lowQualScore : 2222222222222 222 11111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 1111111 222222222222222222 1111111111111 11111111 2222222 11111 1111111 1 1111111111111
lowQualScore : 1 4444444444444 3 7 7 55 44 000 3 55 88888 4 666 88 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44 444444 4 6 3 4444444 1 222222222222222222 3 6666666666666 0 22222222 0 88 33 5555 8888888 55555 33 2 2222222 2 4 1 3 2 5 2 2 2 55 5555555555555 2 2 2 33 2
lowQualScore : . ............. . . . .. .. ... . .. ..... . ... .. ............................................................................................................... .. ...... . . . ....... . .................. . ............. . ........ . .. .. .... ....... ..... .. . ....... . . . . . . . . . .. ............. . . . .. .
lowQualScore : 1 1111111111111 6 3 3 00 88 999 6 00 44444 0 444 88 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 555555 1 2 1 2222222 2 222222222222222222 3 1111111111111 6 22222222 9 99 22 0000 8888888 55555 22 4 0000000 4 7 6 3 5 0 5 5 5 77 7777777777777 5 5 5 99 8
consensus : GCCTTACTGATCA--T-AA--N-TCNCCTTCA-CAG-GTC--CA-CAAA--T-TT--CAA---TTTTTGCA-ACAA---ATTGTNAA-G-TA--GA-C---C--TAA----ATT--TTT---------T------------A-T-T---CA--------A----A-------TA----AGGTA-A-GCT-TTAA---CCAAATTGAAA--GTCCAAT--TATACATT-AA-TG-----A-AATGGTTTGGTT----TT-------TATC-TCTA----TNT------CTTTGT----AT--GAAACGTTTTTCCCAA--TT----TCA-A---GCAAATGTC---GC--T-A----A--TT-TTTCCC-AATCGGA-AA-GG-CC-CTGG-CC-C-C-----------T-G-AT-ATC--AAGACCTTGAAA
Reference ( gi|6 ) : GCCTTATTGATCA--C-AA--C-TTGCCTTCA-CAG-GTC--CA-CAA---T-TT--CAA---TGTTTGCA-ACAA---ATTGTTAA-G-TA--GA-C---C--TAA----ATT--TTT---------T------------A-T-T---CA--------A----A-------TA----AGGTG-T-GCT-GTAA---TCAAATTGAAA--GTCTAAA--TATACACT-AA-TG-----A-AATGGTTTGGTT----TT-------TATC-TCTA----TGT------CTTTGT----AT--GGAACATTTTTCCCAA--TT----T-G-A---GCAAATGAT---GC--T-A----A--TT-TTTCCC-AATCGCA-AA-GG-CC-CTGG-CT-C-T-----------T-G-AT-ATC--AAGACCTTGGAA
gi|7 : GCCTTGTTGGTCA--T-AAACC-TGGAC--CG-CAG-GCCTTCA--AA---G-TA--AAA---TTTTTGCT-ATGA---ATTGTAAA----A--GA---------AA----A-----------------------------A-C-T------------------A--------A----AGATT-T-G-----AA----CAAATTACAA--GTCCAGT--AATACATC-AA-TG-----C-ATTAGTTTGGTTGTTTTT-------TTTC-TCTA----CTT------TTTTGT----AT--GAAATGTTTTCCTAAA--TTAGCCT-G-A---GCAAACGTC---GT--T-A----A--TT-TTTCTC-AATTGGA-AAAGG-CC-CTGG-CC-C-C-----------T-G-AT-ATT--AATACCTTAAAA
gi|9 : tGCCTCACTGATCA----AA--CATCTCCCACA-CAG-GTC--------------------------TTGCA-ACAAAATATTATTAA-G-TA--AA-C---C--TAA----ATTTATTT---------T------------G-CGT---CAGCGTAATTA----A-------TT----ATGTA-A-GCT-TTGA---CGAAATTGATA--GTCCAAT--TACGCATT-AA-TG-----C-ACTGGTGTGTTT----TT-------T-TC-TACA----TGT------ATTTCTTAACAT--GAAATGTGTTCTCAAA--TT----T--------CAAA--AT-------T-A------------TCCC-AATTGGA-AA-GT-TC-CTGG-CC-C-C-----------T-G-AT-Aaatccc
gi|22 : tCTCACTGATCA--G-AA--A-TCTCCTTCA-CAG-GTC--CG-TAAG--T-TT--CAA---Ta
gi|4 : TTAATGATCAAAC-AA--C-TTGCCTTCAACAA-GTC--CA-CAA---T-TTTCCAA---TGTTTGCA-ACAA---ATTGTTAA-G-TA--GAGC---C--TAA----ATT--TTT---------T------------A-T-T---CA--------A----A-------TA----AGGTGGT-GCT-GTAA---TCAGAATG-AA--GTCT-AA--TATACACT-AA-TG-----A-AATGGTTTGGTT----TT-------TATC-TCTA----TGT------CTTTGTAA--AT--GGAACATTTTTCCCCA--TT----T-G-A---GCAAATGAT---GC--TAA----A--TT-TTTCCCAAATCG---AA-GC-CC-CTGG-CT-C-T-----------T-G-AT-ATC--AAGACCTTGGAAtgaggaggaaatgaattattttt
gi|3 : TTACTAATCA--T-AA--A-AAGCCTTCA-CAG-GTC--CA-TAAA--T-TT--AAA---T-TTTGCA-ACAA---ATTGAGAA-G-CA--AA--------TGATATTATT--TTTGCCTCAGCTT------------A-T-T-------------A----A-------TA----AGAAA-A-GCT-TTAA---CCAAACTGAAA--GCCCAAT--TATACATC-AA-TGCATTTA-AATGCAATGGTC----TA-------TA----CT-----TAT------CTAT-T----A---AAAACGATTCTCCCAA--TT----TCA-A---GCAAATGTT---GC--T-A-------TT-TTTCCC-AACTGGA-AA-GG-CC-CTGG-CC-C-C-----------T-G-AT-ATC--AAGACCTatct
gi|2 : TATTAATCA--TTAA--A-TTTCCTTCCTCAGTGTC--CA-TAAATCT-TC--CAAAA-TTTTTGCA-ACAA---ATTA--GA-A-CA--TA-CATAT--TAT----ATT--TGC---------T--------------T-T---CA--------AGCTTA-------CA----ATATA-A-GCT-TTAAAC-CCAAAT-GAAA--GCC-AAT--TATACATTTAA-TGC----A-AATGGTTTTGGT----TC-------TCTC-TCTAATACTAT------CTT-GT----A---AAAACGTTTTCCCCAA--TT----T-C-AAATGCATATGTT---GC--T-A----A--TT-TTT-CC-AATTGGA-AA-GA-CT-CTGG-CC-CAC-----------T-G-AT-ATT--AAAGCCTacaaaaatccc
gi|8 : ATTGATCA--T-AC--C-TCACC---A-CAG-GTC--CA-CAA---T-TT--CAA---CTTTTGCA-ACAA---ATT---AA-T-T---------------------TT--TTT---------T------------A-T-T---CA--------A----A-------TA----AGGTG-T-GCT-GTGA---CCAAATTAAAA--GTT--------CACATT-CA-TG-----A-ACTGATGTGGTT----TT-------TATC-TCT-----T-T------CTTTGT----AG--GGAAC--TTTTCCCAA--TT----TCA-A---GCAAATGTT---GCTTT-AAGTTA--TT-TTTCCT-AATCGTATTA-GG-CC-CTGGCCC-C-C-----------T-G-ATAATC--AAGACCTTAAAAaaaaaaatctc
gi|15 : GATCA--T-AA--A-TCTCCTTCA-CAG-ACC--CA-CAAA--T-TT--CAA---TTTTTGCA-GCAA---ATTGTGAG-G-TA--AA-C---C--CAA----CCT--TTT---------T------------GCC-T---CA--------A----A-------at
gi|1 : CCTTCT-CAA-GTC--CATCAA---T-TT--CAAAAATTTATGCATACAA---ATTGAGAGCG-AA--GA-C---TATTAAT---ATT--GCT---------TCCA---------A-C-T---TAC-------A----A-------TT----ATATA-CAGCT-TTAAACCCCAAATTAAGA--TCCCAAT--TATACATT-AA-TGC----ACAATGGTTTG--T----TC-------TCTC-TCTA----TATTTATTCCTTTA-----AT---AAACG-TTTTCCCAATGTT----C-G-A---ACATATGTT---GC--T-A----AAGTTATTTCCC-AATTTGG-AA-GA-CCTCTGA-GC-C-C-----------T-G-AT-ATgcttatttaaatgaggtaaattt
gi|10 : atcatataaatctctaaaatctTCA-AAC-ATC--CA-CAAA--T-TT--CAA---TTTTTGCA-GCAA---ATCTTTAA-G-TA--AA-A------TAA----CTT--TTT---------T------------G-CCT---CA--------A----AGATTATTTA----A--TG-A-G---GT-----TCAATTTGA------CCAAA--T-----------TG-----A-AA--GTCCA-----------------ATC-TGTA----CTT------TTTTGT----AT--GGAACATTGTTCCCAT--TT----T--------CAA--------GC--A-A----A--TT-TT--CC-AATCGGA-AA-GG-CC-CTGG-TT-C-C-----------T-A-AT-ATC--AAGACCTttaatgaacctaaaaaaatctcc
