lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 33 2222 111 1 1111 1111 444444444444444444 2222222 222222 111 66666666666666666666 2222222 2 11 1111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 2222222222222222 555555555 11 111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222222222 11111
lowQualScore : 11 8 2 8 8 88 8 9999 6 111 6 6 3 7777 4444 333333333333333333 3 6666666 444444 111 99 44444444444444444444 6 1111111 888888 2 8 0 0 11 9999999 6 77 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222 4 66 5 5 1111111111111111 9999999 33 888888888 5 77 66 0 22 555555555 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 5 77777777777 55555 77 77 1 6 99 8
lowQualScore : .. . . . . .. . .... . ... . . . .... .... .................. . ....... ...... ... .. .................... . ....... ...... . . . . .. ....... . .. ......................................................................................................................... .... . .. . . ................ ....... .. ......... . .. .. . .. ......... .............................................................................................................. . . ........... ..... .. .. . . .. .
lowQualScore : 00 0 2 0 0 66 0 6666 7 777 7 7 3 8888 2222 333333333333333333 7 2222222 777777 777 22 55555555555555555555 7 0000000 222222 5 0 0 8 00 0000000 7 55 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7777 0 99 0 0 1111111111111111 4444444 99 666666666 6 00 99 4 22 555555555 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 7 11111111111 22222 99 99 7 7 22 0
consensus : ATTATTC--G-ACCCTA-AAAAGAC-CTTT-AATA-T--C-CTT-TTT---GAC-AT-ATTT-ACCTCCCTT--TGTGA----GATTT-------TA-TGA-----TATTTAAAATTTNT---TTTCTT---TA-ATACTAT---TA--AA---------------G----ATA-ATCA-AT--G-GGACTTTCAGCT-TTCAATCT--TAAAT---C--ATTGACC-TTGAATNTTN--N------------G-----------------GTCA-------A-GGTC--ATCCA-TAG------TTTTAAA--------A-C---------A-----------T----------TT-GACACNG--ANATTTT--AAGG-G-TA------GA--NGA---TAG--GA--AATTCGCNTCTG--CCTTTACAAA-ATAC--TGC-ATTTTC-A----TCCATNA---A------ATTT------TCT-----AAAAT---CTCTTAA--A----TCT---TTCTTA--TC--CN-T-TT-TTCAAAANA------CATAT-TGGG-------TG-GAA-AG-----------CC----CTCTAAT--TGTT--CGCGAACAA-TTA--GGATCACT-AGT
Reference ( gi|6 ) : ATTATTC--G-ACTCTA-AAAAGAC-CTTTTAATA-T--A-CTT-TTT---GAC-AT-ATTT-ACCTCCCTT--TCTGA----GATTT-------TT-TGA-----TATTTAAAATGTTT---TTTCTT---TG-ATACTAT---TA--AA---------------G----ATA-ATCA-AT--G-GGACTCTCAGCT-TTGAATCT--TAAAT---C--ATTGACC-TTGAATTTTT--T------------G-----------------GTCA-------A-GGTC--ATTCA-TA-------TTTTAAA--------A-C---------A-----------T----------CT-GACACTG--AAATTTT--AAGG-G-TA------GA--CGC---TAG--GA--AATTTGCGTGTGTACTTTTACACA-GTAC--TAC-TTTCTC-A----TCCATGA---A------ATTT------TCT-----AAAAT---CTATTAA--A----TCT---TTCTCA--TC--CA-T-TT-TTCAAAAGA------CATAT-TGGG-------TG-GAA-AG-----------CC----CTCTAAT--TGTT--CGCAAACAA-TTA--GGATCACT-AGT
gi|4 : ATCATTT--G-ACCCTA-GAGAGAC-CTTT--ATA-T--C-CTT-TAA---AAC-AC-ATTT-ACCTCCCTT--TTTGA----AGCTT-------TA-TTA-----TGTTTAAGATTTAT---TTATTT---TA-AAACTAT---TA--AATAATACCGAATTAAAG----ATA-ATCA-GC--G-AGGGTTTCAGCT-TTCAATTA--TAAAA---T--ATTGACC-TTGAATGTTA---------------G-----------------GTCA-------A-GGTC--ATCCA-TAGT-----TTTCAAATCTTTCTGA-G---------A-----------T----------TTTGACACAG--ATATTTT--AAGG-G-TAAAATTTAA--AGA---TAA--GA--AATTCACATCT---CATTCATAAA-ATAC--TGC-ATTTTA-A----TTCAT
gi|12 : aaatcaaggacatcagcaaaatttgttttggtagttttcatttccaaggtctttgaaaaacattttcaaggacaatacaaTATTC--G-ACTATA-AAAAGAC-CTT--AATA-T--C-TTT-TTT---GAC-AT-ATTT-ACCTCCCTT--TGTGA----GATTT-------TA-TGA-----TATTAAAAATTTAT---TTTCTT---TG-ATACTAT---TA--AA---------------A----ATA-ATCA-AT--GTGGACTTTCAGCt
gi|2 : cacattatacgcaaaagtcaaattaaggtcaaggtcatcatcaatttttttttattttcaatgtcttttataatattttaaagaacattaaataaTATTCTTG-AACCTA-AAAGGAC-CGT--AATAAT--C-CTCATTT---AAC-ATTATTTTACCTCCCTT--AGTGC----GCTT-------------------------AAAT-TCT---TTTC--------ATACTAT---TA--AA---------------G----ATC-ATCA-GTAAG-GGTTCCTGAG-T-TCCA---T--TAAAT---C---TCGTAC-TTGAATCTCA--G------------C-----------------GTGA-------A-GGTC--AGTCACTAAGATAGTTTTTAAC--------A-TTTTTTAG--A-----------T----------TT-GACCCCG--AAATTTTCGAAGGAG-TG------AA--GAA---CAA--GA--AATTCACCTCTG----CTTACAAA-ATAC--AGC-ATTTTC-A----TCCA-GC---ATGTTTTTTTT------TTT-----AAACG---CT-TTAACCA----TTT---TTATC---TT--TA-T-TT-TCCTAAATC------AATA--AGGA-------TG-GAATAG-----------CCCTCTCTCTCAT--TGTT--CGCGAACAA--TA--GGAT--CT-AGT
gi|10 : ttattcatttccaatggcttttacaatactttgaagaaaaTATTC--GGACAATATAAAAGACACTT--AATA-T--T-CTT-TTTTGTAAC-AT-ATTTTACCTCCCTAAAGCTGA----GATTT-------TA-TGA-----TATTAAAAAT-CTA---TTTCTTGGCTA-ATATCAT---TA--AA---------------ACATCATATATCATAT--GTGGACTTTCAGCT-TT-CATCT--TTAAT---CAAATTGACCTTTGAAATTTT--CCTGTGTGGTGAAG-----------------GTCAAAATGTCA-GGTC--ATTTA-TA-------TTTTAAA--------T-C---------A-----------T----------ttgatatcgattctt
gi|1 : aaaa--G-ACTCTA-AAAAAGC-ACCTCAATA-TCTATCTG-TTT---GGCCAT-ATTT-ACCTCTCTT--TGTGGTAGCGGTTTCCCCACGTTATGAAATCTTATTTAATATGTTTAGTTTTCTA---TGCATGCTATGTGTATTAA---------------GCC--ATA-ATTT-AT--G-GGACTC--AGCTATTCAATCTCTTAAATAATC--ATTGGAC-T-GAATTTTTATT------------GTCGAAGGCGTCCAAAGCATCA-------A-GGTCTGATTCA-TAG------TTTTAAA--------A-C---------AATTTGCACATAT----------TT-GACACTGGAAAATTTT--GAGG-GCTA------GA--CGC---TAG---A--AATTTGCTCTCGCCTCTTCACACAAGTAC--TAC-TTTCGC------TCCATGA---A------TTTT------TCT-----TAAAT---CTATT-A--A----TCTTCATTCTTA--TCCTCATT-TT-TTCAAAAGAC-----CATAT-TCGGCACGCGTTGCGAA-AAAATGGCCTCCTCC----CTTCAATAATGTTTCCGCGAACAATTTAGCGAATCACTCAGTt
gi|7 : tTT-TTT---GAC-AT-ATTT-ACCTCCCTT--TGTGA----TACTT-------TA-TAA-----TGTGTAAACTTTAT---TTTCTTAC-TA---ACTAT---TG--AT---------------T----ATA-ATCA-A----------------T-TTCAATCT--TAAAT---C--ATTAACC-TTGAA-CCTG--G------------G-----------------GTCA-------A-GACC--ATCCA-TAG------TTTTTAA--------A-C-----------------------------------------------CTTT--ATGG-G-TA------GA--AGA---TAA--GA--AATgggttaaattatatatctattcttatccc
gi|9 : tcaaactcaagtgaaggtcaaagatcaaagtcatcatgaaaatgatattttatttatttccaacgtcttttaaaatattttgaaagacatctaaattgttctctGACC-TTGAATGTTT--T------------GTCAAG------------GTCA-------AAGGTC--ATTCA-TA-------TTAAAAA--------AAC---------A-----------TTTTGAAGATTCT-GACACTG--AGATTTT--GAGG-G-TA------AA--CGC---TCG--GA--AATTTTCGTGT---TCTTTACACT-ATAC--TGC-ATTCTC-A----CCCATAT---A------ATTT------TCT-----AAATT---CTTTT---------TTT---TTTTTA--TC--CT-T-TTCTTCAAAAAC------CATAT-TCAG-------TG-GAA-AG-----------CC----CTCTAAT--TGTT--TGCGAACAA-TTA--GGATCAAT-
gi|14 : TCA-------A-GGTC--ATCCA-TAG------TTTTAAA--------G-CTTTTTTCCGAT----------T----------TT-GAAACAG--AAAATTT--AAGG-G-TA------GA--TGA---AAG--GA--AATTCACATCT---CCTCTTCAAA-ATACTGTAT-TTTAACAA----TCCATTT---T------AGTT------TCT-----AACAT---CGCTTAA--A----TCA---TTCT-A--TC--TC-T-TC-TTTATCA-A------CAAA---GCG-------TG-GAA-AG-----------CC----TTCTAAT--TGTT--CGCAAACAcccggggatcaatagtattacttacttttcttcc
gi|15 : TTTGAG--------A-T---------T-----------T----------TT-GATACAT--ATATTTT--GAGG-A-TA------AA--AGA---TA-------AATTAACTT---CACCTTTACAAA-ATAC--TGT-AATTTA-A----TTCATAA---G------ATTTAATGATTCT-----CA--T---CTGT-----A----TTT---TT-------------T-TT-TTTAAAT--------CGTAT-AGGG-------TG-GAA-AG-----------CC----CTCTAAC--TGTT--CTCGAACAA-TTA--GGATCACT-AGT
gi|16 : --AGGA-G-TA------GAAGCGCCAATAGATGAGTAATTTGCG-GTGTTTCTTTACACA-GTAC--TACATCTGTC-GTATTTCCATAAGCCA------CCTT------TCTCCTCCAACATCTCCTCCTAC--ACCCCCCT---CTCTCATGTC--CT-T-TT-TTCAAAATAGGGCTCCATATGTAGG-------TG-GAA-AG-----------Ctctataaagcaattcgatttt
gi|18 : CTTTTATAAA-ATTC--TGC-ATTTTA-A----TCCATTA---G------ATTT------TCT-----ACAAC---CCCTTAA--A----TCA---TCCTTA--TC--TT-TATT-TTCATACCG------CATA---------------------------------CC-------------TGTT--CACGAATAA-TTA--GAATCACT-AGTaatctg
gi|9 : CTAAT--TGTT--CGCAAACAA-TTA--G
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TCAGTTGTGAAACTTCCTGAATCTTTGAATCTATTTCTGAATCTACGCAATCGACTACACTCGCGCAAAGCTTGTTATCACTACCCCAACTGAACCGGAGAAAGTCATCAGAGACCACCAAACACCTTCCAGCCTGATTCATTAACCTATGAAAAACCCTCTGCAGGAGCAGTTAAACCCAAAGGGATCCAACGACCCTTGACACAGTAGTTACTTGCCCCGAAAGTCTCCAACTATCATTATTTAGGCCACCAGCTTTTTACATTAACCAAAGATAGAGCACAGTGTGACCCACTTGTGCTTAATCCCCTCTGAACCCTTCAAATGCACAGGTCAAGGTCATAATCCAAAAAGTATTTTTTTTATTTAATTTTCAATGCTCTTT
Unaligned ( gi|5 ): AATTAATTGAAATTCTGAACTTTGACCTATTTCTGAATTACAATGACTAACGTCAAAAAGCTAGTTATCGCTAATCCAGCTGAACCGAAAGTCATAGAGACACAGAATCTTAAGTGATTCATTAACTATAAAAACCCCTTGCAGTGAGAGTTTAACCGAAGGGACTCAAGGACGCTTACACATAGTTACTGCCCCTGAAAGTCTCCAATGTCATTATTTAAGCCTACAGCTTTTACATTAACAAAGATAGAGACATGGGACCACTTGTGTTAATCCCCTTGACCTTAAACCTTCAAATTAATGTCAAGGTCAATGGTCAAGGTCATCATAAAAATATTTTATTTTTTATTTATTTTCAATGTCTTTT
Unaligned ( gi|8 ): AATTAATTTTACAATTCTGACTAATTTTGAAGCTACAGACACTTTTGTAAAAAAAAATATTATTGATACCCCTACTAGGCTGTAGTTCATAGAAACATGAATACATTGCTGATGAATTTGCATTAGTGACATTTGAATTTTAAGGATCTGAGGATCTTGATAGTAGATATTGTTTCTGATAGTCTTTATTTAAGCTTATATCCTGAATCATAGAGACATGGGACCACTTGCATTAAACCCTATGACCTTGAAAAATTGATCATCAA
Unaligned ( gi|11 ): ATAAGTAATTAAAATTTTGAACTTTCAGAATTATGACTTTCGTCAAAAAGCTTGTTATTGCTACTCTTACTAAATTAAAAGTCATAAAGACAAAGATCAATTCACATCATTGAAACACCCTTGCAGTGAGGGATTAGCCGAAAATCATTACACATGGTTATTGCCCCTGAAAGTCTCCAATATCATTATCATTTACATAAATAAAGAAAGAGCCATGG
Unaligned ( gi|13 ): TAGCGGCAGAAGACTTTCAATTATGAATTCACAGTAAAATTCCCTTGCAGTGAGAGGCTAACAATGGGACCCGAGGACCCTTAAACATACATGTAGTTATTGCCCCTGAAAGTCTCCAACATCACCATCTAAGACTATAGCTTTTACATTAATAAAGACATAGACATGGTACCGCTTACATTAAGCCCTTGGTCT
Unaligned ( gi|17 ): TTTAACCGAAAGGATCCCGAGACCCCCAATAGTAGTTATTGCCCCAAAAATTCGCGATTAATTTGTTTTTAACCCACGCTTTAATTTTTACTTCGATATAAATAGAGACATTGGGCTTCT
Alignments
lowQualScore : 111111111 111 111 1 1111 22222222 11111 111111 111 4444444444444444444444 1 111111 777777777777777777777777777777777777777 1111111 111111 88888888888888888888888888888888888888888 111111 11111 111 222222222 111111111 2222222222 11111 111 222222222222222 111111 3333333333333333333333333 22222222222 1111
lowQualScore : 99 6 2 6 5 666666666 5 000 5 000 5 5 1 77 2222 2 00000000 44444 1 77 66 888888 000 7777777777777777777777 5 5 0 1 0 3 77 0 6 99 333333 77 1 777777777777777777777777777777777777777 6666666 5 66 444444 8 1 55555555555555555555555555555555555555555 2 66 2 66 4 4 222222 1 11111 222 66 22 66 111111111 4 4 777777777 1 1111111111 22222 0 555 444444444444444 55 000000 5 888 66 4444444444444444444444444 5 5 33333333333 2222 77 77 6 99 6
lowQualScore : .. . . . . ......... . ... . ... . . . .. .... . ........ ..... . .. .. ...... ... ...................... . . . . . . .. . . .. ...... .. . ....................................... ....... . .. ...... . . ......................................... . .. . .. . . ...... . ..... ... .. .. .. ......... . . ......... . .......... ..... . ... ............... .. ...... . ... .. ......................... . . ........... .... .. .. . .. .
lowQualScore : 22 7 2 7 7 111111111 7 000 7 000 7 7 4 99 1111 3 77777777 33333 4 99 77 999999 000 4444444444444444444444 7 7 1 4 7 6 99 7 7 22 555555 99 0 000000000000000000000000000000000000000 2222222 0 99 444444 8 1 55555555555555555555555555555555555555555 8 99 8 11 4 4 888888 0 11111 666 11 22 00 999999999 4 4 111111111 0 6666666666 55555 4 666 555555555555555 44 888888 0 888 99 5555555555555555555555555 0 0 88888888888 1111 99 99 7 22 7
consensus : ATTATTC--G-ACTCTA-AAAAGAC-CTTT-AA-----TA-TC---CTT-TTT---GAC-AT-ATTT-ACCTCCCTTTG--TGA----GATTT--------TATGA-----TATTTAAAAT--TTA-TTTTCTT---TG-ATACTAT---TA---------------AAG----ATA-ATCA-ATG-GGACTTTC--AGCT-TTCAATCT--TAAAT---C--ATTGACCTT--GAATNTT-----------NN--------G-----G-----------TCA-------A-GGTC--ATTCA------TAGTTTTAAA--------A---C-----------A---TTT----------GACACNG--AAATTTT--AAGG-G-TA------GANG-----ATAG--GA--AATTCGCG-TCTG--C--CTTTACA-AAATACTGCATTT-T--C-A----TCCATNA---AA-----TTTTCT-----AAAAT---CTCTTAAA------TCN---TTCT-TATCC---TT-TT-T---TC--AAAANA------CATAT-TGGG-------TG-GAA-AG-----------CC----CTCTAAT--TGTT--CGCGAACAA-TTA--GGATCACT-AGT
Reference ( family-1198 ) : ATTATTC--G-ACCCTA-AAAAGAC-CTTT-AA-----TA-TC---CTT-TTT---GAC-AT-ATTT-ACCTCCCTTTG--TGA----GATTT--------TATGA-----TATTTAAAAT--TTN-TTTTCTT---TA-ATACTAT---TA---------------AAG----ATA-ATCA-ATG-GGACTTTC--AGCT-TTCAATCT--TAAAT---C--ATTGACCTT--GAATNTT-----------NN--------G-----G-----------TCA-------A-GGTC--ATCCA------TAGTTTTAAA--------A---C-----------A---TTT----------GACACNG--ANATTTT--AAGG-G-TA------GANG-----ATAG--GA--AATTCGCN-TCTG--C--CTTTACA-AAATACTGCATTT-T--C-A----TCCATNA---AA-----TTTTCT-----AAAAT---CTCTTAAA------TCT---TTCT-TATCC---NT-TT-T---TC--AAAANA------CATAT-TGGG-------TG-GAA-AG-----------CC----CTCTAAT--TGTT--CGCGAACAA-TTA--GGATCACT-AGT
gi|1 : --G-ACTCTA-AAAAAGCACCTC-AA-----TA-TCTATCTG-TTT---GGCCAT-ATTT-ACCTCTCTTTG--TGGTAGCGGTTTCCCCACGTTATGAAATCTTATTTAATATGTTTAGTTTTCTA---TGCATGCTATGTGTATT-------------AAGCC--ATA-ATTT-ATG-GGACT--C--AGCTATTCAATCTCTTAAATAATC--ATTGGACT---GAATTTT-----------TATTGTCGAAG-----GCGTCCAAAGCATCA-------A-GGTCTGATTCA------TAGTTTTAAA--------A---CAATTTGCACATA---TTT----------GACACTGGAAAATTTT--GAGG-GCTA------GACG-----CTA---GA--AATTTGCT-CTCG--CCTCTTCACACAAGTACTAC--TT-T--C-GC---TCCATGA---AT-----TTTTCT-----TAAAT---CTATT-AA------TCTTCATTCT-TATCCTCATT-TT-T---TC--AAAAGAC-----CATAT-TCGGCACGCGTTGCGAA-AAAATGGCCTCCTCC----CTTCAATAATGTTTCCGCGAACAATTTAGCGAATCACTCAGT
gi|10 : tTATTC--GGACAATATAAAAGAC-ACTT-AA-----TA-TT---CTT-TTTTGTAAC-AT-ATTTTACCTCCCTAAAGCTGA----GATTT--------TATGA-----TATTAAAAAT--CTA--TTTCTTGGCTA-ATATCAT---TA---------------AAACATCATATATCATATGTGGACTTTC--AGCT-TTC-ATCT--TTAAT---CAAATTGACCTTTGAAATTTTCCTGTGTGGTGAA--------G-----G-----------TCAAAATGTCA-GGTC--ATTTA------TA-TTTTAAA--------T---C-----------A---TTgggttaaattatatatctattcttatccc
gi|12 : aaaaTATTC--G-ACTATA-AAAAGAC-CTT--AA-----TA-TC---TTT-TTT---GAC-AT-ATTT-ACCTCCCTTTG--TGA----GATTT--------TATGA-----TATTAAAAAT--TTA-TTTTCTT---TG-ATACTAT---TA---------------AAA----ATA-ATCA-ATGTGGACTTTC--AGC
