lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 444444444444 11 11 77777777777777 111 4444444444444444444444444444 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22 111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11
lowQualScore : 0 8 777777777777 3 3 77777 22 5 3 88 3 22222222222222 1 33 888888 2 000 0 3333333333333333333333333333 2 444 777777 1 2 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 0 2 2 5555 00 444444444 33 555 4 3 9999999 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 77
lowQualScore : . . ............ . . ..... .. . . .. . .............. . .. ...... . ... . ............................ . ... ...... . . . ............................................................................................... . . . . .... .. ......... .. ... . . ....... ......................................................................................................................................................................... ..
lowQualScore : 7 0 000000000000 3 1 77777 11 5 1 11 3 22222222222222 5 99 222222 9 111 6 3333333333333333333333333333 5 444 222222 8 5 5 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 2 7 7 7777 55 444444444 99 444 2 1 6666666 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22
consensus : NNNTTTAA-GGTC--ATANAATACCCAAGATT-TTGGACGCATCAAAT-GA-----AGT-AGGAT-TTT-GCTGTGTT-TC-ATACGTGAGNTTTTCTATT--A------T-TTGA--TCAAACA--ACGA----N--G-TAA--ATCGGTC-A---T------TAATACA-TGAAA-TGCAC----CA--A------TA----A---AAAGA----------TGTT-T-----TTG-A-------AGGA---TTT--CGATTTTTGG--GT-AAT-GT-TTTTCCATTG-AA-TTTTC----AAGTAAAGA-T-T-GTG-AATAA--T---GCAAAA-AT------AAA--G-GTGG----T--TTCA---T---G-G--AAA-TTTNTT---TTG-TGGTAAATA--T-G---N--TTTTAG-CA------ATA--TTAAAACA-AT-T-----T-AC-GAAA-T-----A--TTTA---TA-C--AAAATTCTA-TAACA-A--TTTTT-GGT---GGGTATCCTATGT
Reference ( gi|5 ) : GTATTCAA-GGTC--ATGGGAAAAACAAGATT-TTGGACGCATCAAAT-GA-----AGA-AGGGT-TTG-GCTGTGTT-TTAATATGTGAGGTTTTCTATT--A------T-TTGG--TTAAACA--ACAA----A--G-TAA--ACCAGTC-A---T------TAATACA-TGAAA-TGCAT----CA--A------GA----A---AAAGA----------TATT-T-----TTA-A-------AGAA---TTT--CAATTTTTGG--AT-AAT-GT-TTTTCCATTG-AA-TTTTC----AAGAGAAGA-T-T-GTT-AATAA--T---GCGAAA-AT------AAA--T-ATAG----C--TTCA---T---G-G--AAATTTTTTT---TTA-TAGCAAATG--T-G---A--TTTTAA-CA------ACA--TTAAACCA-AT-T-----T-AC-GAAA-T-----A--TTTA---TA-C--CAAATGCTA-TTACA-A--TTTTT-GGT---GGGTATCTGATGT
gi|1 : TTTGA-GGTC--ATATAATACCCAAGATT-TTGGACACATCATAT-GA-----AGT-AGGAT-TTT-GATGTGTT-TC--CATGGGA-GTTT----GT--A------T-TTGA--TTA
gi|4 : acaaatatttataaatgttttaataaattaacaccgcatttcttgtattttgtTTTAA-TGTC--GTAACATACACTATATTATTGGCCGCATAAAAT-GA-----AGT-GGAAA-TTGTGTTGTGTT-TGCATG-GTA---TTTCCTATT--ACACGTTT-TTCC--TCAATCA--ACGA----T--A-TAA--ATTGGTC-A---T------TAAATCA-TAATA-TGCAC----CA--A------TA----A---AAAGGCGGGGTTTTTTGTT-TTGTTGTTA-A-------AGAGTT-TTT--CAAATTTGGGTTAT-TTT-TT-TTTTTTTTTT-TT-TTTTT----AGGA----A-T-T-TTTGAATAA--T---GCAA-----------AAA--T-GTAGGGGCT--TTCA---TA--G-G--AAA----ATT---TTG-TGGTCAATA--TGG---G--TTTTTA-GA------ATT--TTAAAACA-TT-TGTAAAT-AC--AAG-T-----A--GTTG---TA-C--AAAATTCTA-TAACA-A--Tttgatttatgaaatgcaccaatgtctgantgaagtaggattttgatgtgtttccatgggacttagtatttgattattgatctgaaatgcaccaatgtcatgataaaaaatgtttttgaaggatttcaacttttttccattgaatttttttggtaaagatttgcaaaaatacaaaagtaaatatggtttcattttttgtggtaaacgagtttttagcaatatttttaacatttacagatacttatgtacaagattatataacaaattttttgggggtatcttacgtcctttatcatttaattgatgttatta
gi|6 : TTCAATGGTCCCATG----ACACAAGATT-GTGGGCGAATCAGAC-GG------GA-AG-----------------TT--TACGCGGGGTTTTCCATT--A------T-TTTT--TCAAACATTGTAA----A--T-TTACGAGTAGTC-A---T------TAGTTCAGTGAAA-TGCAG----CGTTA------AA----A---GAAG--------------C-T-----TGA-A-------AG-A---TTT--TATTGTTTGG--GT-CAT-GT-TTCTCCCATG-AC-TTTTT----GATTAAAGATT-T-GAA-AATTA--TCCCCCAAAA-AC--------------TGG----T--ATCA---TAGGG-G--AAA-----TT---TTG-AAGTAAATA--T-G---AATTTTCAG-CA------TTA--TTAAAAC--AC-T-----T-AT---AA-TTATTAA--TTTAGTTTA-C--AAAATTCCA-TAACggtctgggatgtcccgtgtccttaa
gi|11 : taggtaagtA-AGTC--CTAGGATACCCCAGATT-TTAGAAGCATCAAAT-GA-----CAT-AGGATATTT-GTTGTGTT-T----ACATGAGATTTTTTATT--A------A-TTGA--TTA-------------------TAG--A----TA-A---T------TAATATA-TGAAA-TGAAT----CA--A------TA----A---AACAA----------TCCT-T-----TTGGA-------AGGA---TTT--CGATTTTTG---AG-GAG-GTATTTTCCATTG-AA-TTTGC----AAGGAAAGA-T-T------------T---GTG--G-AT------GAA------AC----G--TTCA---TA--G-G--AAA-----TA---TTAGTGGTAAATA--T-G---G--TTTT-A-TA--------A--TTAG--CA-ATAT-----T-A---AGA-T-----A--TTTA---------CAAATGtaagaatattctttt
gi|17 : ttA-GGTC--ATATAATACCCAAGATT-TTGGACACATCATAT-GA-----AGT-AGGAT-TTT-GATGTGTT-TC--CATG-GAG--TTTGTATTTGA------TATTGA--TT-------ATGA----A--A-T----GCC-----------------AATGTC-TG-AA-TG-AT---------------------A---AAAAA----------TGTT-T-----TGA-A-------GGA-----TT--CAAC----------------T-TTTTCAATTG-AA-TTTTTGGTAAAGAGatt
gi|16 : ttgCAAGATT-TTGGATGCATCAAAA-GA-----AGT-AGGAT-TTT-GATGTGTT-T-----TGTCAGATTTTCTATT--A------T-TTGA--TC-------ACAT----T--GTTCA--ATCGGTC-A---T------TGATACA-TGACA-TGCAC----AA--A------CA----A---ATTTA----------TGTT-T-----TTG-AGGGATTGAGGA---TTT--CGATTTTTGG--GA-AATAGT-TTTTCCACTA-AC-TTTTC----AATTAAAGA-T-A-TTG-AATAA--tt
gi|13 : CAAAATT-GTGGACGCATCGAAT-GACTTTCAAACAGAAC-TTT-GTTGT-TT-TCAA-----GGGATGTTCTATC--A------T-TTGA--TCATACA--AT---------G-TAA--ATCGGCC-A---T------TAATACA-CAGAA-TGCAC----CC--A------TA----G---AAGGA----------TTCT-T-----TTG-A-------AGGA---TTT--AAAATTT-GA--A------GT-------ATTGGAA-TTTTC----AAGTAAAGA-T-T-GTA-AATAC--T---GCAAAACAT------AAA--A-GCGG----T--TTCAC--T---A-G--ACAGTTTT
gi|8 : CAAGATT-TGGGACACATTCAGTAGA-----ATA-A-GAT-TTT-GCTACGTT-T--------------------------------TTGA--TCAAACA--ACAG----T--G-TAAC-ATCAGTC-A---T------TAACACA-TAAAA-TTCACTGTGCA--GT-----AA----A---AAAGA----------CATT-T-----TCA-A-------AG-----------GATTTTTGT--GT-AGT-GT-TTTTCCATTG-AA-ATTTC----ATGTAAAGATT-T-GTG-AATAA--A---GCAAAA-AT------AAA----GTGG----A--TTTAAAGG---G-G--ACATTTTAAT---TTG-TA-------------------TTTAC-AA------ATAC-TTAGAC------------T-AT-GAAA-T--------TTT----------------CTATTTACA-G--TTTTT---T---GGGgaggtacgcatgggatttt
gi|9 : atgtaatcgtcagtcaaatgataccAATATT-TTGGACGCATAAAAT-AA-----AAT-TGGAT-TT--TCTATGTT-----TACATGAACTTTTCTATC--A------T-TTGATCTTA---A--ACAA----G--G-TAA--ATCGGGT-A---TTACATGTAATAGA-TGAAA-TACCC----CA--A------TG----A---AAAGA----------CTTT-A-----TGA-A-------AGA------------------G--GT-AGT-GT-TGTTCTATTG-TA-TTGTT----AAGTAAAGA-TGT-GTG-AATAT--G---GCAAAA-TT------AAA--G-GCAG----T--GTCA---T---G-G--AAAAGTTTGT---------GTAAATA--G-G---AATTTTTAG-CA------ATT--TCAAAAC--AT-G-----C-AT-GTAA-T-----G-----A---AA-C--AAAATA-TA-TAACATG--TTTTTAGGG---GGAAATCCTATGTcttaggtcgtaacatacatac
gi|2 : ctAAGATT-CTGGATGCAGCAAAT-AA-----AGA-ACGAT-----GCTGTGGTGTTTACATG-GAA-TTTTCTATT--A------T-CTGA--TCACACA--ACAA----T--G-CAA--ATC----------------CAATACA----------------------------A----A---GACGA----------TATGAT-----TTA-A-------AGGA---TCTAACAATAC---G--GT-ACT-GT-TTTATCATTG-AA-TTTTC----AAGTAAAGC-T-TAGTT-AATGA--T---GCAAAA-AT------AAC--A-GTGG----A--TTCC---TA--G-G--AAAATGTTGTGGCCTA-TAG-----G--C-A---T--TTTTAG-TA------ATA--ATAGTACA-TT-TTAG--T-AC-G-AA-T-----A--GTTT---TA----CAAACAC-A-T-----A--TTTC----T---GGGCATCTactt
gi|18 : taatgccaAAGACT-TTGG---C-TCGAAT-GA-----AGT-AGAGT-TTT-ACTGTGTT-T-AA---GTGAGTTTTTCTATC--G------T-TTGG--TCGGAGA--TCAA----T--G-TTA--ATTGGAC-A---T------TAATGCA-TCAAA-AATAC----CA--A------TA----A---AA--A----------TATT-T-----TTtcagtcctcaactgcataaacatgacctttgacctatgcgttattctacacttcataatcatgtgactcagatatagttaattagactgaacagagagatgtaatgattgtagacagtttgtcacatgaaaaa
gi|7 : TT-TTTAATACATCAAGT-AA-----AGT-AGGAT-TGT-GCAGGGTT---AATATG--AGCTTTTCTATT--T------T-CTGA--TCAAACA--ATGA----T--G-TAA--ATAGGTC-G---T------TAGTTCA--GAAATTACAT----TT--A------TATATTA---AAATA----------TATT-T-----ACG-A-------AGGG---TTT--CAAGTTTTGG--GT-AAT-GA-TTTTCT-TTG-AA-TTTTT----AAG-TAAAA-C-C-GTG-AATAA--T---GCAAAA-AG------AAAGGTGATAG----CAATCCA------------ATATTTTC---------TGGTAAATA--T-G---T--TTTTAAGGA------ATT--TTAAAAT--AT-T-----T-GC-AAAATT-----A--TATA---TA-A--CAAAT
gi|1 : aaatacccaacatANT-GA-----AGT-AGGAT-TTT-GATGTGTT-TCCAT----GGGACTT---AGT--A------T-TTGA--TTA------------------------------------T------TGAT-C--TGAAA-TGCAC----CA--ATGTCATGAT---A---AAAAA----------TGTT-T-----TTG-A-------AGGA---TTT--CAACT---------------T-TTTTCCATTG-AATTTTTT----TGGTAAAGA-T-T-TGC-AAAAA--T---ACAAAA-GT------AAA--T-ATGG----T--TTCA------------------TTTT---TTG-TGGTAAACG--A-G---T--TTTTAG-CA------ATATTTTTAAC---AT-T-----T-AC--AGA-T-----A--CTTATG-TA-C--AAGATTATA-TAACA-AATTTTTT-GG----GGGTATCTTACGTctggttgggtatcctacgtctt
gi|10 : acaaatatttataaatgttttaataaattaacaccgcatttcttgtattttgttttgaggtcatataatacccaagattttggacacatcatatgaagtaggattttgatgtgtttccatgggagtttgtatttgattattgatttatgaaatgcaccaatgtctg--A------T-TTGA--TCAAACA--AT---------G-CAA--ATT-GTC-A---T------TAATACA-TGCAA-AGCTC----CA--A------TAC---ATTTAGATA----------TATT-T-----TTG-A-------AAGA---TTT--CAATTTTTG----C-AAT-GT-TTTGCCAATG-AA-TTTTC----AAGTAAAAA-T-T-GTA-AATAA--T---GCAAAA-A-------AAA--G-ACGG----T--TTCA---TGGGG-G--AAATTTTGTT---GT----GCATATG----G---AT-TTTTAG-CA------ATA--TTAAAACATACAT-----T-ACTGTAA-T-----A--GTTG---CA-C--AATATTGTA-TAACA-cctttatcatttaattgatgttatta
gi|12 : AAACA--ACAATTGTATTG-TAA--GTC-GTC-AATAT------TGGTGCA-TAAAG-TGCAC----CA--A------TA----A---AAA-A----------CGTT-----------G-------AGGA---TTT--CAATTTTTGG--AT-GAT-GC-TTTTCCATTG-AA-TTTTT----AAGTCAAGATT-T-GTG-AGTAA--T---GCAAAC-AT------AAA--G-GTTG----C--TTCA---T---A-GGTAAACT--------------GTAAATA--T-GGGTG--TTTT-A-CAATTTGTACA--TTAAA--A-GT-T-----TAAC-AAAA-T--------TCTA---CAGC--TACAT-CT--TTA-------TTTT-GGTAGGGGGTATCATATGTcgaatgttctatccatcggcgtcttatgtccttaaaatcatgccaatttgttatctagttctacagatt
gi|15 : AAACA--ATTA----AT-G-TAA--ATCTGTT-A---T------TAGTACA-TCAAA-TTCAT----C-----------------------------------TAT--------------------AGAAGCCTTT--CGATTTTTAG--ATTAAT-GG-TATTCGGTTG-AA-TTTTC----GAGTGCAAATT-T-GTG-AATGA--T---G----A-AC------AA----------------TTTA---T---GCG--GAATTTTTTC---C-----GCAAATA--T-G---A--
gi|14 : gacacttaaaatgctgaaaactgtatttgttgtgttcacatggaattttcc--G-TAA--ATCGGTTTA---T------TGACACA-TGATA-TGCAC----CA--A------TA----T---AACGA----------CGTT-T-----T---A-------AAAA---TT------------------GAT-GT-TTCCCCCCTG-AA-TTTTC----A--ACAAAA-T-T--TT-AATGATTT---GTGAGA-ATTGAGAAAAG--G-GTGG----C--TT-----------G--ACA---TATT---TTG-AGGTAAATATTT-G---T--TTCTAT-CA------AGA--TCAAAGC--AT-T-----T-AC--AAA-T-----AGTTTCA---CA-CAAAAAAT-CTA-T---A-A---TTTC-GGG---GGATATTCTATGT
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TAACACCAAAGAATGCCAAAGATTCTGGATGTACCAAATAAAGAACGATTCTGCGGTGTTTACTTGGATTTTCTACAGTCGGATCATACATTATGTACAACAATGCAAATCCAATACAATTCTAAGACGATGTGAAGGGCTCTAATGATAGGGTTCATGAATTTTCATGTAAAGAATAGATAATAATGCAAAAATGATGGGTGGATTTGTAGGGAAATTTTTGTGCCTATCAAGGCATTTTTAGTAATAATTAGTTTTACAAATATTTCTAGGTCTATCCTCAGTCCTCAAGTAATAGTTGTAAAACAGTCTGCATAGATATGACCTTTGACCTATGCTTTCCTAATCATGTGATACAGGTAATTAGACTGAGCCGAGAGATACACACATGTAATGATTGTCAAGTTTGTCACATGAAAAA
Unaligned ( gi|19 ): TAGACATTTATAAACATGTAGATAAACTTCAATTGTACACTGA
Unaligned ( gi|20 ): TGGCCATGCCAATTTGTAATCTAGTTCTACGGA
Alignments
lowQualScore : 5555555 3333333333333333333333333333 11111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222 11 4444444444444444444444 222222 33333333333333333 111111111 111 2222222222 2222
lowQualScore : 6 1 2 2 777777 2 2 2 8888888 2 1 1 1 666666 5555555555555555555555555555 2 00000000000000000 666666 0 2 2 4444 777777777777777777777777777777777777777777 7777777 333 333333333333333 2 2 2 0 2 22 2 55 2 33 777777 2 777777 555 44 7777777777777777777777 888888 44444 444444 888888 3 0 666 33333333333333333 999999999 000 3 0 5 4 9999999999 5 0000
lowQualScore : . . . . ...... . . . ....... . . . . ...... ............................ . ................. ...... . . . .... .......................................... ....... ... ............... . . . . . .. . .. . .. ...... . ...... ... .. ...................... ...... ..... ...... ...... . . ... ................. ......... ... . . . . .......... . ....
lowQualScore : 7 0 9 9 777777 7 5 8 1111111 1 9 1 0 888888 2222222222222222222222222222 1 22222222222222222 111111 1 1 1 5555 999999999999999999999999999999999999999999 2222222 999 444444444444444 2 2 2 9 4 66 5 00 5 44 777777 7 777777 999 99 2222222222222222222222 999999 33333 555555 222222 1 2 999 88888888888888888 222222222 444 6 9 0 0 4444444444 0 6666
consensus : NNNTTTAA-GGTCATANGATACCCAAGATT-TTG-GACGCATCAAATGA------AGTAGGA-T-TTTGCTGTGTTT----ACGTGGGATTTTCTATTA------TTTGATC--A------A---ACAAC-GAT------GTAA-AT---CG----GTC-A---TTA------ATACA-TGAAAT-GCAC----CAATA-------A---AAA-GATG----TT-T--TTG----------A-------AGGA---TTT--CAATT-TTTGGG-TAAT-GT-TTTTCCATTGAA-TTTTCAAGTAAAG-A--T-T-GTG-AATAA--TG------CAAAA-AT------AA-AGGTGG-TTTCA-T---G-G--AAA-T-----TATTTTGTG---GTAAATA--T--G---T--TT------TTA-GCAAT-A-TTAAAACA-AT-T-----TAC-GAAAT-----A--TTTA---TAC-AAAATTCTATAAC-A-A--T-----TTTT-GGT---GGGTATCCTACGT
Reference ( family-203 ) : NNNTTTAA-GGTCATANAATACCCAAGATT-TTG-GACGCATCAAATGA------AGTAGGA-T-TTTGCTGTGTTTCA-TACGTGAGNTTTTCTATTA------TTTGATC--A------A---ACAAC-GAN------GTAA-AT---CG----GTC-A---TTA------ATACA-TGAAAT-GCAC----CAATA-------A---AAA-GATG----TT-T--TTG----------A-------AGGA---TTT--CGATT-TTTGGG-TAAT-GT-TTTTCCATTGAA-TTTTCAAGTAAAG-A--T-T-GTG-AATAA--TG------CAAAA-AT------AA-AGGTGG-TTTCA-T---G-G--AAA-T-T---TNTTTTGTG---GTAAATA--T--G---N--TT------TTA-GCAAT-A-TTAAAACA-AT-T-----TAC-GAAAT-----A--TTTA---TAC-AAAATTCTATAAC-A-A--T-----TTTT-GGT---GGGTATCCTATGT
gi|1 : TTTGA-GGTCATATAATACCCAAGATT-TTG-GACACATCATATGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTTC--CATGGGAGTTT-----GTA------TTTGA-----------------------------------------------TT-A---TTG------ATTTA-TGAAAT-GCAC----CA-------------------ATG----TC-TGANTG----------A-------AGTA--------GGATT-T------TGAT-GT-GTTTCCATGGGA-CTT---AGTA
gi|1 : acaaatatttataaatgttttaataaattaacaccgcatttcttgtattttgtANTGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTTC----CATGGGACTT---AGTA------TTTGATT--A-------------------------------T---TG----ATC--------------------TGAAAT-GCAC----CAATGTCATGATA---AAA-AATG----TT-T--TTG----------A-------AGGA---TTT--CAACT--------------T-TTTTCCATTGAATTTTTTTGGTAAAG-A--T-T--TGCAAAAA--TA------CAAAA-GT------AA-ATATGG-TTTCA--------------------TTTTTTGTG---GTAAACG--A--G---T--TT------TTA-GCAAT-ATTTTTAAC--AT-T-----TAC--AGAT-----A--CTTATG-TAC-AAGATTATATAAC-A-AATT-----TTTT-GG----GGGTATCTTACGTtttgattattgatctgaaatgcaccaatgtcatgataaaaaatgtttttgaaggatttcaacttttttccattgaatttttttggtaaagatttgcaaaaatacaaaagtaaatatggtttcattttttgtggtaaacgagtttttagcaatatttttaacatttacagatacttatgtacaagattatataacaaattttttgggggtatcttacgtcctttatcatttaattgatgttatta
gi|10 : acaaatatttataaatgttttaataaattaacaccgcatttcttgtattttgttttgaggtcatataatacccaagattttggacacatcatatgaagtaggattttgatgtgtttccatgggagtttgtatttgattattgatttatgaaatgcaccaatgtctgA------TTTGATC--A------A---ACAA----T------GCAA-AT---TG-----TC-A---TTA------ATACA-TGCAAA-GCTC----CAATAC------ATTTAGA-TATA----TT-T--TTG----------A-------AAGA---TTT--CAATT-TTTG---CAAT-GT-TTTGCCAATGAA-TTTTCAAGTAAAA-A--T-T-GTA-AATAA--TG------CAAAA-A-------AA-AGACGG-TTTCA-TGGGG-G--AAA---------TTTTGTT---GTGCATA--T--GGA-T--TT------TTA-GCAAT-A-TTAAAACATACAT-----TACTGTAAT-----A--GTTG---CAC-AATATTGTATAAC-A-cctttatcatttaattgatgttatta
gi|11 : TTAA-G-TCCTAGGATACCCCAGATT-TTA-GAAGCATCAAATGA------CATAGGA-TATTTGTTGTGTTT----ACATGAGATTTTTTATTA------ATTGATT--A--------------------------TA--------G----ATA-A---TTA------ATATA-TGAAAT-GAAT----CAATA-------A---AAC-AATC----CT-T--TTGG---------A-------AGGA---TTT--CGATT-TTTGAG--GAG-GTATTTTCCATTGAA-TTTGCAAGGAAAG-AT-T-T-GTG-GATGA------------------------AA-CG------TTCA-TA--G-G--AAA-TAT---TA----GTG---GTAAATA--T--G---G--TTTTATAATTA-GCAAT-A-TTAAGAT--AT-T-----TAC--AAATG----A--TTcgaatgttctatccatcggcgtcttatgtccttaaaatcatgccaatttgttatctagttctacagatt
gi|12 : --A------A---ACAAC-AATTGTATTGTAA-GT---CG-----TC-AATATTG------GTGCA-TAAAGT-GCAC----CAATA-------A---AAA--ACG----TT-----------------G-------AGGA---TTT--CAATT-TTTGGA-TGAT-GC-TTTTCCATTGAA-TTTTTAAGTCAAG-AT-T-T-GTG-AGTAA--TG------CAAAC-AT------AA-AGGTTG-CTTCA-T---A-GGTAAA-C-T---------------GTAAATA--T--GGGTG--TT------TTA--CAAT---TT-GTACA----T-----TA---AAA------G--TTTA----AC-AAAATTCTACAGCTACA--TCTTTATTTT-GGTAGGGGGTATCATATGT
gi|13 : CAAAATT-GTG-GACGCATCGAATGACTTTCAAACAGAA-C-TTTGTTGT-TTTCA--A---GGGATGTTCTATCA------TTTGATC--A------T---ACAA----T------GTAA-AT---CG----GCC-A---TTA------ATACA-CAGAAT-GCAC----CCATA-------G---AAG-GATT----CT-T--TTG----------A-------AGGA---TTT--AAAAT-TTGAAG-TATT-G-----------GAA-TTTTCAAGTAAAG-A--T-T-GTA-AATAC--TG------CAAAACAT------AA-AAGCGG-TTTCACT---A-G--ACA--------GTTTTGAG---GTACGCA--TGGG---A--TT------TT
gi|14 : ------GTAA-AT---CG----GTTTA---TTG------ACACA-TGATAT-GCAC----CAATA-------T---AAC-GACG----TT-T--T------------A-------AAAA---TT-----------------GAT-GT-TTCCCCCCTGAA-TTTTCAA-CAAA--A--T-T--TT-AATGATTTG------TGAGA-ATTGAGAAAA-GGGTGG-CTT---------G--ACA-------TATTTTGAG---GTAAATATTT--G---T--TT------CTA-TCAAG-A-TCAAAGC--AT-T-----TAC--AAAT-----AGTTTCA---CACAAAAAATCTATAA-------------TTTC-GGG---GGATATTCTATGT
gi|15 : -TTTGTTGTGTTC----ACATGGAATTTTC-----------------C--A------A---ACAATTAAT------GTAA-AT---CT----GTT-A---TTA------GTACA-TCAAAT-TCAT----CTATA-------------------------------G----------A-------AGCC---TTT--CGATT-TTTAGATTAAT-GG-TATTCGGTTGAA-TTTTCGAGTGCAA-AT-T-T-GTG-AATGA--TG----------A-AC------AA---------TTTA-T---GCG--GAA-T-T---TTTTCC------GCAAATA--T--G---c
gi|16 : gacacttaaaatgctgaaaactgtaCAAGATT-TTG-GATGCATCAAAAGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT-----TGTCAGATTTTCTATTA------TTTGATC-------------ACATT-G--------TTCA-AT---CG----GTC-A---TTG------ATACA-TGACAT-GCAC----AAACA-------A---ATT-TATG----TT-T--TTG----------AGGGATTGAGGA---TTT--CGATT-TTTGGG-AAATAGT-TTTTCCACTAAC-TTTTCAATTAAAG-A--T-A-TTG-AATAA--a
gi|17 : TTGA-GGTCATATAATACCCAAGATT-TTG-GACACATCATATGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTTC----CATGGAGTTT----GTA------TTTGAT----------A---TTGAT-TAT------G-AA-AT---------GCC-------A------ATGTC-TG-AAT-G---------ATA-------A---AAA--ATG-----T-T--TTG----------A-------AGGA----TT--CAAC---------------T-TTTTCAATTGAA-TTTTT-GGTAAAG-A--
gi|18 : AAGACT-TTG-G---C-TCGAATGA------AGTAGAG-T-TTTACTGTGTTTAA----GTGAGTTTTTCTATCG------TTTGGTC--G------G---AGATC-AAT------GTTA-AT---TG----GAC-A---TTA------ATGCA-TCAAAA-ATAC----CAATA-------A---AA---ATA----TT-T--TTgtt
gi|2 : AATGCCAAAGATT-CTG-GATGCAGCAAATAA------AGAACGA-T-GCTGTGGTGTTT----ACATGGAATTTTCTATTA------TCTGATC--A------C---ACAAC-AAT------GCAA-AT---C--------------CA------ATACA--------------------A-------A---GAC-GATA----TGAT--TTA----------A-------AGGA---TCTAACAATA-C---GG-TACT-GT-TTTATCATTGAA-TTTTCAAGTAAAG-C--T-TAGTT-AATGA--TG------CAAAA-AT------AA-CAGTGG-ATTCC-TA--G-G--AAA--------ATGTTGTG---GCCTATA--G--GCA-T--TT------TTA-GTAAT-A-ATAGTACA-TT-TTAG--TAC-G-AAT-----A--GTTT---TAC-AAA
gi|3 : tCAAAGAATGCCAAAGATT-CTG-GATGTACCAAATAA------AGAACGA-T-TCTGCGGTGTTT----ACTTG-GATTTTCTACAG------TCGGATC--ATACATTATGTACAAC-AAT------GCAA-AT---C--------------CA------ATACA-----AT-TC---------TA-------A---GAC-GATG----T-------G----------A-------AGGG---CTC--TAAT------GA-TAGG-GT-T----CAT-GAA-TTTTCATGTAAAGAA--T-A-GAT-AATAA--TG------CAAAA-AT------GATGGGTGG-ATTTG-TAG-G-G--AAA-T-------TTTTGTGCCTATCAAGG--C--A---T--TT------TTA-GTAATAA-TTA----G-TT-T-----TAC--AAAT-----A--TTTC---TAcacatatttctgggcatcttcagtcctcaactgcataaacatgacctttgacctatgcgttattctacacttcataatcatgtgactcagatatagttaattagactgaacagagagatgtaatgattgtagacagtttgtcacatgaaaaa
gi|4 : taacacTTTAA-TGTCGTAACATACACTATATTATTG-GCCGCATAAAATGA------AGTGGAAAT-TGTGTTGTGTTT----GCATGGTATTTCCTATTACACGTTTTTCCTC--A------A---TCAAC-GAT------ATAA-AT---TG----GTC-A---TTA------AATCA-TAATAT-GCAC----CAATA-------A---AAA-GGCGGGGTTT-T--TTGTTTTGTTGTTA-------AAGAGTTTTT--CAAAT-TT-GGG-TTAT-TT-TTTTTTTTTTTT-TTTTT--TTTAGG-AATT-T-TTG-AATAA--TG------CAAAA-AT------GT-AGGGGC-TTTCA-TA--G-G--AAA--------ATTTTGTG---GTCAATA--T--G---GGTTT------TTA-G-AAT-T-TTAAAACA-TT-TGTAAATAC--AAGT-----A--GTTG---TAC-AAAATTCTATAAC-A-A-----------T-GGTCTGGGATGTCCCGTGTggtctatcctcagtcctcaagtaatagttgtaaaacagtctgcatagatatgacctttgacctatgctttcctaatcatgtgatacaggtaattagactgagccgagagatacacacatgtaatgattgtcaagtttgtcacatgaaaaa
gi|5 : TTCAA-GGTCATGGGAAAAACAAGATT-TTG-GACGCATCAAATGA------AGAAGGG-T-TTGGCTGTGTTTTAATATGTGAGGTTTTCTATTA------TTTGGTT--A------A---ACAAC-AAA------GTAA-AC---CA----GTC-A---TTA------ATACA-TGAAAT-GCAT----CAAGA-------A---AAA-GATA----TT-T--TTA----------A-------AGAA---TTT--CAATT-TTTGGA-TAAT-GT-TTTTCCATTGAA-TTTTCAAGAGAAG-A--T-T-GTT-AATAA--TG------CGAAA-AT------AA-ATATAG-CTTCA-T---G-G--AAATT-T---TTTTTTATA---GCAAATG--T--G---A--TT------TTA-ACAAC-A-TTAAACCA-AT-T-----TAC-GAAAT-----A--TTTA---TAC-CAAATGCTATTAC-A-A--T-----TTTT-GGT---GGGTATCTGATGTccttaa
gi|6 : gtaTTCAATGGTCCCATGACAC--AAGATT-GTG-GGCGAATCAGACG-----------GGA-A---------GTTT----ACGCGGGGTTTTCCATTA------TTTTTTC--A------A---ACAT----T------GTAA-ATTTACGAGTAGTC-A---TTA------GTTCAGTGAAAT-GCAG----CGTTA-------A---AA--GAAG----CT-T----G----------A-------AAGA---TTT--T-ATTGTTTGGG-TCAT-GT-TTCTCCCATGAC-TTTTTGATTAAAG-A--T-T--TG-AA-AA--TTATCCCCCAAAA-AC------------TGG-TATCA-TAGGG-G--AAA-T-T---T----TGAA---GTAAATA--T--G---AATTT------TCA-GCATT-A-TTAAAAC--AC-T-----TAT---AATTATTAA--TTTAGTTTAC-AAAATTCCATAAC-
gi|7 : taggtaagtAATACCCAACATT-TTTTAATACATCAAGTAA------AGTAGGA-T-TGTGCAGGGTT-AA-TA--TGAGCTTTTCTATTT------TCTGATC--A------A---ACAAT-GAT------GTAA-AT---AG----GTC-G---TTA------GTTCA--GAAATTACAT----TTATATATT---A---AAA-TATA----TT-T--ACG----------A-------AGGG---TTT--CAAGT-TTTGGG-TAAT-GA-TTTTCT-TTGAA-TTTTTAAGTAAA--A--C-C-GTG-AATAA--TG------CAAAA-AG------AA-AGGTG------A-T---A-G--CAA-T-CCAATATTTTCTG---GTAAATA--T--G---T--TT------TTAAGGAAT-T-TTAAAATA--T-T-----TGC-AAAAT----------TA---TA---------TATAAC-A-A--A-----TCTG-GTT---GGGTATCCTACGTtaagaatattctttt
gi|8 : aGTCAAATGATACCCAAGATT-TGG-GACACATTCAGTAG------AATAAGA-T-TTTGCTACGTTT-----------------------------TTGATC--A------A---ACAAC-AGT------GTAACAT---CA----GTC-A---TTA------ACACA-TAAAAT-TCACTGTGCAGTA-------A---AAAAGACA----TT-T--TCA----------A-------AGGA---TTT---------TTGTG-TAGT-GT-TTTTCCATTGAA-ATTTCATGTAAAG-AT-T-T-GTG-AATAA--AG------CAAAA-AT------AA-A-GTGGATTTAA-A---G-G--GGA-------CATTTT---------AATT--T--G---T--AT------TTA-CAAAT-A-CTTAGAC-----------TAT-GAAAT--------TTTC---TAT-----TT-----AC-A-G--T-----TTTT---T---GGGctt
gi|9 : atgtaatcgtcaCTAATATT-TTG-GACGCATAAAATAA------AATTGGA-T-TTT-CTATGTTT----ACATGAACTTTTCTATCA------TTTGATCTTA------A---ACAA----G------GTAA-AT---CG----GGT-A---TTACATGTAATAGA-TGAAAT-ACCC----CAATG-------A---AAA-GAC-----TT-T--ATG----------A-------AAGA------------------GG-TAGT-GT-TGTTCTATTGTA-TTGTTAAGTAAAG-A--TGT-GTG-AATAT--GG------CAAAA-TT------AA-AGGCAG-TGTCA-T---G-G--AAA--------AGTTTGT----GTAAATA--G--GAA-T--TT------TTA-GCAAT-T-TCAAAAC--AT-G-----CAT-GTAAT-----G-----A---AAC-AAAA-TATATAAC-ATG--T-----TTTTAGGG---GGAAATCCTATGTcttaggtcgtaacatacatac
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TAGACATTTATAAACATGTAGATAAACTTCAATTGTACACTGA
Unaligned ( gi|20 ): TGGCCATGCCAATTTGTAATCTAGTTCTACGGA
Alignments
lowQualScore : 1111111 2222222222222222222222222 11111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222 11 4444444444444444444 222222222 33333333333333333 111111111 111 2222222222 2222
lowQualScore : 6 1 2 2 777777 2 2 2 1111111 1 666666 33 9999999999999999999999999 2 2 00000000000000000 666666 0 2 2 4444 000000000000000000000000000000000000000000000000000 333 22222222222222 2 2 2 2 22 2 55 2 888888888 2 777777 555 44 2 3333333333333333333 888888 111111111 2 77777 3 0 666 33333333333333333 999999999 000 3 0 5 4 9999999999 5 0000 1
lowQualScore : . . . . ...... . . . ....... . ...... .. ......................... . . ................. ...... . . . .... ................................................... ... .............. . . . . .. . .. . ......... . ...... ... .. . ................... ...... ......... . ..... . . ... ................. ......... ... . . . . .......... . .... .
