lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 33 1111111 22222222222222222222 11 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 333333333 111 3 1 11 4444444444444 11 7777777777 11 111111111111111111111111111111111111111111111111 11 333333 111 22222 111 444444444444 11 2222222 1 1111 1 1 11 22222 1111 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 222 1 11111 1 222 22 2 3333333
lowQualScore : 00 3 2 3 44 3 6 44 0000000 555 55 3 8888 55 3 0 3 7777 4 4 8 4 5 22222222222222222222 66 33 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 777777777 3 6 0 000 2 8 8 8 33 1111111111111 22 8888888888 22 999999999999999999999999999999999999999999999999 3 33 111111 777 1 0 6 55555 111 333333333333 8 11 0 8 8 6666666 0 8888 3 2 0 3 6 4 5 3 2 11 33333 3 7777 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 222 0 77777 0 333 6 22 3 9999999
lowQualScore : .. . . . .. . . .. ....... ... .. . .... .. . . . .... . . . . . .................... .. .. ....................................................................................................... . ......... . . . ... . . . . .. ............. .. .......... .. ................................................ . .. ...... ... . . . ..... ... ............ . .. . . . ....... . .... . . . . . . . . . .. ..... . .... . ....................................................... . ... . ..... . ... . .. . .......
lowQualScore : 00 0 3 3 66 3 6 66 8888888 888 00 6 4444 00 6 5 6 0000 0 0 0 0 0 55555555555555555555 99 88 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8 444444444 0 6 8 000 0 0 0 8 00 0000000000000 55 5555555555 55 222222222222222222222222222222222222222222222222 2 88 222222 555 2 8 7 00000 888 666666666666 0 00 8 0 0 2222222 0 8888 2 0 8 3 0 0 0 0 5 55 88888 2 8888 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 888 0 55555 0 333 0 55 0 5555555
consensus : NNTTGTCCATAGAAGAATGTTTTAAATCAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAA---T--AACG-C--A-A--CG-TCGT-T--C-CGGAA-GCGGT-ATA-CATT-GT-C-GGTC---CA-------T--G--TT--TCTTCAT---N--TA-TA-TT-------GATG--------------------GA------TA----AN-TA--GTCGC--AG-A---------NA------T----T-ATAGACGTTTCACAGG--ACAN-TCGACATTATAAAT-A-CATTT-AATAA-AA-AA-CAAA----CNA-----TTGT-CAGTCCG----T-T-TTTTTTACG-GGAATA--TTTTT---TTAAA------------CTATA----------TTT-TAAAACGT--CAAATG--CG--CT---GTAAGACGTTTTT-G--T--AAA--GTCTTCGACGTCG----G--CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGGACCAAGCAGAGTGATATAAAA-CTCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCTANCTGATGTTGGGNGGGGGGGGGTCGACAACN-CTACCATCAT-C--GA-ACCACCATACCCCGATATCGCTTCCTGT--GAGTG-ATA-----------A-A------AACA-CAAC--TTGTG-ACA--G--TGGGA-TC---ATTGAACTCCAAGGGATGATCACGCAAGNAATTCCCTCCCATATTNGCCCG
Reference ( gi|3 ) : TTTTGTGGATAAAAGAATGTTTTAAATCAAGC-A--AT-GAT--A-------AGAA---T--AACG-C--A-A--TG-TCGT-T--C-CGGAA-GCAGT-ATA-CATT-GT-C-TGTC---CA-------T--G--TT--TCTTCAT---G--TA-TA-TT-------GATT--------------------AA------TA----AT-TA--GTCGC--AG-A---------CA-----------T-ATAGACGTTTCACA-G--ACTA-TCGATATAATAAAT-A-CA-TT-AATAA-AATAA-CAAA----CGA-----TTGT-CAGTCGG---GTTTTTTTTTTACG-GGAATA--TTTTTTCATTAAA---TTTTTATGCTTATAG-AGAAT-GGTTC-TAAAACGT--CAAATG--C---CT---GTAAGACGTTTTT-G--T--AAA--GTCTTCGACGTCG---CG--CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGGACCAAGCAGGGTGATATAAAA-TTCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTTATTTGATGTTGGGTGGGGGTGGGTCGACAACG-CTACCATCAT-C--AA-ACCA---------------------TGT--AAATG-ATA-----------A-A------AACA-CAAA--TTGTG-ACA--G--TGGGA-TC---ATTGAATTCCAAGGGATGATCACGCAA-CAATTCTCTCCT---TTC-TCCG
gi|15 : TTGTCCATTGAAGAATGTATTAA-TCAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAA---T--AACG-C--A-AGCTGTTCCT-T--C-CAGAA-G
gi|4 : gcgaATAGAAGAATGTTATAA-TCAAGCGA--AT-GATTCA-------AGAA---TCTAACGTC--A-A--TA-TCGTGT--CTCGGAAAGCAGTCATATCATTTGT-CATGTCACACA-------TTAG--TT--T-TTAAT---GAGTA-TA-T--------AATTTACGTAAAAAAAAAAAAAGTAA------TA----AG-TT--GTCGC--AG-AGCAGTGACTCA-----------C-GAAG-CGTTTCACA-G--ACTAATCGATATAATAAAT-AGCATTT-AATAAGAATAACCAAA----CTA-----TTGTCCAGTCTGTTTTTTTTTTTTTTACGCGGAATATTTTTTTTCATTAAACTTTTTTTATGCTTA-AGCAGAATGGGTTCTTAAAACGTCGCAAATGAACGCGCT---GAAAG-CGTTTTT-G--T--AA---------GA---------G--CTAACGAAGC-AGCGATATCATG------AATATTGACATCCGGACCAAGCAGGGTGATATCAAT-CTCTtg
gi|5 : tttttttaatttttgcgtagatATAAGAGAATGTTT-AAACCAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAA---T--AAAG-C--A-A--TG-TCGT-T--C-CGGAA-GCAGT-GTA-CATT-GT-C-GGTC---CA-------T--G--TT--TCTTCTTC--A--TA-TAGTT-------GATA--------------------AA------TA----AG-TG--CTC-T--AGTA---------TA-----------C-ATAGACGTTTCACAGG--A--A-TCAACATTATAAAT-A-CATTT-AATAA-AACAA-C
gi|12 : AGAAGAATGGTTTGAATTAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAA---T--AACG-C--C-A--CG-TCGT-T--C-AGGAA-GCGGT-ATA-CATT-tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaagacgtttttgaacaaagtcttcgaggtcgactacggcaagcatacatgaatatgatcggaagcagagtgatatgat
gi|11 : gatgtgtttgtctcttcaAGAAGAATGGTTTGAATTAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAA---T--AACG-C--C-A--CG-TCGT-T--C-AGGAA-GCGGT-ATA-CATT----------------------------CT--TCTTCAT---T--TA--G-CT-------GATG--------------------GA------TA----Acttcttcatttaggatgtgataag
gi|14 : gatgtgattgtctctttcaAAGCACGTTTTAAATCAAGC-A--TT-GGT--A-------AGAA---T--AACG-C--A-A--TG-TCAT-T----CGAAA---AGG-GTA-C--T-GT-C-GGCC---CA-------T--G--TTTCTCTTCAT---g
gi|6 : ttggatgcgattgtcttttgAAGAATGTTT-AAATCAAGC-A--ATCGGT--ACTTATTAAGAA---T--AACC-CTAACA--TG-TCGT-TTTC-C--AA-ATAGT-GTAACATC-TTAC-AGTC---CAGGACTCAT--GGTTC--TCTTC--------TACTA-TT-------AGTT--------------------GA------TGCATCAT-GA--ATCGCCGAG-A---------AAAGTGCTTTTAGT-ATAGACGTTTCACAGG--ACAC-TCGACATTA-AAATGA-CATTT-AATAA-AA-AC-CAAA----CAA-------GT--AGTCCA---GTATGATTTTTATG-GGAA-A--TTTCTt
gi|9 : gatgtgattgtcttactttgatctgAAGAGTGCTTAAAATTAAGC-A--GT-GGT--G-------AGAA---T--GTCG-C--C-A--CA-TC--------TGGAA-GCGGT-ACA-CGTT-GT-C-GGTC---AG-------T--G--TT--TCTTCATTTGG--TT-TA-TGCAAAAAAGATG--------------------GA------TA--------A--GTCGC--AG-A---------aataagtattaaaccgtt
gi|16 : ttttttttattgctgAAGAATGTTCTAAATTAAGC-AATAT-GGT--A-------AGAGAATT--AA---T--A-A--TG-CCGT-aa
gi|18 : tatggatgttattgtctcttgAAAATGTTTTAAATTAAGC-A--AT-ATT--A-------AGAA---
gi|1 : atagatgtgattgtctcttgcATGTTTTCAATCAAGC-A--AT-TTT--A-------ATAA---T--AACG-C--A-A--TG-TCTT-T--C-CGAAA-TCACT-ATA-CATT-GT-C-GGTC---CA-------A--G--TT--TCTTC--------------TT-------CATG--------------------AG------TG----CTATA--GT-----AT-A---------TA-----------TCATAGACGTTTCACA-G--ACAC-TCAACATAATAAAT-G-CA-TTTAATAA-AAAAA-AAAAACCTCAACTATTTTGT-CAGTCTG--------TTTTTTACG-GGAA-A--TTTT---------------------CTATA-----------TT-TAAAACAT--CAAATG--C---CT---GCAAGACGTTTTT-G--GGAAAA--GTCTTCGAAGTC----TG--CT-GCA--GCAAGC-ATA-CATAAAATTTAATA-TGA---TCGGACCAAGCAGAGTGATATAAAA-
gi|20 : acaagcatAGC-A--AT-GGT--A-------AGAA---T--AACA-C--C-A--CC-TCGT-T--C-CAGAA-GCGGT-ATA-CATT-aannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttccttttaatatctgatgttgggtggagtcgacaacgaataccatcatccaaaccaccataccccaatatcgcttcctgtgagtaataaaaacacaacttgtgacagggtgggatgtccgatcattggagatacacacttggacgccttcaaacaatgttcagaagaaactttaagagatgatcacgcaaaaattccctcctttgcccgcccgctatttattatgatatataaaacgtacatcgatattaagtc
gi|2 : T-ATA-CACT-GT-C-GGCC---CA-------T--G--TTCCTCTTCAT---T--TA--G-TT-------GATG--------------------AAATTTCATA----AC-TATAGTCGC--AG-A---------AAGTGCTATAG--T-ATAGACGTTTCACA-GGAAC---TCGACATTATAAAT-A-CATTT-AATAA-AA-AA--AAG----CTA-----TTGT-CAGTA----------TCTTTTAC--GGAATA--T-------TTAAA-------------TGTA----------TTT-T-AACCGT--CAAGTA--C---CTATAGTGATACATTTTTGG--TAAAAA--GTCTTCGACATCGGATCGGCTT-ACG--GCAAGC-ATA-TAT--------AGA-TGA---ACGGACCAAGCAGAGTGACATAAAACTTCTT
gi|21 : t-TAAAACGT--CAAATG--CG--CT---GTAAGACGTTTTT-G--T--AAtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttcattcaacatctaattatgtagggggggggggggctgacacctcatccattttgaaccaacataccccgatatcgcttcctgtgagtgaaaataaacacaacttgtgacaggatgggatcattggagatcacaaagacgccttccaaatatattaacgccaatacaatactttaaaatgatcacgcaaaatttttccttcgcccacccgctatttacttttatatttcattaaattttgcataaatatagt
gi|5 : AAGACGTTTTT-GAAC--AAA--GTCTTCGAGGTCG----A--CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGG---AAGCAGAGTGATATGA
gi|19 : ataagagaatgtttaaaccaagcaatggtaagaataaagcaatgtcgttccggaagcagtgtacattgtcggtccatgtttcttcttcatatagttgataaataagtgctctagtatacatagacgtttcacaggaatcaacattataaatacatttaataaaacaactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTTTTG-G--T--AAAAAGTCTTCGACATCG----G--CT-ATG--GTAAGC-ATA-GGTG------At
gi|2 : tCATCTAATT-ATGTAGGGGGGGGGGGGGCTGACACCT-CATCCATT-T-T--GA-ACCAACATACCCCGATATCGCTTCCTGT--GAGTG-AAA-----------ATA------AACA-CAAC--TTGTG-ACA--GGATGGGA-TC---ATTGGAt
gi|1 : ttatacactgtcggcccatgttcctcttcatttagttgatgaaatttcataactatagtcgcagaaagtgctatagtatagacgtttcacaggaactcgacattataaatacatttaataaaaaaaagctattgtcagtatcttttacggaatatttaaatgtattttaaccgtcaagtacctatagtgatacatttttggtaaaaagtcttcgacatcggatcggcttacggcaagcatatatagatgaacggaccaagcagagtgacataaaacttctttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttcattcaaTATCTGATGTTGGGTG-----GAGTCGACAACGAATACCATCATCC--AA-ACCACCATACCCCAATATCGCTTCCTGT--GAGTA-ATA-----------A-A------AACA-CAAC--TTGTG-ACAGGG--TGGGA-Tgatcacaaagacgccttccaaatatattaacgccaatacaatactttaaaatgatcacgcaaaatttttccttcgcccacccgctatttacttttatatttcattaaattttgcataaatatagt
gi|8 : acaagcatatgttttcaatcaagcaattttaataataacgcaatgtctttccgaaatcactatacattgtcggtccaagtttcttcttcatgagtgctatagtatatatcatagacgtttcacagacactcaacataataaatgcatttaataaaaaaaaaaaacctcaactattttgtcagtctgttttttacgggaaattttctatatttaaaacatcaaatgcctgcaagacgtttttgggaaaagtcttcgaagtctgctgcagcaagcatacataaaatttaatatgatcggaccaagcagagtgatataaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttccttttaaATGTTGGGTGGGGTTGGGTCGACAACG-CT-CCATCAT-C--AAGACCA---------------------TGTACAAATGCATA-----------A-A------AACACCAAAATTTGTGAACA--G--TGGGA-TCAAAATTGAACTCCAAGGGATGATCACGCAAGCAATTC-CTCCCATATTCGTCCGgtccgatcattggagatacacacttggacgccttcaaacaatgttcagaagaaactttaagagatgatcacgcaaaaattccctcctttgcccgcccgctatttattatgatatataaaacgtacatcgatattaagtc
gi|13 : tcctcagtttagtctctgcaGGGGGGGGGGGGTCGACAACT-TCACCATCAT-CCAAA-ACCACCC------------------TGT--CGCTG-ATATGCTTCTTGTGA-AGTAATTAACA-CAGC--TTGTG-GCA--G--TGTGATTC---ATTGAccagtt
gi|1 : AACTTTAAGAGATGATCACGCAA-AAATTCCCTCCT---TTG-CCCGg
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): GGGAGGGGGAGCCGACAACGGTAACCCTCATTGATTAACCGCGCCACACCATTATATCGCTTTCTGTTGAGTAACTAATAACACAACTTTTGACAAGCGTGAATATTTGGAGATTGCACAAGACATCTATCAAATTATACATGATATACATGTTACACTCAATACAAGTTGTTTTTTAAAGCTATGCATCCAATAAAGAATGATCCCGCAAAATTTCCCC
Unaligned ( gi|10 ): CGGATCATTGGAGCTAGACATTCAGTATATTTAATGTATAAATACCGATGCAGACAATCTGCGACAAAAACTTCCAGGGATAATCACATATAATTTTGCTCCTCTCACCCGTCATTCACTATGATATATA
Unaligned ( gi|17 ): TGACGGTCTGTGTTTCTTCCTTTGGTTTATGAAGACAAAGATGGATAAGTCGCAAAGA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1111111 2222222 11 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222222 11111 111111 55555555555555 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111111 22222 111111 2222222 111 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 1111111 1111111111111 111 11 111 22 2222
lowQualScore : 666666 2 1 3 44 3 0000000 44 55 3 3 88888 3 555 3 3 3 3 3 3 66 4 44 0000000 66666 11 55 55 55 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 999 1 4 666 3333333 66666 1 888888 66 44444444444444 66 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 77 888888888888 1 5 00000 99 6 6 999999 6 99 6 6 0000000 8 444 0 3 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 6 1 55 666666 9999999 2222222222222 888 4444 6 6 2 6 6 111 6 99 11 8 777 44 6 4444 1
lowQualScore : ...... . . . .. . ....... .. .. . . ..... . ... . . . . . . .. . .. ....... ..... .. .. .. .. ....................................................................................... . ... . . ... ....... ..... . ...... .. .............. .. ......................................................... .. ............ . . ..... .. . . ...... . .. . . ....... . ... . . ............................................................................................................................. .. . . .. ...... ....... ............. ... .... . . . . . ... . .. .. . ... .. . .... .
