lowQualScore                  :                                                         11111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                         22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222          
lowQualScore                  :                                         1111111         11111111111111111111111111111111           11111111111111              111111111111        111111                       22222222222222222    11    11       222222222222                 111                       22222222222222                 999999999999999999                 11111       1               88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888   111            666666666666666666666666666           111      11   11        2222222222    22             5555555555555555555555555555555555555               11   1111    4444444444                 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888      1   
lowQualScore                  :            6   33 2     77 2      2     5555555  444 2  33333333333333333333333333333333 8888888   00000000000000 2  444   1   999999999999  33    111111    2      33   888    33333333333333333    00    33    8  222222222222   88    66   1  222  4   777     4  44  4 66666666666666  4  4    6      888888888888888888          6      00000       1     5  77 0   44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444   444     6   8  111111111111111111111111111    8 2  8 444 8    11   99        3333333333    22  3 0 8 0    4444444444444444444444444444444444444 0  8    88  8 11   5555    2222222222            6  0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999      5   
lowQualScore                  :            .   .. .     .. .      .     .......  ... .  ................................ .......   .............. .  ...   .   ............  ..    ......    .      ..   ...    .................    ..    ..    .  ............   ..    ..   .  ...  .   ...     .  ..  . ..............  .  .    .      ..................          .      .....       .     .  .. .   ..................................................................................................................................................................................................   ...     .   .  ...........................    . .  . ... .    ..   ..        ..........    ..  . . . .    ..................................... .  .    ..  . ..   ....    ..........            .  . ...................................................................................      .   
lowQualScore                  :            2   99 9     33 7      7     3333333  777 7  55555555555555555555555555555555 1111111   00000000000000 7  777   1   222222222222  99    111111    9      88   888    77777777777777777    66    88    9  222222222222   88    11   9  222  4   888     4  88  4 22222222222222  4  4    5      888888888888888888          7      88888       4     7  99 1   11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111   000     4   0  000000000000000000000000000    0 8  0 000 0    00   88        6666666666    00  8 6 0 8    2222222222222222222222222222222222222 8  0    88  0 00   4444    8888888888            0  6 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666      0   
consensus                     :     TAAGTAA-GTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------CA---C-TG-----------------T-T------------A-------AAT--------A-----A-CA---TGAGCTC---TA--G--T-GA--GCTC------TTTA-ACCGAC-TATC-A-CAGA--CA---AAA---T---ACAT--ATATT-AATA-AAACT--AA-----AAC-TACCA--TGCAGA---AC-ATA---CACAT-ATA-CT-C------------C-AT-GC-AGAAACACACA-ATATAATTAT---TA--TACATATTTA-CACACA-TAA-ATTATGA-AAATA-AA--TAAAA--A-------TAAG------AAATTTGA---CATATCCAA--CAG--AANGCA-GA-A--AAAA--------GCAAT-TC-A-CAAGGCA---GTTTAA-ATAC-TACAA--A-CAAGNC---G--TATAAAG-CTAAAAGA-GT-A---TC-C-----------T---AANANC--AA-CGAAAATAACAC--TAG---GAAAANTAT-AA---TTA-----GA-A-A-GAT-TA-GTTAAA-AAAA-C---G-CAAA--ATTA-TAAAAAGTAT-----T--CAAA-AATAAAT-AACTGAA-----TTACAAA-GGA---GTAGAA-A-----TTAAGACA-GAGTA-GG-C--CAA--G-GTGTATAT--ATANATAAAAAAAAAAATAAAT-------A-GACTTTTTACTAAATTGACCATANCATGAAACTGTAGTTATGATGAGGGAAATGGGAGGTCCAAGAGTCCT--CCTCCAGCAC
Reference ( gi|2 )            :     TAAGTAA-GTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------CA---C-TG-----------------T--------------A-------AAT--------A-----A-CA---TGAGCTC---TA--A--T-GA--GCTC------TTTA-ACCGAC-TATC-A-CAGA--CA---GAA---T---ACAT--ATATTAAATA-AAGCT--AA-----AAC-TACCA--TGCAGA---AC-ATA---CACAT-ATA-CT-C------------C-AT-GC-AGAAACACACATATATAATTATACGTG--TACATATTTA-CACACA-TAA-ATTATGA-AAATA-AA--TAAAA----------TAAG------AAATTTGA---CATATTGAA--CAG--AATGCA-GA-A--GAAA--------GCAAT-TC-A-CAATGCA---GTTTAA-ATATGTACAA--A-CAAAGC---A--TATAAAG-CTAAAAGA-AT-A---TC-C-----------T---AATATC--AA-TGAAAATAATAC--TAG---GAAAAGTAT-AA---TTA-----GA-T-A-GATCTA-G-TAAA-AGAA-C---G-CAAA--ATTT-TAAAAAGTAT-----T--CAAA--ATAAAT-AACTGA------TTACAAG-GGA---GTCGAA-A-----TTAAGACA-GAGTA-GG-C--CAA--G-GTGTATAT--ATATATAAAAAAAAAAATAAATGAATAAGAAGACTTTTCACAAAACTGAC-ATAGCATGAAACT-T-GTTGTG----GGG--TTGGG----CCAA---TCCCTACCTCCACCAC
gi|13                         :     TAAGTAA-GTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------CA---C-TG-----------------T--------------A-------TAC--------A-----A--A---TAA---C-------A--T-GA--GCTC------TTTA-ATCGAC-TATC-A-CAGA--CA---AAA---T---ATAC--AT----AATA-AAACT--AA-----AAC-TA
gi|12                         :     TAAGTAA-GTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------CA---C-TG-----------------T--------------A-------TAC--------AT----A-TA---TAA---CAAATAACA--T-GA--GCTC------TTTA-ACCGAC-TAT
gi|19                         :    gTAAGTAA-GTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------CA---C-TGCATGTATACATATATAAC--------------A-------AAT--------A-----A-CA---TGAGCTC---Tatctcaccatctaaattgatggggtatcaaagta
gi|21                         :    gTAAGTAA-GTA--A-ATTTTTTA-TTTAAA-GTCGG-------CA---C-TG-----------------T--------------A-------
gi|3                          :      AAGTAA-GTAGTA-ATTTTTTA-TTTAAA-GTCGG-------CA---C-TG-----------------TGTACATATATAAC-A-------AAT--------A-----A-CA---TGAGCTCT--TA--G--T-GA--GCTC------TTTA-ACCGAC-CATC-A-CAGA--CA---AAA---T---ACAT--ATATT-AATA-AAACTA-AA-----AAC-TACCA--TG-AGAG--AC-ATA---CACATCATAGCT-C------------CGAT-GC-AGAAACACAAA-ATATA------------TACATAT----------------TTATGA-AAATA-AA--TAAAA----------TAAGTTAAGAAAATTTGA---CATACC-AA--CAGA-AATAAATAA-A--TAAA--------GCAAT-TC-A-CAAAGCA---TTTTAA-A----TACAA--A-CAAAGC---A--TATAAAG-CT--AAGA-GT-A---TCAC-----------TTGAAAAAAC--AA---AAAA----AC--TAG---GAAAAATAT-AA---TTA-----GA-A-A-GA--TA-G-TAAA-AAAACC---G-CAAA--ATTA-TAAAAAGTAT-----T--CAAA--AT-AAT-AACTGA-------TACAAA-GGA---GTAGAA-A-----TT-AGACA-GAGTA-GG-C--CAA--A-GTGTGTAT--A-AAATAAAAAAAAGA-------------AAGACTTTTAACTAAAt
gi|4                          :   aagAAGTA--GTA--A-ATTTT--ACTTTGAA-GTCGG-------CA---C-TGATATAAA----------C--------------A-------AAT--------A-----A-CA---TGA-CTC---T---G--T-GA--GCTCT-----TTTA-ACCGAC-TATC---CAGA--C-----AA---T---AC-T--CTATT---TA-AAACT---A-----AAC-TACAT--TGC--G---AC-A-A---C-CAT-ATA-CC-C------------C-AT-GCAAGAAACACACAACTAT--CTAT---------CATATTTA-CACACA-T-T-ATAATGACCAATA-AA--T---T----------TAAG---------TTTCAATCCACATTTAAAGCAGATAAT-TA-AA-A--GA------------AGT-TC-A-CAAGGC-----TTTTA-CTTTTTACAATTC-CAAGTCTTTA--TATTAAGCCTAAAAGGTGT-A---TC-----------------ACTGTG--AA-TTAAA--AACACGTTAGAACGATGATTATGAA---TTACTATGGAGTGA-AATC---GTTAAACAAAA-C---G-CAAA--ATTA-TAAAAAGT-T-----T--CAAA--ATAACTGAACT-----------CAAA-GG----GTAGAC-ATTTTTTTAAG-CA-GAGT--GG-CCACAA--G-GTAC---------TATAAAATAAAAAATAAATt
gi|15                         : gtaacAAGTAAAGTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------CA---C-TG-----------------TGTACATTAATAAC-A-------AAT--------A-----A-CA---TGAGCTC---TA--G--T-GA--GCTC------TTTA-CCAGAC-TAa
gi|18                         :     aAATTAA-ATA--A-TATCT--A-TTTAAA-GTCGAGTATA--CA---T-TA-----------------C--------------A-------AAT--------A-----A-CA---TTAGTTC---TA--A--T-GA--GCTA------TTTA-at
