lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 2222 111111 22222222 1111111 11111111111 22222222222 1111 11 33333333333333333333 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222222 5555555555 22 1 11 222222222222222 11 444444 22222222 1111 222 999999 222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333333 1 1111111 2222222222222222 1 11111 111 222 222222222
lowQualScore : 3 2 8 2 0000 1 111111 88888 555 11111111 5 1111111 444 2 00000000000 8888888 1 333 333 2 3 7777 2 666 77 2 55555555555 2 2 44 33 2 7777 2 33 11 44 5 4 55555555555555555555 44 3 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6666666 8 2222222222 3 0 99 0 33 333333333333333 33 0 888888 4 66666666 4 0000 555 111111 222 4 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 6666 2 3 0 3 44 6666 3 55 000000 33 2 55 7 5 22 2 0000000 8888888888888888 2 55 2 0 5 22222 0 8888888 222 777777 444 33 555 55 2 2 666666666 2 33 2 33
lowQualScore : . . . . .... . ...... ..... ... ........ . ....... ... . ........... ....... . ... ... . . .... . ... .. . ........... . . .. .. . .... . .. .. .. . . .................... .. . . .................................................................................................... ....... . .......... . . .. . .. ............... .. . ...... . ........ . .... ... ...... ... . ................................................................................................... . .... . . . . .. .... . .. ...... .. . .. . . .. . ....... ................ . .. . . . ..... . ....... ... ...... ... .. ... .. . . ......... . .. . ..
lowQualScore : 1 7 9 7 9999 1 777777 88888 888 66666666 0 1111111 444 5 77777777777 7777777 2 999 999 2 4 4444 4 555 99 4 22222222222 2 2 22 11 2 9999 5 99 66 22 4 5 77777777777777777777 22 3 4 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0000000 0 0000000000 8 8 88 0 88 000000000000000 88 8 555555 0 22222222 0 2222 000 555555 555 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 5555 5 1 2 1 22 5555 8 55 111111 77 5 99 5 0 99 5 0000000 7777777777777777 7 77 7 7 3 99999 1 7777777 999 777777 444 44 333 99 5 5 888888888 5 44 7 77
consensus : ACACA-AGGA-AATGA-A-NN-GGATTTTC-CC--TC-----A-A-A--------CGT-CG--NT---TCA---AAA-TAGCT------CTGG-A-------ATTCTG---CTTTT---A-TCG----TC-ACCC---A--C-C-C--------GA-AA-TG-CTTC--C-TGG--T-C-AGT--AA-NTC--CACTTTC----TATG-C-CATT-----G--ATCCA-CC-TAT-NANNGATCCTCAAGGACGCATATAACCCAGAATATTCAATAGTTTTCAACTCATTCCGTAGTTTGTCTTCGTATCCATGTATACGTAAAACGTCACTTCCGGTATCC-------CAAGTAGACAGA-TAA----CTC--ATCACTTTGAAAG-TCGAATTTCATATTT-GAA--TATTGACA-A--AACTGTTTA--TCTCTTTAAATATTGTGATAT--GATTNTATCAAA--TATTAGATNTGCTAACGCGAAAAAC--GGTTTACGCCA-TGATTTTATTCGANNGAATGTAAAAGAAAGTATGNGGCTACTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGG-TG----GATCGA-TGGCA-T--A----GANANTG---AN-TT--ACTGGAC-C--A-G-AAG-CATTT-CGG------GGT----G--------G--TGA-C-GA-T-AA-A-G---CAGAAT-------T-CCAG------AGCTATTT---T--GAA---C--GA-CGTTTTG-A--GG---GGA-A--AATCCGT-TTCAT--TCCTTGTGT
Reference ( gi|2 ) : ACACA-AGGA-AATGA-A-CA-GGATTTTC-CC--TC-----A-A-A--------CAT-CG--TT---TCA---AAA-TAGCT------CTCG-A-------ATTCTG---CTTTT---A-TTG----TC-ACCC---A--C-C-T--------GA-AA-TG-CTTC--C-TGG--T-C-AGT--AA-ATC--CACTTTC--T-TATG-C-TA-T-----G--ATCCA-CC-TAT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCGGTATCC-------CAAGTAAACAGA-TA-----CTC--ATCACTTTGAAAACTCGAATTTCATATTT-AAA--TATTGGTA-A--AATTGTTTA--TTTCTTTAAATATTGTG-TATG-GATTTTATC-AA--TATTAGATTTGCTAACGCGAAAAAC--GGTTTA-GCTACTGATTTTATTCGAATGAATGTAAAAGAAAGTATATGACTAC--GGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGG-TG----GATCGA-TAGCA-T--A----GAAAGTG---AT-TT--ACTGAAC-C--A-G-AAG-CATTT-CGA------GGT----G--------G--TGA-C-AA-T-AA-A-G---CAGAAT-------T-CGAG------AGCTATTT---T--GAA---C--GA-TGTTTTG-A--GG---GGA-A--AATCCGT-TTCAT--TCCTTGTGT
gi|3 : ACATA-AGGA-A-TGA-A-AT-GGATTTTC-CC--TCA----A-A-A--------CAT-CG--TT---TC----AAT-TAGCT------CTCG-A-------ATTATG---TTTTT---A-TTG----CC-ACCC---A--C-C-TC-------GA-AA-TG-CTTC--C-TGGT-T-C-AGT--AA-ATT--CACTTTC----TATG-C-TA-TCGATCG--ATCCA-CC-TAT-
gi|1 : tcccaagtagacagataactcatcaatttgaaagtcaaatttcacatttaaaaatattgataaattgtttatttctttaaatgttgtgatatgattttatcaaatttagatttgcaaacgtaaaaaaggttcacatgattttattcgatgaatgtaaaagaaagtatgaggctactggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACACA-AGGA-A-TGA-A-AC-GGATTTTC-CCCTTC-----A-A-AA-------CATTCGC-TT---TCA---AAA-TAGCT------CTCG-A-------ATTATG---CTTTT---ATTTG----TC-ACCCA--A--C-C-TC-------GA-AA-TG-CTTC--C-TAGGTT-C-AGT--AA-ATC--CACTTTC--T-ATTG-C-TA-TC----G--ATCCATCC-TATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCCGGTATCCCAAGTAAACAGATTAAC---CTCATATCACTTTG-AAACTCGAATTTCATATTTGAAA--TAT--GCATA--AATTGTTTACCTTTCTTTAAATATTGTGATAT--GATTTTATC-AAATTATTAGATTTGCTAACGCG-AAAAC--GGCTTACGC-A-TGATTTTATTCGATGGAATGTAAAAGAAAGTATATGACTAC--t
gi|1 : aACACA-AGGA-A-TGC-A-C--GGATTTTC-CCCTTC-----A-A-AA-------CAT-CG--T-----CA---AAAATAGCT------CTCG-A-------ATTATGGTTCTTTT-----TTG----TC-ACCCTCAA--C-C-CCACCGTCGAA-AA-TG-CTT---C-TGGT-T-C-AGTTAAA-ATCCGCACTTTC--TGGATG-C-TA-TTC---G--ATCCcaagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattagcgggatcgaatagcatccagaaagtgcggattttaactgaaccagaagcattttcgacggtggggttgagggtgacaaaaaagaaccataattcgagagctatttttgacgatgttttgaaggggaaaatccgtgcattccttgtgtt
gi|5 : aacacaaggaatgaaacggattttccccttcaaaacattcgctttcaaaatagctctcgaattatgcttttatttgtcacccaacctcgaaatgcttcctaggttcagtaaatccactttctattgctatcgatccatcctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccggtatcccaagtaaacagattaacctcatatcactttgaaactcgaatttcatatttgaaatatgcataaattgtttacctttctttaaatattgtgatatgattttatcaaattattagatttgctaacgcgaaaacggcttacgcatgattttattcgatggaatgtaaaagaaagtatatgactaccaagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattagcgATACA-AGGA-A-TGA-AACA-G-ATTTT------TT-----A-A-AAGTAAAAACAT-CG--AT----CA---AAA-TAGCT------CTGA-A-------ATTGTG---TTTTT---A-TCG----TC-ACCC---A--C-C-CC-------GA-AA-TG-TTTC--C-TGG--T-CCATT--AA---------TTTC--G--ATA-CCTA-T-----GTCATTTA-TC-TAC-CATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCGGTATCC-------TAAGTAGACAGG-TAA----CTT--ATCACTTTTATAG-TCGAATTTCATATTT-GAA--TATTC-CA-A--AACA--TTA--TCTCTTTAAATCTTGTG-GAGC-GATTATATCAAA--TA-TAGATATGCTAACGCAAAAAAt
gi|17 : ACACA-AGTA-A-TGA-A------ACGTTC-CC-------------A--------CAT-TG--TT---C------AA-TAGCC------C--G-A-------ATTCAG---CTTT----A-T-A----TC-ACT----A--C-A-T--------CG-AA-TGTCTTC--C-TGG--TTC-AGT--AA-ATC--CACTTTC----TAT--C-TA-TC----A--ATCCA-
gi|4 : ACACACAGGG-AATTA-A-TC-GGATTTTT-AC--TC-----A-A-AA-------CGT-CG--AT---TCA---AAA-TAGCT------ATGA-A-------ATTCTG---CTTTT---A-TCG----AC-GCCC---A--C-TAC--------GA-TA-TT-CTTC--C-TGG--TCC-ACT--AA-TTT--CAATGTC----TATG-C-CATT-----G--ATCTA-Ctgcacc
gi|12 : aaaACACA-AGGA-A-TGA-A-AT-GGATTTTT-AT--TC-----A-TTA--------TGT-CGA-TC---TTA---AAA-TAGCT------CTGG-A-------A----------------A-TTG----T---------A--C-C-G--------AA-AA-TG-C-TC--C-TGA--T-aataaagtaatctccatcgatgtgtataactcagaatattcggtagttttttttttctttttgcgacctcttttcgactcattccatagtttgtttccgtggccatgaataacgtcacttcctgtatcccagttaagctgaaagtagaatattgtgtttgaatattagaaaaacaattcatctctttgaattttgcgatgtagttataccaaatataaatgtgccaatgtaagaaaaggtttc
gi|16 : aaCACA-AGG--AATGA-A-AC-GGATTTAT-AA--TTAATGAA-A-A--------CGT-CG--AT---TCA---AAA-TAGCT------CCGA-A-------ATTCTG---CTTTT---G-TTG----TC-ACCT---A--C-C-CA-------AA-AA-TA-CTTC--C-GGG--TCC-AGT--AATATC--GA-TGTC----TATGCC-TT-T-----G--ATCTA-CC-atatctattgcctttgatctgccataaaagtaatccttgcgtatacaagtcagaatacctggtattcggtagttttttgcggcattttcttcaacttaaatccgagttt
gi|11 : ACA-AG-A-AATGGGA-CG-GATTTTTT-CC--TC-----A-A-A---------AT--G--TCAAGTCT---AAA-TAGCT------CTGA-A-------ATTCTG---CTTTT---A-TCA----TC-ACAC---AT-T-C-C--------AA-AG-TT-CTTC--C-TGG--TCC-AGT--AA-TTT--CAATATC----TATG-C-CATT-----G--ATCCG-CC-ataaaaaaattctcat
gi|10 : ACA-AGGA-ATAAA-A-CA-G-ATTTTT-AT--TC-----A-A-AA-------CAT-CA--AT---TCA---AAA-TAACT---------GAA-------ATTCTG---CTATC---A-TCA----TC-ACCC---AT-C-C-T--------TA-AA-TG-CTTC--C-TGG--TCC-GGT--AA-TTT--CGATATC----TATG-C-CATT-----G--ATCTA-CC-ataaaaaataatcctccttgatgagaataacccagaatattcggtagtttgcagcccattctctagtttgtctctgtagcc
gi|19 : ACA-AGGA-A-TGA---CACGGATTTTC-CT--TC-----A-A-AG-------CAT-CG--TT---TCA---AAA-TAGCT------CTCG-A-------A---TG---TTTTT---A-ataaaaataatctttctataatccagaacatttggttgttttatgcgaccacttttcagcaaatttcccagtgtagccgtgaatatcagacttccaagttccggt
gi|21 : agACA-AGGACAATGA-A-CACGGATTTTCTCC--TC-----ACA-A--------CAT-CG--TT---TCG---AAG-TAG
gi|14 : ACA-AGGA-A-TGA-A-AT-GGATTTTT-AT--TC-----A-TTA--------TGT-CG--AT---TTA---AAA-TAGCT------CT-G-A-------A----------------A-TTG----T---------A--C-C-G--------AA-AA-TG-CTCC--C-TGA--T-
gi|9 : GGG-AATGA-A-AA-TTGTTTTT-AC--TC-----A-A-A--------ACTACG--AT---TCATATAAA-TAGCTAATTAATTTA-ATAAAAATATTCTG---CTTTTTTCA-TCACAGTTC-ACCC---A--CTC-C--------CA-TG-TT-CTTT--C-TGA--TCC-AGT--AA-TTT--CTCT-----T-TATT-C-CATT-----G--ATCCA-CC-atatctatgcctttgatctgccataaagtaatccttgcgtatacaagtcagaatacctggtattcggtagttttttgcggccatttttcaacttaaatccg
gi|8 : ttcttattaagaatagcagtac-AATTA-A-AA-GGGATTCC-AC--TC-----AGA-A--------CAT-CGAATT---TCA---AAA-T--CT------CTGA-A-------ATTCTG---CTTTC---A-TCGA---TCAACCC---A--C-C-C--------CG-GA-T---TTCTAC-TGGC-C-C-AGT--AA---------TTTCGATATATG-C-CA-------G--ATCTA-CC-acaaaaataatcttcatcaacgcctgtagctattcaacagctgtttgtgaccgcttttcgtctcattta
