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lowQualScore                  :         .  .   ........  .......  .       . .   ...     .    . . .. .  ... .. .......     .  .... ................   .......... ..... ..  ......  ..... . .  ..     .    ..  .. .  .   .  .  .        .  .     .    .    . .  .   . . . ..   ..  . ..    .   . .. ............           . .. ...      
lowQualScore                  :         1  0   55555555  5555555  5       5 5   666     0    8 4 88 4  444 22 8888888     3  0000 3333333333333333   0000000000 66666 77  000000  44444 5 5  00     0    88  99 7  7   2  2  6        5  5     5    5    5 5  1   6 6 6 11   00  7 44    8   0 88 000000000000           3 88 888      
consensus                     :     AGGTNGA-TCC---AC--CCT-T-----AG-GAATTCT-A-AGG---AATTT-ATGT-G-TT-C-AA---A--C------CTTAAA-AT----T----------------CTT----------TC----T--TT------TT---C-T-A-CT--CATTT-ATAG--TTT-A-AT-CTA-AT-TA-ATTATGAA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-CAC-C-T-T-TTTT--AA-G--ATGT-CAG-A--C---A-N--A-N-AAAAACAGAAG-T-AT-A-GGTTTA
Reference ( gi|6 )            :     AGGTAGA-TCC---AC--CCT-C-----AG-GAATTCT-A-AGG---AATTT-ATGT-G-TG-C-AA---A--C------TTTAAA-AT----T----------------CTT----------TC----T--TT------TT---C-T-A-CT--CATTT-ATAG--TTA-A-AT-CTA-AT-TA-ATTATGAA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-CAC-C-T-T-ATTT--AA-G--ATGT-CAG-A--C--TA-A--A-A-AAAAACAGAAG-T-GT-G-GGTTTA
gi|8                          :     AGGTAGA-TCC---AC--CCT-C-----AG-GAATTCT-A--GA---AATTT-ATGT-G-TG-C-AA---A--C------TTTAAA-AT----T----------------CTT----------TC----T--TT------TT---C-T-A-CT--CATTT-ATAG--TTA-A-AT-CTA-AT-TA-ATTATGAA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-CAC-C-T-T-ATTT--AA-G--ATGT-CAGCA--C------------AAAAACAGAAGTT-GT-G-GGTT
gi|11                         :   taAGGTTGA-TCC---AC--CCT-C-----GA-G-----------------------GT-G-T--C-AA---A--C------CTTAAC-AT----T----------------CCT----------TC----T--TT------T----C-T-A-CT--CATTT-ATAGG-TTT-A-AT-CTA-AT-TA-ATTATGAA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GCGCAC-C-T-T-TTTT--AA-G--ATGT-CAG-A--C--AT-A--A-C-AAAAATAGAAG-T-AT-ATGGTT
gi|10                         : tttaAGGTTGA-TCC---AC--CCT-C-----AG-CAATTCT-A-AGG---AATTTGAT-T-G-TT-A-AA---G--C------CTTGAA-AT----T----------------CTT----------TC----A--AT------TC---C---------CATTA-ATAG--CCC-A-AT-CTA-AT-TA-ATTATGAA-AG-AAAAC-GTGT-ATGT-T-CA-CAG-C-T-T-TTTT--AT-A--ATGT-CAG-A--CA-TA-C--A-A-AAA---AGATA-T-GT-G-GGTTTacat
gi|25                         :   taAAGTTGA-TCC---AC--CCT-C-----AG-GAATTCT-A-AGG---AATTT-ATGT-G-TT-C-AA---AACC------AAAAAA-AT----T----------------CTT----------TC----TCATG------TT---T-T-A-CT--C-TTT-ATAG--T
gi|30                         :  ttaAGGTAGA-TCC---AC--C-T-C-----AGTGAATTCT-A-AAGCG-AATTT-ATGTCG-TG-C-AA---A--C------TTTAAA-AT----T----------------CTT----------
gi|9                          :  attaGGT-GA-TCC---AC--CCT-CCCTTCAG-GAGTTCT-A-AGA---AATT--AT-T-G-TG-C-AA---A--C------TTTAAATAG----T----------------CTT----------CT----T--TT------AT---C-T-A-CTTTCATTTTATAG--TTA-A--T-CTA--T-TA--TTATGAATAG-AAAAT-GTGTAATGTAT-TC-CAC-C-T-TAATTT--AA-GGCATGT-CAG-A--C-----A--C-A-AAAAACAggtct
gi|4                          :    taagTAGAATCC---AC--CCT-C-----AG-AATTTCTTA-AGT---AATT--ATGT-G-TG-C-AA---CT-C------TTTAAC-AT----T----------------CTT----------TC----C--TT------TT---T-T-A-CT--CATTT-ATA---TTA-A-AT-ATA-AT-TA-A-TATGAA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-TGGG-CAT-A-TAT-ATTA--AAGG--ATGTGCAG-A--CA-CA-A--A-A-AAAAACAGAA
gi|13                         :          GA-TCC---CT--ACT-T-----AG-GAATTCT-A-AGG---AATTT-ATGT-G-TT-C-AG---A--C------CTTAAA-AT----T----------------CTT----------TT----TA-TT------TT---T-T-A-CT--CATTC-ATAA--TTT-A-AT-CTA-AT-TA-ACAATGAA-AG-AAAAT-GTGT-AAGT-T-AC-CAC-C-T-T-TTTT--AA-G--ATGT-CAG-A--C---A-T--A-C-AAAAACAGAtggttataca
gi|5                          :      ggatGA-TCC---CT--ACT-T-----AA-GAATTAT-G-AGA---AATTT-ATGT-G-TT-C-AA---A--T------GTTATC-AT----T----------------TTT----------TCACAAT--TT------TT---T-T-A-AT--CATTT-ATAG--TTT-A-AT-TTA-AT-TA-AGAATGAA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-TAC-C-T-T-TTTT--AA-G--ATGT-CAG-A--C---A-T--A-C-AAAAACCGAAG-T-GT-A-GGT
gi|23                         :     aggacGA-TCC---CCTACCT-T-----AG-GAAT-CT-A-AGG---AATTTGATGT-G-TT-C-AA---AAGC------CTTAAA-AT----TT---------------CTT----------CC----C--TT------TT---T-T-A-CT--CATTT-ATAG--TTA-ATAT-CTA-AT-TA-ATTATGc
gi|18                         :    taattcGA-TCC---CT--ACT-T-----AG---ATTCT-A-AG----AATTG-GTGT-G-TT-C-AA---A--C------CTTAAG----------------------------------------------------------------------------TAG--TTT-A-AT-GTA-TT-CATATTA-----AG-AAAATTGTGT-ATGT-T-GC-CAC-A-T-T--TTT--AA-G--A-GC-CAG-------TG-A--ATACAAAAACAGA
