lowQualScore : 11111 11111 11111 22222222222222222222222 444444444444444444444444 11111111 11111 11111 111 1111 1111111111 11 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 111111 2222222222222222222222 33333333 1111111111111 111 111 33333333333333 111
lowQualScore : 4 00000 55 55 00000 44444 55 4 88888888888888888888888 4 5555 444444444444444444444444 4 55 4 99999999 00000 8 4 55 777 44444 4 4 4 55 555 4 9999 1111 4 4444444444 66 777 66 1 99999 0 4 9999 00 4 444 7 55 99999 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 55 4 3 444 3 99999 3 666 666 3 4444444 000000 3 88888 999 1111111111111111111111 44 11111111 6666666666666 3 3 6 99999999 000 0 7 333 66 1 5 66666666666666 000 77 77 5
lowQualScore : . ..... .. .. ..... ..... .. . ....................... . .... ........................ . .. . ........ ..... . . .. ... ..... . . . .. ... . .... .... . .......... .. ... .. . ..... . . .... .. . ... . .. ..... ............................................................................................... . .. . . ... . ..... . ... ... . ....... ...... . ..... ... ...................... .. ........ ............. . . . ........ ... . . ... .. . . .............. ... .. .. .
lowQualScore : 4 77777 55 33 00000 00000 55 0 55555555555555555555555 0 4444 777777777777777777777777 0 55 0 00000000 00000 0 0 55 000 00000 0 0 0 55 666 0 9999 7777 4 4444444444 11 888 99 4 11111 1 4 9999 66 0 666 3 00 11111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 55 0 6 777 6 11111 6 444 444 6 6666666 555555 6 33333 222 8888888888888888888888 66 88888888 7777777777777 3 3 7 00000000 444 4 3 666 11 9 0 99999999999999 000 99 99 7
consensus : TACA-AATATGTAA-C-T-C--TGA-CA-----TG-----T--AATT-TTGT---T-A-------T------TCAA-ACA-CT-A--T---T----------C------T-T--CA-AAA-----T--CA-----GTA-GTA-T--A---AA-----TTC-T-T-TT--TGTTGCAGT--TTTT-A--C-CTAAT---AATTG-AT---A------G--AAAAC---TAGA--TACA-TGC-AAGT-ACG-T--ACG--AC-TTA-A-T-A--GATGA-----ACGAG--TA-C---T---TCACGAGT-TCC-----A----A-AAAT---N---A-A--AA--------A-----------G-------------------T-A--G-A-TG-C-G-C-----TC-A---CC---T-TT---A-TGCAAAT------TTAA-TTT-----TC---TT-----------GG----T-A--AA--TTT---N----TTCA----T-CT-----AT-AG-AA-GT-CT-----TT---TCGA-TTGC---AAACGG--GATGT-A--T---------T-TTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTTGG
Reference ( gi|6 ) : TACA-AATATGTAA-C-T-C--TGA-CA-----TG-----T--AATT-TTGT---T-A-------T------TCAA-ACA-CT-A--T---T----------C------T-T--CA-AAA-----T--CA-----GTA-GTA-T--A---AA-----TTC-T-T-TT--TGTTGCAGC--TTTT-A--C-CTAAT---AATTG-AT---A------G--AAAAC---TAGA--TACA-TGT-AAGT-ACG-T--ACG--AC-TTA-A-T-A--GATGA-----ACGAG--TA-C---TA--TCACGAGT-TTC-----A----A-AAAT---T---A-A--AA--------A-----------G-------------------T-A--G-A-TG-C-G-C-----TC-A---CC---T-TT---A-TACAAAT------TTAA-TTT-----TC---TT-----------GG----T-A--AA--TTT---T----TTCA----T-CT-----AT-AG-AA-GT-CT-----TT---TCGA-TTGC---AAACGG--GATGT-A--T---------T-TTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTTGG
gi|3 : TACACAATATGTAA-C-T-C--TG--CA-----TG-----T--AATT-T-GT---T-A-------T------TCAA--CA-CT-A--T---TT---------C------T-T--CA-AAA-----T--CA-----GTAAGTA-T--A---CA-----TTC-T-T-TT--TGTTGCAGC--TTTT-A--C-CTAAT---A-TTG-AT---A------G--AAAAC---TAGA--TA-A-TGT-AAGT-ACG-T---CG--AC-TTA-A-T-A--GATGA-----ACGAG--TA-C---TAG-TTAC-AGT-TTC-----A----A-TAAT---TTAAA-A--AA--------A-----------G-------------------T-A--G-A-TG-C-G-C-----T--A---CC---T-TTT--A-TACAATT------TTAA-TTT-----TCC--TT-----------GG----T-A--AATTTTT---T----TTCA----T-C-------T-AG-AA-GT-CT-----TT---TCGA-TTGCA--AAACGG--AATGT-AT-T---------T-TTG---TTG--TTTATAAT--C-GTT
gi|9 : tTACA-AATATGTAA---T-C--TGA-CA-----TG-----T--TATT-T-GT---T-A-------T------TCAAGACA--T-A--T---T----------T------T-TTTCA-AAA-----T--CA-----GTA-GTA-T--A---A------TTC-T-T-TT---GTTGCAGT--TTTTTA--C-CTAAT---AATTA-TT---A------G--AAA-C---TAGA--TACA-TGT-AAGT--CG-T--ACG--AC-TTA-AAT-A--GATGA-----ACGAG--T----------TCACGAAT-TCC-----A----ATAAAT---A---A-AT-AA--------A-----------G-------------------T-A--G-A-TG-C-G-C-----TC-A---CC---T-AT---A-TGC-AAT------TTAA-TTT-----TC---TT-----------GGA---T-A--AA--TTT---G----TTCA----T-CT-----AT-AG-AA-GT-AT-----TT---TCGA-TTGC---GAACgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaacgtcacaagacgtacgccagctgacgttatatttccgcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagcgcaataggaaaaacgcattttttagtaataaatattctattttctatttttactgtacttaa
gi|1 : tTACA-AATAT-TAA-C-CAC--TGA-CA-----TGC----T--A--T-TTGC---T-A-------TACAATGTCAA-ACA-C--A--T---TTAATTAGAATC------TCT--CG-AGAGAGTGT--CACAAGAGTA-GTA-T--ACAGAAC----TTC-T-T-TT--TGTTCGAGTGGTTAT-A--C-TAAAT---TATTG-AT---A------G--AGAACAACTACG--TATAATGC-AAGT-ACG----ACG--AC-TTA-A-T-ATAGATGA-----ACGAG--T--T---TA--TCCCGAGT-C-C-----A----T-AAAT---A---A-A--AAT-------A-----------G-------------------TTA--G-A-TG-CCGTC-----TC-AAATCC---T-TT---AATGCAAAT------TTAA-TTT------C---TT-----------GA----G-ACTAA--TTGAG-G----TTCA----TTCTG----AT-AG-AAAGT-TC-----ATATATCGAATTGC---AAACGA--GATGC-A--TTCC------T-TTGATATCG--TTTATAAT--CTGTTTGG
gi|8 : ttACA-AATATGTAA-C-TTC--TGG-CA-----TG-----T--AATT-T-GT---T-A-------T------CCAA-ACA-CT-AATT---T----------G------T-T--CA-AAA-----C--CA-----ATG-ATG-T--G---AA-----TTC-T-T-TT--TATTGCAGT--TTTT-A--T-CTAAT---AATTG-AT---AGATAGCG--AAAAC---TAGGCCTAGA-TCT-A--T-ATG-A--ACG--ACTTTA-G-T-A--GATGA-----ACGAG--T----------TCATGAGT-CCCATTAAA----A-AAATA--T---ACG--AC--------A-----------G-------------------T-A--A-A-AG-C-G-C-----TC-A---CT---T--------------------------TTT-----CT---TT-----------GG----T-T--AA--TTTTAAT----TTTA----C-TC-----AT-AG-TA-GT-CT-----TT---TAGT-TTGC---AATCGG--GATtcttgaaaaagacactaatatacatccgatcttttatggagctgttaagacacaagcagtcgtacaatgaactgttacgcctgaggctgacgttatatttaccgcgttacacgcgacgtctgtattgcactcgacgtgaaagtggcaattgcggactgattcgcactattatgccgcaaattgggttttgttttttctttagcgcatggaaaaaccccccacattttacggtaattataaatattatctaatttctaacgttacggtacttaa
gi|11 : taACA-AATATGTAA-C-T-C--TGA-CA-----TG-----T--AA-T-TTG----T-G-------T------TCAA-ACA-AT-AATT---T----------G------T-T--CA-AAA-----T--GA-----ATA-ATA-T--A---AA-----TTC-T-T-TT--TATTACAGT--TTTT-A--C-CTAAT---GATTG-AT---A------G--AAAAC---TAGA--T-CA------------G-T--ACG--AC-TTA-G-T-A--TATGA-----ACGAG--T----------TCATG-GT-TCCT----A----T-GAAT---T---A-A--AA--------
gi|18 : tcACA-AATATGTAAAT-T-C--TGA-CA-----CG-----T--AATT-GTGT-------------T------CCAA-AC
gi|14 : gtcACA-AATATGTAA-CCT-C--TGGGCGAGGGCTG-----TTGAATGGTTGTGGGTGA-------C------GCAA-ACA-CT-AA-T---T----------G------T-T--CA-AAA-----C--CA-----ATG-ATATT--A---AA-----TTC-C-T-TTAAT-TTGCGGCAGTGTT-A--TACTAAT----ACTG-ATTAAA------GGCAATAC---TAGcaat
gi|7 : gtaCA-AATATGTAA-C-A-C--GGA-CA-----TG-----T--AATT-T-GT---T-A-------T------TCAA-ACA-TT-A--TATTT----------C------T-T--CA-AAA-----T--CA-----GTA-GTA-T--A---AAATTAATTC-T-T-TT--TGTTGCAGC--TTTG-A--C-CTAAT---AATTG-AT---A------G--AAAAC---TAGA--TACA-TGT-AAGT-ACG-T--ACG--AC-TTA-A-T-A--GATGA-----ACGAGTATA-C---TAATTCACGAGT-TCC-----A----ATAAAT---A---A-A--AA--------A-----------G-------------------T-A--G-A-TG-C-G-C-----TC-A---CC---T-TT---A-TACAAAT------TTAA-TTT-----TC---TT-----------GG----T-T--AA--TTT---TG---TTCA----T-CT-----AT-AG-AA-GT-CT-----TT---TCGA-TTGC---AAACGg
gi|2 : gtttA-AATATGTAA-C-T-CACTGA--A-----TGCCTATT--ATTT-TTAA---A-A-------T------TCAA-ACA-CTCA--T---TTGT-------C------T-T--CA-AAT-----TTCCA-----GT--GTA-T--A---AA-----TTCCT-T-TT--TGTTGCAGT--TTTT-AA-C-CTAAT---TATTG-AT---A------G--AAACC---TAGA--TACA--GC-AAGTAACGTT--ACGGAAC-TTA-A-T-A--GATTG-----ACGAT--TA-CGTTTT--TCTCTAAT--------------A-ATAT---T---A-ATGAA--------A-----------GT------------------T-ATTG-ATTG-C-G-C-----TCAA---CG---TGTT---A-TGCAAAT------TTAA--TT-----TC---TT-----------GGAGATT-A--AA--TTT---TTG--TTCATT--T-CT-----AT-AG-AA-GTATT-----TT---TCGATTTGC---ATACGG--GATGTCA--T---------TCTTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTTGG
gi|4 : tttacaa--TGC-CA-----TG-----T--TATT-T-GT---T-AACATGTCT------ACAG-ACAACT-A--T---T----------TCGGTCTT-T--CATAAA-----TG-CA-----GTA-GTA-T--A---AA-----TTC-TCT-TT--TGTTGCAG---TGTT-A--T-TTAAtttgaaagaaaacatcacgttgatgttaactgtcacaaatgcacctgtttacgccattgcttgacgttactaattttaccgcgttacattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagcgcataggacaaaacccccacatttttaggtaataaatattcttttctaacgtttctgtacttaa
gi|5 : --T---T----------C------T-T--TA-AAAAA---T--CT-----GTAAGTA-TTAA---AA-----TTC-T-TCTT--TGTTGCAGT--TGTT-ATCT-CTAATTCCACTTGTAT---T------G--AACA----TAGA--TACA-TGCAAAGT-ACG-TAAACG--AT-TTATA-TCA--GATGATACGCACGAG--AG-T---TA--CAACGAGT-GCC-----ACAATA-AAGTAAGA---A-A--AA--------A-----------G-------------------T-A--G-A-TGTC-G-C-----TC-A---CT---T-TTTCGA-TGAAAATATTCTATTAA-TTT-----TCTCTTT-----------GG----A-T--AA--TTT---TGCTGTCCA----T-ATTACGAAT-AGTAA-GT-ATGTAAATT---TGGA-CTGTGCAAAACGC--G-TGT-A--TGCAAATTTCT-TTG---TTGATTTTATTATTGC-GTTTccccccactaatctattgaatcgtgaaataacttagactacatcgcacagtcaagctaagtgacacacacctcggatacgtacctatttagtgagagaacacgcagctcacgagtcttccaaaataataaaaaagctcatatttgcgaaaacttaggcggctcaccctatttatgcaaattctattttctttcctgcatatcattaagtttgttcagtagttgattagaacgtatttaatcgattgctagacggtcgatgcatttacttggtttggttttgaggtaatacgatgtctgttgaagttgaaataaaagcatcagaacgttacgagtgtgatacgtcacaaagtcactgtttacgcccagcctgaccgttatttctaccaggttacac