gi|7 : ccttattaaaaaaaacacTTTTA-CT--TC-----A-A-A--------TGT-CG--AT---TCA---AAT-TAGCT------CTGT-A-------ATTTTG---CTCTT---A-TCG----TC-ACCC---AACC-C-T--------GG-A---C-CTTC--CGCGT--T-C-AGT--AT-TTC--CAATATC----TATT-C-CATT-----G--ATTGA-CCACAA-AAATAATCCTCAAGGACGCATATAACCCAGAATATTCAATAGTTTTCAACTCATTCCGTAGTTTGTCTTCGTATCCATGTATACGTAAAACGTCACTTCCGGTATCC-------CAGGTAAGCAGA-TA----------A-CACTTTGAAAataaaaagaattcccatccgccgtaaactccgaatattcggtttagtttttcgtgaccattttcagctcataccctagtttgagttccctcgcctagacacgtcac
gi|18 : ttTTCTG---TTTTT---A-TAG----TC-ACCC---A--C-C-TC-------GA-AA-TT-CCT---C-TGT--C-C-AGT--gtcttgtacagctatagacataacatacataaatgtgta
gi|15 : aaatTTCTG---CTTTT---A-TCG----TC-AGCC---A--T-T-T--------CA-AAGTT-CTTT--C-TGA--T-C-tgttttataatatgcatcatgtgcatcatcaaatatcctcatcgacgca
gi|6 : acTG---CTTTT---A-TCA----TC-ACCC---A--C-C-C--------CAGAA-TG-CTTC--C-TGG--T-C-ctgttatttagcgattgattctccatgaaaataatcctcatcgacgcatataaccagaaacttcgagacaactttctgtaccatccctttgttgatcctgatgatggccacagacaatgtcacttccg
gi|20 : --------GA-AA-TG-CTTC--C-TGG--TTC-AGT--AA-ATC--CACTTTC--C-T-TA-C-TA-TC----A--ATCCA-caggaatctcaataatcctcatcgacgtgtatacaataaccaaaaatattctgtagtttttctggaccattttttgactaatgtcccctgagttgccatgaacgtcactttcagtatcccatgaagaaagataattaactcaccactttgaatgtcgagtttcatatttgaatattgataaacaacttattatctctttcaatattgagatgtgattatatcaaatatagatatgctaacaaaaacaaggttt
gi|6 : cCAGTATCC-------CATGAAGAAAGA-TAATTAACTC--ACCACTTTGAATG-TCGAGTTTCATATTT-GAA--TATTGATA-AACAACTTATTA--TCTCTTTCAATATTGAG--ATGTGATTATATCAAA--TA-TAGATATGCTAAC---AAAAACAAGGTTTtgcaccta
gi|3 : tgcttttatcatcacccaccccagaatgcttcctggtccaggaatctcaataatcctcatcgacgtgtatacaataaccaaaaatattctgtagtttttctggaccattttttgactaatgtcccctgagttgccatgaacgtcactttTCC-------CAAGTAGACAGA-TAA----CTC--ATCAATTTGAAAG-TCAAATTTCACATTT-AAAAATATTGATA-A--A-TTGTTTA--TTTCTTTAAATGTTGTGATAT--GATTTTATC-AA--ATTTAGATTTGCAAACGTAAAAAA---GGTTCA---CA-TGATTTTATTCG-ATGAATGTAAAAGAAAGTATGAGGCTACTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGG-TGGATCGATCGA-TAGCA-T--A----GAAAGTGA--AT-TT--ACTGAAC-C--AGG-AAG-CATTT-CGA------GGTG---G--------G--TGG-C-AA-TAAA-A-A---CATAAT-------T-CGAG------AGCTAATT---G--AAA---C--GA-TGTTTTG-A---G---GGA-A--AATCCAT-TTCAT--TCCTTATGT
gi|1 : ATAGGATG----GATCGA-TAGCAAT--A----GAAAGTGG--AT-TT--ACTGAAC-CTAG-G-AAG-CATTT-CGA------GGTTG--G--------G--TGA-C-AAAT-AA-AAG---CATAAT-------T-CGAG------AGCTATTT---T--GAAAG-C--GAATGTTTTG-AA-GG---GGA-A--AATCCGT-TTCAT--TCCTTGTGTt
gi|5 : aGG-TA----GATAAA-TGACA-T--A----GGTATCG---AAATT--AATGGAC-C--A-GGAAA-CATTT-CGG------GGT----G--------GG-TGA-C-GA-T-AA-A-AA--CACAAT-------T-TCAG------AGCTATTT---T--GAT---C--GA-TGTTTTT-A--CTTTTAAA-A--AATCTGT-TTCAT--TCCTTGTATannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccggtatcccaagtaaacagattaacctcatatcactttgaaactcgaatttcatatttgaaatatgcataaattgtttacctttctttaaatattgtgatatgattttatcaaattattagatttgctaacgcgaaaacggcttacgcatgattttattcgatggaatgtaaaagaaagtatatgactaccaagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattagcgggatcgaatagcatccagaaagtgcggattttaactgaaccagaagcattttcgacggtggggttgagggtgacaaaaaagaaccataattcgagagctatttttgacgatgttttgaaggggaaaatccgtgcattccttgtgtt
gi|16 : GG-TA----GATCAA-AGGCA-T--A----GACATCG---ATATT--ACTGGAC-CC-G-G-AAG-TATTT-TTG------GGTA---G--------G--TGA-C-AA-C-AA-AAG---CAGAAT-------T-TCGG------AGCTATTT---T--GAAT--C--GA-CGTTTTC-ATTAA---TTATA--AATCCGT-TTCAT--TCCTTGTGatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccggtatcctaagtagacaggtaacttatcacttttatagtcgaatttcatatttgaatattccaaaacattatctctttaaatcttgtggagcgattatatcaaatatagatatgctaacgcaaaaaa
gi|11 : GG-CG----GATCAA-TGGCA-T--A----GATATTG---AAATT--ACTGGAC-C--A-GGAAG-AACTT-TGG------AAT----GT-------G--TGA-T-GA-T-AA-AAG---CAGAAT-------T-TCAG------AGCTATTT---A--GA----CTTGA-CATTTTG-A--GG---AAA-A--AATCCGT-CCCAT--TTCTTGTataaaaaaattctcat
gi|10 : GG-TA----GATCAA-TGGCA-T--A----GATATCG---AAATT--ACCGGAC-C--A-GGAAG-CATTT-AAG------GAT----G--------GG-TGA-T-GA-T-GATA-G---CAGAAT-------TTC---------AGTTATTT---T--GAA---TT-GA-TGTTTTG-A--AT---A-A-A--AATCTGT-TTTAT--TCCTTGTataaaaaataatcctccttgatgagaataacccagaatattcggtagtttgcagcccattctctagtttgtctctgtagcc
gi|7 : GG-TC----AATCAA-TGGAA-T--A----GATATTGG--AA-AT--ACTGAACGC--G-G-AAG-G--TC-CAG------GGTTG--G--------G--TGA-C-GA-T-AAGA-G---CAAAAT-------T-ACAG------AGCTAATT---T--GAAT--C--GA-CA-TTTG-A--AG---TAA-A--AAataaaaataatctttctataatccagaacatttggttgttttatgcgaccacttttcagcaaatttcccagtgtagccgtgaatatcagacttccaagttccggt
gi|8 : tGG-TA----GATC---TGGCA-T--ATATCGAAA---------TT--ACTGGGC-C--A-G-TAG-AAATC-CGG------GGT----G--------GGTTGATC-GA-TGAA-A-G---CAGAAT-------T-TCAG------AG--ATTT---T--GAAATTC--GA-TGTTCTG-A--GT---GG-----AATCCCT-TTTA-----ATTGTGTacaaaaataatcctcaaggacgcatataacccagaatattcaatagttttcaactcattccgtagtttgtcttcgtatccatgtatacgtaaaacgtcacttccggtatcccaggtaagcagataacactttgaaagtcttgtacagctatagacataacatacataaatgtgta
gi|9 : ccttattaaaaaaaGG-TG----GATCAA-TGGAA-T--A----AAGAG-A---AA-TT--ACTGGAT-C--A-GAAAG-AACAT-GGG------AGT----GGGTGAACTG--TGA-TGAA-A-AA-A-G---CAGAATATTTTTAT-TAAATTAATTAGCTATTTATAT--GAAT--C--GT-AGTTTTG-A--GT---AAA-AACAAT---T-TTCAT--TCCataaaaagaattcccatccgccgtaaactccgaatattcggtttagtttttcgtgaccattttcagctcataccctagtttgagttccctcgcctagacacgtcac
gi|4 : ttcttattaagaatagcagtacgG-TA----GATCAA-TGGCA-T--A----GACATTG---AAATT--AGTGGAC-C--A-GGAAG-AATAT-CGT------AGT----G--------GG-CGT-C-GA-T-AA-AAG---CAGAAT-------T-TCAT------AGCTATTT---T--GAAT--C--GA-CGTTTTG-A---G---TAA-A--AATCCGA-TTAAT--TCCCTGTGTacaaaaataatcttcatcaacgcctgtagctattcaacagctgtttgtgaccgcttttcgtctcattta
gi|17 : aaaac-TG----GATTGA-TAG-A-T--A----GAAAGTGG--AT-TT--ACTGAAC-C--AGG-AAGACA-TT-CGA------TGT----A--------G--TGA-T--A-T-AA-A-G---CTGAAT-------T-C--G------GGCTA--T---T--GAA---C--AA-TGT---------G---GGA-A------CGT-TTCAT--TACTTGTGTaataaagtaatctccatcgatgtgtataactcagaatattcggtagttttttttttctttttgcgacctcttttcgactcattccatagtttgtttccgtggccatgaataacgtcacttcctgtatcccagttaagctgaaagtagaatattgtgtttgaatattagaaaaacaattcatctctttgaattttgcgatgtagttataccaaatataaatgtgccaatgtaagaaaaggtttc
gi|20 : -TG----GATTGA-TAGTA-A--G----GAAAGTGG--AT-TT--ACTGAAC-C--AGG-AAG-CATTT-CGtgcacc
gi|1 : G----GATCGAATAGCA-TCCA----GAAAGTGCGGAT-TTTAACTGAAC-C--A-G-AAG-CATTTTCGACGGTGGGGTTGAGG--------G--TGA-C-AA-A-AA-A-GAACCATAAT-------T-CGAG------AGCTATTT---T--TGA---C--GA-TGTTTTGAA--GG---GGA-A--AATCCG--TGCAT--TCCTTGTGTtgcaccta
gi|6 : aacacaaggaatgaaacggattttccccttcaaaacattcgctttcaaaatagctctcgaattatgcttttatttgtcacccaacctcgaaatgcttcctaggttcagtaaatccactttctattgctatcgatccatcctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccggtatcccaagtaaacagattaacctcatatcactttgaaactcgaatttcatatttgaaatatgcataaattgtttacctttctttaaatattgtgatatgattttatcaaattattagatttgctaacgcgaaaacggcttacgcatgattttattcgatggaatgtaaaagaaagtatatgactaccaagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattagcgG---AT-TC---CTGGAC-C--A-GGAAG-CATTC-TGG------GGTG---G--------G--TGA-T-GA-TAAA-A-G---CAt
gi|18 : --ACTGGAC----A-G-AGG-AATTT-CGA------GGTG---G--------G--TGA-C-TA-TAAA-A-A---CAGAAtcaataatcctcatcgacgtgtatacaataaccaaaaatattctgtagtttttctggaccattttttgactaatgtcccctgagttgccatgaacgtcactttcagtatcccatgaagaaagataattaactcaccactttgaatgtcgagtttcatatttgaatattgataaacaacttattatctctttcaatattgagatgtgattatatcaaatatagatatgctaacaaaaacaaggttt
gi|12 : aaatAT-C--A-G-GAG-CATTT-T----------C----G--------G--T-A-C-AA-T---------------T-------T-CCAG------AGCTATTT---TAAGAT---C--GA-CATAATG-A--AT---A-A-A--AATCCAT-TTCAT--TCCTTGTGTtgttttataatatgcatcatgtgcatcatcaaatatcctcatcgacgca
gi|14 : aaAAT-------T-TCAG------AGCTATTT---T--AAAT--C--GA-CATAATG-A--AT---A-A-A--AATCCAT-TTCAT--TCCTTGTatatctattgcctttgatctgccataaaagtaatccttgcgtatacaagtcagaatacctggtattcggtagttttttgcggcattttcttcaacttaaatccgagttt
gi|19 : AT-------T-CGAG------AGCTATTT---T--GAAA--C--GA-TGCTTTG-A--AG---G-A-A--AATCCGT-GTCAT--TCCTTGTgtaccgaaaatgctccctgatatatctatgcctttgatctgccataaagtaatccttgcgtatacaagtcagaatacctggtattcggtagttttttgcggccatttttcaacttaaatccg
gi|21 : agCTACTT---C--GAAA--C--GA-TGTTGTG-A--GG---AGA-A--AATCCGTGTTCATTGTCCTTGTgttttta
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CACAAGGAAGGAAACGAAAAGAAGGTTTTTAAAACTTGAAACTCAGAATAGCATAAGTTCTTTTTTATCTTCACCAAAACTCACATTCATACTGATCCCCTAATTTTAATTTTAATGCAAATTTATCCACCACGAAATACCACCACTACCGCCATATAGAACCAGGGATATACGACAGCTCTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111111 22222222 1111111111 11 111 2222222222 555555555555555555555555 2222222 333333333333333333333333333333333333333333333 1111 4444444444444 1111111 2222222222 1111 11111111 1 111 333 1 11 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 333333 2222222 2222 1 111 1 111 111
lowQualScore : 5 5 22 888888 3 7 77777777 7 666 3 3 666 5555555555 2 555 0 555 2 8888 2 55 2 6666 2 5 33 2 66 555 6666666666 2 5 33 2 2 111111111111111111111111 2 22 0000000 9999 666666666666666666666666666666666666666666666 1 3 66 0 888 0000 66 7777777777777 8888888 5 5555555555 5 1111 55555555 44 99 1 1 6 1 6 5 1 2 666 666 3 55 11 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4444 1 6 0 99 1 1 000000 99 0 666 6 6 1 1111111 7777 99 6 9 3 6 111 1 5 888 4 5 444 5 5 66
lowQualScore : . . .. ...... . . ........ . ... . . ... .......... . ... . ... . .... . .. . .... . . .. . .. ... .......... . . .. . . ........................ . .. ....... .... ............................................. . . .. . ... .... .. ............. ....... . .......... . .... ........ .. .. . . . . . . . . ... ... . .. .. . ................................................................................................... .... . . . .. . . ...... .. . ... . . . ....... .... .. . . . . ... . . ... . . ... . . ..
