lowQualScore : 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 1 11 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 6666666666 11 33333333 1 1 44444444444444444444444 11 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 1 4444 22222 1 11 2 1 1
lowQualScore : 8 55 6 77777 1 3 0 55 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 00 99 3 9999999999 2 6 22 99999999 0 2 5 77777777777777777777777 11 4 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 5 3 8 2222 55555 6 77 2 888 2 2 3 8 5 3 5
lowQualScore : . .. . ..... . . . .. ........................................................................................ . .. .. . .......... . . .. ........ . . . ....................... .. . . .......................................................................................................................... . . . . .... ..... . .. . ... . . . . . . .
lowQualScore : 4 55 0 88888 6 0 7 77 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 00 55 0 0000000000 2 0 22 22222222 0 5 0 22222222222222222222222 77 0 5 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 0 7 3 0000 00000 3 55 5 555 5 5 0 5 0 0 0
consensus : TACAGGTGACTCTCGATAACTCGAAGTTCAA----GGGACCTTGATAAAACTTCGAG--TGATCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAATTTTGACANGTNGTCCTCCATATTTT-AAGTA--A-ACTGACTTGATTTC-AA---CAA--AA-AACTTTATCTTGCAT-GATAA--AAA-ATA--TTT--AAAGTTTACGTANTTNTTCTTTTTTCTCCCATGCTGNAATAGATGTACATGTACACATGNTCNCATGGCNGTACNTNTCGCGNNACAAATAAT---AGTTTC----------ACAGTCAC---TT-----ACTACA----TCGTCACATTTTC-ANTCGCTTTACACAAAACA--CACGCTGATANATAGTGATATTTCATNANCATGCCTTCNAATNATNTTCTCNAAATTACTGCCGCATCGTCA
Reference ( gi|1 ) : TACAGATGACTCTCAATAACTTGAAGCTCAA----GGGATCTTGGTAAAACCTCAAG--TGATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGACATGCTGTCCTCCATATTTT-AGGTATTATATTGATTTGATCTT-AA---CAA--AA-AACTTTATCTTGCATAAATAA--AAAGATA--TTT-AAAAGTTTATTTAATTGTT--------TC----GTTACGATAGACATACCTGAACACATAATTA------AG-ACTTCTTGCGTAACAAATAATTGCAGTTTCTATATTAACGACACACACGAATTCAAAAATTATAATAATCGTCATATTTTCCAGTCGCTTTACACTAAATACTCATGCTGATAAATATTGATTTTTCACAAGTATGCCTCTAAATCATGTTCTCAAATTTAATGTCTCATCTTCA
gi|3 : TACAGGTGACTCTCAATAACTTAAAGTTCAA----GGGGCCTTCATATAAC
gi|12 : agTACAGGTGACTCTCAATAACTTGAGATTC------GGGACCTTATCGAGATCTCAAGATTGATattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgtgacaattatttccttcctatttttaagtaactgacttgatttcaaaagcacagaactttatctgacatataactaaaaataatttttaaagttcatgtgtttgttcttttttcttgctgaaatagatgtacatgtacatatttacatggcaaatttctcgagacataaataat
gi|19 : ataTACAGGTGACTCTCAATAACTTAAAGTTCAA----GGG
gi|17 : TACAGGTGACTCTCAAGAACTCAAAGTTCAA----GGGA-CTGAGTAAGGTC-CAAG--Tgcc
gi|18 : gTACAGGTGACTTGAGATA-CTCAAAATTCAA----GGGACCTAGACAAAACTTC
gi|6 : gACAGGTGACTCTCGATAACTTGAAGTTCAA----TGGACCAAGACAAAACTTC
gi|16 : CAGGTGATTCTCAATAACTCAAAGTTC------GGGACCTTATCGAGATCTCAAGATTGATgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatc
gi|15 : AGTTGACTCTCGATAACTCCAACTTCAT----GGGAACTTGATAAAACTTTGAG--AGAT
gi|14 : AGTTGACTCTCGATAACTCCAACTTCAT----GGGAACTTGATAAAACTTTGAG--AGATtga
gi|4 : aTGACTCGAGATAACTGCAAGTTCAA----ATGACCTTGGTAAAACTTCGAG--TGATCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAATTTTGACATGTAATCC------------------AAATTGACTTGATTTC-AA---C-G--AA-AACTTTAT-TTGCATtga
gi|13 : catgTGACTCCTGATAATTCGAAGTTCAATTAAGGGACCTTGGTAAAACTTTGAG--TGAT
gi|10 : ACAAGTTGTCCGCCATATTTT-AAGTA----ATTGATTTGATTTC-AAT--TAA--AATAA--TTATCCTGCATAGACCA--AAA-ACA--TTT-----GTTTAATTAtgag
gi|2 : TCCTCCATATTTT-ATGTA--ATACTAACTTCATTTTGAA---CAATTAA-AACTTTAT-TTGCA--GATAA--A----TA--TTTTAAAAGTTTACGTAATTTTT--------TCCCATATTGCAATAGATGTACATGTAC-CA-GGTCC------TGTACATATTACATAACAA--------AGTTTC----------ACAGTCAC---TT-----ACTACA----TCGTCA-AATTTCAAGTCGCTTTTCACTACA----CACACTGATAG----TGATATTTCATTACCATGCTTTCAAATAATTTTTTCCAAATTACTGCCTCAT
gi|3 : TCCTTCCTATTTTTAAGTA----ACTGACTTGATTTC-AAAAGCAC--AG-AACTTTATCTGACAT--ATAACTAAAAATAATTTT-TAAAGTTCATGTGTTTGTTCTTTTTTCTT----GCTGAAATAGATGTACATG--TACATATTTACATGGCAA-ATTTCTCGAGACATAAATAATtcagtcattgttaaagtcaaaacaaatataaacaaactttacgtattgtcgaatgatatca
gi|5 : agtacaggtgactctcaataacttaaagttcaaggggccttcatataacattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgtgacaattattTCGTCACATTTTTCATTCGCTTTACACAAAACACATATGCTAATAAATAGTGATATTTCATGAGTATGTCTTTTAATCATGTTCTCAAA-TTACTGTTGCATCGTCA
gi|11 : TTGTCACATTTTC-AACCGCTTTACACATAATA--CATGTTGATATATAGTAATGTTagtacatatatgacacgagtcttacacatattcgaatgacatta
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): GACTCGAGATAACTCGAAGTTCAGGGGATCAAGACAAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACC
Unaligned ( gi|8 ): TGAAGTTAACTAACTTATTTCAACAACACACAATTTTATATTGCATAAATGATTCTTTAAGTTTTATGAATGTATTTTTTTTTATTTTTTCTTTCTAAAGTAAATGTACATGTACAAATTTACA
Unaligned ( gi|9 ): AGACAAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 2222222222222 1 22222222222222 111 111 22222 88888888888888 888888888888888 33333333 0000000000000000000000000000 2222 111 11 222222 1 11
lowQualScore : 1 6666 55 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 1 5 0 6 1 77777 2 6 3333333333333 1 0 77777777777777 444 777 8 00000 2 1 1 33333333333333 0 1 33 777777777777777 1 1 0 22 00000000 4444444444444444444444444444 1111 0 666 1 33 000000 3 4 1 1 1 11 1 1 4 0 6 88
lowQualScore : . .... .. ............................................................................... . . . . . . ..... . . ............. . . .............. ... ... . ..... . . . .............. . . .. ............... . . . .. ........ ............................ .... . ... . .. ...... . . . . . .. . . . . . ..