gi|4 : ttT-ACG-T--ACCT-AT-TTA-G-TGA--GA-GA-----ACACG--CAGC---T----CACGAGTCTTC-----C----A-AAATAA-T---A-A--AA--------A-----------AGCTCATATTTGCGAAAACTT-A--G-G-CG---G-C-----TC-A---CCCTAT-TT---A-TGCAAAT------TCTA-TTT-----TC---TTTCCTGCATATCAT----T-A--AG--TTT---G----TTCAGTAGT-TG-----ATTAG-AACGT-AT-----TTAA-TCGA-TTGCT--AGACGGTCGATGC-A--T---------T-T
gi|12 : tgccatgttatttgttaacatgtctacagacaactatttcggtctttcataaatgcagtagtataaattctcttttgttgcagtgttatttaaccccccactaatctattgaatcgtgaaataacttagactacatcgcacagtcaagctaagtgacacacacctcgga-TTA-G-T-A--GATGA-----AGGA------C---T---TAATGGGT-GCC-----A----ATAAAT---A---A-A--AATATACGACA-----------G-------------------T-A--C-A-TG-T-G-C-----AT-A---CA---T-TT---G--GCAAAT------TGGACTTT-----TG---TT-----------GG----TTA--AA--TTT---G----TTTA----T-AT-----AT-AG-TA-GT-CT-----TT---TAAA-TTGC---AAACAG--GATGT-A--T---------T-C-----TTG--TTTATAAT--C-GTTTGacttggtttggttttgaggtaatacgatgtctgttgaagttgaaataaaagcatcagaacgttacgagtgtgatacgtcacaaagtcactgtttacgcccagcctgaccgttatttctaccaggttacac
gi|10 : t-T-A--GATGA-----ACGAG--T----------TCATTAGT-TCC-----A----GTAAAT---A---A-A--AA--------AAATATACGACAG-------------------T-A--GCA-TT-T-A-CAGTAATC-A---CC---T-TT---T-TGCAAAT------TAAA-TTTGATGTTC---TT-----------GA----TTA--AA--TCT---G----TTTA----T-TT-----A-------------------------GC-TTGC---AGACAG--TATGT-ACAT---------A-TTG---CTG--TTTATACT--T-GTTTGG
gi|15 : cttg-TA-C-G-C-----CT-A---CT---T-TT---T-CACAAAT------TTAT-ATT-----TC---AT-----------GG----T-T--AA--TTT---TG---TTTA----T-CC-----AT-AG-CA-AT-CT-----TT---TAGG-TTGC---AAACCA--G---------------------TG---ATG--TTT-TAAT--C-ATTTGGtttgaaagaaaacatcgaagttagatgta
gi|19 : cg-----TC---TT-----------GGA---T-A--AC--TTT---G----TTCA----T-CT-----AT-AG-AA-GT-AT-----TT---TCGttt
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TGGTATATATTGTGAATGGTTCAAGACATTAATTTGTTCAAAACGGCTATATGATAATAGAAATTTACTTTTTATATTGGCAAGTTATTTATATGCTAATATGGTTGATAAAGATATGAAAACTAGGCCTTAGATCTATATAGAATACGACT
Unaligned ( gi|16 ): GCGCATAGGAAAAAACACATTTTTAGGTACGGTAATAAATATTTCTATTTCTAACTTACTTAA
Unaligned ( gi|17 ): CGCATAGGAAAAAACGCATTTTTAGGTAATAAATATTTCTATTTCTAATTACTGTACTTAAA
Alignments
lowQualScore : 11111 22222222222222222222222 333333333333333333333333 11111111 11111 1111 1111 111111111 11111 1111111111 111 44444444444444444444444444 44444444444444 222222222222 1111111 11 444444444444444444444444444444444444444 111 11111111111111111 111111111 1111 11111 11111 111 33333333333333
lowQualScore : 4 444 8 55 44 99999 22222 55 3 00000000000000000000000 3 4 4 888888888888888888888888 3 55 3 66666666 99999 7 3 55 666 22222 3 3 1111 2222 3 3 666666666 33333 3 7777 1111111111 55 3 000 99 888 44 4 55555555555555555555555555 8888 4 55 3 3 3 6 44 88888 44444444444444 44 0 111111111111 44 2222222 22 777777777777777777777777777777777777777 55 3 3 6 3 88888 3 555 555 3 222 999999 44 77777 888 99999999999999999 6 44 88 111111111 3333 00000 3 6 3 55 33333 44 3 3 222 55 0 4 00000000000000 888 66 66 5
lowQualScore : . ... . .. .. ..... ..... .. . ....................... . . . ........................ . .. . ........ ..... . . .. ... ..... . . .... .... . . ......... ..... . .... .......... .. . ... .. ... .. . .......................... .... . .. . . . . .. ..... .............. .. . ............ .. ....... .. ....................................... .. . . . . ..... . ... ... . ... ...... .. ..... ... ................. . .. .. ......... .... ..... . . . .. ..... .. . . ... .. . . .............. ... .. .. .
lowQualScore : 0 666 0 00 00 11111 77777 00 6 99999999999999999999999 6 0 0 111111111111111111111111 6 00 6 55555555 11111 3 6 00 444 77777 6 6 4444 7777 6 6 555555555 77777 6 7777 5555555555 00 6 000 55 888 55 0 55555555555555555555555555 0000 0 55 6 6 6 7 66 33333 55555555555555 66 3 777777777777 66 7777777 55 888888888888888888888888888888888888888 00 6 3 7 3 33333 3 888 888 3 555 666666 77 77777 555 11111111111111111 2 22 55 999999999 8888 88888 1 2 1 22 11111 22 1 3 555 55 8 4 88888888888888 888 99 99 0
consensus : TACA-AATATGTAA-C-T-C--TGA-CA-----TG-----T--AATT-TTGT---T-A-------T------TCAA-ACA-CT-A--T---T----------C------T-T--CA-AAA-----T--CA-----GTA-GTA-T--A---AA-----TTC-T-T----TTTGTTGCAGT----TTT-T-A--C------CTAAT---A-ATTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--TACA-T-GC-A-AGT--------------------------ACG-T--A-CG--AC-TT-A-AT-A--GATGA-----ACGAG---TAC-----T--TCACGAG--TTCC-----A----A-A--AAT---A---AA--AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TG-CG-C-----TC-A---CC---T-TT---ATGCAAAT------TTAA-TTT-----TC---TT-----------GG----T-A--AA--TT---T---G-TTCA----TCT-----A-TAG-AA-GT-CT-----TT--TCG-A-TTGC---AAACGG--GATGT-A--T---------T-TTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTTGG
Reference ( family-166 ) : TACA-AATATGTAA-C-T-C--TGA-CA-----TG-----T--AATT-TTGT---T-A-------T------TCAA-ACA-CT-A--T---T----------C------T-T--CA-AAA-----T--CA-----GTA-GTA-T--A---AA-----TTC-T-T----TTTGTTGCAGT----TTT-T-A--C------CTAAT---A-ATTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--TACA-T-GC-A-AGT--------------------------ACG-T--A-CG--AC-TT-A-AT-A--GATGA-----ACGAG---TAC-----T--TCACGAG--TTCC-----A----A-A--AAT---N---AA--AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TG-CG-C-----TC-A---CC---T-TT---ATGCAAAT------TTAA-TTT-----TC---TT-----------GG----T-A--AA--TT---T---N-TTCA----TCT-----A-TAG-AA-GT-CT-----TT--TCG-A-TTGC---AAACGG--GATGT-A--T---------T-TTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTTGG
gi|1 : TACA-AATAT-TAA-C-CAC--TGA-CA-----TGC----T--A--T-TTGC---T-A-------TACAATGTCAA-ACA-C--A--T---TTAATTAGAATC------TCT--CG-AGAGAGTGT--CACAAGAGTA-GTA-T--ACAGAAC----TTC-T-T----TTTGTTCGAGTGG--TTA-T-A--C------TAAAT---T-ATTG-A----T---A------G--AG-AACAACTACG--TATAAT-GC-A-AGT--------------------------ACG----A-CG--AC-TT-A-AT-ATAGATGA-----ACGAG---TTT-----A--TCCCGAG---TCC-----A----T-A--AAT---A---AA--AAT-------A-----------GT-----------------TA--G-A-TGCCGTC-----TC-AAATCC---T-TTA--ATGCAAAT------TTAA--TT-----TC---TT-----------GA----G-ACTAA--TTGA-G---G-TTCAT---TCTG----A-TAGAAA-GT-TCATA--TA--TCGAA-TTGC---AAACGA--GATGC-A--TTCC------T-TTGATATCG--TTTATAAT--CTGTTTGG
gi|10 : ttT-A--GATGA-----ACGAG---T----------TCATTAG--TTCC-----A----GTA--AAT---A---AA--AA--------AAATATACGACAG------------------TA--GCA-TT-TA-CAGTAATC-A---CC---T-TT---TTGCAAAT------TAAA-TTTGATGTTC---TT-----------GA----TTA--AA--TC---T---G-TTTA----TTT-----A------------------------G-C-TTGC---AGACAG--TATGT-ACAT---------A-TTG---CTG--TTTATACT--T-GTTTGGtcttgaaaaagacactaatatacatccgatcttttatggagctgttaagacacaagcagtcgtacaatgaactgttacgcctgaggctgacgttatatttaccgcgttacacgcgacgtctgtattgcactcgacgtgaaagtggcaattgcggactgattcgcactattatgccgcaaattgggttttgttttttctttagcgcatggaaaaaccccccacattttacggtaattataaatattatctaatttctaacgttacggtacttaa
gi|11 : cttgACA-AATATGTAA-C-T-C--TGA-CA-----TG-----T--AA-T-TTG----T-G-------T------TCAA-ACA-AT-AATT---T----------G------T-T--CA-AAA-----T--GA-----ATA-ATA-T--A---AA-----TTC-T-T----TTTATTACAGT----TTT-T-A--C------CTAAT---G-ATTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--T-CA---------------------------------------G-T--A-CG--AC-TT-A-GT-A--TATGA-----ACGAG-----------T--TCATG-G--TTCCT----A----T-G--AAT---T---AA--AA--------tttgaaagaaaacatcgaagttagatgta
gi|12 : tc-TT-A-GT-A--GATGA-----AGGA------C-----T--TAATGGG--TGCC-----A----ATA--AAT---A---AA--AATATACGACA-----------G------------------TA--C-A-TG-TG-C-----AT-A---CA---T-TT---G-GCAAAT------TGGACTTT-----TG---TT-----------GG----TTA--AA--TT---T---G-TTTA----TAT-----A-TAG-TA-GT-CT-----TT--TAA-A-TTGC---AAACAG--GATGT-A--T---------T-C-----TTG--TTTATAAT--C-GTTTG
gi|14 : tACA-AATATGTAA-CCT-C--TGGGCGAGGGCTG-----TTGAATGGTTGTGGGTGA-------C------GCAA-ACA-CT-AA-T---T----------G------T-T--CA-AAA-----C--CA-----ATG-ATATT--A---AA-----TTC-C-TTTAATTTGCGGCAGT----GTTAT-A---------CTAAT-----ACTG-A----TTAAA------GGCAA-TAC---TAG
gi|15 : gta-TA-CG-C-----CT-A---CT---T-TT---TCACAAAT------TTAT-ATT-----TC---AT-----------GG----T-T--AA--TT---T---TGTTTA----TCC-----A-TAG-CA-AT-CT-----TT--TAG-G-TTGC---AAACCA--G---------------------TG---ATG--TTT-TAAT--C-ATTTGGg
gi|18 : cgACA-AATATGTAAAT-T-C--TGA-CA-----CG-----T--AATT-GTGT-------------T------CCAA-ACttt
gi|19 : gtc-----TC---TT-----------GGA---T-A--AC--TT---T---G-TTCA----TCT-----A-TAG-AA-GT-AT-----TT--TCG-caat
gi|2 : A-AATATGTAA-C-T-CACTGA--A-----TGCCTATT--ATTT-TTAA---A-A-------T------TCAA-ACA-CTCA--T---TTGT-------C------T-T--CA-AAT-----TTCCA-----GT--GTA-T--A---AA-----TTCCT-T----TTTGTTGCAGT----TTT-T-AA-C------CTAAT---T-ATTG-A----T---A------G--AA-ACC---TAGA--TACA---GC-A-AGTA-------------------------ACGTT--A-CGGAAC-TT-A-AT-A--GATTG-----ACGAT---TACGTTT-T--TCTCTAA--T-------------A-A--TAT---T---AATGAA--------A-----------GT-----------------TATTG-ATTG-CG-C-----TCAA---CG---TGTT---ATGCAAAT------TTAA--TT-----TC---TT-----------GGAGATT-A--AATTTT---T---G-TTCATT--TCT-----A-TAG-AA-GTATT-----TT--TCG-ATTTGC---ATACGG--GATGTCA--T---------TCTTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTTGG
gi|3 : tttacaaTACACAATATGTAA-C-T-C--TG--CA-----TG-----T--AATT-T-GT---T-A-------T------TCAA--CA-CT-A--T---TT---------C------T-T--CA-AAA-----T--CA-----GTAAGTA-T--A---CA-----TTC-T-T----TTTGTTGCAGC----TTT-T-A--C------CTAAT---A--TTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--TA-A-T-GT-A-AGT--------------------------ACG-T----CG--AC-TT-A-AT-A--GATGA-----ACGAG---TAC-----TAGTTAC-AG--TTTC-----A----A-T--AAT---TTAAAA--AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TG-CG-C-----T--A---CC---T-TTT--ATACAATT------TTAA-TTT-----TCC--TT-----------GG----T-A--AATTTT---T---T-TTCA----TC--------TAG-AA-GT-CT-----TT--TCG-A-TTGCA--AAACGG--AATGT-AT-T---------T-TTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTtttgaaagaaaacatcacgttgatgttaactgtcacaaatgcacctgtttacgccattgcttgacgttactaattttaccgcgttacattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagcgcataggacaaaacccccacatttttaggtaataaatattcttttctaacgtttctgtacttaa
gi|4 : t--TGC-CA-----TG-----T--TATT-T-GT---T-AACATGTCT------ACAG-ACAACT-A--T---T----------TCGGTCTT-T--CATAAA-----TG-CA-----GTA-GTA-T--A---AA-----TTC-TCT----TTTGTTGCAGTGTTATTT-A-A--CCCCCCACTAAT---CTATTG-AATCGT---G------A--AATAACT--TAGAC-TACA-TCGC-ACAGTCAAGCTAAGTGACACACACCTCGGATACG-T--ACCT--AT-TT-A-GTGA--GA-GA-----ACACG---CAG-----C--TCACGAGTCTTCC-----A----A-AATAAT---A---AA--AA--------A-----------GCTCATATTTGCGAAAACTTA--G-G-CG--G-C-----TC-A---CCCTAT-TT---ATGCAAAT------TCTA-TTT-----TC---TTTCCTGCATATCAT----T-A--AG--TT---T---G-TTCAGTAGTTG-----ATTAG-AACGT-AT-----TTAATCG-A-TTGCT--AGACGGTCGATGC-A--T---------T-Tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaacgtcacaagacgtacgccagctgacgttatatttccgcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagcgcaataggaaaaacgcattttttagtaataaatattctattttctatttttactgtacttaa
gi|5 : --T---T----------C------T-T--TA-AAAAA---T--CT-----GTAAGTA-TTAA---AA-----TTC-T-TC---TTTGTTGCAGT----TGT-T-ATCT------CTAATTCCA-CTTGTA----T---T------G--AA-CA----TAGA--TACA-T-GCAA-AGT--------------------------ACG-TAAA-CG--AT-TT-ATATCA--GATGATACGCACGAGAGTTAC---------AACGAG--TGCC-----ACAATA-A--AGTAAGA---AA--AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TGTCG-C-----TC-A---CT---T-TTTCGATGAAAATATTCTATTAA-TTT-----TCTCTTT-----------GGA---T-A--AT--TTTGCT---G-TCCA----TATTACGAA-TAGTAA-GT-ATGTAAATT--TGG-A-CTGTGCAAAACGC--G-TGT-A--TGCAAATTTCT-TTG---TTGATTTTATTATTGC-GTTTacttggtttggttttgaggtaatacgatgtctgttgaagttgaaataaaagcatcagaacgttacgagtgtgatacgtcacaaagtcactgtttacgcccagcctgaccgttatttctaccaggttacac
gi|6 : ttTACA-AATATGTAA-C-T-C--TGA-CA-----TG-----T--AATT-TTGT---T-A-------T------TCAA-ACA-CT-A--T---T----------C------T-T--CA-AAA-----T--CA-----GTA-GTA-T--A---AA-----TTC-T-T----TTTGTTGCAGC----TTT-T-A--C------CTAAT---A-ATTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--TACA-T-GT-A-AGT--------------------------ACG-T--A-CG--AC-TT-A-AT-A--GATGA-----ACGAG---TAC-----TA-TCACGAG--TTTC-----A----A-A--AAT---T---AA--AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TG-CG-C-----TC-A---CC---T-TT---ATACAAAT------TTAA-TTT-----TC---TT-----------GG----T-A--AA--TT---T---T-TTCA----TCT-----A-TAG-AA-GT-CT-----TT--TCG-A-TTGC---AAACGG--GATGT-A--T---------T-TTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTTGG
gi|7 : CA-AATATGTAA-C-A-C--GGA-CA-----TG-----T--AATT-T-GT---T-A-------T------TCAA-ACA-TT-A--TATTT----------C------T-T--CA-AAA-----T--CA-----GTA-GTA-T--A---AAATTAATTC-T-T----TTTGTTGCAGC----TTT-G-A--C------CTAAT---A-ATTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--TACA-T-GT-A-AGT--------------------------ACG-T--A-CG--AC-TT-A-AT-A--GATGA-----ACGAG---TATACTAAT--TCACGAG--TTCC-----A----ATA--AAT---A---AA--AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TG-CG-C-----TC-A---CC---T-TT---ATACAAAT------TTAA-TTT-----TC---TT-----------GGT---T-A--AT--TT---T---G-TTCA----TCT-----A-TAG-AA-GT-CT-----TT--TCG-A-TTGC---AAACG
gi|8 : gtttACA-AATATGTAA-C-TTC--TGG-CA-----TG-----T--AATT-T-GT---T-A-------T------CCAA-ACA-CT-AATT---T----------G------T-T--CA-AAA-----C--CA-----ATG-ATG-T--G---AA-----TTC-T-T----TTTATTGCAGT----TTT-T-A--T------CTAAT---A-ATTG-A----T---AGATAGCG--AA-AAC---TAGGCCTAGA-T-CT-A---T--------------------------ATG-A--A-CG--ACTTT-A-GT-A--GATGA-----ACGAG-----------T--TCATGAG--TCCCATTAAA----A-A--AAT---A---TACGAC--------A-----------G------------------TA--A-A-AG-CG-C-----TC-A---CT---T-------------------------TTT-----CT---TT-----------GG----T-T--AA--TT---TTAAT-TTTA----CTC-----A-TAG-TA-GT-CT-----TT--TAG-T-TTGC---AATCGG--GAT
gi|9 : taTACA-AATATGTAA---T-C--TGA-CA-----TG-----T--TATT-T-GT---T-A-------T------TCAAGACA--T-A--T---T----------T------T-TTTCA-AAA-----T--CA-----GTA-GTA-T--A---A------TTC-T-T----TT-GTTGCAGT----TTT-TTA--C------CTAAT---A-ATTA-T----T---A------G--AA-A-C---TAGA--TACA-T-GT-A-AGT---------------------------CG-T--A-CG--AC-TTAA-AT-A--GATGA-----ACGAG-----------T--TCACGAA--TTCC-----A----ATA--AAT---A---AAT-AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TG-CG-C-----TC-A---CC---T-AT---ATGC-AAT------TTAA-TTT-----TC---TT-----------GGA---T-A--AA--TT---T---G-TTCA----TCT-----A-TAG-AA-GT-AT-----TT--TCG-A-TTGC---GAAC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TGGTATATATTGTGAATGGTTCAAGACATTAATTTGTTCAAAACGGCTATATGATAATAGAAATTTACTTTTTATATTGGCAAGTTATTTATATGCTAATATGGTTGATAAAGATATGAAAACTAGGCCTTAGATCTATATAGAATACGACT
Unaligned ( gi|16 ): GCGCATAGGAAAAAACACATTTTTAGGTACGGTAATAAATATTTCTATTTCTAACTTACTTAA
Unaligned ( gi|17 ): CGCATAGGAAAAAACGCATTTTTAGGTAATAAATATTTCTATTTCTAATTACTGTACTTAAA
Alignments
lowQualScore : 11111 22222222222222222222222 333333333333333333333333 11111111 11111 1111 1111 111111111 11111 1111111111 111 44444444444444444444444444 44444444444444 2222222222222 111 11 444444444444444444444444444444444444444 111 11111111111111111 1111111 1111 11111 11111 111 33333333333333
lowQualScore : 4 444 8 55 44 99999 22222 55 3 00000000000000000000000 3 4 4 888888888888888888888888 3 55 3 66666666 99999 7 3 55 666 22222 3 3 1111 2222 3 3 666666666 33333 3 7777 1111111111 55 3 000 99 888 44 4 55555555555555555555555555 8888 4 55 3 3 3 6 44 88888 44444444444444 44 0000000000000 44 111 44 22 999999999999999999999999999999999999999 55 3 3 6 3 88888 3 555 555 3 222 999999 44 77777 888 99999999999999999 6 44 88 0000000 3333 00000 3 6 3 55 33333 44 3 3 222 55 0 4 00000000000000 888 66 66 5
lowQualScore : . ... . .. .. ..... ..... .. . ....................... . . . ........................ . .. . ........ ..... . . .. ... ..... . . .... .... . . ......... ..... . .... .......... .. . ... .. ... .. . .......................... .... . .. . . . . .. ..... .............. .. ............. .. ... .. .. ....................................... .. . . . . ..... . ... ... . ... ...... .. ..... ... ................. . .. .. ....... .... ..... . . . .. ..... .. . . ... .. . . .............. ... .. .. .
lowQualScore : 0 666 0 00 00 11111 77777 00 6 99999999999999999999999 6 0 0 111111111111111111111111 6 00 6 55555555 11111 3 6 00 444 77777 6 6 4444 7777 6 6 555555555 77777 6 7777 5555555555 00 6 000 55 888 55 0 55555555555555555555555555 0000 0 55 6 6 6 7 66 33333 55555555555555 66 9999999999999 66 777 66 55 222222222222222222222222222222222222222 00 6 3 7 3 33333 3 888 888 3 555 666666 77 77777 555 11111111111111111 2 22 55 9999999 8888 88888 1 2 1 22 11111 22 1 3 555 55 8 4 88888888888888 888 99 99 0
consensus : TACA-AATATGTAA-C-T-C--TGA-CA-----TG-----T--AATT-TTGT---T-A-------T------TCAA-ACA-CT-A--T---T----------C------T-T--CA-AAA-----T--CA-----GTA-GTA-T--A---AA-----TTC-T-T----TTTGTTGCAGT----TTT-T-A--C------CTAAT---A-ATTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--TACA-T-GC-A-AGT--------------------------ACG-T--A-CG--AC-TT-A-AT-A--GATGA-----ACGAG---TAC-----T--TCACGAG--TTCC-----A----AT-A--AAT---A--AA--AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TG-CG-C-----TC-A---CC---T-TT---ATGCAAAT------TTAA-TTT-----TC---TT-----------GG----T-A--AA--TT---T---GTTCA----TCT-----A-TAG-AA-GT-CT-----TT--TCG-A-TTGC---AAACGG--GATGT-A--T---------T-TTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTTGG
Reference ( family-166 ) : TACA-AATATGTAA-C-T-C--TGA-CA-----TG-----T--AATT-TTGT---T-A-------T------TCAA-ACA-CT-A--T---T----------C------T-T--CA-AAA-----T--CA-----GTA-GTA-T--A---AA-----TTC-T-T----TTTGTTGCAGT----TTT-T-A--C------CTAAT---A-ATTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--TACA-T-GC-A-AGT--------------------------ACG-T--A-CG--AC-TT-A-AT-A--GATGA-----ACGAG---TAC-----T--TCACGAG--TTCC-----A----A--A--AAT---A--AA--AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TG-CG-C-----TC-A---CC---T-TT---ATGCAAAT------TTAA-TTT-----TC---TT-----------GG----T-A--AA--TT---T---GTTCA----TCT-----A-TAG-AA-GT-CT-----TT--TCG-A-TTGC---AAACGG--GATGT-A--T---------T-TTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTTGG
gi|1 : TACA-AATAT-TAA-C-CAC--TGA-CA-----TGC----T--A--T-TTGC---T-A-------TACAATGTCAA-ACA-C--A--T---TTAATTAGAATC------TCT--CG-AGAGAGTGT--CACAAGAGTA-GTA-T--ACAGAAC----TTC-T-T----TTTGTTCGAGTGG--TTA-T-A--C------TAAAT---T-ATTG-A----T---A------G--AG-AACAACTACG--TATAAT-GC-A-AGT--------------------------ACG----A-CG--AC-TT-A-AT-ATAGATGA-----ACGAG---TTT-----A--TCCCGAG---TCC-----A----T--A--AAT---A--AA--AAT-------A-----------GT-----------------TA--G-A-TGCCGTC-----TC-AAATCC---T-TTA--ATGCAAAT------TTAA--TT-----TC---TT-----------GA----G-ACTAA--TTGA-G---GTTCAT---TCTG----A-TAGAAA-GT-TCATA--TA--TCGAA-TTGC---AAACGA--GATGC-A--TTCC------T-TTGATATCG--TTTATAAT--CTGTTTGG
