lowQualScore                  :                                        4444444444444444444444444444444444                                                                                                         111111            1111                      
lowQualScore                  :                                2   2 2 7777777777777777777777777777777777 2 4 2  2   4   2    4 333 2 4 333 33 2 55   4  33  33 6 2 2   55555 33 4 777777777 33  4  2  2 2 2  4   555555  2  2   2  2222  7    2 2 2 2        
lowQualScore                  :                                .   . . .................................. . . .  .   .   .    . ... . . ... .. . ..   .  ..  .. . . .   ..... .. . ......... ..  .  .  . . .  .   ......  .  .   .  ....  .    . . . .        
lowQualScore                  :                                5   4 4 4444444444444444444444444444444444 4 7 4  4   7   4    4 999 2 4 222 11 2 33   4  11  11 7 2 2   55555 11 4 222222222 11  4  2  2 2 2  4   000000  2  2   2  0000  1    4 4 4 4        
consensus                     :                        TACACTCT-CGG-A-G----N---------T-------------------T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG------TT-AA-AAA-CAT---AA-GGGT-T-G-T-GAACTTGG
Reference ( gi|13 )           :                        TACACTCT-CGG-A-G----A---------T-------------------T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG------TT-AA-AAA-CAC---AA-GGGT-T-G-T-GAACTTGG
gi|16                         :                        TACACTCT-CGG-A-A----A---------T-------------------T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A-----T-A--GA--T-T--TGA-TT--TT--G-T-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-TG-CAG------TT-AA-AA---AT---AA-GGGT-T---T-GTACTTGG
gi|7                          :                      gtTACATTCT-CGG-A-G----T---------T-------------------T-AAT-TT-TGT-TTG-TTCACA---A-TTA--GA--T-T--TGA-TT--TT--GGC-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAGTAAAAATT-AA-AAA-AACATAAA-GGGT-T-G-T-GAATT
gi|6                          :                      gtTACATTCT-CGG-A-G----T---------T-------------------T-AAT-TT-TGT-TTG-TTCACA---A-TTA--GA--T-T--TGA-TT--TT--GGC-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAGTAAAAATT-AA-AAA-AACATAAA-GGGT-T-G-T-GAATTg
gi|9                          :                      gtTACACTCT-CGG-A-G----ATCTCTGAGTT-------------------T-A---TT-TGT-TTG-ATCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA--T--TT--G-C-T-TGT--C--G--T-C------G--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAT------TT-AA-AAA-CAT---AA-GTGT-A-A-T-GAACATGg
gi|15                         :                     gagtACACTTT-CGG-A-G----A---------T-------------------T-A-C-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--GATGT-C--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--A--A--T-C------T--G--TG-CT-TA-TAC-ATGCAG------TT-AAGAAA-CAT---AA-GGGT-T-G-T-
gi|3                          :                         ACACTCT-CGG-A-G----A---------TCTCTGGAGATCTCGAGTTTT-A-T-TT-TGTGTTG-TTCA-A---AAT-A--TA--T-T--TGA-TT--TT--GGC-T-TGT--T--A--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-ATTCAA------TT-AA-AAAACAT---AA-GGGT-T-G-T-GAACTTGat
gi|8                          :                       taACACTC--CGG-A-G----A---------TGCTGAGT------------T-T-T-TT-TGT-TTG-ATCA-A---A-T-A--GA--T-T--TAT-TT--TT--G-C-TGTGT--C--G--T-C---------G--TG-CTCTT-T-C-AT-C-T------TT-AA-AAA-CAT---AA-GTGT-TAA-T-GAACATG
gi|14                         :                    agtttgCACTCTTCGG-AAG----T---------T-------------------T-A-T-TT-TTG-TTG-TTCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-AT--TT--G-C-T-TGT--C--G--T-C------G--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG------TA-GA-AAG-CAT---CA-GTGT-T-G-T-GAAC
gi|11                         :                         tCACTCT-CGG-A-G----A---------TCTCGAGTT-----------T-A-T-TTCTGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--TA--T-TGCTGA-T-------G-C-T-TGT--T--G--TTC------T--G--TTTCT-TA-T-C-AT-CAA------TT-AA-AAA-CAT----A-GGGT-T-G-T-GAAat
gi|12                         :                         acACTCT-CGG-A-GCTAGA---------T-------------------T-A-T-TT-TG--TTG-TTCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--TC--G-C-T-TGT--T--G--TCC------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG------TT-AA-AAA-CAT---AA-GGGT-T-G-T-GAACTTGGact
gi|1                          :                           aCTCT-CTG-A-G----T---------T-------------------TCA-T-TT-TGTCTTG-TTCA-A---A-T-A--TA----T--TGA-TC--TTTGG-C-T-TGTG-TCGG--T-C------T--G--T--CT-TATT-C-AT-CAA------TT--A-GTA-CAT---AGCGCGTCT-G-T-GAACTTG