lowQualScore : 666666 6 3 1 22 1 0000000 22 00 6 6 77777 6 555 6 6 6 6 6 6 11 0 77 0000000 00000 00 55 11 00 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 333 0 0 888 2222222 77777 0 333333 88 88888888888888 88 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99 222222222222 8 7 11111 22 7 7 222222 7 22 7 7 2222222 0 000 8 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 77 7 0 00 777777 2222222 5555555555555 888 2222 7 7 2 7 7 777 7 22 00 0 555 33 7 0000 0
consensus : NNTTGTC----TATNGAAGAATGTTTTAAATCAAGC-A--AT-GG-------T--AAGAAT--AACG-C-AA--C--G-TCG--T-TC-CGGAA-GCGGT-AT-A-CATT-GT-CG-GTC-------CAT--G--TT--TCT--TCA-T-TTA---T--G-TT-------GATG----------------GA------TAANTA--GTCGC--AGAN-----A------TA-------T-ATAGA-CGTTTCACAGGACANTCGACATNATAAAT-A-CATTTAATAAAA-A-A--CAAA-----CNA-----TTGT-CAGTCC-G------TTT--TTTTTACG-GGAATATTTTT-----T---TAAAC------T---------ATA----------------TTTTAAAACGT--CAAAT----GCGCT---GTAAGACGTTTTT-G--T--AAA--GTCTTCGACGTCG-G------CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGGACCAAGCAGAGTGATATAAAAC-TCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCTATTTGATGTTGGGNGGGGGGGGGTCGACAACGC-TA-CCATCATC--GA---ACCAC--CATACC-CCGATATCGCTTCCTG-TG-AGTAA-TAA-AAACAC---AACTTGTGA-CA--G--TGGGA-TCA---TTGAACTCCAAGGGATGATCACGCAA-CAATTCCCTCCCATATTCGCCCG
Reference ( family-1381 ) : NNTTGTC----CATAGAAGAATGTTTTAAATCAAGC-A--AT-GG-------T--AAGAAT--AACG-C-AA--C--G-TCG--T-TC-CGGAA-GCGGT-AT-A-CATT-GT-CG-GTC-------CAT--G--TT--TCT--TCA-T-NTA---T--A-TT-------GATG----------------GA------TAANTA--GTCGC--AGAN-----A------T--------T-ATAGA-CGTTTCACAGGACANTCGACATTATAAAT-A-CATTTAATAAAA-A-A--CAAA-----CNA-----TTGT-CAGTCC-G------TTT--TTTTTACG-GGAATATTTTT-----T---TAAAC------T---------ATA----------------TTTTAAAACGT--CAAAT----GCGCT---GTAAGACGTTTTT-G--T--AAA--GTCTTCGACGTCG-G------CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGGACCAAGCAGAGTGATATAAAAC-TCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCTANCTGATGTTGGGNGGGGGGGGGTCGACAACNC-TA-CCATCATC--GA---ACCAC--CATACC-CCGATATCGCTTCCTG-TG-AGTGA-TAA-AAACAC---AACTTGTGA-CA--G--TGGGA-TCA---TTGAACTCCAAGGGATGATCACGCAAGNAATTCCCTCCCATATTNGCCCG
gi|1 : ATGTTTTCAATCAAGC-A--AT-TT-------T--AATAAT--AACG-C-AA--T--G-TCT--T-TC-CGAAA-TCACT-AT-A-CATT-GT-CG-GTC-------CAA--G--TT--TCT--TC--T-TCA---------T-------GAGT----------------GC------TA--TA--GT-----ATAT-----A------T--------C-ATAGA-CGTTTCACA-GACACTCAACATAATAAAT-G-CATTTAATAAAA-A-A--AAAAAACCTCAACTATTTTGT-CAGTCT-G--------T--TTTTTACG-GGAA-ATTTT--------------C------T---------ATA-----------------TTTAAAACAT--CAAAT----GC-CT---GCAAGACGTTTTT-G--GGAAAA--GTCTTCGAAGTCT-G------CT-GCA--GCAAGC-ATA-CATAAAATTTAATA-TGA---TCGGACCAAGCAGAGTGATATAAAA
gi|1 : acaagcatTATCTGATGTTGGGTGGAG-----TCGACAACGAATA-CCATCATCC-AA---ACCAC--CATACC-CCAATATCGCTTCCTG-TG-AGTAA-TAA-AAACAC---AACTTGTGA-CAGGG--TGGGA-Taannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttccttttaatatctgatgttgggtggagtcgacaacgaataccatcatccaaaccaccataccccaatatcgcttcctgtgagtaataaaaacacaacttgtgacagggtgggatgtccgatcattggagatacacacttggacgccttcaaacaatgttcagaagaaactttaagagatgatcacgcaaaaattccctcctttgcccgcccgctatttattatgatatataaaacgtacatcgatattaagtc
gi|1 : acaagcatatgttttcaatcaagcaattttaataataacgcaatgtctttccgaaatcactatacattgtcggtccaagtttcttcttcatgagtgctatagtatatatcatagacgtttcacagacactcaacataataaatgcatttaataaaaaaaaaaaacctcaactattttgtcagtctgttttttacgggaaattttctatatttaaaacatcaaatgcctgcaagacgtttttgggaaaagtcttcgaagtctgctgcagcaagcatacataaaatttaatatgatcggaccaagcagagtgatataaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttccttttaaAACTTTAAGAGATGATCACGCAA-AAATTCCCTCC----TTTGCCCGgtccgatcattggagatacacacttggacgccttcaaacaatgttcagaagaaactttaagagatgatcacgcaaaaattccctcctttgcccgcccgctatttattatgatatataaaacgtacatcgatattaagtc
gi|11 : acaagcatatgttttcaatcaagcaattttaataataacgcaatgtctttccgaaatcactatacattgtcggtccaagtttcttcttcatgagtgctatagtatatatcatagacgtttcacagacactcaacataataaatgcatttaataaaaaaaaaaaacctcaactattttgtcagtctgttttttacgggaaattttctatatttaaaacatcaaatgcctgcaagacgtttttgggaaaagtcttcgaagtctgctgcagcaagcatacataaaatttaatatgatcggaccaagcagagtgatataaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttccttttaatatctgatgttgggtggagtcgacaacgaataccatcatccaaaccaccataccccaatatcgcttcctgtgagtaataaaaacacaacttgtgacagggtgggatgtccgatcattggagatacacacttggacgccttcaaacaatgttcagaagaAGAAGAATGGTTTGAATTAAGC-A--AT-GG-------T--AAGAAT--AACG-C-CA--C--G-TCG--T-TC-AGGAA-GCGGT-AT-A-CATT-------------------------CT--TCT--TCA-T-TTA------G-CT-------GATG----------------GA------TAAcccgctatttattatgatatataaaacgtacatcgatattaagtc
gi|12 : gatgtgattgtctctttcaTTGTCTCTTCA-AGAAGAATGGTTTGAATTAAGC-A--AT-GG-------T--AAGAAT--AACG-C-CA--C--G-TCG--T-TC-AGGAA-GCGGT-AT-A-CATT-------------------------CT--TCT--TCA-T-TTA---------G-------GATGT---------------GA------TAAg
gi|13 : gatgtgtGGGGGGGGGGGGTCGACAACTT-CA-CCATCATCCAAA---ACCAC--CCTGTCGCTGATAT-GCTTCTTG-TGAAGTAA-T---TAACAC---AGCTTGTGG-CA--G--TGTGATTCA---TTGAg
gi|14 : TTGTC----TTTTGAAGCACGTTTTAAATCAAGC-A--TT-GG-------T--AAGAAT--AACG-C-AA--T--G-TCA--T-T--CGAAA-AGGGT-------ACT-GT-CG-GCC-------CAT--G--TTTCTCT--TCA-T-g
gi|15 : ttggatgcgaTTGTC----CATTGAAGAATGTATTAA-TCAAGC-A--AT-GG-------T--AAGAAT--AACG-C-AAGCT--GTTCC--T-TC-CAGAA-GTGt
gi|16 : gcgaTTGTC----TCTTGAAGAATGTTCTAAATTAAGC-AATAT-GG-------T--AAGA
gi|18 : tatggatgttaTTGTC----TCTTGCAAAATGTTTTAAATTAAGC-A--AT-AT-------T--AAGAAgaattaataatgccgt
gi|19 : atagatgtgaTTTTG-G--T--AAAAAGTCTTCGACATCG-G------CT-ATG--GTAAGC-ATA-GGTG------A
gi|2 : tT-AT-A-CACT-GT-CG-GCC-------CAT--G--TTCCTCT--TCA-T-TTA------G-TT-------GATG----------------AAATTTCATAACTATAGTCGC--AGAA-----AGTGCTATAG------T-ATAGA-CGTTTCACAGGA-ACTCGACATTATAAAT-A-CATTTAATAAAA-A-A---AAG-----CTA-----TTGT-CAGTA-----------T--CTTTTAC--GGAATA----T-----T---TAAA-------T---------GTA----------------TTTT-AACCGT--CAAGT----AC-CTATAGTGATACATTTTTGG--TAAAAA--GTCTTCGACATCG-GATCGGCTT-ACG--GCAAGC-ATA-TAT--------AGA-TGA---ACGGACCAAGCAGAGTGACATAAAACTTCTTt
gi|2 : tCATCTAATT-ATGTAGGGGGGGGGGGGGCTGACACCTC-AT-CCATT-TT--GA---ACCAA--CATACC-CCGATATCGCTTCCTG-TG-AGTGA-AAATAAACAC---AACTTGTGA-CA--GGATGGGA-TCA---TTGGAtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttcattcaacatctaattatgtagggggggggggggctgacacctcatccattttgaaccaacataccccgatatcgcttcctgtgagtgaaaataaacacaacttgtgacaggatgggatcattggagatcacaaagacgccttccaaatatattaacgccaatacaatactttaaaatgatcacgcaaaatttttccttcgcccacccgctatttacttttatatttcattaaattttgcataaatatagt
gi|20 : ttatacactgtcggcccatgttcctcttcatttagttgatgaaatttcataactatagtcgcagaaagtgctatagtatagacgtttcacaggaactcgacattataaatacatttaataaaaaaaagctattgtcagtatcttttacggaatatttaaatgtattttaaccgtcaagtacctatagtgatacatttttggtaaaaagtcttcgacatcggatcggcttacggcaagcatatatagatgaacggaccaagcagagtgacataaaacttctttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttcattcaaAGC-A--AT-GG-------T--AAGAAT--AACA-C-CA--C--C-TCG--T-TC-CAGAA-GCGGT-AT-A-CATT-gatcacaaagacgccttccaaatatattaacgccaatacaatactttaaaatgatcacgcaaaatttttccttcgcccacccgctatttacttttatatttcattaaattttgcataaatatagt
gi|21 : TAAAACGT--CAAAT----GCGCT---GTAAGACGTTTTT-G--T--AA
gi|3 : TTGTG----GATAAAAGAATGTTTTAAATCAAGC-A--AT-GA-------T--AAGAAT--AACG-C-AA--T--G-TCG--T-TC-CGGAA-GCAGT-AT-A-CATT-GT-CT-GTC-------CAT--G--TT--TCT--TCA-T-GTA---T--A-TT-------GATT----------------AA------TAATTA--GTCGC--AGAC-----A------T----------ATAGA-CGTTTCACAG-ACTATCGATATAATAAAT-A-CATT-AATAAAATA-A--CAAA-----CGA-----TTGT-CAGTCG-GGTT---TTT--TTTTTACG-GGAATATTTTT-----TCATTAAAT------TTTTATGCTTATAGAGAATGG--------TTCTAAAACGT--CAAAT----GC-CT---GTAAGACGTTTTT-G--T--AAA--GTCTTCGACGTCGCG------CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGGACCAAGCAGGGTGATATAAAAT-TCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTTATTTGATGTTGGGTGGGGGTGGGTCGACAACGC-TA-CCATCATC--AA---ACCA------------------------TG-TA-AATGA-TAA-AAACAC---AAATTGTGA-CA--G--TGGGA-TCA---TTGAATTCCAAGGGATGATCACGCAA-CAATTCTCTCC
gi|4 : ttATAGAAGAATGTTATAA-TCAAGCGA--AT-GA-------TTCAAGAATCTAACGTC-AA--T--A-TCG--TGTCTCGGAAAGCAGTCAT-ATCATTTGT-CATGTCACA----CATTAG--TT--TTTAATGAGT-ATA---T--AATT-------TACGTAAAAAAAAAAAAAGTAA------TAAGTT--GTCGC--AGAGCAGTGA------C--------TCACGAAGCGTTTCACAGACTAATCGATATAATAAAT-AGCATTTAATAAGA-ATAACCAAA-----CTA-----TTGTCCAGTCT-GTTTTTTTTT--TTTTTACGCGGAATATTTTTTTTCAT---TAAACTTTTTTT---------ATGCTTAAGCAGAATGGGTTCTTAAAACGTCGCAAATGAACGCGCT---GAAAG-CGTTTTT-G--T--AA---------GA------G------CTAACGAAGC-AGCGATATCATG------AATATTGACATCCGGACCAAGCAGGGTGATATCAATC-TCTtttctccg
gi|5 : tttttttaatttttgcgtagatATAAGAGAATGTTT-AAACCAAGC-A--AT-GG-------T--AAGAAT--AAAG-C-AA--T--G-TCG--T-TC-CGGAA-GCAGT-GT-A-CATT-GT-CG-GTC-------CAT--G--TT--TCT--TCT-TCATA---T--AGTT-------GATA----------------AA------TAAGTG--CTC-T--AG-T-----A------TA-------C-ATAGA-CGTTTCACAGG--AATCAACATTATAAAT-A-CATTTAATA----------AAA-----CAA-----CTAN-NNNNNN-N------NNN--NNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-----N---NNNNN------N---------NNN----------------NNNNNNNNNNN--NNNNN----NNNC------AAGACGTTTTT-GAAC--AAA--GTCTTCGAGGTCG-A------CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGG---AAGCAGAGTGATATGA
gi|6 : GAAGAATGTTT-AAATCAAGC-A--ATCGGTACTTATT--AAGAAT--AACC-CTAA--CATG-TCGTTT-TC-C--AA-ATAGT-GTAA-CATC-TTACA-GTCCAGGACTCAT--GGTTC--TCT--TCT-A-CTA---TTAG-TT-------GATG----------------CA------TCATGA--ATCGCCGAGAA-----AAG----TGCTTTTAGT-ATAGA-CGTTTCACAGGACACTCGACATTA-AAATGA-CATTTAATAAAA-A-C--CAAA-----CAA-------GT--AGTCCAG------TATGATTTTTATG-GGAA-A--TTT-----C---TAA--------T---------AAG----------------TATTAAACCGT--t
gi|7 : gatgtgattgtcttactttgatctGGGAGGGGGAGCCGACAACGG-TAACCCTCATT--GATTAACCGCGCCACACC-ATTATATCGCTTTCTGTTG-AGTAACTAA-TAACAC---AACTTTTGA-CA--t
gi|8 : ATGTTGGGTGGGGTTGGGTCGACAACGC-T--CCATCATC--AA---G--AC--CATGTA-CAAAT---GC--------------A-TAA-AAACACCAAAATTTGTGAACA--G--TGGGA-TCAAAATTGAACTCCAAGGGATGATCACGCAAGCAATT-CCTCCCATATTCGTCCGagcgtgaatatttggagattgcacaagacatctatcaaattatacatgatatacatgttacactcaatacaagttgttttttaaagctatgcatccaataaagaatgatcccgcaaaatttcccc
gi|9 : tcctcagtttagtctctgcaGAAGAGTGCTTAAAATTAAGC-A--GT-GG-------T--GAGAAT--GTCG-C-CA--C--A-TC--------TGGAA-GCGGT-AC-A-CGTT-GT-CG-GTC-------AGT--G--TT--TCT--TCA-T-TTGGTTT--A-TGCAAAAAAGATG----------------GA------TA---A--GTCGC--AGAA-----A------ccagtt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CGGATCATTGGAGCTAGACATTCAGTATATTTAATGTATAAATACCGATGCAGACAATCTGCGACAAAAACTTCCAGGGATAATCACATATAATTTTGCTCCTCTCACCCGTCATTCACTATGATATATA
Unaligned ( gi|17 ): TGACGGTCTGTGTTTCTTCCTTTGGTTTATGAAGACAAAGATGGATAAGTCGCAAAGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 1111111 111111111111111 11 1111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222222 11111 111111 55555555555555 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111111111 11111 11 111111 2222222 111 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 222222 1111 111 11 111 1
lowQualScore : 4 55555 1 3 44 3 44 0000000 55 3 3 88888 3 0 3 5555 3 3 7 6666 3 777777777777777 55 00 5555555555 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 6 999 1 1 666 3333333 66666 1 888888 66 44444444444444 6 0 9 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 77 888888888888 1 88888 88 6 6 999999 6 99 6 6 0000000 8 444 0 3 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 1 55 55555 888888 99 2 2222 888 4444 6 6 6 6 111 6 99 11 8 777 3 6 4
lowQualScore : . ..... . . .. . .. ....... .. . . ..... . . . .... . . . .... . ............... .. .. .......... . ................................................................................. . . ... . . ... ....... ..... . ...... .. .............. . . . . .................................................... . .. ............ . ..... .. . . ...... . .. . . ....... . ... . . ............................................................................................................................. . . .. ..... ...... .. . .... ... .... . . . . ... . .. .. . ... . . .
