lowQualScore : 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 33 22222 11 222222222 55555555555 111 1 111 1 11 11
lowQualScore : 6 5 55 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7777777777 4 6 4 1 55 1 66666666 4 55555 2 11 88 33 444 3 77777 1 2 33 222222222 44444444444 000 1 555 6 0 66 3 22 7
lowQualScore : . . .. ...................................................................... .......... . . . . .. . ........ . ..... . .. .. .. ... . ..... . . .. ......... ........... ... . ... . . .. . .. .
lowQualScore : 0 2 66 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7777777777 4 1 4 6 77 9 99999999 0 66666 1 88 33 22 777 7 11111 9 9 22 555555555 66666666666 444 8 666 0 0 00 2 77 7
consensus : AAAAAGTCTAAATCTCAAGCCAA-----TAGCCAGTAAAG----GA---GA---GCTTTGCATGAGGGNG---A-------A------T-CC-TACGTTT-----C----AGAAATTTCCAATGTTTTGTGACGTTATATG--GAATTATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAGACN-TATAG-TAAGATACCGACTAA---CTGG-----GCTTATGA-TATC-CT--CGG----GGACGGACGGGNCATCC-ACCAGCAGTGATATCCACCCAGGAGTATAAATG-AAAATATGTNATACTNATTTA
Reference ( gi|2 ) : AGAAAGTCTAAATATCAAGTTAA-----TAACCAGTAAAG----AA---GA---GTTTTGCATGAGGGCA---A-------A------C-CT-TACGTTT-----C----AGATATTTCCAGTGTTTTGTAACGTTATATGTAGAATTATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAAACA-TATAG-TACGATGTCGACTAA---CCGG-----GCTTATGA-TATC-CT--GGG----GGACGGATAGAACAAAC-ACCAGCAGTGGCATCCTCCCAGCAATGTAAATG-AAACTATGTGGTACTTATTTAA
gi|6 : AAAAATTCTAAACACGAAGCTAA-----TNNNNNNNNNNN----NN---NN---NNNNNNNNNNNNNNNN---N-------N------N-NN-NNNNNNNNNNNNC----AGAAATATCCAATGATTTGTGACGTTATTTG--GAATCATAT-TTCAA--------ATTAAATCGGGACC-TGTAG-TGAGACACCGATTAA---CTAG-----CCTTATAT-TATC-CT--CGA----GGACGAAT
gi|4 : taaaaaactttAAAAAGTCTAAATATTAAATCAAAGANNNNNNNNNNNNNN----NN---NN---NNNNNNNNNNNNNNNN---N-------N------N-NN-NNNNNNN-----C----AGAAATCTCCAACGTTCTGTGACGTTA-ATG--GAATTATGT-TGCGT--------TTCAAATCCCGACA-----G-TAAAATGCTGTGTAA---ATGG-----GCTTCCGA-TATT-GT--CAG----GGACGAACGGACCATCA-ACCAGCAAT
gi|14 : ttttAAAAAGTTTAAACCTCAAACCAA-----TAGCCAGAACAG----GATACGA---GCTTTGCACGAGGGAG---AT------A------T-CC-TAGGTAT-----C----AAAAAATTCCAATGTTTTGTGATGTTACA-AAGGAAGTATAC-TTCGT--------AGCATATAGAa
gi|1 : aaaaaaaaaccttAAAGTCTAGATCTTAAGTCAAANNNNNNNNNNNNNNNN----NN---NN---NNNNNNNNNNNNNNNN---N-------N------N-NN-NNNNNNN-----C----AGAAATTTCCAATGTATC-TAACGTTATATG--GAAGTATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAGAC-----AG-TAAGATACCGTCTAA---CTGC-----GTTTTTCA-TTTC-CTC-GTG----TGACGGAC-GGACTATCAACTGGCAATTATATCAACCCAGGAGTATAGAT
gi|3 : tttatagaaaacgtctacaAAAGTCCAAATCTCAAGCCAA-----TNNNNNNNNNNN----NN---NN---NNNNNNNNNNNNNNNN---N-------N------N-NN-NNNNNNN-----NNNNAAGAAATTTCAAATGTAACATGACGTTATATG--GAATTATAC-TTCTT--------ATCAAATCGAGACC-AATAT-TAAAATATCGATTAA---CTGG-----GCTTATGA-TATatgcaaaacatatcctaatt
gi|5 : aagaattttatcgaaaaatctttttaAAGTCTAAATCTCAAGCCAA-----AAGCCAGTACTG----AATTAGA---GCTTTTCATGGGGGGG---G-------GGGGGGGT-TT-TACGTTT-----C----AGAG---TCCAATGATTTATAACGTTTAATGCA--ATTATAT-TT-GT--------ATCAAATAGAGGCAGTATGA-TAC--TGTCGA---A---CTGT-----TCTTATGA-TATC-CTCCGAC----GGACGgacttaatccatcctaatctaatatacctccaacagaattattga
gi|7 : tagaaaaggcctaaaacagGTCCCAAT-CCAGGTCAA------AGCCAGCAAAG----GA---GAAAAGCTTTGCTTTAT----------------------T-CC-TACGATT-----T----AGAATTTTCCAATGTTTCGTAACGTTATA--TAGAATTATG---TCAT--------GTC-AATC-AAGC-----AG-TGAGATGCCG--TAAAACTCGGCTTAAGCTTATGA-TACC-AT--CAGAATCGGACGGA
gi|16 : gtagaaaagaactaaattAAAT-TCATGCGAA-----AAGCCATTAAAGGAAAAA---GA---ACTTTGTTTGA---CATAGA-------A------T-ATCTACGTTT-----A----AGAAATT-CCAATGTTTTGTAATATCAT-TATGGAATTATA
gi|18 : aatacctaaaatcgtctttagCAGTAAAG----GA---GT---GATTTGCATAAAGGAG---ATACATGCA------CATT-TACGGTT-----C----AGAAATTTCCAATGTTTTGTGTCGTTA-A-----------AT-TTCGT--------ATCA
gi|19 : taattAAAA----AA---AA---ATTT--CATCAGAG-A---T-------A------CTCT-TACGTTT-----C----AGAAATTTTGAG---------ACTTTATATG--GAATTTTAT-TTCGT--------ATCAAATCGAGAC-----AG-TAAGAT
gi|20 : a-CC-TACGTTT-----T----AGAAATTTACAATGTTTTG--ACGTCCTATG--GAATTATAT-TTCGT--------ATCAAATCTGGACC-TGTAG-TA
gi|29 : tATGTCT-----C----AGAGATTTCCAATGTTTTGTGACGTTATATGagctagcga
gi|11 : T-----C----AGAAATAACCAATGTTTTGTGATGTTGTACG--AAATTGCATGTT--T--------ATT---TCAAGACA-GAAAGATACCAT-----CTAA---CTAG-----GTTTATCATTATA-TT--AGG----GG
gi|12 : -----C----AGAAATTTCCATTGTTTTGTTACATTATAT---GGATTATAT-TTCGT--------ATCATCTCAAGACAGTAAAG-TAC--CGTCGAcgattggactatccatcatcagcgagtttgaatgaaaatatctatatactagtat
gi|13 : aagccaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn----AAACATATCCAATGTTTTGTGAC-TT-----TGGAATTA-AT-TTT-T--------ATAAAATCGAGACT-TGTAG-TAAGATACCAATTAA---CTGG-----GTTCATGG-TATCTTT--GCG----GGACGAACAAGTCATTC-ACTAGTAGTGATATCCACC------TATGAATG-AA--TATGtatagtatgtctttta
gi|10 : TAATTCCAATGTTTTATGACGTTATATG--AAATTATAA-T---T--------ATCAAATCGAGACA--A-AA-TAT-ATG--GTCTAA---CTGA-----GCTGAT-A-TATC-CT--TGA----CGACGGAC----CATCC-ATCAGCAGT-ATATCCATCCAGGAGTATAAATG-AAAATATGTCATATCTAATT
gi|9 : ATTTC-----TTTAGTGGCGTTTTATG--GAATTATAT-TTCG---------AT--AAT--------TATAG-TAGGATACCAACTAT---ACAA-----GC-TATGA-ATTT-CT--TGA----AAATGGAC-GCACCACCAACCAGTAATGATATCTTCCCAGAAATATCAAGG-AAAATATGTTATACTAATT
gi|8 : gaaatttcATTCCCTATGTTTTGTGGCGTTATATG--GAATTGTAT-TTCGT--------ATCAAATCGAATAA-TATA
gi|25 : ttaaagggaaggcctaaaaaggtctaaatcatcataaaacaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtaaATTTCCTAAGTCGTGCGACATTATATG--GAATTATAT-TTTGT--------ATCAAaatatcat
gi|22 : aTGACGTTATAAG--GAATCTTAG-TTTGT--------ATTAAATCGAGATT-TGTAG-TACGACACCAACAAA---C
gi|15 : aatgacggaTGGAATCATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAAAC-----AG-TAAGATACTGTCTAG---CTGG-----ACTTATCA-TATC-------------GACGGAC----CATCC-ACCAACAATGATATCCACCCAGGAGTAGAAATGTAAATT-CGTGATACTGATTTAt
gi|26 : AATTATAT-TTCGA--------ATCAAATCGAGACC-TGTAA-TAAGATATCGAC
gi|17 : ATAT-CTCGTTTCATATCATCAAATCAAGACA--ATAA----GATACCGTTTAA---CTTG-----GCTTATGT-TATT-CT--TTG----GGACGA--AGGACCATCTATCAGCAGTGATATCC
gi|21 : -TATAT-TAACATACCAACTAG---CTGG-----ACTTATGG-TATC-CT--CGG----GGACGAACGGACCATCC-ACTATCAGTGGTATCCa
gi|24 : ACAG-TAGGATACCGACTAA---CTGA-----GCTTATCG-TGTC-CT--CAG----GGACGGAT
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTATTTAAAAAGCCTAAAAAAAAAGGTCTAAATCTCAAGTCAAAAGAGAGCAATGGAAAAGAGCT
Unaligned ( gi|27 ): CAGTAAGGCGAAGGCTGGAATGAAGGAGATACTTCTAAGTT
Unaligned ( gi|28 ): AAGCCTATAAGAAGTCTAAATCTCAAGCCAAAAGCCAGTA
Alignments
lowQualScore : 222222 11111111 111111111111111111111111111 3333 11 1111 11
lowQualScore : 44 7777 33 555 222222 555 22222222 555 0 999999999999999999999999999 6666666666 55555 22 222 22 1 66666666 5555 1 2 2 2 66666 1 2 66 1 00 3 0 0 1111 0 00 6 1
lowQualScore : .. .... .. ... ...... ... ........ ... . ........................... .......... ..... .. ... .. . ........ .... . . . . ..... . . .. . .. . . . .... . .. . .