gi|11                         :  atcaAAGTAA-GTG--A-ATTTT--A-TCTAAA-GTCGGTAGAATCTA---C-TG-----------------T--------------ATACATATAATAAACAGTCA-----A-CA---CAAGCT----TA--G--CAGA--GATT------TTTA-TTCGAC-TATC------------------------ACAT--AAATCAAAGACAAATT--AA-----GAC--A-CA--T--AAA---AC-ATG---CATAT-ATA-Ccc
gi|5                          :       AGTAAAGTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------TA---C-TG-----------------TGTACATATGTAAC-A-------AAT--------A-----A-CA---TGAGCTC---TA--G--T-GA--GCTC------TTTA-ACCGAC-TATC-A-CAGA--CA---AAA---T---ACAT--ATAGTTAATA-AAACTA-AA-----AAC-TACCA--TGCAGA---AC-ATA---CACAT-ATA-CT-C------------C-AT-GC-AGAAACACACA-ATATA--------TA--TAGATATTTA-CACACA-TAA-ATTATGA-AAATA-AA--TGAAAATAAGT----TAAG------AAATTTGA---C--ATCCAA--CAG--AAAGCA-GA-
gi|8                          :       AGTAA-GTA--AGATTTT--A-TTTAAAAGTCGG-------CA---C-TGGTGTACATATATA----C--------------A-------AAT--------A-----AACA---TTGACTC---TA--G--T-GA--GCTC------TT-A-ACCGAC--ATC-A-CAGA--CA---AAA---T---ACATT-ATATTAAATA-AA------------AAC-TACCA--TGCAGA---AC-ATG---CACAT-ATA-CT-C------------C-AT-GC-AGAAACACAC-------ACTATATGTA--TACATATTTA-CACACA-TAA-ATTATGA-AAATA-AA--TAAAATAAGT-----TAAG------AAATTTGA---C--ATCCAA--CAG--AAAGCA-GA-taaattaaaagataaattagaagatatcttaaaaacttttatgagatattttatcaaatttatgtgaactctagacggcgtgccatacacggtagatcaaaggta
gi|9                          :          AA-GTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------TA---C-TA-----------------TATACATGTAAAC--A-------AAC--------A-----A-CA---CAAGCTC---TG--T--A-GA--GCTT------TTTA-TCCGAC-TATCAA-CATA--AATTTAAA---TTTAAAAC--GTATTAAATT-AAGACAAAA-----AACATAACA--TGC------AT-ATA---TACAT-GTA-CG-C------------CTATAAC-AAAGACAGTCAAATAAAATtaaatta
gi|17                         :        tcAA-GTA--A-ATTT---A-TTTAAA-GT-GG-------TA---C-TA-----------------TATGACATATAACAAA-------AAG--------A-----A-CA---CAAGCTC---TG--T--A-GA--GCTT------TTTA-gc
gi|10                         :              TA--A-GCTTT--A-CTTAAA-GTCGG-------CAAGTCATA-----------------TATAACA--------A-------AGT--------A-----A-CA---TAAGCTC---CA--G--A-GA--GCTT------TTTAGACCGAC--ATA-A-C------------T---T---ATAT--ATACTTTATACAGGTT--AC-----AGC--ACCA--TTNAGACCGAC-ATAACTTATAT-ACA-CT-T------------T-AT-AC-tca
gi|14                         :                    gaTTT--A-TCTAAA-GTCGG-------CA-----TA-----------------TCG------------A-------AAC--------AGTTCGA-CA---TGCGCTC---TA--G--A-AA--GCCT------TTGA-ACCAACATATA-A-CATA--C
gi|1                          :                                                      agc-----------------T--------------A-------AAC--------A-----T-CAGACTGAGCTCAG-TA--AGTC-GAAGGCTCAATTAATTTA-ACCGAC-TATC-AACAGAACCA---AAAATAT---ACACTGATAT--AATA-AAACT--AACCAGAAACATACCGACTGCAGA---ACCATC---CACAC-AT--CT-CATTAACCGGTCGC-AT-GC-AGAA-CACACACA----ATT-TACGTACTTACATATTTAACACACAATAACATTATGATAAACA-AAATCAAAAACAATAAGTTTAAG------AAA-TTGAC--CATATCCAA--CAG--AAGGCA-GATA--AAAAGATTAAACGCAATATCAA-CAAGGCATCTGTATAACATA---GCAA--A--AGACC---ACTTA-AAAG-CTAAAAGA-GTCAACTTC-CATAGAAAGACAT---AAAAACAAAA-CAAAAAAAATCT--TAG---GAAAACCAT-AAAACATA-----GA-A-ACGA--TA-GTTAAA-AAAA-CCCGG-CAAA--ATTA-AAAAAAGTAT-----T--CAAA--ATAACT-AACTGACAC---TAACAAA-GGAAAGGTAGAATA-----TAACGACA-GA-TA-GG-C--CAA--A-GTGTA-AT--A---ATAAAAATAAAAATAAA-AAAT---ACTACTCTTT----AATT-AC-ATATCATGAttgtgtatttacata
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                  gcactgcaatcgaatacctataataaccaaatAC-TACCA--TGCAGA---AC---A---CACAT-AT--------------------AT-GC-ATATTTACACACATA-AATTATcaagcaaacagagactaaacaacaaaaaaaaga
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      A-CTAC------------C-AT-GC-AGAA-CACACATATATG--------------CATATTTA-CACACA-TAA-ATTATGA-AAATA-AA--TAAAGT---------TAAG---------TTTGA---CAgaaaataaataaagttaagtttgacac
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTATAC-AGGTACAA--TAAAA----------TAATT-----AGCTCTAA---AATA---AA--TAGCAAATA-A-TA-ATTAAAA--------ACAAT-TC-AACAAGGCA---GTTTAA-ATAC-TAAAA--AGTAAGGT---G--TA----G-C--------GT-A---TG-----------------AGTATC--AAATGA---TAATACC-TAG---GAAAAGTGT-GAG--TTA-----GA-A-A-GAT--A-G-CAAA-AGAA-C---G-CAAA--AATTATAAAAAGT-T-----T--CAAAGAATGAAT-A-CTGAA-----TTACACTTGGA---GTTTAA-A-----AT--GACAAGAGTAAGG-C--CAAAAG-GTGTA-AT--ATGTATAAAAAAAAAATTAAATc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         --AA-AGAAAGTCACA---TGG---AAGAAATAT-AA---TTG-----GA-T-A-GAAGGAAG-TAAG-AAAA-C---GACAAACCATTA-TACAAAGTATATACCTAACAAATAATAAAT-TACTGAATGTGATTACAGA-GTA---G-AGAG-A-----TTAAGACA-GAGTA-TGTC--CAA--GAGTGTATATTAATAAATAAAAAAAAAAATACA----------GACGTTTTACTAAA-TGACCATAGCAT-AAACTGTAGTTATGATGAGGGAAATGGGAGGTCCAAGAGTCCT--CCTCCAGCACttaactaaac

Unaligned ( gi|20 ): TTATTCGACTCTCACATAAATCAAAGACAAAGACGCATAAAACAAATTACA
Unaligned ( gi|22 ): TAAACAGTCAACACAAGCTCTGTAGAGCTATTTATC
Unaligned ( gi|23 ): TGACAAGCAAACAAGAACTAAAAAAAAAAAAAAAA
Unaligned ( gi|24 ): TACATAGACAAAAATAAAACATTCTTGAATGCAA
Unaligned ( gi|25 ): CAAGCTCTGTAGAGCTTTTTATCCGACT

lowQualScore                  :                                                                                                         11111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           
lowQualScore                  :                                                                                        1111111          33333333333333333333333333333                                                 111111                                                      11         11111111                 111                       22222222222222                    55555555555555555                                           555555555555    11        111        1111        3333333333     22222222                  1111     111111     22222222222222222           11         111  8888888888888888888888888  11   222222222   111         1  111  33333333333333333333333   11         111                       2222222222222             22222222           111        11111             111                2222222222                 444444444444444                22              222      2222   222    2222    222    22          
lowQualScore                  :                                                           5   33 2     66 2      2     4444444  444 2   22222222222222222222222222222   5555  66666 2 33 444 0     444  8   8888888   000000    2      3    444    55  777   777 777   999   8    33  8    4 22222222   88    66   1  222  4   777     4   4  4 33333333333333  4  4    5   66    44444444444444444          5      5   5       5       8888  555555555555    00        777        0000  1     7777777777 5   44444444     6  6 6       4444     999999     88888888888888888 777   8 8 11    8  8 444  2222222222222222222222222  11   444444444   111     1   3  111  66666666666666666666666   33   6     111 6 6   99            7 9999999999999   1   3     22222222 6    6    111      6 66666       6     222   99 99   6    3333333333              3  444444444444444  0   55 1   7  22    1   6     111      4444   222    3333    000    77      2   
lowQualScore                  :                                                           .   .. .     .. .      .     .......  ... .   .............................   ....  ..... . .. ... .     ...  .   .......   ......    .      .    ...    ..  ...   ... ...   ...   .    ..  .    . ........   ..    ..   .  ...  .   ...     .   .  . ..............  .  .    .   ..    .................          .      .   .       .       ....  ............    ..        ...        ....  .     .......... .   ........     .  . .       ....     ......     ................. ...   . . ..    .  . ...  .........................  ..   .........   ...     .   .  ...  .......................   ..   .     ... . .   ..            . .............   .   .     ........ .    .    ...      . .....       .     ...   .. ..   .    ..........              .  ...............  .   .. .   .  ..    .   .     ...      ....   ...    ....    ...    ..      .   
