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lowQualScore                  :                                                   1        111111111111111      1       333333333333333333333                          1111111            333333333333333        11111    3333333333333333333333333333333333         111111111111111                                                                     11111111                2222     33333333333333333333        4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444            1                            222222           2222        555   11    
lowQualScore                  :                    2             99999  555 2 8   5  55    333333333333333 2 2  2  4444 333333333333333333333 2  7777    2      55555  9999999          2 000000000000000     22 00000    9999999999999999999999999999999999 1  2  2 444444444444444  2 2  2  2    55   0  2      2    7  7   33       2    2  777777 33 33333333 77777  2 33    9999     00000000000000000000    6 3 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3  3  55   1   1        88          3   111111 444       9999        333   11    
lowQualScore                  :                    .             .....  ... . .   .  ..    ............... . .  .  .... ..................... .  ....    .      .....  .......          . ...............     .. .....    .................................. .  .  . ...............  . .  .  .    ..   .  .      .    .  .   ..       .    .  ...... .. ........ .....  . ..    ....     ....................    . . ............................................................................... .  .  ..   .   .        ..          .   ...... ...       ....        ...   ..    
lowQualScore                  :                    2             77777  444 5 7   0  33    999999999999999 2 2  2  7777 777777777777777777777 2  7777    9      33333  7777777          0 777777777777777     88 33333    6666666666666666666666666666666666 1  1  1 333333333333333  4 4  8  4    00   1  4      4    8  2   77       7    7  777777 77 66666666 11111  9 99    6666     77777777777777777777    2 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6  3  00   6   6        44          6   111111 444       5555        666   00    
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Reference ( gi|5 )            :                GGGATTGATTCACGATTT-----TC--CT-CGAACATT--GATT---------------T-T-CAGTT----T------------T------ATT-GA-CTAAAATGTACTGT-----CTC---T--TGTGTTTAAA-ATGT---TTC-CGTA-ACAAA--A--A--TAAG-----------------G---CT---------G-TACA-TT-A-----T----G--AAAG-A-AGTTC-ATTACAGAGAGT-TTATTA-TTTGCTACGTA--AACAAAG-ATTC-AG------G--TG-------T-----GT-T--ATTGT---TTTACAAAA--A---TA-TT-----AAAA-C-T--------ATA--TAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----------T----C-AT-TTA-AAAAGATGATTTTATGG-CTGTTCAAAA-TTATTGA--TAT-TTTAAATA-AGAGATTTAAATGATT--TCAT
gi|6                          :                GGGACTGCTTCACGATTT-----CC--TT-CAAACTTT--GATT---------------T-T-CACTT----TATCTTTTTTTTTT------TTT-TA-TTGAAAAGTACTGT-----CTA---C--TGTGTTTAAA-AT---------------------------TAAG-----------------G---TT---------G-CAGA-TT-A-----T----G--ACAG-A-AGCTC-ATTACGGAGAGT-TTAATA-TTTGTTATGTA--AACCAAG-ATTC-GG------G--TA-------T-----GT-T--ATTG----TTTACGAAATGAAATTT-TT-----AAAATC-T--------NNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----------C----C-AT-TTA-AAATGATAGTTTTACGA-CTGCTCAAAA-TT----A--TGT-TTTAAATT-ACAGGTTTAA--CATT--TCAT
gi|17                         :              aaGGGACTGATTCACGAATT-----TC--TT-CAAACTTTT-GATT---------------T-T-CACTT----T------------T------TCT-GA-TTGAAATGTACTGTACGTACTTTAAT--CGTGTTTAAA-AAGT---TT--CGTC-ACAAA--A--A--TAAGATAATAAATGTACATGAA---TT---------G-TACA-TT-A-----T----G--ACAG-A-CGTTT-ATT--AGAGAGT-TTGATA-TTTGTTATGTA--TACAAAG-ATTC-AG------G--CT-------T-----GT-T--ATTGT---TTca
gi|25                         :             aaaGGGACTCATTCACAATTT-----TC--TT-CAAAT-TT--GATT---------------T-T-CATTT----T------------T------TCT-GA-TAAAAAGGTACTGT-----TTT---T--TGC--TTAAA-A-AC---TTT-CGTC-ACAAA--A--A--TATG-----------------G---TT---------G-TATA-TT-A-----T----G--ACAG-A-AGCTC-ATTATGGAGAGT-ATATTA-aatttcaatttgttctaaaactttaaaa
gi|4                          :               cGGGATTGATTTACAAT--------CGGCA-CAAAAATTTTGTTT---------------T-T-CATTT----T------------T------AAT-GA-TCAAAATCTACTAT-----TTA---T--TGTGTTTGAA-AGGT---TTT------ACAAA--A--AATTAAG-----------------GTTTTT---------T-TACA-TC-A-----C----A--AGAG-A-AACTC-GTTGTAAAGAGT-TTATTC-TTTGTTGTGTA--AAC--AG-GTTG-GG------GAATG-------TTTAACGT-T--ATTA----TTTAC-AAA--G---TT-TC-----AAAA-C-
gi|16                         :            taaaGGGACTGATTCGTGATTT-----TC--TT-C--ACACT-------------------------------------------------------TT-GA-TT-----------------CCC---G--TG-GATTAAACATGT---TTC--GTATATAAA--AC-A--TAAG-----------------T---AA---------G-T-CA-TC-A-----G----G--AAAG-A-AACTC-ACTACGAAGTAT-TTATTA-TTTGTTATGTA--AATAAAG-ATTC-AGATACATG--TA-------T-----AT-C--ATTG----TTTACAAAA--A---TACTT-----AAAA-A-T---------TN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----------C----C-AT-TTA-AAATGATgttgttgtgtaaacttattttatcatgtatagcgcatttctatattctataggtaatatgtacagttttgactgtgcaaagctaagataattacaaaattaacagttaattggctaatt
gi|7                          :            taaaGGAACTGATTCACGATCCCCCCCTC--CC-CCCATTTT--GTTA---------------T-T-CACTTAAAAT------------T------AAT-AATCAAAAATCTACTGT-----CTA---A--TGTGTTAAGA-AGGT---TTT------ACAAA--A--T--T----------------------------------------A-TT-A-----T----G------------TC-A-TAC-----CC-TTATTG-T-------GTA--AACAAAG-A-TG-AG------G--TA-------T-----GT-T--ATTG----TGTACAAA--------G-TTTAA--AAAA-CGT--------ATACTTATCGATCCAAGTATATGATATATATCACATTTCAATTGTATTCTTTAAGTAAAGTG----T----C-AT-TTATAAAAGATAGATTTGTGT-CTGTGCAAAA-T--TTGA--TGC-TTTAAAT
gi|39                         : cacttatttcttaacGGGACTGATTGAGAATTT-----TT--CT-CAAATTTT--TATT---------------T-T-CACTT----T------------T------tacaaaatcaacattt
gi|9                          :             taaaGGACTGATTCACGATTT-----TT--CTTCAAACTTT--GATT---------------T-T-CATTT----T------------T------TCT-GA-TTGAAATGCGCTGT-----ATG---T--TATGTTTAAA-AGGT---TT--CGTC-ACAAACGA--A--TAAG-----------------G---TT---------G-AACACTT-A-----C---------AG-A-AGCAC-ATTGTAGAGTGT-TAATTA-TTTGTTATGTA--AACAAAG-GTTT-TG------G--TA-------T-----GTATTAATTGT---TT----ATA--A---TG-TTTA---AAAA-C-T--------GTC--TGAATCTGTAATGAATATCTAATCTTAAGTAATCCTGACCTTAGATATGC----------------C-AT-TTA-AATTGATAATTCTATGA-CTGTTTAAAC-TTATtatg
gi|13                         :              aaaGGACTGATTCACGATTT-----TC--TT-CAAAGTTT--GATT---------------------GTT-----------------------------A-CT----TGTAAT----------------TGTGTTTAAA-ATGT---T-C-CATA-GCAAA--A--A--TAAA-----------------G---CT---------G-TACA-CC-A-----T----G----------GCT---------AAAGC-GTATTA-TTTGTTATGTA--AACAAAT-ATTC-AG------G--TA-------T-----GG-T--ATTG----TTTGC-AAA--A---TA-TTTC---AAAA-C------------G--TAGCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----------NNNNCC-AT-TTG-AA---ATAATTTTATGA-CTGTTTAAAT-TTAT--A--TGT-TTTGAATT-ACAGA
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gi|28                         :              ataGGATTGATTCACCATTT-----TT--TT-CAAACTTC--GATTATCACTTCTTTTTTTT-T-CACTT----T------------TCACTTTATTTGA-CTGAAAGGTACTGT-----CTA---T--TGTTTTTTAA-AAAT---TTT-CGTC-AAAAA--A--A--TAAG-----------------G---TT---------C-TAC
gi|3                          :                    TTGTTTCATGATTT------C--TT-AAAACTTT--GATT---------------T-TTCACTT----T------------T------TCT-TA-ATGAAATGTATTGT-----CTA---T--TGTGTATGAA-AAGT---T-C-CATC-ACAAA--A--A--TAAG-----------------G---TC---------C-TTCT-TT-T-----T----G--ATAG-A-AGCTC-ATTACGGAGAAT-TTTTTA-TTCGTTATGTA--AACAAG-----C-AG------G--TA-------T-----GT-T--ATTG----TTTAC-AAA--A---TA-TTTTTTAAAAA-C-TNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAATAATAT----------G----CTAT-TT--AAATGATGATTTTATGA-ATGTTCAAAA-TTA-TGA--TGT-TTCAAATT-ACAGATTT
gi|31                         :                    cTGATTCACAATTT-----TC--TT-CAAACTTT--GATT---------------T-T-CACTT----T------------T------CCT-GA-TTGAAATGTACTGT-----CTA---T--TGTGTTTAAA-AAG----TTG-CATC-ACAAA--A--A--TAAG-----------------G---TT---------G-TACA-TT-ttctaaatttgg
gi|10                         :                     TGAGTTACGATTTCT---TC--TT-CAAATATA--GATT---------------T---CACTT----T------------T-------CT-GA-TTAAAAT-TACCGT-----CTG---A--TGTATTTAAA-ATG----TTC-CATC-AC-AA--A--A--TAAG-----------------A---TT---------GCTACA-TT-T-----T----G--ACAG-A-AGCTCGATTAT-GAG-----TGATA-TT-------TA--AAAAGAGTATTT-AT------A--TGTCCAATAT-----CT-T--ATTGC---CTTACAAAA-------A-TT-----AAAA-C-T--------ATT--TAAAACATATATAAATATTATCAGAAGTATTTGTGCGGGTAACATAC-------------------C-AT-TT--GAAATATGA-TTTATTG-GTGTTCGAAA-TTACAG---TA--TTTAAAT
gi|29                         :                  ggcTGGTTCACGATTG-----TC--TA-CAAACTTT--GATG---------------T-C-CACTT----T------------C--------T-GA-TTGAAATATGATGT-----CTA---T--TGTGTTTAAA-A-G----TTC-CGC---CAAA--A------AAG-----------------G---TT---------G-TGCA-TT-A-----T-------AATG-ACAGTTC-CTTATGGAGA
gi|2                          :                           gcGATTT-----TC--TT-AAAACTTT--GATT---------------T-T-CACCT----T------------T------TCT-GA-TTGAAATGTACTAT-----CTA---C--TGTGTTTGAA-AAG----TTC-CGTC-ACAAA--A--A--TAGGTTATAACATTTTA----A---CTATGACAGAAG-TACA-TT-ATATATT----G--ACAG-A-AGTTC-A-TATATAGAGT-TTATTA-TTTGTTATGTA--AACAAAG-ATTC-AA------G--TA-------T-----GT-T--A-TG----TTTAC-AAA--A---TA-TTTA---AAAA-C-T--------NNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC----------------C-AT-TTA-AAATGATAATTGTATGA-CTGTTGAAAA---ATTAAT-TATGTTGAAAT--ACAGATTTAA--CATT--TCATag
gi|33                         :                                                taaaTT--TATT---------------TCT-CAGTT----T------------T------AAT-GA-TCAAAAGCTACTA------------A--TGTGTTT-AG-ATGT---TTCAC----ACAAA--A--AT-TTAG-----------------G---TT---------A-TACA-TC-A-----T----
gi|22                         :                                               ccaaaat--GATT---------------T-T-CACTT----T------------G------AAT-GT-TCAAAATCTACTGT-----GCA---G--TGCGTTTGAA-AGGT---TCC----A-CCAAA--ATAA--TAAG-----------------G---AT---------A-TGCA-TG-A-----G----G--ACAG-A-AGTTC-ATTGTAGATCAT-TTATGT-TTTGTTGTGTA--AACAAAG-GTTC-AG------G--T
gi|14                         :                                                                                                             cT-GA-TCAAAATCTACTGT-----CTA---TAACGTGTTTTAA-ACGTACATTT-C----ACAAA--A-------------------------------T---------T-T-CA-AT-A-----T----G--ATGA-C-AGCTC-ATTCTAAAGAGT-TTATCA-acatgtaggttat
gi|15                         :                                                                                                                           aACTAT-----CTA---C--TGTGTTTGAA-AAGT---T-C-CGTC-ACAAA--A--A--TAAG-----------------G---GT---------A-TACA-TT-A-----TAGATG--ACAG-A-AGTTC-TTAACATAGAGT-TTATTA-TTTGTTATGTA--AACAAAG-ATTC-AA------G--TA-------T-----CT-T--ACTG----TTTAC-AAA--A---TA-TTTA---AAAA-C-T---------TN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGC----------------------------C-AT-TTG-AAATGATAATTGTATGA-CTATTGAAAA-TTATT-A--TGT-TTTAAATT-ACAGATTTAAatgtttccaaagttcttaaaatctatggctatagatttaagatttttacatatatcatatttcaagtattctttggtcatgcatgatgtgccatttaaaagtttagattgtgtatgtgcaaaatcgggatgcattaaattacaaaattaacatatcttactagtttgttt
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17 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|24 ): TTTGAAAATGTACGATTATCAAGTTTATAAAGATATCGCATTTCACGTGTTCTTTGGGTAAAATGTGTCGTATAAAAGTTAAATTTGTGTCGGTGCAAAATCACGACGCTTTGAAGTTTAAATGTTACAGTCAACTTTTTAA
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Unaligned ( gi|35 ): TTGTGACTGTGCAGCATCAAAATGCATTTAATTACGAAATTAGCGATTCATATTTTGTTTGTAAATA
Unaligned ( gi|36 ): ATAAAAGTGACTGATACACGATCTCTTCAAACTTATGATTTTCCATCTTTTTCTAAATTCAAACGT
Unaligned ( gi|37 ): AAGGGACCGACTCACAATTTTTCTCAATAAATTTTGTTTTTCACTTTTCATGATCA
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gi|13                         :                                                                    GGACTGATTCACGATTT-----T-CTT--CA----A---AGTT-T-GATT---------------G-T---TA-CTT-----------------------------------------GTA----------------AT--TGTGTTTAA-A-ATGT---T-CCAT-AGCAAA--A-A--TAAA-----------------G---CTG-T-ACAC------C-AT----G------------GCT------------------------------AAA-GC-GTATTA-TTTGTTATGT-A--A-ACAAAT-AT-------TC-A-G------G----TAT-------GG-T--AT-----TG-TTTG----C-----AA--AAT--ATT-TC---AAAA-C-------------GTA------GCG-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN----------NNNNCC-AT--T-T-G-A--A-----ATAAT-TTTAT-GACTGT-T-TAAAT-TTAT--A--TGT-TTTGAAT-TA-CAGAcat
gi|14                         :                                                                                                                                                                          atTGA--TCAAA-A-TCTACTGT-----C--T---ATAACGTGTTTTA-A-ACGTACATT---T-CAC-AA--A-A--T------------------------TTC-A-ATAT------G-AT----G---AC------AGCTC--ATT--------CTAA------------AGA-GT-TTATCA-
gi|15                         :                                                                                                                                                                                           aACTAT-----C--T---AC--TGTGTTTGA-A-AAGT---T-CCGT-CACAAA--A-A--TAAG-----------------G---GTA-T-ACAT------T-ATAGATG---ACA---GAAGTTC--TTA--------ACAT------------AGA-GT-TTATTA-TTTGTTATGT-A--A-ACAAAG-AT-------TC-A-A------G----TAT-------CT-T--AC-----TG-TTTA----C-----AA--AAT--ATT-TA---AAAA-C--T---------TNNN------NNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNA-TGC----------------------------C-AT--T-T-G-A--AA-TG-ATAAT-TGTAT-GACTAT-T-GAAAA-TTATT-A--TGT-TTTAAAT-TA-CAGATTT--AA--CATTatgtttccaaagttcttaaaatctatggctatagatttaagatttttacatatatcatatttcaagtattctttggtcatgcatgatgtgccatttaaaagtttagattgtgtatgtgcaaaatcgggatgcattaaattacaaaattaacatatcttactagtttgttt
gi|16                         :                                                              tttaaGGGACTGATTCGTGATTT-----T-CTT--CA----------------------------------------CA-CTT----T-----------------------GA--T---------TCCCGT-----------------G-GATTAA-ACATGT---TTC-GTATATAAA--ACA--TAAG-----------------T---AAG-T--CAT------C-AG----G---AAA---GAAACTC--ACT--------ACGA------------AGT-AT-TTATTA-TTTGTTATGT-A--A-ATAAAG-AT-------TC-A-GATACATG----TAT-------AT-C--AT-----TG-TTTA----CA----AA--AAT--ACT-T----AAAA-A--T---------TNNN------NNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN----------C----C-AT--T-T-A-A--AA-TG-AT
gi|17                         :                                                               taaaGGGACTGATTCACGAATT-----T-CTT--CA----A---ACTT-TTGATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------TCTGA--TTGAA-A-TGTACTGTACGTAC--TTTAAT--CGTGTTTAA-A-AAGT---TT-CGT-CACAAA--A-A--TAAGATAATAAATGTACATGAA---TTG-T-ACAT------T-AT----G---ACA---GACGTTT--ATT--------A--G------------AGA-GT-TTGATA-TTTGTTATGT-A--T-ACAAAG-AT-------TC-A-G------G----CTT-------GT-T--AT-----TG-TTTAATTTC-----AA--TTT--GTTCT----AAAA-C--T--------
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aaaT----G---ACA---GAAGCTC--ATG--------GTAG------------GGA-GT-TCATCA-TTTGTTGTGTAA--A-ACAAGG----------CC-G-G------G----T-T-------G-------------A-GTTA----C------A--AAT--GTT-C----AAAA----T--------ATATG------G---------T--TATCAACCTAAGCT--TATTT-------GTATTATTCGATCT----------T----T-AC--A-T-A-A--AA-TG--TGCCATTTGT-TAATGT-G-CAAA---CATAAAC-TGC-TTTAAAT-TA-CAAAATT--AA--CAttaaaa
gi|2                          :                                                                                GATTT-----T-CTT--AA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CCT----T------------T-------TCTGA--TTGAA-A-TGTACTAT-----C--T---AC--TGTGTTTGA-A-AAG----TTCCGT-CACAAA--A-A--T-AG-----------------G---TTA-TAACATTTTAACT-AT----G---ACA---GAAGTAC--ATTATATATTGACAGAAGTTCATATATAGA-GT-TTATTA-TTTGTTATGT-A--A-ACAAAG-AT-------TC-A-A------G----TAT-------GT-T--A------TG-TTTA----C-----AA--AAT--ATT-TA---AAAA-C--T--------NNNNN------NNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNC----------------C-AT--T-T-A-A--AA-TG-ATAAT-TGTAT-GACTGT-TGAAAAA-TTAATTA--TG---TTGAAA-TA-CAGATTT--AA--CATTTCATatacactgcttgctcgtaaacgtac
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    taaaTAAA-CTTGT-GACTGT-G-CAAAA-CTAA-GA--TGC-TTTGAAT-TA-CAAAATT--AA--CATTCCA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                             tttaaaaagtatattgtgtttgccactgaagagatatataagttttccatgtatatcgcatttcaagttttctttgggcaaaatgggccattgG------------AAA-GT-TTATTA-TTTGTTATGC-A--A-ACAAAG-AT-------TG-G-G------G----CAT-------GT-T--AT-----TC-CCTA----C-----TA--AA---GTT-T----GAAA-A--T--------GTATctggtgtgtttgtaaa
gi|22                         :                                                                                                             ttta-GATT---------------T-T---CA-CTT----T------------G-------AATGT--TCAAA-A-TCTACTGT-----G--C---AG--TGCGTTTGA-A-AGGT---T-CCAC-CAAAAT--A-A--TAAG-----------------G---ATA-T-GCAT------G-AG----G---ACA---GAAGTTC--ATT--------GTAG------------ATC-AT-TTATGT-TTTGTTGTGT-A--A-ACAAAG-GT-------TC-A-G------G----TAgactacatttttagcgatatactattatcatttatatcacactcaatatccatcaggtaaaaaatgccatctaaaatacaaa
