lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 1 22 11 11 111 44444444444444 5555555555 11111111 3333333333333333333 1 1 1 1 111 1 111111 11111111111 11 11 22222222 333333333333 22222222 1111111111 11111 1111111 2222222 2222222222222 11111111 111 111111 44444444444444444444444444444 111 222222222 222222 111 11 22222222 666666666666666666666666666666666666666666 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 33333 11111 11 1 111 1 1 7777777777777 99999999999999999999999999999999999 111 111 11 1 1 444444444444444444444444 111 1 111 11
lowQualScore : 1 8888 0 6 11 44 33 111 22222222222222 8888888888 99999999 1 8888888888888888888 0 3 0 2 5 0 0 55 111 0 5 555555 55555555555 4 11 7 2 33 4 88888888 4 666666666666 0 777 55555555 99 9999999999 0 1 4 66 66666 3333333 0000000 66 5 3 2222222222222 11111111 9999 88 888 0 55 1 111 3 999999 4 55555555555555555555555555555 111 999 666666666 333333 444 11 99999999 8 333333333333333333333333333333333333333333 8 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 33333 88888 33 0 777 2 0 5 3333333333333 77777777777777777777777777777777777 777 444 8 11 3 8 8 2 0 3 888888888888888888888888 777 0 6 888 4 99 6
lowQualScore : . .... . . .. .. .. ... .............. .......... ........ . ................... . . . . . . . .. ... . . ...... ........... . .. . . .. . ........ . ............ . ... ........ .. .......... . . . .. ..... ....... ....... .. . . ............. ........ .... .. ... . .. . ... . ...... . ............................. ... ... ......... ...... ... .. ........ . .......................................... . ..................................................................................................... . ..... ..... .. . ... . . . ............. ................................... ... ... . .. . . . . . . ........................ ... . . ... . .. .
lowQualScore : 2 5555 0 0 88 00 88 000 66666666666666 4444444444 11111111 4 8888888888888888888 0 2 0 6 0 0 0 22 444 0 0 444444 00000000000 0 00 3 2 55 0 33333333 4 000000000000 3 000 00000000 77 4444444444 4 6 8 99 00000 5555555 9999999 99 0 4 4444444444444 88888888 9999 66 888 3 99 7 777 7 222222 2 77777777777777777777777777777 777 333 777777777 000000 000 00 00000000 0 444444444444444444444444444444444444444444 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 55555 55555 88 0 555 5 0 5 3333333333333 00000000000000000000000000000000000 555 000 0 66 2 0 0 8 0 2 000000000000000000000000 888 0 0 000 0 55 0
consensus : AGACTAGAACGGTCT-GAGACTCCATCAAA-NTTTG--TAAAA-T-GCATCCGGT-TAAA---TTCTAAAAAAAA-T---NTCCTCCCTTGC-A------TTTTTCTTTTGG--AGAGA-G----AC-GTTTAAAT-ATNAT-AC-ATAC-AA-GGCT-TAG-ACA-TAACTGCATTC-TT-AATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AATATC--AT-TG-G-C----AG-CCC-A-T--T-----TGTGC--ACTTG--------TGGAT-CA----------GTGGAGGATGA--CTACC---A-TTATTTC-----T-TTTCA------TG--TA-ANAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---CAGA-CA---TGAACT-ATTTAACAAAAT---ATTNAA------TATTGA-----------AAAA----CT------GNAAAT---TGTAAAT-A-CACAT---------GTTCTGCT------GCGGGG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----G-AA--AATGAA---------CA-TC-TTTTCTCTCTTATAC-----A-CATATTTAT-NAAAC---AAAG----N--AGTCG-A--TTTAAT-CAA--TAN-TTCT-------AA-----------TGAT--GT-AC--A--TCAATA-TCAGC---ACACGTG---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TACATGTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-GTAT---TATATAG---AAC---GT-TATTANAT-GCC-ATGCCTNAT-ATGTTT--TTTTTA---TTATT----TTTGATTACCACGC--NTTTTAT-AAAGTAC-AATGTATTTATGTNATTATNATGTATA
Reference ( gi|2 ) : AGACTAGA-CA-TCT-GAAACTCTATCAAA-TTTTG--TAAAA-T-GCATTCGAT-TAA----TTCTAAAAAA---T---CTCCTCCCTTGT-A------TTTCTCTATTGG--AGAGA-G----AC-GTTTAAAT-ATTAT-AC-ATAC-AA-GGCT-TCG-ACA-TAACTGCATTC-TT-AATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AATATC--AT-TG-G-C----AG-CCC---T--T-----TATGC--ACTTG--------TGGAT-CA----------GTGGAGGATGA--CTACC---A-TTATTTC-----T-TTTCA------TG--TA-ACAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---CAGA-TA---TGAACT-ATTTAACAAAAT---ATTCAA------TATTGA-----------AAAA----CT------GAAAAT---TGTAAAT-A-CACAT---------GTTCTGCT------GTGGGG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----G-AA--AATGAA---------AA-TC-TTTTCTCTCTTATAC-----A-AATATTTAT-TAAAC---AAAG----T--TGTCG-A--TTTAAT-CAA--TAA-TTCT-------AA-----------TGAT--GT-AC--A--TCAATA-TCAA----ATACGTA---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TACATGTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-GCA----TATATAG---AAC---GT-TATTAGAT-GCC-ATGTCTGAT-ATGTTTGTTTTTTGGTTTTTTTCTTCTTTTATTACCATGC--ATTTTAT-AAAGCAC-ATTGTATTTATGTTATTATCTTATATA
gi|4 : AGACTAGAACG-TCT-GAGACT--ATCAAA-TTTTG--TAAAA-T-GCATCAG---TAA----TTCTAAAAAAAAAT---ATTCTCCCTTGC-G------TTTCTTTTTTGG--AGAGA-G----AC-GTTTACAT-ATTAT-AT-ATAC-AA-GGCT-TCG-ACA-TAACTGCATTC-TTTAATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AATATC--AT-TG-A-C----AG-CCC---T--T-----TATGC--ACTTG--------TGGAT-CA----------GTGGAGGATGA--CTATC---A-TTATTTC-----T-TTTCA------TG--TA-ACAA------TA-----CAG-AAA----TGC---CAGA-CA---TGAACTTATTTAACAAAAT---ATTCAA------TACTGA-----------AAAAAACCCG------GAAAAT---TGTAAAT-A-TACAT---------GTTCTGCT------ACGGTG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----G-AA--AATGAA---------CA-TC-TTTTCTCTCTTATAC-----A-CATATTTAT-CAAAC---AAAG----A--AGTCG-A--ATTTAT-CAA--TAT-TTCT-------AA-----------TGAT--GT-AC--A--TCAATA-TCAG----ACACGTG---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TACA-GTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-G
gi|3 : gAGACTAGAACG-TCT-GAGACT--ATCAAAATTTTG--TAAAAAT-GCATCAG---TAA----TTCTAAAAAAAA-T---ATTCTCCCTTGC-G------TTTCTTTTTTGG--A-AGA-GCCGAAC-GTTTCA-T-ATTATTAT-ATAC-AAAGGCTGTCG-ACAATAACTGCATTCCTT-AATAA------G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AATATC--AT-TG-A-C----AGGCCC---T--T-----TATGC--ACTTGG-------TGGAT-CA----------GTGGAGGATGAGACTATC---AATTATTTC-----T-TTTCAACACAATG--TA-ACAA-----GTA-----CAGAAAA----TG----CAGA-CA---TGAACT-ATTTACAAAAAT---ATTCAA------TACTGA-----------AAAAACC-CG------GAAAAT---TGTAAAT-A-TACAT---------GTTCTGCT------ACGGTG---TGA-C--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----GAAA--AATGAA---------CA-TCTTTTTCTCTCTTATAC-----A-CATA-TTAT-AATAC---AAAG----A--AGTCGAA--TTTATT-CAA--TAT-TTCT-------AA-----------TGAT---T-ACAAA--TCAATA-TCAGT---ACACGTG---TAAT--GTAGTGT---AGACACC-TACA-GTAT-------------GTATATCA----------------ATGTAT----A-GTAT---TATACAGTAAAAC---CT-CAGTATATCGCC-t
gi|1 : ggAGGCCAGA-CAGTCTTGAGACTCCATCAAA-ATTTGGTTAAGA-TTGCAT-CAGT-AAAA---TTCTAAAAAA---CATCCCCCTCCCTTGT-A------TTTTTC--------------G----AC-GTTTAAATAATTAT-ACAATACAAA-GGCT-TAGAACA-TAACTGCATTC-TT--ATAAA-----G-----AT-GTATTTCGCATTGTAAATATCA-AT-TGCG-CACGGAG-TCCTATT--T-----TGCAC--ACTTG--------TGGAT-CATCATNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNN---N-NNATTTT-----TGTTTCA------TG--CA-ATAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---TAGA-TA---TGAACT-ATTTAACAAAAT---A-TGAA------CATTGA-----------AAAA----CT------TGGAAT---TGTCAAT-A-CACAT---------GTACTACT------GTGGGG---TGACC--CTTAT--------CTC-AGTAAT----------GAA---------------------------------TTTCTTTCTTATAC-----A-CAAGT--------AC---ACTG----C--AGTCA-A--TTTAAT-CAA--TAA-TC--------------------------------------TCAATA-TCAG----ATACGTATATT-AT--GT-GTGT---AGACA-C-TAGATGTATATCTATGNGATTCGTATATCATGTGTGTAGACACTAGATGTATATCTATGTATAAATATATAG---AACTAAGTATA-TACAT-GCC-ATGTCTAATAATG-------TCTGATTTTATTC------GATCACCATGC--ATTTTAT-AAAATAC-AATGTATTTACGTTATCATCATGTATA
gi|8 : AGACAAGA-CAGTCT-GAGACTCTATCAAA-ATTTG--TAAAT-T-GCA-TCAGTAAAA----TTCTAAAAAACATC---CCCCTCCCTTGT-A------TTTTTC--------------G----AC-GTTTAAATAATTAT-ACAATACAAA-GGCT-TAGAACA-TAACTGCATTC-TT--ATAAA-----G-----AT-GTATTTCGCATTGTAAATATCA-AT-TGCG-CACGGAG-TCCTATT--T-----TGCAC--ACTTG--------TGGAT-CA----------
gi|6 : gTTCCAT-TAAATCATTTTTAAAAA---T---GT------TTGC-AAAGCACTTTTTCATTTGG--GAAAA-G----ATTGTTTAA-T-ATAAT-CC-ATAC-AA-CGTT-AAG-ACG-CAATTGCATT-------TAAA-----GCTCCGAT-TTATTTCGT--TGT--ATCTT--AG-TG-GAC----AA-TCCAAATTGT-----TA-G------TG--------TGGAC-TA----------CCGAAAGATGC--TTACC---ATTTATTTT-----T-TGTC-------TG--TA-AAAA-----ATATAC--TAG-TAC----TGC---TAGA-CA---T----T-GTTTAATGAAA
gi|15 : CCCTTCTTA------TTTTTCTGTTGGTAATAGA-A----AC---CTGAAT-ATCGA-AC-ACAC-CC-ATCC-TCG-TTA-TAACTGTGT-C-TT-AATAGG-----G-----AT-TTATTTAGC--TGT-AATat
gi|9 : ------TTTTTCATTTGG--GAAAA-G----ATTGTTTAAAT-ATAAT-CC-ATAC-AA-CGTT-AAG-ACG-CAATTGCATT-------TAAAGCTCCG-----ATGTTATTTCGT--TGT--ATCTT--ATGTG-GAC----AA-TCCAA-A--T-----TGT-T--AGTCG--------TGGAC-TA----------CGGAAAGATGC--TTACC---ATTTATTTT-----T-TGTC-------TGTTTA-AAAA-----ATATATACTAGTAAC----TGC---TAGA-CA---T
gi|12 : GAGACG----AC-TTCCTAAT-ATAAC-CC-ATAC-GA-AATT-AAG-GCA-TAACTCTATTT-TG-AATTAT-----G-----AC-TTATATAGA--TGT-AATATC--AT-Ttgttta
gi|10 : g-TT-GATAAA-----G-----AT-TTATTTCTT--TGA-AACACC--AT-TA-A-T----AG-CCCT--T--T-----TATGT--ACATA--------TGAA---A----------ATTGACGTTTA--GTATC---A-TTGTTTC-----T-TTACA------TG--CC-CTAG-----TTA-----TAA-AGT----TGC---AAGA-AA---TGTTTT-ATTTAATAGTAT---TTTTAA------AATTAA-----------CAAA----TT------GTTTAT---TGTAAAA-G-CACAA---------GTtctagtccaaattgtgaatgtggtcttcaagaagatactt
gi|7 : -AACAAA-----------AT-TTATTCCGC--TGC-ACTGTCATAT-TG-A-C----AG-CTC---T--T-----TCTGT--ACTTAT-------TAGA--CA----------GAAGA-GATGA--CTATC---A-GTATTTC-----TGTTTCT------TG--TATAAAA-----GTT-----TAG-AGA----TAA---CAGA-CA---TGGATC----------AAT---TTTTTA------TA-TGA-----------CGAA----CT------TCATAT---TGTGAAC-G-CTCGT---------GTTCTGCT------GTGGGGGTATGGC-----TCT--------TTC-ATCAAC----------GAA-----G-AA--AATGAA---------TA-TC-TTTT
gi|5 : -AAT-TC--AT-TG-C-C----AG-CCC---T--TAATTTTGTGCGAACTTGGTACCTCGTGGATGCA----------GTG-AGGATGA--CTACCGAAA-TTATTTCATATCT-TTTCA------TG--TA-ACAAACCTTGTA-----CAG-GAAGAGGTGCGAATAGACTAGGTTAAACT-ATTCAACAAATTAGGATTGAACTTAATTATTGACTTGCCGATATAAAA----CTAACTGAAAAAATATGTATAAGTCACCATATTGAATCATCGTTCTGCTGAGAGAGTGGGG---TGACCTTCTTCTTTATCGGCCTCAAGTAATAATCTGGGGGGAGGCATAG-AACTAATGAATTATCTTGGAATTC-TTTTTTTCCTTATACCCCCTACCCTATTTATGTAAACCAAAAAGGAAATGAGGTCG-ATGTTTAATCCAAATTAACTTCTTTTTTGCAATCTTCGGAAACTGATTAGTAAC--AATTCAATATTCAACACCATACGTA---T-ATAAGC-TCGTTAGAGACACCTTACATt
gi|14 : A----TGTATAG---AAC---GT-TAT-AGAT-GCCCATGCCT-AT-ATGTTT--TTTTTA------------TTTAATTACCACGCTTTTTTTATAAAAGTACAAATGTATTTATGTAATTATAATGTATA
gi|16 : G---AAC---GT-TATAAGAT-GCC-ATGCCTTAT-ATGTTT--TTTTTA------------TTTAATTACCACGC--TTTTTAT-AAAGTAC-AATGTATTTATGTAATTATAATGTATA
gi|11 : ---GT-TATTAAAT-GTC-ATGTCTGAT-ATGTTT-TTTTTTA---TTATTATTATTTGATTATCATGC--ATTTTAT-AAAGTAC-AATGTATTTATGTTATTATCATGTATA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TTATCATGTATTTATCAAACAACATGAAGTTGATTATCAATATTTTGAATATTTGCATAGATGTTAGCAGCTATTAAATGTATTTATATAAGACGTTTGCAATGGCGTATATCATTGT
Alignments
lowQualScore : 3333 11 11 3333333 111111111 11 1111 11111111111 11 111 111111111 33333 11111111 1111111111 11111 11111 1111111 111111 11111 111 111111 22222222222222222222222222222 111 222222222 111111 111 22222222 2222222222 2222222 11 1111 22222 11111 11 111 111111 555555555555555555555555555555555555 33333333333 111 111 4444444444444 5555555555555555 222222 2222 111 111 11 11 7777777777777777777 11
lowQualScore : 0000 8 66 1 8 11 8 8 1111111 0 888 888888 777777777 33 5555 4 9999 8 1 4 4 1 4 4 4 4 8 555 4 4 4 77 44 22222222222 3 00 3 3 1 3 3 88 444 222222222 33333 7 888888 3 33333333 3 77 7777777777 0 66 33333 11111 8 7777777 66 4 1 333333 88888 8 9999 777 4 777 5 0 000 1 666666 2 99999999999999999999999999999 000 666 222222222 999999 0 111 99 44444444 6 9999999999 1111111 99 00 6 4444 00000 66666 6 00 111 888 1 999999 6 99 99 99 1 1 333333333333333333333333333333333333 6 55555555555 111 6 99 6 888 1 6 6 7 0 4444444444444 3333333333333333 111111 4444 444 111 00 1 6 6 8 8 11 8 8888888888888888888 1 1 11 8 8 1 1
lowQualScore : .... . .. . . .. . . ....... . ... ...... ......... .. .... . .... . . . . . . . . . . ... . . . .. .. ........... . .. . . . . . .. ... ......... ..... . ...... . ........ . .. .......... . .. ..... ..... . ....... .. . . ...... ..... . .... ... . ... . . ... . ...... . ............................. ... ... ......... ...... . ... .. ........ . .......... ....... .. .. . .... ..... ..... . .. ... ... . ...... . .. .. .. . . .................................... . ........... ... . .. . ... . . . . . ............. ................ ...... .... ... ... .. . . . . . .. . ................... . . .. . . . .