lowQualScore : 6 11111 3 1 22 1 22 0000000 00 6 6 77777 6 5 6 5555 6 6 3 1111 6 333333333333333 00 00 9999999999 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 7 333 0 0 888 2222222 77777 0 333333 88 88888888888888 7 2 0 8 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 9 99 222222222222 8 00000 33 7 7 222222 7 22 7 7 2222222 0 000 8 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 0 00 77777 222222 22 5 3333 888 2222 7 7 7 7 777 7 22 00 0 555 3 7 0
consensus : NNTTGTCTNTT----GAAGAATGTTTTAAATCAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-AA--C--G-TCGT-T--C-CGGAA-GCGGT-ATA-CATT-GT-CG-GTC---CA-------T--G--TT--TCT----------TCATTTA----GTT------------GA-----------TG-GA------TAA-TA--GTCGC--AGAN-----A--------TA-T-ATAGA-CGTTTCACAGGACANTCGACATNATAAAT-A-CATTTAATAAAA-A-A--CAAA-----CNA-----TTGT-CAGTCC-G------TTT--TTTTTACG-GGAATATTTTT-----T---TAAAC------T---------ATA----------------TTTTAAAACGT--CAAAT----GCGCT---GTAAGACGTTTTTG--T--AAA--GTCTTCGACGTCG-G------CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGGACCAAGCAGAGTGATATAAAAC-TCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCTATTTGATGTTGGGNGGGGGGGGGTCGACAACGC-T-ACCATCATC--G---AAC--CACCATACC-CCGATATCGCTTCCTG-TG-AGTAA-TAA-AAACAC---AACTTGTGA-CA--G--TGGGA-TCA---TTGAACTCCAAGGGATGATCACGCAA-CAATTCCCTCCCNTGCCCGCCCG
Reference ( family-1381 ) : NNTTGTCTATN----GAAGAATGTTTTAAATCAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-AA--C--G-TCGT-T--C-CGGAA-GCGGT-ATA-CATT-GT-CG-GTC---CA-------T--G--TT--TCT----------TCATTTAT---GTT------------GA-----------TG-GA------TAANTA--GTCGC--AGAN-----A--------TA-T-ATAGA-CGTTTCACAGGACANTCGACATNATAAAT-A-CATTTAATAAAA-A-A--CAAA-----CNA-----TTGT-CAGTCC-G------TTT--TTTTTACG-GGAATATTTTT-----T---TAAAC------T---------ATA----------------TTTTAAAACGT--CAAAT----GCGCT---GTAAGACGTTTTTG--T--AAA--GTCTTCGACGTCG-G------CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGGACCAAGCAGAGTGATATAAAAC-TCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCTATTTGATGTTGGGNGGGGGGGGGTCGACAACGC-T-ACCATCATC--G---AAC--CACCATACC-CCGATATCGCTTCCTG-TG-AGTAA-TAA-AAACAC---AACTTGTGA-CA--G--TGGGA-TCA---TTGAACTCCAAGGGATGATCACGCAA-CAATTCCCTCCCATATTCGCCCG
gi|1 : ATGTTTTCAATCAAGC-A--AT-TTT--A-------ATAAT--AACG-C-AA--T--G-TCTT-T--C-CGAAA-TCACT-ATA-CATT-GT-CG-GTC---CA-------A--G--TT--TCT----------TC-TTCA------T------------GA-----------GT-GC------TA--TA--GT-------AT-----A--------TA-TCATAGA-CGTTTCACA-GACACTCAACATAATAAAT-G-CATTTAATAAAA-A-A--AAAAAACCTCAACTATTTTGT-CAGTCT-G--------T--TTTTTACG-GGAA-ATTTT--------------C------T---------ATA-----------------TTTAAAACAT--CAAAT----GC-CT---GCAAGACGTTTTTG--GGAAAA--GTCTTCGAAGTCT-G------CT-GCA--GCAAGC-ATA-CATAAAATTTAATA-TGA---TCGGACCAAGCAGAGTGATATAAAA
gi|1 : acaagcatTATCTGATGTTGGGTGGAG-----TCGACAACGAAT-ACCATCATCC-A---AAC--CACCATACC-CCAATATCGCTTCCTG-TG-AGTAA-TAA-AAACAC---AACTTGTGA-CAGGG--TGGGA-Taannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttccttttaatatctgatgttgggtggagtcgacaacgaataccatcatccaaaccaccataccccaatatcgcttcctgtgagtaataaaaacacaacttgtgacagggtgggatgtccgatcattggagatacacacttggacgccttcaaacaatgttcagaagaaactttaagagatgatcacgcaaaaattccctcctttgcccgcccgctatttattatgatatataaaacgtacatcgatattaagtc
gi|1 : acaagcatatgttttcaatcaagcaattttaataataacgcaatgtctttccgaaatcactatacattgtcggtccaagtttcttcttcatgagtgctatagtatatatcatagacgtttcacagacactcaacataataaatgcatttaataaaaaaaaaaaacctcaactattttgtcagtctgttttttacgggaaattttctatatttaaaacatcaaatgcctgcaagacgtttttgggaaaagtcttcgaagtctgctgcagcaagcatacataaaatttaatatgatcggaccaagcagagtgatataaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttccttttaaAACTTTAAGAGATGATCACGCAA-AAATTCCCTCCTTTGCCCGCCCGgtccgatcattggagatacacacttggacgccttcaaacaatgttcagaagaaactttaagagatgatcacgcaaaaattccctcctttgcccgcccgctatttattatgatatataaaacgtacatcgatattaagtc
gi|11 : acaagcatatgttttcaatcaagcaattttaataataacgcaatgtctttccgaaatcactatacattgtcggtccaagtttcttcttcatgagtgctatagtatatatcatagacgtttcacagacactcaacataataaatgcatttaataaaaaaaaaaaacctcaactattttgtcagtctgttttttacgggaaattttctatatttaaaacatcaaatgcctgcaagacgtttttgggaaaagtcttcgaagtctgctgcagcaagcatacataaaatttaatatgatcggaccaagcagagtgatataaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttccttttaatatctgatgttgggtggagtcgacaacgaataccatcatccaaaccaccataccccaatatcgcttcctgtgagtaataaaaacacaacttgtgacagggtgggatgtccgatcattggagatacacacttggacgccttcaaacaatgttcagaagaTTGTCTCTTTCAAGAAGAATGGTTTGAATTAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-CA--C--G-TCGT-T--C-AGGAA-GCGGT-ATA-CATT----------------------------CT--TCT----------TCATTTA----GCT------------GA-----------TG-GA------TAActatttattatgatatataaaacgtacatcgatattaagtc
gi|12 : gatgtgaTTGTCTCTTCAA-GAAGAATGGTTTGAATTAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-CA--C--G-TCGT-T--C-AGGAA-GCGGT-ATA-CATT----------------------------CT--TCT----------TCATTTA----G--------------GA-----------TGTGA------TAAg
gi|13 : gatgtgtGGGGGGGGGGGGTCGACAACTT-C-ACCATCATCCAA---AAC--CACCCTGTCGCTGATAT-GCTTCTTG-TGAAGTAA-T---TAACAC---AGCTTGTGG-CA--G--TGTGATTCA---TTGAg
gi|14 : TTGTCTTTT----GAAGCACGTTTTAAATCAAGC-A--TT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-AA--T--G-TCAT-T----CGAAA-AGGGT------ACT-GT-CG-GCC---CA-------T--G--TTTCTCT----------TCATTg
gi|15 : ttggatgcgaTTGTCCATT----GAAGAATGTATTAA-TCAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-AAGCT--GTTCCT-T--C-CAGAA-GTG
gi|16 : gcgaTTGTCTCTT----GAAGAATGTTCTAAATTAAGC-AATAT-GGT--A-------AGA
gi|17 : tatggatgttaT-GA-CG-GTC---TG-------T--G--TT--TCT----------TCCTTTG----GTTTATGAAGACAAAGA-----------TG-GA------TA---A--GTCGC--AAAG-----A--------gaattaataatgccgt
gi|18 : TTGTCTCTT----GCAAAATGTTTTAAATTAAGC-A--AT-ATT--A-------AGAA
gi|19 : atagatgtgaTTTTGG--T--AAAAAGTCTTCGACATCG-G------CT-ATG--GTAAGC-ATA-GGTG------A
gi|2 : tT-ATA-CACT-GT-CG-GCC---CA-------T--G--TTCCTCT----------TCATTTA----GTT------------GA-----------TG-AAATTTCATAACTATAGTCGC--AGAA-----AGTGCTA--TAGT-ATAGA-CGTTTCACAGGA-ACTCGACATTATAAAT-A-CATTTAATAAAA-A-A---AAG-----CTA-----TTGT-CAGTA-----------T--CTTTTACG-G-AATATTT------------AAA-------T---------GTA----------------TTTTAAC-CGT--CAAGT----AC-CTATAGTGATACATTTTTGG-T--AAAAAGTCTTCGACATCG-GATCGGCTT-ACG--GCAAGC-ATA-TAT--------AGA-TGA---ACGGACCAAGCAGAGTGACATAAAACTTCTTt
gi|2 : tCATCTAATT-ATGTAGGGGGGGGGGGGGCTGACACCTC-A-TCCATT-TT--G---AAC--CAACATACC-CCGATATCGCTTCCTG-TG-AGTGA-AAATAAACAC---AACTTGTGA-CA--GGATGGGA-TCA---TTGGAtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttcattcaacatctaattatgtagggggggggggggctgacacctcatccattttgaaccaacataccccgatatcgcttcctgtgagtgaaaataaacacaacttgtgacaggatgggatcattggagatcacaaagacgccttccaaatatattaacgccaatacaatactttaaaatgatcacgcaaaatttttccttcgcccacccgctatttacttttatatttcattaaattttgcataaatatagt
gi|20 : ttatacactgtcggcccatgttcctcttcatttagttgatgaaatttcataactatagtcgcagaaagtgctatagtatagacgtttcacaggaactcgacattataaatacatttaataaaaaaaagctattgtcagtatcttttacggaatatttaaatgtattttaaccgtcaagtacctatagtgatacatttttggtaaaaagtcttcgacatcggatcggcttacggcaagcatatatagatgaacggaccaagcagagtgacataaaacttctttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttcattcaaAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACA-C-CA--C--C-TCGT-T--C-CAGAA-GCGGT-ATA-CATT-gatcacaaagacgccttccaaatatattaacgccaatacaatactttaaaatgatcacgcaaaatttttccttcgcccacccgctatttacttttatatttcattaaattttgcataaatatagt
gi|21 : TAAAACGT--CAAAT----GCGCT---GTAAGACGTTTTTG--T--AA
gi|3 : TTGTGGATA----AAAGAATGTTTTAAATCAAGC-A--AT-GAT--A-------AGAAT--AACG-C-AA--T--G-TCGT-T--C-CGGAA-GCAGT-ATA-CATT-GT-CT-GTC---CA-------T--G--TT--TCT----------TCATGTAT---ATT------------GA-----------TT-AA------TAATTA--GTCGC--AGAC-----A--------TA-T-A--GA-CGTTTCACAG-ACTATCGATATAATAAAT-A-CATT-AATAAAATA-A--CAAA-----CGA-----TTGT-CAGTCG-GGTT---TTT--TTTTTACG-GGAATATTTTT-----TCATTAAAT------TTTTATGCTTATAGAGAATGG--------TTCTAAAACGT--CAAAT----GC-CT---GTAAGACGTTTTTG--T--AAA--GTCTTCGACGTCGCG------CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGGACCAAGCAGGGTGATATAAAAT-TCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTTATTTGATGTTGGGTGGGGGTGGGTCGACAACGC-T-ACCATCATC--A---AAC--CA----------------------TG-TA-AATGA-TAA-AAACAC---AAATTGTGA-CA--G--TGGGA-TCA---TTGAATTCCAAGGGATGATCACGCAA-CAATTCTCTCC
gi|4 : ttTATA----GAAGAATGTTATAA-TCAAGCGA--AT-GATTCA-------AGAATCTAACGTC-AA--T--A-TCGTGT--CTCGGAAAGCAGTCATATCATTTGT-CATGTCACACA-------TTAG--TT--TTTAATGAGTATATAATTTAC---GTA------------AAAAAAAAAAAAGTA--A------TAAGTT--GTCGC--AGAGCAGTGA--------CT-C-ACGAAGCGTTTCACAGACTAATCGATATAATAAAT-AGCATTTAATAAGA-ATAACCAAA-----CTA-----TTGTCCAGTCT-GTTTTTTTTT--TTTTTACGCGGAATATTTTTTTTCAT---TAAACTTTTTTT---------ATGCTTAAGCAGAATGGGTTCTTAAAACGTCGCAAATGAACGCGCT---GAAAG-CGTTTTTG--T--AA---------GA------G------CTAACGAAGC-AGCGATATCATG------AATATTGACATCCGGACCAAGCAGGGTGATATCAATC-TCTtttctccg
gi|5 : tttttttaatttttgcgtagaATA----AGAGAATGTTT-AAACCAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AAAG-C-AA--T--G-TCGT-T--C-CGGAA-GCAGT-GTA-CATT-GT-CG-GTC---CA-------T--G--TT--TCT----------TC-TTCATATAGTT------------GA-----------TA-AA------TAAGTG--CTC-T--AG-T-----A--------TA-C-ATAGA-CGTTTCACAGG--AATCAACATTATAAAT-A-CATTTAATA----------AAA-----CAA-----CTAN-NNNNNN-N------NNN--NNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-----N---NNNNN------N---------NNN----------------NNNNNNNNNNN--NNNNN----NNNC------AAGACGTTTTTGAAC--AAA--GTCTTCGAGGTCG-A------CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGG---AAGCAGAGTGATATGA
gi|6 : ----GAAGAATGTTT-AAATCAAGC-A--ATCGGT--ACTTATTAAGAAT--AACC-CTAA--CATG-TCGT-TTTC-C--AA-ATAGT-GTAACATC-TTACA-GTC---CAGGACTCAT--GGTTC--TCT----------TCTACTATTA-GTT------------GA-----------TG-CA------TCATGA--ATCGCCGAGAA-----AAGTGCTTTTAGT-ATAGA-CGTTTCACAGGACACTCGACATTA-AAATGA-CATTTAATAAAA-A-C--CAAA-----CAA-------GT--AGTCCAG------TATGATTTTTATG-GGAA-A--TTT-----C---TAA--------T---------AAG----------------TATTAAACCGT--t
gi|7 : gatgtgattgtcttactttgatctGGGAGGGGGAGCCGACAACGG-TAACCCTCATT--GATTAACCGCGCCACACC-ATTATATCGCTTTCTGTTG-AGTAACTAA-TAACAC---AACTTTTGA-CA--t
gi|8 : ATGTTGGGTGGGGTTGGGTCGACAACGC-T--CCATCATC--A---AG----ACCATGTA-CAAAT---GC--------------A-TAA-AAACACCAAAATTTGTGAACA--G--TGGGA-TCAAAATTGAACTCCAAGGGATGATCACGCAAGCAATT-CCTCCCATATTCGTCCGagcgtgaatatttggagattgcacaagacatctatcaaattatacatgatatacatgttacactcaatacaagttgttttttaaagctatgcatccaataaagaatgatcccgcaaaatttcccc
gi|9 : tcctcagtttagtctctgca----GAAGAGTGCTTAAAATTAAGC-A--GT-GGT--G-------AGAAT--GTCG-C-CA--C--A-TC--------TGGAA-GCGGT-ACA-CGTT-GT-CG-GTC---AG-------T--G--TT--TCT----------TCATTTG----GTTTATGCAAAAAA-GA-----------TG-GA------TA---A--GTCGC--AGAA-----A--------ccagtt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CGGATCATTGGAGCTAGACATTCAGTATATTTAATGTATAAATACCGATGCAGACAATCTGCGACAAAAACTTCCAGGGATAATCACATATAATTTTGCTCCTCTCACCCGTCATTCACTATGATATATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 1111111 1111111111111111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 11111 111111 55555555555555 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111111111 11111 11 111111 2222222 111 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 222222 1111 111 11 111 11 1
lowQualScore : 1 7777 1 3 44 3 44 0000000 55 3 3 88888 3 0 3 5555 3 3 7 6666 3 9999999999999999999999999 55 666 3 55 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 6 999 1 1 666 3333333 66666 1 888888 66 44444444444444 6 0 9 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 77 888888888888 1 88888 88 6 6 999999 6 99 6 6 0000000 8 444 0 3 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 1 55 55555 888888 99 2 2222 888 4444 6 6 6 6 111 6 99 11 8 777 88 5 33 0
lowQualScore : . .... . . .. . .. ....... .. . . ..... . . . .... . . . .... . ......................... .. ... . .. . ........................................................................... . . ... . . ... ....... ..... . ...... .. .............. . . . . .................................................... . .. ............ . ..... .. . . ...... . .. . . ....... . ... . . ............................................................................................................................. . . .. ..... ...... .. . .... ... .... . . . . ... . .. .. . ... .. . .. .
