lowQualScore : 11111 111 1 11
lowQualScore : 1 1 6666 00000 111 999999 33 2 5555 6666 5 77777 5555 2 2 33 444 66666 5 44 11 2 2 77777 77777777777 0 3
lowQualScore : . . .... ..... ... ...... .. . .... .... . ..... .... . . .. ... ..... . .. .. . . ..... ........... . .
lowQualScore : 8 3 5555 88888 222 222222 77 7 7777 1111 5 55555 3333 9 5 44 444 22222 6 22 44 7 7 11111 00000000000 2 1
consensus : CGGGACCCTATATA----TTTT-----TTTTCCGTTTTTT-----A--TT-AG----CACTTG----GAATGAACTTTCAAAT----GT----TGGTGGTCA-TTTGTCTA--A---A-----ATCAAT-ATAGTTAAT-TAGT-GAGAGG-----GCCAAAGGT---T--AGCATTGAGGTCTATG-GGAAATGAATTGGTAC
Reference ( gi|7 ) : CGGGACCCTATATA----TTTT-----TTTTCCGTTTTTT-----A--TT-AG----CACTTG----GAATGAACTTTTAAAT----GT----TGGTGCTCA-TTTGTCTA--A---A-----ATCGAT-CTAGTTAAT-TAGT-GAGAGG-----GCCAAAGGT---T--AACATTGAGGTCTATG-GGAAATGAATTGGTAC
gi|5 : CGGGACCCTATATA----TTTT-----TTTTCCGTTTTTC-----A--TT-AG----CACTTG----GAATGAACATTTAAAT----GT----TGGTGGTCA-TTTGTCTA--A---A-----ATAGAT-TTAGTTAAT-TAGT-GAGAGG-----GCCAAAGGT---T--AACATTGAGGTCTATA-GGAAATGAATTGGTA
gi|1 : taaaagccaCGGGACCTTAAATA----ATTG-----TTGACGTTTTTTT-----A--TT-AG----CACTTAATTAGAATAAACTTTCAAAT----GT----TGATGGTCA-TTCATCTA--A---ACCCAAATGAAT-ATAATTAAT-TAGT-AAGAGG-----GCCAAAGGT---T--AGCATTGAGGTCTAT--GGAAATGAATTAGTAC
gi|4 : acaaattatatgtcagacctataaacattgCAGGACCCTATATAAATGTTGTA----TTTT---TTTTTT-----A--TT-AG----CACTTG----ATATGAACTTTCAAAT----GT----TCGTGGTCA-TTTGTCTA--A---A-----GCCAGT-AAAATTAAT-TAGT-AAGAGG-----GCCAAAGAA---T--AGAATTGAGGGTTATG-tc
gi|10 : acaaattctatgacctataaacgccaCGGGACCCT-TATA----CATT-----TTTGCCGCTTTTT-----AAATC-AAGTTTTGCTTA----GAAT-AACCTCAAAA-----GT----TGGCGCTAA-TTTATTTATAA---A-----AT-AAT-ATAGTTAAT-TAATAGAGAGA-----GCTGAGGGT---T--Ac
gi|2 : accttaaaatcaaGGGACCAT-TATA----TTTT-----TTTGTCATTTTGT-----A--TT-AG----CACTTT----GAATGATCGTTCAAAT----GT----TGGTGGTCAATTTGTTTC--A---A-----ATCAAT-ATAATTAAT-TAGT-GAAAGA-----GTCAAATGT---T--AACATTGAGGCCTATG-GGAAATGAATGTGTAC
gi|13 : atatgacctataaagaccatGGGACCCTATATA----TTTT-----TTTTCCGTTTTTT-----A--TT-AG----CACTTG----GAATGAACTTTCAAA-----------------------TGTCTA--A---A-----ATCAAT-ACAGTT----------AGAGG-----GCCAAAAG------------------CTATG-AGAAATGAATTtctt