gi|14 : cacattatacgcaaaagtcaaattaaggtcaaggtcatcatcaatttttttttattttcaatgtcttttataatattttaaagaacattaaataa-----------TCA-------A-GGTC--ATCCA------TAGTTTTAAA--------G---CTTTTTTCCG--AT--TTT----------GAAACAG--AAAATTT--AAGG-G-TA------GATG-----AAAG--GA--AATTCACA-TCT---C--CTCTTCA-AAATACTGTATTT-TAACAA----TCCATTT---TA-----GTTTCT-----AACAT---CGCTTAAA------TCA---TTC--TATCT---CT-TC-TTTATC--AACAAA-------------GCG-------TG-GAA-AG-----------CC----TTCTAAT--TGTT--CGCAAACA
gi|15 : TTTGAG--------A---T-----------T---TTT----------GATACAT--ATATTTT--GAGG-A-TA------AAAG-----ATA-------AATTAACT-TC-A--C--CTTTACA-AAATACTGTAATT-T--A-A----TTCATAA---GA-----TTT----------AATGA-TTCTCA---------------TCTGTATTT---TT-TT-T---TT--TAAAT-------CGTAT-AGGG-------TG-GAA-AG-----------CC----CTCTAAC--TGTT--CTCGAACAA-TTA--GGATCACT-AGT
gi|16 : --AGGA-G-TA------GAAGCGCCAATAGATGAGTAATTTGCGGTGTT--T--CTTTACA-CAGTACTACATCTGT--C-GTATTTCCATAAGCCAC-----CTTTCTCCTCCAACATCTCCTCCTACACCCCCCTCT---CTCA-TGTCC---TT-TT-T---TC--AAAATAGGGCTCCATATGTAGG-------TG-GAA-AG-----------Ctctataaagcaattcgatttt
gi|18 : --C--TTTTATA-AAATTCTGCATTT-T--A-A----TCCATTA---GA-----TTTTCT-----ACAAC---CCCTTAAA------TCA---TCCT-TATCT---TTATT-T---TC--ATACCG------CATA---------------------------------CC-------------TGTT--CACGAATAA-TTA--GAATCACT-AGTaatctg
gi|2 : TATTCTTG-AACCTA-AAAGGAC-CGT--AA-----TAATC---CTCATTT---AAC-ATTATTTTACCTCCCTTAG--TGC----G------------------------CTTAAA----TTC-TTTTC--------ATACTAT---TA---------------AAG----ATC-ATCA-GTA-AGGGTTCCTGAG-T-TCCA---T--TAAAT---C---TCGTACTT--GAATCTC-----------AG--------C-----G-----------TGA-------A-GGTC--AGTCACTAAGATAGTTTTTAACATTTTTTA---G-----------A---TTT----------GACCCCG--AAATTTTCGAAGGAG-TG------AAGA-----ACAA--GA--AATTCACC-TCTG--C----TTACA-AAATACAGCATTT-T--C-A----TCCAGCA---TGTTTTTTTTTTT-----AAA-----CGCTTTAA------CCA---TTTT-TATCT---TTATT-T---TCCTAAATCA-------ATA--AGGA-------TG-GAATAG-----------CCCTCTCTCTCAT--TGTT--CGCGAACAA--TA--GGAT--CT-AGT
gi|4 : ttattcatttccaatggcttttacaatactttgaagaaaaATCATTT--G-ACCCTA-GAGAGAC-CTTT-A------TA-TC---CTT-TAA---AAC-AC-ATTT-ACCTCCCTTTT--TGA----AGCTT--------TATTA-----TGTTTAAGAT--TTA-TTTATTT---TA-AAACTAT---TAAATAATACCGAATTAAAG----ATA-ATCA-GCG-AGGGTTTC--AGCT-TTCAATTA--TAAAA---T--ATTGACCTT--GAATGTT------------A--------G-----G-----------TCA-------A-GGTC--ATCCA------TAGTTTTCAA--------A---TCTTTCTG----AGATTTT----------GACACAG--ATATTTT--AAGG-G-TAAAATTTAAAG-----ATAA--GA--AATTCACA-TCT---C--ATTCATA-AAATACTGCATTT-T--A-A----TTCATttgatatcgattctt
gi|6 : aaatcaaggacatcagcaaaatttgttttggtagttttcatttccaaggtctttgaaaaacattttcaaggacaatacaaATTATTC--G-ACTCTA-AAAAGAC-CTTTTAA-----TA-TA---CTT-TTT---GAC-AT-ATTT-ACCTCCCTTTC--TGA----GATTT--------TTTGA-----TATTTAAAAT--GTT-TTTTCTT---TG-ATACTAT---TA---------------AAG----ATA-ATCA-ATG-GGACTCTC--AGCT-TTGAATCT--TAAAT---C--ATTGACCTT--GAATTTT-----------TT--------G-----G-----------TCA-------A-GGTC--ATTCA------TA-TTTTAAA--------A---C-----------A---TCT----------GACACTG--AAATTTT--AAGG-G-TA------GACG-----CTAG--GA--AATTTGCG-TGTGTAC--TTTTACA-CAGTACTACTTTC-T--C-A----TCCATGA---AA-----TTTTCT-----AAAAT---CTATTAAA------TCT---TTCT-CATCC---AT-TT-T---TC--AAAAGA------CATAT-TGGG-------TG-GAA-AG-----------CC----CTCTAAT--TGTT--CGCAAACAA-TTA--GGATCACT-AGTt
gi|7 : AAAGAC-ATCT-AAATTGTTC-TC---TTT-TTT---GAC-AT-ATTT-ACCTCCCTTTG--TGA----TACTT--------TATAA-----TGTGTAAACT--TTA-TTTTCTTAC-TA---ACTAT---TG---------------ATT----ATA-ATCA-A----------------T-TTCAATCT--TAAAT---C--ATTAACCTT--GAA-CCT-----------GG--------G-----G-----------TCA-------A-GACC--ATCCA------TAGTTTTTAA--------A---C----------------------------------------CTTT--ATGG-G-TA------GAAG-----ATAA--GA--AAT
gi|9 : tcaaactcaagtgaaggtcaaagatcaaagtcatcatgaaaatgatattttatttatttccaacgtcttttaaaatattttgGACCTT--GAATGTT-----------TT--------GTCAAGG-----------TCA-------AAGGTC--ATTCA------TA---TTAAA--------AAAAC-----------A---TTTTGAAGATTCTGACACTG--AGATTTT--GAGG-G-TA------AACG-----CTCG--GA--AATTTTCG-TGT---T--CTTTACA-CTATACTGCATTC-T--C-A----CCCATAT---AA-----TTTTCT-----AAATT---CTTTT---------TTT---TTTT-TATCC---TT-TTCT---TC--AAAAAC------CATAT-TCAG-------TG-GAA-AG-----------CC----CTCTAAT--TGTT--TGCGAACAA-TTA--GGATCAAT-
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TCAGTTGTGAAACTTCCTGAATCTTTGAATCTATTTCTGAATCTACGCAATCGACTACACTCGCGCAAAGCTTGTTATCACTACCCCAACTGAACCGGAGAAAGTCATCAGAGACCACCAAACACCTTCCAGCCTGATTCATTAACCTATGAAAAACCCTCTGCAGGAGCAGTTAAACCCAAAGGGATCCAACGACCCTTGACACAGTAGTTACTTGCCCCGAAAGTCTCCAACTATCATTATTTAGGCCACCAGCTTTTTACATTAACCAAAGATAGAGCACAGTGTGACCCACTTGTGCTTAATCCCCTCTGAACCCTTCAAATGCACAGGTCAAGGTCATAATCCAAAAAGTATTTTTTTTATTTAATTTTCAATGCTCTTT
Unaligned ( gi|5 ): AATTAATTGAAATTCTGAACTTTGACCTATTTCTGAATTACAATGACTAACGTCAAAAAGCTAGTTATCGCTAATCCAGCTGAACCGAAAGTCATAGAGACACAGAATCTTAAGTGATTCATTAACTATAAAAACCCCTTGCAGTGAGAGTTTAACCGAAGGGACTCAAGGACGCTTACACATAGTTACTGCCCCTGAAAGTCTCCAATGTCATTATTTAAGCCTACAGCTTTTACATTAACAAAGATAGAGACATGGGACCACTTGTGTTAATCCCCTTGACCTTAAACCTTCAAATTAATGTCAAGGTCAATGGTCAAGGTCATCATAAAAATATTTTATTTTTTATTTATTTTCAATGTCTTTT
Unaligned ( gi|8 ): AATTAATTTTACAATTCTGACTAATTTTGAAGCTACAGACACTTTTGTAAAAAAAAATATTATTGATACCCCTACTAGGCTGTAGTTCATAGAAACATGAATACATTGCTGATGAATTTGCATTAGTGACATTTGAATTTTAAGGATCTGAGGATCTTGATAGTAGATATTGTTTCTGATAGTCTTTATTTAAGCTTATATCCTGAATCATAGAGACATGGGACCACTTGCATTAAACCCTATGACCTTGAAAAATTGATCATCAA
Unaligned ( gi|11 ): ATAAGTAATTAAAATTTTGAACTTTCAGAATTATGACTTTCGTCAAAAAGCTTGTTATTGCTACTCTTACTAAATTAAAAGTCATAAAGACAAAGATCAATTCACATCATTGAAACACCCTTGCAGTGAGGGATTAGCCGAAAATCATTACACATGGTTATTGCCCCTGAAAGTCTCCAATATCATTATCATTTACATAAATAAAGAAAGAGCCATGG
Unaligned ( gi|13 ): TAGCGGCAGAAGACTTTCAATTATGAATTCACAGTAAAATTCCCTTGCAGTGAGAGGCTAACAATGGGACCCGAGGACCCTTAAACATACATGTAGTTATTGCCCCTGAAAGTCTCCAACATCACCATCTAAGACTATAGCTTTTACATTAATAAAGACATAGACATGGTACCGCTTACATTAAGCCCTTGGTCT
Unaligned ( gi|17 ): TTTAACCGAAAGGATCCCGAGACCCCCAATAGTAGTTATTGCCCCAAAAATTCGCGATTAATTTGTTTTTAACCCACGCTTTAATTTTTACTTCGATATAAATAGAGACATTGGGCTTCT
Alignments
lowQualScore : 111111111 111 111 1 1111 22222222 11111 111111 111 4444444444444444444444 1 111111 777777777777777777777777777777777777777 1111111 111111 88888888888888888888888888888888888888888 111111 11111 111 11 22222222 2222222222 11111 33333333333333 1 3333333333333333333333333 22222222222 1111
lowQualScore : 99 6 0 6 5 666666666 5 000 5 000 5 5 1 77 2222 00000000 44444 1 77 77 888888 77 000 7777777777777777777777 5 5 0 1 0 3 77 0 6 99 333333 77 1 777777777777777777777777777777777777777 6666666 5 66 444444 8 1 55555555555555555555555555555555555555555 2 66 2 66 4 4 222222 1 11111 222 66 22 11 66666666 4 4 99999999999 1 1111111111 22222 0 66 33333333333333 2 55 99999 0 5 66 66 4444444444444444444444444 5 5 33333333333 2222 77 77 6 99 6
lowQualScore : .. . . . . ......... . ... . ... . . . .. .... ........ ..... . .. .. ...... .. ... ...................... . . . . . . .. . . .. ...... .. . ....................................... ....... . .. ...... . . ......................................... . .. . .. . . ...... . ..... ... .. .. .. ........ . . ........... . .......... ..... . .. .............. . .. ..... . . .. .. ......................... . . ........... .... .. .. . .. .