lowQualScore                  :                                                           7   77 7     99 5      5     4444444  444 5   33333333333333333333333333333   3333  22222 5 44 444 2     555  0   7777777   333333    7      1    999    00  000   000 000   999   0    55  0    0 11111111   88    11   9  222  4   888     4   0  4 44444444444444  4  4    0   99    44444444444444444          7      7   7       7       1111  000000000000    77        999        0000  0     8888888888 7   22222222     7  7 7       2222     333333     00000000000000000 444   0 0 22    0  0 000  8888888888888888888888888  55   222222222   777     0   3  777  00000000000000000000000   33   7     777 7 7   22            3 8888888888888   7   5     55555555 7    7    777      7 77777       7     555   22 22   7    3333333333              2  444444444444444  6   22 0   0  33    0   7     555      0000   555    5555    555    55      5   
consensus                     :                                                    TAAGTAA-GTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------CA---C-TGTATACA-----------C------------AAA----TA-----A-C--A---TGAGCTC-TAGT-GAG-------CTC------TTTA-ACCGAC-TATC-A-CAGA--CA---AAA---T---ACAT--ATA-TTAA--TA-AAAC-T-AA-----AAC-TACCA--TGCAGA---AC-ATA---CACAT-ATA-CT-C------------C-AT-GC-AGAA-ACA--CACA-A-TATA--TAT---TATACATATTTA-CACACA-TAA-ATTATGA-AAATAAA--TAAAA-A---------TAAG-AAATTTGAC-ATATCCAACA--G-AANGCAGAT-----A---A-AAA--------GCAAT-TC-A-CAAGGCA---NTTTAA-ATAC-TACAA--A-CAAG---GC---GTATAAAG-C-TAAAAGA-GT-A---TC-C-----------T---AANANC--AACGAAAATAACAC--TAG---GAAAANTAT-AA---TT----A---------GAAA-GA--TAGTTAAA-AAAAC---G-C-AAA--ATTATAAAAAGTAT-----T--CAAA-AATAAATAACTGA-AT-----T-ACAA-AGGA---GTAGAA-A-----TTAAGAC-AGAGT-A-GGC--C--AAG-GTGTATAT--ATATATAAAAAAAAAAATAAA---------AG----ACTTTTNACTAAATTGA-CATAGCATGAAACTGTAGTTGTGATGAGGGAANTGGGAGGTCCAAGAGTCCCTACCTCCANCAC
Reference ( family-220 )      :                                                    TAAGTAA-GTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------CA---C-TGT----------------T------------AAA----TA-----A-C--A---TGAGCTC-TAGT-GAG-------CTC------TTTA-ACCGAC-TATC-A-CAGA--CA---AAA---T---ACAT--ATA-TTAA--TA-AAAC-T-AA-----AAC-TACCA--TGCAGA---AC-ATA---CACAT-ATA-CT-C------------C-AT-GC-AGAA-ACA--CACA-A-TATAATTAT---TATACATATTTA-CACACA-TAA-ATTATGA-AAATAAA--TAAAA-A---------TAAG-AAATTTGAC-ATATCCAACA--G-AANGCAGA------A---A-AAA--------GCAAT-TC-A-CAAGGCA---GTTTAA-ATAC-TACAA--A-CAAG---NC---GTATAAAG-C-TAAAAGA-GT-A---TC-C-----------T---AANANC--AACGAAAATAACAC--TAG---GAAAANTAT-AA---TT----A---------GAAA-GAT-TAGTTAAA-AAAAC---G-C-AAA--ATTATAAAAAGTAT-----T--CAAA-AATAAATAACTGA-AT-----T-ACAA-AGGA---GTAGAA-A-----TTAAGAC-AGAGT-A-GGC--C--AAG-GTGTATAT--ATANATAAAAAAAAAAATAAAT--------AG----ACTTTTTACTAAATTGACCATANCATGAAACTGTAGTTATGATGAGGGAAATGGGAGGTCCAAGAGTCCT--CCTCCAGCAC
gi|1                          :                                                                                                        T----------------T------------AAA----CA-----T-C--AGACTGAGCTC--AGT-AAGTCGAAGGCTCAATTAATTTA-ACCGAC-TATC-AACAGAACCA---AAAATAT---ACACTGATA-T-AA--TA-AAAC-T-AACCAGAAACATACCGACTGCAGA---ACCATC---CACAC-AT--CT-CATTAACCGGTCGC-AT-GC-AGAACACA--CACA-A-TTTACGTAC---T-TACATATTTAACACACAATAACATTATGATAAACAAAATCAAAA-ACAATAAGTTTAAG-AAATT-GACCATATCCAACA--G-AAGGCAGAT-----A---A-AAAGATTAAACGCAATATCAA-CAAGGCATCTGTATAACATA---GCAA-----AAGACCAC---TTA-AAAG-C-TAAAAGA-GTCAACTTC-CATAGAAAGACAT---AAAAACAAAACAAAAAAAATCT--TAG---GAAAACCAT-AAAACAT----A---------GAAACGA--TAGTTAAA-AAAACCCGG-C-AAA--ATTAAAAAAAGTAT-----T--C-AA-AATAACTAACTGACAC-----TAACAA-AGGAAAGGTAGAATA-----TAACGAC-AGA-T-A-GGC--C--AAA-GTGTA-AT--A---ATAAAAATAAAAATAAAA--------AATACTACTCTTT----AATTA--CATATCATGA
gi|10                         :                              gcactgcaatcgaatacctataataaccaaaTA--A-GCTTT--A-CTTAAA-GTCGG-------CAAGTCATATA---------------TAACA--------AAG----TA-----A-C--A---TAAGCTC-CAGA-GAG-------CTT------TTTAGACCGAC-----------A--TA---ACT---T---ATAT--ATACTTTA--TACAGGT-T-AC-----AGC--ACCA--TTNAGACCGAC-ATAACTTATAT-ACA-CT-T------------T-AT-AC-caagcaaacagagactaaacaacaaaaaaaaga
gi|11                         :                                                   gaAAGTAA-GTG--A-ATTTT--A-TCTAAA-GTCGGTAGAATCTA---C-TGTATACATATAA------T------------AAACAGTCA-----A-C--A---CAAGCT--TAGCAGAG-------ATT------TTTA-TTCGAC-TATC-A-CAT--------AAA---T----CA---------AA--GACAAAT-T-AA-----GAC--A-CA--T--AAA---AC-ATG---CATAT-ATA-C
gi|12                         :                                                    TAAGTAA-GTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------CA---C-TGTATACA-----------T------------ATA----TA-----A-CAAA---T-AAC-----AT-GAG-------CTC------TTTA-ACCGAC-TAT
gi|13                         :                                                   gTAAGTAA-GTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------CA---C-TGTATA-------------C------------AAA----TA-----A-C--A---TGAG-------------------CTC------TTTA-ATCGAC-TATC-A-CAGA--CA---AAA---T---ATAC--A----TAA--TA-AAAC-T-AA-----AAC-TAatctcaccatctaaattgatggggtatcaaagta
gi|14                         :                                                                     TTT--A-TCTAAA-GTCGG-------CA-----TAT----------------CG-----------AAA----CAGTTCGA-C--A---TGCGCTC-TAGA-AAG-------CCT------TTGA-ACCAACATATA-A-CATA--C
gi|15                         :                                                  agcAAGTAAAGTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------CA---C-TGTGTACATTAATAA----C------------AAA----TA-----A-C--A---TGAGCTC-TAGT-GAG-------CTC------TTTA-CCAGAC-TAttgtgtatttacata
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aA-CTAC------------C-AT-GC-AGAA--CA--CACA---------TAT----ATGCATATTTA-CACACA-TAA-ATTATGA-AAATAAA--TAAAG-T---------TAAG----TTTGAC-Aat
gi|17                         :                                                         AA-GTA--A-ATTT---A-TTTAAA-GT-GG-------TA---C-TATA---------------TGACATATAACAAAAA----GA-----A-C--A---CAAGCTC-T-GTAGAG-------CTT------TTTA-c
gi|18                         :                                                     AATTAA-ATA--A-TATCT--A-TTTAAA-GTCGAGTATA--CA---T-TAC-----------------------------AAA----TA-----A-C--A---TTAGTTC-TAAT-GAG-------CTA------TTTA-tca
gi|19                         :                                                atcaTAAGTAA-GTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------CA---C-TGCATGTATACATATATAAC------------AAA----TA-----A-C--A---TGAGCTC-Tcc
gi|2                          :                                                   gTAAGTAA-GTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------CA---C-TGT-----------------------------AAA----TA-----A-C--A---TGAGCTC-TAAT-GAG-------CTC------TTTA-ACCGAC-TATC-A-CAGA--CA---GAA---T---ACAT--ATA-TTAAA-TA-AAGC-T-AA-----AAC-TACCA--TGCAGA---AC-ATA---CACAT-ATA-CT-C------------C-AT-GC-AGAA-ACA--CACATA-TATAATTATACGTGTACATATTTA-CACACA-TAA-ATTATGA-AAATAAA--T-AAA-A---------TAAG-AAATTTGAC-ATATTGAACA--G-AATGCAGA------A---G-AAA--------GCAAT-TC-A-CAATGCA---GTTTAA-ATATGTACAA--A-CAAA---GC---ATATAAAG-C-TAAAAGA-AT-A---TC-C-----------T---AATATC--AATGAAAATAATAC--TAG---GAAAAGTAT-AA---TT----A---------GATA-GATCTAG-TAAA-AGAAC---G-C-AAA--ATTTTAAAAAGTAT-----T--C-AA-AATAAATAACTG--AT-----T-ACAA-GGGA---GTCGAA-A-----TTAAGAC-AGAGT-A-GGC--C--AAG-GTGTATAT--ATATATAAAAAAAAAAATAAATGAATAAGAAG----ACTTTTCACAAAACTGA-CATAGCATGAAACT-T-GTTGTG----GGG--TTGGG----CCAA---TCCCTACCTCCACCAC
