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Reference ( gi|6 )            :                                                                                                                AAAAAA--AAG--T-ACT--C-GAGAAAA-AA-------GTGGG--G--G--G--G------G---------CA-A--AAACA-T--AC-T-T---TTG--------C-C-CCCC-CC--CTCCCACCTTTTG-AAAG-TGGGGGG-----GG---CCA--A----TG-TGCCC-CCCA--C------ATGCCCCCCCCGGC--T-CCTACGCCCATG
gi|3                          :                                                                                                                AAAAAA--AAGATT-ACT--C-GAGAAAG-AA-------GTTG-----------------------------------------------T-T---TGG--------T-T-GCCC-CC--CTCCC--CTTTCA-AAAG-TGGGGG------------CA-------TG-TGCCC-CCCC--CCCCATTGTTCCCCCCCAGGC--T-CCTACGCCC
gi|1                          :                             aacactaaaagtggggaagcaaacctctatttattactgaaagtgttgtgggggtcacacttctaaattgttgttgtattcagAAAAAA--AAG--TTACTTTC-GGGAAGACAA-------AAGGG--G--G--G--G------G---------CA-A--AAACA-------------TTG--------C-C-CCCC-CC--CCCCCCCC
gi|11                         : aacactaaaagtgtgtgtgtgtgtgatgggggggcgggggcataatctctattttattactgaaagtggggcgtgggaggcacgaattcaaattgtgcttgtatttttcagAAAAAA--AAG--TTGCT--A-GAAAAAA-AAAAAAAAGGGGGG--G--G--G--GAGGGGCG---------CA-A--AAACA-T--AC-T-T---TTGGGGTAATTC-C-CCCC-CC--Ccggcgctcctacgcccatgtagcacgattcctgtccaagattcacatcgtattctctgtattgttccgtttgtt
gi|5                          :                                                                                                            aagaAAAAAACGAAT--T-ATT--TTGACAAAA-AGTGTGG--GCGGG--G--G--G--G------GGGGTC----CA-AGTAGACA-TCAAC-T-TATTTCA--------C-C-CCCC-CC--CTCC
gi|14                         :                         tgaggggggagggctggtaattcgtcttaaatcactgaaagtttggatgtggggggttcatatacttgtctagaattatgtatgcagaAAAAA--AAT--T-ACT--T-GACAAAA------------GGG--G--GTAG--G------G---------CA-A--AAACA-T--AC--------TG--------C-C-CCCA-CCGGCTCCTACtcctactcttca
gi|4                          :                                                                                                                cagAAA--AAC--T---T--C-ACGAAAA-AA-------G-GGG--G--A--G--G------G---------CA-A--AAACA----AC-TAT---TTG--------C-C-CCCCTCC--CTCTCCCCgcccatga
gi|2                          :                         aaatctgcactatgggggcggggggcaaacctcattttagttactgaatgtgggtggggcacacttctaaatagtgtgttgtgcaggaaagat--AAT--T-ACT--T-AACAAAA-GG-------GGGGG--G--G--G--G------G---------GC-A--AAATA-T--AC-G-T---TTG--------ccactccctgccccgccggcttctatacgccatgaa
gi|9                          :                             tgaagggagaagacaggattttcataaaagttcactatatgtgtgtggggtgacttctaattaatggtgtcagtggatggctgtcatgatgcagaaaacaaaagtaattAAA-AA-------GGGAG--GTTG--GTTG------G---------CA-A--AAACA-T--AT-T-T---TTG--------C-C-ACCC-CA--CCC---CCTTTCA-AAAG-TGGGGGA-----GG----CA--A----T--TGCCC-CC----C------GTGCCCCCCCCatgcttcccaattgcaatctctcctccctcctctgcttc
gi|9                          :                                                                                                                                     agctgacA-AA-------GGGGGTGG--G--GT-G------G---------CA-A--AAATA-T--GT-T-T---TTG--------C-CAACCA-AC--CTCC--CTTTTTG-
gi|4                          :                                                                                                                                      agctgaA-GA-------GGGAG--G--G--G--G------G---------CA-A--ATAGT-T--GT-T-T---TTG--------C-C-CTCC-CC--CTcaaaagtgggggaggcaattgccccccgtgcccccccc
gi|1                          :                                           aaatctgcactatgggggcggggggcaaacctcattttagttactgaatgtgggtggggcacacttctaaatagtgtgttgtgcaggaaagataaaaacttcacgaaaaaGGG--G--G--G--G------G---------CA-A--------T--GT-T-T---TTG--------C-C-CCCC-CC--TTTTGTCTTCCCG-AAAG-Tccccccactccctgccccgccggcttctatacgccatgaa
gi|11                         :                               aacactaaaagtgtgtgtgtgtgtgatgggggggcgggggcataatctctattttattactgaaagtggggcgtgggaggcacgaattcaaattgtgcttgtatttttcagaaaaaaaagttGGG--G--G--G--G------GGAATTACCCCA-A--AAGTA-T--GT-T-T---TTG--------CGC-CCCT-CC--CCCCCCCCTTTTcccccccccggcgctcctacgcccatgtagcacgattcctgtccaagattcacatcgtattctctgtattgttccgtttgtt
gi|13                         :                                                                                                                             aagaaaaaaaaagttgctagaaaaaaaaaaG--G--G--G--G------G---------CA-------CA-T-------------G--------C-C-CCCC-CC--C--CCAC-TTTCA-AAAG-TGGGG
gi|15                         :                                                                                                                                           aaaaacactacttttgG--G--G--G--G------G---------CA-A-----CA-T-------------G--------C-C-AACC-CC--CCCCCACTTTTCA-AAAGGTGGGGGG-----GG---atggctcctacgcccatg