lowQualScore : 66 1111 88 888 999999 000 22222222 444 8 999999999999999999999999999 5555555555 99999 88 666 55 8 66666666 1111 9 6 5 5 77777 1 7 33 0 00 9 5 7 7777 7 00 7 0
consensus : AAAAA--GTCT----AAATC-TCA---AGCCAA-----NAGCCAGTA---AAGG---A----GA---GCTTTGCAT------GAGGGAGA---AT-CC-----TACGTTT-----C----AG-----AAATTTCCAATGTTTT--GTGACGTTA-T-ATG--GAATTATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAGAC-TGTAGTA-AGATACCGNCTA-ACT-GG-----GCTTATGA-TATCCTCG-GGGACGGACGGACCATCCACCAGCAGTGATATCCACCCAGGAGTATAAATG---AAAATATGT-NATA-CTAATTTA
Reference ( family-190 ) : AAAAA--GTCT----AAATC-TCA---AGCCAA-----TAGCCAGTA---AAGG---A----GA---GCTTTGCAT------GAGGGNGA---AT-CC-----TACGTTT-----C----AG-----AAATTTCCAATGTTTT--GTGACGTTA-T-ATG--GAATTATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAGACNTATAGTA-AGATACCGACTA-ACT-GG-----GCTTATGA-TATCCTCG-GGGACGGACGGGNCATCCACCAGCAGTGATATCCACCCAGGAGTATAAATG---AAAATATGT-NATA-CTNATTTA
gi|1 : AAAA--GTCT----AGATC-TTA---AGTCAAANNNNNNNNNNNNN---NNNN---N----NN---NNNNNNNNN------NNNNNNNN---NN-NN-----NNNNNNN-----C----AG-----AAATTTCCAATGTATC---TAACGTTA-T-ATG--GAAGTATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAGAC----AGTA-AGATACCGTCTA-ACT-GC-----GTTTTTCA-TTTCCTCGTGTGACGGACGGACTATCAACTGGCAATTATATCAACCCAGGAGTATAGATATGCAAAACAT----ATC-CTAATT
gi|10 : tttatagaaaacgtctacTTCCAATGTTTT--ATGACGTTA-T-ATG--AAATTATAA-TT-----------ATCAAATCGAGACA---A--A-ATATATGGTCTA-ACT-GA-----GCTGAT-A-TATCCTTG-ACGACGGAC----CATCCATCAGCAGT-ATATCCATCCAGGAGTATAAATG---AAAATATGT-CATATCTAATT
gi|11 : taaT-----C----AG-----AAATAACCAATGTTTT--GTGATGTTG-T-ACG--AAATTGCATGTT--T--------ATT---TCAAGAC----AGAA-AGATACCATCTA-ACT-AG-----GTTTATCATTATATTAG-GGG-CGATTGGACTATCCATCATCAGC-------------GAGTTTGAATG---AAAATATCTATATA-CTAGT
gi|12 : -----C----AG-----AAATTTCCATTGTTTT--GTTACATTA-T-ATG--G-ATTATAT-TTCGT--------ATCATCTCAAGAC----AGTA-AAGTACCGat
gi|13 : aagccaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATATCCAATGTTTT--GTGAC-TT-----TG--GAATTA-AT-TTT-T--------ATAAAATCGAGACTTGTAGTA-AGATACCAATTA-ACT-GG-----GTTCATGG-TATCTTTGCGGGACGAACAAGTCATTCACTAGTAGTGATATCCACC------TATGAATG-----AATATGtcgatatagtatgtctttta
gi|14 : aaacAAAAA--GTTT----AAACC-TCA---AACCAA-----TAGCCAGAA---CAGG---ATAC-GA---GCTTTGCAC------GAGGGAGAT--AT-CC-----TAGGTAT-----C----AA-----AAAATTCCAATGTTTT--GTGATGTTA-CAAAG--GAAGTATAC-TTCGT--------AGCATATAGA
gi|15 : aaaaaaaaaccttTG--GAATCATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAAAC----AGTA-AGATACTGTCTA-GCT-GG-----ACTTATCA-TATC-------GACGGAC----CATCCACCAACAATGATATCCACCCAGGAGTAGAAATG---TAAATTCGT-GATA-CTGATTTA
gi|16 : AAAATCGTCTTTAGAAAT--TCA---TGCGAA-----AAGCCATTA---AAGG---AAAAAGA---ACTTTGTTT------GACATAGA---ATATC-----TACGTTT-----A----AG-----AAATT-CCAATGTTTT--GTAATATCATT-ATG--GAATTATA
gi|17 : aatacctATAT-CTCGTTTCATATCATCAAATCAAGAC----AATA-AGATACCGTTTA-ACT-TG-----GCTTATGT-TATTCTTT-GGGACGAA-GGACCATCTATCAGCAGTGATATCCA
gi|18 : CAGTA---AAGG---A----GT---GATTTGCAT------AAAGGAGATACAT-GCACATTTACGGTT-----C----AG-----AAATTTCCAATGTTTT--GTGTCGTTA---A-----------AT-TTCGT--------ATCA
gi|19 : taattA---AAAA---A----AA---AATTT-CAT------CAGAGATA---CT-CT-----TACGTTT-----C----AG-----AAATTT---------T--GAGACTTTA-T-ATG--GAATTTTAT-TTCGT--------ATCAAATCGAGAC----AGTA-AGAT
gi|2 : AGAAA--GTCT----AAATA-TCA---AGTTAA-----TAACCAGTA---AAGA---A----GA---GTTTTGCAT------GAGGGCAA---AC-CT-----TACGTTT-----C----AG-----ATATTTCCAGTGTTTT--GTAACGTTA-T-ATGTAGAATTATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAAACATATAGTA-CGATGTCGACTA-ACC-GG-----GCTTATGA-TATCCTGG-GGGACGGATAGAACAAACACCAGCAGTGGCATCCTCCCAGCAATGTAAATG---AAACTATGT-GGTA-CTTATTTA
gi|20 : T-CC-----TACGTTT-----T----AG-----AAATTTACAATGTTTT--G--ACGTCC-T-ATG--GAATTATAT-TTCGT--------ATCAAATCTGGACCTGTAGTA-AGCTAGCGAa
gi|21 : TATATTA-ACATACCAACTA-GCT-GG-----ACTTATGG-TATCCTCG-GGGACGAACGGACCATCCACTATCAGTGGTATCC
gi|22 : TGACGTTA-T-AAG--GAATCTTAG-TTTGT--------ATTAAATCGAGATTTGTAGTA-CGACACCAACAA-ACT-
gi|23 : aatgacggaAAAAG--GTCT----AAATC-TCA---AGTCAA-----AAGAGAGCA---ATGGAAAA----GA---GCT
gi|24 : ttatttaaaaagcctaaaaaACAGTA-GGATACCGACTA-ACT-GA-----GCTTATCG-TGTCCTCA-GGGACGGA
gi|25 : gtagAATTTCCTAAGTCGT--GCGACATTA-T-ATG--GAATTATAT-TTTGT--------ATCAAt
gi|26 : AATTATAT-TTCGA--------ATCAAATCGAGACCTGTAATA-AGATATCGAC
gi|28 : AAGAA--GTCT----AAATC-TCA---AGCCAA-----AAGCCAGTA---
gi|29 : aagcctatATGTCT-----C----AG-----AGATTTCCAATGTTTT--GTGACGTTA-T-ATG--
gi|3 : AAAA--GTCC----AAATC-TCA---AGCCAA-----TNNNNNNNN---NNNN---N----NN---NNNNNNNNN------NNNNNNNN---NN-NN-----NNNNNNN-----NNNNAAG-----AAATTTCAAATGTAAC--ATGACGTTA-T-ATG--GAATTATAC-TTCTT--------ATCAAATCGAGACCAATATTA-AAATATCGATTA-ACT-GG-----GCTTATGA-TAT
