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lowQualScore                  :                   . .. . ..............    ......    .  .. .  ........  . ... .  ........... ...  ..     ...... ....   .. . ......  ..  ............  .  ..... . ... ...... .......... ...... .... . ....   ..  . ......................    .... .. ................  ...    ..... ...... . ... ...  .     ...    .. ..... .       
lowQualScore                  :                   0 33 9 22222222222222    333333    4  11 8  55555555  8 444 6  55555555555 222  99     555555 4444   77 7 888888  00  666666666666  7  11111 7 999 777777 7777777777 777777 8888 7 0000   00  7 2222222222222222222222    0000 00 8888888888888888  333    11111 222222 5 333 555  6     444    33 99999 1       
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Reference ( gi|18 )           :          TAGAACTTT-T--A-C---T----A-----ATAT------TATTGAT--A-AA-----AT-TC-A-A-T-TT------C----T--TGA--AACAC------T----AAA-GC-A------AA--GA------------CT-TC-----C-C---C------T------T---T------C----C-CAA-ATGC--GC-A-G--T-TT-A--------T---AACA----C--A---------C------TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----T-GCGGCCA
gi|57                         :          TAAAA-TTT-C--A-C---A----C-----ATAT------CA---AT--A-AG-----AA-TC-A-A-A-TT------A----T--CGA--AACGC------T----AA---C-A------AA--GA------------CT-TC-----C-C---C------T------T---T------C----C-C-C-ATGC--GC-A-T--A-TT-A--------T---AATA----C--
gi|20                         :     ttttcaAGAACTTT----A-C---T----A-----ATAT------TATTGAT--A-AA------T-TA-A-A-T-TT------C----T--TGA--AAGAC------T----AAA-TC-A------AA--GA------------CT-TC-----C-C---C------T------C---T------C----C-CCA--TGC--GC-A-C--T-TA-A--------G---AACA----C--A---------A------TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCAC--C-----T-GCGGC
gi|39                         :       attcAGAACTTT-T--A-C---T----A-----ATAT------TATTGAT--A-AA------T-TC-A-A-T-TT------C----T--TGA--AACAC------T----AAA-TC-A------AA--GA------------CT-TC-----C-C---C------T------C---T------CT---C-C---ATGT--GC-A-C--T-TA-A--------G---AACA----C--A---------A------TC---ACTA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---G
gi|14                         :        ttcAGAACTTT-T--A-C---T----C-----ATAT------TATTAAT--A-AAGA---AT-T--A-C-T-TT------A----T--TGA--AATAC------T----AAA-AC-A------AA--GA------------CCACC-----C-C---C------T------C---T------C----C-CCATGTGT--GC-A------TT-C--------T---AACA----T--A---------A------CC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGTC---GCTC--C-----T-GCGGCC
gi|51                         :         tcAGAACTTT-T--A-C---T----A-----ATAT------TATTGAT--A-AA-----AT-TC-A-A-TATT------C----T--TGA--AACACTTT---T----AAA-GC-A------AA--GA------------CT-TC-----C-C---C------T------T---T------C----C-C-C-ATGC--GC-A------TT-A--------T---AAga
gi|49                         :         tcAGAACTTT-T--AAC---T----A-----ATAT------TATTGAT--A-AA-----AT-TC-A-A-T-TT------C----T--TGA--AACAC------TTTA-AAA-GCAA------AA--GA------------CT-TC-----C-C---C-------------T---T------C----C-CAT-GTGT--GC-ACT--T-TT-A--------T---AACA----C--A---------A------TC---ACttataccaagc
gi|27                         :        ttcAGAATTTT-T--A-C--------------ACAT------TATT-------AA-----AT-T--A-A-T-TT------T----T--CGA--AACAC------G----AAA-AC-A------AA--GA------------CT-CC-----C-G---C------T------T---T------C----C-CCA--TGT--GC-A-GAAT-CTGA--------TCCAAACA----C--A---------A------TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----T-GCGG
gi|4                          :        ttcAGAATTTT-T--A-C---A----C-----ATAT------TTTTGAC--A-AA-----GGATC-A-C-T-TC------A----T--CGA--AACAC------T----CAA-AC-A------AA--GACTTCATCCGGGACT-TC-----C-C---C------T------T---T------C----C-C-C-ATGC--GC-T-C--T-TT-C--------T---AACA----C--A---------A------TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----T-GTGGCC
gi|5                          :      tattcAGAATTTT-T--A-CACAT----ACATGTACATG-----CATTATT--A-AA--------TC-A-A-G-TT------T----T--CGA--AACAC------T----AAA-CC-A------AA--GA------------CT-CC-----C-G---C------T------C---T------C----C-CCC-ATGT--GC-A-A--A-TC-A--------A---AACA----C--A---------A------TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----T-GCGGCCga
gi|23                         :     ttattcAGAACTTT-T--A-C---T----A-----ATAT------T---GAT--A-AA-----AT-TC-A-A-T-TT------C----T--TGA--AACAC------TTTTAAAA-AC-A----------------------------C-----C-C---------------------------------------ATGC--GC-A-T--T-AT-A--------T---AACA----C--A---------A------TCACAACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--CGCCCTT-GCGACCga
gi|34                         :         tcAGAACATT-T--A-C---A----C-----ATAT------CATTAAT--A-AAG----AA-TC-A-C-T-TT------A----T--CGA--AACAC------T----AAA-AC-A------AA--GA------------CT-TC-----C-C---C------T------C---T------C----C-CCT-ATTC------------------------T---AACA----C--A---------A------CC---ACAC-----A------T-A---G---AT-CGGTC---GCTT--T-----T-GCGGCgataa
gi|25                         :        tgcAGAACGTT-T--A-C---A----C-----TTAT------TATTAAT--A-GA-----AA-TC-A-T-T-TT------C----T--CGA--AACAC------T----AAA-AG-A------AA--GA------------CT-TC-----C-CTAGC------T------C---T------C----C-C---ATGT--GC-A-G--A-TT-A--------A---AACA----C--A---------A------TC---AGAA-----A------T-A---G---A------------TC--C-----T-GCGGCC
gi|26                         :       attcAAAATTTT-T--A-C---A----C-----ATAT------TATT-------AA-----AT-T--------TT------C--------GA--AACAC------T----AAA-TC-A------AA--GA------------CT-CC-----C-G---C------T------A---T------C----C-CCC-ATGT--GC-A-G--A-TC-A------------AAAA----C--A---------CA-----TC---ACAA-----C------T-A---G---AT-CGGCC---GGTT--C-----T-GCGGCCga
gi|44                         :     ttattcAGAACTTT-T--A-C---A----C-----ATAT------TATTGAT--A-AA----------------------------------GA--AATAC------T----AAA--C-A------AA--GA------------CT-TT-----C-C---C------T------T---A------C----C-CCA--TTC--CC-A-C--T-TT-A--------T---AACA----C--A---------A------CC---ACAA-----A------T-A---C---AT-CGGCCACTGCTC--C-----C-gat
gi|50                         :        ttcAGAACTTT-T--A-C---T----A-----ATAT------TATTGAT--A-AA-----AT-TC-A-A-TATT------CCGGGT--TGA--AATACTTT---T----AAA-GC-A------AA--AA------------CT-TC-----C-C---C------T------T---T------C----C-C
gi|2                          :         gcAGAATTTT-T--A-C---C----AC----AT-T------TATT-------AA-----AT-T--A-A-T-TT------T----T--CGA--AACACA-----G----AAA-AC-A------AA--GA------------C---C-----C-CG--C------T------T---T------C----C-CCA--TGT--GC-A-GAAT-CTGA--------TCCAAACA----C--A---------A------TC---ACAATACAAA------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-------GCGcatgacacttgcggccgataag
gi|36                         :        ttcAGAACATT-TGCA-C---T-----------TAT------TATTGAT--A-GA-----AA-TT-A-T-T-TT------C----T--CGA--AACAC------T----------------------------------------C-----C-C---C------T------T---T------T----C-ACC-ATGT--GC-A-GA-T-CC-A------------AACA----C--A---------A------TT---ACAA-----A------T-A---G---GT-TGGCC---GCTC--C-----T-GCAGCcgaaggagcggccgataa
gi|40                         :        ttcAGAACTTT-T--A-C---A----C-----ATAT------TATT-------AA-----AT--C-A-A-T-TT------T----T--CGA--AACAC------C----AAA-CC-A------AA--GA------------CT-CC-----C-G---C------T------C---T------C----C-C-C-ATGT--GC-A-GA-T-CC-A------------AACA----C--AATT------A------TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-Ctgat
gi|9                          :     ttattcAGAACTTT-T--A-C---TG---A-----ATAT-------ATTGAT--A-AA------T-TC-A-A-T-TT------C----T--TG---AACAC------T----AA---T-C------AA--GA------------CT-TC-----C-C---T------T------C---T------C----------AT-T--GC-A----T-TA-A--------G---AACA----C--A---------A------T----ACTA-----A------T-A---G---AT-CGGCcga
gi|47                         :      tattcAGAACTTTAT--A-C---T-----------TAT------TATTGAT--A-GA-----AA-TC-A-T-T-TT------C----T--CGA--A-CAC------T----------------------------------------C-----C-C---C-----------------------------------ATGT--GC-ACA--T-CT-A--------A---ATCA----A--A---------A------TC---ACAA-----A------T-T---G---AT-CGACC---GCTC--C-----T-GCGGCCgatatatctgtatttgaataacatgtatg
gi|12                         :         tcAAAACTTT-TT-A-C---T----G-----ATAT------TATTGAT--A-AA------T-TC-A-A-T-TT------C----T--GAA--AACAC------T----AAA--C-------------A------------CT-TC-----C-C---C------T------TTAAT------C----T-CCA-TTGC--GC-A-C--T-GT-G--------G---AACA----C--A---------A------TC---Agataa
gi|8                          :           AAAACCTT-T--A-C---A----C-----ATAT------TTCTGAC--A-AAGAATCAT-AT-A-ACT-TT------A----T--CGA--AGCTA------T----AAA-GC-A------AA--GA------------CT-T--------------------------T---A------T----C-CAT-ATAC--TC------T-TT-C--------T---AACA----T--G---------CATGTAACC---ACAA-----A------T-A---A---AT-CGGCT---GCTC--T-----T-GCGGCCacactcgccagataaatgagcaaacaacatgtacg
gi|45                         :        gtgAGAACTT----------------------ATAT------TATTGATTAA-AA-----AT-T--A-C-T-TT------A----T--CGA--AGATG------T----AAA--C-A------AT--TA------------AT-TCT----C-C---C------T------T---C------C----C-CT---TGT--GT-A-C--T-TT-C--------T---AACA----C--A---------A------CC---ACAA-----A------C-A---G---AT-CGGTC---Ggat
gi|29                         :       attcAGAACTTT-T--A-C---TCTTAA-----ATAT------GA---AT--A-AAG----AA-TC-ACA-T-AT------C----G--T----AACAC------T----AAA--C-A------AA--GA------------CT-TTAATTTC-C---C------T------C---T------C----C-CAA--TGT--GC-A-C--A-TT-C--------T---AACA----C--A---------A------CC---AGAA-----A----------------ATGCGGCC---G
gi|16                         :     ttattcAGAACTTT-T--A-C---A----C-----CTAT------TTTTGAC--G-AA----------------------------------GA--ATCAC------T----AAA-AG-AAACTTTAA--GA------------CT-CC-----C-C---C------T------TAC-T------C----C-----ATGC--ACTA-T--T-TT-C--------T---AACA----C--A---------A------CC---ACAA-----ATACATGT-A---G---AT-AGGCC---ACTa
gi|7                          :     gtattcAGAATTTT-T--AGC--------------ACAT------T-TTAAT--T-AA-----AT-GC-A-A-T-TT------T----T--TGA--AACAC------T----AAG-CC-AG-----AA--GA------------CC-TC-----C-C---atggccga
gi|19                         : cttttaatttcGAATTTT-T--A-C---A----C-----ATA-----------GAT--A-AAG----AA-TC-A-C-T-TG------C----TATCGA--AACAC------T----AAA--C-A------AA--GA------------CT-TC-----C-C---C------T------C---T------C----C-----ATGT--GC-A-C--A-TT-C--------T---AACA----C--A---------A------CC---ACAG-----A------T-A---G---AT-CGACC---GTTC--C-----T-ACGGCCAgcgttcgttcccgcgcccatgtgcccaaatcccaaaacaacaaatcacaacaagtagat
gi|56                         :      tattccGAACTTT-T--A-C---T----A-----ATAT------TATCGAT--A-AA-----AT-TC-A-A-T-T--------------------------------------A----A------AA--AA------------CT-TC-----C-C---C------T------T---T------C----C-CCA--TGC--CC-A-C--T-TT-A--------T---AACA----C--T---------A------AC---ACAA-----A------T-A---G---AT-TGACC---a
gi|3                          :             AACTTT-T--A-C---T----A-----GTATATGTATTATTGAT--A-AA-----AT-TC-A-A-C-TTGATATTC----T--TGA--AACAC------TTTT-GAA-GC-A------AA--GA------------TT-TC-----C-C---C------T------T---T------C----C-C-C-ATGC--GC-A------TT-A--------T---AGCA----C--A---------A------TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----
gi|24                         :          catAACTTT-T--A-C---T----A-----ATAT------TATTGAT--A-A-------T-TCCA-A-T-TT------C----T--TGA--AACAC------T----AAA--C-A------------------------CT-TC-----C-C---CCTTTACT------T---T------C----C-CA---TAC--GC-A-C--T-TT-G--------A---AACA----C--A---------A------TC---ACAA-----A------T-C---A---AT-CGGCC---GCTC--A-----T-GCGGCCgctcttgcaaccgata
gi|22                         :           atAACTTT-T--A-C---A----C-----ATAT------TATTGAT--A-AAG----AA-TC-A-C-T-TC------A----T--CGA--AACAC------T----AAA-AC-A------AG--GA------------CT-TC-----C-C---CA-----T------T---T------C----C-C---ATGC--GC-A-C--T-TT-A--------T---AACA----A--A---------C-------C---ACTA-----A------T-A---A---CT-CGGCC---TCTC--T-----T-GCGGCCAga
gi|17                         :             AATTTT-T--A-C---A----C-----ATAT------TATT-------AA-----AT--C-A-A-G-TT------T----T--CGA--AACAC------T----AAA-CC-A------AA--GA------------CT-CC-----C-G---C------T------C---T------C----C-CCC-ATGT--GT-A-G--A-TC-A--------A---AACA----C--A---------A------TC---GCAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----T-GCCGCat
gi|15                         :       attcatAACCTT-T--A-C---G----C-----ATAT------TTTTGAC--A-AAG----AA-TC-A-T-T-TT------A----T--CGA--AACTC------A----AAA-AC-A------AA--GA------------CT-TC-----C-C---C------T------T---T------CTT--C-C---TTGCTTTC-A----T-TT-A------------AACA----C--A---------A------CT---ACAA-----A------T-ACATGTATAT-CGGCC---GCTC--C-----ggccga
gi|10                         :       attgtaAACTTT-T--T-C---A----T-----ATAT------TGTTAAT--A-AAG----AA-TC-A-C-T-TT------C----T---------CAG------T----CGA----A------AC--GA------------CT-TC-----C-C---C------T------C---T------C----C-C-C-TTGT--GC-A-C--A-TT-C--------T---AACACAACC--A---------C------TC---ACAA-----A------T-A---g
gi|53                         :  ctttatttctaAACTTT-T--T-C---A----T-----ATAT------TGTTAAT--A-AAGA---AA-TC-A-C-T-TT------C----T---------CAG------T----CGA----A------AC--GA------------CT-TC-----C-C---C------T------C---T------C----C-C-C-TTGT--GC-A-C--A-TT-C--------T---AACACAACC--A---------C------TC---ACAA-----taaaaaataatttagatctata