gi|3 : atgacctataaacgccatGGGACCCTAGATA----TTTT-----TATATTGCTTTT------A--TTGAG----TGCTTT----TAATGAACTTTCAAAT----GA----TGGCAAATA-TTTGTCTC--A---A-----ACCAAT-TTAGTTAAA-TAGT-GAATAT-----GCC-AAGGT---T--AATGCTGAGTTCTTTG-GGAAATGAATTGGTACtt
gi|15 : acaaatatgttaaagcactGGGACC-TATATA----TTTT------TTTCCGTTTTTT-----A--TT-AG----CACTTG----GAATGAACTTTCAAA-----------------------TGTCTA--A---A-----ATCAAT-ACAGTT----------AGAGG-----GCCAAAAG------------------CTATG-AG-AATGAATTtcttc
gi|11 : atgacctataaacgccatGGGACC--ATATA----TTTT-----TTGTC-ATTTTGT-----A--TT-AG----CACTTT----GAATGATCGTTCAAAT----GT----TGGTGGTCA-TTTGTTTC--A---A-----ATCTAT-GTAGTtt
gi|8 : gtacaaatatgacctataaagaccatGGGGCCCTATATA----TTTTGATGGTTTT--GTTTTG------A--TT-AG----CATTGG----AAACGAATTTTCAAAT----TT----TGAGGGTCA-TTTGTCTA--A---A-----ATCAAT--------AT----------------------AGGT---T--TGTATCAAAGTCCATG-AGAAATGAATTGTTACggaaaatctaatttg
gi|18 : aaggcaatGGGACCCTATACA----AATT-----TTT--CATTTTTT-----A--TT-AG----CACTTt
gi|12 : gtacaaatatgacctataaacgccatcatACCCTTTGTA----AATT-----TTGTC-GTTTTA------A--TT-AC----CACTTG----AAATGAACTTTCAAAC----GTACGTCGGTGGTCA-TTTGTCTA--A---A-----ACCAAT-CAAATTAAT-TAGT-a
gi|6 : aaattatatgacctacaaacgacacgatTA----TTTT-----TGGTGCTTTTTTTTTATAA--TT-AG----TGCCAG----TAATGAACTTTAAAATATCGGT----GGGTGTACA-T--GTCTT--A---A-----ATCAATACT-GTGACA-CAGT-GGGAGG-----GCCAAAGAT---TTGAACG--GAGTTCTAAG-GGAAATGAATGGATAa
gi|9 : GTTTTAT-----A--TT-AG----CATTTG----GAACGAACCTTCAAAT----GT----TGGTGGCCA-TTTGTCTA--A---A-----ATCAAT-ATAGTTAAT-TAGT-GAGAGG-----GCCAAAAGT---T--AGCATTGAGGTCTATG-GGAAATGAATTGGTACatatttgcaagt
gi|14 : tttgtt-----A--TT-AG----CACTTA----GAATGAACTTTCAAAT----GT----TGGTGGTCA-TTTGTCTA--A---A-----ATCAAT-ATA--CAATGTAGT-TATAGGAAGAAACCAAGAGTGTAT--AACATTGA--TCTATATTGAAATAAGTTtcttt
gi|17 : TGAACTTTTAAAT----GT----TGGCGGTAA-TTTCTATA--A---A-----ATCAAT-ATCATTAAT-TAGT-GA---------ATTATA-GT-------AC-TT--GGTCTATG-GAAAATAAATTGGTAtactct
gi|16 : ----TGGTGGTCA-ATTGTCTA--ATAAA-----ACCAAT-TT-TTTAAT-TAGT-GAGAGA-----GCCAAAGGT---T--AGTAGTGAAGTCTATA-GAAAAGGAATCGGTACtct
Alignments
lowQualScore : 11111
lowQualScore : 0 0 6666 00000 888 888888 33 2 5555 5555 5555 2 2 2 33 444 55555 0 2 2 66666 5555 1 2 2
lowQualScore : . . .... ..... ... ...... .. . .... .... .... . . . .. ... ..... . . . ..... .... . . .
lowQualScore : 8 5 1111 00000 333 111111 44 5 3333 7777 0000 4 4 4 22 111 99999 6 5 5 77777 5555 7 9 9
consensus : CGGGACCCTATATA----TTTT-----TTTTCCGTTTTTT-----A--TT-AG----CACTTG----GAATGAACTTTCAAATGT----TGGTGG-T-CA-TTTGTCTA--A---A-----ATCAATATAGTTAAT-TAGT-GAGAGG-----GCCAAAGGT---TAGCA-TTGAGGTCTATG-GGAAATGAATTGGTAC
Reference ( family-119 ) : CGGGACCCTATATA----TTTT-----TTTTCCGTTTTTT-----A--TT-AG----CACTTG----GAATGAACTTTCAAATGT----TGGTGG-T-CA-TTTGTCTA--A---A-----ATCAATATAGTTAAT-TAGT-GAGAGG-----GCCAAAGGT---TAGCA-TTGAGGTCTATG-GGAAATGAATTGGTAC
gi|1 : CGGGACCTTAAATA----ATTG-----TTGACGTTTTTTT-----A--TT-AG----CACTTAATTAGAATAAACTTTCAAATGT----TGATGG-T-CA-TTCATCTA--A---ACCCAAATGAATATAATTAAT-TAGT-AAGAGG-----GCCAAAGGT---TAGCA-TTGAGGTCTAT--GGAAATGAATTAGTAC
gi|10 : acaaattatatgtcagacctataaacattgCGGGACCCT-TATA----CATT-----TTTGCCGCTTTTT-----AAATC-AAGTTTTGCTTA----GAAT-AACCT-CAAAAGT----TGGCGC-T-AA-TTTATTTATAA---A-----AT-AATATAGTTAAT-TAATAGAGAGA-----GCTGAGGGT---TAtc
gi|11 : accttaaaatcaaGGGACC--ATATA----TTTT-----TTGTC-ATTTTGT-----A--TT-AG----CACTTT----GAATGATCGTTCAAATGT----TGGTGG-T-CA-TTTGTTTC--A---A-----ATCTATGTAGT
gi|12 : gtacaaatatgacctataaagaccatACCCTTTGTA----AATT-----TTGTC-GTTTTA------A--TT-AC----CACTTG----AAATGAACTTTCAAACGTACGTCGGTGG-T-CA-TTTGTCTA--A---A-----ACCAATCAAATTAAT-TAGT-ggaaaatctaatttg
gi|13 : aaattatatgacctacaaacgacacgatGGGACCCTATATA----TTTT-----TTTTCCGTTTTTT-----A--TT-AG----CACTTG----GAATGAACTTTCAAA---------------------TGTCTA--A---A-----ATCAATACAGTT----------AGAGG-----GCCAAAAG-----------------CTATG-AGAAATGAATTa
gi|14 : atgacctataaacgccat-----A--TT-AG----CACTTA----GAATGAACTTTCAAATGT----TGGTGG-T-CA-TTTGTCTA--A---A-----ATCAATATA--CAATGTAGT-TATAGGAAGAAACCAAGAGTGTATAACA-TTGA--TCTATATTGAAATAAGTTtt
gi|15 : GGGACC-TATATA----TTTT------TTTCCGTTTTTT-----A--TT-AG----CACTTG----GAATGAACTTTCAAA---------------------TGTCTA--A---A-----ATCAATACAGTT----------AGAGG-----GCCAAAAG-----------------CTATG-AG-AATGAATTtactct
gi|16 : atgacctataaacgccat----TGGTGG-T-CA-ATTGTCTA--ATAAA-----ACCAATTT-TTTAAT-TAGT-GAGAGA-----GCCAAAGGT---TAGTA-GTGAAGTCTATA-GAAAAGGAATCGGTACtt
gi|17 : TGAACTTTTAAATGT----TGGCGG-T-AA-TTTCTATA--A---A-----ATCAATATCATTAAT-TAGT-GA---------ATTA--------TAGTACTT--GGTCTATG-GAAAATAAATTGGTAtctttt
gi|18 : GGGACCCTATACA----AATT-----TTT--CATTTTTT-----A--TT-AG----CACTTtct
gi|2 : gtacaaatatgacctataaacgccatcatGGGACCAT-TATA----TTTT-----TTTGTCATTTTGT-----A--TT-AG----CACTTT----GAATGATCGTTCAAATGT----TGGTGG-T-CAATTTGTTTC--A---A-----ATCAATATAATTAAT-TAGT-GAAAGA-----GTCAAATGT---TAACA-TTGAGGCCTATG-GGAAATGAATGTGTACa
gi|3 : atatgacctataaagaccatGGGACCCTAGATA----TTTT-----TATATTGCTTTT------A--TTGAG----TGCTTT----TAATGAACTTTCAAATGA----TGGCAA-A-TA-TTTGTCTC--A---A-----ACCAATTTAGTTAAA-TAGT-GAATAT-----GCC-AAGGT---TAATG-CTGAGTTCTTTG-GGAAATGAATTGGTACtctt
gi|4 : acaaatatgttaaagcactCAGGACCCTATATAAATGTTGTA----TTTT---TTTTTT-----A--TT-AG----CACTTG----ATATGAACTTTCAAATGT----TCGTGG-T-CA-TTTGTCTA--A---A-----GCCAGTAAAATTAAT-TAGT-AAGAGG-----GCCAAAGAA---TAGAA-TTGAGGGTTATG-tcttc
gi|5 : acaaattctatgacctataaacgccaCGGGACCCTATATA----TTTT-----TTTTCCGTTTTTC-----A--TT-AG----CACTTG----GAATGAACATTTAAATGT----TGGTGG-T-CA-TTTGTCTA--A---A-----ATAGATTTAGTTAAT-TAGT-GAGAGG-----GCCAAAGGT---TAACA-TTGAGGTCTATA-GGAAATGAATTGGTAc
gi|6 : taaaagccaTA----TTTT-----TGGTGCTTTTTTTTTATAA--TT-AG----TGCCAG----TAATGAACTTTAAAATAT----CGGTGGGTGTA-CATGTCTT--A---A-----ATCAATACTGTGACA-CAGT-GGGAGG-----GCCAAAGAT---TTGAA-CGGAGTTCTAAG-GGAAATGAATGGATA
gi|7 : CGGGACCCTATATA----TTTT-----TTTTCCGTTTTTT-----A--TT-AG----CACTTG----GAATGAACTTTTAAATGT----TGGTGC-T-CA-TTTGTCTA--A---A-----ATCGATCTAGTTAAT-TAGT-GAGAGG-----GCCAAAGGT---TAACA-TTGAGGTCTATG-GGAAATGAATTGGTACatatttgcaagt
gi|8 : GGGGCCCTATATA----TTTTGATGGTTTT--GTTTTG------A--TT-AG----CATTGG----AAACGAATTTTCAAATTT----TGAGGG-T-CA-TTTGTCTA--A---A-----ATCAATAT-----------------------------AGGT---TTGTA-TCAAAGTCCATG-AGAAATGAATTGTTAC
gi|9 : aaggcaatGTTTTAT-----A--TT-AG----CATTTG----GAACGAACCTTCAAATGT----TGGTGG-C-CA-TTTGTCTA--A---A-----ATCAATATAGTTAAT-TAGT-GAGAGG-----GCCAAAAGT---TAGCA-TTGAGGTCTATG-GGAAATGAATTGGTACt
Alignments
lowQualScore : 11111
lowQualScore : 0 0 6666 00000 888 888888 33 2 5555 5555 5555 2 2 2 33 444 55555 0 2 2 66666 5555 1 2 2
lowQualScore : . . .... ..... ... ...... .. . .... .... .... . . . .. ... ..... . . . ..... .... . . .
lowQualScore : 8 5 1111 00000 333 111111 44 5 3333 7777 0000 4 4 4 22 111 99999 6 5 5 77777 5555 7 9 9
consensus : CGGGACCCTATATA----TTTT-----TTTTCCGTTTTTT-----A--TT-AG----CACTTG----GAATGAACTTTCAAATGT----TGGTGG-T-CA-TTTGTCTA--A---A-----ATCAATATAGTTAAT-TAGT-GAGAGG-----GCCAAAGGT---TAGCA-TTGAGGTCTATG-GGAAATGAATTGGTAC
Reference ( family-119 ) : CGGGACCCTATATA----TTTT-----TTTTCCGTTTTTT-----A--TT-AG----CACTTG----GAATGAACTTTCAAATGT----TGGTGG-T-CA-TTTGTCTA--A---A-----ATCAATATAGTTAAT-TAGT-GAGAGG-----GCCAAAGGT---TAGCA-TTGAGGTCTATG-GGAAATGAATTGGTAC
gi|1 : CGGGACCTTAAATA----ATTG-----TTGACGTTTTTTT-----A--TT-AG----CACTTAATTAGAATAAACTTTCAAATGT----TGATGG-T-CA-TTCATCTA--A---ACCCAAATGAATATAATTAAT-TAGT-AAGAGG-----GCCAAAGGT---TAGCA-TTGAGGTCTAT--GGAAATGAATTAGTAC
gi|10 : acaaattatatgtcagacctataaacattgCGGGACCCT-TATA----CATT-----TTTGCCGCTTTTT-----AAATC-AAGTTTTGCTTA----GAAT-AACCT-CAAAAGT----TGGCGC-T-AA-TTTATTTATAA---A-----AT-AATATAGTTAAT-TAATAGAGAGA-----GCTGAGGGT---TAtc
gi|11 : accttaaaatcaaGGGACC--ATATA----TTTT-----TTGTC-ATTTTGT-----A--TT-AG----CACTTT----GAATGATCGTTCAAATGT----TGGTGG-T-CA-TTTGTTTC--A---A-----ATCTATGTAGT
gi|12 : gtacaaatatgacctataaagaccatACCCTTTGTA----AATT-----TTGTC-GTTTTA------A--TT-AC----CACTTG----AAATGAACTTTCAAACGTACGTCGGTGG-T-CA-TTTGTCTA--A---A-----ACCAATCAAATTAAT-TAGT-ggaaaatctaatttg
gi|13 : aaattatatgacctacaaacgacacgatGGGACCCTATATA----TTTT-----TTTTCCGTTTTTT-----A--TT-AG----CACTTG----GAATGAACTTTCAAA---------------------TGTCTA--A---A-----ATCAATACAGTT----------AGAGG-----GCCAAAAG-----------------CTATG-AGAAATGAATTa
gi|14 : atgacctataaacgccat-----A--TT-AG----CACTTA----GAATGAACTTTCAAATGT----TGGTGG-T-CA-TTTGTCTA--A---A-----ATCAATATA--CAATGTAGT-TATAGGAAGAAACCAAGAGTGTATAACA-TTGA--TCTATATTGAAATAAGTTtt
gi|15 : GGGACC-TATATA----TTTT------TTTCCGTTTTTT-----A--TT-AG----CACTTG----GAATGAACTTTCAAA---------------------TGTCTA--A---A-----ATCAATACAGTT----------AGAGG-----GCCAAAAG-----------------CTATG-AG-AATGAATTtactct
gi|16 : atgacctataaacgccat----TGGTGG-T-CA-ATTGTCTA--ATAAA-----ACCAATTT-TTTAAT-TAGT-GAGAGA-----GCCAAAGGT---TAGTA-GTGAAGTCTATA-GAAAAGGAATCGGTACtt
gi|17 : TGAACTTTTAAATGT----TGGCGG-T-AA-TTTCTATA--A---A-----ATCAATATCATTAAT-TAGT-GA---------ATTA--------TAGTACTT--GGTCTATG-GAAAATAAATTGGTAtctttt
gi|18 : GGGACCCTATACA----AATT-----TTT--CATTTTTT-----A--TT-AG----CACTTtct
gi|2 : gtacaaatatgacctataaacgccatcatGGGACCAT-TATA----TTTT-----TTTGTCATTTTGT-----A--TT-AG----CACTTT----GAATGATCGTTCAAATGT----TGGTGG-T-CAATTTGTTTC--A---A-----ATCAATATAATTAAT-TAGT-GAAAGA-----GTCAAATGT---TAACA-TTGAGGCCTATG-GGAAATGAATGTGTACa
gi|3 : atatgacctataaagaccatGGGACCCTAGATA----TTTT-----TATATTGCTTTT------A--TTGAG----TGCTTT----TAATGAACTTTCAAATGA----TGGCAA-A-TA-TTTGTCTC--A---A-----ACCAATTTAGTTAAA-TAGT-GAATAT-----GCC-AAGGT---TAATG-CTGAGTTCTTTG-GGAAATGAATTGGTACtctt
gi|4 : acaaatatgttaaagcactCAGGACCCTATATAAATGTTGTA----TTTT---TTTTTT-----A--TT-AG----CACTTG----ATATGAACTTTCAAATGT----TCGTGG-T-CA-TTTGTCTA--A---A-----GCCAGTAAAATTAAT-TAGT-AAGAGG-----GCCAAAGAA---TAGAA-TTGAGGGTTATG-tcttc
gi|5 : acaaattctatgacctataaacgccaCGGGACCCTATATA----TTTT-----TTTTCCGTTTTTC-----A--TT-AG----CACTTG----GAATGAACATTTAAATGT----TGGTGG-T-CA-TTTGTCTA--A---A-----ATAGATTTAGTTAAT-TAGT-GAGAGG-----GCCAAAGGT---TAACA-TTGAGGTCTATA-GGAAATGAATTGGTAc
gi|6 : taaaagccaTA----TTTT-----TGGTGCTTTTTTTTTATAA--TT-AG----TGCCAG----TAATGAACTTTAAAATAT----CGGTGGGTGTA-CATGTCTT--A---A-----ATCAATACTGTGACA-CAGT-GGGAGG-----GCCAAAGAT---TTGAA-CGGAGTTCTAAG-GGAAATGAATGGATA
gi|7 : CGGGACCCTATATA----TTTT-----TTTTCCGTTTTTT-----A--TT-AG----CACTTG----GAATGAACTTTTAAATGT----TGGTGC-T-CA-TTTGTCTA--A---A-----ATCGATCTAGTTAAT-TAGT-GAGAGG-----GCCAAAGGT---TAACA-TTGAGGTCTATG-GGAAATGAATTGGTACatatttgcaagt
gi|8 : GGGGCCCTATATA----TTTTGATGGTTTT--GTTTTG------A--TT-AG----CATTGG----AAACGAATTTTCAAATTT----TGAGGG-T-CA-TTTGTCTA--A---A-----ATCAATAT-----------------------------AGGT---TTGTA-TCAAAGTCCATG-AGAAATGAATTGTTAC
gi|9 : aaggcaatGTTTTAT-----A--TT-AG----CATTTG----GAACGAACCTTCAAATGT----TGGTGG-C-CA-TTTGTCTA--A---A-----ATCAATATAGTTAAT-TAGT-GAGAGG-----GCCAAAAGT---TAGCA-TTGAGGTCTATG-GGAAATGAATTGGTACt
blockSeqs : AATG GATGG GCC TTTATA AA G GTTT . ACGT G G A TA TAA . G A AAGAA TGTA C C T
blockSeqs : . A TCC T . . . . . . . . . . . . . . T T . .
blockSeqs : . . TCC T . . . . . . . . . . . . . . T T . .
blockSeqs : . . GTC T . . . . . . . . . . . . . . T C . .
blockSeqs : . . ATT T . . . . . . . . . . . . . . T T . .
blockSeqs : . . TCC T . . . . . . . . . . . . . . A A . .
blockSeqs : . . TGC T . . . . . . . . . . . . . . T C . .
blockSeqs : . . TCC T . . . . . . . . . . . . . . T A . .
blockSeqs : . . TC C . . . . . . . . . . . . . . T C . .
blockSeqs : . . TC T . . . . . . . . . . . . . . T T . .
blockSeqs : . . C T . . . . . . . . . . . . . . T C . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : **** *****
originalCons : CGGGACCCTATATA----TTTT-----TTTTCCGTTTTTT-----A--TT-AG----CACTTG----GAATGAACTTTCAAATGT----TGGTGG-T-CA-TTTGTCTA--A---A-----ATCAATATAGTTAAT-TAGT-GAGAGG-----GCCAAAGGT---TAGCA-TTGAGGTCTATG-GGAAATGAATTGGTAC
finalCons : CGGGACCCTATATA----TTTT-----TTTTCCGTTTTTT-----A--TT-AG----CACTTG----GAATGAACTTTCAAATGT----TGGTGG-T-CA-TTTGTCTA--A---A-----ATCAATATAGTTAAT-TAGT-GAGAGG-----GCCAAAGGT---TAGCA-TTGAGGTCTATG-GGAAATGAATTGGTAC
Alignments
lowQualScore : 11111
lowQualScore : 0 0 6666 00000 888 888888 33 2 5555 5555 5555 2 2 2 33 444 55555 0 2 2 66666 5555 1 2 2
lowQualScore : . . .... ..... ... ...... .. . .... .... .... . . . .. ... ..... . . . ..... .... . . .
lowQualScore : 8 5 1111 00000 333 111111 44 5 3333 7777 0000 4 4 4 22 111 99999 6 5 5 77777 5555 7 9 9
consensus : CGGGACCCTATATA----TTTT-----TTTTCCGTTTTTT-----A--TT-AG----CACTTG----GAATGAACTTTCAAATGT----TGGTGG-T-CA-TTTGTCTA--A---A-----ATCAATATAGTTAAT-TAGT-GAGAGG-----GCCAAAGGT---TAGCA-TTGAGGTCTATG-GGAAATGAATTGGTAC
Reference ( family-119 ) : CGGGACCCTATATA----TTTT-----TTTTCCGTTTTTT-----A--TT-AG----CACTTG----GAATGAACTTTCAAATGT----TGGTGG-T-CA-TTTGTCTA--A---A-----ATCAATATAGTTAAT-TAGT-GAGAGG-----GCCAAAGGT---TAGCA-TTGAGGTCTATG-GGAAATGAATTGGTAC
gi|1 : CGGGACCTTAAATA----ATTG-----TTGACGTTTTTTT-----A--TT-AG----CACTTAATTAGAATAAACTTTCAAATGT----TGATGG-T-CA-TTCATCTA--A---ACCCAAATGAATATAATTAAT-TAGT-AAGAGG-----GCCAAAGGT---TAGCA-TTGAGGTCTAT--GGAAATGAATTAGTAC
gi|10 : acaaattatatgtcagacctataaacattgCGGGACCCT-TATA----CATT-----TTTGCCGCTTTTT-----AAATC-AAGTTTTGCTTA----GAAT-AACCT-CAAAAGT----TGGCGC-T-AA-TTTATTTATAA---A-----AT-AATATAGTTAAT-TAATAGAGAGA-----GCTGAGGGT---TAtc
gi|11 : accttaaaatcaaGGGACC--ATATA----TTTT-----TTGTC-ATTTTGT-----A--TT-AG----CACTTT----GAATGATCGTTCAAATGT----TGGTGG-T-CA-TTTGTTTC--A---A-----ATCTATGTAGT
gi|12 : gtacaaatatgacctataaagaccatACCCTTTGTA----AATT-----TTGTC-GTTTTA------A--TT-AC----CACTTG----AAATGAACTTTCAAACGTACGTCGGTGG-T-CA-TTTGTCTA--A---A-----ACCAATCAAATTAAT-TAGT-ggaaaatctaatttg
gi|13 : aaattatatgacctacaaacgacacgatGGGACCCTATATA----TTTT-----TTTTCCGTTTTTT-----A--TT-AG----CACTTG----GAATGAACTTTCAAA---------------------TGTCTA--A---A-----ATCAATACAGTT----------AGAGG-----GCCAAAAG-----------------CTATG-AGAAATGAATTa
gi|14 : atgacctataaacgccat-----A--TT-AG----CACTTA----GAATGAACTTTCAAATGT----TGGTGG-T-CA-TTTGTCTA--A---A-----ATCAATATA--CAATGTAGT-TATAGGAAGAAACCAAGAGTGTATAACA-TTGA--TCTATATTGAAATAAGTTtt
gi|15 : GGGACC-TATATA----TTTT------TTTCCGTTTTTT-----A--TT-AG----CACTTG----GAATGAACTTTCAAA---------------------TGTCTA--A---A-----ATCAATACAGTT----------AGAGG-----GCCAAAAG-----------------CTATG-AG-AATGAATTtactct
gi|16 : atgacctataaacgccat----TGGTGG-T-CA-ATTGTCTA--ATAAA-----ACCAATTT-TTTAAT-TAGT-GAGAGA-----GCCAAAGGT---TAGTA-GTGAAGTCTATA-GAAAAGGAATCGGTACtt
gi|17 : TGAACTTTTAAATGT----TGGCGG-T-AA-TTTCTATA--A---A-----ATCAATATCATTAAT-TAGT-GA---------ATTA--------TAGTACTT--GGTCTATG-GAAAATAAATTGGTAtctttt
gi|18 : GGGACCCTATACA----AATT-----TTT--CATTTTTT-----A--TT-AG----CACTTtct
gi|2 : gtacaaatatgacctataaacgccatcatGGGACCAT-TATA----TTTT-----TTTGTCATTTTGT-----A--TT-AG----CACTTT----GAATGATCGTTCAAATGT----TGGTGG-T-CAATTTGTTTC--A---A-----ATCAATATAATTAAT-TAGT-GAAAGA-----GTCAAATGT---TAACA-TTGAGGCCTATG-GGAAATGAATGTGTACa
gi|3 : atatgacctataaagaccatGGGACCCTAGATA----TTTT-----TATATTGCTTTT------A--TTGAG----TGCTTT----TAATGAACTTTCAAATGA----TGGCAA-A-TA-TTTGTCTC--A---A-----ACCAATTTAGTTAAA-TAGT-GAATAT-----GCC-AAGGT---TAATG-CTGAGTTCTTTG-GGAAATGAATTGGTACtctt
gi|4 : acaaatatgttaaagcactCAGGACCCTATATAAATGTTGTA----TTTT---TTTTTT-----A--TT-AG----CACTTG----ATATGAACTTTCAAATGT----TCGTGG-T-CA-TTTGTCTA--A---A-----GCCAGTAAAATTAAT-TAGT-AAGAGG-----GCCAAAGAA---TAGAA-TTGAGGGTTATG-tcttc
gi|5 : acaaattctatgacctataaacgccaCGGGACCCTATATA----TTTT-----TTTTCCGTTTTTC-----A--TT-AG----CACTTG----GAATGAACATTTAAATGT----TGGTGG-T-CA-TTTGTCTA--A---A-----ATAGATTTAGTTAAT-TAGT-GAGAGG-----GCCAAAGGT---TAACA-TTGAGGTCTATA-GGAAATGAATTGGTAc
gi|6 : taaaagccaTA----TTTT-----TGGTGCTTTTTTTTTATAA--TT-AG----TGCCAG----TAATGAACTTTAAAATAT----CGGTGGGTGTA-CATGTCTT--A---A-----ATCAATACTGTGACA-CAGT-GGGAGG-----GCCAAAGAT---TTGAA-CGGAGTTCTAAG-GGAAATGAATGGATA
gi|7 : CGGGACCCTATATA----TTTT-----TTTTCCGTTTTTT-----A--TT-AG----CACTTG----GAATGAACTTTTAAATGT----TGGTGC-T-CA-TTTGTCTA--A---A-----ATCGATCTAGTTAAT-TAGT-GAGAGG-----GCCAAAGGT---TAACA-TTGAGGTCTATG-GGAAATGAATTGGTACatatttgcaagt
gi|8 : GGGGCCCTATATA----TTTTGATGGTTTT--GTTTTG------A--TT-AG----CATTGG----AAACGAATTTTCAAATTT----TGAGGG-T-CA-TTTGTCTA--A---A-----ATCAATAT-----------------------------AGGT---TTGTA-TCAAAGTCCATG-AGAAATGAATTGTTAC
gi|9 : aaggcaatGTTTTAT-----A--TT-AG----CATTTG----GAACGAACCTTCAAATGT----TGGTGG-C-CA-TTTGTCTA--A---A-----ATCAATATAGTTAAT-TAGT-GAGAGG-----GCCAAAAGT---TAGCA-TTGAGGTCTATG-GGAAATGAATTGGTACt