gi|10 : ttT-A--GATGA-----ACGAG---T----------TCATTAG--TTCC-----A----GT-A--AAT---A--AA--AA--------AAATATACGACAG------------------TA--GCA-TT-TA-CAGTAATC-A---CC---T-TT---TTGCAAAT------TAAA-TTTGATGTTC---TT-----------GA----TTA--AA--TC---T---GTTTA----TTT-----A------------------------G-C-TTGC---AGACAG--TATGT-ACAT---------A-TTG---CTG--TTTATACT--T-GTTTGGtcttgaaaaagacactaatatacatccgatcttttatggagctgttaagacacaagcagtcgtacaatgaactgttacgcctgaggctgacgttatatttaccgcgttacacgcgacgtctgtattgcactcgacgtgaaagtggcaattgcggactgattcgcactattatgccgcaaattgggttttgttttttctttagcgcatggaaaaaccccccacattttacggtaattataaatattatctaatttctaacgttacggtacttaa
gi|11 : cttgACA-AATATGTAA-C-T-C--TGA-CA-----TG-----T--AA-T-TTG----T-G-------T------TCAA-ACA-AT-AATT---T----------G------T-T--CA-AAA-----T--GA-----ATA-ATA-T--A---AA-----TTC-T-T----TTTATTACAGT----TTT-T-A--C------CTAAT---G-ATTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--T-CA---------------------------------------G-T--A-CG--AC-TT-A-GT-A--TATGA-----ACGAG-----------T--TCATG-G--TTCC-----T----ATGA--ATT---A--AA--Atttgaaagaaaacatcgaagttagatgta
gi|12 : tc-TT-A-GT-A--GATGA-----AGGA------C-----T--TAATGGG--TGCC-----A----AT-A--AAT---A--AA--AATATACGACA-----------G------------------TA--C-A-TG-TG-C-----AT-A---CA---T-TT---G-GCAAAT------TGGACTTT-----TG---TT-----------GG----TTA--AA--TT---T---GTTTA----TAT-----A-TAG-TA-GT-CT-----TT--TAA-A-TTGC---AAACAG--GATGT-A--T---------T-C-----TTG--TTTATAAT--C-GTTTG
gi|14 : tACA-AATATGTAA-CCT-C--TGGGCGAGGGCTG-----TTGAATGGTTGTGGGTGA-------C------GCAA-ACA-CT-AA-T---T----------G------T-T--CA-AAA-----C--CA-----ATG-ATATT--A---AA-----TTC-C-TTTAATTTGCGGCAGT----GTTAT-A---------CTAAT-----ACTG-A----TTAAA------GGCAA-TAC---TAG
gi|15 : gta-TA-CG-C-----CT-A---CT---T-TT---TCACAAAT------TTAT-ATT-----TC---AT-----------GG----T-T--AA--TT---TT--GTTTA----TCC-----A-TAG-CA-AT-CT-----TT--TAG-G-TTGC---AAACCA--G---------------------TG---ATG--TTT-TAAT--C-ATTTGGg
gi|18 : cgACA-AATATGTAAAT-T-C--TGA-CA-----CG-----T--AATT-GTGT-------------T------CCAA-ACttt
gi|19 : gtc-----TC---TT-----------GGA---T-A--AC--TT---T---GTTCA----TCT-----A-TAG-AA-GT-AT-----TT--TCG-caat
gi|2 : A-AATATGTAA-C-T-CACTGA--A-----TGCCTATT--ATTT-TTAA---A-A-------T------TCAA-ACA-CTCA--T---TTGT-------C------T-T--CA-AAT-----TTCCA-----GT--GTA-T--A---AA-----TTCCT-T----TTTGTTGCAGT----TTT-T-AA-C------CTAAT---T-ATTG-A----T---A------G--AA-ACC---TAGA--TACA---GC-A-AGTA-------------------------ACGTT--A-CGGAAC-TT-A-AT-A--GATTG-----ACGAT---TACGTTT-T--TC--------TCT-----A----A--T--AAT---ATTAATGAA--------A-----------GT-----------------TATTG-ATTG-CG-C-----TCAA---CG---TGTT---ATGCAAAT------TTAA--TT-----TC---TT-----------GGAGATT-A--AATTTT---T---GTTCATT--TCT-----A-TAG-AA-GTATT-----TT--TCG-ATTTGC---ATACGG--GATGTCA--T---------TCTTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTTGG
gi|3 : tttacaaTACACAATATGTAA-C-T-C--TG--CA-----TG-----T--AATT-T-GT---T-A-------T------TCAA--CA-CT-A--T---TT---------C------T-T--CA-AAA-----T--CA-----GTAAGTA-T--A---CA-----TTC-T-T----TTTGTTGCAGC----TTT-T-A--C------CTAAT---A--TTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--TA-A-T-GT-A-AGT--------------------------ACG-T----CG--AC-TT-A-AT-A--GATGA-----ACGAG---TAC-----TAGTTAC-AG--TTTC-----A----A--T--AATTTAA--AA--AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TG-CG-C-----T--A---CC---T-TTT--ATACAATT------TTAA-TTT-----TCC--TT-----------GG----T-A--AATTTT---T---TTTCA----TC--------TAG-AA-GT-CT-----TT--TCG-A-TTGCA--AAACGG--AATGT-AT-T---------T-TTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTtttgaaagaaaacatcacgttgatgttaactgtcacaaatgcacctgtttacgccattgcttgacgttactaattttaccgcgttacattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagcgcataggacaaaacccccacatttttaggtaataaatattcttttctaacgtttctgtacttaa
gi|4 : t--TGC-CA-----TG-----T--TATT-T-GT---T-AACATGTCT------ACAG-ACAACT-A--T---T----------TCGGTCTT-T--CATAAA-----TG-CA-----GTA-GTA-T--A---AA-----TTC-TCT----TTTGTTGCAGTGTTATTT-A-A--CCCCCCACTAAT---CTATTG-AATCGT---G------A--AATAACT--TAGAC-TACA-TCGC-ACAGTCAAGCTAAGTGACACACACCTCGGATACG-T--ACCT--AT-TT-A-GTGA--GA-GA-----ACACG---CAG-----C--TCACGAGTCTTCC-----A----A--AATAAT---A--AA--AA--------A-----------GCTCATATTTGCGAAAACTTA--G-G-CG--G-C-----TC-A---CCCTAT-TT---ATGCAAAT------TCTA-TTT-----TC---TTTCCTGCATATCAT----T-A--AG--TT---T---GTTCAGTAGTTG-----ATTAG-AACGT-AT-----TTAATCG-A-TTGCT--AGACGGTCGATGC-A--T---------T-Tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaacgtcacaagacgtacgccagctgacgttatatttccgcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagcgcaataggaaaaacgcattttttagtaataaatattctattttctatttttactgtacttaa
gi|5 : --T---T----------C------T-T--TA-AAAAA---T--CT-----GTAAGTA-TTAA---AA-----TTC-T-TC---TTTGTTGCAGT----TGT-T-ATCT------CTAATTCCA-CTTGTA----T---T------G--AA-CA----TAGA--TACA-T-GCAA-AGT--------------------------ACG-TAAA-CG--AT-TT-ATATCA--GATGATACGCACGAGAGTTAC---------AACGAG--TGCC-----ACAATA--A--AGTAAGA--AA--AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TGTCG-C-----TC-A---CT---T-TTTCGATGAAAATATTCTATTAA-TTT-----TCTCTTT-----------GGA---T-A--AT--TTTGCT---GTCCA----TATTACGAA-TAGTAA-GT-ATGTAAATT--TGG-A-CTGTGCAAAACGC--G-TGT-A--TGCAAATTTCT-TTG---TTGATTTTATTATTGC-GTTTacttggtttggttttgaggtaatacgatgtctgttgaagttgaaataaaagcatcagaacgttacgagtgtgatacgtcacaaagtcactgtttacgcccagcctgaccgttatttctaccaggttacac
gi|6 : ttTACA-AATATGTAA-C-T-C--TGA-CA-----TG-----T--AATT-TTGT---T-A-------T------TCAA-ACA-CT-A--T---T----------C------T-T--CA-AAA-----T--CA-----GTA-GTA-T--A---AA-----TTC-T-T----TTTGTTGCAGC----TTT-T-A--C------CTAAT---A-ATTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--TACA-T-GT-A-AGT--------------------------ACG-T--A-CG--AC-TT-A-AT-A--GATGA-----ACGAG---TAC-----TA-TCACGAG--TTTC-----A----A--A--AAT---T--AA--AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TG-CG-C-----TC-A---CC---T-TT---ATACAAAT------TTAA-TTT-----TC---TT-----------GG----T-A--AA--TT---T---TTTCA----TCT-----A-TAG-AA-GT-CT-----TT--TCG-A-TTGC---AAACGG--GATGT-A--T---------T-TTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTTGG
gi|7 : CA-AATATGTAA-C-A-C--GGA-CA-----TG-----T--AATT-T-GT---T-A-------T------TCAA-ACA-TT-A--TATTT----------C------T-T--CA-AAA-----T--CA-----GTA-GTA-T--A---AAATTAATTC-T-T----TTTGTTGCAGC----TTT-G-A--C------CTAAT---A-ATTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--TACA-T-GT-A-AGT--------------------------ACG-T--A-CG--AC-TT-A-AT-A--GATGA-----ACGAG---TATACTAAT--TCACGAG--TTCC-----A----AT-A--AAT---A--AA--AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TG-CG-C-----TC-A---CC---T-TT---ATACAAAT------TTAA-TTT-----TC---TT-----------GGT---T-A--AT--TT---T---GTTCA----TCT-----A-TAG-AA-GT-CT-----TT--TCG-A-TTGC---AAACG
gi|8 : gtttACA-AATATGTAA-C-TTC--TGG-CA-----TG-----T--AATT-T-GT---T-A-------T------CCAA-ACA-CT-AATT---T----------G------T-T--CA-AAA-----C--CA-----ATG-ATG-T--G---AA-----TTC-T-T----TTTATTGCAGT----TTT-T-A--T------CTAAT---A-ATTG-A----T---AGATAGCG--AA-AAC---TAGGCCTAGA-T-CT-A---T--------------------------ATG-A--A-CG--ACTTT-A-GT-A--GATGA-----ACGAG-----------T--TCATGAG--TCCCATTAAA----A--A--AAT---A--TACGAC--------A-----------G------------------TA--A-A-AG-CG-C-----TC-A---CT---T-------------------------TTT-----CT---TT-----------GG----T-T--AA--TT---TTAATTTTA----CTC-----A-TAG-TA-GT-CT-----TT--TAG-T-TTGC---AATCGG--GAT
gi|9 : taTACA-AATATGTAA---T-C--TGA-CA-----TG-----T--TATT-T-GT---T-A-------T------TCAAGACA--T-A--T---T----------T------T-TTTCA-AAA-----T--CA-----GTA-GTA-T--A---A------TTC-T-T----TT-GTTGCAGT----TTT-TTA--C------CTAAT---A-ATTA-T----T---A------G--AA-A-C---TAGA--TACA-T-GT-A-AGT---------------------------CG-T--A-CG--AC-TTAA-AT-A--GATGA-----ACGAG-----------T--TCACGAA--TTCC-----A----AT-A--AAT---A--AAT-AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TG-CG-C-----TC-A---CC---T-AT---ATGC-AAT------TTAA-TTT-----TC---TT-----------GGA---T-A--AA--TT---T---GTTCA----TCT-----A-TAG-AA-GT-AT-----TT--TCG-A-TTGC---GAAC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TGGTATATATTGTGAATGGTTCAAGACATTAATTTGTTCAAAACGGCTATATGATAATAGAAATTTACTTTTTATATTGGCAAGTTATTTATATGCTAATATGGTTGATAAAGATATGAAAACTAGGCCTTAGATCTATATAGAATACGACT
Unaligned ( gi|16 ): GCGCATAGGAAAAAACACATTTTTAGGTACGGTAATAAATATTTCTATTTCTAACTTACTTAA
Unaligned ( gi|17 ): CGCATAGGAAAAAACGCATTTTTAGGTAATAAATATTTCTATTTCTAATTACTGTACTTAAA
Alignments
lowQualScore : 11111 22222222222222222222222 333333333333333333333333 11111111 11111 1111 1111 111111111 11111 1111111111 111 44444444444444444444444444 44444444444444 111 44444444444444444444444444444444444444444444444 111 11111111111111111 1111111 1111 11111 11111 111 33333333333333
lowQualScore : 4 444 8 55 44 99999 22222 55 3 00000000000000000000000 3 4 4 888888888888888888888888 3 55 3 66666666 99999 7 3 55 666 22222 3 3 1111 2222 3 3 666666666 33333 3 7777 1111111111 55 3 000 99 888 44 4 55555555555555555555555555 8888 4 55 3 3 3 6 44 88888 44444444444444 44 44 3 3 3 000 99999999999999999999999999999999999999999999999 55 3 3 6 3 88888 3 555 555 3 222 999999 44 77777 888 99999999999999999 6 44 88 0000000 3333 00000 3 6 3 55 33333 44 3 3 222 55 0 4 00000000000000 888 66 66 5
lowQualScore : . ... . .. .. ..... ..... .. . ....................... . . . ........................ . .. . ........ ..... . . .. ... ..... . . .... .... . . ......... ..... . .... .......... .. . ... .. ... .. . .......................... .... . .. . . . . .. ..... .............. .. .. . . . ... ............................................... .. . . . . ..... . ... ... . ... ...... .. ..... ... ................. . .. .. ....... .... ..... . . . .. ..... .. . . ... .. . . .............. ... .. .. .