gi|28                         :          tctaACTTT-T--G-C---A----C-----ATAT------TTTTGAC--A-AA-----G-----A-A-T-CG------C----T--TCATCAAGAC------T----TCC-CC-T------GG--GA------------TT-TC-----C-C---C------T------C---T------C----C-CCA--TGC--GC-T-C--T-TT-C--------T---AACA----C--A---------A------CC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----T-GCGGCC
gi|30                         :               CCTT-T--A-T---T----A-----ATAT------TATTGAT--A-CA------T-TC-A-A-T-TC------C----T--TGA--AACAC------T----AAA--C-A------------------------CT-TC-----C-C---C------C------T---T------TAATTC-CTC-GTAC--GC-A-C--T-TT-G--------G---AACA----C--A---------A------TC---ACAA-----A------T-A---G---TT-CGGCC---GCTC--C-----T-GCGGCCggt
gi|32                         :               CTTT-T--A-C---T----A-----ATAT------TA--GA---A-AA-----TT-TC-A-A-T-TT------C----T--TGA--A-CAC------TTTTAAAA-AC-A------AA---------------------------------------------------------C----C-CA---TGC--GC-A-T--T-AT-A--------T---AACA----C--A---------A------TC---ACAACAA--A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--CGCCCTT-GCGACCga
gi|13                         :                TTT-T--A-C--------AGC---ATAT------TATTAAT---------------C-A-A-G-TT------T----T--CGA--AACAC------T----AAACGC--------AA--GA------------CT-CC-----C-C---C------TG-----C---T------C----C-CCC-ATGT--GT-A-GA-T-TC-A--------A---AACA----TCAA---------G------TC---GCAA-----A------TAA---G---AT-CGGCC---GCTC--CA----T-GCCGCgataac
gi|43                         :       attcataatgTT-T--A-C---A----C-----ATAT------TATTGAT--A-AAG----AA-TC-A-C-T-TT------A----T--CGA--AACAC------T----AAA-AC-A------AA--GA------------CT-CT-----C-C---C------T------T---C------C----C-------------------T-TT-A--------T---AGCA----C--A---------A------CC---ATAA-----A------T-A---G---AT-CGGTC---GCTC--C-----T-GCGGCCg
gi|59                         :                aTT-T--A-C---T----A-----ATAT------TATTGAT--A-----------------------------------------AACAC------T-------------------------------------C-CC-----C-C---C------T------T---TAATTC-C----C-CA---TGC--TC-A-C--T-TT-G--------G---AACA----C--A---------A------TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---Gga
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gi|42                         :                                   -----ACAT------TATTGAT--ATGG-----AT-TC-C-C-T-TT------A----T--GGA--AATAA------T----A----C-A------AAATGA------------TT-TC-----T-C---C------T------T---T------C----C-C-T-TTGC--GC-A-C--T-TT-C--------TC--AACA----C--A---------A------CC---ATAA-----A------C-A---G---AT-CGGAC---GCTC--C-----T-GCGg
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gi|65                         :                                                   ATCGAT--A-AA-----AT-TC-A-A-T-TT------C----T--TGA--AACAC------T----AAC-GG-A------AA--GA------------CT-TC-----C-C---C------T------T---T------C----C-
gi|41                         :                                                    TTAAT--A-AA------T-TC-A-A-T-TT------C----T--TGA--AACAC------T----AAA--C-A------------------------CT-TC-----C-C---C------C------T---TTAATTCC----C-CA---TGC--GC-A-C--T-TT-G--------A---AACA----C--A---------A------TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-TGGCC---G-----C-----T-GCGGCC
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gi|6                          :                                                                                                                          C-A------AAATGA------------CT-TT-----CTC---C------T------T---T------C----C-CCA--TGC--GC-A-C--A-TT-C--------T---AAGC----C--A---------A------CC---ACAA-----A------TGA---G---AT-CGTCC---GCTC--T-----TGGCAGCCttgtttattgaccaa
gi|38                         :                                                                                atcaaacttttaatgcaccagatattgagaaataaatcactgccgatttctccttcA------------CT-TC-----C-C---C------T------T---T------C----C-GAA-AC-----C-A------TT-A--------C---A----------------------------C---ACAA-----A--------A---G---AT-CAACC---GCTC--C-----T-GCgata
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Reference ( family-320 )      :                                                               TAGAACTT-T-T-A------CNN-ATAT---------T-ATTG-AT--A-AA-----AT-T--C-A-A-T-TT------C----T--CG--A-AACACT-----A-------A-A-C--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------T-T------C--C-C--A--T-GC--GC-A---C-T-TTA--------T---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----T-GCGGCCA
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gi|14                         :                                                      attcataatgAGAACTT-T-T-A------CTC-ATAT---------T-ATTA-AT--A-AAGA---AT-T----A-C-T-TT------A----T--TG--A-AATACT-----A-------A-AAC--A-AA------------GACCACC-----C-C-----C------T------C-T------C--C-CC-A--T-GT--GT-G---C-A-TTC--------T---AACA-T------A------A----CC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGTC---GCTC--C-----T-GCGGCCg
gi|15                         :                                                                tcAACCT-T-T-A------CGC-ATAT---------T-TTTG-AC--A-AAG----AA-T--C-A-T-T-TT------A----T--CG--A-AACTCA-----A-------A-AAC--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------T-T------CTTC-C--T--T-GCTTTC-A-----T-TTA------------AACA-C------A------A----CT---ACAA-----A------T-ACATGTATAT-CGGCC---GCTC--C-----ga
gi|16                         :                                                          attgtaAGAACTT-T-T-A------CAC-CTAT---------T-TTTG-AC--G-AA-----G-------A-A-T-CA------C----T--AA--A-AG---------A-------A-A-CTTT-AA------------GACT-CC-----C-C-----C------T------T-A------CT-C-C--A--T-GC--ACTA---T-T-TTC--------T---AACA-C------A------A----CC---ACAA-----ATACATGT-A---G---AT-AGGCC---ACTg
gi|17                         :                                                            gtattcAATTT-T-T-A------CAC-ATAT---------T-ATT--------AA-----AT----C-A-A-G-TT------T----T--CG--A-AACACT-----A-------A-A-CC-A-AA------------GACT-CC-----C-G-----C------T------C-T------C--C-CCCA--T-GT--GT-A---G-A-TCA--------A---AACA-C------A------A----TC---GCAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----T-GCCGCatggccga
gi|18                         :                                                         attcatTAGAACTT-T-T-A------CTA-ATAT---------T-ATTG-AT--A-AA-----AT-T--C-A-A-T-TT------C----T--TG--A-AACACT-----A-------A-AGC--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------T-T------C--C-CAAA--T-GC--GC-A---G-T-TTA--------T---AACA-C------A------C----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----T-GCGGCCAggccga
gi|19                         :                                                                 GAATTT-T-T-A------CAC-ATA---------------G-AT--A-AAG----AA-T--C-A-C-T-TG------C----TATCG--A-AACACT-----A-------A-A-C--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------C-T------C--C----A--T-GT--GC-A---C-A-TTC--------T---AACA-C------A------A----CC---ACAG-----A------T-A---G---AT-CGACC---GTTC--C-----T-ACGGCCA
gi|2                          :                                                          tattccAGAATTT-T-T-A------CCACAT-T---------T-ATT--------AA-----AT-T----A-A-T-TT------T----T--CG--A-AACACAGA---A-------A-A-C--A-AA------------GACC-CC-----G-C-----T------T------T-C------C--C-C--A--T-GT--GC-AGAAT-C-TGA--------TCCAAACA-C------A------A----TC---ACAATACAAA------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-------GCGa
gi|20                         :                                                             ttcAGAACTT-T---A------CTA-ATAT---------T-ATTG-AT--A-AA------T-T--A-A-A-T-TT------C----T--TG--A-AAGACT-----A-------A-ATC--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------C-T------C--C-CC-A--T-GC--GC-A---C-T-TAA--------G---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCAC--C-----T-GCGGCcgaaggagcggccgataa
gi|21                         :                                                                                                                                                         attcACCCT-----A-------A-A-C--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------A-T------C--CAT--A--T-GC--GC-A---C-A-TTACCGGTAAAT---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AC-CGGCC---GCTC--T-----C-GCGGCCA
gi|22                         :                                 attcagattttttatgcatattgattaggaatcAACTT-T-T-A------CAC-ATAT---------T-ATTG-AT--A-AAG----AA-T--C-A-C-T-TC------A----T--CG--A-AACACT-----A-------A-AAC--A-AG------------GACT-TC-----C-C-----CA-----T------T-T------C--C-C--A--T-GC--GC-A---C-T-TTA--------T---AACA--------A------A----CC---ACTA-----A------T-A---A---CT-CGGCC---TCTC--T-----T-GCGGCCAat
gi|23                         :                                                                AGAACTT-T-T-A------CTA-ATAT---------T----G-AT--A-AA-----AT-T--C-A-A-T-TT------C----T--TG--A-AACACTTTTAAA-------A-A-C--A----------------------------------------------------------C--C-C--A--T-GC--GC-A---T-T-ATA--------T---AACA-C------A------A----TCACAACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--CGCCCTT-GCGACCat
gi|24                         :                                                                tcAACTT-T-T-A------CTA-ATAT---------T-ATTG-AT--A-A-------T-T--CCA-A-T-TT------C----T--TG--A-AACACT-----A-------A-A-C--A-----------------CT-TC-----C-C-----CCTTTACT------T-T------C--C-C--A--T-AC--GC-A---C-T-TTG--------A---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-C---A---AT-CGGCC---GCTC--A-----T-GCGGCCgataa
gi|25                         :                                                              atAGAACGT-T-T-A------CAC-TTAT---------T-ATTA-AT--A-GA-----AA-T--C-A-T-T-TT------C----T--CG--A-AACACTA----A-------A-A-G--A-AA------------GACT-TC-----C-CTAG--C------T------C-T------C--C-C--A--T-GT--GC-A---G-A-TTA--------A---AACA-C------A------A----TC---AGAA-----A------T-A---G---A------------TC--C-----T-GCGGCCga
gi|26                         :                                                            attcAAAATTT-T-T-A------CAC-ATAT---------T-ATTA-A----------------------A-T-TT-----------T--CG--A-AACACT-----A-------A-ATC--A-AA------------GACT-CC-----C-G-----C------T------A-T------C--C-CCCA--T-GT--GC-A---G-A-TCA------------AAAA-C------AC-----A----TC---ACAA-----C------T-A---G---AT-CGGCC---GGTT--C-----T-GCGGCCga
gi|27                         :                                                          ttattcAGAATTT-T-T-A------C---ACAT---------T-ATT--------AA-----AT-T----A-A-T-TT------T----T--CG--A-AACACG-----A-------A-AAC--A-AA------------GACT-CC-----C-G-----C------T------T-T------C--C-CC-A--T-GT--GC-AGAAT-C-TGA--------TCCAAACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----T-GCGGgat
gi|28                         :                                                                ttcACTT-T-T-G------CAC-ATAT---------T-TTTG-AC--A-AAG----AA-T--C-G-C-T-TC------A----T--CA--A-GAC-TT-----C-------C-C-C--T-GG------------GATT-TC-----C-C-----C------T------C-T------C--C-CC-A--T-GC--GC-T---C-T-TTC--------T---AACA-C------A------A----CC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----T-GCGGCC
gi|29                         :                                                                AGAACTT-T-T-A------CTC-TTAAA--------T-ATGA-AT--A-AAG----AA-T--C-ACA-T---------A----T--CG--T-AACACT-----A-------A-A-C--A-AA------------GACT-TTAATTTC-C-----C------T------C-T------C--C-C--AA-T-GT--GC-A---C-A-TTC--------T---AACA-C------A------A----CC---AGAA-----A----------------ATGCGGCC---Gggt
gi|3                          :                                                            ttattcAACTT-T-T-A------CTA-GTATATGTAT---T-ATTG-AT--A-AA-----AT-T--C-A-A-C-TTGATATTC----T--TG--A-AACACTTTTG-A-------A-G-C--A-AA------------GATT-TC-----C-C-----C------T------T-T------C--C-CC-A--T-GC--GC-A-------TTA--------T---AGCA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----a
gi|30                         :                                                                 catCCT-T-T-A------TTA-ATAT---------T-ATTG-AT--A-CA------T-T--C-A-A-T-TC------C----T--TG--A-AACACT-----A-------A-A-C--A-----------------CT-TC-----C-C-----C------C------T-TTAATTCC--T-C--G--T-AC--GC-A---C-T-TTG--------G---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---TT-CGGCC---GCTC--C-----T-GCGGCCgctcttgcaaccgata
gi|31                         :                                                                   ATTT-T-T-A------TGC-ATAT---------T----G-AT--A-GG-----AA-T--C-A-----------------------------CCCT-----A-------A-A-C--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------TA-----T-C------C--C-C--A--T-GC--GC-A---C-A-TTACCGGTAAAT---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AA-CGGCC---GCT---C-----T-GCGGCCAga
gi|32                         :                                                             tattcagCTT-T-T-A------CTA-ATAT---------T-A--G-A---A-AA-----TT-T--C-A-A-T-TT------C----T--TG----AACACTTTTAAA-------A-A-C--A-AA-------------------------------------------------------C--C-C--A--T-GC--GC-A---T-T-ATA--------T---AACA-C------A------A----TCACAACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--CGCCCTT-GCGACC
gi|33                         :                                                                                                                                                             ACCCT-----A-------A-A-C--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------A-T------C--CAT--A--T-GC--GC-A---C-A-TTACCGGTAAAT---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--T-----T-GCGGgataac