lowQualScore : 9 5555 77 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 6 6 7 8 00000 5 7 7777777777777 0 8 11111111111111 000 000 0 00000 0 0 0 88888888888888 2 0 55 222222222222222 0 0 7 00 77777777 0000000000000000000000000000 2222 2 222 0 22 555555 2 5 2 0 0 77 0 0 0 7 7 33
consensus : TACAGGTGACTCTCGATAACTCGAAGTTCAA----GGGACCTTGACAAAACTTCGAG--TGATCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAATTTTGACATGTTGTCCTCCATATTTT-AAGTA--A-ACTGACTTGATTTC-AA---CAA--AA---AACTTTATCTTGCAT-GA-TAA---AAA-ATA---TTT--AAA-GTTT-----ATGTANTTNTTCTT-TTTTCTCC--TGCTGNAATAGACGTACATGTACACATGGTTA-----CAG-ACTTCTCGCGTAACAAATAAT---AGTTTCTATATTAACGACANNCACGAATTCAAAAACTACA----TCGTCACATTTT-C-AGTCGCTTTACACAAAACAC--AC--GCTGATAAATAGTGATATTTCATNAGCATGCCTTTAAATCATGTTCTC-AAATTACTGTCTCATC--GTCA
Reference ( family-310 ) : TACAGGTGACTCTCGATAACTCGAAGTTCAA----GGGACCTTGATAAAACTTCGAG--TGATCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAATTTTGACANGTNGTCCTCCATATTTT-AAGTA--A-ACTGACTTGATTTC-AA---CAA--AA---AACTTTATCTTGCAT-GA-TAA---AAA-ATA---TTT--AAA-GTTT-----ACGTANTTNTTCTT-TTTTCTCCCATGCTGNAATAGATGTACATGTACACATGNTCNCATGGCNGTACNTNTCGCGNNACAAATAAT---AGTTTC----------ACAGTCAC---TT-----ACTACA----TCGTCACATTTT-C-ANTCGCTTTACACAAAACAC--AC--GCTGATANATAGTGATATTTCATNANCATGCCTTCNAATNATNTTCTCNAAATTACTGCCGCATC--GTCA
gi|1 : TACAGATGACTCTCAATAACTTGAAGCTCAA----GGGATCTTGGTAAAACCTCAAG--TGATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGACATGCTGTCCTCCATATTTT-AGGTATTATATTGATTTGATCTT-AA---CAA--AA---AACTTTATCTTGCAT-AAATAA---AAAGATA---TTT--AAAAGTTT-----ATTTAATTGTT---------TC----GTTACGATAGACATACCTGAACACATAATTA------AG-ACTTCTTGCGTAACAAATAATTGCAGTTTCTATATTAACGACACACACGAATTCAAAAATTATAATAATCGTCATATTTT-CCAGTCGCTTTACACTAAATACTCAT--GCTGATAAATATTGATTTTTCACAAGTATGCCTCTAAATCATGTTCTCAAATTTAATGTCTCATC--TTCA
gi|10 : ACAAGTTGTCCGCCATATTTT-AAGT---A-ATTGATTTGATTTC-AAT--TAA--AAT--AA--TTATCCTGCATAGA-CCA---AAA-ACA---TTT------GTTT-----A
gi|11 : ----TTGTCACATTTT-C-AACCGCTTTACACATAATAC--AT--GTTGATATATAGTAATGTTCTATTGGCATGatta
gi|12 : TACAGGTGACTCTCAATAACTTGAGATTC------GGGACCTTATCGAGATCTCAAGATTGAT
gi|13 : ataTGACTCCTGATAATTCGAAGTTCAATTAAGGGACCTTGGTAAAACTTTGAG--TGATTG
gi|14 : AGTTGACTCTCGATAACTCCAACTTCAT----GGGAACTTGATAAAACTTTGAG--AGATTGag
gi|15 : aAGTTGACTCTCGATAACTCCAACTTCAT----GGGAACTTGATAAAACTTTGAG--AGATTGa
gi|16 : CAGGTGATTCTCAATAACTCAAAGTTC------GGGACCTTATCGAGATCTCAAGATTGATa
gi|17 : TACAGGTGACTCTCAAGAACTCAAAGTTCAA----GGGAC
gi|18 : gTACAGGTGACTTGAGATA-CTCAAAATTCAA----GGGACCTAGACAAAACTTCtgagtaaggtccaagt
gi|19 : gTACAGGTGACTCTCAATAACTTAAAGTTCAA----GGGGCC
gi|2 : TCCTCCATATTTT-ATGTA--ATACTAACTTCATTTTGAA---CAATTAA---AACTTTAT-TTGCA--GA-TAA---A----TA---TTTTAAAA-GTTT-----ACGTAATTTTT---------TCCCATATTGCAATAGATGTACATGTAC-CA-GGTC------CTGTACATATTACATAACAAA--------GTTTC----------ACAGTCAC---TT-----ACTACA----TCGTCAAATTTC-A-AGTCGCTTTTCAC--TACAC--AC--ACTG----ATAGTGATATTTCATTACCATGCTTTCAAATAATTTTTTCCAAATTACTGCCTCATTCAGTCA
gi|3 : TACAGGTGACTCTCAATAACTTAAAGTTCAA----GGGGCCTTCATATAACttgttaaagtcaaaacaaatataaacaaactttacgtattgtcgaatgatatca
gi|3 : agTCCTTCCTATTTTTAAGTA--A--CTGACTTGATTTC-AAAAGCAC--AG---AACTTTATCTGACAT--A-TAACTAAAA-ATAATTTTT--AAA-GTTC-----ATGTGTTTGTTCTT-TTTTCT----TGCTGAAATAGATGTACATGTACATAT--TTACATGGCAA-ATTTCTCGAGACATAAATAAT---attgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgtgacaattatttccttcctatttttaagtaactgacttgatttcaaaagcacagaactttatctgacatataactaaaaataatttttaaagttcatgtgtttgttcttttttcttgctgaaatagatgtacatgtacatatttacatggcaaatttctcgagacataaataat