lowQualScore : 0 666 0 00 00 11111 77777 00 6 99999999999999999999999 6 0 0 111111111111111111111111 6 00 6 55555555 11111 3 6 00 444 77777 6 6 4444 7777 6 6 555555555 77777 6 7777 5555555555 00 6 000 55 888 55 0 55555555555555555555555555 0000 0 55 6 6 3 7 66 33333 55555555555555 66 66 3 3 3 444 33333333333333333333333333333333333333333333333 00 6 3 7 3 33333 3 888 888 3 555 666666 77 77777 555 11111111111111111 2 22 55 9999999 8888 88888 1 2 1 22 11111 22 1 3 555 55 8 4 88888888888888 888 99 99 0
consensus : TACA-AATATGTAA-C-T-C--TGA-CA-----TG-----T--AATT-TTGT---T-A-------T------TCAA-ACA-CT-A--T---T----------C------T-T--CA-AAA-----T--CA-----GTA-GTA-T--A---AA-----TTC-T-T----TTTGTTGCAGT----TTT-T-A--C------CTAAT---A-ATTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--TACA-T-GC-A-AGT--------------------------ACG-T--A-CG--AC-TTA-A-T-A--GATGA-----ACGAG---TAC-----T--TCACGAG--TTC--CAATA-A-A-T---AAA------AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TG-CG-C-----TC-A---CC---T-TT---ATGCAAAT------TTAA-TTT-----TC---TT-----------GG----T-A--AA--TT---T---GTTCA----TCT-----A-TAG-AA-GT-CT-----TT--TCG-A-TTGC---AAACGG--GATGT-A--T---------T-TTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTTGG
Reference ( family-166 ) : TACA-AATATGTAA-C-T-C--TGA-CA-----TG-----T--AATT-TTGT---T-A-------T------TCAA-ACA-CT-A--T---T----------C------T-T--CA-AAA-----T--CA-----GTA-GTA-T--A---AA-----TTC-T-T----TTTGTTGCAGT----TTT-T-A--C------CTAAT---A-ATTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--TACA-T-GC-A-AGT--------------------------ACG-T--A-CG--AC-TTA-A-T-A--GATGA-----ACGAG---TAC-----T--TCACGAG--TTC--CAATA-A-A-T---AAA------AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TG-CG-C-----TC-A---CC---T-TT---ATGCAAAT------TTAA-TTT-----TC---TT-----------GG----T-A--AA--TT---T---GTTCA----TCT-----A-TAG-AA-GT-CT-----TT--TCG-A-TTGC---AAACGG--GATGT-A--T---------T-TTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTTGG
gi|1 : TACA-AATAT-TAA-C-CAC--TGA-CA-----TGC----T--A--T-TTGC---T-A-------TACAATGTCAA-ACA-C--A--T---TTAATTAGAATC------TCT--CG-AGAGAGTGT--CACAAGAGTA-GTA-T--ACAGAAC----TTC-T-T----TTTGTTCGAGTGG--TTA-T-A--C------TAAAT---T-ATTG-A----T---A------G--AG-AACAACTACG--TATAAT-GC-A-AGT--------------------------ACG----A-CG--AC-TTA-A-T-ATAGATGA-----ACGAG---TTT-----A--TCCCGAG--TCC----ATA-A-A-T---AAA------AAT-------A-----------GT-----------------TA--G-A-TGCCGTC-----TC-AAATCC---T-TTA--ATGCAAAT------TTAA--TT-----TC---TT-----------GA----G-ACTAA--TTGA-G---GTTCAT---TCTG----A-TAGAAA-GT-TCATA--TA--TCGAA-TTGC---AAACGA--GATGC-A--TTCC------T-TTGATATCG--TTTATAAT--CTGTTTGG
gi|10 : tt-T-A--GATGA-----ACGAG---T----------TCATTAG--TTC--CAGTA-A-A-T---AAA------AA--------AAATATACGACAG------------------TA--GCA-TT-TA-CAGTAATC-A---CC---T-TT---TTGCAAAT------TAAA-TTTGATGTTC---TT-----------GA----TTA--AA--TC---T---GTTTA----TTT-----A------------------------G-C-TTGC---AGACAG--TATGT-ACAT---------A-TTG---CTG--TTTATACT--T-GTTTGGtcttgaaaaagacactaatatacatccgatcttttatggagctgttaagacacaagcagtcgtacaatgaactgttacgcctgaggctgacgttatatttaccgcgttacacgcgacgtctgtattgcactcgacgtgaaagtggcaattgcggactgattcgcactattatgccgcaaattgggttttgttttttctttagcgcatggaaaaaccccccacattttacggtaattataaatattatctaatttctaacgttacggtacttaa
gi|11 : cttgACA-AATATGTAA-C-T-C--TGA-CA-----TG-----T--AA-T-TTG----T-G-------T------TCAA-ACA-AT-AATT---T----------G------T-T--CA-AAA-----T--GA-----ATA-ATA-T--A---AA-----TTC-T-T----TTTATTACAGT----TTT-T-A--C------CTAAT---G-ATTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--T-CA---------------------------------------G-T--A-CG--AC-TTA-G-T-A--TATGA-----ACGAG-----------T--TCATG-G--TTC--CTATG-A-A-T---TAA------AA--------tttgaaagaaaacatcgaagttagatgta
gi|12 : tc-TTA-G-T-A--GATGA-----AGGA------C-----T--TAATGGG--TGC--CAATA-A-A-T---AAA------AATATACGACA-----------G------------------TA--C-A-TG-TG-C-----AT-A---CA---T-TT---G-GCAAAT------TGGACTTT-----TG---TT-----------GG----TTA--AA--TT---T---GTTTA----TAT-----A-TAG-TA-GT-CT-----TT--TAA-A-TTGC---AAACAG--GATGT-A--T---------T-C-----TTG--TTTATAAT--C-GTTTG
gi|14 : tACA-AATATGTAA-CCT-C--TGGGCGAGGGCTG-----TTGAATGGTTGTGGGTGA-------C------GCAA-ACA-CT-AA-T---T----------G------T-T--CA-AAA-----C--CA-----ATG-ATATT--A---AA-----TTC-C-TTTAATTTGCGGCAGT----GTTAT-A---------CTAAT-----ACTG-A----TTAAA------GGCAA-TAC---TAG
gi|15 : gta-TA-CG-C-----CT-A---CT---T-TT---TCACAAAT------TTAT-ATT-----TC---AT-----------GG----T-T--AA--TT---TT--GTTTA----TCC-----A-TAG-CA-AT-CT-----TT--TAG-G-TTGC---AAACCA--G---------------------TG---ATG--TTT-TAAT--C-ATTTGGg
gi|18 : cgACA-AATATGTAAAT-T-C--TGA-CA-----CG-----T--AATT-GTGT-------------T------CCAA-ACttt
gi|19 : gtc-----TC---TT-----------GGA---T-A--AC--TT---T---GTTCA----TCT-----A-TAG-AA-GT-AT-----TT--TCG-caat
gi|2 : A-AATATGTAA-C-T-CACTGA--A-----TGCCTATT--ATTT-TTAA---A-A-------T------TCAA-ACA-CTCA--T---TTGT-------C------T-T--CA-AAT-----TTCCA-----GT--GTA-T--A---AA-----TTCCT-T----TTTGTTGCAGT----TTT-T-AA-C------CTAAT---T-ATTG-A----T---A------G--AA-ACC---TAGA--TACA---GC-A-AGTA-------------------------ACGTT--A-CGGAAC-TTA-A-T-A--GATTG-----ACGAT---TACGTTT-T--TC--------TC--TAATA-ATA-T---TAATG----AA--------A-----------GT-----------------TATTG-ATTG-CG-C-----TCAA---CG---TGTT---ATGCAAAT------TTAA--TT-----TC---TT-----------GGAGATT-A--AATTTT---T---GTTCATT--TCT-----A-TAG-AA-GTATT-----TT--TCG-ATTTGC---ATACGG--GATGTCA--T---------TCTTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTTGG
gi|3 : tttacaaTACACAATATGTAA-C-T-C--TG--CA-----TG-----T--AATT-T-GT---T-A-------T------TCAA--CA-CT-A--T---TT---------C------T-T--CA-AAA-----T--CA-----GTAAGTA-T--A---CA-----TTC-T-T----TTTGTTGCAGC----TTT-T-A--C------CTAAT---A--TTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--TA-A-T-GT-A-AGT--------------------------ACG-T----CG--AC-TTA-A-T-A--GATGA-----ACGAG---TAC-----TAGTTAC-AG--TTT--CAATA-A-T-TTA-AAA------AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TG-CG-C-----T--A---CC---T-TTT--ATACAATT------TTAA-TTT-----TCC--TT-----------GG----T-A--AATTTT---T---TTTCA----TC--------TAG-AA-GT-CT-----TT--TCG-A-TTGCA--AAACGG--AATGT-AT-T---------T-TTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTtttgaaagaaaacatcacgttgatgttaactgtcacaaatgcacctgtttacgccattgcttgacgttactaattttaccgcgttacattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagcgcataggacaaaacccccacatttttaggtaataaatattcttttctaacgtttctgtacttaa
gi|4 : t--TGC-CA-----TG-----T--TATT-T-GT---T-AACATGTCT------ACAG-ACAACT-A--T---T----------TCGGTCTT-T--CATAAA-----TG-CA-----GTA-GTA-T--A---AA-----TTC-TCT----TTTGTTGCAGTGTTATTT-A-A--CCCCCCACTAAT---CTATTG-AATCGT---G------A--AATAACT--TAGAC-TACA-TCGC-ACAGTCAAGCTAAGTGACACACACCTCGGATACG-T--ACCT--AT-TTA-G-TGA--GA-GA-----ACACG---CAG-----C--TCACGAGTCTTC--CAAAATA-A-T---AAA------AA--------A-----------GCTCATATTTGCGAAAACTTA--G-G-CG--G-C-----TC-A---CCCTAT-TT---ATGCAAAT------TCTA-TTT-----TC---TTTCCTGCATATCAT----T-A--AG--TT---T---GTTCAGTAGTTG-----ATTAG-AACGT-AT-----TTAATCG-A-TTGCT--AGACGGTCGATGC-A--T---------T-Tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaacgtcacaagacgtacgccagctgacgttatatttccgcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagcgcaataggaaaaacgcattttttagtaataaatattctattttctatttttactgtacttaa
gi|5 : --T---T----------C------T-T--TA-AAAAA---T--CT-----GTAAGTA-TTAA---AA-----TTC-T-TC---TTTGTTGCAGT----TGT-T-ATCT------CTAATTCCA-CTTGTA----T---T------G--AA-CA----TAGA--TACA-T-GCAA-AGT--------------------------ACG-TAAA-CG--AT-TTATA-TCA--GATGATACGCACGAGAGTTAC---------AACGAG--TGCCACAATA-A-AGTAAGAAA------AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TGTCG-C-----TC-A---CT---T-TTTCGATGAAAATATTCTATTAA-TTT-----TCTCTTT-----------GGA---T-A--AT--TTTGCT---GTCCA----TATTACGAA-TAGTAA-GT-ATGTAAATT--TGG-A-CTGTGCAAAACGC--G-TGT-A--TGCAAATTTCT-TTG---TTGATTTTATTATTGC-GTTTacttggtttggttttgaggtaatacgatgtctgttgaagttgaaataaaagcatcagaacgttacgagtgtgatacgtcacaaagtcactgtttacgcccagcctgaccgttatttctaccaggttacac
gi|6 : ttTACA-AATATGTAA-C-T-C--TGA-CA-----TG-----T--AATT-TTGT---T-A-------T------TCAA-ACA-CT-A--T---T----------C------T-T--CA-AAA-----T--CA-----GTA-GTA-T--A---AA-----TTC-T-T----TTTGTTGCAGC----TTT-T-A--C------CTAAT---A-ATTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--TACA-T-GT-A-AGT--------------------------ACG-T--A-CG--AC-TTA-A-T-A--GATGA-----ACGAG---TAC-----TA-TCACGAG--TTT--CAA-A-A-A-T---TAA------AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TG-CG-C-----TC-A---CC---T-TT---ATACAAAT------TTAA-TTT-----TC---TT-----------GG----T-A--AA--TT---T---TTTCA----TCT-----A-TAG-AA-GT-CT-----TT--TCG-A-TTGC---AAACGG--GATGT-A--T---------T-TTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTTGG
gi|7 : CA-AATATGTAA-C-A-C--GGA-CA-----TG-----T--AATT-T-GT---T-A-------T------TCAA-ACA-TT-A--TATTT----------C------T-T--CA-AAA-----T--CA-----GTA-GTA-T--A---AAATTAATTC-T-T----TTTGTTGCAGC----TTT-G-A--C------CTAAT---A-ATTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--TACA-T-GT-A-AGT--------------------------ACG-T--A-CG--AC-TTA-A-T-A--GATGA-----ACGAG---TATACTAAT--TCACGAG--TTC--CAATA-A-A-T---AAA------AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TG-CG-C-----TC-A---CC---T-TT---ATACAAAT------TTAA-TTT-----TC---TT-----------GGT---T-A--AT--TT---T---GTTCA----TCT-----A-TAG-AA-GT-CT-----TT--TCG-A-TTGC---AAACG
gi|8 : gtttACA-AATATGTAA-C-TTC--TGG-CA-----TG-----T--AATT-T-GT---T-A-------T------CCAA-ACA-CT-AATT---T----------G------T-T--CA-AAA-----C--CA-----ATG-ATG-T--G---AA-----TTC-T-T----TTTATTGCAGT----TTT-T-A--T------CTAAT---A-ATTG-A----T---AGATAGCG--AA-AAC---TAGGCCTAGA-T-CT-A---T--------------------------ATG-A--A-CG--ACTTTA-G-T-A--GATGA-----ACGAG-----------T--TCATGAG--TCC--CATTA-A-A-A---AAATATACGAC--------A-----------G------------------TA--A-A-AG-CG-C-----TC-A---CT---T-------------------------TTT-----CT---TT-----------GG----T-T--AA--TT---TTAATTTTA----CTC-----A-TAG-TA-GT-CT-----TT--TAG-T-TTGC---AATCGG--GAT
gi|9 : taTACA-AATATGTAA---T-C--TGA-CA-----TG-----T--TATT-T-GT---T-A-------T------TCAAGACA--T-A--T---T----------T------T-TTTCA-AAA-----T--CA-----GTA-GTA-T--A---A------TTC-T-T----TT-GTTGCAGT----TTT-TTA--C------CTAAT---A-ATTA-T----T---A------G--AA-A-C---TAGA--TACA-T-GT-A-AGT---------------------------CG-T--A-CG--AC-TTA-AAT-A--GATGA-----ACGAG---T----------TCACGAA--TTC--CAATA-A-A-T---AAAT-----AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TG-CG-C-----TC-A---CC---T-AT---ATGC-AAT------TTAA-TTT-----TC---TT-----------GGA---T-A--AA--TT---T---GTTCA----TCT-----A-TAG-AA-GT-AT-----TT--TCG-A-TTGC---GAAC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TGGTATATATTGTGAATGGTTCAAGACATTAATTTGTTCAAAACGGCTATATGATAATAGAAATTTACTTTTTATATTGGCAAGTTATTTATATGCTAATATGGTTGATAAAGATATGAAAACTAGGCCTTAGATCTATATAGAATACGACT
Unaligned ( gi|16 ): GCGCATAGGAAAAAACACATTTTTAGGTACGGTAATAAATATTTCTATTTCTAACTTACTTAA
Unaligned ( gi|17 ): CGCATAGGAAAAAACGCATTTTTAGGTAATAAATATTTCTATTTCTAATTACTGTACTTAAA
Alignments
lowQualScore : 11111 22222222222222222222222 333333333333333333333333 11111111 11111 1111 1111 111111111 11111 1111111111 111 44444444444444444444444444 44444444444444 111 44444444444444444444444444444444444444444444444 111 11111111111111111 1111111 1111 11111 11111 111 33333333333333
lowQualScore : 4 444 8 55 44 99999 22222 55 3 00000000000000000000000 3 4 4 888888888888888888888888 3 55 3 66666666 99999 7 3 55 666 22222 3 3 1111 2222 3 3 666666666 33333 3 7777 1111111111 55 3 000 99 888 44 4 55555555555555555555555555 8888 4 55 3 3 3 6 44 88888 44444444444444 44 44 3 3 3 000 99999999999999999999999999999999999999999999999 55 3 3 6 3 88888 3 555 555 3 222 999999 44 77777 888 99999999999999999 6 44 88 0000000 3333 00000 3 6 3 55 33333 44 3 3 222 55 0 4 00000000000000 888 66 66 5
lowQualScore : . ... . .. .. ..... ..... .. . ....................... . . . ........................ . .. . ........ ..... . . .. ... ..... . . .... .... . . ......... ..... . .... .......... .. . ... .. ... .. . .......................... .... . .. . . . . .. ..... .............. .. .. . . . ... ............................................... .. . . . . ..... . ... ... . ... ...... .. ..... ... ................. . .. .. ....... .... ..... . . . .. ..... .. . . ... .. . . .............. ... .. .. .