gi|2                          :                                                                                                                                                    ttgccccG--G--G--A--A------G---------CATC--AAACG-T--ATAT-T---TTG--------C-C-CCCC-CC--CCC---CCTTTTG-atgctcctacgcccat
gi|13                         :                                                                  tgaagggagaagacaggattttcataaaagttcactatatgtgtgtggggtgacttctaattaatggtgtcagtggatggctgtcatgatgcagaaaacaaaagtaattaattacttaaA-A--AAACACT--AC-T-T---TTG--------C-C-CC------------AC-TTTTG-AAAG-TGGGGGG-----GGGGGC----A----TG-TGCCC-CCCA-------------------TGGC--T-CCTACGCCCATGaattgcaatctctcctccctcctctgcttc
gi|18                         :                                                                                                                                                                                          -A--AAACA-T--AT-TCT---TCG--------C-C-CC-------------CCTTCTG--AAG-TGGGGGG-------------------------------CA--C------AT--CCCCCCCTGC--TGCCTACGCCCATG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                          -A--AAACA-T--AC-------TTA--------A-C-CCCC-CC--------GCTTTTA-AAA----GGGGG-----GG---C----A----CT-TGCCC-CCC-----------TGCCCCACT--GC--T-TCTACGCC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                               AACA-T--AC-T-T---TTG--------C-C-CCC--------CCCA-CTTTTG-AAA---GGGGGG-----GG---C----A----TG-T--CC-CCCATCC------CCCCCCCCCCCGG---T-CCTACGCCCAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                               AACA-T--AC-T-T---TGC--------C-C-CCCC-CC--CTCCC----TTTG-AAAGTTGGAGGG-----GG---GCATCT----TG-CGCCC-CCC---C------CCCCCCCTCCTGGC--T-CTTGCGCCC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                ACA-T--AC-T-T---TTT--------T-G-CCCC-CC--CGCCCACCTTTTG-AAAG-TGGGGGG-----GG----CA--A----TG-TGACC-CC------------TGCCCC
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                     --AC-T-T---TTG--------C-C-CCCC-AC--TT------TTTTG-AAA--TGGGGGG-----------CG--A----TG-T-------CA------------CCCCCCCCGG---T-CCTACGCCCAtacgc
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                         ta-T---TTG--------C-C-CCCC-CC--TT-------TTTG-AAAG-T---GGG-----GG---C----A----TG-TGCCCGCCCA---------AT----CCCCCGGC--T-CC-ACGCCCAT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                            c---TTG--------C-C-CCCC-CC--C-CCCACCTTTTGAAAAG-TGGGGGGGGGTTGG---C----A----TGTTGCCC-CCCA--T------------------GC--T-CCTACGCCCAT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                 TG--------C-C-CCCC-----------CCTTTCA-AAAG-TGGGGGG-----GG---CAA--A----AG-T
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                         aacatCCTTTCA-AAAG-TGGGTGG-----TG---GTA--A----T--TGCCC-CCCC--C---------CCCCCCCCG-C--T-CCTACGCCCtgtcccccatcccccccccccccggtcctacgcccat
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                       AAG-GGAAAGG-----GG---T----A----TG-TGCCC-CCCC--C---------CCCCCCCTTG---T-CCTACGCCCATGtgtggaccgaccgttgtggtctggtgattacaatgtttctctttcgta
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                            GGGGGG-----GG---CAA--AAACAT--TGCCC-CCCC--C------C--CCCCCCCCGGCGCT-CCTACGCCCATG
gi|14                         :                                                                                                                                                                 aacactaaaagtgtgtgtgtgtgtgatgggggggcgggggcataatctctattttattactgaaagtggggcgtgggaggcacgaattcaaattgtgcttgtatttttcagaaaaaaaagttactttcgggaagacaaaaTGCCCCCACCGGC--T-CCTACGCCCATGtagcacgattcctgtccaagattcacatcgtattctctgtattgttccgtttgtt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): ACACTTAAAAGGGCAAACCTCTATAAATTACTAAAGTGGGGGGCAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC






Alignments
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Reference ( family-326 )      :                                                                                                                                                      AAAAAA--AANTACT--C-GANAAAA-AA--------GGGGGG--GG--G------G--CA-A--AAACA-T--AC--T-T---TT-G--------CCCCCC-CC--CTCCC-CCTTTCGAAA-G-TGGGGGGGG-----CCA--A----TGT-GCCC-C--CCAC--------T-CCC--CC-C--CCGGC--T-CCTACGC-CCATG
gi|1                          :                                                                                                                                                      AAAAAA--AGTTACTTTC-GGGAAGACAA--------AAGGGG--GG--G------G--CA-A--AAACA--------------TT-G--------CCCCCC-CC--CCCCC-CC
gi|1                          :                                                                                                                                                            aacactaaaagtgtgtgtgtgtgtgatgggggggcgggggcataatctctattttattactgaaagtggggcgtgggaggcacgaattcaaattgtgcttgtatttttcagaCAAAA-G---GGGGGGG-----CAA--AAACAT-T-GCCC-C--CCCC--------C-CCC--CC-C--CCGGCGCT-CCTACGC-CCATGccggcgctcctacgcccatgtagcacgattcctgtccaagattcacatcgtattctctgtattgttccgtttgtt
gi|10                         :                                                                                 aacactaaaagtgtgtgtgtgtgtgatgggggggcgggggcataatctctattttattactgaaagtggggcgtgggaggcacgaattcaaattgtgcttgtatttttcagaaaaaaaagttactttcgggaagaAACA-T--AC--T-T---T--G--------CCCCC--CC--CCCTC-CCTTT-GAAA-GTTGGAGGGGG-----GCATCT----TGC-GCCC-C--CCCC--------C-CCC--CCTC--CTGGC--T-CTTGCGC-CCtagcacgattcctgtccaagattcacatcgtattctctgtattgttccgtttgtt
gi|11                         :                                                                                                                                                      AAAAAA--AGTTGCT--A-GAAAAAA-AAAAAAAAG-GGGGGG--GG--GAGGGGCG--CA-A--AAACA-T--AC--T-T---TT-GGGGTAATTCCCCCC-CC--C
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                   aagaaAACA-T--AC--T-T---TT-G--------CCCCC--------CCC-ACTTTTGAAA----GGGGGGGG-----C----A----TGT-CCCC-CATCCCC--------C-CCC--CC-C--CCGG---T-CCTACGC-CCAT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                  A-A--AAACACT--AC--T-T---TT-G--------CCCCAC-------------TTTTGAAA-G-TGGGGGGGGGGG--C----A----TGT-GCCC-C--CCAT-----------------------GGC--T-CCTACGC-CCATG
gi|14                         :                                                                                                                                                       AAAAA--AATTACT--T-GACAAAA-----------GGGGGT--AG--G------G--CA-A--AAACA-T--AC---------T-G--------CCCCCA-CCGGCTCC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       cagAC--------T-GCC--CC-CA-CCGGC--T-CCTACGC-CCATGtacgcccatga
gi|15                         :                                                                                                                                                                                             cagaaaaaaattacttgacaaaagggggtagggcaaaaacat---TT-G--------CCCCCC-CC--CCCCA-CCTTTTGAAAAG-TGGGGGGGGGTTGGC----A----TGTTGCCC-C--CCAT------------------------GC--T-CCTACGC-CCATa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                   -A--AAACA-T--AC--------TT-A--------ACCCC--------CCC-GCTTTTAAAA-----GGGGGGG-----C----A----CTT-GCCC-C--C--C--------T-GCC--CC-A--CT-GC--T-TCTACGC-
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                         ACA-T--ACTTT-T---TT-G--------CCCCCC-CG--C-CCA-CCTTTTGAAA-G-TGGGGGGGG------CA--A----TGT-GACC-C--CTGC--------C-CC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                   -A--AAACA-T--AT--T-C---TTCG--------CCCCCC--------------TTCTGAA-G-TGGGGGG------------------------------CAC--------A-TCC--CC-C--CCTGC--TGCCTACGC-CCATGtacgc
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                     -T---TT-G--------CCCCCC-CC--TT-------TTTGAAA-G-T---GGGGG-----C----A----TGT-GCCCGC--CCAA--------T------CC-C--CCGGC--T-CC-ACGC-CCAT
gi|2                          :                                                                                                                                                           c--AATTACT--T-AACAAAA-GG--------GGGGGG--GG--G------G--GC-A--AAATA-T--AC--G-T---TT-G--------
gi|2                          :                                                                                  tgaagggagaagacaggattttcataaaagttcactatatgtgtgtggggtgacttctaattaatggtgtcagtggatggctgtcatgatgcagaaaacaaaagtaattGG--GA--A------G--CATC--AAACG-T--ATA-T-T---TT-G--------CCCCCC-CC----CCC-CCTTTTGatgcttcccaattgcaatctctcctccctcctctgcttc
gi|20                         :                                                                                                       tgaagggagaagacaggattttcataaaagttcactatatgtgtgtggggtgacttctaattaatggtgtcagtggatggctgtcatgatgcagaaaacaaaagtaattaattacttaa--AC--T-T---TT-G--------CCCCCC-AC--TT------TTTTGAAA---TGGGGGG--------CG--A----TGT----------CAC-----------CC--CC-C--CCGG---T-CCTACGC-CCAaattgcaatctctcctccctcctctgcttc
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                             taAA-G-GGAAAGGGG-----T----A----TGT-GCCC-C--CCCC--------C-CCC--CC-C--TTG----T-CCTACGC-CCATG
gi|3                          :                                                                                                                                                      AAAAAA--GATTACT--C-GAGAAAG-AA--------GTTG-------------------------------------T-T---TG-G--------TTGCCC-CC--CTCCC-C-TTTCAAAA-G-TG---GGGG-----C----A----TGT-GCCC-C--CCCCCCCATTGTT-CCC--CC-C--CAGGC--T-CCTACGC-CC
gi|4                          :                                                                 aacactaaaagtggggaagcaaacctctatttattactgaaagtgttgtgggggtcacacttctaaattgttgttgtattcagaaAAAGAT--AAAAACT--T-CACGAAA-AA--------AGGGGG--AG--G------G--CA-A--AAACA----AC--TAT---TT-G--------CCCCCCTCC--CTCTC-CC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                          aaatctgcactatgggggcggggggcaaacctcattttagttactgaatgtgggtggggcacacttctaaatagtgtgttgtgcaggCCC-C--CCAC--------T-CCCTGCC-CCGCCGGC--T-TCTATACGCCATGcccactccctgccccgccggcttctatacgccatgaa
gi|5                          : aaatctgcactatgggggcggggggcaaacctcattttagttactgaatgtgggtggggcacacttctaaatagtgtgttgtgcaggaaagataaaaacttcacgaaaaaagggggagggcaaaaacaactatttgcccccctccctctAAAAAACGAATTATT--TTGACAAAA-AGTGTGGGCGGGGGGG--GG--G------GTCCA-AGTAGACA-TCAAC--T-TATTTC-A--------CCCCCC-CC--CTCCT-CCTaa
gi|6                          :                                                              tgaggggggagggctggtaattcgtcttaaatcactgaaagtttggatgtggggggttcatatacttgtctagaattatgtatgcagaAAAAAA--AAGTACT--C-GAGAAAA-AA--------GTGGGG--GG--G------G--CA-A--AAACA-T--AC--T-T---TT-G--------CCCCCC-CC--CTCCCACCTTTTGAAA-G-TGGGGGGGG-----CCA--A----TGT-GCCC-C--CCACA-------TGCCC--CC-C--CCGGC--T-CCTACGC-CCATGactcttca
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                      -CCTTTCAAAA-G-TGGGTGGTG-----GTA--A----T-T-GCCC-C--CC-C--------C-CCC--CC-C--CCG-C--T-CCTACGC-CC
gi|9                          :                                                                                                                                                                             AAA-AA--------GGGAGGTTGGTTG------G--CA-A--AAACA-T--AT--T-T---TT-G--------CCACCC-CA--C--CC-CCTTTCAAAA-G-TGGGGGAGG------CA--A----T-T-GCCC-C--CCGT--------G-CCC--CC-C--CCtgtggaccgaccgttgtggtctggtgattacaatgtttctctttcgta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): ACACTTAAAAGGGCAAACCTCTATAAATTACTAAAGTGGGGGGCAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC






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Reference ( family-326 )      :                                                                                              AAAAAA--AATTACT--C-GANAAAA-AA--------GGGGGG--GG--G------G--CA-A--AAACA-T--AC--T-T---TT-G--------CCCCCC-CC--CTCCC-CCTTTCG-AAAGT-GGGGGG-----GG---CCAA----TG-TGCCC-C--CCAC--CCC------CCC---CCC--GGC--T-CCTACGCCCATG
gi|1                          :                                                                                              AAAAAA--AGTTACTTTC-GGGAAGACAA--------AAGGGG--GG--G------G--CA-A--AAACA--------------TT-G--------CCCCCC-CC--CCCCC-CC
gi|1                          :                                                                                                    aacactaaaagtgtgtgtgtgtgtgatgggggggcgggggcataatctctattttattactgaaagtggggcgtgggaggcacgaattcaaattgtgcttgtatttttcagaCA-AAAG---GGGGG-----GG---CAAAAACAT--TGCCC-C--CCCC--CCC------CCC---CCC--GGCGCT-CCTACGCCCATGccggcgctcctacgcccatgtagcacgattcctgtccaagattcacatcgtattctctgtattgttccgtttgtt
gi|10                         :                         aacactaaaagtgtgtgtgtgtgtgatgggggggcgggggcataatctctattttattactgaaagtggggcgtgggaggcacgaattcaaattgtgcttgtatttttcagaaaaaaaagttactttcgggaagaAACA-T--AC--T-T---T--G--------CCCCCC-CC--C-CTC-CCTTT-G-AAAGTTGGAGGG-----GG---GCAT----CT-TGCGC-C--CCCC--CCC------CCCCCTCCT--GGC--T-CTTGCGCCCtagcacgattcctgtccaagattcacatcgtattctctgtattgttccgtttgtt
gi|11                         :                                                                                              AAAAAA--AGTTGCT--A-GAAAAAA-AAAAAAAAG-GGGGGG--GG--GAGGGGCG--CA-A--AAACA-T--AC--T-T---TT-GGGGTAATTCCCCCC-CC--C
gi|12                         :                                                                                                                                                           aagaaAACA-T--AC--T-T---TT-G--------CCCCCC-CC--A------CTTTTG-AAAG---GGGGG-----GG---C--A----TG-TCCCC-CATCCCC--CCC------CCC---CCC--GG---T-CCTACGCCCAT
gi|13                         :                                                                                                                                                          A-A--AAACACT--AC--T-T---TT-G--------CCCCAC-------------TTTTG-AAAGT-GGGGGG-----GGGGGC--A----TG-TGCCC-C--CCAT----------------------GGC--T-CCTACGCCCATG
gi|14                         :                                                                                               AAAAA--AATTACT--T-GACAAAA-----------GGGGGT--AG--G------G--CA-A--AAACA-T--AC---------T-G--------CCCCCA-CCGGCTCC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                     cagCC------CCC---ACC--GGC--T-CCTACGCCCATGtacgcccatga
gi|15                         :                                                                                                                                 cagaaaaaaattacttgacaaaagggggtagggcaaaaacatactg---TT-G--------CCCCCC-CC--CCCCA-CCTTTTGAAAAGT-GGGGGGGGGTTGG---C--A----TGTTGCCC-C--CCAT-----------------------GC--T-CCTACGCCCATa
gi|16                         :                                                                                                                                                           -A--AAACA-T--AC--T-T------A--------ACCCCC-CC--G------CTTTTA-AAAG----GGGG-----GG---C--A----CT-TGCCC-C--CC-----TG------CCC---CAC--TGC--T-TCTACGCC
gi|17                         :                                                                                                                                                                 ACA-T--ACTTT-T---TT-G--------CCCCCC-CG--C-CCA-CCTTTTG-AAAGT-GGGGGG-----GG----CAA----TG-TGACC-C--CTGC--CCC------
gi|18                         :                                                                                                                                                           -A--AAACA-T--AT--T-C---TTCG--------CCCCCC--------------TTCT-GAAGT-GGGGGG-------------------------------CAC--ATC------CCC---CCC--TGC--TGCCTACGCCCATGtacgc
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gi|2                          :                                                                                                   c--AATTACT--T-AACAAAA-GG--------GGGGGG--GG--G------G--GC-A--AAATA-T--AC--G-T---TT-G--------
gi|2                          :                          tgaagggagaagacaggattttcataaaagttcactatatgtgtgtggggtgacttctaattaatggtgtcagtggatggctgtcatgatgcagaaaacaaaagtaattGG--GA--A------G--CATC--AAACG-T--ATA-T-T---TT-G--------CCCCCC-CC----CCC-CCTTTTG-atgcttcccaattgcaatctctcctccctcctctgcttc
gi|20                         :                                               tgaagggagaagacaggattttcataaaagttcactatatgtgtgtggggtgacttctaattaatggtgtcagtggatggctgtcatgatgcagaaaacaaaagtaattaattacttaa--AC--T-T---TT-G--------CCCCCC-AC--TT------TTTTG-AAA-T-GGGGGG-----------CGA----TG-T---------CAC--CCC------CCC---C----GG---T-CCTACGCCCAaattgcaatctctcctccctcctctgcttc
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                      taAAGG-GAAAGG-----GG---T--A----TG-TGCCC-C--CCCC--CCC------CCC---CTT--G----T-CCTACGCCCATG
gi|3                          :                                                                                              AAAAAA--GATTACT--C-GAGAAAG-AA--------GTTG-------------------------------------T-T---TG-G--------TTGCCC-CC--CTCCC-C-TTTCA-AAAGT-G---GG-----GG---C--A----TG-TGCCC-C--CCCC--CCCATTGTTCCC---CCCCAGGC--T-CCTACGCCC
gi|4                          :             aacactaaaagtggggaagcaaacctctatttattactgaaagtgttgtgggggtcacacttctaaattgttgttgtattcagaaAA--AA--ACT--T-CACGAAA-AA--------AGGGGG--AG--G------G--CA-A--AAACA----AC--TAT---TT-G--------CCCCCCTCC--CTCTC-CC
gi|5                          : aaatctgcactatgggggcggggggcaaacctcattttagttactgaatgtgggtggggcacacttctaaatagtgtgttgtgcaggaaagatAAAAAACGAATTATT--TTGACAAAA-AGTGTGGGCGGGGGGG--GG--G------GTCCA-AGTAGACA-TCAAC--T-TATTTC-A--------CCCCCC-CC--CTCCT-CCTcccactccctgccccgccggcttctatacgccatgaa
gi|6                          :      tgaggggggagggctggtaattcgtcttaaatcactgaaagtttggatgtggggggttcatatacttgtctagaattatgtatgcagaAAAAAA--AAGTACT--C-GAGAAAA-AA--------GTGGGG--GG--G------G--CA-A--AAACA-T--AC--T-T---TT-G--------CCCCCC-CC--CTCCCACCTTTTG-AAAGT-GGGGGG-----GG---CCAA----TG-TGCCC-C--CCACATGCC------CCC---CCC--GGC--T-CCTACGCCCATGactcttca
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                              -CCTTTCA-AAAGT-GGGTGG-----TG---GTAA----T--TGCCC-C--CC-C--CCC------CCC---CCC--G-C--T-CCTACGCCC
gi|9                          :                                                                                                                     AAA-AA--------GGGAGGTTGGTTG------G--CA-A--AAACA-T--AT--T-T---TT-G--------CCACCC-CA--C--CC-CCTTTCA-AAAGT-GGGGGA-----GG----CAA----T--TGCCC-C--CCGT--GCC------CCC---CCC--tgtggaccgaccgttgtggtctggtgattacaatgtttctctttcgta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): ACACTTAAAAGGGCAAACCTCTATAAATTACTAAAGTGGGGGGCAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC






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consensus                     :                                                                                              AAAAAA--AATTACT--C-GANAAAA-AA--------GGGGGG--GG--G------G--CA-A--AAACA-T--AC--T-T---TT-G--------CCCCCC-CC--CTCCC-CCTTTCGAAA-GT-GGGGGGGG-----CCAA----TGT-GCCCC--CCNC--CCC------CCC---CCC--GGC--T-CCTACGCCCATG
Reference ( family-326 )      :                                                                                              AAAAAA--AATTACT--C-GANAAAA-AA--------GGGGGG--GG--G------G--CA-A--AAACA-T--AC--T-T---TT-G--------CCCCCC-CC--CTCCC-CCTTTCGAAA-GT-GGGGGGGG-----CCAA----TGT-GCCCC--CCNC--CCC------CCC---CCC--GGC--T-CCTACGCCCATG
gi|1                          :                                                                                              AAAAAA--AGTTACTTTC-GGGAAGACAA--------AAGGGG--GG--G------G--CA-A--AAACA--------------TT-G--------CCCCCC-CC--CCCCC-CC
gi|1                          :                                                                                                    aacactaaaagtgtgtgtgtgtgtgatgggggggcgggggcataatctctattttattactgaaagtggggcgtgggaggcacgaattcaaattgtgcttgtatttttcagaCAAAA-G---GGGGGGG-----CAAAAACAT-T-GCCCC--CCCC--CCC------CCC---CCC--GGCGCT-CCTACGCCCATGccggcgctcctacgcccatgtagcacgattcctgtccaagattcacatcgtattctctgtattgttccgtttgtt
gi|10                         :                         aacactaaaagtgtgtgtgtgtgtgatgggggggcgggggcataatctctattttattactgaaagtggggcgtgggaggcacgaattcaaattgtgcttgtatttttcagaaaaaaaagttactttcgggaagaAACA-T--AC--T-T---T--G--------CCCCCC-CC--C-CTC-CCTTT-GAAA-GTTGGAGGGGG-----GCAT----CTT-GCGCC--CCCC--CCC------CCCCCTCCT--GGC--T-CTTGCGCCCtagcacgattcctgtccaagattcacatcgtattctctgtattgttccgtttgtt
gi|11                         :                                                                                              AAAAAA--AGTTGCT--A-GAAAAAA-AAAAAAAAG-GGGGGG--GG--GAGGGGCG--CA-A--AAACA-T--AC--T-T---TT-GGGGTAATTCCCCCC-CC--C
gi|12                         :                                                                                                                                                           aagaaAACA-T--AC--T-T---TT-G--------CCCCCC-CC--A------CTTTTGAAA-G---GGGGGGG-----C--A----TGT-CCCCCATCCCC--CCC------CCC---CCC--GG---T-CCTACGCCCAT
gi|13                         :                                                                                                                                                          A-A--AAACACT--AC--T-T---TT-G--------CCCCAC-------------TTTTGAAA-GT-GGGGGGGGGGG--C--A----TGT-GCCCC--CCAT----------------------GGC--T-CCTACGCCCATG
gi|14                         :                                                                                               AAAAA--AATTACT--T-GACAAAA-----------GGGGGT--AG--G------G--CA-A--AAACA-T--AC---------T-G--------CCCCCA-CCGGCTCC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 cagCC------CCC---ACC--GGC--T-CCTACGCCCATGtacgcccatga
gi|15                         :                                                                                                                                 cagaaaaaaattacttgacaaaagggggtagggcaaaaacatactg---TT-G--------CCCCCC-CC--CCCCA-CCTTTTGAAAAGT-GGGGGGGGGTTGGC--A----TGTTGCCCC--CCAT-----------------------GC--T-CCTACGCCCATa
gi|16                         :                                                                                                                                                           -A--AAACA-T--AC--T-T------A--------ACCCCC-CC--G------CTTTTAAAA-G----GGGGGG-----C--A----CTT-GCCCC--CCTG--CCC------CAC---T-----GC--T-TCTACGCC
gi|17                         :                                                                                                                                                                 ACA-T--ACTTT-T---TT-G--------CCCCCC-CG--C-CCA-CCTTTTGAAA-GT-GGGGGGGG------CAA----TGT-GACCC--CTGC--CCC------
gi|18                         :                                                                                                                                                           -A--AAACA-T--AT--T-C---TTCG--------CCCCCC--------------TTCTGAA-GT-GGGGGG---------------------------CAC--ATC------CCC---CCC--TGC--TGCCTACGCCCATGtacgc
gi|19                         :                                                                                                                                                                             -T---TT-G--------CCCCCC-CC--TT-------TTTGAAA-GT----GGGGG-----C--A----TGT-GCCCG--C--C--CAA------TCC---CCC--GGC--T-CC-ACGCCCAT
gi|2                          :                                                                                                   c--AATTACT--T-AACAAAA-GG--------GGGGGG--GG--G------G--GC-A--AAATA-T--AC--G-T---TT-G--------
gi|2                          :                          tgaagggagaagacaggattttcataaaagttcactatatgtgtgtggggtgacttctaattaatggtgtcagtggatggctgtcatgatgcagaaaacaaaagtaattGG--GA--A------G--CATC--AAACG-T--ATA-T-T---TT-G--------CCCCCC-CC----CCC-CCTTTTGatgcttcccaattgcaatctctcctccctcctctgcttc
gi|20                         :                                               tgaagggagaagacaggattttcataaaagttcactatatgtgtgtggggtgacttctaattaatggtgtcagtggatggctgtcatgatgcagaaaacaaaagtaattaattacttaa--AC--T-T---TT-G--------CCCCCC-AC--TT------TTTTGAAA--T-GGGGGG--------CGA----TGT-----------C--ACC------CCC---CCC--GG---T-CCTACGCCCAaattgcaatctctcctccctcctctgcttc
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                     taAA-GG-GAAAGGGG-----T--A----TGT-GCCCC--CCCC--CCC------CCC---CTT--G----T-CCTACGCCCATG
gi|3                          :                                                                                              AAAAAA--GATTACT--C-GAGAAAG-AA--------GTTG-------------------------------------T-T---TG-G--------TTGCCC-CC--CTCCC-C-TTTCAAAA-GT-G---GGGG-----C--A----TGT-GCCCC--CCCC--CCCATTGTTCCC---CCCCAGGC--T-CCTACGCCC