gi|10                         : gttacactcttggagatctctggagatcTCT-CGGGA-G----T---------T-------------------T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--TT--TAT--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TGCCT-TA-T-C-AT-CAGA-----TT-AA-AAA-CAT---AA--GGT-T-G-T-GAACTTt
gi|18                         :                 acactctcgagaTCT-CGA-A-G----T---------T-------------------T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-ATTAA--T-TC-TGAGTT--TT--G-C-T-TGT--T--G----C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAA------T-----AAA-CAT---AA--GGT-T-G-T-GAACT
gi|5                          :                             TCT-CGG-A----------------T-------------------T-T-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--TA--T-T--TGA-TA--TT--G---T-TGT--T--G----C------T--GCATG-CT-TA-T---AT-CAA-------T-AA-AAA-CAT---AA-GGG--T-G-T-GAAC
gi|2                          : agttacactctcggagtcattctggagaTCT-CGG-A-G--------------T-------------------T-A-TCTT-TGG-TTGCTTCA-ATCAA-T-T--AT--T-T--TTA-TTATTT--G-C-T-TGTAATA-G--T-CGTTCTGT--G--TG-CT--A-T-C-AT-CAA------TT-AA-AAA-CAT---A
gi|4                          :                  aatctctggagaaT-CGG-A-G----T---------T-------------------T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--TA--T-T--TTATTT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-A------T--G--TG-CT-TA-T-CAAT-CAA------TTAAA-AAA-CAT---AATGGGT-T-GTT-GAACTTtcgtcggtgtgaaggttgtcaagc
gi|17                         :        ttcactctcgtgagatctctggatctGG-A-G----T---------T-------------------T-A-T-TT-TTT-TTT-TTCA-A---G-T-A--GA--T-T--TGA--T--TT--G-CTT-TGT--T--GGTT-C------TCAG--TG-CT-TA-T-C--T-C-G------TA-AA-AAG-GAT---AATGTGT-T-G-TCGAACATG
gi|19                         :                                                                                              A-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-C------G--G--TA-CT-TA-T-C-AT-CAG-------T-AA-AAA-CAT---AA-GGGT-T-G-T-GAACATG





Alignments
lowQualScore                  :                                               222222222                                                                                                           111111111                                 
lowQualScore                  :                                     2   2 2 3 888888888 2 4 2  2   4   2    4 333 2 4 22  22 2 55   4  22  22 6 2 2   55 55 22 2 888888888 22  4  2  2 2 2  4   2 666666666  2  2    4  6    2 2 2 2        
lowQualScore                  :                                     .   . . . ......... . . .  .   .   .    . ... . . ..  .. . ..   .  ..  .. . . .   .. .. .. . ......... ..  .  .  . . .  .   . .........  .  .    .  .    . . . .        
lowQualScore                  :                                     4   2 2 9 999999999 2 4 2  2   4   2    2 777 1 2 99  99 1 00   2  99  99 3 1 1   00 00 99 1 444444444 99  2  1  1 1 1  2   1 333333333  1  1    2  7    2 2 2 2        
consensus                     :                             TACACTCT-CGG-A-GTT---------T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-T-----T---AA-AA-ACAT-AA-GGGT-T-G-T-GAACTTGG
Reference ( family-2744 )     :                             TACACTCT-CGG-A-GNT---------T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-T-----T---AA-AA-ACAT-AA-GGGT-T-G-T-GAACTTGG
gi|1                          :                                 CTCT-CTG-A-GTT---------TCA-T-TT-TGTCTTG-TTCA-A---A-T-A--TA----T--TGA-TC--TTTGG-C-T-TGTG-TCGG--T-C------T--G--T--CT-TATT-C-AT-CAA-T-----T----A-GT-ACAT-AGCGCGTCT-G-T-GAACTTG
gi|10                         :      gttacactcttggagatctctggagatcTCT-CGGGA-GTT---------T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--TT--TAT--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TGCCT-TA-T-C-AT-CAGAT-----T---AA-AA-ACAT-AA--GGT-T-G-T-GAACTTt
gi|11                         :                   acactctcgagaCACTCT-CGG-A-GATCTCGAGTT-T-A-T-TTCTGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--TA--T-TGCTGA-T-------G-C-T-TGT--T--G--TTC------T--G--TTTCT-TA-T-C-AT-CAA-T-----T---AA-AA-ACAT--A-GGGT-T-G-T-GAA
gi|12                         :                              acACTCT-CGG-A-GCTAGAT-----T-A-T-TT-TGT-T-G-TTCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--TC--G-C-T-TGT--T--G--T-CC-----T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-T-----T---AA-AA-ACAT-AA-GGGT-T-G-T-GAACTTGGact
gi|13                         :                            aTACACTCT-CGG-A-GAT---------T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-T-----T---AA-AA-ACAC-AA-GGGT-T-G-T-GAACTTGG