gi|5 : gatgtctgagtgaCA-TAGCGTC--CA-CAA---TGTT--CAA---TGTTTGCA-ACAA---ATTGTTAA-GATGATGA-C---C--TAA----TTA--TTT---------T------------A-T-TTTGCA--------T----T-------TA----AGGTG-T-GCTTGTAA---TCAAATTGAAAAGGTCTAAAAATATACACT-AATTG-----A-AATGG-TTGG-T----TT-------TATCTTCTA----TGC------TGTTGT----AT--GGAACATTTTTCCCAA--TT----T-GAA---GCAAATGATTGGGC--T-AATT-A--TT-TTTTCC-AATCGCA-AA-GGCCC-CTGG-CT-C-T-----------T-GTAT-ATTCAAAGACCTTGAaaaaaatctc
gi|12 : aCAA---ATTGTGAG-A-TA--AA-C---C--TAA----CCT--TTT---------TTACTCAAAGCTTA-T-T---TA--------A----A-------TG----AGGTA-A-ATT--TGA---CCAAATTGAAA--GTCCAAA--TTTACATTTAA-TG-----A-ACTAGTTTGGTT-------------------CTA----CTT------TTTTAG----GG--GGAGT-TTTTCCCCAA--AT----C-A-A---GCAAATGTC---GC--T-G----A--TT-TTCCGC-AACCAGA-AA-GG-TC-TTGG-CC-C-C-----------T-G-AT-ATC--AAAACCCTGttaatc
gi|20 : T---------T------------A-T-T---TA--------G----A-------TGTTAGAGGTA-A-GTT-TTAA---CCAATTTGAAA--GTCCAAT--TATACATT-AA-TG-----acaa
gi|11 : tttttgcctcggcA--------A----A-------TA----ATGTA-A-GCT-TCAA---CCAGATTGAGA--GTCCAGT--TATACATT-AA-TG-----A-GCTGGTTTTGTT----CTCTGAGTCTCTC-TCTA----CTT------CTCTTT----ATTAGAAA---TTTTCCCAA--TT----TCA-A---GCAAATGTT---GC--C-A----A--TT-TTTCCC-AACTGAA-AA-GG-AC-CTGG-CC-C-C-----------T-G-AT-ATT--AAGACATTAAAAcactg
gi|13 : agagatannnnttttttggcctcagtT-AA-T--------AATTGTTTG--T----TT-------T-TC-TTAA----TA-------ATTAGT----TC--GAAATAAATTTCCCAA--TT----TCA-A---CCAAATGTC---GC--T------A--TT-TTTCCC-AAATATG-AT-GG-CC-CTGG-CC-C-C-----------TGG-AT--TC--AAGaatccc
gi|14 : gccagttacattaattgtttatcgtt------CTTTGC----AT--GAAACGTTTTTCCCAA--TT----TCA-A---ACAAATATT---GC--T-C----A--TT-TTCCCC-AATTAGA-AT-GG-CC-CTGG-CCAC-TGACCTGGCCACT-G-AT-ATC--AAGACCTgggtaaaaaaatccct
gi|17 : catttatgaaaaaagttattctgagccttgTTTAT----TT--GCAGTGTTTTTG--AA--TT----T-C-AC--ACAAATATC---GC--T-G----A--TT-TT-CCC-AATGTTG-AATGG-CC-CTGG-CC-C-T-----------T-G-AA-ATC--ATGAacatgtataaacagt
gi|19 : TTACCAAA--TT----TCA-A---GCAAATGTT---GC--T-A----A--TT-TTTCCCCAATTAGA-AA-GG-CC-CTGG-CC-C-T-----------T-A-AT-ATG--AAGACCTaatcaaaggtataaaaaatc
gi|18 : TTTCCCAA--TT----TCA-A---ACAAATT-C---GC--T-A--------T-TTTCCC-AAaataaaatct
gi|21 : cgaaataaaCCCAG--TT----T-A-AA--GCAAATGTC---GC--T-A----A--TT-TATCCC-GGTTGGA-AA-GG-AC-CTGG-CC-C-C-----------A-G-AT-GTA--AAGACCTatatggatgccgctcccctattcaaggcggtaaaaaaatccct
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TAGCTTCGAAAAATAACATCTCCAATTCCAACTACAAATCAGTCCTATTTTCTCCCAATATGATGGCCCTGAGCCCAGGATTCTAGGGAGTAAAGAAAATCC
Alignments
lowQualScore : 1111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 111111111111111 111111111 11111111111
lowQualScore : 1 0000 1 2 666 6 6 777 999 555 3 555 2 555 555 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6666 6666 0 333 2 999 44 666 5 33 2 22222 3 0 3 999999999999999 88888 6666 1 888888 33 555 11 2 333 55 44444444 22 222222222 2 4 3 33 2 2 2 2 2 2 2 22222222222 2 2 2 33
lowQualScore : . .... . . ... . . ... ... ... . ... . ... ... ............................................................... .... .... . ... . ... .. ... . .. . ..... . . . ............... ..... .... . ...... .. ... .. . ... .. ........ .. ......... . . . .. . . . . . . . ........... . . . ..
lowQualScore : 1 0000 0 4 444 7 7 111 222 888 6 888 2 666 444 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 1111 7 444 9 666 22 888 7 99 9 99999 1 4 5 777777777777777 55555 5555 0 222222 77 444 33 1 777 88 88888888 99 222222222 1 2 1 11 2 2 2 2 2 2 2 88888888888 4 4 4 77
consensus : GCCTTACTGATCA--T-AAATCTCCT---TCA-CAG-GTCCACAAAT-TTC---AA---TTTTTGCA-ACAA---ATTGTNAA-G-TA--GA-C-C--TAA----ATT--TT------------TT------------AT-T---CA--------A----ATA----AGGTA-A-GCTT-TAA---CCAAATTGAAA--GTCCAAT--TATACATT-AA--T-G-----A-AATGGTTTGGTT----TT-------TATCT-C---TA----TNT------CTTTGT--AT--GGAACGTTTTTCCCAAT-T---TCAA--GCAAAT--G-TC--GC--T-A----A--TT-TTTCCC-AATCG--GA-AA-GG-CC-CTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-ATC--AAGACCTTGAAA
Reference ( family-183 ) : GCCTTACTGATCA--T-AANTCNCCT---TCA-CAG-GTCCACAAAT-TTC---AA---TTTTTGCA-ACAA---ATTGTNAA-G-TA--GA-C-C--TAA----ATT--TT------------TT------------AT-T---CA--------A----ATA----AGGTA-A-GCTT-TAA---CCAAATTGAAA--GTCCAAT--TATACATT-AA--T-G-----A-AATGGTTTGGTT----TT-------TATCT-C---TA----TNT------CTTTGT--AT--GAAACGTTTTTCCCAAT-T---TCAA--GCAAAT--G-TC--GC--T-A----A--TT-TTTCCC-AATCG--GA-AA-GG-CC-CTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-ATC--AAGACCTTGAAA
gi|1 : -AAATCTCCT---TCT-CAA-GTCCATCAAT-TTC---AAAAATTTATGCATACAA---ATTGAGAGCG-AA--GA-C-TATTAAT---ATT--GC------------TTCCA---------AC-T---TAC-------A----ATT----ATATACA-GCTT-TAAACCCCAAATTAAGA--TCCCAAT--TATACATT-AA--T-GC----ACAATGGTTTG--T----TC-------TCTCT-C---TA----TATTTATTCCTTTA---AT---AAACG-TTTTCCCAATGT---TCGA--ACATAT--G-TT--GC--T-A----AAGTTATTTCCC-AATTT--GG-AA-GA-CCTCTG-A-GC-C-----------CT-G-AT-AT
gi|10 : atcatataaatctcta---TCA-AAC-ATCCACAAAT-TTC---AA---TTTTTGCA-GCAA---ATCTTTAA-G-TA--AA-A----TAA----CTT--TT------------TT------------GCCT---CA--------A----A-------GATT-A---TT-TAA---------TGAG---GTTCAAT--TTGAC--C-AAATT-G-----A-AA--GTCCA-----------------ATCT-G---TA----CTT------TTTTGT--AT--GGAACATTGTTCCCATT-T---TCAA--GCAAAT--------------------------TTTCC-AATCG--GA-AA-GG-CC-CTG-G-TT-C-----------CT-A-AT-ATC--AAGACCTAAAAAttaatgaacctaaaaaaatctcc
gi|11 : gatgtctgagtgaA--------A----ATA----ATGTA-A-GCTT-CAA---CCAGATTGAGA--GTCCAGT--TATACATT-AA--T-G-----A-GCTGGTTTTGTT----CTCTGAGTCTCTCT-C---TA----CTT------CTCTTT--ATTAGAAA---TTTTCCCAAT-T---TCAA--GCAAAT--G-TT--GC--C-A----A--TT-TTTCCC-AACTG--AA-AA-GG-AC-CTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-ATT--AAGACATTAAAAatctc
gi|12 : agagatannnnttttttggcctcagtCAA---ATTGTGAG-A-TA--AA-C-C--TAA----CCT--TT------------TTTACTCAAAGCTTAT-T---TA--------A----ATG----AGGTA-A-A-TT-TGA---CCAAATTGAAA--GTCCAAA--TTTACATTTAA--T-G-----A-ACTAGTTTGGTT-------------------C---TA----CTT------TTTTAG--GG--GGA--GTTTTTCCCCAA-A---TCAA--GCAAAT--G-TC--GC--T-G----A--TT-TTCCGC-AACCA--GA-AA-GG-TC-TTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-ATC--AAAACCCTGAaatccc