gi|4 : aagaattttatcgaaaaatctttttAAAAA--GTCT----AAATA-TTA---AATCAAAGANNNNNNNNNNN---NNNN---N----NN---NNNNNNNNN------NNNNNNNN---NN-NN-----NNNNNNN-----C----AG-----AAATCTCCAACGTTCT--GTGACGTTA---ATG--GAATTATGT-TGCGT--------TTCAAATCCCGAC----AGTA-AAATGCTGTGTA-AAT-GG-----GCTTCCGA-TATTGTCA-GGGACGAACGGACCATCAACCAGCAATgacttaatccatcctaatctaatatacctccaacagaattattga
gi|5 : ttttAGAA--GTCT----AAATC-TCA---AGCCAA-----AAGCCAGTACTGAATT---A----GA---GCTTTTCATGGGGGGGGGGGGGG---GT-TT-----TACGTTT-----C----AG-----AG---TCCAATGATTT--ATAACGTTT-A-ATG--CAATTATAT-TT-GT--------ATCAAATAGAGGC----AGTA-TGATACTGTCGA-ACT-GT-----TCTTATGA-TATCCTC---CGACGGACGa
gi|6 : tagaaaaggcctaaaacAAAAA--TTCT----AAACA-CGA---AGCTAA-----TNNNNNNNN---NNNN---N----NN---NNNNNNNNN------NNNNNNNN---NN-NN-----NNNNNNNNNNNNC----AG-----AAATATCCAATGATTT--GTGACGTTA-T-TTG--GAATCATAT-TTCAA--------ATTAAATCGGGACCTGTAGTG-AGACACCGATTA-ACT-AG-----CCTTATAT-TATCCTCG-AGGACGAA
gi|7 : taaaaaacttt--GTCC----CAATC--CA---GGTCAA------AGCCAGCA---AAGG---A----GAAAAGCTTTGCTT------TAT---------T-CC-----TACGATT-----T----AG-----AATTTTCCAATGTTTC--GTAACGTTA-T-ATA--GAATTATG---TCAT--------GTC-AATCAAG-----CAGTG-AGATGCCGTAAA-ACTCGGCTTAAGCTTATGA-TACCATCA-GAATCGGACGGt
gi|8 : gtagaaaagaactaaattAAAAG--GTCT----AAATCATCATAAAACAAA-----NNNNNNNNN---NNNN---N----NN---NNNNNNNNN------NNNNNNNN---NN-NN-----NNNNNNN-----N----NNNCTGTAAATTCCCTATGTTTT--GTGGCGTTA-T-ATG--GAATTGTAT-TTCGT--------ATCAAATCGA-----ATAATATAAATATCa
gi|9 : ttaaagggaaggcctaG-----AAATTTC--ATTTCTTTAGTGGCGTTT-T-ATG--GAATTATAT-TTCG---------AT--AAT-------TATAGTA-GGATACCAACTATAC--AA-----GCT-ATGA-ATTTCTTG-AAAATGGACGCACCACCAACCAGTAATGATATCTTCCCAGAAATATCAAGG---AAAATATGT-TATA-CTAATTat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CAGTAAGGCGAAGGCTGGAATGAAGGAGATACTTCTAAGTT
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111111111111111111111111 1111111111 3333333 1111 11
lowQualScore : 44 7777 99999 555 7777 999999 555 22222222 555 0 888888888888888888888888888 2222222222 55555 22 222 22 1 66666666 3333333 1 2 2 66666 1 2 66 0 3 0 0 1111 0 00 6
lowQualScore : .. .... ..... ... .... ...... ... ........ ... . ........................... .......... ..... .. ... .. . ........ ....... . . . ..... . . .. . . . . .... . .. .
lowQualScore : 66 1111 66666 888 1111 333333 000 22222222 444 8 111111111111111111111111111 8888888888 99999 88 666 55 8 66666666 2222222 0 5 5 77777 1 7 33 4 9 5 7 7777 7 00 7
consensus : AAAAA--GTCT----AAAT---C-TCA---AGCCA----AA-----AGCCAGTA---AAGG---A----GA---GCTTTGCAT------GAGGGAGA---AT-CC-----TACGTTT-----C----AG-----AAATTTCCAATGTTTT--GTGACGTTA-T-ATG--GAATTATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAGA-C-T-GTAGTAAGATACCGNCTA-ACT-GG-----GCTTATGA-TATCCTCG-GGGACGGACGGACCATCCACCAGCAGTGATATCCACCCAGGAGTATAAATG---AAAATATGT-NATA-CTAATTTA
Reference ( family-190 ) : AAAAA--GTCT----AAAT---C-TCA---AGCCA----AN-----AGCCAGTA---AAGG---A----GA---GCTTTGCAT------GAGGGAGA---AT-CC-----TACGTTT-----C----AG-----AAATTTCCAATGTTTT--GTGACGTTA-T-ATG--GAATTATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAGA-C-T-GTAGTAAGATACCGNCTA-ACT-GG-----GCTTATGA-TATCCTCG-GGGACGGACGGACCATCCACCAGCAGTGATATCCACCCAGGAGTATAAATG---AAAATATGT-NATA-CTAATTTA
gi|1 : AAAA--GTCT----AGAT---C-TTA---AGTCA----AA-----NNNNNNNN---NNNN---N----NN---NNNNNNNNN------NNNNNNNN---NN-NN-----NNNNNNNNNNNNC----AG-----AAATTTCCAATGTATC---TAACGTTA-T-ATG--GAAGTATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAGA-C-----AGTAAGATACCGTCTA-ACT-GC-----GTTTTTCA-TTTCCTCGTGTGACGGACGGACTATCAACTGGCAATTATATCAACCCAGGAGTATAGATATGCAAAACAT----ATC-CTAATT
gi|10 : tttatagaaaacgtctacTTCCAATGTTTT--ATGACGTTA-T-ATG--AAATTATAA-TT-----------ATCAAATCGAGA-C-----AA-AATATATGGTCTA-ACT-GA-----GCTGAT-A-TATCCTTG----ACG-ACGGACCATCCATCAGCAGT-ATATCCATCCAGGAGTATAAATG---AAAATATGT-CATATCTAATT
gi|11 : taaT-----C----AG-----AAATAACCAATGTTTT--GTGATGTTG-T-ACG--AAATTGCATGTT--T--------ATT---TCAAGA-C-----AGAAAGATACCATCTA-ACT-AG-----GTTTATCATTATATTAG-GGG-CGATTGGACTATCCATCATCAGC-------------GAGTTTGAATG---AAAATATCTATATA-CTAGT
gi|12 : -----C----AG-----AAATTTCCATTGTTTT--GTTACATTA-T-ATG--G-ATTATAT-TTCGT--------ATCATCTCAAGA-C-----AGTAAAGTACCGTCat
gi|13 : aagccaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATATCCAATGTTTT--GTGAC-TT-----TG--GAATTA-AT-TTT-T--------ATAAAATCGAGA-C-TTGTAGTAAGATACCAATTA-ACT-GG-----GTTCATGG-TATCTTTGCGGGACGAACAAGTCATTCACTAGTAGTGATATCCACC------TATGAATG-----AATATGgatatagtatgtctttta
gi|14 : aaacAAAAA--GTTT----AAAC---C-TCA---AACCA----AT-----AGCCAGAA---CAGG---ATAC-GA---GCTTTGCAC------GAGGGAGAT--AT-CC-----TAGGTAT-----C----AA-----AAAATTCCAATGTTTT--GTGATGTTA-CAAAG--GAAGTATAC-TTCGT--------AGCATATAGA