lowQualScore : 7 0 9 9 777777 7 5 8 8888888 0 888888 11 9999999999999999999999999 1 1 22222222222222222 111111 1 1 1 5555 777777777777777777777777777777777777777777777777777 999 33333333333333 2 2 2 4 66 5 00 5 777777777 7 777777 999 99 7 0000000000000000000 333333 000000000 9 11111 1 2 999 88888888888888888 222222222 444 6 9 0 0 4444444444 0 6666 4
consensus : NNNTTTAA-GGTCATANGATACCCAAGATT-TTG-GACGCATCAAATGA------AGTAGGA-T-TTTGCTGTGTTT----ACGTGGGATTTTCTATTA------TTTGATC--A-A--------ACAAC-GAT------G-TAA-AT---CG----GTC-A---TTA------ATACA-TGAAAT-GCAC----CAATA-------A---AAA-GATG----TT-T--TT-G----------A-------AGGA---TTT--CAATTTTTGGG-TAAT-GT-TTTTCCATTGAA-TTTTCAAGTAAAG-A--T-T-GTG-AATAA--T------GCAAAA-AT------AA-AGGTGG-TTTCA-T--G-G--AAA-------TATTTTGTG---GTAAATA--T--G---T-TT-----TTA-GCAAT-A-TTAAAACA-AT-T-----TAC-GAAAT-----A--TTTA---TAC-AAAATTCTATAAC-A-A--T-----TTTT-GGT---GGGTATCCTACGT
Reference ( family-203 ) : NNNTTTAA-GGTCATANGATACCCAAGATT-TTG-GACGCATCAAATGA------AGTAGGA-T-TTTGCTGTGTTT----ACGTGGGATTTTCTATTA------TTTGATC--A-A--------ACAAC-GAT------G-TAA-AT---CG----GTC-A---TTA------ATACA-TGAAAT-GCAC----CAATA-------A---AAA-GATG----TT-T--TT-G----------A-------AGGA---TTT--CAATTTTTGGG-TAAT-GT-TTTTCCATTGAA-TTTTCAAGTAAAG-A--T-T-GTG-AATAA--T------GCAAAA-AT------AA-AGGTGG-TTTCA-T--G-G--AAA--T----TATTTTGTG---GTAAATA--T--G---T-TT-----TTA-GCAAT-A-TTAAAACA-AT-T-----TAC-GAAAT-----A--TTTA---TAC-AAAATTCTATAAC-A-A--T-----TTTT-GGT---GGGTATCCTACGT
gi|1 : TTTGA-GGTCATATAATACCCAAGATT-TTG-GACACATCATATGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT----CCATGGGAGTTT---GTA------TTTGA------------------------------------------------TT-A---TTG------ATTTA-TGAAAT-GCAC----CA-------------------ATG----TC-TGANT-G----------AAGT----AGGA---TTT--------------TGAT-GT-GTTTCCATGGGA-CTT---AGTA
gi|1 : acaaatatttataaatgttttaataaattaacaccgcatttcttgtattttgtANTGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT----CCATGGGACTT---AGTA------TTTGATT--A--------------------------------T---TG----ATC--------------------TGAAAT-GCAC----CAATGTCATGATA---AAA-AATG----TT-T--TT-G----------A-------AGGA---TTT--CAACT-------------T-TTTTCCATTGAATTTTTTTGGTAAAG-A--T-T--TGCAAAAA--T------ACAAAA-GT------AA-ATATGG-TTTCA-T------------T------TTTTGTG---GTAAACG--A--G---T-TT-----TTA-GCAAT-ATTTTTAAC--AT-T-----TAC--AGAT-----A--CTTATG-TAC-AAGATTATATAAC-A-AATT-----TTTT-GG----GGGTATCTTACGTtttgattattgatctgaaatgcaccaatgtcatgataaaaaatgtttttgaaggatttcaacttttttccattgaatttttttggtaaagatttgcaaaaatacaaaagtaaatatggtttcattttttgtggtaaacgagtttttagcaatatttttaacatttacagatacttatgtacaagattatataacaaattttttgggggtatcttacgtcctttatcatttaattgatgttatta
gi|10 : acaaatatttataaatgttttaataaattaacaccgcatttcttgtattttgttttgaggtcatataatacccaagattttggacacatcatatgaagtaggattttgatgtgtttccatgggagtttgtatttgattattgatttatgaaatgcaccaatgtctgA------TTTGATC--A-A--------ACAA----T------G-CAA-AT---TG-----TC-A---TTA------ATACA-TGCAAA-GCTC----CAATAC------ATTTAGA-TATA----TT-T--TT-G----------A-------AAGA---TTT--CAATTTTTG---CAAT-GT-TTTGCCAATGAA-TTTTCAAGTAAAA-A--T-T-GTA-AATAA--T------GCAAAA-A-------AA-AGACGG-TTTCA-TGGG-G--GAA--------ATTTTGTT---GTGCATA--T--GGA-T-TT-----TTA-GCAAT-A-TTAAAACATACAT-----TACTGTAAT-----A--GTTG---CAC-AATATTGTATAAC-A-cctttatcatttaattgatgttatta
gi|11 : TTAA-G-TCCTAGGATACCCCAGATT-TTA-GAAGCATCAAATGA------CATAGGA-TATTTGTTGTGTTT----ACATGAGATTTTTTATTA------ATTGAT----------------------T------A-TA--------G----ATA-A---TTA------ATATA-TGAAAT-GAAT----CAATA-------A---AAC-AATC----CT-T--TTGG----------A-------AGGA---TTT--CGATTTTTGAG--GAG-GTATTTTCCATTGAA-TTTGCAAGGAAAG-AT-T-T-GTG-GATGA------------------------AA-CG------TTCA-T--A-G--GAA--A----TA-TTAGTG---GTAAATA--TG-G---T-TTTATAATTA-GCAAT-A-TTAAGAT--AT-T-----TAC--AAATG----A--TTcgaatgttctatccatcggcgtcttatgtccttaaaatcatgccaatttgttatctagttctacagatt
gi|12 : --A-A--------ACAAC-AATTGTATTG-TAA-GT---CG-----TC-AATATTG------GTGCA-TAAAGT-GCAC----CAATA-------A---AAA--ACG----TT------------------G-------AGGA---TTT--CAATTTTTGGA-TGAT-GC-TTTTCCATTGAA-TTTTTAAGTCAAG-AT-T-T-GTG-AGTAA--T------GCAAAC-AT------AA-AGGTTG-CTTCA-T--A-GGTAAA--C----T-----------GTAAATA--TGGG---TGTT-----TTA--CAAT---TT-GTACA----T-----TA---AAA------G--TTTA----AC-AAAATTCTACAGCTACA--TCTTTATTTT-GGTAGGGGGTATCATATGT
gi|13 : CAAAATT-GTG-GACGCATCGAATGACTTTCAAACAGAA-C-TTTGTTGT-TTT-----CAAGGGATGTTCTATCA------TTTGATC--A-T--------ACAA----T------G-TAA-AT---CG----GCC-A---TTA------ATACA-CAGAAT-GCAC----CCATA-------G---AAG-GATT----CT-T--TT-G----------A-------AGGA---TTT--AAAATTTGAAG-TATT-G-----------GAA-TTTTCAAGTAAAG-A--T-T-GTA-AATAC--T------GCAAAACAT------AA-AAGCGG-TTTCACT--A-G--ACA--------GTTTTGAG---GTACGCA--T--GGGAT-TT-----T
gi|14 : ------G-TAA-AT---CG----GTTTA---TTG------ACACA-TGATAT-GCAC----CAATA-------T---AAC-GACG----TT-T--T-------------A-------AAAA---TT----------------GAT-GT-TTCCCCCCTGAA-TTTTCAA-CAAA--A--T-T--TT-AATGATTT------GTGAGA-ATTGAGAAAA-GGGTGG-CTT--------G--ACA-------TATTTTGAG---GTAAATATTT--G---T-TT-----CTA-TCAAG-A-TCAAAGC--AT-T-----TAC--AAAT-----AGTTTCA---CACAAAAAATCTATAA-------------TTTC-GGG---GGATATTCTATGT
gi|15 : -TTTGTTGTGTTC----ACATGGAATTTTC-----------------C--A-A--------ACAATTAAT------G-TAA-AT---CT----GTT-A---TTA------GTACA-TCAAAT-TCAT----CTATA--------------------------------G----------A-------AGCC---TTT--CGATTTTTAGATTAAT-GG-TATTCGGTTGAA-TTTTCGAGTGCAA-AT-T-T-GTG-AATGA--T------G----A-AC------AA---------TTTA-T--GCG--GAA--T----T-TTTT-CC---GCAAATA--T--G---c
gi|16 : gacacttaaaatgctgaaaactgtaCAAGATT-TTG-GATGCATCAAAAGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT-----TGTCAGATTTTCTATTA------TTTGATC--A-C--------AT------T------GTTCA-AT---CG----GTC-A---TTG------ATACA-TGACAT-GCAC----AAACA-------A---ATT-TATG----TT-T--TT-G----------AGGGATTGAGGA---TTT--CGATTTTTGGG-AAATAGT-TTTTCCACTAAC-TTTTCAATTAAAG-A--T-A-TTG-AATAA--a
gi|17 : TTGA-GGTCATATAATACCCAAGATT-TTG-GACACATCATATGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT----CCATGGAGTTT----GTA------TTTGAT-----A--------TTGAT-TAT------G--AA-AT---------GCC-------A------ATGTC-TG-AAT-G---------ATA-------A---AAA--ATG-----T-T--TT-G----------A-------AGGA----TT--CAAC--------------T-TTTTCAATTGAA-TTTTT-GGTAAAG-A--
gi|18 : AAGACT-TTG-G---C-TCGAATGA------AGTAGAG-T-TTTACTGTGTTT----AAGTGAGTTTTTCTATCG------TTTGGTC--G-G--------AGATC-AAT------G-TTA-AT---TG----GAC-A---TTA------ATGCA-TCAAAA-ATAC----CAATA-------A---AA---ATA----TT-T--TT-gtt
gi|2 : ATGCCAAAGATT-CTG-GATGCAGCAAATAA------AGAACGA-T-GCTGTGGTGTTT----ACATGGAATTTTCTATTA------TCTGATC--A-C--------ACAAC-AAT------G-CAA-AT---C--------------CA------ATACA--------------------A-------A---GAC-GATA----TGAT--TT-A----------A-------AGGA---TCTAACAATAC---GG-TACT-GT-TTTATCATTGAA-TTTTCAAGTAAAG-C--T-TAGTT-AATGA--T------GCAAAA-AT------AA-CAGTGG-ATTCC-TA-G-G--AAA--------ATGTTGTG---GCCTATA--G--GCA-T-TT-----TTA-GTAAT-A-ATAGTACA-TT-TTAG--TAC-G-AAT-----A--GTTT---TAC-AAA
gi|3 : taCAAAGAATGCCAAAGATT-CTG-GATGTACCAAATAA------AGAACGA-T-TCTGCGGTGTTT----AC-TTGGATTTTCTACAG------TCGGATC--ATACATTATGTACAAC-AAT------G-CAA-AT---C--------------CA------ATAC-----AAT-TC---------TA-------A---GAC-GATG-----------T-G----------A-------AGGG---CTC--TAAT-----GA-TAGG-GT-T----CA-TGAA-TTTTCATGTAAAGAA--T-A-GAT-AATAA--T------GCAAAA-AT------GATGGGTGG-ATTTG-TAGG-G--AAA--T------TTTTGTGCCTATCAAGG--C--A---T-TT-----TTA-GTAATAA-TTA----G-TT-T-----TAC--AAAT-----A--TTTC---TAcacatatttctgggcatcttcagtcctcaactgcataaacatgacctttgacctatgcgttattctacacttcataatcatgtgactcagatatagttaattagactgaacagagagatgtaatgattgtagacagtttgtcacatgaaaaa
gi|4 : taacacTTTAA-TGTCGTAACATACACTATATTATTG-GCCGCATAAAATGA------AGTGGAAAT-TGTGTTGTGTTT----GCATGGTATTTCCTATTACACGTTTTTCCTC--A-A--------TCAAC-GAT------A-TAA-AT---TG----GTC-A---TTA------AATCA-TAATAT-GCAC----CAATA-------A---AAA-GGCGGGGTTT-T--TT-GTTTTGTTGTTA-------AAGAGTTTTT--CAA-ATTTGGG-TTAT-TT-TTTTTTTTTT---TTTTTTTTTTAGG-AATT-T-TTG-AATAA--T------GCAAAA-AT------GT-AGGGGC-TTTCA-TA-G-G--AAA--------ATTTTGTG---GTCAATA--TGGG---T-TT-----TTA-G-AAT-T-TTAAAACA-TT-TGTAAATAC--AAGT-----A--GTTG---TAC-AAAATTCTATAAC-A-A-----------T-GGTCTGGGATGTCCCGTGTggtctatcctcagtcctcaagtaatagttgtaaaacagtctgcatagatatgacctttgacctatgctttcctaatcatgtgatacaggtaattagactgagccgagagatacacacatgtaatgattgtcaagtttgtcacatgaaaaa
gi|5 : TTCAA-GGTCATGGGAAAAACAAGATT-TTG-GACGCATCAAATGA------AGAAGGG-T-TTGGCTGTGTTTTAATATGTGAGGTTTTCTATTA------TTTGGTT--A-A--------ACAAC-AAA------G-TAA-AC---CA----GTC-A---TTA------ATACA-TGAAAT-GCAT----CAAGA-------A---AAA-GATA----TT-T--TT-A----------A-------AGAA---TTT--CAATTTTTGGA-TAAT-GT-TTTTCCATTGAA-TTTTCAAGAGAAG-A--T-T-GTT-AATAA--T------GCGAAA-AT------AA-ATATAG-CTTCA-T--G-G--AAATTT----TTTTTTATA---GCAAATG--T--G---A-TT-----TTA-ACAAC-A-TTAAACCA-AT-T-----TAC-GAAAT-----A--TTTA---TAC-CAAATGCTATTAC-A-A--T-----TTTT-GGT---GGGTATCTGATGTccttaa
gi|6 : gtaTTCAATGGTCCCATGACAC--AAGATT-GTG-GGCGAATCAGACG-----------GGA-A---------GTTT----ACGCGGGGTTTTCCATTA------TTTTTTC--A-A--------ACAT----T------G-TAA-ATTTACGAGTAGTC-A---TTA------GTTCAGTGAAAT-GCAG----CGTTA-------A---AA--GAAG----CT-T-----G----------A-------AAGA---TTT--TATTGTTTGGG-TCAT-GT-TTCTCCCATGAC-TTTTTGATTAAAG-A--T-T--TG-AA-AA--TTATCCCCCAAAA-AC------------TGG-TATCA-TAGG-G--GAA--------ATTTTGAA---GTAAATA--T--GAA-T-TT-----TCA-GCATT-A-TTAAAAC--AC-T-----TAT---AATTATTAA--TTTAGTTTAC-AAAATTCCATAAC-
gi|7 : taggtaagtATACCCAACATT-TTTTAATACATCAAGTAA------AGTAGGA-T-TGTGCAGGGTTA----ATATGAGCTTTTCTATTT------TCTGATC--A-A--------ACAAT-GAT------G-TAA-AT---AG----GTC-G---TTA------GTTCA--GAAATTACAT----TTATATATT---A---AAA-TATA----TT-T--AC-G----------A-------AGGG---TTT--CAAGTTTTGGG-TAAT-GA-TTTTCT-TTGAA-TTTTTAAGTAAA--A--C-C-GTG-AATAA--T------GCAAAA-AG------AA-AGGTG------A-T--A-G--CAA--TCCAATATTTTCTG---GTAAATA--T--G---T-TT-----TTAAGGAAT-T-TTAAAATA--T-T-----TGC-AAAAT----------TA---TA---------TATAAC-A-A--A-----TCTG-GTT---GGGTATCCTACGTtaagaatattctttt
gi|8 : aaGTCAAATGATACCCAAGATT-TGG-GACACATTCAGTAG------AATAAGA-T-TTTGCTACGTTT-----------------------------TTGATC--A-A--------ACAAC-AGT------G-TAACAT---CA----GTC-A---TTA------ACACA-TAAAAT-TCACTGTGCAGTA-------A---AAAAGACA----TT-T--TC-A----------A-------AGGA---TTT--------TTGTG-TAGT-GT-TTTTCCATTGAA-ATTTCATGTAAAG-AT-T-T-GTG-AATAA--A------GCAAAA-AT------AA-A-GTGGATTTAA-A--G-G--GGA-------CATTTT---------AATT--T--G---T-AT-----TTA-CAAAT-A-CTTAGAC-----------TAT-GAAAT--------TTTC---TAT-----TT-----AC-A-G--T-----TTTT---T---GGGctt
gi|9 : atgtaatcgtcaCTAATATT-TTG-GACGCATAAAATAA------AATTGGA-T-TTT-CTATGTTT----ACATGAACTTTTCTATCA------TTTGATCTTA-A--------ACAA--G--------G-TAA-AT---CG----GGT-A---TTACATGTAATAGA-TGAAAT-ACCC----CAATG-------A---AAA-GAC-----TT-T--AT-G----------A-------AAGA-----------------GG-TAGT-GT-TGTTCTATTGTA-TTGTTAAGTAAAG-A--TGT-GTG-AATAT--G------GCAAAA-TT------AA-AGGCAG-TGTCA-T--G-G--AAA--------AGTTTGT----GTAAATA--G--GAA-T-TT-----TTA-GCAAT-T-TCAAAAC--AT-G-----CAT-GTAAT-----G-----A---AAC-AAAA-TATATAAC-ATG--T-----TTTTAGGG---GGAAATCCTATGTcttaggtcgtaacatacatac
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TAGACATTTATAAACATGTAGATAAACTTCAATTGTACACTGA
Unaligned ( gi|20 ): TGGCCATGCCAATTTGTAATCTAGTTCTACGGA
Alignments
lowQualScore : 1111111 3333333333333333333333333 11111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222 11 222222222222222222 222222222 33333333333333333 111111111 111 2222222222 2222
lowQualScore : 6 1 2 2 777777 2 2 2 1111111 1 666666 33 2222222222222222222222222 2 2 00000000000000000 666666 0 2 2 4444 00000000000000000000000000000000000000000000000000 333 22222222222222 2 2 2 2 22 2 33 2 33 777777 2 777777 555 33 444444444444444444 0 444 111111111 2 77777 3 0 666 33333333333333333 999999999 000 3 0 5 4 9999999999 5 0000 1
lowQualScore : . . . . ...... . . . ....... . ...... .. ......................... . . ................. ...... . . . .... .................................................. ... .............. . . . . .. . .. . .. ...... . ...... ... .. .................. . ... ......... . ..... . . ... ................. ......... ... . . . . .......... . .... .
lowQualScore : 7 0 9 9 777777 7 5 8 8888888 0 888888 11 6666666666666666666666666 1 1 22222222222222222 111111 1 1 1 5555 99999999999999999999999999999999999999999999999999 999 33333333333333 2 2 2 4 66 5 44 5 77 777777 7 777777 999 33 777777777777777777 4 777 000000000 9 11111 1 2 999 88888888888888888 222222222 444 6 9 0 0 4444444444 0 6666 4
consensus : NNNTTTAA-GGTCATANGATACCCAAGATT-TTG-GACGCATCAAATGA------AGTAGGA-T-TTTGCTGTGTTT----ACGTGGGATTTTCTATTA------TTTGATC--A-A--------ACAAC-GAT------G-TAA-AT---CG----GTC-A---TTA------ATACA-TGAAAT-GCAC----CAATA-------A---AAA-GATG----TT-T--TTG----------A-------AGGA---TTT--CAATTTTTGGG-TAAT-GT-TTTTCCATTGAA-TTTTCAAGTAAAG-A--T-T-GTG-AATAAT--G------CAAAA-AT------AA-AGGTGG-TTTCA-T--G-GG---AA---TATTTTGTG---GTAAATA--T--G---T-TT-----TTA-GCAAT-A-TTAAAACA-AT-T-----TAC-GAAAT-----A--TTTA---TAC-AAAATTCTATAAC-A-A--T-----TTTT-GGT---GGGTATCCTACGT
Reference ( family-203 ) : NNNTTTAA-GGTCATANGATACCCAAGATT-TTG-GACGCATCAAATGA------AGTAGGA-T-TTTGCTGTGTTT----ACGTGGGATTTTCTATTA------TTTGATC--A-A--------ACAAC-GAT------G-TAA-AT---CG----GTC-A---TTA------ATACA-TGAAAT-GCAC----CAATA-------A---AAA-GATG----TT-T--TTG----------A-------AGGA---TTT--CAATTTTTGGG-TAAT-GT-TTTTCCATTGAA-TTTTCAAGTAAAG-A--T-T-GTG-AATAAT--G------CAAAA-AT------AA-AGGTGG-TTTCA-T--G-GA---AA---TATTTTGTG---GTAAATA--T--G---T-TT-----TTA-GCAAT-A-TTAAAACA-AT-T-----TAC-GAAAT-----A--TTTA---TAC-AAAATTCTATAAC-A-A--T-----TTTT-GGT---GGGTATCCTACGT
gi|1 : TTTGA-GGTCATATAATACCCAAGATT-TTG-GACACATCATATGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT----CCATGGGAGTTT---GTA------TTTGA------------------------------------------------TT-A---TTG------ATTTA-TGAAAT-GCAC----CA-------------------ATG----TC-TGANTG----------AAGT----AGGA---TTT--------------TGAT-GT-GTTTCCATGGGA-CTT---AGTA
gi|1 : acaaatatttataaatgttttaataaattaacaccgcatttcttgtattttgtANTGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT----CCATGGGACTT---AGTA------TTTGATT--A--------------------------------T---TG----ATC--------------------TGAAAT-GCAC----CAATGTCATGATA---AAA-AATG----TT-T--TTG----------A-------AGGA---TTT--CAACT-------------T-TTTTCCATTGAATTTTTTTGGTAAAG-A--T-T--TGCAAAAAT--A------CAAAA-GT------AA-ATATGG-TTTCA-T--------------T-TTTTGTG---GTAAACG--A--G---T-TT-----TTA-GCAAT-ATTTTTAAC--AT-T-----TAC--AGAT-----A--CTTATG-TAC-AAGATTATATAAC-A-AATT-----TTTT-GG----GGGTATCTTACGTtttgattattgatctgaaatgcaccaatgtcatgataaaaaatgtttttgaaggatttcaacttttttccattgaatttttttggtaaagatttgcaaaaatacaaaagtaaatatggtttcattttttgtggtaaacgagtttttagcaatatttttaacatttacagatacttatgtacaagattatataacaaattttttgggggtatcttacgtcctttatcatttaattgatgttatta
gi|10 : acaaatatttataaatgttttaataaattaacaccgcatttcttgtattttgttttgaggtcatataatacccaagattttggacacatcatatgaagtaggattttgatgtgtttccatgggagtttgtatttgattattgatttatgaaatgcaccaatgtctgA------TTTGATC--A-A--------ACAA----T------G-CAA-AT---TG-----TC-A---TTA------ATACA-TGCAAA-GCTC----CAATAC------ATTTAGA-TATA----TT-T--TTG----------A-------AAGA---TTT--CAATTTTTG---CAAT-GT-TTTGCCAATGAA-TTTTCAAGTAAAA-A--T-T-GTA-AATAAT--G------CAAAA-A-------AA-AGACGG-TTTCA-TGGG-GG---AA----ATTTTGTT---GTGCATA--T--GGA-T-TT-----TTA-GCAAT-A-TTAAAACATACAT-----TACTGTAAT-----A--GTTG---CAC-AATATTGTATAAC-A-cctttatcatttaattgatgttatta
gi|11 : TTAA-G-TCCTAGGATACCCCAGATT-TTA-GAAGCATCAAATGA------CATAGGA-TATTTGTTGTGTTT----ACATGAGATTTTTTATTA------ATTGATT--A---------------------------TA--------G----ATA-A---TTA------ATATA-TGAAAT-GAAT----CAATA-------A---AAC-AATC----CT-T--TTGG---------A-------AGGA---TTT--CGATTTTTGAG-GAG--GTATTTTCCATTGAA-TTTGCAAGGAAAG-AT-T-T-GTG-GATGA------------------------AA-CG------TTCA-TA-G-GA---AA---TA-TTAGTG---GTAAATA--TG-G---T-TTTATAATTA-GCAAT-A-TTAAGAT--AT-T-----TAC--AAATG----A--TTcgaatgttctatccatcggcgtcttatgtccttaaaatcatgccaatttgttatctagttctacagatt
gi|12 : --A-A--------ACAAC-AATTGTATTG-TAA-GT---CG-----TC-AATATTG------GTGCA-TAAAGT-GCAC----CAATA-------A---AAA--ACG----TT-----------------G-------AGGA---TTT--CAATTTTTGGA-TGAT-GC-TTTTCCATTGAA-TTTTTAAGTCAAG-AT-T-T-GTG-AGTAAT--G------CAAAC-AT------AA-AGGTTG-CTTCA-T--A-GG---TA---AACT--------GTAAATA--TGGG---TGTT-----TTA--CAAT---TT-GTACA----T-----TA---AAA------G--TTTA----AC-AAAATTCTACAGCTACA--TCTTTATTTT-GGTAGGGGGTATCATATGT
gi|13 : CAAAATT-GTG-GACGCATCGAATGACTTTCAAACAGAA-C-TTTGTTGT-TTT-----CAAGGGATGTTCTATCA------TTTGATC--A-T--------ACAA----T------G-TAA-AT---CG----GCC-A---TTA------ATACA-CAGAAT-GCAC----CCATA-------G---AAG-GATT----CT-T--TTG----------A-------AGGA---TTT--AAAATTTGAAG-TATT-G-----------GAA-TTTTCAAGTAAAG-A--T-T-GTA-AATACT--G------CAAAACAT------AA-AAGCGG-TTTCACT--A-GA---CA----GTTTTGAG---GTACGCA--T--GGGAT-TT-----T
gi|14 : ------G-TAA-AT---CG----GTTTA---TTG------ACACA-TGATAT-GCAC----CAATA-------T---AAC-GACG----TT-T--T------------A-------AAAA---TT----------------GAT-GT-TTCCCCCCTGAA-TTTTCAA-CAAA--A--T-T-TT--AATGATTTG------TGAGA-ATTGAGAAAA-GGGTGG-CTT--------GA---CA---TATTTTGAG---GTAAATATTT--G---T-TT-----CTA-TCAAG-A-TCAAAGC--AT-T-----TAC--AAAT-----AGTTTCA---CACAAAAAATCTATAA-------------TTTC-GGG---GGATATTCTATGT
gi|15 : -TTTGTTGTGTTC----ACATGGAATTTTC-----------------C--A-A--------ACAATTAAT------G-TAA-AT---CT----GTT-A---TTA------GTACA-TCAAAT-TCAT----CTATA-------------------------------G----------A-------AGCC---TTT--CGATTTTTAGATTAAT-GG-TATTCGGTTGAA-TTTTCGAGTGCAA-AT-T-T-GTG-AATGAT--G----------A-AC------AA---------TTTA-T--GCGG---AA---T-TTTTTCC---GCAAATA--T--G---c
gi|16 : gacacttaaaatgctgaaaactgtaCAAGATT-TTG-GATGCATCAAAAGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT-----TGTCAGATTTTCTATTA------TTTGATC--A-C--------AT------T------GTTCA-AT---CG----GTC-A---TTG------ATACA-TGACAT-GCAC----AAACA-------A---ATT-TATG----TT-T--TTG----------AGGGATTGAGGA---TTT--CGATTTTTGGG-AAATAGT-TTTTCCACTAAC-TTTTCAATTAAAG-A--T-A-TTG-AATAAa