gi|13 : TT-AA--T---------AATTGTTTG--T----TT-------T-TCT-T---AA----TA-------ATTAGT--TC--GAAATAAATTTCCCAAT-T---TCAA--CCAAAT--G-TC--GC--T------A--TT-TTTCCC-AAATA--TG-AT-GG-CC-CTG-G-CC-C-----------CTGG-AT--TC--AAGcaa
gi|14 : gccagttacattaattgtttatcgt------CTTTGC--AT--GAAACGTTTTTCCCAAT-T---TCAA--ACAAAT--A-TT--GC--T-C----A--TT-TTCCCC-AATTA--GA-AT-GG-CC-CTG-G-CCACTGACCTGGCCACT-G-AT-ATC--AAGACCTgggtaaaaaaatccct
gi|15 : catttatgaaaaaagttattctgagccttgGATCA--T-AAATCTCCT---TCA-CAG-ACCCACAAAT-TTC---AA---TTTTTGCA-GCAA---ATTGTGAG-G-TA--AA-C-C--CAA----CCT--TTTTGCCTCAAAGCTT------------AT-T---TA--------A----ATG----AGGTA-A-ATTT-acatgtataaacagt
gi|16 : CCAAT-T---CCAACTACAAATCAG-TC---C--T-A----T--TT-TCTCCC-AATAT--G--AT-GG-CC-CTGAG-CC-C-----------
gi|17 : tagcttcgaaaaataacatctTTTAT--TT--GCAGTGTTTTTG--AAT-T---TCAC--ACAAAT--A-TC--GC--T-G----A--TT-TT-CCC-AAT-GTTGA-AT-GG-CC-CTG-G-CC-C-----------TT-G-AA-ATC--ATGAaggattctagggagtaaagaaaatcc
gi|18 : TTTCCCAAT-T---TCAA--ACAAAT----TC--GC--T-A--------T-TTTCCC-AAaatcaaaggtataaaaaatc
gi|19 : cgaaataaaTTACCAAAT-T---TCAA--GCAAAT--G-TT--GC--T-A----A--TT-TTTCCCCAATTA--GA-AA-GG-CC-CTG-G-CC-C-----------TT-A-AT-ATG--AAGACCTatatggatgccgctcccctattcaaggcggtaaaaaaatccct
gi|2 : TATTAATCA--TTAAATTTCCT---TCCTCAGTGTCCATAAATCTTCCAAAA---TTTTTGCA-ACAA---ATTAGAAC-A-TA--CA-TAT--TAT----ATT--TG------------CT-------------T-T---CA--------AGCTTACA----ATATA-A-GCTT-TAAAC-CCAAAT-GAAA--G-CCAAT--TATACATTTAA--T-GC----A-AATGGTTTTGGT----TC-------TCTCT-C---TAATACTAT------CTT-GT--A---AAAACGTTTTCCCCAAT-T---TCAAATGCATAT--G-TT--GC--T-A----A--TT-TTT-CC-AATTG--GA-AA-GA-CT-CTG-G-CC-CA----------CT-G-AT-ATT--AAAGCCTAAAAAaataaaatct
gi|20 : ------------TT------------AT-T---TA--------G----ATGTTAGAGGTA-A-GTTT-TAA---CCAATTTGAAA--GTCCAAT--TATACATT-AA--T-G-----aatctc
gi|21 : tttttgcctcggcCCCAGT-T---TAAA--GCAAAT--G-TC--GC--T-A----A--TT-TATCCC-GGTTG--GA-AA-GG-AC-CTG-G-CC-C-----------CA-G-AT-GTA--AAGACCTcactg
gi|22 : tatatccCTCACTGATCA--G-AAATCTCCT---TCA-CAG-GTCCGTAAGT-TTC---AA---TTc
gi|3 : TTACTAATCA--T-AAAAAGCCT---TCA-CAG-GTCCATAAAT-TTA---AA----TTTTGCA-ACAA---ATTGAGAA-G-CA--AA------TGATATTATT--TTTGCCTCAGC---TT------------AT-T-------------A----ATA----AGAAA-A-GCTT-TAA---CCAAACTGAAA--GCCCAAT--TATACATC-AA--T-GCATTTA-AATGCAATGGTC----TA-------TA-CT-----TA----TCT------AT---T--A---AAAACGATTCTCCCAAT-T---TCAA--GCAAAT--G-TT--GC--T------A--TT-TTTCCC-AACTG--GA-AA-GG-CC-CTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-ATC--AAGACCTgaggaggaaatgaattattttt
gi|4 : TTAATGATCAAAC-AACTTGCCT---TCAACAA-GTCCACAATT-TTCC--AA---TGTTTGCA-ACAA---ATTGTTAA-G-TA--GAGC-C--TAA----ATT--TT------------TT------------AT-T---CA--------A----ATA----AGGTG-GTGCTG-TAA---TCAGAATG-AA--GTCTAA---TATACACT-AA--T-G-----A-AATGGTTTGGTT----TT-------TATCT-C---TA----TGT------CTTTGTAAAT--GGAACATTTTTCCCCAT-T---T-GA--GCAAAT--G-AT--GC--TAA----A--TT-TTTCCCAAATCG-----AA-GC-CC-CTG-G-CT-C-----------TT-G-AT-ATC--AAGACCTTGGAAacaaaaatccc
gi|5 : CA-TAGCGTCCACAATG-TTC---AA---TGTTTGCA-ACAA---ATTGTTAA-GATGATGA-C-C--TAA----TTA--TT------------TT------------AT-TTTGCA--------T----TTA----AGGTG-T-GCTTGTAA---TCAAATTGAAAAGGTCTAAAAATATACACT-AA--TTG-----A-AATGGTT-GGTT----TT--------ATCTTC---TA----TGC------TGTTGT--AT--GGAACATTTTTCCCAAT-T---TGAA--GCAAAT--GATTGGGC--T-AATT-A--TT-TTTTCC-AATCG--CA-AA-GGCCC-CTG-G-CT-C-----------TT-GTAT-ATTCAAAGACCTTGAAatct
gi|6 : aGCCTTATTGATCA--C-AACTTGCCT---TCA-CAG-GTCCACAA-T-TTC---AA---TGTTTGCA-ACAA---ATTGTTAA-G-TA--GA-C-C--TAA----ATT--TT------------TT------------AT-T---CA--------A----ATA----AGGTG-T-GCTG-TAA---TCAAATTGAAA--GTCTAAA--TATACACT-AA--T-G-----A-AATGGTTTGGTT----TT-------TATCT-C---TA----TGT------CTTTGT--AT--GGAACATTTTTCCCAAT-T---T-GA--GCAAAT--G-AT--GC--T-A----A--TT-TTTCCC-AATCG--CA-AA-GG-CC-CTG-G-CT-C-----------TT-G-AT-ATC--AAGACCTTGGAAttaatc
gi|7 : GCCTTGTTGGTCA--T-AAA---CCTGGACCG-CAG-GCCTTCAAAG-TAA---AA---TTTTTGCT-ATGA---ATTGTAAA----A--GA--------A----A----------------------------------------A--------A----CTA----A-----A-GATT-TGA---ACAAATTACAA--GTCCAGT--AATACATC-AA--T-G-----C-ATTAGTTTGGTTGTTTTT-------TTTCT-C---TA----CTT------TTTTGT--AT--GAAATGTTTTCCTAAAT-TAGCCTGA--GCAAAC--G-TC--GT--T-A----A--TT-TTTCTC-AATTG--GA-AAAGG-CC-CTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-ATT--AATACCTTAAAA
gi|8 : tATTGATCA--T-ACCTCACC------A-CAG-GTCCACAA-T-TTC---AA---CTTTTGCA-ACAA---ATT---AA-T-T-------------------TT--TT------------TT------------AT-T---CA--------A----ATA----AGGTG-T-GCTG-TGA---CCAAATTAAAA--GTTC--------ACATT-CA--T-G-----A-ACTGATGTGGTT----TT-------TATCT-C---------TTT------CTTTGT--AG--GGAAC--TTTTCCCAAT-T---TCAA--GCAAAT--G-TT--GCTTT-AAGTTA--TT-TTTCCT-AATCG--TATTA-GG-CC-CTG-GCCC-C-----------CT-G-ATAATC--AAGACCTTAAAAaatccc
gi|9 : GCCTCACTGATCA--A-ACATCTCCC---ACA-CAG-GTC----------------------TTGCA-ACAAAATATTATTAA-G-TA--AA-C-C--TAA----ATTTATT------------TT------------GCGT---CAGCGTAATTA----ATT----ATGTA-A-GCTT-TGA---CGAAATTGATA--GTCCAAT--TACGCATT-AA--T-G-----C-ACTGGTGTGTTT----TT-------T-TCTACATGTA----TTT------CTTAAC--AT--GAAATGTGTTCTCAAAT-T---TCA-----AAAT------------T-A------------TCCC-AATTG--GA-AA-GT-TC-CTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-Aat
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 111111111111111 1111111 11111111111
lowQualScore : 1 55 0 0 55 6 6 777 999 555 3 555 2 555 555 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6666 6666 0 333 2 999 44 666 5 33 2 22222 3 0 3 999999999999999 88888 6666 1 888888 1 33 555 0 11 2 333 55 44444444 22 2 2222222 2 4 3 33 2 2 2 2 2 2 2 22222222222 2 2 2 33
lowQualScore : . .. . . .. . . ... ... ... . ... . ... ... ........................................................................ .... .... . ... . ... .. ... . .. . ..... . . . ............... ..... .... . ...... . .. ... . .. . ... .. ........ .. . ....... . . . .. . . . . . . . ........... . . . ..
