lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 22222222222 2222222222 1111111111111 111111111 11111111111111111111111111 11111 111 777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 1111 1111 11 1111 66666666666666666666666666 1 11111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 1111 55555555555555555555 1 1111111 11111 11111 11111 1111 33333333333 22222222 11 111 11
lowQualScore : 2 222 5 77 5 5555 2 444 2 2 2 2 2 2 00000000000 2 5 33 666 5555555555 444 2 33 2 33 999999 2 2 5 8888 555 444 555 1 7777777777777 3 000000000 3 77777777777777777777777777 3 77777 3 88888 44 3 44 000 4444 222222222222222222222222222222222222222222222222222 666 0 99999 0 4 8 99 55 3333 2222 4 4 777 4 7 0 0000 66 7777 99999999999999999999999999 2 1 6 0 6 11111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 777 888 777 888 5555 00000000000000000000 4 66 4 4 8888 0 4 55 4 55 8 0 4 888 4 2 4 4 2222222 11111 1 33333 1 22222 5 4 3 6 5555 555 1 6666 555 77777777777 2 9999 00000000 3 0 33 2 5 2 66 2 5 222 6666 88
lowQualScore : . ... . .. . .... . ... . . . . . . ........... . . .. ... .......... ... . .. . .. ...... . . . .... ... ... ... . ............. . ......... . .......................... . ..... . ..... .. . .. ... .... ................................................... ... . ..... . . . .. .. .... .... . . ... . . . .... .. .... .......................... . . . . . ..... ................................................................. ... ... ... ... .... .................... . .. . . .... . . .. . .. . . . ... . . . . ....... ..... . ..... . ..... . . . . .... ... . .... ... ........... . .... ........ . . .. . . . .. . . ... .... ..
lowQualScore : 9 000 3 33 3 7777 7 444 5 5 5 5 5 5 22222222222 5 0 44 999 4444444444 777 7 77 7 77 666666 7 7 3 2222 888 888 888 4 0000000000000 6 666666666 3 00000000000000000000000000 3 00000 3 33333 66 3 66 222 7777 000000000000000000000000000000000000000000000000000 444 5 55555 5 0 0 55 55 7777 5555 0 0 000 0 5 5 6666 99 5555 99999999999999999999999999 2 3 7 7 7 88888 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 555 888 222 888 3333 99999999999999999999 4 11 4 4 5555 8 0 55 0 55 0 8 0 666 0 0 0 4 0000000 11111 9 55555 4 00000 8 9 3 2 7777 666 7 1111 000 11111111111 9 8888 77777777 6 2 99 9 4 9 44 9 7 999 1111 44
consensus : ACCTGG-CCATAAGT---GA-GT--C-ATCA----T-TTC---ATT-T-TT-C-CA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAA---AA-CG---CAA-T---TTTT-GT--AA-A--A--A---TC-TA-TT-GTGA-T-GTGAA---TTT--GGTA---CCAATTT-TC----A-T--AATTTT-TT-C------AC-A----TATT------A-T------TC-AAAA-TTGTTNAA--A-TTT-----TC--TTT-TCC--T--ATGATT--C-TAA-----A--C----AA---AT-------TGTG-ATG-TCA-----A--G-AT---CTGAGA--A--AATCGTTT-A--TGAAA--TC-ACCAC----GGC-A-AAATT---T-TTAACCTCAAAATACT----ATTAT--TTC----TT-----------------------AA-AAATCTAT-TCCG-TA--A--AATT--T--NA-A-----T-TCTG--------------CA--------------T--------------CACC---GCAA---CA--CC---A-AA-AGATAATA-----T-----T-------GAA-AT--CA-T-GTG----AAG-AA--ACTAC-AA--AC-AAT-T-C-TG-CA-T-TTTTT-GATA--T----TAT-----ATCCATAA--A--AAATGA-G--CTATAATNAAT-GC-TGCA----ATA-AGTCTTT-T--C---AAAAAG--G---CGC-TTT-TCAATGA--AATA--------TATAGTGGAAA--AA-TGAAAT-GATG--A-C-TC---AC----TTATGGCCAGA-TACTGT
Reference ( gi|3 ) : ACCTGG-CCATAAGT---GA-GT--C-ATCA----T-TTC---ATT-T-TT-C-CA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAA---AA-CA---CAA-T---TTTT-GT--AA-A--A--A---TC-TA-TT-GTGA-T-GTGAA---TTT--GGTA---CCAATTT-TC----A-T--AATTTT-TT-C------AC-A----TATT------A-T------TC-AAAA-TTGTTGAA--A-TTT-----TC--TTT-TCC--T--ATGATT--C-TTA-----A--C----GA---AT-------TGTG-ATG-TCA-----A--G-AT---CTGAGA--A--AATCGTTT-A--TGAAA--TC-ACCAC----GGC-A-AAATT---T-TTAACCTCAAAATACT----ATTAT--TTC----TT-----------------------AACAAGTATAT-TCCG-TA--A--AATT--T--AA-A-----T-TCTG--------------CA--------------T--------------CACC---GCAA---CA--TC---A-AC-AGATAATA-----T-----T-------GAA-AT--CA-T-GTG----AAG-AA--ACTAC-AA--AC-AAT-T-C-TG-CA-T-TTTTT-GATA--T----TAT-----ATCCATAA--A--AAATGA-G--CTATAATGAAT-GC-TGCA----ATA-AGTCTTT-T--C---AAAAAG--G---CAC-TTT-TCAATAA--AATA--------TATAGTGAAAA--AA-TGAAAT-GATG--A-C-TC---AC----TTATGGCCAGA-AACTGT
gi|2 : ACCTGG-CCATAAGT---GA-GT--C-ATCA----T-TTT---ATT-T-TT-C-GA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAT---AA-AA---CAA-T---TTTT-GT--AA-A--A--A---TC-AA-TT-GTGA-T-GTGAA---TTT--GGTA---CTAATTT-TC----A-T--AATTTT-TT-T------AC-A-------T------A-T------TC-AAAA-TTGTTGAA--A-TTT-----TC--TTT-TTCTAT--ATGATT--C-GAA-----A--C----AA---AT-------TGTG-ATG-TCA-----T--G-AT---ATGAGA--A--AATCGTTT-A--TGAAT--TG-ACCAC----GGC-A-AAATT---T-TTAACCTCGAAATACT----ATTCT--TTC----TT-----------------------AATAAGTCTAT-TCCG-TA--A--AATT--T--CA-G-----T-TCTG--------------CATTTGGCCTGTGATTT--------------CACC---GCAA---CA--CC---A-AA-AGATAATATTATTT-----T-------GAA-AT--CA-G-AAG----AAG-AA--ACTAC-AA--AC-AAT-T-C-TA-CA-T-TTTCT-GATA--TATTATAT-----ATCCATAA--A--AAATTA-G--CTATAATGAAT-GC-TGCA----ACA-AGTCTTT-T--C---AAAAAG--G---C------------------------------------AAA--AA-TGAAAT-GATG--A-C-TC---AT----TTATGGCCAGA-TACTGT
gi|2 : gtATCTGG-CCATAAAT---GA-GT--C-ATCA----T-TTC---ATT-T-TTGC-C---------------------TT-T--TT--GAA---AA-GA---C---T---TGTT-GC--AG-C--A--T---TC--A-TT-ATA----GCTAA---TTT--TTTA---TGGATAT-------A-T--AATATA-T--C------AG-A----AA--------A-T------GT-AGAA-TTGTTTGT--A-GTT-----TC--TTC-TTC--T----GATT--T-CAA-----A--A----TA---ATATTATCTTTTG-GTG-TTGCGGTGA--A-AT---CACAGGCCA--AAT-GCAG-AACTGAAA--TT--TTAC----GGA-ATAGACT---TATTAA----GAAAGAAT----AGTAT--TTCGAGGTT-----------------------AA-AAATTT-T-GCCG-TG--GTCAATTCAT--AA-ACGATTT-TCT---------------CA--------------T---------------ATC---ATGA---CA--TC---A--C-AATTTGT------T-----T-------CGA-AT--CA-T-ATAGAAAAAG-AA--AATTT-CA--AC-AAT-T-T-TG-AA-T-ATGTA-AAAAAAT----TAT-----G---------A--AAATTA-GTACCA-AATTCAC-AT-CACA----ATT-GATTTTT-A--C---AAAAAT------TGT-TTTATCAATGA--AATA--------TATAGTCGAAA--AA-TAAAAT-GATG--A-C-TC---AC----TTATGGCCAGa
gi|4 : gtacATCTGG-CCATAAGT---GG-GT--C-ATCA----T-TTA---ATT-T-TT-T-TA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAA---AG-T------G-T---TTTT-G---AA-A--AGCA---T--TA-TT-Gactgta
gi|7 : catttttccactattatttcatttgaaaaacacaattttttgtaaataaatctatgtgatgtgaatttggtaccaattttataatttttcaacatatacaaattgttaaattttttcttcctatgattctaaacaatatgtgagtcaagatctgagacatcgtttatgaatcaccatgcaaaatttttaacctcaaaatactattattcttcttagaattctattctgtaaaatttcaacatcttgcatttggcccgtgatttcaccgcaacaccaaaagataatataatttgaagatcattgtgaagaaactacgaaacaaattctgcatttttttaatatcatatccataaggaaattagctataataaatgctgATCTGG-CCATAAGT---GG-GT--C-ATCA----T-TTA---ATT-T-TT-T-CA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAA---AAGTG---C-C-T---TTTT-GA--AA-A--G--A---CT-TA-TT-GCA------GCA---TTT--ATTATAGCTAATTTCTT----A-TG-GATAT-------------G-A----TATTAAAAAAA-T------GC-AGAA-TTGTTTGT--A-GTT-----TC----T-TCA--C--ATGATT----TCA-----A--------A---AT-------TATtactg
gi|13 : agtctattctgtaaaatttcaacatctgcatttggcccgtgatttcaccgcaacaccaaaagataatACCTGG-CCATAAGT---GA-AT--A-AGCA----T-TTC---ATT-T-TT-C-CA-C-TAT--C--------TA-TT-TCATT--GAT---AA-GA---CAT-T---TTTG-GT--AA-G--A--A---TC-TA-TT-GTGA-T-ATGAA---TTT--AGTA---TCAATTT-CC----A-T--AATTTT-TTCC------AC-A----TATT------A-T------TC-AAAC-TCGTTCCA--A-TTT-----TC--TTT-TCC--T--GTGATT--C-TAA-----A--C----AA---AT-----------------------------AT---CCGAGA--G--AATAGTTT-A--TGAAA--TC-ATCAC----GGC-A-ATGTT---T-TTAACCTCactgta
gi|14 : gtACCTGG-CCATAAGT---GA-GT--C-ATCT----T-TTC---TTT-T-TT-C-TA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAA---AA-CA---CAA-T---TTTT-GT--AA-A--A--A---TC-TA-TT-GTAA-T-GTGAA---TTT--GGTA---CCAA-AT-TC----A-T--AATTTT-TT-C------AC-AAGCCTATC------A-T------TC-ATAA-TTATTGAA--A-TTT-----TA--TTT-TCC--T--ATGATT--C-TAT-----A--C----GA---AT-------TG
gi|8 : tACCTGGGCCATAATTT--GA-GT--C-CTCA----T-TTC---ATT-T-TT-C-CA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAA---AA-CA---CAATT---TTTT-GTTAAA-A--A--A---TC-TA--T-GTGA-TGGTGAA---TTT---GTA---CCAATTT-T-------T--AA-TTT-GC-C------AC-A----CA-T------A-T------AC--AAA-TTGTTTAA--A-TTT-----TC----T-TCC--T--AT--TT--C-TAA-----A--C----AA------------TGTG-A-G-TCA-----AG-G-AT---C---GA--G--AATCG-TT-A--TG--A--TC-ACCAT----GAA-A-CAAAT---T-TTAACCTCAAAATACT----ATTATC-TTC----TT-----------------------A
gi|10 : agtATCTGG-C-ATAAGTTATGA-ATATC-ATCA----T-TTC---ATT-T-TT-T-CA-C-CTT--A--------TA-TG-TCATT--AAA---AA-GG---TGG-C---TTTT--T--GA-A--A--G---AC-TA-TT-G