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  c----------T----C-AT--T-TTA-A--AG-TT-ATA---TTTCT-GACTGT-G-CGAA--CTGCAGA--TGT-TT-AAAT-TA-CAAAATT--AG--CATTcatgtaggttat
gi|25                         : tgaaaatgtaatatcatcgatctaagaatatgcatagcaatataagtattctgtagctaaattgggGGGACTCATTCACAATTT-----T-CTT--CA----A---A-TT-T-GATT---------------T-T---CA-TTT----T------------T-------TCTGA--TAAAA-A-GGTACTGT-----T--T----T--T-TGCTTAA-A-AACT---TTC-GT-CACAAA--A-A--TATG-----------------G---TTG-T-ATAT------T-AT----G---ACA---GAAGCTC--ATT--------ATGG------------AGA-GT-ATATTA-cttctggcttgcttg
gi|28                         :                                                                   cGGATTGATTCACCATTT-----T-TTT--CA----A---ACTT-C-GATTATCACTTCTTTTTTTT-T---CA-CTT----T------------TCACTTTATTTGA--CTGAA-A-GGTACTGT-----C--T---AT--TGTTTTTTA-A-AAAT---TTTCGT-CAAAAA--A-A--TAAG-----------------G---TTC-T-AC
gi|29                         :                                                                       CTGGTTCACGATTG-----T-CTA--CA----A---ACTT-T-GATG---------------T-C---CA-CTT----T---------------------CTGA--TTGAA-A-TATGATGT-----C--T---AT--TGTGTTTAA-A-AG-----TTCCGC-CA-AAA--------AAG-----------------G---TTG-T-GCAT------T-AT----A---ATG---ACAGTTC--CTT--------ATGG------------AGA-
gi|3                          :                                                                       gTGTTTCATGATTT-------CTT--AA----A---ACTT-T-GATT---------------T-TT--CA-CTT----T------------T-------TCTTA--ATGAA-A-TGTATTGT-----C--T---AT--TGTGTATGA-A-AAGT---T-CCAT-CACAAA--A-A--TAAG-----------------G---TCC-T-TCTT------T-TT----G---ATA---GAAGCTC--ATT--------ACGG------------AGA-AT-TTTTTA-TTCGTTATGT-A--A-ACAAG------------C-A-G------G----TAT-------GT-T--AT-----TG-TTTA----C-----AA--AAT--ATT-TTTTAAAAA-C--TNNNNNNNNNNNNN------NNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNN-NNNNNTTGAATAATAT----------G----CTAT--T-T---A--AA-TG-ATGAT-TTTAT-GAATGT-T-CAAAA-TTA-TGA--TGT-TTCAAAT-TA-CAGATTT--ag
gi|31                         :                                                                      ctTGATTCACAATTT-----T-CTT--CA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------CCTGA--TTGAA-A-TGTACTGT-----C--T---AT--TGTGTTTAA-A-AAG----TTGCAT-CACAAA--A-A--TAAG-----------------G---TTG-T-ACAT------T-ttctaaatttgg
gi|33                         :                                                                                               --CA----A---AATT-T-TATT---------------TCT---CA-GTT----T------------T-------AATGA--TCAAA-A-GCTACT--------------AA--TGTGTTT-A-G-ATGT---TTCA---CACAAA--A-AT-TTAG-----------------G---TTA-T-ACAT------C-AT----
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    cT--T-C-A-A--AA-TG-AAAAT-GTTAT-GACTGT-A-CAAAA-TTAT-GA--TGT-TTTAGAT-TG-CAAATTT--AA--CATTTCA
gi|36                         :                                                                     GACTGATACACGATCT-------CTT--CA----A---ACTTAT-GATT---------------T-TC--CATCTT----T------------T-------TCTAAATTC-AA-A-CGTatcaa
gi|37                         :                                                           ataaaagtGGGACCGACTCACAATTT-----T-TCT--CA----ATAAATTT-T-GTTT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------CATGA--TC
gi|38                         :                                                                   aaGACTGACCCACGATTT-----T-TCTCCCA----A---GATT-T-AGTT---------------T-TTTCCA-CTT----T------------T-------TATGA--TCa
gi|39                         :                                                                   GGGACTGATTGAGAATTT-----T-TCT--CA----A---ATTT-T-TATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------TATGt
gi|4                          :                                                               taaaGGGATTGATTTACAAT---------CGG--CACAAAA---ATTT-T-GTTT---------------T-T---CA-TTT----T------------T-------AATGA--TCAAA-A-TCTACTAT-----T--T---AT--TGTGTTTGA-A-AGGT---T----T-TACAAA--A-AATTAAG-----------------GTTTTTT-T-ACAT------C-AC----A---AGA---GAAACTC--GTT--------GTAA------------AGA-GT-TTATTC-TTTGTTGTGT-A--A-AC--AG-GT-------TG-G-G------G----AATGTTTAACGT-T--AT-----TA-TTTA----C-----AA--AGT---TT-C----AAAA-CGTT--------GTT----------G-TGTAAAC--T--------TATTT--TATCATGTATAGCGCATTTCTATATT----------C----T-ATAGG-T-A-A--TA-TGTACAGT-TT--T-GACTGT-G-CAAAG-CTA-AGA--T-------AAT-TA-CAAAATT--AA--CAGTTAAT
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    taaaTAAA-TTTGT-GTCTGT-G-CAAAA-TTA-GGA--TGA-TTTGAAT-TA-CAAATtggctaatt
gi|5                          :                                                                   GGGATTGATTCACGATTT-----T-CCT--CG----A---ACAT-T-GATT---------------T-T---CA-GTT----T------------T-------ATTGA--CTAAA-A-TGTACTGT-----C--T---CT--TGTGTTTAA-A-ATGT---TTCCGT-AACAAA--A-A--TAAG-----------------G---CTG-T-ACAT------T-AT----G---AAA---GAAGTTC--ATT--------ACAG------------AGA-GT-TTATTA-TTTGCTACGT-A--A-ACAAAG-AT-------TC-A-G------G----TGT-------GT-T--AT-----TGTTTTA----C-----AA--AAA--TAT-T----AAAA-C--T--------ATATA------GNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT----------T----C-AT--T-T-A-A--AA-AG-ATGAT-TTTAT-GGCTGT-T-CAAAA-TTATTGA--TAT-TTTAAAT-AA-GAGATTT--AAATGATTTCATatgaac
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8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-209 )      :                                        GGGACTGATTCACGATTT-----T-CTT--CA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------TCTGA--TCGAA-A-TGTACTGT-----C--T---AT--TGTGTTTAA-A-ANGT---TTCCGT-CACAAA--A-A--TAAG-----------------G---TTG-T-ACAT------T-AT----GACA---G---AAGCTC--ATT--------ACGG------------AGA-GTT-TATTA-TTTGTTATGT-AA--ACAAAG-AT-------TCG-G------G----T----AT-------GT-T--AT-----TG-TTTA----C-----AA--AA-T--NTT-T----AAAA-C-----T--------GTNTA------G----ANCNTNAAT--NANNNNNNANAT---NT--NA-NNNN------TCANGNGNNTNNNTNANNT----------TC-AT--T-T-A-A--AA-TG-ATAAT-TTTATG-ACTGT-T-CAAAA-TTATNGA--TGTTTTAAAT-TA-CAGATTT--AA--CATTTCAT
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gi|11                         :                                                                             ---ATTT-T-GTTA---------------T-T---CA-CTTAAAAT------------T-------GATAA--TCAAA-A-TTTACTGT-----C--T---TA--TATGTTTAAGA-AGGT---TT------ACAAA--A-----------------------------TT------AT------T-AT----G--------------TC--AT---------AC----------------------------CTTATTGTAT-AA--ACAAAG-AT-------GAG-G------T----T----AT-------GT-T--AT-----TG-TGTA----C-----AA--AG-T--TTA-A----AAAA-C--------------GTATA-----------CTTATCGATCCAAGTATATATATATAAT--CA-CATT------TCAATTGTATTCGTTAAGTAAAGTG----TC-AT--TAT-A-A--AA--G-ATAGA-TCTGTG-TCTGT-G-CAAAA-T--TTGA--TGCTTT-AAT-TA-CAAAATC--AA--CATTTCA
gi|12                         :                                                                                                                                                                           cccc---AT--TGTGTTTAA-A-AAGT---TCACGT----AAA--ACA--TAAT-----------------G---TTT-T-ACAT------TGAT----GGCA---ACGAAAGATC--ATT--------ACGG------------AGG-GTCCTATTACTTTGTTATGT-AAGAACAAAG-AT-------TCG-G------GG---T----AT-------GA-T--AT-----TG-TT-A----C-----AA--A-----TTT-T----AAAAGC-----T--------GTCTA------G----AATATTAAT--ATTCTGGAATAT---TT--AA-ACCGAGAAAGTAATCTAGCTTGTTAATATAATG------TC-ATC-T-T-A-A--AA-GA-ATGAT-TTTATGGACTGT-T-CAAAATTTACGGAAGTGTTTTAAATATA-CAGATTT---A--TAATTCATctagttt
gi|13                         :                                         GGACTGATTCACGATTT-----T-CTT--CA----A---AGTT-T-GATT---------------G-T---TA-CTT-----------------------------------------GTA----------------AT--TGTGTTTAA-A-ATGT---T-CCAT-AGCAAA--A-A--TAAA-----------------G---CTG-T-ACAC------C-AT----G------------GCT------------------------------AAA-GCG-TATTA-TTTGTTATGT-AA--ACAAAT-AT-------TCA-G------G----T----AT-------GG-T--AT-----TG-TTTG----C-----AA--AA-T--ATT-TC---AAAA-C----------------GTA------GCGNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN---NN--NN-NNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNN----------CC-AT--T-T-G-A--A-----ATAAT-TTTATG-ACTGT-T-TAAAT-TTAT--A--TGTTTTGAAT-TA-CAGAcat
gi|14                         :                                                                                                                                               atTGA--TCAAA-A-TCTACTGT-----C--T---ATAACGTGTTTTA-A-ACGTACATT---T-CAC-AA--A-A--T------------------------TTC-A-ATAT------G-AT----GAC---------AGCTC--ATT--------CTAA------------AGA-GTT-TATCA-------ATGT-TT--CCAAAG--T-------TC--------------TTAAAAT--------C-T--A------TG-GCTA----T-----AG--A------TT-T----AAGA-T-----T---------TTTA-------------CATATAT--CATATTTCAAGT---AT--TCTTTGG------TCATG------CATGATGTG---------CC-AT--T-T-A-A--AA--G-TTTAG-ATTGTG-TATGT-G-CAAAA-TCG-GGA--TGCATTAAAT-TA-CAAAATT--AA--CATATC
gi|15                         :                                                                                                                                                                aACTAT-----C--T---AC--TGTGTTTGA-A-AAGT---T-CCGT-CACAAA--A-A--TAAG-----------------G---GTA-T-ACAT------T-ATAGATGACA---G---AAGTTC--TTA--------ACAT------------AGA-GTT-TATTA-TTTGTTATGT-AA--ACAAAG-AT-------TCA-A------G----T----AT-------CT-T--AC-----TG-TTTA----C-----AA--AA-T--ATT-TA---AAAA-C-----T---------TNNN------N----NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN---NN--NN-NNNN------NNATGC------------------------C-AT--T-T-G-A--AA-TG-ATAAT-TGTATG-ACTAT-T-GAAAA-TTATT-A--TGTTTTAAAT-TA-CAGATTT--AA--CATTttactagtttgttt
gi|16                         :                                   tttaaGGGACTGATTCGTGATTT-----T-CTT--CA----------------------------------------CA-CTT----T-----------------------GA--T---------TCCCGT-----------------G-GATTAA-ACATGT---TTC-GTATATAAA--ACA--TAAG-----------------T---AAG-T--CAT------C-AG----GAAA---G---AAACTC--ACT--------ACGA------------AGT-ATT-TATTA-TTTGTTATGT-AA--ATAAAG-AT-------TCA-GATACATG----T----AT-------AT-C--AT-----TG-TTTA----C-----AA--AAAT--ACT-T----AAAA-A-----T---------TNNN------N----NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN---NN--NN-NNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNN----------CC-AT--T-T-A-A--AA-TG-AT
gi|17                         :                                    taaaGGGACTGATTCACGAATT-----T-CTT--CA----A---ACTT-TTGATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------TCTGA--TTGAA-A-TGTACTGTACGTAC--TTTAAT--CGTGTTTAA-A-AAGT---TT-CGT-CACAAA--A-A--TAAGATAATAAATGTACATGAA---TTG-T-ACAT------T-AT----GACA---G---ACGTTT--ATT--------A--G------------AGA-GTT-TGATA-TTTGTTATGT-AT--ACAAAG-AT-------TCA-G------G----C----TT-------GT-T--AT-----TG-TTTAATTTC-----AA--TT-T--GTTCT----AAAA-C-----T--------
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      aaaT----GACA---G---AAGCTC--ATG--------GTAG------------GGA-GTT-CATCA-TTTGTTGTGTAAA--ACAAGG----------CCG-G------G----T-----T-------G-------------A-GTTA----C------A--AA-T--GTT-C----AAAA-------T--------ATATG------G------------T--TATCAACCTAAG---CT--TA-TTTG------T------ATTATTCGATCT----------TT-AC--A-T-A-A--AA-TG--TGCCATTTGTT-AATGT-G-CAAA---CATAAAC-TGCTTTAAAT-TA-CAAAATT--AA--CAttaaaa
gi|2                          :                                                     GATTT-----T-CTT--AA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CCT----T------------T-------TCTGA--TTGAA-A-TGTACTAT-----C--T---AC--TGTGTTTGA-A-AAG----TTCCGT-CACAAA--A-A--T-AG-----------------G---TTA-TAACATTTTAACT-AT----GACA---G---AAGTAC--ATTATATATTGACAGAAGTTCATATATAGA-GTT-TATTA-TTTGTTATGT-AA--ACAAAG-AT-------TCA-A------G----T----AT-------GT-T--A------TG-TTTA----C-----AA--AA-T--ATT-TA---AAAA-C-----T--------NNNNN------N----NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN---NN--NN-NNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNC------------C-AT--T-T-A-A--AA-TG-ATAAT-TGTATG-ACTGT-TGAAAAA-TTAATTA--TG--TTGAAA-TA-CAGATTT--AA--CATTTCATatacactgcttgctcgtaaacgtac
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       taaaTAAA-CTTGTG-ACTGT-G-CAAAA-CTA-AGA--TGCTTTGAAT-TA-CAAAATT--AA--CATTCCA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                  tttaaaaagtatattgtgtttgccactgaagagatatataagttttccatgtatatcgcatttcaagttttctttgggcaaaatgggccattgG------------AAA-GTT-TATTA-TTTGTTATGC-AA--ACAAAG-AT-------TGG-G------G----C----AT-------GT-T--AT-----TC-CCTA----C-----TA--AA----GTT-T----GAAA-A-----T--------GTATctggtgtgtttgtaaa
gi|22                         :                                                                                  ttta-GATT---------------T-T---CA-CTT----T------------G-------AATGT--TCAAA-A-TCTACTGT-----G--C---AG--TGCGTTTGA-A-AGGT---T-CCAC-CAAAAT--A-A--TAAG-----------------G---ATA-T-GCAT------G-AG----GACA---G---AAGTTC--ATT--------GTAG------------ATC-ATT-TATGT-TTTGTTGTGT-AA--ACAAAG-GT-------TCA-G------G----T----Agactacatttttagcgatatactattatcatttatatcacactcaatatccatcaggtaaaaaatgccatctaaaatacaaa
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cAT---AT--AA-GTAT------TC-TGTAGCTAAATTGGGT-----------C-AT--T-TTA-A--AG-TT-ATA---TTTCTG-ACTGT-G-CGAA--CTGCAGA--TGTTT-AAAT-TA-CAAAATT--AG--CATTcatgtaggttat
gi|25                         : tgaaaatgtaatatcatcgatctaagaatatgcatagcaGGGACTCATTCACAATTT-----T-CTT--CA----A---A-TT-T-GATT---------------T-T---CA-TTT----T------------T-------TCTGA--TAAAA-A-GGTACTGT-----T--T----T--T-TGCTTAA-A-AACT---TTC-GT-CACAAA--A-A--TATG-----------------G---TTG-T-ATAT------T-AT----GACA---G---AAGCTC--ATT--------ATGG------------AGA-GTA-TATTA-cttctggcttgcttg
gi|28                         :                                        cGGATTGATTCACCATTT-----T-TTT--CA----A---ACTT-C-GATTATCACTTCTTTTTTTT-T---CA-CTT----T------------TCACTTTATTTGA--CTGAA-A-GGTACTGT-----C--T---AT--TGTTTTTTA-A-AAAT---TTTCGT-CAAAAA--A-A--TAAG-----------------G---TTC-T-AC
gi|29                         :                                            CTGGTTCACGATTG-----T-CTA--CA----A---ACTT-T-GATG---------------T-C---CA-CTT----T---------------------CTGA--TTGAA-A-TATGATGT-----C--T---AT--TGTGTTTAA-A-AG-----TTCCGC-CA-AAA--------AAG-----------------G---TTG-T-GCAT------T-AT----AATG---A---CAGTTC--CTT--------ATGG------------AGA-
gi|3                          :                                            gTGTTTCATGATTT-------CTT--AA----A---ACTT-T-GATT---------------T-TT--CA-CTT----T------------T-------TCTTA--ATGAA-A-TGTATTGT-----C--T---AT--TGTGTATGA-A-AAGT---T-CCAT-CACAAA--A-A--TAAG-----------------G---TCC-T-TCTT------T-TT----GATA---G---AAGCTC--ATT--------ACGG------------AGA-ATT-TTTTA-TTCGTTATGT-AA--ACAAG------------CA-G------G----T----AT-------GT-T--AT-----TG-TTTA----C-----AA--AA-T--ATT-TTTTAAAAA-C-----TNNNNNNNNNNNNN------N----NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN---NN--NN-NNNN------NNNNNNNNTTGAATAATAT----------GCTAT--T-T---A--AA-TG-ATGAT-TTTATG-AATGT-T-CAAAA-TTAT-GA--TGTTTCAAAT-TA-CAGATTT--ag
gi|31                         :                                           ctTGATTCACAATTT-----T-CTT--CA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------CCTGA--TTGAA-A-TGTACTGT-----C--T---AT--TGTGTTTAA-A-AAG----TTGCAT-CACAAA--A-A--TAAG-----------------G---TTG-T-ACAT------T-ttctaaatttgg
gi|33                         :                                                                    --CA----A---AATT-T-TATT---------------TCT---CA-GTT----T------------T-------AATGA--TCAAA-A-GCTACT--------------AA--TGTGTTT-A-G-ATGT---TTCA---CACAAA--A-AT-TTAG-----------------G---TTA-T-ACAT------C-AT----
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       cT--T-C-A-A--AA-TG-AAAAT-GTTATG-ACTGT-A-CAAAA-TTAT-GA--TGTTTTAGAT-TG-CAAATTT--AA--CATTTCA
gi|36                         :                                          GACTGATACACGATCT-------CTT--CA----A---ACTTAT-GATT---------------T-TC--CATCTT----T------------T-------TCTAAATTC-AA-A-CGTatcaa
gi|37                         :                                ataaaagtGGGACCGACTCACAATTT-----T-TCT--CA----ATAAATTT-T-GTTT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------CATGA--TC
gi|38                         :                                        aaGACTGACCCACGATTT-----T-TCTCCCA----A---GATT-T-AGTT---------------T-TTTCCA-CTT----T------------T-------TATGA--TCa
gi|39                         :                                        GGGACTGATTGAGAATTT-----T-TCT--CA----A---ATTT-T-TATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------TATGt
gi|4                          :                                    taaaGGGATTGATTTACAAT---------CGG--CACAAAA---ATTT-T-GTTT---------------T-T---CA-TTT----T------------T-------AATGA--TCAAA-A-TCTACTAT-----T--T---AT--TGTGTTTGA-A-AGGT---T----T-TACAAA--A-AATTAAG-----------------GTTTTTT-T-ACAT------C-AC----AAGA---G---AAACTC--GTT--------GTAA------------AGA-GTT-TATTC-TTTGTTGTGT-AA--AC--AG-GT-------TGG-G------G----A----ATGTTTAACGT-T--AT-----TA-TTTA----C-----AA--AG-T---TT-C----AAAA-CGTTGTT--------GTGTA------A----AC------T--TATTT------T---AT--CA-TGTA------T--AGCGCATTTCT-ATAT----------TCTATAGG-T-A-A--TA-TGTACAGT-TT--TG-ACTGT-G-CAAAG-CTA-AGA--T------AAT-TA-CAAAATT--AA--CAGTTAAT
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       taaaTAAA-TTTGTG-TCTGT-G-CAAAA-TTA-GGA--TGATTTGAAT-TA-CAAATtggctaatt
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8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|12                         :                                                                                                                                                                           cccc---AT--TGTGTTTAA-A-AAGT---TCACGT----AAA--ACA--TAAT-----------------G---TTT-T-ACAT------TGAT----GGCAACG---AAAGATC--ATT--------ACGG------------AGG-GTCCTATTACTTTGTTATGT-AAGA-ACAAAG-AT-------TCGG-G------G----T----AT-------GA-T--AT-----TG--TTA----C-----AA--A----TTT-T----AAAAGC--T--------GTCTA------G----AAT-----ATTAAT--A-----TTCTGGAATATTT------------AAACCGAGAAAGTAATCTAGCTTGTTAATATAATGT-------CATC-T-TA-A--AA-GA-ATGAT-TTTATGGACTGT-T-CAAAATTTACGGAAGTGTTTT--AAATATA-CAGATTT---A--TAATTCATctagttt
gi|13                         :                                         GGACTGATTCACGATTT-----T-CTT--CA----A---AGTT-T-GATT---------------G-T---TA-CTT-----------------------------------------GTA----------------AT--TGTGTTTAA-A-ATGT---T-CCAT-AGCAAA--A-A--TAAA-----------------G---CTG-T-ACAC------C-AT----G------------GCT------------------------------AAA-GC-GTATTA-TTTGTTATGT-A--A-ACAAAT-AT-------TC-A-G------G----T----AT-------GG-T--AT-----TG-TTTG----C-----AA--AAT--ATT-TC---AAAA-C-------------GTA------GCGNNNNN-----NNNNNN--N-----NNNNNNNNNNNNN------------NN------NNNNNNNN---NNNNNN--NNNNNNNNN------CCAT--T-TG-A--A-----ATAAT-TTTAT-GACTGT-T-TAAAT-TTAT--A--TGTTTT--GAAT-TA-CAGAcat
gi|14                         :                                                                                                                                               atTGA--TCAAA-A-TCTACTGT-----C--T---ATAACGTGTTTTA-A-ACGTACATT---T-CAC-AA--A-A--T------------------------TTC-A-ATAT------G-AT----G---AC------AGCTC--ATT--------CTAA------------AGA-GT-TTATCA-------ATGT-T--T-CCAAAG--T-------TC---------------TTAAAAT--------C-T--A------TG-GCTA----T-----AG--A-----TT-T----AAGA-T--T---------TTTA-------------C-----ATATAT--C-----ATATTTCAAGTAT------------TCT-----TTGGTCAT---GC--------ATGATGTG-----CCAT--T-TA-A--AA--G-TTTAG-ATTGT-GTATGT-G-CAAAA-TCG-GGA--TGCATT--AAAT-TA-CAAAATT--AA--CATATC
gi|15                         :                                                                                                                                                                aACTAT-----C--T---AC--TGTGTTTGA-A-AAGT---T-CCGT-CACAAA--A-A--TAAG-----------------G---GTA-T-ACAT------T-ATAGATG---ACA---GAAGTTC--TTA--------ACAT------------AGA-GT-TTATTA-TTTGTTATGT-A--A-ACAAAG-AT-------TC-A-A------G----T----AT-------CT-T--AC-----TG-TTTA----C-----AA--AAT--ATT-TA---AAAA-C--T---------TNNN------N----NNN-----NNNNNN--N-----NNNNNNNNNNNNN------------NN------NNNNNNAT---G----------------------CCAT--T-TG-A--AA-TG-ATAAT-TGTAT-GACTAT-T-GAAAA-TTATT-A--TGTTTT--AAAT-TA-CAGATTT--AA--CATTttactagtttgttt
gi|16                         :                                   tttaaGGGACTGATTCGTGATTT-----T-CTT--CA----------------------------------------CA-CTT----T-----------------------GA--T---------TCCCGT-----------------G-GATTAA-ACATGT---TTC-GTATATAAA--ACA--TAAG-----------------T---AAG-T--CAT------C-AG----G---AAA---GAAACTC--ACT--------ACGA------------AGT-AT-TTATTA-TTTGTTATGT-A--A-ATAAAG-AT-------TC-A-GATACATG----T----AT-------AT-C--AT-----TG-TTTA----CA----AA--AAT--ACT-T----AAAA-A--T---------TNNN------N----NNN-----NNNNNN--N-----NNNNNNNNNNNNN------------NN------NNNNNNNN---NNNNNN--NNNNNNNNN------CCAT--T-TA-A--AA-TG-AT
gi|17                         :                                    taaaGGGACTGATTCACGAATT-----T-CTT--CA----A---ACTT-TTGATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------TCTGA--TTGAA-A-TGTACTGTACGTAC--TTTAAT--CGTGTTTAA-A-AAGT---TT-CGT-CACAAA--A-A--TAAGATAATAAATGTACATGAA---TTG-T-ACAT------T-AT----G---ACA---GACGTTT--ATT--------A--G------------AGA-GT-TTGATA-TTTGTTATGT-A--T-ACAAAG-AT-------TC-A-G------G----C----TT-------GT-T--AT-----TG-TTTAATTTC-----AA--TTT--GTTCT----AAAA-C--T--------
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      aaaT----G---ACA---GAAGCTC--ATG--------GTAG------------GGA-GT-TCATCA-TTTGTTGTGTAA--A-ACAAGG----------CC-G-G------G----T-----T-------G-------------A-GTTA----C------A--AAT--GTT-C----AAAA----T--------ATATG------G--------------TTAT--C-----AACCTAAGCTTAT------------T-------TGTATTAT---TCG-AT--CTTTA-----------CA-----TA-A--AA-TG--TGCCATTTGT-TAATGT-G-CAAA---CATAAAC-TGCTTT--AAAT-TA-CAAAATT--AA--CAttaaaa
gi|2                          :                                                     GATTT-----T-CTT--AA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CCT----T------------T-------TCTGA--TTGAA-A-TGTACTAT-----C--T---AC--TGTGTTTGA-A-AAG----TTCCGT-CACAAA--A-A--T-AG-----------------G---TTA-TAACATTTTAACT-AT----G---ACA---GAAGTAC--ATTATATATTGACAGAAGTTCATATATAGA-GT-TTATTA-TTTGTTATGT-A--A-ACAAAG-AT-------TC-A-A------G----T----AT-------GT-T--A------TG-TTTA----C-----AA--AAT--ATT-TA---AAAA-C------------TNNN------N----NNN-----NNNNNN--N-----NNNNNNNNNNNNN------------NN------NNNNNNNN---NNNNNN--NNNNNNNNN------CCAT--T-TA-A--AA-TG-ATAAT-TGTAT-GACTGT-TGAAAAA-TTAATTA--TG--TT--GAAA-TA-CAGATTT--AA--CATTTCATatacactgcttgctcgtaaacgtac
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    taaaTAAA-CTTGT-GACTGT-G-CAAAA-CTA-AGA--TGCTTT--GAAT-TA-CAAAATT--AA--CATTCCA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                  tttaaaaagtatattgtgtttgccactgaagagatatataagttttccatgtatatcgcatttcaagttttctttgggcaaaatgggccattgG------------AAA-GT-TTATTA-TTTGTTATGC-A--A-ACAAAG-AT-------TG-G-G------G----C----AT-------GT-T--AT-----TC-CCTA----C-----TA--AA---GTT-T----GAAA-A--T--------GTATctggtgtgtttgtaaa
gi|22                         :                                                                                  ttta-GATT---------------T-T---CA-CTT----T------------G-------AATGT--TCAAA-A-TCTACTGT-----G--C---AG--TGCGTTTGA-A-AGGT---T-CCAC-CAAAAT--A-A--TAAG-----------------G---ATA-T-GCAT------G-AG----G---ACA---GAAGTTC--ATT--------GTAG------------ATC-AT-TTATGT-TTTGTTGTGT-A--A-ACAAAG-GT-------TC-A-G------G----T----Agactacatttttagcgatatactattatcatttatatcacactcaatatccatcaggtaaaaaatgccatctaaaatacaaa
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        cATAT------------AA------GTATTC-T---GTAGCT--AAATTGGGT------CATT--T-TA-A--AG-TT-ATA---TTTCT-GACTGT-G-CGAA--CTGCAGA--TGTTT---AAAT-TA-CAAAATT--AG--CATTcatgtaggttat
gi|25                         : tgaaaatgtaatatcatcgatctaagaatatgcatagcaGGGACTCATTCACAATTT-----T-CTT--CA----A---A-TT-T-GATT---------------T-T---CA-TTT----T------------T-------TCTGA--TAAAA-A-GGTACTGT-----T--T----T--T-TGCTTAA-A-AACT---TTC-GT-CACAAA--A-A--TATG-----------------G---TTG-T-ATAT------T-AT----G---ACA---GAAGCTC--ATT--------ATGG------------AGA-GT-ATATTA-cttctggcttgcttg
gi|28                         :                                        cGGATTGATTCACCATTT-----T-TTT--CA----A---ACTT-C-GATTATCACTTCTTTTTTTT-T---CA-CTT----T------------TCACTTTATTTGA--CTGAA-A-GGTACTGT-----C--T---AT--TGTTTTTTA-A-AAAT---TTTCGT-CAAAAA--A-A--TAAG-----------------G---TTC-T-AC
gi|29                         :                                            CTGGTTCACGATTG-----T-CTA--CA----A---ACTT-T-GATG---------------T-C---CA-CTT----T---------------------CTGA--TTGAA-A-TATGATGT-----C--T---AT--TGTGTTTAA-A-AG-----TTCCGC-CA-AAA--------AAG-----------------G---TTG-T-GCAT------T-AT----A---ATG---ACAGTTC--CTT--------ATGG------------AGA-
gi|3                          :                                            gTGTTTCATGATTT-------CTT--AA----A---ACTT-T-GATT---------------T-TT--CA-CTT----T------------T-------TCTTA--ATGAA-A-TGTATTGT-----C--T---AT--TGTGTATGA-A-AAGT---T-CCAT-CACAAA--A-A--TAAG-----------------G---TCC-T-TCTT------T-TT----G---ATA---GAAGCTC--ATT--------ACGG------------AGA-AT-TTTTTA-TTCGTTATGT-A--A-ACAAG------------C-A-G------G----T----AT-------GT-T--AT-----TG-TTTA----C-----AA--AAT--ATT-TTTTAAAAA-C--TNNNNNNNNNNNNN------N----NNN-----NNNNNN--N-----NNNNNNNNNNNNN------------NN------NNNNNNNN---NNNNTT--GAATAATATG-----CTAT--T-T--A--AA-TG-ATGAT-TTTAT-GAATGT-T-CAAAA-TTAT-GA--TGTTTC--AAAT-TA-CAGATTT--ag
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ctATGTG-----CCAT--T-TA-A--TA-CG-TTAAA-TTTGG-TAC-GC-A-CAAAG-TAA--AA--TGCTTTGAAAAT-TA-CAAAATT--AA--CATTTCATttctaaatttgg
gi|31                         :                            gtatttatttggtaagtTGATTCACAATTT-----T-CTT--CA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------CCTGA--TTGAA-A-TGTACTGT-----C--T---AT--TGTGTTTAA-A-AAG----TTGCAT-CACAAA--A-A--TAAG-----------------G---TTG-T-ACAT------T-tgtgacttgtttgtaaac
gi|33                         :                                                                    --CA----A---AATT-T-TATT---------------TCT---CA-GTT----T------------T-------AATGA--TCAAA-A-GCTACT--------------AA--TGTGTTT-A-G-ATGT---TTCA---CACAAA--A-AT-TTAG-----------------G---TTA-T-ACAT------C-AT----
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     cT--T-CA-A--AA-TG-AAAAT-GTTAT-GACTGT-A-CAAAA-TTAT-GA--TGTTTT--AGAT-TG-CAAATTT--AA--CATTTCA
gi|36                         :                                          GACTGATACACGATCT-------CTT--CA----A---ACTTAT-GATT---------------T-TC--CATCTT----T------------T-------TCTAAATTC-AA-A-CGTatcaa
gi|37                         :                                ataaaagtGGGACCGACTCACAATTT-----T-TCT--CA----ATAAATTT-T-GTTT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------CATGA--TC
gi|38                         :                                        aaGACTGACCCACGATTT-----T-TCTCCCA----A---GATT-T-AGTT---------------T-TTTCCA-CTT----T------------T-------TATGA--TCa
gi|39                         :                                        GGGACTGATTGAGAATTT-----T-TCT--CA----A---ATTT-T-TATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------TATGt
gi|4                          :                                    taaaGGGATTGATTTACAAT---------CGG--CACAAAA---ATTT-T-GTTT---------------T-T---CA-TTT----T------------T-------AATGA--TCAAA-A-TCTACTAT-----T--T---AT--TGTGTTTGA-A-AGGT---T----T-TACAAA--A-AATTAAG-----------------GTTTTTT-T-ACAT------C-AC----A---AGA---GAAACTC--GTT--------GTAA------------AGA-GT-TTATTC-TTTGTTGTGT-A--A-AC--AG-GT-------TG-G-G------G----A----ATGTTTAACGT-T--AT-----TA-TTTA----C-----AA--AGT---TT-C----AAAA-CGTT--------GT-----------------------TGTGT--A-----AACT----TATTT------------TA------TCATGTATA--GCGCAT--TTCTATATT------CTATAGG-TA-A--TA-TGTACAGT-TT--T-GACTGT-G-CAAAG-CTA-AGA--T--------AAT-TA-CAAAATT--AA--CAGTTAAT
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gi|5                          :                                        GGGATTGATTCACGATTT-----T-CCT--CG----A---ACAT-T-GATT---------------T-T---CA-GTT----T------------T-------ATTGA--CTAAA-A-TGTACTGT-----C--T---CT--TGTGTTTAA-A-ATGT---TTCCGT-AACAAA--A-A--TAAG-----------------G---CTG-T-ACAT------T-AT----G---AAA---GAAGTTC--ATT--------ACAG------------AGA-GT-TTATTA-TTTGCTACGT-A--A-ACAAAG-AT-------TC-A-G------G----T----GT-------GT-T--AT-----TGTTTTA----C-----AA--AAA--TAT-T----AAAA-C--T--------ATATA------G----NNN-----NNNNNN--N-----NNNNNNNNNNNNN------------NN------NNNNNNNN---NNNNNN--NNNNNNNNT------TCAT--T-TA-A--AA-AG-ATGAT-TTTAT-GGCTGT-T-CAAAA-TTATTGA--TATTTT--AAAT-AA-GAGATTT--AAATGATTTCATatgaac
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Reference ( family-209 )      :                             GGGACTGATTCACGATTT-----T-CTT--CA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------TCTGA--TCGAA-A-TGTACTGT-----C--T---AT--TGTGTTTAA-A-ANGT---TTCCGT-CACAAA--A-A--TAAG-----------------G---TTG-T-ACAT------T-AT----G---ACA---GAAGCTC--ATT--------ACGG------------AGA-GT-TTATTA-TTTGTTATGT-A--A-A-----CAAAG-AT-------TC-G-G------G----TAT-------GT-T--AT-----TG-TTTA----C-----AA--AAT--NTT-T----AAAA-C--T--------GTNTA------G----ATC-----AT--NT-AT-----NA-ANNNNN-A-NA----TNT------------NANNANTCAT---GCG---NNT----NNATAANGT---CCAT--T-TA-A--AA-TG-ATAATTTTAT-GACTG-TNCAA-AA-TTATNGA--TGTTTT--AAAT-TA-CAGANTT--AA--CATTTCAT
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gi|11                         :                                                                  ---ATTT-T-GTTA---------------T-T---CA-CTTAAAAT------------T-------GATAA--TCAAA-A-TTTACTGT-----C--T---TA--TATGTTTAAGA-AGGT---TT------ACAAA--A-----------------------------TT------AT------T-AT----G--------------TC--AT---------AC----------------------------CTTATTGTAT-A--A-A-----CAAAG-AT-------GA-G-G------T----TAT-------GT-T--AT-----TG-TGTA----C-----AA--AGT--TTA-A----AAAA-C-----------GTATACTTATCG----ATCCAAGTAT--AT-AT-----AT-ATAATC-A-CA----TTT------------CAATTGT-AT---TCG----TT----AAGTAAAGTG--TCAT--TATA-A--AA--G-ATAGATCTGT-GTCTG-TGCAA-AA-T--TTGA--TGCTTT---AAT-TA-CAAAATC--AA--CATTTCA
gi|12                         :                                                                                                                                                                cccc---AT--TGTGTTTAA-A-AAGT---TCACGT----AAA--ACA--TAAT-----------------G---TTT-T-ACAT------TGAT----GGCAACG---AAAGATC--ATT--------ACGG------------AGG-GTCCTATTACTTTGTTATGT-AAGA-A-----CAAAG-AT-------TCGG-G------G----TAT-------GA-T--AT-----TG--TTA----C-----AA--A----TTT-T----AAAAGC--T--------GTCTA------G----AAT-----ATTAAT-ATTCTG-GA-ATATTT-A-AA----CCG------------AGAAAGTAATCTAGCT---TGTTA--ATATAATGT----CATC-T-TA-A--AA-GA-ATGATTTTATGGACTG-TTCAA-AATTTACGGAAGTGTTTT--AAATATA-CAGATTT---A--TAATTCATctagttt
gi|13                         :                              GGACTGATTCACGATTT-----T-CTT--CA----A---AGTT-T-GATT---------------G-T---TA-CTT-----------------------------------------GTA----------------AT--TGTGTTTAA-A-ATGT---T-CCAT-AGCAAA--A-A--TAAA-----------------G---CTG-T-ACAC------C-AT----G------------GCT------------------------------AAA-GC-GTATTA-TTTGTTATGT-A--A-A-----CAAAT-AT-------TC-A-G------G----TAT-------GG-T--AT-----TG-TTTG----C-----AA--AAT--ATT-TC---AAAA-C-------------GTA------GCGNNNNN-----NN--NN-NN-----NN-NNNNNN-N-NN----NNN------------NNNNNNNNNN---NNN---NNN----NNNNNNNNN---CCAT--T-TG-A--A-----ATAATTTTAT-GACTG-TTTAA-AT-TTAT--A--TGTTTT--GAAT-TA-CAGAcat
gi|14                         :                                                                                                                                    atTGA--TCAAA-A-TCTACTGT-----C--T---ATAACGTGTTTTA-A-ACGTACATT---T-CAC-AA--A-A--T------------------------TTC-A-ATAT------G-AT----G---AC------AGCTC--ATT--------CTAA------------AGA-GT-TTATCA--ATGTT-TCC-A--A-AGTTCTTAAAA----------TC---------------TATG------GC-T--AT-----AGATTT-----------AA--GAT--TTT-T----ACA-----------------TA------T----ATC-----AT--AT-TT-----CA-AGTAT----------TCT--------------TTGGTCAT---GC-------------ATGATGTG--CCAT--T-TA-A--AA--G-TTTAGATTGT-GTATG-TGCAA-AA-TCG-GGA--TGCATT--AAAT-TA-CAAAATT--AA--CATATC
gi|15                         :                                                                                                                                                     aACTAT-----C--T---AC--TGTGTTTGA-A-AAGT---T-CCGT-CACAAA--A-A--TAAG-----------------G---GTA-T-ACAT------T-ATAGATG---ACA---GAAGTTC--TTA--------ACAT------------AGA-GT-TTATTA-TTTGTTATGT-A--A-A-----CAAAG-AT-------TC-A-A------G----TAT-------CT-T--AC-----TG-TTTA----C-----AA--AAT--ATT-TA---AAAA-C--T---------TNNN------N----NNN-----NN--NN-NN-----NN-NNNNNN-N-NN----NNN------------NNNNNNNNAT---G------------------------CCAT--T-TG-A--AA-TG-ATAATTGTAT-GACTA-TTGAA-AA-TTATT-A--TGTTTT--AAAT-TA-CAGATTT--AA--CATTttactagtttgttt
gi|16                         :                        tttaaGGGACTGATTCGTGATTT-----T-CTT--CA----------------------------------------CA-CTT----T-----------------------GA--T---------TCCCGT-----------------G-GATTAA-ACATGT---TTC-GTATATAAA--ACA--TAAG-----------------T---AAG-T--CAT------C-AG----G---AAA---GAAACTC--ACT--------ACGA------------AGT-AT-TTATTA-TTTGTTATGT-A--A-A-----TAAAG-AT-------TC-A-GATACATG----TAT-------AT-C--AT-----TG-TTTA----CA----AA--AAT--ACT-T----AAAA-A--T---------TNNN------N----NNN-----NN--NN-NN-----NN-NNNNNN-N-NN----NNN------------NNNNNNNNNN---NNN---NNN----NNNNNNNNN---CCAT--T-TA-A--AA-TG-AT
gi|17                         :                         taaaGGGACTGATTCACGAATT-----T-CTT--CA----A---ACTT-TTGATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------TCTGA--TTGAA-A-TGTACTGTACGTAC--TTTAAT--CGTGTTTAA-A-AAGT---TT-CGT-CACAAA--A-A--TAAGATAATAAATGTACATGAA---TTG-T-ACAT------T-AT----G---ACA---GACGTTT--ATT--------A--G------------AGA-GT-TTGATA-TTTGTTATGT-A--T-A-----CAAAG-AT-------TC-A-G------G----CTT-------GT-T--AT-----TG-TTTAATTTC-----AA--TTT--GTTCT----AAAA-C--T--------
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                           aaaT----G---ACA---GAAGCTC--ATG--------GTAG------------GGA-GT-TCATCA-TTTGTTGTGTAA--A-A-----CAAGG----------CC-G-G------G----T-T-------G-------------A-GTTA----C------A--AAT--GTT-C----AAAA----T--------ATATG------G----------------TT-AT-----CA-ACCTAA-G-CT----TAT------------TTGTATT-AT---TCGATCTTT----ACATAAAATGTGCCAT--T----------TG-TTAA----------TG-TGCAA-A---CATAAAC-TGCTTT--AAAT-TA-CAAAATT--AA--CAttaaaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGTTA----A--A-A-----CAAAA-GT-------CG-G-G------G----TAT-------GT-T--AA-----AG-TTTG----C---------AAT--TTT-TC---AAAA-C-----------GTATG------G----TAC-----AT--GT-ATTTGGGTA-AAGTTT-ATCA----TATATAG--------CGCAATTCAA---GTA---TTTTTAAGGAAAATGTG--CCATC-T-TA-A--A---G-GTAAAATTGT-GACTG-AACAA-AA-TTAatacactgcttgctcgtaaacgtac