gi|20                         :          GA-TCCCCTAC--ACA-T-----AG-GAATTCT-A-AGG---ACTTT-ATGT-G-TT-C-AA---A--CCCGAGATTCAAA-CC----T----------------TAT----------AA----T--TT------TT---C-T----T--CTTTT-------TTT-G-AT-TTG-AT-AA-ATAACGAA-AG-CAAAC-GCGT-ATgtaag
gi|12                         :         gtA-TCC---CT--ACT-T-----AG-GAATTAT-A-AGG---AATTT-ATGT-G-TT-C-AA---A--C------CTTAAA-AT----T----------------CTGGGGGGGGGGGTG----T--TT---------------A-CT--CATTT-ATAG--TTT-A-AT-CTA-AT-TT-AATATCAG-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-CAC-C-C-T-TTTT--AA-A--ATGT-CAG-A--CA-TA-C--A-A-Aagatac
gi|3                          :     aggactA-TCC---AA--GCC-C-----AG--AATTCT-A-AGG---AATTT-A-GT-G-TTTC-AA---A--C------CTTAAA--T----T----------------CTT----------TA----T--TT------TT---C-T-A-CT--CATTT-ATTATTTTA-C-CT-CTATAT-TA-ATTATGAA-AGAAAAAT-TCGT-GTTT-T-GCAGAC-C-T-T-TTTT--AA-G--ATGT-CAG-A--CATTG-C--A-A-AAACA-AGAAG-TAGTAG-GGTTTAtat
gi|16                         :        tttA-TCC---CT--ACT-T-----AG-GAATTGA-A-AGG---CATTT-ATGT-G-TT-C-AA---A--C------CTTAAT-AT----T----------------GTT----------CT----T--TT------TT---T-T-A-CC--CATTT-ATAT--TTT-A-AT-CTA-AT-TA-ATTACGAA-AG-AAAAA-GTG------------CAC-C-T-T--TTT--------AT-------A--C------------AAAAACAGAAG-T-AT-A-GGTTcat
gi|7                          :      ggattA-TCC---CT--ACT-T-----AG-GAAT-CT-A-AGG---AATTT-ATGT-G-TT-C-AA---G--C------CTTATA-------T----------------TGT----------TC----T--TT------TT-----T-A-C---CATTTTATAG--TTT-A-ATTCTA-AT-TA-ATTACGAA-AG-GAAAA-A-----------GC-AAC-C-T-T-TTTA--AA-G--ATGT-CAG-AAGC--CACAT-A-C-AAAAACAGAAG-T-AT-A-AGCTTA
gi|14                         :    aaggattA-TCC---CT--CCT-------AG-GAATTCT-A-AGA---AATTG-CTGT-GCTG-TTGA---A--C------CTTAA---T----T----------------CTTG---------TC----T--T------------C-T-G-TT--CATTT-TTAG--TTT-A--T-CTA-AT-TA-ATTATGAA-AA-GAAAT-GTA--GTGT-T-TC-CAC-T-T-C-TTTTA-AA-G--ATGT-C-G-A--C--aca
gi|1                          :   aagggattA-TCC---AC--CCTTC-----AG-AAATTCT-ATAGGTAAAATTT-ATGT-G-TT-C-AAAACA--C------TT--AA-AT----T----------------CAT----------TA----C--TT------GC---C-T-A-CT--CTTGT-ATAG--CAATA-AT-CTATATATA-ATTCTGAG-AA-AAAAT-TCGC-ATG----G--CACTC-T-T-TTTTA-AA-G--AT-T-CTA-A--C---A-ATTA-A-AAATACAGAAG-T-AT-aacttacataagt
gi|29                         :       atgtA-TCC---CT--ACT-T-----AG-GAATTCT-A-AGG---AATTT-ATGT-G-TT-C-AA---A--C------CTTAA---------------------------T----------TT----T--TT------TT---T-T-A-CT--CATTT-Aaagagtataagcataca
gi|28                         :    taaggatA-TCC---ACG-CCT-C-----AG-GAATTCT-A-AG--------------------C-AA---A--C------TTTCAA-AT----T----------------CTT----------TT----T--TT------TTTC-C-TAA-CT--CATTC-AT
gi|35                         :       ttaaggttaagttc--CCT-T-----AG-GAATTCT-A-AGA---AATTT-ATGT-G-TT-C-AA---A--C------CTTAAA-AT----
gi|34                         :                 ccta--CTT-T-----AG-GA-TTCT-A-AGA---AATTT-ATGT-G-TT-C--A---A--C------CTTAA
gi|2                          :           aatgatatccctaCT-T-----AG-GAATTCT-A-AGG---AATTT-ATGT-G-TT-C-AA---A--C------CTTAAA-AT----TATTTTTTTCCTTTTTTTTT----------TT----T--TT------TT---T-T-C-CT--CATTT-ATAA--TTT-G-AT-CTA-AT-TA-ATTATGAA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-CAC-C-T-T-TTTA--AA-G--ATGC-CAG-A--C---A-T--A-C-AAAAAC--AAG-T-AT-A-GG
gi|15                         :              attgttcctaCT-T-----AG-GAATTCT-A-TAG---AATGT-ATGTAG-T--C-AA---A--C------CTTAAA-ATAATTT----------------CTT----------TT----T--TT------TT-----T-A-CT--CATTT-ATAG--TTT-A-AT-CTA-AT-CA-ATACTAAA-AG-GAATT-GTGT-ATGT-T-GC-AAC-C-T-T-aa
gi|19                         :             ggatgattcctaT-T-----AG-GAACTCA-G-GGG---GATTT-ATGT-T-TT-C-AA---A--C------CTTAAA-AT----T----------------CTT----------TC----T--TT------TT---CTT-G-CT--CAAAT-ATAA--TTA-A-AT-CTA-A--TA---TAT--A-AG-AAAAT-GGGT-ATGT-T-GC-CAC-C-T-T-TTTTA-AA-G--ATAT-Cttggggggatatcatacata
gi|17                         :                      tatT-T-----AG-GAACTCA-G-GGG---GATTT-ATGT-T-TT-C-AA---A--C------CTTAAA-AT----T----------------CTT----------TC----T--TT------TT---CTT-G-CT--CAAAT-ATAA--TTA-A-AT-CTA-A--TA---TAT--A-AG-AAAAT-GGGT-ATGT-T-GC-CAC-C-T-T-TTTTA-AA-G--ATAT-C
gi|24                         :         taaggattattcctatT-T-----AG-GAATT-T-A-AGG---AATT--ATGG-G-TT-C-AA---A--C------CTTGAT-AT----T----------------CTT----------TT----T--TTTTATCATT---T-T-A-CT--CATTT-
gi|21                         :                                              aagaattatccctatT-G-TT-C-AA---A--CCT----TTTGAACAA----T----------------CTT----------CT----T--TTA-----TT---T-T-AACT--CATTT-ATAG--TTT-A-AT-CTA-ATATA-ATTATG-A-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-CAT-C-T-T--TTT--tttttttactcattttggtgta
gi|22                         :                                          attttagccgtaagtattaa-G-TT-C-AA---A--CCT----TTTGAACAA----T----------------CTT----------TC----C--TT------TTATTT-T-A-CT--CATTT-ATAG--TTT-A-AT-CTA-AT-TA-ATTATG-A-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-CAT-C-T-T-TTTA--AA-G--AT