gi|34                         :                               attcagattttttatgcatattgattaggaatcAGAACAT-T-T-A------CAC-ATAT---------C-ATTA-AT--A-AAG----AA-T--C-A-C-T-TT------A----T--CG--A-AACACT-----A-------A-AAC--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------C-T------C--C-C------------------C-TATTC--------T---AACA-C------A------A----CC---ACAC-----A------T-A---G---AT-CGGTC---GCTT--T-----T-GCGGC
gi|35                         :                                                                tgcACTTGT-T-A------TAC-ATAT---------C-GTTATAT--A-GA-----AT-C------A-C-TC------C----A--CGGTA-AACACT-----T-------ATA-T--------------------TT-TC-----T-C-----C------A------T-C------C--C-C--A----GC--GC-A---C-TATCA--------T---AACA-C------A------A----CC---ACAA-----A--------A---G---ATTCGGCC---GCTC--C-----T-GCG
gi|36                         :                                                                AGAACAT-T-T-G------CAC-TTAT---------T-ATTG-AT--A-GA-----AA-T--T-A-T-T-TT------C----T--CG--A-AACACT-----------------------------------------CC-----C-C-----T------T------T-T------CA-C-C--A--T-GT--GC-A---GAT-CCA------------AACA-C------A------A----TT---ACAA-----A------T-A---G---GT-TGGCC---GCTC--C-----T-GCAGCtcggat
gi|37                         :                                                                          ttc------CTA-ATAT---------T-ATTG-AT--A-AA------T-T--C-A-A-T-TT------C----T--TC--A-AACAAT-----A-------A-A-C--A-----------------TT-TC-----C-C-----C------CCTTTAAT-T------CA-C-C--A--T-GC--GC-A---C-T-TTG--------G---AACA-C------G------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CAGCC---GCtgat
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                       ACT-TC-----C-C-----C------T------T-T------C--C-G--A--A-AC---C-A---T-T-----------------ACA---------------------C---ACAA-----A--------A---G---AT-CAACC---GCTC--C-----T-GCagaagcggccgata
gi|39                         :                        cttttattcaaaacttttatacatattgaattttcaaatcAGAACTT-T-T-A------CTA-ATAT---------T-ATTG-AT--A-AA------T-T--C-A-A-T-TT------C----T--TG--A-AACACT-----A-------A-ATC--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------C-T------CT-C-C--A--T-GT--GC-A---C-T-TAA--------G---AACA-C------A------A----TC---ACTA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---Gatgcgaccgataacgaagaaaatca
gi|4                          :                                                             ttcAGAATTT-T-T-A------CAC-ATAT---------T-TTTG-AC--A-AA-----GGAT--C-A-C-T-TC------A----T--CG--A-AACACTC----A-------A-A-C--A-AAGACTTCATCCGGGACT-TC-----C-C-----C------T------T-TC-----C--C-C--A--T-GC--GC-T---C-T-TTC--------T---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----T-GTGGCC
gi|40                         :                                                           tattcAGAACTT-T-T-A------CAC-ATAT---------T-ATT--------AA-----AT----C-A-A-T-TT------T----T--CG--A-AACACC-----A-------A-ACC--A-AA------------GACT-CC-----C-G-----C------TC-----T-C------C--C-C--A--T-GT--GC-AG--A-T-CCA------------AACA-C------AATT---A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-Cga
gi|41                         :                                                                                                 ttattcTTA-AT--A-AA------T-T--C-A-A-T-TT------C----T--TG--A-AACACT-----A-------A-A-C--A-----------------CT-TC-----C-C-----C------C------T-TTAATTCC--C-C--A--T-GC--GC-A---C-T-TTG--------A---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-TGGCC---G-----C-----T-GCGGCCcga
gi|42                         :                                                                           attcagaactt-ACAT---------T-ATTG-AT--ATGG-----AT-T--C-C-C-T-TT------A----T--GG--A-AATAAT-----A-------C-A-A--A-AT------------GATT-TC-----T-C-----C------T------T-T------C--C-C--T--TTGC--GC-A---C-T-TTC--------TC--AACA-C------A------A----CC---ATAA-----A------C-A---G---AT-CGGAC---GCTC--C-----T-GCGg
gi|43                         :                                                                  aaacT-T-T-A------CAC-ATAT---------T-ATTG-AT--A-AAG----AA-T--C-A-C-T-TT------A----T--CG--A-AACACT-----A-------A-AAC--A-AA------------GACT-CT-----C-C-----C------T------T-C------C--C----------------------T-TTA--------T---AGCA-C------A------A----CC---ATAA-----A------T-A---G---AT-CGGTC---GCTC--C-----T-GCGGCC
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gi|45                         :                                                                        ttc-A------CTT-ATAT---------T-ATTG-ATTAA-AA-----AT-T----A-C-T-TT------A----T--CG--A-AGATGT-----A-------A-A-C--A-AT------------TAAT-TCT----C-C-----C------T------T-C------C--C-C--T--T-GT--GT-A---C-T-TTC--------T---AACA-C------A------A----CC---ACAA-----A------C-A---G---AT-CGGTC---G
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gi|48                         :                                                                     tc-T-T-G------CAC-ATAA---------T-TTTG-TC--A-AAG----AA-T--C-A-C-T-TT------A----T--TG--A-AACACC-----A-------G-A-C--------------------------------C-----G------T------T-C------C--C-C--A--T-GC--GCTG---C-T-TC---------T---AACA-C------A------A----CC---ACAA-----A------T-C---G---AT-CAGCC---GCTC--C-----T-GCGGCCAgataa
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gi|5                          :                                                             ttcAGAATTT-T-T-A------CAC-ATACATGTACATGC-ATTA-TT--A-AA--------T--C-A-A-G-TT------T----T--CG--A-AACACT-----A-------A-A-CC-A-AA------------GACT-CC-----C-G-----C------T------C-T------C--C-CCCA--T-GT--GC-A---A-A-TCA--------A---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----T-GCGGCC
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gi|52                         :                                                                                                                                                                                                     tcACT-TC-----C-T-----T------T------T-T------C--C-C--A--T-GC--GC-T---C---TAA--------T---AACA-C------A------A----CC---Attataccaagc
gi|53                         : gaaccgttaaacatgtgtttgacgaaaagatcatcacttcatctaaacaaggctttctcttcggaAACTT-T-T-T------CAT-ATAT---------T-GTTA-AT--A-AAGA---AA-T--C-A-C-T-TT------C----T--C------AGTCG-----A-------A-A-C------------------GACT-TC-----C-C-----C------T------C-T------C--C-C--C--TTGT--GC-A---C-A-TTC--------T---AACA-C------A------A----CC---AC
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gi|55                         :                                                                AGAATTT-T-T-AT-----CAC-ATAT---------TTACTG-A------G-----AT-TAAC-A-A-G-TT------T----T--CG--A-AACACT-----A-------A-C-C--A-AAAG----------AACT-AC-----CGC-----C------T------C-T------T--C-
gi|56                         :                                                     tcatattatttcGAACTT-T-T-A------CTA-ATAT---------T-ATCG-AT--A-AA-----AT-T--C-A-A-T-T-------------------A---------------------------A-AA------------AACT-TC-----C-C-----C------T------T-TC-----C--C-C--A--T-GC--CC-A---C-T-TTA--------T---AACA-C------T------A----AC---ACAA-----A------T-A---G---AT-TGACC---gccgcggc
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gi|58                         :                                                                                                          ttttca-AA-----AT----C-A-T-T-TT------C----T--CG--A-AACACT-----------------------------------------CC-----C-C-----C------T------T-T------C--C-CC-A--T-GT--GC-A---C-A-TCC--------T---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----T-GCGGCC
gi|59                         :                                                                      T-T-T-A------CTA-ATAT---------T-ATTG-AT--A-AA-------------------------------------------CACT---------------------------------------C-CC-----C-C-----C------T------T-TAATTC-C--C-C--A--T-GC--TC-A---C-T-TTG--------G---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---Ggat
gi|6                          :                                                                  AACTT-T-T-AATGCACCAG-ATAT---------TGAGAA-AT--A-AATC---AC-TGCC-G-A-T-TT------C----T--C---------CTTCC--A-------A-A------AT------------GACT-TT-----CTC-----C------T------T-T------C--C-CC-A--T-GC--GC-A---C-A-TTC--------T---AAGC-C------A------A----CC---ACAA-----A------TGA---G---AT-CGTCC---GCTC--T-----TGGCAGCCa
gi|61                         :                                                                                  atca-ACAT---------T-ATTG-AT--A-AT-----AT-T--C-A-G-T-T----------------------------------------A-G-C--A-GA------------TACT-CC-----C-C-----C------T------T-T------C--CTC--G--T-GC--GC-A---C-T-TTA--------T---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------gata
gi|62                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                       tg---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----g
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gi|9                          :                                                             gtgAGAACTT-T-T-A------CTG-A-ATA--------T-ATTG-AT----AA-----AT-T--C-A-A-T-TT------C----T--TG----AACACT-----A-------A-T-C----AA------------GACT-TC-----C-C-------------------T-T------C--T-C--A--T--T--GC-A-----T-TAA--------G---AACA-C------A------A----T----ACTA-----A------T-A---G---AT-CGGCgat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-320 )      :                                                               TAGAACTT-T-T-A-CN------CATAT---------T-ATTG-AT--A-AA-----AT-T--C-A-A-T-TT------C----T--CG--A-AACACT-----A-------A-A-C--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------T-T------C--C-C--A--T-GC--GC-A---C-T-TTA--------T---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----T-GCGGCCA
gi|10                         :                                                                  AACTT-T-T-T-CA------TATAT---------T-GTTA-AT--A-AAG----AA-T--C-A-C-T-TT------C----T--C------AGTCG-----A-------A-A-C------------------GACT-TC-----C-C-----C------T------C-T------C--C-C--C--TTGT--GC-A---C-A-TTC--------T---AACA-C------A------ACCACTC---ACAA-----A------T-A---
gi|11                         :                                                           ctttatttctaT-T-T-A-CA------C-------------T-ATT--AT--A-A---------T--C-T-A-T-TT------A----A--CG--ACAACACTGA---A-------A-A-C--A-G-------------GACT-TC-----C-C-----CCCCCC-T------C-T------C--C-C--A--T-GC--GC-A---CAT-TCA------------AACA-C------ATTTGGTATTC-TC---ACAA-----A------T-C---GAT-AT-CGCCG---GCTCAAA-----T-GCGACCtaaaaaataatttagatctata
gi|12                         :                                                             gaaAAAACTT-T-TTA-CT------GATAT---------T-ATTG-AT----AA-----AT-T--C-A-A-T-TT------C----T--GA--A-AACACT-----A-------A-A-C-------------------ACT-TC-----C-C-----C------T------T-TAATC--T--C-C--AT-T-GC--GC-A---C-T-GTG--------G---AACA-C------A------A----TC---Ag
gi|13                         :                                                                     TT-T-T-A-CAG-----CATAT---------T-ATTA-AT-----------------C-A-A-G-TT------T----T--CG--A-AACACT-----A-------A-A-C--GCAA------------GACT-CC-----C-CCTG--C------T------C-C------C--C-C--A--T-GT--GT-AG--A-T-TCA--------A---AACATC------A------AG---TC---GCAA-----A------TAA---G---AT-CGGCC---GCTC--CA----T-GCCGCacactcgccagataaatgagcaaacaacatgtacg
gi|14                         :                                                      attcataatgAGAACTT-T-T-A-CT------CATAT---------T-ATTA-AT--A-AAGA---AT-T----A-C-T-TT------A----T--TG--A-AATACT-----A-------A-AAC--A-AA------------GACCACC-----C-C-----C------T------C-T------C--C-CC-A--T-GT--GT-G---C-A-TTC--------T---AACA-T------A------A----CC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGTC---GCTC--C-----T-GCGGCCg
gi|15                         :                                                                tcAACCT-T-T-A-CG------CATAT---------T-TTTG-AC--A-AAG----AA-T--C-A-T-T-TT------A----T--CG--A-AACTCA-----A-------A-AAC--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------T-T------CTTC-C--T--T-GCTTTC-A-----T-TTA------------AACA-C------A------A----CT---ACAA-----A------T-ACATGTATAT-CGGCC---GCTC--C-----ga
gi|16                         :                                                          attgtaAGAACTT-T-T-A-CA------CCTAT---------T-TTTG-AC--G-AA-----G-------A-A-T-CA------C----T--AA--A-AG---------A-------A-A-CTTT-AA------------GACT-CC-----C-C-----C------T------T-A------CT-C-C--A--T-GC--ACTA---T-T-TTC--------T---AACA-C------A------A----CC---ACAA-----ATACATGT-A---G---AT-AGGCC---ACTg
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gi|2                          :                                                          tattccAGAATTT-T-T-A-CCA-----CAT-T---------T-ATT--------AA-----AT-T----A-A-T-TT------T----T--CG--A-AACACAGA---A-------A-A-C--A-AA------------GACC-CC-----G-C-----T------T------T-C------C--C-C--A--T-GT--GC-AGAAT-C-TGA--------TCCAAACA-C------A------A----TC---ACAATACAAA------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-------GCGa
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gi|3                          :                                                            ttattcAACTT-T-T-A-CTAGTATATGTAT---------T-ATTG-AT--A-AA-----AT-T--C-A-A-C-TTGATATTC----T--TG--A-AACACTTTTG-A-------A-G-C--A-AA------------GATT-TC-----C-C-----C------T------T-T------C--C-CC-A--T-GC--GC-A-------TTA--------T---AGCA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----a
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gi|36                         :                                                                AGAACAT-T-T-G-CA------CTTAT---------T-ATTG-AT--A-GA-----AA-T--T-A-T-T-TT------C----T--CG--A-AACACT-----------------------------------------CC-----C-C-----T------T------T-T------CA-C-C--A--T-GT--GC-A---GAT-CCA------------AACA-C------A------A----TT---ACAA-----A------T-A---G---GT-TGGCC---GCTC--C-----T-GCAGCtcggat
gi|37                         :                                                                                    ttcATAT---------T-ATTG-AT--A-AA------T-T--C-A-A-T-TT------C----T--TC--A-AACAAT-----A-------A-A-C--A-----------------TT-TC-----C-C-----C------CCTTTAAT-T------CA-C-C--A--T-GC--GC-A---C-T-TTG--------G---AACA-C------G------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CAGCC---GCtgat
gi|39                         :                                                             ctaAGAACTT-T-T-A-CT------AATAT---------T-ATTG-AT--A-AA------T-T--C-A-A-T-TT------C----T--TG--A-AACACT-----A-------A-ATC--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------C-T------CT-C-C--A--T-GT--GC-A---C-T-TAA--------G---AACA-C------A------A----TC---ACTA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---Gagaagcggccgata
gi|4                          :                                                             ttcAGAATTT-T-T-A-CA------CATAT---------T-TTTG-AC--A-AA-----GGAT--C-A-C-T-TC------A----T--CG--A-AACACTC----A-------A-A-C--A-AAGACTTCATCCGGGACT-TC-----C-C-----C------T------T-TC-----C--C-C--A--T-GC--GC-T---C-T-TTC--------T---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----T-GTGGCC
gi|40                         :                                                           tattcAGAACTT-T-T-A-CA------CATAT---------T-ATT--------AA-----AT----C-A-A-T-TT------T----T--CG--A-AACACC-----A-------A-ACC--A-AA------------GACT-CC-----C-G-----C------TC-----T-C------C--C-C--A--T-GT--GC-AG--A-T-CCA------------AACA-C------AATT---A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-Cga
gi|41                         :                                                                                                 ttattcTTA-AT--A-AA------T-T--C-A-A-T-TT------C----T--TG--A-AACACT-----A-------A-A-C--A-----------------CT-TC-----C-C-----C------C------T-TTAATTCC--C-C--A--T-GC--GC-A---C-T-TTG--------A---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-TGGCC---G-----C-----T-GCGGCCcga
gi|42                         :                                                                     attcagaactt------CACAT---------T-ATTG-AT--ATGG-----AT-T--C-C-C-T-TT------A----T--GG--A-AATAAT-----A-------C-A-A--A-AT------------GATT-TC-----T-C-----C------T------T-T------C--C-C--T--TTGC--GC-A---C-T-TTC--------TC--AACA-C------A------A----CC---ATAA-----A------C-A---G---AT-CGGAC---GCTC--C-----T-GCGg
gi|43                         :                                                                   aaaT-T-T-A-CA------CATAT---------T-ATTG-AT--A-AAG----AA-T--C-A-C-T-TT------A----T--CG--A-AACACT-----A-------A-AAC--A-AA------------GACT-CT-----C-C-----C------T------T-C------C--C----------------------T-TTA--------T---AGCA-C------A------A----CC---ATAA-----A------T-A---G---AT-CGGTC---GCTC--C-----T-GCGGCC
gi|44                         :                                                               aAGAACTT-T-T-A-CA------CATAT---------T-ATTG-AT--A-AA------------------------------------G--A-AATACT-----A-------A-A-C--A-AA------------GACT-TT-----C-C-----C------T------TAC------C--C-C--A--T-TC--CC-A---C-T-TTA--------T---AACA-C------A------A----CC---ACAA-----A------T-A---C---AT-CGGCCACTGCTC--C-----C-ga
gi|45                         :                                                             ttcAGAACTT----------------ATAT---------T-ATTG-ATTAA-AA-----AT-T----A-C-T-TT------A----T--CG--A-AGATGT-----A-------A-A-C--A-AT------------TAAT-TCT----C-C-----C------T------T-C------C--C-C--T--T-GT--GT-A---C-T-TTC--------T---AACA-C------A------A----CC---ACAA-----A------C-A---G---AT-CGGTC---G
gi|46                         :                                                                                                                      attc-T--C-A-C-T-TT------C----T--CG--A-AACACC-----AGTACTAAA-A-C--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----CCT----C------T-C------C--C-C--T--T-GT--GC-AG--C-A-TTC--------T---AAC--C-------------A----CC---ACAA-----A------T-A-------AT-TGGCC---GCTC--C-----T-GC
gi|47                         :                                                          agagaaAGAACTT-TAT-A-CT--------TAT---------T-ATTG-AT--A-GA-----AA-T--C-A-T-T-TT------C----T--CG--A-A-CACT------------------------------------------------------------------------C------C--C-C--A--T-GT--GC-A---CAT-CTA--------A---ATCA-A------A------A----TC---ACAA-----A------T-T---G---AT-CGACC---GCTC--C-----T-GCGGCCaagccgta
gi|48                         :                                                                     tc-T-T-G-CA------CATAA---------T-TTTG-TC--A-AAG----AA-T--C-A-C-T-TT------A----T--TG--A-AACACC-----A-------G-A-C--------------------------------C-----G------T------T-C------C--C-C--A--T-GC--GCTG---C-T-TC---------T---AACA-C------A------A----CC---ACAA-----A------T-C---G---AT-CAGCC---GCTC--C-----T-GCGGCCAgataa
gi|49                         :                                                               aAGAACTT-T-T-AACT------AATAT---------T-ATTG-AT--A-AA-----AT-T--C-A-A-T-TT------C----T--TG--A-AACACTTTAA-A-------A-G-CA-A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C-------------T-T------C--C-C--ATGT-GT--GC-A---CTT-TTA--------T---AACA-C------A------A----TC---AC
gi|5                          :                                                             ttcAGAATTT-T-T-A-CA------CATACATGTACATGC-ATTA-TT--A-AA--------T--C-A-A-G-TT------T----T--CG--A-AACACT-----A-------A-A-CC-A-AA------------GACT-CC-----C-G-----C------T------C-T------C--C-CCCA--T-GT--GC-A---A-A-TCA--------A---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----T-GCGGCC
gi|50                         :                                                          ttattcAGAACTT-T-T-A-CT------AATAT---------T-ATTG-AT--A-AA-----AT-T--C-A-A-TATT------CCGGGT--TG--A-AATACTTTTA-A-------A-G-C--A-AA------------AACT-TC-----C-C-----C------T------T-TC-----C--C-C--A--T-G---AC-A---C-T-Tga
gi|51                         :                                                              gcAGAACTT-T-T-A-CT------AATAT---------T-ATTG-AT--A-AA-----AT-T--C-A-A-TATT------C----T--TG--A-AACACTTTTA-A-------A-G-C--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------T-TC-----C--C-C--A--T-GC--GC-A-------TTA--------T---AAgcggccgataag
gi|52                         :                                                                                                                                                                                                     tcACT-TC-----C-T-----T------T------T-T------C--C-C--A--T-GC--GC-T---C---TAA--------T---AACA-C------A------A----CC---Attataccaagc
gi|53                         : gaaccgttaaacatgtgtttgacgaaaagatcatcacttcatctaaacaaggctttctcttcggaAACTT-T-T-T-CA------TATAT---------T-GTTA-AT--A-AAGA---AA-T--C-A-C-T-TT------C----T--C------AGTCG-----A-------A-A-C------------------GACT-TC-----C-C-----C------T------C-T------C--C-C--C--TTGT--GC-A---C-A-TTC--------T---AACA-C------A------A----CC---AC
gi|54                         :                                                                                     tctaAT---------T-ATTG-AT--A-AA-----CT-T--C-A-C-T-TT------C----T--CG--A-AGATCT-----A-------A-AGC--A-AA------------GACT-TC-----T-C-----C------T------T-T------C--C-CC-A--T-GC--GA-A---C-A-TTA--------T---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---CT-CGGCC---ACTtcacaa
gi|55                         :                                                                AGAATTT-T-T-ATCA------CATAT---------TTACTG-A------G-----AT-TAAC-A-A-G-TT------T----T--CG--A-AACACT-----A-------A-C-C--A-AAAG----------AACT-AC-----CGC-----C------T------C-T------T--C-
gi|56                         :                                                     tcatattatttcGAACTT-T-T-A-CT------AATAT---------T-ATCG-AT--A-AA-----AT-T--C-A-A-T-T-------------------A---------------------------A-AA------------AACT-TC-----C-C-----C------T------T-TC-----C--C-C--A--T-GC--CC-A---C-T-TTA--------T---AACA-C------T------A----AC---ACAA-----A------T-A---G---AT-TGACC---gccgcggc
gi|57                         :                                                               TAAAA-TT-T-C-A-CA------CATAT---------C-A----AT--A-AG-----AA-T--C-A-A-A-TT------A----T--CG--A-AACGCT-----A-------A---C--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------T-T------C--C-CC-A--T-GC--GC-A---T-A-TTA--------T---AATA-C------
gi|58                         :                                                                                                          ttttca-AA-----AT----C-A-T-T-TT------C----T--CG--A-AACACT-----------------------------------------CC-----C-C-----C------T------T-T------C--C-CC-A--T-GT--GC-A---C-A-TCC--------T---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----T-GCGGCC
gi|59                         :                                                                                                                                                                                -A-T--A-AA------------CACT-CC-----C-C-----C------C------T-TTAATTCC--C-C--A--T-GC--TC-A---C-T-TTG--------G---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---Ggat
gi|6                          :                                                                                                                                                                  tttactaatattattg-C--A-AAAT----------GACT-TT-----CTC-----C------T------T-T------C--C-CC-A--T-GC--GC-A---C-A-TTC--------T---AAGC-C------A------A----CC---ACAA-----A------TGA---G---AT-CGTCC---GCTC--T-----TGGCAGCCa
gi|61                         :                               atcaaacttttaatgcaccagatattgagaaataaatcactgccgatttctccttcACAT---------T-ATTG-AT--A-AT-----AT-T--C-A-G-T-T----------------------------------------A-G-C--A-GA------------TACT-CC-----C-C-----C------T------T-T------C--CTC--G--T-GC--GC-A---C-T-TTA--------T---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------gata
gi|62                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                       tg---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----g
gi|63                         :                                                                                                                                                                                                                acatgtacttttaaaaag------T-C------C--C-C--A--T-GC--GC-A---C-C-TAA--------G---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CTGCC---GCTC--C-----T-GCGGCCctggctcctgcggtc
gi|64                         :                                                                                                                                                                 c-----A-------A-G-C--A-AA------------GACT-TT-----C-C-----C------T------C-T------C--C-CC-A--T-GC--GC-A---C-T-TTG--------T---Aga
gi|65                         :                                                                                                    a-ATCG-AT--A-AA-----AT-T--C-A-A-T-TT------C----T--TG--A-AACACT-------------A-A-CGGA-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------T-T------C--C-ttgtttattgaccaa
gi|66                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CAA-----A------T-A---G---AT-TGGCC---TCTC--C-----T-GCAGCC
gi|67                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    caattaatactt--------T---AACA-C------A------A----CC---ACGA-----A------T-A---C---AT-CGGTC---GTTT--C-----T-GCGGCgataat
gi|7                          :                                                             cacAGAATTT-T-T-A--G------CACAT---------T--TTA-AT--T-AA-----AT-G--C-A-A-T-TT------T----T--TG--A-AACACT-----A-------A-G-CCAG-AA------------GACC-TC-----C-CGCGTTC------G------T-T------C--C-C--G--C-GC--CC-A---tgata
gi|8                          :                                                     cttttaatttcAAAACCT-T-T-A-CA------CATAT---------T-TCTG-AC--A-AAGAATCAT-A--T-A-ACT-TT------A----T--CG--A-AGCTAT-----A-------A-AGC--A-AA------------GACT-T----------------------------T-A------T--C-C--A--T-AT--AC-T---C-T-TTC--------T---AACA-TGCATGTA------A----CC---ACAA-----A------T-A---A---AT-CGGCT---GCTC--T-----T-GCGGCCtgtgcccaaatcccaaaacaacaaatcacaacaagtagat
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-320 )      :                                                               TAGAACTT-T-T-A-CN------CATAT---------T-ATTG-AT--A-AA-----AT-T--C-A-A-T-TT------C----T--CG--A-AACACT-----A-------A-A-C--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------T-T------C--C-C--A--T-GC--GC-A---C-T-TTA--------T---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----T-GCGGCCA