lowQualScore : 0 5 00 222222 6 3 77777777 3 000 6 6 444 9999999999 5 444 8 000 9 9999 9 44 9 1111 7 0 77 7 33 333 2222222222 7 3 77 7 7 444444444444444444444444 9 88 0000000 0000 777777777777777777777777777777777777777777777 4 8 11 4 888 5555 99 6666666666666 6666666 7 1111111111 7 2222 88888888 55 22 8 7 7 0 7 5 0 2 000 777 3 00 77 7 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222 0 7 7 22 0 0 333333 22 7 888 7 7 7 7777777 5555 22 7 0 3 7 777 4 0 888 0 0 555 0 0 99
consensus : ACACA-AGGAAATGAAACGGATTTTT-AC--TCA-A-AA-------CGT-CGA--T-T-CA---AAATAGCTC----------TGAAA---TTCTGCTTTT---A-TCG----TC-ACCCA--C-C-C-GA-AATGCTTC--C-TGG--T-C-AGTAATTTC-G-TNTCT-A-TGC--CAT-TGATCCA-CC--AT---AAATA--ATCCTCATCGACG-CGTATAACCCAGAA-------TATTCGG--TAG-------------TTT------------------------TC---GACTCATTCCGTAGTT--TGTCTCC---GT--AGCC--ATGNAT----ACGNANAACGTCACTTCCGGTATCC-------CAAGTAGACAGA-TAA----CTC--ATCACTTTGAAAG-TCGAATTTCATATTT--G-AATATTGGTA-A--AACTGTTTATC--TCTTTAAATNTTGTGATGT-GATTNTATCAAA-TATTAGATNTGCTAACGCGAAAAAC--GGTTTA-G-CA-TGATTTTATTCGA-TGAATGTAAAAGAAAGTATATGACTACTGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGGTG----GATCGA-TAGCAT--AGAAAGCG---AT-TT--ACTGAACC-A-G-AAG-CATTTC-------GGGGT----GG--TGA-CAAT-AAA-G---CAGAATTCGAGAGCTATTTTG-AA---CGATGTTTTG-A--GGGGA-AAATCCGT-TTCAT--TCCTTGTGT
Reference ( family-117 ) : ACACA-AGGAAATGAANNGGATTTTC-CC--TCA-A-A--------CGT-CGN--T-T-CA---AAATAGCTC----------TGGAA---TTCTGCTTTT---A-TCG----TC-ACCCA--C-C-C-GA-AATGCTTC--C-TGG--T-C-AGTAANTCC-ACTTTCT-A-TGC--CAT-TGATCCA-CC-TAT---NANNG--ATCCTCAAGGACG-CATATAACCCAGAA-------TATTCAA--TAG-------------TTT------------------------TC---AACTCATTCCGTAGTT--TGTCTTC---GT--ATCC--ATGTAT----ACGTAAAACGTCACTTCCGGTATCC-------CAAGTAGACAGA-TAA----CTC--ATCACTTTGAAAG-TCGAATTTCATATTT--G-AATATTGACA-A--AACTGTTTATC--TCTTTAAATATTGTGATAT-GATTNTATCAAA-TATTAGATNTGCTAACGCGAAAAAC--GGTTTACGCCA-TGATTTTATTCGANNGAATGTAAAAGAAAGTATGNGGCTACTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGGTG----GATCGA-TGGCAT--AGANANTG---AN-TT--ACTGGACC-A-G-AAG-CATTTC-------GGGGT----GG--TGA-CGAT-AAA-G---CAGAATTCCAGAGCTATTTTG-AA---CGACGTTTTG-A--GGGGA-AAATCCGT-TTCAT--TCCTTGTGT
gi|1 : ACACA-AGGAA-TGAAACGGATTTTC-CCCTTCA-A-AA-------CATTCGC--T-TTCA---AAATAGCTC----------TCGAA---TTATGCTTTT---ATTTG----TC-ACCCAACC-T-C-GA-AATGCTTC--C-TAGGTT-C-AGTAAATCC-ACTTTCT-ATTGC--TAT-CGATCCATCC-TATA--NNNNN--NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNN--NNN-------------NNN------------------------NN---NNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNN---NN--NNNN--NNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCCGGTATCCCAAGTAAACAGATTAAC---CTCATATCACTTTGAAAC-TCGAATTTCATATTT--GAAATAT--GCATA--AATTGTTTACCTTTCTTTAAATATTGTGATAT-GATTTTATCAAATTATTAGATTTGCTAACGCG-AAAAC--GGCTTACG-CA-TGATTTTATTCGATGGAATGTAAAAGAAAGTATATGACTAC
gi|1 : aG----GATCGAATAGCATCCAGAAAGTGCGGAT-TTTAACTGAACC-A-G-AAG-CATTTTCGACGGTGGGGTTGAGGG--TGA-CAAA-AAA-GAACCATAATTCGAGAGCTATTTTT-GA---CGATGTTTTGAA--GGGGA-AAATCCG--TGCAT--TCCTTGTGTcaagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattagcgggatcgaatagcatccagaaagtgcggattttaactgaaccagaagcattttcgacggtggggttgagggtgacaaaaaagaaccataattcgagagctatttttgacgatgttttgaaggggaaaatccgtgcattccttgtgtt
gi|10 : aacacaaggaatgaaacggattttccccttcaaaacattcgctttcaaaatagctctcgaattatgcttttatttgtcacccaacctcgaaatgcttcctaggttcagtaaatccactttctattgctatcgatccatcctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccggtatcccaagtaaacagattaacctcatatcactttgaaactcgaatttcatatttgaaatatgcataaattgtttacctttctttaaatattgtgatatgattttatcaaattattagatttgctaacgcgaaaacggcttacgcatgattttattcgatggaatgtaaaagaaagtatatgactaccaagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattagcgACA-AGGAA-TAAAACAGATTTTT-AT--TCA-A-AA-------CAT-CAA--T-T-CA---AAATAACT------------GAAA---TTCTGCTATC---A-TCA----TC-ACCCAT-C-C-T-TA-AATGCTTC--C-TGG--TCC-GGTAATTTC-GATATCT-A-TGC--CAT-TGATCTA-CCATAA---AAATA--ATCTTT-----C----TATAATCCAGAA-------CATTTGG--TTG-------------TTT------------------------Tt
gi|11 : ACA-AG-AAATGGGACGGATTTTTTCC--TCA-A-AA-------TGT-CAA--G-T-CT---AAATAGCTC----------TGAAA---TTCTGCTTTT---A-TCA----TC-ACACAT-T-C-C-AA-AGTTCTTC--C-TGG--TCC-AGTAATTTC-AATATCT-A-TGC--CAT-TGATCCG-CC--ATAAAAAATA--ATCCTCCTTGATG-AGAATAACCCAGAA-------TATTCGG--TAG-------------TTT------------------------GC---AGCCCATTCTCTAGTT--TGTCTCT---GT--AGCC--atgcgaccacttttcagcaaatttcccagtgtagccgtgaatatcagacttccaagttccggt
gi|12 : ACACA-AGGAA-TGAAATGGATTTTT-AT--TCA-TTA--------TGT-CGA--TCT-TA---AAATAGCTC----------TGGAA----------------A-TTG----T------A--C-C-G-AA-AATGC-TC--C-TGA--T----ATA----------TCT-ATTGC--CTT-TGATCTG-CC--AT---AAAAGTAATCCTT----GCG-TATACAAGTCAGAATACCTGGTATTCGG--TAG-------------TTT------------------------T
gi|14 : aaACA-AGGAA-TGAAATGGATTTTT-AT--TCA-TTA--------TGT-CGA--T-T-TA---AAATAGCTC----------TGAAA---TT---------------G----T------A--C-C-G-AA-AATGCTCC--C-TGA--T----ATA----------TCT-A-TGC--CTT-TGATCTG-CC--ATA--AAGTA--ATCCTT----GCG-TATACAAGTCAGAATACCTGGTATTCGG--TAG-------------TTT------------------------Tttgcggcattttcttcaacttaaatccgagttt
gi|15 : ---TTCTGCTTTT---A-TCG----TC-AGCCAT-T-T-C-AA-AGTTCTTT--C-TGA--T-C--------CT-GTTATTT-A--GC--GAT-TGATTCT-CC--ATGA-AAATA--ATCCTCATCGACG-CATATAA-CCAGAA-------ACTTCGA--GA------------------------------------------C---AACT--TTCTGTACCA--TCCCTTT---GTTGATCCTGATG-ATGGCCACAGACAATGTCACTTCCGttgcggccatttttcaacttaaatccg
gi|16 : acGGTA----GATCAA-AGGCAT--AGACATCG---ATATT--ACTGGACCCG-G-AAG-TATTTT-------TGGGTA---GG--TGA-CAAC-AAAAG---CAGAATTTCGGAGCTATTTTG-AAT--CGACGTTTTC-ATTAATTATAAATCCGT-TTCAT--TCCTTGTG
gi|17 : TG----GATTGA-TAG-AT--AGAAAGTGG--AT-TT--ACTGAACC-A-GGAAGACATT-C-------GATGT----AG--TGA-T-AT-AAA-G---CTGAATTC--GGGCTATT--G-AA---CAATGT---------GGGA-A----CGT-TTCAT--TACTTGTGTataaaaaaattctcat
gi|18 : ---TTCTGTTTTT---A-TAG----TC-ACCCA--C-CTC-GA-AATTCCT---C-TGT--C-C-AGTTGTTTT-A--TAAT-A-TGCATCATGTG---CA-TC--AT---CAAAT--ATCCTCATCGACG-CAtgcacc
gi|19 : aaatATTCGAGAGCTATTTTGAAA---CGATGCTTTG-A---AGGA-AAATCCGT-GTCAT--TCCTTGT
gi|2 : agACACA-AGGAAATGAACAGGATTTTC-CC--TCA-A-A--------CAT-CGT--T-T-CA---AAATAGCTC----------TCGAA---TTCTGCTTTT---A-TTG----TC-ACCCA--C-C-T-GA-AATGCTTC--C-TGG--T-C-AGTAAATCC-ACTTTCTTA-TGC--TAT--GATCCA-CC-TAT---NNNNN--NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNN--NNN-------------NNN------------------------NN---NNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNN---NN--NNNN--NNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNCCGGTATCC-------CAAGTAAACAGA-TA-----CTC--ATCACTTTGAAAACTCGAATTTCATATTT--A-AATATTGGTA-A--AATTGTTTATT--TCTTTAAATATTGTG-TATGGATTTTATC-AA-TATTAGATTTGCTAACGCGAAAAAC--GGTTTA-GCTACTGATTTTATTCGAATGAATGTAAAAGAAAGTATATGACTAC--GGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGGTG----GATCGA-TAGCAT--AGAAAGTG---AT-TT--ACTGAACC-A-G-AAG-CATTTC-------GAGGT----GG--TGA-CAAT-AAA-G---CAGAATTCGAGAGCTATTTTG-AA---CGATGTTTTG-A--GGGGA-AAATCCGT-TTCAT--TCCTTGTGTgttttta
gi|20 : -C-GA-AATGCTTC--C-TGG--TTC-AGTAAATCC-ACTTTCC-T-TAC--TAT-CAATCCA-
gi|21 : CTACTTCG-AAA--CGATGTTGTG-A--GGAGA-AAATCCGTGTTCATTGTCCTTGTtgcaccta
gi|3 : TCC-------CAAGTAGACAGA-TAA----CTC--ATCAATTTGAAAG-TCAAATTTCACATTTAAA-AATATTGAT--A--AATTGTTTATT--TCTTTAAATGTTGTGATAT-GATTTTATCAAA-T-TTAGATTTGCAAACGTAAAAAA---GGTTCA---CA-TGATTTTATTCGA-TGAATGTAAAAGAAAGTATGAGGCTACTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGGTGGATCGATCGA-TAGCAT--AGAAAGTGA--AT-TT--ACTGAACC-AGG-AAG-CATTTC-------GAGGTG---GG--TGG-CAATAAAA-A---CATAATTCGAGAGCTAATTGA-AA---CGATGTTTTG-A---GGGA-AAATCCAT-TTCAT--TCCTTATGT
gi|4 : ACACACAGGGAATTAATCGGATTTTT-AC--TCA-A-AA-------CGT-CGA--T-T-CA---AAATAGCTA----------TGAAA---TTCTGCTTTT---A-TCG----AC-GCCCA--C-TAC-GA-TATTCTTC--C-TGG--TCC-ACTAATTTC-AATGTCT-A-TGC--CAT-TGATCTA-CA--ATA--AAGTA--ATCTCCATCGATG-TGTATAACTCAGAA-------TATTCGG--TAG-------------TTTTTTTTTTCTTTTTGCGACCTCTTTTC---GACTCATTCCATAGTT--TGTTTCC---GT--GGCC--ATGAAT----------AACGTCACTTCCTGTATCC-------CAGTTAAGC-----------------------TGAAAG-TAGAATATTGTGTTT--G-AATATTAGAA-A--AACAATTCATC--TCTTTGAATTTTGCGATGT-AGTTATACCAAA-TA-TAAATGTGCCAATGTAAGAAAA--GGTTTt
gi|5 : aaaATACA-AGGAA-TGAAACAGATTTT------TTA-A-AAGTAAAAACAT-CGA--T---CA---AAATAGCTC----------TGAAA---TTGTGTTTTT---A-TCG----TC-ACCCA--C-C-CCGA-AATGTTTC--C-TGG--T-CCATTAATTTC-GATACCT-A-TGT--CAT-TTATCTA-CC--------ATAG--NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNN--NNN-------------NNN------------------------NN---NNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNN---NN--NNNN--NNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNCCGGTATCC-------TAAGTAGACAGG-TAA----CTT--ATCACTTTTATAG-TCGAATTTCATATTT--G-AATATT-CCA-A--AAC--ATTATC--TCTTTAAATCTTGTGGAGC-GATTATATCAAA-TA-TAGATATGCTAACGCAAAAAAc
gi|6 : TGCTTTT---A-TCA----TC-ACCCA--C-C-C-CAGAATGCTTC--C-TGG--T-CCAGGAA---------TCT--------CAA-TAATCC-------T---CATCG--A----CGTGTATA-CA-ATAACCAAAAA-------TATTCTG--TAG-------------TTT------------------------TTCTGGAC-CATTTTTTGACTAATGTCCCCTGAGT--TGCC--ATG-------------AACGTCACTTTCAGTATCC-------CATGAAGAAAGA-TAATTAACTC--ACCACTTTGAATG-TCGAGTTTCATATTT--G-AATATTGATA-AACAACTTATTATC--TCTTTCAATATTGAGATGT-GATTATATCAAA-TA-TAGATATGCTAAC---AAAAACAAGGTTT
gi|7 : TTTTA-CT--TCA-A-A--------TGT-CGA--T-T-CA---AATTAGCTC----------TGTAA---TTTTGCTCTT---A-TCG----TC-ACCCAA-C-C-C-TG-GAC-CTTC--CGCGT--T-C-AGTATTTCC-AATATCT-A-TTC--CAT-TGATTGA-CCACAA---AAATA--ATCCTCAAGGACG-CATATAACCCAGAA-------TATTCAA--TAG-------------TTT------------------------TC---AACTCATTCCGTAGTT--TGTCTTC---GT--ATCC--ATGTAT----ACGTAAAACGTCACTTCCGGTATCC-------CAGGTAAGCAGA-TAA-----------CACTTTGAAAG-TC
gi|8 : ttGGTA----GATC---TGGCAT--A--TATCG---AAATT--ACTGGGCC-A-G-TAG-AAATCC-------GGGGT----GGGTTGATCGATGAAA-G---CAGAATTTCAGAG--ATTTTG-AAATTCGATGTTCTG-A--GTGG---AATCCCT-TTTA-----ATTGTGTttgtacagctatagacataacatacataaatgtgta
gi|8 : ccttattaaaaaaaAATTAAAAGGGATTCC-AC--TCAGA-A--------CAT-CGAATT-T-CA---AAAT--CTC----------TGAAA---TTCTGCTTTC---A-TCGA---TCAACCCA--C-C-C-CG-GAT--TTCTAC-TGGC-C-C-AGTAATTTCGA---TAT-A-TGC--CA---GATCTA-CCATAA---AAAGA--ATTCCCA--TCCGCCGTA-AACTCCGAA-------TATTCGGTTTAGTTTTTCGTGACCATTT------------------------TC---AGCTCATACCCTAGTT--TGataaaaagaattcccatccgccgtaaactccgaatattcggtttagtttttcgtgaccattttcagctcataccctagtttgagttccctcgcctagacacgtcac
gi|9 : ccttattaaaaaaaacacGGGAATGAAAATTGTTTTT-AC--TCA-A-A--------ACTACGA--T-T-CATATAAATAGCTAATTAATTTAATAAAAATATTCTGCTTTTTTCA-TCACAGTTC-ACCCA--CTC-C-CA-TGTTCTTT--C-TGA--T-CCAGTAATTTC-TCTTT---A-TTC--CAT-TGATCCA-CCACAA---AAATA--ATCTTCATCAACG-CCTGTAGC-------------TATTCAA--CAG-------------CTagttccctcgcctagacacgtcac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CACAAGGAAGGAAACGAAAAGAAGGTTTTTAAAACTTGAAACTCAGAATAGCATAAGTTCTTTTTTATCTTCACCAAAACTCACATTCATACTGATCCCCTAATTTTAATTTTAATGCAAATTTATCCACCACGAAATACCACCACTACCGCCATATAGAACCAGGGATATACGACAGCTCTTT
Alignments
lowQualScore : 1 1111111 1111 1111111111 1111 11111 3333 22 111 1111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222222222 1111111 222222222 1111 11111111 1 111 222222 1 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 11 333 11 2 2222222 3333 1 111 111
lowQualScore : 4 6 0000000 6666 5555 44 1 3 44 3 3 555 3 3333333333 444 2 444 2 7777 2 33 88 5 3333 2 6 33 2 55 66666 0000 1 2 5 55 2 0 33 2 11 2 666 33 2 44 2 88888888 11 8888888 33 33 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 555 7 55 4 55 9999999 2 1 6666666666 66 8888888 5 1 333333333 5 1111 11111111 44 99 1 6 1 1 6 5 1 2 666 777777 3 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7777 8 3 11 6 888 11 4 8 0 6666666 2 1111 3 0 777 2 6 6 6 222 6 99
lowQualScore : . . ....... .... .... .. . . .. . . ... . .......... ... . ... . .... . .. .. . .... . . .. . .. ..... .... . . . .. . . .. . .. . ... .. . .. . ........ .. ....... .. .. ...................................................... ... . .. . .. ....... . . .......... .. ....... . . ......... . .... ........ .. .. . . . . . . . . ... ...... . . ................................................................................................... .... . . .. . ... .. . . . ....... . .... . . ... . . . . ... . ..