gi|27                         :                                                                                                                                                             T--CATTT-ATAG--TTT-A-AT-CTA-AT-TA-ATCATGCA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-CAC-C-T-T-TTTT--AA-G--ATTT-CAG-A--acaaataag
gi|36                         :                                                                                                                                                                          --TTT-A-AT-CTA-AT-TA-ATTTTGAA-TG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-tatacaaa
gi|26                         :                                                                                                                                                                                      TA-AT-TA--TTATGAA-AG-AAAAC-GTGT-ATGT-T-AC-CAC-CTT-T-TTTT--AA-G--ATGT-CGG-A--C---A-T--A-C-AAACGCAGAAG-C-AT-A-GGTTTA
gi|31                         :                                                                                                                                                                                               tgTACGAA-AG-AAAAA-GTG------------CAC-C-C-T-TTTA--AA-G--ACGT-CAA-A--C---A-T--A-C-AAAAACAGAAG-T-AT-A-GGTTc
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                      A-AG-AAAAT-GTGC-ATAT-T-GT-CAT-C-T-T-TTTA--AA-G--ATGC-CAG-A--C--aa
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                             acc-GTAT-ATGT-T-GC-CA--C-T-T-ATTTTAAA-G--ATAA-CAG-A--C-----A--C-A-CAAAACAGAAG-ataccaaaccaa





Alignments
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lowQualScore                  :                    .     ...... ..    .....  .       . .  ......    ....   . .   . .   .. . ..... .. ...  ..  ................ .   ...................  ......  ..... . .  ..     .   .  .   . .. .   .  .  .        .  .     .    .    . .  .   . . . .  . ..  .. ..    .   .. ..... . ... .      .     .  .  .      
lowQualScore                  :                    0     444444 11    00000  4       4 4  222222    6666   4 3   3 3   88 3 33333 88 000  22  1111111111111111 4   0000000000000000000  777777  77777 5 5  00     9   6  5   6 22 6   1  1  5        5  5     4    4    5 5  0   5 5 5 5  5 66  22 22    6   11 33333 7 999 9      2     9  9  7      
consensus                     :                AGGTTGATCC---A--C--CCTT-----AG-GAATTCT-A-AG--G---AATT--T-ATG-T-GTT-C-AAA--C-C-----T--T---AAA-AT----------------T-CTT----------TC----T--TT------TT---C-T-A-CT--CATTT-ATA-GT-TTA-A--T-CTA-AT-TA-ATTATGAA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-CAC-C-T-T-TT-TT-AA--G--ATGT-CAG--A-----C-A--TACAAAAAC-AGAAG-TA-TA-GGTTTA
Reference ( family-1630 )     :                AGGTNGATCC---A--C--CCTT-----AG-GAATTCT-A-AG--G---AATT--T-ATG-T-GTT-C-AAA--C-C-----T--T---AAA-AT----------------T-CTT----------TC----T--TT------TT---C-T-A-CT--CATTT-ATA-GT-TTA-A--T-CTA-AT-TA-ATTATGAA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-CAC-C-T-T-TT-TT-AA--G--ATGT-CAG--A-----C-A--NANAAAAAC-AGAAG-TA-TA-GGTTTA
gi|1                          :                      ATCC---A--C--CCTTC----AG-AAATTCT-ATAG--GTAAAATT--T-ATG-T-GTT-CAAAA--CAC-----T--T----AA-AT----------------T-CAT----------TA----C--TT------GC---C-T-A-CT--CTTGT-ATA-GCAATA-A--T-CTATATATA-ATTCTGAG-AA-AAAAT-TCGC-ATG----G--CACTC-T-T-TT-TTAAA--G--AT-T-CTA--A-----C-AATTAAAAATAC-AGAAG-TA-TA-AG
gi|10                         :            atgtAGGTTGATCC---A--C--CCTC-----AG-CAATTCT-A-AG--G---AATT--TGAT--T-GTT-A-AAG--C-C-----T--T---GAA-AT----------------T-CTT----------TC----A--AT------TC---C---------CATTA-ATA-GC-CCA-A--T-CTA-AT-TA-ATTATGAA-AG-AAAAC-GTGT-ATGT-T-CA-CAG-C-T-T-TT-TT-AT--A--ATGT-CAG--A-----C-A--TACAAAAA--AGATA-TG-TG-GGTTTagtataagcataca
gi|11                         :              taAGGTTGATCC---A--C--CCTC-----GA-G---------------------------G-T-GT--C-AAA--C-C-----T--T---AAC-AT----------------T-CCT----------TC-------TT------TT---C-T-A-CT--CATTT-ATAGGT-TTA-A--T-CTA-AT-TA-ATTATGAA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GCGCAC-C-T-T-TT-TT-AA--G--ATGT-CAG--A-----C-AT-AACAAAAAT-AGAAG-TA-TATGGTT
gi|12                         :                  tttaATCC---C--T--ACTT-----AG-GAATTAT-A-AG--G---AATT--T-ATG-T-GTT-C-AAA--C-C-----T--T---AAA-AT----------------T-CTGGGGGGGGGGGTG----T--TT---------------A-CT--CATTT-ATA-GT-TTA-A--T-CTA-AT-TT-AATATCAG-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-CAC-C-C-T-TT-TT-AA--A--ATGT-CAG--A-----C-A--TACAAAacat
gi|13                         :           aggactGGATGATCC---C--T--ACTT-----AG-GAATTCT-A-AG--G---AATT--T-ATG-T-GTT-C-AGA--C-C-----T--T---AAA-AT----------------T-CTT----------TT----TA-TT------TT---T-T-A-CT--CATTC-ATA-AT-TTA-A--T-CTA-AT-TA-ACAATGAA-AG-AAAAT-GTGT-AAGT-T-AC-CAC-C-T-T-TT-TT-AA--G--ATGT-CAG--A-----C-A--TACAAAAAC-AGAtat
