lowQualScore                  :                                                                                                                                                                         111         22222222222222222222222222                                                11111                                            111              1111                  
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lowQualScore                  :                        .  ......   . .....  . .... ...  ............... . ..... . .        ..   .. ..... ....... . ...  .  ... . .  ...   .. .. .  .. . . . ..... ....  ...    .. . ..........................  .... ... ...    .      . . ..   .... .  . . . .....  . . . .....  .... .  ...   .. .  . ..  .  ...  .   .   ..  ....   . . .  .. .    
lowQualScore                  :                        3  777777   3 33333  7 8888 333  777777777777777 7 22222 3 3        11   11 77777 5555555 3 777  3  555 3 3  666   88 11 6  11 3 3 3 77777 7777  999    88 3 77777777777777777777777777  3333 222 444    4      8 4 33   8888 8  8 4 4 11111  4 8 4 22222  5555 5  444   33 7  7 00  7  888  3   0   11  2222   7 5 0  88 2    
consensus                     :              TAGAACTGTC-CT---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--GGC--A--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----T----TTT--CTCA--G-A--T-------T--A------A-----CA----G---A---AGTT-GTCTAA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-T-AG-T-A-T-----AT--T-A-TT-G-TTT--A-GG-A--GG-AG--TTG-TGGACGA--CG----CAC-T-A-AT--G-CATA
Reference ( gi|11 )           :              TAGAACTGTC-CT---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--GGC--A--T--A-------C-T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----T----TTC--CTCA--G-A--A-------T--A------A-----CA----G---A---AGTT-GTCTAA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-C-AG-T-A-T-----AT--T-A-TT-G-TTT--A-GG-A--GG-AG--CTG-TGGGCGA--TG----CAC-T-A-AT--G-CATA
gi|8                          :              TAGAACTGTC-CTT--A--TCG-G-----GA------T---AA-----------------A-----C-C-CCCCGCGG--GGCC-A--C--A-------T-T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----T----TTTT-CTCA--G-A--T-------T--A------A-----CA----G---A---AGTT-GTCTAA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-T-AG-T-A-T-----AT--A-A-TT-C-TTT--A-GG-A--GG-AG---TG-TGGACGA--TG----CAC-T-A-AT--G-CATA
gi|9                          :             cTAGAACTGTCGCT---A--TCG-G------A-C----T---CA---------------T-A-----C-C-CC--GCGG--GGC--A--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----T----TTC--TCAA--G-A--T-------T--A------A-----CA----GA--A---AGTT-GCCTAA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-T-AG-T-A-T-----AT--T-A-TT-C-TTT--A-GG-AGCGA-AA--TTG-TGGACGA--TG----CAC-T-A-AT--G-CATAca
gi|7                          :             cTAGAACTGTC-CT---A--TCG-G-----GA-C----T---TA---------------T-A-------C-CCCCGCGG--GCC--ATTT--A---------T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----T----TTT--CTCA--G----A-------T--A------A-----CA----G---A---AGTT-GTCTAA-TCC--AAG--G-C-GT-A-A-T-A-T-AG-T---T-----AT--T-A-TT-C-TGT--A-GG-A--GG-AGT-TTG-TGGACGA--TGC---CAC-TAA-AT--G-CATAc
gi|23                         :             cTAGAACTGGC-CT---T--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--GGC--A--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-TG---AAA--G--C-AA--C-A-G-A-----T----TTT--CTCA--G-A--C-------TA-A------A-----CA----G---A---AGTT-GGCTAA-T-C--GAA--G-G-GT-A-A-T-A-T-AG-T-A-T-----AT--T-A-TT-G-TTc
gi|25                         :             cTAGAACTGTC-CT---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CC-CGCGG--GGC--A--C--A-------T-T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-C-T-A-----T----TTT--CTCA--G-A--T-------TA-A------A-----CA----G---A---AGTT-GTCTAA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-T-AG-T-A-T-----AT--T-
gi|5                          :             cTAGAACTGTC-CT---A--TCG-GGACTAGA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCGGCGGA-GGC--A--C--A-------C-T---AC--T---A-A-TG---AAC--ATCC-AA--C-A-G-A-----T----TT---CTCAGGG-A--A-------TTAA------A-----CAG---G---A---AGTT-GTCTAA-T-A--AAT--G-G-GTAA-A-TAA-T-AG-T-A-T-----AT--T-A-TT-T-CTT--CTAG-A--GG-AGT-TTG-TGGAC
gi|19                         :              TAGAACTGTC--T---A--TCG-G-----AA-C----T---AA---------------T-A-------C-CCCCGCGG--GGC--A--CCAA-------C-A---AC-AT-------TGGA-AAC--A----AA--C-A-G-A-----T----T----CTCA--G----A-------T--T------A-----CA--------A---AGTT-GTCTAA-T-C--AAT----G-AT-A-A-T-----GA-T-A-T-----AT------TC-A-TTT--A-G-----GG-AG--TTG-TGGA-GA--TG----CAC-T-A-AT--G-CATAtcctgaactagatg
gi|4                          :              TAGAACTGTC-CT---A--TCG-G-----GACC----T---AA---------------T-C-----C-C-ACCCGCGG--GGC--A--C--A-------C-TAAAAC-AT---A-A-TGTTAGAC--A--CAAA--C-A-GCA-----T----TTCTTCTCA--G-A--T-------TA-A------A-----CA----G---A---ATTT-GTCCTA-T-C--AAT----G-GT-A-A-T-A-T-A--T-A-TAACTAAT--A-A-TT-C-TTT--A-GGAA--GG-AGT-TTG-TGGA-GA--CGTGA-CAC-TGA-AT--G-
gi|13                         :           aacTGGAACTGTC-CT---T--TCA-G-----GA-C----T---AC---------------T-A-----C-C-CCC-ATAG--GAC--A--C--A-------T-T---AT-AT---A-T-TG---AAC--A--A-AA--C-A-G-A-----C----TTC--CTCA--G-A--T-------T--A------AAC---CA----G---A---AGTC-GTCTTA-T-C--AAT--T-G-G--------------------------T--C-A-CC-G-TTC--A-GG-A--GG-AG--CTG-CAGACAA--TG----CAT-T-gagatga
gi|1                          : aaattttaataacTAGAACTGCC-CT---AATCCG-G-----AA-C----T---AAATGCCGCCCCCCCCCC-A-----C-CGCCCCGGCG--GGC--A--C--AGCCGTAAC-T---A--AT---A-A-TG---AAC--A--C-AGACC-A-T-A-----T----TTTT-CTCA--G-A--T-------T--A------AACATGCA----G---A---A-TT-GTCTAA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-T-AGAT-A-T-----AT--T-A-TTGG-TTT--A-GG-A--GG-AAGTTTG-CGGACAA--CG----CAC-T-G-AT--GACATtagg
gi|20                         :             cTAGAACTGTC-CT------TTG-G-----GA-C----T---AA-----------------A-----C-T-ACCCGCGA--G-C--A-----A-------C-T---TC-AT---A-A-TC---A-C--A--C-AA--C-A-G-T-----T----TTTT-CTCA--G-A--C-------T--A------AA----CA----G---A----GTT-GTGTAA-T-CA-AAT--G------A-A-T-A-T-AG-T-A-T-----AT--T-A--T-G-TTT----GG-A--G---A--TTG-TGGACAA--CG----CAC-cca
gi|33                         :              TAGAACTGTC-CT---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCTACAG--GGC--A--C--A-------C-T---AC-AT---ACA-TG---a
gi|39                         :             cTAGAACTGTC-CT---A--TT--G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----T-C-CCCggagagg
gi|37                         :   aattgaataacTAGAATTGTC-CT---T--TCA-G-----GA-C----T---AA---------------T-------C-C-CCACATAG--GAC--A--C--A-------
gi|6                          :               AGAACTGTC-CT---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------TTA-----C-C-ACCCGCGG--G-C--A--C--AA------C-TC--ACCAT---A-A-TA---ATC--AT-C-AA--C-A-G-AC----T----TTT--ATCA--GCA--A-------T--T------G-----CA----G---A---CGTG-TTCTA--T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-T-AG-T-A-T-----AA--T-A-AT-C-TTT--A-GG-AT-GG-AG--TTG-TGGACGA--GA----CAC-T-ACAT--GACATA
gi|26                         :                GAACTGTC-CT---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--GGC--A--T--A-------C-T---AC-AT---A-A-TT---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----T----TTT--CTCA--G-A--T-------T--A------A-----CA----G---A---AGTT-GTCTAA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-T-AG-T-A-T-----AT--acat
gi|15                         :                GAACTGTC-CCTTGA--TCG-G------A-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CC--GCGG--GGC--A--C----------C-T---AC-AT---A-A-TG---ACC--A--C-AAA-C-A-G-------T----TTT--CTCA--G-T--C-------T--A------AA----CA----G---A---AGTT---CTAA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A---AG-T-A-TA----AT--TAA-TT-GTTTT--A-GG-A----------TG-TGGACAA--TG-----AC-T-A-AT--G-CATAaa
gi|31                         :                GAACTGTC-CT---A--ACG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-ACC-GCGG--GGC--A--C--A-------C-T---GC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----T----TTT--CTCA--G-A--C-------T--A------A-----catt
gi|21                         :                 AAATGTC-GT---T--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCTGCGG--AGC--A--C--A-------C-------------------------------------------------------C--CTCA--G-A--C-------T--A------A-----CA----G---A---AGTT-GTCTAA-T-C--TAT--G-G-GT-A-A-T-A-A-AG-T-ACT-----AT--TAA-TT-G-TTT-------A--GG-AG--TTG-TGGACAAATTG----CACGG-A-AT--G-CATa
gi|2                          :                 AACT-TC-CT---A--TCG-T-----GATC----TTAGAG---------------T-AATCTCT-C-CCTCGCGGTAGGCCGA--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-TT---AAA--C--C-AA--C-A-C-ACACCAT----TTT--CTCA--G-A--T-------T--A------A-----CA----GA--A---AGTT-GTCTAACT-C--AATGGG-G-GT-A-ATT-ATT-AG-T-A-G-----AT--A-A-TT-C-TTTGAG-GG-A--GG-A----TGTTGGACGAC-TA----CAC-TGA-ATTCG-CATAtacatt
gi|32                         :             tataAACTGTC-CC---T--TTG-G-----GA-C----T---AA---------------TGA-----C-C-CTCCGCGG--GGC--T--C--A-------A-T---AA-AA---A-A-GA---AAA--A--G-AA--C-A-A-A-----T----tac
gi|17                         :                gaACTGTC-CT---T--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCAG--GAC--A--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----T----ATA--ATCA--G-A--C-------TA-A------A-----CA----G---A---AGTT-GTCTAA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A------------------------T-A-TT-G-TTT--A-GG-A--CG-AG--TTG-TGGACAA--CG----CAC-T-A-AT--G-CATA
gi|14                         :                  ACTGTC-CT---G--TCG-A-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--GAC--A--T--A-------C-G---AC-AT---A-A-CG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----T----TTC--TTCA--G-A--T-------T--AAACTTGA-----CA----G---A---AGTT-GCCTAA-T-C--AAT--G-GTGT-A-A-T-A-T-AG-C-A-T-----AT--C-A-TT-G-TTT--A-GG-A--AG-AG--TTG-CAGACAA--TA----CAT-T-ca
gi|10                         :                   CTGTC-CT---A--TCGAG-----GA-C----T---AA---------------T-A-----CGC-CCCCGC----GGC--A--C--A-------C-T---AC-ATA--A-A-TG----AC--A--C-AA--C-A-G-A-----T----TTT--CTCA--G-ATTAACGAAGTT--A------A-----CA----G---A---AGTT-GTCTAA-T-C--CAT--G-G-GT-A-A-T-A-T-AG-T-A-T-----A---A-A-TT---CTT--A-GG-A--GG-AGT-TTG-TGGACGA--TG-----AC-T-A-AT--G-CATAg
gi|27                         :                   CTGTC-CT---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CC-CGCGG--GGC--A--T--A-------C-T---AC-AT---A-A-TT---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----T----TTT--CTCA--G-A--T-------T--A------A-----CA----G---A---AGTT-GTCTAA---C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-T-AG-T-A-T-----AT--c
gi|29                         :                   CTGTC-CT---T--TTG-G-----GA-C----C---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--AGC--A--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----T----TTT--CTCA--G-A--C-------TA-A------A-----CA----G---A---AGaa
gi|22                         :                   CTGTC-CT---A--TCG-G------A-C----T---AAA--------------T-A-----C-C-CCC-GCGG--GGC--A--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--CAAA--C-AGG-A-----TTATGTTC--TTCA--G-ATTA-------C--A------T-----CAGATTG---A---AGTT-GTCTAG-T-C--AAT--GTG-GT-A-A-T-----GA-T-G-T-----AT--T-A-ggcaatagcataggtatat
gi|3                          :                    TGTC-AT---A--TCG-G-----GA-CTTAGT---AA---------------T-T-----C-C-TCCTGC----GGC--A--C--C-------C-T---AC-ATTTAG-A-TGTA-AATCAA--C-AA--C-A-G-ATTATTT----TTG--CTAG--G-AT-A-------T--A------A-----CA----G---ATTGAGTT-G--TAA-T-CCTAAT--GAG-GG-A-A-T---T-AG-TAA-TA----AT--A-A-TT-C-TTT--A-GG-A--GGAAG--TTGATGGACGA--TGATCCTAT-T-A-AT--G-AATAattcc
gi|18                         :                     taC-CG---A--TCG-G-----GA------T---AA---------------T-------C-C-CCCCGCGG--G-C--A--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-TT---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----T----TTT--CTCA--G-A--T-------T--A------A-----C---------A---AGTT-GTCTAA-T-C--AAT----G-CT-ATA-T-A-T-AT-T-A-T-----A-----A-TT-C-TTT--A-GG-A--GG-AG--TTG-TGGACGA--TG----CAC-T-A-AT--G-CATAccatta
gi|16                         :                        -CT---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--GGC--A--C--A-------CTT---AC-AT---A-A-TT---AA---A--C-AA--C-A-G-A-----T----TTT--CTCA--G-A--AT------T--A------A-----CA----G---A-----TT-GT-TA----T--AAT--G-GAAT-A-A-T-A---AC-T-A-T-----AT--A-A-TTCT-TTT--A-GG-A--GA-GT--TTA-TGGA-GA--TG----CAC-T-A-GT--A-CATAcat
gi|12                         :                                                                           -----C-C-CCCCCCAT--GGC--A--C--A-------C-T---AT-AC---A-AATG---AAC--A----------A-A-A-----A----TTC--TTCA--G-A--T-------T--A------AAGAC-CA----GGGAA---GGTT-GTCAAC-T--------------------------AG-T-A-------AT--T---TT-G-TTC--A-GG-A--GG-AG--TTG-TGGACAA--CA----GAT-T-G-AG--G-CATAcatt
gi|28                         :                                                            ccttccaggactaacacccaaccccccccccc--GGC--A--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-CG---AAC--A--C-AA--C-A-T-A-----T----TTT--TTCA--G-A--T-------T--AAACCTGA-----TA----G---G---AGAT-GTCTAA-T-C--tgt
gi|38                         :                                                                                                                            ---A-A-TG---AAC--A--A-AA--C-A-G-G-----C----TTC--CTCA--G-A--T-------T--A------A-----tgtttaggagttgcagacaatgcattggggcttgt
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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lowQualScore                  :                                           3  333333   3 22222  3 0000 333  444444444444444 6 11111 2 2        00   00 77 77 3333333 3 555  3  444 2 2  888   77 00 0  77 2 2 2 44444  333  9999 3  2  222 000000000 2 77777777777777  7777777 000 333    4    4  3 3 22   7777 7  7 3 3 3 6   6 3 3 11111  2222   111   11 5  5 77  5 5 33   1       7777 4444   6 0 9  66 0    
consensus                     :                                 TAGAACTGTC-CT---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--GGC--A--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---TT----C-TC-AG---A---------T-T-A------A-----CA-------G---A---AGTT-GTCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AT--T-ATT-G-TTT--A-GG-A--GG-A-G--TTG-CGGACGA--C-G----CAC-T-A-AT--G-CATA
Reference ( family-153 )      :                                 TAGAACTGTC-CT---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--GGC--A--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---TT----C-TC-AG---A---------T-T-A------A-----CA-------G---A---AGTT-GTCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AT--T-ATT-G-TTT--A-GG-A--GG-A-G--TTG-TGGACGA--C-G----CAC-T-A-AT--G-CATA
gi|1                          :                                 TAGAACTGCC-CT---AATCCG-G-----AA-C----T---AAATGCCGCCCCCCCCCC-A-----C-CGCCCCGGCG--GGC--A--C--AGCCGTAAC-T---A--AT---A-A-TG---AAC--A--C-AGACC-A-T-A-----TT---TTT---C-TC-AG---A---------T-T-A------AACATGCA-------G---A---A-TT-GTCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAGAT-A-T-----AT--T-ATTGG-TTT--A-GG-A--GG-A-AGTTTG-CGGACAA--C-G----CAC-T-G-AT--GACAT
gi|10                         :                                     cCTGTC-CT---A--TCGAG-----GA-C----T---AA---------------T-A-----CGC-CCCCGC----GGC--A--C--A-------C-T---AC-ATA--A-A-TG----AC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---TT----C-TC-AG---ATTAACGAAGT-T-A------A-----CA-------G---A---AGTT-GTCT-AA-T-C--CAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----A---A-ATT---CTT--A-GG-A--GG-A-GT-TTG-TGGACGA--T-G-----AC-T-A-AT--G-CATAcca
gi|11                         :                                 TAGAACTGTC-CT---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--GGC--A--T--A-------C-T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---TC----C-TC-AG---A---------A-T-A------A-----CA-------G---A---AGTT-GTCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-CAG-T-A-T-----AT--T-ATT-G-TTT--A-GG-A--GG-A-G--CTG-TGGGCGA--T-G----CAC-T-A-AT--G-CATAc
gi|12                         :                                                                                              -----C-C-CCCCCCAT--GGC--A--C--A-------C-T---AT-AC---A-AATG---AAC--A--A-AA--------A-----TT---CT------TC-AG---A---------T-T-A------AAGAC-CA-------GGGAA---GGTT-GTC----------------------A-A-C---TAG-T-A-------AT--T--TT-G-TTC--A-GG-A--GG-A-G--TTG-TGGACAA--C-A----GAT-T-G-AG--G-CATA
gi|13                         : ccttccaggactaacacccaacccccccccccTGGAACTGTC-CT---T--TCA-G-----GA-C----T---AC---------------T-A-----C-C-CCC-ATAG--GAC--A--C--A-------T-T---AT-AT---A-T-TG---AAC--A--A-AA--C-A-G-A-----CT---TC----C-TC-AG---A---------T-T-A------AAC---CA-------G---A---AGTC-GTCT-TA-T-C--AAT--T-G-G-------------------------T--C-ACC-G-TTC--A-GG-A--GG-A-G--CTG-CAGACAA--T-G----CAT-T-tgt
gi|14                         :                        aaattttaataacACTGTC-CT---G--TCG-A-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--GAC--A--T--A-------C-G---AC-AT---A-A-CG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---TC----T-TC-AG---A---------T-T-AAACTTGA-----CA-------G---A---AGTT-GCCT-AA-T-C--AAT--G-GTGT-A-A-T-A-TAG-C-A-T-----AT--C-ATT-G-TTT--A-GG-A--AG-A-G--TTG-CAGACAA--T-A----CAT-T-tagg
gi|15                         :                                   GAACTGTC-CCTTGA--TCG-G------A-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CC--GCGG--GGC--A--C----------C-T---AC-AT---A-A-TG---ACC--A--CAAA--C-A-G-------TT---TT----C-TC-AG---T---------C-TAA------A-----CA-------G---A---AGT---TCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A--AG-T-A-TA----AT--TAATT-GTTTT--A-GG-A-----------TG-TGGACAA--T-G-----AC-T-A-AT--G-CATAg
gi|16                         :                                           -CT---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--GGC--A--C--A-------CTT---AC-AT---A-A-TT---AA---A--C-AA--C-A-G-A-----TT---TT----C-TC-AGA--A---------T-T-A------A-----CA-------G---A-----TT-GT-T-A----T--AAT--G-GAAT-A-A-T-A--AC-T-A-T-----AT--A-ATTCT-TTT--A-GG-A--GA-G-T--TTA-TGGA-GA--T-G----CAC-T-A-GT--A-CATAcatt
gi|17                         :                                     ACTGTC-CT---T--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCAG--GAC--A--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TA---TA----A-TC-AG---A---------C-TAA------A-----CA-------G---A---AGTT-GTCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-----------------------T-ATT-G-TTT--A-GG-A--CG-A-G--TTG-TGGACAA--C-G----CAC-T-A-AT--G-CATAcatt
gi|18                         :                                          C-CG---A--TCG-G-----GA------T---AA---------------T-------C-C-CCCCGCGG--G-C--A--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-TT---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---TT----C-TC-AG---A---------T-T-A------A-----C------------A---AGTT-GTCT-AA-T-C--AAT----G-CT-ATA-T-A-TAT-T-A-T-----A-----ATT-C-TTT--A-GG-A--GG-A-G--TTG-TGGACGA--T-G----CAC-T-A-AT--G-CATAca
gi|19                         :                                 TAGAACTGTC--T---A--TCG-G-----AA-C----T---AA---------------T-A-------C-CCCCGCGG--GGC--A--CCAA-------C-A---AC-AT-------TG---GAA--A--CAAA--C-A-G-A----------TT----C-TC-AG---A---------T-T--------A-----CA-----------A---AGTT-GTCT-AA-T-C--AAT----G-AT-A-----A-TGA-T-A-T-----AT-----TC-A-TTT--A-G-----GG-A-G--TTG-TGGA-GA--T-G----CAC-T-A-AT--G-CATAcat
gi|2                          :                                    AACT-TC-CT---A--TCG-T-----GATC----TTAGAG---------------T-AATCTCT-C-CCTCGCGGTAGGCCGA--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-TT---AAA--C--C-AA--C-A-C-ACACCATT---TT----C-TC-AG---A---------T-T-A------A-----CA-------GA--A---AGTT-GTCT-AACT-C--AATGGG-G-GT-A-ATT-ATTAG-T-A-G-----AT--A-ATT-C-TTTGAG-GG-A--GG-A-----TGTTGGACGA--CTA----CAC-TGA-ATTCG-CATA
gi|20                         :                             tataTAGAACTGTC-CT------TTG-G-----GA-C----T---AA-----------------A-----C-T-ACCCGCGA--G-C--A-----A-------C-T---TC-AT---A-A-TC---A-C--A--C-AA--C-A-G-T-----TT---TTT---C-TC-AG---A---------C-TAA------A-----CA-------G-------AGTT-GTGT-AA-T-CA-AAT--G------A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AT--T-A-T-G-TTT----GG-A--G----A--TTG-TGGACAA--C-G----CAC-tac
gi|21                         :                                    AAATGTC-GT---T--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCTGCGG--AGC--A--C--A-------C-C---------------------------------------------------------C-TC-AG---A---------C-T-A------A-----CA-------G---A---AGTT-GTCT-AA-T-C--TAT--G-G-GT-A-A-T-A-AAG-T-ACT-----AT--TAATT-G-TTT-------A--GG-A-G--TTG-TGGACAAATT-G----CACGG-A-AT--G-CATa
gi|22                         :                                      CTGTC-CT---A--TCG-G------A-C----T---AAA--------------T-A-----C-C-CCC-GCGG--GGC--A--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--CAAA--C-AGG-A-----TTATGTT----CTTC-AG---A---------T-T--------A-----CATCAGATTG---A---AGTT-GTCT-AG-T-C--AAT--GTG-GT-A-----A-TGA-T-G-T-----AT--T-Atacatt
gi|23                         :                                 TAGAACTGGC-CT---T--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--GGC--A--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-TG---AAA--G--C-AA--C-A-G-A-----TT---TT----C-TC-AG---A---------C-TAA------A-----CA-------G---A---AGTT-GGCT-AA-T-C--GAA--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AT--T-ATT-G-TTattcc
gi|24                         :                                                                                                                                                       c---AAC--A--C-AA--CTA-G-A-----TT---TTT---C-TC-AG---A---------T-TAA------A-----CA-----------A---AGTTCGTCTAAA-T-C--AAT--G-G-GTCA-A-T-A-TAGTT-A-TA----AT--A-ATT-C-TTT--A-GG-A--GG-ATG--TT--TTCACGA--T-GA---CAC-T-A-AT--G-CAT
gi|25                         :                                aTAGAACTGTC-CT---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CC-CGCGG--GGC--A--C--A-------T-T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-C-T-A-----TT---TT----C-TC-AG---A---------T-TAA------A-----CA-------G---A---AGTT-GTCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AT--T-tacaatt
gi|26                         :                                  cGAACTGTC-CT---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--GGC--A--T--A-------C-T---AC-AT---A-A-TT---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---TT----C-TC-AG---A---------T-T-A------A-----CA-------G---A---AGTT-GTCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AT--
gi|27                         :                                      CTGTC-CT---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CC-CGCGG--GGC--A--T--A-------C-T---AC-AT---A-A-TT---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---TT----C-TC-AG---A---------T-T-A------A-----CA-------G---A---AGTT-GTCT-AA---C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AT--aa
gi|28                         :                                                                                                               --GGC--A--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-CG---AAC--A--C-AA--C-A-T-A-----TT---TT----T-TC-AG---A---------T-T-AAACCTGA-----TA-------G---G---AGAT-GTCT-AA-T-C--------------------------------------------T-G-TTT-------A--GG-A-G--TTG-CAGACAA--T-G----CAT-T-aa
gi|29                         :                                      CTGTC-CT---T--TTG-G-----GA-C----C---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--AGC--A--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---TT----C-TC-AG---A---------C-TAA------A-----CA-------G---A---AGggggcttgt
gi|3                          :                                       TGTC-AT---A--TCG-G-----GA-CTTAGT---AA---------------T-T-----C-C-TCCTGC----GGC--A--C--C-------C-T---AC-ATTTAG-A-TGTA-AATCAA--C-AA--C-A-G-A-----TTA--TTTTTGC-TA-GG---A---------TAT-A------A-----CA-------G---ATTGAGTT-G--T-AA-T-CCTAAT--GAG-GG-A-A-T---TAG-TAA-TA----AT--A-ATT-C-TTT--A-GG-A--GGAA-G--TTGATGGACGA--T-GATCCTAT-T-A-AT--G-AATAggcaatagcataggtatat
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                 taC-AG---A---------T-T-A------AAT---CA-------G---A---AGTT-GTCT-TA-T-C--AAA--T-G-GT-C-A-T-GCTAG-T-A-T-----AT--T-A-T-G-TTC--A-TG----GG-A-G--TTA-CGGACAA--T-G----CAC-T-G-AG--G-CATAccatta
gi|31                         :                                 aaGAACTGTC-CT---A--ACG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-ACC-GCGG--GGC--A--C--A-------C-T---GC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---TT----C-TC-AG---A---------C-T-A------A-----ta
gi|32                         :                                    AACTGTC-CC---T--TTG-G-----GA-C----T---AA---------------TGA-----C-C-CTCCGCGG--GGC--T--C--A-------A-T---AA-AA---A-A-GA---AAA--A--G-AA--C-A-A-A-----Ta
gi|33                         :                               gaTAGAACTGTC-CT---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCTACAG--GGC--A--C--A-------C-T---AC-AT---ACA-TG---
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        c-A-TGG-T-A-C------T--T-ATT-G-TTT--A-GG-A--GG-A-G--TTG-CAGACAA--T-G----CAT-T-G-AG--G-ggagagg
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                             tgtaA-T-C--AAT--T-T-GT-A-A-T-G-TAG-C-A-T-----ATCAT-ATT-G-TTG--A-GG-A--GG-A-G--TTG-CGAACAA--C-A----CGT-T-G-AT--ttgttttgga
gi|37                         :                                 TAGAATTGTC-CT---T--TCA-G-----GA-C----T---AA---------------T-------C-C-CCACATAG--GAC--A--C--A-------
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gi|39                         :                                 TAGAACTGTC-CT---A--TT--G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----T-C-CCCactggaattaa
gi|4                          :                      aattgaataacTAGAACTGTC-CT---A--TCG-G-----GA-CC---T---AA---------------T-C-----C-C-ACCCGCGG--GGC--A--C--A-------C-TAAAAC-AT---A-A-TGTTAGAC--A--CAAA--C-A-GCA-----TTTC-TT----C-TC-AG---A---------T-TAA------A-----CA-------G---A---ATTT-GTCC-TA-T-C--AAT----G-GT-A-A-T-A-TA--T-A-TAACTAAT--A-ATT-C-TTT--A-GGAA--GG-A-GT-TTG-TGGA-GA--C-GTGA-CAC-TGA-AT--G-
gi|5                          :                              aacTAGAACTGTC-CT---A--TCG-GGACTAGA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCGGCGGA-GGC--A--C--A-------C-T---AC--T---A-A-TG---AAC--ATCC-AA--C-A-G-A------T---TT----C-TC-AGGGAA---------T-TAA------A-----CAG------G---A---AGTT-GTCT-AA-T-A--AAT--G-G-GTAA-A-TAA-TAG-T-A-T-----AT--T-ATT-T-CTT--CTAG-A--GG-A-GT-TTG-TGGACgagatga
gi|6                          :                                  AGAACTGTC-CT---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------TTA-----C-C-ACCCGCGG--G-C--A--C--AA------C-TC--ACCAT---A-A-TA---ATC--AT-C-AA--C-A-G-AC----TT---TT----A-TC-AGCA-A---------T-T-G------------CA-------G---A---CGTG-TTCT-A--T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AA--T-AAT-C-TTT--A-GG-AT-GG-A-G--TTG-TGGACGA--G-A----CAC-T-ACAT--GACATAtcctgaactagatg
gi|7                          :                                 TAGAACTGTC-CT---A--TCG-G-----GA-C----T---TA---------------T-A-------C-CCCCGCGG--GCC--ATTT--A---------T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---TT----C-TC-AG---A-----------T-A------A-----CA-------G---A---AGTT-GTCT-AA-TCC--AAG--G-C-GT-A-A-T-A-TAG-T---T-----AT--T-ATT-C-TGT--A-GG-A--GG-A-GT-TTG-TGGACGA--T-GC---CAC-TAA-AT--G-CATAacat
gi|8                          :                                cTAGAACTGTC-CTT--A--TCG-G-----GA------T---AA-----------------A-----C-C-CCCCGCGG--GGCC-A--C--A-------T-T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---TTT---C-TC-AG---A---------T-T-A------A-----CA-------G---A---AGTT-GTCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AT--A-ATT-C-TTT--A-GG-A--GG-A-G---TG-TGGACGA--T-G----CAC-T-A-AT--G-CATAc
gi|9                          :                                cTAGAACTGTCGCT---A--TCG-G------A-C----T---CA---------------T-A-----C-C-CC--GCGG--GGC--A--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A------T---TT----C-TCAAG---A---------T-T-A------A-----CA-------GA--A---AGTT-GCCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AT--T-ATT-C-TTT--A-GG-AGCGA-A-A--TTG-TGGACGA--T-G----CAC-T-A-AT--G-CATAca
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lowQualScore                  :                                           3  333333   3 22222  3 0000 333  444444444444444 6 11111 2 2        00   00 77 77 3333333 3 555  3  444 2 2  888   77 00 0  77 2 2 2 44444  333  9999 3  2  222 000000000 2 77777777777777  7777777 000 333    4    4  3 3 22   7777 7  7 3 3 3 6   6 3 3 11111  2222   111   11 5  5 77  5 1 88   00      7777 4444   6 0 9  66 0    
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Reference ( family-153 )      :                                 TAGAACTGTC-CT---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--GGC--A--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---TT----C-TC-AG---A---------T-T-A------A-----CA-------G---A---AGTT-GTCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AT--T-ATT-G-TTT--A-GG-A--GG-A-G--TTG-CGGACGA--C-G----CAC-T-A-AT--G-CATA
gi|1                          :                                 TAGAACTGCC-CT---AATCCG-G-----AA-C----T---AAATGCCGCCCCCCCCCC-A-----C-CGCCCCGGCG--GGC--A--C--AGCCGTAAC-T---A--AT---A-A-TG---AAC--A--C-AGACC-A-T-A-----TT---TTT---C-TC-AG---A---------T-T-A------AACATGCA-------G---A---A-TT-GTCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAGAT-A-T-----AT--T-ATTGG-TTT--A-GG-A--GG-A-AGTTTG-CGGACAA--C-G----CAC-T-G-AT--GACAT
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gi|11                         :                                 TAGAACTGTC-CT---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--GGC--A--T--A-------C-T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---TC----C-TC-AG---A---------A-T-A------A-----CA-------G---A---AGTT-GTCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-CAG-T-A-T-----AT--T-ATT-G-TTT--A-GG-A--GG-A-G--CTG-TGGGCGA--T-G----CAC-T-A-AT--G-CATAc
gi|12                         :                                                                                              -----C-C-CCCCCCAT--GGC--A--C--A-------C-T---AT-AC---A-AATG---AAC--A--A-AA--------A-----TT---CT------TC-AG---A---------T-T-A------AAGAC-CA-------GGGAA---GGTT-GTC----------------------A-A-C---TAG-T-A-------AT--T--TT-G-TTC--A-GG-A--GG-A-G--TTG-TGGACAA--C-A----GAT-T-G-AG--G-CATA
gi|13                         : ccttccaggactaacacccaacccccccccccTGGAACTGTC-CT---T--TCA-G-----GA-C----T---AC---------------T-A-----C-C-CCC-ATAG--GAC--A--C--A-------T-T---AT-AT---A-T-TG---AAC--A--A-AA--C-A-G-A-----CT---TC----C-TC-AG---A---------T-T-A------AAC---CA-------G---A---AGTC-GTCT-TA-T-C--AAT--T-G-G-------------------------T--C-ACC-G-TTC--A-GG-A--GG-A-G--CTG-CAGACAA--T-G----CAT-T-tgt
gi|14                         :                        aaattttaataacACTGTC-CT---G--TCG-A-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--GAC--A--T--A-------C-G---AC-AT---A-A-CG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---TC----T-TC-AG---A---------T-T-AAACTTGA-----CA-------G---A---AGTT-GCCT-AA-T-C--AAT--G-GTGT-A-A-T-A-TAG-C-A-T-----AT--C-ATT-G-TTT--A-GG-A--AG-A-G--TTG-CAGACAA--T-A----CAT-T-tagg
gi|15                         :                                   GAACTGTC-CCTTGA--TCG-G------A-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CC--GCGG--GGC--A--C----------C-T---AC-AT---A-A-TG---ACC--A--CAAA--C-A-G-------TT---TT----C-TC-AG---T---------C-TAA------A-----CA-------G---A---AGT---TCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A--AG-T-A-TA----AT--TAATT-GTTTT--A-GG-A-----------TG-TGGACAA--T-G-----AC-T-A-AT--G-CATAg
gi|16                         :                                           -CT---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--GGC--A--C--A-------CTT---AC-AT---A-A-TT---AA---A--C-AA--C-A-G-A-----TT---TT----C-TC-AGA--A---------T-T-A------A-----CA-------G---A-----TT-GT-T-A----T--AAT--G-GAAT-A-A-T-A--AC-T-A-T-----AT--A-ATTCT-TTT--A-GG-A--GA-G-T--TTA-TGGA-GA--T-G----CAC-T-A-GT--A-CATAcatt
gi|17                         :                                     ACTGTC-CT---T--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCAG--GAC--A--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TA---TA----A-TC-AG---A---------C-TAA------A-----CA-------G---A---AGTT-GTCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-----------------------T-ATT-G-TTT--A-GG-A--CG-A-G--TTG-TGGACAA--C-G----CAC-T-A-AT--G-CATAcatt
gi|18                         :                                          C-CG---A--TCG-G-----GA------T---AA---------------T-------C-C-CCCCGCGG--G-C--A--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-TT---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---TT----C-TC-AG---A---------T-T-A------A-----C------------A---AGTT-GTCT-AA-T-C--AAT----G-CT-ATA-T-A-TAT-T-A-T-----A-----ATT-C-TTT--A-GG-A--GG-A-G--TTG-TGGACGA--T-G----CAC-T-A-AT--G-CATAca
gi|19                         :                                 TAGAACTGTC--T---A--TCG-G-----AA-C----T---AA---------------T-A-------C-CCCCGCGG--GGC--A--CCAA-------C-A---AC-AT-------TG---GAA--A--CAAA--C-A-G-A----------TT----C-TC-AG---A---------T-T--------A-----CA-----------A---AGTT-GTCT-AA-T-C--AAT----G-AT-A-----A-TGA-T-A-T-----AT-----TC-A-TTT--A-G-----GG-A-G--TTG-TGGA-GA--T-G----CAC-T-A-AT--G-CATAcat
gi|2                          :                                    AACT-TC-CT---A--TCG-T-----GATC----TTAGAG---------------T-AATCTCT-C-CCTCGCGGTAGGCCGA--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-TT---AAA--C--C-AA--C-A-C-ACACCATT---TT----C-TC-AG---A---------T-T-A------A-----CA-------GA--A---AGTT-GTCT-AACT-C--AATGGG-G-GT-A-ATT-ATTAG-T-A-G-----AT--A-ATT-C-TTTGAG-GG-A--GG-ATG--TT---GGACGA--CTA----CAC-TGA-ATTCG-CATA
gi|20                         :                             tataTAGAACTGTC-CT------TTG-G-----GA-C----T---AA-----------------A-----C-T-ACCCGCGA--G-C--A-----A-------C-T---TC-AT---A-A-TC---A-C--A--C-AA--C-A-G-T-----TT---TTT---C-TC-AG---A---------C-TAA------A-----CA-------G-------AGTT-GTGT-AA-T-CA-AAT--G------A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AT--T-A-T-G-TTT----GG-A--G----A--TTG-TGGACAA--C-G----CAC-tac
gi|21                         :                                    AAATGTC-GT---T--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCTGCGG--AGC--A--C--A-------C-C---------------------------------------------------------C-TC-AG---A---------C-T-A------A-----CA-------G---A---AGTT-GTCT-AA-T-C--TAT--G-G-GT-A-A-T-A-AAG-T-ACT-----AT--TAATT-G-TTT-------A--GG-A-G--TTG-TGGACAAATT-G----CACGG-A-AT--G-CATa
gi|22                         :                                      CTGTC-CT---A--TCG-G------A-C----T---AAA--------------T-A-----C-C-CCC-GCGG--GGC--A--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--CAAA--C-AGG-A-----TTATGTT----CTTC-AG---A---------T-T--------A-----CATCAGATTG---A---AGTT-GTCT-AG-T-C--AAT--GTG-GT-A-----A-TGA-T-G-T-----AT--T-Atacatt
gi|23                         :                                 TAGAACTGGC-CT---T--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--GGC--A--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-TG---AAA--G--C-AA--C-A-G-A-----TT---TT----C-TC-AG---A---------C-TAA------A-----CA-------G---A---AGTT-GGCT-AA-T-C--GAA--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AT--T-ATT-G-TTattcc
gi|24                         :                                                                                                                                                       c---AAC--A--C-AA--CTA-G-A-----TT---TTT---C-TC-AG---A---------T-TAA------A-----CA-----------A---AGTTCGTCTAAA-T-C--AAT--G-G-GTCA-A-T-A-TAGTT-A-TA----AT--A-ATT-C-TTT--A-GG-A--GG-ATGT-TTT-C--ACGA--T-GA---CAC-T-A-AT--G-CAT
gi|25                         :                                aTAGAACTGTC-CT---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CC-CGCGG--GGC--A--C--A-------T-T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-C-T-A-----TT---TT----C-TC-AG---A---------T-TAA------A-----CA-------G---A---AGTT-GTCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AT--T-tacaatt
gi|26                         :                                  cGAACTGTC-CT---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--GGC--A--T--A-------C-T---AC-AT---A-A-TT---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---TT----C-TC-AG---A---------T-T-A------A-----CA-------G---A---AGTT-GTCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AT--
gi|27                         :                                      CTGTC-CT---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CC-CGCGG--GGC--A--T--A-------C-T---AC-AT---A-A-TT---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---TT----C-TC-AG---A---------T-T-A------A-----CA-------G---A---AGTT-GTCT-AA---C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AT--aa
gi|28                         :                                                                                                               --GGC--A--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-CG---AAC--A--C-AA--C-A-T-A-----TT---TT----T-TC-AG---A---------T-T-AAACCTGA-----TA-------G---G---AGAT-GTCT-AA-T-C--------------------------------------------T-G-TTT-------A--GG-A-G--TTG-CAGACAA--T-G----CAT-T-aa
gi|29                         :                                      CTGTC-CT---T--TTG-G-----GA-C----C---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--AGC--A--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---TT----C-TC-AG---A---------C-TAA------A-----CA-------G---A---AGggggcttgt
gi|3                          :                                       TGTC-AT---A--TCG-G-----GA-CTTAGT---AA---------------T-T-----C-C-TCCTGC----GGC--A--C--C-------C-T---AC-ATTTAG-A-TGTA-AATCAA--C-AA--C-A-G-A-----TTA--TTTTTGC-TA-GG---A---------TAT-A------A-----CA-------G---ATTGAGTT-G--T-AA-T-CCTAAT--GAG-GG-A-A-T---TAG-TAA-TA----AT--A-ATT-C-TTT--A-GG-A--GGAA-G--TTGATGGACGA--T-GATCCTAT-T-A-AT--G-AATAggcaatagcataggtatat
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                 taC-AG---A---------T-T-A------AAT---CA-------G---A---AGTT-GTCT-TA-T-C--AAA--T-G-GT-C-A-T-GCTAG-T-A-T-----AT--T-A-T-G-TTC--A-TG----GG-A-G--TTA-CGGACAA--T-G----CAC-T-G-AG--G-CATAccatta
gi|31                         :                                 aaGAACTGTC-CT---A--ACG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-ACC-GCGG--GGC--A--C--A-------C-T---GC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---TT----C-TC-AG---A---------C-T-A------A-----ta
gi|32                         :                                    AACTGTC-CC---T--TTG-G-----GA-C----T---AA---------------TGA-----C-C-CTCCGCGG--GGC--T--C--A-------A-T---AA-AA---A-A-GA---AAA--A--G-AA--C-A-A-A-----Ta
gi|33                         :                               gaTAGAACTGTC-CT---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCTACAG--GGC--A--C--A-------C-T---AC-AT---ACA-TG---
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        c-A-TGG-T-A-C------T--T-ATT-G-TTT--A-GG-A--GG-A-G--TTG-CAGACAA--T-G----CAT-T-G-AG--G-ggagagg
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                             tgtaA-T-C--AAT--T-T-GT-A-A-T-G-TAG-C-A-T-----ATCAT-ATT-G-TTG--A-GG-A--GG-A-G--TTG-CGAACAA--C-A----CGT-T-G-AT--ttgttttgga
gi|37                         :                                 TAGAATTGTC-CT---T--TCA-G-----GA-C----T---AA---------------T-------C-C-CCACATAG--GAC--A--C--A-------
gi|38                         :                                                                                                                                               ---A-A-TG---AAC--A--A-AA--C-A-G-G-----CT---TC----C-TC-AG---A---------T-T-A------A-----
gi|39                         :                                 TAGAACTGTC-CT---A--TT--G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----T-C-CCCactggaattaa
gi|4                          :                      aattgaataacTAGAACTGTC-CT---A--TCG-G-----GA-CC---T---AA---------------T-C-----C-C-ACCCGCGG--GGC--A--C--A-------C-TAAAAC-AT---A-A-TGTTAGAC--A--CAAA--C-A-GCA-----TTTC-TT----C-TC-AG---A---------T-TAA------A-----CA-------G---A---ATTT-GTCC-TA-T-C--AAT----G-GT-A-A-T-A-TA--T-A-TAACTAAT--A-ATT-C-TTT--A-GGAA--GG-A-GT-TTG-TGGA-GA--C-GTGA-CAC-TGA-AT--G-
gi|5                          :                              aacTAGAACTGTC-CT---A--TCG-GGACTAGA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCGGCGGA-GGC--A--C--A-------C-T---AC--T---A-A-TG---AAC--ATCC-AA--C-A-G-A------T---TT----C-TC-AGGGAA---------T-TAA------A-----CAG------G---A---AGTT-GTCT-AA-T-A--AAT--G-G-GTAA-A-TAA-TAG-T-A-T-----AT--T-ATT-T-CTT--CTAG-A--GG-A-GT-TTG-TGGACgagatga
gi|6                          :                                  AGAACTGTC-CT---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------TTA-----C-C-ACCCGCGG--G-C--A--C--AA------C-TC--ACCAT---A-A-TA---ATC--AT-C-AA--C-A-G-AC----TT---TT----A-TC-AGCA-A---------T-T-G------------CA-------G---A---CGTG-TTCT-A--T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AA--T-AAT-C-TTT--A-GG-AT-GG-A-G--TTG-TGGACGA--G-A----CAC-T-ACAT--GACATAtcctgaactagatg
gi|7                          :                                 TAGAACTGTC-CT---A--TCG-G-----GA-C----T---TA---------------T-A-------C-CCCCGCGG--GCC--ATTT--A---------T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---TT----C-TC-AG---A-----------T-A------A-----CA-------G---A---AGTT-GTCT-AA-TCC--AAG--G-C-GT-A-A-T-A-TAG-T---T-----AT--T-ATT-C-TGT--A-GG-A--GG-A-GT-TTG-TGGACGA--T-GC---CAC-TAA-AT--G-CATAacat
gi|8                          :                                cTAGAACTGTC-CTT--A--TCG-G-----GA------T---AA-----------------A-----C-C-CCCCGCGG--GGCC-A--C--A-------T-T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---TTT---C-TC-AG---A---------T-T-A------A-----CA-------G---A---AGTT-GTCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AT--A-ATT-C-TTT--A-GG-A--GG-A-G---TG-TGGACGA--T-G----CAC-T-A-AT--G-CATAc
gi|9                          :                                cTAGAACTGTCGCT---A--TCG-G------A-C----T---CA---------------T-A-----C-C-CC--GCGG--GGC--A--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A------T---TT----C-TCAAG---A---------T-T-A------A-----CA-------GA--A---AGTT-GCCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AT--T-ATT-C-TTT--A-GG-AGCGA-A-A--TTG-TGGACGA--T-G----CAC-T-A-AT--G-CATAca


blockSeqs                     :                                           G  TTGA     A GACTA  T TTAG TAG  A               G ATCTC G .        TA   CG TT CA A       T AAA  C  TTA C A  TTA   CA TC A  .  T G C CACCA  ATG  TTTG T  A  GGA TTAACGAAG A AAACTTGA        TCAGATT GGA TTG    C    A  C C CT   GGG  T  C T T A T   T A C AACTA  CAT    GT    GA T  A GC  A T T    AT      ATT  ATCC   G G C  TC A
blockSeqs                     :                                           .  TA       . .      . C    .    .               T .     . .        A    C  .  .  .       . C    .  A   . .  TA    .  T  A  .  . . . C      TC   T    .  .  CA  .         . AAACCTGA        G       A   .      .    .  . . A    GT   A  A . . . C   . . . A      TA     CT    .  .  . T   . T T    T       CT   TGA    . G .  .  .
blockSeqs                     :                                           .  A        . .      . .    .    .               . .     . .        .    .  .  .  .       . .    .  .   . .  .     .  .  A  .  . . . .      A    T    .  .  A   .         . AAAGAC          .       A   .      .    .  . . .    GA   .  . . . . .   . . . A      TA     G     .  .  . .   . . T    T       T    A      . A .  .  .
blockSeqs                     :                                           .  A        . .      . .    .    .               . .     . .        .    .  .  .  .       . .    .  .   . .  .     .  .  A  .  . . . .      .    T    .  .  .   .         . AAAC            .       .   .      .    .  . . .    G    .  . . . . .   . . . A      A      G     .  .  . .   . . T    T       T    C      . . .  .  .
blockSeqs                     :                                           .  T        . .      . .    .    .               . .     . .        .    .  .  .  .       . .    .  .   . .  .     .  .  .  .  . . . .      .    .    .  .  .   .         . AAAT            .       .   .      .    .  . . .    G    .  . . . . .   . . . .      T      G     .  .  . .   . . T    C       C    .      . . .  .  .
blockSeqs                     :                                           .  G        . .      . .    .    .               . .     . .        .    .  .  .  .       . .    .  .   . .  .     .  .  .  .  . . . .      .    .    .  .  .   .         . AAA             .       .   .      .    .  . . .    T    .  . . . . .   . . . .      T      G     .  .  . .   . . .    C       T    .      . . .  .  .
blockSeqs                     :                                           .  A        . .      . .    .    .               . .     . .        .    .  .  .  .       . .    .  .   . .  .     .  .  .  .  . . . .      .    .    .  .  .   .         . AAA             .       .   .      .    .  . . .    G    .  . . . . .   . . . .      C      G     .  .  . .   . . .    T       T    .      . . .  .  .
blockSeqs                     :                                           .  T        . .      . .    .    .               . .     . .        .    .  .  .  .       . .    .  .   . .  .     .  .  .  .  . . . .      .    .    .  .  .   .         . AAA             .       .   .      .    .  . . .    G    .  . . . . .   . . . .      C      C     .  .  . .   . . .    T       T    .      . . .  .  .
blockSeqs                     :                                           .  A        . .      . .    .    .               . .     . .        .    .  .  .  .       . .    .  .   . .  .     .  .  .  .  . . . .      .    .    .  .  .   .         . AAA             .       .   .      .    .  . . .    G    .  . . . . .   . . . .      A      A     .  .  . .   . . .    T       T    .      . . .  .  .
blockSeqs                     :                                           .  A        . .      . .    .    .               . .     . .        .    .  .  .  .       . .    .  .   . .  .     .  .  .  .  . . . .      .    .    .  .  .   .         . AAA             .       .   .      .    .  . . .    G    .  . . . . .   . . . .      T      C     .  .  . .   . . .    T       C    .      . . .  .  .
blockSeqs                     :                                           .  A        . .      . .    .    .               . .     . .        .    .  .  .  .       . .    .  .   . .  .     .  .  .  .  . . . .      .    .    .  .  .   .         . AAA             .       .   .      .    .  . . .    G    .  . . . . .   . . . .      A      G     .  .  . .   . . .    T       T    .      . . .  .  .
blockSeqs                     :                                           .  T        . .      . .    .    .               . .     . .        .    .  .  .  .       . .    .  .   . .  .     .  .  .  .  . . . .      .    .    .  .  .   .         . AAA             .       .   .      .    .  . . .    G    .  . . . . .   . . . .      T      G     .  .  . .   . . .    T       T    .      . . .  .  .
blockSeqs                     :                                           .  A        . .      . .    .    .               . .     . .        .    .  .  .  .       . .    .  .   . .  .     .  .  .  .  . . . .      .    .    .  .  .   .         . AAA             .       .   .      .    .  . . .    G    .  . . . . .   . . . .      T      G     .  .  . .   . . .    T       C    .      . . .  .  .
blockSeqs                     :                                           .  T        . .      . .    .    .               . .     . .        .    .  .  .  .       . .    .  .   . .  .     .  .  .  .  . . . .      .    .    .  .  .   .         . AAA             .       .   .      .    .  . . .    G    .  . . . . .   . . . .      T      C     .  .  . .   . . .    C       T    .      . . .  .  .
blockSeqs                     :                                           .  A        . .      . .    .    .               . .     . .        .    .  .  .  .       . .    .  .   . .  .     .  .  .  .  . . . .      .    .    .  .  .   .         . AA              .       .   .      .    .  . . .    G    .  . . . . .   . . . .      A      G     .  .  . .   . . .    C       T    .      . . .  .  .
blockSeqs                     :                                           .  A        . .      . .    .    .               . .     . .        .    .  .  .  .       . .    .  .   . .  .     .  .  .  .  . . . .      .    .    .  .  .   .         . AA              .       .   .      .    .  . . .    G    .  . . . . .   . . . .      T      C     .  .  . .   . . .    C       T    .      . . .  .  .
blockSeqs                     :                                           .  A        . .      . .    .    .               . .     . .        .    .  .  .  .       . .    .  .   . .  .     .  .  .  .  . . . .      .    .    .  .  .   .         . AA              .       .   .      .    .  . . .    G    .  . . . . .   . . . .      A      G     .  .  . .   . . .    C       T    .      . . .  .  .
blockSeqs                     :                                           .  T        . .      . .    .    .               . .     . .        .    .  .  .  .       . .    .  .   . .  .     .  .  .  .  . . . .      .    .    .  .  .   .         . AA              .       .   .      .    .  . . .    T    .  . . . . .   . . . .      T      G     .  .  . .   . . .    C       T    .      . . .  .  .
blockSeqs                     :                                           .  A        . .      . .    .    .               . .     . .        .    .  .  .  .       . .    .  .   . .  .     .  .  .  .  . . . .      .    .    .  .  .   .         . AA              .       .   .      .    .  . . .    T    .  . . . . .   . . . .      T      G     .  .  . .   . . .    T       C    .      . . .  .  .
blockSeqs                     :                                           .  A        . .      . .    .    .               . .     . .        .    .  .  .  .       . .    .  .   . .  .     .  .  .  .  . . . .      .    .    .  .  .   .         . AA              .       .   .      .    .  . . .    G    .  . . . . .   . . . .      A      C     .  .  . .   . . .    T       C    .      . . .  .   
blockSeqs                     :                                           .  T        . .      . .    .    .               . .     . .        .    .  .  .  .       . .    .  .   . .  .     .  .  .  .  . . . .      .    .    .  .  .   .         . AA              .       .   .      .    .  . . .    G    .  . . . . .   . . . .      T      T     .  .  . .   . . .    T       G    .      . .        
blockSeqs                     :                                           .  A        . .      . .    .    .               . .     . .        .    .  .  .  .       . .    .  .   . .  .     .  .  .  .  . . . .      .    .    .  .  .   .         . AA              .       .   .      .    .  . . .    G    .  . . . . .   . . . .      T      C     .  .  . .   . . .    T       T    .      . .        
blockSeqs                     :                                           .  T        . .      . .    .    .               . .     . .        .    .  .  .  .       . .    .  .   . .  .     .  .  .  .  . . . .      .    .    .  .  .   .         . AA              .       .   .      .    .  . . .    G    .  . . . . .   . . . .      T      C     .  .  . .   . . .    T       T    .      . .        
blockSeqs                     :                                           .  A        . .      . .    .    .               . .     . .        .    .  .  .  .       . .    .  .   . .  .     .  .  .  .  . . . .      .    .    .  .  .   .         . AA              .       .   .      .    .  . . .    G    .  . . . . .   . . . .      A      C     .  .  . .   . . .    T       T    .      .          
blockSeqs                     :                                           .  A        . .      . .    .    .               . .     . .        .    .  .  .  .       . .    .  .   . .  .     .  .  .  .  . . . .      .    .    .  .  .   .         . AA              .       .   .      .    .  . . .    .    .  . . . . .   . . . .      T      C     .  .  . .   . . .    .                              
blockSeqs                     :                                           .  A        . .      . .    .    .               . .     . .        .    .  .  .  .       . .    .  .   . .  .     .  .  .  .  . . . .      .    .    .  .  .   .         . AA              .       .   .      .    .  . . .    .    .  . . . . .   . . . .      .      .                                                         
blockSeqs                     :                                           .  A        . .      . .    .    .               . .     . .        .    .  .  .  .       . .    .  .   . .  .     .  .  .  .  . . . .      .    .    .  .  .   .         . AA              .       .   .      .    .  . . .    .    .  . . . . .   . . . .      .                                                                
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finalCons                     :                                 TAGAACTGTC-CTA-----TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--GGC--A--C--A-------C-T---AC-AT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---TT----C-TC-AG---A---------T-TAAA-----------CA-------G---A---AGTT-GTCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AT--T-ATTG--TTT--A-GG-A--GG-A-G--TTG-CGGACGA--C-G----CAC-T-A-AT--G-CATA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|40 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN






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lowQualScore                  :                                           3 3 000000   3 22222  3 0000 333  666666666666666 3 11111 2 2        00  2 77 77 00 1111111 3 3 555   444 2 2  888   77 00 8  00 2 2 2 66666  555 88 6666 3  2  999   777777777 11111 999 22222 8888 888 333    3    4  3 3 22   7777 7  7 3 3 3 6   6 3 3 11111  2222   111   11 5  5 77  5 1 88   00      7777 4444   6 0 9  66 0    
consensus                     :                                 TAGAACTGTC-C-T---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--GG-C--A--C--A-------C-T-A---CAT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---T--T----C-TC-AG---ATTA--------A-----A---C-----A----G---A---AGTT-GTCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AT--T-ATT-G-TTT--A-GG-A--GG-A-G--TTG-CGGACGA--C-G----CAC-T-A-AT--G-CATA
Reference ( family-153 )      :                                 TAGAACTGTC-C-T---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--GG-C--A--C--A-------C-T-A---CAT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---T--T----C-TC-AG---ATTA--------A-----A---C-----A----G---A---AGTT-GTCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AT--T-ATT-G-TTT--A-GG-A--GG-A-G--TTG-CGGACGA--C-G----CAC-T-A-AT--G-CATA
gi|1                          :                                 TAGAACTGCC-C-T---AATCCG-G-----AA-C----T---AAATGCCGCCCCCCCCCC-A-----C-CGCCCCGGCG--GG-C--A--C--AGCCGTAAC-T-A----AT---A-A-TG---AAC--A--C-AGACC-A-T-A-----TT---T--TT---C-TC-AG---ATTA--------A-----A---C-----ATGCAG---A---A-TT-GTCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAGAT-A-T-----AT--T-ATTGG-TTT--A-GG-A--GG-A-AGTTTG-CGGACAA--C-G----CAC-T-G-AT--GACAT
gi|10                         :                                     cCTGTC-C-T---A--TCGAG-----GA-C----T---AA---------------T-A-----CGC-CCCCGC----GG-C--A--C--A-------C-T-A---CATA--A-A-TG----AC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---T--T----C-TC-AG---ATTAACGAAGTTA-----A---C-----A----G---A---AGTT-GTCT-AA-T-C--CAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----A---A-ATT---CTT--A-GG-A--GG-A-GT-TTG-TGGACGA--T-G-----AC-T-A-AT--G-CATAcca
gi|11                         :                                 TAGAACTGTC-C-T---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--GG-C--A--T--A-------C-T-A---CAT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---T--C----C-TC-AG---AAT---------A-----A---C-----A----G---A---AGTT-GTCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-CAG-T-A-T-----AT--T-ATT-G-TTT--A-GG-A--GG-A-G--CTG-TGGGCGA--T-G----CAC-T-A-AT--G-CATAc
gi|12                         :                                                                                               -----C-C-CCCCCCAT--GG-C--A--C--A-------C-T-A---TAC---A-AATG---AAC--A--A-AA--------A-----TT---C--T------TC-AG---ATTA--------A-----AGACC-----A----GGGAA---GGTT-GTC----------------------A-A-C---TAG-T-A-------AT--T--TT-G-TTC--A-GG-A--GG-A-G--TTG-TGGACAA--C-A----GAT-T-G-AG--G-CATA
gi|13                         : ccttccaggactaacacccaacccccccccccTGGAACTGTC-C-T---T--TCA-G-----GA-C----T---AC---------------T-A-----C-C-CCC-ATAG--GA-C--A--C--A-------T-T-A---TAT---A-T-TG---AAC--A--A-AA--C-A-G-A-----CT---T--C----C-TC-AG---ATTA--------A-----AC--C-----A----G---A---AGTC-GTCT-TA-T-C--AAT--T-G-G-------------------------T--C-ACC-G-TTC--A-GG-A--GG-A-G--CTG-CAGACAA--T-G----CAT-T-tgt
gi|14                         :                        aaattttaataacACTGTC-C-T---G--TCG-A-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--GA-C--A--T--A-------C-G-A---CAT---A-A-CG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---T--C----T-TC-AG---ATTA--------AACTTGA---C-----A----G---A---AGTT-GCCT-AA-T-C--AAT--G-GTGT-A-A-T-A-TAG-C-A-T-----AT--C-ATT-G-TTT--A-GG-A--AG-A-G--TTG-CAGACAA--T-A----CAT-T-tagg
gi|15                         :                                   GAACTGTC-C-CTTGA--TCG-G------A-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CC--GCGG--GG-C--A--C----------C-T-A---CAT---A-A-TG---ACC--A--CAAA--C-A-G-------TT---T--T----C-TC-AG---TCTA--------A-----A---C-----A----G---A---AGT---TCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A--AG-T-A-TA----AT--TAATT-GTTTT--A-GG-A-----------TG-TGGACAA--T-G-----AC-T-A-AT--G-CATAg
gi|16                         :                                           -C-T---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--GG-C--A--C--A-------CTT-A---CAT---A-A-TT---AA---A--C-AA--C-A-G-A-----TT---T--T----C-TC-AG---AATT--------A-----A---C-----A----G---A-----TT-GT-T-A----T--AAT--G-GAAT-A-A-T-A--AC-T-A-T-----AT--A-ATTCT-TTT--A-GG-A--GA-G-T--TTA-TGGA-GA--T-G----CAC-T-A-GT--A-CATAcatt
gi|17                         :                                     ACTGTC-C-T---T--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCAG--GA-C--A--C--A-------C-T-A---CAT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TA---T--A----A-TC-AG---ACTA--------A-----A---C-----A----G---A---AGTT-GTCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-----------------------T-ATT-G-TTT--A-GG-A--CG-A-G--TTG-TGGACAA--C-G----CAC-T-A-AT--G-CATAcatt
gi|18                         :                                          C-C-G---A--TCG-G-----GA------T---AA---------------T-------C-C-CCCCGCGG--G--C--A--C--A-------C-T-A---CAT---A-A-TT---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---T--T----C-TC-AG---ATT---------A-----A---C--------------A---AGTT-GTCT-AA-T-C--AAT----G-CT-ATA-T-A-TAT-T-A-T-----A-----ATT-C-TTT--A-GG-A--GG-A-G--TTG-TGGACGA--T-G----CAC-T-A-AT--G-CATAca
gi|19                         :                                 TAGAACTGTC---T---A--TCG-G-----AA-C----T---AA---------------T-A-------C-CCCCGCGG--GG-C--A--CCAA-------C-A-A---CAT-------TG---GAA--A--CAAA--C-A-G-A----------T--T----C-TC-AG---ATT---------------A---C-----A--------A---AGTT-GTCT-AA-T-C--AAT----G-AT-A-----A-TGA-T-A-T-----AT-----TC-A-TTT--A-G-----GG-A-G--TTG-TGGA-GA--T-G----CAC-T-A-AT--G-CATAcat
gi|2                          :                                    AACT-TC-C-T---A--TCG-T-----GATC----TTAGAG---------------T-AATCTCT-C-CCTCGCGGTAGG-CCGA--C--A-------C-T-A---CAT---A-A-TT---AAA--C--C-AA--C-A-C-ACACCATT---T--T----C-TC-AG---ATT---------A-----A---C-----A----GA--A---AGTT-GTCT-AACT-C--AATGGG-G-GT-A-ATT-ATTAG-T-A-G-----AT--A-ATT-C-TTTGAG-GG-A--GG-ATG--TT---GGACGA--CTA----CAC-TGA-ATTCG-CATA
gi|20                         :                             tataTAGAACTGTC-C-T------TTG-G-----GA-C----T---AA-----------------A-----C-T-ACCCGCGA--G--C--A-----A-------C-T-T---CAT---A-A-TC---A-C--A--C-AA--C-A-G-T-----TT---T--TT---C-TC-AG---ACTA--------A-----A---C-----A----G-------AGTT-GTGT-AA-T-CA-AAT--G------A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AT--T-A-T-G-TTT----GG-A--G----A--TTG-TGGACAA--C-G----CAC-tac
gi|21                         :                                    AAATGTC-G-T---T--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCTGCGG--AG-C--A--C--A-------C-C-----------------------------------------------------------C-TC-AG---ACTA--------A---------C-----A----G---A---AGTT-GTCT-AA-T-C--TAT--G-G-GT-A-A-T-A-AAG-T-ACT-----AT--TAATT-G-TTT-------A--GG-A-G--TTG-TGGACAAATT-G----CACGG-A-AT--G-CATa
gi|22                         :                                      CTGTC-C-T---A--TCG-G------A-C----T---AAA--------------T-A-----C-C-CCC-GCGG--GG-C--A--C--A-------C-T-A---CAT---A-A-TG---AAC--A--CAAA--C-AGG-A-----TTATGT--T----CTTC-AG---ATTA--------C-----AT--C-----AGATTG---A---AGTT-GTCT-AG-T-C--AAT--GTG-GT-A-----A-TGA-T-G-T-----AT--T-Atacatt
gi|23                         :                                 TAGAACTGGC-C-T---T--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--GG-C--A--C--A-------C-T-A---CAT---A-A-TG---AAA--G--C-AA--C-A-G-A-----TT---T--T----C-TC-AG---ACTA--------A-----A---C-----A----G---A---AGTT-GGCT-AA-T-C--GAA--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AT--T-ATT-G-TTattcc
gi|24                         :                                                                                                                                                         c---AAC--A--C-AA--CTA-G-A-----TT---T--TT---C-TC-AG---ATTA--------A-----A---C-----A--------A---AGTTCGTCTAAA-T-C--AAT--G-G-GTCA-A-T-A-TAGTT-A-TA----AT--A-ATT-C-TTT--A-GG-A--GG-ATGT-TTT-C--ACGA--T-GA---CAC-T-A-AT--G-CAT
gi|25                         :                                aTAGAACTGTC-C-T---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CC-CGCGG--GG-C--A--C--A-------T-T-A---CAT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-C-T-A-----TT---T--T----C-TC-AG---ATTA--------A-----A---C-----A----G---A---AGTT-GTCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AT--T-tacaatt
gi|26                         :                                  cGAACTGTC-C-T---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--GG-C--A--T--A-------C-T-A---CAT---A-A-TT---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---T--T----C-TC-AG---ATT---------A-----A---C-----A----G---A---AGTT-GTCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AT--
gi|27                         :                                      CTGTC-C-T---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CC-CGCGG--GG-C--A--T--A-------C-T-A---CAT---A-A-TT---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---T--T----C-TC-AG---ATT---------A-----A---C-----A----G---A---AGTT-GTCT-AA---C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AT--aa
gi|28                         :                                                                                                                --GG-C--A--C--A-------C-T-A---CAT---A-A-CG---AAC--A--C-AA--C-A-T-A-----TT---T--T----T-TC-AG---ATTA--------A-----A---CCTGATA----G---G---AGAT-GTCT-AA-T-C--------------------------------------------T-G-TTT-------A--GG-A-G--TTG-CAGACAA--T-G----CAT-T-aa
gi|29                         :                                      CTGTC-C-T---T--TTG-G-----GA-C----C---AA---------------T-A-----C-C-CCCCGCGG--AG-C--A--C--A-------C-T-A---CAT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---T--T----C-TC-AG---ACTA--------A-----A---C-----A----G---A---AGggggcttgt
gi|3                          :                                       TGTC-A-T---A--TCG-G-----GA-CTTAGT---AA---------------T-T-----C-C-TCCTGC----GG-C--A--C--C-------C-T-A---CATTTAG-A-TGTA-AATCAA--C-AA--C-A-G-A-----TTA--T--TTTTGC-TA-GG---ATAT--------A-----A---C-----A----G---ATTGAGTT-G--T-AA-T-CCTAAT--GAG-GG-A-A-T---TAG-TAA-TA----AT--A-ATT-C-TTT--A-GG-A--GGAA-G--TTGATGGACGA--T-GATCCTAT-T-A-AT--G-AATAggcaatagcataggtatat
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                     taC-AG---ATTA--------A-----AT--C-----A----G---A---AGTT-GTCT-TA-T-C--AAA--T-G-GT-C-A-T-GCTAG-T-A-T-----AT--T-A-T-G-TTC--A-TG----GG-A-G--TTA-CGGACAA--T-G----CAC-T-G-AG--G-CATAccatta
gi|31                         :                                 aaGAACTGTC-C-T---A--ACG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-ACC-GCGG--GG-C--A--C--A-------C-T-G---CAT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---T--T----C-TC-AG---ACTA--------A-----A---ta
gi|32                         :                                    AACTGTC-C-C---T--TTG-G-----GA-C----T---AA---------------TGA-----C-C-CTCCGCGG--GG-C--T--C--A-------A-T-A---AAA---A-A-GA---AAA--A--G-AA--C-A-A-A-----T
gi|33                         :                               gaTAGAACTGTC-C-T---A--TCG-G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCTACAG--GG-C--A--C--A-------C-T-A---CAT---ACA-TG---
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         c-A-TGG-T-A-C------T--T-ATT-G-TTT--A-GG-A--GG-A-G--TTG-CAGACAA--T-G----CAT-T-G-AG--G-ggagagg
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                              tgtaA-T-C--AAT--T-T-GT-A-A-T-G-TAG-C-A-T-----ATCAT-ATT-G-TTG--A-GG-A--GG-A-G--TTG-CGAACAA--C-A----CGT-T-G-AT--ttgttttgga
gi|37                         :                                 TAGAATTGTC-C-T---T--TCA-G-----GA-C----T---AA---------------T-------C-C-CCACATAG--GA-C--A--C--A-------
gi|38                         :                                                                                                                                                 ---A-A-TG---AAC--A--A-AA--C-A-G-G-----CT---T--C----C-TC-AG---ATTA--------A-----A---C-----T----G---G---AATT-
gi|39                         :                                 TAGAACTGTC-C-T---A--TT--G-----GA-C----T---AA---------------T-A-----T-C-CCCaa
gi|4                          :                      aattgaataacTAGAACTGTC-C-T---A--TCG-G-----GA-CC---T---AA---------------T-C-----C-C-ACCCGCGG--GG-C--A--C--A-------C-T-AAAACAT---A-A-TGTTAGAC--A--C-AAA-C-A-GCA-----TT---TCTT----C-TC-AG---ATTA--------A-----A---C-----A----G---A---ATTT-GTCC-TA-T-C--AAT----G-GT-A-A-T-A-TA--T-A-TAACTAAT--A-ATT-C-TTT--A-GGAA--GG-A-GT-TTG-TGGA-GA--C-GTGA-CAC-TGA-AT--G-
gi|5                          :                              aacTAGAACTGTC-C-T---A--TCG-GGACTAGA-C----T---AA---------------T-A-----C-C-CCCGGCGGA-GG-C--A--C--A-------C-T-A---C-T---A-A-TG---AAC--ATCC-AA--C-A-G-A------T---T--T----C-TC-AGGGAATTA--------A-----A---C-----AG---G---A---AGTT-GTCT-AA-T-A--AAT--G-G-GTAA-A-TAA-TAG-T-A-T-----AT--T-ATT-T-CTT--CTAG-A--GG-A-GT-TTG-TGGACgagatga
gi|6                          :                                  AGAACTGTC-C-T---A--TCG-G-----GA-C----T---AAT--------------T-A-----C-C-ACCCGC-G--GG-C--A--CA-A-------C-TCAC--CAT---A-A-TA---ATC--AT-C-AA--C-A-G-AC----TT---T--T----A-TC-AGCA-ATT---------------G---C-----A----G---A---CGTG-TTCT--A-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AA--T-AAT-C-TTT--A-GG-AT-GG-A-G--TTG-TGGACGA--G-A----CAC-T-ACAT--GACATAtcctgaactagatg
gi|7                          :                                 TAGAACTGTC-C-T---A--TCG-G-----GA-C----T---TA---------------T-A-------C-CCCCGCGG--GC-C--ATTT--A---------T-A---CAT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A-----TT---T--T----C-TC-AG---AT----------A-----A---C-----A----G---A---AGTT-GTCT-AA-TCC--AAG--G-C-GT-A-A-T-A-TAG-T---T-----AT--T-ATT-C-TGT--A-GG-A--GG-A-GT-TTG-TGGACGA--T-GC---CAC-TAA-AT--G-CATAacat
gi|8                          :                                cTAGAACTGTC-CTT---A--TCG-G-----GA------T---AA-----------------A-----C-C-CCCCGCGG--GGCC--A--C--A-------T-T-A---CAT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-AT----TT---T--T----C-TC-AG---ATT---------A-----A---C-----A----G---A---AGTT-GTCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AT--A-ATT-C-TTT--A-GG-A--GG-A-G---TG-TGGACGA--T-G----CAC-T-A-AT--G-CATAc
gi|9                          :                                cTAGAACTGTCGC-T---A--TCG-G------A-C----T---CA---------------T-A-----C-C-CC--GCGG--GG-C--A--C--A-------C-T-A---CAT---A-A-TG---AAC--A--C-AA--C-A-G-A------T---T--T----C-TCAAG---ATT---------A-----A---C-----A----GA--A---AGTT-GCCT-AA-T-C--AAT--G-G-GT-A-A-T-A-TAG-T-A-T-----AT--T-ATT-C-TTT--A-GG-AGCGA-A-A--TTG-TGGACGA--T-G----CAC-T-A-AT--G-CATAca
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