gi|2                          : tgtgtttgaaaggcttcaccaaataaaatcaaagttctacaGATTT-----T-CTT--AA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CCT----T------------T-------TCTGA--TTGAA-A-TGTACTAT-----C--T---AC--TGTGTTTGA-A-AAG----TTCCGT-CACAAA--A-A--T-AG-----------------G---TTA-TAACATTTTAACT-AT----G---ACA---GAAGTAC--ATTATATATTGACAGAAGTTCATATATAGA-GT-TTATTA-TTTGTTATGT-A--A-A-----CAAAG-AT-------TC-A-A------G----TAT-------GT-T--A------TG-TTTA----C-----AA--AAT--ATT-TA---AAAA-C------------TNNN------N----NNN-----NN--NN-NN-----NN-NNNNNN-N-NN----NNN------------NNNNNNNNNN---NNN---NNN----NNNNNNNNN---CCAT--T-TA-A--AA-TG-ATAATTGTAT-GACTGTTGAAA-AA-TTAATTA--TG--TT--GAAA-TA-CAGATTT--AA--CATTTCATaga
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              taaaTAAACTTGT-GACTG-TGCAA-AA-CTA-AGA--TGCTTT--GAAT-TA-CAAAATT--AA--CATTCCA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                       tttaaaaagtatattgtgtttgccactgaagagatatataagttttccatgtatatcgcatttcaagttttctttgggcaaaatgggccattgG------------AAA-GT-TTATTA-TTTGTTATGC-A--A-A-----CAAAG-AT-------TG-G-G------G----CAT-------GT-T--AT-----TC-CCTA----C-----TA--AA---GTT-T----GAAA-A--T--------GTAT-------G----ACT-----AC--AT-TT-----TT-AGCGAT-A-TAC---TAT------------TATCATTTAT---ctggtgtgtttgtaaa
gi|22                         :                                                                       ttta-GATT---------------T-T---CA-CTT----T------------G-------AATGT--TCAAA-A-TCTACTGT-----G--C---AG--TGCGTTTGA-A-AGGT---T-CCAC-CAAAAT--A-A--TAAG-----------------G---ATA-T-GCAT------G-AG----G---ACA---GAAGTTC--ATT--------GTAG------------ATC-AT-TTATGT-TTTGTTGTGT-A--A-A-----CAAAG-GT-------TC-A-G------G----TAatcacactcaatatccatcaggtaaaaaatgccatctaaaatacaaa
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           c----ATCG----AT--CT-AA-----GA-ATATGC-A-TAGCAATAT------------AAGTATTC-T---GTA---GCT----AAATTGGGT---CATT--T-TA-A--AG-TT-ATA--TTTCT-GACTG-TGCGA-A--CTGCAGA--TGTTT---AAAT-TA-CAAAATT--AG--CATTcatgtaggttat
gi|25                         :              tgaaaatgtaatatcGGGACTCATTCACAATTT-----T-CTT--CA----A---A-TT-T-GATT---------------T-T---CA-TTT----T------------T-------TCTGA--TAAAA-A-GGTACTGT-----T--T----T--T-TGCTTAA-A-AACT---TTC-GT-CACAAA--A-A--TATG-----------------G---TTG-T-ATAT------T-AT----G---ACA---GAAGCTC--ATT--------ATGG------------AGA-GT-ATATTA-cttctggcttgcttg
gi|28                         :                             cGGATTGATTCACCATTT-----T-TTT--CA----A---ACTT-C-GATTATCACTTCTTTTTTTT-T---CA-CTT----T------------TCACTTTATTTGA--CTGAA-A-GGTACTGT-----C--T---AT--TGTTTTTTA-A-AAAT---TTTCGT-CAAAAA--A-A--TAAG-----------------G---TTC-T-AC
gi|29                         :                                 CTGGTTCACGATTG-----T-CTA--CA----A---ACTT-T-GATG---------------T-C---CA-CTT----T---------------------CTGA--TTGAA-A-TATGATGT-----C--T---AT--TGTGTTTAA-A-AG-----TTCCGC-CA-AAA--------AAG-----------------G---TTG-T-GCAT------T-AT----A---ATG---ACAGTTC--CTT--------ATGG------------AGA-
gi|3                          :                                 gTGTTTCATGATTT-------CTT--AA----A---ACTT-T-GATT---------------T-TT--CA-CTT----T------------T-------TCTTA--ATGAA-A-TGTATTGT-----C--T---AT--TGTGTATGA-A-AAGT---T-CCAT-CACAAA--A-A--TAAG-----------------G---TCC-T-TCTT------T-TT----G---ATA---GAAGCTC--ATT--------ACGG------------AGA-AT-TTTTTA-TTCGTTATGT-A--A-A-----CAAG------------C-A-G------G----TAT-------GT-T--AT-----TG-TTTA----C-----AA--AAT--ATT-TTTTAAAAA-C--TNNNNNNNNNNNNN------N----NNN-----NN--NN-NN-----NN-NNNNNN-N-NN----NNN------------NNNNNNNNNN---NNN---NTT----GAATAATATG--CTAT--T-T--A--AA-TG-ATGATTTTAT-GAATG-TTCAA-AA-TTAT-GA--TGTTTC--AAAT-TA-CAGATTT--ag
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ctATGTG--CCAT--T-TA-A--TA-CG-TTAAATTTGG-TAC-G-CACAA-AG-TAA--AA--TGCTTTGAAAAT-TA-CAAAATT--AA--CATTTCATttctaaatttgg
gi|31                         :                 gtatttatttggtaagtTGATTCACAATTT-----T-CTT--CA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------CCTGA--TTGAA-A-TGTACTGT-----C--T---AT--TGTGTTTAA-A-AAG----TTGCAT-CACAAA--A-A--TAAG-----------------G---TTG-T-ACAT------T-tgtgacttgtttgtaaac
gi|33                         :                                                         --CA----A---AATT-T-TATT---------------TCT---CA-GTT----T------------T-------AATGA--TCAAA-A-GCTACT--------------AA--TGTGTTT-A-G-ATGT---TTCA---CACAAA--A-AT-TTAG-----------------G---TTA-T-ACAT------C-AT----
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cT--T-CA-A--AA-TG-AAAATGTTAT-GACTG-TACAA-AA-TTAT-GA--TGTTTT--AGAT-TG-CAAATTT--AA--CATTTCA
gi|36                         :                               GACTGATACACGATCT-------CTT--CA----A---ACTTAT-GATT---------------T-TC--CATCTT----T------------T-------TCTAAATTC-AA-A-CGTatcaa
gi|37                         :                     ataaaagtGGGACCGACTCACAATTT-----T-TCT--CA----ATAAATTT-T-GTTT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------CATGA--TC
gi|38                         :                             aaGACTGACCCACGATTT-----T-TCTCCCA----A---GATT-T-AGTT---------------T-TTTCCA-CTT----T------------T-------TATGA--TCa
gi|39                         :                             GGGACTGATTGAGAATTT-----T-TCT--CA----A---ATTT-T-TATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------TATGt
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6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-209 )      :                                        GGGACTGATTCACGATTT-----T-CTT--CA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------TCTGA--TCGAA-A-TGTACTGT-----C--T---AT--TGTGTTTAA-A-ANGT---TTCCGT-CACAAA--A-A--TAAG-----------------G---TTG-T-ACAT------T-AT----G---ACA---GAAGCTC--ATT--------ACGG------------AGA-GT-TTATTA-TTTGTTATGT-A--A-ACAAAG-AT-------TC-G-G------G----T----AT-------GT-T--AT-----TG--TTTA----C-----AA--AAT--NTT-T----AAAA-C--T--------GTNTA--------------G---ATC-----AT--A-T-AT-----NA-ANNTN--T-A-NAT----NT------------NA-NNANTC-AT---GC--GTTT----AN--AT--AANGTGCCAT--T-T-A-A--A--A-TG-ATAAT--TTTAT-GACTG-TNCAA-AA-TTATNGA--TGTTTT--AAAT-TA-CA-----GANTT--AA--CATTTCAT
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gi|11                         :                                                                             ---ATTT-T-GTTA---------------T-T---CA-CTTAAAAT------------T-------GATAA--TCAAA-A-TTTACTGT-----C--T---TA--TATGTTTAAGA-AGGT---TT------ACAAA--A-----------------------------TT------AT------T-AT----G--------------TC--AT---------AC----------------------------CTTATTGTAT-A--A-ACAAAG-AT-------GA-G-G------T----T----AT-------GT-T--AT-----TG--TGTA----C-----AA--AGT--TTA-A----AAAA-C-----------GTATACTTATC--------G---ATCCAAGTAT--A-T-AT-----AT-ATAAT--C-A-CAT----TT------------CA-ATTGT--AT---TC--G-TT----AA--GT--AAAGTGTCAT--TAT-A-A--A--A--G-ATAGA--TCTGT-GTCTG-TGCAA-AA-T--TTGA--TGCTTT---AAT-TA-CA-----AAATC--AA--CATTTCA
gi|12                         :                                                                                                                                                                           cccc---AT--TGTGTTTAA-A-AAGT---TCACGT----AAA--ACA--TAAT-----------------G---TTT-T-ACAT------TGAT----GGCAACG---AAAGATC--ATT--------ACGG------------AGG-GTCCTATTACTTTGTTATGT-AAGA-ACAAAG-AT-------TCGG-G------G----T----AT-------GA-T--AT-----TG---TTA----C-----AA--A----TTT-T----AAAAGC--T--------GTCTA--------------G---AAT-----ATTAA-T-ATTCTG-GA-ATATT--T-A-AAC----CG------------AG-AAAGTA-ATCTAGCTTGTTA----AT--AT--AATGT--CATC-T-T-A-A--A--A-GA-ATGAT--TTTATGGACTG-TTCAA-AATTTACGGAAGTGTTTT--AAATATA-CA-----GATTT---A--TAATTCATctagttt
gi|13                         :                                         GGACTGATTCACGATTT-----T-CTT--CA----A---AGTT-T-GATT---------------G-T---TA-CTT-----------------------------------------GTA----------------AT--TGTGTTTAA-A-ATGT---T-CCAT-AGCAAA--A-A--TAAA-----------------G---CTG-T-ACAC------C-AT----G------------GCT------------------------------AAA-GC-GTATTA-TTTGTTATGT-A--A-ACAAAT-AT-------TC-A-G------G----T----AT-------GG-T--AT-----TG--TTTG----C-----AA--AAT--ATT-TC---AAAA-C-------------GTA--------------GCGNNNN-----NN--N-N-NN-----NN-NNNNN--N-N-NNN----NN------------NN-NNNNNN-NN---NN--NNNN----NN--NN--NNNNNNCCAT--T-T-G-A--A-------ATAAT--TTTAT-GACTG-TTTAA-AT-TTAT--A--TGTTTT--GAAT-TA-CA-----GAcat
gi|14                         :                                                                                                                                               atTGA--TCAAA-A-TCTACTGT-----C--T---ATAACGTGTTTTA-A-ACGTACATT---T-CAC-AA--A-A--T------------------------TTC-A-ATAT------G-AT----G---AC------AGCTC--ATT--------CTAA------------AGA-GT-TTATCA-------ATGT-T--T-CCAAAG--T-------TC---------------TTAAAAT--------C-T--A------TG--GCTA----T-----AG--A-----TT-T----AAGA-T--T---------TTTA--------------------C-----AT--A-T-AT-----CA-TATTT--C-A-AGT----AT------------TCTTTGGTC-AT---GC--------------AT--GATGTGCCAT--T-T-A-A--A--A--G-TTTAG--ATTGT-GTATG-TGCAA-AA-TCG-GGA--TGCATT--AAAT-TA-CA-----AAATT--AA--CATATC
gi|15                         :                                                                                                                                                                aACTAT-----C--T---AC--TGTGTTTGA-A-AAGT---T-CCGT-CACAAA--A-A--TAAG-----------------G---GTA-T-ACAT------T-ATAGATG---ACA---GAAGTTC--TTA--------ACAT------------AGA-GT-TTATTA-TTTGTTATGT-A--A-ACAAAG-AT-------TC-A-A------G----T----AT-------CT-T--AC-----TG--TTTA----C-----AA--AAT--ATT-TA---AAAA-C--T---------TNNN--------------N---NNN-----NN--N-N-NN-----NN-NNNNN--N-N-NNN----NN------------NN-NNNNNN-A----------------------------TGCCAT--T-T-G-A--A--A-TG-ATAAT--TGTAT-GACTA-TTGAA-AA-TTATT-A--TGTTTT--AAAT-TA-CA-----GATTT--AA--CATTttactagtttgttt
gi|16                         :                                   tttaaGGGACTGATTCGTGATTT-----T-CTT--CA----------------------------------------CA-CTT----T-----------------------GA--T---------TCCCGT-----------------G-GATTAA-ACATGT---TTC-GTATATAAA--ACA--TAAG-----------------T---AAG-T--CAT------C-AG----G---AAA---GAAACTC--ACT--------ACGA------------AGT-AT-TTATTA-TTTGTTATGT-A--A-ATAAAG-AT-------TC-A-GATACATG----T----AT-------AT-C--AT-----TG--TTTA----CA----AA--AAT--ACT-T----AAAA-------------ATTNN--------------N---NNN-----NN--N-N-NN-----NN-NNNNN--N-N-NNN----NN------------NN-NNNNNN-NN---NN--NNNN----NN--NN--NNNNNNCCAT--T-T-A-A--A--A-TG-AT
gi|17                         :                                    taaaGGGACTGATTCACGAATT-----T-CTT--CA----A---ACTT-TTGATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------TCTGA--TTGAA-A-TGTACTGTACGTAC--TTTAAT--CGTGTTTAA-A-AAGT---TT-CGT-CACAAA--A-A--TAAGATAATAAATGTACATGAA---TTG-T-ACAT------T-AT----G---ACA---GACGTTT--ATT--------A--G------------AGA-GT-TTGATA-TTTGTTATGT-A--T-ACAAAG-AT-------TC-A-G------G----C----TT-------GT-T--AT-----TG--TTTAATTTC-----AA--TTT--GTTCT----AAAA-C--T--------
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      aaaT----G---ACA---GAAGCTC--ATG--------GTAG------------GGA-GT-TCATCA-TTTGTTGTGTAA--A-ACAAGG----------CC-G-G------G----T-----T-------G-------------A--GTTA----C------A--AAT--GTT-C----AAAA----T--------ATATG--------------GTT-ATC-----A---A-C-CT-----AA-GCTTA--T-----T----TG------------TA-TTATTCGAT----C---TTT----AC--ATAAAATGTGCCAT--T-------------TG-TTAA------------TG-TGCAA-A---CATAAAC-TGCTTT--AAAT-TA-CA-----AAATT--AA--CAttaaaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGTTA----A--A-ACAAAA-GT-------CG-G-G------G----T----AT-------GT-T--AA-----AG--TTTG----C---------AAT--TTT-TC---AAAA-C-----------GTATG--------------G---TAC-----AT--G-T-ATTTGGGTA-AAGTT--T-ATCAT----ATATAG--------CG-CAATTC-AA---GT--ATTTTTAAGG--AA--AATGTGCCATC-T-T-A-A--A-----G-GTAAA--ATTGT-GACTG-AACAA-AA-TTAatacactgcttgctcgtaaacgtac
gi|2                          :            tgtgtttgaaaggcttcaccaaataaaatcaaagttctacaGATTT-----T-CTT--AA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CCT----T------------T-------TCTGA--TTGAA-A-TGTACTAT-----C--T---AC--TGTGTTTGA-A-AAG----TTCCGT-CACAAA--A-A--T-AG-----------------G---TTA-TAACATTTTAACT-AT----G---ACA---GAAGTAC--ATTATATATTGACAGAAGTTCATATATAGA-GT-TTATTA-TTTGTTATGT-A--A-ACAAAG-AT-------TC-A-A------G----T----AT-------GT-T--A------TG--TTTA----C-----AA--AAT--ATT-TA---AAAA-C--T-----------NN--------------N---NNN-----NN--N-N-NN-----NN-NNNNN--N-N-NNN----NN------------NN-NNNNNN-NN---NN--NNNN----NN--NN--NNNNNNCCAT--T-T-A-A--A--A-TG-ATAAT--TGTAT-GACTGTTGAAA-AA-TTAATTA--TG--TT--GAAA-TA-CA-----GATTT--AA--CATTTCATaga
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         taaa--AATGGGCCAT--TGT-A-A--A--------------CTTGT-GACTG-TGCAA-AA-CTA-AGA--TGCTTT--GAAT-TA-CA-----AAATT--AA--CATTCCA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                              tttaaaaagtatattgtgtttgccactgaagagatatataagttttccatgtatatcgcatttcaagttttctttgggcaaG------------AAA-GT-TTATTA-TTTGTTATGC-A--A-ACAAAG-AT-------TG-G-G------G----C----AT-------GT-T--AT-----TC--CCTA----C-----TA--AA---GTT-T----GAAA-A--T--------GTATGACTACATTTTTAGCG---AT------AT--ACT-AT-----TA-TCATT--T-A-TATCACACT------------CA-ATATCC-AT----C--AGGT----AA------AAAATGCCAT--C-T-A-A--A--A-Tctggtgtgtttgtaaa
gi|22                         :                                                                                  ttta-GATT---------------T-T---CA-CTT----T------------G-------AATGT--TCAAA-A-TCTACTGT-----G--C---AG--TGCGTTTGA-A-AGGT---T-CCAC-CAAAAT--A-A--TAAG-----------------G---ATA-T-GCAT------G-AG----G---ACA---GAAGTTC--ATT--------GTAG------------ATC-AT-TTATGT-TTTGTTGTGT-A--A-ACAAAG-GT-------TC-A-G------G----T----Aacaaa
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       cAT----AT------------AA-GTATTC--T---GT--AGCT----AA--AT----TGGGTCAT--T-TTA-A--A--G-TT-ATA----TTTCT-GACTG-TGCGA-A--CTGCAGA--TGTTT---AAAT-TA-CA-----AAATT--AG--CATTcatgtaggttat
gi|25                         : tgaaaatgtaatatcatcgatctaagaatatgcatagcaGGGACTCATTCACAATTT-----T-CTT--CA----A---A-TT-T-GATT---------------T-T---CA-TTT----T------------T-------TCTGA--TAAAA-A-GGTACTGT-----T--T----T--T-TGCTTAA-A-AACT---TTC-GT-CACAAA--A-A--TATG-----------------G---TTG-T-ATAT------T-AT----G---ACA---GAAGCTC--ATT--------ATGG------------AGA-GT-ATATTA-cttctggcttgcttg
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cT-------GT-T--AT-----TGAGTTCA----C-----TA--A-----CT-T----CAAA-C-----------GTATG--------------GT--ATT------T--G-G-AT-----AA-AGTTTATC-A-TAT----AT------------TA-TGATTC-----------TTC----AAGTAT--AATGTGCAAT--G-T-G-A--A--G--G-GTAGG--TTT-T-GACTG-TGCAG-AA-TTA-AGA--TG
gi|28                         :                                   ggtgggGGATTGATTCACCATTT-----T-TTT--CA----A---ACTT-C-GATTATCACTTCTTTTTTTT-T---CA-CTT----T------------TCACTTTATTTGA--CTGAA-A-GGTACTGT-----C--T---AT--TGTTTTTTA-A-AAAT---TTTCGT-CAAAAA--A-A--TAAG-----------------G---TTC-T-ACc
gi|29                         :                                            CTGGTTCACGATTG-----T-CTA--CA----A---ACTT-T-GATG---------------T-C---CA-CTT----T---------------------CTGA--TTGAA-A-TATGATGT-----C--T---AT--TGTGTTTAA-A-AG-----TTCCGC-CA-AAA--------AAG-----------------G---TTG-T-GCAT------T-AT----A---ATG---ACAGTTC--CTT--------ATGG------------AGA-
gi|3                          :                                            gTGTTTCATGATTT-------CTT--AA----A---ACTT-T-GATT---------------T-TT--CA-CTT----T------------T-------TCTTA--ATGAA-A-TGTATTGT-----C--T---AT--TGTGTATGA-A-AAGT---T-CCAT-CACAAA--A-A--TAAG-----------------G---TCC-T-TCTT------T-TT----G---ATA---GAAGCTC--ATT--------ACGG------------AGA-AT-TTTTTA-TTCGTTATGT-A--A-ACAAG------------C-A-G------G----T----AT-------GT-T--AT-----TG--TTTA----C-----AA--AAT--ATT-TTTTAAAAA-C--TNNNNNNNNNNNNN--------------N---NNN-----NN--N-N-NN-----NN-NNNNN--N-N-NNN----NN------------NN-NNNNNN-NN---NN--NNTT----GA--AT--AATATGCTAT--T-T---A--A--A-TG-ATGAT--TTTAT-GAATG-TTCAA-AA-TTAT-GA--TGTTTC--AAAT-TA-CA-----GATTT--ag
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ctATGTGCCAT--T-T-A-A--T--A-CG-TTAAA--TTTGG-TAC-G-CACAA-AG-TAA--AA--TGCTTTGAAAAT-TA-CA-----AAATT--AA--CATTTCATttctaaatttgg
gi|31                         :                            gtatttatttggtaagtTGATTCACAATTT-----T-CTT--CA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------CCTGA--TTGAA-A-TGTACTGT-----C--T---AT--TGTGTTTAA-A-AAG----TTGCAT-CACAAA--A-A--TAAG-----------------G---TTG-T-ACAT------T-tgtgacttgtttgtaaac
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gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTGT-GACTG-TGCAG-CA-TCA-AAA--TGCATT--TAAT-TA-CG-----AAATT--AG--CGATTCATatcaa
gi|36                         :                                          GACTGATACACGATCT-------CTT--CA----A---ACTTAT-GATT---------------T-TC--CATCTT----T------------T-------TCTAAATTC-AA-A-CGTattttgtttgtaaata
gi|37                         :                                ataaaagtGGGACCGACTCACAATTT-----T-TCT--CA----ATAAATTT-T-GTTT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------CATGA--TC
gi|38                         :                                        aaGACTGACCCACGATTT-----T-TCTCCCA----A---GATT-T-AGTT---------------T-TTTCCA-CTT----T------------T-------TATGA--TCa
gi|39                         :                                        GGGACTGATTGAGAATTT-----T-TCT--CA----A---ATTT-T-TATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------TATGt
gi|4                          :                                    taaaGGGATTGATTTACAAT---------CGG--CACAAAA---ATTT-T-GTTT---------------T-T---CA-TTT----T------------T-------AATGA--TCAAA-A-TCTACTAT-----T--T---AT--TGTGTTTGA-A-AGGT---T----T-TACAAA--A-AATTAAG-----------------GTTTTTT-T-ACAT------C-AC----A---AGA---GAAACTC--GTT--------GTAA------------AGA-GT-TTATTC-TTTGTTGTGT-A--A-AC--AG-GT-------TG-G-G------G----A----ATGTTTAACGT-T--AT-----TA--TTTA----C-----AA--AGT---TT-C----AAAA-CGTT--------GT------------------------------T--G-T-GT-----AA-ACTT--------AT----TT------------TA-TCATGT-ATAGCGC--ATTT----CT--AT--A---TTCTATAGG-T-A-A--T--A-TGTACAGT--TT--T-GACTG-TGCAA-AG-CTA-AGA--T--------AAT-TA-CA-----AAATT--AA--CAGTTAAT
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gi|5                          :                                        GGGATTGATTCACGATTT-----T-CCT--CG----A---ACAT-T-GATT---------------T-T---CA-GTT----T------------T-------ATTGA--CTAAA-A-TGTACTGT-----C--T---CT--TGTGTTTAA-A-ATGT---TTCCGT-AACAAA--A-A--TAAG-----------------G---CTG-T-ACAT------T-AT----G---AAA---GAAGTTC--ATT--------ACAG------------AGA-GT-TTATTA-TTTGCTACGT-A--A-ACAAAG-AT-------TC-A-G------G----T----GT-------GT-T--AT-----TGT-TTTA----C-----AA--AAA--TAT-T----AAAA-C--T--------ATATA--------------G---NNN-----NN--N-N-NN-----NN-NNNNN--N-N-NNN----NN------------NN-NNNNNN-NN---NN--NNNN----NN--NN--NNNNT-TCAT--T-T-A-A--A--A-AG-ATGAT--TTTAT-GGCTG-TTCAA-AA-TTATTGA--TATTTT--AAAT-AA-GA-----GATTT--AAATGATTTCATtatgaac
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gi|8                          :                          cacttatttcttaacGGACTGATTCACTATTA-----T-TTT--AA----A---ACTT---AATT---------------T-T---CA--TT----T------------T-------TCTGA--ATGAA-A-TATACTGG-----C--T---AT--TGTGTGTAA-A-AAGG---T-CCGT-CACAAA--A--------------------------------------T------T-AT----G---ACA---GAAGCTC--ATT--------ATGG------------CGA-GT-CTATTA-TTGAATATGT-A--A-AGCAAG-AT-------TC-G-G------G----T----AT-------GT-T--ATTATG-TA--TTTA----C-----AA--TGT---TT-T----GAAA-C--T--------A-CTN--------------N---NNN-----NN--N-N-NN-----NN-NNNNN--N-N-NNN----NN------------NN-NNNNNN-NN---NN--NNNN----NN--NN--NNNNT--CAT--T-T-A-A--T--A-TG-ATAAT--TTTAT-GTCTA-TTAAG-AA-TTG-CGA--TGTTTT--ACAT-TA-CA-----GATTT--AA--CACTTCAT
gi|9                          :                                      ataGGACTGATTCACGATTT-----TTCTT--CA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-TTT----T------------T-------TCTGA--TTGAA-A-TGCGCTGT-----A--T---GT--TATGTTTAA-A-AGGT---TT-CGT-CACAAACGA-A--TAAG-----------------G---TTG-A-ACAC------T--T--------ACA---GAAGCAC--ATT--------GTAG------------AGT-GT-TAATTA-TTTGTTATGT-A--A-ACAAAG-GT-------TT-T-G------G----T----AT-------GTATTAAT-----TG--TTTA----T---------AAT--GTT-TA---AAAA-C--T--------GTCTG--------------A---ATC------T--G-TAAT-----GA-ATATC--T-A-ATC----TT------------AA-GTAATC-CT---GA--CCTT----AG--AT--A---TGCCAT--T-T-A-A--A--T-TG-ATAAT--TCTAT-GACTG-TTTAA-AC-TTAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TTTGAAAATGTACGATTATCAAGTTTATAAAGATATCGCATTTCACGTGTTCTTTGGGTAAAATGTGTCGTATAAAAGTTAAATTTGTGTCGGTGCAAAATCACGACGCTTTGAAGTTTAAATGTTACAGTCAACTTTTTAA
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Reference ( family-209 )      :                             GGGACTGATTCACGATTT-----T-CTT--CA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------TCTGA--TCGAA-A-TGTACTGT-----C--T---AT--TGTGTTTAA-A-ANGT---TTCCGT-CACAAA--A-A--TAAG-----------------G---TTG-T-ACAT------T-AT----G---ACA---GAAGCTC--ATT--------ACGG------------AGA-GT-TTATTA-TTTGTTATGT-A--A-ACAAAG-AT-------TC-G-G------G----T----AT-------GT-T--AT-----TG--TTTA----C-----AA--AAT--NTT-T----AAAA-C--T--------GTNTA--------------G---ATC-----AT--A-T-AT--------NA-ANAT-TT-----A-N---A----T----NT----NANN-ANTC-A--T---GCGT-T-------T-AA--AT--AATGTGCCAT--T-T-A-A--A--A-TG-ATAAT--TTTAT-GACTG-TGCAA-AA-TTATNGA--TGCTTT--AAA---------T-TA-CA-----GANTT--AA--CATTTCAT
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gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGTTA----A--A-ACAAAA-GT-------CG-G-G------G----T----AT-------GT-T--AA-----AG--TTTG----C---------AAT--TTT-TC---AAAA-C-----------GTATG--------------G---TAC-----AT--G-T-ATTTGGG---TA-AAGT-TT-----ATC---A----T----ATATAGCGCA-ATTC-AAGT---ATTT-T-------T-AAGGAA--AATGTGCCATC-T-T-A-A--A-----G-GTAAA--ATTGT-GACTG-AACAA-AA-TTAatacactgcttgctcgtaaacgtac
gi|2                          : tgtgtttgaaaggcttcaccaaataaaatcaaagttctacaGATTT-----T-CTT--AA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CCT----T------------T-------TCTGA--TTGAA-A-TGTACTAT-----C--T---AC--TGTGTTTGA-A-AAG----TTCCGT-CACAAA--A-A--T-AG-----------------G---TTA-TAACATTTTAACT-AT----G---ACA---GAAGTAC--ATTATATATTGACAGAAGTTCATATATAGA-GT-TTATTA-TTTGTTATGT-A--A-ACAAAG-AT-------TC-A-A------G----T----AT-------GT-T--A------TG--TTTA----C-----AA--AAT--ATT-TA---AAAA-C--T-----------NN--------------N---NNN-----NN--N-N-NN--------NN-NNNN-NN-----N-N---N----N----NN----NNNN-NNNN-N--N---NNNN-N-------N-NN--NN--NNNNNNCCAT--T-T-A-A--A--A-TG-ATAAT--TGTAT-GACTGTTGAAA-AA-TTAATTA--TG--TT--GAA---------A-TA-CA-----GATTT--AA--CATTTCATaga
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        taaa--AATGGGCCAT--TGT-A-A--A--------------CTTGT-GACTG-TGCAA-AA-CTA-AGA--TGCTTT--GAA---------T-TA-CA-----AAATT--AA--CATTCCA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                   tttaaaaagtatattgtgtttgccactgaagagatatataagttttccatgtatatcgcatttcaagttttctttgggcaaG------------AAA-GT-TTATTA-TTTGTTATGC-A--A-ACAAAG-AT-------TG-G-G------G----C----AT-------GT-T--AT-----TC--CCTA----C-----TA--AA---GTT-T----GAAA-A--T--------GTATGACTACATTTTTAGCG---AT------AT--ACT-AT--------TA-TCAT-TT-----A-T---A----TCACACT----CAAT-ATCC-A--T----CAG-G-------T-AA--AA--AA--TGCCAT--C-T-A-A--A--A-Tctggtgtgtttgtaaa
gi|22                         :                                                                       ttta-GATT---------------T-T---CA-CTT----T------------G-------AATGT--TCAAA-A-TCTACTGT-----G--C---AG--TGCGTTTGA-A-AGGT---T-CCAC-CAAAAT--A-A--TAAG-----------------G---ATA-T-GCAT------G-AG----G---ACA---GAAGTTC--ATT--------GTAG------------ATC-AT-TTATGT-TTTGTTGTGT-A--A-ACAAAG-GT-------TC-A-G------G----T----Aacaaa
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  c---A----T----AT----AAGT-ATTC----T---GTAG-C-------T-AA--AT----TGGGTCAT--T-TTA-A--A--G-TT-ATA----TTTCT-GACTG-TGCGA-A--CTGCAGA--TG-TTT--AAA---------T-TA-CA-----AAATT--AG--CATTcatgtaggttat
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tgaaaatgtaatatcatcgatctaagaatatgcatagcaTT-T----GAAA-A--T--------GTAC---------------G---AT------------T-AT--------CA-AG-T-TT-----A-T---AAAGAT----AT----CGCA-TTTC-A--C---GTGT-TCTTTGGGT-AA--A----ATGTGTCGT--A-T-A-A--A--A--G-TTAAA--TTTGT-GTCGG-TGCAA-AA-TCA-CGA--CGCTTT--GAAGTTTAAATGT-TA-CA-----G--TC--AA--CTTTTTActtctggcttgcttg
gi|25                         :                             GGGACTCATTCACAATTT-----T-CTT--CA----A---A-TT-T-GATT---------------T-T---CA-TTT----T------------T-------TCTGA--TAAAA-A-GGTACTGT-----T--T----T--T-TGCTTAA-A-AACT---TTC-GT-CACAAA--A-A--TATG-----------------G---TTG-T-ATAT------T-AT----G---ACA---GAAGCTC--ATT--------ATGG------------AGA-GT-ATATTA-a
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     cT-------GT-T--AT-----TGAGTTCA----C-----TA--A-----CT-T----CAAA-C-----------GTATG--------------GT--ATT------T--G-G-AT--------AA-AG-T-TT-----A-TCATA----T----AT----TATG-ATTC-----------T-T-------C-AAGTAT--AATGTGCAAT--G-T-G-A--A--G--G-GTAGG--TTT-T-GACTG-TGCAG-AA-TTA-AGA--TGC
gi|28                         :                        ggtgggGGATTGATTCACCATTT-----T-TTT--CA----A---ACTT-C-GATTATCACTTCTTTTTTTT-T---CA-CTT----T------------TCACTTTATTTGA--CTGAA-A-GGTACTGT-----C--T---AT--TGTTTTTTA-A-AAAT---TTTCGT-CAAAAA--A-A--TAAG-----------------G---TTC-T-AC
gi|29                         :                                 CTGGTTCACGATTG-----T-CTA--CA----A---ACTT-T-GATG---------------T-C---CA-CTT----T---------------------CTGA--TTGAA-A-TATGATGT-----C--T---AT--TGTGTTTAA-A-AG-----TTCCGC-CA-AAA--------AAG-----------------G---TTG-T-GCAT------T-AT----A---ATG---ACAGTTC--CTT--------ATGG------------AGA-
gi|3                          :                                 gTGTTTCATGATTT-------CTT--AA----A---ACTT-T-GATT---------------T-TT--CA-CTT----T------------T-------TCTTA--ATGAA-A-TGTATTGT-----C--T---AT--TGTGTATGA-A-AAGT---T-CCAT-CACAAA--A-A--TAAG-----------------G---TCC-T-TCTT------T-TT----G---ATA---GAAGCTC--ATT--------ACGG------------AGA-AT-TTTTTA-TTCGTTATGT-A--A-ACAAG------------C-A-G------G----T----AT-------GT-T--AT-----TG--TTTA----C-----AA--AAT--ATT-TTTTAAAAA-C--TNNNNNNNNNNNNN--------------N---NNN-----NN--N-N-NN--------NN-NNNN-NN-----N-N---N----N----NN----NNNN-NNNN-N--N---NNNN-T-------T-GA--AT--AATATGCTAT--T-T---A--A--A-TG-ATGAT--TTTAT-GAATG-TTCAA-AA-TTAT-GA--TGTTTC--AAA---------T-TA-CA-----GATTT--ag
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ct-------T-AA--GT--A-TGTGCCAT--T-T-A-A--T--A-CG-TTAAA--TTTGG-TAC-G-CACAA-AG-TAA--AA--TGCTTTGAAAA---------T-TA-CA-----AAATT--AA--CATTTCATttctaaatttgg
gi|31                         :                      gtatttatttggTGATTCACAATTT-----T-CTT--CA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------CCTGA--TTGAA-A-TGTACTGT-----C--T---AT--TGTGTTTAA-A-AAG----TTGCAT-CACAAA--A-A--TAAG-----------------G---TTG-T-ACAT------T-tgtgacttgtttgtaaac
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            --AATGTGTCAT--T-T-G-A--ACGA-TG-GTAAAGATTTAA-AAGTA-TGCAA-AA-TTA-AGA--TGCCCT--TAA---------T-TA-CAAAATCAAATC--AA--CATTCCA
gi|33                         :                                                  agggtaa--CA----A---AATT-T-TATT---------------TCT---CA-GTT----T------------T-------AATGA--TCAAA-A-GCTACT--------------AA--TGTGTTT-A-G-ATGT---TTCA---CACAAA--A-AT-TTAG-----------------G---TTA-T-ACAT------C-AT----ctgggttgt
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      cT--T-C-A-A--A--A-TG-AAAAT--GTTAT-GACTG-TACAA-AA-TTAT-GA--TGTTTT--AGA---------T-TG-CA-----AATTT--AA--CATTTCA
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTGT-GACTG-TGCAG-CA-TCA-AAA--TGCATT--TAA---------T-TA-CG-----AAATT--AG--CGATTCATatcaa
gi|36                         :                               GACTGATACACGATCT-------CTT--CA----A---ACTTAT-GATT---------------T-TC--CATCTT----T------------T-------TCTAAATTC-AA-A-CGTattttgtttgtaaata
gi|37                         :                     ataaaagtGGGACCGACTCACAATTT-----T-TCT--CA----ATAAATTT-T-GTTT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------CATGA--TC
gi|38                         :                             aaGACTGACCCACGATTT-----T-TCTCCCA----A---GATT-T-AGTT---------------T-TTTCCA-CTT----T------------T-------TATGA--TCa
gi|39                         :                             GGGACTGATTGAGAATTT-----T-TCT--CA----A---ATTT-T-TATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------TATGt
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gi|9                          :                           ataGGACTGATTCACGATTT-----TTCTT--CA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-TTT----T------------T-------TCTGA--TTGAA-A-TGCGCTGT-----A--T---GT--TATGTTTAA-A-AGGT---TT-CGT-CACAAACGA-A--TAAG-----------------G---TTG-A-ACAC------T--T--------ACA---GAAGCAC--ATT--------GTAG------------AGT-GT-TAATTA-TTTGTTATGT-A--A-ACAAAG-GT-------TT-T-G------G----T----AT-------GTATTAAT-----TG--TTTA----T---------AAT--GTT-TA---AAAA-C--T--------GTCTG--------------A---ATC------T--G-TAAT--------GA-ATAT-CT-----A-A---T----C----TT----AAGT-AATC-C--T---GACC-T-------T-AG--AT--A---TGCCAT--T-T-A-A--A--T-TG-ATAAT--TCTAT-GACTG-TTTAA-AC-TTAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|11                         :                                                                  ---ATTT-T-GTTA---------------T-T---CA-CTTAAAAT------------T-------GATAA--TCAAA-A-TTTACTGT-----C--T---TA--TATGTTTAAGA-AGGT---TT------ACAAA--A-----------------------------TT------AT------T-AT----G--------------TC--AT---------AC----------------------------CTTATTGTAT-A--A-ACAAAG-AT-------GA-G-G------T----T----AT-------GT-T--AT-----TG--TGTA----C-----AA--AGT--TTA-A----AAAA-C-----------GTAT-ACTTATC--------G---AT-CCAAGTAT---A-T--AT--------AT-ATAA-TC-----A-C---AT----TT---CAA-T----TGT-A--T---TCG--T--T-AA--GT--A-A--AGTGTCAT--TAT-A-A--A--A--G-ATAGA--TCTGT-GTCTG-TGCAA-AA-T--TTGA--TGCTTT---AA---------T-TA-CA-----AAATC--AA--CATTTCA
gi|12                         :                                                                                                                                                                cccc---AT--TGTGTTTAA-A-AAGT---TCACGT----AAA--ACA--TAAT-----------------G---TTT-T-ACAT------TGAT----GGCAACG---AAAGATC--ATT--------ACGG------------AGG-GTCCTATTACTTTGTTATGT-AAGA-ACAAAG-AT-------TCGG-G------G----T----AT-------GA-T--AT-----TG---TTA----C-----AA--A----TTT-T----AAAAGC--T--------GTCT-A--------------G---AA-T-----ATTA-A-T--ATTCTG----GA-ATAT-TT-----A-A---AC----CGAGAAAG-T---AATC-T--A---GCTTGT--T-AAT-AT--A-A--TGT--CATC-T-T-A-A--A--A-GA-ATGAT--TTTATGGACTG-TTCAA-AATTTACGGAAGTGTTTT--AAA---------TATA-CA-----GATTT---A--TAATTCATctagttt
gi|13                         :                              GGACTGATTCACGATTT-----T-CTT--CA----A---AGTT-T-GATT---------------G-T---TA-CTT-----------------------------------------GTA----------------AT--TGTGTTTAA-A-ATGT---T-CCAT-AGCAAA--A-A--TAAA-----------------G---CTG-T-ACAC------C-AT----G------------GCT------------------------------AAA-GC-GTATTA-TTTGTTATGT-A--A-ACAAAT-AT-------TC-A-G------G----T----AT-------GG-T--AT-----TG--TTTG----C-----AA--AAT--ATT-TC---AAAA-C-------------GT-A--------------GCGNNN-N-----NN---N-N--NN--------NN-NNNN-NN-----N-N---NN----NN---NNN-N---NNNN-N--N---NNNN-N--N-NN--NN--N-N--NNNNCCAT--T-T-G-A--A-------ATAAT--TTTAT-GACTG-TTTAA-AT-TTAT--A--TGTTTT--GAA---------T-TA-CA-----GAcat
gi|14                         :                                                                                                                                    atTGA--TCAAA-A-TCTACTGT-----C--T---ATAACGTGTTTTA-A-ACGTACATT---T-CACAAA--A----T------------------------TTC-A-ATAT------G-AT----G---ACA---G---CTC--ATT--------CTAA------------AGA-GT-TTATCA-------ATGT-T--T-CCAAAG--T-------TC---------------TTAAAAT--------C-T--AT-----GG--CT-A----T-----AG--A-----TT-T----AAGA-T--T---------TTT-A---------------------C-----AT---A-T--AT--------CA--TAT-TTC----A-A---GT----AT---TCT-TT--GGTC-A--T---GC------------AT--G-A--TGTGCCAT--T-T-A-A--A--A--G-TTTAG--ATTGT-GTATG-TGCAA-AA-TCG-GGA--TGCATT--AAA---------T-TA-CA-----AAATT--AA--CATATC
gi|15                         :                                                                                                                                                     aACTAT-----C--T---AC--TGTGTTTGA-A-AAGT---T-CCGT-CACAAA--A-A--TAAG-----------------G---GTA-T-ACAT------T-ATAGATG---ACA---GAAGTTC--TTA--------ACAT------------AGA-GT-TTATTA-TTTGTTATGT-A--A-ACAAAG-AT-------TC-A-A------G----T----AT-------CT-T--AC-----TG--TTTA----C-----AA--AAT--ATT-TA---AAAA-C--T---------TNN-N--------------N---NN-N-----NN---N-N--NN--------NN-NNNN-NN-----N-N---NN----NN---NNN-N---NNNN-A-------------------------------TGCCAT--T-T-G-A--A--A-TG-ATAAT--TGTAT-GACTA-TTGAA-AA-TTATT-A--TGTTTT--AAA---------T-TA-CA-----GATTT--AA--CATTttactagtttgttt
gi|16                         :                        tttaaGGGACTGATTCGTGATTT-----T-CTT--CA----------------------------------------CA-CTT----T-----------------------GA--T---------TCCCGT-----------------G-GATTAA-ACATGT---TTC-GTATATAAA--ACA--TAAG-----------------T---AAG-T--CAT------C-AG----G---AAA---GAAACTC--ACT--------ACGA------------AGT-AT-TTATTA-TTTGTTATGT-A--A-ATAAAG-AT-------TC-A-GATACATG----T----AT-------AT-C--AT-----TG--TTTA----CA----AA--AAT--ACT-T----AAAA-------------ATTN-N--------------N---NN-N-----NN---N-N--NN--------NN-NNNN-NN-----N-N---NN----NN---NNN-N---NNNN-N--N---NNNN-N--N-NN--NN--N-N--NNNNCCAT--T-T-A-A--A--A-TG-AT
gi|17                         :                         taaaGGGACTGATTCACGAATT-----T-CTT--CA----A---ACTT-TTGATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------TCTGA--TTGAA-A-TGTACTGTACGTAC--TTTAAT--CGTGTTTAA-A-AAGT---TT-CGT-CACAAA--A-A--TAAGATAATAAATGTACATGAA---TTG-T-ACAT------T-AT----G---ACA---GACGTTT--ATT--------A--G------------AGA-GT-TTGATA-TTTGTTATGT-A--T-ACAAAG-AT-------TC-A-G------G----C----TT-------GT-T--AT-----TG--TTTAATTTC-----AA--TTT--GTTCT----AAAA-C--T--------
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                           aaaT----G---ACA---GAAGCTC--ATG--------GTAG------------GGA-GT-TCATCA-TTTGTTGTGTAA--A-ACAAGG----------CC-G-G------G----T-----T-------G-------------A--GTTA----C------A--AAT--GTT-C----AAAA----T--------ATAT-G--------------GTT-AT-C-----A---------AC--------CT-AAGC-TT-----A-T---TT----GT----AT-T---ATTCGA--T----C-T-T--T-AC--ATAAA-A--TGTGCCAT--T-------------TG-TTAA------------TG-TGCAA-A---CATAAAC-TGCTTT--AAA---------T-TA-CA-----AAATT--AA--CAttaaaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGTTA----A--A-ACAAAA-GT-------CG-G-G------G----T----AT-------GT-T--AA-----AG--TTTG----C---------AAT--TTT-TC---AAAA-C-----------GTAT-G--------------G---TA-C-----AT---G-T--ATTTGGG---TA-AAGT-TT-----ATC---AT----ATA--TAG-CGCAATTC-AAGT---ATTT-T--T-AAGGAA--A-A--TGTGCCATC-T-T-A-A--A-----G-GTAAA--ATTGT-GACTG-AACAA-AA-TTAatacactgcttgctcgtaaacgtac
gi|2                          : tgtgtttgaaaggcttcaccaaataaaatcaaagttctacaGATTT-----T-CTT--AA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CCT----T------------T-------TCTGA--TTGAA-A-TGTACTAT-----C--T---AC--TGTGTTTGA-A-AAG----TTCCGT-CACAAA--A-A--T-AG-----------------G---TTA-TAACATTTTAACT-AT----G---ACA---GAAGTAC--ATTATATATTGACAGAAGTTCATATATAGA-GT-TTATTA-TTTGTTATGT-A--A-ACAAAG-AT-------TC-A-A------G----T----AT-------GT-T--A------TG--TTTA----C-----AA--AAT--ATT-TA---AAAA-C--T-----------N-N--------------N---NN-N-----NN---N-N--NN--------NN-NNNN-NN-----N-N---NN----NN---NNN-N---NNNN-N--N---NNNN-N--N-NN--NN--N-N--NNNNCCAT--T-T-A-A--A--A-TG-ATAAT--TGTAT-GACTGTTGAAA-AA-TTAATTA--TG--TT--GAA---------A-TA-CA-----GATTT--AA--CATTTCATaga
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     taaa--A-A--TGGGCCAT--TGT-A-A--A--------------CTTGT-GACTG-TGCAA-AA-CTA-AGA--TGCTTT--GAA---------T-TA-CA-----AAATT--AA--CATTCCA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                   tttaaaaagtatattgtgtttgccactgaagagatatataagttttccatgtatatcgcatttcaagttttctttgggcaaG------------AAA-GT-TTATTA-TTTGTTATGC-A--A-ACAAAG-AT-------TG-G-G------G----C----AT-------GT-T--AT-----TC--CCTA----C-----TA--AA---GTT-T----GAAA-A--T--------GTAT-GACTACATTTTTAGCG---AT-------AT---ACT--AT--------TA-TCAT-TT-----A-T---ATCACACT---CAA-T---ATCC-A--T----CAG-G--T-AA--AA--A-A----TGCCAT--C-T-A-A--A--A-Tctggtgtgtttgtaaa
gi|22                         :                                                                       ttta-GATT---------------T-T---CA-CTT----T------------G-------AATGT--TCAAA-A-TCTACTGT-----G--C---AG--TGCGTTTGA-A-AGGT---T-CCAC-CAAAAT--A-A--TAAG-----------------G---ATA-T-GCAT------G-AG----G---ACA---GAAGTTC--ATT--------GTAG------------ATC-AT-TTATGT-TTTGTTGTGT-A--A-ACAAAG-GT-------TC-A-G------G----T----Aacaaa
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      c---AT----AT---AAG-T---ATTC----T---GTAG-C--T-AA--AT-------TGGGTCAT--T-TTA-A--A--G-TT-ATA----TTTCT-GACTG-TGCGA-A--CTGCAGA--TG-TTT--AAA---------T-TA-CA-----AAATT--AG--CATTcatgtaggttat
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tgaaaatgtaatatcatcgatctaagaatatgcatagcaTT-T----GAAA-A--T--------GTAC----------------G---AT-T-----ATCAAG-TTTAT--------AA-AGATATC-----G-C---AT----TT---CACGT---GTTC-----------T-T--T-GG--GT--A-AAATGTGTCGT--A-T-A-A--A--A--G-TTAAA--TTTGT-GTCGG-TGCAA-AA-TCA-CGA--CGCTTT--GAAGTTTAAATGT-TA-CA-----G--TC--AA--CTTTTTActtctggcttgcttg
gi|25                         :                             GGGACTCATTCACAATTT-----T-CTT--CA----A---A-TT-T-GATT---------------T-T---CA-TTT----T------------T-------TCTGA--TAAAA-A-GGTACTGT-----T--T----T--T-TGCTTAA-A-AACT---TTC-GT-CACAAA--A-A--TATG-----------------G---TTG-T-ATAT------T-AT----G---ACA---GAAGCTC--ATT--------ATGG------------AGA-GT-ATATTA-a
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      cTT-T----AAGT-C--T--------ATGTTA--------------T---ATTC-----AT---G-T--AT--------CA--CAT-TT------------------C---AAG-T---ATTC-T--T---GAGG-T--A-AA--AT--GTA--CATGTCAT--T-T-A-A--A--A--G-TTAGA--TTTGT-GTCTG-TGTAT-A--TTA-GGA--CAATTT--AAA---------T-CA-CA-----AATTA--AA--CA
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              atacttgaT-------GT-T--AT-----TGAGTTCA----C-----TA--A-----CT-T----CAAA-C-----------GTAT-G--------------GT--AT-T------T---G-G--AT--------AA-AG-T-TT-----A-TCATAT----AT---TAT-G---ATTC-----------T-T--C-AAGTAT--A-A--TGTGCAAT--G-T-G-A--A--G--G-GTAGG--TTT-T-GACTG-TGCAG-AA-TTA-AGA--TGCagctt
gi|28                         :                        ggtgggGGATTGATTCACCATTT-----T-TTT--CA----A---ACTT-C-GATTATCACTTCTTTTTTTT-T---CA-CTT----T------------TCACTTTATTTGA--CTGAA-A-GGTACTGT-----C--T---AT--TGTTTTTTA-A-AAAT---TTTCGT-CAAAAA--A-A--TAAG-----------------G---TTC-T-AC
gi|29                         :                                 CTGGTTCACGATTG-----T-CTA--CA----A---ACTT-T-GATG---------------T-C---CA-CTT----T---------------------CTGA--TTGAA-A-TATGATGT-----C--T---AT--TGTGTTTAA-A-AG-----TTCCGC-CA-AAA--------AAG-----------------G---TTG-T-GCAT------T-AT----A---ATG---ACAGTTC--CTT--------ATGG------------AGA-
gi|3                          :                                 gTGTTTCATGATTT-------CTT--AA----A---ACTT-T-GATT---------------T-TT--CA-CTT----T------------T-------TCTTA--ATGAA-A-TGTATTGT-----C--T---AT--TGTGTATGA-A-AAGT---T-CCAT-CACAAA--A-A--TAAG-----------------G---TCC-T-TCTT------T-TT----G---ATA---GAAGCTC--ATT--------ACGG------------AGA-AT-TTTTTA-TTCGTTATGT-A--A-ACAAG------------C-A-G------G----T----AT-------GT-T--AT-----TG--TTTA----C-----AA--AAT--ATT-TTTTAAAAA-C--TNNNNNNNNNNNN-N--------------N---NN-N-----NN---N-N--NN--------NN-NNNN-NN-----N-N---NN----NN---NNN-N---NNNN-N--N---NNNN-T--T-GA--AT--A-A--TATGCTAT--T-T---A--A--A-TG-ATGAT--TTTAT-GAATG-TTCAA-AA-TTAT-GA--TGTTTC--AAA---------T-TA-CA-----GATTT--ag
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ct-T---ATTT-A--T------T-TGGT-AA--GT--A----TGTGCCAT--T-T-A-A--T--A-CG-TTAAA--TTTGG-TAC-G-CACAA-AG-TAA--AA--TGCTTTGAAAA---------T-TA-CA-----AAATT--AA--CATTTCATttctaaatttgg
gi|31                         :                                 gTGATTCACAATTT-----T-CTT--CA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------CCTGA--TTGAA-A-TGTACTGT-----C--T---AT--TGTGTTTAA-A-AAG----TTGCAT-CACAAA--A-A--TAAG-----------------G---TTG-T-ACAT------T-tgtgacttgtttgtaaac
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         --A-A--TGTGTCAT--T-T-G-A--ACGA-TG-GTAAAGATTTAA-AAGTA-TGCAA-AA-TTA-AGA--TGCCCT--TAA---------T-TA-CAAAATCAAATC--AA--CATTCCA
gi|33                         :                                                  agggtaa--CA----A---AATT-T-TATT---------------TCT---CA-GTT----T------------T-------AATGA--TCAAA-A-GCTACT--------------AA--TGTGTTT-A-G-ATGT---TTCA---CACAAA--A-AT-TTAG-----------------G---TTA-T-ACAT------C-AT----ctgggttgt
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      cT--T-C-A-A--A--A-TG-AAAAT--GTTAT-GACTG-TACAA-AA-TTAT-GA--TGTTTT--AGA---------T-TG-CA-----AATTT--AA--CATTTCA
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTGT-GACTG-TGCAG-CA-TCA-AAA--TGCATT--TAA---------T-TA-CG-----AAATT--AG--CGATTCATatcaa
gi|36                         :                               GACTGATACACGATCT-------CTT--CA----A---ACTTAT-GATT---------------T-TC--CATCTT----T------------T-------TCTAAATTC-AA-A-CGTattttgtttgtaaata
gi|37                         :                     ataaaagtGGGACCGACTCACAATTT-----T-TCT--CA----ATAAATTT-T-GTTT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------CATGA--TC
gi|38                         :                             aaGACTGACCCACGATTT-----T-TCTCCCA----A---GATT-T-AGTT---------------T-TTTCCA-CTT----T------------T-------TATGA--TCa
gi|39                         :                             GGGACTGATTGAGAATTT-----T-TCT--CA----A---ATTT-T-TATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------TATGt
gi|4                          :                         taaaGGGATTGATTTACAAT---------CGG--CACAAAA---ATTT-T-GTTT---------------T-T---CA-TTT----T------------T-------AATGA--TCAAA-A-TCTACTAT-----T--T---AT--TGTGTTTGA-A-AGGT---T----T-TACAAA--A-AATTAAG-----------------GTTTTTT-T-ACAT------C-AC----A---AGA---GAAACTC--GTT--------GTAA------------AGA-GT-TTATTC-TTTGTTGTGT-A--A-AC--AG-GT-------TG-G-G------G----A----ATGTTTAACGT-T--AT-----TA--TTTA----C-----AA--AGT---TT-C----AAAA-CGTT--------GT--------------------------------T---G-T--GT--------AA-AC-T-T------------AT----TT---TAT-C---ATGT-A--TAGCGCAT-T--T-CT--AT--A------TTCTATAGG-T-A-A--T--A-TGTACAGT--TT--T-GACTG-TGCAA-AG-CTA-AGA--T--------AA---------T-TA-CA-----AAATT--AA--CAGTTAAT
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gi|5                          :                             GGGATTGATTCACGATTT-----T-CCT--CG----A---ACAT-T-GATT---------------T-T---CA-GTT----T------------T-------ATTGA--CTAAA-A-TGTACTGT-----C--T---CT--TGTGTTTAA-A-ATGT---TTCCGT-AACAAA--A-A--TAAG-----------------G---CTG-T-ACAT------T-AT----G---AAA---GAAGTTC--ATT--------ACAG------------AGA-GT-TTATTA-TTTGCTACGT-A--A-ACAAAG-AT-------TC-A-G------G----T----GT-------GT-T--AT-----TGT-TTTA----C-----AA--AAA--TAT-T----AAAA-C--T--------ATAT-A--------------G---NN-N-----NN---N-N--NN--------NN-NNNN-NN-----N-N---NN----NN---NNN-N---NNNN-N--N---NNNN-N--N-NN--NN--N-N--NNT-TCAT--T-T-A-A--A--A-AG-ATGAT--TTTAT-GGCTG-TTCAA-AA-TTATTGA--TATTTT--AAA---------T-AA-GA-----GATTT--AAATGATTTCATtatgaac
gi|6                          :                             GGGACTGCTTCACGATTT-----C-CTT--CA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CTT----TATCTTTTTTTTTT-------TTTTA--TTGAA-A-AGTACTGT-----C--T---AC--TGTGTTTAA-A-AT-------------------------TAAG-----------------G---TTG-C-AGAT------T-AT----G---ACA---GAAGCTC--ATT--------ACGG------------AGA-GT-TTAATA-TTTGTTATGT-A--A-ACCAAG-AT-------TC-G-G------G----T----AT-------GT-T--AT-----TG--TTTA----CGAAATGA--AAT--TTT-T----AAAA-T--C--------TNNN-N--------------N---NN-N-----NN---N-N--NN--------NN-NNNN-NN-----N-N---NN----NN---NNN-N---NNNN-N--N---NNNN-N--N-NN--NN--N-N--NNNNCCAT--T-T-A-A--A--A-TG-ATAGT--TTTAC-GACTG-CTCAA-AA-TT----A--TGTTTT--AAA---------T-TA-CA-----GGTTT--AA--CATTTCAT
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gi|8                          :               cacttatttcttaacGGACTGATTCACTATTA-----T-TTT--AA----A---ACTT---AATT---------------T-T---CA--TT----T------------T-------TCTGA--ATGAA-A-TATACTGG-----C--T---AT--TGTGTGTAA-A-AAGG---T-CCGT-CACAAA--A--------------------------------------T------T-AT----G---ACA---GAAGCTC--ATT--------ATGG------------CGA-GT-CTATTA-TTGAATATGT-A--A-AGCAAG-AT-------TC-G-G------G----T----AT-------GT-T--ATTATG-TA--TTTA----C-----AA--TGT---TT-T----GAAA-C--T--------A-CT-N--------------N---NN-N-----NN---N-N--NN--------NN-NNNN-NN-----N-N---NN----NN---NNN-N---NNNN-N--N---NNNN-N--N-NN--NN--N-N--NNT--CAT--T-T-A-A--T--A-TG-ATAAT--TTTAT-GTCTA-TTAAG-AA-TTG-CGA--TGTTTT--ACA---------T-TA-CA-----GATTT--AA--CACTTCAT
gi|9                          :                           ataGGACTGATTCACGATTT-----TTCTT--CA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-TTT----T------------T-------TCTGA--TTGAA-A-TGCGCTGT-----A--T---GT--TATGTTTAA-A-AGGT---TT-CGT-CACAAACGA-A--TAAG-----------------G---TTG-A-ACAC------T--T--------ACA---GAAGCAC--ATT--------GTAG------------AGT-GT-TAATTA-TTTGTTATGT-A--A-ACAAAG-GT-------TT-T-G------G----T----AT-------GTATTAAT-----TG--TTTA----T---------AAT--GTT-TA---AAAA-C--T--------GTCT-G--------------A---AT-C------T---G-TA-AT--------GA-ATAT-CT-----A-A---TC----TT---AAG-T---AATC-C--T---GACC-T--T-AG--AT--A------TGCCAT--T-T-A-A--A--T-TG-ATAAT--TCTAT-GACTG-TTTAA-AC-TTAT
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Reference ( family-209 )      :                             GGGACTGATTCACGATTT-----T-CTT--CA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------TCTGA--TCGAA-A-TGTACTGT-----C--T---AT--TGTGTTTAA-A-ANGT---TTCCGT-CACA-AA--A-A--T-AAG-----------------G---TTG-T-ACA--T------T-AT----G---ACA---GAAGCTC--ATT--------ACGG------------AGA-GT-TTATTA-TTTGTTATGT-A--A-ACAAAG-AT-------TC-G-G------G----T----AT-------GT-T--AT-----TG--TTTA----C-----AA--AAT--NTT-T----AAAA-C--T--------GTNT-A--------------G---AT-C-----AT---G-T--AT--------N-----A-ANAT-TT-----AN---AT----NT---N-AN-T---ATTC-A--T---GCGT-T--T-AA--AT--A-A--TGTGCCAT--T-T-A-A--A--A-TGATA-AN--TTTGT-GACTG-TGCA-A-AA-TT-A-NG---ATGCTTT--AAA---------T-TA-CA-----GANTT--AA--CATTTCAT
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gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TGTTA----A--A-ACAAAA-GT-------CG-G-G------G----T----AT-------GT-T--AA-----AG--TTTG----C-----AA----T--TTT-TC---AAAA-C-----------GTAT-G--------------G---TA-C-----AT---G-T--AT--------TTGGGTA-AAGT-TT-----ATC--AT----AT---ATAG-CGCAATTC-AAGT---ATTT-T--T-AAGGAA--A-A--TGTGCCATC-T-T-A-A--A-----GGTA-AA--ATTGT-GACTG-AACA-A-AA-TT-A-AG---Atcggggtatgttaaagtttgcaatttttcaaaacgtatggtacatgtatttgggtaaagtttatcatatatagcgcaattcaagtatttttaaggaaaatgtgccatcttaaaggtaaaattgtgactgaacaaaattaaga
gi|2                          : tgtgtttgaaaggcttcaccaaataaaatcaaagttctacaGATTT-----T-CTT--AA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CCT----T------------T-------TCTGA--TTGAA-A-TGTACTAT-----C--T---AC--TGTGTTTGA-A-AAG----TTCCGT-CACA-AA--A-A--T--AG-----------------G---TTA-TAACA--TTTTAACT-AT----G---ACA---GAAGTAC--ATTATATATTGACAGAAGTTCATATATAGA-GT-TTATTA-TTTGTTATGT-A--A-ACAAAG-AT-------TC-A-A------G----T----AT-------GT-T--A------TG--TTTA----C-----AA--AAT--ATT-TA---AAAA-C--T-----------N-N--------------N---NN-N-----NN---N-N--NN--------N-----N-NNNN-NN-----NN---NN----NN---N-NN-N---NNNN-N--N---NNNN-N--N-NN--NN--N-N--NNNNCCAT--T-T-A-A--A--A-TGATA-AT--TGTAT-GACTGTTGAA-A-AA-TTAA-TT---ATG--TT--GAA---------A-TA-CA-----GATTT--AA--CATTTCAT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              taaa--A-A--TGGGCCAT--T---------------GTA-AA--CTTGT-GACTG-TGCA-A-AA-CT-A-AG---ATGCTTT--GAA---------T-TA-CA-----AAATT--AA--CATTCCA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                       tttaaaaagtatattgtgtttgccactgaagagatatataagttttccatgtatatcgcatttcaagttttctttgggcaaG------------AAA-GT-TTATTA-TTTGTTATGC-A--A-ACAAAG-AT-------TG-G-G------G----C----AT-------GT-T--AT-----TC--CCTA----C-----TA--AA---GTT-T----GAAA-A--T--------GTAT-GACTACATTTTTAGCG---AT-------AT---ACT--AT--------T-----A-TCAT-TT-----AT---ATCACACT---C-AA-T---ATCC-A--T----CAG-G--T-AA--AA--A-A----TGCCAT--C-T-A-A--A--A-Tctggtgtgtttgtaaa
gi|22                         :                                                                       ttta-GATT---------------T-T---CA-CTT----T------------G-------AATGT--TCAAA-A-TCTACTGT-----G--C---AG--TGCGTTTGA-A-AGGT---T-CCAC-CAAA-AT--A-A--T-AAG-----------------G---ATA-T-GCA--T------G-AG----G---ACA---GAAGTTC--ATT--------GTAG------------ATC-AT-TTATGT-TTTGTTGTGT-A--A-ACAAAG-GT-------TC-A-G------G----T----Aacaaa
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              c---AT----AT---A-AG-T---ATTC----T---GTAG-C--T-AA--AT-------TGGGTCAT--T-TTA-A--A--G-TTATA-----TTTCT-GACTG-TGCG-A-AC-TG-C-AG---ATG-TTT--AAA---------T-TA-CA-----AAATT--AG--CATTcatgtaggttat
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tgaaaatgtaatatcatcgatctaagaatatgcatagcaTT-T----GAAA-A--T--------GTAC----------------G---AT-T-----ATCAAG-TTTAT--------A-----A-AGATATC-----GC---AT----TT---C-ACGT---GTTC-----------T-T--T-GG--GT--A-AAATGTGTCGT--A-T-A-A--A--A--GTTA-AA--TTTGT-GTCGG-TGCA-A-AA-TC-A-CG---ACGCTTT--GAAGTTTAAATGT-TA-CA-----G--TC--AA--CTTTTTActtctggcttgcttg
gi|25                         :                             GGGACTCATTCACAATTT-----T-CTT--CA----A---A-TT-T-GATT---------------T-T---CA-TTT----T------------T-------TCTGA--TAAAA-A-GGTACTGT-----T--T----T--T-TGCTTAA-A-AACT---TTC-GT-CACA-AA--A-A--T-ATG-----------------G---TTG-T-ATA--T------T-AT----G---ACA---GAAGCTC--ATT--------ATGG------------AGA-GT-ATATTA-a
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cTT-T----AAGT-C--T--------ATGTTA--------------T---ATTC-----AT---G-T--AT--------C-----A--CAT-TT-----------------C---A-AG-T---ATTC-T--T---GAGG-T--A-AA--AT--GTA--CATGTCAT--T-T-A-A--A--A--GTTA-GA--TTTGT-GTCTG-TGTA-T-A--TT-A-GG---ACAATTT--AAA---------T-CA-CA-----AATTA--AA--CA
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  atacttgaT-------GT-T--AT-----TGAGTTCA----C-----TA--A-----CT-T----CAAA-C-----------GTAT-G--------------GT--AT-T------T---G-G--AT--------A-----A-AG-T-TT-----ATCATAT----AT---T-AT-G---ATTC-----------T-T--C-AAGTAT--A-A--TGTGCAAT--G-T-G-A--A--G--GGTA-GG--TTT-T-GACTG-TGCA-G-AA-TT-A-AG---ATGCagctt
gi|28                         :                        ggtgggGGATTGATTCACCATTT-----T-TTT--CA----A---ACTT-C-GATTATCACTTCTTTTTTTT-T---CA-CTT----T------------TCACTTTATTTGA--CTGAA-A-GGTACTGT-----C--T---AT--TGTTTTTTA-A-AAAT---TTTCGT-CAAA-AA--A-A--T-AAG-----------------G---TTC-T-AC
gi|29                         :                                 CTGGTTCACGATTG-----T-CTA--CA----A---ACTT-T-GATG---------------T-C---CA-CTT----T---------------------CTGA--TTGAA-A-TATGATGT-----C--T---AT--TGTGTTTAA-A-AG-----TTCCGC-CA-A-AA---------AAG-----------------G---TTG-T-GCA--T------T-AT----A---ATG---ACAGTTC--CTT--------ATGG------------AGA-
gi|3                          :                                 gTGTTTCATGATTT-------CTT--AA----A---ACTT-T-GATT---------------T-TT--CA-CTT----T------------T-------TCTTA--ATGAA-A-TGTATTGT-----C--T---AT--TGTGTATGA-A-AAGT---T-CCAT-CACA-AA--A-A--T-AAG-----------------G---TCC-T-TCT--T------T-TT----G---ATA---GAAGCTC--ATT--------ACGG------------AGA-AT-TTTTTA-TTCGTTATGT-A--A-ACAAG------------C-A-G------G----T----AT-------GT-T--AT-----TG--TTTA----C-----AA--AAT--ATT-TTTTAAAAA-C--TNNNNNNNNNNNN-N--------------N---NN-N-----NN---N-N--NN--------N-----N-NNNN-NN-----NN---NN----NN---N-NN-N---NNNN-N--N---NNNN-T--T-GA--AT--A-A--TATGCTAT--T-T---A--A--A-TGATG-AT--TTTAT-GAATG-TTCA-A-AA-TT-A-TG---ATGTTTC--AAA---------T-TA-CA-----GATTT--ag
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ct-T---ATTT-A--T------T-TGGT-AA--GT--A----TGTGCCAT--T-T-A-A--T--A-CGTTA-AA--TTTGG-TAC----GCACA-AA-GT-A-AA---ATGCTTTGAAAA---------T-TA-CA-----AAATT--AA--CATTTCATttctaaatttgg
gi|31                         :                                 gTGATTCACAATTT-----T-CTT--CA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------CCTGA--TTGAA-A-TGTACTGT-----C--T---AT--TGTGTTTAA-A-AAG----TTGCAT-CACA-AA--A-A--T-AAG-----------------G---TTG-T-ACA--T------T-tgtgacttgtttgtaaac
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gi|33                         :                                                  agggtaa--CA----A---AATT-T-TATT---------------TCT---CA-GTT----T------------T-------AATGA--TCAAA-A-GCTACT--------------AA--TGTGTTT-A-G-ATGT---TTCA---CACA-AA--A-AT-T-TAG-----------------G---TTA-T-ACA--T------C-AT----ctgggttgt
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gi|36                         :                               GACTGATACACGATCT-------CTT--CA----A---ACTTAT-GATT---------------T-TC--CATCTT----T------------T-------TCTAAATTC-AA-A-CGTattttgtttgtaaata
gi|37                         :                     ataaaagtGGGACCGACTCACAATTT-----T-TCT--CA----ATAAATTT-T-GTTT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------CATGA--TC
gi|38                         :                             aaGACTGACCCACGATTT-----T-TCTCCCA----A---GATT-T-AGTT---------------T-TTTCCA-CTT----T------------T-------TATGA--TCa
gi|39                         :                             GGGACTGATTGAGAATTT-----T-TCT--CA----A---ATTT-T-TATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------TATGt
gi|4                          :                         taaaGGGATTGATTTACAAT---------CGG--CACAAAA---ATTT-T-GTTT---------------T-T---CA-TTT----T------------T-------AATGA--TCAAA-A-TCTACTAT-----T--T---AT--TGTGTTTGA-A-AGGT---T----T-TACA-AA--A-AATT-AAG-----------------GTTTTTT-T-ACA--T------C-AC----A---AGA---GAAACTC--GTT--------GTAA------------AGA-GT-TTATTC-TTTGTTGTGT-A--A-AC--AG-GT-------TG-G-G------G----A----ATGTTTAACGT-T--AT-----TA--TTTA----C-----AA--AGT---TT-C----AAAA-CGTT--------GT--------------------------------T---G-T--GT--------A-----A-AC-T-T-----------AT----TT---T-AT-C---ATGT-A--TAGCGCAT-T--T-CT--AT--A------TTCTATAGG-T-A-A--T--A-TG-TACAG--TTT-T-GACTG-TGCA-A-AG-CT-A-AG---AT--------AA---------T-TA-CA-----AAATT--AA--CAGTTAAT
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gi|9                          :                           ataGGACTGATTCACGATTT-----TTCTT--CA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-TTT----T------------T-------TCTGA--TTGAA-A-TGCGCTGT-----A--T---GT--TATGTTTAA-A-AGGT---TT-CGT-CACA-AACGA-A--T-AAG-----------------G---TTG-A-ACA--C------T--T--------ACA---GAAGCAC--ATT--------GTAG------------AGT-GT-TAATTA-TTTGTTATGT-A--A-ACAAAG-GT-------TT-T-G------G----T----AT-------GTATTAAT-----TG--TTTA----T---------AAT--GTT-TA---AAAA-C--T--------GTCT-G--------------A---AT-C------T---G-TA-AT--------G-----A-ATAT-CT-----AA---TC----TT---A-AG-T---AATC-C--T---GACC-T--T-AG--AT--A------TGCCAT--T-T-A-A--A--T-TGATA-AT--TCTAT-GACTG-TTTA-A-AC-TT-A-
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Reference ( family-209 )      :                             GGGACTGATTCACGATTT-----T-CTT--CA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------TCTGA--TCGAA-A-TGTACTGT-----C--T---AT--TGTGTTTAA-A-ANGT---TTCCGT-CACA-AA--A-A--T-AAG-----------------G---TTG-T-ACA--T------T-AT----G---ACA---GAAGCTC--ATT--------ACGG------------AGA-GT-TTATTA-TTTGTTATGT-A--A-ACAAAG-AT-------TC-G-G------G----T----AT-------GT-T--AT-----TG--TTTA----C-----AA--AAT--NTT-T----AAAA-C--T--------GTNT-A--------------G---AT-C-----AT---G-T--AT--------N-----A-ANAT-TT-----AN---AT----NT---N-AN-T---ATTC-A--T---GCGT-T--T-AA--AT--A-A--TGTGCCAT--T-T-A-A--A--A-TGATA-AN--TTTGT-GACTG-TGCA-A-AA-TT-A-NG---ATGCTTT--AAA---------T-TA-CA-----GANTT--AA--CATTTCAT
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gi|2                          : tgtgtttgaaaggcttcaccaaataaaatcaaagttctacaGATTT-----T-CTT--AA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CCT----T------------T-------TCTGA--TTGAA-A-TGTACTAT-----C--T---AC--TGTGTTTGA-A-AAG----TTCCGT-CACA-AA--A-A--T--AG-----------------G---TTA-TAACA--TTTTAACT-AT----G---ACA---GAAGTAC--ATTATATATTGACAGAAGTTCATATATAGA-GT-TTATTA-TTTGTTATGT-A--A-ACAAAG-AT-------TC-A-A------G----T----AT-------GT-T--A------TG--TTTA----C-----AA--AAT--ATT-TA---AAAA-C--T-----------N-N--------------N---NN-N-----NN---N-N--NN--------N-----N-NNNN-NN-----NN---NN----NN---N-NN-N---NNNN-N--N---NNNN-N--N-NN--NN--N-N--NNNNCCAT--T-T-A-A--A--A-TGATA-AT--TGTAT-GACTGTTGAA-A-AA-TTAA-TT---ATG--TT--GAA---------A-TA-CA-----GATTT--AA--CATTTCAT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              taaa--A-A--TGGGCCAT--T---------------GTA-AA--CTTGT-GACTG-TGCA-A-AA-CT-A-AG---ATGCTTT--GAA---------T-TA-CA-----AAATT--AA--CATTCCA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                       tttaaaaagtatattgtgtttgccactgaagagatatataagttttccatgtatatcgcatttcaagttttctttgggcaaG------------AAA-GT-TTATTA-TTTGTTATGC-A--A-ACAAAG-AT-------TG-G-G------G----C----AT-------GT-T--AT-----TC--CCTA----C-----TA--AA---GTT-T----GAAA-A--T--------GTAT-GACTACATTTTTAGCG---AT-------AT---ACT--AT--------T-----A-TCAT-TT-----AT---ATCACACT---C-AA-T---ATCC-A--T----CAG-G--T-AA--AA--A-A----TGCCAT--C-T-A-A--A--A-Tctggtgtgtttgtaaa
gi|22                         :                                                                       ttta-GATT---------------T-T---CA-CTT----T------------G-------AATGT--TCAAA-A-TCTACTGT-----G--C---AG--TGCGTTTGA-A-AGGT---T-CCAC-CAAA-AT--A-A--T-AAG-----------------G---ATA-T-GCA--T------G-AG----G---ACA---GAAGTTC--ATT--------GTAG------------ATC-AT-TTATGT-TTTGTTGTGT-A--A-ACAAAG-GT-------TC-A-G------G----T----Aacaaa
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              c---AT----AT---A-AG-T---ATTC----T---GTAG-C--T-AA--AT-------TGGGTCAT--T-TTA-A--A--G-TTATA-----TTTCT-GACTG-TGCG-A-AC-TG-C-AG---ATG-TTT--AAA---------T-TA-CA-----AAATT--AG--CATTcatgtaggttat
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tgaaaatgtaatatcatcgatctaagaatatgcatagcaTT-T----GAAA-A--T--------GTAC----------------G---AT-T-----ATCAAG-TTTAT--------A-----A-AGATATC-----GC---AT----TT---C-ACGT---GTTC-----------T-T--T-GG--GT--A-AAATGTGTCGT--A-T-A-A--A--A--GTTA-AA--TTTGT-GTCGG-TGCA-A-AA-TC-A-CG---ACGCTTT--GAAGTTTAAATGT-TA-CA-----G--TC--AA--CTTTTTActtctggcttgcttg
gi|25                         :                             GGGACTCATTCACAATTT-----T-CTT--CA----A---A-TT-T-GATT---------------T-T---CA-TTT----T------------T-------TCTGA--TAAAA-A-GGTACTGT-----T--T----T--T-TGCTTAA-A-AACT---TTC-GT-CACA-AA--A-A--T-ATG-----------------G---TTG-T-ATA--T------T-AT----G---ACA---GAAGCTC--ATT--------ATGG------------AGA-GT-ATATTA-a
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cTT-T----AAGT-C--T--------ATGTTA--------------T---ATTC-----AT---G-T--AT--------C-----A--CAT-TT-----------------C---A-AG-T---ATTC-T--T---GAGG-T--A-AA--AT--GTA--CATGTCAT--T-T-A-A--A--A--GTTA-GA--TTTGT-GTCTG-TGTA-T-A--TT-A-GG---ACAATTT--AAA---------T-CA-CA-----AATTA--AA--CA
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  atacttgaT-------GT-T--AT-----TGAGTTCA----C-----TA--A-----CT-T----CAAA-C-----------GTAT-G--------------GT--AT-T------T---G-G--AT--------A-----A-AG-T-TT-----ATCATAT----AT---T-AT-G---ATTC-----------T-T--C-AAGTAT--A-A--TGTGCAAT--G-T-G-A--A--G--GGTA-GG--TTT-T-GACTG-TGCA-G-AA-TT-A-AG---ATGCagctt
gi|28                         :                        ggtgggGGATTGATTCACCATTT-----T-TTT--CA----A---ACTT-C-GATTATCACTTCTTTTTTTT-T---CA-CTT----T------------TCACTTTATTTGA--CTGAA-A-GGTACTGT-----C--T---AT--TGTTTTTTA-A-AAAT---TTTCGT-CAAA-AA--A-A--T-AAG-----------------G---TTC-T-AC
gi|29                         :                                 CTGGTTCACGATTG-----T-CTA--CA----A---ACTT-T-GATG---------------T-C---CA-CTT----T---------------------CTGA--TTGAA-A-TATGATGT-----C--T---AT--TGTGTTTAA-A-AG-----TTCCGC-CA-A-AA---------AAG-----------------G---TTG-T-GCA--T------T-AT----A---ATG---ACAGTTC--CTT--------ATGG------------AGA-
gi|3                          :                                 gTGTTTCATGATTT-------CTT--AA----A---ACTT-T-GATT---------------T-TT--CA-CTT----T------------T-------TCTTA--ATGAA-A-TGTATTGT-----C--T---AT--TGTGTATGA-A-AAGT---T-CCAT-CACA-AA--A-A--T-AAG-----------------G---TCC-T-TCT--T------T-TT----G---ATA---GAAGCTC--ATT--------ACGG------------AGA-AT-TTTTTA-TTCGTTATGT-A--A-ACAAG------------C-A-G------G----T----AT-------GT-T--AT-----TG--TTTA----C-----AA--AAT--ATT-TTTTAAAAA-C--TNNNNNNNNNNNN-N--------------N---NN-N-----NN---N-N--NN--------N-----N-NNNN-NN-----NN---NN----NN---N-NN-N---NNNN-N--N---NNNN-T--T-GA--AT--A-A--TATGCTAT--T-T---A--A--A-TGATG-AT--TTTAT-GAATG-TTCA-A-AA-TT-A-TG---ATGTTTC--AAA---------T-TA-CA-----GATTT--ag
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ct-T---ATTT-A--T------T-TGGT-AA--GT--A----TGTGCCAT--T-T-A-A--T--A-CGTTA-AA--TTTGG-TAC----GCACA-AA-GT-A-AA---ATGCTTTGAAAA---------T-TA-CA-----AAATT--AA--CATTTCATttctaaatttgg
gi|31                         :                                 gTGATTCACAATTT-----T-CTT--CA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------CCTGA--TTGAA-A-TGTACTGT-----C--T---AT--TGTGTTTAA-A-AAG----TTGCAT-CACA-AA--A-A--T-AAG-----------------G---TTG-T-ACA--T------T-tgtgacttgtttgtaaac
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  --A-A--TGTGTCAT--T-T-G-A--ACGA-TGGTA-AAGATTTAA-AAGTA-TGCA-A-AA-TT-A-AG---ATGCCCT--TAA---------T-TA-CAAAATCAAATC--AA--CATTCCA
gi|33                         :                                                  agggtaa--CA----A---AATT-T-TATT---------------TCT---CA-GTT----T------------T-------AATGA--TCAAA-A-GCTACT--------------AA--TGTGTTT-A-G-ATGT---TTCA---CACA-AA--A-AT-T-TAG-----------------G---TTA-T-ACA--T------C-AT----ctgggttgt
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cT--T-C-A-A--A--A-TGAAA-AT--GTTAT-GACTG-TACA-A-AA-TT-A-TG---ATGTTTT--AGA---------T-TG-CA-----AATTT--AA--CATTTCA
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTGT-GACTG-TGCA-G-CA-TC-A-AA---ATGCATT--TAA---------T-TA-CG-----AAATT--AG--CGATTCATatcaa
gi|36                         :                               GACTGATACACGATCT-------CTT--CA----A---ACTTAT-GATT---------------T-TC--CATCTT----T------------T-------TCTAAATTC-AA-A-CGTattttgtttgtaaata
gi|37                         :                     ataaaagtGGGACCGACTCACAATTT-----T-TCT--CA----ATAAATTT-T-GTTT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------CATGA--TC
gi|38                         :                             aaGACTGACCCACGATTT-----T-TCTCCCA----A---GATT-T-AGTT---------------T-TTTCCA-CTT----T------------T-------TATGA--TCa
gi|39                         :                             GGGACTGATTGAGAATTT-----T-TCT--CA----A---ATTT-T-TATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------TATGt
gi|4                          :                         taaaGGGATTGATTTACAAT---------CGG--CACAAAA---ATTT-T-GTTT---------------T-T---CA-TTT----T------------T-------AATGA--TCAAA-A-TCTACTAT-----T--T---AT--TGTGTTTGA-A-AGGT---T----T-TACA-AA--A-AATT-AAG-----------------GTTTTTT-T-ACA--T------C-AC----A---AGA---GAAACTC--GTT--------GTAA------------AGA-GT-TTATTC-TTTGTTGTGT-A--A-AC--AG-GT-------TG-G-G------G----A----ATGTTTAACGT-T--AT-----TA--TTTA----C-----AA--AGT---TT-C----AAAA-CGTT--------GT--------------------------------T---G-T--GT--------A-----A-AC-T-T-----------AT----TT---T-AT-C---ATGT-A--TAGCGCAT-T--T-CT--AT--A------TTCTATAGG-T-A-A--T--A-TG-TACAG--TTT-T-GACTG-TGCA-A-AG-CT-A-AG---AT--------AA---------T-TA-CA-----AAATT--AA--CAGTTAAT
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                taaaTA-AA--TTTGT-GTCTG-TGCA-A-AA-TT-A-GG---ATGATTT--GAA---------T-TA-CA-----AAtggctaatt
gi|5                          :                             GGGATTGATTCACGATTT-----T-CCT--CG----A---ACAT-T-GATT---------------T-T---CA-GTT----T------------T-------ATTGA--CTAAA-A-TGTACTGT-----C--T---CT--TGTGTTTAA-A-ATGT---TTCCGT-AACA-AA--A-A--T-AAG-----------------G---CTG-T-ACA--T------T-AT----G---AAA---GAAGTTC--ATT--------ACAG------------AGA-GT-TTATTA-TTTGCTACGT-A--A-ACAAAG-AT-------TC-A-G------G----T----GT-------GT-T--AT-----TGT-TTTA----C-----AA--AAA--TAT-T----AAAA-C--T--------ATAT-A--------------G---NN-N-----NN---N-N--NN--------N-----N-NNNN-NN-----NN---NN----NN---N-NN-N---NNNN-N--N---NNNN-N--N-NN--NN--N-N--NNT-TCAT--T-T-A-A--A--A-AGATG-AT--TTTAT-GGCTG-TTCA-A-AA-TT-ATTG---ATATTTT--AAA---------T-AA-GA-----GATTT--AAATGATTTCATtatgaac
gi|6                          :                             GGGACTGCTTCACGATTT-----C-CTT--CA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CTT----TATCTTTTTTTTTT-------TTTTA--TTGAA-A-AGTACTGT-----C--T---AC--TGTGTTTAA-A-AT--------------------------T-AAG-----------------G---TTG-C-AGA--T------T-AT----G---ACA---GAAGCTC--ATT--------ACGG------------AGA-GT-TTAATA-TTTGTTATGT-A--A-ACCAAG-AT-------TC-G-G------G----T----AT-------GT-T--AT-----TG--TTTA----CGAAATGA--AAT--TTT-T----AAAA-T--C--------TNNN-N--------------N---NN-N-----NN---N-N--NN--------N-----N-NNNN-NN-----NN---NN----NN---N-NN-N---NNNN-N--N---NNNN-N--N-NN--NN--N-N--NNNNCCAT--T-T-A-A--A--A-TGATA-GT--TTTAC-GACTG-CTCA-A-AA-TT--------ATGTTTT--AAA---------T-TA-CA-----GGTTT--AA--CATTTCAT
gi|7                          :                           aaGGAACTGATTCACGATCCCCCCCT-CCC--CC----C---ATTT-T-GTTA---------------T-T---CA-CTTAAAAT------------T-------AATAA--TCAAA-AATCTACTGT-----C--T---AA--TGTGTTAAG-A-AGGT---TTT-----ACA-AA--A------------------------------TT------A--T------T-AT----G--------------TC--AT---------ACC---------------------------CTTATTGTGT-A--A-ACAAAG-AT----------GAG------G----T----AT-------GT-T--AT-----TG--TGTA----C-----AA--AGT--TTA-A----AAAA-C-----------GTAT-ACTTATC--------G---AT-CCAA--GT---A-T--AT--------G-----ATATATATC-----AC---AT----TT---C-AA-TTGTATTC-----------T-T--T-AA--GT--A-A--AGTGTCAT--T-T-ATA--A--A-AGATA-GA--TTTGT-GTCTG-TGCA-A-AA-TT---TG---ATGCTTT--AAA---------T-TA-CA-----AAATC--AA--CATTTca
gi|8                          :               cacttatttcttaacGGACTGATTCACTATTA-----T-TTT--AA----A---ACTT---AATT---------------T-T---CA--TT----T------------T-------TCTGA--ATGAA-A-TATACTGG-----C--T---AT--TGTGTGTAA-A-AAGG---T-CCGT-CACA-AA--A-----------------------------------------T------T-AT----G---ACA---GAAGCTC--ATT--------ATGG------------CGA-GT-CTATTA-TTGAATATGT-A--A-AGCAAG-AT-------TC-G-G------G----T----AT-------GT-T--ATTATG-TA--TTTA----C-----AA--TGT---TT-T----GAAA-C--T--------A-CT-N--------------N---NN-N-----NN---N-N--NN--------N-----N-NNNN-NN-----NN---NN----NN---N-NN-N---NNNN-N--N---NNNN-N--N-NN--NN--N-N--NNT--CAT--T-T-A-A--T--A-TGATA-AT--TTTAT-GTCTA-TTAA-G-AA-TT-G-CG---ATGTTTT--ACA---------T-TA-CA-----GATTT--AA--CACTTCAT
gi|9                          :                           ataGGACTGATTCACGATTT-----TTCTT--CA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-TTT----T------------T-------TCTGA--TTGAA-A-TGCGCTGT-----A--T---GT--TATGTTTAA-A-AGGT---TT-CGT-CACA-AACGA-A--T-AAG-----------------G---TTG-A-ACA--C------T--T--------ACA---GAAGCAC--ATT--------GTAG------------AGT-GT-TAATTA-TTTGTTATGT-A--A-ACAAAG-GT-------TT-T-G------G----T----AT-------GTATTAAT-----TG--TTTA----T---------AAT--GTT-TA---AAAA-C--T--------GTCT-G--------------A---AT-C------T---G-TA-AT--------G-----A-ATAT-CT-----AA---TC----TT---A-AG-T---AATC-C--T---GACC-T--T-AG--AT--A------TGCCAT--T-T-A-A--A--T-TGATA-AT--TCTAT-GACTG-TTTA-A-AC-TT-A-


blockSeqs                     :                                               CCCCC T   CC  CAAA TAA    A T    ATCACTTCTTTTTTT C TTC  T   TATCTTTTTTTTTTTT              AT TA  . ATC      ACGTAC   TTA  AA         G C T  ACA CACG A    T  CG ATAAGATAATAAATGTACATGAA         GC A   TG TTTAAC G  AGAT GCA   .         G    ATATATTGACAGAAGTTCATATAT  G   C      C          A AG .      T  TTATATG  GG  ATACAT .    TAAA  GTTTAAC  A TA  TATG   AG    ATTT GAAAT  .  GTT    C TTTA    G TGTATGACTACATTTTTAGCGATATACTATTATCATTTATATCACACTCAATATCCATCAGGTAAAAAA                                                                                   AG A T T .  CGAT     C AGA   T G     T    C .  T  ACGGAA     C   GA   GTTTAAATG A  .  AAATC  A  .   AT
blockSeqs                     :                                               CT    .   .   .    .      . .    .               . T    .   TTCACTTTATT                   .  CA  . TT       C        .    .          . . G  .   TCCG .    .  .  AATTAAGGTTT                     T  .   .  .      .  .    .     .         .    ACGG                      A   .      .          . .  .      .  .        GA  .      .    .     .        . .   .      C     .    A      .  ATA    . C       . GTATGGTACATGTATTTGGGTAAAGTTTATCATATATAGCGCAATTCAAGTATTTTTAAGGAAAAT                                                                                      C  . . . .  AT       . T     G .     .    . .  .  AATT       T   .    .         .  .  .      T  .   . 
blockSeqs                     :                                               .     .   .   .    .      . .    .               . C    .   AAAATTGA                      .  CA  . TC       C        .    .          . . A  .   TTCG .    .  .  CATAATG                         G  .   .  .      .  .    .     .         .    CTAA                      A   .      .          . .  .      .  .        C   .      .    .     .        . .   .      T     .    .      .  ATA    . A       . TGTCTAGAATATTAATATTCTGGAATATTTAAACCGAGAAAGTAATCTAGCTTGTTAATATAAT                                                                                        C  . . . .  AG       . A     A .     .    . .  .  ATTG       T   .    .         .  .  .      A  .   . 
blockSeqs                     :                                               .     .   .   .    .      . .    .               . .    .   AAAATTAA                      .  TG  . TG       C        .    .          . . T  .   TCCG .    .  .  CATAAGT                         C  .   .  .      .  .    .     .         .    ACAT                      A   .      .          . .  .      .  .        G   .      .    .     .        . .   .      .     .    .      .  ATA    . C       . GTATACTTATCGATCCAAGTATATATATATAATCACATTTCAATTGTATTCGTTAAGTAAA                                                                                           .  . . . .  AT       . T     A .     .    . .  .  ACA        C   .    .         .  .  .      T  .   . 
blockSeqs                     :                                               .     .   .   .    .      . .    .               . .    .   TTTC                          .  TG  . TG       C        .    .          . . C  .   TGCA .    .  .  ATCAAAG                         A  .   .  .      .  .    .     .         .    ACGA                      T   .      .          . .  .      .  .        A   .      .    .     .        . .   .      .     .    .      .  TTG    . A       . TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAATAAT                                                                                           .  . . . .  AT       . T     G .     .    . .  .  GGG        T   .    .         .  .  .      A  .   . 
blockSeqs                     :                                               .     .   .   .    .      . .    .               . .    .   TTTC                          .  CA  . TC       C        .    .          . . A  .   TCCG .    .  .  ATTTAGG                         G  .   .  .      .  .    .     .         .    GTAG                      A   .      .          . .  .      .  .        A   .      .    .     .        . .   .      .     .    .      .  ATG    . A       . GTATACTTATCGATCCAAGTATATGATATATATCACATTTCAATTGTATTCTTTAAGTAAA                                                                                           .  . . . .  AT       . G     A .     .    . .  .  ATT        C   .    .         .  .  .      T  .   . 
blockSeqs                     :                                               .     .   .   .    .      . .    .               . .    .   TGAA                          .  AA  . GG       G        .    .          . . T  .   CCA  .    .  .  ATAAAG                          G  .   .  .      .  .    .     .         .    GTAG                      A   .      .          . .  .      .  .        A   .      .    .     .        . .   .      .     .    .      .  ATA    . .       . TGTACGATTATCAAGTTTATAAAGATATCGCATTTCACGTGTTCTTTGGGTAAAAT                                                                                                .  . . . .  AT       . T     G .     .    . .  .  AAA        C   .    .         .  .  .      A  .   . 
blockSeqs                     :                                               .     .   .   .    .      . .    .               . .    .   TTTC                          .  TG  . GG       T        .    .          . . A  .   CCA  .    .  .  ATAAGG                          C  .   .  .      .  .    .     .         .    ATGG                      A   .      .          . .  .      .  .        A   .      .    .     .        . .   .      .     .    .      .  ATA    . .       . GTAGCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN                                                                                                   .  . . . .  GT       . A     A .     .    . .  .  AAG        C   .    .         .  .  .      A  .   . 
blockSeqs                     :                                               .     .   .   .    .      . .    .               . .    .   TTTC                          .  TG  . TA       C        .    .          . . G  .   CCG  .    .  .  ATAAGG                          A  .   .  .      .  .    .     .         .    ATGG                      A   .      .          . .  .      .  .        G   .      .    .     .        . .   .      .     .    .      .  AAT    . .       . TATATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN                                                                                                   .  . . . .  AT       . T     G .     .    . .  .  AAG        A   .    .         .  .  .      T  .   . 
blockSeqs                     :                                               .     .   .   .    .      . .    .               . .    .   TTCC                          .  TG  . TG       C        .    .          . . A  .   TCG  .    .  .  ATATGG                          A  .   .  .      .  .    .     .         .    ACGG                      C   .      .          . .  .      .  .        G   .      .    .     .        . .   .      .     .    .      .  ATT    . .       . CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN                                                                                                   .  . . . .  AC       . A     C .     .    . .  .  CAG        C   .    .         .  .  .      T  .   . 
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Reference ( family-209 )      :                             GGGACTGATTCACGATTT-----T-CTT--CA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------TCTGA--TCGAA-A-TGTACTGT-----C--T---AT--TGTGTTTAA-A-ANGT---TTCCGT-CACA-AA--A-A--T-AAG-----------------G---TTG-T-ACA--T------T-AT----G---ACA---GAAGCTC--ATT--------ACGG------------AGA-GT-TTATTA-TTTGTTATGT-A--A-ACAAAG-AT-------TC-G-G------G----T----AT-------GT-T--AT-----TG--TTTA----C-----AA--AAT--NTT-T----AAAA-C--T--------GTNT-A--------------G---AT-C-----AT---G-T--AT--------N-----A-ANAT-TT-----AN---AT----NT---N-AN-T---ATTC-A--T---GCGT-T--T-AA--AT--A-A--TGTGCCAT--T-T-A-A--A--A-TGATA-AN--TTTGT-GACTG-TGCA-A-AA-TT-A-NG---ATGCTTT--AAA---------T-TA-CA-----GANTT--AA--CATTTCAT
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gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TGTTA----A--A-ACAAAA-GT-------CG-G-G------G----T----AT-------GT-T--AA-----AG--TTTG----C-----AA----T--TTT-TC---AAAA-C-----------GTAT-G--------------G---TA-C-----AT---G-T--AT--------TTGGGTA-AAGT-TT-----ATC--AT----AT---ATAG-CGCAATTC-AAGT---ATTT-T--T-AAGGAA--A-A--TGTGCCATC-T-T-A-A--A-----GGTA-AA--ATTGT-GACTG-AACA-A-AA-TT-A-AG---Atcggggtatgttaaagtttgcaatttttcaaaacgtatggtacatgtatttgggtaaagtttatcatatatagcgcaattcaagtatttttaaggaaaatgtgccatcttaaaggtaaaattgtgactgaacaaaattaaga
gi|2                          : tgtgtttgaaaggcttcaccaaataaaatcaaagttctacaGATTT-----T-CTT--AA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CCT----T------------T-------TCTGA--TTGAA-A-TGTACTAT-----C--T---AC--TGTGTTTGA-A-AAG----TTCCGT-CACA-AA--A-A--T--AG-----------------G---TTA-TAACA--TTTTAACT-AT----G---ACA---GAAGTAC--ATTATATATTGACAGAAGTTCATATATAGA-GT-TTATTA-TTTGTTATGT-A--A-ACAAAG-AT-------TC-A-A------G----T----AT-------GT-T--A------TG--TTTA----C-----AA--AAT--ATT-TA---AAAA-C--T-----------N-N--------------N---NN-N-----NN---N-N--NN--------N-----N-NNNN-NN-----NN---NN----NN---N-NN-N---NNNN-N--N---NNNN-N--N-NN--NN--N-N--NNNNCCAT--T-T-A-A--A--A-TGATA-AT--TGTAT-GACTGTTGAA-A-AA-TTAA-TT---ATG--TT--GAA---------A-TA-CA-----GATTT--AA--CATTTCAT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              taaa--A-A--TGGGCCAT--T---------------GTA-AA--CTTGT-GACTG-TGCA-A-AA-CT-A-AG---ATGCTTT--GAA---------T-TA-CA-----AAATT--AA--CATTCCA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                       tttaaaaagtatattgtgtttgccactgaagagatatataagttttccatgtatatcgcatttcaagttttctttgggcaaG------------AAA-GT-TTATTA-TTTGTTATGC-A--A-ACAAAG-AT-------TG-G-G------G----C----AT-------GT-T--AT-----TC--CCTA----C-----TA--AA---GTT-T----GAAA-A--T--------GTAT-GACTACATTTTTAGCG---AT-------AT---ACT--AT--------T-----A-TCAT-TT-----AT---ATCACACT---C-AA-T---ATCC-A--T----CAG-G--T-AA--AA--A-A----TGCCAT--C-T-A-A--A--A-Tctggtgtgtttgtaaa
gi|22                         :                                                                       ttta-GATT---------------T-T---CA-CTT----T------------G-------AATGT--TCAAA-A-TCTACTGT-----G--C---AG--TGCGTTTGA-A-AGGT---T-CCAC-CAAA-AT--A-A--T-AAG-----------------G---ATA-T-GCA--T------G-AG----G---ACA---GAAGTTC--ATT--------GTAG------------ATC-AT-TTATGT-TTTGTTGTGT-A--A-ACAAAG-GT-------TC-A-G------G----T----Aacaaa
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              c---AT----AT---A-AG-T---ATTC----T---GTAG-C--T-AA--AT-------TGGGTCAT--T-TTA-A--A--G-TTATA-----TTTCT-GACTG-TGCG-A-AC-TG-C-AG---ATG-TTT--AAA---------T-TA-CA-----AAATT--AG--CATTcatgtaggttat
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tgaaaatgtaatatcatcgatctaagaatatgcatagcaTT-T----GAAA-A--T--------GTAC----------------G---AT-T-----ATCAAG-TTTAT--------A-----A-AGATATC-----GC---AT----TT---C-ACGT---GTTC-----------T-T--T-GG--GT--A-AAATGTGTCGT--A-T-A-A--A--A--GTTA-AA--TTTGT-GTCGG-TGCA-A-AA-TC-A-CG---ACGCTTT--GAAGTTTAAATGT-TA-CA-----G--TC--AA--CTTTTTActtctggcttgcttg
gi|25                         :                             GGGACTCATTCACAATTT-----T-CTT--CA----A---A-TT-T-GATT---------------T-T---CA-TTT----T------------T-------TCTGA--TAAAA-A-GGTACTGT-----T--T----T--T-TGCTTAA-A-AACT---TTC-GT-CACA-AA--A-A--T-ATG-----------------G---TTG-T-ATA--T------T-AT----G---ACA---GAAGCTC--ATT--------ATGG------------AGA-GT-ATATTA-a
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cTT-T----AAGT-C--T--------ATGTTA--------------T---ATTC-----AT---G-T--AT--------C-----A--CAT-TT-----------------C---A-AG-T---ATTC-T--T---GAGG-T--A-AA--AT--GTA--CATGTCAT--T-T-A-A--A--A--GTTA-GA--TTTGT-GTCTG-TGTA-T-A--TT-A-GG---ACAATTT--AAA---------T-CA-CA-----AATTA--AA--CA
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  atacttgaT-------GT-T--AT-----TGAGTTCA----C-----TA--A-----CT-T----CAAA-C-----------GTAT-G--------------GT--AT-T------T---G-G--AT--------A-----A-AG-T-TT-----ATCATAT----AT---T-AT-G---ATTC-----------T-T--C-AAGTAT--A-A--TGTGCAAT--G-T-G-A--A--G--GGTA-GG--TTT-T-GACTG-TGCA-G-AA-TT-A-AG---ATGCagctt
gi|28                         :                        ggtgggGGATTGATTCACCATTT-----T-TTT--CA----A---ACTT-C-GATTATCACTTCTTTTTTTT-T---CA-CTT----T------------TCACTTTATTTGA--CTGAA-A-GGTACTGT-----C--T---AT--TGTTTTTTA-A-AAAT---TTTCGT-CAAA-AA--A-A--T-AAG-----------------G---TTC-T-AC
gi|29                         :                                 CTGGTTCACGATTG-----T-CTA--CA----A---ACTT-T-GATG---------------T-C---CA-CTT----T---------------------CTGA--TTGAA-A-TATGATGT-----C--T---AT--TGTGTTTAA-A-AG-----TTCCGC-CA-A-AA---------AAG-----------------G---TTG-T-GCA--T------T-AT----A---ATG---ACAGTTC--CTT--------ATGG------------AGA-
gi|3                          :                                 gTGTTTCATGATTT-------CTT--AA----A---ACTT-T-GATT---------------T-TT--CA-CTT----T------------T-------TCTTA--ATGAA-A-TGTATTGT-----C--T---AT--TGTGTATGA-A-AAGT---T-CCAT-CACA-AA--A-A--T-AAG-----------------G---TCC-T-TCT--T------T-TT----G---ATA---GAAGCTC--ATT--------ACGG------------AGA-AT-TTTTTA-TTCGTTATGT-A--A-ACAAG------------C-A-G------G----T----AT-------GT-T--AT-----TG--TTTA----C-----AA--AAT--ATT-TTTTAAAAA-C--TNNNNNNNNNNNN-N--------------N---NN-N-----NN---N-N--NN--------N-----N-NNNN-NN-----NN---NN----NN---N-NN-N---NNNN-N--N---NNNN-T--T-GA--AT--A-A--TATGCTAT--T-T---A--A--A-TGATG-AT--TTTAT-GAATG-TTCA-A-AA-TT-A-TG---ATGTTTC--AAA---------T-TA-CA-----GATTT--ag
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ct-T---ATTT-A--T------T-TGGT-AA--GT--A----TGTGCCAT--T-T-A-A--T--A-CGTTA-AA--TTTGG-TAC----GCACA-AA-GT-A-AA---ATGCTTTGAAAA---------T-TA-CA-----AAATT--AA--CATTTCATttctaaatttgg
gi|31                         :                                 gTGATTCACAATTT-----T-CTT--CA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------CCTGA--TTGAA-A-TGTACTGT-----C--T---AT--TGTGTTTAA-A-AAG----TTGCAT-CACA-AA--A-A--T-AAG-----------------G---TTG-T-ACA--T------T-tgtgacttgtttgtaaac
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  --A-A--TGTGTCAT--T-T-G-A--ACGA-TGGTA-AAGATTTAA-AAGTA-TGCA-A-AA-TT-A-AG---ATGCCCT--TAA---------T-TA-CAAAATCAAATC--AA--CATTCCA
gi|33                         :                                                  agggtaa--CA----A---AATT-T-TATT---------------TCT---CA-GTT----T------------T-------AATGA--TCAAA-A-GCTACT--------------AA--TGTGTTT-A-G-ATGT---TTCA---CACA-AA--A-AT-T-TAG-----------------G---TTA-T-ACA--T------C-AT----ctgggttgt
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cT--T-C-A-A--A--A-TGAAA-AT--GTTAT-GACTG-TACA-A-AA-TT-A-TG---ATGTTTT--AGA---------T-TG-CA-----AATTT--AA--CATTTCA
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTGT-GACTG-TGCA-G-CA-TC-A-AA---ATGCATT--TAA---------T-TA-CG-----AAATT--AG--CGATTCATatcaa
gi|36                         :                               GACTGATACACGATCT-------CTT--CA----A---ACTTAT-GATT---------------T-TC--CATCTT----T------------T-------TCTAAATTC-AA-A-CGTattttgtttgtaaata
gi|37                         :                     ataaaagtGGGACCGACTCACAATTT-----T-TCT--CA----ATAAATTT-T-GTTT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------CATGA--TC
gi|38                         :                             aaGACTGACCCACGATTT-----T-TCTCCCA----A---GATT-T-AGTT---------------T-TTTCCA-CTT----T------------T-------TATGA--TCa
gi|39                         :                             GGGACTGATTGAGAATTT-----T-TCT--CA----A---ATTT-T-TATT---------------T-T---CA-CTT----T------------T-------TATGt
gi|4                          :                         taaaGGGATTGATTTACAAT---------CGG--CACAAAA---ATTT-T-GTTT---------------T-T---CA-TTT----T------------T-------AATGA--TCAAA-A-TCTACTAT-----T--T---AT--TGTGTTTGA-A-AGGT---T----T-TACA-AA--A-AATT-AAG-----------------GTTTTTT-T-ACA--T------C-AC----A---AGA---GAAACTC--GTT--------GTAA------------AGA-GT-TTATTC-TTTGTTGTGT-A--A-AC--AG-GT-------TG-G-G------G----A----ATGTTTAACGT-T--AT-----TA--TTTA----C-----AA--AGT---TT-C----AAAA-CGTT--------GT--------------------------------T---G-T--GT--------A-----A-AC-T-T-----------AT----TT---T-AT-C---ATGT-A--TAGCGCAT-T--T-CT--AT--A------TTCTATAGG-T-A-A--T--A-TG-TACAG--TTT-T-GACTG-TGCA-A-AG-CT-A-AG---AT--------AA---------T-TA-CA-----AAATT--AA--CAGTTAAT
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                taaaTA-AA--TTTGT-GTCTG-TGCA-A-AA-TT-A-GG---ATGATTT--GAA---------T-TA-CA-----AAtggctaatt
gi|5                          :                             GGGATTGATTCACGATTT-----T-CCT--CG----A---ACAT-T-GATT---------------T-T---CA-GTT----T------------T-------ATTGA--CTAAA-A-TGTACTGT-----C--T---CT--TGTGTTTAA-A-ATGT---TTCCGT-AACA-AA--A-A--T-AAG-----------------G---CTG-T-ACA--T------T-AT----G---AAA---GAAGTTC--ATT--------ACAG------------AGA-GT-TTATTA-TTTGCTACGT-A--A-ACAAAG-AT-------TC-A-G------G----T----GT-------GT-T--AT-----TGT-TTTA----C-----AA--AAA--TAT-T----AAAA-C--T--------ATAT-A--------------G---NN-N-----NN---N-N--NN--------N-----N-NNNN-NN-----NN---NN----NN---N-NN-N---NNNN-N--N---NNNN-N--N-NN--NN--N-N--NNT-TCAT--T-T-A-A--A--A-AGATG-AT--TTTAT-GGCTG-TTCA-A-AA-TT-ATTG---ATATTTT--AAA---------T-AA-GA-----GATTT--AAATGATTTCATtatgaac
gi|6                          :                             GGGACTGCTTCACGATTT-----C-CTT--CA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-CTT----TATCTTTTTTTTTT-------TTTTA--TTGAA-A-AGTACTGT-----C--T---AC--TGTGTTTAA-A-AT--------------------------T-AAG-----------------G---TTG-C-AGA--T------T-AT----G---ACA---GAAGCTC--ATT--------ACGG------------AGA-GT-TTAATA-TTTGTTATGT-A--A-ACCAAG-AT-------TC-G-G------G----T----AT-------GT-T--AT-----TG--TTTA----CGAAATGA--AAT--TTT-T----AAAA-T--C--------TNNN-N--------------N---NN-N-----NN---N-N--NN--------N-----N-NNNN-NN-----NN---NN----NN---N-NN-N---NNNN-N--N---NNNN-N--N-NN--NN--N-N--NNNNCCAT--T-T-A-A--A--A-TGATA-GT--TTTAC-GACTG-CTCA-A-AA-TT--------ATGTTTT--AAA---------T-TA-CA-----GGTTT--AA--CATTTCAT
gi|7                          :                           aaGGAACTGATTCACGATCCCCCCCT-CCC--CC----C---ATTT-T-GTTA---------------T-T---CA-CTTAAAAT------------T-------AATAA--TCAAA-AATCTACTGT-----C--T---AA--TGTGTTAAG-A-AGGT---TTT-----ACA-AA--A------------------------------TT------A--T------T-AT----G--------------TC--AT---------ACC---------------------------CTTATTGTGT-A--A-ACAAAG-AT----------GAG------G----T----AT-------GT-T--AT-----TG--TGTA----C-----AA--AGT--TTA-A----AAAA-C-----------GTAT-ACTTATC--------G---AT-CCAA--GT---A-T--AT--------G-----ATATATATC-----AC---AT----TT---C-AA-TTGTATTC-----------T-T--T-AA--GT--A-A--AGTGTCAT--T-T-ATA--A--A-AGATA-GA--TTTGT-GTCTG-TGCA-A-AA-TT---TG---ATGCTTT--AAA---------T-TA-CA-----AAATC--AA--CATTTca
gi|8                          :               cacttatttcttaacGGACTGATTCACTATTA-----T-TTT--AA----A---ACTT---AATT---------------T-T---CA--TT----T------------T-------TCTGA--ATGAA-A-TATACTGG-----C--T---AT--TGTGTGTAA-A-AAGG---T-CCGT-CACA-AA--A-----------------------------------------T------T-AT----G---ACA---GAAGCTC--ATT--------ATGG------------CGA-GT-CTATTA-TTGAATATGT-A--A-AGCAAG-AT-------TC-G-G------G----T----AT-------GT-T--ATTATG-TA--TTTA----C-----AA--TGT---TT-T----GAAA-C--T--------A-CT-N--------------N---NN-N-----NN---N-N--NN--------N-----N-NNNN-NN-----NN---NN----NN---N-NN-N---NNNN-N--N---NNNN-N--N-NN--NN--N-N--NNT--CAT--T-T-A-A--T--A-TGATA-AT--TTTAT-GTCTA-TTAA-G-AA-TT-G-CG---ATGTTTT--ACA---------T-TA-CA-----GATTT--AA--CACTTCAT
gi|9                          :                           ataGGACTGATTCACGATTT-----TTCTT--CA----A---ACTT-T-GATT---------------T-T---CA-TTT----T------------T-------TCTGA--TTGAA-A-TGCGCTGT-----A--T---GT--TATGTTTAA-A-AGGT---TT-CGT-CACA-AACGA-A--T-AAG-----------------G---TTG-A-ACA--C------T--T--------ACA---GAAGCAC--ATT--------GTAG------------AGT-GT-TAATTA-TTTGTTATGT-A--A-ACAAAG-GT-------TT-T-G------G----T----AT-------GTATTAAT-----TG--TTTA----T---------AAT--GTT-TA---AAAA-C--T--------GTCT-G--------------A---AT-C------T---G-TA-AT--------G-----A-ATAT-CT-----AA---TC----TT---A-AG-T---AATC-C--T---GACC-T--T-AG--AT--A------TGCCAT--T-T-A-A--A--T-TGATA-AT--TCTAT-GACTG-TTTA-A-AC-TT-A-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|41 ): GTATATCAGGACAATTTAAATCACAAATTAAACAAGCCT