gi|21                         :                                                    TAAGTAA-GTA--A-ATTTTTTA-TTTAAA-GTCGG-------CA---C-TGT----------------
gi|3                          :                                                     AAGTAA-GTAGTA-ATTTTTTA-TTTAAA-GTCGG-------CA---C-TGTGTACATATATAA----C------------AAA----TA-----A-C--A---TGAGCTCTTAGT-GAG-------CTC------TTTA-ACCGAC-CATC-A-CAGA--CA---AAA---T---ACAT--ATA-TTAA--TA-AAAC-TAAA-----AAC-TACCA--TG-AGAG--AC-ATA---CACATCATAGCT-C------------CGAT-GC-AGAA-ACA--CAAA-A-TA----------TATACATATTTA-TGAAAA-TAA-AT----A-AAATAAG--T---------------TAAGAAAATTTGAC-ATA-CCAACA--GAAATAAATA------A---ATAAA--------GCAAT-TC-A-CAAAGCA---TTTTAA-A----TACAA--A-CAAA---GC---ATATAAAG-C-T--AAGA-GT-A---TCAC-----------TTGAAAAAAC--AA--AAAA----AC--TAG---GAAAAATAT-AA---TT----A---------GAAA-GA--TAGTAAAA-AAACC---G-C-AAA--ATTATAAAAAGTAT-----T--C-AA-AAT-AATAACTGA--------T-ACAA-AGGA---GTAGAA-A-----TT-AGAC-AGAGT-A-GGC--C--AAA-GTGTGTAT--A-AAATAAAAAAAAGAA-------------AG----ACTTTTAACTAAATat
gi|4                          :                                                  aagAAGTA--GTA--A-ATTTT--ACTTTGAA-GTCGG-------CA---C-TGA----------------TATAAAC------AAA----TA-----A-C--A---TGA-CTC-T-GT-GAG-------CTCT-----TTTA-ACCGAC-TATC---CAGA--C-----AA---T---AC-T--CTA-TT----TA-AAAC-T--A-----AAC-TACAT--TGC--G---AC-A-A---C-CAT-ATA-CC-C------------C-AT-GCAAGAA-ACA--CACA-ACTAT--CTAT-------CATATTTA-CACAC------ATTATAA-TGACCAA--TAAAT-T---------TAAG----TTT--C-A-ATCC-ACATTT-AAAGCAGAT-----AATTA-AAA--------GAAGT-TC-A-CAAGGC----TTTTAC-TTTT-TACAATTC-CAAG---TCTTTATATTAAGCC-TAAAAGGTGT-A---TC-----------------ACTGTG--AATTAAA--AACACGTTAGAACGATGATTATGAA---TT----ACTATGGAGTGAAA-----TCGTTAAACAAAAC---G-C-AAA--ATTATAAAAAGT-T-----T--CA------AAATAACTGA-AC-----T--CAA-AGG----GTAGAC-ATTTTTTTAAG-C-AGAGT---GGCCAC--AAG-GTAC---------TATAAAATAAAAAATAAAT--------A
gi|5                          :                                                 gtaacAGTAAAGTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------TA---C-TGTGTACATATGTAA----C------------AAA----TA-----A-C--A---TGAGCTC-TAGT-GAG-------CTC------TTTA-ACCGAC-TATC-A-CAGA--CA---AAA---T---ACAT--ATAGTTAA--TA-AAAC-TAAA-----AAC-TACCA--TGCAGA---AC-ATA---CACAT-ATA-CT-C------------C-AT-GC-AGAA-ACA--CACA-A-TATA--------TATAGATATTTA-CACACA-TAA-ATTATGA-AAATAAA--TGAAA-ATAAGT----TAAG-AAATTTGAC---ATCCAACA--G-AAAGCAGATAAATTA---A-AAG--------ATAAA-TT-A-GAAGATA---TCTTAA-AAAC-T
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                --AAAGAAAGTCACA---TGG---AAGAAATAT-AA---TTGGATA---------GAAG-GA---AGT-AAG-AAAAC---GAC-AAACCATTATACAAAGTATATACCTAACAAATAATAAATTACTGA-ATGTGATT-ACAG-AGTA---G-AGAG-A-----TTAAGAC-AGAGT-ATGTC--C--AAGAGTGTATATTAATAAATAAAAAAAAAAAT--AC--------AG----ACGTTTTACTAAA-TGACCATAGCAT-AAACTGTAGTTATGATGAGGGAAATGGGAGGTCCAAGAGTCCT--CCTCCAGCACtttatgagatattttatcaaatttatgtgaactctagacggcgtgccatacacggtagatcaaaggta
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                taaatacaacgacataaagcattagttagttgagtatgcctaaggagttaacacttgcactttggaggtaa---A-AAA--------ACAAT-TC-AACAAGGCA---GTTTAA-ATAC-TAAAA--AGTAAG---GT---GT----AG-CGT--ATGA-GT-A---TC-----------------A-------AATGATAAT-AC-C--TAG---GAAAAGTGTGAG---TT----A---------GAAA-GA--TAG-CAAA-AGAAC---G-CAAAA--ATTATAAAAAGT-T-----T--CAAAGAATGAAT-ACTGA-AT-----T-ACACTTGGA---GTTTAA-A-------ATGACAAGAGTAA-GGC--CAAAAG-GTGTA-AT--ATGTATAAAAAAAAAATTAAA------------------TTTAACTAAA
gi|8                          : ttatacaggtacaataaaataattagctctaaaataaatagcaaataataattAGTAA-GTA--AGATTTT--A-TTTAAAAGTCGG-------CA---C-TGG----------------TGTACATATATACAAA----TA-----AAC--A---TTGACTC-TAGT-GAG-------CTC------TT-A-ACCGAC--ATC-A-CAGA--CA---AAA---T---ACATT-ATA-TTAAA-TA-AAA------------AC-TACCA--TGCAGA---AC-ATG---CACAT-ATA-CT-C------------C-AT-GC-AGAA-ACA--CACA-C-TATA--TG----TATACATATTTA-CACACA-TAA-ATTATGA-AAATAAA--TAAAATAAGT------TAAG-AAATTTGAC---ATCCAACA--G-AAAGCAGA------T---A-AAc
gi|9                          :                                                         AA-GTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------TA---C-TATATACATGTAAA-----C------------AAA----CA-----A-C--A---CAAGCTC-T-GTAGAG-------CTT------TTTA-TCCGAC-TATCAA-CATA--AATTTAAA---TTTAAAAC--GTA-TTAAATTA-AGACAA-AA-----AACATAACA--TGC------AT-ATA---TACAT-GTA-CG-C------------CTATAAC-AAAG-ACAGTCA-A-A-TAAAATtta

Unaligned ( gi|20 ): TTATTCGACTCTCACATAAATCAAAGACAAAGACGCATAAAACAAATTACA
Unaligned ( gi|22 ): TAAACAGTCAACACAAGCTCTGTAGAGCTATTTATC
Unaligned ( gi|23 ): TGACAAGCAAACAAGAACTAAAAAAAAAAAAAAAA
Unaligned ( gi|24 ): TACATAGACAAAAATAAAACATTCTTGAATGCAA
Unaligned ( gi|25 ): CAAGCTCTGTAGAGCTTTTTATCCGACT

lowQualScore                  :                                                                                      1111111   4444444444444444444444444       11111111                                                                                                    11            11111                 111                       22222222222222                  55555555555555555                                           666666666666    11        111                     33333333333   22222222                            1111     22222222222222222        1111         111  8888888888888888888888888  11    33333333   111         1  111  2222222222               1         111                       2222222222222             22222222           111        11111                                2222222222                44444444444444444              11  1             222      2222   111    2222    222    11          
lowQualScore                  :                                      5   33 2     66 2      2     8888888  444 7777  0000000   7777777777777777777777777  2  2 55555555  2 33  9999999      66  8   8888888   777777   2 2      3    444    55  777   777 777   999   8    33  8    4 8  00000   88    66    0 222  4   777     4   4  4 33333333333333  4   5   5       00000000000000000          5      5   5       5       77 0  222222222222    00        777         77  1       99999999999   44444444 6    6  6 6       1  6  6  4444     55555555555555555 777    8888    8  8 444  2222222222222222222222222  11    00000000   111     1   3  111  1111111111   9999   99   4   6     111 6 6   99            7 1111111111111 3 1   3     22222222 6    6    111      6 66666       6     6   6 99 99   6    3333333333                66666666666666666  0   11 1    44  3       6     111      4444   999    3333    000    88      1   
lowQualScore                  :                                      .   .. .     .. .      .     .......  ... ....  .......   .........................  .  . ........  . ..  .......      ..  .   .......   ......   . .      .    ...    ..  ...   ... ...   ...   .    ..  .    . .  .....   ..    ..    . ...  .   ...     .   .  . ..............  .   .   .       .................          .      .   .       .       .. .  ............    ..        ...         ..  .       ...........   ........ .    .  . .       .  .  .  ....     ................. ...    ....    .  . ...  .........................  ..    ........   ...     .   .  ...  ..........   ....   ..   .   .     ... . .   ..            . ............. . .   .     ........ .    .    ...      . .....       .     .   . .. ..   .    ..........                .................  .   .. .    ..  .       .     ...      ....   ...    ....    ...    ..      .   
lowQualScore                  :                                      7   77 7     99 5      5     1111111  444 8888  6666666   7777777777777777777777777  5  5 00000000  5 44  0000000      55  0   7777777   777777   7 7      1    999    00  000   000 000   999   0    55  0    0 0  00000   88    11    1 222  4   888     4   0  4 44444444444444  4   0   0       99999999999999999          7      7   7       7       99 1  000000000000    77        999         99  0       66666666666   22222222 7    7  7 7       0  7  7  2222     22222222222222222 444    2222    0  0 000  8888888888888888888888888  55    77777777   777     0   3  777  8888888888   3333   22   2   7     777 7 7   22            3 7777777777777 2 7   5     55555555 7    7    777      7 77777       7     7   7 22 22   7    7777777777                55555555555555555  6   88 0    00  3       7     555      0000   555    5555    555    55      0   
consensus                     :                               TAAGTAA-GTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------CA---C----TG-------TAT--------AC-------A-------CA-AA-T--------AA-C--AT------GAGCTCT-AGT-GAG-------CTC------TTT-A-ACCGAC-TATC-A-CAGA--CA---AAA---T---ACAT--ATA-TTAA--TA-AAAC-T-AA-----AAC-TACCA--TGCAGA---AC-ATA---CACAT-ATA-CT-C------------C-AT-GCA-GAA-ACACACA-A-TATA--TAT---TATACATATTTA-CACACA-TAA-ATTATGA-AAATAAA--TAAAA-A---------TAAG-AAATTTGAC-ATATCCAACAG--AAAGCAGATA----A------AAA--------G-CAAT-TC-A-CAAGGCATTT-TA-AATAT-TACAA--A-CAAG---GC---GTATAAAGC-TAAAAGA-GT-A---TC-C-----------T---AANANC--AACGAAAAT-ACAC--TAG---GAAAANTAT-AA---TT----A-----GAA--A-GAT--AGT-AAA-AAAAC---G-C-AAA--ATTATAAAAAGTAT-----T--CAAA-AATAAATAACTGA-AT-----T-ACAA-AGGA---GTAGAA-A-----TTAAGAC-AGAGT-AGG-C--C--AAG-GTGTATAT--ATATATAAAAAAAAAAATAA---------AAG-----ACTTTTNACTAAATTGAC-ATAGCATGAAACTGTAGTTGTGATGAGGGAANTGGGAGGTCCAAGAGTCCCTACCTCCANCAC
Reference ( family-220 )      :                               TAAGTAA-GTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------CA---C----TG-------TAT--------AC-------A-------CA-AA-T--------AA-C--AT------GAGCTCT-AGT-GAG-------CTC------TTT-A-ACCGAC-TATC-A-CAGA--CA---AAA---T---ACAT--ATA-TTAA--TA-AAAC-T-AA-----AAC-TACCA--TGCAGA---AC-ATA---CACAT-ATA-CT-C------------C-AT-GCA-GAA-ACACACA-A-TATA--TAT---TATACATATTTA-CACACA-TAA-ATTATGA-AAATAAA--TAAAA-A---------TAAG-AAATTTGAC-ATATCCAACAG--AANGCAGATA----A------AAA--------G-CAAT-TC-A-CAAGGCANTT-TA-AATAC-TACAA--A-CAAG---GC---GTATAAAGC-TAAAAGA-GT-A---TC-C-----------T---AANANC--AACGAAAATAACAC--TAG---GAAAANTAT-AA---TT----A-----GAA--A-GAT--AGTTAAA-AAAAC---G-C-AAA--ATTATAAAAAGTAT-----T--CAAA-AATAAATAACTGA-AT-----T-ACAA-AGGA---GTAGAA-A-----TTAAGAC-AGAGT-AGG-C--C--AAG-GTGTATAT--ATATATAAAAAAAAAAATAA---------AAG-----ACTTTTNACTAAATTGAC-ATAGCATGAAACTGTAGTTGTGATGAGGGAANTGGGAGGTCCAAGAGTCCCTACCTCCANCAC
gi|1                          :                                                                                                                  -------CA-AA-TTA------AA-C--ATCAGACTGAGCTC--AGT-AAGTCGAAGGCTCAATTAATTT-A-ACCGAC-TATC-AACAGAACCA---AAAATAT---ACACTGATA-T-AA--TA-AAAC-T-AACCAGAAACATACCGACTGCAGA---ACCATC---CACAC-AT--CT-CATTAACCGGTCGC-AT-GCA-GAACACACACA-A-TTTACGTAC---T-TACATATTTAACACACAATAACATTATGATAAACAAAATCAAAA-ACAATAAGTTTAAG-AAATT-GACCATATCCAACAG--AAGGCAGATA----A------AAAGATTAAACG-CAATATCAA-CAAGGCATCTGTATAACAT-AGCAA-----AAGACCAC---TTA-AAAGC-TAAAAGA-GTCAACTTC-CATAGAAAGACAT---AAAAACAAAACAAAAAAAATCT--TAG---GAAAACCAT-AAAACAT----A-----GAA--ACGAT--AGTTAAA-AAAACCCGG-C-AAA--ATTAAAAAAAGTAT-----T--C-AA-AATAACTAACTGACAC-----TAACAA-AGGAAAGGTAGAATA-----TAACGAC-AGA-T-AGG-C--C--AAA-GTGTA-AT--A---ATAAAAATAAAAATAA---------AAAATACTACTCTTT----AATT-AC-ATATCATGA
gi|10                         :             gcactgcaatcgaatacctataataacTA--A-GCTTT--A-CTTAAA-GTCGG-------CAAGTCA---TA-------TAT--------A--------A-------CA-AAGT--------AA-C--AT------AAGCTCC-AGA-GAG-------CTT------TTT-AGACCGAC-----------A--TA---ACT---T---ATAT--ATACTTTA--TACAGGT-T-AC-----AGC--ACCA--TTNAGACCGAC-ATAACTTATAT-ACA-CT-T------------T-AT-ACcaagcaaacagagactaaacaacaaaaaaaaga
gi|11                         :                              gaAAGTAA-GTG--A-ATTTT--A-TCTAAA-GTCGGTAGAATCTA---C----TG-------TAT--------AC-------A-------TATAA-TAAACAGTCAA-C--AC------AAGCT-T-AGCAGAG-------ATT------TTT-A-TTCGAC-TATC-A-CAT--------AAA---T----CA---------AA--GACAAAT-T-AA-----GAC--A-CA--T--AAA---AC-ATG---CATAT-ATA-C
gi|12                         :                               TAAGTAA-GTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------CA---C----TG-------TAT--------AC-------A-------TA-TA-T--------AA-CAAAT-------AAC-----AT-GAG-------CTC------TTT-A-ACCGAC-TAT
gi|13                         :                              gTAAGTAA-GTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------CA---C----TG-------TAT-----------------A-------CA-AA-T--------AA-C--A-----------------T-GAG-------CTC------TTT-A-ATCGAC-TATC-A-CAGA--CA---AAA---T---ATAC--A----TAA--TA-AAAC-T-AA-----AAC-TAatctcaccatctaaattgatggggtatcaaagta
gi|14                         :                                                TTT--A-TCTAAA-GTCGG-------CA-----------------TATCG------AA-------A-------CA-GT-TC-------GA-C--AT------GCGCTCT-AGA-AAG-------CCT------TTG-A-ACCAACATATA-A-CATA--C
gi|15                         :                             agcAAGTAAAGTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------CA---C----TG-------TGT--------ACATTAATAA-------CA-AA-T--------AA-C--AT------GAGCTCT-AGT-GAG-------CTC------TTT-A-CCAGAC-TAttgtgtatttacata
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aA-CTAC------------C-AT-GCA-GAA--CACACA---------TAT----ATGCATATTTA-CACACA-TAA-ATTATGA-AAATAAA--TAAAG-T---------TAAG----TTTGAC-Aat
gi|17                         :                                    AA-GTA--A-ATTT---A-TTTAAA-GT-GG-------TA---C----TA-------TATGACATATAAC-------A-------AA-AA-G--------AA-C--AC------AAGCTCT--GTAGAG-------CTT------TTT-A-c
gi|18                         :                                AATTAA-ATA--A-TATCT--A-TTTAAA-GTCGA------------------G-------TAT--------AC-------ATTA----CA-AA-T--------AA-C--AT------TAGTTCT-AAT-GAG-------CTA------TTT-A-tca
gi|19                         :                           atcaTAAGTAA-GTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------CA---CTGCATG-------TAT--------ACATATATAA-------CA-AA-T--------AA-C--AT------GAGCTCT-cc
gi|2                          :                              gTAAGTAA-GTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------CA---C----TG-------TA-----------------------------AA-T--------AA-C--AT------GAGCTCT-AAT-GAG-------CTC------TTT-A-ACCGAC-TATC-A-CAGA--CA---GAA---T---ACAT--ATA-TTAAA-TA-AAGC-T-AA-----AAC-TACCA--TGCAGA---AC-ATA---CACAT-ATA-CT-C------------C-AT-GCA-GAA-ACACACATA-TATAATTATACGTGTACATATTTA-CACACA-TAA-ATTATGA-AAATAAA--TAAAA-----------TAAG-AAATTTGAC-ATATTGAACAG--AATGCAGA-A----G------AAA--------G-CAAT-TC-A-CAATGCAGTT-TA-AATATGTACAA--A-CAAA---GC---ATATAAAGC-TAAAAGA-AT-A---TC-C-----------T---AATATC--AATGAAAATAATAC--TAG---GAAAAGTAT-AA---TT----A-----GAT--A-GATCTAGT-AAA-AGAAC---G-C-AAA--ATTTTAAAAAGTAT-----T--CAAA-A-TAAATAACTG--AT-----T-ACAA-GGGA---GTCGAA-A-----TTAAGAC-AGAGT-AGG-C--C--AAG-GTGTATAT--ATATATAAAAAAAAAAATAAATGAATAAGAAG-----ACTTTTCACAAAACTGAC-ATAGCATGAAACT-T-GTTGTG----GGG--TTGGG----CCAA---TCCCTACCTCCACCAC
gi|21                         :                               TAAGTAA-GTA--A-ATTTTTTA-TTTAAA-GTCGG-------CA---C----TG-------TAT--------
gi|3                          :                                AAGTAA-GTAGTA-ATTTTTTA-TTTAAA-GTCGG-------CA---C----TG-------TGT--------AC-------ATATATAACA-AA-T--------AA-C--AT------GAGCTCTTAGT-GAG-------CTC------TTT-A-ACCGAC-CATC-A-CAGA--CA---AAA---T---ACAT--ATA-TTAA--TA-AAAC-TAAA-----AAC-TACCA--TG-AGAG--AC-ATA---CACATCATAGCT-C------------CGAT-GCA-GAA-ACACAAA-A-TA----------TATACATATTTA-TGAAAA-TAA-AT----A-AAATAAG--T---------------TAAGAAAATTTGAC-ATA-CCAACAG--AAA-TAAATA----AAT----AAA--------G-CAAT-TC-A-CAAAGCATTT-TA-AA----TACAA--A-CAAA---GC---ATATAAAGC-T--AAGA-GT-A---TCAC-----------TTGAAAAAAC--AA--AAAA----AC--TAG---GAAAAATAT-AA---TT----A-----GAA--A-GAT--AGTAAAA-AAACC---G-C-AAA--ATTATAAAAAGTAT-----T--C-AA-AAT-AATAACTGA--------T-ACAA-AGGA---GTAGAA-A-----TT-AGAC-AGAGT-AGG-C--C--AAA-GTGTGTAT--A-AAATAAAAAAAA----GA---------AAG-----ACTTTTAACTAAAT
gi|4                          :                             aagAAGTA--GTA--A-ATTTT--ACTTTGAA-GTCGG-------CA---C----TGA------TAT--------AA-------A-------CA-AA-T--------AA-C--AT------GA-CTCT--GT-GAG-------CTC------TTTTA-ACCGAC-TATC---CAGA--CA---A-----T---AC-T--CTA-TT----TA-AAAC-T-AA-----A-C-TACAT--TGCG-----AC-A-A---C-CAT-ATA-CC-C------------C-AT-GCAAGAA-ACACACA-ACTATC--TAT-------CATATTTA-CACACA-T-----TATAA-TGACCAA--TAAAT-T---------TAAG----TTT--C-A-ATCCA-CATTTAAAGCAGATA----ATTA---AAA--------G-AAGT-TC-A-CAAGGC-TTT-TA-CTTTT-TACAATTC-CAAG---TCTTTATATTAAGCCTAAAAGGTGT-A---TC-----------------ACTGTG--AATTAAAA--ACACGTTAGAACGATGATTATGAA---TT----ACTATGGAGTGA-AAT--CGTTAAACAAAAC---G-C-AAA--ATTATAAAAAGT-T-----T--CA------AAATAACTGA-AC-----T--CAA-AGG----GTAGAC-ATTTTTTTAAG-C-AGAGT--GG-CCAC--AAG-GTAC---------TATAAAATAAAAAATAA---------A
gi|5                          :                            gtaacAGTAAAGTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------TA---C----TG-------TGT--------AC-------ATATGTAACA-AA-T--------AA-C--AT------GAGCTCT-AGT-GAG-------CTC------TTT-A-ACCGAC-TATC-A-CAGA--CA---AAA---T---ACAT--ATAGTTAA--TA-AAAC-TAAA-----AAC-TACCA--TGCAGA---AC-ATA---CACAT-ATA-CT-C------------C-AT-GCA-GAA-ACACACA-A-TATA--------TATAGATATTTA-CACACA-TAA-ATTATGA-AAATAAA--TGAAA-ATAAGT----TAAG-AAATTTGAC---ATCCAACAG--AAAGCAGATAAATTA------AAA--------GATAAA-TT-A-GAAGATATCT-TA-AAAAC-Tta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     --AAAGAAAGTCACA---TGG---AAGAAATAT-AA---TTGGATA-----GAA--G-GA---AGT-AAG-AAAAC---GAC-AAACCATTATACAAAGTATATACCTAACAAATAATAAATTACTGA-ATGTGATT-ACAG-AGTA---G-AGAG-A-----TTAAGAC-AGAGT-ATGTC--C--AAGAGTGTATATTAATAAATAAAAAAAAAAATAC---------A-G-----ACGTTTTACTAAAT-GACCATAGCAT-AAACTGTAGTTATGATGAGGGAAATGGGAGGTCCAAGAGTCCT--CCTCCAGCACtttatgagatattttatcaaatttatgtgaactctagacggcgtgccatacacggtagatcaaaggta
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                taaatacaacgacataaagcattagttagttgagtatgcctaaggagttaacacttgcactttggaggtaaAATAA--ATAGCAAATA----ATAATTAAAA--------A-CAAT-TC-AACAAGGCAGTT-TA-AATAC-TAAAA--AGTAAG---GT---GT----AGCGT--ATGA-GT-A---TC-----------------A-------AATGATAAT-AC-C--TAG---GAAAAGTGTGAG---TT----A-----GAA--A-GAT--AG-CAAA-AGAAC---G-CAAAA--ATTATAAAAAGT-T-----T--CAAAGAATGAAT-ACTGA-AT-----T-ACACTTGGA---GTTTAA-A-------ATGACAAGAGTAAGG-C--CAAAAG-GTGTA-AT--ATGTATAAAAAAAAAATTAA---------A----------TTTAACTAAA
gi|8                          : ttatacaggtacaataaaataattagctctaaAGTAA-GTA--AGATTTT--A-TTTAAAAGTCGG-------CA---C----TGGTGTACATAT--------AT-------A-------CA-AA-T--------AAAC--AT------TGACTCT-AGT-GAG-------CTC------TT--A-ACCGAC--ATC-A-CAGA--CA---AAA---T---ACATT-ATA-TTAAA-TA-AAA------------AC-TACCA--TGCAGA---AC-ATG---CACAT-ATA-CT-C------------C-AT-GCA-GAA-ACACACA-C-TATA--TG----TATACATATTTA-CACACA-TAA-ATTATGA-AAATAAA--TAAAATAAGT------TAAG-AAATTTGAC---ATCCAACAG--AAAGCAGATA----A------Ac
gi|9                          :                                    AA-GTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------TA---C----TA-------TAT--------ACATGTAA-A-------CA-AA-C--------AA-C--AC------AAGCTCT--GTAGAG-------CTT------TTT-A-TCCGAC-TATCAA-CATA--AATTTAAA---TTTAAAAC--GTA-TTAAATTA-AGACAA-AA-----AACATAACA--TGC------AT-ATA---TACAT-GTA-CG-C------------CTATAACA-AAG-ACAtta

Unaligned ( gi|20 ): TTATTCGACTCTCACATAAATCAAAGACAAAGACGCATAAAACAAATTACA
Unaligned ( gi|22 ): TAAACAGTCAACACAAGCTCTGTAGAGCTATTTATC
Unaligned ( gi|23 ): TGACAAGCAAACAAGAACTAAAAAAAAAAAAAAAA
Unaligned ( gi|24 ): TACATAGACAAAAATAAAACATTCTTGAATGCAA
Unaligned ( gi|25 ): CAAGCTCTGTAGAGCTTTTTATCCGACT

lowQualScore                  :                                                                                      1111111   4444444444444444444444444       11111111                                                                                                    11            11111                 111                       22222222222222                  55555555555555555                                           555555555555    11        111                     33333333333   22222222                            1111     22222222222222222  11    1            111  77777777777777777777777777777    2222222   111            222222222222222                           111                       2222222222222             22222222           111        11111                                2222222222                44444444444444444              11  1             222      2222   111    2222    222    11          
lowQualScore                  :                                      5   33 2     66 2      2     8888888  444 7777  0000000   7777777777777777777777777  2  2 55555555  2 33  9999999      66  8   8888888   777777   2 2      3    444    55  777   777 777   999   8    33  8    4 8  00000   88    66    0 222  4   777     4   4  4 33333333333333  4   5   5       00000000000000000          5      5   5       5       8888  555555555555    00        777         77          99999999999   44444444 6    6  6 6          6  6  1111     55555555555555555  11    6 222   8  8 444  88888888888888888888888888888    8888888   111     1   6  666666666666666   9999  99   666   6    6 111 6 6   99            7 9999999999999   1   3     22222222 6    6    111      6 66666       6     6   6 99 99   6    3333333333                66666666666666666  0   11 1    44  3       6     111      4444   999    3333    000    88      1   
lowQualScore                  :                                      .   .. .     .. .      .     .......  ... ....  .......   .........................  .  . ........  . ..  .......      ..  .   .......   ......   . .      .    ...    ..  ...   ... ...   ...   .    ..  .    . .  .....   ..    ..    . ...  .   ...     .   .  . ..............  .   .   .       .................          .      .   .       .       ....  ............    ..        ...         ..          ...........   ........ .    .  . .          .  .  ....     .................  ..    . ...   .  . ...  .............................    .......   ...     .   .  ...............   ....  ..   ...   .    . ... . .   ..            . .............   .   .     ........ .    .    ...      . .....       .     .   . .. ..   .    ..........                .................  .   .. .    ..  .       .     ...      ....   ...    ....    ...    ..      .   
lowQualScore                  :                                      7   77 7     99 5      5     1111111  444 8888  6666666   7777777777777777777777777  5  5 00000000  5 44  0000000      55  0   7777777   777777   7 7      1    999    00  000   000 000   999   0    55  0    0 0  00000   88    11    1 222  4   888     4   0  4 44444444444444  4   0   0       99999999999999999          7      7   7       7       1111  000000000000    77        999         99          66666666666   22222222 7    7  7 7          7  7  6666     22222222222222222  66    0 666   0  0 000  11111111111111111111111111111    8888888   777     0   7  555555555555555   3333  22   888   7    7 777 7 7   22            3 8888888888888   7   5     55555555 7    7    777      7 77777       7     7   7 22 22   7    7777777777                55555555555555555  6   88 0    00  3       7     555      0000   555    5555    555    55      0   
consensus                     :                               TAAGTAA-GTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------CA---C----TG-------TAT--------AC-------A-------CA-AA-T--------AA-C--AT------GAGCTCT-AGT-GAG-------CTC------TTT-A-ACCGAC-TATC-A-CAGA--CA---AAA---T---ACAT--ATA-TTAA--TA-AAAC-T-AA-----AAC-TACCA--TGCAGA---AC-ATA---CACAT-ATA-CT-C------------C-AT-GCA-GAA-ACACACA-A-TATA--TAT---TATACATATTTA-CACACA-TAA-ATTATGA-AAATAAA--TAAAA-A---------TAAG-AAATTTGAC-ATATCCAACAG--AAAGCAGATA----A------AAA--------G-CAAT-TC-A-CAAGGCATTT-TA-AATAT-TACAA--A-CAAG---GC---GTATAAAGC-TAAAAGA-GT-A---TCAC-----------T---AAAAAC--AA-GAAAAT-ACAC-TAG---GAAAANTAT-AA---TT----A-----GAA--A-GA--TAG-T-AAA-AAAA-C---G-C-AAA--ATTATAAAAAGTAT-----T--CAAA-AATAAATAACTGA-AT-----T-ACAA-AGGA---GTAGAA-A-----TTAAGAC-AGAGT-AGG-C--C--AAG-GTGTATAT--ATATATAAAAAAAAAAATAA---------AAG-----ACTTTTNACTAAATTGAC-ATAGCATGAAACTGTAGTTGTGATGAGGGAANTGGGAGGTCCAAGAGTCCCTACCTCCANCAC
Reference ( family-220 )      :                               TAAGTAA-GTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------CA---C----TG-------TAT--------AC-------A-------CA-AA-T--------AA-C--AT------GAGCTCT-AGT-GAG-------CTC------TTT-A-ACCGAC-TATC-A-CAGA--CA---AAA---T---ACAT--ATA-TTAA--TA-AAAC-T-AA-----AAC-TACCA--TGCAGA---AC-ATA---CACAT-ATA-CT-C------------C-AT-GCA-GAA-ACACACA-A-TATA--TAT---TATACATATTTA-CACACA-TAA-ATTATGA-AAATAAA--TAAAA-A---------TAAG-AAATTTGAC-ATATCCAACAG--AAAGCAGATA----A------AAA--------G-CAAT-TC-A-CAAGGCATTT-TA-AATAT-TACAA--A-CAAG---GC---GTATAAAGC-TAAAAGA-GT-A---TC-C-----------T---AANANC--AACGAAAAT-ACAC-TAG---GAAAANTAT-AA---TT----A-----GAA--A-GA--TAG-T-AAA-AAAA-C---G-C-AAA--ATTATAAAAAGTAT-----T--CAAA-AATAAATAACTGA-AT-----T-ACAA-AGGA---GTAGAA-A-----TTAAGAC-AGAGT-AGG-C--C--AAG-GTGTATAT--ATATATAAAAAAAAAAATAA---------AAG-----ACTTTTNACTAAATTGAC-ATAGCATGAAACTGTAGTTGTGATGAGGGAANTGGGAGGTCCAAGAGTCCCTACCTCCANCAC
gi|1                          :                                                                                                                  -------CA-AA-TTA------AA-C--ATCAGACTGAGCTC--AGT-AAGTCGAAGGCTCAATTAATTT-A-ACCGAC-TATC-AACAGAACCA---AAAATAT---ACACTGATA-T-AA--TA-AAAC-T-AACCAGAAACATACCGACTGCAGA---ACCATC---CACAC-AT--CT-CATTAACCGGTCGC-AT-GCA-GAACACACACA-A-TTTACGTAC---T-TACATATTTAACACACAATAACATTATGATAAACAAAATCAAAA-ACAATAAGTTTAAG-AAATT-GACCATATCCAACAG--AAGGCAGATA----A------AAAGATTAAACG-CAATATCAA-CAAGGCATCTGTATAACAT-AGCAA-----AAGACCAC---TTA-AAAGC-TAAAAGA-GTCAACTTC-CATAGAAAGACAT---AAAAACAAAACAAAAAA-AATCTTAG---GAAAACCAT-AAAACAT----A-----GAA--ACGA--TAGTT-AAA-AAAA-CCCGG-C-AAA--ATTAAAAAAAGTAT-----T--C-AA-AATAACTAACTGACAC-----TAACAA-AGGAAAGGTAGAATA-----TAACGAC-AGA-T-AGG-C--C--AAA-GTGTA-AT--A---ATAAAAATAAAAATAA---------AAAATACTACTCTTT----AATT-AC-ATATCATGA
gi|10                         :             gcactgcaatcgaatacctataataacTA--A-GCTTT--A-CTTAAA-GTCGG-------CAAGTCA---TA-------TAT--------A--------A-------CA-AAGT--------AA-C--AT------AAGCTCC-AGA-GAG-------CTT------TTT-AGACCGAC-----------A--TA---ACT---T---ATAT--ATACTTTA--TACAGGT-T-AC-----AGC--ACCA--TTNAGACCGAC-ATAACTTATAT-ACA-CT-T------------T-AT-ACcaagcaaacagagactaaacaacaaaaaaaaga
gi|11                         :                              gaAAGTAA-GTG--A-ATTTT--A-TCTAAA-GTCGGTAGAATCTA---C----TG-------TAT--------AC-------A-------TATAA-TAAACAGTCAA-C--AC------AAGCT-T-AGCAGAG-------ATT------TTT-A-TTCGAC-TATC-A-CAT--------AAA---T----CA---------AA--GACAAAT-T-AA-----GAC--A-CA--T--AAA---AC-ATG---CATAT-ATA-C
gi|12                         :                               TAAGTAA-GTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------CA---C----TG-------TAT--------AC-------A-------TA-TA-T--------AA-CAAAT-------AAC-----AT-GAG-------CTC------TTT-A-ACCGAC-TAT
gi|13                         :                              gTAAGTAA-GTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------CA---C----TG-------TAT-----------------A-------CA-AA-T--------AA-C--A-----------------T-GAG-------CTC------TTT-A-ATCGAC-TATC-A-CAGA--CA---AAA---T---ATAC--A----TAA--TA-AAAC-T-AA-----AAC-TAatctcaccatctaaattgatggggtatcaaagta
gi|14                         :                                                TTT--A-TCTAAA-GTCGG-------CA-----------------TATCG------AA-------A-------CA-GT-TC-------GA-C--AT------GCGCTCT-AGA-AAG-------CCT------TTG-A-ACCAACATATA-A-CATA--C
gi|15                         :                             agcAAGTAAAGTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------CA---C----TG-------TGT--------ACATTAATAA-------CA-AA-T--------AA-C--AT------GAGCTCT-AGT-GAG-------CTC------TTT-A-CCAGAC-TAttgtgtatttacata
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aA-CTAC------------C-AT-GCA-GAA--CACACA---------TAT----ATGCATATTTA-CACACA-TAA-ATTATGA-AAATAAA--TAAAG-T---------TAAG----TTTGAC-Aat
gi|17                         :                                    AA-GTA--A-ATTT---A-TTTAAA-GT-GG-------TA---C----TA-------TATGACATATAAC-------A-------AA-AA-G--------AA-C--AC------AAGCTCT--GTAGAG-------CTT------TTT-A-c
gi|18                         :                                AATTAA-ATA--A-TATCT--A-TTTAAA-GTCGA------------------G-------TAT--------AC-------ATTA----CA-AA-T--------AA-C--AT------TAGTTCT-AAT-GAG-------CTA------TTT-A-tca
gi|19                         :                           atcaTAAGTAA-GTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------CA---CTGCATG-------TAT--------ACATATATAA-------CA-AA-T--------AA-C--AT------GAGCTCT-cc
gi|2                          :                              gTAAGTAA-GTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------CA---C----TG-------TA-----------------------------AA-T--------AA-C--AT------GAGCTCT-AAT-GAG-------CTC------TTT-A-ACCGAC-TATC-A-CAGA--CA---GAA---T---ACAT--ATA-TTAAA-TA-AAGC-T-AA-----AAC-TACCA--TGCAGA---AC-ATA---CACAT-ATA-CT-C------------C-AT-GCA-GAA-ACACACATA-TATAATTATACGTGTACATATTTA-CACACA-TAA-ATTATGA-AAATAAA--T-AAA-A---------TAAG-AAATTTGAC-ATATTGAACAG--AATGCAGA-A----G------AAA--------G-CAAT-TC-A-CAATGCAGTT-TA-AATATGTACAA--A-CAAA---GC---ATATAAAGC-TAAAAGA-AT-A---TC-C-----------T---AATATC--AATGAAAATAATAC-TAG---GAAAAGTAT-AA---TT----A-----GAT--A-GATCTAG-T-AAA-AGAA-C---G-C-AAA--ATTTTAAAAAGTAT-----T--C-AA-AATAAATAACTG--AT-----T-ACAA-GGGA---GTCGAA-A-----TTAAGAC-AGAGT-AGG-C--C--AAG-GTGTATAT--ATATATAAAAAAAAAAATAAATGAATAAGAAG-----ACTTTTCACAAAACTGAC-ATAGCATGAAACT-T-GTTGTG----GGG--TTGGG----CCAA---TCCCTACCTCCACCAC
gi|21                         :                               TAAGTAA-GTA--A-ATTTTTTA-TTTAAA-GTCGG-------CA---C----TG-------TAT--------
gi|3                          :                                AAGTAA-GTAGTA-ATTTTTTA-TTTAAA-GTCGG-------CA---C----TG-------TGT--------AC-------ATATATAACA-AA-T--------AA-C--AT------GAGCTCTTAGT-GAG-------CTC------TTT-A-ACCGAC-CATC-A-CAGA--CA---AAA---T---ACAT--ATA-TTAA--TA-AAAC-TAAA-----AAC-TACCA--TG-AGAG--AC-ATA---CACATCATAGCT-C------------CGAT-GCA-GAA-ACACAAA-A-TA----------TATACATATTTA-TGAAAA-TAA-AT----A-AAATAAG--T---------------TAAGAAAATTTGAC-ATA-CCAACAG--AAA-TAAATA----AAT----AAA--------G-CAAT-TC-A-CAAAGCATTT-TA-AA----TACAA--A-CAAA---GC---ATATAAAGC-T--AAGA-GT-A---TCAC-----------TTGAAAAAAC--AA--AAAA----AC-TAG---GAAAAATAT-AA---TT----A-----GAA--A-GA--TAG-T-AAA-AAAACC---G-C-AAA--ATTATAAAAAGTAT-----T--C-AA-AAT-AATAACTGA--------T-ACAA-AGGA---GTAGAA-A-----TT-AGAC-AGAGT-AGG-C--C--AAA-GTGTGTAT--A-AAATAAAAAAAA----GA---------AAG-----ACTTTTAACTAAAT
gi|4                          :                             aagAAGTA--GTA--A-ATTTT--ACTTTGAA-GTCGG-------CA---C----TGA------TAT--------AA-------A-------CA-AA-T--------AA-C--AT------GA-CTCT--GT-GAG-------CTC------TTTTA-ACCGAC-TATC---CAGA--CA---A-----T---AC-T--CTA-TT----TA-AAAC-T-AA-----A-C-TACAT--TGCG-----AC-A-A---C-CAT-ATA-CC-C------------C-AT-GCAAGAA-ACACACA-ACTATC--TAT-------CATATTTA-CACACA-T-----TATAA-TGACCAA--TAAAT-T---------TAAG----TTT--C-A-ATCCA-CATTTAAAGCAGATA----ATTA---AAA--------G-AAGT-TC-A-CAAGGC-TTT-TA-CTTTT-TACAATTC-CAAG---TCTTTATATTAAGCCTAAAAGGTGT-A---TCAC-----------T---GTGAAT--TA--AAAAC-ACGT-TAGAACGATGATTATGAA---TT----ACTATGGAGTGA-AA--TCG-TTAAACAAAA-C---G-C-AAA--ATTATAAAAAGT-T-----T--CA------AAATAACTGA-AC-----T--CAA-AGG----GTAGAC-ATTTTTTTAAG-C-AGAGT--GG-CCAC--AAG-GTAC---------TATAAAATAAAAAATAA---------A
gi|5                          :                            gtaacAGTAAAGTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------TA---C----TG-------TGT--------AC-------ATATGTAACA-AA-T--------AA-C--AT------GAGCTCT-AGT-GAG-------CTC------TTT-A-ACCGAC-TATC-A-CAGA--CA---AAA---T---ACAT--ATAGTTAA--TA-AAAC-TAAA-----AAC-TACCA--TGCAGA---AC-ATA---CACAT-ATA-CT-C------------C-AT-GCA-GAA-ACACACA-A-TATA--------TATAGATATTTA-CACACA-TAA-ATTATGA-AAATAAA--TGAAA-ATAAGT----TAAG-AAATTTGAC---ATCCAACAG--AAAGCAGATAAATTA------AAA--------GATAAA-TT-A-GAAGATATCT-TA-AAta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     --AAAGAAAGT--CACATGG---AAGAAATAT-AA---TTGGATA-----GAA--G-GA---AG-T-AAG-AAAA-C---GAC-AAACCATTATACAAAGTATATACCTAACAAATAATAAATTACTGA-ATGTGATT-ACAG-AGTA---G-AGAG-A-----TTAAGAC-AGAGT-ATGTC--C--AAGAGTGTATATTAATAAATAAAAAAAAAAATAC---------A-G-----ACGTTTTACTAAAT-GACCATAGCAT-AAACTGTAGTTATGATGAGGGAAATGGGAGGTCCAAGAGTCCT--CCTCCAGCACaacttttatgagatattttatcaaatttatgtgaactctagacggcgtgccatacacggtagatcaaaggta
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                taaatacaacgacataaagcattagttagttgagtatgcctaaggagttaacacttgcactttggaggtaaAATAA--ATAGCAAATA----ATAATTAAAA--------A-CAAT-TC-AACAAGGCAGTT-TA-AATAC-TAAAA--AGTAAG---GT---GTA----GCGTAT--GA-GT-A---TC--------------------A----AATGATAAT-AC-C-TAG---GAAAAGTGT-GAG--TT----A-----GAA--A-GA--TAG-C-AAA-AGAA-C---G-CAAAA--ATTATAAAAAGT-T-----T--CAAAGAATGAAT-ACTGA-AT-----T-ACACTTGGA---GTTTAA-A-------ATGACAAGAGTAAGG-C--CAAAAG-GTGTA-AT--ATGTATAAAAAAAAAATTAA---------A----------TTTAACTAAA
gi|8                          : ttatacaggtacaataaaataattagctctaaAGTAA-GTA--AGATTTT--A-TTTAAAAGTCGG-------CA---C----TGGTGTACATAT--------AT-------A-------CA-AA-T--------AAAC--AT------TGACTCT-AGT-GAG-------CTC------TT--A-ACCGAC--ATC-A-CAGA--CA---AAA---T---ACATT-ATA-TTAAA-TA-AAA------------AC-TACCA--TGCAGA---AC-ATG---CACAT-ATA-CT-C------------C-AT-GCA-GAA-ACACACA-C-TATA--TG----TATACATATTTA-CACACA-TAA-ATTATGA-AAATAAA--TAAAATAAGT------TAAG-AAATTTGAC---ATCCAACAG--AAAGCAGATA----A------Ac
gi|9                          :                                    AA-GTA--A-ATTTT--A-TTTAAA-GTCGG-------TA---C----TA-------TAT--------ACATGTAA-A-------CA-AA-C--------AA-C--AC------AAGCTCT--GTAGAG-------CTT------TTT-A-TCCGAC-TATCAA-CATA--AATTTAAA---TTTAAAAC--GTA-TTAAATTA-AGACAA-AA-----AACATAACA--TGC------AT-ATA---TACAT-GTA-CG-C------------CTATAACA-AAG-ACAtta