 1111 444444444 66666666666666666666666666666666666666666 1111 2222222 22222222222222222 22 11111 1111 33333333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 1 1111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22 1 111 1 22 111 666666
lowQualScore : 33 777777 3 8888888 0 1 6666 999999999 2 888 44444444444444444444444444444444444444444 4 7777 4 55 1111111 666 7 0 00000000000000000 5 5 22 5 11111 5 2 3333 22222222 888 3 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 44 8 3 1 0 66 44 5555 777 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 77 6 6 11 6 0 666 7 11 777 777777
lowQualScore : .. ...... . ....... . . .... ......... . ... ......................................... . .... . .. ....... ... . . ................. . . .. . ..... . . .... ........ ... . ............................................................................... . .. . . . . .. .. .... ... ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .. . . .. . . ... . .. ... ......
lowQualScore : 00 777777 3 6666666 1 4 3333 999999999 4 666 77777777777777777777777777777777777777777 0 8888 0 55 2222222 444 1 1 22222222222222222 0 0 44 0 11111 0 2 6666 55555555 888 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 11 2 4 1 2 11 44 6666 888 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 00 7 7 77 7 6 555 0 88 555 000000
consensus : GGGTNNTTTTCTTA----A-GTCATGATT-TGTA-------GTAGCGTC---TATC-ATCAGGCTGTGACATAC-TTTCTTTT-----------GCANCGT-NTGA--AT-AAA--NNA-----CC-TAGCTT-AAA-A--C--T-GCGACGGGAGGTAGATAGACAAACCA-----ACA---AA-AGTT-CTG-TGTG-AAAA-TATT-----TC-CCCAAAA--TTG--A-CC-AAGT---TCA------A----CAACCGCT-AA-TA--TTTC--AAAC-AT-----CAAA--GAAA------A-TT-----G-TT-GA-GAATCAAAATCCTTGCAATACGCACATCT--TCAGGTTGTT----TA---CAAAG-------------------------A--------GAGN-----------TG----AA---------CG--GA-----CAAACCAT-GCAT-TC-GTT---C--------G-TAATATTTCCTCAAA---A----C----NAAG---TTCAACA---NTN---TG-A---ATTTTCTC----A-A----------AA---AT-TGAAGAAA-ATCA----AA--------------A-------------CACATCTTC----GATACC--C--ATA--------CAAA-------TAC---------N---------AAGGT---CCTCACTTG---AAAATTGG-----A--ATTN---------GGNGG-----A---A-------AAAT-TATGTACC-CTCC-ATATAAC-ATTA-ATTTTCAAATNAAAGGGNCAAAA---CTGCAAGACA-GGTT
Reference ( gi|1 ) : GGGTGATTTTCTTA----A-GTCATGATT-TGTA-------GTAGCATC---CATC-CTGAGACAGTGGCATAC-TTTCTTTT-----------GCACTGT-TTAA--AT-AAA--TTA-----CC-TAGTTTTAAA-A--C--T-GCGACGGAAGGCAGATAGACAAACCAAGTAGACAAA-AAGAGTT-CTG-TGTGCAAAA-TATT-----TC-CTCAAAA--TTA--G-CC-AAGT---TTA------A----CAACTGCTGAA-TA--TTTC--AAAT-AT-----TAAA--GAAA------A-TT-----G-TT-GA-AAATCAAAATCAGTGTAATACGCACATAT--TCAAGTTGTT----TA---CAAAG-------------------------A--------GAGA-----------TG----AA---------CG--GA-----CAAGCCAT-GCAT-TCGGTT---T--------T-TAATATTCCCTTAAA---A----C----CAAG---TTCAACA---TTG---TGAA---ACTTTCTC----A-A----------AA---AT-TGAAGAAA-ATGA----AA--------------A-------------CACATCTTT----GATACC--T--ATA--------CAAA-------TAC---------T---------AAGGT---CCTCATTTG---AAAGTTGA-----A--ATTT---------GGCGG-----A---A-------AAAT-TATGTACC-CTCC-ATATAAC-TTTA-ATTTTCAAATTAATGGATCAAAA---TTGCA--ACATGGTT
gi|14 : GGGTTGTTTTCTAA----A-GCCATAATAATGTA-------TCAGCATC----ATC-----AACTGTGATGTAC-TTTCTTTT-----------GCATCAT----ACCAT-AAA--T--------C-T-GT----GA-A--C--A-GC-ACGAAA-------AAACAAACCAC-----CA--------TT-CTGATGT---AAA-TATT-----TC-CCCAA----TT----------GT---TTATATATCA----CAACCTTTAAA-T---TTAC--AA----T-----CAAA--AA-----------T-----G-TC-GA-GAAGTAAG-TCATTGAAATATG---ACAT--TCAGGT-GTT----TA---CAAAG-------------------------ACTT-----GAAA-----------CG---------------CG--AAGCTTGCAATCCAT-GTA
gi|3 : GTGCTTTTCTTATGTCATGTCATGATT-TGTGACTTCAGGTAGTATCAACTATC-ATCAGGCTGTTACAT------CTTGT-----------GAA------TAA--A--AGG--T-------CC-TAGCTT-AAC-A--C--T-A--ACAGGAGGTAGACAGACAAACC---TGGAT---------CT-CTG-TGTGGAAAA-TATTAATTTTC-CCTTAAA--TTG--A-CC-AAGT---TCA------A----T--CTGTT-AC-TA--TTCA--AAAC-AT-----CAAA--GAAATTAAAAA-TA-----G-TT-GA-GAATCAAAATTCTTGCTTTATGCACATCT--TC-AGTTATT----AA---CAAAG-------------------------A--------
gi|25 : cgacagtaccgcaaacgtttcataatacgcccgtgaaaagctaatatagtTTTTCTTA----G-GTCATGGTT-TGTA-------G-AGCcctttgcttcaaaactaagagcagtgaaaagggggaaaggtcctctaaacagcaaactacttttcgcattacttgaagaaatcaaaattcttgcacatctttcatacccatatacaaata
gi|8 : caaaatacgtccgtgaaaagcttatataaacggtattGTG-------GTATCGGC---TGTC-ATCAGGCTGTAGCACAC-TTTCTTT------------GCATCAC-TTGA--AT-AAAAGGTC-----CC-AAGTTTTAAA-A--C--T-GTGACAGAGGGTCCATAGTTAAACC----------A-AAGAGTT-CTG-TAGGTAGAA-TATT-----TC-CCCCGAA--TTT--GACC-AAGT---TCA------A----CAACCTCGAAA-TA--CTT---AGATCATGGGGGGAAATTCAGA------A-TT-----A-TT-GC-GAATCACGATCCTTGCACTACGCACATAtttgcgtcaggtagaatcagtcatcatcaggttcgcatcataagaaaaaaaaaagattcctatcgtaaaatctgtgccagaaggca
gi|20 : aattagtacagaactttcctttacGTA-------GTA-CATC---TATCACT----CGGTGACATTT-TTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCAATGT-------AT-GAA--TTAAAGATCC-TAGCTC-AAA-A--C--CAGTAACAGGAGGTAGATAGACAAA-------------------TT-TTG-TGTG--AAA-TATT-----Tagctatgccttttgttcaatgtaatatatcctcaaaacaaggacttccaacaatagcatgtaattttctcaaaaa
gi|19 : atgataagcaaacatggcaaaaacatcaaaagttgtagaattttacataagGTA-------GTA-CATC---TATCACT----CGGTGACATTT-TTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCAATGTATGAA--AT-TAA--AGA-----TC-CAGCTACAAACA--C--A-GTAACAGGAGGTAGATAGACAAA
gi|21 : atgataaagcaaactggcaaaaacatcaaaagttgtagaattttacataagGCA-------GTACCGGC---CATC-ATCAGGCTGTGACATAC-TTTATTTC-----------GTA-TGC-T-----AT-GAA--CTA-----ttttgtgttgaaatattt
gi|2 : gtactgaaaacggtgcatactacgcccgtgtaaagcttatcttgggtgcttcatttgttgaactttgtttaacC---CATC-GTCAAGCTGTAACATA----TCTTTC-----------GCACTGT-ATGA--ATTAAAGGTCA--------TAGCTT-AAA-A--CATT-GAAACG--AGAAAAGTAGACAAATC----------G-AAGAGTT-CTG-TGTTAAAAA-TATT-----TT-TTCAAAACTTTATTA-CC-AGGTAAGTTA------AAAATAAACTGC---A-TATTTTTC--AAAC-AC-----C--A--TAAA------A-T----------------ATCAAAACCCTTACAATATGCAGATCT--ATATGTTGTT----TT---CAAAG-------------------------ACTTATCTTGAAAATTACAATAGTTA----AA---------TG--GA-----CAAACCATGGCAT-T--ATT---C--------TGTAATATTTTTTCAAA---A----C----TGA------CAACAAC-CTG---T------ATTTTTTCTTCAA-A----------AA---AT-CGAA-ATC-ATTACCTCGT--------------G-------------CACATCTTTCATAGATATC--T--ATATG------CATA-------TCC---------A---------AATGT---CCataagaagtctcagcttgatatagcacacggaaacggaaacaga
gi|10 : tgttaggaagcatggcaaaaatgccattagttgaagaacttgggtagtctctgAGTGGTAGACCTTTCCTTT-----------GCATTGC-ATAA--AT-AAA--AGAT----CC-TAGCTTCAAA-AAGC--T-ATGACAGGAGGTAATTAGACAcaaattt
gi|29 : TGACTTAC-TTTC-TTT-----------GCATCGA-ATGA--AT-AAA--ACGT----CC-TAG-TGTAAA-A--CT-T-ATGGCGG-AGGTAGAGAGAAGGACCAAGcatgttctgcgttgagttgaacagcctgtaagctttcaaatatcgtacaaaatattgccataaacacaccttcaaattgttgatgtagaccaaagcttgaaaactgaaaaagtggcttggacaaaccatagattctatgtaatatttcctcaaaatatcgacttttatttttctgagaaaatttaagaaaatcaatatccttgccacatacacattttcgata
gi|24 : gtatctgtcacaatccggctaTTTT-----------GTAATAT-ATAA--AT-AAA--ATATT---CC-TAGATT-AAA-A--C--T-GCGA---AAGGGGGATGTACAT-----GTAGACAAACAACAATTTCCG-TGTATGATA-TATC-----TT-CCCAAAT--ATG--A-TT-AAGT---TCA------T----CAACCTTTAAA-TA--TTTagttctgc
gi|33 : tcagtcatcatcaggctctgattgtAA--TGA-----CCATAGTTTTAAA-A--C-----CGA--GAGGACGAAAAGACAAAC
gi|11 : aaatccttgcaaaacacacatctccgcggcgtttcGACAGACGAAA-AAACAAC-CACATTT-CTG-AGTGTAAAAATATT-----TCGCCCAA----TTG--T-TT-AAAT---TCA------G----CAACT-CTTTA-T---TTTC--ACAA-AT-----CAAA--GAAA------AGTT-----G-TTCGAGAAAT--AAGTCA-TGGAAT-TG-ACATCT--TCA-GTTGTT----TA---CAAAG-------------------------atgactcacaaaata
gi|18 : aagagtactcgacaaacgaatacataaacatatataatatgcccatcacaagctatgtagggtgtttttcttaaagccaggatattatggttcagactagtcatcaaagctgtgattgtactctttcttttgctcatagcataaaatcttGTT-CTG-TGT--AAAA-TATT-----TT-CCCAATA--TT---G-CCAAAGT---TGA------A----C--CTGC--AATTT--TTTC--AAAC-AT-----CAAA--GAAA------A-TTAGAAAA-TT-CAGAAATAAAAATCCTAGCAAGATACACATCTCGTCAGGTTGTT----TT---CAAAG-------------------------
gi|13 : ATT-----TC-CTCAAAA--TTG--A-CA-AAGT---TCA------A----TAACAAGT-AA-T---TTTCCAAAAA-AA-----AAAA--GAAA------A--------GAAA-GA-AAATCAAAATCCTTCCTACATGCACATCC--TCAA--TATCCA--TA---CAAAgcctcatcttgaaaactaggagaggacgtaaaagtacaaaccaaggatgtcatgaaata
gi|10 : cttgcaatacacatgtcttcaagttgtttataaagggcctagcttaaaaattgtatttaaagagttgaaaggacatgcactcacttcatacgCAAAAT-ATTGCCATAAACACACCT--TCAAATTGTTGATGTAGACCAAAGCTTG---------------------A--------AAAC-----------TG----AAAAAGTGGCTTG--GA-----CAAACCAT-AGAT-TC--TA---T--------G-TAATATTTCCTCAAA---A---------TA------TCGAC----TTT---T--A---TTTTTCTG----AGA----------AA---AT-TTAAGAAA-ATCA-----------------------------------ATATCCTT----GCCACA--T--ACA--------CAcacagtgtcaaataaggccctcacttaaaaattgtgggaggagtttaccaaaca
gi|13 : agtggtagacctttcctttgcattgcataaataaaagatcctagcttcaaaaagctatgacaggaggtaattagacacatgttctgcgttgagttgaacagcctgtaagctttcaaatatcgtaTGCAATACACATGTCT--TCAAGTTGTT----TA---TAAAGGGCCTAGCTTAAAAATTGTATTTAAA--------GAGT-----------TG----AA---------AG--GA-----CA-----T-GCAC-TCACTT---C--------A-TACGATTTCCTCAAA---ATTGAC----AAAG---TTCAATA---ACA---AGTA---ATTTTC-C----A-AAAAAAAAAAGAA---AA-GAAAGAAA-ATCA----AA--------------ATCCTTCCTACATGCACATCCTC----AATATC--C--ATA--------CAAA-------CACAGTGTCAAAT---------AAGGC---CCTCACTTA---AAAATTGttttcgata
gi|26 : ctATCT--TCAGTTTGTT----TA---CAAAGCCTTGACTTTAAACTG---------A--------GAGG-----------AGTTAAAA---------TGTTGA-----CAAACCAA-GCAC-TCGCTT---T------------ACATTTACTCAAA---A----CGGACTAAA---TTCAACA----AA---TGA--------TCTC----A-A----------AA---Atgggaggagtttaccaaaca
gi|3 : catttccaataataa--------GAGG-----------TA----GA---------CA--GA-----CAAACC-T-GGATCTCTGTG---TGGAAAATAT-TAATTTTCCCTTAAATTGA----C----CAAG---TTCAAT----CTG---TT-----ACTAT-TC----A-A----------AAC--AT-CAAAGAAA-TTAA----AA--------------A-------------TA
gi|8 : cgacagtaccgcaaacgtttcataatacgcccgtgaaaagctaatatagtgtgcttttcttatgtcatgtcatgatttgtgacttcaggtagtatcaactatcatcaggctgttacatcttgtgaataaaaggtcctagcttaacactaacagAAGCTAT-GCCT-TTTGTTCAAT--------G-TAATATATCCTCAAA---A----C----AAGGACTTCCAACA---ATAGCATGTA---ATTTTCTC----A-A----------AA---Agttgagaatcaaaattcttgctttatgcacatcttcagttattaacaaagacctttgcttcaaaactaagagcagtgaaaagggggaaaggtcctctaaacagcaaactacttttcgcattacttgaagaaatcaaaattcttgcacatctttcatacccatatacaaata
gi|12 : aattagtacagaactttcctttacgtggtatcggctgtcatcaggctgtagcacactttctttgcatcacttgaataaaaggtcccaagttttaaaactgtgacagagggtccatagttaaaccaaagagttctgtaggtagaatatttcccccgaatttgaccaagttcaacaacctcgaaatacttagatcatggggggaaattcagaattattgcgaatcacgatccttgcactacgcacatTTCCTTTGA---------C----AAAG---TTCAATAACCTTT---TTAA---A-TTTCTC----A-A----------AA---AT-TGAAGAAA-ATCA----AA--------------
gi|4 : aaaattagacaaaataattgcagaactttgtaattttaacaaacaatataatgcaacAAG---CTCAGCA---ACC---TGCT---ATTTTCTC----A-A----------AA---CT-TGAAGAAA-ATCA----AA--------------ATCATTACATG---TACACCTTT----AAAATT--C--ATACACTCTGTCAAA-------TAA---------G---------AAGGT---CCTCATTTATCTAAAGTGGG-----AGGATTTTTAGGCTAAGGCGGCGGCTA---A-------GCACACCTGTACC-CACC-ATATAAC-ATTA-ttccttgccacatgcacatcaattctcatactgtacaatgctttgtgcaaatctctgtacaacaagaaaatgttcactttaaaattgcagatattagctggacaaaactcctgcatccatggatcaaaattgcagatctacaaagggaagtaactgca
gi|9 : ttgaaatgatgAAT---TTCAACC---TT----TGCACGGATTTTTTC----A-A----------AACCTAT-TACATCAGCATG-----------------------------------CACATCTTC----ATTACT--C--ATAACTCTTG-TAAA--------AA---------T---------AAGGTGGTCCTCACTTG---AAAATTG------------T---------GGGGG------------------AGT-AATGTACCTCTCC-ATGTATC-ATTA-ATCTACCAATAAAAGGGCCAAAA---CTtactgcacaaaaaggggacacaactccttcaagaaaggaattgttacatgacctagagagacccccaaagaagctacacgacaagttttaaattcaacattaaatagatgacagagaaattaaaaagaaatagagaacccaaaacatatggaccgaaagacatcactataccataaaacatccctctaaaaacaagaattatgcaatttgaaaa
gi|3 : ttgcaaagttgTTTCGC----A-T----------TA---CT-TGAAGAAA--TCA----AA--------------ATTCTTG-------CACATCTTT----CATACCCAT--ATA--------CAAA-------TAcctgaaagaaagtcaaaatggttttgaaatatagcaacgtaatttaagtgacccctaaagaagctacaattgcaagtttcagcttgacatgtgacagaaaaatttaaaataaaaacaaaatcctgtgccgacagaca
gi|5 : cgacagtaccgcaaacgtttcataatacgcccgtgaaaagctaatatagtgtgcttttcttatgtcatgtcatgatttgtgacttcaggtagtatcaactatcatcaggctgttacatcttgtgaataaaaggtcctagcttaacactaacaggaggtagacagacaaacctggatctctgtgtggaaaatattaattttcccttaaattgaccaagttcaatctgttactattcaaaacatcaaagaaattaaaaatagttgagaatcaaaattcttgctttatgcacatcttcagttattaacaaagacctttgcttcaaaactaagagcagtgaaaagggggaaaggtcctctaaacagcaaactact----A-A----------GA---ATATGAAGAAA-ATTA----AACTTTATGCTACATTA-------------TACATCTTC----AATACC--C--ATA--------CAAA-------CGC---------TGTGTTAAATAAGGT---CCTC--TTG---AAAACTGGGGAGGA--GTTA---------GACGA-----A---C-------AAAG-TATGTACC-CTTC-GTATGAT-ATCAGATCTCCAA--TAAAGGAATAAAA---CT
gi|6 : actcactccacgatatttccttaaaaggaaataagttaaacaacctgtcattttctaaaaaaaaaaaataaaaaaaa----A-A----------AA---AT-TGCAGAAA-ATCA----CATCCCTTGCCACAT-G-------------CACATCTTC----AATACC--TATATA--------CAAACAATCTGTACCATAA----C---------AAGGT---CCTCGCTTG---AAAACTG-----------TG---------GGAGG-----ACTTATCTATACAAAT-CATGTACC-TTCCAATGCAACATTCA-A-TTTCAAA-TAAAGGGGCATAACTCTTGCAAGACA-GGTTttttcaagggggtcgaaatgggtcaaaattacagcactttcttgaacgacccacgaaaaagctacatagcaagtttcagcttgatgataacaaattaacagaaaaaaacctggacggactgactatgtaatataacccgtccaaagacaaatgcatttaa
gi|16 : ctAAA-------TAG---------G---------AAGGT---CCTCACTTG---GAACT-----------ACT-------------GG-----A---C-------CAAT-TAAGTGCA-CTCC-ATATAAT-ACTA-ATTTTCGAATAAAAGGG-CAAAA---Taaaatggattagaactgcaacatgatcatgagccctcaaagagcacatttcagcttgatatttgctgggaaatggaaataaaactagaaaatcctacaaatgtggacaagcaaccattactttcccataatgtgccttgtcaaaagacaagtgtattaaaaa
gi|15 : caaacatttggta-----A---A-------AAAT-TGTGTACC-CTCC-AAATAACATTTA-A-TTTCAAgccggcaaggaaggtcgttacatagcaagtttcagcttgatatgtgttatagaaatcaaaactgaaacagtaacccttgaatggacagacatacaacatcactgtaccattatatgtcct
15 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TAAAAAGAGGTCCTCACTTTAAAACTGTGGAGGGTTCTCCAGATATGACATATTCCATCCACACGCCATTAAAGTTTTCAAATAAAGGGGCACAACTTTTGCAGGAGGTGGAATTTAACAGAAATTGCAACATGATCGAGAGTGACCCACAATGAAGCTACATAGCTCAATATGTGATGGAGTTCGAATCTTGAACAGACAGATAACAATGTTGTGTACATGTACCATAATATGTACTCATCCCATCCATAATTACATGTAAAACATTTTAAAAGTGCTTAATCAAAGGATATATATTGGTCATTATATATATATACTGATGACA
Unaligned ( gi|17 ): AAATTAAGGAAAAATCAAAATCCCTGCCACATCCATATCTTCGATACTGGGTATTACCCATAAAAATACTCTGTAAAGCAAAAAGGTTCTCAACTGAAAATTGTGGGGGAGTTGGCCAGTTAAAATATGTATAATATTAATTTCAATTAAAGGGGCAAAACTGCAAGAGGTCTAGATGGTTCAAAATTGCAACAAGATTTAGAACGACTCACAA
Unaligned ( gi|22 ): AACAATCCTTTTCATTTGTATATCTTCAATACCAATAATAACATGTACTGTAAAACAAGGTCCTTTATTGAAAAGTGTGGGAGGATTCAGGAATTGGCAGAACAGATCCTGTGAGAGGTCGAAATGGATTAAAGAGTGACCCACAAAGAAGCAACTTAGCAAGTTTTA
Unaligned ( gi|23 ): AGTTATATACCCTCTGTGAAATTTTTATTTTCAGACAAGGGGGCAACACTCCTGCAAGGGAGATCGAAATGTATAAACATTGTAATATGATCTAGAGTGACCCATAAAGAATCTACTTAGCAATTGTCAGTTTGATTTGTGACAGAGAAAAGAAAACA
Unaligned ( gi|27 ): CAAAAGTATTGGAAAATTAATGGTACAATTGCACATAATACACCCATCACAAGCTTCTGCCGGGTGTTTTTGTTAAGCTGTAAGTTAGGTACATAAAGAATTAGTCACCTTCCAAGCTGTGA
Unaligned ( gi|28 ): CTTAATTTACTCAAATATTTAAGAAAACTAAGTCTTTGCCACATGCACACCTTAAATATCCGTACAAACACTGATAAATTAAGAAGGTTCTCACATGATAACTTTGAGAGGAGTTAT
Unaligned ( gi|30 ): ACAAAGAAGCTACAAAGCAAGATGCGACATATAGAGAAATGAAAATAGAAACAGCAAACCCCGAACGGACGGACTTGCAGACATCACTGTACCTTAACACGCCCA
Unaligned ( gi|31 ): TTTATGCAGTATCAGCCATCATCAGTGCTTCTGACTTTGTACAATAGAAGGTCCTAGCTTTAAAATAAACTGTATAAGAGTAAGACAGGACAAA
Unaligned ( gi|32 ): TTTATGCAGTATCAGCCATCATCAGTGCTTCTGACTTTGTACAATAGAAGGTCCTAGCTTTAAAATAAACTGTATAAGAGTAAGACAGGACAAA
Unaligned ( gi|34 ): TCAGCAAACATGACGAAATTGCCAGGAGATGAAGAAATTTACTGGAGGTACATGTATTATCAGCCATCATCAAGCTGTGACG
Unaligned ( gi|35 ): ACATGATTTGGAGTAACCCGTAAAGAAGCTACATTGCAAGTTTCCACTTGATATGTGACAGACACATGAAAACAGAC
Unaligned ( gi|36 ): AACAAGAGTACCGGAAATGCTACATGTGTATAATGTCCCAATCACAAGCTTACGTATGTAGAGTGTTTTTCTTAAGG
Unaligned ( gi|37 ): ACATGATTTGGAGTAACCGTAAAGAAGCTACATTGCAAGTTTCCACTTGATATGTGACAGACACATGAAAACAGA
Unaligned ( gi|38 ): TTAAGAAAATCAAACTCCTTGTCATATGCATGTCTTCAATACTAATACAAATACTTTGTAAAAAAAAA
Unaligned ( gi|39 ): ACCGCTTTATAACTTTTTGAAACAACTGGAATAAGTGTACATGTATGTACTGTAAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222 111 11111111111111111111111111 33333333333333333333 11111111111 22222222 111 777777777777777777 222 11 111111111 2222222222 33333333333333333333333 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 555555555555555555 2222222222222222222222 33333333333333333 222222222222222222222222222222222222 1111111 6666666666666666666666666666 1111111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333333
lowQualScore : 22 8 777777 000 77777777777777777777777777 3 555 3 0 44444444444444444444 0 44444444444 3 3 99999999 3 3 111 3 3 999999 999 7 1 555 111111111111111111 77 3 777 99999 4 00 55 4 666666666 4 777 0 0000000000 11 4 3 2 1 77777777777777777777777 77 0 3 3 4 2 44 0 999999999 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 77 1 5 5 555555555555555555 5555555555555555555555 22222222222222222 999999 6666 3 444444444444444444444444444444444444 3 2 0000000 3 3 0000000000000000000000000000 7777777777777777 55 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 666 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88 55 3 3 55 3 55 99 5 8888888 6 6
lowQualScore : .. . ...... ... .......................... . ... . . .................... . ........... . . ........ . . ... . . ...... ... . . ... .................. .. . ... ..... . .. .. . ......... . ... . .......... .. . . . . ....................... .. . . . . . .. . ......... ...................................................................... .. . . . .................. ...................... ................. ...... .... . .................................... . . ....... . . ............................ ................ .. ........................................................ ... ............................................................. .. .. . . .. . .. .. . ....... . .
