lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 1111 22 11111111 1 1 11 11111 44444444444444444444444 2222222222 444444444 11 11 111111 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 1 11 1111
lowQualScore : 444 4 3 0 6 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 4 55 4 0 1 4 888 555 55 2222 11 7777 3 9 33333333 5 55 55 0 4 66 1 3 66 4 11111 88888888888888888888888 66 1 4 7777777777 66 9 222222222 8 00 55 1 888888 1 1 9999 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 4 4 555555 5 5 555 9 6 77 3 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 0 0 6 66 6 6 88 0000 8 8
lowQualScore : ... . . . . . ......................................................................... . . .. . . . . ... ... .. .... .. .... . . ........ . .. .. . . .. . . .. . ..... ....................... .. . . .......... .. . ......... . .. .. . ...... . . .... ........................................................... . . . ...... . . ... . . .. . . ........................................................................... .. . . . .. . . .. .... . .
lowQualScore : 000 4 5 8 7 3 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 0 55 0 2 9 4 000 333 22 5555 00 7777 6 6 00000000 0 55 55 0 4 77 0 9 11 4 11111 11111111111111111111111 11 1 4 1111111111 11 2 333333333 9 11 00 9 222222 2 9 4444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 9 4 4 777777 1 0 999 3 7 77 0 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 00 8 4 0 88 0 0 88 4444 0 0
consensus : TAAAATATTCATT-AAAGCCCCATACGACCTGAAAAC-T-CACAGCTTCAAATG-AACNCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAN--A-GTA-ATC-AAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGTGTA-TTCG--GTCTTAA-TTT-ATTACA----AAACACGAAT-ATT----AA-ATGGAAATTAAATA-----ATTTGTAATTT--TTC--TGCAGGTGAAAT-A-AACCGCTGA--GTATTGA-AAA-----TGC----TA---------TC-T--AAAA--AAGCCTAGT-CTG------G---GT--CCCTTTTNAAAACCAA-G-CGGCGA-AGGTGGGGAACAAAC-TAATGAAG--GCTGTG-----NGTTTAGTTCGATTG----TC-----T--------------A--A-----A--------------TAT------------TTC-AA-CTAA-----ACTGGGGTGATTT-TATCCATAATATTTCACTAAAATG-TTTGTNGGGCTATTGGTTTACACA-------AGTAGGAACTAATGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCNNNGA--CAC--GAAGGTGTGAAGTTTTTAGGTCGTAN-GGG-AC-TT-AA-TGAATATTTT
Reference ( gi|2 ) : TAAAATATTTAAT-AAAGTCCCATACGACTTCAAAAC-T-CACAGCTTCAAATG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--A-GTA-ATA-AAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGTGTA-TTCA--GTCTTAA-TTT-ATTACA----AAACACGAAT-TTT----AA-ATGCAAATTAAACA-----ATTTGTAAGTT--TTC--TGCTGGTGAAAT-A-CACTGCTAA--GTATTGA-AAA-----TGT----TG---------TT-T--AAAA--AAGCCTAGT-CTG------G---AT--CCCTTTTCAAAATTAT-G-TGGCGA-AGGTGGGGAACAAAC-TAATGAAG--GCTGTG-----TGTTTTGTTCGATTG----TC--------------------A--A-----A--------------TAT------------TTC-AA-CTAA-----ACTGGGGTGATTT-TATCCATAATATTTGACTTAAATG-TTTGTTGGGCTATTGGTTTACACA-------A--AGGAACTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA--CAC--GAAGATGTGAAATTTTTGGGCTGTAA-GGG-AC-TT-AA-TGAATATTTT
gi|3 : TAGAATATC-ATT-AAAGTCATA-ACG-CTTCAAAAC-T-CA-AGCTT-AAATG-AACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----GTA-ACC-AAAATA-TT-CG--AATACAAATTGT--A-TTCA---TCTTAA-TT--ATTACA----AAACACGA-T-ATT----AA-ATGGAAATTAA-TA-----ATTTGTAATTTATTTC--TGCAGGTGAAATGA-AACCGCTAA--GTGTTGA-AAA-----TGT----TA---------TT-TGTAAAA--AAGC---GTGCTG------G---AT--CCCTTTTCAAAATTAA-G-TGGCGA-AGGTGGGGAACAAACTTAATGAAG--GTTGTG-----AGTTTAGTTCG-TTG----TC--------------------A--AC----C--------------TAT------------TTTAAA-CTAA-----AT--AGGTGATTTATATC---AATATATGACTAAAATGTTTTGTTGGGCTAATTGTTTACACA-------AGTAGG--C--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA--CAC--GA--GTGTGAAG-TTTTAGGTTGTA---GG-AC-TTAAA-TGACTATT
gi|8 : tAAATATTTACT-TAAGTCCCTTACAACCTAAAAACTT-CACAACTTCA
gi|5 : gtgaaataaaccgctgaatattgaaaatgctatttaaaagaaagcctagtctggatccccttttaaaattaaagtggcgaaggtggggaacaaactaatgaaagctgtgagtttagttcgattgtcaaaccttttagaataattatttcaactacaatggggtggttttatccatgatatttcactaaaatgtttgtggggctaatggtttacacaagtattcaagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacaAAATATTCATT-AAAGTCCCATATGACCTGAAAACTT-CACACCTTCATGTG-A
gi|7 : attcacaatattcgatacaattttttttttttaagaaagcacgaatattaaatggaaattagataatttgtgatttttctgcaggtgaaataaactgctgagtattgaaaatgctataaaagagtctagtctgagtcccccttttaaaaaaaagtggaaacaaattaatggaagatatgtgtttagttctattgccaaacctattagaataattagttcaaccaaactggggtgattgtatccataatatttatgggctattggttcacacaataatgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAAATATTCATT-AAAACCCAGTACGACCTGAAAAC-T-CGCACCTTCAAGTA-Ag
gi|1 : ttgaatggaaattaaataatttgtaattgttctgcaggtaaagtaaaccgctgagtattgaaaatgttatcaaagcctagtcttattcatccccttttaaaatcaaagtggcgaataattaaagctgtgagtttagttcgattgtctatcataataattataattcaaccaaactggggtgattttatccaaatctcactaaaatttttgtgaggctattggttcacacgagtatgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaAAATATTCATT-AAAGCCCTATACCACCCGGAAAC-T-CAC-GCTTCAAA
gi|18 : atattcatgaaagccttatacgatccgaaaactcacagcttcaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtacatgtatctattcataatatgagttatgtattcggtcttcatttactgtattataaacacaaataattagtataggaattaaaaatatataatttttctagaggtaaaataaggtcatgagtaatgaaaatgctacgaaagcctagttgcgtcccttgcactcgagtggtagactattaaagaaattgtgagtgacgtttagttcaatactcataccttttaagataattattacttaaccaatttcatccaaaatatttcactaaaatatttgtggggatattaattgacacacgttactgtttttaaaagagtattagtatggaaatgaatttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaggccAACACTTCATCAAAGTCCCATACGACCTGAAAAC-T-CACAGCTTCAg
gi|1 : ATATTCATG-AAAGCCTTATACGATCCGAAAAC-T-CACAGCTTCAATTA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAC--ATGTACATG-TATCTA-TT-CATAA-TATGAGTTATGTA-TTCG--GTCTTCA-TTT-ACTGTATTATAAACACAAATAATT----AGTATAGGAATTAAA-A-----ATATATAATTT--TTC--TAGAGGTAAAAT-A-AGGTCATGA--GTAATGA-AAA-----TG-----------------C-T--ACGA--AAGCCTAGT--TG------C---GT--CCCTT----GCACT--------CGA---GTGG----TAGAC-TATTAAAGAAATTGTGAGTGACGTTTAGTTCAATAC----TC--------------------A--T-----A--------------CCT------------TTT-AAGATAATTATTACTTAACCAATTT-CATCCAAAATATTTCACTAAAATA-TTTGTGGGGATATTAATTGACACA-------
gi|19 : ATATTCATT-AAAGCCCCATACGACCTGAAAAC-T-TGAAGCTTCAAcgttactgtttttaaaagagtattagtatggaaatgaatttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaggcctttgaagcgtgagtttccgggtggtatagggctttaatgaatatttg
gi|15 : T-AAAAT---ATTCGACCTCAAAAC-T-CACAGCTTCAAATG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--A-GTG-ATC-AAAATA-TT-CG--A-TACAAA
gi|4 : CCCATGTGAACCGAAAAC-T-CACAGCTTTAAATG-Aatt
gi|12 : tgaagacATTCGAACTCAAA-C-T-CACAGCTTCAAATG-AATCCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTA-GTGGATGCAAAATAATT-CG--A-TACCAATTGTATA-TTCA--GTCTTAA-TTTTATTACA----AAACACGAAA-ATT----AA-AAGGAAATTAGATA-----ATTTGTATTGT--TTC--TGCttttgtctgtagacgcatagcactctatgttgcatgtaggcagcagtcaattcaaaccccgttgattttcatatttattcattgcagccaatatgaagtacgtattcggttttcattgataataaacacgaatattggacgcaaactaagctgaaaagtaatcttgttacgttatgaaagcctggtttggctcccgcccccgattaatccggcgttttcaatatcgacacttacggggattgaggccagactaatgaaagccgagaatctaatccacacctataatcttaacaattatttcttaaccgaagtggagtaatttcatccaaactatttaacta
gi|13 : tCGACTT--AAAC-TTCACAGCTTTA--TGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--A-GTA-TTC-ACAATA-TT-CG--A----AAATT-TGTA-TTCA--ATTTTA--TTT-ATTACA----AAACACAAAT-ATT----GA-ATGGAAATTAGA-A-----ATT-----GTT--TTT--TACTG
gi|9 : ccgt-AAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGCGTA-TTCA--GCCTTAA-TTT-ATAACA----AAACACGAAT-ATT----AA-ATGGAAATTAAATA-----ATTTGTAATTT--TTC--TACAGGTGAAAT-A-AACCGCTAA--GTATTGA-AAA-----TGT----TAT--------TT-T--TAAA--AAGCCTAGT-CTG------G---GT--CCCTCTTCAAAATTAA-G-TGGCGA-AGGTGGGTAACAAAC-TAATGAAG--GCTGTG-----AGTTTAGTTCGATTG----TC--------------------A--A-----ACCTTTTAGAATAATTAT------------TTC-AA-CTAA-----ACGGAGGTGATTT-TATCCATAATATTTCACTAAAATG-TTTTTTGGGCTATTCGTTTACACA-------ca
gi|14 : tc-AAAATA-TT-CT--G-TAAAAGTTGTGTA-TTCG--ATCTTAA-TTT-ATTATA----AAACACGAAT-ATT----GA-ATGGAAATTAAGTA-----ATTTGTAATTT--TTC--TGAAGGTAAAGT-A-AACCGCTGA--GTCTTGA-AAA-----TGC----TA---------TC-------A--AAGTCTAGT-CTggta
gi|5 : AATA-TT-CG--A-TACAATTT------TT-----TTTT---TTT-A--AGA----AAGCACGAAT-ATT----AA-ATGGAAATTAGATA-----ATTTGTGATTT--TTC--TGCAGGTGAAAT-A-AACTGCTGA--GTATTGA-AAA-----TGC----TA------------T--AAAA--GAGTCTAGT-CTG------A---GTCCCCCTTTTAAAAA------------A-AAGT-GGAAACAAAT-TAATGGAA--GATATG-----TGTTTAGTTCTATTG----CC--------------------A--A-----ACC------------TATTAGAATAATTAGTTC-AA-CCAA-----ACTGGGGTGATTG-TATCCATAATATTTA---------------TGGGCTATTGGTTCACACA-------A--------TAATGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATC----A--CAT--GAAGGTGTGAAGTTTTCAGGTCATAT-GGG-ACTTT-AA-TGAATATTTtcattntattgaatggaaattaaataatttgtaatt
gi|6 : attcacATA-TTTCT--A-TACAAATC-TATACTTCAAAGTCTTAAATTC-ATTCCA----A--CACAAAT-ATTGAAGAA-ATCCCAACTCAACCCCTGCATTTGT---TC--TTG--TGCCAG---AAT-AACACCGCCTACCGACTTGACAGA-----TGC----TAAAAACAACCCC-T--AAAC--AAGCACATA-CTG------G---GC--CCCTTTT-AAAACCAA-GACGGCGACAGGTGGGGAACCAA--TAATAAAGC-ACTA-G-----TGGTTTAT-CGATTG----TCCGAACTCATAGA--------ACCA-----A--------------TAT------------T-C-AA-CTA-------CTGGGGTG--TT-GATCACTAATATg
gi|4 : atgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatcac-CA--A-TATGAAGTACGTA-TTCG--GTTTTCA-TTG-ATAATA----AA-CACGAAT-ATT----GG-ACGCAAACTAAGC
gi|10 : tgaagaccccatgtgaaccgaaaactcacagctttaaatgattttgtctgtagacgcatagcactctatgttgcatgtaggcagcagtcaattcaaaccccgttgattttcatatttattcattgcagcACAC---AAACACGAAT-AAT----CA-ATATAGAATAACTA-----ATGTATAA--T--TCCATTAATTGTAAAAT-A-AACTTTTGA--GTATTGA-AAAGTAACCGTGGAATG---------TTAT--GAAA--A--CATAGT-TTGTTCCTCGCC-AC--TCCGTTTAAAAACAGA-G-TCGCGG-GAATGGGGAGTAGAC-TAACGAAA--GATGTG-----AATTTAGTTCTATTAGTATTCAATCCTATATACATGTATAAA--A-----A--------------CAT------------TTC-AA-CTAA-----ATTAGGGtgaaaagtaatcttgttacgttatgaaagcctggtttggctcccgcccccgattaatccggcgttttcaatatcgacacttacggggattgaggccagactaatgaaagccgagaatctaatccacacctataatcttaacaattatttcttaaccgaagtggagtaatttcatccaaactatttaacta
gi|7 : actgtgttaTT----GA-ATGGAAATTAAATA-----ATTTGTAATTG--TTC--TGCAGGTAAAGT-A-AACCGCTGA--GTATTGA-AAA-----TGT----TA---------TC-------A--AAGCCTAGT-CTT------ATTCAT--CCCCTTTTAAAATC----------A-AAGTGGCGAA------TAATTAAA--GCTGTG-----AGTTTAGTTCGATTG----TCTATCAT--------------A--ATAATTA--------------TAA------------TTC-AA-CCAA-----ACTGGGGTGATTT-TATCCA-A--ATCTCACTAAAATT-TTTGTGAGGCTATTGGTTCACACG-------AGTATGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTACTTGAAGGTGCG-AGTTTTCAGGTCGTACTGGG-TT-TT-AA-TGAATATTTatatcagttgacatagtcactattgtttagaaagagcttgaatgtggaaa
gi|8 : GTGAAAT-A-AACCGCTGA--ATATTGA-AAA-----TGC----TA---------TT-T--AAAAGAAAGCCTAGT-CTG------G---AT--CCCCTTTTAAAATTAAAG-TGGCGA-AGGTGGGGAACAAAC-TAATGAAA--GCTGTG-----AGTTTAGTTCGATTG----TC--------------------A--A-----ACCTTTTAGAATAATTAT------------TTC-AA-CTAC-----AATGGGGTGGTTT-TATCCATGATATTTCACTAAAATG-TTTGTGGGGCTAATGGTTTACACAAGTATTCA--AGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA--CAT--GAAGTTGTGAAGTTTTTAGGTTGTAA-GGG-AC-TT-AAGTAAATATTT
gi|11 : --CCCCTTTTAAAACCAA-GACGGCGACAGGTGGGGAACCAA--TAATAAAGC-ACTA-G-----TGGTTTAT-CGATTG----TCCGAACTCATAGA--------ACCA-----A--------------TAT------------T-C-AA-CTA-------CTGGGGTG--TT-GATCACTAATATT
gi|17 : ggA--CAT--GAAGTTGTTTAGTTTTTAGATTGTAA-GGGAAA-TT-AA-TAAATATTTTatcactacatacaattgtgttcacccaaacgtgactaaggggttccgaattgctgggtactaactctccccagtaacaagacgaaatcacatgaagcttgtggattttcaagtcatatggctggcacgtatgaatttattga
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCGATTAATAAAATAGGCTCTCGAGTATTGAATAATAACCCTTTTATGTTATGAAAGCCTAATATTGTCC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 222222222222 4444444444444444 1111111111 1 11111111 11 111111 444444444444444444444444444444444444444444444 11111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 1111111 11 1
lowQualScore : 0 5 4 5 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 4 3 55 3 8 0 4 8888 0 4 4 1111 6 6 44 444 44 55 3 666 4 4 55 4 000000000000 2222222222222222 55 4 7777 55 7777777777 0 99999999 8 0 66 22 7 777777 0 99999 3 444444444444444444444444444444444444444444444 2 3 22222 88 3 1 99999 2 4 3 4 3 99 2 5 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 66 66 3333 6666666 1 00 5 1 5 5
lowQualScore : . . . . ..................................................................... . . . .. . . . . .... . . . .... . . .. ... .. .. . ... . . .. . ............ ................ .. . .... .. .......... . ........ . . .. .. . ...... . ..... . ............................................. . . ..... .. . . ..... . . . . . .. . . ............................................................................ .. .. .... ....... . .. . . . .