gi|4                          :             aacactaaaagtggggaagcaaacctctatttattactgaaagtgttgtgggggtcacacttctaaattgttgttgtattcagaaAA--AA--ACT--T-CACGAAA-AA--------AGGGGG--AG--G------G--CA-A--AAACA----AC--TAT---TT-G--------CCCCCCTCC--CTCTC-CC
gi|5                          : aaatctgcactatgggggcggggggcaaacctcattttagttactgaatgtgggtggggcacacttctaaatagtgtgttgtgcaggaaagatAAAAAACGAATTATT--TTGACAAAA-AGTGTGGGCGGGGGGG--GG--G------GTCCA-AGTAGACA-TCAAC--T-TATTTC-A--------CCCCCC-CC--CTCCT-CCTcccactccctgccccgccggcttctatacgccatgaa
gi|6                          :      tgaggggggagggctggtaattcgtcttaaatcactgaaagtttggatgtggggggttcatatacttgtctagaattatgtatgcagaAAAAAA--AAGTACT--C-GAGAAAA-AA--------GTGGGG--GG--G------G--CA-A--AAACA-T--AC--T-T---TT-G--------CCCCCC-CC--CTCCCACCTTTTGAAA-GT-GGGGGGGG-----CCAA----TGT-GCCCC--CCACATGCC------CCC---CCC--GGC--T-CCTACGCCCATGactcttca
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                              -CCTTTCAAAA-GT-GGGTGGTG-----GTAA----T-T-GCCCC--CCCC--CCC------CCC---CC----GC--T-CCTACGCCC
gi|9                          :                                                                                                                     AAA-AA--------GGGAGGTTGGTTG------G--CA-A--AAACA-T--AT--T-T---TT-G--------CCACCC-CA--C--CC-CCTTTCAAAA-GT-GGGGGAGG------CAA----T-T-GCCCC--CCGT--GCC------CCC---CCC--tgtggaccgaccgttgtggtctggtgattacaatgtttctctttcgta
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Unaligned ( gi|7 ): ACACTTAAAAGGGCAAACCTCTATAAATTACTAAAGTGGGGGGCAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC






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lowQualScore                  :                                                                                                    99  1    0000  0    4  66666666      55  55 555555 55  1 22     4444  66 2 777  1 66666666      2  44444444     9    7 11        33333333 7777 0 7     77  9 000  222222   777  111   99 9            
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Reference ( family-326 )      :                                                                                              AAAAAA--AATTACT--C-GANAAAA-AA--------GGGGGG--GG--G------G--CA-A--AAACA-T--AC--T-T---TT-G--------CCCCCC-CC--CTCCC-CCTTTCGAAA-GT-GGGGGGGG-----CCAA----TGT-GCCCC--CCNC--CCC------CCC---CCC--GGC--T-CCTACGCCCATG
gi|1                          :                                                                                              AAAAAA--AGTTACTTTC-GGGAAGACAA--------AAGGGG--GG--G------G--CA-A--AAACA--------------TT-G--------CCCCCC-CC--CCCCC-CC
gi|1                          :                                                                                                    aacactaaaagtgtgtgtgtgtgtgatgggggggcgggggcataatctctattttattactgaaagtggggcgtgggaggcacgaattcaaattgtgcttgtatttttcagaCAAAA-G---GGGGGGG-----CAAAAACAT-T-GCCCC--CCCC--CCC------CCC---CCC--GGCGCT-CCTACGCCCATGccggcgctcctacgcccatgtagcacgattcctgtccaagattcacatcgtattctctgtattgttccgtttgtt
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gi|2                          :                          tgaagggagaagacaggattttcataaaagttcactatatgtgtgtggggtgacttctaattaatggtgtcagtggatggctgtcatgatgcagaaaacaaaagtaattGG--GA--A------G--CATC--AAACG-T--ATA-T-T---TT-G--------CCCCCC-CC----CCC-CCTTTTGatgcttcccaattgcaatctctcctccctcctctgcttc
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gi|5                          : aaatctgcactatgggggcggggggcaaacctcattttagttactgaatgtgggtggggcacacttctaaatagtgtgttgtgcaggaaagatAAAAAACGAATTATT--TTGACAAAA-AGTGTGGGCGGGGGGG--GG--G------GTCCA-AGTAGACA-TCAAC--T-TATTTC-A--------CCCCCC-CC--CTCCT-CCTcccactccctgccccgccggcttctatacgccatgaa
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gi|9                          :                                                                                                                     AAA-AA--------GGGAGGTTGGTTG------G--CA-A--AAACA-T--AT--T-T---TT-G--------CCACCC-CA--C--CC-CCTTTCAAAA-GT-GGGGGAGG------CAA----T-T-GCCCC--CCGT--GCC------CCC---CCC--tgtggaccgaccgttgtggtctggtgattacaatgtttctctttcgta


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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): ACACTTAAAAGGGCAAACCTCTATAAATTACTAAAGTGGGGGGCAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC






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Reference ( family-326 )      :                                                                                              AAAAAA--AATTACTT--GANAAAA-AA--------GGGGGG--GG--G------G--CA-A--AAACA-T--AC-T-T---TT--G--------CCCCCC-CC--CTCCC-CCTTTCG-AAAGT--GGGGGG-----G-----G---C--A---TG-TGCCCC--CCNC--CC--C------CCC-CCC--GGC--T-CCTACGC-CCATG
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gi|14                         :                                                                                               AAAAA--AATTACTT--GACAAAA-----------GGGGGT--AG--G------G--CA-A--AAACA-T--AC--------T--G--------CCCCCA-CCGGCTCC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        cagC--C------CCC-ACC--GGC--T-CCTACGC-CCATGtacgcccatga
gi|15                         :                                                                                                                               cagaaaaaaattacttgacaaaagggggtagggcaaaaacatactg---TT--G--------CCCCCC-CC--CCCCA-CCTTTTGAAAAGT--GGGGGGGGGTTG-----G---C--A---TGTTGCCCC--CCAT-----------------------GC--T-CCTACGC-CCATa
gi|16                         :                                                                                                                                                          -A--AAACA-T--AC-T-T-------A--------ACCCCC-CC--G------CTTTTA-AAAG-----GGGG-----G-----G---C--A---CT-TGCCCC--CCTG--CC--C------CAC-T-----GC--T-TCTACGC-
gi|17                         :                                                                                                                                                                ACA-T--AC-T-T---TTTTG--------CCCCCC-CG--C-CCA-CCTTTTG-AAAGT--GGGGGG-----G-----G---CA-A---TG-TGACCC--CTGC--CC--C------
gi|18                         :                                                                                                                                                          -A--AAACA-T--AT-T-C---TTC-G--------CCCCCC--------------TTCT-GAAGT--GGGGGG-----C-----A---C--A---T--------------------C------CCC-CCC--TGC--TGCCTACGC-CCATGtacgc
gi|19                         :                                                                                                                                                                           -T---TT--G--------CCCCCC-CC--TT-------TTTG-AAAGT-----GGG-----G-----G---C--A---TG-TGCCCG--C--C--CA--A------TCC-CCC--GGC--T-CC-ACGC-CCAT
gi|2                          :                                                                                                   c--AATTACTT--AACAAAA-GG--------GGGGGG--GG--G------G--GC-A--AAATA-T--AC-G-T---TT--G--------
gi|2                          :                         tgaagggagaagacaggattttcataaaagttcactatatgtgtgtggggtgacttctaattaatggtgtcagtggatggctgtcatgatgcagaaaacaaaagtaattGG--GA--A------G--CATC--AAACG-T--ATAT-T---TT--G--------CCCCCC-CC----CCC-CCTTTTG-atgcttcccaattgcaatctctcctccctcctctgcttc
gi|20                         :                                              tgaagggagaagacaggattttcataaaagttcactatatgtgtgtggggtgacttctaattaatggtgtcagtggatggctgtcatgatgcagaaaacaaaagtaattaattacttaa--AC-T-T---TT--G--------CCCCCC-AC--TT------TTTTG-AAA-T--GGGGGG-----C-----G------A---TG-T----------C--AC--C------CCC-CCC--GG---T-CCTACGC-CCAaattgcaatctctcctccctcctctgcttc
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                     taAAGG--GAAAGG-----G-----G---T--A---TG-TGCCCC--CCCC--CC--C------CCC-CTT--G----T-CCTACGC-CCATG
gi|3                          :                                                                                              AAAAAA--GATTACTC--GAGAAAG-AA--------GTTG------------------------------------T-T---TG--G--------TTGCCC-CC--CTCCC-C-TTTCA-AAAGT--G---GG-----G-----G---C--A---TG-TGCCCC--CCCC--CC--CATTGTTCCC-CCCCAGGC--T-CCTACGC-CC
gi|4                          :             aacactaaaagtggggaagcaaacctctatttattactgaaagtgttgtgggggtcacacttctaaattgttgttgtattcagaaAA--AA--ACTT--CACGAAA-AA--------AGGGGG--AG--G------G--CA-A--AAACA----AC-TAT---TT--G--------CCCCCCTCC--CTCTC-C-----------------------------------------------CCCC--ACTC--CCTGC------CCC-GCC--GGC--T-TCTATACGCCATG
gi|5                          : aaatctgcactatgggggcggggggcaaacctcattttagttactgaatgtgggtggggcacacttctaaatagtgtgttgtgcaggaaagatAAAAAACGAATTATTTT-GACAAAA-AGTGTGGGCGGGGGGG--GG--G------GTCCA-AGTAGACA-TCAAC-T-TATTTC--A--------CCCCCC-CC--CTCCT-CCTaa
gi|6                          :      tgaggggggagggctggtaattcgtcttaaatcactgaaagtttggatgtggggggttcatatacttgtctagaattatgtatgcagaAAAAAA--AAGTACTC--GAGAAAA-AA--------GTGGGG--GG--G------G--CA-A--AAACA-T--AC-T-T---TT--G--------CCCCCC-CC--CTCCCACCTTTTG-AAAGT--GGGGGG-----G-----G---CCAA---TG-TGCCCC--CCACATGC--C------CCC-CCC--GGC--T-CCTACGC-CCATGactcttca
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                             -CCTTTCA-AAAGT--GGGTGGT----G-----G---T--A---AT-TGCCCC--CCCC--CC--C------CCC-CC----GC--T-CCTACGC-CC
gi|9                          :                                                                                                             T--GACAAAA-A---------GGGAGGTTGGTTG------G--CA-A--AAACA-T--AT-T-T---TT--G--------CCACCC-CA--C--CC-CCTTTCA-AAAGT--GGGGGA-----G-----G---C--A---AT-TGCCCC--CCGT--GC--C------CCC-CCC--tgtggaccgaccgttgtggtctggtgattacaatgtttctctttcgta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): ACACTTAAAAGGGCAAACCTCTATAAATTACTAAAGTGGGGGGCAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC