lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 1 111 111 333333333333 11111 111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 111111 2222 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 33333 1 333333333333333 111 66666666666666666666666666666666 11 1 11 11 33 11 2222 1 2
lowQualScore : 7 6 5 0 888 666 66 0 666666666666 4 11111 777777 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 00 666666 777 4444 1 4 0 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 3 55555 0 777777777777777 777 2 99999999999999999999999999999999 3 66 3 88 88 11 4 6 88 8888 3 0
lowQualScore : . . . . ... ... .. . ............ . ..... ...... ..................................................................................... . .. ...... ... .... . . . . ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .. . ..... . ............... ... . ................................ . .. . .. .. .. . . .. .... . .
lowQualScore : 0 0 7 7 888 000 99 1 999999999999 1 11111 222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 66 777777 888 4444 9 4 7 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 88 0 00000 0 000000000000000 555 5 88888888888888888888888888888888 2 55 3 33 33 77 7 7 33 3333 3 0
consensus : NTAATATAATGAACTACAGA-CCCT---AA-G-CGTG--CTA-----CT--NA-CCCAC-----TT------GCACGA---GA---AAACGA---C------T--GAA--------------------CGG--TTCGCA---C-GA-----AACG---C-TGA-ACGGT--TTGC-----ACGG---AAC-GC-TGAACG-GTTTTGCACGGAACGA--TGAA--CCG-A-GG------G-A-T-----A----CGGTCT-GCACGGAACG-GTG-----A-AC-GGTTT-------------GCAC-----G--G---AACG---AA-CG-CTTTAAACGG----TTT---GCNCGAA-A--C---G--NAA---------CGCTT-------------TGA-AACG--GTA----GGCGG------G-CTTG-----------NNGNCTANNNNNCGNTGANNNGNTNNGCGCGAANNGCNNNGGNNCGTNNACGTNNNGCTGGTACNTCAG--GT-C-GATTTT-ACGG-GT---G--CG-ATT-AAATT-CT-A-AN------ATATCT----T-TAACGCAA-TG-A----TTCA--T--AT---A---TT----------AAA---AAATCGGGAAAG-A--AATAGTAAT-GG---TCT---ACAA-N-TAAA---A----------T-GAATAATATC-TG--CT-CCAC-T--CGGTATTGTT-TT-ANTTC-----TAATT---A-CAATT-AA--TT-AT-----CAAA-CGA--AA-A----AAAT----A--A-----------A-GAC-TGTTNNAAAGCAGGTA----A-AAAG--GA--AG-GA----GAGACAT-GCA--AAA--T-C--GC-----GAC-GTTG-TTNNCACGAAGTNGNTAATCCGGATTATATACTTATGTAANATGCTTTCGTTTGTTGGATTTTACAATTCTCACAAAATATAAGTGNCACATATAATCGGNGTATATATCGTGTCTCGTTAATGCTAGCAAACTGCTATANTAA-TTCG-----------TAAA------TGTTTCT---AC-TA----GCGTT-TAG--CAT--AAGC---ACAA--AATAT---AATA---TAT--G--TATACC--TCTGTGTTGGAATCA-CGAAGGAACAG-GCG-T-GTTAATG--TTG-TNCG---GATAGTT--C--AGGT-A-----TTAC-T---TAATAC-C--TCTTCGG-AAT--TA-TATAAA----ATCG---TG-TCACT---------------ATTGAA------------GA--------TTCGTT---CTCCG--AGA----TG-T--TGCCGCACCGAC----------NCAAT-ACTG-TA-----------AAT-TTGT----AC-CAA--C--TG-AA---AATANTTT-AG-TGTTT-ACCA--C-GT-----AA----CATAT-AC-T-ATA-TATTA----------TTTA---TT------TC--CATGAGGCGATAG-A---AAAT---TAATATTTAT-TTTCTCCGAAAC-GAAATAGT---G----GCTTA--TAG-ACATGC--TGCGGTGCC-C--GT--NTA-TGAT-TTNT--TTTTTC--TC--AAA-A---T-GTAAANAA----AC--AT-------TTTCATTC--CATC-A-AC-TTATCT------TAA---AT----NCACTGGTGATTTAAAATCANCAAATGGCAAATTCGAATTTAGGNATCANGTGTCCGTTCTNAGATCTTTCTGAGAGNTAAATATCAATAGTTTTCATGATCGGCGCG---------G-T----GT----TTAAGA-AAAGAG--AC---A--T-TG--TNTAATCCGATNGCAAA-TTCG--AA-GGG-------TTT---TTCGCAAC-GA---AAGAATT---TAG--AGTC-CC-T-AGAGTTTC-CTAAGCTTGG-ACG--TCTAGCAAAAAAGGCG--TGAAATA--TANTGAGTCGGG--CGA----GATA-CCAGTATT
Reference ( gi|3 ) : TTAATATTATAAACTACAGA-CCCT---AA-G-CGTG--CTA-----CT--TA-CCTAC-----TT------GCACGA---GA---AAACG----C------T--GAA--------------------CGG--TTTGCA---C-GA----TAACG---C-TGA-ACGGT--TTGT-----ACGG---AACTGC-TGAACG-GTTTTGCACGGAACGA--TGAA--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----CGGTCT-GCCCGGAACA-GTG-----A-AT-GGTTT-------------GAAC-----G--G---AACG--AAA-TG-CTTTAAACGA----TTT---GCCTGAA-A--C---G--AAA---------CGCTT-------------TGA-AACT--GTA----GGCGG------A-CTTG-----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAG--GT-C-AATTTT-ACGG-GT---G--CG-ATT-AAATT-CT-A-AA------ATATCT----T-TAACGCAA-TG-A----TTCA--T--AT---A---TT----------AAA---AAACTGGGAAAG-A--AATAGTAAT-GG---TCT---ACAA-T-TAAA---A----------T-GAATAATATC-TG--TT-CCAC-T--TGGCATTATT-TT-ATTTC-----TAATA---A-CAATT-AA--TT-AT-----CAAG-TGA--AA-A----AAAT----G--A-----------A-GAC-TGTAGGAAAGCACGTA----A-AAAG--GA--TG-GA----GAGGCAT-GCA--TAA--T-C--GC-----AAC-GTTG-TTCGCA---AGT-GTTA--C--GATTAT-TATT-------AATGC-----------GA-------AATTCTCAC-AAA-ATA--TGCTAT---TAAT--ATATACATA-CATGT-------ATGC-AGCAA--TGCTACAATAA-TTCA-----------TAAA------TGTTTCT---AC-TA----GCGTT-TAG--TAT--AAGC---ACAA--AATAT---AATA---TAT--G--TATACC--TGTATGTTGGAATCA-CAAAGGAACAGTGCG-T-GTTAATG--TTG-TGC----GATAGTT--C--AAGT-A-----TTATAT---CAATAC-C--TCTTCAG-AAT--TA-TATAAA----ATCA---TG-TCACT---------------ATTGAA------------GA--------TTCGTT---TTCCA--AGA----T--T--TGCCG-ACCGAC----------CCAAT-ACTG-TA-----------AAT-TTGT----AC-CAA--C--TG-AA---AATATTTT-A--TGTTT-ACCA--C-GT-----AA----TATAT-AT-TTATA-TATTA----------TCTA---TT------TC--CATGAGACGATAG-A---AAAT---TAATATTTAT-TTTTTCCAAGAT-GAAATAGT---A----GCTTA--TAG-ACATG---TGCGGTGT--C--GT--TTA-T-AT-TTTT--TTTTTC--TC--AAA-A---T-GTAAAAAA----AC--AT-------TTTCATT---CATCTA-ACTTTTTCT------TAA---AT----TCATT-GTAA---AAAATCACC-----G--AATTGGA----AGGT-T--TGTGTCCG--CTAA-----TTCT---AGGTAAA-AT-GATA----TTA-GATCGGCGCG---------G-T----GT----TTAAAA-AAAGAG-AAC---A--T-TG--TTTAATCCAATGGCAAA-TTCG--AA-GGG-------TTT---TTCGCAAC-AA---AAGAAAT---TAG--A-TC-CC-T-AGAGTTTC-CTAAGCTTGG-ACG--TCTAGCAAAAAAGGTG--TGAAATA--TATTGAGTCGGG--CGA----GATA-CCAG-ATTTAA
gi|2 : TAATATAATGAACTACAGA-CC-T---AACG-CGTGTACTAAGCCTTT--TATCCCATGTTCATT------GGATAC---GA---AAACGATTCT------T--GAAA-------------------CGG--AACGCAGAGC-GG-----AACA---CGTGAGACGTT--TTGC-----ACGA---AAC-----GAAAGCGCTTTA-----AACGG--T-----TTGCACGATACGTAACGCTTCTAAA----CGGTCTTGCACTGAACG-G-G-----A-CT-G-CTT-------------GAACGTTCTG--G---AATG----A-TGAC---AACCGG----TATAGGGCCGGGG-G--CCTTG--CGA---------CGCTT-------------TG-----T--GGA----GA-AG------A--TGG-----------TGATCTAGTTTACATTAAATGGTTGAGGGCCAATGGCCCTGGTACATTTATGTAACGCTGGTACTTCGG--GT-CTAATCTT-ACGG-GT---GGCCG-ATTCAAATT-CT-ATAT------AAATCT----TATTCCGCAA-TG-
gi|13 : TACAGA-CCCTT--AA-G-TGTG--CTA-----CT--AA-CCCAC-----TT------GCA--A---G----AAACG----C------T--GAA--------------------AGC--TTCGCA---C-GG-----AACG---A-AGA-ATGGT--CTGC-----ATGG---AA-TGG-TGAGTG-G-TTTGCACGcaagtaaaatgaatatctggctgccactcttggtattgtttttatttattacactttaatttatcaaaacgaaaataaaaaataaaagacctgttgaaagcaggtataagaaaaggaagtgagacattgcaaaatacgccgacagttgattctcacgaagttgataccgaattatatacttatgctttcgtttgttgaaattctcacaaaaataagtggcacataatgtgtaatatcgttatgtacaaactgcaacaataatttcataaatgttctaccagcgttatagaagctgtacaaaatattgagataacttatgtttattcatctattttggaatcatcaaagcaacagtacgttgttaatgttgttacgatagtttacaggtaatcgtttacagtaacccagtcttaaaatttctgtaaattcatgttcactattgaaagttttttctatgattattggtttcgttctccgagatggtgaccgcaccgacaccattaaatgctgtaccaatctgaaaatagtttagtgttaccaggtgtaatataactgatagtaacatacggcatagtaagattcataatagttattttgtcacgaaccatggattagcatgtgcggtgtccgtatatgatattatttgttcagtcaaatataataaaaaaacattttattccataaaggttatcttgagaataaatagcaacattggtaaaatcccaaatggaattcgaagggatggtgtccgctaattctggtaaaattattagatggcacgtgctgtttaagaagaggattgtgtaatccatgcgaattcgaaggttgttcgcacctagaagatttgagagttcctgagtttcctaagcttggaacgtcttgcaaaaaaggtgtgaaatagttattgaatcgagcgagatacccagatt
gi|16 : TACAGA-CCCTA--AA-A-TGTG--CTA------T--TACCCCAC-----TT------AAACG----GA---Aa
gi|1 : ACAGA-CAAT---AAAG-CGTG----A-----CT--T--CCTAC-----TCTCATTAGCACGA---GAACGAAACGA---CAAGCCAT--GAAACGAGTCTCTTTTCAGGAACCGG--CTTCCA-----GA----TAACA------GA----GT--TTGT-----ACGG---A--CG--TGAACG-G-TTAGCACGG--CGA--TGAA-------------------------------CGGTCT-GCCCGGAACGCGTGTGAGAA-ACAGGTTCCAATCTTATATTAAAAC-----GCTGTGTAACG--TAA-CG-A-ATAAACG-----CTT---GTCTGAATAGCC---GA-AAA---------CGCTT-------------TGA-AACG--GTA----GGCGG------G--TTGCGAACGTATATGTGATTATGAATAGGTGATATAGTTTACATGAAATGTAGAGAGCAGTGAACTTTTAGTTGGTATATCAGACGTAC-AATTTC-ACGGCGTCTCG--CATACT-AAATTACT-G-AT------AAAT-T----C-TCATGCAACTG-GTAATTTCAATT--ATTTGA---TT-----------AA---AAATGGGGAAAGCACTAATAGTAATCGGGGCTCTCTCACAAGTATAAA---AATACCATTAGT-AAATAAT-TCATG--TTCCCACTT--TGGCATTATT-TT-GATTCTTGCATAATATTTATCAATT-AAAGTT-ATTCGCCTACA-TGA--AACA----AAATCAAGG--AAATTCGGTAACA-GAC-TG-AGTAAAGCACGGA----AGGAAG--CATTTGTGACTATAATGCAT-CCAATTAAGTT-CATGCACGTAAAC-GATA-TCAGCA---AGTAGTTAATC--GA-TAT-TATTTATGTAAAATGC-----------GGATTTTACAATTCTCAC-AAATATA---GCTATATATAATCGAAATATATA-CATGTCTCGTTAATGCTAGCAA--TGCTCTATTAA-TTCGAGGAGTTCGTTTAAACATCCCTGTTTCCTGAACATA----GCGTT-TCGTCTATCCAAGC---A-AACTAATATA--AATA---TATGGG--GATACCGATGTGTGGTGAA--CA-CAAAGG-ACAG-GCG-TAGTT-ATGGTTTG-TCCA---GATAGTT--CAAAAGTAA-----TTATTTTCGCAATACGC--TCTTCGGAAAT--TATTATGGAAGGCATCGAATTG-TCACT---------------ATTGAAT-----------GA--------TTGATTTTATTCCATGAGA----TG-T--TGCCG-TTCGATTAGAGCTTAACCACT-ACTG-TACTCAAGAACTTAAT-TTGT----ACTCAAGTCA-TG-AAATTAATACTTT-AATTGTTTCACCA--C-GT-----GAAACTCATATAATGTTATG-TATTA----------TTTACAGTTGTATACTC--GATCAGGT-ATAT-A---AAAT---TAATATTTATATGGCGCCAAAAT-G--ATAGTTAAG----GCTAA--TAGAAAATGT--TGC-GTGT--CCAGTTCTCA-TAAT-TTTA--TTTTTCT-TC--AAA-AATTT-ACAAATAA----ACTTATTGGCCTCTTTCCCTTTGCATCAAGACTTTATCT------TAATCTCT----CCACT--TGATTTAAAATCAAC-----GCAAATTCGAATTTAAGT-TCATGTGTCCGTTCTCAGATCTTTCTGAGAGTTAAATATCAATAGTTTTCATGATCGG-GCGAGCTAAAACG-TTAGAGTAGAATTAAGC-AAAGAG--AC---AATT-TGTCTTTAGTC--ATCGCAAATTTCGT-AACGGG-------TTTTTGTTCG-AAC-GAT--AAGAAGTATCTAGTAG-TCACC-TAAGAGTTTC---ACACTTGG-ATGGCTCTAGCAAAAAAAACGGATGTAATA--TAATTTGTCGGGCTCGATTTGGATA-CCAGTATTcgaaa
gi|10 : aattacctgatatcACAGAACCCTTAAAA-A-CGTG--CTA-----CTACCC-CCCAC-----TTG-----GCACGG---GT---TTACG--------------GAA--------------------CAA-------A---C-CA----AAA---------A-ACGATTCTTGA-----ACGGGGCAACGGT-TGAACG-GTTTTaat
gi|14 : GA-CCCT---AAAG-CGTG--TTA-----CT--AC-CCCAC-----TT------GTACGG---AACG-AAACG----C------T--GAA--------------------CGG--TT-GCA---C-GA-----AACG---C-TGA-ACGGT--TTGC-----ACGG---AAC-GC-TGAATG-GTttttaccccccaaaaccgcttaaacgggtttttgcgatgaaaacggtttgaatgaacaatgaaacgg
gi|7 : GA-CCCT---AA-AACGTG--CTA-----CT--AT-TCCAC-----TT------GCAC-A---GAACGAAACGAAA-C------G--AAA--------------------CGACTTTTGCA---CTGA-----ACCG-----TAA-ACAGT--CTGC-----ACGA---AAC-GT-CGAACG-G-TTTGCATGAAccg
gi|5 : ---AA-G-CGTG--C-A---------TA-CCCAC-----TT------GCACTA----------ACG--------------AAA--------------------CGA--TT--CT---T-GA--------A---C-TGA-ATCCT--TTGC-----ACGA---AACGTC-TGAACG-GTTTCGCACGGAACGA--TCAA--CGATGAA----------------------CGGTCT-GCCTGGAACG-GTG-----A-AC---TTT-------------TAAC-----G-------------------CTTTAAACGG----TTT---GCACGAA-A--C---G--GAAAGATTTGAACGTTTCTTGAATGA----TGA-AACG--GTATAGGGGCGG------GGCTTG-----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAG--GT-C-GATTTTTACGG-GT---G--CG-ATT-AAATT-CT-A-AA------ATATCT----T-TAACGCAA-TGAA----AACA--T--AT---A---TT----------AAA---AAA-TGGGAAAG-A--AATAG-AAT-GG---CCT---ACAA-A-TAAA---A----------T-GAAT-ATATC-TG--CT-CCAC-T--TGGTTTTGAT-TT-ATTTT-----TAATT---A-CAATT-AA--TT-AT-----CAAA-CGA--AA-AG---AAAT----ATTA-----------A-GAC-TGTTTTAAAGCAGGTA----A-AAAAGCGA--AG-AA----GAGACAT-GCA--AAA--T-C--GC-----AAC-GTTG-Ttattttgcatgaaacccttaccacgaaacgcttgccatttctagaatgataacctagtaggcggggctggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaggtcaattttacgggtacgattaaattctaaagtacatgtatctcaaacacaatgaaca
gi|2 : aagttgatctgtgatgtacaatcga-----TT------GCACGAAACGA---AAGCG----C------TTTAAA--------------------CGG--TTTGCA---C-GATACGTAACGCTTC-TAA-ACGGTC-TTGCACTGAACGG---GACTGCTTGAAC--GTTCT----GGAATGA--TGA
gi|13 : taatataatgaactacagacctaacgcgtgtactaagccttttatcccatgttcattggatacgaaaacgattcttgaaacggaacgcagagcggaacacgtgagacgtt--TTGC-----AAGA---AAC-GC-TGAA-A-GCTTCGCACGGAACGA--AGAA--T-----------------------------GGTCT-GCATGGAATG-GTG-----A-GT-GGTTT-------------GCAC-----G--caaccggtatagggccgggggccttgcgacgctttgtggagaagatggtgatctagtttacattaaatggttgagggccaatggccctggtacatttatgtaacgctggtacttcgggtctaatcttacgggtggccgattcaaattctatataaatcttattccgcaatgcaagtaaaatgaatatctggctgccactcttggtattgtttttatttattacactttaatttatcaaaacgaaaataaaaaataaaagacctgttgaaagcaggtataagaaaaggaagtgagacattgcaaaatacgccgacagttgattctcacgaagttgataccgaattatatacttatgctttcgtttgttgaaattctcacaaaaataagtggcacataatgtgtaatatcgttatgtacaaactgcaacaataatttcataaatgttctaccagcgttatagaagctgtacaaaatattgagataacttatgtttattcatctattttggaatcatcaaagcaacagtacgttgttaatgttgttacgatagtttacaggtaatcgtttacagtaacccagtcttaaaatttctgtaaattcatgttcactattgaaagttttttctatgattattggtttcgttctccgagatggtgaccgcaccgacaccattaaatgctgtaccaatctgaaaatagtttagtgttaccaggtgtaatataactgatagtaacatacggcatagtaagattcataatagttattttgtcacgaaccatggattagcatgtgcggtgtccgtatatgatattatttgttcagtcaaatataataaaaaaacattttattccataaaggttatcttgagaataaatagcaacattggtaaaatcccaaatggaattcgaagggatggtgtccgctaattctggtaaaattattagatggcacgtgctgtttaagaagaggattgtgtaatccatgcgaattcgaaggttgttcgcacctagaagatttgagagttcctgagtttcctaagcttggaacgtcttgcaaaaaaggtgtgaaatagttattgaatcgagcgagatacccagatt
gi|14 : tacagacccttaagtgtgctactaacccacTTGTACGGAACGA----AACGCTGAACGGTTGCACGAAACGCTGAA----CGGTTT-GCACGGAACG-CTG-----A-AT-GGTa
gi|7 : gaccctaaagcgtgttactaccccacTTGCACAGAACGAAACGAA--ACGAAACGACTTTTGCACTGAACCGTAAACAGTCT-GCACGAAACG-TCG-----A-AC-GGTTT-------------GCAT-----G-------------AA-TA-TTTTGCATGAAACCCTT---ACC-----A--C---G--AAA---------CGCTTGCCATTTCTAGAATGATAACCTAGTA----GGCGGGGCTGGN-NNNN-----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAG--GT-C-AATTTT-ACGG-GT---A--CG-ATT-AAATT-CT-A-AAGTACATGTATCT----C-AAACACAA-TG-A----ccg
gi|14 : gaccctaaaacgtgctactattccac----CGGT-T-GCACGAAACG-CTG-----A-AC-GGTTT-------------GCAC-----G--G---AACGCTGAA-TG-aca
gi|2 : gaccctaaagcgtgttactaccccacttgtacggaacgaaacgctgaaCGGAACACGTG-----AGAC-GTTTT-------------GCAC-----G--A---AACG--AAAGCG-CTTTAAACGG----TTT---GCACGAT-A--C---G--TAA---------CGCTT-------------CTA-AACG--GTgtccg
gi|14 : taatataatgaactacagacctaacgcgtgtactaagccttttatcccatgttcattggatacgaaaacgattcttgaaacggaacgcagagTT-------------GTAC-----G--G---AACG--AAA-CG-C--TGAACGG-----TT---GCACGAA-A--C---GCTGAA---------CGGTT-------------TGcttgcactgaacgggactgcttgaacgttctggaatgatgacaaccggtatagggccgggggccttgcgacgctttgtggagaagatggtgatctagtttacattaaatggttgagggccaatggccctggtacatttatgtaacgctggtacttcgggtctaatcttacgggtggccgattcaaattctatataaatcttattccgcaatgcaagtaaaatgaatatctggctgccactcttggtattgtttttatttattacactttaatttatcaaaacgaaaataaaaaataaaagacctgttgaaagcaggtataagaaaaggaagtgagacattgcaaaatacgccgacagttgattctcacgaagttgataccgaattatatacttatgctttcgtttgttgaaattctcacaaaaataagtggcacataatgtgtaatatcgttatgtacaaactgcaacaataatttcataaatgttctaccagcgttatagaagctgtacaaaatattgagataacttatgtttattcatctattttggaatcatcaaagcaacagtacgttgttaatgttgttacgatagtttacaggtaatcgtttacagtaacccagtcttaaaatttctgtaaattcatgttcactattgaaagttttttctatgattattggtttcgttctccgagatggtgaccgcaccgacaccattaaatgctgtaccaatctgaaaatagtttagtgttaccaggtgtaatataactgatagtaacatacggcatagtaagattcataatagttattttgtcacgaaccatggattagcatgtgcggtgtccgtatatgatattatttgttcagtcaaatataataaaaaaacattttattccataaaggttatcttgagaataaatagcaacattggtaaaatcccaaatggaattcgaagggatggtgtccgctaattctggtaaaattattagatggcacgtgctgtttaagaagaggattgtgtaatccatgcgaattcgaaggttgttcgcacctagaagatttgagagttcctgagtttcctaagcttggaacgtcttgcaaaaaaggtgtgaaatagttattgaatcgagcgagatacccagatt
gi|12 : gaccctaaagcgtgttactaccccacAG--GC-T-GATTTT-ACAG-GC---G--CG-GTC-AAATT-TTAA-AA------ATATCTCAAAT-AAATGCGA-TG-A----TTCA--GAAAT---ACCCTTGAAATAAAAAAAA---AAATCGGGAAAG-A--AATAGTAAT-GG----------CA----TAAAGCGA----------TGGAATAATcacggaacgctgaatggtccg
gi|6 : TT-ACGG-GT---G--CA-ATT-AACTT-CT-A-AT------ATAT
gi|9 : ---A---TT----------AAATACAAATCGGGAAAG-A--AGTATTAAT-TG---TCT---AT-T-T-TGAA---A----------T-GAAT-ATATC-TG--CT-CCAC-T--CAGTATTGTTCTT-AATTC-----TAATT---A-C-----AA--TT-AT-----TAAT-TGACGAA-G----AAAT----A--T-----------A-AAC-TATTGAAAAGCAGGTA----ACAAAG--GA---------------CAT-GTT--AAA--T-C--GC-----AAC-GGTG-Tatatataccggtatatatgataaagaaataacctttaaattaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctaaaataatgcaaatataatgtaggtaaacctctatgttggaatcatgaaggaacaatgttaaggctgtgtggtagatagttaaggtattttgatatctattcagaattatatataaaatcatgtcactatttaaagtttatccattgaaaattggttttcaggccgctttgtgccgatcgacccagtacttaaa
gi|2 : T---GCAA-G-TAAA---A----------T-GAATA---TC-TGGCTG-CCAC-TCTTGGTATTGTT-TTTATTT--------ATT---A-CACTTTAA--TTTAT-----CAAAACGA--AA-ATAAAAAAT----A--A-----------AAGACCTGT-TGAAAGCAGGTATAAGA-AAAG--GA---A-GT----GAGACATTGCA--AAA--TAC--GCC----GACAGTTGATTCTCACGAAGTTGATA--CCGAATTATATACT-------TATGCTTTCGTTTGTTGA-------AATTCTCACAAAA-ATAAGTGGCACA--TAAT--GTGTA-ATATCGT-T-------ATGT-A-CAAACTGCAACAATAATTTCA-----------TAAA------TG-TTCT---AC-CA----GCGTTATAG-------AAGCTGTACAA--AATATTGAGATAACTTAT--GTTTATTCA--TCTATTTTGGAATCATCAAAGCAACAGTACGTT-GTTAATG--TTGTTAC----GATAGTTTAC--AGGT-AATCGTTTACAG---TAAC-C-CAGTCTTAAA-ATT--TC-TGTAAA----TTCA---TGTTCACT---------------ATTGAAAGTTTTTTCTATGATTATTGGTTTCGTT---CTCCG--AGA----TGGT--GACCGCACCGAC----------ACCAT------TA-----------AATGCTGT----AC-CAAT-C--TG-AA---AATAGTTT-AG-TG-TT-ACCAGGT-GT-----AA----TATA--AC-TGATAGTA--A-----------------------------CATACGGC-ATAGTA---AGATTCATAATAGTTAT-TTTGTC----AC-GAACCA-T---G----GATTA------GCATG---TGCGGTGTC-C--GT--ATA-TGATATTAT--TTGTTCAGTC--AAATA---TAATAAAAAA----AC--AT-------TTT-ATTC--CATA-A-AGGTTATCTTGAGAATAA---ATAGCAACATTGGT-----AAAATC-CCAAATGG--AATTCGA----AGGGAT--GGTGTCCG--CTAA-----TTCT----GGTAAA-AT---TA----TTA-GAT-GGCACGT--------GCT----GT----TTAAGA-AGAGG--------A--T-TG--TGTAATCC-AT-GCGAA-TTCG--AA--GG-------TTG---TTCGCACCTAG---AAGATTT---GAG--AGTT-CC-T--GAGTTTC-CTAAGCTTGGAACG--TCTTGCAAAAAAGGTG--TGAAATAGTTATTGAATCGAG--CGA----GATACCCAG-ATTgtgatacagat
gi|17 : taatataatgaactacagacctaacgcgtgtactaagccttttatcccatgttcattggatacgaaaacgattcttgaaacggaacgcagagcggaacacgtgagacgttttgcacgaaacgaaagcgctttaaacggtttgcacgatacgtaacgcttctaaacggtcttgcactgaacgggactgcttgaacgttctggaatgatgacaaccggtatagggccgggggccttgcgacgctttgtggagaagatggtgatctagtttacattaaatggttgagggccaatggccctggtacatttatgtaacgctggtacttcgggtctaatcttacgggtggccgattcaaattctatataaatcttattccgcaaA----A-AAAG--GA--AA-GA----GAGACAT-GGA--AAA--T-T--GC-----GAC-ATTG-TT
gi|15 : aggtaGCTATAGCAA-TGCA-------------AA------TATGTCT---GC-TAACATGCATG-AAG--CAT--AAGT---ACAA--ACTAC---AATA---TAT--G--TATACC--TCTGTGTTGGAATCA-C
gi|6 : A--AATAT---AATG---TAG--G--TAAACC--TCTATGTTGGAATCA-TGAAGGAACA----A-T-GTTAAGG--CTG-TGTGGTAGATAGTT--A--AGGT-A-----TT---T---TGATAT-C--TATTCAG-AATTATA-TATAAA----ATCA---TG-TCACTATTTAAAGTTTATCCATTGAA------------AA--------TTGGTT---TTC----AGGCCGCT--TTGTGCCG-ATCGAC----------CCAGT-ACT--TA-----------AA
gi|4 : ttacgggtgcaattaacttctaatatatatatataccggtatatatgataaagaaataacctttaaattaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctaaaataatgcTCATT---CTCCG--GGA----T--TG-TTCCGTACCCAC----------ACAATTACTGCTA-----------CAT-TTGTTGCTAA-CAA--CCTTATAA---AATATTTTTA--TGTT--ACCA--CTGTTTGAAAA----CATAT-A----ATA-TATTACTAATTTTGTTTCA---TT------TCTCCATGAGACGATTG-AGTTAAATG--TAA---GTAA-TTTTTCCGAAATCGATATAGT---AAAGTGCATATTTAG-ACATGCTTTACTCTGCTAC--GT--ATATT-AT-TTGTGGTTTTTC--TCAAAAA-A---T-GTTAATAATACCAT--AT-------TTTCA
gi|11 : TTA----------TTTA---TT------TG--CATGAGACGATAG-T---AAAT---T--TAT--AT-TTTCTC--------AAATGAT---A----G---A---AG-ACATC---TGCG-TGC--C--GT--T-A-T-AC-TTTT--TTTTTC------AAA-A---T-GTAAAGAA----AT--AT-------TTCAATT---CATC-A-AC-TTTTCT------TAA---AT----TCAgatatcacgagccctgatatattctataacatatcaatattgccttagtaaacatactgacagtgctcaatcatttggataatgatttttgtgtcctggctaaatgtgctataggtatatattgtattgtgtatagatactcgcaggtgtggctctgttgttgcgtgatctataaaataaaaagtaactaagtgtgtttaatcgatggcaaattcgataatggagacttttttttcgcaacgagataataattttaatcttatagagtcactaag
gi|4 : GCGTG---------A-T----CT----ATAAAATAAAAAGTAACTAAG--TGTG--TTTAATC-GATGGCAAA-TTCGATAA-TGGAGACTTTTTT---TTCGCAAC-GAGATAATAATT---TTA--A-TC-TTAT-AGAG--TCACTAAG
gi|8 : tcattctccgggattgttccgtacccacacaattactgctacatttgttgctaacaaccttataaaatatttttatgttaccactgtttgaaaacatataatatattactaattttgtttcatttctccatgagacgattgagttaaatgtaagtaatttttccgaaatcgatatagtaaagtgcatatttagacatgctttactctgctacgtatattatttgtggtttttctcaaaaaatgttaataataccatattttcagatatcacgagccctgatatattctataacatatcaatattgccttagtaaacatactgacagtgctcaatcatttggataatgatttttgtgtcctggctaaatgtgctataggtatatattgtattgtgtatagatactcgcaggtgtggctctgttgttG--TGTAATCCA-TACAAAA-TTCG--AA-GGG-------TTT---TCCCCAAA-CA---AAGAG-C---TAG--AGTC-CC-C--GAATTCC-TTAAGCTAGG-ACT--TCTAGCAAAAAAGGTG--TGAAATGT-TACTGAGTC-GG--TGA----GACA-
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GACGCCTAAAGCGCTTGCTACTACCCCACTCTTGCACGGAAC
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 11111 3333333333333 11111 2222222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33333333333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 1111 444444444444444444444444444444444 2222222 111111 222222 111111 5555555555555555555555555555555555 111 11 111 1111 11 111 111 222222222 111 11 22222 111 11 22222 2222 11 11111 1111 222222222 1111 2222222 1 111 111 222 1 888888888888888888888888888888888888888888888888 888888888888888888888888888888888888888888888 11 33 1 44444444444 222222 111 1 2222 1 3333333 111 11 111 111 11111 22222222 11 333333 11 11 5555555555555555 1 1 111 1111 1 2222222222 1 9999999999999999999999999999999999999999999 111 111111 11 222222 44444444444444444444444 1 2222 1 33333 1 111 11111 1 1111 33333333333 3333 666666666666666666666 1 11111 222 11 11 111 44444444444444444 222 11 222 1111 1 11 11 11 111 1111 11 111 4444444444444444444 555555555555555555555555555555 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2222222 11 22 11111 2222222 111 222 44444444444444444 11 1 11 11 22 11 2222 1
lowQualScore : 4 5 666 3 4 11111 3333333333333 00000 4 2222222222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 777 22222222222 3 9 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6 11 0 7777 777777777777777777777777777777777 5555555555555 22 333 333 22 1 333 4444444 99 6 77 5 5 000000 5 5 5 5 222222 1 666666 6 2222222222222222222222222222222222 444 0 8 8 11 0 444 7777 6 00 111 111 6 666666666 666 8 8 8 8 99 8 8 1 3 00000 444 8 88 11 8 00000 8 8 5555 8 11 88 8 99 66666 4444 6 99 6 99 555555555 4444 6 1111111 3 111 6 111 6 22 000 4 1 333333333333333333333333333333333333333333333333 222222222222222222222222222222222222222222222 44 6 00 1 0 3 77777777777 888888 3 777 0 1111 0 2222222 777 2 11 444 8 444 77777 8 0 8 2 3 44444444 3 33 111111 33 33 9999999999999999 0 0 777 2 4444 0 1111111111 0 0000000000000000000000000000000000000000000 444 222222 8 888 8 77 333333 1 00000000000000000000000 0 1111 0 77777 0 777 1 77777 0 7777 22222222222 3 8888 3 999999999999999999999 0 88888 222 0 8 66 8 8 66 8 222 22222222222222222 8 444 00 000 8 3333 8 8 1 11 0 11 8 11 8 444 8 1 7777 11 444 5 1111111111111111111 4 666666666666666666666666666666 88 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6666666 11 1 88 8 8 8 55555 6666666 444 3 222 22222222222222222 8 8 88 6 0 33 2 33 33 1 2 33 1111 5
lowQualScore : . . ... . . ..... ............. ..... . .......... ...................................................................... .. ... ........... . . . .................................................................................................................................................................................................... . .. . .... ................................. ............. .. ... ... .. . ... ....... .. . .. . . ...... . . . . ...... . ...... . .................................. ... . . . .. . ... .... . .. ... ... . ......... ... . . . . .. . . . . ..... ... . .. .. . ..... . . .... . .. .. . .. ..... .... . .. . .. ......... .... . ....... . ... . ... . .. ... . . ................................................ ............................................. .. . .. . . . ........... ...... . ... . .... . ....... ... . .. ... . ... ..... . . . . . ........ . .. ...... .. .. ................ . . ... . .... . .......... . ........................................... ... ...... . ... . .. ...... . ....................... . .... . ..... . ... . ..... . .... ........... . .... . ..................... . ..... ... . . .. . . .. . ... ................. . ... .. ... . .... . . . .. . .. . .. . ... . . .... .. ... . ................... . .............................. .. ........................................................................................................... ....... .. . .. . . . ..... ....... ... . ... ................. . . .. . . .. . .. .. . . .. .... .
lowQualScore : 0 0 777 3 4 11111 8888888888888 00000 0 2222222222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 888 44444444444 2 0 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 00 8 0000 888888888888888888888888888888888 4444444444444 00 000 666 00 6 000 0000000 22 7 33 7 7 111111 7 7 7 7 111111 0 888888 7 2222222222222222222222222222222222 000 8 2 0 00 8 000 8888 7 77 777 777 7 777777777 111 0 0 0 0 00 0 0 0 2 00000 000 0 88 00 0 00000 0 0 0000 0 00 88 0 88 77777 2222 7 22 7 22 888888888 2222 7 7777777 3 333 7 777 7 00 777 0 0 333333333333333333333333333333333333333333333333 000000000000000000000000000000000000000000000 00 7 33 0 0 2 55555555555 888888 2 555 0 2222 0 0000000 555 5 00 000 0 000 88888 0 8 0 0 2 00000000 2 88 555555 88 88 8888888888888888 0 0 555 0 8888 0 8888888888 0 0000000000000000000000000000000000000000000 000 222222 0 888 0 22 000000 0 66666666666666666666666 0 2222 0 55555 0 555 0 00000 0 8888 00000000000 2 0000 2 000000000000000000000 0 22222 000 8 0 00 0 2 44 0 222 88888888888888888 0 222 00 888 0 8888 2 0 0 00 8 00 0 00 0 000 0 0 0000 00 000 0 8888888888888888888 0 222222222222222222222222222222 33 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777777 00 0 22 8 0 0 00000 0000000 000 2 000 00000000000000000 0 0 66 5 0 88 0 88 88 0 5 88 2222 5
consensus : NTAATATNATGAACTACAGA-CCCT---AA-G-CGTG-----CTACT--AN---------CCCAC-----TT-GCACGGGA--A---AACGAC------T----GAA-CGG-----TT--------CGCA---CGA-AA-CG-C-T----GA--ACGG---T--TTGCACGG---AAC-G--------CTGAACGGTTTTGCACGGAACGATGAA---------------C----CGAA--A---ACGGTC--T-GCNCGG---AACG---G-------T-GA---AC-GGTTT-----------------G--------C------ACGGAACG-A--ACGCTTTAAACGG---TTT---GC-NCGAA-A--C---GN--AA---------CGCTT---------TGA-AAC--GGTA----GGCGGG-CTTGGNGA-C-----------TANNNNNCGNTGANNNGNTNNGCGCGAANNGCNNNGGNNCGTNNACGTNNNGCTGGTACN------TCAG--GT-C-GATTTT-ACGG-GT---G--CG-ATT-AAATT-CT-A------ANATATCT----T-TAACGCAA-TGAT----T-CA--T--AT---A---TT----------AAA---AAATCGGGAAAG-A--AATAGTAAT---GG---TCT-ACAANTA---AA---AT-G---------AATAATATC-TG-CT-CC-ACTTT-GGTATTGTT-TT-ATTTCT-----AAT---TA-CAATT-AA--TT-ATC-----AAA-CGAAA-A----AA-ATA--AA-GAC-TGTTGGAAAGCAG-----GTA----A-A--AA-G--GAAGGA-------GAGAC----AT-GCA-------AAAT-CGC-G-AC-GT---TG-TTCTCA--AAGT-GTTA--C--GATTAT-TACTTATG----ATGC-----------GGA------AATTCTCACAAAATATA--TGCTAT--ATAAT--G-ATATATAT-CGTGT-------ATGCTAGCAA--TGCTACAATAA-TTCG-----------TAAA------TGTTTCT---AC-TA----GCGTT-TAGT--AT--AAGC---ACAA--AATAT---AA-TA---TATG--T--ATACCTCTATGTTG-GAATCA-CGAAGGAACAGTGCG-T-GTTAATG--TTGTNCG---GATAGTT--CAG--GTAA----TTAT-TT----AAT-AC-C---TCTTCAGAA-T--TAT-ATAAAA----TCA---TG-TCACT---------------ATTGAA------------GA--------TTCGTTTT---CC--GA--GA-TGT-TG-CCGTACCGA------CNCAA----TACTG-TA-----------AAT-TTG----TAC-CAA--C--TG-AAA---ATATTTTAAT-GTTT-ACCA--C-GT-----AA----CATATA---TTATATATTA-----TTTA---TT--AT---TCCATGAGACGATAG-A---AAAT---TAA-TATTTAT-TTTCTCCGAAA-CGAAATAGT---G----GCTTA--TAGACA-TGC--TGCGGTGTC-C-GTNT--AT-AT-TTTT--TTTTTC--T-C--AAA-A---T-GTAAANAA----AC--ATT---TTCATTCC------ATC-AAG--C-TTNTCT------TAA---AT----TCATT-GTGA--TAAAATCACCGAAT-G--AATTCGA----AGGT-T---GTGTCCG--CTAA-----TTCT---AGGTAAA-ATCGATAG---TCATGATCGGCGCG---------GT----GT----TTAAGAAAAGAG-ACA--TTG--TTTAATCC-ATGGCAAA-TTCG-A--A-GGG-------TTT---TTCGCAACGA---AAGA---ATT---------T-AG-AGTC-CCT-AGAGTTTCCTAAGCTTGG-ACG--TCTAGCAAAAAAGGTG--TGAAATA--TATTGAGTCGGG--CGA----GATACCAGTATT
Reference ( family-1935 ) : NTAATATAATGAACTACAGA-CCCT---AA-G-CGTG-----CTACT--NA---------CCCAC-----TT-GCACGAGA--A---AACGAC------T----GAA-CGG-----TT--------CGCA---CGA-AA-CG-C-T----GA--ACGG---T--TTGCACGG---AAC-G--------CTGAACGGTTTTGCACGGAACGATGAA---------------C----CGAGGGAT--ACGGTC--T-GCACGG---AACG---G-------T-GA---AC-GGTTT-----------------G--------C------ACGGAACG-A--ACGCTTTAAACGG---TTT---GC-NCGAA-A--C---GN--AA---------CGCTT---------TGA-AAC--GGTA----GGCGGG-CTTGNNGN-C-----------TANNNNNCGNTGANNNGNTNNGCGCGAANNGCNNNGGNNCGTNNACGTNNNGCTGGTACN------TCAG--GT-C-GATTTT-ACGG-GT---G--CG-ATT-AAATT-CT-A------ANATATCT----T-TAACGCAA-TGAT----T-CA--T--AT---A---TT----------AAA---AAATCGGGAAAG-A--AATAGTAAT---GG---TCT-ACAANTA---AA---AT-G---------AATAATATC-TG-CT-CC-ACTC--GGTATTGTT-TT-ANTTCT-----AAT---TA-CAATT-AA--TT-ATC-----AAA-CGAAA-A----AA-ATA--AA-GAC-TGTTNNAAAGCAG-----GTA----A-A--AA-G--GAAGGA-------GAGAC----AT-GCA-------AAAT-CGC-G-AC-GT---TG-TTNNCACGAAGTNGNTAATCCGGATTATATACTTATGTAANATGCTTTCGTTTGTTGGATTTTACAATTCTCACAAAATATAAGTGNCACATATAATCGGNGTATATAT-CGTGTCTCGTTAATGCTAGCAAACTGCTATANTAA-TTCG-----------TAAA------TGTTTCT---AC-TA----GCGTT-TAGC--AT--AAGC---ACAA--AATAT---AA-TA---TATG--T--ATACCTCTGTGTTG-GAATCA-CGAAGGAACAG-GCG-T-GTTAATG--TTGTNCG---GATAGTT--CAG--GTA-----TTAC-TT----AAT-AC-C---TCTTCGGAA-T--TAT-ATAAAA----TCG---TG-TCACT---------------ATTGAA------------GA--------TTCGTTCT---CC--GA--GA-TGT-TG-CCGCACCGA------CNCAA----TACTG-TA-----------AAT-TTG----TAC-CAA--C--TG-AAA---ATANTTTAGT-GTTT-ACCA--C-GT-----AA----CATATA---CTATATATTA-----TTTA---TT-------TCCATGAGGCGATAG-A---AAAT---TAA-TATTTAT-TTTCTCCGAAA-CGAAATAGT---G----GCTTA--TAGACA-TGC--TGCGGTGCC-C-GTNT--ATGAT-TTNT--TTTTTC--T-C--AAA-A---T-GTAAANAA----AC--ATT---TTCATTCC------ATC-AA---C-TTATCT------TAA---AT----NCACTGGTGATTTAAAATCANCAAATGGCAAATTCGAATTTAGGNATCANGTGTCCGTTCTNAGATCTTTCTGAGAGNTAAATATCAATAGTTTTCATGATCGGCGCG---------GT----GT----TTAAGAAAAGAG-ACA--TTG--TNTAATCCGATNGCAAA-TTCG-A--A-GGG-------TTT---TTCGCAACGA---AAGA---ATT---------T-AG-AGTC-CCT-AGAGTTTCCTAAGCTTGG-ACG--TCTAGCAAAAAAGGCG--TGAAATA--TANTGAGTCGGG--CGA----GATACCAGTATT
gi|1 : ACAGA-CAAT---AAAG-CGTGACTTCCTACT-------------CTCAT-----TA-GCACGAGA--ACGAAACGACAAGCCAT----GAAACGAGTCTCTT--------TTCA---GGA-AC-CGGC-TTCCAGATAACAGAG-T--TTGTACGG---A-C-G---------TGAACGGTTA-GCACGG--CGATGAA---------------C----------------GGTC--T-GCCCGG---AACGCGTG-------T-GAGAAACAGGTTCCAATCTTATATTAAAACG--------CTGTGTAACGTAACG-A--A-----TAAACG----CTT---GT-CTGAATAGCC---GA--AAA--------CGCTT---------TGA-AAC--GGTA----GGCGGG--TTGCGAA-CGTATATGTGATTATGAATAGGTGATATAGTTTACATGAAATGTAGAGAGCAGTGAACTTTTAGTTGGTATA------TCAGACGTAC-AATTTC-ACGGCGTCTCG--CATACT-AAATTACT-G------ATAAAT-T----C-TCATGCAACTGGTAATTT-CAATT--ATTTGA---TT----------AAA---AA-TGGGGAAAGCACTAATAGTAATCGGGGCTCTCTCACAAGTATAAAA---AT-ACCATTAGTAAATAAT-TCATG-TT-CCCACTTT-GGCATTATT-TT-GATTCTTGCATAATATTTATCAATT-AAAGTT-ATTCGCCTACA-TGAAACA----AA-ATC--AA-GGA-AATTCGGTAACAGACTGAGTA----A-AGCAC-G--GAAGGAAGCATTTGTGACTATAAT-GCATCCAATTAAGTTCAT-GCAC-GTAAACG-ATATCAGCAAGTAGTTAATC--GAT-AT-TATTTATGTAAAATGC-----------GGATTTTACAATTCTCACAAA-TATA---GCTATATATAATCGAAATATATA--CATGTCTCGTTAATGCTAGCAA--TGCTCTATTAA-TTCGAGGAGTTCGTTTAAACATCCCTGTTTCCTGAACATA----GCGTT-TCGTCTATCCAAGC---A-AACTAATAT---AAATA---TATG--GGGATACCGATGTGTGGTGAA-CA-CAAAGGA-CAG-GCG-TAGTTA-TGGTTTGTCCA---GATAGTT--CAAAAGTAA----TTAT-TTTCGCAAT-ACGC---TCTTCGGAAAT--TATTATGGAAGGCATCGAATTG-TCACT---------------ATTGAAT-----------GA--------TTGATTTTATTCCATGA--GA-TGT-TG-CCGT-TCGATTAGAGCTTAACCACTACTG-TACTCAAGAACTTAAT-TTG----TACTCAAGTCA-TG-AAATTAATACTTTAATTGTTTCACCA--C-GT-----GAAACTCATATAATGTTATGTATTA-----TTTACAGTTGTATAC-TCGATCAGGT-ATAT-A---AAAT---TAA-TATTTATATGGCGCCAAAA-TGA--TAGTTAAG----GCTAA--TAGAAAATGT--TGCG-TGTC-CAGTTCTCATAAT-TTTA--TTTTTC--TTC--AAA-AATTT-ACAAATAA----ACTTATTGGCCTCTTTCCCTTTGCATC-AAGACT-TTATCT------TAATCTCT----CCACT--TGATTTAAAATCAAC-----GCAAATTCGAATTTAAGT-TCATGTGTCCGTTCTCAGATCTTTCTGAGAGTTAAATATCAATAGTTTTCATGATCGG-GCGAGCTAAAACGTTAGAGTAGAATTAAGCAAAGAG-ACAATTTGTCTTTAGTC--ATCGCAAATTTCGTA--ACGGG-------TTTTTGTTCG-AACGAT--AAGAAGTATC---------T-AGTAGTCACCTAAGAGTTTC--ACACTTGG-ATGGCTCTAGCAAAAAAAACGGATGTAATA--TAATTTGTCGGGCTCGATTTGGATACCAGTATT
gi|10 : aattacctgatatcACAGAACCCTTAAAA-A-CGTG-----CTACTACCC---------CCCAC-----TTGGCACGGGT--T---TACG-------------GAA-CAA------------------A---CCA-AA-----------AA--ACGA---TTCTTGAACGGGGCAACGG--------TTGAACGGTTTTaat
gi|10 : ACGGGTTT--ACGGAACAA---A---------------C----CAAA--AA--ACGATTCTT-GAACGGGGCAACG---G-------TTGA---AC-GGTTT-----------------TTTTTACCCC------CCAAAAC------CGCTT-AAACGGGTTTTT---GCGATGAA------------AA---------CGGTT---------TGA-Attttaccccccaaaaccgcttaaacgggtttttgcgatgaaaacggtttgaatgaacaatgaaacgg
gi|10 : acagaacccttaaaaacgtgctactaccccccacttggcC-----TT-GAACGGGG--C---AACGGT------T----GAA-CGG-----TTTTTTTTACCCCC---CAA-AACCG-CTT----AA--ACGGGTTT--TTGCGATG---AA--------------AACGG-TTTGAAT-GAACAATGAA---------------A----CGtgaacaatgaaacgg
gi|11 : acagaacccttaaaaacgtgctactaccccccacttggcacgggtttacggaacaaaccaaaaaacgattTTA-----TTTA---TT-------TGCATGAGACGATAG-T---AAAT---T---TA--TAT-TTTCTC--AAA-TG--ATAG-------------A---AGACA-T-C--TGC-GTG-C-C-GT-T--AT-AC-TTTT--TTTT----T-C--AAA-A---T-GTAAAGAA----AT--ATT---TCAATT-C------ATC-AA---C-TTTTCT------TAA---AT----TCAg
gi|12 : AG--GC-T-GATTTT-ACAG-GC---G--CG-GTC-AAATT-TTAA------AAATATCTCAAAT-AAATGCGA-TGAT----T-CA--GAAAT---ACCCTTGAAATAAAAAAAA---AAATCGGGAAAG-A--AATAGTAAT---GG--------CA--TA---AAGCGATGG---------AATAAT
gi|13 : TACAGA-CCCTT--AA-G-TGTG-----CTACT--AA---------CCCAC-----TT-GCA--AGA--A---A-CG-C------T----GAA-AGC-----TT--------CGCA---CGG-AA-CG-A-A----GA--ATGG---T--CTGCATGG---AAT-G--------GTGAGTGG-TTTGCACG
gi|14 : GA-CCCT---AAAG-CGTG-----TTACT--AC---------CCCAC-----TT-GTACGGAACGA---AACG-C------T----GAA-CGG-----TT---------GCA---CGA-AA-CG-C-T----GA--ACGG---T--TTGCACGG---AAC-G--------CTGAATGGTa
gi|15 : GCTATAGCAA-T--G-----------CAAA------TATGTCT---GC-TAACATGCATG-AAGC--AT--AAGT---ACAA--ACTAC---AA-TA---TATG--T--ATACCTCTGTGTTG-GAATCA-Cccg
gi|16 : TACAGA-CCCTA--AA-A-TGTG-----CTATT--AC---------CCCAC-----TT-AAACG-----G---AACGA
gi|17 : AG-----GTA----A-A--AAAG--GAAAGA-------GAGAC----AT-GGA-------AAAT-TGC-G-AC-AT---TG-TTaa
gi|2 : TAATATAATGAACTACAGA-CC-T---AACG-CGTG------TACT--AAGCCTTTTATCCCATGTTCATT-GGATACGA--A---AACGAT------TCTTGAAA-CGG-----AA--------CGCAGAGCGG-AA-CA-CGT----GAG-ACGT---T--TTGCACGA---AAC-GAAAGCGCTTTAAACGGTTT-GCACGATACG-T-AA---------------CGCTTCTAA------ACGGTC--TTGCACTG---AACG---GGACTGCTT-GA---AC-GTTCT-----------------G------------------GAATG-ATGAC-----AACCGG---TATAGGGC-CGGGG-G--CCTTGC--GA---------CGCTT---------TG----T--GG-A----GAAGA----TGGTGATC-----------TAGTTTACATTAAATGGTTGAGGGCCAATGGCCCTGGTACATTTATGTAACGCTGGTACT------TCGG--GT-CTAATCTT-ACGG-GT---GGCCG-ATTCAAATT-CT-AT-----ATAAATCT----TATTCCGCAA-TG
gi|2 : T-GCAAGTA---AA---AT-G---------AATA---TC-TGGCTGCC-ACTCTTGGTATTGTT-TTTATTT--------AT---TA-CACTTTAA--TTTATC-----AAAACGAAA-ATAAAAA-ATA--AAAGACCTGTTG-AAAGCAG-----GTATAAGA-A--AA-G--GAAGT--------GAGAC----ATTGCA-------AAATACGCCG-ACAGT---TGATTCTCACGAAGTTGATA--CCGAATTATATACTTATG-------CTTTCGTTTGTTGA-------AATTCTCACAAAA-ATAAGTGGCAC--ATAAT--GTGTA-ATAT-CGT-T-------ATG-TA-CAAACTGCAACAATAATTTCA-----------TAAA------TG-TTCT---AC-CA----GCGTTATAG-------AAGCTGTACAA--AATATTGAGA-TAACTTATGTTT--ATTCATCTATTTTG-GAATCATCAAAGCAACAGTACGTT-GTTAATG--TTGTTAC---GATAGTTTACAG--GTAATCGTTTAC-------AGTAAC-CCAGTCTTAAAAT-T--TCT-GTAAAT----TCA---TGTTCACT---------------ATTGAAAGTTTTTTCTATGATTATTGGTTTCGTTCT---CC--GA--GA-TGG-TGACCGCACCGA------CACCA----T-----TA-----------AATGCTG----TAC-CAAT-C--TG-AAA---ATAGTTTAGT-G-TT-ACCAGGT-GT-----AA----TATA-A---CTG-ATAGTA--------A--------------CATACGGC-ATAGTA---AGATTCATAA-TAGTTAT-TTTGTC----A-CGAACCA-T---G----GATTA-----GCA-TG---TGCGGTGTC-C-GTAT--ATGATATTAT--TTGTTCAGT-C--AAATA---TAATAAAAAA----AC--ATT---TT-ATTCC------ATA-AAG--G-TTATCTTGAGAATAA---ATAGCAACATTGG-----TAAAATC-CCAAATGG--AATTCGA----AGGGAT--GGTGTCCG--CTAA-----TTCT----GGTAAA-ATTATTAG-----ATGGC--ACGTG---------CT----GT----TTAAGAAGAGG----A--TTG--TGTAATCC-AT-GCGAA-TTCG-A--A--GG-------TTG---TTCGCACCTA---GAAG---ATT---------TGAG-AGTT-CCT--GAGTTTCCTAAGCTTGGAACG--TCTTGCAAAAAAGGTG--TGAAATAGTTATTGAATCGAG--CGA----GATACCcaagtaaaatgaatatctggctgccactcttggtattgtttttatttattacactttaatttatcaaaacgaaaataaaaaataaaagacctgttgaaagcaggtataagaaaaggaagtgagacattgcaaaatacgccgacagttgattctcacgaagttgataccgaattatatacttatgctttcgtttgttgaaattctcacaaaaataagtggcacataatgtgtaatatcgttatgtacaaactgcaacaataatttcataaatgttctaccagcgttatagaagctgtacaaaatattgagataacttatgtttattcatctattttggaatcatcaaagcaacagtacgttgttaatgttgttacgatagtttacaggtaatcgtttacagtaacccagtcttaaaatttctgtaaattcatgttcactattgaaagttttttctatgattattggtttcgttctccgagatggtgaccgcaccgacaccattaaatgctgtaccaatctgaaaatagtttagtgttaccaggtgtaatataactgatagtaacatacggcatagtaagattcataatagttattttgtcacgaaccatggattagcatgtgcggtgtccgtatatgatattatttgttcagtcaaatataataaaaaaacattttattccataaaggttatcttgagaataaatagcaacattggtaaaatcccaaatggaattcgaagggatggtgtccgctaattctggtaaaattattagatggcacgtgctgtttaagaagaggattgtgtaatccatgcgaattcgaaggttgttcgcacctagaagatttgagagttcctgagtttcctaagcttggaacgtcttgcaaaaaaggtgtgaaatagttattgaatcgagcgagatacccagatt
gi|3 : taatataatgaactacagacctaacgcgtgtactaagccttttatcccatgttcattggatacgaaaacgattcttgaaacggaacgcagagcggaacacgtgagacgttttgcacgaaacgaaagcgctttaaacggtttgcacgatacgtaacgcttctaaacggtcttgcactgaacgggactgcttgaacgttctggaatgatgacaaccggtatagggccgggggccttgcgacgctttgtggagaagatggtgatctagtttacattaaatggttgagggccaatggccctggtacatttatgtaacgctggtacttcgggtctaatcttacgggtggccgattcaaattctatataaatcttattccgcaaTAATATTATAAACTACAGA-CCCT---AA-G-CGTG-----CTACT--TA---------CCTAC-----TT-GCACGAGA--A---AACG-C------T----GAA-CGG-----TT--------TGCA---CGATAA-CG-C-T----GA--ACGG---T--TTGTACGG---AACTG--------CTGAACGGTTTTGCACGGAACGATGAANNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNN--NCGGTC--T-GCCCGG---AACA---G-------T-GA---AT-GGTTT-----------------G--------A------ACGGAACGAA--ATGCTTTAAACGA---TTT---GC-CTGAA-A--C---GA--AA---------CGCTT---------TGA-AAC--TGTA----GGCGGA-CTTGNNNN-N-----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------TCAG--GT-C-AATTTT-ACGG-GT---G--CG-ATT-AAATT-CT-A------AAATATCT----T-TAACGCAA-TGAT----T-CA--T--AT---A---TT----------AAA---AAACTGGGAAAG-A--AATAGTAAT---GG---TCT-ACAATTA---AA---AT-G---------AATAATATC-TG-TT-CC-ACTT--GGCATTATT-TT-ATTTCT-----AAT---AA-CAATT-AA--TT-ATC-----AAG-TGAAA-A----AA-ATG--AA-GAC-TGTAGGAAAGCAC-----GTA----A-A--AA-G--GATGGA-------GAGGC----AT-GCA-------TAAT-CGC-A-AC-GT---TG-TTCGC---AAGT-GTTA--C--GATTAT-TA-TTA------ATGC------------GA------AATTCTCACAAAATA----TGCTAT---TAAT----ATATACATACATGT-------ATGC-AGCAA--TGCTACAATAA-TTCA-----------TAAA------TGTTTCT---AC-TA----GCGTT-TAGT--AT--AAGC---ACAA--AATAT---AA-TA---TATG--T--ATACCTGTATGTTG-GAATCA-CAAAGGAACAGTGCG-T-GTTAATG--TTGTGC----GATAGTT--CAA--GTA-----TTATATC----AAT-AC-C---TCTTCAGAA-T--TAT-ATAAAA----TCA---TG-TCACT---------------ATTGAA------------GA--------TTCGTTTT---CC--AA--GA-T-T-TG-CCG-ACCGA------CCCAA----TACTG-TA-----------AAT-TTG----TAC-CAA--C--TG-AAA---ATATTTTA-T-GTTT-ACCA--C-GT-----AA----TATATAT--TTATATATTA-----TCTA---TT-------TCCATGAGACGATAG-A---AAAT---TAA-TATTTAT-TTTTTCCAAGA-TGAAATAGT---A----GCTTA--TAGACA-TG---TGCGGTG-T-C-GTTT--AT-AT-TTTT--TTTTTC--T-C--AAA-A---T-GTAAAAAA----AC--ATT---TTCATT-C------ATCTAA---CTTTTTCT------TAA---AT----TCATT-GTAA---AAAATCACCGAATTG-------GA----AGGTTT---GTGTCCG--CTAA-----TTCT---AGGTAAA-AT-GATA----TTA-GATCGGCGCG---------GT----GT----TTAAAAAAAGAGAACA--TTG--TTTAATCCAATGGCAAA-TTCG-A--A-GGG-------TTT---TTCGCAACAA---AAGA---AAT---------T-AG-A-TC-CCT-AGAGTTTCCTAAGCTTGG-ACG--TCTAGCAAAAAAGGTG--TGAAATA--TATTGAGTCGGG--CGA----GATACCAG-ATTcagatt
gi|4 : tTCATTCT---CC--GG--GATTGT-T--CCGTACCCA------CACAAT---TACTGCTA-----------CAT-TTGTTGCTAA-CAA--CCTTATAAA---ATATTTTTAT-G-TT-ACCA--CTGTTTGAAAA----CATATA-----ATATATTACTAATTTTG---TTTCATTTCTCCATGAGACGATTG-AGTTAAATG--TAAGTA---AT-TTT-TCCGAAATCGATATAGT---AAAGTGCATATTTAGACA-TGCTTTACTCTGCTAC-GTAT--ATTAT-TTGTGGTTTTTC--T-CAAAAA-A---T-GTTAATAATACCAT--ATT---TTCAtaa
gi|4 : TG--TTTAATC-GATGGCAAA-TTCG-ATAA-TGGAGACTTTTTT---TTCGCAACGAGATAATA---ATTTTAATCTTAT-AG-AGTC-ACT-Agatatcacgagccctgatatattctataacatatcaatattgccttagtaaacatactgacagtgctcaatcatttggataatgatttttgtgtcctggctaaatgtgctataggtatatattgtattgtgtatagatactcgcaggtgtggctctgttgttgcgtgatctataaaataaaaagtaactaagtgtgtttaatcgatggcaaattcgataatggagacttttttttcgcaacgagataataattttaatcttatagagtcactaag
gi|5 : tcattctccgggattgttccgtacccacacaattactgctacatttgttgctaacaaccttataaaatatttttatgttaccactgtttgaaaacatataatatattactaattttgtttcatttctccatgagacgattgagttaaatgtaagtaatttttccgaaatcgatatagtaaagtgcatatttagacatgctttactctgctacgtatattatttgtggtttttctcaaaaaatgttaataataccatattttcagatatcacgagccctgatatattctataacatatcaatattgccttagtaaacatactgacagtgctcaatcatttggataatgatttttgtgtcctggctaaatgtgctataggtatatattgtattgtgtatagatactcgcaggtgtggctctgttgttgcgtgatctataaaataaaaagtaactaagtg---AA-G-CGTG-----C-A----TA---------CCCAC-----TT-GCACTA---------ACGA-------------AA-CGA-----TT--------CTT-----GA-A-----C-T----GA--ATCC---T--TTGCACGA---AAC-GT-------CTGAACGGTTTCGCACGGAACGATCAA---------------C---------GATGAACGGTC--T-GCCTGG---AACG---G-------T-GA---AC-T-TTT------------------------------------------A--ACGCTTTAAACGG---TTT---GC-ACGAA-A--C---GG--AAAGATTTGAACGTTTCTTGAATGATGA-AAC--GGTATAGGGGCGGGGCTTGNNNN-N-----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------TCAG--GT-C-GATTTTTACGG-GT---G--CG-ATT-AAATT-CT-A------AAATATCT----T-TAACGCAA-TGAA----AACA--T--AT---A---TT----------AAA---AAAT-GGGAAAG-A--AATAG-AAT---GG---CCT-ACAAATA---AA---AT-G---------AATA-TATC-TG-CT-CC-ACTT--GGTTTTGAT-TT-ATTTTT-----AAT---TA-CAATT-AA--TT-ATC-----AAA-CGAAA-AG---AA-ATATTAA-GAC-TGTTTTAAAGCAG-----GTA----A-A--AA-AGCGAAGAA-------GAGAC----AT-GCA-------AAAT-CGC-A-AC-GT---TG-Tag
gi|6 : aagttgatctgtgatgtacaatcgaTT-ACGG-GT---G--CA-ATT-AACTT-CT-A------ATATAT
gi|6 : A--AATAT---AA-TG---TAGG--T--AAACCTCTATGTTG-GAATCA-TGAAGGAACA----A-T-GTTAAGG--CTGTGTGGTAGATAGTT--AAG--GTA-----TT---TT----GAT-AT-C---TATTCAGAA-TTATAT-ATAAAA----TCA---TG-TCACTATTTAAAGTTTATCCATTGAA------------AA--------TTGGTTTT---CA--GGCCGC-TTTGTG-CCG-ATCGA------CCCAG----TACT--TA-----------AAatatataccggtatatatgataaagaaataacctttaaattaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctaaaataatgcaaatataatgtaggtaaacctctatgttggaatcatgaaggaacaatgttaaggctgtgtggtagatagttaaggtattttgatatctattcagaattatatataaaatcatgtcactatttaaagtttatccattgaaaattggttttcaggccgctttgtgccgatcgacccagtacttaaa
gi|7 : ttacgggtgcaattaacttctaatatatatatataccggtatatatgataaagaaataacctttaaattaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctaaaataatgcGA-CCCT---AA-AACGTG-----CTACT--AT---------TCCAC-----TT-GCAC---A--G---AACGA-------------AA-CGA-----------------AA---CGA-AA-CGAC-T---------------T--TTGCACTG---AAC-C--------GTAAACAGTCT-GCACGAAACG--------------------T----CGA-------ACGGTT--T-GCA---------------------T-GA---AT-ATTTT-----------------G--------C------ATGAAAC--------CCTTA--C------------C-ACGAA-A--C---GCTTGC---------CATTTCTAGAA---TGATAACCTAGTA----GGCGGG-GCTGGNNN-N-----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAG--GT-C-AATTTT-ACGG-GT---A--CG-ATT-AAATT-CT-AAAGTACATGTATCT----C-AAACACAA-TGA
gi|8 : G--TGTAATCC-ATACAAAA-TTCG-A--A-GGG-------TTT---TCCCCAAACA---AAGA---GCT-----------AG-AGTC-CCC--GAATTCCTTAAGCTAGG-ACT--TCTAGCAAAAAAGGTG--TGAAATGT-TACTGAGTC-GG--TGA----GACAaca
gi|9 : aaatatattggaacgcagctatagcagaccttttgcaaacgtaagagtaa---A---TT----------AAATACAAATCGGGAAAG-A--AGTATTAAT---TG---TCT-ATT-TTG---AA---AT-G---------AATA-TATC-TG-CT-CC-ACTC--AGTATTGTTCTT-AATTCT-----AAT---TA-CAATT--A--TT-AAT-----TGA-CGAAG-A----AATATA--A---AC-TATTGAAAAGCAG-----GTA----ACA--AA-G-----------------GAC----AT-GTT-------AAAT-CGC-A-AC-GG---TG-Tgttctcgattttag
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GACGCCTAAAGCGCTTGCTACTACCCCACTCTTGCACGGAAC
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 111 111 11111 111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222 7777777777777777777777777777777777777 1111 111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 222222 111111 2222 44444444444444444444444444 111 11 111 1111 11 111 111 222222222 22 22222 111 11 22222 2222 11 11111 1111 222222222 1111 2222222 1 111 444 111 22222 1 1 88888888888888888888888888 33 222 2222222 1 4444444444444 11 11 1 44444444444 222222 111 1 2222 1 2222222 111 11 111 111 11111 11111111 11 333333 11 11 1 1 3333 1 1 111 1111 1 2222 111 1 9999999999999999999999999999999999999999999 111 111111 1111 11 222222 44444444444444444444444 1 2222 1 33333 1 111 111 1 1 1111 33333333333 3333 8888888888888888888888888 1 11111 222 111 11 111 44444444444444444 222 11 111 111 1 11 222222 111 1111 11 111 4444444 1 2222 333333333333333333333333333333 44444 5555555555555 11 33333 3333 1 11 888888888888888888888888888888888888888 2222222 11 11 11 2222222 111 222 44444444444444444 11 1 11 11 22 11 2222 1
lowQualScore : 1 4 4 111 888 55 55555 4 111111 44 55 55 4 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 888 5 5 000 5 2 66 0 2222222222222222222222222222222222222 555 2222 6 111 6 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 1 333 1 99 6 77 5 5 000000 5 5 5 5 222222 1 666666 6 6 1111 22222222222222222222222222 444 0 8 8 11 0 444 7777 6 00 111 111 6 666666666 777 8 8 8 8 88 8 8 1 3 00000 444 8 88 11 8 00000 8 8 5555 8 11 88 8 8 66666 4444 6 99 6 99 555555555 4444 6 1111111 3 6 6 6 111 6 444 777 66666 7 3 2 77777777777777777777777777 99 555 7 7777777 3 9999999999999 44 6 88 1 0 3 77777777777 888888 3 777 0 1111 0 8888888 777 2 11 444 8 444 77777 8 0 8 2 3 33333333 3 33 111111 33 33 5 77 0 5555 0 0 777 4444 0 1111 777 0 0000000000000000000000000000000000000000000 444 222222 6666 8 44 333333 1 00000000000000000000000 0 1111 0 77777 0 777 0 444 5 0 7777 22222222222 3 4444 3 3333333333333333333333333 0 88888 222 0 8 111 8 8 66 8 222 22222222222222222 8 444 00 333 8 999 8 6 8 1 11 555555 8 444 8 1 7777 11 444 5 3333333 0 6666 1 777777777777777777777777777777 7 66666 0000000000000 88 33333 0000 3 22 444444444444444444444444444444444444444 6666666 11 0 8 8 8 99 33 6666666 444 3 222 22222222222222222 8 8 88 6 0 33 33 33 1 2 33 1111 5
lowQualScore : . . . ... ... .. ..... . ...... .. .. .. . ........................................................................................ ... . . ... . . .. . ..................................... ... .... . ... . ............................................................................................................................................................................................................................................. .. . ... . .. . .. . . ...... . . . . ...... . ...... . . .... .......................... ... . . . .. . ... .... . .. ... ... . ......... ... . . . . .. . . . . ..... ... . .. .. . ..... . . .... . .. .. . . ..... .... . .. . .. ......... .... . ....... . . . . ... . ... ... ..... . . . .......................... .. ... . ....... . ............. .. . .. . . . ........... ...... . ... . .... . ....... ... . .. ... . ... ..... . . . . . ........ . .. ...... .. .. . .. . .... . . ... .... . .... ... . ........................................... ... ...... .... . .. ...... . ....................... . .... . ..... . ... . ... . . .... ........... . .... . ......................... . ..... ... . . ... . . .. . ... ................. . ... .. ... . ... . . . . .. ...... . ... . . .... .. ... . ....... . .... . .............................. . ..... ............. .. ..... .... . .. ....................................... ....... .. . . . . .. .. ....... ... . ... ................. . . .. . . .. .. .. . . .. .... .
lowQualScore : 0 4 4 000 888 55 55555 0 555555 77 55 55 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888 0 0 666 0 5 99 1 0000000000000000000000000000000000000 333 7777 7 777 7 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00 6 000 0 22 7 33 7 7 111111 7 7 7 7 111111 0 888888 7 7 2222 55555555555555555555555555 000 8 2 0 00 8 000 8888 7 77 777 777 7 777777777 999 0 0 0 0 44 0 0 4 2 00000 000 0 88 00 0 00000 0 0 0000 0 00 88 0 2 77777 2222 7 22 7 22 888888888 2222 7 7777777 3 7 7 7 777 7 000 777 77777 3 3 0 00000000000000000000000000 00 777 3 7777777 3 3333333333333 00 7 33 2 0 2 55555555555 888888 2 555 0 2222 0 5555555 555 5 00 000 0 000 88888 0 8 0 0 2 22222222 2 88 555555 88 88 5 88 0 0000 0 0 555 8888 0 2222 555 0 0000000000000000000000000000000000000000000 000 222222 8888 0 44 000000 0 66666666666666666666666 0 2222 0 55555 0 555 8 555 5 0 8888 00000000000 2 5555 2 8888888888888888888888888 0 22222 000 8 0 888 0 2 44 0 222 88888888888888888 0 222 00 888 0 888 0 0 0 0 00 888888 0 000 0 0 0000 00 000 0 8888888 0 8888 0 111111111111111111111111111111 3 77777 7777777777777 33 33333 7777 3 77 000000000000000000000000000000000000000 7777777 00 6 0 2 0 00 00 0000000 000 2 000 00000000000000000 0 0 66 5 0 88 88 88 2 5 88 2222 5
consensus : NTAATATNATGAACTACAGA-C-CCT---AA-G-CG--TG-----C-TA------CTACCCC--A--CTTG-CACGGG--------A--A---AACGAC------TGAA-CGA-----TTC--GCACGA---AACG-CT----GA--ACGG--TTT--------GCA---CGGAA-C-G-C-TGA-ACGG--TTTTGCACGGAACGATGAACCGA-AAA------------------CGGTCTGCCCGGAACG---GTG-A---AC-GGTTT-----------------GC------ACG-AACG-AA-CGCTT-T-----AAACGGT-TTGCCCGAA-A--CG---------AAAA--------CGCTT------T------TGA-AA----------C--GGTATAG-GGC---GGG-CTTG-----------G------CGA--CT------ANGAGNNGGTGATNTAGTTTACATNAAATG---------CAGNGG------NNCGTNNACGTNNNGCTGGTACNTCAG--GT-C-GATTTT-ACGG-GT---G--CG-ATT-AAATT-CT-A------ANATATCT----T-TAACGCAA-TG-AT----TCA--T--AT---A---TT----------AAA---AAATCGGGAAAG-A--AATAGTAAT---GG---TCT-ACAANTA---AA---AT-G---------AATAATATC-TG-CT-CC-ACT-TTGGTATTGTT-TT-ATTTCT-----AAT---TA-CAATT-AA--TT-ATC-----AAA-CGAAA-A----AA-ATA--AA-GAC-TGTTGGAAAGCAG-----GTA----A-A--AA-G--GAAGGA-------GAGAC----A-TGCA-------AAAT-CG-CG-AC-GT---TG-TTCTCA--AAG-T-GTTA--C--GATTAT-TACTTATG----A-------TGC-GA------AATTCTCACAAA--ATA--TGCTATATA--AT-GATAT-ATATACGTGT-------ATGCTAGCAA--TGCTACAATAA-TTCG-----------TAAA------TGTTTCT---AC-TA----GCGTT-TAGT--AT--AAGC---ACAA--AATAT---AA-TA---TATG--T--ATACCTCTATGTTG-GAATCA-CGAAGGAACAGTGCG-T-GTTAATG--TTGTNCG---GATAGTT--CAG--GTAATTAT-TT-C--AAT-AC-C---TCTTCAGAA-T--TAT-ATAAAA----TCA---TG-TCACT---------------ATTGAA------------GA--------TTCGTTTT---CC--GA--GAT-GT-TG-CCGTACCGA------CNCAA----TACTG-TA-----------AAT-TTG----TAC-CAA--C--TG-AA---AATATTTTAA-TGTTT-ACCA--C-GT-----AA----CATATA---TTATATATTA-----TTTAT-------T--AT---TCCATGAGACGATAG-A---AAAT---TAA-TATTTAT-TTTCTCCGAAA-CGAAATAGT---G----GCTTA--TAG-ACATGC--TGCGGTG-TCC-GT--NTA-T-AT-TTTT--TTTTTC--TC--AAA-A---T-GTAAANAA----AC--ATT---TTCATTC------CATC-AAG--TTTNTCT------TAA---AT----TCATT-TGA--TAAAATCACCG-A--GAATTCGA----AGG--T---TGTGTCCG--CTAA-----TTCT---AGGTAAA-ATCGATAG---TCATGATCGGCGCG---------GT----GT----TTAAGAAAAGAG-ACA--TTG--TTTAATCC-ATGGCAAA-TTCG--AA-GGG-------TTT---TTCGCAACGA---AAGA---ATT---------T-AG-AGTC-CCT-AGAGTTTCCTAAGCTTGG-ACG--TCTAGCAAAAAAGGTG--TGAAATA--TATTGAGTCGGG--CGA----GATACCAGTATT
Reference ( family-1935 ) : NTAATATNATGAACTACAGA-C-CCT---AA-G-CG--TG-----C-TA------CTANCCC--A--CTTG-CACGGG--------A--A---AACGAC------TGAA-CGG-----TTC--GCACGA---AACG-CT----GA--ACGG--TTT--------GCA---CGGAA-C-G-C-TGA-ACGG--TTTTGCACGGAACGATGAACCGA-AAA------------------CGGTCTGCNCGGAACG---GTG-A---AC-GGTTT-----------------GC------ACGGAACG-AA-CGCTT-T-----AAACGGT-TTGCNCGAA-A--CG---------NAA---------CGCTT-------------TGA-AA----------C--GGTA----GGC---GGG-CTTG-----------G------NGA--CT------ANNNNNCGNTGANNNGNTNNGCGCGAANNG---------CNNNGG------NNCGTNNACGTNNNGCTGGTACNTCAG--GT-C-GATTTT-ACGG-GT---G--CG-ATT-AAATT-CT-A------ANATATCT----T-TAACGCAA-TG-AT----TCA--T--AT---A---TT----------AAA---AAATCGGGAAAG-A--AATAGTAAT---GG---TCT-ACAANTA---AA---AT-G---------AATAATATC-TG-CT-CC-ACT-TTGGTATTGTT-TT-ATTTCT-----AAT---TA-CAATT-AA--TT-ATC-----AAA-CGAAA-A----AA-ATA--AA-GAC-TGTTGGAAAGCAG-----GTA----A-A--AA-G--GAAGGA-------GAGAC----A-TGCA-------AAAT-CG-CG-AC-GT---TG-TTCTCA--AAG-T-GTTA--C--GATTAT-TACTTATG----A-------TGCGGA------AATTCTCACAAAATATA--TGCTATATA--AT-GATAT-ATAT-CGTGT-------ATGCTAGCAA--TGCTACAATAA-TTCG-----------TAAA------TGTTTCT---AC-TA----GCGTT-TAGT--AT--AAGC---ACAA--AATAT---AA-TA---TATG--T--ATACCTCTATGTTG-GAATCA-CGAAGGAACAGTGCG-T-GTTAATG--TTGTNCG---GATAGTT--CAG--GTAATTAT-TT----AAT-AC-C---TCTTCAGAA-T--TAT-ATAAAA----TCA---TG-TCACT---------------ATTGAA------------GA--------TTCGTTTT---CC--GA--GAT-GT-TG-CCGTACCGA------CNCAA----TACTG-TA-----------AAT-TTG----TAC-CAA--C--TG-AA---AATATTTTAA-TGTTT-ACCA--C-GT-----AA----CATATA---TTATATATTA-----TTTAT-------T--AT---TCCATGAGACGATAG-A---AAAT---TAA-TATTTAT-TTTCTCCGAAA-CGAAATAGT---G----GCTTA--TAG-ACATGC--TGCGGTG-TCC-GT--NTA-T-AT-TTTT--TTTTTC--TC--AAA-A---T-GTAAANAA----AC--ATT---TTCATTC------CATC-AAG--CTTNTCT------TAA---AT----TCATTGTGA--TAAAATCACCGAAT-GAATTCGA----AGG--T---TGTGTCCG--CTAA-----TTCT---AGGTAAA-ATCGATAG---TCATGATCGGCGCG---------GT----GT----TTAAGAAAAGAG-ACA--TTG--TTTAATCC-ATGGCAAA-TTCG--AA-GGG-------TTT---TTCGCAACGA---AAGA---ATT---------T-AG-AGTC-CCT-AGAGTTTCCTAAGCTTGG-ACG--TCTAGCAAAAAAGGTG--TGAAATA--TATTGAGTCGGG--CGA----GATACCAGTATT
gi|1 : ACAGA-C-AAT---AAAG-CG--TGACTTCC-TA------CT--CTC--A--TTAG-CACGAG--------A--ACGAAACGACAAGCCATGAAACGAGTCTCTTT--TCAGGA---ACCGGCTTCCAGATAACAGAGTTT--------GTA---CGGA--C-G---TGA-ACGG--TTA-GCACGG--CGATGAAC--------------------------GGTCTGCCCGGAACGCGTGTG-AGAAACAGGTTCCAATCTTATATTAAAACGCTGTGTAACGTAACG-AA-------T-----AAACG-C-TTGTCTGAATAGCCG---------AAAA--------CGCTT-------------TGA-AA----------C--GGTA----GGC---GGG--TTGCGAACGTATATG------TGA--TT------ATGAATAGGTGATATAGTTTACATGAAATG---------TAGAGA------GCAGTGAACTTTTAGTTGGTATATCAGACGTAC-AATTTC-ACGGCGTCTCG--CATACT-AAATTACT-G------ATAAAT-T----C-TCATGCAACTG-GTAATTTCAATT--ATTTGA---TT----------AAA---AA-TGGGGAAAGCACTAATAGTAATCGGGGCTCTCTCACAAGTATAAAA---AT-ACCATTAGTAAATAAT-TCATG-TT-CCCACT-TTGGCATTATT-TT-GATTCTTGCATAATATTTATCAATT-AAAGTT-ATTCGCCTACA-TGAAACA----AA-ATC--AA-GGA-AATTCGGTAACAGACTGAGTA----A-AGCAC-G--GAAGGAAGCATTTGTGACTATAA-TGCATCCAATTAAGTTCA-TGCAC-GTAAACG-ATATCAGCAAG-TAGTTAATC--GAT-AT-TATTTATGTAAAA-------TGCGGATTTTACAATTCTCACAAA-TATA---GCTATATATAATCGAAAT-ATATACATGTCTCGTTAATGCTAGCAA--TGCTCTATTAA-TTCGAGGAGTTCGTTTAAACATCCCTGTTTCCTGAACATA----GCGTT-TCGTCTATCCAAGC---A-AACTAATAT---AAATA---TATG--GGGATACCGATGTGTGGTGAA-CA-CAAAGGA-CAG-GCG-TAGTTA-TGGTTTGTCCA---GATAGTT--CAAAAGTAATTAT-TTTCGCAAT-ACGC---TCTTCGGAAAT--TATTATGGAAGGCATCGAATTG-TCACT---------------ATTGAAT-----------GA--------TTGATTTTATTCCATGA--GAT-GT-TG-CCGT-TCGATTAGAGCTTAACCACTACTG-TACTCAAGAACTTAAT-TTG----TACTCAAGTCA-TG-AAATTAATACTTTAATTGTTTCACCA--C-GT-----GAAACTCATATAATGTTATGTATTA-----TTTACAGTTGTAT--AC---TCGATCAGGT-ATAT-A---AAAT---TAA-TATTTATATGGCGCCAAAA-TG--ATAGTTAAG----GCTAA--TAGAAAATGT--TGC-GTG-TCCAGTTCTCA-TAAT-TTTA--TTTTTCT-TC--AAA-AATTT-ACAAATAA----ACTTATTGGCCTCTTTCCCTTTGCATC-AAGACTTTATCT------TAATCTCT----CCACT-TGATTTAAAATCAACGCA---AATTCGAATTTAAG--TTCATGTGTCCGTTCTCAGATCTTTCTGAGAGTTAAATATCAATAGTTTTCATGATCGG-GCGAGCTAAAACGTTAGAGTAGAATTAAGCAAAGAG-ACAATTTGTCTTTAGT-C-ATCGCAAATTTCGT-AACGGG-------TTTTTGTTCG-AACGAT--AAGAAGTATC---------T-AGTAGTCACCTAAGAGTTTC--ACACTTGG-ATGGCTCTAGCAAAAAAAACGGATGTAATA--TAATTTGTCGGGCTCGATTTGGATACCAGTATT
gi|10 : aattacctgatatcACAGAAC-CCTTAAAA-A-CG--TG-----C-TA------CTACCCCCCA--CTTGGCACGGGTTTACGGAAC-A---AACCAA------AAAA-CGA-----TTCTTGAACGGGGCAACGGTT----GA--ACGG--TTTTTTTTACCCCC---CAAAACC-G-CTTAA-ACGGGTTTTTG-------CGAT-----GA-AAA------------------CGGTTTGAAT-GAACA---ATGAA---AC-GGaat
gi|11 : TTA-----TTTAT-------T-------TGCATGAGACGATAG-T---AAAT---T---TAT--AT-TTTCTC--AAA-TGA--TAG-------------A---AG-ACAT-C--TGCG-TG--CC-GT---TA-T-AC-TTTT--TTTTTC------AAA-A---T-GTAAAGAA----AT--ATT---TCAATT-------CATC-AA---CTTTTCT------TAA---AT----TCA
gi|12 : AG--GC-T-GATTTT-ACAG-GC---G--CG-GTC-AAATT-TTAA------AAATATCTCAAAT-AAATGCGA-TG-AT----TCA--GAAAT---ACCCTTGAAATAAAAAAAA---AAATCGGGAAAG-A--AATAGTAAT---GG--------CA--TA---AAGCGATGG---------AATAAT
gi|13 : TACAGA-C-CCTT--AA-G-TG--TG-----C-TA------CTAACCC--A--CTTG-CAAG-------------A---AACG-C------TGAA-AGC-----TTC--GCACGG---AACG-AA----GA--ATGG--TCT--------GCA---TGGAA-T-G-G-TGA-GTGG---TTTGCACG
gi|14 : GA-C-CCT---AAAG-CG--TG-----T-TA------CTACCCC--A--CTTG-TACGGA--------ACGA---AACG-C------TGAA-CGG-----TT---GCACGA---AACG-CT----GA--ACGG--TTT--------GCA---CGGAA-C-G-C-TGA-ATGG--Ta
gi|15 : GCTATAGCAA-T--G-----------CAAA------TATGTCT---GC-TAACATGCATG-AAGC--AT--AAGT---ACAA--ACTAC---AA-TA---TATG--T--ATACCTCTGTGTTG-GAATCA-Cccg
gi|16 : TACAGA-C-CCT---AA-AATG--TG-----C-TA------TTACCCC--A--CTTA-AACGG----------------AACGA
gi|17 : AG-----GTA----A-A--AAAG--GAAAGA-------GAGAC----A-TGGA-------AAAT-TG-CG-AC-AT---TG-TTaa
gi|18 : GA-CGCCT---AAAG-CGCTTG-----C-TA------CTACCCC--ACTCTTG-CACGGA--------A--
gi|2 : TAATATAATGAACTACAGA---CCT---AACG-CG--TGTA---C-TAAGCCTTTTATCCC--A--TGTT-CATTGG-----------A---TACGA--------AAA-CGA-----TTC--T--TGA---AACG-------GA--AC---------------GCAGAGCGGAA-C-A-CGTGAGAC-G--TTTTGCACGAAA--------CGA-AAG------------------CGCTT---------------TA-A---AC-GGTTT-----------------GC------ACGATACGTAA-CGCTTCT-----AAACGGTCTTGCACTGA-A--CGGGACTGCTTGAA---------CGTTC-------------TGG-AATGATGACAACC--GGTATAG-GGCCGGGGG-CCTT-----------G------CGACGCTTTGTGGAGAAGATGGTGATCTAGTTTACATTAAATGGTTGAGGGCCAATGGCCCTGGTACATTTATGTAACGCTGGTACTTCGG--GT-CTAATCTT-ACGG-GT---GGCCG-ATTCAAATT-CT-AT-----ATAAATCT----TATTCCGCAA-TG-c
gi|2 : T-GCAAGTA---AA---AT-G---------AATA---TC-TGGCTGCC-ACTCTTGGTATTGTT-TTTATTT--------AT---TA-CACTTTAA--TTTATC-----AAAACGAAA-ATAAAAA-ATA--AAAGACCTGTTG-AAAGCAG-----GTATAAGA-A--AA-G--GAAGT--------GAGAC----ATTGCA-------AAATACGCCG-ACAGT---TGATTCTCACGAAGTT-GATA--CCGAATTATATACTTATG----CTTTCGTTTGTTGA------AATTCTCACAAAA-ATAAGTGGCACATA--AT-G-TGTAATAT-CGT-T-------ATG-TA-CAAACTGCAACAATAATTTCA-----------TAAA------TG-TTCT---AC-CA----GCGTTATAG-------AAGCTGTACAA--AATATTGAGA-TAACTTATGTTT--ATTCATCTATTTTG-GAATCATCAAAGCAACAGTACGTT-GTTAATG--TTGTTAC---GATAGTTTACAG--GTAATCGT-TTAC--AGTAAC-CCAGTCTTAAAAT-T--TCT-GTAAAT----TCA---TGTTCACT---------------ATTGAAAGTTTTTTCTATGATTATTGGTTTCGTTCT---CC--GA--GAT-GG-TGACCGCACCGA------CACCA----T-----TA-----------AATGCTG----TAC-CAAT-C--TG-AA---AATAGTTTAG-TG-TT-ACCAGGT-GT-----AA----TATA-A---CTG-ATAGTA--------A------------------CATACGGC-ATAGTA---AGATTCATAA-TAGTTAT-TTTGTC----A-CGAACCA-T---G----GATTA------GCATG---TGCGGTG-TCC-GT--ATA-TGATATTAT--TTGTTCAGTC--AAATA---TAATAAAAAA----AC--ATT---TT-ATTC------CATA-AAG--GTTATCTTGAGAATAA---ATAGCAACAT--TGG--TAAAATC-CCAAATGGAATTCGA----AGGGAT---GGTGTCCG--CTAA-----TTCT----GGTAAA-ATTATTAG-----ATGGC--ACGTG---------CT----GT----TTAAGAAGAGG----A--TTG--TGTAATCC-AT-GCGAA-TTCG--AA--GG-------TTG---TTCGCACCTA---GAAG---ATT---------TGAG-AGTT-CCT--GAGTTTCCTAAGCTTGGAACG--TCTTGCAAAAAAGGTG--TGAAATAGTTATTGAATCGAG--CGA----GATACCcaagtaaaatgaatatctggctgccactcttggtattgtttttatttattacactttaatttatcaaaacgaaaataaaaaataaaagacctgttgaaagcaggtataagaaaaggaagtgagacattgcaaaatacgccgacagttgattctcacgaagttgataccgaattatatacttatgctttcgtttgttgaaattctcacaaaaataagtggcacataatgtgtaatatcgttatgtacaaactgcaacaataatttcataaatgttctaccagcgttatagaagctgtacaaaatattgagataacttatgtttattcatctattttggaatcatcaaagcaacagtacgttgttaatgttgttacgatagtttacaggtaatcgtttacagtaacccagtcttaaaatttctgtaaattcatgttcactattgaaagttttttctatgattattggtttcgttctccgagatggtgaccgcaccgacaccattaaatgctgtaccaatctgaaaatagtttagtgttaccaggtgtaatataactgatagtaacatacggcatagtaagattcataatagttattttgtcacgaaccatggattagcatgtgcggtgtccgtatatgatattatttgttcagtcaaatataataaaaaaacattttattccataaaggttatcttgagaataaatagcaacattggtaaaatcccaaatggaattcgaagggatggtgtccgctaattctggtaaaattattagatggcacgtgctgtttaagaagaggattgtgtaatccatgcgaattcgaaggttgttcgcacctagaagatttgagagttcctgagtttcctaagcttggaacgtcttgcaaaaaaggtgtgaaatagttattgaatcgagcgagatacccagatt
gi|3 : taatataatgaactacagacctaacgcgtgtactaagccttttatcccatgttcattggatacgaaaacgattcttgaaacggaacgcagagcggaacacgtgagacgttttgcacgaaacgaaagcgctttaaacggtttgcacgatacgtaacgcttctaaacggtcttgcactgaacgggactgcttgaacgttctggaatgatgacaaccggtatagggccgggggccttgcgacgctttgtggagaagatggtgatctagtttacattaaatggttgagggccaatggccctggtacatttatgtaacgctggtacttcgggtctaatcttacgggtggccgattcaaattctatataaatcttattccgcaaTAATATTATAAACTACAGA-C-CCT---AA-G-CG--TG-----C-TA------CTTACCT--A--CTTG-CACGAG--------A--A---AACG-C------TGAA-CGG-----TTT--GCACGAT--AACG-CT----GA--ACGG--TTT--------GTA---CGGAA-CTG-C-TGA-ACGG--TTTTGCACGGAACGATGAANNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGTCTGCCCGGAACA---GTG-A---AT-GGTTT-----------------GA------ACGGAACG-AAATGCTT-T-----AAACGAT-TTGCCTGAA-A--CG---------AAA---------CGCTT-------------TGA-AA----------C--TGTA----GGC---GGA-CTTG-----------N------NNN--NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAG--GT-C-AATTTT-ACGG-GT---G--CG-ATT-AAATT-CT-A------AAATATCT----T-TAACGCAA-TG-AT----TCA--T--AT---A---TT----------AAA---AAACTGGGAAAG-A--AATAGTAAT---GG---TCT-ACAATTA---AA---AT-G---------AATAATATC-TG-TT-CC-AC--TTGGCATTATT-TT-ATTTCT-----AAT---AA-CAATT-AA--TT-ATC-----AAG-TGAAA-A----AA-ATG--AA-GAC-TGTAGGAAAGCAC-----GTA----A-A--AA-G--GATGGA-------GAGGC----A-TGCA-------TAAT-CG-CA-AC-GT---TG-TTCGC---AAG-T-GTTA--C--GATTAT-TA-TTA------A-------TGC-GA------AATTCTCACAAA--ATA--TGCTAT-TA--AT--ATAT-ACATACATGT-------ATGC-AGCAA--TGCTACAATAA-TTCA-----------TAAA------TGTTTCT---AC-TA----GCGTT-TAGT--AT--AAGC---ACAA--AATAT---AA-TA---TATG--T--ATACCTGTATGTTG-GAATCA-CAAAGGAACAGTGCG-T-GTTAATG--TTGTGC----GATAGTT--CAA--GT-ATTATATC----AAT-AC-C---TCTTCAGAA-T--TAT-ATAAAA----TCA---TG-TCACT---------------ATTGAA------------GA--------TTCGTTTT---CC--AA--GAT--T-TG-CCG-ACCGA------CCCAA----TACTG-TA-----------AAT-TTG----TAC-CAA--C--TG-AA---AATATTTT-A-TGTTT-ACCA--C-GT-----AA----TATATAT--TTATATATTA-----TCTAT-----------T---TCCATGAGACGATAG-A---AAAT---TAA-TATTTAT-TTTTTCCAAGA-TGAAATAGT---A----GCTTA--TAG-ACATG---TGCGGTG-T-C-GT--TTA-T-AT-TTTT--TTTTTC--TC--AAA-A---T-GTAAAAAA----AC--ATT---TTCATT-------CATCTAAC--TTTTTCT------TAA---AT----TCATTGTAA---AAAATCACC-----GAATTGGA----AGGT-T---TGTGTCCG--CTAA-----TTCT---AGGTAAA-AT-GATA----TTA-GATCGGCGCG---------GT----GT----TTAAAAAAAGAGAACA--TTG--TTTAATCCAATGGCAAA-TTCG--AA-GGG-------TTT---TTCGCAACAA---AAGA---AAT---------T-AG-A-TC-CCT-AGAGTTTCCTAAGCTTGG-ACG--TCTAGCAAAAAAGGTG--TGAAATA--TATTGAGTCGGG--CGA----GATACCAG-ATTcagatt
gi|4 : tTCATTCT---CC--GG--GATTGT-T--CCGTACCCA------CACAAT---TACTGCTA-----------CAT-TTGTTGCTAA-CAA--CCTTATAA---AATATTTTTA-TG-TT-ACCA--CTGTTTGAAAA----CATATA-----ATATATTACTAATTTTGT-------TTCATTTCTCCATGAGACGATTG-AGTTAAATG--TAAGTA---AT-TTT-TCCGAAATCGATATAGT---AAAGTGCATATTTAG-ACATGCTTTACTCTGCTAC-GT--ATATT-AT-TTGTGGTTTTTC--TCAAAAA-A---T-GTTAATAATACCAT--ATT---TTCAtaa
gi|4 : TG--TTTAATCG-ATGGCAAA-TTCGATAA-TGGAGACTTTTTT---TTCGCAACGAGATAATA---ATTTTAATCTTAT-AG-AGTC-ACT-Agatatcacgagccctgatatattctataacatatcaatattgccttagtaaacatactgacagtgctcaatcatttggataatgatttttgtgtcctggctaaatgtgctataggtatatattgtattgtgtatagatactcgcaggtgtggctctgttgttgcgtgatctataaaataaaaagtaactaagtgtgtttaatcgatggcaaattcgataatggagacttttttttcgcaacgagataataattttaatcttatagagtcactaag
gi|5 : tcattctccgggattgttccgtacccacacaattactgctacatttgttgctaacaaccttataaaatatttttatgttaccactgtttgaaaacatataatatattactaattttgtttcatttctccatgagacgattgagttaaatgtaagtaatttttccgaaatcgatatagtaaagtgcatatttagacatgctttactctgctacgtatattatttgtggtttttctcaaaaaatgttaataataccatattttcagatatcacgagccctgatatattctataacatatcaatattgccttagtaaacatactgacagtgctcaatcatttggataatgatttttgtgtcctggctaaatgtgctataggtatatattgtattgtgtatagatactcgcaggtgtggctctgttgttgcgtgatctataaaataaaaagtaactaagtg---AA-G-CG--TG-----CATA------C----CC--A--CTTG-CACT-----------------AACGA---------AA-CGA-----TTC--TT--GA---A----CT----GA--ATCC--TTT--------GCA---CGAAA-C-GTC-TGA-ACGG--TTTCGCACGGAACGATCAAC-GATGAA------------------CGGTCTGCCTGGAACG---GTG-A---AC-T-TTT----------------------------------AA-CGCTT-T-----AAACGGT-TTGCACGAA-A--CG---------GAAAGATTTGAACGTTTCTTGAATGA----TGA-AA----------C--GGTATAGGGGC---GGGGCTTG-----------N------NNN--NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAG--GT-C-GATTTTTACGG-GT---G--CG-ATT-AAATT-CT-A------AAATATCT----T-TAACGCAA-TGAAA----ACA--T--AT---A---TT----------AAA---AAAT-GGGAAAG-A--AATAG-AAT---GG---CCT-ACAAATA---AA---AT-G---------AAT-ATATC-TG-CT-CC-AC--TTGGTTTTGAT-TT-ATTTTT-----AAT---TA-CAATT-AA--TT-ATC-----AAA-CGAAA-AG---AA-ATATTAA-GAC-TGTTTTAAAGCAG-----GTA----A-A--AA-AGCGAAGAA-------GAGAC----A-TGCA-------AAAT-CG-CA-AC-GT---TG-Tag
gi|6 : aagttgatctgtgatgtacaatcgaTT-ACGG-GT---G--CA-ATT-AACTT-CT-A------ATATAT
gi|6 : A--AATAT---AA-TG---TAGG--T--AAACCTCTATGTTG-GAATCA-TGAAGGAACA----A-T-GTTAAGG--CTGTGTGGTAGATAGTT--AAG--GT-AT--T-TT----GAT-AT-C---TATTCAGAA-TTATAT-ATAAAA----TCA---TG-TCACTATTTAAAGTTTATCCATTGAA------------AA--------TTGGTTTT---CA--GGCCGCT-TTGTG-CCG-ATCGA------CCCAG----TACT--TA-----------AAatatataccggtatatatgataaagaaataacctttaaattaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctaaaataatgcaaatataatgtaggtaaacctctatgttggaatcatgaaggaacaatgttaaggctgtgtggtagatagttaaggtattttgatatctattcagaattatatataaaatcatgtcactatttaaagtttatccattgaaaattggttttcaggccgctttgtgccgatcgacccagtacttaaa
gi|7 : ttacgggtgcaattaacttctaatatatatatataccggtatatatgataaagaaataacctttaaattaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctaaaataatgcGA-C-CCT---AA-AACG--TG-----C-TA------CTATTCC--A--CTTG-CACAGA-----------------------------------------------ACGA---AACG--------A--A------------------A---CGAAA-C-G-------AC----TTTTGCAC-------TGAACCGT-AAA------------------CAGTCTGCACGAAACG---TCG-A---AC-GGTTT-----------------GC------ATG------AA-TATTT-TGCATGAAACC-C-TTACC-----A--CG---------AAA---------CGCTTGCCATTTCTAGAATGATAA----------CCTAGTA----GGC---GGG-GCTG-----------GNNNNNNNNN--NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAG--GT-C-AATTTT-ACGG-GT---A--CG-ATT-AAATT-CT-AAAGTACATGTATCT----C-AAACACAA-TG-A
gi|8 : G--TGTAATCC-ATACAAAA-TTCG--AA-GGG-------TTT---TCCCCAAACA---AAGA---GCT-----------AG-AGTC-CCC--GAATTCCTTAAGCTAGG-ACT--TCTAGCAAAAAAGGTG--TGAAATGT-TACTGAGTC-GG--TGA----GACAaca
gi|9 : aaatatattggaacgcagctatagcagaccttttgcaaacgtaagagtaa---A---TT----------AAATACAAATCGGGAAAG-A--AGTATTAAT---TG---TCT-ATT-TTG---AA---AT-G---------AATA-TATC-TG-CT-CC-AC--TCAGTATTGTTCTT-AATTCT-----AAT---TA-CAATT--A--TT-AAT-----TGA-CGAAG-A----AATATA--A---AC-TATTGAAAAGCAG-----GTA----ACA--AA-G-----------------GAC----A-TGTT-------AAAT-CG-CA-AC-GG---TG-Tgttctcgattttag
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 111 11111 111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222 1111 77777777777777777777777777777 11111111111 6666666666666666666666666 222222 2222222222 11 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5555555555555555555 111111 222222 111111 2222 44444444444444444444444444 111 11 111 1111 11 111 111 222222222 22 22222 111 11 22222 2222 11 11111 1111 222222222 1111 2222222 1 111 111 444 2 22222 1 1 8888888888888888888888888888 1 1 222 2222222 1 1 4444444 11 11 1 44444444444 222222 111 1 2222 1 2222222 111 11 111 111 11111 11111111 11 333333 11 11111 222 1 1 111 1111 1 2222 111 1 9999999999999999999999999999999999999999999 111 111111 1111 11 222222 44444444444444444444444 1 2222 1 33333 1 111 111 1 1 1111 33333333333 3333 8888888888888888888888888 1 11111 222 111 11 111 44444444444444444 222 11 111 111 1 11 222222 111 1111 11 111 4444444 1 111 1 2222222222222222222 1 11 44444 5555555555555 11 33333 3333 1 11 888888888888888888888888888888888888888 2222222 11 11 11 2222222 111 222 44444444444444444 11 1 11 11 22 11 2222 1
lowQualScore : 1 4 4 111 888 55 55555 4 111111 44 55 55 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 5 5 000 5 66 0 1111 77777777777777777777777777777 7777 33333333333 6 3333333333333333333333333 8 333333 9999999999 8 8 11 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 1 1 2222222222222222222 333 22 1 333 1 99 6 77 6 5 000000 5 5 5 5 222222 1 666666 6 6 1111 22222222222222222222222222 444 0 8 8 11 0 444 7777 6 00 111 111 6 666666666 777 8 8 8 8 88 8 8 1 3 00000 444 8 88 11 8 00000 8 8 5555 8 11 88 8 8 66666 4444 6 99 6 99 555555555 4444 6 1111111 3 111 6 111 6 444 6 66666 7 3 2 6666666666666666666666666666 3 3 555 7 7777777 2 3 0 6 3333333 44 6 88 1 0 3 77777777777 888888 3 777 0 1111 0 8888888 777 2 11 444 8 444 77777 8 0 8 2 3 33333333 3 33 111111 33 66666 777 0 0 777 4444 0 1111 777 0 0000000000000000000000000000000000000000000 444 222222 6666 8 44 333333 1 00000000000000000000000 0 1111 0 77777 0 777 0 444 5 0 7777 22222222222 3 4444 3 3333333333333333333333333 0 88888 222 0 8 111 8 8 66 8 222 22222222222222222 8 444 00 333 8 999 8 6 8 1 11 555555 8 444 8 1 7777 11 444 5 3333333 0 666 0 9999999999999999999 2 88 7 22222 0000000000000 88 33333 0000 3 22 444444444444444444444444444444444444444 6666666 11 0 8 8 8 99 33 6666666 444 3 222 22222222222222222 8 8 88 6 0 33 33 33 1 2 33 1111 5
lowQualScore : . . . ... ... .. ..... . ...... .. .. .. . ........................................................................................ ... . . ... . .. . .... ............................. .... ........... . ......................... . ...... .......... . . .. .................................................................................................................. .. . . ................... ... .. . ... . .. . .. . . ...... . . . . ...... . ...... . . .... .......................... ... . . . .. . ... .... . .. ... ... . ......... ... . . . . .. . . . . ..... ... . .. .. . ..... . . .... . .. .. . . ..... .... . .. . .. ......... .... . ....... . ... . ... . ... . ..... . . . ............................ . . ... . ....... . . . . ....... .. . .. . . . ........... ...... . ... . .... . ....... ... . .. ... . ... ..... . . . . . ........ . .. ...... .. ..... ... . . ... .... . .... ... . ........................................... ... ...... .... . .. ...... . ....................... . .... . ..... . ... . ... . . .... ........... . .... . ......................... . ..... ... . . ... . . .. . ... ................. . ... .. ... . ... . . . . .. ...... . ... . . .... .. ... . ....... . ... . ................... . .. . ..... ............. .. ..... .... . .. ....................................... ....... .. . . . . .. .. ....... ... . ... ................. . . .. . . .. .. .. . . .. .... .
lowQualScore : 0 4 4 000 888 55 55555 0 555555 11 55 55 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 888 0 0 666 0 99 1 9999 77777777777777777777777777777 0000 77777777777 7 2222222222222222222222222 0 000000 2222222222 0 0 00 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 00 0 0 6666666666666666666 666 00 6 000 0 22 7 33 7 7 111111 7 7 7 7 111111 0 888888 7 7 2222 55555555555555555555555555 000 8 2 0 00 8 000 8888 7 77 777 777 7 777777777 999 0 0 0 0 44 0 0 4 2 00000 000 0 88 00 0 00000 0 0 0000 0 00 88 0 2 77777 2222 7 22 7 22 888888888 2222 7 7777777 3 333 7 777 7 000 7 77777 3 3 0 3333333333333333333333333333 3 3 777 3 7777777 3 3 7 7 3333333 00 7 33 2 0 2 55555555555 888888 2 555 0 2222 0 5555555 555 5 00 000 0 000 88888 0 8 0 0 2 22222222 2 88 555555 88 22222 555 0 0 555 8888 0 2222 555 0 0000000000000000000000000000000000000000000 000 222222 8888 0 44 000000 0 66666666666666666666666 0 2222 0 55555 0 555 8 555 5 0 8888 00000000000 2 5555 2 8888888888888888888888888 0 22222 000 8 0 888 0 2 44 0 222 88888888888888888 0 222 00 888 0 888 0 0 0 0 00 888888 0 000 0 0 0000 00 000 0 8888888 0 222 8 8888888888888888888 3 33 3 33333 7777777777777 33 33333 7777 3 77 000000000000000000000000000000000000000 7777777 00 6 0 2 0 00 00 0000000 000 2 000 00000000000000000 0 0 66 5 0 88 88 88 2 5 88 2222 5
consensus : NTAATATNATGAACTACAGA-C-CCT---AA-G-CG--TG-----C-TA------CTACCCC--A--CTTG-CACGGG--------A--A---AACGAC------TGAA-CGA-----TTC--GCACGA---AACG-CT----GA--ACGG--TTT--------GCA---CGGAA-C-G-C-TGA-ACGG--TTTTGCACGGAACGATGAACCGA-AAA------------------CGGTCTGCCCGGAACG---GTG-A---AC-GGTT-------TGCACG-A-ACG-AA---CGCTT-TA------AACG-------GT-TTGCC-CGAA-A--CGGA--------AAC--GC---TT-------C--------TGAAA----------CGGTA---TA-G--GGC---GGGCTTG-----------G------CGAC----TGTG----AGNNGGTGATNTAGTTTACATNAAATG---------CAG------NGGNNCGTNNACGTNNNGCTGGTACNTCAG--GT-C-GA-TTTTACGG-GT---G--CG-ATT-AAATT-CT-A------ANATATCT----T-TAACGCAA-TG-AT----TCA--T--AT---A---TT----------AAA---AAATCGGGAAAG-A--AATAGTAAT---GG---TCT-ACAANTA---AA---AT-G---------AATAATATC-TG-CT-CC-ACT-TTGGTATTGTT-TT-ATTTCT-----AAT---TA-CAATT-AA--TT-ATC-----AAA-CGAAA-A----AA-ATA--AA-GAC-TGTTGGAAAGCAG-----GTA----A-A--AA-G--GAAGGA-------GAGAC----AT-GCA-------AAAT-CGC-G-AC-GT---TG-TTCTCA--AAGT-GTTA--C--GATTAT-TACTTATG----AT-------GC-GAA-------ATTCTCAC-AAA-ATA--TGCTATATA--AT-GATATACATA-CGTGT-------ATGCTAGCAA--TGCTACAATAA-TTCG-----------TAAA------TGTTTCT---AC-TA----GCGTT-TAGT--AT--AAGC---ACAA--AATAT---AA-TA---TATG--T--ATACCTCTATGTTG-GAATCA-CGAAGGAACAGTGCG-T-GTTAATG--TTGTNCG---GATAGTT--CAG--GTAATTATTT---CGAT-AC-C---TCTTCAGAA-T--TAT-ATAAAA----TCA---TG-TCACT---------------ATTGAA------------GA--------TTCGTTTT---CC--GA--GAT-GT-TG-CCGTACCGA------CNCAA----TACTG-TA-----------AAT-TTG----TAC-CAA--C--TG-AA---AATATTTTAA-TGTTT-ACCA--C-GT-----AA----CATATA---TTATATATTA-----TTTAT-------T--AT---TCCATGAGACGATAG-A---AAAT---TAA-TATTTAT-TTTCTCCGAAA-CGAAATAGT---G----GCTTA--TAG-ACATGC--TGCGGTG-TCC-GT--NTA-T-AT-TTTT--TTTTTC--TC--AAA-A---T-GTAAANAA----AC--ATT---TTCATTC------CATC-AAN--TTTATCT------TAA---AT----TCACTTGA--TAAAATCACCG----GAATTCGA----AGG--T---TGTGTCCG--CTAA-----TTCT---AGGTAAA-ATCGATAG---TCATGATCGGCGCG---------GT----GT----TTAAGAAAAGAG-ACA--TTG--TTTAATCC-ATGGCAAA-TTCG--AA-GGG-------TTT---TTCGCAACGA---AAGA---ATT---------T-AG-AGTC-CCT-AGAGTTTCCTAAGCTTGG-ACG--TCTAGCAAAAAAGGTG--TGAAATA--TATTGAGTCGGG--CGA----GATACCAGTATT
Reference ( family-1935 ) : NTAATATNATGAACTACAGA-C-CCT---AA-G-CG--TG-----C-TA------CTACCCC--A--CTTG-CACGGG--------A--A---AACGAC------TGAA-CGA-----TTC--GCACGA---AACG-CT----GA--ACGG--TTT--------GCA---CGGAA-C-G-C-TGA-ACGG--TTTTGCACGGAACGATGAACCGA-AAA------------------CGGTCTGCCCGGAACG---GTG-A---AC-GGTT-------TGCACG-A-ACG-AA---CGCTT-TA------AACG-------GT-TTGCC-CGAA-A--CGAA--------AAC--GC---TT-------T--------TGAAA----------CGGTA---TA-G--GGC---GGGCTTG-----------G------CGAC----TANG----AGNNGGTGATNTAGTTTACATNAAATG---------CAG------NGGNNCGTNNACGTNNNGCTGGTACNTCAG--GT-C-GA-TTTTACGG-GT---G--CG-ATT-AAATT-CT-A------ANATATCT----T-TAACGCAA-TG-AT----TCA--T--AT---A---TT----------AAA---AAATCGGGAAAG-A--AATAGTAAT---GG---TCT-ACAANTA---AA---AT-G---------AATAATATC-TG-CT-CC-ACT-TTGGTATTGTT-TT-ATTTCT-----AAT---TA-CAATT-AA--TT-ATC-----AAA-CGAAA-A----AA-ATA--AA-GAC-TGTTGGAAAGCAG-----GTA----A-A--AA-G--GAAGGA-------GAGAC----AT-GCA-------AAAT-CGC-G-AC-GT---TG-TTCTCA--AAGT-GTTA--C--GATTAT-TACTTATG----AT-------GC-GAA-------ATTCTCAC-AAA-ATA--TGCTATATA--AT-GATATATATA-CGTGT-------ATGCTAGCAA--TGCTACAATAA-TTCG-----------TAAA------TGTTTCT---AC-TA----GCGTT-TAGT--AT--AAGC---ACAA--AATAT---AA-TA---TATG--T--ATACCTCTATGTTG-GAATCA-CGAAGGAACAGTGCG-T-GTTAATG--TTGTNCG---GATAGTT--CAG--GTAATTATTT---CAAT-AC-C---TCTTCAGAA-T--TAT-ATAAAA----TCA---TG-TCACT---------------ATTGAA------------GA--------TTCGTTTT---CC--GA--GAT-GT-TG-CCGTACCGA------CNCAA----TACTG-TA-----------AAT-TTG----TAC-CAA--C--TG-AA---AATATTTTAA-TGTTT-ACCA--C-GT-----AA----CATATA---TTATATATTA-----TTTAT-------T--AT---TCCATGAGACGATAG-A---AAAT---TAA-TATTTAT-TTTCTCCGAAA-CGAAATAGT---G----GCTTA--TAG-ACATGC--TGCGGTG-TCC-GT--NTA-T-AT-TTTT--TTTTTC--TC--AAA-A---T-GTAAANAA----AC--ATT---TTCATTC------CATC-AAG--TTTNTCT------TAA---AT----TCATTTGA--TAAAATCACCGA---GAATTCGA----AGG--T---TGTGTCCG--CTAA-----TTCT---AGGTAAA-ATCGATAG---TCATGATCGGCGCG---------GT----GT----TTAAGAAAAGAG-ACA--TTG--TTTAATCC-ATGGCAAA-TTCG--AA-GGG-------TTT---TTCGCAACGA---AAGA---ATT---------T-AG-AGTC-CCT-AGAGTTTCCTAAGCTTGG-ACG--TCTAGCAAAAAAGGTG--TGAAATA--TATTGAGTCGGG--CGA----GATACCAGTATT
gi|1 : ACAGA-C-AAT---AAAG-CG--TGACTTCC-TA------CT--CTC--A--TTAG-CACGAG--------A--ACGAAACGACAAGCCATGAAACGAGTCTCTTT--TCAGGA---ACCGGCTTCCAGATAACAGAGTTT--------GTA---CGGA--C-G---TGA-ACGG--TTA-GCACGG--CGATGAAC--------------------------GGTCTGCCCGGAACGCGTGTG-AGAAACAGGTTCCAATCTTATATT-A-A---AA---CGCTG-TGTAACGTAACGAATAAACGC-TTGTC-TGAATAGCCGAA--------AAC--GC---TT-------T---------GAAA----------CGGTA---------GGC---GGG-TTGCGAACGTATATG------TGAT----TATG----AATAGGTGATATAGTTTACATGAAATG---------TAG------AGAGCAGTGAACTTTTAGTTGGTATATCAGACGTAC-AA-TTTCACGGCGTCTCG--CATACT-AAATTACT-G------ATAAAT-T----C-TCATGCAACTG-GTAATTTCAATT--ATTTGA---TT----------AAA---AA-TGGGGAAAGCACTAATAGTAATCGGGGCTCTCTCACAAGTATAAAA---AT-ACCATTAGTAAATAAT-TCATG-TT-CCCACT-TTGGCATTATT-TT-GATTCTTGCATAATATTTATCAATT-AAAGTT-ATTCGCCTACA-TGAAACA----AA-ATC--AA-GGA-AATTCGGTAACAGACTGAGTA----A-AGCAC-G--GAAGGAAGCATTTGTGACTATAAT-GCATCCAATTAAGTTCAT-GCAC-GTAAACG-ATATCAGCAAGTAGTTAATC--GAT-AT-TATTTATGTAAAAT-------GC-GGATTTTACAATTCTCAC-AAATATA---GCTATATATAATCGAAATATATA-CATGTCTCGTTAATGCTAGCAA--TGCTCTATTAA-TTCGAGGAGTTCGTTTAAACATCCCTGTTTCCTGAACATA----GCGTT-TCGTCTATCCAAGC---A-AACTAATAT---AAATA---TATG--GGGATACCGATGTGTGGTGAA-CA-CAAAGGA-CAG-GCG-TAGTTA-TGGTTTGTCCA---GATAGTT--CAAAAGTAATTATTTTCGCAAT-ACGC---TCTTCGGAAAT--TATTATGGAAGGCATCGAATTG-TCACT---------------ATTGAAT-----------GA--------TTGATTTTATTCCATGA--GAT-GT-TG-CCGT-TCGATTAGAGCTTAACCACTACTG-TACTCAAGAACTTAAT-TTG----TACTCAAGTCA-TG-AAATTAATACTTTAATTGTTTCACCA--C-GT-----GAAACTCATATAATGTTATGTATTA-----TTTACAGTTGTAT--AC---TCGATCAGGT-ATAT-A---AAAT---TAA-TATTTATATGGCGCCAAAA-TG--ATAGTTAAG----GCTAA--TAGAAAATGT--TGC-GTG-TCCAGTTCTCA-TAAT-TTTA--TTTTTCT-TC--AAA-AATTT-ACAAATAA----ACTTATTGGCCTCTTTCCCTTTGCATC-AAGACTTTATCT------TAATCTCT----CCACTTGATTTAAAATCAACGC---AAATTCGAATTTAAG--TTCATGTGTCCGTTCTCAGATCTTTCTGAGAGTTAAATATCAATAGTTTTCATGATCGG-GCGAGCTAAAACGTTAGAGTAGAATTAAGCAAAGAG-ACAATTTGTCTTTAGT-C-ATCGCAAATTTCGT-AACGGG-------TTTTTGTTCG-AACGAT--AAGAAGTATC---------T-AGTAGTCACCTAAGAGTTTC--ACACTTGG-ATGGCTCTAGCAAAAAAAACGGATGTAATA--TAATTTGTCGGGCTCGATTTGGATACCAGTATT
gi|10 : aattacctgatatcACAGAAC-CCTTAAAA-A-CG--TG-----C-TA------CTACCCCCCA--CTTGGCACGGGTTTACGGAAC-A---AACCAA------AAAA-CGA-----TTCTTGAACGGGGCAACGGTT----GA--ACGG--TTTTTTTTACCCCC---CAAAACC-G-CTTAA-ACGGGTTTTTG-------CGAT-----GA-AAA------------------CGGTTTGAAT-GAACA---ATGAA---AC-GGaat
gi|11 : TTA-----TTTAT-------T-------TGCATGAGACGATAG-T---AAAT---T---TAT--AT-TTTCTC--AAA-TGA--TAG-------------A---AG-ACAT-C--TGCG-TG--CC-GT---TA-T-AC-TTTT--TTTTTC------AAA-A---T-GTAAAGAA----AT--ATT---TCAATT-------CATC-AAC--TTT-TCT------TAA---AT----TCA
gi|12 : AG--GC-T-GA-TTTTACAG-GC---G--CG-GTC-AAATT-TTAA------AAATATCTCAAAT-AAATGCGA-TG-AT----TCA--GAAAT---ACCCTTGAAATAAAAAAAA---AAATCGGGAAAG-A--AATAGTAAT---GG--------CA--TA---AAGCGATGG---------AATAAT
gi|13 : TACAGA-C-CCTT--AA-G-TG--TG-----C-TA------CTAACCC--A--CTTG-CAAG-------------A---AACG-C------TGAA-AGC-----TTC--GCACGG---AACG-AA----GA--ATGG--TCT--------GCA---TGGAA-T-G-G-TGA-GTGG---TTTGCACG
gi|14 : GA-C-CCT---AAAG-CG--TG-----T-TA------CTACCCC--A--CTTG-TACGGA--------ACGA---AACG-C------TGAA-CGG-----TT---GCACGA---AACG-CT----GA--ACGG--TTT--------GCA---CGGAA-C-G-C-TGA-ATGG--Ta
gi|15 : GCTATAGCAA-T--G-----------CAAA------TATGTCT---GC-TAACATGCATG-AAGC--AT--AAGT---ACAA--ACTAC---AA-TA---TATG--T--ATACCTCTGTGTTG-GAATCA-Cccg
gi|16 : TACAGA-C-CCT---AA-AATG--TG-----C-TA------TTACCCC--A--CTTA-AACGG----------------AACGA
gi|17 : AG-----GTA----A-A--AAAG--GAAAGA-------GAGAC----AT-GGA-------AAAT-TGC-G-AC-AT---TG-TTaa
gi|18 : GA-CGCCT---AAAG-CGCTTG-----C-TA------CTACCCC--ACTCTTG-CACGGA--------A--
gi|2 : TAATATAATGAACTACAGA-C-C-T---AACG-CG--TGTA---C-TAAGCCTTTTATCCC--A--TGTT-CATTGG--------A--T---A-CGA--------AAA-CGA-----TTC--TT--GA---AACG-------GA--ACG---------------CAGAGCGGAA-C-A-CGTGAGACG---TTTTGCACGAAACGA---------AAG------------------CGCTTTA----------------A---AC-GGTT-------TGCACG-ATACGTAA---CGCTTCTA------AACG-------GTCTTGCA-CTGA-A--CGGG--------ACT--GC---TTGAACGTTC--------TGGAATGATGACAACCGGTA---TA-G--GGCCGGGGGCCTT-----------G------CGACGCTTTGTGGAGAAGATGGTGATCTAGTTTACATTAAATGGTTGAGGGCCAATGGCCCTGGTACATTTATGTAACGCTGGTACTTCGG--GT-CTAA-TCTTACGG-GT---GGCCG-ATTCAAATT-CT-AT-----ATAAATCT----TATTCCGCAA-TG-c
gi|2 : T-GCAAGTA---AA---AT-G---------AATA---TC-TGGCTGCC-ACTCTTGGTATTGTT-TTTATTT--------AT---TA-CACTTTAA--TTTATC-----AAAACGAAA-ATAAAAA-ATA--AAAGACCTGTTG-AAAGCAG-----GTATAAGA-A--AA-G--GAAGT--------GAGAC----ATTGCA-------AAATACGCCG-ACAGT---TGATTCTCACGAAGTTGATA--CCGAATTATATACTTATG----CTTTCGTTTGTTGAA-------ATTCTCACAAAA-ATAAGTGGCACATA--AT-G-TGTA-ATATCGT-T-------ATG-TA-CAAACTGCAACAATAATTTCA-----------TAAA------TG-TTCT---AC-CA----GCGTTATAG-------AAGCTGTACAA--AATATTGAGA-TAACTTATGTTT--ATTCATCTATTTTG-GAATCATCAAAGCAACAGTACGTT-GTTAATG--TTGTTAC---GATAGTTTACAG--GTAATCGTTTA--CAGTAAC-CCAGTCTTAAAAT-T--TCT-GTAAAT----TCA---TGTTCACT---------------ATTGAAAGTTTTTTCTATGATTATTGGTTTCGTTCT---CC--GA--GAT-GG-TGACCGCACCGA------CACCA----T-----TA-----------AATGCTG----TAC-CAAT-C--TG-AA---AATAGTTTAG-TG-TT-ACCAGGT-GT-----AA----TATA-A---CTG-ATAGTA--------A------------------CATACGGC-ATAGTA---AGATTCATAA-TAGTTAT-TTTGTC----A-CGAACCA-T---G----GATTA------GCATG---TGCGGTG-TCC-GT--ATA-TGATATTAT--TTGTTCAGTC--AAATA---TAATAAAAAA----AC--ATT---TT-ATTC------CATA-AAG--GTTATCTTGAGAATAA---ATAGCAACA-TTGG--TAAAATC-CCAAATGGAATTCGA----AGGGAT---GGTGTCCG--CTAA-----TTCT----GGTAAA-ATTATTAG-----ATGGC--ACGTG---------CT----GT----TTAAGAAGAGG----A--TTG--TGTAATCC-AT-GCGAA-TTCG--AA--GG-------TTG---TTCGCACCTA---GAAG---ATT---------TGAG-AGTT-CCT--GAGTTTCCTAAGCTTGGAACG--TCTTGCAAAAAAGGTG--TGAAATAGTTATTGAATCGAG--CGA----GATACCcaagtaaaatgaatatctggctgccactcttggtattgtttttatttattacactttaatttatcaaaacgaaaataaaaaataaaagacctgttgaaagcaggtataagaaaaggaagtgagacattgcaaaatacgccgacagttgattctcacgaagttgataccgaattatatacttatgctttcgtttgttgaaattctcacaaaaataagtggcacataatgtgtaatatcgttatgtacaaactgcaacaataatttcataaatgttctaccagcgttatagaagctgtacaaaatattgagataacttatgtttattcatctattttggaatcatcaaagcaacagtacgttgttaatgttgttacgatagtttacaggtaatcgtttacagtaacccagtcttaaaatttctgtaaattcatgttcactattgaaagttttttctatgattattggtttcgttctccgagatggtgaccgcaccgacaccattaaatgctgtaccaatctgaaaatagtttagtgttaccaggtgtaatataactgatagtaacatacggcatagtaagattcataatagttattttgtcacgaaccatggattagcatgtgcggtgtccgtatatgatattatttgttcagtcaaatataataaaaaaacattttattccataaaggttatcttgagaataaatagcaacattggtaaaatcccaaatggaattcgaagggatggtgtccgctaattctggtaaaattattagatggcacgtgctgtttaagaagaggattgtgtaatccatgcgaattcgaaggttgttcgcacctagaagatttgagagttcctgagtttcctaagcttggaacgtcttgcaaaaaaggtgtgaaatagttattgaatcgagcgagatacccagatt
gi|3 : taatataatgaactacagacctaacgcgtgtactaagccttttatcccatgttcattggatacgaaaacgattcttgaaacggaacgcagagcggaacacgtgagacgttttgcacgaaacgaaagcgctttaaacggtttgcacgatacgtaacgcttctaaacggtcttgcactgaacgggactgcttgaacgttctggaatgatgacaaccggtatagggccgggggccttgcgacgctttgtggagaagatggtgatctagtttacattaaatggttgagggccaatggccctggtacatttatgtaacgctggtacttcgggtctaatcttacgggtggccgattcaaattctatataaatcttattccgcaaTAATATTATAAACTACAGA-C-CCT---AA-G-CG--TG-----C-TA------CTTACCT--A--CTTG-CACGAG--------A--A---AACG-C------TGAA-CGG-----TTT--GCACGAT--AACG-CT----GA--ACGG--TTT--------GTA---CGGAA-CTG-C-TGA-ACGG--TTTTGCACGGAACGATGAANNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGTCTGCCCGGAACA---GTG-A---AT-GGTT-------TGAACGGA-ACG-AAA--TGCTT-TA------AACG-------AT-TTGCC-TGAA-A--CGAA--------A-C--GC---TT-------T---------GAAA----------CTGTA---------GGC---GGACTTG-----------N------NNNN----NNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAG--GT-C-AA-TTTTACGG-GT---G--CG-ATT-AAATT-CT-A------AAATATCT----T-TAACGCAA-TG-AT----TCA--T--AT---A---TT----------AAA---AAACTGGGAAAG-A--AATAGTAAT---GG---TCT-ACAATTA---AA---AT-G---------AATAATATC-TG-TT-CC-AC--TTGGCATTATT-TT-ATTTCT-----AAT---AA-CAATT-AA--TT-ATC-----AAG-TGAAA-A----AA-ATG--AA-GAC-TGTAGGAAAGCAC-----GTA----A-A--AA-G--GATGGA-------GAGGC----AT-GCA-------TAAT-CGC-A-AC-GT---TG-TTCGC---AAGT-GTTA--C--GATTAT-TA-TTA------AT-------GC-GAA-------ATTCTCAC-AAA-ATA--TGCTAT-TA--AT--ATATACATA-CATGT-------ATGC-AGCAA--TGCTACAATAA-TTCA-----------TAAA------TGTTTCT---AC-TA----GCGTT-TAGT--AT--AAGC---ACAA--AATAT---AA-TA---TATG--T--ATACCTGTATGTTG-GAATCA-CAAAGGAACAGTGCG-T-GTTAATG--TTGTGC----GATAGTT--CAA--GT-ATTATAT---CAAT-AC-C---TCTTCAGAA-T--TAT-ATAAAA----TCA---TG-TCACT---------------ATTGAA------------GA--------TTCGTTTT---CC--AA--GAT--T-TG-CCG-ACCGA------CCCAA----TACTG-TA-----------AAT-TTG----TAC-CAA--C--TG-AA---AATATTTT-A-TGTTT-ACCA--C-GT-----AA----TATATAT--TTATATATTA-----TCTAT-----------T---TCCATGAGACGATAG-A---AAAT---TAA-TATTTAT-TTTTTCCAAGA-TGAAATAGT---A----GCTTA--TAG-ACATG---TGCGGTG-T-C-GT--TTA-T-AT-TTTT--TTTTTC--TC--AAA-A---T-GTAAAAAA----AC--ATT---TTCATT-------CATCTAAC--TTTTTCT------TAA---AT----TCATTGTA--AAAAATCACC-----GAATTGGA----AGGT-T---TGTGTCCG--CTAA-----TTCT---AGGTAAA-AT-GATA----TTA-GATCGGCGCG---------GT----GT----TTAAAAAAAGAGAACA--TTG--TTTAATCCAATGGCAAA-TTCG--AA-GGG-------TTT---TTCGCAACAA---AAGA---AAT---------T-AG-A-TC-CCT-AGAGTTTCCTAAGCTTGG-ACG--TCTAGCAAAAAAGGTG--TGAAATA--TATTGAGTCGGG--CGA----GATACCAG-ATTcagatt
gi|4 : tTCATTCT---CC--GG--GATTGT-T--CCGTACCCA------CACAAT---TACTGCTA-----------CAT-TTGTTGCTAA-CAA--CCTTATAA---AATATTTTTA-TG-TT-ACCA--CTGTTTGAAAA----CATATA-----ATATATTACTAATTTTGT-------TTCATTTCTCCATGAGACGATTG-AGTTAAATG--TAAGTA---AT-TTT-TCCGAAATCGATATAGT---AAAGTGCATATTTAG-ACATGCTTTACTCTGCTAC-GT--ATATT-AT-TTGTGGTTTTTC--TCAAAAA-A---T-GTTAATAATACCAT--ATT---TTCAtaa
gi|4 : TG--TTTAATCG-ATGGCAAA-TTCGATAA-TGGAGACTTTTTT---TTCGCAACGAGATAATA---ATTTTAATCTTAT-AG-AGTC-ACT-Agatatcacgagccctgatatattctataacatatcaatattgccttagtaaacatactgacagtgctcaatcatttggataatgatttttgtgtcctggctaaatgtgctataggtatatattgtattgtgtatagatactcgcaggtgtggctctgttgttgcgtgatctataaaataaaaagtaactaagtgtgtttaatcgatggcaaattcgataatggagacttttttttcgcaacgagataataattttaatcttatagagtcactaag
gi|5 : tcattctccgggattgttccgtacccacacaattactgctacatttgttgctaacaaccttataaaatatttttatgttaccactgtttgaaaacatataatatattactaattttgtttcatttctccatgagacgattgagttaaatgtaagtaatttttccgaaatcgatatagtaaagtgcatatttagacatgctttactctgctacgtatattatttgtggtttttctcaaaaaatgttaataataccatattttcagatatcacgagccctgatatattctataacatatcaatattgccttagtaaacatactgacagtgctcaatcatttggataatgatttttgtgtcctggctaaatgtgctataggtatatattgtattgtgtatagatactcgcaggtgtggctctgttgttgcgtgatctataaaataaaaagtaactaagtg---AA-G-CG--TG-----CATA------C----CC--A--CTTG-CACT-----------------AACGA---------AA-CGA-----TTC--TT--GA---A----CT----GA--ATCC--TTT--------GCA---CGAAA-C-GTC-TGA-ACGG--TTTCGCACGGAACGATCAA-CGATGAA------------------CGGTCTGCCTGGAACG---GTG-A---AC---TT-------T----------T-AA---CGCTT-TA------AACG-------GT-TTGCA-CGAA-A--CGGAAAGATTTGAAC--GT---TT-------CTTGAATGATGAAA----------CGGTA---TAGG--GGCG--GGGCTTG-----------N------NNNN----NNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAG--GT-C-GATTTTTACGG-GT---G--CG-ATT-AAATT-CT-A------AAATATCT----T-TAACGCAA-TGAAA----ACA--T--AT---A---TT----------AAA---AAAT-GGGAAAG-A--AATAG-AAT---GG---CCT-ACAAATA---AA---AT-G---------AAT-ATATC-TG-CT-CC-AC--TTGGTTTTGAT-TT-ATTTTT-----AAT---TA-CAATT-AA--TT-ATC-----AAA-CGAAA-AG---AA-ATATTAA-GAC-TGTTTTAAAGCAG-----GTA----A-A--AA-AGCGAAGAA-------GAGAC----AT-GCA-------AAAT-CGC-A-AC-GT---TG-Tag
gi|6 : aagttgatctgtgatgtacaatcgaTTACGG-GT---G--CA-ATT-AACTT-CT-A------ATATAT
gi|6 : A--AATAT---AA-TG---TAGG--T--AAACCTCTATGTTG-GAATCA-TGAAGGAACA----A-T-GTTAAGG--CTGTGTGGTAGATAGTT--AAG--G----TATTT---TGAT-AT-C---TATTCAGAA-TTATAT-ATAAAA----TCA---TG-TCACTATTTAAAGTTTATCCATTGAA------------AA--------TTGGTTTT---CA--GGCCGCT-TTGTG-CCG-ATCGA------CCCAG----TACT--TA-----------AAatatataccggtatatatgataaagaaataacctttaaattaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctaaaataatgcaaatataatgtaggtaaacctctatgttggaatcatgaaggaacaatgttaaggctgtgtggtagatagttaaggtattttgatatctattcagaattatatataaaatcatgtcactatttaaagtttatccattgaaaattggttttcaggccgctttgtgccgatcgacccagtacttaaa
gi|7 : ttacgggtgcaattaacttctaatatatatatataccggtatatatgataaagaaataacctttaaattaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctaaaataatgcGA-C-CCT---AA-AACG--TG-----C-TA------CTATTCC--A--CTTG-CACAGA-----------------------------------------------ACGA---AACG--------A--A------------------A---CGAAA-C-G-------AC----TTTTGCAC-------TGAACCGT-AAA------------------CAGTCTGCACGAAACG---TCG-A---AC-GGTT-------TGCATG-A-AT---ATTTTGCAT-GA------AAC--------CC-TTACCACGAA-A--CG------------CTTGCCATTT-------C--------TAGAA----------TGATAACCTA-GTAGGC---GGGGCTG-----------GNNNNNNNNNN----NNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAG--GT-C-AA-TTTTACGG-GT---A--CG-ATT-AAATT-CT-AAAGTACATGTATCT----C-AAACACAA-TG-A
gi|8 : G--TGTAATCC-ATACAAAA-TTCG--AA-GGG-------TTT---TCCCCAAACA---AAGA---GCT-----------AG-AGTC-CCC--GAATTCCTTAAGCTAGG-ACT--TCTAGCAAAAAAGGTG--TGAAATGT-TACTGAGTC-GG--TGA----GACAaca
gi|9 : aaatatattggaacgcagctatagcagaccttttgcaaacgtaagagtaa---A---TT----------AAATACAAATCGGGAAAG-A--AGTATTAAT---TG---TCT-ATT-TTG---AA---AT-G---------AATA-TATC-TG-CT-CC-AC--TCAGTATTGTTCTT-AATTCT-----AAT---TA-CAATT--A--TT-AAT-----TGA-CGAAG-A----AATATA--A---AC-TATTGAAAAGCAG-----GTA----ACA--AA-G-----------------GAC----AT-GTT-------AAAT-CGC-A-AC-GG---TG-Tgttctcgattttag
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 111 11111 111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222 1111 77777777777777777777777777777 11111111111 6666666666666666666666666 222222 2222222222 11 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5555555555555555555 111111 222222 111111 2222 44444444444444444444444444 111 11 111 1111 11 111 111 222222222 22 22222 111 11 22222 2222 11 11111 1111 222222222 1111 2222222 1 111 111 444 2 22222 1 1 8888888888888888888888888888 1 1 222 2222222 1 1 4444444 11 11 1 44444444444 222222 111 1 2222 1 2222222 111 11 111 111 11111 11111111 11 333333 11 11111 222 1 1 111 1111 1 2222 111 1 9999999999999999999999999999999999999999999 111 111111 1111 11 222222 44444444444444444444444 1 2222 1 33333 1 111 1 1 1 1111 33333333333 3333 8888888888888888888888888 1 11111 222 111 11 111 44444444444444444 222 11 111 111 1 11 222222 111 1111 11 111 4444444 1111 222222 222222222222 2222 444444 5555555555555 11 33333 3333 1 11 888888888888888888888888888888888888888 2222222 11 11 11 2222222 111 222 44444444444444444 11 1 11 11 22 11 2222 1
lowQualScore : 1 4 4 111 888 55 55555 4 111111 44 55 55 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 5 5 000 5 66 0 1111 77777777777777777777777777777 7777 33333333333 6 3333333333333333333333333 8 333333 9999999999 8 8 11 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 1 1 2222222222222222222 333 22 1 333 1 99 6 77 6 5 000000 5 5 5 5 222222 1 666666 6 6 1111 22222222222222222222222222 444 0 8 8 11 0 444 7777 6 00 111 111 6 666666666 777 8 8 8 8 88 8 8 1 3 00000 444 8 88 11 8 00000 8 8 5555 8 11 88 8 8 66666 4444 6 99 6 99 555555555 4444 6 1111111 3 111 6 111 6 444 6 66666 7 3 2 6666666666666666666666666666 3 3 555 7 7777777 2 3 0 6 3333333 44 6 88 1 0 3 77777777777 888888 3 777 0 1111 0 8888888 777 2 11 444 8 444 77777 8 0 8 2 3 33333333 3 33 111111 33 66666 777 2 0 0 777 4444 0 1111 777 0 0000000000000000000000000000000000000000000 444 222222 6666 8 44 333333 1 00000000000000000000000 0 1111 0 77777 0 777 0 9 0 5 0 7777 22222222222 3 4444 3 3333333333333333333333333 0 88888 222 0 8 111 8 8 66 8 222 22222222222222222 8 444 00 333 8 999 8 6 8 1 11 555555 8 444 8 1 7777 11 444 5 3333333 4444 1 9 888888 555555555555 7777 7 888888 0000000000000 88 33333 0000 3 22 444444444444444444444444444444444444444 6666666 11 0 8 8 8 99 33 6666666 444 3 222 22222222222222222 8 8 88 6 0 33 33 33 1 2 33 1111 5
lowQualScore : . . . ... ... .. ..... . ...... .. .. .. . ........................................................................................ ... . . ... . .. . .... ............................. .... ........... . ......................... . ...... .......... . . .. ................................................................................................................ .. . . ................... ... .. . ... . .. . .. . . ...... . . . . ...... . ...... . . .... .......................... ... . . . .. . ... .... . .. ... ... . ......... ... . . . . .. . . . . ..... ... . .. .. . ..... . . .... . .. .. . . ..... .... . .. . .. ......... .... . ....... . ... . ... . ... . ..... . . . ............................ . . ... . ....... . . . . ....... .. . .. . . . ........... ...... . ... . .... . ....... ... . .. ... . ... ..... . . . . . ........ . .. ...... .. ..... ... . . . ... .... . .... ... . ........................................... ... ...... .... . .. ...... . ....................... . .... . ..... . ... . . . . . .... ........... . .... . ......................... . ..... ... . . ... . . .. . ... ................. . ... .. ... . ... . . . . .. ...... . ... . . .... .. ... . ....... .... . . ...... ............ .... . ...... ............. .. ..... .... . .. ....................................... ....... .. . . . . .. .. ....... ... . ... ................. . . .. . . .. .. .. . . .. .... .
lowQualScore : 0 4 4 000 888 55 55555 0 555555 11 55 55 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 888 0 0 666 0 99 1 9999 77777777777777777777777777777 0000 77777777777 7 2222222222222222222222222 0 000000 2222222222 0 0 00 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 00 0 0 6666666666666666666 666 00 6 000 0 22 7 33 7 7 111111 7 7 7 7 111111 0 888888 7 7 2222 55555555555555555555555555 000 8 2 0 00 8 000 8888 7 77 777 777 7 777777777 999 0 0 0 0 44 0 0 4 2 00000 000 0 88 00 0 00000 0 0 0000 0 00 88 0 2 77777 2222 7 22 7 22 888888888 2222 7 7777777 3 333 7 777 7 000 7 77777 3 3 0 3333333333333333333333333333 3 3 777 3 7777777 0 3 7 7 3333333 00 7 33 2 0 2 55555555555 888888 2 555 0 2222 0 5555555 555 5 00 000 0 000 88888 0 8 0 0 2 22222222 2 88 555555 88 22222 555 0 0 0 555 8888 0 2222 555 0 0000000000000000000000000000000000000000000 000 222222 8888 0 44 000000 0 66666666666666666666666 0 2222 0 55555 0 555 8 8 0 5 0 8888 00000000000 2 5555 2 8888888888888888888888888 0 22222 000 8 0 888 0 2 44 0 222 88888888888888888 0 222 00 888 0 888 0 0 0 0 00 888888 0 000 0 0 0000 00 000 0 8888888 8888 0 8 888888 000000000000 7777 3 333333 7777777777777 33 33333 7777 3 77 000000000000000000000000000000000000000 7777777 00 6 0 2 0 00 00 0000000 000 2 000 00000000000000000 0 0 66 5 0 88 88 88 2 5 88 2222 5
consensus : NTAATATNATGAACTACAGA-C-CCT---AA-G-CG--TG-----C-TA------CTACCCC--A--CTTG-CACGGG--------A--A---AACGAC------TGAA-CGA-----TTC--GCACGA---AACG-CT----GA--ACGG--TTT--------GCA---CGGAA-C-G-C-TGA-ACGG--TTTTGCACGGAACGATGAACCGA-AAA------------------CGGTCTGCCCGGAACG---GTG-A---AC-GGTT-------TGCACG-A-ACG-AA---CGCTT-TA------AACG-------GT-TTGCC-CGAA-A--CG---GA--------AACGCTT-------C--------TGAAA----------CGGTA---TA-G--GGC---GGGCTTG-----------G------CGAC----TGTG----AGNNGGTGATNTAGTTTACATNAAATG---------CAG------NGGNNCGTNNACGTNNNGCTGGTACNTCAG--GT-C-GA-TTTTACGG-GT---G--CG-ATT-AAATT-CT-A------ANATATCT----T-TAACGCAA-TG-AT----TCA--T--AT---A---TT----------AAA---AAATCGGGAAAG-A--AATAGTAAT---GG---TCT-ACAANTA---AA---AT-G---------AATAATATC-TG-CT-CC-ACT-TTGGTATTGTT-TT-ATTTCT-----AAT---TA-CAATT-AA--TT-ATC-----AAA-CGAAA-A----AA-ATA--AA-GAC-TGTTGGAAAGCAG-----GTA----A-A--AA-G--GAAGGA-------GAGAC----AT-GCA-------AAAT-CGC-G-AC-GT---TG-TTCTCA--AAGT-GTTA--C--GATTAT-TACTTATG----AT-------GC-GAA-------ATTCTCAC-AAA-ATA--TGCTATATA--AT-GATATACATA-CGTGT-------ATGCTAGCAA--TGCTACAATAA-TTCG-----------TAAA------TGTTTCT---AC-TA----GCGTT-TAGT--AT--AAGC---ACAA--AATAT---AA-TA---TATG--T--ATACCTCTATGTTG-GAATCA-CGAAGGAACAGTGCG-T-GTTAATG--TTGTNCG---GATAGTT--CAG--GTAATTATTT---CGAT-AC-C---TCTTCAGAA-T--TAT-ATAAAA----TCA---TG-TCACT---------------ATTGAA------------GA--------TTCGTTTT---CC--GA--GAT-GT-TG-CCGTACCGA------CNCAA----TACTG-TA-----------AAT-TTG----TAC-CAA--C--TG-AAA---ATATTTTAAT-GTTT-ACCA--C-GT-----AA----CATATA---TTATATATTA-----TTTAT-------T--AT---TCCATGAGACGATAG-A---AAAT---TAA-TATTTAT-TTTCTCCGAAA-CGAAATAGT---G----GCTTA--TAG-ACATGC--TGCGGTG-TCC-GT--NTA-T-AT-TTTT--TTTTTC--TC--AAA-A---T-GTAAANAA----AC--ATT---TTCATTC------CATC-A--ACTTTATCT------TAA---AT--CCAC-TTG-A--TAAAATCACC----G-GAATTCGA----AGG--T---TGTGTCCG--CTAA-----TTCT---AGGTAAA-ATCGATAG---TCATGATCGGCGCG---------GT----GT----TTAAGAAAAGAG-ACA--TTG--TTTAATCC-ATGGCAAA-TTCG--AA-GGG-------TTT---TTCGCAACGA---AAGA---ATT---------T-AG-AGTC-CCT-AGAGTTTCCTAAGCTTGG-ACG--TCTAGCAAAAAAGGTG--TGAAATA--TATTGAGTCGGG--CGA----GATACCAGTATT
Reference ( family-1935 ) : NTAATATNATGAACTACAGA-C-CCT---AA-G-CG--TG-----C-TA------CTACCCC--A--CTTG-CACGGG--------A--A---AACGAC------TGAA-CGA-----TTC--GCACGA---AACG-CT----GA--ACGG--TTT--------GCA---CGGAA-C-G-C-TGA-ACGG--TTTTGCACGGAACGATGAACCGA-AAA------------------CGGTCTGCCCGGAACG---GTG-A---AC-GGTT-------TGCACG-A-ACG-AA---CGCTT-TA------AACG-------GT-TTGCC-CGAA-A--CG---GA--------AACGCTT-------C--------TGAAA----------CGGTA---TA-G--GGC---GGGCTTG-----------G------CGAC----TGTG----AGNNGGTGATNTAGTTTACATNAAATG---------CAG------NGGNNCGTNNACGTNNNGCTGGTACNTCAG--GT-C-GA-TTTTACGG-GT---G--CG-ATT-AAATT-CT-A------ANATATCT----T-TAACGCAA-TG-AT----TCA--T--AT---A---TT----------AAA---AAATCGGGAAAG-A--AATAGTAAT---GG---TCT-ACAANTA---AA---AT-G---------AATAATATC-TG-CT-CC-ACT-TTGGTATTGTT-TT-ATTTCT-----AAT---TA-CAATT-AA--TT-ATC-----AAA-CGAAA-A----AA-ATA--AA-GAC-TGTTGGAAAGCAG-----GTA----A-A--AA-G--GAAGGA-------GAGAC----AT-GCA-------AAAT-CGC-G-AC-GT---TG-TTCTCA--AAGT-GTTA--C--GATTAT-TACTTATG----AT-------GC-GAA-------ATTCTCAC-AAA-ATA--TGCTATATA--AT-GATATACATA-CGTGT-------ATGCTAGCAA--TGCTACAATAA-TTCG-----------TAAA------TGTTTCT---AC-TA----GCGTT-TAGT--AT--AAGC---ACAA--AATAT---AA-TA---TATG--T--ATACCTCTATGTTG-GAATCA-CGAAGGAACAGTGCG-T-GTTAATG--TTGTNCG---GATAGTT--CAG--GTAATTATTT---CGAT-AC-C---TCTTCAGAA-T--TAT-ATAAAA----TCA---TG-TCACT---------------ATTGAA------------GA--------TTCGTTTT---CC--GA--GAT-GT-TG-CCGTACCGA------CNCAA----TACTG-TA-----------AAT-TTG----TAC-CAA--C--TG-AAA---ATATTTTAAT-GTTT-ACCA--C-GT-----AA----CATATA---TTATATATTA-----TTTAT-------T--AT---TCCATGAGACGATAG-A---AAAT---TAA-TATTTAT-TTTCTCCGAAA-CGAAATAGT---G----GCTTA--TAG-ACATGC--TGCGGTG-TCC-GT--NTA-T-AT-TTTT--TTTTTC--TC--AAA-A---T-GTAAANAA----AC--ATT---TTCATTC------CATC-A--ANTTTATCT------TAA---AT--TCAC-TTG-A--TAAAATCACC----G-GAATTCGA----AGG--T---TGTGTCCG--CTAA-----TTCT---AGGTAAA-ATCGATAG---TCATGATCGGCGCG---------GT----GT----TTAAGAAAAGAG-ACA--TTG--TTTAATCC-ATGGCAAA-TTCG--AA-GGG-------TTT---TTCGCAACGA---AAGA---ATT---------T-AG-AGTC-CCT-AGAGTTTCCTAAGCTTGG-ACG--TCTAGCAAAAAAGGTG--TGAAATA--TATTGAGTCGGG--CGA----GATACCAGTATT
gi|1 : ACAGA-C-AAT---AAAG-CG--TGACTTCC-TA------CT--CTC--A--TTAG-CACGAG--------A--ACGAAACGACAAGCCATGAAACGAGTCTCTTT--TCAGGA---ACCGGCTTCCAGATAACAGAGTTT--------GTA---CGGA--C-G---TGA-ACGG--TTA-GCACGG--CGATGAAC--------------------------GGTCTGCCCGGAACGCGTGTG-AGAAACAGGTTCCAATCTTATATT-A-A---AA---CGCTG-TGTAACGTAACGAATAAACGC-TTGTC-TGAATAGCCG---AA--------AACGCTT----------------TGAAA----------CGGTA---------GGC---GGG-TTGCGAACGTATATG------TGAT----TATG----AATAGGTGATATAGTTTACATGAAATG---------TAG------AGAGCAGTGAACTTTTAGTTGGTATATCAGACGTAC-AA-TTTCACGGCGTCTCG--CATACT-AAATTACT-G------ATAAAT-T----C-TCATGCAACTG-GTAATTTCAATT--ATTTGA---TT----------AAA---AA-TGGGGAAAGCACTAATAGTAATCGGGGCTCTCTCACAAGTATAAAA---AT-ACCATTAGTAAATAAT-TCATG-TT-CCCACT-TTGGCATTATT-TT-GATTCTTGCATAATATTTATCAATT-AAAGTT-ATTCGCCTACA-TGAAACA----AA-ATC--AA-GGA-AATTCGGTAACAGACTGAGTA----A-AGCAC-G--GAAGGAAGCATTTGTGACTATAAT-GCATCCAATTAAGTTCAT-GCAC-GTAAACG-ATATCAGCAAGTAGTTAATC--GAT-AT-TATTTATGTAAAAT-------GC-GGATTTTACAATTCTCAC-AAATATA---GCTATATATAATCGAAATATATA-CATGTCTCGTTAATGCTAGCAA--TGCTCTATTAA-TTCGAGGAGTTCGTTTAAACATCCCTGTTTCCTGAACATA----GCGTT-TCGTCTATCCAAGC---A-AACTAATAT---AAATA---TATG--GGGATACCGATGTGTGGTGAA-CA-CAAAGGA-CAG-GCG-TAGTTA-TGGTTTGTCCA---GATAGTT--CAAAAGTAATTATTTTCGCAAT-ACGC---TCTTCGGAAAT--TATTATGGAAGGCATCGAATTG-TCACT---------------ATTGAAT-----------GA--------TTGATTTTATTCCATGA--GAT-GT-TG-CCGT-TCGATTAGAGCTTAACCACTACTG-TACTCAAGAACTTAAT-TTG----TACTCAAGTCA-TG-AAATTAATACTTTAATTGTTTCACCA--C-GT-----GAAACTCATATAATGTTATGTATTA-----TTTACAGTTGTAT--AC---TCGATCAGGT-ATAT-A---AAAT---TAA-TATTTATATGGCGCCAAAA-TG--ATAGTTAAG----GCTAA--TAGAAAATGT--TGC-GTG-TCCAGTTCTCA-TAAT-TTTA--TTTTTCT-TC--AAA-AATTT-ACAAATAA----ACTTATTGGCCTCTTTCCCTTTGCATC-AAGACTTTATCT------TAATCTCT--CCAC-TTG-ATTTAAAATCAAC----GCAAATTCGAATTTAAG--TTCATGTGTCCGTTCTCAGATCTTTCTGAGAGTTAAATATCAATAGTTTTCATGATCGG-GCGAGCTAAAACGTTAGAGTAGAATTAAGCAAAGAG-ACAATTTGTCTTTAGT-C-ATCGCAAATTTCGT-AACGGG-------TTTTTGTTCG-AACGAT--AAGAAGTATC---------T-AGTAGTCACCTAAGAGTTTC--ACACTTGG-ATGGCTCTAGCAAAAAAAACGGATGTAATA--TAATTTGTCGGGCTCGATTTGGATACCAGTATT
gi|10 : aattacctgatatcACAGAAC-CCTTAAAA-A-CG--TG-----C-TA------CTACCCCCCA--CTTGGCACGGGTTTACGGAAC-A---AACCAA------AAAA-CGA-----TTCTTGAACGGGGCAACGGTT----GA--ACGG--TTTTTTTTACCCCC---CAAAACC-G-CTTAA-ACGGGTTTTTG-------CGAT-----GA-AAA------------------CGGTTTGAAT-GAACA---ATGAA---AC-GGaat
gi|11 : TTA-----TTTAT-------T-------TGCATGAGACGATAG-T---AAAT---T---TAT--AT-TTTCTC--AAA-TGA--TAG-------------A---AG-ACAT-C--TGCG-TG--CC-GT---TA-T-AC-TTTT--TTTTTC------AAA-A---T-GTAAAGAA----AT--ATT---TCAATT-------CATC-A--ACTTT-TCT------TAA---AT--TCA
gi|12 : AG--GC-T-GA-TTTTACAG-GC---G--CG-GTC-AAATT-TTAA------AAATATCTCAAAT-AAATGCGA-TG-AT----TCA--GAAAT---ACCCTTGAAATAAAAAAAA---AAATCGGGAAAG-A--AATAGTAAT---GG--------CA--TA---AAGCGATGG---------AATAAT
gi|13 : TACAGA-C-CCTT--AA-G-TG--TG-----C-TA------CTAACCC--A--CTTG-CAAG-------------A---AACG-C------TGAA-AGC-----TTC--GCACGG---AACG-AA----GA--ATGG--TCT--------GCA---TGGAA-T-G-G-TGA-GTGG---TTTGCACG
gi|14 : GA-C-CCT---AAAG-CG--TG-----T-TA------CTACCCC--A--CTTG-TACGGA--------ACGA---AACG-C------TGAA-CGG-----TT---GCACGA---AACG-CT----GA--ACGG--TTT--------GCA---CGGAA-C-G-C-TGA-ATGG--Ta
gi|15 : GCTATAGCAA-T--G-----------CAAA------TATGTCT---GC-TAACATGCATG-AAGC--AT--AAGT---ACAA--ACTAC---AA-TA---TATG--T--ATACCTCTGTGTTG-GAATCA-Cccg
gi|16 : TACAGA-C-CCT---AA-AATG--TG-----C-TA------TTACCCC--A--CTTA-AACGG----------------AACGA
gi|17 : AG-----GTA----A-A--AAAG--GAAAGA-------GAGAC----AT-GGA-------AAAT-TGC-G-AC-AT---TG-TTaa
gi|18 : GA-CGCCT---AAAG-CGCTTG-----C-TA------CTACCCC--ACTCTTG-CACGGA--------A--
gi|2 : TAATATAATGAACTACAGA-C-C-T---AACG-CG--TGTA---C-TAAGCCTTTTATCCC--A--TGTT-CATTGG--------A--T---A-CGA--------AAA-CGA-----TTC--TT--GA---AACG-------GA--ACG---------------CAGAGCGGAA-C-A-CGTGAGACG---TTTTGCACGAAACGA---------AAG------------------CGCTTTA----------------A---AC-GGTT-------TGCACG-ATACGTAA---CGCTTCTA------AACG-------GTCTTGCA-CTGA-A--CG---GG--------ACTGCTTGAACGTTC--------TGGAATGATGACAACCGGTA---TA-G--GGCCGGGGGCCTT-----------G------CGACGCTTTGTGGAGAAGATGGTGATCTAGTTTACATTAAATGGTTGAGGGCCAATGGCCCTGGTACATTTATGTAACGCTGGTACTTCGG--GT-CTAA-TCTTACGG-GT---GGCCG-ATTCAAATT-CT-AT-----ATAAATCT----TATTCCGCAA-TG-c
gi|2 : T-GCAAGTA---AA---AT-G---------AATA---TC-TGGCTGCC-ACTCTTGGTATTGTT-TTTATTT--------AT---TA-CACTTTAA--TTTATC-----AAAACGAAA-ATAAAAA-ATA--AAAGACCTGTTG-AAAGCAG-----GTATAAGA-A--AA-G--GAAGT--------GAGAC----ATTGCA-------AAATACGCCG-ACAGT---TGATTCTCACGAAGTTGATA--CCGAATTATATACTTATG----CTTTCGTTTGTTGAA-------ATTCTCACAAAA-ATAAGTGGCACATA--AT-G-TGTA-ATATCGT-T-------ATG-TA-CAAACTGCAACAATAATTTCA-----------TAAA------TG-TTCT---AC-CA----GCGTTATAG-------AAGCTGTACAA--AATATTGAGA-TAACTTATGTTT--ATTCATCTATTTTG-GAATCATCAAAGCAACAGTACGTT-GTTAATG--TTGTTAC---GATAGTTTACAG--GTAATCGTTTA--CAGTAAC-CCAGTCTTAAAAT-T--TCT-GTAAAT----TCA---TGTTCACT---------------ATTGAAAGTTTTTTCTATGATTATTGGTTTCGTTCT---CC--GA--GAT-GG-TGACCGCACCGA------CACCA----T-----TA-----------AATGCTG----TAC-CAAT-C--TG-AAA---ATAGTTTAGT-G-TT-ACCAGGT-GT-----AA----TATA-A---CTG-ATAGTA--------A------------------CATACGGC-ATAGTA---AGATTCATAA-TAGTTAT-TTTGTC----A-CGAACCA-T---G----GATTA------GCATG---TGCGGTG-TCC-GT--ATA-TGATATTAT--TTGTTCAGTC--AAATA---TAATAAAAAA----AC--ATT---TT-ATTC------CATA-A--AGGTTATCTTGAGAATAA---ATAGCAACATTG-G--TAAAATC-CCAAATG-GAATTCGA----AGGGAT---GGTGTCCG--CTAA-----TTCT----GGTAAA-ATTATTAG-----ATGGC--ACGTG---------CT----GT----TTAAGAAGAGG----A--TTG--TGTAATCC-AT-GCGAA-TTCG--AA--GG-------TTG---TTCGCACCTA---GAAG---ATT---------TGAG-AGTT-CCT--GAGTTTCCTAAGCTTGGAACG--TCTTGCAAAAAAGGTG--TGAAATAGTTATTGAATCGAG--CGA----GATACCcaagtaaaatgaatatctggctgccactcttggtattgtttttatttattacactttaatttatcaaaacgaaaataaaaaataaaagacctgttgaaagcaggtataagaaaaggaagtgagacattgcaaaatacgccgacagttgattctcacgaagttgataccgaattatatacttatgctttcgtttgttgaaattctcacaaaaataagtggcacataatgtgtaatatcgttatgtacaaactgcaacaataatttcataaatgttctaccagcgttatagaagctgtacaaaatattgagataacttatgtttattcatctattttggaatcatcaaagcaacagtacgttgttaatgttgttacgatagtttacaggtaatcgtttacagtaacccagtcttaaaatttctgtaaattcatgttcactattgaaagttttttctatgattattggtttcgttctccgagatggtgaccgcaccgacaccattaaatgctgtaccaatctgaaaatagtttagtgttaccaggtgtaatataactgatagtaacatacggcatagtaagattcataatagttattttgtcacgaaccatggattagcatgtgcggtgtccgtatatgatattatttgttcagtcaaatataataaaaaaacattttattccataaaggttatcttgagaataaatagcaacattggtaaaatcccaaatggaattcgaagggatggtgtccgctaattctggtaaaattattagatggcacgtgctgtttaagaagaggattgtgtaatccatgcgaattcgaaggttgttcgcacctagaagatttgagagttcctgagtttcctaagcttggaacgtcttgcaaaaaaggtgtgaaatagttattgaatcgagcgagatacccagatt
gi|3 : taatataatgaactacagacctaacgcgtgtactaagccttttatcccatgttcattggatacgaaaacgattcttgaaacggaacgcagagcggaacacgtgagacgttttgcacgaaacgaaagcgctttaaacggtttgcacgatacgtaacgcttctaaacggtcttgcactgaacgggactgcttgaacgttctggaatgatgacaaccggtatagggccgggggccttgcgacgctttgtggagaagatggtgatctagtttacattaaatggttgagggccaatggccctggtacatttatgtaacgctggtacttcgggtctaatcttacgggtggccgattcaaattctatataaatcttattccgcaaTAATATTATAAACTACAGA-C-CCT---AA-G-CG--TG-----C-TA------CTTACCT--A--CTTG-CACGAG--------A--A---AACG-C------TGAA-CGG-----TTT--GCACGAT--AACG-CT----GA--ACGG--TTT--------GTA---CGGAA-CTG-C-TGA-ACGG--TTTTGCACGGAACGATGAANNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGTCTGCCCGGAACA---GTG-A---AT-GGTT-------TGAACGGA-ACG-AAA--TGCTT-TA------AACG-------AT-TTGCC-TGAA-A--CG----A--------AACGCTT----------------TGAAA----------CTGTA---------GGC---GGACTTG-----------N------NNNN----NNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAG--GT-C-AA-TTTTACGG-GT---G--CG-ATT-AAATT-CT-A------AAATATCT----T-TAACGCAA-TG-AT----TCA--T--AT---A---TT----------AAA---AAACTGGGAAAG-A--AATAGTAAT---GG---TCT-ACAATTA---AA---AT-G---------AATAATATC-TG-TT-CC-AC--TTGGCATTATT-TT-ATTTCT-----AAT---AA-CAATT-AA--TT-ATC-----AAG-TGAAA-A----AA-ATG--AA-GAC-TGTAGGAAAGCAC-----GTA----A-A--AA-G--GATGGA-------GAGGC----AT-GCA-------TAAT-CGC-A-AC-GT---TG-TTCGC---AAGT-GTTA--C--GATTAT-TA-TTA------AT-------GC-GAA-------ATTCTCAC-AAA-ATA--TGCTAT-TA--AT--ATATACATA-CATGT-------ATGC-AGCAA--TGCTACAATAA-TTCA-----------TAAA------TGTTTCT---AC-TA----GCGTT-TAGT--AT--AAGC---ACAA--AATAT---AA-TA---TATG--T--ATACCTGTATGTTG-GAATCA-CAAAGGAACAGTGCG-T-GTTAATG--TTGTGC----GATAGTT--CAA--GT-ATTATAT---CAAT-AC-C---TCTTCAGAA-T--TAT-ATAAAA----TCA---TG-TCACT---------------ATTGAA------------GA--------TTCGTTTT---CC--AA--GAT--T-TG-CCG-ACCGA------CCCAA----TACTG-TA-----------AAT-TTG----TAC-CAA--C--TG-AAA---ATATTTT-AT-GTTT-ACCA--C-GT-----AA----TATATAT--TTATATATTA-----TCTAT-----------T---TCCATGAGACGATAG-A---AAAT---TAA-TATTTAT-TTTTTCCAAGA-TGAAATAGT---A----GCTTA--TAG-ACATG---TGCGGTG-T-C-GT--TTA-T-AT-TTTT--TTTTTC--TC--AAA-A---T-GTAAAAAA----AC--ATT---TTCATT-------CATCTA--ACTTTTTCT------TAA---AT--TCA--TTGTA--AAAAATCACC------GAATTGGA----AGGT-T---TGTGTCCG--CTAA-----TTCT---AGGTAAA-AT-GATA----TTA-GATCGGCGCG---------GT----GT----TTAAAAAAAGAGAACA--TTG--TTTAATCCAATGGCAAA-TTCG--AA-GGG-------TTT---TTCGCAACAA---AAGA---AAT---------T-AG-A-TC-CCT-AGAGTTTCCTAAGCTTGG-ACG--TCTAGCAAAAAAGGTG--TGAAATA--TATTGAGTCGGG--CGA----GATACCAG-ATTcagatt
gi|4 : tTCATTCT---CC--GG--GATTGT-T--CCGTACCCA------CACAAT---TACTGCTA-----------CAT-TTGTTGCTAA-CAA--CCTTATAAA---ATATTTTTAT-G-TT-ACCA--CTGTTTGAAAA----CATATA-----ATATATTACTAATTTTGT-------TTCATTTCTCCATGAGACGATTG-AGTTAAATG--TAAGTA---AT-TTT-TCCGAAATCGATATAGT---AAAGTGCATATTTAG-ACATGCTTTACTCTGCTAC-GT--ATATT-AT-TTGTGGTTTTTC--TCAAAAA-A---T-GTTAATAATACCAT--ATT---TTCAtaa
gi|4 : TG--TTTAATCG-ATGGCAAA-TTCGATAA-TGGAGACTTTTTT---TTCGCAACGAGATAATA---ATTTTAATCTTAT-AG-AGTC-ACT-Agatatcacgagccctgatatattctataacatatcaatattgccttagtaaacatactgacagtgctcaatcatttggataatgatttttgtgtcctggctaaatgtgctataggtatatattgtattgtgtatagatactcgcaggtgtggctctgttgttgcgtgatctataaaataaaaagtaactaagtgtgtttaatcgatggcaaattcgataatggagacttttttttcgcaacgagataataattttaatcttatagagtcactaag
gi|5 : tcattctccgggattgttccgtacccacacaattactgctacatttgttgctaacaaccttataaaatatttttatgttaccactgtttgaaaacatataatatattactaattttgtttcatttctccatgagacgattgagttaaatgtaagtaatttttccgaaatcgatatagtaaagtgcatatttagacatgctttactctgctacgtatattatttgtggtttttctcaaaaaatgttaataataccatattttcagatatcacgagccctgatatattctataacatatcaatattgccttagtaaacatactgacagtgctcaatcatttggataatgatttttgtgtcctggctaaatgtgctataggtatatattgtattgtgtatagatactcgcaggtgtggctctgttgttgcgtgatctataaaataaaaagtaactaagtg---AA-G-CG--TG-----CATA------C----CC--A--CTTG-CACT-----------------AACGA---------AA-CGA-----TTC--TT--GA---A----CT----GA--ATCC--TTT--------GCA---CGAAA-C-GTC-TGA-ACGG--TTTCGCACGGAACGATCAA-CGATGAA------------------CGGTCTGCCTGGAACG---GTG-A---AC---TT-------T----------T-AA---CGCTT-TA------AACG-------GT-TTGCA-CGAA-A--CG---GAAAGATTTGAACGTTT-------CTTGAATGATGAAA----------CGGTA---TAGG--GGCG--GGGCTTG-----------N------NNNN----NNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAG--GT-C-GATTTTTACGG-GT---G--CG-ATT-AAATT-CT-A------AAATATCT----T-TAACGCAA-TGAAA----ACA--T--AT---A---TT----------AAA---AAAT-GGGAAAG-A--AATAG-AAT---GG---CCT-ACAAATA---AA---AT-G---------AAT-ATATC-TG-CT-CC-AC--TTGGTTTTGAT-TT-ATTTTT-----AAT---TA-CAATT-AA--TT-ATC-----AAA-CGAAA-AG---AA-ATATTAA-GAC-TGTTTTAAAGCAG-----GTA----A-A--AA-AGCGAAGAA-------GAGAC----AT-GCA-------AAAT-CGC-A-AC-GT---TG-Tag
gi|6 : aagttgatctgtgatgtacaatcgaTTACGG-GT---G--CA-ATT-AACTT-CT-A------ATATAT
gi|6 : A--AATAT---AA-TG---TAGG--T--AAACCTCTATGTTG-GAATCA-TGAAGGAACA----A-T-GTTAAGG--CTGTGTGGTAGATAGTT--AAG--G----TATTT---TGAT-AT-C---TATTCAGAA-TTATAT-ATAAAA----TCA---TG-TCACTATTTAAAGTTTATCCATTGAA------------AA--------TTGGTTTT---CA--GGCCGCT-TTGTG-CCG-ATCGA------CCCAG----TACT--TA-----------AAatatataccggtatatatgataaagaaataacctttaaattaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctaaaataatgcaaatataatgtaggtaaacctctatgttggaatcatgaaggaacaatgttaaggctgtgtggtagatagttaaggtattttgatatctattcagaattatatataaaatcatgtcactatttaaagtttatccattgaaaattggttttcaggccgctttgtgccgatcgacccagtacttaaa
gi|7 : ttacgggtgcaattaacttctaatatatatatataccggtatatatgataaagaaataacctttaaattaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctaaaataatgcGA-C-CCT---AA-AACG--TG-----C-TA------CTATTCC--A--CTTG-CACAGA-----------------------------------------------ACGA---AACG--------A--A------------------A---CGAAA-C-G-------AC----TTTTGCAC-------TGAACCGT-AAA------------------CAGTCTGCACGAAACG---TCG-A---AC-GGTT-------TGCATG-A-AT---ATTTTGCAT-GA------AAC--------CC-TTACCACGAA-A--CGCTTG----------CCATTT-------C--------TAGAA----------TGATAACCTA-GTAGGC---GGGGCTG-----------GNNNNNNNNNN----NNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAG--GT-C-AA-TTTTACGG-GT---A--CG-ATT-AAATT-CT-AAAGTACATGTATCT----C-AAACACAA-TG-A
gi|8 : G--TGTAATCC-ATACAAAA-TTCG--AA-GGG-------TTT---TCCCCAAACA---AAGA---GCT-----------AG-AGTC-CCC--GAATTCCTTAAGCTAGG-ACT--TCTAGCAAAAAAGGTG--TGAAATGT-TACTGAGTC-GG--TGA----GACAaca
gi|9 : aaatatattggaacgcagctatagcagaccttttgcaaacgtaagagtaa---A---TT----------AAATACAAATCGGGAAAG-A--AGTATTAAT---TG---TCT-ATT-TTG---AA---AT-G---------AATA-TATC-TG-CT-CC-AC--TCAGTATTGTTCTT-AATTCT-----AAT---TA-CAATT--A--TT-AAT-----TGA-CGAAG-A----AATATA--A---AC-TATTGAAAAGCAG-----GTA----ACA--AA-G-----------------GAC----AT-GTT-------AAAT-CGC-A-AC-GG---TG-Tgttctcgattttag
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 111 11111 111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222 1111 77777777777777777777777777777 11111111111 6666666666666666666666666 222222 2222222222 11 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5555555555555555555 111111 222222 111111 2222 44444444444444444444444444 111 11 111 1111 11 111 111 222222222 22 22222 111 11 22222 2222 11 11111 1111 222222222 1111 2222222 1 111 111 444 2 22222 1 1 8888888888888888888888888888 1 1 222 2222222 1 1 4444444 11 11 1 44444444444 222222 111 1 2222 1 2222222 111 11 111 111 11111 11111111 11 333333 11 11111 222 1 1 111 1111 1 2222 111 1 9999999999999999999999999999999999999999999 111 111111 1111 11 222222 44444444444444444444444 1 2222 1 33333 1 111 1 1 1 1111 33333333333 3333 8888888888888888888888888 1 11111 222 111 11 111 44444444444444444 222 11 111 111 1 11 222222 111 1111 11 111 4444444 1111 222222 222222222222 2222 444444 5555555555555 11 33333 3333 1 11 888888888888888888888888888888888888888 2222222 11 11 11 2222222 111 222 44444444444444444 11 1 11 11 22 11 2222 1
lowQualScore : 1 4 4 111 888 55 55555 4 111111 44 55 55 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 5 5 000 5 66 0 1111 77777777777777777777777777777 7777 33333333333 6 3333333333333333333333333 8 333333 9999999999 8 8 11 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 1 1 2222222222222222222 333 22 1 333 1 99 6 77 6 5 000000 5 5 5 5 222222 1 666666 6 6 1111 22222222222222222222222222 444 0 8 8 11 0 444 7777 6 00 111 111 6 666666666 777 8 8 8 8 88 8 8 1 3 00000 444 8 88 11 8 00000 8 8 5555 8 11 88 8 8 66666 4444 6 99 6 99 555555555 4444 6 1111111 3 111 6 111 6 444 6 66666 7 3 2 6666666666666666666666666666 3 3 555 7 7777777 2 3 0 6 3333333 44 6 88 1 0 3 77777777777 888888 3 777 0 1111 0 8888888 777 2 11 444 8 444 77777 8 0 8 2 3 33333333 3 33 111111 33 66666 777 2 0 0 777 4444 0 1111 777 0 0000000000000000000000000000000000000000000 444 222222 6666 8 44 333333 1 00000000000000000000000 0 1111 0 77777 0 777 0 9 0 5 0 7777 22222222222 3 4444 3 3333333333333333333333333 0 88888 222 0 8 111 8 8 66 8 222 22222222222222222 8 444 00 333 8 999 8 6 8 1 11 555555 8 444 8 1 7777 11 444 5 3333333 4444 9 888888 444444444444 7777 7 888888 0000000000000 88 33333 0000 3 22 444444444444444444444444444444444444444 6666666 11 0 8 8 8 99 33 6666666 444 3 222 22222222222222222 8 8 88 6 0 33 33 33 1 2 33 1111 5
lowQualScore : . . . ... ... .. ..... . ...... .. .. .. . ........................................................................................ ... . . ... . .. . .... ............................. .... ........... . ......................... . ...... .......... . . .. ................................................................................................................ .. . . ................... ... .. . ... . .. . .. . . ...... . . . . ...... . ...... . . .... .......................... ... . . . .. . ... .... . .. ... ... . ......... ... . . . . .. . . . . ..... ... . .. .. . ..... . . .... . .. .. . . ..... .... . .. . .. ......... .... . ....... . ... . ... . ... . ..... . . . ............................ . . ... . ....... . . . . ....... .. . .. . . . ........... ...... . ... . .... . ....... ... . .. ... . ... ..... . . . . . ........ . .. ...... .. ..... ... . . . ... .... . .... ... . ........................................... ... ...... .... . .. ...... . ....................... . .... . ..... . ... . . . . . .... ........... . .... . ......................... . ..... ... . . ... . . .. . ... ................. . ... .. ... . ... . . . . .. ...... . ... . . .... .. ... . ....... .... . ...... ............ .... . ...... ............. .. ..... .... . .. ....................................... ....... .. . . . . .. .. ....... ... . ... ................. . . .. . . .. .. .. . . .. .... .
lowQualScore : 0 4 4 000 888 55 55555 0 555555 11 55 55 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 888 0 0 666 0 99 1 9999 77777777777777777777777777777 0000 77777777777 7 2222222222222222222222222 0 000000 2222222222 0 0 00 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 00 0 0 6666666666666666666 666 00 6 000 0 22 7 33 7 7 111111 7 7 7 7 111111 0 888888 7 7 2222 55555555555555555555555555 000 8 2 0 00 8 000 8888 7 77 777 777 7 777777777 999 0 0 0 0 44 0 0 4 2 00000 000 0 88 00 0 00000 0 0 0000 0 00 88 0 2 77777 2222 7 22 7 22 888888888 2222 7 7777777 3 333 7 777 7 000 7 77777 3 3 0 3333333333333333333333333333 3 3 777 3 7777777 0 3 7 7 3333333 00 7 33 2 0 2 55555555555 888888 2 555 0 2222 0 5555555 555 5 00 000 0 000 88888 0 8 0 0 2 22222222 2 88 555555 88 22222 555 0 0 0 555 8888 0 2222 555 0 0000000000000000000000000000000000000000000 000 222222 8888 0 44 000000 0 66666666666666666666666 0 2222 0 55555 0 555 8 8 0 5 0 8888 00000000000 2 5555 2 8888888888888888888888888 0 22222 000 8 0 888 0 2 44 0 222 88888888888888888 0 222 00 888 0 888 0 0 0 0 00 888888 0 000 0 0 0000 00 000 0 8888888 8888 8 888888 555555555555 7777 3 333333 7777777777777 33 33333 7777 3 77 000000000000000000000000000000000000000 7777777 00 6 0 2 0 00 00 0000000 000 2 000 00000000000000000 0 0 66 5 0 88 88 88 2 5 88 2222 5
consensus : NTAATATNATGAACTACAGA-C-CCT---AA-G-CG--TG-----C-TA------CTACCCC--A--CTTG-CACGGG--------A--A---AACGAC------TGAA-CGA-----TTC--GCACGA---AACG-CT----GA--ACGG--TTT--------GCA---CGGAA-C-G-C-TGA-ACGG--TTTTGCACGGAACGATGAACCGA-AAA------------------CGGTCTGCCCGGAACG---GTG-A---AC-GGTT-------TGCACG-A-ACG-AA---CGCTT-TA------AACG-------GT-TTGCC-CGAA-A--CG---GA--------AACGCTT-------C--------TGAAA----------CGGTA---TA-G--GGC---GGGCTTG-----------G------CGAC----TGTG----AGNNGGTGATNTAGTTTACATNAAATG---------CAG------NGGNNCGTNNACGTNNNGCTGGTACNTCAG--GT-C-GA-TTTTACGG-GT---G--CG-ATT-AAATT-CT-A------ANATATCT----T-TAACGCAA-TG-AT----TCA--T--AT---A---TT----------AAA---AAATCGGGAAAG-A--AATAGTAAT---GG---TCT-ACAANTA---AA---AT-G---------AATAATATC-TG-CT-CC-ACT-TTGGTATTGTT-TT-ATTTCT-----AAT---TA-CAATT-AA--TT-ATC-----AAA-CGAAA-A----AA-ATA--AA-GAC-TGTTGGAAAGCAG-----GTA----A-A--AA-G--GAAGGA-------GAGAC----AT-GCA-------AAAT-CGC-G-AC-GT---TG-TTCTCA--AAGT-GTTA--C--GATTAT-TACTTATG----AT-------GC-GAA-------ATTCTCAC-AAA-ATA--TGCTATATA--AT-GATATACATA-CGTGT-------ATGCTAGCAA--TGCTACAATAA-TTCG-----------TAAA------TGTTTCT---AC-TA----GCGTT-TAGT--AT--AAGC---ACAA--AATAT---AA-TA---TATG--T--ATACCTCTATGTTG-GAATCA-CGAAGGAACAGTGCG-T-GTTAATG--TTGTNCG---GATAGTT--CAG--GTAATTATTT---CGAT-AC-C---TCTTCAGAA-T--TAT-ATAAAA----TCA---TG-TCACT---------------ATTGAA------------GA--------TTCGTTTT---CC--GA--GAT-GT-TG-CCGTACCGA------CNCAA----TACTG-TA-----------AAT-TTG----TAC-CAA--C--TG-AAA---ATATTTTAAT-GTTT-ACCA--C-GT-----AA----CATATA---TTATATATTA-----TTTAT-------T--AT---TCCATGAGACGATAG-A---AAAT---TAA-TATTTAT-TTTCTCCGAAA-CGAAATAGT---G----GCTTA--TAG-ACATGC--TGCGGTG-TCC-GT--NTA-T-AT-TTTT--TTTTTC--TC--AAA-A---T-GTAAANAA----AC--ATT---TTCATTC------CATC-A--ACTTTATCT------TAA---AT--CCAC-TTG-A--TAAAATCACC----G-GAATTCGA----AGG--T---TGTGTCCG--CTAA-----TTCT---AGGTAAA-ATCGATAG---TCATGATCGGCGCG---------GT----GT----TTAAGAAAAGAG-ACA--TTG--TTTAATCC-ATGGCAAA-TTCG--AA-GGG-------TTT---TTCGCAACGA---AAGA---ATT---------T-AG-AGTC-CCT-AGAGTTTCCTAAGCTTGG-ACG--TCTAGCAAAAAAGGTG--TGAAATA--TATTGAGTCGGG--CGA----GATACCAGTATT
Reference ( family-1935 ) : NTAATATNATGAACTACAGA-C-CCT---AA-G-CG--TG-----C-TA------CTACCCC--A--CTTG-CACGGG--------A--A---AACGAC------TGAA-CGA-----TTC--GCACGA---AACG-CT----GA--ACGG--TTT--------GCA---CGGAA-C-G-C-TGA-ACGG--TTTTGCACGGAACGATGAACCGA-AAA------------------CGGTCTGCCCGGAACG---GTG-A---AC-GGTT-------TGCACG-A-ACG-AA---CGCTT-TA------AACG-------GT-TTGCC-CGAA-A--CG---GA--------AACGCTT-------C--------TGAAA----------CGGTA---TA-G--GGC---GGGCTTG-----------G------CGAC----TGTG----AGNNGGTGATNTAGTTTACATNAAATG---------CAG------NGGNNCGTNNACGTNNNGCTGGTACNTCAG--GT-C-GA-TTTTACGG-GT---G--CG-ATT-AAATT-CT-A------ANATATCT----T-TAACGCAA-TG-AT----TCA--T--AT---A---TT----------AAA---AAATCGGGAAAG-A--AATAGTAAT---GG---TCT-ACAANTA---AA---AT-G---------AATAATATC-TG-CT-CC-ACT-TTGGTATTGTT-TT-ATTTCT-----AAT---TA-CAATT-AA--TT-ATC-----AAA-CGAAA-A----AA-ATA--AA-GAC-TGTTGGAAAGCAG-----GTA----A-A--AA-G--GAAGGA-------GAGAC----AT-GCA-------AAAT-CGC-G-AC-GT---TG-TTCTCA--AAGT-GTTA--C--GATTAT-TACTTATG----AT-------GC-GAA-------ATTCTCAC-AAA-ATA--TGCTATATA--AT-GATATACATA-CGTGT-------ATGCTAGCAA--TGCTACAATAA-TTCG-----------TAAA------TGTTTCT---AC-TA----GCGTT-TAGT--AT--AAGC---ACAA--AATAT---AA-TA---TATG--T--ATACCTCTATGTTG-GAATCA-CGAAGGAACAGTGCG-T-GTTAATG--TTGTNCG---GATAGTT--CAG--GTAATTATTT---CGAT-AC-C---TCTTCAGAA-T--TAT-ATAAAA----TCA---TG-TCACT---------------ATTGAA------------GA--------TTCGTTTT---CC--GA--GAT-GT-TG-CCGTACCGA------CNCAA----TACTG-TA-----------AAT-TTG----TAC-CAA--C--TG-AAA---ATATTTTAAT-GTTT-ACCA--C-GT-----AA----CATATA---TTATATATTA-----TTTAT-------T--AT---TCCATGAGACGATAG-A---AAAT---TAA-TATTTAT-TTTCTCCGAAA-CGAAATAGT---G----GCTTA--TAG-ACATGC--TGCGGTG-TCC-GT--NTA-T-AT-TTTT--TTTTTC--TC--AAA-A---T-GTAAANAA----AC--ATT---TTCATTC------CATC-A--ACTTTATCT------TAA---AT--CCAC-TTG-A--TAAAATCACC----G-GAATTCGA----AGG--T---TGTGTCCG--CTAA-----TTCT---AGGTAAA-ATCGATAG---TCATGATCGGCGCG---------GT----GT----TTAAGAAAAGAG-ACA--TTG--TTTAATCC-ATGGCAAA-TTCG--AA-GGG-------TTT---TTCGCAACGA---AAGA---ATT---------T-AG-AGTC-CCT-AGAGTTTCCTAAGCTTGG-ACG--TCTAGCAAAAAAGGTG--TGAAATA--TATTGAGTCGGG--CGA----GATACCAGTATT
gi|1 : ACAGA-C-AAT---AAAG-CG--TGACTTCC-TA------CT--CTC--A--TTAG-CACGAG--------A--ACGAAACGACAAGCCATGAAACGAGTCTCTTT--TCAGGA---ACCGGCTTCCAGATAACAGAGTTT--------GTA---CGGA--C-G---TGA-ACGG--TTA-GCACGG--CGATGAAC--------------------------GGTCTGCCCGGAACGCGTGTG-AGAAACAGGTTCCAATCTTATATT-A-A---AA---CGCTG-TGTAACGTAACGAATAAACGC-TTGTC-TGAATAGCCG---AA--------AACGCTT----------------TGAAA----------CGGTA---------GGC---GGG-TTGCGAACGTATATG------TGAT----TATG----AATAGGTGATATAGTTTACATGAAATG---------TAG------AGAGCAGTGAACTTTTAGTTGGTATATCAGACGTAC-AA-TTTCACGGCGTCTCG--CATACT-AAATTACT-G------ATAAAT-T----C-TCATGCAACTG-GTAATTTCAATT--ATTTGA---TT----------AAA---AA-TGGGGAAAGCACTAATAGTAATCGGGGCTCTCTCACAAGTATAAAA---AT-ACCATTAGTAAATAAT-TCATG-TT-CCCACT-TTGGCATTATT-TT-GATTCTTGCATAATATTTATCAATT-AAAGTT-ATTCGCCTACA-TGAAACA----AA-ATC--AA-GGA-AATTCGGTAACAGACTGAGTA----A-AGCAC-G--GAAGGAAGCATTTGTGACTATAAT-GCATCCAATTAAGTTCAT-GCAC-GTAAACG-ATATCAGCAAGTAGTTAATC--GAT-AT-TATTTATGTAAAAT-------GC-GGATTTTACAATTCTCAC-AAATATA---GCTATATATAATCGAAATATATA-CATGTCTCGTTAATGCTAGCAA--TGCTCTATTAA-TTCGAGGAGTTCGTTTAAACATCCCTGTTTCCTGAACATA----GCGTT-TCGTCTATCCAAGC---A-AACTAATAT---AAATA---TATG--GGGATACCGATGTGTGGTGAA-CA-CAAAGGA-CAG-GCG-TAGTTA-TGGTTTGTCCA---GATAGTT--CAAAAGTAATTATTTTCGCAAT-ACGC---TCTTCGGAAAT--TATTATGGAAGGCATCGAATTG-TCACT---------------ATTGAAT-----------GA--------TTGATTTTATTCCATGA--GAT-GT-TG-CCGT-TCGATTAGAGCTTAACCACTACTG-TACTCAAGAACTTAAT-TTG----TACTCAAGTCA-TG-AAATTAATACTTTAATTGTTTCACCA--C-GT-----GAAACTCATATAATGTTATGTATTA-----TTTACAGTTGTAT--AC---TCGATCAGGT-ATAT-A---AAAT---TAA-TATTTATATGGCGCCAAAA-TG--ATAGTTAAG----GCTAA--TAGAAAATGT--TGC-GTG-TCCAGTTCTCA-TAAT-TTTA--TTTTTCT-TC--AAA-AATTT-ACAAATAA----ACTTATTGGCCTCTTTCCCTTTGCATC-AAGACTTTATCT------TAATCTCT--CCAC-TTG-ATTTAAAATCAAC----GCAAATTCGAATTTAAG--TTCATGTGTCCGTTCTCAGATCTTTCTGAGAGTTAAATATCAATAGTTTTCATGATCGG-GCGAGCTAAAACGTTAGAGTAGAATTAAGCAAAGAG-ACAATTTGTCTTTAGT-C-ATCGCAAATTTCGT-AACGGG-------TTTTTGTTCG-AACGAT--AAGAAGTATC---------T-AGTAGTCACCTAAGAGTTTC--ACACTTGG-ATGGCTCTAGCAAAAAAAACGGATGTAATA--TAATTTGTCGGGCTCGATTTGGATACCAGTATT
gi|10 : aattacctgatatcACAGAAC-CCTTAAAA-A-CG--TG-----C-TA------CTACCCCCCA--CTTGGCACGGGTTTACGGAAC-A---AACCAA------AAAA-CGA-----TTCTTGAACGGGGCAACGGTT----GA--ACGG--TTTTTTTTACCCCC---CAAAACC-G-CTTAA-ACGGGTTTTTG-------CGAT-----GA-AAA------------------CGGTTTGAAT-GAACA---ATGAA---AC-GGaat
gi|11 : TTA-----TTTAT-------T-------TGCATGAGACGATAG-T---AAAT---T---TAT--AT-TTTCTC--AAA-TGA--TAG-------------A---AG-ACAT-C--TGCG-TG--CC-GT---TA-T-AC-TTTT--TTTTTC------AAA-A---T-GTAAAGAA----AT--ATT---TCAATT-------CATC-A--ACTTT-TCT------TAA---AT--TCA
gi|12 : AG--GC-T-GA-TTTTACAG-GC---G--CG-GTC-AAATT-TTAA------AAATATCTCAAAT-AAATGCGA-TG-AT----TCA--GAAAT---ACCCTTGAAATAAAAAAAA---AAATCGGGAAAG-A--AATAGTAAT---GG--------CA--TA---AAGCGATGG---------AATAAT
gi|13 : TACAGA-C-CCTT--AA-G-TG--TG-----C-TA------CTAACCC--A--CTTG-CAAG-------------A---AACG-C------TGAA-AGC-----TTC--GCACGG---AACG-AA----GA--ATGG--TCT--------GCA---TGGAA-T-G-G-TGA-GTGG---TTTGCACG
gi|14 : GA-C-CCT---AAAG-CG--TG-----T-TA------CTACCCC--A--CTTG-TACGGA--------ACGA---AACG-C------TGAA-CGG-----TT---GCACGA---AACG-CT----GA--ACGG--TTT--------GCA---CGGAA-C-G-C-TGA-ATGG--Ta
gi|15 : GCTATAGCAA-T--G-----------CAAA------TATGTCT---GC-TAACATGCATG-AAGC--AT--AAGT---ACAA--ACTAC---AA-TA---TATG--T--ATACCTCTGTGTTG-GAATCA-Cccg
gi|16 : TACAGA-C-CCT---AA-AATG--TG-----C-TA------TTACCCC--A--CTTA-AACGG----------------AACGA
gi|17 : AG-----GTA----A-A--AAAG--GAAAGA-------GAGAC----AT-GGA-------AAAT-TGC-G-AC-AT---TG-TTaa
gi|18 : GA-CGCCT---AAAG-CGCTTG-----C-TA------CTACCCC--ACTCTTG-CACGGA--------A--
gi|2 : TAATATAATGAACTACAGA-C-C-T---AACG-CG--TGTA---C-TAAGCCTTTTATCCC--A--TGTT-CATTGG--------A--T---A-CGA--------AAA-CGA-----TTC--TT--GA---AACG-------GA--ACG---------------CAGAGCGGAA-C-A-CGTGAGACG---TTTTGCACGAAACGA---------AAG------------------CGCTTTA----------------A---AC-GGTT-------TGCACG-ATACGTAA---CGCTTCTA------AACG-------GTCTTGCA-CTGA-A--CG---GG--------ACTGCTTGAACGTTC--------TGGAATGATGACAACCGGTA---TA-G--GGCCGGGGGCCTT-----------G------CGACGCTTTGTGGAGAAGATGGTGATCTAGTTTACATTAAATGGTTGAGGGCCAATGGCCCTGGTACATTTATGTAACGCTGGTACTTCGG--GT-CTAA-TCTTACGG-GT---GGCCG-ATTCAAATT-CT-AT-----ATAAATCT----TATTCCGCAA-TG-c
gi|2 : T-GCAAGTA---AA---AT-G---------AATA---TC-TGGCTGCC-ACTCTTGGTATTGTT-TTTATTT--------AT---TA-CACTTTAA--TTTATC-----AAAACGAAA-ATAAAAA-ATA--AAAGACCTGTTG-AAAGCAG-----GTATAAGA-A--AA-G--GAAGT--------GAGAC----ATTGCA-------AAATACGCCG-ACAGT---TGATTCTCACGAAGTTGATA--CCGAATTATATACTTATG----CTTTCGTTTGTTGAA-------ATTCTCACAAAA-ATAAGTGGCACATA--AT-G-TGTA-ATATCGT-T-------ATG-TA-CAAACTGCAACAATAATTTCA-----------TAAA------TG-TTCT---AC-CA----GCGTTATAG-------AAGCTGTACAA--AATATTGAGA-TAACTTATGTTT--ATTCATCTATTTTG-GAATCATCAAAGCAACAGTACGTT-GTTAATG--TTGTTAC---GATAGTTTACAG--GTAATCGTTTA--CAGTAAC-CCAGTCTTAAAAT-T--TCT-GTAAAT----TCA---TGTTCACT---------------ATTGAAAGTTTTTTCTATGATTATTGGTTTCGTTCT---CC--GA--GAT-GG-TGACCGCACCGA------CACCA----T-----TA-----------AATGCTG----TAC-CAAT-C--TG-AAA---ATAGTTTAGT-G-TT-ACCAGGT-GT-----AA----TATA-A---CTG-ATAGTA--------A------------------CATACGGC-ATAGTA---AGATTCATAA-TAGTTAT-TTTGTC----A-CGAACCA-T---G----GATTA------GCATG---TGCGGTG-TCC-GT--ATA-TGATATTAT--TTGTTCAGTC--AAATA---TAATAAAAAA----AC--ATT---TT-ATTC------CATA-A--AGGTTATCTTGAGAATAA---ATAGCAACATTG-G--TAAAATC-CCAAATG-GAATTCGA----AGGGAT---GGTGTCCG--CTAA-----TTCT----GGTAAA-ATTATTAG-----ATGGC--ACGTG---------CT----GT----TTAAGAAGAGG----A--TTG--TGTAATCC-AT-GCGAA-TTCG--AA--GG-------TTG---TTCGCACCTA---GAAG---ATT---------TGAG-AGTT-CCT--GAGTTTCCTAAGCTTGGAACG--TCTTGCAAAAAAGGTG--TGAAATAGTTATTGAATCGAG--CGA----GATACCcaagtaaaatgaatatctggctgccactcttggtattgtttttatttattacactttaatttatcaaaacgaaaataaaaaataaaagacctgttgaaagcaggtataagaaaaggaagtgagacattgcaaaatacgccgacagttgattctcacgaagttgataccgaattatatacttatgctttcgtttgttgaaattctcacaaaaataagtggcacataatgtgtaatatcgttatgtacaaactgcaacaataatttcataaatgttctaccagcgttatagaagctgtacaaaatattgagataacttatgtttattcatctattttggaatcatcaaagcaacagtacgttgttaatgttgttacgatagtttacaggtaatcgtttacagtaacccagtcttaaaatttctgtaaattcatgttcactattgaaagttttttctatgattattggtttcgttctccgagatggtgaccgcaccgacaccattaaatgctgtaccaatctgaaaatagtttagtgttaccaggtgtaatataactgatagtaacatacggcatagtaagattcataatagttattttgtcacgaaccatggattagcatgtgcggtgtccgtatatgatattatttgttcagtcaaatataataaaaaaacattttattccataaaggttatcttgagaataaatagcaacattggtaaaatcccaaatggaattcgaagggatggtgtccgctaattctggtaaaattattagatggcacgtgctgtttaagaagaggattgtgtaatccatgcgaattcgaaggttgttcgcacctagaagatttgagagttcctgagtttcctaagcttggaacgtcttgcaaaaaaggtgtgaaatagttattgaatcgagcgagatacccagatt
gi|3 : taatataatgaactacagacctaacgcgtgtactaagccttttatcccatgttcattggatacgaaaacgattcttgaaacggaacgcagagcggaacacgtgagacgttttgcacgaaacgaaagcgctttaaacggtttgcacgatacgtaacgcttctaaacggtcttgcactgaacgggactgcttgaacgttctggaatgatgacaaccggtatagggccgggggccttgcgacgctttgtggagaagatggtgatctagtttacattaaatggttgagggccaatggccctggtacatttatgtaacgctggtacttcgggtctaatcttacgggtggccgattcaaattctatataaatcttattccgcaaTAATATTATAAACTACAGA-C-CCT---AA-G-CG--TG-----C-TA------CTTACCT--A--CTTG-CACGAG--------A--A---AACG-C------TGAA-CGG-----TTT--GCACGAT--AACG-CT----GA--ACGG--TTT--------GTA---CGGAA-CTG-C-TGA-ACGG--TTTTGCACGGAACGATGAANNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGTCTGCCCGGAACA---GTG-A---AT-GGTT-------TGAACGGA-ACG-AAA--TGCTT-TA------AACG-------AT-TTGCC-TGAA-A--CG----A--------AACGCTT----------------TGAAA----------CTGTA---------GGC---GGACTTG-----------N------NNNN----NNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAG--GT-C-AA-TTTTACGG-GT---G--CG-ATT-AAATT-CT-A------AAATATCT----T-TAACGCAA-TG-AT----TCA--T--AT---A---TT----------AAA---AAACTGGGAAAG-A--AATAGTAAT---GG---TCT-ACAATTA---AA---AT-G---------AATAATATC-TG-TT-CC-AC--TTGGCATTATT-TT-ATTTCT-----AAT---AA-CAATT-AA--TT-ATC-----AAG-TGAAA-A----AA-ATG--AA-GAC-TGTAGGAAAGCAC-----GTA----A-A--AA-G--GATGGA-------GAGGC----AT-GCA-------TAAT-CGC-A-AC-GT---TG-TTCGC---AAGT-GTTA--C--GATTAT-TA-TTA------AT-------GC-GAA-------ATTCTCAC-AAA-ATA--TGCTAT-TA--AT--ATATACATA-CATGT-------ATGC-AGCAA--TGCTACAATAA-TTCA-----------TAAA------TGTTTCT---AC-TA----GCGTT-TAGT--AT--AAGC---ACAA--AATAT---AA-TA---TATG--T--ATACCTGTATGTTG-GAATCA-CAAAGGAACAGTGCG-T-GTTAATG--TTGTGC----GATAGTT--CAA--GT-ATTATAT---CAAT-AC-C---TCTTCAGAA-T--TAT-ATAAAA----TCA---TG-TCACT---------------ATTGAA------------GA--------TTCGTTTT---CC--AA--GAT--T-TG-CCG-ACCGA------CCCAA----TACTG-TA-----------AAT-TTG----TAC-CAA--C--TG-AAA---ATATTTT-AT-GTTT-ACCA--C-GT-----AA----TATATAT--TTATATATTA-----TCTAT-----------T---TCCATGAGACGATAG-A---AAAT---TAA-TATTTAT-TTTTTCCAAGA-TGAAATAGT---A----GCTTA--TAG-ACATG---TGCGGTG-T-C-GT--TTA-T-AT-TTTT--TTTTTC--TC--AAA-A---T-GTAAAAAA----AC--ATT---TTCATT-------CATCTA--ACTTTTTCT------TAA---AT--TCA--TTGTA--AAAAATCACC------GAATTGGA----AGGT-T---TGTGTCCG--CTAA-----TTCT---AGGTAAA-AT-GATA----TTA-GATCGGCGCG---------GT----GT----TTAAAAAAAGAGAACA--TTG--TTTAATCCAATGGCAAA-TTCG--AA-GGG-------TTT---TTCGCAACAA---AAGA---AAT---------T-AG-A-TC-CCT-AGAGTTTCCTAAGCTTGG-ACG--TCTAGCAAAAAAGGTG--TGAAATA--TATTGAGTCGGG--CGA----GATACCAG-ATTcagatt
gi|4 : tTCATTCT---CC--GG--GATTGT-T--CCGTACCCA------CACAAT---TACTGCTA-----------CAT-TTGTTGCTAA-CAA--CCTTATAAA---ATATTTTTAT-G-TT-ACCA--CTGTTTGAAAA----CATATA-----ATATATTACTAATTTTGT-------TTCATTTCTCCATGAGACGATTG-AGTTAAATG--TAAGTA---AT-TTT-TCCGAAATCGATATAGT---AAAGTGCATATTTAG-ACATGCTTTACTCTGCTAC-GT--ATATT-AT-TTGTGGTTTTTC--TCAAAAA-A---T-GTTAATAATACCAT--ATT---TTCAtaa
gi|4 : TG--TTTAATCG-ATGGCAAA-TTCGATAA-TGGAGACTTTTTT---TTCGCAACGAGATAATA---ATTTTAATCTTAT-AG-AGTC-ACT-Agatatcacgagccctgatatattctataacatatcaatattgccttagtaaacatactgacagtgctcaatcatttggataatgatttttgtgtcctggctaaatgtgctataggtatatattgtattgtgtatagatactcgcaggtgtggctctgttgttgcgtgatctataaaataaaaagtaactaagtgtgtttaatcgatggcaaattcgataatggagacttttttttcgcaacgagataataattttaatcttatagagtcactaag
gi|5 : tcattctccgggattgttccgtacccacacaattactgctacatttgttgctaacaaccttataaaatatttttatgttaccactgtttgaaaacatataatatattactaattttgtttcatttctccatgagacgattgagttaaatgtaagtaatttttccgaaatcgatatagtaaagtgcatatttagacatgctttactctgctacgtatattatttgtggtttttctcaaaaaatgttaataataccatattttcagatatcacgagccctgatatattctataacatatcaatattgccttagtaaacatactgacagtgctcaatcatttggataatgatttttgtgtcctggctaaatgtgctataggtatatattgtattgtgtatagatactcgcaggtgtggctctgttgttgcgtgatctataaaataaaaagtaactaagtg---AA-G-CG--TG-----CATA------C----CC--A--CTTG-CACT-----------------AACGA---------AA-CGA-----TTC--TT--GA---A----CT----GA--ATCC--TTT--------GCA---CGAAA-C-GTC-TGA-ACGG--TTTCGCACGGAACGATCAA-CGATGAA------------------CGGTCTGCCTGGAACG---GTG-A---AC---TT-------T----------T-AA---CGCTT-TA------AACG-------GT-TTGCA-CGAA-A--CG---GAAAGATTTGAACGTTT-------CTTGAATGATGAAA----------CGGTA---TAGG--GGCG--GGGCTTG-----------N------NNNN----NNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAG--GT-C-GATTTTTACGG-GT---G--CG-ATT-AAATT-CT-A------AAATATCT----T-TAACGCAA-TGAAA----ACA--T--AT---A---TT----------AAA---AAAT-GGGAAAG-A--AATAG-AAT---GG---CCT-ACAAATA---AA---AT-G---------AAT-ATATC-TG-CT-CC-AC--TTGGTTTTGAT-TT-ATTTTT-----AAT---TA-CAATT-AA--TT-ATC-----AAA-CGAAA-AG---AA-ATATTAA-GAC-TGTTTTAAAGCAG-----GTA----A-A--AA-AGCGAAGAA-------GAGAC----AT-GCA-------AAAT-CGC-A-AC-GT---TG-Tag
gi|6 : aagttgatctgtgatgtacaatcgaTTACGG-GT---G--CA-ATT-AACTT-CT-A------ATATAT
gi|6 : A--AATAT---AA-TG---TAGG--T--AAACCTCTATGTTG-GAATCA-TGAAGGAACA----A-T-GTTAAGG--CTGTGTGGTAGATAGTT--AAG--G----TATTT---TGAT-AT-C---TATTCAGAA-TTATAT-ATAAAA----TCA---TG-TCACTATTTAAAGTTTATCCATTGAA------------AA--------TTGGTTTT---CA--GGCCGCT-TTGTG-CCG-ATCGA------CCCAG----TACT--TA-----------AAatatataccggtatatatgataaagaaataacctttaaattaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctaaaataatgcaaatataatgtaggtaaacctctatgttggaatcatgaaggaacaatgttaaggctgtgtggtagatagttaaggtattttgatatctattcagaattatatataaaatcatgtcactatttaaagtttatccattgaaaattggttttcaggccgctttgtgccgatcgacccagtacttaaa
gi|7 : ttacgggtgcaattaacttctaatatatatatataccggtatatatgataaagaaataacctttaaattaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctaaaataatgcGA-C-CCT---AA-AACG--TG-----C-TA------CTATTCC--A--CTTG-CACAGA-----------------------------------------------ACGA---AACG--------A--A------------------A---CGAAA-C-G-------AC----TTTTGCAC-------TGAACCGT-AAA------------------CAGTCTGCACGAAACG---TCG-A---AC-GGTT-------TGCATG-A-AT---ATTTTGCAT-GA------AAC--------CC-TTACCACGAA-A--CGCTTG----------CCATTT-------C--------TAGAA----------TGATAACCTA-GTAGGC---GGGGCTG-----------GNNNNNNNNNN----NNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAG--GT-C-AA-TTTTACGG-GT---A--CG-ATT-AAATT-CT-AAAGTACATGTATCT----C-AAACACAA-TG-A
gi|8 : G--TGTAATCC-ATACAAAA-TTCG--AA-GGG-------TTT---TCCCCAAACA---AAGA---GCT-----------AG-AGTC-CCC--GAATTCCTTAAGCTAGG-ACT--TCTAGCAAAAAAGGTG--TGAAATGT-TACTGAGTC-GG--TGA----GACAaca
gi|9 : aaatatattggaacgcagctatagcagaccttttgcaaacgtaagagtaa---A---TT----------AAATACAAATCGGGAAAG-A--AGTATTAAT---TG---TCT-ATT-TTG---AA---AT-G---------AATA-TATC-TG-CT-CC-AC--TCAGTATTGTTCTT-AATTCT-----AAT---TA-CAATT--A--TT-AAT-----TGA-CGAAG-A----AATATA--A---AC-TATTGAAAAGCAG-----GTA----ACA--AA-G-----------------GAC----AT-GTT-------AAAT-CGC-A-AC-GG---TG-Tgttctcgattttag
blockSeqs : T A G TAA AG CT TA A AGCCTT AC CC CT G GGTTTACGGAACAAACCAAAAAACGATTCTTGAACGGGGCAACGGTTGAACGGTTTTTTTTACC GAG C T CT G GT GAAA GAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN CCCG ATGAA . TGCACGATACGTAA C . GTC A . . GGACTGCTTGAACGTTCTGGAATGATGACAACCGGTATAGGGCCGGGGGCCTTGCGACGCTTTGTGGAGA AT C T GTTGAGGGCCAATGGCCCT TAC TT G AAC T . . TA T . GGC . C . A AAGTAC A CAAAT . A . GAAATACCCTTGAAATAAAAA TAC C . . . T . AG . GCG G . ATA . G G . TC C T T C . . . TA . T . A . TAAA T TT AA C G . TAAG C . A GC GA . T . A CG A . A ACG T CCG T A C TGCTTTCGTTTGTTGAA A . AGT A ATG C T G . T G AC G T T . . T . . ACAT A CAT TGT C . TGA . ACT TTT . T A A GTACGTT A . GTGGTA TA GTA A A A . CAG TTA . . . T ATTGAAAGTTTTTTCTATGATTATTGGT . GGCC TGT A CA . A TTACTGCTA G TTGC . CCT T . A . T . GGT TTGAAAA T TT T CTAATTTTGTTTCATTTC G AGTT TCA G GTT . C CA T AAC TAAAGTGCATATTT . CTT GG CTA . A T G A T GG AGTC T . A G TACC . . A C TA A TGAGAA ATAGCAACA TA A AAATG AGGGAT . . A . TA TTAGATCGGCGCGGTGT GAACA . A G . AT G AGACTTT . T GAT ATTTTAATCTTAT . . A C A . . GT T G . . .
blockSeqs : . . T AA . . . . AA . . . GAACGAAACGCTGAACGGTTGCACGAAACGCTGAACGGTTT . . . CG . . GGAA CAACGATGAA CCTG GTGA . TGAACGGAACGAAA . . AT . . . GAAAGATTTGAACGTTTCTTGAATGATGAAACGGTATAGGGGCGGGGCTTGNNNNNNNNN NN N N NNNN NNN NN N NNN N . . G . . G . . . . T T TA . . . TATATT . T . . . C . AT . . . . ATA . . . . . . . T T . . . A . . . . . G . . A . T . . . . . . GA . . . . G . . . . . C T . . ATGCGAA . . T . ATA . . . . C . . A . T . . T . . . . TAT . C . . . . T . . A A GTGCGT A . TAC . GT . A . . . T . . . . ATTTAAAGTTTATCCATTGAAAA . GA TTG . TA . C TACTGTA . . . TC . . T . . . CT AA T C T TTTATT G TA G . TTT . G CG . AAA TAGCTTAT . C GG TC . T . . . A . TCAA . . . A . . . C . A T . ATTCA G . . AGGTT . . . . G GATGGCACGTGCTGT A . . G . . T . . A . ATTTG . . A C . . . T T G . .
blockSeqs : . . . AG . . . . AC . . . AGAAAACGCTGAACGGTTTGCACGATAACGCTGAACGGTTT . . . TC . . GGAA GAACCGTAAA CACG GTGA . TGCATGAATATTT . . GT . . . CTTGCCATTTCTAGAATGATAACCTAGTAGGCGGGGCTGGNNNNNNNNNNNNNN NN N N NNNN NNN NN N NNN N . . A . . G . . . . . A T . . . TATATT . C . . . T . AA . . . . TA . . . . . . . T C . . . A . . . . . . . . A . A . . . . . . AA . . . . A . . . A . . . . . . . . . . . C . . . . T . . G A AT A . GC . G . G . . . T . . . . ATTGAAGA . AA GG . A . A TACTTA . . . C . . . . . . C AA . . . TCTATT G T . . T . T . . ATA TGGATTA . . TC C . A . . . T . TC . . . A . . . C . A . . . . A . . G . . G . AATT . . . T . . . . C . . .
blockSeqs : . . . CG . . . . AC . . . AAACGCTGAAAGCTTCGCACGGAACGAAGAATGGTCT . . . G . . . GAAAA AAT TCGA . TTAA . . CC . . . AAACGCTTTGAAACTGTAGGCGGACTTGNNNNNNNNN NN N N NNNN NNN NN N NNN N . . G . . G . . . . . A T . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . T . . . GG T . A . C TTA A . A . . . . . . . A A . . G T . . . . . G . . . . . T . . . . . . . . . . . . C . GCT . . .
blockSeqs : . . . AA . . . . AC . . . GGATACGAAAACGATTCTTGAAACGGAACG . . . C . . . AAG . A . . . A . . G . . . . . T C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . A . . . . AT . . . AACGAAACGATTCTTGAACTGAATCCTTT . . . C . . . A . . . . . T
blockSeqs : . . . G . . . . TA . . . GAACGAAACGAA . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . AT . . .
blockSeqs : . G . . . . . . . .
blockSeqCons : ***** AC C** GGAA GAACGATGAA******************* GCGA******* TGACGGACTAA************** ****** NT******** ** ** G***** ** *** T*** *** ********* TA* ** ***** *** ** ***** ***** ** GA******* **** ******* A** *** ** T**** *** GA**** G*** ****** TACTTA***************** TCCATT******************* AAA TGGTA************ C** GG C** A** TC**** *** ** *** ** ** G* *** *** ANTT************* **
originalCons : NTAATATNATGAACTACAGA-C-CCT---AA-G-CG--TG-----C-TA------CTACCCC--A--CTTG-CACGGG--------A--A---AACGAC------TGAA-CGA-----TTC--GCACGA---AACG-CT----GA--ACGG--TTT--------GCA---CGGAA-C-G-C-TGA-ACGG--TTTTGCACGGAACGATGAACCGA-AAA------------------CGGTCTGCCCGGAACG---GTG-A---AC-GGTT-------TGCACG-A-ACG-AA---CGCTT-TA------AACG-------GT-TTGCC-CGAA-A--CG---GA--------AACGCTT-------C--------TGAAA----------CGGTA---TA-G--GGC---GGGCTTG-----------G------CGAC----TGTG----AGNNGGTGATNTAGTTTACATNAAATG---------CAG------NGGNNCGTNNACGTNNNGCTGGTACNTCAG--GT-C-GA-TTTTACGG-GT---G--CG-ATT-AAATT-CT-A------ANATATCT----T-TAACGCAA-TG-AT----TCA--T--AT---A---TT----------AAA---AAATCGGGAAAG-A--AATAGTAAT---GG---TCT-ACAANTA---AA---AT-G---------AATAATATC-TG-CT-CC-ACT-TTGGTATTGTT-TT-ATTTCT-----AAT---TA-CAATT-AA--TT-ATC-----AAA-CGAAA-A----AA-ATA--AA-GAC-TGTTGGAAAGCAG-----GTA----A-A--AA-G--GAAGGA-------GAGAC----AT-GCA-------AAAT-CGC-G-AC-GT---TG-TTCTCA--AAGT-GTTA--C--GATTAT-TACTTATG----AT-------GC-GAA-------ATTCTCAC-AAA-ATA--TGCTATATA--AT-GATATACATA-CGTGT-------ATGCTAGCAA--TGCTACAATAA-TTCG-----------TAAA------TGTTTCT---AC-TA----GCGTT-TAGT--AT--AAGC---ACAA--AATAT---AA-TA---TATG--T--ATACCTCTATGTTG-GAATCA-CGAAGGAACAGTGCG-T-GTTAATG--TTGTNCG---GATAGTT--CAG--GTAATTATTT---CGAT-AC-C---TCTTCAGAA-T--TAT-ATAAAA----TCA---TG-TCACT---------------ATTGAA------------GA--------TTCGTTTT---CC--GA--GAT-GT-TG-CCGTACCGA------CNCAA----TACTG-TA-----------AAT-TTG----TAC-CAA--C--TG-AAA---ATATTTTAAT-GTTT-ACCA--C-GT-----AA----CATATA---TTATATATTA-----TTTAT-------T--AT---TCCATGAGACGATAG-A---AAAT---TAA-TATTTAT-TTTCTCCGAAA-CGAAATAGT---G----GCTTA--TAG-ACATGC--TGCGGTG-TCC-GT--NTA-T-AT-TTTT--TTTTTC--TC--AAA-A---T-GTAAANAA----AC--ATT---TTCATTC------CATC-A--ACTTTATCT------TAA---AT--CCAC-TTG-A--TAAAATCACC----G-GAATTCGA----AGG--T---TGTGTCCG--CTAA-----TTCT---AGGTAAA-ATCGATAG---TCATGATCGGCGCG---------GT----GT----TTAAGAAAAGAG-ACA--TTG--TTTAATCC-ATGGCAAA-TTCG--AA-GGG-------TTT---TTCGCAACGA---AAGA---ATT---------T-AG-AGTC-CCT-AGAGTTTCCTAAGCTTGG-ACG--TCTAGCAAAAAAGGTG--TGAAATA--TATTGAGTCGGG--CGA----GATACCAGTATT
finalCons : NTAATATNATGAACTACAGA-C-CCT---AA-G-CG--TG-----C-TA------CTACCCC--A--CTTG-CACGGG--------A--A---AACGAC------TGAA-CGA-----TTC--GCACGA---AACG-CT----GA--ACGG--TTT--------GCA---CGGAA-C-GC--TGA-ACGG--TTTTGCACGGAACGATGAACGATGAA-------------------CGGTCTGCCCGGAACGGCGA-------AC-GGTTTGACGGACTAA--------------CGCTT-TA------AACGNT--------TTGCC-CGAA-A--CG---GA--------AACGCTT-------C--------TGAAA----------CGGTA---TA-G--GGC---GGGCTTG-----------G------CGAC----TGTG----AGNNGGTGATNTAGTTTACATNAAATG---------CAG------NGGNNCGTNNACGTNNNGCTGGTACNTCAG--GT-C-GA-TTTTACGG-GTG-----CG-ATT-AAATT-CT-A------ANATATCT----T-TAACGCAA-TG-AT----TCA--T--AT---A---TT----------AAA---AAATCGGGAAAG-A--AATAGTAAT---GGT---CT-ACAANTA---AA---AT-G---------AATATA-TC-TG-CT-CC-AC--TTGGTATTGTT-TT-ATTTCT-----AAT---TA-CAATT-AA--TT-ATC-----AAA-CGAAA-A----AA-ATA--AA-GAC-TGTTGGAAAGCAG-----GTA----A-A--AA-G--GAAGGA-------GAGAC----AT-GCA-------AAAT-CGCA--AC-GT---TG-TTCTCA--AAGT-GTTA--C--GATTAT-TACTTATG----AT-------GC-GAA-------ATTCTCAC-AAA-ATA--TGCTATATA--AT-GATATACATA-CGTGT-------ATGCTAGCAA--TGCTACAATAA-TTCG-----------TAAA------TGTTTCT---AC-TA----GCGTT-TAGT--AT--AAGC---ACAA--AATAT---AA-TA---TATGT----ATACCTCTATGTTG-GAATCA-CGAAGGAACAGTGCG-T-GTTAATG--TTGTNCG---GATAGTT--CAG--GTAATTATTT---CGAT-AC-C---TCTTCAGAA-T--TAT-ATAAAA----TCA---TG-TCACT---------------ATTGAA------------GA--------TTCGTTTT---CCGA----GATG---TG-CCGTACCGA------CNCAATACTTA-----------------AAT-TTG----TAC-CAA--C--TG-AAA---ATATTTTAAT-GTTT-ACCA--C-GT-----AA----CATATA---TTATATATTATCCATT-------------------TCCATGAGACGATAG-A---AAAT---TAA-TATTTAT-TTTCTCCGAAA-CGAAATAGTGGTA------------AG-ACATGC--TGCGGTGC--C-GTA--TA-T-AT-TTTT--TTTTTCTC----AAA-A---T-GTAAANAA----AC--ATT---TTCATTC------CATC-A--ACTTTATCT------TAA---AT--CCAC-TTG-A--TAAAATCACC----G-GAATTCGA----AGG--T---TGTGTCCG--CTAA-----TTCT---AGGTAAA-ATCGATAG---TCATGATCGGCGCG---------GT----GT----TTAAGAAAAGAG-ACA--TTG--TTTAATCC-ATGGCAAA-TTCG--AAG-GG-------TTT---TTCGCAACGA---AAGAANTT-------------AG-AGTC-CCT--GAGTTTCCTAAGCTTGG-ACG--TCTAGCAAAAAAGGTG--TGAAATA--TATTGAGTCGGG--CGA----GATACCAGTATT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 111 11111 111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222 111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222 11 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 222222 111111 5555555555555555555555555555555555 111 11 111 111 111 333333333 11 22222 111 11 22222 2222 11 11111 1111 222222222 1111 2222222 11111 111 4444444 22222 1 1 8888888888888888888888888888 111 222 2222222 1 1 4444444 11 11 555555555555555 222222 111 1 2222 1 2222222 111 11 111 111 11 11 111 2 11 333333 11 11111 222 1 1 111 1111 1 2222 111 1 9999999999999999999999999999999999999999999 111111111 11 111 666666666666666 2222222 2222222 1 2222 1 33333 1 111 111 11 1111 33333333333 3333 77777777777777777777777777777 1 11111 222 11 11 11 77777777777777777777777777777 1111 11 1111 22222 11 11 11 222 1111 11 111 4444444 1111 222222 222222222222 2222 444444 5555555555555 11 33333 3333 1 11 888888888888888888888888888888888888888 2222222 11 11 11 2222222 111 222 55555555555 11 1 11 11 22 11 2222 1
lowQualScore : 1 4 4 111 888 55 55555 4 111111 9999 55 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 5 5 000 5 66 0 5 888 999999 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 8888888 1 8 0 8 8 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 1 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444 99 6 77 5 5 000000 5 5 5 5 222222 1 666666 6 2222222222222222222222222222222222 444 0 8 8 11 0 444 444 8 11 444 222222222 8 1 11 8 8 8 8 8 1 3 00000 444 8 88 11 8 00000 8 8 5555 8 11 88 8 8 66666 4444 6 99 6 99 555555555 4444 6 1111111 33333 6 6 111 6 2222222 66666 7 3 2 6666666666666666666666666666 777 555 7 7777777 2 3 0 6 3333333 44 6 88 1 555555555555555 888888 3 777 0 1111 0 8888888 777 2 11 444 8 444 11 11 8 0 8 2 3 222 0 3 33 111111 33 66666 777 2 0 0 777 4444 0 1111 777 0 0000000000000000000000000000000000000000000 999999999 11 999 8 000000000000000 6666666 1 2222222 0 0 1111 0 77777 0 777 0 444 3 33 7777 22222222222 3 4444 3 66666666666666666666666666666 0 88888 222 0 8 66 8 8 66 8 66 88888888888888888888888888888 5555 33 2222 33333 66 8 1 11 0 99 8 555 8 1 7777 11 444 5 3333333 4444 9 888888 444444444444 7777 7 888888 0000000000000 88 33333 0000 3 22 444444444444444444444444444444444444444 6666666 11 0 8 8 8 99 33 6666666 444 3 222 1 44444444444 8 8 99 6 0 33 33 33 1 2 33 1111 5
lowQualScore : . . . ... ... .. ..... . ...... .... .. . ........................................................................................ ... . . ... . .. . . ... ...... . ....................................................................................... ....... . . . . . .. ........................................................................................................... .. . . .................................................. .. . .. . . ...... . . . . ...... . ...... . .................................. ... . . . .. . ... ... . .. ... ......... . . .. . . . . . . . ..... ... . .. .. . ..... . . .... . .. .. . . ..... .... . .. . .. ......... .... . ....... ..... . . ... . ....... ..... . . . ............................ ... ... . ....... . . . . ....... .. . .. . ............... ...... . ... . .... . ....... ... . .. ... . ... .. .. . . . . . ... . . .. ...... .. ..... ... . . . ... .... . .... ... . ........................................... ......... .. ... . ............... ....... . ....... . . .... . ..... . ... . ... . .. .... ........... . .... . ............................. . ..... ... . . .. . . .. . .. ............................. .... .. .... ..... .. . . .. . .. . ... . . .... .. ... . ....... .... . ...... ............ .... . ...... ............. .. ..... .... . .. ....................................... ....... .. . . . . .. .. ....... ... . ... . ........... . . .. . . .. .. .. . . .. .... .
lowQualScore : 0 4 4 000 888 55 55555 0 555555 6666 55 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 888 0 0 666 0 99 1 7 444 222222 7 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8888888 0 0 8 0 0 00 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 00 0 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222 22 7 33 7 7 111111 7 7 7 7 111111 0 888888 7 2222222222222222222222222222222222 000 8 2 0 00 8 000 000 0 88 000 000000000 0 0 00 0 0 0 0 0 4 2 00000 000 0 88 00 0 00000 0 0 0000 0 00 88 0 2 77777 2222 7 22 7 22 888888888 2222 7 7777777 77777 7 7 777 7 7777777 77777 3 3 0 3333333333333333333333333333 777 777 3 7777777 0 3 7 7 3333333 00 7 33 2 000000000000000 888888 2 555 0 2222 0 5555555 555 5 00 000 0 000 00 00 0 8 0 0 2 000 0 2 88 555555 88 22222 555 0 0 0 555 8888 0 2222 555 0 0000000000000000000000000000000000000000000 000000000 00 000 0 666666666666666 0000000 0 4444444 8 0 2222 0 55555 0 555 8 555 2 22 8888 00000000000 2 5555 2 44444444444444444444444444444 0 22222 000 8 0 00 0 2 44 0 44 00000000000000000000000000000 2222 00 2222 00000 88 0 0 00 8 00 0 000 0 0 0000 00 000 0 8888888 8888 8 888888 555555555555 7777 3 333333 7777777777777 33 33333 7777 3 77 000000000000000000000000000000000000000 7777777 00 6 0 2 0 00 00 0000000 000 2 000 0 88888888888 0 0 00 5 0 88 88 88 2 5 88 2222 5
consensus : NTAATATNATGAACTACAGA-C-CCT---AA-G-CG--TG-----C-TA------CTA--CCCCA--CTT-GCACGGG---A------A---AACGAC------TGAA-CGA-----TTC--GCACGA---AAC-G-CT----GA--ACGG--TTT--------GCA---CGGAA-C-G-C-TGA-ACGG--TTTTGC-ACG-GAACG------ATGAACGGT-------G-AA------------------CG-GTCTGCCCGGAACGG--------C--------GAACG--GTTTG-A-CG---T--AACGCTT-T-----AAACGNT-TTGCC-CGAA-A--CG---GAAA--------CGCTT-------CT--------GAAA----------CGGTA---TAG--GG-C---GGG-CTTG-----------GCGAC----TGTG----AGNNGGTGATNTAGTTTACATNAAATG---------CAG------NGGNNCGTNNACGTNNNGCTGGTACN------TCAG--GT-C-GATTTT-ACGG-GT---G--CG-ATT-AAATT-CT-A------ANATATCT----T-TAACGCAA-TGAT----T-CA--T--AT---A---TT----------AAA---AAATCGGGAAAG-A--AATAGTAAT---GG---TCT-ACAANTA---AAATG---------AATA-TAT--C-TGCTCC-ACTT-GGTATTGTT-TT-ATTTCT-----AAT---TA-CAATT-AA--TT-ATC-----AAA-CGAAA-A----AA-ATA--AA-GAC-TGTTGGAAAGCAG-----GTA----A-A--AA-G--GAAGGA-------GAGAC----AT-GCA-------AAAT-C---GC-GAC-GT---TG-TTCTCA--AAGT-GTTA--C--GATTAT-TACTTATG----AT-------GC-GAA-------ATTCTCACAAA-A-TA--TGCTATATA--AT-GATATACATA-CGTGT-------ATGCTAGCAA--TGCTACAATAATT-CG-----------TAAA------TGTTTCT---AC-TA----GCGTT-TAGT--AT--AAGC---ACAA--AATAT---AA-TA---TATGT--ATA--CCTCTATGTTG-GAATCA-CGAAGGAACAGTGCGT-GTTAATG--TTGTNCG---GATAGTT--CAG--GTAATTATTT---CGAT-AC-C---TCTTCAGAA-T--TAT-ATAAAA----TCA---TG-TCACT---------------ATTGAA------------GA--------TTCGTT---TT----CC--GAGAT-G-TG-CCGT--------------ACCG-------ACNCAAT-ACTG-TAAAT-TTGT----AC-CAA--C--TG-AA---AATATTTTAA-TGTTT-ACCA--C-GT-----AA----CATATA---TTATATATTA----------TTTA---TT------TC--CATGAGACGATAG-A---AAAT---TAA-TATTTAT-TTTCTCCGAAA-CGAAATAGTA----G--TAT----AGAC---------ATGCT--GCG-GTG-C--CGT----ATAT-AT-TTTT--TTTTTC--TCAAA-AA--T-GTAAANAA----AC--ATT---TTCATTC------CATC-A--ACTTTATCT------TAA---AT--CCAC-TTG-A--TAAAATCACC----G-GAATTCGA----AGG--T---TGTGTCCG--CTAA-----TTCT---AGGTAAA-ATCGATAG---TCATGATCGGCGCG---------GT----GT----TTAAGAAAAGAG-ACA--TTG--TTTAATCC-ATGGCAAA-TTCG--AA-GGG-------TTT---TTCGCAACGA---AAGAANT-T-------T-AG-AGTC-CCTA-GAGTTTCCTAAGCTTGG-ACG--TCTAGCAAAAAAGGTG--TGAAATA--TATTGAGTCGGG--CGA----GATACCAGTATT
Reference ( family-1935 ) : NTAATATNATGAACTACAGA-C-CCT---AA-G-CG--TG-----C-TA------CTA--CCCCA--CTT-GCACGGG---A------A---AACGAC------TGAA-CGA-----TTC--GCACGA---AAC-G-CT----GA--ACGG--TTT--------GCA---CGGAA-C-G-C-TGA-ACGG--TTTTGC-ACG-GAACG------ATGAACGAT-------G-AA------------------CG-GTCTGCCCGGAACGG--------C--------GAACG--GTTTG-A-CGGACT--AACGCTT-T-----AAACGNT-TTGCC-CGAA-A--CG---GAAA--------CGCTT-------CT--------GAAA----------CGGTA---TAG--GG-C---GGG-CTTG-----------GCGAC----TGTG----AGNNGGTGATNTAGTTTACATNAAATG---------CAG------NGGNNCGTNNACGTNNNGCTGGTACN------TCAG--GT-C-GATTTT-ACGG-GT---G--CG-ATT-AAATT-CT-A------ANATATCT----T-TAACGCAA-TGAT----T-CA--T--AT---A---TT----------AAA---AAATCGGGAAAG-A--AATAGTAAT---GG---TCT-ACAANTA---AAATG---------AATA-TAT--C-TGCTCC-ACTT-GGTATTGTT-TT-ATTTCT-----AAT---TA-CAATT-AA--TT-ATC-----AAA-CGAAA-A----AA-ATA--AA-GAC-TGTTGGAAAGCAG-----GTA----A-A--AA-G--GAAGGA-------GAGAC----AT-GCA-------AAAT-C---GC-AAC-GT---TG-TTCTCA--AAGT-GTTA--C--GATTAT-TACTTATG----AT-------GC-GAA-------ATTCTCACAAA-A-TA--TGCTATATA--AT-GATATACATA-CGTGT-------ATGCTAGCAA--TGCTACAATAATT-CG-----------TAAA------TGTTTCT---AC-TA----GCGTT-TAGT--AT--AAGC---ACAA--AATAT---AA-TA---TATGT--ATA--CCTCTATGTTG-GAATCA-CGAAGGAACAGTGCGT-GTTAATG--TTGTNCG---GATAGTT--CAG--GTAATTATTT---CGAT-AC-C---TCTTCAGAA-T--TAT-ATAAAA----TCA---TG-TCACT---------------ATTGAA------------GA--------TTCGTT---TT----CC--GAGAT-G-TG-CCGT--------------ACCG-------ACNCAAT-ACT--TAAAT-TTGT----AC-CAA--C--TG-AA---AATATTTTAA-TGTTT-ACCA--C-GT-----AA----CATATA---TTATATATTA----------TCCA---TT------TC--CATGAGACGATAG-A---AAAT---TAA-TATTTAT-TTTCTCCGAAA-CGAAATAGTG----G--TA-----AGAC---------ATGCT--GCG-GTG-C--CGT----ATAT-AT-TTTT--TTTTTC--TCAAA-A---T-GTAAANAA----AC--ATT---TTCATTC------CATC-A--ACTTTATCT------TAA---AT--CCAC-TTG-A--TAAAATCACC----G-GAATTCGA----AGG--T---TGTGTCCG--CTAA-----TTCT---AGGTAAA-ATCGATAG---TCATGATCGGCGCG---------GT----GT----TTAAGAAAAGAG-ACA--TTG--TTTAATCC-ATGGCAAA-TTCG--AA-GGG-------TTT---TTCGCAACGA---AAGAANT---------T-AG-AGTC-CCT--GAGTTTCCTAAGCTTGG-ACG--TCTAGCAAAAAAGGTG--TGAAATA--TATTGAGTCGGG--CGA----GATACCAGTATT
gi|1 : ACAGA-C-AAT---AAAG-CG--TGACTTCC-TA------CT----CTCA--TTA-GCACGAG---A------ACGAAACGACAAGCCATGAAACGAGTCTCTTT--TCAGGA---ACC-GGCTTCCAGATAACAGAGTTT--------GTA---CGGA--C-G---TGA-ACGG--TTA-GC-ACG-G--CG------ATGAACGGTCTGCCCGG-AA------------------CGCGTGTGA--GAAACAGGTTCCAATCTTATATTAAAACGCTGTGTA-A-CG---T--AACGAAT-------AAACGCT-T-GTC-TGAATAGCCG---AAAA--------CGCTT--------T--------GAAA----------CGGTA--------GG-C---GGG--TTGCGAACGTATATGTGAT----TATG----AATAGGTGATATAGTTTACATGAAATG---------TAG------AGAGCAGTGAACTTTTAGTTGGTATA------TCAGACGTAC-AATTTC-ACGGCGTCTCG--CATACT-AAATTACT-G------ATAAAT-T----C-TCATGCAACTGGTAATTT-CAATT--ATTTGA---TT----------AAA---AA-TGGGGAAAGCACTAATAGTAATCGGGGCTCTCTCACAAGTATAAAAATACCATTAGTAAATA-ATT--CATGTTCCCACTTTGGCATTATT-TT-GATTCTTGCATAATATTTATCAATT-AAAGTT-ATTCGCCTACA-TGAAACA----AA-ATC--AA-GGA-AATTCGGTAACAGACTGAGTA----A-AGCAC-G--GAAGGAAGCATTTGTGACTATAAT-GCATCCAATTAAGT-TCATGC-A-C-GTAAACG-ATATCAGCAAGTAGTTAATC--GAT-AT-TATTTATGTAAAAT-------GC-GGATTTTACAATTCTCACAAATA-TA---GCTATATATAATCGAAATATATA-CATGTCTCGTTAATGCTAGCAA--TGCTCTATTAATT-CGAGGAGTTCGTTTAAACATCCCTGTTTCCTGAACATA----GCGTT-TCGTCTATCCAAGC---A-AACTAATAT---AAATA---TATGGGGATA--CCGATGTGTGGTGAA-CA-CAAAGGA-CAG-GCGTAGTTA-TGGTTTGTCCA---GATAGTT--CAAAAGTAATTATTTTCGCAAT-ACGC---TCTTCGGAAAT--TATTATGGAAGGCATCGAATTG-TCACT---------------ATTGAAT-----------GA--------TTGATTTTATT----CCATGAGAT-GTTG-CCGTTCGATTAGAGCTTAACCACTACTGTACTCAAGAACT--T-AAT-TTGT----ACTCAAGTCA-TG-AAATTAATACTTTAATTGTTTCACCA--C-GT-----GAAACTCATATAATGTTATGTATTA----------TTTACAGTTGTATACTC--GATCAGGT-ATAT-A---AAAT---TAA-TATTTATATGGCGCCAAAA-TG--ATAGT--------TA-----AGGCTAATAGAAAATGTT--GCGTGTC-C--AGTTCTCATA--AT-TTTA--TTTTTCT-TCAAA-AATTT-ACAAATAA----ACTTATTGGCCTCTTTCCCTTTGCATC-AAGACTTTATCT------TAATCTCT--CCAC-TTG-ATTTAAAATCAAC----GCAAATTCGAATTTAAG--TTCATGTGTCCGTTCTCAGATCTTTCTGAGAGTTAAATATCAATAGTTTTCATGATCGG-GCGAGCTAAAACGTTAGAGTAGAATTAAGCAAAGAG-ACAATTTGTCTTTAGT-C-ATCGCAAATTTCGT-AACGGG-------TTTTTGTTCG-AACGAT--AAGAAGTATC------T-AGTAGTCACCTAAGAGTTTC--ACACTTGG-ATGGCTCTAGCAAAAAAAACGGATGTAATA--TAATTTGTCGGGCTCGATTTGGATACCAGTATT
gi|10 : aattacctgatatcACAGAAC-CCTTAAAA-A-CG--TG-----C-TA------CTACCCCCCA--CTTGGCACGGGTTTACGGAACA---AACCAA------AAAA-CGA-----TTCTTGAACGGGGCAACGG-TT----GA--ACGG--TTTTTTTTACCCCC---CAAAACC-G-CTTAA-ACGGGTTTTTGCGATGAAAACGGTTTGAATGAACAAT-------GAAA------------------CG-Gaat
gi|11 : TTA----------TTTA---TT------TG--CATGAGACGATAG-T---AAAT---T---TA--TAT-TTTCTC--AAA-TG--ATAG----------A-----AGAC---------AT-CT--GC--GTG-C--CGT-----TAT-AC-TTTT--TTTT----TCAAA-A---T-GTAAAGAA----AT--ATT---TCAATT-------CATC-A--ACTTT-TCT------TAA---AT--TCA
gi|12 : AG--GC-T-GATTTT-ACAG-GC---G--CG-GTC-AAATT-TTAA------AAATATCTCAAAT-AAATGCGA-TGAT----T-CA--GAAAT---ACCCTTGAAATAAAAAAAA---AAATCGGGAAAG-A--AATAGTAAT---GG---
gi|13 : TACAGA-C-CCTT--AA-G-TG--TG-----C-TA------CTA--ACCCA--CTT-GCAAG------------A---AACG-C------TGAA-AGC-----TTC--GCACGG---AAC-G-AA----GA--ATGG--TCT--------GCA---TGGAA-T-G-G-TGA-GTGG---TTTGC-ACG-cataaagcgatggaataat
gi|14 : GA-C-CCT---AAAG-CG--TG-----T-TA------CTA--CCCCA--CTT-GTACGGA---ACG----A---AACG-C------TGAA-CGG-----TT---GCACGA---AAC-G-CT----GA--ACGG--TTT--------GCA---CGGAA-C-G-C-TGA-ATGG--Ta
gi|15 : GCTATAGCAAT---G-----------CAAA------TATGTCT---GC-TAACATGCATG-AAGC--AT--AAGT---ACAA--ACTAC---AA-TA---TATGT--ATA--CCTCTGTGTTG-GAATCA-Cccg
gi|16 : TACAGA-C-CCT---AA-AATG--TG-----C-TA------TTA--CCCCA--CTT-AAACGG---------------AACGA
gi|17 : AG-----GTA----A-A--AAAG--GAAAGA-------GAGAC----AT-GGA-------AAAT-T---GC-GAC-AT---TG-TTaa
gi|18 : GA-CGCCT---AAAG-CGCTTG-----C-TA------CTA--CCCCACTCTT-GCACGGA---A------
gi|2 : TAATATAATGAACTACAGA-C-C-T---AACG-CG--TGTA---C-TAAGCCTTTTA--TCCCA--TGT-TCATTGG---A------T---A-CGA--------AAA-CGA-----TTC--TT--GA---AAC-G-------GA--ACG---------------CAGAGCGGAA-C-A-CGTGAGACG---TTTTGC-ACG-AAACG------A-AAGCGCTTT-----A-AA------------------CG-GTTTGC----------------------------ACG--AT----A-CG---T--AACGCTTCT-----AAACGGTCTTGCA-CTGA-A--CG---GGAC--------TGCTTGAACGTTCT--------GGAATGATGACAACCGGTA---TAG--GG-CCGGGGG-CCTT-----------GCGACGCTTTGTGGAGAAGATGGTGATCTAGTTTACATTAAATGGTTGAGGGCCAATGGCCCTGGTACATTTATGTAACGCTGGTACT------TCGG--GT-CTAATCTT-ACGG-GT---GGCCG-ATTCAAATT-CT-AT-----ATAAATCT----TATTCCGCAA-TGc
gi|2 : T-GCAAGTA---AAATG---------AATA-TCTGGC-TGCCAC-TCTT-GGTATTGTT-TTTATTT--------AT---TA-CACTTTAA--TTTATC-----AAAACGAAA-ATAAAAA-ATA--AAAGACCTGTTG-AAAGCAG-----GTATAAGA-A--AA-G--GAAGT--------GAGAC----ATTGCA-------AAATAC---GCCGACAGT---TGATTCTCACGAAGTTGATA--CCGAATTATATACTTATG----CTTTCGTTTGTTGAA-------ATTCTCACAAA-AATAAGTGGCACATA--AT-G-TGTA-ATATCGT-T-------ATG-TA-CAAACTGCAACAATAATTTCA-----------TAAA------TGTT-CT---AC-CA----GCGTTATAG-------AAGCTGTACAA--AATATTGAGA-TAACTTATGT--TTATTCATCTATTTTG-GAATCATCAAAGCAACAGTACGTTGTTAATG--TTGTTAC---GATAGTTTACAG--GTAATCGTTTA--CAGTAAC-CCAGTCTTAAAAT-T--TCT-GTAAAT----TCA---TGTTCACT---------------ATTGAAAGTTTTTTCTATGATTATTGGTTTCGTT---CT----CC--GAGATGG-TGACCGC--------------ACCG-------ACACCA----T--TAAATGCTGT----AC-CAAT-C--TG-AA---AATAGTTTAG-TG-TT-ACCAGGT-GT-----AA----TATA-A---CTG-ATAGTA-------------A---------------CATACGGC-ATAGTA---AGATTCATAA-TAGTTAT-TTTGTC----A-CGAACCA-TG----GA-TT-----AG-C---------ATG-T--GCG-GTGTC--CGT----ATATGATATTAT--TTGTTCAGTCAAATA---TAATAAAAAA----AC--ATT---TT-ATTC------CATA-A--AGGTTATCTTGAGAATAA---ATAGCAACATTG-G--TAAAATC-CCAAATG-GAATTCGA----AGGGAT---GGTGTCCG--CTAA-----TTCT----GGTAAA-ATTATTAG-----ATGGC--ACGTG---------CT----GT----TTAAGAAGAGG----A--TTG--TGTAATCC-AT-GCGAA-TTCG--AA--GG-------TTG---TTCGCACCTA---GAAGATT---------TGAG-AGTT-CCT--GAGTTTCCTAAGCTTGGAACG--TCTTGCAAAAAAGGTG--TGAAATAGTTATTGAATCGAG--CGA----GATACCcaagtaaaatgaatatctggctgccactcttggtattgtttttatttattacactttaatttatcaaaacgaaaataaaaaataaaagacctgttgaaagcaggtataagaaaaggaagtgagacattgcaaaatacgccgacagttgattctcacgaagttgataccgaattatatacttatgctttcgtttgttgaaattctcacaaaaataagtggcacataatgtgtaatatcgttatgtacaaactgcaacaataatttcataaatgttctaccagcgttatagaagctgtacaaaatattgagataacttatgtttattcatctattttggaatcatcaaagcaacagtacgttgttaatgttgttacgatagtttacaggtaatcgtttacagtaacccagtcttaaaatttctgtaaattcatgttcactattgaaagttttttctatgattattggtttcgttctccgagatggtgaccgcaccgacaccattaaatgctgtaccaatctgaaaatagtttagtgttaccaggtgtaatataactgatagtaacatacggcatagtaagattcataatagttattttgtcacgaaccatggattagcatgtgcggtgtccgtatatgatattatttgttcagtcaaatataataaaaaaacattttattccataaaggttatcttgagaataaatagcaacattggtaaaatcccaaatggaattcgaagggatggtgtccgctaattctggtaaaattattagatggcacgtgctgtttaagaagaggattgtgtaatccatgcgaattcgaaggttgttcgcacctagaagatttgagagttcctgagtttcctaagcttggaacgtcttgcaaaaaaggtgtgaaatagttattgaatcgagcgagatacccagatt
gi|3 : taatataatgaactacagacctaacgcgtgtactaagccttttatcccatgttcattggatacgaaaacgattcttgaaacggaacgcagagcggaacacgtgagacgttttgcacgaaacgaaagcgctttaaacggtttgcacgatacgtaacgcttctaaacggtcttgcactgaacgggactgcttgaacgttctggaatgatgacaaccggtatagggccgggggccttgcgacgctttgtggagaagatggtgatctagtttacattaaatggttgagggccaatggccctggtacatttatgtaacgctggtacttcgggtctaatcttacgggtggccgattcaaattctatataaatcttattccgcaaTAATATTATAAACTACAGA-C-CCT---AA-G-CG--TG-----C-TA------CTT--ACCTA--CTT-GCACGAG---A------A---AACG-C------TGAA-CGG-----TTT--GCACGAT--AAC-G-CT----GA--ACGG--TTT--------GTA---CGGAA-CTG-C-TGA-ACGG--TTTTGC-ACG-GAACG------ATGAANNNN-------N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG-GTCTGCCCGGAACAG--------T--------GAATG--GTTTG-AACGGAACGAAATGCTT-T-----AAACGAT-TTGCC-TGAA-A--CG----AAA--------CGCTT--------T--------GAAA----------CTGTA--------GG-C---GGA-CTTG-----------NNNNN----NNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------TCAG--GT-C-AATTTT-ACGG-GT---G--CG-ATT-AAATT-CT-A------AAATATCT----T-TAACGCAA-TGAT----T-CA--T--AT---A---TT----------AAA---AAACTGGGAAAG-A--AATAGTAAT---GG---TCT-ACAATTA---AAATG---------AATAATAT--C-TGTTCC-ACTT-GGCATTATT-TT-ATTTCT-----AAT---AA-CAATT-AA--TT-ATC-----AAG-TGAAA-A----AA-ATG--AA-GAC-TGTAGGAAAGCAC-----GTA----A-A--AA-G--GATGGA-------GAGGC----AT-GCA-------TAAT-C---GC-AAC-GT---TG-TTCGCA--A-GT-GTTA--C--GATTAT-TA-TTA------AT-------GC-GAA-------ATTCTCACAAA-A-TA--TGCTAT-TA--AT--ATATACATA-CATGT-------ATGC-AGCAA--TGCTACAATAATT-CA-----------TAAA------TGTTTCT---AC-TA----GCGTT-TAGT--AT--AAGC---ACAA--AATAT---AA-TA---TATGT--ATA--CCTGTATGTTG-GAATCA-CAAAGGAACAGTGCGT-GTTAATG--TTGTGC----GATAGTT--CAA--GT-ATTATAT---CAAT-AC-C---TCTTCAGAA-T--TAT-ATAAAA----TCA---TG-TCACT---------------ATTGAA------------GA--------TTCGTT---TT----CC--AAGAT-T-TG-CCG---------------ACCG-------ACCCAAT-ACTG-TAAAT-TTGT----AC-CAA--C--TG-AA---AATATTTT-A-TGTTT-ACCA--C-GT-----AA----TATATAT--TTATATATTA----------TCTA---TT------TC--CATGAGACGATAG-A---AAAT---TAA-TATTTAT-TTTTTCCAAGA-TGAAATAGTA----GCTTAT----AGAC---------ATG-T--GCG-GTG-T--CGT----TTAT-AT-TTTT--TTTTTC--TCAAA-A---T-GTAAAAAA----AC--ATT---TTCATT-------CATCTA--ACTTTTTCT------TAA---AT--TCA--TTGTA--AAAAATCACC------GAATTGGA----AGGT-T---TGTGTCCG--CTAA-----TTCT---AGGTAAA-AT-GATA----TTA-GATCGGCGCG---------GT----GT----TTAAAAAAAGAGAACA--TTG--TTTAATCCAATGGCAAA-TTCG--AA-GGG-------TTT---TTCGCAACAA---AAGAAAT---------T-AG-A-TC-CCTA-GAGTTTCCTAAGCTTGG-ACG--TCTAGCAAAAAAGGTG--TGAAATA--TATTGAGTCGGG--CGA----GATACCAG-ATTcagatt
gi|4 : tTCATT---CT----CC--GGGATTG-TT-CCGT--------------ACCC-------ACACAATTACTGCTACAT-TTGTTGCTAA-CAA--CCTTATAA---AATATTTTTA-TGTT--ACCA--CTGTTTGAAAA----CATATA-----ATATATTACTAATTTTGTTTCA---TT------TCTCCATGAGACGATTG-AGTTAAATG--TAAGTA---AT-TTT-TCCGAAATCGATATAGTAAAGTG--CATATTTAGAC---------ATGCTTTACT-CTG-CTACGT----ATATTAT-TTGTGGTTTTTC--TCAAA-AAA-T-GTTAATAATACCAT--ATT---TTCAtaa
gi|4 : TG--TTTAATCG-ATGGCAAA-TTCGATAA-TGGAGACTTTTTT---TTCGCAACGAGATAATAATTTTAATCTTAT-AG-AGTC-ACT--AAGgatatcacgagccctgatatattctataacatatcaatattgccttagtaaacatactgacagtgctcaatcatttggataatgatttttgtgtcctggctaaatgtgctataggtatatattgtattgtgtatagatactcgcaggtgtggctctgttgttgcgtgatctataaaataaaaagtaactaagtgtgtttaatcgatggcaaattcgataatggagacttttttttcgcaacgagataataattttaatcttatagagtcactaag
gi|5 : tcattctccgggattgttccgtacccacacaattactgctacatttgttgctaacaaccttataaaatatttttatgttaccactgtttgaaaacatataatatattactaattttgtttcatttctccatgagacgattgagttaaatgtaagtaatttttccgaaatcgatatagtaaagtgcatatttagacatgctttactctgctacgtatattatttgtggtttttctcaaaaaatgttaataataccatattttcagatatcacgagccctgatatattctataacatatcaatattgccttagtaaacatactgacagtgctcaatcatttggataatgatttttgtgtcctggctaaatgtgctataggtatatattgtattgtgtatagatactcgcaggtgtggctctgttgttgcgtgatctataaaataaaaagtaactaagtg---AA-G-CG--TG-----CATA------C------CCA--CTT-GCACT----------------AACGA---------AA-CGA-----TTC--TT--GA---A-----CT----GA--ATCC--TTT--------GCA---CGAAA-C-GTC-TGA-ACGG--TTTCGC-ACG-GAACG------ATCAACGAT-------G-AA------------------CG-GTCTGCCTGGAACGG--------T--------GAAC----TTT---------T--AACGCTT-T-----AAACGGT-TTGCA-CGAA-A--CG---GAAAGATTTGAACGTTT-------CTTGAATGATGAAA----------CGGTA---TAG--GGGC---GGGGCTTG-----------NNNNN----NNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------TCAG--GT-C-GATTTTTACGG-GT---G--CG-ATT-AAATT-CT-A------AAATATCT----T-TAACGCAA-TGAA----AACA--T--AT---A---TT----------AAA---AAAT-GGGAAAG-A--AATAG-AAT---GG---CCT-ACAAATA---AAATG---------AATA-TAT--C-TGCTCC-ACTT-GGTTTTGAT-TT-ATTTTT-----AAT---TA-CAATT-AA--TT-ATC-----AAA-CGAAA-AG---AA-ATATTAA-GAC-TGTTTTAAAGCAG-----GTA----A-A--AA-AGCGAAGAA-------GAGAC----AT-GCA-------AAAT-C---GC-AAC-GT---TG-T
gi|6 : aagttgatctgtgatgtacaatcgaTT-ACGG-GT---G--CA-ATT-AACTT-CT-A------ATATAT
gi|6 : A--AATAT---AA-TG---TAGGT--AAA--CCTCTATGTTG-GAATCA-TGAAGGAACA----AT-GTTAAGG--CTGTGTGGTAGATAGTT--AAG--G----TATTT---TGAT-AT-C---TATTCAGAA-TTATAT-ATAAAA----TCA---TG-TCACTATTTAAAGTTTATCCATTGAA------------AA--------TTGGTT---TTCAGGCC--GCTTT-G-TG-CCG---------------ATCG-------ACCCAGT-ACT--TAAAatatataccggtatatatgataaagaaataacctttaaattaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctaaaataatgcaaatataatgtaggtaaacctctatgttggaatcatgaaggaacaatgttaaggctgtgtggtagatagttaaggtattttgatatctattcagaattatatataaaatcatgtcactatttaaagtttatccattgaaaattggttttcaggccgctttgtgccgatcgacccagtacttaaa
gi|7 : ttacgggtgcaattaacttctaatatatatatataccggtatatatgataaagaaataacctttaaattaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctaaaataatgcGA-C-CCT---AA-AACG--TG-----C-TA------CTA--TTCCA--CTT-GCACAGA----------------------------------------------ACGA---AAC-G--------A--A------------------A---CGAAA-C-G-------AC----TTTTGC-AC--------------TGAACCGT-------A-AA------------------CA-GTCTGCACGAAACGT--------C--------GAACG--GTTTGCA-TG------AATATTT-TGCATGAAAC-CC-TTACCACGAA-A--CGCTTGC----------CATTT-------CT--------AGAA----------TGATAACCTAGTAGG-C---GGG-GCTG-----------GNNNN----NNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAG--GT-C-AATTTT-ACGG-GT---A--CG-ATT-AAATT-CT-AAAGTACATGTATCT----C-AAACACAA-TGA
gi|8 : G--TGTAATCC-ATACAAAA-TTCG--AA-GGG-------TTT---TCCCCAAACA---AAGAGCT-----------AG-AGTC-CCC--GAATTCCTTAAGCTAGG-ACT--TCTAGCAAAAAAGGTG--TGAAATGT-TACTGAGTC-GG--TGA----GACAaca
gi|9 : aaatatattggaacgcagctatagcagaccttttgcaaacgtaagagtaa---A---TT----------AAATACAAATCGGGAAAG-A--AGTATTAAT---TG---TCT-ATT-TTG---AAATG---------AATA-TAT--C-TGCTCC-ACTC-AGTATTGTTCTT-AATTCT-----AAT---TA-CAATT--A--TT-AAT-----TGA-CGAAG-A----AATATA--A---AC-TATTGAAAAGCAG-----GTA----ACA--AA-G-----------------GAC----AT-GTT-------AAAT-C---GC-AAC-GG---TG-Tgttctcgattttag