lowQualScore : 8 6 4 7 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 0 6 00 6 2 7 0 3333 7 0 0 4444 2 2 22 111 66 00 6 444 0 0 55 0 555555555555 7777777777777777 55 0 7777 55 5555555555 2 88888888 0 7 55 33 3 222222 5 11111 6 111111111111111111111111111111111111111111111 6 6 11111 66 6 3 11111 3 0 5 4 9 55 8 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99 99 2222 6666666 1 99 7 4 7 7
consensus : TAGAATATTCATTAAAGCCCCATACGACCTGAAAACT-CACAGCTTCAAATG-AACNCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAN--A-GTA-----AT-CAAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGTGTA-TTCG--GTCTTAA-TTT-ATTACA----AAACACGAATA-TTGA-ATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTT--TT-CT---GCAGGTGAAAT-AA-ACCGCTGA--GTATTGA-AAA------------TGCTA---------TCT--AAAA--AAGCCTAGT-CTGG---GT--CCCT----------TTTCAAAACTAA-G-TGGCGA-AGGTGGGGAACAAAC-TAATGAAG--GCT-GTG-----AGTTTAGTTCG-----ATT-GT--------C--A-CT-------T--------------A-------ANT-A--T--TTC--AA-CTAA-----ACTGGGGTGATTT-TATCCATAATATT-TCACTAAAATG-TTTGTNGGGCTATTG-GTTCACACAAGT-----AGGNAC------TAANGGA-NCNNNANTGCNGGGNNNNANCTNNCCCCAGTAACAAGACGAAATCNNNGA--CAC--GAAG-G--TGTGA------AGTTTTCAGGTCGTA-NGGG-AC-TT-AA-TGAATATTTT
Reference ( family-2065 ) : TAAAATATTCATTAAAGCCCCATACGACCTGAAAACT-CACAGCTTCAAATG-AACNCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAN--A-GTA-----AT-CAAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGTGTA-TTCG--GTCTTAA-TTT-ATTACA----AAACACGAATA-TTAA-ATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTT--TT-CT---GCAGGTGAAAT-AA-ACCGCTGA--GTATTGA-AAA------------TGCTA---------TCT--AAAA--AAGCCTAGT-CTGG---GT--CCCT----------TTTNAAAACCAA-G-CGGCGA-AGGTGGGGAACAAAC-TAATGAAG--GCT-GTG-----NGTTTAGTTCG-----ATT-GT--------C-------------T--------------A-------AAT-A--T--TTC--AA-CTAA-----ACTGGGGTGATTT-TATCCATAATATT-TCACTAAAATG-TTTGTNGGGCTATTG-GTTTACACAAGT-----AGGAAC------TAATGAA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCNNNGA--CAC--GAAG-G--TGTGA------AGTTTTTAGGTCGTA-NGGG-AC-TT-AA-TGAATATTTT
gi|1 : ATATTCATGAAAGCCTTATACGATCCGAAAACT-CACAGCTTCAATTA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAC--ATGTACATGTAT-C----TA-TT-CATAA-TATGAGTTATGTA-TTCG--GTCTTCA-TTT-ACTGTATTATAAACACAAATAATTAGTATAGGAATT--AAA--AATA--TATAATTT--TT-CT---AGAGGTAAAAT-AA-GGTCATGA--GTAATGA-AAA------------TGCTA---------C------GA--AAGCCTAGT--TGC---GT--CCCT----------T----GCACT--------CGA---GTGG----TAGAC-TATTAAAGAAATT-GTGAGTGACGTTTAGTTCA-----ATA-CT--------C-------------------------------------AT-ACCT--TTT--AAGATAATTATTACTTAACCAATTT-CATCCAAAATATT-TCACTAAAATA-TTTGTGGGGATATTA-ATTGACACACGT--------TACTGTTTTTAAAAGA-GTATTAGTATGGAAATGAATTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN--NAAG-GCCTTTGAAGCGTGAGTTTCCGGGTGGTA-TAGG-GCTTT-AA-TGAATATTT
gi|10 : ACAC---AAACACGAATAATCAATATAGAA--T--AACT-AATG--TATAATTC--CA-TT---AATTGTAAAAT-AA-ACTTTTGA--GTATTGA-AAAGTAACCGTGGAATGTTA---------T------GA--AAACATAGT-TTG-----T--TCCTCGCCACTCCGTTTAAAAACAGA-G-TCGCGG-GAATGGGGAGTAGAC-TAACGAAA--GAT-GTG-----AATTTAGTTCT-----ATTAGTATTCAATCC-------------TATATACATGTATAAA-------AAC-A--T--TTC--AA-CTAA-----ATTAGGGg
gi|11 : actgtgttaG---GC--CCCT----------TTT-AAAACCAA-GACGGCGACAGGTGGGGAACCAA--TAATAAAGC-ACTAGTG------GTTTA--TCG-----ATT-GT--------CCGAACTCA-----T--------------AGAACC--AAT-A-----TTC--AA-CT-------ACTGGGGTG--TT-GATCACTAATATTATCACTACA--------TA---CAATTGTGTTCACCCAAAC------GTGAC------TAAGGGGTTCCGAATTGCTGGGTACTAACTCTCCCCAGTAACAAGACGAAATC----A--CAT--GAAGCT--TGTGG------A-TTTTCAAGTCATA-TGGatatcagttgacatagtcactattgtttagaaagagcttgaatgtggaaa
gi|12 : AAACT-CACAGCTTCAAATG-AATCCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTA-GTGG----ATGCAAAATAATT-CG--A-TACCAATTGTATA-TTCA--GTCTTAA-TTTTATTACA----AAACACGAAAA-TTAA-AAGGAAATT--AGAT-AATT--TGTATTGT--TT-CT---GCctggcacgtatgaatttattga
gi|13 : tattcgaactcCGACTT--AAACTTCACAGCTTTA--TGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--A-GTA-----TT-CACAATA-TT-CG--A----AAATT-TGTA-TTCA--ATTTTA--TTT-ATTACA----AAACACAAATA-TTGA-ATGGAAATT--AGA--AA-T--TGT--TTT--TTACT---GCA
gi|14 : ccgtAAAATA-TT-CT--G-TAAAAGTTGTGTA-TTCG--ATCTTAA-TTT-ATTATA----AAACACGAATA-TTGA-ATGGAAATT--AAGT-AATT--TGTAATTT--TT-CT---GAAGGTAAAGT-AA-ACCGCTGA--GTCTTGA-AAA------------TGCTA---------TC------A--AAGTCTAGT-CT
gi|14 : TA-TTGA-ATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTtcattntattgaatggaaattaaataatttgtaatt
gi|15 : aaaatattctgtaaaagttgtgtattcgatcttaatttattataaaacacgaatattgaatggaaattaagtaatttgtaatttttctgaaggtaaagtaaaccgctgagtcttgaaaatgctatcaaagtctagtcttcattnATTCGACCTCAAAACT-CACAGCTTCAAATG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--A-GTG-----AT-CAAAATA-TT-CG--A-TACAAA
gi|17 : taaaatA--CAT--GAAG-T--TGTTT------AGTTTTTAGATTGTA-AGGGAAA-TT-AA-TAAATATTTTatt
gi|18 : TTCATCAAAGTCCCATACGACCTGAAAACT-CACAGCTTCAa
gi|19 : ATATTCATTAAAGCCCCATACGACCTGAAAACT-TGAAGCTTCAAgtgtt
gi|2 : TAAAATATTTAATAAAGTCCCATACGACTTCAAAACT-CACAGCTTCAAATG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--A-GTA-----AT-AAAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGTGTA-TTCA--GTCTTAA-TTT-ATTACA----AAACACGAATT-TTAA-ATGCAAATT--AAAC-AATT--TGTAAGTT--TT-CT---GCTGGTGAAAT-AC-ACTGCTAA--GTATTGA-AAA------------TGTTG---------TTT--AAAA--AAGCCTAGT-CTGG---AT--CCCT----------TTTCAAAATTAT-G-TGGCGA-AGGTGGGGAACAAAC-TAATGAAG--GCT-GTG-----TGTTTTGTTCG-----ATT-GT--------C----------------------------A-------AAT-A--T--TTC--AA-CTAA-----ACTGGGGTGATTT-TATCCATAATATT-TGACTTAAATG-TTTGTTGGGCTATTG-GTTTACACAA-------AGGAAC------TAANNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA--CAC--GAAG-A--TGTGA------AATTTTTGGGCTGTA-AGGG-AC-TT-AA-TGAATATTTT
gi|3 : TAGAATAT-CATTAAAGTCATA-ACG-CTTCAAAACT-CA-AGCTT-AAATG-AACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----GTA-----AC-CAAAATA-TT-CG--AATACAAATTGT--A-TTCA---TCTTAA-TT--ATTACA----AAACACGA-TA-TTAA-ATGGAAATT--AA-T-AATT--TGTAATTTATTT-CT---GCAGGTGAAATGAA-ACCGCTAA--GTGTTGA-AAA------------TGTTA---------TTTGTAAAA--AAGC---GTGCTGG---AT--CCCT----------TTTCAAAATTAA-G-TGGCGA-AGGTGGGGAACAAACTTAATGAAG--GTT-GTG-----AGTTTAGTTCG------TT-GT--------C-------------A--------------A-------CCT-A--T--TTTA-AA-CTAA-----AT--AGGTGATTTATATC---AATATA-TGACTAAAATGTTTTGTTGGGCTAATT-GTTTACACAAGT-----AGG--C--------NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA--CAC--GA---G--TGTGA------AG-TTTTAGGTTGTA---GG-AC-TTAAA-TGACTATT
gi|4 : tAAGACCCCATGTGAACCGAAAACT-CACAGCTTTAAATG-A
gi|4 : tg-CA--A-TATGAAGTACGTA-TTCG--GTTTTCA-TTG-ATAATA----AA-CACGAATA-TTGG-ACGCAAACT--AAttttgtctgtagacgcatagcactctatgttgcatgtaggcagcagtcaattcaaaccccgttgattttcatatttattcattgcagccaatatgaagtacgtattcggttttcattgataataaacacgaatattggacgcaaactaagctgaaaagtaatcttgttacgttatgaaagcctggtttggctcccgcccccgattaatccggcgttttcaatatcgacacttacggggattgaggccagactaatgaaagccgagaatctaatccacacctataatcttaacaattatttcttaaccgaagtggagtaatttcatccaaactatttaacta
gi|4 : tgaagaccccatgtgaaccgaaaactcacagctttaaatgattttgtctgtagacgcatagcactctatgttgcatgtaggcagcagtcaattcaaaccccgttgattttcatatttattcattgcagcCAGAC-TAATGAAA--GCC-GAG-----AATCTAATCCACACCTATA-AT--------C-------------TTAAC----------A-------ATT-A--T--TTCTTAA-CCGA-----AGTGGAGTAATTT-CATCCAAACTATT-TAACTAgctgaaaagtaatcttgttacgttatgaaagcctggtttggctcccgcccccgattaatccggcgttttcaatatcgacacttacggggattgaggccagactaatgaaagccgagaatctaatccacacctataatcttaacaattatttcttaaccgaagtggagtaatttcatccaaactatttaacta
gi|5 : tgaagaccccatgtgaaccgaaaactcacagctttaaatgattttgtctgtagacgcatagcactctatgttgcatgtaggcagcagtcaattcaaaccccgttgattttcatatttattcattgcagccaatatgaagtacgtattcggttttcattgataataaacacgaatattggacgcaaactaagctgaaaagtaatcttgttacgttatgaaagcctggtttggctcccgcccccgattaatccggcgttttcaatatcgacacttacggggattgaggcT-CACAATA-TT-CG--A-TACAATTT------TT-----TTTT---TTT-A--AGA----AAGCACGAATA-TTAA-ATGGAAATT--AGAT-AATT--TGTGATTT--TT-CT---GCAGGTGAAAT-AA-ACTGCTGA--GTATTGA-AAA------------TGCTA-----------T--AAAA--GAGTCTAGT-CTGA---GTCCCCCT----------TTTAAAAA------------A-AAGT-GGAAACAAAT-TAATGGAA--GAT-ATG-----TGTTTAGTTCT-----ATT-GC--------CAAACCTATTAGAAT--------------A-------ATT-A--G--TTC--AA-CCAA-----ACTGGGGTGATTG-TATCCATAATATT-T-------AT--------GGGCTATTG-GTTCACACAA-------------------TAATGAA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATC----A--CAT--GAAG-G--TGTGA------AGTTTTCAGGTCATA-TGGG-ACTTT-AA-TGAATATTT
gi|6 : atATA-TTTCT--A-TACAAATC-TATACTTCAAAGTCTTAAATTC-ATTCCA----A--CACAAATA-TTGA-A--GAAATCCCAACTCAACCCCTGCATTTG--TT-CTTGTGCCAG---AAT-AACACCGCCTACCGACTTGACAGA------------TGCTAAAAACAACCCCT--AAAC--AAGCACATA-CTGG---GC--CCCT----------TTT-AAAACCAA-GACGGCGACAGGTGGGGAACCAA--TAATAAAGC-ACTAGTG------GTTTA--TCG-----ATT-GT--------CCGAACTCA-----T--------------AGAACC--AAT-A-----TTC--AA-CT-------ACTGGGGTG--TT-GATCACTAATATg
gi|7 : atgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatcac-TTGA-ATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTG--TT-CT---GCAGGTAAAGT-AA-ACCGCTGA--GTATTGA-AAA------------TGTTA---------TC------A--AAGCCTAGT-CTTATTCAT--CCCC----------TTTTAAAATCAAAG-TGGCGA-A---------------TAATTAAA--GCT-GTG-----AGTTTAGTTCG-----ATT-GT--------C-------------T--------------ATCATAATAATTA--TAATTC--AA-CCAA-----ACTGGGGTGATTT-TATCCA--A-ATC-TCACTAAAATT-TTTGTGAGGCTATTG-GTTCACACGAGT-----ATGAAN------NNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTACTTGAAG-G--TGCG-------AGTTTTCAGGTCGTACTGGG-TT-TT-AA-TGAATATTT
gi|8 : GTGAAAT-AA-ACCGCTGA--ATATTGA-AAA------------TGCTA---------TTT--AAAAGAAAGCCTAGT-CTGG---AT--CCCC----------TTTTAAAATTAAAG-TGGCGA-AGGTGGGGAACAAAC-TAATGAAA--GCT-GTG-----AGTTTAGTTCG-----ATT-GT--------CAAACCTTTTAGAAT--------------A-------ATT-A--T--TTC--AA-CTAC-----AATGGGGTGGTTT-TATCCATGATATT-TCACTAAAATG-TTTGTGGGGCTAATG-GTTTACACAAGTATTCAAGANNN------NNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA--CAT--GAAG-T--TGTGA------AGTTTTTAGGTTGTA-AGGG-AC-TT-AAGTAAATATTT
gi|9 : T-CAAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGCGTA-TTCA--GCCTTAA-TTT-ATAACA----AAACACGAATA-TTAA-ATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTT--TT-CT---ACAGGTGAAAT-AA-ACCGCTAA--GTATTGA-AAA------------TGTTAT--------TTT--TAAA--AAGCCTAGT-CTGG---GT--CCCT----------CTTCAAAATTAA-G-TGGCGA-AGGTGGGTAACAAAC-TAATGAAG--GCT-GTG-----AGTTTAGTTCG-----ATT-GT--------CAAACCTTTTAGAAT--------------A-------ATT-A--T--TTC--AA-CTAA-----ACGGAGGTGATTT-TATCCATAATATT-TCACTAAAATG-TTTTTTGGGCTATTC-GTTTACACAGGT-----A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCGATTAATAAAATAGGCTCTCGAGTATTGAATAATAACCCTTTTATGTTATGAAAGCCTAATATTGTCC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 222222222222 4444444444444444 333333333333333333333333333333 1 111111111 333333333333333333333333333333333333333 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 1111111 11 1
lowQualScore : 0 5 4 5 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 4 3 55 3 8 0 4 8888 0 4 4 1111 3 3 44 444 44 55 3 666 4 4 55 4 000000000000 2222222222222222 55 3 6666 55 777777777777777777777777777777 1 888888888 7 66 7 55 7 4 99999 0 3 3 7777 777777777777777777777777777777777777777 1 777 88 3 2 4 3 4 3 99 2 5 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 66 66 3333 6666666 2 1 00 7 5 5
lowQualScore : . . . . ..................................................................... . . . .. . . . . .... . . . .... . . .. ... .. .. . ... . . .. . ............ ................ .. . .... .. .............................. . ......... . .. . .. . . ..... . . . .... ....................................... . ... .. . . . . . . .. . . . ............................................................................ .. .. .... ....... . . .. . . .
lowQualScore : 8 6 4 7 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 0 6 00 6 2 7 0 3333 7 0 0 4444 1 1 22 111 66 00 6 444 0 0 55 0 555555555555 7777777777777777 00 6 7777 00 888888888888888888888888888888 1 555555555 3 55 3 00 3 6 11111 5 6 6 7777 333333333333333333333333333333333333333 0 111 66 6 3 0 5 4 9 55 8 0 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99 99 2222 6666666 2 1 99 1 7 7
consensus : TAGAATATTCATTAAAGCCCCATACGACCTGAAAACT-CACAGCTTCAAATG-AACNCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAN--A-GTA-----AT-CAAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGTGTA-TTCG--GTCTTAA-TTT-ATTACA----AAACACGAATA-TT-GAATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTT--TT-CT---GCAGGTGAAAT-AA-ACCGCTGA--GTATTGA-AAA------------TGCTA---------TCT--AAAA--AAGCCTAGT-CTGG---GT--CCC-------------------T----------TTTCAAAA-CNA-A-G-TGGCGA-AGGTGGGGAACAAAC-TAATGAAG-G--CT-GTGAGT-----TTAGTTCG-A-TTG----TC---A--CCT-------T--------------A-------ANTAT--TTC--AACTAAACTGGGGTGATTT-TATCCATAATATT-TCACTAAAATG-TTTGTNGGGCTATTG-GTTCACACAAGT-----AGGNAC------TAANGGA-NCNNNANTGCNGGGNNNNANCTNNCCCCAGTAACAAGACGAAATCNNNGA--CAC--GAAG-G--TGTGA------AGTTTTCAGGTCGTA-NGGGAC-TT-AA-TGAATATTTT
Reference ( family-2065 ) : TAGAATATTCATTAAAGCCCCATACGACCTGAAAACT-CACAGCTTCAAATG-AACNCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAN--A-GTA-----AT-CAAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGTGTA-TTCG--GTCTTAA-TTT-ATTACA----AAACACGAATA-TT-GAATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTT--TT-CT---GCAGGTGAAAT-AA-ACCGCTGA--GTATTGA-AAA------------TGCTA---------TCT--AAAA--AAGCCTAGT-CTGG---GT--CCC-------------------T----------TTTCAAAA-CTA-A-G-TGGCGA-AGGTGGGGAACAAAC-TAATGAAG-G--CT-GTGAGT-----TTAGTTCG-A-TTG----TC---A---CT-------T--------------A-------ANTAT--TTC--AACTAAACTGGGGTGATTT-TATCCATAATATT-TCACTAAAATG-TTTGTNGGGCTATTG-GTTCACACAAGT-----AGGNAC------TAANGGA-NCNNNANTGCNGGGNNNNANCTNNCCCCAGTAACAAGACGAAATCNNNGA--CAC--GAAG-G--TGTGA------AGTTTTCAGGTCGTA-NGGGAC-TT-AA-TGAATATTTT
gi|1 : ATATTCATGAAAGCCTTATACGATCCGAAAACT-CACAGCTTCAATTA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAC--ATGTACATGTAT-C----TA-TT-CATAA-TATGAGTTATGTA-TTCG--GTCTTCA-TTT-ACTGTATTATAAACACAAATAATTAGTATAGGAATT--AAA--AATA--TATAATTT--TT-CT---AGAGGTAAAAT-AA-GGTCATGA--GTAATGA-AAA------------TGCTA---------C------GA--AAGCCTAGT--TGC---GT--CCC-------------------T----------TGC----A-CT---------CGA---GTGG----TAGAC-TATTAAAG-AAATT-GTGAGTGACGTTTAGTTCA-A-TAC----TC---ATACCT-------TTTAAGAT-------A-------ATTAT--T-----ACTTAACCA-----ATTT-CATCCAAAATATT-TCACTAAAATA-TTTGTGGGGATATTA-ATTGACACACGT--------TACTGTTTTTAAAAGA-GTATTAGTATGGAAATGAATTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN--NAAG-GCCTTTGAAGCGTGAGTTTCCGGGTGGTA-TAGGGCTTT-AA-TGAATATTT
gi|10 : ACAC---AAACACGAATA-AT-CAATATAGAAT--AACT-AATG--TATAATTC--CA-TT---AATTGTAAAAT-AA-ACTTTTGA--GTATTGA-AAAGTAACCGTGGAATGTTA---------T------GA--AAACATAGT-TTG-----T--TCC-------------------TCGCCACTCCGTTTAAAAA-CAG-A-G-TCGCGG-GAATGGGGAGTAGAC-TAACGAAA-G--AT-GTGAAT-----TTAGTTCT-A-TTAGTATTC---AAT-CC-------TATATACATGTATAAA-------AACAT--TTC--AACTAAATTAGGGg
gi|11 : actgtgttaG---GC--CCC-------------------T----------TTT-AAAA-CCA-A-GACGGCGACAGGTGGGGAACCAA--TAATAAAGCA--CTAGTG-GT-----TTA--TCG-A-TTG----TCCGAA---CT-------C--------------ATAGAACCAATA---TTC--AACT--ACTGGGGTG--TT-GATCACTAATATTATCACTACA--------TA---CAATTGTGTTCACCCAAAC------GTGAC------TAAGGGGTTCCGAATTGCTGGGTACTAACTCTCCCCAGTAACAAGACGAAATC----A--CAT--GAAGCT--TGTGG------A-TTTTCAAGTCATA-TGGatatcagttgacatagtcactattgtttagaaagagcttgaatgtggaaa
gi|12 : AAACT-CACAGCTTCAAATG-AATCCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTA-GTGG----ATGCAAAATAATT-CG--A-TACCAATTGTATA-TTCA--GTCTTAA-TTTTATTACA----AAACACGAAAA-TT-AAAAGGAAATT--AGAT-AATT--TGTATTGT--TT-CT---GCctggcacgtatgaatttattga
gi|13 : tattcgaactcCGACTT--AAACTTCACAGCTTTA--TGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--A-GTA-----TT-CACAATA-TT-CG--A----AAATT-TGTA-TTCA--ATTTTA--TTT-ATTACA----AAACACAAATA-TT-GAATGGAAATT--AGA--AA-T--TGT--TTT--TTACT---GCA
gi|14 : ccgtAAAATA-TT-CT--G-TAAAAGTTGTGTA-TTCG--ATCTTAA-TTT-ATTATA----AAACACGAATA-TT-GAATGGAAATT--AAGT-AATT--TGTAATTT--TT-CT---GAAGGTAAAGT-AA-ACCGCTGA--GTCTTGA-AAA------------TGCTA---------TC------A--AAGTCTAGT-CT
gi|14 : TA-TT-GAATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTtcattntattgaatggaaattaaataatttgtaatt
gi|15 : aaaatattctgtaaaagttgtgtattcgatcttaatttattataaaacacgaatattgaatggaaattaagtaatttgtaatttttctgaaggtaaagtaaaccgctgagtcttgaaaatgctatcaaagtctagtcttcattnATTCGACCTCAAAACT-CACAGCTTCAAATG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--A-GTG-----AT-CAAAATA-TT-CG--A-TACAAA
gi|17 : taaaatA--CAT--GAAG-T--TGTTT------AGTTTTTAGATTGTA-AGGGAAATT-AA-TAAATATTTTatt
gi|18 : TTCATCAAAGTCCCATACGACCTGAAAACT-CACAGCTTCAa
gi|19 : ATATTCATTAAAGCCCCATACGACCTGAAAACT-TGAAGCTTCAAgtgtt
gi|2 : TAAAATATTTAATAAAGTCCCATACGACTTCAAAACT-CACAGCTTCAAATG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--A-GTA-----AT-AAAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGTGTA-TTCA--GTCTTAA-TTT-ATTACA----AAACACGAATT-TT-AAATGCAAATT--AAAC-AATT--TGTAAGTT--TT-CT---GCTGGTGAAAT-AC-ACTGCTAA--GTATTGA-AAA------------TGTTG---------TTT--AAAA--AAGCCTAGT-CTGG---AT--CCC-------------------T----------TTTCAAAA-TTA-T-G-TGGCGA-AGGTGGGGAACAAAC-TAATGAAG-G--CT-GTGTGT-----TTTGTTCG-A-TTG----TC-------------------------------A-------AATAT--TTC--AACTAAACTGGGGTGATTT-TATCCATAATATT-TGACTTAAATG-TTTGTTGGGCTATTG-GTTTACACAA-------AGGAAC------TAANNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA--CAC--GAAG-A--TGTGA------AATTTTTGGGCTGTA-AGGGAC-TT-AA-TGAATATTTT
gi|3 : TAGAATAT-CATTAAAGTCATA-ACG-CTTCAAAACT-CA-AGCTT-AAATG-AACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----GTA-----AC-CAAAATA-TT-CG--AATACAAATTGT--A-TTCA---TCTTAA-TT--ATTACA----AAACACGA-TA-TT-AAATGGAAATT--AA-T-AATT--TGTAATTTATTT-CT---GCAGGTGAAATGAA-ACCGCTAA--GTGTTGA-AAA------------TGTTA---------TTTGTAAAA--AAGC---GTGCTGG---AT--CCC-------------------T----------TTTCAAAA-TTA-A-G-TGGCGA-AGGTGGGGAACAAACTTAATGAAG-G--TT-GTGAGT-----TTAGTTCG---TTG----TC---A---------------------------A-------CCTAT--TTTA-AACTAAAT--AGGTGATTTATATC---AATATA-TGACTAAAATGTTTTGTTGGGCTAATT-GTTTACACAAGT-----AGGC----------NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA--CAC--GA---G--TGTGA------AGTTTT-AGGTTGTA---GGAC-TTAAA-TGACTATT
gi|4 : tAAGACCCCATGTGAACCGAAAACT-CACAGCTTTAAATG-A
gi|4 : tg-CA--A-TATGAAGTACGTA-TTCG--GTTTTCA-TTG-ATAATA----AA-CACGAATA-TT-GGACGCAAACT--AAttttgtctgtagacgcatagcactctatgttgcatgtaggcagcagtcaattcaaaccccgttgattttcatatttattcattgcagccaatatgaagtacgtattcggttttcattgataataaacacgaatattggacgcaaactaagctgaaaagtaatcttgttacgttatgaaagcctggtttggctcccgcccccgattaatccggcgttttcaatatcgacacttacggggattgaggccagactaatgaaagccgagaatctaatccacacctataatcttaacaattatttcttaaccgaagtggagtaatttcatccaaactatttaacta
gi|4 : tgaagaccccatgtgaaccgaaaactcacagctttaaatgattttgtctgtagacgcatagcactctatgttgcatgtaggcagcagtcaattcaaaccccgttgattttcatatttattcattgcagcA--AAGCCTGGT-TTGG---CT--CCCGCCCCCGATTAATCCGGCGT----------TTTCAATATCGACA-C-TTACGG-GGATTGAGGCCAGAC-TAATGAAA-G--CC-GAGAAT-----CTAATCCACACCTA----TA---AT--CT-------TAAC-----------A-------ATTAT--TTCTTAACCGAAGTGGAGTAATTT-CATCCAAACTATT-TAACTAgctgaaaagtaatcttgttacgttatgaaagcctggtttggctcccgcccccgattaatccggcgttttcaatatcgacacttacggggattgaggccagactaatgaaagccgagaatctaatccacacctataatcttaacaattatttcttaaccgaagtggagtaatttcatccaaactatttaacta
gi|5 : tgaagaccccatgtgaaccgaaaactcacagctttaaatgattttgtctgtagacgcatagcactctatgttgcatgtaggcagcagtcaattcaaaccccgttgattttcatatttattcattgcagccaatatgaagtacgtattcggttttcattgataataaacacgaatattggacgcaaactaagctgaaaagtaatcttgttacgttatgT-CACAATA-TT-CG--A-TACAATTT------TT-----TTTT---TTT-A--AGA----AAGCACGAATA-TT-AAATGGAAATT--AGAT-AATT--TGTGATTT--TT-CT---GCAGGTGAAAT-AA-ACTGCTGA--GTATTGA-AAA------------TGCTA-----------T--AAAA--GAGTCTAGT-CTGA---GTCCCCC-------------------T----------TTTAAAAA--------------A-AAGT-GGAAACAAAT-TAATGGAA-G--AT-ATGTGT-----TTAGTTCT-A-TTG----CC---AAACCTATTAGAAT--------------A-------ATTAG--TTC--AACCAAACTGGGGTGATTG-TATCCATAATATT-T-------AT--------GGGCTATTG-GTTCACACAA-------------------TAATGAA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATC----A--CAT--GAAG-G--TGTGA------AGTTTTCAGGTCATA-TGGGACTTT-AA-TGAATATTT
gi|6 : atATA-TTTCT--A-TACAAATC-TATACTTCAAAGTCTTAAATTC-ATTCCA----A--CACAAATA-TT-GAA--GAAATCCCAACTCAACCCCTGCATTTG--TT-CTTGTGCCAG---AAT-AACACCGCCTACCGACTTGACAGA------------TGCTAAAAACAACCCCT--AAAC--AAGCACATA-CTGG---GC--CCC-------------------T----------TTT-AAAA-CCA-A-GACGGCGACAGGTGGGGAACCAA--TAATAAAGCA--CTAGTG-GT-----TTA--TCG-A-TTG----TCCGAA---CT-------C--------------ATAGAACCAATA---TTC--AACT--ACTGGGGTG--TT-GATCACTAATATg
gi|7 : atgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatcac-TT-GAATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTG--TT-CT---GCAGGTAAAGT-AA-ACCGCTGA--GTATTGA-AAA------------TGTTA---------TC------A--AAGCCTAGT-CTTATTCAT--CCC-------------------C----------TTTTAAAATCAA-A-G-TGGCGA-A---------------TAATTAAA-G--CT-GTGAGT-----TTAGTTCG-A-TTG----TC---T---ATCATAA--T--------------A-------ATTATAATTC--AACCAAACTGGGGTGATTT-TATCCA--A-ATC-TCACTAAAATT-TTTGTGAGGCTATTG-GTTCACACGAGT-----ATGAAN------NNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTACTTGAAG-G--TGCG-------AGTTTTCAGGTCGTACTGGGTT-TT-AA-TGAATATTT
gi|8 : GTGAAAT-AA-ACCGCTGA--ATATTGA-AAA------------TGCTA---------TTT--AAAAGAAAGCCTAGT-CTGG---AT--CCC-------------------C----------TTTTAAAA-TTA-AAG-TGGCGA-AGGTGGGGAACAAAC-TAATGAAA-G--CT-GTGAGT-----TTAGTTCG-A-TTG----TC---AAACCT-------TTTAGAAT-------A-------ATTAT--TTC--AACTACAATGGGGTGGTTT-TATCCATGATATT-TCACTAAAATG-TTTGTGGGGCTAATG-GTTTACACAAGTATTCAAGANNN------NNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA--CAT--GAAG-T--TGTGA------AGTTTTTAGGTTGTA-AGGGAC-TT-AAGTAAATATTT
gi|9 : T-CAAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGCGTA-TTCA--GCCTTAA-TTT-ATAACA----AAACACGAATA-TT-AAATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTT--TT-CT---ACAGGTGAAAT-AA-ACCGCTAA--GTATTGA-AAA------------TGTTAT--------TTT--TAAA--AAGCCTAGT-CTGG---GT--CCC-------------------T----------CTTCAAAA-TTA-A-G-TGGCGA-AGGTGGGTAACAAAC-TAATGAAG-G--CT-GTGAGT-----TTAGTTCG-A-TTG----TC---AAACCTTTTAGAAT--------------A-------ATTAT--TTC--AACTAAACGGAGGTGATTT-TATCCATAATATT-TCACTAAAATG-TTTTTTGGGCTATTC-GTTTACACAGGT-----A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCGATTAATAAAATAGGCTCTCGAGTATTGAATAATAACCCTTTTATGTTATGAAAGCCTAATATTGTCC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 222222222222 4444444444444444 333333333333333333333333333333 11 111111 1111111111111111111111111111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 1111111 11 1
lowQualScore : 0 5 4 5 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 4 3 55 3 8 0 4 8888 0 4 4 1111 3 3 44 444 44 55 3 666 4 4 55 4 000000000000 2222222222222222 55 3 6666 3 999999999999999999999999999999 8 777777777 1 888 66 22 7 333333 0 3 3 7777 8888888888888888888888888888888888888 2 777 55 3 2 2 4 3 4 3 99 2 5 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 66 66 3333 6666666 2 1 00 7 5 5
lowQualScore : . . . . ..................................................................... . . . .. . . . . .... . . . .... . . .. ... .. .. . ... . . .. . ............ ................ .. . .... . .............................. . ......... . ... .. .. . ...... . . . .... ..................................... . ... .. . . . . . . . .. . . . ............................................................................ .. .. .... ....... . . .. . . .
lowQualScore : 8 6 4 7 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 0 6 00 6 2 7 0 3333 7 0 0 4444 1 1 22 111 66 00 6 444 0 0 55 0 555555555555 7777777777777777 00 6 7777 6 222222222222222222222222222222 0 888888888 4 222 55 33 3 777777 5 6 6 7777 0000000000000000000000000000000000000 3 111 00 6 1 3 0 5 4 9 55 8 0 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99 99 2222 6666666 2 1 99 1 7 7
consensus : TAGAATATTCATTAAAGCCCCATACGACCTGAAAACT-CACAGCTTCAAATG-AACNCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAN--A-GTA-----AT-CAAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGTGTA-TTCG--GTCTTAA-TTT-ATTACA----AAACACGAATA-TT-GAATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTT--TT-CT---GCAGGTGAAAT-AA-ACCGCTGA--GTATTGA-AAA------------TGCTA---------TCT--AAAA--AAGCCTAGT-CTGG---GT-CCC-------------------T----------TTTCAAAA-CNA-A-G-TGGCGA-AGGTGGGGAACAAAC-TAATGAAG--GCT-GTGA-----GTTTAGTTCG-A-TTG----TC--A--CC-T-------T------------A-------ATTAT--TTC--AACTAAACTGGGGTGATTT-TATCCATAATATT-TCACTAAAATG-TTTGTNGGGCTATTG-GTTCACACAAGT-----AGGNAC------TAANGGA-NCNNNANTGCNGGGNNNNANCTNNCCCCAGTAACAAGACGAAATCNNNGA--CAC--GAAG-G--TGTGA------AGTTTTCAGGTCGTA-NGGGAC-TT-AA-TGAATATTTT
Reference ( family-2065 ) : TAGAATATTCATTAAAGCCCCATACGACCTGAAAACT-CACAGCTTCAAATG-AACNCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAN--A-GTA-----AT-CAAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGTGTA-TTCG--GTCTTAA-TTT-ATTACA----AAACACGAATA-TT-GAATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTT--TT-CT---GCAGGTGAAAT-AA-ACCGCTGA--GTATTGA-AAA------------TGCTA---------TCT--AAAA--AAGCCTAGT-CTGG---GT-CCC-------------------T----------TTTCAAAA-CNA-A-G-TGGCGA-AGGTGGGGAACAAAC-TAATGAAG--GCT-GTGA-----GTTTAGTTCG-A-TTG----TC--A--CC-T-------T------------A-------ANTAT--TTC--AACTAAACTGGGGTGATTT-TATCCATAATATT-TCACTAAAATG-TTTGTNGGGCTATTG-GTTCACACAAGT-----AGGNAC------TAANGGA-NCNNNANTGCNGGGNNNNANCTNNCCCCAGTAACAAGACGAAATCNNNGA--CAC--GAAG-G--TGTGA------AGTTTTCAGGTCGTA-NGGGAC-TT-AA-TGAATATTTT
gi|1 : ATATTCATGAAAGCCTTATACGATCCGAAAACT-CACAGCTTCAATTA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAC--ATGTACATGTAT-C----TA-TT-CATAA-TATGAGTTATGTA-TTCG--GTCTTCA-TTT-ACTGTATTATAAACACAAATAATTAGTATAGGAATT--AAA--AATA--TATAATTT--TT-CT---AGAGGTAAAAT-AA-GGTCATGA--GTAATGA-AAA------------TGCTA---------C------GA--AAGCCTAGT--TGC---GT-CCC-------------------T----------T----GCA-CT---------CGA---GTGG----TAGAC-TATTAAAGAAATT-GTGAGTGACGTTTAGTTCA-A-TAC----TCATA--CC-TTTTAAGAT------------A-------ATTAT--T-----ACTTAAC-----CAATTT-CATCCAAAATATT-TCACTAAAATA-TTTGTGGGGATATTA-ATTGACACACGT--------TACTGTTTTTAAAAGA-GTATTAGTATGGAAATGAATTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN--NAAG-GCCTTTGAAGCGTGAGTTTCCGGGTGGTA-TAGGGCTTT-AA-TGAATATTT
gi|10 : ACAC---AAACACGAATA-AT-CAATATAGAAT--AACT-AATG--TATAATTC--CA-TT---AATTGTAAAAT-AA-ACTTTTGA--GTATTGA-AAAGTAACCGTGGAATGTTA---------T------GA--AAACATAGT-TTG-----T-TCC-------------------TCGCCACTCCGTTTAAAAA-CAG-A-G-TCGCGG-GAATGGGGAGTAGAC-TAACGAAA--GAT-GTGA-----ATTTAGTTCT-A-TTAGTATTC--AATCC-TA------TATACATGTATAAA-------AACAT--TTC--AACTAAATTAGGGg
gi|11 : actgtgttaG---GC-CCC-------------------T----------TTT-AAAA-CCA-A-GACGGCGACAGGTGGGGAACCAA--TAATAAAGC-ACTAGTG------GTTTA--TCG-A-TTG----TCCGA--AC-T-------C------------ATAGAACCAATA---TTC--AACT--ACTGGGGTG--TT-GATCACTAATATTATCACTACA--------TA---CAATTGTGTTCACCCAAAC------GTGAC------TAAGGGGTTCCGAATTGCTGGGTACTAACTCTCCCCAGTAACAAGACGAAATC----A--CAT--GAAGCT--TGTGG------A-TTTTCAAGTCATA-TGGatatcagttgacatagtcactattgtttagaaagagcttgaatgtggaaa
gi|12 : AAACT-CACAGCTTCAAATG-AATCCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTA-GTGG----ATGCAAAATAATT-CG--A-TACCAATTGTATA-TTCA--GTCTTAA-TTTTATTACA----AAACACGAAAA-TT-AAAAGGAAATT--AGAT-AATT--TGTATTGT--TT-CT---GCctggcacgtatgaatttattga
gi|13 : tattcgaactcCGACTT--AAACTTCACAGCTTTA--TGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--A-GTA-----TT-CACAATA-TT-CG--A----AAATT-TGTA-TTCA--ATTTTA--TTT-ATTACA----AAACACAAATA-TT-GAATGGAAATT--AGA--AA-T--TGT--TTT--TTACT---GCA
gi|14 : ccgtAAAATA-TT-CT--G-TAAAAGTTGTGTA-TTCG--ATCTTAA-TTT-ATTATA----AAACACGAATA-TT-GAATGGAAATT--AAGT-AATT--TGTAATTT--TT-CT---GAAGGTAAAGT-AA-ACCGCTGA--GTCTTGA-AAA------------TGCTA---------TC------A--AAGTCTAGT-CT
gi|14 : TA-TT-GAATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTtcattntattgaatggaaattaaataatttgtaatt
gi|15 : aaaatattctgtaaaagttgtgtattcgatcttaatttattataaaacacgaatattgaatggaaattaagtaatttgtaatttttctgaaggtaaagtaaaccgctgagtcttgaaaatgctatcaaagtctagtcttcattnATTCGACCTCAAAACT-CACAGCTTCAAATG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--A-GTG-----AT-CAAAATA-TT-CG--A-TACAAA
gi|17 : taaaatA--CAT--GAAG-T--TGTTT------AGTTTTTAGATTGTA-AGGGAAATT-AA-TAAATATTTTatt
gi|18 : TTCATCAAAGTCCCATACGACCTGAAAACT-CACAGCTTCAa
gi|19 : ATATTCATTAAAGCCCCATACGACCTGAAAACT-TGAAGCTTCAAgtgtt
gi|2 : TAAAATATTTAATAAAGTCCCATACGACTTCAAAACT-CACAGCTTCAAATG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--A-GTA-----AT-AAAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGTGTA-TTCA--GTCTTAA-TTT-ATTACA----AAACACGAATT-TT-AAATGCAAATT--AAAC-AATT--TGTAAGTT--TT-CT---GCTGGTGAAAT-AC-ACTGCTAA--GTATTGA-AAA------------TGTTG---------TTT--AAAA--AAGCCTAGT-CTGG---AT-CCC-------------------T----------TTTCAAAA-TTA-T-G-TGGCGA-AGGTGGGGAACAAAC-TAATGAAG--GCT-GTGT-----GTTTTGTTCG-A-TTG----TC-----------------------------A-------AATAT--TTC--AACTAAACTGGGGTGATTT-TATCCATAATATT-TGACTTAAATG-TTTGTTGGGCTATTG-GTTTACACAA-------AGGAAC------TAANNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA--CAC--GAAG-A--TGTGA------AATTTTTGGGCTGTA-AGGGAC-TT-AA-TGAATATTTT
gi|3 : TAGAATAT-CATTAAAGTCATA-ACG-CTTCAAAACT-CA-AGCTT-AAATG-AACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----GTA-----AC-CAAAATA-TT-CG--AATACAAATTGT--A-TTCA---TCTTAA-TT--ATTACA----AAACACGA-TA-TT-AAATGGAAATT--AA-T-AATT--TGTAATTTATTT-CT---GCAGGTGAAATGAA-ACCGCTAA--GTGTTGA-AAA------------TGTTA---------TTTGTAAAA--AAGC---GTGCTGG---AT-CCC-------------------T----------TTTCAAAA-TTA-A-G-TGGCGA-AGGTGGGGAACAAACTTAATGAAG--GTT-GTGA-----GTTTAGTTCG---TTG----TC--A--AC-C-------T------------A---------T-T--TTA--AACTAAAT--AGGTGATTTATATC---AATATA-TGACTAAAATGTTTTGTTGGGCTAATT-GTTTACACAAGT-----AGGC----------NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA--CAC--GA---G--TGTGA------AGTTTT-AGGTTGTA---GGAC-TTAAA-TGACTATT
gi|4 : tAAGACCCCATGTGAACCGAAAACT-CACAGCTTTAAATG-A
gi|4 : tg-CA--A-TATGAAGTACGTA-TTCG--GTTTTCA-TTG-ATAATA----AA-CACGAATA-TT-GGACGCAAACT--AAttttgtctgtagacgcatagcactctatgttgcatgtaggcagcagtcaattcaaaccccgttgattttcatatttattcattgcagccaatatgaagtacgtattcggttttcattgataataaacacgaatattggacgcaaactaagctgaaaagtaatcttgttacgttatgaaagcctggtttggctcccgcccccgattaatccggcgttttcaatatcgacacttacggggattgaggccagactaatgaaagccgagaatctaatccacacctataatcttaacaattatttcttaaccgaagtggagtaatttcatccaaactatttaacta
gi|4 : tgaagaccccatgtgaaccgaaaactcacagctttaaatgattttgtctgtagacgcatagcactctatgttgcatgtaggcagcagtcaattcaaaccccgttgattttcatatttattcattgcagcA--AAGCCTGGT-TTGG---CT-CCCGCCCCCGATTAATCCGGCGT----------TTTCAATATCGACA-C-TTACGG-GGATTGAGGCCAGAC-TAATGAAA--GCC-GAGA-----ATCTAATCCACACCTA----TA--A--TC-T-------TAAC---------A-------ATTAT--TTCTTAACCGAAGTGGAGTAATTT-CATCCAAACTATT-TAACTAgctgaaaagtaatcttgttacgttatgaaagcctggtttggctcccgcccccgattaatccggcgttttcaatatcgacacttacggggattgaggccagactaatgaaagccgagaatctaatccacacctataatcttaacaattatttcttaaccgaagtggagtaatttcatccaaactatttaacta
gi|5 : tgaagaccccatgtgaaccgaaaactcacagctttaaatgattttgtctgtagacgcatagcactctatgttgcatgtaggcagcagtcaattcaaaccccgttgattttcatatttattcattgcagccaatatgaagtacgtattcggttttcattgataataaacacgaatattggacgcaaactaagctgaaaagtaatcttgttacgttatgT-CACAATA-TT-CG--A-TACAATTT------TT-----TTTT---TTT-A--AGA----AAGCACGAATA-TT-AAATGGAAATT--AGAT-AATT--TGTGATTT--TT-CT---GCAGGTGAAAT-AA-ACTGCTGA--GTATTGA-AAA------------TGCTA-----------T--AAAA--GAGTCTAGT-CTGA---GTCCCC-------------------C----------TTTTAAAA-AAA-A-G-T-----------GGAAACAAAT-TAATGGAA--GAT-ATGT-----GTTTAGTTCT-A-TTG----CCAAA--CC-TATTAGAAT------------A-------ATTAG--TTC--AACCAAACTGGGGTGATTG-TATCCATAATATT-T-------AT--------GGGCTATTG-GTTCACACAA-------------------TAATGAA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATC----A--CAT--GAAG-G--TGTGA------AGTTTTCAGGTCATA-TGGGACTTT-AA-TGAATATTT
gi|6 : atATA-TTTCT--A-TACAAATC-TATACTTCAAAGTCTTAAATTC-ATTCCA----A--CACAAATA-TT-GAA--GAAATCCCAACTCAACCCCTGCATTTG--TT-CTTGTGCCAG---AAT-AACACCGCCTACCGACTTGACAGA------------TGCTAAAAACAACCCCT--AAAC--AAGCACATA-CTGG---GC-CCC-------------------T----------TTT-AAAA-CCA-A-GACGGCGACAGGTGGGGAACCAA--TAATAAAGC-ACTAGTG------GTTTA--TCG-A-TTG----TCCGA--AC-T-------C------------ATAGAACCAATA---TTC--AACT--ACTGGGGTG--TT-GATCACTAATATg
gi|7 : atgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatcac-TT-GAATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTG--TT-CT---GCAGGTAAAGT-AA-ACCGCTGA--GTATTGA-AAA------------TGTTA---------TC------A--AAGCCTAGT-CTTATTCAT-CCC-------------------C----------TTTTAAAATCAA-A-G-TGGCGA-A---------------TAATTAAA--GCT-GTGA-----GTTTAGTTCG-A-TTG----TCT-A--TCATAA-----T------------A-------ATTATAATTC--AACCAAACTGGGGTGATTT-TATCCA--A-ATC-TCACTAAAATT-TTTGTGAGGCTATTG-GTTCACACGAGT-----ATGAAN------NNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTACTTGAAG-G--TGCG-------AGTTTTCAGGTCGTACTGGGTT-TT-AA-TGAATATTT
gi|8 : GTGAAAT-AA-ACCGCTGA--ATATTGA-AAA------------TGCTA---------TTT--AAAAGAAAGCCTAGT-CTGG---AT-CCC-------------------C----------TTTTAAAA-TTA-AAG-TGGCGA-AGGTGGGGAACAAAC-TAATGAAA--GCT-GTGA-----GTTTAGTTCG-A-TTG----TC--AAACC-T-------TTTAGAAT-----A-------ATTAT--TTC--AACTACAATGGGGTGGTTT-TATCCATGATATT-TCACTAAAATG-TTTGTGGGGCTAATG-GTTTACACAAGTATTCAAGANNN------NNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA--CAT--GAAG-T--TGTGA------AGTTTTTAGGTTGTA-AGGGAC-TT-AAGTAAATATTT
gi|9 : T-CAAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGCGTA-TTCA--GCCTTAA-TTT-ATAACA----AAACACGAATA-TT-AAATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTT--TT-CT---ACAGGTGAAAT-AA-ACCGCTAA--GTATTGA-AAA------------TGTTAT--------TTT--TAAA--AAGCCTAGT-CTGG---GT-CCC-------------------T----------CTTCAAAA-TTA-A-G-TGGCGA-AGGTGGGTAACAAAC-TAATGAAG--GCT-GTGA-----GTTTAGTTCG-A-TTG----TCAAA--CC-TTTTAGAAT------------A-------ATTAT--TTC--AACTAAACGGAGGTGATTT-TATCCATAATATT-TCACTAAAATG-TTTTTTGGGCTATTC-GTTTACACAGGT-----A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCGATTAATAAAATAGGCTCTCGAGTATTGAATAATAACCCTTTTATGTTATGAAAGCCTAATATTGTCC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 222222222222 4444444444444444 333333333333333333333333333333 11 111111 1111111111111111111111111111111111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 1111111 11 1
lowQualScore : 0 5 4 5 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 4 3 55 3 8 0 4 8888 0 4 4 1111 3 3 44 444 44 55 3 666 4 4 55 4 000000000000 2222222222222222 55 3 6666 3 999999999999999999999999999999 8 777777777 1 888 66 22 7 333333 0 3 3 7777 5555555555555555555555555555555555555555555 55 55 2 2 4 3 4 3 99 2 5 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 66 66 3333 6666666 2 1 00 5 1 5 5
lowQualScore : . . . . ..................................................................... . . . .. . . . . .... . . . .... . . .. ... .. .. . ... . . .. . ............ ................ .. . .... . .............................. . ......... . ... .. .. . ...... . . . .... ........................................... .. .. . . . . . . .. . . . ............................................................................ .. .. .... ....... . . .. . . . .
lowQualScore : 8 6 4 7 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 0 6 00 6 2 7 0 3333 7 0 0 4444 1 1 22 111 66 00 6 444 0 0 55 0 555555555555 7777777777777777 00 6 7777 6 222222222222222222222222222222 0 888888888 4 222 55 33 3 777777 5 6 6 7777 9999999999999999999999999999999999999999999 00 00 1 3 0 5 4 9 55 8 0 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99 99 2222 6666666 2 1 99 7 4 7 7
consensus : TAGAATATTCATTAAAGCCCCATACGACCTGAAAACT-CACAGCTTCAAATG-AACNCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAN--A-GTA-----AT-CAAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGTGTA-TTCG--GTCTTAA-TTT-ATTACA----AAACACGAATA-TT-GAATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTT--TT-CT---GCAGGTGAAAT-AA-ACCGCTGA--GTATTGA-AAA------------TGCTA---------TCT--AAAA--AAGCCTAGT-CTGG---GT-CCC-------------------T----------TTTCAAAA-CNA-A-G-TGGCGA-AGGTGGGGAACAAAC-TAATGAAG--GCT-GTGA-----GTTTAGTTCG-A-TTG----TC--A--CC-T-------T-------A-------AT---------TAT--TTC--AACTAAACTGGGGTGATTT-TATCCATAATATT-TCACTAAAATG-TTTGTNGGGCTATTG-GTTCACACAAGT-----AGGNAC------TAANGGAN-CNNNANTGCNGGGNNNNANCTNNCCCCAGTAACAAGACGAAATCNNNGA--CAC--GAAG-G--TGTGA------AGTTTTCAGGTCGTA-NGGG-AC-TT-AA-TGAATATTTT
Reference ( family-2065 ) : TAGAATATTCATTAAAGCCCCATACGACCTGAAAACT-CACAGCTTCAAATG-AACNCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAN--A-GTA-----AT-CAAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGTGTA-TTCG--GTCTTAA-TTT-ATTACA----AAACACGAATA-TT-GAATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTT--TT-CT---GCAGGTGAAAT-AA-ACCGCTGA--GTATTGA-AAA------------TGCTA---------TCT--AAAA--AAGCCTAGT-CTGG---GT-CCC-------------------T----------TTTCAAAA-CNA-A-G-TGGCGA-AGGTGGGGAACAAAC-TAATGAAG--GCT-GTGA-----GTTTAGTTCG-A-TTG----TC--A--CC-T-------T-------A-------AT---------TAT--TTC--AACTAAACTGGGGTGATTT-TATCCATAATATT-TCACTAAAATG-TTTGTNGGGCTATTG-GTTCACACAAGT-----AGGNAC------TAANGGAN-CNNNANTGCNGGGNNNNANCTNNCCCCAGTAACAAGACGAAATCNNNGA--CAC--GAAG-G--TGTGA------AGTTTTCAGGTCGTA-NGGG-AC-TT-AA-TGAATATTTT
gi|1 : ATATTCATGAAAGCCTTATACGATCCGAAAACT-CACAGCTTCAATTA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAC--ATGTACATGTAT-C----TA-TT-CATAA-TATGAGTTATGTA-TTCG--GTCTTCA-TTT-ACTGTATTATAAACACAAATAATTAGTATAGGAATT--AAA--AATA--TATAATTT--TT-CT---AGAGGTAAAAT-AA-GGTCATGA--GTAATGA-AAA------------TGCTA---------C------GA--AAGCCTAGT--TGC---GT-CCC-------------------T----------T----GCA-CT---------CGA---GTGG----TAGAC-TATTAAAGAAATT-GTGAGTGACGTTTAGTTCA-A-TAC----TCATA--CC-TTTTAAGAT-------A-------AT---------TAT--T-----ACTTAAC-----CAATTT-CATCCAAAATATT-TCACTAAAATA-TTTGTGGGGATATTA-ATTGACACACGT--------TACTGTTTTTAAAAGAG-TATTAGTATGGAAATGAATTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN--NAAG-GCCTTTGAAGCGTGAGTTTCCGGGTGGTA-TAGG-GCTTT-AA-TGAATATTT
gi|10 : ACAC---AAACACGAATA-AT-CAATATAGAAT--AACT-AATG--TATAATTC--CA-TT---AATTGTAAAAT-AA-ACTTTTGA--GTATTGA-AAAGTAACCGTGGAATGTTA---------T------GA--AAACATAGT-TTG-----T-TCC-------------------TCGCCACTCCGTTTAAAAA-CAG-A-G-TCGCGG-GAATGGGGAGTAGAC-TAACGAAA--GAT-GTGA-----ATTTAGTTCT-A-TTAGTATTC--AATCC-TA------T-------ATAC----ATGTATAAAAACAT--TTC--AACTAAATTAGGGg
gi|11 : actgtgttaG---GC-CCC-------------------T----------TTT-AAAA-CCA-A-GACGGCGACAGGTGGGGAACCAA--TAATAAAGC-ACTAGTG------GTTTA--TCG-A-TTG----TCCGA--AC-T-------C-------ATAGAACCAA---------TAT--T-C--AACTA--CTGGGGTG--TT-GATCACTAATATTATCACTACA--------TA---CAATTGTGTTCACCCAAAC------GTGAC------TAAGGGGTTCCGAATTGCTGGGTACTAACTCTCCCCAGTAACAAGACGAAATC----A--CAT--GAAGCT--TGTGG------A-TTTTCAAGTCATA-TGGatatcagttgacatagtcactattgtttagaaagagcttgaatgtggaaa
gi|12 : AAACT-CACAGCTTCAAATG-AATCCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTA-GTGG----ATGCAAAATAATT-CG--A-TACCAATTGTATA-TTCA--GTCTTAA-TTTTATTACA----AAACACGAAAA-TT-AAAAGGAAATT--AGAT-AATT--TGTATTGT--TT-CT---GCctggcacgtatgaatttattga
gi|13 : tattcgaactcCGACTT--AAACTTCACAGCTTTA--TGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--A-GTA-----TT-CACAATA-TT-CG--A----AAATT-TGTA-TTCA--ATTTTA--TTT-ATTACA----AAACACAAATA-TT-GAATGGAAATT--AGA--AA-T--TGT--TTT--TTACT---GCA
gi|14 : ccgtAAAATA-TT-CT--G-TAAAAGTTGTGTA-TTCG--ATCTTAA-TTT-ATTATA----AAACACGAATA-TT-GAATGGAAATT--AAGT-AATT--TGTAATTT--TT-CT---GAAGGTAAAGT-AA-ACCGCTGA--GTCTTGA-AAA------------TGCTA---------TC------A--AAGTCTAGT-CT
gi|14 : TA-TT-GAATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTtcattntattgaatggaaattaaataatttgtaatt
gi|15 : aaaatattctgtaaaagttgtgtattcgatcttaatttattataaaacacgaatattgaatggaaattaagtaatttgtaatttttctgaaggtaaagtaaaccgctgagtcttgaaaatgctatcaaagtctagtcttcattnATTCGACCTCAAAACT-CACAGCTTCAAATG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--A-GTG-----AT-CAAAATA-TT-CG--A-TACAAA
gi|17 : taaaatA--CAT--GAAG-T--TGTTT------AGTTTTTAGATTGTA-AGGGAAA-TT-AA-TAAATATTTTatt
gi|18 : TTCATCAAAGTCCCATACGACCTGAAAACT-CACAGCTTCAa
gi|19 : ATATTCATTAAAGCCCCATACGACCTGAAAACT-TGAAGCTTCAAgtgtt
gi|2 : TAAAATATTTAATAAAGTCCCATACGACTTCAAAACT-CACAGCTTCAAATG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--A-GTA-----AT-AAAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGTGTA-TTCA--GTCTTAA-TTT-ATTACA----AAACACGAATT-TT-AAATGCAAATT--AAAC-AATT--TGTAAGTT--TT-CT---GCTGGTGAAAT-AC-ACTGCTAA--GTATTGA-AAA------------TGTTG---------TTT--AAAA--AAGCCTAGT-CTGG---AT-CCC-------------------T----------TTTCAAAA-TTA-T-G-TGGCGA-AGGTGGGGAACAAAC-TAATGAAG--GCT-GTGT-----GTTTTGTTCG-A-TTG----TC--A---------------------A-------A----------TAT--TTC--AACTAAACTGGGGTGATTT-TATCCATAATATT-TGACTTAAATG-TTTGTTGGGCTATTG-GTTTACACAA-------AGGAAC------TAANNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA--CAC--GAAG-A--TGTGA------AATTTTTGGGCTGTA-AGGG-AC-TT-AA-TGAATATTTT
gi|3 : TAGAATAT-CATTAAAGTCATA-ACG-CTTCAAAACT-CA-AGCTT-AAATG-AACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----GTA-----AC-CAAAATA-TT-CG--AATACAAATTGT--A-TTCA---TCTTAA-TT--ATTACA----AAACACGA-TA-TT-AAATGGAAATT--AA-T-AATT--TGTAATTTATTT-CT---GCAGGTGAAATGAA-ACCGCTAA--GTGTTGA-AAA------------TGTTA---------TTTGTAAAA--AAGC---GTGCTGG---AT-CCC-------------------T----------TTTCAAAA-TTA-A-G-TGGCGA-AGGTGGGGAACAAACTTAATGAAG--GTT-GTGA-----GTTTAGTTCG---TTG----TCA-A--CC-T-----------------------AT-----------T--TTA--AACTAAAT--AGGTGATTTATATC---AATATA-TGACTAAAATGTTTTGTTGGGCTAATT-GTTTACACAAGT-----AGGC----------NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA--CAC--GA---G--TGTGA------AGTTTT-AGGTTGTA---GG-AC-TTAAA-TGACTATT
gi|4 : tAAGACCCCATGTGAACCGAAAACT-CACAGCTTTAAATG-A
gi|4 : tg-CA--A-TATGAAGTACGTA-TTCG--GTTTTCA-TTG-ATAATA----AA-CACGAATA-TT-GGACGCAAACT--AAttttgtctgtagacgcatagcactctatgttgcatgtaggcagcagtcaattcaaaccccgttgattttcatatttattcattgcagccaatatgaagtacgtattcggttttcattgataataaacacgaatattggacgcaaactaagctgaaaagtaatcttgttacgttatgaaagcctggtttggctcccgcccccgattaatccggcgttttcaatatcgacacttacggggattgaggccagactaatgaaagccgagaatctaatccacacctataatcttaacaattatttcttaaccgaagtggagtaatttcatccaaactatttaacta
gi|4 : tgaagaccccatgtgaaccgaaaactcacagctttaaatgattttgtctgtagacgcatagcactctatgttgcatgtaggcagcagtcaattcaaaccccgttgattttcatatttattcattgcagcA--AAGCCTGGT-TTGG---CT-CCCGCCCCCGATTAATCCGGCGT----------TTTCAATATCGACA-C-TTACGG-GGATTGAGGCCAGAC-TAATGAAA--GCC-GAGA-----ATCTAATCCACACCTA----TA--A--TC-T-------TAAC----A-------AT---------TAT--TTCTTAACCGAAGTGGAGTAATTT-CATCCAAACTATT-TAACTAgctgaaaagtaatcttgttacgttatgaaagcctggtttggctcccgcccccgattaatccggcgttttcaatatcgacacttacggggattgaggccagactaatgaaagccgagaatctaatccacacctataatcttaacaattatttcttaaccgaagtggagtaatttcatccaaactatttaacta
gi|5 : tgaagaccccatgtgaaccgaaaactcacagctttaaatgattttgtctgtagacgcatagcactctatgttgcatgtaggcagcagtcaattcaaaccccgttgattttcatatttattcattgcagccaatatgaagtacgtattcggttttcattgataataaacacgaatattggacgcaaactaagctgaaaagtaatcttgttacgttatgT-CACAATA-TT-CG--A-TACAATTT------TT-----TTTT---TTT-A--AGA----AAGCACGAATA-TT-AAATGGAAATT--AGAT-AATT--TGTGATTT--TT-CT---GCAGGTGAAAT-AA-ACTGCTGA--GTATTGA-AAA------------TGCTA-----------T--AAAA--GAGTCTAGT-CTGA---GTCCCC-------------------C----------TTTTAAAA-AAA-A-G-T-----------GGAAACAAAT-TAATGGAA--GAT-ATGT-----GTTTAGTTCT-A-TTG----CCAAA--CC-TATTAGAAT-------A-------AT---------TAG--TTC--AACCAAACTGGGGTGATTG-TATCCATAATATT-T-------AT--------GGGCTATTG-GTTCACACAA-------------------TAATGAAN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATC----A--CAT--GAAG-G--TGTGA------AGTTTTCAGGTCATA-TGGG-ACTTT-AA-TGAATATTT
gi|6 : atATA-TTTCT--A-TACAAATC-TATACTTCAAAGTCTTAAATTC-ATTCCA----A--CACAAATA-TT-GAA--GAAATCCCAACTCAACCCCTGCATTTG--TT-CTTGTGCCAG---AAT-AACACCGCCTACCGACTTGACAGA------------TGCTAAAAACAACCCCT--AAAC--AAGCACATA-CTGG---GC-CCC-------------------T----------TTT-AAAA-CCA-A-GACGGCGACAGGTGGGGAACCAA--TAATAAAGC-ACTAGTG------GTTTA--TCG-A-TTG----TCCGA--AC-T-------C-------ATAGAACCAA---------TA---TTC--AACT--ACTGGGGTG--TT-GATCACTAATATg
gi|7 : atgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatcac-TT-GAATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTG--TT-CT---GCAGGTAAAGT-AA-ACCGCTGA--GTATTGA-AAA------------TGTTA---------TC------A--AAGCCTAGT-CTTATTCAT-CCC-------------------C----------TTTTAAAATCAA-A-G-TGGCGA-A---------------TAATTAAA--GCT-GTGA-----GTTTAGTTCG-A-TTG----TCT-A--TCATAA-----T-------A-------AT---------TATAATTC--AACCAAACTGGGGTGATTT-TATCCA--A-ATC-TCACTAAAATT-TTTGTGAGGCTATTG-GTTCACACGAGT-----ATGAAN------NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTACTTGAAG-G--TGCG-------AGTTTTCAGGTCGTACTGGG-TT-TT-AA-TGAATATTT
gi|8 : GTGAAAT-AA-ACCGCTGA--ATATTGA-AAA------------TGCTA---------TTT--AAAAGAAAGCCTAGT-CTGG---AT-CCC-------------------C----------TTTTAAAA-TTA-AAG-TGGCGA-AGGTGGGGAACAAAC-TAATGAAA--GCT-GTGA-----GTTTAGTTCG-A-TTG----TC--AAACC-T-------TTTAGAATA-------AT---------TAT--TTC--AACTACAATGGGGTGGTTT-TATCCATGATATT-TCACTAAAATG-TTTGTGGGGCTAATG-GTTTACACAAGTATTCAAGANNN------NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA--CAT--GAAG-T--TGTGA------AGTTTTTAGGTTGTA-AGGG-AC-TT-AAGTAAATATTT
gi|9 : T-CAAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGCGTA-TTCA--GCCTTAA-TTT-ATAACA----AAACACGAATA-TT-AAATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTT--TT-CT---ACAGGTGAAAT-AA-ACCGCTAA--GTATTGA-AAA------------TGTTAT--------TTT--TAAA--AAGCCTAGT-CTGG---GT-CCC-------------------T----------CTTCAAAA-TTA-A-G-TGGCGA-AGGTGGGTAACAAAC-TAATGAAG--GCT-GTGA-----GTTTAGTTCG-A-TTG----TCAAA--CC-TTTTAGAAT-------A-------AT---------TAT--TTC--AACTAAACGGAGGTGATTT-TATCCATAATATT-TCACTAAAATG-TTTTTTGGGCTATTC-GTTTACACAGGT-----A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCGATTAATAAAATAGGCTCTCGAGTATTGAATAATAACCCTTTTATGTTATGAAAGCCTAATATTGTCC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 222222222222 4444444444444444 333333333333333333333333333333 11 111111 1111111111111111111111111111111111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 1111111 11 1
lowQualScore : 0 5 4 5 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 4 3 55 3 8 0 4 8888 0 4 4 1111 3 3 44 444 44 55 3 666 4 4 55 4 000000000000 2222222222222222 55 3 6666 3 999999999999999999999999999999 8 777777777 1 888 66 22 7 333333 0 3 3 7777 5555555555555555555555555555555555555555555 55 55 2 2 4 3 4 3 99 2 5 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 66 66 3333 6666666 2 1 00 5 1 5 5
lowQualScore : . . . . ..................................................................... . . . .. . . . . .... . . . .... . . .. ... .. .. . ... . . .. . ............ ................ .. . .... . .............................. . ......... . ... .. .. . ...... . . . .... ........................................... .. .. . . . . . . .. . . . ............................................................................ .. .. .... ....... . . .. . . . .
lowQualScore : 8 6 4 7 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 0 6 00 6 2 7 0 3333 7 0 0 4444 1 1 22 111 66 00 6 444 0 0 55 0 555555555555 7777777777777777 00 6 7777 6 222222222222222222222222222222 0 888888888 4 222 55 33 3 777777 5 6 6 7777 9999999999999999999999999999999999999999999 00 00 1 3 0 5 4 9 55 8 0 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99 99 2222 6666666 2 1 99 7 4 7 7
consensus : TAGAATATTCATTAAAGCCCCATACGACCTGAAAACT-CACAGCTTCAAATG-AACNCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAN--A-GTA-----AT-CAAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGTGTA-TTCG--GTCTTAA-TTT-ATTACA----AAACACGAATA-TT-GAATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTT--TT-CT---GCAGGTGAAAT-AA-ACCGCTGA--GTATTGA-AAA------------TGCTA---------TCT--AAAA--AAGCCTAGT-CTGG---GT-CCC-------------------T----------TTTCAAAA-CNA-A-G-TGGCGA-AGGTGGGGAACAAAC-TAATGAAG--GCT-GTGA-----GTTTAGTTCG-A-TTG----TC--A--CC-T-------T-------A-------AT---------TAT--TTC--AACTAAACTGGGGTGATTT-TATCCATAATATT-TCACTAAAATG-TTTGTNGGGCTATTG-GTTCACACAAGT-----AGGNAC------TAANGGAN-CNNNANTGCNGGGNNNNANCTNNCCCCAGTAACAAGACGAAATCNNNGA--CAC--GAAG-G--TGTGA------AGTTTTCAGGTCGTA-NGGG-AC-TT-AA-TGAATATTTT
Reference ( family-2065 ) : TAGAATATTCATTAAAGCCCCATACGACCTGAAAACT-CACAGCTTCAAATG-AACNCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAN--A-GTA-----AT-CAAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGTGTA-TTCG--GTCTTAA-TTT-ATTACA----AAACACGAATA-TT-GAATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTT--TT-CT---GCAGGTGAAAT-AA-ACCGCTGA--GTATTGA-AAA------------TGCTA---------TCT--AAAA--AAGCCTAGT-CTGG---GT-CCC-------------------T----------TTTCAAAA-CNA-A-G-TGGCGA-AGGTGGGGAACAAAC-TAATGAAG--GCT-GTGA-----GTTTAGTTCG-A-TTG----TC--A--CC-T-------T-------A-------AT---------TAT--TTC--AACTAAACTGGGGTGATTT-TATCCATAATATT-TCACTAAAATG-TTTGTNGGGCTATTG-GTTCACACAAGT-----AGGNAC------TAANGGAN-CNNNANTGCNGGGNNNNANCTNNCCCCAGTAACAAGACGAAATCNNNGA--CAC--GAAG-G--TGTGA------AGTTTTCAGGTCGTA-NGGG-AC-TT-AA-TGAATATTTT
gi|1 : ATATTCATGAAAGCCTTATACGATCCGAAAACT-CACAGCTTCAATTA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAC--ATGTACATGTAT-C----TA-TT-CATAA-TATGAGTTATGTA-TTCG--GTCTTCA-TTT-ACTGTATTATAAACACAAATAATTAGTATAGGAATT--AAA--AATA--TATAATTT--TT-CT---AGAGGTAAAAT-AA-GGTCATGA--GTAATGA-AAA------------TGCTA---------C------GA--AAGCCTAGT--TGC---GT-CCC-------------------T----------T----GCA-CT---------CGA---GTGG----TAGAC-TATTAAAGAAATT-GTGAGTGACGTTTAGTTCA-A-TAC----TCATA--CC-TTTTAAGAT-------A-------AT---------TAT--T-----ACTTAAC-----CAATTT-CATCCAAAATATT-TCACTAAAATA-TTTGTGGGGATATTA-ATTGACACACGT--------TACTGTTTTTAAAAGAG-TATTAGTATGGAAATGAATTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN--NAAG-GCCTTTGAAGCGTGAGTTTCCGGGTGGTA-TAGG-GCTTT-AA-TGAATATTT
gi|10 : ACAC---AAACACGAATA-AT-CAATATAGAAT--AACT-AATG--TATAATTC--CA-TT---AATTGTAAAAT-AA-ACTTTTGA--GTATTGA-AAAGTAACCGTGGAATGTTA---------T------GA--AAACATAGT-TTG-----T-TCC-------------------TCGCCACTCCGTTTAAAAA-CAG-A-G-TCGCGG-GAATGGGGAGTAGAC-TAACGAAA--GAT-GTGA-----ATTTAGTTCT-A-TTAGTATTC--AATCC-TA------T-------ATAC----ATGTATAAAAACAT--TTC--AACTAAATTAGGGg
gi|11 : actgtgttaG---GC-CCC-------------------T----------TTT-AAAA-CCA-A-GACGGCGACAGGTGGGGAACCAA--TAATAAAGC-ACTAGTG------GTTTA--TCG-A-TTG----TCCGA--AC-T-------C-------ATAGAACCAA---------TAT--T-C--AACTA--CTGGGGTG--TT-GATCACTAATATTATCACTACA--------TA---CAATTGTGTTCACCCAAAC------GTGAC------TAAGGGGTTCCGAATTGCTGGGTACTAACTCTCCCCAGTAACAAGACGAAATC----A--CAT--GAAGCT--TGTGG------A-TTTTCAAGTCATA-TGGatatcagttgacatagtcactattgtttagaaagagcttgaatgtggaaa
gi|12 : AAACT-CACAGCTTCAAATG-AATCCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTA-GTGG----ATGCAAAATAATT-CG--A-TACCAATTGTATA-TTCA--GTCTTAA-TTTTATTACA----AAACACGAAAA-TT-AAAAGGAAATT--AGAT-AATT--TGTATTGT--TT-CT---GCctggcacgtatgaatttattga
gi|13 : tattcgaactcCGACTT--AAACTTCACAGCTTTA--TGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--A-GTA-----TT-CACAATA-TT-CG--A----AAATT-TGTA-TTCA--ATTTTA--TTT-ATTACA----AAACACAAATA-TT-GAATGGAAATT--AGA--AA-T--TGT--TTT--TTACT---GCA
gi|14 : ccgtAAAATA-TT-CT--G-TAAAAGTTGTGTA-TTCG--ATCTTAA-TTT-ATTATA----AAACACGAATA-TT-GAATGGAAATT--AAGT-AATT--TGTAATTT--TT-CT---GAAGGTAAAGT-AA-ACCGCTGA--GTCTTGA-AAA------------TGCTA---------TC------A--AAGTCTAGT-CT
gi|14 : TA-TT-GAATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTtcattntattgaatggaaattaaataatttgtaatt
gi|15 : aaaatattctgtaaaagttgtgtattcgatcttaatttattataaaacacgaatattgaatggaaattaagtaatttgtaatttttctgaaggtaaagtaaaccgctgagtcttgaaaatgctatcaaagtctagtcttcattnATTCGACCTCAAAACT-CACAGCTTCAAATG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--A-GTG-----AT-CAAAATA-TT-CG--A-TACAAA
gi|17 : taaaatA--CAT--GAAG-T--TGTTT------AGTTTTTAGATTGTA-AGGGAAA-TT-AA-TAAATATTTTatt
gi|18 : TTCATCAAAGTCCCATACGACCTGAAAACT-CACAGCTTCAa
gi|19 : ATATTCATTAAAGCCCCATACGACCTGAAAACT-TGAAGCTTCAAgtgtt
gi|2 : TAAAATATTTAATAAAGTCCCATACGACTTCAAAACT-CACAGCTTCAAATG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--A-GTA-----AT-AAAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGTGTA-TTCA--GTCTTAA-TTT-ATTACA----AAACACGAATT-TT-AAATGCAAATT--AAAC-AATT--TGTAAGTT--TT-CT---GCTGGTGAAAT-AC-ACTGCTAA--GTATTGA-AAA------------TGTTG---------TTT--AAAA--AAGCCTAGT-CTGG---AT-CCC-------------------T----------TTTCAAAA-TTA-T-G-TGGCGA-AGGTGGGGAACAAAC-TAATGAAG--GCT-GTGT-----GTTTTGTTCG-A-TTG----TC--A---------------------A-------A----------TAT--TTC--AACTAAACTGGGGTGATTT-TATCCATAATATT-TGACTTAAATG-TTTGTTGGGCTATTG-GTTTACACAA-------AGGAAC------TAANNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA--CAC--GAAG-A--TGTGA------AATTTTTGGGCTGTA-AGGG-AC-TT-AA-TGAATATTTT
gi|3 : TAGAATAT-CATTAAAGTCATA-ACG-CTTCAAAACT-CA-AGCTT-AAATG-AACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----GTA-----AC-CAAAATA-TT-CG--AATACAAATTGT--A-TTCA---TCTTAA-TT--ATTACA----AAACACGA-TA-TT-AAATGGAAATT--AA-T-AATT--TGTAATTTATTT-CT---GCAGGTGAAATGAA-ACCGCTAA--GTGTTGA-AAA------------TGTTA---------TTTGTAAAA--AAGC---GTGCTGG---AT-CCC-------------------T----------TTTCAAAA-TTA-A-G-TGGCGA-AGGTGGGGAACAAACTTAATGAAG--GTT-GTGA-----GTTTAGTTCG---TTG----TCA-A--CC-T-----------------------AT-----------T--TTA--AACTAAAT--AGGTGATTTATATC---AATATA-TGACTAAAATGTTTTGTTGGGCTAATT-GTTTACACAAGT-----AGGC----------NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA--CAC--GA---G--TGTGA------AGTTTT-AGGTTGTA---GG-AC-TTAAA-TGACTATT
gi|4 : tAAGACCCCATGTGAACCGAAAACT-CACAGCTTTAAATG-A
gi|4 : tg-CA--A-TATGAAGTACGTA-TTCG--GTTTTCA-TTG-ATAATA----AA-CACGAATA-TT-GGACGCAAACT--AAttttgtctgtagacgcatagcactctatgttgcatgtaggcagcagtcaattcaaaccccgttgattttcatatttattcattgcagccaatatgaagtacgtattcggttttcattgataataaacacgaatattggacgcaaactaagctgaaaagtaatcttgttacgttatgaaagcctggtttggctcccgcccccgattaatccggcgttttcaatatcgacacttacggggattgaggccagactaatgaaagccgagaatctaatccacacctataatcttaacaattatttcttaaccgaagtggagtaatttcatccaaactatttaacta
gi|4 : tgaagaccccatgtgaaccgaaaactcacagctttaaatgattttgtctgtagacgcatagcactctatgttgcatgtaggcagcagtcaattcaaaccccgttgattttcatatttattcattgcagcA--AAGCCTGGT-TTGG---CT-CCCGCCCCCGATTAATCCGGCGT----------TTTCAATATCGACA-C-TTACGG-GGATTGAGGCCAGAC-TAATGAAA--GCC-GAGA-----ATCTAATCCACACCTA----TA--A--TC-T-------TAAC----A-------AT---------TAT--TTCTTAACCGAAGTGGAGTAATTT-CATCCAAACTATT-TAACTAgctgaaaagtaatcttgttacgttatgaaagcctggtttggctcccgcccccgattaatccggcgttttcaatatcgacacttacggggattgaggccagactaatgaaagccgagaatctaatccacacctataatcttaacaattatttcttaaccgaagtggagtaatttcatccaaactatttaacta
gi|5 : tgaagaccccatgtgaaccgaaaactcacagctttaaatgattttgtctgtagacgcatagcactctatgttgcatgtaggcagcagtcaattcaaaccccgttgattttcatatttattcattgcagccaatatgaagtacgtattcggttttcattgataataaacacgaatattggacgcaaactaagctgaaaagtaatcttgttacgttatgT-CACAATA-TT-CG--A-TACAATTT------TT-----TTTT---TTT-A--AGA----AAGCACGAATA-TT-AAATGGAAATT--AGAT-AATT--TGTGATTT--TT-CT---GCAGGTGAAAT-AA-ACTGCTGA--GTATTGA-AAA------------TGCTA-----------T--AAAA--GAGTCTAGT-CTGA---GTCCCC-------------------C----------TTTTAAAA-AAA-A-G-T-----------GGAAACAAAT-TAATGGAA--GAT-ATGT-----GTTTAGTTCT-A-TTG----CCAAA--CC-TATTAGAAT-------A-------AT---------TAG--TTC--AACCAAACTGGGGTGATTG-TATCCATAATATT-T-------AT--------GGGCTATTG-GTTCACACAA-------------------TAATGAAN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATC----A--CAT--GAAG-G--TGTGA------AGTTTTCAGGTCATA-TGGG-ACTTT-AA-TGAATATTT
gi|6 : atATA-TTTCT--A-TACAAATC-TATACTTCAAAGTCTTAAATTC-ATTCCA----A--CACAAATA-TT-GAA--GAAATCCCAACTCAACCCCTGCATTTG--TT-CTTGTGCCAG---AAT-AACACCGCCTACCGACTTGACAGA------------TGCTAAAAACAACCCCT--AAAC--AAGCACATA-CTGG---GC-CCC-------------------T----------TTT-AAAA-CCA-A-GACGGCGACAGGTGGGGAACCAA--TAATAAAGC-ACTAGTG------GTTTA--TCG-A-TTG----TCCGA--AC-T-------C-------ATAGAACCAA---------TA---TTC--AACT--ACTGGGGTG--TT-GATCACTAATATg
gi|7 : atgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatcac-TT-GAATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTG--TT-CT---GCAGGTAAAGT-AA-ACCGCTGA--GTATTGA-AAA------------TGTTA---------TC------A--AAGCCTAGT-CTTATTCAT-CCC-------------------C----------TTTTAAAATCAA-A-G-TGGCGA-A---------------TAATTAAA--GCT-GTGA-----GTTTAGTTCG-A-TTG----TCT-A--TCATAA-----T-------A-------AT---------TATAATTC--AACCAAACTGGGGTGATTT-TATCCA--A-ATC-TCACTAAAATT-TTTGTGAGGCTATTG-GTTCACACGAGT-----ATGAAN------NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTACTTGAAG-G--TGCG-------AGTTTTCAGGTCGTACTGGG-TT-TT-AA-TGAATATTT
gi|8 : GTGAAAT-AA-ACCGCTGA--ATATTGA-AAA------------TGCTA---------TTT--AAAAGAAAGCCTAGT-CTGG---AT-CCC-------------------C----------TTTTAAAA-TTA-AAG-TGGCGA-AGGTGGGGAACAAAC-TAATGAAA--GCT-GTGA-----GTTTAGTTCG-A-TTG----TC--AAACC-T-------TTTAGAATA-------AT---------TAT--TTC--AACTACAATGGGGTGGTTT-TATCCATGATATT-TCACTAAAATG-TTTGTGGGGCTAATG-GTTTACACAAGTATTCAAGANNN------NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA--CAT--GAAG-T--TGTGA------AGTTTTTAGGTTGTA-AGGG-AC-TT-AAGTAAATATTT
gi|9 : T-CAAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGCGTA-TTCA--GCCTTAA-TTT-ATAACA----AAACACGAATA-TT-AAATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTT--TT-CT---ACAGGTGAAAT-AA-ACCGCTAA--GTATTGA-AAA------------TGTTAT--------TTT--TAAA--AAGCCTAGT-CTGG---GT-CCC-------------------T----------CTTCAAAA-TTA-A-G-TGGCGA-AGGTGGGTAACAAAC-TAATGAAG--GCT-GTGA-----GTTTAGTTCG-A-TTG----TCAAA--CC-TTTTAGAAT-------A-------AT---------TAT--TTC--AACTAAACGGAGGTGATTT-TATCCATAATATT-TCACTAAAATG-TTTTTTGGGCTATTC-GTTTACACAGGT-----A
blockSeqs : C T T CCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTAGTGG G A T . A G C AAAG A T C . . CC CTC CC AT A TGT G C CC C GTAACCGTGGAA AAAACAACCCCTAA GA G TTCA C GCCCCCGATTAATCCGGCGT A TCGACAC C CAG CT C A A C C GTAT AATCCTATATACATGTATAAAAA AA TT T A A T A C GT A T C GTATTCAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG AT TT CT G C C CT A T A G
blockSeqs : G . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTA . . . . . G . AG . . . . . . CT . . . . . . . . . TTTGTAA . . G . TCGCCACTCCG C CCAAGA G CAG C C A T . . . CGAACTCATAGAACCAA . . T A . T . G G T . T GTATGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . T T T T T . . . .
blockSeqs : G . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTG . . . . . G . AA . . . . . . AT . . . . . . . . . TTTTTA . . A . T C CCAAGA G GA C . . A . . . AAACCTATTAGAATAAT . . T A . A . G T T . T AGGAACTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG . . A A T T A . . . .
blockSeqs : C . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTA . . . . . G . GA . . . . . . GT . . . . . . . . . TTTAA . . A . T C TCAAAG G AG C . . A . . . CGAACTCATAGAACCAA . . T A . T . A G G . C ACGTGACTAAGGGGTTCCGAATTGCTGGGTACTAACTCTCCCCAGTAACAAGACGAAATC . . G A C T A . . . .
blockSeqs : C . . ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTA . . . . . A . AG . . . . . . AT . . . . . . . . . TTTAA . . C . T T TTAAAG T AG T . . T . . . AAACCTTTTAGAATAAT . . T A . T . C G G . C GTAGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG . . G A C C T . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . G . GG . . . . . . AC . . . . . . . . . TAA . . G . C T CAGAG G GG C . . A . . . AAACCTTTTAGAATAAT . . T G . T . C . T . T TAATGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATC . . G A T C A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . AG . . . . . . AT . . . . . . . . . TC . . G . T T TTATG G AG C . . A . . . TATCATAATAAT . . T A . T . C . . . T . . T . . T .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . AT . . . . . . . . . TC . . A . C C TTAAG G AG . . . A . . . ATCTTAACAAT . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . T . . G . C . AAAAG G A . . . . . . . AACCTAT . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . T . TTAAG . . . . . . . . . AAA . . .
blockSeqs : . . . T .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ** **** AT* TCTAA*********** TCAAAG*** AG* ** A***** G*** A******
originalCons : TAGAATATTCATTAAAGCCCCATACGACCTGAAAACT-CACAGCTTCAAATG-AACNCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAN--A-GTA-----AT-CAAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGTGTA-TTCG--GTCTTAA-TTT-ATTACA----AAACACGAATA-TT-GAATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTT--TT-CT---GCAGGTGAAAT-AA-ACCGCTGA--GTATTGA-AAA------------TGCTA---------TCT--AAAA--AAGCCTAGT-CTGG---GT-CCC-------------------T----------TTTCAAAA-CNA-A-G-TGGCGA-AGGTGGGGAACAAAC-TAATGAAG--GCT-GTGA-----GTTTAGTTCG-A-TTG----TC--A--CC-T-------T-------A-------AT---------TAT--TTC--AACTAAACTGGGGTGATTT-TATCCATAATATT-TCACTAAAATG-TTTGTNGGGCTATTG-GTTCACACAAGT-----AGGNAC------TAANGGAN-CNNNANTGCNGGGNNNNANCTNNCCCCAGTAACAAGACGAAATCNNNGA--CAC--GAAG-G--TGTGA------AGTTTTCAGGTCGTA-NGGG-AC-TT-AA-TGAATATTTT
finalCons : TAGAATATTCATTAAAGCCCCATACGACCTGAAAACT-CACAGCTTCAAATG-AACNCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAN--A-GTA-----AT-CAAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGTGTA-TTCG--GTCTTAA-TTT-ATTACA----AAACACGAATA-TT-GAATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTT--TT-CT---GCAGGTGAAAT-AA-ACCGCTGA--GTATTGA-AAA------------TGCTATCTAA-----------AA--AAGCCTAGT-CTGG---GT-CCC-------------------T----------TTTCAAAATCAAAG---TGGCGAAG-GTGGGGAACAAAC-TAATGAAG--GCT-GTGA-----GTTTAGTTCG-A-TTG----TC--A--CC-T-------T-------A-------AT---------TAT--TTC--AACTAAACTGGGGTGATTT-TATCCATAATATT-TCACTAAAATG-TTTGTNGGGCTATTG-GTTCACACAAGT-----AGGNAC------TAANGGAN-CNNNANTGCNGGGNNNNANCTNNCCCCAGTAACAAGACGAAATCNNNGA--CAC--GAAGG---TGTGA------AGTTTTCAGGTCGTA-NGGG-AC-TT-AA-TGAATATTTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCGATTAATAAAATAGGCTCTCGAGTATTGAATAATAACCCTTTTATGTTATGAAAGCCTAATATTGTCC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 222222222222 4444444444444444 333333333333333333333333333333 11 111111 111111111111111111111111111111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 1111111 11 1
lowQualScore : 0 5 4 5 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 4 3 55 3 8 0 4 8888 0 4 4 1111 3 3 44 444 44 55 3 666 4 4 55 4 000000000000 2222222222222222 55 3 6666 55 000000000000000000000000000000 8 0 5 44 7 0 2 3 22 7 333333 0 3 3 7777 555555555555555555555555555555555555555 55 55 2 2 4 3 4 3 99 2 5 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 66 66 3333 6666666 2 1 00 7 5 5
lowQualScore : . . . . ..................................................................... . . . .. . . . . .... . . . .... . . .. ... .. .. . ... . . .. . ............ ................ .. . .... .. .............................. . . . .. . . . . .. . ...... . . . .... ....................................... .. .. . . . . . . .. . . . ............................................................................ .. .. .... ....... . . .. . . .
lowQualScore : 8 6 4 7 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 0 6 00 6 2 7 0 3333 7 0 0 4444 1 1 22 111 66 00 6 444 0 0 55 0 555555555555 7777777777777777 00 6 7777 00 222222222222222222222222222222 0 5 7 22 3 5 8 6 33 3 777777 5 6 6 7777 999999999999999999999999999999999999999 00 00 1 3 0 5 4 9 55 8 0 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99 99 2222 6666666 2 1 99 1 7 7
consensus : TAGAATATTCATTAAAGCCCCATACGACCTGAAAACT-CACAGCTTCAAATG-AACNCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAN--A-GTA-----AT-CAAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGTGTA-TTCG--GTCTTAA-TTT-ATTACA----AAACACGAATA-TT-GAATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTT--TT-CT---GCAGGTGAAAT-AA-ACCGCTGA--GTATTGA-AAA------------TGCTA---------TCT--AAAA--AAGCCTAGT-CTGG---GT--CCC-------------------TT---------TTCAAAATCAA-AGTGGCGA-AGGTGGGGAACAAACT-AATGAAG--GCT-GTGA-----GTTTAGTTCG-A-TTG----TCA-A--CC-T-------T---A-------AT---------TAT--TTC--AACTAAACTGGGGTGATTT-TATCCATAATATT-TCACTAAAATG-TTTGTNGGGCTATTG-GTTCACACAAGT-----AGGNAC------TAANGGA-NCNNNANTGCNGGGNNNNANCTNNCCCCAGTAACAAGACGAAATCNNNGA--CAC--GAAG-G--TGTGA------AGTTTTCAGGTCGTA-NGGGAC-TT-AA-TGAATATTTT
Reference ( family-2065 ) : TAGAATATTCATTAAAGCCCCATACGACCTGAAAACT-CACAGCTTCAAATG-AACNCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAN--A-GTA-----AT-CAAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGTGTA-TTCG--GTCTTAA-TTT-ATTACA----AAACACGAATA-TT-GAATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTT--TT-CT---GCAGGTGAAAT-AA-ACCGCTGA--GTATTGA-AAA------------TGCTA---------TCT--AAAA--AAGCCTAGT-CTGG---GT--CCC-------------------TT---------TTCAAAATCAA-AGTGGCGA-AGGTGGGGAACAAACT-AATGAAG--GCT-GTGA-----GTTTAGTTCG-A-TTG----TC--A--CC-T-------T---A-------AT---------TAT--TTC--AACTAAACTGGGGTGATTT-TATCCATAATATT-TCACTAAAATG-TTTGTNGGGCTATTG-GTTCACACAAGT-----AGGNAC------TAANGGA-NCNNNANTGCNGGGNNNNANCTNNCCCCAGTAACAAGACGAAATCNNNGA--CAC--GAAG-G--TGTGA------AGTTTTCAGGTCGTA-NGGGAC-TT-AA-TGAATATTTT
gi|1 : ATATTCATGAAAGCCTTATACGATCCGAAAACT-CACAGCTTCAATTA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAC--ATGTACATGTAT-C----TA-TT-CATAA-TATGAGTTATGTA-TTCG--GTCTTCA-TTT-ACTGTATTATAAACACAAATAATTAGTATAGGAATT--AAA--AATA--TATAATTT--TT-CT---AGAGGTAAAAT-AA-GGTCATGA--GTAATGA-AAA------------TGCTA---------C------GA--AAGCCTAGT--TGC---GT--CCC-------------------TT------------GCACTC-G-AGTGG--------------TAGACT-ATTAAAGAAATT-GTGAGTGACGTTTAGTTCA-A-TAC----TCATA--CC-TTTTAAGAT---A-------AT---------TAT--T-----ACTTAAC-----CAATTT-CATCCAAAATATT-TCACTAAAATA-TTTGTGGGGATATTA-ATTGACACACGT--------TACTGTTTTTAAAAGA-GTATTAGTATGGAAATGAATTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN--NAAG-GCCTTTGAAGCGTGAGTTTCCGGGTGGTA-TAGGGCTTT-AA-TGAATATTT
gi|10 : ACAC---AAACACGAATA-AT-CAATATAGAAT--AACT-AATG--TATAATTC--CA-TT---AATTGTAAAAT-AA-ACTTTTGA--GTATTGA-AAAGTAACCGTGGAATGTTA---------T------GA--AAACATAGT-TTG-----T--TCC-------------------TCGCCACTCCGTTTAAAAACAG-AGTCGCGG-GAATGGGGAGTAGACT-AACGAAA--GAT-GTGA-----ATTTAGTTCT-A-TTAGTATTC--AATCC-TA------T---ATAC----ATGTATAAAAACAT--TTC--AACTAAATTAGGGg
gi|11 : actgtgttaG---GC--CCC-------------------TT---------TT-AAAACCAA-GACGGCGACAGGTGGGGAACCAA-T-AATAAAGC-ACTAGTG------GTTTA--TCG-A-TTG----TCCGA--AC-T-------C---ATAGAACCAA---------TAT--T-C--AACTA--CTGGGGTG--TT-GATCACTAATATTATCACTACA--------TA---CAATTGTGTTCACCCAAAC------GTGAC------TAAGGGGTTCCGAATTGCTGGGTACTAACTCTCCCCAGTAACAAGACGAAATC----A--CAT--GAAGCT--TGTGG------A-TTTTCAAGTCATA-TGGatatcagttgacatagtcactattgtttagaaagagcttgaatgtggaaa
gi|12 : AAACT-CACAGCTTCAAATG-AATCCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTA-GTGG----ATGCAAAATAATT-CG--A-TACCAATTGTATA-TTCA--GTCTTAA-TTTTATTACA----AAACACGAAAA-TT-AAAAGGAAATT--AGAT-AATT--TGTATTGT--TT-CT---GCctggcacgtatgaatttattga
gi|13 : tattcgaactcCGACTT--AAACTTCACAGCTTTA--TGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--A-GTA-----TT-CACAATA-TT-CG--A----AAATT-TGTA-TTCA--ATTTTA--TTT-ATTACA----AAACACAAATA-TT-GAATGGAAATT--AGA--AA-T--TGT--TTT--TTACT---GCA
gi|14 : ccgtAAAATA-TT-CT--G-TAAAAGTTGTGTA-TTCG--ATCTTAA-TTT-ATTATA----AAACACGAATA-TT-GAATGGAAATT--AAGT-AATT--TGTAATTT--TT-CT---GAAGGTAAAGT-AA-ACCGCTGA--GTCTTGA-AAA------------TGCTA---------TC------A--AAGTCTAGT-CT
gi|14 : TA-TT-GAATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTtcattntattgaatggaaattaaataatttgtaatt
gi|15 : aaaatattctgtaaaagttgtgtattcgatcttaatttattataaaacacgaatattgaatggaaattaagtaatttgtaatttttctgaaggtaaagtaaaccgctgagtcttgaaaatgctatcaaagtctagtcttcattnATTCGACCTCAAAACT-CACAGCTTCAAATG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--A-GTG-----AT-CAAAATA-TT-CG--A-TACAAA
gi|17 : taaaatA--CAT--GAAG-T--TGTTT------AGTTTTTAGATTGTA-AGGGAAATT-AA-TAAATATTTTatt
gi|18 : TTCATCAAAGTCCCATACGACCTGAAAACT-CACAGCTTCAa
gi|19 : ATATTCATTAAAGCCCCATACGACCTGAAAACT-TGAAGCTTCAAgtgtt
gi|2 : TAAAATATTTAATAAAGTCCCATACGACTTCAAAACT-CACAGCTTCAAATG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--A-GTA-----AT-AAAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGTGTA-TTCA--GTCTTAA-TTT-ATTACA----AAACACGAATT-TT-AAATGCAAATT--AAAC-AATT--TGTAAGTT--TT-CT---GCTGGTGAAAT-AC-ACTGCTAA--GTATTGA-AAA------------TGTTG---------TTT--AAAA--AAGCCTAGT-CTGG---AT--CCC-------------------TT---------TTCAAAATT-A-TGTGGCGA-AGGTGGGGAACAAACT-AATGAAG--GCT-GTGT-----GTTTTGTTCG-A-TTG----TC--A-----------------A-------A----------TAT--TTC--AACTAAACTGGGGTGATTT-TATCCATAATATT-TGACTTAAATG-TTTGTTGGGCTATTG-GTTTACACAA-------AGGAAC------TAANNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA--CAC--GAAG-A--TGTGA------AATTTTTGGGCTGTA-AGGGAC-TT-AA-TGAATATTTT
gi|3 : TAGAATAT-CATTAAAGTCATA-ACG-CTTCAAAACT-CA-AGCTT-AAATG-AACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----GTA-----AC-CAAAATA-TT-CG--AATACAAATTGT--A-TTCA---TCTTAA-TT--ATTACA----AAACACGA-TA-TT-AAATGGAAATT--AA-T-AATT--TGTAATTTATTT-CT---GCAGGTGAAATGAA-ACCGCTAA--GTGTTGA-AAA------------TGTTA---------TTTGTAAAA--AAGC---GTGCTGG---AT--CCC-------------------TT---------TTCAAAATTAA--GTGGCGA-AGGTGGGGAACAAACTTAATGAAG--GTT-GTGA-----GTTTAGTTCG---TTG----TCA-A--CC-T-------------------AT-----------T--TTA--AACTAAAT--AGGTGATTTATATC---AATATA-TGACTAAAATGTTTTGTTGGGCTAATT-GTTTACACAAGT-----AGGC----------NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA--CAC--GA---G--TGTGA------AGTTTT-AGGTTGTA---GGAC-TTAAA-TGACTATT
gi|4 : tAAGACCCCATGTGAACCGAAAACT-CACAGCTTTAAATG-A
gi|4 : tg-CA--A-TATGAAGTACGTA-TTCG--GTTTTCA-TTG-ATAATA----AA-CACGAATA-TT-GGACGCAAACT--AAttttgtctgtagacgcatagcactctatgttgcatgtaggcagcagtcaattcaaaccccgttgattttcatatttattcattgcagccaatatgaagtacgtattcggttttcattgataataaacacgaatattggacgcaaactaagctgaaaagtaatcttgttacgttatgaaagcctggtttggctcccgcccccgattaatccggcgttttcaatatcgacacttacggggattgaggccagactaatgaaagccgagaatctaatccacacctataatcttaacaattatttcttaaccgaagtggagtaatttcatccaaactatttaacta
gi|4 : tgaagaccccatgtgaaccgaaaactcacagctttaaatgattttgtctgtagacgcatagcactctatgttgcatgtaggcagcagtcaattcaaaccccgttgattttcatatttattcattgcagcA--AAGCCTGGT-TTGG---CT--CCCGCCCCCGATTAATCCGGCGTT---------TTCAATATCGACACTTACGG-GGATTGAGGCCAGACT-AATGAAA--GCC-GAGA-----ATCTAATCCACACCTA----TA--A--TC-T-------TAACA-------AT---------TAT--TTCTTAACCGAAGTGGAGTAATTT-CATCCAAACTATT-TAACTAgctgaaaagtaatcttgttacgttatgaaagcctggtttggctcccgcccccgattaatccggcgttttcaatatcgacacttacggggattgaggccagactaatgaaagccgagaatctaatccacacctataatcttaacaattatttcttaaccgaagtggagtaatttcatccaaactatttaacta
gi|5 : tgaagaccccatgtgaaccgaaaactcacagctttaaatgattttgtctgtagacgcatagcactctatgttgcatgtaggcagcagtcaattcaaaccccgttgattttcatatttattcattgcagccaatatgaagtacgtattcggttttcattgataataaacacgaatattggacgcaaactaagctgaaaagtaatcttgttacgttatgT-CACAATA-TT-CG--A-TACAATTT------TT-----TTTT---TTT-A--AGA----AAGCACGAATA-TT-AAATGGAAATT--AGAT-AATT--TGTGATTT--TT-CT---GCAGGTGAAAT-AA-ACTGCTGA--GTATTGA-AAA------------TGCTA-----------T--AAAA--GAGTCTAGT-CTGA---GTCCCCC-------------------TT---------TTAAAAA--AA-AGT-----------GGAAACAAATT-AATGGAA--GAT-ATGT-----GTTTAGTTCT-A-TTG----CCAAA--CC-TATTAGAAT---A-------AT---------TAG--TTC--AACCAAACTGGGGTGATTG-TATCCATAATATT-T-------AT--------GGGCTATTG-GTTCACACAA-------------------TAATGAA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATC----A--CAT--GAAG-G--TGTGA------AGTTTTCAGGTCATA-TGGGACTTT-AA-TGAATATTT
gi|6 : atATA-TTTCT--A-TACAAATC-TATACTTCAAAGTCTTAAATTC-ATTCCA----A--CACAAATA-TT-GAA--GAAATCCCAACTCAACCCCTGCATTTG--TT-CTTGTGCCAG---AAT-AACACCGCCTACCGACTTGACAGA------------TGCTAAAAACAACCCCT--AAAC--AAGCACATA-CTGG---GC--CCC-------------------TT---------TT-AAAACCAA-GACGGCGACAGGTGGGGAACCAA-T-AATAAAGC-ACTAGTG------GTTTA--TCG-A-TTG----TCCGA--AC-T-------C---ATAGAACCAA---------TA---TTC--AACT--ACTGGGGTG--TT-GATCACTAATATg
gi|7 : atgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatcac-TT-GAATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTG--TT-CT---GCAGGTAAAGT-AA-ACCGCTGA--GTATTGA-AAA------------TGTTA---------TC------A--AAGCCTAGT-CTTATTCAT--CCC-------------------CT---------TTTAAAATCAA-AGTGGCGA-A--------------T-AATTAAA--GCT-GTGA-----GTTTAGTTCG-A-TTG----TCT-A--TCATAA-----T---A-------AT---------TATAATTC--AACCAAACTGGGGTGATTT-TATCCA--A-ATC-TCACTAAAATT-TTTGTGAGGCTATTG-GTTCACACGAGT-----ATGAAN------NNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTACTTGAAG-G--TGCG-------AGTTTTCAGGTCGTACTGGGTT-TT-AA-TGAATATTT
gi|8 : GTGAAAT-AA-ACCGCTGA--ATATTGA-AAA------------TGCTA---------TTT--AAAAGAAAGCCTAGT-CTGG---AT--CCC-------------------CT---------TTTAAAATTAA-AGTGGCGA-AGGTGGGGAACAAACT-AATGAAA--GCT-GTGA-----GTTTAGTTCG-A-TTG----TCAAA--CC-TTTTAGAAT---A-------AT---------TAT--TTC--AACTACAATGGGGTGGTTT-TATCCATGATATT-TCACTAAAATG-TTTGTGGGGCTAATG-GTTTACACAAGTATTCAAGANNN------NNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA--CAT--GAAG-T--TGTGA------AGTTTTTAGGTTGTA-AGGGAC-TT-AAGTAAATATTT
gi|9 : T-CAAAATA-TT-CG--A-TACAAATTGCGTA-TTCA--GCCTTAA-TTT-ATAACA----AAACACGAATA-TT-AAATGGAAATT--AAAT-AATT--TGTAATTT--TT-CT---ACAGGTGAAAT-AA-ACCGCTAA--GTATTGA-AAA------------TGTTAT--------TTT--TAAA--AAGCCTAGT-CTGG---GT--CCC-------------------TC---------TTCAAAATT-A-AGTGGCGA-AGGTGGGTAACAAACT-AATGAAG--GCT-GTGA-----GTTTAGTTCG-A-TTG----TCAAA--CC-TTTTAGAAT---A-------AT---------TAT--TTC--AACTAAACGGAGGTGATTT-TATCCATAATATT-TCACTAAAATG-TTTTTTGGGCTATTC-GTTTACACAGGT-----A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCGATTAATAAAATAGGCTCTCGAGTATTGAATAATAACCCTTTTATGTTATGAAAGCCTAATATTGTCC