lowQualScore : 00 0 000000 999 00000000000000000000000000 1 444 1 5 33333333333333333333 8 99999999999 1 1 22222222 1 1 555 3 3 999999 222 7 6 444 222222222222222222 99 6 444 11111 4 88 55 0 222222222 0 000 8 5555555555 99 4 6 9 8 22222222222222222222222 22 4 1 1 4 8 66 3 000000000 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 4 7 7 777777777777777777 0000000000000000000000 66666666666666666 666666 5555 1 888888888888888888888888888888888888 3 3 8888888 3 3 2222222222222222222222222222 5555555555555555 00 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 444 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 55 00 6 6 00 6 00 77 3 4444444 7 7
consensus : GGGTGNTTTT-CTTA----A-GTCATGAT-T-TGTA-------G----TAGCGTC---T---A-TCA---TCAG-GCTGTGAC-A-----------T-ACT--TTCTTTTGCATCGTATG----AA-T-AAAAGAT----CCT-AGCT-T---AAA-A-C--T-GTGA---CGGGAGGTAGA--TAGACAAACCAA-----C-AGA---GTTCTG--TG-TG-AAAATATT-----TC-CCCAAAA--TT-G--ACC----AAGT-TCAA---CAACCGCT--AA-TATTTCAAAC-ATCAAAGAAA------A-TT-----GTT-GAG-AA-TCAAAATCCTTGC-AAT-ACGCACATCT--TCAGGTTGTT----TA---CAAAG-------------------------A--------G-----------AGNTG----AA---------CG--GACA--AACCAT-GCAT-TC-G-TTC---G--------TAATATTTCCTCAAA----A----CNAA----G---TTCAACAAT---N---TG-A-A-TTTTC------TC----A-A----------AA---A--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCAA-A--------------ATCCTT--------CACATCTTC----GA----------TACCC--ATA--------C------AAA-------TAC------------G---------A-----AGGTCCTCACTTG---AAAAC---------T-----G------A--ATT---------GGGNGG------A---------A-AAAT-TATGTA--CC-CTCCA-TATAAC--ATTA-A--TTTTCAAATNAAAGGGGCAAAAC-CC---TGCAAGAAA-GGTT
Reference ( family-329 ) : GGGTNNTTTT-CTTA----A-GTCATGAT-T-TGTA-------G----TAGCGTC---T---A-TCA---TCAG-GCTGTGAC-A-----------T-ACT--TTCTTTTGCANCGTNTG----AA-T-AAANNA-----CCT-AGCT-T---AAA-A-C--T-GCGA---CGGGAGGTAGA--TAGACAAACCAA-----CAAAA---GTTCTG--TG-TG-AAAATATT-----TC-CCCAAAA--TT-G--ACC----AAGT-TCAA---CAACCGCT--AA-TATTTCAAAC-ATCAAAGAAA------A-TT-----GTT-GAG-AA-TCAAAATCCTTGC-AAT-ACGCACATCT--TCAGGTTGTT----TA---CAAAG-------------------------A--------G-----------AGNTG----AA---------CG--GACA--AACCAT-GCAT-TC-G-TTC---G--------TAATATTTCCTCAAA----A----CNAA----G---TTCAACANT---N---TG-A-A-TTTTC------TC----A-A----------AA---A--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCAA-A--------------A-------------CACATCTTC----GA----------TACCC--ATA--------C------AAA-------TAC------------N---------A-----AGGTCCTCACTTG---AAAAT---------T-----GG-----A--ATT---------NGGNGG------A---------A-AAAT-TATGTA--CC-CTCCA-TATAAC--ATTA-A--TTTTCAAATNAAAGGGNCAAAA---C---TGCAAGACA-GGTT
gi|1 : GGGTGATTTT-CTTA----A-GTCATGAT-T-TGTA-------G----TAGCATC---C---A-TCC---TGAG-ACAGTGGC-A-----------T-ACT--TTCTTTTGCACTGTTTA----AA-T-AAATTA-----CCT-AGTT-TT--AAA-A-C--T-GCGA---CGGAAGGCAGA--TAGACAAACCAAGTAGACAAAAAGAGTTCTG--TG-TGCAAAATATT-----TC-CTCAAAA--TT-A--GCC----AAGT-TTAA---CAACTGCTG-AA-TATTTCAAAT-ATTAAAGAAA------A-TT-----GTT-GAA-AA-TCAAAATCAGTGT-AAT-ACGCACATAT--TCAAGTTGTT----TA---CAAAG-------------------------A--------G-----------AGATG----AA---------CG--GACA--AGCCAT-GCAT-TC-GGTTT---T--------TAATATTCCCTTAAA----A----CCAA----G---TTCAACATT---G---TG-A-AACTTTC------TC----A-A----------AA---A--------------------T-TGAA-------GAAAA-TGAA-A--------------A-------------CACATCTTT----GA----------TACCT--ATA--------C------AAA-------TAC------------T---------A-----AGGTCCTCATTTG---AAAGT---------T-----GA-----A--ATT---------TGGCGG------A---------A-AAAT-TATGTA--CC-CTCCA-TATAAC--TTTA-A--TTTTCAAATTAATGGATCAAAA---T---TGCA--ACATGGTT
gi|10 : CT--TTCCTTTGCATTGCATA----AA-T-AAAAGAT----CCT-AGCT-TCAAAAA-G-C--T-ATGA---CAGGAGGTAAT--TAGACACAT----------------GTTCTG--CG-T----------------------------T-G--A--------GT-TGAA---CAGCCTGT--AA-GCTTTCAAAT-ATC----------------------GT-------A--CAAAATA-TTGC-CAT-AAACACACCT--TCAAATTGTTGATGTAGACCAAAGCTTG---------------------A--------A-----------AACTG----AAAAAGTGGCTTG--GACA--AACCAT-AGAT-TC---TAT---G--------TAATATTTCCTCAAA----A----TA-----------TCGAC--T---T---TT-A-T-TTTTC------TG----AGA----------AA---A--------------------T-TTAA-------GAAAA-TCAATATCCTTGCCACAT--A-------------CACATTTTC----GA----------TA
gi|11 : agtggtagacGGGTGTTTTT-CTTA----AAGCCAGGATAT-TATG-------G----TTCAGAC---T---AGTCA---TCAAAGCTGTGATTG-----------T-ACTCTTTCTTTTGC--------------------TCA-------T-AGCA-T---AAA-A-T--C-TTGA---C-------AGA--C-GAAAAAACAA-----CCACA---TTTCTGAGTG-TA-AAAATATT-----TCGCCC--AA--TT-G--TTT----AAAT-TCAG---CAACTCTT--TA-T-TTTCACAA-ATCAAAGAAA------AGTT-----GTTCGAG-AA---ATAAGTCATGG-AAT--TG-ACATCT--TCA-GTTGTT----TA---CAAAG-------------------------
gi|12 : aagagtactcgacaaacgaatacataaacatatataatatgcccatcacaagctatgta--TT-G--ACA----AAGT-TCAA---TAACCTTTTTAA--ATTTC------TCAAA---A------A-TT-----GAA-GAA-AA-TCAAATTCCTTGC-CAC-ATGCACATC
gi|13 : aaaattagacaaaataattgcagaactttgtaattttaacaaacaatataatgcaacttcctCTTGC-AAT-ACACATGTCT--TCAAGTTGTT----TA---TAAAGGGCCTAGCTTAAAAATTGTATTTAAA--------G-----------AGTTG----AA---------AG--GACA-------T-GCAC-TC-ACTTC---A--------TACGATTTCCTCAAA----ATTGACAAA----G---TTCAATAAC---A---AGTA-A-TTTTC-------C----A-AAAAAAAAAAGAA---A--------------------A-GAAA-------GAAAA-TCAA-A--------------ATCCTTCCTACATGCACATCCTC----AA----------TATCC--ATA--------C------AAA-------CACAGTGTCAAA---T---------A-----AGGCCCTCACTTA---AAAAT---------T-----G-----------T---------GGGAGG------A---------aattctcatactgtacaatgctttgtgcaaatctctgtacaacaagaaaatgttcactttaaaattgcagatattagctggacaaaactcctgcatccatggatcaaaattgcagatctacaaagggaagtaactgca
gi|14 : GGGTTGTTTT-CTAA----A-GCCATAAT-AATGTA-------T----CAGC----------A-TCA---TCAA--CTGTGAT-G-----------T-ACT--TTCTTTTGCATCAT-----------------A-----CC--A----T---AAA-T-C--T-GTGAA--CAGCACG-AAA---AAACAAACCAC-----CA-------TTCTGA-TG-T---AAATATT-----TC-CCC--AA--TT-G--TTT----ATATATC-A---CAACCTTT--AA--ATTT---ACAATCAAAAA-----------T-----GTC-GAG-AAGT--AAGTCATTGA-AAT-ATG-ACA--T--TCAGG-TGTT----TA---CAAAG-------------------------A--------gtttaccaaaca
gi|15 : ------A---------A-AAAT-TGTGTA--CC-CTCCA-AATAAC--ATTT-A--ATTTCAActtgaaacgcgaagcttgcaatccatgta
gi|16 : aaacccggtacccatttactcaaaaattgaaggaagaaaattcttgtcacttgcacatcatgaatacccactaacattttgtaatcactaatacaagaaggccttttaattggcttgaaactgagaaaagttacatagatcatgtgttttcaacacc------AAA-------TAG------------G---------A-----AGGTCCTCACTTG---GAACT-------------------------ACT-------------GG------A---------C-CAAT-TAAGTG--CA-CTCCA-TATAAT--ACTA-A--TTTTCGAATAAAAGGG-CAAAATGCC---GGCAAGGAA-GGTgcgacatacatgtacctctggcaagaaaggtca
gi|17 : caaacatttggta----------AA---A--------------------T-TAAG-------GAAAAATCAA-A--------------ATCCCTGCCACATCCATATCTTC----GATACTGGGTATTACCC--ATA--------A------AAA-------TACTCTGTAAAGCAAA---------A-----AGGTTCTCAACTG---AAAAT---------TGTGGGGG-----A--GTT---------GGCCAG------T---------T-AAAA-TATG-------------TATAAT--ATTA-A--TTTC--AATTAAAGGGGCAAAA---C---TGCAAGAcgttacatagcaagtttcagcttgatatgtgttatagaaatcaaaactgaaacagtaacccttgaatggacagacatacaacatcactgtaccattatatgtcct
gi|18 : ---GTTCTG--TG-T--AAAATATT-----TT-CCCAATA--TT-G--CCA----AAGT-TGAA---C--CTGCA--AT-TTTTTCAAAC-ATCAAAGAAA------A-TTAGAAAATT-CAGAAA-TAAAAATCCTAGC-AAG-ATACACATCTCGTCAGGTTGTT----TT---CAAAG-------------------------ggtctagatggttcaaaattgcaacaagatttagaacgactcacaa
gi|19 : GTA-------G----TA-CATC---T---A-TCA---CTCG-G---TGAC-ATTTTTTTTTTTT-TTT--TTTTTTTGCAATGTATGA---AA-T-TAAAGA-----TCC-AGCTAC---AAACA-C--A-GTAA---CAGGAGGTAGA--TAGACAAA------------------TTTTG--TG-TT-GAAATATT-----Tgcctcatcttgaaaactaggagaggacgtaaaagtacaaaccaaggatgtcatgaaata
gi|2 : atgataaagcaaactggcaaaaacatcaaaagttgtagaattttacataag-------G----TAGTCTC---TGCCA-TCG---TCAA-GCTGTAAC-A-----------T-A-----TCTTTCGCACTGTATG----AA-TTAAAGGT-----CAT-AGCT-T---AAA-A-CATT-GAAA---CGAGAA--AAG--TAGACAAATCG-------AAGA---GTTCTG--TGTTA-AAAATATT-----TT-TTCAAAACTTT-ATTACCAGGTAAGT-TAAAAATAAACTGCA--TA-TTTTTCAAAC-ACC--ATAAA------A-T---------------A-TCAAAACCCTTAC-AAT-ATGCAGATCT--ATATGTTGTT----TT---CAAAG-------------------------ACTTATCTTGAAAATTACAATAGTTA----AA---------TG--GACA--AACCATGGCAT-T--A-TTCT--G--------TAATATTTTTTCAAA----A----CTGA----------CAACAAC---C---TG-T-A-TTTTT------TCTTCAA-A----------AA---A--------------------T-CG-----------AAA-TCAT-T--------------ACCTCGTG------CACATCTTTCATAGA----------TATCT--ATATG------C------ATA-------TCC------------A---------A-----ATGTCC
gi|20 : tgttaggaagcatggcaaaaatgccattagttgaagaacttggGTA-------G----TA-CATC---T---A-TCA---CTCG-G---TGAC-ATTTTTTTTTTTT-TTT--TTTTTTTGCAATGTATG----AATT-AAAGAT-----CCT-AGCT-C---AAA-A-C--CAGTAA---CAGGAGGTAGA--TAGACAAA------------------TTTTG--TG-TG--AAATATT-----Tcaaattt
gi|21 : atgataagcaaacatggcaaaaacatcaaaagttgtagaattttacataagGCA-------G----TACCGGC---C---A-TCA---TCAG-GCTGTGAC-A-----------T-ACT--TTATTTCGTATGCTATGAACTAA-T-AAGAAG-----TCTCAGCT-T---GA
gi|23 : gtactgaaaacggtgcatactacgcccgtgtaaagcttatcttgggtgcttcatttgttgaactttgtttaacAGT-TATATA--CC-CTCTG-TGAAAT--TTTT-A--TTTTCAGA-CAAGGGGGCAACACTCC---TGCAAGGGA-GATtatagcacacggaaacggaaacaga
gi|24 : GTC-------A-TCA---TCAG-GCTCTGA------------------T--TGTTTTTGTAATATATA----AA-T-AAAATATT---CCT-AGAT-T---AAA-A-C--T-GCGAAAGGGGGATGTACATGTAGACAAA-CAA-----C--AA---TTTCCG--TG-TATGATATATC-----TT-CCCAAAT--AT-G--ATT----AAGT-TCAT---CAACCTTTA-AA-TATTTcgaaatgtataaacattgtaatatgatctagagtgacccataaagaatctacttagcaattgtcagtttgatttgtgacagagaaaagaaaaca
gi|25 : tcaGGTATTTTTTCTTA----G-GTCATGGT-T-TGTA-------GAGCTTTGCGTCAGGT---A-GAA---TCAG-TC-AT--C-A-----------TCAGG--TTC----GCATCATAAG----AA-A-AAAAAAAGATTCCT-ATCG-T---AAA-ATC--T-GTGC---CAGAAGGCA
gi|26 : caaaatacgtccgtgaaaagcttatataaacTTCC-AAT-A-ATAAATCT--TCAGTTTGTT----TA---CAAAGCCTTGACTTTAAACTG---------A--------G-----------AGGAGTTAAAA---------TGTTGACA--AACCAA-GCAC-TC-G-CT-------------TTACATTTACTCAAAACGGA----CTAA----A---TTCAACAA----A---TG-A------TC------TC----A-A----------AA---A--------------------
gi|28 : cat-A-A-TTTAC------TC----A-A----------AT---A--------------------T-TTAA-------GAAAA-CTAA-GTCTTTGCCACAT--G-------------CACACCTTA----AA----------TATCC--GTA--------C------AAA-------CACTGATAAATTAA-G---------A-----AGGTTCTCACATG---ATAAC---------T----------------TT---------GAGAGG------A---------
gi|29 : cttTC---T---G-TCACAATCCG-GCTATGAC-T-----------T-ACT--TTC-TTTGCATCGAATG----AA-T-AAAACGT----CCT-AGTG-T---AAA-A-CT-T-ATGG---C-GGAGGTAGA--GAGAAGGAC--------CAAGA---GTTCTG--gttat
gi|3 : gtaGTGCTTTT-CTTATGTCATGTCATGAT-T-TGTGACTTCAGG----TAGTATCAACT---A-TCA---TCAG-GCTGTTAC-A-----------T--------CTT---------GTG----AA-T-AAAAGGT----CCT-AGCT-T---AAC-A-C--T-A--A---CAGGAGGTAGA--CAGACAAACCTG--------GA---TCTCTG--TG-TGGAAAATATTAATTTTC-CCTTAAA--TT-G--ACC----AAGT-TCAA---T--CTGTT--AC-TATTCAAAAC-ATCAAAGAAATTAAAAA-TA-----GTT-GAG-AA-TCAAAATTCTTGC-TTT-ATGCACATCT--TCA-GTTATT----AA---CAAAG-------------------------A--------c
gi|3 : cgacagtaccgcaaacgtttcataatacgcccgtgaaaagctaatatagt--------G-----------AGGTA----GA---------CA--GACA--AACC-T-GGATCTCTG-TGT---GGAAAATATTAATTTTCCCTTAAATTG-A----CCAA----G---TTCAAT-CT---G---TT-A-C-TATTCAAAACATC----A-AAG--------AA---A--------------------T-TAAAAATAGTTGAGAA-TCAA-A--------------ATTCTTGCTTTATGCACATCTTC----AG----------T-------TA--------T------TA---------AC------------A---------A-----AGACCTTTGCTTC---AAAACTAAGAGCAGT-----GA-----A--A-----------AGGGGG------A---------A-AGGT----------C-CTCTA-AACAGCAAACTA-C--TTTTCGCATTAcctttgcttcaaaactaagagcagtgaaaagggggaaaggtcctctaaacagcaaactacttttcgcattacttgaagaaatcaaaattcttgcacatctttcatacccatatacaaata
gi|3 : cgacagtaccgcaaacgtttcataatacgcccgtgaaaagctaatatagtgtgcttttcttatgtcatgtcatgatttgtgacttcaggtagtatcaactatcatcaggctgttacatcttgtgaataaaaggtcctagcttaacactaacagTCCTCTAA----A----C--A----G-----CAA-ACT----------A-C-TTTTC------GC----A-T----------TA---C--------------------T-TGAA-------GAAA--TCAA-A--------------ATTCTTG-------CACATCTTT----CA----------TACCCATATA--------C------AAA-------TActtgaagaaatcaaaattcttgcacatctttcatacccatatacaaata
gi|33 : cgacagtaccgcaaacgtttcataatacgcccgtgaaaagctaatatagtgtgcttttcttatgtcatgtcatgatttgtgacttcaggtagtatcaactatcatcaggctgttacatcttgtgaataaaaggtcctagcttaacactaacaggaggtagacagacaaacctggatctctgtgtggaaaatattaattttcccttaaattgaccaagttcaatctgttactattcaaaacatcaaagaaattaaaaatagttgagaatcaaaattcttgctttatgcacatcttcagttattaacaaagacctttgcttcaaaactaagagcagtgaaaagggggaaaggAAATCCTTGC-AAA-ACACACATCT--CCGCGGCGTT----T----CAATG-------------------------A--------
gi|34 : -TGTA-------T----TATCAGC---C---A-TCA---TCAA-GCTGTGAC-ccatagttttaaaaccgagaggacgaaaagacaaacatgactcacaaaata
gi|38 : tcagcaaacatgacgaaattgccaggagatgaagaaatttactggaggtaca-GAA-AA-TCAAACTCCTTGT-CAT-ATGCATGTCT--TCAg
gi|4 : ttaa----A----TGAA----G---CTCAGCAAC---C---TG-CTA-TTTTC------TC----A-A----------AA---C--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCAA-A--------------ATCATTACATG---TACACCTTT----AA----------AATTC--ATACACTCTGTC------AAA-------TAA------------G---------A-----AGGTCCTCATTTATCTAAAGT---------G-----GG-----AGGATTTTTAGGCTAAGGCGGCGGCT-A---------A-GCACACCTGTA--CC-CACCA-TATAAC--ATTA-T--ACTGCACAAAAAGGGGACACAACTCC---TTCAAGAAA-GGatactaatacaaatactttgtaaaaaaaaa
gi|5 : ttgaaatgATATTTCCTTAAA----A----GGAAATAAG---TTAAACAAC---C---TGTC-A-TTTTC------TA----A-A----------AA---AAAAAAATAAAAAAAAAAGAATATGAA-------GAAAA-TTAA-ACTTTATGCTACATTA-------------TACATCTTC----AA----------TACCC--ATA--------C------AAA-------CGC------------TGTGTTAAATA-----AGGTCCTC--TTG---AAAAC---------T-----GGGGAGGA--GTT---------AGACGA------A---------C-AAAG-TATGTA--CC-CTTCG-TATGAT--ATCAGA--TCTCCAA--TAAAGGAATAAAA---C---Taattgttacatgacctagagagacccccaaagaagctacacgacaagttttaaattcaacattaaatagatgacagagaaattaaaaagaaatagagaacccaaaacatatggaccgaaagacatcactataccataaaacatccctctaaaaacaagaattatgcaatttgaaaa
gi|6 : actcactccacg----A-A----------AA---A--------------------T-TGCA-------GAAAA-TCAC-ATCCCTTGCCACAT-G-------------CACATCTTC----AA----------TACCT--ATATA------C------AAACAATCTGTAC------------C---------ATAACAAGGTCCTCGCTTG---AAAAC---------T-----G-----------T---------GGGAGG------ACTTATCTATACAAAT-CATGTA--CC-TTCCAATGCAAC--ATTC-A--ATTTCAAAT-AAAGGGGCATAA---CTCTTGCAAGACA-GGTTttttcaagggggtcgaaatgggtcaaaattacagcactttcttgaacgacccacgaaaaagctacatagcaagtttcagcttgatgataacaaattaacagaaaaaaacctggacggactgactatgtaatataacccgtccaaagacaaatgcatttaa
gi|7 : ct-----AGGTCCTCACTTT---AAAAC---------T-----G-----------T---------GGAGGGTTCTCCA---------G-ATAT-GACATATTCC-ATCCA-CACGCC--ATTA-AAGTTTTCAAAT-AAAGGGGCACAA---CTTTTGCAGGAaaaatggattagaactgcaacatgatcatgagccctcaaagagcacatttcagcttgatatttgctgggaaatggaaataaaactagaaaatcctacaaatgtggacaagcaaccattactttcccataatgtgccttgtcaaaagacaagtgtattaaaaa
gi|8 : taaaaagGTG-------G----TATCGGC---T---G-TCA---TCAG-GCTGTAGC-A-----------C-ACT--TTCTTT-GCATCACTTG----AA-T-AAAAGGTC---CCA-AGTT-TT--AAA-A-C--T-GTGA---CAGAGGGTCCA--TAGTTAAACCAA-------AGA---GTTCTG--TA-GGTAGAATATT-----TC-CCCCGAA--TTTG--ACC----AAGT-TCAA---CAACCTCG--AAATACTTAGATC-ATGGGGGGAA------A-TT-----------------CAGAATTATTGCGAATCACG---ATCC--T-------------TG---CA---------------------------------------------------CT------A---------CG--CACATAAGCTAT-GCCT-TTTG-TTCAATG--------TAATATATCCTCAAA----A----CAAG----GACTTCCAACAATAGCA---TGTA-A-TTTTC------TC----A-A----------AA---A--------------------ggtggaatttaacagaaattgcaacatgatcgagagtgacccacaatgaagctacatagctcaatatgtgatggagttcgaatcttgaacagacagataacaatgttgtgtacatgtaccataatatgtactcatcccatccataattacatgtaaaacattttaaaagtgcttaatcaaaggatatatattggtcattatatatatatactgatgaca
gi|9 : aattagtacagaactttcctttacAA----T---TTCAACCTT---TGCACG-G-A-TTTTT------TC----A-A----------AACCTA--------------------T-T------------ACA-TCAG-C--------------ATG-----------CACATCTTC----AT----------TACTC--ATAACT-----CTTGTAAAAA-------TAA------------G---------G-----TGGTCCTCACTTG---AAAAT---------T-----G---------------------TGGGGG------A---------G-TAAT----GTA--CCTCTCCA-TGTATC--ATTA-A--TCTACCAATAAAAGGGCCAAAACTCC---TGAAAGAAA-
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AACAATCCTTTTCATTTGTATATCTTCAATACCAATAATAACATGTACTGTAAAACAAGGTCCTTTATTGAAAAGTGTGGGAGGATTCAGGAATTGGCAGAACAGATCCTGTGAGAGGTCGAAATGGATTAAAGAGTGACCCACAAAGAAGCAACTTAGCAAGTTTTA
Unaligned ( gi|27 ): CAAAAGTATTGGAAAATTAATGGTACAATTGCACATAATACACCCATCACAAGCTTCTGCCGGGTGTTTTTGTTAAGCTGTAAGTTAGGTACATAAAGAATTAGTCACCTTCCAAGCTGTGA
Unaligned ( gi|30 ): ACAAAGAAGCTACAAAGCAAGATGCGACATATAGAGAAATGAAAATAGAAACAGCAAACCCCGAACGGACGGACTTGCAGACATCACTGTACCTTAACACGCCCA
Unaligned ( gi|31 ): TTTATGCAGTATCAGCCATCATCAGTGCTTCTGACTTTGTACAATAGAAGGTCCTAGCTTTAAAATAAACTGTATAAGAGTAAGACAGGACAAA
Unaligned ( gi|32 ): TTTATGCAGTATCAGCCATCATCAGTGCTTCTGACTTTGTACAATAGAAGGTCCTAGCTTTAAAATAAACTGTATAAGAGTAAGACAGGACAAA
Unaligned ( gi|35 ): ACATGATTTGGAGTAACCCGTAAAGAAGCTACATTGCAAGTTTCCACTTGATATGTGACAGACACATGAAAACAGAC
Unaligned ( gi|36 ): AACAAGAGTACCGGAAATGCTACATGTGTATAATGTCCCAATCACAAGCTTACGTATGTAGAGTGTTTTTCTTAAGG
Unaligned ( gi|37 ): ACATGATTTGGAGTAACCGTAAAGAAGCTACATTGCAAGTTTCCACTTGATATGTGACAGACACATGAAAACAGA
Unaligned ( gi|39 ): ACCGCTTTATAACTTTTTGAAACAACTGGAATAAGTGTACATGTATGTACTGTAAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 222222 111111111111 111111111111 4444444444444444444444 11111 1111 555555555555555555 22222 11 222222222 111111111 4444444444444444444444444444 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 555555555555555555 111111111111111111111 33333333333333333333 22222222222222222222222222222222222222 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 111111111 22222222222
lowQualScore : 1 111 111111 1 6 4 555 000000000000 555555555555 2 444 88888 4444444444444444444444 1 5 1 55 2 2 22222 555555 777 1111 2 2 66 2 2 99999 3 555 6 555555555555555555 77 66666 99999 4 00 66 4 111111111 4 0 777 1 333333333 2 5 5 0 6666666666666666666666666666 3 3 444 44 0 999999999 7777 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 77 1 5 5 555555555555555555 888888888888888888888 555 44444444444444444444 888888 2 22222222222222222222222222222222222222 2 2 8888888 2 5555 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 77777 888888 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 2 6666 3 0000000 3 44 3 44 333333333 44 0 88888888888 4
lowQualScore : . ... ...... . . . ... ............ ............ . ... ..... ...................... . . . .. . . ..... ...... ... .... . . .. . . ..... . ... . .................. .. ..... ..... . .. .. . ......... . . ... . ......... . . . . ............................ . . ... .. . ......... .... ...................................................................... .. . . . .................. ..................... ... .................... ...... . ...................................... . . ....... . .... .................................................................................................................... ..... ...... ............................................................... . . .... . ....... . .. . .. ......... .. . ........... .