gi|15 : aaaaaaaaaccttTG--GAATCATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAAA-C-----AGTAAGATACTGTCTA-GCT-GG-----ACTTATCA-TATC-----------GACGGACCATCCACCAACAATGATATCCACCCAGGAGTAGAAATG---TAAATTCGT-GATA-CTGATTTA
gi|16 : AAAATCGTCTTTAGAAAT-----TCA---TGCGA----AA-----AGCCATTA---AAGG---AAAAAGA---ACTTTGTTT------GACATAGA---ATATC-----TACGTTT-----A----AG-----AAATT-CCAATGTTTT--GTAATATCATT-ATG--GAATTATA
gi|17 : aatacctATAT-CTCGTTTCATATCATCAAATCAAGA-C-----AATAAGATACCGTTTA-ACT-TG-----GCTTATGT-TATTCTTT-GGGACGAA-GGACCATCTATCAGCAGTGATATCCA
gi|18 : CAGTA---AAGG---A----GT---GATTTGCAT------AAAGGAGATACAT-GCACATTTACGGTT-----C----AG-----AAATTTCCAATGTTTT--GTGTCGTTA---A-----------AT-TTCGT--------ATCA
gi|19 : taattA---AAAA---A----AA---AATTT-CAT------CAGAGATA---CT-CT-----TACGTTT-----C----AG-----AAATTT---------T--GAGACTTTA-T-ATG--GAATTTTAT-TTCGT--------ATCAAATCGAGA-C-----AGTAAGAT
gi|2 : AGAAA--GTCT----AAAT---A-TCA---AGTTA----AT-----AACCAGTA---AAGA---A----GA---GTTTTGCAT------GAGGGCAA---AC-CT-----TACGTTT-----C----AG-----ATATTTCCAGTGTTTT--GTAACGTTA-T-ATGTAGAATTATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAAA-CAT-ATAGTACGATGTCGACTA-ACC-GG-----GCTTATGA-TATCCTGG-GGGACGGATAGAACAAACACCAGCAGTGGCATCCTCCCAGCAATGTAAATG---AAACTATGT-GGTA-CTTATTTA
gi|20 : T-CC-----TACGTTT-----T----AG-----AAATTTACAATGTTTT--G--ACGTCC-T-ATG--GAATTATAT-TTCGT--------ATCAAATCTGGACC-T-GTAGTAAGCTAGCGa
gi|21 : -T-ATATTAACATACCAACTA-GCT-GG-----ACTTATGG-TATCCTCG-GGGACGAACGGACCATCCACTATCAGTGGTATCCa
gi|22 : TGACGTTA-T-AAG--GAATCTTAG-TTTGT--------ATTAAATCGAGATT-T-GTAGTACGACACCAACAA-ACT-
gi|23 : aatgacggaAAAAG--GTCT----AAAT---C-TCA---AGTCA----AA-----AGAGAGCA---ATGGAAAA----GA---GCT
gi|24 : ttatttaaaaagcctaaaaaAGA-C-----AGTAGGATACCGACTA-ACT-GA-----GCTTATCG-TGTCCTCA-GGGACGGA
gi|25 : gtAATTTCCTAAGTCGT--GCGACATTA-T-ATG--GAATTATAT-TTTGT--------ATCAAt
gi|26 : AATTATAT-TTCGA--------ATCAAATCGAGACC-T-GTAATAAGATATCGAC
gi|28 : AAGAA--GTCT----AAAT---C-TCA---AGCCA----AA-----AGCCAGTA---
gi|29 : aagcctatATGTCT-----C----AG-----AGATTTCCAATGTTTT--GTGACGTTA-T-ATG--
gi|3 : AAAA--GTCC----AAAT---C-TCA---AGCCA----AT-----NNNNNNNN---NNNN---N----NN---NNNNNNNNN------NNNNNNNN---NN-NN-----NNNNNNN-----NNNNAAG-----AAATTTCAAATGTAAC--ATGACGTTA-T-ATG--GAATTATAC-TTCTT--------ATCAAATCGAGA-C-CAATATTAAAATATCGATTA-ACT-GG-----GCTTATGA-TAT
gi|4 : aagaattttatcgaaaaatctttttAAAAA--GTCT----AAAT---A-TTA---AATCA----AAGANNNNNNNNNNN---NNNN---N----NN---NNNNNNNNN------NNNNNNNN---NN-NN-----NNNNNNN-----C----AG-----AAATCTCCAACGTTCT--GTGACGTTA---ATG--GAATTATGT-TGCGT--------TTCAAATCCCGA-C-----AGTAAAATGCTGTGTA-AAT-GG-----GCTTCCGA-TATTGTCA-GGGACGAACGGACCATCAACCAGCAATgacttaatccatcctaatctaatatacctccaacagaattattga
gi|5 : ttttAGAA--GTCT----AAAT---C-TCA---AGCCA----AA-----AGCCAGTACTGAATT---A----GA---GCTTTTCATGGGGGGGGGGGGGG---GT-TT-----TACGTTT-----C----AG-----AG---TCCAATGATTT--ATAACGTTT-A-ATG--CAATTATAT-TT-GT--------ATCAAATAGAG------GCAGTATGATACTGTCGA-ACT-GT-----TCTTATGA-TATCCTC---CGACGGACGa
gi|6 : tagaaaaggcctaaaacAAAAA--TTCT----AAAC---A-CGA---AGCTA----AT-----NNNNNNNN---NNNN---N----NN---NNNNNNNNN------NNNNNNNN---NN-NN-----NNNNNNNNNNNNC----AG-----AAATATCCAATGATTT--GTGACGTTA-T-TTG--GAATCATAT-TTCAA--------ATTAAATCGGGACC-T-GTAGTGAGACACCGATTA-ACT-AG-----CCTTATAT-TATCCTCG-AGGACGAA
gi|7 : taaaaaactttAAAAG--AACT----AAATTGTC-CCA---ATCCAGGTCAA-----AGCCAGCA---AAGG---A----GAAAAGCTTTGCTT------TAT---------T-CC-----TACGATT-----T----AG-----AATTTTCCAATGTTTC--GTAACGTTA-T-ATA--GAATTATG---TCAT--------GTC-AATCAA-------GCAGTGAGATGCCGTAAA-ACTCGGCTTAAGCTTATGA-TACCATCA-GAATCGGACGGAt
gi|8 : gtagAAAAG--GTCT----AAAT---CATCATAAAACAA----AN-----NNNNNNNN---NNNN---N----NN---NNNNNNNNN------NNNNNNNN---NN-NN-----NNNNNNN-----N----NNNCTGTAAATTCCCTATGTTTT--GTGGCGTTA-T-ATG--GAATTGTAT-TTCGT--------ATCAAATCGA
gi|9 : ttaaagggaaggcctaG-----AAATTTC--ATTTCTTTAGTGGCGTTT-T-ATG--GAATTATAT-TTCG---------AT--AAT--------T-ATAGTAGGATACCAACTATAC--AA-----GCT-ATGA-ATTTCTTG-AAAATGGACGCACCACCAACCAGTAATGATATCTTCCCAGAAATATCAAGG---AAAATATGT-TATA-CTAATTataatataaatatcat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CAGTAAGGCGAAGGCTGGAATGAAGGAGATACTTCTAAGTT
Alignments
lowQualScore : 22222222222 11111111 111111111111111111111111111 3333333 1111 11
lowQualScore : 44 7777 99999 44 7777 00000000000 555 22222222 555 0 888888888888888888888888888 66666 666666 22 222 22 1 66666666 3333333 1 2 2 66666 1 2 66 0 3 0 0 1111 0 00 6
lowQualScore : .. .... ..... .. .... ........... ... ........ ... . ........................... ..... ...... .. ... .. . ........ ....... . . . ..... . . .. . . . . .... . .. .
lowQualScore : 66 1111 66666 66 1111 88888888888 000 22222222 444 8 111111111111111111111111111 22222 888888 88 666 55 8 66666666 2222222 0 5 5 77777 1 7 33 4 9 5 7 7777 7 00 7
consensus : AAAAA--GTCT----AAAT---C-TCA--AGCCA----A-----A-----AGCCAGTA---AAGG---A----GA---GCTTTGCAT------GAGGGAGA---AT-CC-----TACGTTT-----CAG------AAATTTCCAATGTTTT--GTGACGTTA-T-ATG--GAATTATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAGA-C-T-GTAGTAAGATACCGNCTA-ACT-GG-----GCTTATGA-TATCCTCG-GGGACGGACGGACCATCCACCAGCAGTGATATCCACCCAGGAGTATAAATG---AAAATATGT-NATA-CTAATTTA
Reference ( family-190 ) : AAAAA--GTCT----AAAT---C-TCA--AGCCA----A-----A-----AGCCAGTA---AAGG---A----GA---GCTTTGCAT------GAGGGAGA---AT-CC-----TACGTTT-----CAG------AAATTTCCAATGTTTT--GTGACGTTA-T-ATG--GAATTATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAGA-C-T-GTAGTAAGATACCGNCTA-ACT-GG-----GCTTATGA-TATCCTCG-GGGACGGACGGACCATCCACCAGCAGTGATATCCACCCAGGAGTATAAATG---AAAATATGT-NATA-CTAATTTA
gi|1 : AAAA--GTCT----AGAT---C-TTA--AGTCA----A-----A-----NNNNNNNN---NNNN---N----NN---NNNNNNNNN------NNNNNNNN---NN-NN-----NNNNNNNNNNNNCAG------AAATTTCCAATGTATC---TAACGTTA-T-ATG--GAAGTATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAGA-C-----AGTAAGATACCGTCTA-ACT-GC-----GTTTTTCA-TTTCCTCGTGTGACGGACGGACTATCAACTGGCAATTATATCAACCCAGGAGTATAGATATGCAAAACAT----ATC-CTAATT
gi|10 : tttatagaaaacgtctacTTCCAATGTTTT--ATGACGTTA-T-ATG--AAATTATAA-TT-----------ATCAAATCGAGA-C-----AA-AATATATGGTCTA-ACT-GA-----GCTGAT-A-TATCCTTG----ACG-ACGGACCATCCATCAGCAGT-ATATCCATCCAGGAGTATAAATG---AAAATATGT-CATATCTAATT
gi|11 : taaT-----CAG------AAATAACCAATGTTTT--GTGATGTTG-T-ACG--AAATTGCATGTT--T--------ATT---TCAAGA-C-----AGAAAGATACCATCTA-ACT-AG-----GTTTATCATTATATTAG-GGG-CGATTGGACTATCCATCATCAGC-------------GAGTTTGAATG---AAAATATCTATATA-CTAGT
gi|12 : -----CAG------AAATTTCCATTGTTTT--GTTACATTA-T-ATG--G-ATTATAT-TTCGT--------ATCATCTCAAGA-C-----AGTAAAGTACCGTCat
gi|13 : aagccaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATATCCAATGTTTT--GTGAC-TT-----TG--GAATTA-AT-TTT-T--------ATAAAATCGAGA-C-TTGTAGTAAGATACCAATTA-ACT-GG-----GTTCATGG-TATCTTTGCGGGACGAACAAGTCATTCACTAGTAGTGATATCCACC------TATGAATG-----AATATGgatatagtatgtctttta
gi|14 : aaacAAAAA--GTTT----AAAC---C-TCA--AACCA----A-----T-----AGCCAGAA---CAGG---ATAC-GA---GCTTTGCAC------GAGGGAGAT--AT-CC-----TAGGTAT-----CAA------AAAATTCCAATGTTTT--GTGATGTTA-CAAAG--GAAGTATAC-TTCGT--------AGCATATAGA
gi|15 : aaaaaaaaaccttTG--GAATCATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAAA-C-----AGTAAGATACTGTCTA-GCT-GG-----ACTTATCA-TATC-----------GACGGACCATCCACCAACAATGATATCCACCCAGGAGTAGAAATG---TAAATTCGT-GATA-CTGATTTA
gi|16 : AAAATCGTCTTTAGAAAT-----TCA--TGCGA----A-----A-----AGCCATTA---AAGG---AAAAAGA---ACTTTGTTT------GACATAGA---ATATC-----TACGTTT-----AAG------AAATT-CCAATGTTTT--GTAATATCATT-ATG--GAATTATA
gi|17 : aatacctATAT-CTCGTTTCATATCATCAAATCAAGA-C-----AATAAGATACCGTTTA-ACT-TG-----GCTTATGT-TATTCTTT-GGGACGAA-GGACCATCTATCAGCAGTGATATCCA
gi|18 : CAGTA---AAGG---A----GT---GATTTGCAT------AAAGGAGATACAT-GCACATTTACGGTT-----CAG------AAATTTCCAATGTTTT--GTGTCGTTA---A-----------AT-TTCGT--------ATCA
gi|19 : taattA---AAAA---A----AA---AATTT-CAT------CAGAGATA---CT-CT-----TACGTTT-----CAG------AAATTT---------T--GAGACTTTA-T-ATG--GAATTTTAT-TTCGT--------ATCAAATCGAGA-C-----AGTAAGAT
gi|2 : AGAAA--GTCT----AAAT---A-TCA--AGTTA----A-----T-----AACCAGTA---AAGA---A----GA---GTTTTGCAT------GAGGGCAA---AC-CT-----TACGTTT-----CAG------ATATTTCCAGTGTTTT--GTAACGTTA-T-ATGTAGAATTATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAAA-CAT-ATAGTACGATGTCGACTA-ACC-GG-----GCTTATGA-TATCCTGG-GGGACGGATAGAACAAACACCAGCAGTGGCATCCTCCCAGCAATGTAAATG---AAACTATGT-GGTA-CTTATTTA
gi|20 : T-CC-----TACGTTT-----TAG------AAATTTACAATGTTTT--G--ACGTCC-T-ATG--GAATTATAT-TTCGT--------ATCAAATCTGGACC-T-GTAGTAAGCTAGCGa
gi|21 : -T-ATATTAACATACCAACTA-GCT-GG-----ACTTATGG-TATCCTCG-GGGACGAACGGACCATCCACTATCAGTGGTATCCa
gi|22 : TGACGTTA-T-AAG--GAATCTTAG-TTTGT--------ATTAAATCGAGATT-T-GTAGTACGACACCAACAA-ACT-
gi|23 : aatgacggaAAAAG--GTCT----AAAT---C-TCA--AGTCA----A-----A-----AGAGAGCA---ATGGAAAA----GA---GCT
gi|24 : ttatttaaaaagcctaaaaaAGA-C-----AGTAGGATACCGACTA-ACT-GA-----GCTTATCG-TGTCCTCA-GGGACGGA
gi|25 : gtAATTTCCTAAGTCGT--GCGACATTA-T-ATG--GAATTATAT-TTTGT--------ATCAAt
gi|26 : AATTATAT-TTCGA--------ATCAAATCGAGACC-T-GTAATAAGATATCGAC
gi|28 : AAGAA--GTCT----AAAT---C-TCA--AGCCA----A-----A-----AGCCAGTA---
gi|29 : aagcctatATGTCT-----CAG------AGATTTCCAATGTTTT--GTGACGTTA-T-ATG--
gi|3 : AAAA--GTCC----AAAT---C-TCA--AGCCA----ATNNN-N-----NNNNNNNN---NNNN---N----NN---NNNNNNNNN------NNNNNNNN---NN-NN-----NNNNNNN-----AAG------AAATTTCAAATGTAAC--ATGACGTTA-T-ATG--GAATTATAC-TTCTT--------ATCAAATCGAGA-C-CAATATTAAAATATCGATTA-ACT-GG-----GCTTATGA-TAT
gi|4 : aagaattttatcgaaaaatctttttAAAAA--GTCT----AAAT---A-TTA--AATCA----A-----AGANNNNNNNNNNN---NNNN---N----NN---NNNNNNNNN------NNNNNNNN---NN-NN-----NNNNNNN-----CAG------AAATCTCCAACGTTCT--GTGACGTTA---ATG--GAATTATGT-TGCGT--------TTCAAATCCCGA-C-----AGTAAAATGCTGTGTA-AAT-GG-----GCTTCCGA-TATTGTCA-GGGACGAACGGACCATCAACCAGCAATgacttaatccatcctaatctaatatacctccaacagaattattga
gi|5 : ttttAGAA--GTCT----AAAT---C-TCA--AGCCA----A-----A-----AGCCAGTACTGAATT---A----GA---GCTTTTCATGGGGGGGGGGGGGG---GT-TT-----TACGTTT-----CAG------AG---TCCAATGATTT--ATAACGTTT-A-ATG--CAATTATAT-TT-GT--------ATCAAATAGAG------GCAGTATGATACTGTCGA-ACT-GT-----TCTTATGA-TATCCTC---CGACGGACGa
gi|6 : tagaaaaggcctaaaacAAAAA--TTCT----AAAC---A-CGA--AGCTA----ATNNNNN-----NNNNNNNN---NNNN---N----NN---NNNNNNNNN------NNNNNNNN---NN-NN-----NNNNNNN-----CAG------AAATATCCAATGATTT--GTGACGTTA-T-TTG--GAATCATAT-TTCAA--------ATTAAATCGGGACC-T-GTAGTGAGACACCGATTA-ACT-AG-----CCTTATAT-TATCCTCG-AGGACGAA
gi|7 : taaaaaactttAAAAG--AACT----AAATTGTC-CCA--ATCCAGGTCA-----A-----AGCCAGCA---AAGG---A----GAAAAGCTTTGCTT------TAT---------T-CC-----TACGATT-----TAG------AATTTTCCAATGTTTC--GTAACGTTA-T-ATA--GAATTATG---TCAT--------GTC-AATCAA-------GCAGTGAGATGCCGTAAA-ACTCGGCTTAAGCTTATGA-TACCATCA-GAATCGGACGGAt
gi|8 : gtagAAAAG--GTCT----AAAT---CATCATAAAACA----A-----A-----NNNNNNNN---NNNN---N----NN---NNNNNNNNN------NNNNNNNN---NN-NN-----NNNNNNN-----NNNNNCTGTAAATTCCCTATGTTTT--GTGGCGTTA-T-ATG--GAATTGTAT-TTCGT--------ATCAAATCGA
gi|9 : ttaaagggaaggcctaG------AAATTTC--ATTTCTTTAGTGGCGTTT-T-ATG--GAATTATAT-TTCG---------AT--AAT--------T-ATAGTAGGATACCAACTATAC--AA-----GCT-ATGA-ATTTCTTG-AAAATGGACGCACCACCAACCAGTAATGATATCTTCCCAGAAATATCAAGG---AAAATATGT-TATA-CTAATTataatataaatatcat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CAGTAAGGCGAAGGCTGGAATGAAGGAGATACTTCTAAGTT
Alignments
lowQualScore : 22222222222 11111111 111111111111111111111111111 3333333 1111 11
lowQualScore : 44 7777 99999 44 7777 00000000000 555 22222222 555 0 888888888888888888888888888 66666 666666 22 222 22 1 66666666 3333333 1 2 2 66666 1 2 66 0 3 0 0 1111 0 00 6
lowQualScore : .. .... ..... .. .... ........... ... ........ ... . ........................... ..... ...... .. ... .. . ........ ....... . . . ..... . . .. . . . . .... . .. .
lowQualScore : 66 1111 66666 66 1111 88888888888 000 22222222 444 8 111111111111111111111111111 22222 888888 88 666 55 8 66666666 2222222 0 5 5 77777 1 7 33 4 9 5 7 7777 7 00 7
consensus : AAAAA--GTCT----AAAT---C-TCA--AGCCA----A-----A-----AGCCAGTA---AAGG---A----GA---GCTTTGCAT------GAGGGAGA---AT-CC-----TACGTTT-----CAG------AAATTTCCAATGTTTT--GTGACGTTA-T-ATG--GAATTATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAGA-C-T-GTAGTAAGATACCGNCTA-ACT-GG-----GCTTATGA-TATCCTCG-GGGACGGACGGACCATCCACCAGCAGTGATATCCACCCAGGAGTATAAATG---AAAATATGT-NATA-CTAATTTA
Reference ( family-190 ) : AAAAA--GTCT----AAAT---C-TCA--AGCCA----A-----A-----AGCCAGTA---AAGG---A----GA---GCTTTGCAT------GAGGGAGA---AT-CC-----TACGTTT-----CAG------AAATTTCCAATGTTTT--GTGACGTTA-T-ATG--GAATTATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAGA-C-T-GTAGTAAGATACCGNCTA-ACT-GG-----GCTTATGA-TATCCTCG-GGGACGGACGGACCATCCACCAGCAGTGATATCCACCCAGGAGTATAAATG---AAAATATGT-NATA-CTAATTTA
gi|1 : AAAA--GTCT----AGAT---C-TTA--AGTCA----A-----A-----NNNNNNNN---NNNN---N----NN---NNNNNNNNN------NNNNNNNN---NN-NN-----NNNNNNNNNNNNCAG------AAATTTCCAATGTATC---TAACGTTA-T-ATG--GAAGTATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAGA-C-----AGTAAGATACCGTCTA-ACT-GC-----GTTTTTCA-TTTCCTCGTGTGACGGACGGACTATCAACTGGCAATTATATCAACCCAGGAGTATAGATATGCAAAACAT----ATC-CTAATT
gi|10 : tttatagaaaacgtctacTTCCAATGTTTT--ATGACGTTA-T-ATG--AAATTATAA-TT-----------ATCAAATCGAGA-C-----AA-AATATATGGTCTA-ACT-GA-----GCTGAT-A-TATCCTTG----ACG-ACGGACCATCCATCAGCAGT-ATATCCATCCAGGAGTATAAATG---AAAATATGT-CATATCTAATT
gi|11 : taaT-----CAG------AAATAACCAATGTTTT--GTGATGTTG-T-ACG--AAATTGCATGTT--T--------ATT---TCAAGA-C-----AGAAAGATACCATCTA-ACT-AG-----GTTTATCATTATATTAG-GGG-CGATTGGACTATCCATCATCAGC-------------GAGTTTGAATG---AAAATATCTATATA-CTAGT
gi|12 : -----CAG------AAATTTCCATTGTTTT--GTTACATTA-T-ATG--G-ATTATAT-TTCGT--------ATCATCTCAAGA-C-----AGTAAAGTACCGTCat
gi|13 : aagccaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATATCCAATGTTTT--GTGAC-TT-----TG--GAATTA-AT-TTT-T--------ATAAAATCGAGA-C-TTGTAGTAAGATACCAATTA-ACT-GG-----GTTCATGG-TATCTTTGCGGGACGAACAAGTCATTCACTAGTAGTGATATCCACC------TATGAATG-----AATATGgatatagtatgtctttta
gi|14 : aaacAAAAA--GTTT----AAAC---C-TCA--AACCA----A-----T-----AGCCAGAA---CAGG---ATAC-GA---GCTTTGCAC------GAGGGAGAT--AT-CC-----TAGGTAT-----CAA------AAAATTCCAATGTTTT--GTGATGTTA-CAAAG--GAAGTATAC-TTCGT--------AGCATATAGA
gi|15 : aaaaaaaaaccttTG--GAATCATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAAA-C-----AGTAAGATACTGTCTA-GCT-GG-----ACTTATCA-TATC-----------GACGGACCATCCACCAACAATGATATCCACCCAGGAGTAGAAATG---TAAATTCGT-GATA-CTGATTTA
gi|16 : AAAATCGTCTTTAGAAAT-----TCA--TGCGA----A-----A-----AGCCATTA---AAGG---AAAAAGA---ACTTTGTTT------GACATAGA---ATATC-----TACGTTT-----AAG------AAATT-CCAATGTTTT--GTAATATCATT-ATG--GAATTATA
gi|17 : aatacctATAT-CTCGTTTCATATCATCAAATCAAGA-C-----AATAAGATACCGTTTA-ACT-TG-----GCTTATGT-TATTCTTT-GGGACGAA-GGACCATCTATCAGCAGTGATATCCA
gi|18 : CAGTA---AAGG---A----GT---GATTTGCAT------AAAGGAGATACAT-GCACATTTACGGTT-----CAG------AAATTTCCAATGTTTT--GTGTCGTTA---A-----------AT-TTCGT--------ATCA
gi|19 : taattA---AAAA---A----AA---AATTT-CAT------CAGAGATA---CT-CT-----TACGTTT-----CAG------AAATTT---------T--GAGACTTTA-T-ATG--GAATTTTAT-TTCGT--------ATCAAATCGAGA-C-----AGTAAGAT
gi|2 : AGAAA--GTCT----AAAT---A-TCA--AGTTA----A-----T-----AACCAGTA---AAGA---A----GA---GTTTTGCAT------GAGGGCAA---AC-CT-----TACGTTT-----CAG------ATATTTCCAGTGTTTT--GTAACGTTA-T-ATGTAGAATTATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAAA-CAT-ATAGTACGATGTCGACTA-ACC-GG-----GCTTATGA-TATCCTGG-GGGACGGATAGAACAAACACCAGCAGTGGCATCCTCCCAGCAATGTAAATG---AAACTATGT-GGTA-CTTATTTA
gi|20 : T-CC-----TACGTTT-----TAG------AAATTTACAATGTTTT--G--ACGTCC-T-ATG--GAATTATAT-TTCGT--------ATCAAATCTGGACC-T-GTAGTAAGCTAGCGa
gi|21 : -T-ATATTAACATACCAACTA-GCT-GG-----ACTTATGG-TATCCTCG-GGGACGAACGGACCATCCACTATCAGTGGTATCCa
gi|22 : TGACGTTA-T-AAG--GAATCTTAG-TTTGT--------ATTAAATCGAGATT-T-GTAGTACGACACCAACAA-ACT-
gi|23 : aatgacggaAAAAG--GTCT----AAAT---C-TCA--AGTCA----A-----A-----AGAGAGCA---ATGGAAAA----GA---GCT
gi|24 : ttatttaaaaagcctaaaaaAGA-C-----AGTAGGATACCGACTA-ACT-GA-----GCTTATCG-TGTCCTCA-GGGACGGA
gi|25 : gtAATTTCCTAAGTCGT--GCGACATTA-T-ATG--GAATTATAT-TTTGT--------ATCAAt
gi|26 : AATTATAT-TTCGA--------ATCAAATCGAGACC-T-GTAATAAGATATCGAC
gi|28 : AAGAA--GTCT----AAAT---C-TCA--AGCCA----A-----A-----AGCCAGTA---
gi|29 : aagcctatATGTCT-----CAG------AGATTTCCAATGTTTT--GTGACGTTA-T-ATG--
gi|3 : AAAA--GTCC----AAAT---C-TCA--AGCCA----ATNNN-N-----NNNNNNNN---NNNN---N----NN---NNNNNNNNN------NNNNNNNN---NN-NN-----NNNNNNN-----AAG------AAATTTCAAATGTAAC--ATGACGTTA-T-ATG--GAATTATAC-TTCTT--------ATCAAATCGAGA-C-CAATATTAAAATATCGATTA-ACT-GG-----GCTTATGA-TAT
gi|4 : aagaattttatcgaaaaatctttttAAAAA--GTCT----AAAT---A-TTA--AATCA----A-----AGANNNNNNNNNNN---NNNN---N----NN---NNNNNNNNN------NNNNNNNN---NN-NN-----NNNNNNN-----CAG------AAATCTCCAACGTTCT--GTGACGTTA---ATG--GAATTATGT-TGCGT--------TTCAAATCCCGA-C-----AGTAAAATGCTGTGTA-AAT-GG-----GCTTCCGA-TATTGTCA-GGGACGAACGGACCATCAACCAGCAATgacttaatccatcctaatctaatatacctccaacagaattattga
gi|5 : ttttAGAA--GTCT----AAAT---C-TCA--AGCCA----A-----A-----AGCCAGTACTGAATT---A----GA---GCTTTTCATGGGGGGGGGGGGGG---GT-TT-----TACGTTT-----CAG------AG---TCCAATGATTT--ATAACGTTT-A-ATG--CAATTATAT-TT-GT--------ATCAAATAGAG------GCAGTATGATACTGTCGA-ACT-GT-----TCTTATGA-TATCCTC---CGACGGACGa
gi|6 : tagaaaaggcctaaaacAAAAA--TTCT----AAAC---A-CGA--AGCTA----ATNNNNN-----NNNNNNNN---NNNN---N----NN---NNNNNNNNN------NNNNNNNN---NN-NN-----NNNNNNN-----CAG------AAATATCCAATGATTT--GTGACGTTA-T-TTG--GAATCATAT-TTCAA--------ATTAAATCGGGACC-T-GTAGTGAGACACCGATTA-ACT-AG-----CCTTATAT-TATCCTCG-AGGACGAA
gi|7 : taaaaaactttAAAAG--AACT----AAATTGTC-CCA--ATCCAGGTCA-----A-----AGCCAGCA---AAGG---A----GAAAAGCTTTGCTT------TAT---------T-CC-----TACGATT-----TAG------AATTTTCCAATGTTTC--GTAACGTTA-T-ATA--GAATTATG---TCAT--------GTC-AATCAA-------GCAGTGAGATGCCGTAAA-ACTCGGCTTAAGCTTATGA-TACCATCA-GAATCGGACGGAt
gi|8 : gtagAAAAG--GTCT----AAAT---CATCATAAAACA----A-----A-----NNNNNNNN---NNNN---N----NN---NNNNNNNNN------NNNNNNNN---NN-NN-----NNNNNNN-----NNNNNCTGTAAATTCCCTATGTTTT--GTGGCGTTA-T-ATG--GAATTGTAT-TTCGT--------ATCAAATCGA
gi|9 : ttaaagggaaggcctaG------AAATTTC--ATTTCTTTAGTGGCGTTT-T-ATG--GAATTATAT-TTCG---------AT--AAT--------T-ATAGTAGGATACCAACTATAC--AA-----GCT-ATGA-ATTTCTTG-AAAATGGACGCACCACCAACCAGTAATGATATCTTCCCAGAAATATCAAGG---AAAATATGT-TATA-CTAATTataatataaatatcat
blockSeqs : TC TTAG TGTC TA GGTC AGANNN CTG AAAAA AAA AAAGGAGATACATGCACATT . NNCTGT TA CA TA G TTCATATC CTTGT T T C CTTAA C T GC G A AT T
blockSeqs : . . CA . . TNNNNN . ATAC . GGGGGGGGGGGGGGGTTT . . . TT . . . CATAT T . . . G . G G A C .
blockSeqs : . . C . . TNNNN . AAAA . GAGGGAGATATCC . . . T . . . CCTGT T . . . C . G G T G .
blockSeqs : . . A . . T . A . GACATAGAATATC . . . T . . . TTTGT A . . . G . T G A G .
blockSeqs : . . C . . A . A . CAGAGATACTCT . . . T . . . CCTGT T . . . G . G G A T .
blockSeqs : . . C . . T . A . GAGGGCAAACCT . . . T . . . CCAAT T . . . G . G G .
blockSeqs : . . C . . A . N . NNNNNNNNNNNN . . . T . . . CCTGT A . . . C . A .
blockSeqs : . . A . . A . N . NNNNNNNNNNNN . . . T . . . TAT A . . . G . A .
blockSeqs : . . C . . A . A . NNNNNNNNNNNN . . . T . . . GC A . . . G . G
blockSeqs : . . A . . A . N . NNNNNNNNNNNN . . . T . . . GC A . . . G . A
blockSeqs : . . . . . A . A . TATTCC . . . T . . . C A . . . A . G
blockSeqs : . N . . . . T . . . C A . . . G . .
blockSeqs : . . . . A . . . C T . . . G . .
blockSeqs : . . . T . . . C T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . C A . .
blockSeqs : . . T . . . C T
blockSeqs : . T . . . C A
blockSeqs : . . . . . C
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ***** G* A*** N*
originalCons : AAAAA--GTCT----AAAT---C-TCA--AGCCA----A-----A-----AGCCAGTA---AAGG---A----GA---GCTTTGCAT------GAGGGAGA---AT-CC-----TACGTTT-----CAG------AAATTTCCAATGTTTT--GTGACGTTA-T-ATG--GAATTATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAGA-C-T-GTAGTAAGATACCGNCTA-ACT-GG-----GCTTATGA-TATCCTCG-GGGACGGACGGACCATCCACCAGCAGTGATATCCACCCAGGAGTATAAATG---AAAATATGT-NATA-CTAATTTA
finalCons : AAAAA--GTCT----AAAT---C-TCA--AGCCA----A-----A-----AGCCAGTA---AAGG---A----GA---GCTTTGCAT------GAGGGAGA---AT-CC-----TACGTTT-----CAG------AAATTTCCAATGTTTT--GTGACGTTA-T-ATG--GAATTATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAGA-C-T-GTAGTAAGATACCGNCTA-ACT-GG-----GCTTATGA-TATCCTCG-GGGACGGACGGACCATCCACCAGCAGTGATATCCACCCAGGAGTATAAATGA---AAATATGTN-ATA-CTAATTTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CAGTAAGGCGAAGGCTGGAATGAAGGAGATACTTCTAAGTT
Alignments
lowQualScore : 22222222222 11111111 111111111111111111111111111 3333333 1111 11
lowQualScore : 44 7777 99999 44 7777 00000000000 555 22222222 555 0 888888888888888888888888888 66666 666666 22 222 22 1 66666666 3333333 1 2 2 66666 1 2 66 0 3 0 0 1111 0 00 6
lowQualScore : .. .... ..... .. .... ........... ... ........ ... . ........................... ..... ...... .. ... .. . ........ ....... . . . ..... . . .. . . . . .... . .. .
lowQualScore : 66 1111 66666 66 1111 88888888888 000 22222222 444 8 111111111111111111111111111 22222 888888 88 666 55 8 66666666 2222222 0 5 5 77777 1 7 33 4 9 5 7 7777 7 00 7
consensus : AAAAA--GTCT----AAAT---C-TCA--AGCCA----A-----A-----AGCCAGTA---AAGG---A----GA---GCTTTGCAT------GAGGGAGA---AT-CC-----TACGTTT-----CAG------AAATTTCCAATGTTTT--GTGACGTTA-T-ATG--GAATTATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAGA-C-T-GTAGTAAGATACCGNCTA-ACT-GG-----GCTTATGA-TATCCTCG-GGGACGGACGGACCATCCACCAGCAGTGATATCCACCCAGGAGTATAAATG---AAAATATGT-NATA-CTAATTTA
Reference ( family-190 ) : AAAAA--GTCT----AAAT---C-TCA--AGCCA----A-----A-----AGCCAGTA---AAGG---A----GA---GCTTTGCAT------GAGGGAGA---AT-CC-----TACGTTT-----CAG------AAATTTCCAATGTTTT--GTGACGTTA-T-ATG--GAATTATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAGA-C-T-GTAGTAAGATACCGNCTA-ACT-GG-----GCTTATGA-TATCCTCG-GGGACGGACGGACCATCCACCAGCAGTGATATCCACCCAGGAGTATAAATG---AAAATATGT-NATA-CTAATTTA
gi|1 : AAAA--GTCT----AGAT---C-TTA--AGTCA----A-----A-----NNNNNNNN---NNNN---N----NN---NNNNNNNNN------NNNNNNNN---NN-NN-----NNNNNNNNNNNNCAG------AAATTTCCAATGTATC---TAACGTTA-T-ATG--GAAGTATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAGA-C-----AGTAAGATACCGTCTA-ACT-GC-----GTTTTTCA-TTTCCTCGTGTGACGGACGGACTATCAACTGGCAATTATATCAACCCAGGAGTATAGATATGCAAAACAT----ATC-CTAATT
gi|10 : tttatagaaaacgtctacTTCCAATGTTTT--ATGACGTTA-T-ATG--AAATTATAA-TT-----------ATCAAATCGAGA-C-----AA-AATATATGGTCTA-ACT-GA-----GCTGAT-A-TATCCTTG----ACG-ACGGACCATCCATCAGCAGT-ATATCCATCCAGGAGTATAAATG---AAAATATGT-CATATCTAATT
gi|11 : taaT-----CAG------AAATAACCAATGTTTT--GTGATGTTG-T-ACG--AAATTGCATGTT--T--------ATT---TCAAGA-C-----AGAAAGATACCATCTA-ACT-AG-----GTTTATCATTATATTAG-GGG-CGATTGGACTATCCATCATCAGC-------------GAGTTTGAATG---AAAATATCTATATA-CTAGT
gi|12 : -----CAG------AAATTTCCATTGTTTT--GTTACATTA-T-ATG--G-ATTATAT-TTCGT--------ATCATCTCAAGA-C-----AGTAAAGTACCGTCat
gi|13 : aagccaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATATCCAATGTTTT--GTGAC-TT-----TG--GAATTA-AT-TTT-T--------ATAAAATCGAGA-C-TTGTAGTAAGATACCAATTA-ACT-GG-----GTTCATGG-TATCTTTGCGGGACGAACAAGTCATTCACTAGTAGTGATATCCACC------TATGAATG-----AATATGgatatagtatgtctttta
gi|14 : aaacAAAAA--GTTT----AAAC---C-TCA--AACCA----A-----T-----AGCCAGAA---CAGG---ATAC-GA---GCTTTGCAC------GAGGGAGAT--AT-CC-----TAGGTAT-----CAA------AAAATTCCAATGTTTT--GTGATGTTA-CAAAG--GAAGTATAC-TTCGT--------AGCATATAGA
gi|15 : aaaaaaaaaccttTG--GAATCATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAAA-C-----AGTAAGATACTGTCTA-GCT-GG-----ACTTATCA-TATC-----------GACGGACCATCCACCAACAATGATATCCACCCAGGAGTAGAAATG---TAAATTCGT-GATA-CTGATTTA
gi|16 : AAAATCGTCTTTAGAAAT-----TCA--TGCGA----A-----A-----AGCCATTA---AAGG---AAAAAGA---ACTTTGTTT------GACATAGA---ATATC-----TACGTTT-----AAG------AAATT-CCAATGTTTT--GTAATATCATT-ATG--GAATTATA
gi|17 : aatacctATAT-CTCGTTTCATATCATCAAATCAAGA-C-----AATAAGATACCGTTTA-ACT-TG-----GCTTATGT-TATTCTTT-GGGACGAA-GGACCATCTATCAGCAGTGATATCCA
gi|18 : CAGTA---AAGG---A----GT---GATTTGCAT------AAAGGAGATACAT-GCACATTTACGGTT-----CAG------AAATTTCCAATGTTTT--GTGTCGTTA---A-----------AT-TTCGT--------ATCA
gi|19 : taattA---AAAA---A----AA---AATTT-CAT------CAGAGATA---CT-CT-----TACGTTT-----CAG------AAATTT---------T--GAGACTTTA-T-ATG--GAATTTTAT-TTCGT--------ATCAAATCGAGA-C-----AGTAAGAT
gi|2 : AGAAA--GTCT----AAAT---A-TCA--AGTTA----A-----T-----AACCAGTA---AAGA---A----GA---GTTTTGCAT------GAGGGCAA---AC-CT-----TACGTTT-----CAG------ATATTTCCAGTGTTTT--GTAACGTTA-T-ATGTAGAATTATAT-TTCGT--------ATCAAATCGAAA-CAT-ATAGTACGATGTCGACTA-ACC-GG-----GCTTATGA-TATCCTGG-GGGACGGATAGAACAAACACCAGCAGTGGCATCCTCCCAGCAATGTAAATG---AAACTATGT-GGTA-CTTATTTA
gi|20 : T-CC-----TACGTTT-----TAG------AAATTTACAATGTTTT--G--ACGTCC-T-ATG--GAATTATAT-TTCGT--------ATCAAATCTGGACC-T-GTAGTAAGCTAGCGa
gi|21 : -T-ATATTAACATACCAACTA-GCT-GG-----ACTTATGG-TATCCTCG-GGGACGAACGGACCATCCACTATCAGTGGTATCCa
gi|22 : TGACGTTA-T-AAG--GAATCTTAG-TTTGT--------ATTAAATCGAGATT-T-GTAGTACGACACCAACAA-ACT-
gi|23 : aatgacggaAAAAG--GTCT----AAAT---C-TCA--AGTCA----A-----A-----AGAGAGCA---ATGGAAAA----GA---GCT
gi|24 : ttatttaaaaagcctaaaaaAGA-C-----AGTAGGATACCGACTA-ACT-GA-----GCTTATCG-TGTCCTCA-GGGACGGA
gi|25 : gtAATTTCCTAAGTCGT--GCGACATTA-T-ATG--GAATTATAT-TTTGT--------ATCAAt
gi|26 : AATTATAT-TTCGA--------ATCAAATCGAGACC-T-GTAATAAGATATCGAC
gi|28 : AAGAA--GTCT----AAAT---C-TCA--AGCCA----A-----A-----AGCCAGTA---
gi|29 : aagcctatATGTCT-----CAG------AGATTTCCAATGTTTT--GTGACGTTA-T-ATG--
gi|3 : AAAA--GTCC----AAAT---C-TCA--AGCCA----ATNNN-N-----NNNNNNNN---NNNN---N----NN---NNNNNNNNN------NNNNNNNN---NN-NN-----NNNNNNN-----AAG------AAATTTCAAATGTAAC--ATGACGTTA-T-ATG--GAATTATAC-TTCTT--------ATCAAATCGAGA-C-CAATATTAAAATATCGATTA-ACT-GG-----GCTTATGA-TAT
gi|4 : aagaattttatcgaaaaatctttttAAAAA--GTCT----AAAT---A-TTA--AATCA----A-----AGANNNNNNNNNNN---NNNN---N----NN---NNNNNNNNN------NNNNNNNN---NN-NN-----NNNNNNN-----CAG------AAATCTCCAACGTTCT--GTGACGTTA---ATG--GAATTATGT-TGCGT--------TTCAAATCCCGA-C-----AGTAAAATGCTGTGTA-AAT-GG-----GCTTCCGA-TATTGTCA-GGGACGAACGGACCATCAACCAGCAATgacttaatccatcctaatctaatatacctccaacagaattattga
gi|5 : ttttAGAA--GTCT----AAAT---C-TCA--AGCCA----A-----A-----AGCCAGTACTGAATT---A----GA---GCTTTTCATGGGGGGGGGGGGGG---GT-TT-----TACGTTT-----CAG------AG---TCCAATGATTT--ATAACGTTT-A-ATG--CAATTATAT-TT-GT--------ATCAAATAGAG------GCAGTATGATACTGTCGA-ACT-GT-----TCTTATGA-TATCCTC---CGACGGACGa
gi|6 : tagaaaaggcctaaaacAAAAA--TTCT----AAAC---A-CGA--AGCTA----ATNNNNN-----NNNNNNNN---NNNN---N----NN---NNNNNNNNN------NNNNNNNN---NN-NN-----NNNNNNN-----CAG------AAATATCCAATGATTT--GTGACGTTA-T-TTG--GAATCATAT-TTCAA--------ATTAAATCGGGACC-T-GTAGTGAGACACCGATTA-ACT-AG-----CCTTATAT-TATCCTCG-AGGACGAA
gi|7 : taaaaaactttAAAAG--AACT----AAATTGTC-CCA--ATCCAGGTCA-----A-----AGCCAGCA---AAGG---A----GAAAAGCTTTGCTT------TAT---------T-CC-----TACGATT-----TAG------AATTTTCCAATGTTTC--GTAACGTTA-T-ATA--GAATTATG---TCAT--------GTC-AATCAA-------GCAGTGAGATGCCGTAAA-ACTCGGCTTAAGCTTATGA-TACCATCA-GAATCGGACGGAt
gi|8 : gtagAAAAG--GTCT----AAAT---CATCATAAAACA----A-----A-----NNNNNNNN---NNNN---N----NN---NNNNNNNNN------NNNNNNNN---NN-NN-----NNNNNNN-----NNNNNCTGTAAATTCCCTATGTTTT--GTGGCGTTA-T-ATG--GAATTGTAT-TTCGT--------ATCAAATCGA
gi|9 : ttaaagggaaggcctaG------AAATTTC--ATTTCTTTAGTGGCGTTT-T-ATG--GAATTATAT-TTCG---------AT--AAT--------T-ATAGTAGGATACCAACTATAC--AA-----GCT-ATGA-ATTTCTTG-AAAATGGACGCACCACCAACCAGTAATGATATCTTCCCAGAAATATCAAGG---AAAATATGT-TATA-CTAATTataatataaatatcat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CAGTAAGGCGAAGGCTGGAATGAAGGAGATACTTCTAAGTT