gi|14                         :                      ATCC------C--TCCT-----AG-GAATTCT-A-AG--A---AATTGCT-GTGCT-GTT---GAA--C-C-----T--T---AA---T----------------T-CTTG---------TC----T--T------------C-T-G-TT--CATTT-TTA-GT-TTA----T-CTA-AT-TA-ATTATGAA-AA-GAAAT-GTA--GTGT-T-TC-CAC-T-T-C-TT-TTAAA--G--ATGT-C-G--A-----C-A--
gi|15                         :                            aagggattCTT-----AG-GAATTCT-A-TA--G---AATG--T-ATG-T-AGT-C-AAA--C-C-----T--T---AAA-ATAATT------------T-CTT----------TT----T--TT------TT-----T-A-CT--CATTT-ATA-GT-TTA-A--T-CTA-AT-CA-ATACTAAA-AG-GAATT-GTGT-ATGT-T-GC-AAC-C-T-T-TTGGG-GG--G--ATAT-CAT--A-----C-A--TAacttacataagt
gi|16                         :          ggatgattcctaATCC---C--T--ACTT-----AG-GAATTGA-A-AG--G---CATT--T-ATG-T-GTT-C-AAA--C-C-----T--T---AAT-AT----------------T-GTT----------CT----T--TT------TT---T-T-A-CC--CATTT-ATA-TT-TTA-A--T-CTA-AT-TA-ATTACGAA-AG-AAAAA-GTG------------CAC-C-T-T-TT-T---------------------------A--TACAAAAAC-AGAAG-TA-TA-GGTT
gi|17                         :                                ggattTT-----AG-GAACTCA-G-GG--G---GATT--T-ATG-T-TTT-C-AAA--C-C-----T--T---AAA-AT----------------T-CTT----------TC----T--TT------TT---CTT-G-CT--CAAAT-ATA-AT-TAA-A--T-CTA-A--TA---TAT--A-AG-AAAAT-GGGT-ATGT-T-GC-CAC-C-T-T-TT-TTAAA--G--ATAT-C
gi|18                         :     taaggattattcctatGATCC---C--T--ACTT-----AG---ATTCT-A-AG------AATT--G-GTG-T-GTT-C-AAA--C-C-----T--T---AAG-------------------------------------------------------------------------TA-GT-TTA-A--T-GTA-TT-CATATTA-----AG-AAAATTGTGT-ATGT-T-GC-CAC-A---T-TT-TT-AA--G--A-GC-CAGT-G-----A-A--TACAAAAAC-AG-AG-TA-
gi|19                         :                                     TT-----AG-GAACTCA-G-GG--G---GATT--T-ATG-T-TTT-C-AAA--C-C-----T--T---AAA-AT----------------T-CTT----------TC----T--TT------TT---CTT-G-CT--CAAAT-ATA-AT-TAA-A--T-CTA-A--TA---TAT--A-AG-AAAAT-GGGT-ATGT-T-GC-CAC-C-T-T-TT-TTAAA--G--ATAT-Cag
gi|2                          :                                 tatCTT-----AG-GAATTCT-A-AG--G---AATT--T-ATG-T-GTT-C-AAA--C-C-----T--T---AAA-ATTATTTTTTTCCTTTTTT-TTT----------TT----T--TT------TT---T-T-C-CT--CATTT-ATA-AT-TTG-A--T-CTA-AT-TA-ATTATGAA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-CAC-C-T-T-TT-TA-AA--G--ATGC-CAG--A-----C-A--TACAAAAAC---AAG-TA-TA-GG
gi|20                         :           attgttcctaGATCCCCTA--C--ACAT-----AG-GAATTCT-A-AG--G---ACTT--T-ATG-T-GTT-C-AAA--C-CCGAGAT--T---CAA-A-----------------C-CTT----------ATAA--T--TT------TT---C-T----T--CTTTT------T-TTG-A--T-TTG-AT-AA-ATAACGAA-AG-CAAAC-GCGT-ATaa
gi|21                         :                                                                          gt-T-GTT-C-AAA--C-C-----T--TTTGAAC-AA----------------T-CTT----------CT----T--TTA-----TT---T-T-AACT--CATTT-ATA-GT-TTA-A--T-CTA-ATATA-ATTATG-A-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-CAT-C-T-T-TT-Tagatac
gi|22                         :                                                          attttagccgtaagtattaa-GTT-C-AAA--C-C-----T--TTTGAAC-AA----------------T-CTT----------TC----C--TT------TTATTT-T-A-CT--CATTT-ATA-GT-TTA-A--T-CTA-AT-TA-ATTATG-A-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-CAT-C-T-T-TT-TA-AA--G--AT--------A-----C-A--AATAA
gi|23                         :                   TCGATCC---C--CTACCTT-----AG-GAAT-CT-A-AG--G---AATT--TGATG-T-GTT-C-AAAAGC-C-----T--T---AAA-AT----------------TTCTT----------CC----C--TT------TT---T-T-A-CT--CATTT-ATA-GT-TAATA--T-CTA-AT-TA-ATTATGg
gi|24                         :                                 taatTT-----AG-GAATT-T-A-AG--G---AATT----ATG-G-GTT-C-AAA--C-C-----T--T---GAT-AT----------------T-CTT----------TT----T--TTTTATCATT---T-T-A-CT--CATTT-
gi|25                         : aagaattatccctatAAGTTGATCC---A--C--CCTC-----AG-GAATTCT-A-AG--G---AATT--T-ATG-T-GTT-C-AAA--A-C-----CAAA---AAA-AT----------------T-CTT----------TC----TCATG------TT---T-T-A-CT--C-TTT-ATA-GT-tttttttactcattttggtgta
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                  ttaTA-AT-TA--TTATGAA-AG-AAAAC-GTGT-ATGT-T-AC-CAC-CTT-T-TT-TT-AA--G--ATGT-CGG--A-----C-A--TACAAACGC-AGAAG-CA-TA-GGTTTA
gi|27                         :                                                                                                                                                                         tgT--CATTT-ATA-GT-TTA-A--T-CTA-AT-TA-ATCATGCA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-CAC-C-T-T-TT-TT-AA--G--ATTT-CAG--A-----T-A--TACAAAc
gi|28                         :                AAGTTCATCC---A--CG-CCTC-----AG-GAATTCT-A-AG------------------------C-AAA--C-T-----T--T---CAA-AT----------------T-CTT----------TT----T--TT------TTTC-C-TAA-CT--CATTC-AT
gi|29                         :              ttaaggttATCC---C--T--ACTT-----AG-GAATTCT-A-AG--G---AATT--T-ATG-T-GTT-C-AAA--C-C-----T--T---AA------------------------T----------TT----T--TT------TT---T-T-A-CT--CATTT-A