lowQualScore : 1 11 7 1 55 7 7 111 222 888 6 888 2 666 444 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 1111 7 444 9 666 22 888 7 99 9 99999 1 4 5 777777777777777 55555 5555 0 222222 0 77 444 2 33 1 777 88 88888888 99 1 4444444 1 2 1 11 2 2 2 2 2 2 2 88888888888 4 4 4 77
consensus : GCCTTACTGATCAT-AAATCT--CCTTCA-CAG-GTCCACAAAT-TTC---AA---TTTTTGCA-ACAAA---TTGTNAA-G-TA--GA-C-C--TAA----ATTT--T------------T---------T------------AT-T---CA--------A----ATA----AGGTA-A-GCTT-TAA---CCAAATTGAAA--GTCCAAT--TATACATT-AA--T-G-----A-AATGGTTTGGTT----TT-------TATCT-C---TA----TNT------CTTTGT--AT--GGAACGTTTTTCCCAAT-T---TCAA--GCAAAT--G-TC--GC--T-A----A--TT-TTTCCC-AATCG--GA-AA-GG-CC-CTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-ATC--AAGACCTTGAAA
Reference ( family-183 ) : GCCTTACTGATCAT-AAATCT--CCTTCA-CAG-GTCCACAAAT-TTC---AA---TTTTTGCA-ACAAA---TTGTNAA-G-TA--GA-C-C--TAA----ATTT--T------------T---------T------------AT-T---CA--------A----ATA----AGGTA-A-GCTT-TAA---CCAAATTGAAA--GTCCAAT--TATACATT-AA--T-G-----A-AATGGTTTGGTT----TT-------TATCT-C---TA----TNT------CTTTGT--AT--GGAACGTTTTTCCCAAT-T---TCAA--GCAAAT--G-TC--GC--T-A----A--TT-TTTCCC-AATCG--GA-AA-GG-CC-CTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-ATC--AAGACCTTGAAA
gi|1 : -AAATCT--CCTTCT-CAA-GTCCATCAAT-TTC---AAAAATTTATGCATACAAA---TTGAGAGCG-AA--GA-C-TATTAAT---ATTG--C------------T---------TCCA---------AC-T---TAC-------A----ATT----ATATACA-GCTT-TAAACCCCAAATTAAGA--TCCCAAT--TATACATT-AA--T-GC----ACAATGGTTTG--T----TC-------TCTCT-C---TA----TATTTATTCCTTTA---AT---AAACG-TTTTCCCAATGT---TCGA--ACATAT--G-TT--GC--T-A----AAGTTATTTCCC-AATTT--GG-AA-GA-CCTCTG-A-GC-C-----------CT-G-AT-AT
gi|10 : atcatataaatctctaTCA-AAC-ATCCACAAAT-TTC---AA---TTTTTGCA-GCAAA---TCTTTAA-G-TA--AA-A----TAA----CTTT--T------------T---------T------------GCCT---CA--------A----A-------GATT-A---TT-TAA---------TGAG---GTTCAAT--TTGAC--C-AAATT-G-----A-AA--GTCCA-----------------ATCT-G---TA----CTT------TTTTGT--AT--GGAACATTGTTCCCATT-T---TCAA--GCAAAT--------------------------TTTCC-AATCG--GA-AA-GG-CC-CTG-G-TT-C-----------CT-A-AT-ATC--AAGACCTAAAAAttaatgaacctaaaaaaatctcc
gi|11 : gatgtctgagtgaA--------A----ATA----ATGTA-A-GCTT-CAA---CCAGATTGAGA--GTCCAGT--TATACATT-AA--T-G-----A-GCTGGTTTTGTT----CTCTGAGTCTCTCT-C---TA----CTT------CTCTTT--ATTAGAAA---TTTTCCCAAT-T---TCAA--GCAAAT--G-TT--GC--C-A----A--TT-TTTCCC-AACTG--AA-AA-GG-AC-CTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-ATT--AAGACATTAAAAatctc
gi|12 : agagatannnnttttttggcctcagtCAAA---TTGTGAG-A-TA--AA-C-C--TAA----CCTT--T------------T---------TTACTCAAAGCTTAT-T---TA--------A----ATG----AGGTA-A-A-TT-TGA---CCAAATTGAAA--GTCCAAA--TTTACATTTAA--T-G-----A-ACTAGTTTGGTT-------------------C---TA----CTT------TTTTAG--GG--GGA--GTTTTTCCCCAA-A---TCAA--GCAAAT--G-TC--GC--T-G----A--TT-TTCCGC-AACCA--GA-AA-GG-TC-TTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-ATC--AAAACCCTGAaatccc
gi|13 : TT-AA--T---------AATTGTTTG--T----TT-------T-TCT-T---AA----TA-------ATTAGT--TC--GAAATAAATTTCCCAAT-T---TCAA--CCAAAT--G-TC--GC--T------A--TT-TTTCCC-AAATA--TG-AT-GG-CC-CTG-G-CC-C-----------CTGG-AT--TC--AAGcaa
gi|14 : gccagttacattaattgtttatcgt------CTTTGC--AT--GAAACGTTTTTCCCAAT-T---TCAA--ACAAAT--A-TT--GC--T-C----A--TT-TTCCCC-AATTA--GA-AT-GG-CC-CTG-G-CCACTGACCTGGCCACT-G-AT-ATC--AAGACCTgggtaaaaaaatccct
gi|15 : catttatgaaaaaagttattctgagccttgGATCAT-AAATCT--CCTTCA-CAG-ACCCACAAAT-TTC---AA---TTTTTGCA-GCAAA---TTGTGAG-G-TA--AA-C-C--CAA----CCTT--TTTGCCTCAAAGCT---------T------------AT-T---TA--------A----ATG----AGGTA-A-ATTT-acatgtataaacagt
gi|16 : CCAAT-T---CCAACTACAAATCAG-TC---C--T-A----T--TT-TCTCCC-AATAT--G--AT-GG-CC-CTGAG-CC-C-----------
gi|17 : tagcttcgaaaaataacatctTTTAT--TT--GCAGTGTTTTTG--AAT-T---TCAC--ACAAAT--A-TC--GC--T-G----A--TT-TT-CCC-AAT-GTTGA-AT-GG-CC-CTG-G-CC-C-----------TT-G-AA-ATC--ATGAaggattctagggagtaaagaaaatcc
gi|18 : TTTCCCAAT-T---TCAA--ACAAAT----TC--GC--T-A--------T-TTTCCC-AAaatcaaaggtataaaaaatc
gi|19 : cgaaataaaTTACCAAAT-T---TCAA--GCAAAT--G-TT--GC--T-A----A--TT-TTTCCCCAATTA--GA-AA-GG-CC-CTG-G-CC-C-----------TT-A-AT-ATG--AAGACCTatatggatgccgctcccctattcaaggcggtaaaaaaatccct
gi|2 : TATTAATCATTAAATTT--CCTTCCTCAGTGTCCATAAATCTTCCAAAA---TTTTTGCA-ACAAA---TTAGAAC-A-TA--CA-TAT--TAT----ATTT--G------------C---------T-------------T-T---CA--------AGCTTACA----ATATA-A-GCTT-TAAAC-CCAAAT-GAAA--G-CCAAT--TATACATTTAA--T-GC----A-AATGGTTTTGGT----TC-------TCTCT-C---TAATACTAT------CTT-GT--A---AAAACGTTTTCCCCAAT-T---TCAAATGCATAT--G-TT--GC--T-A----A--TT-TTT-CC-AATTG--GA-AA-GA-CT-CTG-G-CC-CA----------CT-G-AT-ATT--AAAGCCTAAAAAaataaaatct
gi|20 : ------------T---------T------------AT-T---TA--------G----ATGTTAGAGGTA-A-GTTT-TAA---CCAATTTGAAA--GTCCAAT--TATACATT-AA--T-G-----aatctc
gi|21 : tttttgcctcggcCCCAGT-T---TAAA--GCAAAT--G-TC--GC--T-A----A--TT-TATCCC-GGTTG--GA-AA-GG-AC-CTG-G-CC-C-----------CA-G-AT-GTA--AAGACCTcactg
gi|22 : tatatccCTCACTGATCAG-AAATCT--CCTTCA-CAG-GTCCGTAAGT-TTC---AA---TTc
gi|3 : TTACTAATCAT-AAAAAG--CCTTCA-CAG-GTCCATAAAT-TTA---AA---TTTT-GCA-ACAAA---TTGAGAA-G-CA--AA------TGATATTATTT--T------------TGCCTCAGCTT------------AT-T-------------A----ATA----AGAAA-A-GCTT-TAA---CCAAACTGAAA--GCCCAAT--TATACATC-AA--T-GCATTTA-AATGCAATGGTC----TA-------TA-CT-----TA----TCT------ATT-----A---AAAACGATTCTCCCAAT-T---TCAA--GCAAAT--G-TT--GC--T-A-------TT-TTTCCC-AACTG--GA-AA-GG-CC-CTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-ATC--AAGACCTgaggaggaaatgaattattttt
gi|4 : TTAATGATCAA-ACAACTTGCCTTCAACAA-GTCCACAATT-TTCC--AA---TGTTTGCA-ACAAA---TTGTTAA-G-TA--GAGC-C--TAA----ATTT--T------------T---------T------------AT-T---CA--------A----ATA----AGGTG-GTGCTG-TAA---TCAGAATG-AA--GTCTAA---TATACACT-AA--T-G-----A-AATGGTTTGGTT----TT-------TATCT-C---TA----TGT------CTTTGTAAAT--GGAACATTTTTCCCCAT-T---T-GA--GCAAAT--G-AT--GC--TAA----A--TT-TTTCCCAAATCG-----AA-GC-CC-CTG-G-CT-C-----------TT-G-AT-ATC--AAGACCTTGGAAacaaaaatccc