lowQualScore : 0 777 000000 7 7 4 888 444444444444 888888888888 7 777 33333 7777777777777777777777 1 3 9 99 7 7 22222 777777 333 3333 9 9 88 9 4 44444 8 555 2 666666666666666666 99 44444 11111 4 88 11 4 111111111 4 1 888 9 999999999 5 0 1 1 3333333333333333333333333333 3 3 888 66 3 000000000 7777 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 99 4 7 7 777777777777777777 333333333333333333333 888 55555555555555555555 222222 7 88888888888888888888888888888888888888 9 4 7777777 7 7777 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 888888 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 7 2222 3 8888888 3 66 3 66 888888888 00 1 11111111111 0
consensus : GGGTGNTT---TTCTTA----A-GCCATGAT-T-T---GTA-------G----TANCGTC---T---A-TCA---TCAG-GCTGTGAC-G-----------T-ACT--TTCTTTTG-CATCGTATG-AA-TAA-AAGG----TCCTAG--C-T-T---A----AA-A-C--T-GTGA---CAGGAGGTAGA--TA-GACAAACCA------CA----GAGTTCTG--TG-TG-AAAATATT-----TC-CCCAAAA--TT-G--NCC----AAGT-TCAA---CAACCGCT-AA-TATTTCAAAC-ATCAAAGAAA------A-TT-----GTT-GAG-AA-TCAAAATCCTTGC-AAT-ACGCACATCT--TCAGGTTGTT----TA---CAAA----G-------------------------A--------G-----------AGNTG----AA---------CG--GACA--AACCAT-GCAT-TC-G-TTC---G--------TAATATTTCCTCAAA----A----CNAA----G---TTCAA---CAA---C---CT------G--A-ATTTTC------TCA-A----------A--A---A--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCAAA----ATCCTTGCCACATGCA-----CAT---CTTC----GATAC----------CC--AT--A--------C------A-------------AA-------TAC------------G---------A-----AGGTCCTC------GCTTGAAAACT------G------A------TG----GGNGG------A----------A-------A------AATTATGTA--C-C-CT-------CC-ATATAAC--ATTA-A--TTTTCAA-ATNA----AAGGGG-CAAA-----A-CTC-CTG-CAAGAAAGGTT
Reference ( family-329 ) : GGGTGNTT---TTCTTA----A-GTCATGAT-T-T---GTA-------G----TAGCGTC---T---A-TCA---TCAG-GCTGTGAC-A-----------T-ACT--TTCTTTTG-CATCGTATG-AA-TAA-AAGA----TCCTAG--C-T-T---A----AA-A-C--T-GTGA---CGGGAGGTAGA--TA-GACAAACCAA-----CA----GAGTTCTG--TG-TG-AAAATATT-----TC-CCCAAAA--TT-G--ACC----AAGT-TCAA---CAACCGCT-AA-TATTTCAAAC-ATCAAAGAAA------A-TT-----GTT-GAG-AA-TCAAAATCCTTGC-AAT-ACGCACATCT--TCAGGTTGTT----TA---CAAA----G-------------------------A--------G-----------AGNTG----AA---------CG--GACA--AACCAT-GCAT-TC-G-TTC---G--------TAATATTTCCTCAAA----A----CNAA----G---TTCAA---CAA---T---NT------G--A-ATTTTC------TCA-A----------A--A---A--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCAAA----ATCCTT--------CA-----CAT---CTTC----GATAC----------CC--AT--A--------C------A-------------AA-------TAC------------G---------A-----AGGTCCTC------ACTTGAAAACT------G------A----ATTG----GGNGG------A----------A-------A------AATTATGTA--C-C-CT-------CC-ATATAAC--ATTA-A--TTTTCAA-ATNA----AAGGGG-CAAA-----A-C-C-CTG-CAAGAAAGGTT
gi|1 : GGGTGATT---TTCTTA----A-GTCATGAT-T-T---GTA-------G----TAGCATC---C---A-TCC---TGAG-ACAGTGGC-A-----------T-ACT--TTCTTTTG-CACTGTTTA-AA-TAA-ATTA-----CCTAG--T-T-TT--A----AA-A-C--T-GCGA---CGGAAGGCAGA--TA-GACAAACCAAGTAGACAAAAAGAGTTCTG--TG-TGCAAAATATT-----TC-CTCAAAA--TT-A--GCC----AAGT-TTAA---CAACTGCTGAA-TATTTCAAAT-ATTAAAGAAA------A-TT-----GTT-GAA-AA-TCAAAATCAGTGT-AAT-ACGCACATAT--TCAAGTTGTT----TA---CAAA----G-------------------------A--------G-----------AGATG----AA---------CG--GACA--AGCCAT-GCAT-TCGG-TTT---T--------TAATATTCCCTTAAA----A----CCAA----G---TTCAA---CAT---T---GT------GA-A-ACTTTC------TCA-A----------A--A---A--------------------T-TGAA-------GAAAA-TGAAA----A-------------CA-----CAT---CTTT----GATAC----------CT--AT--A--------C------A-------------AA-------TAC------------T---------A-----AGGTCCTC------ATTTGAAAGTT------GA-----A----ATTT----GGCGG------A----------A-------A------AATTATGTA--C-C-CT-------CC-ATATAAC--TTTA-A--TTTTCAA-ATTA----ATGGAT-CAAA-----A-----TTG-CAA
gi|10 : CT--TTCCTTTG-CATTGCATA-AA-TAA-AAGA----TCCTAG--C-T-TCAAA----AA-G-C--T-ATGA---CAGGAGGTAAT--TA-GACACAT----------------GTTCTG--CG-----------------------------TT-G----------AGT-TGAA---CAGCCTGT-AA-GCTTTCAAAT-ATC----------------------GT---A------CAAAAT-ATTGC-CAT-AAACACACCT--TCAAATTGTTGATGTAGACCAAAGCTTG-------------------------A--------A-----------AACTG----AAAAAGTGGCTTG--GACA--AACCAT-AGAT-TC---TAT---G--------TAATATTTCCTCAAA----A----TA-----------TCGA---C-----T---TT------T--A-TTTTTC------TGAGA----------A--A---A--------------------T-TTAA-------GAAAA-TCAAT----ATCCTTGCCACATACA-----CAT---TTTC----GATAcatggtt
gi|11 : agtggtagacGGGTGTTT---TTCTTA----AAGCCAGGATAT-T---ATG-------G----TTCAGAC---T---AGTCA---TCAAAGCTGTGATTG-----------T-ACTCTTTCTTTTG-C------------------------TCATAG--C-A-T---A----AA-A-T--C-TTGA---C-------AGA--CG-AAAAAACAAC-----CA----CATTTCTGAGTG-TA-AAAATATT-----TCGCCC--AA--TT-G--TTT----AAAT-TCAG---CAACTCTT-TA-T-TTTCACAA-ATCAAAGAAA------AGTT-----GTTCGAG-AA---ATAAGTCATGG-AAT--TG-ACATCT--TCA-GTTGTT----TA---CAAA----G-------------------------
gi|12 : aagagtactcgacaaacgaatacataaacatatataatatgcccatcacaagctatgta----A----CAAA----G---TTCAA---TAACCTT---TT------T--A-AATTTC------TCA-A----------A--A---A--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCAAA----TTCCTTGC------CA-----CATGCACATC----AATTC----------TC--AT--A--------C------
gi|13 : aaaattagacaaaataattgcagaactttgtaattttaacaaacaatataatgcaacttcctttgCTTGC-AAT-ACACATGTCT--TCAAGTTGTT----TA---TAAA----GGGCCTAGCTTAAAAATTGTATTTAAA--------G-----------AGTTG----AA---------AG--GACA-------T-GCAC-TC-ACTTC---A--------TACGATTTCCTCAAA----ATTGACAAA----G---TTCAA---TAA---C---AA------GT-A-ATTTTC-------CA-AAAAAAAAAAGA--A---A--------------------A-GAAA-------GAAAA-TCAAA----ATCCTTCCTACATGCA-----CAT---CCTC----AATAT----------CC--AT--A--------C------A-------------AA-------CAC------------AGTGTCAAATA-----AGGCCCTC------ACTTAAAAATT------G-------------TG----GGAGG------A----------tgtacaatgctttgtgcaaatctctgtacaacaagaaaatgttcactttaaaattgcagatattagctggacaaaactcctgcatccatggatcaaaattgcagatctacaaagggaagtaactgca
gi|14 : GGGTTGTT---TTCTAA----A-GCCATAAT-AAT---GTA-------T----CAGC----------A-TCA---TCAA--CTGTGAT-G-----------T-ACT--TTCTTTTG-CATCATA--------------------CCA-------T---A----AA-T-C--T-GTGAA--CAGCACG-AAA---A-AACAAACCAC-----CA-------TTCTGA-TG-T---AAATATT-----TC-CCC--AA--TT-G--TTT----ATATATC-A---CAACCTTT-AA--ATTT---ACAATCAAAAA-----------T-----GTC-GAG-AAGT--AAGTCATTGA-AAT-ATG-ACA--T--TCAGG-TGTT----TA---CAAA----G-------------------------A--------gtttaccaaaca
gi|15 : -ATTTAC------TCA-A----------A--A---A--------------------T-TGAA-------GGAAG---AAA----ATTCTTGTCACTTGCA-----CAT---CATG----AATAC----------CC--ACTAA--------C------ATTTTGTAATCACTAA-------TACAA----------G---------A-----AGGCCTTTTAATTGGCTTG-AAACT------G------A----------------G------A----------A-------A------AGTTA--------------------C-ATAGATC--ATGT-G--TTTTCAACACCA----AActtgaaacgcgaagcttgcaatccatgta
gi|15 : aaacccggtaccc------A----------A-------A------AATTGTGTA--C-C-CT-------CC-AAATAAC--ATTT-A--ATTTCAA-----------GCGA-CATACATGTA-C-CTCTGGCAAGAAAGGTaattgtgtaccctccaaataacatttaatttcaagcgacatacatgtacctctggcaagaaaggtca
gi|16 : aaacccggtacccatttactcaaaaattgaaggaagaaaattcttgtcacttgcacatcatgaatacccactaacattttgtaatcactaatacaagaaggccttttaattggcttgaaactgagaaaagttacatagatcatgtgttttcaacacc------A-------------AA-------TAG------------G---------A-----AGGTCCTC------ACTTGGAA-CT------------------ACTG----G----------A----------C-------C------AATTAAGTG--C-A-CT-------CC-ATATAAT--ACTA-A--TTTTCGA-ATAA----AA-GGG-CAAA-----A-TGC-CGG-CAAGGAAGGTca
gi|17 : caaacatttggta----------A--A---A--------------------T-TAAG-------GAAAAATCAAA----ATCCCTGCCACATCCA-----TAT---CTTC----GATACTGGGTATTACCC--AT--A--------A------A-------------AA-------TACTCTGTAAAGCAAA---------A-----AGGTTCTC------AACTGAAAATT------GTGGGGGA----GTTG----GCCAG------T----------T-------A------AAATATGTA---------------------TAAT--ATTA-A--TTTC--A-ATTA----AAGGGG-CAAA-----A-----CTG-CAAGAcgttacatagcaagtttcagcttgatatgtgttatagaaatcaaaactgaaacagtaacccttgaatggacagacatacaacatcactgtaccattatatgtcct
gi|18 : GTTCTG--TG-T--AAAATATT-----TT-CCCAATA--TT-G--CCA----AAGT-TGAA---C--CTGCA-AT-TTTTTCAAAC-ATCAAAGAAA------A-TTAGAAAATT-CAGAAA-TAAAAATCCTAGC-AAG-ATACACATCTCGTCAGGTTGTT----TT---CAAA----G-------------------------ggtctagatggttcaaaattgcaacaagatttagaacgactcacaa
gi|19 : ---GTA-------G----TA-CATC---T---A-TCA---CTCG-G---TGAC-ATTTTTTTTTTTT-TTT--TTTTTTTG-CAATGTATGAAA-TTA-AAGA----TCC-AG--C-TAC---A----AACA-C--A-GTAA---CAGGAGGTAGA--TA-GACAAA------------------TTTTG--TG-TT-GAAATATT-----Tgcctcatcttgaaaactaggagaggacgtaaaagtacaaaccaaggatgtcatgaaata
gi|2 : atgataaagcaaactggcaaaaacatcaaaagttgtagaattttacataag-------G----TAGTCTC---TGCCA-TCG---TCAA-GCTGTAAC-A-----------T-A-----TCTTTCG-CACTGTATG-AA-TTA-AAGG----TCATAG--C-T-T---A----AA-A-CATT-GAAA---CGAGAA--AAG--TA-GACAAATCGA------A----GAGTTCTG--TGTTA-AAAATATT-----TT-TTCAAAACTTT-ATTACCAGGTAAGT-TAAAAATAAACTGCA-TA-TTTTTCAAAC-ACC--ATAAA------A-T---------------A-TCAAAACCCTTAC-AAT-ATGCAGATCT--ATATGTTGTT----TT---CAAA----G-------------------------ACTTATCTTGAAAATTACAATAGTTA----AA---------TG--GACA--AACCATGGCAT-T--A-TTCT--G--------TAATATTTTTTCAAA----A----CTGA----------CAA---CAA---C---CT------G--T-ATTTTT------TC-----------------------------------------T-TCAA--------AAAA-TCGAA----ATCATTACCTCGTGCA-----CAT---CTTTCATAGATAT----------CT--AT--ATG------C------A-------------TA-------TCC------------A---------A-----ATGTCC
gi|20 : tgttaggaagcatggcaaaaatgccattagttgaagaacttgg---GTA-------G----TA-CATC---T---A-TCA---CTCG-G---TGAC-ATTTTTTTTTTTT-TTT--TTTTTTTG-CAATGTATG-AA-TTA-AAGA----TCCTAG--C-T-C---A----AA-A-C--CAGTAA---CAGGAGGTAGA--TA-GACAAA------------------TTTTG--TG-TG--AAATATT-----Tcaaattt
gi|21 : atgataagcaaacatggcaaaaacatcaaaagttgtagaattttacataagGGGTGCTTCATTTGTTG----A-ACTTTG-T-T-TAACGCA-------G----TACCGGC---C---A-TCA---TCAG-GCTGTGAC-A-----------T-ACT--TTATTTCG-TATGCTATG-AACTAATAAGAAG--TCTCAG--C-T-T---G----A
gi|22 : gtactgaaaacggtgcatactacgcccgtgtaaagcttatcttA-----TAT---CTTC----AATAC----------CA--AT--AATAA----C------A-------------TG-------TACT-----------GTAAAAC---A-----AGGTCCTT------TATTGAAAAGT------G-------------TG----GGAGG------A----------tatagcacacggaaacggaaacaga
gi|23 : aacaatccttttcatttgt------AGTTATATA--C-C-CT-------CT-GTGAAAT--TTTT-A--TTTTCAG-A-CA----AGGGGG-CAAC-----A-CTC-CTG-CAAGGGAGATttcaggaattggcagaacagatcctgtgagaggtcgaaatggattaaagagtgacccacaaagaagcaacttagcaagtttta
gi|24 : GTC-------A-TCA---TCAG-GCTCTGA------------------T--TGTTTTTG-TAATATATA-AA-TAA-AATAT---TCCTAG--A-T-T---A----AA-A-C--T-GCGAAAGGGGGATGTACATGTA-GACAAA-CAA-----CA-----ATTTCCG--TG-TATGATATATC-----TT-CCCAAAT--AT-G--ATT----AAGT-TCAT---CAACCTTTAAA-TATTTcgaaatgtataaacattgtaatatgatctagagtgacccataaagaatctacttagcaattgtcagtttgatttgtgacagagaaaagaaaaca
gi|25 : tcaTT---TTCTTA----G-GTCATGGT-T-T---GTA-------GAGCTTTGCGTCAGGT---A-GAA---TCAG-TC-AT--C-A-----------TCAGG--TTC----G-CATCATAAG-AA-AAA-AAAAAGATTCCTAT--C-G-T---A----AA-ATC--T-GTGC---CAGAAGGCA
gi|26 : caaaatacgtccgtgaaaagcttatataaacggtattTTCC-AAT-A-ATAAATCT--TCAGTTTGTT----TA---CAAA----GCCTTGACTTTAAACTG---------A--------G-----------AGGAGTTAAAA---------TGTTGACA--AACCAA-GCAC-TC-G-CT-------------TTACATTTACTCAAAACGGA----CTAA----A---TTCAA---CAA-------AT------G--A-----TC------TCA-A----------A--A---A--------------------
gi|28 : cat--A-ATTTAC------TCA-A----------A--T---A--------------------T-TTAA-------GAAAA--CTAA----GTCTTTGCCACATGCA-----CAC---CTTA----AATAT----------CC--GT--A--------C------A-------------AA-------CACTGATAAATTAA-G---------A-----AGGTTCTC------ACATGATAACT-------------------TTG----AGAGG------A----------
gi|29 : cttTC---T---G-TCACAATCCG-GCTATGAC-T-----------T-ACT--TTCTTT-G-CATCGAATG-AA-TAA-AACG----TCCTAG--T-G-T---A----AA-A-CT-T-ATGG---C-GGAGGTAGA--GA-GAAGGACCA-------A----GAGTTCTG--gttat
gi|3 : gtaGTGCTT---TTCTTATGTCATGTCATGAT-T-T---GTGACTTCAGG----TAGTATCAACT---A-TCA---TCAG-GCTGT-----------------------------TA-CATCTTGTG-AA-TAA-AAGG----TCCTAG--C-T-T---A----AC-A-C--T-A--A---CAGGAGGTAGA--CA-GACAAACC-------TG----GATCTCTG--TG-TGGAAAATATTAATTTTC-CCTTAAA--TT-G--ACC----AAGT-TCAA---T--CTGTT-AC-TATTCAAAAC-ATCAAAGAAATTAAAAA-TA-----GTT-GAG-AA-TCAAAATTCTTGC-TTT-ATGCACATCT--TCA-GTTATT----AA---CAAA----G-------------------------A--------c
gi|3 : cgacagtaccgcaaacgtttcataatacgcccgtgaaaagctaatatagt--------G-----------AGGTA----GA---------CA--GACA--AACC-T-GGATCTCTG-TGT---GGAAAATATTAATTTTCCCTTAAATTG-A----CCAA----G---TTCAA---------T---CT------GTTA-CTATTCAAAACATCA-A----------AGAA---A--------------------T-TAAAAATAGTTGAGAA-TCAAA----ATTCTTGCTTTATGCA-----CAT---CTTC----AGT-----------------T--A--------T------T-------------A---------AC------------A---------A-----AGACCTTT------GCTTCAAAACT------A------AGAGCAGTGAAAAGGGGG------A----------A-------A------GGT----------C-CT-------CT-AAACAGCAAACTA-C--TTTTCGC-ATTACTTGAAGAAATCAAA-----ATT-C-TTG-CAcctttgcttcaaaactaagagcagtgaaaagggggaaaggtcctctaaacagcaaactacttttcgcattacttgaagaaatcaaaattcttgcacatctttcatacccatatacaaata
gi|3 : cgacagtaccgcaaacgtttcataatacgcccgtgaaaagctaatatagtgtgcttttcttatgtcatgtcatgatttgtgacttcaggtagtatcaactatcatcaggctgttacatcttgtgaataaaaggtcctagcttaacactaacagTCCTCTAA----A----C--------------AG---CAA---A---CT---------A-CTTTTC------GCA-T----------T--A---C--------------------T-TGAA-------G-AAA-TCAAA----ATTCTTG-------CA-----CAT---CTTT----CATAC----------CCATAT--A--------C------A-------------AA-------TAcatctttcatacccatatacaaata
gi|31 : cgacagtaccgcaaacgtttcataatacgcccgtgaaaagctaatatagtgtgcttttcttatgtcatgtcatgatttgtgacttcaggtagtatcaactatcatcaggctgttacatcttgtgaataaaaggtcctagcttaacactaacaggaggtagacagacaaacctggatctctgtgtggaaaatattaattttcccttaaattgaccaagttcaatctgttactattcaaaacatcaaagaaattaaaaatagttgagaatcaaaattcttgctttatgcacatcttcagttattaacaaagacctttgcttcaaaactaagagcagtgaaaagggggaaagg-T---GCA-------G----TATCAGC---C---A-TCA---TCAG-----TG------------------------CTTCTGACTTTGTAC--AA-TAG-AAGG----TCCTAG--CTT-T---AAAATAA-A-C--T-GT-A---TAAGAGTAAGA--CAGGACAAA
gi|32 : ttta-T---GCA-------G----TATCAGC---C---A-TCA---TCAG-----TG------------------------CTTCTGACTTTGTAC--AA-TAG-AAGG----TCCTAG--CTT-T---AAAATAA-A-C--T-GT-A---TAAGAGTAAGA--CAGGACAAA
gi|33 : tttaAAATCCTTGC-AAA-ACACACATCT--CCGCGGCGTT----T----CAAT----G-------------------------A--------
gi|34 : -T---GTA-------T----TATCAGC---C---A-TCA---TCAA-GCTGTGAC-ccatagttttaaaaccgagaggacgaaaagacaaacatgactcacaaaata
gi|38 : tcagcaaacatgacgaaattgccaggagatgaagaaatttactggaggtacaAA-------GAAAA-TCAAA----CTCCTTGTCATATGCA-----TGT---CTTC----AATAC----------TA--AT--A--------C------A-------------AA-------TAC------------g
gi|38 : tt-GAA-AA-TCAAACTCCTTGT-CAT-ATGCATGTCT--TCAtttgtaaaaaaaaa
gi|4 : ttaa----A----TGAA----G---CTCAG---CAA---C---CT------G--CTATTTTC------TCA-A----------A--A---C--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCAAA----ATCATTACATG---TA-----CAC---CTTT----AAAAT----------TC--AT--ACACTCTGTC------A-------------AA-------TAA------------G---------A-----AGGTCCTC------ATTT---ATCT------A------A----AGTG----GGAGG------ATTTTTAGGCTA-------AGGCGGCGGCTAAGCA--CAC-CTGTACCCACC-ATATAAC--ATTA-T--ACTGCAC-AAAA----AGGGGA-CACA-----A-CTC-CTT-CAAGAAAGGatactaatacaaatactttgtaaaaaaaaa
gi|5 : ttgaaatgATATTTCCTTAAA----A----GGAAATAAG---TTAAA---CAA---C---CT------GT-C-ATTTTC------TAA-A----------A--A---AAAAAAATAAAAAAAAAAGAATATGAA-------GAAAA-TTAAACTTTATGCTA--------CATTATACAT---CTTC----AATAC----------CC--AT--A--------C------A-------------AA-------CGCT-----------GTGTTAAAT-A-----AGGTCCT--------CTTGAAAACTGGGGAGG------A----GTTA----GACGA------A----------C-------A------AAGTATGTA--C-C-CT-------TC-GTATGAT--ATCAGA--TCTCCAA---TA----AAGGAA-TAAA-----A-C-aattgttacatgacctagagagacccccaaagaagctacacgacaagttttaaattcaacattaaatagatgacagagaaattaaaaagaaatagagaacccaaaacatatggaccgaaagacatcactataccataaaacatccctctaaaaacaagaattatgcaatttgaaaa
gi|6 : actcactccacgA-A----------A--A---A--------------------T-TGCA-------GAAAA-TCACA----TCCCTTGCCACATGCA-----CAT---CTTC----AATAC----------CT--AT--ATA------C------A-------------AACAATCTGTAC------------C---------ATAACAAGGTCCTC------GCTTGAAAACT------G-------------TG----GGAGG------ACTT-------ATCTATACA------AATCATGTA--C-C-TT-------CCAATGCAAC--ATTC-A--ATTTCAA-AT-A----AAGGGG-CATA-----A-CTC-TTG-CAAGACAGGTTtttttcaagggggtcgaaatgggtcaaaattacagcactttcttgaacgacccacgaaaaagctacatagcaagtttcagcttgatgataacaaattaacagaaaaaaacctggacggactgactatgtaatataacccgtccaaagacaaatgcatttaa
gi|7 : ct-----AGGTCCTC------ACTTTAAAACT------G-------------TG----GAGGGTTCTCCA----------G-------A------TATGACATATTC-C-AT-------CC-ACACGCC--ATTA-AAGTTTTCAA-AT-A----AAGGGG-CACA-----A-CTT-TTG-CAGGAaaaatggattagaactgcaacatgatcatgagccctcaaagagcacatttcagcttgatatttgctgggaaatggaaataaaactagaaaatcctacaaatgtggacaagcaaccattactttcccataatgtgccttgtcaaaagacaagtgtattaaaaa
gi|8 : taaaaag---GTG-------G----TATCGGC---T---G-TCA---TCAG-GCTGTAGC-A-----------C-ACT--TTCTTT-G-CATCACTTG-AA-TAA-AAGG----TCCCAAGTT-T-T---A----AA-A-C--T-GTGA---CAGAGGGTCCA--TA-GTTAAACCAA------A----GAGTTCTG--TA-GGTAGAATATT-----TC-CCCCGAA--TTTG--ACC----AAGT-TCAA---CAACCTCG-AAATACTTAGATC-ATGGGGGGAA------A-TT-----------------CAGAATTATTGCGAATCACG---ATCC--T-------------TG---CA-------------------------------------------------------CT------A---------CG--CACATAAGCTAT-GCCT-TTTG-TTCAATG--------TAATATATCCTCAAA----A----CAAG----GACTTCCAA---CAA---TAGCAT------GT-A-ATTTTC------TCA-A----------A--A---A--------------------ggtggaatttaacagaaattgcaacatgatcgagagtgacccacaatgaagctacatagctcaatatgtgatggagttcgaatcttgaacagacagataacaatgttgtgtacatgtaccataatatgtactcatcccatccataattacatgtaaaacattttaaaagtgcttaatcaaaggatatatattggtcattatatatatatactgatgaca
gi|9 : aattagtacagaactttcctttac----CAAA----G---TTGAATTTCAA---C---CTTTGCACG--G-ATTTTT------TCA-A----------A--ACCTA--------------------T-T------------ACA-TCAG-------CATG--------CA-----CAT---CTTC----ATTAC----------TC--AT--AACT-----CTTGTAAA-------------AA-------TAA------------G---------G-----TGGTCCTC------ACTTGAAAATT------G-------------TG----GGGG---------------------------------AGTAATGTA--C-CTCT-------CC-ATGTATC--ATTA-A--TCTACCA-ATAA----AAGGGC-CAAA-----A-CTC-CTG-AAAGAAAG
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CAAAAGTATTGGAAAATTAATGGTACAATTGCACATAATACACCCATCACAAGCTTCTGCCGGGTGTTTTTGTTAAGCTGTAAGTTAGGTACATAAAGAATTAGTCACCTTCCAAGCTGTGA
Unaligned ( gi|30 ): ACAAAGAAGCTACAAAGCAAGATGCGACATATAGAGAAATGAAAATAGAAACAGCAAACCCCGAACGGACGGACTTGCAGACATCACTGTACCTTAACACGCCCA
Unaligned ( gi|35 ): ACATGATTTGGAGTAACCCGTAAAGAAGCTACATTGCAAGTTTCCACTTGATATGTGACAGACACATGAAAACAGAC
Unaligned ( gi|36 ): AACAAGAGTACCGGAAATGCTACATGTGTATAATGTCCCAATCACAAGCTTACGTATGTAGAGTGTTTTTCTTAAGG
Unaligned ( gi|37 ): ACATGATTTGGAGTAACCGTAAAGAAGCTACATTGCAAGTTTCCACTTGATATGTGACAGACACATGAAAACAGA
Unaligned ( gi|39 ): ACCGCTTTATAACTTTTTGAAACAACTGGAATAAGTGTACATGTATGTACTGTAAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 222222 1111111111 11 3333333333333333333333 111111111111 11111 1111 4444444444444444 22 11111111 111111 111111111 5555555555555555555555555555 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 555555555555555555 111111111111111111111 333333333333 22222222222222222222222222222222222222 1111111111111111 1111111111111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111
lowQualScore : 1 111 111111 1 6 4 555 3333333333 7 22 1 2 444 55 0 33 3333333333333333333333 33 333333333333 5 1 11111 33 888888 2 555555 777 1111 2 2 2 2 1 2 77777 888 6 2 3333333333333333 77 3 44 99999 4 55555555 4 333333 4 0 777 1 333333333 2 5 5 0 4444444444444444444444444444 2 3 3 666 55 0 999999999 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 77 1 5 5 555555555555555555 999999999999999999999 555 888888 000000000000 777777 2 11111111111111111111111111111111111111 2 2 8888888 2 6666666666666666 1 2 3333333333333333 33 33 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66666 44444444 33 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 0 44 3 3 0000000 3 44 3 44 3 99 7777 44 0 2
lowQualScore : . ... ...... . . . ... .......... . .. . . ... .. . .. ...................... .. ............ . . ..... .. ...... . ...... ... .... . . . . . . ..... ... . . ................ .. . .. ..... . ........ . ...... . . ... . ......... . . . . ............................ . . . ... .. . ......... ...................................................................... .. . . . .................. ..................... ... ...... ............ ...... . ...................................... . . ....... . ................ . . ................ .. .. ............................................................... ..... ........ .. ...................................................... . . .. . . ....... . .. . .. . .. .... .. . .