gi|4 : agtacaggtgactctcaataacttaaagttcaaggggccttcatataacattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgtgacaattattCATGTGACTCGAGATAACTGCAAGTTCAA----ATGACCTTGGTAAAACTTCGAG--TGATCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAATTTTGACATGTAATCC---------------A--A-ATTGACTTGATTTC-AA---C-G--AA---AACTTTAT-TTGCAT-
gi|5 : ----TCGTCACATTTTTC-ATTCGCTTTACACAAAACAC--ATATGCTAATAAATAGTGATATTTCATGAGTATGTCTTTTAATCATGTTCTC-AAATTACTGTTGCATC--GTCA
gi|6 : ACAGGTGACTCTCGATAACTTGAAGTTCAA----TGGACCAAGACAAAACTTCGagtacatatatgacacgagtcttacacatattcgaatgacatta
gi|7 : GACTCGAGATAACTCGAAGTTCAG----GGGATCAAGACAAAACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatc
gi|8 : -AAGTT--A-ACTAACTT-ATTTC-AA---CAA--CACACAATTTTATATTGCAT-----AA---ATG-ATT---CTT--TAA-GTTTTATGAATGTATTTTTTTTTATTTTTTCT--TTCTAAAGTAAATGTACATGTACAAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AGACAAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 11 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 11111 2222222222222 1 22222222222222 111 111 22222 333333333333333 55555555555555555555 22222222 4444444444 3333333333 2222 111 11 222222 1 1 11
lowQualScore : 1 6666 55 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33 6 5 0 6 1 77777 2 6 3333333333333 1 0 77777777777777 444 777 8 00000 1 888888888888888 0 1 2 33 66666666666666666666 0 66666666 1111111111 22 0000000000 1111 0 666 0 33 000000 3 3 1 1 3 3 88
lowQualScore : . .... .. ............................................................................... .. . . . . . ..... . . ............. . . .............. ... ... . ..... . ............... . . . .. .................... . ........ .......... .. .......... .... . ... . .. ...... . . . . . . ..
lowQualScore : 9 5555 77 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88 5 6 6 7 8 00000 5 7 7777777777777 0 8 11111111111111 000 000 0 00000 0 000000000000000 2 0 0 55 22222222222222222222 7 77777777 5555555555 00 0000000000 2222 2 222 2 22 555555 2 5 2 0 3 3 33
consensus : TACAGGTGACTCTCGATAACTCGAAGTTCAA----GGGACCTTGACAAAACTTCGAG--TGATCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAATTTTGACA--TGTTGTCCTCCATATTTT-AAGTA--A-ACTGACTTGATTTC-AA---CAA--AA---AACTTTATCTTGCAT-GA-TAA---AAA-ATA---TTT--AAA-GTTT-----ATGTANTTGTTCTT-TTTTCTC-TGCTGNAATAGACGTACATGTACACATGGT----TA-----CAGACTTCTCGCGTAACAAATAAT---AGTTTCTATATTAACGACANNCACGAATTCAAAAACTACA----TCGTCACATTTT-C-AGTCGCTTTACACAAAACAC--AC--GCTGATAAATAGTGATATTTCATNAGCATGCCTTTAAATCATGTTCT-CAAA-TTACTGTCTCATC--GTCA
Reference ( family-310 ) : TACAGGTGACTCTCGATAACTCGAAGTTCAA----GGGACCTTGACAAAACTTCGAG--TGATCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAATTTTGACA--TGTTGTCCTCCATATTTT-AAGTA--A-ACTGACTTGATTTC-AA---CAA--AA---AACTTTATCTTGCAT-GA-TAA---AAA-ATA---TTT--AAA-GTTT-----ATGTANTTNTTCTT-TTTTCTCCTGCTGNAATAGACGTACATGTACACATGGT----TA-----CAGACTTCTCGCGTAACAAATAAT---AGTTTCTATATTAACGACANNCACGAATTCAAAAACTACA----TCGTCACATTTT-C-AGTCGCTTTACACAAAACAC--AC--GCTGATAAATAGTGATATTTCATNAGCATGCCTTTAAATCATGTTCT-CAAA-TTACTGTCTCATC--GTCA
gi|1 : TACAGATGACTCTCAATAACTTGAAGCTCAA----GGGATCTTGGTAAAACCTCAAG--TGATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGACA--TGCTGTCCTCCATATTTT-AGGTATTATATTGATTTGATCTT-AA---CAA--AA---AACTTTATCTTGCAT-AAATAA---AAAGATA---TTT--AAAAGTTT-----ATTTAATTGTT---------TC--GTTACGATAGACATACCTGAACACATAAT----TA------AGACTTCTTGCGTAACAAATAATTGCAGTTTCTATATTAACGACACACACGAATTCAAAAATTATAATAATCGTCATATTTT-CCAGTCGCTTTACACTAAATACTCAT--GCTGATAAATATTGATTTTTCACAAGTATGCCTCTAAATCATGTTCT-CAAATTTAATGTCTCATC--TTCA
gi|10 : ACA--AGTTGTCCGCCATATTTT-AAGT---A-ATTGATTTGATTTC-AAT--TAA--AAT--AA--TTATCCTGCATAGA-CCA---AAA-ACA---TTT------GTTT-----A
gi|11 : ----TTGTCACATTTT-C-AACCGCTTTACACATAATAC--AT--GTTGATATATAGTAATGTTCTATTGGCATGatta
gi|12 : TACAGGTGACTCTCAATAACTTGAGATTC------GGGACCTTATCGAGATCTCAAGATTGAT
gi|13 : ataTGACTCCTGATAATTCGAAGTTCAATTAAGGGACCTTGGTAAAACTTTGAG--TGATTG
gi|14 : AGTTGACTCTCGATAACTCCAACTTCAT----GGGAACTTGATAAAACTTTGAG--AGATTGag
gi|15 : aAGTTGACTCTCGATAACTCCAACTTCAT----GGGAACTTGATAAAACTTTGAG--AGATTGa
gi|16 : CAGGTGATTCTCAATAACTCAAAGTTC------GGGACCTTATCGAGATCTCAAGATTGATa
gi|17 : TACAGGTGACTCTCAAGAACTCAAAGTTCAA----GGGAC
gi|18 : gTACAGGTGACTTGAGATA-CTCAAAATTCAA----GGGACCTAGACAAAACTTCtgagtaaggtccaagt
gi|19 : gTACAGGTGACTCTCAATAACTTAAAGTTCAA----GGGGCC
gi|2 : TCCTCCATATTTT-ATGTA--ATACTAACTTCATTTTGAA---CAATTAA---AACTTTAT-TTGCA--GA-TAA---A----TA---TTTTAAAA-GTTT-----ACGTAATT-------TTTTCCCATATTGCAATAGATGTACATGTAC-CA-GGTCCTGTA-----CA----TATTACATAACAA--------AGTTTC----------ACAGTCAC---TT-----ACTACA----TCGTCAAATTTC-A-AGTCGCTTTTCAC--TACAC--AC--ACTG----ATAGTGATATTTCATTACCATGCTTTCAAATAATTTTTTCCAAA-TTACTGCCTCATTCAGTCA
gi|3 : TACAGGTGACTCTCAATAACTTAAAGTTCAA----GGGGCCTTCATATAACttgttaaagtcaaaacaaatataaacaaactttacgtattgtcgaatgatatca
gi|3 : agTGACAATTATT-TCCTTCCTATTTTTAAGTA--A--CTGACTTGATTTC-AAAAGCAC--AG---AACTTTATCTGACAT--A-TAACTAAAA-ATAATTTTT--AAA-GTTC-----ATGTGTTTGTTCTT-TTTTCT--TGCTGAAATAGATGTACATGTACATAT--T----TACATGGCAAATTTCTCGAGACATAAATAAT---attgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgtgacaattatttccttcctatttttaagtaactgacttgatttcaaaagcacagaactttatctgacatataactaaaaataatttttaaagttcatgtgtttgttcttttttcttgctgaaatagatgtacatgtacatatttacatggcaaatttctcgagacataaataat
gi|4 : agtacaggtgactctcaataacttaaagttcaaggggccttcatataacattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgCATGTGACTCGAGATAACTGCAAGTTCAA----ATGACCTTGGTAAAACTTCGAG--TGATCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAATTTTGACA--TGTAATCC---------------A--A-ATTGACTTGATTTC-AA---C-G--AA---AACTTTAT-TTGCAT-
gi|5 : ----TCGTCACATTTTTC-ATTCGCTTTACACAAAACAC--ATATGCTAATAAATAGTGATATTTCATGAGTATGTCTTTTAATCATGTTCT-CAAA-TTACTGTTGCATC--GTCA
gi|6 : ACAGGTGACTCTCGATAACTTGAAGTTCAA----TGGACCAAGACAAAACTTCGagtacatatatgacacgagtcttacacatattcgaatgacatta
gi|7 : GACTCGAGATAACTCGAAGTTCAG----GGGATCAAGACAAAACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatc
gi|8 : -AAGTT--A-ACTAACTT-ATTTC-AA---CAA--CACACAATTTTATATTGCAT-----AA---ATG-ATT---CTT--TAA-GTTTTATGAATGTATTTTTTTTTATTTTTTCTTTCTAAAGTAAATGTACATGTACAAAT--T----TA-----CAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AGACAAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 11 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 11111 2222222222222 1 22222222222222 111 111 22222 4444444444444444444 55555555555555555555 22222222 4444444444 3333333333 2222 111 11 222222 1 1 11
lowQualScore : 1 6666 55 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33 6 5 0 6 1 77777 2 6 3333333333333 1 0 77777777777777 444 777 8 00000 1 4444444444444444444 1 2 33 66666666666666666666 0 66666666 1111111111 22 0000000000 1111 0 666 0 33 000000 3 3 1 1 3 3 88
lowQualScore : . .... .. ............................................................................... .. . . . . . ..... . . ............. . . .............. ... ... . ..... . ................... . . .. .................... . ........ .......... .. .......... .... . ... . .. ...... . . . . . . ..
