lowQualScore : 1 22222222222222222222222222222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4444444444444444444444444444444444444 111111 1111111111111 11111 1111111 333333333333333333333 111111 11111111111111 111111111111 11111 111 1111 4444444444444444444444444444444 33333333333333333333333333 222 111111 1 4444444444 1111 22222222222222222 1111111 2222222222222222222222 11111111
lowQualScore : 3 2 666 4 2 77777777 55 2 2 9999999999 2 2 0 2 22 333 88888888888888888888888888888 888 2 2 44 0 9999999 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 555 3 4 4 3 4 777 4 4 4 7777777777777777777777777777777777777 55 222222 4 55 555 5555555555555 88888 4 0 9999 4 55 3333333 111111111111111111111 666 88 7 66 7 3 000000 3 4 3 22222222222222 000000000000 3 99999 3 3 555 444 55 4 4 8888 55 9999999999999999999999999999999 2 66666666666666666666666666 555 4 4 4 8 222222 5 3 2222222222 2222 3 55555 00000000000000000 3 7777 555 55 3 0000000 3 3333333333333333333333 44 7777 22222222 555 3 44 1 3 44 1 55 55 3 55
lowQualScore : . . ... . . ........ .. . . .......... . . . . .. ... ............................. ... . . .. . ....... .......................................................................................................................... ... . . . . . ... . . . ..................................... .. ...... . .. ... ............. ..... . . .... . .. ....... ..................... ... .. . .. . . ...... . . . .............. ............ . ..... . . ... ... .. . . .... .. ............................... . .......................... ... . . . . ...... . . .......... .... . ..... ................. . .... ... .. . ....... . ...................... .. .... ........ ... . .. . . .. . .. .. . ..
lowQualScore : 3 9 111 4 7 44444444 66 4 1 2222222222 1 1 5 1 99 333 33333333333333333333333333333 777 7 9 44 6 9999999 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 444 6 0 0 7 0 000 0 4 4 6666666666666666666666666666666666666 55 555555 0 55 444 8888888888888 00000 4 7 6666 4 55 0000000 444444444444444444444 444 66 3 33 5 6 555555 6 5 6 77777777777777 555555555555 6 66666 6 6 000 666 55 0 0 0000 55 9999999999999999999999999999999 7 44444444444444444444444444 888 4 4 4 9 888888 4 6 0000000000 7777 6 99999 33333333333333333 6 7777 888 22 3 8888888 3 9999999999999999999999 66 1111 11111111 888 3 66 3 3 66 9 00 00 6 00
consensus : TTAC-CC-TAAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--G-CG-G----------C-TT-A-T-T--T-C-AA---G----T---TT-----T--G------GT---AGGA-AA-AT-AGGGGC---T---TATTT-----------------------T-C-----------------AA---------------AT--GC---------CG--T---C----T-T---ATT------------------AT-----CAAA---A-AT-A-TGGTAGTCGGTTGTT-A---G-CGGC-TA-AA-----C-GATT------ATGT----------------TTT--AAAA-T---ATCCAGT-A--TTTTAA-A--T-G---T--TTTG---AATGA-TAAATT---ATTT-GC--ATG-------GATT----A--TC---T--------T---ATG--T-C-NAAAATTTT-AATA------TAA-TTAAT-ATG-----T-G-----TG-----A------TAT-CAAAA----CATGA-ATT-GAATG---AAAT-G-TTT--G-C-ATT----AAA--TATTTG-G----TT-------AT-A--------AAATCTTCAAATGTT-G----AAT----------A-----TCTTAC--T-AAA-ACGG-C-TAACTT------TCAAAATA----GG--GCTTATTTTC--AAA-AA--A--TT----C-T----------G-CG----GTGC---A-GGA-A-------AT-TG-----------GA-----G---G--CT----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAATCCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATT
Reference ( gi|7 ) : TTAC-CC-TAAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--G-CG-G----------C-TT-A-T-T--T-C-AA---G----T---TT-----T--G------GT---AGGA-AA-AT-GGGGGC---T---TATTT-----------------------T-C-----------------AA---------------AT--GC---------CG--T---C----T-T---ATC------------------AT-----CAAA---A-AT-A-TGGTAGTCGGTTGTT-A---G-CGGC-TA-AA-----C-AATT------ATGT----------------TTT--AAAA-T---ATCCAGT-A--TTTTAA-A--T-G---T--TTTG---AATGA-TAAATT---ATTT-GC--ATG-------GATT----A--TC---A--------T---ATG--T-C-AAAATTTTT-AATA------TAA-TTAGT-ATA-----T-G-----TG-----A------TAT-CAAAC----CATGA-ATT-GAATG---AAAT-G-TTT--G-C-ATT----AAA--TATTTG-G----TT-------AT-A--------AAATCTTCAAATATT-G----AAT----------A-----TCTTAA--T-AAA-ACGG-C-TAACTT------TCAAAATA----AG--TGTTATTTTC--AAA-AA--A--TT----C-T----------G-CG----GTGC---A-AGA-A-------AT-TG-----------GA-----A---G--CT----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAATTCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATTGT
gi|8 : TCAC-AC-CAAAA-C-CT--AA-ATTA------A-GCC--G-TG-G----------C-AT-ATT-T--T-C-AAGATG----T---TA-----T--G------GT---A
gi|1 : aaTTAC-CCATAAAAATACTTAAAGAATATTCAACATGCTCAG-CGAG----------C-TT-A-A-TCAT-CTAA---G----T---TTAGATCT--G------GT---AGGA-AA-AT-AGGGGC---TAT-TATTTCAATGACCGGCTACTTTA-----T-C-----------------AA---------------AT--GC---------CG--CGTAC----TAT---ATCCAA---------------AT-----CAAATGAA-AT-A-TGGTAGTCGGTTGTT-AGACG-CAGCGTA-AATGGGCC-GAGT------GTTT----------------TTA--AAAA-T---ATCCAGT-A--TTTTAATAGTT-GTTTT--TTTGAGTAATGA-TAAAATCAAATTG-ACTTAGG-------GATA----AACTC---AATACAGCTT---ATGTCT-C-AAAAATTTT-AATATTAAGTTGA-TTGGG-ATA-----TAG-----TGTTGTCATGTTATTAC-CAAACAAAACATGT-A-T-GAATGA--AAATGG-TTT--GACAATTAA--AAA--TATTTT-GCGTTCT-------AT-AT-------ACTTCTTCAAA-ATTAG----ACTACGCACCTGCA-----TCTTACCTT-AAA-ACGG-C-TAATTTAATGGGCTAGGATA----A-----TT-TTTTT--AAA-AA--A--TTGTTAC-TAACGTGGATGG-CG----AGAC---A-AAA-G-------AT-TA-----------GA-----G---GACCTGTTATA--------TTTTTTCC-AAGA--CCGGCTT-TTA-T--TCAATCCG--G--CAAA-TTATCAGAAGATTaaataccggcttattttcaagaccaacttattgtcaaatgctgtcttaaaatcaaaacaaaaatatggtagtcggttgttaccagcattgcatggtagtaggttgttagtgctttgcatagattttgttatttctaaaattttgatataattaacctgtgtgatatcaaatcatgaattaattgtttgcattaaatgtttggatttaaaataataaaatcatagaatattgaatagcttattaaaaagactcgctttcaaatagggctttttttcaaacattcttcagtgcaggaaattagaggtttatttgtaagactgacgtattatcaaatccggctaattttcaagagtt
gi|5 : TAT-CC-TAAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--G-CG-G----------T-TT-A-T-T--T-T-AA---G----T---TT-----T--T------GT---AGGA-AA-AT-AGGGGC---T---TGTTT-----------------------T-C-----------------AA---------------AT--GC---------CG--A---C----T-T---AAT------------------AT-----TAAA---A-CT-C-AAATA-CCGG-TATT-A---G-CGGC-TT-AA-----T-AATTTTCATGACGTGTTAAACGGGTTATAATTT--AAAA-T---ACCCAGT-A--TTTTAA-A--T-A---T--TTTG---AATGA-TAAGTT---ATTT-GC--ACA-------GATT----A--TT---T--------T---ATG--T-C-TACAATTTT-GATA------TAA-TCAAT-ATG-----C-T-----TG-----A------TAT-CAAAA----CACGA-ATT-GAATG---AAAT-A-TTT--G-C-ATT----AAA--TATTTG-G----TT-------CT-AAAACATTTAAATCTTCACATGTT-G----AAT----------A-----TCTTAC--T-AAA-ACGG-A-TAACTT------TC-AAATA----GG--GCTTATTTTC--AAACAA--AATTT----C-T----------G-CA----GTGC---A-GGA-A-------AT-CG-----------TA-----A---G--CT----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAATCCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATTtta
gi|2 : cataaTACACC-TATAA-T-CTTGAA-ATGA------A-GCCG-G-CG-G----------CTTT-A-T-T--T-C-AA---G----TG--TT-----T--ATATTCTGTAAAAGGAGAA-ATAAAAGGCAG-T---TATTTTCCAAGATTCGGTCTTAATTGTTT-C-----------------AA---------------ATGCGC---------CG--T---CTTAAT-T---ATCAA----------------AT-----CAAA---A-ATAA-TGGTTGTCGTTGGTT-A---G-AGGC-TA-AAGG---G-AA-T------ATG-----------------TTT--AAAA-T---ATCCAGT-A--TTTT---A--T-G---T--TTTG---AATGA-TAAATT---A-TT-GC--TTG-------AATT----A--TA---T--------T---ATG--T-CTAGAATTTTTAAATA------T-A-TTGAT-ATATAATGT-G-----TG-----A------TAT-CAAAA----CATGT-ATTGGAATG---GAAT-G-TTT--G-C-ATT----TAACCTATTCG-G----TT--------T-A--------AAATCTCC-AATGCTAG----AAT----------A-----TCTTAC--T-AAAGACGG-CAAAACTT------TTCAAATA----GGCTTATTAATCTTAAAAA-AA--A--TT----CTT----------GTTG----GTGC---A-GAA-AAAACATGAT-TGAGGACTTATTTAA-----A---G---T----TA--------TTTT---CAAAGA--CCGACTTATTA-T--CAATCCCG--GCTCTAA-TTTTC--AAGATTtta
gi|8 : aataTAC-CA-TAACA-T-CTTGAA-AATA------T-GCC--A-CG-G----------C-TT-A-A-T--T-T-AG---G----T---TT-----T--G------GT---GTGA-AA-AT-ACCGGC---T---TATTTTCAAGACCAACTTATTG------T-C-----------------AA---------------AT--GC---------TG--T---C----T-TAAAATCAA----------------AA-----CAAA---A-AT-A-TGGTAGTCGGTTGTT-A---C-CAGC--------------ATTGC----ATGG----------------T-----------------AGT-AGGTTGTTA-G--T-G---C--TTTG------CA-TAGAT-----TTT-G---------------TT----A--TT---------------------T-C-TAAAATTTT-GATA------TAA-TTAAC-CTG-----T-G-----TG-----A------TAT-CAAAT----CATGA-ATT--AAT-------T-G-TTT--G-C-ATT----AAA--TGTTTG-GA---TTTAAAATAAT-A--------AAATCATAGAATATT-G----AAT----------A-----GCTTAT--T-AAA-AAGA-C-TCGCTT------TC-AAATA----GG--GCTTTTTTTC---AA-AC--A--TT----C-T----------T-CA----GTGC---A-GGA-A-------AT-TA-----------GA-----G---G--TT----TA--------TTTG---T-AAGA--CTGACGTATTA-T--CAAATCCG--G--CTAA-TTTTC--AAGAttt
gi|4 : aaTAC-CC-TAAA--T-CTTGAA-AATA------A-ACC--G-CG-G----------C-TT---C-T--T-A-AG---G----T---TT-----T--G------GT---AGGA-AT-A-----GGCTTAT---TATTT-----------------------T-CA----------------AA---------------AT--GC---------CG--T---C----T-T---ATCTATCGAAACAAAAATAGAGT-----CAAA---A-AT-A-TGGATGTTGGTTGTT-A---G-gtt
gi|4 : aTAC-C---AAAA-C-CTT----AAGA------A-GCC--G-CG-G----------T-TT-ATT-T--T-C-AA---G----A---TT-----TAGG------GT---Aattttatggtctttttggtccacattttataaaaattgtgactttgctcaatggattatgttttttaaaatattgagtattttaagtatttgcacggattttcttatgtctaaaatcttaatataattaatatgtgtgataacgaaacatgaattgaatgaaatttttgtatttggtaaataaaacaataaaatattcaaatgttgaattcggctaactttcaactagggcttattttcaaaaattctgcggtgcgtgaaattgaaggcttattttcaagaccggcttattatcaaattcggctaattttcaagatttta
gi|3 : aTAC-CC-TAAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--G-CG-G----------C-TT-A-T--------AA---A----TAAGTA-----T--G------TT---AGGA-AA--T-GGGG-C---T---TATTT-----------------------TTC-----------------AAGACCGGCTTATTTCAAT--GCGATTTCAATCG--CTA-C----TAT---ATCCAA---------------AT-----CAAA---G-AT-AATGGTAGTCG-TTGTTCA---GACGGC-TATAA-----T-GGCG------ATTT----------------TTT--AAAA-TCATATCCAGT-A--TT---A-A--TAG---TTGTTTG---TATGA-CAATTG---ACTTAGA--ATAATTCTCTGATA----A--GC---T--------T---ATGT-T-C-AAAAATTTT-AATT------TAAGTTGATGATA-----T-GGTGTCTG-----A------TACACAAAA----CATGT-A-T-GAATGA--AAAT-G-TTTTGA-C-ATTA---AAA--TATTTGCGT---TT-------AT-AT-------AAATCTTCAAATGCT-GCACTGAT----------------TCTTACT-T-AAA-ACGG-C-TAA-TT------TCAATGTAGGATAG--CTTTATTTTA--AAA-AATTG--TT----C-T----------A-CGTGGAGTGCAGAA-AAA-G-------AT-TA-----------GGTGACTG---G--CT----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-TTCCAAATCCG--G--CAAA-TTATC--AAAATTggaataggcttattattttcaaaatgccgtcttatctatcgaaacaaaaatagagtcaaaaatatggatgttggttgttagattttatggtctttttggtccacattttataaaaattgtgactttgctcaatggattatgttttttaaaatattgagtattttaagtatttgcacggattttcttatgtctaaaatcttaatataattaatatgtgtgataacgaaacatgaattgaatgaaatttttgtatttggtaaataaaacaataaaatattcaaatgttgaattcggctaactttcaactagggcttattttcaaaaattctgcggtgcgtgaaattgaaggcttattttcaagaccggcttattatcaaattcggctaattttcaagatttta
gi|12 : taaTAC-CC-TCAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--A-CG-GAAAATAGGGAC-AT-A-T-T--TTC-AA---GACCGT---CT-----T----------------------------------T---TTTTT-----------------------T-C-----------------AA---------------AT--GC---------CG--T---C----T-T---ATT------------------ATAAAAACAAA---A-AT-A-TGGTAGTCGGTTGTT-A---G-CGGC-TA-GA-----C-GGAT------ATGT----------------TTT--AAAA-T---TTCCAGT-A--tta
gi|6 : gaC-CC-TATAA-T---TGAA-ATTA--------GCC--G-CG-G------------TT-A-T-T--T---AA---G----T---TT-----TT-G------GTG--AGGA-AA-AT-AAG--C---T---TATTT-----------------------T-C-----------------AA---------------AT--GC---------CG--T---C----T-T---ATT------------------ATAAAT-CAAA---AGAT-A-TGGTTGTACATTGTT-A---G-CGGC-TA-AA-----G-GG--------ATGT----------------TTT--AAAAGT---ATCCAGTTA--TTTTAA-AA-T-G---T--TTTGG--AATGA-TAAATT---TTGT-GC--TTG-------AATTCAATA--TA---A--------T---ATG--TGT-AGAATTT---AATA------TAA-TTGAT-ATG-----T-G-----TG-----A------TAT-CAAAA----CATGATATT-GAATG---GAA----TTT--G-C-ATT----AAA--TATCGA-G----T---------T-A--------AAAT-TTCAAATGCT-G----CAG----------A-----TCTTAC--T-AAA-ACGG-CATAACTT------TC-GAATA----G----GCTATTTTT--AAA-AA--A--TT------T----------G-TG----GTGC---ACAGATA-------AT-TG-----------GA-----G---G--CT----TATTTAAAGTTTTT---T-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAAAT-G--G---TAA-TTTTC---AGATT
gi|9 : agt-CC-TAA-----CTTTCA-AATA----------------G-G----------T-TT-A-T-T--T-C-AA---ACA--T---TT-----T--GCGGT--GC---AGGA-TA-TT-GGAGGC---TGCTTATTT-----------------------T-C-----------------AAG--------------AA--GC---------CGGTT---T----T-T---AT--------------------T-----CAAA---ttag
gi|14 : atggtgtaggttgctagtactaaacgattatgttttaaaaaagttttttatgagtacattattagcatggattaccttatgtccaaaattttaaatgtaaataatatgtatgattcaaaacataattgaatggaaaaatgtttgcattgaaattggttataaaaatcttcaaatgttaaaataatacttactaaaaacgg-CC-TAAAA-C-CCTGAA-AATA------A-GTA--A-TG-G----------C-TT-C-T---------A---G----T---TC-----T--G------GT---AAGA-AA-AT-AAGGGC---T---TATAT-----------------------T-C-----------------AA---------------Atccgtaatttttcaagattt
gi|6 : acaatataatgatgcgtC-CAAAA-A-CTT--A-AATA------A--CC--G-CG-G----------C-TA-A-T-T--T-C-AA---acctgactaacattcaaccttaaa
gi|2 : agtccctataa-TAAAC-A-CTTGAA-ATAA------A-GCC--GCCG-G----------C-TTCA-T-T--T-C-AA---G----A---TT---------------AT---AGGtgaggaaaataagcttattttcaaatgccgtcttattataaatcaaaagatatggttgtacattgttagcggctaaagggatgttttaaaagtatccagttattttaaaatgttttggaatgataaattttgtgcttgaattcaatataatatgtgtagaatttaatataattgatatgtgtgatatcaaaacatgatattgaatggaatttgcattaaatatcgagttaaaatttcaaatgctgcagatcttactaaaacggcataactttcgaataggctatttttaaaaaatttgtggtgcacagataattggaggcttatttaaagttttttaagaccggcttattatcaaaatggtaattttcagattttag
gi|5 : aatatacaAAAA-A-CTT-AA-AATA------A-ACC--G-CG-G----------C-TT-ATT-T--T-C-AA---G----A---TT-----T----------T---AGGA-tattctgtaaaaggagaaataaaaggcagttattttccaagattcggtcttaattgtttcaaatgcgccgtcttaattatcaaatcaaaaataatggttgtcgttggttagaggctaaagggaatatgtttaaaatatccagtattttatgttttgaatgataaattattgcttgaattatattatgtctagaatttttaaatatattgatatataatgtgtgatatcaaaacatgtattggaatggaatgtttgcatttaacctattcggtttaaaatctccaatgctagaatatcttactaaagacggcaaaacttttcaaataggcttattaatcttaaaaaaaattcttgttggtgcagaaaaaacatgattgaggacttatttaaagttattttcaaagaccgacttattatcaatcccggctctaattttcaagattttt
gi|3 : cataataATA------A-GCC--G-CG-G----------C-TT-ATT-T--T-C-AA---GA---T---TT-----TAGG------GT---Agtaggaaaataggggcttgttttcaaatgccgacttaatattaaaactcaaataccggtattagcggcttaataattttcatgacgtgttaaacgggttataatttaaaatacccagtattttaaatattttgaatgataagttatttgcacagattattttatgtctacaattttgatataatcaatatgcttgatatcaaaacacgaattgaatgaaatatttgcattaaatatttggttctaaaacatttaaatcttcacatgttgaatatcttactaaaacggataactttcaaatagggcttattttcaaacaaaatttctgcagtgcaggaaatcgtaagcttattttcaagaccggcttattatcaaatccggctaattttcaagatttta
gi|13 : taaA------A-GCC--G-AA-G----------C-TT-A-T-T--T-T-AA---A----T---TT-----T--G------GT---AGGA-AA-AT-AGGGGC---T---TATTT-----------------------T-CAAGACCAGCTTATTTTTAA---------------AT--GC---------TG--T---C----T-T---TTT------------------AT-----CAAA---A-aaataagtatgttaggaaatggggcttatttttcaagaccggcttatttcaatgcgatttcaatcgctactatatccaaatcaaagataatggtagtcgttgttcagacggctataatggcgattttttaaaatcatatccagtattaatagttgtttgtatgacaattgacttagaataattctctgataagcttatgttcaaaaattttaatttaagttgatgatatggtgtctgatacacaaaacatgtatgaatgaaaatgttttgacattaaaatatttgcgtttatataaatcttcaaatgctgcactgattcttacttaaaacggctaatttcaatgtaggatagctttattttaaaaaattgttctacgtggagtgcagaaaaagattaggtgactggcttattttcaagaccggcttattattccaaatccggcaaattatcaaaatttta
gi|10 : attagtacatacataatataccctaG-G----------C-TT-A-TAT--T-C-AAAAAG----T---CTG----C--G------GTGC-AGGA-AA-AT-GGAGAC---C---TATTT-----------------------T-C-----------------AA---------------G---AC---------CA--G---C----T-G---ATT------------------AT-----CAAA---caaa
gi|17 : atgtatcgtctaatgtctacaattttaatataattaacatgtataatatcaaaacatgaattgaataaaatgtttgcattaaatacaataaaattttcaaatgttgaataccgtatcttactaaaacggccaactttcaaacag-G----------C-TT-ACT-T--T-C-CA---A----TAC-TT-----T--GCGAT--GC---AGGA-AATGT-GGGAGA---T---TATTT-----------------------T-C-----------------A--------------------GC---------CG--A---C----T-T---ATT------------------AT-----CAcccggctaattttcaagatc
gi|16 : a----T---TT-----T--GACT---GC---AAGA-AA-AT-GGTGAC---T---TATTT-----------------------T-T-----------------AA---------------GT---C---------AG--G---C----T-T---TTT------------------AT-----CAAG---A-ttcgcagctaattgcaagat
gi|11 : tatattcacacatacttT-----------------------T-C-----------------TA---------------AT--GT---------CG--T---T----T-T---AT---------------------------------G-AT-A-TGGTAGTAGGTTGCT-A---G-TAGC-TA-AA-----CGGATT------ATGT----------------TTT--AAA---------------------AA-A--T-G---T--TTTT---AATGA-TACATT---ATTA-GC--ATG-------GATT----A--CC---T--------T---ATG--T-C-CAAAATTTT-AATG------TAA-ATAAT-ATG-----T-A-----TG-----A------TTT-CAAAA----CATTA-ATT-GAATcaggttgaatttcaagg
gi|9 : gttttggacagagcaaacataatctcaattgagta-A-TGGT-GTAGGTTGCT-A---G-TA-C-TA-AA-----C-GATT------ATGT----------------TTT--AAAA--------------------AA-G--T-T---T--TTT-----ATGAGTACATT---ATTA-GC--ATG-------GATT----A--CC---T--------T---ATG--TCC-AAAATTTTA-AATG------TAA-ATAAT-ATG-----T-A-----TG-----A------T-T-CAAAA----CAT-A-ATT-GAATGGAAAAAT-G-TTT--G-C-ATT----GAA---A-TTG-G----TT-------ATAA--------AAATCTTCAAATGTT-AAAATAAT----------A------CTTAC--TAAAA-ACGGCC-TAACTT------TC-AAATA----GG--T-TTATTTC----AA-AC--A--TT----T-T----------G-CG----GTGC---A-GGA-T-------AT-TG-----------GA-----GGCTG--CT----TA--------TTTT---C-AAGAAGCCGGTTT-TTATT--CAAATCCG------TAATTTTTC--AAGATT
gi|4 : ATT------ATGT----------------TTTTTAAAA-T---ATTGAGT-A--TTTTAA-G--T------------------------------ATTT-GC--ACG-------GATT----T--TC---T--------T---ATG--T-C-TAAAATCTT-AATA------TAA-TTAAT-ATG-----T-G-----TG-----A------TAA-CGAAA----CATGA-ATT-GAATG---AAAT-T-TTT--G-T-ATTTGGTAAA--TAA--A-A----CA-------AT-A--------AAATATTCAAATGTT-G----AAT------------------------T------CGG-C-TAACTT------TCAAC-TA----GG--GCTTATTTTC--AAA-A---A--TT----C-T----------G-CG----GTGC---G-TGA-A-------AT-TG-----------AA-----G---G--CT----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAATTCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATTt
gi|15 : ataccctaaatcttgaaaataaaccgcggcttcttaaggttttggtaggaataggcttattattttcaaaatgccgtcttatctatcgaaacaaaaatagagtcaaaaatatggatgttggttgttagattttatggtctttttggtccacattttataaaaattgtgactttgctcaatgg--ATG-------GATT----A--CCTTTA--------T---ATC--T-T-AACATTTT--AATA------TAA-TTAAT-ATG-----T-G-----TG-----A------TAT-CAAAA----TATGA-ATT-GAAGA---GGAT-GTTTT--G-C-ATT-----AA--TA---A-G----CA-------AT-A--------AAATCTCCAAATtta
gi|10 : T----A--TC---G--------TCTAATG--T-C-TACAATTTT-AATA------TAA-TTAAC-ATG-----T-A-----TA-----A------TAT-CAAAA----CATGA-ATT-GAATA---AAAT-G-TTT--G-C-ATT----AAA--TACA-----------------AT-A--------AAATTTTCAAATGTT-G----AAT----------ACCGTATCTTAC--T-AAA-ACGG-C-CAACTT------TCAAA-CA----GG--GCTTATATTC--AAA-AA--G--T-----C-T----------G-CG----GTGC---A-GGA-A-------AA-TG-----------GA-----G---A--CC----TA--------TTTT---C-AAGA--CCAGCTGATTA-T--CAAACCCG--G--CTAA-TTTTC--AAGAT
gi|13 : atgTTATTTT-------AA--A--TT----T-T----------G---------GT---A-GGA-A-------AA-TA-----------GG-----G---G--CT----TA--------TTTT---C-AAGA--CCAGCTTATTT-T--TAAATc
gi|17 : attagtacatacataatataccctaaagccgaagcTTACTTTC--CAA-TA--C--TT------T----------G-CG----ATGC---A-GGA-A-------ATGTG-----------GG-----A---G--AT----TA--------TTTT---C-AG----CCGACTTATTA-T--C--ATTCGCAG--CTAA--TTGC--AAGATgctgtctttttatcaaaacaaa
gi|16 : agcTGC---A-AGA-A-------AA-TG-----------GT-----G---A--CT----TA--------TTTT---T-AAGT--CAGGCTTTTTA-T--CAAGACAG--G--TTGA-ATTTC--AAG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 111111 1111111111111111111 111 11111111 222222 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111 1111111 11111111 1111 1111111 111111111111111 11111 111111 1111111 111 1111 3333333333333333333333333333333 3333333333333333333333 2 11111111111111111 1111111 11111111111111111111111 11111111
lowQualScore : 4 4 4 4 4 11111111 88 3 44 666666 2222222222222222222 000 3 22222222 111111 55 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99999 666 3 3 7 2 55 33333333 55 3 666 3 3 3 3 9999999 333 55 55 99999 3 55 3 0 4 00000000 55 4444 4 7777 4 44 0000000 444444444444444 44 3 44 3 44 77 44 3 88888 555 777777 4444444 3 3 000 3 3 3 55 3 3 2222 88 7777777777777777777777777777777 8 8888 0000000000000000000000 55 8 4 4 8 0 1 666 7777 3 666 7777 55 3 55555 88888888888888888 3 7777 3 3 0000000 555 3 44444444444444444444444 7777 22222222 555 3 44 1 3 44 44 44 3 44
lowQualScore : . . . . . ........ .. . .. ...... ................... ... . ........ ...... .. ........................................................................................................................................................... ..... ... . . . . .. ........ .. . ... . . . . ....... ... .. .. ..... . .. . . . ........ .. .... . .... . .. ....... ............... .. . .. . .. .. .. . ..... ... ...... ....... . . ... . . . .. . . .... .. ............................... . .... ...................... .. . . . . . . ... .... . ... .... .. . ..... ................. . .... . . ....... ... . ....................... .... ........ ... . .. . . .. .. .. . ..
lowQualScore : 0 0 0 0 0 99999999 66 6 22 333333 5555555555555555555 000 6 22222222 888888 00 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 444 6 6 3 5 00 22222222 00 6 444 6 6 6 6 7777777 888 00 00 88888 6 00 1 9 0 66666666 55 3333 0 7777 0 66 8888888 111111111111111 66 3 66 3 33 99 66 3 88888 888 999999 2222222 3 3 000 6 6 6 00 6 6 7777 66 0000000000000000000000000000000 0 5555 9999999999999999999999 55 0 0 0 0 3 6 444 7777 6 444 7777 66 6 99999 88888888888888888 6 7777 3 3 8888888 888 3 77777777777777777777777 1111 11111111 888 3 66 3 3 66 66 66 3 66
consensus : TTAC-CC-TAAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--GCG-GC-TTATT--TC-AAGT---TT-----T-G------GT---AGGA-AAAT-A-----GGGGC------T--TATTT------------------T-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGT---CT-TA------------------------T-T---A-----------------T-----C-----AA-----A---A-AT-A-TGGTAGT--CGG--------TTGT--T-A---G-CG-GC-TA-AA-----C-G-ATT--ATGTTTT--AAAA-T---ATCCAGT-A--TTTTAA-A--T-G---TT--TTG---AATGA-TAAATT---ATTT-GC--ATG-------GAT--------T--AT--CT--T-ATG--T-CT-AAAATTTT--AATAT--AA-TTAAT-----AT---GTG------TGATAT-------CAAAACATGA-ATT-GAATG---AAA-T-G-TTT--G-C-ATT----AAA--TATTTG-G----TT-------AT-A--------AAATCTTCAAATGTT-G----AA-----T----------AT----CTTAC--T-AAA-ACGG-C-TAACTTTC-AAATAGG---GCT----T-A---TT----TT-CAAA-AA--A--TT----C-T----------G-CG----GTGCA-GGA-A-------A---T-TGGA-----G---G--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAATCCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATT
Reference ( family-1443 ) : TTAC-CC-TAAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--GCG-GC-TTATT--TC-AAGT---TT-----T-G------GT---AGGA-AAAT-A-----GGGGC------T--TATTT------------------T-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGT---CT-TA------------------------T-T---A-----------------T-----C-----AA-----A---A-AT-A-TGGTAGT--CGG--------TTGT--T-A---G-CG-GC-TA-AA-----C-G-ATT--ATGTTTT--AAAA-T---ATCCAGT-A--TTTTAA-A--T-G---TT--TTG---AATGA-TAAATT---ATTT-GC--ATG-------GAT--------T--AT--CT--T-ATG--T-CN-AAAATTTT--AATAT--AA-TTAAT-----AT---GTG------TGATAT-------CAAAACATGA-ATT-GAATG---AAA-T-G-TTT--G-C-ATT----AAA--TATTTG-G----TT-------AT-A--------AAATCTTCAAATGTT-G----AA-----T----------AT----CTTAC--T-AAA-ACGG-C-TAACTTTCAAAATAGG---GCT----T-A---TT----TT-CAAA-AA--A--TT----C-T----------G-CG----GTGCA-GGA-A-------A---T-TGGA-----G---G--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAATCCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATT
gi|1 : TTAC-CCATAAAAATACTTAAAGAATATTCAACATGCTCAGCGAGC-TTAATCATCTAAGT---TTAGATCT-G------GT---AGGA-AAAT-A-----GGGGC------TATTATTTCAATGACCGGCTACTTTAT-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGCGTACTATA------------------------T-CCAAA-----------------T-----C-----AA-----ATGAA-AT-A-TGGTAGT--CGG--------TTGT--T-AGACG-CA-GCGTA-AATGGGCC-G-AGT--GTTTTTA--AAAA-T---ATCCAGT-A--TTTTAATAGTT-GTTTTT--TTGAGTAATGA-TAAAATCAAATTG-ACTTAGG-------GATAAACTCAAT--ACAGCT--T-ATGTCT-CA-AAAATTTT--AATATTAAG-TTGATTGGG-ATATAGTGTTGTCATGTTATTACCAAACAAAACATGT-A-T-GAATGA--AAA-TGG-TTT--GACAATTAA--AAA--TATTTT-GCGTTCT-------AT-AT-------ACTTCTTCAAA-ATTAG----AC-----TACGCACCTGCAT----CTTACCTT-AAA-ACGG-C-TAATTT----AAT-GG---GCTAGGAT-AATTTT----TT-TAAA-AA--A--TTGTTAC-TAACGTGGATGG-CG----AGACA-AAA-G-------A---T-TAGA-----G---GACC----------TGTTATA--------TTTTTTCC-AAGA--CCGGCTT-TTA-T--TCAATCCG--G--CAAA-TTATCAGAAGATT
gi|10 : --ATG-------TAT--------C--GT--CT--A-ATG--T-CT-ACAATTTT--AATAT--AA-TTAAC-----AT---GTA------TAATAT-------CAAAACATGA-ATT-GAATA---AAA-T-G-TTT--G-C-ATT----AAA--TA----------CA-------AT-A--------AAATTTTCAAATGTT-G----AATACCGT----------AT----CTTAC--T-AAA-ACGG-C-CAACTTTC-AAACAGG---GCT----T-A---TA----TT-CAAA-AA--G---T----C-T----------G-CG----GTGCA-GGA-A-------A---A-TGGA-----G---A--C----------C----TA--------TTTT---C-AAGA--CCAGCTGATTA-T--CAAACCCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATtta
gi|11 : T------------------T-----------------C-----------------T---------------AATGT---------CGT---TT-TA------------------------T----------------------------------------------G-AT-A-TGGTAGT--AGG--------TTGC--T-A---G-TA-GC-TA-AA-----CGG-ATT--ATGTTTT--AAA---------------------AA-A--T-G---TT--TTT---AATGA-TACATT---ATTA-GC--ATG-------GAT--------T--AC--CT--T-ATG--T-CC-AAAATTTT--AATGT--AA-ATAAT-----AT---GTA------TGATTT-------CAAAACATTA-ATT-GAATc
gi|12 : gttttggacagagcaaacataatctcaattgagtaTAC-CC-TCAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--ACG-G------------AAA--------------------AT---AGGG-ACAT-ATTTTCAAGACCGTCTTT--TTTTT------------------T-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGT---CT-TA------------------------T-T---A-----------------TAAAAAC-----AA-----A---A-AT-A-TGGTAGT--CGG--------TTGT--T-A---G-CG-GC-TA-GA-----C-G-GAT--ATGTTTT--AAAA-T---TTCCAGT-A--
gi|13 : gaA------A-GCC--GAA-GC-TTATT--TT-AAAT---TT-----T-G------GT---AGGA-AAAT-A-----GGGGC------T--TATTT------------------T-----------------CAAGACCAGCTTATTTTTA---------------AATGC---------TGT---CT-TT------------------------T-T---A-----------------T-----C-----AA-----A---A-
gi|14 : attagtacatacataatatacccta-CC-TAAAA-C-CCTGAA-AATA------A-GTA--ATG-GC-TTCT-------AGT---TC-----T-G------GT---AAGA-AAAT-A-----AGGGC------T--TATAT------------------T-----------------C-----------------A---------------AAcaaa
gi|15 : acaatataatgatgcgt--ATG-------GAT--------T--AC--CT--TTATA--T-CTTAACATTTT--AATAT--AA-TTAAT-----AT---GTG------TGATAT-------CAAAATATGA-ATT-GAAGA---GGA-T-GTTTT--G-C-ATT-----AA--TA---A-G----CA-------AT-A--------AAATCTCCAAATacctgactaacattcaaccttaaa
gi|16 : TGCA-AGA-A-------A---A-TGGT-----G---A--C----------T----TA--------TTTT---T-AAGT--CAGGCTTTTTA-T--CAAGACAG--G--TTGA-ATTTC--AAG
gi|17 : tatattcacacatacttttttgac---GCT----T-A---CT----TT-CCAA-TA--C--TT------T----------G-CG----ATGCA-GGA-A-------A---TGTGGG-----A---G--A----------T----TA--------TTTT---C-A--G--CCGACTTATTA-T--C--ATTCGCAG--CTAA--TTGC--AAGATg
gi|2 : aTACACC-TATAA-T-CTTGAA-ATGA------A-GCCG-GCG-GCTTTATT--TC-AAGTG--TT-----T-ATATTCTGTAAAAGGAGAAATAA-----AAGGCAG----T--TATTT------------------T-----------------CCA---------------A---------------GATTC---------GGT---CT-TAATTGTTTCAAATGCGCCGTCTTAAT-T---A-----------------T-----CAAATCAA-----A---A-ATAA-TGGTTGT--CGT--------TGGT--T-A---G-AG-GC-TA-AAG----G-G-AAT--ATG-TTT--AAAA-T---ATCCAGT-A--TTTT---A--T-G---TT--TTG---AATGA-TAAATT---A-TT-GC--TTG-------AAT--------T--AT--AT--T-ATG--T-CT-AGAATTTTTAAATAT---A-TTGATATATAAT---GTG------TGATAT-------CAAAACATGT-ATTGGAATG---GAA-T-G-TTT--G-C-ATT----TAACCTATTCG-G----TT--------T-A--------AAATCTCC-AATGCTAG----AA-----T----------AT----CTTAC--T-AAAGACGG-CAAAACTTTTCAAATA-G---GCT----T-A---TTAATCTTAAAAA-AA--A--TT----CTT----------GTTG----GTGCA-GAA-AAAACATGA---T-TGAG-----G---A--CTTATTTAAAGT----TA--------TTTT---CAAAGA--CCGACTTATTA-T--CAATCCCG--GCTCTAA-TTTTC--AAGATT
gi|3 : aataTAC-CC-TAAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--GCG-GC-TTAT------AAATAAGTA-----T-G------TT---AGGA-AA-T-------GGGGC------T--TATTTT-----------------T-----------------C-----------------AAGACCGGCTTATTTCAATGCGATTTCAATCGCTA-CTATA------------------------T-CCAAA-----------------T-----C-----AA-----A---G-AT-AATGGTAGT--CG---------TTGT--TCA---GACG-GC-TATAA-----T-G-GCG--ATTTTTT--AAAA-TCATATCCAGT-A--TT---A-A--TAG---TTGTTTG---TATGA-CAATTG---ACTTAGA--ATAATTCTCTGAT--------A--AG--CT--T-ATG--TTCA-AAAATTTT--AATTT--AAGTTGATG----AT---ATGGTGTC-TGATACA------CAAAACATGT-AT--GAATG---AAAAT-G-TTTTGA-C-ATT----AAAA-TATTTGCG----TTT------AT-AT-------AAATCTTCAAATGCT-GCACTGA-----T-----------T----CTTAC--TTAAA-ACGG-C-TAA-TTTCAATGTAGGATAGCT----TTA---TT----TT-AAAA-AATTG--TT----C-T----------A-CGTGGAGTGCA-GAA-A-------AAGAT-TAGGTGACTG---G--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-TTCCAAATCCG--G--CAAA-TTATC--AAAATTttt
gi|4 : taaTAC-CC-TAAA--T-CTTGAA-AATA------A-ACC--GCG-GC-TT-CT--TA-AGGT---TT-----T-G------GT---AGG---AAT-A-------GGCTTA---T--TATTT------------------T-----------------CA----------------A---------------AATGC---------CGT---CT-TA------------------------TCT---ATCGAAACAAAAATAGAGT-----C-----AA-----A---A-AT-A-TGGATGT--TGG--------TTGT--T-A---G-tta
gi|4 : a-GC-TC-AA-----T-GGATT--ATGTTTTTTAAAA-T---ATTGAGT-A--TTTTAA-G--T------------------------------ATTT-GC--ACG-------GAT--------T--TT--CT--T-ATG--T-CT-AAAATCTT--AATAT--AA-TTAAT-----AT---GTG------TGATAA-------CGAAACATGA-ATT-GAATG---AAA-T-T-TTT--G-T-ATTTGGTAAA--TAA--A-A----CA-------AT-A--------AAATATTCAAATGTT-G----AA-----T-----------------------T------CGG-C-TAACTTTCAAC-TAGG---GCT----T-A---TT----TT-CAAA-A---A--TT----C-T----------G-CG----GTGCG-TGA-A-------A---T-TGAA-----G---G--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAATTCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATTattttatggtctttttggtccacattttataaaaattgtgactttgctcaatggattatgttttttaaaatattgagtattttaagtatttgcacggattttcttatgtctaaaatcttaatataattaatatgtgtgataacgaaacatgaattgaatgaaatttttgtatttggtaaataaaacaataaaatattcaaatgttgaattcggctaactttcaactagggcttattttcaaaaattctgcggtgcgtgaaattgaaggcttattttcaagaccggcttattatcaaattcggctaattttcaagatttta
gi|5 : ataccctaaatcttgaaaataaaccgcggcttcttaaggttttggtaggaataggcttattattttcaaaatgccgtcttatctatcgaaacaaaaatagagtcaaaaatatggatgttggttgttagattttatggtctttttggtccacattttataaaaattgtgactttTAT-CC-TAAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--GCG-GT-TTATT--TT-AAGT---TT-----T-T------GT---AGGA-AAAT-A-----GGGGC------T--TGTTT------------------T-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGA---CT-TA------------------------A-T---A-----------------T-----T-----AAAACTCA---A-AT-ACCGGTATTAGCGGCTTAATAATTTTCAT-G---A-CGTGT-TA-AA-----CGG-GTT--ATAATTT--AAAA-T---ACCCAGT-A--TTTTAA-A--T-A---TT--TTG---AATGA-TAAGTT---ATTT-GC--ACA-------GAT--------T--AT--TT--T-ATG--T-CT-ACAATTTT--GATAT--AA-TCAAT-----AT---GCT------TGATAT-------CAAAACACGA-ATT-GAATG---AAA-T-A-TTT--G-C-ATT----AAA--TATTTG-G----TT-------CT-AAAACATTTAAATCTTCACATGTT-G----AA-----T----------AT----CTTAC--T-AAA-ACGG-A-TAACTTTC-AAATAGG---GCT----T-A---TT----TT-CAAACAA--AATTT----C-T----------G-CA----GTGCA-GGA-A-------A---T-CGTA-----A---G--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAATCCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATTtta
gi|6 : cataaC-CC-TATAA-T---TGAA-ATTA--------GCC--GCG-G--TTATT--T--AAGT---TT-----TTG------GTG--AGGA-AAAT-A-----AG--C------T--TATTT------------------T-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGT---CT-TA------------------------T-T---A-----------------TAAAT-C-----AA-----A---AGAT-A-TGGTTGT--ACA--------TTGT--T-A---G-CG-GC-TA-AA-----G-G-G----ATGTTTT--AAAAGT---ATCCAGTTA--TTTTAA-AA-T-G---TT--TTGG--AATGA-TAAATT---TTGT-GC--TTG-------AAT--------TCAAT--ATAAT-ATG--T-GT-AGAATTT---AATAT--AA-TTGAT-----AT---GTG------TGATAT-------CAAAACATGATATT-GAATG---GAA-----TTT--G-C-ATT----AAA--TATCGA-G----T---------T-A--------AAAT-TTCAAATGCT-G----CA-----G----------AT----CTTAC--T-AAA-ACGG-CATAACTTTC-GAATAGG-----C----T-A---TT----TT-TAAA-AA--A--TT------T----------G-TG----GTGCACAGATA-------A---T-TGGA-----G---G--C----------T----TATTTAAAGTTTTT---T-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAA-ATG--G---TAA-TTTTC---AGATTtta
gi|7 : agtTTAC-CC-TAAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--GCG-GC-TTATT--TC-AAGT---TT-----T-G------GT---AGGA-AAAT-G-----GGGGC------T--TATTT------------------T-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGT---CT-TA------------------------T-C---A-----------------T-----C-----AA-----A---A-AT-A-TGGTAGT--CGG--------TTGT--T-A---G-CG-GC-TA-AA-----C-A-ATT--ATGTTTT--AAAA-T---ATCCAGT-A--TTTTAA-A--T-G---TT--TTG---AATGA-TAAATT---ATTT-GC--ATG-------GAT--------T--AT--CA--T-ATG--T-CA-AAATTTTT--AATAT--AA-TTAGT-----AT---ATG------TGATAT-------CAAACCATGA-ATT-GAATG---AAA-T-G-TTT--G-C-ATT----AAA--TATTTG-G----TT-------AT-A--------AAATCTTCAAATATT-G----AA-----T----------AT----CTTAA--T-AAA-ACGG-C-TAACTTTCAAAATAAG---TGT----T-A---TT----TT-CAAA-AA--A--TT----C-T----------G-CG----GTGCA-AGA-A-------A---T-TGGA-----A---G--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAATTCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATTttag
gi|8 : TAC-CA-TAACA-T-CTTGAA-AATA------T-GCC--ACG-GC-TTAAT--TT-AGGT---TT-----T-G------GT---GTGA-AAAT-A-----CCGGC------T--TATTT------------------TCAAGACCAACTTATTGTC-----------------A---------------AATGC---------TGT---CT-TA------------------------A-A---A-----------------TCAAAAC-----AA-----A---A-AT-A-TGGTAGT--CGG--------TTGT--T-A---C-CA-GC---------------ATTGCATGGT-----------------AGT-AGGTTGTTA-G--T-G---CT--TTG------CA-TAGAT-----TTT-G--------------------------------T--T-ATT--T-CT-AAAATTTT--GATAT--AA-TTAAC-----CT---GTG------TGATAT-------CAAATCATGA-ATT--AAT--------T-G-TTT--G-C-ATT----AAA--TGTTTG-GA---TTTAAAATAAT-A--------AAATCATAGAATATT-G----AA-----T----------AG----CTTAT--T-AAA-AAGA-C-TCGCTTTC-AAATAGG---GCT----T-T---TT----TT-C-AA-AC--A--TT----C-T----------T-CA----GTGCA-GGA-A-------A---T-TAGA-----G---G--T----------T----TA--------TTTG---T-AAGA--CTGACGTATTA-T--CAAATCCG--G--CTAA-TTTTC--AAGAgt
gi|9 : aa-A-TGGT-GT--AGG--------TTGC--T-A---G-TA--C-TA-AA-----C-G-ATT--ATGTTTT--AAAA--------------------AA-G--T-T---TT--TT-----ATGAGTACATT---ATTA-GC--ATG-------GAT--------T--AC--CT--T-ATG--T-CC-AAAATTTTA-AATGT--AA-ATAAT-----AT---GTA------TGAT-T-------CAAAACAT-A-ATT-GAATGGAAAAA-T-G-TTT--G-C-ATT----GAA---A-TTG-G----TT-------ATAA--------AAATCTTCAAATGTT-A----AA----------------ATAATACTTAC--TAAAA-ACGGCC-TAACTTTC-AAATA-G---GTT----T-A---TT----TC---AA-AC--A--TT----T-T----------G-CG----GTGCA-GGA-T-------A---T-TGGA-----GGCTG--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGAAGCCGGTTT-TTATT--CAAATCCG------TAATTTTTC--AAGATTgtt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 111111 1111111111111111111 111 11111111 222222 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111 1111111 11111111 1111 1111111 111111111111111 11111 111111 1111111 111 1111 3333333333333333333333333333333 3333333333333333333333 11111111111111111 1111111 11111111111111111111111 11111111
lowQualScore : 4 4 4 4 4 11111111 88 3 44 666666 2222222222222222222 000 3 22222222 111111 55 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99999 666 3 3 7 2 55 33333333 55 3 666 3 3 3 3 9999999 333 55 55 99999 3 55 3 0 4 00000000 55 4444 4 7777 4 44 0000000 444444444444444 44 3 3 77 77 44 3 88888 555 777777 4444444 3 3 000 3 555 55 3 3 2222 88 7777777777777777777777777777777 8 8888 0000000000000000000000 55 8 4 4 4 55 4 4 1 666 7777 3 666 7777 55 3 55555 88888888888888888 3 7777 3 3 0000000 555 3 44444444444444444444444 7777 22222222 555 3 44 1 3 44 44 44 3 44
lowQualScore : . . . . . ........ .. . .. ...... ................... ... . ........ ...... .. ........................................................................................................................................................... ..... ... . . . . .. ........ .. . ... . . . . ....... ... .. .. ..... . .. . . . ........ .. .... . .... . .. ....... ............... .. . . .. .. .. . ..... ... ...... ....... . . ... . ... .. . . .... .. ............................... . .... ...................... .. . . . . .. . . . ... .... . ... .... .. . ..... ................. . .... . . ....... ... . ....................... .... ........ ... . .. . . .. .. .. . ..
lowQualScore : 0 0 0 0 0 99999999 66 6 22 333333 5555555555555555555 000 6 22222222 888888 00 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 444 6 6 3 5 00 22222222 00 6 444 6 6 6 6 7777777 888 00 00 88888 6 00 1 9 0 66666666 55 3333 0 7777 0 66 8888888 111111111111111 66 3 3 99 99 66 3 88888 888 999999 2222222 3 3 000 6 555 00 6 6 7777 66 0000000000000000000000000000000 0 5555 9999999999999999999999 55 0 0 0 0 55 0 0 6 444 7777 6 444 7777 66 6 99999 88888888888888888 6 7777 3 3 8888888 888 3 77777777777777777777777 1111 11111111 888 3 66 3 3 66 66 66 3 66
consensus : TTAC-CC-TAAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--GCG-GC-TTATT--TC-AAGT---TT-----T-G------GT---AGGA-AAAT-A-----GGGGC------T--TATTT------------------T-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGT---CT-TA------------------------T-T---A-----------------T-----C-----AA-----A---A-AT-A-TGGTAGT--CGG--------TTGT--T-A---G-CG-GC-TA-AA-----C-G-ATT--ATGTTTT--AAAA-T---ATCCAGT-A--TTTTAA-A--T-G---TT--TTG---AATGA-TAAATT---ATTT-GC--ATG-------GAT--------T--AT--CT--T-ATGT-CT--AAAATTTT--AATAT--AA-TTAAT-----AT---GTG------TGATAT-------CAAAACATGA-ATT-GAATG---AAA-T-G-TTT--G-C-ATT----AAA--TATTTG-G----TT-------AT-A--------AAATCTTCAAATGTT-G----AA-----T----------AT----CTTAC--T-AAA-ACGG-C-TAA--CTTTC-AA-ATAGG---GCT----T-A---TT----TT-CAAA-AA--A--TT----C-T----------G-CG----GTGCA-GGA-A-------A---T-TGGA-----G---G--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAATCCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATT
Reference ( family-1443 ) : TTAC-CC-TAAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--GCG-GC-TTATT--TC-AAGT---TT-----T-G------GT---AGGA-AAAT-A-----GGGGC------T--TATTT------------------T-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGT---CT-TA------------------------T-T---A-----------------T-----C-----AA-----A---A-AT-A-TGGTAGT--CGG--------TTGT--T-A---G-CG-GC-TA-AA-----C-G-ATT--ATGTTTT--AAAA-T---ATCCAGT-A--TTTTAA-A--T-G---TT--TTG---AATGA-TAAATT---ATTT-GC--ATG-------GAT--------T--AT--CT--T-ATGT-CT--AAAATTTT--AATAT--AA-TTAAT-----AT---GTG------TGATAT-------CAAAACATGA-ATT-GAATG---AAA-T-G-TTT--G-C-ATT----AAA--TATTTG-G----TT-------AT-A--------AAATCTTCAAATGTT-G----AA-----T----------AT----CTTAC--T-AAA-ACGG-C-TAA--CTTTC-AA-ATAGG---GCT----T-A---TT----TT-CAAA-AA--A--TT----C-T----------G-CG----GTGCA-GGA-A-------A---T-TGGA-----G---G--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAATCCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATT
gi|1 : TTAC-CCATAAAAATACTTAAAGAATATTCAACATGCTCAGCGAGC-TTAATCATCTAAGT---TTAGATCT-G------GT---AGGA-AAAT-A-----GGGGC------TATTATTTCAATGACCGGCTACTTTAT-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGCGTACTATA------------------------T-CCAAA-----------------T-----C-----AA-----ATGAA-AT-A-TGGTAGT--CGG--------TTGT--T-AGACG-CA-GCGTA-AATGGGCC-G-AGT--GTTTTTA--AAAA-T---ATCCAGT-A--TTTTAATAGTT-GTTTTT--TTGAGTAATGA-TAAAATCAAATTG-ACTTAGG-------GATAAACTCAAT--ACAGCT--T-ATGT-CTCAAAAATTTT--AATATTAAG-TTGATTGGG-ATATAGTGTTGTCATGTTATTACCAAACAAAACATGT-A-T-GAATGA--AAA-TGG-TTT--GACAATTAA--AAA--TATTTT-GCGTTCT-------AT-AT-------ACTTCTTCAAA-ATTAG----AC-----TACGCACCTGCAT----CTTACCTT-AAA-ACGG-C-TAA--TTT----A-AT-GG---GCTAGGAT-AATTTT----TT-TAAA-AA--A--TTGTTAC-TAACGTGGATGG-CG----AGACA-AAA-G-------A---T-TAGA-----G---GACC----------TGTTATA--------TTTTTTCC-AAGA--CCGGCTT-TTA-T--TCAATCCG--G--CAAA-TTATCAGAAGATT
gi|10 : --ATG-------TAT--------C--GT--CT--A-ATGT-CT--ACAATTTT--AATAT--AA-TTAAC-----AT---GTA------TAATAT-------CAAAACATGA-ATT-GAATA---AAA-T-G-TTT--G-C-ATT----AAA--TA----------CA-------AT-A--------AAATTTTCAAATGTT-G----AATACCGT----------AT----CTTAC--T-AAA-ACGG-C-CAA--CTTTC-AA-ACAGG---GCT----T-A---TA----TT-CAAA-AA--G---T----C-T----------G-CG----GTGCA-GGA-A-------A---A-TGGA-----G---A--C----------C----TA--------TTTT---C-AAGA--CCAGCTGATTA-T--CAAACCCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATtta
gi|11 : T------------------T-----------------C-----------------T---------------AATGT---------CGT---TT-TA------------------------T----------------------------------------------G-AT-A-TGGTAGT--AGG--------TTGC--T-A---G-TA-GC-TA-AA-----CGG-ATT--ATGTTTT--AAA---------------------AA-A--T-G---TT--TTT---AATGA-TACATT---ATTA-GC--ATG-------GAT--------T--AC--CT--T-ATGT-CC--AAAATTTT--AATGT--AA-ATAAT-----AT---GTA------TGATTT-------CAAAACATTA-ATT-GAATc
gi|12 : gttttggacagagcaaacataatctcaattgagtaTAC-CC-TCAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--ACG-G------------AAA--------------------AT---AGGG-ACAT-ATTTTCAAGACCGTCTTT--TTTTT------------------T-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGT---CT-TA------------------------T-T---A-----------------TAAAAAC-----AA-----A---A-AT-A-TGGTAGT--CGG--------TTGT--T-A---G-CG-GC-TA-GA-----C-G-GAT--ATGTTTT--AAAA-T---TTCCAGT-A--
gi|13 : gaA------A-GCC--GAA-GC-TTATT--TT-AAAT---TT-----T-G------GT---AGGA-AAAT-A-----GGGGC------T--TATTT------------------T-----------------CAAGACCAGCTTATTTTTA---------------AATGC---------TGT---CT-TT------------------------T-T---A-----------------T-----C-----AA-----A---A-
gi|14 : attagtacatacataatatacccta-CC-TAAAA-C-CCTGAA-AATA------A-GTA--ATG-GC-TTCT-------AGT---TC-----T-G------GT---AAGA-AAAT-A-----AGGGC------T--TATAT------------------T-----------------C-----------------A---------------AAcaaa
gi|15 : acaatataatgatgcgt--ATG-------GAT--------T--AC--CT--TTATAT-CTT-AACATTTT--AATAT--AA-TTAAT-----AT---GTG------TGATAT-------CAAAATATGA-ATT-GAAGA---GGA-T-GTTTT--G-C-ATT-----AA--TA---A-G----CA-------AT-A--------AAATCTCCAAATacctgactaacattcaaccttaaa
gi|16 : TGCA-AGA-A-------A---A-TGGT-----G---A--C----------T----TA--------TTTT---T-AAGT--CAGGCTTTTTA-T--CAAGACAG--G--TTGA-ATTTC--AAG
gi|17 : tatattcacacatacttttttgac---GCT----T-A---CT----TT-CCAA-TA--C--TT------T----------G-CG----ATGCA-GGA-A-------A---TGTGGG-----A---G--A----------T----TA--------TTTT---C-A--G--CCGACTTATTA-T--C--ATTCGCAG--CTAA--TTGC--AAGATg
gi|2 : aTACACC-TATAA-T-CTTGAA-ATGA------A-GCCG-GCG-GCTTTATT--TC-AAGTG--TT-----T-ATATTCTGTAAAAGGAGAAATAA-----AAGGCAG----T--TATTT------------------T-----------------CCA---------------A---------------GATTC---------GGT---CT-TAATTGTTTCAAATGCGCCGTCTTAAT-T---A-----------------T-----CAAATCAA-----A---A-ATAA-TGGTTGT--CGT--------TGGT--T-A---G-AG-GC-TA-AAG----G-G-AAT--ATG-TTT--AAAA-T---ATCCAGT-A--TTTT---A--T-G---TT--TTG---AATGA-TAAATT---A-TT-GC--TTG-------AAT--------T--AT--AT--T-ATGT-CT--AGAATTTTTAAATAT---A-TTGATATATAAT---GTG------TGATAT-------CAAAACATGT-ATTGGAATG---GAA-T-G-TTT--G-C-ATT----TAACCTATTCG-G----TT--------T-A--------AAATCTCC-AATGCTAG----AA-----T----------AT----CTTAC--T-AAAGACGG-C-AAAACTTTTC-AA-ATA-G---GCT----T-A---TTAATCTTAAAAA-AA--A--TT----CTT----------GTTG----GTGCA-GAA-AAAACATGA---T-TGAG-----G---A--CTTATTTAAAGT----TA--------TTTT---CAAAGA--CCGACTTATTA-T--CAATCCCG--GCTCTAA-TTTTC--AAGATT
gi|3 : aataTAC-CC-TAAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--GCG-GC-TTAT------AAATAAGTA-----T-G------TT---AGGA-AA-T-------GGGGC------T--TATTTT-----------------T-----------------C-----------------AAGACCGGCTTATTTCAATGCGATTTCAATCGCTA-CTATA------------------------T-CCAAA-----------------T-----C-----AA-----A---G-AT-AATGGTAGT--CG---------TTGT--TCA---GACG-GC-TATAA-----T-G-GCG--ATTTTTT--AAAA-TCATATCCAGT-A--TT---A-A--TAG---TTGTTTG---TATGA-CAATTG---ACTTAGA--ATAATTCTCTGAT--------A--AG--CT--T-ATGTTCA--AAAATTTT--AATTT--AAGTTGATG----AT---ATGGTGTC-TGATACA------CAAAACATGT-AT--GAATG---AAAAT-G-TTTTGA-C-ATT----AAAA-TATTTGCG----TTT------AT-AT-------AAATCTTCAAATGCT-GCACTGA-----T-----------T----CTTAC--TTAAA-ACGG-C-TAA---TTTC-AATGTAGGATAGCT----TTA---TT----TT-AAAA-AATTG--TT----C-T----------A-CGTGGAGTGCA-GAA-A-------AAGAT-TAGGTGACTG---G--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-TTCCAAATCCG--G--CAAA-TTATC--AAAATTttt
gi|4 : taaTAC-CC-TAAA--T-CTTGAA-AATA------A-ACC--GCG-GC-TT-CT--TA-AGGT---TT-----T-G------GT---AGG---AAT-A-------GGCTTA---T--TATTT------------------T-----------------CA----------------A---------------AATGC---------CGT---CT-TA------------------------TCT---ATCGAAACAAAAATAGAGT-----C-----AA-----A---A-AT-A-TGGATGT--TGG--------TTGT--T-A---G-tta
gi|4 : a-GC-TC-AA-----T-GGATT--ATGTTTTTTAAAA-T---ATTGAGT-A--TTTTAA-G--T------------------------------ATTT-GC--ACG-------GAT--------T--TT--CT--T-ATGT-CT--AAAATCTT--AATAT--AA-TTAAT-----AT---GTG------TGATAA-------CGAAACATGA-ATT-GAATG---AAA-T-T-TTT--G-T-ATTTGGTAAA--TAA--A-A----CA-------AT-A--------AAATATTCAAATGTT-G----AA-----T-----------------------T------CGG-C-TAA--CTTTC-AA-CTAGG---GCT----T-A---TT----TT-CAAA-A---A--TT----C-T----------G-CG----GTGCG-TGA-A-------A---T-TGAA-----G---G--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAATTCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATTattttatggtctttttggtccacattttataaaaattgtgactttgctcaatggattatgttttttaaaatattgagtattttaagtatttgcacggattttcttatgtctaaaatcttaatataattaatatgtgtgataacgaaacatgaattgaatgaaatttttgtatttggtaaataaaacaataaaatattcaaatgttgaattcggctaactttcaactagggcttattttcaaaaattctgcggtgcgtgaaattgaaggcttattttcaagaccggcttattatcaaattcggctaattttcaagatttta
gi|5 : ataccctaaatcttgaaaataaaccgcggcttcttaaggttttggtaggaataggcttattattttcaaaatgccgtcttatctatcgaaacaaaaatagagtcaaaaatatggatgttggttgttagattttatggtctttttggtccacattttataaaaattgtgactttTAT-CC-TAAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--GCG-GT-TTATT--TT-AAGT---TT-----T-T------GT---AGGA-AAAT-A-----GGGGC------T--TGTTT------------------T-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGA---CT-TA------------------------A-T---A-----------------T-----T-----AAAACTCA---A-AT-ACCGGTATTAGCGGCTTAATAATTTTCAT-G---A-CGTGT-TA-AA-----CGG-GTT--ATAATTT--AAAA-T---ACCCAGT-A--TTTTAA-A--T-A---TT--TTG---AATGA-TAAGTT---ATTT-GC--ACA-------GAT--------T--AT--TT--T-ATGT-CT--ACAATTTT--GATAT--AA-TCAAT-----AT---GCT------TGATAT-------CAAAACACGA-ATT-GAATG---AAA-T-A-TTT--G-C-ATT----AAA--TATTTG-G----TT-------CT-AAAACATTTAAATCTTCACATGTT-G----AA-----T----------AT----CTTAC--T-AAA-ACGG-A-TAA--CTTTC-AA-ATAGG---GCT----T-A---TT----TT-CAAACAA--AATTT----C-T----------G-CA----GTGCA-GGA-A-------A---T-CGTA-----A---G--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAATCCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATTtta
gi|6 : cataaC-CC-TATAA-T---TGAA-ATTA--------GCC--GCG-G--TTATT--T--AAGT---TT-----TTG------GTG--AGGA-AAAT-A-----AG--C------T--TATTT------------------T-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGT---CT-TA------------------------T-T---A-----------------TAAAT-C-----AA-----A---AGAT-A-TGGTTGT--ACA--------TTGT--T-A---G-CG-GC-TA-AA-----G-G-G----ATGTTTT--AAAAGT---ATCCAGTTA--TTTTAA-AA-T-G---TT--TTGG--AATGA-TAAATT---TTGT-GC--TTG-------AAT--------TCAAT--ATAAT-ATGT-GT--AGAATTT---AATAT--AA-TTGAT-----AT---GTG------TGATAT-------CAAAACATGATATT-GAATG---GAA-T----TT--G-C-ATT----AAA--TATCGA-G----TT-------A-----------AAAT-TTCAAATGCT-G----CA-----G----------AT----CTTAC--T-AAA-ACGG-CATAA--CTTTC-GA-ATAGG-----C----T-A---TT----TT-TAAA-AA--A--TT------T----------G-TG----GTGCACAGATA-------A---T-TGGA-----G---G--C----------T----TATTTAAAGTTTTT---T-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAA-ATG--G---TAA-TTTTC---AGATTtta
gi|7 : agtTTAC-CC-TAAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--GCG-GC-TTATT--TC-AAGT---TT-----T-G------GT---AGGA-AAAT-G-----GGGGC------T--TATTT------------------T-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGT---CT-TA------------------------T-C---A-----------------T-----C-----AA-----A---A-AT-A-TGGTAGT--CGG--------TTGT--T-A---G-CG-GC-TA-AA-----C-A-ATT--ATGTTTT--AAAA-T---ATCCAGT-A--TTTTAA-A--T-G---TT--TTG---AATGA-TAAATT---ATTT-GC--ATG-------GAT--------T--AT--CA--T-ATGT-CA--AAATTTTT--AATAT--AA-TTAGT-----AT---ATG------TGATAT-------CAAACCATGA-ATT-GAATG---AAA-T-G-TTT--G-C-ATT----AAA--TATTTG-G----TT-------AT-A--------AAATCTTCAAATATT-G----AA-----T----------AT----CTTAA--T-AAA-ACGG-C-TAA--CTTTCAAA-ATAAG---TGT----T-A---TT----TT-CAAA-AA--A--TT----C-T----------G-CG----GTGCA-AGA-A-------A---T-TGGA-----A---G--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAATTCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATTttag
gi|8 : TAC-CA-TAACA-T-CTTGAA-AATA------T-GCC--ACG-GC-TTAAT--TT-AGGT---TT-----T-G------GT---GTGA-AAAT-A-----CCGGC------T--TATTT------------------TCAAGACCAACTTATTGTC-----------------A---------------AATGC---------TGT---CT-TA------------------------A-A---A-----------------TCAAAAC-----AA-----A---A-AT-A-TGGTAGT--CGG--------TTGT--T-A---C-CA-GC---------------ATTGCATGGT-----------------AGT-AGGTTGTTA-G--T-G---CT--TTG------CA-TAGAT-----TTT-G--------------------------------T--T-ATTT-CT--AAAATTTT--GATAT--AA-TTAAC-----CT---GTG------TGATAT-------CAAATCATGA-ATT--AAT--------T-G-TTT--G-C-ATT----AAA--TGTTTG-GA---TTTAAAATAAT-A--------AAATCATAGAATATT-G----AA-----T----------AG----CTTAT--T-AAA-AAGA-C-TCG--CTTTC-AA-ATAGG---GCT----T-T---TT----TT-C-AA-AC--A--TT----C-T----------T-CA----GTGCA-GGA-A-------A---T-TAGA-----G---G--T----------T----TA--------TTTG---T-AAGA--CTGACGTATTA-T--CAAATCCG--G--CTAA-TTTTC--AAGAgt
gi|9 : aa-A-TGGT-GT--AGG--------TTGC--T-A---G-TA--C-TA-AA-----C-G-ATT--ATGTTTT--AAAA--------------------AA-G--T-T---TT--TT-----ATGAGTACATT---ATTA-GC--ATG-------GAT--------T--AC--CT--T-ATGT-CC--AAAATTTTA-AATGT--AA-ATAAT-----AT---GTA------TGAT-T-------CAAAACAT-A-ATT-GAATGGAAAAA-T-G-TTT--G-C-ATT----GAA---A-TTG-G----TT-------ATAA--------AAATCTTCAAATGTT-A----AA----------------ATAATACTTAC--TAAAA-ACGGCC-TAA--CTTTC-AA-ATA-G---GTT----T-A---TT----TC---AA-AC--A--TT----T-T----------G-CG----GTGCA-GGA-T-------A---T-TGGA-----GGCTG--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGAAGCCGGTTT-TTATT--CAAATCCG------TAATTTTTC--AAGATTgtt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 111111 1111111111111111111 111 11111111 222222 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111 1111111 11111111 1111 1111111 111111111111111 11111 111111 1111111 111 1111 3333333333333333333333333333333 3333333333333333333333 11111111111111111 1111111 11111111111111111111111 11111111
lowQualScore : 4 4 4 4 4 11111111 88 3 44 666666 2222222222222222222 000 3 22222222 111111 55 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99999 666 3 3 7 2 55 33333333 55 3 666 3 3 3 3 9999999 333 55 55 99999 3 55 3 0 4 00000000 55 4444 4 7777 4 44 0000000 444444444444444 44 3 3 77 77 44 3 88888 555 777777 4444444 3 3 000 3 555 55 3 3 2222 88 7777777777777777777777777777777 8 8888 0000000000000000000000 55 8 4 4 4 55 4 4 1 666 7777 3 666 7777 55 3 55555 88888888888888888 3 7777 3 3 0000000 555 3 44444444444444444444444 7777 22222222 555 3 44 1 3 44 44 44 3 44
lowQualScore : . . . . . ........ .. . .. ...... ................... ... . ........ ...... .. ........................................................................................................................................................... ..... ... . . . . .. ........ .. . ... . . . . ....... ... .. .. ..... . .. . . . ........ .. .... . .... . .. ....... ............... .. . . .. .. .. . ..... ... ...... ....... . . ... . ... .. . . .... .. ............................... . .... ...................... .. . . . . .. . . . ... .... . ... .... .. . ..... ................. . .... . . ....... ... . ....................... .... ........ ... . .. . . .. .. .. . ..
lowQualScore : 0 0 0 0 0 99999999 66 6 22 333333 5555555555555555555 000 6 22222222 888888 00 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 444 6 6 3 5 00 22222222 00 6 444 6 6 6 6 7777777 888 00 00 88888 6 00 1 9 0 66666666 55 3333 0 7777 0 66 8888888 111111111111111 66 3 3 99 99 66 3 88888 888 999999 2222222 3 3 000 6 555 00 6 6 7777 66 0000000000000000000000000000000 0 5555 9999999999999999999999 55 0 0 0 0 55 0 0 6 444 7777 6 444 7777 66 6 99999 88888888888888888 6 7777 3 3 8888888 888 3 77777777777777777777777 1111 11111111 888 3 66 3 3 66 66 66 3 66
consensus : TTAC-CC-TAAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--GCG-GC-TTATT--TC-AAGT---TT-----T-G------GT---AGGA-AAAT-A-----GGGGC------T--TATTT------------------T-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGT---CT-TA------------------------T-T---A-----------------T-----C-----AA-----A---A-AT-A-TGGTAGT--CGG--------TTGT--T-A---G-CG-GC-TA-AA-----C-G-ATT--ATGTTTT--AAAA-T---ATCCAGT-A--TTTTAA-A--T-G---TT--TTG---AATGA-TAAATT---ATTT-GC--ATG-------GAT--------T--AT--CT--T-ATGT-CT--AAAATTTT--AATAT--AA-TTAAT-----AT---GTG------TGATAT-------CAAAACATGA-ATT-GAATG---AAA-T-G-TTT--G-C-ATT----AAA--TATTTG-G----TT-------AT-A--------AAATCTTCAAATGTT-G----AA-----T----------AT----CTTAC--T-AAA-ACGG-C-TAA--CTTTC-AA-ATAGG---GCT----T-A---TT----TT-CAAA-AA--A--TT----C-T----------G-CG----GTGCA-GGA-A-------A---T-TGGA-----G---G--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAATCCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATT
Reference ( family-1443 ) : TTAC-CC-TAAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--GCG-GC-TTATT--TC-AAGT---TT-----T-G------GT---AGGA-AAAT-A-----GGGGC------T--TATTT------------------T-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGT---CT-TA------------------------T-T---A-----------------T-----C-----AA-----A---A-AT-A-TGGTAGT--CGG--------TTGT--T-A---G-CG-GC-TA-AA-----C-G-ATT--ATGTTTT--AAAA-T---ATCCAGT-A--TTTTAA-A--T-G---TT--TTG---AATGA-TAAATT---ATTT-GC--ATG-------GAT--------T--AT--CT--T-ATGT-CT--AAAATTTT--AATAT--AA-TTAAT-----AT---GTG------TGATAT-------CAAAACATGA-ATT-GAATG---AAA-T-G-TTT--G-C-ATT----AAA--TATTTG-G----TT-------AT-A--------AAATCTTCAAATGTT-G----AA-----T----------AT----CTTAC--T-AAA-ACGG-C-TAA--CTTTC-AA-ATAGG---GCT----T-A---TT----TT-CAAA-AA--A--TT----C-T----------G-CG----GTGCA-GGA-A-------A---T-TGGA-----G---G--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAATCCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATT
gi|1 : TTAC-CCATAAAAATACTTAAAGAATATTCAACATGCTCAGCGAGC-TTAATCATCTAAGT---TTAGATCT-G------GT---AGGA-AAAT-A-----GGGGC------TATTATTTCAATGACCGGCTACTTTAT-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGCGTACTATA------------------------T-CCAAA-----------------T-----C-----AA-----ATGAA-AT-A-TGGTAGT--CGG--------TTGT--T-AGACG-CA-GCGTA-AATGGGCC-G-AGT--GTTTTTA--AAAA-T---ATCCAGT-A--TTTTAATAGTT-GTTTTT--TTGAGTAATGA-TAAAATCAAATTG-ACTTAGG-------GATAAACTCAAT--ACAGCT--T-ATGT-CTCAAAAATTTT--AATATTAAG-TTGATTGGG-ATATAGTGTTGTCATGTTATTACCAAACAAAACATGT-A-T-GAATGA--AAA-TGG-TTT--GACAATTAA--AAA--TATTTT-GCGTTCT-------AT-AT-------ACTTCTTCAAA-ATTAG----AC-----TACGCACCTGCAT----CTTACCTT-AAA-ACGG-C-TAA--TTT----A-AT-GG---GCTAGGAT-AATTTT----TT-TAAA-AA--A--TTGTTAC-TAACGTGGATGG-CG----AGACA-AAA-G-------A---T-TAGA-----G---GACC----------TGTTATA--------TTTTTTCC-AAGA--CCGGCTT-TTA-T--TCAATCCG--G--CAAA-TTATCAGAAGATT
gi|10 : --ATG-------TAT--------C--GT--CT--A-ATGT-CT--ACAATTTT--AATAT--AA-TTAAC-----AT---GTA------TAATAT-------CAAAACATGA-ATT-GAATA---AAA-T-G-TTT--G-C-ATT----AAA--TA----------CA-------AT-A--------AAATTTTCAAATGTT-G----AATACCGT----------AT----CTTAC--T-AAA-ACGG-C-CAA--CTTTC-AA-ACAGG---GCT----T-A---TA----TT-CAAA-AA--G---T----C-T----------G-CG----GTGCA-GGA-A-------A---A-TGGA-----G---A--C----------C----TA--------TTTT---C-AAGA--CCAGCTGATTA-T--CAAACCCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATtta
gi|11 : T------------------T-----------------C-----------------T---------------AATGT---------CGT---TT-TA------------------------T----------------------------------------------G-AT-A-TGGTAGT--AGG--------TTGC--T-A---G-TA-GC-TA-AA-----CGG-ATT--ATGTTTT--AAA---------------------AA-A--T-G---TT--TTT---AATGA-TACATT---ATTA-GC--ATG-------GAT--------T--AC--CT--T-ATGT-CC--AAAATTTT--AATGT--AA-ATAAT-----AT---GTA------TGATTT-------CAAAACATTA-ATT-GAATc
gi|12 : gttttggacagagcaaacataatctcaattgagtaTAC-CC-TCAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--ACG-G------------AAA--------------------AT---AGGG-ACAT-ATTTTCAAGACCGTCTTT--TTTTT------------------T-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGT---CT-TA------------------------T-T---A-----------------TAAAAAC-----AA-----A---A-AT-A-TGGTAGT--CGG--------TTGT--T-A---G-CG-GC-TA-GA-----C-G-GAT--ATGTTTT--AAAA-T---TTCCAGT-A--
gi|13 : gaA------A-GCC--GAA-GC-TTATT--TT-AAAT---TT-----T-G------GT---AGGA-AAAT-A-----GGGGC------T--TATTT------------------T-----------------CAAGACCAGCTTATTTTTA---------------AATGC---------TGT---CT-TT------------------------T-T---A-----------------T-----C-----AA-----A---A-
gi|14 : attagtacatacataatatacccta-CC-TAAAA-C-CCTGAA-AATA------A-GTA--ATG-GC-TTCT-------AGT---TC-----T-G------GT---AAGA-AAAT-A-----AGGGC------T--TATAT------------------T-----------------C-----------------A---------------AAcaaa
gi|15 : acaatataatgatgcgt--ATG-------GAT--------T--AC--CT--TTATAT-CTT-AACATTTT--AATAT--AA-TTAAT-----AT---GTG------TGATAT-------CAAAATATGA-ATT-GAAGA---GGA-T-GTTTT--G-C-ATT-----AA--TA---A-G----CA-------AT-A--------AAATCTCCAAATacctgactaacattcaaccttaaa
gi|16 : TGCA-AGA-A-------A---A-TGGT-----G---A--C----------T----TA--------TTTT---T-AAGT--CAGGCTTTTTA-T--CAAGACAG--G--TTGA-ATTTC--AAG
gi|17 : tatattcacacatacttttttgac---GCT----T-A---CT----TT-CCAA-TA--C--TT------T----------G-CG----ATGCA-GGA-A-------A---TGTGGG-----A---G--A----------T----TA--------TTTT---C-A--G--CCGACTTATTA-T--C--ATTCGCAG--CTAA--TTGC--AAGATg
gi|2 : aTACACC-TATAA-T-CTTGAA-ATGA------A-GCCG-GCG-GCTTTATT--TC-AAGTG--TT-----T-ATATTCTGTAAAAGGAGAAATAA-----AAGGCAG----T--TATTT------------------T-----------------CCA---------------A---------------GATTC---------GGT---CT-TAATTGTTTCAAATGCGCCGTCTTAAT-T---A-----------------T-----CAAATCAA-----A---A-ATAA-TGGTTGT--CGT--------TGGT--T-A---G-AG-GC-TA-AAG----G-G-AAT--ATG-TTT--AAAA-T---ATCCAGT-A--TTTT---A--T-G---TT--TTG---AATGA-TAAATT---A-TT-GC--TTG-------AAT--------T--AT--AT--T-ATGT-CT--AGAATTTTTAAATAT---A-TTGATATATAAT---GTG------TGATAT-------CAAAACATGT-ATTGGAATG---GAA-T-G-TTT--G-C-ATT----TAACCTATTCG-G----TT--------T-A--------AAATCTCC-AATGCTAG----AA-----T----------AT----CTTAC--T-AAAGACGG-C-AAAACTTTTC-AA-ATA-G---GCT----T-A---TTAATCTTAAAAA-AA--A--TT----CTT----------GTTG----GTGCA-GAA-AAAACATGA---T-TGAG-----G---A--CTTATTTAAAGT----TA--------TTTT---CAAAGA--CCGACTTATTA-T--CAATCCCG--GCTCTAA-TTTTC--AAGATT
gi|3 : aataTAC-CC-TAAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--GCG-GC-TTAT------AAATAAGTA-----T-G------TT---AGGA-AA-T-------GGGGC------T--TATTTT-----------------T-----------------C-----------------AAGACCGGCTTATTTCAATGCGATTTCAATCGCTA-CTATA------------------------T-CCAAA-----------------T-----C-----AA-----A---G-AT-AATGGTAGT--CG---------TTGT--TCA---GACG-GC-TATAA-----T-G-GCG--ATTTTTT--AAAA-TCATATCCAGT-A--TT---A-A--TAG---TTGTTTG---TATGA-CAATTG---ACTTAGA--ATAATTCTCTGAT--------A--AG--CT--T-ATGTTCA--AAAATTTT--AATTT--AAGTTGATG----AT---ATGGTGTC-TGATACA------CAAAACATGT-AT--GAATG---AAAAT-G-TTTTGA-C-ATT----AAAA-TATTTGCG----TTT------AT-AT-------AAATCTTCAAATGCT-GCACTGA-----T-----------T----CTTAC--TTAAA-ACGG-C-TAA---TTTC-AATGTAGGATAGCT----TTA---TT----TT-AAAA-AATTG--TT----C-T----------A-CGTGGAGTGCA-GAA-A-------AAGAT-TAGGTGACTG---G--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-TTCCAAATCCG--G--CAAA-TTATC--AAAATTttt
gi|4 : taaTAC-CC-TAAA--T-CTTGAA-AATA------A-ACC--GCG-GC-TT-CT--TA-AGGT---TT-----T-G------GT---AGG---AAT-A-------GGCTTA---T--TATTT------------------T-----------------CA----------------A---------------AATGC---------CGT---CT-TA------------------------TCT---ATCGAAACAAAAATAGAGT-----C-----AA-----A---A-AT-A-TGGATGT--TGG--------TTGT--T-A---G-tta
gi|4 : a-GC-TC-AA-----T-GGATT--ATGTTTTTTAAAA-T---ATTGAGT-A--TTTTAA-G--T------------------------------ATTT-GC--ACG-------GAT--------T--TT--CT--T-ATGT-CT--AAAATCTT--AATAT--AA-TTAAT-----AT---GTG------TGATAA-------CGAAACATGA-ATT-GAATG---AAA-T-T-TTT--G-T-ATTTGGTAAA--TAA--A-A----CA-------AT-A--------AAATATTCAAATGTT-G----AA-----T-----------------------T------CGG-C-TAA--CTTTC-AA-CTAGG---GCT----T-A---TT----TT-CAAA-A---A--TT----C-T----------G-CG----GTGCG-TGA-A-------A---T-TGAA-----G---G--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAATTCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATTattttatggtctttttggtccacattttataaaaattgtgactttgctcaatggattatgttttttaaaatattgagtattttaagtatttgcacggattttcttatgtctaaaatcttaatataattaatatgtgtgataacgaaacatgaattgaatgaaatttttgtatttggtaaataaaacaataaaatattcaaatgttgaattcggctaactttcaactagggcttattttcaaaaattctgcggtgcgtgaaattgaaggcttattttcaagaccggcttattatcaaattcggctaattttcaagatttta
gi|5 : ataccctaaatcttgaaaataaaccgcggcttcttaaggttttggtaggaataggcttattattttcaaaatgccgtcttatctatcgaaacaaaaatagagtcaaaaatatggatgttggttgttagattttatggtctttttggtccacattttataaaaattgtgactttTAT-CC-TAAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--GCG-GT-TTATT--TT-AAGT---TT-----T-T------GT---AGGA-AAAT-A-----GGGGC------T--TGTTT------------------T-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGA---CT-TA------------------------A-T---A-----------------T-----T-----AAAACTCA---A-AT-ACCGGTATTAGCGGCTTAATAATTTTCAT-G---A-CGTGT-TA-AA-----CGG-GTT--ATAATTT--AAAA-T---ACCCAGT-A--TTTTAA-A--T-A---TT--TTG---AATGA-TAAGTT---ATTT-GC--ACA-------GAT--------T--AT--TT--T-ATGT-CT--ACAATTTT--GATAT--AA-TCAAT-----AT---GCT------TGATAT-------CAAAACACGA-ATT-GAATG---AAA-T-A-TTT--G-C-ATT----AAA--TATTTG-G----TT-------CT-AAAACATTTAAATCTTCACATGTT-G----AA-----T----------AT----CTTAC--T-AAA-ACGG-A-TAA--CTTTC-AA-ATAGG---GCT----T-A---TT----TT-CAAACAA--AATTT----C-T----------G-CA----GTGCA-GGA-A-------A---T-CGTA-----A---G--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAATCCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATTtta
gi|6 : cataaC-CC-TATAA-T---TGAA-ATTA--------GCC--GCG-G--TTATT--T--AAGT---TT-----TTG------GTG--AGGA-AAAT-A-----AG--C------T--TATTT------------------T-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGT---CT-TA------------------------T-T---A-----------------TAAAT-C-----AA-----A---AGAT-A-TGGTTGT--ACA--------TTGT--T-A---G-CG-GC-TA-AA-----G-G-G----ATGTTTT--AAAAGT---ATCCAGTTA--TTTTAA-AA-T-G---TT--TTGG--AATGA-TAAATT---TTGT-GC--TTG-------AAT--------TCAAT--ATAAT-ATGT-GT--AGAATTT---AATAT--AA-TTGAT-----AT---GTG------TGATAT-------CAAAACATGATATT-GAATG---GAA-T----TT--G-C-ATT----AAA--TATCGA-G----TT-------A-----------AAAT-TTCAAATGCT-G----CA-----G----------AT----CTTAC--T-AAA-ACGG-CATAA--CTTTC-GA-ATAGG-----C----T-A---TT----TT-TAAA-AA--A--TT------T----------G-TG----GTGCACAGATA-------A---T-TGGA-----G---G--C----------T----TATTTAAAGTTTTT---T-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAA-ATG--G---TAA-TTTTC---AGATTtta
gi|7 : agtTTAC-CC-TAAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--GCG-GC-TTATT--TC-AAGT---TT-----T-G------GT---AGGA-AAAT-G-----GGGGC------T--TATTT------------------T-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGT---CT-TA------------------------T-C---A-----------------T-----C-----AA-----A---A-AT-A-TGGTAGT--CGG--------TTGT--T-A---G-CG-GC-TA-AA-----C-A-ATT--ATGTTTT--AAAA-T---ATCCAGT-A--TTTTAA-A--T-G---TT--TTG---AATGA-TAAATT---ATTT-GC--ATG-------GAT--------T--AT--CA--T-ATGT-CA--AAATTTTT--AATAT--AA-TTAGT-----AT---ATG------TGATAT-------CAAACCATGA-ATT-GAATG---AAA-T-G-TTT--G-C-ATT----AAA--TATTTG-G----TT-------AT-A--------AAATCTTCAAATATT-G----AA-----T----------AT----CTTAA--T-AAA-ACGG-C-TAA--CTTTCAAA-ATAAG---TGT----T-A---TT----TT-CAAA-AA--A--TT----C-T----------G-CG----GTGCA-AGA-A-------A---T-TGGA-----A---G--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAATTCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATTttag
gi|8 : TAC-CA-TAACA-T-CTTGAA-AATA------T-GCC--ACG-GC-TTAAT--TT-AGGT---TT-----T-G------GT---GTGA-AAAT-A-----CCGGC------T--TATTT------------------TCAAGACCAACTTATTGTC-----------------A---------------AATGC---------TGT---CT-TA------------------------A-A---A-----------------TCAAAAC-----AA-----A---A-AT-A-TGGTAGT--CGG--------TTGT--T-A---C-CA-GC---------------ATTGCATGGT-----------------AGT-AGGTTGTTA-G--T-G---CT--TTG------CA-TAGAT-----TTT-G--------------------------------T--T-ATTT-CT--AAAATTTT--GATAT--AA-TTAAC-----CT---GTG------TGATAT-------CAAATCATGA-ATT--AAT--------T-G-TTT--G-C-ATT----AAA--TGTTTG-GA---TTTAAAATAAT-A--------AAATCATAGAATATT-G----AA-----T----------AG----CTTAT--T-AAA-AAGA-C-TCG--CTTTC-AA-ATAGG---GCT----T-T---TT----TT-C-AA-AC--A--TT----C-T----------T-CA----GTGCA-GGA-A-------A---T-TAGA-----G---G--T----------T----TA--------TTTG---T-AAGA--CTGACGTATTA-T--CAAATCCG--G--CTAA-TTTTC--AAGAgt
gi|9 : aa-A-TGGT-GT--AGG--------TTGC--T-A---G-TA--C-TA-AA-----C-G-ATT--ATGTTTT--AAAA--------------------AA-G--T-T---TT--TT-----ATGAGTACATT---ATTA-GC--ATG-------GAT--------T--AC--CT--T-ATGT-CC--AAAATTTTA-AATGT--AA-ATAAT-----AT---GTA------TGAT-T-------CAAAACAT-A-ATT-GAATGGAAAAA-T-G-TTT--G-C-ATT----GAA---A-TTG-G----TT-------ATAA--------AAATCTTCAAATGTT-A----AA----------------ATAATACTTAC--TAAAA-ACGGCC-TAA--CTTTC-AA-ATA-G---GTT----T-A---TT----TC---AA-AC--A--TT----T-T----------G-CG----GTGCA-GGA-T-------A---T-TGGA-----GGCTG--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGAAGCCGGTTT-TTATT--CAAATCCG------TAATTTTTC--AAGATTgtt
blockSeqs : A . . . . A G . CT TTT GTTTATATTCT AAA G ATTTTCA CGTCTT . TCCAAGATTCGGTCTTAATTGTTTCAAATGCGCCGTCTTAATTATCAAATC AACTC . G A A A AG CTTAATAA CA C . A T . T CG GAT GC TT TCAT T GG T . TAG GT GA G T A . ATTCTCT TCAAT AA T T T TA . G ATATA . GTGTC A T G GAA A GT TG . . TGGT CC TTTGGTTCTAAAACATTT A CACT TACCGTAT . T G C A AC A T G ATA . T . AATC AA C TTG CTT T TGGA C T AAACATG AGA G GACTTATTTAAAG . TTTAAAGT . A AG A T TC CA CT T .
blockSeqs : . . . . . A . . C TTC AAGTATG G . AAA TTA . TTCAAGACCGGCTTATTTCAATGCGATTTCAATCGCTACTATATCCAAATC . . . . C A . . . . . . . . . GG AT . . GT . . T . ATG . A . T . . . CGT . . . . A . . G . . . . . . . G . . . . A TTTGGATTTAAAATAATA . . ATAATA . A . . . . . . G . . . . . C . AAT CT . . . . . . . TGACTGGC . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . C TTA TTTTG . . AG AG . TCAAGACCAACTTATTGTCAAATGCTGTCTTAAAATCAAAAC . . . . . T . . . . . . . . . CG GA . . T . . T . TG . A . G . . . TAC . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . TTTGCGTTTATAT . . TAT . . . . . . . . G . . . . . C . G CT . . . . . . . GGCTGC . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . C TTT TTTG . . AA . . TCAAAATGCCGTCTTATCTATCGAAACAAAAATAGAGTC . . . . . A . . . . . . . . . C AA . . T . . T . TG . T . T . . . TAC . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . TTTGGTTATA . . TAT . . . . . . . . G . . . . . A . C CT . . . . . . . GAC . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . C TTC TCTG . . AG . . TCAAGACCAGCTTATTTTTAAATGCTGTCTTTTTATC . . . . . T . . . . . . . . . T GC . . T . . T . TA . A . T . . . TAT . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . TTGGTTATAA . . GAT . . . . . . . . G . . . . . C . A CT . . . . . . . GAC . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . T TTT TTTG . . AA . . TCAAATGCCGTCTTATTATAAAAAC . . . . . A . . . . . . . . . T GT . . T . . G . TG . A . T . . . AAG . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . TTCGGTTTA . . TAT . . . . . . . . A . . . . . C . A CT . . . . . . . AGA . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . C TT TTTT . . GG . . TCAAATGCCGTCTTATTATAAATC . . . . . T . . . . . . . . . G AT . . T . . . . TG . . . T . . . TTT . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . AAACAATA . . TAG . . . . . . . . G . . . . . T . A CT . . . . . . . GGC . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . C . TTTG . . AC . . TCAAATGCCGACTTAATATT . . . . . A . . . . . . . . . C AT . . . . . . . TT . . . . . . . TAT . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . TCGAGTTA . . TT . . . . . . . . . . . . . . C . A TT . . . . . . . AGC . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . TTTG . . G . . TCAAATGCCGTCTTATCATC . . . . . A . . . . . . . . . C AT . . . . . . . T . . . . . . . TAT . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . AGCAATA . . T . . . . . . . . . . . . . . C . A T . . . . . . . GGC . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . TCTAATGTCGTTTTAT . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . TAC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CAATA . . . . . . . A T . . . . . . . AGC . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GGT . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : A******* ** TTT*** TTTG*************** ** *** *** C****** TG****** A*** T*** ** TAT************ ** ** ***** *** ****** ******* *** G** **** TTGGTTATA********************** TAT******************* ** **** *** CT*************** GGC******************** **** *** **
originalCons : TTAC-CC-TAAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--GCG-GC-TTATT--TC-AAGT---TT-----T-G------GT---AGGA-AAAT-A-----GGGGC------T--TATTT------------------T-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGT---CT-TA------------------------T-T---A-----------------T-----C-----AA-----A---A-AT-A-TGGTAGT--CGG--------TTGT--T-A---G-CG-GC-TA-AA-----C-G-ATT--ATGTTTT--AAAA-T---ATCCAGT-A--TTTTAA-A--T-G---TT--TTG---AATGA-TAAATT---ATTT-GC--ATG-------GAT--------T--AT--CT--T-ATGT-CT--AAAATTTT--AATAT--AA-TTAAT-----AT---GTG------TGATAT-------CAAAACATGA-ATT-GAATG---AAA-T-G-TTT--G-C-ATT----AAA--TATTTG-G----TT-------AT-A--------AAATCTTCAAATGTT-G----AA-----T----------AT----CTTAC--T-AAA-ACGG-C-TAA--CTTTC-AA-ATAGG---GCT----T-A---TT----TT-CAAA-AA--A--TT----C-T----------G-CG----GTGCA-GGA-A-------A---T-TGGA-----G---G--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAATCCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATT
finalCons : TTAC-CC-TAAAA-T-CTTGAA-AATAA-------GCC--GCG-GC-TTATTTT---AAGTTTTG---------------GT---AGGA-AAAT-A-----GGGGC------T--TATTT------------------T-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGT---CT-TA------------------------T-T---A-----------------T-----C-----AA-----A---A-AT-A-TGGTAGT--CGG--------TTGT--T-A---G-CG-GC-TA-AAC------G-ATT--ATGTTTT--AAAA-T---ATCCAGT-A--TTTTAA-ATG------TT--TTGA---ATGA-TAAATT---ATTT-GC--ATG-------GATTAT------------CT--T-ATGT-CT--AAAATTTT--AATAT--AA-TTAAT-----AT---GTG------TGATAT-------CAAAACATGA-ATT-GAATG---AAA-TG--TTT--G-C-ATT----AAA--TATTGGTTATA----------------------AAATCTTCAAATGTT-G----AATAT-------------------CTTAC--T-AAA-ACGG-C-TAA--CTTTC-AA-ATAGG---GCT----T-A---TT----TT-CAAA-AA--A--TTCT---------------G-CG----GTGCA-GGA-A-------A---T-TGGAGGC--------------------T----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAATCCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 111111 11111111111111 111 11111111 222222 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111 1111111 11111111 1111 1111111 111111111111111 11111 111111 1111111 111 1111 55555555555555555555555555555555555 3333333333333333333333 11111111111111111 1111111 11111111111111111111111 11111111
lowQualScore : 4 4 4 4 4 11111111 88 3 44 3 111111 3 3 66666666666666 000 3 22222222 111111 55 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99999 666 3 3 7 2 55 33333333 55 3 666 3 3 3 3 9999999 333 55 55 99999 3 55 3 0 4 00000000 55 4444 4 7777 4 44 0000000 444444444444444 44 3 3 77 77 44 3 88888 555 777777 4444444 3 3 000 3 555 55 3 3 2222 88 11111111111111111111111111111111111 8 8888 0000000000000000000000 55 8 4 4 4 55 4 4 1 666 7777 3 666 7777 55 3 55555 88888888888888888 3 7777 3 3 0000000 555 3 44444444444444444444444 7777 22222222 555 3 44 1 3 44 44 44 3 44
lowQualScore : . . . . . ........ .. . .. . ...... . . .............. ... . ........ ...... .. ........................................................................................................................................................... ..... ... . . . . .. ........ .. . ... . . . . ....... ... .. .. ..... . .. . . . ........ .. .... . .... . .. ....... ............... .. . . .. .. .. . ..... ... ...... ....... . . ... . ... .. . . .... .. ................................... . .... ...................... .. . . . . .. . . . ... .... . ... .... .. . ..... ................. . .... . . ....... ... . ....................... .... ........ ... . .. . . .. .. .. . ..
lowQualScore : 0 0 0 0 0 99999999 66 6 22 6 666666 6 6 88888888888888 000 6 22222222 888888 00 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 444 6 6 3 5 00 22222222 00 6 444 6 6 6 6 7777777 888 00 00 88888 6 00 1 9 0 66666666 55 3333 0 7777 0 66 8888888 111111111111111 66 3 3 99 99 66 3 88888 888 999999 2222222 3 3 000 6 555 00 6 6 7777 66 00000000000000000000000000000000000 0 5555 9999999999999999999999 55 0 0 0 0 55 0 0 6 444 7777 6 444 7777 66 6 99999 88888888888888888 6 7777 3 3 8888888 888 3 77777777777777777777777 1111 11111111 888 3 66 3 3 66 66 66 3 66
consensus : TTAC-CC-TAAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--GCG-GC-TTA-T--TT-TAA-GT-TT-----T-G------GT---AGGA-AAAT-A-----GGGGC------T--TATTT------------------T-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGT---CT-TA------------------------T-T---A-----------------T-----C-----AA-----A---A-AT-A-TGGTAGT--CGG--------TTGT--T-A---G-CG-GC-TA-AA-----C-G-ATT--ATGTTTT--AAAA-T---ATCCAGT-A--TTTTAA-A--T-G---TT--TTG---AATGA-TAAATT---ATTT-GC--ATG-------GAT--------T--AT--CT--T-ATGT-CT--AAAATTTT--AATAT--AA-TTAAT-----AT---GTG------TGATAT-------CAAAACATGA-ATT-GAATG---AAA-T-G-TTT--G-C-ATT----AAA--TA--TT--G-G---T--T-------AT-A--------AAATCTTCAAATGTT-G----AA-----T----------AT----CTTAC--T-AAA-ACGG-C-TAA--CTTTC-AA-ATAGG---GCT----T-A---TT----TT-CAAA-AA--A--TT----C-T----------G-CG----GTGCA-GGA-A-------A---T-TGGA-----G---G--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAATCCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATT
Reference ( family-1443 ) : TTAC-CC-TAAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--GCG-GC-TTA-T--TT-TAA-GT-TT-----T-G------GT---AGGA-AAAT-A-----GGGGC------T--TATTT------------------T-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGT---CT-TA------------------------T-T---A-----------------T-----C-----AA-----A---A-AT-A-TGGTAGT--CGG--------TTGT--T-A---G-CG-GC-TA-AA-----C-G-ATT--ATGTTTT--AAAA-T---ATCCAGT-A--TTTTAA-A--T-G---TT--TTG---AATGA-TAAATT---ATTT-GC--ATG-------GAT--------T--AT--CT--T-ATGT-CT--AAAATTTT--AATAT--AA-TTAAT-----AT---GTG------TGATAT-------CAAAACATGA-ATT-GAATG---AAA-T-G-TTT--G-C-ATT----AAA--TA--TT--G-G---T--T-------AT-A--------AAATCTTCAAATGTT-G----AA-----T----------AT----CTTAC--T-AAA-ACGG-C-TAA--CTTTC-AA-ATAGG---GCT----T-A---TT----TT-CAAA-AA--A--TT----C-T----------G-CG----GTGCA-GGA-A-------A---T-TGGA-----G---G--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAATCCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATT
gi|1 : TTAC-CCATAAAAATACTTAAAGAATATTCAACATGCTCAGCGAGC-TTAATCATC-TAA-GT-TTAGATCT-G------GT---AGGA-AAAT-A-----GGGGC------TATTATTTCAATGACCGGCTACTTTAT-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGCGTACTATA------------------------T-CCAAA-----------------T-----C-----AA-----ATGAA-AT-A-TGGTAGT--CGG--------TTGT--T-AGACG-CA-GCGTA-AATGGGCC-G-AGT--GTTTTTA--AAAA-T---ATCCAGT-A--TTTTAATAGTT-GTTTTT--TTGAGTAATGA-TAAAATCAAATTG-ACTTAGG-------GATAAACTCAAT--ACAGCT--T-ATGT-CTCAAAAATTTT--AATATTAAG-TTGATTGGG-ATATAGTGTTGTCATGTTATTACCAAACAAAACATGT-A-T-GAATGA--AAA-TGG-TTT--GACAATTAA--AAA--TATTTT--GCG---TTCT-------AT-AT-------ACTTCTTCAAA-ATTAG----AC-----TACGCACCTGCAT----CTTACCTT-AAA-ACGG-C-TAA--TTT----A-AT-GG---GCTAGGAT-AATTTT----TT-TAAA-AA--A--TTGTTAC-TAACGTGGATGG-CG----AGACA-AAA-G-------A---T-TAGA-----G---GACC----------TGTTATA--------TTTTTTCC-AAGA--CCGGCTT-TTA-T--TCAATCCG--G--CAAA-TTATCAGAAGATT
gi|10 : --ATG-------TAT--------C--GT--CT--A-ATGT-CT--ACAATTTT--AATAT--AA-TTAAC-----AT---GTA------TAATAT-------CAAAACATGA-ATT-GAATA---AAA-T-G-TTT--G-C-ATT----AAA--TA------------C--A-------AT-A--------AAATTTTCAAATGTT-G----AATACCGT----------AT----CTTAC--T-AAA-ACGG-C-CAA--CTTTC-AA-ACAGG---GCT----T-A---TA----TT-CAAA-AA--G---T----C-T----------G-CG----GTGCA-GGA-A-------A---A-TGGA-----G---A--C----------C----TA--------TTTT---C-AAGA--CCAGCTGATTA-T--CAAACCCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATtta
gi|11 : T------------------T-----------------C-----------------T---------------AATGT---------CGT---TT-TA------------------------T----------------------------------------------G-AT-A-TGGTAGT--AGG--------TTGC--T-A---G-TA-GC-TA-AA-----CGG-ATT--ATGTTTT--AAA---------------------AA-A--T-G---TT--TTT---AATGA-TACATT---ATTA-GC--ATG-------GAT--------T--AC--CT--T-ATGT-CC--AAAATTTT--AATGT--AA-ATAAT-----AT---GTA------TGATTT-------CAAAACATTA-ATT-GAATc
gi|12 : gttttggacagagcaaacataatctcaattgagtaTAC-CC-TCAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--ACG-G-------------AA-A------------------AT---AGGG-ACAT-ATTTTCAAGACCGTCTTT--TTTTT------------------T-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGT---CT-TA------------------------T-T---A-----------------TAAAAAC-----AA-----A---A-AT-A-TGGTAGT--CGG--------TTGT--T-A---G-CG-GC-TA-GA-----C-G-GAT--ATGTTTT--AAAA-T---TTCCAGT-A--
gi|13 : gaA------A-GCC--GAA-GC-TTA-T--TT-TAA-AT-TT-----T-G------GT---AGGA-AAAT-A-----GGGGC------T--TATTT------------------T-----------------CAAGACCAGCTTATTTTTA---------------AATGC---------TGT---CT-TT------------------------T-T---A-----------------T-----C-----AA-----A---A-
gi|14 : attagtacatacataatatacccta-CC-TAAAA-C-CCTGAA-AATA------A-GTA--ATG-GC-TTC-T-------A-GT-TC-----T-G------GT---AAGA-AAAT-A-----AGGGC------T--TATAT------------------T-----------------C-----------------A---------------AAcaaa
gi|15 : acaatataatgatgcgt--ATG-------GAT--------T--AC--CT--TTATAT-CTT-AACATTTT--AATAT--AA-TTAAT-----AT---GTG------TGATAT-------CAAAATATGA-ATT-GAAGA---GGA-T-GTTTT--G-C-ATT-----AA--TA------A-G---C--A-------AT-A--------AAATCTCCAAATacctgactaacattcaaccttaaa
gi|16 : TGCA-AGA-A-------A---A-TGGT-----G---A--C----------T----TA--------TTTT---T-AAGT--CAGGCTTTTTA-T--CAAGACAG--G--TTGA-ATTTC--AAG
gi|17 : tatattcacacatacttttttgac---GCT----T-A---CT----TT-CCAA-TA--C--TT------T----------G-CG----ATGCA-GGA-A-------A---TGTGGG-----A---G--A----------T----TA--------TTTT---C-A--G--CCGACTTATTA-T--C--ATTCGCAG--CTAA--TTGC--AAGATg
gi|2 : aTACACC-TATAA-T-CTTGAA-ATGA------A-GCCG-GCG-GCTTTA-T--TT-CAA-GTGTT-----T-ATATTCTGTAAAAGGAGAAATAA-----AAGGCAG----T--TATTT------------------T-----------------CCA---------------A---------------GATTC---------GGT---CT-TAATTGTTTCAAATGCGCCGTCTTAAT-T---A-----------------T-----CAAATCAA-----A---A-ATAA-TGGTTGT--CGT--------TGGT--T-A---G-AG-GC-TA-AAG----G-G-AAT--ATG-TTT--AAAA-T---ATCCAGT-A--TTTT---A--T-G---TT--TTG---AATGA-TAAATT---A-TT-GC--TTG-------AAT--------T--AT--AT--T-ATGT-CT--AGAATTTTTAAATAT---A-TTGATATATAAT---GTG------TGATAT-------CAAAACATGT-ATTGGAATG---GAA-T-G-TTT--G-C-ATT----TAACCTA--TTC-G-G---T--T--------T-A--------AAATCTCC-AATGCTAG----AA-----T----------AT----CTTAC--T-AAAGACGG-C-AAAACTTTTC-AA-ATA-G---GCT----T-A---TTAATCTTAAAAA-AA--A--TT----CTT----------GTTG----GTGCA-GAA-AAAACATGA---T-TGAG-----G---A--CTTATTTAAAGT----TA--------TTTT---CAAAGA--CCGACTTATTA-T--CAATCCCG--GCTCTAA-TTTTC--AAGATT
gi|3 : aataTAC-CC-TAAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--GCG-GC-TTA-T--AAATAA-GT-AT-------G------TT---AGGA-AA-T-------GGGGC------T--TATTTT-----------------T-----------------C-----------------AAGACCGGCTTATTTCAATGCGATTTCAATCGCTA-CTATA------------------------T-CCAAA-----------------T-----C-----AA-----A---G-AT-AATGGTAGT--CG---------TTGT--TCA---GACG-GC-TATAA-----T-G-GCG--ATTTTTT--AAAA-TCATATCCAGT-A--TT---A-A--TAG---TTGTTTG---TATGA-CAATTG---ACTTAGA--ATAATTCTCTGAT--------A--AG--CT--T-ATGTTCA--AAAATTTT--AATTT--AAGTTGATG----AT---ATGGTGTC-TGATACA------CAAAACATGT-AT--GAATG---AAAAT-G-TTTTGA-C-ATT----AAAA-TA--TT--T-GCGTT--T-------AT-AT-------AAATCTTCAAATGCT-GCACTGA-----T-----------T----CTTAC--TTAAA-ACGG-C-TAA---TTTC-AATGTAGGATAGCT----TTA---TT----TT-AAAA-AATTG--TT----C-T----------A-CGTGGAGTGCA-GAA-A-------AAGAT-TAGGTGACTG---G--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-TTCCAAATCCG--G--CAAA-TTATC--AAAATTttt
gi|4 : taaTAC-CC-TAAA--T-CTTGAA-AATA------A-ACC--GCG-GC-T---T--CT-TAAGGT-TT-----T-G------GT---AGG---AAT-A-------GGCTTA---T--TATTT------------------T-----------------CA----------------A---------------AATGC---------CGT---CT-TA------------------------TCT---ATCGAAACAAAAATAGAGT-----C-----AA-----A---A-AT-A-TGGATGT--TGG--------TTGT--T-A---G-tta
gi|4 : a-GC-TC-AA-----T-GGATT--ATGTTTTTTAAAA-T---ATTGAGT-A--TTTTAA-G--T------------------------------ATTT-GC--ACG-------GAT--------T--TT--CT--T-ATGT-CT--AAAATCTT--AATAT--AA-TTAAT-----AT---GTG------TGATAA-------CGAAACATGA-ATT-GAATG---AAA-T-T-TTT--G-T-ATTTGGTAAA--TA--A---A-A---C--A-------AT-A--------AAATATTCAAATGTT-G----AA-----T-----------------------T------CGG-C-TAA--CTTTC-AA-CTAGG---GCT----T-A---TT----TT-CAAA-A---A--TT----C-T----------G-CG----GTGCG-TGA-A-------A---T-TGAA-----G---G--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAATTCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATTattttatggtctttttggtccacattttataaaaattgtgactttgctcaatggattatgttttttaaaatattgagtattttaagtatttgcacggattttcttatgtctaaaatcttaatataattaatatgtgtgataacgaaacatgaattgaatgaaatttttgtatttggtaaataaaacaataaaatattcaaatgttgaattcggctaactttcaactagggcttattttcaaaaattctgcggtgcgtgaaattgaaggcttattttcaagaccggcttattatcaaattcggctaattttcaagatttta
gi|5 : ataccctaaatcttgaaaataaaccgcggcttcttaaggttttggtaggaataggcttattattttcaaaatgccgtcttatctatcgaaacaaaaatagagtcaaaaatatggatgttggttgttagattttatggtctttttggtccacattttataaaaattgtgactttTAT-CC-TAAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--GCG-GT-TTA-T--TT-TAA-GT-TT-----T-T------GT---AGGA-AAAT-A-----GGGGC------T--TGTTT------------------T-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGA---CT-TA------------------------A-T---A-----------------T-----T-----AAAACTCA---A-AT-ACCGGTATTAGCGGCTTAATAATTTTCAT-G---A-CGTGT-TA-AA-----CGG-GTT--ATAATTT--AAAA-T---ACCCAGT-A--TTTTAA-A--T-A---TT--TTG---AATGA-TAAGTT---ATTT-GC--ACA-------GAT--------T--AT--TT--T-ATGT-CT--ACAATTTT--GATAT--AA-TCAAT-----AT---GCT------TGATAT-------CAAAACACGA-ATT-GAATG---AAA-T-A-TTT--G-C-ATT----AAA--TAT-TT--G-G---T--T-------CT-AAAACATTTAAATCTTCACATGTT-G----AA-----T----------AT----CTTAC--T-AAA-ACGG-A-TAA--CTTTC-AA-ATAGG---GCT----T-A---TT----TT-CAAACAA--AATTT----C-T----------G-CA----GTGCA-GGA-A-------A---T-CGTA-----A---G--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAATCCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATTtta
gi|6 : cataaC-CC-TATAA-T---TGAA-ATTA--------GCC--GCG-G--TTA-T--TT--AA-GT-TT-----TTG------GTG--AGGA-AAAT-A-----AG--C------T--TATTT------------------T-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGT---CT-TA------------------------T-T---A-----------------TAAAT-C-----AA-----A---AGAT-A-TGGTTGT--ACA--------TTGT--T-A---G-CG-GC-TA-AA-----G-G-G----ATGTTTT--AAAAGT---ATCCAGTTA--TTTTAA-AA-T-G---TT--TTGG--AATGA-TAAATT---TTGT-GC--TTG-------AAT--------TCAAT--ATAAT-ATGT-GT--AGAATTT---AATAT--AA-TTGAT-----AT---GTG------TGATAT-------CAAAACATGATATT-GAATG---GAA-T----TT--G-C-ATT----AAA--TA--TC--GAG---T--T-------A-----------AAAT-TTCAAATGCT-G----CA-----G----------AT----CTTAC--T-AAA-ACGG-CATAA--CTTTC-GA-ATAGG-----C----T-A---TT----TT-TAAA-AA--A--TT------T----------G-TG----GTGCACAGATA-------A---T-TGGA-----G---G--C----------T----TATTTAAAGTTTTT---T-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAA-ATG--G---TAA-TTTTC---AGATTtta
gi|7 : agtTTAC-CC-TAAAA-T-CTTGAA-AATA------A-GCC--GCG-GC-TTA-T--TT-CAA-GT-TT-----T-G------GT---AGGA-AAAT-G-----GGGGC------T--TATTT------------------T-----------------C-----------------A---------------AATGC---------CGT---CT-TA------------------------T-C---A-----------------T-----C-----AA-----A---A-AT-A-TGGTAGT--CGG--------TTGT--T-A---G-CG-GC-TA-AA-----C-A-ATT--ATGTTTT--AAAA-T---ATCCAGT-A--TTTTAA-A--T-G---TT--TTG---AATGA-TAAATT---ATTT-GC--ATG-------GAT--------T--AT--CA--T-ATGT-CA--AAATTTTT--AATAT--AA-TTAGT-----AT---ATG------TGATAT-------CAAACCATGA-ATT-GAATG---AAA-T-G-TTT--G-C-ATT----AAA--TAT-TT--G-G---T--T-------AT-A--------AAATCTTCAAATATT-G----AA-----T----------AT----CTTAA--T-AAA-ACGG-C-TAA--CTTTCAAA-ATAAG---TGT----T-A---TT----TT-CAAA-AA--A--TT----C-T----------G-CG----GTGCA-AGA-A-------A---T-TGGA-----A---G--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGA--CCGGCTTATTA-T--CAAATTCG--G--CTAA-TTTTC--AAGATTttag
gi|8 : TAC-CA-TAACA-T-CTTGAA-AATA------T-GCC--ACG-GC-TTA-A--TT-TAG-GT-TT-----T-G------GT---GTGA-AAAT-A-----CCGGC------T--TATTT------------------TCAAGACCAACTTATTGTC-----------------A---------------AATGC---------TGT---CT-TA------------------------A-A---A-----------------TCAAAAC-----AA-----A---A-AT-A-TGGTAGT--CGG--------TTGT--T-A---C-CA-GC---------------ATTGCATGGT-----------------AGT-AGGTTGTTA-G--T-G---CT--TTG------CA-TAGAT-----TTT-G--------------------------------T--T-ATTT-CT--AAAATTTT--GATAT--AA-TTAAC-----CT---GTG------TGATAT-------CAAATCATGA-ATT--AAT--------T-G-TTT--G-C-ATT----AAA--TG--TTTGG-A---T--TTAAAATAAT-A--------AAATCATAGAATATT-G----AA-----T----------AG----CTTAT--T-AAA-AAGA-C-TCG--CTTTC-AA-ATAGG---GCT----T-T---TT----TT-C-AA-AC--A--TT----C-T----------T-CA----GTGCA-GGA-A-------A---T-TAGA-----G---G--T----------T----TA--------TTTG---T-AAGA--CTGACGTATTA-T--CAAATCCG--G--CTAA-TTTTC--AAGAgt
gi|9 : aa-A-TGGT-GT--AGG--------TTGC--T-A---G-TA--C-TA-AA-----C-G-ATT--ATGTTTT--AAAA--------------------AA-G--T-T---TT--TT-----ATGAGTACATT---ATTA-GC--ATG-------GAT--------T--AC--CT--T-ATGT-CC--AAAATTTTA-AATGT--AA-ATAAT-----AT---GTA------TGAT-T-------CAAAACAT-A-ATT-GAATGGAAAAA-T-G-TTT--G-C-ATT----GAA---A--TT--G-G---T--T-------ATAA--------AAATCTTCAAATGTT-A----AA----------------ATAATACTTAC--TAAAA-ACGGCC-TAA--CTTTC-AA-ATA-G---GTT----T-A---TT----TC---AA-AC--A--TT----T-T----------G-CG----GTGCA-GGA-T-------A---T-TGGA-----GGCTG--C----------T----TA--------TTTT---C-AAGAAGCCGGTTT-TTATT--CAAATCCG------TAATTTTTC--AAGATTgtt