lowQualScore                  :                                   111                                                          2222           
lowQualScore                  :                              33   666   0      2   22 333  2 2    2    2 2      2 2      2     4444      3    
lowQualScore                  :                              ..   ...   .      .   .. ...  . .    .    . .      . .      .     ....      .    
lowQualScore                  :                              11   222   5      1   99 555  0 0    0    0 0      4 5      7     3333      9    
consensus                     :                    CGTATCAACA--CTTCG-CCGCGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCGGN--NAAAAGTCAAGA
Reference ( gi|5 )            :                    CGTATCAACA--CTTCT-CCGCGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCGGC--AAAAAGTCAAGA
gi|13                         :                    CATATCAACA--ATTCG-CCGTGAGTTA-CGC--C---CC-T-TTGT-GGGG-T-CAGACA-A-CGGTCA-GTCGGA--GAAAAGT
gi|18                         :                   aCGTATCAACA--CTTCA-CCGCGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-
gi|1                          :                   aCATATCAACATACTTCGGCTGCGAGTTA-AGTTTC---CC-TATTGT-GGGGGT-CAGCCA-A-AGGTCAGACAAGT--GAGAAGCCAAG
gi|21                         : gttggcctgtacaattacaCGTATCAACA--CTTTG-CTGCAAGTTA-TGT--C---CC-T-TTGT-GGTG-T-tt
gi|4                          :                     GTATCAATA--CTTCG-CTGCAAGTTA--GT--C---CC-T-TTGA-GGGG-T-CAATCA-A-AGTTCA-ATTGGT--CAAAAGCCAAG
gi|20                         :                tacatGTATGAACA--CCTCG-CCTTGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-TAgtt
gi|19                         :                     GTATGAACA--CCTCG-CCTTGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGT-T-TAGTC
gi|6                          :                      TATCAACA--CTTCG-CCGCGAGTTA-TTG--C---CC-T-TTGC-GGG-----AGCCA-A-AGGTCA-ATCGGCA-AAAAAGTCAAGA
gi|14                         :                    ttTATCAACC--CTTCA-CCAAGAGTAA-TGT--C---CC-T-TTCT-GGGG-T-CAGTCA-A-AGGTGA-ATCAGT--GAAtt
gi|8                          :                       ATCCACA--CTT-T-GCGAAAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCGAG--TAAAAGTAAAAAg
gi|9                          :                    ccaATCCACA--CTT-T-GCGAAAGTTA-CGT--C---CT-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCGAG--TAAAAGTAAA
gi|7                          :                   accaATCCACA--CTTCG-CAACGAGTTA-CGT--CGATCC-T-ATGT-GGGG-T-TAGCCA-A-AGGTCA-ATCGGG--TAAAAGTCa
gi|3                          :                    ccaATCCACA--CTT-T-GCGAAAGTTAGCGT--C---CGAT-TTGC-GGGG-TACAGCCA-A-AGGTCA-ATCGAG--TAAAAGT-AAGA
gi|2                          :                   cacaATCCACA--CTTTG-CCACGAGTCA-CGT--C---CT-T-TTGC-AGGG-T-CAGTTATATACGTCA-ATCagat
gi|15                         :                  agacccTCCACC--CTTCG-CCACGGGTTA-CTT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCaagtatatgtaagagat
gi|10                         :                   accctTCAACA--CTTTG-CCCTGAGTAA-TGT--C---CC-T-TTGC-AGTG-T-CTGCCA-A-AGG
gi|17                         :             catgtacaaaagCAACA--CTTTG-CCGCAAGTTT-TGT--C---CC-T-TTAC-----------------AGGTCA-ATCGGT--GAAATGTCAAaaaacaagattt
gi|12                         :                           ACA--CTTTG-CCGAGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-AGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCGAT--GGAAAGCAAAG
gi|11                         :                                          GAATT---GT--C---CT-T-TTTCCGGGG-T-TAGCCA-A-AGGTCA-ATTAGTGAAAAAAGTtttt
gi|16                         :                                 tacatatattaaccagtcattt---CC-T-TTGC-AGGG-T-CAGTCA-A-AGGTCA-
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AGACCTTTCCACACTTTGCGAAAGTTGCGTCCCTTTGTG






Alignments
lowQualScore                  :                                   22     2 3 0      1   22 333  1 1    1    1 1      2 2      2     444      5    
lowQualScore                  :                                   ..     . . .      .   .. ...  . .    .    . .      . .      .     ...      .    
lowQualScore                  :                                   88     0 7 7      9   66 222  8 8    8    9 9      2 4      5     999      9    
consensus                     :                         CGTATCAACA--CTTCG-CCGCGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCGG-NNAAAAGTCAAGA
Reference ( family-1440 )     :                         CGTATCAACA--CTTCG-CCGCGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCGG-NNAAAAGTCAAGA
gi|1                          :                         CATATCAACATACTTCGGCTGCGAGTTA-AGTTTC---CC-TATTGT-GGGGGT-CAGCCA-A-AGGTCAGACAAG-TGAGAAGCCAAG
gi|10                         :          gttggcctgtacaattacaTCAACA--CTTTG-CCCTGAGTAA-TGT--C---CC-T-TTGC-AGTG-T-CTGCCA-A-AGGtt
gi|11                         :                                   catgtacaaaagGAATT---GT--C---CT-T-TTTCCGGGG-T-TAGCCA-A-AGGTCA-ATTAG-TGAAAAaaaacaagattt
gi|12                         :          tacatatattaaccagtcatttACA--CTTTG-CCGAGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-AGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCGA-TGGAAAGCAAAGaagt
gi|13                         :                         CATATCAACA--ATTCG-CCGTGAGTTA-CGC--C---CC-T-TTGT-GGGG-T-CAGACA-A-CGGTCA-GTCGG-AGAAAAGTtttt
gi|14                         :                          aTATCAACC--CTTCA-CCAAGAGTAA-TGT--C---CC-T-TTCT-GGGG-T-CAGTCA-A-AGGTGA-ATCAG-TGAA
gi|15                         :                             TCCACC--CTTCG-CCACGGGTTA-CTT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCg
gi|16                         :                                                       accct---CC-T-TTGC-AGGG-T-CAGTCA-A-AGGTCA-
gi|17                         : tacacttattaaccagtaaattgaattatCAACA--CTTTG-CCGCAAGTTT-TGT--C---CC-T-TTAC-----------------AGGTCA-ATCGG-TGAAATGTCAA
gi|18                         :                         CGTATCAACA--CTTCA-CCGCGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-
gi|19                         :                         aGTATGAACA--CCTCG-CCTTGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGT-T-TAGTC
gi|2                          :                            ATCCACA--CTTTG-CCACGAGTCA-CGT--C---CT-T-TTGC-AGGG-T-CAGTTATATACGTCA-ATCAA-GTATATGT-AAGA
gi|20                         :                    agacccGTATGAACA--CCTCG-CCTTGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-TAgat
gi|21                         :                         CGTATCAACA--CTTTG-CTGCAAGTTA-TGT--C---CC-T-TTGT-GGTG-T-
gi|22                         :                             TCCACA--CTTTG-C-GAAAGTTG-CGT--C---CC-T-TTGT-G
gi|3                          :                     agaccttATCCACA--CTTTG-C-GAAAGTTAGCGT--C---CGAT-TTGC-GGGG-TACAGCCA-A-AGGTCA-ATCGA-GTAAAAGT-AAGA
gi|4                          :                      cacaGTATCAATA--CTTCG-CTGCAAGTTA--GT--C---CC-T-TTGA-GGGG-T-CAATCA-A-AGTTCA-ATTGG-TCAAAAGCCAAGagat
gi|5                          :                    tacatCGTATCAACA--CTTCT-CCGCGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCGG-CAAAAAGTCAAGAgtt
gi|6                          :                           TATCAACA--CTTCG-CCGCGAGTTA-TTG--C---CC-T-TTGC-GGG-----AGCCA-A-AGGTCA-ATCGGCAAAAAAGTCAAGA
gi|7                          :                          ttATCCACA--CTTCG-CAACGAGTTA-CGT--CGATCC-T-ATGT-GGGG-T-TAGCCA-A-AGGTCA-ATCGG-GTAAAAGTCtt
gi|8                          :                         ccaATCCACA--CTTTG-C-GAAAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCGA-GTAAAAGTAAAAA
gi|9                          :                         ccaATCCACA--CTTTG-C-GAAAGTTA-CGT--C---CT-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCGA-GTAAAAGTAAA





Alignments
lowQualScore                  :                                   22     2 3 0      1   22 333  1 1    1    1 1      2 2      2     444      5    
lowQualScore                  :                                   ..     . . .      .   .. ...  . .    .    . .      . .      .     ...      .    
lowQualScore                  :                                   88     0 7 7      9   66 222  8 8    8    9 9      2 4      5     999      9    
consensus                     :                         CGTATCAACA--CTTCG-CCGCGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCGG-NNAAAAGTCAAGA
Reference ( family-1440 )     :                         CGTATCAACA--CTTCG-CCGCGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCGG-NNAAAAGTCAAGA
gi|1                          :                         CATATCAACATACTTCGGCTGCGAGTTA-AGTTTC---CC-TATTGT-GGGGGT-CAGCCA-A-AGGTCAGACAAG-TGAGAAGCCAAG
gi|10                         :          gttggcctgtacaattacaTCAACA--CTTTG-CCCTGAGTAA-TGT--C---CC-T-TTGC-AGTG-T-CTGCCA-A-AGGtt
gi|11                         :                                   catgtacaaaagGAATT---GT--C---CT-T-TTTCCGGGG-T-TAGCCA-A-AGGTCA-ATTAG-TGAAAAaaaacaagattt
gi|12                         :          tacatatattaaccagtcatttACA--CTTTG-CCGAGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-AGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCGA-TGGAAAGCAAAGaagt
gi|13                         :                         CATATCAACA--ATTCG-CCGTGAGTTA-CGC--C---CC-T-TTGT-GGGG-T-CAGACA-A-CGGTCA-GTCGG-AGAAAAGTtttt
gi|14                         :                          aTATCAACC--CTTCA-CCAAGAGTAA-TGT--C---CC-T-TTCT-GGGG-T-CAGTCA-A-AGGTGA-ATCAG-TGAA
gi|15                         :                             TCCACC--CTTCG-CCACGGGTTA-CTT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCg
gi|16                         :                                                       accct---CC-T-TTGC-AGGG-T-CAGTCA-A-AGGTCA-
gi|17                         : tacacttattaaccagtaaattgaattatCAACA--CTTTG-CCGCAAGTTT-TGT--C---CC-T-TTAC-----------------AGGTCA-ATCGG-TGAAATGTCAA
gi|18                         :                         CGTATCAACA--CTTCA-CCGCGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-
gi|19                         :                         aGTATGAACA--CCTCG-CCTTGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGT-T-TAGTC
gi|2                          :                            ATCCACA--CTTTG-CCACGAGTCA-CGT--C---CT-T-TTGC-AGGG-T-CAGTTATATACGTCA-ATCAA-GTATATGT-AAGA
gi|20                         :                    agacccGTATGAACA--CCTCG-CCTTGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-TAgat
gi|21                         :                         CGTATCAACA--CTTTG-CTGCAAGTTA-TGT--C---CC-T-TTGT-GGTG-T-
gi|22                         :                             TCCACA--CTTTG-C-GAAAGTTG-CGT--C---CC-T-TTGT-G
gi|3                          :                     agaccttATCCACA--CTTTG-C-GAAAGTTAGCGT--C---CGAT-TTGC-GGGG-TACAGCCA-A-AGGTCA-ATCGA-GTAAAAGT-AAGA
gi|4                          :                      cacaGTATCAATA--CTTCG-CTGCAAGTTA--GT--C---CC-T-TTGA-GGGG-T-CAATCA-A-AGTTCA-ATTGG-TCAAAAGCCAAGagat
gi|5                          :                    tacatCGTATCAACA--CTTCT-CCGCGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCGG-CAAAAAGTCAAGAgtt
gi|6                          :                           TATCAACA--CTTCG-CCGCGAGTTA-TTG--C---CC-T-TTGC-GGG-----AGCCA-A-AGGTCA-ATCGGCAAAAAAGTCAAGA
gi|7                          :                          ttATCCACA--CTTCG-CAACGAGTTA-CGT--CGATCC-T-ATGT-GGGG-T-TAGCCA-A-AGGTCA-ATCGG-GTAAAAGTCtt
gi|8                          :                         ccaATCCACA--CTTTG-C-GAAAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCGA-GTAAAAGTAAAAA
gi|9                          :                         ccaATCCACA--CTTTG-C-GAAAGTTA-CGT--C---CT-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCGA-GTAAAAGTAAA


blockSeqs                     :                                   .      . C        G   .  GAT  A .    C    . A      T T      .     CAA      A
blockSeqs                     :                                   .      . C        .   .  .    . .    .    . .      . .      .     TG       C
blockSeqs                     :                                   .      . C        .   .  .    . .    .    . .      . .      .     TG       C
blockSeqs                     :                                   .      . C        .   .  .    . .    .    . .      . .      .     AG       C
blockSeqs                     :                                   .      . C        .   .  .    . .    .    . .      . .      .     TG       C
blockSeqs                     :                                   .      . C        .   .  .    . .    .    . .      . .      .     TG       C
blockSeqs                     :                                   .      . C        .   .  .    . .    .    . .      . .      .     GT       A
blockSeqs                     :                                   .      . C        .   .  .    . .    .    . .      . .      .     GT       A
blockSeqs                     :                                   .      . C        .   .  .    . .    .    . .      . .      .     TC       .
blockSeqs                     :                                   .      . C        .   .  .    . .    .    . .      . .      .     CA       .
blockSeqs                     :                                   .      . T        .   .  .    . .    .    . .      . .      .     GT        
blockSeqs                     :                                   .      . T        .   .  .    . .    .    . .      . .      .     GT        
blockSeqs                     :                                   .      . C        .   .  .    . .    .    . .      . .      .     GT        
blockSeqs                     :                                   .      . C        .   .  .    . .    .    . .      . .      .               
blockSeqs                     :                                   .      . A        .   .  .    . .    .    . .      . .      .               
blockSeqs                     :                                   .      . .        .   .  .    . .    .    . .      . .                      
blockSeqs                     :                                   .      . .        .   .  .    . .    .    . .      .                        
blockSeqs                     :                                   .      . .        .   .  .    . .    .    . .                               
blockSeqs                     :                                   .      . .        .   .  .    . .    .    . .                               
blockSeqs                     :                                                     .   .  .    . .    .    . .                               
blockSeqs                     :                                                            .    . .    .                                      


blockSeqCons                  :                                   **                    **
originalCons                  :                         CGTATCAACA--CTTCG-CCGCGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCGG-NNAAAAGTCAAGA
finalCons                     :                         CGTATCAACA--CTTCG-CCGCGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCGG-NNAAAAGTCAAGA





Alignments
lowQualScore                  :                                   22     2 3 0      1   22 333  1 1    1    1 1      2 2      2     444      5    
lowQualScore                  :                                   ..     . . .      .   .. ...  . .    .    . .      . .      .     ...      .    
lowQualScore                  :                                   88     0 7 7      9   66 222  8 8    8    9 9      2 4      5     999      9    
consensus                     :                         CGTATCAACA--CTTCG-CCGCGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCGG-NNAAAAGTCAAGA
Reference ( family-1440 )     :                         CGTATCAACA--CTTCG-CCGCGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCGG-NNAAAAGTCAAGA
gi|1                          :                         CATATCAACATACTTCGGCTGCGAGTTA-AGTTTC---CC-TATTGT-GGGGGT-CAGCCA-A-AGGTCAGACAAG-TGAGAAGCCAAG
gi|10                         :          gttggcctgtacaattacaTCAACA--CTTTG-CCCTGAGTAA-TGT--C---CC-T-TTGC-AGTG-T-CTGCCA-A-AGGtt
gi|11                         :                                   catgtacaaaagGAATT---GT--C---CT-T-TTTCCGGGG-T-TAGCCA-A-AGGTCA-ATTAG-TGAAAAaaaacaagattt
gi|12                         :          tacatatattaaccagtcatttACA--CTTTG-CCGAGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-AGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCGA-TGGAAAGCAAAGaagt
gi|13                         :                         CATATCAACA--ATTCG-CCGTGAGTTA-CGC--C---CC-T-TTGT-GGGG-T-CAGACA-A-CGGTCA-GTCGG-AGAAAAGTtttt
gi|14                         :                          aTATCAACC--CTTCA-CCAAGAGTAA-TGT--C---CC-T-TTCT-GGGG-T-CAGTCA-A-AGGTGA-ATCAG-TGAA
gi|15                         :                             TCCACC--CTTCG-CCACGGGTTA-CTT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCg
gi|16                         :                                                       accct---CC-T-TTGC-AGGG-T-CAGTCA-A-AGGTCA-
gi|17                         : tacacttattaaccagtaaattgaattatCAACA--CTTTG-CCGCAAGTTT-TGT--C---CC-T-TTAC-----------------AGGTCA-ATCGG-TGAAATGTCAA
gi|18                         :                         CGTATCAACA--CTTCA-CCGCGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-
gi|19                         :                         aGTATGAACA--CCTCG-CCTTGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGT-T-TAGTC
gi|2                          :                            ATCCACA--CTTTG-CCACGAGTCA-CGT--C---CT-T-TTGC-AGGG-T-CAGTTATATACGTCA-ATCAA-GTATATGT-AAGA
gi|20                         :                    agacccGTATGAACA--CCTCG-CCTTGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-TAgat
gi|21                         :                         CGTATCAACA--CTTTG-CTGCAAGTTA-TGT--C---CC-T-TTGT-GGTG-T-
gi|22                         :                             TCCACA--CTTTG-C-GAAAGTTG-CGT--C---CC-T-TTGT-G
gi|3                          :                     agaccttATCCACA--CTTTG-C-GAAAGTTAGCGT--C---CGAT-TTGC-GGGG-TACAGCCA-A-AGGTCA-ATCGA-GTAAAAGT-AAGA
gi|4                          :                      cacaGTATCAATA--CTTCG-CTGCAAGTTA--GT--C---CC-T-TTGA-GGGG-T-CAATCA-A-AGTTCA-ATTGG-TCAAAAGCCAAGagat
gi|5                          :                    tacatCGTATCAACA--CTTCT-CCGCGAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCGG-CAAAAAGTCAAGAgtt
gi|6                          :                           TATCAACA--CTTCG-CCGCGAGTTA-TTG--C---CC-T-TTGC-GGG-----AGCCA-A-AGGTCA-ATCGGCAAAAAAGTCAAGA
gi|7                          :                          ttATCCACA--CTTCG-CAACGAGTTA-CGT--CGATCC-T-ATGT-GGGG-T-TAGCCA-A-AGGTCA-ATCGG-GTAAAAGTCtt
gi|8                          :                         ccaATCCACA--CTTTG-C-GAAAGTTA-CGT--C---CC-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCGA-GTAAAAGTAAAAA
gi|9                          :                         ccaATCCACA--CTTTG-C-GAAAGTTA-CGT--C---CT-T-TTGC-GGGG-T-CAGCCA-A-AGGTCA-ATCGA-GTAAAAGTAAA