gi|5 : CA-TAGCGTCCACAATG-TTC---AA---TGTTTGCA-ACAAA---TTGTTAA-GATGATGA-C-C--TAA----TTAT--T------------T---------T------------AT-TTTGCA--------T----TTA----AGGTG-T-GCTTGTAA---TCAAATTGAAAAGGTCTAAAAATATACACT-AA--TTG-----A-AATGGTT-GGTT----TT--------ATCTTC---TA----TGC------TGTTGT--AT--GGAACATTTTTCCCAAT-T---TGAA--GCAAAT--GATTGGGC--T-AATT-A--TT-TTTTCC-AATCG--CA-AA-GGCCC-CTG-G-CT-C-----------TT-GTAT-ATTCAAAGACCTTGAAatct
gi|6 : aGCCTTATTGATCAC-AACTTG--CCTTCA-CAG-GTCCACAA-T-TTC---AA---TGTTTGCA-ACAAA---TTGTTAA-G-TA--GA-C-C--TAA----ATTT--T------------T---------T------------AT-T---CA--------A----ATA----AGGTG-T-GCTG-TAA---TCAAATTGAAA--GTCTAAA--TATACACT-AA--T-G-----A-AATGGTTTGGTT----TT-------TATCT-C---TA----TGT------CTTTGT--AT--GGAACATTTTTCCCAAT-T---T-GA--GCAAAT--G-AT--GC--T-A----A--TT-TTTCCC-AATCG--CA-AA-GG-CC-CTG-G-CT-C-----------TT-G-AT-ATC--AAGACCTTGGAAttaatc
gi|7 : GCCTTGTTGGTCAT-AAACCT--GGACCG-CAG-GCCTTCAAAG-TAA---AA---TTTTTGCT-ATGAA---TTGTAAA----A--GA--------A----A-------------------------------------------------A--------A----CTA----A-----A-GATT-TGA---ACAAATTACAA--GTCCAGT--AATACATC-AA--T-G-----C-ATTAGTTTGGTTGTTTTT-------TTTCT-C---TA----CTT------TTTTGT--AT--GAAATGTTTTCCTAAAT-TAGCCTGA--GCAAAC--G-TC--GT--T-A----A--TT-TTTCTC-AATTG--GA-AAAGG-CC-CTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-ATT--AATACCTTAAAA
gi|8 : tATTGATCAT-A---CC--TCACCA-CAG-GTCCACAA-T-TTC---AA---CTTTTGCA-ACAAA---TT---AA-T-T-------------------TTT--T------------T---------T------------AT-T---CA--------A----ATA----AGGTG-T-GCTG-TGA---CCAAATTAAAA--GTTC--------ACATT-CA--T-G-----A-ACTGATGTGGTT----TT-------TATCT-C---------TTT------CTTTGT--AG--GGAAC--TTTTCCCAAT-T---TCAA--GCAAAT--G-TT--GCTTT-AAGTTA--TT-TTTCCT-AATCG--TATTA-GG-CC-CTG-GCCC-C-----------CT-G-ATAATC--AAGACCTTAAAAaatccc
gi|9 : GCCTCACTGATCAA-ACATCT--CCCACA-CAG-GTC----------------------TTGCA-ACAAAATATTATTAA-G-TA--AA-C-C--TAA----ATTTATT------------T---------T------------GCGT---CAGCGTAATTA----ATT----ATGTA-A-GCTT-TGA---CGAAATTGATA--GTCCAAT--TACGCATT-AA--T-G-----C-ACTGGTGTGTTT----TT-------T-TCTACATGTA----TTT------CTTAAC--AT--GAAATGTGTTCTCAAAT-T---TCA-----AAAT------------T-A------------TCCC-AATTG--GA-AA-GT-TC-CTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-Aat
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 111111111111111 1111111 11111111111
lowQualScore : 1 55 0 0 55 6 6 777 999 555 3 555 2 555 555 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6666 6666 0 333 2 999 44 666 5 33 2 22222 3 0 3 999999999999999 88888 6666 1 888888 1 33 555 0 11 2 333 55 44444444 22 2 2222222 2 4 3 33 2 2 2 2 2 2 2 22222222222 2 2 2 33
lowQualScore : . .. . . .. . . ... ... ... . ... . ... ... ........................................................................ .... .... . ... . ... .. ... . .. . ..... . . . ............... ..... .... . ...... . .. ... . .. . ... .. ........ .. . ....... . . . .. . . . . . . . ........... . . . ..
lowQualScore : 1 11 7 1 55 7 7 111 222 888 6 888 2 666 444 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 1111 7 444 9 666 22 888 7 99 9 99999 1 4 5 777777777777777 55555 5555 0 222222 0 77 444 2 33 1 777 88 88888888 99 1 4444444 1 2 1 11 2 2 2 2 2 2 2 88888888888 4 4 4 77
consensus : GCCTTACTGATCAT-AAATCT--CCTTCA-CAG-GTCCACAAAT-TTC---AA---TTTTTGCA-ACAAA---TTGTNAA-G-TA--GA-C-C--TAA----ATTT--T------------T---------T------------AT-T---CA--------A----ATA----AGGTA-A-GCTT-TAA---CCAAATTGAAA--GTCCAAT--TATACATT-AA--T-G-----A-AATGGTTTGGTT----TT-------TATCT-C---TA----TNT------CTTTGT--AT--GGAACGTTTTTCCCAAT-T---TCAA--GCAAAT--G-TC--GC--T-A----A--TT-TTTCCC-AATCG--GA-AA-GG-CC-CTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-ATC--AAGACCTTGAAA
Reference ( family-183 ) : GCCTTACTGATCAT-AAATCT--CCTTCA-CAG-GTCCACAAAT-TTC---AA---TTTTTGCA-ACAAA---TTGTNAA-G-TA--GA-C-C--TAA----ATTT--T------------T---------T------------AT-T---CA--------A----ATA----AGGTA-A-GCTT-TAA---CCAAATTGAAA--GTCCAAT--TATACATT-AA--T-G-----A-AATGGTTTGGTT----TT-------TATCT-C---TA----TNT------CTTTGT--AT--GGAACGTTTTTCCCAAT-T---TCAA--GCAAAT--G-TC--GC--T-A----A--TT-TTTCCC-AATCG--GA-AA-GG-CC-CTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-ATC--AAGACCTTGAAA
gi|1 : -AAATCT--CCTTCT-CAA-GTCCATCAAT-TTC---AAAAATTTATGCATACAAA---TTGAGAGCG-AA--GA-C-TATTAAT---ATTG--C------------T---------TCCA---------AC-T---TAC-------A----ATT----ATATACA-GCTT-TAAACCCCAAATTAAGA--TCCCAAT--TATACATT-AA--T-GC----ACAATGGTTTG--T----TC-------TCTCT-C---TA----TATTTATTCCTTTA---AT---AAACG-TTTTCCCAATGT---TCGA--ACATAT--G-TT--GC--T-A----AAGTTATTTCCC-AATTT--GG-AA-GA-CCTCTG-A-GC-C-----------CT-G-AT-AT
gi|10 : atcatataaatctctaTCA-AAC-ATCCACAAAT-TTC---AA---TTTTTGCA-GCAAA---TCTTTAA-G-TA--AA-A----TAA----CTTT--T------------T---------T------------GCCT---CA--------A----A-------GATT-A---TT-TAA---------TGAG---GTTCAAT--TTGAC--C-AAATT-G-----A-AA--GTCCA-----------------ATCT-G---TA----CTT------TTTTGT--AT--GGAACATTGTTCCCATT-T---TCAA--GCAAAT--------------------------TTTCC-AATCG--GA-AA-GG-CC-CTG-G-TT-C-----------CT-A-AT-ATC--AAGACCTAAAAAttaatgaacctaaaaaaatctcc
gi|11 : gatgtctgagtgaA--------A----ATA----ATGTA-A-GCTT-CAA---CCAGATTGAGA--GTCCAGT--TATACATT-AA--T-G-----A-GCTGGTTTTGTT----CTCTGAGTCTCTCT-C---TA----CTT------CTCTTT--ATTAGAAA---TTTTCCCAAT-T---TCAA--GCAAAT--G-TT--GC--C-A----A--TT-TTTCCC-AACTG--AA-AA-GG-AC-CTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-ATT--AAGACATTAAAAatctc
gi|12 : agagatannnnttttttggcctcagtCAAA---TTGTGAG-A-TA--AA-C-C--TAA----CCTT--T------------T---------TTACTCAAAGCTTAT-T---TA--------A----ATG----AGGTA-A-A-TT-TGA---CCAAATTGAAA--GTCCAAA--TTTACATTTAA--T-G-----A-ACTAGTTTGGTT-------------------C---TA----CTT------TTTTAG--GG--GGA--GTTTTTCCCCAA-A---TCAA--GCAAAT--G-TC--GC--T-G----A--TT-TTCCGC-AACCA--GA-AA-GG-TC-TTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-ATC--AAAACCCTGAaatccc
gi|13 : TT-AA--T---------AATTGTTTG--T----TT-------T-TCT-T---AA----TA-------ATTAGT--TC--GAAATAAATTTCCCAAT-T---TCAA--CCAAAT--G-TC--GC--T------A--TT-TTTCCC-AAATA--TG-AT-GG-CC-CTG-G-CC-C-----------CTGG-AT--TC--AAGcaa
gi|14 : gccagttacattaattgtttatcgt------CTTTGC--AT--GAAACGTTTTTCCCAAT-T---TCAA--ACAAAT--A-TT--GC--T-C----A--TT-TTCCCC-AATTA--GA-AT-GG-CC-CTG-G-CCACTGACCTGGCCACT-G-AT-ATC--AAGACCTgggtaaaaaaatccct
gi|15 : catttatgaaaaaagttattctgagccttgGATCAT-AAATCT--CCTTCA-CAG-ACCCACAAAT-TTC---AA---TTTTTGCA-GCAAA---TTGTGAG-G-TA--AA-C-C--CAA----CCTT--TTTGCCTCAAAGCT---------T------------AT-T---TA--------A----ATG----AGGTA-A-ATTT-acatgtataaacagt
gi|16 : CCAAT-T---CCAACTACAAATCAG-TC---C--T-A----T--TT-TCTCCC-AATAT--G--AT-GG-CC-CTGAG-CC-C-----------
gi|17 : tagcttcgaaaaataacatctTTTAT--TT--GCAGTGTTTTTG--AAT-T---TCAC--ACAAAT--A-TC--GC--T-G----A--TT-TT-CCC-AAT-GTTGA-AT-GG-CC-CTG-G-CC-C-----------TT-G-AA-ATC--ATGAaggattctagggagtaaagaaaatcc
gi|18 : TTTCCCAAT-T---TCAA--ACAAAT----TC--GC--T-A--------T-TTTCCC-AAaatcaaaggtataaaaaatc
gi|19 : cgaaataaaTTACCAAAT-T---TCAA--GCAAAT--G-TT--GC--T-A----A--TT-TTTCCCCAATTA--GA-AA-GG-CC-CTG-G-CC-C-----------TT-A-AT-ATG--AAGACCTatatggatgccgctcccctattcaaggcggtaaaaaaatccct
gi|2 : TATTAATCATTAAATTT--CCTTCCTCAGTGTCCATAAATCTTCCAAAA---TTTTTGCA-ACAAA---TTAGAAC-A-TA--CA-TAT--TAT----ATTT--G------------C---------T-------------T-T---CA--------AGCTTACA----ATATA-A-GCTT-TAAAC-CCAAAT-GAAA--G-CCAAT--TATACATTTAA--T-GC----A-AATGGTTTTGGT----TC-------TCTCT-C---TAATACTAT------CTT-GT--A---AAAACGTTTTCCCCAAT-T---TCAAATGCATAT--G-TT--GC--T-A----A--TT-TTT-CC-AATTG--GA-AA-GA-CT-CTG-G-CC-CA----------CT-G-AT-ATT--AAAGCCTAAAAAaataaaatct
gi|20 : ------------T---------T------------AT-T---TA--------G----ATGTTAGAGGTA-A-GTTT-TAA---CCAATTTGAAA--GTCCAAT--TATACATT-AA--T-G-----aatctc
gi|21 : tttttgcctcggcCCCAGT-T---TAAA--GCAAAT--G-TC--GC--T-A----A--TT-TATCCC-GGTTG--GA-AA-GG-AC-CTG-G-CC-C-----------CA-G-AT-GTA--AAGACCTcactg
gi|22 : tatatccCTCACTGATCAG-AAATCT--CCTTCA-CAG-GTCCGTAAGT-TTC---AA---TTc
gi|3 : TTACTAATCAT-AAAAAG--CCTTCA-CAG-GTCCATAAAT-TTA---AA---TTTT-GCA-ACAAA---TTGAGAA-G-CA--AA------TGATATTATTT--T------------TGCCTCAGCTT------------AT-T-------------A----ATA----AGAAA-A-GCTT-TAA---CCAAACTGAAA--GCCCAAT--TATACATC-AA--T-GCATTTA-AATGCAATGGTC----TA-------TA-CT-----TA----TCT------ATT-----A---AAAACGATTCTCCCAAT-T---TCAA--GCAAAT--G-TT--GC--T-A-------TT-TTTCCC-AACTG--GA-AA-GG-CC-CTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-ATC--AAGACCTgaggaggaaatgaattattttt
gi|4 : TTAATGATCAA-ACAACTTGCCTTCAACAA-GTCCACAATT-TTCC--AA---TGTTTGCA-ACAAA---TTGTTAA-G-TA--GAGC-C--TAA----ATTT--T------------T---------T------------AT-T---CA--------A----ATA----AGGTG-GTGCTG-TAA---TCAGAATG-AA--GTCTAA---TATACACT-AA--T-G-----A-AATGGTTTGGTT----TT-------TATCT-C---TA----TGT------CTTTGTAAAT--GGAACATTTTTCCCCAT-T---T-GA--GCAAAT--G-AT--GC--TAA----A--TT-TTTCCCAAATCG-----AA-GC-CC-CTG-G-CT-C-----------TT-G-AT-ATC--AAGACCTTGGAAacaaaaatccc
gi|5 : CA-TAGCGTCCACAATG-TTC---AA---TGTTTGCA-ACAAA---TTGTTAA-GATGATGA-C-C--TAA----TTAT--T------------T---------T------------AT-TTTGCA--------T----TTA----AGGTG-T-GCTTGTAA---TCAAATTGAAAAGGTCTAAAAATATACACT-AA--TTG-----A-AATGGTT-GGTT----TT--------ATCTTC---TA----TGC------TGTTGT--AT--GGAACATTTTTCCCAAT-T---TGAA--GCAAAT--GATTGGGC--T-AATT-A--TT-TTTTCC-AATCG--CA-AA-GGCCC-CTG-G-CT-C-----------TT-GTAT-ATTCAAAGACCTTGAAatct
gi|6 : aGCCTTATTGATCAC-AACTTG--CCTTCA-CAG-GTCCACAA-T-TTC---AA---TGTTTGCA-ACAAA---TTGTTAA-G-TA--GA-C-C--TAA----ATTT--T------------T---------T------------AT-T---CA--------A----ATA----AGGTG-T-GCTG-TAA---TCAAATTGAAA--GTCTAAA--TATACACT-AA--T-G-----A-AATGGTTTGGTT----TT-------TATCT-C---TA----TGT------CTTTGT--AT--GGAACATTTTTCCCAAT-T---T-GA--GCAAAT--G-AT--GC--T-A----A--TT-TTTCCC-AATCG--CA-AA-GG-CC-CTG-G-CT-C-----------TT-G-AT-ATC--AAGACCTTGGAAttaatc
gi|7 : GCCTTGTTGGTCAT-AAACCT--GGACCG-CAG-GCCTTCAAAG-TAA---AA---TTTTTGCT-ATGAA---TTGTAAA----A--GA--------A----A-------------------------------------------------A--------A----CTA----A-----A-GATT-TGA---ACAAATTACAA--GTCCAGT--AATACATC-AA--T-G-----C-ATTAGTTTGGTTGTTTTT-------TTTCT-C---TA----CTT------TTTTGT--AT--GAAATGTTTTCCTAAAT-TAGCCTGA--GCAAAC--G-TC--GT--T-A----A--TT-TTTCTC-AATTG--GA-AAAGG-CC-CTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-ATT--AATACCTTAAAA
gi|8 : tATTGATCAT-A---CC--TCACCA-CAG-GTCCACAA-T-TTC---AA---CTTTTGCA-ACAAA---TT---AA-T-T-------------------TTT--T------------T---------T------------AT-T---CA--------A----ATA----AGGTG-T-GCTG-TGA---CCAAATTAAAA--GTTC--------ACATT-CA--T-G-----A-ACTGATGTGGTT----TT-------TATCT-C---------TTT------CTTTGT--AG--GGAAC--TTTTCCCAAT-T---TCAA--GCAAAT--G-TT--GCTTT-AAGTTA--TT-TTTCCT-AATCG--TATTA-GG-CC-CTG-GCCC-C-----------CT-G-ATAATC--AAGACCTTAAAAaatccc
gi|9 : GCCTCACTGATCAA-ACATCT--CCCACA-CAG-GTC----------------------TTGCA-ACAAAATATTATTAA-G-TA--AA-C-C--TAA----ATTTATT------------T---------T------------GCGT---CAGCGTAATTA----ATT----ATGTA-A-GCTT-TGA---CGAAATTGATA--GTCCAAT--TACGCATT-AA--T-G-----C-ACTGGTGTGTTT----TT-------T-TCTACATGTA----TTT------CTTAAC--AT--GAAATGTGTTCTCAAAT-T---TCA-----AAAT------------T-A------------TCCC-AATTG--GA-AA-GT-TC-CTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-Aat
blockSeqs : C TT TG T T ATC CAA . . ATA T GA ATG CCTAACCTTTTTTACTCAAAGCTTATTTA GCTT TTAG GT G AC AG AAA T AT T CATTT . G CTCTGAGTCTC ACATG ATAC T . T AA TTA AT . AGC CT GATTGG TT A AGTTA . C C TT T A C . A C A TGACCTGGCCA G T A CA
blockSeqs : C G . A C AT C . . . G G A CCCAACCTTTTTGCCTCAAAGCTTATTTA . . A . . . T T . . C . G GTTTTTTT TC . T . T . T GT . . AT CAGTC . . ATTA . A T . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : A T . . . AT . . . . G A A CCTAAATTTATTTTGCGTCAGCGTAATT . . A . . . T . . . . . G TCTC G . T . T . G AA . . . GTT . . A . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T A . . . GT . . . . A G A TGATATTATTTTTGCCTCAGCTTATT . . A . . . A . . . . . G TATA C . A . A . C GT . . . GTC . . A . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T C . . . AT . . . . G A C CCTAATTATTTTATTTTGCA . . A . . . T . . . . . G TTTA C . A . T . T GT . . . GTC . . A . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T T . . . TT . . . . T G A GCCTAAATTTTTTATTCA . . A . . . T . . . . . G TTTA T . C . T . T GT . . . ATT . . A . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C T . . . TG . . . . T G G ATAACTTTTTTGCCTCA . . A . . . T . . . . . G TTTA C . G . T . T GA . . . ATC . . T . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . AG . . . . T G G TATTATATTTGCTTTCA . . A . . . A . . . . . G TTT C . G . T . T AT . . . GTT . . A . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . A T G CCTAAATTTTTTATTCA . . T . . . T . . . . . G TTA C . G . T . T AT . . . GTT . . A . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . T G A TTTTTTATTCA . . T . . . T . . . . . T TTT C . T . T . T AT . . . GTC . . A . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . AAA . . A . . . . . . . . . . A C . T . T . G GT . . . GTT . . A . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . . T . A . T GT . . . GAT . . A . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . GAT . . A . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . GTC . . A . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . GTT . . . . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TC . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : *** G** A** *** ***** ****** GT A******
originalCons : GCCTTACTGATCAT-AAATCT--CCTTCA-CAG-GTCCACAAAT-TTC---AA---TTTTTGCA-ACAAA---TTGTNAA-G-TA--GA-C-C--TAA----ATTT--T------------T---------T------------AT-T---CA--------A----ATA----AGGTA-A-GCTT-TAA---CCAAATTGAAA--GTCCAAT--TATACATT-AA--T-G-----A-AATGGTTTGGTT----TT-------TATCT-C---TA----TNT------CTTTGT--AT--GGAACGTTTTTCCCAAT-T---TCAA--GCAAAT--G-TC--GC--T-A----A--TT-TTTCCC-AATCG--GA-AA-GG-CC-CTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-ATC--AAGACCTTGAAA
finalCons : GCCTTACTGATCAT-AAATCT--CCTTCA-CAG-GTCCACAAAT-TTC---AA---TTTTTGCA-ACAAA---TTGTNAAG--TA--GA-C-C--TAA----ATTT--T------------T---------T------------AT-T---CA--------A----ATA----AGGTAA--GCTT-TAA---CCAAATTGAAA--GTCCAAT--TATACATT-AA--T-G-----A-AATGGTTTGGTT----TT-------TATCT-C---TA----TNT------CTTTGT--AT--GGAACGTTTTTCCCAAT-T---TCAA--GCAAAT--G-TC--GC--T-AA------TT-TTTCCC-AATCG--GA-AA-GG-CC-CTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-ATC--AAGACCTTGAAA
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 111111111111111 1111111 11111111111
lowQualScore : 1 55 0 0 55 6 6 777 999 555 3 555 2 555 555 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6666 6666 0 333 2 999 44 666 5 33 2 22222 3 0 3 999999999999999 88888 6666 1 888888 1 33 555 0 11 2 333 55 44444444 22 2 2222222 2 4 3 33 2 2 2 2 2 2 2 22222222222 2 2 2 33
lowQualScore : . .. . . .. . . ... ... ... . ... . ... ... ........................................................................ .... .... . ... . ... .. ... . .. . ..... . . . ............... ..... .... . ...... . .. ... . .. . ... .. ........ .. . ....... . . . .. . . . . . . . ........... . . . ..
lowQualScore : 1 11 7 1 55 7 7 111 222 888 6 888 2 666 444 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 1111 7 444 9 666 22 888 7 99 9 99999 1 4 5 777777777777777 55555 5555 0 222222 0 77 444 2 33 1 777 88 88888888 99 1 4444444 1 2 1 11 2 2 2 2 2 2 2 88888888888 4 4 4 77
consensus : GCCTTACTGATCAT-AAATCT--CCTTCA-CAG-GTCCACAAAT-TTC---AA---TTTTTGCA-ACAAA---TTGTNAA-G-TA--GA-C-C--TAA----ATTT--T------------T---------T------------AT-T---CA--------A----ATA----AGGTA-A-GCTT-TAA---CCAAATTGAAA--GTCCAAT--TATACATT-AA--T-G-----A-AATGGTTTGGTT----TT-------TATCT-C---TA----TNT------CTTTGT--AT--GGAACGTTTTTCCCAAT-T---TCAA--GCAAAT--G-TC--GC--T-A----A--TT-TTTCCC-AATCG--GA-AA-GG-CC-CTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-ATC--AAGACCTTGAAA
Reference ( family-183 ) : GCCTTACTGATCAT-AAATCT--CCTTCA-CAG-GTCCACAAAT-TTC---AA---TTTTTGCA-ACAAA---TTGTNAA-G-TA--GA-C-C--TAA----ATTT--T------------T---------T------------AT-T---CA--------A----ATA----AGGTA-A-GCTT-TAA---CCAAATTGAAA--GTCCAAT--TATACATT-AA--T-G-----A-AATGGTTTGGTT----TT-------TATCT-C---TA----TNT------CTTTGT--AT--GGAACGTTTTTCCCAAT-T---TCAA--GCAAAT--G-TC--GC--T-A----A--TT-TTTCCC-AATCG--GA-AA-GG-CC-CTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-ATC--AAGACCTTGAAA
gi|1 : -AAATCT--CCTTCT-CAA-GTCCATCAAT-TTC---AAAAATTTATGCATACAAA---TTGAGAGCG-AA--GA-C-TATTAAT---ATTG--C------------T---------TCCA---------AC-T---TAC-------A----ATT----ATATACA-GCTT-TAAACCCCAAATTAAGA--TCCCAAT--TATACATT-AA--T-GC----ACAATGGTTTG--T----TC-------TCTCT-C---TA----TATTTATTCCTTTA---AT---AAACG-TTTTCCCAATGT---TCGA--ACATAT--G-TT--GC--T-A----AAGTTATTTCCC-AATTT--GG-AA-GA-CCTCTG-A-GC-C-----------CT-G-AT-AT
gi|10 : atcatataaatctctaTCA-AAC-ATCCACAAAT-TTC---AA---TTTTTGCA-GCAAA---TCTTTAA-G-TA--AA-A----TAA----CTTT--T------------T---------T------------GCCT---CA--------A----A-------GATT-A---TT-TAA---------TGAG---GTTCAAT--TTGAC--C-AAATT-G-----A-AA--GTCCA-----------------ATCT-G---TA----CTT------TTTTGT--AT--GGAACATTGTTCCCATT-T---TCAA--GCAAAT--------------------------TTTCC-AATCG--GA-AA-GG-CC-CTG-G-TT-C-----------CT-A-AT-ATC--AAGACCTAAAAAttaatgaacctaaaaaaatctcc
gi|11 : gatgtctgagtgaA--------A----ATA----ATGTA-A-GCTT-CAA---CCAGATTGAGA--GTCCAGT--TATACATT-AA--T-G-----A-GCTGGTTTTGTT----CTCTGAGTCTCTCT-C---TA----CTT------CTCTTT--ATTAGAAA---TTTTCCCAAT-T---TCAA--GCAAAT--G-TT--GC--C-A----A--TT-TTTCCC-AACTG--AA-AA-GG-AC-CTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-ATT--AAGACATTAAAAatctc