lowQualScore : 0 666 0 00 00 11111 77777 00 6 99999999999999999999999 6 0 0 111111111111111111111111 6 00 6 55555555 11111 3 6 00 444 77777 6 6 4444 7777 6 6 555555555 77777 6 7777 5555555555 00 6 000 55 888 55 0 55555555555555555555555555 0000 0 55 6 6 3 7 66 33333 55555555555555 66 66 3 3 3 444 33333333333333333333333333333333333333333333333 00 6 3 7 3 33333 3 888 888 3 555 666666 77 77777 555 11111111111111111 2 22 55 9999999 8888 88888 1 2 1 22 11111 22 1 3 555 55 8 4 88888888888888 888 99 99 0
consensus : TACA-AATATGTAA-C-T-C--TGA-CA-----TG-----T--AATT-TTGT---T-A-------T------TCAA-ACA-CT-A--T---T----------C------T-T--CA-AAA-----T--CA-----GTA-GTA-T--A---AA-----TTC-T-T----TTTGTTGCAGT----TTT-T-A--C------CTAAT---A-ATTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--TACA-T-GC-A-AGT--------------------------ACG-T--A-CG--AC-TTA-A-T-A--GATGA-----ACGAG---TAC-----T--TCACGAG--TTC--CAATA-A-A-T---AAA------AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TG-CG-C-----TC-A---CC---T-TT---ATGCAAAT------TTAA-TTT-----TC---TT-----------GG----T-A--AA--TT---T---GTTCA----TCT-----A-TAG-AA-GT-CT-----TT--TCG-A-TTGC---AAACGG--GATGT-A--T---------T-TTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTTGG
Reference ( family-166 ) : TACA-AATATGTAA-C-T-C--TGA-CA-----TG-----T--AATT-TTGT---T-A-------T------TCAA-ACA-CT-A--T---T----------C------T-T--CA-AAA-----T--CA-----GTA-GTA-T--A---AA-----TTC-T-T----TTTGTTGCAGT----TTT-T-A--C------CTAAT---A-ATTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--TACA-T-GC-A-AGT--------------------------ACG-T--A-CG--AC-TTA-A-T-A--GATGA-----ACGAG---TAC-----T--TCACGAG--TTC--CAATA-A-A-T---AAA------AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TG-CG-C-----TC-A---CC---T-TT---ATGCAAAT------TTAA-TTT-----TC---TT-----------GG----T-A--AA--TT---T---GTTCA----TCT-----A-TAG-AA-GT-CT-----TT--TCG-A-TTGC---AAACGG--GATGT-A--T---------T-TTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTTGG
gi|1 : TACA-AATAT-TAA-C-CAC--TGA-CA-----TGC----T--A--T-TTGC---T-A-------TACAATGTCAA-ACA-C--A--T---TTAATTAGAATC------TCT--CG-AGAGAGTGT--CACAAGAGTA-GTA-T--ACAGAAC----TTC-T-T----TTTGTTCGAGTGG--TTA-T-A--C------TAAAT---T-ATTG-A----T---A------G--AG-AACAACTACG--TATAAT-GC-A-AGT--------------------------ACG----A-CG--AC-TTA-A-T-ATAGATGA-----ACGAG---TTT-----A--TCCCGAG--TCC----ATA-A-A-T---AAA------AAT-------A-----------GT-----------------TA--G-A-TGCCGTC-----TC-AAATCC---T-TTA--ATGCAAAT------TTAA--TT-----TC---TT-----------GA----G-ACTAA--TTGA-G---GTTCAT---TCTG----A-TAGAAA-GT-TCATA--TA--TCGAA-TTGC---AAACGA--GATGC-A--TTCC------T-TTGATATCG--TTTATAAT--CTGTTTGG
gi|10 : tt-T-A--GATGA-----ACGAG---T----------TCATTAG--TTC--CAGTA-A-A-T---AAA------AA--------AAATATACGACAG------------------TA--GCA-TT-TA-CAGTAATC-A---CC---T-TT---TTGCAAAT------TAAA-TTTGATGTTC---TT-----------GA----TTA--AA--TC---T---GTTTA----TTT-----A------------------------G-C-TTGC---AGACAG--TATGT-ACAT---------A-TTG---CTG--TTTATACT--T-GTTTGGtcttgaaaaagacactaatatacatccgatcttttatggagctgttaagacacaagcagtcgtacaatgaactgttacgcctgaggctgacgttatatttaccgcgttacacgcgacgtctgtattgcactcgacgtgaaagtggcaattgcggactgattcgcactattatgccgcaaattgggttttgttttttctttagcgcatggaaaaaccccccacattttacggtaattataaatattatctaatttctaacgttacggtacttaa
gi|11 : cttgACA-AATATGTAA-C-T-C--TGA-CA-----TG-----T--AA-T-TTG----T-G-------T------TCAA-ACA-AT-AATT---T----------G------T-T--CA-AAA-----T--GA-----ATA-ATA-T--A---AA-----TTC-T-T----TTTATTACAGT----TTT-T-A--C------CTAAT---G-ATTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--T-CA---------------------------------------G-T--A-CG--AC-TTA-G-T-A--TATGA-----ACGAG-----------T--TCATG-G--TTC--CTATG-A-A-T---TAA------AA--------tttgaaagaaaacatcgaagttagatgta
gi|12 : tc-TTA-G-T-A--GATGA-----AGGA------C-----T--TAATGGG--TGC--CAATA-A-A-T---AAA------AATATACGACA-----------G------------------TA--C-A-TG-TG-C-----AT-A---CA---T-TT---G-GCAAAT------TGGACTTT-----TG---TT-----------GG----TTA--AA--TT---T---GTTTA----TAT-----A-TAG-TA-GT-CT-----TT--TAA-A-TTGC---AAACAG--GATGT-A--T---------T-C-----TTG--TTTATAAT--C-GTTTG
gi|14 : tACA-AATATGTAA-CCT-C--TGGGCGAGGGCTG-----TTGAATGGTTGTGGGTGA-------C------GCAA-ACA-CT-AA-T---T----------G------T-T--CA-AAA-----C--CA-----ATG-ATATT--A---AA-----TTC-C-TTTAATTTGCGGCAGT----GTTAT-A---------CTAAT-----ACTG-A----TTAAA------GGCAA-TAC---TAG
gi|15 : gta-TA-CG-C-----CT-A---CT---T-TT---TCACAAAT------TTAT-ATT-----TC---AT-----------GG----T-T--AA--TT---TT--GTTTA----TCC-----A-TAG-CA-AT-CT-----TT--TAG-G-TTGC---AAACCA--G---------------------TG---ATG--TTT-TAAT--C-ATTTGGg
gi|18 : cgACA-AATATGTAAAT-T-C--TGA-CA-----CG-----T--AATT-GTGT-------------T------CCAA-ACttt
gi|19 : gtc-----TC---TT-----------GGA---T-A--AC--TT---T---GTTCA----TCT-----A-TAG-AA-GT-AT-----TT--TCG-caat
gi|2 : A-AATATGTAA-C-T-CACTGA--A-----TGCCTATT--ATTT-TTAA---A-A-------T------TCAA-ACA-CTCA--T---TTGT-------C------T-T--CA-AAT-----TTCCA-----GT--GTA-T--A---AA-----TTCCT-T----TTTGTTGCAGT----TTT-T-AA-C------CTAAT---T-ATTG-A----T---A------G--AA-ACC---TAGA--TACA---GC-A-AGTA-------------------------ACGTT--A-CGGAAC-TTA-A-T-A--GATTG-----ACGAT---TACGTTT-T--TC--------TC--TAATA-ATA-T---TAATG----AA--------A-----------GT-----------------TATTG-ATTG-CG-C-----TCAA---CG---TGTT---ATGCAAAT------TTAA--TT-----TC---TT-----------GGAGATT-A--AATTTT---T---GTTCATT--TCT-----A-TAG-AA-GTATT-----TT--TCG-ATTTGC---ATACGG--GATGTCA--T---------TCTTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTTGG
gi|3 : tttacaaTACACAATATGTAA-C-T-C--TG--CA-----TG-----T--AATT-T-GT---T-A-------T------TCAA--CA-CT-A--T---TT---------C------T-T--CA-AAA-----T--CA-----GTAAGTA-T--A---CA-----TTC-T-T----TTTGTTGCAGC----TTT-T-A--C------CTAAT---A--TTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--TA-A-T-GT-A-AGT--------------------------ACG-T----CG--AC-TTA-A-T-A--GATGA-----ACGAG---TAC-----TAGTTAC-AG--TTT--CAATA-A-T-TTA-AAA------AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TG-CG-C-----T--A---CC---T-TTT--ATACAATT------TTAA-TTT-----TCC--TT-----------GG----T-A--AATTTT---T---TTTCA----TC--------TAG-AA-GT-CT-----TT--TCG-A-TTGCA--AAACGG--AATGT-AT-T---------T-TTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTtttgaaagaaaacatcacgttgatgttaactgtcacaaatgcacctgtttacgccattgcttgacgttactaattttaccgcgttacattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagcgcataggacaaaacccccacatttttaggtaataaatattcttttctaacgtttctgtacttaa
gi|4 : t--TGC-CA-----TG-----T--TATT-T-GT---T-AACATGTCT------ACAG-ACAACT-A--T---T----------TCGGTCTT-T--CATAAA-----TG-CA-----GTA-GTA-T--A---AA-----TTC-TCT----TTTGTTGCAGTGTTATTT-A-A--CCCCCCACTAAT---CTATTG-AATCGT---G------A--AATAACT--TAGAC-TACA-TCGC-ACAGTCAAGCTAAGTGACACACACCTCGGATACG-T--ACCT--AT-TTA-G-TGA--GA-GA-----ACACG---CAG-----C--TCACGAGTCTTC--CAAAATA-A-T---AAA------AA--------A-----------GCTCATATTTGCGAAAACTTA--G-G-CG--G-C-----TC-A---CCCTAT-TT---ATGCAAAT------TCTA-TTT-----TC---TTTCCTGCATATCAT----T-A--AG--TT---T---GTTCAGTAGTTG-----ATTAG-AACGT-AT-----TTAATCG-A-TTGCT--AGACGGTCGATGC-A--T---------T-Tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaacgtcacaagacgtacgccagctgacgttatatttccgcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagcgcaataggaaaaacgcattttttagtaataaatattctattttctatttttactgtacttaa
gi|5 : --T---T----------C------T-T--TA-AAAAA---T--CT-----GTAAGTA-TTAA---AA-----TTC-T-TC---TTTGTTGCAGT----TGT-T-ATCT------CTAATTCCA-CTTGTA----T---T------G--AA-CA----TAGA--TACA-T-GCAA-AGT--------------------------ACG-TAAA-CG--AT-TTATA-TCA--GATGATACGCACGAGAGTTAC---------AACGAG--TGCCACAATA-A-AGTAAGAAA------AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TGTCG-C-----TC-A---CT---T-TTTCGATGAAAATATTCTATTAA-TTT-----TCTCTTT-----------GGA---T-A--AT--TTTGCT---GTCCA----TATTACGAA-TAGTAA-GT-ATGTAAATT--TGG-A-CTGTGCAAAACGC--G-TGT-A--TGCAAATTTCT-TTG---TTGATTTTATTATTGC-GTTTacttggtttggttttgaggtaatacgatgtctgttgaagttgaaataaaagcatcagaacgttacgagtgtgatacgtcacaaagtcactgtttacgcccagcctgaccgttatttctaccaggttacac
gi|6 : ttTACA-AATATGTAA-C-T-C--TGA-CA-----TG-----T--AATT-TTGT---T-A-------T------TCAA-ACA-CT-A--T---T----------C------T-T--CA-AAA-----T--CA-----GTA-GTA-T--A---AA-----TTC-T-T----TTTGTTGCAGC----TTT-T-A--C------CTAAT---A-ATTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--TACA-T-GT-A-AGT--------------------------ACG-T--A-CG--AC-TTA-A-T-A--GATGA-----ACGAG---TAC-----TA-TCACGAG--TTT--CAA-A-A-A-T---TAA------AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TG-CG-C-----TC-A---CC---T-TT---ATACAAAT------TTAA-TTT-----TC---TT-----------GG----T-A--AA--TT---T---TTTCA----TCT-----A-TAG-AA-GT-CT-----TT--TCG-A-TTGC---AAACGG--GATGT-A--T---------T-TTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTTGG
gi|7 : CA-AATATGTAA-C-A-C--GGA-CA-----TG-----T--AATT-T-GT---T-A-------T------TCAA-ACA-TT-A--TATTT----------C------T-T--CA-AAA-----T--CA-----GTA-GTA-T--A---AAATTAATTC-T-T----TTTGTTGCAGC----TTT-G-A--C------CTAAT---A-ATTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--TACA-T-GT-A-AGT--------------------------ACG-T--A-CG--AC-TTA-A-T-A--GATGA-----ACGAG---TATACTAAT--TCACGAG--TTC--CAATA-A-A-T---AAA------AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TG-CG-C-----TC-A---CC---T-TT---ATACAAAT------TTAA-TTT-----TC---TT-----------GGT---T-A--AT--TT---T---GTTCA----TCT-----A-TAG-AA-GT-CT-----TT--TCG-A-TTGC---AAACG
gi|8 : gtttACA-AATATGTAA-C-TTC--TGG-CA-----TG-----T--AATT-T-GT---T-A-------T------CCAA-ACA-CT-AATT---T----------G------T-T--CA-AAA-----C--CA-----ATG-ATG-T--G---AA-----TTC-T-T----TTTATTGCAGT----TTT-T-A--T------CTAAT---A-ATTG-A----T---AGATAGCG--AA-AAC---TAGGCCTAGA-T-CT-A---T--------------------------ATG-A--A-CG--ACTTTA-G-T-A--GATGA-----ACGAG-----------T--TCATGAG--TCC--CATTA-A-A-A---AAATATACGAC--------A-----------G------------------TA--A-A-AG-CG-C-----TC-A---CT---T-------------------------TTT-----CT---TT-----------GG----T-T--AA--TT---TTAATTTTA----CTC-----A-TAG-TA-GT-CT-----TT--TAG-T-TTGC---AATCGG--GAT
gi|9 : taTACA-AATATGTAA---T-C--TGA-CA-----TG-----T--TATT-T-GT---T-A-------T------TCAAGACA--T-A--T---T----------T------T-TTTCA-AAA-----T--CA-----GTA-GTA-T--A---A------TTC-T-T----TT-GTTGCAGT----TTT-TTA--C------CTAAT---A-ATTA-T----T---A------G--AA-A-C---TAGA--TACA-T-GT-A-AGT---------------------------CG-T--A-CG--AC-TTA-AAT-A--GATGA-----ACGAG---T----------TCACGAA--TTC--CAATA-A-A-T---AAAT-----AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TG-CG-C-----TC-A---CC---T-AT---ATGC-AAT------TTAA-TTT-----TC---TT-----------GGA---T-A--AA--TT---T---GTTCA----TCT-----A-TAG-AA-GT-AT-----TT--TCG-A-TTGC---GAAC
blockSeqs : C CC T AC GG AGGGC CCTAT TG G GTTAACATGTCT G A C TTTCGGTCT . TT T TTC . A T TA . ATTAA C C TTAA GTTA A T CCCCCCA TCCA T ATCG AGATAGC GC T T CC TC CA C CAAGCTAAGTGACACACACCTCGGAT TAA C GA T T A G . TACGC TATACTAAT TC CA T T G AAG AAAGCTCATATTTGCGAAAACT TT C T T . AGTAA A . CTA G TCG ATTCTA CT GATGT TCT TCCTGCATATCAT T . TT TGCT GTAG TACGA T T C AT GTAAA AA . T GCA TC C TGCAAATTTCT . AT TG .
blockSeqs : . AT . . A . . . . TGTGGGTGAC . . . TTTGTC . . . AAT . A . . . . . . C . . . TCT CT . . TAAA . . . C T C . A TT . . . . . C . . TACGTTTT . . . . . TA AAAAATATACGACAG . . . . . . . . . . T . T . C GGAGAT T . TT TTAA TT . . . . C . . . . A . . CATA . . . .
blockSeqs : . C . . A . . . . TAAAAT . . . TATTTC . . . TG . . . . . . . . . . . . AC G . . A . . . . T T . . T . . . . . . . . TACTAG . . . . . . AATATACGACAG . . . . . . . . . . . . A . . GGA . . . TT . . . . . C . . . . T . . TTC . . . .
blockSeqs : . C . . A . . . . TGTTAT . . . ATTTG . . . T . . . . . . . . . . . . C T . . A . . . . T C . . T . . . . . . . . AGTTAC . . . . . . TATACGACAG . . . . . . . . . . . . T . . GGA . . . T . . . . . A . . . . . . . TTT . . . .
blockSeqs : . C . . C . . . . TGTGT . . . ATTTG . . . C . . . . . . . . . . . . C A . . A . . . . T T . . T . . . . . . . . TACTA . . . . . . TGAAAGT . . . . . . . . . . . . T . . GGT . . . T . . . . . C . . . . . . . TT . . . .
blockSeqs : . C . . A . . . . GTTAT . . . ATTG . . . T . . . . . . . . . . . . C A . . G . . . . T T . . T . . . . . . . . CAGC . . . . . . TAAAG . . . . . . . . . . . . T . . GGA . . . T . . . . . A . . . . . . . TT . . . .
blockSeqs : . C . . A . . . . GTTAT . . . TTTC . . . T . . . . . . . . . . . . C A . . T . . . . T T . . T . . . . . . . . CT . . . . . . AAAG . . . . . . . . . . . . T . . GA . . . T . . . . . A . . . . . . . TT . . . .
blockSeqs : . C . . G . . . . GTTAT . . . TTC . . . T . . . . . . . . . . . . T A . . A . . . . . T . . A . . . . . . . . T . . . . . . AAAG . . . . . . . . . . . . T . . GG . . . T . . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . GTTAT . . . TTC . . . C . . . . . . . . . . . . C A . . A . . . . . . . . T . . . . . . . . T . . . . . . AAAG . . . . . . . . . . . . T . . GG . . . T . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TGTT . TTT . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . . . AAAG . . . . . . . . . . . . T . . GG . . . T . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GG . . . T . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . GG . . . T . . . . . . . . .
blockSeqCons : ***** GTTAT****************** TTTC******************** T******* ***** *** ***** **** *** T** T*** ** T************* AAAG******************************************* *** *** T* ** T****** **** ***** ***** TT************ ***
originalCons : TACA-AATATGTAA-C-T-C--TGA-CA-----TG-----T--AATT-TTGT---T-A-------T------TCAA-ACA-CT-A--T---T----------C------T-T--CA-AAA-----T--CA-----GTA-GTA-T--A---AA-----TTC-T-T----TTTGTTGCAGT----TTT-T-A--C------CTAAT---A-ATTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--TACA-T-GC-A-AGT--------------------------ACG-T--A-CG--AC-TTA-A-T-A--GATGA-----ACGAG---TAC-----T--TCACGAG--TTC--CAATA-A-A-T---AAA------AA--------A-----------G------------------TA--G-A-TG-CG-C-----TC-A---CC---T-TT---ATGCAAAT------TTAA-TTT-----TC---TT-----------GG----T-A--AA--TT---T---GTTCA----TCT-----A-TAG-AA-GT-CT-----TT--TCG-A-TTGC---AAACGG--GATGT-A--T---------T-TTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTTGG
finalCons : TACA-AATATGTAA-C-T-C--TGA-CA-----TG-----T--AATT-TGTTAT------------------TCAA-ACA-CT-ATTTC--------------------T-T--CA-AAAT-------CA-----GTA-GTA-T--A---AA-----TTC-T-T----TTTGTTGCAGT----TTT-T-A--C------CTAAT---A-ATTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--TACAT--GC-A-AGT--------------------------ACGT---A-CG--AC-TTA-A-T-A--GATGA-----ACGAGT-------------TCACGAG--TTC--CAATA-A-A-T---AAAAAAG-------------------------------------------TA--G-A-TG-CG-C-----TC-A---CC---T-TT---ATGCAAAT------TTAAT-TT-----TC---TT-----------GG----T-A--AA--TTT------GTTCA----TCT-----A-TAG-AA-GT-CT-----TT--TCG-A-TTGC---AAACGG--GATGT-ATT------------TTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTTGG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TGGTATATATTGTGAATGGTTCAAGACATTAATTTGTTCAAAACGGCTATATGATAATAGAAATTTACTTTTTATATTGGCAAGTTATTTATATGCTAATATGGTTGATAAAGATATGAAAACTAGGCCTTAGATCTATATAGAATACGACT
Unaligned ( gi|16 ): GCGCATAGGAAAAAACACATTTTTAGGTACGGTAATAAATATTTCTATTTCTAACTTACTTAA
Unaligned ( gi|17 ): CGCATAGGAAAAAACGCATTTTTAGGTAATAAATATTTCTATTTCTAATTACTGTACTTAAA
Alignments
lowQualScore : 22222222222222 11111111 33333333333333333333333 11111 1111 1111 111111111 11111 1111111111 111 44444444444444444444444444 22222222222222 111 44444444444444444444444444444444444444444444444 11111111111111111 111 1111111111111 111 33333333333333
lowQualScore : 4 444 8 55 44 99999 55 88888 3 55 3 666 3 11111111111111 3 4 8 6666 44444444 3 3 55 00000000000000000000000 555 3 55 666 22222 3 3 1111 2222 3 3 666666666 88888 3 7777 1111111111 55 3 000 99 888 44 4 55555555555555555555555555 8888 4 55 3 3 3 6 44 3 999999 555 11111111111111 3 3 555 44 555 44 3 3 3 000 55555555555555555555555555555555555555555555555 3 55 3 3 333 3 88888 3 555 999 3 77777 999999 3 77777 3 555 99999999999999999 6 44 88 555 222 3333333333333 3 3 6 55 77777 999 6 222 55 0 4 00000000000000 888 66 66 5
lowQualScore : . ... . .. .. ..... .. ..... . .. . ... . .............. . . . .... ........ . . .. ....................... ... . .. ... ..... . . .... .... . . ......... ..... . .... .......... .. . ... .. ... .. . .......................... .... . .. . . . . .. . ...... ... .............. . . ... .. ... .. . . . ... ............................................... . .. . . ... . ..... . ... ... . ..... ...... . ..... . ... ................. . .. .. ... ... ............. . . . .. ..... ... . ... .. . . .............. ... .. .. .
lowQualScore : 0 666 0 00 00 11111 00 11111 6 00 6 444 6 00000000000000 6 0 0 5555 66666666 6 6 00 55555555555555555555555 555 6 00 444 77777 6 6 4444 7777 6 6 555555555 22222 6 7777 5555555555 00 6 000 55 888 55 0 55555555555555555555555555 0000 0 55 6 6 3 7 66 3 666666 888 88888888888888 3 3 888 66 888 66 3 3 3 444 66666666666666666666666666666666666666666666666 6 00 6 3 555 3 33333 3 888 222 3 88888 666666 3 77777 1 444 11111111111111111 2 22 55 444 777 2222222222222 1 1 2 22 77777 666 7 555 55 8 4 88888888888888 888 99 99 0
consensus : TACA-AATATGTAA-C-T-C--TGA-CA-----TG--T--A--A-T--T-TGT---T-A-------T------TCAA-ACA-CT-A-T--TT--C-----TT-CA-AAA--T--C--------------------AGT-A-GTA-T--A---AA-----TTC-T-T----TTTGTTGCAGT----TTT-T-A--C------CTAAT---A-ATTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--TACA-T-GC-A-AGT--------------------------ACG-T--A-CG--AC-TTA-A-T-A--GATGA-AC------G---AG--------T-----T-C-A---CGAG--T---TC--CAATA-A-A-T---AAA------AA--------A-----------G------------------T-A--G-A-TG-C-G-C-----TC-A---CC---T-TT---A-TGCAAAT------TTAA-TTT-----T-C---TT-----------GG----T-A--AA--TT---T---GTTCA----T-CT-----A-TAG-AA-GT-CT-----TT---TCGA-TTGC---AAACGG--GATGT-A--T---------T-TTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTTGG
Reference ( family-166 ) : TACA-AATATGTAA-C-T-C--TGA-CA-----TG--T--A--A-T--T-TGT---T-A-------T------TCAA-ACA-CT-A-T--TT--C-----TT-CA-AAA--T--C--------------------AGT-A-GTA-T--A---AA-----TTC-T-T----TTTGTTGCAGT----TTT-T-A--C------CTAAT---A-ATTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--TACA-T-GC-A-AGT--------------------------ACG-T--A-CG--AC-TTA-A-T-A--GATGA-AC------G---AG--------T-----T-C-A---CGAG--T---TC--CAATA-A-A-T---AAA------AA--------A-----------G------------------T-A--G-A-TG-C-G-C-----TC-A---CC---T-TT---A-TGCAAAT------TTAA-TTT-----T-C---TT-----------GG----T-A--AA--TT---T---GTTCA----T-CT-----A-TAG-AA-GT-CT-----TT---TCGA-TTGC---AAACGG--GATGT-A--T---------T-TTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTTGG
gi|1 : TACA-AATAT-TAA-C-CAC--TGA-CA-----TG--C--T--A-T--T-TGC---T-A-------TACAATGTCAA-ACA-C--A-T--TT--A-----AT-TA-GAA--T--CTCTCGAGAGAGTGTCACAAGAGT-A-GTA-T--ACAGAAC----TTC-T-T----TTTGTTCGAGTGG--TTA-T-A--C------TAAAT---T-ATTG-A----T---A------G--AG-AACAACTACG--TATAAT-GC-A-AGT--------------------------ACG----A-CG--AC-TTA-A-T-ATAGATGA-AC------G---AG--------T-----T-T-ATCCCGAG--T---CC----ATA-A-A-T---AAA------AAT-------A-----------G------------------TTA--G-A-TG-CCGTC-----TC-AAATCC---T-TT---AATGCAAAT------TTAA-TTT-------C---TT-----------GA----G-ACTAA--TT---GAG-GTTCA----TTCTG----A-TAG-AAAGT-TC-----ATATATCGAATTGC---AAACGA--GATGC-A--TTCC------T-TTGATATCG--TTTATAAT--CTGTTTGG
gi|10 : tt-T-A--GATGA-AC------G---AG--------T-----T-C-A---TTAG--T---TC--CAGTA-A-A-T---AAA------AA--------AAATATACGACAG------------------T-A--GCA-TT-T-A-CAGTAATC-A---CC---T-TT---T-TGCAAAT------TAAA-TTTGATGTT-C---TT-----------GA----TTA--AA--TC---T---GTTTA----T-TT-----A-------------------------GC-TTGC---AGACAG--TATGT-ACAT---------A-TTG---CTG--TTTATACT--T-GTTTGGtcttgaaaaagacactaatatacatccgatcttttatggagctgttaagacacaagcagtcgtacaatgaactgttacgcctgaggctgacgttatatttaccgcgttacacgcgacgtctgtattgcactcgacgtgaaagtggcaattgcggactgattcgcactattatgccgcaaattgggttttgttttttctttagcgcatggaaaaaccccccacattttacggtaattataaatattatctaatttctaacgttacggtacttaa
gi|11 : cttgACA-AATATGTAA-C-T-C--TGA-CA-----TG--T--A--A-T--T-TG----T-G-------T------TCAA-ACA-ATAA-T--TT--G-----TT-CA-AAA--T--G--------------------AAT-A-ATA-T--A---AA-----TTC-T-T----TTTATTACAGT----TTT-T-A--C------CTAAT---G-ATTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--T-CA---------------------------------------G-T--A-CG--AC-TTA-G-T-A--TATGA-AC------G---AG--------T-----T-C-A---TG-G--T---TC--CTATG-A-A-T---TAA------AA--------tttgaaagaaaacatcgaagttagatgta
gi|12 : tc-TTA-G-T-A--GATGA-AG------G---AC--------T-----T-A-A---TGGG--T---GC--CAATA-A-A-T---AAA------AATATACGACA-----------G------------------T-A--C-A-TG-T-G-C-----AT-A---CA---T-TT---G--GCAAAT------TGGACTTT-----T-G---TT-----------GG----TTA--AA--TT---T---GTTTA----T-AT-----A-TAG-TA-GT-CT-----TT---TAAA-TTGC---AAACAG--GATGT-A--T---------T-C-----TTG--TTTATAAT--C-GTTTG
gi|14 : tACA-AATATGTAA-CCT-C--TGGGCGAGGGCTG--TTGA--A-TGGT-TGTGGGTGA-------C------GCAA-ACA-CT-A-A--TT--G-----TT-CA-AAA--C--C--------------------AAT-G-ATATT--A---AA-----TTC-C-TTTAATTTGCGGCAGT----GTTAT-A---------CTAAT-----ACTG-A----TTAAA------GGCAA-TAC---TAG
gi|15 : gta-TA-C-G-C-----CT-A---CT---T-TT---T-CACAAAT------TTAT-ATT-----T-C---AT-----------GG----T-T--AA--TT---TT--GTTTA----T-CC-----A-TAG-CA-AT-CT-----TT---TAGG-TTGC---AAACCA--G---------------------TG---ATG--TTT-TAAT--C-ATTTGGg
gi|18 : cgACA-AATATGTAAAT-T-C--TGA-CA-----CG--T--A--A-T--TGTGT-------------T------CCAA-ACttt
gi|19 : gtc-----T-C---TT-----------GGA---T-A--AC--TT---T---GTTCA----T-CT-----A-TAG-AA-GT-AT-----TT---TCGcaat
gi|2 : A-AATATGTAA-C-T-CACTGA--A-----TGCCT--ATTA-T--T-T-T---T-AAAA----T------TCAA-ACA-CTCA-T--TTGTC-----TT-CA-AAT--TTCC--------------------AGT---GTA-T--A---AA-----TTCCT-T----TTTGTTGCAGT----TTT-T-AA-C------CTAAT---T-ATTG-A----T---A------G--AA-ACC---TAGA--TACA---GC-A-AGTA-------------------------ACGTT--A-CGGAAC-TTA-A-T-A--GATTG-AC------G---A---------------T-T-A---CGTT--TTTCTC--TAATA-ATA-T---TAATG----AA--------A-----------GT-----------------T-ATTG-ATTG-C-G-C-----TCAA---CG---TGTT---A-TGCAAAT------TTAA--TT-----T-C---TT-----------GGAGATT-A--AATTTT---T---GTTCATT--T-CT-----A-TAG-AA-GTATT-----TT---TCGATTTGC---ATACGG--GATGTCA--T---------TCTTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTTGG
gi|3 : tttacaaTACACAATATGTAA-C-T-C--TG--CA-----TG--T--A--A-T--T-TGT---T-A-------T------TC-A-ACA-CT-A-T--TT--C-----TT-CA-AAA--T--C--------------------AGTAA-GTA-T--A---CA-----TTC-T-T----TTTGTTGCAGC----TTT-T-A--C------CTAAT-----ATTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--TA-A-T-GT-A-AGT--------------------------ACG-T----CG--AC-TTA-A-T-A--GATGA-AC------G---AG--------TACTAGT-T-A---C-AG--T---TT--CAATA-A-T-TTA-AAA------AA--------A-----------G------------------T-A--G-A-TG-C-G-C-----T--A---CCT--T-TT---A-TACAATT------TTAA-TTT-----TCC---TT-----------GG----T-A--AATTTT---T---TTTCA----T-C--------TAG-AA-GT-CT-----TT---TCGA-TTGCA--AAACGG--AATGT-AT-T---------T-TTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTtttgaaagaaaacatcacgttgatgttaactgtcacaaatgcacctgtttacgccattgcttgacgttactaattttaccgcgttacattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagcgcataggacaaaacccccacatttttaggtaataaatattcttttctaacgtttctgtacttaa
gi|4 : t--TGC-CA-----TG--T--T--A-T--T-TGT---T-AACATGTCT------ACAG-ACAACT-A-T--TT--CGGTCTTT-CATAAA--TG-C--------------------AGT-A-GTA-T--A---AA-----TTC-TCT----TTTGTTGCAGTGTTATTT-A-A--CCCCCCACTAAT---CTATTG-AATCGT---G------A--AATAACT--TAGAC-TACA-TCGC-ACAGTCAAGCTAAGTGACACACACCTCGGATACG-T--ACCT--AT-TTA-G-TGA--GA-GA-AC------ACGCAG--------C-----T-C-A---CGAGTCT---TC--CAAAATA-A-T---AAA------AA--------A-----------GCTCATATTTGCGAAAACTT-A--G-G-CG---G-C-----TC-A---CCCTAT-TT---A-TGCAAAT------TCTA-TTT-----T-C---TTTCCTGCATATCAT----T-A--AG--TT---T---GTTCAGTAGT-TG-----ATTAG-AACGT-AT-----TTAA-TCGA-TTGCT--AGACGGTCGATGC-A--T---------T-Tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaacgtcacaagacgtacgccagctgacgttatatttccgcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagcgcaataggaaaaacgcattttttagtaataaatattctattttctatttttactgtacttaa
gi|5 : -T--TT--C-----TT-TA-AAAAAT--C--------------------TGT-AAGTA-TTAA---AA-----TTC-T-TC---TTTGTTGCAGT----TGT-T-ATCT------CTAATTCCA-CTTGTA----T---T------G--AA-CA----TAGA--TACA-T-GCAA-AGT--------------------------ACG-TAAA-CG--AT-TTATA-TCA--GATGATACGCACGAG---AG--------T-----TACAA---CGAG--T---GCCACAATA-A-AGTAAGAAA------AA--------A-----------G------------------T-A--G-A-TGTC-G-C-----TC-A---CT---T-TTTCGA-TGAAAATATTCTATTAA-TTT-----T-CTCTTT-----------GGA---T-A--AT--TTTGCT---GTCCA----T-ATTACGAA-TAGTAA-GT-ATGTAAATT---TGGA-CTGTGCAAAACGC--G-TGT-A--TGCAAATTTCT-TTG---TTGATTTTATTATTGC-GTTTacttggtttggttttgaggtaatacgatgtctgttgaagttgaaataaaagcatcagaacgttacgagtgtgatacgtcacaaagtcactgtttacgcccagcctgaccgttatttctaccaggttacac
gi|6 : tTACA-AATATGTAA-C-T-C--TGA-CA-----TG--T--A--ATT--T-TGT---T-A-------T------TCAA-ACA-CT-A----TT--C-----TT-CA-AAA--T--C--------------------AGT-A-GTA-T--A---AA-----TTC-T-T----TTTGTTGCAGC----TTT-T-A--C------CTAAT---A-ATTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--TACA-T-GT-A-AGT--------------------------ACG-T--A-CG--AC-TTA-A-T-A--GATGA-AC------G---AG--------TACTA-T-C-A---CGAG--T---TT--CAA-A-A-A-T---TAA------AA--------A-----------G------------------T-A--G-A-TG-C-G-C-----TC-A---CC---T-TT---A-TACAAAT------TTAA-TTT-----T-C---TT-----------GG----T-A--AA--TT---T---TTTCA----T-CT-----A-TAG-AA-GT-CT-----TT---TCGA-TTGC---AAACGG--GATGT-A--T---------T-TTG---TTG--TTTATAAT--C-GTTTGG
gi|7 : CA-AATATGTAA-C-A-C--GGA-CA-----TG--T--A--A-T--T-TGT---T-A-------T------TCAA-ACA-TT-A-TATTT--C-----TT-CA-AAA--T--C--------------------AGT-A-GTA-T--A---AAATTAATTC-T-T----TTTGTTGCAGC----TTT-G-A--C------CTAAT---A-ATTG-A----T---A------G--AA-AAC---TAGA--TACA-T-GT-A-AGT--------------------------ACG-T--A-CG--AC-TTA-A-T-A--GATGA-AC------G---AGTATACTAAT-----T-C-A---CGAG--T---TC--CAATA-A-A-T---AAA------AA--------A-----------G------------------T-A--G-A-TG-C-G-C-----TC-A---CC---T-TT---A-TACAAAT------TTAA-TTT-----T-C---TT-----------GGT---T-A--AT--TT---T---GTTCA----T-CT-----A-TAG-AA-GT-CT-----TT---TCGA-TTGC---AAACG
gi|8 : gtttACA-AATATGTAA-C-TTC--TGG-CA-----TG--T--A--A-T--T-TGT---T-A-------T------CCAA-ACA-CT-AAT--TT--G-----TT-CA-AAA--C--C--------------------AAT-G-ATG-T--G---AA-----TTC-T-T----TTTATTGCAGT----TTT-T-A--T------CTAAT---A-ATTG-A----T---AGATAGCG--AA-AAC---TAGGCCTAGA-T-CT-A---T--------------------------ATG-A--A-CG--ACTTTA-G-T-A--GATGA-AC------G---AG--------T-----T-C-A---TGAG--T---CC--CATTA-A-A-A---AAATATACGAC--------A-----------G------------------T-A--A-A-AG-C-G-C-----TC-A---CT---T--------------------------TTT-----C-T---TT-----------GG----T-T--AA--TT---TTAATTTTA----C-TC-----A-TAG-TA-GT-CT-----TT---TAGT-TTGC---AATCGG--GAT
gi|9 : taTACA-AATATGTAA---T-C--TGA-CA-----TG--T--T--A-T--T-TGT---T-A-------T------TCAAGACA--T-A-T--TT--T-----TTTCA-AAA--T--C--------------------AGT-A-GTA-T--A---A------TTC-T-T----TT-GTTGCAGT----TTT-TTA--C------CTAAT---A-ATTA-T----T---A------G--AA-A-C---TAGA--TACA-T-GT-A-AGT---------------------------CG-T--A-CG--AC-TTA-AAT-A--GATGA-AC------G---AG--------T-----T-C-A---CGAA--T---TC--CAATA-A-A-T---AAAT-----AA--------A-----------G------------------T-A--G-A-TG-C-G-C-----TC-A---CC---T-AT---A-TGC-AAT------TTAA-TTT-----T-C---TT-----------GGA---T-A--AA--TT---T---GTTCA----T-CT-----A-TAG-AA-GT-AT-----TT---TCGA-TTGC---GAAC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TGGTATATATTGTGAATGGTTCAAGACATTAATTTGTTCAAAACGGCTATATGATAATAGAAATTTACTTTTTATATTGGCAAGTTATTTATATGCTAATATGGTTGATAAAGATATGAAAACTAGGCCTTAGATCTATATAGAATACGACT
Unaligned ( gi|16 ): GCGCATAGGAAAAAACACATTTTTAGGTACGGTAATAAATATTTCTATTTCTAACTTACTTAA
Unaligned ( gi|17 ): CGCATAGGAAAAAACGCATTTTTAGGTAATAAATATTTCTATTTCTAATTACTGTACTTAAA