lowQualScore : 0000 0 44 0 0 00 0 0 8888888 8 888 222222 555555555 00 1111 4 4444 9 9 4 4 0 4 4 4 4 9 888 4 4 4 33 88 77777777777 6 00 3 3 2 6 6 66 999 000000000 55555 3 666666 6 22222222 6 88 5555555555 3 11 22222 11111 9 6666666 11 4 0 000000 99999 9 4444 888 4 888 0 2 000 0 444444 3 33333333333333333333333333333 000 777 999999999 222222 7 777 22 22222222 7 2222222222 7777777 22 33 7 2222 00000 77777 7 00 777 777 0 222222 7 22 22 22 0 0 333333333333333333333333333333333333 7 00000000000 777 7 22 7 333 0 7 7 3 8 0000000000000 0000000000000000 888888 8888 000 777 22 0 7 7 8 0 00 0 8888888888888888888 4 0 00 0 0 0 0
consensus : AGACTAGAACGGTCT-GAGACTCTATCAAAATTT-G--TAAAA-T-GCATCCAGTAAAATTCTAAAAAAAA-T-NTCC-TCCCTTGC--A------TTTTTCTTTTGG--AGAGA-G----AC-GTTTAAAT-A-TTAT-AC-A-TAC-AA-GGCT-TAG-A-CA-TAACTGCATT-CTT-AATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--TG-G-CA----G----CCC---A-TTT-GT--GC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGAT--GACTACC---A-TTATTTC-----T-TTTC------ATG--TA-ACAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---CAGAC-A---TGAACT-ATTTAACAAAAT---ATTCAA------TATTGA-----------AAAA----CT------GAAAAT---TGTAAAT-A-CACAT---------GTTCTGCT------GCGGGG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----G-AA--AATGAA-CATC-TT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-CATATTTAT-CAAAC---AA-A-GNA------GTCG-A--TTTAATC--AAT--ANTTCT-------AA-----------TGAT--GT-AC--A--TCAATA-TCAGCA-----C---ACGTG---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TAC-ATGTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-GTAT---TATATAG---AAC---GTTAT-TAGAT-GCC-ATGTCTGAT-ATGTT--TT-TTTT----A------TT-TT-TTTGATTACCACGCATTTT--ATAAA-GTACAA-TGTATTTATGTTATTATCATGTATA
Reference ( family-240 ) : AGACTAGAACGGTCT-GAGACTCCATCAAANTTT-G--TAAAA-T-GCATCCGGTTAAATTCTAAAAAAAA-T-NTCC-TCCCTTGC--A------TTTTTCTTTTGG--AGAGA-G----AC-GTTTAAAT-A-TNAT-AC-A-TAC-AA-GGCT-TAG-A-CA-TAACTGCATT-CTT-AATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--TG-G-CA----G----CCC---A-TTT-GT--GC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGAT--GACTACC---A-TTATTTC-----T-TTTC------ATG--TA-ANAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---CAGAC-A---TGAACT-ATTTAACAAAAT---ATTNAA------TATTGA-----------AAAA----CT------GNAAAT---TGTAAAT-A-CACAT---------GTTCTGCT------GCGGGG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----G-AA--AATGAA-CATC-TT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-CATATTTAT-NAAAC---AA-A-GNA------GTCG-A--TTTAATC--AAT--ANTTCT-------AA-----------TGAT--GT-AC--A--TCAATA-TCAGCA-----C---ACGTG---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TAC-ATGTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-GTAT---TATATAG---AAC---GTTAT-TANAT-GCC-ATGCCTNAT-ATGTT--TT-TTTT----A------TTATT-TTTGATTACCACGCNTTTT--ATAAA-GTACAA-TGTATTTATGTNATTATNATGTATA
gi|1 : AGGCCAGA-CAGTCTTGAGACTCCATCAAAATTT-GGTTAAGA-TTGCATC-AGTAAAATTCTAAAAAACA-T-CCCCCTCCCTTGT--A------TTTTTC--------------G----AC-GTTTAAAT-AATTAT-AC-AATAC-AAAGGCT-TAG-AACA-TAACTGCATT-CTT-A-TAAA-----G-----AT-GTATTTCGCATTGT-AAATATC-AAT--TGCG-CACGGAG----TCCT--A-TTTTGC--AC--ACTT-G--------T-GGAT-CATCATNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNN---N-NNATTTT-----TGTTTC------ATG--CA-ATAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---TAGAT-A---TGAACT-ATTTAACAAAAT---AT-GAA------CATTGA-----------AAAA----CT------TGGAAT---TGTCAAT-A-CACAT---------GTACTACT------GTGGGG---TGACC--CTTAT--------CTC-AGTAAT----------GAA------------------------T----TTCTTT-----CTTATAC-----A-CAAGT--------AC---AC-T-GCA------GTCA-A--TTTAATC--AAT--AATC--------------------------------------TCAATA-TCAG-A-----T---ACGTATATT-AT--GT-GTGT---AGACA-C-TAG-ATGTATATCTATGNGATTCGTATATCATGTGTGTAGACACTAGATGTATATCTATGTATAAATATATAG---AACTAAG-TATATACAT-GCC-ATGTCTAATAATGTC--TGATTTT----A------------TTCGATCACCATGCATTTT--ATAAA-ATACAA-TGTATTTACGTTATCATCATGTATA
gi|10 : TT-GATAAA-----G-----AT-TTATTTCTT--TGA-AA-CACC-A-T--TA-A-TA----G----CCC---T-TTT-AT--GT--ACAT-A--------T-GAA---A----------ATTGACGTT--TAGTATC---A-TTGTTTC-----T-TTAC------ATG--CC-CTAG-----TTA-----TAA-AGT----TGC---AAGAA-A---TGTTTT-ATTTAATAGTAT---TTTTAA------AATTAA-----------CAAA----TT------GTTTAT---TGTAAAA-G-CACAA---------GT
gi|11 : ---GTTAT-TAAAT-GTC-ATGTCTGAT-ATGTT--TT-TTTTTATTA------TTATTATTTGATTATCATGCATTTT--ATAAA-GTACAA-TGTATTTATGTTATTATCATGTATA
gi|12 : atttttgattgtagatgtacacgacacgacaGAGACG----AC-TTCCTAAT-A-TAAC-CC-A-TAC-GA-AATT-AAG-G-CA-TAACTCTATT-TTG-AATTAT-----G-----AC-TTATATAGA--TGT-AA-TATC-A-T--TT-C-TA----G----TCCA--A-ATT-GT--GA--A--T-G--------T-GGc
gi|13 : gTTAT-C-----A-TGTATTTAT-CAAAC---AACATGAA------GTTG-A--TT--ATC--AAT--ATTTTG-------AA-----------T-AT--TT-GC--A--TAGATG-TTAGCAGCTATT---AAATG---T-AT--TT-ATATA--AGACGTT-TGCAATG-GC-------------GTATATCA----------------TTGTtcttcaagaagatactt
gi|14 : ---TGTATAG---AAC---GTTAT--AGAT-GCCCATGCCT-AT-ATGTT--TT-TTTT----A------TT------TAATTACCACGCTTTTTTTATAAAAGTACAAATGTATTTATGTAATTATAATGTATA
gi|15 : aCCCTT-CTTA------TTTTTCTGTTGGTAATAGA-A----AC---CTGAAT-A-TCGA-AC-A-CAC-CC-ATCC-TCG-T-TA-TAACTGTGT--CTT-AATAGG-----G-----AT-TTATTTAGC--TGT-AA-T
gi|16 : G---AAC---GTTAT-AAGAT-GCC-ATGCCTTAT-ATGTT--TT-TTTT----A------TT------TAATTACCACGCTTTTT--ATAAA-GTACAA-TGTATTTATGTAATTATAATGTATA
gi|2 : AGACTAGA-CA-TCT-GAAACTCTATCAAATTTT-G--TAAAA-T-GCATTCGATTAA-TTCTAAAAAA---T-CTCC-TCCCTTGT--A------TTTCTCTATTGG--AGAGA-G----AC-GTTTAAAT-A-TTAT-AC-A-TAC-AA-GGCT-TCG-A-CA-TAACTGCATT-CTT-AATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--TG-G-CA----G----CCC-----TTT-AT--GC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGAT--GACTACC---A-TTATTTC-----T-TTTC------ATG--TA-ACAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---CAGAT-A---TGAACT-ATTTAACAAAAT---ATTCAA------TATTGA-----------AAAA----CT------GAAAAT---TGTAAAT-A-CACAT---------GTTCTGCT------GTGGGG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----G-AA--AATGAA-AATC-TT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-AATATTTAT-TAAAC---AA-A-GTT------GTCG-A--TTTAATC--AAT--AATTCT-------AA-----------TGAT--GT-AC--A--TCAATA-TCAA-A-----T---ACGTA---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TAC-ATGTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-GCA----TATATAG---AAC---GTTAT-TAGAT-GCC-ATGTCTGAT-ATGTTTGTT-TTTT----GGTTTTTTTCTTCTTTTATTACCATGCATTTT--ATAAA-GCACAT-TGTATTTATGTTATTATCTTATATA
gi|3 : AGACTAGAACG-TCT-GAGACT--ATCAAAATTTTG--TAAAAAT-GCATC-AGT--AATTCTAAAAAAAA-T-ATTC-TCCCTTGC--G------TTTCTTTTTTGG--A-AGA-GCCGAAC-GTTTCA-T-A-TTATTAT-A-TAC-AAAGGCTGTCG-A-CAATAACTGCATTCCTT-AAT-AA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--TG-A-CA----G----GCC---C-TTT-AT--GC--ACTTGG--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGATGAGACTATCA--A-TTATTTC-----T-TTTCAACACAATG--TA-ACAA-----GTA-----CAGAAAA----TG----CAGAC-A---TGAACT-ATTTACAAAAAT---ATTCAA------TACTGA-----------AAAAACC-CG------GAAAAT---TGTAAAT-A-TACAT---------GTTCTGCT------ACGGTG---TGA-C--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----GAAA--AATGAA-CATCTTT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-CATA-TTAT-AATAC---AA-A-GAA------GTCGAA--TTTATTC--AAT--ATTTCT-------AA-----------TGAT---T-ACAAA--TCAATA-TCAGTA-----C---ACGTG---TAAT--GTAGTGT---AGACACC-TAC-A-GTAT-------------GTATATCA----------------ATGTAT----A-GTAT---TATACAGTAAAAC---CTCAG-TATATCGCC-
gi|4 : ggAGACTAGAACG-TCT-GAGACT--ATCAAATTTT-G--TAAAA-T-GCATC-AGT--AATTCTAAAAAAAAAT-ATTC-TCCCTTGC--G------TTTCTTTTTTGG--AGAGA-G----AC-GTTTACAT-A-TTAT-AT-A-TAC-AA-GGCT-TCG-A-CA-TAACTGCATT-CTTTAATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--TG-A-CA----G----CCC-----TTT-AT--GC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGAT--GACTATC---A-TTATTTC-----T-TTTC------ATG--TA-ACAA------TA-----CAG-AAA----TGC---CAGAC-A---TGAACTTATTTAACAAAAT---ATTCAA------TACTGA-----------AAAAAACCCG------GAAAAT---TGTAAAT-A-TACAT---------GTTCTGCT------ACGGTG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----G-AA--AATGAA-CATC-TT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-CATATTTAT-CAAAC---AA-A-GAA------GTCG-A--ATTTATC--AAT--ATTTCT-------AA-----------TGAT--GT-AC--A--TCAATA-TCAG-A-----C---ACGTG---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TAC-A-GTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-GT
gi|5 : g-AA-T-TC-A-T--TG-C-CA----G----CCCTTAA-TTTTGT--GCGAACTT-GGTACCTCGT-GGATGCA----------GTG-AGGAT--GACTACCGAAA-TTATTTCATATCT-TTTC------ATG--TA-ACAAACCTTGTA-----CAG-GAAGAGGTGCGAATAGACTAGGTTAAACT-ATTCAACAAATTAGGATTGAACTTAATTATTGACTTGCCGATATAAAA----CTAACTGAAAAAATATGTATAAGTCACCATATTGAATCATCGTTCTGCTGAGAGAGTGGGG---TGACCTTCTTCTTTATCGGCCTCAAGTAATAATCTGGGGGGAGGCATAG-AACTAATGAATTATC-TTGGAATTCTTTTTTTCCTTATACCCCCTACCCTATTTATGTAAACCAAAA-A-GGAAATGAGGTCG-ATGTTTAATCCAAATTAACTTCTTTTTTGCAATCTTCGGAAACTGATTAGTAAC--AATTCAATATTCAACA-----CCATACGTA---T-ATAAGC-TCGTTAGAGACACCTTAC-AT
gi|6 : AAAAA-T-GT-------TTGC--AAAGCACTTTTTCATTTGG--GAAAA-G----ATTGTTTAA-T-A-TAAT-CC-A-TAC-AA-CGTT-AAG-A-CG-CAATTGCATT-------TAAA-----GCTCCGAT-TTATTTCGT--TGT--A-TCTT-A-G--TG-GACA----A----TCCA--A-ATT-GTTAG------T-G--------T-GGAC-TA----------CCGAAAGAT--GCTTACC---ATTTATTTT-----T-TGTC-------TG--TA-AAAA-----ATATAC--TAG-TAC----TGC---TAGAC-A---T----T-GTTTAATGAAA
gi|7 : ttccattaaatcattttt-AACAAA-----------AT-TTATTCCGC--TGC-AC-TGTC-A-TATTG-A-CA----G----CTC-----TTT-CT--GT--ACTT-A--------TTAGA--CA----------GAAGAG-AT--GACTATC---A-GTATTTC-----TGTTTC------TTG--TATAAAA-----GTT-----TAG-AGA----TAA---CAGAC-A---TGGATC----------AAT---TTTTTA------TA-TGA-----------CGAA----CT------TCATAT---TGTGAAC-G-CTCGT---------GTTCTGCT------GTGGGGGTATGGC-----TCT--------TTC-ATCAAC----------GAA-----G-AA--AATGAA-TATC-TT----TTat
gi|8 : AGACAAGA-CAGTCT-GAGACTCTATCAAAATTT-G--TAAAT-T-GCAT-CAGTAAAATTCTAAAAAACA-TCCCCC-TCCCTTGT--A------TTTTTC--------------G----AC-GTTTAAATAA-TTAT-ACAA-TACAAA-GGCT-TAGAA-CA-TAACTGCATT-CTT--ATAAA-----G-----AT-GTATTTCGCATTGTAAA-TATCAA-T--TGCG-CAC---GGAGTCCT---ATTTT-GC--AC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------t
gi|9 : g------TTTTTCATTTGG--GAAAA-G----ATTGTTTAAAT-A-TAAT-CC-A-TAC-AA-CGTT-AAG-A-CG-CAATTGCATT-------TAAAGCTCCG-----ATGTTATTTCGT--TGT--A-TCTT-A-TG-TG-GACA----A----TCCA--A-ATT-GT---T--AGTC-G--------T-GGAC-TA----------CGGAAAGAT--GCTTACC---ATTTATTTT-----T-TGTC-------TGTTTA-AAAA-----ATATATACTAGTAAC----TGC---TAGAC-A---T
Alignments
lowQualScore : 3333 11 11 11 2222 222 111111111 11 1111 11111111111 11 111 111111111 33333 11111111 1111111111 11111 11111 1111111 111111 11111 111 111111 222222222222222222222222222 111 222222222 111111 111 22222222 2222222222 2222222 11 1111 22222 11111 11 111 111111 555555555555555555555555555555555555 33333333333 111 111 4444444444444 5555555555555555 222222 2222 111 111 11 333333333333 1111 33333333 111
lowQualScore : 0000 8 33 1 8 11 8 8 66 3333 111 888888 777777777 33 5555 4 9999 8 1 4 4 1 4 4 4 4 8 555 4 4 4 77 44 22222222222 3 00 3 3 1 3 3 88 444 222222222 33333 7 888888 3 33333333 3 77 7777777777 0 66 33333 11111 8 7777777 66 4 1 333333 88888 8 9999 777 4 777 5 0 000 5 666666 2 888888888888888888888888888 0 000 666 222222222 999999 0 111 99 44444444 6 9999999999 1111111 99 00 6 4444 00000 66666 6 00 111 888 1 999999 6 99 99 99 1 1 333333333333333333333333333333333333 6 55555555555 111 6 99 6 888 1 6 6 7 0 4444444444444 3333333333333333 111111 4444 444 111 00 1 6 6 8 8 888888888888 7777 99999999 222 8 8 1
lowQualScore : .... . .. . . .. . . .. .... ... ...... ......... .. .... . .... . . . . . . . . . . ... . . . .. .. ........... . .. . . . . . .. ... ......... ..... . ...... . ........ . .. .......... . .. ..... ..... . ....... .. . . ...... ..... . .... ... . ... . . ... . ...... . ........................... . ... ... ......... ...... . ... .. ........ . .......... ....... .. .. . .... ..... ..... . .. ... ... . ...... . .. .. .. . . .................................... . ........... ... . .. . ... . . . . . ............. ................ ...... .... ... ... .. . . . . . ............ .... ........ ... . . .
lowQualScore : 0000 0 66 4 0 00 0 0 00 7777 000 222222 555555555 00 1111 4 4444 9 9 4 4 3 4 4 4 4 9 888 4 4 4 33 88 77777777777 6 00 3 3 2 6 6 66 999 000000000 55555 3 666666 6 22222222 6 88 5555555555 3 11 22222 11111 9 6666666 11 4 9 000000 99999 9 4444 888 4 888 0 2 000 3 444444 3 999999999999999999999999999 3 000 777 999999999 222222 7 777 22 22222222 7 2222222222 7777777 22 33 7 2222 00000 77777 7 33 777 777 0 222222 7 22 22 22 0 0 333333333333333333333333333333333333 7 00000000000 777 7 22 7 333 0 7 7 3 8 0000000000000 0000000000000000 888888 8888 000 777 22 0 7 7 2 0 888888888888 0000 88888888 444 0 0 4
consensus : AGACTAGAACGGTCT-GAGACTCTATCAAAATTT-G--TAAAA-T-GCATCCAGTAAA--ATTCTAAAAAA-A-T-NTCC-TCCCTTGC--A------TTTTTCTTTTGG--AGAGA-G----AC-GTTTAAAT-A-TTAT-AC-A-TAC-AA-GGCT-TAG-A-CA-TAACTGCATT-CTT-AATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--TG-G-CA----G----CCC---A-TTT-GT--GC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGAT--GACTACC---A-TTATTTC-----T-TTTC------ATG--TA-ACAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---CAGAC-A---TGAACT-ATTTAACAAAAT---ATTCAA------TATTGA-----------AAAA----CT------GAAAAT---TGTAAAT-A-CACAT---------GTTCTGCT------GCGGGG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----G-AA--AATGAA-CATC-TT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-CATATTTAT-CAAAC---AA-A-GNA------GTCG-A--TTTAATC--AAT--ANTTCT-------AA-----------TGAT--GT-AC--A--TCAATA-TCAGCA-----C---ACGTG---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TAC-ATGTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-GTAT---TATATAG---AAC---GTTAT-TAGAT-GCC-ATGTCTGAT-ATGT-----------TTTTTTT----ATT-TTATTTGATTACCACGC--ATTTTAT-AAAGTAC-AATGTATTTATGTTATTATCATGTATA
Reference ( family-240 ) : AGACTAGAACGGTCT-GAGACTCTATCAAAATTT-G--TAAAA-T-GCATCCAGTAAA--ATTCTAAAAAAAA-T-NTCC-TCCCTTGC--A------TTTTTCTTTTGG--AGAGA-G----AC-GTTTAAAT-A-TTAT-AC-A-TAC-AA-GGCT-TAG-A-CA-TAACTGCATT-CTT-AATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--TG-G-CA----G----CCC---A-TTT-GT--GC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGAT--GACTACC---A-TTATTTC-----T-TTTC------ATG--TA-ACAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---CAGAC-A---TGAACT-ATTTAACAAAAT---ATTCAA------TATTGA-----------AAAA----CT------GAAAAT---TGTAAAT-A-CACAT---------GTTCTGCT------GCGGGG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----G-AA--AATGAA-CATC-TT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-CATATTTAT-CAAAC---AA-A-GNA------GTCG-A--TTTAATC--AAT--ANTTCT-------AA-----------TGAT--GT-AC--A--TCAATA-TCAGCA-----C---ACGTG---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TAC-ATGTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-GTAT---TATATAG---AAC---GTTAT-TAGAT-GCC-ATGTCTGAT-ATGT-----------TTTTTTT----ATT-TT-TTTGATTACCACGC--ATTTTAT-AAAGTAC-AATGTATTTATGTTATTATCATGTATA
gi|1 : AGGCCAGA-CAGTCTTGAGACTCCATCAAAATTT-GGTTAAGA-TTGCATC-AGTAAA--ATTCTAAAAAACA-T-CCCCCTCCCTTGT--A------TTTTTC--------------G----AC-GTTTAAAT-AATTAT-AC-AATAC-AAAGGCT-TAG-AACA-TAACTGCATT-CTT-A-TAAA-----G-----AT-GTATTTCGCATTGT-AAATATC-AAT--TGCG-CACGGAG----TCCT--A-TTTTGC--AC--ACTT-G--------T-GGAT-CATCATNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNN---N-NNATTTT-----TGTTTC------ATG--CA-ATAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---TAGAT-A---TGAACT-ATTTAACAAAAT---ATG-AA------CATTGA-----------AAAA----CT------TGGAAT---TGTCAAT-A-CACAT---------GTACTACT------GTGGGG---TGACC--CTTAT--------CTC-AGTAAT----------GAA------------------------T----TTCTTT-----CTTATAC-----A-CAAGT--------AC---AC-T-GCA------GTCA-A--TTTAATC--AAT--AATC--------------------------------------TCAATA-TCAG-A-----T---ACGTATATT-AT--GT-GTGT---AGACA-C-TAG-ATGTATATCTATGNGATTCGTATATCATGTGTGTAGACACTAGATGTATATCTATGTATAAATATATAG---AACTAAG-TATATACAT-GCC-ATGTCTAATAATG---------------TCTG----ATT-TTATTCGATCACCATGC--ATTTTAT-AAAATAC-AATGTATTTACGTTATCATCATGTATA
gi|10 : TT-GATAAA-----G-----AT-TTATTTCTT--TGA-AA-CACC-A-T--TA-A-TA----G----CCC---T-TTT-AT--GT--ACAT-A--------T-GAA---A----------ATTGACGTT--TAGTATC---A-TTGTTTC-----T-TTAC------ATG--CC-CTAG-----TTA-----TAA-AGT----TGC---AAGAA-A---TGTTTT-ATTTAATAGTAT---TTTTAA------AATTAA-----------CAAA----TT------GTTTAT---TGTAAAA-G-CACAA---------GT
gi|11 : ---GTTAT-TAAAT-GTC-ATGTCTGAT-ATGT-----------TTTTTTTTATTATTATTATTTGATTATCATGC--ATTTTAT-AAAGTAC-AATGTATTTATGTTATTATCATGTATA
gi|12 : atttttgattgtagatgtacacgacacgacaGAGACG----AC-TTCCTAAT-A-TAAC-CC-A-TAC-GA-AATT-AAG-G-CA-TAACTCTATT-TTG-AATTAT-----G-----AC-TTATATAGA--TGT-AA-TATC-A-T--TT-C-TA----G----TCCA--A-ATT-GT--GA--A--T-G--------T-GGc
gi|13 : gTTAT-C-----A-TGTATTTAT-CAAAC---AACATGAA------GTTG-A--TT--ATC--AAT--ATTTTG-------AA-----------T-AT--TT-GC--A--TAGATG-TTAGCAGCTATT---AAATG---T-AT--TT-ATATA--AGACGTT-TGCAATG-GC-------------GTATATCA----------------TTGTtcttcaagaagatactt
gi|14 : ---TGTATAG---AAC---GTTAT--AGAT-GCCCATGCCT-AT-ATGT-----------TTTTTTT----ATT-T-----AATTACCACGCTTTTTTTATAAAAGTACAAATGTATTTATGTAATTATAATGTATA
gi|15 : aCCCTT-CTTA------TTTTTCTGTTGGTAATAGA-A----AC---CTGAAT-A-TCGA-AC-A-CAC-CC-ATCC-TCG-T-TA-TAACTGTGT--CTT-AATAGG-----G-----AT-TTATTTAGC--TGT-AA-T
gi|16 : G---AAC---GTTAT-AAGAT-GCC-ATGCCTTAT-ATGT-----------TTTTTTT----ATT-T-----AATTACCACGC--TTTTTAT-AAAGTAC-AATGTATTTATGTAATTATAATGTATA
gi|2 : AGACTAGA-CA-TCT-GAAACTCTATCAAATTTT-G--TAAAA-T-GCATTCGATTAA---TTCTAAAAAA---T-CTCC-TCCCTTGT--A------TTTCTCTATTGG--AGAGA-G----AC-GTTTAAAT-A-TTAT-AC-A-TAC-AA-GGCT-TCG-A-CA-TAACTGCATT-CTT-AATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--TG-G-CA----G----CCC-----TTT-AT--GC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGAT--GACTACC---A-TTATTTC-----T-TTTC------ATG--TA-ACAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---CAGAT-A---TGAACT-ATTTAACAAAAT---ATTCAA------TATTGA-----------AAAA----CT------GAAAAT---TGTAAAT-A-CACAT---------GTTCTGCT------GTGGGG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----G-AA--AATGAA-AATC-TT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-AATATTTAT-TAAAC---AA-A-GTT------GTCG-A--TTTAATC--AAT--AATTCT-------AA-----------TGAT--GT-AC--A--TCAATA-TCAA-A-----T---ACGTA---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TAC-ATGTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-GCA----TATATAG---AAC---GTTAT-TAGAT-GCC-ATGTCTGAT-ATGTTTGTTTTTTGGTTTTTTT----CTT-CT-TTT-ATTACCATGC--ATTTTAT-AAAGCAC-ATTGTATTTATGTTATTATCTTATATA
gi|3 : AGACTAGAACG-TCT-GAGACT--ATCAAAATTTTG--TAAAAAT-GCATC-AGTAA----TTCTAAAAAAAA-T-ATTC-TCCCTTGC--G------TTTCTTTTTTGG--A-AGA-GCCGAAC-GTTTCA-T-A-TTATTAT-A-TAC-AAAGGCTGTCG-A-CAATAACTGCATTCCTT-AAT-AA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--TG-A-CA----G----GCC---C-TTT-AT--GC--ACTTGG--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGATGAGACTATCA--A-TTATTTC-----T-TTTCAACACAATG--TA-ACAA-----GTA-----CAGAAAA----TG----CAGAC-A---TGAACT-ATTTACAAAAAT---ATTCAA------TACTGA-----------AAAAACC-CG------GAAAAT---TGTAAAT-A-TACAT---------GTTCTGCT------ACGGTG---TGA-C--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----GAAA--AATGAA-CATCTTT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-CATA-TTAT-AATAC---AA-A-GAA------GTCGAA--TTTATTC--AAT--ATTTCT-------AA-----------TGAT---T-ACAAA--TCAATA-TCAGTA-----C---ACGTG---TAAT--GTAGTGT---AGACACC-TAC-A-GTAT-------------GTATATCA----------------ATGTAT----A-GTAT---TATACAGTAAAAC---CTCAG-TATATCGCC-
gi|4 : ggAGACTAGAACG-TCT-GAGACT--ATCAAATTTT-G--TAAAA-T-GCATC-AGTAA----TTCTAAAAAAAAAT-ATTC-TCCCTTGC--G------TTTCTTTTTTGG--AGAGA-G----AC-GTTTACAT-A-TTAT-AT-A-TAC-AA-GGCT-TCG-A-CA-TAACTGCATT-CTTTAATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--TG-A-CA----G----CCC-----TTT-AT--GC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGAT--GACTATC---A-TTATTTC-----T-TTTC------ATG--TA-ACAA------TA-----CAG-AAA----TGC---CAGAC-A---TGAACTTATTTAACAAAAT---ATTCAA------TACTGA-----------AAAAAACCCG------GAAAAT---TGTAAAT-A-TACAT---------GTTCTGCT------ACGGTG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----G-AA--AATGAA-CATC-TT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-CATATTTAT-CAAAC---AA-A-GAA------GTCG-A--ATTTATC--AAT--ATTTCT-------AA-----------TGAT--GT-AC--A--TCAATA-TCAG-A-----C---ACGTG---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TAC-A-GTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-GT
gi|5 : g-AA-T-TC-A-T--TG-C-CA----G----CCCTTAA-TTTTGT--GCGAACTT-GGTACCTCGT-GGATGCA----------GTG-AGGAT--GACTACCGAAA-TTATTTCATATCT-TTTC------ATG--TA-ACAAACCTTGTA-----CAG-GAAGAGGTGCGAATAGACTAGGTTAAACT-ATTCAACAAATTAGGATTGAACTTAATTATTGACTTGCCGATATAAAA----CTAACTGAAAAAATATGTATAAGTCACCATATTGAATCATCGTTCTGCTGAGAGAGTGGGG---TGACCTTCTTCTTTATCGGCCTCAAGTAATAATCTGGGGGGAGGCATAG-AACTAATGAATTATC-TTGGAATTCTTTTTTTCCTTATACCCCCTACCCTATTTATGTAAACCAAAA-A-GGAAATGAGGTCG-ATGTTTAATCCAAATTAACTTCTTTTTTGCAATCTTCGGAAACTGATTAGTAAC--AATTCAATATTCAACA-----CCATACGTA---T-ATAAGC-TCGTTAGAGACACCTTAC-AT
gi|6 : TCCATTAAATCATTTTTAAAAA---T-GT-------TTGC--AAAGCACTTTTTCATTTGG--GAAAA-G----ATTGTTTAA-T-A-TAAT-CC-A-TAC-AA-CGTT-AAG-A-CG-CAATTGCATT-------TAAA-----GCTCCGAT-TTATTTCGT--TGT--A-TCTT-A-G--TG-GACA----A----TCCA--A-ATT-GTTAG------T-G--------T-GGAC-TA----------CCGAAAGAT--GCTTACC---ATTTATTTT-----T-TGTC-------TG--TA-AAAA-----ATATAC--TAG-TAC----TGC---TAGAC-A---T----T-GTTTAATGAAA
gi|7 : t-AACAAA-----------AT-TTATTCCGC--TGC-AC-TGTC-A-TATTG-A-CA----G----CTC-----TTT-CT--GT--ACTT-A--------TTAGA--CA----------GAAGAG-AT--GACTATC---A-GTATTTC-----TGTTTC------TTG--TATAAAA-----GTT-----TAG-AGA----TAA---CAGAC-A---TGGATC----------AAT---TTTTTA------TA-TGA-----------CGAA----CT------TCATAT---TGTGAAC-G-CTCGT---------GTTCTGCT------GTGGGGGTATGGC-----TCT--------TTC-ATCAAC----------GAA-----G-AA--AATGAA-TATC-TT----TTat
gi|8 : AGACAAGA-CAGTCT-GAGACTCTATCAAAATTT-G--TAAAT-T-GCAT-CAGTAAA--ATTCTAAAAAACA-TCCCCC-TCCCTTGT--A------TTTTTC--------------G----AC-GTTTAAATAA-TTAT-ACAA-TACAAA-GGCT-TAGAA-CA-TAACTGCATT-CTT--ATAAA-----G-----AT-GTATTTCGCATTGTAAA-TATCAA-T--TGCG-CAC---GGAGTCCT---ATTTT-GC--AC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------t
gi|9 : g------TTTTTCATTTGG--GAAAA-G----ATTGTTTAAAT-A-TAAT-CC-A-TAC-AA-CGTT-AAG-A-CG-CAATTGCATT-------TAAAGCTCCG-----ATGTTATTTCGT--TGT--A-TCTT-A-TG-TG-GACA----A----TCCA--A-ATT-GT---T--AGTC-G--------T-GGAC-TA----------CGGAAAGAT--GCTTACC---ATTTATTTT-----T-TGTC-------TGTTTA-AAAA-----ATATATACTAGTAAC----TGC---TAGAC-A---T
Alignments
lowQualScore : 3333 11 11 11 2222 3333 111111111 11 1111 11111111111 11 111 111111111 33333 11111111 1111111111 11111 11111 1111111 111111 11111 111 111111 222222222222222222222222222 111 222222222 111111 111 22222222 2222222222 2222222 11 1111 22222 11111 11 111 111111 555555555555555555555555555555555555 33333333333 111 111 4444444444444 5555555555555555 222222 2222 111 111 11 333333333 1111 222222 111
lowQualScore : 0000 8 33 1 8 11 8 8 66 3333 6666 888888 777777777 33 5555 4 9999 8 1 4 4 1 4 4 4 4 8 555 4 4 4 77 44 22222222222 3 00 3 3 1 3 3 88 444 222222222 33333 7 888888 3 33333333 3 77 7777777777 0 66 33333 11111 8 7777777 66 4 1 333333 88888 8 9999 777 4 777 5 0 000 5 666666 2 888888888888888888888888888 0 000 666 222222222 999999 0 111 99 44444444 6 9999999999 1111111 99 00 6 4444 00000 66666 6 00 111 888 1 999999 6 99 99 99 1 1 333333333333333333333333333333333333 6 55555555555 111 6 99 6 888 1 6 6 7 0 4444444444444 3333333333333333 111111 4444 444 111 00 1 6 6 8 8 0 222222222 7777 8 222222 222 8 8 1
lowQualScore : .... . .. . . .. . . .. .... .... ...... ......... .. .... . .... . . . . . . . . . . ... . . . .. .. ........... . .. . . . . . .. ... ......... ..... . ...... . ........ . .. .......... . .. ..... ..... . ....... .. . . ...... ..... . .... ... . ... . . ... . ...... . ........................... . ... ... ......... ...... . ... .. ........ . .......... ....... .. .. . .... ..... ..... . .. ... ... . ...... . .. .. .. . . .................................... . ........... ... . .. . ... . . . . . ............. ................ ...... .... ... ... .. . . . . . . ......... .... . ...... ... . . .
lowQualScore : 0000 0 66 4 0 00 0 0 00 7777 5555 222222 555555555 00 1111 4 4444 9 9 4 4 3 4 4 4 4 9 888 4 4 4 33 88 77777777777 6 00 3 3 2 6 6 66 999 000000000 55555 3 666666 6 22222222 6 88 5555555555 3 11 22222 11111 9 6666666 11 4 9 000000 99999 9 4444 888 4 888 0 2 000 3 444444 3 999999999999999999999999999 3 000 777 999999999 222222 7 777 22 22222222 7 2222222222 7777777 22 33 7 2222 00000 77777 7 33 777 777 0 222222 7 22 22 22 0 0 333333333333333333333333333333333333 7 00000000000 777 7 22 7 333 0 7 7 3 8 0000000000000 0000000000000000 888888 8888 000 777 22 0 7 7 2 0 8 000000000 0000 0 222222 444 0 0 4
consensus : AGACTAGAACGGTCT-GAGACTCTATCAAAATTT-G--TAAAA-T-GCATCCAGTAAA--ATTCTAAAAAA-A--T-NTCC-TCCCTTGC--A------TTTTTCTTTTGG--AGAGA-G----AC-GTTTAAAT-A-TTAT-AC-A-TAC-AA-GGCT-TAG-A-CA-TAACTGCATT-CTT-AATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--TG-G-CA----G----CCC---A-TTT-GT--GC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGAT--GACTACC---A-TTATTTC-----T-TTTC------ATG--TA-ACAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---CAGAC-A---TGAACT-ATTTAACAAAAT---ATTCAA------TATTGA-----------AAAA----CT------GAAAAT---TGTAAAT-A-CACAT---------GTTCTGCT------GCGGGG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----G-AA--AATGAA-CATC-TT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-CATATTTAT-CAAAC---AA-A-GNA------GTCG-A--TTTAATC--AAT--ANTTCT-------AA-----------TGAT--GT-AC--A--TCAATA-TCAGCA-----C---ACGTG---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TAC-ATGTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-GTAT---TATATAG---AAC---GTTAT-TAGAT-GCC-ATGTCTGAT-ATGTTT---------TTTTT----ATT-TTATTCGATTACCACGC--ATTTTAT-AAAGTAC-AATGTATTTATGTTATTATCATGTATA
Reference ( family-240 ) : AGACTAGAACGGTCT-GAGACTCTATCAAAATTT-G--TAAAA-T-GCATCCAGTAAA--ATTCTAAAAAA-A--T-NTCC-TCCCTTGC--A------TTTTTCTTTTGG--AGAGA-G----AC-GTTTAAAT-A-TTAT-AC-A-TAC-AA-GGCT-TAG-A-CA-TAACTGCATT-CTT-AATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--TG-G-CA----G----CCC---A-TTT-GT--GC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGAT--GACTACC---A-TTATTTC-----T-TTTC------ATG--TA-ACAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---CAGAC-A---TGAACT-ATTTAACAAAAT---ATTCAA------TATTGA-----------AAAA----CT------GAAAAT---TGTAAAT-A-CACAT---------GTTCTGCT------GCGGGG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----G-AA--AATGAA-CATC-TT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-CATATTTAT-CAAAC---AA-A-GNA------GTCG-A--TTTAATC--AAT--ANTTCT-------AA-----------TGAT--GT-AC--A--TCAATA-TCAGCA-----C---ACGTG---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TAC-ATGTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-GTAT---TATATAG---AAC---GTTAT-TAGAT-GCC-ATGTCTGAT-ATGTTT---------TTTTT----ATT-TTATTTGATTACCACGC--ATTTTAT-AAAGTAC-AATGTATTTATGTTATTATCATGTATA
gi|1 : AGGCCAGA-CAGTCTTGAGACTCCATCAAAATTT-GGTTAAGA-TTGCATC-AGTAAA--ATTCTAAAAAACA--T-CCCCCTCCCTTGT--A------TTTTTC--------------G----AC-GTTTAAAT-AATTAT-AC-AATAC-AAAGGCT-TAG-AACA-TAACTGCATT-CTT-A-TAAA-----G-----AT-GTATTTCGCATTGT-AAATATC-AAT--TGCG-CACGGAG----TCCT--A-TTTTGC--AC--ACTT-G--------T-GGAT-CATCATNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNN---N-NNATTTT-----TGTTTC------ATG--CA-ATAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---TAGAT-A---TGAACT-ATTTAACAAAAT---ATG-AA------CATTGA-----------AAAA----CT------TGGAAT---TGTCAAT-A-CACAT---------GTACTACT------GTGGGG---TGACC--CTTAT--------CTC-AGTAAT----------GAA------------------------T----TTCTTT-----CTTATAC-----A-CAAGT--------AC---AC-T-GCA------GTCA-A--TTTAATC--AAT--AATC--------------------------------------TCAATA-TCAG-A-----T---ACGTATATT-AT--GT-GTGT---AGACA-C-TAG-ATGTATATCTATGNGATTCGTATATCATGTGTGTAGACACTAGATGTATATCTATGTATAAATATATAG---AACTAAG-TATATACAT-GCC-ATGTCTAATAATG-------------TCTG----ATT-TTATTCGATCACCATGC--ATTTTAT-AAAATAC-AATGTATTTACGTTATCATCATGTATA
gi|10 : TT-GATAAA-----G-----AT-TTATTTCTT--TGA-AA-CACC-A-T--TA-A-TA----G----CCC---T-TTT-AT--GT--ACAT-A--------T-GAA---A----------ATTGACGTT--TAGTATC---A-TTGTTTC-----T-TTAC------ATG--CC-CTAG-----TTA-----TAA-AGT----TGC---AAGAA-A---TGTTTT-ATTTAATAGTAT---TTTTAA------AATTAA-----------CAAA----TT------GTTTAT---TGTAAAA-G-CACAA---------GT
gi|11 : ---GTTAT-TAAAT-GTC-ATGTCTGAT-ATGTTT---------TTTTTTATTATTATTATTTGATTATCATGC--ATTTTAT-AAAGTAC-AATGTATTTATGTTATTATCATGTATA
gi|12 : atttttgattgtagatgtacacgacacgacaGAGACG----AC-TTCCTAAT-A-TAAC-CC-A-TAC-GA-AATT-AAG-G-CA-TAACTCTATT-TTG-AATTAT-----G-----AC-TTATATAGA--TGT-AA-TATC-A-T--TT-C-TA----G----TCCA--A-ATT-GT--GA--A--T-G--------T-GGc
gi|13 : gTTAT-C-----A-TGTATTTAT-CAAAC---AACATGAA------GTTG-A--TT--ATC--AAT--ATTTTG-------AA-----------T-AT--TT-GC--A--TAGATG-TTAGCAGCTATT---AAATG---T-AT--TT-ATATA--AGACGTT-TGCAATG-GC-------------GTATATCA----------------TTGTtcttcaagaagatactt
gi|14 : ---TGTATAG---AAC---GTTAT--AGAT-GCCCATGCCT-AT-ATGTTT---------TTTTT----ATT-T-----AATTACCACGCTTTTTTTATAAAAGTACAAATGTATTTATGTAATTATAATGTATA
gi|15 : aCCCTT-CTTA------TTTTTCTGTTGGTAATAGA-A----AC---CTGAAT-A-TCGA-AC-A-CAC-CC-ATCC-TCG-T-TA-TAACTGTGT--CTT-AATAGG-----G-----AT-TTATTTAGC--TGT-AA-T
gi|16 : G---AAC---GTTAT-AAGAT-GCC-ATGCCTTAT-ATGTTT---------TTTTT----ATT-T-----AATTACCACGC--TTTTTAT-AAAGTAC-AATGTATTTATGTAATTATAATGTATA
gi|2 : AGACTAGA-CA-TCT-GAAACTCTATCAAATTTT-G--TAAAA-T-GCATTCGATTAA---TTCTAAAAAA----T-CTCC-TCCCTTGT--A------TTTCTCTATTGG--AGAGA-G----AC-GTTTAAAT-A-TTAT-AC-A-TAC-AA-GGCT-TCG-A-CA-TAACTGCATT-CTT-AATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--TG-G-CA----G----CCC-----TTT-AT--GC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGAT--GACTACC---A-TTATTTC-----T-TTTC------ATG--TA-ACAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---CAGAT-A---TGAACT-ATTTAACAAAAT---ATTCAA------TATTGA-----------AAAA----CT------GAAAAT---TGTAAAT-A-CACAT---------GTTCTGCT------GTGGGG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----G-AA--AATGAA-AATC-TT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-AATATTTAT-TAAAC---AA-A-GTT------GTCG-A--TTTAATC--AAT--AATTCT-------AA-----------TGAT--GT-AC--A--TCAATA-TCAA-A-----T---ACGTA---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TAC-ATGTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-GCA----TATATAG---AAC---GTTAT-TAGAT-GCC-ATGTCTGAT-ATGTTTGTTTTTTGGTTTTT----TTC-TTCTTTTATTACCATGC--ATTTTAT-AAAGCAC-ATTGTATTTATGTTATTATCTTATATA
gi|3 : AGACTAGAACG-TCT-GAGACT--ATCAAAATTTTG--TAAAAAT-GCATC-AGTAA----TTCTAAAAAA-AA-T-ATTC-TCCCTTGC--G------TTTCTTTTTTGG--A-AGA-GCCGAAC-GTTTCA-T-A-TTATTAT-A-TAC-AAAGGCTGTCG-A-CAATAACTGCATTCCTT-AAT-AA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--TG-A-CA----G----GCC---C-TTT-AT--GC--ACTTGG--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGATGAGACTATCA--A-TTATTTC-----T-TTTCAACACAATG--TA-ACAA-----GTA-----CAGAAAA----TG----CAGAC-A---TGAACT-ATTTACAAAAAT---ATTCAA------TACTGA-----------AAAAACC-CG------GAAAAT---TGTAAAT-A-TACAT---------GTTCTGCT------ACGGTG---TGA-C--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----GAAA--AATGAA-CATCTTT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-CATA-TTAT-AATAC---AA-A-GAA------GTCGAA--TTTATTC--AAT--ATTTCT-------AA-----------TGAT---T-ACAAA--TCAATA-TCAGTA-----C---ACGTG---TAAT--GTAGTGT---AGACACC-TAC-A-GTAT-------------GTATATCA----------------ATGTAT----A-GTAT---TATACAGTAAAAC---CTCAG-TATATCGCC-
gi|4 : ggAGACTAGAACG-TCT-GAGACT--ATCAAATTTT-G--TAAAA-T-GCATC-AGTAA----TTCTAAAAAA-AAAT-ATTC-TCCCTTGC--G------TTTCTTTTTTGG--AGAGA-G----AC-GTTTACAT-A-TTAT-AT-A-TAC-AA-GGCT-TCG-A-CA-TAACTGCATT-CTTTAATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--TG-A-CA----G----CCC-----TTT-AT--GC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGAT--GACTATC---A-TTATTTC-----T-TTTC------ATG--TA-ACAA------TA-----CAG-AAA----TGC---CAGAC-A---TGAACTTATTTAACAAAAT---ATTCAA------TACTGA-----------AAAAAACCCG------GAAAAT---TGTAAAT-A-TACAT---------GTTCTGCT------ACGGTG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----G-AA--AATGAA-CATC-TT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-CATATTTAT-CAAAC---AA-A-GAA------GTCG-A--ATTTATC--AAT--ATTTCT-------AA-----------TGAT--GT-AC--A--TCAATA-TCAG-A-----C---ACGTG---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TAC-A-GTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-GT
gi|5 : g-AA-T-TC-A-T--TG-C-CA----G----CCCTTAA-TTTTGT--GCGAACTT-GGTACCTCGT-GGATGCA----------GTG-AGGAT--GACTACCGAAA-TTATTTCATATCT-TTTC------ATG--TA-ACAAACCTTGTA-----CAG-GAAGAGGTGCGAATAGACTAGGTTAAACT-ATTCAACAAATTAGGATTGAACTTAATTATTGACTTGCCGATATAAAA----CTAACTGAAAAAATATGTATAAGTCACCATATTGAATCATCGTTCTGCTGAGAGAGTGGGG---TGACCTTCTTCTTTATCGGCCTCAAGTAATAATCTGGGGGGAGGCATAG-AACTAATGAATTATC-TTGGAATTCTTTTTTTCCTTATACCCCCTACCCTATTTATGTAAACCAAAA-A-GGAAATGAGGTCG-ATGTTTAATCCAAATTAACTTCTTTTTTGCAATCTTCGGAAACTGATTAGTAAC--AATTCAATATTCAACA-----CCATACGTA---T-ATAAGC-TCGTTAGAGACACCTTAC-AT
gi|6 : TCCATTAAATCATTTTTAAAAA----T-GT-------TTGC--AAAGCACTTTTTCATTTGG--GAAAA-G----ATTGTTTAA-T-A-TAAT-CC-A-TAC-AA-CGTT-AAG-A-CG-CAATTGCATT-------TAAA-----GCTCCGAT-TTATTTCGT--TGT--A-TCTT-A-G--TG-GACA----A----TCCA--A-ATT-GTTAG------T-G--------T-GGAC-TA----------CCGAAAGAT--GCTTACC---ATTTATTTT-----T-TGTC-------TG--TA-AAAA-----ATATAC--TAG-TAC----TGC---TAGAC-A---T----T-GTTTAATGAAA
gi|7 : t-AACAAA-----------AT-TTATTCCGC--TGC-AC-TGTC-A-TATTG-A-CA----G----CTC-----TTT-CT--GT--ACTT-A--------TTAGA--CA----------GAAGAG-AT--GACTATC---A-GTATTTC-----TGTTTC------TTG--TATAAAA-----GTT-----TAG-AGA----TAA---CAGAC-A---TGGATC----------AAT---TTTTTA------TA-TGA-----------CGAA----CT------TCATAT---TGTGAAC-G-CTCGT---------GTTCTGCT------GTGGGGGTATGGC-----TCT--------TTC-ATCAAC----------GAA-----G-AA--AATGAA-TATC-TT----TTat
gi|8 : AGACAAGA-CAGTCT-GAGACTCTATCAAAATTT-G--TAAAT-T-GCAT-CAGTAAA--ATTCTAAAAAACA--TCCCCC-TCCCTTGT--A------TTTTTC--------------G----AC-GTTTAAATAA-TTAT-ACAA-TACAAA-GGCT-TAGAA-CA-TAACTGCATT-CTT--ATAAA-----G-----AT-GTATTTCGCATTGTAAA-TATCAA-T--TGCG-CAC---GGAGTCCT---ATTTT-GC--AC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------t
gi|9 : g------TTTTTCATTTGG--GAAAA-G----ATTGTTTAAAT-A-TAAT-CC-A-TAC-AA-CGTT-AAG-A-CG-CAATTGCATT-------TAAAGCTCCG-----ATGTTATTTCGT--TGT--A-TCTT-A-TG-TG-GACA----A----TCCA--A-ATT-GT---T--AGTC-G--------T-GGAC-TA----------CGGAAAGAT--GCTTACC---ATTTATTTT-----T-TGTC-------TGTTTA-AAAA-----ATATATACTAGTAAC----TGC---TAGAC-A---T
Alignments
lowQualScore : 3333 11 11 11 2222 3333 111111111 11 1111 11111111111 11 111 111111111 33333 11111111 1111111111 11111 11111 1111111 111111 11111 111 111111 222222222222222222222222222 111 222222222 111111 111 22222222 2222222222 2222222 11 1111 22222 11111 11 111 111111 555555555555555555555555555555555555 33333333333 111 111 4444444444444 5555555555555555 222222 2222 111 111 11 11 4444444444444444444444 11
lowQualScore : 0000 8 33 1 8 11 8 8 66 3333 6666 888888 777777777 33 5555 4 9999 8 1 4 4 1 4 4 4 4 8 555 4 4 4 77 44 22222222222 3 00 3 3 1 3 3 88 444 222222222 33333 7 888888 3 33333333 3 77 7777777777 0 66 33333 11111 8 7777777 66 4 1 333333 88888 8 9999 777 4 777 5 0 000 5 666666 2 888888888888888888888888888 0 000 666 222222222 999999 0 111 99 44444444 6 9999999999 1111111 99 00 6 4444 00000 66666 6 00 111 888 1 999999 6 99 99 99 1 1 333333333333333333333333333333333333 6 55555555555 111 6 99 6 888 1 6 6 7 0 4444444444444 3333333333333333 111111 4444 444 111 00 1 6 6 8 8 0 11 4444444444444444444444 1 11 8 8 1
lowQualScore : .... . .. . . .. . . .. .... .... ...... ......... .. .... . .... . . . . . . . . . . ... . . . .. .. ........... . .. . . . . . .. ... ......... ..... . ...... . ........ . .. .......... . .. ..... ..... . ....... .. . . ...... ..... . .... ... . ... . . ... . ...... . ........................... . ... ... ......... ...... . ... .. ........ . .......... ....... .. .. . .... ..... ..... . .. ... ... . ...... . .. .. .. . . .................................... . ........... ... . .. . ... . . . . . ............. ................ ...... .... ... ... .. . . . . . . .. ...................... . .. . . .
lowQualScore : 0000 0 66 4 0 00 0 0 00 7777 5555 222222 555555555 00 1111 4 4444 9 9 4 4 3 4 4 4 4 9 888 4 4 4 33 88 77777777777 6 00 3 3 2 6 6 66 999 000000000 55555 3 666666 6 22222222 6 88 5555555555 3 11 22222 11111 9 6666666 11 4 9 000000 99999 9 4444 888 4 888 0 2 000 3 444444 3 999999999999999999999999999 3 000 777 999999999 222222 7 777 22 22222222 7 2222222222 7777777 22 33 7 2222 00000 77777 7 33 777 777 0 222222 7 22 22 22 0 0 333333333333333333333333333333333333 7 00000000000 777 7 22 7 333 0 7 7 3 8 0000000000000 0000000000000000 888888 8888 000 777 22 0 7 7 2 0 8 00 8888888888888888888888 4 00 0 0 4
consensus : AGACTAGAACGGTCT-GAGACTCTATCAAAATTT-G--TAAAA-T-GCATCCAGTAAA--ATTCTAAAAAA-A--T-NTCC-TCCCTTGC--A------TTTTTCTTTTGG--AGAGA-G----AC-GTTTAAAT-A-TTAT-AC-A-TAC-AA-GGCT-TAG-A-CA-TAACTGCATT-CTT-AATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--TG-G-CA----G----CCC---A-TTT-GT--GC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGAT--GACTACC---A-TTATTTC-----T-TTTC------ATG--TA-ACAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---CAGAC-A---TGAACT-ATTTAACAAAAT---ATTCAA------TATTGA-----------AAAA----CT------GAAAAT---TGTAAAT-A-CACAT---------GTTCTGCT------GCGGGG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----G-AA--AATGAA-CATC-TT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-CATATTTAT-CAAAC---AA-A-GNA------GTCG-A--TTTAATC--AAT--ANTTCT-------AA-----------TGAT--GT-AC--A--TCAATA-TCAGCA-----C---ACGTG---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TAC-ATGTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-GTAT---TATATAG---AAC---GTTAT-TAGAT-GCC-ATGTCTGAT-ATGTT--TTTTTT----A----TT-TTATTC---GATTACCACGCATTTT--ATAAA-GTACAA-TGTATTTATGTTATTATCATGTATA
Reference ( family-240 ) : AGACTAGAACGGTCT-GAGACTCTATCAAAATTT-G--TAAAA-T-GCATCCAGTAAA--ATTCTAAAAAA-A--T-NTCC-TCCCTTGC--A------TTTTTCTTTTGG--AGAGA-G----AC-GTTTAAAT-A-TTAT-AC-A-TAC-AA-GGCT-TAG-A-CA-TAACTGCATT-CTT-AATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--TG-G-CA----G----CCC---A-TTT-GT--GC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGAT--GACTACC---A-TTATTTC-----T-TTTC------ATG--TA-ACAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---CAGAC-A---TGAACT-ATTTAACAAAAT---ATTCAA------TATTGA-----------AAAA----CT------GAAAAT---TGTAAAT-A-CACAT---------GTTCTGCT------GCGGGG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----G-AA--AATGAA-CATC-TT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-CATATTTAT-CAAAC---AA-A-GNA------GTCG-A--TTTAATC--AAT--ANTTCT-------AA-----------TGAT--GT-AC--A--TCAATA-TCAGCA-----C---ACGTG---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TAC-ATGTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-GTAT---TATATAG---AAC---GTTAT-TAGAT-GCC-ATGTCTGAT-ATGTT--TTTTTT----A----TT-TTATTC---GATTACCACGCATTTT--ATAAA-GTACAA-TGTATTTATGTTATTATCATGTATA
gi|1 : AGGCCAGA-CAGTCTTGAGACTCCATCAAAATTT-GGTTAAGA-TTGCATC-AGTAAA--ATTCTAAAAAACA--T-CCCCCTCCCTTGT--A------TTTTTC--------------G----AC-GTTTAAAT-AATTAT-AC-AATAC-AAAGGCT-TAG-AACA-TAACTGCATT-CTT-A-TAAA-----G-----AT-GTATTTCGCATTGT-AAATATC-AAT--TGCG-CACGGAG----TCCT--A-TTTTGC--AC--ACTT-G--------T-GGAT-CATCATNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNN---N-NNATTTT-----TGTTTC------ATG--CA-ATAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---TAGAT-A---TGAACT-ATTTAACAAAAT---ATG-AA------CATTGA-----------AAAA----CT------TGGAAT---TGTCAAT-A-CACAT---------GTACTACT------GTGGGG---TGACC--CTTAT--------CTC-AGTAAT----------GAA------------------------T----TTCTTT-----CTTATAC-----A-CAAGT--------AC---AC-T-GCA------GTCA-A--TTTAATC--AAT--AATC--------------------------------------TCAATA-TCAG-A-----T---ACGTATATT-AT--GT-GTGT---AGACA-C-TAG-ATGTATATCTATGNGATTCGTATATCATGTGTGTAGACACTAGATGTATATCTATGTATAAATATATAG---AACTAAG-TATATACAT-GCC-ATGTCTAATAATG------TCTG----A----TT-TTATTC---GATCACCATGCATTTT--ATAAA-ATACAA-TGTATTTACGTTATCATCATGTATA
gi|10 : TT-GATAAA-----G-----AT-TTATTTCTT--TGA-AA-CACC-A-T--TA-A-TA----G----CCC---T-TTT-AT--GT--ACAT-A--------T-GAA---A----------ATTGACGTT--TAGTATC---A-TTGTTTC-----T-TTAC------ATG--CC-CTAG-----TTA-----TAA-AGT----TGC---AAGAA-A---TGTTTT-ATTTAATAGTAT---TTTTAA------AATTAA-----------CAAA----TT------GTTTAT---TGTAAAA-G-CACAA---------GT
gi|11 : ---GTTAT-TAAAT-GTC-ATGTCTGAT-ATGTT--TTTTTTTATTA----TTATTATTT---GATTATCATGCATTTT--ATAAA-GTACAA-TGTATTTATGTTATTATCATGTATA
gi|12 : atttttgattgtagatgtacacgacacgacaGAGACG----AC-TTCCTAAT-A-TAAC-CC-A-TAC-GA-AATT-AAG-G-CA-TAACTCTATT-TTG-AATTAT-----G-----AC-TTATATAGA--TGT-AA-TATC-A-T--TT-C-TA----G----TCCA--A-ATT-GT--GA--A--T-G--------T-GGc
gi|13 : gTTAT-C-----A-TGTATTTAT-CAAAC---AACATGAA------GTTG-A--TT--ATC--AAT--ATTTTG-------AA-----------T-AT--TT-GC--A--TAGATG-TTAGCAGCTATT---AAATG---T-AT--TT-ATATA--AGACGTT-TGCAATG-GC-------------GTATATCA----------------TTGTtcttcaagaagatactt
gi|14 : ---TGTATAG---AAC---GTTAT--AGAT-GCCCATGCCT-AT-ATGTT--TTTTTT----A----TT-T--------AATTACCACGCTTTTTTTATAAAAGTACAAATGTATTTATGTAATTATAATGTATA
gi|15 : aCCCTT-CTTA------TTTTTCTGTTGGTAATAGA-A----AC---CTGAAT-A-TCGA-AC-A-CAC-CC-ATCC-TCG-T-TA-TAACTGTGT--CTT-AATAGG-----G-----AT-TTATTTAGC--TGT-AA-T
gi|16 : G---AAC---GTTAT-AAGAT-GCC-ATGCCTTAT-ATGTT--TTTTTT----A----TT-T--------AATTACCACGCTTTTT--ATAAA-GTACAA-TGTATTTATGTAATTATAATGTATA
gi|2 : AGACTAGA-CA-TCT-GAAACTCTATCAAATTTT-G--TAAAA-T-GCATTCGATTAA---TTCTAAAAAA----T-CTCC-TCCCTTGT--A------TTTCTCTATTGG--AGAGA-G----AC-GTTTAAAT-A-TTAT-AC-A-TAC-AA-GGCT-TCG-A-CA-TAACTGCATT-CTT-AATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--TG-G-CA----G----CCC-----TTT-AT--GC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGAT--GACTACC---A-TTATTTC-----T-TTTC------ATG--TA-ACAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---CAGAT-A---TGAACT-ATTTAACAAAAT---ATTCAA------TATTGA-----------AAAA----CT------GAAAAT---TGTAAAT-A-CACAT---------GTTCTGCT------GTGGGG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----G-AA--AATGAA-AATC-TT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-AATATTTAT-TAAAC---AA-A-GTT------GTCG-A--TTTAATC--AAT--AATTCT-------AA-----------TGAT--GT-AC--A--TCAATA-TCAA-A-----T---ACGTA---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TAC-ATGTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-GCA----TATATAG---AAC---GTTAT-TAGAT-GCC-ATGTCTGAT-ATGTTTGTTTTTT----GGTTTTT-TTCTTCTTTTATTACCATGCATTTT--ATAAA-GCACAT-TGTATTTATGTTATTATCTTATATA
gi|3 : AGACTAGAACG-TCT-GAGACT--ATCAAAATTTTG--TAAAAAT-GCATC-AGTAA----TTCTAAAAAA-AA-T-ATTC-TCCCTTGC--G------TTTCTTTTTTGG--A-AGA-GCCGAAC-GTTTCA-T-A-TTATTAT-A-TAC-AAAGGCTGTCG-A-CAATAACTGCATTCCTT-AAT-AA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--TG-A-CA----G----GCC---C-TTT-AT--GC--ACTTGG--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGATGAGACTATCA--A-TTATTTC-----T-TTTCAACACAATG--TA-ACAA-----GTA-----CAGAAAA----TG----CAGAC-A---TGAACT-ATTTACAAAAAT---ATTCAA------TACTGA-----------AAAAACC-CG------GAAAAT---TGTAAAT-A-TACAT---------GTTCTGCT------ACGGTG---TGA-C--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----GAAA--AATGAA-CATCTTT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-CATA-TTAT-AATAC---AA-A-GAA------GTCGAA--TTTATTC--AAT--ATTTCT-------AA-----------TGAT---T-ACAAA--TCAATA-TCAGTA-----C---ACGTG---TAAT--GTAGTGT---AGACACC-TAC-A-GTAT-------------GTATATCA----------------ATGTAT----A-GTAT---TATACAGTAAAAC---CTCAG-TATATCGCC-
gi|4 : ggAGACTAGAACG-TCT-GAGACT--ATCAAATTTT-G--TAAAA-T-GCATC-AGTAA----TTCTAAAAAA-AAAT-ATTC-TCCCTTGC--G------TTTCTTTTTTGG--AGAGA-G----AC-GTTTACAT-A-TTAT-AT-A-TAC-AA-GGCT-TCG-A-CA-TAACTGCATT-CTTTAATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--TG-A-CA----G----CCC-----TTT-AT--GC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGAT--GACTATC---A-TTATTTC-----T-TTTC------ATG--TA-ACAA------TA-----CAG-AAA----TGC---CAGAC-A---TGAACTTATTTAACAAAAT---ATTCAA------TACTGA-----------AAAAAACCCG------GAAAAT---TGTAAAT-A-TACAT---------GTTCTGCT------ACGGTG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----G-AA--AATGAA-CATC-TT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-CATATTTAT-CAAAC---AA-A-GAA------GTCG-A--ATTTATC--AAT--ATTTCT-------AA-----------TGAT--GT-AC--A--TCAATA-TCAG-A-----C---ACGTG---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TAC-A-GTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-GT
gi|5 : g-AA-T-TC-A-T--TG-C-CA----G----CCCTTAA-TTTTGT--GCGAACTT-GGTACCTCGT-GGATGCA----------GTG-AGGAT--GACTACCGAAA-TTATTTCATATCT-TTTC------ATG--TA-ACAAACCTTGTA-----CAG-GAAGAGGTGCGAATAGACTAGGTTAAACT-ATTCAACAAATTAGGATTGAACTTAATTATTGACTTGCCGATATAAAA----CTAACTGAAAAAATATGTATAAGTCACCATATTGAATCATCGTTCTGCTGAGAGAGTGGGG---TGACCTTCTTCTTTATCGGCCTCAAGTAATAATCTGGGGGGAGGCATAG-AACTAATGAATTATC-TTGGAATTCTTTTTTTCCTTATACCCCCTACCCTATTTATGTAAACCAAAA-A-GGAAATGAGGTCG-ATGTTTAATCCAAATTAACTTCTTTTTTGCAATCTTCGGAAACTGATTAGTAAC--AATTCAATATTCAACA-----CCATACGTA---T-ATAAGC-TCGTTAGAGACACCTTAC-AT
gi|6 : TCCATTAAATCATTTTTAAAAA----T-GT-------TTGC--AAAGCACTTTTTCATTTGG--GAAAA-G----ATTGTTTAA-T-A-TAAT-CC-A-TAC-AA-CGTT-AAG-A-CG-CAATTGCATT-------TAAA-----GCTCCGAT-TTATTTCGT--TGT--A-TCTT-A-G--TG-GACA----A----TCCA--A-ATT-GTTAG------T-G--------T-GGAC-TA----------CCGAAAGAT--GCTTACC---ATTTATTTT-----T-TGTC-------TG--TA-AAAA-----ATATAC--TAG-TAC----TGC---TAGAC-A---T----T-GTTTAATGAAA
gi|7 : t-AACAAA-----------AT-TTATTCCGC--TGC-AC-TGTC-A-TATTG-A-CA----G----CTC-----TTT-CT--GT--ACTT-A--------TTAGA--CA----------GAAGAG-AT--GACTATC---A-GTATTTC-----TGTTTC------TTG--TATAAAA-----GTT-----TAG-AGA----TAA---CAGAC-A---TGGATC----------AAT---TTTTTA------TA-TGA-----------CGAA----CT------TCATAT---TGTGAAC-G-CTCGT---------GTTCTGCT------GTGGGGGTATGGC-----TCT--------TTC-ATCAAC----------GAA-----G-AA--AATGAA-TATC-TT----TTat
gi|8 : AGACAAGA-CAGTCT-GAGACTCTATCAAAATTT-G--TAAAT-T-GCAT-CAGTAAA--ATTCTAAAAAACA--TCCCCC-TCCCTTGT--A------TTTTTC--------------G----AC-GTTTAAATAA-TTAT-ACAA-TACAAA-GGCT-TAGAA-CA-TAACTGCATT-CTT--ATAAA-----G-----AT-GTATTTCGCATTGTAAA-TATCAA-T--TGCG-CAC---GGAGTCCT---ATTTT-GC--AC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------t
gi|9 : g------TTTTTCATTTGG--GAAAA-G----ATTGTTTAAAT-A-TAAT-CC-A-TAC-AA-CGTT-AAG-A-CG-CAATTGCATT-------TAAAGCTCCG-----ATGTTATTTCGT--TGT--A-TCTT-A-TG-TG-GACA----A----TCCA--A-ATT-GT---T--AGTC-G--------T-GGAC-TA----------CGGAAAGAT--GCTTACC---ATTTATTTT-----T-TGTC-------TGTTTA-AAAA-----ATATATACTAGTAAC----TGC---TAGAC-A---T
Alignments
lowQualScore : 3333 11 11 11 2222 3333 111111111 11 1111 11111111111 11 111 111111111 33333 11111111 1111111111 11111 11111 1111111 111111 11111 111 111111 222222222222222222222222222 111 222222222 111111 111 22222222 2222222222 2222222 11 1111 22222 11111 11 111 111111 555555555555555555555555555555555555 33333333333 111 111 4444444444444 5555555555555555 222222 2222 111 111 11 11 4444444444444444444444 11
lowQualScore : 0000 8 33 1 8 11 8 8 66 3333 6666 888888 777777777 33 5555 4 9999 8 1 4 4 1 4 4 4 4 8 555 4 4 4 77 44 22222222222 3 00 3 3 1 3 3 88 444 222222222 33333 7 888888 3 33333333 3 77 7777777777 0 66 33333 11111 8 7777777 66 4 1 333333 88888 8 9999 777 4 777 5 0 000 5 666666 2 888888888888888888888888888 0 000 666 222222222 999999 0 111 99 44444444 6 9999999999 1111111 99 00 6 4444 00000 66666 6 00 111 888 1 999999 6 99 99 99 1 1 333333333333333333333333333333333333 6 55555555555 111 6 99 6 888 1 6 6 7 0 4444444444444 3333333333333333 111111 4444 444 111 00 1 6 6 8 8 0 11 4444444444444444444444 1 11 8 8 1
lowQualScore : .... . .. . . .. . . .. .... .... ...... ......... .. .... . .... . . . . . . . . . . ... . . . .. .. ........... . .. . . . . . .. ... ......... ..... . ...... . ........ . .. .......... . .. ..... ..... . ....... .. . . ...... ..... . .... ... . ... . . ... . ...... . ........................... . ... ... ......... ...... . ... .. ........ . .......... ....... .. .. . .... ..... ..... . .. ... ... . ...... . .. .. .. . . .................................... . ........... ... . .. . ... . . . . . ............. ................ ...... .... ... ... .. . . . . . . .. ...................... . .. . . .
lowQualScore : 0000 0 66 4 0 00 0 0 00 7777 5555 222222 555555555 00 1111 4 4444 9 9 4 4 3 4 4 4 4 9 888 4 4 4 33 88 77777777777 6 00 3 3 2 6 6 66 999 000000000 55555 3 666666 6 22222222 6 88 5555555555 3 11 22222 11111 9 6666666 11 4 9 000000 99999 9 4444 888 4 888 0 2 000 3 444444 3 999999999999999999999999999 3 000 777 999999999 222222 7 777 22 22222222 7 2222222222 7777777 22 33 7 2222 00000 77777 7 33 777 777 0 222222 7 22 22 22 0 0 333333333333333333333333333333333333 7 00000000000 777 7 22 7 333 0 7 7 3 8 0000000000000 0000000000000000 888888 8888 000 777 22 0 7 7 2 0 8 00 8888888888888888888888 4 00 0 0 4
consensus : AGACTAGAACGGTCT-GAGACTCTATCAAAATTT-G--TAAAA-T-GCATCCAGTAAA--ATTCTAAAAAA-A--T-NTCC-TCCCTTGC--A------TTTTTCTTTTGG--AGAGA-G----AC-GTTTAAAT-A-TTAT-AC-A-TAC-AA-GGCT-TAG-A-CA-TAACTGCATT-CTT-AATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--TG-G-CA----G----CCC---A-TTT-GT--GC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGAT--GACTACC---A-TTATTTC-----T-TTTC------ATG--TA-ACAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---CAGAC-A---TGAACT-ATTTAACAAAAT---ATTCAA------TATTGA-----------AAAA----CT------GAAAAT---TGTAAAT-A-CACAT---------GTTCTGCT------GCGGGG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----G-AA--AATGAA-CATC-TT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-CATATTTAT-CAAAC---AA-A-GNA------GTCG-A--TTTAATC--AAT--ANTTCT-------AA-----------TGAT--GT-AC--A--TCAATA-TCAGCA-----C---ACGTG---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TAC-ATGTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-GTAT---TATATAG---AAC---GTTAT-TAGAT-GCC-ATGTCTGAT-ATGTT--TTTTTT----A----TT-TTATTC---GATTACCACGCATTTT--ATAAA-GTACAA-TGTATTTATGTTATTATCATGTATA
Reference ( family-240 ) : AGACTAGAACGGTCT-GAGACTCTATCAAAATTT-G--TAAAA-T-GCATCCAGTAAA--ATTCTAAAAAA-A--T-NTCC-TCCCTTGC--A------TTTTTCTTTTGG--AGAGA-G----AC-GTTTAAAT-A-TTAT-AC-A-TAC-AA-GGCT-TAG-A-CA-TAACTGCATT-CTT-AATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--TG-G-CA----G----CCC---A-TTT-GT--GC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGAT--GACTACC---A-TTATTTC-----T-TTTC------ATG--TA-ACAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---CAGAC-A---TGAACT-ATTTAACAAAAT---ATTCAA------TATTGA-----------AAAA----CT------GAAAAT---TGTAAAT-A-CACAT---------GTTCTGCT------GCGGGG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----G-AA--AATGAA-CATC-TT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-CATATTTAT-CAAAC---AA-A-GNA------GTCG-A--TTTAATC--AAT--ANTTCT-------AA-----------TGAT--GT-AC--A--TCAATA-TCAGCA-----C---ACGTG---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TAC-ATGTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-GTAT---TATATAG---AAC---GTTAT-TAGAT-GCC-ATGTCTGAT-ATGTT--TTTTTT----A----TT-TTATTC---GATTACCACGCATTTT--ATAAA-GTACAA-TGTATTTATGTTATTATCATGTATA
gi|1 : AGGCCAGA-CAGTCTTGAGACTCCATCAAAATTT-GGTTAAGA-TTGCATC-AGTAAA--ATTCTAAAAAACA--T-CCCCCTCCCTTGT--A------TTTTTC--------------G----AC-GTTTAAAT-AATTAT-AC-AATAC-AAAGGCT-TAG-AACA-TAACTGCATT-CTT-A-TAAA-----G-----AT-GTATTTCGCATTGT-AAATATC-AAT--TGCG-CACGGAG----TCCT--A-TTTTGC--AC--ACTT-G--------T-GGAT-CATCATNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNN---N-NNATTTT-----TGTTTC------ATG--CA-ATAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---TAGAT-A---TGAACT-ATTTAACAAAAT---ATG-AA------CATTGA-----------AAAA----CT------TGGAAT---TGTCAAT-A-CACAT---------GTACTACT------GTGGGG---TGACC--CTTAT--------CTC-AGTAAT----------GAA------------------------T----TTCTTT-----CTTATAC-----A-CAAGT--------AC---AC-T-GCA------GTCA-A--TTTAATC--AAT--AATC--------------------------------------TCAATA-TCAG-A-----T---ACGTATATT-AT--GT-GTGT---AGACA-C-TAG-ATGTATATCTATGNGATTCGTATATCATGTGTGTAGACACTAGATGTATATCTATGTATAAATATATAG---AACTAAG-TATATACAT-GCC-ATGTCTAATAATG------TCTG----A----TT-TTATTC---GATCACCATGCATTTT--ATAAA-ATACAA-TGTATTTACGTTATCATCATGTATA
gi|10 : TT-GATAAA-----G-----AT-TTATTTCTT--TGA-AA-CACC-A-T--TA-A-TA----G----CCC---T-TTT-AT--GT--ACAT-A--------T-GAA---A----------ATTGACGTT--TAGTATC---A-TTGTTTC-----T-TTAC------ATG--CC-CTAG-----TTA-----TAA-AGT----TGC---AAGAA-A---TGTTTT-ATTTAATAGTAT---TTTTAA------AATTAA-----------CAAA----TT------GTTTAT---TGTAAAA-G-CACAA---------GT
gi|11 : ---GTTAT-TAAAT-GTC-ATGTCTGAT-ATGTT--TTTTTTTATTA----TTATTATTT---GATTATCATGCATTTT--ATAAA-GTACAA-TGTATTTATGTTATTATCATGTATA
gi|12 : atttttgattgtagatgtacacgacacgacaGAGACG----AC-TTCCTAAT-A-TAAC-CC-A-TAC-GA-AATT-AAG-G-CA-TAACTCTATT-TTG-AATTAT-----G-----AC-TTATATAGA--TGT-AA-TATC-A-T--TT-C-TA----G----TCCA--A-ATT-GT--GA--A--T-G--------T-GGc
gi|13 : gTTAT-C-----A-TGTATTTAT-CAAAC---AACATGAA------GTTG-A--TT--ATC--AAT--ATTTTG-------AA-----------T-AT--TT-GC--A--TAGATG-TTAGCAGCTATT---AAATG---T-AT--TT-ATATA--AGACGTT-TGCAATG-GC-------------GTATATCA----------------TTGTtcttcaagaagatactt
gi|14 : ---TGTATAG---AAC---GTTAT--AGAT-GCCCATGCCT-AT-ATGTT--TTTTTT----A----TT-T--------AATTACCACGCTTTTTTTATAAAAGTACAAATGTATTTATGTAATTATAATGTATA
gi|15 : aCCCTT-CTTA------TTTTTCTGTTGGTAATAGA-A----AC---CTGAAT-A-TCGA-AC-A-CAC-CC-ATCC-TCG-T-TA-TAACTGTGT--CTT-AATAGG-----G-----AT-TTATTTAGC--TGT-AA-T
gi|16 : G---AAC---GTTAT-AAGAT-GCC-ATGCCTTAT-ATGTT--TTTTTT----A----TT-T--------AATTACCACGCTTTTT--ATAAA-GTACAA-TGTATTTATGTAATTATAATGTATA
gi|2 : AGACTAGA-CA-TCT-GAAACTCTATCAAATTTT-G--TAAAA-T-GCATTCGATTAA---TTCTAAAAAA----T-CTCC-TCCCTTGT--A------TTTCTCTATTGG--AGAGA-G----AC-GTTTAAAT-A-TTAT-AC-A-TAC-AA-GGCT-TCG-A-CA-TAACTGCATT-CTT-AATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--TG-G-CA----G----CCC-----TTT-AT--GC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGAT--GACTACC---A-TTATTTC-----T-TTTC------ATG--TA-ACAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---CAGAT-A---TGAACT-ATTTAACAAAAT---ATTCAA------TATTGA-----------AAAA----CT------GAAAAT---TGTAAAT-A-CACAT---------GTTCTGCT------GTGGGG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----G-AA--AATGAA-AATC-TT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-AATATTTAT-TAAAC---AA-A-GTT------GTCG-A--TTTAATC--AAT--AATTCT-------AA-----------TGAT--GT-AC--A--TCAATA-TCAA-A-----T---ACGTA---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TAC-ATGTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-GCA----TATATAG---AAC---GTTAT-TAGAT-GCC-ATGTCTGAT-ATGTTTGTTTTTT----GGTTTTT-TTCTTCTTTTATTACCATGCATTTT--ATAAA-GCACAT-TGTATTTATGTTATTATCTTATATA
gi|3 : AGACTAGAACG-TCT-GAGACT--ATCAAAATTTTG--TAAAAAT-GCATC-AGTAA----TTCTAAAAAA-AA-T-ATTC-TCCCTTGC--G------TTTCTTTTTTGG--A-AGA-GCCGAAC-GTTTCA-T-A-TTATTAT-A-TAC-AAAGGCTGTCG-A-CAATAACTGCATTCCTT-AAT-AA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--TG-A-CA----G----GCC---C-TTT-AT--GC--ACTTGG--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGATGAGACTATCA--A-TTATTTC-----T-TTTCAACACAATG--TA-ACAA-----GTA-----CAGAAAA----TG----CAGAC-A---TGAACT-ATTTACAAAAAT---ATTCAA------TACTGA-----------AAAAACC-CG------GAAAAT---TGTAAAT-A-TACAT---------GTTCTGCT------ACGGTG---TGA-C--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----GAAA--AATGAA-CATCTTT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-CATA-TTAT-AATAC---AA-A-GAA------GTCGAA--TTTATTC--AAT--ATTTCT-------AA-----------TGAT---T-ACAAA--TCAATA-TCAGTA-----C---ACGTG---TAAT--GTAGTGT---AGACACC-TAC-A-GTAT-------------GTATATCA----------------ATGTAT----A-GTAT---TATACAGTAAAAC---CTCAG-TATATCGCC-
gi|4 : ggAGACTAGAACG-TCT-GAGACT--ATCAAATTTT-G--TAAAA-T-GCATC-AGTAA----TTCTAAAAAA-AAAT-ATTC-TCCCTTGC--G------TTTCTTTTTTGG--AGAGA-G----AC-GTTTACAT-A-TTAT-AT-A-TAC-AA-GGCT-TCG-A-CA-TAACTGCATT-CTTTAATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--TG-A-CA----G----CCC-----TTT-AT--GC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGAT--GACTATC---A-TTATTTC-----T-TTTC------ATG--TA-ACAA------TA-----CAG-AAA----TGC---CAGAC-A---TGAACTTATTTAACAAAAT---ATTCAA------TACTGA-----------AAAAAACCCG------GAAAAT---TGTAAAT-A-TACAT---------GTTCTGCT------ACGGTG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----G-AA--AATGAA-CATC-TT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-CATATTTAT-CAAAC---AA-A-GAA------GTCG-A--ATTTATC--AAT--ATTTCT-------AA-----------TGAT--GT-AC--A--TCAATA-TCAG-A-----C---ACGTG---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TAC-A-GTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-GT
gi|5 : g-AA-T-TC-A-T--TG-C-CA----G----CCCTTAA-TTTTGT--GCGAACTT-GGTACCTCGT-GGATGCA----------GTG-AGGAT--GACTACCGAAA-TTATTTCATATCT-TTTC------ATG--TA-ACAAACCTTGTA-----CAG-GAAGAGGTGCGAATAGACTAGGTTAAACT-ATTCAACAAATTAGGATTGAACTTAATTATTGACTTGCCGATATAAAA----CTAACTGAAAAAATATGTATAAGTCACCATATTGAATCATCGTTCTGCTGAGAGAGTGGGG---TGACCTTCTTCTTTATCGGCCTCAAGTAATAATCTGGGGGGAGGCATAG-AACTAATGAATTATC-TTGGAATTCTTTTTTTCCTTATACCCCCTACCCTATTTATGTAAACCAAAA-A-GGAAATGAGGTCG-ATGTTTAATCCAAATTAACTTCTTTTTTGCAATCTTCGGAAACTGATTAGTAAC--AATTCAATATTCAACA-----CCATACGTA---T-ATAAGC-TCGTTAGAGACACCTTAC-AT
gi|6 : TCCATTAAATCATTTTTAAAAA----T-GT-------TTGC--AAAGCACTTTTTCATTTGG--GAAAA-G----ATTGTTTAA-T-A-TAAT-CC-A-TAC-AA-CGTT-AAG-A-CG-CAATTGCATT-------TAAA-----GCTCCGAT-TTATTTCGT--TGT--A-TCTT-A-G--TG-GACA----A----TCCA--A-ATT-GTTAG------T-G--------T-GGAC-TA----------CCGAAAGAT--GCTTACC---ATTTATTTT-----T-TGTC-------TG--TA-AAAA-----ATATAC--TAG-TAC----TGC---TAGAC-A---T----T-GTTTAATGAAA
gi|7 : t-AACAAA-----------AT-TTATTCCGC--TGC-AC-TGTC-A-TATTG-A-CA----G----CTC-----TTT-CT--GT--ACTT-A--------TTAGA--CA----------GAAGAG-AT--GACTATC---A-GTATTTC-----TGTTTC------TTG--TATAAAA-----GTT-----TAG-AGA----TAA---CAGAC-A---TGGATC----------AAT---TTTTTA------TA-TGA-----------CGAA----CT------TCATAT---TGTGAAC-G-CTCGT---------GTTCTGCT------GTGGGGGTATGGC-----TCT--------TTC-ATCAAC----------GAA-----G-AA--AATGAA-TATC-TT----TTat
gi|8 : AGACAAGA-CAGTCT-GAGACTCTATCAAAATTT-G--TAAAT-T-GCAT-CAGTAAA--ATTCTAAAAAACA--TCCCCC-TCCCTTGT--A------TTTTTC--------------G----AC-GTTTAAATAA-TTAT-ACAA-TACAAA-GGCT-TAGAA-CA-TAACTGCATT-CTT--ATAAA-----G-----AT-GTATTTCGCATTGTAAA-TATCAA-T--TGCG-CAC---GGAGTCCT---ATTTT-GC--AC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------t
gi|9 : g------TTTTTCATTTGG--GAAAA-G----ATTGTTTAAAT-A-TAAT-CC-A-TAC-AA-CGTT-AAG-A-CG-CAATTGCATT-------TAAAGCTCCG-----ATGTTATTTCGT--TGT--A-TCTT-A-TG-TG-GACA----A----TCCA--A-ATT-GT---T--AGTC-G--------T-GGAC-TA----------CGGAAAGAT--GCTTACC---ATTTATTTT-----T-TGTC-------TGTTTA-AAAA-----ATATATACTAGTAAC----TGC---TAGAC-A---T
blockSeqs : ACG . CT T T . A . TC ATCA AAA CCCCC AAAGCAC TG TAAT C CCGA T A A . A T A . A A GTC A . A CC TA GCTCCG G AT A . A A . AT GA CGGAGT TTAA T GCGA G GTACCTCG T TG . GA GAAA ATATC G AACACAA TT T T ACCTTG TATAC A GAGG GAA T GGT T AGG T CTTAAT T CTTGCCGATATAAAACTAACTGA ATG CAC TGAATCATC GAGAGA GTA TT TTATCGGC A AATCTGGGGG GCATAG CT TT T GGAA TTTTC CCCCT C GT CAA CAT A AATGAG A TG CA TA T T TTTTTGCAATCTTCGGAAACTGATTAGTAACAAT T CAGCTATT . A AA A TAG T T A T . . AA T TAA . T A C C G . TG GGTTTTTTTCTTCTTTT A TT A A T
blockSeqs : ACG . CT A . . . . CC AA AA CTCC TTA TA AG . . T A . . C . . . . . AA . . . T G GCTCCG . . . . A . . G CG G AA . TAG . . . T . . AA . . A . . C T TAC T . . . . . . C . T AAAAAACCCG . G . . . . . . . GA . A . . . . . C . A T . . . . . A C AATGATTACAAA . CACCAT . . . . A C . . T . . AA . . . A G . . T . . TATTATTATTATTTG T . . . A
blockSeqs : CAG . . T . . . . C A CA ATTC A TT AG . . . A . . T . . . . . TC . . . C A G . . . . A . . . GA G AA . GT . . . T . . AT . . A . . C G . . . . . . . . C . C AAAAACCCG . A . . . . . . . G . C . . . . . T . A A . . . . . T C AATGATGTACA . TAC . . . . . C . . T . . A . . T G . . G . . ATTTA T . . . A
blockSeqs : CA . . A . . . . C . . ATTC G TT GA . . . A . . T . . . . . TC . . . C A G . . . . A . . . A G AT . GA . . . T . . AT . . A . . C G . . . . . . . . C . C CAAATT . A . . . . . . . G . C . . . . . A . A A . . . . . T C AATGATGTACA . AT . . . . . C . . . . . . . T G . . . . . ATTTA A . . . T
blockSeqs : C . . GT G AT GA . . . A . . T . . . . . TC . . . C A G . . . . A . . . C G AA . GC . . . C . . A . . A . . C A . . . . . . . . G . T AAAACT . A . . . . . . . G . T . . . . C . A G . . . . . C C AATATTTGCA . AC . . . . . C . . . . . T . .
blockSeqs : A AT A . . . A . . A . . . . . AA . . . C A G . . . . C . . . G G T . GC . . . T . . A . . T . . A G . . . . . . . . T . . CGAACT . G .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . TA . . . . A G . . . . G . . . A G C . GC . . . C . . A . . . . . A A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . AA . . . . . G . . . . A . . . A A . . GT . . . . . . A . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . C . . . C G . . AC . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A A . . T . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ** A*** A*** ATTC** TT GG** ** A** G******** ********** G****** C* C* AATGATGTACA************************* *** ************* **************** *** T* ATTTN*****************
originalCons : AGACTAGAACGGTCT-GAGACTCTATCAAAATTT-G--TAAAA-T-GCATCCAGTAAA--ATTCTAAAAAA-A--T-NTCC-TCCCTTGC--A------TTTTTCTTTTGG--AGAGA-G----AC-GTTTAAAT-A-TTAT-AC-A-TAC-AA-GGCT-TAG-A-CA-TAACTGCATT-CTT-AATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--TG-G-CA----G----CCC---A-TTT-GT--GC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGAT--GACTACC---A-TTATTTC-----T-TTTC------ATG--TA-ACAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---CAGAC-A---TGAACT-ATTTAACAAAAT---ATTCAA------TATTGA-----------AAAA----CT------GAAAAT---TGTAAAT-A-CACAT---------GTTCTGCT------GCGGGG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----G-AA--AATGAA-CATC-TT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-CATATTTAT-CAAAC---AA-A-GNA------GTCG-A--TTTAATC--AAT--ANTTCT-------AA-----------TGAT--GT-AC--A--TCAATA-TCAGCA-----C---ACGTG---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TAC-ATGTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-GTAT---TATATAG---AAC---GTTAT-TAGAT-GCC-ATGTCTGAT-ATGTT--TTTTTT----A----TT-TTATTC---GATTACCACGCATTTT--ATAAA-GTACAA-TGTATTTATGTTATTATCATGTATA
finalCons : AGACTAGAACGGTCT-GAGACTCTATCAAAATTT-G--TAAAA-T-GCATCCAGTAAA---TTCTAAAAAAA---TATTC--TCCCTTGC--A------TTTTTCTTTTGGGG--AGA-G----AC-GTTTAAAT-A-TTAT-AC-A-TAC-AA-GGCT-TAG-A-CA-TAACTGCATT-CTT-AATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--TGA--CAG--------CCC---A-TTT-GT--GC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGAT--GACTACC---A-TTATTTC-----T-TTTC------ATG--TA-ACAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---CAGAC-A---TGAACT-ATTTAACAAAAT---ATTCAA------TATTGA-----------AAAA----CT------GAAAAT---TGTAAAT-A-CACAT---------GTTCTGCT------GCGGGG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAGG------AA--AATGAAC-ATC-TT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-CATATTTATC-AAAC---AA-A-GNA------GTCG-A--TTTAATC--AAT--ANTTCTAATGATGTACA-------------------------TCAATA-TCAGCA-----C---ACGTG---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TAC-ATGTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-GTAT---TATATAG---AAC---GTTATT-AGAT-GCC-ATGTCTGAT-ATGTT--TTTTTTATTTN-----------------ATTACCACGCATTTT--ATAAA-GTACAA-TGTATTTATGTTATTATCATGTATA
Alignments
lowQualScore : 3333 11 11 11 11111 22222222222222 111111111 11 11 11111111111 11 111 111 22222 11111111 1111111111 11111 11111 1111111 111111 11111 111 111111 222222222222222222222222222 111 222222222 111111 111 22222222 2222222222 2222222 11 1111 22222 11111 11 111 111111 555555555555555555555555555555555555 33333333333 111 111 4444444444444 5555555555555555 222222 2222 111 111 11 11 77777777777777777777777 111
lowQualScore : 0000 8 33 1 8 11 8 8 66 6 44444 3 77777777777777 777777777 33 00 1 4 9999 8 1 4 4 1 4 4 4 4 8 555 4 4 4 77 44 22222222222 3 00 3 3 1 3 7 88 3 222 222 99999 7 888888 3 33333333 3 77 7777777777 0 66 33333 11111 8 7777777 66 4 1 333333 88888 8 9999 777 4 777 5 0 000 5 666666 2 888888888888888888888888888 0 000 666 222222222 999999 0 111 99 44444444 6 9999999999 1111111 99 00 6 4444 00000 66666 6 00 111 888 1 999999 6 99 99 99 1 1 333333333333333333333333333333333333 6 55555555555 111 6 99 6 888 1 6 6 7 0 4444444444444 3333333333333333 111111 4444 444 111 00 1 6 6 8 8 11 8 00000000000000000000000 1 222 8 8 1
lowQualScore : .... . .. . . .. . . .. . ..... . .............. ......... .. .. . . .... . . . . . . . . . . ... . . . .. .. ........... . .. . . . . . .. . ... ... ..... . ...... . ........ . .. .......... . .. ..... ..... . ....... .. . . ...... ..... . .... ... . ... . . ... . ...... . ........................... . ... ... ......... ...... . ... .. ........ . .......... ....... .. .. . .... ..... ..... . .. ... ... . ...... . .. .. .. . . .................................... . ........... ... . .. . ... . . . . . ............. ................ ...... .... ... ... .. . . . . . .. . ....................... . ... . . .
lowQualScore : 0000 0 66 4 0 00 0 0 00 7 22222 5 88888888888888 555555555 00 11 9 4 4444 9 9 4 4 3 4 4 4 4 9 888 4 4 4 33 88 77777777777 6 00 3 3 2 6 3 66 6 777 777 88888 3 666666 6 22222222 6 88 5555555555 3 11 22222 11111 9 6666666 11 4 9 000000 99999 9 4444 888 4 888 0 2 000 3 444444 3 999999999999999999999999999 3 000 777 999999999 222222 7 777 22 22222222 7 2222222222 7777777 22 33 7 2222 00000 77777 7 33 777 777 0 222222 7 22 22 22 0 0 333333333333333333333333333333333333 7 00000000000 777 7 22 7 333 0 7 7 3 8 0000000000000 0000000000000000 888888 8888 000 777 22 0 7 7 2 0 00 0 00000000000000000000000 0 444 0 0 4
consensus : AGACTAGAACGGTCT-GAGACTCTATCAAAATTT-G--TAAAA-T-GCATCCAGT-AAA-T--TCTAAAAAAA--TAT---CC---TCCCTTGC--A------TTTTTCTTTTGGGGAGA-G----AC-GTTTAAAT-A-TTAT-AC-A-TAC-AA-GGCT-TAG-A-CA-TAACTGCATT-CTT-AATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--T-G---ACAG---CCC---A-TTT-GT--GC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGAT--GACTACC---A-TTATTTC-----T-TTTC------ATG--TA-ACAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---CAGAC-A---TGAACT-ATTTAACAAAAT---ATTCAA------TATTGA-----------AAAA----CT------GAAAAT---TGTAAAT-A-CACAT---------GTTCTGCT------GCGGGG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----G-AA--AATGAA-CATC-TT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-CATATTTAT-CAAAC---AA-A-GNA------GTCG-A--TTTAATC--AAT--ANTTCT-------AA-----------TGAT--GT-AC--A--TCAATA-TCAGCA-----C---ACGTG---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TAC-ATGTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-GTAT---TATATAG---AAC---GTTAT-TAGAT-GCC-ATGTCTGAT-ATGTT--TT-TTTT----------A------------TTTGATTACCACGC--ATTTTAT-AAAGTAC-AATGTATTTATGTTATTATCATGTATA
Reference ( family-240 ) : AGACTAGAACGGTCT-GAGACTCTATCAAAATTT-G--TAAAA-T-GCATCCAGT-AAA-T--TCTAAAAAAA--TAT---TC---TCCCTTGC--A------TTTTTCTTTTGGGGAGA-G----AC-GTTTAAAT-A-TTAT-AC-A-TAC-AA-GGCT-TAG-A-CA-TAACTGCATT-CTT-AATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--T-G---ACAG---CCC---A-TTT-GT--GC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGAT--GACTACC---A-TTATTTC-----T-TTTC------ATG--TA-ACAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---CAGAC-A---TGAACT-ATTTAACAAAAT---ATTCAA------TATTGA-----------AAAA----CT------GAAAAT---TGTAAAT-A-CACAT---------GTTCTGCT------GCGGGG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----G-AA--AATGAA-CATC-TT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-CATATTTAT-CAAAC---AA-A-GNA------GTCG-A--TTTAATC--AAT--ANTTCT-------AA-----------TGAT--GT-AC--A--TCAATA-TCAGCA-----C---ACGTG---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TAC-ATGTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-GTAT---TATATAG---AAC---GTTAT-TAGAT-GCC-ATGTCTGAT-ATGTT--TT-TTTT----------A------------TTTNATTACCACGC--ATTTTAT-AAAGTAC-AATGTATTTATGTTATTATCATGTATA
gi|1 : AGGCCAGA-CAGTCTTGAGACTCCATCAAAATTT-GGTTAAGA-TTGCATC-AGT-AAAAT--TCTAAAAAA---CAT---CCCCCTCCCTTGT--A------TTTTTC------------G----AC-GTTTAAAT-AATTAT-AC-AATAC-AAAGGCT-TAG-AACA-TAACTGCATT-CTT-A-TAAA-----G-----AT-GTATTTCGCATTGT-AAATATC-AAT--T-GCGCACGGAGTCCT---A-TTTTGC--AC--ACTT-G--------T-GGAT-CATCATNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNN---N-NNATTTT-----TGTTTC------ATG--CA-ATAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---TAGAT-A---TGAACT-ATTTAACAAAAT---ATG-AA------CATTGA-----------AAAA----CT------TGGAAT---TGTCAAT-A-CACAT---------GTACTACT------GTGGGG---TGACC--CTTAT--------CTC-AGTAAT----------GAA------------------------T----TTCTTT-----CTTATAC-----A-CAAGT--------AC---AC-T-GCA------GTCA-A--TTTAATC--AAT--AATC--------------------------------------TCAATA-TCAG-A-----T---ACGTATATT-AT--GT-GTGT---AGACA-C-TAG-ATGTATATCTATGNGATTCGTATATCATGTGTGTAGACACTAGATGTATATCTATGTATAAATATATAG---AACTAAG-TATATACAT-GCC-ATGTCTAATAATGTC--TGATTTT----------A------------TTCGATCACCATGC--ATTTTAT-AAAATAC-AATGTATTTACGTTATCATCATGTATA
gi|10 : TT-GATAAA-----G-----AT-TTATTTCTT--TGA-AA-CACC-A-T--T-A---ATAG---CCC---T-TTT-AT--GT--ACAT-A--------T-GAA---A----------ATTGACGTT--TAGTATC---A-TTGTTTC-----T-TTAC------ATG--CC-CTAG-----TTA-----TAA-AGT----TGC---AAGAA-A---TGTTTT-ATTTAATAGTAT---TTTTAA------AATTAA-----------CAAA----TT------GTTTAT---TGTAAAA-G-CACAA---------GT
gi|11 : ---GTTAT-TAAAT-GTC-ATGTCTGAT-ATGTT--TT-TTTTTATTATTATTA------------TTTGATTATCATGC--ATTTTAT-AAAGTAC-AATGTATTTATGTTATTATCATGTATA
gi|12 : atttttgattgtagatgtacacgacacgacaGGAGACG----AC-TTCCTAAT-A-TAAC-CC-A-TAC-GA-AATT-AAG-G-CA-TAACTCTATT-TTG-AATTAT-----G-----AC-TTATATAGA--TGT-AA-TATC-A-T--T-T---CTAG---TCCA--A-ATT-GT--GA--A--T-G--------T-GGc
gi|13 : TTAT-C-----A-TGTATTTAT-CAAAC---AACATGAA------GTTG-A--TT--ATC--AAT--ATTTTG-------AA-----------T-AT--TT-GC--A--TAGATG-TTAGCAGCTATT---AAATG---T-AT--TT-ATATA--AGACGTT-TGCAATG-GC-------------GTATATCA----------------TTGTtcttcaagaagatactt
gi|14 : ---TGTATAG---AAC---GTTAT--AGAT-GCCCATGCCT-AT-ATGTT--TT-TTTT----------A------------TTTAATTACCACGCTTTTTTTATAAAAGTACAAATGTATTTATGTAATTATAATGTATA
gi|15 : aCCCTT-CTTA------TTTTTCTGTTGGTAATA-G----AA-ACCTGAAT-A-TCGA-AC-A-CAC-CC-ATCC-TCG-T-TA-TAACTGTGT--CTT-AATAGG-----G-----AT-TTATTTAGC--TGT-AA-T
gi|16 : G---AAC---GTTAT-AAGAT-GCC-ATGCCTTAT-ATGTT--TT-TTTT----------A------------TTTAATTACCACGC--TTTTTAT-AAAGTAC-AATGTATTTATGTAATTATAATGTATA
gi|2 : AGACTAGA-CA-TCT-GAAACTCTATCAAATTTT-G--TAAAA-T-GCATTCGAT-TAA-T--TCTAAAAAA---TCT---CC---TCCCTTGT--A------TTTCTCTATTGGAGAGA-G----AC-GTTTAAAT-A-TTAT-AC-A-TAC-AA-GGCT-TCG-A-CA-TAACTGCATT-CTT-AATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--T-G---GCAG---CCC-----TTT-AT--GC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGAT--GACTACC---A-TTATTTC-----T-TTTC------ATG--TA-ACAA-----GTA-----CAG-AAA----TGC---CAGAT-A---TGAACT-ATTTAACAAAAT---ATTCAA------TATTGA-----------AAAA----CT------GAAAAT---TGTAAAT-A-CACAT---------GTTCTGCT------GTGGGG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----G-AA--AATGAA-AATC-TT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-AATATTTAT-TAAAC---AA-A-GTT------GTCG-A--TTTAATC--AAT--AATTCT-------AA-----------TGAT--GT-AC--A--TCAATA-TCAA-A-----T---ACGTA---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TAC-ATGTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-GCA----TATATAG---AAC---GTTAT-TAGAT-GCC-ATGTCTGAT-ATGTTTGTT-TTTT----------GGTTTTTTTCTTCTTTTATTACCATGC--ATTTTAT-AAAGCAC-ATTGTATTTATGTTATTATCTTATATA
gi|3 : AGACTAGAACG-TCT-GAGACT--ATCAAAATTTTG--TAAAAAT-GCATC-AGT-AA--T--TCTAAAAAAAA-TAT---TC---TCCCTTGC--G------TTTCTTTTTTGGA-AGA-GCCGAAC-GTTTCA-T-A-TTATTAT-A-TAC-AAAGGCTGTCG-A-CAATAACTGCATTCCTT-AAT-AA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--T-G---ACAG---GCC---C-TTT-AT--GC--ACTTGG--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGATGAGACTATCA--A-TTATTTC-----T-TTTCAACACAATG--TA-ACAA-----GTA-----CAGAAAA----TG----CAGAC-A---TGAACT-ATTTACAAAAAT---ATTCAA------TACTGA-----------AAAAACC-CG------GAAAAT---TGTAAAT-A-TACAT---------GTTCTGCT------ACGGTG---TGA-C--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----GAAA--AATGAA-CATCTTT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-CATA-TTAT-AATAC---AA-A-GAA------GTCGAA--TTTATTC--AAT--ATTTCT-------AA-----------TGAT---T-ACAAA--TCAATA-TCAGTA-----C---ACGTG---TAAT--GTAGTGT---AGACACC-TAC-A-GTAT-------------GTATATCA----------------ATGTAT----A-GTAT---TATACAGTAAAAC---CTCAG-TATATCGCC-
gi|4 : ggAGACTAGAACG-TCT-GAGACT--ATCAAATTTT-G--TAAAA-T-GCATC-AGT-AA--T--TCTAAAAAAAAATAT---TC---TCCCTTGC--G------TTTCTTTTTTGGAGAGA-G----AC-GTTTACAT-A-TTAT-AT-A-TAC-AA-GGCT-TCG-A-CA-TAACTGCATT-CTTTAATAAA-----G-----AT-TTATTTCGC--TGT-AA-TATC-A-T--T-G---ACAG---CCC-----TTT-AT--GC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------GTGGAGGAT--GACTATC---A-TTATTTC-----T-TTTC------ATG--TA-ACAA------TA-----CAG-AAA----TGC---CAGAC-A---TGAACTTATTTAACAAAAT---ATTCAA------TACTGA-----------AAAAAACCCG------GAAAAT---TGTAAAT-A-TACAT---------GTTCTGCT------ACGGTG---TGACC--CTTCT--------CTC-AGTAAT----------GAG-----G-AA--AATGAA-CATC-TT----TTCTCT-----CTTATAC-----A-CATATTTAT-CAAAC---AA-A-GAA------GTCG-A--ATTTATC--AAT--ATTTCT-------AA-----------TGAT--GT-AC--A--TCAATA-TCAG-A-----C---ACGTG---T-AT--GT-GTGT---AGACACC-TAC-A-GTAT-------------GTATATCA----------------ATGTATA---A-GT
gi|5 : g-AA-T-TC-A-T--T-G---CCAG---CCCTTAA-TTTTGT--GCGAACTT-GGTACCTCGT-GGATGCA----------GTG-AGGAT--GACTACCGAAA-TTATTTCATATCT-TTTC------ATG--TA-ACAAACCTTGTA-----CAG-GAAGAGGTGCGAATAGACTAGGTTAAACT-ATTCAACAAATTAGGATTGAACTTAATTATTGACTTGCCGATATAAAA----CTAACTGAAAAAATATGTATAAGTCACCATATTGAATCATCGTTCTGCTGAGAGAGTGGGG---TGACCTTCTTCTTTATCGGCCTCAAGTAATAATCTGGGGGGAGGCATAG-AACTAATGAATTATC-TTGGAATTCTTTTTTTCCTTATACCCCCTACCCTATTTATGTAAACCAAAA-A-GGAAATGAGGTCG-ATGTTTAATCCAAATTAACTTCTTTTTTGCAATCTTCGGAAACTGATTAGTAAC--AATTCAATATTCAACA-----CCATACGTA---T-ATAAGC-TCGTTAGAGACACCTTAC-AT
gi|6 : TCCATT-AAA-TCATTTTTAAAAA--TGT---T---------TGC--AAAGCACTTTTTCATTTGGGAAAA-G----ATTGTTTAA-T-A-TAAT-CC-A-TAC-AA-CGTT-AAG-A-CG-CAATTGCATT-------TAAA-----GCTCCGAT-TTATTTCGT--TGT--A-TCTT-AGT--G-G---ACAA---TCCA--A-ATT-GTTAG------T-G--------T-GGAC-TA----------CCGAAAGAT--GCTTACC---ATTTATTTT-----T-TGTC-------TG--TA-AAAA-----ATATAC--TAG-TAC----TGC---TAGAC-A---T----T-GTTTAATGAAA
gi|7 : t-AACAAA-----------AT-TTATTCCGC--TGC-AC-TGTC-A-TATT-G---ACAG---CTC-----TTT-CT--GT--ACTT-A--------TTAGA--CA----------GAAGAG-AT--GACTATC---A-GTATTTC-----TGTTTC------TTG--TATAAAA-----GTT-----TAG-AGA----TAA---CAGAC-A---TGGATC----------AAT---TTTTTA------TA-TGA-----------CGAA----CT------TCATAT---TGTGAAC-G-CTCGT---------GTTCTGCT------GTGGGGGTATGGC-----TCT--------TTC-ATCAAC----------GAA-----G-AA--AATGAA-TATC-TT----TTat
gi|8 : AGACAAGA-CAGTCT-GAGACTCTATCAAAATTT-G--TAAAT-T-GCAT-CAGTAAAA-T--TCT-AAAAAA--CATCCCCC---TCCCTTGT--A------TTTTTC------------G----AC-GTTTAAATAA-TTAT-ACAA-TACAAA-GGCT-TAGAA-CA-TAACTGCATT-CTT--ATAAA-----G-----AT-GTATTTCGCATTGTAAA-TATCAA-T--T-GCGCACGGAGTCCT---ATTTT-GC--AC--ACTT-G--------T-GGAT-CA----------t
gi|9 : g------TTTTTCATTTGGGAAAA-G----ATTGTTTAAAT-A-TAAT-CC-A-TAC-AA-CGTT-AAG-A-CG-CAATTGCATT-------TAAAGCTCCG-----ATGTTATTTCGT--TGT--A-TCTT-A-TG-TGG---ACAA---TCCA--A-ATT-GT---T--AGTC-G--------T-GGAC-TA----------CGGAAAGAT--GCTTACC---ATTTATTTT-----T-TGTC-------TGTTTA-AAAA-----ATATATACTAGTAAC----TGC---TAGAC-A---T