lowQualScore : 22 7 3 7 7 111111111 7 000 7 000 7 7 4 99 1111 77777777 33333 9 99 44 999999 99 000 4444444444444444444444 7 7 1 4 7 6 99 7 7 22 555555 99 0 000000000000000000000000000000000000000 2222222 0 99 444444 8 1 55555555555555555555555555555555555555555 8 99 4 11 4 4 888888 0 11111 666 11 22 55 55555555 4 4 88888888888 0 6666666666 55555 4 99 88888888888888 8 44 88888 0 0 99 99 5555555555555555555555555 0 0 88888888888 1111 99 99 7 22 7
consensus : ATTATTC--G-ACTCTA-AAAAGAC-CTTT-AA-----TA-TC---CTT-TTT---GAC-AT-ATTT-ACCTCCCTTTG--TGA----GATTT--------TATGA-----TATTTAAAAT--TTA-TTTTCTT---TG-AT--ACTAT---TA---------------AAG----ATA-ATCA-ATG-GGACTTTC--AGCT-TTCAATCT--TAAAT---C--ATTGACCTT--GAATNTT-----------NN--------G-----G-----------TCA-------A-GGTC--ATTCA------TAGTTTTAAA--------A---C-----------A---TTT----------GACACNG--AAATTTT--AAGG-G-TA------GANG-----ATAG--GA--AATTCGCG-TCT-G--C--CTTTACA-AAATACTGCATTT-T--C-A-T----CCATNA---AA-----TTTTCT-----AAAAT--CTCTT---AA--A------TCNTTCT-TATC-C---TT-TT-T--TC--AAAANA------CATAT-TGGG-------TG-GAA-AG-----------CC----CTCTAAT--TGTT--CGCGAACAA-TTA--GGATCACT-AGT
Reference ( family-1198 ) : ATTATTC--G-ACTCTA-AAAAGAC-CTTT-AA-----TA-TC---CTT-TTT---GAC-AT-ATTT-ACCTCCCTTTG--TGA----GATTT--------TATGA-----TATTTAAAAT--TTA-TTTTCTT---TG-AT--ACTAT---TA---------------AAG----ATA-ATCA-ATG-GGACTTTC--AGCT-TTCAATCT--TAAAT---C--ATTGACCTT--GAATNTT-----------NN--------G-----G-----------TCA-------A-GGTC--ATTCA------TAGTTTTAAA--------A---C-----------A---TTT----------GACACNG--AAATTTT--AAGG-G-TA------GANG-----ATAG--GA--AATTCGCG-TCT-G--C--CTTTACA-AAATACTGCATTT-T--C-A-T----CCATNA---AA-----TTTTCT-----AAAAT--CTCTT---AA--A------TCNTTCT-TATC-C---TT-TT-T--TC--AAAANA------CATAT-TGGG-------TG-GAA-AG-----------CC----CTCTAAT--TGTT--CGCGAACAA-TTA--GGATCACT-AGT
gi|1 : --G-ACTCTA-AAAAAGCACCTC-AA-----TA-TCTATCTG-TTT---GGCCAT-ATTT-ACCTCTCTTTG--TGGTAGCGGTTTCCCCACGTTATGAAATCTTATTTAATATGTTTAGTTTTCTA---TGCAT--GCTATGTGTATT-------------AAGCC--ATA-ATTT-ATG-GGACT--C--AGCTATTCAATCTCTTAAATAATC--ATTGGACT---GAATTTT-----------TATTGTCGAAG-----GCGTCCAAAGCATCA-------A-GGTCTGATTCA------TAGTTTTAAA--------A---CAATTTGCACATA---TTT----------GACACTGGAAAATTTT--GAGG-GCTA------GACG-----CTA---GA--AATTTGC--TCTCG--CCTCTTCACACAAGTACTAC--TT-T--C-GCT----CCATGA---AT-----TTTTCT-----TAAAT--CTATT---AATCT------TCATTCT-TATC-CTCATT-TT-T--TC--AAAAGAC-----CATAT-TCGGCACGCGTTGCGAA-AAAATGGCCTCCTCC----CTTCAATAATGTTTCCGCGAACAATTTAGCGAATCACTCAGT
gi|10 : tTATTC--GGACAATATAAAAGAC-ACTT-AA-----TA-TT---CTT-TTTTGTAAC-AT-ATTTTACCTCCCTAAAGCTGA----GATTT--------TATGA-----TATTAAAAAT--CTA--TTTCTTGGCTA-AT--ATCAT---TA---------------AAACATCATATATCATATGTGGACTTTC--AGCT-TTC-ATCT--TTAAT---CAAATTGACCTTTGAAATTTTCCTGTGTGGTGAA--------G-----G-----------TCAAAATGTCA-GGTC--ATTTA------TA-TTTTAAA--------T---C-----------A---TTgggttaaattatatatctattcttatccc
gi|12 : aaaaTATTC--G-ACTATA-AAAAGAC-CTT--AA-----TA-TC---TTT-TTT---GAC-AT-ATTT-ACCTCCCTTTG--TGA----GATTT--------TATGA-----TATTAAAAAT--TTA-TTTTCTT---TG-AT--ACTAT---TA---------------AAA----ATA-ATCA-ATGTGGACTTTC--AGC
gi|14 : cacattatacgcaaaagtcaaattaaggtcaaggtcatcatcaatttttttttattttcaatgtcttttataatattttaaagaacattaaataa-----------TCA-------A-GGTC--ATCCA------TAGTTTTAAA--------G---CTTTTTTCCG--AT--TTT----------GAAACAG--AAAATTT--AAGG-G-TA------GATG-----AAAG--GA--AATTCACA-TCT----C--CTCTTCA-AAATACTGTATTT-TAACAA-T----CCATTT---TA-----GTTTCT-----AACAT--CGCTT---AA--A------TCATTC--TATCTC---TT-CT-TTATC--AACAAA-------------GCG-------TG-GAA-AG-----------CC----TTCTAAT--TGTT--CGCAAACA
gi|15 : TTTGAG--------A---T-----------T---TTT----------GATACAT--ATATTTT--GAGG-A-TA------AAAG-----ATA-------AATTAACT-TC--A--C--CTTTACA-AAATACTGTAATT-T--A-A-T----TCATAA---GA-----TTT----------AATGATTCTC---A--------------TCTGTATT-T---TT-TT-T--TT--TAAAT-------CGTAT-AGGG-------TG-GAA-AG-----------CC----CTCTAAC--TGTT--CTCGAACAA-TTA--GGATCACT-AGT
gi|16 : --AGGA-G-TA------GAAGCGCCAATAGATGAGTAATTTGCGGTGT-T--T--CTTTACA-CAGTACTACATCTGT--C-G-TATTTCCATAAGCCAC-----CTTTCTCCTCCAACAT--CTCCTCCTAC--ACCCCCCTCTCTCA-TGTC-C---TT-TT-T--TC--AAAATAGGGCTCCATATGTAGG-------TG-GAA-AG-----------Ctctataaagcaattcgatttt
gi|18 : --C--TTTTATA-AAATTCTGCATTT-T--A-A-T----CCATTA---GA-----TTTTCT-----ACAAC--CCCTT---AA--A------TCATCCT-TATC-T---TTATT-T--TC--ATACCG------CATA---------------------------------CC-------------TGTT--CACGAATAA-TTA--GAATCACT-AGTaatctg
gi|2 : TATTCTTG-AACCTA-AAAGGAC-CGT--AA-----TAATC---CTCATTT---AAC-ATTATTTTACCTCCCTTAG--TGC----GCTT-------------------------AAAT--TC--TTTTC--------AT--ACTAT---TA---------------AAG----ATC-ATCA-GTA-AGGGTTCCTGAG-T-TCCA---T--TAAAT---C---TCGTACTT--GAATCTC-----------AG--------C-----G-----------TGA-------A-GGTC--AGTCACTAAGATAGTTTTTAACATTTTTTA---G-----------A---TTT----------GACCCCG--AAATTTTCGAAGGAG-TG------AAGA-----ACAA--GA--AATTCACC-TCT-G--C----TTACA-AAATACAGCATTT-T--C-A-T----CCAGCA---TGTTTTTTTTTTT-----AAA----CGCTT---TA--A------CCATTTT-TATC-T---TTATT-T--TCCTAAATCA-------ATA--AGGA-------TG-GAATAG-----------CCCTCTCTCTCAT--TGTT--CGCGAACAA--TA--GGAT--CT-AGT
gi|4 : ttattcatttccaatggcttttacaatactttgaagaaaaATCATTT--G-ACCCTA-GAGAGAC-CTTT-A------TA-TC---CTT-TAA---AAC-AC-ATTT-ACCTCCCTTTT--TGA----AGCTT--------TATTA-----TGTTTAAGAT--TTA-TTTATTT---TA-AA--ACTAT---TAAATAATACCGAATTAAAG----ATA-ATCA-GCG-AGGGTTTC--AGCT-TTCAATTA--TAAAA---T--ATTGACCTT--GAATGTT------------A--------G-----G-----------TCA-------A-GGTC--ATCCA------TAGTTTTCAA--------A---TCTTTCTG----AGATTTT----------GACACAG--ATATTTT--AAGG-G-TAAAATTTAAAG-----ATAA--GA--AATTCACA-TCT----C--ATTCATA-AAATACTGCATTT-T--A-A-T----TCATttgatatcgattctt
gi|6 : aaatcaaggacatcagcaaaatttgttttggtagttttcatttccaaggtctttgaaaaacattttcaaggacaatacaaATTATTC--G-ACTCTA-AAAAGAC-CTTTTAA-----TA-TA---CTT-TTT---GAC-AT-ATTT-ACCTCCCTTTC--TGA----GATTT--------TTTGA-----TATTTAAAAT--GTT-TTTTCTT---TG-AT--ACTAT---TA---------------AAG----ATA-ATCA-ATG-GGACTCTC--AGCT-TTGAATCT--TAAAT---C--ATTGACCTT--GAATTTT-----------TT--------G-----G-----------TCA-------A-GGTC--ATTCA------TA-TTTTAAA--------A---C-----------A---TCT----------GACACTG--AAATTTT--AAGG-G-TA------GACG-----CTAG--GA--AATTTGCG-TGT-GTAC--TTTTACA-CAGTACTACTTTC-T--C-A-T----CCATGA---AA-----TTTTCT-----AAAAT--CTATT---AA--A------TCTTTCT-CATC-C---AT-TT-T--TC--AAAAGA------CATAT-TGGG-------TG-GAA-AG-----------CC----CTCTAAT--TGTT--CGCAAACAA-TTA--GGATCACT-AGTt