gi|3                          :               taaggatATCC---AAGC--CC--------A-GAATTCT-A-AG--G---AATT--T-A-G-T-GTTTC-AAA--C-C-----T--T---AAA--T----------------T-CTT----------TA----T--TT------TT---C-T-A-CT--CATTT-ATT-AT-TTT-ACCT-CTATAT-TA-ATTATGAA-AGAAAAAT-TCGT-GTTT-T-GCAGAC-C-T-T-TT-TT-AA--G--ATGT-CAG--A-----C-AT-TGCAAAAACAAGAAG-TAGTAGGGTTTA
gi|30                         :             tttAGGTAGATCC---A--C--C-TC-----AGTGAATTCT-A-AAGCG---AATT--T-ATG-TCGTG-C-AAA--C-T-----T--T---AAA-AT----------------T-CTT----------cat
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                            attaTACGAA-AG-AAAAA-GTG------------CAC-C-C-T-TT-TA-AA--G--ACGT-CAA--A-----C-A--TACAAAAAC-AGAAG-TA-TA-GGTTggtct
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                               -GTAT-ATGT-T-GC-CAC-T-TAT-TT-TA-AA--G--ATAA-CAG--A-----C-A--CAC-AAAAC-AGAAG-CA-Taa
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                     A-AG-AAAAT-GTGC-ATAT-T-GT-CAT-C-T-T-TT-TA-AA--G--ATGC-CAG--A-----C-A--TACCAAACC-Attgtcaacat
gi|34                         :                              acc--CTTT-----AG-GA-TTCT-A-AG--A---AATT--T-ATG-T-GTT-C--AA--C-C-----T--T---AAa
gi|35                         :                    aatgatatcccta--CCTT-----AG-GAATTCT-A-AG--A---AATT--T-ATG-T-GTT-C-AAA--C-C-----T--T---AAA-AT----------------
gi|36                         :                                                                                                                                                                                     cctaT-TTA-A--T-CTA-AT-TA-ATTTTGAA-TG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-
gi|4                          :                      ATCC---A--C--CCTC-----AG-AATTTCTTA-AG--T---AATT----ATG-T-GTG-C-AAC--T-C-----T--TT--AAC-AT----------------T-CTT----------TC----C--TT------TT---T-T-A-CT--CATTT-ATA--T-TAA-A--T-ATA-AT-TA-A-TATGAA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-TGGG-CAT-A-T-A-TA-TT-AAAGG--ATGTGCAGACA-----C-A--AAAAAAAAC-AGAA
gi|5                          :            tagaAGGACGATCC---C--T--ACTT-----AA-GAATTAT-G-AG--A---AATT--T-ATG-T-GTT-C-AAA--T-G-----T--T---ATC-AT----------------T-TTT----------TCACAAT--TT------TT---T-T-A-AT--CATTT-ATA-GT-TTA-A--T-TTA-AT-TA-AGAATGAA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-TAC-C-T-T-TT-TT-AA--G--ATGT-CAG--A-----C-A--TACAAAAAC-CGAAG-TG-TA-GGTtggttataca
gi|6                          :                AGGTAGATCC---A--C--CCTC-----AG-GAATTCT-A-AG--G---AATT--T-ATG-T-GTG-C-AAA--C-T-----T--T---AAA-AT----------------T-CTT----------TC----T--TT------TT---C-T-A-CT--CATTT-ATA-GT-TAA-A--T-CTA-AT-TA-ATTATGAA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-CAC-C-T-T-AT-TT-AA--G--ATGT-CAG--A-----CTA--AAAAAAAAC-AGAAG-TG-TG-GGTTTAc
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gi|8                          :         aaggattAGGTAGATCC---A--C--CCTC-----AG-GAATTCT-A--G--A---AATT--T-ATG-T-GTG-C-AAA--C-T-----T--T---AAA-AT----------------T-CTT----------TC----T--TT------TT---C-T-A-CT--CATTT-ATA-GT-TAA-A--T-CTA-AT-TA-ATTATGAA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-CAC-C-T-T-AT-TT-AA--G--ATGT-CAG-------------CACAAAAAC-AGAAGTTG-TG-GGTTaca
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Reference ( family-1630 )     :                AGGTTGATCC---A--C--CCTT-----AG-GAATTCT-A-AGG---AATT--T-ATG-T-GTT-C-AAA--C-C-----T--T---AAA-AT----------------T-CTT----------TC----T--TT------TT---C-T-A-CT--CATTT-ATA-GT-TTA-A--T-CTA-AT-TA-ATTATGAA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-CAC-CT-T-TT-TT-AA--G--ATGT-CAG-A-----C-A---T--ACAAAAAC-AGAAG-TA-TA-GGTTTA
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gi|5                          :            tagaAGGACGATCC---C--T--ACTT-----AA-GAATTAT-G-AGA---AATT--T-ATG-T-GTT-C-AAA--T-G-----T--T---ATC-AT----------------T-TTT----------TCACAAT--TT------TT---T-T-A-AT--CATTT-ATA-GT-TTA-A--T-TTA-AT-TA-AGAATGAA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-TAC-CT-T-TT-TT-AA--G--ATGT-CAG-A-----C-A---T--ACAAAAAC-CGAAG-TG-TA-GGTtggttataca
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gi|9                          :              taAGGGTGATCC---A--C--CCTCCCTTCAG-GAGTTCT-A-AGA---AATT----AT--T-GTG-C-AAA--C-T-----T--T---AAATAG----------------T-CTT----------CT----T--TT------AT---C-T-A-CTTTCATTTTATA-GT-T-A-A--T-CTA--T-TA--TTATGAATAG-AAAAT-GTGTAATGTAT-TC-CAC-CT-TAAT-TT-AA--GGCATGT-CAG-A-----C-A---C--A-AAAAAC-A





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Reference ( family-1630 )     :                AGGTTGATCC---A--C--CCTT-----AG-GAATTCT-A-AGG---AATT--T-ATG-T-GTT-C-AAA--C-C-----T--T---AAA-AT----------------T-CTT----------TC----T--TT------TT---C-T-A-CT--CATTT-ATA-GT-TTA-A--T-CTA-AT-TA-ATTATGAA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-CAC-CT-T-TT-TT-AA--G--ATGT-CAG-A-----C-A---T--ACAAAAAC-AGAAG-TA-TA-GGTTTA