lowQualScore : 9 5555 77 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88 5 6 6 7 8 00000 5 7 7777777777777 0 8 11111111111111 000 000 0 00000 0 2222222222222222222 0 0 55 22222222222222222222 7 77777777 5555555555 00 0000000000 2222 2 222 2 22 555555 2 5 2 0 3 3 33
consensus : TACAGGTGACTCTCGATAACTCGAAGTTCAA----GGGACCTTGACAAAACTTCGAG--TGATCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAATTTTGACA--TGTTGTCCTCCATATTTT-AAGTA--A-ACTGACTTGATTTC-AA---CAA--AA---AACTTTATCTTGCAT-GA-TAA---AAA-ATA---TTT--AAA-GTTT-----ATGTANTTGTTCTT---TTTTCTC-TGCTGNAATAGACGTACATGTACACATGGT----TA-----CAGACTTCTCGCGTAACAAATAAT---AGTTTCTATATTAACGACANNCACGAATTCAAAAACTACA----TCGTCACATTTT-C-AGTCGCTTTACACAAAACAC--AC--GCTGATAAATAGTGATATTTCATNAGCATGCCTTTAAATCATGTTCT-CAAA-TTACTGTCTCATC--GTCA
Reference ( family-310 ) : TACAGGTGACTCTCGATAACTCGAAGTTCAA----GGGACCTTGACAAAACTTCGAG--TGATCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAATTTTGACA--TGTTGTCCTCCATATTTT-AAGTA--A-ACTGACTTGATTTC-AA---CAA--AA---AACTTTATCTTGCAT-GA-TAA---AAA-ATA---TTT--AAA-GTTT-----ATGTANTTGTTCTT---TTTTCTC-TGCTGNAATAGACGTACATGTACACATGGT----TA-----CAGACTTCTCGCGTAACAAATAAT---AGTTTCTATATTAACGACANNCACGAATTCAAAAACTACA----TCGTCACATTTT-C-AGTCGCTTTACACAAAACAC--AC--GCTGATAAATAGTGATATTTCATNAGCATGCCTTTAAATCATGTTCT-CAAA-TTACTGTCTCATC--GTCA
gi|1 : TACAGATGACTCTCAATAACTTGAAGCTCAA----GGGATCTTGGTAAAACCTCAAG--TGATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGACA--TGCTGTCCTCCATATTTT-AGGTATTATATTGATTTGATCTT-AA---CAA--AA---AACTTTATCTTGCAT-AAATAA---AAAGATA---TTT--AAAAGTTT-----ATTTAATTGTT-----------TC--GTTACGATAGACATACCTGAACACATAAT----TA------AGACTTCTTGCGTAACAAATAATTGCAGTTTCTATATTAACGACACACACGAATTCAAAAATTATAATAATCGTCATATTTT-CCAGTCGCTTTACACTAAATACTCAT--GCTGATAAATATTGATTTTTCACAAGTATGCCTCTAAATCATGTTCT-CAAATTTAATGTCTCATC--TTCA
gi|10 : ACA--AGTTGTCCGCCATATTTT-AAGT---A-ATTGATTTGATTTC-AAT--TAA--AAT--AA--TTATCCTGCATAGA-CCA---AAA-ACA---TTT------GTTT-----A
gi|11 : ----TTGTCACATTTT-C-AACCGCTTTACACATAATAC--AT--GTTGATATATAGTAATGTTCTATTGGCATGatta
gi|12 : TACAGGTGACTCTCAATAACTTGAGATTC------GGGACCTTATCGAGATCTCAAGATTGAT
gi|13 : ataTGACTCCTGATAATTCGAAGTTCAATTAAGGGACCTTGGTAAAACTTTGAG--TGATTG
gi|14 : AGTTGACTCTCGATAACTCCAACTTCAT----GGGAACTTGATAAAACTTTGAG--AGATTGag
gi|15 : aAGTTGACTCTCGATAACTCCAACTTCAT----GGGAACTTGATAAAACTTTGAG--AGATTGa
gi|16 : CAGGTGATTCTCAATAACTCAAAGTTC------GGGACCTTATCGAGATCTCAAGATTGATa
gi|17 : TACAGGTGACTCTCAAGAACTCAAAGTTCAA----GGGAC
gi|18 : gTACAGGTGACTTGAGATA-CTCAAAATTCAA----GGGACCTAGACAAAACTTCtgagtaaggtccaagt
gi|19 : gTACAGGTGACTCTCAATAACTTAAAGTTCAA----GGGGCC
gi|2 : TCCTCCATATTTT-ATGTA--ATACTAACTTCATTTTGAA---CAATTAA---AACTTTAT-TTGCA--GA-TAA---A----TA---TTTTAAAA-GTTT-----ACGTAATT---------TTTTCCCATATTGCAATAGATGTACATGTAC-CA-GGTCCTGTA-----CA----TATTACATAACAA--------AGTTTC----------ACAGTCAC---TT-----ACTACA----TCGTCAAATTTC-A-AGTCGCTTTTCAC--TACAC--AC--ACTG----ATAGTGATATTTCATTACCATGCTTTCAAATAATTTTTTCCAAA-TTACTGCCTCATTCAGTCA
gi|3 : TACAGGTGACTCTCAATAACTTAAAGTTCAA----GGGGCCTTCATATAACttgttaaagtcaaaacaaatataaacaaactttacgtattgtcgaatgatatca
gi|3 : agTGACAATTATT-TCCTTCCTATTTTTAAGTA--A--CTGACTTGATTTC-AAAAGCAC--AG---AACTTTATCTGACAT--A-TAACTAAAA-ATAATTTTT--AAA-GTTC-----ATGTGTTTGTTCTT---TTTTCT--TGCTGAAATAGATGTACATGTACATAT--T----TACATGGCAAATTTCTCGAGACATAAATAAT---attgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgtgacaattatttccttcctatttttaagtaactgacttgatttcaaaagcacagaactttatctgacatataactaaaaataatttttaaagttcatgtgtttgttcttttttcttgctgaaatagatgtacatgtacatatttacatggcaaatttctcgagacataaataat
gi|4 : agtacaggtgactctcaataacttaaagttcaaggggccttcatataacattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgCATGTGACTCGAGATAACTGCAAGTTCAA----ATGACCTTGGTAAAACTTCGAG--TGATCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAATTTTGACA--TGTAATCC---------------A--A-ATTGACTTGATTTC-AA---C-G--AA---AACTTTAT-TTGCAT-
gi|5 : ----TCGTCACATTTTTC-ATTCGCTTTACACAAAACAC--ATATGCTAATAAATAGTGATATTTCATGAGTATGTCTTTTAATCATGTTCT-CAAA-TTACTGTTGCATC--GTCA
gi|6 : ACAGGTGACTCTCGATAACTTGAAGTTCAA----TGGACCAAGACAAAACTTCGagtacatatatgacacgagtcttacacatattcgaatgacatta
gi|7 : GACTCGAGATAACTCGAAGTTCAG----GGGATCAAGACAAAACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatc
gi|8 : -AAGTT--A-ACTAACTT-ATTTC-AA---CAA--CACACAATTTTATATTGCAT-----AA---ATG-ATT---CTT--TAA-GTTTTATGAATGTATTTTTTTTTATTTTTTCTT-T-CTAAAGTAAATGTACATGTACAAAT--T----TA-----CAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AGACAAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 11 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 11111 2222222222222 1 22222222222222 111 111 22222 4444444444444444444 55555555555555555555 22222222 4444444444 3333333333 2222 111 11 222222 1 1 11
lowQualScore : 1 6666 55 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33 6 5 0 6 1 77777 2 6 3333333333333 1 0 77777777777777 444 777 8 00000 1 4444444444444444444 1 2 33 66666666666666666666 0 66666666 1111111111 22 0000000000 1111 0 666 0 33 000000 3 3 1 1 3 3 88
lowQualScore : . .... .. ............................................................................... .. . . . . . ..... . . ............. . . .............. ... ... . ..... . ................... . . .. .................... . ........ .......... .. .......... .... . ... . .. ...... . . . . . . ..