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gi|2                          :                                                          tattccAGAATTT-T-T-A-CCA-----CAT-T---------T-ATT--------AA-----AT-T----A-A-T-TT------T----T--CG--A-AACACAGA---A-------A-A-C--A-AA------------GACC-CC-----G-C-----T------T------T-C------C--C-C--A--T-GT--GC-AGAAT-C-TGA--------TCCAAACA-C------A------A----TC---ACAATACAAA------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-------GCGa
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gi|26                         :                                                            attcAAAATTT-T-T-A-CA------CATAT---------T-ATTA-A----------------------A-T-TT-----------T--CG--A-AACACT-----A-------A-ATC--A-AA------------GACT-CC-----C-G-----C------T------A-T------C--C-CCCA--T-GT--GC-A---G-A-TCA------------AAAA-C------AC-----A----TC---ACAA-----C------T-A---G---AT-CGGCC---GGTT--C-----T-GCGGCCga
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gi|30                         :                                                                 catCCT-T-T-A-TT------AATAT---------T-ATTG-AT--A-CA------T-T--C-A-A-T-TC------C----T--TG--A-AACACT-----A-------A-A-C--A-----------------CT-TC-----C-C-----C------C------T-TTAATTCC--T-C--G--T-AC--GC-A---C-T-TTG--------G---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---TT-CGGCC---GCTC--C-----T-GCGGCCgctcttgcaaccgata
gi|31                         :                                                                   ATTT-T-T-A-TG------CATAT---------T----G-AT--A-GG-----AA-T--C-A-----------------------------CCCT-----A-------A-A-C--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------TA-----T-C------C--C-C--A--T-GC--GC-A---C-A-TTACCGGTAAAT---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AA-CGGCC---GCT---C-----T-GCGGCCAga
gi|32                         :                                                             tattcagCTT-T-T-A-CT------AATAT---------T-A--G-A---A-AA-----TT-T--C-A-A-T-TT------C----T--TG----AACACTTTTAAA-------A-A-C--A-AA-------------------------------------------------------C--C-C--A--T-GC--GC-A---T-T-ATA--------T---AACA-C------A------A----TCACAACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--CGCCCTT-GCGACC
gi|33                         :                                                                AGATTTT-T-T-A-TG------CATAT---------T----G-AT--T-AG-----G-------A-A-T-C----------------------ACCCT-----A-------A-A-C--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------A-T------C--CAT--A--T-GC--GC-A---C-A-TTACCGGTAAAT---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--T-----T-GCGGgataac
gi|34                         :                                                            attcAGAACAT-T-T-A-CA------CATAT---------C-ATTA-AT--A-AAG----AA-T--C-A-C-T-TT------A----T--CG--A-AACACT-----A-------A-AAC--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------C-T------C--C-C------------------C-TATTC--------T---AACA-C------A------A----CC---ACAC-----A------T-A---G---AT-CGGTC---GCTT--T-----T-GCGGC
gi|35                         :                                                                tgcACTTGT-T-A-TA------CATAT---------C-GTTATAT--A-GA-----AT-C------A-C-TC------C----A--CGGTA-AACACT-----T-------ATA-T--------------------TT-TC-----T-C-----C------A------T-C------C--C-C--A----GC--GC-A---C-TATCA--------T---AACA-C------A------A----CC---ACAA-----A--------A---G---ATTCGGCC---GCTC--C-----T-GCG
gi|36                         :                                                                AGAACAT-T-T-G-CA------CTTAT---------T-ATTG-AT--A-GA-----AA-T--T-A-T-T-TT------C----T--CG--A-AACACT-----------------------------------------CC-----C-C-----T------T------T-T------CA-C-C--A--T-GT--GC-A---GAT-CCA------------AACA-C------A------A----TT---ACAA-----A------T-A---G---GT-TGGCC---GCTC--C-----T-GCAGCtcggat
gi|37                         :                                                                                    ttcATAT---------T-ATTG-AT--A-AA------T-T--C-A-A-T-TT------C----T--TC--A-AACAAT-----A-------A-A-C--A-----------------TT-TC-----C-C-----C------CCTTTAAT-T------CA-C-C--A--T-GC--GC-A---C-T-TTG--------G---AACA-C------G------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CAGCC---GCtgat
gi|39                         :                                                             ctaAGAACTT-T-T-A-CT------AATAT---------T-ATTG-AT--A-AA------T-T--C-A-A-T-TT------C----T--TG--A-AACACT-----A-------A-ATC--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------C-T------CT-C-C--A--T-GT--GC-A---C-T-TAA--------G---AACA-C------A------A----TC---ACTA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---Gagaagcggccgata
gi|4                          :                                                             ttcAGAATTT-T-T-A-CA------CATAT---------T-TTTG-AC--A-AA-----GGAT--C-A-C-T-TC------A----T--CG--A-AACACTC----A-------A-A-C--A-AAGACTTCATCCGGGACT-TC-----C-C-----C------T------T-TC-----C--C-C--A--T-GC--GC-T---C-T-TTC--------T---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----T-GTGGCC
gi|40                         :                                                           tattcAGAACTT-T-T-A-CA------CATAT---------T-ATT--------AA-----AT----C-A-A-T-TT------T----T--CG--A-AACACC-----A-------A-ACC--A-AA------------GACT-CC-----C-G-----C------TC-----T-C------C--C-C--A--T-GT--GC-AG--A-T-CCA------------AACA-C------AATT---A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-Cga
gi|41                         :                                                                                                 ttattcTTA-AT--A-AA------T-T--C-A-A-T-TT------C----T--TG--A-AACACT-----A-------A-A-C--A-----------------CT-TC-----C-C-----C------C------T-TTAATTCC--C-C--A--T-GC--GC-A---C-T-TTG--------A---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-TGGCC---G-----C-----T-GCGGCCcga
gi|42                         :                                                                     attcagaactt------CACAT---------T-ATTG-AT--ATGG-----AT-T--C-C-C-T-TT------A----T--GG--A-AATAAT-----A-------C-A-A--A-AT------------GATT-TC-----T-C-----C------T------T-T------C--C-C--T--TTGC--GC-A---C-T-TTC--------TC--AACA-C------A------A----CC---ATAA-----A------C-A---G---AT-CGGAC---GCTC--C-----T-GCGg
gi|43                         :                                                                   aaaT-T-T-A-CA------CATAT---------T-ATTG-AT--A-AAG----AA-T--C-A-C-T-TT------A----T--CG--A-AACACT-----A-------A-AAC--A-AA------------GACT-CT-----C-C-----C------T------T-C------C--C----------------------T-TTA--------T---AGCA-C------A------A----CC---ATAA-----A------T-A---G---AT-CGGTC---GCTC--C-----T-GCGGCC
gi|44                         :                                                               aAGAACTT-T-T-A-CA------CATAT---------T-ATTG-AT--A-AA------------------------------------G--A-AATACT-----A-------A-A-C--A-AA------------GACT-TT-----C-C-----C------T------TAC------C--C-C--A--T-TC--CC-A---C-T-TTA--------T---AACA-C------A------A----CC---ACAA-----A------T-A---C---AT-CGGCCACTGCTC--C-----C-ga
gi|45                         :                                                             ttcAGAACTT----------------ATAT---------T-ATTG-ATTAA-AA-----AT-T----A-C-T-TT------A----T--CG--A-AGATGT-----A-------A-A-C--A-AT------------TAAT-TCT----C-C-----C------T------T-C------C--C-C--T--T-GT--GT-A---C-T-TTC--------T---AACA-C------A------A----CC---ACAA-----A------C-A---G---AT-CGGTC---G
gi|46                         :                                                                                                                      attc-T--C-A-C-T-TT------C----T--CG--A-AACACC-----AGTACTAAA-A-C--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----CCT----C------T-C------C--C-C--T--T-GT--GC-AG--C-A-TTC--------T---AAC--C-------------A----CC---ACAA-----A------T-A-------AT-TGGCC---GCTC--C-----T-GC
gi|47                         :                                                          agagaaAGAACTT-TAT-A-CT--------TAT---------T-ATTG-AT--A-GA-----AA-T--C-A-T-T-TT------C----T--CG--A-A-CACT------------------------------------------------------------------------C------C--C-C--A--T-GT--GC-A---CAT-CTA--------A---ATCA-A------A------A----TC---ACAA-----A------T-T---G---AT-CGACC---GCTC--C-----T-GCGGCCaagccgta
gi|48                         :                                                                     tc-T-T-G-CA------CATAA---------T-TTTG-TC--A-AAG----AA-T--C-A-C-T-TT------A----T--TG--A-AACACC-----A-------G-A-C--------------------------------C-----G------T------T-C------C--C-C--A--T-GC--GCTG---C-T-TC---------T---AACA-C------A------A----CC---ACAA-----A------T-C---G---AT-CAGCC---GCTC--C-----T-GCGGCCAgataa
gi|49                         :                                                               aAGAACTT-T-T-AACT------AATAT---------T-ATTG-AT--A-AA-----AT-T--C-A-A-T-TT------C----T--TG--A-AACACTTTAA-A-------A-G-CA-A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C-------------T-T------C--C-C--ATGT-GT--GC-A---CTT-TTA--------T---AACA-C------A------A----TC---AC
gi|5                          :                                                             ttcAGAATTT-T-T-A-CA------CATACATGTACATGC-ATTA-TT--A-AA--------T--C-A-A-G-TT------T----T--CG--A-AACACT-----A-------A-A-CC-A-AA------------GACT-CC-----C-G-----C------T------C-T------C--C-CCCA--T-GT--GC-A---A-A-TCA--------A---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----T-GCGGCC
gi|50                         :                                                          ttattcAGAACTT-T-T-A-CT------AATAT---------T-ATTG-AT--A-AA-----AT-T--C-A-A-TATT------CCGGGT--TG--A-AATACTTTTA-A-------A-G-C--A-AA------------AACT-TC-----C-C-----C------T------T-TC-----C--C-C--A--T-G---AC-A---C-T-Tga
gi|51                         :                                                              gcAGAACTT-T-T-A-CT------AATAT---------T-ATTG-AT--A-AA-----AT-T--C-A-A-TATT------C----T--TG--A-AACACTTTTA-A-------A-G-C--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------T-TC-----C--C-C--A--T-GC--GC-A-------TTA--------T---AAgcggccgataag
gi|52                         :                                                                                                                                                                                                     tcACT-TC-----C-T-----T------T------T-T------C--C-C--A--T-GC--GC-T---C---TAA--------T---AACA-C------A------A----CC---Attataccaagc
gi|53                         : gaaccgttaaacatgtgtttgacgaaaagatcatcacttcatctaaacaaggctttctcttcggaAACTT-T-T-T-CA------TATAT---------T-GTTA-AT--A-AAGA---AA-T--C-A-C-T-TT------C----T--C------AGTCG-----A-------A-A-C------------------GACT-TC-----C-C-----C------T------C-T------C--C-C--C--TTGT--GC-A---C-A-TTC--------T---AACA-C------A------A----CC---AC
gi|54                         :                                                                                     tctaAT---------T-ATTG-AT--A-AA-----CT-T--C-A-C-T-TT------C----T--CG--A-AGATCT-----A-------A-AGC--A-AA------------GACT-TC-----T-C-----C------T------T-T------C--C-CC-A--T-GC--GA-A---C-A-TTA--------T---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---CT-CGGCC---ACTtcacaa
gi|55                         :                                                                AGAATTT-T-T-ATCA------CATAT---------TTACTG-A------G-----AT-TAAC-A-A-G-TT------T----T--CG--A-AACACT-----A-------A-C-C--A-AAAG----------AACT-AC-----CGC-----C------T------C-T------T--C-
gi|56                         :                                                     tcatattatttcGAACTT-T-T-A-CT------AATAT---------T-ATCG-AT--A-AA-----AT-T--C-A-A-T-T-------------------A---------------------------A-AA------------AACT-TC-----C-C-----C------T------T-TC-----C--C-C--A--T-GC--CC-A---C-T-TTA--------T---AACA-C------T------A----AC---ACAA-----A------T-A---G---AT-TGACC---gccgcggc
gi|57                         :                                                               TAAAA-TT-T-C-A-CA------CATAT---------C-A----AT--A-AG-----AA-T--C-A-A-A-TT------A----T--CG--A-AACGCT-----A-------A---C--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------T-T------C--C-CC-A--T-GC--GC-A---T-A-TTA--------T---AATA-C------
gi|58                         :                                                                                                          ttttca-AA-----AT----C-A-T-T-TT------C----T--CG--A-AACACT-----------------------------------------CC-----C-C-----C------T------T-T------C--C-CC-A--T-GT--GC-A---C-A-TCC--------T---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----T-GCGGCC
gi|59                         :                                                                                                                                                                                -A-T--A-AA------------CACT-CC-----C-C-----C------C------T-TTAATTCC--C-C--A--T-GC--TC-A---C-T-TTG--------G---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---Ggat
gi|6                          :                                                                                                                                                                  tttactaatattattg-C--A-AAAT----------GACT-TT-----CTC-----C------T------T-T------C--C-CC-A--T-GC--GC-A---C-A-TTC--------T---AAGC-C------A------A----CC---ACAA-----A------TGA---G---AT-CGTCC---GCTC--T-----TGGCAGCCa
gi|61                         :                               atcaaacttttaatgcaccagatattgagaaataaatcactgccgatttctccttcACAT---------T-ATTG-AT--A-AT-----AT-T--C-A-G-T-T----------------------------------------A-G-C--A-GA------------TACT-CC-----C-C-----C------T------T-T------C--CTC--G--T-GC--GC-A---C-T-TTA--------T---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------gata
gi|62                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                       tg---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----g
gi|63                         :                                                                                                                                                                                                                acatgtacttttaaaaag------T-C------C--C-C--A--T-GC--GC-A---C-C-TAA--------G---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CTGCC---GCTC--C-----T-GCGGCCctggctcctgcggtc
gi|64                         :                                                                                                                                                                 c-----A-------A-G-C--A-AA------------GACT-TT-----C-C-----C------T------C-T------C--C-CC-A--T-GC--GC-A---C-T-TTG--------T---Aga
gi|65                         :                                                                                                    a-ATCG-AT--A-AA-----AT-T--C-A-A-T-TT------C----T--TG--A-AACACT-------------A-A-CGGA-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------T-T------C--C-ttgtttattgaccaa
gi|66                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CAA-----A------T-A---G---AT-TGGCC---TCTC--C-----T-GCAGCC
gi|67                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    caattaatactt--------T---AACA-C------A------A----CC---ACGA-----A------T-A---C---AT-CGGTC---GTTT--C-----T-GCGGCgataat
gi|7                          :                                                             cacAGAATTT-T-T-A--G------CACAT---------T--TTA-AT--T-AA-----AT-G--C-A-A-T-TT------T----T--TG--A-AACACT-----A-------A-G-CCAG-AA------------GACC-TC-----C-CGCGTTC------G------T-T------C--C-C--G--C-GC--CC-A---tgata
gi|8                          :                                                     cttttaatttcAAAACCT-T-T-A-CA------CATAT---------T-TCTG-AC--A-AAGAATCAT-A--T-A-ACT-TT------A----T--CG--A-AGCTAT-----A-------A-AGC--A-AA------------GACT-T----------------------------T-A------T--C-C--A--T-AT--AC-T---C-T-TTC--------T---AACA-TGCATGTA------A----CC---ACAA-----A------T-A---A---AT-CGGCT---GCTC--T-----T-GCGGCCtgtgcccaaatcccaaaacaacaaatcacaacaagtagat
gi|9                          :                                                             gtgAGAACTT-T-T-A-CT------GA-ATA--------T-ATTG-AT----AA-----AT-T--C-A-A-T-TT------C----T--TG----AACACT-----A-------A-T-C----AA------------GACT-TC-----C-C-------------------T-T------C--T-C--A--T--T--GC-A-----T-TAA--------G---AACA-C------A------A----T----ACTA-----A------T-A---G---AT-CGGCgat


blockSeqs                     :                                                                             A TAGTATA     ATGTACATG         TA    GAATCAT       CA  A  GATATTC                   TTTAA GTACTAA   CAAAGACTTCATCCGG           AATTT G GCGTT CTTTAC CTTTAA   TAATTC TT A CC TG T      T GAATC    ACCGGTAAAT         GCATGT TTTGGT TTC   ACA    TACAA TACATG A CAT TAT  G     ACT    .  GCCCT G
blockSeqs                     :                                                                             T AG          A                 .     GAAT          AC  A  CCGGG                     TTTAA .         CTTTAA                     T     T CTG   CCCCC  A        TAATTC T  A AA T  T      T GAATC    ACCGGTAAAT         .      ATT    G     ACA    .     .      G .   .    T     .      .  GCCCT .
blockSeqs                     :                                                                             . CA          A                 .     GAAA          A   .  A                         TTTG  .         CAAAAG                     .     . TAG   CT     C        TAATTC A  T CC A  .      . CAT      ACCGGTAAAT         .      C      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  A     .
blockSeqs                     :                                                                             . A           .                 .     GAA           A   .  C                         TTAA  .         CAAAAT                     .     . .     A      .        AATC   A  . CC .  .      . GAT      ATCCA              .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . T           .                 .     GAA           A   .  T                         TTTA  .         CGGAAA                     .     . .     .      .        C      T  . C  .  .      . CTA      ATCCA              .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . T           .                 .     GAA           C   .  A                         TTTA  .         CCAGAA                     .     . .     .      .        C      .  . C  .  .      . CTA      CTC                .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . G           .                 .     GAA           T   .  A                         GA    .         CGCAA                      .     . .     .      .        C      .  . C  .  .      . GAT      GG                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . A           .                 .     GAA           A   .  C                         GA    .         ACAAA                      .     . .     .      .        C      .  . C  .  .      . GAT      AA                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . A           .                 .     GAA           A   .  T                         A     .         ACAAA                      .     . .     .      .        .      .  . C  .  .      . GCA      CT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . T           .                 .     GGA           A   .  C                         C     .         CCAAA                      .     . .     .      .        .      .  . C  .  .      . CAT      CT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . A           .                 .     GAA           C   .  C                         .     .         GCAAA                      .     . .     .      .        .      .  . C  .  .      . CTT      AA                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . T           .                 .     GAA           A   .  T                         .     .         TCAAA                      .     . .     .      .        .      .  . C  .  .      . CT       AT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . G           .                 .     AT            A   .  C                         .     .         ACAAG                      .     . .     .      .        .      .  . C  .  .      . CA       CT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . A           .                 .     AT            A   .  A                         .     .         TCAAA                      .     . .     .      .        .      .  . C  .  .      . TT       AG                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . T           .                 .     AT            C   .  C                         .     .         ACAAA                      .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . GA       AT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . A           .                 .     AT            A   .  C                         .     .         ACAAA                      .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . GT       AT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . A           .                 .     AT            A   .  C                         .     .         TCAAA                      .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CA       GA                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . A           .                 .     AA            T   .  T                         .     .         CCAAA                      .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CT       AA                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . A           .                 .     AT            A   .  A                         .     .         ACAAA                      .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CA       CT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . T           .                 .     AT            A   .  A                         .     .         CAAAA                      .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CT       CT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . T           .                 .     AA            C   .  C                         .     .         CCAAA                      .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . TT       AT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . G           .                 .     TT            A   .  C                         .     .         GCAAA                      .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CT       GG                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . T           .                 .     AT            A   .  A                         .     .         GCAAA                      .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . GA       AT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . G           .                 .     AA            A   .  C                         .     .         CAAA                       .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . GA       CT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . A           .                 .     AT            A   .  C                         .     .         CAAA                       .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CT       AT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . A           .                 .     AT            C   .  C                         .     .         CAAA                       .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CA       GG                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . A           .                 .     AT            A   .  C                         .     .         GAAA                       .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CT       AG                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . T           .                 .     AA            T   .  A                         .     .         CTGG                       .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CA       CT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . A           .                 .     AT            A   .  T                         .     .         CAAA                       .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . TT       GA                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . A           .                 .     AT            A   .  C                         .     .         CAAA                       .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CA       AT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . A           .                 .     AT            C   .  A                         .     .         CAAA                       .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CT       AT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . A           .                 .     CT            A   .  A                         .     .         CAAA                       .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CT       CT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . T           .                 .     AT            A   .  A                         .     .         CAAA                       .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CT       CT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . A           .                 .     AT            C   .  C                         .     .         AAAT                       .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CT       AA                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . T           .                 .     AA            C   .  C                         .     .         CAAA                       .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CT       AT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . A           .                 .     AT            C   .  A                         .     .         CAAT                       .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CT       AA                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . T           .                 .     AT            C   .  C                         .     .         CAAA                       .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CT       AT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .     .
blockSeqs                     :                                                                             . T           .                 .     AT            T   .  T                         .     .         CAAA                       .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CT       AT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .      
blockSeqs                     :                                                                             . A           .                 .     AT            C   .  C                         .     .         CAAA                       .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . AA       CT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .      
blockSeqs                     :                                                                             . A           .                 .     AT            A   .  C                         .     .         CAAA                       .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CT       AT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .      .  .      
blockSeqs                     :                                                                             . T           .                 .     G             A   .  C                         .     .         TAAA                       .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CA       AT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .                
blockSeqs                     :                                                                             . A           .                 .     T             A   .  T                         .     .         CAGA                       .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CA       AT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .                
blockSeqs                     :                                                                             . G           .                 .     G             A   .  A                         .     .         CAAA                       .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CT       CT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .                
blockSeqs                     :                                                                             . A           .                 .     T             C   .  C                         .     .         CAG                        .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . TA       GG                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .                
blockSeqs                     :                                                                             . T           .                 .     T             C   .  C                         .     .         AAA                        .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CA       CT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .                
blockSeqs                     :                                                                             . .           .                 .     G             A   .  T                         .     .         CAA                        .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CT       AT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .                
blockSeqs                     :                                                                             . .           .                 .     T             A   .  A                         .     .         CA                         .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CA       AG                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .                
blockSeqs                     :                                                                                           .                 .     T             A   .  C                         .     .         CA                         .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CT       GT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .     .                
blockSeqs                     :                                                                                           .                 .     T             T   .  .                         .     .         CA                         .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CC       CT                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .                      
blockSeqs                     :                                                                                           .                 .     .             G   .  .                         .     .         CA                         .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CT       AG                 .      .      .     .      .     .      . .   .    .                      
blockSeqs                     :                                                                                           .                 .     .             A   .  .                         .     .         CA                         .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . CT       A                  .      .      .     .      .     .      . .                               
blockSeqs                     :                                                                                                             .     .             A   .  .                         .     .         C                          .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . T        A                  .      .      .     .      .     .                                        
blockSeqs                     :                                                                                                             .     .             A   .  .                         .     .         T                          .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . T        A                  .      .      .     .                                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                   .             .   .  .                         .     .         C                          .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . C        A                  .      .      .     .                                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                 .   .  .                         .     .         C                          .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . T        A                  .      .      .     .                                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                  .     .         .                          .     . .     .      .        .      .  . .  .  .      . .        T                  .                                                                         
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-320 )      :                                                               TAGAACTT-T-T-A-CN------CATAT---------T-ATTG-AT--A-AA-----AT-T--C-A-A-T-TT------C----T--CG--A-AACACT-----A-------A-A-C--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------T-T------C--C-C--A--T-GC--GC-A---C-T-TTA--------T---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----T-GCGGCCA
gi|10                         :                                                                  AACTT-T-T-T-CA------TATAT---------T-GTTA-AT--A-AAG----AA-T--C-A-C-T-TT------C----T--C------AGTCG-----A-------A-A-C------------------GACT-TC-----C-C-----C------T------C-T------C--C-C--C--TTGT--GC-A---C-A-TTC--------T---AACA-C------A------ACCACTC---ACAA-----A------T-A---
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gi|12                         :                                                             gaaAAAACTT-T-TTA-CT------GATAT---------T-ATTG-AT----AA-----AT-T--C-A-A-T-TT------C----T--GA--A-AACACT-----A-------A-A-C-------------------ACT-TC-----C-C-----C------T------T-TAATC--T--C-C--AT-T-GC--GC-A---C-T-GTG--------G---AACA-C------A------A----TC---Ag
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gi|16                         :                                                          attgtaAGAACTT-T-T-A-CA------CCTAT---------T-TTTG-AC--G-AA-----G-------A-A-T-CA------C----T--AA--A-AG---------A-------A-A-CTTT-AA------------GACT-CC-----C-C-----C------T------T-A------CT-C-C--A--T-GC--ACTA---T-T-TTC--------T---AACA-C------A------A----CC---ACAA-----ATACATGT-A---G---AT-AGGCC---ACTg
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gi|23                         :                                                                AGAACTT-T-T-A-C---------TAA---------T-ATTG-AT--A-AA-----AT-T--C-A-A-T-TT------C----T--TG--A-AACACTTTTAAA-------A-A-C--A----------------------------------------------------------C--C-C--A--T-GC--GC-A---T-T-ATA--------T---AACA-C------A------A----TCACAACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--CGCCCTT-GCGACCat
gi|24                         :                                                                tcAACTT-T-T-A-CT------AATAT---------T-ATTG-AT--A-A-------T-T--CCA-A-T-TT------C----T--TG--A-AACACT-----A-------A-A-C--A-----------------CT-TC-----C-C-----CCTTTACT------T-T------C--C-C--A--T-AC--GC-A---C-T-TTG--------A---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-C---A---AT-CGGCC---GCTC--A-----T-GCGGCCgataa
gi|25                         :                                                              atAGAACGT-T-T-A-CA------CTTAT---------T-ATTA-AT--A-GA-----AA-T--C-A-T-T-TT------C----T--CG--A-AACACTA----A-------A-A-G--A-AA------------GACT-TC-----C-CTAG--C------T------C-T------C--C-C--A--T-GT--GC-A---G-A-TTA--------A---AACA-C------A------A----TC---AGAA-----A------T-A---G---A------------TC--C-----T-GCGGCCga
gi|26                         :                                                            attcAAAATTT-T-T-A-CA------CATAT---------T-ATTA-A----------------------A-T-TT-----------T--CG--A-AACACT-----A-------A-ATC--A-AA------------GACT-CC-----C-G-----C------T------A-T------C--C-CCCA--T-GT--GC-A---G-A-TCA------------AAAA-C------AC-----A----TC---ACAA-----C------T-A---G---AT-CGGCC---GGTT--C-----T-GCGGCCga
gi|27                         :                                                          ttattcAGAATTT-T-T-A-CA------CAT-----------T-ATT--------AA-----AT-T----A-A-T-TT------T----T--CG--A-AACACG-----A-------A-AAC--A-AA------------GACT-CC-----C-G-----C------T------T-T------C--C-CC-A--T-GT--GC-AGAAT-C-TGA--------TCCAAACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----T-GCGGgat
gi|28                         :                                                                ttcACTT-T-T-G-CA------CATAT---------T-TTTG-AC--A-AAG----AA-T--C-G-C-T-TC------A----T--CA--A-GAC-TT-----C-------C-C-C--T-GG------------GATT-TC-----C-C-----C------T------C-T------C--C-CC-A--T-GC--GC-T---C-T-TTC--------T---AACA-C------A------A----CC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----T-GCGGCC
gi|29                         :                                                                AGAACTT-T-T-A-CT------CTTAAA--------T-ATGA-AT--A-AAG----AA-T--C-ACA-T---------A----T--CG--T-AACACT-----A-------A-A-C--A-AA------------GACT-TTAATTTC-C-----C------T------C-T------C--C-C--AA-T-GT--GC-A---C-A-TTC--------T---AACA-C------A------A----CC---AGAA-----A----------------ATGCGGCC---Gggt
gi|3                          :                                                            ttattcAACTT-T-T-A-CTAGTATATGTAT---------T-ATTG-AT--A-AA-----AT-T--C-A-A-C-TTGATATTC----T--TG--A-AACACTTTTG-A-------A-G-C--A-AA------------GATT-TC-----C-C-----C------T------T-T------C--C-CC-A--T-GC--GC-A-------TTA--------T---AGCA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----a
gi|30                         :                                                                 catCCT-T-T-A-TT------AATAT---------T-ATTG-AT--A-CA------T-T--C-A-A-T-TC------C----T--TG--A-AACACT-----A-------A-A-C--A-----------------CT-TC-----C-C-----C------C------T-TTAATTCC--T-C--G--T-AC--GC-A---C-T-TTG--------G---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---TT-CGGCC---GCTC--C-----T-GCGGCCgctcttgcaaccgata
gi|31                         :                                                                   ATTT-T-T-A-TG------CATAT---------T----G-AT--A-GG-----AA-T--C-A-----------------------------CCCT-----A-------A-A-C--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------TA-----T-C------C--C-C--A--T-GC--GC-A---C-A-TTACCGGTAAAT---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AA-CGGCC---GCT---C-----T-GCGGCCAga
gi|32                         :                                                             tattcagCTT-T-T-A-CT------AATAT---------T-A--G-A---A-AA-----TT-T--C-A-A-T-TT------C----T--TG----AACACTTTTAAA-------A-A-C--A-AA-------------------------------------------------------C--C-C--A--T-GC--GC-A---T-T-ATA--------T---AACA-C------A------A----TCACAACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--CGCCCTT-GCGACC
gi|33                         :                                                                AGATTTT-T-T-A-TG------CATAT---------T----G-AT--T-AG-----G-------A-A-T-C----------------------ACCCT-----A-------A-A-C--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------A-T------C--CAT--A--T-GC--GC-A---C-A-TTACCGGTAAAT---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--T-----T-GCGGgataac
gi|34                         :                                                            attcAGAACAT-T-T-A-CA------CATAT---------C-ATTA-AT--A-AAG----AA-T--C-A-C-T-TT------A----T--CG--A-AACACT-----A-------A-AAC--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------C-T------C--C-C------------------C-TATTC--------T---AACA-C------A------A----CC---ACAC-----A------T-A---G---AT-CGGTC---GCTT--T-----T-GCGGC
gi|35                         :                                                                tgcACTTGT-T-A-TA------CATAT---------C-GTTATAT--A-GA-----AT-C------A-C-TC------C----A--CGGTA-AACACT-----T-------ATA-T--------------------TT-TC-----T-C-----C------A------T-C------C--C-C--A----GC--GC-A---C-TATCA--------T---AACA-C------A------A----CC---ACAA-----A--------A---G---ATTCGGCC---GCTC--C-----T-GCG
gi|36                         :                                                                AGAACAT-T-T-G-CA------CTTAT---------T-ATTG-AT--A-GA-----AA-T--T-A-T-T-TT------C----T--CG--A-AACACT-----------------------------------------CC-----C-C-----T------T------T-T------CA-C-C--A--T-GT--GC-A---GAT-CCA------------AACA-C------A------A----TT---ACAA-----A------T-A---G---GT-TGGCC---GCTC--C-----T-GCAGCtcggat
gi|37                         :                                                                                    ttcATAT---------T-ATTG-AT--A-AA------T-T--C-A-A-T-TT------C----T--TC--A-AACAAT-----A-------A-A-C--A-----------------TT-TC-----C-C-----C------CCTTTAAT-T------CA-C-C--A--T-GC--GC-A---C-T-TTG--------G---AACA-C------G------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CAGCC---GCtgat
gi|39                         :                                                             ctaAGAACTT-T-T-A-CT------AATAT---------T-ATTG-AT--A-AA------T-T--C-A-A-T-TT------C----T--TG--A-AACACT-----A-------A-ATC--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------C-T------CT-C-C--A--T-GT--GC-A---C-T-TAA--------G---AACA-C------A------A----TC---ACTA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---Gagaagcggccgata
gi|4                          :                                                             ttcAGAATTT-T-T-A-CA------CATAT---------T-TTTG-AC--A-AA-----GGAT--C-A-C-T-TC------A----T--CG--A-AACACTC----A-------A-A-C--A-AAGACTTCATCCGGGACT-TC-----C-C-----C------T------T-TC-----C--C-C--A--T-GC--GC-T---C-T-TTC--------T---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----T-GTGGCC
gi|40                         :                                                           tattcAGAACTT-T-T-A-CA------CATAT---------T-ATT--------AA-----AT----C-A-A-T-TT------T----T--CG--A-AACACC-----A-------A-ACC--A-AA------------GACT-CC-----C-G-----C------TC-----T-C------C--C-C--A--T-GT--GC-AG--A-T-CCA------------AACA-C------AATT---A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-Cga
gi|41                         :                                                                                                 ttattcTTA-AT--A-AA------T-T--C-A-A-T-TT------C----T--TG--A-AACACT-----A-------A-A-C--A-----------------CT-TC-----C-C-----C------C------T-TTAATTCC--C-C--A--T-GC--GC-A---C-T-TTG--------A---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-TGGCC---G-----C-----T-GCGGCCcga
gi|42                         :                                                                     attcagaactt------CACAT---------T-ATTG-AT--ATGG-----AT-T--C-C-C-T-TT------A----T--GG--A-AATAAT-----A-------C-A-A--A-AT------------GATT-TC-----T-C-----C------T------T-T------C--C-C--T--TTGC--GC-A---C-T-TTC--------TC--AACA-C------A------A----CC---ATAA-----A------C-A---G---AT-CGGAC---GCTC--C-----T-GCGg
gi|43                         :                                                                   aaaT-T-T-A-CA------CATAT---------T-ATTG-AT--A-AAG----AA-T--C-A-C-T-TT------A----T--CG--A-AACACT-----A-------A-AAC--A-AA------------GACT-CT-----C-C-----C------T------T-C------C--C----------------------T-TTA--------T---AGCA-C------A------A----CC---ATAA-----A------T-A---G---AT-CGGTC---GCTC--C-----T-GCGGCC
gi|44                         :                                                               aAGAACTT-T-T-A-CA------CATAT---------T-ATTG-AT--A-AA------------------------------------G--A-AATACT-----A-------A-A-C--A-AA------------GACT-TT-----C-C-----C------T------TAC------C--C-C--A--T-TC--CC-A---C-T-TTA--------T---AACA-C------A------A----CC---ACAA-----A------T-A---C---AT-CGGCCACTGCTC--C-----C-ga
gi|45                         :                                                             ttcAGAACTT----------------ATAT---------T-ATTG-ATTAA-AA-----AT-T----A-C-T-TT------A----T--CG--A-AGATGT-----A-------A-A-C--A-AT------------TAAT-TCT----C-C-----C------T------T-C------C--C-C--T--T-GT--GT-A---C-T-TTC--------T---AACA-C------A------A----CC---ACAA-----A------C-A---G---AT-CGGTC---G
gi|46                         :                                                                                                                      attc-T--C-A-C-T-TT------C----T--CG--A-AACACC-----AGTACTAAA-A-C--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----CCT----C------T-C------C--C-C--T--T-GT--GC-AG--C-A-TTC--------T---AAC--C-------------A----CC---ACAA-----A------T-A-------AT-TGGCC---GCTC--C-----T-GC
gi|47                         :                                                          agagaaAGAACTT-TAT-A-CT--------TAT---------T-ATTG-AT--A-GA-----AA-T--C-A-T-T-TT------C----T--CG--A-A-CACT------------------------------------------------------------------------C------C--C-C--A--T-GT--GC-A---CAT-CTA--------A---ATCA-A------A------A----TC---ACAA-----A------T-T---G---AT-CGACC---GCTC--C-----T-GCGGCCaagccgta
gi|48                         :                                                                     tc-T-T-G-CA------CATAA---------T-TTTG-TC--A-AAG----AA-T--C-A-C-T-TT------A----T--TG--A-AACACC-----A-------G-A-C--------------------------------C-----G------T------T-C------C--C-C--A--T-GC--GCTG---C-T-TC---------T---AACA-C------A------A----CC---ACAA-----A------T-C---G---AT-CAGCC---GCTC--C-----T-GCGGCCAgataa
gi|49                         :                                                               aAGAACTT-T-T-AACT------AATAT---------T-ATTG-AT--A-AA-----AT-T--C-A-A-T-TT------C----T--TG--A-AACACTTTAA-A-------A-G-CA-A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C-------------T-T------C--C-C--ATGT-GT--GC-A---CTT-TTA--------T---AACA-C------A------A----TC---AC
gi|5                          :                                                             ttcAGAATTT-T-T-A-CA------CATACATGTACATGC-ATTA-TT--A-AA--------T--C-A-A-G-TT------T----T--CG--A-AACACT-----A-------A-A-CC-A-AA------------GACT-CC-----C-G-----C------T------C-T------C--C-CCCA--T-GT--GC-A---A-A-TCA--------A---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----T-GCGGCC
gi|50                         :                                                          ttattcAGAACTT-T-T-A-CT------AATAT---------T-ATTG-AT--A-AA-----AT-T--C-A-A-TATT------CCGGGT--TG--A-AATACTTTTA-A-------A-G-C--A-AA------------AACT-TC-----C-C-----C------T------T-TC-----C--C-C--A--T-G---AC-A---C-T-Tga
gi|51                         :                                                              gcAGAACTT-T-T-A-CT------AATAT---------T-ATTG-AT--A-AA-----AT-T--C-A-A-TATT------C----T--TG--A-AACACTTTTA-A-------A-G-C--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------T-TC-----C--C-C--A--T-GC--GC-A-------TTA--------T---AAgcggccgataag
gi|52                         :                                                                                                                                                                                                     tcACT-TC-----C-T-----T------T------T-T------C--C-C--A--T-GC--GC-T---C---TAA--------T---AACA-C------A------A----CC---Attataccaagc
gi|53                         : gaaccgttaaacatgtgtttgacgaaaagatcatcacttcatctaaacaaggctttctcttcggaAACTT-T-T-T-CA------TATAT---------T-GTTA-AT--A-AAGA---AA-T--C-A-C-T-TT------C----T--C------AGTCG-----A-------A-A-C------------------GACT-TC-----C-C-----C------T------C-T------C--C-C--C--TTGT--GC-A---C-A-TTC--------T---AACA-C------A------A----CC---AC
gi|54                         :                                                                                     tctaAT---------T-ATTG-AT--A-AA-----CT-T--C-A-C-T-TT------C----T--CG--A-AGATCT-----A-------A-AGC--A-AA------------GACT-TC-----T-C-----C------T------T-T------C--C-CC-A--T-GC--GA-A---C-A-TTA--------T---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---CT-CGGCC---ACTtcacaa
gi|55                         :                                                                AGAATTT-T-T-ATCA------CATAT---------TTACTG-A------G-----AT-TAAC-A-A-G-TT------T----T--CG--A-AACACT-----A-------A-C-C--A-AAAG----------AACT-AC-----CGC-----C------T------C-T------T--C-
gi|56                         :                                                     tcatattatttcGAACTT-T-T-A-CT------AATAT---------T-ATCG-AT--A-AA-----AT-T--C-A-A-T-T-------------------A---------------------------A-AA------------AACT-TC-----C-C-----C------T------T-TC-----C--C-C--A--T-GC--CC-A---C-T-TTA--------T---AACA-C------T------A----AC---ACAA-----A------T-A---G---AT-TGACC---gccgcggc
gi|57                         :                                                               TAAAA-TT-T-C-A-CA------CATAT---------C-A----AT--A-AG-----AA-T--C-A-A-A-TT------A----T--CG--A-AACGCT-----A-------A---C--A-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------T-T------C--C-CC-A--T-GC--GC-A---T-A-TTA--------T---AATA-C------
gi|58                         :                                                                                                          ttttca-AA-----AT----C-A-T-T-TT------C----T--CG--A-AACACT-----------------------------------------CC-----C-C-----C------T------T-T------C--C-CC-A--T-GT--GC-A---C-A-TCC--------T---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----T-GCGGCC
gi|59                         :                                                                                                                                                                                -A-T--A-AA------------CACT-CC-----C-C-----C------C------T-TTAATTCC--C-C--A--T-GC--TC-A---C-T-TTG--------G---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---Ggat
gi|6                          :                                                                                                                                                                  tttactaatattattg-C--A-AAAT----------GACT-TT-----CTC-----C------T------T-T------C--C-CC-A--T-GC--GC-A---C-A-TTC--------T---AAGC-C------A------A----CC---ACAA-----A------TGA---G---AT-CGTCC---GCTC--T-----TGGCAGCCa
gi|61                         :                               atcaaacttttaatgcaccagatattgagaaataaatcactgccgatttctccttcACAT---------T-ATTG-AT--A-AT-----AT-T--C-A-G-T-T----------------------------------------A-G-C--A-GA------------TACT-CC-----C-C-----C------T------T-T------C--CTC--G--T-GC--GC-A---C-T-TTA--------T---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------gata
gi|62                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                       tg---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CGGCC---GCTC--C-----g
gi|63                         :                                                                                                                                                                                                                acatgtacttttaaaaag------T-C------C--C-C--A--T-GC--GC-A---C-C-TAA--------G---AACA-C------A------A----TC---ACAA-----A------T-A---G---AT-CTGCC---GCTC--C-----T-GCGGCCctggctcctgcggtc
gi|64                         :                                                                                                                                                                 c-----A-------A-G-C--A-AA------------GACT-TT-----C-C-----C------T------C-T------C--C-CC-A--T-GC--GC-A---C-T-TTG--------T---Aga
gi|65                         :                                                                                                    a-ATCG-AT--A-AA-----AT-T--C-A-A-T-TT------C----T--TG--A-AACACT-------------A-A-CGGA-AA------------GACT-TC-----C-C-----C------T------T-T------C--C-ttgtttattgaccaa
gi|66                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CAA-----A------T-A---G---AT-TGGCC---TCTC--C-----T-GCAGCC
gi|67                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    caattaatactt--------T---AACA-C------A------A----CC---ACGA-----A------T-A---C---AT-CGGTC---GTTT--C-----T-GCGGCgataat
gi|7                          :                                                             cacAGAATTT-T-T-A--G------CACAT---------T--TTA-AT--T-AA-----AT-G--C-A-A-T-TT------T----T--TG--A-AACACT-----A-------A-G-CCAG-AA------------GACC-TC-----C-CGCGTTC------G------T-T------C--C-C--G--C-GC--CC-A---tgata
gi|8                          :                                                     cttttaatttcAAAACCT-T-T-A-CA------CATAT---------T-TCTG-AC--A-AAGAATCAT-A--T-A-ACT-TT------A----T--CG--A-AGCTAT-----A-------A-AGC--A-AA------------GACT-T----------------------------T-A------T--C-C--A--T-AT--AC-T---C-T-TTC--------T---AACA-TGCATGTA------A----CC---ACAA-----A------T-A---A---AT-CGGCT---GCTC--T-----T-GCGGCCtgtgcccaaatcccaaaacaacaaatcacaacaagtagat
gi|9                          :                                                             gtgAGAACTT-T-T-A-CT------GA-ATA--------T-ATTG-AT----AA-----AT-T--C-A-A-T-TT------C----T--TG----AACACT-----A-------A-T-C----AA------------GACT-TC-----C-C-------------------T-T------C--T-C--A--T--T--GC-A-----T-TAA--------G---AACA-C------A------A----T----ACTA-----A------T-A---G---AT-CGGCgat
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): AAAAAATTCAGATGTTTACACTTAATATCTCGTAATTAATAGAAATCATTATTCTACAGAAACACATTTAAAACGACAGAGGACCGTGCGGCCGTAGCTCTTGAAACCCATCGTCCGCACCGGAGTGTCTACACCCCAATCACAAACTAGATGCGGC
Unaligned ( gi|38 ): CTTTTATTCAAAACTTTTATACATATTGAATTTTCAAATCACTTCCCCTTTCCGAAACCATTACACACAAAAGATCAACCGCTCCTGCATGCGACCGATAACGAAGAAAATCA
Unaligned ( gi|60 ): TTACCCAGACTTTTACTAAACACTATTGATAACTTCATTGGCTTCTTGACACGATATCTGCACGGGACTTCTCTT
Unaligned ( gi|68 ): CAGAACTTATTTTATTATCAATAAAGAATCACTTTATCGAAA
Unaligned ( gi|69 ): AAAACTTTCACACTTATTATTGATAAAGAATCACTT