gi|12 : agagatannnnttttttggcctcagtCAAA---TTGTGAG-A-TA--AA-C-C--TAA----CCTT--T------------T---------TTACTCAAAGCTTAT-T---TA--------A----ATG----AGGTA-A-A-TT-TGA---CCAAATTGAAA--GTCCAAA--TTTACATTTAA--T-G-----A-ACTAGTTTGGTT-------------------C---TA----CTT------TTTTAG--GG--GGA--GTTTTTCCCCAA-A---TCAA--GCAAAT--G-TC--GC--T-G----A--TT-TTCCGC-AACCA--GA-AA-GG-TC-TTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-ATC--AAAACCCTGAaatccc
gi|13 : TT-AA--T---------AATTGTTTG--T----TT-------T-TCT-T---AA----TA-------ATTAGT--TC--GAAATAAATTTCCCAAT-T---TCAA--CCAAAT--G-TC--GC--T------A--TT-TTTCCC-AAATA--TG-AT-GG-CC-CTG-G-CC-C-----------CTGG-AT--TC--AAGcaa
gi|14 : gccagttacattaattgtttatcgt------CTTTGC--AT--GAAACGTTTTTCCCAAT-T---TCAA--ACAAAT--A-TT--GC--T-C----A--TT-TTCCCC-AATTA--GA-AT-GG-CC-CTG-G-CCACTGACCTGGCCACT-G-AT-ATC--AAGACCTgggtaaaaaaatccct
gi|15 : catttatgaaaaaagttattctgagccttgGATCAT-AAATCT--CCTTCA-CAG-ACCCACAAAT-TTC---AA---TTTTTGCA-GCAAA---TTGTGAG-G-TA--AA-C-C--CAA----CCTT--TTTGCCTCAAAGCT---------T------------AT-T---TA--------A----ATG----AGGTA-A-ATTT-acatgtataaacagt
gi|16 : CCAAT-T---CCAACTACAAATCAG-TC---C--T-A----T--TT-TCTCCC-AATAT--G--AT-GG-CC-CTGAG-CC-C-----------
gi|17 : tagcttcgaaaaataacatctTTTAT--TT--GCAGTGTTTTTG--AAT-T---TCAC--ACAAAT--A-TC--GC--T-G----A--TT-TT-CCC-AAT-GTTGA-AT-GG-CC-CTG-G-CC-C-----------TT-G-AA-ATC--ATGAaggattctagggagtaaagaaaatcc
gi|18 : TTTCCCAAT-T---TCAA--ACAAAT----TC--GC--T-A--------T-TTTCCC-AAaatcaaaggtataaaaaatc
gi|19 : cgaaataaaTTACCAAAT-T---TCAA--GCAAAT--G-TT--GC--T-A----A--TT-TTTCCCCAATTA--GA-AA-GG-CC-CTG-G-CC-C-----------TT-A-AT-ATG--AAGACCTatatggatgccgctcccctattcaaggcggtaaaaaaatccct
gi|2 : TATTAATCATTAAATTT--CCTTCCTCAGTGTCCATAAATCTTCCAAAA---TTTTTGCA-ACAAA---TTAGAAC-A-TA--CA-TAT--TAT----ATTT--G------------C---------T-------------T-T---CA--------AGCTTACA----ATATA-A-GCTT-TAAAC-CCAAAT-GAAA--G-CCAAT--TATACATTTAA--T-GC----A-AATGGTTTTGGT----TC-------TCTCT-C---TAATACTAT------CTT-GT--A---AAAACGTTTTCCCCAAT-T---TCAAATGCATAT--G-TT--GC--T-A----A--TT-TTT-CC-AATTG--GA-AA-GA-CT-CTG-G-CC-CA----------CT-G-AT-ATT--AAAGCCTAAAAAaataaaatct
gi|20 : ------------T---------T------------AT-T---TA--------G----ATGTTAGAGGTA-A-GTTT-TAA---CCAATTTGAAA--GTCCAAT--TATACATT-AA--T-G-----aatctc
gi|21 : tttttgcctcggcCCCAGT-T---TAAA--GCAAAT--G-TC--GC--T-A----A--TT-TATCCC-GGTTG--GA-AA-GG-AC-CTG-G-CC-C-----------CA-G-AT-GTA--AAGACCTcactg
gi|22 : tatatccCTCACTGATCAG-AAATCT--CCTTCA-CAG-GTCCGTAAGT-TTC---AA---TTc
gi|3 : TTACTAATCAT-AAAAAG--CCTTCA-CAG-GTCCATAAAT-TTA---AA---TTTT-GCA-ACAAA---TTGAGAA-G-CA--AA------TGATATTATTT--T------------TGCCTCAGCTT------------AT-T-------------A----ATA----AGAAA-A-GCTT-TAA---CCAAACTGAAA--GCCCAAT--TATACATC-AA--T-GCATTTA-AATGCAATGGTC----TA-------TA-CT-----TA----TCT------ATT-----A---AAAACGATTCTCCCAAT-T---TCAA--GCAAAT--G-TT--GC--T-A-------TT-TTTCCC-AACTG--GA-AA-GG-CC-CTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-ATC--AAGACCTgaggaggaaatgaattattttt
gi|4 : TTAATGATCAA-ACAACTTGCCTTCAACAA-GTCCACAATT-TTCC--AA---TGTTTGCA-ACAAA---TTGTTAA-G-TA--GAGC-C--TAA----ATTT--T------------T---------T------------AT-T---CA--------A----ATA----AGGTG-GTGCTG-TAA---TCAGAATG-AA--GTCTAA---TATACACT-AA--T-G-----A-AATGGTTTGGTT----TT-------TATCT-C---TA----TGT------CTTTGTAAAT--GGAACATTTTTCCCCAT-T---T-GA--GCAAAT--G-AT--GC--TAA----A--TT-TTTCCCAAATCG-----AA-GC-CC-CTG-G-CT-C-----------TT-G-AT-ATC--AAGACCTTGGAAacaaaaatccc
gi|5 : CA-TAGCGTCCACAATG-TTC---AA---TGTTTGCA-ACAAA---TTGTTAA-GATGATGA-C-C--TAA----TTAT--T------------T---------T------------AT-TTTGCA--------T----TTA----AGGTG-T-GCTTGTAA---TCAAATTGAAAAGGTCTAAAAATATACACT-AA--TTG-----A-AATGGTT-GGTT----TT--------ATCTTC---TA----TGC------TGTTGT--AT--GGAACATTTTTCCCAAT-T---TGAA--GCAAAT--GATTGGGC--T-AATT-A--TT-TTTTCC-AATCG--CA-AA-GGCCC-CTG-G-CT-C-----------TT-GTAT-ATTCAAAGACCTTGAAatct
gi|6 : aGCCTTATTGATCAC-AACTTG--CCTTCA-CAG-GTCCACAA-T-TTC---AA---TGTTTGCA-ACAAA---TTGTTAA-G-TA--GA-C-C--TAA----ATTT--T------------T---------T------------AT-T---CA--------A----ATA----AGGTG-T-GCTG-TAA---TCAAATTGAAA--GTCTAAA--TATACACT-AA--T-G-----A-AATGGTTTGGTT----TT-------TATCT-C---TA----TGT------CTTTGT--AT--GGAACATTTTTCCCAAT-T---T-GA--GCAAAT--G-AT--GC--T-A----A--TT-TTTCCC-AATCG--CA-AA-GG-CC-CTG-G-CT-C-----------TT-G-AT-ATC--AAGACCTTGGAAttaatc
gi|7 : GCCTTGTTGGTCAT-AAACCT--GGACCG-CAG-GCCTTCAAAG-TAA---AA---TTTTTGCT-ATGAA---TTGTAAA----A--GA--------A----A-------------------------------------------------A--------A----CTA----A-----A-GATT-TGA---ACAAATTACAA--GTCCAGT--AATACATC-AA--T-G-----C-ATTAGTTTGGTTGTTTTT-------TTTCT-C---TA----CTT------TTTTGT--AT--GAAATGTTTTCCTAAAT-TAGCCTGA--GCAAAC--G-TC--GT--T-A----A--TT-TTTCTC-AATTG--GA-AAAGG-CC-CTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-ATT--AATACCTTAAAA
gi|8 : tATTGATCAT-A---CC--TCACCA-CAG-GTCCACAA-T-TTC---AA---CTTTTGCA-ACAAA---TT---AA-T-T-------------------TTT--T------------T---------T------------AT-T---CA--------A----ATA----AGGTG-T-GCTG-TGA---CCAAATTAAAA--GTTC--------ACATT-CA--T-G-----A-ACTGATGTGGTT----TT-------TATCT-C---------TTT------CTTTGT--AG--GGAAC--TTTTCCCAAT-T---TCAA--GCAAAT--G-TT--GCTTT-AAGTTA--TT-TTTCCT-AATCG--TATTA-GG-CC-CTG-GCCC-C-----------CT-G-ATAATC--AAGACCTTAAAAaatccc
gi|9 : GCCTCACTGATCAA-ACATCT--CCCACA-CAG-GTC----------------------TTGCA-ACAAAATATTATTAA-G-TA--AA-C-C--TAA----ATTTATT------------T---------T------------GCGT---CAGCGTAATTA----ATT----ATGTA-A-GCTT-TGA---CGAAATTGATA--GTCCAAT--TACGCATT-AA--T-G-----C-ACTGGTGTGTTT----TT-------T-TCTACATGTA----TTT------CTTAAC--AT--GAAATGTGTTCTCAAAT-T---TCA-----AAAT------------T-A------------TCCC-AATTG--GA-AA-GT-TC-CTG-G-CC-C-----------CT-G-AT-Aat