lowQualScore : 0 2222 3 1 22 1 22 0000000 00 6 6 77777 6 5 6 5555 6 6 3 1111 6 3333333333333333333333333 00 444 6 00 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7 7 333 0 0 888 2222222 77777 0 333333 88 88888888888888 7 2 0 8 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 9 99 222222222222 8 00000 33 7 7 222222 7 22 7 7 2222222 0 000 8 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 0 00 77777 222222 22 5 3333 888 2222 7 7 7 7 777 7 22 00 0 555 88 0 00 2
consensus : NNTTGTCTCTT----GAAGAATGTTTTAAATCAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-AA--C--G-TCGT-T--C-CGGAA-GCGGT-ATA-CATT-GT-CG-GTC---CA-------T--G--T---T--TCT--T---C-ATT--TA-GTT------------GATG-GA-------------TAA---T-A----GTCGC--AGAN-----A--------TA-T-ATAGA-CGTTTCACAGGACANTCGACATNATAAAT-A-CATTTAATAAAA-A-A--CAAA-----CNA-----TTGT-CAGTCC-G------TTT--TTTTTACG-GGAATATTTTT-----T---TAAAC------T---------ATA----------------TTTTAAAACGT--CAAAT----GCGCT---GTAAGACGTTTTTG--T--AAA--GTCTTCGACGTCG-G------CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGGACCAAGCAGAGTGATATAAAAC-TCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCTATTTGATGTTGGGNGGGGGGGGGTCGACAACGC-T-ACCATCATC--G---AAC--CACCATACC-CCGATATCGCTTCCTG-TG-AGTAA-TAA-AAACAC---AACTTGTGA-CA--G--TGGGA-TCA---TTGAACTCCAAGGGATGATCACGCAA-CAATTCCCTCCTTTGCCCGCCCG
Reference ( family-1381 ) : NNTTGTCTNTT----GAAGAATGTTTTAAATCAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-AA--C--G-TCGT-T--C-CGGAA-GCGGT-ATA-CATT-GT-CG-GTC---CA-------T--G--T---T--TCT--T---C-ATT--TA-GTT------------GATG-GA-------------TAA---T-A----GTCGC--AGAN-----A--------TA-T-ATAGA-CGTTTCACAGGACANTCGACATNATAAAT-A-CATTTAATAAAA-A-A--CAAA-----CNA-----TTGT-CAGTCC-G------TTT--TTTTTACG-GGAATATTTTT-----T---TAAAC------T---------ATA----------------TTTTAAAACGT--CAAAT----GCGCT---GTAAGACGTTTTTG--T--AAA--GTCTTCGACGTCG-G------CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGGACCAAGCAGAGTGATATAAAAC-TCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCTATTTGATGTTGGGNGGGGGGGGGTCGACAACGC-T-ACCATCATC--G---AAC--CACCATACC-CCGATATCGCTTCCTG-TG-AGTAA-TAA-AAACAC---AACTTGTGA-CA--G--TGGGA-TCA---TTGAACTCCAAGGGATGATCACGCAA-CAATTCCCTCCCNTGCCCGCCCG
gi|1 : ATGTTTTCAATCAAGC-A--AT-TTT--A-------ATAAT--AACG-C-AA--T--G-TCTT-T--C-CGAAA-TCACT-ATA-CATT-GT-CG-GTC---CA-------A--G--T---T--TCT--T---C--TT--CA---T------------GAGT-GC-------------T-A---T-A----GT-------AT-----A--------TA-TCATAGA-CGTTTCACA-GACACTCAACATAATAAAT-G-CATTTAATAAAA-A-A--AAAAAACCTCAACTATTTTGT-CAGTCT-G--------T--TTTTTACG-GGAA-ATTTT--------------C------T---------ATA-----------------TTTAAAACAT--CAAAT----GC-CT---GCAAGACGTTTTTG--GGAAAA--GTCTTCGAAGTCT-G------CT-GCA--GCAAGC-ATA-CATAAAATTTAATA-TGA---TCGGACCAAGCAGAGTGATATAAAA
gi|1 : acaagcatTATCTGATGTTGGGTGGAG-----TCGACAACGAAT-ACCATCATCC-A---AAC--CACCATACC-CCAATATCGCTTCCTG-TG-AGTAA-TAA-AAACAC---AACTTGTGA-CAGGG--TGGGA-Taannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttccttttaatatctgatgttgggtggagtcgacaacgaataccatcatccaaaccaccataccccaatatcgcttcctgtgagtaataaaaacacaacttgtgacagggtgggatgtccgatcattggagatacacacttggacgccttcaaacaatgttcagaagaaactttaagagatgatcacgcaaaaattccctcctttgcccgcccgctatttattatgatatataaaacgtacatcgatattaagtc
gi|1 : acaagcatatgttttcaatcaagcaattttaataataacgcaatgtctttccgaaatcactatacattgtcggtccaagtttcttcttcatgagtgctatagtatatatcatagacgtttcacagacactcaacataataaatgcatttaataaaaaaaaaaaacctcaactattttgtcagtctgttttttacgggaaattttctatatttaaaacatcaaatgcctgcaagacgtttttgggaaaagtcttcgaagtctgctgcagcaagcatacataaaatttaatatgatcggaccaagcagagtgatataaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttccttttaaAACTTTAAGAGATGATCACGCAA-AAATTCCCTCCTTTGCCCGCCCGgtccgatcattggagatacacacttggacgccttcaaacaatgttcagaagaaactttaagagatgatcacgcaaaaattccctcctttgcccgcccgctatttattatgatatataaaacgtacatcgatattaagtc
gi|11 : acaagcatatgttttcaatcaagcaattttaataataacgcaatgtctttccgaaatcactatacattgtcggtccaagtttcttcttcatgagtgctatagtatatatcatagacgtttcacagacactcaacataataaatgcatttaataaaaaaaaaaaacctcaactattttgtcagtctgttttttacgggaaattttctatatttaaaacatcaaatgcctgcaagacgtttttgggaaaagtcttcgaagtctgctgcagcaagcatacataaaatttaatatgatcggaccaagcagagtgatataaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttccttttaatatctgatgttgggtggagtcgacaacgaataccatcatccaaaccaccataccccaatatcgcttcctgtgagtaataaaaacacaacttgtgacagggtgggatgtccgatcattggagatacacacttggacgccttcaaacaatgttcagaagaTTGTCTCTTTCAAGAAGAATGGTTTGAATTAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-CA--C--G-TCGT-T--C-AGGAA-GCGGT-ATA-CATT----------------------------C---T--TCT--T---C-ATT--TA-GCT------------GATG-GA-------------TAA---ctatttattatgatatataaaacgtacatcgatattaagtc
gi|12 : gatgtgaTTGTCTCTTCAA-GAAGAATGGTTTGAATTAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-CA--C--G-TCGT-T--C-AGGAA-GCGGT-ATA-CATT----------------------------C---T--TCT--T---C-ATT--TA-G--------------GATGTGA-------------TAA---g
gi|13 : gatgtgtGGGGGGGGGGGGTCGACAACTT-C-ACCATCATCCAA---AAC--CACCCTGTCGCTGATAT-GCTTCTTG-TGAAGTAA-T---TAACAC---AGCTTGTGG-CA--G--TGTGATTCA---TTGAg
gi|14 : TTGTCTTTT----GAAGCACGTTTTAAATCAAGC-A--TT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-AA--T--G-TCAT-T----CGAAA-AGGGT------ACT-GT-CG-GCC---CA-------T--G--T---TTCTCT--T---C-ATT--g
gi|15 : ttggatgcgaTTGTCCATT----GAAGAATGTATTAA-TCAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-AAGCT--GTTCCT-T--C-CAGAA-GTG
gi|16 : gcgaTTGTCTCTT----GAAGAATGTTCTAAATTAAGC-AATAT-GGT--A-------AGA
gi|17 : tatggatgttaT-GA-CG-GTC---TG-------T--G--T---T--TCT--T---C-CTT--TG-GTTTATGAAGACAAAGATG-GA-------------TA------A----GTCGC--AAAG-----A--------gaattaataatgccgt
gi|18 : TTGTCTCTT----GCAAAATGTTTTAAATTAAGC-A--AT-ATT--A-------AGAA
gi|19 : atagatgtgaTTTTGG--T--AAAAAGTCTTCGACATCG-G------CT-ATG--GTAAGC-ATA-GGTG------A
gi|2 : tT-ATA-CACT-GT-CG-GCC---CA-------T--G--T---TCCTCT--T---C-ATT--TA-GTT------------GATG-AAATTTCA-------TAACTAT-A----GTCGC--AGAA-----AGTGCTA--TAGT-ATAGA-CGTTTCACAGGA-ACTCGACATTATAAAT-A-CATTTAATAAAA-A-A---AAG-----CTA-----TTGT-CAGTA-----------T--CTTTTACG-G-AATATTT------------AAA-------T---------GTA----------------TTTTAAC-CGT--CAAGT----AC-CTATAGTGATACATTTTTGG-T--AAAAAGTCTTCGACATCG-GATCGGCTT-ACG--GCAAGC-ATA-TAT--------AGA-TGA---ACGGACCAAGCAGAGTGACATAAAACTTCTTt
gi|2 : tCATCTAATT-ATGTAGGGGGGGGGGGGGCTGACACCTC-A-TCCATT-TT--G---AAC--CAACATACC-CCGATATCGCTTCCTG-TG-AGTGA-AAATAAACAC---AACTTGTGA-CA--GGATGGGA-TCA---TTGGAtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttcattcaacatctaattatgtagggggggggggggctgacacctcatccattttgaaccaacataccccgatatcgcttcctgtgagtgaaaataaacacaacttgtgacaggatgggatcattggagatcacaaagacgccttccaaatatattaacgccaatacaatactttaaaatgatcacgcaaaatttttccttcgcccacccgctatttacttttatatttcattaaattttgcataaatatagt
gi|2 : ttatacactgtcggcccatgttcctcttcatttagttgatgaaatttcataactatagtcgcagaaagtgctatagtatagacgtttcacaggaactcgacattataaatacatttaataaaaaaaagctattgtcagtatcttttacggaatatttaaatgtattttaaccgtcaagtacctatagtgatacatttttggtaaaaagtcttcgacatcggatcggcttacggcaagcatatatagatgaacggaccaagcagagtgacataaaacttctttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttcattcaaATGATCACGCAA--AATT-TTTCCTTCGCCCACCCGgatcacaaagacgccttccaaatatattaacgccaatacaatactttaaaatgatcacgcaaaatttttccttcgcccacccgctatttacttttatatttcattaaattttgcataaatatagt
gi|20 : ttatacactgtcggcccatgttcctcttcatttagttgatgaaatttcataactatagtcgcagaaagtgctatagtatagacgtttcacaggaactcgacattataaatacatttaataaaaaaaagctattgtcagtatcttttacggaatatttaaatgtattttaaccgtcaagtacctatagtgatacatttttggtaaaaagtcttcgacatcggatcggcttacggcaagcatatatagatgaacggaccaagcagagtgacataaaacttctttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttcattcaacatctaattatgtagggggggggggggctgacacctcatccattttgaaccaacataccccgatatcgcttcctgtgagtgaaaataaacacaacttgtgacaggatgggatcattggagatcacaaagacgccttccaaatatattaacgccaatacaatactttaaaAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACA-C-CA--C--C-TCGT-T--C-CAGAA-GCGGT-ATA-CATT-ctatttacttttatatttcattaaattttgcataaatatagt
gi|21 : TAAAACGT--CAAAT----GCGCT---GTAAGACGTTTTTG--T--AA
gi|3 : AAGAATGTTTTAAATCAAGC-A--AT-GAT--A-------AGAAT--AACG-C-AA--T--G-TCGT-T--C-CGGAA-GCAGT-ATA-CATT-GT-CT-GTC---CA-------T--G--T---T--TCT--T---C-ATG--TATATT------------GATT-AA-------------TAA---TTA----GTCGC--AGAC-----A--------TA-T-A--GA-CGTTTCACAG-ACTATCGATATAATAAAT-A-CATT-AATAAAATA-A--CAAA-----CGA-----TTGT-CAGTCG-GGTT---TTT--TTTTTACG-GGAATATTTTT-----TCATTAAAT------TTTTATGCTTATAGAGAATGG--------TTCTAAAACGT--CAAAT----GC-CT---GTAAGACGTTTTTG--T--AAA--GTCTTCGACGTCGCG------CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGGACCAAGCAGGGTGATATAAAAT-TCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTTATTTGATGTTGGGTGGGGGTGGGTCGACAACGC-T-ACCATCATC--A---AAC--CA----------------------TG-TA-AATGA-TAA-AAACAC---AAATTGTGA-CA--G--TGGGA-TCA---TTGAATTCCAAGGGATGATCACGCAA-CAATTCTCTCCTTTCTCCG
gi|4 : ttttgtggataa----GAAGAATGTTATAA-TCAAGCGA--AT-GATTCA-------AGAATCTAACGTC-AA--T--A-TCGTGT--CTCGGAAAGCAGTCATATCATTTGT-CATGTCACACA-------TTAG--T---T--TTTAATGAGT-ATA--TA-ATT------------TACG-TAAAAAAAAAAAAAGTAA---T-AAGTTGTCGC--AGAGCAGTGA--------CT-C-ACGAAGCGTTTCACAGACTAATCGATATAATAAAT-AGCATTTAATAAGA-ATAACCAAA-----CTA-----TTGTCCAGTCT-GTTTTTTTTT--TTTTTACGCGGAATATTTTTTTTCAT---TAAACTTTTTTT---------ATGCTTAAGCAGAATGGGTTCTTAAAACGTCGCAAATGAACGCGCT---GAAAG-CGTTTTTG--T--AA---------GA------G------CTAACGAAGC-AGCGATATCATG------AATATTGACATCCGGACCAAGCAGGGTGATATCAATC-TCT
gi|5 : tttttttaatttttgcgtagatataAGAATGTTT-AAACCAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AAAG-C-AA--T--G-TCGT-T--C-CGGAA-GCAGT-GTA-CATT-GT-CG-GTC---CA-------T--G--TTTCT--TCT--T---C-ATA--TA-GTT------------GATA-AA-------------TAAG--T-G----CTC-T--AG-T-----A--------TA-C-ATAGA-CGTTTCACAGG--AATCAACATTATAAAT-A-CATTTAATA----------AAA-----CAA-----CTAN-NNNNNN-N------NNN--NNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-----N---NNNNN------N---------NNN----------------NNNNNNNNNNN--NNNNN----NNNC------AAGACGTTTTTGAAC--AAA--GTCTTCGAGGTCG-A------CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGG---AAGCAGAGTGATATGA
gi|6 : ataagT----GAAGAATGTTT-AAATCAAGC-A--ATCGGT--ACTTATTAAGAAT--AACC-CTAA--CATG-TCGT-TTTC-C--AA-ATAGT-GTAACATC-TTACA-GTC---CAGGACTCAT--GGTT---C--TCT--T---CTACTATTA-GTT------------GATG-CA-------------TCA---TGA----ATCGCCGAGAA-----AAGTGCTTTTAGT-ATAGA-CGTTTCACAGGACACTCGACATTA-AAATGA-CATTTAATAAAA-A-C--CAAA-----CAA-------GT--AGTCCAG------TATGATTTTTATG-GGAA-A--TTT-----C---TAA--------T---------AAG----------------TATTAAACCGT--t
gi|7 : gatgtgattgtcttactttgatcGGGAGGGGGAGCCGACAACGG-TAACCCTCATT--GATTAACCGCGCCACACC-ATTATATCGCTTTCTGTTG-AGTAACTAA-TAACAC---AACTTTTGA-CA--t
gi|8 : ATGTTGGGTGGGGTTGGGTCGACAACGC-T--CCATCATC--A---AG----ACCATGTA-CAAAT---GC--------------A-TAA-AAACACCAAAATTTGTGAACA--G--TGGGA-TCAAAATTGAACTCCAAGGGATGATCACGCAAGCAATT-CCTCCCATATTCGTCCGagcgtgaatatttggagattgcacaagacatctatcaaattatacatgatatacatgttacactcaatacaagttgttttttaaagctatgcatccaataaagaatgatcccgcaaaatttcccc
gi|9 : tcctcagtttagtctctgcaTGCT----GAAGAGTGCTTAAAATTAAGC-A--GT-GGT--G-------AGAAT--GTCG-C-CA--C--A-TC--------TGGAA-GCGGT-ACA-CGTT-GT-CG-GTC---AG-------T--G--T---T--TCT--T---C-ATT--TG-GTTTATGCAAAAAA-GATG-GA-------------TA------A----GTCGC--AGAA-----A--------ccagtt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CGGATCATTGGAGCTAGACATTCAGTATATTTAATGTATAAATACCGATGCAGACAATCTGCGACAAAAACTTCCAGGGATAATCACATATAATTTTGCTCCTCTCACCCGTCATTCACTATGATATATA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 1111111 1111111111111111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 11111 111111 55555555555555 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111111 22222 111111 2222222 111 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 222222 1111 111 11 111 11 111
lowQualScore : 7777 1 3 44 3 44 0000000 55 3 3 88888 3 0 3 5555 3 3 7 6666 3 9999999999999999999999999 55 666 3 55 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 6 999 1 1 666 3333333 66666 1 888888 66 44444444444444 66 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 77 888888888888 1 5 00000 99 6 6 999999 6 99 6 6 0000000 8 444 0 3 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 1 55 55555 888888 99 2 2222 888 4444 6 6 6 6 111 6 99 11 8 777 88 2 777
lowQualScore : .... . . .. . .. ....... .. . . ..... . . . .... . . . .... . ......................... .. ... . .. . ........................................................................... . . ... . . ... ....... ..... . ...... .. .............. .. ......................................................... .. ............ . . ..... .. . . ...... . .. . . ....... . ... . . ............................................................................................................................. . . .. ..... ...... .. . .... ... .... . . . . ... . .. .. . ... .. . ...
lowQualScore : 2222 3 1 22 1 22 0000000 00 6 6 77777 6 5 6 5555 6 6 3 1111 6 3333333333333333333333333 00 444 6 00 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7 7 333 0 0 888 2222222 77777 0 333333 88 88888888888888 88 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99 222222222222 8 7 11111 22 7 7 222222 7 22 7 7 2222222 0 000 8 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 0 00 77777 222222 22 5 3333 888 2222 7 7 7 7 777 7 22 00 0 555 88 5 555
consensus : NNTTGTCTCTT----GAAGAATGTTTTAAATCAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-AA--C--G-TCGT-T--C-CGGAA-GCGGT-ATA-CATT-GT-CG-GTC---CA-------T--G--T---T--TCT--T---C-ATT--TA-GTT------------GATG-GA-------------TAA---T-A----GTCGC--AGAN-----A--------TA-T-ATAGA-CGTTTCACAGGACANTCGACATNATAAAT-A-CATTTAATAAAA-A-A--CAAA-----CNA-----TTGT-CAGTCC-G------TTT--TTTTTACG-GGAATATTTTT-----T---TAAAC------T---------ATA----------------TTTTAAAACGT--CAAAT----GCGCT---GTAAGACGTTTTT-G--T--AAA--GTCTTCGACGTCG-G------CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGGACCAAGCAGAGTGATATAAAAC-TCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCTATTTGATGTTGGGNGGGGGGGGGTCGACAACGC-T-ACCATCATC--G---AAC--CACCATACC-CCGATATCGCTTCCTG-TG-AGTAA-TAA-AAACAC---AACTTGTGA-CA--G--TGGGA-TCA---TTGAACTCCAAGGGATGATCACGCAA-CAATTCCCTCC---TTCGCCCGCCCG
Reference ( family-1381 ) : NNTTGTCTCTT----GAAGAATGTTTTAAATCAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-AA--C--G-TCGT-T--C-CGGAA-GCGGT-ATA-CATT-GT-CG-GTC---CA-------T--G--T---T--TCT--T---C-ATT--TA-GTT------------GATG-GA-------------TAA---T-A----GTCGC--AGAN-----A--------TA-T-ATAGA-CGTTTCACAGGACANTCGACATNATAAAT-A-CATTTAATAAAA-A-A--CAAA-----CNA-----TTGT-CAGTCC-G------TTT--TTTTTACG-GGAATATTTTT-----T---TAAAC------T---------ATA----------------TTTTAAAACGT--CAAAT----GCGCT---GTAAGACGTTTTT-G--T--AAA--GTCTTCGACGTCG-G------CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGGACCAAGCAGAGTGATATAAAAC-TCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCTATTTGATGTTGGGNGGGGGGGGGTCGACAACGC-T-ACCATCATC--G---AAC--CACCATACC-CCGATATCGCTTCCTG-TG-AGTAA-TAA-AAACAC---AACTTGTGA-CA--G--TGGGA-TCA---TTGAACTCCAAGGGATGATCACGCAA-CAATTCCCTCC---TTTGCCCGCCCG
gi|1 : ATGTTTTCAATCAAGC-A--AT-TTT--A-------ATAAT--AACG-C-AA--T--G-TCTT-T--C-CGAAA-TCACT-ATA-CATT-GT-CG-GTC---CA-------A--G--T---T--TCT--T---C--TT--CA---T------------GAGT-GC-------------T-A---T-A----GT-------AT-----A--------TA-TCATAGA-CGTTTCACA-GACACTCAACATAATAAAT-G-CATTTAATAAAA-A-A--AAAAAACCTCAACTATTTTGT-CAGTCT-G--------T--TTTTTACG-GGAA-ATTTT--------------C------T---------ATA-----------------TTTAAAACAT--CAAAT----GC-CT---GCAAGACGTTTTT-G--GGAAAA--GTCTTCGAAGTCT-G------CT-GCA--GCAAGC-ATA-CATAAAATTTAATA-TGA---TCGGACCAAGCAGAGTGATATAAAA
gi|1 : acaagcatTATCTGATGTTGGGTGGAG-----TCGACAACGAAT-ACCATCATCC-A---AAC--CACCATACC-CCAATATCGCTTCCTG-TG-AGTAA-TAA-AAACAC---AACTTGTGA-CAGGG--TGGGA-Taannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttccttttaatatctgatgttgggtggagtcgacaacgaataccatcatccaaaccaccataccccaatatcgcttcctgtgagtaataaaaacacaacttgtgacagggtgggatgtccgatcattggagatacacacttggacgccttcaaacaatgttcagaagaaactttaagagatgatcacgcaaaaattccctcctttgcccgcccgctatttattatgatatataaaacgtacatcgatattaagtc
gi|1 : acaagcatatgttttcaatcaagcaattttaataataacgcaatgtctttccgaaatcactatacattgtcggtccaagtttcttcttcatgagtgctatagtatatatcatagacgtttcacagacactcaacataataaatgcatttaataaaaaaaaaaaacctcaactattttgtcagtctgttttttacgggaaattttctatatttaaaacatcaaatgcctgcaagacgtttttgggaaaagtcttcgaagtctgctgcagcaagcatacataaaatttaatatgatcggaccaagcagagtgatataaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttccttttaaAACTTTAAGAGATGATCACGCAA-AAATTCCCTCC---TTTGCCCGCCCGgtccgatcattggagatacacacttggacgccttcaaacaatgttcagaagaaactttaagagatgatcacgcaaaaattccctcctttgcccgcccgctatttattatgatatataaaacgtacatcgatattaagtc
gi|11 : acaagcatatgttttcaatcaagcaattttaataataacgcaatgtctttccgaaatcactatacattgtcggtccaagtttcttcttcatgagtgctatagtatatatcatagacgtttcacagacactcaacataataaatgcatttaataaaaaaaaaaaacctcaactattttgtcagtctgttttttacgggaaattttctatatttaaaacatcaaatgcctgcaagacgtttttgggaaaagtcttcgaagtctgctgcagcaagcatacataaaatttaatatgatcggaccaagcagagtgatataaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttccttttaatatctgatgttgggtggagtcgacaacgaataccatcatccaaaccaccataccccaatatcgcttcctgtgagtaataaaaacacaacttgtgacagggtgggatgtccgatcattggagatacacacttggacgccttcaaacaatgttcagaagaTTGTCTCTTTCAAGAAGAATGGTTTGAATTAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-CA--C--G-TCGT-T--C-AGGAA-GCGGT-ATA-CATT----------------------------C---T--TCT--T---C-ATT--TA-GCT------------GATG-GA-------------TAA---ctatttattatgatatataaaacgtacatcgatattaagtc
gi|12 : gatgtgaTTGTCTCTTCAA-GAAGAATGGTTTGAATTAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-CA--C--G-TCGT-T--C-AGGAA-GCGGT-ATA-CATT----------------------------C---T--TCT--T---C-ATT--TA-G--------------GATGTGA-------------TAA---g
gi|13 : gatgtgtGGGGGGGGGGGGTCGACAACTT-C-ACCATCATCCAA---AAC--CACCCTGTCGCTGATAT-GCTTCTTG-TGAAGTAA-T---TAACAC---AGCTTGTGG-CA--G--TGTGATTCA---TTGAg
gi|14 : TTGTCTTTT----GAAGCACGTTTTAAATCAAGC-A--TT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-AA--T--G-TCAT-T----CGAAA-AGGGT------ACT-GT-CG-GCC---CA-------T--G--T---TTCTCT--T---C-ATT--g
gi|15 : ttggatgcgaTTGTCCATT----GAAGAATGTATTAA-TCAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-AAGCT--GTTCCT-T--C-CAGAA-GTG
gi|16 : gcgaTTGTCTCTT----GAAGAATGTTCTAAATTAAGC-AATAT-GGT--A-------AGA
gi|17 : tatggatgttaT-GA-CG-GTC---TG-------T--G--T---T--TCT--T---C-CTT--TG-GTTTATGAAGACAAAGATG-GA-------------TA------A----GTCGC--AAAG-----A--------gaattaataatgccgt
gi|18 : TTGTCTCTT----GCAAAATGTTTTAAATTAAGC-A--AT-ATT--A-------AGAA
gi|19 : atagatgtgaTTTTG-G--T--AAAAAGTCTTCGACATCG-G------CT-ATG--GTAAGC-ATA-GGTG------A
gi|2 : tT-ATA-CACT-GT-CG-GCC---CA-------T--G--T---TCCTCT--T---C-ATT--TA-GTT------------GATG-AAATTTCA-------TAACTAT-A----GTCGC--AGAA-----AGTGCTA--TAGT-ATAGA-CGTTTCACAGGA-ACTCGACATTATAAAT-A-CATTTAATAAAA-A-A---AAG-----CTA-----TTGT-CAGTA-----------T--CTTTTAC--GGAATA----T-----T---TAAA-------T---------GTA----------------TTTT-AACCGT--CAAGT----AC-CTATAGTGATACATTTTTGG--TAAAAA--GTCTTCGACATCG-GATCGGCTT-ACG--GCAAGC-ATA-TAT--------AGA-TGA---ACGGACCAAGCAGAGTGACATAAAACTTCTTt
gi|2 : tCATCTAATT-ATGTAGGGGGGGGGGGGGCTGACACCTC-A-TCCATT-TT--G---AAC--CAACATACC-CCGATATCGCTTCCTG-TG-AGTGA-AAATAAACAC---AACTTGTGA-CA--GGATGGGA-TCA---TTGGAtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttcattcaacatctaattatgtagggggggggggggctgacacctcatccattttgaaccaacataccccgatatcgcttcctgtgagtgaaaataaacacaacttgtgacaggatgggatcattggagatcacaaagacgccttccaaatatattaacgccaatacaatactttaaaatgatcacgcaaaatttttccttcgcccacccgctatttacttttatatttcattaaattttgcataaatatagt
gi|2 : ttatacactgtcggcccatgttcctcttcatttagttgatgaaatttcataactatagtcgcagaaagtgctatagtatagacgtttcacaggaactcgacattataaatacatttaataaaaaaaagctattgtcagtatcttttacggaatatttaaatgtattttaaccgtcaagtacctatagtgatacatttttggtaaaaagtcttcgacatcggatcggcttacggcaagcatatatagatgaacggaccaagcagagtgacataaaacttctttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttcattcaaATGATCACGCAA--AATT-TTTCC---TTCGCCCACCCGgatcacaaagacgccttccaaatatattaacgccaatacaatactttaaaatgatcacgcaaaatttttccttcgcccacccgctatttacttttatatttcattaaattttgcataaatatagt
gi|20 : ttatacactgtcggcccatgttcctcttcatttagttgatgaaatttcataactatagtcgcagaaagtgctatagtatagacgtttcacaggaactcgacattataaatacatttaataaaaaaaagctattgtcagtatcttttacggaatatttaaatgtattttaaccgtcaagtacctatagtgatacatttttggtaaaaagtcttcgacatcggatcggcttacggcaagcatatatagatgaacggaccaagcagagtgacataaaacttctttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttcattcaacatctaattatgtagggggggggggggctgacacctcatccattttgaaccaacataccccgatatcgcttcctgtgagtgaaaataaacacaacttgtgacaggatgggatcattggagatcacaaagacgccttccaaatatattaacgccaatacaatactttaaaAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACA-C-CA--C--C-TCGT-T--C-CAGAA-GCGGT-ATA-CATT-ctatttacttttatatttcattaaattttgcataaatatagt
gi|21 : TAAAACGT--CAAAT----GCGCT---GTAAGACGTTTTT-G--T--AA
gi|3 : AAGAATGTTTTAAATCAAGC-A--AT-GAT--A-------AGAAT--AACG-C-AA--T--G-TCGT-T--C-CGGAA-GCAGT-ATA-CATT-GT-CT-GTC---CA-------T--G--T---T--TCT--T---C-ATG--TATATT------------GATT-AA-------------TAA---TTA----GTCGC--AGAC-----A--------TA-T-A--GA-CGTTTCACAG-ACTATCGATATAATAAAT-A-CATT-AATAAAATA-A--CAAA-----CGA-----TTGT-CAGTCG-GGTT---TTT--TTTTTACG-GGAATATTTTT-----TCATTAAAT------TTTTATGCTTATAGAGAATGG--------TTCTAAAACGT--CAAAT----GC-CT---GTAAGACGTTTTT-G--T--AAA--GTCTTCGACGTCGCG------CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGGACCAAGCAGGGTGATATAAAAT-TCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTTATTTGATGTTGGGTGGGGGTGGGTCGACAACGC-T-ACCATCATC--A---AAC--CA----------------------TG-TA-AATGA-TAA-AAACAC---AAATTGTGA-CA--G--TGGGA-TCA---TTGAATTCCAAGGGATGATCACGCAA-CAATTCTCTCC---TTTCTCCG
gi|4 : ttttgtggataa----GAAGAATGTTATAA-TCAAGCGA--AT-GATTCA-------AGAATCTAACGTC-AA--T--A-TCGTGT--CTCGGAAAGCAGTCATATCATTTGT-CATGTCACACA-------TTAG--T---T--TTTAATGAGT-ATA--TA-ATT------------TACG-TAAAAAAAAAAAAAGTAA---T-AAGTTGTCGC--AGAGCAGTGA--------CT-C-ACGAAGCGTTTCACAGACTAATCGATATAATAAAT-AGCATTTAATAAGA-ATAACCAAA-----CTA-----TTGTCCAGTCT-GTTTTTTTTT--TTTTTACGCGGAATATTTTTTTTCAT---TAAACTTTTTTT---------ATGCTTAAGCAGAATGGGTTCTTAAAACGTCGCAAATGAACGCGCT---GAAAG-CGTTTTT-G--T--AA---------GA------G------CTAACGAAGC-AGCGATATCATG------AATATTGACATCCGGACCAAGCAGGGTGATATCAATC-TCT
gi|5 : tttttttaatttttgcgtagatataAGAATGTTT-AAACCAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AAAG-C-AA--T--G-TCGT-T--C-CGGAA-GCAGT-GTA-CATT-GT-CG-GTC---CA-------T--G--TTTCT--TCT--T---C-ATA--TA-GTT------------GATA-AA-------------TAAG--T-G----CTC-T--AG-T-----A--------TA-C-ATAGA-CGTTTCACAGG--AATCAACATTATAAAT-A-CATTTAATA----------AAA-----CAA-----CTAN-NNNNNN-N------NNN--NNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-----N---NNNNN------N---------NNN----------------NNNNNNNNNNN--NNNNN----NNNC------AAGACGTTTTT-GAAC--AAA--GTCTTCGAGGTCG-A------CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGG---AAGCAGAGTGATATGA
gi|6 : ataagT----GAAGAATGTTT-AAATCAAGC-A--ATCGGT--ACTTATTAAGAAT--AACC-CTAA--CATG-TCGT-TTTC-C--AA-ATAGT-GTAACATC-TTACA-GTC---CAGGACTCAT--GGTT---C--TCT--T---CTACTATTA-GTT------------GATG-CA-------------TCA---TGA----ATCGCCGAGAA-----AAGTGCTTTTAGT-ATAGA-CGTTTCACAGGACACTCGACATTA-AAATGA-CATTTAATAAAA-A-C--CAAA-----CAA-------GT--AGTCCAG------TATGATTTTTATG-GGAA-A--TTT-----C---TAA--------T---------AAG----------------TATTAAACCGT--t
gi|7 : gatgtgattgtcttactttgatcGGGAGGGGGAGCCGACAACGG-TAACCCTCATT--GATTAACCGCGCCACACC-ATTATATCGCTTTCTGTTG-AGTAACTAA-TAACAC---AACTTTTGA-CA--t
gi|8 : ATGTTGGGTGGGGTTGGGTCGACAACGC-T--CCATCATC--A---AG----ACCATGTA-CAAAT---GC--------------A-TAA-AAACACCAAAATTTGTGAACA--G--TGGGA-TCAAAATTGAACTCCAAGGGATGATCACGCAAGCAATTCCTCCCATATTCGTCCGCCagcgtgaatatttggagattgcacaagacatctatcaaattatacatgatatacatgttacactcaatacaagttgttttttaaagctatgcatccaataaagaatgatcccgcaaaatttcccc
gi|9 : tcctcagtttagtctctgcaT----GAAGAGTGCTTAAAATTAAGC-A--GT-GGT--G-------AGAAT--GTCG-C-CA--C--A-TC--------TGGAA-GCGGT-ACA-CGTT-GT-CG-GTC---AG-------T--G--T---T--TCT--T---C-ATT--TG-GTTTATGCAAAAAA-GATG-GA-------------TA------A----GTCGC--AGAA-----A--------agtt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CGGATCATTGGAGCTAGACATTCAGTATATTTAATGTATAAATACCGATGCAGACAATCTGCGACAAAAACTTCCAGGGATAATCACATATAATTTTGCTCCTCTCACCCGTCATTCACTATGATATATA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 1111111 1111111111111111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 11111 111111 55555555555555 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111111 22222 111111 2222222 111 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 222222 1111 111 11 111 11 111
lowQualScore : 7777 1 3 44 3 44 0000000 55 3 3 88888 3 0 3 5555 3 3 7 6666 3 9999999999999999999999999 55 666 3 55 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 6 999 1 1 666 3333333 66666 1 888888 66 44444444444444 66 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 77 888888888888 1 5 00000 99 6 6 999999 6 99 6 6 0000000 8 444 0 3 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 1 55 55555 888888 99 2 2222 888 4444 6 6 6 6 111 6 99 11 8 777 88 6 777
lowQualScore : .... . . .. . .. ....... .. . . ..... . . . .... . . . .... . ......................... .. ... . .. . ........................................................................... . . ... . . ... ....... ..... . ...... .. .............. .. ......................................................... .. ............ . . ..... .. . . ...... . .. . . ....... . ... . . ............................................................................................................................. . . .. ..... ...... .. . .... ... .... . . . . ... . .. .. . ... .. . ...
lowQualScore : 2222 3 1 22 1 22 0000000 00 6 6 77777 6 5 6 5555 6 6 3 1111 6 3333333333333333333333333 00 444 6 00 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7 7 333 0 0 888 2222222 77777 0 333333 88 88888888888888 88 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99 222222222222 8 7 11111 22 7 7 222222 7 22 7 7 2222222 0 000 8 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 0 00 77777 222222 22 5 3333 888 2222 7 7 7 7 777 7 22 00 0 555 88 5 555
consensus : NNTTGTCTCTT----GAAGAATGTTTTAAATCAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-AA--C--G-TCGT-T--C-CGGAA-GCGGT-ATA-CATT-GT-CG-GTC---CA-------T--G--T---T--TCT--T---C-ATT--TA-GTT------------GATG-GA-------------TAA---T-A----GTCGC--AGAN-----A--------TA-T-ATAGA-CGTTTCACAGGACANTCGACATNATAAAT-A-CATTTAATAAAA-A-A--CAAA-----CNA-----TTGT-CAGTCC-G------TTT--TTTTTACG-GGAATATTTTT-----T---TAAAC------T---------ATA----------------TTTTAAAACGT--CAAAT----GCGCT---GTAAGACGTTTTT-G--T--AAA--GTCTTCGACGTCG-G------CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGGACCAAGCAGAGTGATATAAAAC-TCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCTATTTGATGTTGGGNGGGGGGGGGTCGACAACGC-T-ACCATCATC--G---AAC--CACCATACC-CCGATATCGCTTCCTG-TG-AGTAA-TAA-AAACAC---AACTTGTGA-CA--G--TGGGA-TCA---TTGAACTCCAAGGGATGATCACGCAA-CAATTCCCTCC---TTCGCCCGCCCG
Reference ( family-1381 ) : NNTTGTCTCTT----GAAGAATGTTTTAAATCAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-AA--C--G-TCGT-T--C-CGGAA-GCGGT-ATA-CATT-GT-CG-GTC---CA-------T--G--T---T--TCT--T---C-ATT--TA-GTT------------GATG-GA-------------TAA---T-A----GTCGC--AGAN-----A--------TA-T-ATAGA-CGTTTCACAGGACANTCGACATNATAAAT-A-CATTTAATAAAA-A-A--CAAA-----CNA-----TTGT-CAGTCC-G------TTT--TTTTTACG-GGAATATTTTT-----T---TAAAC------T---------ATA----------------TTTTAAAACGT--CAAAT----GCGCT---GTAAGACGTTTTT-G--T--AAA--GTCTTCGACGTCG-G------CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGGACCAAGCAGAGTGATATAAAAC-TCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCTATTTGATGTTGGGNGGGGGGGGGTCGACAACGC-T-ACCATCATC--G---AAC--CACCATACC-CCGATATCGCTTCCTG-TG-AGTAA-TAA-AAACAC---AACTTGTGA-CA--G--TGGGA-TCA---TTGAACTCCAAGGGATGATCACGCAA-CAATTCCCTCC---TTCGCCCGCCCG
gi|1 : ATGTTTTCAATCAAGC-A--AT-TTT--A-------ATAAT--AACG-C-AA--T--G-TCTT-T--C-CGAAA-TCACT-ATA-CATT-GT-CG-GTC---CA-------A--G--T---T--TCT--T---C--TT--CA---T------------GAGT-GC-------------T-A---T-A----GT-------AT-----A--------TA-TCATAGA-CGTTTCACA-GACACTCAACATAATAAAT-G-CATTTAATAAAA-A-A--AAAAAACCTCAACTATTTTGT-CAGTCT-G--------T--TTTTTACG-GGAA-ATTTT--------------C------T---------ATA-----------------TTTAAAACAT--CAAAT----GC-CT---GCAAGACGTTTTT-G--GGAAAA--GTCTTCGAAGTCT-G------CT-GCA--GCAAGC-ATA-CATAAAATTTAATA-TGA---TCGGACCAAGCAGAGTGATATAAAA
gi|1 : acaagcatTATCTGATGTTGGGTGGAG-----TCGACAACGAAT-ACCATCATCC-A---AAC--CACCATACC-CCAATATCGCTTCCTG-TG-AGTAA-TAA-AAACAC---AACTTGTGA-CAGGG--TGGGA-Taannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttccttttaatatctgatgttgggtggagtcgacaacgaataccatcatccaaaccaccataccccaatatcgcttcctgtgagtaataaaaacacaacttgtgacagggtgggatgtccgatcattggagatacacacttggacgccttcaaacaatgttcagaagaaactttaagagatgatcacgcaaaaattccctcctttgcccgcccgctatttattatgatatataaaacgtacatcgatattaagtc
gi|1 : acaagcatatgttttcaatcaagcaattttaataataacgcaatgtctttccgaaatcactatacattgtcggtccaagtttcttcttcatgagtgctatagtatatatcatagacgtttcacagacactcaacataataaatgcatttaataaaaaaaaaaaacctcaactattttgtcagtctgttttttacgggaaattttctatatttaaaacatcaaatgcctgcaagacgtttttgggaaaagtcttcgaagtctgctgcagcaagcatacataaaatttaatatgatcggaccaagcagagtgatataaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttccttttaaAACTTTAAGAGATGATCACGCAA-AAATTCCCTCC---TTTGCCCGCCCGgtccgatcattggagatacacacttggacgccttcaaacaatgttcagaagaaactttaagagatgatcacgcaaaaattccctcctttgcccgcccgctatttattatgatatataaaacgtacatcgatattaagtc
gi|11 : acaagcatatgttttcaatcaagcaattttaataataacgcaatgtctttccgaaatcactatacattgtcggtccaagtttcttcttcatgagtgctatagtatatatcatagacgtttcacagacactcaacataataaatgcatttaataaaaaaaaaaaacctcaactattttgtcagtctgttttttacgggaaattttctatatttaaaacatcaaatgcctgcaagacgtttttgggaaaagtcttcgaagtctgctgcagcaagcatacataaaatttaatatgatcggaccaagcagagtgatataaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttccttttaatatctgatgttgggtggagtcgacaacgaataccatcatccaaaccaccataccccaatatcgcttcctgtgagtaataaaaacacaacttgtgacagggtgggatgtccgatcattggagatacacacttggacgccttcaaacaatgttcagaagaTTGTCTCTTTCAAGAAGAATGGTTTGAATTAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-CA--C--G-TCGT-T--C-AGGAA-GCGGT-ATA-CATT----------------------------C---T--TCT--T---C-ATT--TA-GCT------------GATG-GA-------------TAA---ctatttattatgatatataaaacgtacatcgatattaagtc
gi|12 : gatgtgaTTGTCTCTTCAA-GAAGAATGGTTTGAATTAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-CA--C--G-TCGT-T--C-AGGAA-GCGGT-ATA-CATT----------------------------C---T--TCT--T---C-ATT--TA-G--------------GATGTGA-------------TAA---g
gi|13 : gatgtgtGGGGGGGGGGGGTCGACAACTT-C-ACCATCATCCAA---AAC--CACCCTGTCGCTGATAT-GCTTCTTG-TGAAGTAA-T---TAACAC---AGCTTGTGG-CA--G--TGTGATTCA---TTGAg
gi|14 : TTGTCTTTT----GAAGCACGTTTTAAATCAAGC-A--TT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-AA--T--G-TCAT-T----CGAAA-AGGGT------ACT-GT-CG-GCC---CA-------T--G--T---TTCTCT--T---C-ATT--g
gi|15 : ttggatgcgaTTGTCCATT----GAAGAATGTATTAA-TCAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-AAGCT--GTTCCT-T--C-CAGAA-GTG
gi|16 : gcgaTTGTCTCTT----GAAGAATGTTCTAAATTAAGC-AATAT-GGT--A-------AGA
gi|17 : tatggatgttaT-GA-CG-GTC---TG-------T--G--T---T--TCT--T---C-CTT--TG-GTTTATGAAGACAAAGATG-GA-------------TA------A----GTCGC--AAAG-----A--------gaattaataatgccgt
gi|18 : TTGTCTCTT----GCAAAATGTTTTAAATTAAGC-A--AT-ATT--A-------AGAA
gi|19 : atagatgtgaTTTTG-G--T--AAAAAGTCTTCGACATCG-G------CT-ATG--GTAAGC-ATA-GGTG------A
gi|2 : tT-ATA-CACT-GT-CG-GCC---CA-------T--G--T---TCCTCT--T---C-ATT--TA-GTT------------GATG-AAATTTCA-------TAACTAT-A----GTCGC--AGAA-----AGTGCTA--TAGT-ATAGA-CGTTTCACAGGA-ACTCGACATTATAAAT-A-CATTTAATAAAA-A-A---AAG-----CTA-----TTGT-CAGTA-----------T--CTTTTAC--GGAATA----T-----T---TAAA-------T---------GTA----------------TTTT-AACCGT--CAAGT----AC-CTATAGTGATACATTTTTGG--TAAAAA--GTCTTCGACATCG-GATCGGCTT-ACG--GCAAGC-ATA-TAT--------AGA-TGA---ACGGACCAAGCAGAGTGACATAAAACTTCTTt
gi|2 : tCATCTAATT-ATGTAGGGGGGGGGGGGGCTGACACCTC-A-TCCATT-TT--G---AAC--CAACATACC-CCGATATCGCTTCCTG-TG-AGTGA-AAATAAACAC---AACTTGTGA-CA--GGATGGGA-TCA---TTGGAtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttcattcaacatctaattatgtagggggggggggggctgacacctcatccattttgaaccaacataccccgatatcgcttcctgtgagtgaaaataaacacaacttgtgacaggatgggatcattggagatcacaaagacgccttccaaatatattaacgccaatacaatactttaaaatgatcacgcaaaatttttccttcgcccacccgctatttacttttatatttcattaaattttgcataaatatagt
gi|2 : ttatacactgtcggcccatgttcctcttcatttagttgatgaaatttcataactatagtcgcagaaagtgctatagtatagacgtttcacaggaactcgacattataaatacatttaataaaaaaaagctattgtcagtatcttttacggaatatttaaatgtattttaaccgtcaagtacctatagtgatacatttttggtaaaaagtcttcgacatcggatcggcttacggcaagcatatatagatgaacggaccaagcagagtgacataaaacttctttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttcattcaaATGATCACGCAA--AATTTT-TCC---TTCGCCCACCCGgatcacaaagacgccttccaaatatattaacgccaatacaatactttaaaatgatcacgcaaaatttttccttcgcccacccgctatttacttttatatttcattaaattttgcataaatatagt
gi|20 : ttatacactgtcggcccatgttcctcttcatttagttgatgaaatttcataactatagtcgcagaaagtgctatagtatagacgtttcacaggaactcgacattataaatacatttaataaaaaaaagctattgtcagtatcttttacggaatatttaaatgtattttaaccgtcaagtacctatagtgatacatttttggtaaaaagtcttcgacatcggatcggcttacggcaagcatatatagatgaacggaccaagcagagtgacataaaacttctttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttcattcaacatctaattatgtagggggggggggggctgacacctcatccattttgaaccaacataccccgatatcgcttcctgtgagtgaaaataaacacaacttgtgacaggatgggatcattggagatcacaaagacgccttccaaatatattaacgccaatacaatactttaaaAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACA-C-CA--C--C-TCGT-T--C-CAGAA-GCGGT-ATA-CATT-ctatttacttttatatttcattaaattttgcataaatatagt
gi|21 : TAAAACGT--CAAAT----GCGCT---GTAAGACGTTTTT-G--T--AA
gi|3 : AAGAATGTTTTAAATCAAGC-A--AT-GAT--A-------AGAAT--AACG-C-AA--T--G-TCGT-T--C-CGGAA-GCAGT-ATA-CATT-GT-CT-GTC---CA-------T--G--T---T--TCT--T---C-ATG--TATATT------------GATT-AA-------------TAA---TTA----GTCGC--AGAC-----A--------TA-T-A--GA-CGTTTCACAG-ACTATCGATATAATAAAT-A-CATT-AATAAAATA-A--CAAA-----CGA-----TTGT-CAGTCG-GGTT---TTT--TTTTTACG-GGAATATTTTT-----TCATTAAAT------TTTTATGCTTATAGAGAATGG--------TTCTAAAACGT--CAAAT----GC-CT---GTAAGACGTTTTT-G--T--AAA--GTCTTCGACGTCGCG------CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGGACCAAGCAGGGTGATATAAAAT-TCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTTATTTGATGTTGGGTGGGGGTGGGTCGACAACGC-T-ACCATCATC--A---AAC--CA----------------------TG-TA-AATGA-TAA-AAACAC---AAATTGTGA-CA--G--TGGGA-TCA---TTGAATTCCAAGGGATGATCACGCAA-CAATTCTCTCC---TTTCTCCG
gi|4 : ttttgtggataa----GAAGAATGTTATAA-TCAAGCGA--AT-GATTCA-------AGAATCTAACGTC-AA--T--A-TCGTGT--CTCGGAAAGCAGTCATATCATTTGT-CATGTCACACA-------TTAG--T---T--TTTAATGAGT-ATA--TA-ATT------------TACG-TAAAAAAAAAAAAAGTAA---T-AAGTTGTCGC--AGAGCAGTGA--------CT-C-ACGAAGCGTTTCACAGACTAATCGATATAATAAAT-AGCATTTAATAAGA-ATAACCAAA-----CTA-----TTGTCCAGTCT-GTTTTTTTTT--TTTTTACGCGGAATATTTTTTTTCAT---TAAACTTTTTTT---------ATGCTTAAGCAGAATGGGTTCTTAAAACGTCGCAAATGAACGCGCT---GAAAG-CGTTTTT-G--T--AA---------GA------G------CTAACGAAGC-AGCGATATCATG------AATATTGACATCCGGACCAAGCAGGGTGATATCAATC-TCT
gi|5 : tttttttaatttttgcgtagatataAGAATGTTT-AAACCAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AAAG-C-AA--T--G-TCGT-T--C-CGGAA-GCAGT-GTA-CATT-GT-CG-GTC---CA-------T--G--TTTCT--TCT--T---C-ATA--TA-GTT------------GATA-AA-------------TAAG--T-G----CTC-T--AG-T-----A--------TA-C-ATAGA-CGTTTCACAGG--AATCAACATTATAAAT-A-CATTTAATA----------AAA-----CAA-----CTAN-NNNNNN-N------NNN--NNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-----N---NNNNN------N---------NNN----------------NNNNNNNNNNN--NNNNN----NNNC------AAGACGTTTTT-GAAC--AAA--GTCTTCGAGGTCG-A------CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGG---AAGCAGAGTGATATGA
gi|6 : ataagT----GAAGAATGTTT-AAATCAAGC-A--ATCGGT--ACTTATTAAGAAT--AACC-CTAA--CATG-TCGT-TTTC-C--AA-ATAGT-GTAACATC-TTACA-GTC---CAGGACTCAT--GGTT---C--TCT--T---CTACTATTA-GTT------------GATG-CA-------------TCA---TGA----ATCGCCGAGAA-----AAGTGCTTTTAGT-ATAGA-CGTTTCACAGGACACTCGACATTA-AAATGA-CATTTAATAAAA-A-C--CAAA-----CAA-------GT--AGTCCAG------TATGATTTTTATG-GGAA-A--TTT-----C---TAA--------T---------AAG----------------TATTAAACCGT--t
gi|7 : gatgtgattgtcttactttgatcGGGAGGGGGAGCCGACAACGG-TAACCCTCATT--GATTAACCGCGCCACACC-ATTATATCGCTTTCTGTTG-AGTAACTAA-TAACAC---AACTTTTGA-CA--t
gi|8 : ATGTTGGGTGGGGTTGGGTCGACAACGC-T--CCATCATC--A---AG----ACCATGTA-CAAAT---GC--------------A-TAA-AAACACCAAAATTTGTGAACA--G--TGGGA-TCAAAATTGAACTCCAAGGGATGATCACGCAAGCAATTCCTCCCATATTCGTCCGCCagcgtgaatatttggagattgcacaagacatctatcaaattatacatgatatacatgttacactcaatacaagttgttttttaaagctatgcatccaataaagaatgatcccgcaaaatttcccc
gi|9 : tcctcagtttagtctctgcaT----GAAGAGTGCTTAAAATTAAGC-A--GT-GGT--G-------AGAAT--GTCG-C-CA--C--A-TC--------TGGAA-GCGGT-ACA-CGTT-GT-CG-GTC---AG-------T--G--T---T--TCT--T---C-ATT--TG-GTTTATGCAAAAAA-GATG-GA-------------TA------A----GTCGC--AGAA-----A--------agtt
blockSeqs : CAA T G AT C TC CTTATTA CT T T GCT T G TTC A C T TGT T CAGGACTCATGGTTC AA GAG T AT T TACGTAAAAAAAAAAAAAGTAATAAGTTGTCGCAGAGCAGTGACTC T G ACT C T AG ATAACC . T T CC TGTTTTTTTTT GC TATTTTTTTTCATTAAACTTTTTTTATGCTTAAGCAGAATGGGTT CG GAACGCGCT T G TAA AA C C ATCGGC A AA G T G T CAT . G G GG GTAA GATT CG C GCTG ATC TTCT T A C T CAA A . GA T AAA GC C ATA
blockSeqs : . T . . . . . . . . CAT . . CT . . A TTA . ACACATTAGTT . . . . . GATGAAATTTCATAACTATAGTCGCAGAAAGTGCTATAGT C . GAC A A GA TAAC . G T C GGGTTTTT G TATTTTTTCATTAAATTTTTATGCTTATAGAGAATGGT . ACCTATA T . AAC . C . . . . . . G . . . . G GG TCA CAA . A CCG ATC TTCC . . . . . . . . . . C T .
blockSeqs : . T . . . . . . . . C . . C . . . GT . CATGTTTCT . . . . . GATGCATCATGAATCGCCGAGAAAAGTGCTTTTAGT T . GA A A A ACC . T T C CAGTATGA N NNNNNNNNNNNNNNNNNN . GCGCT T . T . C . . . . . . G . . T GT CAT G . C ATT AT TTTC . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . C . . C . . . GA . CATGTTTC . . . . . GATTAATAATTAGTCGCAGACATAT T . AC A T A AA . A C N NNNNN G TATTTAAATGTAT . GCCT A . T . G . . . . . . G . . G GG CTA A . C CAA . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . T . . C . . . GT . CATGTTCC . . . . . GATAAATAAGTGCTCTAGTATAC . . G C T A . . A . . T . ATTTCTAATAAGT . NNNC . . T . . . . . . . . . T TT CT A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . C . . C . . . GT . TGTGTT . . . . . . . T
blockSeqs : . T . . . . . . . . T . . C . . . GT . CATGTT . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . T . . C . . . GT . AGTGTT . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . T . . . . . . . . CT . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . . . . . . CT . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : **** ***** T***** CGNTTT******** T**** G****** GG CNA** A***** **
originalCons : NNTTGTCTCTT----GAAGAATGTTTTAAATCAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-AA--C--G-TCGT-T--C-CGGAA-GCGGT-ATA-CATT-GT-CG-GTC---CA-------T--G--T---T--TCT--T---C-ATT--TA-GTT------------GATG-GA-------------TAA---T-A----GTCGC--AGAN-----A--------TA-T-ATAGA-CGTTTCACAGGACANTCGACATNATAAAT-A-CATTTAATAAAA-A-A--CAAA-----CNA-----TTGT-CAGTCC-G------TTT--TTTTTACG-GGAATATTTTT-----T---TAAAC------T---------ATA----------------TTTTAAAACGT--CAAAT----GCGCT---GTAAGACGTTTTT-G--T--AAA--GTCTTCGACGTCG-G------CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGGACCAAGCAGAGTGATATAAAAC-TCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCTATTTGATGTTGGGNGGGGGGGGGTCGACAACGC-T-ACCATCATC--G---AAC--CACCATACC-CCGATATCGCTTCCTG-TG-AGTAA-TAA-AAACAC---AACTTGTGA-CA--G--TGGGA-TCA---TTGAACTCCAAGGGATGATCACGCAA-CAATTCCCTCC---TTCGCCCGCCCG
finalCons : NNTTGTCTCTT----GAAGAATGTTTTAAATCAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-AA--C--G-TCGT-T--C-CGGAA-GCGGT-ATA-CATT-GT-CG-GTC---CA-------T--G--T---T--TCT--T---C-ATT--TA-GTT------------GATG-GA-------------TAA---T-A----GTCGC--AGAN-----A--------TA-T-ATAGA-CGTTTCACAGGACANTCGACATNATAAAT-A-CATTTAATAAAA-A-A--CAAA-----CNAT-----TGT-CAGTCCGNTTT--------TTTTTACG-GGAATATTTTT-----T---TAAAC------T---------ATA----------------TTTTAAAACGT--CAAAT----GCGCT---GTAAGACGTTTTT-GT----AAA--GTCTTCGACGTCG-G------CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGGACCAAGCAGAGTGATATAAAAC-TCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCTATTTGATGTTGGGNGGGGGGGGGTCGACAACGCNA--CCATCATCA-----AAC--CACCATACC-CCGATATCGCTTCCTG-TG-AGTAA-TAA-AAACAC---AACTTGTGA-CA--G--TGGGA-TCA---TTGAACTCCAAGGGATGATCACGCAA-CAATTCCCTCC---TTCGCCCGCCCG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CGGATCATTGGAGCTAGACATTCAGTATATTTAATGTATAAATACCGATGCAGACAATCTGCGACAAAAACTTCCAGGGATAATCACATATAATTTTGCTCCTCTCACCCGTCATTCACTATGATATATA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 1111111 1111111111111111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 11111 222222 4444444444444 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 111 22222 111111 2222222 111 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 11 111 1111111111111 111 11 111 11 111
lowQualScore : 7777 1 3 44 3 44 0000000 55 3 3 88888 3 0 3 5555 3 3 7 6666 3 9999999999999999999999999 55 666 3 55 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 6 999 1 1 666 6 33333 66666 1 444444 99 2222222222222 99 66 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 77 7777777 111 0 5 00000 99 6 6 999999 6 99 6 6 0000000 8 444 0 3 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 1 55 77777 55 111 2222222222222 888 4444 6 6 6 6 111 6 99 11 8 777 88 6 777
lowQualScore : .... . . .. . .. ....... .. . . ..... . . . .... . . . .... . ......................... .. ... . .. . ........................................................................... . . ... . . ... . ..... ..... . ...... .. ............. .. .. ......................................................... .. ....... ... . . ..... .. . . ...... . .. . . ....... . ... . . ............................................................................................................................. . . .. ..... .. ... ............. ... .... . . . . ... . .. .. . ... .. . ...
lowQualScore : 2222 3 1 22 1 22 0000000 00 6 6 77777 6 5 6 5555 6 6 3 1111 6 3333333333333333333333333 00 444 6 00 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7 7 333 0 0 888 7 33333 77777 0 000000 22 3333333333333 22 88 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99 3333333 777 3 7 11111 22 7 7 222222 7 22 7 7 2222222 0 000 8 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 0 00 33333 88 777 5555555555555 888 2222 7 7 7 7 777 7 22 00 0 555 88 5 555
consensus : NNTTGTCTCTT----GAAGAATGTTTTAAATCAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-AA--C--G-TCGT-T--C-CGGAA-GCGGT-ATA-CATT-GT-CG-GTC---CA-------T--G--T---T--TCT--T---C-ATT--TA-GTT------------GATG-GA-------------TAA---T-A----GTCGC--AGAN-----A--------TA-T-ATAGA-CGTTTCACAGGACANTCGACATNATAAAT-A-CATTTAATAAAA-A-A--CAAA-----CNA-----TTGT-CAGTCCG-----GTTT--TTTTT--ACG-GGAATATTTTT-----T---TAAAC------T---------ATA----------------TTTTAAAACGT--CAAAT----GCGCT---GTAAGACGTTTTT-G--T--AAA--GTCTTCGACGTCG-G------CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGGACCAAGCAGAGTGATATAAAAC-TCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCTATTTGATGTTGGGNGGGGGGGGGTCGACAACG-CN-ACCATCATC--GA---ACCAC--CATACC-CCGATATCGCTTCCTG-TG-AGTAA-TAA-AAACAC---AACTTGTGA-CA--G--TGGGA-TCA---TTGAACTCCAAGGGATGATCACGCAA-CAATTCCCTCC---TTCGCCCGCCCG
Reference ( family-1381 ) : NNTTGTCTCTT----GAAGAATGTTTTAAATCAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-AA--C--G-TCGT-T--C-CGGAA-GCGGT-ATA-CATT-GT-CG-GTC---CA-------T--G--T---T--TCT--T---C-ATT--TA-GTT------------GATG-GA-------------TAA---T-A----GTCGC--AGAN-----A--------TA-T-ATAGA-CGTTTCACAGGACANTCGACATNATAAAT-A-CATTTAATAAAA-A-A--CAAA-----CNA-----TTGT-CAGTCCG-----NTTT--TTTTT--ACG-GGAATATTTTT-----T---TAAAC------T---------ATA----------------TTTTAAAACGT--CAAAT----GCGCT---GTAAGACGTTTTT-G--T--AAA--GTCTTCGACGTCG-G------CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGGACCAAGCAGAGTGATATAAAAC-TCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCTATTTGATGTTGGGNGGGGGGGGGTCGACAACG-CN-ACCATCATC--AA---ACCAC--CATACC-CCGATATCGCTTCCTG-TG-AGTAA-TAA-AAACAC---AACTTGTGA-CA--G--TGGGA-TCA---TTGAACTCCAAGGGATGATCACGCAA-CAATTCCCTCC---TTCGCCCGCCCG
gi|1 : ATGTTTTCAATCAAGC-A--AT-TTT--A-------ATAAT--AACG-C-AA--T--G-TCTT-T--C-CGAAA-TCACT-ATA-CATT-GT-CG-GTC---CA-------A--G--T---T--TCT--T---C--TT--CA---T------------GAGT-GC-------------T-A---T-A----GT-------AT-----A--------TA-TCATAGA-CGTTTCACA-GACACTCAACATAATAAAT-G-CATTTAATAAAA-A-A--AAAAAACCTCAACTATTTTGT-CAGTCTG--------T--TTTTT--ACG-GGAA-ATTTT--------------C------T---------ATA-----------------TTTAAAACAT--CAAAT----GC-CT---GCAAGACGTTTTT-G--GGAAAA--GTCTTCGAAGTCT-G------CT-GCA--GCAAGC-ATA-CATAAAATTTAATA-TGA---TCGGACCAAGCAGAGTGATATAAAA
gi|1 : acaagcatTATCTGATGTTGGGTGGAG-----TCGACAACG-AATACCATCATCC-AA---ACCAC--CATACC-CCAATATCGCTTCCTG-TG-AGTAA-TAA-AAACAC---AACTTGTGA-CAGGG--TGGGA-Taannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttccttttaatatctgatgttgggtggagtcgacaacgaataccatcatccaaaccaccataccccaatatcgcttcctgtgagtaataaaaacacaacttgtgacagggtgggatgtccgatcattggagatacacacttggacgccttcaaacaatgttcagaagaaactttaagagatgatcacgcaaaaattccctcctttgcccgcccgctatttattatgatatataaaacgtacatcgatattaagtc
gi|1 : acaagcatatgttttcaatcaagcaattttaataataacgcaatgtctttccgaaatcactatacattgtcggtccaagtttcttcttcatgagtgctatagtatatatcatagacgtttcacagacactcaacataataaatgcatttaataaaaaaaaaaaacctcaactattttgtcagtctgttttttacgggaaattttctatatttaaaacatcaaatgcctgcaagacgtttttgggaaaagtcttcgaagtctgctgcagcaagcatacataaaatttaatatgatcggaccaagcagagtgatataaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttccttttaaAACTTTAAGAGATGATCACGCAA-AAATTCCCTCC---TTTGCCCGCCCGgtccgatcattggagatacacacttggacgccttcaaacaatgttcagaagaaactttaagagatgatcacgcaaaaattccctcctttgcccgcccgctatttattatgatatataaaacgtacatcgatattaagtc
gi|11 : acaagcatatgttttcaatcaagcaattttaataataacgcaatgtctttccgaaatcactatacattgtcggtccaagtttcttcttcatgagtgctatagtatatatcatagacgtttcacagacactcaacataataaatgcatttaataaaaaaaaaaaacctcaactattttgtcagtctgttttttacgggaaattttctatatttaaaacatcaaatgcctgcaagacgtttttgggaaaagtcttcgaagtctgctgcagcaagcatacataaaatttaatatgatcggaccaagcagagtgatataaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttccttttaatatctgatgttgggtggagtcgacaacgaataccatcatccaaaccaccataccccaatatcgcttcctgtgagtaataaaaacacaacttgtgacagggtgggatgtccgatcattggagatacacacttggacgccttcaaacaatgttcagaagaTTGTCTCTTTCAAGAAGAATGGTTTGAATTAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-CA--C--G-TCGT-T--C-AGGAA-GCGGT-ATA-CATT----------------------------C---T--TCT--T---C-ATT--TA-GCT------------GATG-GA-------------TAA---ctatttattatgatatataaaacgtacatcgatattaagtc
gi|12 : gatgtgaTTGTCTCTTCAA-GAAGAATGGTTTGAATTAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-CA--C--G-TCGT-T--C-AGGAA-GCGGT-ATA-CATT----------------------------C---T--TCT--T---C-ATT--TA-G--------------GATGTGA-------------TAA---g
gi|13 : gatgtgtGGGGGGGGGGGGTCGACAACT-TC-ACCATCATCCAAA---ACCAC--CCTGTCGCTGATAT-GCTTCTTG-TGAAGTAA-T---TAACAC---AGCTTGTGG-CA--G--TGTGATTCA---TTGAg
gi|14 : TTGTCTTTT----GAAGCACGTTTTAAATCAAGC-A--TT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-AA--T--G-TCAT-T----CGAAA-AGGGT------ACT-GT-CG-GCC---CA-------T--G--T---TTCTCT--T---C-ATT--g
gi|15 : ttggatgcgaTTGTCCATT----GAAGAATGTATTAA-TCAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACG-C-AAGCT--GTTCCT-T--C-CAGAA-GTG
gi|16 : gcgaTTGTCTCTT----GAAGAATGTTCTAAATTAAGC-AATAT-GGT--A-------AGA
gi|17 : tatggatgttaT-GA-CG-GTC---TG-------T--G--T---T--TCT--T---C-CTT--TG-GTTTATGAAGACAAAGATG-GA-------------TA------A----GTCGC--AAAG-----A--------gaattaataatgccgt
gi|18 : TTGTCTCTT----GCAAAATGTTTTAAATTAAGC-A--AT-ATT--A-------AGAA
gi|19 : atagatgtgaTTTTG-G--T--AAAAAGTCTTCGACATCG-G------CT-ATG--GTAAGC-ATA-GGTG------A
gi|2 : tT-ATA-CACT-GT-CG-GCC---CA-------T--G--T---TCCTCT--T---C-ATT--TA-GTT------------GATG-AAATTTCA-------TAACTAT-A----GTCGC--AGAA-----AGTGCTA--TAGT-ATAGA-CGTTTCACAGGA-ACTCGACATTATAAAT-A-CATTTAATAAAA-A-A---AAG-----CTA-----TTGT-CAGTA----------T--CTTTT--AC--GGAATA----T-----T---TAAA-------T---------GTA----------------TTTT-AACCGT--CAAGT----AC-CTATAGTGATACATTTTTGG--TAAAAA--GTCTTCGACATCG-GATCGGCTT-ACG--GCAAGC-ATA-TAT--------AGA-TGA---ACGGACCAAGCAGAGTGACATAAAACTTCTTt
gi|2 : tCATCTAATT-ATGTAGGGGGGGGGGGGGCTGACACCT-CA-TCCATT-TT--GA---ACCAA--CATACC-CCGATATCGCTTCCTG-TG-AGTGA-AAATAAACAC---AACTTGTGA-CA--GGATGGGA-TCA---TTGGAtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttcattcaacatctaattatgtagggggggggggggctgacacctcatccattttgaaccaacataccccgatatcgcttcctgtgagtgaaaataaacacaacttgtgacaggatgggatcattggagatcacaaagacgccttccaaatatattaacgccaatacaatactttaaaatgatcacgcaaaatttttccttcgcccacccgctatttacttttatatttcattaaattttgcataaatatagt
gi|2 : ttatacactgtcggcccatgttcctcttcatttagttgatgaaatttcataactatagtcgcagaaagtgctatagtatagacgtttcacaggaactcgacattataaatacatttaataaaaaaaagctattgtcagtatcttttacggaatatttaaatgtattttaaccgtcaagtacctatagtgatacatttttggtaaaaagtcttcgacatcggatcggcttacggcaagcatatatagatgaacggaccaagcagagtgacataaaacttctttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttcattcaaATGATCACGCAA--AATTTT-TCC---TTCGCCCACCCGgatcacaaagacgccttccaaatatattaacgccaatacaatactttaaaatgatcacgcaaaatttttccttcgcccacccgctatttacttttatatttcattaaattttgcataaatatagt
gi|20 : ttatacactgtcggcccatgttcctcttcatttagttgatgaaatttcataactatagtcgcagaaagtgctatagtatagacgtttcacaggaactcgacattataaatacatttaataaaaaaaagctattgtcagtatcttttacggaatatttaaatgtattttaaccgtcaagtacctatagtgatacatttttggtaaaaagtcttcgacatcggatcggcttacggcaagcatatatagatgaacggaccaagcagagtgacataaaacttctttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttcattcaacatctaattatgtagggggggggggggctgacacctcatccattttgaaccaacataccccgatatcgcttcctgtgagtgaaaataaacacaacttgtgacaggatgggatcattggagatcacaaagacgccttccaaatatattaacgccaatacaatactttaaaAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AACA-C-CA--C--C-TCGT-T--C-CAGAA-GCGGT-ATA-CATT-ctatttacttttatatttcattaaattttgcataaatatagt
gi|21 : TAAAACGT--CAAAT----GCGCT---GTAAGACGTTTTT-G--T--AA
gi|3 : AAGAATGTTTTAAATCAAGC-A--AT-GAT--A-------AGAAT--AACG-C-AA--T--G-TCGT-T--C-CGGAA-GCAGT-ATA-CATT-GT-CT-GTC---CA-------T--G--T---T--TCT--T---C-ATG--TATATT------------GATT-AA-------------TAA---TTA----GTCGC--AGAC-----A--------TA-T-A--GA-CGTTTCACAG-ACTATCGATATAATAAAT-A-CATT-AATAAAATA-A--CAAA-----CGA-----TTGT-CAGTCGG-----GTTT--TTTTTTTACG-GGAATATTTTT-----TCATTAAAT------TTTTATGCTTATAGAGAATGG--------TTCTAAAACGT--CAAAT----GC-CT---GTAAGACGTTTTT-G--T--AAA--GTCTTCGACGTCGCG------CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGGACCAAGCAGGGTGATATAAAAT-TCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTTATTTGATGTTGGGTGGGGGTGGGTCGACAACG-CT-ACCATCATC--AA---ACCA------------------------TG-TA-AATGA-TAA-AAACAC---AAATTGTGA-CA--G--TGGGA-TCA---TTGAATTCCAAGGGATGATCACGCAA-CAATTCTCTCC---TTTCTCCG
gi|4 : ttttgtggataa----GAAGAATGTTATAA-TCAAGCGA--AT-GATTCA-------AGAATCTAACGTC-AA--T--A-TCGTGT--CTCGGAAAGCAGTCATATCATTTGT-CATGTCACACA-------TTAG--T---T--TTTAATGAGT-ATA--TA-ATT------------TACG-TAAAAAAAAAAAAAGTAA---T-AAGTTGTCGC--AGAGCAGTGA--------CT-C-ACGAAGCGTTTCACAGACTAATCGATATAATAAAT-AGCATTTAATAAGA-ATAACCAAA-----CTA-----TTGTCCAGTCTGTTTTTTTTT--TTTTT--ACGCGGAATATTTTTTTTCAT---TAAACTTTTTTT---------ATGCTTAAGCAGAATGGGTTCTTAAAACGTCGCAAATGAACGCGCT---GAAAG-CGTTTTT-G--T--AA---------GA------G------CTAACGAAGC-AGCGATATCATG------AATATTGACATCCGGACCAAGCAGGGTGATATCAATC-TCT
gi|5 : tttttttaatttttgcgtagatataAGAATGTTT-AAACCAAGC-A--AT-GGT--A-------AGAAT--AAAG-C-AA--T--G-TCGT-T--C-CGGAA-GCAGT-GTA-CATT-GT-CG-GTC---CA-------T--G--TTTCT--TCT--T---C-ATA--TA-GTT------------GATA-AA-------------TAAG--T-G----CTC-T--AG-T-----A--------TA-C-ATAGA-CGTTTCACAGG--AATCAACATTATAAAT-A-CATTTAAT--AA-A-A--C-AA-----CTA-------------NNNN-----NNNN--NNNNN--NNN-NNNNNNNNNNN-----N---NNNNN------N---------NNN----------------NNNNNNNNNNN--NNNNN----NNNNN---NCAAGACGTTTTT-GAAC--AAA--GTCTTCGAGGTCG-A------CT-ACG--GCAAGC-ATA-CATG------AATA-TGA---TCGG---AAGCAGAGTGATATGA
gi|6 : ataagT----GAAGAATGTTT-AAATCAAGC-A--ATCGGT--ACTTATTAAGAAT--AACC-CTAA--CATG-TCGT-TTTC-C--AA-ATAGT-GTAACATC-TTACA-GTC---CAGGACTCAT--GGTT---C--TCT--T---CTACTATTA-GTT------------GATG-CA-------------TCA---TGA----ATCGCCGAGAA-----AAGTGCTTTTAGT-ATAGA-CGTTTCACAGGACACTCGACATTA-AAATGA-CATTTAATAAAA-A-C--CAAA-----CAA-------GT--AGTCCA-----GTATGATTTTT--ATG-GGAA-A--TTT-----C---TAA--------T---------AAG----------------TATTAAACCGT--t
gi|7 : gatgtgattgtcttactttgatcGGGAGGGGGAGCCGACAACGGTA-ACCCTCATT--GATTAACCGCGCCACACC-ATTATATCGCTTTCTGTTG-AGTAACTAA-TAACAC---AACTTTTGA-CA--t
gi|8 : ATGTTGGGTGGGGTTGGGTCGACAACG-CT--CCATCATC--AA---G--AC--CATGTA-CAAAT---GC--------------A-TAA-AAACACCAAAATTTGTGAACA--G--TGGGA-TCAAAATTGAACTCCAAGGGATGATCACGCAAGCAATTCCTCCCATATTCGTCCGCCagcgtgaatatttggagattgcacaagacatctatcaaattatacatgatatacatgttacactcaatacaagttgttttttaaagctatgcatccaataaagaatgatcccgcaaaatttcccc
gi|9 : tcctcagtttagtctctgcaT----GAAGAGTGCTTAAAATTAAGC-A--GT-GGT--G-------AGAAT--GTCG-C-CA--C--A-TC--------TGGAA-GCGGT-ACA-CGTT-GT-CG-GTC---AG-------T--G--T---T--TCT--T---C-ATT--TG-GTTTATGCAAAAAA-GATG-GA-------------TA------A----GTCGC--AGAA-----A--------agtt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CGGATCATTGGAGCTAGACATTCAGTATATTTAATGTATAAATACCGATGCAGACAATCTGCGACAAAAACTTCCAGGGATAATCACATATAATTTTGCTCCTCTCACCCGTCATTCACTATGATATATA