lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111
lowQualScore : 33333333 222 11111 6666666666 11 111 22222222222 11 111 1111 1111 11 666666666666666666666666666 111 44444 4444444 11 111 1111 11 1 22 1111 2 1 11 111 1111 1 22222 2222 111 111 1 33333333333333333333333333333333333333333333 444444444444 44444444444444444 33333333 1111 1111 22222222 1111 1111111 2222 111 11111111 2 2222222222 1111 111 11 222222222 1 11 2222222222 2222222 2222222222 111111111 1 555555555555555555555555555555 11111111111111 11 111111 111 333333333 11 1111111 3333 111 3333 555555555555 1 22222 11 22222 1 11111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 222222222 444444 111 1 2222222222 44444444444444 11 111 222222 3 1111 11 33333333 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 11 1 11 111111 2 88888888888888888888888888888888888 22 222222 33 333333333 111 111 11 555555555555 222 1 555555555555 1 11 3 5555555555 1 4
lowQualScore : 6 00000000 8 8 222 99999 1111111111 11 444 8 99999999999 8 88 11 666 7777 0 8 8 5555 6 11 555555555555555555555555555 0 444 33333 8 2222222 0 11 111 6666 55 6 1 22 3333 8 5 6 0 8 11 9 444 2222 1 0 44444 77 5 5 77 5 3333 000 4 4 000 44 2 4 5 22222222222222222222222222222222222222222222 66 4 66 1 111111111111 4 4 777 4 4 22222222222222222 4 8 4 00000000 4 1111 4 4 4 3 4444 4 44444444 8888 8888 4444 777 4 8 2222222 4 4 4 66 5 66 1 5 5 666 66 1111 7 0 4 4 333 3 666 3 33333333 55 8 0 666 888888 6666666666 4 4 4 4 5555 8888 44 555 00 4 777 1 777777777 88888 4 4 3 66 4 00 8 8 999999 66 777 4 0000000000 2 4 8 5555555 8 333 2222222222 4 66 888888888 3 4 8888 222222222222222222222222222222 5 77777777777777 11 888 777 000000 4 4 4 8 4 5 333 333333333 8 8 1 4 4 22 0 8888888 4 1 888 5 7 5 0000 0 777 4444 66 444444444444 6 6 1 3 66666 99 55 11111 1 66666 88 6 5 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 77 7 5 222 5 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 5 0 6666666 2 000000000 5 111111 7777 999 5 5 5 0 6666666666 555 3 22222222222222 6 6 77 999 555 222 2 3 3 222222 3 1111 3 88 3 44444444 3 7 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 55 2 5 0 55 111111 0 22222222222222222222222222222222222 00 555555 11 000000000 777 111 33 555555555555 333 0 444444444444 0 6 88 1 22 0000000000 1 3 0
lowQualScore : . ........ . . ... ..... .......... .. ... . ........... . .. .. ... .... . . . .... . .. ........................... . ... ..... . ....... . .. ... .... .. . . .. .... . . . . . .. . ... .... . . ..... .. . . .. . .... ... . . ... .. . . . ............................................ .. . .. . ............ . . ... . . ................. . . . ........ . .... . . . . .... . ........ .... .... .... ... . . ....... . . . .. . .. . . . ... .. .... . . . . ... . ... . ........ .. . . ... ...... .......... . . . . .... .... .. ... .. . ... . ......... ..... . . . .. . .. . . ...... .. ... . .......... . . . ....... . ... .......... . .. ......... . . .... .............................. . .............. .. ... ... ...... . . . . . . ... ......... . . . . . .. . ....... . . ... . . . .... . ... .... .. ............ . . . . ..... .. .. ..... . ..... .. . . ................................................................................................................... .. . . ... . . ........................................................................................................................ . . . ....... . ......... . ...... .... ... . . . . .......... ... . .............. . . .. ... ... ... . . . ...... . .... . .. . ........ . . ............................................................................................................................................................ . .. . . . .. ...... . ................................... .. ...... .. ......... ... ... .. ............ ... . ............ . . .. . .. .......... . . .
lowQualScore : 0 22222222 0 0 000 88888 2222222222 00 000 0 66666666666 0 88 00 888 0000 8 0 0 6666 0 44 444444444444444444444444444 8 000 00000 0 8888888 8 00 777 8888 88 7 3 55 0000 2 0 7 0 0 00 6 000 4444 4 6 99999 99 7 7 44 7 1111 777 4 4 222 66 9 4 3 99999999999999999999999999999999999999999999 11 4 11 9 666666666666 4 4 111 4 4 33333333333333333 0 0 0 33333333 0 6666 0 0 0 9 0000 0 55555555 5555 5555 0000 000 0 0 8888888 4 4 4 11 0 99 4 0 0 000 99 9999 6 1 0 0 333 6 444 6 22222222 00 0 5 444 222222 6666666666 0 0 0 0 9999 6666 88 666 66 4 888 8 444444444 66666 4 4 8 11 4 66 9 9 666666 11 888 4 9999999999 0 4 9 3333333 9 999 1111111111 4 33 666666666 0 4 5555 333333333333333333333333333333 0 44444444444444 99 888 888 333333 4 4 4 9 4 0 666 777777777 8 9 1 4 4 99 1 7777777 4 4 888 0 0 7 6666 3 999 9999 11 333333333333 7 7 0 5 33333 22 77 00000 4 00000 88 7 7 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99 3 7 333 0 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 4 8 2222222 0 000000000 0 000000 9999 999 0 0 0 0 8888888888 888 3 00000000000000 2 2 77 888 444 999 9 1 1 666666 8 8888 3 66 6 88888888 6 8 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 00 5 5 8 88 555555 3 00000000000000000000000000000000000 77 777777 00 000000000 555 000 88 222222222222 888 0 888888888888 0 7 33 7 00 7777777777 0 3 0
consensus : AGAGCCAT-CT-CTCTGTAAG-CATC-A---AAAA--TTTTAATATA---G-GG---TGGA--TAA---GC-ACC--CT---C---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGANTATT-T-GA------------------CAC-CCTCT---CATAGAAT--A-TGGT-ACC-AAAAA-TTGCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGAA-CACCC-T--GAAAATG-GCTCCCAAGATGC-TTAAAAATGCNT-AA--TTTTGGCCTTTTTTT---GAT--TAAGAATACA-AN--AA--TT-AA-TGTTACTCGTGA-GCAAA-T-TCTTT--ATT-G-TT-AGCTTAAAG-ACT-AGGTTCAG-C------------A--T-AAC--------AA--TAAA-N----A--A-TAA--AACA---T----TC--AT-GAC-TC--AAAATTG-GAT-T--GC-CTATTGTT-TC-TG-GAGT-TGA-AAAA---C-CAATGTT-C-G--GCAT-TT-TG-ACNA----T-TTTTG--------AAAA----AA----CT----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-AA--A-TG-CACCCACATACAGG-TATGA-A--GAATTATGCA-T---AAGTTAAT--------T--CA-TACCTTT---ATG-T---GTAAA-AT--AT---AAAAA-T-CAAG-T-GA--T-GT-C--TTAT-TTT--GCTAA--C-TAA---AAATA--T-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GG-TAAT-ATGAA----AAA--T---C-TC--------ACCAAT-C-TG-A-----TAT-ACAAGT---------CAAATT-TC-AT--CAT-T--TTCT-CAATA----TAATA--TC---C--AATC-AATGTA----G-AATTTG-TCAT-AAATG-TA-NTG-TTCT--TTCA---TGTTTC-AGAAATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAC--ATTTT---GG----TANTTT-ATGATACA-GT-GN-TAACAGATATA---CAAG-TGC---G-CTATNTA-TACCC-GAAAACATT---ACATT-G-GCCGGGG-GAAA-CA-C--CAA-ATAAAC-TAATTTT-ACTGGTATACATCATT--TTTTNATTACTTGCTTAAAAAAC-A---A-NA-TATA-AA------------AAAT--AATAA----AANAACAT-TAAAC-A-TGTCTTA-TTATGC----TA-ACT-ACCTAAAAN------TA--TGTAGC---TTAA-----GAAN-----T--GGTTGCCATGGTAAT-ATTTAAAATC-TCA-CCATCTGAAT-T---TATATGTAGGAGTCA-AA--T-T-CATC-C-----A---------AT-AT-A-TATT-CTTAATT-TATGTA--TCG--T-ATGGTAG-T---NTG-CACG-A-AT-A----TTTTCTTTCACGTTAC-------AGAAAT---------ATTTTA-GTTG----CCATGGC-G--ACCGATATTT-CAGTA-TT-TT-ATGATAAAG--TG----GTTA---A-CAAATGA-A---CT-A---GTC-GG-A--CC-C-ACGGGTTTTCT---CTCCGTT---ACA-CTG-CA-TTCA---ATTGAATG-CAGTATGT-AACGGA-GAGA-A-AACCCA-TGGG-TTCCGAC-A-ATGG-TTCAT---TTACAT-TATACAC--GTTN-ATC---TTATA--TGTACATTTACCGTAAGTC-CATAAC-T-AATATTCCTTTNTC-ATTCT---------AC-TTTTGTA--TTAANTACTAACCTC------ATGACATGCGTATT-TTTTTC-TATT-CACTTGATATCAATTNNTCATTTTCT-TTTC---------GATTC--TATCCAC--GC-TC-AC-GGGGATGG-TGCGGGAGA-CAAGC-TAAATT-------ATGAAAA---AATT-A-CGG--AATNAN---T-----GAATATTCAA-TTCTTGCGGTGC-AGA----A------TAACGG-TAGTATGGC--GATATTTTTC-AAAGCAA-TGNAA---TTTCAT-CACAAAC-ATTA
Reference ( gi|1 ) : AGAGCTAT-CT-CTC-GTAAG-CATC-A---AAAT--TTTTAATATA---G-GGCTCTGGA--TAA---GC-ACC--CT---C---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGATTATT-T-GA------------------CACACCTCT---CATAGAA---A-TGGT-ACC-GACA--TTGCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGA--CACCC-T--GAAAATGTGCTCCCAAGATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCCTTTTTT---GAT--TAAGAATACA-AC--AA--TT-AA-TGTTACTCATGA-GCAAAAT-TCTTT--ATT-G-TT-ACCTTAAAG-ACT-ATGTTCAG-C------------A--T-AAC--------AA--TAAA-G----A--A-TAA--AACAC--T----TC--AT-GAC-TT--AAAATTG-GAT-T-CGC-CTAT-GTT-TCATG-GAGT-TGA-AAAA---C-AAGTGTT-T-G--GCAT-TT-TG-ACCA----T-TTTTG--------AAAA----AA----CT----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-AA--A-CG-CACCCACATACAGG-TATGA-A--GAATTATGCA-T---AAGTTAAT--------T--CATTACCTTT---ATG-T---GTAAA-A---AT---AAAAA-T-CAAG-T-GA--T-GT-G--TTAT-TTT--CCTAA--C-TAA---AAATA--T-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GG-TAAT-ATGAA----AAA--T---C-TC--------ACCAAT-C-TG-A-----TAT-ACAAGT---------AAAATT-TC-AT--CAT-T--TTCT-CAATA----TAATA--CC---C--AATC-AA-GTA----GAAATTTG-TCAT-AAATG-TA-CTG-TTTT--TTCA---TGTTTC-AAAAATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAC--ATTTT---GC----TAATTT-ATGATACA-GT-GC-TAACAGACATA---CAAG-TGC---G-CTATATA-TACCCTGAAAACATT---ACATC-GGGCTGGGG-GAAA-CATC--CAATATAAAC-TAATTTT-ATTAGTATACATCATT--TTTTCATTATCTTCTTAAAGAAC-A---A-TA-TATA-AA------------AAAT--AATAAT---AATAATATTTAAAC-A-TGCCCTA-TCATGC----TACACTGACCTAAGAA------TA--TGTAG----TTAA-----GAAA-----T--GGTTGTCATGGTAAT-ATTTAAAATC-TCA-CCATCTGAAT-TAGATACATGTAGGAGTCA-AA--T-T-CAT--------A---------AT-AT-A-TATTGCTTAATTGTATGTA--TCG--T-ACGGTAG-T---GTG-CACA-A-AT-A----TTTTCTTTCACATTAC-------AGAAGT---------ATTTTA-GTTG----T-ATAGC-G--ACTGATATTT-CAGTA-TT-TT-ATGATAAAG--TG----GTTA---A-CAAAT-A-A---C--A---GTC-GG-A--CC-T-ACGGGTTTTCT---CTCCGTT---ACA-CTG-TA-TTCA---ATTGAATGCCAGTATGT-AACAGA-TAGA-AGAATCT--TGGG-TTCAGAC-ATATGG-TTTAT---TTACAT-TATATAT--ATTG-ATT---TTGTA--TGTACA-TTACCATAAGTC-CATAAC-T-AATATTCCGTTTTC-GTTCT--------TACGTTTTGTATGTTAATTGCTATACTC------ATGACAAGTG-ATTGTTTTTC-TATT-TACTTGATATCAATTGATCACTTTCTGTTTC---------GATTC--TATTCGT--GC-TC-ACGGGGGATGG-TGCGCGAGA-CAAGCTTAAATTTGAAAGAAAGAAAA---AATT-A-CGG--AATCAG---T-----GAATATTCTA-TTCTTGCGGTGC-AG-----A------TAACGG-TAGTATGGC--GATATTTTTCAAAAATAATTGGAA--TTTTTAT-CACAAACGATTAT
gi|2 : AGAGCCATTCTGCTG-TTAAG-CATCCA---AAAA--ATTTAATATA---G-G---CTGGA--TAA---GC-ACC--CT---T---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----T---G-CATG--TAGAGATTATT-T-GGGGGAAAAAAAAACCCCCCCAC-CCTCT---TCTAGAAT--A-TAGTTACC-GAAAATTTGCATT--TGAGG---TAC--G-TTGCCATA-G-GTA-CAAGAA-CACCC-T--GAAAATG-GCTC--AAGATGCGTTAAAAATGCGT-AACATTTTGGCCTTTTTTT---GAG--TAAGAATACA-CA--AA--TT-AAATGTTACTCGTGA-GCAAA-T-TCTAT--ATTTG-TT-ACCTTAAAGGACTGATGTTCAG-C------------A--T-AAC--------AAA-TACA-T----A--ACTAA--AACA---T----TC--ATTGAC-TT--CAAATTG-GAT-T--GC-CTAT-ATT-TTCTG-GAGT-TGA-AAAA---T-CAATGTT-T-T--GGAT-TT--G-ACAA----TCTTTTG--------AAAA----AA----CT----CAA---TTT-TTA---GA--GCCAA-ATTAAT-GGGACGTCCA--TTTGC-A-A-G-AA--A-TGACA-CCACATACAGG-TATGA-A--AAATTATGCA-T---AAGTTAAT--------T--CA-TACCTTT---ATG-T---GTAAA-AT--ATAA-AAAAA-T-CAAG-T-GA--TGGT-G--TTA--TTT--GCTAA--CTTAA---AAATAGTT-----TTCGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-ATC-AG-TAAT-ATGAA----AAAACT---C-TC--------ACAATT-C-TG-AATTATTAT-ACACTT---------AAAATT-TT-AT--TAT-T--TT-T-CAATA----TAATACGCC---T--AATC-A
gi|26 : AGAGCCAT--T-CTCTGTAAG-CATC-A---AAAA--TTTTACTATA---G-ttttgctagtttatgataccgtgctaacagaatgaagtgccgcgctatatataccgaacactttacatttgggccgggaaacacaccaaataaactaattttattggtatacattttttttaaattactgattaaagaacaattattattaaaaaaataataacatttaaacattgccctattatgcataataggttacctaaaaaaaaaattatgtaaggtcttaaaaagggaaaaaaattggtggccatggtaatcattaaatccacccatctgtatataggagtcaaatttcataacatcttatatatatttcttaatctatgtatcatggtagttggcacatattttctttcacattacagaagtattttagttgtcatagcggactggtatttccagtattcttacgataaagcaggacaaatgaactttgtcggaactcacggattttctctccgttacacttattcaattggtgaattgcaatgtgatggtaatgaaccgcatgaactctatataaattgctatgtggattcgacaattgggctttatattgtatatgtgattagtgcaatttgagtactgctcactaactttttatcgcttttgatacagtgtacccatacatttaatattgtccattgatctctaactttctttatctcggtgacttttgttatgttattgaaaaccctatccttacgatgacaagtgtaatttttgcctttcttttctctgtgt
gi|7 : aAGCCAT--T-CTCTGTAAG-CATC-A---AAAA--ATTTAATATA---GTGG---TGGA--TAA---AC-ATC--CT---C---ACCA-AT-TTTGC--GG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGATTATT-T-GA------------------CAC-CCTCT---CATAGAAT--A-CGGT-ACC-AAAAA-TTGCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGAA-CATCC-T--GAAAATGGCCCCCCAAGATGA-TTAAAAATGCTT-AA--TTTTGGCCCTTTTTTTAAAAT--TAAGAATACATAA--AA--TT-GA-TATTACTCGCGA-GCAAATT-TCTTT------G-TT-AGCTTAAAG-ACT-AGGTTCAG-C------------A--T-AAC--------AAG-TAAA-T----G--A-TAA--AACAC--C-----C--AT-GGC-TC--AAAATTT-GAT-T--GT-CTATTGCT-TC-TG-GAGT-TGA-AAAA---T-CGATGTT-T-G--GCAC-TT-TG-ATTA----T-TTTTG--------AAAA----AA----CT----CAA---TTT-T-A---A---TCTAA-TTTA-T-G--ACGTT-A--TTTGC-A-ATA-AA--A-TT-CACCCACATACAGG-TACGA-A--GAATTATGCA-T---AAGTTAAT--------T--CA-TAC--TT---ATG-TCAAATATA-A---ATA--AAAAA-T-CAAG-C-GA--C-GT-C--TTAT-TTT--GCTAA--C-TAA---AAAGA--T-----CGTGTT-T---C-AAAT-TT------------T--GG-TAAT-ATGAG----AAA--T---C-TC--------A-CAAT-C-TGAA-----TAT-GCCAGT---------CAAATT-TC-AT--TAT-T--TT-T-CAATA----TGATATCCC---T--AATC-AA--T-----GCAATTTG-TCAT-GAATG-CA-ATT-TTTC--TTAA---TGTTTC-AAAAATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GAA-ACCAC--ATTTT---AG----TATTTT-ATAATACA-GT-GG-TAACATATATA---CAAG-TTT---G-CTATTTG-TACCC-GAATACATTAAAACAT------TGGGG-AAAATCA-C--CAA-ATAAAC-TAATTTT-ACT-GTATAAATC
gi|3 : AGCCAT-CT-CT---TAAGGCATC-ATAAAAAT--T---AATAAA---G-G----TGGA--TAA---GC-ACC--CTTTCT---ACCG-A---TTGC--TG---TAT----ATG-GTCAT------TGAGTATGAT-AA------------------TGCACC-CT---CATAGAG---ATTGGT-ACCAAAAA--TTGCA-T--TGAGGTGATAC----TTG-CATGCG-GTAACAAGAACTACTC-CGGGGAAAT-CGTCCGCAAGATGT-TGGAAAATGC-T-AA--ATTTGGCC---TTTT---GATTATAATAAT-TA-ATCAAA--TTAAA-TTTTA--TGTGA-GCAAAATGTCGTG--ATT-G--T-AGCTTAAAG-ACT-TAGGTCAGTT------------ATTT-AGC--------AATCTCAA-A----A--A-TAA--AAAACGAT----CG--AT-GAC-TCAAAAAATCG-GATAT-ATT-CTAT-GTTCTC----GAGTATGA-AAAAAGTC-ATGATTT-C-G--ACATGTC-TG-ACGAAGTTT-TTTTG--------AAAA----AC----CTTTCACAAAACTCT-T-ATATGTGTGTTAG-CTTT-T-G--A--TT-AGGCTT-C-A-A-G-AA--G-----AATTACCT-C-GA-TATGATA--TAATT-TATA-TCCGGAGTTAATCATAAAACT--CACTAA--TT---GTGTT---TTAAA-ATATAT---AAAAA-TACACGAT-GA--T--T-C--TTGTCTTT--CATCGGTC-TAC---AGATA--TAATTATTTTTT-TACAC-AAAAGTTTAGTTTTGCCTAT--GGATAAT-ATATATCGTAAA--TTCGC-TCCTCTTGATAGCAATACATG-------TATCACAAGTCATATCTTCAAAATTGTA-AT--C---T--CTCT-CTATATTCTTAGTG--TC---T--AATC-GA-GGA----TAAA-TAA-CTAT-TCATT-CG-CCGCCTCT--CTCATACTGTGT------GTAATTCAGCTTT--T-GCGC-ATTGTGCATCCCGT--ATTTTA--GG----TATCTT-GTCA-ACA-GT-G--TAACAGAT-TA---CAAG-TGC---GCCTTTATAGCACC---AAAA-ATC---ATATA-GCGCTGAAG-CAAA-Ctt
gi|11 : aatAGCCAT-TT-CTCTGTAAG-CATC-AC--AAATACTTTTAATATAAGGG-GGAT-TGGACTTAAAAGGCGACCGCTT---CGTAACCGGATATTTGCGTCGCA-AATGATTTTGTG-CATACGTACTGTGTATT-TTGA------------------CAC-CCTCT---CATAGAATTAA-TGGT-ATC-AAAAA-TTGCATTAGTGAGG---TAC-CGTTTGCCAT--GTGTACAAAGA--Ccgtgaactgagagtctagttacttgttctactcgtgagatatatttcatgctgtcgcttaaagtcacgagaacaatttgtcctcctccctcaccccacatctcactgcttcgggaattgtgttccattaagtatagcttaataaagaattgtcaccatctgatgatagaagtaagatttacttctcatacatgtattcttgattatgtattcaatggtagtatgcgcgcataatctatgagactactttattgctattaatttcatatcatattttaaggatgctacgtttgcgacttgtttatcagtattcctcgcttcatgattccatagaagtaacgctcgacacggagctttctatccttatgtatcaatgatgcag
gi|6 : tATA---A-GG---TGGA--TAA---GC-ACC---T---C---AACG-AT-TTTGC--TG-ATAAT----TTG-G-CA-A--TAG-G--TATT---GA------------------CACCCCTCTATACATAGAATA-G-TGGT-ACC-AAAAA-TTGCATT--AAAGG---TATTCA-TTGCCAT--G-TTA-CAAAA--CACCCCT--GAAAATG-GCTCCCCA-ATGC-TTTAAAATGCCTTAA--TTTTGCCCTTTTTTT---GAT---AAAAACACA-A----A--TT-AA-AGTTACCTGTGACGCAAA-T-TCTCT--ATT-G-TTCAGCTTAAA---CT-AGGTTCAG-T------------A--T-AAC--------AAA-TAAA-CT---A--A-TAA--A-CAT--C----T---A--GAC-TC--AAAATTG-GAT-T-TATACTATTGTT-TC-TGAGAGT-TGA-AAAA---CCGAATGTT-C-GCAGCAT-TTCTG-ACTA----T-TTT-G--------AAAA----AA----TC----CAA---TTTCT-A---G---GCCAAATTTA-C-A--CCGTC-A--TTTGC-T-A-A-AA--A-AT-CACCAACAACCAGA-TATGA-A--GAATTATGCA-T---AA-TTAAT--------TATCATAACTTTTGAGATG-----GTGAA-AT--AT---AAAAAAT-CAAG-C--A--T-GTCA--TAAT-TTT--GCTAAA-C-TAA---AAATAAAT-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTTGG--TTGCC-AT--GT-AAAT-ATGAA----AAA--T---C-TC---------CCTAT-CTTA-A-----TATAACAAGT---------CAAACT-TC-----CAT-TA-TTTT-CA--A----TAATA--TCCTGC--AATC-AATGT-------AATATG-TCAT-AAATG-GACCTA-TTCT--TTCA---TGTTTC---AAATACTTCAG------T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAA--ATTTT---AG----TATTTTAATG--ACA-GT-AG-TAAACGATTTA---CAAGTTGC---G-CTATTGA-TACCCC-AAAACATTAA-ACATT-G----GGGA-GAAA-AACC--TAAC-TAAACATA--TTT-ACTGCTATA-A-CATT--TTT--ATTACTTGCTTAAAAAAC-A---A-AA-TACATGT------------AAAT--ATTCACCCAAAAAATAAATGAAT-A-AGA---A-TC----------CACTG-CCT----A------T-----TAGC---TTAA-----GAAT-----T--GA-TGCCATGGTAAT-ATT---AATCATCA--CATCTGCAT-c
gi|24 : GG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACGAG---CACCC-T--GAAAATG-GCTCCCAAGATGC-gtata
gi|5 : ATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCTCTTTTT---GAG--TAGAAAT--A-AC--AAATTT-AA-TGTTACCCGTGA-G-AAATT-TCTTT--ATT-G-TT-ACCTTAAAG-ACT-A--TTCAG-C------------A--TAAACA-------AA--TACATA----A--A-TAA--AA-A---T----TC--AT-GAC-TT---CAATTG-GAT-T--GC----T-ATT-T--TG-GAGT-TGA-AAAT---C--ATTCTT-TGG--GCAT-GT-TGAACCATT--T-TTTTA--------AAAA----AC----CT----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--ATTCT-A-A-GAAA--A-AG-CACTCA-ATACA-G-TATGA-A--GAATTATGCATT---AAGTTAAT--------T--CA-TACCTTT---ATG-T---GTAAA-AT--AT---AAAAA-T-C-AG-T-GAGTT-GT----TTAT-TTTTGCCTAA--C-TAA---AAATA--------TTTGTT-T---CAAAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GGTTAAT-A-GAA----AAA--T---C-TC--------A-CAAT-C-TGAA-----TAT-ACAA-T---------AAAATT-TT-AT---ATAT--TTTT-CAATA----TAATA---C---C--AATC-AATGT-------AATTTG-TCATAAAATGTTA-ATG-TTTT--TTCA---TGTTTCAAAAAATACTTCAG---TTGT-GC-C-A-TG-GCA-ACCACAAATTTT---GC----TAGTTT-ATGATACA-GT-GC-TAACAGACA-G---CAAG-TGC---G-CTATCTA-TAACCCG-AAACATT---ACATT-GGGCC--GG-GAAA-CA-CAGCAA-ATAAAC-TAATTTTAATTGGTATA-AC--TT--TTTTAATTACTTGATTAAA-AACAA---A-TA-TATA-AA------------AA----AAT-------ATAACATTTAAAT-A-TG-CCTA-TTATGC----TACA-TGTACTAAAAT------TA--TGTAGC---TTAA-----GGAT-----T--GGTTGCCATGGTAAT-A-TTAAAATC-TCACCCATCT---T-T-----TATATAGGAGTCATAAATT-T-CAT--------AACAATCTTTAT-AT-A-TATT-CTTAATT-TATA-A--TAGATC-ATGGTAGTT---GGG-CACA-ATAT-T----TTTTTTTTCACA-TAC-------AGAAGT---------ATTTTA-GTTG----TCATTGC-GGAACTG-T-TTT-CATTATTT-TT-ATGATAAAG--CG----G-TA---A-CAAATGA-A---CT-T---GTC-GG-A--AC-T-CAGGATTTTCTCTCCTCCGTT---ACA-ATGTTA-TTCA---A-TGAATA-CAGTATGTAAACAG---AGA-A-AATCTA-TGGGTTTCAGAC-A-ATGG--CTAT---TT--AT-TATGTGC--ATGC-A-T---TTGTA--TGTACATTTACCTTAAGTC-CATAAC-T--ATATTCCTTTATC-ATTCTACATCTTCTAC-TTTTGTA--TTAAAAACTAACCTC------ATGAATAGTGTATT-TTTTTT-TATT-AACTTG-TGTCAat
gi|9 : a--AA--TT-A--TGTTACTCG-GA-GTT---T-TCTTTTCCTT-G-TT---TTTAAAA-A-T-AGTTTTAG-CCTCACAAAGATAA--T-AAT--------AA--TAAA-A----A--A-TAATAAATAA--TGACATC--AT-AAC-TT--A---CTGTGGC-T--AC-CAAT-GTT-TC--G-GAGT-TGACAAAAT--C-AATTTAT-C-G--GAAT-TT-TG-ACCA----T-TGTTG--------AAAATCAAAA----CAGA--CAA---TTT-TTA---A---GC-----TTA-T-G--AAATC-A--ATTAC-ACG-G-AATAA-TG-CGCCGAAATGCAAG-TATGA-A--GAATTATGTA-G---GAGTTAA
gi|14 : cacca--AA--CT-AA-TTTTATTGCTAA-ACAA--TGTCTTT---TT-G-TT-CGCTTAAAT-ATT-AGATCTAG-C------------A--T-AACAAATACCTAA--TAAG-GCATCA--A-TAA--AGCA--------TCA-AT-AAA-TC--AAAGCGA-GAT-T--AC-CTTTGGTT-TC-TG-GAGTCT----------C----TGCT-T-GT-GCAT-CC-TG-ACC-------TTTTGGGGGAAAAAGAA----AA----AT----CAA---TTT-T-A---
gi|4 : aTCT--ATT-G-TT-AGCTTAAAG-ACT-AGGTTCAG-T------------A--A-AAC--------AAA-TAGA-T----A--A-TAA--AACA---T----CC--AT-GAC-TC--AAAATTG-GAT-T--AT-CTATTGTT-TC-TG-GAGT-TAA-AAAA---C-CAATATT-TCG--GTAT-TT-TG-ACTA----T-TTTTG--------AAAA----AA----CT----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-CGG--ACGTC-A--TTTGCAA-A-A-AA--A-TG-CA-CAACATACAGATTATGA-A---AATTAT-CA-T----AGTTAAT--------T--CA-TAACTTT---ATG-T---TGAAA-T---AT---AAAAA-T-CAAG-C-GA--T-GT-C--ATAT-TTT--GCTAA--C-T-A---AAATA--T-----TTTGTTGT---C--AAA-TTTGG--TTGCC-AT--GG-TAATGATGAA----AA-------T-TC--------GCTATC-T-TA-A-----TAT-AC-AGT---------CAAATT-T--AT--TAT-T--TT-T-TAATA----TAATA--TCCG-C--AATC-AT-GTG----TAA---TGATGAT-ATATG-TA-CT--TTCT--TTCA---TG-TTC-AAAATAACTTC-G---T--TAGC-CTACTG-G-A-ACCA---ATTTT---CG----TATTTT-ATGATA-A-GT-AG-TAA-----ATATTTCAAG-TGC---G-CTATTTA-TACCC-AAAGACATT---AAAAC---GTTGGGGAGAAA-AACC--TAAC-TAAAC-TAATTTT-ACTGCTATACA-------TTTTTATTACTTGCTTAAAAAAC-AAATA-CA-TGTA-AATATTCGCCCAATAAATA-AATA-----AATAA-AT---AAC-A-TGTCTTA-TTA-GC----T---------TAAGAA------T------------------------------T--GGTTGCCATGGTAAT-A-TTAAAATC-TTA-CCATCTG--------TATGTATACGAGTCA-AAT-T-T-CATCTC-----A---------ATCAT-G-TATT-CTTGATT-TATGTA--TC-----ATGGTAG-TTTGGTG-CAAT-A-TT-A----TTTTCTTTCAAATTATAGAAATAAGAAAT---------ATTTTA-GTTGC---C-ATAGT-G--ACAG-TATTT-CAGTA-TT-TC-ATGATAAAG--TG----G-TA---A-CACATGA-A---CT-A---GTT-GGAA--CC-C-ATGGATTTTCT---CTCCGTT---ACA-CTG-TC-TTCA---A-TGAATG-CAGTGTGT-AACAGA-GAGA-A-AACCTA-TGGG-TTCAGAC-A-AAGG--CTAT---TTACATGTA-ACATTCCTTT-ATC---TTCTACTTTTGCATTTAAAACTAGCCTCATGACATGGGTATT---TTTTCTATTC----------AC---TTGTA--TTATTT------TTC------AT----------TTCTTTTTCTTATT-CA-TTGATCT--ATTGATCACTa
gi|17 : TTT--ATT-GGTT-ACGT-AGAG-A-T-AGGTCC-------------------C-AAC--------AA--AATA-G----ATGA-TGA--AATAT--T----TTTTAT-AAAATC--AAGATTG-AGT-TACGC-GTATTGTT-TC-TG--ACT-TGA-AAAA---T-CAATGTT-T-G--GCG--TT-TG-AATA----T-GTTTGGAAAA---AAGA----AA----CT----CAA---------A---G-----CAT-TTTA-T-G--ACgggatgttgcgggaacaagctaaattatgaaaaaatgatcggaataattaagccgaatattcaattttttgcggtgcagaatatataacggatagtatgcgatatttttcaaagcatggcaatttcatcacaaacatta
gi|13 : ctggT-TC-TG-GAGT-TGA-AAAA---T-CAATGTTAT-A--GCAT-TT-TG-ACAA----T-TTAAA--------AAAA----AAAACCCT----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-AA--AATG-CATCCACATACAGG-TATGA-A--GAATTATGCA-T---AAGTTAAT--------T--AA-TACCTTT---ATG-T---TTAAATT---ATA--AAAAA-T-CAAG-T-GA--T-GT-G--TTAT-aag
gi|2 : CACATAAAGG-TATGA-ATTAACTTATGCA-T---AATTT--T--------T--CA-TACCTGT---ATG-T---G
gi|13 : agagccattctgctgttaagcatccaaaaaatttaatataggctggataagcacccttaccgattttgctgaaattgcatgtagagattatttgggggaaaaaaaaacccccccaccctcttctagaatatagttaccgaaaatttgcatttgaggtacgttgccataggtacaagaacaccctgaaaatggctcaagatgcgttaaaaatgcgtaacattttggcctttttttgagtaagaatacacaaattaaatgttactcgtgagcaaattctatatttgttaccttaaaggactgatgttcagcataacaaatacataactaaaacattcattgacttcaaattggattgcctatattttctggagttgaaaaatcaatgttttggatttgacaatcttttgaaaaaactcaatttttagagccaaattaatgggacgtccatttgcaagaaatgacacACATAAAGG-TATTA-ATTAACTTATGCA-T---AATTC--T--------T--CA-TACCTGT---ATG-T---Gtaaaatataaaaaaatcaagtgatggtgttatttgctaacttaaaaatagttttcgtttcaaaattcggttgccatcagtaatatgaaaaaactctcacaattctgaattattatacacttaaaattttattatttttcaatataatacgcctaatcattttgctagtttatgataccgtgctaacagaatgaagtgccgcgctatatataccgaacactttacatttgggccgggaaacacaccaaataaactaattttattggtatacattttttttaaattactgattaaagaacaattattattaaaaaaataataacatttaaacattgccctattatgcataataggttacctaaaaaaaaaattatgtaaggtcttaaaaagggaaaaaaattggtggccatggtaatcattaaatccacccatctgtatataggagtcaaatttcataacatcttatatatatttcttaatctatgtatcatggtagttggcacatattttctttcacattacagaagtattttagttgtcatagcggactggtatttccagtattcttacgataaagcaggacaaatgaactttgtcggaactcacggattttctctccgttacacttattcaattggtgaattgcaatgtgatggtaatgaaccgcatgaactctatataaattgctatgtggattcgacaattgggctttatattgtatatgtgattagtgcaatttgagtactgctcactaactttttatcgcttttgatacagtgtacccatacatttaatattgtccattgatctctaactttctttatctcggtgacttttgttatgttattgaaaaccctatccttacgatgacaagtgtaatttttgcctttcttttctctgtgt
gi|2 : ttctggagttgaaaaatcaatgttatagcattttgacaatttaaaaaaaaaaaccctcaattttaggccaatttatgacgtcatttgcaagaaaatgcatcATTATGCA-T---AA--TAG-------------GTTACCT---------------AAA-A---A----AAAAA-T-TATG-T-AA--G-GT-C--TTA----------AA-----AAGGGAAA-----------------------AAAA-TT-GG--TGGCC-AT--GG-TAATCATT------AAA--T---C--C--------ACCCAT-C-TGTA-----TAT-AGGAGT---------CAAATT-TC-ATAACAT-C--TTAT---ATA----TATTT--CT---T--AATCTAT-GTATCATGGTAGTTG-GCAC-A-----TA-TT--TTCT--TTCA---CATTAC-AGAAGTATTTTAG---T--T-GT-C-A-TA-GCttaaattataaaaaatcaagtgatgtgttat
gi|15 : agagccattctgctgttaagcatccaaaaaatttaatataggctggataagcacccttaccgattttgctgaaattgcatgtagagattatttgggggaaaaaaaaacccccccaccctcttctagaatatagttaccgaaaatttgcatttgaggtacgttgccataggtacaagaacaccctgaaaatggctcaagatgcgttaaaaatgcgtaacattttggcctttttttgagtaagaatacacaaattaaatgttactcgtgagcaaattctatatttgttaccttaaaggactgatgttcagcataacaaatacataactaaaacattcattgacttcaaattggattgcctatattttctggagttgaaaaatcaatgttttggatttgacaatcttttgaaaaaactcaatttttagagccaaattaatgggacgtccatttgcaagaaatgacaccacatacaggtatgaaaaattatgcataagttaattcatacctttatgtgtaaaatataaaaaaatcaagtgatggtgttatttgctaacttaaaaatagttttcgtttcaaaattcggttgccatcagtaatatgaaaaaactctcacaattctgaattattatacacttaaaattttattatttttcaatataatacgcctaatcattttgctagtttatgataccgtgctaacagaatgaagtgccgcgctatatataccgaacactttacatttgggccgggaaacacaccaaataaactaattttattggtatacattttttttaaattactgattaaagaacaattattattaaaaaaataataacatttaaacattgccctTTAAT--------T--CA--ACCTTT---ATG-T---GGTGA-A---ATGTAAAAAA-T-CATT-TTGA--T-GT-C--ATAT-TT---ACTAA--C-TAA------------------TGCT-G---C-AAAT-TTTGT--CTGTC-ATAAGA-TGAT-ATGAA----AAA--T---CTTC--------AGAAAT-C-TG-A------AT-ATA--T---------CAATCT-TCAAT--AA-----TACTACAATA----TGATAT-TC---C--TATC-Aggactggtatttccagtattcttacgataaagcaggacaaatgaactttgtcggaactcacggattttctctccgttacacttattcaattggtgaattgcaatgtgatggtaatgaaccgcatgaactctatataaattgctatgtggattcgacaattgggctttatattgtatatgtgattagtgcaatttgagtactgctcactaactttttatcgcttttgatacagtgtacccatacatttaatattgtccattgatctctaactttctttatctcggtgacttttgttatgttattgaaaaccctatccttacgatgacaagtgtaatttttgcctttcttttctctgtgt
gi|18 : acaA-A---AT---AAAAA----AAA-T-AA--C-AT-GCTTTAT-TAT--GCTAA--C-TAA---AATTG--C-----GTAGCT-T---A-AGAA-TT-GG--TTGCC-AT--GG-TAAT-ATT-A----AAC--T---C-TC--------ACC-AT-C-TGTA-----TAT-ACATGT---------AAgtgtgcttagtcatcaa
gi|12 : aaaaacaaaaaacaagcaaacacccccccccccccaataaataattT-CC-AT--CAT-ACATTCT-TAATT----TA-TG--T--------ATC-A---TG----GCAGTTTG-GCAC-AA----TA-TTA-TTTTCTTTCA---AATTAC-AGAAATATTTTAG---T--T-GC-C-A-TA-GCG-ACTGT--ATTTC---AG----TATTTC-ATGATAAA-GT-GG-TTACAAATGAA---CTAG-Tg
gi|10 : cATA----TAATA--TC---CCTAATT-GATGTA----G---TTTG-TCAT-GCATG-TA-ATG-TTTTT-TTCA---TGTTTC-AGAAATATTACAG---T--T-GC-C-G-TG-ACA-ACCAC--ACTTTA--G------AATTTAAAGATAAA-GT-AT-TAACTGATTTA---CTAG-TAC---G-CTATTTA-TACCC-GGAAACATT---AAATT---ACTGGGG-AAAA--A--------ATAAAT-TAACTTT-GCTTGTGTAC--CATT--TTCATATTACTTGCTCAAaagaaccacgagttttctctccgctacactgtattcaatgaatgcagtatgtaacag
gi|5 : ---T--T-AC-C-A-TG-GCA-ACCA---ATCCTTAAGCTACATAATTT--TAGTACATGTAGCATAATAGGCATATT-TAAA-T-----G-TTATAT
gi|2 : aatgcttaaaaatgcgtaattttggcctctttttgagtagaaataacaaatttaatgttacccgtgagaaatttctttattgttaccttaaagactattcagcataaacaaatacataaataaaaattcatgacttcaattggattgctattttggagttgaaaatcattctttgggcatgttgaaccatttttttaaaaaacctcaattttaggccaatttatgacgtcaattctaagaaaaagcactcaatacagtatgaagaattatgcattaagttaattcatacctttatgtgtaaaatataaaaatcagtgagttgtttatttttgcctaactaaaaatatttgtttcaaaaattcggttgccatggttaatagaaaaatctcacaatctgaatatacaataaaattttatatatttttcaatataataccaatcaatgtaatttgtcataaaatgttaatgttttttcatgtttcaaaaaatacttcagttgtgccatggcaaccacaaattttgctagtttatgatacagtgctaacagacagcaagtgcgctatctataacccgaaacattacattgggccgggaaacacagcaaataaactaattttaattggtataacttttttaattacttgattaaaaacaaatatataaaaaaC--ATTTT---GC----TAGTTT-ATGATACC-GT-GC-TAACAGA-ATG----AAG-TGCCGCG-CTATATA-TACC--GAACACTTT---ACATTTGGGCCGGGA-AACA-CA-C--CAA-ATAAAC-TAATTTT-ATTGGTATACATTTTT--TTTAAATTA-CTGATTAAAGAAC-A---ATTATTATT-AA------------AAA------AAT---AATAACATTTAAAC-ATTGCCCTA-TTATGCATAATAGGTT-ACCTAAAAAAAAAATTA--TGTAAGGTCTTAAAAAGGGAAAAAAATT--GGTGGCCATGGTAATCATT--AAATC--CACCCATCTG----------TATATAGGAGTCA-AAT-T-T-CAT--------AACATCTT--AT-AT-A-TATTTCTTAATC-TATGTA--TC-----ATGGTAG-T---TGG-CAC----AT-A----TTTTCTTTCACATTAC-------AGAAGT---------ATTTTA-GTTG----TCATAGCGG--ACTGGTATTTCCAGTA-TTCTT-ACGATAAAG--CA----G--G---A-CAAATGA-A---CTTT---GTC-GG-A--AC-TCACGGATTTTCT---CTCCGTT---ACA-CT--TA-TTCA---ATTGtattaaaatctcacccatcttttatataggagtcataaatttcataacaatctttatatatattcttaatttataatagatcatggtagttgggcacaatattttttttttcacatacagaagtattttagttgtcattgcggaactgttttcattatttttatgataaagcggtaacaaatgaacttgtcggaactcaggattttctctcctccgttacaatgttattcaatgaatacagtatgtaaacagagaaaatctatgggtttcagacaatggctatttattatgtgcatgcatttgtatgtacatttaccttaagtccataactatattcctttatcattctacatcttctacttttgtattaaaaactaacctcatgaatagtgtatttttttttattaacttgtgtca
gi|6 : agagccattctgctgttaagcatccaaaaaatttaatataggctggataagcacccttaccgattttgctgaaattgcatgtagagattatttgggggaaaaaaaaacccccccaccctcttctagaatatagttaccgaaaatttgcatttgaggtacgttgccataggtacaagaacaccctgaaaatggctcaagatgcgttaaaaatgcgtaacattttggcctttttttgagtaagaatacacaaattaaatgttactcgtgagcaaattctatatttgttaccttaaaggactgatgttcagcataacaaatacataactaaaacattcattgacttcaaattggattgcctatattttctggagttgaaaaatcaatgttttggatttgacaatcttttgaaaaaactcaatttttagagccaaattaatgggacgtccatttgcaagaaatgacaccacatacaggtatgaaaaattatgcataagttaattcatacctttatgtgtaaaatataaaaaaatcaagtgatggtgttatttgctaacttaaaaatagttttcgtttcaaaattcggttgccatcagtaatatgaaaaaactctcacaattctgaattattatacacttaaaattttattatttttcaatataatacgcctaatTATGCATAATTAATTATCATAA-CTTTTGAGATGGT-G---A-AA-TATA-AA------------AAAT--------------------CAAGC-A-TGTCATAATTTTGC----TAAACT-----AAAAA------TAAATTTTG----TTTC-----AAAA-----TTTGGTTGCCATGTAAAT-ATGAAAAATC-TCC-CTATCTTAATATA---ACA------AGTCA-AACTT-C-CATTATTTTC-A---------ATAAT-A-TCCTGC--AATCA-ATGTA----A--T-A-------T---GT--CATA-A-AT-GGACCTATTCTTTCATGTTTC---------AAAT---------ACTTCA-GTGC----C-ATGGC-A--ACCAA-ATTT-TAGTA-TT-TTAATGAC--AG--TA----GTAA---A-CGATT-T-A---C--A---gtgaattgcaatgtgatggtaatgaaccgcatgaactctatataaattgctatgtggattcgacaattgggctttatattgtatatgtgattagtgcaatttgagtactgctcactaactttttatcgcttttgatacagtgtacccatacatttaatattgtccattgatctctaactttctttatctcggtgacttttgttatgttattgaaaaccctatccttacgatgacaagtgtaatttttgcctttcttttctctgtgt
gi|7 : ataaggtggataagcacctcaacgattttgctgataatttggcaataggtattgacacccctctatacatagaatagtggtaccaaaaattgcattaaaggtattcattgccatgttacaaaacacccctgaaaatggctccccaatgctttaaaatgccttaattttgccctttttttgataaaaacacaaattaaagttacctgtgacgcaaattctctattgttcagcttaaactaggttcagtataacaaataaactaataaacatctagactcaaaattggatttatactattgtttctgagagttgaaaaaccgaatgttcgcagcatttctgactattttgaaaaaatccaatttctaggccaaatttacaccgtcatttgctaaaaaatcaccaacaaccagatatgaagaat-TA-TGTC-AA------------ATAT--AA--AT---AAAAA-ATC-AAGCGA-CGTCTTA-TTTTGC----TA-ACTAAA--AAGAT------CG--TGT------TTCA-------AA-----T----TT----TGGTAAT-ATGAGAAATC-TCA-CAATCTGAAT--------ATGCC--AGTCA-AA--T-TTCATTATTTTTCA---------AT-ATGA-TATC-CCTAATCA-ATGCAATTTG--TCATGA--------ATG-CA--------A----TTTTTCTTAATGTTTC-------AAAAAT---------ACTTCA-GTTG----CCATGGA-A--ACC-ACATTT-TAGTA-TT-TT-ATAATACAG--TG----G-TA---A-CATAT-ATA---C--A---agttgcgctattgataccccaaaacattaaacattggggagaaaaacctaactaaacatatttactgctataacatttttattacttgcttaaaaaacaaaatacatgtaaatattcacccaaaaaataaatgaataagaatccactgcctattagcttaagaattgatgccatggtaatattaatcatcacatctgcatgtata
gi|18 : agccattctctgtaagcatcaaaaaatttaatatagtggtggataaacatcctcaccaattttgcggaaatttggcatatagtgattatttgacaccctctcatagaatacggtaccaaaaattgcatttgaggtaccgttgccatggtaacaagaacatcctgaaaatggccccccaagatgattaaaaatgcttaattttggccctttttttaaaattaagaatacataaaattgatattactcgcgagcaaatttctttgttagcttaaagactaggttcagcataacaagtaaatgataaaacacccatggctcaaaatttgattgtctattgcttctggagttgaaaaatcgatgtttggcactttgattatttttgaaaaaactcaattttaatctaatttatgacgttatttgcaataaaattcacccacatacaggtacgaagaattatgcataagttaattcatactATA-AA------------TAATTAAATAAA---AAAAATA-----AC-A-TGCTTTA-TTATGC----TA-----AC-TAAAAT------TG--CGTAGC---TTAA-----GAAT-----T--GGTTGCCATGGTAAT-A-TTAAACTC-TCA-CCATCTG----TATATACATGTAAGagtttgctatttgtacccgaatacattaaaacattggggaaaatcaccaaataaactaattttactgtataaatctt
gi|3 : aaaaacaaaaaacaagcaaacaccccccccccccca-TCA-CCATCTGA---T-GATAGAAGTAAGATTTA-CT--TCT-CAT--------A----------C-AT-G-TATT-CTTGATT--ATGTA--TTC--A-ATGGTAG-T---ATG-CGCG-C-AT-A----
gi|8 : aatagccatctcttaaggcatcataaaaattaataaaggtggataagcaccctttctaccgattgctgtatatggtcattgagtatgataatgcaccctcatagagattggtaccaaaaattgcattgaggtgatacttgcatgcggtaacaagaactactccggggaaatcgtccgcaagatgttggaaaatgctaaatttggccttttgattataataattaatcaaattaaattttatgtgagcaaaatgtcgtgattgtagcttaaagacttaggtcagttatttagcaatctcaaaaataaaaaacgatcgatgactcaaaaaatcggatatattctatgttctcgagtatgaaaaaagtcatgatttcgacatgtctgacgaagtttttttgaaaaacctttcacaaaactcttatatgtgtgttagcttttgattaggcttcaagaagaattacctcgatatgatataatttatatccggagttaatcataaaactcactaattgtgttttaaaatatataaaaatacacgatgattcttgtctttcatcggtctacagatataattatttttttacacaaaagtttagttttgcctatggataatatatatcgtaaattcgctcctcttgatagcaatacatgtatcacaagtcatatcttcaaaattgtaatctctctctatattcttagtgtctaatcgaggataaataactattcattcgccgcctctctcatactgtgtgtaattcagcttttgcgcattgtgcatcccgtattttaggtatcttgtcaacagtgtaacagattacaagtgcgcctttatagcaccaaaaatcatatagcgctgaagcaaaccgtgaactgagagtctagttacttgttctactcgtgagatatatttcatgctgtcgcttaaagtcacgagaacaatttgtcctcctccctcaccccacatctcactgcttcgggaattgtgttccattaagtatagcttaataaagaattgTCA-AA--T-TTCATCTCC----A---------ATCAT-G-TATT-CTTGATTTAATGTA--TCA------GGTAG-T---TTGGCGCA-ACATTA----TTTTCTTTCAAATTAT-------AGAAATTATAGAAATATTTTAAGTTGCCAGT-A-AGT-G--ACTGTTATT--CAGTA-TT-TTCATGATAAAT--TGTATTGGTA---A-CAAG--A-A---CT-A---GTC-GG-AAACC-C-ACGGATTTTCT---CTCCGTT---AGACCTG-TA-TTCA---A-TGAATG-CAGTGTGT-AATAGA-GAGA-A-AGCCTA-TGGG-TTCAGAC-A-ATGGCCTTAT---ATAC-T-TA---AC--ATT---TT---TTA-------ACA-TT--------TC------C-T-AAT-CTCTACTTTA-ATTA----------AAATATTGTA----AATTTAAAAACTCAACCTAATGACATGCG---TATTTTTC-TATTATACTGTATATCATTCTAT--TTTTCT-TTTC---------TATTCATTATCTATACGC-TC-AC-AGGGATGGATGCG-GGGA-CATGC-TAAATT-------ATGAAAA---AACT-A-CGGATAATTAAAGCC-----GAATATTCAA-TTTTTGTGGTGCGAG-----AATAATTTAACGG-TAGCATGCC--GATATTTTTCCAAAGCAA-TGCA-----TTCATGCACAAAC-ATTAatctatgagactactttattgctattaatttcatatcatattttaaggatgctacgtttgcgacttgtttatcagtattcctcgcttcatgattccatagaagtaacgctcgacacggagctttctatccttatgtatcaatgatgcag
gi|10 : ---------AT-AT-AATATC-CCTAATTG-ATGTA----G--T-TTGTCA-------TG-CATGTA-AT-G----TTTT-TTTCATGTTTC-------AGAAAT---------ATTACA-GTTG----CCGTGAC-A--ACC-ACACTT-TAGAA-TT-TA-AAGATAAAG--T-----ATTA---A-C
gi|12 : -AT-A-CATT-CTTAATT-TATGTA--TCA--T---GGCAG-T---TTGGCACA-ATATTA----TTTTCTTTCAAATTAC-------AGAAAT---------ATTTTA-GTTG----CCATAGC-G--ACTG-TATTT-CAGTA-TT-TC-ATGATAAAG--TG----GTT----A-CAAATGA-A---CT-A---GTA-AG-A--AC-C-ACGAGTTTTCT---CTCCGCT---ACA-CTG-TA-TTCA---A-TGAATG-CAGTATGT-AACAGtgatttactagtacgctatttatacccggaaacattaaattactggggaaaaaataaattaactttgcttgtgtaccattttcatattacttgctcaa
gi|19 : ctccatcTGATACAGCATGT---ATCA---A-AAAAT-A-C---T--ATC-GTC-GG-A--ACAC-ACGGGTTTTCT---CTCCGTT---ATA-CTG-CA-TTCA---A-CG-----CAGTA--T-AACGGA-GAGA-AAACCCG--TGGG-TTCCGAC-
gi|4 : tcGATAAAG---GAAT-GTTACATG-TAAAT-A-G---C--CTTTGTCTGA-A--CC-C-ATAGGTTTTCT---CTCTGTTAC-ACA-CTG-CA-TTC----ATTGAA-GACAG--TGT-AACGGA-GAGA-A-AATCCA-TGGG-TTCCAAC----TAG-TTCATGTGTTACaattacatgtacccgtaaattcatagt
gi|8 : tctattgttagcttaaagactaggttcagtaaaacaaatagataataaaacatccatgactcaaaattggattatctattgtttctggagttaaaaaaccaatatttcggtattttgactatttttgaaaaaactcaattttaggccaatttacggacgtcatttgcaaaaaaatgcacaacatacagattatgaaaattatcatagttaattcataactttatgttgaaatataaaaatcaagcgatgtcatattttgctaactaaaatattttgttgtcaaatttggttgccatggtaatgatgaaaattcgctatcttaatatacagtcaaatttattattttttaatataatatccgcaatcatgtgtaatgatgatatatgtactttctttcatgttcaaaataacttcgttagcctactggaaccaattttcgtattttatgataagtagtaaatatttcaagtgcgctatttatacccaaagacattaaaacgttggggagaaaaacctaactaaactaattttactgctatacatttttattacttgcttaaaaaacaaatacatgtaaatattcgcccaataaataaataaataaataacatgtcttattagcttaagaattggttgccatggtaatattaaaatcttaccatctgtatgtatacgagtcaaatttcatctcaatcatgtattcttgatttatgtatcatggtagtttggtgcaatattattttctttcaaattatagaaataagaaatattttagttgccatagtgacagtatttcagtatttcatgataaagtgAAAA--TG-----TTA---AGTATAT-A-AGGCC--ATT-GTCTGA-A--CC-C-ATAGGCTTTCT---CTCTATTAC-ACA-CTG-CA-TTC----ATTGAATA-CAG-GTCT-AACGGA-GAGA-A-AATCCG-TGGG-TTttctacttttgcatttaaaactagcctcatgacatgggtattttttctattcacttgtattatttttcatttctttttcttattcattgatctattgatcactgggatgttgcgggaacaagctaaattatgaaaaaatgatcggaataattaagccgaatattcaattttttgcggtgcagaatatataacggatagtatgcgatatttttcaaagcatggcaatttcatcacaaacatta
gi|5 : tcaaatttcatctccaatcatgtattcttgatttaatgtatcaggtagtttggcgcaacattattttctttcaaattatagaaattatagaaatattttaagttgccagtaagtgactgttattcagtattttcatgataaattgtattggtaacaagaactagtcggaTA---A-TAAAT-A-G---CC-ATT-GTC-TG-AAACC-C-ATAGATTTTCT---CT--GTTTACATA-CTG-TA-TTC----ATTGAATAACA-T-TGT-AACGGAGGAGAGAAAATCC--TGAG-TTCCGAC-A---AG-TTCAT---TTttaacatttcctaatctctactttaattaaaatattgtaaatttaaaaactcaacctaatgacatgcgtatttttctattatactgtatatcattctatttttcttttctattcattatctatacgctcacagggatggatgcggggacatgctaaattatgaaaaaactacggataattaaagccgaatattcaatttttgtggtgcgagaataatttaacggtagcatgccgatatttttccaaagcaatgcattcatgcacaaacatta
gi|19 : aatgcttaaaaatgcgtaattttggcctctttttgagtagaaataacaaatttaatgttacccgtgagaaatttctttattgttaccttaaagactattcagcataaacaaatacataaataaaaattcatgacttcaattggattgctattttggagttgaaaatcattctttgggcatgttgaaccatttttttaaaaaacctcaattttaggccaatttatgacgtcaattctaagaaaaagcactcaatacagtatgaagaattatgcattaagttaattcatacctttatgtgtaaaatataaaaatcagtgagttgtttatttttgcctaactaaaaatatttgtttcaaaaattcggttgccatggttaatagaaaaatctcacaatctgaatatacaataaaattttatatatttttcaatataataccaatcaatgtaatttgtcataaaatgttaatgttttttcatgtttcaaaaaatacttcagttgtgccatggcaaccacaaattttgctagtttatgatacagtgctaacagacagcaagtgcgctatctataacccgaaacattacattgggccgggaaacacagcaaataaactaattttaattggtataacttttttaattacttgattaaaaacaaatatataaaaaaatataacatttaaatatgcctattatgctacatgtactaaaattatgtagcttaaggattggttgccatggtaatattaaaatctcacccatcttttatataggagtcataaatttcataacaatctttatatatattcttaatttataatagatcatggtagttgggcacaatattttttttttcacatacagaagtattttagttgtcattgcggaactgttttcattatttttatgataaagcggtaac---GTC-GG-AA-CC-C-ACGGGTTTTCT---CTCCGTT---ATA-CTG-C---------GTTGAATG-CAGTA--T-AACGGA-GAGA-AAACCCG--TGTG-TTCCGAC-G-ATAG-TATTT---TT---T-GATACAT--GCTGTATCAAATTACA--TGTAC-----CCGTAAATT-CATAtgtgcatgcatttgtatgtacatttaccttaagtccataactatattcctttatcattctacatcttctacttttgtattaaaaactaacctcatgaatagtgtatttttttttattaacttgtgtca