gi|14                         :                               CACTCTTCGG-AAGTT---------T-A-T-TT-TTG-TTG-TTCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-AT--TT--G-C-T-TGT--C--G--T-C------G--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-T-----A---GA-AA-GCAT-CA-GTGT-T-G-T-GAAC
gi|15                         :                             tACACTTT-CGG-A-GAT---------T-A-C-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--GATGT-C--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--A--A--T-C------T--G--TG-CT-TA-TAC-ATGCAG-T-----T---AAGAA-ACAT-AA-GGGT-T-G-T-at
gi|16                         :                             TACACTCT-CGG-A-AAT---------T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A-----T-A--GA--T-T--TGA-TT--TT--G-T-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-TG-CAG-T-----T---AA-AA---AT-AA-GGGT-T---T-GTACTTGGat
gi|17                         :                                     gtGG-A-GTT---------T-A-T-TT-TTT-TTT-TTCA-A---G-T-A--GA--T-T--TGA--T--TT--G-CTT-TGT--T--GGTT-C------TCAG--TG-CT-TA-T-C--T-C-G-T-----A---AA-AA-GGAT-AATGTGT-T-G-TCGAACATG
gi|18                         :                                  TCT-CGA-A-GTT---------T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-ATTAA--T-TC-TGAGTT--TT--G-C-T-TGT--T--G----C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAA-T------------AA-ACAT-AA--GGT-T-G-T-GAACT
gi|19                         :                                                                            A-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-C------G--G--TA-CT-TA-T-C-AT-CAG-------T---AA-AA-ACAT-AA-GGGT-T-G-T-GAACATG
gi|2                          :                                  TCT-CGG-A-G-T---------T-A-TCTT-TGG-TTGCTTCA-ATCAA-T-T--AT--T-T--TTA-TTATTT--G-C-T-TGTAATA-G--T-CGTTCTGT--G--TG-CT--A-T-C-AT-CAA-T-----T---AA-AA-ACAT-A
gi|3                          :                     aatctctggagaaTCT-CGA-G-TTT---------T-A-T-TT-TGTGTTG-TTCA-A---AAT-A--TA--T-T--TGA-TT--TT--GGC-T-TGT--T--A--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-ATTCAA-T-----T---AA-AAAACAT-AA-GGGT-T-G-T-GAACTTGtcgtcggtgtgaaggttgtcaagc
gi|4                          :           taacactctcggagatctctggagaT-CGG-A-GTT---------T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--TA--T-T--TTATTT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-A------T--G--TG-CT-TA-T-CAAT-CAA-T-----TA--AA-AA-ACAT-AATGGGT-T-GTT-GAACTT
gi|5                          :        ttcactctcgtgagatctctggatctTCT-CGG-A---T---------T-T-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--TA--T-T--TGA-TA--TT--G---T-TGT--T--G----C------T--GCATG-CT-TA-T---AT-CAA-------T---AA-AA-ACAT-AA-GGG--T-G-T-GAAC
gi|6                          : agttacactctcggagtcattctggagaTACATTCT-CGG-A-GTT---------T-AAT-TT-TGT-TTG-TTCACA---A-TTA--GA--T-T--TGA-TT--TT--GGC-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-TAAAAATTAAAA-AA-ACATAAA-GGGT-T-G-T-GAATT
gi|7                          :                           gtTACATTCT-CGG-A-GTT---------T-AAT-TT-TGT-TTG-TTCACA---A-TTA--GA--T-T--TGA-TT--TT--GGC-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-TAAAAATTAAAA-AA-ACATAAA-GGGT-T-G-T-GAATTg
gi|8                          :                            gtACACTC--CGG-A-GATGCTGAGT--T-T-T-TT-TGT-TTG-ATCA-A---A-T-A--GA--T-T--TAT-TT--TT--G-C-TGTGT--C--G--T-C---------G--TG-CTCTT-T-C-AT-C-T-T-----T---AA-AA-ACAT-AA-GTGT-TAA-T-GAACATGg
gi|9                          :                       agtttgTACACTCT-CGG-A-GATCTCTGAGTTT-A-T-TT--GT-TTG-ATCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--T---G-C-T-TGT--C--G--T-C------G--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAT-T-----T---AA-AA-ACAT-AA-GTGT-A-A-T-GAACATG





Alignments
lowQualScore                  :                                             111111111                                                                                                                 111111111                                 
lowQualScore                  :                                     2   2 2 666666666  4444 2 4 2  2   4   2    4 333 2 4 22  22 2 55   4  22  22 6 2 2   55 55 22 2 888888888 22  4  2  2 2 2  4   2 666666666  2  2    4  6    2 2 2 2        
lowQualScore                  :                                     .   . . .........  .... . . .  .   .   .    . ... . . ..  .. . ..   .  ..  .. . . .   .. .. .. . ......... ..  .  .  . . .  .   . .........  .  .    .  .    . . . .        