gi|7 : AAAGAC-ATCT-AAATTGTTC-TC---TTT-TTT---GAC-AT-ATTT-ACCTCCCTTTG--TGA----TACTT--------TATAA-----TGTGTAAACT--TTA-TTTTCTT------ACTAACTAT---TG---------------ATT----ATA-ATCA-A----------------T-TTCAATCT--TAAAT---C--ATTAACCTT--GAA-CCT-----------GG--------G-----G-----------TCA-------A-GACC--ATCCA------TAGTTTTTAA--------A---C----------------------------------------CTTT--ATGG-G-TA------GAAG-----ATAA--GA--AAT
gi|9 : tcaaactcaagtgaaggtcaaagatcaaagtcatcatgaaaatgatattttatttatttccaacgtcttttaaaatattttgGACCTT--GAATGTT-----------TT--------GTCAAGG-----------TCA-------AAGGTC--ATTCA------TA---TTAAA--------AAAAC-----------A---TTTTGAAGATTCTGACACTG--AGATTTT--GAGG-G-TA------AACG-----CTCG--GA--AATTTTCG-TGT----T--CTTTACA-CTATACTGCATTC-T--C-A-C----CCATAT---AA-----TTTTCT-----AAATT--CTTTT--------------TTTTTTT-TATC-C---TT-TTCT--TC--AAAAAC------CATAT-TCAG-------TG-GAA-AG-----------CC----CTCTAAT--TGTT--TGCGAACAA-TTA--GGATCAAT-
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TCAGTTGTGAAACTTCCTGAATCTTTGAATCTATTTCTGAATCTACGCAATCGACTACACTCGCGCAAAGCTTGTTATCACTACCCCAACTGAACCGGAGAAAGTCATCAGAGACCACCAAACACCTTCCAGCCTGATTCATTAACCTATGAAAAACCCTCTGCAGGAGCAGTTAAACCCAAAGGGATCCAACGACCCTTGACACAGTAGTTACTTGCCCCGAAAGTCTCCAACTATCATTATTTAGGCCACCAGCTTTTTACATTAACCAAAGATAGAGCACAGTGTGACCCACTTGTGCTTAATCCCCTCTGAACCCTTCAAATGCACAGGTCAAGGTCATAATCCAAAAAGTATTTTTTTTATTTAATTTTCAATGCTCTTT
Unaligned ( gi|5 ): AATTAATTGAAATTCTGAACTTTGACCTATTTCTGAATTACAATGACTAACGTCAAAAAGCTAGTTATCGCTAATCCAGCTGAACCGAAAGTCATAGAGACACAGAATCTTAAGTGATTCATTAACTATAAAAACCCCTTGCAGTGAGAGTTTAACCGAAGGGACTCAAGGACGCTTACACATAGTTACTGCCCCTGAAAGTCTCCAATGTCATTATTTAAGCCTACAGCTTTTACATTAACAAAGATAGAGACATGGGACCACTTGTGTTAATCCCCTTGACCTTAAACCTTCAAATTAATGTCAAGGTCAATGGTCAAGGTCATCATAAAAATATTTTATTTTTTATTTATTTTCAATGTCTTTT
Unaligned ( gi|8 ): AATTAATTTTACAATTCTGACTAATTTTGAAGCTACAGACACTTTTGTAAAAAAAAATATTATTGATACCCCTACTAGGCTGTAGTTCATAGAAACATGAATACATTGCTGATGAATTTGCATTAGTGACATTTGAATTTTAAGGATCTGAGGATCTTGATAGTAGATATTGTTTCTGATAGTCTTTATTTAAGCTTATATCCTGAATCATAGAGACATGGGACCACTTGCATTAAACCCTATGACCTTGAAAAATTGATCATCAA
Unaligned ( gi|11 ): ATAAGTAATTAAAATTTTGAACTTTCAGAATTATGACTTTCGTCAAAAAGCTTGTTATTGCTACTCTTACTAAATTAAAAGTCATAAAGACAAAGATCAATTCACATCATTGAAACACCCTTGCAGTGAGGGATTAGCCGAAAATCATTACACATGGTTATTGCCCCTGAAAGTCTCCAATATCATTATCATTTACATAAATAAAGAAAGAGCCATGG
Unaligned ( gi|13 ): TAGCGGCAGAAGACTTTCAATTATGAATTCACAGTAAAATTCCCTTGCAGTGAGAGGCTAACAATGGGACCCGAGGACCCTTAAACATACATGTAGTTATTGCCCCTGAAAGTCTCCAACATCACCATCTAAGACTATAGCTTTTACATTAATAAAGACATAGACATGGTACCGCTTACATTAAGCCCTTGGTCT
Unaligned ( gi|17 ): TTTAACCGAAAGGATCCCGAGACCCCCAATAGTAGTTATTGCCCCAAAAATTCGCGATTAATTTGTTTTTAACCCACGCTTTAATTTTTACTTCGATATAAATAGAGACATTGGGCTTCT
Alignments
lowQualScore : 111111111 111 111 1 1111 22222222 11111 111111 111 4444444444444444444444 1 111111 777777777777777777777777777777777777777 1111111 111111 88888888888888888888888888888888888888888 111111 11111 111 11 22222222 2222222222 11111 33333333333333 1 3333333333333333333333333 22222222222 1111
lowQualScore : 99 6 0 6 5 666666666 5 000 5 000 5 5 1 77 2222 00000000 44444 1 77 77 888888 77 000 7777777777777777777777 5 5 0 1 0 3 77 0 6 99 333333 77 1 777777777777777777777777777777777777777 6666666 5 66 444444 8 1 55555555555555555555555555555555555555555 2 66 2 66 4 4 222222 1 11111 222 66 22 11 66666666 4 4 99999999999 1 1111111111 22222 0 66 33333333333333 2 55 99999 0 5 66 66 4444444444444444444444444 5 5 33333333333 2222 77 77 6 99 6
lowQualScore : .. . . . . ......... . ... . ... . . . .. .... ........ ..... . .. .. ...... .. ... ...................... . . . . . . .. . . .. ...... .. . ....................................... ....... . .. ...... . . ......................................... . .. . .. . . ...... . ..... ... .. .. .. ........ . . ........... . .......... ..... . .. .............. . .. ..... . . .. .. ......................... . . ........... .... .. .. . .. .
lowQualScore : 22 7 3 7 7 111111111 7 000 7 000 7 7 4 99 1111 77777777 33333 9 99 44 999999 99 000 4444444444444444444444 7 7 1 4 7 6 99 7 7 22 555555 99 0 000000000000000000000000000000000000000 2222222 0 99 444444 8 1 55555555555555555555555555555555555555555 8 99 4 11 4 4 888888 0 11111 666 11 22 55 55555555 4 4 88888888888 0 6666666666 55555 4 99 88888888888888 8 44 88888 0 0 99 99 5555555555555555555555555 0 0 88888888888 1111 99 99 7 22 7
consensus : ATTATTC--G-ACTCTA-AAAAGAC-CTTT-AA-----TA-TC---CTT-TTT---GAC-AT-ATTT-ACCTCCCTTTG--TGA----GATTT--------TATGA-----TATTTAAAAT--TTA-TTTTCTT---TG-AT--ACTAT---TA---------------AAG----ATA-ATCA-ATG-GGACTTTC--AGCT-TTCAATCT--TAAAT---C--ATTGACCTT--GAATNTT-----------NN--------G-----G-----------TCA-------A-GGTC--ATTCA------TAGTTTTAAA--------A---C-----------A---TTT----------GACACNG--AAATTTT--AAGG-G-TA------GANG-----ATAG--GA--AATTCGCG-TCT-G--C--CTTTACA-AAATACTGCATTT-T--C-A-T----CCATNA---AA-----TTTTCT-----AAAAT--CTCTT---AA--A------TCNTTCT-TATC-C---TT-TT-T--TC--AAAANA------CATAT-TGGG-------TG-GAA-AG-----------CC----CTCTAAT--TGTT--CGCGAACAA-TTA--GGATCACT-AGT
Reference ( family-1198 ) : ATTATTC--G-ACTCTA-AAAAGAC-CTTT-AA-----TA-TC---CTT-TTT---GAC-AT-ATTT-ACCTCCCTTTG--TGA----GATTT--------TATGA-----TATTTAAAAT--TTA-TTTTCTT---TG-AT--ACTAT---TA---------------AAG----ATA-ATCA-ATG-GGACTTTC--AGCT-TTCAATCT--TAAAT---C--ATTGACCTT--GAATNTT-----------NN--------G-----G-----------TCA-------A-GGTC--ATTCA------TAGTTTTAAA--------A---C-----------A---TTT----------GACACNG--AAATTTT--AAGG-G-TA------GANG-----ATAG--GA--AATTCGCG-TCT-G--C--CTTTACA-AAATACTGCATTT-T--C-A-T----CCATNA---AA-----TTTTCT-----AAAAT--CTCTT---AA--A------TCNTTCT-TATC-C---TT-TT-T--TC--AAAANA------CATAT-TGGG-------TG-GAA-AG-----------CC----CTCTAAT--TGTT--CGCGAACAA-TTA--GGATCACT-AGT
gi|1 : --G-ACTCTA-AAAAAGCACCTC-AA-----TA-TCTATCTG-TTT---GGCCAT-ATTT-ACCTCTCTTTG--TGGTAGCGGTTTCCCCACGTTATGAAATCTTATTTAATATGTTTAGTTTTCTA---TGCAT--GCTATGTGTATT-------------AAGCC--ATA-ATTT-ATG-GGACT--C--AGCTATTCAATCTCTTAAATAATC--ATTGGACT---GAATTTT-----------TATTGTCGAAG-----GCGTCCAAAGCATCA-------A-GGTCTGATTCA------TAGTTTTAAA--------A---CAATTTGCACATA---TTT----------GACACTGGAAAATTTT--GAGG-GCTA------GACG-----CTA---GA--AATTTGC--TCTCG--CCTCTTCACACAAGTACTAC--TT-T--C-GCT----CCATGA---AT-----TTTTCT-----TAAAT--CTATT---AATCT------TCATTCT-TATC-CTCATT-TT-T--TC--AAAAGAC-----CATAT-TCGGCACGCGTTGCGAA-AAAATGGCCTCCTCC----CTTCAATAATGTTTCCGCGAACAATTTAGCGAATCACTCAGT
gi|10 : tTATTC--GGACAATATAAAAGAC-ACTT-AA-----TA-TT---CTT-TTTTGTAAC-AT-ATTTTACCTCCCTAAAGCTGA----GATTT--------TATGA-----TATTAAAAAT--CTA--TTTCTTGGCTA-AT--ATCAT---TA---------------AAACATCATATATCATATGTGGACTTTC--AGCT-TTC-ATCT--TTAAT---CAAATTGACCTTTGAAATTTTCCTGTGTGGTGAA--------G-----G-----------TCAAAATGTCA-GGTC--ATTTA------TA-TTTTAAA--------T---C-----------A---TTgggttaaattatatatctattcttatccc
gi|12 : aaaaTATTC--G-ACTATA-AAAAGAC-CTT--AA-----TA-TC---TTT-TTT---GAC-AT-ATTT-ACCTCCCTTTG--TGA----GATTT--------TATGA-----TATTAAAAAT--TTA-TTTTCTT---TG-AT--ACTAT---TA---------------AAA----ATA-ATCA-ATGTGGACTTTC--AGC
gi|14 : cacattatacgcaaaagtcaaattaaggtcaaggtcatcatcaatttttttttattttcaatgtcttttataatattttaaagaacattaaataa-----------TCA-------A-GGTC--ATCCA------TAGTTTTAAA--------G---CTTTTTTCCG--AT--TTT----------GAAACAG--AAAATTT--AAGG-G-TA------GATG-----AAAG--GA--AATTCACA-TCT----C--CTCTTCA-AAATACTGTATTT-TAACAA-T----CCATTT---TA-----GTTTCT-----AACAT--CGCTT---AA--A------TCATTC--TATCTC---TT-CT-TTATC--AACAAA-------------GCG-------TG-GAA-AG-----------CC----TTCTAAT--TGTT--CGCAAACA
gi|15 : TTTGAG--------A---T-----------T---TTT----------GATACAT--ATATTTT--GAGG-A-TA------AAAG-----ATA-------AATTAACT-TC--A--C--CTTTACA-AAATACTGTAATT-T--A-A-T----TCATAA---GA-----TTT----------AATGATTCTC---A--------------TCTGTATT-T---TT-TT-T--TT--TAAAT-------CGTAT-AGGG-------TG-GAA-AG-----------CC----CTCTAAC--TGTT--CTCGAACAA-TTA--GGATCACT-AGT
gi|16 : --AGGA-G-TA------GAAGCGCCAATAGATGAGTAATTTGCGGTGT-T--T--CTTTACA-CAGTACTACATCTGT--C-G-TATTTCCATAAGCCAC-----CTTTCTCCTCCAACAT--CTCCTCCTAC--ACCCCCCTCTCTCA-TGTC-C---TT-TT-T--TC--AAAATAGGGCTCCATATGTAGG-------TG-GAA-AG-----------Ctctataaagcaattcgatttt
gi|18 : --C--TTTTATA-AAATTCTGCATTT-T--A-A-T----CCATTA---GA-----TTTTCT-----ACAAC--CCCTT---AA--A------TCATCCT-TATC-T---TTATT-T--TC--ATACCG------CATA---------------------------------CC-------------TGTT--CACGAATAA-TTA--GAATCACT-AGTaatctg
gi|2 : TATTCTTG-AACCTA-AAAGGAC-CGT--AA-----TAATC---CTCATTT---AAC-ATTATTTTACCTCCCTTAG--TGC----GCTT-------------------------AAAT--TC--TTTTC--------AT--ACTAT---TA---------------AAG----ATC-ATCA-GTA-AGGGTTCCTGAG-T-TCCA---T--TAAAT---C---TCGTACTT--GAATCTC-----------AG--------C-----G-----------TGA-------A-GGTC--AGTCACTAAGATAGTTTTTAACATTTTTTA---G-----------A---TTT----------GACCCCG--AAATTTTCGAAGGAG-TG------AAGA-----ACAA--GA--AATTCACC-TCT-G--C----TTACA-AAATACAGCATTT-T--C-A-T----CCAGCA---TGTTTTTTTTTTT-----AAA----CGCTT---TA--A------CCATTTT-TATC-T---TTATT-T--TCCTAAATCA-------ATA--AGGA-------TG-GAATAG-----------CCCTCTCTCTCAT--TGTT--CGCGAACAA--TA--GGAT--CT-AGT
gi|4 : ttattcatttccaatggcttttacaatactttgaagaaaaATCATTT--G-ACCCTA-GAGAGAC-CTTT-A------TA-TC---CTT-TAA---AAC-AC-ATTT-ACCTCCCTTTT--TGA----AGCTT--------TATTA-----TGTTTAAGAT--TTA-TTTATTT---TA-AA--ACTAT---TAAATAATACCGAATTAAAG----ATA-ATCA-GCG-AGGGTTTC--AGCT-TTCAATTA--TAAAA---T--ATTGACCTT--GAATGTT------------A--------G-----G-----------TCA-------A-GGTC--ATCCA------TAGTTTTCAA--------A---TCTTTCTG----AGATTTT----------GACACAG--ATATTTT--AAGG-G-TAAAATTTAAAG-----ATAA--GA--AATTCACA-TCT----C--ATTCATA-AAATACTGCATTT-T--A-A-T----TCATttgatatcgattctt
gi|6 : aaatcaaggacatcagcaaaatttgttttggtagttttcatttccaaggtctttgaaaaacattttcaaggacaatacaaATTATTC--G-ACTCTA-AAAAGAC-CTTTTAA-----TA-TA---CTT-TTT---GAC-AT-ATTT-ACCTCCCTTTC--TGA----GATTT--------TTTGA-----TATTTAAAAT--GTT-TTTTCTT---TG-AT--ACTAT---TA---------------AAG----ATA-ATCA-ATG-GGACTCTC--AGCT-TTGAATCT--TAAAT---C--ATTGACCTT--GAATTTT-----------TT--------G-----G-----------TCA-------A-GGTC--ATTCA------TA-TTTTAAA--------A---C-----------A---TCT----------GACACTG--AAATTTT--AAGG-G-TA------GACG-----CTAG--GA--AATTTGCG-TGT-GTAC--TTTTACA-CAGTACTACTTTC-T--C-A-T----CCATGA---AA-----TTTTCT-----AAAAT--CTATT---AA--A------TCTTTCT-CATC-C---AT-TT-T--TC--AAAAGA------CATAT-TGGG-------TG-GAA-AG-----------CC----CTCTAAT--TGTT--CGCAAACAA-TTA--GGATCACT-AGTt
gi|7 : AAAGAC-ATCT-AAATTGTTC-TC---TTT-TTT---GAC-AT-ATTT-ACCTCCCTTTG--TGA----TACTT--------TATAA-----TGTGTAAACT--TTA-TTTTCTT------ACTAACTAT---TG---------------ATT----ATA-ATCA-A----------------T-TTCAATCT--TAAAT---C--ATTAACCTT--GAA-CCT-----------GG--------G-----G-----------TCA-------A-GACC--ATCCA------TAGTTTTTAA--------A---C----------------------------------------CTTT--ATGG-G-TA------GAAG-----ATAA--GA--AAT
gi|9 : tcaaactcaagtgaaggtcaaagatcaaagtcatcatgaaaatgatattttatttatttccaacgtcttttaaaatattttgGACCTT--GAATGTT-----------TT--------GTCAAGG-----------TCA-------AAGGTC--ATTCA------TA---TTAAA--------AAAAC-----------A---TTTTGAAGATTCTGACACTG--AGATTTT--GAGG-G-TA------AACG-----CTCG--GA--AATTTTCG-TGT----T--CTTTACA-CTATACTGCATTC-T--C-A-C----CCATAT---AA-----TTTTCT-----AAATT--CTTTT--------------TTTTTTT-TATC-C---TT-TTCT--TC--AAAAAC------CATAT-TCAG-------TG-GAA-AG-----------CC----CTCTAAT--TGTT--TGCGAACAA-TTA--GGATCAAT-
blockSeqs : TT G T . TAAATTGT A . A TGT . T T GC . . . A . A GGCTA TA . AATAATACCGAATTAAAG T T T T TG . . CAA TG T CCTGTGTGGTGAAGG AAATGTC A . CTAAGA G A AAAACATTTTGAAGATTCT A . A CG A . AAATTT T CGCCA GAT GT CA GG GTACT . G CGTATTT T TGTTTTT CCTCC GA CCTACACCCCCC A TG TC A C TA CT TAGGGCTCCATATGTAGG . T . CTCT . . . . .
blockSeqs : . . . . TTAA . . . . . . T . . . . A . A TG . . AAACATC . . T T . . . C . C TTGTCAAGG . . . . G A GCTTTTTTCCGATTTT A . T . . . . A . G . AA A ACC . . AACAAT A GCCAC . . AAA T A T A . . . GACATATTGGG . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TAA . . . . . . . . . . . T . A TA . . AAA . . . T . . . T . G AGCG . . . . G G ATCTTTCTGAGATTTT C . A . . . . A . A . TG T TTC . . AAT A TA . . AAA A T C . . . . ACCATATTCAG . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AA . . . . . . . . . . . T . T TG . . AAG . . . T . . . C . T TTGG . . . . G T CATTTTTTAGATTT A . T . . . . G . A . CA C CC . . AAT T GA . . TAA A T T . . . . TCGTATAGGG . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AA . . . . . . . . . . . T . A . . . AAG . . . C . . . C . C GGGG . . . . . C ATTTTT T . A . . . . A . G . CA A GC . . CAT C GA . . AAA T T T . . . . CAATAAGGA . . . . . . . . .
blockSeqs : . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . ATT . . . . . . G AGG . . . . . A ACATCT T . G . . . . C . A . TG G CA . . AAT G AA . . A T T C . . . . CGCATA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T AC . . . . . . . A . G . TT G TC . . CAT A AA . . . . . C . . . . AAGCG . . .
blockSeqs : A . . . . C . . . . . CAC
blockSeqCons : TAA****** *** **** ******** ***** ** A* TG**** *** AAG******************* ** C***** AGG************************************ ** ACTTTTGATTTT***************************** ** G** N* CC****** NAT******** AAA*********** C**** NACATATGGG*************** *********** ** ** **
originalCons : ATTATTC--G-ACTCTA-AAAAGAC-CTTT-AA-----TA-TC---CTT-TTT---GAC-AT-ATTT-ACCTCCCTTTG--TGA----GATTT--------TATGA-----TATTTAAAAT--TTA-TTTTCTT---TG-AT--ACTAT---TA---------------AAG----ATA-ATCA-ATG-GGACTTTC--AGCT-TTCAATCT--TAAAT---C--ATTGACCTT--GAATNTT-----------NN--------G-----G-----------TCA-------A-GGTC--ATTCA------TAGTTTTAAA--------A---C-----------A---TTT----------GACACNG--AAATTTT--AAGG-G-TA------GANG-----ATAG--GA--AATTCGCG-TCT-G--C--CTTTACA-AAATACTGCATTT-T--C-A-T----CCATNA---AA-----TTTTCT-----AAAAT--CTCTT---AA--A------TCNTTCT-TATC-C---TT-TT-T--TC--AAAANA------CATAT-TGGG-------TG-GAA-AG-----------CC----CTCTAAT--TGTT--CGCGAACAA-TTA--GGATCACT-AGT
finalCons : ATTATTC--G-ACTCTA-AAAAGAC-CTTTAA------TA-TC---CTT-TTT---GAC-AT-ATTT-ACCTCCCTTTG--TGA----GATTT--------TATGA-----TATTTAAAAT--TTA-TTTTCTTTG----AT--ACTAT---TAAAG-------------------ATA-ATCA-ATG-GGACTTTC--AGCT-TTCAATCT--TAAATC-----ATTGACCTT--GAATNTTAGG------------------------------------TCA-------A-GGTC--ATTCA------TAGTTTTAAAACTTTTGATTTT-----------------------------GACACNG--AAATTTT--AAGG-G-TA------GANG-----ATAG--GA--AATTCGCN-TCTCC------TTTACA-AAATACTGCATTT-TNAT--------CCATNA---AA-----TTTTCT-----AAAAT--CTCTTAAA-----------TCNTTCT-TATCC----TT-TT-T--TC--AAAANACATATGGG---------------TG-GAA-AG-----------CC----CTCTAAT--TGTT--CGCGAACAA-TTA--GGATCACT-AGT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TCAGTTGTGAAACTTCCTGAATCTTTGAATCTATTTCTGAATCTACGCAATCGACTACACTCGCGCAAAGCTTGTTATCACTACCCCAACTGAACCGGAGAAAGTCATCAGAGACCACCAAACACCTTCCAGCCTGATTCATTAACCTATGAAAAACCCTCTGCAGGAGCAGTTAAACCCAAAGGGATCCAACGACCCTTGACACAGTAGTTACTTGCCCCGAAAGTCTCCAACTATCATTATTTAGGCCACCAGCTTTTTACATTAACCAAAGATAGAGCACAGTGTGACCCACTTGTGCTTAATCCCCTCTGAACCCTTCAAATGCACAGGTCAAGGTCATAATCCAAAAAGTATTTTTTTTATTTAATTTTCAATGCTCTTT
Unaligned ( gi|5 ): AATTAATTGAAATTCTGAACTTTGACCTATTTCTGAATTACAATGACTAACGTCAAAAAGCTAGTTATCGCTAATCCAGCTGAACCGAAAGTCATAGAGACACAGAATCTTAAGTGATTCATTAACTATAAAAACCCCTTGCAGTGAGAGTTTAACCGAAGGGACTCAAGGACGCTTACACATAGTTACTGCCCCTGAAAGTCTCCAATGTCATTATTTAAGCCTACAGCTTTTACATTAACAAAGATAGAGACATGGGACCACTTGTGTTAATCCCCTTGACCTTAAACCTTCAAATTAATGTCAAGGTCAATGGTCAAGGTCATCATAAAAATATTTTATTTTTTATTTATTTTCAATGTCTTTT
Unaligned ( gi|8 ): AATTAATTTTACAATTCTGACTAATTTTGAAGCTACAGACACTTTTGTAAAAAAAAATATTATTGATACCCCTACTAGGCTGTAGTTCATAGAAACATGAATACATTGCTGATGAATTTGCATTAGTGACATTTGAATTTTAAGGATCTGAGGATCTTGATAGTAGATATTGTTTCTGATAGTCTTTATTTAAGCTTATATCCTGAATCATAGAGACATGGGACCACTTGCATTAAACCCTATGACCTTGAAAAATTGATCATCAA
Unaligned ( gi|11 ): ATAAGTAATTAAAATTTTGAACTTTCAGAATTATGACTTTCGTCAAAAAGCTTGTTATTGCTACTCTTACTAAATTAAAAGTCATAAAGACAAAGATCAATTCACATCATTGAAACACCCTTGCAGTGAGGGATTAGCCGAAAATCATTACACATGGTTATTGCCCCTGAAAGTCTCCAATATCATTATCATTTACATAAATAAAGAAAGAGCCATGG
Unaligned ( gi|13 ): TAGCGGCAGAAGACTTTCAATTATGAATTCACAGTAAAATTCCCTTGCAGTGAGAGGCTAACAATGGGACCCGAGGACCCTTAAACATACATGTAGTTATTGCCCCTGAAAGTCTCCAACATCACCATCTAAGACTATAGCTTTTACATTAATAAAGACATAGACATGGTACCGCTTACATTAAGCCCTTGGTCT
Unaligned ( gi|17 ): TTTAACCGAAAGGATCCCGAGACCCCCAATAGTAGTTATTGCCCCAAAAATTCGCGATTAATTTGTTTTTAACCCACGCTTTAATTTTTACTTCGATATAAATAGAGACATTGGGCTTCT
Alignments
lowQualScore : 111111111 111 111 1 1111 22222222 11111 111111 111 4444444444444444444444 1 111111 777777777777777777777777777 1111111 111111 44444444444444444444444444 111111 11111111111 11 11111111 2222222222 11111 33333333333333 1 5555555555555555555555555555 2222222222 1111
lowQualScore : 99 6 0 6 5 666666666 5 000 5 000 5 5 1 77 2222 00000000 44444 1 77 77 888888 77 000 7777777777777777777777 5 5 0 1 0 3 77 0 6 99 333333 77 5 1 444444444444444444444444444 6666666 5 66 444444 8 4 66666666666666666666666666 2 66 2 66 4 4 222222 1 44444444444 66 22 00 5 33333333 4 4 1 99999999 1 1111111111 22222 0 66 33333333333333 2 5 99999 0 5 66 66 3333333333333333333333333333 5 1111111111 2222 77 77 6 99 6
lowQualScore : .. . . . . ......... . ... . ... . . . .. .... ........ ..... . .. .. ...... .. ... ...................... . . . . . . .. . . .. ...... .. . . ........................... ....... . .. ...... . . .......................... . .. . .. . . ...... . ........... .. .. .. . ........ . . . ........ . .......... ..... . .. .............. . . ..... . . .. .. ............................ . .......... .... .. .. . .. .
lowQualScore : 22 7 3 7 7 111111111 7 000 7 000 7 7 4 99 1111 77777777 33333 9 99 44 999999 99 000 4444444444444444444444 7 7 1 4 7 6 99 7 7 22 555555 99 7 0 999999999999999999999999999 2222222 0 99 444444 8 4 11111111111111111111111111 8 99 4 11 4 4 888888 0 66666666666 11 22 99 0 66666666 4 4 0 99999999 0 6666666666 55555 4 99 88888888888888 8 0 88888 0 0 99 99 5555555555555555555555555555 0 9999999999 1111 99 99 7 22 7
consensus : ATTATTC--G-ACTCTA-AAAAGAC-CTTT-AA-----TA-TC---CTT-TTT---GAC-AT-ATTT-ACCTCCCTTTG--TGA----GATTT--------TATGA-----TATTTAAAAT--TTA-TTTTCTT---TG-AT--ACTAT---TA---------------AAG----ATA-ATCA-ATG-GGACTTTC--AGCT-TTCAATCT--TAAAT---C--ATTGACCTT--GAA-TNTT------------AG-G-----------TCA-------A-GGTC--ATTCA------TAGTTTT-AAAA---C-TTTT----G---A---T-TTTGACACNG--AAATTTT--AAGG-G-TA------GANG-----ATAG--GA--AATTCGCG-T-CT---C----CTTTACA-AAATACTGCATTT-TNA---T----CCATNA---AA-----TTTTCT-----AAAAT--CTCTT---AA--A------TCNTTCT-TATC-C---TT-TT-TT--C--AAAANA------CATA-T--G--G--------GTGGAA-AG----------CC----CTCTAAT--TGTT--CGCGAACAA-TTA--GGATCACT-AGT
Reference ( family-1198 ) : ATTATTC--G-ACTCTA-AAAAGAC-CTTT-AA-----TA-TC---CTT-TTT---GAC-AT-ATTT-ACCTCCCTTTG--TGA----GATTT--------TATGA-----TATTTAAAAT--TTA-TTTTCTT---TG-AT--ACTAT---TA---------------AAG----ATA-ATCA-ATG-GGACTTTC--AGCT-TTCAATCT--TAAAT---C--ATTGACCTT--GAA-TNTT------------AG-G-----------TCA-------A-GGTC--ATTCA------TAGTTTT-AAAA---C-TTTT----G---A---T-TTTGACACNG--AAATTTT--AAGG-G-TA------GANG-----ATAG--GA--AATTCGCN-T-CT---C----CTTTACA-AAATACTGCATTT-TNA---T----CCATNA---AA-----TTTTCT-----AAAAT--CTCTT---AA--A------TCNTTCT-TATC-C---TT-TT-TT--C--AAAANA------CATA-T--G--G--------GTGGAA-AG----------CC----CTCTAAT--TGTT--CGCGAACAA-TTA--GGATCACT-AGT
gi|1 : --G-ACTCTA-AAAAAGCACCTC-AA-----TA-TCTATCTG-TTT---GGCCAT-ATTT-ACCTCTCTTTG--TGGTAGCGGTTTCCCCACGTTATGAAATCTTATTTAATATGTTTAGTTTTCTA---TGCAT--GCTATGTGTATT-------------AAGCC--ATA-ATTT-ATG-GGACT--C--AGCTATTCAATCTCTTAAATAATC--ATTGGACT---GAA-TTTTTATTGTCGA---AG-GCGTCCAAAGCATCA-------A-GGTCTGATTCA------TAGTTTT-AAAA---CAATTT----GCACA---TATTTGACACTGGAAAATTTT--GAGG-GCTA------GACG-----CTA---GA--AATTTGC--T-CT---CGCCTCTTCACACAAGTACTAC-TTT-CGC---T----CCATGA---AT-----TTTTCT-----TAAAT--CTATT---AATCT------TCATTCT-TATC-CTCATT-TT-TT--C--AAAAGAC-----CATA-TTCG--GCACGCGTTGCGAAA-AAATGGCCTCCTCC----CTTCAATAATGTTTCCGCGAACAATTTAGCGAATCACTCAGT
gi|10 : tTATTC--GGACAATATAAAAGAC-ACTT-AA-----TA-TT---CTT-TTTTGTAAC-AT-ATTTTACCTCCCTAAAGCTGA----GATTT--------TATGA-----TATTAAAAAT--CTA--TTTCTTGGCTA-AT--ATCAT---TA---------------AAACATCATATATCATATGTGGACTTTC--AGCT-TTC-ATCT--TTAAT---CAAATTGACCTTTGAAA-TTTTCCTGTGTGGTGAAG-G-----------TCAAAATGTCA-GGTC--ATTTA------TA-TTTT-AAAgggttaaattatatatctattcttatccc
gi|12 : aaaaTATTC--G-ACTATA-AAAAGAC-CTT--AA-----TA-TC---TTT-TTT---GAC-AT-ATTT-ACCTCCCTTTG--TGA----GATTT--------TATGA-----TATTAAAAAT--TTA-TTTTCTT---TG-AT--ACTAT---TA---------------AAA----ATA-ATCA-ATGTGGACTTTC--AGCtcatt
gi|14 : cacattatacgcaaaagtcaaattaaggtcaaggtcatcatcaatttttttttattttcaatgtcttttataatattttaaagaacattaaataa-----------TCA-------A-GGTC--ATCCA------TAGTTTT-AAAG---C-TTTTTTCCG---A---T-TTTGAAACAG--AAAATTT--AAGG-G-TA------GATG-----AAAG--GA--AATTCACA-T-CT---C----CTCTTCA-AAATACTGTATTT-TAACAAT----CCATTT---TA-----GTTTCT-----AACAT--CGCTT---AA--A------TCATTCT--ATCTC---TT-CT-TTATC--AACAAA--------------G--C--------GTGGAA-AG----------CC----TTCTAAT--TGTT--CGCAAACA
gi|15 : TTT-GAGA---T-TTTT----G---A---T-------ACAT--ATATTTT--GAGG-A-TA------AAAG-----AT-----A--AATTAACT-T-CA---C----CTTTACA-AAATACTGTAATT-TAA---T----TCATAA---GA-----TTT----------AATGATTCTC---A--------------TCTGTATT-T---TT-TT-TT--T--TAAAT-------CGTA-TA-G--G--------GTGGAA-AG----------CC----CTCTAAC--TGTT--CTCGAACAA-TTA--GGATCACT-AGT
gi|16 : --AGGA-G-TA------GAAGCGCCAATAGATGAGTAATTTGCGGTGTT---T----CTTTACA-CAGTACTACATCTGTCG---TATTTCCATAAGCCAC-----CTTTCTCCTCCAACAT--CTCCTCCTAC--ACCCCCCTCTCTCA-TGTC-C---TT-TT-TT--C--AAAATAGGGCTCCATA-T--GTAG--------GTGGAA-AG----------Ctctataaagcaattcgatttt
gi|18 : ---C----TTTTATA-AAATTCTGCATTT-TAA---T----CCATTA---GA-----TTTTCT-----ACAAC--CCCTT---AA--A------TCATCCT-TATC-T---TTATT-TT--C--ATACCG------CATA-----------------------------------CC-------------TGTT--CACGAATAA-TTA--GAATCACT-AGTaatctg
gi|2 : TATTCTTG-AACCTA-AAAGGAC-CGT--AA-----TAATC---CTCATTT---AAC-ATTATTTTACCTCCCTTAG--TGC----GCTT-------------------------AAAT--TC--TTTTC--------AT--ACTAT---TA---------------AAG----ATC-ATCA-GTA-AGGGTTCCTGAG-T-TCCA---T--TAAAT---C---TCGTACTT--GAA-TCTC------------AGCG-----------TGA-------A-GGTC--AGTCACTAAGATAGTTTTTAACA---T-TTTTTA--G---A---T-TT-GACCCCG--AAATTTTCGAAGGAG-TG------AAGA-----ACAA--GA--AATTCACC-T-CT---G----CTT-ACA-AAATACAGCATTT-TCA---T----CCAGCA---TGTTTTTTTTTTT-----AAA----CGCTT---TA--A------CCATTTT-TATC-T---TTATT-TT--CCTAAATCA-------ATA-A--G--G--------ATGGAATAG----------CCCTCTCTCTCAT--TGTT--CGCGAACAA--TA--GGAT--CT-AGT
gi|4 : ttattcatttccaatggcttttacaatactttgaagaaaaATCATTT--G-ACCCTA-GAGAGAC-CTTT-A------TA-TC---CTT-TAA---AAC-AC-ATTT-ACCTCCCTTTT--TGA----AGCTT--------TATTA-----TGTTTAAGAT--TTA-TTTATTT---TA-AA--ACTAT---TAAATAATACCGAATTAAAG----ATA-ATCA-GCG-AGGGTTTC--AGCT-TTCAATTA--TAAAA---T--ATTGACCTT--GAA-TGTT------------AG-G-----------TCA-------A-GGTC--ATCCA------TAGTTTT-CAAA---T-CTTTCTGAG---A---T-TTTGACACAG--ATATTTT--AAGG-G-TAAAATTTAAAG-----ATAA--GA--AATTCACA-T-CT---C----ATTCATA-AAATACTGCATTT-TAA---T----TCATttgatatcgattctt
gi|6 : aaatcaaggacatcagcaaaatttgttttggtagttttcatttccaaggtctttgaaaaacattttcaaggacaatacaaATTATTC--G-ACTCTA-AAAAGAC-CTTTTAA-----TA-TA---CTT-TTT---GAC-AT-ATTT-ACCTCCCTTTC--TGA----GATTT--------TTTGA-----TATTTAAAAT--GTT-TTTTCTT---TG-AT--ACTAT---TA---------------AAG----ATA-ATCA-ATG-GGACTCTC--AGCT-TTGAATCT--TAAAT---C--ATTGACCTT--GAATTTTT------------TG-G-----------TCA-------A-GGTC--ATTCA------TA-TTTT-AAAA---C-------------A-----TCTGACACTG--AAATTTT--AAGG-G-TA------GACG-----CTAG--GA--AATTTGCG-T-GTGTAC----TTTTACA-CAGTACTACTTTC-TCA---T----CCATGA---AA-----TTTTCT-----AAAAT--CTATT---AA--A------TCTTTCT-CATC-C---AT-TT-TT--C--AAAAGA------CATATT--G--G--------GTGGAA-AG----------CC----CTCTAAT--TGTT--CGCAAACAA-TTA--GGATCACT-AGTt
gi|7 : AAAGAC-ATCT-AAATTGTTC-TC---TTT-TTT---GAC-AT-ATTT-ACCTCCCTTTG--TGA----TACTT--------TATAA-----TGTGTAAACT--TTA-TTTTCTT------ACTAACTAT---TG---------------ATT----ATA-ATCA-A----------------T-TTCAATCT--TAAAT---C--ATTAACCTT--GAA-CCTG------------GG-G-----------TCA-------A-GACC--ATCCA------TAGTTTT-TAAA---C-CTTT--------A---T------------------------GG-G-TA------GAAG-----ATAA--GA--AAT
gi|9 : tcaaactcaagtgaaggtcaaagatcaaagtcatcatgaaaatgatattttatttatttccaacgtcttttaaaatattttgGACCTT--GAA-TGTTTTGTCA------AG-G-----------TCA-------AAGGTC--ATTCA------TA---TT-AAAAAAACATTTT----G---AAGAT-TCTGACACTG--AGATTTT--GAGG-G-TA------AACG-----CTCG--GA--AATTTTCG-T-GT---T----CTTTACA-CTATACTGCATTC-TCA---C----CCATAT---AA-----TTTTCT-----AAATT--CTTTT--------------TTTTTTT-TATC-C---TT-TTCTT--C--AAAAAC------CATATT--C--A--------GTGGAA-AG----------CC----CTCTAAT--TGTT--TGCGAACAA-TTA--GGATCAAT-
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TCAGTTGTGAAACTTCCTGAATCTTTGAATCTATTTCTGAATCTACGCAATCGACTACACTCGCGCAAAGCTTGTTATCACTACCCCAACTGAACCGGAGAAAGTCATCAGAGACCACCAAACACCTTCCAGCCTGATTCATTAACCTATGAAAAACCCTCTGCAGGAGCAGTTAAACCCAAAGGGATCCAACGACCCTTGACACAGTAGTTACTTGCCCCGAAAGTCTCCAACTATCATTATTTAGGCCACCAGCTTTTTACATTAACCAAAGATAGAGCACAGTGTGACCCACTTGTGCTTAATCCCCTCTGAACCCTTCAAATGCACAGGTCAAGGTCATAATCCAAAAAGTATTTTTTTTATTTAATTTTCAATGCTCTTT
Unaligned ( gi|5 ): AATTAATTGAAATTCTGAACTTTGACCTATTTCTGAATTACAATGACTAACGTCAAAAAGCTAGTTATCGCTAATCCAGCTGAACCGAAAGTCATAGAGACACAGAATCTTAAGTGATTCATTAACTATAAAAACCCCTTGCAGTGAGAGTTTAACCGAAGGGACTCAAGGACGCTTACACATAGTTACTGCCCCTGAAAGTCTCCAATGTCATTATTTAAGCCTACAGCTTTTACATTAACAAAGATAGAGACATGGGACCACTTGTGTTAATCCCCTTGACCTTAAACCTTCAAATTAATGTCAAGGTCAATGGTCAAGGTCATCATAAAAATATTTTATTTTTTATTTATTTTCAATGTCTTTT
Unaligned ( gi|8 ): AATTAATTTTACAATTCTGACTAATTTTGAAGCTACAGACACTTTTGTAAAAAAAAATATTATTGATACCCCTACTAGGCTGTAGTTCATAGAAACATGAATACATTGCTGATGAATTTGCATTAGTGACATTTGAATTTTAAGGATCTGAGGATCTTGATAGTAGATATTGTTTCTGATAGTCTTTATTTAAGCTTATATCCTGAATCATAGAGACATGGGACCACTTGCATTAAACCCTATGACCTTGAAAAATTGATCATCAA
Unaligned ( gi|11 ): ATAAGTAATTAAAATTTTGAACTTTCAGAATTATGACTTTCGTCAAAAAGCTTGTTATTGCTACTCTTACTAAATTAAAAGTCATAAAGACAAAGATCAATTCACATCATTGAAACACCCTTGCAGTGAGGGATTAGCCGAAAATCATTACACATGGTTATTGCCCCTGAAAGTCTCCAATATCATTATCATTTACATAAATAAAGAAAGAGCCATGG
Unaligned ( gi|13 ): TAGCGGCAGAAGACTTTCAATTATGAATTCACAGTAAAATTCCCTTGCAGTGAGAGGCTAACAATGGGACCCGAGGACCCTTAAACATACATGTAGTTATTGCCCCTGAAAGTCTCCAACATCACCATCTAAGACTATAGCTTTTACATTAATAAAGACATAGACATGGTACCGCTTACATTAAGCCCTTGGTCT
Unaligned ( gi|17 ): TTTAACCGAAAGGATCCCGAGACCCCCAATAGTAGTTATTGCCCCAAAAATTCGCGATTAATTTGTTTTTAACCCACGCTTTAATTTTTACTTCGATATAAATAGAGACATTGGGCTTCT