lowQualScore : 0 777 000000 7 7 4 444 5555555555 0 66 9 7 777 44 9 77 6666666666666666666666 77 222222222222 3 9 55555 77 111111 7 777777 333 3333 9 9 9 9 2 9 22222 111 2 8 3333333333333333 99 6 88 11111 4 88888888 4 999999 4 1 888 9 999999999 5 0 1 1 2222222222222222222222222222 5 6 6 555 00 3 000000000 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 4 7 7 777777777777777777 888888888888888888888 444 333333 444444444444 777777 5 33333333333333333333333333333333333333 7 6 1111111 5 6666666666666666 6 4 4444444444444444 44 44 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 77777 99999999 99 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 3 66 3 3 8888888 3 66 3 66 3 22 1111 00 1 0
consensus : GGGTGNTT---TTCTTA----A-GCCATGAT-T-T---GT----------AGTATCGNCCA-TCA---TCAG-GCTG--TGAC-G-----------T-ACT--TTC--TTTT-----------G-CATCGTATG----AATAAA--AGG----T-CCTAG--C-T-T---A----AA-A-C-T-GTGA-CAGGAG---GTAGA--TA-GACAAACCA------CA----GAGTTCTG--TG-TG-AAAATATT-----TC-CCCAAA-----ATT-GNC---CAAGT-TCAA---CAACCGCT-AA-TATTTCAAAC-ATCAAAGAAA------A-TT-----GTT-GAG-AA-TCAAAATCCTTGC-AAT-ACGCACATCT--TCAGGTTGTT----TA---CAAAG-------------------------A--------G-----------AGNTG----AA---------CG--GACA--AACCAT-GCAT-TC-G-TTC---G--------TAATATTTCCTCAAA----A----CGAA----G---TTCAA---CAA---CCT------G---A-ATTTTC------TCA-A----------A--A---A--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCA----------------AAATCCTTGCCACAT-GCACATCTTC----GA----------TACCC--AT--A--------C------A-------------AA-------TAC------------G---------A-----AGGTCCTC------G-CTTGAAA--ACTG-------TG----GGAGG------A-----------A----------A------AATTATGTA--C-C-CT-------CC-ATATAAC--ATTA-A--TTTTCAA-ATNA----AAGGGG-CAAAACTCCTGCAAGAAAGGTT
Reference ( family-329 ) : GGGTGNTT---TTCTTA----A-GCCATGAT-T-T---GT----------AGTANCGTCTA-TCA---TCAG-GCTG--TGAC-G-----------T-ACT--TTC--TTTT-----------G-CATCGTATG----AATAAA--AGG----T-CCTAG--C-T-T---A----AA-A-C-T-GTGA-CAGGAG---GTAGA--TA-GACAAACCA------CA----GAGTTCTG--TG-TG-AAAATATT-----TC-CCCAAA-----ATT-GNC---CAAGT-TCAA---CAACCGCT-AA-TATTTCAAAC-ATCAAAGAAA------A-TT-----GTT-GAG-AA-TCAAAATCCTTGC-AAT-ACGCACATCT--TCAGGTTGTT----TA---CAAAG-------------------------A--------G-----------AGNTG----AA---------CG--GACA--AACCAT-GCAT-TC-G-TTC---G--------TAATATTTCCTCAAA----A----CNAA----G---TTCAA---CAA---CCT------G---A-ATTTTC------TCA-A----------A--A---A--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCA----------------AAATCCTTGCCACAT-GCACATCTTC----GA----------TACCC--AT--A--------C------A-------------AA-------TAC------------G---------A-----AGGTCCTC------G-CTTGAAA--ACTGA------TG----GGNGG------A-----------A----------A------AATTATGTA--C-C-CT-------CC-ATATAAC--ATTA-A--TTTTCAA-ATNA----AAGGGG-CAAAACTCCTGCAAGAAAGGTT
gi|1 : GGGTGATT---TTCTTA----A-GTCATGAT-T-T---GT----------AGTAGCATCCA-TCC---TGAG-ACAG--TGGC-A-----------T-ACT--TTC--TTTT-----------G-CACTGTTTA----AATAAATTA--------CCTAG--T-T-TT--A----AA-A-C-T-GCGA-CGGAAG---GCAGA--TA-GACAAACCAAGTAGACAAAAAGAGTTCTG--TG-TGCAAAATATT-----TC-CTCAAA-----ATT-AGC---CAAGT-TTAA---CAACTGCTGAA-TATTTCAAAT-ATTAAAGAAA------A-TT-----GTT-GAA-AA-TCAAAATCAGTGT-AAT-ACGCACATAT--TCAAGTTGTT----TA---CAAAG-------------------------A--------G-----------AGATG----AA---------CG--GACA--AGCCAT-GCAT-TCGG-TTT---T--------TAATATTCCCTTAAA----A----CCAA----G---TTCAA---CAT---TGT------GA--A-ACTTTC------TCA-A----------A--A---A--------------------T-TGAA-------GAAAA-TGA----------------AAA--------------CACATCTTT----GA----------TACCT--AT--A--------C------A-------------AA-------TAC------------T---------A-----AGGTCCTC------A-TTTGAAA--GTTGAAAT---TT----GGCGG------A-----------A----------A------AATTATGTA--C-C-CT-------CC-ATATAAC--TTTA-A--TTTTCAA-ATTA----ATGGAT-CAAAA---TTGCAA
gi|10 : CT--TTC--CTTT-----------G-CATTGCATA----AATAAA--AGA----T-CCTAG--C-T-TCAAA----AA-G-C-T-ATGA-CAGGAG---GTAAT--TA-GACA---CA------T-------GTTCTG--CG-T-------------------------------T-G-------AGT-TGAA---CAGCCTGT-AA-GCTTTCAAAT-ATC----------------------GT-------A--CAAAATA-TTGC-CAT-AAACACACCT--TCAAATTGTTGATGTAGACCAAAGCTTG---------------------A--------A-----------AACTG----AAAAAGTGGCTTG--GACA--AACCAT-AGAT-TC---TAT---G--------TAATATTTCCTCAAA----A----TA-----------TCGA---C-----TTT------T---A-TTTTTC------TGAGA----------A--A---A--------------------T-TTAA-------GAAAA-TCA----------------ATATCCTTGCCACAT-ACACATTTTC----GA----------TAcatggtt
gi|11 : agtggtagacGGGTGTTT---TTCTTA----AAGCCAGGATAT-T---AT----------GGTTCAGACTAGTCA---TCAAAGCTG--TGATTG-----------T-ACTCTTTC--TTTT-----------G-C---------------------------T-CATAG--C-A-T---A----AA-A-T-C-TTGA-CAGACG-----AAA---A-AACAA-CCA------CA----T--TTCTGAGTG-TA-AAAATATT-----TCGCCCAA-------TT-GTT---TAAAT-TCAG---CAACTCTT-TA-T-TTTCACAA-ATCAAAGAAA------AGTT-----GTTCGAG-AA---ATAAGTCATGG-AAT--TG-ACATCT--TCA-GTTGTT----TA---CAAAG-------------------------
gi|12 : aagagtactcgacaaacgaatacataaacatatataatatgcccatcacaagctatgta----A----CAAA----G---TTCAA---TAA---CCT------TTTTA-AATTTC------TCA-A----------A--A---A--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCA----------------AATTCCTTGCCACAT-GCACA---TC----AA----------TTCTC--AT--A--------C------
gi|13 : aaaattagacaaaataattgcagaactttgtaattttaacaaacaatataatgcaacttcctttgCTTGC-AAT-ACACATGTCT--TCAAGTTGTT----TA---TAAAGGGCCTAGCTTAAAAATTGTATTTAAA--------G-----------AGTTG----AA---------AG--GACA-------T-GCAC-TC-ACTTC---A--------TACGATTTCCTCAAA----ATTGACAAA----G---TTCAA---TAA---CAA------GT--A-ATTTTC-------CA-AAAAAAAAAAGA--A---A--------------------A-GAAA-------GAAAA-TCA----------------AAATCCTTCCTACAT-GCACATCCTC----AA----------TATCC--AT--A--------C------A-------------AA-------CAC------------AGTGTCAAATA-----AGGCCCTC------A-CTTAAAA--ATTG-------TG----GGAGG------A-----------tgtacaatgctttgtgcaaatctctgtacaacaagaaaatgttcactttaaaattgcagatattagctggacaaaactcctgcatccatggatcaaaattgcagatctacaaagggaagtaactgca
gi|14 : GGGTTGTT---TTCTAA----A-GCCATAAT-AAT---GT----------ATCAGC----A-TCA---TCAA--CTG--TGAT-G-----------T-ACT--TTC--TTTT-----------G-CATCATA------------------------CCA-------T---A----AA-T-C-T-GTGAACAGCAC---G-AAA---A-AACAAACCA------CC----A--TTCTGA-TG-T---AAATATT-----TC-CCC--A-----ATT-GTT---TATATATC-A---CAACCTTT-AA--ATTT---ACAATCAAAAA-----------T-----GTC-GAG-AAGT--AAGTCATTGA-AAT-ATG-ACA--T--TCAGG-TGTT----TA---CAAAG-------------------------A--------gtttaccaaaca
gi|15 : -ATTTAC------TCA-A----------A--A---A--------------------T-TGAA-------GGAAG---A----------------AAATTCTTGTCACTT-GCACATCATG----AA----------TACCC--ACTAA--------C------ATTTTGTAATCACTAA-------TACAA----------G---------A-----AGGCCTTTTAATTGG-CTTG-AA--ACTGA----------------G------A-----------A----------A------AGTTA--------------------C-ATAGATC--ATGT-G--TTTTCAACACCA----AActtgaaacgcgaagcttgcaatccatgta
gi|15 : aaacccggtaccc------A-----------A----------A------AATTGTGTA--C-C-CT-------CC-AAATAAC--ATTT-A--ATTTCAA-GCGA----CATACA-TGTACCTCTGGCAAGAAAGGTaattgtgtaccctccaaataacatttaatttcaagcgacatacatgtacctctggcaagaaaggtca
gi|16 : aaacccggtacccatttactcaaaaattgaaggaagaaaattcttgtcacttgcacatcatgaatacccactaacattttgtaatcactaatacaagaaggccttttaattggcttgaaactgagaaaagttacatagatcatgtgttttcaacacc------A-------------AA-------TAG------------G---------A-----AGGTCCTC------A-CTTGGAACTACTG-----------------G------A-----------C----------C------AATTAAGTG--C-A-CT-------CC-ATATAAT--ACTA-A--TTTTCGA-ATAA----AA-GGG-CAAAATGCCGGCAAGGAAGGTca
gi|17 : caaacatttggta----------A--A---A--------------------T-TAAG-------GAAAAATCA----------------AAATCCCTGCCACAT-CCATATCTTC----GATACTGGGTATTACCC--AT--A--------A------A-------------AA-------TACTCTGTAAAGCAAA---------A-----AGGTTCTC------A-ACTGAAA--ATTG-------TG----GG-GG------AGTTGGCCAGTTA----------A------AA-TATG---------------------TATAAT--ATTA-A--TTTC--A-ATTA----AAGGGG-CAAAA---CTGCAAGAcgttacatagcaagtttcagcttgatatgtgttatagaaatcaaaactgaaacagtaacccttgaatggacagacatacaacatcactgtaccattatatgtcct
gi|18 : GTTCTG--TG-T--AAAATATT-----TT-CCCAAT-----ATT-GCC---AAAGT-TGAA---C--CTGCA-AT-TTTTTCAAAC-ATCAAAGAAA------A-TTAGAAAATT-CAGAAA-TAAAAATCCTAGC-AAG-ATACACATCTCGTCAGGTTGTT----TT---CAAAG-------------------------ggtctagatggttcaaaattgcaacaagatttagaacgactcacaa
gi|18 : AATATTTTCCCAAT----ATTGCCAAA----G---TTGAA---C------CT------GC--A-ATTTTT------TCA-A----------A--C---A--------------------T-CAAA-------GAAAA-TTAGAAAATTCAGAAATAAAAATCCTAGCAAGAT-ACACATCT----------------------C--GT-----------C------A-------------GGTTGTT--TTC------------A---------A-----AGG-CCTC------ATCTTGAAA--ACT-A------GG----AGAGG------ACGT--------A----------A------AAGTAgcctcatcttgaaaactaggagaggacgtaaaagtacaaaccaaggatgtcatgaaata
gi|19 : gttctgtgtaa---GT----------AGTA-CATCTA-TCA---CT----CGG--TGAC-ATTTTTTTTTTTT-TTT--TTT--TTTT-----------G-CAATGTATGA---AATTAA--AGA----T-CC-AG--C-TAC---A----AACA-C-A-GTAA-CAGGAG---GTAGA--TA-GACAAA------------------TTTTG--TG-TT-GAAATATT-----Tcaaaccaaggatgtcatgaaata
gi|2 : atgataaagcaaactggcaaaaacatcaaaagttgtagaattttacataag---GT----------AGTCTCTGCCA-TCG---TCAA-GCTG--TAAC-A-----------T-A-----TC--TTTC-----------G-CACTGTATG----AATTAA--AGG----T-CATAG--C-T-T---A----AA-A-C-A-TTGA-AACGAG---AAAAG--TA-GACAAATCG------AA----GAGTTCTG--TGTTA-AAAATATT-----TT-TTCAAAACTTTATT-ACCAGGTAAGT-TAAAAATAAACTGCA-TA-TTTTTCAAAC-ACC--ATAAA------A-T---------------A-TCAAAACCCTTAC-AAT-ATGCAGATCT--ATATGTTGTT----TT---CAAAG-------------------------ACTTATCTTGAAAATTACAATAGTTA----AA---------TG--GACA--AACCATGGCAT-T--A-TTCT--G--------TAATATTTTTTCAAA----A----CTGA----------CAA---CAA---CCT------G---T-ATTTTT------TC-----------------------------------------T-TCAA--------AAAA-TCG----------------AAATCATTACCTCGT-GCACATCTTTCATAGA----------TATCT--AT--ATG------C------A-------------TA-------TCC------------A---------A-----ATGTCC
gi|20 : tgttaggaagcatggcaaaaatgccattagttgaagaacttgg---GT----------AGTA-CATCTA-TCA---CTCG-G-----TGAC-A-----------T-TTT--TTT--TTTTTTTTTTTTTTTG-CAATGTATG----AATTAA--AGA----T-CCTAG--C-T-C---A----AA-A-C-CAGTAA-CAGGAG---GTAGA--TA-GACAAA------------------TTTTG--TG-TG-AAA-TATT-----Tcaaattt
gi|21 : atgataagcaaacatggcaaaaacatcaaaagttgtagaattttacataagGGGTGCTTCATTTGTTG----A-ACTTTG-T-T-TAACGC----------AGTACCGGCCA-TCA---TCAG-GCTG--TGAC-A-----------T-ACT--TTA--TTTC-----------G-TATGCTATGAACTAATAAG--AAG----T-CTCAG--C-T-T---G----A
gi|22 : gtactgaaaacggtgcatactacgcccgtgtaaagcttatcttAATCCTTTTCATTT-GTATATCTTC----AA----------TACCA--AT--AATAA----C------A-------------TG-------TACT-----------GTAAAAC---A-----AGGTCCTT------T-ATTGAAA--AGTG-------TG----GGAGG------A-----------tatagcacacggaaacggaaacaga
gi|23 : aac------AGTTATATA--C-C-CT-------CT-GTGAAAT--TTTT-A--TTTTCAG-A-CA----AGGGGG-CAACACTCCTGCAAGGGAGATttcaggaattggcagaacagatcctgtgagaggtcgaaatggattaaagagtgacccacaaagaagcaacttagcaagtttta
gi|24 : GTC-A-TCA---TCAG-GCTC--TGA------------------T--TGT--TTTT-----------G-TAATATATA----AATAAA--ATA----TTCCTAG--A-T-T---A----AA-A-C-T-GCGA-AAGGGGGATGTACATGTA-GACAAACAA------CA-----ATTTCCG--TG-TATGATATATC-----TT-CCCAAA-----TAT-GAT---TAAGT-TCAT---CAACCTTTAAA-TATTTcgaaatgtataaacattgtaatatgatctagagtgacccataaagaatctacttagcaattgtcagtttgatttgtgacagagaaaagaaaaca
gi|25 : tcaTT---TTCTTA----G-GTCATGGT-T-T---GT----------AG-AGC-TTTG--CG---TCAG-GTAGAATCA--G-----------TCATC--ATCAGGTTC-----------G-CATCATAAG----AAAAAA--AAAAGATT-CCTAT--C-G-T---A----AA-ATC-T-GTGC-CAGAAG---GCA
gi|26 : caaaatacgtccgtgaaaagcttatataaacggtattTTCC-AAT-A-ATAAATCT--TCAGTTTGTT----TA---CAAAGCCTTGACTTTAAACTG---------A--------G-----------AGGAGTTAAAA---------TGTTGACA--AACCAA-GCAC-TC-G-CT-------------TTACATTTACTCAAAACGGA----CTAA----A---TTCAA---CAA----AT------G---A-----TC------TCA-A----------A--A---A--------------------
gi|28 : catCT------T---A-ATTTAC------TCA-A----------A--T---A--------------------T-TTAA-------GAAAA--CT----------------AAGTCTTTGCCACAT-GCACACCTTA----AA----------TATCC--GT--A--------C------A-------------AA-------CACTGATAAATTAA-G---------A-----AGGTTCTC------A-CATGATA--ACTT-------TG----AGAGG------A-----------
gi|29 : TCTG-TCACAATCCG-GCTA--TGAC-T-----------T-ACT--TTC--TTT------------G-CATCGAATG----AATAAA--ACG----T-CCTAG--T-G-T---A----AA-A-CTT-ATGG-C-GGAG---GTAGA--GA-GAAGGACCA-------A----GAGTTCTG--gttat
gi|3 : gtaGTGCTT---TTCTTATGTCATGTCATGAT-T-T---GTGACTTCAGGTAGTATCAACTA-TCA---TCAG-GCTG--T-------------------------------T-----------A-CATCTTGTG----AATAAA--AGG----T-CCTAG--C-T-T---A----AC-A-C-T-A--A-CAGGAG---GTAGA--CA-GACAAACC-------TG----GATCTCTG--TG-TGGAAAATATTAATTTTC-CCTTAA-----ATT-GAC---CAAGT-TCAA---T--CTGTT-AC-TATTCAAAAC-ATCAAAGAAATTAAAAA-TA-----GTT-GAG-AA-TCAAAATTCTTGC-TTT-ATGCACATCT--TCA-GTTATT----AA---CAAAG-------------------------A--------c
gi|3 : cgacagtaccgcaaacgtttcataatacgcccgtgaaaagctaatatagt--------G-----------AGGTA----GA---------CA--GACA--AACC-T-GGATCTCTG-TGT---GGAAAATATTAATTTTCCCTTAAATTG-A----CCAA----G---TTCAA---T------CT------GTT-A-CTATTCAAAACATCA-A----------AGAA---A--------------------T-TAAAAATAGTTGAGAA-TCA----------------AAATTCTTGCTTTAT-GCACATCTTC----AG----------T-------T--A--------T------T-------------A---------AC------------A---------A-----AGACCTTT------G-CTTCAAA--ACTAAGAGCAGTGAAAAGGGGG------A-----------A----------A------GGT----------C-CT-------CT-AAACAGCAAACTA-C--TTTTCGC-ATTACTTGAAGAAATCAAAATTCTTGCAcctttgcttcaaaactaagagcagtgaaaagggggaaaggtcctctaaacagcaaactacttttcgcattacttgaagaaatcaaaattcttgcacatctttcatacccatatacaaata
gi|3 : cgacagtaccgcaaacgtttcataatacgcccgtgaaaagctaatatagtgtgcttttcttatgtcatgtcatgatttgtgacttcaggtagtatcaactatcatcaggctgttacatcttgtgaataaaaggtcctagcttaacactaacagTCCTCTAA----A----C--------------AG---CAA---ACT----------A-CTTTTC------GCA-T----------T--A---C--------------------T-TGAA-------GAAA--TCA----------------AAATTCTTGC--------ACATCTTT----CA----------TACCCATAT--A--------C------A-------------AA-------TAcatctttcatacccatatacaaata
gi|31 : cgacagtaccgcaaacgtttcataatacgcccgtgaaaagctaatatagtgtgcttttcttatgtcatgtcatgatttgtgacttcaggtagtatcaactatcatcaggctgttacatcttgtgaataaaaggtcctagcttaacactaacaggaggtagacagacaaacctggatctctgtgtggaaaatattaattttcccttaaattgaccaagttcaatctgttactattcaaaacatcaaagaaattaaaaatagttgagaatcaaaattcttgctttatgcacatcttcagttattaacaaagacctttgcttcaaaactaagagcagtgaaaagggggaaagg-T---GC----------AGTATCAGCCA-TCA---TCAG-------TG------------------------C--TTCT-----------GACTTTGTAC-----AATAGA--AGG----T-CCTAG--CTT-T---AAAATAA-A-C-T-GT-A-TAAGAG---TAAGA--CAGGACAAA
gi|32 : ttta-T---GC----------AGTATCAGCCA-TCA---TCAG-------TG------------------------C--TTCT-----------GACTTTGTAC-----AATAGA--AGG----T-CCTAG--CTT-T---AAAATAA-A-C-T-GT-A-TAAGAG---TAAGA--CAGGACAAA
gi|33 : tttaAAATCCTTGC-AAA-ACACACATCT--CCGCGGCGTT----T----CAATG-------------------------A--------
gi|34 : -T---GT----------ATTATCAGCCA-TCA---TCAA-GCTG--TGAC-G-----------ccatagttttaaaaccgagaggacgaaaagacaaacatgactcacaaaata
gi|38 : tcagcaaacatgacgaaattgccaggagatgaagaaatttactggaggtacaAA-------GAAAA-TCA----------------AACTCCTTGTCATAT-GCATGTCTTC----AA----------TACTA--AT--A--------C------A-------------AA-------TAC------------
gi|4 : tt----A----TGAA----G---CTCAG---CAA---CCT------G---CTATTTTC------TCA-A----------A--A---C--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCA----------------AAATCATT---ACAT-GTACACCTTT----AA----------AATTC--AT--ACACTCTGTC------A-------------AA-------TAA------------G---------A-----AGGTCCTC------A-TTT---A--TCTAAAG----TG----GGAGG------ATTTTTAGGCT-A----------AGGCGGCGGCTAAGCA--CAC-CTGTACCCACC-ATATAAC--ATTA-T--ACTGCAC-AAAA----AGGGGA-CACAACTCCTTCAAGAAAGGtttgtaaaaaaaaa
gi|5 : ttgaaatgATATTTCCTTAAA----A----GGAAATAAG---TTAAA---CAA---CCT------GT--C-ATTTTC------TAA-A----------A--A---AAAAAAATAAAAAAAAAAGAATATGAA-------GAAAA-TTA----------------AACTTTATGCTACATTATACATCTTC----AA----------TACCC--AT--A--------C------A-------------AA-------CGCT-----------GTGTTAAAT-A-----AGGTCCT---------CTTGAAA--ACTG--------G----GGAGG------A-----------GTTAGACGAACA------AAGTATGTA--C-C-CT-------TC-GTATGAT--ATCAGA--TCTCCAA---TA----AAGGAA-TAAAACTTTTTCAAGaattgttacatgacctagagagacccccaaagaagctacacgacaagttttaaattcaacattaaatagatgacagagaaattaaaaagaaatagagaacccaaaacatatggaccgaaagacatcactataccataaaacatccctctaaaaacaagaattatgcaatttgaaaa
gi|6 : actcactccacgA-A----------A--A---A--------------------T-TGCA-------GAAAA-TCA----------------CATCCCTTGCCACAT-GCACATCTTC----AA----------TACCT--AT--ATA------C------A-------------AACAATCTGTAC------------C---------ATAACAAGGTCCTC------G-CTTGAAA--ACTG-------TG----GGAGG------ACTT--------ATCTATAC---A------AATCATGTA--C-C-TT-------CCAATGCAAC--ATTC-A--ATTTCAA-AT-A----AAGGGG-CATAACTCTTGCAAGACAGGTTggggtcgaaatgggtcaaaattacagcactttcttgaacgacccacgaaaaagctacatagcaagtttcagcttgatgataacaaattaacagaaaaaaacctggacggactgactatgtaatataacccgtccaaagacaaatgcatttaa
gi|7 : ct-----AGGTCCTC------A-CTTTAAA--ACTG-------TG----GAGGGTTCTCCA-----------G----------A------TATGACATATTC-C-AT-------CC-ACACGCC--ATTA-AAGTTTTCAA-AT-A----AAGGGG-CACAACTTTTGCAGGAaaaatggattagaactgcaacatgatcatgagccctcaaagagcacatttcagcttgatatttgctgggaaatggaaataaaactagaaaatcctacaaatgtggacaagcaaccattactttcccataatgtgccttgtcaaaagacaagtgtattaaaaa
gi|8 : taaaaag---GT----------GGTATCGGCTG-TCA---TCAG-GCTG--TAGC-A-----------C-ACT--TTC--TTT------------G-CATCACTTG----AATAAA--AGG----T-CCCAAGTT-T-T---A----AA-A-C-T-GTGA-CAGAGG---GTCCA--TA-GTTAAACCA------AA----GAGTTCTG--TA-GGTAGAATATT-----TC-CCCCGA-----ATTTGAC---CAAGT-TCAA---CAACCTCG-AAATACTTAGATC-ATGGGGGGAA------A-TT-----------------CAGAATTATTGCGAATCACG---ATCC--T-------------TG---CA---------------------------------------------------CT------A---------CG--CACATAAGCTAT-GCCT-TTTG-TTCAATG--------TAATATATCCTCAAA----A----CAAG----GACTTCCAA---CAATAGCAT------GT--A-ATTTTC------TCA-A----------A--A---A--------------------ggtggaatttaacagaaattgcaacatgatcgagagtgacccacaatgaagctacatagctcaatatgtgatggagttcgaatcttgaacagacagataacaatgttgtgtacatgtaccataatatgtactcatcccatccataattacatgtaaaacattttaaaagtgcttaatcaaaggatatatattggtcattatatatatatactgatgaca
gi|9 : aattagtacagaactttcctttac----CAAA----G---TTGAATTTCAA---CCTTTGCACG---G-ATTTTT------TCA-A----------A--ACCTA--------------------T-T------------ACA-TCA----------------G-----------CAT-GCACATCTTC----AT----------TACTC--AT--AACT-----CTTGTAAA-------------AA-------TAA------------G---------G-----TGGTCCTC------A-CTTGAAA--ATTG-------TG----GGGG-------------------------------------AGTAATGTA--C-CTCT-------CC-ATGTATC--ATTA-A--TCTACCA-ATAA----AAGGGC-CAAAACTCCTGAAAGAAAG
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CAAAAGTATTGGAAAATTAATGGTACAATTGCACATAATACACCCATCACAAGCTTCTGCCGGGTGTTTTTGTTAAGCTGTAAGTTAGGTACATAAAGAATTAGTCACCTTCCAAGCTGTGA
Unaligned ( gi|30 ): ACAAAGAAGCTACAAAGCAAGATGCGACATATAGAGAAATGAAAATAGAAACAGCAAACCCCGAACGGACGGACTTGCAGACATCACTGTACCTTAACACGCCCA
Unaligned ( gi|35 ): ACATGATTTGGAGTAACCCGTAAAGAAGCTACATTGCAAGTTTCCACTTGATATGTGACAGACACATGAAAACAGAC
Unaligned ( gi|36 ): AACAAGAGTACCGGAAATGCTACATGTGTATAATGTCCCAATCACAAGCTTACGTATGTAGAGTGTTTTTCTTAAGG
Unaligned ( gi|37 ): ACATGATTTGGAGTAACCGTAAAGAAGCTACATTGCAAGTTTCCACTTGATATGTGACAGACACATGAAAACAGA
Unaligned ( gi|39 ): ACCGCTTTATAACTTTTTGAAACAACTGGAATAAGTGTACATGTATGTACTGTAAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 222222 222222222222222222222222222222222222222 2222222222 1111 4444444444444444 222 11111111 111111 111111111 5555555555555555555555555555 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 555555555555555555 33333333333333333333333333333333333333333333333333 22222222222222222222222222222222222222 1111111111111111 1111111111111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 111111111111111111 55555555555555555555555555555 1111111
lowQualScore : 1 111 111111 1 111111111111111111111111111111111111111 777 3 55 7777777777 0 5 1 88888 2 33 888888 2 555555 777 1111 2 2 2 2 1 2 77777 888 6 2 3333333333333333 77 3 777 99999 4 55555555 4 333333 4 0 777 1 333333333 2 5 5 0 4444444444444444444444444444 2 3 3 666 55 0 999999999 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 77 1 5 5 555555555555555555 555 22222222222222222222222222222222222222222222222222 777777 2 11111111111111111111111111111111111111 2 2 8888888 2 6666666666666666 1 2 3333333333333333 33 33 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66666 33333333 444 33 444 111111111111111111 2 777777 66666666666666666666666666666 33 1 44 333 0000000 3 44 7777 3 77 6666 44 44 1
lowQualScore : . ... ...... . ....................................... ... . .. .......... . . . ..... . .. ...... . ...... ... .... . . . . . . ..... ... . . ................ .. . ... ..... . ........ . ...... . . ... . ......... . . . . ............................ . . . ... .. . ......... ...................................................................... .. . . . .................. ... .................................................. ...... . ...................................... . . ....... . ................ . . ................ .. .. ............................................................... ..... ........ ... .. ... .................. . ...... ............................. .. . .. ... ....... . .. .... . .. .... .. .. .
lowQualScore : 0 777 000000 7 000000000000000000000000000000000000000 888 1 88 5555555555 5 3 9 99999 7 77 111111 7 777777 333 3333 9 9 9 9 2 9 22222 111 2 8 3333333333333333 99 6 444 11111 4 88888888 4 999999 4 1 888 9 999999999 5 0 1 1 2222222222222222222222222222 5 6 6 555 00 3 000000000 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 4 7 7 777777777777777777 888 99999999999999999999999999999999999999999999999999 777777 5 33333333333333333333333333333333333333 7 6 1111111 5 6666666666666666 6 4 4444444444444444 44 44 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222 33333333 777 77 777 222222222222222222 1 222222 11111111111111111111111111111 44 8 22 888 0000000 1 22 1111 1 99 5555 66 22 0
consensus : GGGTGNTT---TTCTTA----A-GCCATGAT--TT---GT----------AG---T--------------ATC-GGCCA-TCATCAG-GCTGTGAC-GTACT--TTCTTTTG-CATCGTATG----AA-TAAA--AGG----T-CCTAG--C-T-T---A----AA-A-C-T-GTGA-CAGGAG---GTAGA--TA-GACAAACCA------CA----GAGTTCTG--TG-TG-AAAATATT-----TC-CCCAAA-----ATT-GNC---CAAGT-TCAA---CAACCGCT-AA-TATTTCAAAC-ATCAAAGAAA------A-TT-----GTT-GAG-AA-TCAAAATCCTTGC-AAT-ACGCACATCT--TCAGGTTGTT----TA---CAAAG-------------------------A--------G-----------AGNTG----AA---------CG--GACA--AACCAT-GCAT-TC-G-TTC---G--------TAATATTTCCTCAAA---A----C-G----AA----G---TTCAA---CAA---CCT------G---A-ATTTTC------TCA-A----------A--A---A--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCA----------------AAATCCTTGCCACAT-GCACATCTTC----GA----------TACCC--AT--A--------C------A-------------AA-------TAC------------G---------A-----AGGTCCTC------G-CTTG---AAA--A---CT-------G----TG----GGAGG------A-----------A----------A------AATTATGTA--C-C-CT-------CC-ATATAAC--ATTA-A--TTTTCAA-ATNA----AAG--GGG-CAAAACTCCTGCAAGAAAGGTT
Reference ( family-329 ) : GGGTGNTT---TTCTTA----A-GCCATGAT--TT---GT----------AG---T--------------ATC-GNCCA-TCATCAG-GCTGTGAC-GTACT--TTCTTTTG-CATCGTATG----AA-TAAA--AGG----T-CCTAG--C-T-T---A----AA-A-C-T-GTGA-CAGGAG---GTAGA--TA-GACAAACCA------CA----GAGTTCTG--TG-TG-AAAATATT-----TC-CCCAAA-----ATT-GNC---CAAGT-TCAA---CAACCGCT-AA-TATTTCAAAC-ATCAAAGAAA------A-TT-----GTT-GAG-AA-TCAAAATCCTTGC-AAT-ACGCACATCT--TCAGGTTGTT----TA---CAAAG-------------------------A--------G-----------AGNTG----AA---------CG--GACA--AACCAT-GCAT-TC-G-TTC---G--------TAATATTTCCTCAAA---A----C-G----AA----G---TTCAA---CAA---CCT------G---A-ATTTTC------TCA-A----------A--A---A--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCA----------------AAATCCTTGCCACAT-GCACATCTTC----GA----------TACCC--AT--A--------C------A-------------AA-------TAC------------G---------A-----AGGTCCTC------G-CTTG---AAA--A---CT-------G----TG----GGAGG------A-----------A----------A------AATTATGTA--C-C-CT-------CC-ATATAAC--ATTA-A--TTTTCAA-ATNA----AAG--GGG-CAAAACTCCTGCAAGAAAGGTT
gi|1 : GGGTGATT---TTCTTA----A-GTCATGAT--TT---GT----------AG---T--------------AGC-ATCCA-TCCTGAG-ACAGTGGC-ATACT--TTCTTTTG-CACTGTTTA----AA-TAAATTA--------CCTAG--T-T-TT--A----AA-A-C-T-GCGA-CGGAAG---GCAGA--TA-GACAAACCAAGTAGACAAAAAGAGTTCTG--TG-TGCAAAATATT-----TC-CTCAAA-----ATT-AGC---CAAGT-TTAA---CAACTGCTGAA-TATTTCAAAT-ATTAAAGAAA------A-TT-----GTT-GAA-AA-TCAAAATCAGTGT-AAT-ACGCACATAT--TCAAGTTGTT----TA---CAAAG-------------------------A--------G-----------AGATG----AA---------CG--GACA--AGCCAT-GCAT-TCGG-TTT---T--------TAATATTCCCTTAAA---A----C-C----AA----G---TTCAA---CAT---TGT------GA--A-ACTTTC------TCA-A----------A--A---A--------------------T-TGAA-------GAAAA-TGA----------------AAA--------------CACATCTTT----GA----------TACCT--AT--A--------C------A-------------AA-------TAC------------T---------A-----AGGTCCTC------A-TTTG---AAA--G---TT-------GAAATTT----GGCGG------A-----------A----------A------AATTATGTA--C-C-CT-------CC-ATATAAC--TTTA-A--TTTTCAA-ATTA----ATG--GAT-CAAAA---TTGCAA
gi|10 : CT--TTCCTTTG-CATTGCATA----AA-TAAA--AGA----T-CCTAG--C-T-TCAAA----AA-G-C-T-ATGA-CAGGAG---GTAAT--TA-GACA---CA------T-------GTTCTG--CG-T-------------------------------T-G-------AGT-TGAA---CAGCCTGT-AA-GCTTTCAAAT-ATC----------------------GT-------A--CAAAATA-TTGC-CAT-AAACACACCT--TCAAATTGTTGATGTAGACCAAAGCTTG---------------------A--------A-----------AACTG----AAAAAGTGGCTTG--GACA--AACCAT-AGAT-TC---TAT---G--------TAATATTTCCTCAAA---A----T-A---------------TCGA---C-----TTT------T---A-TTTTTC------TGAGA----------A--A---A--------------------T-TTAA-------GAAAA-TCA----------------ATATCCTTGCCACAT-ACACATTTTC----GA----------TAcatggtt
gi|11 : agtggtagacGGGTGTTT---TTCTTA----AAGCCAGGATA-TT---AT----------GG---T---------------TCAGACTAGTCATCAAAGCTGTGATTGTACTCTTTCTTTTG-C----------------------------T-CATAG--C-A-T---A----AA-A-T-C-TTGA-CAGACG-----AAA---A-AACAA-CCA------CA----T--TTCTGAGTG-TA-AAAATATT-----TCGCCCAA-------TT-GTT---TAAAT-TCAG---CAACTCTT-TA-T-TTTCACAA-ATCAAAGAAA------AGTT-----GTTCGAG-AA---ATAAGTCATGG-AAT--TG-ACATCT--TCA-GTTGTT----TA---CAAAG-------------------------
gi|12 : aagagtactcgacaaacgaatacataaacatatataatatgcccatcacaagctatgta---A----C-A----AA----G---TTCAA---TAA---CCT------TTTTA-AATTTC------TCA-A----------A--A---A--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCA----------------AATTCCTTGCCACAT-GCACA---TC----AA----------TTCTC--AT--A--------C--------------------TG-------TAC------------A---------A-----TG--CTTT------G---TG---CAA--ATCTCT-------G----TA----CAACA------A-----------G----------A------AA--ATGTT--C-A-CT-------T-----TAAA--ATTG--------CAG-ATAT----TAGCTGGA-CAAAACTCCTGCA
gi|13 : aaaattagacaaaataattgcagaactttgtaattttaacaaacaatataatgcaacttcctttgCTTGC-AAT-ACACATGTCT--TCAAGTTGTT----TA---TAAAGGGCCTAGCTTAAAAATTGTATTTAAA--------G-----------AGTTG----AA---------AG--GACA-------T-GCAC-TC-ACTTC---A--------TACGATTTCCTCAAA---ATTGAC-A----AA----G---TTCAA---TAA---CAA------GT--A-ATTTTC-------CA-AAAAAAAAAAGA--A---A--------------------A-GAAA-------GAAAA-TCA----------------AAATCCTTCCTACAT-GCACATCCTC----AA----------TATCC--AT--A--------C------A-------------AA-------CAC------------AGTGTCAAATA-----AGGCCCTC------A-CTTA---AAA--A---TT-------G----TG----GGAGG------A-----------tccatggatcaaaattgcagatctacaaagggaagtaactgca
gi|14 : GGGTTGTT---TTCTAA----A-GCCATAATAAT-----------------G---T--------------ATC-AGC-A-TCATCAA--CTGTGAT-GTACT--TTCTTTTG-CATCATA-------------------------CCA-------T---A----AA-T-C-T-GTGAACAGCAC---G-AAA---A-AACAAACCA------CC----A--TTCTGA-TG-T---AAATATT-----TC-CCC--A-----ATT-GTT---TATATATC-A---CAACCTTT-AA--ATTT---ACAATCAAAAA-----------T-----GTC-GAG-AAGT--AAGTCATTGA-AAT-ATG-ACA--T--TCAGG-TGTT----TA---CAAAG-------------------------A--------gtttaccaaaca
gi|15 : -ATTTAC------TCA-A----------A--A---A--------------------T-TGAA-------GGAAG---A----------------AAATTCTTGTCACTT-GCACATCATG----AA----------TACCC--ACTAA--------C------ATTTTGTAATCACTAA-------TACAA----------G---------A-----AGGCCTTTTAATTGG-CTTG----AA--A---CT-------G-------------AG------A-----------A----------A------AGTTA--------------------C-ATAGATC--ATGT-G--TTTTCAACACCA----AActtgaaacgcgaagcttgcaatccatgta
gi|15 : aaacccggtaccc------A-----------A----------A------AATTGTGTA--C-C-CT-------CC-AAATAAC--ATTT-A--ATTTCAA-GCGA----CAT--ACA-TGTACCTCTGGCAAGAAAGGTaattgtgtaccctccaaataacatttaatttcaagcgacatacatgtacctctggcaagaaaggtca
gi|16 : aaacccggtacccatttactcaaaaattgaaggaagaaaattcttgtcacttgcacatcatgaatacccactaacattttgtaatcactaatacaagaaggccttttaattggcttgaaactgagaaaagttacatagatcatgtgttttcaacacc------A-------------AA-------TAG------------G---------A-----AGGTCCTC------A-CTTG---GAACTA---CT-------G--------------G------A-----------C----------C------AATTAAGTG--C-A-CT-------CC-ATATAAT--ACTA-A--TTTTCGA-ATAA----AA---GGG-CAAAATGCCGGCAAGGAAGGTca
gi|17 : caaacatttggta----------A--A---A--------------------T-TAAG-------GAAAAATCA----------------AAATCCCTGCCACAT-CCATATCTTC----GATACTGGGTATTACCC--AT--A--------A------A-------------AA-------TACTCTGTAAAGCAAA---------A-----AGGTTCTC------A-ACTG---AAA--A---TT-------G----TG----GG-GG------AGTTGGCCAGTTA----------A------AA-TATG---------------------TATAAT--ATTA-A--TTTC--A-ATTA----AAG--GGG-CAAAA---CTGCAAGAcgttacatagcaagtttcagcttgatatgtgttatagaaatcaaaactgaaacagtaacccttgaatggacagacatacaacatcactgtaccattatatgtcct
gi|18 : GTTCTG--TG-T--AAAATATT-----TT-CCCAAT-----ATT-GCC---AAAGT-TGAA---C--CTGCA-AT-TTTTTCAAAC-ATCAAAGAAA------A-TTAGAAAATT-CAGAAA-TAAAAATCCTAGC-AAG-ATACACATCTCGTCAGGTTGTT----TT---CAAAG-------------------------ggtctagatggttcaaaattgcaacaagatttagaacgactcacaa
gi|18 : AATATTTTCCCAAT---ATTGCC-A----AA----G---TTGAA---C------CT------GC--A-ATTTTT------TCA-A----------A--C---A--------------------T-CAAA-------GAAAA-TTAGAAAATTCAGAAATAAAAATCCTAGCAAGAT-ACACATCT----------------------C--GT-----------C------A-------------GGTTGTT--TTC------------A---------A-----AGG-CCTC------ATCTTG---AAA--A---CT-------A----GG----AGAGG------ACGT--------A----------A------AAGTAgcctcatcttgaaaactaggagaggacgtaaaagtacaaaccaaggatgtcatgaaata
gi|19 : gttctgtgtaaT--TTTTTTTG-CAATGTATG----AAATTAA--AGA----T-CC-AG--C-TAC---A----AACA-C-A-GTAA-CAGGAG---GTAGA--TA-GACAAA------------------TTTTG--TG-TT-GAAATATT-----Tcaaaccaaggatgtcatgaaata
gi|2 : atgataaagcaaactggcaaaaacatcaaaagttgtagaattttacataaggtagtacatctatcactcggtgacatttttttttttttt---GT----------AG---T--------------CTC-TGCCA-TCGTCAA-GCTGTAAC-ATA-----TCTTTCG-CACTGTATG----AA-TTAA--AGG----T-CATAG--C-T-T---A----AA-A-C-A-TTGA-AACGAG---AAAAG--TA-GACAAATCG------AA----GAGTTCTG--TGTTA-AAAATATT-----TT-TTCAAAACTTTATT-ACCAGGTAAGT-TAAAAATAAACTGCA-TA-TTTTTCAAAC-ACC--ATAAA------A-T---------------A-TCAAAACCCTTAC-AAT-ATGCAGATCT--ATATGTTGTT----TT---CAAAG-------------------------ACTTATCTTGAAAATTACAATAGTTA----AA---------TG--GACA--AACCATGGCAT-T--A-TTCT--G--------TAATATTTTTTCAAA---A----CTG----A-----------CAA---CAA---CCT------G---T-ATTTTT------TC-----------------------------------------T-TCAA--------AAAA-TCG----------------AAATCATTACCTCGT-GCACATCTTTCATAGA----------TATCT--AT--ATG------C------A-------------TA-------TCC------------A---------A-----ATGTCC
gi|20 : tgttaggaagcatggcaaaaatgccattagttgaagaacttggT--TTTTTTTG-CAATGTATG----AA-TTAA--AGA----T-CCTAG--C-T-C---A----AA-A-C-CAGTAA-CAGGAG---GTAGA--TA-GACAAA------------------TTTTG--TG-TG--AAATATT-----Tcaaattt
gi|21 : atgataagcaaacatggcaaaaacatcaaaagttgtagaattttacataaggtagtacatctatcactcggtgacattttttttttttttGGGTGCTTCATTTGTTG----A-ACTTTG-T--TTAACGC----------AG---T--------------ACC-GGCCA-TCATCAG-GCTGTGAC-ATACT--TTATTTCG-TATGCTATGAACTAA-TAAG--AAG----T-CTCAG--C-T-T---G----A
gi|22 : gtactgaaaacggtgcatactacgcccgtgtaaagcttatcttAATCCTTTTCATTT-GTATATCTTC----AA----------TACCA--AT--AATAA----C------A-------------TG-------TACT-----------GTAAAAC---A-----AGGTCCTT------T-ATTG---AAA--A---GT-------G----TG----GGAGG------A-----------tatagcacacggaaacggaaacaga
gi|23 : aac------AGTTATATA--C-C-CT-------CT-GTGAAAT--TTTT-A--TTTTCAG-A-CA----AGG--GGG-CAACACTCCTGCAAGGGAGATttcaggaattggcagaacagatcctgtgagaggtcgaaatggattaaagagtgacccacaaagaagcaacttagcaagtttta
gi|24 : TC-AGTCA-TCATCAG-GCTCTGA------T--TGTTTTTG-TAATATATA----AA-TAAA--ATA----TTCCTAG--A-T-T---A----AA-A-C-T-GCGA-AAGGGGGATGTACATGTA-GACAAACAA------CA-----ATTTCCG--TG-TATGATATATC-----TT-CCCAAA-----TAT-GAT---TAAGT-TCAT---CAACCTTTAAA-TATTTcgaaatgtataaacattgtaatatgatctagagtgacccataaagaatctacttagcaattgtcagtttgatttgtgacagagaaaagaaaaca
gi|25 : TT---TTCTTA----G-GTCATGGT--TT---GT----------AGAGCTTTGCGTCAGGTAGAATC-AGTCA-TCATCAG-G-------------------TTCG-CATCATAAG----AA-AAAA--AAAAGATT-CCTAT--C-G-T---A----AA-ATC-T-GTGC-CAGAAG---GCA
gi|26 : caaaatacgtccgtgaaaagcttatataaacggtattTTCC-AAT-A-ATAAATCT--TCAGTTTGTT----TA---CAAAGCCTTGACTTTAAACTG---------A--------G-----------AGGAGTTAAAA---------TGTTGACA--AACCAA-GCAC-TC-G-CT-------------TTACATTTACTCAAA---A----C-GGACTAA----A---TTCAA---CAA----AT------G---A-----TC------TCA-A----------A--A---A--------------------
gi|28 : catCT------T---A-ATTTAC------TCA-A----------A--T---A--------------------T-TTAA-------GAAAA--CT----------------AAGTCTTTGCCACAT-GCACACCTTA----AA----------TATCC--GT--A--------C------A-------------AA-------CACTGATAAATTAA-G---------A-----AGGTTCTC------A-CATG---ATA--A---CT-------T----TG----AGAGG------A-----------
gi|29 : G---T--------------ATC-TGTCA-CAATCCG-GCTATGAC-TTACT--TTCTTT-G-CATCGAATG----AA-TAAA--ACG----T-CCTAG--T-G-T---A----AA-A-CTT-ATGG-C-GGAG---GTAGA--GA-GAAGGACCA-------A----GAGTTCTG--gttat
gi|3 : GTGCTT---TTCTTATGTCATGTCATGAT--TT---GTGACTTCAGGTAG---T--------------ATC-AACTA-TCATCAG-GCTGT-----------------TA-CATCTTGTG----AA-TAAA--AGG----T-CCTAG--C-T-T---A----AC-A-C-T-A--A-CAGGAG---GTAGA--CA-GACAAACC-------TG----GATCTCTG--TG-TGGAAAATATTAATTTTC-CCTTAA-----ATT-GAC---CAAGT-TCAA---T--CTGTT-AC-TATTCAAAAC-ATCAAAGAAATTAAAAA-TA-----GTT-GAG-AA-TCAAAATTCTTGC-TTT-ATGCACATCT--TCA-GTTATT----AA---CAAAG-------------------------A--------c
gi|3 : cgacagtaccgcaaacgtttcataatacgcccgtgaaaagctaatatagt--------G-----------AGGTA----GA---------CA--GACA--AACC-T-GGATCTCTG-TGT---GGAAAATATTAATTTTCCCTTAAATTGA----C-C----AA----G---TTCAA---T------CT------GTT-A-CTATTCAAAACATCA-A----------AGAA---A--------------------T-TAAAAATAGTTGAGAA-TCA----------------AAATTCTTGCTTTAT-GCACATCTTC----AG----------T-------T--A--------T------T-------------A---------AC------------A---------A-----AGACCTTT------G-CTTC---AAA--A---CTAAGAGCAG----TGAAAAGGGGG------A-----------A----------A------GGT----------C-CT-------CT-AAACAGCAAACTA-C--TTTTCGC-ATTACTTGAAG--AAATCAAAATTCTTGCAcctttgcttcaaaactaagagcagtgaaaagggggaaaggtcctctaaacagcaaactacttttcgcattacttgaagaaatcaaaattcttgcacatctttcatacccatatacaaata
gi|3 : cgacagtaccgcaaacgtttcataatacgcccgtgaaaagctaatatagtgtgcttttcttatgtcatgtcatgatttgtgacttcaggtagtatcaactatcatcaggctgttacatcttgtgaataaaaggtcctagcttaacactaacagTCCTCTAA---A----C-------------------AG---CAA---ACT----------A-CTTTTC------GCA-T----------T--A---C--------------------T-TGAA-------GAAA--TCA----------------AAATTCTTGC--------ACATCTTT----CA----------TACCCATAT--A--------C------A-------------AA-------TAcatctttcatacccatatacaaata
gi|31 : cgacagtaccgcaaacgtttcataatacgcccgtgaaaagctaatatagtgtgcttttcttatgtcatgtcatgatttgtgacttcaggtagtatcaactatcatcaggctgttacatcttgtgaataaaaggtcctagcttaacactaacaggaggtagacagacaaacctggatctctgtgtggaaaatattaattttcccttaaattgaccaagttcaatctgttactattcaaaacatcaaagaaattaaaaatagttgagaatcaaaattcttgctttatgcacatcttcagttattaacaaagacctttgcttcaaaactaagagcagtgaaaagggggaaaggT---GC----------AG---T--------------ATC-AGCCA-TCATCAG-----TG------------CTTCTGACTTTGTAC-----AA-TAGA--AGG----T-CCTAG--CTT-T---AAAATAA-A-C-T-GT-A-TAAGAG---TAAGA--CAGGACAAA
gi|32 : tttaT---GC----------AG---T--------------ATC-AGCCA-TCATCAG-----TG------------CTTCTGACTTTGTAC-----AA-TAGA--AGG----T-CCTAG--CTT-T---AAAATAA-A-C-T-GT-A-TAAGAG---TAAGA--CAGGACAAA
gi|33 : tttaAAATCCTTGC-AAA-ACACACATCT--CCGCGGCGTT----T----CAATG-------------------------A--------
gi|34 : T---GT----------AT---T--------------ATC-AGCCA-TCATCAA-GCTGTGAC-Gccatagttttaaaaccgagaggacgaaaagacaaacatgactcacaaaata
gi|38 : tcagcaaacatgacgaaattgccaggagatgaagaaatttactggaggtacaAA-------GAAAA-TCA----------------AACTCCTTGTCATAT-GCATGTCTTC----AA----------TACTA--AT--A--------C------A-------------AA-------TAC------------
gi|4 : tt---A----T-G----AA----G---CTCAG---CAA---CCT------G---CTATTTTC------TCA-A----------A--A---C--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCA----------------AAATCATT---ACAT-GTACACCTTT----AA----------AATTC--AT--ACACTCTGTC------A-------------AA-------TAA------------G---------A-----AGGTCCTC------A-TTTATCTAAA---------------G----TG----GGAGG------ATTTTTAGGCT-A----------AGGCGGCGGCTAAGCA--CAC-CTGTACCCACC-ATATAAC--ATTA-T--ACTGCAC-AAAA----AGG--GGA-CACAACTCCTTCAAGAAAGGtttgtaaaaaaaaa
gi|5 : ttgaaatgATATTTCCTTAAA---A----G-G----AAATAAG---TTAAA---CAA---CCT------GT--C-ATTTTC------TAA-A----------A--A---AAAAAAATAAAAAAAAAAGAATATGAA-------GAAAA-TTA----------------AACTTTATGCTACATTATACATCTTC----AA----------TACCC--AT--A--------C------A-------------AA-------CGCT-----------GTGTTAAAT-A-----AGGTCCT---------CTTG---AAA--A---CT-------G-----G----GGAGG------A-----------GTTAGACGAACA------AAGTATGTA--C-C-CT-------TC-GTATGAT--ATCAGA--TCTCCAA---TA----AAG--GAA-TAAAACTTTTTCAAGaattgttacatgacctagagagacccccaaagaagctacacgacaagttttaaattcaacattaaatagatgacagagaaattaaaaagaaatagagaacccaaaacatatggaccgaaagacatcactataccataaaacatccctctaaaaacaagaattatgcaatttgaaaa
gi|6 : actcactccacgA-A----------A--A---A--------------------T-TGCA-------GAAAA-TCA----------------CATCCCTTGCCACAT-GCACATCTTC----AA----------TACCT--AT--ATA------C------A-------------AACAATCTGTAC------------C---------ATAACAAGGTCCTC------G-CTTG---AAA--A---CT-------G----TG----GGAGG------ACTT--------ATCTATAC---A------AATCATGTA--C-C-TT-------CCAATGCAAC--ATTC-A--ATTTCAA-AT-A----AAG--GGG-CATAACTCTTGCAAGACAGGTTggggtcgaaatgggtcaaaattacagcactttcttgaacgacccacgaaaaagctacatagcaagtttcagcttgatgataacaaattaacagaaaaaaacctggacggactgactatgtaatataacccgtccaaagacaaatgcatttaa
gi|7 : ct-----AGGTCCTC------A-CTTT---AAA--A---CT-------G----TG----GAGGGTTCTCCA-----------G----------A------TATGACATATTC-C-AT-------CC-ACACGCC--ATTA-AAGTTTTCAA-AT-A----AAG--GGG-CACAACTTTTGCAGGAaaaatggattagaactgcaacatgatcatgagccctcaaagagcacatttcagcttgatatttgctgggaaatggaaataaaactagaaaatcctacaaatgtggacaagcaaccattactttcccataatgtgccttgtcaaaagacaagtgtattaaaaa
gi|8 : taaaaag---GT----------GG---T--------------ATC-GGCTG-TCATCAG-GCTGTAGC-ACACT--TTCTTT-G-CATCACTTG----AA-TAAA--AGG----T-CCCAAGTT-T-T---A----AA-A-C-T-GTGA-CAGAGG---GTCCA--TA-GTTAAACCA------AA----GAGTTCTG--TA-GGTAGAATATT-----TC-CCCCGA-----ATTTGAC---CAAGT-TCAA---CAACCTCG-AAATACTTAGATC-ATGGGGGGAA------A-TT-----------------CAGAATTATTGCGAATCACG---ATCC--T-------------TG---CA---------------------------------------------------CT------A---------CG--CACATAAGCTAT-GCCT-TTTG-TTCAATG--------TAATATATCCTCAAA---A----C-A----AG----GACTTCCAA---CAATAGCAT------GT--A-ATTTTC------TCA-A----------A--A---A--------------------ggtggaatttaacagaaattgcaacatgatcgagagtgacccacaatgaagctacatagctcaatatgtgatggagttcgaatcttgaacagacagataacaatgttgtgtacatgtaccataatatgtactcatcccatccataattacatgtaaaacattttaaaagtgcttaatcaaaggatatatattggtcattatatatatatactgatgaca
gi|9 : aattagtacagaactttcctttac----C-A----AA----G---TTGAATTTCAA---CCTTTGCACG---G-ATTTTT------TCA-A----------A--ACCTA--------------------T-T------------ACA-TCA----------------G-----------CAT-GCACATCTTC----AT----------TACTC--AT--AACT-----CTTGTAAA-------------AA-------TAA------------G---------G-----TGGTCCTC------A-CTTG---AAA--A---TT-------G----TG----GGGG-------------------------------------AGTAATGTA--C-CTCT-------CC-ATGTATC--ATTA-A--TCTACCA-ATAA----AAG--GGC-CAAAACTCCTGAAAGAAAG
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CAAAAGTATTGGAAAATTAATGGTACAATTGCACATAATACACCCATCACAAGCTTCTGCCGGGTGTTTTTGTTAAGCTGTAAGTTAGGTACATAAAGAATTAGTCACCTTCCAAGCTGTGA
Unaligned ( gi|30 ): ACAAAGAAGCTACAAAGCAAGATGCGACATATAGAGAAATGAAAATAGAAACAGCAAACCCCGAACGGACGGACTTGCAGACATCACTGTACCTTAACACGCCCA
Unaligned ( gi|35 ): ACATGATTTGGAGTAACCCGTAAAGAAGCTACATTGCAAGTTTCCACTTGATATGTGACAGACACATGAAAACAGAC
Unaligned ( gi|36 ): AACAAGAGTACCGGAAATGCTACATGTGTATAATGTCCCAATCACAAGCTTACGTATGTAGAGTGTTTTTCTTAAGG
Unaligned ( gi|37 ): ACATGATTTGGAGTAACCGTAAAGAAGCTACATTGCAAGTTTCCACTTGATATGTGACAGACACATGAAAACAGA
Unaligned ( gi|39 ): ACCGCTTTATAACTTTTTGAAACAACTGGAATAAGTGTACATGTATGTACTGTAAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 222222 222222222222222222222222222222222222222 2222222222 1111 4444444444444444 222 11111111 111111 111111111 5555555555555555555555555555 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 555555555555555555 33333333333333333333333333333333333333333333333333 22222222222222222222222222222222222222 1111111111111111 1111111111111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 111111111111111111 55555555555555555555555555555 1111111
lowQualScore : 1 111 111111 1 111111111111111111111111111111111111111 4 3 3 55 7777777777 0 5 1 88888 2 33 888888 2 555555 777 1111 2 2 2 2 1 2 77777 888 6 2 3333333333333333 77 3 777 99999 4 55555555 4 333333 4 0 777 1 333333333 2 5 5 0 4444444444444444444444444444 2 3 3 666 55 0 999999999 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 77 1 5 5 555555555555555555 555 22222222222222222222222222222222222222222222222222 777777 2 11111111111111111111111111111111111111 2 2 8888888 2 6666666666666666 1 2 3333333333333333 33 33 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66666 33333333 444 33 444 111111111111111111 2 777777 66666666666666666666666666666 33 1 44 333 0000000 3 44 7777 3 77 6666 44 44 1
lowQualScore : . ... ...... . ....................................... . . . .. .......... . . . ..... . .. ...... . ...... ... .... . . . . . . ..... ... . . ................ .. . ... ..... . ........ . ...... . . ... . ......... . . . . ............................ . . . ... .. . ......... ...................................................................... .. . . . .................. ... .................................................. ...... . ...................................... . . ....... . ................ . . ................ .. .. ............................................................... ..... ........ ... .. ... .................. . ...... ............................. .. . .. ... ....... . .. .... . .. .... .. .. .