lowQualScore                  :                                     5   2 2 999999999  7777 2 4 2  2   4   2    2 777 1 2 99  99 1 00   2  99  99 3 1 1   00 00 99 1 444444444 99  2  1  1 1 1  2   1 333333333  1  1    2  7    2 2 2 2        
consensus                     :                             TACACTCT-CGG-A-G---------TT----T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-T-----T---AA-AA-ACAT-AA-GGGT-T-G-T-GAACTTGG
Reference ( family-2744 )     :                             TACACTCT-CGG-A-G---------TT----T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-T-----T---AA-AA-ACAT-AA-GGGT-T-G-T-GAACTTGG
gi|1                          :                                 CTCT-CTG-A-G---------TT----TCA-T-TT-TGTCTTG-TTCA-A---A-T-A--TA----T--TGA-TC--TTTGG-C-T-TGTG-TCGG--T-C------T--G--T--CT-TATT-C-AT-CAA-T-----T----A-GT-ACAT-AGCGCGTCT-G-T-GAACTTG
gi|10                         :      gttacactcttggagatctctggagatcTCT-CGGGA-G---------TT----T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--TT--TAT--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TGCCT-TA-T-C-AT-CAGAT-----T---AA-AA-ACAT-AA--GGT-T-G-T-GAACTTt
gi|11                         :                   acactctcgagaCACTCT-CGG-A-GATCTCGAG-TT----T-A-T-TTCTGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--TA--T-TGCTGA-T-------G-C-T-TGT--T--G--TTC------T--G--TTTCT-TA-T-C-AT-CAA-T-----T---AA-AA-ACAT--A-GGGT-T-G-T-GAA
gi|12                         :                              acACTCT-CGG-A-G---------CTAGATT-A-T-TT-TGT-T-G-TTCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--TC--G-C-T-TGT--T--G--T-CC-----T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-T-----T---AA-AA-ACAT-AA-GGGT-T-G-T-GAACTTGGact
gi|13                         :                            aTACACTCT-CGG-A-G---------AT----T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-T-----T---AA-AA-ACAC-AA-GGGT-T-G-T-GAACTTGG
gi|14                         :                               CACTCTTCGG-AAG---------TT----T-A-T-TT-TTG-TTG-TTCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-AT--TT--G-C-T-TGT--C--G--T-C------G--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-T-----A---GA-AA-GCAT-CA-GTGT-T-G-T-GAAC
gi|15                         :                             tACACTTT-CGG-A-G---------AT----T-A-C-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--GATGT-C--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--A--A--T-C------T--G--TG-CT-TA-TAC-ATGCAG-T-----T---AAGAA-ACAT-AA-GGGT-T-G-T-at
gi|16                         :                             TACACTCT-CGG-A-A---------AT----T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A-----T-A--GA--T-T--TGA-TT--TT--G-T-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-TG-CAG-T-----T---AA-AA---AT-AA-GGGT-T---T-GTACTTGGat
gi|17                         :                                     gtGG-A-G---------TT----T-A-T-TT-TTT-TTT-TTCA-A---G-T-A--GA--T-T--TGA--T--TT--G-CTT-TGT--T--GGTT-C------TCAG--TG-CT-TA-T-C--T-C-G-T-----A---AA-AA-GGAT-AATGTGT-T-G-TCGAACATG
gi|18                         :                                  TCT-CGA-A-G---------TT----T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-ATTAA--T-TC-TGAGTT--TT--G-C-T-TGT--T--G----C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAA-T------------AA-ACAT-AA--GGT-T-G-T-GAACT
gi|19                         :                                                                                A-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-C------G--G--TA-CT-TA-T-C-AT-CAG-------T---AA-AA-ACAT-AA-GGGT-T-G-T-GAACATG
gi|2                          :                                  TCT-CGG-A-G---------TT------A-TCTT-TGG-TTGCTTCA-ATCAA-T-T--AT--T-T--TTA-TTATTT--G-C-T-TGTAATA-G--T-CGTTCTGT--G--TG-CT--A-T-C-AT-CAA-T-----T---AA-AA-ACAT-A
gi|3                          :                     aatctctggagaaTCT-CGA-G-T---------TT----T-A-T-TT-TGTGTTG-TTCA-A---AAT-A--TA--T-T--TGA-TT--TT--GGC-T-TGT--T--A--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-ATTCAA-T-----T---AA-AAAACAT-AA-GGGT-T-G-T-GAACTTGtcgtcggtgtgaaggttgtcaagc
gi|4                          :           taacactctcggagatctctggagaT-CGG-A-G---------TT----T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--TA--T-T--TTATTT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-A------T--G--TG-CT-TA-T-CAAT-CAA-T-----TA--AA-AA-ACAT-AATGGGT-T-GTT-GAACTT
gi|5                          :        ttcactctcgtgagatctctggatctTCT-CGG-A-----------TT----T---T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--TA--T-T--TGA-TA--TT--G---T-TGT--T--G----C------T--GCATG-CT-TA-T---AT-CAA-------T---AA-AA-ACAT-AA-GGG--T-G-T-GAAC
gi|6                          : agttacactctcggagtcattctggagaTACATTCT-CGG-A-G---------TT----T-AAT-TT-TGT-TTG-TTCACA---A-TTA--GA--T-T--TGA-TT--TT--GGC-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-TAAAAATTAAAA-AA-ACATAAA-GGGT-T-G-T-GAATT
gi|7                          :                           gtTACATTCT-CGG-A-G---------TT----T-AAT-TT-TGT-TTG-TTCACA---A-TTA--GA--T-T--TGA-TT--TT--GGC-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-TAAAAATTAAAA-AA-ACATAAA-GGGT-T-G-T-GAATTg
gi|8                          :                                      gtG-A-G---------TT----T---T-TT-TGT-TTG-ATCA-A---A-T-A--GA--T-T--TAT-TT--TT--G-C-TGTGT--C--G--T-C---------G--TG-CTCTT-T-C-AT-C-T-T-----T---AA-AA-ACAT-AA-GTGT-TAA-T-GAACATGg
gi|9                          :       agtttgacactccggagatgctTACACTCT-CGG-A-GATCTCTGAGTT----T-A-T-TT--GT-TTG-ATCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--T---G-C-T-TGT--C--G--T-C------G--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAT-T-----T---AA-AA-ACAT-AA-GTGT-A-A-T-GAACATG





Alignments
lowQualScore                  :                                             111111111                                                                                                                 111111111                                 
lowQualScore                  :                                     2   2 2 666666666  4444 2 4 2  2   4   2    4 333 2 4 22  22 2 55   4  22  22 6 2 2   55 55 22 2 888888888 22  4  2  2 2 2  4   2 666666666  2  2    4  6    2 2 2 2        
lowQualScore                  :                                     .   . . .........  .... . . .  .   .   .    . ... . . ..  .. . ..   .  ..  .. . . .   .. .. .. . ......... ..  .  .  . . .  .   . .........  .  .    .  .    . . . .        
lowQualScore                  :                                     5   2 2 999999999  7777 2 4 2  2   4   2    2 777 1 2 99  99 1 00   2  99  99 3 1 1   00 00 99 1 444444444 99  2  1  1 1 1  2   1 333333333  1  1    2  7    2 2 2 2        
consensus                     :                             TACACTCT-CGG-A-G---------TT----T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-T-----T---AA-AA-ACAT-AA-GGGT-T-G-T-GAACTTGG
Reference ( family-2744 )     :                             TACACTCT-CGG-A-G---------TT----T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-T-----T---AA-AA-ACAT-AA-GGGT-T-G-T-GAACTTGG
gi|1                          :                                 CTCT-CTG-A-G---------TT----TCA-T-TT-TGTCTTG-TTCA-A---A-T-A--TA----T--TGA-TC--TTTGG-C-T-TGTG-TCGG--T-C------T--G--T--CT-TATT-C-AT-CAA-T-----T----A-GT-ACAT-AGCGCGTCT-G-T-GAACTTG
gi|10                         :      gttacactcttggagatctctggagatcTCT-CGGGA-G---------TT----T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--TT--TAT--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TGCCT-TA-T-C-AT-CAGAT-----T---AA-AA-ACAT-AA--GGT-T-G-T-GAACTTt
gi|11                         :                   acactctcgagaCACTCT-CGG-A-GATCTCGAG-TT----T-A-T-TTCTGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--TA--T-TGCTGA-T-------G-C-T-TGT--T--G--TTC------T--G--TTTCT-TA-T-C-AT-CAA-T-----T---AA-AA-ACAT--A-GGGT-T-G-T-GAA
gi|12                         :                              acACTCT-CGG-A-G---------CTAGATT-A-T-TT-TGT-T-G-TTCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--TC--G-C-T-TGT--T--G--T-CC-----T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-T-----T---AA-AA-ACAT-AA-GGGT-T-G-T-GAACTTGGact
gi|13                         :                            aTACACTCT-CGG-A-G---------AT----T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-T-----T---AA-AA-ACAC-AA-GGGT-T-G-T-GAACTTGG
gi|14                         :                               CACTCTTCGG-AAG---------TT----T-A-T-TT-TTG-TTG-TTCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-AT--TT--G-C-T-TGT--C--G--T-C------G--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-T-----A---GA-AA-GCAT-CA-GTGT-T-G-T-GAAC
gi|15                         :                             tACACTTT-CGG-A-G---------AT----T-A-C-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--GATGT-C--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--A--A--T-C------T--G--TG-CT-TA-TAC-ATGCAG-T-----T---AAGAA-ACAT-AA-GGGT-T-G-T-at
gi|16                         :                             TACACTCT-CGG-A-A---------AT----T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A-----T-A--GA--T-T--TGA-TT--TT--G-T-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-TG-CAG-T-----T---AA-AA---AT-AA-GGGT-T---T-GTACTTGGat
gi|17                         :                                     gtGG-A-G---------TT----T-A-T-TT-TTT-TTT-TTCA-A---G-T-A--GA--T-T--TGA--T--TT--G-CTT-TGT--T--GGTT-C------TCAG--TG-CT-TA-T-C--T-C-G-T-----A---AA-AA-GGAT-AATGTGT-T-G-TCGAACATG
gi|18                         :                                  TCT-CGA-A-G---------TT----T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-ATTAA--T-TC-TGAGTT--TT--G-C-T-TGT--T--G----C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAA-T------------AA-ACAT-AA--GGT-T-G-T-GAACT
gi|19                         :                                                                                A-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-C------G--G--TA-CT-TA-T-C-AT-CAG-------T---AA-AA-ACAT-AA-GGGT-T-G-T-GAACATG
gi|2                          :                                  TCT-CGG-A-G---------TT------A-TCTT-TGG-TTGCTTCA-ATCAA-T-T--AT--T-T--TTA-TTATTT--G-C-T-TGTAATA-G--T-CGTTCTGT--G--TG-CT--A-T-C-AT-CAA-T-----T---AA-AA-ACAT-A
gi|3                          :                     aatctctggagaaTCT-CGA-G-T---------TT----T-A-T-TT-TGTGTTG-TTCA-A---AAT-A--TA--T-T--TGA-TT--TT--GGC-T-TGT--T--A--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-ATTCAA-T-----T---AA-AAAACAT-AA-GGGT-T-G-T-GAACTTGtcgtcggtgtgaaggttgtcaagc
gi|4                          :           taacactctcggagatctctggagaT-CGG-A-G---------TT----T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--TA--T-T--TTATTT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-A------T--G--TG-CT-TA-T-CAAT-CAA-T-----TA--AA-AA-ACAT-AATGGGT-T-GTT-GAACTT
gi|5                          :        ttcactctcgtgagatctctggatctTCT-CGG-A-----------TT----T---T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--TA--T-T--TGA-TA--TT--G---T-TGT--T--G----C------T--GCATG-CT-TA-T---AT-CAA-------T---AA-AA-ACAT-AA-GGG--T-G-T-GAAC
gi|6                          : agttacactctcggagtcattctggagaTACATTCT-CGG-A-G---------TT----T-AAT-TT-TGT-TTG-TTCACA---A-TTA--GA--T-T--TGA-TT--TT--GGC-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-TAAAAATTAAAA-AA-ACATAAA-GGGT-T-G-T-GAATT
gi|7                          :                           gtTACATTCT-CGG-A-G---------TT----T-AAT-TT-TGT-TTG-TTCACA---A-TTA--GA--T-T--TGA-TT--TT--GGC-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-TAAAAATTAAAA-AA-ACATAAA-GGGT-T-G-T-GAATTg
gi|8                          :                                      gtG-A-G---------TT----T---T-TT-TGT-TTG-ATCA-A---A-T-A--GA--T-T--TAT-TT--TT--G-C-TGTGT--C--G--T-C---------G--TG-CTCTT-T-C-AT-C-T-T-----T---AA-AA-ACAT-AA-GTGT-TAA-T-GAACATGg
gi|9                          :       agtttgacactccggagatgctTACACTCT-CGG-A-GATCTCTGAGTT----T-A-T-TT--GT-TTG-ATCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--T---G-C-T-TGT--C--G--T-C------G--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAT-T-----T---AA-AA-ACAT-AA-GTGT-A-A-T-GAACATG


blockSeqs                     :                                     T   G A ATCTCTGAG  AGAT . A C  C   G   C    C TCA A T TT  TG A GC   G  AT  .  G T G   AA A  GT T GTTCTGT   CA  C  C  . A A  G   A AAAAATTAA  G  A    A  T    . A T C
blockSeqs                     :                                     .   . . ATCTCGAG   .    . A .  .   .   .    C .   . T .   .  . C    T  .   .  G . .   .  .  .  . TCA       .   T  .  . . .  T   . AAAAATTAA  .  .    A  T    . . . .
blockSeqs                     :                                     .   . . .          .    . . .  .   .   .    . .   . . .   .  . .    .  .   .  G . .   .  .  .  . CT        .   .  .  . . .  .   . TA         .  .    .  .    . . . .
blockSeqs                     :                                     .   . . .          .    . . .  .   .   .    . .   . . .   .  . .    .  .   .  . . .   .  .  .  . T         .   .  .  . . .  .   . T          .  .    .  .    . . . .
blockSeqs                     :                                     .   . . .          .    . . .  .   .   .    . .   . . .   .  . .    .  .   .  . . .   .  .  .  . T         .   .  .  . . .  .   . T          .  .    .  .    . . . .
blockSeqs                     :                                     .   . . .          .    . . .  .   .   .    . .   . . .   .  . .    .  .   .  . . .   .  .  .  . T         .   .  .  . . .  .   . T          .  .    .  .    . . . .
blockSeqs                     :                                     .   . . .          .    . . .  .   .   .    . .   . . .   .  . .    .  .   .  . . .   .  .  .  . G         .   .  .  . . .  .   . T          .  .    .  .    . . . .
blockSeqs                     :                                     .   . . .          .    . . .  .   .   .    . .   . . .   .  . .    .  .   .  . . .   .  .  .  . T         .   .  .  . . .  .   . A          .  .    .  .    . . . .
blockSeqs                     :                                     .   . . .          .    . . .  .   .   .    . .   . . .   .  . .    .  .   .  . . .   .  .  .  . T         .   .  .  . . .  .   . T          .  .    .  .    . . . .
blockSeqs                     :                                     .   . . .          .    . . .  .   .   .    . .   . . .   .  . .    .  .   .  . . .   .  .  .  . T         .   .  .  . . .  .   . T          .  .    .  .    . . . .
blockSeqs                     :                                     .   . . .          .    . . .  .   .   .    . .   . . .   .  . .    .  .   .  . . .   .  .  .  . G         .   .  .  . . .  .   . A          .  .    .  .    . . . .
blockSeqs                     :                                     .   . . .          .    . . .  .   .   .    . .   . . .   .  . .    .  .   .  . . .   .  .  .  . T         .   .  .  . . .  .   . T          .  .    .  .    . . . .
blockSeqs                     :                                     .   . . .          .    . . .  .   .   .    . .   . . .   .  . .    .  .   .  . . .   .  .  .  . T         .   .  .  . . .  .   . T          .  .    .  .    . . . .
blockSeqs                     :                                     .   . . .          .    . . .  .   .   .    . .   . . .   .  . .    .  .   .  . . .   .  .  .  . T         .   .  .  . . .  .   . T          .  .    .  .    . . . .
blockSeqs                     :                                     .   . . .          .    . . .  .   .   .    . .   . . .   .  . .    .  .   .  . . .   .  .  .  . T         .   .  .  . . .  .   . T          .  .    .  .    . . . .
blockSeqs                     :                                         . . .          .    . . .  .   .   .    . .   . . .   .  . .    .  .   .  . . .   .  .  .  . T         .   .  .  . . .  .   . T          .  .    .  .    . . . .
blockSeqs                     :                                         . . .          .    . . .  .   .   .    . .   . . .   .  . .    .  .   .  . . .   .  .  .  . G         .   .  .  . . .  .   . T          .  .    .  .    . . . .
blockSeqs                     :                                                                                 . .   . . .   .  . .    .  .   .  . . .   .  .  .  . .         .   .  .  . . .  .   . .          .  .    .              


blockSeqCons                  :                                                                                                                **         ** **
originalCons                  :                             TACACTCT-CGG-A-G---------TT----T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-T-----T---AA-AA-ACAT-AA-GGGT-T-G-T-GAACTTGG
finalCons                     :                             TACACTCT-CGG-A-G---------TT----T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-T-----T---AA-AA-ACAT-AA-GGGT-T-G-T-GAACTTGG





Alignments
lowQualScore                  :                                             111111111                                                                                                                 111111111                                 
lowQualScore                  :                                     2   2 2 666666666  4444 2 4 2  2   4   2    4 333 2 4 22  22 2 55   4  22  22 6 2 2   55 55 22 2 888888888 22  4  2  2 2 2  4   2 666666666  2  2    4  6    2 2 2 2        
lowQualScore                  :                                     .   . . .........  .... . . .  .   .   .    . ... . . ..  .. . ..   .  ..  .. . . .   .. .. .. . ......... ..  .  .  . . .  .   . .........  .  .    .  .    . . . .        
lowQualScore                  :                                     5   2 2 999999999  7777 2 4 2  2   4   2    2 777 1 2 99  99 1 00   2  99  99 3 1 1   00 00 99 1 444444444 99  2  1  1 1 1  2   1 333333333  1  1    2  7    2 2 2 2        
consensus                     :                             TACACTCT-CGG-A-G---------TT----T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-T-----T---AA-AA-ACAT-AA-GGGT-T-G-T-GAACTTGG
Reference ( family-2744 )     :                             TACACTCT-CGG-A-G---------TT----T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-T-----T---AA-AA-ACAT-AA-GGGT-T-G-T-GAACTTGG
gi|1                          :                                 CTCT-CTG-A-G---------TT----TCA-T-TT-TGTCTTG-TTCA-A---A-T-A--TA----T--TGA-TC--TTTGG-C-T-TGTG-TCGG--T-C------T--G--T--CT-TATT-C-AT-CAA-T-----T----A-GT-ACAT-AGCGCGTCT-G-T-GAACTTG