lowQualScore : 9 5555 77 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88 5 6 6 7 8 00000 5 7 7777777777777 0 8 11111111111111 000 000 0 00000 0 2222222222222222222 0 0 55 22222222222222222222 7 77777777 5555555555 00 0000000000 2222 2 222 2 22 555555 2 5 2 0 3 3 33
consensus : TACAGGTGACTCTCGATAACTCGAAGTTCAA----GGGACCTTGACAAAACTTCGAG--TGATCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAATTTTGACA--TGTTGTCCTCCATATTTT-AAGTA--A-ACTGACTTGATTTC-AA---CAA--AA---AACTTTATCTTGCAT-GA-TAA---AAA-ATA---TTT--AAA-GTTT-----ATGTANTTGTTCTT---TTTTCTC-TGCTGNAATAGACGTACATGTACACATGGT----TA-----CAGACTTCTCGCGTAACAAATAAT---AGTTTCTATATTAACGACANNCACGAATTCAAAAACTACA----TCGTCACATTTT-C-AGTCGCTTTACACAAAACAC--AC--GCTGATAAATAGTGATATTTCATNAGCATGCCTTTAAATCATGTTCT-CAAA-TTACTGTCTCATC--GTCA
Reference ( family-310 ) : TACAGGTGACTCTCGATAACTCGAAGTTCAA----GGGACCTTGACAAAACTTCGAG--TGATCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAATTTTGACA--TGTTGTCCTCCATATTTT-AAGTA--A-ACTGACTTGATTTC-AA---CAA--AA---AACTTTATCTTGCAT-GA-TAA---AAA-ATA---TTT--AAA-GTTT-----ATGTANTTGTTCTT---TTTTCTC-TGCTGNAATAGACGTACATGTACACATGGT----TA-----CAGACTTCTCGCGTAACAAATAAT---AGTTTCTATATTAACGACANNCACGAATTCAAAAACTACA----TCGTCACATTTT-C-AGTCGCTTTACACAAAACAC--AC--GCTGATAAATAGTGATATTTCATNAGCATGCCTTTAAATCATGTTCT-CAAA-TTACTGTCTCATC--GTCA
gi|1 : TACAGATGACTCTCAATAACTTGAAGCTCAA----GGGATCTTGGTAAAACCTCAAG--TGATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGACA--TGCTGTCCTCCATATTTT-AGGTATTATATTGATTTGATCTT-AA---CAA--AA---AACTTTATCTTGCAT-AAATAA---AAAGATA---TTT--AAAAGTTT-----ATTTAATTGTT-----------TC--GTTACGATAGACATACCTGAACACATAAT----TA------AGACTTCTTGCGTAACAAATAATTGCAGTTTCTATATTAACGACACACACGAATTCAAAAATTATAATAATCGTCATATTTT-CCAGTCGCTTTACACTAAATACTCAT--GCTGATAAATATTGATTTTTCACAAGTATGCCTCTAAATCATGTTCT-CAAATTTAATGTCTCATC--TTCA
gi|10 : ACA--AGTTGTCCGCCATATTTT-AAGT---A-ATTGATTTGATTTC-AAT--TAA--AAT--AA--TTATCCTGCATAGA-CCA---AAA-ACA---TTT------GTTT-----A
gi|11 : ----TTGTCACATTTT-C-AACCGCTTTACACATAATAC--AT--GTTGATATATAGTAATGTTCTATTGGCATGatta
gi|12 : TACAGGTGACTCTCAATAACTTGAGATTC------GGGACCTTATCGAGATCTCAAGATTGAT
gi|13 : ataTGACTCCTGATAATTCGAAGTTCAATTAAGGGACCTTGGTAAAACTTTGAG--TGATTG
gi|14 : AGTTGACTCTCGATAACTCCAACTTCAT----GGGAACTTGATAAAACTTTGAG--AGATTGag
gi|15 : aAGTTGACTCTCGATAACTCCAACTTCAT----GGGAACTTGATAAAACTTTGAG--AGATTGa
gi|16 : CAGGTGATTCTCAATAACTCAAAGTTC------GGGACCTTATCGAGATCTCAAGATTGATa
gi|17 : TACAGGTGACTCTCAAGAACTCAAAGTTCAA----GGGAC
gi|18 : gTACAGGTGACTTGAGATA-CTCAAAATTCAA----GGGACCTAGACAAAACTTCtgagtaaggtccaagt
gi|19 : gTACAGGTGACTCTCAATAACTTAAAGTTCAA----GGGGCC
gi|2 : TCCTCCATATTTT-ATGTA--ATACTAACTTCATTTTGAA---CAATTAA---AACTTTAT-TTGCA--GA-TAA---A----TA---TTTTAAAA-GTTT-----ACGTAATT---------TTTTCCCATATTGCAATAGATGTACATGTAC-CA-GGTCCTGTA-----CA----TATTACATAACAA--------AGTTTC----------ACAGTCAC---TT-----ACTACA----TCGTCAAATTTC-A-AGTCGCTTTTCAC--TACAC--AC--ACTG----ATAGTGATATTTCATTACCATGCTTTCAAATAATTTTTTCCAAA-TTACTGCCTCATTCAGTCA
gi|3 : TACAGGTGACTCTCAATAACTTAAAGTTCAA----GGGGCCTTCATATAACttgttaaagtcaaaacaaatataaacaaactttacgtattgtcgaatgatatca
gi|3 : agTGACAATTATT-TCCTTCCTATTTTTAAGTA--A--CTGACTTGATTTC-AAAAGCAC--AG---AACTTTATCTGACAT--A-TAACTAAAA-ATAATTTTT--AAA-GTTC-----ATGTGTTTGTTCTT---TTTTCT--TGCTGAAATAGATGTACATGTACATAT--T----TACATGGCAAATTTCTCGAGACATAAATAAT---attgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgtgacaattatttccttcctatttttaagtaactgacttgatttcaaaagcacagaactttatctgacatataactaaaaataatttttaaagttcatgtgtttgttcttttttcttgctgaaatagatgtacatgtacatatttacatggcaaatttctcgagacataaataat
gi|4 : agtacaggtgactctcaataacttaaagttcaaggggccttcatataacattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgCATGTGACTCGAGATAACTGCAAGTTCAA----ATGACCTTGGTAAAACTTCGAG--TGATCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAATTTTGACA--TGTAATCC---------------A--A-ATTGACTTGATTTC-AA---C-G--AA---AACTTTAT-TTGCAT-
gi|5 : ----TCGTCACATTTTTC-ATTCGCTTTACACAAAACAC--ATATGCTAATAAATAGTGATATTTCATGAGTATGTCTTTTAATCATGTTCT-CAAA-TTACTGTTGCATC--GTCA
gi|6 : ACAGGTGACTCTCGATAACTTGAAGTTCAA----TGGACCAAGACAAAACTTCGagtacatatatgacacgagtcttacacatattcgaatgacatta
gi|7 : GACTCGAGATAACTCGAAGTTCAG----GGGATCAAGACAAAACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatc
gi|8 : -AAGTT--A-ACTAACTT-ATTTC-AA---CAA--CACACAATTTTATATTGCAT-----AA---ATG-ATT---CTT--TAA-GTTTTATGAATGTATTTTTTTTTATTTTTTCTT-T-CTAAAGTAAATGTACATGTACAAAT--T----TA-----CAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacc
blockSeqs : G TTAA AT NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN AT G G T A AAT G G AAGCACAG C C ATAACTAAAA ATT TAA . TATGA A TTTTTTATTTTTTCTTT C T AT TTTACATGGCAAAT ATAAT . GT TT . TC AT ATAT A T G T C . CA
blockSeqs : G . AT . A T . T AA C . CAACACAC C C AGACCAAAA . A . . T GTTCTTTTTTCTTG A T AA GGTCCTGTACA . . C AA AT A A A T . . .
blockSeqs : C . . . . T . A AA G . TTAAAAT C A GATAAA . T . . T TTTTCCCATA A T C . A . AC . . A G
blockSeqs : C . . . . A TA G . CAATTAA T . AAATG . . . .
blockSeqs : A . . . . A . . CGAA . .
blockSeqs : A . .
blockSeqs : A .
blockSeqs : A .
blockSeqs : A .
blockSeqs : C .
blockSeqs : G .
blockSeqs : G .
blockSeqCons : AA*** CGANACAN*****
originalCons : TACAGGTGACTCTCGATAACTCGAAGTTCAA----GGGACCTTGACAAAACTTCGAG--TGATCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAATTTTGACA--TGTTGTCCTCCATATTTT-AAGTA--A-ACTGACTTGATTTC-AA---CAA--AA---AACTTTATCTTGCAT-GA-TAA---AAA-ATA---TTT--AAA-GTTT-----ATGTANTTGTTCTT---TTTTCTC-TGCTGNAATAGACGTACATGTACACATGGT----TA-----CAGACTTCTCGCGTAACAAATAAT---AGTTTCTATATTAACGACANNCACGAATTCAAAAACTACA----TCGTCACATTTT-C-AGTCGCTTTACACAAAACAC--AC--GCTGATAAATAGTGATATTTCATNAGCATGCCTTTAAATCATGTTCT-CAAA-TTACTGTCTCATC--GTCA
finalCons : TACAGGTGACTCTCGATAACTCGAAGTTCAA----GGGACCTTGACAAAACTTCGAG--TGATCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAATTTTGACA--TGTTGTCCTCCATATTTT-AAGTAA---ACTGACTTGATTTC-AACGANACAN-----AACTTTATCTTGCAT-GA-TAA---AAA-ATA---TTT--AAA-GTTT-----ATGTANTTGTTCTT---TTTTCTC-TGCTGNAATAGACGTACATGTACACATGGT----TA-----CAGACTTCTCGCGTAACAAATAAT---AGTTTCTATATTAACGACANNCACGAATTCAAAAACTACA----TCGTCACATTTT-C-AGTCGCTTTACACAAAACAC--AC--GCTGATAAATAGTGATATTTCATNAGCATGCCTTTAAATCATGTTCT-CAAA-TTACTGTCTCATC--GTCA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AGACAAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 11 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 11111 22222 1 222 111 111 111 222 22222 555555555 33333 55555555555555555555 22222222 4444444444 3333333333 4444 2 11 11 111 1 1 11
lowQualScore : 1 6666 55 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33 6 5 0 6 1 77777 2 6 66666 3 1 0 444 444 222 444 555 00000 1 111111111 33333 1 2 33 66666666666666666666 0 66666666 1111111111 22 0000000000 2222 0 0 0 33 33 555 3 3 1 1 3 3 88
lowQualScore : . .... .. ............................................................................... .. . . . . . ..... . . ..... . . . ... ... ... ... ... ..... . ......... ..... . . .. .................... . ........ .......... .. .......... .... . . . .. .. ... . . . . . . ..