lowQualScore : 0 777 000000 7 000000000000000000000000000000000000000 9 1 1 88 5555555555 5 3 9 99999 7 77 111111 7 777777 333 3333 9 9 9 9 2 9 22222 111 2 8 3333333333333333 99 6 444 11111 4 88888888 4 999999 4 1 888 9 999999999 5 0 1 1 2222222222222222222222222222 5 6 6 555 00 3 000000000 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 4 7 7 777777777777777777 888 99999999999999999999999999999999999999999999999999 777777 5 33333333333333333333333333333333333333 7 6 1111111 5 6666666666666666 6 4 4444444444444444 44 44 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222 33333333 777 77 777 222222222222222222 1 222222 11111111111111111111111111111 44 8 22 888 0000000 1 22 1111 1 99 5555 66 22 0
consensus : GGGTGNTT---TTCTTA----A-GCCATGAT--TT---GT----------AG---T--------------ATCAG-CCA-TCATCAG-GCTGTGAC-GTACT--TTCTTTTG-CATCGTATG----AA-TAAA--AGG----T-CCTAG--C-T-T---A----AA-A-C-T-GTGA-CAGGAG---GTAGA--TA-GACAAACCA------CA----GAGTTCTG--TG-TG-AAAATATT-----TC-CCCAAA-----ATT-GNC---CAAGT-TCAA---CAACCGCT-AA-TATTTCAAAC-ATCAAAGAAA------A-TT-----GTT-GAG-AA-TCAAAATCCTTGC-AAT-ACGCACATCT--TCAGGTTGTT----TA---CAAAG-------------------------A--------G-----------AGNTG----AA---------CG--GACA--AACCAT-GCAT-TC-G-TTC---G--------TAATATTTCCTCAAA---A----C-G----AA----G---TTCAA---CAA---CCT------G---A-ATTTTC------TCA-A----------A--A---A--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCA----------------AAATCCTTGCCACAT-GCACATCTTC----GA----------TACCC--AT--A--------C------A-------------AA-------TAC------------G---------A-----AGGTCCTC------G-CTTG---AAA--A---CT-------G----TG----GGAGG------A-----------A----------A------AATTATGTA--C-C-CT-------CC-ATATAAC--ATTA-A--TTTTCAA-ATNA----AAG--GGG-CAAAACTCCTGCAAGAAAGGTT
Reference ( family-329 ) : GGGTGNTT---TTCTTA----A-GCCATGAT--TT---GT----------AG---T--------------ATCGG-CCA-TCATCAG-GCTGTGAC-GTACT--TTCTTTTG-CATCGTATG----AA-TAAA--AGG----T-CCTAG--C-T-T---A----AA-A-C-T-GTGA-CAGGAG---GTAGA--TA-GACAAACCA------CA----GAGTTCTG--TG-TG-AAAATATT-----TC-CCCAAA-----ATT-GNC---CAAGT-TCAA---CAACCGCT-AA-TATTTCAAAC-ATCAAAGAAA------A-TT-----GTT-GAG-AA-TCAAAATCCTTGC-AAT-ACGCACATCT--TCAGGTTGTT----TA---CAAAG-------------------------A--------G-----------AGNTG----AA---------CG--GACA--AACCAT-GCAT-TC-G-TTC---G--------TAATATTTCCTCAAA---A----C-G----AA----G---TTCAA---CAA---CCT------G---A-ATTTTC------TCA-A----------A--A---A--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCA----------------AAATCCTTGCCACAT-GCACATCTTC----GA----------TACCC--AT--A--------C------A-------------AA-------TAC------------G---------A-----AGGTCCTC------G-CTTG---AAA--A---CT-------G----TG----GGAGG------A-----------A----------A------AATTATGTA--C-C-CT-------CC-ATATAAC--ATTA-A--TTTTCAA-ATNA----AAG--GGG-CAAAACTCCTGCAAGAAAGGTT
gi|1 : GGGTGATT---TTCTTA----A-GTCATGAT--TT---GT----------AG---T--------------AGCAT-CCA-TCCTGAG-ACAGTGGC-ATACT--TTCTTTTG-CACTGTTTA----AA-TAAATTA--------CCTAG--T-T-TT--A----AA-A-C-T-GCGA-CGGAAG---GCAGA--TA-GACAAACCAAGTAGACAAAAAGAGTTCTG--TG-TGCAAAATATT-----TC-CTCAAA-----ATT-AGC---CAAGT-TTAA---CAACTGCTGAA-TATTTCAAAT-ATTAAAGAAA------A-TT-----GTT-GAA-AA-TCAAAATCAGTGT-AAT-ACGCACATAT--TCAAGTTGTT----TA---CAAAG-------------------------A--------G-----------AGATG----AA---------CG--GACA--AGCCAT-GCAT-TCGG-TTT---T--------TAATATTCCCTTAAA---A----C-C----AA----G---TTCAA---CAT---TGT------GA--A-ACTTTC------TCA-A----------A--A---A--------------------T-TGAA-------GAAAA-TGA----------------AAA--------------CACATCTTT----GA----------TACCT--AT--A--------C------A-------------AA-------TAC------------T---------A-----AGGTCCTC------A-TTTG---AAA--G---TT-------GAAATTT----GGCGG------A-----------A----------A------AATTATGTA--C-C-CT-------CC-ATATAAC--TTTA-A--TTTTCAA-ATTA----ATG--GAT-CAAAA---TTGCAA
gi|10 : CT--TTCCTTTG-CATTGCATA----AA-TAAA--AGA----T-CCTAG--C-T-TCAAA----AA-G-C-T-ATGA-CAGGAG---GTAAT--TA-GACA---CA------T-------GTTCTG--CG-T-------------------------------T-G-------AGT-TGAA---CAGCCTGT-AA-GCTTTCAAAT-ATC----------------------GT-------A--CAAAATA-TTGC-CAT-AAACACACCT--TCAAATTGTTGATGTAGACCAAAGCTTG---------------------A--------A-----------AACTG----AAAAAGTGGCTTG--GACA--AACCAT-AGAT-TC---TAT---G--------TAATATTTCCTCAAA---A----T-A---------------TCGA---C-----TTT------T---A-TTTTTC------TGAGA----------A--A---A--------------------T-TTAA-------GAAAA-TCA----------------ATATCCTTGCCACAT-ACACATTTTC----GA----------TAcatggtt
gi|11 : agtggtagacGGGTGTTT---TTCTTA----AAGCCAGGATA-TT---AT----------GG---T---------------TCAGACTAGTCATCAAAGCTGTGATTGTACTCTTTCTTTTG-C----------------------------T-CATAG--C-A-T---A----AA-A-T-C-TTGA-CAGACG-----AAA---A-AACAA-CCA------CA----T--TTCTGAGTG-TA-AAAATATT-----TCGCCCAA-------TT-GTT---TAAAT-TCAG---CAACTCTT-TA-T-TTTCACAA-ATCAAAGAAA------AGTT-----GTTCGAG-AA---ATAAGTCATGG-AAT--TG-ACATCT--TCA-GTTGTT----TA---CAAAG-------------------------
gi|12 : aagagtactcgacaaacgaatacataaacatatataatatgcccatcacaagctatgta---A----C-A----AA----G---TTCAA---TAA---CCT------TTTTA-AATTTC------TCA-A----------A--A---A--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCA----------------AATTCCTTGCCACAT-GCACA---TC----AA----------TTCTC--AT--A--------C--------------------TG-------TAC------------A---------A-----TG--CTTT------G---TG---CAA--ATCTCT-------G----TA----CAACA------A-----------G----------A------AA--ATGTT--C-A-CT-------T-----TAAA--ATTG--------CAG-ATAT----TAGCTGGA-CAAAACTCCTGCA
gi|13 : aaaattagacaaaataattgcagaactttgtaattttaacaaacaatataatgcaacttcctttgCTTGC-AAT-ACACATGTCT--TCAAGTTGTT----TA---TAAAGGGCCTAGCTTAAAAATTGTATTTAAA--------G-----------AGTTG----AA---------AG--GACA-------T-GCAC-TC-ACTTC---A--------TACGATTTCCTCAAA---ATTGAC-A----AA----G---TTCAA---TAA---CAA------GT--A-ATTTTC-------CA-AAAAAAAAAAGA--A---A--------------------A-GAAA-------GAAAA-TCA----------------AAATCCTTCCTACAT-GCACATCCTC----AA----------TATCC--AT--A--------C------A-------------AA-------CAC------------AGTGTCAAATA-----AGGCCCTC------A-CTTA---AAA--A---TT-------G----TG----GGAGG------A-----------tccatggatcaaaattgcagatctacaaagggaagtaactgca
gi|14 : GGGTTGTT---TTCTAA----A-GCCATAATAAT-----------------G---T--------------ATCAG-C-A-TCATCAA--CTGTGAT-GTACT--TTCTTTTG-CATCATA-------------------------CCA-------T---A----AA-T-C-T-GTGAACAGCAC---G-AAA---A-AACAAACCA------CC----A--TTCTGA-TG-T---AAATATT-----TC-CCC--A-----ATT-GTT---TATATATC-A---CAACCTTT-AA--ATTT---ACAATCAAAAA-----------T-----GTC-GAG-AAGT--AAGTCATTGA-AAT-ATG-ACA--T--TCAGG-TGTT----TA---CAAAG-------------------------A--------gtttaccaaaca
gi|15 : -ATTTAC------TCA-A----------A--A---A--------------------T-TGAA-------GGAAG---A----------------AAATTCTTGTCACTT-GCACATCATG----AA----------TACCC--ACTAA--------C------ATTTTGTAATCACTAA-------TACAA----------G---------A-----AGGCCTTTTAATTGG-CTTG----AA--A---CT-------G-------------AG------A-----------A----------A------AGTTA--------------------C-ATAGATC--ATGT-G--TTTTCAACACCA----AActtgaaacgcgaagcttgcaatccatgta
gi|15 : aaacccggtaccc------A-----------A----------A------AATTGTGTA--C-C-CT-------CC-AAATAAC--ATTT-A--ATTTCAA-GCGA----CAT--ACA-TGTACCTCTGGCAAGAAAGGTaattgtgtaccctccaaataacatttaatttcaagcgacatacatgtacctctggcaagaaaggtca
gi|16 : aaacccggtacccatttactcaaaaattgaaggaagaaaattcttgtcacttgcacatcatgaatacccactaacattttgtaatcactaatacaagaaggccttttaattggcttgaaactgagaaaagttacatagatcatgtgttttcaacacc------A-------------AA-------TAG------------G---------A-----AGGTCCTC------A-CTTG---GAACTA---CT-------G--------------G------A-----------C----------C------AATTAAGTG--C-A-CT-------CC-ATATAAT--ACTA-A--TTTTCGA-ATAA----AA---GGG-CAAAATGCCGGCAAGGAAGGTca
gi|17 : caaacatttggta----------A--A---A--------------------T-TAAG-------GAAAAATCA----------------AAATCCCTGCCACAT-CCATATCTTC----GATACTGGGTATTACCC--AT--A--------A------A-------------AA-------TACTCTGTAAAGCAAA---------A-----AGGTTCTC------A-ACTG---AAA--A---TT-------G----TG----GG-GG------AGTTGGCCAGTTA----------A------AA-TATG---------------------TATAAT--ATTA-A--TTTC--A-ATTA----AAG--GGG-CAAAA---CTGCAAGAcgttacatagcaagtttcagcttgatatgtgttatagaaatcaaaactgaaacagtaacccttgaatggacagacatacaacatcactgtaccattatatgtcct
gi|18 : GTTCTG--TG-T--AAAATATT-----TT-CCCAAT-----ATT-GCC---AAAGT-TGAA---C--CTGCA-AT-TTTTTCAAAC-ATCAAAGAAA------A-TTAGAAAATT-CAGAAA-TAAAAATCCTAGC-AAG-ATACACATCTCGTCAGGTTGTT----TT---CAAAG-------------------------ggtctagatggttcaaaattgcaacaagatttagaacgactcacaa
gi|18 : AATATTTTCCCAAT---ATTGCC-A----AA----G---TTGAA---C------CT------GC--A-ATTTTT------TCA-A----------A--C---A--------------------T-CAAA-------GAAAA-TTAGAAAATTCAGAAATAAAAATCCTAGCAAGAT-ACACATCT----------------------C--GT-----------C------A-------------GGTTGTT--TTC------------A---------A-----AGG-CCTC------ATCTTG---AAA--A---CT-------A----GG----AGAGG------ACGT--------A----------A------AAGTAgcctcatcttgaaaactaggagaggacgtaaaagtacaaaccaaggatgtcatgaaata
gi|19 : gttctgtgtaaT--TTTTTTTG-CAATGTATG----AAATTAA--AGA----T-CC-AG--C-TAC---A----AACA-C-A-GTAA-CAGGAG---GTAGA--TA-GACAAA------------------TTTTG--TG-TT-GAAATATT-----Tcaaaccaaggatgtcatgaaata
gi|2 : atgataaagcaaactggcaaaaacatcaaaagttgtagaattttacataaggtagtacatctatcactcggtgacatttttttttttttt---GT----------AG---T--------------CTCTG-CCA-TCGTCAA-GCTGTAAC-ATA-----TCTTTCG-CACTGTATG----AA-TTAA--AGG----T-CATAG--C-T-T---A----AA-A-C-A-TTGA-AACGAG---AAAAG--TA-GACAAATCG------AA----GAGTTCTG--TGTTA-AAAATATT-----TT-TTCAAAACTTTATT-ACCAGGTAAGT-TAAAAATAAACTGCA-TA-TTTTTCAAAC-ACC--ATAAA------A-T---------------A-TCAAAACCCTTAC-AAT-ATGCAGATCT--ATATGTTGTT----TT---CAAAG-------------------------ACTTATCTTGAAAATTACAATAGTTA----AA---------TG--GACA--AACCATGGCAT-T--A-TTCT--G--------TAATATTTTTTCAAA---A----CTG----A-----------CAA---CAA---CCT------G---T-ATTTTT------TC-----------------------------------------T-TCAA--------AAAA-TCG----------------AAATCATTACCTCGT-GCACATCTTTCATAGA----------TATCT--AT--ATG------C------A-------------TA-------TCC------------A---------A-----ATGTCC
gi|20 : tgttaggaagcatggcaaaaatgccattagttgaagaacttggT--TTTTTTTG-CAATGTATG----AA-TTAA--AGA----T-CCTAG--C-T-C---A----AA-A-C-CAGTAA-CAGGAG---GTAGA--TA-GACAAA------------------TTTTG--TG-TG--AAATATT-----Tcaaattt
gi|21 : atgataagcaaacatggcaaaaacatcaaaagttgtagaattttacataaggtagtacatctatcactcggtgacattttttttttttttGGGTGCTTCATTTGTTG----A-ACTTTG-T--TTAACGC----------AG---T--------------ACCGG-CCA-TCATCAG-GCTGTGAC-ATACT--TTATTTCG-TATGCTATGAACTAA-TAAG--AAG----T-CTCAG--C-T-T---G----A
gi|22 : gtactgaaaacggtgcatactacgcccgtgtaaagcttatcttAATCCTTTTCATTT-GTATATCTTC----AA----------TACCA--AT--AATAA----C------A-------------TG-------TACT-----------GTAAAAC---A-----AGGTCCTT------T-ATTG---AAA--A---GT-------G----TG----GGAGG------A-----------tatagcacacggaaacggaaacaga
gi|23 : aac------AGTTATATA--C-C-CT-------CT-GTGAAAT--TTTT-A--TTTTCAG-A-CA----AGG--GGG-CAACACTCCTGCAAGGGAGATttcaggaattggcagaacagatcctgtgagaggtcgaaatggattaaagagtgacccacaaagaagcaacttagcaagtttta
gi|24 : TCAG-TCA-TCATCAG-GCTCTGA------T--TGTTTTTG-TAATATATA----AA-TAAA--ATA----TTCCTAG--A-T-T---A----AA-A-C-T-GCGA-AAGGGGGATGTACATGTA-GACAAACAA------CA-----ATTTCCG--TG-TATGATATATC-----TT-CCCAAA-----TAT-GAT---TAAGT-TCAT---CAACCTTTAAA-TATTTcgaaatgtataaacattgtaatatgatctagagtgacccataaagaatctacttagcaattgtcagtttgatttgtgacagagaaaagaaaaca
gi|25 : TT---TTCTTA----G-GTCATGGT--TT---GT----------AGAGCTTTGCGTCAGGTAGAATCAG-TCA-TCATCAG-G-------------------TTCG-CATCATAAG----AA-AAAA--AAAAGATT-CCTAT--C-G-T---A----AA-ATC-T-GTGC-CAGAAG---GCA
gi|26 : caaaatacgtccgtgaaaagcttatataaacggtattTTCC-AAT-A-ATAAATCT--TCAGTTTGTT----TA---CAAAGCCTTGACTTTAAACTG---------A--------G-----------AGGAGTTAAAA---------TGTTGACA--AACCAA-GCAC-TC-G-CT-------------TTACATTTACTCAAA---A----C-GGACTAA----A---TTCAA---CAA----AT------G---A-----TC------TCA-A----------A--A---A--------------------
gi|28 : catCT------T---A-ATTTAC------TCA-A----------A--T---A--------------------T-TTAA-------GAAAA--CT----------------AAGTCTTTGCCACAT-GCACACCTTA----AA----------TATCC--GT--A--------C------A-------------AA-------CACTGATAAATTAA-G---------A-----AGGTTCTC------A-CATG---ATA--A---CT-------T----TG----AGAGG------A-----------
gi|29 : G---T--------------ATCTG-TCA-CAATCCG-GCTATGAC-TTACT--TTCTTT-G-CATCGAATG----AA-TAAA--ACG----T-CCTAG--T-G-T---A----AA-A-CTT-ATGG-C-GGAG---GTAGA--GA-GAAGGACCA-------A----GAGTTCTG--gttat
gi|3 : GTGCTT---TTCTTATGTCATGTCATGAT--TT---GTGACTTCAGGTAG---T--------------ATCAA-CTA-TCATCAG-GCTGT-----------------TA-CATCTTGTG----AA-TAAA--AGG----T-CCTAG--C-T-T---A----AC-A-C-T-A--A-CAGGAG---GTAGA--CA-GACAAACC-------TG----GATCTCTG--TG-TGGAAAATATTAATTTTC-CCTTAA-----ATT-GAC---CAAGT-TCAA---T--CTGTT-AC-TATTCAAAAC-ATCAAAGAAATTAAAAA-TA-----GTT-GAG-AA-TCAAAATTCTTGC-TTT-ATGCACATCT--TCA-GTTATT----AA---CAAAG-------------------------A--------c
gi|3 : cgacagtaccgcaaacgtttcataatacgcccgtgaaaagctaatatagt--------G-----------AGGTA----GA---------CA--GACA--AACC-T-GGATCTCTG-TGT---GGAAAATATTAATTTTCCCTTAAATTGA----C-C----AA----G---TTCAA---T------CT------GTT-A-CTATTCAAAACATCA-A----------AGAA---A--------------------T-TAAAAATAGTTGAGAA-TCA----------------AAATTCTTGCTTTAT-GCACATCTTC----AG----------T-------T--A--------T------T-------------A---------AC------------A---------A-----AGACCTTT------G-CTTC---AAA--A---CTAAGAGCAG----TGAAAAGGGGG------A-----------A----------A------GGT----------C-CT-------CT-AAACAGCAAACTA-C--TTTTCGC-ATTACTTGAAG--AAATCAAAATTCTTGCAcctttgcttcaaaactaagagcagtgaaaagggggaaaggtcctctaaacagcaaactacttttcgcattacttgaagaaatcaaaattcttgcacatctttcatacccatatacaaata
gi|3 : cgacagtaccgcaaacgtttcataatacgcccgtgaaaagctaatatagtgtgcttttcttatgtcatgtcatgatttgtgacttcaggtagtatcaactatcatcaggctgttacatcttgtgaataaaaggtcctagcttaacactaacagTCCTCTAA---A----C-------------------AG---CAA---ACT----------A-CTTTTC------GCA-T----------T--A---C--------------------T-TGAA-------GAAA--TCA----------------AAATTCTTGC--------ACATCTTT----CA----------TACCCATAT--A--------C------A-------------AA-------TAcatctttcatacccatatacaaata
gi|31 : cgacagtaccgcaaacgtttcataatacgcccgtgaaaagctaatatagtgtgcttttcttatgtcatgtcatgatttgtgacttcaggtagtatcaactatcatcaggctgttacatcttgtgaataaaaggtcctagcttaacactaacaggaggtagacagacaaacctggatctctgtgtggaaaatattaattttcccttaaattgaccaagttcaatctgttactattcaaaacatcaaagaaattaaaaatagttgagaatcaaaattcttgctttatgcacatcttcagttattaacaaagacctttgcttcaaaactaagagcagtgaaaagggggaaaggT---GC----------AG---T--------------ATCAG-CCA-TCATCAG-----TG------------CTTCTGACTTTGTAC-----AA-TAGA--AGG----T-CCTAG--CTT-T---AAAATAA-A-C-T-GT-A-TAAGAG---TAAGA--CAGGACAAA
gi|32 : tttaT---GC----------AG---T--------------ATCAG-CCA-TCATCAG-----TG------------CTTCTGACTTTGTAC-----AA-TAGA--AGG----T-CCTAG--CTT-T---AAAATAA-A-C-T-GT-A-TAAGAG---TAAGA--CAGGACAAA
gi|33 : tttaAAATCCTTGC-AAA-ACACACATCT--CCGCGGCGTT----T----CAATG-------------------------A--------
gi|34 : T---GT----------AT---T--------------ATCAG-CCA-TCATCAA-GCTGTGAC-Gccatagttttaaaaccgagaggacgaaaagacaaacatgactcacaaaata
gi|38 : tcagcaaacatgacgaaattgccaggagatgaagaaatttactggaggtacaAA-------GAAAA-TCA----------------AACTCCTTGTCATAT-GCATGTCTTC----AA----------TACTA--AT--A--------C------A-------------AA-------TAC------------
gi|4 : tt---A----T-G----AA----G---CTCAG---CAA---CCT------G---CTATTTTC------TCA-A----------A--A---C--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCA----------------AAATCATT---ACAT-GTACACCTTT----AA----------AATTC--AT--ACACTCTGTC------A-------------AA-------TAA------------G---------A-----AGGTCCTC------A-TTTATCTAAA---------------G----TG----GGAGG------ATTTTTAGGCT-A----------AGGCGGCGGCTAAGCA--CAC-CTGTACCCACC-ATATAAC--ATTA-T--ACTGCAC-AAAA----AGG--GGA-CACAACTCCTTCAAGAAAGGtttgtaaaaaaaaa
gi|5 : ttgaaatgATATTTCCTTAAA---A----G-G----AAATAAG---TTAAA---CAA---CCT------GT--C-ATTTTC------TAA-A----------A--A---AAAAAAATAAAAAAAAAAGAATATGAA-------GAAAA-TTA----------------AACTTTATGCTACATTATACATCTTC----AA----------TACCC--AT--A--------C------A-------------AA-------CGCT-----------GTGTTAAAT-A-----AGGTCCT---------CTTG---AAA--A---CT-------G-----G----GGAGG------A-----------GTTAGACGAACA------AAGTATGTA--C-C-CT-------TC-GTATGAT--ATCAGA--TCTCCAA---TA----AAG--GAA-TAAAACTTTTTCAAGaattgttacatgacctagagagacccccaaagaagctacacgacaagttttaaattcaacattaaatagatgacagagaaattaaaaagaaatagagaacccaaaacatatggaccgaaagacatcactataccataaaacatccctctaaaaacaagaattatgcaatttgaaaa
gi|6 : actcactccacgA-A----------A--A---A--------------------T-TGCA-------GAAAA-TCA----------------CATCCCTTGCCACAT-GCACATCTTC----AA----------TACCT--AT--ATA------C------A-------------AACAATCTGTAC------------C---------ATAACAAGGTCCTC------G-CTTG---AAA--A---CT-------G----TG----GGAGG------ACTT--------ATCTATAC---A------AATCATGTA--C-C-TT-------CCAATGCAAC--ATTC-A--ATTTCAA-AT-A----AAG--GGG-CATAACTCTTGCAAGACAGGTTggggtcgaaatgggtcaaaattacagcactttcttgaacgacccacgaaaaagctacatagcaagtttcagcttgatgataacaaattaacagaaaaaaacctggacggactgactatgtaatataacccgtccaaagacaaatgcatttaa
gi|7 : ct-----AGGTCCTC------A-CTTT---AAA--A---CT-------G----TG----GAGGGTTCTCCA-----------G----------A------TATGACATATTC-C-AT-------CC-ACACGCC--ATTA-AAGTTTTCAA-AT-A----AAG--GGG-CACAACTTTTGCAGGAaaaatggattagaactgcaacatgatcatgagccctcaaagagcacatttcagcttgatatttgctgggaaatggaaataaaactagaaaatcctacaaatgtggacaagcaaccattactttcccataatgtgccttgtcaaaagacaagtgtattaaaaa
gi|8 : taaaaag---GT----------GG---T--------------ATCGG-CTG-TCATCAG-GCTGTAGC-ACACT--TTCTTT-G-CATCACTTG----AA-TAAA--AGG----T-CCCAAGTT-T-T---A----AA-A-C-T-GTGA-CAGAGG---GTCCA--TA-GTTAAACCA------AA----GAGTTCTG--TA-GGTAGAATATT-----TC-CCCCGA-----ATTTGAC---CAAGT-TCAA---CAACCTCG-AAATACTTAGATC-ATGGGGGGAA------A-TT-----------------CAGAATTATTGCGAATCACG---ATCC--T-------------TG---CA---------------------------------------------------CT------A---------CG--CACATAAGCTAT-GCCT-TTTG-TTCAATG--------TAATATATCCTCAAA---A----C-A----AG----GACTTCCAA---CAATAGCAT------GT--A-ATTTTC------TCA-A----------A--A---A--------------------ggtggaatttaacagaaattgcaacatgatcgagagtgacccacaatgaagctacatagctcaatatgtgatggagttcgaatcttgaacagacagataacaatgttgtgtacatgtaccataatatgtactcatcccatccataattacatgtaaaacattttaaaagtgcttaatcaaaggatatatattggtcattatatatatatactgatgaca
gi|9 : aattagtacagaactttcctttac----C-A----AA----G---TTGAATTTCAA---CCTTTGCACG---G-ATTTTT------TCA-A----------A--ACCTA--------------------T-T------------ACA-TCA----------------G-----------CAT-GCACATCTTC----AT----------TACTC--AT--AACT-----CTTGTAAA-------------AA-------TAA------------G---------G-----TGGTCCTC------A-CTTG---AAA--A---TT-------G----TG----GGGG-------------------------------------AGTAATGTA--C-CTCT-------CC-ATGTATC--ATTA-A--TCTACCA-ATAA----AAG--GGC-CAAAACTCCTGAAAGAAAG
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CAAAAGTATTGGAAAATTAATGGTACAATTGCACATAATACACCCATCACAAGCTTCTGCCGGGTGTTTTTGTTAAGCTGTAAGTTAGGTACATAAAGAATTAGTCACCTTCCAAGCTGTGA
Unaligned ( gi|30 ): ACAAAGAAGCTACAAAGCAAGATGCGACATATAGAGAAATGAAAATAGAAACAGCAAACCCCGAACGGACGGACTTGCAGACATCACTGTACCTTAACACGCCCA
Unaligned ( gi|35 ): ACATGATTTGGAGTAACCCGTAAAGAAGCTACATTGCAAGTTTCCACTTGATATGTGACAGACACATGAAAACAGAC
Unaligned ( gi|36 ): AACAAGAGTACCGGAAATGCTACATGTGTATAATGTCCCAATCACAAGCTTACGTATGTAGAGTGTTTTTCTTAAGG
Unaligned ( gi|37 ): ACATGATTTGGAGTAACCGTAAAGAAGCTACATTGCAAGTTTCCACTTGATATGTGACAGACACATGAAAACAGA
Unaligned ( gi|39 ): ACCGCTTTATAACTTTTTGAAACAACTGGAATAAGTGTACATGTATGTACTGTAAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 222222 222222222222222222222222222222222222222 2222222222 1111 4444444444444444 222 11111111 111111 111111111 5555555555555555555555555555 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 555555555555555555 33333333333333333333333333333333333333333333333333 22222222222222222222222222222222222222 1111111111111111 1111111111111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 111111111111111111 55555555555555555555555555555 1111111
lowQualScore : 1 111 111111 1 111111111111111111111111111111111111111 3 3 55 7777777777 0 5 1 88888 2 33 888888 2 555555 777 1111 2 2 2 2 1 2 77777 888 6 2 3333333333333333 77 3 777 99999 4 55555555 4 333333 4 0 777 1 333333333 2 5 5 0 4444444444444444444444444444 2 3 3 666 55 0 999999999 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 77 1 5 5 555555555555555555 555 22222222222222222222222222222222222222222222222222 777777 2 11111111111111111111111111111111111111 2 2 8888888 2 6666666666666666 1 2 3333333333333333 33 33 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66666 33333333 444 33 444 111111111111111111 2 777777 66666666666666666666666666666 33 1 44 333 0000000 3 44 7777 3 77 6666 44 44 1
lowQualScore : . ... ...... . ....................................... . . .. .......... . . . ..... . .. ...... . ...... ... .... . . . . . . ..... ... . . ................ .. . ... ..... . ........ . ...... . . ... . ......... . . . . ............................ . . . ... .. . ......... ...................................................................... .. . . . .................. ... .................................................. ...... . ...................................... . . ....... . ................ . . ................ .. .. ............................................................... ..... ........ ... .. ... .................. . ...... ............................. .. . .. ... ....... . .. .... . .. .... .. .. .
lowQualScore : 0 777 000000 7 000000000000000000000000000000000000000 1 1 88 5555555555 5 3 9 99999 7 77 111111 7 777777 333 3333 9 9 9 9 2 9 22222 111 2 8 3333333333333333 99 6 444 11111 4 88888888 4 999999 4 1 888 9 999999999 5 0 1 1 2222222222222222222222222222 5 6 6 555 00 3 000000000 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 4 7 7 777777777777777777 888 99999999999999999999999999999999999999999999999999 777777 5 33333333333333333333333333333333333333 7 6 1111111 5 6666666666666666 6 4 4444444444444444 44 44 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222 33333333 777 77 777 222222222222222222 1 222222 11111111111111111111111111111 44 8 22 888 0000000 1 22 1111 1 99 5555 66 22 0
consensus : GGGTGNTT---TTCTTA----A-GCCATGAT--TT---GT----------AG---T--------------ATCAG-CCA-TCATCAG-GCTGTGAC-GTACT--TTCTTTTG-CATCGTATG----AA-TAAA--AGG----T-CCTAG--C-T-T---A----AA-A-C-T-GTGA-CAGGAG---GTAGA--TA-GACAAACCA------CA----GAGTTCTG--TG-TG-AAAATATT-----TC-CCCAAA-----ATT-GNC---CAAGT-TCAA---CAACCGCT-AA-TATTTCAAAC-ATCAAAGAAA------A-TT-----GTT-GAG-AA-TCAAAATCCTTGC-AAT-ACGCACATCT--TCAGGTTGTT----TA---CAAAG-------------------------A--------G-----------AGNTG----AA---------CG--GACA--AACCAT-GCAT-TC-G-TTC---G--------TAATATTTCCTCAAA---A----C-G----AA----G---TTCAA---CAA---CCT------G---A-ATTTTC------TCA-A----------A--A---A--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCA----------------AAATCCTTGCCACAT-GCACATCTTC----GA----------TACCC--AT--A--------C------A-------------AA-------TAC------------G---------A-----AGGTCCTC------G-CTTG---AAA--A---CT-------G----TG----GGAGG------A-----------A----------A------AATTATGTA--C-C-CT-------CC-ATATAAC--ATTA-A--TTTTCAA-ATNA----AAG--GGG-CAAAACTCCTGCAAGAAAGGTT
Reference ( family-329 ) : GGGTGNTT---TTCTTA----A-GCCATGAT--TT---GT----------AG---T--------------ATCAG-CCA-TCATCAG-GCTGTGAC-GTACT--TTCTTTTG-CATCGTATG----AA-TAAA--AGG----T-CCTAG--C-T-T---A----AA-A-C-T-GTGA-CAGGAG---GTAGA--TA-GACAAACCA------CA----GAGTTCTG--TG-TG-AAAATATT-----TC-CCCAAA-----ATT-GNC---CAAGT-TCAA---CAACCGCT-AA-TATTTCAAAC-ATCAAAGAAA------A-TT-----GTT-GAG-AA-TCAAAATCCTTGC-AAT-ACGCACATCT--TCAGGTTGTT----TA---CAAAG-------------------------A--------G-----------AGNTG----AA---------CG--GACA--AACCAT-GCAT-TC-G-TTC---G--------TAATATTTCCTCAAA---A----C-G----AA----G---TTCAA---CAA---CCT------G---A-ATTTTC------TCA-A----------A--A---A--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCA----------------AAATCCTTGCCACAT-GCACATCTTC----GA----------TACCC--AT--A--------C------A-------------AA-------TAC------------G---------A-----AGGTCCTC------G-CTTG---AAA--A---CT-------G----TG----GGAGG------A-----------A----------A------AATTATGTA--C-C-CT-------CC-ATATAAC--ATTA-A--TTTTCAA-ATNA----AAG--GGG-CAAAACTCCTGCAAGAAAGGTT
gi|1 : GGGTGATT---TTCTTA----A-GTCATGAT--TT---GT----------AG---T--------------AGCAT-CCA-TCCTGAG-ACAGTGGC-ATACT--TTCTTTTG-CACTGTTTA----AA-TAAATTA--------CCTAG--T-T-TT--A----AA-A-C-T-GCGA-CGGAAG---GCAGA--TA-GACAAACCAAGTAGACAAAAAGAGTTCTG--TG-TGCAAAATATT-----TC-CTCAAA-----ATT-AGC---CAAGT-TTAA---CAACTGCTGAA-TATTTCAAAT-ATTAAAGAAA------A-TT-----GTT-GAA-AA-TCAAAATCAGTGT-AAT-ACGCACATAT--TCAAGTTGTT----TA---CAAAG-------------------------A--------G-----------AGATG----AA---------CG--GACA--AGCCAT-GCAT-TCGG-TTT---T--------TAATATTCCCTTAAA---A----C-C----AA----G---TTCAA---CAT---TGT------GA--A-ACTTTC------TCA-A----------A--A---A--------------------T-TGAA-------GAAAA-TGA----------------AAA--------------CACATCTTT----GA----------TACCT--AT--A--------C------A-------------AA-------TAC------------T---------A-----AGGTCCTC------A-TTTG---AAA--G---TT-------GAAATTT----GGCGG------A-----------A----------A------AATTATGTA--C-C-CT-------CC-ATATAAC--TTTA-A--TTTTCAA-ATTA----ATG--GAT-CAAAA---TTGCAA
gi|10 : CT--TTCCTTTG-CATTGCATA----AA-TAAA--AGA----T-CCTAG--C-T-TCAAA----AA-G-C-T-ATGA-CAGGAG---GTAAT--TA-GACA---CA------T-------GTTCTG--CG-T-------------------------------T-G-------AGT-TGAA---CAGCCTGT-AA-GCTTTCAAAT-ATC----------------------GT-------A--CAAAATA-TTGC-CAT-AAACACACCT--TCAAATTGTTGATGTAGACCAAAGCTTG---------------------A--------A-----------AACTG----AAAAAGTGGCTTG--GACA--AACCAT-AGAT-TC---TAT---G--------TAATATTTCCTCAAA---A----T-A---------------TCGA---C-----TTT------T---A-TTTTTC------TGAGA----------A--A---A--------------------T-TTAA-------GAAAA-TCA----------------ATATCCTTGCCACAT-ACACATTTTC----GA----------TAcatggtt
gi|11 : agtggtagacGGGTGTTT---TTCTTA----AAGCCAGGATA-TT---AT----------GG---T---------------TCAGACTAGTCATCAAAGCTGTGATTGTACTCTTTCTTTTG-C----------------------------T-CATAG--C-A-T---A----AA-A-T-C-TTGA-CAGACG-----AAA---A-AACAA-CCA------CA----T--TTCTGAGTG-TA-AAAATATT-----TCGCCCAA-------TT-GTT---TAAAT-TCAG---CAACTCTT-TA-T-TTTCACAA-ATCAAAGAAA------AGTT-----GTTCGAG-AA---ATAAGTCATGG-AAT--TG-ACATCT--TCA-GTTGTT----TA---CAAAG-------------------------
gi|12 : aagagtactcgacaaacgaatacataaacatatataatatgcccatcacaagctatgta---A----C-A----AA----G---TTCAA---TAA---CCT------TTTTA-AATTTC------TCA-A----------A--A---A--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCA----------------AATTCCTTGCCACAT-GCACA---TC----AA----------TTCTC--AT--A--------C--------------------TG-------TAC------------A---------A-----TG--CTTT------G---TG---CAA--ATCTCT-------G----TA----CAACA------A-----------G----------A------AA--ATGTT--C-A-CT-------T-----TAAA--ATTG--------CAG-ATAT----TAGCTGGA-CAAAACTCCTGCA
gi|13 : aaaattagacaaaataattgcagaactttgtaattttaacaaacaatataatgcaacttcctttgCTTGC-AAT-ACACATGTCT--TCAAGTTGTT----TA---TAAAGGGCCTAGCTTAAAAATTGTATTTAAA--------G-----------AGTTG----AA---------AG--GACA-------T-GCAC-TC-ACTTC---A--------TACGATTTCCTCAAA---ATTGAC-A----AA----G---TTCAA---TAA---CAA------GT--A-ATTTTC-------CA-AAAAAAAAAAGA--A---A--------------------A-GAAA-------GAAAA-TCA----------------AAATCCTTCCTACAT-GCACATCCTC----AA----------TATCC--AT--A--------C------A-------------AA-------CAC------------AGTGTCAAATA-----AGGCCCTC------A-CTTA---AAA--A---TT-------G----TG----GGAGG------A-----------tccatggatcaaaattgcagatctacaaagggaagtaactgca
gi|14 : GGGTTGTT---TTCTAA----A-GCCATAATAAT-----------------G---T--------------ATCAG-C-A-TCATCAA--CTGTGAT-GTACT--TTCTTTTG-CATCATA-------------------------CCA-------T---A----AA-T-C-T-GTGAACAGCAC---G-AAA---A-AACAAACCA------CC----A--TTCTGA-TG-T---AAATATT-----TC-CCC--A-----ATT-GTT---TATATATC-A---CAACCTTT-AA--ATTT---ACAATCAAAAA-----------T-----GTC-GAG-AAGT--AAGTCATTGA-AAT-ATG-ACA--T--TCAGG-TGTT----TA---CAAAG-------------------------A--------gtttaccaaaca
gi|15 : -ATTTAC------TCA-A----------A--A---A--------------------T-TGAA-------GGAAG---A----------------AAATTCTTGTCACTT-GCACATCATG----AA----------TACCC--ACTAA--------C------ATTTTGTAATCACTAA-------TACAA----------G---------A-----AGGCCTTTTAATTGG-CTTG----AA--A---CT-------G-------------AG------A-----------A----------A------AGTTA--------------------C-ATAGATC--ATGT-G--TTTTCAACACCA----AActtgaaacgcgaagcttgcaatccatgta
gi|15 : aaacccggtaccc------A-----------A----------A------AATTGTGTA--C-C-CT-------CC-AAATAAC--ATTT-A--ATTTCAA-GCGA----CAT--ACA-TGTACCTCTGGCAAGAAAGGTaattgtgtaccctccaaataacatttaatttcaagcgacatacatgtacctctggcaagaaaggtca
gi|16 : aaacccggtacccatttactcaaaaattgaaggaagaaaattcttgtcacttgcacatcatgaatacccactaacattttgtaatcactaatacaagaaggccttttaattggcttgaaactgagaaaagttacatagatcatgtgttttcaacacc------A-------------AA-------TAG------------G---------A-----AGGTCCTC------A-CTTG---GAACTA---CT-------G--------------G------A-----------C----------C------AATTAAGTG--C-A-CT-------CC-ATATAAT--ACTA-A--TTTTCGA-ATAA----AA---GGG-CAAAATGCCGGCAAGGAAGGTca
gi|17 : caaacatttggta----------A--A---A--------------------T-TAAG-------GAAAAATCA----------------AAATCCCTGCCACAT-CCATATCTTC----GATACTGGGTATTACCC--AT--A--------A------A-------------AA-------TACTCTGTAAAGCAAA---------A-----AGGTTCTC------A-ACTG---AAA--A---TT-------G----TG----GG-GG------AGTTGGCCAGTTA----------A------AA-TATG---------------------TATAAT--ATTA-A--TTTC--A-ATTA----AAG--GGG-CAAAA---CTGCAAGAcgttacatagcaagtttcagcttgatatgtgttatagaaatcaaaactgaaacagtaacccttgaatggacagacatacaacatcactgtaccattatatgtcct
gi|18 : GTTCTG--TG-T--AAAATATT-----TT-CCCAAT-----ATT-GCC---AAAGT-TGAA---C--CTGCA-AT-TTTTTCAAAC-ATCAAAGAAA------A-TTAGAAAATT-CAGAAA-TAAAAATCCTAGC-AAG-ATACACATCTCGTCAGGTTGTT----TT---CAAAG-------------------------ggtctagatggttcaaaattgcaacaagatttagaacgactcacaa
gi|18 : AATATTTTCCCAAT---ATTGCC-A----AA----G---TTGAA---C------CT------GC--A-ATTTTT------TCA-A----------A--C---A--------------------T-CAAA-------GAAAA-TTAGAAAATTCAGAAATAAAAATCCTAGCAAGAT-ACACATCT----------------------C--GT-----------C------A-------------GGTTGTT--TTC------------A---------A-----AGG-CCTC------ATCTTG---AAA--A---CT-------A----GG----AGAGG------ACGT--------A----------A------AAGTAgcctcatcttgaaaactaggagaggacgtaaaagtacaaaccaaggatgtcatgaaata
gi|19 : gttctgtgtaaT--TTTTTTTG-CAATGTATG----AAATTAA--AGA----T-CC-AG--C-TAC---A----AACA-C-A-GTAA-CAGGAG---GTAGA--TA-GACAAA------------------TTTTG--TG-TT-GAAATATT-----Tcaaaccaaggatgtcatgaaata
gi|2 : atgataaagcaaactggcaaaaacatcaaaagttgtagaattttacataaggtagtacatctatcactcggtgacatttttttttttttt---GT----------AG---T--------------CTCTG-CCA-TCGTCAA-GCTGTAAC-ATA-----TCTTTCG-CACTGTATG----AA-TTAA--AGG----T-CATAG--C-T-T---A----AA-A-C-A-TTGA-AACGAG---AAAAG--TA-GACAAATCG------AA----GAGTTCTG--TGTTA-AAAATATT-----TT-TTCAAAACTTTATT-ACCAGGTAAGT-TAAAAATAAACTGCA-TA-TTTTTCAAAC-ACC--ATAAA------A-T---------------A-TCAAAACCCTTAC-AAT-ATGCAGATCT--ATATGTTGTT----TT---CAAAG-------------------------ACTTATCTTGAAAATTACAATAGTTA----AA---------TG--GACA--AACCATGGCAT-T--A-TTCT--G--------TAATATTTTTTCAAA---A----CTG----A-----------CAA---CAA---CCT------G---T-ATTTTT------TC-----------------------------------------T-TCAA--------AAAA-TCG----------------AAATCATTACCTCGT-GCACATCTTTCATAGA----------TATCT--AT--ATG------C------A-------------TA-------TCC------------A---------A-----ATGTCC
gi|20 : tgttaggaagcatggcaaaaatgccattagttgaagaacttggT--TTTTTTTG-CAATGTATG----AA-TTAA--AGA----T-CCTAG--C-T-C---A----AA-A-C-CAGTAA-CAGGAG---GTAGA--TA-GACAAA------------------TTTTG--TG-TG--AAATATT-----Tcaaattt
gi|21 : atgataagcaaacatggcaaaaacatcaaaagttgtagaattttacataaggtagtacatctatcactcggtgacattttttttttttttGGGTGCTTCATTTGTTG----A-ACTTTG-T--TTAACGC----------AG---T--------------ACCGG-CCA-TCATCAG-GCTGTGAC-ATACT--TTATTTCG-TATGCTATGAACTAA-TAAG--AAG----T-CTCAG--C-T-T---G----A
gi|22 : gtactgaaaacggtgcatactacgcccgtgtaaagcttatcttAATCCTTTTCATTT-GTATATCTTC----AA----------TACCA--AT--AATAA----C------A-------------TG-------TACT-----------GTAAAAC---A-----AGGTCCTT------T-ATTG---AAA--A---GT-------G----TG----GGAGG------A-----------tatagcacacggaaacggaaacaga
gi|23 : aac------AGTTATATA--C-C-CT-------CT-GTGAAAT--TTTT-A--TTTTCAG-A-CA----AGG--GGG-CAACACTCCTGCAAGGGAGATttcaggaattggcagaacagatcctgtgagaggtcgaaatggattaaagagtgacccacaaagaagcaacttagcaagtttta
gi|24 : TCAG-TCA-TCATCAG-GCTCTGA------T--TGTTTTTG-TAATATATA----AA-TAAA--ATA----TTCCTAG--A-T-T---A----AA-A-C-T-GCGA-AAGGGGGATGTACATGTA-GACAAACAA------CA-----ATTTCCG--TG-TATGATATATC-----TT-CCCAAA-----TAT-GAT---TAAGT-TCAT---CAACCTTTAAA-TATTTcgaaatgtataaacattgtaatatgatctagagtgacccataaagaatctacttagcaattgtcagtttgatttgtgacagagaaaagaaaaca
gi|25 : TT---TTCTTA----G-GTCATGGT--TT---GT----------AGAGCTTTGCGTCAGGTAGAATCAG-TCA-TCATCAG-G-------------------TTCG-CATCATAAG----AA-AAAA--AAAAGATT-CCTAT--C-G-T---A----AA-ATC-T-GTGC-CAGAAG---GCA
gi|26 : caaaatacgtccgtgaaaagcttatataaacggtattTTCC-AAT-A-ATAAATCT--TCAGTTTGTT----TA---CAAAGCCTTGACTTTAAACTG---------A--------G-----------AGGAGTTAAAA---------TGTTGACA--AACCAA-GCAC-TC-G-CT-------------TTACATTTACTCAAA---A----C-GGACTAA----A---TTCAA---CAA----AT------G---A-----TC------TCA-A----------A--A---A--------------------
gi|28 : catCT------T---A-ATTTAC------TCA-A----------A--T---A--------------------T-TTAA-------GAAAA--CT----------------AAGTCTTTGCCACAT-GCACACCTTA----AA----------TATCC--GT--A--------C------A-------------AA-------CACTGATAAATTAA-G---------A-----AGGTTCTC------A-CATG---ATA--A---CT-------T----TG----AGAGG------A-----------
gi|29 : G---T--------------ATCTG-TCA-CAATCCG-GCTATGAC-TTACT--TTCTTT-G-CATCGAATG----AA-TAAA--ACG----T-CCTAG--T-G-T---A----AA-A-CTT-ATGG-C-GGAG---GTAGA--GA-GAAGGACCA-------A----GAGTTCTG--gttat
gi|3 : GTGCTT---TTCTTATGTCATGTCATGAT--TT---GTGACTTCAGGTAG---T--------------ATCAA-CTA-TCATCAG-GCTGT-----------------TA-CATCTTGTG----AA-TAAA--AGG----T-CCTAG--C-T-T---A----AC-A-C-T-A--A-CAGGAG---GTAGA--CA-GACAAACC-------TG----GATCTCTG--TG-TGGAAAATATTAATTTTC-CCTTAA-----ATT-GAC---CAAGT-TCAA---T--CTGTT-AC-TATTCAAAAC-ATCAAAGAAATTAAAAA-TA-----GTT-GAG-AA-TCAAAATTCTTGC-TTT-ATGCACATCT--TCA-GTTATT----AA---CAAAG-------------------------A--------c
gi|3 : cgacagtaccgcaaacgtttcataatacgcccgtgaaaagctaatatagt--------G-----------AGGTA----GA---------CA--GACA--AACC-T-GGATCTCTG-TGT---GGAAAATATTAATTTTCCCTTAAATTGA----C-C----AA----G---TTCAA---T------CT------GTT-A-CTATTCAAAACATCA-A----------AGAA---A--------------------T-TAAAAATAGTTGAGAA-TCA----------------AAATTCTTGCTTTAT-GCACATCTTC----AG----------T-------T--A--------T------T-------------A---------AC------------A---------A-----AGACCTTT------G-CTTC---AAA--A---CTAAGAGCAG----TGAAAAGGGGG------A-----------A----------A------GGT----------C-CT-------CT-AAACAGCAAACTA-C--TTTTCGC-ATTACTTGAAG--AAATCAAAATTCTTGCAcctttgcttcaaaactaagagcagtgaaaagggggaaaggtcctctaaacagcaaactacttttcgcattacttgaagaaatcaaaattcttgcacatctttcatacccatatacaaata
gi|3 : cgacagtaccgcaaacgtttcataatacgcccgtgaaaagctaatatagtgtgcttttcttatgtcatgtcatgatttgtgacttcaggtagtatcaactatcatcaggctgttacatcttgtgaataaaaggtcctagcttaacactaacagTCCTCTAA---A----C-------------------AG---CAA---ACT----------A-CTTTTC------GCA-T----------T--A---C--------------------T-TGAA-------GAAA--TCA----------------AAATTCTTGC--------ACATCTTT----CA----------TACCCATAT--A--------C------A-------------AA-------TAcatctttcatacccatatacaaata
gi|31 : cgacagtaccgcaaacgtttcataatacgcccgtgaaaagctaatatagtgtgcttttcttatgtcatgtcatgatttgtgacttcaggtagtatcaactatcatcaggctgttacatcttgtgaataaaaggtcctagcttaacactaacaggaggtagacagacaaacctggatctctgtgtggaaaatattaattttcccttaaattgaccaagttcaatctgttactattcaaaacatcaaagaaattaaaaatagttgagaatcaaaattcttgctttatgcacatcttcagttattaacaaagacctttgcttcaaaactaagagcagtgaaaagggggaaaggT---GC----------AG---T--------------ATCAG-CCA-TCATCAG-----TG------------CTTCTGACTTTGTAC-----AA-TAGA--AGG----T-CCTAG--CTT-T---AAAATAA-A-C-T-GT-A-TAAGAG---TAAGA--CAGGACAAA
gi|32 : tttaT---GC----------AG---T--------------ATCAG-CCA-TCATCAG-----TG------------CTTCTGACTTTGTAC-----AA-TAGA--AGG----T-CCTAG--CTT-T---AAAATAA-A-C-T-GT-A-TAAGAG---TAAGA--CAGGACAAA
gi|33 : tttaAAATCCTTGC-AAA-ACACACATCT--CCGCGGCGTT----T----CAATG-------------------------A--------
gi|34 : T---GT----------AT---T--------------ATCAG-CCA-TCATCAA-GCTGTGAC-Gccatagttttaaaaccgagaggacgaaaagacaaacatgactcacaaaata
gi|38 : tcagcaaacatgacgaaattgccaggagatgaagaaatttactggaggtacaAA-------GAAAA-TCA----------------AACTCCTTGTCATAT-GCATGTCTTC----AA----------TACTA--AT--A--------C------A-------------AA-------TAC------------
gi|4 : tt---A----T-G----AA----G---CTCAG---CAA---CCT------G---CTATTTTC------TCA-A----------A--A---C--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCA----------------AAATCATT---ACAT-GTACACCTTT----AA----------AATTC--AT--ACACTCTGTC------A-------------AA-------TAA------------G---------A-----AGGTCCTC------A-TTTATCTAAA---------------G----TG----GGAGG------ATTTTTAGGCT-A----------AGGCGGCGGCTAAGCA--CAC-CTGTACCCACC-ATATAAC--ATTA-T--ACTGCAC-AAAA----AGG--GGA-CACAACTCCTTCAAGAAAGGtttgtaaaaaaaaa
gi|5 : ttgaaatgATATTTCCTTAAA---A----G-G----AAATAAG---TTAAA---CAA---CCT------GT--C-ATTTTC------TAA-A----------A--A---AAAAAAATAAAAAAAAAAGAATATGAA-------GAAAA-TTA----------------AACTTTATGCTACATTATACATCTTC----AA----------TACCC--AT--A--------C------A-------------AA-------CGCT-----------GTGTTAAAT-A-----AGGTCCT---------CTTG---AAA--A---CT-------G-----G----GGAGG------A-----------GTTAGACGAACA------AAGTATGTA--C-C-CT-------TC-GTATGAT--ATCAGA--TCTCCAA---TA----AAG--GAA-TAAAACTTTTTCAAGaattgttacatgacctagagagacccccaaagaagctacacgacaagttttaaattcaacattaaatagatgacagagaaattaaaaagaaatagagaacccaaaacatatggaccgaaagacatcactataccataaaacatccctctaaaaacaagaattatgcaatttgaaaa
gi|6 : actcactccacgA-A----------A--A---A--------------------T-TGCA-------GAAAA-TCA----------------CATCCCTTGCCACAT-GCACATCTTC----AA----------TACCT--AT--ATA------C------A-------------AACAATCTGTAC------------C---------ATAACAAGGTCCTC------G-CTTG---AAA--A---CT-------G----TG----GGAGG------ACTT--------ATCTATAC---A------AATCATGTA--C-C-TT-------CCAATGCAAC--ATTC-A--ATTTCAA-AT-A----AAG--GGG-CATAACTCTTGCAAGACAGGTTggggtcgaaatgggtcaaaattacagcactttcttgaacgacccacgaaaaagctacatagcaagtttcagcttgatgataacaaattaacagaaaaaaacctggacggactgactatgtaatataacccgtccaaagacaaatgcatttaa
gi|7 : ct-----AGGTCCTC------A-CTTT---AAA--A---CT-------G----TG----GAGGGTTCTCCA-----------G----------A------TATGACATATTC-C-AT-------CC-ACACGCC--ATTA-AAGTTTTCAA-AT-A----AAG--GGG-CACAACTTTTGCAGGAaaaatggattagaactgcaacatgatcatgagccctcaaagagcacatttcagcttgatatttgctgggaaatggaaataaaactagaaaatcctacaaatgtggacaagcaaccattactttcccataatgtgccttgtcaaaagacaagtgtattaaaaa
gi|8 : taaaaag---GT----------GG---T--------------ATCGG-CTG-TCATCAG-GCTGTAGC-ACACT--TTCTTT-G-CATCACTTG----AA-TAAA--AGG----T-CCCAAGTT-T-T---A----AA-A-C-T-GTGA-CAGAGG---GTCCA--TA-GTTAAACCA------AA----GAGTTCTG--TA-GGTAGAATATT-----TC-CCCCGA-----ATTTGAC---CAAGT-TCAA---CAACCTCG-AAATACTTAGATC-ATGGGGGGAA------A-TT-----------------CAGAATTATTGCGAATCACG---ATCC--T-------------TG---CA---------------------------------------------------CT------A---------CG--CACATAAGCTAT-GCCT-TTTG-TTCAATG--------TAATATATCCTCAAA---A----C-A----AG----GACTTCCAA---CAATAGCAT------GT--A-ATTTTC------TCA-A----------A--A---A--------------------ggtggaatttaacagaaattgcaacatgatcgagagtgacccacaatgaagctacatagctcaatatgtgatggagttcgaatcttgaacagacagataacaatgttgtgtacatgtaccataatatgtactcatcccatccataattacatgtaaaacattttaaaagtgcttaatcaaaggatatatattggtcattatatatatatactgatgaca
gi|9 : aattagtacagaactttcctttac----C-A----AA----G---TTGAATTTCAA---CCTTTGCACG---G-ATTTTT------TCA-A----------A--ACCTA--------------------T-T------------ACA-TCA----------------G-----------CAT-GCACATCTTC----AT----------TACTC--AT--AACT-----CTTGTAAA-------------AA-------TAA------------G---------G-----TGGTCCTC------A-CTTG---AAA--A---TT-------G----TG----GGGG-------------------------------------AGTAATGTA--C-CTCT-------CC-ATGTATC--ATTA-A--TCTACCA-ATAA----AAG--GGC-CAAAACTCCTGAAAGAAAG
blockSeqs : T CAT TGTCAT A TTGTAGAGCTTTGCGTCAGGTAGA A G AG ATTGTACTCT A T GAACT A . AAAGAT T GTTT CAA AAAT C T T A G A GATGT TGT G C GAAGAG AG T ATG AATTT G AAAACTTT T CCAGGT A AAT A TTTAAATA C A A ATTAGAAAATTCAGAAATA C G C AAC CG A GATGTAGAC GGCCTAGCTTAAAAATTGTATTTAAAGAGTTGAAAG TA A G C TGTGTGGAAAATAT TTG CAAAGTTGAATTTCAACCTTTGCACGG AAAACA G AAAAAAAAATAAAAAAAAAAGAA A T AATAGTT A GAAAATTCAGAAATAA C T GATACTGGGTAT AT TA CATTTTGTAATCACTAATACAAG TAACA TAATTGG TCT CT TCT AAGAGCAGTGAAAA A TTCTCC TTTTTAGGCTAAGGCGGC TT T TT AC GTACCCA A AA AAG C TA CTTG CT AT C
blockSeqs : G . AA A TTGTGACTTCAGGTAGT . . G ATGTACT A C A . . GA . CTA . AAAT . . . . G . GT T G C AAAGAG A . GGA . . AAT . TTT . . A TCGAAATA C . A TTAAAAATAGTTGAGAATC C . . CAC . A TA CCTTGACTTTAAACTGAGAGGAGTTAAAATGTT . A . . TGTTCAATG . CAAGGACTTCCAACAATAGCATGTA . . AAAAAAAAAGAAA . G . . . C . CATAGA . . AAAATACTCTGTAAAGCAAA . AT . . . GTA A . GTTGGCCAGTTAA TT T . CT . . . GA . CC . . A C
blockSeqs : C . A G TTAACGCAGT . . G ACATACT . T G . . GA . CTT . . . . . . G . GT T . T ACAAT . . GTA . . AAA . TTT . . A TGTAAGC C . A AGTTGTTCGAGAA A . . TAC . G TA ACTTATCTTGAAAATTACAATAGTTAAATG . A . . ACTTCA . TTGACAAAGTTCAATAACAAGTA . . AACCTA . A . . . T . GA . . ATAACATGTACTGTAAAAC . G . . . GTG A . GTTAGACGAACA TT A . A . . . G . CG . . A T
blockSeqs : C . A A ATTATGGT . . G ACTTACT . T G . . GG . CTT . . . . . . A . AA T . C AAGAG . . AA . . TAA . CCA . . A GCAATTT C . A TGTCGAGAAGT C . . TGC . G TA CTTGAAAACTGAAAAAGTGGCTTG . A . . ATTCTG . GGAAATAAGTTAAACAACCTGTC . . AGAAA . G . . . C . AA . . CAAACACTGATAAATTAAG . A . . . GTG A . CTTATCTATACA GT T . C . . . A . TA . . G C
blockSeqs : . G . AATGT . . G GCACACT . T G . . GA . CT . . . . . . G . GT T . C TGGAT . . TG . . CGA . ATT . . A GCATATT A . G ATATC C . . TGC . T TT CTACG . . . . TATG . CAAAGTTCAATAACCTTTTTA . . AAA . A . . . C . AA . . CAAACACAGTGTCAAAT . A . . . AGG A . CGTAA TT T . A . . . A . TT . . G T
blockSeqs : . . G ACATA . G A . . AG . CA . . . . . . A . GC G . C ACAT . . AA . . AA . ACC . . A GTTACTA A . . GTAC C . . CAC . G TT . . . . GCT . CGGACTAAATTCAACAAATGA . . AAA . A . . . A . AA . . CAAACGCTGTGTTAAAT . A . . . GTG G . GA CT A . C . . . A . TT . . G C
blockSeqs : . . G AT . T G . . TA . CT . . . . . . G . GT C . C ACCA . . A . . A . ACC . . . CTTTAT . . . ATTC C . . TG . C TA . TTGCCAAAGTTGAACCTGCA . . AAA . C . . . C . AA . . TACAAACAATCTGTACC . T . . . TTG A . AA GT T . C . . . A . AA . . A C
blockSeqs : . . G . . C G . . CG . CT . . . . . . G . GT C . . ATG . . G . . . . . . . . TTTAAA A . . TG . . AA . TGAAGCTCAGCAACCTGCT . . AAA . T . . . C . AA . . ACTCTTGTAAAAATAAG . A . . . GTG A . AA TC T . C . . . C . TA . . A C
blockSeqs : . . G . . C G . . GG . CT . . . . . . G . TA C . . . . . . . . . . AT . . TG . CCAAGTTCAATCTGTTA . . ACA . A . . . C . AG . . CACTCTGTCAAATAAG . G . . . GTG A . CC TG C . C . . . T . C . . G C
blockSeqs : . . . . . C G . . GG . AT . . . . . . G . TA T . . . . . . . . . CG . . T . CTGACAACAACCTGT . . AAA . G . . . T . CA . . CAGGTTGTTTTCA . A . . . GTG G . AA TA T . C . . . A . T . . G C
blockSeqs : . . . . . T . . . GG . CG . . . . . . . . GT . . . . TATCGACTTTTA . . ATA . G . . . C . AA . . TGCATATCCA . G . . . GTG G . GA T . . . . . . A . T . . C .
blockSeqs : . . . . T . . . GG . TG . . . . . . . . G . . CAGCAAACTA . . TAC . G . . . T . AA . . CTGTACA . A . . . GG . . . T . . . . . . . . T .
blockSeqs : . C . . . . . CT . . . . . . . . . . . AAC . G . . . C . AA . . TTAACA . A . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AAA . . . . . . . AA . . . . . . . G . .
blockSeqs : . AAA . . . . . AT . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : TTATGACTGCAGT************************** ** GG**** *** AGA************* G** NCTAATA** ATATC*********************** CGAAGTTCAACAACCTGTTA****************************** GTG***************
originalCons : GGGTGNTT---TTCTTA----A-GCCATGAT--TT---GT----------AG---T--------------ATCAG-CCA-TCATCAG-GCTGTGAC-GTACT--TTCTTTTG-CATCGTATG----AA-TAAA--AGG----T-CCTAG--C-T-T---A----AA-A-C-T-GTGA-CAGGAG---GTAGA--TA-GACAAACCA------CA----GAGTTCTG--TG-TG-AAAATATT-----TC-CCCAAA-----ATT-GNC---CAAGT-TCAA---CAACCGCT-AA-TATTTCAAAC-ATCAAAGAAA------A-TT-----GTT-GAG-AA-TCAAAATCCTTGC-AAT-ACGCACATCT--TCAGGTTGTT----TA---CAAAG-------------------------A--------G-----------AGNTG----AA---------CG--GACA--AACCAT-GCAT-TC-G-TTC---G--------TAATATTTCCTCAAA---A----C-G----AA----G---TTCAA---CAA---CCT------G---A-ATTTTC------TCA-A----------A--A---A--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCA----------------AAATCCTTGCCACAT-GCACATCTTC----GA----------TACCC--AT--A--------C------A-------------AA-------TAC------------G---------A-----AGGTCCTC------G-CTTG---AAA--A---CT-------G----TG----GGAGG------A-----------A----------A------AATTATGTA--C-C-CT-------CC-ATATAAC--ATTA-A--TTTTCAA-ATNA----AAG--GGG-CAAAACTCCTGCAAGAAAGGTT
finalCons : GGGTGNTT---TTCTTA----A-GCCATGATTTATGACTGCAGT--------------------------ATCAG-CCA-TCATCAG-GCTGTGAC-GTACT--TTCTTTTG-CATCGTATG----AA-TAAA--AGG----T-CCTAG--C-T-T---A----AA-A-C-T-GTGA-CAGGAG---GTAGA--TA-GACAAACCAGA-------------TTCTG--TG-TG--AAATATT-----TC-CCCAAA-----ATT-GNC---CAAGT-TCAA---CAACCNCTAATA--TTTCAAAC-ATCAAAGAAAATATC-----------------------AAAATCCTTGC-AAT-ACGCACATCT--TCAGGTTGTT----TA---CAAAG-------------------------A--------G-----------AGNTG----AA---------CG--GACA--AACCAT-GCAT-TC-G-TTC---G--------TAATATTTCCTCAAA---ACGAAGTTCAACAACCTGTTA------------------------------ATTTTC------TCA-A----------A--A---A--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCA----------------AAATCCTTGCCACAT-GCACATCTTC----GA----------TACCC--AT--A--------C------A-------------AA-------TAC------------G---------A-----AGGTCCTC------G-CTTG---AAA--A---CTGTG---------------GGAGG------A-----------A----------A------AATTATGTA--C-C-CT-------CC-ATATAAC--ATTA-A--TTTTCAA-ATNA----AAG--GGG-CAAAACTCCTGCAAGAAAGGTT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CAAAAGTATTGGAAAATTAATGGTACAATTGCACATAATACACCCATCACAAGCTTCTGCCGGGTGTTTTTGTTAAGCTGTAAGTTAGGTACATAAAGAATTAGTCACCTTCCAAGCTGTGA
Unaligned ( gi|30 ): ACAAAGAAGCTACAAAGCAAGATGCGACATATAGAGAAATGAAAATAGAAACAGCAAACCCCGAACGGACGGACTTGCAGACATCACTGTACCTTAACACGCCCA
Unaligned ( gi|35 ): ACATGATTTGGAGTAACCCGTAAAGAAGCTACATTGCAAGTTTCCACTTGATATGTGACAGACACATGAAAACAGAC
Unaligned ( gi|36 ): AACAAGAGTACCGGAAATGCTACATGTGTATAATGTCCCAATCACAAGCTTACGTATGTAGAGTGTTTTTCTTAAGG
Unaligned ( gi|37 ): ACATGATTTGGAGTAACCGTAAAGAAGCTACATTGCAAGTTTCCACTTGATATGTGACAGACACATGAAAACAGA
Unaligned ( gi|39 ): ACCGCTTTATAACTTTTTGAAACAACTGGAATAAGTGTACATGTATGTACTGTAAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 111111 555555555555555555555 2222222222 1111 44444444444444444444444444 222222 11111111 111111 1111 888888888888888888888888888888888888888888888 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 555555555555555555 22222222222222222222222222 1111111111111111 1111111111 22222222222222222222 1111111111111111 1111111111111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 111111111111111111 55555555555555555555555555555 1111111
lowQualScore : 1 000 666666 0 5 222222222222222222222 2 1 6666666666 0 5 1 88888 2 33 888888 2 555555 777 1111 2 2 2 2 1 2 8888 888 6 88888888888888888888888888 3 3 3 55 3 999999 99999 4 55555555 4 333333 4 0 777 1 3333 4 2 5 66 111111111111111111111111111111111111111111111 777 3 666 3 55 0 999999999 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 77 1 5 666 000000000000000000 99999999999999999999999999 0 9999999999999999 888888 2 4444444444 00000000000000000000 2 8888888 2 6666666666666666 2 333 2 2 3333333333333333 33 33 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66666 33333333 444 33 444 111111111111111111 2 777777 66666666666666666666666666666 33 1 44 333 0000000 3 44 7777 3 77 6666 44 44 1
lowQualScore : . ... ...... . . ..................... . . .......... . . . ..... . .. ...... . ...... ... .... . . . . . . .... ... . .......................... . . . .. . ...... ..... . ........ . ...... . . ... . .... . . . .. ............................................. ... . ... . .. . ......... ...................................................................... .. . . ... .................. .......................... . ................ ...... . .......... .................... . ....... . ................ . ... . . ................ .. .. ............................................................... ..... ........ ... .. ... .................. . ...... ............................. .. . .. ... ....... . .. .... . .. .... .. .. .