gi|20 : tc---GTC-GG-AG-CC-C-ATTGGGTTTCT---CTCCGTT---ATA-CTG-CA-TC---------AATG-CAGTAT----ACAGA-GAGA-AAACCCC--TGGG-TTCCGAC-Agt
gi|20 : ---GTC-GG-AA-CC-C-AGGGGTTTTCT---CTCTG-T---ATA-CTG-CA-TT---------GATG-CAGTA--T-AACGGA-GAGA---AACCCAATGGG-CTCCGACGATGTGgatgtgcatgccaaaattatt
gi|25 : t---GTC-GGGA--CC-C-ACGT-TTTTCT---CTCCGTT---ATA-Ccatgccaaaattatt
gi|2 : catcCCATC---ACA-TTG-CAATTCACCAATTGAATA--AG--TGT-AACGGA-GAGA-A-AATCCG-TGAG-TTCCGAC-AAA--G-TTCAT---TTagcgta
gi|4 : agagccattctgctgttaagcatccaaaaaatttaatataggctggataagcacccttaccgattttgctgaaattgcatgtagagattatttgggggaaaaaaaaacccccccaccctcttctagaatatagttaccgaaaatttgcatttgaggtacgttgccataggtacaagaacaccctgaaaatggctcaagatgcgttaaaaatgcgtaacattttggcctttttttgagtaagaatacacaaattaaatgttactcgtgagcaaattctatatttgttaccttaaaggactgatgttcagcataacaaatacataactaaaacattcattgacttcaaattggattgcctatattttctggagttgaaaaatcaatgttttggatttgacaatcttttgaaaaaactcaatttttagagccaaattaatgggacgtccatttgcaagaaatgacaccacatacaggtatgaaaaattatgcataagttaattcatacctttatgtgtaaaatataaaaaaatcaagtgatggtgttatttgctaacttaaaaatagttttcgtttcaaaattcggttgccatcagtaatatgaaaaaactctcacaattctgaattattatacacttaaaattttattatttttcaatataatacgcctaatcattttgctagtttatgataccgtgctaacagaatgaagtgccgcgctatatataccgaacactttacatttgggccgggaaacacaccaaataaactaattttattggtatacattttttttaaattactgattaaagaacaattattattaaaaaaataataacatttaaacattgccctattatgcataataggttacctaaaaaaaaaattatgtaaggtcttaaaaagggaaaaaaattggtggccatggtaatcattaaatccacccatctgtatataggagtcaaatttcataacatcttatatatatttcttaatctatgtatcatggtagttggcacatattttctttcacattacagaagtattttagttgtcatagcggactggtatttccagtattcttacgataaagcaggac-T-AACATTCCTTTATC--TTCT---------AC-TTTTGCAT-TTAAA-ACTAGCCTC------ATGACATGGGTATT--TTTTC-TATT-CACTTG-TATT-ATTTTTCA-TTTCTTTTTCTTATTCATTGA-TC--TAT---T--GA-TC-AC-TGGGATGT-TGCGGGA-A-CAAGC-TAAATT-------ATGAAAA---AATG-ATCGG--AATAAT---TAAGCCGAATATTCAATTTTTTGCGGTGC-AGAATATA------TAACGGATAGTAT-GC--GATATTTTTC-AAAGCA--TGGCA--ATTTCAT-CACAAAC-ATTAtaatgaaccgcatgaactctatataaattgctatgtggattcgacaattgggctttatattgtatatgtgattagtgcaatttgagtactgctcactaactttttatcgcttttgatacagtgtacccatacatttaatattgtccattgatctctaactttctttatctcggtgacttttgttatgttattgaaaaccctatccttacgatgacaagtgtaatttttgcctttcttttctctgtgt
gi|16 : tctattgttagcttaaagactaggttcagtaaaacaaatagataataaaacatccatgactcaaaattggattatctattgtttctggagttaaaaaaccaatatttcggtattttgactatttttgaaaaaactcaattttaggccaatttacggacgtcatttgcaaaaaaatgcacaacatacagattatgaaaattatcatagttaattcataactttatgttgaaatataaaaatcaagcgatgtcatattttgctaactaaaatattttgttgtcaaatttggttgccatggtaatgatgaaaattcgctatcttaatatacagtcaaatttattattttttaatataatatccgcaatcatgtgtaatgatgatatatgtactttctttcatgttcaaaataacttcgttagcctactggaaccaattttcgtattttatgataagtagtaaatatttcaagtgcgctatttatacccaaagacattaaaacgttggggagaaaaacctaactaaactaattttactgctatacatttttattacttgcttaaaaaacaaatacatgtaaatattcgcccaataaataaataaataaataacatgtcttattagcttaagaattggttgccatggtaatattaaaatcttaccatctgtatgtatacgagtcaaatttcatctcaatcatgtattcttgatttatgtatcatggtagtttggtgcaatattattttctttcaaattatagaaataagaaatattttagttgccatagtgacagtatttcagtatttcatgataaagtggtaacacatgaactagttggaacccatggattttctctccgttacactgtcttcaatgaatgcagtgtgtaacagagagaaaacctatgggttcagacaaaggctatttacatgATTATTCATTTTCTATTTC---------GAT-C--TATTCAC--GCCTCTACGGGAGGTGG--GCGGGAAAACAAGCT-AAATT------AATGAAAA---AATT-A-CGG--AATAAC---T-----GAATATTA-A-TTCTTGCGGTGC-AGA----A------TAACGG-TAGTATGGCCGAATATTTATC-AAAATAATGGTAATTTTTTTAT-CAGAAAC
gi|22 : GAAAATTTAATTTA-CAG--AATTAGC--T-----GAATATTCAA-TTCTTGCGGTGC-AG-----A------TAACGG-TAatat
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CGTCGCAAACCACGGTTTTGAGTCCACATACGTTGTGATGATGGAGAGGATCGATAAGAAGCACCCGTGGGTTACCGACA
Unaligned ( gi|23 ): GTGTTTCTTTGAGCAGAATATCAAACACACACACGAAAATTTTACCAAATCATAATCCCT
Unaligned ( gi|27 ): AGTGATGGCGTGTTTTGTGATTTATTCCCAGGGGAAG
Unaligned ( gi|28 ): AAGTAATTTCTGTACATTTGCGTCATAACAAAT
Alignments
lowQualScore : 1 1111 111 2222222222 111 222 1111 111 111 444444444444444444 111 1111 111 1111 11 111 111111111 22222222222222 33333333333333 111111 1111111 1 111111 1111 22222222 111 111 11 2222222 11 11111 22222222 11 1 1111 2222222222 1 1111111 1 11111111111 1 1 2222222222 3333333 11111 111 11111 111111 1 222 3333333 111111111 22222 11 111 555555555555555555555555555555555555555555555555 1 7777777777777777777777777777777 111 3333333333 2222222222222 1 1 4444444 11 44444444444444444444444444 3333 1111 1 222 1 2222222 222222222 11 2 222222 1 2222 22222 333 333333333333333333333333333 11111 1 22222 44444444444444444444444 333 111111111 111111 1 11 444444444444444444444444444444 11 11 1111 1 3333333 111 11 33333333333 33333333333 11 1 1 111 3333 1 1
lowQualScore : 7 888 6 6 6 5555 5 111 9999999999 6 000 333 6 6 99 888 4444 6 6 000 3 1 222 999999999999999999 6 6 111 6 5555 6 6 99 000 1111 33 5 5 11 5 9999 6 6 2 5 7 6 99 4 111 999999999 5 5 5 5 55 5 666 4 4 777 4 55 4 11111111111111 55 4 4 77777777777777 777777 4 55 4 0000000 4 2 7777 777 4 888888 3 666 3 3 3 3 777 3 88 3 999999 3 3 3 1 2222 3 22222222 7777 888888888888 000 3 3 666 111 4 4 4 55 4 66 0 8 4 4 4 22 4 3 4 0 4 4 0 4 777 66 4 9999 9999 66 0000000 4 66 00 8 4 444 66 4 3 8 5 77777 5 66666666 5 888 5 5 4 66 5 11 0 5 0000 999999 5 5555555555 5 0 9999999 0 222 5 99999999999 0 5 2 5 9999 0000000000 0 3333333 5 5 99 66 5 5 44444 444 44444 5 555555 5 5 5 1 5 0 5 888 5 1 5 0 5 0 999 5 888 1 5 5 5 444 7777777 444444444 5 5 5 3 22222 11 1 444 11 666666666666666666666666666666666666666666666666 6 1 6 4444444444444444444444444444444 000 0000000000 1 5 5 5 4444444444444 1 1 3333333 6 6 55 88888888888888888888888888 5 5 5 5 9999 5 1111 1 444 1 77 88 1111111 666666666 6 3 6 44 6 99 7 2 6 6 6 6 333333 1 1 2222 0 888 5 777 11111 5 5 0 4 4 1 1 66 5 000 888888888888888888888888888 22222 66 5 1 3 8 0 55555 8 55555555555555555555555 111 888888888 2 999999 3 0 44 44 2 3 0 2 22 2 3 222222222222222222222222222222 22 33 0000 0 4444444 444 8 8 11 1 77777777777 8 8 88888888888 8 2 33 0 0 777 1 0000 0 0
lowQualScore : . ... . . . .... . ... .......... . ... ... . . .. ... .... . . ... . . ... .................. . . ... . .... . . .. ... .... .. . . .. . .... . . . . . . .. . ... ......... . . . . .. . ... . . ... . .. . .............. .. . . .............. ...... . .. . ....... . . .... ... . ...... . ... . . . . ... . .. . ...... . . . . .... . ........ .... ............ ... . . ... ... . . . .. . .. . . . . . .. . . . . . . . . ... .. . .... .... .. ....... . .. .. . . ... .. . . . . ..... . ........ . ... . . . .. . .. . . .... ...... . .......... . . ....... . ... . ........... . . . . .... .......... . ....... . . .. .. . . ..... ... ..... . ...... . . . . . . . ... . . . . . . ... . ... . . . . ... ....... ......... . . . . ..... .. . ... .. ................................................ . . . ............................... ... .......... . . . . ............. . . ....... . . .. .......................... . . . . .... . .... . ... . .. .. ....... ......... . . . .. . .. . . . . . . ...... . . .... . ... . ... ..... . . . . . . . .. . ... ........................... ..... .. . . . . . ..... . ....................... ... ......... . ...... . . .. .. . . . . .. . . .............................. .. .. .... . ....... ... . . .. . ........... . . ........... . . .. . . ... . .... . .
lowQualScore : 7 222 7 7 7 7777 7 777 2222222222 7 222 333 7 7 22 777 2222 7 7 888 5 0 555 222222222222222222 7 7 777 7 0000 7 7 22 000 6666 66 7 0 66 7 3333 7 7 5 7 5 7 22 2 777 333333333 0 0 0 0 88 0 222 0 0 333 0 66 0 88888888888888 55 0 0 00000000000000 555555 0 55 0 0000000 0 0 8888 000 0 000000 3 444 6 6 6 6 555 6 66 6 888888 6 6 6 0 7777 6 33333333 7777 999999999999 000 6 6 444 000 0 0 0 55 4 11 1 9 4 4 4 22 4 9 4 1 4 4 1 4 888 11 4 4444 4444 11 1111111 4 11 66 9 4 999 11 4 9 9 0 55555 0 44444444 0 888 0 0 2 99 0 99 0 0 6666 666666 0 9999999999 0 0 6666666 0 888 0 22222222222 0 0 8 0 4444 0000000000 1 4444444 7 7 33 77 3 7 33333 999 33333 7 999999 7 7 7 4 7 7 7 222 0 0 0 1 9 2 555 0 888 0 0 0 0 444 9999999 111111111 7 7 7 0 88888 22 7 000 88 222222222222222222222222222222222222222222222222 7 0 0 5555555555555555555555555555555 000 7777777777 0 7 7 7 6666666666666 4 4 6666666 7 7 88 22222222222222222222222222 7 7 7 7 3333 7 0000 4 000 4 99 55 7777777 777777777 7 7 7 22 7 22 5 3 7 7 7 7 777777 4 9 9999 2 888 0 111 22222 0 0 1 4 4 4 0 44 7 222 888888888888888888888888888 44444 44 6 4 2 0 8 00000 8 00000000000000000000000 222 222222222 5 888888 2 0 00 22 5 2 8 5 00 5 2 222222222222222222222222222222 55 22 8888 0 0000000 000 0 0 00 0 00000000000 0 0 66666666666 0 5 88 0 0 000 0 8888 0 0
consensus : AGAGCCATCTCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAN---TTTAATATAG-GG---TGGAT----------AAGC-ACC--CTC---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGANTATT-T-GA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-AT--A-TGGT-ACCGAAAATT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGAAC-ACCC-T--GAAAATG-G-CTCCCAAGATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCTTTTTTT---GATTAAGAATA--CA-A--AAATT-AA-TGTTACTCGTGA-GC-AAA-T-TCTTT--ATT-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTCAG-C------------A--T-AAC-AAA-------T-----AAA-N----AA-TA--AAAC-A-TCC---AT-GAC-TC--A-AA---ATTG-GATT--GC--CTATTGT---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-C-G--GCAT-TT-TG-ACCA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AA-TGCAC-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATAT--AAAAA-T-CAAG-C-GA--T-GTCTTA-TTTTG-CTAA-----C-TAAAAATA--T-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GG-TAAT-ATGAA----AAA--T---C-TC--------ACCAAT-C-TG-A-----TAT-ACAAGTCAAAT-TTC-A------TNAT-T-TTCT-CAATA----TAATA--TC---C--AATCAATGT---AATTTG-TCAT-AAATG-TA-CTGTTCTTT-CA-----TGTTTC-AAAA-----AT-ACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAC--ATTTT-GGTATTTT-ATGATACAGTGNTAACAGATA-TACAAG-TGC---GCTATTTAT-A-CCC-GAAAACATTAA-ACATT--G-GCCGGGGGAAA-CA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ACTGGTATACATCATTTTTTNATTACTTGCTTAAAAAACA---ATATAT-----A-AA------------AAAT--AAT-----AA-AATAA-A-TTAAACA-TGCCCTATTATGC-TA-A----C-T-ACCT------AAAATTATGTAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCATGGTAA-T-AT---TTAA-----AATC-TCA-CCATCTG-AT----TATATG-TAGGAGTCA-AA--TT------CA--T-CT-CA------AT-ATGTA-TT-CTTGATT-TA-TGTATC----ATGGTAG-T---NTG-CGCAA-AT-A--TTTTCTTTCANATTAC-------AGAAGT---------ATTTTA-GTTGCCA-TA-GC-G--ACTG-TATTT-CAGTA-TT-TT-ATGATAAAGCG----G-TAACAAATGAAC-TAGTCGGAA--CCCACGGGTTTTCT---CTCCGTTACAC-TG-TATTCAAT---TGAA-TG-CAGTATGT-AACGGAGAGAAAACCCGTGGGTTCC-GACG-ATGGC-TTATTTACAT-T--ATACA--CGTT-TATC---TTGTA--TGTACATTTACCGTAAGTC-CATAAC-T-AATATTCCTTTNTCA---------TTC-TAC-TTTTGTA-G-TTAANNACT-AACCTCATGACAT-GCGTATT-TTTTTCTATT-TACTTGATATCAATTGATCACTTTCTGTTTCGATTC--TATTCG--CGC-TC-AC-GGG-GATGG-TGCGGGAGA-CAAGC-TAAATT-------ATGAAAA---AATT-A-CGG--AATNA---N-T-----GAATATTCAA-TTCTTGCGGTGC-AGA----A-----TAACGG-TAGTATGGC--GATATTTTT-C-AAAGCAA-T-GCAAT--TTTCAT-CACAAAC-ATTA
Reference ( family-305 ) : AGAGCCATCTCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAT---TTTAATATAG-GG---TGGAT----------AAGC-ACC--CTC---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGANTATT-T-GA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-AT--A-TGGT-ACCAAAAATT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGAAC-ACCC-T--GAAAATG-G-CTCCCAAGATGC-TTAAAAATGCNT-AA--TTTTGGCCTTTTTTT---GATTAAGAATA--CA-A--NAATT-AA-TGTTACTCGTGA-GC-AAA-T-TCTTT--ATT-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTCAG-C------------A--T-AAC-AA--------T-----AAA-N----AA-TA--AAAC-A-TTC---AT-GAC-TC--A-AA---ATTG-GATT--GC--CTATTGT---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--CC-AATG--T-T-C-G--GCAT-TT-TG-ACNA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AA-TGCAC-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATAT--AAAAA-T-CAAG-T-GA--T-GTCTTA-TTTTG-CTAA-----C-TAAAAATA--T-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GG-TAAT-ATGAA----AAA--T---C-TC--------ACCAAT-C-TG-A-----TAT-ACAAGTCAAAT-TTC-A------TCAT-T-TTCT-CAATA----TAATA--TC---C--AATCAATGTAG-AATTTG-TCAT-AAATG-TA-NTGTTCTTT-CA-----TGTTTC-AGAA-----AT-ACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAC--ATTTT-GGTANTTT-ATGATACAGTGNTAACAGATA-TACAAG-TGC---GCTATNTAT-A-CCC-GAAAACATT---ACATT--G-GCCGGGGGAAA-CA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ACTGGTATACATCATTTTTTNATTACTTGCTTAAAAAACA---ANATAT-----A-AA------------AAAT--AAT-----AA-AANAACA-TTAAACA-TGTCTTATTATGC-TA-A----C-T-ACCT------AAAANTATGTAG---CTT----------AAGAANTG-GTTGCCATGGTAA-T-AT---TTAA-----AATC-TCA-CCATCTGAATT---TATATG-TAGGAGTCA-AA--TT------CA--T-C--CA------AT-ATATA-TT-CTTAATT-TA-TGTATCG--TATGGTAG-T---NTG-CACGA-AT-A--TTTTCTTTCACGTTAC-------AGAAAT---------ATTTTA-GTTGCCA-TG-GC-G--ACCGATATTT-CAGTA-TT-TT-ATGATAAAGTG----GTTAACAAATGAAC-TAGTCGG-A--CCCACGGGTTTTCT---CTCCGTTACAC-TG-CATTCAAT---TGAA-TG-CAGTATGT-AACGGAGAGAAAACCCATGGGTTCC-GACA-ATGGT-TCATTTACAT-T--ATACA--CGTT-NATC---TTATA--TGTACATTTACCGTAAGTC-CATAAC-T-AATATTCCTTTNTCA---------TTC-TAC-TTTTGTA---TTAANTACT-AACCTCATGACAT-GCGTATT-TTTTTCTATT-CACTTGATATCAATTNNTCATTTTCT-TTTCGATTC--TATCCA--CGC-TC-AC-GGG-GATGG-TGCGGGAGA-CAAGC-TAAATT-------ATGAAAA---AATT-A-CGG--AATNA---N-T-----GAATATTCAA-TTCTTGCGGTGC-AGA----A-----TAACGG-TAGTATGGC--GATATTTTT-C-AAAGCAA-T-GNAA---TTTCAT-CACAAAC-ATTA
gi|1 : AGAGCTATCTCT-C-GT-AAG-CATC-AAAATT---TTTAATATAG-GGCTCTGGAT----------AAGC-ACC--CTC---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGATTATT-T-GA------------------CACACC-TCT---CATAGA-A---A-TGGT-ACCGACA-TT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGA-C-ACCC-T--GAAAATGTG-CTCCCAAGATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCCTTTTTT---GATTAAGAATA--CA-A--CAATT-AA-TGTTACTCATGA-GC-AAAAT-TCTTT--ATT-G-TT-ACCTTAAAG-AC-T-ATGTTCAG-C------------A--T-AAC-AA--------T-----AAA-G----AA-TA--AAAC-ACTTC---AT-GAC-TT--A-AA---ATTG-GATTC-GC--CTAT-GT---TTCATG-GAGT-TGA-AAAA--CA-AGTG--T-T-T-G--GCAT-TT-TG-ACCA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AA-CGCAC-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CATTA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--A-AT--AAAAA-T-CAAG-T-GA--T-GTGTTA-TTTTC-CTAA-----C-TAAAAATA--T-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GG-TAAT-ATGAA----AAA--T---C-TC--------ACCAAT-C-TG-A-----TAT-ACAAGTAAAAT-TTC-A------TCAT-T-TTCT-CAATA----TAATA--CC---C--AATCAA-GTAGAAATTTG-TCAT-AAATG-TA-CTGTTTTTT-CA-----TGTTTC-AAAA-----AT-ACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAC--ATTTT-GCTAATTT-ATGATACAGTGCTAACAGACA-TACAAG-TGC---GCTATATAT-A-CCCTGAAAACATT---ACATCG-G-GCTGGGGGAAA-CATC--C-AATATAAACTAAT-TTT-ATTAGTATACATCATTTTTTCATTATCTTCTTAAAGAACA---ATATAT-----A-AA------------AAAT--AAT-----AATAATAATATTTAAACA-TGCCCTATCATGC-TACA----C-TGACCT------AAGAATATGTAG----TT----------AAGAAATG-GTTGTCATGGTAA-T-AT---TTAA-----AATC-TCA-CCATCTGAATTAGATACATG-TAGGAGTCA-AA--TT------CA--T-----A------AT-ATATA-TTGCTTAATTGTA-TGTATCG--TACGGTAG-T---GTG-CACAA-AT-A--TTTTCTTTCACATTAC-------AGAAGT---------ATTTTA-GTTG-TA-TA-GC-G--ACTGATATTT-CAGTA-TT-TT-ATGATAAAGTG----GTTAACAAAT-AAC--AGTCGG-A--CCTACGGGTTTTCT---CTCCGTTACAC-TG-TATTCAAT---TGAA-TGCCAGTATGT-AACAGATAGAAGAATCTTGGGTTCA-GACATATGGT-TTATTTACAT-T--ATATA--TATT-GATT---TTGTA--TGTACA-TTACCATAAGTC-CATAAC-T-AATATTCCGTTTTCG---------TTCTTACGTTTTGTATG-TTAATTGCT-ATACTCATGACAA-GTG-ATTGTTTTTCTATT-TACTTGATATCAATTGATCACTTTCTGTTTCGATTC--TATTCG--TGC-TC-ACGGGG-GATGG-TGCGCGAGA-CAAGCTTAAATTTGAAAGAAAGAAAA---AATT-A-CGG--AATCA---G-T-----GAATATTCTA-TTCTTGCGGTGC-AG-----A-----TAACGG-TAGTATGGC--GATATTTTT-CAAAAATAATT-GGAAT--TTTTAT-CACAAACGATTA
gi|10 : ATA----TAATA--TC---CCTAATTGATGTAG---TTTG-TCAT-GCATG-TA-ATGTTTTTTTCA-----TGTTTC-AGAA-----AT-ATTACAG---T--T-GC-C-G-TG-ACA-ACCAC--ACTTT-AGAATTTA-AAGATAAAGTATTAACTGATT-TACTAG-TAC---GCTATTTAT-A-CCC-GGAAACATT---AAATT--A---CTGGGGAAA---------AA-ATAAATTAAC-TTT-GCTTGTGTAC--CATTTTCATATTACTTGCTCAAt
gi|11 : AGCCATTTCT-CTGT-AAG-CATC-ACAAATACTTTTAATATAA-GG---GGGATTGGACTTAAAAGGCGACCGCTTCGTAACCGGATATTTGCGTCGCA-AATGATTTTGTG-CATACGTACTGTGTATT-TTGA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-ATTAA-TGGT-ATCAAAAATT-GCATTAGTGAGG---TAC-CGTTTGCCAT--GTGT-ACAAAGAC-
gi|12 : t--T-C--CA------TC-ATACA-TT-CTTAATT-TA-TGTATC----ATGGCAG-T---TTGGCACAATATTA--TTTTCTTTCAAATTAC-------AGAAAT---------ATTTTA-GTTGCCA-TA-GC-G--ACTG-TATTT-CAGTA-TT-TC-ATGATAAAGTG----GTTA-CAAATGAAC-TAGTAAG-A--ACCACGAGTTTTCT---CTCCGCTACAC-TG-TATTCAA----TGAA-TG-CAGTATGT-AACAGc
gi|13 : c---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-TAT-A--GCAT-TT-TG-ACAA----T-TTAAA--------AA----AAAAAACCC--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AAATGCAT-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--AA-TA----CCTTT----A--TGT---T---TA-AA--TTATA-AAAAA-T-CAAG-T-GA--T-GTGTTA-T
gi|14 : AACT-AA-TTTTATTGCTAA-AC-AAT-G-TCTTT---TT-G-TT-CGCTTAAAT-AT-T-AGATCTAG-C------------A--T-AAC-AAATACCTAAT-----AAG-GCATCAA-TA--AAGC-A-TCA---AT-AAA-TC--A-AA---GCGA-GATT--AC--CTTTGGT---TTC-TG-GAGT------------C-TCTG--C-T-T-GT-GCAT-CC-TG-ACC-------TTTTGGGGGAAAAAG----AAAA----A--T----CAA---TTT-T-A---
gi|15 : aTTAATT--CA--A----CCTTT----A--TGT---GG--TG-AA--ATGT--AAAAAAT-CATT-TTGA--T-GTCATA-TTT-A-CTAA-----C-TAA---------------TGCT-G---C-AAAT-TTTGT--CTGTC-ATAAGA-TGAT-ATGAA----AAA--T---CTTC--------AGAAAT-C-TG-A------AT-ATA--TCAATC-TTCAA------TAA----TACTACAATA----TGATAT-TC---C--TATCAGTGTa
gi|16 : acaATTATTCATTTTCTATTTCGAT-C--TATTCA--CGCCTCTAC-GGGAGGTGG--GCGGGAAAACAAGC-TAAATTA------ATGAAAA---AATT-A-CGG--AATAA---C-T-----GAATATT-AA-TTCTTGCGGTGC-AGA----A-----TAACGG-TAGTATGGCCGAATATTTAT-C-AAAATAA-TGGTAATTTTTTTAT-CAGAAAC-ATgcttagtcatcaa
gi|17 : TTT--ATT-GGTT-A-CGTAGAG-A--T-AGGTCC-------------------C-AAC-AAAA------T-----AGA-T----GA-TG--AAAT-A-TTTTTTAT-AAAATC--A-AG---ATTG-AGTTACGC--GTATTGT---TTC-TG--ACT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-T-G--GCG--TT-TG-AATA----T-GTTTGGAAAA---AA----GAAA----C--T----CAA---------A---G-----CAT-TTTA-T-G--ACat
gi|18 : ctggAT-----A-AA------------TAATTAAAT-----AA-AAAAA-A-T--AACA-TGCTTTATTATGC-TA-A----C-T-A----------AAATTGCGTAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCATGGTAA-T-A----TTAA-----ACTC-TCA-CCATCTGTATA---TACATG-TAAGaag
gi|19 : aaaaacaaaaaacaagcaaacacccccccccccccaGTCGG-AA-CCCACGGGTTTTCT---CTCCGTTATAC-TG-C-----GT---TGAA-TG-CAGTA--T-AACGGAGAGAAAACCCGTGTGTTCC-GACG-ATAGT---ATTT---T-TTGATACA--TGCTGTATCAAATTACA--TGTAC-----CCGTAAATT-CATA
gi|2 : tcAGAGCCAT-TCTGCTGTTAAG-CATCCAAAAAA---TTTAATATAG-GC---TGGAT----------AAGC-ACC--CTT---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----T---G-CATG--TAGAGATTATT-T-GGGGGAAAAAAAAACCCCCCCAC-CC-TCT---TCTAGA-AT--A-TAGTTACCGAAAATTTGCATT--TGAGG---TAC--G-TTGCCATA-G-GTA-CAAGAAC-ACCC-T--GAAAATG-G-CTC--AAGATGCGTTAAAAATGCGT-AACATTTTGGCCTTTTTTT---GAGTAAGAATA--CA-C--AAATT-AAATGTTACTCGTGA-GC-AAA-T-TCTAT--ATTTG-TT-ACCTTAAAGGAC-TGATGTTCAG-C------------A--T-AAC-AAA-------T-----ACA-T----AACTA--AAAC-A-TTC---ATTGAC-TT--C-AA---ATTG-GATT--GC--CTATATT---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-T-T--GGAT-TT--G-ACAA----TCTTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-TTA---GA--GCCAA-ATTAAT-GGGACGTCCA--TTTGC-A-A-G-A--AA-TG-ACACCACATACAGG-TATGA-AAAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATATAAAAAAA-T-CAAG-T-GA--TGGTGTTA--TTTG-CTAA-----CTTAAAAATAGTT-----TTCGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-ATC-AG-TAAT-ATGAA----AAAACT---C-TC--------ACAATT-C-TG-AATTATTAT-ACACTTAAAAT-TTT-A------TTAT-T-TT-T-CAATA----TAATACGCC---T--AATCAgt
gi|2 : C--ATTTT-GCTAGTTT-ATGATACCGTGCTAACAGA-A-TG-AAG-TGCCGCGCTATATAT-A-CC--GAACACTTT---ACATTTGG-GCCGGGAAACA-CA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ATTGGTATACATTTTTTTTAAATTAC-TGATTAAAGAACA---AT-TATTATTAA-AA------------AAAT--AAT-----AA-CAT-----TTAAACATTGCCCTATTATGCATA-ATAGGT-T-ACCTAAAAAAAAAATTATGTAAGGTCTTAAAAAGGGAAAAAAATTG-GTGGCCATGGTAA-TCAT---T--A-----AATC--CACCCATCTG---------TATA-TAGGAGTCA-AA--TTTCATAACA--T-C--TT------AT-ATATATTT-CTTAATC-TA-TGTATC----ATGGTAG-T---TGG-CAC---AT-A--TTTTCTTTCACATTAC-------AGAAGT---------ATTTTA-GTTGTCA-TA-GCGG--ACTGGTATTTCCAGTA-TTCTT-ACGATAAAGCA----G--GACAAATGAACTTTGTCGGAA--CTCACGGATTTTCT---CTCCGTTACAC-T--TATTCAATTGGTGAATTG-CA--ATGT-GATGGTAATGAACCGCATGAACTCttttgctagtttatgataccgtgctaacagaatgaagtgccgcgctatatataccgaacactttacatttgggccgggaaacacaccaaataaactaattttattggtatacattttttttaaattactgattaaagaacaattattattaaaaaaataataacatttaaacattgccctattatgcataataggttacctaaaaaaaaaattatgtaaggtcttaaaaagggaaaaaaattggtggccatggtaatcattaaatccacccatctgtatataggagtcaaatttcataacatcttatatatatttcttaatctatgtatcatggtagttggcacatattttctttcacattacagaagtattttagttgtcatagcggactggtatttccagtattcttacgataaagcaggacaaatgaactttgtcggaactcacggattttctctccgttacacttattcaattggtgaattgcaatgtgatggtaatgaaccgcatgaactctatataaattgctatgtggattcgacaattgggctttatattgtatatgtgattagtgcaatttgagtactgctcactaactttttatcgcttttgatacagtgtacccatacatttaatattgtccattgatctctaactttctttatctcggtgacttttgttatgttattgaaaaccctatccttacgatgacaagtgtaatttttgcctttcttttctctgtgt
gi|20 : agagccattctgctgttaagcatccaaaaaatttaatataggctggataagcacccttaccgattttgctgaaattgcatgtagagattatttgggggaaaaaaaaacccccccaccctcttctagaatatagttaccgaaaatttgcatttgaggtacgttgccataggtacaagaacaccctgaaaatggctcaagatgcgttaaaaatgcgtaacattttggcctttttttgagtaagaatacacaaattaaatgttactcgtgagcaaattctatatttgttaccttaaaggactgatgttcagcataacaaatacataactaaaacattcattgacttcaaattggattgcctatattttctggagttgaaaaatcaatgttttggatttgacaatcttttgaaaaaactcaatttttagagccaaattaatgggacgtccatttgcaagaaatgacaccacatacaggtatgaaaaattatgcataagttaattcatacctttatgtgtaaaatataaaaaaatcaagtgatggtgttatttgctaacttaaaaatagttttcgtttcaaaattcggttgccatcagtaatatgaaaaaactctcacaattctgaattattatacacttaaaattttattatttttcaatataatacgcctaatATGCACATCGTCGG-AG-CCCATTGGGTTTCT---CTCCGTTATAC-TG-CATC---------AA-TG-CAGTAT----ACAGAGAGAAAACCCCTGGGTTCC-GACA-tatataaattgctatgtggattcgacaattgggctttatattgtatatgtgattagtgcaatttgagtactgctcactaactttttatcgcttttgatacagtgtacccatacatttaatattgtccattgatctctaactttctttatctcggtgacttttgttatgttattgaaaaccctatccttacgatgacaagtgtaatttttgcctttcttttctctgtgt
gi|22 : T-------ATGAAAATTTAATTTA-CAG--AATTA---GCT-----GAATATTCAA-TTCTTGCGGTGC-AG-----A-----TAACGG-TAgccaaaattatt
gi|24 : GG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACGAG--C-ACCC-T--GAAAATG-G-CTCCCAAGATGC-tgctgc
gi|25 : TGTAT-AACGGAGAGAAAA-ACGTGGGTCCC-GACG-ATGat
gi|26 : AGAGCCAT-TCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAT---TTTACTATAG-gcgta
gi|3 : aAGCCATCTCT----T-AAGGCATC-ATAAAA---ATTAATA-AA-GG---TGGAT----------AAGC-ACC--CTTTCTACCG-AT-T--GC--TG-T-A-T----ATG-GTCAT------TGAGTATGAT-AA------------------TGC-AC-CCT---CATAGAGAT----TGGT-ACCAAAAATT-GCA-T--TGAGGTGATAC----TTG-CATGCG-GTAACAAGAACTACTC-CGGGGAAATC-G-TCCGCAAGATGT-TGGAAAATGC-T-AA--ATTTGGCC---TTTT---GATT-ATAATAATTA-ATCAAATTAAA-TTTTA--TGTGA-GCAAAA-TGTCGTG--ATT-G--T-AGCTTAAAG-ACTT-AGG-TCAGTT------------ATTT-AGC-AA--------TCTCAAAAA-T----AA--A--AAACGA-TCG---AT-GAC-TCAAA-AA---ATCG-GAT-------ATATTCTATGTTC-TC-GAGTATGA-AAAAAGTC--ATGATT-T-C-G--ACATGTC-TG-ACGAAGTTT-TTTTG--------AA----AAAC----C--TTTCACAAAACTCT-T-ATATGTGTGTTAG-CTTT-T-G--A--TT-AGGCTT-C-A-A-G-AAGAA-T-TAC-CT-C-----GA-TATGATATAATT-TATA-TCCGGAGTTAA-T--CA-TAAAACTCACT----AATTGT---GTTTTA-AAATATAT--AAAAA-TACACGAT-GA--T--TCTTG-TCTTT-C--ATCGGTC-TACAGATA--TAATTATTTTTT-TACAC-AAAAGTTTAGTTTTGCCTAT--GGATAAT-ATATATCGTAAA--TTCGC-TCCTCTTGATAGCAATACATG-------TATCACAAGTCATATCTTC-AAAATTGTAATCT-CTCT-CTATATTCTTAGTG--TC---T--AATCGAGG-------------AT-AAATA--A-CTATTCATT-CGCCGCCTCTCTC-ATACTGTGTGT-AATTCAGCTTT--T-GCGC-ATTGTGCATCCCGT--ATTTTAGGTATCTT-GTCA-ACAGTG-TAACAGAT--TACAAG-TGC---GCC-TTTAT-AGCAC-CAAAA-ATC---ATATA--GCGCTGAAGCAAA-C
gi|3 : aatG---CTTC---------GGGAATTGTGTT-CCAT--TAAGT-ATAGCTTAATAAAGAATTGTCA-CCATCTGA----------TGATAGAAGTAA-GA--TT------TACTT-CT-CAT-----AC-ATGTA-TT-CTTGATT--A-TGTATTC--AATGGTAG-T---ATG-CGCGC-AT-A--cgtgaactgagagtctagttacttgttctactcgtgagatatatttcatgctgtcgcttaaagtcacgagaacaatttgtcctcctccctcaccccacatctcactgcttcgggaattgtgttccattaagtatagcttaataaagaattgtcaccatctgatgatagaagtaagatttacttctcatacatgtattcttgattatgtattcaatggtagtatgcgcgcataatctatgagactactttattgctattaatttcatatcatattttaaggatgctacgtttgcgacttgtttatcagtattcctcgcttcatgattccatagaagtaacgctcgacacggagctttctatccttatgtatcaatgatgcag
gi|4 : aatagccatctcttaaggcatcataaaaattaataaaggtggataagcaccctttctaccgattgctgtatatggtcattgagtatgataatgcaccctcatagagattggtaccaaaaattgcattgaggtgatacttgcatgcggtaacaagaactactccggggaaatcgtccgcaagatgttggaaaatgctaaatttggccttttgattataataattaatcaaattaaattttatgtgagcaaaatgtcgtgattgtagcttaaagacttaggtcagttatttagcaatctcaaaaataaaaaacgatcgatgactcaaaaaatcggatatattctatgttctcgagtatgaaaaaagtcatgatttcgacatgtctgacgaagtttttttgaaaaacctttcacaaaactcttatatgtgtgttagcttttgattaggcttcaagaagaattacctcgatatgatataatttatatccggagttaatcataaaactcactaattgtgttttaaaatatataaaaatacacgatgattcttgtctttcatcggtctacagatataattatttttttacacaaaagtttagttttgcctatggataatatatatcgtaaattcgctcctcttgatagcaatacatgtatcacaagtcatatcttcaaaattgtaatctctctctatattcttagtgtctaatcgaggataaataactattcattcgccgcctctctcatactgtgtgtaattcagcttttgcgcattgtgcatcccgtattttaggtatcttgtcaacagtgtaacagattacaagtgcgcctttatagcaccaaaaatcatatagcgctgaagcaaaccgtgaactgagagtctagttacttgttctactcgtgagatatatttcatgctgtcgcttaaagtcacgagaacaatttgtcctcctccctcaccccacatctcactTCT--ATT-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTCAG-T------------A--A-AAC-AAA-------T-----AGA-T----AA-TA--AAAC-A-TCC---AT-GAC-TC--A-AA---ATTG-GATT--AT--CTATTGT---TTC-TG-GAGT-TAA-AAAA--CC-AATAT-T-T-C-G--GTAT-TT-TG-ACTA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-CGG--ACGTC-A--TTTGCAA-A-A-A--AA-TGCA--CAACATACAGATTATGA-A-AATTAT-CA-T----AGTTAATT--CA-TA----ACTTT----A--TGT-------TG-AA--ATAT--AAAAA-T-CAAG-C-GA--T-GTCATA-TTTTG-CTAA-----C-T-AAAATA--T-----TTTGTTGT---C--AAA-TTTGG--TTGCC-AT--GG-TAATGATGAA----AA-------T-TC--------GCTATC-T-TA-A-----TAT-AC-AGTCAAAT-TT--A------TTAT-T-TT-T-TAATA----TAATA--TCCG-C--AATC-ATGTGT-AA--TGATGAT-ATATG-TA-CT-TTCTTT-CA-----TG-TTC-A-AA-----ATAACTTC-G---T--TAGC-CTACTG-G-A-ACCA---ATTTT-CGTATTTT-ATGATA-AGTAGTAA---ATATTTCAAG-TGC---GCTATTTAT-A-CCC-AAAGACATTAAAACGTT--G----GGGAGAAA-AA-C--CTAA-CTAAACTAAT-TTT-ACTGCTATACA-----TTTTTATTACTTGCTTAAAAAACAAATACATGT-----A-AATATTCGCCCAATAAAT--AAA-----TA-AATAA-A-T--AACA-TGTCTTAT-------------------------------------TAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCATGGTAA-T-A----TTAA-----AATC-TTA-CCATCTG-------TATGTA-TACGAGTCA-AAT-TT------CA--T-CT-CA------ATCATGTA-TT-CTTGATT-TA-TGTATC----ATGGTAG-TTTGGTG-CAATA-TT-A--TTTTCTTTCAAATTATAGAAATAAGAAAT---------ATTTTA-GTTGCCA-TA-GT-G--ACAG-TATTT-CAGTA-TT-TC-ATGATAAAGTG----G-TAACACATGAAC-TAGTTGGAA--CCCATGGATTTTCT---CTCCGTTACAC-TG-TCTTCAA----TGAA-TG-CAGTGTGT-AACAGAGAGAAAACCTATGGGTTCA-GACA-AAGGC-T-ATTTACATGT--A-ACATTCCTT-TATC---TTCTACTTTTGCATTTAAAACTAGCCTCATGACATGGGTATT--TTTTCTA---------TTC--AC---TTGTA---TTATTT-------TTCAT---------TTCT-TTTTCTTATT-CA-TTGATCT--ATTGATCACT----------------------------------GGG--ATGT-TGCGGGA-A-CAAGC-TAAATT-------ATGAAAA---AATG-ATCGG--AATAA---T-TAAGCCGAATATTCAATTTTTTGCGGTGC-AGAATATA-----TAACGGATAGTAT-GC--GATATTTTT-C-AAAGCAT-G-GCAA---TTTCAT-CACAAAC-ATTAatctatgagactactttattgctattaatttcatatcatattttaaggatgctacgtttgcgacttgtttatcagtattcctcgcttcatgattccatagaagtaacgctcgacacggagctttctatccttatgtatcaatgatgcag
gi|5 : ATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCTCTTTTT---GAGTAGAAATA--AC-A--AATTT-AA-TGTTACCCGTGA-GA-AAT-T-TCTTT--ATT-G-TT-ACCTTAAAG-AC-T-A--TTCAG-C------------A--TAAACAAA--------T-----ACATA----AA-TA--AAA--A-TTC---AT-GACTTC-----A---ATTG-GATT--G---CTA-------TTT-TG-GAGT-TG--AAAA--TC-ATTC--T-T-TGG--GCAT-GT-TGAACCATT--T-TTTTA--------AA----AAAC----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--ATTCT-A-A-GAA--AA-AGCAC-TCA-ATACA-G-TATGA-AGAATTATGCATT---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATAT--AAAAA-T-C-AG-T-GAGTT-GT-TTATTTTTGCCTAA-----C-TAAAAATA--------TTTGTT-T---CAAAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GGTTAAT-A-GAA----AAA--T---C-TC--------A-CAAT-C-TGAA-----TAT-ACAA-TAAAAT-TTT-A------T-ATAT-TTTT-CAATA----TAATA---C---C--AATCAATGT---AATTTG-TCATAAAATGTTA-ATGTTTTTT-CA-----TGTTTCAAAAA-----AT-ACTTCAG---TTGT-GC-C-A-TG-GCA-ACCACAAATTTT-GCTAGTTT-ATGATACAGTGCTAACAGACA--GCAAG-TGC---GCTATCTATAA-CCC-G-AAACATT---ACATTG-G-GCC--GGGAAA-CA-CAGC-AA-ATAAACTAAT-TTTAATTGGTATA-AC--TTTTTTAATTACTTGATTAAAAACAA---ATATAT-----A-AA------------AA----AAT---------ATAACATTTAAATA-TG-CCTATTATGC-TACA----TGT-A-CT------AAAATTATGTAG---CTT----------AAGGATTG-GTTGCCATGGTAA-T-A----TTAA-----AATC-TCACCCATCT---TT---TATA---TAGGAGTCATAAATTT------CA--TAA--CAATCTTTAT-ATATA-TT-CTTAATT-TA-TA-ATAGATCATGGTAGTT---GGG-CAC-A-AT-ATTTTTTTTTTCACA-TAC-------AGAAGT---------ATTTTA-GTTGTCA-TT-GC-GGAACTG-T-TTT-CATTATTT-TT-ATGATAAAGCG----G-TAACAAATGAAC-TTGTCGGAA--CTCA-GGATTTTCTCTCCTCCGTTACAA-TGTTATTCAA----TGAA-TA-CAGTATGTAAAC--AGAGAAAATCTATGGGTTTCAGACA-ATGGC-T-ATTT--AT-T--ATGTG--CATG-CAT----TTGTA--TGTACATTTACCTTAAGTC-CATAAC-T--ATATTCCTTTATCATTCTACATCTTC-TAC-TTTTGTA---TTAAAAACT-AACCTCATGA-ATAGTGTATT-TTTTTTTATT-AACTTG-TGTCA
gi|6 : aATAA-GG---TGGAT----------AAGC-ACC---TC---AACG-AT-TTTGC--TG-ATAAT----TTG-G-CA-A--TAG---GTATT---GA------------------CAC-CCCTCTATACATAGA-AT--AGTGGT-ACCAAAAATT-GCATT--AAAGG---TATTCA-TTGCCAT--G-TTA-CAA-AAC-ACCCCT--GAAAATG-G-CTCCCCA-ATGC-TTTAAAATGCCTTAA--TTTTGCCCTTTTTTT---GAT-AAAAACA--CA-A----ATT-AA-AGTTACCTGTGACGC-AAA-T-TCTCT--ATT-G-TTCAGCTTAAA---C-T-AGGTTCAG-T------------A--T-AAC-AAA-------T-----AAA-CT---AA-TA--AA-C-A-TCT---A--GAC-TC--A-AA---ATTG-GATT--TATACTATTGT---TTC-TGAGAGT-TGA-AAAA--CCGAATG--T-T-C-GCAGCAT-TTCTG-ACTA----T-TTT-G--------AA----AAAA----T--C----CAA---TTTCT-A---G---GCCAAATTTA-C-A--CCGTC-A--TTTGCTA-A-A-A--AA-T-CAC-CAACAACCAGA-TATGA-AGAATTATGCA-T---AA-TTAATTATCA-TA----ACTTTTGAGA--TG----G---TG-AA--ATAT--AAAAAAT-CAAG-C--A--T-GTCATAATTTTG-CTAAA----C-TAAAAATAAAT-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTTGG--TTGCC-AT--GT-AAAT-ATGAA----AAA--T---C-TC---------CCTAT-CTTA-A-----TATAACAAGTCAAAC-TTC---------CAT-TATTTT-CA--A----TAATA--TCCTGC--AATCAATGT---AATATG-TCAT-AAATG-GACCTATTCTTT-CA-----TGTTTC---AA-----AT-ACTTCAG------T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAA--ATTTT-AGTATTTTAATG--ACAGTAGTAAACGATT-TACAAGTTGC---GCTATTGAT-A-CCC-CAAAACATTAA-ACATT--G----GGGAGAAA-AA-C--CTAA-CTAAAC--ATATTT-ACTGCTATA-A-CATTTTT--ATTACTTGCTTAAAAAACA---AAATAC-----ATGT------------AAAT--ATTCACCCAA-AAAA-----TAA--A-TGAATAAGAATCC----A----C-T-GCCT------A----T---TAG---CTT----------AAGAATTG-A-TGCCATGGTAA-T-AT---T--------AATCATCA--CATCTGCATG---TATA
gi|7 : AGCCAT-TCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAA---TTTAATATAGTGG---TGGAT----------AAAC-ATC--CTC---ACCA-AT-TTTGC--GG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGATTATT-T-GA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-AT--A-CGGT-ACCAAAAATT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGAAC-ATCC-T--GAAAATG-GCCCCCCAAGATGA-TTAAAAATGCTT-AA--TTTTGGCCCTTTTTTTAAAATTAAGAATA--CATA--AAATT-GA-TATTACTCGCGA-GC-AAA-T-TTCT----TT-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTCAG-C------------A--T-AAC-AAG-------T-----AAA-T----GA-TA--AAAC-A-CCC---AT-GGC-TC--A-AA---ATTT-GATT--GT--CTATTGC---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-GATG--T-T-T-G--GCAC-TT-TG-ATTA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---A---TCTAA-TTTA-T-G--ACGTT-A--TTTGC-A-ATA-A--AA-TTCAC-CCACATACAGG-TACGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----C--TT----A--TGTCAAA---TATAA--ATA---AAAAA-T-CAAG-C-GA--C-GTCTTA-TTTTG-CTAA-----C-TAAAAAGA--T-----CGTGTT-T---C-AAAT-TT------------T--GG-TAAT-ATGAG----AAA--T---C-TC--------A-CAAT-C-TGAA-----TAT-GCCAGTCAAAT-TTC-A------TTAT-T-TT-T-CAATA----TGATA--TC---CCTAATCAATGC---AATTTG-TCAT-GAATG-CA-ATTTTTCTT-AA-----TGTTTC-AAAA-----AT-ACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GAA-ACCAC--ATTTT-AGTATTTT-ATAATACAGTGGTAACATATA-TACAAG-TTT---GCTATTTGT-A-CCC-GAATACATTAAAACATT-------GGGGAAAATCA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ACT-GTATAAATC
gi|8 : TCA-AA--TTT-----CA--T-CTCCA------ATCATGTA-TT-CTTGATT-TAATGTATCA-----GGTAG-T---TTGGCGCAACATTA--TTTTCTTTCAAATTAT-------AGAAATTATAGAAATATTTTAAGTTGCCAGTAAGT-G--ACTGTTATT--CAGTA-TT-TTCATGATAAATTGTATTGGTAACAA--GAAC-TAGTCGG-AAACCCACGGATTTTCT---CTCCGTTAGACCTG-TATTCAAT----GAA-TG-CAGTGTGT-AATAGAGAGAAAGCCTATGGGTTCA-GACA-ATGGCCTTATATAC-T-T--A---A--CATT---TT---TTA-------ACATTT-CC-TAA-TC-T----C-T-A------CTTTA--A---------TTA-AAA-TATTGTAAATTTAAAAACTCAACCTAATGACAT-GCGTATT-TTT--CTATTATACTGTATATCATTCTAT--TTTTCT-TTTCTATTCATTATCTATACGC-TC-AC-AGG-GATGGATGCGGG-GA-CATGC-TAAATT-------ATGAAAA---AACT-A-CGGATAATTAAAGC-C-----GAATATTCAA-TTTTTGTGGTGCGAGA----ATAATTTAACGG-TAGCATGCC--GATATTTTTCC-AAAGCAA-T-GCA-----TTCATGCACAAAC-ATTAtt
gi|9 : AATT-A--TGTTACTCG-GA-GT---T-T-TCTTTTCCTT-G-TT---TTTAAAA-A--T-AGTTTTAG-CCTCACAAAGATAA--T-AAT-AA--------T-----AAA-A----AA-TAATAAAT-A-------AT-GACATC--ATAACTTACTGTGGCT--AC--C-AATGT---TTC--G-GAGT-TGACAAAA--TC-AATT--TAT-C-G--GAAT-TT-TG-ACCA----T-TGTTG--------AAAATCAAAA----CAGA----CAAT--TTT-T-A---A---GC-----TTA-T-G--AAATC-A--ATTAC-ACG-G-AATAA-TGCGC-CGAAATGCAAG-TATGA-AGAATTATGTA-G---GAGTTAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CGTCGCAAACCACGGTTTTGAGTCCACATACGTTGTGATGATGGAGAGGATCGATAAGAAGCACCCGTGGGTTACCGACA
Unaligned ( gi|23 ): GTGTTTCTTTGAGCAGAATATCAAACACACACACGAAAATTTTACCAAATCATAATCCCT
Unaligned ( gi|27 ): AGTGATGGCGTGTTTTGTGATTTATTCCCAGGGGAAG
Unaligned ( gi|28 ): AAGTAATTTCTGTACATTTGCGTCATAACAAAT
Alignments
lowQualScore : 1 1111 111 2222222222 111 222 1111 111 111 444444444444444444 111 1111 111 1111 11 111 111111111 2222222222 1 111111 1111 22222222 111 111 11 2222222 11 11111 22222222 11 1 1111 2222222222 1 1111111 1 111111 11 2222222222 11 11111 11111 11111 111111 1 2222 4444444 111111111 22222 11 111 444444444444444444444444444444444 2222222222 666666666666666666666666666666666666 111 3333333333 2222222222222 1 1 4444444444 44444444444444444 111111 11 1 11 222 1 111111 11111 222222222222 222222222 11 111 1111111 111 1111 111 2222 11 222 444444444444444444444444444 111 1 111 3333333333333 11 3333 111 222222222222 11 1 1 444444444 11 22222 1 1 11 1 11 1111 1 3333333 111 11 33333333333 33333333333 11 1 1 111 2222 1 1
lowQualScore : 7 888 6 6 6 2222 5 111 9999999999 6 000 333 6 6 99 888 4444 6 6 000 3 1 222 999999999999999999 6 6 111 6 5555 6 0 6 99 000 1111 33 5 5 11 5 9999 6 2 6 5 6 6 99 4 111 99999999 5 5 5 5 55 5 888 4 4 777 4 55 4 4 4 666666666 8888 55 8888 777 3333333333 4 55 4 8888888 4 2 7777 777 4 888888 3 666 3 3 3 3 55 44 88 3 999999 3 3 3 2 2222 3 22222222 7777 888888888888 000 3 3 666 111 4 4 4 55 4 66 0 8 4 4 4 22 4 3 4 0 4 4 0 4 777 66 4 9999 9999 66 0000000 4 66 00 8 4 4 66 4 66 3 8 5 77777 5 66666666 5 888 5 5 4 66 5 11 0 5 0000 999999 5 5555555555 5 0 9999999 0 222 5 5 55 444444 66 5 88 5 9999 0000000000 00 00000 4 4 99 66 5 5 44444 5 0 44444 555555 5 5 5 1 5 0 5 888 5 0 5 0 5 0 999 5 888 5 5 5 5 5 2222 1111111 666666666 5 5 5 3 22222 11 1 444 0 000000000000000000000000000000000 3 6 8888888888 6 1 3 888888888888888888888888888888888888 000 0000000000 5 5 5 4444444444444 1 1 8888888888 2 99 6 33333333333333333 777777 5 5 5 5 5 77 55 0 2 5 44 000 5 1 77 666666 77 33333 555555555555 5 222222222 33 1 555 5 5 77 666 5 5 5 5 8888888 5 5 000 77 2222 5 1 0 222 1 4 0 4 777 1 4 4 3333 4 4 0 4 2 00 66 5 666 000000000000000000000000000 8 111 66 5 1 3 8 0 8 555 5 8888888888888 44 999 7777 333 8 4 000000000000 00 0 88 44 6 2 000000000 66 33 44444 0 0 00 0 33 0000 0 4444444 444 8 8 11 1 77777777777 8 8 88888888888 8 2 33 0 0 777 0 6666 0 0
lowQualScore : . ... . . . .... . ... .......... . ... ... . . .. ... .... . . ... . . ... .................. . . ... . .... . . . .. ... .... .. . . .. . .... . . . . . . .. . ... ........ . . . . .. . ... . . ... . .. . . . ......... .... .. .... ... .......... . .. . ....... . . .... ... . ...... . ... . . . . .. .. .. . ...... . . . . .... . ........ .... ............ ... . . ... ... . . . .. . .. . . . . . .. . . . . . . . . ... .. . .... .... .. ....... . .. .. . . . .. . .. . . . ..... . ........ . ... . . . .. . .. . . .... ...... . .......... . . ....... . ... . . .. ...... .. . .. . .... .......... .. ..... . . .. .. . . ..... . . ..... ...... . . . . . . . ... . . . . . . ... . ... . . . . . .... ....... ......... . . . . ..... .. . ... . ................................. . . .......... . . . .................................... ... .......... . . . ............. . . .......... . .. . ................. ...... . . . . . .. .. . . . .. ... . . .. ...... .. ..... ............ . ......... .. . ... . . .. ... . . . . ....... . . ... .. .... . . . ... . . . . ... . . . .... . . . . . .. .. . ... ........................... . ... .. . . . . . . ... . ............. .. ... .... ... . . ............ .. . .. .. . . ......... .. .. ..... . . .. . .. .... . ....... ... . . .. . ........... . . ........... . . .. . . ... . .... . .
lowQualScore : 7 222 7 7 7 7777 7 777 2222222222 7 222 333 7 7 22 777 2222 7 7 888 5 0 555 222222222222222222 7 7 777 7 0000 7 7 7 22 000 6666 66 7 0 66 7 3333 7 5 7 7 7 7 22 2 777 55555555 0 0 0 0 88 0 777 0 0 333 0 66 0 0 0 000000000 0000 55 5555 000 5555555555 0 55 0 0000000 0 0 8888 000 0 000000 3 444 6 6 6 6 00 99 66 6 888888 6 6 6 6 7777 6 33333333 7777 999999999999 000 6 6 444 000 0 0 0 55 4 11 1 9 4 4 4 22 4 9 4 1 4 4 1 4 888 11 4 4444 4444 11 1111111 4 11 66 9 4 4 11 4 11 9 9 0 55555 0 44444444 0 888 0 0 2 99 0 99 0 0 6666 666666 0 9999999999 0 0 6666666 0 888 0 0 22 444444 00 0 55 0 4444 0000000000 66 33333 4 4 33 44 3 7 33333 7 3 33333 999999 7 7 7 4 7 7 7 222 0 2 0 1 9 2 555 0 888 0 0 0 0 0 7777 7777777 666666666 7 7 7 0 88888 22 7 000 8 888888888888888888888888888888888 5 7 7777777777 7 0 7 333333333333333333333333333333333333 000 7777777777 7 7 7 6666666666666 4 4 6666666666 2 22 7 00000000000000000 999999 7 7 7 7 7 99 77 1 1 7 44 777 7 4 99 444444 99 11111 333333333333 7 999999999 66 7 777 7 7 99 111 7 4 7 7 6666666 7 7 000 99 7777 7 4 7 666 9 4 1 4 888 9 4 4 2222 4 4 1 4 7 33 44 7 666 444444444444444444444444444 2 888 44 6 4 2 0 8 0 666 0 8888888888888 00 888 2222 666 0 0 666666666666 22 6 88 66 4 8 000000000 55 88 88888 0 0 22 0 22 8888 0 0000000 000 0 0 00 0 00000000000 0 0 66666666666 0 5 88 0 0 000 2 2222 0 0
consensus : AGAGCCATCTCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAN---TTTAATATAG-GG---TGGAT----------AAGC-ACC--CTC---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGANTATT-T-GA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-AT--A-TGGT-ACCGAAAATT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGAAC-ACCC-T--GAAAATG-GCTCCC-AAGATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCTTTTTTT---GATTAAGAATA--CA-A--AAATT-AA-TGTTACTCGTGA-GC-AAA-T-TCTTT--ATT-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTC-AG-C---------A--T-AACA--A----ATA---AA--------N-AA-TA--AAAC-A-TCC---AT-GAC-TC--A-AA---ATTG-GATT--GC--CTATTGT---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-C-G--GCAT-TT-TG-ACCA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AA-TGCAC-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATAT--AAAAA-T-CAAGC-GA--T-G--TCTTA-TTTTG-CTAA-----C-TAAAAATA--T-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GG-TAAT-ATGAA----AAA--T---C-TC--------ACCAAT-C-TG-A-----TAT-ACAAGTCAAA-T-TTC-A------T-TAT-TTTCT-CAATA----TAATA--TC---C--AATCA--ATG-T---AATTTG-TCAT-AAATG-TA-CTGTTCTTT-CA-----TGTTTC-AAAA-----ATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAC--ATTTT-GGTATTTT-ATGATACAGTGNTAACAGATA-TACAAG-TGC---GCTATTTAT-A-C-CC-GAAAA-CATT-AAACATT--GGCCGGGGGAAA-CA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ACTGGTATACATCATTTTTTNATTACTTGCTTAAAAAACA---ATATAT-----A---AA------------AAAT------AATAA-AATAA-A-T---TAAACA-TGCCCTATTATGC-TA-A----C-T-ACCT------AAAATTATGTAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCATGGTAA-T-AT---TTAA-----AATC-TCA-CCATCTG-AT----TATATATAGGAGTC--AAA-TT------C-------A--TCTC-A-ATCATGTA-TT-CTTGATT-TA-T-GT--ATC--ATGGTAGTTT-G-CGCA-A-A-T-A--TTTT------CT--TTCA----NATTA----C-------AGA-AGT---------ATTTTA--GTTGCCA---TA-GC-G--AC-T-G-TATTT-CAGTA-T-------T-TC-ATGAT---AAA--GC---GG-TAACAAATGAAC-TAGTCGGAA-CCCACGG-GTTTTCT---CTCCGTTACA-CTG-TATTCAAT---TGAA-TG-CAGTATGT-AACGGAGAGAAAACCTATGGGTTCC-GACG-ATGG-CTTATTTACAT-T--ATACA--CGTT-TATC---TTGTA--TGTACATTTACCGTAAGTC-CATAAC-T-AATATTCCTTTATCA---------TTC-TAC-TTTTGTA----TTAAANACT-AACCTCATGACAT-GCGTATT-TTTTTCTATT-CACTTGATATCAATTNATCACTTTCTNTTTC---------GATTC--TATT--CGCGC-TC-AC-GGG-GATGG-TGCGGGAGA-CAAGC-TAAATT-------ATGAAAA---AATT-A-CGG--AATNA---N-T-----GAATATTCAA-TTCTTGCGGTGC-AGA----A-----TAACGG-TAGTATGGC--GATATTTTT-C-AAAGCAA-T-GCAA--TTTTCAT-CACAAAC-ATTA
Reference ( family-305 ) : AGAGCCATCTCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAN---TTTAATATAG-GG---TGGAT----------AAGC-ACC--CTC---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGANTATT-T-GA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-AT--A-TGGT-ACCGAAAATT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGAAC-ACCC-T--GAAAATG-GCTCCC-AAGATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCTTTTTTT---GATTAAGAATA--CA-A--AAATT-AA-TGTTACTCGTGA-GC-AAA-T-TCTTT--ATT-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTC-AG-C---------A--T-AACA--A----ATA---AA--------N-AA-TA--AAAC-A-TCC---AT-GAC-TC--A-AA---ATTG-GATT--GC--CTATTGT---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-C-G--GCAT-TT-TG-ACCA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AA-TGCAC-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATAT--AAAAA-T-CAAGC-GA--T-G--TCTTA-TTTTG-CTAA-----C-TAAAAATA--T-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GG-TAAT-ATGAA----AAA--T---C-TC--------ACCAAT-C-TG-A-----TAT-ACAAGTCAAA-T-TTC-A------T-NAT-TTTCT-CAATA----TAATA--TC---C--AATCA--ATG-T---AATTTG-TCAT-AAATG-TA-CTGTTCTTT-CA-----TGTTTC-AAAA-----ATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAC--ATTTT-GGTATTTT-ATGATACAGTGNTAACAGATA-TACAAG-TGC---GCTATTTAT-A-C-CC-GAAAA-CATT-AAACATT--GGCCGGGGGAAA-CA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ACTGGTATACATCATTTTTTNATTACTTGCTTAAAAAACA---ATATAT-----A---AA------------AAAT------AATAA-AATAA-A-T---TAAACA-TGCCCTATTATGC-TA-A----C-T-ACCT------AAAATTATGTAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCATGGTAA-T-AT---TTAA-----AATC-TCA-CCATCTG-AT----TATATGTAGGAGTC--AAA-TT------C-------A--TCTC-A-AT-ATGTA-TT-CTTGATT-TA-T-GT--ATC--ATGGTAGTNT-G-CGCA-A-A-T-A--TTTT------CT--TTCA----NATTA----C-------AGA-AGT---------ATTTTA--GTTGCCA---TA-GC-G--AC-T-G-TATTT-CAGTA-T-------T-TT-ATGAT---AAA--GC---GG-TAACAAATGAAC-TAGTCGGAA-CCCACGG-GTTTTCT---CTCCGTTACA-CTG-TATTCAAT---TGAA-TG-CAGTATGT-AACGGAGAGAAAACCCGTGGGTTCC-GACG-ATGG-CTTATTTACAT-T--ATACA--CGTT-TATC---TTGTA--TGTACATTTACCGTAAGTC-CATAAC-T-AATATTCCTTTNTCA---------TTC-TAC-TTTTGTA-G--TTAANNACT-AACCTCATGACAT-GCGTATT-TTTTTCTATT-TACTTGATATCAATTGATCACTTTCTGTTTC---------GATTC--TATT--CGCGC-TC-AC-GGG-GATGG-TGCGGGAGA-CAAGC-TAAATT-------ATGAAAA---AATT-A-CGG--AATNA---N-T-----GAATATTCAA-TTCTTGCGGTGC-AGA----A-----TAACGG-TAGTATGGC--GATATTTTT-C-AAAGCAA-T-GCAA--TTTTCAT-CACAAAC-ATTA
gi|1 : AGAGCTATCTCT-C-GT-AAG-CATC-AAAATT---TTTAATATAG-GGCTCTGGAT----------AAGC-ACC--CTC---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGATTATT-T-GA------------------CACACC-TCT---CATAGA-A---A-TGGT-ACCGACA-TT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGA-C-ACCC-T--GAAAATGTGCTCCC-AAGATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCCTTTTTT---GATTAAGAATA--CA-A--CAATT-AA-TGTTACTCATGA-GC-AAAAT-TCTTT--ATT-G-TT-ACCTTAAAG-AC-T-ATGTTC-AG-C---------A--T-AACA--A-----TA---AA--------G-AA-TA--AAAC-ACTTC---AT-GAC-TT--A-AA---ATTG-GATTC-GC--CTAT-GT---TTCATG-GAGT-TGA-AAAA--CA-AGTG--T-T-T-G--GCAT-TT-TG-ACCA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AA-CGCAC-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CATTA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--A-AT--AAAAA-T-CAAGT-GA--T-G--TGTTA-TTTTC-CTAA-----C-TAAAAATA--T-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GG-TAAT-ATGAA----AAA--T---C-TC--------ACCAAT-C-TG-A-----TAT-ACAAGTAAAA-T-TTC-A------T-CAT-TTTCT-CAATA----TAATA--CC---C--AATCA--A-G-TAGAAATTTG-TCAT-AAATG-TA-CTGTTTTTT-CA-----TGTTTC-AAAA-----ATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAC--ATTTT-GCTAATTT-ATGATACAGTGCTAACAGACA-TACAAG-TGC---GCTATATAT-A-C-CCTGAAAA-CATT---ACATCG-GGCTGGGGGAAA-CATC--C-AATATAAACTAAT-TTT-ATTAGTATACATCATTTTTTCATTATCTTCTTAAAGAACA---ATATAT-----A---AA------------AAAT------AATAATAATAATATT---TAAACA-TGCCCTATCATGC-TACA----C-TGACCT------AAGAATATGTAG----TT----------AAGAAATG-GTTGTCATGGTAA-T-AT---TTAA-----AATC-TCA-CCATCTGAATTAGATACATGTAGGAGTC--AAA-TT------C-------A--T----A-AT-ATATA-TTGCTTAATTGTA-T-GT--ATCGTACGGTAGTGT-G-CACA-A-A-T-A--TTTT------CT--TTCA----CATTA----C-------AGA-AGT---------ATTTTA--GTTG-TA---TA-GC-G--AC-T-GATATTT-CAGTA-T-------T-TT-ATGAT---AAA--GT---GGTTAACAAAT-AAC--AGTCGG-A-CCTACGG-GTTTTCT---CTCCGTTACA-CTG-TATTCAAT---TGAA-TGCCAGTATGT-AACAGATAGAAGAATCTTGGGTTCA-GACATATGG-TTTATTTACAT-T--ATATA--TATT-GATT---TTGTA--TGTACA-TTACCATAAGTC-CATAAC-T-AATATTCCGTTTTCG---------TTCTTACGTTTTGTATG--TTAATTGCT-ATACTCATGACAA-GTG-ATTGTTTTTCTATT-TACTTGATATCAATTGATCACTTTCTGTTTC---------GATTC--TATT--CGTGC-TC-ACGGGG-GATGG-TGCGCGAGA-CAAGCTTAAATTTGAAAGAAAGAAAA---AATT-A-CGG--AATCA---G-T-----GAATATTCTA-TTCTTGCGGTGC-AG-----A-----TAACGG-TAGTATGGC--GATATTTTT-CAAAAATAATT-GGAA--TTTTTAT-CACAAACGATTA
gi|10 : ATA----TAATA--TC---CCTAATTG--ATG-T---AGTTTG-TCAT-GCATG-TA-ATGTTTTTTTCA-----TGTTTC-AGAA-----ATATTACAG---T--T-GC-C-G-TG-ACA-ACCAC--ACTTT-AGAATTTA-AAGATAAAGTATTAACTGATT-TACTAG-TAC---GCTATTTAT-A-C-CC-GGAAA-CATT-AA--ATT--A--CTGGGGAAA---------AA-ATAAATTAAC-TTT-GCTTGTGTAC--CATTTTCATATTACTTGCTCAAt
gi|11 : AGCCATTTCT-CTGT-AAG-CATC-ACAAATACTTTTAATATAA-GG---GGGATTGGACTTAAAAGGCGACCGCTTCGTAACCGGATATTTGCGTCGCA-AATGATTTTGTG-CATACGTACTGTGTATT-TTGA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-ATTAA-TGGT-ATCAAAAATT-GCATTAGTGAGG---TAC-CGTTTGCCAT--GTGT-ACAAAGAC-
gi|12 : tCTC-C-ATCATACA-TT-CTTAATT-TA-T-GT--ATC--ATGGCAGTTT-GGCACA-ATA-TTA--TTTT------CT--TTCA----AATTA----C-------AGA-AAT---------ATTTTA--GTTGCCA---TA-GC-G--AC-T-G-TATTT-CAGTA-T-------T-TC-ATGAT---AAA--GT---GG-TTACAAATGAAC-TAGTAAGAA--CCACGA-GTTTTCT---CTCCGCTACA-CTG-TATTCAA----TGAA-TG-CAGTATGT-AACAGc
gi|13 : ---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-TAT-A--GCAT-TT-TG-ACAA----T-TTAAA--------AA----AAAAAACCC--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AAATGCAT-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--AA-TA----CCTTT----A--TGT---T---TA-AA--TTATA-AAAAA-T-CAAGT-GA--T-G--TGTTA-T
gi|14 : --AAACT-AA-TTTTATTGCTAA-AC-AAT-G-TCTTT---TT-G-TT-CGCTTAAAT-AT-T-AGATCT-AG-C---------A--T-AACA--A----ATACCTAATAAGGCATC-AA-TA--AAGC-A-TCA---AT-AAA-TC--A-AA---GCGA-GATT--AC--CTTTGGT---TTC-TG-GAGT-C---------TC---TG--C-T-T-GT-GCAT-CC-TG-ACC-------TTTTGGGGGAAAAAG----AAAA----A--T----CAA---TTT-T-A---
gi|15 : TTAATT--CA--A----CCTTT----A--TGT---GG--TG-AA--ATGT--AAAAAAT-CATTTTGA--T-G--TCATA-TTT-A-CTAA-----C-TAA---------------TGCT-G---C-AAAT-TTTGT--CTGTC-ATAAGA-TGAT-ATGAA----AAA--T---CTTC--------AGAAAT-C-TG-A------AT-ATA--TCAAT-C-TTCAA------T-AA---TACTACAATA----TGATAT-TC---C--TATCA--GTG-T---GCTTAG-TCAT-CAAa
gi|16 : acaATTATTCATTTTCTATTTC---------GAT-C--TATT--CACGCCTCTAC-GGGAGGTGG--GCGGGAAAACAAGC-TAAATTA------ATGAAAA---AATT-A-CGG--AATAA---C-T-----GAATATT-AA-TTCTTGCGGTGC-AGA----A-----TAACGG-TAGTATGGCCGAATATTTAT-C-AAAATAA-TGGTAATTTTTTTAT-CAGAAAC-AT
gi|17 : TTT--ATT-GGTT-A-CGTAGAG-A--T-AGGTCCCAA-C---------A-------A--A----ATA---GA--------T-GA-TG--AAAT-A-TTTTTTAT-AAAATC--A-AG---ATTG-AGTTACGC--GTATTGT---TTC-TG--ACT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-T-G--GCG--TT-TG-AATA----T-GTTTGGAAAA---AA----GAAA----C--T----CAA---------A---G-----CAT-TTTA-T-G--ACat
gi|18 : ctggAT-----A---AA------------TAATTA----AATAA-AAAAA-A-T-----AACA-TGCTTTATTATGC-TA-A----C-T-A----------AAATTGCGTAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCATGGTAA-T-A----TTAA-----ACTC-TCA-CCATCTGTATA---TACATGTAAGaag
gi|19 : aaaaacaaaaaacaagcaaacacccccccccccccaGTCGGAA-CCCACGG-GTTTTCT---CTCCGTTATA-CTG-C-----GT---TGAA-TG-CAGTA--T-AACGGAGAGAAAACCCGTGTGTTCC-GACG-ATAG---TATTT---T-TTGATACA--TGCTGTATCAAATTACA--TGTAC-----CCGTAAATT-CATA
gi|2 : tcAGAGCCAT-TCTGCTGTTAAG-CATCCAAAAAA---TTTAATATAG-GC---TGGAT----------AAGC-ACC--CTT---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----T---G-CATG--TAGAGATTATT-T-GGGGGAAAAAAAAACCCCCCCAC-CC-TCT---TCTAGA-AT--A-TAGTTACCGAAAATTTGCATT--TGAGG---TAC--G-TTGCCATA-G-GTA-CAAGAAC-ACCC-T--GAAAATG-GCTC---AAGATGCGTTAAAAATGCGT-AACATTTTGGCCTTTTTTT---GAGTAAGAATA--CA-C--AAATT-AAATGTTACTCGTGA-GC-AAA-T-TCTAT--ATTTG-TT-ACCTTAAAGGAC-TGATGTTC-AG-C---------A--T-AACA--A----ATA---CA--------T-AACTA--AAAC-A-TTC---ATTGAC-TT--C-AA---ATTG-GATT--GC--CTATATT---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-T-T--GGAT-TT--G-ACAA----TCTTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-TTA---GA--GCCAA-ATTAAT-GGGACGTCCA--TTTGC-A-A-G-A--AA-TG-ACACCACATACAGG-TATGA-AAAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATATAAAAAAA-T-CAAGT-GA--TGG--TGTTA--TTTG-CTAA-----CTTAAAAATAGTT-----TTCGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-ATC-AG-TAAT-ATGAA----AAAACT---C-TC--------ACAATT-C-TG-AATTATTAT-ACACTTAAAA-T-TTT-A------T-TAT-TTT-T-CAATA----TAATACGCC---T--AATCATTTTGCT---AGTTTA-TGAT-Agt
gi|2 : C--ATTTT-GCTAGTTT-ATGATACCGTGCTAACAGA-A-TG-AAG-TGCCGCGCTATATAT-A-C-C--GAACA-CTTT-A--CATTTGGGCCGGGAAACA-CA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ATTGGTATACATTTTTTTTAAATTAC-TGATTAAAGAACA---AT-TATTATTAA---AA------------AAAT------AATAA-CAT-----T---TAAACATTGCCCTATTATGCATA-ATAGGT-T-ACCTAAAAAAAAAATTATGTAAGGTCTTAAAAAGGGAAAAAAATTG-GTGGCCATGGTAA-TCAT---T--A-----AATC--CACCCATCTG---------TATATAGGAGTC--AAA-TTTCATAAC-------A--TCTT---AT-ATATATTT-CTTAATC-TA-T-GT--ATC--ATGGTAGT-T-G--GCA-C-A-T-A--TTTT------CT--TTCA----CATTA----C-------AGA-AGT---------ATTTTA--GTTGTCA---TA-GCGG--AC-TGG-TATTTCCAGTA-T-------TCTT-ACGAT---AAA--GC---AG--GACAAATGAACTTTGTCGGAA-CTCACGG-ATTTTCT---CTCCGTTACA-CT--TATTCAATTGGTGAATTG-CA--ATGT-GATGGccgtgctaacagaatgaagtgccgcgctatatataccgaacactttacatttgggccgggaaacacaccaaataaactaattttattggtatacattttttttaaattactgattaaagaacaattattattaaaaaaataataacatttaaacattgccctattatgcataataggttacctaaaaaaaaaattatgtaaggtcttaaaaagggaaaaaaattggtggccatggtaatcattaaatccacccatctgtatataggagtcaaatttcataacatcttatatatatttcttaatctatgtatcatggtagttggcacatattttctttcacattacagaagtattttagttgtcatagcggactggtatttccagtattcttacgataaagcaggacaaatgaactttgtcggaactcacggattttctctccgttacacttattcaattggtgaattgcaatgtgatggtaatgaaccgcatgaactctatataaattgctatgtggattcgacaattgggctttatattgtatatgtgattagtgcaatttgagtactgctcactaactttttatcgcttttgatacagtgtacccatacatttaatattgtccattgatctctaactttctttatctcggtgacttttgttatgttattgaaaaccctatccttacgatgacaagtgtaatttttgcctttcttttctctgtgt
gi|20 : agagccattctgctgttaagcatccaaaaaatttaatataggctggataagcacccttaccgattttgctgaaattgcatgtagagattatttgggggaaaaaaaaacccccccaccctcttctagaatatagttaccgaaaatttgcatttgaggtacgttgccataggtacaagaacaccctgaaaatggctcaagatgcgttaaaaatgcgtaacattttggcctttttttgagtaagaatacacaaattaaatgttactcgtgagcaaattctatatttgttaccttaaaggactgatgttcagcataacaaatacataactaaaacattcattgacttcaaattggattgcctatattttctggagttgaaaaatcaatgttttggatttgacaatcttttgaaaaaactcaatttttagagccaaattaatgggacgtccatttgcaagaaatgacaccacatacaggtatgaaaaattatgcataagttaattcatacctttatgtgtaaaatataaaaaaatcaagtgatggtgttatttgctaacttaaaaatagttttcgtttcaaaattcggttgccatcagtaatatgaaaaaactctcacaattctgaattattatacacttaaaattttattatttttcaatataatacgcctaatGTCGGAA-CCCAGGG-GTTTTCT---CTCTGT-ATA-CTG-CATT---------GA-TG-CAGTAT---AACGGAGAGAAACCCAATGGGCTCC-GACG-ATGtaatgaaccgcatgaactctatataaattgctatgtggattcgacaattgggctttatattgtatatgtgattagtgcaatttgagtactgctcactaactttttatcgcttttgatacagtgtacccatacatttaatattgtccattgatctctaactttctttatctcggtgacttttgttatgttattgaaaaccctatccttacgatgacaagtgtaatttttgcctttcttttctctgtgt
gi|22 : tT-------ATGAAAATTTAATTTA-CAG--AATTA---GCT-----GAATATTCAA-TTCTTGCGGTGC-AG-----A-----TAACGG-TAtgcatgccaaaattatt
gi|24 : GG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACGAG--C-ACCC-T--GAAAATG-GCTCCC-AAGATGC-tgctgc
gi|25 : TGTAT-AACGGAGAGAAAAAC-GTGGGTCCC-GACG-ATGat
gi|26 : AGAGCCAT-TCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAT---TTTACTATAG-gcgta
gi|3 : aAGCCATCTCT----T-AAGGCATC-ATAAAA---ATTAATA-AA-GG---TGGAT----------AAGC-ACC--CTTTCTACCG-AT-T--GC--TG-T-A-T----ATG-GTCAT------TGAGTATGAT-AA------------------TGC-AC-CCT---CATAGAGAT----TGGT-ACCAAAAATT-GCA-T--TGAGGTGATAC----TTG-CATGCG-GTAACAAGAACTACTC-CGGGGAAATC-GTCCGC-AAGATGT-TGGAAAATGC-T-AA--ATTTGGCC---TTTT---GATT-ATAATAATTA-ATCAAATTAAA-TTTTA--TGTGA-GCAAAA-TGTCGTG--ATT-G--T-AGCTTAAAG-ACTT-AGG-TC-AGTT---------ATTT-AGCA--ATCTCAAA---AA--------T-AA--A--AAACGA-TCG---AT-GAC-TCAAA-AA---ATCG-GAT-------ATATTCTATGTTC-TC-GAGTATGA-AAAAAGTC--ATGATT-T-C-G--ACATGTC-TG-ACGAAGTTT-TTTTG--------AA----AAAC----C--TTTCACAAAACTCT-T-ATATGTGTGTTAG-CTTT-T-G--A--TT-AGGCTT-C-A-A-G-AAGAA-T-TAC-CT-C-----GA-TATGATATAATT-TATA-TCCGGAGTTAA-T--CA-TAAAACTCACT----AATTGT---GTTTTA-AAATATAT--AAAAA-TACA--C-GA--T-GATTCTTG-TCTTT-C--ATCGGTC-TACAGATA--TAATTATTTTTT-TACAC-AAAAGTTTAGTTTTGCCTAT--GGATAAT-ATATATCGTAAA--TTCGC-TCCTCTTGATAGCAATACATG-------TATCACAAGTCATA-TCTTC-AAAATTGT-AATCTCTCT-CTATATTCTTAGTG--TC---T--AATCG--AGG--------------AT-AAATA--A-CTATTCATT-CGCCGCCTCTCTC-ATACTGTGTGTAATTCAGCTTT--T-GCGC-ATTGTGCATCCCGT--ATTTTAGGTATCTT-GTCA-ACAGTG-TAACAGAT--TACAAG-TGC---GCC-TTTAT-AGCACC-AAAAATCAT
gi|3 : aatG---CTTC---------GGGAATTGTGTT-CCAT--TAAGT-ATAGCTTAATAAAGAATTGTCA-CCATCTG-AT----GA----TAGAAGTA--AGA-TT------T-------ACTTCTC-ATAC-ATGTA-TT-CTTGA-T-TA-T-GT--ATTCAATGGTAGTAT-G-CGCG-C-A-T-A--ATCTATGAGACTACTTTATTGCTATTAATTTC-------ATATCAT---------ATTTTAAGGATGCTACGTTT-GC-G--ACTT-G-TTTAT-CAGTA-TTCCTCGCT-TC-ATGATTCCATA--GA---AG-TAAC------GC----TCGA-----CACGGAGCTTTCT---ATCC-TTA----TG-TA-TCAAT-----GA-TG-CAGatagcgctgaagcaaaccgtgaactgagagtctagttacttgttctactcgtgagatatatttcatgctgtcgcttaaagtcacgagaacaatttgtcctcctccctcaccccacatctcactgcttcgggaattgtgttccattaagtatagcttaataaagaattgtcaccatctgatgatagaagtaagatttacttctcatacatgtattcttgattatgtattcaatggtagtatgcgcgcataatctatgagactactttattgctattaatttcatatcatattttaaggatgctacgtttgcgacttgtttatcagtattcctcgcttcatgattccatagaagtaacgctcgacacggagctttctatccttatgtatcaatgatgcag
gi|4 : aatagccatctcttaaggcatcataaaaattaataaaggtggataagcaccctttctaccgattgctgtatatggtcattgagtatgataatgcaccctcatagagattggtaccaaaaattgcattgaggtgatacttgcatgcggtaacaagaactactccggggaaatcgtccgcaagatgttggaaaatgctaaatttggccttttgattataataattaatcaaattaaattttatgtgagcaaaatgtcgtgattgtagcttaaagacttaggtcagttatttagcaatctcaaaaataaaaaacgatcgatgactcaaaaaatcggatatattctatgttctcgagtatgaaaaaagtcatgatttcgacatgtctgacgaagtttttttgaaaaacctttcacaaaactcttatatgtgtgttagcttttgattaggcttcaagaagaattacctcgatatgatataatttatatccggagttaatcataaaactcactaattgtgttttaaaatatataaaaatacacgatgattcttgtctttcatcggtctacagatataattatttttttacacaaaagtttagttttgcctatggataatatatatcgtaaattcgctcctcttgatagcaatacatgtatcacaagtcatatcttcaaaattgtaatctctctctatattcttagtgtctaatcgaggataaataactattcattcgccgcctctctcatactgtgtgtaattcagcttttgcgcattgtgcatcccgtattttaggtatcttgtcaacagtgtaacagattacaagtgcgcctttatagcaccaaaaatcatatagcgctgaagcaaaccgtgaactgagagtctagttacttgttctactcgtgagatatatttcatgctgtcgcttaaagtcacgagaacaatttgtcctcctccctcaccccacatctcactTCT--ATT-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTC-AG-T---------A--A-AACA--A----ATA---GA--------T-AA-TA--AAAC-A-TCC---AT-GAC-TC--A-AA---ATTG-GATT--AT--CTATTGT---TTC-TG-GAGT-TAA-AAAA--CC-AATAT-T-T-C-G--GTAT-TT-TG-ACTA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-CGG--ACGTC-A--TTTGCAA-A-A-A--AA-TGCA--CAACATACAGATTATGA-A-AATTAT-CA-T----AGTTAATT--CA-TA----ACTTT----A--TGT-------TG-AA--ATAT--AAAAA-T-CAAGC-GA--T-G--TCATA-TTTTG-CTAA-----C-T-AAAATA--T-----TTTGTTGT---C--AAA-TTTGG--TTGCC-AT--GG-TAATGATGAA----AA-------T-TC--------GCTATC-T-TA-A-----TAT-AC-AGTCAAA-T-TT--A------T-TAT-TTT-T-TAATA----TAATA--TCCG-C--AATCAT-GTG-T---AA--TGATGAT-ATATG-TA-CT-TTCTTT-CA-----TG-TTC-AAAA-----TAACTTC-G---T--TAGC-CTACTG-G-A-ACCA---ATTTT-CGTATTTT-ATGATA-AGTAGTAA---ATATTTCAAG-TGC---GCTATTTAT-A-C-CC-AAAGA-CATTAAAACGTT--G---GGGAGAAA-AA-C--CTAA-CTAAACTAAT-TTT-ACTGCTATACA-----TTTTTATTACTTGCTTAAAAAACAAATACATGT-----A---AATATTCGCCCAATAAAT------AAATA-AATAA-A-T-----AACA-TGTCTTAT-------------------------------------TAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCATGGTAA-T-A----TTAA-----AATC-TTA-CCATCTG-------TATGTATACGAGTC--AAATTT------C-------A--TCTC-A-ATCATGTA-TT-CTTGATT-TA-T-GT--ATC--ATGGTAGTTTGG-TGCA-ATATT-A--TTTT------CT--TTCA----AATTA----TAGAAATAAGA-AAT---------ATTTTA--GTTGCCA---TA-GT-G--AC-A-G-TATTT-CAGTA-T-------T-TC-ATGAT---AAA--GT---GG-TAACACATGAAC-TAGTTGGAA-CCCATGG-ATTTTCT---CTCCGTTACA-CTG-TCTTCAA----TGAA-TG-CAGTGTGT-AACAGAGAGAAAACCTATGGGTTCA-GACA-AAGG-C-TATTTACATGT--A-ACATTCCTT-TATC---TTCTACTTTTGCATTTAAAACTAGCCTCATGACATGGGTATT--TTTTCTA---------TTC--AC---TTGTA----TTATTT-------TTCAT---------TTCT-TTTTCTTATT-CA-TTGATCT--ATTGATCACT
gi|4 : -T-AACATTCCTTTATC----------TTC-TAC-TTTTGCA-T--TTAAA-ACT-AGCCTCATGACAT-GGGTA-T-TTTTTCTATT-CACTTG-TATT-ATTTTTCA-TTTCTTTTTCTTATTCATTGA-TC--TATT-----GA-TC-AC-TGG-GATGT-TGCGGGA-A-CAAGC-TAAATT-------ATGAAAA---AATG-ATCGG--AATAA---T-TAAGCCGAATATTCAATTTTTTGCGGTGC-AGAATATA-----TAACGGATAGTAT-GC--GATATTTTT-C-AAAGCAT-G-GCAA---TTTCAT-CACAAAC-ATTAgggatgttgcgggaacaagctaaattatgaaaaaatgatcggaataattaagccgaatattcaattttttgcggtgcagaatatataacggatagtatgcgatatttttcaaagcatggcaatttcatcacaaacatta
gi|5 : tctattgttagcttaaagactaggttcagtaaaacaaatagataataaaacatccatgactcaaaattggattatctattgtttctggagttaaaaaaccaatatttcggtattttgactatttttgaaaaaactcaattttaggccaatttacggacgtcatttgcaaaaaaatgcacaacatacagattatgaaaattatcatagttaattcataactttatgttgaaatataaaaatcaagcgatgtcatattttgctaactaaaatattttgttgtcaaatttggttgccatggtaatgatgaaaattcgctatcttaatatacagtcaaatttattattttttaatataatatccgcaatcatgtgtaatgatgatatatgtactttctttcatgttcaaaataacttcgttagcctactggaaccaattttcgtattttatgataagtagtaaatatttcaagtgcgctatttatacccaaagacattaaaacgttggggagaaaaacctaactaaactaattttactgctatacatttttattacttgcttaaaaaacaaatacatgtaaatattcgcccaataaataaataaataaataacatgtcttattagcttaagaattggttgccatggtaatattaaaatcttaccatctgtatgtatacgagtcaaatttcatctcaatcatgtattcttgatttatgtatcatggtagtttggtgcaatattattttctttcaaattatagaaataagaaatattttagttgccatagtgacagtatttcagtatttcatgataaagtggtaacacatgaactagttggaacccatggattttctctccgttacactgtcttcaatgaatgcagtgtgtaacagagagaaaacctatgggttcagacaaaggctatttacatgATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCTCTTTTT---GAGTAGAAATA--AC-A--AATTT-AA-TGTTACCCGTGA-GA-AAT-T-TCTTT--ATT-G-TT-ACCTTAAAG-AC-T-A--TTC-AG-C---------A--TAAACA--A----ATA---CAT-------A-AA-TA--AAA--A-TTC---AT-GACTTC-----A---ATTG-GATT--G---CTA-------TTT-TG-GAGT-TG--AAAA--TC-ATTC--T-T-TGG--GCAT-GT-TGAACCATT--T-TTTTA--------AA----AAAC----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--ATTCT-A-A-GAA--AA-AGCAC-TCA-ATACA-G-TATGA-AGAATTATGCATT---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATAT--AAAAA-T-C-AGT-GAGTT-G--T-TTATTTTTGCCTAA-----C-TAAAAATA--------TTTGTT-T---CAAAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GGTTAAT-A-GAA----AAA--T---C-TC--------A-CAAT-C-TGAA-----TAT-ACAA-TAAAA-T-TTT-A------TATAT-TTT-T-CAATA----TAATA---C---C--AATCA--ATG-T---AATTTG-TCATAAAATGTTA-ATGTTTTTT-CA-----TGTTTCAAAAA-----ATACTTCAG---TTGT-GC-C-A-TG-GCA-ACCACAAATTTT-GCTAGTTT-ATGATACAGTGCTAACAGACA--GCAAG-TGC---GCTATCTATAA-C-CC-G-AAA-CATT---ACATTG-GGCC--GGGAAA-CA-CAGC-AA-ATAAACTAAT-TTTAATTGGTATA-AC--TTTTTTAATTACTTGATTAAAAACAA---ATATAT-----A---AA------------AAAA------TATAA-CAT-----T---TAAATA-TG-CCTATTATGC-TACA----TGT-A-CT------AAAATTATGTAG---CTT----------AAGGATTG-GTTGCCATGGTAA-T-A----TTAA-----AATC-TCACCCATCT---T----T-TATATAGGAGTCATAAA-TT------TCATAACAA--TCTT-T-AT-ATATA-TT-CTTAATT-TA-TAATAGATC--ATGGTAGT-T-G-GGCACA-A-T-ATTTTTT------TT--TTCA----CA-TA----C-------AGA-AGT---------ATTTTA--GTTGTCA---TT-GC-GGAAC-T-G-T-TTT-CATTATT-------T-TT-ATGAT---AAA--GC---GG-TAACAAATGAAC-TTGTCGGAA-CTCA-GG-ATTTTCTCTCCTCCGTTACA-ATGTTATTCAA----TGAA-TA-CAGTATGTAAAC--AGAGAAAATCTATGGGTTTCAGACA-ATGG-C-TATTT--AT-T--ATGTG--CATG-CAT----TTGTA--TGTACATTTACCTTAAGTC-CATAAC-T--ATATTCCTTTATCATTCTACATCTTC-TAC-TTTTGTA----TTAAAAACT-AACCTCATGA-ATAGTGTATT-TTTTTTTATT-AACTTG-TGTCA
gi|6 : aATAA-GG---TGGAT----------AAGC-ACC---TC---AACG-AT-TTTGC--TG-ATAAT----TTG-G-CA-A--TAG---GTATT---GA------------------CAC-CCCTCTATACATAGA-AT--AGTGGT-ACCAAAAATT-GCATT--AAAGG---TATTCA-TTGCCAT--G-TTA-CAA-AAC-ACCCCT--GAAAATG-GCTCCC-CA-ATGC-TTTAAAATGCCTTAA--TTTTGCCCTTTTTTT---GAT-AAAAACA--CA-A--A--TT-AA-AGTTACCTGTGACGC-AAA-T-TCTCT--ATT-G-TTCAGCTTAAA---C-T-AGGTTC-AG-T---------A--T-AACA--A----ATA---AA--------CTAA-TA--AA-C-A-TCT---A--GAC-TC--A-AA---ATTG-GATT--TATACTATTGT---TTC-TGAGAGT-TGA-AAAA--CCGAATG--T-T-C-GCAGCAT-TTCTG-ACTA----T-TTT-G--------AA----AAAA----T--C----CAA---TTTCT-A---G---GCCAAATTTA-C-A--CCGTC-A--TTTGCTA-A-A-A--AA-T-CAC-CAACAACCAGA-TATGA-AGAATTATGCA-T---AA-TTAATTATCA-TA----ACTTTTGAGA--TG----G---TG-AA--ATAT--AAAAAAT-CAAGC--A--T-G--TCATAATTTTG-CTAAA----C-TAAAAATAAAT-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTTGG--TTGCC-AT--GT-AAAT-ATGAA----AAA--T---C-TC---------CCTAT-CTTA-A-----TATAACAAGTCAAACT-TCC-A------T-TAT-TT--T-CA--A----TAATA--TCCTGC--AATCA--ATG-T---AATATG-TCAT-AAATG-GACCTATTCTTT-CA-----TGTTTC---AA-----ATACTTCAG------T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAA--ATTTT-AGTATTTTAATG--ACAGTAGTAAACGATT-TACAAGTTGC---GCTATTGAT-A-C-CC-CAAAA-CATT-AAACATT--G---GGGAGAAA-AA-C--CTAA-CTAAAC--ATATTT-ACTGCTATA-A-CATTTTT--ATTACTTGCTTAAAAAACA---AAATAC-----ATGTAA------------ATATTCACCCAA-AA-AATAA-A-TGAATAAGAA-T-CC-------------A----C-T-GCCT---------AT----TAG---CTT----------AAGAATTG-A-TGCCATGGTAA-T-AT---T--------AATCATCA--CATCTGCATG---TATA
gi|7 : AGCCAT-TCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAA---TTTAATATAGTGG---TGGAT----------AAAC-ATC--CTC---ACCA-AT-TTTGC--GG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGATTATT-T-GA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-AT--A-CGGT-ACCAAAAATT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGAAC-ATCC-T--GAAAATG-GCCCCCCAAGATGA-TTAAAAATGCTT-AA--TTTTGGCCCTTTTTTTAAAATTAAGAATA--CATA--AAATT-GA-TATTACTCGCGA-GC-AAA-T-TTCTT----T-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTC-AG-C---------A--T-AACA--A----GTA---AA--------T-GA-TA--AAAC-A-CCC---AT-GGC-TC--A-AA---ATTT-GATT--GT--CTATTGC---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-GATG--T-T-T-G--GCAC-TT-TG-ATTA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---A---TCTAA-TTTA-T-G--ACGTT-A--TTTGC-A-ATA-A--AA-TTCAC-CCACATACAGG-TACGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----C--TT----A--TGTCAAA---TATAA--ATA---AAAAA-T-CAAGC-GA--C-G--TCTTA-TTTTG-CTAA-----C-TAAAAAGA--T-----CGTGTT-T---C-AAAT-TT------------T--GG-TAAT-ATGAG----AAA--T---C-TC--------A-CAAT-C-TGAA-----TAT-GCCAGTCAAA-T-TTC-A------T-TAT-TTT-T-CAATA----TGATA--TC---CCTAATCA--ATG-C---AATTTG-TCAT-GAATG-CA-ATTTTTCTT-AA-----TGTTTC-AAAA-----ATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GAA-ACCAC--ATTTT-AGTATTTT-ATAATACAGTGGTAACATATA-TACAAG-TTT---GCTATTTGT-A-C-CC-GAATA-CATTAAAACATT------GGGGAAAATCA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ACT-GTATAAATC
gi|8 : TC--AAA-TTT-----C-------A--TCTCCA-ATCATGTA-TT-CTTGATT-TAAT-GT--ATC--A-GGTAGTTT-GGCGCA-ACA-TTA--TTTT------CT--TTCA----AATTA----T-------AGA-AATTATAGAAATATTTTAA-GTTGCCAG--TAAGT-G--AC-T-G-TTATT-CAGTA-T-------T-TTCATGAT---AAATTGTATTGG-TAACAA--GAAC-TAGTCGGAAACCCACGG-ATTTTCT---CTCCGTTAGACCTG-TATTCAA----TGAA-TG-CAGTGTGT-AATAGAGAGAAAGCCTATGGGTTCA-GACA-ATGGCCTTATATAC-T-T--A---A--CATT-T------TT-TA-----ACATTT-CC-TAA-TC-T----C-T-A------CTTTA--A---------TTA-AAA-TATTGTA-AATTTAAAAACTCAACCTAATGACAT-GCGTA---TTTTTCTATTATACTGTATATCATTCTAT--TTTTCT-TTTC---------TATTCATTATCTATACGC-TC-AC-AGG-GATGGATGCGGG-GA-CATGC-TAAATT-------ATGAAAA---AACT-A-CGGATAATTAAAGC-C-----GAATATTCAA-TTTTTGTGGTGCGAGA----ATAATTTAACGG-TAGCATGCC--GATATTTTTCC-AAAGCAA-T-GCA-----TTCATGCACAAAC-ATTAtt
gi|9 : --AAATT-A--TGTTACTCG-GA-GT---T-T-TCTTTTCCTT-G-TT---TTTAAAA-A--T-AGTTTT-AG-CCTCACAAAGA--T-AATAATA----ATA---AA--------A-AA-TAATAAAT-A-------AT-GACATC--ATAACTTACTGTGGCT--AC--C-AATGT---TTC--G-GAGT-TGACAAAA--TC-AATT--TAT-C-G--GAAT-TT-TG-ACCA----T-TGTTG--------AAAATCAAAA----CAGA----CAAT--TTT-T-A---A---GC-----TTA-T-G--AAATC-A--ATTAC-ACG-G-AATAA-TGCGC-CGAAATGCAAG-TATGA-AGAATTATGTA-G---GAGTTAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CGTCGCAAACCACGGTTTTGAGTCCACATACGTTGTGATGATGGAGAGGATCGATAAGAAGCACCCGTGGGTTACCGACA
Unaligned ( gi|23 ): GTGTTTCTTTGAGCAGAATATCAAACACACACACGAAAATTTTACCAAATCATAATCCCT
Unaligned ( gi|27 ): AGTGATGGCGTGTTTTGTGATTTATTCCCAGGGGAAG
Unaligned ( gi|28 ): AAGTAATTTCTGTACATTTGCGTCATAACAAAT
Alignments
lowQualScore : 1 1111 111 2222222222 111 222 1111 111 111 444444444444444444 111 1111 111 1111 11 111 111111111 2222222222 1 111111 1111 22222222 111 111 11 2222222 11 11111 22222222 11 1 1111 2222222222 1 1111111 1 1111 2 2222222222 11 11111 11111 11111 111111 1 2222 4444444 111111111 22222 11 111 444444444444444444444444444444444 2222222222 666666666666666666666666666666666666 111 3333333333 2222222222222 1 1 33333 1111 11 222222 11111 11 1 2222 1 111111 11111 222222222222 222222222 11 111 1111111 111 1111 111 2222 33333333333333333333333 222 222222222222222222222222222 111 1 111 3333333333333 11 222 111 222222222222 1 1 444444444 11 22222 1 1 11 1 11 1111 1 3333333 111 11 33333333333 33333333333 11 1 1 111 2222 1 1
lowQualScore : 7 888 6 6 6 2222 5 111 9999999999 6 000 333 6 6 99 888 4444 6 6 000 3 1 222 999999999999999999 6 6 111 6 5555 6 0 6 99 000 1111 33 5 5 11 5 9999 6 2 6 5 6 6 99 4 111 99999999 5 5 5 5 55 5 888 4 4 777 4 55 4 4 4 666666666 8888 55 8888 777 3333333333 4 55 4 8888888 4 2 7777 777 4 888888 3 666 3 3 3 3 55 44 88 3 999999 3 3 3 2 2222 3 22222222 7777 888888888888 000 3 3 666 111 4 4 4 55 4 66 0 8 4 4 4 22 4 3 4 0 4 4 0 4 777 66 4 9999 9999 66 0000000 4 66 00 8 4 4 66 4 66 3 8 5 77777 5 66666666 5 888 5 5 4 66 5 11 0 5 0000 999999 5 5555555555 5 0 9999999 0 222 5 5 9999 5 0000 0 9999 0000000000 00 00000 4 4 99 66 5 5 44444 5 0 44444 555555 5 5 5 1 5 0 5 888 5 0 5 0 5 0 999 5 888 5 5 5 5 5 2222 1111111 666666666 5 5 5 3 22222 11 1 444 0 000000000000000000000000000000000 3 6 8888888888 6 1 3 888888888888888888888888888888888888 000 0000000000 5 5 5 4444444444444 1 1 44444 2222 6 55 555555 99 0 5 1 44444 5 5 5 5 5 77 55 0 5 1 0000 5 1 77 666666 77 33333 555555555555 5 222222222 33 1 555 5 5 77 666 5 5 5 5 8888888 5 5 000 77 2222 5 1 0 222 1 4 0 4 777 1 4 4 3333 4 4 0 4 2 4 22222222222222222222222 33 5 5 5 66 777 777777777777777777777777777 8 111 66 5 1 3 8 0 8 555 5 9999999999999 44 999 555 6666 222 000000000000 99 0 88 22 6 0 000000000 66 33 44444 0 0 00 0 33 0000 0 4444444 444 8 8 11 1 77777777777 8 8 88888888888 8 2 33 0 0 777 0 6666 0 0
lowQualScore : . ... . . . .... . ... .......... . ... ... . . .. ... .... . . ... . . ... .................. . . ... . .... . . . .. ... .... .. . . .. . .... . . . . . . .. . ... ........ . . . . .. . ... . . ... . .. . . . ......... .... .. .... ... .......... . .. . ....... . . .... ... . ...... . ... . . . . .. .. .. . ...... . . . . .... . ........ .... ............ ... . . ... ... . . . .. . .. . . . . . .. . . . . . . . . ... .. . .... .... .. ....... . .. .. . . . .. . .. . . . ..... . ........ . ... . . . .. . .. . . .... ...... . .......... . . ....... . ... . . .... . .... . .... .......... .. ..... . . .. .. . . ..... . . ..... ...... . . . . . . . ... . . . . . . ... . ... . . . . . .... ....... ......... . . . . ..... .. . ... . ................................. . . .......... . . . .................................... ... .......... . . . ............. . . ..... .... . .. ...... .. . . . ..... . . . . . .. .. . . . .... . . .. ...... .. ..... ............ . ......... .. . ... . . .. ... . . . . ....... . . ... .. .... . . . ... . . . . ... . . . .... . . . . . . ....................... .. . . . .. ... ........................... . ... .. . . . . . . ... . ............. .. ... ... .... ... ............ .. . .. .. . . ......... .. .. ..... . . .. . .. .... . ....... ... . . .. . ........... . . ........... . . .. . . ... . .... . .
lowQualScore : 7 222 7 7 7 7777 7 777 2222222222 7 222 333 7 7 22 777 2222 7 7 888 5 0 555 222222222222222222 7 7 777 7 0000 7 7 7 22 000 6666 66 7 0 66 7 3333 7 5 7 7 7 7 22 2 777 55555555 0 0 0 0 88 0 777 0 0 333 0 66 0 0 0 000000000 0000 55 5555 000 5555555555 0 55 0 0000000 0 0 8888 000 0 000000 3 444 6 6 6 6 00 99 66 6 888888 6 6 6 6 7777 6 33333333 7777 999999999999 000 6 6 444 000 0 0 0 55 4 11 1 9 4 4 4 22 4 9 4 1 4 4 1 4 888 11 4 4444 4444 11 1111111 4 11 66 9 4 4 11 4 11 9 9 0 55555 0 44444444 0 888 0 0 2 99 0 99 0 0 6666 666666 0 9999999999 0 0 6666666 0 888 0 0 0000 0 6666 1 4444 0000000000 66 33333 4 4 33 44 3 7 33333 7 3 33333 999999 7 7 7 4 7 7 7 222 0 2 0 1 9 2 555 0 888 0 0 0 0 0 7777 7777777 666666666 7 7 7 0 88888 22 7 000 8 888888888888888888888888888888888 5 7 7777777777 7 0 7 333333333333333333333333333333333333 000 7777777777 7 7 7 6666666666666 4 4 33333 1111 7 88 888888 22 7 7 7 33333 7 7 7 7 7 99 77 1 7 4 9999 7 4 99 444444 99 11111 333333333333 7 999999999 66 7 777 7 7 99 111 7 4 7 7 6666666 7 7 000 99 7777 7 4 7 666 9 4 1 4 888 9 4 4 2222 4 4 1 4 7 4 88888888888888888888888 11 0 0 0 99 222 666666666666666666666666666 2 888 44 6 4 2 0 8 0 666 0 2222222222222 00 888 000 6666 888 666666666666 44 6 88 44 4 8 000000000 55 88 88888 0 0 22 0 22 8888 0 0000000 000 0 0 00 0 00000000000 0 0 66666666666 0 5 88 0 0 000 2 2222 0 0
consensus : AGAGCCATCTCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAN---TTTAATATAG-GG---TGGAT----------AAGC-ACC--CTC---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGANTATT-T-GA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-AT--A-TGGT-ACCGAAAATT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGAAC-ACCC-T--GAAAATG-GCTCCC-AAGATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCTTTTTTT---GATTAAGAATA--CA-A--AAATT-AA-TGTTACTCGTGA-GC-AAA-T-TCTTT--ATT-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTC-AG-C---------A--T-AACA--A----ATA---AA--------N-AA-TA--AAAC-A-TCC---AT-GAC-TC--A-AA---ATTG-GATT--GC--CTATTGT---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-C-G--GCAT-TT-TG-ACCA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AA-TGCAC-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATAT--AAAAA-T-CAAGC-GA--T-G--TCTTA-TTTTG-CTAA-----C-TAAAAATA--T-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GG-TAAT-ATGAA----AAA--T---C-TC--------ACCAAT-C-TG-A-----TAT-ACAAGTCAAA-T-TTC---AT-TAT----TTT-TCAATA----TAATA--TC---C--AATCA--ATG-T---AATTTG-TCAT-AAATG-TA-CTGTTCTTT-CA-----TGTTTC-AAAA-----ATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAC--ATTTT-GGTATTTT-ATGATACAGTGNTAACAGATA-TACAAG-TGC---GCTATTTAT-A-C-CC-GAAAA-CATT-AAACATT--GGCCGGGGGAAA-CA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ACTGGTATACATCATTTTTTNATTACTTGCTTAAAAAACA---ATATAT-----A---AA------------AAAT------AATAA-AATAA-A-T---TAAACA-TGCCCTATTATGC-TA-A----C-T-ACCT------AAAATTATGTAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCATGGTAA-T-AT---TTAA-----AATC-TCA-CCATCTG--TTATATA----TAGGAGTCA-AA--TT------CA--TCTC-AATC-----ATGTA-TT-CTTGATT-TA-T-GT--ATC--ATGGTAGTTT-G-CGCA-A-A-T-A--TTTT------CT--TTCA----NATTA----C-------AGA-AGT---------ATTTTA--GTTGCCA---TA-GC-G--AC-T-G-TATTT-CAGTA-T-------T-T-CATGAT---AAA--GC---GG-TAACAAATGAAC-TAGTCGGAA-CCCACGG-GTTTTCT---CTCCGTTACA-CTG-TATTCAAT---TGAA-TG-CAGTATGT-AACGG-AGAGAA-------AAC-------------CTATG-GGTTCC-GACG-AT--GG-C-TATTTACAT-T--ATATA--CGTT-TATC---TTGTA--TGTACATTTACCGTAAGTC-CATAAC-T-AATATTCCTTTATCA---------TTC-TAC-TTTTGTA---TTAAAAACT-AACCTCATGACAT-GCGTATT-TTTTTCTATT-CACTTGATATCAATTNATCACTTTCTNTTTC---------GATTC--TATT--CGCGC-TC-AC-GGG-GATGG-TGCGGGAGA-CAAGC-TAAATT-------ATGAAAA---AATT-A-CGG--AATNA---N-T-----GAATATTCAA-TTCTTGCGGTGC-AGA----A-----TAACGG-TAGTATGGC--GATATTTTT-C-AAAGCAA-T-GCAA--TTTTCAT-CACAAAC-ATTA
Reference ( family-305 ) : AGAGCCATCTCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAN---TTTAATATAG-GG---TGGAT----------AAGC-ACC--CTC---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGANTATT-T-GA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-AT--A-TGGT-ACCGAAAATT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGAAC-ACCC-T--GAAAATG-GCTCCC-AAGATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCTTTTTTT---GATTAAGAATA--CA-A--AAATT-AA-TGTTACTCGTGA-GC-AAA-T-TCTTT--ATT-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTC-AG-C---------A--T-AACA--A----ATA---AA--------N-AA-TA--AAAC-A-TCC---AT-GAC-TC--A-AA---ATTG-GATT--GC--CTATTGT---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-C-G--GCAT-TT-TG-ACCA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AA-TGCAC-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATAT--AAAAA-T-CAAGC-GA--T-G--TCTTA-TTTTG-CTAA-----C-TAAAAATA--T-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GG-TAAT-ATGAA----AAA--T---C-TC--------ACCAAT-C-TG-A-----TAT-ACAAGTCAAA-T-TTC---AT-TAT----TTTCTCAATA----TAATA--TC---C--AATCA--ATG-T---AATTTG-TCAT-AAATG-TA-CTGTTCTTT-CA-----TGTTTC-AAAA-----ATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAC--ATTTT-GGTATTTT-ATGATACAGTGNTAACAGATA-TACAAG-TGC---GCTATTTAT-A-C-CC-GAAAA-CATT-AAACATT--GGCCGGGGGAAA-CA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ACTGGTATACATCATTTTTTNATTACTTGCTTAAAAAACA---ATATAT-----A---AA------------AAAT------AATAA-AATAA-A-T---TAAACA-TGCCCTATTATGC-TA-A----C-T-ACCT------AAAATTATGTAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCATGGTAA-T-AT---TTAA-----AATC-TCA-CCATCTG-ATTATATA----TAGGAGTCA-AA--TT------CA--TCTC-AATC-----ATGTA-TT-CTTGATT-TA-T-GT--ATC--ATGGTAGTTT-G-CGCA-A-A-T-A--TTTT------CT--TTCA----NATTA----C-------AGA-AGT---------ATTTTA--GTTGCCA---TA-GC-G--AC-T-G-TATTT-CAGTA-T-------T-T-CATGAT---AAA--GC---GG-TAACAAATGAAC-TAGTCGGAA-CCCACGG-GTTTTCT---CTCCGTTACA-CTG-TATTCAAT---TGAA-TG-CAGTATGT-AACGG-AGAGAA-------AAC-------------CTATG-GGTTCC-GACG-AT--GG-CTTATTTACAT-T--ATACA--CGTT-TATC---TTGTA--TGTACATTTACCGTAAGTC-CATAAC-T-AATATTCCTTTATCA---------TTC-TAC-TTTTGTA---TTAAANACT-AACCTCATGACAT-GCGTATT-TTTTTCTATT-CACTTGATATCAATTNATCACTTTCTNTTTC---------GATTC--TATT--CGCGC-TC-AC-GGG-GATGG-TGCGGGAGA-CAAGC-TAAATT-------ATGAAAA---AATT-A-CGG--AATNA---N-T-----GAATATTCAA-TTCTTGCGGTGC-AGA----A-----TAACGG-TAGTATGGC--GATATTTTT-C-AAAGCAA-T-GCAA--TTTTCAT-CACAAAC-ATTA
gi|1 : AGAGCTATCTCT-C-GT-AAG-CATC-AAAATT---TTTAATATAG-GGCTCTGGAT----------AAGC-ACC--CTC---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGATTATT-T-GA------------------CACACC-TCT---CATAGA-A---A-TGGT-ACCGACA-TT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGA-C-ACCC-T--GAAAATGTGCTCCC-AAGATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCCTTTTTT---GATTAAGAATA--CA-A--CAATT-AA-TGTTACTCATGA-GC-AAAAT-TCTTT--ATT-G-TT-ACCTTAAAG-AC-T-ATGTTC-AG-C---------A--T-AACA--A-----TA---AA--------G-AA-TA--AAAC-ACTTC---AT-GAC-TT--A-AA---ATTG-GATTC-GC--CTAT-GT---TTCATG-GAGT-TGA-AAAA--CA-AGTG--T-T-T-G--GCAT-TT-TG-ACCA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AA-CGCAC-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CATTA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--A-AT--AAAAA-T-CAAGT-GA--T-G--TGTTA-TTTTC-CTAA-----C-TAAAAATA--T-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GG-TAAT-ATGAA----AAA--T---C-TC--------ACCAAT-C-TG-A-----TAT-ACAAGTAAAA-T-TTC---AT-CAT----TTTCTCAATA----TAATA--CC---C--AATCA--A-G-TAGAAATTTG-TCAT-AAATG-TA-CTGTTTTTT-CA-----TGTTTC-AAAA-----ATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAC--ATTTT-GCTAATTT-ATGATACAGTGCTAACAGACA-TACAAG-TGC---GCTATATAT-A-C-CCTGAAAA-CATT---ACATCG-GGCTGGGGGAAA-CATC--C-AATATAAACTAAT-TTT-ATTAGTATACATCATTTTTTCATTATCTTCTTAAAGAACA---ATATAT-----A---AA------------AAAT------AATAATAATAATATT---TAAACA-TGCCCTATCATGC-TACA----C-TGACCT------AAGAATATGTAG----TT----------AAGAAATG-GTTGTCATGGTAA-T-AT---TTAA-----AATC-TCA-CCATCTGAATTAGATACATGTAGGAGTCA-AA--TT------CA--T----AAT------ATATA-TTGCTTAATTGTA-T-GT--ATCGTACGGTAGTGT-G-CACA-A-A-T-A--TTTT------CT--TTCA----CATTA----C-------AGA-AGT---------ATTTTA--GTTG-TA---TA-GC-G--AC-T-GATATTT-CAGTA-T-------T-T-TATGAT---AAA--GT---GGTTAACAAAT-AAC--AGTCGG-A-CCTACGG-GTTTTCT---CTCCGTTACA-CTG-TATTCAAT---TGAA-TGCCAGTATGT-AACAG-ATAGAAG------AAT-------------CT-TG-GGTTCA-GACATAT--GG-TTTATTTACAT-T--ATATA--TATT-GATT---TTGTA--TGTACA-TTACCATAAGTC-CATAAC-T-AATATTCCGTTTTCG---------TTCTTACGTTTTGTATG-TTAATTGCT-ATACTCATGACAA-GTG-ATTGTTTTTCTATT-TACTTGATATCAATTGATCACTTTCTGTTTC---------GATTC--TATT--CGTGC-TC-ACGGGG-GATGG-TGCGCGAGA-CAAGCTTAAATTTGAAAGAAAGAAAA---AATT-A-CGG--AATCA---G-T-----GAATATTCTA-TTCTTGCGGTGC-AG-----A-----TAACGG-TAGTATGGC--GATATTTTT-CAAAAATAATT-GGAA--TTTTTAT-CACAAACGATTA
gi|10 : ATA----TAATA--TC---CCTAATTG--ATG-T---AGTTTG-TCAT-GCATG-TA-ATGTTTTTTTCA-----TGTTTC-AGAA-----ATATTACAG---T--T-GC-C-G-TG-ACA-ACCAC--ACTTT-AGAATTTA-AAGATAAAGTATTAACTGATT-TACTAG-TAC---GCTATTTAT-A-C-CC-GGAAA-CATT-AA--ATT--A--CTGGGGAAA---------AA-ATAAATTAAC-TTT-GCTTGTGTAC--CATTTTCATATTACTTGCTCAAt
gi|11 : AGCCATTTCT-CTGT-AAG-CATC-ACAAATACTTTTAATATAA-GG---GGGATTGGACTTAAAAGGCGACCGCTTCGTAACCGGATATTTGCGTCGCA-AATGATTTTGTG-CATACGTACTGTGTATT-TTGA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-ATTAA-TGGT-ATCAAAAATT-GCATTAGTGAGG---TAC-CGTTTGCCAT--GTGT-ACAAAGAC-
gi|12 : tCTC-CATC-----ATACA-TT-CTTAATT-TA-T-GT--ATC--ATGGCAGTTT-GGCACA-ATA-TTA--TTTT------CT--TTCA----AATTA----C-------AGA-AAT---------ATTTTA--GTTGCCA---TA-GC-G--AC-T-G-TATTT-CAGTA-T-------T-T-CATGAT---AAA--GT---GG-TTACAAATGAAC-TAGTAAGAA--CCACGA-GTTTTCT---CTCCGCTACA-CTG-TATTCAA----TGAA-TG-CAGTATGT-AACAG-c
gi|13 : ---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-TAT-A--GCAT-TT-TG-ACAA----T-TTAAA--------AA----AAAAAACCC--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AAATGCAT-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--AA-TA----CCTTT----A--TGT---T---TA-AA--TTATA-AAAAA-T-CAAGT-GA--T-G--TGTTA-T
gi|14 : --AAACT-AA-TTTTATTGCTAA-AC-AAT-G-TCTTT---TT-G-TT-CGCTTAAAT-AT-T-AGATCT-AG-C---------A--T-AACA--A----ATACCTAATAAGGCATC-AA-TA--AAGC-A-TCA---AT-AAA-TC--A-AA---GCGA-GATT--AC--CTTTGGT---TTC-TG-GAGT-C---------TC---TG--C-T-T-GT-GCAT-CC-TG-ACC-------TTTTGGGGGAAAAAG----AAAA----A--T----CAA---TTT-T-A---
gi|15 : TTAATT--CA--A----CCTTT----A--TGT---GG--TG-AA--ATGT--AAAAAAT-CATTTTGA--T-G--TCATA-TTT-A-CTAA-----C-TAA---------------TGCT-G---C-AAAT-TTTGT--CTGTC-ATAAGA-TGAT-ATGAA----AAA--T---CTTC--------AGAAAT-C-TG-A------AT-ATA--TCAAT-C-TTC---AA-TAA----TACTACAATA----TGATAT-TC---C--TATCA--GTG-T---GCTTAG-TCAT-CAAa
gi|16 : acaATTATTCATTTTCTATTTC---------GAT-C--TATT--CACGCCTCTAC-GGGAGGTGG--GCGGGAAAACAAGC-TAAATTA------ATGAAAA---AATT-A-CGG--AATAA---C-T-----GAATATT-AA-TTCTTGCGGTGC-AGA----A-----TAACGG-TAGTATGGCCGAATATTTAT-C-AAAATAA-TGGTAATTTTTTTAT-CAGAAAC-AT
gi|17 : TTT--ATT-GGTT-A-CGTAGAG-A--T-AGGTCCCAA-C---------A-------A--A----ATA---GA--------T-GA-TG--AAAT-A-TTTTTTAT-AAAATC--A-AG---ATTG-AGTTACGC--GTATTGT---TTC-TG--ACT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-T-G--GCG--TT-TG-AATA----T-GTTTGGAAAA---AA----GAAA----C--T----CAA---------A---G-----CAT-TTTA-T-G--ACat
gi|18 : ctggAT-----A---AA------------TAATTA----AATAA-AAAAA-A-T-----AACA-TGCTTTATTATGC-TA-A----C-T-A----------AAATTGCGTAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCATGGTAA-T-A----TTAA-----ACTC-TCA-CCATCTG---TATATA----CAaag
gi|19 : aaaaacaaaaaacaagcaaacacccccccccccccaGTCGGAA-CCCACGG-GTTTTCT---CTCCGTTATA-CTG-C-----GT---TGAA-TG-CAGTA--T-AACGG-AGAGAA-------AAC-------------CCGTG-TGTTCC-GACG-AT--AG---TATTT---T-TTGATACA--TGCTGTATCAAATTACA--TGTAC-----CCGTAAATT-CATAtgtaag
gi|2 : tcAGAGCCAT-TCTGCTGTTAAG-CATCCAAAAAA---TTTAATATAG-GC---TGGAT----------AAGC-ACC--CTT---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----T---G-CATG--TAGAGATTATT-T-GGGGGAAAAAAAAACCCCCCCAC-CC-TCT---TCTAGA-AT--A-TAGTTACCGAAAATTTGCATT--TGAGG---TAC--G-TTGCCATA-G-GTA-CAAGAAC-ACCC-T--GAAAATG-GCTC---AAGATGCGTTAAAAATGCGT-AACATTTTGGCCTTTTTTT---GAGTAAGAATA--CA-C--AAATT-AAATGTTACTCGTGA-GC-AAA-T-TCTAT--ATTTG-TT-ACCTTAAAGGAC-TGATGTTC-AG-C---------A--T-AACA--A----ATA---CA--------T-AACTA--AAAC-A-TTC---ATTGAC-TT--C-AA---ATTG-GATT--GC--CTATATT---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-T-T--GGAT-TT--G-ACAA----TCTTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-TTA---GA--GCCAA-ATTAAT-GGGACGTCCA--TTTGC-A-A-G-A--AA-TG-ACACCACATACAGG-TATGA-AAAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATATAAAAAAA-T-CAAGT-GA--TGG--TGTTA--TTTG-CTAA-----CTTAAAAATAGTT-----TTCGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-ATC-AG-TAAT-ATGAA----AAAACT---C-TC--------ACAATT-C-TG-AATTATTAT-ACACTTAAAA-T-TTT---AT-TAT----TTT-TCAATA----TAATACGCC---T--AATCATTTTGCT---AGTTTA-TGAT-Agt
gi|2 : C--ATTTT-GCTAGTTT-ATGATACCGTGCTAACAGA-A-TG-AAG-TGCCGCGCTATATAT-A-C-C--GAACA-CTTT-A--CATTTGGGCCGGGAAACA-CA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ATTGGTATACATTTTTTTTAAATTAC-TGATTAAAGAACA---AT-TATTATTAA---AA------------AAAT------AATAA-CAT-----T---TAAACATTGCCCTATTATGCATA-ATAGGT-T-ACCTAAAAAAAAAATTATGTAAGGTCTTAAAAAGGGAAAAAAATTG-GTGGCCATGGTAA-TCAT---T--A-----AATC--CACCCATCTG-----TATA----TAGGAGTCA-AA--TTTCATAACA--TCTT-A--T-----ATATATTT-CTTAATC-TA-T-GT--ATC--ATGGTAGTTG-G-CAC----A-T-A--TTTT------CT--TTCA----CATTA----C-------AGA-AGT---------ATTTTA--GTTGTCA---TA-GCGG--AC-TGG-TATTTCCAGTA-T-------TCT-TACGAT---AAA--GC---AG--GACAAATGAACTTTGTCGGAA-CTCACGG-ATTTTCT---CTCCGTTACA-CT--TATTCAATTGGTGAATTG-CA--ATGT-GATGGTAATGAACCGCATGAACTCTATATAAATTGCTATGTGGATTC-GACA-ATTGGG-C---TTTATAT-T--GTATA--TGTccgtgctaacagaatgaagtgccgcgctatatataccgaacactttacatttgggccgggaaacacaccaaataaactaattttattggtatacattttttttaaattactgattaaagaacaattattattaaaaaaataataacatttaaacattgccctattatgcataataggttacctaaaaaaaaaattatgtaaggtcttaaaaagggaaaaaaattggtggccatggtaatcattaaatccacccatctgtatataggagtcaaatttcataacatcttatatatatttcttaatctatgtatcatggtagttggcacatattttctttcacattacagaagtattttagttgtcatagcggactggtatttccagtattcttacgataaagcaggacaaatgaactttgtcggaactcacggattttctctccgttacacttattcaattggtgaattgcaatgtgatggtaatgaaccgcatgaactctatataaattgctatgtggattcgacaattgggctttatattgtatatgtgattagtgcaatttgagtactgctcactaactttttatcgcttttgatacagtgtacccatacatttaatattgtccattgatctctaactttctttatctcggtgacttttgttatgttattgaaaaccctatccttacgatgacaagtgtaatttttgcctttcttttctctgtgt
gi|20 : agagccattctgctgttaagcatccaaaaaatttaatataggctggataagcacccttaccgattttgctgaaattgcatgtagagattatttgggggaaaaaaaaacccccccaccctcttctagaatatagttaccgaaaatttgcatttgaggtacgttgccataggtacaagaacaccctgaaaatggctcaagatgcgttaaaaatgcgtaacattttggcctttttttgagtaagaatacacaaattaaatgttactcgtgagcaaattctatatttgttaccttaaaggactgatgttcagcataacaaatacataactaaaacattcattgacttcaaattggattgcctatattttctggagttgaaaaatcaatgttttggatttgacaatcttttgaaaaaactcaatttttagagccaaattaatgggacgtccatttgcaagaaatgacaccacatacaggtatgaaaaattatgcataagttaattcatacctttatgtgtaaaatataaaaaaatcaagtgatggtgttatttgctaacttaaaaatagttttcgtttcaaaattcggttgccatcagtaatatgaaaaaactctcacaattctgaattattatacacttaaaattttattatttttcaatataatacgcctaatGTCGGAA-CCCAGGG-GTTTTCT---CTCTGT-ATA-CTG-CATT---------GA-TG-CAGTAT---AACGG-AGAGAA-------ACC-------------CAATG-GGCTCC-GACG-AT--Ggattagtgcaatttgagtactgctcactaactttttatcgcttttgatacagtgtacccatacatttaatattgtccattgatctctaactttctttatctcggtgacttttgttatgttattgaaaaccctatccttacgatgacaagtgtaatttttgcctttcttttctctgtgt
gi|22 : tT-------ATGAAAATTTAATTTA-CAG--AATTA---GCT-----GAATATTCAA-TTCTTGCGGTGC-AG-----A-----TAACGG-TAtgcatgccaaaattatt
gi|24 : GG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACGAG--C-ACCC-T--GAAAATG-GCTCCC-AAGATGC-tgctgc
gi|25 : TGTAT-AACGG-AGAGAA-------AAA-------------C-GTG-GGTCCC-GACG-AT--Gat
gi|26 : AGAGCCAT-TCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAT---TTTACTATAG-gcgta
gi|3 : aAGCCATCTCT----T-AAGGCATC-ATAAAA---ATTAATA-AA-GG---TGGAT----------AAGC-ACC--CTTTCTACCG-AT-T--GC--TG-T-A-T----ATG-GTCAT------TGAGTATGAT-AA------------------TGC-AC-CCT---CATAGAGAT----TGGT-ACCAAAAATT-GCA-T--TGAGGTGATAC----TTG-CATGCG-GTAACAAGAACTACTC-CGGGGAAATC-GTCCGC-AAGATGT-TGGAAAATGC-T-AA--ATTTGGCC---TTTT---GATT-ATAATAATTA-ATCAAATTAAA-TTTTA--TGTGA-GCAAAA-TGTCGTG--ATT-G--T-AGCTTAAAG-ACTT-AGG-TC-AGTT---------ATTT-AGCA--ATCTCAAA---AA--------T-AA--A--AAACGA-TCG---AT-GAC-TCAAA-AA---ATCG-GAT-------ATATTCTATGTTC-TC-GAGTATGA-AAAAAGTC--ATGATT-T-C-G--ACATGTC-TG-ACGAAGTTT-TTTTG--------AA----AAAC----C--TTTCACAAAACTCT-T-ATATGTGTGTTAG-CTTT-T-G--A--TT-AGGCTT-C-A-A-G-AAGAA-T-TAC-CT-C-----GA-TATGATATAATT-TATA-TCCGGAGTTAA-T--CA-TAAAACTCACT----AATTGT---GTTTTA-AAATATAT--AAAAA-TACA--C-GA--T-GATTCTTG-TCTTT-C--ATCGGTC-TACAGATA--TAATTATTTTTT-TACAC-AAAAGTTTAGTTTTGCCTAT--GGATAAT-ATATATCGTAAA--TTCGC-TCCTCTTGATAGCAATACATG-------TATCACAAGTCATA-TCTTCAAAAT-TGTAATCTCTCTCTATATTCTTAGTG--TC---T--AATCG--AGG--------------AT-AAATA--A-CTATTCATT-CGCCGCCTCTCTC-ATACTGTGTGTAATTCAGCTTT--T-GCGC-ATTGTGCATCCCGT--ATTTTAGGTATCTT-GTCA-ACAGTG-TAACAGAT--TACAAG-TGC---GCC-TTTAT-AGCACC-AAAAATCAT
gi|3 : aatG---CTTC---------GGGAATTGTGTT-CCAT--TAAGT-ATAGCTTAATAAAGAATTGTCA-CCATCTG-ATGATA--------GAAGTAA-GA--TT------TACTTCTC-ATAC-----ATGTA-TT-CTTGA-T-TA-T-GT--ATTCAATGGTAGTAT-G-CGCG-C-A-T-A--ATCTATGAGACTACTTTATTGCTATTAATTTC-------ATATCAT---------ATTTTAAGGATGCTACGTTT-GC-G--ACTT-G-TTTAT-CAGTA-TTCCTCGCT-T-CATGATTCCATA--GA---AG-TAAC------GC----TCGA-----CACGGAGCTTTCT---ATCC-TTA----TG-TA-TCAAT-----GA-TG-CAGatagcgctgaagcaaaccgtgaactgagagtctagttacttgttctactcgtgagatatatttcatgctgtcgcttaaagtcacgagaacaatttgtcctcctccctcaccccacatctcactgcttcgggaattgtgttccattaagtatagcttaataaagaattgtcaccatctgatgatagaagtaagatttacttctcatacatgtattcttgattatgtattcaatggtagtatgcgcgcataatctatgagactactttattgctattaatttcatatcatattttaaggatgctacgtttgcgacttgtttatcagtattcctcgcttcatgattccatagaagtaacgctcgacacggagctttctatccttatgtatcaatgatgcag
gi|4 : aatagccatctcttaaggcatcataaaaattaataaaggtggataagcaccctttctaccgattgctgtatatggtcattgagtatgataatgcaccctcatagagattggtaccaaaaattgcattgaggtgatacttgcatgcggtaacaagaactactccggggaaatcgtccgcaagatgttggaaaatgctaaatttggccttttgattataataattaatcaaattaaattttatgtgagcaaaatgtcgtgattgtagcttaaagacttaggtcagttatttagcaatctcaaaaataaaaaacgatcgatgactcaaaaaatcggatatattctatgttctcgagtatgaaaaaagtcatgatttcgacatgtctgacgaagtttttttgaaaaacctttcacaaaactcttatatgtgtgttagcttttgattaggcttcaagaagaattacctcgatatgatataatttatatccggagttaatcataaaactcactaattgtgttttaaaatatataaaaatacacgatgattcttgtctttcatcggtctacagatataattatttttttacacaaaagtttagttttgcctatggataatatatatcgtaaattcgctcctcttgatagcaatacatgtatcacaagtcatatcttcaaaattgtaatctctctctatattcttagtgtctaatcgaggataaataactattcattcgccgcctctctcatactgtgtgtaattcagcttttgcgcattgtgcatcccgtattttaggtatcttgtcaacagtgtaacagattacaagtgcgcctttatagcaccaaaaatcatatagcgctgaagcaaaccgtgaactgagagtctagttacttgttctactcgtgagatatatttcatgctgtcgcttaaagtcacgagaacaatttgtcctcctccctcaccccacatctcactTCT--ATT-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTC-AG-T---------A--A-AACA--A----ATA---GA--------T-AA-TA--AAAC-A-TCC---AT-GAC-TC--A-AA---ATTG-GATT--AT--CTATTGT---TTC-TG-GAGT-TAA-AAAA--CC-AATAT-T-T-C-G--GTAT-TT-TG-ACTA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-CGG--ACGTC-A--TTTGCAA-A-A-A--AA-TGCA--CAACATACAGATTATGA-A-AATTAT-CA-T----AGTTAATT--CA-TA----ACTTT----A--TGT-------TG-AA--ATAT--AAAAA-T-CAAGC-GA--T-G--TCATA-TTTTG-CTAA-----C-T-AAAATA--T-----TTTGTTGT---C--AAA-TTTGG--TTGCC-AT--GG-TAATGATGAA----AA-------T-TC--------GCTATC-T-TA-A-----TAT-AC-AGTCAAA-T-TT----AT-TAT----TTT-TTAATA----TAATA--TCCG-C--AATCAT-GTG-T---AA--TGATGAT-ATATG-TA-CT-TTCTTT-CA-----TG-TTC-AAAA-----TAACTTC-G---T--TAGC-CTACTG-G-A-ACCA---ATTTT-CGTATTTT-ATGATA-AGTAGTAA---ATATTTCAAG-TGC---GCTATTTAT-A-C-CC-AAAGA-CATTAAAACGTT--G---GGGAGAAA-AA-C--CTAA-CTAAACTAAT-TTT-ACTGCTATACA-----TTTTTATTACTTGCTTAAAAAACAAATACATGT-----A---AATATTCGCCCAATAAAT------AAATA-AATAA-A-T-----AACA-TGTCTTAT-------------------------------------TAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCATGGTAA-T-A----TTAA-----AATC-TTA-CCATCTG---TATGTA----TACGAGTCA-AAT-TT------CA--TCTC-AATC-----ATGTA-TT-CTTGATT-TA-T-GT--ATC--ATGGTAGTTTGG-TGCA-ATATT-A--TTTT------CT--TTCA----AATTA----TAGAAATAAGA-AAT---------ATTTTA--GTTGCCA---TA-GT-G--AC-A-G-TATTT-CAGTA-T-------T-T-CATGAT---AAA--GT---GG-TAACACATGAAC-TAGTTGGAA-CCCATGG-ATTTTCT---CTCCGTTACA-CTG-TCTTCAA----TGAA-TG-CAGTGTGT-AACAG-AGAGAA-------AAC-------------CTATG-GGTTCA-GACA-AA--GG-C-TATTTACATGT--A-ACATTCCTT-TATC---TTCTACTTTTGCATTTAAAACTAGCCTCATGACATGGGTATT--TTTTCTA---------TTC--AC---TTGTA---TT----ATT---TTTCAT---------TTCT-TTTTCTTATT-CA-TTGATCT--ATTGATCACT
gi|4 : -T-AACATTCCTTTATC----------TTC-TAC-TTTTGCA---TTTAAAACT-AGCCTCATGACAT-GGGTA-T-TTTTTCTATT-CACTTG-TATT-ATTTTTCA-TTTCTTTTTCTTATTCATTGA-TC--TATT-----GA-TC-AC-TGG-GATGT-TGCGGGA-A-CAAGC-TAAATT-------ATGAAAA---AATG-ATCGG--AATAA---T-TAAGCCGAATATTCAATTTTTTGCGGTGC-AGAATATA-----TAACGGATAGTAT-GC--GATATTTTT-C-AAAGCAT-G-GCAA---TTTCAT-CACAAAC-ATTAgggatgttgcgggaacaagctaaattatgaaaaaatgatcggaataattaagccgaatattcaattttttgcggtgcagaatatataacggatagtatgcgatatttttcaaagcatggcaatttcatcacaaacatta
gi|5 : tctattgttagcttaaagactaggttcagtaaaacaaatagataataaaacatccatgactcaaaattggattatctattgtttctggagttaaaaaaccaatatttcggtattttgactatttttgaaaaaactcaattttaggccaatttacggacgtcatttgcaaaaaaatgcacaacatacagattatgaaaattatcatagttaattcataactttatgttgaaatataaaaatcaagcgatgtcatattttgctaactaaaatattttgttgtcaaatttggttgccatggtaatgatgaaaattcgctatcttaatatacagtcaaatttattattttttaatataatatccgcaatcatgtgtaatgatgatatatgtactttctttcatgttcaaaataacttcgttagcctactggaaccaattttcgtattttatgataagtagtaaatatttcaagtgcgctatttatacccaaagacattaaaacgttggggagaaaaacctaactaaactaattttactgctatacatttttattacttgcttaaaaaacaaatacatgtaaatattcgcccaataaataaataaataaataacatgtcttattagcttaagaattggttgccatggtaatattaaaatcttaccatctgtatgtatacgagtcaaatttcatctcaatcatgtattcttgatttatgtatcatggtagtttggtgcaatattattttctttcaaattatagaaataagaaatattttagttgccatagtgacagtatttcagtatttcatgataaagtggtaacacatgaactagttggaacccatggattttctctccgttacactgtcttcaatgaatgcagtgtgtaacagagagaaaacctatgggttcagacaaaggctatttacatgATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCTCTTTTT---GAGTAGAAATA--AC-A--AATTT-AA-TGTTACCCGTGA-GA-AAT-T-TCTTT--ATT-G-TT-ACCTTAAAG-AC-T-A--TTC-AG-C---------A--TAAACA--A----ATA---CAT-------A-AA-TA--AAA--A-TTC---AT-GACTTC-----A---ATTG-GATT--G---CTA-------TTT-TG-GAGT-TG--AAAA--TC-ATTC--T-T-TGG--GCAT-GT-TGAACCATT--T-TTTTA--------AA----AAAC----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--ATTCT-A-A-GAA--AA-AGCAC-TCA-ATACA-G-TATGA-AGAATTATGCATT---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATAT--AAAAA-T-C-AGT-GAGTT-G--T-TTATTTTTGCCTAA-----C-TAAAAATA--------TTTGTT-T---CAAAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GGTTAAT-A-GAA----AAA--T---C-TC--------A-CAAT-C-TGAA-----TAT-ACAA-TAAAA-T-TTT---ATATAT----TTT-TCAATA----TAATA---C---C--AATCA--ATG-T---AATTTG-TCATAAAATGTTA-ATGTTTTTT-CA-----TGTTTCAAAAA-----ATACTTCAG---TTGT-GC-C-A-TG-GCA-ACCACAAATTTT-GCTAGTTT-ATGATACAGTGCTAACAGACA--GCAAG-TGC---GCTATCTATAA-C-CC-G-AAA-CATT---ACATTG-GGCC--GGGAAA-CA-CAGC-AA-ATAAACTAAT-TTTAATTGGTATA-AC--TTTTTTAATTACTTGATTAAAAACAA---ATATAT-----A---AA------------AAAA------TATAA-CAT-----T---TAAATA-TG-CCTATTATGC-TACA----TGT-A-CT------AAAATTATGTAG---CTT----------AAGGATTG-GTTGCCATGGTAA-T-A----TTAA-----AATC-TCACCCATCT---TT-TATA----TAGGAGTCATAAATTT------CA--TAAC-AATCTTTATATATA-TT-CTTAATT-TA-TAATAGATC--ATGGTAG-TT-G-GGCACA-A-T-ATTTTTT------TT--TTCA----CA-TA----C-------AGA-AGT---------ATTTTA--GTTGTCA---TT-GC-GGAAC-T-G-T-TTT-CATTATT-------T-T-TATGAT---AAA--GC---GG-TAACAAATGAAC-TTGTCGGAA-CTCA-GG-ATTTTCTCTCCTCCGTTACA-ATGTTATTCAA----TGAA-TA-CAGTATGTAAAC---AGAGAA-------AAT-------------CTATG-GGTTTCAGACA-AT--GG-C-TATTT--AT-T--ATGTG--CATG-CAT----TTGTA--TGTACATTTACCTTAAGTC-CATAAC-T--ATATTCCTTTATCATTCTACATCTTC-TAC-TTTTGTA---TTAAAAACT-AACCTCATGA-ATAGTGTATT-TTTTTTTATT-AACTTG-TGTCA
gi|6 : aATAA-GG---TGGAT----------AAGC-ACC---TC---AACG-AT-TTTGC--TG-ATAAT----TTG-G-CA-A--TAG---GTATT---GA------------------CAC-CCCTCTATACATAGA-AT--AGTGGT-ACCAAAAATT-GCATT--AAAGG---TATTCA-TTGCCAT--G-TTA-CAA-AAC-ACCCCT--GAAAATG-GCTCCC-CA-ATGC-TTTAAAATGCCTTAA--TTTTGCCCTTTTTTT---GAT-AAAAACA--CA-A--A--TT-AA-AGTTACCTGTGACGC-AAA-T-TCTCT--ATT-G-TTCAGCTTAAA---C-T-AGGTTC-AG-T---------A--T-AACA--A----ATA---AA--------CTAA-TA--AA-C-A-TCT---A--GAC-TC--A-AA---ATTG-GATT--TATACTATTGT---TTC-TGAGAGT-TGA-AAAA--CCGAATG--T-T-C-GCAGCAT-TTCTG-ACTA----T-TTT-G--------AA----AAAA----T--C----CAA---TTTCT-A---G---GCCAAATTTA-C-A--CCGTC-A--TTTGCTA-A-A-A--AA-T-CAC-CAACAACCAGA-TATGA-AGAATTATGCA-T---AA-TTAATTATCA-TA----ACTTTTGAGA--TG----G---TG-AA--ATAT--AAAAAAT-CAAGC--A--T-G--TCATAATTTTG-CTAAA----C-TAAAAATAAAT-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTTGG--TTGCC-AT--GT-AAAT-ATGAA----AAA--T---C-TC---------CCTAT-CTTA-A-----TATAACAAGTCAAACT-TCC---AT-TAT----TT--TCA--A----TAATA--TCCTGC--AATCA--ATG-T---AATATG-TCAT-AAATG-GACCTATTCTTT-CA-----TGTTTC---AA-----ATACTTCAG------T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAA--ATTTT-AGTATTTTAATG--ACAGTAGTAAACGATT-TACAAGTTGC---GCTATTGAT-A-C-CC-CAAAA-CATT-AAACATT--G---GGGAGAAA-AA-C--CTAA-CTAAAC--ATATTT-ACTGCTATA-A-CATTTTT--ATTACTTGCTTAAAAAACA---AAATAC-----ATGTAA------------ATATTCACCCAA-AA-AATAA-A-TGAATAAGAA-T-CC-------------A----C-T-GCCT---------AT----TAG---CTT----------AAGAATTG-A-TGCCATGGTAA-T-AT---T--------AATCATCA--CATCTG---CATGTA----TA
gi|7 : AGCCAT-TCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAA---TTTAATATAGTGG---TGGAT----------AAAC-ATC--CTC---ACCA-AT-TTTGC--GG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGATTATT-T-GA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-AT--A-CGGT-ACCAAAAATT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGAAC-ATCC-T--GAAAATG-GCCCCCCAAGATGA-TTAAAAATGCTT-AA--TTTTGGCCCTTTTTTTAAAATTAAGAATA--CATA--AAATT-GA-TATTACTCGCGA-GC-AAA-T-TTCTT----T-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTC-AG-C---------A--T-AACA--A----GTA---AA--------T-GA-TA--AAAC-A-CCC---AT-GGC-TC--A-AA---ATTT-GATT--GT--CTATTGC---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-GATG--T-T-T-G--GCAC-TT-TG-ATTA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---A---TCTAA-TTTA-T-G--ACGTT-A--TTTGC-A-ATA-A--AA-TTCAC-CCACATACAGG-TACGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----C--TT----A--TGTCAAA---TATAA--ATA---AAAAA-T-CAAGC-GA--C-G--TCTTA-TTTTG-CTAA-----C-TAAAAAGA--T-----CGTGTT-T---C-AAAT-TT------------T--GG-TAAT-ATGAG----AAA--T---C-TC--------A-CAAT-C-TGAA-----TAT-GCCAGTCAAA-T-TTC---AT-TAT----TTT-TCAATA----TGATA--TC---CCTAATCA--ATG-C---AATTTG-TCAT-GAATG-CA-ATTTTTCTT-AA-----TGTTTC-AAAA-----ATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GAA-ACCAC--ATTTT-AGTATTTT-ATAATACAGTGGTAACATATA-TACAAG-TTT---GCTATTTGT-A-C-CC-GAATA-CATTAAAACATT------GGGGAAAATCA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ACT-GTATAAATC
gi|8 : TCA-AA--TTT-----CA--TCTCCAATC-----ATGTA-TT-CTTGATT-TAAT-GT--ATC--A-GGTAGTTT-GGCGCA-ACA-TTA--TTTT------CT--TTCA----AATTA----T-------AGA-AATTATAGAAATATTTTAA-GTTGCCAG--TAAGT-G--AC-T-G-TTATT-CAGTA-T-------T-TTCATGAT---AAATTGTATTGG-TAACAA--GAAC-TAGTCGGAAACCCACGG-ATTTTCT---CTCCGTTAGACCTG-TATTCAA----TGAA-TG-CAGTGTGT-AATAG-AGAGAA-------AGC-------------CTATG-GGTTCA-GACA-AT--GGCCTTATATAC-T-T--A---A--CATT-T------TT-TA-----ACATTT-CC-TAA-TC-T----C-T-A------CTTTA--A---------TTA-AAA-TATTGTAAATTTAAAAACTCAACCTAATGACAT-GCGTA---TTTTTCTATTATACTGTATATCATTCTAT--TTTTCT-TTTC---------TATTCATTATCTATACGC-TC-AC-AGG-GATGGATGCGGG-GA-CATGC-TAAATT-------ATGAAAA---AACT-A-CGGATAATTAAAGC-C-----GAATATTCAA-TTTTTGTGGTGCGAGA----ATAATTTAACGG-TAGCATGCC--GATATTTTTCC-AAAGCAA-T-GCA-----TTCATGCACAAAC-ATTAtt
gi|9 : --AAATT-A--TGTTACTCG-GA-GT---T-T-TCTTTTCCTT-G-TT---TTTAAAA-A--T-AGTTTT-AG-CCTCACAAAGA--T-AATAATA----ATA---AA--------A-AA-TAATAAAT-A-------AT-GACATC--ATAACTTACTGTGGCT--AC--C-AATGT---TTC--G-GAGT-TGACAAAA--TC-AATT--TAT-C-G--GAAT-TT-TG-ACCA----T-TGTTG--------AAAATCAAAA----CAGA----CAAT--TTT-T-A---A---GC-----TTA-T-G--AAATC-A--ATTAC-ACG-G-AATAA-TGCGC-CGAAATGCAAG-TATGA-AGAATTATGTA-G---GAGTTAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CGTCGCAAACCACGGTTTTGAGTCCACATACGTTGTGATGATGGAGAGGATCGATAAGAAGCACCCGTGGGTTACCGACA
Unaligned ( gi|23 ): GTGTTTCTTTGAGCAGAATATCAAACACACACACGAAAATTTTACCAAATCATAATCCCT
Unaligned ( gi|27 ): AGTGATGGCGTGTTTTGTGATTTATTCCCAGGGGAAG
Unaligned ( gi|28 ): AAGTAATTTCTGTACATTTGCGTCATAACAAAT
Alignments
lowQualScore : 1 1111 111 2222222222 111 222 1111 111 111 444444444444444444 111 1111 111 1111 11 111 111111111 1111 2222222222 1 111111 1111 22222222 111 111 11 2222222 11 11111 22222222 11 1 1111 2222222222 1 1111111 1 1111 11111 2222222222 11 11111 11111 11111 111111 1 2222 4444444 111111111 22222 11 111 444444444444444444444444444444444 2222222222 666666666666666666666666666666666666 111 3333333333 2222222222222 1 1 33333 1111 11 222222 11111 11 1 2222 1 111111 11111 222222222222 222222222 11 111 1111111 111 1111 111 2222 33333333333333333333333 1111 22222222 222222222 111 1 111 3333333333333 11 222 111 222222222222 1 1 444444444 11 22222 1 1 11 1 11 1111 1 3333333 111 11 33333333333 33333333333 11 1 1 111 2222 1 1
lowQualScore : 7 888 6 6 6 2222 5 111 9999999999 6 000 333 6 6 99 888 4444 6 6 000 3 1 222 999999999999999999 6 6 111 6 5555 6 0 6 99 000 1111 33 5 5 11 5 9999 6 2 6 5 6 6 99 4 111 99999999 5 5 5 5 55 5 888 4 4 777 4 55 4 4 4 666666666 8888 4444 777 3333333333 4 55 4 8888888 4 2 7777 777 4 888888 3 666 3 3 3 3 55 44 88 3 999999 3 3 3 2 2222 3 22222222 7777 888888888888 000 3 3 666 111 4 4 4 55 4 66 0 8 4 4 4 22 4 3 4 0 4 4 0 4 777 66 4 9999 9999 66 0000000 4 66 00 8 4 4 66 4 66 3 8 5 77777 5 66666666 5 888 5 5 4 66 5 11 0 5 0000 999999 5 5555555555 5 0 9999999 0 222 5 5 4444 5 22222 5 9999 0000000000 00 00000 4 4 99 66 5 5 44444 5 0 44444 555555 5 5 5 1 5 0 5 888 5 0 5 0 5 0 999 5 888 5 5 5 5 5 2222 1111111 666666666 5 5 5 3 22222 11 1 444 0 000000000000000000000000000000000 3 6 8888888888 6 1 3 888888888888888888888888888888888888 000 0000000000 5 5 5 4444444444444 1 1 55555 2222 6 55 555555 99 0 5 1 44444 5 5 5 5 5 77 55 0 5 1 0000 5 1 77 666666 77 33333 555555555555 5 222222222 33 1 555 5 5 77 666 5 5 5 5 8888888 5 5 000 77 2222 5 1 0 222 1 4 0 4 777 1 4 4 3333 4 4 0 4 2 4 22222222222222222222222 33 5 5 5 66 2222 00000000 7 333333333 3 111 66 5 1 3 8 0 8 555 5 9999999999999 44 999 555 6 22 222 000000000000 99 0 88 22 6 0 000000000 66 33 44444 0 0 00 0 33 0000 0 4444444 444 8 8 11 1 77777777777 8 8 88888888888 8 2 33 0 0 777 0 6666 0 0
lowQualScore : . ... . . . .... . ... .......... . ... ... . . .. ... .... . . ... . . ... .................. . . ... . .... . . . .. ... .... .. . . .. . .... . . . . . . .. . ... ........ . . . . .. . ... . . ... . .. . . . ......... .... .... ... .......... . .. . ....... . . .... ... . ...... . ... . . . . .. .. .. . ...... . . . . .... . ........ .... ............ ... . . ... ... . . . .. . .. . . . . . .. . . . . . . . . ... .. . .... .... .. ....... . .. .. . . . .. . .. . . . ..... . ........ . ... . . . .. . .. . . .... ...... . .......... . . ....... . ... . . .... . ..... . .... .......... .. ..... . . .. .. . . ..... . . ..... ...... . . . . . . . ... . . . . . . ... . ... . . . . . .... ....... ......... . . . . ..... .. . ... . ................................. . . .......... . . . .................................... ... .......... . . . ............. . . ..... .... . .. ...... .. . . . ..... . . . . . .. .. . . . .... . . .. ...... .. ..... ............ . ......... .. . ... . . .. ... . . . . ....... . . ... .. .... . . . ... . . . . ... . . . .... . . . . . . ....................... .. . . . .. .... ........ . ......... . ... .. . . . . . . ... . ............. .. ... ... . .. ... ............ .. . .. .. . . ......... .. .. ..... . . .. . .. .... . ....... ... . . .. . ........... . . ........... . . .. . . ... . .... . .
lowQualScore : 7 222 7 7 7 7777 7 777 2222222222 7 222 333 7 7 22 777 2222 7 7 888 5 0 555 222222222222222222 7 7 777 7 0000 7 7 7 22 000 6666 66 7 0 66 7 3333 7 5 7 7 7 7 22 2 777 55555555 0 0 0 0 55 0 777 0 0 333 0 66 0 0 0 000000000 0000 0000 000 5555555555 0 55 0 0000000 0 0 8888 000 0 000000 3 444 6 6 6 6 00 99 66 6 888888 6 6 6 6 7777 6 33333333 7777 999999999999 000 6 6 444 000 0 0 0 55 4 11 1 9 4 4 4 22 4 9 4 1 4 4 1 4 888 11 4 4444 4444 11 1111111 4 11 66 9 4 4 11 4 11 9 9 0 55555 0 44444444 0 888 0 0 2 99 0 99 0 0 6666 666666 0 9999999999 0 0 6666666 0 888 0 0 0000 0 55555 0 4444 0000000000 66 33333 4 4 33 44 3 7 33333 7 3 33333 999999 7 7 7 4 7 7 7 222 0 2 0 1 9 2 555 0 888 0 0 0 0 0 7777 7777777 666666666 7 7 7 0 88888 22 7 000 8 888888888888888888888888888888888 5 7 7777777777 7 0 7 333333333333333333333333333333333333 000 7777777777 7 7 7 6666666666666 4 4 33333 1111 7 88 888888 22 7 7 7 33333 7 7 7 7 7 99 77 1 7 4 9999 7 4 99 444444 99 11111 333333333333 7 999999999 66 7 777 7 7 99 111 7 4 7 7 6666666 7 7 000 99 7777 7 4 7 666 9 4 1 4 888 9 4 4 2222 4 4 1 4 7 4 88888888888888888888888 11 0 0 0 99 5555 00000000 8 222222222 2 888 44 6 4 2 0 8 0 666 0 2222222222222 00 888 000 0 00 888 666666666666 44 6 88 44 4 8 000000000 55 88 88888 0 0 22 0 22 8888 0 0000000 000 0 0 00 0 00000000000 0 0 66666666666 0 5 88 0 0 000 2 2222 0 0
consensus : AGAGCCATCTCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAN---TTTAATATAG-GG---TGGAT----------AAGC-ACC--CTC---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGANTATT-T-GA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-AT--A-TGGT-ACCGAAAATT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGAAC-ACCC-T--GAAAATG-GCTCCC-AAGATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCTTTTTTT---GATTAAGAATA--CA-A--AAATT-AA-TGTTACTCGTGA-GC-AAA-T-TCTTT--ATT-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTC-AG-C---------A--T-AACAA----ATA---AA--------N-AA-TA--AAAC-A-TCC---AT-GAC-TC--A-AA---ATTG-GATT--GC--CTATTGT---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-C-G--GCAT-TT-TG-ACCA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AA-TGCAC-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATAT--AAAAA-T-CAAGC-GA--T-G--TCTTA-TTTTG-CTAA-----C-TAAAAATA--T-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GG-TAAT-ATGAA----AAA--T---C-TC--------ACCAAT-C-TG-A-----TAT-ACAAGTCAAA-T-TTC---AT-TA-----TTTT-TCAATA----TAATA--TC---C--AATCA--ATG-T---AATTTG-TCAT-AAATG-TA-CTGTTCTTT-CA-----TGTTTC-AAAA-----ATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAC--ATTTT-GGTATTTT-ATGATACAGTGNTAACAGATA-TACAAG-TGC---GCTATTTAT-A-C-CC-GAAAA-CATT-AAACATT--GGCCGGGGGAAA-CA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ACTGGTATACATCATTTTTTNATTACTTGCTTAAAAAACA---ATATAT-----A---AA------------AAAT------AATAA-AATAA-A-T---TAAACA-TGCCCTATTATGC-TA-A----C-T-ACCT------AAAATTATGTAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCATGGTAA-T-AT---TTAA-----AATC-TCA-CCATCTG---TATGTA----TAGGAGTCA-AA--TT------CA--TCTC-AATC-----ATGTA-TT-CTTGATT-TA-T-GT--ATC--ATGGTAGTTT-G-CGCA-A-A-T-A--TTTT------CT--TTCA----NATTA----C-------AGA-AGT---------ATTTTA--GTTGCCA---TA-GC-G--AC-T-G-TATTT-CAGTA-T-------T-T-CATGAT---AAA--GC---GG-TAACAAATGAAC-TAGTCGGAA-CCCACGG-GTTTTCT---CTCCGTTACA-CTG-TATTCAAT---TGAA-TG-CAGTATGT-AACGG-AGAGAA-------AAC-------------CTATG-GGTTCC-GACG-AT--GG-CTATTTACAT-T--ATATACGTT--CATC---TTNTA--TGTACATTTACCGTAAGTC-CATAAC-T-AATATTCCTTTATCA---------TTC-TAC-TTTTGTA---TTAAAAACT-AACCTCATGACAT-GCGTATT-TTTTTCTATT-CACTTGATATCAATTNATCACTTTCTNTTTC---------GATTC--TATT--CGCGC-TC-AC-GGG-GATGG-TGCGGGAGA-CAAGC-TAAATT-------ATGAAAA---AATT-A-CGG--AATNA---N-T-----GAATATTCAA-TTCTTGCGGTGC-AGA----A-----TAACGG-TAGTATGGC--GATATTTTT-C-AAAGCAA-T-GCAA--TTTTCAT-CACAAAC-ATTA
Reference ( family-305 ) : AGAGCCATCTCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAN---TTTAATATAG-GG---TGGAT----------AAGC-ACC--CTC---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGANTATT-T-GA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-AT--A-TGGT-ACCGAAAATT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGAAC-ACCC-T--GAAAATG-GCTCCC-AAGATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCTTTTTTT---GATTAAGAATA--CA-A--AAATT-AA-TGTTACTCGTGA-GC-AAA-T-TCTTT--ATT-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTC-AG-C---------A--T-AACAA----ATA---AA--------N-AA-TA--AAAC-A-TCC---AT-GAC-TC--A-AA---ATTG-GATT--GC--CTATTGT---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-C-G--GCAT-TT-TG-ACCA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AA-TGCAC-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATAT--AAAAA-T-CAAGC-GA--T-G--TCTTA-TTTTG-CTAA-----C-TAAAAATA--T-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GG-TAAT-ATGAA----AAA--T---C-TC--------ACCAAT-C-TG-A-----TAT-ACAAGTCAAA-T-TTC---AT-TA-----TTTT-TCAATA----TAATA--TC---C--AATCA--ATG-T---AATTTG-TCAT-AAATG-TA-CTGTTCTTT-CA-----TGTTTC-AAAA-----ATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAC--ATTTT-GGTATTTT-ATGATACAGTGNTAACAGATA-TACAAG-TGC---GCTATTTAT-A-C-CC-GAAAA-CATT-AAACATT--GGCCGGGGGAAA-CA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ACTGGTATACATCATTTTTTNATTACTTGCTTAAAAAACA---ATATAT-----A---AA------------AAAT------AATAA-AATAA-A-T---TAAACA-TGCCCTATTATGC-TA-A----C-T-ACCT------AAAATTATGTAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCATGGTAA-T-AT---TTAA-----AATC-TCA-CCATCTG--TTATATA----TAGGAGTCA-AA--TT------CA--TCTC-AATC-----ATGTA-TT-CTTGATT-TA-T-GT--ATC--ATGGTAGTTT-G-CGCA-A-A-T-A--TTTT------CT--TTCA----NATTA----C-------AGA-AGT---------ATTTTA--GTTGCCA---TA-GC-G--AC-T-G-TATTT-CAGTA-T-------T-T-CATGAT---AAA--GC---GG-TAACAAATGAAC-TAGTCGGAA-CCCACGG-GTTTTCT---CTCCGTTACA-CTG-TATTCAAT---TGAA-TG-CAGTATGT-AACGG-AGAGAA-------AAC-------------CTATG-GGTTCC-GACG-AT--GG-CTATTTACAT-T--ATATACGTT--TATC---TTGTA--TGTACATTTACCGTAAGTC-CATAAC-T-AATATTCCTTTATCA---------TTC-TAC-TTTTGTA---TTAAAAACT-AACCTCATGACAT-GCGTATT-TTTTTCTATT-CACTTGATATCAATTNATCACTTTCTNTTTC---------GATTC--TATT--CGCGC-TC-AC-GGG-GATGG-TGCGGGAGA-CAAGC-TAAATT-------ATGAAAA---AATT-A-CGG--AATNA---N-T-----GAATATTCAA-TTCTTGCGGTGC-AGA----A-----TAACGG-TAGTATGGC--GATATTTTT-C-AAAGCAA-T-GCAA--TTTTCAT-CACAAAC-ATTA
gi|1 : AGAGCTATCTCT-C-GT-AAG-CATC-AAAATT---TTTAATATAG-GGCTCTGGAT----------AAGC-ACC--CTC---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGATTATT-T-GA------------------CACACC-TCT---CATAGA-A---A-TGGT-ACCGACA-TT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGA-C-ACCC-T--GAAAATGTGCTCCC-AAGATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCCTTTTTT---GATTAAGAATA--CA-A--CAATT-AA-TGTTACTCATGA-GC-AAAAT-TCTTT--ATT-G-TT-ACCTTAAAG-AC-T-ATGTTC-AG-C---------A--T-AACAA-----TA---AA--------G-AA-TA--AAAC-ACTTC---AT-GAC-TT--A-AA---ATTG-GATTC-GC--CTAT-GT---TTCATG-GAGT-TGA-AAAA--CA-AGTG--T-T-T-G--GCAT-TT-TG-ACCA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AA-CGCAC-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CATTA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--A-AT--AAAAA-T-CAAGT-GA--T-G--TGTTA-TTTTC-CTAA-----C-TAAAAATA--T-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GG-TAAT-ATGAA----AAA--T---C-TC--------ACCAAT-C-TG-A-----TAT-ACAAGTAAAA-T-TTC---AT-CA-----TTTTCTCAATA----TAATA--CC---C--AATCA--A-G-TAGAAATTTG-TCAT-AAATG-TA-CTGTTTTTT-CA-----TGTTTC-AAAA-----ATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAC--ATTTT-GCTAATTT-ATGATACAGTGCTAACAGACA-TACAAG-TGC---GCTATATAT-A-C-CCTGAAAA-CATT---ACATCG-GGCTGGGGGAAA-CATC--C-AATATAAACTAAT-TTT-ATTAGTATACATCATTTTTTCATTATCTTCTTAAAGAACA---ATATAT-----A---AA------------AAAT------AATAATAATAATATT---TAAACA-TGCCCTATCATGC-TACA----C-TGACCT------AAGAATATGTAG----TT----------AAGAAATG-GTTGTCATGGTAA-T-AT---TTAA-----AATC-TCA-CCATCTGAATTAGATACATGTAGGAGTCA-AA--TT------CA--T----AAT------ATATA-TTGCTTAATTGTA-T-GT--ATCGTACGGTAGTGT-G-CACA-A-A-T-A--TTTT------CT--TTCA----CATTA----C-------AGA-AGT---------ATTTTA--GTTG-TA---TA-GC-G--AC-T-GATATTT-CAGTA-T-------T-T-TATGAT---AAA--GT---GGTTAACAAAT-AAC--AGTCGG-A-CCTACGG-GTTTTCT---CTCCGTTACA-CTG-TATTCAAT---TGAA-TGCCAGTATGT-AACAG-ATAGAAG------AAT-------------CT-TG-GGTTCA-GACATAT--GGTTTATTTACAT-T--ATATATATT--GATT---TTGTA--TGTACA-TTACCATAAGTC-CATAAC-T-AATATTCCGTTTTCG---------TTCTTACGTTTTGTATG-TTAATTGCT-ATACTCATGACAA-GTG-ATTGTTTTTCTATT-TACTTGATATCAATTGATCACTTTCTGTTTC---------GATTC--TATT--CGTGC-TC-ACGGGG-GATGG-TGCGCGAGA-CAAGCTTAAATTTGAAAGAAAGAAAA---AATT-A-CGG--AATCA---G-T-----GAATATTCTA-TTCTTGCGGTGC-AG-----A-----TAACGG-TAGTATGGC--GATATTTTT-CAAAAATAATT-GGAA--TTTTTAT-CACAAACGATTA
gi|10 : ATA----TAATA--TC---CCTAATTG--ATG-T---AGTTTG-TCAT-GCATG-TA-ATGTTTTTTTCA-----TGTTTC-AGAA-----ATATTACAG---T--T-GC-C-G-TG-ACA-ACCAC--ACTTT-AGAATTTA-AAGATAAAGTATTAACTGATT-TACTAG-TAC---GCTATTTAT-A-C-CC-GGAAA-CATT-AA--ATT--A--CTGGGGAAA---------AA-ATAAATTAAC-TTT-GCTTGTGTAC--CATTTTCATATTACTTGCTCAAt
gi|11 : AGCCATTTCT-CTGT-AAG-CATC-ACAAATACTTTTAATATAA-GG---GGGATTGGACTTAAAAGGCGACCGCTTCGTAACCGGATATTTGCGTCGCA-AATGATTTTGTG-CATACGTACTGTGTATT-TTGA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-ATTAA-TGGT-ATCAAAAATT-GCATTAGTGAGG---TAC-CGTTTGCCAT--GTGT-ACAAAGAC-
gi|12 : tCTC-CATC-----ATACA-TT-CTTAATT-TA-T-GT--ATC--ATGGCAGTTT-GGCACA-ATA-TTA--TTTT------CT--TTCA----AATTA----C-------AGA-AAT---------ATTTTA--GTTGCCA---TA-GC-G--AC-T-G-TATTT-CAGTA-T-------T-T-CATGAT---AAA--GT---GG-TTACAAATGAAC-TAGTAAGAA--CCACGA-GTTTTCT---CTCCGCTACA-CTG-TATTCAA----TGAA-TG-CAGTATGT-AACAG-c
gi|13 : ---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-TAT-A--GCAT-TT-TG-ACAA----T-TTAAA--------AA----AAAAAACCC--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AAATGCAT-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--AA-TA----CCTTT----A--TGT---T---TA-AA--TTATA-AAAAA-T-CAAGT-GA--T-G--TGTTA-T
gi|14 : --AAACT-AA-TTTTATTGCTAA-AC-AAT-G-TCTTT---TT-G-TT-CGCTTAAAT-AT-T-AGATCT-AG-C---------A--T-AACAA----ATACCTAATAAGGCATC-AA-TA--AAGC-A-TCA---AT-AAA-TC--A-AA---GCGA-GATT--AC--CTTTGGT---TTC-TG-GAGT-C---------TC---TG--C-T-T-GT-GCAT-CC-TG-ACC-------TTTTGGGGGAAAAAG----AAAA----A--T----CAA---TTT-T-A---
gi|15 : TTAATT--CA--A----CCTTT----A--TGT---GG--TG-AA--ATGT--AAAAAAT-CATTTTGA--T-G--TCATA-TTT-A-CTAA-----C-TAA---------------TGCT-G---C-AAAT-TTTGT--CTGTC-ATAAGA-TGAT-ATGAA----AAA--T---CTTC--------AGAAAT-C-TG-A------AT-ATA--TCAAT-C-TTCA--AT-AA-----TACT-ACAATA----TGATAT-TC---C--TATCA--GTG-T---GCTTAG-TCAT-CAAa
gi|16 : acaATTATTCATTTTCTATTTC---------GAT-C--TATT--CACGCCTCTAC-GGGAGGTGG--GCGGGAAAACAAGC-TAAATTA------ATGAAAA---AATT-A-CGG--AATAA---C-T-----GAATATT-AA-TTCTTGCGGTGC-AGA----A-----TAACGG-TAGTATGGCCGAATATTTAT-C-AAAATAA-TGGTAATTTTTTTAT-CAGAAAC-AT
gi|17 : TTT--ATT-GGTT-A-CGTAGAG-A--T-AGGTCCCAA-C---------A-------AA----ATA---GA--------T-GA-TG--AAAT-A-TTTTTTAT-AAAATC--A-AG---ATTG-AGTTACGC--GTATTGT---TTC-TG--ACT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-T-G--GCG--TT-TG-AATA----T-GTTTGGAAAA---AA----GAAA----C--T----CAA---------A---G-----CAT-TTTA-T-G--ACat
gi|18 : ctggAT-----A---AA------------TAATTA----AATAA-AAAAA-A-T-----AACA-TGCTTTATTATGC-TA-A----C-T-A----------AAATTGCGTAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCATGGTAA-T-A----TTAA-----ACTC-TCA-CCATCTG---TATATA----CAaag
gi|19 : aaaaacaaaaaacaagcaaacacccccccccccccaGTCGGAA-CCCACGG-GTTTTCT---CTCCGTTATA-CTG-C-----GT---TGAA-TG-CAGTA--T-AACGG-AGAGAA-------AAC-------------CCGTG-TGTTCC-GACG-AT--AG--TATTT---T-TTGATACATGCTG-TATCAAATTACA--TGTAC-----CCGTAAATT-CATAtgtaag
gi|2 : tcAGAGCCAT-TCTGCTGTTAAG-CATCCAAAAAA---TTTAATATAG-GC---TGGAT----------AAGC-ACC--CTT---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----T---G-CATG--TAGAGATTATT-T-GGGGGAAAAAAAAACCCCCCCAC-CC-TCT---TCTAGA-AT--A-TAGTTACCGAAAATTTGCATT--TGAGG---TAC--G-TTGCCATA-G-GTA-CAAGAAC-ACCC-T--GAAAATG-GCTC---AAGATGCGTTAAAAATGCGT-AACATTTTGGCCTTTTTTT---GAGTAAGAATA--CA-C--AAATT-AAATGTTACTCGTGA-GC-AAA-T-TCTAT--ATTTG-TT-ACCTTAAAGGAC-TGATGTTC-AG-C---------A--T-AACAA----ATA---CA--------T-AACTA--AAAC-A-TTC---ATTGAC-TT--C-AA---ATTG-GATT--GC--CTATATT---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-T-T--GGAT-TT--G-ACAA----TCTTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-TTA---GA--GCCAA-ATTAAT-GGGACGTCCA--TTTGC-A-A-G-A--AA-TG-ACACCACATACAGG-TATGA-AAAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATATAAAAAAA-T-CAAGT-GA--TGG--TGTTA--TTTG-CTAA-----CTTAAAAATAGTT-----TTCGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-ATC-AG-TAAT-ATGAA----AAAACT---C-TC--------ACAATT-C-TG-AATTATTAT-ACACTTAAAA-T-TTT---AT-TA-----TTTT-TCAATA----TAATACGCC---T--AATCATTTTGCT---AGTTTA-TGAT-Agt
gi|2 : C--ATTTT-GCTAGTTT-ATGATACCGTGCTAACAGA-A-TG-AAG-TGCCGCGCTATATAT-A-C-C--GAACA-CTTT-A--CATTTGGGCCGGGAAACA-CA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ATTGGTATACATTTTTTTTAAATTAC-TGATTAAAGAACA---AT-TATTATTAA---AA------------AAAT------AATAA-CAT-----T---TAAACATTGCCCTATTATGCATA-ATAGGT-T-ACCTAAAAAAAAAATTATGTAAGGTCTTAAAAAGGGAAAAAAATTG-GTGGCCATGGTAA-TCAT---T--A-----AATC--CACCCATCTG-----TATA----TAGGAGTCA-AA--TTTCATAACA--TCTT-A--T-----ATATATTT-CTTAATC-TA-T-GT--ATC--ATGGTAGTTG-G-CAC----A-T-A--TTTT------CT--TTCA----CATTA----C-------AGA-AGT---------ATTTTA--GTTGTCA---TA-GCGG--AC-TGG-TATTTCCAGTA-T-------TCT-TACGAT---AAA--GC---AG--GACAAATGAACTTTGTCGGAA-CTCACGG-ATTTTCT---CTCCGTTACA-CT--TATTCAATTGGTGAATTG-CA--ATGT-GATGGTAATGAACCGCATGAACTCTATATAAATTGCTATGTGGATTC-GACA-ATTGGG-C--TTTATAT-T--GTATATGTccgtgctaacagaatgaagtgccgcgctatatataccgaacactttacatttgggccgggaaacacaccaaataaactaattttattggtatacattttttttaaattactgattaaagaacaattattattaaaaaaataataacatttaaacattgccctattatgcataataggttacctaaaaaaaaaattatgtaaggtcttaaaaagggaaaaaaattggtggccatggtaatcattaaatccacccatctgtatataggagtcaaatttcataacatcttatatatatttcttaatctatgtatcatggtagttggcacatattttctttcacattacagaagtattttagttgtcatagcggactggtatttccagtattcttacgataaagcaggacaaatgaactttgtcggaactcacggattttctctccgttacacttattcaattggtgaattgcaatgtgatggtaatgaaccgcatgaactctatataaattgctatgtggattcgacaattgggctttatattgtatatgtgattagtgcaatttgagtactgctcactaactttttatcgcttttgatacagtgtacccatacatttaatattgtccattgatctctaactttctttatctcggtgacttttgttatgttattgaaaaccctatccttacgatgacaagtgtaatttttgcctttcttttctctgtgt
gi|20 : agagccattctgctgttaagcatccaaaaaatttaatataggctggataagcacccttaccgattttgctgaaattgcatgtagagattatttgggggaaaaaaaaacccccccaccctcttctagaatatagttaccgaaaatttgcatttgaggtacgttgccataggtacaagaacaccctgaaaatggctcaagatgcgttaaaaatgcgtaacattttggcctttttttgagtaagaatacacaaattaaatgttactcgtgagcaaattctatatttgttaccttaaaggactgatgttcagcataacaaatacataactaaaacattcattgacttcaaattggattgcctatattttctggagttgaaaaatcaatgttttggatttgacaatcttttgaaaaaactcaatttttagagccaaattaatgggacgtccatttgcaagaaatgacaccacatacaggtatgaaaaattatgcataagttaattcatacctttatgtgtaaaatataaaaaaatcaagtgatggtgttatttgctaacttaaaaatagttttcgtttcaaaattcggttgccatcagtaatatgaaaaaactctcacaattctgaattattatacacttaaaattttattatttttcaatataatacgcctaatGTCGGAA-CCCAGGG-GTTTTCT---CTCTGT-ATA-CTG-CATT---------GA-TG-CAGTAT---AACGG-AGAGAA-------ACC-------------CAATG-GGCTCC-GACG-AT--Ggattagtgcaatttgagtactgctcactaactttttatcgcttttgatacagtgtacccatacatttaatattgtccattgatctctaactttctttatctcggtgacttttgttatgttattgaaaaccctatccttacgatgacaagtgtaatttttgcctttcttttctctgtgt
gi|22 : tT-------ATGAAAATTTAATTTA-CAG--AATTA---GCT-----GAATATTCAA-TTCTTGCGGTGC-AG-----A-----TAACGG-TAtgcatgccaaaattatt
gi|24 : GG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACGAG--C-ACCC-T--GAAAATG-GCTCCC-AAGATGC-tgctgc
gi|25 : TGTAT-AACGG-AGAGAA-------AAA-------------C-GTG-GGTCCC-GACG-AT--Gat
gi|26 : AGAGCCAT-TCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAT---TTTACTATAG-gcgta
gi|3 : aAGCCATCTCT----T-AAGGCATC-ATAAAA---ATTAATA-AA-GG---TGGAT----------AAGC-ACC--CTTTCTACCG-AT-T--GC--TG-T-A-T----ATG-GTCAT------TGAGTATGAT-AA------------------TGC-AC-CCT---CATAGAGAT----TGGT-ACCAAAAATT-GCA-T--TGAGGTGATAC----TTG-CATGCG-GTAACAAGAACTACTC-CGGGGAAATC-GTCCGC-AAGATGT-TGGAAAATGC-T-AA--ATTTGGCC---TTTT---GATT-ATAATAATTA-ATCAAATTAAA-TTTTA--TGTGA-GCAAAA-TGTCGTG--ATT-G--T-AGCTTAAAG-ACTT-AGG-TC-AGTT---------ATTT-AGCAATCTCAAA---AA--------T-AA--A--AAACGA-TCG---AT-GAC-TCAAA-AA---ATCG-GAT-------ATATTCTATGTTC-TC-GAGTATGA-AAAAAGTC--ATGATT-T-C-G--ACATGTC-TG-ACGAAGTTT-TTTTG--------AA----AAAC----C--TTTCACAAAACTCT-T-ATATGTGTGTTAG-CTTT-T-G--A--TT-AGGCTT-C-A-A-G-AAGAA-T-TAC-CT-C-----GA-TATGATATAATT-TATA-TCCGGAGTTAA-T--CA-TAAAACTCACT----AATTGT---GTTTTA-AAATATAT--AAAAA-TACA--C-GA--T-GATTCTTG-TCTTT-C--ATCGGTC-TACAGATA--TAATTATTTTTT-TACAC-AAAAGTTTAGTTTTGCCTAT--GGATAAT-ATATATCGTAAA--TTCGC-TCCTCTTGATAGCAATACATG-------TATCACAAGTCATA-TCTTCAAAAT-TGTAATCTCTC-TCTATATTCTTAGTG--TC---T--AATCG--AGG--------------AT-AAATA--A-CTATTCATT-CGCCGCCTCTCTC-ATACTGTGTGTAATTCAGCTTT--T-GCGC-ATTGTGCATCCCGT--ATTTTAGGTATCTT-GTCA-ACAGTG-TAACAGAT--TACAAG-TGC---GCC-TTTAT-AGCACC-AAAAATCAT
gi|3 : aatG---CTTC---------GGGAATTGTGTT-CCAT--TAAGT-ATAGCTTAATAAAGAATTGTCA-CCATCTG----ATG-A----TAGAAGTAA-GA--TT------TACTTCTC-ATAC-----ATGTA-TT-CTTGA-T-TA-T-GT--ATTCAATGGTAGTAT-G-CGCG-C-A-T-A--ATCTATGAGACTACTTTATTGCTATTAATTTC-------ATATCAT---------ATTTTAAGGATGCTACGTTT-GC-G--ACTT-G-TTTAT-CAGTA-TTCCTCGCT-T-CATGATTCCATA--GA---AG-TAAC------GC----TCGA-----CACGGAGCTTTCT---ATCC-TTA----TG-TA-TCAAT-----GA-TG-CAGatagcgctgaagcaaaccgtgaactgagagtctagttacttgttctactcgtgagatatatttcatgctgtcgcttaaagtcacgagaacaatttgtcctcctccctcaccccacatctcactgcttcgggaattgtgttccattaagtatagcttaataaagaattgtcaccatctgatgatagaagtaagatttacttctcatacatgtattcttgattatgtattcaatggtagtatgcgcgcataatctatgagactactttattgctattaatttcatatcatattttaaggatgctacgtttgcgacttgtttatcagtattcctcgcttcatgattccatagaagtaacgctcgacacggagctttctatccttatgtatcaatgatgcag
gi|4 : aatagccatctcttaaggcatcataaaaattaataaaggtggataagcaccctttctaccgattgctgtatatggtcattgagtatgataatgcaccctcatagagattggtaccaaaaattgcattgaggtgatacttgcatgcggtaacaagaactactccggggaaatcgtccgcaagatgttggaaaatgctaaatttggccttttgattataataattaatcaaattaaattttatgtgagcaaaatgtcgtgattgtagcttaaagacttaggtcagttatttagcaatctcaaaaataaaaaacgatcgatgactcaaaaaatcggatatattctatgttctcgagtatgaaaaaagtcatgatttcgacatgtctgacgaagtttttttgaaaaacctttcacaaaactcttatatgtgtgttagcttttgattaggcttcaagaagaattacctcgatatgatataatttatatccggagttaatcataaaactcactaattgtgttttaaaatatataaaaatacacgatgattcttgtctttcatcggtctacagatataattatttttttacacaaaagtttagttttgcctatggataatatatatcgtaaattcgctcctcttgatagcaatacatgtatcacaagtcatatcttcaaaattgtaatctctctctatattcttagtgtctaatcgaggataaataactattcattcgccgcctctctcatactgtgtgtaattcagcttttgcgcattgtgcatcccgtattttaggtatcttgtcaacagtgtaacagattacaagtgcgcctttatagcaccaaaaatcatatagcgctgaagcaaaccgtgaactgagagtctagttacttgttctactcgtgagatatatttcatgctgtcgcttaaagtcacgagaacaatttgtcctcctccctcaccccacatctcactTCT--ATT-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTC-AG-T---------A--A-AACAA----ATA---GA--------T-AA-TA--AAAC-A-TCC---AT-GAC-TC--A-AA---ATTG-GATT--AT--CTATTGT---TTC-TG-GAGT-TAA-AAAA--CC-AATAT-T-T-C-G--GTAT-TT-TG-ACTA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-CGG--ACGTC-A--TTTGCAA-A-A-A--AA-TGCA--CAACATACAGATTATGA-A-AATTAT-CA-T----AGTTAATT--CA-TA----ACTTT----A--TGT-------TG-AA--ATAT--AAAAA-T-CAAGC-GA--T-G--TCATA-TTTTG-CTAA-----C-T-AAAATA--T-----TTTGTTGT---C--AAA-TTTGG--TTGCC-AT--GG-TAATGATGAA----AA-------T-TC--------GCTATC-T-TA-A-----TAT-AC-AGTCAAA-T-TT----AT-TA-----TTTT-TTAATA----TAATA--TCCG-C--AATCAT-GTG-T---AA--TGATGAT-ATATG-TA-CT-TTCTTT-CA-----TG-TTC-AAAA-----TAACTTC-G---T--TAGC-CTACTG-G-A-ACCA---ATTTT-CGTATTTT-ATGATA-AGTAGTAA---ATATTTCAAG-TGC---GCTATTTAT-A-C-CC-AAAGA-CATTAAAACGTT--G---GGGAGAAA-AA-C--CTAA-CTAAACTAAT-TTT-ACTGCTATACA-----TTTTTATTACTTGCTTAAAAAACAAATACATGT-----A---AATATTCGCCCAATAAAT------AAATA-AATAA-A-T-----AACA-TGTCTTAT-------------------------------------TAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCATGGTAA-T-A----TTAA-----AATC-TTA-CCATCTG---TATGTA----TACGAGTCA-AAT-TT------CA--TCTC-AATC-----ATGTA-TT-CTTGATT-TA-T-GT--ATC--ATGGTAGTTTGG-TGCA-ATATT-A--TTTT------CT--TTCA----AATTA----TAGAAATAAGA-AAT---------ATTTTA--GTTGCCA---TA-GT-G--AC-A-G-TATTT-CAGTA-T-------T-T-CATGAT---AAA--GT---GG-TAACACATGAAC-TAGTTGGAA-CCCATGG-ATTTTCT---CTCCGTTACA-CTG-TCTTCAA----TGAA-TG-CAGTGTGT-AACAG-AGAGAA-------AAC-------------CTATG-GGTTCA-GACA-AA--GG-CTATTTACATGTA-ACATTCCTT--TATC---TTCTACTTTTGCATTTAAAACTAGCCTCATGACATGGGTATT--TTTTCTA---------TTC--AC---TTGTA---TT----ATT---TTTCAT---------TTCT-TTTTCTTATT-CA-TTGATCT--ATTGATCACT
gi|4 : -T-AACATTCCTTTATC----------TTC-TAC-TTTTGCA---TTTAAAACT-AGCCTCATGACAT-GGGTA-T-TTTTTCTATT-CACTTG-TATT-ATTTTTCA-TTTCTTTTTCTTATTCATTGA-TC--TATT-----GA-TC-AC-TGG-GATGT-TGCGGGA-A-CAAGC-TAAATT-------ATGAAAA---AATG-ATCGG--AATAA---T-TAAGCCGAATATTCAATTTTTTGCGGTGC-AGAATATA-----TAACGGATAGTAT-GC--GATATTTTT-C-AAAGCAT-G-GCAA---TTTCAT-CACAAAC-ATTAgggatgttgcgggaacaagctaaattatgaaaaaatgatcggaataattaagccgaatattcaattttttgcggtgcagaatatataacggatagtatgcgatatttttcaaagcatggcaatttcatcacaaacatta
gi|5 : tctattgttagcttaaagactaggttcagtaaaacaaatagataataaaacatccatgactcaaaattggattatctattgtttctggagttaaaaaaccaatatttcggtattttgactatttttgaaaaaactcaattttaggccaatttacggacgtcatttgcaaaaaaatgcacaacatacagattatgaaaattatcatagttaattcataactttatgttgaaatataaaaatcaagcgatgtcatattttgctaactaaaatattttgttgtcaaatttggttgccatggtaatgatgaaaattcgctatcttaatatacagtcaaatttattattttttaatataatatccgcaatcatgtgtaatgatgatatatgtactttctttcatgttcaaaataacttcgttagcctactggaaccaattttcgtattttatgataagtagtaaatatttcaagtgcgctatttatacccaaagacattaaaacgttggggagaaaaacctaactaaactaattttactgctatacatttttattacttgcttaaaaaacaaatacatgtaaatattcgcccaataaataaataaataaataacatgtcttattagcttaagaattggttgccatggtaatattaaaatcttaccatctgtatgtatacgagtcaaatttcatctcaatcatgtattcttgatttatgtatcatggtagtttggtgcaatattattttctttcaaattatagaaataagaaatattttagttgccatagtgacagtatttcagtatttcatgataaagtggtaacacatgaactagttggaacccatggattttctctccgttacactgtcttcaatgaatgcagtgtgtaacagagagaaaacctatgggttcagacaaaggctatttacatgATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCTCTTTTT---GAGTAGAAATA--AC-A--AATTT-AA-TGTTACCCGTGA-GA-AAT-T-TCTTT--ATT-G-TT-ACCTTAAAG-AC-T-A--TTC-AG-C---------A--TAAACAA----ATA---CAT-------A-AA-TA--AAA--A-TTC---AT-GACTTC-----A---ATTG-GATT--G---CTA-------TTT-TG-GAGT-TG--AAAA--TC-ATTC--T-T-TGG--GCAT-GT-TGAACCATT--T-TTTTA--------AA----AAAC----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--ATTCT-A-A-GAA--AA-AGCAC-TCA-ATACA-G-TATGA-AGAATTATGCATT---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATAT--AAAAA-T-C-AGT-GAGTT-G--T-TTATTTTTGCCTAA-----C-TAAAAATA--------TTTGTT-T---CAAAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GGTTAAT-A-GAA----AAA--T---C-TC--------A-CAAT-C-TGAA-----TAT-ACAA-TAAAA-T-TTT---ATATA-----TTTT-TCAATA----TAATA---C---C--AATCA--ATG-T---AATTTG-TCATAAAATGTTA-ATGTTTTTT-CA-----TGTTTCAAAAA-----ATACTTCAG---TTGT-GC-C-A-TG-GCA-ACCACAAATTTT-GCTAGTTT-ATGATACAGTGCTAACAGACA--GCAAG-TGC---GCTATCTATAA-C-CC-G-AAA-CATT---ACATTG-GGCC--GGGAAA-CA-CAGC-AA-ATAAACTAAT-TTTAATTGGTATA-AC--TTTTTTAATTACTTGATTAAAAACAA---ATATAT-----A---AA------------AAAA------TATAA-CAT-----T---TAAATA-TG-CCTATTATGC-TACA----TGT-A-CT------AAAATTATGTAG---CTT----------AAGGATTG-GTTGCCATGGTAA-T-A----TTAA-----AATC-TCACCCATCT---TT-TATA----TAGGAGTCATAAATTT------CA--TAAC-AATCTTTATATATA-TT-CTTAATT-TA-TAATAGATC--ATGGTAG-TT-G-GGCACA-A-T-ATTTTTT------TT--TTCA----CA-TA----C-------AGA-AGT---------ATTTTA--GTTGTCA---TT-GC-GGAAC-T-G-T-TTT-CATTATT-------T-T-TATGAT---AAA--GC---GG-TAACAAATGAAC-TTGTCGGAA-CTCA-GG-ATTTTCTCTCCTCCGTTACA-ATGTTATTCAA----TGAA-TA-CAGTATGTAAAC---AGAGAA-------AAT-------------CTATG-GGTTTCAGACA-AT--GG-CTATTT--AT-T--ATGTGCATG--CAT----TTGTA--TGTACATTTACCTTAAGTC-CATAAC-T--ATATTCCTTTATCATTCTACATCTTC-TAC-TTTTGTA---TTAAAAACT-AACCTCATGA-ATAGTGTATT-TTTTTTTATT-AACTTG-TGTCA
gi|6 : aATAA-GG---TGGAT----------AAGC-ACC---TC---AACG-AT-TTTGC--TG-ATAAT----TTG-G-CA-A--TAG---GTATT---GA------------------CAC-CCCTCTATACATAGA-AT--AGTGGT-ACCAAAAATT-GCATT--AAAGG---TATTCA-TTGCCAT--G-TTA-CAA-AAC-ACCCCT--GAAAATG-GCTCCC-CA-ATGC-TTTAAAATGCCTTAA--TTTTGCCCTTTTTTT---GAT-AAAAACA--CA-A--A--TT-AA-AGTTACCTGTGACGC-AAA-T-TCTCT--ATT-G-TTCAGCTTAAA---C-T-AGGTTC-AG-T---------A--T-AACAA----ATA---AA--------CTAA-TA--AA-C-A-TCT---A--GAC-TC--A-AA---ATTG-GATT--TATACTATTGT---TTC-TGAGAGT-TGA-AAAA--CCGAATG--T-T-C-GCAGCAT-TTCTG-ACTA----T-TTT-G--------AA----AAAA----T--C----CAA---TTTCT-A---G---GCCAAATTTA-C-A--CCGTC-A--TTTGCTA-A-A-A--AA-T-CAC-CAACAACCAGA-TATGA-AGAATTATGCA-T---AA-TTAATTATCA-TA----ACTTTTGAGA--TG----G---TG-AA--ATAT--AAAAAAT-CAAGC--A--T-G--TCATAATTTTG-CTAAA----C-TAAAAATAAAT-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTTGG--TTGCC-AT--GT-AAAT-ATGAA----AAA--T---C-TC---------CCTAT-CTTA-A-----TATAACAAGTCAAACT-TCC---AT-TA------TTT-TCA--A----TAATA--TCCTGC--AATCA--ATG-T---AATATG-TCAT-AAATG-GACCTATTCTTT-CA-----TGTTTC---AA-----ATACTTCAG------T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAA--ATTTT-AGTATTTTAATG--ACAGTAGTAAACGATT-TACAAGTTGC---GCTATTGAT-A-C-CC-CAAAA-CATT-AAACATT--G---GGGAGAAA-AA-C--CTAA-CTAAAC--ATATTT-ACTGCTATA-A-CATTTTT--ATTACTTGCTTAAAAAACA---AAATAC-----ATGTAA------------ATATTCACCCAA-AA-AATAA-A-TGAATAAGAA-T-CC-------------A----C-T-GCCT---------AT----TAG---CTT----------AAGAATTG-A-TGCCATGGTAA-T-AT---T--------AATCATCA--CATCTG---CATGTA----TA
gi|7 : AGCCAT-TCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAA---TTTAATATAGTGG---TGGAT----------AAAC-ATC--CTC---ACCA-AT-TTTGC--GG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGATTATT-T-GA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-AT--A-CGGT-ACCAAAAATT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGAAC-ATCC-T--GAAAATG-GCCCCCCAAGATGA-TTAAAAATGCTT-AA--TTTTGGCCCTTTTTTTAAAATTAAGAATA--CATA--AAATT-GA-TATTACTCGCGA-GC-AAA-T-TTCTT----T-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTC-AG-C---------A--T-AACAA----GTA---AA--------T-GA-TA--AAAC-A-CCC---AT-GGC-TC--A-AA---ATTT-GATT--GT--CTATTGC---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-GATG--T-T-T-G--GCAC-TT-TG-ATTA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---A---TCTAA-TTTA-T-G--ACGTT-A--TTTGC-A-ATA-A--AA-TTCAC-CCACATACAGG-TACGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----C--TT----A--TGTCAAA---TATAA--ATA---AAAAA-T-CAAGC-GA--C-G--TCTTA-TTTTG-CTAA-----C-TAAAAAGA--T-----CGTGTT-T---C-AAAT-TT------------T--GG-TAAT-ATGAG----AAA--T---C-TC--------A-CAAT-C-TGAA-----TAT-GCCAGTCAAA-T-TTC---AT-TA-----TTTT-TCAATA----TGATA--TC---CCTAATCA--ATG-C---AATTTG-TCAT-GAATG-CA-ATTTTTCTT-AA-----TGTTTC-AAAA-----ATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GAA-ACCAC--ATTTT-AGTATTTT-ATAATACAGTGGTAACATATA-TACAAG-TTT---GCTATTTGT-A-C-CC-GAATA-CATTAAAACATT------GGGGAAAATCA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ACT-GTATAAATC
gi|8 : TCA-AA--TTT-----CA--TCTCCAATC-----ATGTA-TT-CTTGATT-TAAT-GT--ATC--A-GGTAGTTT-GGCGCA-ACA-TTA--TTTT------CT--TTCA----AATTA----T-------AGA-AATTATAGAAATATTTTAA-GTTGCCAG--TAAGT-G--AC-T-G-TTATT-CAGTA-T-------T-TTCATGAT---AAATTGTATTGG-TAACAA--GAAC-TAGTCGGAAACCCACGG-ATTTTCT---CTCCGTTAGACCTG-TATTCAA----TGAA-TG-CAGTGTGT-AATAG-AGAGAA-------AGC-------------CTATG-GGTTCA-GACA-AT--GG-CC-------T-T--ATATAC-TTAACATT---TTTTA-----ACATTT-CC-TAA-TC-T----C-T-A------CTTTA--A---------TTA-AAA-TATTGTAAATTTAAAAACTCAACCTAATGACAT-GCGTA---TTTTTCTATTATACTGTATATCATTCTAT--TTTTCT-TTTC---------TATTCATTATCTATACGC-TC-AC-AGG-GATGGATGCGGG-GA-CATGC-TAAATT-------ATGAAAA---AACT-A-CGGATAATTAAAGC-C-----GAATATTCAA-TTTTTGTGGTGCGAGA----ATAATTTAACGG-TAGCATGCC--GATATTTTTCC-AAAGCAA-T-GCA-----TTCATGCACAAAC-ATTAtt
gi|9 : --AAATT-A--TGTTACTCG-GA-GT-T---T-TCTTTTCCTT-G-TT---TTTAAAA-A--T-AGTTTT-AG-CCTCACAAAGA--T-AATAATA--ATA---AA--------A-AA-TAATAAAT-A-------AT-GACATC--ATAACTTACTGTGGCT--AC--C-AATGT---TTC--G-GAGT-TGACAAAA--TC-AATT--TAT-C-G--GAAT-TT-TG-ACCA----T-TGTTG--------AAAATCAAAA----CAGA----CAAT--TTT-T-A---A---GC-----TTA-T-G--AAATC-A--ATTAC-ACG-G-AATAA-TGCGC-CGAAATGCAAG-TATGA-AGAATTATGTA-G---GAGTTAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CGTCGCAAACCACGGTTTTGAGTCCACATACGTTGTGATGATGGAGAGGATCGATAAGAAGCACCCGTGGGTTACCGACA
Unaligned ( gi|23 ): GTGTTTCTTTGAGCAGAATATCAAACACACACACGAAAATTTTACCAAATCATAATCCCT
Unaligned ( gi|27 ): AGTGATGGCGTGTTTTGTGATTTATTCCCAGGGGAAG
Unaligned ( gi|28 ): AAGTAATTTCTGTACATTTGCGTCATAACAAAT
Alignments
lowQualScore : 1 1111 111 2222222222 111 222 1111 111 111 444444444444444444 111 1111 111 1111 11 111 111111111 2222222222 1 111111 1111 22222222 111 111 11 2222222 11 11111 22222222 11 1 1111 2222222222 1 1111111 1 1111 11111 2222222222 11 11111 11111 11111 111111 1 2222 4444444 111111111 22222 11 111 444444444444444444444444444444444 2222222222 666666666666666666666666666666666666 111 3333333333 2222222222222 1 1 11111111 11 222222 11111 11 1 2222 1 111111 11111 222222222222 222222222 11 111 1111111 111 1111 111 2222 33333333333333333333333 1111 22222222 222222222 111 1 111 3333333333333 11 222 111 222222222222 1 1 444444444 11 22222 1 1 11 1 11 1111 1 3333333 111 11 33333333333 33333333333 11 1 1 111 2222 1 1
lowQualScore : 7 888 6 6 6 2222 5 111 9999999999 6 000 333 6 6 99 888 4444 6 6 000 3 1 222 999999999999999999 6 6 111 6 5555 6 0 6 99 000 1111 33 5 5 11 5 9999 6 2 6 5 6 6 99 4 111 99999999 5 5 5 5 55 5 888 4 4 777 4 55 4 4 4 666666666 8888 55 8888 777 3333333333 4 55 4 8888888 4 2 7777 777 4 888888 3 666 3 3 3 3 55 44 88 3 999999 3 3 3 2 2222 3 22222222 7777 888888888888 000 3 3 666 111 4 4 4 55 4 66 0 8 4 4 4 22 4 3 4 0 4 4 0 4 777 66 4 9999 9999 66 0000000 4 66 00 8 4 4 66 4 66 3 8 5 77777 5 66666666 5 888 5 5 4 66 5 11 0 5 0000 999999 5 5555555555 5 0 9999999 0 222 5 5 4444 5 22222 5 9999 0000000000 00 00000 4 4 99 66 5 5 44444 5 0 44444 555555 5 5 5 1 5 0 5 888 5 0 5 0 5 0 999 5 888 5 5 5 5 5 2222 1111111 666666666 5 5 5 3 22222 11 1 444 0 000000000000000000000000000000000 3 6 8888888888 6 1 3 888888888888888888888888888888888888 000 0000000000 5 5 5 4444444444444 1 1 88888888 00 6 55 555555 99 0 5 1 44444 5 5 5 5 5 77 55 0 5 1 0000 5 1 77 666666 77 33333 555555555555 5 222222222 33 1 555 5 5 77 666 5 5 5 5 8888888 5 5 000 77 2222 5 1 0 222 1 4 0 4 777 1 4 4 3333 4 4 0 4 2 4 22222222222222222222222 33 5 5 5 66 2222 00000000 7 222222222 1 111 66 5 1 3 8 0 8 555 5 9999999999999 44 999 555 6 22 222 000000000000 99 0 88 22 6 0 000000000 66 33 44444 0 0 00 0 33 0000 0 4444444 444 8 8 11 1 77777777777 8 8 88888888888 8 2 33 0 0 777 0 6666 0 0
lowQualScore : . ... . . . .... . ... .......... . ... ... . . .. ... .... . . ... . . ... .................. . . ... . .... . . . .. ... .... .. . . .. . .... . . . . . . .. . ... ........ . . . . .. . ... . . ... . .. . . . ......... .... .. .... ... .......... . .. . ....... . . .... ... . ...... . ... . . . . .. .. .. . ...... . . . . .... . ........ .... ............ ... . . ... ... . . . .. . .. . . . . . .. . . . . . . . . ... .. . .... .... .. ....... . .. .. . . . .. . .. . . . ..... . ........ . ... . . . .. . .. . . .... ...... . .......... . . ....... . ... . . .... . ..... . .... .......... .. ..... . . .. .. . . ..... . . ..... ...... . . . . . . . ... . . . . . . ... . ... . . . . . .... ....... ......... . . . . ..... .. . ... . ................................. . . .......... . . . .................................... ... .......... . . . ............. . . ........ .. . .. ...... .. . . . ..... . . . . . .. .. . . . .... . . .. ...... .. ..... ............ . ......... .. . ... . . .. ... . . . . ....... . . ... .. .... . . . ... . . . . ... . . . .... . . . . . . ....................... .. . . . .. .... ........ . ......... . ... .. . . . . . . ... . ............. .. ... ... . .. ... ............ .. . .. .. . . ......... .. .. ..... . . .. . .. .... . ....... ... . . .. . ........... . . ........... . . .. . . ... . .... . .
lowQualScore : 7 222 7 7 7 7777 7 777 2222222222 7 222 333 7 7 22 777 2222 7 7 888 5 0 555 222222222222222222 7 7 777 7 0000 7 7 7 22 000 6666 66 7 0 66 7 3333 7 5 7 7 7 7 22 2 777 55555555 0 0 0 0 88 0 777 0 0 333 0 66 0 0 0 000000000 0000 55 5555 000 5555555555 0 55 0 0000000 0 0 8888 000 0 000000 3 444 6 6 6 6 00 99 66 6 888888 6 6 6 6 7777 6 33333333 7777 999999999999 000 6 6 444 000 0 0 0 55 4 11 1 9 4 4 4 22 4 9 4 1 4 4 1 4 888 11 4 4444 4444 11 1111111 4 11 66 9 4 4 11 4 11 9 9 0 55555 0 44444444 0 888 0 0 2 99 0 99 0 0 6666 666666 0 9999999999 0 0 6666666 0 888 0 0 0000 0 55555 0 4444 0000000000 66 33333 4 4 33 44 3 7 33333 7 3 33333 999999 7 7 7 4 7 7 7 222 0 2 0 1 9 2 555 0 888 0 0 0 0 0 7777 7777777 666666666 7 7 7 0 88888 22 7 000 8 888888888888888888888888888888888 5 7 7777777777 7 0 7 333333333333333333333333333333333333 000 7777777777 7 7 7 6666666666666 4 4 77777777 66 7 88 888888 22 7 7 7 33333 7 7 7 7 7 99 77 1 7 4 9999 7 4 99 444444 99 11111 333333333333 7 999999999 66 7 777 7 7 99 111 7 4 7 7 6666666 7 7 000 99 7777 7 4 7 666 9 4 1 4 888 9 4 4 2222 4 4 1 4 7 4 88888888888888888888888 11 0 0 0 99 5555 00000000 8 888888888 0 888 44 6 4 2 0 8 0 666 0 2222222222222 00 888 000 0 00 888 666666666666 44 6 88 44 4 8 000000000 55 88 88888 0 0 22 0 22 8888 0 0000000 000 0 0 00 0 00000000000 0 0 66666666666 0 5 88 0 0 000 2 2222 0 0
consensus : AGAGCCATCTCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAN---TTTAATATAG-GG---TGGAT----------AAGC-ACC--CTC---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGANTATT-T-GA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-AT--A-TGGT-ACCGAAAATT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGAAC-ACCC-T--GAAAATG-GCTCCC-AAGATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCTTTTTTT---GATTAAGAATA--CA-A--AAATT-AA-TGTTACTCGTGA-GC-AAA-T-TCTTT--ATT-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTC-AG-C---------A--T-AACA--A----ATA---AA--------N-AA-TA--AAAC-A-TCC---AT-GAC-TC--A-AA---ATTG-GATT--GC--CTATTGT---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-C-G--GCAT-TT-TG-ACCA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AA-TGCAC-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATAT--AAAAA-T-CAAGC-GA--T-G--TCTTA-TTTTG-CTAA-----C-TAAAAATA--T-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GG-TAAT-ATGAA----AAA--T---C-TC--------ACCAAT-C-TG-A-----TAT-ACAAGTCAAA-T-TTC---AT-TA-----TTTT-TCAATA----TAATA--TC---C--AATCA--ATG-T---AATTTG-TCAT-AAATG-TA-CTGTTCTTT-CA-----TGTTTC-AAAA-----ATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAC--ATTTT-GGTATTTT-ATGATACAGTGNTAACAGATA-TACAAG-TGC---GCTATTTAT-A-C-CC-GAAAA-CATT-AAACATT--GGCCGGGGGAAA-CA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ACTGGTATACATCATTTTTTNATTACTTGCTTAAAAAACA---ATATAT-----A---AA------------AAAT------AATAA-AATAA-A-T---TAAACA-TGCCCTATTATGC-TA-A----C-T-ACCT------AAAATTATGTAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCATGGTAA-T-AT---TTAA-----AATC-TCA-CCATCTG-------TATGTATAGGAGTCA-AA--TT------CA--TCTC-AATC-----ATGTA-TT-CTTGATT-TA-T-GT--ATC--ATGGTAGTTT-G-CGCA-A-A-T-A--TTTT------CT--TTCA----NATTA----C-------AGA-AGT---------ATTTTA--GTTGCCA---TA-GC-G--AC-T-G-TATTT-CAGTA-T-------T-T-CATGAT---AAA--GC---GG-TAACAAATGAAC-TAGTCGGAA-CCCACGG-GTTTTCT---CTCCGTTACA-CTG-TATTCAAT---TGAA-TG-CAGTATGT-AACGG-AGAGAA-------AAC-------------CTATG-GGTTCC-GACG-AT--GG-CTATTTACAT-T--ATATACGTT--CATC---TTNTA--TGTACATTTACCGTAAGTC-CATAAC-T-AATATTCCTTTATCA---------TTC-TAC-TTTTGTA---TTAAAAACT-AACCTCATGACAT-GCGTATT-TTTTTCTATT-CACTTGATATCAATTNATCACTTTCTNTTTC---------GATTC--TATT--CGCGC-TC-AC-GGG-GATGG-TGCGGGAGA-CAAGC-TAAATT-------ATGAAAA---AATT-A-CGG--AATNA---N-T-----GAATATTCAA-TTCTTGCGGTGC-AGA----A-----TAACGG-TAGTATGGC--GATATTTTT-C-AAAGCAA-T-GCAA--TTTTCAT-CACAAAC-ATTA
Reference ( family-305 ) : AGAGCCATCTCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAN---TTTAATATAG-GG---TGGAT----------AAGC-ACC--CTC---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGANTATT-T-GA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-AT--A-TGGT-ACCGAAAATT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGAAC-ACCC-T--GAAAATG-GCTCCC-AAGATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCTTTTTTT---GATTAAGAATA--CA-A--AAATT-AA-TGTTACTCGTGA-GC-AAA-T-TCTTT--ATT-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTC-AG-C---------A--T-AACA--A----ATA---AA--------N-AA-TA--AAAC-A-TCC---AT-GAC-TC--A-AA---ATTG-GATT--GC--CTATTGT---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-C-G--GCAT-TT-TG-ACCA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AA-TGCAC-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATAT--AAAAA-T-CAAGC-GA--T-G--TCTTA-TTTTG-CTAA-----C-TAAAAATA--T-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GG-TAAT-ATGAA----AAA--T---C-TC--------ACCAAT-C-TG-A-----TAT-ACAAGTCAAA-T-TTC---AT-TA-----TTTT-TCAATA----TAATA--TC---C--AATCA--ATG-T---AATTTG-TCAT-AAATG-TA-CTGTTCTTT-CA-----TGTTTC-AAAA-----ATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAC--ATTTT-GGTATTTT-ATGATACAGTGNTAACAGATA-TACAAG-TGC---GCTATTTAT-A-C-CC-GAAAA-CATT-AAACATT--GGCCGGGGGAAA-CA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ACTGGTATACATCATTTTTTNATTACTTGCTTAAAAAACA---ATATAT-----A---AA------------AAAT------AATAA-AATAA-A-T---TAAACA-TGCCCTATTATGC-TA-A----C-T-ACCT------AAAATTATGTAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCATGGTAA-T-AT---TTAA-----AATC-TCA-CCATCTG-------TATGTATAGGAGTCA-AA--TT------CA--TCTC-AATC-----ATGTA-TT-CTTGATT-TA-T-GT--ATC--ATGGTAGTTT-G-CGCA-A-A-T-A--TTTT------CT--TTCA----NATTA----C-------AGA-AGT---------ATTTTA--GTTGCCA---TA-GC-G--AC-T-G-TATTT-CAGTA-T-------T-T-CATGAT---AAA--GC---GG-TAACAAATGAAC-TAGTCGGAA-CCCACGG-GTTTTCT---CTCCGTTACA-CTG-TATTCAAT---TGAA-TG-CAGTATGT-AACGG-AGAGAA-------AAC-------------CTATG-GGTTCC-GACG-AT--GG-CTATTTACAT-T--ATATACGTT--CATC---TTNTA--TGTACATTTACCGTAAGTC-CATAAC-T-AATATTCCTTTATCA---------TTC-TAC-TTTTGTA---TTAAAAACT-AACCTCATGACAT-GCGTATT-TTTTTCTATT-CACTTGATATCAATTNATCACTTTCTNTTTC---------GATTC--TATT--CGCGC-TC-AC-GGG-GATGG-TGCGGGAGA-CAAGC-TAAATT-------ATGAAAA---AATT-A-CGG--AATNA---N-T-----GAATATTCAA-TTCTTGCGGTGC-AGA----A-----TAACGG-TAGTATGGC--GATATTTTT-C-AAAGCAA-T-GCAA--TTTTCAT-CACAAAC-ATTA
gi|1 : AGAGCTATCTCT-C-GT-AAG-CATC-AAAATT---TTTAATATAG-GGCTCTGGAT----------AAGC-ACC--CTC---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGATTATT-T-GA------------------CACACC-TCT---CATAGA-A---A-TGGT-ACCGACA-TT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGA-C-ACCC-T--GAAAATGTGCTCCC-AAGATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCCTTTTTT---GATTAAGAATA--CA-A--CAATT-AA-TGTTACTCATGA-GC-AAAAT-TCTTT--ATT-G-TT-ACCTTAAAG-AC-T-ATGTTC-AG-C---------A--T-AACA--A-----TA---AA--------G-AA-TA--AAAC-ACTTC---AT-GAC-TT--A-AA---ATTG-GATTC-GC--CTAT-GT---TTCATG-GAGT-TGA-AAAA--CA-AGTG--T-T-T-G--GCAT-TT-TG-ACCA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AA-CGCAC-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CATTA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--A-AT--AAAAA-T-CAAGT-GA--T-G--TGTTA-TTTTC-CTAA-----C-TAAAAATA--T-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GG-TAAT-ATGAA----AAA--T---C-TC--------ACCAAT-C-TG-A-----TAT-ACAAGTAAAA-T-TTC---AT-CA-----TTTTCTCAATA----TAATA--CC---C--AATCA--A-G-TAGAAATTTG-TCAT-AAATG-TA-CTGTTTTTT-CA-----TGTTTC-AAAA-----ATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAC--ATTTT-GCTAATTT-ATGATACAGTGCTAACAGACA-TACAAG-TGC---GCTATATAT-A-C-CCTGAAAA-CATT---ACATCG-GGCTGGGGGAAA-CATC--C-AATATAAACTAAT-TTT-ATTAGTATACATCATTTTTTCATTATCTTCTTAAAGAACA---ATATAT-----A---AA------------AAAT------AATAATAATAATATT---TAAACA-TGCCCTATCATGC-TACA----C-TGACCT------AAGAATATGTAG----TT----------AAGAAATG-GTTGTCATGGTAA-T-AT---TTAA-----AATC-TCA-CCATCTGAATTAGATACATGTAGGAGTCA-AA--TT------CA--T----AAT------ATATA-TTGCTTAATTGTA-T-GT--ATCGTACGGTAGTGT-G-CACA-A-A-T-A--TTTT------CT--TTCA----CATTA----C-------AGA-AGT---------ATTTTA--GTTG-TA---TA-GC-G--AC-T-GATATTT-CAGTA-T-------T-T-TATGAT---AAA--GT---GGTTAACAAAT-AAC--AGTCGG-A-CCTACGG-GTTTTCT---CTCCGTTACA-CTG-TATTCAAT---TGAA-TGCCAGTATGT-AACAG-ATAGAAG------AAT-------------CT-TG-GGTTCA-GACATAT--GGTTTATTTACAT-T--ATATATATT--GATT---TTGTA--TGTACA-TTACCATAAGTC-CATAAC-T-AATATTCCGTTTTCG---------TTCTTACGTTTTGTATG-TTAATTGCT-ATACTCATGACAA-GTG-ATTGTTTTTCTATT-TACTTGATATCAATTGATCACTTTCTGTTTC---------GATTC--TATT--CGTGC-TC-ACGGGG-GATGG-TGCGCGAGA-CAAGCTTAAATTTGAAAGAAAGAAAA---AATT-A-CGG--AATCA---G-T-----GAATATTCTA-TTCTTGCGGTGC-AG-----A-----TAACGG-TAGTATGGC--GATATTTTT-CAAAAATAATT-GGAA--TTTTTAT-CACAAACGATTA
gi|10 : ATA----TAATA--TC---CCTAATTG--ATG-T---AGTTTG-TCAT-GCATG-TA-ATGTTTTTTTCA-----TGTTTC-AGAA-----ATATTACAG---T--T-GC-C-G-TG-ACA-ACCAC--ACTTT-AGAATTTA-AAGATAAAGTATTAACTGATT-TACTAG-TAC---GCTATTTAT-A-C-CC-GGAAA-CATT-AA--ATT--A--CTGGGGAAA---------AA-ATAAATTAAC-TTT-GCTTGTGTAC--CATTTTCATATTACTTGCTCAAt
gi|11 : AGCCATTTCT-CTGT-AAG-CATC-ACAAATACTTTTAATATAA-GG---GGGATTGGACTTAAAAGGCGACCGCTTCGTAACCGGATATTTGCGTCGCA-AATGATTTTGTG-CATACGTACTGTGTATT-TTGA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-ATTAA-TGGT-ATCAAAAATT-GCATTAGTGAGG---TAC-CGTTTGCCAT--GTGT-ACAAAGAC-
gi|12 : tCTC-CATC-----ATACA-TT-CTTAATT-TA-T-GT--ATC--ATGGCAGTTT-GGCACA-ATA-TTA--TTTT------CT--TTCA----AATTA----C-------AGA-AAT---------ATTTTA--GTTGCCA---TA-GC-G--AC-T-G-TATTT-CAGTA-T-------T-T-CATGAT---AAA--GT---GG-TTACAAATGAAC-TAGTAAGAA--CCACGA-GTTTTCT---CTCCGCTACA-CTG-TATTCAA----TGAA-TG-CAGTATGT-AACAG-c
gi|13 : ---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-TAT-A--GCAT-TT-TG-ACAA----T-TTAAA--------AA----AAAAAACCC--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AAATGCAT-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--AA-TA----CCTTT----A--TGT---T---TA-AA--TTATA-AAAAA-T-CAAGT-GA--T-G--TGTTA-T
gi|14 : --AAACT-AA-TTTTATTGCTAA-AC-AAT-G-TCTTT---TT-G-TT-CGCTTAAAT-AT-T-AGATCT-AG-C---------A--T-AACA--A----ATACCTAATAAGGCATC-AA-TA--AAGC-A-TCA---AT-AAA-TC--A-AA---GCGA-GATT--AC--CTTTGGT---TTC-TG-GAGT-C---------TC---TG--C-T-T-GT-GCAT-CC-TG-ACC-------TTTTGGGGGAAAAAG----AAAA----A--T----CAA---TTT-T-A---
gi|15 : TTAATT--CA--A----CCTTT----A--TGT---GG--TG-AA--ATGT--AAAAAAT-CATTTTGA--T-G--TCATA-TTT-A-CTAA-----C-TAA---------------TGCT-G---C-AAAT-TTTGT--CTGTC-ATAAGA-TGAT-ATGAA----AAA--T---CTTC--------AGAAAT-C-TG-A------AT-ATA--TCAAT-C-TTCA--AT-AA-----TACT-ACAATA----TGATAT-TC---C--TATCA--GTG-T---GCTTAG-TCAT-CAAa
gi|16 : acaATTATTCATTTTCTATTTC---------GAT-C--TATT--CACGCCTCTAC-GGGAGGTGG--GCGGGAAAACAAGC-TAAATTA------ATGAAAA---AATT-A-CGG--AATAA---C-T-----GAATATT-AA-TTCTTGCGGTGC-AGA----A-----TAACGG-TAGTATGGCCGAATATTTAT-C-AAAATAA-TGGTAATTTTTTTAT-CAGAAAC-AT
gi|17 : TTT--ATT-GGTT-A-CGTAGAG-A--T-AGGTCCCAA-C---------A-------A--A----ATA---GA--------T-GA-TG--AAAT-A-TTTTTTAT-AAAATC--A-AG---ATTG-AGTTACGC--GTATTGT---TTC-TG--ACT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-T-G--GCG--TT-TG-AATA----T-GTTTGGAAAA---AA----GAAA----C--T----CAA---------A---G-----CAT-TTTA-T-G--ACat
gi|18 : ctggAT-----A---AA------------TAATTA----AATAA-AAAAA-A-T-----AACA-TGCTTTATTATGC-TA-A----C-T-A----------AAATTGCGTAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCATGGTAA-T-A----TTAA-----ACTC-TCA-CCATCTG-------TATATACAaag
gi|19 : aaaaacaaaaaacaagcaaacacccccccccccccaGTCGGAA-CCCACGG-GTTTTCT---CTCCGTTATA-CTG-C-----GT---TGAA-TG-CAGTA--T-AACGG-AGAGAA-------AAC-------------CCGTG-TGTTCC-GACG-AT--AG--TATTT---T-TTGATACATGCTG-TATCAAATTACA--TGTAC-----CCGTAAATT-CATAtgtaag
gi|2 : tcAGAGCCAT-TCTGCTGTTAAG-CATCCAAAAAA---TTTAATATAG-GC---TGGAT----------AAGC-ACC--CTT---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----T---G-CATG--TAGAGATTATT-T-GGGGGAAAAAAAAACCCCCCCAC-CC-TCT---TCTAGA-AT--A-TAGTTACCGAAAATTTGCATT--TGAGG---TAC--G-TTGCCATA-G-GTA-CAAGAAC-ACCC-T--GAAAATG-GCTC---AAGATGCGTTAAAAATGCGT-AACATTTTGGCCTTTTTTT---GAGTAAGAATA--CA-C--AAATT-AAATGTTACTCGTGA-GC-AAA-T-TCTAT--ATTTG-TT-ACCTTAAAGGAC-TGATGTTC-AG-C---------A--T-AACA--A----ATA---CA--------T-AACTA--AAAC-A-TTC---ATTGAC-TT--C-AA---ATTG-GATT--GC--CTATATT---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-T-T--GGAT-TT--G-ACAA----TCTTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-TTA---GA--GCCAA-ATTAAT-GGGACGTCCA--TTTGC-A-A-G-A--AA-TG-ACACCACATACAGG-TATGA-AAAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATATAAAAAAA-T-CAAGT-GA--TGG--TGTTA--TTTG-CTAA-----CTTAAAAATAGTT-----TTCGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-ATC-AG-TAAT-ATGAA----AAAACT---C-TC--------ACAATT-C-TG-AATTATTAT-ACACTTAAAA-T-TTT---AT-TA-----TTTT-TCAATA----TAATACGCC---T--AATCATTTTGCT---AGTTTA-TGAT-Agt
gi|2 : C--ATTTT-GCTAGTTT-ATGATACCGTGCTAACAGA-A-TG-AAG-TGCCGCGCTATATAT-A-C-C--GAACA-CTTT-A--CATTTGGGCCGGGAAACA-CA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ATTGGTATACATTTTTTTTAAATTAC-TGATTAAAGAACA---AT-TATTATTAA---AA------------AAAT------AATAA-CAT-----T---TAAACATTGCCCTATTATGCATA-ATAGGT-T-ACCTAAAAAAAAAATTATGTAAGGTCTTAAAAAGGGAAAAAAATTG-GTGGCCATGGTAA-TCAT---T--A-----AATC--CACCCATCTG-------TA--TATAGGAGTCA-AA--TTTCATAACA--TCTT-A--T-----ATATATTT-CTTAATC-TA-T-GT--ATC--ATGGTAGTTG-G-CAC----A-T-A--TTTT------CT--TTCA----CATTA----C-------AGA-AGT---------ATTTTA--GTTGTCA---TA-GCGG--AC-TGG-TATTTCCAGTA-T-------TCT-TACGAT---AAA--GC---AG--GACAAATGAACTTTGTCGGAA-CTCACGG-ATTTTCT---CTCCGTTACA-CT--TATTCAATTGGTGAATTG-CA--ATGT-GATGGTAATGAACCGCATGAACTCTATATAAATTGCTATGTGGATTC-GACA-ATTGGG-C--TTTATAT-T--GTATATGTccgtgctaacagaatgaagtgccgcgctatatataccgaacactttacatttgggccgggaaacacaccaaataaactaattttattggtatacattttttttaaattactgattaaagaacaattattattaaaaaaataataacatttaaacattgccctattatgcataataggttacctaaaaaaaaaattatgtaaggtcttaaaaagggaaaaaaattggtggccatggtaatcattaaatccacccatctgtatataggagtcaaatttcataacatcttatatatatttcttaatctatgtatcatggtagttggcacatattttctttcacattacagaagtattttagttgtcatagcggactggtatttccagtattcttacgataaagcaggacaaatgaactttgtcggaactcacggattttctctccgttacacttattcaattggtgaattgcaatgtgatggtaatgaaccgcatgaactctatataaattgctatgtggattcgacaattgggctttatattgtatatgtgattagtgcaatttgagtactgctcactaactttttatcgcttttgatacagtgtacccatacatttaatattgtccattgatctctaactttctttatctcggtgacttttgttatgttattgaaaaccctatccttacgatgacaagtgtaatttttgcctttcttttctctgtgt
gi|20 : agagccattctgctgttaagcatccaaaaaatttaatataggctggataagcacccttaccgattttgctgaaattgcatgtagagattatttgggggaaaaaaaaacccccccaccctcttctagaatatagttaccgaaaatttgcatttgaggtacgttgccataggtacaagaacaccctgaaaatggctcaagatgcgttaaaaatgcgtaacattttggcctttttttgagtaagaatacacaaattaaatgttactcgtgagcaaattctatatttgttaccttaaaggactgatgttcagcataacaaatacataactaaaacattcattgacttcaaattggattgcctatattttctggagttgaaaaatcaatgttttggatttgacaatcttttgaaaaaactcaatttttagagccaaattaatgggacgtccatttgcaagaaatgacaccacatacaggtatgaaaaattatgcataagttaattcatacctttatgtgtaaaatataaaaaaatcaagtgatggtgttatttgctaacttaaaaatagttttcgtttcaaaattcggttgccatcagtaatatgaaaaaactctcacaattctgaattattatacacttaaaattttattatttttcaatataatacgcctaatGTCGGAA-CCCAGGG-GTTTTCT---CTCTGT-ATA-CTG-CATT---------GA-TG-CAGTAT---AACGG-AGAGAA-------ACC-------------CAATG-GGCTCC-GACG-AT--Ggattagtgcaatttgagtactgctcactaactttttatcgcttttgatacagtgtacccatacatttaatattgtccattgatctctaactttctttatctcggtgacttttgttatgttattgaaaaccctatccttacgatgacaagtgtaatttttgcctttcttttctctgtgt
gi|22 : tT-------ATGAAAATTTAATTTA-CAG--AATTA---GCT-----GAATATTCAA-TTCTTGCGGTGC-AG-----A-----TAACGG-TAtgcatgccaaaattatt
gi|24 : GG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACGAG--C-ACCC-T--GAAAATG-GCTCCC-AAGATGC-tgctgc
gi|25 : TGTAT-AACGG-AGAGAA-------AAA-------------C-GTG-GGTCCC-GACG-AT--Gat
gi|26 : AGAGCCAT-TCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAT---TTTACTATAG-gcgta
gi|3 : aAGCCATCTCT----T-AAGGCATC-ATAAAA---ATTAATA-AA-GG---TGGAT----------AAGC-ACC--CTTTCTACCG-AT-T--GC--TG-T-A-T----ATG-GTCAT------TGAGTATGAT-AA------------------TGC-AC-CCT---CATAGAGAT----TGGT-ACCAAAAATT-GCA-T--TGAGGTGATAC----TTG-CATGCG-GTAACAAGAACTACTC-CGGGGAAATC-GTCCGC-AAGATGT-TGGAAAATGC-T-AA--ATTTGGCC---TTTT---GATT-ATAATAATTA-ATCAAATTAAA-TTTTA--TGTGA-GCAAAA-TGTCGTG--ATT-G--T-AGCTTAAAG-ACTT-AGG-TC-AGTT---------ATTT-AGCA--ATCTCAAA---AA--------T-AA--A--AAACGA-TCG---AT-GAC-TCAAA-AA---ATCG-GAT-------ATATTCTATGTTC-TC-GAGTATGA-AAAAAGTC--ATGATT-T-C-G--ACATGTC-TG-ACGAAGTTT-TTTTG--------AA----AAAC----C--TTTCACAAAACTCT-T-ATATGTGTGTTAG-CTTT-T-G--A--TT-AGGCTT-C-A-A-G-AAGAA-T-TAC-CT-C-----GA-TATGATATAATT-TATA-TCCGGAGTTAA-T--CA-TAAAACTCACT----AATTGT---GTTTTA-AAATATAT--AAAAA-TACA--C-GA--T-GATTCTTG-TCTTT-C--ATCGGTC-TACAGATA--TAATTATTTTTT-TACAC-AAAAGTTTAGTTTTGCCTAT--GGATAAT-ATATATCGTAAA--TTCGC-TCCTCTTGATAGCAATACATG-------TATCACAAGTCATA-TCTTCAAAAT-TGTAATCTCTC-TCTATATTCTTAGTG--TC---T--AATCG--AGG--------------AT-AAATA--A-CTATTCATT-CGCCGCCTCTCTC-ATACTGTGTGTAATTCAGCTTT--T-GCGC-ATTGTGCATCCCGT--ATTTTAGGTATCTT-GTCA-ACAGTG-TAACAGAT--TACAAG-TGC---GCC-TTTAT-AGCACC-AAAAATCAT
gi|3 : aatG---CTTC---------GGGAATTGTGTT-CCAT--TAAGT-ATAGCTTAATAAAGAATTGTCA-CCATCTG--------ATG-ATAGAAGTAA-GA--TT------TACTTCTC-ATAC-----ATGTA-TT-CTTGA-T-TA-T-GT--ATTCAATGGTAGTAT-G-CGCG-C-A-T-A--ATCTATGAGACTACTTTATTGCTATTAATTTC-------ATATCAT---------ATTTTAAGGATGCTACGTTT-GC-G--ACTT-G-TTTAT-CAGTA-TTCCTCGCT-T-CATGATTCCATA--GA---AG-TAAC------GC----TCGA-----CACGGAGCTTTCT---ATCC-TTA----TG-TA-TCAAT-----GA-TG-CAGatagcgctgaagcaaaccgtgaactgagagtctagttacttgttctactcgtgagatatatttcatgctgtcgcttaaagtcacgagaacaatttgtcctcctccctcaccccacatctcactgcttcgggaattgtgttccattaagtatagcttaataaagaattgtcaccatctgatgatagaagtaagatttacttctcatacatgtattcttgattatgtattcaatggtagtatgcgcgcataatctatgagactactttattgctattaatttcatatcatattttaaggatgctacgtttgcgacttgtttatcagtattcctcgcttcatgattccatagaagtaacgctcgacacggagctttctatccttatgtatcaatgatgcag
gi|4 : aatagccatctcttaaggcatcataaaaattaataaaggtggataagcaccctttctaccgattgctgtatatggtcattgagtatgataatgcaccctcatagagattggtaccaaaaattgcattgaggtgatacttgcatgcggtaacaagaactactccggggaaatcgtccgcaagatgttggaaaatgctaaatttggccttttgattataataattaatcaaattaaattttatgtgagcaaaatgtcgtgattgtagcttaaagacttaggtcagttatttagcaatctcaaaaataaaaaacgatcgatgactcaaaaaatcggatatattctatgttctcgagtatgaaaaaagtcatgatttcgacatgtctgacgaagtttttttgaaaaacctttcacaaaactcttatatgtgtgttagcttttgattaggcttcaagaagaattacctcgatatgatataatttatatccggagttaatcataaaactcactaattgtgttttaaaatatataaaaatacacgatgattcttgtctttcatcggtctacagatataattatttttttacacaaaagtttagttttgcctatggataatatatatcgtaaattcgctcctcttgatagcaatacatgtatcacaagtcatatcttcaaaattgtaatctctctctatattcttagtgtctaatcgaggataaataactattcattcgccgcctctctcatactgtgtgtaattcagcttttgcgcattgtgcatcccgtattttaggtatcttgtcaacagtgtaacagattacaagtgcgcctttatagcaccaaaaatcatatagcgctgaagcaaaccgtgaactgagagtctagttacttgttctactcgtgagatatatttcatgctgtcgcttaaagtcacgagaacaatttgtcctcctccctcaccccacatctcactTCT--ATT-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTC-AG-T---------A--A-AACA--A----ATA---GA--------T-AA-TA--AAAC-A-TCC---AT-GAC-TC--A-AA---ATTG-GATT--AT--CTATTGT---TTC-TG-GAGT-TAA-AAAA--CC-AATAT-T-T-C-G--GTAT-TT-TG-ACTA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-CGG--ACGTC-A--TTTGCAA-A-A-A--AA-TGCA--CAACATACAGATTATGA-A-AATTAT-CA-T----AGTTAATT--CA-TA----ACTTT----A--TGT-------TG-AA--ATAT--AAAAA-T-CAAGC-GA--T-G--TCATA-TTTTG-CTAA-----C-T-AAAATA--T-----TTTGTTGT---C--AAA-TTTGG--TTGCC-AT--GG-TAATGATGAA----AA-------T-TC--------GCTATC-T-TA-A-----TAT-AC-AGTCAAA-T-TT----AT-TA-----TTTT-TTAATA----TAATA--TCCG-C--AATCAT-GTG-T---AA--TGATGAT-ATATG-TA-CT-TTCTTT-CA-----TG-TTC-AAAA-----TAACTTC-G---T--TAGC-CTACTG-G-A-ACCA---ATTTT-CGTATTTT-ATGATA-AGTAGTAA---ATATTTCAAG-TGC---GCTATTTAT-A-C-CC-AAAGA-CATTAAAACGTT--G---GGGAGAAA-AA-C--CTAA-CTAAACTAAT-TTT-ACTGCTATACA-----TTTTTATTACTTGCTTAAAAAACAAATACATGT-----A---AATATTCGCCCAATAAAT------AAATA-AATAA-A-T-----AACA-TGTCTTAT-------------------------------------TAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCATGGTAA-T-A----TTAA-----AATC-TTA-CCATCTG-------TATGTATACGAGTCA-AAT-TT------CA--TCTC-AATC-----ATGTA-TT-CTTGATT-TA-T-GT--ATC--ATGGTAGTTTGG-TGCA-ATATT-A--TTTT------CT--TTCA----AATTA----TAGAAATAAGA-AAT---------ATTTTA--GTTGCCA---TA-GT-G--AC-A-G-TATTT-CAGTA-T-------T-T-CATGAT---AAA--GT---GG-TAACACATGAAC-TAGTTGGAA-CCCATGG-ATTTTCT---CTCCGTTACA-CTG-TCTTCAA----TGAA-TG-CAGTGTGT-AACAG-AGAGAA-------AAC-------------CTATG-GGTTCA-GACA-AA--GG-CTATTTACATGTA-ACATTCCTT--TATC---TTCTACTTTTGCATTTAAAACTAGCCTCATGACATGGGTATT--TTTTCTA---------TTC--AC---TTGTA---TT----ATT---TTTCAT---------TTCT-TTTTCTTATT-CA-TTGATCT--ATTGATCACT
gi|4 : -T-AACATTCCTTTATC----------TTC-TAC-TTTTGCA---TTTAAAACT-AGCCTCATGACAT-GGGTA-T-TTTTTCTATT-CACTTG-TATT-ATTTTTCA-TTTCTTTTTCTTATTCATTGA-TC--TATT-----GA-TC-AC-TGG-GATGT-TGCGGGA-A-CAAGC-TAAATT-------ATGAAAA---AATG-ATCGG--AATAA---T-TAAGCCGAATATTCAATTTTTTGCGGTGC-AGAATATA-----TAACGGATAGTAT-GC--GATATTTTT-C-AAAGCAT-G-GCAA---TTTCAT-CACAAAC-ATTAgggatgttgcgggaacaagctaaattatgaaaaaatgatcggaataattaagccgaatattcaattttttgcggtgcagaatatataacggatagtatgcgatatttttcaaagcatggcaatttcatcacaaacatta
gi|5 : tctattgttagcttaaagactaggttcagtaaaacaaatagataataaaacatccatgactcaaaattggattatctattgtttctggagttaaaaaaccaatatttcggtattttgactatttttgaaaaaactcaattttaggccaatttacggacgtcatttgcaaaaaaatgcacaacatacagattatgaaaattatcatagttaattcataactttatgttgaaatataaaaatcaagcgatgtcatattttgctaactaaaatattttgttgtcaaatttggttgccatggtaatgatgaaaattcgctatcttaatatacagtcaaatttattattttttaatataatatccgcaatcatgtgtaatgatgatatatgtactttctttcatgttcaaaataacttcgttagcctactggaaccaattttcgtattttatgataagtagtaaatatttcaagtgcgctatttatacccaaagacattaaaacgttggggagaaaaacctaactaaactaattttactgctatacatttttattacttgcttaaaaaacaaatacatgtaaatattcgcccaataaataaataaataaataacatgtcttattagcttaagaattggttgccatggtaatattaaaatcttaccatctgtatgtatacgagtcaaatttcatctcaatcatgtattcttgatttatgtatcatggtagtttggtgcaatattattttctttcaaattatagaaataagaaatattttagttgccatagtgacagtatttcagtatttcatgataaagtggtaacacatgaactagttggaacccatggattttctctccgttacactgtcttcaatgaatgcagtgtgtaacagagagaaaacctatgggttcagacaaaggctatttacatgATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCTCTTTTT---GAGTAGAAATA--AC-A--AATTT-AA-TGTTACCCGTGA-GA-AAT-T-TCTTT--ATT-G-TT-ACCTTAAAG-AC-T-A--TTC-AG-C---------A--TAAACA--A----ATA---CAT-------A-AA-TA--AAA--A-TTC---AT-GACTTC-----A---ATTG-GATT--G---CTA-------TTT-TG-GAGT-TG--AAAA--TC-ATTC--T-T-TGG--GCAT-GT-TGAACCATT--T-TTTTA--------AA----AAAC----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--ATTCT-A-A-GAA--AA-AGCAC-TCA-ATACA-G-TATGA-AGAATTATGCATT---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATAT--AAAAA-T-C-AGT-GAGTT-G--T-TTATTTTTGCCTAA-----C-TAAAAATA--------TTTGTT-T---CAAAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GGTTAAT-A-GAA----AAA--T---C-TC--------A-CAAT-C-TGAA-----TAT-ACAA-TAAAA-T-TTT---ATATA-----TTTT-TCAATA----TAATA---C---C--AATCA--ATG-T---AATTTG-TCATAAAATGTTA-ATGTTTTTT-CA-----TGTTTCAAAAA-----ATACTTCAG---TTGT-GC-C-A-TG-GCA-ACCACAAATTTT-GCTAGTTT-ATGATACAGTGCTAACAGACA--GCAAG-TGC---GCTATCTATAA-C-CC-G-AAA-CATT---ACATTG-GGCC--GGGAAA-CA-CAGC-AA-ATAAACTAAT-TTTAATTGGTATA-AC--TTTTTTAATTACTTGATTAAAAACAA---ATATAT-----A---AA------------AAAA------TATAA-CAT-----T---TAAATA-TG-CCTATTATGC-TACA----TGT-A-CT------AAAATTATGTAG---CTT----------AAGGATTG-GTTGCCATGGTAA-T-A----TTAA-----AATC-TCACCCATCTT-------T-TATATAGGAGTCATAAATTT------CA--TAAC-AATCTTTATATATA-TT-CTTAATT-TA-TAATAGATC--ATGGTAG-TT-G-GGCACA-A-T-ATTTTTT------TT--TTCA----CA-TA----C-------AGA-AGT---------ATTTTA--GTTGTCA---TT-GC-GGAAC-T-G-T-TTT-CATTATT-------T-T-TATGAT---AAA--GC---GG-TAACAAATGAAC-TTGTCGGAA-CTCA-GG-ATTTTCTCTCCTCCGTTACA-ATGTTATTCAA----TGAA-TA-CAGTATGTAAAC---AGAGAA-------AAT-------------CTATG-GGTTTCAGACA-AT--GG-CTATTT--AT-T--ATGTGCATG--CAT----TTGTA--TGTACATTTACCTTAAGTC-CATAAC-T--ATATTCCTTTATCATTCTACATCTTC-TAC-TTTTGTA---TTAAAAACT-AACCTCATGA-ATAGTGTATT-TTTTTTTATT-AACTTG-TGTCA
gi|6 : aATAA-GG---TGGAT----------AAGC-ACC---TC---AACG-AT-TTTGC--TG-ATAAT----TTG-G-CA-A--TAG---GTATT---GA------------------CAC-CCCTCTATACATAGA-AT--AGTGGT-ACCAAAAATT-GCATT--AAAGG---TATTCA-TTGCCAT--G-TTA-CAA-AAC-ACCCCT--GAAAATG-GCTCCC-CA-ATGC-TTTAAAATGCCTTAA--TTTTGCCCTTTTTTT---GAT-AAAAACA--CA-A--A--TT-AA-AGTTACCTGTGACGC-AAA-T-TCTCT--ATT-G-TTCAGCTTAAA---C-T-AGGTTC-AG-T---------A--T-AACA--A----ATA---AA--------CTAA-TA--AA-C-A-TCT---A--GAC-TC--A-AA---ATTG-GATT--TATACTATTGT---TTC-TGAGAGT-TGA-AAAA--CCGAATG--T-T-C-GCAGCAT-TTCTG-ACTA----T-TTT-G--------AA----AAAA----T--C----CAA---TTTCT-A---G---GCCAAATTTA-C-A--CCGTC-A--TTTGCTA-A-A-A--AA-T-CAC-CAACAACCAGA-TATGA-AGAATTATGCA-T---AA-TTAATTATCA-TA----ACTTTTGAGA--TG----G---TG-AA--ATAT--AAAAAAT-CAAGC--A--T-G--TCATAATTTTG-CTAAA----C-TAAAAATAAAT-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTTGG--TTGCC-AT--GT-AAAT-ATGAA----AAA--T---C-TC---------CCTAT-CTTA-A-----TATAACAAGTCAAACT-TCC---AT-TA------TTT-TCA--A----TAATA--TCCTGC--AATCA--ATG-T---AATATG-TCAT-AAATG-GACCTATTCTTT-CA-----TGTTTC---AA-----ATACTTCAG------T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAA--ATTTT-AGTATTTTAATG--ACAGTAGTAAACGATT-TACAAGTTGC---GCTATTGAT-A-C-CC-CAAAA-CATT-AAACATT--G---GGGAGAAA-AA-C--CTAA-CTAAAC--ATATTT-ACTGCTATA-A-CATTTTT--ATTACTTGCTTAAAAAACA---AAATAC-----ATGTAA------------ATATTCACCCAA-AA-AATAA-A-TGAATAAGAA-T-CC-------------A----C-T-GCCT---------AT----TAG---CTT----------AAGAATTG-A-TGCCATGGTAA-T-AT---T--------AATCATCA--CATCTG-------CATGTATA
gi|7 : AGCCAT-TCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAA---TTTAATATAGTGG---TGGAT----------AAAC-ATC--CTC---ACCA-AT-TTTGC--GG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGATTATT-T-GA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-AT--A-CGGT-ACCAAAAATT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGAAC-ATCC-T--GAAAATG-GCCCCCCAAGATGA-TTAAAAATGCTT-AA--TTTTGGCCCTTTTTTTAAAATTAAGAATA--CATA--AAATT-GA-TATTACTCGCGA-GC-AAA-T-TTCTT----T-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTC-AG-C---------A--T-AACA--A----GTA---AA--------T-GA-TA--AAAC-A-CCC---AT-GGC-TC--A-AA---ATTT-GATT--GT--CTATTGC---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-GATG--T-T-T-G--GCAC-TT-TG-ATTA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---A---TCTAA-TTTA-T-G--ACGTT-A--TTTGC-A-ATA-A--AA-TTCAC-CCACATACAGG-TACGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----C--TT----A--TGTCAAA---TATAA--ATA---AAAAA-T-CAAGC-GA--C-G--TCTTA-TTTTG-CTAA-----C-TAAAAAGA--T-----CGTGTT-T---C-AAAT-TT------------T--GG-TAAT-ATGAG----AAA--T---C-TC--------A-CAAT-C-TGAA-----TAT-GCCAGTCAAA-T-TTC---AT-TA-----TTTT-TCAATA----TGATA--TC---CCTAATCA--ATG-C---AATTTG-TCAT-GAATG-CA-ATTTTTCTT-AA-----TGTTTC-AAAA-----ATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GAA-ACCAC--ATTTT-AGTATTTT-ATAATACAGTGGTAACATATA-TACAAG-TTT---GCTATTTGT-A-C-CC-GAATA-CATTAAAACATT------GGGGAAAATCA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ACT-GTATAAATC
gi|8 : TCA-AA--TTT-----CA--TCTCCAATC-----ATGTA-TT-CTTGATT-TAAT-GT--ATC--A-GGTAGTTT-GGCGCA-ACA-TTA--TTTT------CT--TTCA----AATTA----T-------AGA-AATTATAGAAATATTTTAA-GTTGCCAG--TAAGT-G--AC-T-G-TTATT-CAGTA-T-------T-TTCATGAT---AAATTGTATTGG-TAACAA--GAAC-TAGTCGGAAACCCACGG-ATTTTCT---CTCCGTTAGACCTG-TATTCAA----TGAA-TG-CAGTGTGT-AATAG-AGAGAA-------AGC-------------CTATG-GGTTCA-GACA-AT--GG-CC-------T-T--ATATAC-TTAACATT---TTTTA-----ACATTT-CC-TAA-TC-T----C-T-A------CTTTA--A---------TTA-AAA-TATTGTAAATTTAAAAACTCAACCTAATGACAT-GCGTA---TTTTTCTATTATACTGTATATCATTCTAT--TTTTCT-TTTC---------TATTCATTATCTATACGC-TC-AC-AGG-GATGGATGCGGG-GA-CATGC-TAAATT-------ATGAAAA---AACT-A-CGGATAATTAAAGC-C-----GAATATTCAA-TTTTTGTGGTGCGAGA----ATAATTTAACGG-TAGCATGCC--GATATTTTTCC-AAAGCAA-T-GCA-----TTCATGCACAAAC-ATTAtt
gi|9 : --AAATT-A--TGTTACTCG-GA-GT---T-T-TCTTTTCCTT-G-TT---TTTAAAA-A--T-AGTTTT-AG-CCTCACAAAGA--T-AATAATA----ATA---AA--------A-AA-TAATAAAT-A-------AT-GACATC--ATAACTTACTGTGGCT--AC--C-AATGT---TTC--G-GAGT-TGACAAAA--TC-AATT--TAT-C-G--GAAT-TT-TG-ACCA----T-TGTTG--------AAAATCAAAA----CAGA----CAAT--TTT-T-A---A---GC-----TTA-T-G--AAATC-A--ATTAC-ACG-G-AATAA-TGCGC-CGAAATGCAAG-TATGA-AGAATTATGTA-G---GAGTTAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CGTCGCAAACCACGGTTTTGAGTCCACATACGTTGTGATGATGGAGAGGATCGATAAGAAGCACCCGTGGGTTACCGACA
Unaligned ( gi|23 ): GTGTTTCTTTGAGCAGAATATCAAACACACACACGAAAATTTTACCAAATCATAATCCCT
Unaligned ( gi|27 ): AGTGATGGCGTGTTTTGTGATTTATTCCCAGGGGAAG
Unaligned ( gi|28 ): AAGTAATTTCTGTACATTTGCGTCATAACAAAT
Alignments
lowQualScore : 1 1111 111 2222222222 111 222 1111 111 111 444444444444444444 111 1111 111 1111 11 111 111111111 2222222222 1 111111 1111 22222222 111 111 11 2222222 11 11111 22222222 11 1 1111 2222222222 1 1111111 1 1111 11111 2222222222 11 11111 11111 11111 111111 1 2222 4444444 111111111 22222 11 111 444444444444444444444444444444444 2222222222 666666666666666666666666666666666666 111 3333333333 2222222222222 1 1 11111111 11 222222 11111 11 1 2222 1 111111 11111 222222222222 222222222 11 111 1111111 111 1111 111 2222 33333333333333333333333 1111 22222222 222222222 111 1 111 3333333333333 11 222 111 222222222222 1 1 444444444 11 22222 1 1 11 1 11 1111 1 3333333 111 11 33333333333 33333333333 11 1 1 111 2222 1 1
lowQualScore : 7 888 6 6 6 2222 5 111 9999999999 6 000 333 6 6 99 888 4444 6 6 000 3 1 222 999999999999999999 6 6 111 6 5555 6 0 6 99 000 1111 33 5 5 11 5 9999 6 2 6 5 6 6 99 4 111 99999999 5 5 5 5 55 5 888 4 4 777 4 55 4 4 4 666666666 8888 55 8888 777 3333333333 4 55 4 8888888 4 2 7777 777 4 888888 3 666 3 3 3 3 55 44 88 3 999999 3 3 3 2 2222 3 22222222 7777 888888888888 000 3 3 666 111 4 4 4 55 4 66 0 8 4 4 4 22 4 3 4 0 4 4 0 4 777 66 4 9999 9999 66 0000000 4 66 00 8 4 4 66 4 66 3 8 5 77777 5 66666666 5 888 5 5 4 66 5 11 0 5 0000 999999 5 5555555555 5 0 9999999 0 222 5 5 4444 5 22222 5 9999 0000000000 00 00000 4 4 99 66 5 5 44444 5 0 44444 555555 5 5 5 1 5 0 5 888 5 0 5 0 5 0 999 5 888 5 5 5 5 5 2222 1111111 666666666 5 5 5 3 22222 11 1 444 0 000000000000000000000000000000000 3 6 8888888888 6 1 3 888888888888888888888888888888888888 000 0000000000 5 5 5 4444444444444 1 1 88888888 00 6 55 555555 99 0 5 1 44444 5 5 5 5 5 77 55 0 5 1 0000 5 1 77 666666 77 33333 555555555555 5 222222222 33 1 555 5 5 77 666 5 5 5 5 8888888 5 5 000 77 2222 5 1 0 222 1 4 0 4 777 1 4 4 3333 4 4 0 4 2 4 22222222222222222222222 33 5 5 5 66 2222 00000000 7 222222222 1 111 66 5 1 3 8 0 8 555 5 9999999999999 44 999 555 6 22 222 000000000000 99 0 88 22 6 0 000000000 66 33 44444 0 0 00 0 33 0000 0 4444444 444 8 8 11 1 77777777777 8 8 88888888888 8 2 33 0 0 777 0 6666 0 0
lowQualScore : . ... . . . .... . ... .......... . ... ... . . .. ... .... . . ... . . ... .................. . . ... . .... . . . .. ... .... .. . . .. . .... . . . . . . .. . ... ........ . . . . .. . ... . . ... . .. . . . ......... .... .. .... ... .......... . .. . ....... . . .... ... . ...... . ... . . . . .. .. .. . ...... . . . . .... . ........ .... ............ ... . . ... ... . . . .. . .. . . . . . .. . . . . . . . . ... .. . .... .... .. ....... . .. .. . . . .. . .. . . . ..... . ........ . ... . . . .. . .. . . .... ...... . .......... . . ....... . ... . . .... . ..... . .... .......... .. ..... . . .. .. . . ..... . . ..... ...... . . . . . . . ... . . . . . . ... . ... . . . . . .... ....... ......... . . . . ..... .. . ... . ................................. . . .......... . . . .................................... ... .......... . . . ............. . . ........ .. . .. ...... .. . . . ..... . . . . . .. .. . . . .... . . .. ...... .. ..... ............ . ......... .. . ... . . .. ... . . . . ....... . . ... .. .... . . . ... . . . . ... . . . .... . . . . . . ....................... .. . . . .. .... ........ . ......... . ... .. . . . . . . ... . ............. .. ... ... . .. ... ............ .. . .. .. . . ......... .. .. ..... . . .. . .. .... . ....... ... . . .. . ........... . . ........... . . .. . . ... . .... . .
lowQualScore : 7 222 7 7 7 7777 7 777 2222222222 7 222 333 7 7 22 777 2222 7 7 888 5 0 555 222222222222222222 7 7 777 7 0000 7 7 7 22 000 6666 66 7 0 66 7 3333 7 5 7 7 7 7 22 2 777 55555555 0 0 0 0 88 0 777 0 0 333 0 66 0 0 0 000000000 0000 55 5555 000 5555555555 0 55 0 0000000 0 0 8888 000 0 000000 3 444 6 6 6 6 00 99 66 6 888888 6 6 6 6 7777 6 33333333 7777 999999999999 000 6 6 444 000 0 0 0 55 4 11 1 9 4 4 4 22 4 9 4 1 4 4 1 4 888 11 4 4444 4444 11 1111111 4 11 66 9 4 4 11 4 11 9 9 0 55555 0 44444444 0 888 0 0 2 99 0 99 0 0 6666 666666 0 9999999999 0 0 6666666 0 888 0 0 0000 0 55555 0 4444 0000000000 66 33333 4 4 33 44 3 7 33333 7 3 33333 999999 7 7 7 4 7 7 7 222 0 2 0 1 9 2 555 0 888 0 0 0 0 0 7777 7777777 666666666 7 7 7 0 88888 22 7 000 8 888888888888888888888888888888888 5 7 7777777777 7 0 7 333333333333333333333333333333333333 000 7777777777 7 7 7 6666666666666 4 4 77777777 66 7 88 888888 22 7 7 7 33333 7 7 7 7 7 99 77 1 7 4 9999 7 4 99 444444 99 11111 333333333333 7 999999999 66 7 777 7 7 99 111 7 4 7 7 6666666 7 7 000 99 7777 7 4 7 666 9 4 1 4 888 9 4 4 2222 4 4 1 4 7 4 88888888888888888888888 11 0 0 0 99 5555 00000000 8 888888888 0 888 44 6 4 2 0 8 0 666 0 2222222222222 00 888 000 0 00 888 666666666666 44 6 88 44 4 8 000000000 55 88 88888 0 0 22 0 22 8888 0 0000000 000 0 0 00 0 00000000000 0 0 66666666666 0 5 88 0 0 000 2 2222 0 0
consensus : AGAGCCATCTCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAN---TTTAATATAG-GG---TGGAT----------AAGC-ACC--CTC---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGANTATT-T-GA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-AT--A-TGGT-ACCGAAAATT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGAAC-ACCC-T--GAAAATG-GCTCCC-AAGATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCTTTTTTT---GATTAAGAATA--CA-A--AAATT-AA-TGTTACTCGTGA-GC-AAA-T-TCTTT--ATT-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTC-AG-C---------A--T-AACA--A----ATA---AA--------N-AA-TA--AAAC-A-TCC---AT-GAC-TC--A-AA---ATTG-GATT--GC--CTATTGT---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-C-G--GCAT-TT-TG-ACCA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AA-TGCAC-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATAT--AAAAA-T-CAAGC-GA--T-G--TCTTA-TTTTG-CTAA-----C-TAAAAATA--T-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GG-TAAT-ATGAA----AAA--T---C-TC--------ACCAAT-C-TG-A-----TAT-ACAAGTCAAA-T-TTC---AT-TA-----TTTT-TCAATA----TAATA--TC---C--AATCA--ATG-T---AATTTG-TCAT-AAATG-TA-CTGTTCTTT-CA-----TGTTTC-AAAA-----ATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAC--ATTTT-GGTATTTT-ATGATACAGTGNTAACAGATA-TACAAG-TGC---GCTATTTAT-A-C-CC-GAAAA-CATT-AAACATT--GGCCGGGGGAAA-CA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ACTGGTATACATCATTTTTTNATTACTTGCTTAAAAAACA---ATATAT-----A---AA------------AAAT------AATAA-AATAA-A-T---TAAACA-TGCCCTATTATGC-TA-A----C-T-ACCT------AAAATTATGTAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCATGGTAA-T-AT---TTAA-----AATC-TCA-CCATCTG-------TATGTATAGGAGTCA-AA--TT------CA--TCTC-AATC-----ATGTA-TT-CTTGATT-TA-T-GT--ATC--ATGGTAGTTT-G-CGCA-A-A-T-A--TTTT------CT--TTCA----NATTA----C-------AGA-AGT---------ATTTTA--GTTGCCA---TA-GC-G--AC-T-G-TATTT-CAGTA-T-------T-T-CATGAT---AAA--GC---GG-TAACAAATGAAC-TAGTCGGAA-CCCACGG-GTTTTCT---CTCCGTTACA-CTG-TATTCAAT---TGAA-TG-CAGTATGT-AACGG-AGAGAA-------AAC-------------CTATG-GGTTCC-GACG-AT--GG-CTATTTACAT-T--ATATACGTT--CATC---TTNTA--TGTACATTTACCGTAAGTC-CATAAC-T-AATATTCCTTTATCA---------TTC-TAC-TTTTGTA---TTAAAAACT-AACCTCATGACAT-GCGTATT-TTTTTCTATT-CACTTGATATCAATTNATCACTTTCTNTTTC---------GATTC--TATT--CGCGC-TC-AC-GGG-GATGG-TGCGGGAGA-CAAGC-TAAATT-------ATGAAAA---AATT-A-CGG--AATNA---N-T-----GAATATTCAA-TTCTTGCGGTGC-AGA----A-----TAACGG-TAGTATGGC--GATATTTTT-C-AAAGCAA-T-GCAA--TTTTCAT-CACAAAC-ATTA
Reference ( family-305 ) : AGAGCCATCTCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAN---TTTAATATAG-GG---TGGAT----------AAGC-ACC--CTC---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGANTATT-T-GA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-AT--A-TGGT-ACCGAAAATT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGAAC-ACCC-T--GAAAATG-GCTCCC-AAGATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCTTTTTTT---GATTAAGAATA--CA-A--AAATT-AA-TGTTACTCGTGA-GC-AAA-T-TCTTT--ATT-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTC-AG-C---------A--T-AACA--A----ATA---AA--------N-AA-TA--AAAC-A-TCC---AT-GAC-TC--A-AA---ATTG-GATT--GC--CTATTGT---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-C-G--GCAT-TT-TG-ACCA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AA-TGCAC-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATAT--AAAAA-T-CAAGC-GA--T-G--TCTTA-TTTTG-CTAA-----C-TAAAAATA--T-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GG-TAAT-ATGAA----AAA--T---C-TC--------ACCAAT-C-TG-A-----TAT-ACAAGTCAAA-T-TTC---AT-TA-----TTTT-TCAATA----TAATA--TC---C--AATCA--ATG-T---AATTTG-TCAT-AAATG-TA-CTGTTCTTT-CA-----TGTTTC-AAAA-----ATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAC--ATTTT-GGTATTTT-ATGATACAGTGNTAACAGATA-TACAAG-TGC---GCTATTTAT-A-C-CC-GAAAA-CATT-AAACATT--GGCCGGGGGAAA-CA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ACTGGTATACATCATTTTTTNATTACTTGCTTAAAAAACA---ATATAT-----A---AA------------AAAT------AATAA-AATAA-A-T---TAAACA-TGCCCTATTATGC-TA-A----C-T-ACCT------AAAATTATGTAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCATGGTAA-T-AT---TTAA-----AATC-TCA-CCATCTG-------TATGTATAGGAGTCA-AA--TT------CA--TCTC-AATC-----ATGTA-TT-CTTGATT-TA-T-GT--ATC--ATGGTAGTTT-G-CGCA-A-A-T-A--TTTT------CT--TTCA----NATTA----C-------AGA-AGT---------ATTTTA--GTTGCCA---TA-GC-G--AC-T-G-TATTT-CAGTA-T-------T-T-CATGAT---AAA--GC---GG-TAACAAATGAAC-TAGTCGGAA-CCCACGG-GTTTTCT---CTCCGTTACA-CTG-TATTCAAT---TGAA-TG-CAGTATGT-AACGG-AGAGAA-------AAC-------------CTATG-GGTTCC-GACG-AT--GG-CTATTTACAT-T--ATATACGTT--CATC---TTNTA--TGTACATTTACCGTAAGTC-CATAAC-T-AATATTCCTTTATCA---------TTC-TAC-TTTTGTA---TTAAAAACT-AACCTCATGACAT-GCGTATT-TTTTTCTATT-CACTTGATATCAATTNATCACTTTCTNTTTC---------GATTC--TATT--CGCGC-TC-AC-GGG-GATGG-TGCGGGAGA-CAAGC-TAAATT-------ATGAAAA---AATT-A-CGG--AATNA---N-T-----GAATATTCAA-TTCTTGCGGTGC-AGA----A-----TAACGG-TAGTATGGC--GATATTTTT-C-AAAGCAA-T-GCAA--TTTTCAT-CACAAAC-ATTA
gi|1 : AGAGCTATCTCT-C-GT-AAG-CATC-AAAATT---TTTAATATAG-GGCTCTGGAT----------AAGC-ACC--CTC---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGATTATT-T-GA------------------CACACC-TCT---CATAGA-A---A-TGGT-ACCGACA-TT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGA-C-ACCC-T--GAAAATGTGCTCCC-AAGATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCCTTTTTT---GATTAAGAATA--CA-A--CAATT-AA-TGTTACTCATGA-GC-AAAAT-TCTTT--ATT-G-TT-ACCTTAAAG-AC-T-ATGTTC-AG-C---------A--T-AACA--A-----TA---AA--------G-AA-TA--AAAC-ACTTC---AT-GAC-TT--A-AA---ATTG-GATTC-GC--CTAT-GT---TTCATG-GAGT-TGA-AAAA--CA-AGTG--T-T-T-G--GCAT-TT-TG-ACCA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AA-CGCAC-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CATTA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--A-AT--AAAAA-T-CAAGT-GA--T-G--TGTTA-TTTTC-CTAA-----C-TAAAAATA--T-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GG-TAAT-ATGAA----AAA--T---C-TC--------ACCAAT-C-TG-A-----TAT-ACAAGTAAAA-T-TTC---AT-CA-----TTTTCTCAATA----TAATA--CC---C--AATCA--A-G-TAGAAATTTG-TCAT-AAATG-TA-CTGTTTTTT-CA-----TGTTTC-AAAA-----ATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAC--ATTTT-GCTAATTT-ATGATACAGTGCTAACAGACA-TACAAG-TGC---GCTATATAT-A-C-CCTGAAAA-CATT---ACATCG-GGCTGGGGGAAA-CATC--C-AATATAAACTAAT-TTT-ATTAGTATACATCATTTTTTCATTATCTTCTTAAAGAACA---ATATAT-----A---AA------------AAAT------AATAATAATAATATT---TAAACA-TGCCCTATCATGC-TACA----C-TGACCT------AAGAATATGTAG----TT----------AAGAAATG-GTTGTCATGGTAA-T-AT---TTAA-----AATC-TCA-CCATCTGAATTAGATACATGTAGGAGTCA-AA--TT------CA--T----AAT------ATATA-TTGCTTAATTGTA-T-GT--ATCGTACGGTAGTGT-G-CACA-A-A-T-A--TTTT------CT--TTCA----CATTA----C-------AGA-AGT---------ATTTTA--GTTG-TA---TA-GC-G--AC-T-GATATTT-CAGTA-T-------T-T-TATGAT---AAA--GT---GGTTAACAAAT-AAC--AGTCGG-A-CCTACGG-GTTTTCT---CTCCGTTACA-CTG-TATTCAAT---TGAA-TGCCAGTATGT-AACAG-ATAGAAG------AAT-------------CT-TG-GGTTCA-GACATAT--GGTTTATTTACAT-T--ATATATATT--GATT---TTGTA--TGTACA-TTACCATAAGTC-CATAAC-T-AATATTCCGTTTTCG---------TTCTTACGTTTTGTATG-TTAATTGCT-ATACTCATGACAA-GTG-ATTGTTTTTCTATT-TACTTGATATCAATTGATCACTTTCTGTTTC---------GATTC--TATT--CGTGC-TC-ACGGGG-GATGG-TGCGCGAGA-CAAGCTTAAATTTGAAAGAAAGAAAA---AATT-A-CGG--AATCA---G-T-----GAATATTCTA-TTCTTGCGGTGC-AG-----A-----TAACGG-TAGTATGGC--GATATTTTT-CAAAAATAATT-GGAA--TTTTTAT-CACAAACGATTA
gi|10 : ATA----TAATA--TC---CCTAATTG--ATG-T---AGTTTG-TCAT-GCATG-TA-ATGTTTTTTTCA-----TGTTTC-AGAA-----ATATTACAG---T--T-GC-C-G-TG-ACA-ACCAC--ACTTT-AGAATTTA-AAGATAAAGTATTAACTGATT-TACTAG-TAC---GCTATTTAT-A-C-CC-GGAAA-CATT-AA--ATT--A--CTGGGGAAA---------AA-ATAAATTAAC-TTT-GCTTGTGTAC--CATTTTCATATTACTTGCTCAAt
gi|11 : AGCCATTTCT-CTGT-AAG-CATC-ACAAATACTTTTAATATAA-GG---GGGATTGGACTTAAAAGGCGACCGCTTCGTAACCGGATATTTGCGTCGCA-AATGATTTTGTG-CATACGTACTGTGTATT-TTGA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-ATTAA-TGGT-ATCAAAAATT-GCATTAGTGAGG---TAC-CGTTTGCCAT--GTGT-ACAAAGAC-
gi|12 : tCTC-CATC-----ATACA-TT-CTTAATT-TA-T-GT--ATC--ATGGCAGTTT-GGCACA-ATA-TTA--TTTT------CT--TTCA----AATTA----C-------AGA-AAT---------ATTTTA--GTTGCCA---TA-GC-G--AC-T-G-TATTT-CAGTA-T-------T-T-CATGAT---AAA--GT---GG-TTACAAATGAAC-TAGTAAGAA--CCACGA-GTTTTCT---CTCCGCTACA-CTG-TATTCAA----TGAA-TG-CAGTATGT-AACAG-c
gi|13 : ---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-TAT-A--GCAT-TT-TG-ACAA----T-TTAAA--------AA----AAAAAACCC--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AAATGCAT-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--AA-TA----CCTTT----A--TGT---T---TA-AA--TTATA-AAAAA-T-CAAGT-GA--T-G--TGTTA-T
gi|14 : --AAACT-AA-TTTTATTGCTAA-AC-AAT-G-TCTTT---TT-G-TT-CGCTTAAAT-AT-T-AGATCT-AG-C---------A--T-AACA--A----ATACCTAATAAGGCATC-AA-TA--AAGC-A-TCA---AT-AAA-TC--A-AA---GCGA-GATT--AC--CTTTGGT---TTC-TG-GAGT-C---------TC---TG--C-T-T-GT-GCAT-CC-TG-ACC-------TTTTGGGGGAAAAAG----AAAA----A--T----CAA---TTT-T-A---
gi|15 : TTAATT--CA--A----CCTTT----A--TGT---GG--TG-AA--ATGT--AAAAAAT-CATTTTGA--T-G--TCATA-TTT-A-CTAA-----C-TAA---------------TGCT-G---C-AAAT-TTTGT--CTGTC-ATAAGA-TGAT-ATGAA----AAA--T---CTTC--------AGAAAT-C-TG-A------AT-ATA--TCAAT-C-TTCA--AT-AA-----TACT-ACAATA----TGATAT-TC---C--TATCA--GTG-T---GCTTAG-TCAT-CAAa
gi|16 : acaATTATTCATTTTCTATTTC---------GAT-C--TATT--CACGCCTCTAC-GGGAGGTGG--GCGGGAAAACAAGC-TAAATTA------ATGAAAA---AATT-A-CGG--AATAA---C-T-----GAATATT-AA-TTCTTGCGGTGC-AGA----A-----TAACGG-TAGTATGGCCGAATATTTAT-C-AAAATAA-TGGTAATTTTTTTAT-CAGAAAC-AT
gi|17 : TTT--ATT-GGTT-A-CGTAGAG-A--T-AGGTCCCAA-C---------A-------A--A----ATA---GA--------T-GA-TG--AAAT-A-TTTTTTAT-AAAATC--A-AG---ATTG-AGTTACGC--GTATTGT---TTC-TG--ACT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-T-G--GCG--TT-TG-AATA----T-GTTTGGAAAA---AA----GAAA----C--T----CAA---------A---G-----CAT-TTTA-T-G--ACat
gi|18 : ctggAT-----A---AA------------TAATTA----AATAA-AAAAA-A-T-----AACA-TGCTTTATTATGC-TA-A----C-T-A----------AAATTGCGTAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCATGGTAA-T-A----TTAA-----ACTC-TCA-CCATCTG-------TATATACAaag
gi|19 : aaaaacaaaaaacaagcaaacacccccccccccccaGTCGGAA-CCCACGG-GTTTTCT---CTCCGTTATA-CTG-C-----GT---TGAA-TG-CAGTA--T-AACGG-AGAGAA-------AAC-------------CCGTG-TGTTCC-GACG-AT--AG--TATTT---T-TTGATACATGCTG-TATCAAATTACA--TGTAC-----CCGTAAATT-CATAtgtaag
gi|2 : tcAGAGCCAT-TCTGCTGTTAAG-CATCCAAAAAA---TTTAATATAG-GC---TGGAT----------AAGC-ACC--CTT---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----T---G-CATG--TAGAGATTATT-T-GGGGGAAAAAAAAACCCCCCCAC-CC-TCT---TCTAGA-AT--A-TAGTTACCGAAAATTTGCATT--TGAGG---TAC--G-TTGCCATA-G-GTA-CAAGAAC-ACCC-T--GAAAATG-GCTC---AAGATGCGTTAAAAATGCGT-AACATTTTGGCCTTTTTTT---GAGTAAGAATA--CA-C--AAATT-AAATGTTACTCGTGA-GC-AAA-T-TCTAT--ATTTG-TT-ACCTTAAAGGAC-TGATGTTC-AG-C---------A--T-AACA--A----ATA---CA--------T-AACTA--AAAC-A-TTC---ATTGAC-TT--C-AA---ATTG-GATT--GC--CTATATT---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-T-T--GGAT-TT--G-ACAA----TCTTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-TTA---GA--GCCAA-ATTAAT-GGGACGTCCA--TTTGC-A-A-G-A--AA-TG-ACACCACATACAGG-TATGA-AAAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATATAAAAAAA-T-CAAGT-GA--TGG--TGTTA--TTTG-CTAA-----CTTAAAAATAGTT-----TTCGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-ATC-AG-TAAT-ATGAA----AAAACT---C-TC--------ACAATT-C-TG-AATTATTAT-ACACTTAAAA-T-TTT---AT-TA-----TTTT-TCAATA----TAATACGCC---T--AATCATTTTGCT---AGTTTA-TGAT-Agt
gi|2 : C--ATTTT-GCTAGTTT-ATGATACCGTGCTAACAGA-A-TG-AAG-TGCCGCGCTATATAT-A-C-C--GAACA-CTTT-A--CATTTGGGCCGGGAAACA-CA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ATTGGTATACATTTTTTTTAAATTAC-TGATTAAAGAACA---AT-TATTATTAA---AA------------AAAT------AATAA-CAT-----T---TAAACATTGCCCTATTATGCATA-ATAGGT-T-ACCTAAAAAAAAAATTATGTAAGGTCTTAAAAAGGGAAAAAAATTG-GTGGCCATGGTAA-TCAT---T--A-----AATC--CACCCATCTG-------TA--TATAGGAGTCA-AA--TTTCATAACA--TCTT-A--T-----ATATATTT-CTTAATC-TA-T-GT--ATC--ATGGTAGTTG-G-CAC----A-T-A--TTTT------CT--TTCA----CATTA----C-------AGA-AGT---------ATTTTA--GTTGTCA---TA-GCGG--AC-TGG-TATTTCCAGTA-T-------TCT-TACGAT---AAA--GC---AG--GACAAATGAACTTTGTCGGAA-CTCACGG-ATTTTCT---CTCCGTTACA-CT--TATTCAATTGGTGAATTG-CA--ATGT-GATGGTAATGAACCGCATGAACTCTATATAAATTGCTATGTGGATTC-GACA-ATTGGG-C--TTTATAT-T--GTATATGTccgtgctaacagaatgaagtgccgcgctatatataccgaacactttacatttgggccgggaaacacaccaaataaactaattttattggtatacattttttttaaattactgattaaagaacaattattattaaaaaaataataacatttaaacattgccctattatgcataataggttacctaaaaaaaaaattatgtaaggtcttaaaaagggaaaaaaattggtggccatggtaatcattaaatccacccatctgtatataggagtcaaatttcataacatcttatatatatttcttaatctatgtatcatggtagttggcacatattttctttcacattacagaagtattttagttgtcatagcggactggtatttccagtattcttacgataaagcaggacaaatgaactttgtcggaactcacggattttctctccgttacacttattcaattggtgaattgcaatgtgatggtaatgaaccgcatgaactctatataaattgctatgtggattcgacaattgggctttatattgtatatgtgattagtgcaatttgagtactgctcactaactttttatcgcttttgatacagtgtacccatacatttaatattgtccattgatctctaactttctttatctcggtgacttttgttatgttattgaaaaccctatccttacgatgacaagtgtaatttttgcctttcttttctctgtgt
gi|20 : agagccattctgctgttaagcatccaaaaaatttaatataggctggataagcacccttaccgattttgctgaaattgcatgtagagattatttgggggaaaaaaaaacccccccaccctcttctagaatatagttaccgaaaatttgcatttgaggtacgttgccataggtacaagaacaccctgaaaatggctcaagatgcgttaaaaatgcgtaacattttggcctttttttgagtaagaatacacaaattaaatgttactcgtgagcaaattctatatttgttaccttaaaggactgatgttcagcataacaaatacataactaaaacattcattgacttcaaattggattgcctatattttctggagttgaaaaatcaatgttttggatttgacaatcttttgaaaaaactcaatttttagagccaaattaatgggacgtccatttgcaagaaatgacaccacatacaggtatgaaaaattatgcataagttaattcatacctttatgtgtaaaatataaaaaaatcaagtgatggtgttatttgctaacttaaaaatagttttcgtttcaaaattcggttgccatcagtaatatgaaaaaactctcacaattctgaattattatacacttaaaattttattatttttcaatataatacgcctaatGTCGGAA-CCCAGGG-GTTTTCT---CTCTGT-ATA-CTG-CATT---------GA-TG-CAGTAT---AACGG-AGAGAA-------ACC-------------CAATG-GGCTCC-GACG-AT--Ggattagtgcaatttgagtactgctcactaactttttatcgcttttgatacagtgtacccatacatttaatattgtccattgatctctaactttctttatctcggtgacttttgttatgttattgaaaaccctatccttacgatgacaagtgtaatttttgcctttcttttctctgtgt
gi|22 : tT-------ATGAAAATTTAATTTA-CAG--AATTA---GCT-----GAATATTCAA-TTCTTGCGGTGC-AG-----A-----TAACGG-TAtgcatgccaaaattatt
gi|24 : GG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACGAG--C-ACCC-T--GAAAATG-GCTCCC-AAGATGC-tgctgc
gi|25 : TGTAT-AACGG-AGAGAA-------AAA-------------C-GTG-GGTCCC-GACG-AT--Gat
gi|26 : AGAGCCAT-TCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAT---TTTACTATAG-gcgta
gi|3 : aAGCCATCTCT----T-AAGGCATC-ATAAAA---ATTAATA-AA-GG---TGGAT----------AAGC-ACC--CTTTCTACCG-AT-T--GC--TG-T-A-T----ATG-GTCAT------TGAGTATGAT-AA------------------TGC-AC-CCT---CATAGAGAT----TGGT-ACCAAAAATT-GCA-T--TGAGGTGATAC----TTG-CATGCG-GTAACAAGAACTACTC-CGGGGAAATC-GTCCGC-AAGATGT-TGGAAAATGC-T-AA--ATTTGGCC---TTTT---GATT-ATAATAATTA-ATCAAATTAAA-TTTTA--TGTGA-GCAAAA-TGTCGTG--ATT-G--T-AGCTTAAAG-ACTT-AGG-TC-AGTT---------ATTT-AGCA--ATCTCAAA---AA--------T-AA--A--AAACGA-TCG---AT-GAC-TCAAA-AA---ATCG-GAT-------ATATTCTATGTTC-TC-GAGTATGA-AAAAAGTC--ATGATT-T-C-G--ACATGTC-TG-ACGAAGTTT-TTTTG--------AA----AAAC----C--TTTCACAAAACTCT-T-ATATGTGTGTTAG-CTTT-T-G--A--TT-AGGCTT-C-A-A-G-AAGAA-T-TAC-CT-C-----GA-TATGATATAATT-TATA-TCCGGAGTTAA-T--CA-TAAAACTCACT----AATTGT---GTTTTA-AAATATAT--AAAAA-TACA--C-GA--T-GATTCTTG-TCTTT-C--ATCGGTC-TACAGATA--TAATTATTTTTT-TACAC-AAAAGTTTAGTTTTGCCTAT--GGATAAT-ATATATCGTAAA--TTCGC-TCCTCTTGATAGCAATACATG-------TATCACAAGTCATA-TCTTCAAAAT-TGTAATCTCTC-TCTATATTCTTAGTG--TC---T--AATCG--AGG--------------AT-AAATA--A-CTATTCATT-CGCCGCCTCTCTC-ATACTGTGTGTAATTCAGCTTT--T-GCGC-ATTGTGCATCCCGT--ATTTTAGGTATCTT-GTCA-ACAGTG-TAACAGAT--TACAAG-TGC---GCC-TTTAT-AGCACC-AAAAATCAT
gi|3 : aatG---CTTC---------GGGAATTGTGTT-CCAT--TAAGT-ATAGCTTAATAAAGAATTGTCA-CCATCTG--------ATG-ATAGAAGTAA-GA--TT------TACTTCTC-ATAC-----ATGTA-TT-CTTGA-T-TA-T-GT--ATTCAATGGTAGTAT-G-CGCG-C-A-T-A--ATCTATGAGACTACTTTATTGCTATTAATTTC-------ATATCAT---------ATTTTAAGGATGCTACGTTT-GC-G--ACTT-G-TTTAT-CAGTA-TTCCTCGCT-T-CATGATTCCATA--GA---AG-TAAC------GC----TCGA-----CACGGAGCTTTCT---ATCC-TTA----TG-TA-TCAAT-----GA-TG-CAGatagcgctgaagcaaaccgtgaactgagagtctagttacttgttctactcgtgagatatatttcatgctgtcgcttaaagtcacgagaacaatttgtcctcctccctcaccccacatctcactgcttcgggaattgtgttccattaagtatagcttaataaagaattgtcaccatctgatgatagaagtaagatttacttctcatacatgtattcttgattatgtattcaatggtagtatgcgcgcataatctatgagactactttattgctattaatttcatatcatattttaaggatgctacgtttgcgacttgtttatcagtattcctcgcttcatgattccatagaagtaacgctcgacacggagctttctatccttatgtatcaatgatgcag
gi|4 : aatagccatctcttaaggcatcataaaaattaataaaggtggataagcaccctttctaccgattgctgtatatggtcattgagtatgataatgcaccctcatagagattggtaccaaaaattgcattgaggtgatacttgcatgcggtaacaagaactactccggggaaatcgtccgcaagatgttggaaaatgctaaatttggccttttgattataataattaatcaaattaaattttatgtgagcaaaatgtcgtgattgtagcttaaagacttaggtcagttatttagcaatctcaaaaataaaaaacgatcgatgactcaaaaaatcggatatattctatgttctcgagtatgaaaaaagtcatgatttcgacatgtctgacgaagtttttttgaaaaacctttcacaaaactcttatatgtgtgttagcttttgattaggcttcaagaagaattacctcgatatgatataatttatatccggagttaatcataaaactcactaattgtgttttaaaatatataaaaatacacgatgattcttgtctttcatcggtctacagatataattatttttttacacaaaagtttagttttgcctatggataatatatatcgtaaattcgctcctcttgatagcaatacatgtatcacaagtcatatcttcaaaattgtaatctctctctatattcttagtgtctaatcgaggataaataactattcattcgccgcctctctcatactgtgtgtaattcagcttttgcgcattgtgcatcccgtattttaggtatcttgtcaacagtgtaacagattacaagtgcgcctttatagcaccaaaaatcatatagcgctgaagcaaaccgtgaactgagagtctagttacttgttctactcgtgagatatatttcatgctgtcgcttaaagtcacgagaacaatttgtcctcctccctcaccccacatctcactTCT--ATT-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTC-AG-T---------A--A-AACA--A----ATA---GA--------T-AA-TA--AAAC-A-TCC---AT-GAC-TC--A-AA---ATTG-GATT--AT--CTATTGT---TTC-TG-GAGT-TAA-AAAA--CC-AATAT-T-T-C-G--GTAT-TT-TG-ACTA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-CGG--ACGTC-A--TTTGCAA-A-A-A--AA-TGCA--CAACATACAGATTATGA-A-AATTAT-CA-T----AGTTAATT--CA-TA----ACTTT----A--TGT-------TG-AA--ATAT--AAAAA-T-CAAGC-GA--T-G--TCATA-TTTTG-CTAA-----C-T-AAAATA--T-----TTTGTTGT---C--AAA-TTTGG--TTGCC-AT--GG-TAATGATGAA----AA-------T-TC--------GCTATC-T-TA-A-----TAT-AC-AGTCAAA-T-TT----AT-TA-----TTTT-TTAATA----TAATA--TCCG-C--AATCAT-GTG-T---AA--TGATGAT-ATATG-TA-CT-TTCTTT-CA-----TG-TTC-AAAA-----TAACTTC-G---T--TAGC-CTACTG-G-A-ACCA---ATTTT-CGTATTTT-ATGATA-AGTAGTAA---ATATTTCAAG-TGC---GCTATTTAT-A-C-CC-AAAGA-CATTAAAACGTT--G---GGGAGAAA-AA-C--CTAA-CTAAACTAAT-TTT-ACTGCTATACA-----TTTTTATTACTTGCTTAAAAAACAAATACATGT-----A---AATATTCGCCCAATAAAT------AAATA-AATAA-A-T-----AACA-TGTCTTAT-------------------------------------TAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCATGGTAA-T-A----TTAA-----AATC-TTA-CCATCTG-------TATGTATACGAGTCA-AAT-TT------CA--TCTC-AATC-----ATGTA-TT-CTTGATT-TA-T-GT--ATC--ATGGTAGTTTGG-TGCA-ATATT-A--TTTT------CT--TTCA----AATTA----TAGAAATAAGA-AAT---------ATTTTA--GTTGCCA---TA-GT-G--AC-A-G-TATTT-CAGTA-T-------T-T-CATGAT---AAA--GT---GG-TAACACATGAAC-TAGTTGGAA-CCCATGG-ATTTTCT---CTCCGTTACA-CTG-TCTTCAA----TGAA-TG-CAGTGTGT-AACAG-AGAGAA-------AAC-------------CTATG-GGTTCA-GACA-AA--GG-CTATTTACATGTA-ACATTCCTT--TATC---TTCTACTTTTGCATTTAAAACTAGCCTCATGACATGGGTATT--TTTTCTA---------TTC--AC---TTGTA---TT----ATT---TTTCAT---------TTCT-TTTTCTTATT-CA-TTGATCT--ATTGATCACT
gi|4 : -T-AACATTCCTTTATC----------TTC-TAC-TTTTGCA---TTTAAAACT-AGCCTCATGACAT-GGGTA-T-TTTTTCTATT-CACTTG-TATT-ATTTTTCA-TTTCTTTTTCTTATTCATTGA-TC--TATT-----GA-TC-AC-TGG-GATGT-TGCGGGA-A-CAAGC-TAAATT-------ATGAAAA---AATG-ATCGG--AATAA---T-TAAGCCGAATATTCAATTTTTTGCGGTGC-AGAATATA-----TAACGGATAGTAT-GC--GATATTTTT-C-AAAGCAT-G-GCAA---TTTCAT-CACAAAC-ATTAgggatgttgcgggaacaagctaaattatgaaaaaatgatcggaataattaagccgaatattcaattttttgcggtgcagaatatataacggatagtatgcgatatttttcaaagcatggcaatttcatcacaaacatta
gi|5 : tctattgttagcttaaagactaggttcagtaaaacaaatagataataaaacatccatgactcaaaattggattatctattgtttctggagttaaaaaaccaatatttcggtattttgactatttttgaaaaaactcaattttaggccaatttacggacgtcatttgcaaaaaaatgcacaacatacagattatgaaaattatcatagttaattcataactttatgttgaaatataaaaatcaagcgatgtcatattttgctaactaaaatattttgttgtcaaatttggttgccatggtaatgatgaaaattcgctatcttaatatacagtcaaatttattattttttaatataatatccgcaatcatgtgtaatgatgatatatgtactttctttcatgttcaaaataacttcgttagcctactggaaccaattttcgtattttatgataagtagtaaatatttcaagtgcgctatttatacccaaagacattaaaacgttggggagaaaaacctaactaaactaattttactgctatacatttttattacttgcttaaaaaacaaatacatgtaaatattcgcccaataaataaataaataaataacatgtcttattagcttaagaattggttgccatggtaatattaaaatcttaccatctgtatgtatacgagtcaaatttcatctcaatcatgtattcttgatttatgtatcatggtagtttggtgcaatattattttctttcaaattatagaaataagaaatattttagttgccatagtgacagtatttcagtatttcatgataaagtggtaacacatgaactagttggaacccatggattttctctccgttacactgtcttcaatgaatgcagtgtgtaacagagagaaaacctatgggttcagacaaaggctatttacatgATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCTCTTTTT---GAGTAGAAATA--AC-A--AATTT-AA-TGTTACCCGTGA-GA-AAT-T-TCTTT--ATT-G-TT-ACCTTAAAG-AC-T-A--TTC-AG-C---------A--TAAACA--A----ATA---CAT-------A-AA-TA--AAA--A-TTC---AT-GACTTC-----A---ATTG-GATT--G---CTA-------TTT-TG-GAGT-TG--AAAA--TC-ATTC--T-T-TGG--GCAT-GT-TGAACCATT--T-TTTTA--------AA----AAAC----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--ATTCT-A-A-GAA--AA-AGCAC-TCA-ATACA-G-TATGA-AGAATTATGCATT---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATAT--AAAAA-T-C-AGT-GAGTT-G--T-TTATTTTTGCCTAA-----C-TAAAAATA--------TTTGTT-T---CAAAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GGTTAAT-A-GAA----AAA--T---C-TC--------A-CAAT-C-TGAA-----TAT-ACAA-TAAAA-T-TTT---ATATA-----TTTT-TCAATA----TAATA---C---C--AATCA--ATG-T---AATTTG-TCATAAAATGTTA-ATGTTTTTT-CA-----TGTTTCAAAAA-----ATACTTCAG---TTGT-GC-C-A-TG-GCA-ACCACAAATTTT-GCTAGTTT-ATGATACAGTGCTAACAGACA--GCAAG-TGC---GCTATCTATAA-C-CC-G-AAA-CATT---ACATTG-GGCC--GGGAAA-CA-CAGC-AA-ATAAACTAAT-TTTAATTGGTATA-AC--TTTTTTAATTACTTGATTAAAAACAA---ATATAT-----A---AA------------AAAA------TATAA-CAT-----T---TAAATA-TG-CCTATTATGC-TACA----TGT-A-CT------AAAATTATGTAG---CTT----------AAGGATTG-GTTGCCATGGTAA-T-A----TTAA-----AATC-TCACCCATCTT-------T-TATATAGGAGTCATAAATTT------CA--TAAC-AATCTTTATATATA-TT-CTTAATT-TA-TAATAGATC--ATGGTAG-TT-G-GGCACA-A-T-ATTTTTT------TT--TTCA----CA-TA----C-------AGA-AGT---------ATTTTA--GTTGTCA---TT-GC-GGAAC-T-G-T-TTT-CATTATT-------T-T-TATGAT---AAA--GC---GG-TAACAAATGAAC-TTGTCGGAA-CTCA-GG-ATTTTCTCTCCTCCGTTACA-ATGTTATTCAA----TGAA-TA-CAGTATGTAAAC---AGAGAA-------AAT-------------CTATG-GGTTTCAGACA-AT--GG-CTATTT--AT-T--ATGTGCATG--CAT----TTGTA--TGTACATTTACCTTAAGTC-CATAAC-T--ATATTCCTTTATCATTCTACATCTTC-TAC-TTTTGTA---TTAAAAACT-AACCTCATGA-ATAGTGTATT-TTTTTTTATT-AACTTG-TGTCA
gi|6 : aATAA-GG---TGGAT----------AAGC-ACC---TC---AACG-AT-TTTGC--TG-ATAAT----TTG-G-CA-A--TAG---GTATT---GA------------------CAC-CCCTCTATACATAGA-AT--AGTGGT-ACCAAAAATT-GCATT--AAAGG---TATTCA-TTGCCAT--G-TTA-CAA-AAC-ACCCCT--GAAAATG-GCTCCC-CA-ATGC-TTTAAAATGCCTTAA--TTTTGCCCTTTTTTT---GAT-AAAAACA--CA-A--A--TT-AA-AGTTACCTGTGACGC-AAA-T-TCTCT--ATT-G-TTCAGCTTAAA---C-T-AGGTTC-AG-T---------A--T-AACA--A----ATA---AA--------CTAA-TA--AA-C-A-TCT---A--GAC-TC--A-AA---ATTG-GATT--TATACTATTGT---TTC-TGAGAGT-TGA-AAAA--CCGAATG--T-T-C-GCAGCAT-TTCTG-ACTA----T-TTT-G--------AA----AAAA----T--C----CAA---TTTCT-A---G---GCCAAATTTA-C-A--CCGTC-A--TTTGCTA-A-A-A--AA-T-CAC-CAACAACCAGA-TATGA-AGAATTATGCA-T---AA-TTAATTATCA-TA----ACTTTTGAGA--TG----G---TG-AA--ATAT--AAAAAAT-CAAGC--A--T-G--TCATAATTTTG-CTAAA----C-TAAAAATAAAT-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTTGG--TTGCC-AT--GT-AAAT-ATGAA----AAA--T---C-TC---------CCTAT-CTTA-A-----TATAACAAGTCAAACT-TCC---AT-TA------TTT-TCA--A----TAATA--TCCTGC--AATCA--ATG-T---AATATG-TCAT-AAATG-GACCTATTCTTT-CA-----TGTTTC---AA-----ATACTTCAG------T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAA--ATTTT-AGTATTTTAATG--ACAGTAGTAAACGATT-TACAAGTTGC---GCTATTGAT-A-C-CC-CAAAA-CATT-AAACATT--G---GGGAGAAA-AA-C--CTAA-CTAAAC--ATATTT-ACTGCTATA-A-CATTTTT--ATTACTTGCTTAAAAAACA---AAATAC-----ATGTAA------------ATATTCACCCAA-AA-AATAA-A-TGAATAAGAA-T-CC-------------A----C-T-GCCT---------AT----TAG---CTT----------AAGAATTG-A-TGCCATGGTAA-T-AT---T--------AATCATCA--CATCTG-------CATGTATA
gi|7 : AGCCAT-TCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAA---TTTAATATAGTGG---TGGAT----------AAAC-ATC--CTC---ACCA-AT-TTTGC--GG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGATTATT-T-GA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-AT--A-CGGT-ACCAAAAATT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGAAC-ATCC-T--GAAAATG-GCCCCCCAAGATGA-TTAAAAATGCTT-AA--TTTTGGCCCTTTTTTTAAAATTAAGAATA--CATA--AAATT-GA-TATTACTCGCGA-GC-AAA-T-TTCTT----T-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTC-AG-C---------A--T-AACA--A----GTA---AA--------T-GA-TA--AAAC-A-CCC---AT-GGC-TC--A-AA---ATTT-GATT--GT--CTATTGC---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-GATG--T-T-T-G--GCAC-TT-TG-ATTA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---A---TCTAA-TTTA-T-G--ACGTT-A--TTTGC-A-ATA-A--AA-TTCAC-CCACATACAGG-TACGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----C--TT----A--TGTCAAA---TATAA--ATA---AAAAA-T-CAAGC-GA--C-G--TCTTA-TTTTG-CTAA-----C-TAAAAAGA--T-----CGTGTT-T---C-AAAT-TT------------T--GG-TAAT-ATGAG----AAA--T---C-TC--------A-CAAT-C-TGAA-----TAT-GCCAGTCAAA-T-TTC---AT-TA-----TTTT-TCAATA----TGATA--TC---CCTAATCA--ATG-C---AATTTG-TCAT-GAATG-CA-ATTTTTCTT-AA-----TGTTTC-AAAA-----ATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GAA-ACCAC--ATTTT-AGTATTTT-ATAATACAGTGGTAACATATA-TACAAG-TTT---GCTATTTGT-A-C-CC-GAATA-CATTAAAACATT------GGGGAAAATCA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ACT-GTATAAATC
gi|8 : TCA-AA--TTT-----CA--TCTCCAATC-----ATGTA-TT-CTTGATT-TAAT-GT--ATC--A-GGTAGTTT-GGCGCA-ACA-TTA--TTTT------CT--TTCA----AATTA----T-------AGA-AATTATAGAAATATTTTAA-GTTGCCAG--TAAGT-G--AC-T-G-TTATT-CAGTA-T-------T-TTCATGAT---AAATTGTATTGG-TAACAA--GAAC-TAGTCGGAAACCCACGG-ATTTTCT---CTCCGTTAGACCTG-TATTCAA----TGAA-TG-CAGTGTGT-AATAG-AGAGAA-------AGC-------------CTATG-GGTTCA-GACA-AT--GG-CC-------T-T--ATATAC-TTAACATT---TTTTA-----ACATTT-CC-TAA-TC-T----C-T-A------CTTTA--A---------TTA-AAA-TATTGTAAATTTAAAAACTCAACCTAATGACAT-GCGTA---TTTTTCTATTATACTGTATATCATTCTAT--TTTTCT-TTTC---------TATTCATTATCTATACGC-TC-AC-AGG-GATGGATGCGGG-GA-CATGC-TAAATT-------ATGAAAA---AACT-A-CGGATAATTAAAGC-C-----GAATATTCAA-TTTTTGTGGTGCGAGA----ATAATTTAACGG-TAGCATGCC--GATATTTTTCC-AAAGCAA-T-GCA-----TTCATGCACAAAC-ATTAtt
gi|9 : --AAATT-A--TGTTACTCG-GA-GT---T-T-TCTTTTCCTT-G-TT---TTTAAAA-A--T-AGTTTT-AG-CCTCACAAAGA--T-AATAATA----ATA---AA--------A-AA-TAATAAAT-A-------AT-GACATC--ATAACTTACTGTGGCT--AC--C-AATGT---TTC--G-GAGT-TGACAAAA--TC-AATT--TAT-C-G--GAAT-TT-TG-ACCA----T-TGTTG--------AAAATCAAAA----CAGA----CAAT--TTT-T-A---A---GC-----TTA-T-G--AAATC-A--ATTAC-ACG-G-AATAA-TGCGC-CGAAATGCAAG-TATGA-AGAATTATGTA-G---GAGTTAA
blockSeqs : T GCT T G C TACT T . TGGACTTAAA G GCT GTA G A GT CA GATT T T ACG T G TT GGGAAAAAAAAACCCCCC . C ATA G TAA T T AG TGA CGT GC T A GA T CGG . C C G G T CA T TAA ATTAATC A A C A T G TCC T G CAG G CT G C T CTCACAAAG TTT AT TCTC CCT TAAGGCATC C AT G TTTTTT T A AAA CTT T ACGC G ATG . A A C AG GA AT A CGCA G C A A AGTT C GGGGAAAA AATC AACCCT AAC C T TAT TGT A A G GG C GG A C T A AG A G A T T T CCG AT . AAAC TGAG AT GTTT T AT AA A A T GT G AT G T C TCGGT T TAATTA G ACA A G T TT T AA A G TCGT TTCG T CTCTTGATAG A A AATTAT C ACT C C CAAA A TAATC . TTCT TCCTGC TT CT A A TT CC G T CCGCC A TGTGT CTTT A G T T T T CAA A A T TAT T CGC A G A . T AAAA TGGGCCG CACAGC . A A T CATTT AT T AAT AAATATTCGCCCAATAAAT T . AAATGAAT T C T TATGCATAATAGGTTACCTAAAAAAAAAATTAT GGT AAAAAGGGAA T G C TAGCTTAATAAAG G C T T AT TCATAA CT C A TTTAT T . . A A AG CA G G AAT T T TT ATGAGA AC TTGCT TAGAAATA T TATAGAAAT AG C CGT A G GA TG . A C T TCCTCGC C T TCC TT TATT . A TTT A A A CTC C C T TTGG T . A A T CCGCATGAACTCTATATAAATTG CG T A . TG CTA ACATGTA G GTATCAAA A CTT AT A G A T A GGG C ATCATTCTACATC T TT AAT T AA CAA ATAGTGTATT AT A CA AT T A TTATTCATT TT AT TATAC C T G A AT AAAA . A TTT T T AT A TTAAGCC T G AATAATT A G CG C . TG ATTT G .
blockSeqs : C CT . . . A . . . . C TCT . . . AT . . . G A T AT . . . . . AG . . . . TCA A . A AA . CT . G . . G . . T . CATA . . . . A . A . . CG . T . . . . TA . . . TA . . . TCA . T AT . . TATA T . . . . . . A T . ATA . . . C TT . GAAAA . CTTTCA T . . . A . . . . . . T . . . AT . G . . . . . . . . . . CAAA . . A A . . . . . C A . A . GTT . . . . C . . C T . . ACT . AG . T AA A AAG . . CA . . . . TCCCT T T . . T A A . . . . TTG . . . C . . C . . C TT . . . . . . . AAAA GGGCC AACCT . . . G CCA AA T . ATGTAAATATTCACCC T . AAAT . C C TATGCTACATGTACTAAAATTAT . C . . . TTAA A C T . T T . . T . . . . . . . . . G AAT . T . . . A ATTTC . . A T G . . . TT . A . . . . . . . T . A TA A . . . T . . T . . . G . AAC TA . . . . CTA ATATT G AACATT C T AT A A G . . AA C TCTA T TT . A AA AG CATGGGTAT C A CA GA C T . T . CAC . . T . T AA . . . . . . T AAGCC . . AATATA . G . . . G A . .
blockSeqs : . CT . . . T . . . . C . . . . A . . . A T G T . . . . . A . . . . CG . . A AA . T . C . . C . . T . CAC . . . . A . A . . AC . C . . . . T . . . CT . . . TTC . A A . . AC A . . . . . . A . . TGT . . . T . . . . CAGA . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . GG . . . . . . . . . G . . . . AAT . . . . T . . . . . . T . AC . . AA . AAG . . T . . . . CGCCT . T . . T C G . . . . T . . . . . . C . . G CA . . . . . . . AAA ACT AACCT . . . G ACA TT T . TATTAAAAAAAT A . AAAT . T T TATGCTAACTAAAATTGC . . . . . TTAA . . T . . . . . A . . . . . . . . . . ACA . . . . . C C . . . C . . . . T . T . . . . . . . C . A TA A . . . C . . T . . . G . ACC AA . . . . TA TTTG C TATC G T AT . T G . . A . ATC A TA . A AA AA CATGCGTA C . T TT T . . T . . . . A . . GA . . . . . . A GCT . . AA . . . . . T . . .
blockSeqs : . CT . . . A . . . . C . . . . T . . . A T G T . . . . . A . . . . CG . . A AA . T . C . . T . . C . ACA . . . . T . A . . AG . C . . . . T . . . T . . . TCG . . A . . GC T . . . . . . A . . TGG . . . A . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . C . . . . T . . . . T . . . . . . T . GC . . A . CAG . . T . . . . TCCGC . T . . G C A . . . . T . . . . . . T . . C TT . . . . . . . AA GG TCACC . . . G CA TA T . AAATAATTA T . TT . C C ACTGCCTAT . . . . . TTAA . . T . . . . . A . . . . . . . . . . AAC . . . . . A C . . . C . . . . A . A . . . . . . . A . A TT A . . . T . . . . . . G . AAA TA . . . . CC ATT A CAT T . . . . . . . A . AA . . . . . . TTCT A . . TA . . . . . . T CT . . A .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . A . . . . . T . . . . . . . . . . . G . . . AA . T . . . . . . . . . CAA . . . . A . A . . AG . C . . . . A . . . T . . . TCC . . C . . AT T . . . . . . A . . TG . . . G . . . . CT . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . C . . . . T . . . . C . . . . . . T . A . . A . AG . . C . . . . TCCCT . T . . C A T . . . . T . . . . . . A . . G TA . . . . . . . A GG CACC . . . G AC . . AAAAAAA . . TT . . . . . . . . . TTA . . C . . . . . A . . . . . . . . . . GC . . . . . C C . . . T . . . . T . T . . . . . . . T . . TA A . . . C . . . . . . G . AAC TA . . . . C TT .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . A . . AC . C . . . . T . . . T . . . TTC . . A . . GT T . . . . . . A . . TT . . . T . . . . CT . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . C . . . . . . . . . T . . . . . . T . C . . A . AA . . C . . . . TTCC . T . . . A . . . . . . . . . . . . C . . G A . . . . . . . A G . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . C . . . . T . . . . . . . . . C . . . A . . . C . . . . . . A . AAT TA . . . .
blockSeqs : . . . . T . A . . AG . C . . . . T . . . T . . . TCT . . A . . AC T . . . . . . G . . CG . . . C . . . . CT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . A . . . . . . . TCT . C . . . . . . T . . . . . . . A . . . G . . . . . . A . AGC G . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . T . . . T . . . CCC . . A . . G T . . . . . . A . . CG . . . T . . . . CT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CC . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TG . . . T . . . . TC . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . CG . . . C . . . . CT . . . .
blockSeqCons : CT* *** CG** AA N* TCC**** AC**** T******* A********* TCCCC***** T**** GGC**** CA*** NAAT****** TATGCTAACCAAAATTAT****************** TTAA********* T******* ** AAT* TA* **** AAC******************** TA CTA* ATT***** GCATC**** AT GA* ATC********** T* TT* *** ******* GCT******** AA*********
originalCons : AGAGCCATCTCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAN---TTTAATATAG-GG---TGGAT----------AAGC-ACC--CTC---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGANTATT-T-GA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-AT--A-TGGT-ACCGAAAATT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGAAC-ACCC-T--GAAAATG-GCTCCC-AAGATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCTTTTTTT---GATTAAGAATA--CA-A--AAATT-AA-TGTTACTCGTGA-GC-AAA-T-TCTTT--ATT-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTC-AG-C---------A--T-AACA--A----ATA---AA--------N-AA-TA--AAAC-A-TCC---AT-GAC-TC--A-AA---ATTG-GATT--GC--CTATTGT---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-C-G--GCAT-TT-TG-ACCA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AA-TGCAC-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATAT--AAAAA-T-CAAGC-GA--T-G--TCTTA-TTTTG-CTAA-----C-TAAAAATA--T-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GG-TAAT-ATGAA----AAA--T---C-TC--------ACCAAT-C-TG-A-----TAT-ACAAGTCAAA-T-TTC---AT-TA-----TTTT-TCAATA----TAATA--TC---C--AATCA--ATG-T---AATTTG-TCAT-AAATG-TA-CTGTTCTTT-CA-----TGTTTC-AAAA-----ATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAC--ATTTT-GGTATTTT-ATGATACAGTGNTAACAGATA-TACAAG-TGC---GCTATTTAT-A-C-CC-GAAAA-CATT-AAACATT--GGCCGGGGGAAA-CA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ACTGGTATACATCATTTTTTNATTACTTGCTTAAAAAACA---ATATAT-----A---AA------------AAAT------AATAA-AATAA-A-T---TAAACA-TGCCCTATTATGC-TA-A----C-T-ACCT------AAAATTATGTAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCATGGTAA-T-AT---TTAA-----AATC-TCA-CCATCTG-------TATGTATAGGAGTCA-AA--TT------CA--TCTC-AATC-----ATGTA-TT-CTTGATT-TA-T-GT--ATC--ATGGTAGTTT-G-CGCA-A-A-T-A--TTTT------CT--TTCA----NATTA----C-------AGA-AGT---------ATTTTA--GTTGCCA---TA-GC-G--AC-T-G-TATTT-CAGTA-T-------T-T-CATGAT---AAA--GC---GG-TAACAAATGAAC-TAGTCGGAA-CCCACGG-GTTTTCT---CTCCGTTACA-CTG-TATTCAAT---TGAA-TG-CAGTATGT-AACGG-AGAGAA-------AAC-------------CTATG-GGTTCC-GACG-AT--GG-CTATTTACAT-T--ATATACGTT--CATC---TTNTA--TGTACATTTACCGTAAGTC-CATAAC-T-AATATTCCTTTATCA---------TTC-TAC-TTTTGTA---TTAAAAACT-AACCTCATGACAT-GCGTATT-TTTTTCTATT-CACTTGATATCAATTNATCACTTTCTNTTTC---------GATTC--TATT--CGCGC-TC-AC-GGG-GATGG-TGCGGGAGA-CAAGC-TAAATT-------ATGAAAA---AATT-A-CGG--AATNA---N-T-----GAATATTCAA-TTCTTGCGGTGC-AGA----A-----TAACGG-TAGTATGGC--GATATTTTT-C-AAAGCAA-T-GCAA--TTTTCAT-CACAAAC-ATTA
finalCons : AGAGCCATCTCTCT-GT-AAG-CATC-AAAAAN---TTTAATATAG-GG---TGGAT----------AAGC-ACC--CTC---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGANTATT-T-GA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-AT--A-TGGT-ACCGAAAATT-GCATT--TGAGG---TACCG--TTGCCAT--G-GTAACAAGAAC-ACCC-T--GAAAATG-GCTCCC-AAGATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCTTTTTTT---GATTAAGAATA--CA-A--AAATT-AA-TGTTACTCGTGA-GC-AAN-T-TCTTT--ATT-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTC-AG-C---------A--T-AACA--A----ATA---AA--------N-AA-TA--AAAC-ATCC----AT-GAC-TC--A-AA---ATTG-GATTAC----CTATTGT---TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-C-G--GCAT-TT-TG-ACCA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AA-TGCAC-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATAT--AAAAA-T-CAAGC-GA--T-G--TCTTA-TTTTG-CTAA-----C-TAAAAATAT-------TTTGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GG-TAAT-ATGAA----AAA--T---C-TCA---------CAAT-C-TG-A-----TAT-ACAAGTCAAA-T-TTC---AT-TA-----TTTT-TCAATA----TAATATCCCC-----AATCA--ATGT----AATTTG-TCAT-AAATG-TA-CTGTTCTTT-CA-----TGTTTC-AAAA-----ATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAC--ATTTT-GGTATTTT-ATGATACAGTGNTAACAGATA-TACAAG-TGC---GCTATTTAT-A-C-CC-GAAAA-CATT-AAACATTGGC----GGGGAAA-CA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ACTGGTATACA---TTTTTTNATTACTTGCTTAAAAAACA---ATATAT-----A---AA------------AAAT------AATAA-AATNAAT------AAACA-TGCCCTATTATGCTAACCAAAATTAT------------------GTAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCATGGTAA-T-ATTAA---------AATC-TCA-CCATCTGT-------ATGTATAGGAGTCA-AA--TT------CA--TCTC-AATC-----ATGTA-TT-CTTGATT-TA-T-GT--ATC--ATGGTAGTTT-G-CGCAAT-A-T-A--TTTT------CT--TTCA----NATTA----C-------AGA-AGT---------ATTTTA--GTTGCCA---TA-GC-G--AC-T-G-TATTT-CAGTA-T-------T-T-CATGAT---AAA--GC---GG-TAACAAATGAACTA-GTCGGAA-CCCACGG-GTTTTCT---CTCCGTTACA-CTG-TATTCAA----TGAA-TG-CAGTATGT-AACGG-AGAGAAAAC--------------------CTATG-GGTTCC-GACG-AT--GGCTA-TTTATT-----ATATACGTTGCATC----TTNTA--TGTACATTTACCGTAAGTC-CATAAC-TGA-TATTCCTTTATC----------TTCT-ACTT-TTGTA---TTAAAAACT-AACCTCATGACAT-GCGTATT-TTTTTCTATT-CACTTGATATCAATTNATCACTTTCTNTTTC---------GATTC--TATT--CGCGC-TC-AC-GGG-GATGG-TGCGGGAGA-CAAGC-TAAATT-------ATGAAAA---AATT-A-CGG--AATNAGCT--------GAATATTCAA-TTCTTGCGGTGC-AGAA---------TAACGG-TAGTATGGC--GATATTTTT-C-AAAGCAA-T-GCAA--TTTTCAT-CACAAAC-ATTA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CGTCGCAAACCACGGTTTTGAGTCCACATACGTTGTGATGATGGAGAGGATCGATAAGAAGCACCCGTGGGTTACCGACA
Unaligned ( gi|23 ): GTGTTTCTTTGAGCAGAATATCAAACACACACACGAAAATTTTACCAAATCATAATCCCT
Unaligned ( gi|27 ): AGTGATGGCGTGTTTTGTGATTTATTCCCAGGGGAAG
Unaligned ( gi|28 ): AAGTAATTTCTGTACATTTGCGTCATAACAAAT
Alignments
lowQualScore : 1 1111 111 2222222222 111 222 1111 111 111 444444444444444444 111 1111 111 1111 11 111 111111111 2222222222 1 11111 1111 22222222 111 111 11 2222222 11 11111 22222222 11 1 1111 1 222222222222222222 1111 11 111111111 11111 11111 111111 1 2222 3333333 222222222 111 22222 444444444444444444444444444444444 111 222222 111 9999999999999999999999999 111 3333333333 11 11111 1 1 11111111 11 222222 11111 11 1 1111 1 22222222 22222222222 22222222 222222222 11 111 1111111 111 1111 111 1111 33333333333333333333333 1111 2222 111 1 2222 44444444444444 11 222 111 222222222222 1 1 444444444 11 22222 1 1 11 1 11 1111 1 2222222 111 11 22222222 33333333333 11 1 1 111 2222 1 1
lowQualScore : 7 888 6 6 6 2222 5 111 9999999999 6 000 333 6 6 99 888 4444 6 6 000 3 1 222 999999999999999999 6 6 111 6 5555 6 0 6 99 000 1111 33 5 5 11 5 9999 6 2 6 5 6 6 99 4 111 99999999 5 5 5 5 66 5 888 4 4 777 4 55 4 4 4 666666666 8888 55 8888 777 3333333333 4 55 4 8888888 4 2 7777 777 4 4 88888 4 66 3 3 3 3 55 44 88 3 999999 3 3 3 2 2222 3 22222222 7777 888888888888 000 3 3 666 111 4 4 4 55 4 66 0 8 4 4 4 22 4 3 4 0 4 4 0 4 777 66 4 9999 9999 66 0000000 4 66 00 8 4 4 66 4 66 3 8 5 77777 5 66666666 5 888 5 5 4 66 5 11 0 5 0000 66 5 0 3 5 666666666666666666 5 666 0000 5 55 5 3 5 777 33 77 00 4 777 66 4 777777777 4 99 66 5 5 44444 5 0 44444 555555 5 5 5 1 5 0 5 888 5 0 5 0 5 0 999 5 888 5 5 5 5 5 2222 0000000 444444444 5 5 5 3 5 555 99999 1 8 0 000000000000000000000000000000000 111 6 333333 111 1 6 1 5 3333333333333333333333333 2 000 0000000000 5 77 5 33 5 44444 1 1 88888888 00 6 55 555555 99 0 5 1 44444 5 5 5 5 5 77 55 0 999 1 2222 3 5 1 00000000 00000000000 1 00000000 0 222222222 33 1 555 5 5 77 666 5 5 5 5 8888888 5 5 000 77 2222 5 1 0 222 1 4 0 4 777 1 4 4 3333 4 4 0 4 2 4 22222222222222222222222 33 5 5 5 66 77 3 99 6 6 33 7777 0000 1 111 66 5 1 3 8 3 3333 5 44444444444444 44 999 555 6 22 222 000000000000 99 0 88 22 6 0 000000000 66 33 44444 0 0 00 0 33 0000 0 6666666 8 444 8 8 11 00000000 8 8 88888888888 8 2 33 0 0 777 0 6666 0 0
lowQualScore : . ... . . . .... . ... .......... . ... ... . . .. ... .... . . ... . . ... .................. . . ... . .... . . . .. ... .... .. . . .. . .... . . . . . . .. . ... ........ . . . . .. . ... . . ... . .. . . . ......... .... .. .... ... .......... . .. . ....... . . .... ... . . ..... . .. . . . . .. .. .. . ...... . . . . .... . ........ .... ............ ... . . ... ... . . . .. . .. . . . . . .. . . . . . . . . ... .. . .... .... .. ....... . .. .. . . . .. . .. . . . ..... . ........ . ... . . . .. . .. . . .... .. . . . . .................. . ... .... . .. . . . ... .. .. .. . ... .. . ......... . .. .. . . ..... . . ..... ...... . . . . . . . ... . . . . . . ... . ... . . . . . .... ....... ......... . . . . . ... ..... . . . ................................. ... . ...... ... . . . . ......................... . ... .......... . .. . .. . ..... . . ........ .. . .. ...... .. . . . ..... . . . . . .. .. . ... . .... . . . ........ ........... . ........ . ......... .. . ... . . .. ... . . . . ....... . . ... .. .... . . . ... . . . . ... . . . .... . . . . . . ....................... .. . . . .. .. . .. . . .. .... .... . ... .. . . . . . .... . .............. .. ... ... . .. ... ............ .. . .. .. . . ......... .. .. ..... . . .. . .. .... . ....... . ... . . .. ........ . . ........... . . .. . . ... . .... . .
lowQualScore : 7 222 7 7 7 7777 7 777 2222222222 7 222 333 7 7 22 777 2222 7 7 888 5 0 555 222222222222222222 7 7 777 7 0000 7 7 7 22 000 6666 66 7 0 66 7 3333 7 5 7 7 7 7 22 2 777 55555555 0 0 0 0 00 0 777 0 0 333 0 66 0 0 0 000000000 0000 55 5555 000 5555555555 0 55 0 0000000 0 0 8888 000 0 0 44444 0 77 6 6 6 6 00 99 66 6 888888 6 6 6 6 7777 6 33333333 7777 999999999999 000 6 6 444 000 0 0 0 55 4 11 1 9 4 4 4 22 4 9 4 1 4 4 1 4 888 11 4 4444 4444 11 1111111 4 11 66 9 4 4 11 4 11 9 9 0 55555 0 44444444 0 888 0 0 2 99 0 99 0 0 6666 99 0 0 6 0 999999999999999999 0 000 6666 0 22 0 2 0 888 77 11 66 4 888 11 4 888888888 4 33 44 3 7 33333 7 3 33333 999999 7 7 7 4 7 7 7 222 0 2 0 1 9 2 555 0 888 0 0 0 0 0 7777 3333333 444444444 7 7 7 0 7 777 00000 7 0 8 333333333333333333333333333333333 777 7 222222 777 7 7 0 7 5555555555555555555555555 5 000 7777777777 7 99 7 66 0 33333 4 4 77777777 66 7 88 888888 22 7 7 7 33333 7 7 7 7 7 99 77 1 333 4 1111 6 7 4 77777777 99999999999 0 33333333 4 999999999 66 7 777 7 7 99 111 7 4 7 7 6666666 7 7 000 99 7777 7 4 7 666 9 4 1 4 888 9 4 4 9999 4 4 1 4 7 4 88888888888888888888888 11 0 0 0 99 77 5 22 7 7 88 2222 4444 0 888 44 6 4 2 0 2 2222 0 88888888888888 00 888 000 0 00 888 666666666666 44 6 88 44 4 8 000000000 55 88 88888 0 0 22 0 22 8888 0 0000000 0 000 0 0 00 00000000 0 0 66666666666 0 5 88 0 0 000 2 2222 0 0
consensus : AGAGCCATCTCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAN---TTTAATATAG-GG---TGGAT----------AAGC-ACC--CTC---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGANTATT-T-GA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-AT--A-TGGT-ACCGAAAATT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGAAC-ACCC-T--GAAAATG-GCTCCC-AAGATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCTTTTTTT---GATTAAGAATA--CA-A--AAATT-AA-TGTTACTCGTGA-GC-AAA-T-TCTTT--ATT-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTC-AG-C---------A--T-AACA--A----ATA---AA--------N-AA-TA--AAAC-A-TCC---AT-GAC-TC--A-AA---ATTG-GAT-T-A-C-C-TATTGTTTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-C-G--GCAT-TT-TG-ACCA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AA-TGCAC-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATAT--AAAAA-T-CAAGC-GA--T-G--TCTTA-TTTTG-CTAA-----C-TAAAAATA--T-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GG-TAAT-ATGAA----AAA--TC-TCG-CAA-TC----TG-A-----T----AT-ACAAGT----CAAA-TTTC-AT-TATTTT-TCAA---TATAATATCCC-CAATCA--ATG-T---AATT--TG-TC---------AT-AAATG-TA-CTGTTCTTT-CA-----TGTTTC-AAAA-----ATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAC--ATTTT-GGTATTTT-ATGATACAGTGNTAACAGATA-TACAAG-TGC---GCTATTTAT-A-C-CC-GAAAA-CATT-AAACATT--GGC--GGGGAAA-CA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ACTGGTAT-A---CATTTTTT----ATTACTTGCTTAAAAAAC-AATATA----T-----A-AA---------AAAT------AATA---A-AATNA-A--TA---AACA-TGCCCTATTATGC-TA-------ACC-------AAAATTATGTAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCAT--GGTAAT-A--TTAA-----AATC-TCA-CCATCTG-------TATGTATAGGAGTCA-AA--TT------CA--TCTC-AATC-----ATGTA-TT-CTTGATT-TA-T-GT--ATC--ATGGTAGTT-T-G-CGC----AATA-T-AT--------TTT----C------TTTCANATTAC-------AGAAGT---------ATTTTA--GTTGCCA---TA-GC-G--AC-T-G-TATTT-CAGTA-T-------T-T-CATGAT---AAA--GC---GG-TAACAAATGAAC-TAGTCGGAA-CCCACGG-GTTTTCT---CTCCGTTACAC-TG-TATTCAA----TGAA-TG-CAGTATGT-AACGG-AGAGAA-------AAC-------------CTATG-GGTTCC-GACG-AT--GG-CTATTT--ATT-ATAT-ACGTTGC---ATC---TTNTA--TGTACATTTACCGTAAGTC-CATAAC-T-AATATTCCTTT----------ATC-TTC-TAC-TTTTGTA---TTAAAAACT-AACCTCATGACAT-GCGTATT-TTTTTCTATT-CACTTGATATCAATTNATCACTTTCTNTTTC---------GATTC--TATT--CGCGC-TC-AC-GGG-GATGG-TGCGGGAGA-CAAGC-TAAATT-------A-TGAAAA---AATT-A-CGG--AA----T--AAGCCGAATATTCAA-TTCTTGCGGTGC-AGA----A-----TAACGG-TAGTATGGC--GATATTTTT-C-AAAGCAA-T-GCAA--TTTTCAT-CACAAAC-ATTA
Reference ( family-305 ) : AGAGCCATCTCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAN---TTTAATATAG-GG---TGGAT----------AAGC-ACC--CTC---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGANTATT-T-GA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-AT--A-TGGT-ACCGAAAATT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGAAC-ACCC-T--GAAAATG-GCTCCC-AAGATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCTTTTTTT---GATTAAGAATA--CA-A--AAATT-AA-TGTTACTCGTGA-GC-AAN-T-TCTTT--ATT-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTC-AG-C---------A--T-AACA--A----ATA---AA--------N-AA-TA--AAAC-A-TCC---AT-GAC-TC--A-AA---ATTG-GAT-T-A-C-C-TATTGTTTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-C-G--GCAT-TT-TG-ACCA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AA-TGCAC-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATAT--AAAAA-T-CAAGC-GA--T-G--TCTTA-TTTTG-CTAA-----C-TAAAAATA--T-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GG-TAAT-ATGAA----AAA--TC-TCA-CAA-TC----TG-A-----T----AT-ACAAGT----CAAA-TTTC-AT-TATTTT-TCAA---TATAATATCCC-CAATCA--ATG-T---AATT--TG-TC---------AT-AAATG-TA-CTGTTCTTT-CA-----TGTTTC-AAAA-----ATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAC--ATTTT-GGTATTTT-ATGATACAGTGNTAACAGATA-TACAAG-TGC---GCTATTTAT-A-C-CC-GAAAA-CATT-AAACATT--GGC--GGGGAAA-CA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ACTGGTAT-A---CATTTTTT---NATTACTTGCTTAAAAAAC-AATATA----T-----A-AA---------AAAT------AATA---A-AATNA-A--TA---AACA-TGCCCTATTATGC-TA-------ACC-------AAAATTATGTAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCAT--GGTAAT-A--TTAA-----AATC-TCA-CCATCTG-------TATGTATAGGAGTCA-AA--TT------CA--TCTC-AATC-----ATGTA-TT-CTTGATT-TA-T-GT--ATC--ATGGTAGTT-T-G-CGC----AATA-T-AT--------TTT----C------TTTCANATTAC-------AGAAGT---------ATTTTA--GTTGCCA---TA-GC-G--AC-T-G-TATTT-CAGTA-T-------T-T-CATGAT---AAA--GC---GG-TAACAAATGAAC-TAGTCGGAA-CCCACGG-GTTTTCT---CTCCGTTACAC-TG-TATTCAA----TGAA-TG-CAGTATGT-AACGG-AGAGAA-------AAC-------------CTATG-GGTTCC-GACG-AT--GG-CTATTT--ATT-ATAT-ACGTTGC---ATC---TTNTA--TGTACATTTACCGTAAGTC-CATAAC-T-GATATTCCTTT----------ATC-TTC-TAC-TTTTGTA---TTAAAAACT-AACCTCATGACAT-GCGTATT-TTTTTCTATT-CACTTGATATCAATTNATCACTTTCTNTTTC---------GATTC--TATT--CGCGC-TC-AC-GGG-GATGG-TGCGGGAGA-CAAGC-TAAATT-------A-TGAAAA---AATT-A-CGG--AA----T--NAGCTGAATATTCAA-TTCTTGCGGTGC-AGA----A-----TAACGG-TAGTATGGC--GATATTTTT-C-AAAGCAA-T-GCAA--TTTTCAT-CACAAAC-ATTA
gi|1 : AGAGCTATCTCT-C-GT-AAG-CATC-AAAATT---TTTAATATAG-GGCTCTGGAT----------AAGC-ACC--CTC---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGATTATT-T-GA------------------CACACC-TCT---CATAGA-A---A-TGGT-ACCGACA-TT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGA-C-ACCC-T--GAAAATGTGCTCCC-AAGATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCCTTTTTT---GATTAAGAATA--CA-A--CAATT-AA-TGTTACTCATGA-GC-AAAAT-TCTTT--ATT-G-TT-ACCTTAAAG-AC-T-ATGTTC-AG-C---------A--T-AACA--A-----TA---AA--------G-AA-TA--AAAC-ACTTC---AT-GAC-TT--A-AA---ATTG-GAT-TCG-C-C-TAT-GTTTCATG-GAGT-TGA-AAAA--CA-AGTG--T-T-T-G--GCAT-TT-TG-ACCA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AA-CGCAC-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CATTA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--A-AT--AAAAA-T-CAAGT-GA--T-G--TGTTA-TTTTC-CTAA-----C-TAAAAATA--T-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GG-TAAT-ATGAA----AAA--TC-TCACCAA-TC----TG-A-----T----AT-ACAAGT----AAAA-TTTC-AT-CATTTTCTCAA---TATAATA--CC-CAATCA--A-G-TAGAAATT--TG-TC---------AT-AAATG-TA-CTGTTTTTT-CA-----TGTTTC-AAAA-----ATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAC--ATTTT-GCTAATTT-ATGATACAGTGCTAACAGACA-TACAAG-TGC---GCTATATAT-A-C-CCTGAAAA-CATT---ACATCG-GGCTGGGGGAAA-CATC--C-AATATAAACTAAT-TTT-ATTAGTAT-ACATCATTTTTT---CATTATCTTCTTAAAGAAC-AATATA----T-----A-AA---------AAAT------AATA---ATAATAATATTTA---AACA-TGCCCTATCATGC-TACACTG--ACCT------AAGAATATGTAG----TT----------AAGAAATG-GTTGTCAT--GGTAAT-AT-TTAA-----AATC-TCA-CCATCTGAATTAGATACATGTAGGAGTCA-AA--TT------CA--T----AAT------ATATA-TTGCTTAATTGTA-T-GT--ATCGTACGGTAGTG-T-G-CAC----AA-A-T-AT--------TTT----C------TTTCACATTAC-------AGAAGT---------ATTTTA--GTTG-TA---TA-GC-G--AC-T-GATATTT-CAGTA-T-------T-T-TATGAT---AAA--GT---GGTTAACAAAT-AAC--AGTCGG-A-CCTACGG-GTTTTCT---CTCCGTTACAC-TG-TATTCAAT---TGAA-TGCCAGTATGT-AACAG-ATAGAAG------AAT-------------CT-TG-GGTTCA-GACATAT--GGTTTATTTACATT-ATAT-ATATTG----ATT---TTGTA--TGTACA-TTACCATAAGTC-CATAAC-T-AATATTCCGTT----------TTCGTTCTTACGTTTTGTATG-TTAATTGCT-ATACTCATGACAA-GTG-ATTGTTTTTCTATT-TACTTGATATCAATTGATCACTTTCTGTTTC---------GATTC--TATT--CGTGC-TC-ACGGGG-GATGG-TGCGCGAGA-CAAGCTTAAATTTGAAAGAA-AGAAAA---AATT-A-CGG--AA----T--CAG-TGAATATTCTA-TTCTTGCGGTGC-AG-----A-----TAACGG-TAGTATGGC--GATATTTTT-CAAAAATAATT-GGAA--TTTTTAT-CACAAACGATTA
gi|10 : A---TATAATATCCC-TAATTG--ATG-T---AGTT--TG-TC---------AT-GCATG-TA-ATGTTTTTTTCA-----TGTTTC-AGAA-----ATATTACAG---T--T-GC-C-G-TG-ACA-ACCAC--ACTTT-AGAATTTA-AAGATAAAGTATTAACTGATT-TACTAG-TAC---GCTATTTAT-A-C-CC-GGAAA-CATT-AA--ATT--ACT--GGGGAAA---------AA-ATAAATTAAC-TTT-GCTTGTGT-AC--CATTTTCA---TATTACTTGCTCAAt
gi|11 : AGCCATTTCT-CTGT-AAG-CATC-ACAAATACTTTTAATATAA-GG---GGGATTGGACTTAAAAGGCGACCGCTTCGTAACCGGATATTTGCGTCGCA-AATGATTTTGTG-CATACGTACTGTGTATT-TTGA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-ATTAA-TGGT-ATCAAAAATT-GCATTAGTGAGG---TAC-CGTTTGCCAT--GTGT-ACAAAGAC-
gi|12 : tCTC-CATC-----ATACA-TT-CTTAATT-TA-T-GT--ATC--ATGGCAGTT-T-GGCAC----AATA-TTAT--------TTT----C------TTTCAAATTAC-------AGAAAT---------ATTTTA--GTTGCCA---TA-GC-G--AC-T-G-TATTT-CAGTA-T-------T-T-CATGAT---AAA--GT---GG-TTACAAATGAAC-TAGTAAGAA--CCACGA-GTTTTCT---CTCCGCTACAC-TG-TATTCAA----TGAA-TG-CAGTATGT-AACAG-c
gi|13 : TTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-TAT-A--GCAT-TT-TG-ACAA----T-TTAAA--------AA----AAAAAACCC--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--TTTGC-A-A-G-A--AAATGCAT-CCACATACAGG-TATGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--AA-TA----CCTTT----A--TGT---T---TA-AA--TTATA-AAAAA-T-CAAGT-GA--T-G--TGTTA-T
gi|14 : --AAACT-AA-TTTTATTGCTAA-AC-AAT-G-TCTTT---TT-G-TT-CGCTTAAAT-AT-T-AGATCT-AG-C---------A--T-AACA--A----ATACCTAATAAGGCATC-AA-TA--AAGC-A-TCA---AT-AAA-TC--A-AA---GCGA-GAT-T-A-C-C-TTTGGTTTC-TG-GAGT-C---------TC---TG--C-T-T-GT-GCAT-CC-TG-ACC-------TTTTGGGGGAAAAAG----AAAA----A--T----CAA---TTT-T-A---
gi|15 : TTAATT--CA--A----CCTTT----A--TGT---GG--TG-AA--ATGT--AAAAAAT-CATTTTGA--T-G--TCATA-TTT-A-CTAA-----C-TAA---------------TGCT-G---C-AAAT-TTTGT--CTGTC-ATAAGA-TGAT-ATGAA----AAA--TCTTCAGAAA-TC----TG-A----------AT-ATA--T----CAAT-CTTCAAT-AATACT-ACAA---TATGATATTCC-T-ATCA--GTG-T---GCTT--AG-TC---------AT-CAAa
gi|16 : acaATTATTCATTTTCTATTTC---------GAT-C--TATT--CACGCCTCTAC-GGGAGGTGG--GCGGGAAAACAAGC-TAAATT-------AATGAAAA---AATT-A-CGG--AA----T--AA-CTGAATATT-AA-TTCTTGCGGTGC-AGA----A-----TAACGG-TAGTATGGCCGAATATTTAT-C-AAAATAA-TGGTAATTTTTTTAT-CAGAAAC-AT
gi|17 : TTT--ATT-GGTT-A-CGTAGAG-A--T-AGGTCCCAA-C---------A-------A--A----ATA---GA--------T-GA-TG--AAAT-A-TTTTTTAT-AAAATC--A-AG---ATTG-AGT-T-A-CGCGTATTGTTTC-TG--ACT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-T-G--GCG--TT-TG-AATA----T-GTTTGGAAAA---AA----GAAA----C--T----CAA---------A---G-----CAT-TTTA-T-G--ACat
gi|18 : ctggA----T-----A-AA---------TAATTA----AATA---A-AAAAA-A--TA---A-CA-TGCTTTATTATGC-TA-------ACT-------AAAATTGCGTAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCAT--GGTAAT-A--TTAA-----ACTC-TCA-CCATCTG-------TATATACAaag
gi|19 : aaaaacaaaaaacaagcaaacacccccccccccccaGTCGGAA-CCCACGG-GTTTTCT---CTCCGTTATAC-TG-CGT--------TGAA-TG-CAGTA--T-AACGG-AGAGAA-------AAC-------------CCGTG-TGTTCC-GACG-AT--AG--TATTT--TTTGATAC-ATGCTGT---ATCAAATTACA--TGTAC-----CCGTAAATT-CATAtgtaag
gi|2 : tcAGAGCCAT-TCTGCTGTTAAG-CATCCAAAAAA---TTTAATATAG-GC---TGGAT----------AAGC-ACC--CTT---ACCG-AT-TTTGC--TG-A-AAT----T---G-CATG--TAGAGATTATT-T-GGGGGAAAAAAAAACCCCCCCAC-CC-TCT---TCTAGA-AT--A-TAGTTACCGAAAATTTGCATT--TGAGG---TAC--G-TTGCCATA-G-GTA-CAAGAAC-ACCC-T--GAAAATG-GCTC---AAGATGCGTTAAAAATGCGT-AACATTTTGGCCTTTTTTT---GAGTAAGAATA--CA-C--AAATT-AAATGTTACTCGTGA-GC-AAA-T-TCTAT--ATTTG-TT-ACCTTAAAGGAC-TGATGTTC-AG-C---------A--T-AACA--A----ATA---CA--------T-AACTA--AAAC-A-TTC---ATTGAC-TT--C-AA---ATTG-GAT-T-G-C-C-TATATTTTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-AATG--T-T-T-T--GGAT-TT--G-ACAA----TCTTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-TTA---GA--GCCAA-ATTAAT-GGGACGTCCA--TTTGC-A-A-G-A--AA-TG-ACACCACATACAGG-TATGA-AAAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATATAAAAAAA-T-CAAGT-GA--TGG--TGTTA--TTTG-CTAA-----CTTAAAAATAGTT-----TTCGTT-T---C-AAAA-TTCGG--TTGCC-ATC-AG-TAAT-ATGAA----AAAACTC-TCA-CAATTC----TG-AATTATT----AT-ACACTT----AAAA-TTTT-AT-TATTTT-TCAA---TATAATACGCC-TAATCATTTTGCT---AGTT--TA-TG---------AT-Agt
gi|2 : C--ATTTT-GCTAGTTT-ATGATACCGTGCTAACAGA-A-TG-AAG-TGCCGCGCTATATAT-A-C-C--GAACA-CTTT-A--CATTTGGGC--CGGGAAA-CA-CACC-AA-ATAAACTAAT-TTT-ATTGGTAT-A---CATTTTTTTTAAATTAC-TGATTAAAGAAC-AAT-TA----TTATTAA-AA---------AAAT------AATA---A-CATT-----TA---AACATTGCCCTATTATGCATAATAGGTTACCTAAAAAAAAAATTATGTAAGGTCTTAAAAAGGGAAAAAAATTG-GTGGCCAT--GGTAATCA--TT-A-----AATC--CACCCATCTG-------TA--TATAGGAGTCA-AA--TTTCATAACA--TCTT-A--T-----ATATATTT-CTTAATC-TA-T-GT--ATC--ATGGTAGTT-G-G-CAC-------A-T-AT--------TTT----C------TTTCACATTAC-------AGAAGT---------ATTTTA--GTTGTCA---TA-GCGG--AC-TGG-TATTTCCAGTA-T-------TCT-TACGAT---AAA--GC---AG--GACAAATGAACTTTGTCGGAA-CTCACGG-ATTTTCT---CTCCGTTACAC-T--TATTCAATTGGTGAATTG-CA--ATGT-GATGGTAATGAACCGCATGAACTCTATATAAATTGCTATGTGGATTC-GACA-ATTGGG-CTTTAT--ATT-GTAT-ATGTccgtgctaacagaatgaagtgccgcgctatatataccgaacactttacatttgggccgggaaacacaccaaataaactaattttattggtatacattttttttaaattactgattaaagaacaattattattaaaaaaataataacatttaaacattgccctattatgcataataggttacctaaaaaaaaaattatgtaaggtcttaaaaagggaaaaaaattggtggccatggtaatcattaaatccacccatctgtatataggagtcaaatttcataacatcttatatatatttcttaatctatgtatcatggtagttggcacatattttctttcacattacagaagtattttagttgtcatagcggactggtatttccagtattcttacgataaagcaggacaaatgaactttgtcggaactcacggattttctctccgttacacttattcaattggtgaattgcaatgtgatggtaatgaaccgcatgaactctatataaattgctatgtggattcgacaattgggctttatattgtatatgtgattagtgcaatttgagtactgctcactaactttttatcgcttttgatacagtgtacccatacatttaatattgtccattgatctctaactttctttatctcggtgacttttgttatgttattgaaaaccctatccttacgatgacaagtgtaatttttgcctttcttttctctgtgt
gi|20 : agagccattctgctgttaagcatccaaaaaatttaatataggctggataagcacccttaccgattttgctgaaattgcatgtagagattatttgggggaaaaaaaaacccccccaccctcttctagaatatagttaccgaaaatttgcatttgaggtacgttgccataggtacaagaacaccctgaaaatggctcaagatgcgttaaaaatgcgtaacattttggcctttttttgagtaagaatacacaaattaaatgttactcgtgagcaaattctatatttgttaccttaaaggactgatgttcagcataacaaatacataactaaaacattcattgacttcaaattggattgcctatattttctggagttgaaaaatcaatgttttggatttgacaatcttttgaaaaaactcaatttttagagccaaattaatgggacgtccatttgcaagaaatgacaccacatacaggtatgaaaaattatgcataagttaattcatacctttatgtgtaaaatataaaaaaatcaagtgatggtgttatttgctaacttaaaaatagttttcgtttcaaaattcggttgccatcagtaatatgaaaaaactctcacaattctgaattattatacacttaaaattttattatttttcaatataatacgcctaatGTCGGAA-CCCAGGG-GTTTTCT---CTCTGT-ATAC-TG-CATT---------GA-TG-CAGTAT---AACGG-AGAGAA-------ACC-------------CAATG-GGCTCC-GACG-AT--Ggattagtgcaatttgagtactgctcactaactttttatcgcttttgatacagtgtacccatacatttaatattgtccattgatctctaactttctttatctcggtgacttttgttatgttattgaaaaccctatccttacgatgacaagtgtaatttttgcctttcttttctctgtgt
gi|22 : tT-------A-TGAAAATTTAATTTA-CAG--AA----T--TAGCTGAATATTCAA-TTCTTGCGGTGC-AG-----A-----TAACGG-TAtgcatgccaaaattatt
gi|24 : GG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACGAG--C-ACCC-T--GAAAATG-GCTCCC-AAGATGC-tgctgc
gi|25 : TGTAT-AACGG-AGAGAA-------AAA-------------C-GTG-GGTCCC-GACG-AT--Gat
gi|26 : AGAGCCAT-TCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAT---TTTACTATAG-gcgta
gi|3 : aAGCCATCTCT----T-AAGGCATC-ATAAAA---ATTAATA-AA-GG---TGGAT----------AAGC-ACC--CTTTCTACCG-AT-T--GC--TG-T-A-T----ATG-GTCAT------TGAGTATGAT-AA------------------TGC-AC-CCT---CATAGAGAT----TGGT-ACCAAAAATT-GCA-T--TGAGGTGATAC----TTG-CATGCG-GTAACAAGAACTACTC-CGGGGAAATC-GTCCGC-AAGATGT-TGGAAAATGC-T-AA--ATTTGGCC---TTTT---GATT-ATAATAATTA-ATCAAATTAAA-TTTTA--TGTGA-GCAAAA-TGTCGTG--ATT-G--T-AGCTTAAAG-ACTT-AGG-TC-AGTT---------ATTT-AGCA--ATCTCAAA---AA--------T-AA--A--AAACGA-TCG---AT-GAC-TCAAA-AA---ATCG-GATAT-ATT-C-TA-TG-TTC-TC-GAGTATGA-AAAAAGTC--ATGATT-T-C-G--ACATGTC-TG-ACGAAGTTT-TTTTG--------AA----AAAC----C--TTTCACAAAACTCT-T-ATATGTGTGTTAG-CTTT-T-G--A--TT-AGGCTT-C-A-A-G-AAGAA-T-TAC-CT-C-----GA-TATGATATAATT-TATA-TCCGGAGTTAA-T--CA-TAAAACTCACT----AATTGT---GTTTTA-AAATATAT--AAAAA-TACA--C-GA--T-GATTCTTG-TCTTT-C--ATCGGTC-TACAGATA--TAATTATTTTTT-TACAC-AAAAGTTTAGTTTTGCCTAT--GGATAAT-ATATATCGTAAA--T--TCG-C---TCCTCTTG-A-----TAGCAAT-ACATGTATCACAAG---TC-A--TA-TCT-TCAAAATTGTAATCTCTC----TCT--ATA-T---TCTTAGTG-TCTAATCGAGGAT-AAATA--A-CTATTCATT-CGCCGCCTCTCTC-ATACTGTGTGTAATTCAGCTTT--T-GCGC-ATTGTGCATCCCGT--ATTTTAGGTATCTT-GTCA-ACAGTG-TAACAGAT--TACAAG-TGC---GCC-TTTAT-AGCACC-AAAAATCAT
gi|3 : aatG---CTTC---------GGGAATTGTGTT-CCATTAAGTA-T-AGCTTAATAAAGAATTGTCA-CCATCTG--------ATG-ATAGAAGTAA-GA--TT------TACTTCTC-ATAC-----ATGTA-TT-CTTGA-T-TA-T-GT--ATTCAATGGTAGTA-T-G-CGCGCATAATC-T-ATGAGACTACTTTATTGCTATTAATTTCATATCA-------------T---------ATTTTAAGGATGCTACGTTT-GC-G--ACTT-G-TTTAT-CAGTA-TTCCTCGCT-T-CATGATTCCATA--GA---AG-TAAC------GC----TCGA-----CACGGAGCTTTCT---ATCC-TTA----TG-TA-TCAA----TG-A-TG-CAGatagcgctgaagcaaaccgtgaactgagagtctagttacttgttctactcgtgagatatatttcatgctgtcgcttaaagtcacgagaacaatttgtcctcctccctcaccccacatctcactgcttcgggaattgtgttccattaagtatagcttaataaagaattgtcaccatctgatgatagaagtaagatttacttctcatacatgtattcttgattatgtattcaatggtagtatgcgcgcataatctatgagactactttattgctattaatttcatatcatattttaaggatgctacgtttgcgacttgtttatcagtattcctcgcttcatgattccatagaagtaacgctcgacacggagctttctatccttatgtatcaatgatgcag
gi|4 : aatagccatctcttaaggcatcataaaaattaataaaggtggataagcaccctttctaccgattgctgtatatggtcattgagtatgataatgcaccctcatagagattggtaccaaaaattgcattgaggtgatacttgcatgcggtaacaagaactactccggggaaatcgtccgcaagatgttggaaaatgctaaatttggccttttgattataataattaatcaaattaaattttatgtgagcaaaatgtcgtgattgtagcttaaagacttaggtcagttatttagcaatctcaaaaataaaaaacgatcgatgactcaaaaaatcggatatattctatgttctcgagtatgaaaaaagtcatgatttcgacatgtctgacgaagtttttttgaaaaacctttcacaaaactcttatatgtgtgttagcttttgattaggcttcaagaagaattacctcgatatgatataatttatatccggagttaatcataaaactcactaattgtgttttaaaatatataaaaatacacgatgattcttgtctttcatcggtctacagatataattatttttttacacaaaagtttagttttgcctatggataatatatatcgtaaattcgctcctcttgatagcaatacatgtatcacaagtcatatcttcaaaattgtaatctctctctatattcttagtgtctaatcgaggataaataactattcattcgccgcctctctcatactgtgtgtaattcagcttttgcgcattgtgcatcccgtattttaggtatcttgtcaacagtgtaacagattacaagtgcgcctttatagcaccaaaaatcatatagcgctgaagcaaaccgtgaactgagagtctagttacttgttctactcgtgagatatatttcatgctgtcgcttaaagtcacgagaacaatttgtcctcctccctcaccccacatctcactTCT--ATT-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTC-AG-T---------A--A-AACA--A----ATA---GA--------T-AA-TA--AAAC-A-TCC---AT-GAC-TC--A-AA---ATTG-GAT-T-A-T-C-TATTGTTTC-TG-GAGT-TAA-AAAA--CC-AATAT-T-T-C-G--GTAT-TT-TG-ACTA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-CGG--ACGTC-A--TTTGCAA-A-A-A--AA-TGCA--CAACATACAGATTATGA-A-AATTAT-CA-T----AGTTAATT--CA-TA----ACTTT----A--TGT-------TG-AA--ATAT--AAAAA-T-CAAGC-GA--T-G--TCATA-TTTTG-CTAA-----C-T-AAAATA--T-----TTTGTTGT---C--AAA-TTTGG--TTGCC-AT--GG-TAATGATGAA----AA----T-TCG-CTA-TCT---TA-A-----T----AT-AC-AGT----CAAA-TTT--AT-TATTTT-TTAA---TATAATATCCG-CAATCAT-GTG-T---AA----TGATG---------AT-ATATG-TA-CT-TTCTTT-CA-----TG-TTC-AAAA-----TAACTTC-G---T--TAGC-CTACTG-G-A-ACCA---ATTTT-CGTATTTT-ATGATA-AGTAGTAA---ATATTTCAAG-TGC---GCTATTTAT-A-C-CC-AAAGA-CATTAAAACGTT--GG---GGAGAAA-AA-C--CTAA-CTAAACTAAT-TTT-ACTGCTAT-A---CATTTTT-----ATTACTTGCTTAAAAAACAAATACA----T-----GTAA---------ATATTCGCCCAATAAATA-AATAA-A--TAAATAACA-TGTCTTAT----------------------------------TAG---CTT----------AAGAATTG-GTTGCCAT--GGTAAT-A--TTAA-----AATC-TTA-CCATCTG-------TATGTATACGAGTCA-AAT-TT------CA--TCTC-AATC-----ATGTA-TT-CTTGATT-TA-T-GT--ATC--ATGGTAGTT-TGG-TGC----AATATT-AT--------TTT----C------TTTCAAATTATAGAAATAAGAAAT---------ATTTTA--GTTGCCA---TA-GT-G--AC-A-G-TATTT-CAGTA-T-------T-T-CATGAT---AAA--GT---GG-TAACACATGAAC-TAGTTGGAA-CCCATGG-ATTTTCT---CTCCGTTACAC-TG-TCTTCAA----TGAA-TG-CAGTGTGT-AACAG-AGAGAA-------AAC-------------CTATG-GGTTCA-GACA-AA--GG-CTATTT--A-C-ATGTAACATTCCTTTATC---TTCTACTTTTGCATTTAAAACTAGCCTCATGACATGGGTATT-TTTT----------CTA-TTC--AC---TTGTA---TT----ATT---TTTCAT---------TTCT-TTTTCTTATT-CA-TTGATCT--ATTGATCACT
gi|4 : -T-AACATTCCTTT----------ATC-TTC-TAC-TTTTGCA---TTTAAAACT-AGCCTCATGACAT-GGGTA-T-TTTTTCTATT-CACTTG-TATT-ATTTTTCA-TTTCTTTTTCTTATTCATTGA-TC--TATT-----GA-TC-AC-TGG-GATGT-TGCGGGA-A-CAAGC-TAAATT-------A-TGAAAA---AATG-ATCGG--AATAATT--AAGCCGAATATTCAATTTTTTGCGGTGC-AGAATATA-----TAACGGATAGTAT-GC--GATATTTTT-C-AAAGCAT-G-GCAA---TTTCAT-CACAAAC-ATTAgggatgttgcgggaacaagctaaattatgaaaaaatgatcggaataattaagccgaatattcaattttttgcggtgcagaatatataacggatagtatgcgatatttttcaaagcatggcaatttcatcacaaacatta
gi|5 : tctattgttagcttaaagactaggttcagtaaaacaaatagataataaaacatccatgactcaaaattggattatctattgtttctggagttaaaaaaccaatatttcggtattttgactatttttgaaaaaactcaattttaggccaatttacggacgtcatttgcaaaaaaatgcacaacatacagattatgaaaattatcatagttaattcataactttatgttgaaatataaaaatcaagcgatgtcatattttgctaactaaaatattttgttgtcaaatttggttgccatggtaatgatgaaaattcgctatcttaatatacagtcaaatttattattttttaatataatatccgcaatcatgtgtaatgatgatatatgtactttctttcatgttcaaaataacttcgttagcctactggaaccaattttcgtattttatgataagtagtaaatatttcaagtgcgctatttatacccaaagacattaaaacgttggggagaaaaacctaactaaactaattttactgctatacatttttattacttgcttaaaaaacaaatacatgtaaatattcgcccaataaataaataaataaataacatgtcttattagcttaagaattggttgccatggtaatattaaaatcttaccatctgtatgtatacgagtcaaatttcatctcaatcatgtattcttgatttatgtatcatggtagtttggtgcaatattattttctttcaaattatagaaataagaaatattttagttgccatagtgacagtatttcagtatttcatgataaagtggtaacacatgaactagttggaacccatggattttctctccgttacactgtcttcaatgaatgcagtgtgtaacagagagaaaacctatgggttcagacaaaggctatttacatgATGC-TTAAAAATGCGT-AA--TTTTGGCCTCTTTTT---GAGTAGAAATA--AC-A--AATTT-AA-TGTTACCCGTGA-GA-AAT-T-TCTTT--ATT-G-TT-ACCTTAAAG-AC-T-A--TTC-AG-C---------A--TAAACA--A----ATA---CAT-------A-AA-TA--AAA--A-TTC---AT-GACTTC-----A---ATTG-GAT-T-G---C-TA----TTT-TG-GAGT-TG--AAAA--TC-ATTC--T-T-TGG--GCAT-GT-TGAACCATT--T-TTTTA--------AA----AAAC----C--T----CAA---TTT-T-A---G---GCCAA-TTTA-T-G--ACGTC-A--ATTCT-A-A-GAA--AA-AGCAC-TCA-ATACA-G-TATGA-AGAATTATGCATT---AAGTTAATT--CA-TA----CCTTT----A--TGT---G---TA-AA--ATAT--AAAAA-T-C-AGT-GAGTT-G--T-TTATTTTTGCCTAA-----C-TAAAAATA--------TTTGTT-T---CAAAAA-TTCGG--TTGCC-AT--GGTTAAT-A-GAA----AAA--TC-TCA-CAA-TC----TGAA-----T----AT-ACAA-T----AAAA-TTTT-ATATATTTT-TCAA---TATAATA---C-CAATCA--ATG-T---AATT--TG-TC---------ATAAAATGTTA-ATGTTTTTT-CA-----TGTTTCAAAAA-----ATACTTCAG---TTGT-GC-C-A-TG-GCA-ACCACAAATTTT-GCTAGTTT-ATGATACAGTGCTAACAGACA--GCAAG-TGC---GCTATCTATAA-C-CC-G-AAA-CATT---ACATTG-GGC--CGGGAAA-CA-CAGC-AA-ATAAACTAAT-TTTAATTGGTAT-A---ACTTTTTT---AATTACTTGATTAAAAACA-AATATA----T-----A-AA---------AAAA------TATA---A-CATT-----TA---AATA-TG-CCTATTATGC-TACATGT--ACT-------AAAATTATGTAG---CTT----------AAGGATTG-GTTGCCAT--GGTAAT-A--TTAA-----AATC-TCACCCATCTT-------T-TATATAGGAGTCATAAATTT------CA--TAAC-AATCTTTATATATA-TT-CTTAATT-TA-TAATAGATC--ATGGTAGTTGG-G-CAC----AATA-T-TT--------TTT----T------TTTCACA-TAC-------AGAAGT---------ATTTTA--GTTGTCA---TT-GC-GGAAC-T-G-T-TTT-CATTATT-------T-T-TATGAT---AAA--GC---GG-TAACAAATGAAC-TTGTCGGAA-CTCA-GG-ATTTTCTCTCCTCCGTTACAA-TGTTATTCAA----TGAA-TA-CAGTATGTAAAC---AGAGAA-------AAT-------------CTATG-GGTTTCAGACA-AT--GG-CTATTT--ATT-ATGT-GCA-TGC---AT----TTGTA--TGTACATTTACCTTAAGTC-CATAAC-T--ATATTCCTTTATCATTCTACATC-TTC-TAC-TTTTGTA---TTAAAAACT-AACCTCATGA-ATAGTGTATT-TTTTTTTATT-AACTTG-TGTCA
gi|6 : aATAA-GG---TGGAT----------AAGC-ACC---TC---AACG-AT-TTTGC--TG-ATAAT----TTG-G-CA-A--TAG---GTATT---GA------------------CAC-CCCTCTATACATAGA-AT--AGTGGT-ACCAAAAATT-GCATT--AAAGG---TATTCA-TTGCCAT--G-TTA-CAA-AAC-ACCCCT--GAAAATG-GCTCCC-CA-ATGC-TTTAAAATGCCTTAA--TTTTGCCCTTTTTTT---GAT-AAAAACA--CA-A--A--TT-AA-AGTTACCTGTGACGC-AAA-T-TCTCT--ATT-G-TTCAGCTTAAA---C-T-AGGTTC-AG-T---------A--T-AACA--A----ATA---AA--------CTAA-TA--AA-C-A-TCT---A--GAC-TC--A-AA---ATTG-GAT-TTA-TAC-TATTGTTTC-TGAGAGT-TGA-AAAA--CCGAATG--T-T-C-GCAGCAT-TTCTG-ACTA----T-TTT-G--------AA----AAAA----T--C----CAA---TTTCT-A---G---GCCAAATTTA-C-A--CCGTC-A--TTTGCTA-A-A-A--AA-T-CAC-CAACAACCAGA-TATGA-AGAATTATGCA-T---AA-TTAATTATCA-TA----ACTTTTGAGA--TG----G---TG-AA--ATAT--AAAAAAT-CAAGC--A--T-G--TCATAATTTTG-CTAAA----C-TAAAAATAAAT-----TTTGTT-T---C-AAAA-TTTGG--TTGCC-AT--GT-AAAT-ATGAA----AAA--TC-TCC-CTA-TCT---TA-A-----T----ATAACAAGT----CAAACTTCC-AT-TA-TTT-TCA-----ATAATATCCTGCAATCA--ATG-T---AATA--TG-TC---------AT-AAATG-GACCTATTCTTT-CA-----TGTTTC---AA-----ATACTTCAG------T-GC-C-A-TG-GCA-ACCAA--ATTTT-AGTATTTTAATG--ACAGTAGTAAACGATT-TACAAGTTGC---GCTATTGAT-A-C-CC-CAAAA-CATT-AAACATT--GG---GGAGAAA-AA-C--CTAA-CTAAAC--ATATTT-ACTGCTATAA---CATTTTT-----ATTACTTGCTTAAAAAAC-AAAATACATGT-----A-AATATTCACCCAAAA------AAT----A-AATGA-A--TA---AGAA-TCCAC-----TGC------------------------CTAT-TAG---CTT----------AAGAATTG-A-TGCCAT--GGTAAT-A--TT-------AATCATCA--CATCTG-------CATGTATA
gi|7 : AGCCAT-TCT-CTGT-AAG-CATC-AAAAAA---TTTAATATAGTGG---TGGAT----------AAAC-ATC--CTC---ACCA-AT-TTTGC--GG-A-AAT----TTG-G-CATA--TAGTGATTATT-T-GA------------------CAC-CC-TCT---CATAGA-AT--A-CGGT-ACCAAAAATT-GCATT--TGAGG---TAC-CG-TTGCCAT--G-GTAACAAGAAC-ATCC-T--GAAAATG-GCCCCCCAAGATGA-TTAAAAATGCTT-AA--TTTTGGCCCTTTTTTTAAAATTAAGAATA--CATA--AAATT-GA-TATTACTCGCGA-GC-AAA-T-TTCTT----T-G-TT-AGCTTAAAG-AC-T-AGGTTC-AG-C---------A--T-AACA--A----GTA---AA--------T-GA-TA--AAAC-A-CCC---AT-GGC-TC--A-AA---ATTT-GAT-T-G-T-C-TATTGCTTC-TG-GAGT-TGA-AAAA--TC-GATG--T-T-T-G--GCAC-TT-TG-ATTA----T-TTTTG--------AA----AAAA----C--T----CAA---TTT-T-A---A---TCTAA-TTTA-T-G--ACGTT-A--TTTGC-A-ATA-A--AA-TTCAC-CCACATACAGG-TACGA-AGAATTATGCA-T---AAGTTAATT--CA-TA----C--TT----A--TGTCAAA---TATAA--ATA---AAAAA-T-CAAGC-GA--C-G--TCTTA-TTTTG-CTAA-----C-TAAAAAGA--T-----CGTGTT-T---C-AAAT-TT------------T--GG-TAAT-ATGAG----AAA--TC-TCA-CAA-TC----TG-AA----T----AT-GCCAGT----CAAA-TTTC-AT-TATTTT-TCAA---TATGATATCCC-TAATCA--ATG-C---AATT--TG-TC---------AT-GAATG-CA-ATTTTTCTT-AA-----TGTTTC-AAAA-----ATACTTCAG---T--T-GC-C-A-TG-GAA-ACCAC--ATTTT-AGTATTTT-ATAATACAGTGGTAACATATA-TACAAG-TTT---GCTATTTGT-A-C-CC-GAATA-CATTAAAACATT--G----GGGAAAATCA-C--C-AA-ATAAACTAAT-TTT-ACT-GTAT-A---AATCTT
gi|8 : TCA-AA--TTT-----CA--TCTCCAATC-----ATGTA-TT-CTTGATT-TAAT-GT--ATC--A-GGTAGTT-T-GGCGC----AACA-TTAT--------TTT----C------TTTCAAATTAT-------AGAAATTATAGAAATATTTTAA-GTTGCCAG--TAAGT-G--AC-T-G-TTATT-CAGTA-T-------T-TTCATGAT---AAATTGTATTGG-TAACAA--GAAC-TAGTCGGAAACCCACGG-ATTTTCT---CTCCGTTAGACCTG-TATTCAA----TGAA-TG-CAGTGTGT-AATAG-AGAGAA-------AGC-------------CTATG-GGTTCA-GACA-AT--GG-CC-------TT-ATAT-ACTTAAC---ATT---TTTTA-----ACATTT-CC-TAA-TC-TCTA------------CTTT----------A-A-TTA-AAA-TATTGTAAATTTAAAAACTCAACCTAATGACAT-GCGTA---TTTTTCTATTATACTGTATATCATTCTAT--TTTTCT-TTTC---------TATTCATTATCTATACGC-TC-AC-AGG-GATGGATGCGGG-GA-CATGC-TAAATT-------A-TGAAAA---AACT-A-CGGATAA----TTAAAGCCGAATATTCAA-TTTTTGTGGTGCGAGA----ATAATTTAACGG-TAGCATGCC--GATATTTTTCC-AAAGCAA-T-GCA-----TTCATGCACAAAC-ATTA
gi|9 : --AAATT-A--TGTTACTCG-GA-GT---T-T-TCTTTTCCTT-G-TT---TTTAAAA-A--T-AGTTTT-AG-CCTCACAAAGA--T-AATAATA----ATA---AA--------A-AA-TAATAAAT-A-------AT-GACATC--ATAACTTACTGTGGC-T-A-C-C--AATGTTTC--G-GAGT-TGACAAAA--TC-AATT--TAT-C-G--GAAT-TT-TG-ACCA----T-TGTTG--------AAAATCAAAA----CAGA----CAAT--TTT-T-A---A---GC-----TTA-T-G--AAATC-A--ATTAC-ACG-G-AATAA-TGCGC-CGAAATGCAAG-TATGA-AGAATTATGTA-G---GAGTTAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CGTCGCAAACCACGGTTTTGAGTCCACATACGTTGTGATGATGGAGAGGATCGATAAGAAGCACCCGTGGGTTACCGACA
Unaligned ( gi|23 ): GTGTTTCTTTGAGCAGAATATCAAACACACACACGAAAATTTTACCAAATCATAATCCCT
Unaligned ( gi|27 ): AGTGATGGCGTGTTTTGTGATTTATTCCCAGGGGAAG
Unaligned ( gi|28 ): AAGTAATTTCTGTACATTTGCGTCATAACAAAT