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gi|18                         :     taaggattattcctatGATCC---C--T--ACTT-----AG---ATTCT-A-AG----AATT--G-GTG-T-GTT-C-AAA--C-C-----T--T---AAG-------------------------------------------------------------------------TA-GT-TTA-A--T-GTA-TT-CATATTA-----AG-AAAATTGTGT-ATGT-T-GC-CAC-A--T-TT-TT-AA--G--A-GC-CAGTG-----A-A---T--ACAAAAAC-AG-AG-TA-
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gi|24                         :                                 taatTT-----AG-GAATT-T-A-AGG---AATT----ATG-G-GTT-C-AAA--C-C-----T--T---GAT-AT----------------T-CTT----------TT----T--TTTTATCATT---T-T-A-CT--CATTT-
gi|25                         : aagaattatccctatAAGTTGATCC---A--C--CCTC-----AG-GAATTCT-A-AGG---AATT--T-ATG-T-GTT-C-AAA--A-C-----CAAA---AAA-AT----------------T-CTT----------TC----TCATG------TT---T-T-A-CT--C-TTT-ATA-GT-tttttttactcattttggtgta
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gi|34                         :                              acc--CTTT-----AG-GA-TTCT-A-AGA---AATT--T-ATG-T-GTT-C--AA--C-C-----T--T---AAa
gi|35                         :                    aatgatatcccta--CCTT-----AG-GAATTCT-A-AGA---AATT--T-ATG-T-GTT-C-AAA--C-C-----T--T---AAA-AT----------------
gi|36                         :                                                                                                                                                                                   cctaT-TTA-A--T-CTA-AT-TA-ATTTTGAA-TG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-
gi|4                          :                      ATCC---A--C--CCTC-----AG-AATTTCTTA-AGT---AATT----ATG-T-GTG-C-AAC--T-C-----T--TT--AAC-AT----------------T-CTT----------TC----C--TT------TT---T-T-A-CT--CATTT-ATA--T-TAA-A--T-ATA-AT-TA-A-TATGAA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-TGGG-CAT-AT-A-TA-TT-AAAGG--ATGTGCAG-A-----C-A---CAAAAAAAAAC-AGAA
gi|5                          :            tagaAGGACGATCC---C--T--ACTT-----AA-GAATTAT-G-AGA---AATT--T-ATG-T-GTT-C-AAA--T-G-----T--T---ATC-AT----------------T-TTT----------TCACAAT--TT------TT---T-T-A-AT--CATTT-ATA-GT-TTA-A--T-TTA-AT-TA-AGAATGAA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-TAC-CT-T-TT-TT-AA--G--ATGT-CAG-A-----C-A---T--ACAAAAAC-CGAAG-TG-TA-GGTtggttataca
gi|6                          :                AGGTAGATCC---A--C--CCTC-----AG-GAATTCT-A-AGG---AATT--T-ATG-T-GTG-C-AAA--C-T-----T--T---AAA-AT----------------T-CTT----------TC----T--TT------TT---C-T-A-CT--CATTT-ATA-GT-TAA-A--T-CTA-AT-TA-ATTATGAA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-CAC-CT-T-AT-TT-AA--G--ATGT-CAG-A-----CTA---A--AAAAAAAC-AGAAG-TG-TG-GGTTTAc
gi|7                          :                AGGATTATCC---C--T--ACTT-----AG-GAAT-CT-A-AGG---AATT--T-ATG-T-GTT-C-AAG--C-C-----T--T---ATA-------------------T-TGT----------TC----T--TT------TT-----T-A-C---CATTTTATA-GT-TTA-A--TTCTA-AT-TA-ATTACGAA-AG-GAAAA-A-----------GC-AAC-CT-T-TT-TA-AA--G--ATGT-CAG-AAGCCAC-A---T--ACAAAAAC-AGAAG-TA-TA-AGCTTA
gi|8                          :               aAGGTAGATCC---A--C--CCTC-----AG-GAATTCT-A--GA---AATT--T-ATG-T-GTG-C-AAA--C-T-----T--T---AAA-AT----------------T-CTT----------TC----T--TT------TT---C-T-A-CT--CATTT-ATA-GT-TAA-A--T-CTA-AT-TA-ATTATGAA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-CAC-CT-T-AT-TT-AA--G--ATGT-CAG-------------C--ACAAAAAC-AGAAGTTG-TG-GGTTaca
gi|9                          :              taAGGGTGATCC---A--C--CCTCCCTTCAG-GAGTTCT-A-AGA---AATT----AT--T-GTG-C-AAA--C-T-----T--T---AAATAG----------------T-CTT----------CT----T--TT------AT---C-T-A-CTTTCATTTTATA-GT-T-A-A--T-CTA--T-TA--TTATGAATAG-AAAAT-GTGTAATGTAT-TC-CAC-CT-TAAT-TT-AA--GGCATGT-CAG-A-----C-A---C--A-AAAAAC-A


blockSeqs                     :                          CCTA   TAC   CCTTC  T       T .   CG     GCT    C C   T .   AG . CGAGA AA TTG  AT  TATTTTTTTCCTTTTT T   GGGGGGGGGGTGT        TTATCA  ATTT  A A  TT     T   G  .   T CC T   T  A  T        T  A     T    A    A G  G   .  A A  G TA  AG GC    G   T AGCCA T ACT AA        A     T  G  T
blockSeqs                     :                          AAG    GC    .      .       . .   .      TG     . .   . .   .  . .     .  TTG  A   AATT             .   TCACAAT              A       TCC   . .  .      T   .  .   . .  .   .  .  .        .  .     .    .    . .  A   .  . .  T TA  .  .     .   . .     . T   A         .     .  .  G
blockSeqs                     :                          A      C     .      .       . .   .      TG     . .   . .   .  . .     .  T    C   .                .   ATAAT                .       CT    . .  .      .   .  .   . .  .   .  .  .        .  .     .    .    . .  .   .  . .  . TA  .  .     .   . .     . .   .         .     .  .  .
blockSeqs                     :                          A      C     .      .       . .   .      T      . .   . .   .  . .     .  .    A   .                .   TCTCA                .       CT    . .  .      .   .  .   . .  .   .  .  .        .  .     .    .    . .  .   .  . .  . T   .  .     .   . .     . .   .         .     .  .  .
blockSeqs                     :                          C      A     .      .       . .   .      T      . .   . .   .  . .     .  .    A   .                .   TTTA                 .       C     . .  .      .   .  .   . .  .   .  .  .        .  .     .    .    . .  .   .  . .  . T   .  .     .   . .     . .   .         .     .  .  .
blockSeqs                     :                          C      A     .      .       . .   .      T      . .   . .   .  . .     .  .    A   .                .   GTCT                 .       C     . .  .      .   .  .   . .  .   .  .  .        .  .     .    .    . .  .   .  . .  . T   .  .     .   . .     . .   .         .     .  .  .
blockSeqs                     :                          C      T     .      .       . .   .      T      . .   . .   .  . .     .  .    T   .                .   TCA                  .       T     . .  .      .   .  .   . .  .   .  .  .        .  .     .    .    . .  .   .  . .  . T   .  .     .   . .     . .   .         .     .  .  .
blockSeqs                     :                          C      A     .      .       . .   .      T      . .   . .   .  . .     .  .    A   .                .   TTT                  .       C     . .  .      .   .  .   . .  .   .  .  .        .  .     .    .    . .  .   .  . .  . G   .  .     .   . .     . .   .         .     .  .  .
blockSeqs                     :                          C      A     .      .       . .   .      G      . .   . .   .  . .     .  .    G   .                .   CTT                  .       T     . .  .      .   .  .   . .  .   .  .  .        .  .     .    .    . .  .   .  . .  . T   .  .     .   . .     . .   .         .     .  .  .
blockSeqs                     :                          C      A     .      .       . .   .      T      . .   . .   .  . .     .  .    A   .                .   TCT                  .       T     . .  .      .   .  .   . .  .   .  .  .        .  .     .    .    . .  .   .  . .  . A   .  .     .   . .     . .   .         .     .  .  .
blockSeqs                     :                          A      A     .      .       . .   .      T      . .   . .   .  . .     .  .    A   .                .   TCT                  .       C     . .  .      .   .  .   . .  .   .  .  .        .  .     .    .    . .  .   .  . .  . A   .  .     .   . .     . .   .         .     .  .  .
blockSeqs                     :                          A      C     .      .       . .   .      T      . .   . .   .  . .     .  .    A   .                .   TTT                  .       T     . .  .      .   .  .   . .  .   .  .  .        .  .     .    .    . .  .   .  . .  . T   .  .     .   . .     . .   .         .     .  .   
blockSeqs                     :                          C      A     .      .       . .   .      T      . .   . .   .  . .     .  .    C   .                .   CTT                  .       T     . .  .      .   .  .   . .  .   .  .  .        .  .     .    .    . .  .   .  . .  . T   .  .     .   . .     . .   .         .     .  .   
blockSeqs                     :                          A      C     .      .       . .   .      T      . .   . .   .  . .     .  .    C   .                .   TCC                  .       T     . .  .      .   .  .   . .  .   .  .  .        .  .     .    .    . .  .   .  . .  . T   .  .     .   . .     . .   .         .            
blockSeqs                     :                          A      C     .      .       . .   .      T      . .   . .   .  . .     .  .    A   .                .   CCC                  .       T     . .  .      .   .  .   . .  .   .  .  .        .  .     .    .    . .  .   .  . .  . A   .  .     .   . .     . .   .         .            
blockSeqs                     :                          C      C     .      .       . .   .      T      . .   . .   .  . .     .  .    T   .                .   TTT                  .       T     . .  .      .   .  .   . .  .   .  .  .        .  .     .    .    . .  .   .  . .  . A   .  .     .   . .     . .   .         .            
blockSeqs                     :                          A      C     .      .       . .   .      T      . .   . .   .  . .     .  .    A   .                .   TTT                  .       C     . .  .      .   .  .   . .  .   .  .  .        .  .     .    .    . .  .   .  . .  . A   .  .     .   . .     . .   .         .            
blockSeqs                     :                          C      C     .      .       . .   .      T      . .   . .   .  . .     .  .    A   .                .   TTT                  .       T     . .  .      .   .  .   . .  .   .  .  .        .  .     .    .    . .  .   .  . .  . T   .  .     .   . .     . .   .                      
blockSeqs                     :                          A      A     .      .       . .   .      T      . .   . .   .  . .     .  .    A   .                .   TAT                  .       T     . .  .      .   .  .   . .  .   .  .  .        .  .     .    .    . .  .   .  . .  . T   .  .     .   . .     . .   .                      
blockSeqs                     :                          A      C     .      .       . .   .      T      . .   . .   .  . .     .  .    A   .                .   TCC                  .       C     . .  .      .   .  .   . .  .   .  .  .        .  .     .    .    . .  .   .  . .  . T   .  .     .   . .     . .   .                      
blockSeqs                     :                          .      A     .      .       . .   .      T      . .   . .   .  . .     .  .    A   .                .   TCT                  .       C     . .  .      .   .  .   . .  .   .  .  .        .  .     .    .    . .  .   .  . .  . A   .  .     .   . .     . .   .                      
blockSeqs                     :                                 C     .      .       . .   .      T      . .   . .   .  . .     .  .    C   .                .   TCT                  .       C     . .  .      .   .  .   . .  .   .  .  .        .  .     .    .    . .  .   .  . .  . T   .  .     .                                        
blockSeqs                     :                                 C     .      .       . .   .      .      . .   . .   .  . .     .  .    C   .                .   TCT                  .       .     . .  .      .   .  .   . .  .   .  .  .        .  .     .    .    . .  .   .  . .  . T   .  .     .                                        
blockSeqs                     :                                       .      .       . .   .      .      . .   . .   .  . .     .  .    A   .                .   CTT                  .       .     . .  .      .   .  .   . .  .   .  .  .        .  .     .    .    . .  .   .  . .  . .   .  .                                              
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Reference ( family-1630 )     :                AGGTTGATCC---A--C--CCTT-----AG-GAATTCT-A-AGG---AATT--T-ATG-T-GTT-C-AAA--C-C-----T--T---AAA-AT----------------T-CTT----------TC----T--TT------TT---C-T-A-CT--CATTT-ATA-GT-TTA-A--T-CTA-AT-TA-ATTATGAA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-CAC-CT-T-TT-TT-AA--G--ATGT-CAG-A-----C-A---T--ACAAAAAC-AGAAG-TA-TA-GGTTTA
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gi|27                         :                                                                                                                                                                       tgT--CATTT-ATA-GT-TTA-A--T-CTA-AT-TA-ATCATGCA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-CAC-CT-T-TT-TT-AA--G--ATTT-CAG-A-----T-A---T--ACAAAc
gi|28                         :                AAGTTCATCC---A--CG-CCTC-----AG-GAATTCT-A-AG----------------------C-AAA--C-T-----T--T---CAA-AT----------------T-CTT----------TT----T--TT------TTTC-C-TAA-CT--CATTC-AT
gi|29                         :              ttaaggttATCC---C--T--ACTT-----AG-GAATTCT-A-AGG---AATT--T-ATG-T-GTT-C-AAA--C-C-----T--T---AA------------------------T----------TT----T--TT------TT---T-T-A-CT--CATTT-A
gi|3                          :            taaggatTTTATCC---AAGC--CC--------A-GAATTCT-A-AGG---AATT--T-A-G-T-GTTTC-AAA--C-C-----T--T---AAA--T----------------T-CTT----------TA----T--TT------TT---C-T-A-CT--CATTT-ATT-AT-TTT-ACCT-CTATAT-TA-ATTATGAA-AGAAAAAT-TCGT-GTTT-T-GCAGAC-CT-T-TT-TT-AA--G--ATGT-CAG-A-----C-AT--T--GCAAAAACAAGAAG-TAGTAGGGTTTA
gi|30                         :                AGGTAGATCC---A--C--C-TC-----AGTGAATTCT-A-AAGCG-AATT--T-ATG-TCGTG-C-AAA--C-T-----T--T---AAA-AT----------------T-CTT----------cat
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                          attaTACGAA-AG-AAAAA-GTG------------CAC-CC-T-TT-TA-AA--G--ACGT-CAA-A-----C-A---T--ACAAAAAC-AGAAG-TA-TA-GGTTggtct
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                             -GTAT-ATGT-T-GC-CAC-TTAT-TT-TA-AA--G--ATAA-CAG-A-----C-A---C--AC-AAAAC-AGAAG-CA-Taa
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                   A-AG-AAAAT-GTGC-ATAT-T-GT-CAT-CT-T-TT-TA-AA--G--ATGC-CAG-A-----C-A---T--ACCAAACC-Attgtcaacat
gi|34                         :                              acc--CTTT-----AG-GA-TTCT-A-AGA---AATT--T-ATG-T-GTT-C--AA--C-C-----T--T---AAa
gi|35                         :                    aatgatatcccta--CCTT-----AG-GAATTCT-A-AGA---AATT--T-ATG-T-GTT-C-AAA--C-C-----T--T---AAA-AT----------------
gi|36                         :                                                                                                                                                                                   cctaT-TTA-A--T-CTA-AT-TA-ATTTTGAA-TG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-
gi|4                          :                      ATCC---A--C--CCTC-----AG-AATTTCTTA-AGT---AATT----ATG-T-GTG-C-AAC--T-C-----T--TT--AAC-AT----------------T-CTT----------TC----C--TT------TT---T-T-A-CT--CATTT-ATA--T-TAA-A--T-ATA-AT-TA-A-TATGAA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-TGGG-CAT-AT-A-TA-TT-AAAGG--ATGTGCAG-A-----C-A---CAAAAAAAAAC-AGAA
gi|5                          :            tagaAGGACGATCC---C--T--ACTT-----AA-GAATTAT-G-AGA---AATT--T-ATG-T-GTT-C-AAA--T-G-----T--T---ATC-AT----------------T-TTT----------TCACAAT--TT------TT---T-T-A-AT--CATTT-ATA-GT-TTA-A--T-TTA-AT-TA-AGAATGAA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-TAC-CT-T-TT-TT-AA--G--ATGT-CAG-A-----C-A---T--ACAAAAAC-CGAAG-TG-TA-GGTtggttataca
gi|6                          :                AGGTAGATCC---A--C--CCTC-----AG-GAATTCT-A-AGG---AATT--T-ATG-T-GTG-C-AAA--C-T-----T--T---AAA-AT----------------T-CTT----------TC----T--TT------TT---C-T-A-CT--CATTT-ATA-GT-TAA-A--T-CTA-AT-TA-ATTATGAA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-CAC-CT-T-AT-TT-AA--G--ATGT-CAG-A-----CTA---A--AAAAAAAC-AGAAG-TG-TG-GGTTTAc
gi|7                          :                AGGATTATCC---C--T--ACTT-----AG-GAAT-CT-A-AGG---AATT--T-ATG-T-GTT-C-AAG--C-C-----T--T---ATA-------------------T-TGT----------TC----T--TT------TT-----T-A-C---CATTTTATA-GT-TTA-A--TTCTA-AT-TA-ATTACGAA-AG-GAAAA-A-----------GC-AAC-CT-T-TT-TA-AA--G--ATGT-CAG-AAGCCAC-A---T--ACAAAAAC-AGAAG-TA-TA-AGCTTA
gi|8                          :               aAGGTAGATCC---A--C--CCTC-----AG-GAATTCT-A--GA---AATT--T-ATG-T-GTG-C-AAA--C-T-----T--T---AAA-AT----------------T-CTT----------TC----T--TT------TT---C-T-A-CT--CATTT-ATA-GT-TAA-A--T-CTA-AT-TA-ATTATGAA-AG-AAAAT-GTGT-ATGT-T-GC-CAC-CT-T-AT-TT-AA--G--ATGT-CAG-------------C--ACAAAAAC-AGAAGTTG-TG-GGTTaca
gi|9                          :              taAGGGTGATCC---A--C--CCTCCCTTCAG-GAGTTCT-A-AGA---AATT----AT--T-GTG-C-AAA--C-T-----T--T---AAATAG----------------T-CTT----------CT----T--TT------AT---C-T-A-CTTTCATTTTATA-GT-T-A-A--T-CTA--T-TA--TTATGAATAG-AAAAT-GTGTAATGTAT-TC-CAC-CT-TAAT-TT-AA--GGCATGT-CAG-A-----C-A---C--A-AAAAAC-A