gi|17 : TTGA-GGTCATATAATACCCAAGATT-TTG-GACACATCATATGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT----CCATGGAGTTT----GTA------TTTGAT-----A--------TTGAT-TAT------G--AA-AT---------GCC-------A------ATGTC-TG-AAT-G---------ATA-------A---AAA--ATG-----T-T--TTG----------A-------AGGA----TT--CAAC--------------T-TTTTCAATTGAA-TTTTT-GGTAAAG-A--
gi|18 : AAGACT-TTG-G---C-TCGAATGA------AGTAGAG-T-TTTACTGTGTTT----AAGTGAGTTTTTCTATCG------TTTGGTC--G-G--------AGATC-AAT------G-TTA-AT---TG----GAC-A---TTA------ATGCA-TCAAAA-ATAC----CAATA-------A---AA---ATA----TT-T--TTgtt
gi|2 : ATGCCAAAGATT-CTG-GATGCAGCAAATAA------AGAACGA-T-GCTGTGGTGTTT----ACATGGAATTTTCTATTA------TCTGATC--A-C--------ACAAC-AAT------G-CAA-AT---C--------------CA------ATACA--------------------A-------A---GAC-GATA----TGAT--TTA----------A-------AGGA---TCTAACAATAC---GG-TACT-GT-TTTATCATTGAA-TTTTCAAGTAAAG-C--T-TAGTT-AATGAT--G------CAAAA-AT------AA-CAGTGG-ATTCC-T--A-GG---AA---AATGTTGTG---GCCTATA--G--GCA-T-TT-----TTA-GTAAT-A-ATAGTACA-TT-TTAG--TAC-G-AAT-----A--GTTT---TAC-AAA
gi|3 : taCAAAGAATGCCAAAGATT-CTG-GATGTACCAAATAA------AGAACGA-T-TCTGCGGTGTTT----AC-TTGGATTTTCTACAG------TCGGATC--ATACATTATGTACAAC-AAT------G-CAA-AT---C--------------CA------ATAC-----AAT-TC---------TA-------A---GAC-GATG-----------TG----------A-------AGGG---CTC--TAAT-----GA-TAGG-GT-T----CA-TGAA-TTTTCATGTAAAGAA--T-A-GAT-AATAAT--G------CAAAA-AT------GATGGGTGG-ATTTG-TAGG-GA---AA---T-TTTTGTGCCTATCAAGG--C--A---T-TT-----TTA-GTAATAA-TTA----G-TT-T-----TAC--AAAT-----A--TTTC---TAcacatatttctgggcatcttcagtcctcaactgcataaacatgacctttgacctatgcgttattctacacttcataatcatgtgactcagatatagttaattagactgaacagagagatgtaatgattgtagacagtttgtcacatgaaaaa
gi|4 : taacacTTTAA-TGTCGTAACATACACTATATTATTG-GCCGCATAAAATGA------AGTGGAAAT-TGTGTTGTGTTT----GCATGGTATTTCCTATTACACGTTTTTCCTC--A-A--------TCAAC-GAT------A-TAA-AT---TG----GTC-A---TTA------AATCA-TAATAT-GCAC----CAATA-------A---AAA-GGCGGGGTTT-T--TTGTTTTGTTGTTA-------AAGAGTTTTT--CAA-ATTTGGG-TTAT-TT-TTTTTTTTTT---TTTTTTTTTTAGG-AATT-T-TTG-AATAAT--G------CAAAA-AT------GT-AGGGGC-TTTCA-T--A-GG---AA---AATTTTGTG---GTCAATA--TGGG---T-TT-----TTA-G-AAT-T-TTAAAACA-TT-TGTAAATAC--AAGT-----A--GTTG---TAC-AAAATTCTATAAC-A-A-----------T-GGTCTGGGATGTCCCGTGTggtctatcctcagtcctcaagtaatagttgtaaaacagtctgcatagatatgacctttgacctatgctttcctaatcatgtgatacaggtaattagactgagccgagagatacacacatgtaatgattgtcaagtttgtcacatgaaaaa
gi|5 : TTCAA-GGTCATGGGAAAAACAAGATT-TTG-GACGCATCAAATGA------AGAAGGG-T-TTGGCTGTGTTTTAATATGTGAGGTTTTCTATTA------TTTGGTT--A-A--------ACAAC-AAA------G-TAA-AC---CA----GTC-A---TTA------ATACA-TGAAAT-GCAT----CAAGA-------A---AAA-GATA----TT-T--TTA----------A-------AGAA---TTT--CAATTTTTGGA-TAAT-GT-TTTTCCATTGAA-TTTTCAAGAGAAG-A--T-T-GTT-AATAAT--G------CGAAA-AT------AA-ATATAG-CTTCA-T--G-GA---AATTTTTTTTTATA---GCAAATG--T--G---A-TT-----TTA-ACAAC-A-TTAAACCA-AT-T-----TAC-GAAAT-----A--TTTA---TAC-CAAATGCTATTAC-A-A--T-----TTTT-GGT---GGGTATCTGATGTccttaa
gi|6 : gtaTTCAATGGTCCCATGACAC--AAGATT-GTG-GGCGAATCAGACG-----------GGA-A---------GTTT----ACGCGGGGTTTTCCATTA------TTTTTTC--A-A--------ACAT----T------G-TAA-ATTTACGAGTAGTC-A---TTA------GTTCAGTGAAAT-GCAG----CGTTA-------A---AA--GAAG----CT-T----G----------A-------AAGA---TTT--TATTGTTTGGG-TCAT-GT-TTCTCCCATGAC-TTTTTGATTAAAG-A--T-T--TG-AA-AAT--TATCCCCCAAAA-AC------------TGG-TATCA-TAGG-GG---AA----ATTTTGAA---GTAAATA--T--GAA-T-TT-----TCA-GCATT-A-TTAAAAC--AC-T-----TAT---AATTATTAA--TTTAGTTTAC-AAAATTCCATAAC-
gi|7 : taggtaagtATACCCAACATT-TTTTAATACATCAAGTAA------AGTAGGA-T-TGTGCAGGGTTA----ATATGAGCTTTTCTATTT------TCTGATC--A-A--------ACAAT-GAT------G-TAA-AT---AG----GTC-G---TTA------GTTCA--GAAATTACAT----TTATATATT---A---AAA-TATA----TT-T--ACG----------A-------AGGG---TTT--CAAGTTTTGGG-TAAT-GA-TTTTCT-TTGAA-TTTTTAAGTAAA--A--C-C-GTG-AATAAT--G------CAAAA-AG------AA-AGGTGA-TAGCA-------ATCCAA---TATTTTCTG---GTAAATA--T--G---T-TT-----TTAAGGAAT-T-TTAAAATA--T-T-----TGC-AAAAT----------TA---TA---------TATAAC-A-A--A-----TCTG-GTT---GGGTATCCTACGTtaagaatattctttt
gi|8 : aaGTCAAATGATACCCAAGATT-TGG-GACACATTCAGTAG------AATAAGA-T-TTTGCTACGTTT-----------------------------TTGATC--A-A--------ACAAC-AGT------G-TAACAT---CA----GTC-A---TTA------ACACA-TAAAAT-TCACTGTGCAGTA-------A---AAAAGACA----TT-T--TCA----------A-------AGGA---TTT--------TTGTG-TAGT-GT-TTTTCCATTGAA-ATTTCATGTAAAG-AT-T-T-GTG-AATAAA--G------CAAAA-AT------AA-A-GTGGATTTAA-A--G-GG---GA---CATTTT---------AATT--T--G---T-AT-----TTA-CAAAT-A-CTTAGAC-----------TAT-GAAAT--------TTTC---TAT-----TT-----AC-A-G--T-----TTTT---T---GGGctt
gi|9 : atgtaatcgtcaCTAATATT-TTG-GACGCATAAAATAA------AATTGGA-T-TTT-CTATGTTT----ACATGAACTTTTCTATCA------TTTGATCTTA-A--------ACAA--G--------G-TAA-AT---CG----GGT-A---TTACATGTAATAGA-TGAAAT-ACCC----CAATG-------A---AAA-GAC-----TT-T--ATG----------A-------AAGA-----------------GG-TAGT-GT-TGTTCTATTGTA-TTGTTAAGTAAAG-A--TGT-GTG-AATATG--G------CAAAA-TT------AA-AGGCAG-TGTCA-T--G-GA---AA----AGTTTGTG----TAAATA--G--GAA-T-TT-----TTA-GCAAT-T-TCAAAAC--AT-G-----CAT-GTAAT-----G-----A---AAC-AAAA-TATATAAC-ATG--T-----TTTTAGGG---GGAAATCCTATGTcttaggtcgtaacatacatac
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TAGACATTTATAAACATGTAGATAAACTTCAATTGTACACTGA
Unaligned ( gi|20 ): TGGCCATGCCAATTTGTAATCTAGTTCTACGGA
Alignments
lowQualScore : 1111111 3333333333333333333333333 11111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222 11 1111 22222 222222222 33333333333333333 111111111 111 2222222222 2222
lowQualScore : 6 1 2 2 777777 2 2 2 1111111 1 666666 33 2222222222222222222222222 2 2 00000000000000000 666666 0 2 2 4444 00000000000000000000000000000000000000000000000000 333 22222222222222 2 2 2 2 22 2 55 2 33 777777 2 777777 555 33 5555 00000 2 0 444 111111111 2 77777 3 0 666 33333333333333333 999999999 000 3 0 5 4 9999999999 5 0000 1
lowQualScore : . . . . ...... . . . ....... . ...... .. ......................... . . ................. ...... . . . .... .................................................. ... .............. . . . . .. . .. . .. ...... . ...... ... .. .... ..... . . ... ......... . ..... . . ... ................. ......... ... . . . . .......... . .... .
lowQualScore : 7 0 9 9 777777 7 5 8 8888888 0 888888 11 6666666666666666666666666 1 1 22222222222222222 111111 1 1 1 5555 99999999999999999999999999999999999999999999999999 999 33333333333333 2 2 2 4 66 5 00 5 44 777777 7 777777 999 33 3333 44444 7 4 777 000000000 9 11111 1 2 999 88888888888888888 222222222 444 6 9 0 0 4444444444 0 6666 4
consensus : NNNTTTAA-GGTCATANGATACCCAAGATT-TTG-GACGCATCAAATGA------AGTAGGA-T-TTTGCTGTGTTT----ACGTGGGATTTTCTATTA------TTTGATC--A-A--------ACAAC-GAT------G-TAA-AT---CG----GTC-A---TTA------ATACA-TGAAAT-GCAC----CAATA-------A---AAA-GATG----TT-T--TTG----------A-------AGGA---TTT--CAATTTTTGGG-TAAT-GT-TTTTCCATTGAA-TTTTCAAGTAAAG-A--T-T-GTG-AATAA--TG------CAAAA-AT------AA-AGGTGG-TTTCAT--G-GGAA---NAT-TTTGTG---GTAAATA--T--G---T-TT-----TTA-GCAAT-A-TTAAAACA-AT-T-----TAC-GAAAT-----A--TTTA---TAC-AAAATTCTATAAC-A-A--T-----TTTT-GGT---GGGTATCCTACGT
Reference ( family-203 ) : NNNTTTAA-GGTCATANGATACCCAAGATT-TTG-GACGCATCAAATGA------AGTAGGA-T-TTTGCTGTGTTT----ACGTGGGATTTTCTATTA------TTTGATC--A-A--------ACAAC-GAT------G-TAA-AT---CG----GTC-A---TTA------ATACA-TGAAAT-GCAC----CAATA-------A---AAA-GATG----TT-T--TTG----------A-------AGGA---TTT--CAATTTTTGGG-TAAT-GT-TTTTCCATTGAA-TTTTCAAGTAAAG-A--T-T-GTG-AATAA--TG------CAAAA-AT------AA-AGGTGG-TTTCAT--G-GGAA---TAT-TTTGTG---GTAAATA--T--G---T-TT-----TTA-GCAAT-A-TTAAAACA-AT-T-----TAC-GAAAT-----A--TTTA---TAC-AAAATTCTATAAC-A-A--T-----TTTT-GGT---GGGTATCCTACGT
gi|1 : TTTGA-GGTCATATAATACCCAAGATT-TTG-GACACATCATATGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT----CCATGGGAGTTT---GTA------TTTGA------------------------------------------------TT-A---TTG------ATTTA-TGAAAT-GCAC----CA-------------------ATG----TC-TGANTG----------AAGT----AGGA---TTT--------------TGAT-GT-GTTTCCATGGGA-CTT---AGTA
gi|1 : acaaatatttataaatgttttaataaattaacaccgcatttcttgtattttgtANTGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT----CCATGGGACTT---AGTA------TTTGATT--A--------------------------------T---TG----ATC--------------------TGAAAT-GCAC----CAATGTCATGATA---AAA-AATG----TT-T--TTG----------A-------AGGA---TTT--CAACT-------------T-TTTTCCATTGAATTTTTTTGGTAAAG-A--T-T--TGCAAAAA--TA------CAAAA-GT------AA-ATATGG-TTTCAT-----------T-T-TTTGTG---GTAAACG--A--G---T-TT-----TTA-GCAAT-ATTTTTAAC--AT-T-----TAC--AGAT-----A--CTTATG-TAC-AAGATTATATAAC-A-AATT-----TTTT-GG----GGGTATCTTACGTtttgattattgatctgaaatgcaccaatgtcatgataaaaaatgtttttgaaggatttcaacttttttccattgaatttttttggtaaagatttgcaaaaatacaaaagtaaatatggtttcattttttgtggtaaacgagtttttagcaatatttttaacatttacagatacttatgtacaagattatataacaaattttttgggggtatcttacgtcctttatcatttaattgatgttatta
gi|10 : acaaatatttataaatgttttaataaattaacaccgcatttcttgtattttgttttgaggtcatataatacccaagattttggacacatcatatgaagtaggattttgatgtgtttccatgggagtttgtatttgattattgatttatgaaatgcaccaatgtctgA------TTTGATC--A-A--------ACAA----T------G-CAA-AT---TG-----TC-A---TTA------ATACA-TGCAAA-GCTC----CAATAC------ATTTAGA-TATA----TT-T--TTG----------A-------AAGA---TTT--CAATTTTTG---CAAT-GT-TTTGCCAATGAA-TTTTCAAGTAAAA-A--T-T-GTA-AATAA--TG------CAAAA-A-------AA-AGACGG-TTTCATGGG-GGAA----AT-TTTGTT---GTGCATA--T--GGA-T-TT-----TTA-GCAAT-A-TTAAAACATACAT-----TACTGTAAT-----A--GTTG---CAC-AATATTGTATAAC-A-cctttatcatttaattgatgttatta
gi|11 : TTAA-G-TCCTAGGATACCCCAGATT-TTA-GAAGCATCAAATGA------CATAGGA-TATTTGTTGTGTTT----ACATGAGATTTTTTATTA------ATTGATT--A---------------------------TA--------G----ATA-A---TTA------ATATA-TGAAAT-GAAT----CAATA-------A---AAC-AATC----CT-T--TTGG---------A-------AGGA---TTT--CGATTTTTGAG-GAG--GTATTTTCCATTGAA-TTTGCAAGGAAAG-AT-T-T-GTG-GATGA------------------------AA-CG------TTCAT--A-GGAA----ATATTAGTG---GTAAATA--TG-G---T-TTTATAATTA-GCAAT-A-TTAAGAT--AT-T-----TAC--AAATG----A--TTcgaatgttctatccatcggcgtcttatgtccttaaaatcatgccaatttgttatctagttctacagatt
gi|12 : --A-A--------ACAAC-AATTGTATTG-TAA-GT---CG-----TC-AATATTG------GTGCA-TAAAGT-GCAC----CAATA-------A---AAA--ACG----TT-----------------G-------AGGA---TTT--CAATTTTTGGA-TGAT-GC-TTTTCCATTGAA-TTTTTAAGTCAAG-AT-T-T-GTG-AGTAA--TG------CAAAC-AT------AA-AGGTTG-CTTCAT--A-GGTA---AAC-T--------GTAAATA--TGGG---TGTT-----TTA--CAAT---TT-GTACA----T-----TA---AAA------G--TTTA----AC-AAAATTCTACAGCTACA--TCTTTATTTT-GGTAGGGGGTATCATATGT
gi|13 : CAAAATT-GTG-GACGCATCGAATGACTTTCAAACAGAA-C-TTTGTTGT-TTT-----CAAGGGATGTTCTATCA------TTTGATC--A-T--------ACAA----T------G-TAA-AT---CG----GCC-A---TTA------ATACA-CAGAAT-GCAC----CCATA-------G---AAG-GATT----CT-T--TTG----------A-------AGGA---TTT--AAAATTTGAAG-TATT-G-----------GAA-TTTTCAAGTAAAG-A--T-T-GTA-AATAC--TG------CAAAACAT------AA-AAGCGG-TTTCAC--T-AGAC---AGT-TTTGAG---GTACGCA--T--GGGAT-TT-----T
gi|14 : ------G-TAA-AT---CG----GTTTA---TTG------ACACA-TGATAT-GCAC----CAATA-------T---AAC-GACG----TT-T--T------------A-------AAAA---TT----------------GAT-GT-TTCCCCCCTGAA-TTTTCAA-CAAA--A--T-T--TT-AATGATTTG------TGAGA-ATTGAGAAAA-GGGTGG-CTT-------GACA---TAT-TTTGAG---GTAAATATTT--G---T-TT-----CTA-TCAAG-A-TCAAAGC--AT-T-----TAC--AAAT-----AGTTTCA---CACAAAAAATCTATAA-------------TTTC-GGG---GGATATTCTATGT
gi|15 : -TTTGTTGTGTTC----ACATGGAATTTTC-----------------C--A-A--------ACAATTAAT------G-TAA-AT---CT----GTT-A---TTA------GTACA-TCAAAT-TCAT----CTATA-------------------------------G----------A-------AGCC---TTT--CGATTTTTAGATTAAT-GG-TATTCGGTTGAA-TTTTCGAGTGCAA-AT-T-T-GTG-AATGA--TG----------A-AC------AA---------TTTAT--GCGGAA---T-T-TTTTCC---GCAAATA--T--G---c
gi|16 : gacacttaaaatgctgaaaactgtaCAAGATT-TTG-GATGCATCAAAAGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT-----TGTCAGATTTTCTATTA------TTTGATC--A-C--------AT------T------GTTCA-AT---CG----GTC-A---TTG------ATACA-TGACAT-GCAC----AAACA-------A---ATT-TATG----TT-T--TTG----------AGGGATTGAGGA---TTT--CGATTTTTGGG-AAATAGT-TTTTCCACTAAC-TTTTCAATTAAAG-A--T-A-TTG-AATAA--a
gi|17 : TTGA-GGTCATATAATACCCAAGATT-TTG-GACACATCATATGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT----CCATGGAGTTT----GTA------TTTGAT-----A--------TTGAT-TAT------G--AA-AT---------GCC-------A------ATGTC-TG-AAT-G---------ATA-------A---AAA--ATG-----T-T--TTG----------A-------AGGA----TT--CAAC--------------T-TTTTCAATTGAA-TTTTT-GGTAAAG-A--
gi|18 : AAGACT-TTG-G---C-TCGAATGA------AGTAGAG-T-TTTACTGTGTTT----AAGTGAGTTTTTCTATCG------TTTGGTC--G-G--------AGATC-AAT------G-TTA-AT---TG----GAC-A---TTA------ATGCA-TCAAAA-ATAC----CAATA-------A---AA---ATA----TT-T--TTgtt
gi|2 : ATGCCAAAGATT-CTG-GATGCAGCAAATAA------AGAACGA-T-GCTGTGGTGTTT----ACATGGAATTTTCTATTA------TCTGATC--A-C--------ACAAC-AAT------G-CAA-AT---C--------------CA------ATACA--------------------A-------A---GAC-GATA----TGAT--TTA----------A-------AGGA---TCTAACAATAC---GG-TACT-GT-TTTATCATTGAA-TTTTCAAGTAAAG-C--T-TAGTT-AATGA--TG------CAAAA-AT------AA-CAGTGG-ATTCCT--A-GGAA---AAT-GTTGTG---GCCTATA--G--GCA-T-TT-----TTA-GTAAT-A-ATAGTACA-TT-TTAG--TAC-G-AAT-----A--GTTT---TAC-AAA
gi|3 : taCAAAGAATGCCAAAGATT-CTG-GATGTACCAAATAA------AGAACGA-T-TCTGCGGTGTTT----AC-TTGGATTTTCTACAG------TCGGATC--ATACATTATGTACAAC-AAT------G-CAA-AT---C--------------CA------ATAC-----AAT-TC---------TA-------A---GAC-GATG-----------TG----------A-------AGGG---CTC--TAAT-----GA-TAGG-GT-T----CA-TGAA-TTTTCATGTAAAGAA--T-A-GAT-AATAA--TG------CAAAA-AT------GATGGGTGG-ATTTGTA-G-GGAA---ATT-TTTGTGCCTATCAAGG--C--A---T-TT-----TTA-GTAATAA-TTA----G-TT-T-----TAC--AAAT-----A--TTTC---TAcacatatttctgggcatcttcagtcctcaactgcataaacatgacctttgacctatgcgttattctacacttcataatcatgtgactcagatatagttaattagactgaacagagagatgtaatgattgtagacagtttgtcacatgaaaaa
gi|4 : taacacTTTAA-TGTCGTAACATACACTATATTATTG-GCCGCATAAAATGA------AGTGGAAAT-TGTGTTGTGTTT----GCATGGTATTTCCTATTACACGTTTTTCCTC--A-A--------TCAAC-GAT------A-TAA-AT---TG----GTC-A---TTA------AATCA-TAATAT-GCAC----CAATA-------A---AAA-GGCGGGGTTT-T--TTGTTTTGTTGTTA-------AAGAGTTTTT--CAA-ATTTGGG-TTAT-TT-TTTTTTTTTT---TTTTTTTTTTAGG-AATT-T-TTG-AATAA--TG------CAAAA-AT------GT-AGGGGC-TTTCAT--A-GGAA---AAT-TTTGTG---GTCAATA--TGGG---T-TT-----TTA-G-AAT-T-TTAAAACA-TT-TGTAAATAC--AAGT-----A--GTTG---TAC-AAAATTCTATAAC-A-A-----------T-GGTCTGGGATGTCCCGTGTggtctatcctcagtcctcaagtaatagttgtaaaacagtctgcatagatatgacctttgacctatgctttcctaatcatgtgatacaggtaattagactgagccgagagatacacacatgtaatgattgtcaagtttgtcacatgaaaaa
gi|5 : TTCAA-GGTCATGGGAAAAACAAGATT-TTG-GACGCATCAAATGA------AGAAGGG-T-TTGGCTGTGTTTTAATATGTGAGGTTTTCTATTA------TTTGGTT--A-A--------ACAAC-AAA------G-TAA-AC---CA----GTC-A---TTA------ATACA-TGAAAT-GCAT----CAAGA-------A---AAA-GATA----TT-T--TTA----------A-------AGAA---TTT--CAATTTTTGGA-TAAT-GT-TTTTCCATTGAA-TTTTCAAGAGAAG-A--T-T-GTT-AATAA--TG------CGAAA-AT------AA-ATATAG-CTTCAT--G-GAAATTTTTT-TTTATA---GCAAATG--T--G---A-TT-----TTA-ACAAC-A-TTAAACCA-AT-T-----TAC-GAAAT-----A--TTTA---TAC-CAAATGCTATTAC-A-A--T-----TTTT-GGT---GGGTATCTGATGTccttaa
gi|6 : gtaTTCAATGGTCCCATGACAC--AAGATT-GTG-GGCGAATCAGACG-----------GGA-A---------GTTT----ACGCGGGGTTTTCCATTA------TTTTTTC--A-A--------ACAT----T------G-TAA-ATTTACGAGTAGTC-A---TTA------GTTCAGTGAAAT-GCAG----CGTTA-------A---AA--GAAG----CT-T----G----------A-------AAGA---TTT--TATTGTTTGGG-TCAT-GT-TTCTCCCATGAC-TTTTTGATTAAAG-A--T-T--TG-AA-AA--TTATCCCCCAAAA-AC------------TGG-TATCATAGG-GGAA----AT-TTTGAA---GTAAATA--T--GAA-T-TT-----TCA-GCATT-A-TTAAAAC--AC-T-----TAT---AATTATTAA--TTTAGTTTAC-AAAATTCCATAAC-
gi|7 : taggtaagtATACCCAACATT-TTTTAATACATCAAGTAA------AGTAGGA-T-TGTGCAGGGTTA----ATATGAGCTTTTCTATTT------TCTGATC--A-A--------ACAAT-GAT------G-TAA-AT---AG----GTC-G---TTA------GTTCA--GAAATTACAT----TTATATATT---A---AAA-TATA----TT-T--ACG----------A-------AGGG---TTT--CAAGTTTTGGG-TAAT-GA-TTTTCT-TTGAA-TTTTTAAGTAAA--A--C-C-GTG-AATAA--TG------CAAAA-AG------AA-AGGTGA-TAGCAA--T-CCAA---TAT-TTTCTG---GTAAATA--T--G---T-TT-----TTAAGGAAT-T-TTAAAATA--T-T-----TGC-AAAAT----------TA---TA---------TATAAC-A-A--A-----TCTG-GTT---GGGTATCCTACGTtaagaatattctttt
gi|8 : aaGTCAAATGATACCCAAGATT-TGG-GACACATTCAGTAG------AATAAGA-T-TTTGCTACGTTT-----------------------------TTGATC--A-A--------ACAAC-AGT------G-TAACAT---CA----GTC-A---TTA------ACACA-TAAAAT-TCACTGTGCAGTA-------A---AAAAGACA----TT-T--TCA----------A-------AGGA---TTT--------TTGTG-TAGT-GT-TTTTCCATTGAA-ATTTCATGTAAAG-AT-T-T-GTG-AATAA--AG------CAAAA-AT------AA-A-GTGGATTTAAA--G-GGGA---CAT-TTT---------AATT--T--G---T-AT-----TTA-CAAAT-A-CTTAGAC-----------TAT-GAAAT--------TTTC---TAT-----TT-----AC-A-G--T-----TTTT---T---GGGctt
gi|9 : atgtaatcgtcaCTAATATT-TTG-GACGCATAAAATAA------AATTGGA-T-TTT-CTATGTTT----ACATGAACTTTTCTATCA------TTTGATCTTA-A--------ACAA--G--------G-TAA-AT---CG----GGT-A---TTACATGTAATAGA-TGAAAT-ACCC----CAATG-------A---AAA-GAC-----TT-T--ATG----------A-------AAGA-----------------GG-TAGT-GT-TGTTCTATTGTA-TTGTTAAGTAAAG-A--TGT-GTG-AATAT--GG------CAAAA-TT------AA-AGGCAG-TGTCAT--G-GAAA----AG-TTTGTG----TAAATA--G--GAA-T-TT-----TTA-GCAAT-T-TCAAAAC--AT-G-----CAT-GTAAT-----G-----A---AAC-AAAA-TATATAAC-ATG--T-----TTTTAGGG---GGAAATCCTATGTcttaggtcgtaacatacatac
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TAGACATTTATAAACATGTAGATAAACTTCAATTGTACACTGA
Unaligned ( gi|20 ): TGGCCATGCCAATTTGTAATCTAGTTCTACGGA
Alignments
lowQualScore : 1111111 3333333333333333333333333 11111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222 11 111 222222222 33333333333333333 111111111 111 2222222222 2222
lowQualScore : 6 1 2 2 777777 2 2 2 1111111 1 666666 33 2222222222222222222222222 2 2 00000000000000000 666666 0 2 2 4444 00000000000000000000000000000000000000000000000000 333 22222222222222 2 2 2 2 22 2 55 2 33 777777 2 777777 555 33 111 99999 2 0 444 111111111 2 77777 3 0 666 33333333333333333 999999999 000 3 0 5 4 9999999999 5 0000 1
lowQualScore : . . . . ...... . . . ....... . ...... .. ......................... . . ................. ...... . . . .... .................................................. ... .............. . . . . .. . .. . .. ...... . ...... ... .. ... ..... . . ... ......... . ..... . . ... ................. ......... ... . . . . .......... . .... .