lowQualScore : 0 000 777777 1 7 555555555555555555555 9 9 5555555555 5 3 9 99999 7 77 111111 7 777777 333 3333 9 9 9 9 2 9 9999 111 2 11111111111111111111111111 3 3 3 00 6 888888 11111 4 88888888 4 999999 4 1 888 9 7777 9 5 0 11 444444444444444444444444444444444444444444444 888 6 555 6 00 3 000000000 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 4 7 777 000000000000000000 11111111111111111111111111 4 2222222222222222 222222 7 4444444444 33333333333333333333 9 7777777 5 6666666666666666 4 444 4 4 4444444444444444 44 44 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222 33333333 777 77 777 222222222222222222 1 222222 11111111111111111111111111111 44 8 22 888 0000000 1 22 1111 1 99 5555 66 22 0
consensus : GGGTGNTT---TTCTTA----A-GCCATGAT-TTAT-G-A-C-T---------GCAGTATCAGCCATCATC-AGGCTGTGAC-GTACT--TTCTTTTG-CATCGTATG----AA-TAAA--AGG----T-CCTAG--C-T-T---A----AA-A-C-T-GTGA-CAGGAGG---TAGAT--A-GACAAAC--C--A------------G-A---T-T-CTG-T--G-T--G---AAATATT-----TC-CCCAAA-----ATT-GNC---CAAGT-TCAA---CAACCGCT-AATATTTCAAAC-ATCAAAGAAA------A--T--------------A--------TC---G------AAAT---CCTTGC-AATACGCAC-ATCT--TCAGGTTGTT----TA---CAAAG-------------------------A--------G-----------AGNTG----AA---------CG--GAC--AAACCAT-GCA-T-TC-G-TTC---G--------TAATATTTCCTCAAA----A----C-G----AA----G---TTCAACAA---CCTGTT-A---ATTTTC------TCA-A----------AAA--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCA----------------AAATCC-TTGC--CA-CAT-GCACATCTTC----GA----------TACCC--AT--A--------C------A-------------AA-------TAC------------G---------A-----AGGTCCTC------G-CTTG---AAA--A---CT-------G----TG----GGAGG------A-----------A----------A------AATTATGTA--C-C-CT-------CC-ATATAAC--ATTA-A--TTTTCAA-ATNA----AAG--GGG-CAAAACTCCTGCAAGAAAGGTT
Reference ( family-329 ) : GGGTGNTT---TTCTTA----A-GCCATGAT-TTAT-G-A-C-T---------GCAGTATCAGCCATCATC-AGGCTGTGAC-GTACT--TTCTTTTG-CATCGTATG----AA-TAAA--AGG----T-CCTAG--C-T-T---A----AA-A-C-T-GTGA-CAGGAGG---TAGAT--A-GACAAAC--C--A------------G-A---T-T-CTG-T--G-T--G---AAATATT-----TC-CCCAAA-----ATT-GNC---CAAGT-TCAA---CAACCNCT-AATATTTCAAAC-ATCAAAGAAA------A--T--------------A--------TC---A------AAAT---CCTTGC-AATACGCAC-ATCT--TCAGGTTGTT----TA---CAAAG-------------------------A--------G-----------AGNTG----AA---------CG--GAC--AAACCAT-GCA-T-TC-G-TTC---G--------TAATATTTCCTCAAA----A----C-G----AA----G---TTCAACAA---CCTGTT-A---ATTTTC------TCA-A----------AAA--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCA----------------AAATCC-TTGC--CA-CAT-GCACATCTTC----GA----------TACCC--AT--A--------C------A-------------AA-------TAC------------G---------A-----AGGTCCTC------G-CTTG---AAA--A---CT-------G----TG----GGAGG------A-----------A----------A------AATTATGTA--C-C-CT-------CC-ATATAAC--ATTA-A--TTTTCAA-ATNA----AAG--GGG-CAAAACTCCTGCAAGAAAGGTT
gi|1 : GGGTGATT---TTCTTA----A-GTCATGAT-TT-------------------GTAGTAGCATCCATCCTG-AGACAGTGGC-ATACT--TTCTTTTG-CACTGTTTA----AA-TAAATTA--------CCTAG--T-T-TT--A----AA-A-C-T-GCGA-CGGAAGG---CAGAT--A-GACAAAC--C--AAGTAGACAAAAAG-AG--T-T-CTG-T--G-T--GCA-AAATATT-----TC-CTCAAA-----ATT-AGC---CAAGT-TTAA---CAACTGCTGAATATTTCAAAT-ATTAAAGAAA------A--TTGTTGAAA------A--------TC---A------AAAT---CAGTGT-AATACGCAC-ATAT--TCAAGTTGTT----TA---CAAAG-------------------------A--------G-----------AGATG----AA---------CG--GAC--AAGCCAT-GCA-T-TCGG-TTT---T--------TAATATTCCCTTAAA----A----C-C----AA----G---TTCAACA-----TTGTGAA---ACTTTC------TCA-A----------AAA--------------------T-TGAA-------GAAAA-TGA----------------AAA------------------CACATCTTT----GA----------TACCT--AT--A--------C------A-------------AA-------TAC------------T---------A-----AGGTCCTC------A-TTTG---AAA--G---TT-------GAAATTT----GGCGG------A-----------A----------A------AATTATGTA--C-C-CT-------CC-ATATAAC--TTTA-A--TTTTCAA-ATTA----ATG--GAT-CAAAA---TTGCAA
gi|10 : CT--TTCCTTTG-CATTGCATA----AA-TAAA--AGA----T-CCTAG--C-T-TCAAA----AA-G-C-T-ATGA-CAGGAGG---TAATT--A-GACA-----C--A------------T-G---T-T-CTG-C--G-T----------------------------------T-G-------AGT-TGAA---CAGCCTGT-AAGCTTTCAAAT-ATCGTACAAA------A--T--------------A--------T---------------------TGC-CATAAACAC-ACCT--TCAAATTGTTGATGTAGACCAAAGCTTG---------------------A--------A-----------AACTG----AAAAAGTGGCTTG--GAC--AAACCAT-AGA-T-TC---TAT---G--------TAATATTTCCTCAAA----A----T-A---------------TCGAC-------TTTT-A---TTTTTC------TGAGA----------AAA--------------------T-TTAA-------GAAAA-TCA----------------ATATCC-TTGC--CA-CAT-ACACATTTTC----GA----------TAcatggtt
gi|11 : agtggtagacGGGTGTTT---TTCTTA----AAGCCAGGATATTAT-G-G-T-T----------CAG-ACTAGTCATCA---AAGCTGTGATTGTACTCTTTCTTTTG-C----------------------------T-CATAG--C-A-T---A----AA-A-T-C-TTGA-CAGACG-----AAA---A-AACAA-C--C--A------------C-A---T-TTCTG-A--G-T--GTAAAAATATT-----TCGCCCAA-------TT-GTT---TAAAT-TCAG---CAACTCTT-TAT-TTTCACAA-ATCAAAGAAA------AGTT--------------G--------TTCGAG------AAATAAGTCATGG-AAT-TG-AC-ATCT--TCA-GTTGTT----TA---CAAAG-------------------------
gi|12 : aagagtactcgacaaacgaatacataaacatatataatatgcccatcacaagctatgta----A----C-A----AA----G---TTCAATAA---CCTTTTTA---AATTTC------TCA-A----------AAA--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCA----------------AATTCC-TTGC--CA-CAT-GCACA---TC----AA----------TTCTC--AT--A--------C--------------------TG-------TAC------------A---------A-----TG--CTTT------G---TG---CAA--ATCTCT-------G----TA----CAACA------A-----------G----------A------AA--ATGTT--C-A-CT-------T-----TAAA--ATTG--------CAG-ATAT----TAGCTGGA-CAAAACTCCTGCA
gi|13 : aaaattagacaaaataattgcagaactttgtaattttaacaaacaatataatgcaacttcctttgCTTGC-AATACACAT-GTCT--TCAAGTTGTT----TA---TAAAGGGCCTAGCTTAAAAATTGTATTTAAA--------G-----------AGTTG----AA---------AG--GAC--A-----T-GCA-C-TC-ACTTC---A--------TACGATTTCCTCAAAATTGA----C-A----AA----G---TTCAATAA---CAAG-T-A---ATTTTC-------CA-AAAAAAAAAAGAAA--------------------A-GAAA-------GAAAA-TCA----------------AAATCC-TTCC--TA-CAT-GCACATCCTC----AA----------TATCC--AT--A--------C------A-------------AA-------CAC------------AGTGTCAAATA-----AGGCCCTC------A-CTTA---AAA--A---TT-------G----TG----GGAGG------A-----------tccatggatcaaaattgcagatctacaaagggaagtaactgca
gi|14 : GGGTTGTT---TTCTAA----A-GCCATAAT--------A-A-T---------G---TATCAGC-ATCATC-AA-CTGTGAT-GTACT--TTCTTTTG-CATCATA-------------------------CCA-------T---A----AA-T-C-T-GTGAACAGCACG----AAA---A-AACAAAC--C--A------------CCA---T-T-CTGAT--G-T------AAATATT-----TC-CCC--A-----ATT-GTT---TATATATC-A---CAACCTTT-AA-ATTT---ACAATCA---AAA------A--T--------------G--------TC---GAGAAGTAAGT---CATTGA-AATATG-AC-A--T--TCAGG-TGTT----TA---CAAAG-------------------------A--------gtttaccaaaca
gi|15 : AA---CCCGGT-ACCCATTTAC------TCA-A----------AAA--------------------T-TGAA-------GGAAG---A----------------AAATTC-TTGT--CA-CTT-GCACATCATG----AA----------TACCC--ACTAA--------C------ATTTTGTAATCACTAA-------TACAA----------G---------A-----AGGCCTTTTAATTGG-CTTG----AA--A---CT-------G-------------AG------A-----------A----------A------AGTTA--------------------C-ATAGATC--ATGT-G--TTTTCAACACCA----AActtgaaacgcgaagcttgcaatccatgta
gi|15 : a------A-----------A----------A------AATTGTGTA--C-C-CT-------CC-AAATAAC--ATTT-A--ATTTCAA-GCGA----CAT--ACA-TGTACCTCTGGCAAGAAAGGTaattgtgtaccctccaaataacatttaatttcaagcgacatacatgtacctctggcaagaaaggtca
gi|16 : aaacccggtacccatttactcaaaaattgaaggaagaaaattcttgtcacttgcacatcatgaatacccactaacattttgtaatcactaatacaagaaggccttttaattggcttgaaactgagaaaagttacatagatcatgtgttttcaacacc------A-------------AA-------TAG------------G---------A-----AGGTCCTC------A-CTTG---GAACTA---CT-------G--------------G------A-----------C----------C------AATTAAGTG--C-A-CT-------CC-ATATAAT--ACTA-A--TTTTCGA-ATAA----AA---GGG-CAAAATGCCGGCAAGGAAGGTca
gi|17 : caaacatttggta----------AAA--------------------T-TAAG-------GAAAAATCA----------------AAATCC-CTGC--CA-CAT-CCATATCTTC----GATACTGGGTATTACCC--AT--A--------A------A-------------AA-------TACTCTGTAAAGCAAA---------A-----AGGTTCTC------A-ACTG---AAA--A---TT-------G----TG----GG-GG------AGTTGGCCAGTTA----------A------AA-TATG---------------------TATAAT--ATTA-A--TTTC--A-ATTA----AAG--GGG-CAAAA---CTGCAAGAcgttacatagcaagtttcagcttgatatgtgttatagaaatcaaaactgaaacagtaacccttgaatggacagacatacaacatcactgtaccattatatgtcct
gi|18 : ---T-T-CTG-T--G-T--A---AAATATT-----TT-CCCAAT-----ATT-GCC---AAAGT-TGAA---C--CTGCA-ATTTTTTCAAAC-ATCAAAGAAA------A--TTAGAAAATTCAGAAA--------TA---A------AAAT---CCTAGC-AAGATACAC-ATCTCGTCAGGTTGTT----TT---CAAAG-------------------------ggtctagatggttcaaaattgcaacaagatttagaacgactcacaa
gi|18 : gAATATTTTCCCAAT----ATTGCC-A----AA----G---TTGAAC------CTGC--A---ATTTTT------TCA-A----------ACA--------------------T-CAAA-------GAAAA-TTAGAAAATTCAGAAATAAAAATCC-TAGC--AA-GAT-ACACATCT----------------------C--GT-----------C------A-------------GGTTGTT--TTC------------A---------A-----AGG-CCTC------ATCTTG---AAA--A---CT-------A----GG----AGAGG------ACGT--------A----------A------AAGTAgcctcatcttgaaaactaggagaggacgtaaaagtacaaaccaaggatgtcatgaaata
gi|19 : gttctgtgtaaT--TTTTTTTG-CAATGTATG----AAATTAA--AGA----T-CC-AG--C-TAC---A----AACA-C-A-GTAA-CAGGAGG---TAGAT--A-GACAA----------------------A---T-T-TTG-T--GTT--G---AAATATT-----Tcaaaccaaggatgtcatgaaata
gi|2 : atgataaagcaaactggcaaaaacatcaaaagttgtagaattttacataaggtagtacatctatcactcggtgacatttttttttttttt---------GTAGTCTCTGCCATCGTC-AAGCTGTAAC-ATA-----TCTTTCG-CACTGTATG----AA-TTAA--AGG----T-CATAG--C-T-T---A----AA-A-C-A-TTGA-AACGAGA---AAAGT--A-GACAAAT--CGAA------------G-AG--T-T-CTG-T--G-TTAA---AAATATT-----TT-TTCAAAACTTTATT-ACCAGGTAAGT-TAAAAATAAACTGCA-TATTTTTCAAAC-ACC--ATAAA------A--T--------------A--------TC---A------AAAC---CCTTAC-AATATGCAG-ATCT--ATATGTTGTT----TT---CAAAG-------------------------ACTTATCTTGAAAATTACAATAGTTA----AA---------TG--GAC--AAACCATGGCA-T-T--A-TTCT--G--------TAATATTTTTTCAAA----A----CTG----A-----------CAACAA---CCTGT------ATTTTT------TC------------------------------------T-TCAA--------AAAA-TCG----------------AAATCA-TTAC--CT-CGT-GCACATCTTTCATAGA----------TATCT--AT--ATG------C------A-------------TA-------TCC------------A---------A-----ATGTCC
gi|20 : tgttaggaagcatggcaaaaatgccattagttgaagaacttggT--TTTTTTTG-CAATGTATG----AA-TTAA--AGA----T-CCTAG--C-T-C---A----AA-A-C-CAGTAA-CAGGAGG---TAGAT--A-GACAA----------------------A---T-T-TTG-T--G-T--G---AAATATT-----Tcaaattt
gi|21 : atgataagcaaacatggcaaaaacatcaaaagttgtagaattttacataaggtagtacatctatcactcggtgacattttttttttttttGGGTGCTTCATTTGTTG----A-ACTTTG-T-TTA----A-C-----------GCAGTACCGGCCATCATC-AGGCTGTGAC-ATACT--TTATTTCG-TATGCTATGAACTAA-TAAG--AAG----T-CTCAG--C-T-T---G----A
gi|22 : gtactgaaaacggtgcatactacgcccgtgtaaagcttatcttAATCC-TTTT--CA-TTT-GTATATCTTC----AA----------TACCA--AT--AATAA----C------A-------------TG-------TACT-----------GTAAAAC---A-----AGGTCCTT------T-ATTG---AAA--A---GT-------G----TG----GGAGG------A-----------tatagcacacggaaacggaaacaga
gi|23 : aac------AGTTATATA--C-C-CT-------CT-GTGAAAT--TTTT-A--TTTTCAG-A-CA----AGG--GGG-CAACACTCCTGCAAGGGAGATttcaggaattggcagaacagatcctgtgagaggtcgaaatggattaaagagtgacccacaaagaagcaacttagcaagtttta
gi|24 : TCAGTCATCATC-AGGCTCTGA------T--TGTTTTTG-TAATATATA----AA-TAAA--ATA----TTCCTAG--A-T-T---A----AA-A-C-T-GCGA-AAGGGGGATGTACATGTA-GACAAACAAC--A------------A-T---T-T-CCG-T--G-TATG---ATATATC-----TT-CCCAAA-----TAT-GAT---TAAGT-TCAT---CAACCTTTAAATATTTcgaaatgtataaacattgtaatatgatctagagtgacccataaagaatctacttagcaattgtcagtttgatttgtgacagagaaaagaaaaca
gi|25 : TT---TTCTTA----G-GTCATGGT-TTGTAG-AGC-TTTGCGTCAGGTAGAATCAGTCATCATC-AGG-------------------TTCG-CATCATAAG----AA-AAAA--AAAAGATT-CCTAT--C-G-T---A----AA-ATC-T-GTGC-CAGAAGG---CA
gi|26 : caaaatacgtccgtgaaaagcttatataaacggtattTTCC-AATA-ATAA-ATCT--TCAGTTTGTT----TA---CAAAGCCTTGACTTTAAACTG---------A--------G-----------AGGAGTTAAAA---------TGTTGAC--AAACCAA-GCA-C-TC-G-CT-------------TTACATTTACTCAAA----A----C-GGACTAA----A---TTCAACA-----------A---ATGATC------TCA-A----------AAA--------------------
gi|27 : catGGGTGTTT---TTGTTA----A-GCTGTAAG-TTAG-GTA-CAT---------AAAGAATTAGTCACCTTCCAAGCTGTGA
gi|28 : caaaagtattggaaaattaatggtacaattgcacataatacacccatcacaagcttctgccTT-A---ATTTAC------TCA-A----------ATA--------------------T-TTAA-------GAAAA--CT----------------AAGTCT-TTGC--CA-CAT-GCACACCTTA----AA----------TATCC--GT--A--------C------A-------------AA-------CACTGATAAATTAA-G---------A-----AGGTTCTC------A-CATG---ATA--A---CT-------T----TG----AGAGG------A-----------
gi|29 : cGTATCTGTCACAATC-CGGCTATGAC-TTACT--TTCTTT-G-CATCGAATG----AA-TAAA--ACG----T-CCTAG--T-G-T---A----AA-A-CTT-ATGG-C-GGAGG---TAGAG--A-GAAGGAC--CA-A------------G-AG--T-T-CTG-gttat
gi|3 : GTGCTT---TTCTTATGTCATGTCATGAT-TTGT-G-A-C-TTCAG-----GTAGTATCAACTATCATC-AGGCTGT-----------------TA-CATCTTGTG----AA-TAAA--AGG----T-CCTAG--C-T-T---A----AC-A-C-T-A--A-CAGGAGG---TAGAC--A-GACAAAC--CT-G------------G-A---TCT-CTG-T--G-T--GGA-AAATATTAATTTTC-CCTTAA-----ATT-GAC---CAAGT-TCAA---T--CTGTT-ACTATTCAAAAC-ATCAAAGAAATTAAAAA--T--------------AGTTGAGAATC---A------AAAT---TCTTGC-TTTATGCAC-ATCT--TCA-GTTATT----AA---CAAAG-------------------------A--------c
gi|3 : cgacagtaccgcaaacgtttcataatacgcccgtgaaaagctaatatagt--------G-----------AGGTA----GA---------CA--GAC--AAACC-T-GGA-TCTCTG-TGT---GGAAAATATTAATTTTCCCTTAAATTG-A----C-C----AA----G---TT---CAA---TCTGTT-A---CTATTCAAAACATCA-AAG--------AAA--------------------T-TAAAAATAGTTGAGAA-TCA----------------AAATTC-TTGC--TT-TAT-GCACATCTTC----AG----------T-------T--A--------T------T-------------A---------AC------------A---------A-----AGACCTTT------G-CTTC---AAA--A---CTAAGAGCAG----TGAAAAGGGGG------A-----------A----------A------GGT----------C-CT-------CT-AAACAGCAAACTA-C--TTTTCGC-ATTACTTGAAG--AAATCAAAATTCTTGCAcctttgcttcaaaactaagagcagtgaaaagggggaaaggtcctctaaacagcaaactacttttcgcattacttgaagaaatcaaaattcttgcacatctttcatacccatatacaaata
gi|3 : cgacagtaccgcaaacgtttcataatacgcccgtgaaaagctaatatagtgtgcttttcttatgtcatgtcatgatttgtgacttcaggtagtatcaactatcatcaggctgttacatcttgtgaataaaaggtcctagcttaacactaacagTCCTCTAA----A----C-------------------AGCAA---ACT----A---CTTTTC------GCA-T----------TAC--------------------T-TGAA-------GAAA--TCA----------------AAATTC-TTGC-----------ACATCTTT----CA----------TACCCATAT--A--------C------A-------------AA-------TAcatctttcatacccatatacaaata
gi|31 : cgacagtaccgcaaacgtttcataatacgcccgtgaaaagctaatatagtgtgcttttcttatgtcatgtcatgatttgtgacttcaggtagtatcaactatcatcaggctgttacatcttgtgaataaaaggtcctagcttaacactaacaggaggtagacagacaaacctggatctctgtgtggaaaatattaattttcccttaaattgaccaagttcaatctgttactattcaaaacatcaaagaaattaaaaatagttgagaatcaaaattcttgctttatgcacatcttcagttattaacaaagacctttgcttcaaaactaagagcagtgaaaagggggaaagg-T---------GCAGTATCAGCCATCATC-AG----TG------------CTTCTGACTTTGTAC-----AA-TAGA--AGG----T-CCTAG--CTT-T---AAAATAA-A-C-T-GT-A-TAAGAGT---AAGAC--AGGACAAA
gi|32 : ttta-T---------GCAGTATCAGCCATCATC-AG----TG------------CTTCTGACTTTGTAC-----AA-TAGA--AGG----T-CCTAG--CTT-T---AAAATAA-A-C-T-GT-A-TAAGAGT---AAGAC--AGGACAAA
gi|33 : ttta------AAAT---CCTTGC-AAAACACAC-ATCT--CCGCGGCGTT----T----CAATG-------------------------A--------
gi|34 : -T---------GTATTATCAGCCATCATC-AAGCTGTGAC-Gccatagttttaaaaccgagaggacgaaaagacaaacatgactcacaaaata
gi|38 : tcagcaaacatgacgaaattgccaggagatgaagaaatttactggaggtacaAA-------GAAAA-TCA----------------AACTCC-TTGT--CA-TAT-GCATGTCTTC----AA----------TACTA--AT--A--------C------A-------------AA-------TAC------------
gi|4 : tt----A----T-G----AA----G---CTCAGCAA---CCTGCT-A----TTTTC------TCA-A----------AAC--------------------T-TGAA-------GAAAA-TCA----------------AAATCA-TT-----A-CAT-GTACACCTTT----AA----------AATTC--AT--ACACTCTGTC------A-------------AA-------TAA------------G---------A-----AGGTCCTC------A-TTTATCTAAA---------------G----TG----GGAGG------ATTTTTAGGCT-A----------AGGCGGCGGCTAAGCA--CAC-CTGTACCCACC-ATATAAC--ATTA-T--ACTGCAC-AAAA----AGG--GGA-CACAACTCCTTCAAGAAAGGtttgtaaaaaaaaa
gi|5 : ttgaaatgATATTTCCTTAAA----A----G-G----AAATAAG---TTAAACAA---CCTGTC-A----TTTTC------TAA-A----------AAAAAAAAATAAAAAAAAAAGAATATGAA-------GAAAA-TTA----------------AACTTT-ATGC--TA-CATTATACATCTTC----AA----------TACCC--AT--A--------C------A-------------AA-------CGCT-----------GTGTTAAAT-A-----AGGTCCT---------CTTG---AAA--A---CT-------G-----G----GGAGG------A-----------GTTAGACGAACA------AAGTATGTA--C-C-CT-------TC-GTATGAT--ATCAGA--TCTCCAA---TA----AAG--GAA-TAAAACTTTTTCAAGaattgttacatgacctagagagacccccaaagaagctacacgacaagttttaaattcaacattaaatagatgacagagaaattaaaaagaaatagagaacccaaaacatatggaccgaaagacatcactataccataaaacatccctctaaaaacaagaattatgcaatttgaaaa
gi|6 : actcactccacgA-A----------AAA--------------------T-TGCA-------GAAAA-TCA----------------CATCCC-TTGC--CA-CAT-GCACATCTTC----AA----------TACCT--AT--ATA------C------A-------------AACAATCTGTAC------------C---------ATAACAAGGTCCTC------G-CTTG---AAA--A---CT-------G----TG----GGAGG------ACTT--------ATCTATAC---A------AATCATGTA--C-C-TT-------CCAATGCAAC--ATTC-A--ATTTCAA-AT-A----AAG--GGG-CATAACTCTTGCAAGACAGGTTggggtcgaaatgggtcaaaattacagcactttcttgaacgacccacgaaaaagctacatagcaagtttcagcttgatgataacaaattaacagaaaaaaacctggacggactgactatgtaatataacccgtccaaagacaaatgcatttaa
gi|7 : ct-----AGGTCCTC------A-CTTT---AAA--A---CT-------G----TG----GAGGGTTCTCCA-----------G----------A------TATGACATATTC-C-AT-------CC-ACACGCC--ATTA-AAGTTTTCAA-AT-A----AAG--GGG-CACAACTTTTGCAGGAaaaatggattagaactgcaacatgatcatgagccctcaaagagcacatttcagcttgatatttgctgggaaatggaaataaaactagaaaatcctacaaatgtggacaagcaaccattactttcccataatgtgccttgtcaaaagacaagtgtattaaaaa
gi|8 : taaaaagGTATCGGCTGTCATC-AGGCTGTAGC-ACACT--TTCTTT-G-CATCACTTG----AA-TAAA--AGG----T-CCCAAGTT-T-T---A----AA-A-C-T-GTGA-CAGAGGG---TCCAT--A-GTTAAAC--C--A------------A-AGAGT-T-CTG-TAGG-T--A---GAATATT-----TC-CCCCGA-----ATTTGAC---CAAGT-TCAA---CAACCTCGAAATACTTAGATC-ATGGGGGGAA------A--T-----------------------TC---A------GAAT---TATTGCGAAT---CACGATC-----------CT----TG---CA---------------------------------------------------CT------A---------CG--CACATAAGCTAT-GCCTT-TT-G-TTCAATG--------TAATATATCCTCAAA----A----C-A----AG----GACTTCCAACAATAGCATG-T-A---ATTTTC------TCA-A----------AAA--------------------ggtggaatttaacagaaattgcaacatgatcgagagtgacccacaatgaagctacatagctcaatatgtgatggagttcgaatcttgaacagacagataacaatgttgtgtacatgtaccataatatgtactcatcccatccataattacatgtaaaacattttaaaagtgcttaatcaaaggatatatattggtcattatatatatatactgatgaca
gi|9 : aattagtacagaactttcctttacgtg-TCA----------------AAACCTATTACATCAGCAT-GCACATCTTC----AT----------TACTC--AT--AACT-----CTTGTAAA-------------AA-------TAA------------G---------G-----TGGTCCTC------A-CTTG---AAA--A---TT-------G----TG----GGGG-------------------------------------AGTAATGTA--C-CTCT-------CC-ATGTATC--ATTA-A--TCTACCA-ATAA----AAG--GGC-CAAAACTCCTGAAAGAAAG
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ACAAAGAAGCTACAAAGCAAGATGCGACATATAGAGAAATGAAAATAGAAACAGCAAACCCCGAACGGACGGACTTGCAGACATCACTGTACCTTAACACGCCCA
Unaligned ( gi|35 ): ACATGATTTGGAGTAACCCGTAAAGAAGCTACATTGCAAGTTTCCACTTGATATGTGACAGACACATGAAAACAGAC
Unaligned ( gi|36 ): AACAAGAGTACCGGAAATGCTACATGTGTATAATGTCCCAATCACAAGCTTACGTATGTAGAGTGTTTTTCTTAAGG
Unaligned ( gi|37 ): ACATGATTTGGAGTAACCGTAAAGAAGCTACATTGCAAGTTTCCACTTGATATGTGACAGACACATGAAAACAGA
Unaligned ( gi|39 ): ACCGCTTTATAACTTTTTGAAACAACTGGAATAAGTGTACATGTATGTACTGTAAC