lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222222222222222222
lowQualScore : 33 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333333333333333333 55555555555555555555555555555 22222222 11 44444444444444444444 11111 11 1 66666666666666666 4444 1 2222222222222222222222 22 1 11
lowQualScore : 3 6 6 66 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 99 1 0 0 88 777 99999 555 444444444444444444 77777 5 77777777777777777777777777777 3 0 4 33333333 777 00 22222222222222222222 99 99999 2 33 0 22222222222222222 7 7 2222 6 2 55 5 6 6 7777777777777777777777 6 11 7 6 22
lowQualScore : . . . .. ................................................................................. . .. . . . .. ... ..... ... .................. ..... . ............................. . . . ........ ... .. .................... .. ..... . .. . ................. . . .... . . .. . . . ...................... . .. . . ..
lowQualScore : 3 7 7 77 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 22 7 7 7 00 000 11111 888 999999999999999999 77777 7 11111111111111111111111111111 1 2 0 44444444 000 66 77777777777777777777 22 77777 5 88 0 77777777777777777 7 3 5555 0 5 55 0 0 0 0000000000000000000000 0 00 0 0 00
consensus : CGGGAAAAGTT-CT-GTGGAAAATGCTACATATA-CGNNNNNTAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATAAAT-GTGACTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGGGAAATCATGGGCGTAGGA---GCC-----G---GGG---------------GGGGG-----GGGGGGCG--------AATGAAAA-GT---CAAAAGGT-ATGTT-TTTG-------CCCCC---CCCCC--CCCC------C-----TT------GTC--AAG--TTAACTTTT--TT-CTGCATCGTG---CA-CA---ANTTTAGAAGCTTAACCCCCCCCNTTNNGTGTTTTTATTA-----ACCTA--TTTGGGGGC-TGTCACATTAATTCAAAGTGCTGC
Reference ( gi|1 ) : CGGGGAAAGTT-CT-GTGGAAAA--CTACATATA-CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTACAT-GCGACTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGGGAAATCATGGGTGTAGGA---GCC-----G---GGG---------------GAAGG-----GAGGGGCA--------AATGAAAAGGT---CAAAAGGT-ATATT-TTTG-------TCCCC---CCCCC--CCCC------C-----TT------GTC--AAG--TTAACTTTT--TT-CTGCTCCATG--ACA-CATTTATTTTAGAAGT----CCCTCCCCCTTCAGTTTCTCTATTACCTTTACTTAATTTT-----CTTGTCGCGGTATTTTAAAGTATTGCC
gi|17 : CGGGAAAAGTTTCT-GTGGAAAATGCTACATATA-
gi|4 : tcGGGAAAAATT-CT-GTGGAAAA--TGATATATA--------TAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNACTGAAC--ATGCTGGCCGTATT-GGAAATCATGGGTGTAGGG---AGC-----G---GGG---------------G--GG-----GGGGGGCA--------ATTGAAA--GT---CAAAa
gi|3 : GGGGAAAGTT-TT-ATGGAA-----CACATAAC-CGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAT---T-GTGACTTAAC--ATGC-GTCCGTAT-GGGATATCATGGGTGTAGGA---ACC-----G---GAG---------------G--TG-----GTGGTGC---------AATGAAA--GT---CAATA-GT-AT
gi|2 : GGAAAAGTT-TTTGTGGAAAATGCTACATATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATTGTGACTGAACTAATGCTGGC-GTATTGG-AAATCATGGGTGTAGGA---GCC-----G---GG-------------------GG-----GGGGGGCA--------ATT--AAAAGT---CAA
gi|6 : GGAAAAGTT-TT-GCGGAAAATGCTACATATA-Ctttta
gi|18 : tcctGGAAAAGTT-CT-GTGGAAAATGCTACATATA-atgtaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggcagtattggaaagcatgggtttaggagccggggggggggggg
gi|15 : ctACTGCAC--ATGCTGGCCGTATTGGACAACCATGGGTGTAGGGGTCGCC-----G---GGG---------------GGGGG-----GGGGGGa
gi|12 : cCTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGGG-AATCATGGCAGT-GGA---GCC-----G---GGG---------------GGGGGGGGGTGGGGGGCGGGGGGGGTAATGGAAA-GT---CAATA-GT-ATAgg
gi|14 : AT--ATGTAAGCCGT-TTTGGAAATTATGGTTGTAGGA---GCCGGGGTG---GGG---------------GGGGG-----GGGGGGCA--------ATTGAAA--GT---CAAAA-GT-AT
gi|6 : CTGGCAGTATTGG-AAAGCATGGGTTTAGGA---GCC-----G---GGG---------------G--GG-----GGGGGGg
gi|9 : tcctggaaaagttttgcggaaaatgctacatatacatgtaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCATGTGCGTAGGA---GCC-----G---GGG---------------GGGGG-----GGGGGGGG--------GGGGGGGGGGGGGGCAAAAG-T-ATGTTATTTG--------CCCC---CCCCC--CCTC------CACTTTTT------GTC--A
gi|10 : ataCATGGGCGTAGGA---GCC-----GTGGGGGATTTGCCCCATTTTTGAAGG-----GGGGGGGG--------GGCAAAAATAT---GAAA--GT-ATGTT-TTTG-------CCCCT---CCCCT--ACTT------T-----TT------GTC--AAG--Ttcatatcacatagtttagaa
gi|7 : GCGTAGGA---GCC-----G---GGG---------------GGAGG-----AGGGCACA--------AATA-----GT-------ATGT-GGGTT-TTTGCCACCTCTCCCG---CCCCC--CCAC------T-----TTTGC---GTC--AAG--AT-ACTTTTTATT-TCGTAACATG--TCAGCACTAATTCTAGatttt
gi|5 : CC-----G---GGG---------------G--GG-----GGGGGGCA--------AA-----------------AGT-AGTTT-TTTG-------CCCCC---GACCC--CCCCTCCACAC-----TTTTTTTGGCC--AAGTATTCA-TTTT--TT-CTGCATCGT----CA-AA--TAATTTAGAAATTTAACCCCCCCCATTACGTGTTTTTATTA-----ACCTA--TTTGGGGGC-TGTCACATTAATTCAAAGTGCTGC
gi|9 : ---GGA---------------GGGGG-----GGGGGGCA--------AATAA----------------C-ATACT-TTTG-------CCCCC---CCCCC--CCCC------C-----
gi|10 : atacatgtgcgtaggagccggggggggggggggggAGGG-----GAGGGGCA--------AA----AA------CATACTTTCATATT-TTTG-------CCCCC---CCCCC--CCactttttgtcatcatatcacatagtttagaa
gi|19 : catgggcgtaggagccgtgggggatttgccccatttttgaaGGAGGGGG---CAAAAG-T-ATGTT-TTTGC------TCCCC---CCactttttgtcaagtatttt
gi|16 : gAAAGT---CAAAAG-C-ATGAT-TTTG-------CCCGCGCACCCCCA-CCCC------T-----TT------GTC--AAG--T-AACTTTT--TTTCTGC
gi|8 : gGGG---CAAAAG----TAT-----G-------CCCCC---CCCCTATCTTT------T-----TT------GGCGTAAC--TTATCTTTT--TT-CTGCATCATGTGACA-CA---AGTT-AGAAGC----CCTCCCCCCTTCAGT
gi|5 : aggggggGGG---CAAAAAAC--TACT-TTTG-------CCCCC---CCCCC--CCCggttggtttttttta
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTGTGAAAATGCTACATTTTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATGT
Unaligned ( gi|13 ): GTTTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACCCCCTCCCCTTCAGT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333333333333333333333333333333 44444444444444 1 111111 111 11 3333333333333 11111 44444444444 44444 33333 33333 333333333333
lowQualScore : 5 5 1 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 66 3 5 0 2 3 666 111111111111111111111111111111 7777 77777 88888888888888 3 2 6 0 5 444444 555 33 3333333333333 77 66666 8 8 2 99999999999 44 55555 1 22 33333 33333 555555555555 3 4
lowQualScore : . . . . ................................................................................. . .. . . . . . ... .............................. .... ..... .............. . . . . . ...... ... .. ............. .. ..... . . . ........... .. ..... . .. ..... ..... ............ . .
lowQualScore : 7 7 4 7 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 99 4 6 1 5 6 444 777777777777777777777777777777 1111 77777 99999999999999 3 5 3 4 0 444444 666 66 6666666666666 99 33333 0 0 0 88888888888 22 33333 0 00 33333 33333 555555555555 0 0
consensus : CGGGAAAAGTT-CT-GTGGAAAATGCTACATATA-CG--ATGTAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTANAT-GCGACTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGGGAAATCATGGGCGTA-GGA---GCC-----G----GG------------------G----GGGGG-----GGGGGGC---------AATGGAAA-GTCAAAAAGTATGTT-TTTGCC------CCC---CCCCC--CCCC----CTT------GTC--AAG--TTAACTTTTTT-CTG-CATCATGT--CACAT--AGTTTAGAAGT----CCCCCCCCCTTCAGT-----GTTTTTATTA-----ACCTAATTTTGGGGGCTTGTCGCGNTANTTCAAAGTGCTGC
Reference ( family-1423 ) : CGGGAAAAGTT-CT-GTGGAAAATGCTACATATA-CGNNNNNTAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATAAAT-GTGACTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGGGAAATCATGGGCGTA-GGA---GCC-----G----GG------------------G----GGGGG-----GGGGGGCG--------AATGAAAA-GTCAAAAGGTATGTT-TTTGCC------CCC---CCCCC--CCCC----CTT------GTC--AAG--TTAACTTTTTT-CTG-CATCGTG---CACA---ANTTTAGAAGCTTAACCCCCCCCNTTNNGT-----GTTTTTATTA-----ACCTA--TTTGGGGGC-TGTCACATTAATTCAAAGTGCTGC
gi|1 : CGGGGAAAGTT-CT-GTGGAAAA--CTACATATA-CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTACAT-GCGACTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGGGAAATCATGGGTGTA-GGA---GCC-----G----GG------------------G----GAAGG-----GAGGGGCA--------AATGAAAAGGTCAAAAGGTATATT-TTTGTC------CCC---CCCCC--CCCC----CTT------GTC--AAG--TTAACTTTTTT-CTG-CTCCATGA--CACATTTATTTTAGAAGT----CCCTCCCCCTTCAGT-----TTCTCTATTACCTTTACTTAATTTT-----CTTGTCGCGGTATTTTAAAGTATTGC
gi|10 : CATGGGCGTA-GGA---GCC-----GTGGGGGATTTGCCCCATTTTTGAAG----GGGGG-----GGGGGGC-------------AAAA-ATATGAAAGTATGTT-TTTGCC------CCT---CCCCT--ACTT----TTT------GTC--AAG--Tc
gi|12 : CTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGGG-AATCATGGCAGT--GGA---GCC-----G----GG------------------G----GGGGGGGGGTGGGGGGCGGGGGGGGTAATGGAAA-GTCAATA-GTATatttt
gi|14 : AT--ATGTAAGCCGT-TTTGGAAATTATGGTTGTA-GGA---GCCGGGGTG----GG------------------G----GGGGG-----GGGGGGC---------AATTGAAA-GTCAAAA-GTATGa
gi|15 : ACTGCAC--ATGCTGGCCGTATTGGACAACCATGGGTGTA-GGGGTCGCC-----G----GG------------------G----GGGGG-----GGGGGG
gi|16 : cAAA-GTCAAAAG-CATGAT-TTTGCC------CGCGCACCCCCA-CCCC----TTT------GTC--AAG--T-AACTTTTTTTCTG-Cgg
gi|17 : gCGGGAAAAGTTTCT-GTGGAAAATGCTACATATA-
gi|18 : tcGGAAAAGTT-CT-GTGGAAAATGCTACATATA-a
gi|19 : ctAAAAGTATGTT-TTTGCT------CCC---CCCa
gi|2 : gggagggggcGGAAAAGTT-TTTGTGGAAAATGCTACATATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATTGTGACTGAACTAATGCTGG-CGTATT-GGAAATCATGGGTGTA-GGA---GCC-----------------------------------GGGGG-----GGGGGGC---------AATTAAAA-GTCAA
gi|3 : GGGGAAAGTT-TT-ATGGAA-----CACATAAC-CGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAT---T-GTGACTTAAC--ATGC-GTCCGTAT-GGGATATCATGGGTGTA-GGA---ACC-----------G------------------G----AGGTG-----GTGGTGC---------AATG-AAA-GTCAATA-GTATtttta
gi|4 : GGGAAAAATT-CT-GTGGAAAATG--ATATATA--------TAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNACTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGG-AAATCATGGGTGTAGGGA---GC------------G------------------G----GGGGG-----GGGGGGC---------AATTGAAA-GTCAAA
gi|5 : G------------------G----GGGGG-----GGGGGGC-------------AAAA-GT-----AGT---TT-TTTGCC------CCCGA-CCCCC--CCTCCACACTTTTTTTGGCC--AAGTATTCA-TTTTTT-CTG-CATCGT----CAAAT--AATTTAGAAATTTAACCCCCCCCATTACGT-----GTTTTTATTA-----ACCTA--TTTGGGGGC-TGTCACATTAATTCAAAGTGCTGC
gi|6 : ccGGAAAAGTT-TT-GCGGAAAATGCTACATATA-C---ATGTAAC-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNCTG-----------GCAGTATT-GGAAAGCATGGGTTTA-GGA---GCC-----G----GG------------------G----GGGGG-----GGGG
gi|7 : tcctGCGTA-GGA---GCC-----G----GG------------------G----GGAGG-----AGGGCACA--------AAT----A-GT----ATGTGGGTT-TTTGCCACCTCTCCC---GCCCC--CCCA----CTTTTGC--GTC--AAG--AT-ACTTTTT
gi|8 : GGG-----GGGGGGC----------------------AAAAGTATG-------CC------CCC---CCCCTATCTTT----TTT------GGCGTAAC--TTATCTTTTTT-CTG-CATCATGTGACACA---AG-TTAGAAGC----CCTCCCCCCTTCAGTGGTTGGTTTTTTTTA-----atttcgtaacatgtcagcactaattctag
gi|9 : aCATGTGCGTA-GGA---GCC-----G----GG------------------GGGGGGGGGG-----GGGGGGGG--------GGGGGGGG-GGCAAAA-GTATGTTATTTGCC------CCC---CCCCC--CTCC--------------------------ACTTTT----TGTCATCATAT--CACAT--AGTTTAGAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTGTGAAAATGCTACATTTTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATGT
Unaligned ( gi|13 ): GTTTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACCCCCTCCCCTTCAGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 333333333333333333333333333333 111111111111 2222222222222 111111 111 11 3333333333333 11111 11 2222 33333 33333 11 3333333
lowQualScore : 5 5 1 0 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 8 0 1 66 3 4 2 3 666 888888888888888888888888888888 44 444444444444 77777 8888888888888 11 7777 0 5 444444 555 33 3333333333333 77 66666 99 6 6 0 8 99 4 8 8888 33333 33333 88 0000000 1 1
lowQualScore : . . . . .......................................................................... .. . . . .. . . . . ... .............................. .. ............ ..... ............. .. .... . . ...... ... .. ............. .. ..... .. . . . . .. . . .... ..... ..... .. ....... . .
lowQualScore : 7 7 4 7 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 0 8 4 99 4 5 5 6 444 555555555555555555555555555555 66 666666666666 11111 9999999999999 55 7777 4 0 444444 666 66 6666666666666 99 33333 22 7 7 8 0 00 6 0 3333 33333 33333 55 5555555 0 0
consensus : CGGGAAAAGTT-CT-GTGGAAAATGCTACATATA---CCGTGTAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TGGTAAAT-GCGACTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGGGAAATCATGGGCGTA-GGA---GCC-----G----GG------------------G--GGG------------GGGG-----GGGGCAA-T-GAAAG-TCAAAAAGTAT----GTT-TTTGCC------CCC---CCCCC--CCCC----CTT------GTC--AAG--TTAACTTTT--TT-CTG-CATCATGTCA-CA--TAATT-TAGAAGT----CCCCCCCCCTTCAGT-----GTTTTTATTA-----ACCTAATTTTGGGGGCTTGTCGCGNTANTTCAAAGTGCTGC
Reference ( family-1423 ) : CGGGAAAAGTT-CT-GTGGAAAATGCTACATATA---CGATGTAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TGGTANAT-GCGACTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGGGAAATCATGGGCGTA-GGA---GCC-----G----GG------------------G--GGG------------GGGG-----GGGGCAA-TGGAAAG-TCAAAAAGTAT----GTT-TTTGCC------CCC---CCCCC--CCCC----CTT------GTC--AAG--TTAACTTTT--TT-CTG-CATCATGTCA-CA--TAGTT-TAGAAGT----CCCCCCCCCTTCAGT-----GTTTTTATTA-----ACCTAATTTTGGGGGCTTGTCGCGNTANTTCAAAGTGCTGC
gi|1 : CGGGGAAAGTT-CT-GTGGAAAA--CTACATATA---CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTACAT-GCGACTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGGGAAATCATGGGTGTA-GGA---GCC-----G----GG------------------G--GAA------------GGGA-----GGGGCAAATGAAAAGGTCAAAAGGTAT----ATT-TTTGTC------CCC---CCCCC--CCCC----CTT------GTC--AAG--TTAACTTTT--TT-CTG-CTCCATGACA-CATTTATTT-TAGAAGT----CCCTCCCCCTTCAGT-----TTCTCTATTACCTTTACTTAATTTT-----CTTGTCGCGGTATTTTAAAGTATTGC
gi|10 : CATGGGCGTA-GGA---GCC-----GTGGGGGATTTGCCCCATTTTTGAAG--GGG------------GGGG-----GGGGCA-----AAAA-TATGAAAGTAT----GTT-TTTGCC------CCT---CCCCT--ACTT----TTT------GTC--AAG--Tc
gi|12 : CTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGGGAA-TCATGGCAGT--GGA---GCC-----G----GG------------------GGGGGGGGGGTGGGGGGCGGGG-----GGGGTAA-TGGAAAG-TC-AATAGTAT----atttt
gi|14 : AT--ATGTAAGCCGT-TTTGGAAATTATGGTTGTA-GGA---GCCGGGGTG----GG------------------G--GGG------------GGGG-----GGGGCAA-TTGAAAG-TC-AAAAGTAT----Ga
gi|15 : ACTGCAC--ATGCTGGCCGTATTGGACAACCATGGGTGTA-GGGGTCGCC-----G----GG------------------G--GGG------------GGGG-----GGGG
gi|16 : cGAAAG-TCAAAA-GCAT----GAT-TTTGCC------CGCGCACCCCCA-CCCC----TTT------GTC--AAG--T-AACTTTT--TTTCTG-Cgg
gi|17 : CGGGAAAAGTTTCT-GTGGAAAATGCTACATATA---
gi|18 : tcGGAAAAGTT-CT-GTGGAAAATGCTACATATA---a
gi|19 : ctG------------GGAG-----GGGGCAA--------------AAGTAT----GTT-TTTGCT------CCC---CCCa
gi|2 : GGAAAAGTT-TTTGTGGAAAATGCTACATATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNTAAATTGTGACTGAACTAATGCTGGC-GTATTGG-AAATCATGGGTGTA-GGA---GCC---------------------------------GGG------------GGGG-----GGGGCAA-TTAAAAG-TCAA
gi|3 : GGGGAAAGTT-TT-ATGGAA-----CACATA-A---CCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNTAATT-GTGACTTAAC--ATGC-GTCCGTAT-GGGATATCATGGGTGTA-GGA---ACC-----------G------------------G--AGG------------TGGT-----GGTGCAA-T-GAAAG-TC-AATAGTAT----tttta
gi|4 : GGGAAAAATT-CT-GTGGAAAATG----ATATA------TATAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN-NNNACTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGG-AAATCATGGGTGTAGGGA---GC------------G------------------G--GGG------------GGGG-----GGGGCAA-TTGAAAG-TCAAA
gi|5 : G------------------G--GGG------------GGGG-----GGGGCA-----AAAG-T-----AGT-------TT-TTTGCC------CCCGA-CCCCC--CCTCCACACTTTTTTTGGCC--AAGTATTCA-TTTT--TT-CTG-CATC--GTCA-AA--TAATT-TAGAAATTTAACCCCCCCCATTACGT-----GTTTTTATTA-----ACCTA--TTTGGGGGC-TGTCACATTAATTCAAAGTGCTGC
gi|6 : ccGGAAAAGTT-TT-GCGGAAAATGCTACATATA---C-ATGTAAC-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN-NNNNCTG-----------GCAGTATT-GGAAAGCATGGGTTTA-GGA---GCC-----G----GG------------------G--GGG------------GGGG-----GG
gi|7 : tcctGCGTA-GGA---GCC-----------G------------------G--GGG------------GAGG-----AGGGCA-----------CAAATAGTATGTGGGTT-TTTGCCACCTCTCCC---GCCCC--CCCA----CTTTTGC--GTC--AAG--AT-ACTTTTTATT-TCG-TAACATGTCAGCAC-TAATTCTAG
gi|8 : G------------GGGG-----GGGGCAA--------------AAGTAT----G-------CC------CCC---CCCCTATCTTT----TTT------GGCGTAAC--TTATCTTTT--TT-CTG-CATCATGTGA-CA--CAAGT-TAGAAGC----CCTCCCCCCTTCAGTGGTTGGTTTTTTTTA-----
gi|9 : aCATGTGCGTA-GGA---GCC-----G----GG------------------G--GGG------------GGGGGGGGGGGGGGGG-GGGGGGG-GCAAAA-GTAT----GTTATTTGCC------CCC---CCCCC--CTCC--------------------------ACTTTT--T----GTCATCATATCA-CA--TAGTT-TAGAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTGTGAAAATGCTACATTTTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATGT
Unaligned ( gi|13 ): GTTTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACCCCCTCCCCTTCAGT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333333333333333333333333333333 11111111111111 11111111111111 33333333333333 111111 111 11 333333333333 1111 11111 11 2222 33333 33333 11 3333333
lowQualScore : 5 5 1 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 8 0 1 66 3 44 2 3 666 888888888888888888888888888888 66666666666666 55555555555555 00000000000000 11 7777 0 5 444444 777 555 33 111111111111 77 8888 00000 6 0 8 99 8 8888 33333 33333 88 0000000 1 1
lowQualScore : . . . . ............................................................................ . . . . .. . .. . . ... .............................. .............. .............. .............. .. .... . . ...... ... ... .. ............ .. .... ..... . . . .. . .... ..... ..... .. ....... . .
lowQualScore : 7 7 4 7 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 0 8 4 99 4 66 5 6 444 555555555555555555555555555555 88888888888888 00000000000000 99999999999999 44 7777 4 0 444444 555 666 66 444444444444 99 2222 00000 7 8 0 00 0 3333 33333 33333 55 5555555 0 0
consensus : CGGGAAAAGTT-CT-GTGGAAAATGCTACATATA---CCGTGTAACNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TGGTAAAT-GCGACTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGGGAAATCATGGGCGTA-GGA---GCC-----G----GG------------------GGGG--------------GGGGGG--------------GGCAA-T-GAAA--GTCAAAAAGTAT----GTT-TTTGCC------CCC---CCC---CC--CCCC---CTT------GTC--AAGT--TAACTTTT--TT-CTG-CATCATGTCA-CA--TAATT-TAGAAGT----CCCCCCCCCTTCAGT-----GTTTTTATTA-----ACCTAATTTTGGGGGCTTGTCGCGNTANTTCAAAGTGCTGC
Reference ( family-1423 ) : CGGGAAAAGTT-CT-GTGGAAAATGCTACATATA---CCGTGTAACNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TGGTAAAT-GCGACTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGGGAAATCATGGGCGTA-GGA---GCC-----G----GG------------------GGGG--------------GGGGGG--------------GGCAA-T-GAAA--GTCAAAAAGTAT----GTT-TTTGCC------CCC---CCC---CC--CCCC---CTT------GTC--AAGT--TAACTTTT--TT-CTG-CATCATGTCA-CA--TAATT-TAGAAGT----CCCCCCCCCTTCAGT-----GTTTTTATTA-----ACCTAATTTTGGGGGCTTGTCGCGNTANTTCAAAGTGCTGC
gi|1 : CGGGGAAAGTT-CT-GTGGAAAA--CTACATATA---CNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTACAT-GCGACTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGGGAAATCATGGGTGTA-GGA---GCC-----G----GG------------------GGAA--------------GGGAGG--------------GGCAAAT-GAAAAGGTCAAAAGGTAT----ATT-TTTGTC------CCC------CCCCC--CCCC---CTT------GTC--AAGT--TAACTTTT--TT-CTG-CTCCATGACA-CATTTATTT-TAGAAGT----CCCTCCCCCTTCAGT-----TTCTCTATTACCTTTACTTAATTTT-----CTTGTCGCGGTATTTTAAAGTATTGC
gi|10 : CATGGGCGTA-GGA---GCC-----GTGGGGGATTTGCCCCATTTTTGAAGGGG--------------GGGGGG--------------GGCA-----AAA--ATATGAAAGTAT----GTT-TTTGCC------CCT---CCC---CT--ACTT---TTT------GTC--AAGT--c
gi|12 : CTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGGG-AATCATGGCAGT--GGA---GCC-----G----GG------------------GGGGGGGGGGTGGGGGGCGGGGGG--------------GGTAA-TGGAAA--GTC-AATAGTAT----atttt
gi|14 : AT--ATGTAAGCCGT-TTTGGAAATTATGGTTGTA-GGA---GCCGGGGTG----GG------------------GGGG--------------GGGGGG--------------GGCAATT-GAAA--GTC-AAAAGTAT----Ga
gi|15 : ACTGCAC--ATGCTGGCCGTATTGGACAACCATGGGTGTA-GGGGTCGCC-----G----GG------------------GGGG--------------GGGGGG--------------GG
gi|16 : c-GAAA--GTCAAAA-GCAT----GAT-TTTGCC------CGCGCACCC---CCA-CCCC---TTT------GTC--AAGT---AACTTTT--TTTCTG-Cgg
gi|17 : CGGGAAAAGTTTCT-GTGGAAAATGCTACATATA---
gi|18 : tcGGAAAAGTT-CT-GTGGAAAATGCTACATATA---a
gi|19 : ctG--------------GGAGGG--------------GGCAA---------------AAGTAT----GTT-TTTGCT------CCC---CCC---a
gi|2 : GGAAAAGTT-TTTGTGGAAAATGCTACATATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNTAAATTGTGACTGAACTAATGCTGGC-GTATTGG-AAATCATGGGTGTA-GGA---GCC-------------------------------GGG--------------GGGGGG--------------GGCAATT-AAAA--GTCAA
gi|3 : GGGGAAAGTT-TT-ATGGAA-----CACATA-A---CCGNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNTAATT-GTGACTTAAC--ATGC-GTCCGTA-TGGGATATCATGGGTGTA-GGA---ACC-----------G------------------GAGG--------------TGGTGG--------------TGCAA-T-GAAA--GTC-AATAGTAT----tttta
gi|4 : GGGAAAAATT-CT-GTGGAAAATG----ATATA------TATAACNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN-NNNACTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGG-AAATCATGGGTGTAGGGA---GC------------G------------------GGGG--------------GGGGGG--------------GGCAATT-GAAA--GTCAAA
gi|5 : G------------------GGGG--------------GGGGGG--------------GGCAA-----AA--GT-----AGT-------TT-TTTGCC------CCCGACCCC---CC--CTCCACACTTTTTTTGGCC--AAGTATTCA-TTTT--TT-CTG-CATC--GTCA-AA--TAATT-TAGAAATTTAACCCCCCCCATTACGT-----GTTTTTATTA-----ACCTA--TTTGGGGGC-TGTCACATTAATTCAAAGTGCTGC
gi|6 : ccGGAAAAGTT-TT-GCGGAAAATGCTACATATA----CATGTAAC-----NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN-NNNNCTG-----------GCAGTATT-GGAAAGCATGGGTTTA-GGA---GCC-----G----GG------------------GGGG--------------GGGGGG--------------
gi|7 : tcctGCGTA-GGA---GCC-----------G------------------GGGG--------------GAGGAG--------------GGCA------------CAAATAGTATGTGGGTT-TTTGCCACCTCTCCC---GCC---CC--CCCA---CTTTTGC--GTC--AAGA--T-ACTTTTTATT-TCG-TAACATGTCAGCAC-TAATTCTAG
gi|8 : G--------------GGGGGG--------------GGCAA---------------AAGTAT----G-------CC------CCC---CCC---CTATCTTT---TTT------GGCGTAACT--TATCTTTT--TT-CTG-CATCATGTGA-CA--CAAGT-TAGAAGC----CCTCCCCCCTTCAGTGGTTGGTTTTTTTTA-----
gi|9 : aCATGTGCGTA-GGA---GCC-----G----GG------------------GG----------------------GGGGGGGGGGGGGGGGGGG-G-GGGG--GGCAA-AAGTAT----GTTATTTGCC------CCC---CCC---CC--CTCC-------------------------ACTTTT------TGTCATCATATCA-CA--TAGTT-TAGAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTGTGAAAATGCTACATTTTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATGT
Unaligned ( gi|13 ): GTTTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACCCCCTCCCCTTCAGT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333333333333333333333333333333 11111111111111 11111111111111 33333333333333 111111 111 11 333333333333 1111 11111 11 2222 33333 33333 11 3333333
lowQualScore : 5 5 1 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 8 0 1 66 3 44 2 3 666 888888888888888888888888888888 66666666666666 55555555555555 00000000000000 11 7777 0 5 444444 777 555 33 111111111111 77 8888 00000 6 0 8 99 8 8888 33333 33333 88 0000000 1 1
lowQualScore : . . . . ............................................................................ . . . . .. . .. . . ... .............................. .............. .............. .............. .. .... . . ...... ... ... .. ............ .. .... ..... . . . .. . .... ..... ..... .. ....... . .
lowQualScore : 7 7 4 7 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 0 8 4 99 4 66 5 6 444 555555555555555555555555555555 88888888888888 00000000000000 99999999999999 44 7777 4 0 444444 555 666 66 444444444444 99 2222 00000 7 8 0 00 0 3333 33333 33333 55 5555555 0 0
consensus : CGGGAAAAGTT-CT-GTGGAAAATGCTACATATA---CCGTGTAACNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TGGTAAAT-GCGACTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGGGAAATCATGGGCGTA-GGA---GCC-----G----GG------------------GGGG--------------GGGGGG--------------GGCAA-T-GAAA--GTCAAAAAGTAT----GTT-TTTGCC------CCC---CCC---CC--CCCC---CTT------GTC--AAGT--TAACTTTT--TT-CTG-CATCATGTCA-CA--TAATT-TAGAAGT----CCCCCCCCCTTCAGT-----GTTTTTATTA-----ACCTAATTTTGGGGGCTTGTCGCGNTANTTCAAAGTGCTGC
Reference ( family-1423 ) : CGGGAAAAGTT-CT-GTGGAAAATGCTACATATA---CCGTGTAACNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TGGTAAAT-GCGACTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGGGAAATCATGGGCGTA-GGA---GCC-----G----GG------------------GGGG--------------GGGGGG--------------GGCAA-T-GAAA--GTCAAAAAGTAT----GTT-TTTGCC------CCC---CCC---CC--CCCC---CTT------GTC--AAGT--TAACTTTT--TT-CTG-CATCATGTCA-CA--TAATT-TAGAAGT----CCCCCCCCCTTCAGT-----GTTTTTATTA-----ACCTAATTTTGGGGGCTTGTCGCGNTANTTCAAAGTGCTGC
gi|1 : CGGGGAAAGTT-CT-GTGGAAAA--CTACATATA---CNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTACAT-GCGACTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGGGAAATCATGGGTGTA-GGA---GCC-----G----GG------------------GGAA--------------GGGAGG--------------GGCAAAT-GAAAAGGTCAAAAGGTAT----ATT-TTTGTC------CCC------CCCCC--CCCC---CTT------GTC--AAGT--TAACTTTT--TT-CTG-CTCCATGACA-CATTTATTT-TAGAAGT----CCCTCCCCCTTCAGT-----TTCTCTATTACCTTTACTTAATTTT-----CTTGTCGCGGTATTTTAAAGTATTGC
gi|10 : CATGGGCGTA-GGA---GCC-----GTGGGGGATTTGCCCCATTTTTGAAGGGG--------------GGGGGG--------------GGCA-----AAA--ATATGAAAGTAT----GTT-TTTGCC------CCT---CCC---CT--ACTT---TTT------GTC--AAGT--c
gi|12 : CTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGGG-AATCATGGCAGT--GGA---GCC-----G----GG------------------GGGGGGGGGGTGGGGGGCGGGGGG--------------GGTAA-TGGAAA--GTC-AATAGTAT----atttt
gi|14 : AT--ATGTAAGCCGT-TTTGGAAATTATGGTTGTA-GGA---GCCGGGGTG----GG------------------GGGG--------------GGGGGG--------------GGCAATT-GAAA--GTC-AAAAGTAT----Ga
gi|15 : ACTGCAC--ATGCTGGCCGTATTGGACAACCATGGGTGTA-GGGGTCGCC-----G----GG------------------GGGG--------------GGGGGG--------------GG
gi|16 : c-GAAA--GTCAAAA-GCAT----GAT-TTTGCC------CGCGCACCC---CCA-CCCC---TTT------GTC--AAGT---AACTTTT--TTTCTG-Cgg
gi|17 : CGGGAAAAGTTTCT-GTGGAAAATGCTACATATA---
gi|18 : tcGGAAAAGTT-CT-GTGGAAAATGCTACATATA---a
gi|19 : ctG--------------GGAGGG--------------GGCAA---------------AAGTAT----GTT-TTTGCT------CCC---CCC---a
gi|2 : GGAAAAGTT-TTTGTGGAAAATGCTACATATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNTAAATTGTGACTGAACTAATGCTGGC-GTATTGG-AAATCATGGGTGTA-GGA---GCC-------------------------------GGG--------------GGGGGG--------------GGCAATT-AAAA--GTCAA
gi|3 : GGGGAAAGTT-TT-ATGGAA-----CACATA-A---CCGNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNTAATT-GTGACTTAAC--ATGC-GTCCGTA-TGGGATATCATGGGTGTA-GGA---ACC-----------G------------------GAGG--------------TGGTGG--------------TGCAA-T-GAAA--GTC-AATAGTAT----tttta
gi|4 : GGGAAAAATT-CT-GTGGAAAATG----ATATA------TATAACNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN-NNNACTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGG-AAATCATGGGTGTAGGGA---GC------------G------------------GGGG--------------GGGGGG--------------GGCAATT-GAAA--GTCAAA
gi|5 : G------------------GGGG--------------GGGGGG--------------GGCAA-----AA--GT-----AGT-------TT-TTTGCC------CCCGACCCC---CC--CTCCACACTTTTTTTGGCC--AAGTATTCA-TTTT--TT-CTG-CATC--GTCA-AA--TAATT-TAGAAATTTAACCCCCCCCATTACGT-----GTTTTTATTA-----ACCTA--TTTGGGGGC-TGTCACATTAATTCAAAGTGCTGC
gi|6 : ccGGAAAAGTT-TT-GCGGAAAATGCTACATATA----CATGTAAC-----NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN-NNNNCTG-----------GCAGTATT-GGAAAGCATGGGTTTA-GGA---GCC-----G----GG------------------GGGG--------------GGGGGG--------------
gi|7 : tcctGCGTA-GGA---GCC-----------G------------------GGGG--------------GAGGAG--------------GGCA------------CAAATAGTATGTGGGTT-TTTGCCACCTCTCCC---GCC---CC--CCCA---CTTTTGC--GTC--AAGA--T-ACTTTTTATT-TCG-TAACATGTCAGCAC-TAATTCTAG
gi|8 : G--------------GGGGGG--------------GGCAA---------------AAGTAT----G-------CC------CCC---CCC---CTATCTTT---TTT------GGCGTAACT--TATCTTTT--TT-CTG-CATCATGTGA-CA--CAAGT-TAGAAGC----CCTCCCCCCTTCAGTGGTTGGTTTTTTTTA-----
gi|9 : aCATGTGCGTA-GGA---GCC-----G----GG------------------GG----------------------GGGGGGGGGGGGGGGGGGG-G-GGGG--GGCAA-AAGTAT----GTTATTTGCC------CCC---CCC---CC--CTCC-------------------------ACTTTT------TGTCATCATATCA-CA--TAGTT-TAGAA
blockSeqs : T T T ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T A TA T GA C G GTC GTGGGGGATTTGCCCCATTTTTGAA GGGGGGTGGGGGGC GGGGGGGGGGGGGG ATTAAAAGTCA AA GTGG A ACCTCT GCA . AT ACACTTTTTTTG GT ATTC TATT T G C C TTAA GGTTG . . GGGGGC T A
blockSeqs : . . T CCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . C . A AC A . . GGGGTGGG . . ATTGAAAGTCA AT . . . GAC . A CTTTTGC . TA TTT . . . . . . .
blockSeqs : . . T TATAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . A . T GA T . . GGG . . ATGGAAAGTC AA . . . . . . TTT . A TT . . . .
blockSeqs : . . T CATGTAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . A . T GA T . . GGG . . ATTGAAAGTC AA . . . . . . TTT . T TT . . . .
blockSeqs : . . T A . T G T . . GGG . . GGGGGGGGCA AT . . . . . . TTT . . . .
blockSeqs : . . . . . . A T . . GGG . . ATGAAAGTC AT . . . . . . . .
blockSeqs : . . A T . . G . . AAAATAT A . . . . .
blockSeqs : T . . G . . AAAGT A .
blockSeqs : C . . G . . CA A .
blockSeqs : C . . . . . A . .
blockSeqs : . . A
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ATGAAAGTCA**** *** A*** **
originalCons : CGGGAAAAGTT-CT-GTGGAAAATGCTACATATA---CCGTGTAACNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TGGTAAAT-GCGACTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGGGAAATCATGGGCGTA-GGA---GCC-----G----GG------------------GGGG--------------GGGGGG--------------GGCAA-T-GAAA--GTCAAAAAGTAT----GTT-TTTGCC------CCC---CCC---CC--CCCC---CTT------GTC--AAGT--TAACTTTT--TT-CTG-CATCATGTCA-CA--TAATT-TAGAAGT----CCCCCCCCCTTCAGT-----GTTTTTATTA-----ACCTAATTTTGGGGGCTTGTCGCGNTANTTCAAAGTGCTGC
finalCons : CGGGAAAAGTT-CT-GTGGAAAATGCTACATATA---CCGTGTAACNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TGGTAAAT-GCGACTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGGGAAATCATGGGCGTA-GGA---GCC-----G----GG------------------GGGG--------------GGGGGG--------------GGCAATGAAAGTCA----AAAAGTAT----GTT-TTTGCC------CCC---CCC---CC--CCCC---CTT------GTC--AAGTA---ACTTTT--TT-CTG-CATCATGTCA-CA--TAATT-TAGAAGT----CCCCCCCCCTTCAGT-----GTTTTTATTA-----ACCTAATTTTGGGGGCTTGTCGCGNTANTTCAAAGTGCTGC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTGTGAAAATGCTACATTTTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATGT
Unaligned ( gi|13 ): GTTTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACCCCCTCCCCTTCAGT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333333333333333333333333333333 11111111111111 1111111111111 333333333333333 111111 111 333333333333 111111111 11111 11 2222 33333 33333 11 3333333
lowQualScore : 5 5 1 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 8 0 1 66 3 44 2 3 666 888888888888888888888888888888 66666666666666 3333333333333 222222222222222 0 7777 0 5 444444 777 555 5 111111111111 666666666 44444 77 6 0 8 99 8 8888 33333 33333 88 0000000 1 1
lowQualScore : . . . . ............................................................................ . . . . .. . .. . . ... .............................. .............. ............. ............... . .... . . ...... ... ... . ............ ......... ..... .. . . . .. . .... ..... ..... .. ....... . .
lowQualScore : 7 7 4 7 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 0 8 4 99 4 66 5 6 444 555555555555555555555555555555 88888888888888 9999999999999 444444444444444 3 7777 4 0 444444 555 666 7 444444444444 444444444 33333 99 7 8 0 00 0 3333 33333 33333 55 5555555 0 0
consensus : CGGGAAAAGTT-CT-GTGGAAAATGCTACATATA---CCGTGTAACNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TGGTAAAT-GCGACTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGGGAAATCATGGGCGTA-GGA---GCC-----G----GG------------------GGGG--------------GGGGG-------------GGGCAA-T-GAAA--GTCAAAAAGTAT----GTT-TTTGCC------CCC---CCC---CC-CCCC---CTT------GTCAAG-TA---AC-TT-----TT--TTCTG-CATCATGTCA-CA--TAATT-TAGAAGT----CCCCCCCCCTTCAGT-----GTTTTTATTA-----ACCTAATTTTGGGGGCTTGTCGCGNTANTTCAAAGTGCTGC
Reference ( family-1423 ) : CGGGAAAAGTT-CT-GTGGAAAATGCTACATATA---CCGTGTAACNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TGGTAAAT-GCGACTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGGGAAATCATGGGCGTA-GGA---GCC-----G----GG------------------GGGG--------------GGGGG-------------GGGCAA-T-GAAA--GTCAAAAAGTAT----GTT-TTTGCC------CCC---CCC---CC-CCCC---CTT------GTCAAG-TA---AC-TT-----TT--TTCTG-CATCATGTCA-CA--TAATT-TAGAAGT----CCCCCCCCCTTCAGT-----GTTTTTATTA-----ACCTAATTTTGGGGGCTTGTCGCGNTANTTCAAAGTGCTGC
gi|1 : CGGGGAAAGTT-CT-GTGGAAAA--CTACATATA---CNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTACAT-GCGACTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGGGAAATCATGGGTGTA-GGA---GCC-----G----GG------------------GGAA--------------GGGAG-------------GGGCAAAT-GAAAAGGTCAAAAGGTAT----ATT-TTTGTC------CCC------CCCCC-CCCC---CTT------GTCAAGTTA---AC-TT-----TT--TTCTG-CTCCATGACA-CATTTATTT-TAGAAGT----CCCTCCCCCTTCAGT-----TTCTCTATTACCTTTACTTAATTTT-----CTTGTCGCGGTATTTTAAAGTATTGC
gi|10 : CATGGGCGTA-GGA---GCC-----GTGGGGGATTTGCCCCATTTTTGAAGGGG--------------GGGGG-------------GGGCA-----AAA--ATATGAAAGTAT----GTT-TTTGCC------CCT---CCC---CT-ACTT---TTT------GTCAAG-TA------TT-----TT--c
gi|12 : CTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGGG-AATCATGGCAGT--GGA---GCC-----G----GG------------------GGGGGGGGGGTGGGGGGCGGGGG-------------GGGTAA-TGGAAA--GTC-AATAGTAT----
gi|14 : AT--ATGTAAGCCGT-TTTGGAAATTATGGTTGTA-GGA---GCCGGGGTG----GG------------------GGGG--------------GGGGG-------------GGGCAATT-GAAA--GTC-AAAAGTAT----Ga
gi|15 : ACTGCAC--ATGCTGGCCGTATTGGACAACCATGGGTGTA-GGGGTCGCC-----G----GG------------------GGGG--------------GGGGG-------------GGG
gi|16 : c-GAAA--GTCAAAA-GCAT----GAT-TTTGCC------CGCGCACCC---CCACCCC---TTT------GTCAAG-TA---ACTTT-----TT--TTCTG-Cgg
gi|17 : CGGGAAAAGTTTCT-GTGGAAAATGCTACATATA---
gi|18 : tcGGAAAAGTT-CT-GTGGAAAATGCTACATATA---a
gi|19 : ctG--------------GGAGG-------------GGGCAA---------------AAGTAT----GTT-TTTGCT------CCC---CCC---a
gi|2 : GGAAAAGTT-TTTGTGGAAAATGCTACATATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNTAAATTGTGACTGAACTAATGCTGGC-GTATTGG-AAATCATGGGTGTA-GGA---GCC-------------------------------GGG--------------GGGGG-------------GGGCAATT-AAAA--GTCAA
gi|3 : GGGGAAAGTT-TT-ATGGAA-----CACATA-A---CCGNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNTAATT-GTGACTTAAC--ATGC-GTCCGTA-TGGGATATCATGGGTGTA-GGA---ACC-----------G------------------GAGG--------------TGGTG-------------GTGCAA-T-GAAA--GTC-AATAGTAT----tttta
gi|4 : GGGAAAAATT-CT-GTGGAAAATG----ATATA------TATAACNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN-NNNACTGAAC--ATGCTGGCCGTATTGG-AAATCATGGGTGTAGGGA---GC------------G------------------GGGG--------------GGGGG-------------GGGCAATT-GAAA--GTCAAA
gi|5 : G------------------GGGG--------------GGGGG-------------GGGCAA-----AA--GT-----AGT-------TT-TTTGCC------CCCGACCCC---CC-CTCCACACTTTTTTTGGCCAAG-TATTCA--TT-----TT--TTCTG-CATC--GTCA-AA--TAATT-TAGAAATTTAACCCCCCCCATTACGT-----GTTTTTATTA-----ACCTA--TTTGGGGGC-TGTCACATTAATTCAAAGTGCTGC
gi|6 : ccGGAAAAGTT-TT-GCGGAAAATGCTACATATA----CATGTAAC-----NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN-NNNNCTG-----------GCAGTATT-GGAAAGCATGGGTTTA-GGA---GCC-----G----GG------------------GGGG--------------GGGGG-------------G
gi|7 : tcctGCGTA-GGA---GCC-----------G------------------GGGG--------------GAGGA-------------GGGCA------------CAAATAGTATGTGGGTT-TTTGCCACCTCTCCC---GCC---CC-CCCA---CTTTTGC--GTCAAG-AT---AC-TT-----TTTATTTCG-TAACATGTCAGCAC-TAATTCTAG
gi|8 : G--------------GGGGG-------------GGGCAA---------------AAGTAT----G-------CC------CCC---CCC---CT-ATCT---TTT------TTGGCG-TA---AC-TTATCTTTT--TTCTG-CATCATGTGA-CA--CAAGT-TAGAAGC----CCTCCCCCCTTCAGTGGTTGGTTTTTTTTA-----
gi|9 : aCATGTGCGTA-GGA---GCC-----G----GG------------------GG---------------------GGGGGGGGGGGGGGGGGGG-G-GGGG--GGCA-AAAGTAT----GTTATTTGCC------CCC---CCC---CC-CTCC------------------------AC-TT-----TT-----TGTCATCATATCA-CA--TAGTT-TAGAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTGTGAAAATGCTACATTTTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATGT
Unaligned ( gi|13 ): GTTTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACCCCCTCCCCTTCAGT