lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111
lowQualScore : 1 1 11 2222222 4444444444444 11 11 11111111 1 1 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 777777777777777777777777777777777777777 1 4 4 111 1 1 222 4 1 1 3333 1 1 000000 44 4
lowQualScore : 1 2 1 3 88 55 4 1 22 7777777 9999 555 1 3 8888888888888 11 2 3 99 3 22222222 1 4 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 111111111111111111111111111111111111111 6 4 2 5 6 6 0 0 6 888 5 5 6 6 6 6 6 999 6 0 7 5 6 8888 6 5 5 6 666666 66 6 0
lowQualScore : . . . . .. .. . . .. ....... .... ... . . ............. .. . . .. . ........ . . . .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. . ....................................... . . . . . . . . . ... . . . . . . . ... . . . . . .... . . . . ...... .. . .
lowQualScore : 7 2 9 4 11 55 0 1 99 5555555 1111 444 8 6 7777777777777 22 3 3 33 3 22222222 0 2 3 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 111111111111111111111111111111111111111 0 0 5 0 0 0 0 0 0 000 0 0 0 0 0 0 0 000 0 0 0 0 0 0000 0 0 0 0 000000 00 0 0
consensus : ATGGTCCGAATTTCGACAANTTTT-GTCC--A-CCTTGTAAAAACGCTGT---TA--AATC---ATCGCA--CGTACGT-A-----T-TT--ATGAGGCTGTACGACA-TGTCGTACA-TT---A----TTTCACCTGTTTTAACCAGAATT------------ATT--------------GTGTTTNTAAACAAC-GTCACTCGGCCATTTC------TAATGCAT-T--------T--------A--------AATCAAGTGAC--A------GTCACGTG--TCCAGTTCAGA----C---NT------C-NAGGT--G-TCTTATCTGTG-A-AGCTGTGTA--------T--TTTGTTACTA----CA-G-TACCGTGTC----A-T--------AA---T---A-A--------A----AATATCAAATA-C----T--T----------AATTCCTAG--ATATTCGTTGTTTTACGCTCTTTC--A--NACCTAAANTTT-GANCAGTTNTGCTGNGCCATGTTTGGAANCCNTGTCGTACGCATGGGT-CTATTCATAGATGCATATCCAGACATGGCTTCGAGTCGGCAAGAAAAAGCACCAGTCCT-AAATGAACACACCAAAACTCTCAACAAAGAGGAAATTAAAGAAAAG-TCGAGATTGCAGAA
Reference ( gi|1 ) : ATAGTCCAAATTTCTACAAATTTT-GTCC--A-CCTTGTAAAAAGACTGT---CT--AATT---ATCGCA--CGTACGT-A-----T-TT-CGGGAGGCTGTATGACA-TGTAATACA-TT---A----TTTCACCTCTTTAAACCAGAATT------------AT---------------GTGTTTGCAAACAACGGTCCCTCAGTCATTTC------TAATGC------------T--------A--------AATCAAGTGAC--A------GTCACGTG--TTCAGCTTAGA----C---CT------C-CAGGT--G-TTTTATCTGTGGAAAGCTATGTA--------TAATTTGTTACTA----AA-A-TACCGTGTC----A-T--------AA---T---A-A--------A----AATATCAAATA-C----T--T----------AATTCCTAACTATATTCGTTGTTTTACGCTCTTTC--A--CATCTAAAATTT-GACGAGTTATG-TACGT----TTTGGGATTCCTGTCATGCGC-TGGGTACTATTTATAGACATATAGCCAGCCATAGCTTTGAATTGGCGAGAAATGACACCAGTCTTAAAAAGAACAGACTATACGTTTCAAGAACGAAG-----GAAGAAAAATTTGAGA-TGCAGAA
gi|6 : ATAGTCCGACTTTCGACAAATTTT-GTCC--A-CCTTATTAAAACACAGT---TT--AATG---ATCACA--CACACTT-A-----T-GT--AAGAGGCTGTACGACA-CATCATACA-TTATCA----TTTCA-CTGTTTTAACCAGATTTTTTTGGTTTTAAATCG-------------GTGTTTACAAACAATGGTCACTTGGCCATTTC------TAATGCATATTCAGAAGAT--------A--------AATCAAATGAC--A------GTCATTTG--TCCAGTTCAAA----C---TT------C-CAG
gi|8 : gtATGGTTCAAATTTTGACA--TTTT-TCCC--A-CCTTGCAAAAACGCTGT---TA--AATCTCCATTGCA--CGTACGC-A-----T-T--CAAGAGGCTG---AACA-TGTCATACA-TT---A----TTTCACCTGTTTAAACCATAATT------------A------------------GTTTTTAAACAAC--------------TTC------TAATACA-----------T--------A--------AAT---G-GAC--A------GTCACGTG--TCTAGTTTAGAGG--CAAGAT------CATAGGTC-G-TCTTACCTGTGTAAAGCGGTGTATTTTCTACTGTTTTGTTACTA----TG-G-TTCCATATC----A-T--------AAGT-T---C-A--------AGAGGAATATAAAATC-C----T--aggaaagtcagatcattggtggtcttttcagtgtaaagcaaagtacaacaccatgtaataaa
gi|17 : ATGGTCTGAATTTCAACAAATTCT-GTCC--A-CCTTGT--AAAGACAGT---TA--AATC---ATCGCA--CGTAAGT-A-----T-TT--ATGAGAATGTACGACA-TGCCATATG-TT---A----TTGCAC
gi|5 : tctTAATCCAAATTTCGACAA----T--CCC--A-CTCTGTAAAAATGCTGTTAACTTAAATC---ATTGTA--CATGTGC-A-----TATT-CATGAAGCTGTGCAATA-TATCGTACA-TT---A----TT-CACTTGTATGAACCAGAATT------------AT---------------TTAATTTTAAATAAC--TCACTCCACCATTTC------TATTTT------------C--------ACG------AATCAAGCGACGAA------G-CACGTG--TCCAGGTCACA----C---ATAAGATAC-CAAAG--G-TCTT-------------TATGCA--------T--TTTATTACTT----CA-A-CACCATGCC----CTT--------AG---TTTAA-A--------A----AATATCAACTA-C----C--T----------TAGTCGCA-----ATTCGTTCATATGCGCCTTTTCAGA--CAT---AACTTT-GAACAGTT
gi|7 : atTGGTCCGAAATTTTGCAACCGTT-GTTC--A-CATTGTATAATCATTGT---TA--GGTT---ACCGCA--CTTGTGT-AAATGATACT-TAGGAGACTGTA-GATAATGCA-TACA-TT---A----TTTCATATGTTTTAATTAGGATT------------GTATAATTTTTTAATCGGTGTTCACAAACAACTGTCACTTGGTTAATTT------AAGTA-------------T--------A--------AAGTATTTGAC--A------GTCACGTG--TCTATCTCAGA----C---TT------CGGAGGTAAG-----ATC----GACAACTGTGTA--------TG--TTGTTTCAA----CA-A-TACgc
gi|15 : ttgtgaaactagcgtTGGTCCGAATTTCGACAATTTTT-ACCCCCA-CCCTGTAAAAACACTGT---CA--AATC---ATCATA--TGCACAT-A-----T-TT--ATGAAGCTGTGCGAGA-TATTGTACA-TT---A----TTTCACTTGTTTttgcgagaatagg
gi|9 : TGGTCTGAATCTCGACTATTTTTTGTCC--A-CCTCGTAAAAC-ACTGT---TA--AATC---ATAGCA-------------------------AGCCTGTACAGCA-TGTCATACA-TT---A----TTTT-TCTGTTTTAACCAGTATT------------ATTTAATTTGAAATTG-ATGTTTACAAACAACTGTCACTCGG-CATC----------AT---------------------------------ATCAAGTAAC--A------GCAAGGTGCTTTCAGta
gi|3 : TCCGAGTTTTGACAAATTTT-GTTC--G-CCTTACTTAACG-CTAT---AA--AATT---ATCCTA--CGTGTAT-A-----T-TT--ATGAGGCTGT------------TACT-TT--------TTACAGCTGTTGTAACCAGAATT------------ATTTAGGTTTTAATTG-GTGTTTATAAATAACTGTCACTCGGCCATTTT------TAATGCATATTCAGAAGAT--------A--------AATCAAGTGAC--A------ATCAGTTG--TCCAGTCCAGAAGATC---AT------C---GGT--GATCTTATTTATGTATAGCT--GGC--------TAATTTATTACTA----CA-G-TACCGTGTC----A-T--------AAGTTT---A-AAAGAAATGA----AACATCAAATA-C--------------------CTTCTAG--A-ATTCGTTGTTTTGAACTCTTTC--A--AACCTAACTTTA-GAC-AGTTaggtaag
gi|4 : tAATTTCGACAA-TCTT-CTC--------TGTAAAAACGCTGT---TA--AATC---ATCGCAAATGTACAT-A-----T-TT--ATGAAGCTGTGCGAGA-TATCGTACA-AT---A----TTTCACTTGTTTGAACCAGAATT------------ATTTCATTTTAAATCA-GTCTTTATAAATAAC--TCACTTCGCCATTTCTATTTATAATCC------------C--------G--------AATCAAGCGAT--AAAGCATGT-ACGTG--TCCTGTTCAGA--------GG------C-AAGAT--A-CCATATGTTT------CTGTGCA--------T--TTTATTACTACTGTAACATTACCGTGTCTTGAA-TTAAAGAAAAA---C---A-A--------A----AATACCAAATACC----T--T----------AGTAGCTGGC-AC-TTCATTATTGTAAGCTCTTTC--A--GACCTAgcaactgagtaatatatacatcatattaggatt
gi|11 : tggtacatgattaaacggTTTCCACAATTTTT-TTTC--AACCTC--AAAAACACTGC---TA--AATT---ATAGTA--TGTACATTA-----T-TT--ATAAGGCTGCACAGTA-TGTCATACATTT---T----TTTCAACTATTTTAACCAGAATT------------AT---------------TTGATTTTAAAtataactctaaacatttgcgtc
gi|19 : tt--AATC---ATTGCA--TGTACAT-A-----T-TTACA--AAGCTATGTGAGG-TATCGTACA-CT---AGCTATTTCACTTGTTTTAACCAGAATT------------AT---------------tcagtattttcaactgtcactgaggaatgaccataatgca
gi|10 : tgataAGGCTGTACAACA-TGT------------------TTCCCCGTTTTAA-CCAGAATT------------AT---------------CGGTCTTTATACGAC-----------CATTTC------TAATGCATGT--------T--------AAGATTTTCAGTCAAATGAA--A------GTCACTTG--TCCAGTTTAAA----C---TT------C-AAGtt
gi|2 : ccgtactacaatatgctgtagtgtcataaccaaacatatTTTTAACCAGAATTTTTAGGTTTTAAATTG-------------ATGCTTTCAAACAACAATCACCCGGCCATTGC------TAATGCATAT--------TCAGAAGAAA--------AATCAA----C--A------GTCACGTG--TCCAGTTCAG-----------------C-GA---------TCATCGGTGG---TCTGTGTA--------T--TGTGTTACTG----CA-A-TACTTTGTC----A-T--------AA---T---A-A--------G----TGTTTCACGTT-T----T--TGTTTAAGAGAAATACTTAA---TAATCGTTGTTTTACGCTCAATC--AATTATC---AATTTAGAC---TTTTG-TACGCCATGTTTGAAATCCCT-TCGTACGCATGGGT-CTATTCATAGATGCATATCCAGACATGGCTTCGAGTCGGCAAGAAAAAGCACCAGTCCT-AAATGAACACACCAAAACTCTCAACAAAGAGGAAATTAAAGAAAAG-TCGAGATTGCAGAAacgaaaaggcaa
gi|20 : TC------TAATGC------------T--------A--------AATCAGGTGAC--A------GTCATATG--TT-A-------------------------------------TATTTGT--AAAGCTGTGTA--------T-TTTTATTACTG----CA-G-TATCGTGCC----A-C--------AA---t
gi|16 : cacta--------AA---T---ACA--------A----AACATCAAATA-CATCATAGT----------GATTCCCAA-TAT-TTCGTTGTTTTACGCTCTTTC--G--AACTT----TTT-AAACAGGTGTGCTGAGT----TTTGGAAATCATGT
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ACTGGCTTTTACTTACAACTGTTACTTGGTCAGTTCAGCTGTTTGTTCCAAAGATAAATTAATAAGCGTTCCGTGTCCAGATCAGAACTCTTACTTGTGTTTACAAAACTGTATTTTTGTTGCTACAGTAGCGTACCATAAGTGCAGGTAAATGAAA
Unaligned ( gi|13 ): TCAGATGTAATATTGATCATCGGTAGGCCTAGTATCAAGCTTTGTATTTTACTACTACAGTATCGTCCTACAAGTTCAAGAGAAATATAAAATCATCAAATATCTCTTGGTATTGTGTGAGATACCAGTTTTACA
Unaligned ( gi|14 ): ATTTAAAGCTGTATGCGACTTTTGACAAATTTGTCATCTCATACACTCTAAATTATTGCAACATTTAATTATGAAGTGCAATATTCATACGTTATTCACTTTTTAACCAGAATATTTGGTTTTTAAA
Unaligned ( gi|18 ): AGCTGTGTATTTTTATTACTGCAGTATCGTGCCACAAGTGTTTCGCGTTTTTTGTTGAAATACAGATAAAATTATCAAATACCTTTTGATTTT
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111 11111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 88888888888888888888888888888888888888888888888 2222222222 111111 111111111111111 4444444444444444444444444 5555555555555555555555555555555 3333 1 44444 1 2 2 22222 2 1
lowQualScore : 3 2 44 44 3 44 1 0 77777 555 11111 3 3 0000000 2 0 1 1 2 1 2 8888 555 11111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 44 999999 88888888888888888888888888888888888888888888888 3 3333333333 55 000000 444444444444444 2222222222222222222222222 5 7777777777777777777777777777777 6 1 1 1111 3 33 2 1 5 11 44444 11 1 6 5 0 3 3 4 0 4 2 4 55 2 3 77777 0 5
lowQualScore : . . .. .. . .. . . ..... ... ..... . . ....... . . . . . . . .... ... ........ ..................................................................................................................... . .. ...... ............................................... . .......... .. ...... ............... ......................... . ............................... . . . .... . .. . . . .. ..... .. . . . . . . . . . . . .. . . ..... . .
lowQualScore : 3 2 55 66 3 66 2 7 77777 444 11111 2 1 0000000 9 9 6 7 9 1 7 9999 000 22222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 66 666666 55555555555555555555555555555555555555555555555 6 2222222222 00 555555 666666666666666 6666666666666666666666666 7 3333333333333333333333333333333 7 0 0 2222 3 55 5 0 0 77 77777 77 0 7 5 0 0 0 0 0 0 5 0 55 5 0 55555 0 5
consensus : ATGGTCCGAA-TTTCGACAANTTTT-GTCC--A-CCTTG--TAAAAACGCTGTTAA-----AT---CATCGCA--C--GTACGT-A-------TTT-ATGAGGCTGTACGACA-TGTCGTACA----TT---ATTTCACCTGTTTTAACCAG--------AATT------------ATT-------------G-TGTTTNTAAA----------CAACTG-TCACT------CGGCCATTTCTAATGC--AT--T--------T--------A--------AATCAAGTGAC--A------GTCACGTGTCCAGTTCAGA----C---NT-------C-NAGGT--G-TCTTATCTGTG------A-AG-CTGTGTA----------T--TTTGTTACT------ACAGTACCGTGCC----A-T--------AA---T-----A-A--------A----AATATCAAATA-C----T--T----------AATTCCTAG--ATATT-CGTTGTTTTACGCTCTTTCAAACCT----AACTTTGAACAGTTNTGCTACGT----TTTGGAATTCCTGTCGTGCGCATGGGTACTATTCATAGACGCATANCCAGNCATGGCTTCGAGTCGGCGAGAAANGGCACCAGTCCTAAAANGAACANACCANANNTCTCAANAANGAGGAAATTGAAGAAAAGTTCGAGATTGCAGAA
Reference ( family-1367 ) : ATGGTCCGAA-TTTCGACAANTTTT-GTCC--A-CCTTG--TAAAAACGCTGTTAA-----AT---CATCGCA--C--GTACGT-A-------TTT-ATGAGGCTGTACGACA-TGTCGTACA----TT---ATTTCACCTGTTTTAACCAG--------AATT------------ATT-------------G-TGTTTNTAAA----------CAAC-G-TCACT------CGGCCATTTCTAATGC--AT--T--------T--------A--------AATCAAGTGAC--A------GTCACGTGTCCAGTTCAGA----C---NT-------C-NAGGT--G-TCTTATCTGTG------A-AG-CTGTGTA----------T--TTTGTTACT------ACAGTACCGTGTC----A-T--------AA---T-----A-A--------A----AATATCAAATA-C----T--T----------AATTCCTAG--ATATT-CGTTGTTTTACGCTCTTTCANACCTA---AANTTTGANCAGTTNTGCTGNGCCATGTTTGGAANCCNTGTCGTACGCATGGGT-CTATTCATAGATGCATATCCAGACATGGCTTCGAGTCGGCAAGAAAAAGCACCAGTCCT-AAATGAACACACCAAAACTCTCAACAAAGAGGAAATTAAAGAAAAG-TCGAGATTGCAGAA
gi|1 : ATAGTCCAAA-TTTCTACAAATTTT-GTCC--A-CCTTG--TAAAAAGACTGTCTA-----AT---TATCGCA--C--GTACGT-A-------TTTCGGGAGGCTGTATGACA-TGTAATACA----TT---ATTTCACCTCTTTAAACCAG--------AATT------------A-T-------------G-TGTTTGCAAA----------CAACGG-TCCCT------CAGTCATTTCTAATGC---------------T--------A--------AATCAAGTGAC--A------GTCACGTGTTCAGCTTAGA----C---CT-------C-CAGGT--G-TTTTATCTGTGGA----A-AG-CTATGTA----------TAATTTGTTACT------AAAATACCGTGTC----A-T--------AA---T-----A-A--------A----AATATCAAATA-C----T--T----------AATTCCTAACTATATT-CGTTGTTTTACGCTCTTTCACATCTA---AAATTTGACGAGTTATG-TACGT----TTTGGGATTCCTGTCATGCGC-TGGGTACTATTTATAGACATATAGCCAGCCATAGCTTTGAATTGGCGAGAAATGACACCAGTCTTAAAAAGAACAGACTATACGTTTCAAGAACGAAG-----GAAGAAAAATTTGAGA-TGCAGAA
gi|10 : T-AT-AGGCTGTACAACA-TGT-----------------TTC-CCCGTTTTAACCAG--------AATT------------ATC-------------G--GTCTTTATA----------------------------CGACCATTTCTAATGC--ATG-T--------T--------AAGATTTTCAGTCAAATGAA--A------GTCACTTGTCCAGTTTAAA----C---TT-------C-AAG
gi|11 : ccgtactacaatatgctgtagtgtcataaccaaaca-TTTCCACAATTTTT-TTTC--AACCTC----AAAAACACTGCTAA-----AT---TATAGTA--T--GTACATTA-------TTT-ATAAGGCTGCACAGTA-TGTCATACAT---TT---TTTTCAACTATTTTAACCAG--------AATT------------ATT---------------TGATTTTAAATCAGTATTTTCAACTG-TCACTGAGGAATGACCA----TAATGC--Aacgaaaaggcaa
gi|12 : ttA----------CAACTG-TTACT------TGGTCAGTTCAGCTGTTTGT--TCCAAAGA-T--------A--------AATTAA-TAAG--C------GTTCCGTGTCCAGATCAGA----A---CT-------C------------TTACTTGTGTTTACAA-AA-CTGTAT-----------T--TTTGTTGCT------ACAGTAGCGTACC----A-T--------AA---
gi|13 : actggcttttactt------A-AG-CTTTGTA----------T--TTTACTACT------ACAGTATCGTCCT----A-C--------AAG--TTCAAGA-G--------A----AATATAAAATgtgcaggtaaatgaaa
gi|14 : tcagatgtaatattgatcatcggtaggcctagtatcCGAC-TTTTGACAAATTT--GTC---A-TCTCA--TA----CACT-CTAA-----AT---TATTGCA-----ACATTT-A-------ATT-ATGAAG---TGCAATA-T-TCATACG----TT---ATT-CACTT--TTTAACCAG--------AA-T------------ATT-------------T-GGTTTTTAAA----------catcaaatatctcttggtattgtgtgagataccagttttaca
gi|15 : atttaaagctgtatgTGGTCCGAA-TTTCGACAATTTTT-ACCCCCA-CCCTG--TAAAAACACTGTCAA-----AT---CATCATA--T--GCACAT-A-------TTT-ATGAAGCTGTGCGAGA-TATTGTACA----TT---ATTTCACTTGTTTTA
gi|16 : --------AA---T-----ACA--------A----AACATCAAATA-CATCATAGT----------GATTCCCA---ATATTTCGTTGTTTTACGCTCTTTCGAACTT-------TTTAAACAGGTGTGCTGAGT----TTTGGAAATCATGTTG
gi|17 : aaagATGGTCTGAA-TTTCAACAAATTCT-GTCC--A-CCTTG--TAAAGACA--GTTAA-----AT---CATCGCA--C--GTAAGT-A-------TTT-ATGAGAATGTACGACA-TGCCATATG----TT---ATTGCAC
gi|18 : tct-AG-CTGTGTAT---------T--TTTATTACT------GCAGTATCGTGCC----A-C--------AA---
gi|19 : TGATAA-----AT---CATTGCA--T--GTACAT-A-------TTT-ACAAAGCTATGTGAGG-TATCGTACACTAGCT---ATTTCACTTGTTTTAACCAG--------AATT------------ATT-------------gtgtttcgcgttttttgttgaaatacagataaaattatcaaataccttttgatttt
gi|2 : TTTTAACCAG--------AATTTTTAGGTTTTAAATT-------------GATGCTTTCAAA----------CAAC-AATCACC------CGGCCATTGCTAATGC--ATA-T--------TCAGAAGAAA--------AATCAA----C--A------GTCACGTGTCCAGTTCAG------------------C-GA---------TCATCGGTG---------GTCTGTGTA----------T--TGTGTTACT------GCAATACTTTGTC----A-T--------AA---T-----A-A--------G----TGTTTCACGTT-T----T--TGTTTAAGAGAAATACTTA---ATAAT-CGTTGTTTTACGCTCAATCAATTATC---AATTTAGAC---TTTTG-TACGCCATGTTTGAAATCCCT-TCGTACGCATGGGT-CTATTCATAGATGCATATCCAGACATGGCTTCGAGTCGGCAAGAAAAAGCACCAGTCCT-AAATGAACACACCAAAACTCTCAACAAAGAGGAAATTAAAGAAAAG-TCGAGATTGCAGAAt
gi|20 : TCTAATGC---------------T--------A--------AATCAGGTGAC--A------GTCATATGT-----------------------------TA----------TATTTGTA------A-AG-CTGTGTAT---------T--TTTATTACT------GCAGTATCGTGCC----A-C--------AA---t
gi|3 : cactaTCCGAG-TTTTGACAAATTTT-GTTC--G-CCTTACTTAA---CGCTATAAA-----AT---TATCCTA--C--GTGTAT-A-------TTT-ATGAGGCTGT------------TACT----TT----TTACAGCTGTTGTAACCAG--------AATT------------ATTTAGGTTTTAATTGG-TGTTTATAAA----------TAACTG-TCACT------CGGCCATTTTTAATGC--ATATTCAGAAGA-T--------A--------AATCAAGTGAC--A------ATCAGTTGTCCAGTCCAGAAGATC---AT-------C---GGT--GATCTTATTTATGT-----ATAG-CTGGCTA----------A--TTTATTACT------ACAGTACCGTGTC----A-T--------AAGTTT-----A-AAAGAAATGA----AACATCAAATA-C--------------------CTTCTAG--A-ATT-CGTTGTTTTGAACTCTTTCAAACCT----AACTTTAGACAGTT
gi|4 : tGAA-TTTCGACAATCTT----------CTCTG--TAAAAACGCTGTTAA-----AT---CATCGCAAAT--GTACAT-A-------TTT-ATGAAGCTGTGCGAGA-TATCGTACA----AT---ATTTCACTTGTTTGAACCAG--------AATT------------ATTTCATTTTAAATCAG-TCTTTATAAA----------TAAC---TCACT------TCGCCATTTCTA-------T--T--------T--------ATAATCCCGAATCAAGCGAT--AAAGCATGT-ACGTGTCCTGTTCAGA--------GG-------C-AAGAT--A-CCATATGTTT------------CTGTGCA----------T--TTTATTACTACTGTAACATTACCGTGTCTTGAA-TTAAAGAAAAA---C-----A-A--------A----AATACCAAATACC----T--T----------AGTAGCTGG--CACTT-CATTATTGTAAGCTCTTTCAGACCTATATAACTCTAAACA--TTTGCgcaactgagtaatatatacatcatattaggatt
gi|5 : tggtacatgattaaacgTCCAAA-TTTCGACAATC------CC--A-CTCTG--TAAAAATGCTGTTAACTTAAAT---CATTGTA--CATGTGCAT-A-------TTC-ATGAAGCTGTGCAATA-TATCGTACA----TT---A-TTCACTTGTATGAACCAG--------AATT------------ATT---------------TAATTTTAAA----------TAAC---TCACT------CCACCATTTCTATT-----T--T--------C--------ACG------AATCAAGCGACGAA------G-CACGTGTCCAGGTCACA----C---ATAAGATACC-AAAG---G-TCTT-------------------TATGCA----------T--TTTATTACT------TCAACACCATGCC----CTT--------AG---TTTA--A-A--------A----AATATCAACTA-C----C--T----------TAGTCGCA-----ATT-CGTTCATATGCGCCTTTTCAGACAT----AACTTTGAACAGTTgtc
gi|6 : attaaATAGTCCGAC-TTTCGACAAATTTT-GTCC--A-CCTTA--TTAAAACACAGTTTA-----AT---GATCACA--C--ACACTT-A-------TGT-AAGAGGCTGTACGACA-CATCATACA----TTATCATTTCA-CTGTTTTAACCAG--------ATTT------------TTTTGGTTTTAAATCGG-TGTTTACAAA----------CAATGG-TCACT------TGGCCATTTCTAATGC--ATA-TTCAGAAGAT--------A--------AATCAAATGAC--A------GTCATTTGTCCAGTTCAAA----C---TT-------C-CAGgc
gi|7 : gtTGGTCCGAAATTTTG-CAACCGTT-GTTC--A-CATTG--TATAATCATTGTTAG-----GT---TACCGCA--C--TTGTGT-AAATGATACTT-AGGAGACTGTA-GATAATG-CATACA----TT---ATTTCATATGTTTTAATTAG--------GATTGTATA-------ATTTTTTAATCG----G-TGTTCACAAA----------CAACTG-TCACT------TGGTTAATT-TAA-GT--AT--------------------A--------AAGTATTTGAC--A------GTCACGTGTCTATCTCAGA----C---TT-------CGGAGGTAAG-----ATC---G------ACAA-CTGTGTA----------T--GTTGTTTCA------ACAATACaggaaagtcagatcattggtggtcttttcagtgtaaagcaaagtacaacaccatgtaataaa
gi|8 : ttgtgaaactagcgtATGGTTCAAA-TTTTGACA--TTTT-TCCC--A-CCTTG--CAAAAACGCTGTTAA-----ATCTCCATTGCA--C--GTACGC-A-------TTC-AAGAGGCTG---AACA-TGTCATACA----TT---ATTTCACCTGTTTAAACCAT--------AATT------------A------------------GTTTTTAAA----------CAAC---------------------TTCTAATAC--A------------T--------A--------AAT---G-GAC--A------GTCACGTGTCTAGTTTAGAGG--CAAGAT-------CATAGGTC-G-TCTTACCTGTGTA----A-AG-CGGTGTATTTTCTACTGT--TTTGTTACT------ATGGTTCCATATC----A-T--------AAGT-T-----C-A--------AGAGGAATATAAAATC-C----T--ttgcgagaatagg
gi|9 : TGGTCTGAA-TCTCGACTATTTTTTGTCC--A-CCTCG--TAAAA-CACTGTTAA-----AT---CATAGCA---------------------------AGCCTGTACAGCA-TGTCATACA----TT---ATTTT-TCTGTTTTAACCAGTATTATTTAATTTGAA--------ATT-------------GATGTTTACAAA----------CAACTG-TCACT------CGG-CAT--------C--AT------------------------------ATCAAGTAAC--A------GCAAGGTGCT---TTCAGA----
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111 11111111 888888888888888888888888888888 1111111111 99999999999999999999999999999999 88888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111 111111 111111111111111 3333333333333333333333333 5555555555555555555555555555555 222222222 1 2222 1 1 1 22222 1 1
lowQualScore : 3 2 44 44 3 44 1 0 77777 555 11111 33333333 3 2 0 1 44 1 2 8888 555 11111111 777777777777777777777777777777 1 3333333333 99 999999 0 1 0 00000000000000000000000000000000 3 44 999999 88888888888888888888888888888888888888888888888 3 5555555555 55 7 000000 333333333333333 7777777777777777777777777 5 7777777777777777777777777777777 6 99 000000000 0 2 1 5 8888 6 5 5 1 1 1 5 1 1 1 22 1 1 77777 5 5
lowQualScore : . . .. .. . .. . . ..... ... ..... ........ . . . . .. . . .... ... ........ .............................. . .......... .. ...... . . . ................................ . .. ...... ............................................... . .......... .. . ...... ............... ......................... . ............................... . .. ......... . . . . .... . . . . . . . . . . .. . . ..... . .
lowQualScore : 6 2 55 66 3 66 2 7 77777 444 11111 22222222 1 9 9 6 66 1 7 9999 000 22222222 888888888888888888888888888888 0 5555555555 11 666666 2 2 5 33333333333333333333333333333333 1 66 666666 55555555555555555555555555555555555555555555555 6 9999999999 00 3 555555 999999999999999 9999999999999999999999999 7 3333333333333333333333333333333 7 22 888888888 7 5 0 0 3333 7 5 5 0 0 0 5 0 0 0 00 0 0 55555 5 5
consensus : ATGGTCCG-AATTTCGACAANTTTT-GTCC--A-CCTTG--TAAAAACGCTGTTAA-----AT---CATCGCA--C--GTACG-------T-ATTT-ATGAGGCTGTACGAC-ATGTCGTACA----TT---ATTTCACCTGTTTTAACCAG--------AATT------------ATT-------------G-TGTTTNTAAA----------CAACTGTCACT------CGGCCATTTCTAATGC--AT-T--------T--------A--------AATCAAGTGAC--A------GTCACGTGTCCAGTTCAGA----C---NT-------C-NAGGT--G-TCTTATCTGTG------A-AG-CTGTGTA----------T--TTT-GTTACT------ACAGTACCGTGCC----A-T--------AA---T-----A-A--------A----AATATCAAATA-C----T--T----------AATTCCTAG--ATATT-CGTTGTTTTACGCTCTTTCAA--ACC----TAAC-TTTAAACAGTTNTGCTACGT----TTTGGAATTCCTGTCGTGCGCATGGGTACTATTCATAGACGCATANCCAGNCATGGCTTCGAGTCGGCGAGAAANGGCACCAGTCCTAAAANGAACANACCANANNTCTCAANAANGAGGAAATTGAAGAAAAGTTCGAGATTGCAGAA
Reference ( family-1367 ) : ATGGTCCG-AATTTCGACAANTTTT-GTCC--A-CCTTG--TAAAAACGCTGTTAA-----AT---CATCGCA--C--GTACG-------T-ATTT-ATGAGGCTGTACGAC-ATGTCGTACA----TT---ATTTCACCTGTTTTAACCAG--------AATT------------ATT-------------G-TGTTTNTAAA----------CAACTGTCACT------CGGCCATTTCTAATGC--AT-T--------T--------A--------AATCAAGTGAC--A------GTCACGTGTCCAGTTCAGA----C---NT-------C-NAGGT--G-TCTTATCTGTG------A-AG-CTGTGTA----------T--TTT-GTTACT------ACAGTACCGTGCC----A-T--------AA---T-----A-A--------A----AATATCAAATA-C----T--T----------AATTCCTAG--ATATT-CGTTGTTTTACGCTCTTTCAA--ACC----TAAC-TTTGAACAGTTNTGCTACGT----TTTGGAATTCCTGTCGTGCGCATGGGTACTATTCATAGACGCATANCCAGNCATGGCTTCGAGTCGGCGAGAAANGGCACCAGTCCTAAAANGAACANACCANANNTCTCAANAANGAGGAAATTGAAGAAAAGTTCGAGATTGCAGAA
gi|1 : ATAGTCCA-AATTTCTACAAATTTT-GTCC--A-CCTTG--TAAAAAGACTGTCTA-----AT---TATCGCA--C--GTACG-------T-ATTTCGGGAGGCTGTATGAC-ATGTAATACA----TT---ATTTCACCTCTTTAAACCAG--------AATT------------AT--------------G-TGTTTGCAAA----------CAACGGTCCCT------CAGTCATTTCTAATGC--------------T--------A--------AATCAAGTGAC--A------GTCACGTGTTCAGCTTAGA----C---CT-------C-CAGGT--G-TTTTATCTGTGGA----A-AG-CTATGTA----------TAATTT-GTTACT------AAAATACCGTGTC----A-T--------AA---T-----A-A--------A----AATATCAAATA-C----T--T----------AATTCCTAACTATATT-CGTTGTTTTACGCTCTTTCAC--ATC----TAAAATTTGACGAGTTATG-TACGT----TTTGGGATTCCTGTCATGCGC-TGGGTACTATTTATAGACATATAGCCAGCCATAGCTTTGAATTGGCGAGAAATGACACCAGTCTTAAAAAGAACAGACTATACGTTTCAAGAACGAAG-----GAAGAAAAATTTGAGA-TGCAGAA
gi|10 : T-AT-AGGCTGTACAAC-ATGT-----------------TTC-CCCGTTTTAACCAG--------AATT------------ATC-------------G--GTCTTTATA---------------------------CGACCATTTCTAATGC--ATGT--------T--------AAGATTTTCAGTCAAATGAA--A------GTCACTTGTCCAGTTTAAA----C---TT-------C-AAG
gi|11 : ccgtactacaatatgctgtagtgtcataaccaaacaTTTCCACAATTTTT-TTTC--AACCTC----AAAAACACTGCTAA-----AT---TATAGTA--T--GTACA-------TTATTT-ATAAGGCTGCACAGT-ATGTCATACAT---TT---TTTTCAACTATTTTAACCAG--------AATT------------ATT---------------TGATTTTAAATCAGTATTTTCAACTGTCACTGAGGAATGACCA----TAATGC--Aacgaaaaggcaa
gi|12 : ttA----------CAACTGTTACT------TGGTCAGTTCAGCTGTTTGT-TCCAAAGA-T--------A--------AATTAA-TAAG--C------GTTCCGTGTCCAGATCAGA----A---CT-------C------------TTACTTGTGTTTACAA-AA-CTGTAT-----------T--TTT-GTTGCT------ACAGTAGCGTACC----A-T--------AA---
gi|13 : actggcttttactt------A-AG-CTTTGTA----------T--TTT-ACTACT------ACAGTATCGTCCT----A-C--------AAG--TTCAAGA-G--------A----AATATAAAATgtgcaggtaaatgaaa
gi|14 : tcagatgtaatattgatcatcggtaggcctagtatcCG-ACTTTTGACAAATTT--GTC---A-TCTCA--TA----CACT-CTAA-----AT---TATTGCA-----ACATT-------T-AATT-ATGAAG---TGCAAT-AT-TCATACG----TT---ATT-CACTT--TTTAACCAG--------AA-T------------ATT-------------T-GGTTTTTAAA----------catcaaatatctcttggtattgtgtgagataccagttttaca
gi|15 : atttaaagctgtatgTGGTCCG-AATTTCGACAATTTTT-ACCCCCA-CCCTG--TAAAAACACTGTCAA-----AT---CATCATA--T--GCACA-------T-ATTT-ATGAAGCTGTGCGAG-ATATTGTACA----TT---ATTTCACTTGTTTTA
gi|16 : --------AA---T-----ACA--------A----AACATCAAATA-CATCATAGT----------GATTCCCA---ATATTTCGTTGTTTTACGCTCTTTCGA--ACT----T----TTTAAACAGGTGTGCTGAGT----TTTGGAAATCATGTTG
gi|17 : aaagATGGTCTG-AATTTCAACAAATTCT-GTCC--A-CCTTG--TAAAGACA--GTTAA-----AT---CATCGCA--C--GTAAG-------T-ATTT-ATGAGAATGTACGAC-ATGCCATATG----TT---ATTGCAC
gi|18 : tct-AG-CTGTGTA----------T--TTTTATTACT------GCAGTATCGTGCC----A-C--------AA---
gi|19 : TGATAA-----AT---CATTGCA--T--GTACA-------T-ATTT-ACAAAGCTATGTGAG-GTATCGTACACTAGCT---ATTTCACTTGTTTTAACCAG--------AATT------------ATT-------------gtgtttcgcgttttttgttgaaatacagataaaattatcaaataccttttgatttt
gi|2 : TTTTAACCAG--------AATTTTTAGGTTTTAAATT-------------GATGCTTTCAAA----------CAACAATCACC------CGGCCATTGCTAATGC--ATAT--------TCAGAAGAAA--------AATCAA----C--A------GTCACGTGTCCAGTTCAG------------------C-GA---------TCATCGGTG---------GTCTGTGTA----------T--TGT-GTTACT------GCAATACTTTGTC----A-T--------AA---T-----A-A--------G----TGTTTCACGTT-T----T--TGTTTAAGAGAAATACTTA---ATAAT-CGTTGTTTTACGCTCAATCAATTATC-----AA--TTTAGAC--TTTTG-TACGCCATGTTTGAAATCCCT-TCGTACGCATGGGT-CTATTCATAGATGCATATCCAGACATGGCTTCGAGTCGGCAAGAAAAAGCACCAGTCCT-AAATGAACACACCAAAACTCTCAACAAAGAGGAAATTAAAGAAAAG-TCGAGATTGCAGAAt
gi|20 : TCTAATGC--------------T--------A--------AATCAGGTGAC--A------GTCATATGT-----------------------------TA----------TATTTGTA------A-AG-CTGTGTA----------T--TTTTATTACT------GCAGTATCGTGCC----A-C--------AA---t
gi|3 : cactaTCCG-AGTTTTGACAAATTTT-GTTC--G-CCTTACTTAA---CGCTATAAA-----AT---TATCCTA--C--GTGTA-------T-ATTT-ATGAGGCTGT------------TACT----TT----TTACAGCTGTTGTAACCAG--------AATT------------ATTTAGGTTTTAATTGG-TGTTTATAAA----------TAACTGTCACT------CGGCCATTTTTAATGC--ATATTCAGAAGAT--------A--------AATCAAGTGAC--A------ATCAGTTGTCCAGTCCAGAAGATC---AT-------C---GGT--GATCTTATTTATGT-----ATAG-CTGGCTA----------A--TTT-ATTACT------ACAGTACCGTGTC----A-T--------AAGTTT-----A-AAAGAAATGA----AACATCAAATA-C--------------------CTTCTAG--A-ATT-CGTTGTTTTGAACTCTTTCAA--ACC----TAAC-TTTAGACAGTT
gi|4 : tG-AATTTCGACAATCTT----------CTCTG--TAAAAACGCTGTTAA-----AT---CATCGCAAAT--GTACA-------T-ATTT-ATGAAGCTGTGCGAG-ATATCGTACA----AT---ATTTCACTTGTTTGAACCAG--------AATT------------ATTTCATTTTAAATCAG-TCTTTATAAA----------TAACT--CACT------TCGCCATTTCTA-------T-T--------T--------ATAATCCCGAATCAAGCGAT--AAAGCATGT-ACGTGTCCTGTTCAGA--------GG-------C-AAGAT--A-CCATATGTTT------------CTGTGCA----------T--TTT-ATTACTACTGTAACATTACCGTGTCTTGAA-TTAAAGAAAAA---C-----A-A--------A----AATACCAAATACC----T--T----------AGTAGCTGG--CACTT-CATTATTGTAAGCTCTTTCAG--ACCTATATAAC-TCTAAACA--TTTGCgcaactgagtaatatatacatcatattaggatt
gi|5 : tggtacatgattaaacgTCCA-AATTTCGACAATC------CC--A-CTCTG--TAAAAATGCTGTTAACTTAAAT---CATTGTA--CATGTGCA-------T-ATTC-ATGAAGCTGTGCAAT-ATATCGTACA----TT---A-TTCACTTGTATGAACCAG--------AATT------------ATT---------------TAATTTTAAA----------TAAC--TCACT------CCACCATTTCTATT-----T-T--------C--------ACG------AATCAAGCGACGAA------G-CACGTGTCCAGGTCACA----C---ATAAGATACC-AAAG---G-TCTT-------------------TATGCA----------T--TTT-ATTACT------TCAACACCATGCC----CTT--------AG---TTTA--A-A--------A----AATATCAACTA-C----C--T----------TAGTCGCA-----ATT-CGTTCATATGCGCCTTTTCAG--ACA----TAAC-TTTGAACAGTTgtc
gi|6 : attaaATAGTCCG-ACTTTCGACAAATTTT-GTCC--A-CCTTA--TTAAAACACAGTTTA-----AT---GATCACA--C--ACACT-------T-ATGT-AAGAGGCTGTACGAC-ACATCATACA----TTATCATTTCA-CTGTTTTAACCAG--------ATTT------------TTTTGGTTTTAAATCGG-TGTTTACAAA----------CAATGGTCACT------TGGCCATTTCTAATGC--ATATTCAGAAGAT--------A--------AATCAAATGAC--A------GTCATTTGTCCAGTTCAAA----C---TT-------C-CAGgc
gi|7 : gtTGGTCCGAAATTTTG-CAACCGTT-GTTC--A-CATTG--TATAATCATTGTTAG-----GT---TACCGCA--C--TTGTGTAAATGAT-ACTT-AGGAGACTGTA-GATAATG-CATACA----TT---ATTTCATATGTTTTAATTAG--------GATTGTATA-------ATTTTTTAATCG----G-TGTTCACAAA----------CAACTGTCACT------TGGTTAATT-TAA-GT--A-----------T--------A--------AAGTATTTGAC--A------GTCACGTGTCTATCTCAGA----C---TT-------CGGAGGTAAG-----ATC---G------ACAA-CTGTGTA----------T--GTT-GTTTCA------ACAATACT-TGCG----A-G--------AA---T-----A-aggaaagtcagatcattggtggtcttttcagtgtaaagcaaagtacaacaccatgtaataaa
gi|8 : ttgtgaaactagcgtATGGTTCA-AATTTTGACA--TTTT-TCCC--A-CCTTG--CAAAAACGCTGTTAA-----ATCTCCATTGCA--C--GTACG-------C-ATTC-AAGAGGCTG---AAC-ATGTCATACA----TT---ATTTCACCTGTTTAAACCAT--------AATT------------A------------------GTTTTTAAA----------CAAC--------------------TTCTAATAC--A-----------T--------A--------AAT---G-GAC--A------GTCACGTGTCTAGTTTAGAGG--CAAGAT-------CATAGGTC-G-TCTTACCTGTGTA----A-AG-CGGTGTATTTTCTACTGT--TTT-GTTACT------ATGGTTCCATATC----A-T--------AAGT-T-----C-A--------AGAGGAATATAAAATC-C----T--gg
gi|9 : TGGTCTG-AATCTCGACTATTTTTTGTCC--A-CCTCG--TAAAA-CACTGTTAA-----AT---CATAGCA---------------------------AGCCTGTACAGC-ATGTCATACA----TT---ATTTT-TCTGTTTTAACCAGTATTATTTAATTTGAA--------ATT-------------GATGTTTACAAA----------CAACTGTCACT------CGG-CAT--------C--AT-----------------------------ATCAAGTAAC--A------GCAAGGTGCT---TTCAGA----
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111 11111111 888888888888888888888888888888 1111111111 999999999999999999999999999999999 88888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111 111111 111111111111111 33333333333333333333333333 5555555555555555555555555555555 222222222 1 2222 1 1 1 22222 1 1
lowQualScore : 3 2 44 44 3 44 1 0 77777 555 11111 33333333 3 2 0 1 44 1 2 8888 555 11111111 777777777777777777777777777777 1 3333333333 99 999999 0 1 0 000000000000000000000000000000000 3 44 999999 88888888888888888888888888888888888888888888888 3 5555555555 55 7 000000 333333333333333 22222222222222222222222222 5 8888888888888888888888888888888 6 99 000000000 2 1 5 8888 6 5 5 1 1 1 5 1 1 1 22 1 1 77777 5 5
lowQualScore : . . .. .. . .. . . ..... ... ..... ........ . . . . .. . . .... ... ........ .............................. . .......... .. ...... . . . ................................. . .. ...... ............................................... . .......... .. . ...... ............... .......................... . ............................... . .. ......... . . . .... . . . . . . . . . . .. . . ..... . .
lowQualScore : 6 2 55 66 3 66 2 7 77777 444 11111 22222222 1 9 9 6 66 1 7 9999 000 22222222 888888888888888888888888888888 0 5555555555 11 666666 2 2 5 333333333333333333333333333333333 1 66 666666 55555555555555555555555555555555555555555555555 6 9999999999 00 3 555555 999999999999999 22222222222222222222222222 7 1111111111111111111111111111111 7 22 888888888 5 0 0 3333 7 5 5 0 0 0 5 0 0 0 00 0 0 55555 5 5
consensus : ATGGTCCG-AATTTCGACAANTTTT-GTCC--A-CCTTG--TAAAAACGCTGTTAA-----AT---CATCGCA--C--GTACG-------T-ATTT-ATGAGGCTGTACGAC-ATGTCGTACA----TT---ATTTCACCTGTTTTAACCAG--------AATT------------ATT-------------G-TGTTTNTAAA----------CAACTGTCACT------CGGCCATTTCTAATGC--AT--T--------T--------A--------AATCAAGTGAC--A------GTCACGTGTCCAGTTCAGA----C---NT-------C-NAGGT--G-TCTTATCTGTG------A-AG-CTGTGTA----------T--TTT-GTTACT------ACAGTACCGTGCC----A-T--------AA---T-----A-AA----A--------ATATCAAATA-C----T--T----------AATTCCTAG--ATATT-CGTTGTTTTACGCTCTTTCAA--ACC----TAAC-TTTAAACAGTTNTGCTACGT----TTTGGAATTCCTGTCGTGCGCATGGGTACTATTCATAGACGCATANCCAGNCATGGCTTCGAGTCGGCGAGAAANGGCACCAGTCCTAAAANGAACANACCANANNTCTCAANAANGAGGAAATTGAAGAAAAGTTCGAGATTGCAGAA
Reference ( family-1367 ) : ATGGTCCG-AATTTCGACAANTTTT-GTCC--A-CCTTG--TAAAAACGCTGTTAA-----AT---CATCGCA--C--GTACG-------T-ATTT-ATGAGGCTGTACGAC-ATGTCGTACA----TT---ATTTCACCTGTTTTAACCAG--------AATT------------ATT-------------G-TGTTTNTAAA----------CAACTGTCACT------CGGCCATTTCTAATGC--AT--T--------T--------A--------AATCAAGTGAC--A------GTCACGTGTCCAGTTCAGA----C---NT-------C-NAGGT--G-TCTTATCTGTG------A-AG-CTGTGTA----------T--TTT-GTTACT------ACAGTACCGTGCC----A-T--------AA---T-----A-AA----A--------ATATCAAATA-C----T--T----------AATTCCTAG--ATATT-CGTTGTTTTACGCTCTTTCAA--ACC----TAAC-TTTAAACAGTTNTGCTACGT----TTTGGAATTCCTGTCGTGCGCATGGGTACTATTCATAGACGCATANCCAGNCATGGCTTCGAGTCGGCGAGAAANGGCACCAGTCCTAAAANGAACANACCANANNTCTCAANAANGAGGAAATTGAAGAAAAGTTCGAGATTGCAGAA
gi|1 : ATAGTCCA-AATTTCTACAAATTTT-GTCC--A-CCTTG--TAAAAAGACTGTCTA-----AT---TATCGCA--C--GTACG-------T-ATTTCGGGAGGCTGTATGAC-ATGTAATACA----TT---ATTTCACCTCTTTAAACCAG--------AATT------------AT--------------G-TGTTTGCAAA----------CAACGGTCCCT------CAGTCATTTCTAATGC---------------T--------A--------AATCAAGTGAC--A------GTCACGTGTTCAGCTTAGA----C---CT-------C-CAGGT--G-TTTTATCTGTGGA----A-AG-CTATGTA----------TAATTT-GTTACT------AAAATACCGTGTC----A-T--------AA---T-----A-AA----A--------ATATCAAATA-C----T--T----------AATTCCTAACTATATT-CGTTGTTTTACGCTCTTTCAC--ATC----TAAAATTTGACGAGTTATG-TACGT----TTTGGGATTCCTGTCATGCGC-TGGGTACTATTTATAGACATATAGCCAGCCATAGCTTTGAATTGGCGAGAAATGACACCAGTCTTAAAAAGAACAGACTATACGTTTCAAGAACGAAG-----GAAGAAAAATTTGAGA-TGCAGAA
gi|10 : T-AT-AGGCTGTACAAC-ATGT-----------------TTC-CCCGTTTTAACCAG--------AATT------------ATC-------------G--GTCTTTATA---------------------------CGACCATTTCTAATGC--ATG-T--------T--------AAGATTTTCAGTCAAATGAA--A------GTCACTTGTCCAGTTTAAA----C---TT-------C-AAG
gi|11 : ccgtactacaatatgctgtagtgtcataaccaaacaTTTCCACAATTTTT-TTTC--AACCTC----AAAAACACTGCTAA-----AT---TATAGTA--T--GTACA-------TTATTT-ATAAGGCTGCACAGT-ATGTCATACAT---TT---TTTTCAACTATTTTAACCAG--------AATT------------ATT---------------TGATTTTAAATCAGTATTTTCAACTGTCACTGAGGAATGACCA----TAATGC--Aacgaaaaggcaa
gi|12 : ttA----------CAACTGTTACT------TGGTCAGTTCAGCTGTTTGT--TCCAAAGA-T--------A--------AATTAA-TAAG--C------GTTCCGTGTCCAGATCAGA----A---CT-------C------------TTACTTGTGTTTACAA-AA-CTGTAT-----------T--TTT-GTTGCT------ACAGTAGCGTACC----A-T--------AA---
gi|13 : actggcttttactt------A-AG-CTTTGTA----------T--TTT-ACTACT------ACAGTATCGTCCT----A-C--------AAG--TTCAAGA-GA----A--------ATATAAAATgtgcaggtaaatgaaa
gi|14 : tcagatgtaatattgatcatcggtaggcctagtatcCG-ACTTTTGACAAATTT--GTC---A-TCTCA--TA----CACT-CTAA-----AT---TATTGCA-----ACATT-------T-AATT-ATGAAG---TGCAAT-AT-TCATACG----TT---ATT-CACTT--TTTAACCAG--------AA-T------------ATT-------------T-GGTTTTTAAA----------catcaaatatctcttggtattgtgtgagataccagttttaca
gi|15 : atttaaagctgtatgTGGTCCG-AATTTCGACAATTTTT-ACCCCCA-CCCTG--TAAAAACACTGTCAA-----AT---CATCATA--T--GCACA-------T-ATTT-ATGAAGCTGTGCGAG-ATATTGTACA----TT---ATTTCACTTGTTTTA
gi|16 : --------AA---T-----ACAA----A--------ACATCAAATA-CATCATAGT----------GATTCCCA---ATATTTCGTTGTTTTACGCTCTTTCGA--ACT----T----TTTAAACAGGTGTGCTGAGT----TTTGGAAATCATGTTG
gi|17 : aaagATGGTCTG-AATTTCAACAAATTCT-GTCC--A-CCTTG--TAAAGACA--GTTAA-----AT---CATCGCA--C--GTAAG-------T-ATTT-ATGAGAATGTACGAC-ATGCCATATG----TT---ATTGCAC
gi|18 : tct-AG-CTGTGTA----------T--TTTTATTACT------GCAGTATCGTGCC----A-C--------AA---
gi|19 : TGATAA-----AT---CATTGCA--T--GTACA-------T-ATTT-ACAAAGCTATGTGAG-GTATCGTACACTAGCT---ATTTCACTTGTTTTAACCAG--------AATT------------ATT-------------gtgtttcgcgttttttgttgaaatacagataaaattatcaaataccttttgatttt
gi|2 : TTTTAACCAG--------AATTTTTAGGTTTTAAATT-------------GATGCTTTCAAA----------CAACAATCACC------CGGCCATTGCTAATGC--ATA-T--------TCAGAAGAAA--------AATCAA----C--A------GTCACGTGTCCAGTTCAG------------------C-GA---------TCATCGGTG---------GTCTGTGTA----------T--TGT-GTTACT------GCAATACTTTGTC----A-T--------AA---T-----A-AG----T--------GTTTCACGTT-T----T--TGTTTAAGAGAAATACTTA---ATAAT-CGTTGTTTTACGCTCAATCAATTATC-----AA--TTTAGAC--TTTTG-TACGCCATGTTTGAAATCCCT-TCGTACGCATGGGT-CTATTCATAGATGCATATCCAGACATGGCTTCGAGTCGGCAAGAAAAAGCACCAGTCCT-AAATGAACACACCAAAACTCTCAACAAAGAGGAAATTAAAGAAAAG-TCGAGATTGCAGAAt
gi|20 : TCTAATGC---------------T--------A--------AATCAGGTGAC--A------GTCATATGT-----------------------------TA----------TATTTGTA------A-AG-CTGTGTA----------T--TTTTATTACT------GCAGTATCGTGCC----A-C--------AA---t
gi|3 : cactaTCCG-AGTTTTGACAAATTTT-GTTC--G-CCTTACTTAA---CGCTATAAA-----AT---TATCCTA--C--GTGTA-------T-ATTT-ATGAGGCTGT------------TACT----TT----TTACAGCTGTTGTAACCAG--------AATT------------ATTTAGGTTTTAATTGG-TGTTTATAAA----------TAACTGTCACT------CGGCCATTTTTAATGC--ATATTCAGAAGA-T--------A--------AATCAAGTGAC--A------ATCAGTTGTCCAGTCCAGAAGATC---AT-------C---GGT--GATCTTATTTATGT-----ATAG-CTGGCTA----------A--TTT-ATTACT------ACAGTACCGTGTC----A-T--------AAGTTT-----A-AA----AGAAATGAAACATCAAATA-C----C--T--------------TCTAG--A-ATT-CGTTGTTTTGAACTCTTTCAA--ACC----TAAC-TTTAGACAGTT
gi|4 : tG-AATTTCGACAATCTT----------CTCTG--TAAAAACGCTGTTAA-----AT---CATCGCAAAT--GTACA-------T-ATTT-ATGAAGCTGTGCGAG-ATATCGTACA----AT---ATTTCACTTGTTTGAACCAG--------AATT------------ATTTCATTTTAAATCAG-TCTTTATAAA----------TAACT--CACT------TCGCCATTTCTA-------T--T--------T--------ATAATCCCGAATCAAGCGAT--AAAGCATGT-ACGTGTCCTGTTCAGA--------GG-------C-AAGAT--A-CCATATGTTT------------CTGTGCA----------T--TTT-ATTACTACTGTAACATTACCGTGTCTTGAA-TTAAAGAAAAA---C-----A-AA----A--------ATACCAAATACC----T--T----------AGTAGCTGG--CACTT-CATTATTGTAAGCTCTTTCAG--ACCTATATAAC-TCTAAACA--TTTGCgcaactgagtaatatatacatcatattaggatt
gi|5 : tggtacatgattaaacgTCCA-AATTTCGACAATC------CC--A-CTCTG--TAAAAATGCTGTTAACTTAAAT---CATTGTA--CATGTGCA-------T-ATTC-ATGAAGCTGTGCAAT-ATATCGTACA----TT---A-TTCACTTGTATGAACCAG--------AATT------------ATT---------------TAATTTTAAA----------TAAC--TCACT------CCACCATTTCTATT-----T--T--------C--------ACG------AATCAAGCGACGAA------G-CACGTGTCCAGGTCACA----C---ATAAGATACC-AAAG---G-TCTT-------------------TATGCA----------T--TTT-ATTACT------TCAACACCATGCC----CTT--------AG---TTTA--A-AA----A--------ATATCAACTA-C----C--T----------TAGTCGCA-----ATT-CGTTCATATGCGCCTTTTCAG--ACA----TAAC-TTTGAACAGTTgtc
gi|6 : attaaATAGTCCG-ACTTTCGACAAATTTT-GTCC--A-CCTTA--TTAAAACACAGTTTA-----AT---GATCACA--C--ACACT-------T-ATGT-AAGAGGCTGTACGAC-ACATCATACA----TTATCATTTCA-CTGTTTTAACCAG--------ATTT------------TTTTGGTTTTAAATCGG-TGTTTACAAA----------CAATGGTCACT------TGGCCATTTCTAATGC--ATA-TTCAGAAGAT--------A--------AATCAAATGAC--A------GTCATTTGTCCAGTTCAAA----C---TT-------C-CAGgc
gi|7 : gtTGGTCCGAAATTTTG-CAACCGTT-GTTC--A-CATTG--TATAATCATTGTTAG-----GT---TACCGCA--C--TTGTGTAAATGAT-ACTT-AGGAGACTGTA-GATAATG-CATACA----TT---ATTTCATATGTTTTAATTAG--------GATTGTATA-------ATTTTTTAATCG----G-TGTTCACAAA----------CAACTGTCACT------TGGTTAATT-TAA-GT--A------------T--------A--------AAGTATTTGAC--A------GTCACGTGTCTATCTCAGA----C---TT-------CGGAGGTAAG-----ATC---G------ACAA-CTGTGTA----------T--GTT-GTTTCA------ACAATACT-TGCG----A-G--------AA---T-----A-aggaaagtcagatcattggtggtcttttcagtgtaaagcaaagtacaacaccatgtaataaa
gi|8 : ttgtgaaactagcgtATGGTTCA-AATTTTGACA--TTTT-TCCC--A-CCTTG--CAAAAACGCTGTTAA-----ATCTCCATTGCA--C--GTACG-------C-ATTC-AAGAGGCTG---AAC-ATGTCATACA----TT---ATTTCACCTGTTTAAACCAT--------AATT------------A------------------GTTTTTAAA----------CAAC--------------------TTCTAATAC--A------------T--------A--------AAT---G-GAC--A------GTCACGTGTCTAGTTTAGAGG--CAAGAT-------CATAGGTC-G-TCTTACCTGTGTA----A-AG-CGGTGTATTTTCTACTGT--TTT-GTTACT------ATGGTTCCATATC----A-T--------AAGT-T-----C-AAGAGGA--------ATATAAAATC-C----T--gg
gi|9 : TGGTCTG-AATCTCGACTATTTTTTGTCC--A-CCTCG--TAAAA-CACTGTTAA-----AT---CATAGCA---------------------------AGCCTGTACAGC-ATGTCATACA----TT---ATTTT-TCTGTTTTAACCAGTATTATTTAATTTGAA--------ATT-------------GATGTTTACAAA----------CAACTGTCACT------CGG-CAT--------C--AT------------------------------ATCAAGTAAC--A------GCAAGGTGCT---TTCAGA----
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111 11111111 888888888888888888888888888888 1111111111 999999999999999999999999999999999 88888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111 111111 111111111111111 33333333333333333333333333 5555555555555555555555555555555 222222222 1 2222 1 1 1 22222 1 1
lowQualScore : 3 2 44 44 3 44 1 0 77777 555 11111 33333333 3 2 0 1 44 1 2 8888 555 11111111 777777777777777777777777777777 1 3333333333 99 999999 0 1 0 000000000000000000000000000000000 3 44 999999 88888888888888888888888888888888888888888888888 3 5555555555 55 7 000000 333333333333333 22222222222222222222222222 5 8888888888888888888888888888888 6 99 000000000 2 1 5 8888 6 5 5 1 1 1 5 1 1 1 22 1 1 77777 5 5
lowQualScore : . . .. .. . .. . . ..... ... ..... ........ . . . . .. . . .... ... ........ .............................. . .......... .. ...... . . . ................................. . .. ...... ............................................... . .......... .. . ...... ............... .......................... . ............................... . .. ......... . . . .... . . . . . . . . . . .. . . ..... . .
lowQualScore : 6 2 55 66 3 66 2 7 77777 444 11111 22222222 1 9 9 6 66 1 7 9999 000 22222222 888888888888888888888888888888 0 5555555555 11 666666 2 2 5 333333333333333333333333333333333 1 66 666666 55555555555555555555555555555555555555555555555 6 9999999999 00 3 555555 999999999999999 22222222222222222222222222 7 1111111111111111111111111111111 7 22 888888888 5 0 0 3333 7 5 5 0 0 0 5 0 0 0 00 0 0 55555 5 5
consensus : ATGGTCCG-AATTTCGACAANTTTT-GTCC--A-CCTTG--TAAAAACGCTGTTAA-----AT---CATCGCA--C--GTACG-------T-ATTT-ATGAGGCTGTACGAC-ATGTCGTACA----TT---ATTTCACCTGTTTTAACCAG--------AATT------------ATT-------------G-TGTTTNTAAA----------CAACTGTCACT------CGGCCATTTCTAATGC--AT--T--------T--------A--------AATCAAGTGAC--A------GTCACGTGTCCAGTTCAGA----C---NT-------C-NAGGT--G-TCTTATCTGTG------A-AG-CTGTGTA----------T--TTT-GTTACT------ACAGTACCGTGCC----A-T--------AA---T-----A-AA----A--------ATATCAAATA-C----T--T----------AATTCCTAG--ATATT-CGTTGTTTTACGCTCTTTCAA--ACC----TAAC-TTTAAACAGTTNTGCTACGT----TTTGGAATTCCTGTCGTGCGCATGGGTACTATTCATAGACGCATANCCAGNCATGGCTTCGAGTCGGCGAGAAANGGCACCAGTCCTAAAANGAACANACCANANNTCTCAANAANGAGGAAATTGAAGAAAAGTTCGAGATTGCAGAA
Reference ( family-1367 ) : ATGGTCCG-AATTTCGACAANTTTT-GTCC--A-CCTTG--TAAAAACGCTGTTAA-----AT---CATCGCA--C--GTACG-------T-ATTT-ATGAGGCTGTACGAC-ATGTCGTACA----TT---ATTTCACCTGTTTTAACCAG--------AATT------------ATT-------------G-TGTTTNTAAA----------CAACTGTCACT------CGGCCATTTCTAATGC--AT--T--------T--------A--------AATCAAGTGAC--A------GTCACGTGTCCAGTTCAGA----C---NT-------C-NAGGT--G-TCTTATCTGTG------A-AG-CTGTGTA----------T--TTT-GTTACT------ACAGTACCGTGCC----A-T--------AA---T-----A-AA----A--------ATATCAAATA-C----T--T----------AATTCCTAG--ATATT-CGTTGTTTTACGCTCTTTCAA--ACC----TAAC-TTTAAACAGTTNTGCTACGT----TTTGGAATTCCTGTCGTGCGCATGGGTACTATTCATAGACGCATANCCAGNCATGGCTTCGAGTCGGCGAGAAANGGCACCAGTCCTAAAANGAACANACCANANNTCTCAANAANGAGGAAATTGAAGAAAAGTTCGAGATTGCAGAA
gi|1 : ATAGTCCA-AATTTCTACAAATTTT-GTCC--A-CCTTG--TAAAAAGACTGTCTA-----AT---TATCGCA--C--GTACG-------T-ATTTCGGGAGGCTGTATGAC-ATGTAATACA----TT---ATTTCACCTCTTTAAACCAG--------AATT------------AT--------------G-TGTTTGCAAA----------CAACGGTCCCT------CAGTCATTTCTAATGC---------------T--------A--------AATCAAGTGAC--A------GTCACGTGTTCAGCTTAGA----C---CT-------C-CAGGT--G-TTTTATCTGTGGA----A-AG-CTATGTA----------TAATTT-GTTACT------AAAATACCGTGTC----A-T--------AA---T-----A-AA----A--------ATATCAAATA-C----T--T----------AATTCCTAACTATATT-CGTTGTTTTACGCTCTTTCAC--ATC----TAAAATTTGACGAGTTATG-TACGT----TTTGGGATTCCTGTCATGCGC-TGGGTACTATTTATAGACATATAGCCAGCCATAGCTTTGAATTGGCGAGAAATGACACCAGTCTTAAAAAGAACAGACTATACGTTTCAAGAACGAAG-----GAAGAAAAATTTGAGA-TGCAGAA
gi|10 : T-AT-AGGCTGTACAAC-ATGT-----------------TTC-CCCGTTTTAACCAG--------AATT------------ATC-------------G--GTCTTTATA---------------------------CGACCATTTCTAATGC--ATG-T--------T--------AAGATTTTCAGTCAAATGAA--A------GTCACTTGTCCAGTTTAAA----C---TT-------C-AAG
gi|11 : ccgtactacaatatgctgtagtgtcataaccaaacaTTTCCACAATTTTT-TTTC--AACCTC----AAAAACACTGCTAA-----AT---TATAGTA--T--GTACA-------TTATTT-ATAAGGCTGCACAGT-ATGTCATACAT---TT---TTTTCAACTATTTTAACCAG--------AATT------------ATT---------------TGATTTTAAATCAGTATTTTCAACTGTCACTGAGGAATGACCA----TAATGC--Aacgaaaaggcaa
gi|12 : ttA----------CAACTGTTACT------TGGTCAGTTCAGCTGTTTGT--TCCAAAGA-T--------A--------AATTAA-TAAG--C------GTTCCGTGTCCAGATCAGA----A---CT-------C------------TTACTTGTGTTTACAA-AA-CTGTAT-----------T--TTT-GTTGCT------ACAGTAGCGTACC----A-T--------AA---
gi|13 : actggcttttactt------A-AG-CTTTGTA----------T--TTT-ACTACT------ACAGTATCGTCCT----A-C--------AAG--TTCAAGA-GA----A--------ATATAAAATgtgcaggtaaatgaaa
gi|14 : tcagatgtaatattgatcatcggtaggcctagtatcCG-ACTTTTGACAAATTT--GTC---A-TCTCA--TA----CACT-CTAA-----AT---TATTGCA-----ACATT-------T-AATT-ATGAAG---TGCAAT-AT-TCATACG----TT---ATT-CACTT--TTTAACCAG--------AA-T------------ATT-------------T-GGTTTTTAAA----------catcaaatatctcttggtattgtgtgagataccagttttaca
gi|15 : atttaaagctgtatgTGGTCCG-AATTTCGACAATTTTT-ACCCCCA-CCCTG--TAAAAACACTGTCAA-----AT---CATCATA--T--GCACA-------T-ATTT-ATGAAGCTGTGCGAG-ATATTGTACA----TT---ATTTCACTTGTTTTA
gi|16 : --------AA---T-----ACAA----A--------ACATCAAATA-CATCATAGT----------GATTCCCA---ATATTTCGTTGTTTTACGCTCTTTCGA--ACT----T----TTTAAACAGGTGTGCTGAGT----TTTGGAAATCATGTTG
gi|17 : aaagATGGTCTG-AATTTCAACAAATTCT-GTCC--A-CCTTG--TAAAGACA--GTTAA-----AT---CATCGCA--C--GTAAG-------T-ATTT-ATGAGAATGTACGAC-ATGCCATATG----TT---ATTGCAC
gi|18 : tct-AG-CTGTGTA----------T--TTTTATTACT------GCAGTATCGTGCC----A-C--------AA---
gi|19 : TGATAA-----AT---CATTGCA--T--GTACA-------T-ATTT-ACAAAGCTATGTGAG-GTATCGTACACTAGCT---ATTTCACTTGTTTTAACCAG--------AATT------------ATT-------------gtgtttcgcgttttttgttgaaatacagataaaattatcaaataccttttgatttt
gi|2 : TTTTAACCAG--------AATTTTTAGGTTTTAAATT-------------GATGCTTTCAAA----------CAACAATCACC------CGGCCATTGCTAATGC--ATA-T--------TCAGAAGAAA--------AATCAA----C--A------GTCACGTGTCCAGTTCAG------------------C-GA---------TCATCGGTG---------GTCTGTGTA----------T--TGT-GTTACT------GCAATACTTTGTC----A-T--------AA---T-----A-AG----T--------GTTTCACGTT-T----T--TGTTTAAGAGAAATACTTA---ATAAT-CGTTGTTTTACGCTCAATCAATTATC-----AA--TTTAGAC--TTTTG-TACGCCATGTTTGAAATCCCT-TCGTACGCATGGGT-CTATTCATAGATGCATATCCAGACATGGCTTCGAGTCGGCAAGAAAAAGCACCAGTCCT-AAATGAACACACCAAAACTCTCAACAAAGAGGAAATTAAAGAAAAG-TCGAGATTGCAGAAt
gi|20 : TCTAATGC---------------T--------A--------AATCAGGTGAC--A------GTCATATGT-----------------------------TA----------TATTTGTA------A-AG-CTGTGTA----------T--TTTTATTACT------GCAGTATCGTGCC----A-C--------AA---t
gi|3 : cactaTCCG-AGTTTTGACAAATTTT-GTTC--G-CCTTACTTAA---CGCTATAAA-----AT---TATCCTA--C--GTGTA-------T-ATTT-ATGAGGCTGT------------TACT----TT----TTACAGCTGTTGTAACCAG--------AATT------------ATTTAGGTTTTAATTGG-TGTTTATAAA----------TAACTGTCACT------CGGCCATTTTTAATGC--ATATTCAGAAGA-T--------A--------AATCAAGTGAC--A------ATCAGTTGTCCAGTCCAGAAGATC---AT-------C---GGT--GATCTTATTTATGT-----ATAG-CTGGCTA----------A--TTT-ATTACT------ACAGTACCGTGTC----A-T--------AAGTTT-----A-AA----AGAAATGAAACATCAAATA-C----C--T--------------TCTAG--A-ATT-CGTTGTTTTGAACTCTTTCAA--ACC----TAAC-TTTAGACAGTT
gi|4 : tG-AATTTCGACAATCTT----------CTCTG--TAAAAACGCTGTTAA-----AT---CATCGCAAAT--GTACA-------T-ATTT-ATGAAGCTGTGCGAG-ATATCGTACA----AT---ATTTCACTTGTTTGAACCAG--------AATT------------ATTTCATTTTAAATCAG-TCTTTATAAA----------TAACT--CACT------TCGCCATTTCTA-------T--T--------T--------ATAATCCCGAATCAAGCGAT--AAAGCATGT-ACGTGTCCTGTTCAGA--------GG-------C-AAGAT--A-CCATATGTTT------------CTGTGCA----------T--TTT-ATTACTACTGTAACATTACCGTGTCTTGAA-TTAAAGAAAAA---C-----A-AA----A--------ATACCAAATACC----T--T----------AGTAGCTGG--CACTT-CATTATTGTAAGCTCTTTCAG--ACCTATATAAC-TCTAAACA--TTTGCgcaactgagtaatatatacatcatattaggatt
gi|5 : tggtacatgattaaacgTCCA-AATTTCGACAATC------CC--A-CTCTG--TAAAAATGCTGTTAACTTAAAT---CATTGTA--CATGTGCA-------T-ATTC-ATGAAGCTGTGCAAT-ATATCGTACA----TT---A-TTCACTTGTATGAACCAG--------AATT------------ATT---------------TAATTTTAAA----------TAAC--TCACT------CCACCATTTCTATT-----T--T--------C--------ACG------AATCAAGCGACGAA------G-CACGTGTCCAGGTCACA----C---ATAAGATACC-AAAG---G-TCTT-------------------TATGCA----------T--TTT-ATTACT------TCAACACCATGCC----CTT--------AG---TTTA--A-AA----A--------ATATCAACTA-C----C--T----------TAGTCGCA-----ATT-CGTTCATATGCGCCTTTTCAG--ACA----TAAC-TTTGAACAGTTgtc
gi|6 : attaaATAGTCCG-ACTTTCGACAAATTTT-GTCC--A-CCTTA--TTAAAACACAGTTTA-----AT---GATCACA--C--ACACT-------T-ATGT-AAGAGGCTGTACGAC-ACATCATACA----TTATCATTTCA-CTGTTTTAACCAG--------ATTT------------TTTTGGTTTTAAATCGG-TGTTTACAAA----------CAATGGTCACT------TGGCCATTTCTAATGC--ATA-TTCAGAAGAT--------A--------AATCAAATGAC--A------GTCATTTGTCCAGTTCAAA----C---TT-------C-CAGgc
gi|7 : gtTGGTCCGAAATTTTG-CAACCGTT-GTTC--A-CATTG--TATAATCATTGTTAG-----GT---TACCGCA--C--TTGTGTAAATGAT-ACTT-AGGAGACTGTA-GATAATG-CATACA----TT---ATTTCATATGTTTTAATTAG--------GATTGTATA-------ATTTTTTAATCG----G-TGTTCACAAA----------CAACTGTCACT------TGGTTAATT-TAA-GT--A------------T--------A--------AAGTATTTGAC--A------GTCACGTGTCTATCTCAGA----C---TT-------CGGAGGTAAG-----ATC---G------ACAA-CTGTGTA----------T--GTT-GTTTCA------ACAATACT-TGCG----A-G--------AA---T-----A-aggaaagtcagatcattggtggtcttttcagtgtaaagcaaagtacaacaccatgtaataaa
gi|8 : ttgtgaaactagcgtATGGTTCA-AATTTTGACA--TTTT-TCCC--A-CCTTG--CAAAAACGCTGTTAA-----ATCTCCATTGCA--C--GTACG-------C-ATTC-AAGAGGCTG---AAC-ATGTCATACA----TT---ATTTCACCTGTTTAAACCAT--------AATT------------A------------------GTTTTTAAA----------CAAC--------------------TTCTAATAC--A------------T--------A--------AAT---G-GAC--A------GTCACGTGTCTAGTTTAGAGG--CAAGAT-------CATAGGTC-G-TCTTACCTGTGTA----A-AG-CGGTGTATTTTCTACTGT--TTT-GTTACT------ATGGTTCCATATC----A-T--------AAGT-T-----C-AAGAGGA--------ATATAAAATC-C----T--gg
gi|9 : TGGTCTG-AATCTCGACTATTTTTTGTCC--A-CCTCG--TAAAA-CACTGTTAA-----AT---CATAGCA---------------------------AGCCTGTACAGC-ATGTCATACA----TT---ATTTT-TCTGTTTTAACCAGTATTATTTAATTTGAA--------ATT-------------GATGTTTACAAA----------CAACTGTCACT------CGG-CAT--------C--AT------------------------------ATCAAGTAAC--A------GCAAGGTGCT---TTCAGA----
blockSeqs : A T TT CC A CT A CTTAA CTC AAT GTAAATGA T . A TA G A CTAG ATC TATTATTT GTATAATTTTTTAATCGG T TCAGTATTTT TG GAGGAA T ATGTTAAGATTTTC A GA AAGCAT GGCAAGATCATAGGTCGTCTTACCTGTGTAA T TTTTCTACTG . T ACTGTA TTGAATTAAAGAAA GTTTAAAAGAAATGAA C TTGTTTAAGAGAAATACTTAAT T TT TATATAAC G G C CATG G A . T A A . T C A AC C A AAATT . T
blockSeqs : . A T . . . A . . CAT A . . A C G A T . . TTTAGGTTTTAAATTGA T . TG . G TTGTTCCAAAGATA G . . AGATCATCGGTGATCTTATTTATGTAT . . . T . CTT GTTCAAGAGAA . ATCATAGTGATTCCCAAT . . TAAC G T C . .
blockSeqs : . T T . . . A . . T T . . G T A G . . . ATTTAGGTTTTAATTGG T . AA . T ATATTCAGAAGAAA G . . ACTCTTACTTGTGTTTACAA . . . . . AT GTTCAAGAGGA . TTAGTAGCTGGCA . . TAAC G T .
blockSeqs : . A T . . . A . . T A . . G T G A . . . ATTTCATTTTAAATCAG T . TG . T ATATTCAGAAGATA G . . CATAAGATACCAAAGGTCTT . . . . . AC TTTAAAAA . CTTAGTCGCA . . AA .
blockSeqs : . A T . . . A . . C G . . A G A G . . . TTTTGGTTTTAAATCGG A . GG . T ATATTCAGAAGATA G . . GGCAAGATACCATATGTTT . . . . . AC TACAAA . CTTCTAGA . . T .
blockSeqs : . T T . . . A . . T A . . G C A G . . . TGAAATTGA A . TG . T TTTATAATCCCG A . . CTTCGGAGGTAAGATCGAC . . . . . AT TAAGT .
blockSeqs : . T T . . . T . . C A . . G G A G . . . ATCG T . TG . T TTCACG T . . CGATCATCGGTG . . . . . AC CAAAA
blockSeqs : . A T . . . A . . C A . . G G A A . . . ATTT A . T . A ATA G . . TATATTTGTAA . . . . . AT
blockSeqs : . C . . . . . . . C A . . A T G A . . . ATT A . . . T ATA G . . . . . . . AG
blockSeqs : . T . . . . . . . C T . . A C G A . . . ATT T . . . . TA . . . . . . . . AT
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . A C G A . . . A A . . . . AT . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : ATTTTTTAATCGG***************** ATTTCAAAGATA********************* AGATCATCGGGGTCTTATTTGTAN*********************** ** CTTAGTGGCCA******************** TAAC*****
originalCons : ATGGTCCG-AATTTCGACAANTTTT-GTCC--A-CCTTG--TAAAAACGCTGTTAA-----AT---CATCGCA--C--GTACG-------T-ATTT-ATGAGGCTGTACGAC-ATGTCGTACA----TT---ATTTCACCTGTTTTAACCAG--------AATT------------ATT-------------G-TGTTTNTAAA----------CAACTGTCACT------CGGCCATTTCTAATGC--AT--T--------T--------A--------AATCAAGTGAC--A------GTCACGTGTCCAGTTCAGA----C---NT-------C-NAGGT--G-TCTTATCTGTG------A-AG-CTGTGTA----------T--TTT-GTTACT------ACAGTACCGTGCC----A-T--------AA---T-----A-AA----A--------ATATCAAATA-C----T--T----------AATTCCTAG--ATATT-CGTTGTTTTACGCTCTTTCAA--ACC----TAAC-TTTAAACAGTTNTGCTACGT----TTTGGAATTCCTGTCGTGCGCATGGGTACTATTCATAGACGCATANCCAGNCATGGCTTCGAGTCGGCGAGAAANGGCACCAGTCCTAAAANGAACANACCANANNTCTCAANAANGAGGAAATTGAAGAAAAGTTCGAGATTGCAGAA
finalCons : ATGGTCCG-AATTTCGACAANTTTT-GTCC--A-CCTTG--TAAAAACGCTGTTAA-----AT---CATCGCA--C--GTACG-------T-ATTT-ATGAGGCTGTACGAC-ATGTCGTACA----TT---ATTTCACCTGTTTTAACCAG--------AATTATTTTTTAATCGG-----------------TGTTTNTAAA----------CAACTGTCACT------CGGCCATTTCTAATGCATTTCAAAGATA---------------------AATCAAGTGAC--A------GTCACGTGTCCAGTTCAGAAGATCATCGGGGTCTTATTTGTAN-----------------------AG-CTGTGTA----------T--TTT-GTTACT------ACAGTACCGTGCC----A-T--------AA---T-----A-AA----A--------ATATCAAATA-CCTTAGTGGCCA--------------------ATT-CGTTGTTTTACGCTCTTTCAA--ACCTAAC-----TTTAAACAGTTNTGCTACGT----TTTGGAATTCCTGTCGTGCGCATGGGTACTATTCATAGACGCATANCCAGNCATGGCTTCGAGTCGGCGAGAAANGGCACCAGTCCTAAAANGAACANACCANANNTCTCAANAANGAGGAAATTGAAGAAAAGTTCGAGATTGCAGAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 1111111 444444444444444444444 5555555555555555555555555 111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111111 111111 4444444444444444444444444444444444444 33333333333333333 11 5555555555555555 111 222222222 1 2222 1 1 1 22222 1 1
lowQualScore : 3 2 44 44 3 44 1 0 77777 555 11111 3 3 0000000 2 0 1 1 2 1 2 8888 555 1 555 333333333333333333333 444 33 99 999999 44 3 555 0 3 4444444444444444444444444 44 55 000000 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 9999999999 55 3 000000 7777 1111111111111111111111111111111111111 5 55555555555555555 33 7777777777777777 111 99 000000000 2 1 5 8888 6 5 5 1 1 1 5 1 1 1 22 1 1 77777 5 5
lowQualScore : . . .. .. . .. . . ..... ... ..... . . ....... . . . . . . . .... ... . ... ..................... ... .. .. ...... .. . ... . . ......................... .. .. ...... . .............................................................. .......... .. . ...... .... ..................................... . ................. .. ................ ... .. ......... . . . .... . . . . . . . . . . .. . . ..... . .
lowQualScore : 3 2 55 66 3 66 2 7 77777 444 11111 2 1 0000000 9 9 6 7 9 1 7 9999 000 6 444 666666666666666666666 333 33 11 666666 66 2 444 3 1 5555555555555555555555555 66 00 555555 5 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5555555555 00 6 555555 7777 8888888888888888888888888888888888888 0 00000000000000000 88 3333333333333333 777 22 888888888 5 0 0 3333 7 5 5 0 0 0 5 0 0 0 00 0 0 55555 5 5
consensus : ATGGTCCGAA-TTTCGACAANTTTT-GTCC--A-CCTTG--TAAAAACGCTGTTAA-----AT---CATCGCA--C--GTACGT-A-------TTT-ATGAGGCTGTACGACA-TGTCGTACA----TT---ATTTCACCTGTTTTAACCAGAA---TT-----ATT---T----TTT--AA-TCGGTGTTTNCAAACAACTGTCACT------CGGC--CATTTC---TAAT-GC--A------T-TTCA-AAG-AT---AAATCAAGTGAC--A------GTCACGTGTCCAGTTCAG----A----------------AGATCATC--GGT-GGTCT--TA--TT---TGT------AAAGCTGTGTA----------T--TTT-GTTACT------ACAGTACCGTGCC----AT------------AA---T---A-A--------A----AAT-ATCA-----------------AATACCT--TAGT-G---C---CA-----AT---TCGTTGTTTTACGCTCTTTCAA--ACC----T-AACTTTAAACAGTTNTGCTACGT----TTTGGAATTCCTGTCGTGCGCATGGGTACTATTCATAGACGCATANCCAGNCATGGCTTCGAGTCGGCGAGAAANGGCACCAGTCCTAAAANGAACANACCANANNTCTCAANAANGAGGAAATTGAAGAAAAGTTCGAGATTGCAGAA
Reference ( family-1367 ) : ATGGTCCGAA-TTTCGACAANTTTT-GTCC--A-CCTTG--TAAAAACGCTGTTAA-----AT---CATCGCA--C--GTACGT-A-------TTT-ATGAGGCTGTACGACA-TGTCGTACA----TT---ATTTCACCTGTTTTAACCAGAA---TT-----ATT---T----TTT--AA-TCGGTGTTTNTAAACAACTGTCACT------CGGC--CATTTC---TAAT-GC--A------T-TTCA-AAG-AT---AAATCAAGTGAC--A------GTCACGTGTCCAGTTCAG----A----------------AGATCATC--GG--GGTCT--TA--TT---TGT------ANAGCTGTGTA----------T--TTT-GTTACT------ACAGTACCGTGCC----AT------------AA---T---A-A--------A----AAT-ATCA-----------------AATACCT--TAGTGG---C---CA-----AT---TCGTTGTTTTACGCTCTTTCAA--ACC----T-AACTTTAAACAGTTNTGCTACGT----TTTGGAATTCCTGTCGTGCGCATGGGTACTATTCATAGACGCATANCCAGNCATGGCTTCGAGTCGGCGAGAAANGGCACCAGTCCTAAAANGAACANACCANANNTCTCAANAANGAGGAAATTGAAGAAAAGTTCGAGATTGCAGAA
gi|1 : ATAGTCCAAA-TTTCTACAAATTTT-GTCC--A-CCTTG--TAAAAAGACTGTCTA-----AT---TATCGCA--C--GTACGT-A-------TTTCGGGAGGCTGTATGACA-TGTAATACA----TT---ATTTCACCTCTTTAAACCAGAA---TT-----AT--------------------GTGTTTGCAAACAACGGTCCCT------CAGT--CATTTC---TAAT-GC---------------------T---AAATCAAGTGAC--A------GTCACGTGTTCAGCTTAG----A--------------------CCTCCAGG--TGTTT--TA--TC---TGTGG----AAAGCTATGTA----------TAATTT-GTTACT------AAAATACCGTGTC----AT------------AA---T---A-A--------A----AAT-ATCA-----------------AATA-CT--TAATTC---C---TAACTATAT---TCGTTGTTTTACGCTCTTTCAC--ATC----TAAAATTTGACGAGTTATG-TACGT----TTTGGGATTCCTGTCATGCGC-TGGGTACTATTTATAGACATATAGCCAGCCATAGCTTTGAATTGGCGAGAAATGACACCAGTCTTAAAAAGAACAGACTATACGTTTCAAGAACGAAG-----GAAGAAAAATTTGAGA-TGCAGAA
gi|10 : T-AT-AGGCTGTACAACA-TGT-----------------TTC-CCCGTTTTAACCAGAA---TT-----AT------------------CGGTCTTTATA-------------------CGAC--CATTTC---TAAT-GC--A------T-GTTA-A-G-ATTTTCAGTCAAATGAA--A------GTCACTTGTCCAGTTTAA----A----------------
gi|11 : ccgtactacaatatgctgtagtgtcataaccaaaca-TTTCCACAATTTTT-TTTC--AACCTC----AAAAACACTGCTAA-----AT---TATAGTA--T--GTACATTA-------TTT-ATAAGGCTGCACAGTA-TGTCATACAT---TT---TTTTCAACTATTTTAACCAGAA---TT-----ATT---TGA--TTTTAAA-TCAGTATTTT----CAACTGTCACTGAGGAATGAC--CA-------TAAT-GC--A------cttcaagacgaaaaggcaa
gi|12 : ttACAACTGTTACT------TGGT--CAGTTC---AGCT-GTTTG------T-TCCA-AAG-AT---AAATTAA-TAAG--C------GTTCCGTGTCCAGATCAG----A----------------A------C--------TCT--TA--CT---TGTGTTTACAAAACTGTAT-----------T--TTT-GTTGCT------ACAGTAGCGTACC----AT------------AA---
gi|13 : actggcttttacttGATCATC--GGTAGGCCTAGTA--TC-------------AAGCTTTGTA----------T--TTT-ACTACT------ACAGTATCGTCCT----ACAAGTTCAAGAGAAA---T---ATA--------A----AATCATCA-----------------AATATCT--gtgcaggtaaatgaaa
gi|14 : tcagatgtaatattCGAC-TTTTGACAAATTT--GTC---A-TCTCA--TA----CACT-CTAA-----AT---TATTGCA-----ACATTT-A-------ATT-ATGAAG---TGCAATA-T-TCATACG----TT---ATT-CACTT--TTTAACCAGAATATTT-----GGT---T----TTT--AA-cttggtattgtgtgagataccagttttaca
gi|15 : atttaaagctgtatgTGGTCCGAA-TTTCGACAATTTTT-ACCCCCA-CCCTG--TAAAAACACTGTCAA-----AT---CATCATA--T--GCACAT-A-------TTT-ATGAAGCTGTGCGAGA-TATTGTACA----TT---ATTTCACTTGTTTTAa
gi|16 : ------------AA---T---ACA--------A----AAC-ATCA-----------------AATACATCATAGTGATTCC---CA-----ATATTTCGTTGTTTTACGCTCTTTCGA--ACT----T----TTTAAACAGGTGTGCTGAGT----TTTGGAAATCATGTTG
gi|17 : aaagATGGTCTGAA-TTTCAACAAATTCT-GTCC--A-CCTTG--TAAAGACA--GTTAA-----AT---CATCGCA--C--GTAAGT-A-------TTT-ATGAGAATGTACGACA-TGCCATATG----TT---ATTGCAC
gi|18 : tctAGCTGTGTA----------T--TTTTATTACT------GCAGTATCGTGCC----AC------------AA---
gi|19 : TGATAA-----AT---CATTGCA--T--GTACAT-A-------TTT-ACAAAGCTATGTGAGG-TATCGTACACTAGCT---ATTTCACTTGTTTTAACCAGAA---TT-----ATT---T----gtgtttcgcgttttttgttgaaatacagataaaattatcaaataccttttgatttt
gi|2 : TTTTAACCAGAA---TT-----TTTAGGT----TTT--AAATTGATGCTTTCAAACAACAATCACC------CGGC--CATTGC---TAAT-GC--A------TATTCAGAAG-AA---AAATCAA----C--A------GTCACGTGTCCAGTTCAG----C-----------------GATCATC--GGT-GGTCT--------------------------GTGTA----------T--TGT-GTTACT------GCAATACTTTGTC----AT------------AA---T---A-A--------G----TGT-TTCACGTTTTTGTTTAAGAGAAATAC-T--TAAT----------A-----AT----CGTTGTTTTACGCTCAATCAATTATC------AA-TTTAGAC--TTTTG-TACGCCATGTTTGAAATCCCT-TCGTACGCATGGGT-CTATTCATAGATGCATATCCAGACATGGCTTCGAGTCGGCAAGAAAAAGCACCAGTCCT-AAATGAACACACCAAAACTCTCAACAAAGAGGAAATTAAAGAAAAG-TCGAGATTGCAGAA
gi|20 : TC---TAAT-GC---------------------T---AAATCAGGTGAC--A------GTCATATG----------------------------------TTAT---------------A--TT---TGT------AAAGCTGTGTAT---------T--TTT-ATTACT------GCAGTATCGTGCC----AC------------AA---t
gi|3 : cactaTCCGAG-TTTTGACAAATTTT-GTTC--G-CCTTACTTAA---CGCTATAAA-----AT---TATCCTA--C--GTGTAT-A-------TTT-ATGAGGCTGT------------TACT----TT----TTACAGCTGTTGTAACCAGAA---TT-----ATT---TAGGTTTT--AA-TTGGTGTTTATAAATAACTGTCACT------CGGC--CATTTT---TAAT-GC--A------TATTCAGAAG-AT---AAATCAAGTGAC--A------ATCAGTTGTCCAGTCCAG----A----------------AGATCATC--GGT-GATCT--TA--TTTA-TGT------ATAGCTGGCTA----------A--TTT-ATTACT------ACAGTACCGTGTC----AT------------AAGTTT---A-AAAGAAATGA----AAC-ATCA-----------------AATACCTTCTAG-----------A-----AT---TCGTTGTTTTGAACTCTTTCAA--ACC----T-AACTTTAGACAGTT
gi|4 : tGAA-TTTCGACAATCTT----------CTCTG--TAAAAACGCTGTTAA-----AT---CATCGCAAAT--GTACAT-A-------TTT-ATGAAGCTGTGCGAGA-TATCGTACA----AT---ATTTCACTTGTTTGAACCAGAA---TT-----ATT---TCA--TTTTAAA-TCAGTCTTTATAAATAAC--TCACT------TCGC--CATTTC---T--------A------T-TT---ATA-ATCCCGAATCAAGCGAT--AAAGCATGT-ACGTGTCCTGTTCAG----A----------------GG-----C--AA--GATAC--CA--TA---TGT------TT--CTGTGCA----------T--TTT-ATTACTACTGTAACATTACCGTGTCTTGAATTAAAGAAA----AA---C---A-A--------A----AAT-ACCA-----------------AATACCT--TAGTAG---CTGGCA-----CT---TCATTATTGTAAGCTCTTTCAG--ACCTATAT-AACTCTAAACA--TTTGCgcaactgagtaatatatacatcatattaggatt
gi|5 : tggtacatgattaaacgTCCAAA-TTTCGACAATC------CC--A-CTCTG--TAAAAATGCTGTTAACTTAAAT---CATTGTA--CATGTGCAT-A-------TTC-ATGAAGCTGTGCAATA-TATCGTACA----TT---ATT-CACTTGTATGAACCAGAA---TT-----ATT---T---------AA-T-------TTTAAATAACT--CACT------CCAC--CATTTC---TA-T------------T-TTCA------C---GAATCAAGCGACGAA------G-CACGTGTCCAGGTCAC----ACATA------------AGAT-ACC--AAA-GGTCT--T----------------------TATGCA----------T--TTT-ATTACT------TCAACACCATGCC----CTT-----------AG---TTTAA-A--------A----AAT-ATCA-----------------ACTACCT--TAGTCG---C----A-----AT---TCGTTCATATGCGCCTTTTCAG--ACA----T-AACTTTGAACAGTTgtc
gi|6 : attaaATAGTCCGAC-TTTCGACAAATTTT-GTCC--A-CCTTA--TTAAAACACAGTTTA-----AT---GATCACA--C--ACACTT-A-------TGT-AAGAGGCTGTACGACA-CATCATACA----TTATCATTTCA-CTGTTTTAACCAGAT---TT-----TTT---TGG--TTTTAAA-TCGGTGTTTACAAACAATGGTCACT------TGGC--CATTTC---TAAT-GC--A------TATTCAGAAG-AT---AAATCAAATGAC--A------GTCATTTGTCCAGTTCAA----ACTTCCAGAGGAAAGTCAGATCATT--GGT-GGTCT--T---TTCAGTGT------AAAGCgc
gi|7 : gtTGGTCCGAAATTTTG-CAACCGTT-GTTC--A-CATTG--TATAATCATTGTTAG-----GT---TACCGCA--C--TTGTGT-AAATGATACTT-AGGAGACTGTA-GATAATG-CATACA----TT---ATTTCATATGTTTTAATTAGGA---TTGTATAATT---T----TTT--AA-TCGGTGTTCACAAACAACTGTCACT------TGGT--TA----------------A------T-TT---AAGTAT---AAAGTATTTGAC--A------GTCACGTGTCTATCTCAG----A--------------------CTTC--GGA-GGTAA--GA---T---CG-------ACAACTGTGTA----------T--GTT-GTTTCA------ACAATACT-TGCG----AG------------AA---T---A-aaagtacaacaccatgtaataaa
gi|8 : ttgtgaaactagcgtATGGTTCAAA-TTTTGACA--TTTT-TCCC--A-CCTTG--CAAAAACGCTGTTAA-----ATCTCCATTGCA--C--GTACGC-A-------TTC-AAGAGGCTG---AACA-TGTCATACA----TT---ATTTCACCTGTTTAAACCATAA---TT-----A-----------------------GTTTTTAAACAAC----------------------TTC---TAAT-AC--------------------AT---AAAT---G-GAC--A------GTCACGTGTCTAGTTTAGAGGCA----------------AGATCATA--GGT-CGTCT--TACCTG---TGT------AAAGCGGTGTATTTTCTACTGT--TTT-GTTACT------ATGGTTCCATATC----AT------------AAGT-T---C-A--------AGAGGAAT-ATAA-----------------AAT-CCT--gg
gi|9 : TGGTCTGAA-TCTCGACTATTTTTTGTCC--A-CCTCG--TAAAA-CACTGTTAA-----AT---CATAGCA---------------------------AGCCTGTACAGCA-TGTCATACA----TT---ATTTT-TCTGTTTTAACCAGTA---TT-----ATT---TAA--TTTGAAA-TTGATGTTTACAAACAACTGTCACT------CGGCATCATATCAAGTAACAGC--AAGGTGCT-TTCA-GAG-GT---AA