gi|9 : atcttcactctctggatttggcccaatgatgatttcaccccgacaacaccaaaagataatatcatttgaaatcatgtgagaaactacaaacatcgtgcagttttttgattttatatccataaacaaaatgacgtatgatgaatgcctgATCTGG-C-ATAAGTTATGA-ATATC-ATCA----T-TTC---ATT-T-TT-T-CA-C-CTT--A--------TA-TG-TCATT--AAA---AA-GG---TGG-C---TTTT--T--GA-A--A--G---AC-TA-TT-Gactgta
gi|11 : atcttcactctctggatttggcccaatgatgatttcaccccgacaacaccaaaagataatatcatttgaaatcatgtgagaaactacaaacatcgtgcagttttttgattttatatccataaacaaaatgacgtatgatgaatgcctgACCTGG-CCATAAGT---GA-AT--A-AGCA----TCTTC---A---T-TT-C-CA-C-TAT--T--------TC-TT-TCATT--TGATTCAA-GA---CAT-T---TTTG-GT--AAGG--A--A---TC-TATTT-GTGA-T-ATGAA---TTTTAGAT----CCATTTC-CC----ATT--AATTTTATC-C------AC-A-----ATT------ATT------TC-AAAC-TCGTTCCA--A-TTT-----TCTTTTT-TCC--TTGTTGATTTGC-TAA-----A--C----AA---AT------------ATA-T-------------T---CCGAGG--A--GAATG-TT-A--TGAAA--TCAATCACG---GGC-A-ATGTT---T-TTAACactgta
gi|17 : tttACTCGG-GCATAAGC---GA-GT--C-AT------T-TTC---------TT-C-CA-C-TAC--A--------TA-TT-CAATT--TAG---AA-
gi|6 : atgttgctataagtttttttttaagaaagacaaCTGG-CTATAAGT---GACGT--CCATCA----T-T-----ATT-T-AT-C-CA-C-TTT--ACACACCGTTA-TTATCATT--GAA---AA-C--------T---TTTT-GT--AA-A--A------TC-TA-TTCGTGACT-GTGAT---TTC--GATA---CCAAAT---C----A-TTCAATTTT-TT-C------AC-A----TATC------A-T------TCGAAAA-TTTTTAA-------T-----TC--TTT-TCC--T--ATGTAT--C-TAA-----AACC----AA---AT-------TGTG-A---TCA---------------CTGGGA--A--AATCGCTTAA--TGAAA--TG-A-TAC----AGC-A-AAATT---T-TTAA-CTCAAAAAGCT----ATTAT--TTT----Tactgt
gi|5 : agtaCTGG-CTATAAGT---GACGT--CCATCA----T-T-----ATT-T-AT-C-CA-C-TTT--ACACACCGTTA-TTATCATT--GAA---AA-C--------T---TTTT-GT--AA-A--A------TC-TA-TTCGTGACT-GTGAT---TTC--GATA---CCAAAT---C----A-TTCAATTTT-TT-C------AC-A----TATC------A-T------TCGAAAA-TTTTTAA-------T-----TC--TTT-TCC--T--ATGTAT--C-TAA-----AACC----AA---AT-------TGTG-A---TCA---------------CTGGGA--A--AATCGCTTAA--TGAAA--TG-A-TAC----AGC-A-AAATT---T-TTAA-CTCAAAAAGCT----ATTAT--TTT----T
gi|16 : agta-CCGTGAGT---GA-GC--C-ATCA----C-TGA---ATTGT-TT-CTCA-C-TAT--A--------TG-TT-TTATT--GAA---AA-AA---AAA-CCCATTTT-GA--TA-A--G--A---TT-TA-TT-GTGC-G-GTGAA---TTT--AGT----CCA--TT-TC----
gi|1 : gtTAAGG---TA-GT--C-ATCGAGTGT-GTCGAGATT-TGTT-C-CAGCGTATTAA--------TAGTT-TCATT--GAAG--AA-CGTATCAA-T---CTTT-GT--AA-G--A--AGGATCGTA-TT-GTGA-T-GTGAAATGTTT--GGTA---CCAATTT-TTCCAAA-T--AATTTT-TT-TGGGTCAACGA----TAGT------G-TAAAGAGGC-AAAAGTTGTT-AA--A-TTTGTGGTTC--TTT-TCC--TTAGTGATT--C-TAA-----AA-CTATAGA---TT-------TGTGGATGGTCA-----A--GTATGTTCTGAGT--AT-AATCATTT-AG-TGAAGGGCG-ACCAGTGGAGGCTA-GAATTGTGT-TTAACCTCAAA-TACCTAAGATTATG-TTC----TTCCTTTTGTTTTGTTTTTAGAAAAAAAAAATCTAT-TCTGGTA--A--AATT--TTCAACA-----TCTGTG--------------CA--------------TTGGCCCGTGATTT-CACC---GCAA---CAGTTCCCGA-AA-AGATAATA-----T-----TAGGATTTGAA-GTAGCA-TTGTT----GAGTAAGGACTAC-GAGTAC-AATAT-C-TG-CA-T-TTTTT-TAGA--T----TAT-----A-CCATAAGGA--TAATTA-G---TATAATAAATTGC-TGCA----ATA-AGTCTTTGTG-C---AGAAAG--G---CAC--TT-TCAATGATTAGT---------TA---TGAAAA--AACTTAAATAGATGC-ACC-CC---ACAACTTTATGGCCAGATAACTGTcc
gi|4 : ccatacC---ATT-T-TT-C-CA-C-TAT-----------TA-TT-TCATTTGAAA---AA-CA---CAA-T---TTTTTGT--AA-ATAA--A---TC-TA-T--GTGA-T-GTGAA---TTT--GGTA---CCAATTT-T-----A-T--AATTTT-TC-A------AC-A----TAT-------A-C----------AAA-TTGTT-AA--A-TTT-----TT--TCT-TCC--T--ATGATT--C-TAA-----A--C-----A---ATA------TGTG-A-G-TCA-----A--G-AT---CTGAGA--C--A-TCGTTT-A--TGAA---TC-ACCAT----G-C-A-AAATT---T-TTAACCTCAAAATACT----ATTATTCTTC----TT-----------------------AG-AATTCTAT-TCTG-TA--A--AATT--TC-AACA-----T-CTTG--------------CATTTGGCCCGTGATTT--------------CACC---GCAA---CA--CC---A-AA-AGATAATATAAT-T-----T-------GAAGAT--CATT-GTG----AAG-AA--ACTACGAA--ACAAAT-T-C-TG-CATT-TTTTT-AATA--T----CAT-----ATCCATAAG-G--AAATTA-G--CTATAATAAAT-GC-TGCA----ATA-ATGCTTT-T--C---AAAAA-------CAC--TT-TCAATGA--AATA--------TATAGTAAAAA--AA-TTAAAT-GATG--A-C-CC---AC----TTATGGCCAGA-
gi|15 : T-C------A--A----TATT------A-T------TC-AAAA-TTGTTGAATCACTTT-----TC--TTTCTCC--T--GTAATT--TATTAATACTA--C----AACTGAG-------TGTG-ATGATCGTCGC-AGTG-AT---CTGAGA--AAGAATCGTTttactg
gi|12 : c-AT---TTGAGA--A----TAGTTT-A--CGAAA--TC---CAT----GG--A-AAATT---T-GAAAACTCAAAATACA----ATAAT--TTCGT--TT-----------------------AAGAAATATATATATT-TAACA--AATT--T--CA-A-----T-TTCGAATTTGACGTGTGATA--------------T--------------CGCC---GGAATGCCC--TC---AGACAAAATCATT-----T-----C-------GAA-AT--TA-C-GTG----AAG-AA--ATTGT-AA--ACAAAT-TAC-TA-GA-T-GTATT-G-TA--T----TTTTTTGCATCCTT----A--AAACGA-G--C---AACAGAC-GC-TAAA----ATA-A
gi|7 : AGTCTAT-TCTG-TA--A--AATT--T--CA-A-----CATCTG--------------CA--------------TTTGGCCCGTGATTTCACC---GCAA---CA--CC---A-AA-AGATAATA-----TAATTTT-------GAA-AT--CA-T-GTG----AAG-AA--ACTAC-AA--AC-AAT-T-C-TG-CA-T-TTTTTTAATA--T----CAT-----ATCCATAA--G--AAATTA-G--CTATAATAAAT-GC-TGCA----ATA-AGTCTTT-T--C---AAAAAG--G---CAC-TTT-TCAATGA--AATA--------TATAGTGAAAA--AA-TTAAAT-GATG--A-C-CC---AC----TTATGGCCAGA-TACTGT
gi|10 : --------------T--------------CACCCCGACAA---CA--CC---A-AA-AGATAATA-----TCATT-T-------GAA-AT--CA-T-GTG----A-G-AA--ACTAC-AA--AC-A---T-CGTG-CAGT-TTTTT-GATT--T----TAT-----ATCCATAA--ACAAAATGA-C--GTATGATGAAT-GCCTGCA----ATA--GTCTTT----C---AAAAAG--C---CACCTTT-TTAATGA--CATA--------TAAGGTGAAAA--AA-TGAAAT-GATGATA-T-TCATAAC----TTAT-GCCAGA-TACTGTa
gi|9 : atcttcactctctggatttggcccaatgatgatt--------------T--------------CACCCCGACAA---CA--CC---A-AA-AGATAATA-----TCATT-T-------GAA-AT--CA-T-GTG----A-G-AA--ACTAC-AA--AC-A---T-CGTG-CAGT-TTTTT-GATT--T----TAT-----ATCCATAA--ACAAAATGA-C--GTATGATGAAT-GCCTGCA----ATA--GTCTTT----C---AAAAAG--C---CACCTTT-TTAATGA--CATA--------TAAGGTGAAAA--AA-TGAAAT-GATGATA-T-TCATAAC----TTAT-GCCAGA-TACTGTa
gi|18 : atcttcactctctggatttggcccaatgatgatt-AAATTATT-----T-----T-------GCT-AT--CA-T-GTG----AAG-AA--ATCAC-AA--AC-AAT-T-C-CGACA-T-TTTa
gi|8 : gataG----AAG-AA--AATTT-AA--AC-AAT-T---TG-TA-TATGTGT-GGCA--------A------AT---TAA--A--AATTGG-----TACAA---AT-TC-ACCATCACATA-GATTTTT-TAAC---AAAAAATTG---TG--TTT-TCAATGA--AATA--------TATAGTGGAAA--AA-TGAAAT-GAGG--A-C-TCA--AA----TTATGGCC
gi|13 : agtacctgATGG--A--AATTGATA--CTA-AATTCAT-AT-CACA----ATAGATTCTTA-C--C---AAAAAT--G---T-C-TTA-TCAATGA--AATA--------GATAGTGGAAA--AA-TGAAAT-GCTT--A-T-TC---AC----TTATGGCCAGctatttctaaacaatgtgagtcaaggatcgagaatcgttatgatcaccatgaaacaaattttaacctcaaaatactattatcttctta
gi|16 : gtac--AAATGG-A--CTAAATTCACC-GC--ACA----ATA-AATCTTA-T--C---AAAATG--GGTTTTT-TTT-TCAATAA--AACA--------TATAGTGAGAAACAA-TTCAGT-GATG--G-C-TC---AC----TCACGGaattttttccacatattattcaaactcgttccaattttcttttcctgtgattctaaacaaatatccgagagaatagtttatgaaatcatcacggcaatgtttttaacctc
gi|17 : gtAT-GT-TGCT----ATA-AGTTTTT-T--TTTAAGAAAG--A---CAA-TTC-TAAATTG--AATA--------TGTAGTGGAA-------GAAA---ATG--A-C-TC---GC----TTATGCCCGAG-TACTGTccc
gi|14 : -TACA----ATA-GATTTTT-A--C---AAAAATT-G---TG--TTT-TCAATGA--AATA--------TATAGTAGAAA--AA-AGAAAA-GATG--A-C-TC---AC----TTATGGCCAG
gi|6 : tacA----ATA-GAT-TTT-A--C---AAAAAG----------TTT-TCAATGAT-AATAACGGTGTGTAAAGTGGATA--AA-T--AAT-GATGG-A-CGTC---AC----TTATAGCCAGatgtgaatttggtaccaaattcataattttttcacaagcctatcattcataattattgaaattttattttcctatgattctatacgaattg
gi|5 : agtaA----ATA-GAT-TTT-A--C---AAAAAG----------TTT-TCAATGAT-AATAACGGTGTGTAAAGTGGATA--AA-T--AAT-GATGG-A-CGTC---AC----TTATAGCCAGcgtgactgtgatttcgataccaaatcattcaattttttcacatatcattcgaaaatttttaattcttttcctatgtatctaaaaccaaattgtgatcactgggaaaatcgcttaatgaaatgatacagcaaaatttttaactcaaaaagctattattttt
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333 111 1111 11 111111 111111 1111 11 11 1111 333333333333333 1111 1111 11 777777777777777777777777777 1 333333333333333333333333333333333333333333333 111 1111 11111 4444444444444444444 1 1111 11111 22222 1111111 2222 11 111 1111
lowQualScore : 4 4 8 8 8888 4 77777 3 3 3 3 3 11111111111 3 7 55 000 7777 33 666 3 55 3 55 666 3 3 7 7 3 666 55 2 00 88888 44 4 3 000000 3 99999 3 000000 7 3 0 4 0000 7777 55 3 55 00 00 7777 7777 666 3 4 888888888888888 666 88 2 8 4 55 4 5 2222 4 777 2 0000 66 66 333333333333333333333333333 2 6 0 6 99 77 99 3 888888888888888888888888888888888888888888888 777 0000 77777 8888888888888888888 4 66 4 4 1 4 66 4 66 8 1 4 4 8 4 3 5 0000 22222 00000 2 2 1 4 8 1 4444444 1 2222 0 66 0 77 5 5 5 88 5 777 0000 2 5 5
lowQualScore : . . . . .... . ..... . . . . . ........... . . .. ... .... .. ... . .. . .. ... . . . . . ... .. . .. ..... .. . . ...... . ..... . ...... . . . . .... .... .. . .. .. .. .... .... ... . . ............... ... .. . . . .. . . .... . ... . .... .. .. ........................... . . . . .. .. .. . ............................................. ... .... ..... ................... . .. . . . . .. . .. . . . . . . . . .... ..... ..... . . . . . . ....... . .... . .. . .. . . . .. . ... .... . . .
lowQualScore : 4 0 0 0 5555 0 88888 6 6 6 6 6 44444444444 6 3 00 000 1111 77 444 6 00 6 00 444 6 6 3 3 6 444 00 4 00 33333 88 0 6 555555 6 00000 6 555555 3 6 5 5 9999 7777 00 6 00 00 00 7777 7777 444 6 0 111111111111111 444 66 6 0 0 55 0 7 5555 0 000 5 6666 99 99 222222222222222222222222222 8 7 7 7 22 77 22 3 666666666666666666666666666666666666666666666 555 6666 55555 7777777777777777777 4 11 4 4 9 4 11 4 11 9 9 4 4 9 4 3 0 6666 55555 44444 5 5 0 4 9 9 0000000 4 8888 2 99 1 44 1 0 0 88 0 555 6666 5 0 0
consensus : ACCTGG-CCATAAGT-GA-GTC-ATCA----T-TTC---ATT-T-TTC-CA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAA---AACA---CAA-T---TTTT-GT--AA-A--AA---TC-TA-TT-GTGA-T-GTGAA---TTT--GGTACCAATT--TTC----A-TAATTTT-TT-C------AC-A----TATTA-T------TC-AAAA-TTGTTNAA--A-TT----TTC--TTT-TCC--T--ATGATT--CTAA----A----CAA---ATT-GTG-ATG-TCA----A--G-AT---CTGAGAA--AATCGTTT-A-TGAAA--TC-ACCAC----GGC-AAAATT---TTTAACCTCAAAATACT----ATTAT--TTC--TT------------------------AA-AAGTCTAT-TCCG-TA--AAATTTC-A--AT-TCTG--------------CA--------------T--------------CACC---GCAACA----CC-----AAAAGATAATA-----T-----T-------GAA-AT--CA-T-GTGAAG-AA--ACTAC-AA--AC-AAT-T-C-TG-CA-TTTTTT-GATAT----TAT-----ATCCATAA--A--AAATNAGCTATAATGAAT-GC-TGCAATAAGTCTTT-T-C---AAAAAGGCAC-TTTTCAATGA--AATATATAGTGAAAAAA-TGAAAT-GATG--A-CTC---AC----TTATGGCCAGA-T-ACTGT
Reference ( family-298 ) : ACCTGG-CCATAAGT-GA-GTC-ATCA----T-TTC---ATT-T-TTC-CA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAA---AACG---CAA-T---TTTT-GT--AA-A--AA---TC-TA-TT-GTGA-T-GTGAA---TTT--GGTACCAATT--TTC----A-TAATTTT-TT-C------AC-A----TATTA-T------TC-AAAA-TTGTTNAA--A-TT----TTC--TTT-TCC--T--ATGATT--CTAA----A----CAA---ATT-GTG-ATG-TCA----A--G-AT---CTGAGAA--AATCGTTT-A-TGAAA--TC-ACCAC----GGC-AAAATT---TTTAACCTCAAAATACT----ATTAT--TTC--TT------------------------AA-AAATCTAT-TCCG-TA--AAATTTN-A--AT-TCTG--------------CA--------------T--------------CACC---GCAACA----CC-----AAAAGATAATA-----T-----T-------GAA-AT--CA-T-GTGAAG-AA--ACTAC-AA--AC-AAT-T-C-TG-CA-TTTTTT-GATAT----TAT-----ATCCATAA--A--AAATGAGCTATAATNAAT-GC-TGCAATAAGTCTTT-T-C---AAAAAGGCGC-TTTTCAATGA--AATATATAGTGGAAAAA-TGAAAT-GATG--A-CTC---AC----TTATGGCCAGA-T-ACTGT
gi|1 : TAAGG-TA-GTC-ATCGAGTGT-GTCGAGATT-TGTTC-CAGCGTATTAA--------TAGTT-TCATT--GAAG--AACGTATCAA-T---CTTT-GT--AA-G--AAGGATCGTA-TT-GTGA-T-GTGAAATGTTT--GGTACCAATT--TTTCCAAA-TAATTTT-TT-TGGGTCAACGA----TAGTG-TAAAGAGGC-AAAAGTTGTTAAA--T-TTGTGGTTC--TTT-TCC--TTAGTGATT--CTAA----AACTATAG---ATTTGTGGATGGTCA----A--GTATGTTCTGAGTAT-AATCATTT-AGTGAAGGGCG-ACCAGTGGAGGCTAGAATTGTGTTTAACCTCAAA-TACCTAAGATTATG-TTC--TTCCTTTTGTTTTGTTTTTAGAAAAAAA-AAATCTAT-TCTGGTA--AAATTTTCA--ACATCTGTG------------CA--------------TTGGCCCGTGATTT-CACC---GCAACAGTTCCCG----AAAAGATAATA-----T-----TAGGATTTGAA-GTAGCA-TTGTTGAGTAAGGACTAC-GAGTAC-AATAT-C-TG-CA-TTTTTT-TAGAT----TAT-----A-CCATAAGGA--TAATTAG-TATAATAAATTGC-TGCAATAAGTCTTTGTGC---AGAAAGGCAC--TTTCAATGATTAGT-TA---TGAAAAAACTTAAATAGATGC-ACCCC---ACAACTTTATGGCCAGA-TAACTGT
gi|10 : ccatac--------------T--------------CACCCCGACAACA----CC-----AAAAGATAATA-----TCATT-T-------GAA-AT--CA-T-GTGA-G-AA--ACTAC-AA--AC-A---T-CGTG-CAGTTTTTT-GATTT----TAT-----ATCCATAA--ACAAAATGACGTATGATGAAT-GCCTGCAATA-GTCTTT---C---AAAAAGCCACCTTTTTAATGA--CATATAAGGTGAAAAAA-TGAAAT-GATGATA-TTCATAAC----TTAT-GCCAGA-T-ACTGT
gi|11 : atcttcactctctggatttggcccaatgatgattACCTGG-CCATAAGT-GA-ATA-AGCA----TCTTC---A---T-TTC-CA-C-TAT--T--------TC-TT-TCATT--TGATTCAAGA---CAT-T---TTTG-GT--AAGG--AA---TC-TATTT-GTGA-T-ATGAA---TTTTAGAT-CCATTT--CCC----ATTAATTTTATC-C------AC-A-----ATTATT------TC-AAAC-TCGTTCCA--A-TT----TTCTTTTT-TCC--TTGTTGATTTGCTAA----A----CAA---AT------ATA-T------------T---CCGAGGA--GAATG-TT-A-TGAAA--TCAATCACG---GGC-AATGTT---TTTAACa
gi|12 : ttt-AT---TTGAGAA----TAGTTT-A-CGAAA--TC---CAT----GG--AAAATT---TGAAAACTCAAAATACA----ATAAT--TTCGTTT------------------------AAGAAATATATATATT-TAACAAATTTC-A--AT-TTCGAATTTGACGTGTGATA--------------T--------------CGCC---GGAATG----CCCTCAGACAAAATCATT-----T-----C-------GAA-AT--TA-C-GTGAAG-AA--ATTGT-AA--ACAAAT-TAC-TA-GA-TGTATT-G-TAT----TTTTTTGCATCCTT----A--AAACGAGC---AACAGAC-GC-TAAAATAA
gi|13 : ACCTGG-CCATAAGT-GA-ATA-AGCA----T-TTC---ATT-T-TTC-CA-C-TAT--C--------TA-TT-TCATT--GAT---AAGA---CAT-T---TTTG-GT--AA-G--AA---TC-TA-TT-GTGA-T-ATGAA---TTT--AGTATCAATT--TCC----A-TAATTTT-TTCC------AC-A----TATTA-T------TC-AAAC-TCGTTCCA--A-TT----TTC--TTT-TCC--T--GTGATT--CTAA----A----CAA---AT----------------------AT---CCGAGAG--AATAGTTT-A-TGAAA--TC-ATCAC----GGC-AATGTT---TTTAACCTC
gi|14 : gtACCTGG-CCATAAGT-GA-GTC-ATCT----T-TTC---TTT-T-TTC-TA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAA---AACA---CAA-T---TTTT-GT--AA-A--AA---TC-TA-TT-GTAA-T-GTGAA---TTT--GGTACCAA-A--TTC----A-TAATTTT-TT-C------AC-AAGCCTATCA-T------TC-ATAA-TTATTGAA--A-TT----TTA--TTT-TCC--T--ATGATT--CTAT----A----CGA---ATT-G
gi|15 : tT-C------A--A----TATTA-T------TC-AAAA-TTGTTGAATCACTT----TTC--TTTCTCC--T--GTAATTTATTAATACTA----CAACTGAGT-GTG-ATGATCGTCGCAGTG-AT---CTGAGAAAGAATCGTT
gi|16 : c-CCGTGAGT-GA-GCC-ATCA----C-TGA---ATTGT-TTCTCA-C-TAT--A--------TG-TT-TTATT--GAA---AAAA---AAA-CCCATTTT-GA--TA-A--GA---TT-TA-TT-GTGC-G-GTGAA---TTT--AGT-CCA--T--TTC----
gi|17 : gtAT-GT-TGCTATAAGTTTTT-T-TTTAAGAAAGACAA-TTCTAAATTG--AATATGTAGTGGAA-----GAAA---ATG--A-CTC---GC----TTATGCCCGAG-T-ACTGTcc
gi|18 : AAAATTATT-----T-----T-------GCT-AT--CA-T-GTGAAG-AA--ATCAC-AA--AC-AAT-T-C-CGACA-TTTT
gi|2 : gatACCTGG-CCATAAGT-GA-GTC-ATCA----T-TTT---ATT-T-TTC-GA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAT---AAAA---CAA-T---TTTT-GT--AA-A--AA---TC-AA-TT-GTGA-T-GTGAA---TTT--GGTACTAATT--TTC----A-TAATTTT-TT-T------AC-A-------TA-T------TC-AAAA-TTGTTGAA--A-TT----TTC--TTT-TTCTAT--ATGATT--CGAA----A----CAA---ATT-GTG-ATG-TCA----T--G-AT---ATGAGAA--AATCGTTT-A-TGAAT--TG-ACCAC----GGC-AAAATT---TTTAACCTCGAAATACT----ATTCT--TTC--TT------------------------AATAAGTCTAT-TCCG-TA--AAATTTC-A--GT-TCTG--------------CATTTGGCCTGTGATTT--------------CACC---GCAACA----CC-----AAAAGATAATATTATTT-----T-------GAA-AT--CA-G-AAGAAG-AA--ACTAC-AA--AC-AAT-T-C-TA-CA-TTTTCT-GATATATTATAT-----ATCCATAA--A--AAATTAGCTATAATGAAT-GC-TGCAACAAGTCTTT-T-C---AAAAAGGC---------------------------AAAAA-TGAAAT-GATG--A-CTC---AT----TTATGGCCAGA-T-ACTGT
gi|3 : gtACCTGG-CCATAAGT-GA-GTC-ATCA----T-TTC---ATT-T-TTC-CA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAA---AACA---CAA-T---TTTT-GT--AA-A--AA---TC-TA-TT-GTGA-T-GTGAA---TTT--GGTACCAATT--TTC----A-TAATTTT-TT-C------AC-A----TATTA-T------TC-AAAA-TTGTTGAA--A-TT----TTC--TTT-TCC--T--ATGATT--CTTA----A----CGA---ATT-GTG-ATG-TCA----A--G-AT---CTGAGAA--AATCGTTT-A-TGAAA--TC-ACCAC----GGC-AAAATT---TTTAACCTCAAAATACT----ATTAT--TTC--TT------------------------AACAAGTATAT-TCCG-TA--AAATTTA-A--AT-TCTG--------------CA--------------T--------------CACC---GCAACA----TC-----AACAGATAATA-----T-----T-------GAA-AT--CA-T-GTGAAG-AA--ACTAC-AA--AC-AAT-T-C-TG-CA-TTTTTT-GATAT----TAT-----ATCCATAA--A--AAATGAGCTATAATGAAT-GC-TGCAATAAGTCTTT-T-C---AAAAAGGCAC-TTTTCAATAA--AATATATAGTGAAAAAA-TGAAAT-GATG--A-CTC---AC----TTATGGCCAGA-A-ACTGTa
gi|4 : C---ATT-T-TTC-CA-C-TAT-----------TA-TT-TCATTTGAAA---AACA---CAA-T---TTTTTGT--AA-ATAAA---TC-TA-T--GTGA-T-GTGAA---TTT--GGTACCAATT--TT-----A-TAATTTT-TC-A------AC-A----TAT-A-C----------AAA-TTGTT-AA--A-TT----TTT--TCT-TCC--T--ATGATT--CTAA----A----CAA---TAT-GTG-A-G-TCA----A--G-AT---CTGAGAC--A-TCGTTT-A-TGAA---TC-ACCAT----G-C-AAAATT---TTTAACCTCAAAATACT----ATTATTCTTC--TT------------------------AG-AATTCTAT-TCTG-TA--AAATTTC-AACAT-CTTG--------------CATTTGGCCCGTGATTT--------------CACC---GCAACA----CC-----AAAAGATAATATAAT-T-----T-------GAAGAT--CATT-GTGAAG-AA--ACTACGAA--ACAAAT-T-C-TG-CATTTTTTT-AATAT----CAT-----ATCCATAAG-G--AAATTAGCTATAATAAAT-GC-TGCAATAATGCTTT-T-C---AAAAA--CAC--TTTCAATGA--AATATATAGTAAAAAAA-TTAAAT-GATG--A-CCC---AC----TTATGGCCAGATT-ACTG
gi|5 : CTGG-CTATAAGT-GACGTCCATCA----T-T-----ATT-T-ATC-CA-C-TTT--ACACACCGTTA-TTATCATT--GAA---AAC--------T---TTTT-GT--AA-A--A----TC-TA-TTCGTGACT-GTGAT---TTC--GATACCAAATCATTC----A---ATTTT-TT-C------AC-A----TATCA-T------TCGAAAA-TT-TTTAA----------TTC--TTT-TCC--T--ATGTAT--CTAA----AAC--CAA---ATT-GTG-A---TCA--------------CTGGGAA--AATCGCTTAA-TGAAA--TG-A-TAC----AGC-AAAATT---TTTAA-CTCAAAAAGCT----ATTAT--TTT--T
gi|6 : agtaCTGG-CTATAAGT-GACGTCCATCA----T-T-----ATT-T-ATC-CA-C-TTT--ACACACCGTTA-TTATCATT--GAA---AAC--------T---TTTT-GT--AA-A--A----TC-TA-TTCGTGACT-GTGAT---TTC--GATACCAAATCATTC----A---ATTTT-TT-C------AC-A----TATCA-T------TCGAAAA-TT-TTTAA----------TTC--TTT-TCC--T--ATGTAT--CTAA----AAC--CAA---ATT-GTG-A---TCA--------------CTGGGAA--AATCGCTTAA-TGAAA--TG-A-TAC----AGC-AAAATT---TTTAA-CTCAAAAAGCT----ATTAT--TTT--T
gi|7 : agtaAGTCTAT-TCTG-TA--AAATTTC-A--ACATCTG--------------CA--------------TTTGGCCCGTGATTTCACC---GCAACA----CC-----AAAAGATAATA-----TAATTTT-------GAA-AT--CA-T-GTGAAG-AA--ACTAC-AA--AC-AAT-T-C-TG-CA-TTTTTTTAATAT----CAT-----ATCCATAA--G--AAATTAGCTATAATAAAT-GC-TGCAATAAGTCTTT-T-C---AAAAAGGCAC-TTTTCAATGA--AATATATAGTGAAAAAA-TTAAAT-GATG--A-CCC---AC----TTATGGCCAGA-T-ACTGT
gi|8 : ACCTGGGCCATAATTTGA-GTC-CTCA----T-TTC---ATT-T-TTC-CA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAA---AACA---CAATT---TTTT-GTTAAA-A--AA---TC-TA--T-GTGA-TGGTGAA---TTT---GTACCAATT--TT-------TAA-TTT-GC-C------AC-A----CA-TA-T------AC--AAA-TTGTTTAA--A-TT----TTC----T-TCC--T--AT--TT--CTAA----A----CAA-----T-GTG-A-G-TCA----AG-G-AT---C---GAG--AATCG-TT-A-TG--A--TC-ACCAT----GAA-ACAAAT---TTTAACCTCAAAATACT----ATTATC-TTC--TT------------------------Aa
gi|9 : agt--------------T--------------CACCCCGACAACA----CC-----AAAAGATAATA-----TCATT-T-------GAA-AT--CA-T-GTGA-G-AA--ACTAC-AA--AC-A---T-CGTG-CAGTTTTTT-GATTT----TAT-----ATCCATAA--ACAAAATGACGTATGATGAAT-GCCTGCAATA-GTCTTT---C---AAAAAGCCACCTTTTTAATGA--CATATAAGGTGAAAAAA-TGAAAT-GATGATA-TTCATAAC----TTAT-GCCAGA-T-ACTGT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333 111 11 111111 111111 1111 11 11 1111 333333333333333 1111 1111 11 777777777777777777777777777 1 333333333333333333333333333333333333333333333 111 1111 11111 4444444444444444444 1 1111 11111 22222 1111111 11 11 111 1111
lowQualScore : 4 4 8 8 8888 4 77777 3 3 3 3 3 11111111111 3 7 55 000 7777 33 666 3 55 3 55 666 3 3 7 7 3 666 55 2 00 88888 44 4 3 000000 3 99999 3 000000 7 3 0 4 0000 7777 55 3 55 00 00 7777 7777 666 3 4 888888888888888 666 88 2 8 4 55 4 5 2222 4 777 2 0000 66 66 333333333333333333333333333 6 0 6 99 6 99 3 888888888888888888888888888888888888888888888 777 0000 77777 8888888888888888888 4 66 4 4 1 4 66 4 66 8 1 4 4 8 4 3 5 0000 22222 00000 1 2 4 8 1 4444444 1 66 0 66 0 77 5 5 88 5 777 0000 2 5 5
lowQualScore : . . . . .... . ..... . . . . . ........... . . .. ... .... .. ... . .. . .. ... . . . . . ... .. . .. ..... .. . . ...... . ..... . ...... . . . . .... .... .. . .. .. .. .... .... ... . . ............... ... .. . . . .. . . .... . ... . .... .. .. ........................... . . . .. . .. . ............................................. ... .... ..... ................... . .. . . . . .. . .. . . . . . . . . .... ..... ..... . . . . . ....... . .. . .. . .. . . .. . ... .... . . .
lowQualScore : 4 0 0 0 5555 0 88888 6 6 6 6 6 44444444444 6 3 00 000 6666 77 444 6 00 6 00 444 6 6 3 3 6 444 00 4 00 33333 88 0 6 555555 6 00000 6 555555 3 6 5 5 9999 7777 00 6 00 00 00 7777 7777 444 6 0 111111111111111 444 66 6 0 0 55 0 7 5555 0 000 5 6666 99 99 222222222222222222222222222 7 7 7 22 7 22 3 666666666666666666666666666666666666666666666 555 6666 55555 7777777777777777777 4 11 4 4 9 4 11 4 11 9 9 4 4 9 4 3 0 6666 55555 44444 0 5 4 9 9 0000000 4 22 2 99 1 44 0 0 88 0 555 6666 5 0 0
consensus : ACCTGG-CCATAAGT-GA-GTC-ATCA----T-TTC---ATT-T-TTC-CA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAA---AACA---CAA-T---TTTT-GT--AA-A--AA---TC-TA-TT-GTGA-T-GTGAA---TTT--GGTACCAATT--TTC----A-TAATTTT-TT-C------AC-A----TATTA-T------TC-AAAA-TTGTTNAA--A-TT----TTC--TTT-TCC--T--ATGATT--CTAA----A----CAA---ATT-GTG-ATG-TCA----A--G-AT---CTGAGAA--AATCGTTT-A-TGAAA--TC-ACCAC----GGC-AAAATT---TTTAACCTCAAAATACT----ATTAT--TTC--TT------------------------AA-AAGTCTAT-TCCG-TA--AAATTT-CA--AT-TCTG--------------CA--------------T--------------CACC---GCAACA----CC-----AAAAGATAATA-----T-----T-------GAA-AT--CA-T-GTGAAG-AA--ACTAC-AA--AC-AAT-T-C-TG-CA-TTTTTT-GATAT----TAT-----ATCCATAA--A--AAATNAGCTATAATGAAT-GC-TGCAATAAGTCTTT-T-C---AAAAAGGCAC-TTTTCAATGA--AATATATAGTGAAAAAA-TGAAAT-GATG--A-CTC---AC----TTATGGCCAGA-T-ACTGT
Reference ( family-298 ) : ACCTGG-CCATAAGT-GA-GTC-ATCA----T-TTC---ATT-T-TTC-CA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAA---AACA---CAA-T---TTTT-GT--AA-A--AA---TC-TA-TT-GTGA-T-GTGAA---TTT--GGTACCAATT--TTC----A-TAATTTT-TT-C------AC-A----TATTA-T------TC-AAAA-TTGTTNAA--A-TT----TTC--TTT-TCC--T--ATGATT--CTAA----A----CAA---ATT-GTG-ATG-TCA----A--G-AT---CTGAGAA--AATCGTTT-A-TGAAA--TC-ACCAC----GGC-AAAATT---TTTAACCTCAAAATACT----ATTAT--TTC--TT------------------------AA-AAGTCTAT-TCCG-TA--AAATTT-CA--AT-TCTG--------------CA--------------T--------------CACC---GCAACA----CC-----AAAAGATAATA-----T-----T-------GAA-AT--CA-T-GTGAAG-AA--ACTAC-AA--AC-AAT-T-C-TG-CA-TTTTTT-GATAT----TAT-----ATCCATAA--A--AAATNAGCTATAATGAAT-GC-TGCAATAAGTCTTT-T-C---AAAAAGGCAC-TTTTCAATGA--AATATATAGTGAAAAAA-TGAAAT-GATG--A-CTC---AC----TTATGGCCAGA-T-ACTGT
gi|1 : TAAGG-TA-GTC-ATCGAGTGT-GTCGAGATT-TGTTC-CAGCGTATTAA--------TAGTT-TCATT--GAAG--AACGTATCAA-T---CTTT-GT--AA-G--AAGGATCGTA-TT-GTGA-T-GTGAAATGTTT--GGTACCAATT--TTTCCAAA-TAATTTT-TT-TGGGTCAACGA----TAGTG-TAAAGAGGC-AAAAGTTGTTAAA--T-TTGTGGTTC--TTT-TCC--TTAGTGATT--CTAA----AACTATAG---ATTTGTGGATGGTCA----A--GTATGTTCTGAGTAT-AATCATTT-AGTGAAGGGCG-ACCAGTGGAGGCTAGAATTGTGTTTAACCTCAAA-TACCTAAGATTATG-TTC--TTCCTTTTGTTTTGTTTTTAGAAAAAAA-AAATCTAT-TCTGGTA--AAATTTTCA--ACATCTGTG------------CA--------------TTGGCCCGTGATTT-CACC---GCAACAGTTCCCG----AAAAGATAATA-----T-----TAGGATTTGAA-GTAGCA-TTGTTGAGTAAGGACTAC-GAGTAC-AATAT-C-TG-CA-TTTTTT-TAGAT----TAT-----A-CCATAAGGA--TAATTAG-TATAATAAATTGC-TGCAATAAGTCTTTGTGC---AGAAAGGCAC--TTTCAATGATTAGT-TA---TGAAAAAACTTAAATAGATGC-ACCCC---ACAACTTTATGGCCAGA-TAACTGT
gi|10 : ccatac--------------T--------------CACCCCGACAACA----CC-----AAAAGATAATA-----TCATT-T-------GAA-AT--CA-T-GTGA-G-AA--ACTAC-AA--AC-A---T-CGTG-CAGTTTTTT-GATTT----TAT-----ATCCATAA--ACAAAATGACGTATGATGAAT-GCCTGCAATA-GTCTTT---C---AAAAAGCCACCTTTTTAATGA--CATATAAGGTGAAAAAA-TGAAAT-GATGATA-TTCATAAC----TTAT-GCCAGA-T-ACTGT
gi|11 : atcttcactctctggatttggcccaatgatgattACCTGG-CCATAAGT-GA-ATA-AGCA----TCTTC---A---T-TTC-CA-C-TAT--T--------TC-TT-TCATT--TGATTCAAGA---CAT-T---TTTG-GT--AAGG--AA---TC-TATTT-GTGA-T-ATGAA---TTTTAGAT-CCATTT--CCC----ATTAATTTTATC-C------AC-A-----ATTATT------TC-AAAC-TCGTTCCA--A-TT----TTCTTTTT-TCC--TTGTTGATTTGCTAA----A----CAA---AT------ATA-T------------T---CCGAGGA--GAATG-TT-A-TGAAA--TCAATCACG---GGC-AATGTT---TTTAACa
gi|12 : ttt-AT---TTGAGAA----TAGTTT-A-CGAAA--TC---CAT----GG--AAAATT---TGAAAACTCAAAATACA----ATAAT--TTCGTTT------------------------AAGAAATATATATATT-TAACAAATTT-CA--AT-TTCGAATTTGACGTGTGATA--------------T--------------CGCC---GGAATG----CCCTCAGACAAAATCATT-----T-----C-------GAA-AT--TA-C-GTGAAG-AA--ATTGT-AA--ACAAAT-TAC-TA-GA-TGTATT-G-TAT----TTTTTTGCATCCTT----A--AAACGAGC---AACAGAC-GC-TAAAATAA
gi|13 : ACCTGG-CCATAAGT-GA-ATA-AGCA----T-TTC---ATT-T-TTC-CA-C-TAT--C--------TA-TT-TCATT--GAT---AAGA---CAT-T---TTTG-GT--AA-G--AA---TC-TA-TT-GTGA-T-ATGAA---TTT--AGTATCAATT--TCC----A-TAATTTT-TTCC------AC-A----TATTA-T------TC-AAAC-TCGTTCCA--A-TT----TTC--TTT-TCC--T--GTGATT--CTAA----A----CAA---AT----------------------AT---CCGAGAG--AATAGTTT-A-TGAAA--TC-ATCAC----GGC-AATGTT---TTTAACCTC
gi|14 : gtACCTGG-CCATAAGT-GA-GTC-ATCT----T-TTC---TTT-T-TTC-TA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAA---AACA---CAA-T---TTTT-GT--AA-A--AA---TC-TA-TT-GTAA-T-GTGAA---TTT--GGTACCAA-A--TTC----A-TAATTTT-TT-C------AC-AAGCCTATCA-T------TC-ATAA-TTATTGAA--A-TT----TTA--TTT-TCC--T--ATGATT--CTAT----A----CGA---ATT-G
gi|15 : tT-C------A--A----TATTA-T------TC-AAAA-TTGTTGAATCACTT----TTC--TTTCTCC--T--GTAATTTATTAATACTA----CAACTGAGT-GTG-ATGATCGTCGCAGTG-AT---CTGAGAAAGAATCGTT
gi|16 : c-CCGTGAGT-GA-GCC-ATCA----C-TGA---ATTGT-TTCTCA-C-TAT--A--------TG-TT-TTATT--GAA---AAAA---AAA-CCCATTTT-GA--TA-A--GA---TT-TA-TT-GTGC-G-GTGAA---TTT--AGT-CCA--T--TTC----
gi|17 : gtAT-GT-TGCTATAAGTTTTT-T-TTTAAGAAAGACAA-TTCTAAATTG--AATATGTAGTGGAA-----GAAA---ATG--A-CTC---GC----TTATGCCCGAG-T-ACTGTcc
gi|18 : AAAATTATT-----T-----T-------GCT-AT--CA-T-GTGAAG-AA--ATCAC-AA--AC-AAT-T-C-CGACA-TTTT
gi|2 : gatACCTGG-CCATAAGT-GA-GTC-ATCA----T-TTT---ATT-T-TTC-GA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAT---AAAA---CAA-T---TTTT-GT--AA-A--AA---TC-AA-TT-GTGA-T-GTGAA---TTT--GGTACTAATT--TTC----A-TAATTTT-TT-T------AC-A-------TA-T------TC-AAAA-TTGTTGAA--A-TT----TTC--TTT-TTCTAT--ATGATT--CGAA----A----CAA---ATT-GTG-ATG-TCA----T--G-AT---ATGAGAA--AATCGTTT-A-TGAAT--TG-ACCAC----GGC-AAAATT---TTTAACCTCGAAATACT----ATTCT--TTC--TT------------------------AATAAGTCTAT-TCCG-TA--AAATTT-CA--GT-TCTG--------------CATTTGGCCTGTGATTT--------------CACC---GCAACA----CC-----AAAAGATAATATTATTT-----T-------GAA-AT--CA-G-AAGAAG-AA--ACTAC-AA--AC-AAT-T-C-TA-CA-TTTTCT-GATATATTATAT-----ATCCATAA--A--AAATTAGCTATAATGAAT-GC-TGCAACAAGTCTTT-T-C---AAAAAGGC---------------------------AAAAA-TGAAAT-GATG--A-CTC---AT----TTATGGCCAGA-T-ACTGT
gi|3 : gtACCTGG-CCATAAGT-GA-GTC-ATCA----T-TTC---ATT-T-TTC-CA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAA---AACA---CAA-T---TTTT-GT--AA-A--AA---TC-TA-TT-GTGA-T-GTGAA---TTT--GGTACCAATT--TTC----A-TAATTTT-TT-C------AC-A----TATTA-T------TC-AAAA-TTGTTGAA--A-TT----TTC--TTT-TCC--T--ATGATT--CTTA----A----CGA---ATT-GTG-ATG-TCA----A--G-AT---CTGAGAA--AATCGTTT-A-TGAAA--TC-ACCAC----GGC-AAAATT---TTTAACCTCAAAATACT----ATTAT--TTC--TT------------------------AACAAGTATAT-TCCG-TA--AAATTT-AA--AT-TCTG--------------CA--------------T--------------CACC---GCAACA----TC-----AACAGATAATA-----T-----T-------GAA-AT--CA-T-GTGAAG-AA--ACTAC-AA--AC-AAT-T-C-TG-CA-TTTTTT-GATAT----TAT-----ATCCATAA--A--AAATGAGCTATAATGAAT-GC-TGCAATAAGTCTTT-T-C---AAAAAGGCAC-TTTTCAATAA--AATATATAGTGAAAAAA-TGAAAT-GATG--A-CTC---AC----TTATGGCCAGA-A-ACTGTa
gi|4 : C---ATT-T-TTC-CA-C-TAT-----------TA-TT-TCATTTGAAA---AACA---CAA-T---TTTTTGT--AA-ATAAA---TC-TA-T--GTGA-T-GTGAA---TTT--GGTACCAATT--TT-----A-TAATTTT-TC-A------AC-A----TAT-A-C----------AAA-TTGTT-AA--A-TT----TTT--TCT-TCC--T--ATGATT--CTAA----A----CAA---TAT-GTG-A-G-TCA----A--G-AT---CTGAGAC--A-TCGTTT-A-TGAA---TC-ACCAT----G-C-AAAATT---TTTAACCTCAAAATACT----ATTATTCTTC--TT------------------------AG-AATTCTAT-TCTG-TA--AAATTT-CAACAT-CTTG--------------CATTTGGCCCGTGATTT--------------CACC---GCAACA----CC-----AAAAGATAATATAAT-T-----T-------GAAGAT--CATT-GTGAAG-AA--ACTACGAA--ACAAAT-T-C-TG-CATTTTTTT-AATAT----CAT-----ATCCATAAG-G--AAATTAGCTATAATAAAT-GC-TGCAATAATGCTTT-T-C---AAAAA--CAC--TTTCAATGA--AATATATAGTAAAAAAA-TTAAAT-GATG--A-CCC---AC----TTATGGCCAGATT-ACTG
gi|5 : CTGG-CTATAAGT-GACGTCCATCA----T-T-----ATT-T-ATC-CA-C-TTT--ACACACCGTTA-TTATCATT--GAA---AAC--------T---TTTT-GT--AA-A--A----TC-TA-TTCGTGACT-GTGAT---TTC--GATACCAAATCATTC----A---ATTTT-TT-C------AC-A----TATCA-T------TCGAAAA-TT-TTTAA----------TTC--TTT-TCC--T--ATGTAT--CTAA----AAC--CAA---ATT-GTG-A---TCA--------------CTGGGAA--AATCGCTTAA-TGAAA--TG-A-TAC----AGC-AAAATT---TTTAA-CTCAAAAAGCT----ATTAT--TTT--T
gi|6 : agtaCTGG-CTATAAGT-GACGTCCATCA----T-T-----ATT-T-ATC-CA-C-TTT--ACACACCGTTA-TTATCATT--GAA---AAC--------T---TTTT-GT--AA-A--A----TC-TA-TTCGTGACT-GTGAT---TTC--GATACCAAATCATTC----A---ATTTT-TT-C------AC-A----TATCA-T------TCGAAAA-TT-TTTAA----------TTC--TTT-TCC--T--ATGTAT--CTAA----AAC--CAA---ATT-GTG-A---TCA--------------CTGGGAA--AATCGCTTAA-TGAAA--TG-A-TAC----AGC-AAAATT---TTTAA-CTCAAAAAGCT----ATTAT--TTT--T
gi|7 : agtaAGTCTAT-TCTG-TA--AAATTT-CA--ACATCTG--------------CA--------------TTTGGCCCGTGATTTCACC---GCAACA----CC-----AAAAGATAATA-----TAATTTT-------GAA-AT--CA-T-GTGAAG-AA--ACTAC-AA--AC-AAT-T-C-TG-CA-TTTTTTTAATAT----CAT-----ATCCATAA--G--AAATTAGCTATAATAAAT-GC-TGCAATAAGTCTTT-T-C---AAAAAGGCAC-TTTTCAATGA--AATATATAGTGAAAAAA-TTAAAT-GATG--A-CCC---AC----TTATGGCCAGA-T-ACTGT
gi|8 : ACCTGGGCCATAATTTGA-GTC-CTCA----T-TTC---ATT-T-TTC-CA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAA---AACA---CAATT---TTTT-GTTAAA-A--AA---TC-TA--T-GTGA-TGGTGAA---TTT---GTACCAATT--TT-------TAA-TTT-GC-C------AC-A----CA-TA-T------AC--AAA-TTGTTTAA--A-TT----TTC----T-TCC--T--AT--TT--CTAA----A----CAA-----T-GTG-A-G-TCA----AG-G-AT---C---GAG--AATCG-TT-A-TG--A--TC-ACCAT----GAA-ACAAAT---TTTAACCTCAAAATACT----ATTATC-TTC--TT------------------------Aa
gi|9 : agt--------------T--------------CACCCCGACAACA----CC-----AAAAGATAATA-----TCATT-T-------GAA-AT--CA-T-GTGA-G-AA--ACTAC-AA--AC-A---T-CGTG-CAGTTTTTT-GATTT----TAT-----ATCCATAA--ACAAAATGACGTATGATGAAT-GCCTGCAATA-GTCTTT---C---AAAAAGCCACCTTTTTAATGA--CATATAAGGTGAAAAAA-TGAAAT-GATGATA-TTCATAAC----TTAT-GCCAGA-T-ACTGT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333 111 11 111111 111111 1111 11 11 1111 333333333333333 1111 1111 11 777777777777777777777777777 1 333333333333333333333333333333333333333333333 111 1111 11111 4444444444444444444 1 1111 11111 22222 1111111 11 11 111 1111
lowQualScore : 4 4 8 8 8888 4 77777 3 3 3 3 3 11111111111 3 7 55 000 7777 33 666 3 55 3 55 666 3 3 7 7 3 666 55 2 00 88888 44 4 3 000000 3 99999 3 000000 7 3 0 4 0000 7777 55 3 55 00 00 7777 7777 666 3 4 888888888888888 666 88 2 8 4 55 4 5 2222 4 777 2 0000 66 66 333333333333333333333333333 6 0 6 99 6 99 3 888888888888888888888888888888888888888888888 777 0000 77777 8888888888888888888 4 66 4 4 1 4 66 4 66 8 1 4 4 8 4 3 5 0000 22222 00000 1 2 4 8 1 4444444 1 66 0 66 0 77 5 5 88 5 777 0000 2 5 5
lowQualScore : . . . . .... . ..... . . . . . ........... . . .. ... .... .. ... . .. . .. ... . . . . . ... .. . .. ..... .. . . ...... . ..... . ...... . . . . .... .... .. . .. .. .. .... .... ... . . ............... ... .. . . . .. . . .... . ... . .... .. .. ........................... . . . .. . .. . ............................................. ... .... ..... ................... . .. . . . . .. . .. . . . . . . . . .... ..... ..... . . . . . ....... . .. . .. . .. . . .. . ... .... . . .
lowQualScore : 4 0 0 0 5555 0 88888 6 6 6 6 6 44444444444 6 3 00 000 6666 77 444 6 00 6 00 444 6 6 3 3 6 444 00 4 00 33333 88 0 6 555555 6 00000 6 555555 3 6 5 5 9999 7777 00 6 00 00 00 7777 7777 444 6 0 111111111111111 444 66 6 0 0 55 0 7 5555 0 000 5 6666 99 99 222222222222222222222222222 7 7 7 22 7 22 3 666666666666666666666666666666666666666666666 555 6666 55555 7777777777777777777 4 11 4 4 9 4 11 4 11 9 9 4 4 9 4 3 0 6666 55555 44444 0 5 4 9 9 0000000 4 22 2 99 1 44 0 0 88 0 555 6666 5 0 0
consensus : ACCTGG-CCATAAGT-GA-GTC-ATCA----T-TTC---ATT-T-TTC-CA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAA---AACA---CAA-T---TTTT-GT--AA-A--AA---TC-TA-TT-GTGA-T-GTGAA---TTT--GGTACCAATT--TTC----A-TAATTTT-TT-C------AC-A----TATTA-T------TC-AAAA-TTGTTNAA--A-TT----TTC--TTT-TCC--T--ATGATT--CTAA----A----CAA---ATT-GTG-ATG-TCA----A--G-AT---CTGAGAA--AATCGTTT-A-TGAAA--TC-ACCAC----GGC-AAAATT---TTTAACCTCAAAATACT----ATTAT--TTC--TT------------------------AA-AAGTCTAT-TCCG-TA--AAATTT-CA--AT-TCTG--------------CA--------------T--------------CACC---GCAACA----CC-----AAAAGATAATA-----T-----T-------GAA-AT--CA-T-GTGAAG-AA--ACTAC-AA--AC-AAT-T-C-TG-CA-TTTTTT-GATAT----TAT-----ATCCATAA--A--AAATNAGCTATAATGAAT-GC-TGCAATAAGTCTTT-T-C---AAAAAGGCAC-TTTTCAATGA--AATATATAGTGAAAAAA-TGAAAT-GATG--A-CTC---AC----TTATGGCCAGA-T-ACTGT
Reference ( family-298 ) : ACCTGG-CCATAAGT-GA-GTC-ATCA----T-TTC---ATT-T-TTC-CA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAA---AACA---CAA-T---TTTT-GT--AA-A--AA---TC-TA-TT-GTGA-T-GTGAA---TTT--GGTACCAATT--TTC----A-TAATTTT-TT-C------AC-A----TATTA-T------TC-AAAA-TTGTTNAA--A-TT----TTC--TTT-TCC--T--ATGATT--CTAA----A----CAA---ATT-GTG-ATG-TCA----A--G-AT---CTGAGAA--AATCGTTT-A-TGAAA--TC-ACCAC----GGC-AAAATT---TTTAACCTCAAAATACT----ATTAT--TTC--TT------------------------AA-AAGTCTAT-TCCG-TA--AAATTT-CA--AT-TCTG--------------CA--------------T--------------CACC---GCAACA----CC-----AAAAGATAATA-----T-----T-------GAA-AT--CA-T-GTGAAG-AA--ACTAC-AA--AC-AAT-T-C-TG-CA-TTTTTT-GATAT----TAT-----ATCCATAA--A--AAATNAGCTATAATGAAT-GC-TGCAATAAGTCTTT-T-C---AAAAAGGCAC-TTTTCAATGA--AATATATAGTGAAAAAA-TGAAAT-GATG--A-CTC---AC----TTATGGCCAGA-T-ACTGT
gi|1 : TAAGG-TA-GTC-ATCGAGTGT-GTCGAGATT-TGTTC-CAGCGTATTAA--------TAGTT-TCATT--GAAG--AACGTATCAA-T---CTTT-GT--AA-G--AAGGATCGTA-TT-GTGA-T-GTGAAATGTTT--GGTACCAATT--TTTCCAAA-TAATTTT-TT-TGGGTCAACGA----TAGTG-TAAAGAGGC-AAAAGTTGTTAAA--T-TTGTGGTTC--TTT-TCC--TTAGTGATT--CTAA----AACTATAG---ATTTGTGGATGGTCA----A--GTATGTTCTGAGTAT-AATCATTT-AGTGAAGGGCG-ACCAGTGGAGGCTAGAATTGTGTTTAACCTCAAA-TACCTAAGATTATG-TTC--TTCCTTTTGTTTTGTTTTTAGAAAAAAA-AAATCTAT-TCTGGTA--AAATTTTCA--ACATCTGTG------------CA--------------TTGGCCCGTGATTT-CACC---GCAACAGTTCCCG----AAAAGATAATA-----T-----TAGGATTTGAA-GTAGCA-TTGTTGAGTAAGGACTAC-GAGTAC-AATAT-C-TG-CA-TTTTTT-TAGAT----TAT-----A-CCATAAGGA--TAATTAG-TATAATAAATTGC-TGCAATAAGTCTTTGTGC---AGAAAGGCAC--TTTCAATGATTAGT-TA---TGAAAAAACTTAAATAGATGC-ACCCC---ACAACTTTATGGCCAGA-TAACTGT
gi|10 : ccatac--------------T--------------CACCCCGACAACA----CC-----AAAAGATAATA-----TCATT-T-------GAA-AT--CA-T-GTGA-G-AA--ACTAC-AA--AC-A---T-CGTG-CAGTTTTTT-GATTT----TAT-----ATCCATAA--ACAAAATGACGTATGATGAAT-GCCTGCAATA-GTCTTT---C---AAAAAGCCACCTTTTTAATGA--CATATAAGGTGAAAAAA-TGAAAT-GATGATA-TTCATAAC----TTAT-GCCAGA-T-ACTGT
gi|11 : atcttcactctctggatttggcccaatgatgattACCTGG-CCATAAGT-GA-ATA-AGCA----TCTTC---A---T-TTC-CA-C-TAT--T--------TC-TT-TCATT--TGATTCAAGA---CAT-T---TTTG-GT--AAGG--AA---TC-TATTT-GTGA-T-ATGAA---TTTTAGAT-CCATTT--CCC----ATTAATTTTATC-C------AC-A-----ATTATT------TC-AAAC-TCGTTCCA--A-TT----TTCTTTTT-TCC--TTGTTGATTTGCTAA----A----CAA---AT------ATA-T------------T---CCGAGGA--GAATG-TT-A-TGAAA--TCAATCACG---GGC-AATGTT---TTTAACa
gi|12 : ttt-AT---TTGAGAA----TAGTTT-A-CGAAA--TC---CAT----GG--AAAATT---TGAAAACTCAAAATACA----ATAAT--TTCGTTT------------------------AAGAAATATATATATT-TAACAAATTT-CA--AT-TTCGAATTTGACGTGTGATA--------------T--------------CGCC---GGAATG----CCCTCAGACAAAATCATT-----T-----C-------GAA-AT--TA-C-GTGAAG-AA--ATTGT-AA--ACAAAT-TAC-TA-GA-TGTATT-G-TAT----TTTTTTGCATCCTT----A--AAACGAGC---AACAGAC-GC-TAAAATAA
gi|13 : ACCTGG-CCATAAGT-GA-ATA-AGCA----T-TTC---ATT-T-TTC-CA-C-TAT--C--------TA-TT-TCATT--GAT---AAGA---CAT-T---TTTG-GT--AA-G--AA---TC-TA-TT-GTGA-T-ATGAA---TTT--AGTATCAATT--TCC----A-TAATTTT-TTCC------AC-A----TATTA-T------TC-AAAC-TCGTTCCA--A-TT----TTC--TTT-TCC--T--GTGATT--CTAA----A----CAA---AT----------------------AT---CCGAGAG--AATAGTTT-A-TGAAA--TC-ATCAC----GGC-AATGTT---TTTAACCTC
gi|14 : gtACCTGG-CCATAAGT-GA-GTC-ATCT----T-TTC---TTT-T-TTC-TA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAA---AACA---CAA-T---TTTT-GT--AA-A--AA---TC-TA-TT-GTAA-T-GTGAA---TTT--GGTACCAA-A--TTC----A-TAATTTT-TT-C------AC-AAGCCTATCA-T------TC-ATAA-TTATTGAA--A-TT----TTA--TTT-TCC--T--ATGATT--CTAT----A----CGA---ATT-G
gi|15 : tT-C------A--A----TATTA-T------TC-AAAA-TTGTTGAATCACTT----TTC--TTTCTCC--T--GTAATTTATTAATACTA----CAACTGAGT-GTG-ATGATCGTCGCAGTG-AT---CTGAGAAAGAATCGTT
gi|16 : c-CCGTGAGT-GA-GCC-ATCA----C-TGA---ATTGT-TTCTCA-C-TAT--A--------TG-TT-TTATT--GAA---AAAA---AAA-CCCATTTT-GA--TA-A--GA---TT-TA-TT-GTGC-G-GTGAA---TTT--AGT-CCA--T--TTC----
gi|17 : gtAT-GT-TGCTATAAGTTTTT-T-TTTAAGAAAGACAA-TTCTAAATTG--AATATGTAGTGGAA-----GAAA---ATG--A-CTC---GC----TTATGCCCGAG-T-ACTGTcc
gi|18 : AAAATTATT-----T-----T-------GCT-AT--CA-T-GTGAAG-AA--ATCAC-AA--AC-AAT-T-C-CGACA-TTTT
gi|2 : gatACCTGG-CCATAAGT-GA-GTC-ATCA----T-TTT---ATT-T-TTC-GA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAT---AAAA---CAA-T---TTTT-GT--AA-A--AA---TC-AA-TT-GTGA-T-GTGAA---TTT--GGTACTAATT--TTC----A-TAATTTT-TT-T------AC-A-------TA-T------TC-AAAA-TTGTTGAA--A-TT----TTC--TTT-TTCTAT--ATGATT--CGAA----A----CAA---ATT-GTG-ATG-TCA----T--G-AT---ATGAGAA--AATCGTTT-A-TGAAT--TG-ACCAC----GGC-AAAATT---TTTAACCTCGAAATACT----ATTCT--TTC--TT------------------------AATAAGTCTAT-TCCG-TA--AAATTT-CA--GT-TCTG--------------CATTTGGCCTGTGATTT--------------CACC---GCAACA----CC-----AAAAGATAATATTATTT-----T-------GAA-AT--CA-G-AAGAAG-AA--ACTAC-AA--AC-AAT-T-C-TA-CA-TTTTCT-GATATATTATAT-----ATCCATAA--A--AAATTAGCTATAATGAAT-GC-TGCAACAAGTCTTT-T-C---AAAAAGGC---------------------------AAAAA-TGAAAT-GATG--A-CTC---AT----TTATGGCCAGA-T-ACTGT
gi|3 : gtACCTGG-CCATAAGT-GA-GTC-ATCA----T-TTC---ATT-T-TTC-CA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAA---AACA---CAA-T---TTTT-GT--AA-A--AA---TC-TA-TT-GTGA-T-GTGAA---TTT--GGTACCAATT--TTC----A-TAATTTT-TT-C------AC-A----TATTA-T------TC-AAAA-TTGTTGAA--A-TT----TTC--TTT-TCC--T--ATGATT--CTTA----A----CGA---ATT-GTG-ATG-TCA----A--G-AT---CTGAGAA--AATCGTTT-A-TGAAA--TC-ACCAC----GGC-AAAATT---TTTAACCTCAAAATACT----ATTAT--TTC--TT------------------------AACAAGTATAT-TCCG-TA--AAATTT-AA--AT-TCTG--------------CA--------------T--------------CACC---GCAACA----TC-----AACAGATAATA-----T-----T-------GAA-AT--CA-T-GTGAAG-AA--ACTAC-AA--AC-AAT-T-C-TG-CA-TTTTTT-GATAT----TAT-----ATCCATAA--A--AAATGAGCTATAATGAAT-GC-TGCAATAAGTCTTT-T-C---AAAAAGGCAC-TTTTCAATAA--AATATATAGTGAAAAAA-TGAAAT-GATG--A-CTC---AC----TTATGGCCAGA-A-ACTGTa
gi|4 : C---ATT-T-TTC-CA-C-TAT-----------TA-TT-TCATTTGAAA---AACA---CAA-T---TTTTTGT--AA-ATAAA---TC-TA-T--GTGA-T-GTGAA---TTT--GGTACCAATT--TT-----A-TAATTTT-TC-A------AC-A----TAT-A-C----------AAA-TTGTT-AA--A-TT----TTT--TCT-TCC--T--ATGATT--CTAA----A----CAA---TAT-GTG-A-G-TCA----A--G-AT---CTGAGAC--A-TCGTTT-A-TGAA---TC-ACCAT----G-C-AAAATT---TTTAACCTCAAAATACT----ATTATTCTTC--TT------------------------AG-AATTCTAT-TCTG-TA--AAATTT-CAACAT-CTTG--------------CATTTGGCCCGTGATTT--------------CACC---GCAACA----CC-----AAAAGATAATATAAT-T-----T-------GAAGAT--CATT-GTGAAG-AA--ACTACGAA--ACAAAT-T-C-TG-CATTTTTTT-AATAT----CAT-----ATCCATAAG-G--AAATTAGCTATAATAAAT-GC-TGCAATAATGCTTT-T-C---AAAAA--CAC--TTTCAATGA--AATATATAGTAAAAAAA-TTAAAT-GATG--A-CCC---AC----TTATGGCCAGATT-ACTG
gi|5 : CTGG-CTATAAGT-GACGTCCATCA----T-T-----ATT-T-ATC-CA-C-TTT--ACACACCGTTA-TTATCATT--GAA---AAC--------T---TTTT-GT--AA-A--A----TC-TA-TTCGTGACT-GTGAT---TTC--GATACCAAATCATTC----A---ATTTT-TT-C------AC-A----TATCA-T------TCGAAAA-TT-TTTAA----------TTC--TTT-TCC--T--ATGTAT--CTAA----AAC--CAA---ATT-GTG-A---TCA--------------CTGGGAA--AATCGCTTAA-TGAAA--TG-A-TAC----AGC-AAAATT---TTTAA-CTCAAAAAGCT----ATTAT--TTT--T
gi|6 : agtaCTGG-CTATAAGT-GACGTCCATCA----T-T-----ATT-T-ATC-CA-C-TTT--ACACACCGTTA-TTATCATT--GAA---AAC--------T---TTTT-GT--AA-A--A----TC-TA-TTCGTGACT-GTGAT---TTC--GATACCAAATCATTC----A---ATTTT-TT-C------AC-A----TATCA-T------TCGAAAA-TT-TTTAA----------TTC--TTT-TCC--T--ATGTAT--CTAA----AAC--CAA---ATT-GTG-A---TCA--------------CTGGGAA--AATCGCTTAA-TGAAA--TG-A-TAC----AGC-AAAATT---TTTAA-CTCAAAAAGCT----ATTAT--TTT--T
gi|7 : agtaAGTCTAT-TCTG-TA--AAATTT-CA--ACATCTG--------------CA--------------TTTGGCCCGTGATTTCACC---GCAACA----CC-----AAAAGATAATA-----TAATTTT-------GAA-AT--CA-T-GTGAAG-AA--ACTAC-AA--AC-AAT-T-C-TG-CA-TTTTTTTAATAT----CAT-----ATCCATAA--G--AAATTAGCTATAATAAAT-GC-TGCAATAAGTCTTT-T-C---AAAAAGGCAC-TTTTCAATGA--AATATATAGTGAAAAAA-TTAAAT-GATG--A-CCC---AC----TTATGGCCAGA-T-ACTGT
gi|8 : ACCTGGGCCATAATTTGA-GTC-CTCA----T-TTC---ATT-T-TTC-CA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAA---AACA---CAATT---TTTT-GTTAAA-A--AA---TC-TA--T-GTGA-TGGTGAA---TTT---GTACCAATT--TT-------TAA-TTT-GC-C------AC-A----CA-TA-T------AC--AAA-TTGTTTAA--A-TT----TTC----T-TCC--T--AT--TT--CTAA----A----CAA-----T-GTG-A-G-TCA----AG-G-AT---C---GAG--AATCG-TT-A-TG--A--TC-ACCAT----GAA-ACAAAT---TTTAACCTCAAAATACT----ATTATC-TTC--TT------------------------Aa
gi|9 : agt--------------T--------------CACCCCGACAACA----CC-----AAAAGATAATA-----TCATT-T-------GAA-AT--CA-T-GTGA-G-AA--ACTAC-AA--AC-A---T-CGTG-CAGTTTTTT-GATTT----TAT-----ATCCATAA--ACAAAATGACGTATGATGAAT-GCCTGCAATA-GTCTTT---C---AAAAAGCCACCTTTTTAATGA--CATATAAGGTGAAAAAA-TGAAAT-GATGATA-TTCATAAC----TTAT-GCCAGA-T-ACTGT
blockSeqs : G T C C . C TC G . T . . ACACACCGT . A TG TTC A AT CCA T TA G TA . . T C C G . TA T CA C TT A C . . AGCCT T . G . C TCAC . TT C TA TG TG TACT AC CTG . . TGATCGTCGCAGTG . AG T A . . A T G . . C . TC GT AAG A . AC . AC A AATTTGACGTGTGATAT CCG . CTCAG TTATTTT G . T . A . . G . A A . A G A G T ATTA TTTGC ACA G G . C A TTTTA C CT . AG . . AT . ATA . G T .
blockSeqs : . . C C . . TC . . . . . ACACACCGT . A . . A T . . . . . . . . C C . . . T CA C T . . . . T . . G . C A . . . . . TA . AC . . . TGTCATG . . T A . . . T . . . A . C . AAT . . . . . . CATTTGGCCTGTGATTT CCG . . TAATTTT . . . . A . . . . A A . . G . T . . . ACA G C . C A TC A CT . TA . . AT . ATA . G . .
blockSeqs : . . . . . . TC . . . . . T . . . . A T . . . . . . . . . . . . . T . C T . . . . T . . . . G A . . . . . . . . . . . TGTCAAG . . T . . . . C . . . C . . . AAC . . . . . . CATTTGGCCCGTGATTT . . . TCATTT . . . . A . . . . . A . . . . G . . . GG T C . . A TC G T . TA . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . GA . . . . . C . . . . A A . . . . . . . . . . . . . T . C T . . . . T . . . . G A . . . . . . . . . . . GTCAAGG . . T . . . . C . . . C . . . AG . . . . . . CATTTGGCCCGTGATTT . . . TAATTT . . . . A . . . . . A . . . . . . . . A G C . . A TC G T . TA . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . TT . . . . . A . . . . A A . . . . . . . . . . . . . T . C T . . . . T . . . . G A . . . . . . . . . . . GTCAAG . . T . . . . C . . . C . . . . . . . . . CAT . . . TCATTT . . . . A . . . . . A . . . . . . . . A T C . . A TC G T . TA . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . TC . . . . . A . . . . A A . . . . . . . . . . . . . A . C T . . . . T . . . . G A . . . . . . . . . . . TAT . . T . . . . C . . . C . . . . . . TC . . . . A . . . . . A . . . . . . . . A T C . . A C C . . AG . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TC . . . . . A . . . . A A . . . . . . . . . . . . . A . C T . . . . T . . . . T A . . . . . . . . . . . TCA . . C . . . . . . . . C . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G G G . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . A A . . . . . . . . . . . . . T . C . . . . . C . . . . T A . . . . . . . . . . . TCA . . C . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : **** TC*** A********** *** A*** *** *** C**** ****** ****** **** ** **** TGTCAG********* *** ** ** **** *** **** ** AAN************************ CATTTGGCCCGTGATTT**************************** **** ***** TNATTT************* ** ** ** A**** TC***** T* ** TA ** ****
originalCons : ACCTGG-CCATAAGT-GA-GTC-ATCA----T-TTC---ATT-T-TTC-CA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAA---AACA---CAA-T---TTTT-GT--AA-A--AA---TC-TA-TT-GTGA-T-GTGAA---TTT--GGTACCAATT--TTC----A-TAATTTT-TT-C------AC-A----TATTA-T------TC-AAAA-TTGTTNAA--A-TT----TTC--TTT-TCC--T--ATGATT--CTAA----A----CAA---ATT-GTG-ATG-TCA----A--G-AT---CTGAGAA--AATCGTTT-A-TGAAA--TC-ACCAC----GGC-AAAATT---TTTAACCTCAAAATACT----ATTAT--TTC--TT------------------------AA-AAGTCTAT-TCCG-TA--AAATTT-CA--AT-TCTG--------------CA--------------T--------------CACC---GCAACA----CC-----AAAAGATAATA-----T-----T-------GAA-AT--CA-T-GTGAAG-AA--ACTAC-AA--AC-AAT-T-C-TG-CA-TTTTTT-GATAT----TAT-----ATCCATAA--A--AAATNAGCTATAATGAAT-GC-TGCAATAAGTCTTT-T-C---AAAAAGGCAC-TTTTCAATGA--AATATATAGTGAAAAAA-TGAAAT-GATG--A-CTC---AC----TTATGGCCAGA-T-ACTGT
finalCons : ACCTGG-CCATAAGT-GA-GTC-ATCA----T-TTC---ATT-T-TTC-CA-C-TATA----------TA-TT-TCATT--GAA---AACA---CAA-T---TTTT-GT--AA-A--AA---TC-TA-TT-GTGA-T-GTGAA---TTT--GGTACCAATT--TTC----A-TAATTTT-TT-C------AC-A----TATTA-T------TC-AAAA-TTGTTNAA--A-TT----TTC--TTT-TCC--T--ATGATT--CTAA----A----CAA---ATT-GTG-ATGTCAG---------AT---CTGAGAA--AATCGTTT-A-TGAAA--TC-ACCAC----GGC-AAAATT---TTTAACCTCAAAATACT----ATTAT--TTC--TTAAN------------------------AAGTCTAT-TCCG-TA--AAATTT-CA--AT-TCTGCATTTGGCCCGTGATTT----------------------------CACC---GCAACA----CC-----AAAAGATAATATNATTT-------------GAA-AT--CA-T-GTGAAG-AA--ACTAC-AA--AC-AAT-T-C-TG-CA-TTTTTT-GATAT----TAT-----ATCCATAAA----AAATNAGCTATAATGAAT-GC-TGCAATAAGTCTTTTC-----AAAAAGGCACT-TTTCAATGA--AATATATAGTGAAAAAA-TGAAAT-GATG--A-CTC---AC----TTATGGCCAGA-T-ACTGT
Alignments
lowQualScore : 33333333333 111 1 11 111111 11111111 1111 11 11 1111 555555555555555 1111 1111 1 66666666666666666666666 2222 2222 111 1111 1 1 1111 11111 22222 1111111 11 11 111 1111
lowQualScore : 4 4 8 8 8888 4 77777 3 33 3 3 3 11111111111 3 7 55 000 7777 33 666 3 55 88 666 3 0 7 3 666 55 2 00 88888 44 4 3 000000 3 7777 66666666 7 3 0 4 0000 7777 55 3 00 55 00 7777 7777 666 3 4 333333333333333 88 2 8 4 55 4 5 2222 4 777 2 0000 0 66 66 11111111111111111111111 11 6 0 6 99 5 1111 66 0 1111 777 888 66 0000 4 3 4 66 8 4 3 66 4 66 8 1 4 4 8 4 3 5 0000 22222 00000 1 2 4 8 1 4444444 1 66 0 66 0 77 5 5 88 5 777 0000 2 5 5
lowQualScore : . . . . .... . ..... . .. . . . ........... . . .. ... .... .. ... . .. .. ... . . . . ... .. . .. ..... .. . . ...... . .... ........ . . . . .... .... .. . .. .. .. .... .... ... . . ............... .. . . . .. . . .... . ... . .... . .. .. ....................... .. . . . .. . .... .. . .... ... ... .. .... . . . .. . . . .. . .. . . . . . . . . .... ..... ..... . . . . . ....... . .. . .. . .. . . .. . ... .... . . .
lowQualScore : 4 0 0 0 5555 0 88888 6 88 6 6 6 44444444444 6 3 00 000 6666 77 444 6 00 66 444 6 9 3 6 444 00 4 00 33333 88 0 6 555555 6 7777 33333333 3 6 5 5 9999 7777 00 6 00 00 00 7777 7777 444 6 0 888888888888888 66 6 0 0 55 0 7 5555 0 000 5 6666 0 99 99 77777777777777777777777 88 7 7 7 22 0 6666 99 1 2222 555 888 99 3333 4 3 4 11 9 4 6 11 4 11 9 9 4 4 9 4 3 0 6666 55555 44444 0 5 4 9 9 0000000 4 22 2 99 1 44 0 0 88 0 555 6666 5 0 0
consensus : ACCTGG-CCATAAGT-GA-GTC-ATCA----T-TTC---ATT-T-TTC-CA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAA---AACA---CAA-T---TTTT-GT--AAA--AA---TC-TATT-GTGA-T-GTGAA---TTT--GGTACCAATT--TTC----AT-AATTTT-TT-C------AC-A----TATTAT------T-C-AAAA-TTGTTNAA--A-TT----TTC--TTT-TCCT--AT--GATT--CTAA----A----CAA---ATT-GTG-ATG-TC-A-------GATCTGAGAA--AATCGTTT-A-TGAAA--TC-ACCAC----GGC-AAAATT---TTTAACCTCAAAATACT----ATTAT-T--TC--TT-----------------------AANAAGTCTAT-TCCG-TAA--AATTT-CAA--T-TCTG--CATTTGGCCCG----TGATTTCACC---GCAACA---CC--AAAAGATAATAT---NA-TTT-GAA-AT--CA-TG-TGAAGAA--ACTAC-AA--AC-AAT-T-C-TG-CA-TTTTTT-GATAT----TAT-----ATCCATAA--A--AAATNAGCTATAATGAA-TGC-TGCAATAAGTCTTT-T-C---AAAAAGGCAC-TTTTCAATGA--AATATATAGTGAAAAAA-TGAAAT-GATG--A-CTC---AC----TTATGGCCAGA-T-ACTGT
Reference ( family-298 ) : ACCTGG-CCATAAGT-GA-GTC-ATCA----T-TTC---ATT-T-TTC-CA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAA---AACA---CAA-T---TTTT-GT--AAA--AA---TC-TATT-GTGA-T-GTGAA---TTT--GGTACCAATT--TTC----AT-AATTTT-TT-C------AC-A----TATTAT------T-C-AAAA-TTGTTNAA--A-TT----TTC--TTT-TCCT--AT--GATT--CTAA----A----CAA---ATT-GTG-ATG-TC-A-------GATCTGAGAA--AATCGTTT-A-TGAAA--TC-ACCAC----GGC-AAAATT---TTTAACCTCAAAATACT----ATTAT-T--TC--TT-----------------------AANAAGTCTAT-TCCG-TAA--AATTT-CAA--T-TCTG--CATTTGGCCCG----TGATTTCACC---GCAACA---CC--AAAAGATAATAT---NA-TTT-GAA-AT--CA-TG-TGAAGAA--ACTAC-AA--AC-AAT-T-C-TG-CA-TTTTTT-GATAT----TAT-----ATCCATAA--A--AAATNAGCTATAATGAA-TGC-TGCAATAAGTCTTT-T-C---AAAAAGGCAC-TTTTCAATGA--AATATATAGTGAAAAAA-TGAAAT-GATG--A-CTC---AC----TTATGGCCAGA-T-ACTGT
gi|1 : TAAGG-TA-GTC-ATCGAGTGT-GTCGAGATT-TGTTC-CAGCGTATTAA--------TAGTT-TCATT--GAAG--AACGTATCAA-T---CTTT-GT--AAG--AAGGATCGTATT-GTGA-T-GTGAAATGTTT--GGTACCAATT--TTTCCAAAT-AATTTT-TT-TGGGTCAACGA----TAGTGTAAAGAGG-C-AAAAGTTGTTAAA--T-TTGTGGTTC--TTT-TCCTTAGT--GATT--CTAA----AACTATAG---ATTTGTGGATGGTC-AAGTAT--GTTCTGAGTAT-AATCATTT-AGTGAAGGGCG-ACCAGTGGAGGCTAGAATTGTGTTTAACCTCAAA-TACCTAAGATTATGT--TC--TTCCTTTTGTTTTGTTTTTAGAAAAAAAAAATCTAT-TCTGGTAA--AATTTTCAA--CATCTGTGCATT-GGCCCG----TGATTTCACC---GCAACAGTTCCCGAAAAGATAATATTAGGA-TTT-GAA-GTAGCATTGTTGAGTAAGGACTAC-GAGTAC-AATAT-C-TG-CA-TTTTTT-TAGAT----TAT-----A-CCATAAGGA--TAATTAG-TATAATAAATTGC-TGCAATAAGTCTTTGTGC---AGAAAGGCAC--TTTCAATGATTAGT-TA---TGAAAAAACTTAAATAGATGC-ACCCC---ACAACTTTATGGCCAGA-TAACTGT
gi|10 : ccatacTT-CAC--TCTCTG--GATTTGGCCCAATGATGATTTCACCCCGACAACA---CC--AAAAGATAATAT---CA-TTT-GAA-AT--CA-TG-TGA-GAA--ACTAC-AA--AC-A---T-CGTG-CAGTTTTTT-GATTT----TAT-----ATCCATAA--ACAAAATGACGTATGATGAA-TGCCTGCAATA-GTCTTT---C---AAAAAGCCACCTTTTTAATGA--CATATAAGGTGAAAAAA-TGAAAT-GATGATA-TTCATAAC----TTAT-GCCAGA-T-ACTGT
gi|11 : atcACCTGG-CCATAAGT-GA-ATA-AGCA----TCTTC---ATT-T---C-CA-C-TAT--T--------TC-TT-TCATT--TGATTCAAGA---CAT-T---TTTG-GT--AAGG-AA---TC-TATTTGTGA-T-ATGAA---TTTTAGAT-CCATTT--CCC----ATTAATTTTATC-C------AC-A-----ATTAT------TTC-AAAC-TCGTTCCA--A-TT----TTCTTTTT-TCCTTGTT--GATTTGCTAA----A----CAA---AT------ATA-T------------TCCGAGGA--GAATG-TT-A-TGAAA--TCAATCACG---GGC-AATGTT---TTTAACa
gi|12 : tttATTTGAGAA----TAGTTT-A-CGAAA--TC---CAT----GG--AAAATT---TGAAAACTCAAAATACA----ATAAT-T--TCGTTT-----------------------AAGAAATATATATATT-TAACAAATTT-CAA--T-TTCG--AATTTGACGTG----TGATATCGCC---GGAATG---CC--CTCAGACAAAAT---CA-TTTCGAA-AT--TA-CG-TGAAGAA--ATTGT-AA--ACAAAT-TAC-TA-GA-TGTATT-G-TAT----TTTTTTGCATCCTT----A--AAACGAGC---AACAGA-CGC-TAAAATAA
gi|13 : ACCTGG-CCATAAGT-GA-ATA-AGCA----T-TTC---ATT-T-TTC-CA-C-TAT--C--------TA-TT-TCATT--GAT---AAGA---CAT-T---TTTG-GT--AAG--AA---TC-TATT-GTGA-T-ATGAA---TTT--AGTATCAATT--TCC----AT-AATTTT-TTCC------AC-A----TATTAT------T-C-AAAC-TCGTTCCA--A-TT----TTC--TTT-TCCT--GT--GATT--CTAA----A----CAA---AT----------------------ATCCGAGAG--AATAGTTT-A-TGAAA--TC-ATCAC----GGC-AATGTT---TTTAACCTC
gi|14 : gtACCTGG-CCATAAGT-GA-GTC-ATCT----T-TTC---TTT-T-TTC-TA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAA---AACA---CAA-T---TTTT-GT--AAA--AA---TC-TATT-GTAA-T-GTGAA---TTT--GGTACCAA-A--TTC----AT-AATTTT-TT-C------AC-AAGCCTATCAT------T-C-ATAA-TTATTGAA--A-TT----TTA--TTT-TCCT--AT--GATT--CTAT----A----CGA---ATT-G
gi|15 : tT-C------A--A----TATTAT------T-C-AAAA-TTGTTGAATCACTT----TTC--TTTCTCCT--GT--AATTTATTAATACTA----CAACTGAGT-GTG-ATGATC-GTCGCAGTGATCTGAGAAAGAATCGTT
gi|16 : c-CCGTGAGT-GA-GCC-ATCA----C-TGA---ATTGT-TTCTCA-C-TAT--A--------TG-TT-TTATT--GAA---AAAA---AAA-CCCATTTT-GA--TAA--GA---TT-TATT-GTGC-G-GTGAA---TTT--AGT-CCA--T--TTC----
gi|17 : gtA-TGT-TGCTATAAGTTTTT-T-TTTAAGAAAGACAA-TTCTAAATTG--AATATGTAGTGGAA-----GAAA---ATG--A-CTC---GC----TTATGCCCGAG-T-ACTGTcc
gi|18 : GATAAAAT---TA-TTTTGCT-AT--CA-TG-TGAAGAA--ATCAC-AA--AC-AAT-T-C-CGACA-TTTT
gi|2 : ACCTGG-CCATAAGT-GA-GTC-ATCA----T-TTT---ATT-T-TTC-GA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAT---AAAA---CAA-T---TTTT-GT--AAA--AA---TC-AATT-GTGA-T-GTGAA---TTT--GGTACTAATT--TTC----AT-AATTTT-TT-T------AC-A----TATT----------C-AAAA-TTGTTGAA--A-TT----TTC--TTT-TTCT--ATATGATT--CGAA----A----CAA---ATT-GTG-ATG-TC-AT------GATATGAGAA--AATCGTTT-A-TGAAT--TG-ACCAC----GGC-AAAATT---TTTAACCTCGAAATACT----ATTCT-T--TC--TT-----------------------AATAAGTCTAT-TCCG-TAA--AATTT-CAG--T-TCTG--CATTTGGCCTG----TGATTTCACC---GCAACA---CC--AAAAGATAATAT---TATTTT-GAA-AT--CA-GA-AGAAGAA--ACTAC-AA--AC-AAT-T-C-TA-CA-TTTTCT-GATATATTATAT-----ATCCATAA--A--AAATTAGCTATAATGAA-TGC-TGCAACAAGTCTTT-T-C---AAAAAGGC---------------------------AAAAA-TGAAAT-GATG--A-CTC---AT----TTATGGCCAGA-T-ACTGT
gi|3 : gtACCTGG-CCATAAGT-GA-GTC-ATCA----T-TTC---ATT-T-TTC-CA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAA---AACA---CAA-T---TTTT-GT--AAA--AA---TC-TATT-GTGA-T-GTGAA---TTT--GGTACCAATT--TTC----AT-AATTTT-TT-C------AC-A----TATTAT------T-C-AAAA-TTGTTGAA--A-TT----TTC--TTT-TCCT--AT--GATT--CTTA----A----CGA---ATT-GTG-ATG-TCAA-------GATCTGAGAA--AATCGTTT-A-TGAAA--TC-ACCAC----GGC-AAAATT---TTTAACCTCAAAATACT----ATTAT-T--TC--TT-----------------------AACAAGTATAT-TCCG-TAA--AATTT-AAA--T-TCTG--CA------------------TCACC---GCAACA---TC--AACAGATAATA--------TT-GAA-AT--CA-TG-TGAAGAA--ACTAC-AA--AC-AAT-T-C-TG-CA-TTTTTT-GATAT----TAT-----ATCCATAA--A--AAATGAGCTATAATGAA-TGC-TGCAATAAGTCTTT-T-C---AAAAAGGCAC-TTTTCAATAA--AATATATAGTGAAAAAA-TGAAAT-GATG--A-CTC---AC----TTATGGCCAGA-A-ACTGTa
gi|4 : C---ATT-T-TTC-CA-C-TAT-----------TA-TT-TCATTTGAAA---AACA---CAA-T---TTTTTGT--AAATAAA---TC-TAT--GTGA-T-GTGAA---TTT--GGTACCAATT--TT-----AT-AATTTT-TC-A------AC-A----TAT-AC-----------AAA-TTGTT-AA--A-TT----TTT--TCT-TCCT--AT--GATT--CTAA----A----CAA---TAT-GTG-A-G-TC-AA------GATCTGAGAC--A-TCGTTT-A-TGAA---TC-ACCAT----G-C-AAAATT---TTTAACCTCAAAATACT----ATTAT-TCTTC--TT-----------------------A-GAATTCTAT-TCTG-TAA--AATTT-CAACAT-CTTG--CATTTGGCCCG----TGATTTCACC---GCAACA---CC--AAAAGATAATAT---AA-TTT-GAAGAT--CATTG-TGAAGAA--ACTACGAA--ACAAAT-T-C-TG-CATTTTTTT-AATAT----CAT-----ATCCATAAG-G--AAATTAGCTATAATAAA-TGC-TGCAATAATGCTTT-T-C---AAAAA--CAC--TTTCAATGA--AATATATAGTAAAAAAA-TTAAAT-GATG--A-CCC---AC----TTATGGCCAGATT-ACTG
gi|5 : CTGG-CTATAAGT-GACGTCCATCA----T-T-----ATT-T-ATC-CA-C-TTT--ACACACCGTTA-TTATCATT--GAA---AAC--------T---TTTT-GT--AAA--A----TC-TATTCGTGACT-GTGAT---TTC--GATACCAAATCATTC----A---ATTTT-TT-C------AC-A----TATCAT------T-CGAAAA-TT-TTTAA----------TTC--TTT-TCCT--AT--GTAT--CTAA----AAC--CAA---ATT-GTG-A---TC-A----------CTGGGAA--AATCGCTTAA-TGAAA--TG-A-TAC----AGC-AAAATT---TTTAA-CTCAAAAAGCT----ATTAT-T--TT--T
gi|6 : agtaCTGG-CTATAAGT-GACGTCCATCA----T-T-----ATT-T-ATC-CA-C-TTT--ACACACCGTTA-TTATCATT--GAA---AAC--------T---TTTT-GT--AAA--A----TC-TATTCGTGACT-GTGAT---TTC--GATACCAAATCATTC----A---ATTTT-TT-C------AC-A----TATCAT------T-CGAAAA-TT-TTTAA----------TTC--TTT-TCCT--AT--GTAT--CTAA----AAC--CAA---ATT-GTG-A---TC-A----------CTGGGAA--AATCGCTTAA-TGAAA--TG-A-TAC----AGC-AAAATT---TTTAA-CTCAAAAAGCT----ATTAT-T--TT--T
gi|7 : agtaAGTCTAT-TCTG-TAA--AATTT-CAA--CATCTG--CATTTGGCCCG----TGATTTCACC---GCAACA---CC--AAAAGATAATAT---AA-TTTTGAA-AT--CA-TG-TGAAGAA--ACTAC-AA--AC-AAT-T-C-TG-CA-TTTTTTTAATAT----CAT-----ATCCATAA--G--AAATTAGCTATAATAAA-TGC-TGCAATAAGTCTTT-T-C---AAAAAGGCAC-TTTTCAATGA--AATATATAGTGAAAAAA-TTAAAT-GATG--A-CCC---AC----TTATGGCCAGA-T-ACTGT
gi|8 : ACCTGGGCCATAATTTGA-GTC-CTCA----T-TTC---ATT-T-TTC-CA-C-TAT--A--------TA-TT-TCATT--GAA---AACA---CAATT---TTTT-GTTAAAA--AA---TC-TA-T-GTGA-TGGTGAA---TTT---GTACCAATT--TT------T-AA-TTT-GC-C------AC-A----CA-TAT------A-C--AAA-TTGTTTAA--A-TT----TTC----T-TCCT--AT----TT--CTAA----A----CAA-----T-GTG-A-G-TC-AAG-----GATC---GAG--AATCG-TT-A-TG--A--TC-ACCAT----GAA-ACAAAT---TTTAACCTCAAAATACT----ATTATCT--TC--TT-----------------------Aa
gi|9 : agtTT-CAC--TCTCTG--GATTTGGCCCAATGATGATTTCACCCCGACAACA---CC--AAAAGATAATAT---CA-TTT-GAA-AT--CA-TG-TGA-GAA--ACTAC-AA--AC-A---T-CGTG-CAGTTTTTT-GATTT----TAT-----ATCCATAA--ACAAAATGACGTATGATGAA-TGCCTGCAATA-GTCTTT---C---AAAAAGCCACCTTTTTAATGA--CATATAAGGTGAAAAAA-TGAAAT-GATGATA-TTCATAAC----TTAT-GCCAGA-T-ACTGT