gi|10                         :      gttacactcttggagatctctggagatcTCT-CGGGA-G---------TT----T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--TT--TAT--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TGCCT-TA-T-C-AT-CAGAT-----T---AA-AA-ACAT-AA--GGT-T-G-T-GAACTTt
gi|11                         :                   acactctcgagaCACTCT-CGG-A-GATCTCGAG-TT----T-A-T-TTCTGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--TA--T-TGCTGA-T-------G-C-T-TGT--T--G--TTC------T--G--TTTCT-TA-T-C-AT-CAA-T-----T---AA-AA-ACAT--A-GGGT-T-G-T-GAA
gi|12                         :                              acACTCT-CGG-A-G---------CTAGATT-A-T-TT-TGT-T-G-TTCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--TC--G-C-T-TGT--T--G--T-CC-----T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-T-----T---AA-AA-ACAT-AA-GGGT-T-G-T-GAACTTGGact
gi|13                         :                            aTACACTCT-CGG-A-G---------AT----T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-T-----T---AA-AA-ACAC-AA-GGGT-T-G-T-GAACTTGG
gi|14                         :                               CACTCTTCGG-AAG---------TT----T-A-T-TT-TTG-TTG-TTCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-AT--TT--G-C-T-TGT--C--G--T-C------G--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-T-----A---GA-AA-GCAT-CA-GTGT-T-G-T-GAAC
gi|15                         :                             tACACTTT-CGG-A-G---------AT----T-A-C-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--GATGT-C--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--A--A--T-C------T--G--TG-CT-TA-TAC-ATGCAG-T-----T---AAGAA-ACAT-AA-GGGT-T-G-T-at
gi|16                         :                             TACACTCT-CGG-A-A---------AT----T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A-----T-A--GA--T-T--TGA-TT--TT--G-T-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-TG-CAG-T-----T---AA-AA---AT-AA-GGGT-T---T-GTACTTGGat
gi|17                         :                                     gtGG-A-G---------TT----T-A-T-TT-TTT-TTT-TTCA-A---G-T-A--GA--T-T--TGA--T--TT--G-CTT-TGT--T--GGTT-C------TCAG--TG-CT-TA-T-C--T-C-G-T-----A---AA-AA-GGAT-AATGTGT-T-G-TCGAACATG
gi|18                         :                                  TCT-CGA-A-G---------TT----T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-ATTAA--T-TC-TGAGTT--TT--G-C-T-TGT--T--G----C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAA-T------------AA-ACAT-AA--GGT-T-G-T-GAACT
gi|19                         :                                                                                A-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-C------G--G--TA-CT-TA-T-C-AT-CAG-------T---AA-AA-ACAT-AA-GGGT-T-G-T-GAACATG
gi|2                          :                                  TCT-CGG-A-G---------TT------A-TCTT-TGG-TTGCTTCA-ATCAA-T-T--AT--T-T--TTA-TTATTT--G-C-T-TGTAATA-G--T-CGTTCTGT--G--TG-CT--A-T-C-AT-CAA-T-----T---AA-AA-ACAT-A
gi|3                          :                     aatctctggagaaTCT-CGA-G-T---------TT----T-A-T-TT-TGTGTTG-TTCA-A---AAT-A--TA--T-T--TGA-TT--TT--GGC-T-TGT--T--A--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-ATTCAA-T-----T---AA-AAAACAT-AA-GGGT-T-G-T-GAACTTGtcgtcggtgtgaaggttgtcaagc
gi|4                          :           taacactctcggagatctctggagaT-CGG-A-G---------TT----T-A-T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--TA--T-T--TTATTT--TT--G-C-T-TGT--T--G--T-A------T--G--TG-CT-TA-T-CAAT-CAA-T-----TA--AA-AA-ACAT-AATGGGT-T-GTT-GAACTT
gi|5                          :        ttcactctcgtgagatctctggatctTCT-CGG-A-----------TT----T---T-TT-TGT-TTG-TTCA-A---A-T-A--TA--T-T--TGA-TA--TT--G---T-TGT--T--G----C------T--GCATG-CT-TA-T---AT-CAA-------T---AA-AA-ACAT-AA-GGG--T-G-T-GAAC
gi|6                          : agttacactctcggagtcattctggagaTACATTCT-CGG-A-G---------TT----T-AAT-TT-TGT-TTG-TTCACA---A-TTA--GA--T-T--TGA-TT--TT--GGC-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-TAAAAATTAAAA-AA-ACATAAA-GGGT-T-G-T-GAATT
gi|7                          :                           gtTACATTCT-CGG-A-G---------TT----T-AAT-TT-TGT-TTG-TTCACA---A-TTA--GA--T-T--TGA-TT--TT--GGC-T-TGT--T--G--T-C------T--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAG-TAAAAATTAAAA-AA-ACATAAA-GGGT-T-G-T-GAATTg
gi|8                          :                                      gtG-A-G---------TT----T---T-TT-TGT-TTG-ATCA-A---A-T-A--GA--T-T--TAT-TT--TT--G-C-TGTGT--C--G--T-C---------G--TG-CTCTT-T-C-AT-C-T-T-----T---AA-AA-ACAT-AA-GTGT-TAA-T-GAACATGg
gi|9                          :       agtttgacactccggagatgctTACACTCT-CGG-A-GATCTCTGAGTT----T-A-T-TT--GT-TTG-ATCA-A---A-T-A--GA--T-T--TGA-TT--T---G-C-T-TGT--C--G--T-C------G--G--TG-CT-TA-T-C-AT-CAT-T-----T---AA-AA-ACAT-AA-GTGT-A-A-T-GAACATG