lowQualScore : 7 0 9 9 777777 7 5 8 8888888 0 888888 11 6666666666666666666666666 1 1 22222222222222222 111111 1 1 1 5555 99999999999999999999999999999999999999999999999999 999 33333333333333 2 2 2 4 66 5 00 5 44 777777 7 777777 999 33 666 55555 7 4 777 000000000 9 11111 1 2 999 88888888888888888 222222222 444 6 9 0 0 4444444444 0 6666 4
consensus : NNNTTTAA-GGTCATANGATACCCAAGATT-TTG-GACGCATCAAATGA------AGTAGGA-T-TTTGCTGTGTTT----ACGTGGGATTTTCTATTA------TTTGATC--A-A--------ACAAC-GAT------G-TAA-AT---CG----GTC-A---TTA------ATACA-TGAAAT-GCAC----CAATA-------A---AAA-GATG----TT-T--TTG----------A-------AGGA---TTT--CAATTTTTGGG-TAAT-GT-TTTTCCATTGAA-TTTTCAAGTAAAG-A--T-T-GTG-AATAA--TG------CAAAA-AT------AA-AGGTGG-TTTCAT-G-GGAA---AAT-TTTGTG---GTAAATA--T--G---T-TT-----TTA-GCAAT-A-TTAAAACA-AT-T-----TAC-GAAAT-----A--TTTA---TAC-AAAATTCTATAAC-A-A--T-----TTTT-GGT---GGGTATCCTACGT
Reference ( family-203 ) : NNNTTTAA-GGTCATANGATACCCAAGATT-TTG-GACGCATCAAATGA------AGTAGGA-T-TTTGCTGTGTTT----ACGTGGGATTTTCTATTA------TTTGATC--A-A--------ACAAC-GAT------G-TAA-AT---CG----GTC-A---TTA------ATACA-TGAAAT-GCAC----CAATA-------A---AAA-GATG----TT-T--TTG----------A-------AGGA---TTT--CAATTTTTGGG-TAAT-GT-TTTTCCATTGAA-TTTTCAAGTAAAG-A--T-T-GTG-AATAA--TG------CAAAA-AT------AA-AGGTGG-TTTCAT-G-GGAA---NAT-TTTGTG---GTAAATA--T--G---T-TT-----TTA-GCAAT-A-TTAAAACA-AT-T-----TAC-GAAAT-----A--TTTA---TAC-AAAATTCTATAAC-A-A--T-----TTTT-GGT---GGGTATCCTACGT
gi|1 : TTTGA-GGTCATATAATACCCAAGATT-TTG-GACACATCATATGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT----CCATGGGAGTTT---GTA------TTTGA------------------------------------------------TT-A---TTG------ATTTA-TGAAAT-GCAC----CA-------------------ATG----TC-TGANTG----------AAGT----AGGA---TTT--------------TGAT-GT-GTTTCCATGGGA-CTT---AGTA
gi|1 : acaaatatttataaatgttttaataaattaacaccgcatttcttgtattttgtANTGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT----CCATGGGACTT---AGTA------TTTGATT--A--------------------------------T---TG----ATC--------------------TGAAAT-GCAC----CAATGTCATGATA---AAA-AATG----TT-T--TTG----------A-------AGGA---TTT--CAACT-------------T-TTTTCCATTGAATTTTTTTGGTAAAG-A--T-T--TGCAAAAA--TA------CAAAA-GT------AA-ATATGG-TTTCAT-T----------T-TTTGTG---GTAAACG--A--G---T-TT-----TTA-GCAAT-ATTTTTAAC--AT-T-----TAC--AGAT-----A--CTTATG-TAC-AAGATTATATAAC-A-AATT-----TTTT-GG----GGGTATCTTACGTtttgattattgatctgaaatgcaccaatgtcatgataaaaaatgtttttgaaggatttcaacttttttccattgaatttttttggtaaagatttgcaaaaatacaaaagtaaatatggtttcattttttgtggtaaacgagtttttagcaatatttttaacatttacagatacttatgtacaagattatataacaaattttttgggggtatcttacgtcctttatcatttaattgatgttatta
gi|10 : acaaatatttataaatgttttaataaattaacaccgcatttcttgtattttgttttgaggtcatataatacccaagattttggacacatcatatgaagtaggattttgatgtgtttccatgggagtttgtatttgattattgatttatgaaatgcaccaatgtctgA------TTTGATC--A-A--------ACAA----T------G-CAA-AT---TG-----TC-A---TTA------ATACA-TGCAAA-GCTC----CAATAC------ATTTAGA-TATA----TT-T--TTG----------A-------AAGA---TTT--CAATTTTTG---CAAT-GT-TTTGCCAATGAA-TTTTCAAGTAAAA-A--T-T-GTA-AATAA--TG------CAAAA-A-------AA-AGACGG-TTTCATGG-GGGA---AAT-TTTGTT---GTGCATA--T--GGA-T-TT-----TTA-GCAAT-A-TTAAAACATACAT-----TACTGTAAT-----A--GTTG---CAC-AATATTGTATAAC-A-cctttatcatttaattgatgttatta
gi|11 : TTAA-G-TCCTAGGATACCCCAGATT-TTA-GAAGCATCAAATGA------CATAGGA-TATTTGTTGTGTTT----ACATGAGATTTTTTATTA------ATTGATT--A---------------------------TA--------G----ATA-A---TTA------ATATA-TGAAAT-GAAT----CAATA-------A---AAC-AATC----CT-T--TTGG---------A-------AGGA---TTT--CGATTTTTGAG-GAG--GTATTTTCCATTGAA-TTTGCAAGGAAAG-AT-T-T-GTG-GATGA------------------------AA-CG------TTCAT-A-GGAA----ATATTAGTG---GTAAATA--TG-G---T-TTTATAATTA-GCAAT-A-TTAAGAT--AT-T-----TAC--AAATG----A--TTcgaatgttctatccatcggcgtcttatgtccttaaaatcatgccaatttgttatctagttctacagatt
gi|12 : --A-A--------ACAAC-AATTGTATTG-TAA-GT---CG-----TC-AATATTG------GTGCA-TAAAGT-GCAC----CAATA-------A---AAA--ACG----TT-----------------G-------AGGA---TTT--CAATTTTTGGA-TGAT-GC-TTTTCCATTGAA-TTTTTAAGTCAAG-AT-T-T-GTG-AGTAA--TG------CAAAC-AT------AA-AGGTTG-CTTCAT-A-GGTA---AAC-T--------GTAAATA--TGGG---TGTT-----TTA--CAAT---TT-GTACA----T-----TA---AAA------G--TTTA----AC-AAAATTCTACAGCTACA--TCTTTATTTT-GGTAGGGGGTATCATATGT
gi|13 : CAAAATT-GTG-GACGCATCGAATGACTTTCAAACAGAA-C-TTTGTTGT-TTT-----CAAGGGATGTTCTATCA------TTTGATC--A-T--------ACAA----T------G-TAA-AT---CG----GCC-A---TTA------ATACA-CAGAAT-GCAC----CCATA-------G---AAG-GATT----CT-T--TTG----------A-------AGGA---TTT--AAAATTTGAAG-TATT-G-----------GAA-TTTTCAAGTAAAG-A--T-T-GTA-AATAC--TG------CAAAACAT------AA-AAGCGG-TTTCAC-T-AGAC---AGT-TTTGAG---GTACGCA--T--GGGAT-TT-----T
gi|14 : ------G-TAA-AT---CG----GTTTA---TTG------ACACA-TGATAT-GCAC----CAATA-------T---AAC-GACG----TT-T--T------------A-------AAAA---TT----------------GAT-GT-TTCCCCCCTGAA-TTTTCAA-CAAA--A--T-T--TT-AATGATTTG------TGAGA-ATTGAGAAAA-GGGTGG-CTT------GACA---TAT-TTTGAG---GTAAATATTT--G---T-TT-----CTA-TCAAG-A-TCAAAGC--AT-T-----TAC--AAAT-----AGTTTCA---CACAAAAAATCTATAA-------------TTTC-GGG---GGATATTCTATGT
gi|15 : -TTTGTTGTGTTC----ACATGGAATTTTC-----------------C--A-A--------ACAATTAAT------G-TAA-AT---CT----GTT-A---TTA------GTACA-TCAAAT-TCAT----CTATA-------------------------------G----------A-------AGCC---TTT--CGATTTTTAGATTAAT-GG-TATTCGGTTGAA-TTTTCGAGTGCAA-AT-T-T-GTG-AATGA--TG----------A-AC------AA---------TTTAT-GCGGAA---T-T-TTTTCC---GCAAATA--T--G---c
gi|16 : gacacttaaaatgctgaaaactgtaCAAGATT-TTG-GATGCATCAAAAGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT-----TGTCAGATTTTCTATTA------TTTGATC--A-C--------AT------T------GTTCA-AT---CG----GTC-A---TTG------ATACA-TGACAT-GCAC----AAACA-------A---ATT-TATG----TT-T--TTG----------AGGGATTGAGGA---TTT--CGATTTTTGGG-AAATAGT-TTTTCCACTAAC-TTTTCAATTAAAG-A--T-A-TTG-AATAA--a
gi|17 : TTGA-GGTCATATAATACCCAAGATT-TTG-GACACATCATATGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT----CCATGGAGTTT----GTA------TTTGAT-----A--------TTGAT-TAT------G--AA-AT---------GCC-------A------ATGTC-TG-AAT-G---------ATA-------A---AAA--ATG-----T-T--TTG----------A-------AGGA----TT--CAAC--------------T-TTTTCAATTGAA-TTTTT-GGTAAAG-A--
gi|18 : AAGACT-TTG-G---C-TCGAATGA------AGTAGAG-T-TTTACTGTGTTT----AAGTGAGTTTTTCTATCG------TTTGGTC--G-G--------AGATC-AAT------G-TTA-AT---TG----GAC-A---TTA------ATGCA-TCAAAA-ATAC----CAATA-------A---AA---ATA----TT-T--TTgtt
gi|2 : ATGCCAAAGATT-CTG-GATGCAGCAAATAA------AGAACGA-T-GCTGTGGTGTTT----ACATGGAATTTTCTATTA------TCTGATC--A-C--------ACAAC-AAT------G-CAA-AT---C--------------CA------ATACA--------------------A-------A---GAC-GATA----TGAT--TTA----------A-------AGGA---TCTAACAATAC---GG-TACT-GT-TTTATCATTGAA-TTTTCAAGTAAAG-C--T-TAGTT-AATGA--TG------CAAAA-AT------AA-CAGTGG-ATTCCT-A-GGAA---AAT-GTTGTG---GCCTATA--G--GCA-T-TT-----TTA-GTAAT-A-ATAGTACA-TT-TTAG--TAC-G-AAT-----A--GTTT---TAC-AAA
gi|3 : taCAAAGAATGCCAAAGATT-CTG-GATGTACCAAATAA------AGAACGA-T-TCTGCGGTGTTT----AC-TTGGATTTTCTACAG------TCGGATC--ATACATTATGTACAAC-AAT------G-CAA-AT---C--------------CA------ATAC-----AAT-TC---------TA-------A---GAC-GATG-----------TG----------A-------AGGG---CTC--TAAT-----GA-TAGG-GT-T----CA-TGAA-TTTTCATGTAAAGAA--T-A-GAT-AATAA--TG------CAAAA-AT------GATGGGTGG-ATTTGTAG-GGAA---ATT-TTTGTGCCTATCAAGG--C--A---T-TT-----TTA-GTAATAA-TTA----G-TT-T-----TAC--AAAT-----A--TTTC---TAcacatatttctgggcatcttcagtcctcaactgcataaacatgacctttgacctatgcgttattctacacttcataatcatgtgactcagatatagttaattagactgaacagagagatgtaatgattgtagacagtttgtcacatgaaaaa
gi|4 : taacacTTTAA-TGTCGTAACATACACTATATTATTG-GCCGCATAAAATGA------AGTGGAAAT-TGTGTTGTGTTT----GCATGGTATTTCCTATTACACGTTTTTCCTC--A-A--------TCAAC-GAT------A-TAA-AT---TG----GTC-A---TTA------AATCA-TAATAT-GCAC----CAATA-------A---AAA-GGCGGGGTTT-T--TTGTTTTGTTGTTA-------AAGAGTTTTT--CAA-ATTTGGG-TTAT-TT-TTTTTTTTTT---TTTTTTTTTTAGG-AATT-T-TTG-AATAA--TG------CAAAA-AT------GT-AGGGGC-TTTCAT-A-GGAA---AAT-TTTGTG---GTCAATA--TGGG---T-TT-----TTA-G-AAT-T-TTAAAACA-TT-TGTAAATAC--AAGT-----A--GTTG---TAC-AAAATTCTATAAC-A-A-----------T-GGTCTGGGATGTCCCGTGTggtctatcctcagtcctcaagtaatagttgtaaaacagtctgcatagatatgacctttgacctatgctttcctaatcatgtgatacaggtaattagactgagccgagagatacacacatgtaatgattgtcaagtttgtcacatgaaaaa
gi|5 : TTCAA-GGTCATGGGAAAAACAAGATT-TTG-GACGCATCAAATGA------AGAAGGG-T-TTGGCTGTGTTTTAATATGTGAGGTTTTCTATTA------TTTGGTT--A-A--------ACAAC-AAA------G-TAA-AC---CA----GTC-A---TTA------ATACA-TGAAAT-GCAT----CAAGA-------A---AAA-GATA----TT-T--TTA----------A-------AGAA---TTT--CAATTTTTGGA-TAAT-GT-TTTTCCATTGAA-TTTTCAAGAGAAG-A--T-T-GTT-AATAA--TG------CGAAA-AT------AA-ATATAG-CTTCAT-G-GAAATTTTTT-TTTATA---GCAAATG--T--G---A-TT-----TTA-ACAAC-A-TTAAACCA-AT-T-----TAC-GAAAT-----A--TTTA---TAC-CAAATGCTATTAC-A-A--T-----TTTT-GGT---GGGTATCTGATGTccttaa
gi|6 : gtaTTCAATGGTCCCATGACAC--AAGATT-GTG-GGCGAATCAGACG-----------GGA-A---------GTTT----ACGCGGGGTTTTCCATTA------TTTTTTC--A-A--------ACAT----T------G-TAA-ATTTACGAGTAGTC-A---TTA------GTTCAGTGAAAT-GCAG----CGTTA-------A---AA--GAAG----CT-T----G----------A-------AAGA---TTT--TATTGTTTGGG-TCAT-GT-TTCTCCCATGAC-TTTTTGATTAAAG-A--T-T--TG-AA-AA--TTATCCCCCAAAA-AC------------TGG-TATCATAG-GGGA---AAT-TTTGAA---GTAAATA--T--GAA-T-TT-----TCA-GCATT-A-TTAAAAC--AC-T-----TAT---AATTATTAA--TTTAGTTTAC-AAAATTCCATAAC-
gi|7 : taggtaagtATACCCAACATT-TTTTAATACATCAAGTAA------AGTAGGA-T-TGTGCAGGGTTA----ATATGAGCTTTTCTATTT------TCTGATC--A-A--------ACAAT-GAT------G-TAA-AT---AG----GTC-G---TTA------GTTCA--GAAATTACAT----TTATATATT---A---AAA-TATA----TT-T--ACG----------A-------AGGG---TTT--CAAGTTTTGGG-TAAT-GA-TTTTCT-TTGAA-TTTTTAAGTAAA--A--C-C-GTG-AATAA--TG------CAAAA-AG------AA-AGGTGA-TAGCAA-T-CCAA---TAT-TTTCTG---GTAAATA--T--G---T-TT-----TTAAGGAAT-T-TTAAAATA--T-T-----TGC-AAAAT----------TA---TA---------TATAAC-A-A--A-----TCTG-GTT---GGGTATCCTACGTtaagaatattctttt
gi|8 : aaGTCAAATGATACCCAAGATT-TGG-GACACATTCAGTAG------AATAAGA-T-TTTGCTACGTTT-----------------------------TTGATC--A-A--------ACAAC-AGT------G-TAACAT---CA----GTC-A---TTA------ACACA-TAAAAT-TCACTGTGCAGTA-------A---AAAAGACA----TT-T--TCA----------A-------AGGA---TTT--------TTGTG-TAGT-GT-TTTTCCATTGAA-ATTTCATGTAAAG-AT-T-T-GTG-AATAA--AG------CAAAA-AT------AA-A-GTGGATTTAAA-G-GGGA---CAT-TTT---------AATT--T--G---T-AT-----TTA-CAAAT-A-CTTAGAC-----------TAT-GAAAT--------TTTC---TAT-----TT-----AC-A-G--T-----TTTT---T---GGGctt
gi|9 : atgtaatcgtcaCTAATATT-TTG-GACGCATAAAATAA------AATTGGA-T-TTT-CTATGTTT----ACATGAACTTTTCTATCA------TTTGATCTTA-A--------ACAA--G--------G-TAA-AT---CG----GGT-A---TTACATGTAATAGA-TGAAAT-ACCC----CAATG-------A---AAA-GAC-----TT-T--ATG----------A-------AAGA-----------------GG-TAGT-GT-TGTTCTATTGTA-TTGTTAAGTAAAG-A--TGT-GTG-AATAT--GG------CAAAA-TT------AA-AGGCAG-TGTCAT-G-G-AA---AAG-TTTGTG----TAAATA--G--GAA-T-TT-----TTA-GCAAT-T-TCAAAAC--AT-G-----CAT-GTAAT-----G-----A---AAC-AAAA-TATATAAC-ATG--T-----TTTTAGGG---GGAAATCCTATGTcttaggtcgtaacatacatac
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TAGACATTTATAAACATGTAGATAAACTTCAATTGTACACTGA
Unaligned ( gi|20 ): TGGCCATGCCAATTTGTAATCTAGTTCTACGGA
Alignments
lowQualScore : 1111111 3333333333333333333333333 11111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222 11 11111 222222222 33333333333333333 111111111 111 2222222222 2222
lowQualScore : 6 1 2 2 777777 2 2 2 1111111 1 666666 33 2222222222222222222222222 2 2 00000000000000000 666666 0 2 2 4444 00000000000000000000000000000000000000000000000000 333 22222222222222 2 2 2 2 22 2 55 2 33 777777 2 777777 555 33 33 33333 66666 0 444 111111111 2 77777 3 0 666 33333333333333333 999999999 000 3 0 5 4 9999999999 5 0000 1
lowQualScore : . . . . ...... . . . ....... . ...... .. ......................... . . ................. ...... . . . .... .................................................. ... .............. . . . . .. . .. . .. ...... . ...... ... .. .. ..... ..... . ... ......... . ..... . . ... ................. ......... ... . . . . .......... . .... .
lowQualScore : 7 0 9 9 777777 7 5 8 8888888 0 888888 11 6666666666666666666666666 1 1 22222222222222222 111111 1 1 1 5555 99999999999999999999999999999999999999999999999999 999 33333333333333 2 2 2 4 66 5 00 5 44 777777 7 777777 999 33 77 22222 77777 4 777 000000000 9 11111 1 2 999 88888888888888888 222222222 444 6 9 0 0 4444444444 0 6666 4
consensus : NNNTTTAA-GGTCATANGATACCCAAGATT-TTG-GACGCATCAAATGA------AGTAGGA-T-TTTGCTGTGTTT----ACGTGGGATTTTCTATTA------TTTGATC--A-A--------ACAAC-GAT------G-TAA-AT---CG----GTC-A---TTA------ATACA-TGAAAT-GCAC----CAATA-------A---AAA-GATG----TT-T--TTG----------A-------AGGA---TTT--CAATTTTTGGG-TAAT-GT-TTTTCCATTGAA-TTTTCAAGTAAAG-A--T-T-GTG-AATAA--TG------CAAAA-AT------AA-AGGTGG-TTT--CAT-GGGAAAA-----TTTTGTG---GTAAATA--T--G---T-TT-----TTA-GCAAT-A-TTAAAACA-AT-T-----TAC-GAAAT-----A--TTTA---TAC-AAAATTCTATAAC-A-A--T-----TTTT-GGT---GGGTATCCTACGT
Reference ( family-203 ) : NNNTTTAA-GGTCATANGATACCCAAGATT-TTG-GACGCATCAAATGA------AGTAGGA-T-TTTGCTGTGTTT----ACGTGGGATTTTCTATTA------TTTGATC--A-A--------ACAAC-GAT------G-TAA-AT---CG----GTC-A---TTA------ATACA-TGAAAT-GCAC----CAATA-------A---AAA-GATG----TT-T--TTG----------A-------AGGA---TTT--CAATTTTTGGG-TAAT-GT-TTTTCCATTGAA-TTTTCAAGTAAAG-A--T-T-GTG-AATAA--TG------CAAAA-AT------AA-AGGTGG-TTT--CAT-GGGAAAA-----TTTTGTG---GTAAATA--T--G---T-TT-----TTA-GCAAT-A-TTAAAACA-AT-T-----TAC-GAAAT-----A--TTTA---TAC-AAAATTCTATAAC-A-A--T-----TTTT-GGT---GGGTATCCTACGT
gi|1 : TTTGA-GGTCATATAATACCCAAGATT-TTG-GACACATCATATGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT----CCATGGGAGTTT---GTA------TTTGA------------------------------------------------TT-A---TTG------ATTTA-TGAAAT-GCAC----CA-------------------ATG----TC-TGANTG----------AAGT----AGGA---TTT--------------TGAT-GT-GTTTCCATGGGA-CTT---AGTA
gi|1 : acaaatatttataaatgttttaataaattaacaccgcatttcttgtattttgtANTGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT----CCATGGGACTT---AGTA------TTTGATT--A--------------------------------T---TG----ATC--------------------TGAAAT-GCAC----CAATGTCATGATA---AAA-AATG----TT-T--TTG----------A-------AGGA---TTT--CAACT-------------T-TTTTCCATTGAATTTTTTTGGTAAAG-A--T-T--TGCAAAAA--TA------CAAAA-GT------AA-ATATGG-TTT--CAT-T-----------TTTTGTG---GTAAACG--A--G---T-TT-----TTA-GCAAT-ATTTTTAAC--AT-T-----TAC--AGAT-----A--CTTATG-TAC-AAGATTATATAAC-A-AATT-----TTTT-GG----GGGTATCTTACGTtttgattattgatctgaaatgcaccaatgtcatgataaaaaatgtttttgaaggatttcaacttttttccattgaatttttttggtaaagatttgcaaaaatacaaaagtaaatatggtttcattttttgtggtaaacgagtttttagcaatatttttaacatttacagatacttatgtacaagattatataacaaattttttgggggtatcttacgtcctttatcatttaattgatgttatta
gi|10 : acaaatatttataaatgttttaataaattaacaccgcatttcttgtattttgttttgaggtcatataatacccaagattttggacacatcatatgaagtaggattttgatgtgtttccatgggagtttgtatttgattattgatttatgaaatgcaccaatgtctgA------TTTGATC--A-A--------ACAA----T------G-CAA-AT---TG-----TC-A---TTA------ATACA-TGCAAA-GCTC----CAATAC------ATTTAGA-TATA----TT-T--TTG----------A-------AAGA---TTT--CAATTTTTG---CAAT-GT-TTTGCCAATGAA-TTTTCAAGTAAAA-A--T-T-GTA-AATAA--TG------CAAAA-A-------AA-AGACGG-TTT--CATGGGGGAAA-----TTTTGTT---GTGCATA--T--GGA-T-TT-----TTA-GCAAT-A-TTAAAACATACAT-----TACTGTAAT-----A--GTTG---CAC-AATATTGTATAAC-A-cctttatcatttaattgatgttatta
gi|11 : TTAA-G-TCCTAGGATACCCCAGATT-TTA-GAAGCATCAAATGA------CATAGGA-TATTTGTTGTGTTT----ACATGAGATTTTTTATTA------ATTGATT--A---------------------------TA--------G----ATA-A---TTA------ATATA-TGAAAT-GAAT----CAATA-------A---AAC-AATC----CT-T--TTGG---------A-------AGGA---TTT--CGATTTTTGAG-GAG--GTATTTTCCATTGAA-TTTGCAAGGAAAG-AT-T-T-GTG-GATGA------------------------AA-CG------TT--CAT-AGGAAAT-----ATTAGTG---GTAAATA--TG-G---T-TTTATAATTA-GCAAT-A-TTAAGAT--AT-T-----TAC--AAATG----A--TTcgaatgttctatccatcggcgtcttatgtccttaaaatcatgccaatttgttatctagttctacagatt
gi|12 : --A-A--------ACAAC-AATTGTATTG-TAA-GT---CG-----TC-AATATTG------GTGCA-TAAAGT-GCAC----CAATA-------A---AAA--ACG----TT-----------------G-------AGGA---TTT--CAATTTTTGGA-TGAT-GC-TTTTCCATTGAA-TTTTTAAGTCAAG-AT-T-T-GTG-AGTAA--TG------CAAAC-AT------AA-AGGTTG-CTT--CAT-AGGTAAA-----CT--------GTAAATA--TGGG---TGTT-----TTA--CAAT---TT-GTACA----T-----TA---AAA------G--TTTA----AC-AAAATTCTACAGCTACA--TCTTTATTTT-GGTAGGGGGTATCATATGT
gi|13 : CAAAATT-GTG-GACGCATCGAATGACTTTCAAACAGAA-C-TTTGTTGT-TTT-----CAAGGGATGTTCTATCA------TTTGATC--A-T--------ACAA----T------G-TAA-AT---CG----GCC-A---TTA------ATACA-CAGAAT-GCAC----CCATA-------G---AAG-GATT----CT-T--TTG----------A-------AGGA---TTT--AAAATTTGAAG-TATT-G-----------GAA-TTTTCAAGTAAAG-A--T-T-GTA-AATAC--TG------CAAAACAT------AA-AAGCGG-TTT--CAC-TAGACAG-----TTTTGAG---GTACGCA--T--GGGAT-TT-----T
gi|14 : ------G-TAA-AT---CG----GTTTA---TTG------ACACA-TGATAT-GCAC----CAATA-------T---AAC-GACG----TT-T--T------------A-------AAAA---TT----------------GAT-GT-TTCCCCCCTGAA-TTTTCAA-CAAA--A--T-T--TT-AATGATTTG------TGAGA-ATTGAGAAAA-GGGTGG-CTTGACAT-------A-----TTTTGAG---GTAAATATTT--G---T-TT-----CTA-TCAAG-A-TCAAAGC--AT-T-----TAC--AAAT-----AGTTTCA---CACAAAAAATCTATAA-------------TTTC-GGG---GGATATTCTATGT
gi|15 : -TTTGTTGTGTTC----ACATGGAATTTTC-----------------C--A-A--------ACAATTAAT------G-TAA-AT---CT----GTT-A---TTA------GTACA-TCAAAT-TCAT----CTATA-------------------------------G----------A-------AGCC---TTT--CGATTTTTAGATTAAT-GG-TATTCGGTTGAA-TTTTCGAGTGCAA-AT-T-T-GTG-AATGA--TG----------A-AC------AA---------TT--TAT-GCGGAAT-----TTTTTCC---GCAAATA--T--G---c
gi|16 : gacacttaaaatgctgaaaactgtaCAAGATT-TTG-GATGCATCAAAAGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT-----TGTCAGATTTTCTATTA------TTTGATC--A-C--------AT------T------GTTCA-AT---CG----GTC-A---TTG------ATACA-TGACAT-GCAC----AAACA-------A---ATT-TATG----TT-T--TTG----------AGGGATTGAGGA---TTT--CGATTTTTGGG-AAATAGT-TTTTCCACTAAC-TTTTCAATTAAAG-A--T-A-TTG-AATAA--a
gi|17 : TTGA-GGTCATATAATACCCAAGATT-TTG-GACACATCATATGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT----CCATGGAGTTT----GTA------TTTGAT-----A--------TTGAT-TAT------G--AA-AT---------GCC-------A------ATGTC-TG-AAT-G---------ATA-------A---AAA--ATG-----T-T--TTG----------A-------AGGA----TT--CAAC--------------T-TTTTCAATTGAA-TTTTT-GGTAAAG-A--
gi|18 : AAGACT-TTG-G---C-TCGAATGA------AGTAGAG-T-TTTACTGTGTTT----AAGTGAGTTTTTCTATCG------TTTGGTC--G-G--------AGATC-AAT------G-TTA-AT---TG----GAC-A---TTA------ATGCA-TCAAAA-ATAC----CAATA-------A---AA---ATA----TT-T--TTgtt
gi|2 : ATGCCAAAGATT-CTG-GATGCAGCAAATAA------AGAACGA-T-GCTGTGGTGTTT----ACATGGAATTTTCTATTA------TCTGATC--A-C--------ACAAC-AAT------G-CAA-AT---C--------------CA------ATACA--------------------A-------A---GAC-GATA----TGAT--TTA----------A-------AGGA---TCTAACAATAC---GG-TACT-GT-TTTATCATTGAA-TTTTCAAGTAAAG-C--T-TAGTT-AATGA--TG------CAAAA-AT------AA-CAGTGG-ATT--CCT-AGGAAAA-----TGTTGTG---GCCTATA--G--GCA-T-TT-----TTA-GTAAT-A-ATAGTACA-TT-TTAG--TAC-G-AAT-----A--GTTT---TAC-AAA
gi|3 : taCAAAGAATGCCAAAGATT-CTG-GATGTACCAAATAA------AGAACGA-T-TCTGCGGTGTTT----AC-TTGGATTTTCTACAG------TCGGATC--ATACATTATGTACAAC-AAT------G-CAA-AT---C--------------CA------ATAC-----AAT-TC---------TA-------A---GAC-GATG-----------TG----------A-------AGGG---CTC--TAAT-----GA-TAGG-GT-T----CA-TGAA-TTTTCATGTAAAGAA--T-A-GAT-AATAA--TG------CAAAA-AT------GATGGGTGG-ATT--TGTAGGGAAAT-----TTTTGTGCCTATCAAGG--C--A---T-TT-----TTA-GTAATAA-TTA----G-TT-T-----TAC--AAAT-----A--TTTC---TAcacatatttctgggcatcttcagtcctcaactgcataaacatgacctttgacctatgcgttattctacacttcataatcatgtgactcagatatagttaattagactgaacagagagatgtaatgattgtagacagtttgtcacatgaaaaa
gi|4 : taacacTTTAA-TGTCGTAACATACACTATATTATTG-GCCGCATAAAATGA------AGTGGAAAT-TGTGTTGTGTTT----GCATGGTATTTCCTATTACACGTTTTTCCTC--A-A--------TCAAC-GAT------A-TAA-AT---TG----GTC-A---TTA------AATCA-TAATAT-GCAC----CAATA-------A---AAA-GGCGGGGTTT-T--TTGTTTTGTTGTTA-------AAGAGTTTTT--CAA-ATTTGGG-TTAT-TT-TTTTTTTTTT---TTTTTTTTTTAGG-AATT-T-TTG-AATAA--TG------CAAAA-AT------GT-AGGGGC-TTT--CAT-AGGAAAA-----TTTTGTG---GTCAATA--TGGG---T-TT-----TTA-G-AAT-T-TTAAAACA-TT-TGTAAATAC--AAGT-----A--GTTG---TAC-AAAATTCTATAAC-A-A-----------T-GGTCTGGGATGTCCCGTGTggtctatcctcagtcctcaagtaatagttgtaaaacagtctgcatagatatgacctttgacctatgctttcctaatcatgtgatacaggtaattagactgagccgagagatacacacatgtaatgattgtcaagtttgtcacatgaaaaa
gi|5 : TTCAA-GGTCATGGGAAAAACAAGATT-TTG-GACGCATCAAATGA------AGAAGGG-T-TTGGCTGTGTTTTAATATGTGAGGTTTTCTATTA------TTTGGTT--A-A--------ACAAC-AAA------G-TAA-AC---CA----GTC-A---TTA------ATACA-TGAAAT-GCAT----CAAGA-------A---AAA-GATA----TT-T--TTA----------A-------AGAA---TTT--CAATTTTTGGA-TAAT-GT-TTTTCCATTGAA-TTTTCAAGAGAAG-A--T-T-GTT-AATAA--TG------CGAAA-AT------AA-ATATAG-CTT--CAT-GG--AAATTTTTTTTTATA---GCAAATG--T--G---A-TT-----TTA-ACAAC-A-TTAAACCA-AT-T-----TAC-GAAAT-----A--TTTA---TAC-CAAATGCTATTAC-A-A--T-----TTTT-GGT---GGGTATCTGATGTccttaa
gi|6 : gtaTTCAATGGTCCCATGACAC--AAGATT-GTG-GGCGAATCAGACG-----------GGA-A---------GTTT----ACGCGGGGTTTTCCATTA------TTTTTTC--A-A--------ACAT----T------G-TAA-ATTTACGAGTAGTC-A---TTA------GTTCAGTGAAAT-GCAG----CGTTA-------A---AA--GAAG----CT-T----G----------A-------AAGA---TTT--TATTGTTTGGG-TCAT-GT-TTCTCCCATGAC-TTTTTGATTAAAG-A--T-T--TG-AA-AA--TTATCCCCCAAAA-AC------------TGG-TAT--CATAGGGGAAA-----TTTTGAA---GTAAATA--T--GAA-T-TT-----TCA-GCATT-A-TTAAAAC--AC-T-----TAT---AATTATTAA--TTTAGTTTAC-AAAATTCCATAAC-
gi|7 : taggtaagtATACCCAACATT-TTTTAATACATCAAGTAA------AGTAGGA-T-TGTGCAGGGTTA----ATATGAGCTTTTCTATTT------TCTGATC--A-A--------ACAAT-GAT------G-TAA-AT---AG----GTC-G---TTA------GTTCA--GAAATTACAT----TTATATATT---A---AAA-TATA----TT-T--ACG----------A-------AGGG---TTT--CAAGTTTTGGG-TAAT-GA-TTTTCT-TTGAA-TTTTTAAGTAAA--A--C-C-GTG-AATAA--TG------CAAAA-AG------AA-AGGTGA-TAG--CAA-TCCAATA-----TTTTCTG---GTAAATA--T--G---T-TT-----TTAAGGAAT-T-TTAAAATA--T-T-----TGC-AAAAT----------TA---TA---------TATAAC-A-A--A-----TCTG-GTT---GGGTATCCTACGTtaagaatattctttt
gi|8 : aaGTCAAATGATACCCAAGATT-TGG-GACACATTCAGTAG------AATAAGA-T-TTTGCTACGTTT-----------------------------TTGATC--A-A--------ACAAC-AGT------G-TAACAT---CA----GTC-A---TTA------ACACA-TAAAAT-TCACTGTGCAGTA-------A---AAAAGACA----TT-T--TCA----------A-------AGGA---TTT--------TTGTG-TAGT-GT-TTTTCCATTGAA-ATTTCATGTAAAG-AT-T-T-GTG-AATAA--AG------CAAAA-AT------AA-A-GTGGATTT--AAA-GGGGACA-----TTTT---------AATT--T--G---T-AT-----TTA-CAAAT-A-CTTAGAC-----------TAT-GAAAT--------TTTC---TAT-----TT-----AC-A-G--T-----TTTT---T---GGGctt
gi|9 : atgtaatcgtcaCTAATATT-TTG-GACGCATAAAATAA------AATTGGA-T-TTT-CTATGTTT----ACATGAACTTTTCTATCA------TTTGATCTTA-A--------ACAA--G--------G-TAA-AT---CG----GGT-A---TTACATGTAATAGA-TGAAAT-ACCC----CAATG-------A---AAA-GAC-----TT-T--ATG----------A-------AAGA-----------------GG-TAGT-GT-TGTTCTATTGTA-TTGTTAAGTAAAG-A--TGT-GTG-AATAT--GG------CAAAA-TT------AA-AGGCAG-TGT--CAT-GG-AAAA-----GTTTGTG----TAAATA--G--GAA-T-TT-----TTA-GCAAT-T-TCAAAAC--AT-G-----CAT-GTAAT-----G-----A---AAC-AAAA-TATATAAC-ATG--T-----TTTTAGGG---GGAAATCCTATGTcttaggtcgtaacatacatac
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TAGACATTTATAAACATGTAGATAAACTTCAATTGTACACTGA
Unaligned ( gi|20 ): TGGCCATGCCAATTTGTAATCTAGTTCTACGGA
Alignments
lowQualScore : 1111111 3333333333333333333333333 11111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222 11 11111 222222222 33333333333333333 111111111 111 2222222222 2222
lowQualScore : 6 1 2 2 777777 2 2 2 1111111 1 666666 33 2222222222222222222222222 2 2 00000000000000000 666666 0 2 2 4444 00000000000000000000000000000000000000000000000000 333 22222222222222 2 2 2 2 22 2 55 2 33 777777 2 777777 555 33 33 33333 66666 0 444 111111111 2 77777 3 0 666 33333333333333333 999999999 000 3 0 5 4 9999999999 5 0000 1
lowQualScore : . . . . ...... . . . ....... . ...... .. ......................... . . ................. ...... . . . .... .................................................. ... .............. . . . . .. . .. . .. ...... . ...... ... .. .. ..... ..... . ... ......... . ..... . . ... ................. ......... ... . . . . .......... . .... .
lowQualScore : 7 0 9 9 777777 7 5 8 8888888 0 888888 11 6666666666666666666666666 1 1 22222222222222222 111111 1 1 1 5555 99999999999999999999999999999999999999999999999999 999 33333333333333 2 2 2 4 66 5 00 5 44 777777 7 777777 999 33 77 22222 77777 4 777 000000000 9 11111 1 2 999 88888888888888888 222222222 444 6 9 0 0 4444444444 0 6666 4
consensus : NNNTTTAA-GGTCATANGATACCCAAGATT-TTG-GACGCATCAAATGA------AGTAGGA-T-TTTGCTGTGTTT----ACGTGGGATTTTCTATTA------TTTGATC--A-A--------ACAAC-GAT------G-TAA-AT---CG----GTC-A---TTA------ATACA-TGAAAT-GCAC----CAATA-------A---AAA-GATG----TT-T--TTG----------A-------AGGA---TTT--CAATTTTTGGG-TAAT-GT-TTTTCCATTGAA-TTTTCAAGTAAAG-A--T-T-GTG-AATAA--TG------CAAAA-AT------AA-AGGTGG-TTT--CAT-GGGAAAA-----TTTTGTG---GTAAATA--T--G---T-TT-----TTA-GCAAT-A-TTAAAACA-AT-T-----TAC-GAAAT-----A--TTTA---TAC-AAAATTCTATAAC-A-A--T-----TTTT-GGT---GGGTATCCTACGT
Reference ( family-203 ) : NNNTTTAA-GGTCATANGATACCCAAGATT-TTG-GACGCATCAAATGA------AGTAGGA-T-TTTGCTGTGTTT----ACGTGGGATTTTCTATTA------TTTGATC--A-A--------ACAAC-GAT------G-TAA-AT---CG----GTC-A---TTA------ATACA-TGAAAT-GCAC----CAATA-------A---AAA-GATG----TT-T--TTG----------A-------AGGA---TTT--CAATTTTTGGG-TAAT-GT-TTTTCCATTGAA-TTTTCAAGTAAAG-A--T-T-GTG-AATAA--TG------CAAAA-AT------AA-AGGTGG-TTT--CAT-GGGAAAA-----TTTTGTG---GTAAATA--T--G---T-TT-----TTA-GCAAT-A-TTAAAACA-AT-T-----TAC-GAAAT-----A--TTTA---TAC-AAAATTCTATAAC-A-A--T-----TTTT-GGT---GGGTATCCTACGT
gi|1 : TTTGA-GGTCATATAATACCCAAGATT-TTG-GACACATCATATGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT----CCATGGGAGTTT---GTA------TTTGA------------------------------------------------TT-A---TTG------ATTTA-TGAAAT-GCAC----CA-------------------ATG----TC-TGANTG----------AAGT----AGGA---TTT--------------TGAT-GT-GTTTCCATGGGA-CTT---AGTA
gi|1 : acaaatatttataaatgttttaataaattaacaccgcatttcttgtattttgtANTGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT----CCATGGGACTT---AGTA------TTTGATT--A--------------------------------T---TG----ATC--------------------TGAAAT-GCAC----CAATGTCATGATA---AAA-AATG----TT-T--TTG----------A-------AGGA---TTT--CAACT-------------T-TTTTCCATTGAATTTTTTTGGTAAAG-A--T-T--TGCAAAAA--TA------CAAAA-GT------AA-ATATGG-TTT--CAT-T-----------TTTTGTG---GTAAACG--A--G---T-TT-----TTA-GCAAT-ATTTTTAAC--AT-T-----TAC--AGAT-----A--CTTATG-TAC-AAGATTATATAAC-A-AATT-----TTTT-GG----GGGTATCTTACGTtttgattattgatctgaaatgcaccaatgtcatgataaaaaatgtttttgaaggatttcaacttttttccattgaatttttttggtaaagatttgcaaaaatacaaaagtaaatatggtttcattttttgtggtaaacgagtttttagcaatatttttaacatttacagatacttatgtacaagattatataacaaattttttgggggtatcttacgtcctttatcatttaattgatgttatta
gi|10 : acaaatatttataaatgttttaataaattaacaccgcatttcttgtattttgttttgaggtcatataatacccaagattttggacacatcatatgaagtaggattttgatgtgtttccatgggagtttgtatttgattattgatttatgaaatgcaccaatgtctgA------TTTGATC--A-A--------ACAA----T------G-CAA-AT---TG-----TC-A---TTA------ATACA-TGCAAA-GCTC----CAATAC------ATTTAGA-TATA----TT-T--TTG----------A-------AAGA---TTT--CAATTTTTG---CAAT-GT-TTTGCCAATGAA-TTTTCAAGTAAAA-A--T-T-GTA-AATAA--TG------CAAAA-A-------AA-AGACGG-TTT--CATGGGGGAAA-----TTTTGTT---GTGCATA--T--GGA-T-TT-----TTA-GCAAT-A-TTAAAACATACAT-----TACTGTAAT-----A--GTTG---CAC-AATATTGTATAAC-A-cctttatcatttaattgatgttatta
gi|11 : TTAA-G-TCCTAGGATACCCCAGATT-TTA-GAAGCATCAAATGA------CATAGGA-TATTTGTTGTGTTT----ACATGAGATTTTTTATTA------ATTGATT--A---------------------------TA--------G----ATA-A---TTA------ATATA-TGAAAT-GAAT----CAATA-------A---AAC-AATC----CT-T--TTGG---------A-------AGGA---TTT--CGATTTTTGAG-GAG--GTATTTTCCATTGAA-TTTGCAAGGAAAG-AT-T-T-GTG-GATGA------------------------AA-CG------TT--CAT-AGGAAAT-----ATTAGTG---GTAAATA--TG-G---T-TTTATAATTA-GCAAT-A-TTAAGAT--AT-T-----TAC--AAATG----A--TTcgaatgttctatccatcggcgtcttatgtccttaaaatcatgccaatttgttatctagttctacagatt
gi|12 : --A-A--------ACAAC-AATTGTATTG-TAA-GT---CG-----TC-AATATTG------GTGCA-TAAAGT-GCAC----CAATA-------A---AAA--ACG----TT-----------------G-------AGGA---TTT--CAATTTTTGGA-TGAT-GC-TTTTCCATTGAA-TTTTTAAGTCAAG-AT-T-T-GTG-AGTAA--TG------CAAAC-AT------AA-AGGTTG-CTT--CAT-AGGTAAA-----CT--------GTAAATA--TGGG---TGTT-----TTA--CAAT---TT-GTACA----T-----TA---AAA------G--TTTA----AC-AAAATTCTACAGCTACA--TCTTTATTTT-GGTAGGGGGTATCATATGT
gi|13 : CAAAATT-GTG-GACGCATCGAATGACTTTCAAACAGAA-C-TTTGTTGT-TTT-----CAAGGGATGTTCTATCA------TTTGATC--A-T--------ACAA----T------G-TAA-AT---CG----GCC-A---TTA------ATACA-CAGAAT-GCAC----CCATA-------G---AAG-GATT----CT-T--TTG----------A-------AGGA---TTT--AAAATTTGAAG-TATT-G-----------GAA-TTTTCAAGTAAAG-A--T-T-GTA-AATAC--TG------CAAAACAT------AA-AAGCGG-TTT--CAC-TAGACAG-----TTTTGAG---GTACGCA--T--GGGAT-TT-----T
gi|14 : ------G-TAA-AT---CG----GTTTA---TTG------ACACA-TGATAT-GCAC----CAATA-------T---AAC-GACG----TT-T--T------------A-------AAAA---TT----------------GAT-GT-TTCCCCCCTGAA-TTTTCAA-CAAA--A--T-T--TT-AATGATTTG------TGAGA-ATTGAGAAAA-GGGTGG-CTTGACAT-------A-----TTTTGAG---GTAAATATTT--G---T-TT-----CTA-TCAAG-A-TCAAAGC--AT-T-----TAC--AAAT-----AGTTTCA---CACAAAAAATCTATAA-------------TTTC-GGG---GGATATTCTATGT
gi|15 : -TTTGTTGTGTTC----ACATGGAATTTTC-----------------C--A-A--------ACAATTAAT------G-TAA-AT---CT----GTT-A---TTA------GTACA-TCAAAT-TCAT----CTATA-------------------------------G----------A-------AGCC---TTT--CGATTTTTAGATTAAT-GG-TATTCGGTTGAA-TTTTCGAGTGCAA-AT-T-T-GTG-AATGA--TG----------A-AC------AA---------TT--TAT-GCGGAAT-----TTTTTCC---GCAAATA--T--G---c
gi|16 : gacacttaaaatgctgaaaactgtaCAAGATT-TTG-GATGCATCAAAAGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT-----TGTCAGATTTTCTATTA------TTTGATC--A-C--------AT------T------GTTCA-AT---CG----GTC-A---TTG------ATACA-TGACAT-GCAC----AAACA-------A---ATT-TATG----TT-T--TTG----------AGGGATTGAGGA---TTT--CGATTTTTGGG-AAATAGT-TTTTCCACTAAC-TTTTCAATTAAAG-A--T-A-TTG-AATAA--a
gi|17 : TTGA-GGTCATATAATACCCAAGATT-TTG-GACACATCATATGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT----CCATGGAGTTT----GTA------TTTGAT-----A--------TTGAT-TAT------G--AA-AT---------GCC-------A------ATGTC-TG-AAT-G---------ATA-------A---AAA--ATG-----T-T--TTG----------A-------AGGA----TT--CAAC--------------T-TTTTCAATTGAA-TTTTT-GGTAAAG-A--
gi|18 : AAGACT-TTG-G---C-TCGAATGA------AGTAGAG-T-TTTACTGTGTTT----AAGTGAGTTTTTCTATCG------TTTGGTC--G-G--------AGATC-AAT------G-TTA-AT---TG----GAC-A---TTA------ATGCA-TCAAAA-ATAC----CAATA-------A---AA---ATA----TT-T--TTgtt
gi|2 : ATGCCAAAGATT-CTG-GATGCAGCAAATAA------AGAACGA-T-GCTGTGGTGTTT----ACATGGAATTTTCTATTA------TCTGATC--A-C--------ACAAC-AAT------G-CAA-AT---C--------------CA------ATACA--------------------A-------A---GAC-GATA----TGAT--TTA----------A-------AGGA---TCTAACAATAC---GG-TACT-GT-TTTATCATTGAA-TTTTCAAGTAAAG-C--T-TAGTT-AATGA--TG------CAAAA-AT------AA-CAGTGG-ATT--CCT-AGGAAAA-----TGTTGTG---GCCTATA--G--GCA-T-TT-----TTA-GTAAT-A-ATAGTACA-TT-TTAG--TAC-G-AAT-----A--GTTT---TAC-AAA
gi|3 : taCAAAGAATGCCAAAGATT-CTG-GATGTACCAAATAA------AGAACGA-T-TCTGCGGTGTTT----AC-TTGGATTTTCTACAG------TCGGATC--ATACATTATGTACAAC-AAT------G-CAA-AT---C--------------CA------ATAC-----AAT-TC---------TA-------A---GAC-GATG-----------TG----------A-------AGGG---CTC--TAAT-----GA-TAGG-GT-T----CA-TGAA-TTTTCATGTAAAGAA--T-A-GAT-AATAA--TG------CAAAA-AT------GATGGGTGG-ATT--TGTAGGGAAAT-----TTTTGTGCCTATCAAGG--C--A---T-TT-----TTA-GTAATAA-TTA----G-TT-T-----TAC--AAAT-----A--TTTC---TAcacatatttctgggcatcttcagtcctcaactgcataaacatgacctttgacctatgcgttattctacacttcataatcatgtgactcagatatagttaattagactgaacagagagatgtaatgattgtagacagtttgtcacatgaaaaa
gi|4 : taacacTTTAA-TGTCGTAACATACACTATATTATTG-GCCGCATAAAATGA------AGTGGAAAT-TGTGTTGTGTTT----GCATGGTATTTCCTATTACACGTTTTTCCTC--A-A--------TCAAC-GAT------A-TAA-AT---TG----GTC-A---TTA------AATCA-TAATAT-GCAC----CAATA-------A---AAA-GGCGGGGTTT-T--TTGTTTTGTTGTTA-------AAGAGTTTTT--CAA-ATTTGGG-TTAT-TT-TTTTTTTTTT---TTTTTTTTTTAGG-AATT-T-TTG-AATAA--TG------CAAAA-AT------GT-AGGGGC-TTT--CAT-AGGAAAA-----TTTTGTG---GTCAATA--TGGG---T-TT-----TTA-G-AAT-T-TTAAAACA-TT-TGTAAATAC--AAGT-----A--GTTG---TAC-AAAATTCTATAAC-A-A-----------T-GGTCTGGGATGTCCCGTGTggtctatcctcagtcctcaagtaatagttgtaaaacagtctgcatagatatgacctttgacctatgctttcctaatcatgtgatacaggtaattagactgagccgagagatacacacatgtaatgattgtcaagtttgtcacatgaaaaa
gi|5 : TTCAA-GGTCATGGGAAAAACAAGATT-TTG-GACGCATCAAATGA------AGAAGGG-T-TTGGCTGTGTTTTAATATGTGAGGTTTTCTATTA------TTTGGTT--A-A--------ACAAC-AAA------G-TAA-AC---CA----GTC-A---TTA------ATACA-TGAAAT-GCAT----CAAGA-------A---AAA-GATA----TT-T--TTA----------A-------AGAA---TTT--CAATTTTTGGA-TAAT-GT-TTTTCCATTGAA-TTTTCAAGAGAAG-A--T-T-GTT-AATAA--TG------CGAAA-AT------AA-ATATAG-CTT--CAT-GG--AAATTTTTTTTTATA---GCAAATG--T--G---A-TT-----TTA-ACAAC-A-TTAAACCA-AT-T-----TAC-GAAAT-----A--TTTA---TAC-CAAATGCTATTAC-A-A--T-----TTTT-GGT---GGGTATCTGATGTccttaa
gi|6 : gtaTTCAATGGTCCCATGACAC--AAGATT-GTG-GGCGAATCAGACG-----------GGA-A---------GTTT----ACGCGGGGTTTTCCATTA------TTTTTTC--A-A--------ACAT----T------G-TAA-ATTTACGAGTAGTC-A---TTA------GTTCAGTGAAAT-GCAG----CGTTA-------A---AA--GAAG----CT-T----G----------A-------AAGA---TTT--TATTGTTTGGG-TCAT-GT-TTCTCCCATGAC-TTTTTGATTAAAG-A--T-T--TG-AA-AA--TTATCCCCCAAAA-AC------------TGG-TAT--CATAGGGGAAA-----TTTTGAA---GTAAATA--T--GAA-T-TT-----TCA-GCATT-A-TTAAAAC--AC-T-----TAT---AATTATTAA--TTTAGTTTAC-AAAATTCCATAAC-
gi|7 : taggtaagtATACCCAACATT-TTTTAATACATCAAGTAA------AGTAGGA-T-TGTGCAGGGTTA----ATATGAGCTTTTCTATTT------TCTGATC--A-A--------ACAAT-GAT------G-TAA-AT---AG----GTC-G---TTA------GTTCA--GAAATTACAT----TTATATATT---A---AAA-TATA----TT-T--ACG----------A-------AGGG---TTT--CAAGTTTTGGG-TAAT-GA-TTTTCT-TTGAA-TTTTTAAGTAAA--A--C-C-GTG-AATAA--TG------CAAAA-AG------AA-AGGTGA-TAG--CAA-TCCAATA-----TTTTCTG---GTAAATA--T--G---T-TT-----TTAAGGAAT-T-TTAAAATA--T-T-----TGC-AAAAT----------TA---TA---------TATAAC-A-A--A-----TCTG-GTT---GGGTATCCTACGTtaagaatattctttt
gi|8 : aaGTCAAATGATACCCAAGATT-TGG-GACACATTCAGTAG------AATAAGA-T-TTTGCTACGTTT-----------------------------TTGATC--A-A--------ACAAC-AGT------G-TAACAT---CA----GTC-A---TTA------ACACA-TAAAAT-TCACTGTGCAGTA-------A---AAAAGACA----TT-T--TCA----------A-------AGGA---TTT--------TTGTG-TAGT-GT-TTTTCCATTGAA-ATTTCATGTAAAG-AT-T-T-GTG-AATAA--AG------CAAAA-AT------AA-A-GTGGATTT--AAA-GGGGACA-----TTTT---------AATT--T--G---T-AT-----TTA-CAAAT-A-CTTAGAC-----------TAT-GAAAT--------TTTC---TAT-----TT-----AC-A-G--T-----TTTT---T---GGGctt
gi|9 : atgtaatcgtcaCTAATATT-TTG-GACGCATAAAATAA------AATTGGA-T-TTT-CTATGTTT----ACATGAACTTTTCTATCA------TTTGATCTTA-A--------ACAA--G--------G-TAA-AT---CG----GGT-A---TTACATGTAATAGA-TGAAAT-ACCC----CAATG-------A---AAA-GAC-----TT-T--ATG----------A-------AAGA-----------------GG-TAGT-GT-TGTTCTATTGTA-TTGTTAAGTAAAG-A--TGT-GTG-AATAT--GG------CAAAA-TT------AA-AGGCAG-TGT--CAT-GG-AAAA-----GTTTGTG----TAAATA--G--GAA-T-TT-----TTA-GCAAT-T-TCAAAAC--AT-G-----CAT-GTAAT-----G-----A---AAC-AAAA-TATATAAC-ATG--T-----TTTTAGGG---GGAAATCCTATGTcttaggtcgtaacatacatac
blockSeqs : T G A T CTTTCA A A A TAATATG T CACGTT TT TACATTATGTACAACAAT T C TTACGAGTAGTCA CATGTA G T TGTG AAAAGGCGGGGTTTTTTGTTTTGTTGTTA GTT CGATTTTTAGAT A A T A AT G AG . TT ATCCCC C TGAGAA TGG AT GA GGGGG TTTTT CCT TGGGA G TATAA A AA ATTTGTAAATACA TATTAAT GTT A G T CATCTTTA A TAGG T
blockSeqs : . T . . . . . T CCA T . . AACAACAATTGTATT . . CGTCAATA . . . . TCATGATAAAAAATGTTTTTGA . CGATTTTTGAG . . . . T . G . . . . . AG T . AGGGA . . TGGA . . . A ATACATTACTGT AGTT . . C . TGT . TCTG T
blockSeqs : . G . . . . . T ACA T . . AACAATTAAT . . CGGTTTA . . . . AATTTATGTTTTTGAGGGATTG . CAATTTTTGGA . . . . T . G . . . . . CG C . AGGGG . . TGGG . . . A ATTTTAGTACG GAT . . C . AT . G T
blockSeqs : . A . . . . . T ACA T . . ATTGATTAT . . CGGCCA . . . . CATTTAGATATATTTTTGA . AAAATTTGAAG . . . . T . G . . . . . AG T . AGGA . . TTTG . . . A AATTTACGA AG . . C . AA . T T
blockSeqs : . G . . . . . A CCA T . . GAGATCAAT . . CTGTTA . . . . TATTAAAATATATTTACGA . CGATTTTTGGG . . . . T . G . . . . . AA C . AGGT . . GGCA . . . A GTTTTACA GT . . C . GT . T C
blockSeqs : T . . . . . A AAG T . . CACAACAAT . . CGGTCA . . . . AAACAATCCTTTTGGA . CAATTTTTGGA . . . . . . G . . . . . GG A . TAGA . . TGGG . . . T ATTTGCAA AG . . C . A . T T
blockSeqs : T . . . . . C ACA T . . ATCAACGAT . . TGGACA . . . . AGACGATATGATTTAA . TATTGTTTGGG . . . . . . T . . . . . CA A . GCGG . . TGAA . . . A ATGCATGT AT . . A . . . G
blockSeqs : . . . . . T GCA T . . AACAACAAA . . TGGTCA . . . . AAAAAGACATTTTCAA . CAAGTTTTGGG . . . . . . G . . . . . AG T . AGGA . . GGAA . . . A ATTTACA AG . . . .
blockSeqs : . . . . . C ACG C . . AACAATGAT . . CAGTCA . . . . GAAGGATTCTTTTGA . AACAATACGG . . . . . . T . . . . . AT C . AGGA . . TGG . . . T ATTTACA AT . . . .
blockSeqs : . . . . . T ATA T . . AACAACAGT . . AGGTCG . . . . AAAAGATATTTTTAA . CAAATTTGGG . . . . . . G . . . . . AG T . TCCA . . TG . . . A ACTTAT T . .
blockSeqs : . . . . . C ACA T . . AACAAT . . CAGTCA . . . . AAAAGACTTTATGA . CAATTTTTG . . . . . . G . . . . . AG T . GGGG . . CA . . . T ATTAA G .
blockSeqs : . . . . . C CA . . . TACAAT . . CGGGTA . . . . TAACGACGTTTTA . TAATGA . . . . . . G . . . . . A T . GGA . . TG . . . . TATGA .
blockSeqs : . . . . . C TG . . . AACATT . . TGATC . . . . AAAAATGTTTTGA . CAACT . . . . . . G . . . . . . . . GG . . TG . .
blockSeqs : . . . C AC . . . AACAAG . . TGTCA . . . . AAAGAAGCTTGA . TTGTG . . . . . . . . . . . . . . . . . . TG
blockSeqs : . . . . . . CATT . . GATAA . . . . AGACGATGTGA . CAAC . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . GCC . . . . AAAAACGTTG . GG . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . GA . . . . .
blockSeqs : . . C . . . .
blockSeqCons : AACAAT******************* CGGTCA*********** AAAAGACGTTTTTGA*********************************** CAATTTTTGGG*** G* AGGA* TGGA***** A** ATTTACA********** *** AT******** T***
originalCons : NNNTTTAA-GGTCATANGATACCCAAGATT-TTG-GACGCATCAAATGA------AGTAGGA-T-TTTGCTGTGTTT----ACGTGGGATTTTCTATTA------TTTGATC--A-A--------ACAAC-GAT------G-TAA-AT---CG----GTC-A---TTA------ATACA-TGAAAT-GCAC----CAATA-------A---AAA-GATG----TT-T--TTG----------A-------AGGA---TTT--CAATTTTTGGG-TAAT-GT-TTTTCCATTGAA-TTTTCAAGTAAAG-A--T-T-GTG-AATAA--TG------CAAAA-AT------AA-AGGTGG-TTT--CAT-GGGAAAA-----TTTTGTG---GTAAATA--T--G---T-TT-----TTA-GCAAT-A-TTAAAACA-AT-T-----TAC-GAAAT-----A--TTTA---TAC-AAAATTCTATAAC-A-A--T-----TTTT-GGT---GGGTATCCTACGT
finalCons : NNNTTTAA-GGTCATANGATACCCAAGATT-TTG-GACGCATCAAATGA------AGTAGGA-T-TTTGCTGTGTTT----ACGTGGGATTTTCTATTA------TTTGATC--AAACAAT-------------------G-TAA-ATCGGTCA-----------TTA------ATACA-TGAAAT-GCAC----CAATAAAAAGACGTTTTTGA-----------------------------------AGGA---TTTCAATTTTTGGG---TAAT-GT-TTTTCCATTGAA-TTTTCAAGTAAAG-A--T-TG-TG-AATAA--TG------CAAAA-AT------AA-AGGTGG-TTT--CATAGGA-AAA-----TTTTGTG---GTAAATATGGA-----T-TT-----TTA-GCAATA--TTAAAACATTTACA----------AAT-----A--TTTA---TAC-AAAATTCTATAAC-AAT--------TTTT-GGT---GGGTATCCTACGT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TAGACATTTATAAACATGTAGATAAACTTCAATTGTACACTGA
Unaligned ( gi|20 ): TGGCCATGCCAATTTGTAATCTAGTTCTACGGA
Alignments
lowQualScore : 1111111 111111111111111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222 11 111111111 111111111111111 111 111 2222222222 2222
lowQualScore : 6 1 2 2 777777 2 2 2 1111111 777777777 2 33 888888888888888888888888 2 2 9999999999 44444 666666 2 2 2 4444 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 333 22222222222222 2 2 2 0 2 2 11 2 33 33 5555 33 777777 2 777777777 5555 3 33 66 777777777777777 111 2 777 2 5555 2 11 999 33 1 2 555 88888888888 66 33 66 111 555 3 0 1 777 4 9999999999 5 0000 1
lowQualScore : . . . . ...... . . . ....... ......... . .. ........................ . . .......... ..... ...... . . . .... .......................................................... ... .............. . . . . . . .. . .. .. .... .. ...... . ......... .... . .. .. ............... ... . ... . .... . .. ... .. . . ... ........... .. .. .. ... ... . . . ... . .......... . .... .
lowQualScore : 7 0 9 9 777777 7 5 8 8888888 111111111 4 22 444444444444444444444444 1 1 9999999999 00000 111111 6 1 1 5555 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 999 33333333333333 2 2 2 9 2 2 99 4 66 11 0000 44 222222 5 222222222 6666 2 44 22 222222222222222 666 5 333 7 7777 9 33 222 99 0 9 000 88888888888 88 99 88 111 000 3 9 6 000 0 4444444444 0 6666 4
consensus : NNNTTTAA-GGTCATANGATACCCAAGATT-TTG-GACGCATCAAATGA------AGTAGGA-T-TTTGCTGTGTTT----ACGTGGGATTTTCTATT--A------T-TTGATC--A---A---A---CA---A---T---G-TAA-AT---CG----GTC-A---TTA------ATACA-TGAAA-TGCAC----CAATA-------A---A----AA-GA-CG----TT----T--TTG----------A-------AGGA---TTT--CAATTTTTGGG-TAAT-GT-TTTTCCATTGAA-TTTTCAAGTA-AAG-A--T-T-GTG-AAT----AAT--G------CAAAA-AT---------AA-AGGTGGTTT--CAT-AGGA---A---A----A-TTTTGTGGTAAATAT-GG-AT-TT----TT-AGCAAT-A-TTA--AAAC-AT---T----T------AC--AA--AT--A--NTTA---TAC-AAAATTCTATA---AC-A-A--T-----TTTT-GGT---GGGTATCCTACGT
Reference ( family-203 ) : NNNTTTAA-GGTCATANGATACCCAAGATT-TTG-GACGCATCAAATGA------AGTAGGA-T-TTTGCTGTGTTT----ACGTGGGATTTTCTATT--A------T-TTGATC--A---A---A---CA---A---T---G-TAA-AT---CG----GTC-A---TTA------ATACA-TGAAA-TGCAC----CAATA-------A---A----AA-GA-CG----TT----T--TTG----------A-------AGGA---TTT--CAATTTTTGGG-TAAT-GT-TTTTCCATTGAA-TTTTCAAGTA-AAG-A--T-T-GTG-AAT----AAT--G------CAAAA-AT---------AA-AGGTGGTTT--CAT-AGGA---A---A----A-TTTTGTGGTAAATAT-GG-AT-TT----TT-AGCAAT-A-TTA--AAAC-AT---T----T------AC--AA--AT--A--TTTA---TAC-AAAATTCTATA---AC-A-A--T-----TTTT-GGT---GGGTATCCTACGT
gi|1 : TTTGA-GGTCATATAATACCCAAGATT-TTG-GACACATCATATGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT----CCATGGGAGTTT---GT--A------T-TTGA-----------------------------------------------TT-A---TTG------ATTTA-TGAAA-TGCAC----CAAT------------------------G----TC----TGANTG----------AAGT----AGGA---TTT--------------TGAT-GT-GTTTCCATGGGA-CTT---AGTATTTG-A--T-T-ATT-GATCTGAAAT--G------CACCA-ATGTCATGATAAA-AAATGTTTT--TGA-AGGATTTC---A----A-CTTTTT--TCCAT-T-GA-AT-TT----TT----------TTGGTAAAG-AT---T----T------GC--AA--A---A-----A---TAC-AAAA
gi|1 : acaaatatttataaatgttttaataaattaacaccgcatttcttgtattttgtANTGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT----CCATGGGACTT---AGT--A------T-TTGATT--A-------------------------------T---TG----ATC--------------------TGAAA-TGCAC----CAATGTCATGATA---A----AA-AA-TG----TT----T--TTG----------A-------AGGA---TTT--CAACT-------------T-TTTTCCATTGAATTTTTTTGGTA-AAG-A--T-T--TGCAAA----AAT--A------CAAAA-GT---------AA-ATATGGTTT--CAT-----------------T-TTTTGTGGTAA--AC-GA-GT-TT----TT-AGCAAT-ATTTT--TAAC-AT---T----T------AC--AG--AT--A--CTTATG-TAC-AAGATTATATA---AC-A-AATT-----TTTT-GG----GGGTATCTTACGTgtaaatatggtttcattttttgtggtaaacgagtttttagcaatatttttaacatttacagatacttatgtacaagattatataacaaattttttgggggtatcttacgtcctttatcatttaattgatgttatta
gi|10 : acaaatatttataaatgttttaataaattaacaccgcatttcttgtattttgttttgaggtcatataatacccaagattttggacacatcatatgaagtaggattttgatgtgtttccatgggagtttgtatttgattattgatttatgaaatgcaccaatgtctg--A------T-TTGATC--A---A---A---CA---A---T---G-CAA-AT---TG-----TC-A---TTA------ATACA-TGCAA-AGCTC----CAATAC------ATTTA----GA-TA-TA----TT----T--TTG----------A-------AAGA---TTT--CAATTTTTG---CAAT-GT-TTTGCCAATGAA-TTTTCAAGTA-AAA-A--T-T-GTA-AAT----AAT--G------CAAAA-A----------AA-AGACGGTTT--CATGGGGG---A---A----A-TTTTGTTGTGCATAT-GG-AT-TT----TT-AGCAAT-A-TTA--AAAC-ATACAT----T------ACTGTA--AT--A--GTTG---CAC-AATATTGTATA---AC-A-cctttatcatttaattgatgttatta
gi|11 : TTAA-G-TCCTAGGATACCCCAGATT-TTA-GAAGCATCAAATGA------CATAGGA-TATTTGTTGTGTTT----ACATGAGATTTTTTATT--A------A-TTGATT--A--------------------------TA--------G----ATA-A---TTA------ATATA-TGAAA-TGAAT----CAATA-------A---A----AC-AATCC----TT----T--TGG----------A-------AGGA---TTT--CGATTTTTGAG-GAG--GTATTTTCCATTGAA-TTTGCAAGGA-AAG-AT-T-T-GTG-GAT----GA---------------------------AA-CG-----TT--CAT-AGGA---A---A----T-ATTAGTGGTAAATAT-GG-TT-TTATAATT-AGCAAT-A-TTA--AGAT-AT---T----T------AC--AA--ATG-A--TTcgaatgttctatccatcggcgtcttatgtccttaaaatcatgccaatttgttatctagttctacagatt
gi|12 : ---T---G-TAA-GT---CG-----TC-AATATTG------GTGCA-TAAAG-TGCAC----CAATA-------A---A----AA--A-CG----TT--------------------G-------AGGA---TTT--CAATTTTTGGA-TGAT-GC-TTTTCCATTGAA-TTTTTAAGTC-AAG-AT-T-T-GTG-AGT----AAT--G------CAAAC-AT---------AA-AGGTTGCTT--CAT-AGGT---A---A----A-CT-----GTAAATAT-GG-GTGTT----TT-A-CAAT---TT---GTAC-AT---T---------------AA--AA--G--TTTA----AC-AAAATTCTACA---GCTACA--TCTTTATTTT-GGTAGGGGGTATCATATGT
gi|13 : aaacaacaattgtatCAAAATT-GTG-GACGCATCGAATGACTTTCAAACAGAA-C-TTTGTTGT-TTT-----CAAGGGATGTTCTATC--A------T-TTGATC--A---T---A---CA---A---T---G-TAA-AT---CG----GCC-A---TTA------ATACA-CAGAA-TGCAC----CCATA-------G---A----AG-GA-TT----CT----T--TTG----------A-------AGGA---TTT--AAAATTTGAAG-TATT-G-----------GAA-TTTTCAAGTA-AAG-A--T-T-GTA-AAT----ACT--G------CAAAACAT---------AA-AAGCGGTTT--CAC-TAGA---C---A----G-TTTTGAGGTACGCATGGG-AT-TT----T
gi|14 : ---G-TAA-AT---CG----GTTTA---TTG------ACACA-TGATA-TGCAC----CAATA-------T---A----AC-GA-CG----TT----T--T------------A-------AAAA---TT----------------GAT-GT-TTCCCCCCTGAA-TTTTCAA-CA-AA--A--T-T-TT--AAT----GATTTG------TGAGA-ATTGAGAA---AA-GGGTGGCTTGACAT-A-----------------TTTTGAGGTAAATAT-TT-GT-TT----CT-ATCAAG-A-TCA--AAGC-AT---T----T------AC--AA--AT--AGTTTCA---CACAAAAAATCTATA---A-------------TTTC-GGG---GGATATTCTATGT
gi|15 : -TTTGTTGTGTTC----ACATGGAATTTTCCA----------------AAC--A---A---T---TA---A---T---G-TAA-AT---CT----GTT-A---TTA------GTACA-TCAAA-TTCAT----CTATA---------------------------------------G----------A-------AGCC---TTT--CGATTTTTAGATTAAT-GG-TATTCGGTTGAA-TTTTCGAGTG-CAA-AT-T-T-GTG-AAT----GAT--G----------A-AC---------AA--------TT--TAT-GCGG---A---A----T-TTTTTCCGCAAATAT-Gc
gi|16 : gacacttaaaatgctgaaaactgtaCAAGATT-TTG-GATGCATCAAAAGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT-----TGTCAGATTTTCTATT--A------T-TTGATC----------A---CA---T---T---GTTCA-AT---CG----GTC-A---TTG------ATACA-TGACA-TGCAC----AAACA-------A---A----TT-TA-TG----TT----T--TTG----------AGGGATTGAGGA---TTT--CGATTTTTGGG-AAATAGT-TTTTCCACTAAC-TTTTCAATTA-AAG-A--T-A-TTG-AAT----AAa
gi|17 : TTGA-GGTCATATAATACCCAAGATT-TTG-GACACATCATATGA------AGTAGGA-T-TTTGATGTGTTT----CCAT-GGAGTTTGTATTTGA------TATTGATT--A---T---G---AA---A---T---G-CCA-AT---------GTC--------------------TG-AA-TG---------ATA-------A---A----AA--A-TG-----T----T--TTG----------A-------AGGA----TT--CAAC--------------T-TTTTCAATTGAA-TTTTT-GGTA-AAG-A--
gi|18 : AAGACT-TTG-G---C-TCGAATGA------AGTAGAG-T-TTTACTGTGTTT----AAGTGAGTTTTTCTATC--G------T-TTGGTC--G---G---AGATCA---A---T---G-TTA-AT---TG----GAC-A---TTA------ATGCA-TCAAA-AATAC----CAATA-------A---A----AA-TA-------TT----T--TTgtt
gi|2 : ATGCCAAAGATT-CTG-GATGCAGCAAATAA------AGAACGA-T-GCTGTGGTGTTT----ACATGGAATTTTCTATT--A------T-CTGATC--ACACA---A---CA---A---T---G-CAA-AT---C-------------------------------------------CAATA-------C---A----AA-GA-CG----ATATGAT--TTA----------A-------AGGA---TCTAACAATAC---GG-TACT-GT-TTTATCATTGAA-TTTTCAAGTA-AAG-C--T-TAGTT-AAT----GAT--G------CAAAA-AT---------AA-CAGTGGATT--CCT-AGGA---A---A----A-TGTTGTGGCCTATAG-GC-AT-TT----TT-AGTAAT-A-ATA--GTAC-AT---TTTAGT------AC--GA--AT--A--GTTT---TAC-AAA
gi|3 : taCAAAGAATGCCAAAGATT-CTG-GATGTACCAAATAA------AGAACGA-T-TCTGCGGTGTTT----AC-TTGGATTTTCTACA--G------T-CGGATC--A---T---A---CATT-A---T---G-TA---------------C-A---ACA------ATGC----AAA-T---C----CAATAC------A---ATTCTAA-GA-CG-----A----T--GTG----------A-------AGGG---CTC--TAAT-----GA-TAGG-GT-T----CA-TGAA-TTTTCATGTA-AAGAA--T-A-GAT-AAT----AAT--G------CAAAA-AT---------GATGGGTGGATT--TGT-AGGG---A---A----ATTTTTGTGCCTATCAA-GGCAT-TT----TT-AGTAATAA-TTA--G----TT---T----T------AC--AA--AT--A--TTTC---TAcacatatttctgggcatcttcagtcctcaactgcataaacatgacctttgacctatgcgttattctacacttcataatcatgtgactcagatatagttaattagactgaacagagagatgtaatgattgtagacagtttgtcacatgaaaaa
gi|4 : taacacTTTAA-TGTCGTAACATACACTATATTATTG-GCCGCATAAAATGA------AGTGGAAAT-TGTGTTGTGTTT----GCATGGTATTTCCTATT--ACACGTTT-TTCCTC--A---ATCAA---CG---A---T---A-TAA-AT---TG----GTC-A---TTA------AATCA-TAATA-TGCAC----CAATA-------A---A----AA-GG-CGGGGTTT----T--TTGTTTTGTTGTTA-------AAGAGTTTTT--CAAATTT-GGG-TTAT-TT-TTTTTTTTTTTT-TTTTT--TTT-AGG-AATT-T-TTG-AAT----AAT--G------CAAAA-AT---------GT-AGGGGCTTT--CAT-AGGA---A---A----A-TTTTGTGGTCAATAT-GG-GT-TT----TT-AG-AAT-T-TTA--AAAC-AT---T----TGTAAATAC--AA--GT--A--GTTG---TAC-AAAATTCTATA---AC-A-A-----------T-GGTCTGGGATGTCCCGTGTggtctatcctcagtcctcaagtaatagttgtaaaacagtctgcatagatatgacctttgacctatgctttcctaatcatgtgatacaggtaattagactgagccgagagatacacacatgtaatgattgtcaagtttgtcacatgaaaaa
gi|5 : TTCAA-GGTCATGGGAAAAACAAGATT-TTG-GACGCATCAAATGA------AGAAGGG-T-TTGGCTGTGTTTTAATATGTGAGGTTTTCTATT--A------T-TTGGTT--A---A---A---CA---A---CAAAG-TAA-AC---CA----GTC-A---TTA------ATACA-TGAAA-TGCAT----CAAGA-------A---A----AA-GA-TA----TT----T--TTA----------A-------AGAA---TTT--CAATTTTTGGA-TAAT-GT-TTTTCCATTGAA-TTTTCAAGAG-AAG-A--T-T-GTT-AAT----AAT--G------CGAAA-AT---------AA-ATATAGCTT--CAT--GGA---A---ATTTTT-TTTTATAGCAAATGT-GA----TT----TT-AACAAC-A-TTA--AACCAAT---T----T------ACG-AA--AT--A--TTTA---TAC-CAAATGCTATT---AC-A-A--T-----TTTT-GGT---GGGTATCTGATGTccttaa
gi|6 : gtaTTCAATGGTCCCATGACAC--AAGATT-GTG-GGCGAATCAGACG-----------GGA-A---------GTTT----ACGCGGGGTTTTCCATT--A------T-TTTTTC--A---A---A---CA---T---T---G-TAA-ATTTACGAGTAGTC-A---TTA------GTTCAGTGAAA-TGCAG----CGTTA-------A---A----A--GA-AG----CT----T----G----------A-------AAGA---TTT--TATTGTTTGGG-TCAT-GT-TTCTCCCATGAC-TTTTTGATTA-AAG-A--T-T--TG-AA-----AAT--TATCCCCCAAAA-AC---------------TGGTAT--CAT-AGGGG--A---A----A-TTTTGAAGTAAATAT-GA-AT-TT----TC-AGCATT-A-TTA--AAAC-AC---T----T------AT--AATTATTAA--TTTAGTTTAC-AAAATTCCATA---AC-
gi|7 : taggtaagtATACCCAACATT-TTTTAATACATCAAGTAA------AGTAGGA-T-TGTGCAGGGTTA----ATATGAGCTTTTCTATT--T------T-CTGATC--A---A---A---CAATGA---T---G-TAA-AT---AG----GTC-G---TTA------GTTCA--GAAATTACAT----TTATATATT---A---A----AA-TA-TA----TT----T--ACG----------A-------AGGG---TTT--CAAGTTTTGGG-TAAT-GA-TTTTCT-TTGAA-TTTTTAAGTA-AA--A--C-C-GTG-AAT----AAT--G------CAAAA-AG---------AA-AGGTG-------AT-AGCA---ATCCAAT--A-TTTTCTGGTAAATAT-G---T-TT----TTAAGGAAT-T-TTA--AAAT-AT---T----T------GC--AA--A---A---TTA---TA---------TATA---AC-A-A--A-----TCTG-GTT---GGGTATCCTACGTtaagaatattctttt
gi|8 : aaGTCAAATGATACCCAAGATT-TGG-GACACATTCAGTAG------AATAAGA-T-TTTGCTACGTTT--------------------------------TTGATC--A---A---A---CA---ACAGT---G-TAACAT---CA----GTC-A---TTA------ACACA-TAAAA-TTCACTGTGCAGTA-------A---A----AAAGA-CA----TT----T--TCA----------A-------AGGA---TTT--------TTGTG-TAGT-GT-TTTTCCATTGAA-ATTTCATGTA-AAG-AT-T-T-GTG-AAT----AAA--G------CAAAA-AT---------AA-A-GTGGATT--TAA-AGGG---G---AC---A-TTTT-------------A-AT-TT----GT--------------------AT---T----T------AC--AA--AT--A--CTTAGACTAT-GAAATTTTCTATTTAC-A-G--T-----TTTT---T---GGGctt
gi|9 : atgtaatcgtcaCTAATATT-TTG-GACGCATAAAATAA------AATTGGA-T-TTT-CTATGTTT----ACATGAACTTTTCTATC--A------T-TTGATCTTA---A---A---CA---A---G---G-TAA-AT---CG----GGT-A---TTACATGTAATAGA-TGAAA-TACCC----CAATG-------A---A----AA-GA-C-----TT----T--ATG----------A-------AAGA-----------------GG-TAGT-GT-TGTTCTATTGTA-TTGTTAAGTA-AAG-A--TGT-GTG-AAT----ATG--G------CAAAA-TT---------AA-AGGCAGTGT--CAT--GGA---A---A----A-GTTTGTG-TAAATAG-GA-AT-TT----TT-AGCAAT-T-TCA--AAAC-A---------T------GC--AT--GT--A--ATGA---AAC-AAAA-TATATA---AC-ATG--T-----TTTTAGGG---GGAAATCCTATGTcttaggtcgtaacatacatac
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TAGACATTTATAAACATGTAGATAAACTTCAATTGTACACTGA
Unaligned ( gi|20 ): TGGCCATGCCAATTTGTAATCTAGTTCTACGGA