lowQualScore : 0 8 8888888 5555 0000 22 9 1 22 1 1 444 1 5555555555 777 7 444 5 8888 5 44 44 0 6666 5 6 44 5 99 77777 2222 9 5 0 99 5 1 44 5 22 5 222 44 4 33 7 11111111 11 6666666 99 99 111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888 4 55 0 55 8888888 0 4 0000000000 99 6666666 7 4 777777777 7 2222 00000000 55 22 0 7 7 0 7 5 0 2 000 777777 3 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0000 0 2 00 0 000 00 0 0 8 0000000 0 2222 2 0 555 5 0 7 7 555 7 22
consensus : ACACA-AGGAAATGAAACG-------GATTT----TT----AC--TCAAAACGT-CGA--T-T-CA---AAATAGC-TC----------TGAAA---TT-CTGCTTTT---A-TCG----TC-ACC--CA--C-C-C-GA-AATGCTTC--C-TGG--T-C-A-GTAATTTC--A-TATCT-A-TGC--CAT-TGATCCA--CC-AT--A-AA---TA--ATCCTCATCGACG-CGTAT--A-----ACCCAGAA-------TATTC--GG--TAG--------------TTT------------------------T---C---G-ACTCA---TTCCNTAGTT--TG-TC--TC--C---GTNGCCATGGATACGNANAACGTC--ACTTCCGGTATCC-------CAAGTAGACAGA-TAA----CTC--ATCACTTTGAAAG-TCGAATTTCATATTT--G-AATATTGGTA-A--AACTGTTTATC--TCTTTAAATNTTGTG-ATGTGATTNTATCAAA-TATTAGATNTGCTAACGCGAAAAAC--GGTTTA-GC-A-TGATTTTATTCG-AT-GAATGTAAAAGAAAGTATATGACTACTGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGGTG----GATCGA-TAGCAT--AGAAAGTGG--ATTT--ACTGAACCAGGAAG-CATTTC-------GAGGT----GGTGACAAT-AAAG---CANAATTCGAGAGCTATTTTG-AA-CGATGTTTTG-AGGGGAAAATCCGT-TTCAT--TCCTTGTGT
Reference ( family-117 ) : ACACA-AGGAAATGAAACG-------GATTT----TT----AC--TCAAAACGT-CGA--T-T-CA---AAATAGC-TC----------TGAAA---TT-CTGCTTTT---A-TCG----TC-ACC--CA--C-C-C-GA-AATGCTTC--C-TGG--T-C-A-GTAATTTC--G-TNTCT-A-TGC--CAT-TGATCCA--CC-AT--A-AA---TA--ATCCTCATCGACG-CGTAT--A-----ACCCAGAA-------TATTC--GG--TAG--------------TTT------------------------T---C---G-ACTCA---TTCCGTAGTT--TG-TC--TC--C---GTAGCCATGNATACGNANAACGTC--ACTTCCGGTATCC-------CAAGTAGACAGA-TAA----CTC--ATCACTTTGAAAG-TCGAATTTCATATTT--G-AATATTGGTA-A--AACTGTTTATC--TCTTTAAATNTTGTG-ATGTGATTNTATCAAA-TATTAGATNTGCTAACGCGAAAAAC--GGTTTA-GC-A-TGATTTTATTCG-AT-GAATGTAAAAGAAAGTATATGACTACTGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGGTG----GATCGA-TAGCAT--AGAAAGCG---ATTT--ACTGAACCA-GAAG-CATTTC-------GGGGT----GGTGACAAT-AAAG---CAGAATTCGAGAGCTATTTTG-AA-CGATGTTTTG-AGGGGAAAATCCGT-TTCAT--TCCTTGTGT
gi|1 : ACACA-AGGAA-TGAAACG-------GATTT----TC----CCCTTCAAAACATTCGC--T-TTCA---AAATAGC-TC----------TCGAA---TT-ATGCTTTT---ATTTG----TC-ACC--CAACC-T-C-GA-AATGCTTC--C-TAGGTT-C-A-GTAAATCC--ACTTTCT-ATTGC--TAT-CGATCCATCCT-AT--ANNN---NN--NNNNNNNNNNNNN-NNNNN--N-----NNNNNNNN-------NNNNN--NN--NNN--------------NNN------------------------N---N---N-NNNNN---NNNNNNNNNN--NN-NN--NN--N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNATCCGGTATCCCAAGTAAACAGATTAAC---CTCATATCACTTTGAAAC-TCGAATTTCATATTT--GAAATAT--GCATA--AATTGTTTACCTTTCTTTAAATATTGTG-ATATGATTTTATCAAATTATTAGATTTGCTAACGCG-AAAAC--GGCTTACGC-A-TGATTTTATTCG-ATGGAATGTAAAAGAAAGTATATGACTAC
gi|1 : aG----GATCGAATAGCATCCAGAAAGTGCGGATTTTAACTGAACCA-GAAG-CATTTTCGACGGTGGGGTTGAGGGTGACAAA-AAAGAACCATAATTCGAGAGCTATTTTT-GA-CGATGTTTTGAAGGGGAAAATCCG--TGCAT--TCCTTGTGTcaagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattagcgggatcgaatagcatccagaaagtgcggattttaactgaaccagaagcattttcgacggtggggttgagggtgacaaaaaagaaccataattcgagagctatttttgacgatgttttgaaggggaaaatccgtgcattccttgtgtt
gi|10 : aacacaaggaatgaaacggattttccccttcaaaacattcgctttcaaaatagctctcgaattatgcttttatttgtcacccaacctcgaaatgcttcctaggttcagtaaatccactttctattgctatcgatccatcctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccggtatcccaagtaaacagattaacctcatatcactttgaaactcgaatttcatatttgaaatatgcataaattgtttacctttctttaaatattgtgatatgattttatcaaattattagatttgctaacgcgaaaacggcttacgcatgattttattcgatggaatgtaaaagaaagtatatgactaccaagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattagcgACA-AGGAA-TAAAACA-------GATTT----TT----AT--TCAAAACAT-CAA--T-T-CA---AAATAA---C----------TGAAA---TT-CTGCTATC---A-TCA----TC-ACC--CAT-C-C-T-TA-AATGCTTC--C-TGG--TCC-G-GTAATTTC--GATATCT-A-TGC--CAT-TGATCTA--CC-ATAAA-AA---TA--ATCTT--TC-------TAT--A-----ATCCAGAA-------CATTT--GG--TTG--------------TTT------------------------TATGC---G-AC-CACTTTTCAGCAAAT--T--TC--CCAGT---GTAGCCGTGAATAT-CAG-ACTTCCAAGTTCCGGTt
gi|11 : ACA-AG-AAATGGGACG-------GATTT----TTT---CC--TCAAAATGT-CAA--G-T-CT---AAATAGC-TC----------TGAAA---TT-CTGCTTTT---A-TCA----TC-ACA--CA--TTC-C-AA-AGTTCTTC--C-TGG--T-CCA-GTAATTTC--AATATCT-A-TGC--CAT-TGATCCG--CC-AT--A-AAAAATA--ATCCTCCTTGATG-AGAAT--A-----ACCCAGAA-------TATTC--GG--TAG--------------TTT------------------------G---C---A-GCCCA---TTCTCTAGTT--TG-TC--TC--T---GTAGCC
gi|12 : ACACA-AGGAA-TGAAATG-------GATTT----TT----AT--TCATTATGT-CGA--TCT-TA---AAATAGC-TC----------TGGAA-----------------A-TTG----T--------A--C-C-G-AA-AATGC-TC--C-TGA--T---------------A-TATCT-ATTGC--CTT-TGATCTG--CC-AT--A-AAAG-TA--ATCCT------TG-CGTATACA-----AGTCAGAATACCTGGTATTC--GG--TAG--------------TTT------------------------T---
gi|13 : aaCACA-AGGAAG-GAAACGAAAAGAAGGTTT----TTAAA-AC--TTGAAAC----------T-CA---GAATAGCAT-------------AAG---TT-CT-TTTTT---A-TCT----TC-ACCAAAA--C-T-C--A-CATTCATA--C-TGA--TCC-C-CTAATTTTA-A-TTTTA-A-TGCA-AAT-TTATCCA--CC-ACG-A-AA---TACCACCACTACCGCCA-TATAG--A-----ACCAGGGA-------TATAC--GA--CAG--------------CTC------------------------T---ttgcggcattttcttcaacttaaatccgagttt
gi|14 : ACA-AGGAA-TGAAATG-------GATTT----TT----AT--TCATTATGT-CGA--T-T-TA---AAATAGC-TC----------TGAAA---TT----------------G----T--------A--C-C-G-AA-AATGCTCC--C-TGA--T---------------A-TATCT-A-TGC--CTT-TGATCTG--CC-AT--A-AAG--TA--ATCCT------TG-CGTATACA-----AGTCAGAATACCTGGTATTC--GG--TAG--------------TTT------------------------TTTGC---G-GC-CA---TTtt
gi|15 : ---TT-CTGCTTTT---A-TCG----TC-AGC--CA--T-TTC-AA-AGTTCTTT--C-TGA--T-C-CTGT----------TATTT-A--GC--GAT-TGATTCT--CC-ATGAA-AA---TA--ATCCTCATCGACG-CATAT--A-----A-CCAGAA-------ACTTCGAGA--CAA--------------CTT------------------------T---CT--GTAC-CA---TCCC----TT--TG-TTGATC--C----TGATGATGGCCACAGACAATGTC--ACTTCCGtttcaacttaaatccg
gi|16 : acCACA-AGGAA-TGAAACG-------GATTTATAATT----AA--TGAAAACGT-CGA--T-T-CA---AAATAGC-TC----------CGAAA---TT-CTGCTTTT---G-TTG----TC-ACC--TA--C-C-CAAA-AATACTTC--C-GGG--TCC-A-GTAATATC--GATGTCT-A-TGC--CTT-TGATCTA--CC-ATA-A-AA---AA--ATTCTCAT
gi|17 : TG----GATTGA-TAG-AT--AGAAAGTGG--ATTT--ACTGAACCAGGAAGACA-TTC-------GATGT----AGTGAT-AT-AAAG---CTGAATTC--GGGCTA--TTG-AA-CAATGT-------GGGAA----CGT-TTCAT--TACTTGTGT
gi|18 : AAA---TTTCTGTTTTT---A-TAG----TC-ACC--CA--C-CTC-GA-AATTCCT---C-TGT--C-C-A-GTTGTTTT--A-TA-AT-A-TGCATCATGTG---CA--TC-ATC-A-AA---T---ATCCTCATCGACG-Ctgcacc
gi|19 : ATTCGAGAGCTATTTTGAAA-CGATGCTTTG-A-AGGAAAATCCGT-GTCAT--TCCTTGTa
gi|2 : agACACA-AGGAAATGAACAG-------GATTT----TC----CC--TCAAA-CAT-CGT--T-T-CA---AAATAGC-TC----------TCGAA---TT-CTGCTTTT---A-TTG----TC-ACC--CA--C-C-T-GA-AATGCTTC--C-TGG--T-C-A-GTAAATCC--ACTTTCTTA-TGC--TAT--GATCCA--CCTAT--N-NN---NN--NNNNNNNNNNNNN-NNNNN--N-----NNNNNNNN-------NNNNN--NN--NNN--------------NNN------------------------N---N---N-NNNNN---NNNNNNNNNN--NN-NN--NN--N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNCCGGTATCC-------CAAGTAAACAGA-T-A----CTC--ATCACTTTGAAAACTCGAATTTCATATTT--A-AATATTGGTA-A--AATTGTTTATT--TCTTTAAATATTGTGTATG-GATTTTATC-AA-TATTAGATTTGCTAACGCGAAAAAC--GGTTTA-GCTACTGATTTTATTCGAAT-GAATGTAAAAGAAAGTATATGACTAC--GGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGGTG----GATCGA-TAGCAT--AGAAAGTG---ATTT--ACTGAACCA-GAAG-CATTTC-------GAGGT----GGTGACAAT-AAAG---CAGAATTCGAGAGCTATTTTG-AA-CGATGTTTTG-AGGGGAAAATCCGT-TTCAT--TCCTTGTGTgttttta
gi|20 : TG----GATTGA-TAGTAA--GGAAAGTGG--ATTT--ACTGAACCAGGAAG-CATTTC-------G
gi|21 : CTACTTCG-AAACGATGTTGTG-AGGAGAAAATCCGTGTTCATTGTCCTTGTtgcaccta
gi|3 : TCC-------CAAGTAGACAGA-TAA----CTC--ATCAATTTGAAAG-TCAAATTTCACATTTAAA-AATATTGAT--A--AATTGTTTATT--TCTTTAAATGTTGTG-ATATGATTTTATCAAA-T-TTAGATTTGCAAACGTAAAAAA---GGTTCA--C-A-TGATTTTATTCG-AT-GAATGTAAAAGAAAGTATGAGGCTACTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGGTGGATCGATCGA-TAGCAT--AGAAAGTGA--ATTT--ACTGAACCAGGAAG-CATTTC-------GAGGTG---GGTGGCAATAAAAA---CATAATTCGAGAGCTAATTGA-AA-CGATGTTTTG-A-GGGAAAATCCAT-TTCAT--TCCTTATGT
gi|4 : ACACACAGGGAATTAATCG-------GATTT----TT----AC--TCAAAACGT-CGA--T-T-CA---AAATAGC-TA----------TGAAA---TT-CTGCTTTT---A-TCG----AC-GCC--CA--C-TAC-GA-TATTCTTC--C-TGG--TCC-A-CTAATTTCA-A-TGTCT-A-TGC--CAT-TGATCTA--CA-AT--A-AAG--TA--ATCTCCATCGATG-TGTAT--A-----ACTCAGAA-------TATTC--GG--TAG--------------TTTTTTTTTTCTTTTTGCGACCTCTTTT---C---G-ACTCA---TTCCATAGTT--TG-TT--TC--C---GTGGCCATGAAT------AACGTC--ACTTCCTGTATCC-------CAGTTAAGC-----------------------TGAAAG-TAGAATATTGTGTTT--G-AATATTAGAA-A--AACAATTCATC--TCTTTGAATTTTGCG-ATGTAGTTATACCAAA-TA-TAAATGTGCCAATGTAAGAAAA--GGTTTt
gi|5 : aaaATACA-AGGAA-TGAAACA-------GATTT----TTTAAAAG--TAAAAACAT-CGA--T---CA---AAATAGC-TC----------TGAAA---TT-GTGTTTTT---A-TCG----TC-ACC--CA--C-C-CCGA-AATGTTTC--C-TGG--T-CCA-TTAATTTC--GATACCT-A-TGT--CAT-TTATCTA--CC-AT--A-GN---NN--NNNNNNNNNNNNN-NNNNN--N-----NNNNNNNN-------NNNNN--NN--NNN--------------NNN------------------------N---N---N-NNNNN---NNNNNNNNNN--NN-NN--NN--N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NC---CGGTATCC-------TAAGTAGACAGG-TAA----CTT--ATCACTTTTATAG-TCGAATTTCATATTT--G-AATATT-CCA-A--AAC--ATTATC--TCTTTAAATCTTGTG-GAGCGATTATATCAAA-TA-TAGATATGCTAACGCAAAAAAc
gi|6 : TGCTTTT---A-TCA----TC-ACC--CA--C-C-C-CAGAATGCTTC--C-TGG--T-CCA-GGAATCTC---------------------------------------AA---TA--ATCCTCATCGACG-TGTAT--ACAATAACCAAAAA-------TATTC--TG--TAG--------------TTT------------------------T---TCTGG-AC-CA---TTTTTTGACTAATG-TC--CC--CTGAGTTGCCATG---------AACGTC--ACTTTCAGTATCC-------CATGAAGAAAGA-TAATTAACTC--ACCACTTTGAATG-TCGAGTTTCATATTT--G-AATATTGATA-AACAACTTATTATC--TCTTTCAATATTGAG-ATGTGATTATATCAAA-TA-TAGATATGCTAAC---AAAAACAAGGTTT
gi|7 : TTT----TT----AC--TTCAAATGT-CGA--T-T-CA---AATTAGC-TC----------TGTAA---TT-TTGCTCTT---A-TCG----TC-ACC--CAA-C-C-C-TG-GAC-CTTC--CGCGT--T-C-A-GTA-TTTCCAA-TATCT-A-TTC--CAT-TGATTGA--CC-AC--A-AAAA-TA--ATCCTCAAGGACG-CATAT--A-----ACCCAGAA-------TATTC--AA--TAG--------------TTT------------------------T---C---A-ACTCA---TTCCGTAGTT--TG-TC--TT--C---GTATCCATGTATACGTAAAACGTC--ACTTCCGGTATCC-------CAGGTAAGCAGA-TAA-----------CACTTTGAAAG-TC
gi|8 : tAATTAAAAG-------GGATT----CC----AC--TCAGAACAT-CGAATT-T-CA---AAAT--C-TC----------TGAAA---TT-CTGCTTTC---A-TCGA---TCAACC--CA--C-C-C-CG-GAT--TTCTAC-TGGC-C-C-A-GTAATTTC--G--ATAT-A-TGC--CA---GATCTA--CC-ATAAA-AA---GA--ATTCCCATC--CGCCGTA---A-----ACTCCGAA-------TATTC--GGTTTAGTTTTTCGTGACCA-TTT------------------------T---C---A-GCTCA---TACCCTAGTT--TGAGT--TC--C---CTCGCC-TAGACACGttgtacagctatagacataacatacataaatgtgta
gi|9 : ccttattaaaaaaaacacGGGAATGAAAAT-------TGTTT----TT----AC--TCAAAACTA-CGA--T-T-CATATAAATAGC-TAATTAATTTAATAAAAATATT-CTGCTTTTTTCA-TCACAGTTC-ACC--CA--CTC-C-CA-TGTTCTTT--C-TGA--T-CCA-GTAATTTC----TCTTT-A-TTC--CAT-TGATCCA--CC-ACAAA-AA---TA--ATCTTCATCAACG-CCTGT--A-----GC-------------TATTC--AA--CAGCTGTTTGTGACCGCTTT------------------------T---C---G-TCTCA---TTtcac
Alignments
lowQualScore : 1 1111111 1111 1111111111 1111 11111 11111 22 111 1111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 2222222222 1111111 222222222 1111 11111111 1 111 222222 1 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 11 11 11 3333333333333 1 111 111
lowQualScore : 4 6 0000000 6666 5555 44 1 3 44 3 3 555 3 3333333333 444 2 444 2 7777 2 33 88 5 3333 2 6 33 2 55 66666 77777 55 5 55 2 0 33 2 11 2 666 33 2 44 2 88888888 11 8888888 33 33 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 55 4 0 5555 1 1 6666666666 66 8888888 5 1 333333333 5 1111 11111111 44 99 1 6 1 1 6 5 1 2 666 777777 3 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7777 8 3 11 11 11 8 0 8 7777777777777 3 0 777 1 6 6 6 222 6 99
lowQualScore : . . ....... .... .... .. . . .. . . ... . .......... ... . ... . .... . .. .. . .... . . .. . .. ..... ..... .. . .. . . .. . .. . ... .. . .. . ........ .. ....... .. .. ...................................................... . .. . . .... . . .......... .. ....... . . ......... . .... ........ .. .. . . . . . . . . ... ...... . . ................................................................................................... .... . . .. .. .. . . . ............. . . ... . . . . ... . ..
lowQualScore : 0 8 8888888 5555 0000 22 9 1 22 1 1 444 1 5555555555 777 7 444 5 8888 5 44 44 0 6666 5 6 44 5 99 77777 66666 99 0 99 5 1 44 5 22 5 222 44 4 33 7 11111111 11 6666666 99 99 111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 55 0 4 5555 0 4 2222222222 99 6666666 7 4 777777777 7 2222 00000000 55 22 0 7 7 0 7 5 0 2 000 777777 3 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0000 0 2 00 00 00 0 8 0 2222222222222 2 0 555 0 0 7 7 555 7 22
consensus : ACACA-AGGAAATGAAACG-------GATTT----TT----AC--TCAAAACGT-CGA--T-T-CA---AAATAGC-TC----------TGAAA---TT-CTGCTTTT---A-TCG----TC-ACC--CA--C-C-C-GA-AATGCTTC--C-TGG--T-C-A-GTAATTTC--A-TATCT--A-TGC--CAT-TGATCCA--CC-AT--A-AA---TA--ATCCTCATCGACG-CGTAT--A-----ACCCAGAA-------TATTC--GG--TAG--------------TTT------------------------T---C---G-ACTCATTCCNTAGTT--TG-TCTCC----GTNGCCATGGATACGNANAACGTC--ACTTCCGGTATCC-------CAAGTAGACAGA-TAA----CTC--ATCACTTTGAAAG-TCGAATTTCATATTT--G-AATATTGGTA-A--AACTGTTTATC--TCTTTAAATNTTGTG-ATGTGATTNTATCAAA-TATTAGATNTGCTAACGCGAAAAAC--GGTTTA-GC-A-TGATTTTATTCG-AT-GAATGTAAAAGAAAGTATATGACTACTGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGGTG----GATCGA-TAGCAT--AGAAAGTG--GATTT--ACTGAACCAGGAAG-CATTT-CGA------GGT----GGTGACAAT-AAAG---CANAATTCGAGAGCTATTTTG-AA-CGATGTTTTG-AGGGGAAAATCCGT-TTCAT--TCCTTGTGT
Reference ( family-117 ) : ACACA-AGGAAATGAAACG-------GATTT----TT----AC--TCAAAACGT-CGA--T-T-CA---AAATAGC-TC----------TGAAA---TT-CTGCTTTT---A-TCG----TC-ACC--CA--C-C-C-GA-AATGCTTC--C-TGG--T-C-A-GTAATTTC--A-TATCT--A-TGC--CAT-TGATCCA--CC-AT--A-AA---TA--ATCCTCATCGACG-CGTAT--A-----ACCCAGAA-------TATTC--GG--TAG--------------TTT------------------------T---C---G-ACTCATTCCNTAGTT--TG-TCTCC----GTNGCCATGGATACGNANAACGTC--ACTTCCGGTATCC-------CAAGTAGACAGA-TAA----CTC--ATCACTTTGAAAG-TCGAATTTCATATTT--G-AATATTGGTA-A--AACTGTTTATC--TCTTTAAATNTTGTG-ATGTGATTNTATCAAA-TATTAGATNTGCTAACGCGAAAAAC--GGTTTA-GC-A-TGATTTTATTCG-AT-GAATGTAAAAGAAAGTATATGACTACTGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGGTG----GATCGA-TAGCAT--AGAAAGTG--GATTT--ACTGAACCAGGAAG-CATTT-CGA------GGT----GGTGACAAT-AAAG---CANAATTCGAGAGCTATTTTG-AA-CGATGTTTTG-AGGGGAAAATCCGT-TTCAT--TCCTTGTGT
gi|1 : ACACA-AGGAA-TGAAACG-------GATTT----TC----CCCTTCAAAACATTCGC--T-TTCA---AAATAGC-TC----------TCGAA---TT-ATGCTTTT---ATTTG----TC-ACC--CAACC-T-C-GA-AATGCTTC--C-TAGGTT-C-A-GTAAATCC--ACTTTCT--ATTGC--TAT-CGATCCATCCT-AT--ANNN---NN--NNNNNNNNNNNNN-NNNNN--N-----NNNNNNNN-------NNNNN--NN--NNN--------------NNN------------------------N---N---N-NNNNNNNNNNNNNNN--NN-NNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNATCCGGTATCCCAAGTAAACAGATTAAC---CTCATATCACTTTGAAAC-TCGAATTTCATATTT--GAAATAT--GCATA--AATTGTTTACCTTTCTTTAAATATTGTG-ATATGATTTTATCAAATTATTAGATTTGCTAACGCG-AAAAC--GGCTTACGC-A-TGATTTTATTCG-ATGGAATGTAAAAGAAAGTATATGACTAC
gi|1 : aG----GATCGAATAGCATCCAGAAAGTGCGGATTTTAACTGAACCAG-AAG-CATTTTCGACGGTGGGGTTGAGGGTGACAAA-AAAGAACCATAATTCGAGAGCTATTTTT-GA-CGATGTTTTGAAGGGGAAAATCCG--TGCAT--TCCTTGTGTcaagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattagcgggatcgaatagcatccagaaagtgcggattttaactgaaccagaagcattttcgacggtggggttgagggtgacaaaaaagaaccataattcgagagctatttttgacgatgttttgaaggggaaaatccgtgcattccttgtgtt
gi|10 : aacacaaggaatgaaacggattttccccttcaaaacattcgctttcaaaatagctctcgaattatgcttttatttgtcacccaacctcgaaatgcttcctaggttcagtaaatccactttctattgctatcgatccatcctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccggtatcccaagtaaacagattaacctcatatcactttgaaactcgaatttcatatttgaaatatgcataaattgtttacctttctttaaatattgtgatatgattttatcaaattattagatttgctaacgcgaaaacggcttacgcatgattttattcgatggaatgtaaaagaaagtatatgactaccaagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattagcgACA-AGGAA-TAAAACA-------GATTT----TT----AT--TCAAAACAT-CAA--T-T-CA---AAATAA---C----------TGAAA---TT-CTGCTATC---A-TCA----TC-ACC--CAT-C-C-T-TA-AATGCTTC--C-TGG--TCC-G-GTAATTTCG-A-TATCT--A-TGC--CAT-TGATCTA--CC-ATAAA-AA---TA--ATCTT--TC-------TAT--A-----ATCCAGAA-------CATTT--GG--TTG--------------TTT------------------------TATGC---G-AC-CACTTTTCAGCA--AA-TTTCCCAGTGTAGCCGTGAATAT-CAG-ACTTCCAAGTTCCGGTt
gi|11 : ACA-AG-AAATGGGACG-------GATTT----TTT---CC--TCAAAATGT-CAA--G-T-CT---AAATAGC-TC----------TGAAA---TT-CTGCTTTT---A-TCA----TC-ACA--CA--TTC-C-AA-AGTTCTTC--C-TGG--T-CCA-GTAATTTC--AATATCT--A-TGC--CAT-TGATCCG--CC-AT--A-AAAAATA--ATCCTCCTTGATG-AGAAT--A-----ACCCAGAA-------TATTC--GG--TAG--------------TTT------------------------G---C---A-GCCCATTCTCTAGTT--TG-TCTCT----GTAGCC
gi|12 : ACACA-AGGAA-TGAAATG-------GATTT----TT----AT--TCATTATGT-CGA--TCT-TA---AAATAGC-TC----------TGGAA-----------------A-TTG----T--------A--C-C-G-AA-AATGC-TC--C-TGA--T---------------A-TATCT--ATTGC--CTT-TGATCTG--CC-AT--A-AAAG-TA--ATCCT------TG-CGTATACA-----AGTCAGAATACCTGGTATTC--GG--TAG--------------TTT------------------------T---
gi|13 : aaCACA-AGGAAG-GAAACGAAAAGAAGGTTT----TTAAA-AC--TTGAAAC----------T-CA---GAATAGCAT-------------AAG---TT-CT-TTTTT---A-TCT----TC-ACCAAAA--C-T-C--A-CATTCATA--C-TGA--TCC-C-CTAATTTT--A--ATTTTAA-TGCA-AAT-TTATCCA--CC-ACG-A-AA---TACCACCACTACCGCCA-TATAG--A-----ACCAGGGA-------TATAC--GA--CAG--------------CTC------------------------T---ttgcggcattttcttcaacttaaatccgagttt
gi|14 : ACA-AGGAA-TGAAATG-------GATTT----TT----AT--TCATTATGT-CGA--T-T-TA---AAATAGC-TC----------TGAAA---TT----------------G----T--------A--C-C-G-AA-AATGCTCC--C-TGA--T---------------A-TATCT--A-TGC--CTT-TGATCTG--CC-AT--A-AAG--TA--ATCCT------TG-CGTATACA-----AGTCAGAATACCTGGTATTC--GG--TAG--------------TTT------------------------TTTGC---G-GC-CATTtt
gi|15 : ---TT-CTGCTTTT---A-TCG----TC-AGC--CA--T-TTC-AA-AGTTCTTT--C-TGA--T-C-CTGT----------TATTT--A--GC--GAT-TGATTCT--CC-ATGAA-AA---TA--ATCCTCATCGACG-CATAT--A-----A-CCAGAA-------ACTTCGAGA--CAA--------------CTT------------------------T---CT--GTAC-CATCCCTTTGTT--GA-TC-CT----GATG--ATGGCCACAGACAATGTC--ACTTCCGtttcaacttaaatccg
gi|16 : acCACA-AGGAA-TGAAACG-------GATTTATAATT----AA--TGAAAACGT-CGA--T-T-CA---AAATAGC-TC----------CGAAA---TT-CTGCTTTT---G-TTG----TC-ACC--TA--C-C-CAAA-AATACTTC--C-GGG--TCC-A-GTAATATCG-A-TGTCT--A-TGC--CTT-TGATCTA--CC-ATA-A-AA---AA--ATTCTCAT
gi|17 : TG----GATTGA-TAG-AT--AGAAAGTG--GATTT--ACTGAACCAGGAAGACA-TT-CGA------TGT----AGTGAT-AT-AAAG---CTGAATTC--GGGCTA--TTG-AA-CAATGT-------GGGAA----CGT-TTCAT--TACTTGTGT
gi|18 : AAA---TTTCTGTTTTT---A-TAG----TC-ACC--CA--C-CTC-GA-AATTCCT---C-TGT--C-C-A-GTTGTTTT--A-TA-AT--A-TGCATCATGTG---CA--TC-ATC-A-AA---T---ATCCTCATCGACG-Ctgcacc
gi|19 : ATTCGAGAGCTATTTTGAAA-CGATGCTTTG-A-AGGAAAATCCGT-GTCAT--TCCTTGTa
gi|2 : agACACA-AGGAAATGAACAG-------GATTT----TC----CC--TCAAA-CAT-CGT--T-T-CA---AAATAGC-TC----------TCGAA---TT-CTGCTTTT---A-TTG----TC-ACC--CA--C-C-T-GA-AATGCTTC--C-TGG--T-C-A-GTAAATCC--ACTTTCTT-A-TGC--TAT--GATCCA--CCTAT--N-NN---NN--NNNNNNNNNNNNN-NNNNN--N-----NNNNNNNN-------NNNNN--NN--NNN--------------NNN------------------------N---N---N-NNNNNNNNNNNNNNN--NN-NNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNCCGGTATCC-------CAAGTAAACAGA-T-A----CTC--ATCACTTTGAAAACTCGAATTTCATATTT--A-AATATTGGTA-A--AATTGTTTATT--TCTTTAAATATTGTGTATG-GATTTTATC-AA-TATTAGATTTGCTAACGCGAAAAAC--GGTTTA-GCTACTGATTTTATTCGAAT-GAATGTAAAAGAAAGTATATGACTAC--GGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGGTG----GATCGA-TAGCAT--AGAAAGT---GATTT--ACTGAACCA-GAAG-CATTT-CGA------GGT----GGTGACAAT-AAAG---CAGAATTCGAGAGCTATTTTG-AA-CGATGTTTTG-AGGGGAAAATCCGT-TTCAT--TCCTTGTGTgttttta
gi|20 : TG----GATTGA-TAGTAA--GGAAAGTG--GATTT--ACTGAACCAGGAAG-CATTT-CG
gi|21 : CTACTTCG-AAACGATGTTGTG-AGGAGAAAATCCGTGTTCATTGTCCTTGTtgcaccta
gi|3 : TCC-------CAAGTAGACAGA-TAA----CTC--ATCAATTTGAAAG-TCAAATTTCACATTTAAA-AATATTGAT--A--AATTGTTTATT--TCTTTAAATGTTGTG-ATATGATTTTATCAAA-T-TTAGATTTGCAAACGTAAAAAA---GGTTCA--C-A-TGATTTTATTCG-AT-GAATGTAAAAGAAAGTATGAGGCTACTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGGTGGATCGATCGA-TAGCAT--AGAAAGTG--AATTT--ACTGAACCAGGAAG-CATTT-CGA------GGTG---GGTGGCAATAAAAA---CATAATTCGAGAGCTAATTGA-AA-CGATGTTTTG-A-GGGAAAATCCAT-TTCAT--TCCTTATGT
gi|4 : ACACACAGGGAATTAATCG-------GATTT----TT----AC--TCAAAACGT-CGA--T-T-CA---AAATAGC-TA----------TGAAA---TT-CTGCTTTT---A-TCG----AC-GCC--CA--C-TAC-GA-TATTCTTC--C-TGG--TCC-A-CTAATTTCA-A-TGTCT--A-TGC--CAT-TGATCTA--CA-AT--A-AAG--TA--ATCTCCATCGATG-TGTAT--A-----ACTCAGAA-------TATTC--GG--TAG--------------TTTTTTTTTTCTTTTTGCGACCTCTTTT---C---G-ACTCATTCCATAGTT--TG-TTTCC----GTGGCCATGAAT------AACGTC--ACTTCCTGTATCC-------CAGTTAAGC-----------------------TGAAAG-TAGAATATTGTGTTT--G-AATATTAGAA-A--AACAATTCATC--TCTTTGAATTTTGCG-ATGTAGTTATACCAAA-TA-TAAATGTGCCAATGTAAGAAAA--GGTTTt
gi|5 : aaaATACA-AGGAA-TGAAACA-------GATTT----TTTAAAAG--TAAAAACAT-CGA--T---CA---AAATAGC-TC----------TGAAA---TT-GTGTTTTT---A-TCG----TC-ACC--CA--C-C-CCGA-AATGTTTC--C-TGG--T-CCA-TTAATTTCG-A-TACCT--A-TGT--CAT-TTATCTA--CC-AT--A-GN---NN--NNNNNNNNNNNNN-NNNNN--N-----NNNNNNNN-------NNNNN--NN--NNN--------------NNN------------------------N---N---N-NNNNNNNNNNNNNNN--NN-NNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NC---CGGTATCC-------TAAGTAGACAGG-TAA----CTT--ATCACTTTTATAG-TCGAATTTCATATTT--G-AATATT-CCA-A--AAC--ATTATC--TCTTTAAATCTTGTG-GAGCGATTATATCAAA-TA-TAGATATGCTAACGCAAAAAAc
gi|6 : TGCTTTT---A-TCA----TC-ACC--CA--C-C-C-CAGAATGCTTC--C-TGG--T-CCA-GGAATCTC--A--------------------------------------A---TA--ATCCTCATCGACG-TGTAT--ACAATAACCAAAAA-------TATTC--TG--TAG--------------TTT------------------------T---TCTGG-AC-CATTTTTTGACTAATG-TCCCCTGA-GTTGCCATG---------AACGTC--ACTTTCAGTATCC-------CATGAAGAAAGA-TAATTAACTC--ACCACTTTGAATG-TCGAGTTTCATATTT--G-AATATTGATA-AACAACTTATTATC--TCTTTCAATATTGAG-ATGTGATTATATCAAA-TA-TAGATATGCTAAC---AAAAACAAGGTTT
gi|7 : TTT----TT----AC--TTCAAATGT-CGA--T-T-CA---AATTAGC-TC----------TGTAA---TT-TTGCTCTT---A-TCG----TC-ACC--CAA-C-C-C-TG-GAC-CTTC--CGCGT--T-C-A-GTA-TTTCCAA-TATCT--A-TTC--CAT-TGATTGA--CC-AC--A-AAAA-TA--ATCCTCAAGGACG-CATAT--A-----ACCCAGAA-------TATTC--AA--TAG--------------TTT------------------------T---C---A-ACTCATTCCGTAGTT--TG-TCTTC----GTATCCATGTATACGTAAAACGTC--ACTTCCGGTATCC-------CAGGTAAGCAGA-TAA-----------CACTTTGAAAG-TC
gi|8 : tAATTAAAAG-------GGATT----CC----AC--TCAGAACAT-CGAATT-T-CA---AAAT--C-TC----------TGAAA---TT-CTGCTTTC---A-TCGA---TCAACC--CA--C-C-C-CG-GAT--TTCTAC-TGGC-C-C-A-GTAATTTC--G--ATAT--A-TGC--CA---GATCTA--CC-ATAAA-AA---GA--ATTCCCATC--CGCCGTA---A-----ACTCCGAA-------TATTC--GGTTTAGTTTTTCGTGACCA-TTT------------------------T---C---A-GCTCATACCCTAGTT--TGAGTTCC----CTCGCC-TAGACACGttgtacagctatagacataacatacataaatgtgta
gi|9 : ccttattaaaaaaaacacGGGAATGAAAAT-------TGTTT----TT----AC--TCAAAACTA-CGA--T-T-CATATAAATAGC-TAATTAATTTAATAAAAATATT-CTGCTTTTTTCA-TCACAGTTC-ACC--CA--CTC-C-CA-TGTTCTTT--C-TGA--T-CCA-GTAATTTC----TCTTT--A-TTC--CAT-TGATCCA--CC-ACAAA-AA---TA--ATCTTCATCAACG-CCTGT--A-----GC-------------TATTC--AA--CAGCTGTTTGTGACCGCTTT------------------------T---C---G-TCTCATTtcac
Alignments
lowQualScore : 1 1111111 1111 1111111111 1111 11111 11111 22 111 1111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 2222222222 1111111 222222222 1111 11111111 1 111 222222 1 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 11 11 11 3333333333333 1 111 111
lowQualScore : 4 6 0000000 6666 5555 44 1 3 44 3 3 555 3 3333333333 444 2 444 2 7777 2 33 88 5 3333 2 6 33 2 55 66666 77777 55 5 55 2 0 33 2 11 2 666 33 2 44 2 88888888 11 8888888 33 33 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 55 4 0 5555 1 1 6666666666 66 8888888 5 1 333333333 5 1111 11111111 44 99 1 6 1 1 6 5 1 2 666 777777 3 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7777 8 3 11 11 11 8 0 8 7777777777777 3 0 777 1 6 6 6 222 6 99
lowQualScore : . . ....... .... .... .. . . .. . . ... . .......... ... . ... . .... . .. .. . .... . . .. . .. ..... ..... .. . .. . . .. . .. . ... .. . .. . ........ .. ....... .. .. ...................................................... . .. . . .... . . .......... .. ....... . . ......... . .... ........ .. .. . . . . . . . . ... ...... . . ................................................................................................... .... . . .. .. .. . . . ............. . . ... . . . . ... . ..
lowQualScore : 0 8 8888888 5555 0000 22 9 1 22 1 1 444 1 5555555555 777 7 444 5 8888 5 44 44 0 6666 5 6 44 5 99 77777 66666 99 0 99 5 1 44 5 22 5 222 44 4 33 7 11111111 11 6666666 99 99 111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 55 0 4 5555 0 4 2222222222 99 6666666 7 4 777777777 7 2222 00000000 55 22 0 7 7 0 7 5 0 2 000 777777 3 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0000 0 2 00 00 00 0 8 0 2222222222222 2 0 555 0 0 7 7 555 7 22
consensus : ACACA-AGGAAATGAAACG-------GATTT----TT----AC--TCAAAACGT-CGA--T-T-CA---AAATAGC-TC----------TGAAA---TT-CTGCTTTT---A-TCG----TC-ACC--CA--C-C-C-GA-AATGCTTC--C-TGG--T-C-A-GTAATTTC--A-TATCT--A-TGC--CAT-TGATCCA--CC-AT--A-AA---TA--ATCCTCATCGACG-CGTAT--A-----ACCCAGAA-------TATTC--GG--TAG--------------TTT------------------------T---C---G-ACTCATTCCNTAGTT--TG-TCTCC----GTNGCCATGGATACGNANAACGTC--ACTTCCGGTATCC-------CAAGTAGACAGA-TAA----CTC--ATCACTTTGAAAG-TCGAATTTCATATTT--G-AATATTGGTA-A--AACTGTTTATC--TCTTTAAATNTTGTG-ATGTGATTNTATCAAA-TATTAGATNTGCTAACGCGAAAAAC--GGTTTA-GC-A-TGATTTTATTCG-AT-GAATGTAAAAGAAAGTATATGACTACTGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGGTG----GATCGA-TAGCAT--AGAAAGTG--GATTT--ACTGAACCAGGAAG-CATTT-CGA------GGT----GGTGACAAT-AAAG---CANAATTCGAGAGCTATTTTG-AA-CGATGTTTTG-AGGGGAAAATCCGT-TTCAT--TCCTTGTGT
Reference ( family-117 ) : ACACA-AGGAAATGAAACG-------GATTT----TT----AC--TCAAAACGT-CGA--T-T-CA---AAATAGC-TC----------TGAAA---TT-CTGCTTTT---A-TCG----TC-ACC--CA--C-C-C-GA-AATGCTTC--C-TGG--T-C-A-GTAATTTC--A-TATCT--A-TGC--CAT-TGATCCA--CC-AT--A-AA---TA--ATCCTCATCGACG-CGTAT--A-----ACCCAGAA-------TATTC--GG--TAG--------------TTT------------------------T---C---G-ACTCATTCCNTAGTT--TG-TCTCC----GTNGCCATGGATACGNANAACGTC--ACTTCCGGTATCC-------CAAGTAGACAGA-TAA----CTC--ATCACTTTGAAAG-TCGAATTTCATATTT--G-AATATTGGTA-A--AACTGTTTATC--TCTTTAAATNTTGTG-ATGTGATTNTATCAAA-TATTAGATNTGCTAACGCGAAAAAC--GGTTTA-GC-A-TGATTTTATTCG-AT-GAATGTAAAAGAAAGTATATGACTACTGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGGTG----GATCGA-TAGCAT--AGAAAGTG--GATTT--ACTGAACCAGGAAG-CATTT-CGA------GGT----GGTGACAAT-AAAG---CANAATTCGAGAGCTATTTTG-AA-CGATGTTTTG-AGGGGAAAATCCGT-TTCAT--TCCTTGTGT
gi|1 : ACACA-AGGAA-TGAAACG-------GATTT----TC----CCCTTCAAAACATTCGC--T-TTCA---AAATAGC-TC----------TCGAA---TT-ATGCTTTT---ATTTG----TC-ACC--CAACC-T-C-GA-AATGCTTC--C-TAGGTT-C-A-GTAAATCC--ACTTTCT--ATTGC--TAT-CGATCCATCCT-AT--ANNN---NN--NNNNNNNNNNNNN-NNNNN--N-----NNNNNNNN-------NNNNN--NN--NNN--------------NNN------------------------N---N---N-NNNNNNNNNNNNNNN--NN-NNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNATCCGGTATCCCAAGTAAACAGATTAAC---CTCATATCACTTTGAAAC-TCGAATTTCATATTT--GAAATAT--GCATA--AATTGTTTACCTTTCTTTAAATATTGTG-ATATGATTTTATCAAATTATTAGATTTGCTAACGCG-AAAAC--GGCTTACGC-A-TGATTTTATTCG-ATGGAATGTAAAAGAAAGTATATGACTAC
gi|1 : aG----GATCGAATAGCATCCAGAAAGTGCGGATTTTAACTGAACCAG-AAG-CATTTTCGACGGTGGGGTTGAGGGTGACAAA-AAAGAACCATAATTCGAGAGCTATTTTT-GA-CGATGTTTTGAAGGGGAAAATCCG--TGCAT--TCCTTGTGTcaagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattagcgggatcgaatagcatccagaaagtgcggattttaactgaaccagaagcattttcgacggtggggttgagggtgacaaaaaagaaccataattcgagagctatttttgacgatgttttgaaggggaaaatccgtgcattccttgtgtt
gi|10 : aacacaaggaatgaaacggattttccccttcaaaacattcgctttcaaaatagctctcgaattatgcttttatttgtcacccaacctcgaaatgcttcctaggttcagtaaatccactttctattgctatcgatccatcctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccggtatcccaagtaaacagattaacctcatatcactttgaaactcgaatttcatatttgaaatatgcataaattgtttacctttctttaaatattgtgatatgattttatcaaattattagatttgctaacgcgaaaacggcttacgcatgattttattcgatggaatgtaaaagaaagtatatgactaccaagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattagcgACA-AGGAA-TAAAACA-------GATTT----TT----AT--TCAAAACAT-CAA--T-T-CA---AAATAA---C----------TGAAA---TT-CTGCTATC---A-TCA----TC-ACC--CAT-C-C-T-TA-AATGCTTC--C-TGG--TCC-G-GTAATTTCG-A-TATCT--A-TGC--CAT-TGATCTA--CC-ATAAA-AA---TA--ATCTT--TC-------TAT--A-----ATCCAGAA-------CATTT--GG--TTG--------------TTT------------------------TATGC---G-AC-CACTTTTCAGCA--AA-TTTCCCAGTGTAGCCGTGAATAT-CAG-ACTTCCAAGTTCCGGTt
gi|11 : ACA-AG-AAATGGGACG-------GATTT----TTT---CC--TCAAAATGT-CAA--G-T-CT---AAATAGC-TC----------TGAAA---TT-CTGCTTTT---A-TCA----TC-ACA--CA--TTC-C-AA-AGTTCTTC--C-TGG--T-CCA-GTAATTTC--AATATCT--A-TGC--CAT-TGATCCG--CC-AT--A-AAAAATA--ATCCTCCTTGATG-AGAAT--A-----ACCCAGAA-------TATTC--GG--TAG--------------TTT------------------------G---C---A-GCCCATTCTCTAGTT--TG-TCTCT----GTAGCC
gi|12 : ACACA-AGGAA-TGAAATG-------GATTT----TT----AT--TCATTATGT-CGA--TCT-TA---AAATAGC-TC----------TGGAA-----------------A-TTG----T--------A--C-C-G-AA-AATGC-TC--C-TGA--T---------------A-TATCT--ATTGC--CTT-TGATCTG--CC-AT--A-AAAG-TA--ATCCT------TG-CGTATACA-----AGTCAGAATACCTGGTATTC--GG--TAG--------------TTT------------------------T---
gi|13 : aaCACA-AGGAAG-GAAACGAAAAGAAGGTTT----TTAAA-AC--TTGAAAC----------T-CA---GAATAGCAT-------------AAG---TT-CT-TTTTT---A-TCT----TC-ACCAAAA--C-T-C--A-CATTCATA--C-TGA--TCC-C-CTAATTTT--A--ATTTTAA-TGCA-AAT-TTATCCA--CC-ACG-A-AA---TACCACCACTACCGCCA-TATAG--A-----ACCAGGGA-------TATAC--GA--CAG--------------CTC------------------------T---ttgcggcattttcttcaacttaaatccgagttt
gi|14 : ACA-AGGAA-TGAAATG-------GATTT----TT----AT--TCATTATGT-CGA--T-T-TA---AAATAGC-TC----------TGAAA---TT----------------G----T--------A--C-C-G-AA-AATGCTCC--C-TGA--T---------------A-TATCT--A-TGC--CTT-TGATCTG--CC-AT--A-AAG--TA--ATCCT------TG-CGTATACA-----AGTCAGAATACCTGGTATTC--GG--TAG--------------TTT------------------------TTTGC---G-GC-CATTtt
gi|15 : ---TT-CTGCTTTT---A-TCG----TC-AGC--CA--T-TTC-AA-AGTTCTTT--C-TGA--T-C-CTGT----------TATTT--A--GC--GAT-TGATTCT--CC-ATGAA-AA---TA--ATCCTCATCGACG-CATAT--A-----A-CCAGAA-------ACTTCGAGA--CAA--------------CTT------------------------T---CT--GTAC-CATCCCTTTGTT--GA-TC-CT----GATG--ATGGCCACAGACAATGTC--ACTTCCGtttcaacttaaatccg
gi|16 : acCACA-AGGAA-TGAAACG-------GATTTATAATT----AA--TGAAAACGT-CGA--T-T-CA---AAATAGC-TC----------CGAAA---TT-CTGCTTTT---G-TTG----TC-ACC--TA--C-C-CAAA-AATACTTC--C-GGG--TCC-A-GTAATATCG-A-TGTCT--A-TGC--CTT-TGATCTA--CC-ATA-A-AA---AA--ATTCTCAT
gi|17 : TG----GATTGA-TAG-AT--AGAAAGTG--GATTT--ACTGAACCAGGAAGACA-TT-CGA------TGT----AGTGAT-AT-AAAG---CTGAATTC--GGGCTA--TTG-AA-CAATGT-------GGGAA----CGT-TTCAT--TACTTGTGT
gi|18 : AAA---TTTCTGTTTTT---A-TAG----TC-ACC--CA--C-CTC-GA-AATTCCT---C-TGT--C-C-A-GTTGTTTT--A-TA-AT--A-TGCATCATGTG---CA--TC-ATC-A-AA---T---ATCCTCATCGACG-Ctgcacc
gi|19 : ATTCGAGAGCTATTTTGAAA-CGATGCTTTG-A-AGGAAAATCCGT-GTCAT--TCCTTGTa
gi|2 : agACACA-AGGAAATGAACAG-------GATTT----TC----CC--TCAAA-CAT-CGT--T-T-CA---AAATAGC-TC----------TCGAA---TT-CTGCTTTT---A-TTG----TC-ACC--CA--C-C-T-GA-AATGCTTC--C-TGG--T-C-A-GTAAATCC--ACTTTCTT-A-TGC--TAT--GATCCA--CCTAT--N-NN---NN--NNNNNNNNNNNNN-NNNNN--N-----NNNNNNNN-------NNNNN--NN--NNN--------------NNN------------------------N---N---N-NNNNNNNNNNNNNNN--NN-NNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNCCGGTATCC-------CAAGTAAACAGA-T-A----CTC--ATCACTTTGAAAACTCGAATTTCATATTT--A-AATATTGGTA-A--AATTGTTTATT--TCTTTAAATATTGTGTATG-GATTTTATC-AA-TATTAGATTTGCTAACGCGAAAAAC--GGTTTA-GCTACTGATTTTATTCGAAT-GAATGTAAAAGAAAGTATATGACTAC--GGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGGTG----GATCGA-TAGCAT--AGAAAGT---GATTT--ACTGAACCA-GAAG-CATTT-CGA------GGT----GGTGACAAT-AAAG---CAGAATTCGAGAGCTATTTTG-AA-CGATGTTTTG-AGGGGAAAATCCGT-TTCAT--TCCTTGTGTgttttta
gi|20 : TG----GATTGA-TAGTAA--GGAAAGTG--GATTT--ACTGAACCAGGAAG-CATTT-CG
gi|21 : CTACTTCG-AAACGATGTTGTG-AGGAGAAAATCCGTGTTCATTGTCCTTGTtgcaccta
gi|3 : TCC-------CAAGTAGACAGA-TAA----CTC--ATCAATTTGAAAG-TCAAATTTCACATTTAAA-AATATTGAT--A--AATTGTTTATT--TCTTTAAATGTTGTG-ATATGATTTTATCAAA-T-TTAGATTTGCAAACGTAAAAAA---GGTTCA--C-A-TGATTTTATTCG-AT-GAATGTAAAAGAAAGTATGAGGCTACTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGGTGGATCGATCGA-TAGCAT--AGAAAGTG--AATTT--ACTGAACCAGGAAG-CATTT-CGA------GGTG---GGTGGCAATAAAAA---CATAATTCGAGAGCTAATTGA-AA-CGATGTTTTG-A-GGGAAAATCCAT-TTCAT--TCCTTATGT
gi|4 : ACACACAGGGAATTAATCG-------GATTT----TT----AC--TCAAAACGT-CGA--T-T-CA---AAATAGC-TA----------TGAAA---TT-CTGCTTTT---A-TCG----AC-GCC--CA--C-TAC-GA-TATTCTTC--C-TGG--TCC-A-CTAATTTCA-A-TGTCT--A-TGC--CAT-TGATCTA--CA-AT--A-AAG--TA--ATCTCCATCGATG-TGTAT--A-----ACTCAGAA-------TATTC--GG--TAG--------------TTTTTTTTTTCTTTTTGCGACCTCTTTT---C---G-ACTCATTCCATAGTT--TG-TTTCC----GTGGCCATGAAT------AACGTC--ACTTCCTGTATCC-------CAGTTAAGC-----------------------TGAAAG-TAGAATATTGTGTTT--G-AATATTAGAA-A--AACAATTCATC--TCTTTGAATTTTGCG-ATGTAGTTATACCAAA-TA-TAAATGTGCCAATGTAAGAAAA--GGTTTt
gi|5 : aaaATACA-AGGAA-TGAAACA-------GATTT----TTTAAAAG--TAAAAACAT-CGA--T---CA---AAATAGC-TC----------TGAAA---TT-GTGTTTTT---A-TCG----TC-ACC--CA--C-C-CCGA-AATGTTTC--C-TGG--T-CCA-TTAATTTCG-A-TACCT--A-TGT--CAT-TTATCTA--CC-AT--A-GN---NN--NNNNNNNNNNNNN-NNNNN--N-----NNNNNNNN-------NNNNN--NN--NNN--------------NNN------------------------N---N---N-NNNNNNNNNNNNNNN--NN-NNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NC---CGGTATCC-------TAAGTAGACAGG-TAA----CTT--ATCACTTTTATAG-TCGAATTTCATATTT--G-AATATT-CCA-A--AAC--ATTATC--TCTTTAAATCTTGTG-GAGCGATTATATCAAA-TA-TAGATATGCTAACGCAAAAAAc
gi|6 : TGCTTTT---A-TCA----TC-ACC--CA--C-C-C-CAGAATGCTTC--C-TGG--T-CCA-GGAATCTC--A--------------------------------------A---TA--ATCCTCATCGACG-TGTAT--ACAATAACCAAAAA-------TATTC--TG--TAG--------------TTT------------------------T---TCTGG-AC-CATTTTTTGACTAATG-TCCCCTGA-GTTGCCATG---------AACGTC--ACTTTCAGTATCC-------CATGAAGAAAGA-TAATTAACTC--ACCACTTTGAATG-TCGAGTTTCATATTT--G-AATATTGATA-AACAACTTATTATC--TCTTTCAATATTGAG-ATGTGATTATATCAAA-TA-TAGATATGCTAAC---AAAAACAAGGTTT
gi|7 : TTT----TT----AC--TTCAAATGT-CGA--T-T-CA---AATTAGC-TC----------TGTAA---TT-TTGCTCTT---A-TCG----TC-ACC--CAA-C-C-C-TG-GAC-CTTC--CGCGT--T-C-A-GTA-TTTCCAA-TATCT--A-TTC--CAT-TGATTGA--CC-AC--A-AAAA-TA--ATCCTCAAGGACG-CATAT--A-----ACCCAGAA-------TATTC--AA--TAG--------------TTT------------------------T---C---A-ACTCATTCCGTAGTT--TG-TCTTC----GTATCCATGTATACGTAAAACGTC--ACTTCCGGTATCC-------CAGGTAAGCAGA-TAA-----------CACTTTGAAAG-TC
gi|8 : tAATTAAAAG-------GGATT----CC----AC--TCAGAACAT-CGAATT-T-CA---AAAT--C-TC----------TGAAA---TT-CTGCTTTC---A-TCGA---TCAACC--CA--C-C-C-CG-GAT--TTCTAC-TGGC-C-C-A-GTAATTTC--G--ATAT--A-TGC--CA---GATCTA--CC-ATAAA-AA---GA--ATTCCCATC--CGCCGTA---A-----ACTCCGAA-------TATTC--GGTTTAGTTTTTCGTGACCA-TTT------------------------T---C---A-GCTCATACCCTAGTT--TGAGTTCC----CTCGCC-TAGACACGttgtacagctatagacataacatacataaatgtgta
gi|9 : ccttattaaaaaaaacacGGGAATGAAAAT-------TGTTT----TT----AC--TCAAAACTA-CGA--T-T-CATATAAATAGC-TAATTAATTTAATAAAAATATT-CTGCTTTTTTCA-TCACAGTTC-ACC--CA--CTC-C-CA-TGTTCTTT--C-TGA--T-CCA-GTAATTTC----TCTTT--A-TTC--CAT-TGATCCA--CC-ACAAA-AA---TA--ATCTTCATCAACG-CCTGT--A-----GC-------------TATTC--AA--CAGCTGTTTGTGACCGCTTT------------------------T---C---G-TCTCATTtcac
blockSeqs : C A AAAAGAA ATAA TAAA . A . AT C . TAT A ATTAATTTAA ATA T TTC . CAGT A AA T T TCA G G TA G C CCG CAAT TA T AT G . T AA . AAA CC C GA C ACAATA TC TACCTGG GA TT TTTTTTTTTTCTTTTTGCGACCTCTTTTCGACT T AA A CAGT A G GCCACAGACA CA . . A TTAACTC C AAA GATAAAC TG . A T T T . T T G CAA GCTAC A . TGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN GATC . C . . . A . GGTG A A . G T A A AG G TG
blockSeqs : . G . . AAA . G . . . . . . . . . . . A . . A T CAA . T . . . CCA GAT T . A . . . GA . AG . T GC . ACA CC TACCTGG . . CTGTTTGTGACCGCTTTTCGTCT C . . TGA A A NNNNNNNNNN . . . A CTC . A GGTAA TG . G . T T . T T A C CA . . . . T . . . . . TGT A . . G T . . AG . .
blockSeqs : . A . . T . G . . . . . . . . . . . . . . . . TCG . G . . . CCC AAT . . . . . . AA . AA . C GA . ACA GT . . . TTTTTCGTGACCATTTTCAGCT T . . . T N NNNNNNNNNN . . . A CTC . G AGAAA AA . T . C A . . G A A . . C . . . . . GGT . . . T C . . A . .
blockSeqs : . A . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . ACG . T . . . CCT GAT . . . . . . AA . G . C GA . A CC . . . TTTTATGCGAC N . . . N A TATACGTAAA . . . A CTT . G GATA TT . C . T A . . A A . . . . . . . . . A . . A . .
blockSeqs : . A . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . CCG . G . . . CCA ACT . . . . . . G . G . C NN . A GT . . . TTTTTTGCGGC A . . . G N AATATCAG . . . . . . G CCAA . . A . . A . . A . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . TT . T . . . CCA AAT . . . . . . A . . . N GA . A NN . . . TTTTTCTGGAC N . . . N A AATA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . CA . A . . . CCA GAT . . . . . . C . . . C NN . A CT . . . CTTTCTGTAC T . . . T A A .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . GA . T . . . CCA AT . . . . . . . . . . N GA . N NN . . . TTTGCAGCC G . . . A .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . GA . G . . . CCA AT . . . . . . . . . . C GA . A CC . . . NNNNNNNNN C . . . C
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . TG . T . . . CA AT . . . . . . . . . . C AA . N CC . . . NNNNNNNNN
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . CC . G . . . CA A . . . . . . . . . . C . . A CT . . . TTTTCAACT
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CT . G . . . CA T . . . . . . . . . . C . . A C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . CC . T . . . CA A . . . . . . . . . . . . . A C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . CC . . . . . . G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ** ** CCA** ** ******* CTC****** G*** GATAA*** ** ** ** ** A**
originalCons : ACACA-AGGAAATGAAACG-------GATTT----TT----AC--TCAAAACGT-CGA--T-T-CA---AAATAGC-TC----------TGAAA---TT-CTGCTTTT---A-TCG----TC-ACC--CA--C-C-C-GA-AATGCTTC--C-TGG--T-C-A-GTAATTTC--A-TATCT--A-TGC--CAT-TGATCCA--CC-AT--A-AA---TA--ATCCTCATCGACG-CGTAT--A-----ACCCAGAA-------TATTC--GG--TAG--------------TTT------------------------T---C---G-ACTCATTCCNTAGTT--TG-TCTCC----GTNGCCATGGATACGNANAACGTC--ACTTCCGGTATCC-------CAAGTAGACAGA-TAA----CTC--ATCACTTTGAAAG-TCGAATTTCATATTT--G-AATATTGGTA-A--AACTGTTTATC--TCTTTAAATNTTGTG-ATGTGATTNTATCAAA-TATTAGATNTGCTAACGCGAAAAAC--GGTTTA-GC-A-TGATTTTATTCG-AT-GAATGTAAAAGAAAGTATATGACTACTGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGGTG----GATCGA-TAGCAT--AGAAAGTG--GATTT--ACTGAACCAGGAAG-CATTT-CGA------GGT----GGTGACAAT-AAAG---CANAATTCGAGAGCTATTTTG-AA-CGATGTTTTG-AGGGGAAAATCCGT-TTCAT--TCCTTGTGT
finalCons : ACACA-AGGAAATGAAACG-------GATTT----TT----AC--TCAAAACGT-CGA--T-T-CA---AAATAGC-TC----------TGAAA---TT-CTGCTTTT---A-TCG----TC-ACC--CA--C-C-C-GA-AATGCTTC--C-TGG--TCCA--GTAATTTC--A-TATCT--A-TGC--CAT-TGATCCA--CC-AT--A-AA---TA--ATCCTCATCGACG-CGTAT--A-----ACCCAGAA-------TATTC--GG--TAG--------------TTT------------------------T---C---G-ACTCATTCCNTAGTT--TG-TCTCC----GTNGCCATGGATACGNANAACGTC--ACTTCCGGTATCC-------CAAGTAGACAGA-TAACTC------ATCACTTTGAAAG-TCGAATTTCATATTTG---AATATTGATAA---AACTGTTTATC--TCTTTAAATNTTGTG-ATGTGATTNTATCAAA-TATTAGATNTGCTAACGCGAAAAAC--GGTTTA-GC-A-TGATTTTATTCG-AT-GAATGTAAAAGAAAGTATATGACTACTGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGGTG----GATCGA-TAGCAT--AGAAAGTG--GATTT--ACTGAACCAGGAAG-CATTT-CGA------GGT----GGTGACAAT-AAAG---CANAATTCGAGAGCTATTTTG-AA-CGATGTTTTGA--GGGAAAATCCGT-TTCAT--TCCTTGTGT
Alignments
lowQualScore : 1 11111111111 11111111111 11111 11111 22 111 1111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 2222222222 1111111 222222222 1111 1111111 1 111 222222 1 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 11 11 11 3333333333333 1 111 1 11
lowQualScore : 4 5 1 44 6666 33333333333 1 3 44 3 3 555 3 55555555555 444 2 444 2 7777 2 33 55 5 55555 2 6 33 2 77777 55 5 55 2 0 33 2 11 2 666 33 2 44 2 88888888 11 8888888 33 33 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 55 4 0 5555 1 1 6666666666 66 8888888 5 1 333333333 5 1111 0000000 44 99 1 6 1 1 6 5 1 2 666 777777 3 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7777 8 3 11 11 11 8 0 8 7777777777777 3 0 777 1 6 3 55 6 6 99
lowQualScore : . . . .. .... ........... . . .. . . ... . ........... ... . ... . .... . .. .. . ..... . . .. . ..... .. . .. . . .. . .. . ... .. . .. . ........ .. ....... .. .. ...................................................... . .. . . .... . . .......... .. ....... . . ......... . .... ....... .. .. . . . . . . . . ... ...... . . ................................................................................................... .... . . .. .. .. . . . ............. . . ... . . . .. . . ..
lowQualScore : 0 5 0 66 5555 33333333333 9 1 22 1 1 444 1 00000000000 777 7 444 5 8888 5 44 99 0 11111 5 6 44 5 66666 99 0 99 5 1 44 5 22 5 222 44 4 33 7 11111111 11 6666666 99 99 111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 55 0 4 5555 0 4 2222222222 99 6666666 7 4 777777777 7 2222 5555555 55 22 0 7 7 0 7 5 0 2 000 777777 3 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0000 0 2 00 00 00 0 8 0 2222222222222 2 0 555 0 0 3 88 7 7 22
consensus : ACACA-AGGAAATGAAACG--GATTT----TT----A---C--TCAAAACGT-CGA--T-T-CA---AAATAGC-TC----------TGAAA---TT-CTGCTTTT---A-TCG----TC-ACC--CA--C-C-C-G-A-AATGCTTC--CT-GGTCCAGTAATTTC--A-TATCT--A-TGC--CAT-TGATCCA--CC-AT--A-AA---TA--ATCCTCATCGACG-CGTAT--A-----ACCCAGAA-------TATTC--GG--TAG--------------TTT------------------------T---C---G-ACTCATTCCNTAGTT--TG-TCTCC----GTNGCCATGGATACGNANAACGTC--ACTTCCGGTATCC-------CAAGTAGACAGA-TAA----CTC--ATCACTTTGAAAG-TCGAATTTCATATTT--G-AATATTGATAA--AACTGTTTATC--TCTTTAAATNTTGTG-ATGTGATTNTATCAAA-TATTAGATNTGCTAACGCGAAAAAC--GGTTTA-GC-A-TGATTTTATTCG-AT-GAATGTAAAAGAAAGTATATGACTACTGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGGTG----GATCGA-TAGCAT--AGAAAGTG--GATTT--ACTGAACCAGGAAG-CATTT-CGA------GGT----GGTGACAAT-AAAG---CANAATTCGAGAGCTATTTTGAA-CGATGTTTTGA--GG-GAAAATCCGT-TTCAT--TCCTTGTGT
Reference ( family-117 ) : ACACA-AGGAAATGAAACG--GATTT----TT----A---C--TCAAAACGT-CGA--T-T-CA---AAATAGC-TC----------TGAAA---TT-CTGCTTTT---A-TCG----TC-ACC--CA--C-C-C-G-A-AATGCTTC--CT-GGTCCAGTAATTTC--A-TATCT--A-TGC--CAT-TGATCCA--CC-AT--A-AA---TA--ATCCTCATCGACG-CGTAT--A-----ACCCAGAA-------TATTC--GG--TAG--------------TTT------------------------T---C---G-ACTCATTCCNTAGTT--TG-TCTCC----GTNGCCATGGATACGNANAACGTC--ACTTCCGGTATCC-------CAAGTAGACAGA-TAA----CTC--ATCACTTTGAAAG-TCGAATTTCATATTT--G-AATATTGATAA--AACTGTTTATC--TCTTTAAATNTTGTG-ATGTGATTNTATCAAA-TATTAGATNTGCTAACGCGAAAAAC--GGTTTA-GC-A-TGATTTTATTCG-AT-GAATGTAAAAGAAAGTATATGACTACTGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGGTG----GATCGA-TAGCAT--AGAAAGTG--GATTT--ACTGAACCAGGAAG-CATTT-CGA------GGT----GGTGACAAT-AAAG---CANAATTCGAGAGCTATTTTGAA-CGATGTTTTGA--GG-GAAAATCCGT-TTCAT--TCCTTGTGT
gi|1 : ACACA-AGGAA-TGAAACG--GATTT----TC----C---CCTTCAAAACATTCGC--T-TTCA---AAATAGC-TC----------TCGAA---TT-ATGCTTTT---ATTTG----TC-ACC--CAACC-T-C-G-A-AATGCTTC--CTAGGTTCAGTAAATCC--ACTTTCT--ATTGC--TAT-CGATCCATCCT-AT--ANNN---NN--NNNNNNNNNNNNN-NNNNN--N-----NNNNNNNN-------NNNNN--NN--NNN--------------NNN------------------------N---N---N-NNNNNNNNNNNNNNN--NN-NNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNATCCGGTATCCCAAGTAAACAGATTAAC---CTCATATCACTTTGAAAC-TCGAATTTCATATTT--GAAATATGCAT-A--AATTGTTTACCTTTCTTTAAATATTGTG-ATATGATTTTATCAAATTATTAGATTTGCTAACGCG-AAAAC--GGCTTACGC-A-TGATTTTATTCG-ATGGAATGTAAAAGAAAGTATATGACTAC
gi|1 : aG----GATCGAATAGCATCCAGAAAGTGCGGATTTTAACTGAACCAG-AAG-CATTTTCGACGGTGGGGTTGAGGGTGACAAA-AAAGAACCATAATTCGAGAGCTATTTTTGA-CGATGTTTTGAAGGG-GAAAATCCG--TGCAT--TCCTTGTGTcaagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattagcgggatcgaatagcatccagaaagtgcggattttaactgaaccagaagcattttcgacggtggggttgagggtgacaaaaaagaaccataattcgagagctatttttgacgatgttttgaaggggaaaatccgtgcattccttgtgtt
gi|10 : aacacaaggaatgaaacggattttccccttcaaaacattcgctttcaaaatagctctcgaattatgcttttatttgtcacccaacctcgaaatgcttcctaggttcagtaaatccactttctattgctatcgatccatcctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccggtatcccaagtaaacagattaacctcatatcactttgaaactcgaatttcatatttgaaatatgcataaattgtttacctttctttaaatattgtgatatgattttatcaaattattagatttgctaacgcgaaaacggcttacgcatgattttattcgatggaatgtaaaagaaagtatatgactaccaagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattagcgACA-AGGAA-TAAAACA--GATTT----TT----A---T--TCAAAACAT-CAA--T-T-CA---AAATAAC-T------------GAAA---TT-CTGCTATC---A-TCA----TC-ACC--CA--T-C-C-TTA-AATGCTTC--CT-GGTCCGGTAATTTCG-A-TATCT--A-TGC--CAT-TGATCTA--CC-ATAAA-AA---TA--ATCTT--TC-------TAT--A-----ATCCAGAA-------CATTT--GG--TTG--------------TTT------------------------TATGC---G-AC-CACTTTTCAGCA--AA-TTTCCCAGTGTAGCCGTGAATAT-CAG-ACTTCCAAGTTCCGGTt
gi|11 : ACA-AG-AAATGGGACG--GATTT----TTT---C---C--TCAAAATGT-CAA--G-T-CT---AAATAGC-TC----------TGAAA---TT-CTGCTTTT---A-TCA----TC-ACA--CA--TTC-C-A-A-AGTTCTTC--CT-GGTCCAGTAATTTC--AATATCT--A-TGC--CAT-TGATCCG--CC-AT--A-AAAAATA--ATCCTCCTTGATG-AGAAT--A-----ACCCAGAA-------TATTC--GG--TAG--------------TTT------------------------G---C---A-GCCCATTCTCTAGTT--TG-TCTCT----GTAGCC
gi|12 : ACACA-AGGAA-TGAAATG--GATTT----TT----A---T--TCATTATGT-CGA--TCT-TA---AAATAGC-TC----------TGGAA-----------------A-TTG----T--------A--C-C-G-A-A-AATGC-TC--CT-GAT-------------A-TATCT--ATTGC--CTT-TGATCTG--CC-AT--A-AAAG-TA--ATCCT------TG-CGTATACA-----AGTCAGAATACCTGGTATTC--GG--TAG--------------TTT------------------------T---
gi|13 : aaA-AGGAAACGAAAAGAAGGTTT----TT----AAAAC--TTGAAAC----------T-CA---GAATAGCAT-------------AAG---TT-CT-TTTTT---A-TCT----TC-ACCAAAA--C-T-C---A-CATTCATA--CT-GATCCCCTAATTTT--A--ATTTTAA-TGCA-AAT-TTATCCA--CC-ACG-A-AA---TACCACCACTACCGCCA-TATAG--A-----ACCAGGGA-------TATAC--GA--CAG--------------CTC------------------------T---ttgcggcattttcttcaacttaaatccgagttt
gi|14 : cacaaggACA-AGGAA-TGAAATG--GATTT----TT----A---T--TCATTATGT-CGA--T-T-TA---AAATAGC-TC----------TGAAA---TT----------------G----T--------A--C-C-G-A-A-AATGCTCC--CT-GAT-------------A-TATCT--A-TGC--CTT-TGATCTG--CC-AT--A-AAG--TA--ATCCT------TG-CGTATACA-----AGTCAGAATACCTGGTATTC--GG--TAG--------------TTT------------------------TTTGC---G-GC-CATTtt
gi|15 : ---TT-CTGCTTTT---A-TCG----TC-AGC--CA--T-TTC-A-A-AGTTCTTT--CT-GATCCTGT----------TATTT--A--GC--GAT-TGATTCT--CC-ATGAA-AA---TA--ATCCTCATCGACG-CATAT--A-----A-CCAGAA-------ACTTCGAGA--CAA--------------CTT------------------------T---CT--GTAC-CATCCCTTTGTT--GA-TC-CT----GATG--ATGGCCACAGACAATGTC--ACTTCCGtttcaacttaaatccg
gi|16 : acCACA-AGGAA-TGAAACG--GATTTATAATT----A---A--TGAAAACGT-CGA--T-T-CA---AAATAGC-TC----------CGAAA---TT-CTGCTTTT---G-TTG----TC-ACC--TA--C-C-CAA-A-AATACTTC--CG-GGTCCAGTAATATCG-A-TGTCT--A-TGC--CTT-TGATCTA--CC-ATA-A-AA---AA--ATTCTCAT
gi|17 : TG----GATTGA-TAG-AT--AGAAAGTG--GATTT--ACTGAACCAGGAAGACA-TT-CGA------TGT----AGTGAT-AT-AAAG---CTGAATTC--GGGCTA--TTGAA-CAATGT-------GG-GAA----CGT-TTCAT--TACTTGTGT
gi|18 : AAA---TTTCTGTTTTT---A-TAG----TC-ACC--CA--C-CTC-G-A-AATTCCTC--T---GTCCAGTTGTTTT--A-TA-AT--A-TGCATCATGTG---CA--TC-ATC-A-AA---T---ATCCTCATCGACG-Ctgcacc
gi|19 : ATTCGAGAGCTATTTTGAAACGATGCTTTGA--AG-GAAAATCCGT-GTCAT--TCCTTGTa
gi|2 : agACACA-AGGAAATGAACAG--GATTT----TC----C---C--TCAAA-CAT-CGT--T-T-CA---AAATAGC-TC----------TCGAA---TT-CTGCTTTT---A-TTG----TC-ACC--CA--C-C-T-G-A-AATGCTTC--CT-GGTC-AGTAAATCC--ACTTTCTT-A-TGC--TAT--GATCCA--CCTAT--N-NN---NN--NNNNNNNNNNNNN-NNNNN--N-----NNNNNNNN-------NNNNN--NN--NNN--------------NNN------------------------N---N---N-NNNNNNNNNNNNNNN--NN-NNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNCCGGTATCC-------CAAGTAAACAGA-T-A----CTC--ATCACTTTGAAAACTCGAATTTCATATTT--A-AATATTGGTAA--AATTGTTTATT--TCTTTAAATATTGTGTATG-GATTTTATC-AA-TATTAGATTTGCTAACGCGAAAAAC--GGTTTA-GCTACTGATTTTATTCGAAT-GAATGTAAAAGAAAGTATATGACTAC--GGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGGTG----GATCGA-TAGCAT--AGAAAGT---GATTT--ACTGAACCA-GAAG-CATTT-CGA------GGT----GGTGACAAT-AAAG---CAGAATTCGAGAGCTATTTTGAA-CGATGTTTTGAG-GG-GAAAATCCGT-TTCAT--TCCTTGTGTgttttta
gi|20 : TG----GATTGA-TAGTAA--GGAAAGTG--GATTT--ACTGAACCAGGAAG-CATTT-CG
gi|21 : CTACTTCGAAACGATGTTGTGA--GGAGAAAATCCGTGTTCATTGTCCTTGTtgcaccta
gi|3 : TCC-------CAAGTAGACAGA-TAA----CTC--ATCAATTTGAAAG-TCAAATTTCACATTTAAA-AATATTGAT-A--AATTGTTTATT--TCTTTAAATGTTGTG-ATATGATTTTATCAAA-T-TTAGATTTGCAAACGTAAAAAA---GGTTCA--C-A-TGATTTTATTCG-AT-GAATGTAAAAGAAAGTATGAGGCTACTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGGTGGATCGATCGA-TAGCAT--AGAAAGTG--AATTT--ACTGAACCAGGAAG-CATTT-CGA------GGTG---GGTGGCAATAAAAA---CATAATTCGAGAGCTAATTGAAA-CGATGTTTTGA--GG-GAAAATCCAT-TTCAT--TCCTTATGT
gi|4 : ACACACAGGGAATTAATCG--GATTT----TT----A---C--TCAAAACGT-CGA--T-T-CA---AAATAGC-TA----------TGAAA---TT-CTGCTTTT---A-TCG----AC-GCC--CA--C-TAC-G-A-TATTCTTC--CT-GGTCCACTAATTTCA-A-TGTCT--A-TGC--CAT-TGATCTA--CA-AT--A-AAG--TA--ATCTCCATCGATG-TGTAT--A-----ACTCAGAA-------TATTC--GG--TAG--------------TTTTTTTTTTCTTTTTGCGACCTCTTTT---C---G-ACTCATTCCATAGTT--TG-TTTCC----GTGGCCATGAAT------AACGTC--ACTTCCTGTATCC-------CAGTTAAGC-----------------------TGAAAG-TAGAATATTGTGTTT--G-AATATTAGAAA--AACAATTCATC--TCTTTGAATTTTGCG-ATGTAGTTATACCAAA-TA-TAAATGTGCCAATGTAAGAAAA--GGTTTt
gi|5 : aaaATACA-AGGAA-TGAAACA--GATTT----TTTAAAA---G--TAAAAACAT-CGA--T---CA---AAATAGC-TC----------TGAAA---TT-GTGTTTTT---A-TCG----TC-ACC--CA--C-C-CCG-A-AATGTTTC--CT-GGTCCATTAATTTCG-A-TACCT--A-TGT--CAT-TTATCTA--CC-AT--A-GN---NN--NNNNNNNNNNNNN-NNNNN--N-----NNNNNNNN-------NNNNN--NN--NNN--------------NNN------------------------N---N---N-NNNNNNNNNNNNNNN--NN-NNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NC---CGGTATCC-------TAAGTAGACAGG-TAA----CTT--ATCACTTTTATAG-TCGAATTTCATATTT--G-AATATT-CCAA--AAC--ATTATC--TCTTTAAATCTTGTG-GAGCGATTATATCAAA-TA-TAGATATGCTAACGCAAAAAAc
gi|6 : TGCTTTT---A-TCA----TC-ACC--CA--C-C-C-C-AGAATGCTTC--CT-GGTCCAGGAATCTC--A--------------------------------------A---TA--ATCCTCATCGACG-TGTAT--ACAATAACCAAAAA-------TATTC--TG--TAG--------------TTT------------------------T---TCTGG-AC-CATTTTTTGACTAATG-TCCCCTGA-GTTGCCATG---------AACGTC--ACTTTCAGTATCC-------CATGAAGAAAGA-TAATTAACTC--ACCACTTTGAATG-TCGAGTTTCATATTT--G-AATATTGATAAACAACTTATTATC--TCTTTCAATATTGAG-ATGTGATTATATCAAA-TA-TAGATATGCTAAC---AAAAACAAGGTTT
gi|7 : TTT----TT----A---C--TTCAAATGT-CGA--T-T-CA---AATTAGC-TC----------TGTAA---TT-TTGCTCTT---A-TCG----TC-ACC--CAA-C-C-C-T-G-GAC-CTTC--CG-CGTTCAGTA-TTTCCAA-TATCT--A-TTC--CAT-TGATTGA--CC-AC--A-AAAA-TA--ATCCTCAAGGACG-CATAT--A-----ACCCAGAA-------TATTC--AA--TAG--------------TTT------------------------T---C---A-ACTCATTCCGTAGTT--TG-TCTTC----GTATCCATGTATACGTAAAACGTC--ACTTCCGGTATCC-------CAGGTAAGCAGA-TAA-----------CACTTTGAAAG-TC
gi|8 : tAATTAAAAG--GGATT----CC----A---C--TCAGAACAT-CGAATT-T-CA---AAAT--C-TC----------TGAAA---TT-CTGCTTTC---A-TCGA---TCAACC--CA--C-C-C-C-G-GAT--TTCTACT-GGCCCAGTAATTTC--G--ATAT--A-TGC--CA---GATCTA--CC-ATAAA-AA---GA--ATTCCCATC--CGCCGTA---A-----ACTCCGAA-------TATTC--GGTTTAGTTTTTCGTGACCA-TTT------------------------T---C---A-GCTCATACCCTAGTT--TGAGTTCC----CTCGCC-TAGACACGttgtacagctatagacataacatacataaatgtgta
gi|9 : ccttattaaaaaaaacacGGGAATGAAAAT--TGTTT----TT----A---C--TCAAAACTA-CGA--T-T-CATATAAATAGC-TAATTAATTTAATAAAAATATT-CTGCTTTTTTCA-TCACAGTTC-ACC--CA--CTC-C-C-A-TGTTCTTT--CT-GATCCAGTAATTTC----TCTTT--A-TTC--CAT-TGATCCA--CC-ACAAA-AA---TA--ATCTTCATCAACG-CCTGT--A-----GC-------------TATTC--AA--CAGCTGTTTGTGACCGCTTT------------------------T---C---G-TCTCATTtcac