lowQualScore : 9 5555 77 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88 5 6 6 7 8 00000 5 7 55555 3 0 8 777 000 888 000 000 00000 0 000000000 22222 0 0 55 22222222222222222222 7 77777777 5555555555 00 0000000000 5555 2 0 2 22 88 888 2 5 2 0 3 3 33
consensus : TACAGGTGACTCTCGATAACTCGAAGTTCAA----GGGACCTTGACAAAACTTCGAG--TGATCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAATTTTGACA--TGTTGTCCTCCATATTTT-AAGTA--A-ACTGACTTGATTTC-AACAANACANAACTTTATCTTGCAT-GATA---AAAA-ATA---TTT--AAAGTTT-----ATGTANTTGTTC---TTTTTTCTC-TGCTGNAATAGACGTACATGTACACATGGT----TA-----CAGACTTCTCGCGTAACAAATAAT---AGTTTCTATATTAACGACANNCACGAATTCAAAAACTACAATAATCGTCACATTTTCCAGTCGCTTTACACAAAACA--CAC--GCTGATAAATAGTGATATTTCATNAGCATGCCTTTAAATCATGTTCT-CAAA-TTACTGTCTCATC--GTCA
Reference ( family-310 ) : TACAGGTGACTCTCGATAACTCGAAGTTCAA----GGGACCTTGACAAAACTTCGAG--TGATCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAATTTTGACA--TGTTGTCCTCCATATTTT-AAGTA--A-ACTGACTTGATTTC-AACGANACANAACTTTATCTTGCAT-GATA---AAAA-ATA---TTT--AAAGTTT-----ATGTANTTGTTC---TTTTTTCTC-TGCTGNAATAGACGTACATGTACACATGGT----TA-----CAGACTTCTCGCGTAACAAATAAT---AGTTTCTATATTAACGACANNCACGAATTCAAAAACTAC----ATCGTCACATTTT-CAGTCGCTTTACACAAAACA--CAC--GCTGATAAATAGTGATATTTCATNAGCATGCCTTTAAATCATGTTCT-CAAA-TTACTGTCTCATC--GTCA
gi|1 : TACAGATGACTCTCAATAACTTGAAGCTCAA----GGGATCTTGGTAAAACCTCAAG--TGATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGACA--TGCTGTCCTCCATATTTT-AGGTATTATATTGATTTGATCTT-AACAAAA---AACTTTATCTTGCATAAATA---AAAAGATA---TTTA-AAAGTTT-----ATTTAATTG---------TTTC----GTTACGATAGACATACCTGAACACATAAT----TA------AGACTTCTTGCGTAACAAATAATTGCAGTTTCTATATTAACGACACACACGAATTCAAAAATTATAATAATCGTCATATTTTCCAGTCGCTTTACACTAAATACTCAT--GCTGATAAATATTGATTTTTCACAAGTATGCCTCTAAATCATGTTCT-CAAATTTAATGTCTCATC--TTCA
gi|10 : ACA--AGTTGTCCGCCATATTTT-AAGT---A-ATTGATTTGATTTC-AATTAAA-ATAA--TTATCCTGCATAGACC---AAAA-ACA---TTT-----GTTT-----A
gi|11 : TTGTCACATTTT-CAACCGCTTTACACATAATA--CAT--GTTGATATATAGTAATGTTCTATTGGCATGatta
gi|12 : TACAGGTGACTCTCAATAACTTGAGATTC------GGGACCTTATCGAGATCTCAAGATTGAT
gi|13 : ataTGACTCCTGATAATTCGAAGTTCAATTAAGGGACCTTGGTAAAACTTTGAG--TGATTG
gi|14 : AGTTGACTCTCGATAACTCCAACTTCAT----GGGAACTTGATAAAACTTTGAG--AGATTGag
gi|15 : aAGTTGACTCTCGATAACTCCAACTTCAT----GGGAACTTGATAAAACTTTGAG--AGATTGa
gi|16 : CAGGTGATTCTCAATAACTCAAAGTTC------GGGACCTTATCGAGATCTCAAGATTGATa
gi|17 : TACAGGTGACTCTCAAGAACTCAAAGTTCAA----GGGAC
gi|18 : gTACAGGTGACTTGAGATA-CTCAAAATTCAA----GGGACCTAGACAAAACTTCtgagtaaggtccaagt
gi|19 : gTACAGGTGACTCTCAATAACTTAAAGTTCAA----GGGGCC
gi|2 : TCCTCCATATTTT-ATGTA--ATACTAACTTCATTTTGAACAAT-TAAAACTTTAT-TTGCA--GATA---AA----TA---TTTTAAAAGTTT-----ACGTAATT---------TTTTCCCATATTGCAATAGATGTACATGTAC-CA-GGTCCTGTA-----CA----TATTACATAACAA--------AGTTTC----------ACAGTCAC---TT-----ACTAC----ATCGTCAAATTTC-AAGTCGCTTTTCAC--TACA--CAC--ACTG----ATAGTGATATTTCATTACCATGCTTTCAAATAATTTTTTCCAAA-TTACTGCCTCATTCAGTCA
gi|3 : TACAGGTGACTCTCAATAACTTAAAGTTCAA----GGGGCCTTCATATAACttgttaaagtcaaaacaaatataaacaaactttacgtattgtcgaatgatatca
gi|3 : agTGACAATTATT-TCCTTCCTATTTTTAAGTA--A--CTGACTTGATTTC-AAAAGCACAGAACTTTATCTGACAT--ATAACTAAAA-ATAATTTTT--AAAGTTC-----ATGTGTTTGTTC---TTTTTTCT--TGCTGAAATAGATGTACATGTACATAT--T----TACATGGCAAATTTCTCGAGACATAAATAAT---attgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgtgacaattatttccttcctatttttaagtaactgacttgatttcaaaagcacagaactttatctgacatataactaaaaataatttttaaagttcatgtgtttgttcttttttcttgctgaaatagatgtacatgtacatatttacatggcaaatttctcgagacataaataat
gi|4 : agtacaggtgactctcaataacttaaagttcaaggggccttcatataacattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgCATGTGACTCGAGATAACTGCAAGTTCAA----ATGACCTTGGTAAAACTTCGAG--TGATCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAATTTTGACA--TGTAATCC---------------A--A-ATTGACTTGATTTC-AACG----AAAACTTTAT-TTGCAT-
gi|5 : TCGTCACATTTTTCATTCGCTTTACACAAAACA--CATATGCTAATAAATAGTGATATTTCATGAGTATGTCTTTTAATCATGTTCT-CAAA-TTACTGTTGCATC--GTCA
gi|6 : ACAGGTGACTCTCGATAACTTGAAGTTCAA----TGGACCAAGACAAAACTTCGagtacatatatgacacgagtcttacacatattcgaatgacatta
gi|7 : GACTCGAGATAACTCGAAGTTCAG----GGGATCAAGACAAAACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatc
gi|8 : -AAGTT--A-ACTAACTT-ATTTC-AACAACACACAATTTTATATTGC----ATA---AATG-ATT---CTT--TAAGTTTTATGAATGTATTTTTTTTTATTTTTTCTT-T-CTAAAGTAAATGTACATGTACAAAT--T----TA-----CAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AGACAAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN