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Reference ( gi|10 )           :                               TTAG-CGTT-C-AGATT-T-AATT-G-AAT--AA---GCT-T---------A--C-AAGT-TT-A--T-TT----AC-GAT-CTG-G-C--T-AAC--TGC----GTG-TT-TTT------G--GGA-A-TT-GTAAATAAATTCTGTC
gi|12                         :                               TTAG-CGTT-C-AGATT-T-AATT-G-AATG-AA---GCTCT---------A--C-AAGT-TT-A--T-TT----AC-GAT-CTG-G-C--T-AAC--TGC----TAA-TT-TTT------G--GGA-A-TTGGTAA
gi|8                          :                              tTTAA-CGTT-C-AGATT-T-AATT-G-AAT--AA---GCT-T---------A--CAAAGT-TT-A----TT----AC-AAT-CTG-G-CTAT-AAC--TGC----GTGTTT-TTT------G--GGA-A-Tttc
gi|5                          :               taattccctgttcgatTTAG-TGTT-C-AGATTAT-AATC-T-GAT--A----GCT-T---------A--C-AAGT-TT-A--TCTT----AC-GAT-CTGAG-C--T-AAC--TGCA---GTG-TT-TTG------GA-GGA-ACTT-GTAA
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gi|1                          :                               TTAG-CGTT-C-AGATT-T-AATT-T-CAT--AC---GTG-T---------ACTC-AGAA-TT-A----TT----ACAGAT-CTG-C-C--T-A----CGC----GTG-CA-ATTCGGA--G--GGA-A-TT-G----TAAATTCTGTCc
gi|4                          : agcttaatatacttctgcggtcatgtattttTAG-CGTT-C-AGATT-T-AATT-G-AAA--TA---GCTAT---------A--C-AAGTGTT-A--T-TT----ACCGAT-CTG-G-C--T-AACCCTGCTGTTGTG-TT-TTTT-----G--GG
gi|13                         :                                TAG-CGTT-C-G--TT-T-AATT-A-AAT--AA---GCT-TATTCTTTAAA--T-AAGT-TT-A--T-T------C-GAT-CTG------C-AAA--TGC-----TG-AT-TTT------T--GAA-A-TT-GTAAgggcgggagggggtatgtaatttctgtcc
gi|7                          :                                  G-CGAT-C-AGATT-T-AATT-G-AAT--AA---GCG-T---------A--C-AAG--TT-A--T-TT----AC-GA---TG-G-C--TGAAC--TGC----GTG-TT-TT----------GGA-A-TT-GTAA
gi|9                          :            ttataacttccaggcgctttgatatatT-C-AGAT----AAT--G-AAT--AAT--GCG-T------------C-AAGT-T--A--T-TT----AC-GATGC---G-T--T-AAC--TGC------G-TT-TTT------G--GAA-A-Tt
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Alignments
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Reference ( family-1384 )     :                                TTAG-CGTT-C-AGATT-T-AATT-G-AAT--AA---GCT-T---------A--C-AAGT-TT-A--T-TT----AC-GATCTG-G-C--T-AAC--TGC----GTG-TT-TTT------G--GGA-ATTGTAAGT-AATTCTGTC
gi|1                          :                                TTAG-CGTT-C-AGATT-T-AATT-T-CAT--AC---GTG-T---------ACTC-AGAA-TT-A----TT----ACAGATCTG-C-C--T-A----CGC----GTG-CA-ATTCGGA--G--GGA-ATTGTA----AATTCTGTC
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gi|4                          :                                 TAG-CGTT-C-AGATT-T-AATT-G-AAA--TA---GCTAT---------A--C-AAGTGTT-A--T-TT----ACCGATCTG-G-C--T-AACCCTGCTGTTGTG-TT-TTTT-----G--GGc
gi|5                          :                                TTAG-TGTT-C-AGATTAT-AATC-T-GAT--A----GCT-T---------A--C-AAGT-TT-A--TCTT----AC-GATCTGAG-C--T-AAC--TGCA---GTG-TT-TTG------GA-GGA-ACT-T--GT-AATTCTgggcgggagggggtatgtaatttctgtcc
gi|6                          :           ttattgacttccaggcctgatTTAG-CGTT-C-AGATT-A-AATT-G-AAT--AA---GCT-T---------A--G-ATTG-TT-A--T-TT----AC-GATCTG-G-C--T-TAC---GC----G-G-TT-TTA------G--GGA-A----AATT-AATT
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gi|9                          :                        taattccctgttcgatT-C-AGAT----AAT--G-AAT--AAT--GCG-T------------C-AAGT-T--A--T-TT----AC-GA--TGCG-T--T-AAC--TGC------G-TT-TTT------G--GAA-AT





Alignments
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lowQualScore                  :                                    3    3 3     2 2    2 2   99  777   5 000000000 33 2    2  2 33 2  5555  5      5 2 33 2   33   3333   2  2  9999999999   5   9999999         
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Reference ( family-1384 )     :                                TTAG-CGTT-C-AGATT-T-AATT-G-AAT--AA---GCT-T---------A--C-AAGT-TT-A--T-TT----AC-GATCTG-G-C--T-AAC--TGC----GTG-TT-TTT------G--GGA-ATTGT-AGT-AATTCTGTC
gi|1                          :                                TTAG-CGTT-C-AGATT-T-AATT-T-CAT--AC---GTG-T---------ACTC-AGAA-TT-A----TT----ACAGATCTG-C-C--T-A----CGC----GTG-CA-ATTCGGA--G--GGA-ATTGT-A---AATTCTGTC
gi|10                         : agcttaatatacttctgcggtcatgtattttTTAG-CGTT-C-AGATT-T-AATT-G-AAT--AA---GCT-T---------A--C-AAGT-TT-A--T-TT----AC-GATCTG-G-C--T-AAC--TGC----GTG-TT-TTT------G--GGA-ATTGTAAATAAATTCTGTC
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gi|14                         :                                                                 A---GCT-T---------A--C-AAGT-TT-A--T-TT----AC-AATCTC-A-C--T-AAC--TGC----GTA-TTGTTT------G--GGA-ATT----GT-AATTCTGTa
gi|15                         :                                                                        -T---------A--C-AAGT-TT-A--T-TT----AC-AATCTG-G-T--T-AAC--TGC----GAG-TT-TTG------G--GGGTATTGT-AG----TTCTGT
gi|16                         :                                             GATT-T-AATT-G-AAT--AA---GCT-T---------A--C-AAGT-TT-A--T-TT----AC-GATCAG-C-C--T-AAC--TGT----GTA-TT-TT
gi|2                          :                                TTAG-CGTAAC-AG-TT-T-AATT-GGAAT--AACGAGCT-T---------A--C-AAGT-AT-AAAT-TT----AT-GATTTG-G-C--T-AAC--TGC----GTG-TT-TTG------GGCGGACATTG---GT-AATTCTGT
gi|3                          :            ttataacttccaggcctgatTTAGTCGTT-CCAGATT-TTAATTTG-AATT-AA---GTT-T---------A--C-AAGT-TTAA--T-TTTTAAAC-AATCTG-GTT--T-AAC--TGCCGAAGTT-TT-TTTTGGGGGG--GGG-GTTAT-GTC-AGTTCTGTC
gi|4                          :                                 TAG-CGTT-C-AGATT-T-AATT-G-AAA--TA---GCTAT---------A--C-AAGTGTT-A--T-TT----ACCGATCTG-G-C--T-AACCCTGCTGTTGTG-TT-TTTT-----G--GGc
gi|5                          :                                TTAG-TGTT-C-AGATTAT-AATC-T-GAT--A----GCT-T---------A--C-AAGT-TT-A--TCTT----AC-GATCTGAG-C--T-AAC--TGCA---GTG-TT-TTG------GA-GGA-ACT-T--GT-AATTCTgggcgggagggggtatgtaatttctgtcc
gi|6                          :           ttattgacttccaggcctgatTTAG-CGTT-C-AGATT-A-AATT-G-AAT--AA---GCT-T---------A--G-ATTG-TT-A--T-TT----AC-GATCTG-G-C--T-TAC---GC----G-G-TT-TTA------G--GGA-A
gi|7                          :               taataacttccaggcctgatG-CGAT-C-AGATT-T-AATT-G-AAT--AA---GCG-T---------A--C-AAG--TT-A--T-TT----AC-GA--TG-G-C--TGAAC--TGC----GTG-TT-TT----------GGA-ATTGT-AAT-aattaattt
gi|8                          :     ttataacttccaggcgctttgatatatTTAA-CGTT-C-AGATT-T-AATT-G-AAT--AA---GCT-T---------A--CAAAGT-TT-A----TT----AC-AATCTG-G-CTAT-AAC--TGC----GTGTTT-TTT------G--GGA-AT
gi|9                          :                        taattccctgttcgatT-C-AGAT----AAT--G-AAT--AAT--GCG-T------------C-AAGT-T--A--T-TT----AC-GA--TGCG-T--T-AAC--TGC------G-TT-TTT------G--GAA-AT





Alignments
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lowQualScore                  :                                    3    3 3     2 2    2 2   99  777   5 000000000 33 2    2  2 33 2  5555  5      5 2 33 2   33   3333   2  2  9999999999   5   9999999         
lowQualScore                  :                                    .    . .     . .    . .   ..  ...   . ......... .. .    .  . .. .  ....  .      . . .. .   ..   ....   .  .  ..........   .   .......         
lowQualScore                  :                                    3    1 1     9 9    9 9   66  333   0 000000000 44 5    5  5 44 5  3333  0      0 5 44 5   44   1111   5  5  7777777777   7   5555555         
consensus                     :                                TTAG-CGTT-C-AGATT-T-AATT-G-AAT--AA---GCT-T---------A--C-AAGT-TT-A--T-TT----AC-GATCTG-G-C--T-AAC--TGC----GTG-TT-TTT------G--GGA-ATTGT-AGT-AATTCTGTC
Reference ( family-1384 )     :                                TTAG-CGTT-C-AGATT-T-AATT-G-AAT--AA---GCT-T---------A--C-AAGT-TT-A--T-TT----AC-GATCTG-G-C--T-AAC--TGC----GTG-TT-TTT------G--GGA-ATTGT-AGT-AATTCTGTC
gi|1                          :                                TTAG-CGTT-C-AGATT-T-AATT-T-CAT--AC---GTG-T---------ACTC-AGAA-TT-A----TT----ACAGATCTG-C-C--T-A----CGC----GTG-CA-ATTCGGA--G--GGA-ATTGT-A---AATTCTGTC
gi|10                         : agcttaatatacttctgcggtcatgtattttTTAG-CGTT-C-AGATT-T-AATT-G-AAT--AA---GCT-T---------A--C-AAGT-TT-A--T-TT----AC-GATCTG-G-C--T-AAC--TGC----GTG-TT-TTT------G--GGA-ATTGTAAATAAATTCTGTC
gi|11                         :                                TTAG-CGAT---AGATT-T-A-TT-G-AATTAAA---GGT-----------A--C-AAGT-T--A--T-TT----AC-GACCTG-G-T--T-AAC--TGC----GTG-TT-T-----------GGG-ATTG
gi|12                         :              ttacttccaggcctgattTTAG-CGTT-C-AGATT-T-AATT-G-AATG-AA---GCTCT---------A--C-AAGT-TT-A--T-TT----AC-GATCTG-G-C--T-AAC--TGC----TAA-TT-TTT------G--GGA-ATTG---GT-AATTC
gi|13                         :                                tTAG-CGTT-C-G--TT-T-AATT-A-AAT--AA---GCT-TATTCTTTAAA--T-AAGT-TT-A--T-T------C-GATCTG------C-AAA--TGC-----TG-AT-TTT------T--GAA-ATTGT-A
gi|14                         :                                                                 A---GCT-T---------A--C-AAGT-TT-A--T-TT----AC-AATCTC-A-C--T-AAC--TGC----GTA-TTGTTT------G--GGA-ATT----GT-AATTCTGTa
gi|15                         :                                                                        -T---------A--C-AAGT-TT-A--T-TT----AC-AATCTG-G-T--T-AAC--TGC----GAG-TT-TTG------G--GGGTATTGT-AG----TTCTGT
gi|16                         :                                             GATT-T-AATT-G-AAT--AA---GCT-T---------A--C-AAGT-TT-A--T-TT----AC-GATCAG-C-C--T-AAC--TGT----GTA-TT-TT
gi|2                          :                                TTAG-CGTAAC-AG-TT-T-AATT-GGAAT--AACGAGCT-T---------A--C-AAGT-AT-AAAT-TT----AT-GATTTG-G-C--T-AAC--TGC----GTG-TT-TTG------GGCGGACATTG---GT-AATTCTGT
gi|3                          :            ttataacttccaggcctgatTTAGTCGTT-CCAGATT-TTAATTTG-AATT-AA---GTT-T---------A--C-AAGT-TTAA--T-TTTTAAAC-AATCTG-GTT--T-AAC--TGCCGAAGTT-TT-TTTTGGGGGG--GGG-GTTAT-GTC-AGTTCTGTC
gi|4                          :                                 TAG-CGTT-C-AGATT-T-AATT-G-AAA--TA---GCTAT---------A--C-AAGTGTT-A--T-TT----ACCGATCTG-G-C--T-AACCCTGCTGTTGTG-TT-TTTT-----G--GGc
gi|5                          :                                TTAG-TGTT-C-AGATTAT-AATC-T-GAT--A----GCT-T---------A--C-AAGT-TT-A--TCTT----AC-GATCTGAG-C--T-AAC--TGCA---GTG-TT-TTG------GA-GGA-ACT-T--GT-AATTCTgggcgggagggggtatgtaatttctgtcc
gi|6                          :           ttattgacttccaggcctgatTTAG-CGTT-C-AGATT-A-AATT-G-AAT--AA---GCT-T---------A--G-ATTG-TT-A--T-TT----AC-GATCTG-G-C--T-TAC---GC----G-G-TT-TTA------G--GGA-A
gi|7                          :               taataacttccaggcctgatG-CGAT-C-AGATT-T-AATT-G-AAT--AA---GCG-T---------A--C-AAG--TT-A--T-TT----AC-GA--TG-G-C--TGAAC--TGC----GTG-TT-TT----------GGA-ATTGT-AAT-aattaattt
gi|8                          :     ttataacttccaggcgctttgatatatTTAA-CGTT-C-AGATT-T-AATT-G-AAT--AA---GCT-T---------A--CAAAGT-TT-A----TT----AC-AATCTG-G-CTAT-AAC--TGC----GTGTTT-TTT------G--GGA-AT
gi|9                          :                        taattccctgttcgatT-C-AGAT----AAT--G-AAT--AAT--GCG-T------------C-AAGT-T--A--T-TT----AC-GA--TGCG-T--T-AAC--TGC------G-TT-TTT------G--GAA-AT


blockSeqs                     :                                    T    A C     A T    T G   TA  CGA   C ATTCTTTAA .  A    G  A AA C  TTAA  C      A T TA G   CC   CGAA   T  G  TTGGGGGG     T   GTAAATA
blockSeqs                     :                                    .    . .     . .    . .   G   T     A .         .  .    .  . .  .  .     .      C . .  .   .    TGTT   .  .  GGGC         C   ATGTC  
blockSeqs                     :                                    .    . .     . .    . .   T   .     . .         .  .    .  . .  .  .     .      . . .  .   .    A      .  .  TTG          .   GTAAT  
blockSeqs                     :                                    .    . .     . .    . .   .   .     . .         .  .    .  . .  .  .     .      . . .  .   .    .      .  .  GGA          .   GTAG   
blockSeqs                     :                                    .    . .     . .    . .   .   .     . .         .  .    .  . .  .  .     .      . . .  .   .    .      .  .  TG           .   GGT    
blockSeqs                     :                                    .    . .     . .    . .   .   .     . .         .  .    .  . .  .  .     .      . . .  .   .    .      .  .  TG           .   GGT    
blockSeqs                     :                                    .    . .     . .    . .   .   .     . .         .  .    .  . .  .  .     .      . . .  .   .    .      .  .  TT           .   TGT    
blockSeqs                     :                                    .    . .     . .    . .   .   .     . .         .  .    .  . .  .  .     .      . . .  .   .    .      .  .  TG           .   GT     
blockSeqs                     :                                    .    . .     . .    . .   .   .     . .         .  .    .  . .  .  .     .      . . .  .   .    .      .  .  GG           .          
blockSeqs                     :                                    .    . .     . .    . .   .   .     . .         .  .    .  . .  .  .     .      . . .  .   .    .      .  .  AG           .          
blockSeqs                     :                                    .    . .     . .    . .   .   .     . .         .  .    .  . .  .  .     .      . . .  .   .    .      .  .  TG           .          
blockSeqs                     :                                         . .     . .    . .   .   .     . .         .  .    .  . .  .  .     .      . . .  .   .    .      .  .  TG           .          
blockSeqs                     :                                                 . .    . .   .   .     . .         .  .    .  . .  .  .     .      . . .  .   .    .      .  .  .            .          
blockSeqs                     :                                                                  .     . .         .  .    .  . .  .  .     .      . . .  .   .    .      .  .  .                       
blockSeqs                     :                                                                        . .         .  .    .  . .  .  .     .      . . .  .   .    .      .  .                          


blockSeqCons                  :                                                                                    **                                                           TG********
originalCons                  :                                TTAG-CGTT-C-AGATT-T-AATT-G-AAT--AA---GCT-T---------A--C-AAGT-TT-A--T-TT----AC-GATCTG-G-C--T-AAC--TGC----GTG-TT-TTT------G--GGA-ATTGT-AGT-AATTCTGTC
finalCons                     :                                TTAG-CGTT-C-AGATT-T-AATT-G-AAT--AA---GCT-T---------A--C-AAGT-TT-A--T-TT----AC-GATCTG-G-C--T-AAC--TGC----GTG-TT-TTTG--------GGA-ATTGT-AGT-AATTCTGTC





Alignments
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lowQualScore                  :                                    3    3 3     2 2    2 2   99  777   5 000000000 33 2    2  2 33 2  5555  5      5 2 33 2   33   3333   2  2  9999999999   5   9999999         
lowQualScore                  :                                    .    . .     . .    . .   ..  ...   . ......... .. .    .  . .. .  ....  .      . . .. .   ..   ....   .  .  ..........   .   .......         
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Reference ( family-1384 )     :                                TTAG-CGTT-C-AGATT-T-AATT-G-AAT--AA---GCT-T---------A--C-AAGT-TT-A--T-TT----AC-GATCTG-G-C--T-AAC--TGC----GTG-TT-TTT------G--GGA-ATTGT-AGT-AATTCTGTC
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