lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 4444444444 111 55555555555555555555555555555555555 1 1111 1111111 111111 111 11111 222222222222222222 3333333333 111 22222222 11 22222 11 111 222 4444444 1 1111 1 1 2222222 1 11 22222222 222 1111 1 222222 1 111 1111 333 1 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222 1 4 2 1 111 2 2 2 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 111111 444444444 55555555555555 111111 2 11 222 00000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 111 333333 1111 11 2 1 3333333333333333333333333 222 1 44 22 22222 55 5555555555 4
lowQualScore : 33 0 1 6 99 6 2222222222 5 000 5 77777777777777777777777777777777777 2 9 0000 0 7777777 4 111111 55 5 222 5 66 6 8 22222 444444444444444444 2222222222 111 3 33333333 11 55555 11 3 888 777 7 3 2222222 3 0 4444 7 0 0 6666666 44 3 0 22 99999999 666 4444 0 3 888888 2 0 666 7777 666 7 3 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 666666 6 3 0 3 5 4 222 0 0 0 3 0 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 999999 999999 555555555 6 77777777777777 6 333333 6 1 88 111 6 8 8 00000000000000000000000000000000000000000000000000 7777 8 1 111 8 888888 5 5555 8 8 11 1 5 1 4 88 6 9999999999999999999999999 8 8 222 0 00 66 11 33333 0 8 22 8 8 9999999999 0
lowQualScore : .. . . . .. . .......... . ... . ................................... . . .... . ....... . ...... .. . ... . .. . . ..... .................. .......... ... . ........ .. ..... .. . ... ... . . ....... . . .... . . . ....... .. . . .. ........ ... .... . . ...... . . ... .... ... . . ............................................................................................................................................................ . ...... . . . . . . ... . . . . . . ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ . ...... ...... ......... . .............. . ...... . . .. ... . . . .................................................. .... . . ... . ...... . .... . . .. . . . . .. . ......................... . . ... . .. .. .. ..... . . .. . . .......... .
lowQualScore : 88 0 0 7 22 7 5555555555 7 000 7 44444444444444444444444444444444444 0 0 6666 8 2222222 4 888888 88 0 999 0 99 5 9 55555 666666666666666666 0000000000 777 7 00000000 00 22222 00 8 333 777 3 2 5555555 2 0 8888 0 0 0 0000000 55 2 0 55 00000000 000 2222 0 2 888888 5 0 777 3333 777 3 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 777777 7 3 0 0 0 0 000 0 0 0 0 0 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 222222 222222 000000000 7 00000000000000 7 555555 7 0 55 222 8 0 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888 0000 0 4 222 0 000000 6 2222 0 0 00 6 4 4 0 88 0 8888888888888888888888888 0 0 444 6 66 44 66 88888 8 0 00 0 0 8888888888 0
consensus : CAGAGAT--GGGGT-AATCGTAA-TC--TGTA-ATC------AGCTGT-AATT---GAT-TACAATTTTTC-AA-------GTAATCG--------A-TGTAATCTGTAATCGTGTACTTTTTA-G-AT-TA-CA-TGTAA-T-T-T-AATTGTAAT-CG--ATTACA-TTA-----ATTT-----TA-CCCTG-----TAATC---AT----GAT---TACATT----TACAGATTA--CTTTTTT-GATATA--CTTGC-ATTCATTT--ATATATTTTTCATGACT------ATTTT-TA-T--TAT-CA-AC-----A-ATTTTCC-TCAAAAN-ATTTTN-T-----TATT-AGAGTATT-A-TTT-CCTTATA--T---TTNAT-TAAAAGCAGGT-G-CATTT-AT-TC---TTATTTTATT-CTAT--AT-T-ATTT---A-----TTTATTTTT-T----TAC-A---------------AAANAGCC-TTATTT-AAAGGTGGG-AGACA--CTAT-A---------------T-GTGAAAACT----AA---AGTNAA---AATTG-----------CCGAGTTT-AT---TCTCTC-CTCTTTT-GGTTTTCAGTCAANACNNNAATACCAGATAGTCACTNTTCGTTNA---AATGGAC---TAAACCAT--TGGTAGGACAAATCNATGGCGGAAAATGGCTTTTAANACGATCTTCANCANACCTCCCTTTATCGGAGANTGCTTTTAGANTAAGTCTTTTAATGTAATGACGATGCAATGGGGATATAGTTAAANACCCAACAACGCGTTCACTNTTACTNTGTTCAAACATTCTGAGCATGGTGTATCTTGGCTCCTCTGAGGGACCNCTATGAATAAGGGAAAGTGTNATGATCATCCTCTTCTAAAGNCACAACCACTAAACTATTNCTATAGTCATAC---TT--TCNAAN-TTCTCAT-T--CT-GA---ATTATT--TCAAAGA-----TTAC--ACAA----C--TTC--CCTTGGGT-ATC---CTCA-TATC--AACAATAC-A--AC-------CTAACGC----T-ACTG-G---ATAAT--TATGTT--ATAGG-CCCCAAATAA-ACCGTT-TCTTNC---AAG----G-AT---CCN---CTGTT-AG---GGT-G-AGCT-TAT-------CTATG-CC-TATGGTCAAT----GTTAATTCTACCTGAT-CAA------G-GAGCTAT-----A-CACA----GG---A-G-TGTCC-CAGAG-CTGTATGCTAGGG--TTCTGTGGT--C-A-ATAGT-GTTT---GTAT-TAA--TGGTGG--TAT---C---------T-----ACCA--AGT--AGCTG-ACACGCAGT-CTAC-A-CCCCTTC-CCTCTTTGGTATC-ATTG-TATCAAT-G-TAA-G--CT--ATATA-TTTATTCATTAT-TAAT----ATTAAATAAT--TTCAATAAGTCGTGTT-ATA----TAAGGAATTTA-AG--T-GCA-AA-TTATTG-TTTGATGCA-T-ATTTCATTTCCGAATAGTGT--GCAA-TTCAACTAA-TTTA-TAA--CTCATCAAC-ATAA-CA----TATCAAGTGGAACTCG--NAAGT-TT-CGCCTCA-G--T--G-GAC-A-T-T-ATG-----A---------AACAAAATTAACTC--------TT-TATCAT------GT----AAT-TT-------------TCAGAATTG-T---CAAT---AT------A-CA---A--------TAGTA-CATTG--TAN-ATTA----GTG-----------CTTTGAGATAA------TGAT------ATGAT--------AATA-ATGTTTTAAG--GTTG--A-T---TTT-TTCA-A--TTATAGCACCCN-TGCA--GTAGT-AAA-AATAAA---GCT---TTTGCTC-----AAG---CAAA----TANNTATA------AAAAA----GTA-ATCTGTAATTGTATATTGATT-ACATT-T--CAAAG--T-A-TT-GT--AATCGTAATCAATNACA-TTTCAAAA-TAGCTCG--TAATCTTAA-TT---GTAA-TT-GTAATT-CATGAATT-TCA-ATGTAATC-T-GTAATTATA-ATCGATTACA-TTGAATG-T--AATTG--ACCCCAT-GTCTG
Reference ( gi|1 ) : CAGAGAT--GGGGT-AATTGTAA-TC--TGTA-ATC------AGCTGT-AATT---GAT-TACAATTTTTC-AA-------GTAATCA--------AATGTAATCTGTAATCGTGTATTTTTTA-G-AT-TA-CA-TGTAA-T-T-T-AATTGTAAT-CG--ATTACA-TTA-----ATTT-----TA-CCCTG-----TAATC---AT----GAT---TACATT----TA--GATTA--CTTTTTT-GAT-TA--CTTGC-ATTCATTT-TATATATTTTTCATGAC-------ATTTT-TA-T--TAT-CA-AC-----A-ATTTTCC-TCAAAAG-ATTTTA-T-----TATT-AGAGTATT-A-TTT-CCTTATA--T---TTCAT-TAAAAGCAGGT-G-CATTT-AT-TC---TTATTTTATT-CTGT--ATAT-ATTT---A-----TTTATTTTT-T----TAC-A---------------AAATAGCCTTTATTTAAAAGGTGGG-ATACA--CTAT-A---------------T-GTGAAAACT----AA---AGTGAAATTAATTG-----------CCGAGTTT-AT---TCGCTC-CTCTTTTAGGTCTTTAGTCAAAACAAAAA-ACCAGAT-GTC-CTATT-GTTAAGACAATGGACGAATAAACCATAATCGTAGGAC-AATCCATGACAAAAAATGGC-TTTAATA-GAT-T--ATCACACC-----------GAGAATGCTT-----GTA---TTGTTAATGTCG-GAAGA-GCAA-GGGGATATAGTAAAACA---AACAATGC--TC--TGTTG--TTATT-AAACAGTCT--A--TGGT-TA-CT--GCT--TCTGAGG-ACCAC----ACTA--GTAAAGTGTGATGATAATCC-------AAGG-----TCA-------ATTT-TA-AATCATAC---TT--TCTAAC-TCCTCAT-T--CGTGA---ATTATTT-TCAAA-------TTAT--ACAA----C--TTC--CCTTCGGT-ATC---CTCAATAT---AACGATAC-A--AC-------CTGATGC----TTATTG-G---ATAAT--TATGTT--ATAAG-CCCAAAATAAGACTATTATCTTTC---AAA----G-GT---ACC---CTGTT-AG---GGT-T-AGCTATAT-------CTATGTCC-TATGGTCAAT----GTTAATTCTAC--GAT-CAA------G-CAGCT-T-----A-CACA----GG---A-G-TGTCC-CAGA--CTGT-TG-TAGGGA-TTCTCTAGT--C-A-ATAG--GTGT---GTAT-TAA--TGATGG--TAT---C---------T-----AC----A-T--AGCTG-ACACACAGTGCTAC-A-CCCCTTC-CGTCTTTGG-AT--ATTG-TATCAAT-G-TAATA--CTTGATATATTTTATTCATTAT-TGATCATTATTA---AAT--TTCATTAAGTT-TGTT-GTA----TAAGGAAGTTA-AG--T-GC--AA-TTATTGTTTTGATGCACT-ATTCCATTTCCGAATAGTGTG-GCAA-TTCAA-TAA-TTTA-TAA--CTCATCAACAATAA-CA----T-TCAAGTGGGA-TCG--CAA---TT-CACCTCA-G--T--G-GAC-A-T-T-AT----------------AA----------TC--------TT-TGTCAT------GT----AAT-TT-------------TC------------CAAT---AT------A-CA---A--------TAGT--CAATG--TAT-ATT-----GTA-----------C---AAAATAA------TGAT------ATAA---------AATA-ATGTTTTAAA--ATTG--A-T---TTT-TTCA-A--TTATA-CACCCA-TGCA--TTAAT-AAA-AATAAA---GCT---TTTGCTC-----AAG---CAA-----TAACTA--------AAAAA----GTA-ATCTGTAATTGTATATTGATT-ACA---T--CAAAG--T-A-TT-GT--AATTGTATTAAATAACA-TT-CAAAACTAGCTTGCTTAAA--TAA-TTA--GTAA-TT-GTAATT-CATGAATTGTCATATGTAATC-T-TAAATTATA-A--GATTACA-TTGAATG-TAAAATTC--CCCCCATAGTCTG
gi|7 : CAGAGATTGGGGGT-AATCGTAAATC--TGTATATCGTAAC-AGCTGTTAATT---GAT-TACCATTTTCT-GA-------GTAATCG--------AATTTAATCTGTAATTGTGTATTTTTTA-GTAT-CA-CACTGTAACT-T-C-AATTGTAAT-CG--AT---A-TTA-----ATTT-----TA-CCC-G-----TAATC---AT----GAT---TACATTTTAATA--GATTACGCTTTTTT-GA--TA--C-TGC-ATTCATTTATATAT-TTTTTCATGAC-------A-CTT-TA-T--TAT-CA-AC-----ATATTTTCCTTCAAAAGTATTTTA-T-----TATT-AGAGTATT-A--TT-CCTTA-A--A---TTCGTATAAAAGCAGGT-GCCATTT-TT-TC---TTATTTTA-T-CTGT--AT-T-ATTT---ATTTTTTTTCTTTTT-T----TAC-A---------------AAACAGCC-ATATTT-AAAGAT-GG-ATACACTCTATCA---------------T-GTGAAAACT----AA---AGTGAA---AATTG-----------CTGAGTTT-AT---TCTCTC-CTCTTTT
gi|10 : CAGAGAT--GGGGT-AATCGTAA-TC--TGTA-ATCGTAACCAGCTGT-AATT---GATATACA--TTTTC-AA-------GTAATCA----------------TTGTA-TCGTGTATTTTTTAAG-ATGTAACA-TGTAA-T-TGT-AAT-GTAATTCG--ATTACA-TTA-----ATGT-----TAACCCTG-----TAACCTGCAT----GATCATTACATT----TA--GGTTA--CTTTTTT-GAT-TA--CTTGCTATTCATTT-GATATATTTTTCA-GACT------ATTTTGTA-T--T-T-CA-AC-----A-A-ATTCC-TCAAAAC-ATTTTC-T-----TATT---AGTATT-ATTTT-CCTTATAATT---TTAAT-TAAg
gi|8 : AGACAT--GGGGTCAATTACAT-TCAATGTA-ATC------GATTAT-AATTACAGAT-TACA----TTG-AA-------AT--TTA------------TGAT-TACAAT----TACAATTAA-G-AT-TA-CA-C-CAT-T-T-TGAAATGTAAT-TG--ATTACAATTA-----CAAT-----TA-CTTTGAAAAGTAATC---A------AT---TACAAT----TACAGATTA--CTTTTTTAAATATA--CTT
gi|2 : ctttcgcctcagtaggacattatgacaaaattacatgtaaatctttattatttaaatgttcagaattgtcaatcagtatacatgtaaagtacattgtagtttagtgctttaagataatgatatgataaataatgttttaagttttgttttaattatagcacccttgcagtataagtaataaaatagctttgatcagcaaAGAT--GTAAT-AATT--AA-TT--TCAA-AAT------AGCTGT-AATT---TAT-TGTAATT------G-------GTAATCATGAATTTCAATGT-ATCTGTAAT--TATAATC-----G-AT-TA-CA-T
gi|8 : ttaatgacatttttaattattcaacaatctcctcaaaacattttccttattaagtatttatcttataatatttaattaaaatcaggtgcatttattccttttatttcattctaagttatttattattttacaaaaaaagtaattacttaaaggtgggaggcactacatcttgtaatatttattgtgaaacctaagccaaaattgctgagtttcattctctcactcttttggttttcatcaaaacataaaaccagatgtcctattcgttaaaatggtacatttaggacaaatcaatggcgaaaatggcttttaagacgatttcaacaaacctctgaaattgcttttaagttttttaatgatgatgcaatggggaatagttaaaaaaacaatggttactttgttaaattctgagtggtgtatttgcttctgagaccacataagggaaagtgtgatgatccaagtccaatttctaaacatatatactcaaacttctatgtcagaagattaaccacgtttcctctgggtgatcttcatatcaacataccactaactctctgcgataattatgttataggaccaaataaactgtatcttatagaccacgatccactgttgatggtggagcttatctatgtcaatgttaatctacctgaccaaaaggctatacacagaagtgtccacagagtgtatgctacggtttctgtggtctacatagttatctgtatgtaatggtggatcacctacagtagatatcggcagctaacccctcctcgctttggctcagtcaatgtataagctattattcttttatataaataatctcaatagtgtgttatagaattattgtgcaattaattcttgatacattcattcatttccgactagtgtgtgccattataatttagtactcatcacataacctatcagtgaatcaaagttttcgcctaagttgtgacattaatatgtatgacaaatcacacgtcttctatcatgtaatgttcagaattggttaatcaaataacgaacatagtacattgcctatgattagtgctttagataatgatcaatgaataatatagatgtttcaagttgttatgttttcgatgtcatagcaccccttgcagtagtaaaaataaacgttgagtctgctcagccaaagtatcaatatcaaaaagtaatctgtaattgaatgatgatgaacatttcaaggtatattgtGTAA-TC--TGTA-AT----------TGT-AATT---GAT-TAC---TTTTCAAA-------GTAAT------------TGTAAT-TGTAATCAATTACATTTCA-A-AA-TG--G-TGTAA-TCT-T-AATTGTAAT-TGTAAT--CA-TAA-----ATTTCAATGTA-ATCTG-----TAATT---ATAATCGAT---TACATT----tgaatgataatgaccccatgtctgg
gi|11 : ctttcgcctcagtaggacattatgacaaaattacatgtaaatctttattatttaaatgttcagaattgtcaatcagtatacatgtaaagtacattgtagtttagtgctttaagataatgatatgataaataatgttttaagttttgttttaattatagcacccttgcagtataagtaataaaatagctttgatcagcaaaagtatatttaaaaaaGTAA-TC--TGTA-AT----------TGT-AATT---GAT-TACA---TTTC-AAA------GTAAT------------TGTAAT-TGTAATCAATTACATTTCA-A-AA-TA-GC-TGTAA-T-T-T-AATTGTA-------ATTA----TG-----ATTT-----CA---ATG-----TAATC---Agaatgtaattgaccccatgtct
gi|2 : aatgatatgataaataatgttttaaattattatgtttttcaattatagcacccttgcagtaatcaaaaataaagctttgctcagcaaagtatataaaaaa------AGATGT-AAT----AAT-TA--ATTT--C-AAAATAGCTGTAATTT--------ATTGTAATTGGTAATCATGAATTTC----------A--A-TGTAT-C-TGT-AATTATAAT-CG--ATTACA-TTG-----Agtaatataacgata
gi|13 : ttaatgacatttttaattattcaacaatctcctcaaaacattttccttattaagtatttatcttataatatttaattaaaatcaggtgcatttattccttttatttcattctaagttatttattattttacaaaaaaagtaattacttaaaggtgggaggcactacatcttgtaatatttattgtgaaacctaagccaaaattgctgagtttcattctctcactcttttggttttcatcaaaacataaaaccagatgtcctattcgttaaaatggtacatttaggacaaatcaatggcgaaaatggcttttaagacgatttcaacaaacctctgaaattgcttttaagttttttaatgatgatgcaatggggaatagttaaaaaaacaatggttactttgttaaattctgagtggtgtatttgcttctgagaccacataagggaaagtgtgatgatccaagtccaatttctaaacatatatactcaaacttctatgtcagaagattaaccacgtttcctctgggtgatcttcatatcaacataccactaactctctgcgataattatgttataggaccaaataaactgtatcttatagaccacgatccactgttgatggtggagcttatctatgtcaatgttaatctacctgaccaaaaggctatacacagaagtgtccacagagtgtatgctacggtttctgtggtctacatagttatctgtatgtaatggtggatcacctacagtagatatcggcagctaacccctcctcgctttggctcagtcaatgtataagctattattcttttatataaataatctcaatagtgtgttatagaattattgtgcaattaattcttgatacattcattcatttccgactagtgtgtgccattataatttagtactcatcacataacctatcagtgaatcaaagttttcgcctaagttgtgacattaatatgtatgacaaatcacacgtcttctatcatgtaatgttcagaattggttaatcaaataacgaacatagtacattgcctatgattagtgctttagataatgatcaatgaataatatagatgtttcaagttgttatgttttcgatgtcatagcaccccttgcagtagtaaaaataaacgttgagtctgctcagccaaagtatcaatatcaaaaagtaatctgtaattgaatgatgatgaacatttcaaggtatattgt-------GTAATCTT-------AATGTAAT-TGTAATCATGAATTC---A-A-AT-TA-AA-T---A-T-G-T-AATTATAAT-CG--ATAACA-Tatgataatgaccccatgtctgg
gi|11 : tatcataggactggagtatacatttcgaaatagctTTA-A-AT-TA-CA-GCTAT-T-T-TGAAATGTAAT-TG--ATTACAATTACAATTACTT-----TG-AAATG-----TAATC---A------AT---TACAAT----TACAGATTA--CTTTTTT--ATATA--CTTcgaatgtaattgaccccatgtctgtt
gi|3 : aatgatatgataaataatgttttaaattattatgtttttcaattatagcacccttgcagtaatcaaaaataaagctttgctcagcaA-TTA-----ACTT-----GA-CC-TG-----CAATC----T----CAT---TA---------A--AATTG--TATTTAT-AGT-CAGCCCT----TTCATG---ACATATTCTTCATTACTAGCCAAATTTT-TT-TCCTGT-CATACCAAAGA-GTTTTTC-TCAAATG-ATTTTA-TAGAGACGTTGAAAAAATT-A-TTTTCCTTATA--TATTTCCAT-TGAAAGCAGGAAG-CATTTTATGTCG--CTGTTTTATTTCTATTAATGTTATTTTTGA-----TTTATCTCCATACCATAC-ACCACCCCCACCCAACAACTAGCCTTTATTGGAAAGGTGGATAGACA--CTAT-A---------------TTGTGAAAACTTTAGAACGCAATAAAATT--TTGTTGGATGGTATCCAGGATT-CTCGCTCGCTT-CTCTTTT-GGT-TTTAGTCAATACTATAATACCAGATAGTCACTCTT-GTTTA-----TAGAC-----AAC-----TGGTAGGAC-AATCTA--ATGAAAAATGGC-TTTAATA-GATCT--ATCACACTTTCCTTTATCGGAGAATGCTTTTAGAGTA---CT--TAATGTAATGACTA-ACAA-AGGGATATAGTTAAATACCCAACAACGCGTTCACTTTTA--GTATTCAAACATTCT--ACATGGT-TATCTTGGCTCCTCTGAGGGACTCCTATGAATA--GGAAAA-GTTATAATCATCTTCTTCTAAAGACACAATCACTAAACTATTA-TATAGTCATACATATT--TCCAAT-TTTCTAT-TTTCTGGAGTTATTATTG-TCAAAGAGTCCGTTACCGAAAATAGTC--TTC--CCTT-GGT-ATCATTCTCA-TAT-----CAACAC-AGTACTATAGTACTCATGCAAGCTGACTG-ACGAATAATATTATGTTTTATAAGGCCCCAGATAAATTCGTT-TCTTTCTTCAAG----GAGTTCAACTGTTCTGAT-AG---GGT----GC-ACATGGCAGCGCTATATCTGTATGGTCAATTAGTATCAAT-CTACCTGATTCAATGAGATG--AGCT-TCCCATA-CACATTTAGG---A-GGTGTCC--AGAAGCTGTATG-TAGGG--TTTTATGGT--C-A--TAG---TGTTTTGTAT--AA--TGGTG---TAT---C---------C-----ACCAACA-T--AGCTG-ACCCGCAGT-CTAC-AGCCCCTTC-CATCTTTGT-ATAAATTG-TA--AAG-GCTAA----------------TATTCATTAT-TG------ATTA---AATGATTCAATAAGTC-TGTG-TTA----TAGGGAA-TGA-AGT-T-GCA-AA-TTATTG-TTTGATG--CT-GTTTCATTTCTGAttgtaattatgatttcaatgtaatcagtaatataacgata
gi|2 : aattgctgaTTAATGAC-------ATTTT-TAAT--TATTCA-AC-----A-ATCT-CC-TCAAAAC-ATTTTCCT-----TATT-A-AGTATTTA-TCT-TATAATA--T---TTAAT-TAAAATCAGGT-G-CATTT-AT-TCCTTTTATTTCATT-CTA--------AGTT---A-----TTTATTATT-T----TACAA---------------AAAAAGTAATTACTT-AAAGGTGGG-AGGCA--CTAC-ATCTTGTAATATTTATT-GTGAAACCT-----A---AGCCAA---AATTG-----------CTGAGTTTCAT---TCTCTCACTCTTTT-GGTTTTCA-TCAAAACATAAA-ACCAGAT-GTC-CTATTCGTTAA---AATGG-----TA---CAT--T--TAGGACAAATCAATGGC-GAAAATGGCTTTTAAGACGAT-TTCAACAAACCTCT--------GAAATTGCTT-----TTAAGTTTTTTAAT-----GATGATGCAATGGGGA-ATAGTTAAAAA---AACAATG--------GTTACTTTGTT-AAAT--TCTGAG--TGGTGTATTT--GCT--TCTGA-G-ACCAC----A-TAAGGGAAAGTGTGATG---ATCC-------AAGT-----CCA-------ATTTCTA-AA-CATAT---ATACTCAAAC-TTCT-ATGT--CA-GA-------------AGA-------TTA---ACCA----CGTTTC--CTCTGGGTGATC---TTC-ATATC--AAC-ATAC-C--A--------CTAACTC----T--CTGCG---ATAAT--TATGTT--ATAGG-ACC-AAATAA-ACTG-TATCTTAT---AGACCACG-AT---CCA---CTGTTGAT---GGTGG-AGCT-TAT-------CTAT---------GTCAAT----GTTAA-TCTACCTGAC-CAA------A-AGGCTAT-----A-CACA----GA---A-G-TGTCCACAGA--GTGTATGCTACGGT-TTCTGTGGT--CTACATAGTTATCT---GTATGTAA--TGGTGGATCAC---C---------T-----AC----AGT--AGATA-TCG-GCA--GCTA--A-CCCCTCCTCG-CTTTGG-CTC-A-----GTCAAT-G-T-ATAAGCT--AT-TATTCT-TTTA-TAT-AAAT-----------AAT--CTCAAT-AGTG-TGTT-ATA--------GAA-TTATTG--T-GC--AA-TTAAT-TCTTGATACATTCATT-CATTTCCGACTAGTGTGTGCCA-TT--A-TAA-TTTA-GTA--CTCATC-AC-ATAA-CC----TATC-AGT-GAA-TCA---AAGTTTT-CGCCTAA-GT-T--GTGAC-A-T-TAATATGTATGACA------AA----------TCACACGTCTTC-TATCAT------GT----AAT-GT-------------TCAGAATTGGT---TAATCAAATA-----A-CGAACA--------TAGTA-CATTGCCTATGATTA----GTG-----------CTT-TAGATAA------TGATCAATGAATAA---------TATAGATGTTTC-AA--GTTGTTA-T---GTT-TTCG-ATGTCATAGCACCCCTTGCA--GTAGT-AAA-AATAAAC--GTTGAGTCTGCTCAGCCAAAGTATCAA-----TA--TC--------AAAAA----GTA-ATCTGTAATTGAATGATGATGAACATT-T--CAAGGTAT-A-TT-GT--AGATGTAATAATTAAT--TT-CAAAA-TAGC-TG--TAAT--TTA-TT---GTAA-TTGGTAA-T-CATGAATT-TCA-ATGT-ATC-T-GTAATTATA-ATCGATTACA-TTGAATGATAA---TG--ACCCCAT-GTCTGt
gi|4 : ATA----TT--TCTAAAATCCTCAT-T--TTTGA---ATTATTTGTCAAAGATG---TTAC---CAA----C--ATCTTCCTTGGGTTATCT--CTCA-TATCAGAACAATACCA--AC-------CTAATGC----T-ACTG-G---AAATT--TATGTT--ATAGA-CCTCAAATAA-ACTGTT-TCTTC-----AG----G-AT---CAC---CTGTG-AGTCGGGT-GGAGCTTTATT------CTATG-CC-TATGGTCAAT----GTTAATTCTACCTGAT-CAA------GAGAGCTAT-----ATCACA----GGGAAA-G-TGT-C-CAGAG-CTGTATGTTAGGGGTTTCTGTGGC------ATAGT-GTTT---GTAA-TAAATTGGTGG--TATCCCC---------T-----ACCA--G-T--AGCTGAACATGCAGTCCTAC-A--CCCTTC-CCTCTTTGGTAT---TTG-TATC-AT-G-TAA-G--CTCGATATA--TTATTCATTAT-TGAT-----TTAAATAAT--TTCAATAAGTTGTGTTAATAGGCCTAAGGAATTAA-AG--T-GCAAAA-TTATTG-TTTGATGCA---ATTTCATTTCCG-ATAGTGT--GCAA-TTCAACTAA-TTTA-TAA--CTCATTAAC-ATGATCA----TATCAAGTGGAACTCG--CAAGT-TT-CACCTCA-GT-T--G-GA--A-T-T-AT----------------GACAAAATTAACTC--------TT-TGTCAT-------T----AAT-TT-------------TCAGAATTGTTAATCAAT---AT------A-CAC--A--------TAGC---------TAC-ATT-----GTA---------------GAATTAG------TGCT------TTAA---------GATA-A-----TAAG-----G--A-T---ATT-T--A-A--TTATA-TATCTA-g
gi|9 : at-T-----A-CACA----GG---AAG-TGTCT-CAGGG-CTGTCTG-TGGG---TTTTCT-GTGAC-C-ACAGA-GTTT---GTAT--AA--TGGTG----AT---C---------TTCGTAAC----AGT--AGCTG-ACAAACACT-CTAT-A-CCCCTGC-CCTCTTTAG-GTC-AATG-TATCAAT-G-TAA-A--GTTCATATA-------CATTATCTAATAA--A--A---AACA-TTCAATAA-TC-TGT--GTC----TTAGGAA-TTA-AC--TTGC--AAATTATTA-TTTGATG---T-ATTTCATTTCTG-ATTGTGT--GTAA-TACAA-TAA-ATTA-TGA--TACATaataatcccttaat
gi|5 : tacatg-TAA--TGGTGG--TAT---CCCTAACAGTT-----AC----A-TGTAGCTG-ATACGCAAT-CTACCA-CCCCTTC-CCTCTTTGGTAT---TTGCTATCAATGG-TAAAG--CT--ATATA-TTTA-TCATTAT-TAAT-----TTAAATAAT--TTCAATAAGTTGTGTT-AT-------AGGAATTTA-AAGTT-GCA-AA-TTATTG-TTTGATGC----ATTTCATTTC--GATAGTGT--GCAATTTCAATTAATTTTATTAACTCTCATCAAC-ATAA-CA----TATCAAGTGGAA-CTG--AAATGTTT-CCACTCA-GGTT--G-GAC-ATT-T-AT----------------GACAAAATTAACTC--------TTATATCAT-------T----AAT-TTTCAGAATTGGTAATC------------CAAT---AT------A-AC---A--------TAGCTACATTG--TAG-ATTTTTAAGTG-----------CTTTGAGATAATTGAATTGAT------ATAA---------AGT--ATGTTTTAAGTTGTTA--AGT---TTTATT------TTATAGCA-CCA-TTGAGTTTAGT-AAA-AATAAA---GC----TTTGCTT-----CAG---CAA-----AAAGTATAT-----AAAAAAAATGTA-AT-TGTAATTGAATTACAATT-ACATTTT--C-AAG--A-A-TT-GTAAAATCGTAATCAATgattgtttatagataaaaacgtgcattaaattgcat
gi|6 : taTA-TAA--CTCATCAACATGAA-CAGTACT-TCAAGTGGAC-TCGACCAG---TTTCACCTCATG--TCTG-GAC-A-TAT-ATGTGACAAAATT-----AAC---------TC--------TT-TGTCAC------TT----AATATT-------------TCAAG---------CAAT---GTTGTTTAATCA---AATCATACCTAGTA-CATTG--TAG-ATTA----GTG-----------CTTTGAGATAA------TGAT------ATGATTATGATTAAATA-ATGTTTTAAA--GTTG--T-TGTGTTG-TTCACA--TTAAG-CACCT--TGCA--GTAAT-AAA-ACTAA-------------GCTC-----AGC---CAA-----AAGCTATAGTAATTAAAAG----TTACATCTGTAATTGTATATTGATT-ACA---T--TCAAG--T-A-TTGGT--AATCGTA-TAATTATCA-TT-CAACA-TA---CGC---AG--TAATTTATTGTAATTT-GTAACTGCATG-AT--TCAT-TGTA--C-TGTAAATTATATATCGACTTCACTTGAATG-T--AATTCGGACCCCAT-GTCCGta
gi|14 : tgGTGGAACTCG--AAAGT-TT-CACCTCA-G--TC-G-GACTA-T-T-AT----------------c
gi|8 : ---TT-CGCCTCA-G--TA-G-GAC-A-T-T-ATGACAAAATTACATGTAAA----------TC--------TT-TATTATTTAAATGTTCAGAAT-TG-------------TCAAT---------CAGT---AT------A-CA------------T-GT--AAA-G--TAC-ATT-----GTAGTTTAGTGCTTT---AAGATAA------TGAT------ATGATA-------AATA-ATGTTTTAAG---TT-----T---TGT-TTTA-A--TTATAGCACCCT-TGCA--GTA-T-AAGTAATAAAATAGCT---TT-GATC-----A-G---CAAAAGTATATTTA--------AAAAA----GTA-ATCTGTAATTGTA-ATTGATT-ACT---TTTCAAAG--T-AATT-GT--AATTGTAATCAATTACA-TTTCAAAA-TGG--TG--TAATCTTAA-TT---GTAA-TT-GTAAT--CATAAATT-TCA-ATGTAATC-T-GTAATTATA-ATCGATTACA-TTGAATG-T--AATTG--ACCCCAT-GTCTg
gi|11 : ctAA------TGAT------ATGATA-------AATA-ATGTTTTAAATTATT---A-TG--TTT-TTCA-A--TTATAGCACCCT-TGCA--GTAATCAAA-AATAAA---GC----TTTGCTC------AG---CAAAG---TATATA--------AAAAA----GTA-ATCTGTAATTGTA-ATTGATT-ACATT-T--CAAAG--TAA-TT-GT--AATTGTAATCAATTACATTT-CAAAA-TAGCT-------G--TAA-TT----TAA-TT-GTAATT--ATG-ATT-TCA-ATGTAATCAG-TAA--TATA-AC-GAT
gi|13 : ACA-TTTCGAAA-TAGCT-G--TAATCTTAA-T----GTAA-TT-GTAAT--CATGAAT--TCAAATTAAATA-T-GTAATTATA-ATCGATAACA-TCGAATG-T--AATTG--ACCCCAT-GTCTGa
gi|15 : tatcataggactggagtatACA-TTGAATG-T--AATTG--ACCCCAT-GTCTGtt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): AACTCTTTATTATTTAACATGTTCGGAATTGTAATAGTGATCACCATAGGGCAAATTTATTGGGAGTTACGTCTAAAGTACCACATGTAGTTTAGTGCTTTAAGATAATGAAATGACAATACACATGTTTAAGTATAGCACCTTGCAGGTTAAGCGAT
Unaligned ( gi|16 ): CATTGAATGTAATTGACCCCATGTCTG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 1 666666666666 1 1 33333 1 1 222 1 111 1 1 333333333333333 3333 222222 1 1 1 33333333 2 11 22222 111 111111 1 1 1 1 222 11 33333333 111 22222 222222 666666666666666 22 1 2 11 11 1 777777777777777 2222 222222 11 111 33333 222222 1 1 1 2 2 2 2 7777777777777777777777777 1 33333333 77777777777 888888888888888 3333333333 2 333 55555555555555555555 4444 2 3333333 11 444444444 0000000000000000000000000000000000000000 111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 2 222 1 11 33333333 11 111 1111 111 1 11 11 1 111 1 33333333333 11 6666666666666666666666 222 1 222 11 1 1 111 444444444 1111 22222 11 222222 2222 1111 11 55555555555555555555555 1 3333333 2222 4444444444 2222222 11 111 3333333 11 111111 11 2 111 22222 111 4444 222222 1 1 5555555555555555555555555555555555 1 111 1111 111111 333333333333333333 5555555555555 222222222222 1 333333333 11111 111 33 111 22
lowQualScore : 88 3 3 111111111111 3 3 7 55555 7 6 3 3 222 3 777 7 3 7 0 55 222222222222222 3333 7 111111 5 33 2 0 0 33333333 8 0 0 5 11 8 11 8 8 88 0 8 99 99 00000 777 8 8 88 666666 1 0 0 0 0 777 33 22222222 777 55555 222222 222222222222222 1 33 0 0 66 2 33 0 222222222222222 1111 9 1 222222 33 2 777 55555 888888 0 0 2 6 1 333 3 3 3 1 3 1 5555555555555555555555555 7 7 1 7 0 7 7 7 1 66666666 1 1 88888888888 1 444444444444444 9999999999 3 7 1 666 0 11111111111111111111 6 9999 3 7 1111111 33 1 888888888 3 6 1 0000000000000000000000000000000000000000 777 44 1 1 6 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 33 8 0 777 0 2 33 55555555 33 6 777 4 4444 777 0 33 33 0 8 111 2 0 44444444444 0 33 33 0000000000000000000000 444 0 777 33 0 3 2 0 000 000000000 3 8 7777 11111 8 5 77 000000 2222 5555 22 99 99 55555555555555555555555 6 5 3 77 6 1 0000000 6 6 2222 1111111111 3 6 3333333 3 3 55 000 8888888 3 8 55 6 6 999999 1 3 9 8 11 8 3 6 6 99 0 8 8 8 8 111 0 99 1 9999 2 5 99999 5 5 5 5 000 3333 3 555555 6 3 5 6 6 99 99 6666666666666666666666666666666666 1 77 222 2222 6 444444 888 66 111111111111111111 5 1111111111111 5 8888888 4 1 5 77 6 6 6 888888888888 2 888888888 66666 111 6 6 7 6 1 6 6 99 6 99 0 3 5 1 5 7 6 6 33 99 000 6 6 6 66 6 6 7 6 6 7 5 5 77 77 5
lowQualScore : .. . . ............ . . . ..... . . . . ... . ... . . . . .. ............... .... . ...... . .. . . . ........ . . . . .. . .. . . .. . . .. .. ..... ... . . .. ...... . . . . . ... .. ........ ... ..... ...... ............... . .. . . .. . .. . ............... .... . . ...... .. . ... ..... ...... . . . . . ... . . . . . . ......................... . . . . . . . . . ........ . . ........... . ............... .......... . . . ... . .................... . .... . . ....... .. . ......... . . . ........................................ ... .. . . . ..................................................... .. . . ... . . .. ........ .. . ... . .... ... . .. .. . . ... . . ........... . .. .. ...................... ... . ... .. . . . . ... ......... . . .... ..... . . .. ...... .... .... .. .. .. ....................... . . . .. . . ....... . . .... .......... . . ....... . . .. ... ....... . . .. . . ...... . . . . .. . . . . .. . . . . . ... . .. . .... . . ..... . . . . ... .... . ...... . . . . . .. .. .................................. . .. ... .... . ...... ... .. .................. . ............. . ....... . . . .. . . . ............ . ......... ..... ... . . . . . . . .. . .. . . . . . . . . .. .. ... . . . .. . . . . . . . . .. .. .
lowQualScore : 33 3 3 777777777777 3 3 3 77777 3 0 3 3 777 3 777 3 3 3 0 88 222222222222222 8888 0 222222 5 55 5 0 0 55555555 0 8 8 2 88 0 66 0 0 88 8 0 00 00 00000 000 0 0 88 000000 0 0 0 0 0 555 22 22222222 555 00000 222222 555555555555555 0 88 0 0 55 5 88 0 555555555555555 2222 2 0 222222 88 0 555 00000 888888 0 0 0 7 0 000 7 7 7 0 3 0 0000000000000000000000000 3 3 0 3 7 3 3 3 0 77777777 0 0 00000000000 0 777777777777777 7777777777 7 3 0 777 7 00000000000000000000 7 0000 3 3 3333333 33 0 000000000 7 7 0 0000000000000000000000000000000000000000 555 00 0 0 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 88 8 0 555 0 5 88 88888888 55 5 555 2 2222 555 0 88 88 0 8 000 0 0 22222222222 2 88 55 2222222222222222222222 888 0 555 88 0 2 5 0 555 000000000 8 0 0000 00000 0 6 22 000000 4444 2222 77 22 22 77777777777777777777777 7 2 3 77 7 0 8888888 7 7 7777 5555555555 2 7 8888888 5 2 77 222 2222222 2 0 88 7 7 888888 7 7 8 0 00 0 2 7 7 22 8 0 0 0 0 888 8 88 0 3333 7 7 66666 7 7 7 7 000 0000 2 888888 7 3 0 7 7 22 22 5555555555555555555555555555555555 4 99 444 1111 3 444444 888 99 000000000000000000 0 6666666666666 7 9999999 3 0 7 99 3 7 7 000000000000 3 888888888 77777 777 7 7 3 7 0 7 7 22 7 22 7 5 2 0 7 3 7 7 33 22 555 7 7 7 22 7 7 3 7 7 3 7 7 99 99 7
consensus : CAGAGAT--GGGGTAATCGTAA-TCTGTA-AT------C-----AGCTGT-AATTGAT-TACAATTTTTCGAGTAATCGAAT-TAATCTGTAATCGTGTATTTTTT-AG-AT-T-ACA-TGTAATT-T-AATTGTAA-TCGATTACATTAATTTT-ACCCTGTAAT---C--AT---G---ATTACATTT--ATAGATTA---C--TTTTTTGATATACTTGC-ATTCA-TT------T-ATATATTTTT-CATGAC-ATTTT-TA-TTAT-CAACA-A-TTTTCCT-CAAAAG-ATTTTA-T-----TATT-AGAGTATT-A-TTT-CCTTATA--T---TTNATTAAAAGCAGGT-GC-ATTT-AT-TC---TTATTTTATT-CTGT----AT-TATTT---ATTT-----ATTTTT-T----TACA---------------AAATAGCC--TT-ATTTGAAAGGTGGG-ANACACT--AT-ATC--------------GTGAAAACT----AAAGCGA--A---AATT--GCTGA---GTTTC----ATTCTC------TC-CTCTTTT-GGTTTTCAGTCAAAACAAAAA-ACCAGAT-GTC-CTATT-GTTAA---AATGGAC---TAAACCAT--T-GTAGGACAAATCNATGACGAAAAATGGCTTTTAATA-GAT-TTCATCACACCTCC--------GAGAATGCTTTTA------GT-TT-TTAATGT-G-GACGA-GCAA-GGGGATATAGTTAAANA---AACAACGC-T---CTGTTACTNTGTTCAAACATTCTG---ATGGT-TATCT--GCT--TCTGAGGGACCAC----AATAAGGNAAAGTGTGATGATCATCC----C-AAAGTCACAATC-CTAAAC-ATT--TATAGTCATAC---TTTCNAACTCCTCATTT-TC--GAATTA-TT----T--CA-AAGA-----T--TAC--ACAA----C--TTC--CCTTGGGT-ATC---CTC-ATATCA--ACA-------ATAC-NACCTA---ACGC-T-ACT---G-GATA--ATTATG--TTAT-AGGCCCCAAATAA-A-CTGTT-TCT---TTCA----AGGA--TCNNCTGT-----T-AGGGT-G--------AGC-T-TA-TCTATG-CCTATGGTCAAT--GT-TAATTCTACCTGA-TCAAG-GAG---------CTATA-CAC----AGG---A-GTGTCC-CAGAGCTGTATGTTAGGG--TTT-CTGTGGTC-A-ATAGT-G-TTTGTAT-TAA--TGGTGG--TAT---C--T-----ACC-A------GTAGCTG-ACACGCAGT-CTAC-A-CCCCTTCCCTCTTTGGTAT--ATTG-TATCAATG-TA--A-GCTC-ATATA--TTATTCATTAT-TGA----TATTAAATAATTTCAATAAGTT-GTGTT-ATA----TAAGGAATTNAAG--TGC-AAATTATTG-TTTGATGCA-T--ATTTCATTTCCGAATAGTGT-G--CAATT-CAA-TAATTT-AT-AACTC--ATCAAC-AT-AA-CA-TA--TCAAGTGGAACTCGAA-A-GTTTCGCCTCA-G--T--G-GAC-A-T-TA---TG----ACAAAATTA------AC-TCTT-TGTCAT-TAA-T-TTTCAG--AAT--TG-----T-----CAA--T----ATA-CA---A---TAG-TACATTG--TA-G-ATT----AGTGCTTTAAGATAA------T---GAT--ATGA-T--------AA-TA---ATGT-TTTAAG--GT-T-A-T---TTT-TTCA-AT--TATAGCACCCTT-GCAG--TAAT-AAA-AATAAA---GCT---TTTGCTCAGGCAAA--TA-TN--TATAA-----AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTATATTGATTA-CATTTCAAAGT-A-T--T-GT--AATCGTAATCAATTA-CATTTCAAAA-TA-GCT-G--TAATCTTAATT-GTAA-TTG-TAAT--CATGAATT-TCA-ATGTAATCTGT-AATTATA-ATCGATTACA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTG
Reference ( family-1156 ) : CAGAGAT--GGGGTAATCGTAA-TCTGTA-AT------C-----AGCTGT-AATTGAT-TACAATTTTTCAAGTAATCGA-TGTAATCTGTAATCGTGTACTTTTT-AG-AT-T-ACA-TGTAATT-T-AATTGTAA-TCGATTACATTAATTTT-ACCCTGTAAT---C--AT---G---ATTACATTT--ACAGATTA---C--TTTTTTGATATACTTGC-ATTCA-TT------T-ATATATTTTT-CATGACTATTTT-TA-TTAT-CAACA-A-TTTTCCT-CAAAAN-ATTTTN-T-----TATT-AGAGTATT-A-TTT-CCTTATA--T---TTNATTAAAAGCAGGT-GC-ATTT-AT-TC---TTATTTTATT-CTAT----AT-TATTT---ATTT-----ATTTTT-T----TACA---------------AAANAGCC--TT-ATTT-AAAGGTGGG-AGACACT--AT-AT---------------GTGAAAACT----AAAGTNA--A---AATT--GCCGA---GTTT-----ATTCTC------TC-CTCTTTT-GGTTTTCAGTCAANACNNNAATACCAGATAGTCACTNTTCGTTNA---AATGGAC---TAAACCAT--TGGTAGGACAAATCNATGGCGGAAAATGGCTTTTAANACGATCTTCANCANACCTCCCTTTATCGGAGANTGCTTTTAGANTAAGTCTT-TTAATGTAATGACGATGCAATGGGGATATAGTTAAANACCCAACAACGCGTTCACTNTTACTNTGTTCAAACATTCTGAGCATGGTGTATCTTGGCTCCTCTGAGGGACCNCTATGAATAAGGGAAAGTGTNATGATCATCCTCTTCTAAAGNCACAACCACTAAACTATTNCTATAGTCATAC---TTTCNAANTTCTCATTC-T---GAATTA-TT----T--CA-AAGA-----T--TAC--ACAA----C--TTC--CCTTGGGT-ATC---CTC-ATATCA--ACA-------ATAC-AACCTA---ACGC-T-ACT---G-GATA--ATTATG--TTAT-AGGCCCCAAATAA-A-CCGTT-TCT---TNCA----AGGA--TCCNCTGT-----T-AGGGT-G--------AGC-T-TA-TCTATG-CCTATGGTCAAT--GT-TAATTCTACCTGA-TCAAG-GAG---------CTATA-CAC----AGG---A-GTGTCC-CAGAGCTGTATGCTAGGG--TT--CTGTGGTC-A-ATAGT-G-TTTGTAT-TAA--TGGTGG--TAT---C--T-----ACCAA------GTAGCTG-ACACGCAGT-CTAC-A-CCCCTTCCCTCTTTGGTAT-CATTG-TATCAATG-TA--A-GCT--ATATA-TTTATTCATTAT-TAA----TATTAAATAATTTCAATAAGTC-GTGTT-ATA----TAAGGAATTTAAG--TGC-AAATTATTG-TTTGATGCA-T--ATTTCATTTCCGAATAGTGT-G--CAATT-CAACTAATTT-AT-AACTC--ATCAAC-AT-AA-CA-TA--TCAAGTGGAACTCGNA-A-GTTTCGCCTCA-G--T--G-GAC-A-T-TA---TGAA--ACAAAATTA------AC-TCTT-TATCATGTAA-T-TTTCAG--AAT--TG-----T-----CAA--T----ATA-CA---A---TAG-TACATTG--TA-N-ATT----AGTGCTTTGAGATAA------T---GAT--ATGA-T--------AA-TA---ATGT-TTTAAG--GT-TGA-T---TTT-TTCA-AT--TATAGCACCCNT-GCAG--TAGT-AAA-AATAAA---GCT---TTTGCTCAAGCAAA--TA-NN--TATAA-----AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTATATTGATTA-CATTTCAAAGT-A-T--T-GT--AATCGTAATCAATNA-CATTTCAAAA-TA-GCTCG--TAATCTTAATT-GTAA-TTG-TAATT-CATGAATT-TCA-ATGTAATCTGT-AATTATA-ATCGATTACA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTG
gi|1 : CAGAGAT--GGGGTAATTGTAA-TCTGTA-AT------C-----AGCTGT-AATTGAT-TACAATTTTTCAAGTAATCAAATGTAATCTGTAATCGTGTATTTTTT-AG-AT-T-ACA-TGTAATT-T-AATTGTAA-TCGATTACATTAATTTT-ACCCTGTAAT---C--AT---G---ATTACATTT--A--GATTA---C--TTTTTTGAT-TACTTGC-ATTCATTT------T-ATATATTTTT-CATGAC-ATTTT-TA-TTAT-CAACA-A-TTTTCCT-CAAAAG-ATTTTA-T-----TATT-AGAGTATT-A-TTT-CCTTATA--T---TTCATTAAAAGCAGGT-GC-ATTT-AT-TC---TTATTTTATT-CTGT----ATATATTT---ATTT-----ATTTTT-T----TACA---------------AAATAGCCT-TT-ATTTAAAAGGTGGG-ATACACT--AT-AT---------------GTGAAAACT----AAAGTGA--AATTAATT--GCCGA---GTTT-----ATTCGC------TC-CTCTTTTAGGTCTTTAGTCAAAACAAAAA-ACCAGAT-GTC-CTATT-GTTAAGACAATGGACGAATAAACCATAATCGTAGGAC-AATCCATGACAAAAAATGGC-TTTAATA-GA---TTATCACACC-----------GAGAATGCTT---------GTATTGTTAATGTCG-GAAGA-GCAA-GGGGATATAGTAAAACA---AACAATGC-T---CTGTTGTTA---TTAAACAGTCT----ATGGT-TA-CT--GCT--TCTGA-GGACCAC----ACTA--GTAAAGTGTGATGATAATCC------AAGGTCA-------------ATTT-TA-AATCATAC---TTTCTAACTCCTCATTCGT---GAATTATTT----T--CA-A--A-----T--TAT--ACAA----C--TTC--CCTTCGGT-ATC---CTCAATAT-A--ACG-------ATAC-AACCTG---ATGCTT-ATT---G-GATA--ATTATG--TTAT-AAGCCCAAAATAAGA-CTATTATCT---TTCA----AAGG--TACCCTGT-----T-AGGGT-T--------AGC-TATA-TCTATGTCCTATGGTCAAT--GT-TAATTCTAC--GA-TCAAG-CAG---------CT-TA-CAC----AGG---A-GTGTCC-CAGA-CTGT-TG-TAGGGA-TT--CTCTAGTC-A-ATAG--G-TGTGTAT-TAA--TGATGG--TAT---C--T-----AC---------ATAGCTG-ACACACAGTGCTAC-A-CCCCTTCCGTCTTTGG-AT--ATTG-TATCAATG-TA--ATACTTGATATATTTTATTCATTAT-TGATCATTATTA---AATTTCATTAAGTT--TGTT-GTA----TAAGGAAGTTAAG--TGC--AATTATTGTTTTGATGCACT--ATTCCATTTCCGAATAGTGTGG--CAATT-CAA-TAATTT-AT-AACTC--ATCAACAAT-AA-CA-T---TCAAGTGGGA-TCGCA-A---TTCACCTCA-G--T--G-GAC-A-T-TA---TAA---------------------TCTT-TGTCATGTAA-T-TTTC----------------------CAA--T----ATA-CA---A---TAG-T-CAATG--TA-T-ATT-----GTAC---AAAATAA------T---GAT--ATAA----------AA-TA---ATGT-TTTAAA--AT-TGA-T---TTT-TTCA-AT--TATA-CACCCAT-GCAT--TAAT-AAA-AATAAA---GCT---TTTGCTCAAGC-AA--TA-AC----TAA-----AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTATATTGATTA-CA--TCAAAGT-A-T--T-GT--AATTGTATTAAATAA-CA-TTCAAAACTA-GCTTGCTTAA--ATAATTAGTAA-TTG-TAATT-CATGAATTGTCATATGTAATCTTA-AATTATA-A--GATTACA-TTGAATG-TAAAATT--CCCCCCATAGTCTG
gi|10 : CAGAGAT--GGGGTAATCGTAA-TCTGTA-ATCGTAACC-----AGCTGT-AATTGATATACA--TTTTCAAGTAATC-A-T------TGT-ATCGTGTATTTTTTAAG-ATGTAACA-TGTAATTGT-AA-TGTAATTCGATTACATTAATGTTAACCCTGTAACCTGC--AT---GATCATTACATTT----AGGTTA---C--TTTTTTGAT-TACTTGCTATTCA-TT------TGATATATTTTT-CA-GACTATTTTGTA-TT-T-CAACA-A--ATTCCT-CAAAAC-ATTTTC-T-----TATT---AGTATT-ATTTT-CCTTATAATT---TTAATTAA
gi|11 : AA------T---GAT--ATGA-T--------AAATA---ATGT-TTTAAA--TTATTA-TG--TTT-TTCA-AT--TATAGCACCCTT-GCAG--TAATCAAA-AATAAA---GCT---TT-GCTCA-GCAAA---G-TA--TATAA-----AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTA-ATTGATTA-CATTTCAAAGTAA-T--T-GT--AATTGTAATCAATTA-CATTTCAAAA-TA-GCT-G--TAAT-TTAATT-GTAA-TT---------ATG-ATT-TCA-ATGTAATCAGT-AA-TATA-A-CGAT
gi|12 : TA-AA---G---TAC-CACAT-G--TA-G-TTT----AGTGCTTTAAGATAA------T---GAA--ATGA-C--------AA-TACACATG--TTTAAG--------------------------TATAGCA-CCTT-GCAG--a
gi|13 : aactctttattatttaacatgttcggaattgtaatagtgatcaccatagggcaaatttattgggagttacgtcA-CATTTCGAAA-TA-GCT-G--TAATCTTAAT--GTAA-TTG-TAAT--CATGAATT-CAA-ATTAAATATGT-AATTATA-ATCGATAACA-TCGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTGgttaagcgat
gi|14 : tatcataggactggagtatGTGGAACTCGAA-A-GTTTCACCTCA-G--TC-G-GACTA-T-TA---TGtt
gi|15 : ACA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTG
gi|16 : CA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTG
gi|2 : TT-AATGAC-ATTTT-TAATTATTCAACA-A-TCT-CCT-CAAAAC-ATTTTCCT-----TATT-A-AGTATTTA-TCT-TATAATA--T---TTAATTAAAATCAGGT-GC-ATTT-AT-TCCTTTTATTTCATT-CTA---------AGTT---ATTT-----ATTATT-T----TACA---------------AAAAAAGTAATT-ACTT-AAAGGTGGG-AGGCACT--AC-ATCTTGTAATATTTATTGTGAAACCT----AA-GCCA--A---AATT--GCTGA---GTTTC----ATTCTC------TCACTCTTTT-GGTTTTCA-TCAAAACATAAA-ACCAGAT-GTC-CTATTCGTTAA---AATGG-----TA---CAT--T--TAGGACAAATCAATGGCG-AAAATGGCTTTTAAGACGAT-TTCAACAAACCTCT--------GAAATTGCTTTTA-----AGTTTT-TTAATG-----ATGATGCAATGGGGA-ATAGTTAAAAA---AACAATG--------GTTACTTTGTT--AA-ATTCTGAG--TGGTGTATTT--GCT--TCTGAG--ACCAC-----ATAAGGGAAAGTGTGATGATC--------C--AAGTC-CAATTTCTAAAC-------ATA--TATAC---T--CAAACTTCT---------------A-TG----T--CAGAAGA-----T--TA---ACCA----CGTTTC--CTCTGGGTGATC---TTC-ATATCA--ACA--------TAC-CAC-TA---ACTC-T--CT---GCGATA--ATTATG--TTAT-AGGACC-AAATAA-A-CTGTA-TCT---TATAGACCACGA--TCCACTGT-----TGATGGT-GG-------AGC-T-TA-TCTATG--------TCAAT--GT-TAAT-CTACCTGA-CCAAA-AGG---------CTATA-CAC----AGA---A-GTGTCCACAGAG-TGTATGCTACGG--TTT-CTGTGGTCTACATAGTTA-TCTGTATGTAA--TGGTGGATCAC---C--T-----AC--A------GTAGATA-TCG-GCAG--CTA--A-CCCCTCCTCGCTTTGGC-T-CA-----GTCAATG-TATAA-GCT--AT------TATTC-TT-T-TA-----TAT-AAATAATCTCAATA-GT--GTGTT-ATA--------GAATTATTG--TGC-AA-TTAATT-CTTGATACA-TTCATT-CATTTCCGACTAGTGT-GTGCCATT---A-TAATTT-AG-TACTC--ATCA-C-AT-AA-CC-TA--TCA-GTGAA--TCAAA-G-TTTTCGCCTAA-G--TT-GTGAC-A-T-TAATATGTATGACAAA-TCAC-----ACGTCTTCTATCATGTAA-T-GTTCAG--AAT--TGG----T-----TAA--TCAA-ATAACG---AACATAG-TACATTGCCTA-TGATT----AGTGCTTT-AGATAA------T---GATCAATGAAT--------AA-TATAGATGT-TTCAAGTTGT-T-A-T---GTT-TTCG-ATGTCATAGCACCCCTTGCAG--TAGT-AAA-AATAAAC--GTTGAGTCTGCTCAGCCAAAG-TA-TCAATATCA-----AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGAATGATGATGAACATTTCAAGGT-A-TATT-GT--AGATGTAAT-AATTA--ATTTCAAAA-TA-GCT-G--TAATTT--ATT-GTAA-TTGGTAAT--CATGAATT-TCA-ATGTA-TCTGT-AATTATA-ATCGATTACA-TTGAATGAT--AA-T--GACCCCAT-GTCTG
gi|3 : ATTAACTTG-ACC-TGCAAT---CTCATTAAA---ATTGTATTT--ATAG-TCAGCCC--TTTCATGACATATTC----TTCA-TTACTAGCC-AAATTTTTTT-CCTG-------T-CA-T-AC-CAAAG-AGTTTTTCT-CAAATG-ATTTTA-TAGAGACGTTGAAAAAATT-A-TTTTCCTTATA--TATTTCCATTGAAAGCAGGAAGC-ATTTTATGTCG--CTGTTTTATTTCTATTAATGT-TATTTTTGATTT-----ATCTCCATACCATACACCACCCCCACCCAACAACTAGCC--TTTATTGGAAAGGTGGATAGACACT--AT-ATT--------------GTGAAAACTTTAGAACGCAATAA---AATTTTGTTGGATGGTATCCAGGATTCTCGCTCGCTT-CTCTTTT-GGTTTT-AGTCAATACTATAATACCAGATAGTCACTCTT-GTTTA-----TAGAC-----AAC-----TGGTAGGACAA-TCTA--ATGAAAAATGGCTTT-AATA-GATCT--ATCACACTTTCCTTTATCGGAGAATGCTTTTAGAGTA-----C-TTAATGTAATGACTA-ACAA-AGGGATATAGTTAAATACCCAACAACGCGTTCACTTTTA--GTATTCAAACATTCTA--CATGGT-TATCTTGGCTCCTCTGAGGGACTCCTATGAAT-AGGAAAA--GTTATAATCATCTTCTTCTAAAGACACAATCACTAAACTATTA-TATAGTCATACATATTTCCAATTTTCTATTT-TCTGGAGTTA-TTATTGT--CA-AAGAGTCCGT--TACCGAAAATAGTC--TTC--CCTT-GGT-ATCATTCTC-ATATCA--ACACAGTACTATAG-TACTCATGCAAGC-TGACTGACG-AATAATATTATGTTTTATAAGGCCCCAGATAA-ATTCGTT-TCTTTCTTCA----AGGAGTTCAACTGTTCTGAT-AGGGT-GCACATGGCAGCGC-TA-TATCTG---TATGGTCAATTAGTATCAATCTACCTGATTCAAT-GAGATGAGCTTCCCATA-CACATTTAGG---AGGTGTCC-AGAAGCTGTATG-TAGGG--TT--TTATGGTC---ATAGT-GTTTTGTA--TAA--TGGT-G--TAT---C--C-----ACCAAC-----ATAGCTG-ACCCGCAGT-CTAC-AGCCCCTTCCATCTTT-GTATAAATTG-TA--A-----A--G-GCT--A-A-----TATTCATTAT-TG------ATTAAATGA-TTCAATAAGTCTGTGT---TA----TAGGGAA-TGAAGT-TGC-AAATTATTG-TTTGATGC--T--GTTTCATTTCTGAg
gi|4 : aattgctgaATAT---TTCTAAAATCCTCATTT-TT--GAATTA-TT----TGTCA-AAGA-----TGTTAC---CAA----C--ATCTTCCTTGGGTTATCT--CTC-ATATCAGAACA-------ATACCAACCTA---ATGC-T-ACT---G-GAAA--TTTATG--TTAT-AGACCTCAAATAA-A-CTGTT-TCT---TC------AGGA--TCACCTGTGAG--T-CGGGTGG--------AGCTT-TATTCTATG-CCTATGGTCAAT--GT-TAATTCTACCTGA-TCAAGAGAG---------CTATATCAC----AGGGAAA-GTGT-C-CAGAGCTGTATGTTAGGGGTTT--CTGTGGC----ATAGT-G-TTTGTAA-TAAATTGGTGG--TATCCCC--T-----ACC-A------GTAGCTGAACATGCAGTCCTAC-A--CCCTTCCCTCTTTGGTAT---TTG-TATC-ATG-TA--A-GCTCGATATA--TTATTCATTAT-TGA----T-TTAAATAATTTCAATAAGTT-GTGTTAATAGGCCTAAGGAATTAAAG--TGCAAAATTATTG-TTTGATGCA----ATTTCATTTCCG-ATAGTGT-G--CAATT-CAACTAATTT-AT-AACTC--ATTAAC-AT-GATCA-TA--TCAAGTGGAACTCGCA-A-GTTTCACCTCA-GT-T--G-GA--A-T-TA---TG----ACAAAATTA------AC-TCTT-TGTCAT-TAA-T-TTTCAG--AAT--TGTTAA-T-----CAA--T----ATA-CAC--A---TAGCTACATTG--TAGA-ATT----AGTGCTTTAAGATAA------TAAGGAT--ATT--T--------AA-TT---ATATATCTAAt
gi|5 : at-TAA--TGGTGG--TAT---CCCT-----AACAGTTACATGTAGCTG-ATACGCAAT-CTACCA-CCCCTTCCCTCTTTGGTAT---TTGCTATCAATGGTA--AAGCT--ATATA-TTTAT-CATTAT-TAA----T-TTAAATAATTTCAATAAGTT-GTGTT-ATA-------GGAATTTAAAGTTGC-AAATTATTG-TTTGATGCA-T----TTCATTTC--GATAGTGT-G--CAATTTCAATTAATTTTATTAACTCTCATCAAC-AT-AA-CA-TA--TCAAGTGGAACT-GAA-ATGTTTCCACTCA-GGTT--G-GAC-ATT-TA---TG----ACAAAATTA------AC-TCTTATATCAT-TAA-T-TTTCAG--AAT--TGGTAATC-----CAA--T----ATA-AC---A---TAGCTACATTG--TA-G-ATTTTTAAGTGCTTTGAGATAATTGAATT---GAT--ATAA----------AG-T----ATGT-TTTAAGTTGT-TAAGT---TTTATT----T--TATAGCACCATT-G-AGTTTAGT-AAA-AATAAA---GC----TTTGCTTCAGCAAA--AAGTA--TATAA-----AAAAAATG-TA-AT-TGTAATTGAATTACAATTA-CATTTTCAAGA-A-T--T-GTAAAATCGTAATCAATTA-ataatcccttaat
gi|6 : taT-AT-AACTC--ATCAAC-ATGAA-CAGTACTTCAAGTGGA-CTCGACCA-GTTTCACCTCATG--TCTG-GAC-A-TATA---TGTG--ACAAAATTA------AC-TCTT-TGTCACTTAA-TATTTCAAGCAATGTTG-----TTTAATCAAATC----ATA-CC-------TAG-TACATTG--TA-G-ATT----AGTGCTTTGAGATAA------T---GAT--ATGA-TTATGATTAAA-TA---ATGT-TTTAAA--GT-TGT-TGTGTTG-TTCACAT--TA-AGCA-CCTT-GCAG--TAAT-AAA-ACTAA-------------GCTCAGCCAAA---A-GC--TATAGTAATTAAAA---GTTACATCTGTAATTGTATATTGATTA-CATTC--AAGT-A-T--TGGT--AATCGTA--TAATTATCA-TTCAACA-TACGC-AG--TAATTT--ATT-GTAATTTG-TAACTGCATGA--T-TCA-TTGTA--CTGTAAATTATATATCGACTTCACTTGAATG-T--AATTCGGACCCCAT-GTCCG
gi|7 : tgCAGAGATTGGGGGTAATCGTAAATCTGTATAT------CGTAACAGCTGTTAATTGAT-TACCATTTTCTGAGTAATCGAATTTAATCTGTAATTGTGTATTTTTT-AGTAT-C-ACACTGTAACT-TCAATTGTAA-TCGAT---ATTAATTTT-ACCC-GTAAT---C--AT---G---ATTACATTTTAATAGATTA---CGCTTTTTTGATAC---TGC-ATTCA-TT------T-ATATATTTTTTCATGAC-ACTTT--A-TTAT-CAACATA-TTTTCCTTCAAAAGTATTTTA-T-----TATT-AGAGTATT-A-TT--CCTTAAA--T---TCGTATAAAAGCAGGT-GCCATTT-TT-TC---TTATTTTAT--CTGT----AT-TATTT---ATTTTTTTTCTTTTT-T----TACA---------------AAACAGCC--AT-ATTT-AAAGATGG--ATACACTCTATCAT---------------GTGAAAACT----AAAGTGA--A---AATT--GCTGA---GTTT-----ATTCTC------TC-CTCTTTT-Gc
gi|8 : TTTCGCCTCA-G--TA-G-GAC-A-T-TA---TGA----CAAAATTACATGTAAA-TCTT-TATTATTTAAAT-GTTCAG--AAT--TG-----T-----CAA--TCAGTATA-CATGTA---AAG-TACATTG--TA-G-TTT----AGTGCTTTAAGATAA------T---GAT--ATGA-T--------AAATA---ATGT-TTTAAG---T-T---T---TGT-TTTA-AT--TATAGCACCCTT-GCAG--TA-T-AAGTAATAAAATAGCT---TT-GATCA-GCAAAAGTA-TA--TTTAA-----AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTA-ATTGATTA-CTTTTCAAAGT-AAT--T-GT--AATTGTAATCAATTA-CATTTCAAAA-TG-GT--G--TAATCTTAATT-GTAA-TTG-TAAT--CATAAATT-TCA-ATGTAATCTGT-AATTATA-ATCGATTACA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCT
gi|9 : cTGTA-CAC----AGG---AAGTGTCT-CAGGGCTGTCTGT--GGG--TTTTCTGTGACC-A--CAGA-G-TTTGTAT--AA--TGGTG----AT---C--TTCGTAAC--A------GTAGCTG-ACAAACACT-CTAT-A-CCCCTGCCCTCTTTAG-GT-CAATG-TATCAATG-TA--AAGTTC-ATATA-------CATTATCTAA----TAAAAAACA--TTCAATAATCT-GTGTC-TTA-------GGAATTAACT--TGC-AAATTATTA-TTTGATG---T--ATTTCATTTCTG-ATTGTGT-G--TAATA-CAA-TAAATT-AT-GATAC--AT
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 666666666666 1 1 1 333 1 1 222 1 111 1 1 333333333333333 11111 222222 1 1 1 33333333 11 22222 111 111111 1 1 1 1 222 11 33333333 111 22222 222222 6666666666666666666666 1 1 1 1 777777777777777 11 2222 111 11 111 33333 222222 1 1 1 1 1 1 1 22222 777777777777777777 2 2 1 22 11 44444444 333333 44444 1 1 222 444444444444444444444 2222 1 11 11 11 444444444 666666666666666666666666666666666666666 111 22222 1 2222222 1 444444444444444444444444 11 2 222 1 11 33333333 1 111 1111 111 1 11 11 1 1 1 1 33333333333 11 666666666666666666666666 11111 1 222 11 1 1 111 444444444 1111 22222 11 11 2222 1111 11 3333333333333333333 2222222 11 222222 111 333333333 111 3333333 11 2222222 11 111 22222 2222222 222222 1 1111 555555555555555555555555555555555555 1 1111 111111 2222222222222222222 55555555555555555555555555 11 222222222222 1 444444444444 111 1111 111 1111
lowQualScore : 88 3 3 111111111111 3 3 7 0 2 444 7 3 3 222 3 777 7 3 7 0 55 222222222222222 77777 7 111111 5 33 2 0 0 33333333 8 0 8 0 33 8 999 8 0 0 8 8 88 00000 777 8 8 88 666666 1 0 0 0 0 777 33 22222222 777 55555 222222 2222222222222222222222 2 0 0 9 2 0 1 999999999999999 33 3 1111 777 33 777 66666 888888 0 0 2 6 3 8 3 3 3 99999 000000000000000000 3 1 7 7 3 3 22 00 88888888 999999 4 22222 3 3 3 7 1 333 0 555555555555555555555 6 9999 3 7 88 88 33 000000000 1 6 6 999999999999999999999999999999999999999 777 44 1 0 6 11111 0 0 6666666 0 3 444444444444444444444444 33 8 0 777 0 2 33 55555555 1 0 6 777 4 4444 777 0 33 33 0 8 0 0 0 44444444444 0 33 22 000000000000000000000000 55555 0 777 33 0 3 2 0 000 000000000 3 8 7777 11111 33 5 44 8 8 2222 5555 22 99 99 1111111111111111111 6 5 6 6 77 6 6 1111111 6 7 55 777777 3 222 222222222 88 2 6 000 8888888 3 1 55 7 6 6 3333333 3 77 11 8 8 8 8 6 6 99 0 8 8 8 8 111 0 99 9999 2 5 99999 5 5 5 8888888 3 555555 6 3 6 3333 6 99 444444444444444444444444444444444444 1 77 5 5 2222 2 444444 888 66 8888888888888888888 5 33333333333333333333333333 00 77 4 6 6 888888888888 5 555555555555 99 111 6 6 7 6 1 1111 6 6 99 0 3 5 5 7 6 6 6 99 000 6 6 6 3333 6 6 6 6 7 5 5 77 77 5
lowQualScore : .. . . ............ . . . . . ... . . . ... . ... . . . . .. ............... ..... . ...... . .. . . . ........ . . . . .. . ... . . . . . .. ..... ... . . .. ...... . . . . . ... .. ........ ... ..... ...... ...................... . . . . . . . ............... .. . .... ... .. ... ..... ...... . . . . . . . . . ..... .................. . . . . . . .. .. ........ ...... . ..... . . . . . ... . ..................... . .... . . .. .. .. ......... . . . ....................................... ... .. . . . ..... . . ....... . . ........................ .. . . ... . . .. ........ . . . ... . .... ... . .. .. . . . . . ........... . .. .. ........................ ..... . ... .. . . . . ... ......... . . .... ..... .. . .. . . .... .... .. .. .. ................... . . . . .. . . ....... . . .. ...... . ... ......... .. . . ... ....... . . .. . . . ....... . .. .. . . . . . . .. . . . . . ... . .. .... . . ..... . . . ....... . ...... . . . .... . .. .................................... . .. . . .... . ...... ... .. ................... . .......................... .. .. . . . ............ . ............ .. ... . . . . . .... . . .. . . . . . . . . .. ... . . . .... . . . . . . . .. .. .
lowQualScore : 33 3 3 777777777777 3 3 3 7 0 000 3 3 3 777 3 777 3 3 3 0 88 222222222222222 22222 0 222222 5 55 5 0 0 55555555 0 8 0 8 66 0 666 0 8 8 0 0 66 00000 000 0 0 88 000000 0 0 0 0 0 555 22 22222222 555 00000 222222 8888888888888888888888 5 0 0 0 5 0 0 000000000000000 88 2 2222 555 88 555 22222 888888 0 0 0 7 3 3 3 3 3 77777 777777777777777777 7 0 3 3 7 3 33 33 33333333 777777 0 77777 7 3 3 3 0 333 7 777777777777777777777 7 7777 3 3 33 33 33 333333333 0 7 7 777777777777777777777777777777777777777 555 00 0 2 5 88888 8 0 0000000 0 2 555555555555555555555555 88 8 0 555 0 5 88 88888888 0 0 5 555 2 2222 555 0 88 88 0 8 0 0 0 55555555555 2 88 00 222222222222222222222222 88888 0 555 88 0 2 5 0 555 000000000 8 0 0000 00000 00 6 44 0 0 4444 2222 77 22 22 7777777777777777777 7 2 7 7 77 7 7 2222222 7 3 88 222222 2 333 555555555 33 5 7 222 2222222 2 0 88 3 7 7 0000000 7 33 00 0 0 0 0 7 7 22 8 0 0 0 0 888 8 88 3333 7 7 66666 7 7 7 6666666 2 888888 7 3 7 5555 7 22 999999999999999999999999999999999999 4 99 7 7 1111 3 444444 888 99 1111111111111111111 0 44444444444444444444444444 00 99 2 7 7 000000000000 0 888888888888 22 777 7 7 3 7 0 2222 7 7 22 7 5 2 7 3 7 7 7 22 555 7 7 7 3333 7 7 7 7 3 7 7 99 99 7
consensus : CAGAGAT--GGGGTAATCGTAA-TCTGTA-AT------C-----AGCTGT-AATTGAT-TACAATTTTTCGAGTAATCGAAT-T-AATCTGTAATCGTGTATTTTTT-AG-AT-T-ACA-TGTAATT-T-AATTGTAA-TCGATTACATTAATTTT-ACCCTGTAAT---C--AT---G---ATTACATTT--ATAGATTA---C--TTTTTTGATATACTTGC-ATTCA-TT------T-ATATATTTTT-CATGAC-ATTTT-TA-TTAT-CAACA-ATTTTCCT-CAAAAG-ATTTTA-T-----TATT-AGAGTATT-A-TTT-CCTTATA--T---TTNATTAAAAGCAGGT-GC-ATTT-AT-TC---TTATTTTATT-CTGT----AT-TATTT---ATTT-----ATTTTT-T----TACA---------------AAA----TAGCC-TT-ATTTGAAAGGTGGG-ANACACTATATC-T------------GTGAAAAC--TAAAGCG----AA---AA--TTGCTG---AGTTTC----ATTCT------CTC-CTCTTTT-GGTTTTCAGTCAAAAC-ATAAAACCAGAT-GTC-CTATT-GTTAA---AATGGAC---TAAACC---ATNGTAGGAC-AATCNATGACGAAAAATGGC-TTTAATA-GATTT-ATCACACCTCC--------GAGAATGCTTTT--AG--TTNTTAATGT-G--GACGA-GCAA-GGGGATATAGTTAAANA---AACAACGC---GTT-ACT----NTGTTCAAACATTCTG-A-TGGT-TATCT--GCT--TCTGAGGGACCAC----A-TAAGGNAAAGTGTGATGATCAT------CCAAGGTC-CAATT-CTAAAC-AT---ATA-TCATAC---TTTCNAACTCCTCATTTTC--GAATTA-TT----T--CA-AAGA-----T--TAC--ACAA----C--TTC--CCTTGGGT-ATC---CTC-ATATCA--ACA-------ATACCA-CCTA---ACGC-T-ACT---G-GATA--ATTATG--TTAT-AGGCCCCAAATAA-ACT-GTT-TCT---TTCA----AGGA--TCNNCTGT-----T-AG---GGTGG-------AGC-T-T-AT-CTATG-CCTATGGTCAAT--GT-TAATTCTACCTGA-TCAAG-GAG---------CTATA-CAC----AGG---A-GTGTCC-CAGAGCTGTATGTTAGGG-TTT-CTGTGGTC-A-ATAG-TG-TTTGTAT-TAA--TGGTGG--TATCC--TACCA--GT-------AGCTGA-CACGCAGT-C-TAC-A-CCCCTTCCCTCTTT-GGTAT--ATTG-TATCAATG--TAA-GCTC-ATATA--TTATTCATTATTGA----TATTAAATAAT-TTCAATAAGT-TGTGTTA-TA----TAAGGAATTNAAG--TGCAAA-TTATTG-TTTGATGCA-TAT--TTCATTTCCGAATA--GTGT-GCAATT-CAA-T-AATTT-AT-AACTC--ATCAAC-AT-AA-CA-TA--TCAAGTGGAACTCGAA-A-GTTTCGCCTCA-G--T--G-GAC-A-T-------TATGACAAAATTA------AC-TCTT-TGTCA-T-T--AAT-TTTCAG--AAT--T-G-----T-----CAA--T----AT-ACA---ATAG-TACATTG--TA-G-ATT----AGTGCTTTAAGATAA------T---GAT--ATG-AT--------AA-TA---ATGT-TTTAAGTTGTT-A--T-T---TT-TTCA-A--TTATAGCA-CCCTTGCAG--TAAT-AAA-AATAAA---GCT---TTTGCTCAG-CAAAA--TA-T--ATATAA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTATATTGATT-ACATTTCAAAG--T-A-TT-GT--AATCGTAATCAATTA-CATTTCAAAA-TA-GC-TG--TAATCTTAATT-GTAA-TT-GTAA-T--CATGAATT-TCA-ATGTAATCTGT-AATTATA-ATCGATTACA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTG
Reference ( family-1156 ) : CAGAGAT--GGGGTAATCGTAA-TCTGTA-AT------C-----AGCTGT-AATTGAT-TACAATTTTTCGAGTAATCGAAT-T-AATCTGTAATCGTGTATTTTTT-AG-AT-T-ACA-TGTAATT-T-AATTGTAA-TCGATTACATTAATTTT-ACCCTGTAAT---C--AT---G---ATTACATTT--ATAGATTA---C--TTTTTTGATATACTTGC-ATTCA-TT------T-ATATATTTTT-CATGAC-ATTTT-TA-TTAT-CAACA-ATTTTCCT-CAAAAG-ATTTTA-T-----TATT-AGAGTATT-A-TTT-CCTTATA--T---TTNATTAAAAGCAGGT-GC-ATTT-AT-TC---TTATTTTATT-CTGT----AT-TATTT---ATTT-----ATTTTT-T----TACA---------------AAA----TAGCC-TT-ATTTGAAAGGTGGG-ANACACTATATC--------------GTGAAAAC--TAAAGCG----AA---AA--TTGCTG---AGTTTC----ATTCT------CTC-CTCTTTT-GGTTTTCAGTCAAAAC-AAAAAACCAGAT-GTC-CTATT-GTTAA---AATGGAC---TAAACC---ATTGTAGGACAAATCNATGACGAAAAATGGCTTTTAATA-GATTTCATCACACCTCC--------GAGAATGCTTTT--AG--TTTTTAATGT-G--GACGA-GCAA-GGGGATATAGTTAAANA---AACAACGCTCTGTT-ACT----NTGTTCAAACATTCTG-A-TGGT-TATCT--GCT--TCTGAGGGACCAC----AATAAGGNAAAGTGTGATGATCATC-----CCAAAGTCACAATC-CTAAAC-ATT-TATAGTCATAC---TTTCNAACTCCTCATTTTC--GAATTA-TT----T--CA-AAGA-----T--TAC--ACAA----C--TTC--CCTTGGGT-ATC---CTC-ATATCA--ACA-------ATACNA-CCTA---ACGC-T-ACT---G-GATA--ATTATG--TTAT-AGGCCCCAAATAA-ACT-GTT-TCT---TTCA----AGGA--TCNNCTGT-----T-AG---GGTG--------AGC-T-T-AT-CTATG-CCTATGGTCAAT--GT-TAATTCTACCTGA-TCAAG-GAG---------CTATA-CAC----AGG---A-GTGTCC-CAGAGCTGTATGTTAGGG-TTT-CTGTGGTC-A-ATAG-TG-TTTGTAT-TAA--TGGTGG--TATC---TACCA--GT-------AGCTGA-CACGCAGT-C-TAC-A-CCCCTTCCCTCTTT-GGTAT--ATTG-TATCAATG--TAA-GCTC-ATATA--TTATTCATTATTGA----TATTAAATAAT-TTCAATAAGT-TGTGTTA-TA----TAAGGAATTNAAG--TGCAAA-TTATTG-TTTGATGCA-TAT--TTCATTTCCGAATA--GTGT-GCAATT-CAA-T-AATTT-AT-AACTC--ATCAAC-AT-AA-CA-TA--TCAAGTGGAACTCGAA-A-GTTTCGCCTCA-G--T--G-GAC-A-T-------TATGACAAAATTA------AC-TCTT-TGTCA-T-T--AAT-TTTCAG--AAT--T-G-----T-----CAA--T----AT-ACA---ATAG-TACATTG--TA-G-ATT----AGTGCTTTAAGATAA------T---GAT--ATG-AT--------AA-TA---ATGT-TTTAAG--GTT-A--T-T---TT-TTCA-A--TTATAGCA-CCCTTGCAG--TAAT-AAA-AATAAA---GCT---TTTGCTCAGGCAAA---TA-T--NTATAA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTATATTGATT-ACATTTCAAAG--T-A-TT-GT--AATCGTAATCAATTA-CATTTCAAAA-TA-GC-TG--TAATCTTAATT-GTAA-TT-GTAA-T--CATGAATT-TCA-ATGTAATCTGT-AATTATA-ATCGATTACA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTG
gi|1 : CAGAGAT--GGGGTAATTGTAA-TCTGTA-AT------C-----AGCTGT-AATTGAT-TACAATTTTTCAAGTAATCAAATGT-AATCTGTAATCGTGTATTTTTT-AG-AT-T-ACA-TGTAATT-T-AATTGTAA-TCGATTACATTAATTTT-ACCCTGTAAT---C--AT---G---ATTACATTT--A--GATTA---C--TTTTTTGAT-TACTTGC-ATTCATTT------T-ATATATTTTT-CATGAC-ATTTT-TA-TTAT-CAACA-ATTTTCCT-CAAAAG-ATTTTA-T-----TATT-AGAGTATT-A-TTT-CCTTATA--T---TTCATTAAAAGCAGGT-GC-ATTT-AT-TC---TTATTTTATT-CTGT----ATATATTT---ATTT-----ATTTTT-T----TACA---------------AAA----TAGCCTTT-ATTTAAAAGGTGGG-ATACACTATAT---------------GTGAAAAC--TAAAGTG----AAATTAA--TTGCCG---AGTTT-----ATTCG------CTC-CTCTTTTAGGTCTTTAGTCAAAAC-AAAAAACCAGAT-GTC-CTATT-GTTAAGACAATGGACGAATAAACCATAATCGTAGGAC-AATCCATGACAAAAAATGGC-TTTAATA-GATT--ATCACA---CC--------GAGAATGCTTGT--A---TTGTTAATGTCG--GAAGA-GCAA-GGGGATATAGTAAAACA---AACAATGCTCTGTT-GTT----A---TTAAACAGTCT--A-TGGT-TA-CT--GCT--TCTGA-GGACCAC----ACTA--GTAAAGTGTGATGATAAT------CCAAGGT--CAATT-TTAAA-----------TCATAC---TTTCTAACTCCTCATTCGT--GAATTATTT----T--CA-A--A-----T--TAT--ACAA----C--TTC--CCTTCGGT-ATC---CTCAATAT-A--ACG-------ATACAA-CCTG---ATGCTT-ATT---G-GATA--ATTATG--TTAT-AAGCCCAAAATAAGACT-ATTATCT---TTCA----AAGG--TACCCTGT-----T-AG---GGTT--------AGC-TAT-AT-CTATGTCCTATGGTCAAT--GT-TAATTCTAC--GA-TCAAG-CAG---------CT-TA-CAC----AGG---A-GTGTCC-CAGA-CTGT-TG-TAGGG-ATT-CTCTAGTC-A-ATAG--G-TGTGTAT-TAA--TGATGG--TATC---TAC----AT-------AGCTGA-CACACAGTGC-TAC-A-CCCCTTCCGTCTTT-GG-AT--ATTG-TATCAATG--TAATACTTGATATATTTTATTCATTATTGATCATTATTA---AAT-TTCATTAAGT-T-TGTTG-TA----TAAGGAAGTTAAG--TGC-AA-TTATTGTTTTGATGCACTAT--TCCATTTCCGAATA--GTGTGGCAATT-CAA-T-AATTT-AT-AACTC--ATCAACAAT-AA-CA-T---TCAAGTGGGA-TCGCA-A---TTCACCTCA-G--T--G-GAC-A-T-------TATAA-----------------TCTT-TGTCA-TGT--AAT-TTTC-----------------------CAA--T----AT-ACA---ATAG-T-CAATG--TA-T-ATT-----GTAC---AAAATAA------T---GAT--ATA-A---------AA-TA---ATGT-TTTAAA--ATTGA--T-T---TT-TTCA-A--TTATA-CA-CCCATGCAT--TAAT-AAA-AATAAA---GCT---TTTGCTCAAGC-AA---TA-A--C--TAA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTATATTGATT-ACA--TCAAAG--T-A-TT-GT--AATTGTATTAAATAA-CA-TTCAAAACTA-GCTTGCTTAA--ATAATTAGTAA-TT-GTAATT--CATGAATTGTCATATGTAATCTTA-AATTATA-A--GATTACA-TTGAATG-TAAAATT--CCCCCCATAGTCTG
gi|10 : CAGAGAT--GGGGTAATCGTAA-TCTGTA-ATCGTAACC-----AGCTGT-AATTGATATACA--TTTTCAAGTAATC--AT-------TGT-ATCGTGTATTTTTTAAG-ATGTAACA-TGTAATTGT-AA-TGTAATTCGATTACATTAATGTTAACCCTGTAACCTGC--AT---GATCATTACATT----TAGGTTA---C--TTTTTTGAT-TACTTGCTATTCA-TT------TGATATATTTTT-CA-GACTATTTTGTA-TT-T-CAACA-A-ATTCCT-CAAAAC-ATTTTC-T-----TATT---AGTATT-ATTTT-CCTTATAATT---TTAATTAA
gi|11 : AA------T---GAT--ATG-AT--------AAATA---ATGT-TTTAAATTATT-A--TGT---TT-TTCA-A--TTATAGCA-CCCTTGCAG--TAATCAAA-AATAAA---GCT---TT-GCTCAG-CAAA----G-T--ATATAA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTA-ATTGATT-ACATTTCAAAG--TAA-TT-GT--AATTGTAATCAATTA-CATTTCAAAA-TA-GC-TG--TAAT-TTAATT-GTAA-TT----------ATG-ATT-TCA-ATGTAATCAGT-AA-TATA-A-CGAT
gi|12 : T-AAA---GTAC-CACAT-G--TA-G-TTT----AGTGCTTTAAGATAA------T---GAA--ATG-AC--------AA-TACACATG--TTTAAG---------------------------TATAGCA--CCTTGCAG--a
gi|13 : aactctttattatttaacatgttcggaattgtaatagtgatcaccatagggcaaatttattgggagttacgtcTA-CATTTCGAAA-TA-GC-TG--TAATCTTAAT--GTAA-TT-GTAA-T--CATGAATT-CAA-ATTAAATATGT-AATTATA-ATCGATAACA-TCGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTGgttaagcgat
gi|14 : tatcataggactggagtaGTGGAACTCGAA-A-GTTTCACCTCA-G--TC-G-GACTA-T-------TATGtt
gi|15 : ACA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTG
gi|16 : CA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTG
gi|2 : TT-AATGAC-ATTTT-TAATTATTCAACA-ATCT-CCT-CAAAAC-ATTTTCCT-----TATT-A-AGTATTTA-TCT-TATAATA--T---TTAATTAAAATCAGGT-GC-ATTT-AT-TCCTTTTATTTCATT-CTA---------AGTT---ATTT-----ATTATT-T----TACA---------------AAAAAAGTAA---TT-ACTT-AAAGGTGGG-AGGCACTACATCTTGTAATATTTATTGTGAAACC--TAA-GCC----AA---AA--TTGCTG---AGTTTC----ATTCT------CTCACTCTTTT-GGTTTTCA-TCAAAAC-ATAAAACCAGAT-GTC-CTATTCGTTAA---AATGG-----TA---C---ATT-TAGGACAAATCAATGGCGAAAA-TGGCTTTTAAGACGATTTCAACAAACCTCT--------GAAATTGCTTTT--AAGTTTTTTAATG------ATGATGCAATGGGGA-ATAGTTAAAAA---AACAATG----GTT-ACT----TTGTT--AA-ATTCTG-AGTGGTGTATTT--GCT--TCTGAG--ACCAC----A-TAAGGGAAAGTGTGATGATC---------CAA-GTC-CAATTTCTAAAC-AT---ATA----TAC---T--CAAACTTCT--------------A-TG----T--CAGAAGA-----T--TA---ACCA----CGTTTC--CTCTGGGTGATC---TTC-ATATCA--ACA--------TACCA-C-TA---ACTC-T--CT---GCGATA--ATTATG--TTAT-AGGACC-AAATAA-ACT-GTA-TCT---TATAGACCACGA--TCCACTGT-----TGAT---GGTGG-------AGC-T-T-AT-CTATG--------TCAAT--GT-TAAT-CTACCTGA-CCAAA-AGG---------CTATA-CAC----AGA---A-GTGTCCACAGAG-TGTATGCTACGG-TTT-CTGTGGTCTACATAGTTA-TCTGTATGTAA--TGGTGGATCACC---TA-CA--GT-------AGATAT-CG-GCAG--C-TA--A-CCCCTCCTCGCTTT-GGCTC--A-----GTCAATGTATAA-GC------TA--TTATTC-TT-TT-A----TA-TAAATAAT-CTCAATAG---TGTGTTA-TA--------GAATTATTG--TGC-AA-TTAATT-CTTGATACA-T-TCATTCATTTCCGACTAGTGTGT-GCCATT---A-T-AATTT-AG-TACTC--ATC-AC-AT-AA-CC-TA--TC-AGTGAA--TCAAA-G-TTTTCGCCTAA-GT-T--GTGAC-A-TTAATATGTATGAC-AAATCAC-----ACGTCTTCTATCA-TGT--AAT-GTTCAG--AAT--TGG-----T-----TAA--TCAA-ATAACGAACATAG-TACATTGCCTATG-ATT----AGTGCTTT-AGATAA------T---GATCAATGAAT--------AA-TATAGATGT-TTCAAGTTGTT-A--T-G---TT-TTCG-ATGTCATAGCACCCCTTGCAG--TAGT-AAA-AATAAAC--GTTGAGTCTGCTCAGCCAAAG--TA-TCAATATCA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGAATGATGATGAACATTTCAAGGTAT-A-TT-GT--AGATGTAAT-AATTA--ATTTCAAAA-TA-GC-TG--TAATTT--ATT-GTAA-TTGGTAA-T--CATGAATT-TCA-ATGT-ATCTGT-AATTATA-ATCGATTACA-TTGAATGAT--AA-T--GACCCCAT-GTCTG
gi|3 : ATTAACTTG-ACC-TGCAAT---CTCATTAAA---ATTGTATTT--ATAG-TCAGCCC--TTTCATGACATATTC----TTCA-TTACTAGCC-AAATTTTTTT-CCTGTC-AT-----A-CCA---AAGA-GTTTTTCT-CAAATG-ATTTTA-TAGAGACGTTGAAAAAATT-A-TTTTCCTTATA--TATTTCCATTGAAAGCAGGAAGC-ATTTTATGTCG--CTGTTTTATTTCTATTAATGT-TATTTTTGATTT-----ATCTCCATACCATACACCACCCCCACCCAACAAC----TAGCC-TTTATTGGAAAGGTGGATAGACACTATATT--------------GTGAAAACTTTAGAACGCAATAA---AATTTTGTTGGATGGTATCCAGGATTCTCGCTCGCTT-CTCTTTT-GGTTTT-AGTCAATACTATAATACCAGATAGTCACTCTT-GTT-----TATAGAC-----AAC-----TGGTAGGAC-AATCTA--ATGAAAAATGGC-TTTAATA-GATCT-ATCACACTTTCCTTTATCGGAGAATGCTTTTAGAG--TACTTAATGT-AATGACTA-ACAA-AGGGATATAGTTAAATACCCAACAACGC---GTTCACTTTTAGTATTCAAACATTCTACA-TGGT-TATCTTGGCTCCTCTGAGGGACTCCTATGAAT-AGGAAAAGT-T-ATAATCATCTTCTTCTAAAGACACAATCACTAAACTATTATATAGTCATACATATTTCCAATTTTCTATTTTCTGGAGTTA-TTATTGT--CA-AAGAGTCCGT--TACCGAAAATAGTC--TTC--CCTT-GGT-ATCATTCTC-ATATCA--ACACAGTACTATAGTA-CTCATGCAAGC-TGACTGACG-AATAATATTATGTTTTATAAGGCCCCAGATAA-ATTCGTT-TCTTTCTTCA----AGGAGTTCAACTGTTCTGAT-AG---GGTGCACATGGCAGCGC-T-AT-ATCTG---TATGGTCAATTAGTATCAATCTACCTGATTCAAT-GAGATGAGCTTCCCATA-CACATTTAGG---AGGTGTCC-AGAAGCTGTATG-TAGGG-TTT--TATGGTC---ATAG-TGTTTTGTA--TAA--TGGT-G--TATC---CACCAACAT-------AGCTGA-CCCGCAGT-C-TAC-AGCCCCTTCCATCTTT--GTATAAATTG-TA--A------AG-GCTA-A-------TATTCATTATTG------ATTAAATGA--TTCAATAAGTCTGTGT---TA----TAGGGAA-TGAAGT-TGCAAA-TTATTG-TTTGATGC--TGT--TTCATTTCTGAg
gi|4 : aattgctgaATAT---TTCTAAAATCCTCATTTTT--GAATTA-TT----TGTCA-AAGA-----TGTTAC---CAA----C--ATCTTCCTTGGGTTATCT--CTC-ATATCAGAACA-------ATACCAACCTA---ATGC-T-ACT---G-GAAA--TTTATG--TTAT-AGACCTCAAATAA-ACT-GTT-TCT---TC------AGGA--TCACCTGT-----G-AGTCGGGTGG-------AGC-T-TTATTCTATG-CCTATGGTCAAT--GT-TAATTCTACCTGA-TCAAGAGAG---------CTATATCAC----AGGGAAA-GTGTCC--AGAGCTGTATGTTAGGGGTTT-CTGTGGC----ATAG-TG-TTTGTAA-TAAATTGGTGG--TATCCCCTACCA--GT-------AGCTGAACATGCAGT-CCTAC-A-CCC-TTCCCTCTTT-GGTAT---TTG-TATCA-TG--TAA-GCTCGATATA--TTATTCATTATTGA----T-TTAAATAAT-TTCAATAAGT-TGTGTTAATAGGCCTAAGGAATTAAAG--TGCAAAATTATTG-TTTGATGCA--AT--TTCATTTCCGA-TA--GTGT-GCAATT-CAACT-AATTT-AT-AACTC--ATTAAC-AT-GATCA-TA--TCAAGTGGAACTCGCA-A-GTTTCACCTCA-GT-T--G-GA--A-T-------TATGACAAAATTA------AC-TCTT-TGTCA-T-T--AAT-TTTCAG--AAT--T-GTTAA-T-----CAA--T----AT-ACAC--ATAGCTACATTG--TA-GAATT----AGTGCTTTAAGATAA------TAAGGAT--ATT--T--------AA-TT---ATATATCTAAt
gi|5 : at-TAA--TGGTGG--TATCCC-TAACA--GTTACATGTAGCTGA-TACGCAAT-C-TACCA-CCCCTTCCCTCTTT-GGTAT---TTGCTATCAATGG-TAAAGCT--ATATA--TTTATCATTATTAA----T-TTAAATAAT-TTCAATAAGT-TGTGTTA-TA-------GGAATTTAAAGTTGCAAA-TTATTG-TTTGATGCA-T----TTCATTTC--GATA--GTGT-GCAATTTCAA-TTAATTTTATTAACTCTCATCAAC-AT-AA-CA-TA--TCAAGTGGAACT-GAA-ATGTTTCCACTCA-GGTT--G-GAC-ATT-------TATGACAAAATTA------AC-TCTTATATCA-T-T--AAT-TTTCAG--AAT--T-GGTAATC-----CAA--T----AT-AAC---ATAGCTACATTG--TA-G-ATTTTTAAGTGCTTTGAGATAATTGAATT---GAT--ATA-A---------AG-T----ATGT-TTTAAGTTGTT-AAGT-T---TTATT------TTATAGCA-CCATTG-AGTTTAGT-AAA-AATAAA---GC----TTTGCTTCAGCAAA---AAGT--ATATAA--AAAAAATG-TA-AT-TGTAATTGAATTACAATT-ACATTTTCAAG--A-A-TT-GTAAAATCGTAATCAATTA-ataatcccttaat
gi|6 : taT-AT-AACTC--ATCAAC-ATGAA-CAGTACTTCAAGTGGA-CTCGACCA-GTTTCACCTCATG--TCTG-GAC-A-TATA----TGTGACAAAATTA------AC-TCTT-TGTCACT-T--AATATTTCAAGCAATGTT-G-----TTTAATCAAATC----AT-ACC----TAG-TACATTG--TA-G-ATT----AGTGCTTTGAGATAA------T---GAT--ATG-ATTATGATTAAA-TA---ATGT-TTTAAA--GTT-G--T-TGTGTTGTTCACA--TTA-AGCA--CCTTGCAG--TAAT-AAA-ACTAA-------------GCTCAGCCAAAAGCTA-T--A-GTAATTAAAA---GTTACATCTGTAATTGTATATTGATT-ACATTC--AAG--T-A-TTGGT--AATCGTA--TAATTATCA-TTCAACA-TACGC-AG--TAATTT--ATT-GTAATTT-GTAA-CTGCATGA--T-TCA-TTGTA--CTGTAAATTATATATCGACTTCACTTGAATG-T--AATTCGGACCCCAT-GTCCG
gi|7 : tgCAGAGATTGGGGGTAATCGTAAATCTGTATAT------CGTAACAGCTGTTAATTGAT-TACCATTTTCTGAGTAATCGAAT-TTAATCTGTAATTGTGTATTTTTT-AGTAT-C-ACACTGTAACT-TCAATTGTAA-TCGAT---ATTAATTTT-ACCC-GTAAT---C--AT---G---ATTACATTTTAATAGATTA---CGCTTTTTTGATAC---TGC-ATTCA-TT------T-ATATATTTTTTCATGAC-ACTTT--A-TTAT-CAACATATTTTCCTTCAAAAGTATTTTA-T-----TATT-AGAGTATT-A-TT--CCTTAAA--T---TCGTATAAAAGCAGGT-GCCATTT-TT-TC---TTATTTTAT--CTGT----AT-TATTT---ATTTTTTTTCTTTTT-T----TACA---------------AAA----CAGCC-AT-ATTT-AAAGAT-GG-ATACACTCTATCAT------------GTGAAAAC--TAAAGTG----AA---AA--TTGCTG---AGTTT-----ATTCT------CTC-CTCTTTT-Gc
gi|8 : TTTCGCCTCA-G--TA-G-GAC-A-T-------TATGACAAAATTACATGTAAA-TCTT-TATTA-T-TTAAAT-GTTCAG--AAT--T-G-----T-----CAA--TCAGTAT-ACATGTAAAG-TACATTG--TA-G-TTT----AGTGCTTTAAGATAA------T---GAT--ATG-AT--------AAATA---ATGT-TTTAAG---TT----T-T---GT-TTTA-A--TTATAGCA-CCCTTGCAG--TA-T-AAGTAATAAAATAGCT---TT-GATCAG-CAAAAG-TA-T--ATTTAA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTA-ATTGATT-ACTTTTCAAAG--T-AATT-GT--AATTGTAATCAATTA-CATTTCAAAA-TG-G--TG--TAATCTTAATT-GTAA-TT-GTAA-T--CATAAATT-TCA-ATGTAATCTGT-AATTATA-ATCGATTACA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCT
gi|9 : cTGTA-CAC----AGG---AAGTGTCT-CAGGGCTGTCTGT--GGG-TTTTCTGTGACC-A--CAG-AG-TTTGTAT--AA--TGGTGA--TCTTCG-TAACA--GT-------AGCTGA-CAAACACT-C-TAT-A-CCCCTGCCCTCTTTAGGT-C--AATG-TATCAATG--TAAAGTTC-ATATA-------CATTATC------TAATAAAAAACATTCAATAATC-TGTGTCT-TA-------GGAATTAACT--TGCAAA-TTATTA-TTTGATG---TAT--TTCATTTCTG-ATT--GTGT-GTAATA-CAA-T-AAATT-AT-GATAC--AT
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 666666666666 1 1 1 333 1 1 222 1 111 1 1 333333333333333 11111 222222 1 1 1 33333333 11 22222 111 111111 1 1 1 1 222 11 33333333 111 22222 222222 6666666666666666666666 1 1 1 11 66666666666666666 11 2222 111 11 111 33333 222222 1 1 1 1 1 1 1 22222 77777777777777 1 1 1 1 11 44444444 333333 44444 1 1 222 1 22222 1 2222 1 11 11 11 1 3333333 44444444444 222 2 333333333333 111 22222 1 2222222 1 444444444444444444444444 11 2 222 1 11 33333333 1 111 1111 111 1 11 11 1 1 1 1 33333333333 11 5555555555555555555555555 222 1 222 11 1 1 111 444444444 1111 22222 11 11 2222 1111 11 3333333333333333333333 2222222 1111 1 22 111 333333333 333333333333 11 2222222 11 111 22222 2222222 222222 1 1111 555555555555555555555555555555555555 1 1111 111111 2222222222222222222 1 22222222222222222222 11 222222222222 1 11 111111 111 1111 111 1111
lowQualScore : 88 3 3 111111111111 3 3 7 0 2 444 7 3 3 222 3 777 7 3 7 0 55 222222222222222 77777 7 111111 5 33 2 0 0 33333333 8 0 8 0 33 8 999 8 0 0 8 8 88 00000 777 8 8 88 666666 1 0 0 0 0 777 33 22222222 777 55555 222222 2222222222222222222222 2 0 0 9 66 1 88888888888888888 33 3 1111 777 33 777 66666 888888 0 0 2 6 3 3 3 3 99999 00000000000000 77 3 1 7 7 3 3 7 3 00 88888888 999999 1 22222 3 3 3 7 1 333 0 6 3 99999 3 2 6 9999 3 7 88 88 33 3 1111111 1 6 6 33333333333 333 6 444444444444 6 777 44 1 0 6 11111 0 0 6666666 0 3 444444444444444444444444 33 8 0 777 0 2 33 55555555 0 0 6 777 4 4444 777 0 33 33 0 8 0 0 0 44444444444 0 33 22 0000000000000000000000000 111 0 3 111 33 0 3 2 0 000 000000000 3 8 7777 11111 33 5 44 8 8 2222 5555 22 99 0000000000000000000000 6 5 6 6 77 6 6 1111111 6 7 7777 3 22 3 222 222222222 88 2 6 000000000000 3 1 55 7 6 6 3333333 3 77 11 8 8 8 8 6 6 99 0 8 8 8 8 111 0 99 9999 2 5 99999 5 5 5 8888888 3 555555 6 3 6 3333 6 99 444444444444444444444444444444444444 1 77 5 5 2222 2 444444 888 66 8888888888888888888 5 0 55555555555555555555 00 77 4 6 6 888888888888 6 6 3 00 333333 99 111 6 6 7 6 1 1111 6 6 99 0 3 5 5 7 6 6 6 99 000 6 6 6 3333 6 6 6 6 7 5 5 77 77 5
lowQualScore : .. . . ............ . . . . . ... . . . ... . ... . . . . .. ............... ..... . ...... . .. . . . ........ . . . . .. . ... . . . . . .. ..... ... . . .. ...... . . . . . ... .. ........ ... ..... ...... ...................... . . . . .. . ................. .. . .... ... .. ... ..... ...... . . . . . . . . ..... .............. .. . . . . . . . . .. ........ ...... . ..... . . . . . ... . . . ..... . . . .... . . .. .. .. . ....... . . . ........... ... . ............ . ... .. . . . ..... . . ....... . . ........................ .. . . ... . . .. ........ . . . ... . .... ... . .. .. . . . . . ........... . .. .. ......................... ... . . ... .. . . . . ... ......... . . .... ..... .. . .. . . .... .... .. .. ...................... . . . . .. . . ....... . . .... . .. . ... ......... .. . . ............ . . .. . . . ....... . .. .. . . . . . . .. . . . . . ... . .. .... . . ..... . . . ....... . ...... . . . .... . .. .................................... . .. . . .... . ...... ... .. ................... . . .................... .. .. . . . ............ . . . .. ...... .. ... . . . . . .... . . .. . . . . . . . . .. ... . . . .... . . . . . . . .. .. .
lowQualScore : 33 3 3 777777777777 3 3 3 7 0 000 3 3 3 777 3 777 3 3 3 0 88 222222222222222 22222 0 222222 5 55 5 0 0 55555555 0 8 0 8 66 0 666 0 8 8 0 0 66 00000 000 0 0 88 000000 0 0 0 0 0 555 22 22222222 555 00000 222222 8888888888888888888888 5 0 0 0 55 0 00000000000000000 88 2 2222 555 88 555 22222 888888 0 0 0 7 3 3 3 3 77777 00000000000000 77 3 0 3 3 3 3 3 3 33 33333333 777777 0 77777 7 3 3 3 0 333 7 7 3 33333 7 0 7 7777 3 3 33 33 33 3 0000000 0 7 7 33333333333 000 7 333333333333 7 555 00 0 2 5 88888 8 0 0000000 0 2 555555555555555555555555 88 8 0 555 0 5 88 88888888 2 0 5 555 2 2222 555 0 88 88 0 8 0 0 0 55555555555 2 88 00 2222222222222222222222222 000 0 2 222 88 0 2 5 0 555 000000000 8 0 0000 00000 00 6 44 0 0 4444 2222 77 22 0000000000000000000000 7 2 7 7 77 7 7 2222222 7 3 5555 3 77 2 333 555555555 33 5 7 333333333333 2 0 88 3 7 7 0000000 7 33 00 0 0 0 0 7 7 22 8 0 0 0 0 888 8 88 3333 7 7 66666 7 7 7 6666666 2 888888 7 3 7 5555 7 22 999999999999999999999999999999999999 4 99 7 7 1111 3 444444 888 99 1111111111111111111 0 0 66666666666666666666 00 99 2 7 7 000000000000 7 7 3 00 777777 22 777 7 7 3 7 0 2222 7 7 22 7 5 2 7 3 7 7 7 22 555 7 7 7 3333 7 7 7 7 3 7 7 99 99 7
consensus : CAGAGAT--GGGGTAATCGTAA-TCTGTA-AT------C-----AGCTGT-AATTGAT-TACAATTTTTCGAGTAATCGAAT-T-AATCTGTAATCGTGTATTTTTT-AG-AT-T-ACA-TGTAATT-T-AATTGTAA-TCGATTACATTAATTTT-ACCCTGTAAT---C--AT---G---ATTACATTT--ATAGATTA---C--TTTTTTGATATACTTGC-ATTCA-TT------T-ATATATTTTT-CATGAC-ATTTT-TA-TTAT-CAACA-ATTTTCCT-CAAAAG-ATTTTA-T-----TATT-AGAGTATT-A-TTT-CCTTATA--T---TTNATTAAAAGCAGGT-GC-ATTT-AT-TC---TTATTTTATT-CTGT----AT-TATTT---ATTT-----ATTTTT-T----TACA---------------AAA----TAGCC-TT-ATTTGAAAGGTGGG-ANACACTATATC-T-------------GTGAAAAC--TAAAGCG----AA---AA--TTGCTG---AGTTTC----ATTCT------CTC-CTCTTTT-GGTTTTCAGTCAAAAC-ATAAAACCAGAT-GTC-CTATT-GTTAA---AATGGAC---TAAACC---ATNGTAGGACAA-TCNATGACGAAAAATGGCTTT-AATA-GATTT-ATCACACCTCC--------GAGAATGCTTTT--AG--TTNTTAATGT-G--GACGA-GCAA-GGGGATATAGTTAAANA---AACAACGCGTT-ACT----GTNTTCAAACATTCTG-A-TGGT-TATCT--GCT--TCTGAGGGAC-CACA-TA---AGGNAAAGTGTGATGATCATCC-------AAGGT-CAATT-CTAAAC----ATATA-TCATAC---TTTCNAACTCCTCATTTTC--GAATTA-TT----T--CA-AAGA-----T--TAC--ACAA----C--TTC--CCTTGGGT-ATC---CTC-ATATCA--ACA-------ATACCA-CCTA---ACGC-T-ACT---G-GATA--ATTATG--TTAT-AGGCCCCAAATAA-ACT-GTT-TCT---TTCA----AGGA--TCNNCTGT-----T-AG---GGTG---------GAGCTAT-AT-CTATG-CCTATGGTCAAT--GT-TAATTCTACCTGA-TCAAG-GAG---------CTATA-CAC----AGG---A-GTGTCC-CAGAGCTGTATGTTAGGG-TTT-CTGTGGTC-A-ATAG-TG-TTTGTAT-TAA--TGGTGGTAT--CC--TACCA--GT-------AGCTGA-CACGCAGT-C-TAC-A-CCCCTTCCCTCTTT-GGTAT--ATTG-TATCAATG--T-AA-GCTC-ATATA--TTATTCATTATTGA----TATTAAATAAT-TTCAATAAGT-TGTGTTA-TA----TAAGGAATTNAAG--TGCAAA-TTATTG-TTTGATGCA-TAT--TTCATTTCCGAATA--GTGT-GCAATT-CAA-T-AATTT-AT-AACTC--ATCAAC-AT-AA-CA-TA--TCAAGTGGAACTCGAA-A-GTTTCGCCTCA-G--T--G-GAC-A-T-------TATGACAAAATTA------AC-TCTT-TGTCA-T-T--AAT-TTTCAG--AAT--T-G-----T-----CAA--T----AT-ACA---ATAG-TACATTG--TA-G-ATT----AGTGCTTTAAGATAA------T---GAT--ATG-AT--------AA-TA---ATGT-TTT-AAGTTGTTA--T-TTT-TTCA-A--TTATAGCA-CCCTTGCAG--TAAT-AAA-AATAAA---GCT---TTTGC-TC-AG-CAAAA-TAT--ATA-TAA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTATATTGATT-ACATTTCAAAG--T-A-TT-GT--AATCGTAATCAATTA-CATTTCAAAA-TA-GC-TG--TAATCTTAATT-GTAA-TT-GTAA-T--CATGAATT-TCA-ATGTAATCTGT-AATTATA-ATCGATTACA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTG
Reference ( family-1156 ) : CAGAGAT--GGGGTAATCGTAA-TCTGTA-AT------C-----AGCTGT-AATTGAT-TACAATTTTTCGAGTAATCGAAT-T-AATCTGTAATCGTGTATTTTTT-AG-AT-T-ACA-TGTAATT-T-AATTGTAA-TCGATTACATTAATTTT-ACCCTGTAAT---C--AT---G---ATTACATTT--ATAGATTA---C--TTTTTTGATATACTTGC-ATTCA-TT------T-ATATATTTTT-CATGAC-ATTTT-TA-TTAT-CAACA-ATTTTCCT-CAAAAG-ATTTTA-T-----TATT-AGAGTATT-A-TTT-CCTTATA--T---TTNATTAAAAGCAGGT-GC-ATTT-AT-TC---TTATTTTATT-CTGT----AT-TATTT---ATTT-----ATTTTT-T----TACA---------------AAA----TAGCC-TT-ATTTGAAAGGTGGG-ANACACTATATC-T-------------GTGAAAAC--TAAAGCG----AA---AA--TTGCTG---AGTTTC----ATTCT------CTC-CTCTTTT-GGTTTTCAGTCAAAAC-ATAAAACCAGAT-GTC-CTATT-GTTAA---AATGGAC---TAAACC---ATNGTAGGACAA-TCNATGACGAAAAATGGCTTT-AATA-GATTT-ATCACACCTCC--------GAGAATGCTTTT--AG--TTNTTAATGT-G--GACGA-GCAA-GGGGATATAGTTAAANA---AACAACGCGTT-ACT----NTGTTCAAACATTCTG-A-TGGT-TATCT--GCT--TCTGAGGGAC-CACA-TA---AGGNAAAGTGTGATGATCATCC-------AAGGTCCAATT-CTAAAC----ATATA-TCATAC---TTTCNAACTCCTCATTTTC--GAATTA-TT----T--CA-AAGA-----T--TAC--ACAA----C--TTC--CCTTGGGT-ATC---CTC-ATATCA--ACA-------ATACCA-CCTA---ACGC-T-ACT---G-GATA--ATTATG--TTAT-AGGCCCCAAATAA-ACT-GTT-TCT---TTCA----AGGA--TCNNCTGT-----T-AG---GGTG---------GAGCT-T-AT-CTATG-CCTATGGTCAAT--GT-TAATTCTACCTGA-TCAAG-GAG---------CTATA-CAC----AGG---A-GTGTCC-CAGAGCTGTATGTTAGGG-TTT-CTGTGGTC-A-ATAG-TG-TTTGTAT-TAA--TGGTGGTAT--CC--TACCA--GT-------AGCTGA-CACGCAGT-C-TAC-A-CCCCTTCCCTCTTT-GGTAT--ATTG-TATCAATG--T-AA-GCTC-ATATA--TTATTCATTATTGA----TATTAAATAAT-TTCAATAAGT-TGTGTTA-TA----TAAGGAATTNAAG--TGCAAA-TTATTG-TTTGATGCA-TAT--TTCATTTCCGAATA--GTGT-GCAATT-CAA-T-AATTT-AT-AACTC--ATCAAC-AT-AA-CA-TA--TCAAGTGGAACTCGAA-A-GTTTCGCCTCA-G--T--G-GAC-A-T-------TATGACAAAATTA------AC-TCTT-TGTCA-T-T--AAT-TTTCAG--AAT--T-G-----T-----CAA--T----AT-ACA---ATAG-TACATTG--TA-G-ATT----AGTGCTTTAAGATAA------T---GAT--ATG-AT--------AA-TA---ATGT-TTT-AAGTTGTTA--T-TTT-TTCA-A--TTATAGCA-CCCTTGCAG--TAAT-AAA-AATAAA---GCT---TTTGC-TC-AG-CAAAA-TAT--ATA-TAA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTATATTGATT-ACATTTCAAAG--T-A-TT-GT--AATCGTAATCAATTA-CATTTCAAAA-TA-GC-TG--TAATCTTAATT-GTAA-TT-GTAA-T--CATGAATT-TCA-ATGTAATCTGT-AATTATA-ATCGATTACA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTG
gi|1 : CAGAGAT--GGGGTAATTGTAA-TCTGTA-AT------C-----AGCTGT-AATTGAT-TACAATTTTTCAAGTAATCAAATGT-AATCTGTAATCGTGTATTTTTT-AG-AT-T-ACA-TGTAATT-T-AATTGTAA-TCGATTACATTAATTTT-ACCCTGTAAT---C--AT---G---ATTACATTT--A--GATTA---C--TTTTTTGAT-TACTTGC-ATTCATTT------T-ATATATTTTT-CATGAC-ATTTT-TA-TTAT-CAACA-ATTTTCCT-CAAAAG-ATTTTA-T-----TATT-AGAGTATT-A-TTT-CCTTATA--T---TTCATTAAAAGCAGGT-GC-ATTT-AT-TC---TTATTTTATT-CTGT----ATATATTT---ATTT-----ATTTTT-T----TACA---------------AAA----TAGCCTTT-ATTTAAAAGGTGGG-ATACACTATA---T-------------GTGAAAAC--TAAAGTG----AAATTAA--TTGCCG---AGTTT-----ATTCG------CTC-CTCTTTTAGGTCTTTAGTCAAAAC-AAAAAACCAGAT-GTC-CTATT-GTTAAGACAATGGACGAATAAACCATAATCGTAGGACAA-TCCATGACAAAAAATGGCTTT-AATA-GA-TT-ATCACA---CC--------GAGAATGCTTGT--A---TTGTTAATGTCG--GAAGA-GCAA-GGGGATATAGTAAAACA---AACAATGCTCT-GTT----GTTATTAAACAGTCT--A-TGGT-TA-CT--GCT--TCTGA-GGAC-CACACTA-----GTAAAGTGTGATGATAATCC-------AAGGT-CAATT-TTAA----------A-TCATAC---TTTCTAACTCCTCATTCGT--GAATTATTT----T--CA-A--A-----T--TAT--ACAA----C--TTC--CCTTCGGT-ATC---CTCAATAT-A--ACG-------ATACAA-CCTG---ATGCTT-ATT---G-GATA--ATTATG--TTAT-AAGCCCAAAATAAGACT-ATTATCT---TTCA----AAGG--TACCCTGT-----T-AG---GGT----------TAGCTAT-AT-CTATGTCCTATGGTCAAT--GT-TAATTCTAC--GA-TCAAG-CAG---------CT-TA-CAC----AGG---A-GTGTCC-CAGA-CTGT-TG-TAGGG-ATT-CTCTAGTC-A-ATAG--G-TGTGTAT-TAA--TGATGGTAT---C--TAC----AT-------AGCTGA-CACACAGTGC-TAC-A-CCCCTTCCGTCTTT-GG-AT--ATTG-TATCAATG--T-AATACTTGATATATTTTATTCATTATTGATCATTATTA---AAT-TTCATTAAGT-T-TGTTG-TA----TAAGGAAGTTAAG--TGC-AA-TTATTGTTTTGATGCACTAT--TCCATTTCCGAATA--GTGTGGCAATT-CAA-T-AATTT-AT-AACTC--ATCAACAAT-AA-CA-T---TCAAGTGGGA-TCGCA-A---TTCACCTCA-G--T--G-GAC-A-T-------TATAA-----------------TCTT-TGTCA-TGT--AAT-TTTC-----------------------CAA--T----AT-ACA---ATAG-T-CAATG--TA-T-ATT-----GTAC---AAAATAA------T---GAT--ATA-A---------AA-TA---ATGT-TTTAAAATTG--A--T-TTT-TTCA-A--TTATA-CA-CCCATGCAT--TAAT-AAA-AATAAA---GCT---TTTGC-TCAAG-CA-----AT--AAC-TAA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTATATTGATT-ACA--TCAAAG--T-A-TT-GT--AATTGTATTAAATAA-CA-TTCAAAACTA-GCTTGCTTAA--ATAATTAGTAA-TT-GTAATT--CATGAATTGTCATATGTAATCTTA-AATTATA-A--GATTACA-TTGAATG-TAAAATT--CCCCCCATAGTCTG
gi|10 : CAGAGAT--GGGGTAATCGTAA-TCTGTA-ATCGTAACC-----AGCTGT-AATTGATATACA--TTTTCAAGTAATC--AT-------TGT-ATCGTGTATTTTTTAAG-ATGTAACA-TGTAATTGT-AA-TGTAATTCGATTACATTAATGTTAACCCTGTAACCTGC--AT---GATCATTACATT----TAGGTTA---C--TTTTTTGAT-TACTTGCTATTCA-TT------TGATATATTTTT-CA-GACTATTTTGTA-TT-T-CAACA-A-ATTCCT-CAAAAC-ATTTTC-T-----TATT---AGTATT-ATTTT-CCTTATAATT---TTAATTAA
gi|11 : AA------T---GAT--ATG-AT--------AAATA---ATGT-TTT-AAATTATTA--TGTTT-TTCA-A--TTATAGCA-CCCTTGCAG--TAATCAAA-AATAAA---GCT---TT-GC-TC-AG-CAAAG-TAT--A---TAA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTA-ATTGATT-ACATTTCAAAG--TAA-TT-GT--AATTGTAATCAATTA-CATTTCAAAA-TA-GC-TG--TAAT-TTAATT-GTAA-TT----------ATG-ATT-TCA-ATGTAATCAGT-AA-TATA-A-CGAT
gi|12 : T-AAA---GTAC-CACAT-G--TA-G-TTT----AGTGCTTTAAGATAA------T---GAA--ATG-AC--------AA-TACACATG--TTT-AAG-----------------------TATAGCA--CCTTGCAG--a
gi|13 : aactctttattatttaacatgttcggaattgtaatagtgatcaccatagggcaaatttattgggagttacgtcTA-CATTTCGAAA-TA-GC-TG--TAATCTTAAT--GTAA-TT-GTAA-T--CATGAATT-CAA-ATTAAATATGT-AATTATA-ATCGATAACA-TCGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTGgttaagcgat
gi|14 : tatcataggactggagtaGTGGAACTCGAA-A-GTTTCACCTCA-G--TC-G-GACTA-T-------TATGtt
gi|15 : ACA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTG
gi|16 : CA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTG
gi|2 : TT-AATGAC-ATTTT-TAATTATTCAACA-ATCT-CCT-CAAAAC-ATTTTCCT-----TATT-A-AGTATTTA-TCT-TATAATA--T---TTAATTAAAATCAGGT-GC-ATTT-AT-TCCTTTTATTTCATT-CTA---------AGTT---ATTT-----ATTATT-T----TACA---------------AAAAAAGTAA---TT-ACTT-AAAGGTGGG-AGGCACTACATC-TTGTAATATTTATTGTGAAACC--TAA-GCC----AA---AA--TTGCTG---AGTTTC----ATTCT------CTCACTCTTTT-GGTTTTCA-TCAAAAC-ATAAAACCAGAT-GTC-CTATTCGTTAA---AATGG-----TA---C---ATT-TAGGACAAATCAATGGCGAAAA-TGGCTTTTAAGACGATTTCAACAAACCTCT--------GAAATTGCTTTT--AAGTTTTTTAATG------ATGATGCAATGGGGA-ATAGTTAAAAA---AACAATG-GTT-ACT----TTGTT--AA-ATTCTG-AGTGGTGTATTT--GCT--TCTGAG--AC-CACA-TA---AGGGAAAGTGTGATGATC---C-------AAG-TCCAATTTCTAAAC----ATATA-T---AC---T--CAAACTTCT--------------A-TG----T--CAGAAGA-----T--TA---ACCA----CGTTTC--CTCTGGGTGATC---TTC-ATATCA--ACA--------TACCA-C-TA---ACTC-T--CT---GCGATA--ATTATG--TTAT-AGGACC-AAATAA-ACT-GTA-TCT---TATAGACCACGA--TCCACTGT-----TGAT---GGTG---------GAGCT-T-AT-CTATG--------TCAAT--GT-TAAT-CTACCTGA-CCAAA-AGG---------CTATA-CAC----AGA---A-GTGTCCACAGAG-TGTATGCTACGG-TTT-CTGTGGTCTACATAGTTA-TCTGTATGTAA--TGGTGG-ATCACC--TA-CA--GT-------AGATAT-CG-GCAG--C-TA--A-CCCCTCCTCGCTTT-GGCTC--A-----GTCAATGTAT-AA-GC------TA--TTATTC-TT-TT-A----TA-TAAATAAT-CTCAATAG---TGTGTTA-TA--------GAATTATTG--TGC-AA-TTAATT-CTTGATACA-T-TCATTCATTTCCGACTAGTGTGT-GCCATT---A-T-AATTT-AG-TACTC--ATC-AC-AT-AA-CC-TA--TC-AGTGAA--TCAAA-G-TTTTCGCCTAA-GT-T--GTGAC-A-TTAATATGTATGAC-AAATCAC-----ACGTCTTCTATCA-TGT--AAT-GTTCAG--AAT--TGG-----T-----TAA--TCAA-ATAACGAACATAG-TACATTGCCTATG-ATT----AGTGCTTT-AGATAA------T---GATCAATGAAT--------AA-TATAGATGT-TTC-AAGTTGTTA--T-GTT-TTCG-ATGTCATAGCACCCCTTGCAG--TAGT-AAA-AATAAAC--GTTGAGTCTGC-TC-AGCCAAAG-TATCAATA-TCA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGAATGATGATGAACATTTCAAGGTAT-A-TT-GT--AGATGTAAT-AATTA--ATTTCAAAA-TA-GC-TG--TAATTT--ATT-GTAA-TTGGTAA-T--CATGAATT-TCA-ATGT-ATCTGT-AATTATA-ATCGATTACA-TTGAATGAT--AA-T--GACCCCAT-GTCTG
gi|3 : ATTAACTTG-ACC-TGCAAT---CTCATTAAA---ATTGTATTT--ATAG-TCAGCCC--TTTCATGACATATTC----TTCA-TTACTAGCC-AAATTTTTTT-CCTGTC-AT-----A-CCA---AAGA-GTTTTTCT-CAAATG-ATTTTA-TAGAGACGTTGAAAAAATT-A-TTTTCCTTATA--TATTTCCATTGAAAGCAGGAAGC-ATTTTATGTCG--CTGTTTTATTTCTATTAATGT-TATTTTTGATTT-----ATCTCCATACCATACACCACCCCCACCCAACAAC----TAGCC-TTTATTGGAAAGGTGGATAGACACTATAT--T-------------GTGAAAACTTTAGAACGCAATAA---AATTTTGTTGGATGGTATCCAGGATTCTCGCTCGCTT-CTCTTTT-GGTTTT-AGTCAATACTATAATACCAGATAGTCACTCTT-GTT-----TATAGAC-----AAC-----TGGTAGGACAA-TCTA--ATGAAAAATGGCTTT-AATA-GATCT-ATCACACTTTCCTTTATCGGAGAATGCTTTTAGAG--TACTTAATGT-AATGACTA-ACAA-AGGGATATAGTTAAATACCCAACAACGCGTTCACTTTTAGTATTCAAACATTCTACA-TGGT-TATCTTGGCTCCTCTGAGGGACTCCTA-TGAATAGGAAAAGT-T-ATAATCATCTTCTTCTAAAGACACAATCACTAAACTATTATATAGTCATACATATTTCCAATTTTCTATTTTCTGGAGTTA-TTATTGT--CA-AAGAGTCCGT--TACCGAAAATAGTC--TTC--CCTT-GGT-ATCATTCTC-ATATCA--ACACAGTACTATAGTA-CTCATGCAAGC-TGACTGACG-AATAATATTATGTTTTATAAGGCCCCAGATAA-ATTCGTT-TCTTTCTTCA----AGGAGTTCAACTGTTCTGAT-AG---GGTGCACATGGCAGCGCTAT-AT-CTG-----TATGGTCAATTAGTATCAATCTACCTGATTCAAT-GAGATGAGCTTCCCATA-CACATTTAGG---AGGTGTCC-AGAAGCTGTATG-TAGGG-TTT--TATGGTC---ATAG-TGTTTTGTA--TAA--TGGT-GTAT--CC---ACCAACAT-------AGCTGA-CCCGCAGT-C-TAC-AGCCCCTTCCATCTTT--GTATAAATTG-TA--A-------AG-GCTA-A-------TATTCATTATTG------ATTAAATGA--TTCAATAAGTCTGTGT---TA----TAGGGAA-TGAAGT-TGCAAA-TTATTG-TTTGATGC--TGT--TTCATTTCTGAg
gi|4 : aattgctgaATAT---TTCTAAAATCCTCATTTTT--GAATTA-TT----TGTCA-AAGA-----TGTTAC---CAA----C--ATCTTCCTTGGGTTATCT--CTC-ATATCAGAACA-------ATACCAACCTA---ATGC-T-ACT---G-GAAA--TTTATG--TTAT-AGACCTCAAATAA-ACT-GTT-TCT---TC------AGGA--TCACCTGT-----G-AGTCGGGTG---------GAGCT-TTATTCTATG-CCTATGGTCAAT--GT-TAATTCTACCTGA-TCAAGAGAG---------CTATATCAC----AGGGAAA-GTGTCC--AGAGCTGTATGTTAGGGGTTT-CTGTGGC----ATAG-TG-TTTGTAA-TAAATTGGTGGTAT--CCCCTACCA--GT-------AGCTGAACATGCAGT-CCTAC-A-CCC-TTCCCTCTTT-GGTAT---TTG-TATCA-TG--T-AA-GCTCGATATA--TTATTCATTATTGA----T-TTAAATAAT-TTCAATAAGT-TGTGTTAATAGGCCTAAGGAATTAAAG--TGCAAAATTATTG-TTTGATGCA--AT--TTCATTTCCGA-TA--GTGT-GCAATT-CAACT-AATTT-AT-AACTC--ATTAAC-AT-GATCA-TA--TCAAGTGGAACTCGCA-A-GTTTCACCTCA-GT-T--G-GA--A-T-------TATGACAAAATTA------AC-TCTT-TGTCA-T-T--AAT-TTTCAG--AAT--T-GTTAA-T-----CAA--T----AT-ACAC--ATAGCTACATTG--TA-GAATT----AGTGCTTTAAGATAA------TAAGGAT--ATT--T--------AA-TT---ATATATCT-AAATt
gi|5 : at-TAA--TGGTGGTAT--CCC-TAACA--GTTACATGTAGCTGA-TACGCAAT-C-TACCA-CCCCTTCCCTCTTT-GGTAT---TTGCTATCAATGG-T-AAAGCT--ATATA--TTTATCATTATTAA----T-TTAAATAAT-TTCAATAAGT-TGTGTTA-TA-------GGAATTTAAAGTTGCAAA-TTATTG-TTTGATGCA-T----TTCATTTC--GATA--GTGT-GCAATTTCAA-TTAATTTTATTAACTCTCATCAAC-AT-AA-CA-TA--TCAAGTGGAACT-GAA-ATGTTTCCACTCA-GGTT--G-GAC-ATT-------TATGACAAAATTA------AC-TCTTATATCA-T-T--AAT-TTTCAG--AAT--T-GGTAATC-----CAA--T----AT-AAC---ATAGCTACATTG--TA-G-ATTTTTAAGTGCTTTGAGATAATTGAATT---GAT--ATA-A---------AG-T----ATGT-TTT-AAGTTGTTAAGT-TTTATT------TTATAGCA-CCATTG-AGTTTAGT-AAA-AATAAA---GC----TTTGCTTC-AG-CAAAA-AGT--ATA-TAA--AAAAAATG-TA-AT-TGTAATTGAATTACAATT-ACATTTTCAAG--A-A-TT-GTAAAATCGTAATCAATTA-aatcccttaat
gi|6 : taT-AT-AACTC--ATCAAC-ATGAA-CAGTACTTCAAGTGGA-CTCGACCA-GTTTCACCTCATG--TCTG-GAC-A-TATA----TGTGACAAAATTA------AC-TCTT-TGTCACT-T--AATATTTCAAGCAATGTT-G-----TTTAATCAAATC----AT-ACC----TAG-TACATTG--TA-G-ATT----AGTGCTTTGAGATAA------T---GAT--ATG-ATTATGATTAAA-TA---ATGT-TTTAAAGTTGTTG--TGTTG-TTCACA--TTA-AGCA--CCTTGCAG--TAAT-AAA-ACTAA-------------GC-TC-AGCCAAAA-GCT--ATAGTAATTAAAA---GTTACATCTGTAATTGTATATTGATT-ACATTC--AAG--T-A-TTGGT--AATCGTA--TAATTATCA-TTCAACA-TACGC-AG--TAATTT--ATT-GTAATTT-GTAA-CTGCATGA--T-TCA-TTGTA--CTGTAAATTATATATCGACTTCACTTGAATG-T--AATTCGGACCCCAT-GTCCG
gi|7 : tgCAGAGATTGGGGGTAATCGTAAATCTGTATAT------CGTAACAGCTGTTAATTGAT-TACCATTTTCTGAGTAATCGAAT-TTAATCTGTAATTGTGTATTTTTT-AGTAT-C-ACACTGTAACT-TCAATTGTAA-TCGAT---ATTAATTTT-ACCC-GTAAT---C--AT---G---ATTACATTTTAATAGATTA---CGCTTTTTTGATAC---TGC-ATTCA-TT------T-ATATATTTTTTCATGAC-ACTTT--A-TTAT-CAACATATTTTCCTTCAAAAGTATTTTA-T-----TATT-AGAGTATT-A-TT--CCTTAAA--T---TCGTATAAAAGCAGGT-GCCATTT-TT-TC---TTATTTTAT--CTGT----AT-TATTT---ATTTTTTTTCTTTTT-T----TACA---------------AAA----CAGCC-AT-ATTT-AAAGATGG--ATACACTCTATCAT-------------GTGAAAAC--TAAAGTG----AA---AA--TTGCTG---AGTTT-----ATTCT------CTC-CTCTTTT-Gc
gi|8 : TTTCGCCTCA-G--TA-G-GAC-A-T-------TATGACAAAATTACATGTAAA-TCTT-TATTA-T-TTAAAT-GTTCAG--AAT--T-G-----T-----CAA--TCAGTAT-ACATGTAAAG-TACATTG--TA-G-TTT----AGTGCTTTAAGATAA------T---GAT--ATG-AT--------AAATA---ATGT-TTT-AAGTT-TTG--T-TTT----A-A--TTATAGCA-CCCTTGCAG--TA-T-AAGTAATAAAATAGCT---TT-GA-TC-AG-CAAAAGTAT--ATT-TAA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTA-ATTGATT-ACTTTTCAAAG--T-AATT-GT--AATTGTAATCAATTA-CATTTCAAAA-TG-G--TG--TAATCTTAATT-GTAA-TT-GTAA-T--CATAAATT-TCA-ATGTAATCTGT-AATTATA-ATCGATTACA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCT
gi|9 : cTGTA-CAC----AGG---AAGTGTCT-CAGGGCTGTCTGT--GGG-TTTTCTGTGACC-A--CAG-AG-TTTGTAT--AA--TGGTGATCT--TCG-TAACA--GT-------AGCTGA-CAAACACT-C-TAT-A-CCCCTGCCCTCTTTAGGT-C--AATG-TATCAATG--TAAA-GTTC-ATATA-------CATTATC------TAATAAAAAACATTCAATAATC-TGTGTC--------TTAGGAATTAACT--TGCAAA-TTATTA-TTTGATG---TAT--TTCATTTCTG-ATT--GTGT-GTAATA-CAA-T-AAATT-AT-GATAC--AT
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 666666666666 1 1 1 333 1 1 222 1 111 1 1 333333333333333 11111 222222 1 1 1 33333333 11 22222 111 111111 1 1 1 1 222 11 33333333 111 22222 222222 6666666666666666666666 1 1 1 11 66666666666666666 11 2222 111 11 111 33333 222222 1 1 1 1 1 1 1 22222 77777777777777 1 1 1 1 11 44444444 333333 44444 1 1 222 1 2222 1 2222 1 11 11 11 1 3333333 44444444444 111 2 333333333333 111 22222 1 2222222 1 444444444444444444444444 11 2 222 1 11 33333333 1 111 1111 111 1 11 11 1 1 1 1 33333333333 11 5555555555555555555555555 1 222 11 1 1 111 444444444 1111 22222 11 11 2222 1111 11 3333333333333333333333 2222222 1111 1 22 111 333333333 333333333333 11 2222222 11 111 22222 2222222 222222 1 1111 555555555555555555555555555555555555 1 1111 111111 2222222222222222222 1 22222222222222222222 11 222222222222 1 11 111111 111 1111 111 1111
lowQualScore : 88 3 3 111111111111 3 3 7 0 2 444 7 3 3 222 3 777 7 3 7 0 55 222222222222222 77777 7 111111 5 33 2 0 0 33333333 8 0 8 0 33 8 999 8 0 0 8 8 88 00000 777 8 8 88 666666 1 0 0 0 0 777 33 22222222 777 55555 222222 2222222222222222222222 2 0 0 9 66 1 88888888888888888 33 3 1111 777 33 777 66666 888888 0 0 2 6 3 3 3 3 99999 00000000000000 77 3 1 7 7 3 3 7 3 00 88888888 999999 1 22222 3 3 3 7 1 333 0 6 3 8888 1 2 6 9999 3 7 88 88 33 3 1111111 1 6 6 33333333333 888 6 444444444444 6 777 44 1 0 6 11111 0 0 6666666 0 3 444444444444444444444444 33 8 0 777 0 2 33 55555555 0 0 6 777 4 4444 777 0 33 33 0 8 0 0 0 44444444444 0 33 22 0000000000000000000000000 9 0 3 111 33 0 3 2 0 000 000000000 3 8 7777 11111 33 5 44 8 8 2222 5555 22 99 0000000000000000000000 6 5 6 6 77 6 6 1111111 6 7 7777 3 22 3 222 222222222 88 2 6 000000000000 3 1 55 7 6 6 3333333 3 77 11 8 8 8 8 6 6 99 0 8 8 8 8 111 0 99 9999 2 5 99999 5 5 5 8888888 3 555555 6 3 6 3333 6 99 444444444444444444444444444444444444 1 77 5 5 2222 2 444444 888 66 8888888888888888888 5 0 55555555555555555555 00 77 4 6 6 888888888888 6 6 3 00 333333 99 111 6 6 7 6 1 1111 6 6 99 0 3 5 5 7 6 6 6 99 000 6 6 6 3333 6 6 6 6 7 5 5 77 77 5
lowQualScore : .. . . ............ . . . . . ... . . . ... . ... . . . . .. ............... ..... . ...... . .. . . . ........ . . . . .. . ... . . . . . .. ..... ... . . .. ...... . . . . . ... .. ........ ... ..... ...... ...................... . . . . .. . ................. .. . .... ... .. ... ..... ...... . . . . . . . . ..... .............. .. . . . . . . . . .. ........ ...... . ..... . . . . . ... . . . .... . . . .... . . .. .. .. . ....... . . . ........... ... . ............ . ... .. . . . ..... . . ....... . . ........................ .. . . ... . . .. ........ . . . ... . .... ... . .. .. . . . . . ........... . .. .. ......................... . . . ... .. . . . . ... ......... . . .... ..... .. . .. . . .... .... .. .. ...................... . . . . .. . . ....... . . .... . .. . ... ......... .. . . ............ . . .. . . . ....... . .. .. . . . . . . .. . . . . . ... . .. .... . . ..... . . . ....... . ...... . . . .... . .. .................................... . .. . . .... . ...... ... .. ................... . . .................... .. .. . . . ............ . . . .. ...... .. ... . . . . . .... . . .. . . . . . . . . .. ... . . . .... . . . . . . . .. .. .
lowQualScore : 33 3 3 777777777777 3 3 3 7 0 000 3 3 3 777 3 777 3 3 3 0 88 222222222222222 22222 0 222222 5 55 5 0 0 55555555 0 8 0 8 66 0 666 0 8 8 0 0 66 00000 000 0 0 88 000000 0 0 0 0 0 555 22 22222222 555 00000 222222 8888888888888888888888 5 0 0 0 55 0 00000000000000000 88 2 2222 555 88 555 22222 888888 0 0 0 7 3 3 3 3 77777 00000000000000 77 3 0 3 3 3 3 3 3 33 33333333 777777 0 77777 7 3 3 3 0 333 7 7 3 3333 0 0 7 7777 3 3 33 33 33 3 0000000 0 7 7 33333333333 000 7 333333333333 7 555 00 0 2 5 88888 8 0 0000000 0 2 555555555555555555555555 88 8 0 555 0 5 88 88888888 2 0 5 555 2 2222 555 0 88 88 0 8 0 0 0 55555555555 2 88 00 2222222222222222222222222 8 0 2 222 88 0 2 5 0 555 000000000 8 0 0000 00000 00 6 44 0 0 4444 2222 77 22 0000000000000000000000 7 2 7 7 77 7 7 2222222 7 3 5555 3 77 2 333 555555555 33 5 7 333333333333 2 0 88 3 7 7 0000000 7 33 00 0 0 0 0 7 7 22 8 0 0 0 0 888 8 88 3333 7 7 66666 7 7 7 6666666 2 888888 7 3 7 5555 7 22 999999999999999999999999999999999999 4 99 7 7 1111 3 444444 888 99 1111111111111111111 0 0 66666666666666666666 00 99 2 7 7 000000000000 7 7 3 00 777777 22 777 7 7 3 7 0 2222 7 7 22 7 5 2 7 3 7 7 7 22 555 7 7 7 3333 7 7 7 7 3 7 7 99 99 7
consensus : CAGAGAT--GGGGTAATCGTAA-TCTGTA-AT------C-----AGCTGT-AATTGAT-TACAATTTTTCGAGTAATCGAAT-T-AATCTGTAATCGTGTATTTTTT-AG-AT-T-ACA-TGTAATT-T-AATTGTAA-TCGATTACATTAATTTT-ACCCTGTAAT---C--AT---G---ATTACATTT--ATAGATTA---C--TTTTTTGATATACTTGC-ATTCA-TT------T-ATATATTTTT-CATGAC-ATTTT-TA-TTAT-CAACA-ATTTTCCT-CAAAAG-ATTTTA-T-----TATT-AGAGTATT-A-TTT-CCTTATA--T---TTNATTAAAAGCAGGT-GC-ATTT-AT-TC---TTATTTTATT-CTGT----AT-TATTT---ATTT-----ATTTTT-T----TACA---------------AAA----TAGCC-TT-ATTTGAAAGGTGGG-ANACACTATATC-T-------------GTGAAAAC--TAAAGCG----AA---AA--TTGCTG---AGTTTC----ATTCT------CTC-CTCTTTT-GGTTTTCAGTCAAAAC-ATAAAACCAGAT-GTC-CTATT-GTTAA---AATGGAC---TAAACC---ATNGTAGGACAA-TCNATGACGAAAAATGGCTTT-AATA-GATTT-ATCACACCTCC--------GAGAATGCTTTT--AG--TTNTTAATGT-G--GACGA-GCAA-GGGGATATAGTTAAANA---AACAACGCGTT-ACT----GTNTTCAAACATTCTG-A-TGGT-TATCT--GCT--TCTGAGGGAC-CACA-TA---AGGNAAAGTGTGATGATCATCC-------AAGNC-CAATT-CTAAAC----ATATA-TCATAC---TTTCNAACTCCTCATTTTC--GAATTA-TT----T--CA-AAGA-----T--TAC--ACAA----C--TTC--CCTTGGGT-ATC---CTC-ATATCA--ACA-------ATACCA-CCTA---ACGC-T-ACT---G-GATA--ATTATG--TTAT-AGGCCCCAAATAA-ACT-GTT-TCT---TTCA----AGGA--TCNNCTGT-----T-AG---GGTG---------GAGCTATAT-CTATG-CCTATGGTCAAT--GT-TAATTCTACCTGA-TCAAG-GAG---------CTATA-CAC----AGG---A-GTGTCC-CAGAGCTGTATGTTAGGG-TTT-CTGTGGTC-A-ATAG-TG-TTTGTAT-TAA--TGGTGGTAT--CC--TACCA--GT-------AGCTGA-CACGCAGT-C-TAC-A-CCCCTTCCCTCTTT-GGTAT--ATTG-TATCAATG--T-AA-GCTC-ATATA--TTATTCATTATTGA----TATTAAATAAT-TTCAATAAGT-TGTGTTA-TA----TAAGGAATTNAAG--TGCAAA-TTATTG-TTTGATGCA-TAT--TTCATTTCCGAATA--GTGT-GCAATT-CAA-T-AATTT-AT-AACTC--ATCAAC-AT-AA-CA-TA--TCAAGTGGAACTCGAA-A-GTTTCGCCTCA-G--T--G-GAC-A-T-------TATGACAAAATTA------AC-TCTT-TGTCA-T-T--AAT-TTTCAG--AAT--T-G-----T-----CAA--T----AT-ACA---ATAG-TACATTG--TA-G-ATT----AGTGCTTTAAGATAA------T---GAT--ATG-AT--------AA-TA---ATGT-TTT-AAGTTGTTA--T-TTT-TTCA-A--TTATAGCA-CCCTTGCAG--TAAT-AAA-AATAAA---GCT---TTTGC-TC-AG-CAAAA-TAT--ATA-TAA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTATATTGATT-ACATTTCAAAG--T-A-TT-GT--AATCGTAATCAATTA-CATTTCAAAA-TA-GC-TG--TAATCTTAATT-GTAA-TT-GTAA-T--CATGAATT-TCA-ATGTAATCTGT-AATTATA-ATCGATTACA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTG
Reference ( family-1156 ) : CAGAGAT--GGGGTAATCGTAA-TCTGTA-AT------C-----AGCTGT-AATTGAT-TACAATTTTTCGAGTAATCGAAT-T-AATCTGTAATCGTGTATTTTTT-AG-AT-T-ACA-TGTAATT-T-AATTGTAA-TCGATTACATTAATTTT-ACCCTGTAAT---C--AT---G---ATTACATTT--ATAGATTA---C--TTTTTTGATATACTTGC-ATTCA-TT------T-ATATATTTTT-CATGAC-ATTTT-TA-TTAT-CAACA-ATTTTCCT-CAAAAG-ATTTTA-T-----TATT-AGAGTATT-A-TTT-CCTTATA--T---TTNATTAAAAGCAGGT-GC-ATTT-AT-TC---TTATTTTATT-CTGT----AT-TATTT---ATTT-----ATTTTT-T----TACA---------------AAA----TAGCC-TT-ATTTGAAAGGTGGG-ANACACTATATC-T-------------GTGAAAAC--TAAAGCG----AA---AA--TTGCTG---AGTTTC----ATTCT------CTC-CTCTTTT-GGTTTTCAGTCAAAAC-ATAAAACCAGAT-GTC-CTATT-GTTAA---AATGGAC---TAAACC---ATNGTAGGACAA-TCNATGACGAAAAATGGCTTT-AATA-GATTT-ATCACACCTCC--------GAGAATGCTTTT--AG--TTNTTAATGT-G--GACGA-GCAA-GGGGATATAGTTAAANA---AACAACGCGTT-ACT----GTNTTCAAACATTCTG-A-TGGT-TATCT--GCT--TCTGAGGGAC-CACA-TA---AGGNAAAGTGTGATGATCATCC-------AAGGT-CAATT-CTAAAC----ATATA-TCATAC---TTTCNAACTCCTCATTTTC--GAATTA-TT----T--CA-AAGA-----T--TAC--ACAA----C--TTC--CCTTGGGT-ATC---CTC-ATATCA--ACA-------ATACCA-CCTA---ACGC-T-ACT---G-GATA--ATTATG--TTAT-AGGCCCCAAATAA-ACT-GTT-TCT---TTCA----AGGA--TCNNCTGT-----T-AG---GGTG---------GAGCTATAT-CTATG-CCTATGGTCAAT--GT-TAATTCTACCTGA-TCAAG-GAG---------CTATA-CAC----AGG---A-GTGTCC-CAGAGCTGTATGTTAGGG-TTT-CTGTGGTC-A-ATAG-TG-TTTGTAT-TAA--TGGTGGTAT--CC--TACCA--GT-------AGCTGA-CACGCAGT-C-TAC-A-CCCCTTCCCTCTTT-GGTAT--ATTG-TATCAATG--T-AA-GCTC-ATATA--TTATTCATTATTGA----TATTAAATAAT-TTCAATAAGT-TGTGTTA-TA----TAAGGAATTNAAG--TGCAAA-TTATTG-TTTGATGCA-TAT--TTCATTTCCGAATA--GTGT-GCAATT-CAA-T-AATTT-AT-AACTC--ATCAAC-AT-AA-CA-TA--TCAAGTGGAACTCGAA-A-GTTTCGCCTCA-G--T--G-GAC-A-T-------TATGACAAAATTA------AC-TCTT-TGTCA-T-T--AAT-TTTCAG--AAT--T-G-----T-----CAA--T----AT-ACA---ATAG-TACATTG--TA-G-ATT----AGTGCTTTAAGATAA------T---GAT--ATG-AT--------AA-TA---ATGT-TTT-AAGTTGTTA--T-TTT-TTCA-A--TTATAGCA-CCCTTGCAG--TAAT-AAA-AATAAA---GCT---TTTGC-TC-AG-CAAAA-TAT--ATA-TAA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTATATTGATT-ACATTTCAAAG--T-A-TT-GT--AATCGTAATCAATTA-CATTTCAAAA-TA-GC-TG--TAATCTTAATT-GTAA-TT-GTAA-T--CATGAATT-TCA-ATGTAATCTGT-AATTATA-ATCGATTACA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTG
gi|1 : CAGAGAT--GGGGTAATTGTAA-TCTGTA-AT------C-----AGCTGT-AATTGAT-TACAATTTTTCAAGTAATCAAATGT-AATCTGTAATCGTGTATTTTTT-AG-AT-T-ACA-TGTAATT-T-AATTGTAA-TCGATTACATTAATTTT-ACCCTGTAAT---C--AT---G---ATTACATTT--A--GATTA---C--TTTTTTGAT-TACTTGC-ATTCATTT------T-ATATATTTTT-CATGAC-ATTTT-TA-TTAT-CAACA-ATTTTCCT-CAAAAG-ATTTTA-T-----TATT-AGAGTATT-A-TTT-CCTTATA--T---TTCATTAAAAGCAGGT-GC-ATTT-AT-TC---TTATTTTATT-CTGT----ATATATTT---ATTT-----ATTTTT-T----TACA---------------AAA----TAGCCTTT-ATTTAAAAGGTGGG-ATACACTATA---T-------------GTGAAAAC--TAAAGTG----AAATTAA--TTGCCG---AGTTT-----ATTCG------CTC-CTCTTTTAGGTCTTTAGTCAAAAC-AAAAAACCAGAT-GTC-CTATT-GTTAAGACAATGGACGAATAAACCATAATCGTAGGACAA-TCCATGACAAAAAATGGCTTT-AATA-GA-TT-ATCACA---CC--------GAGAATGCTTGT--A---TTGTTAATGTCG--GAAGA-GCAA-GGGGATATAGTAAAACA---AACAATGCTCT-GTT----GTTATTAAACAGTCT--A-TGGT-TA-CT--GCT--TCTGA-GGAC-CACACTA-----GTAAAGTGTGATGATAATCC-------AAGGT-CAATT-TTAA----------A-TCATAC---TTTCTAACTCCTCATTCGT--GAATTATTT----T--CA-A--A-----T--TAT--ACAA----C--TTC--CCTTCGGT-ATC---CTCAATAT-A--ACG-------ATACAA-CCTG---ATGCTT-ATT---G-GATA--ATTATG--TTAT-AAGCCCAAAATAAGACT-ATTATCT---TTCA----AAGG--TACCCTGT-----T-AG---GGT----------TAGCTATAT-CTATGTCCTATGGTCAAT--GT-TAATTCTAC--GA-TCAAG-CAG---------CT-TA-CAC----AGG---A-GTGTCC-CAGA-CTGT-TG-TAGGG-ATT-CTCTAGTC-A-ATAG--G-TGTGTAT-TAA--TGATGGTAT---C--TAC----AT-------AGCTGA-CACACAGTGC-TAC-A-CCCCTTCCGTCTTT-GG-AT--ATTG-TATCAATG--T-AATACTTGATATATTTTATTCATTATTGATCATTATTA---AAT-TTCATTAAGT-T-TGTTG-TA----TAAGGAAGTTAAG--TGC-AA-TTATTGTTTTGATGCACTAT--TCCATTTCCGAATA--GTGTGGCAATT-CAA-T-AATTT-AT-AACTC--ATCAACAAT-AA-CA-T---TCAAGTGGGA-TCGCA-A---TTCACCTCA-G--T--G-GAC-A-T-------TATAA-----------------TCTT-TGTCA-TGT--AAT-TTTC-----------------------CAA--T----AT-ACA---ATAG-T-CAATG--TA-T-ATT-----GTAC---AAAATAA------T---GAT--ATA-A---------AA-TA---ATGT-TTTAAAATTG--A--T-TTT-TTCA-A--TTATA-CA-CCCATGCAT--TAAT-AAA-AATAAA---GCT---TTTGC-TCAAG-CA-----AT--AAC-TAA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTATATTGATT-ACA--TCAAAG--T-A-TT-GT--AATTGTATTAAATAA-CA-TTCAAAACTA-GCTTGCTTAA--ATAATTAGTAA-TT-GTAATT--CATGAATTGTCATATGTAATCTTA-AATTATA-A--GATTACA-TTGAATG-TAAAATT--CCCCCCATAGTCTG
gi|10 : CAGAGAT--GGGGTAATCGTAA-TCTGTA-ATCGTAACC-----AGCTGT-AATTGATATACA--TTTTCAAGTAATC--AT-------TGT-ATCGTGTATTTTTTAAG-ATGTAACA-TGTAATTGT-AA-TGTAATTCGATTACATTAATGTTAACCCTGTAACCTGC--AT---GATCATTACATT----TAGGTTA---C--TTTTTTGAT-TACTTGCTATTCA-TT------TGATATATTTTT-CA-GACTATTTTGTA-TT-T-CAACA-A-ATTCCT-CAAAAC-ATTTTC-T-----TATT---AGTATT-ATTTT-CCTTATAATT---TTAATTAA
gi|11 : AA------T---GAT--ATG-AT--------AAATA---ATGT-TTT-AAATTATTA--TGTTT-TTCA-A--TTATAGCA-CCCTTGCAG--TAATCAAA-AATAAA---GCT---TT-GC-TC-AG-CAAAG-TAT--A---TAA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTA-ATTGATT-ACATTTCAAAG--TAA-TT-GT--AATTGTAATCAATTA-CATTTCAAAA-TA-GC-TG--TAAT-TTAATT-GTAA-TT----------ATG-ATT-TCA-ATGTAATCAGT-AA-TATA-A-CGAT
gi|12 : T-AAA---GTAC-CACAT-G--TA-G-TTT----AGTGCTTTAAGATAA------T---GAA--ATG-AC--------AA-TACACATG--TTT-AAG-----------------------TATAGCA--CCTTGCAG--a
gi|13 : aactctttattatttaacatgttcggaattgtaatagtgatcaccatagggcaaatttattgggagttacgtcTA-CATTTCGAAA-TA-GC-TG--TAATCTTAAT--GTAA-TT-GTAA-T--CATGAATT-CAA-ATTAAATATGT-AATTATA-ATCGATAACA-TCGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTGgttaagcgat
gi|14 : tatcataggactggagtaGTGGAACTCGAA-A-GTTTCACCTCA-G--TC-G-GACTA-T-------TATGtt
gi|15 : ACA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTG
gi|16 : CA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTG
gi|2 : TT-AATGAC-ATTTT-TAATTATTCAACA-ATCT-CCT-CAAAAC-ATTTTCCT-----TATT-A-AGTATTTA-TCT-TATAATA--T---TTAATTAAAATCAGGT-GC-ATTT-AT-TCCTTTTATTTCATT-CTA---------AGTT---ATTT-----ATTATT-T----TACA---------------AAAAAAGTAA---TT-ACTT-AAAGGTGGG-AGGCACTACATC-TTGTAATATTTATTGTGAAACC--TAA-GCC----AA---AA--TTGCTG---AGTTTC----ATTCT------CTCACTCTTTT-GGTTTTCA-TCAAAAC-ATAAAACCAGAT-GTC-CTATTCGTTAA---AATGG-----TA---C---ATT-TAGGACAAATCAATGGCGAAAA-TGGCTTTTAAGACGATTTCAACAAACCTCT--------GAAATTGCTTTT--AAGTTTTTTAATG------ATGATGCAATGGGGA-ATAGTTAAAAA---AACAATG-GTT-ACT----TTGTT--AA-ATTCTG-AGTGGTGTATTT--GCT--TCTGAG--AC-CACA-TA---AGGGAAAGTGTGATGATC---C-------AAGTC-CAATTTCTAAAC----ATATA-T---AC---T--CAAACTTCT--------------A-TG----T--CAGAAGA-----T--TA---ACCA----CGTTTC--CTCTGGGTGATC---TTC-ATATCA--ACA--------TACCA-C-TA---ACTC-T--CT---GCGATA--ATTATG--TTAT-AGGACC-AAATAA-ACT-GTA-TCT---TATAGACCACGA--TCCACTGT-----TGAT---GGTG---------GAGCT-TAT-CTATG--------TCAAT--GT-TAAT-CTACCTGA-CCAAA-AGG---------CTATA-CAC----AGA---A-GTGTCCACAGAG-TGTATGCTACGG-TTT-CTGTGGTCTACATAGTTA-TCTGTATGTAA--TGGTGG-ATCACC--TA-CA--GT-------AGATAT-CG-GCAG--C-TA--A-CCCCTCCTCGCTTT-GGCTC--A-----GTCAATGTAT-AA-GC------TA--TTATTC-TT-TT-A----TA-TAAATAAT-CTCAATAG---TGTGTTA-TA--------GAATTATTG--TGC-AA-TTAATT-CTTGATACA-T-TCATTCATTTCCGACTAGTGTGT-GCCATT---A-T-AATTT-AG-TACTC--ATC-AC-AT-AA-CC-TA--TC-AGTGAA--TCAAA-G-TTTTCGCCTAA-GT-T--GTGAC-A-TTAATATGTATGAC-AAATCAC-----ACGTCTTCTATCA-TGT--AAT-GTTCAG--AAT--TGG-----T-----TAA--TCAA-ATAACGAACATAG-TACATTGCCTATG-ATT----AGTGCTTT-AGATAA------T---GATCAATGAAT--------AA-TATAGATGT-TTC-AAGTTGTTA--T-GTT-TTCG-ATGTCATAGCACCCCTTGCAG--TAGT-AAA-AATAAAC--GTTGAGTCTGC-TC-AGCCAAAG-TATCAATA-TCA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGAATGATGATGAACATTTCAAGGTAT-A-TT-GT--AGATGTAAT-AATTA--ATTTCAAAA-TA-GC-TG--TAATTT--ATT-GTAA-TTGGTAA-T--CATGAATT-TCA-ATGT-ATCTGT-AATTATA-ATCGATTACA-TTGAATGAT--AA-T--GACCCCAT-GTCTG
gi|3 : ATTAACTTG-ACC-TGCAAT---CTCATTAAA---ATTGTATTT--ATAG-TCAGCCC--TTTCATGACATATTC----TTCA-TTACTAGCC-AAATTTTTTT-CCTGTC-AT-----A-CCA---AAGA-GTTTTTCT-CAAATG-ATTTTA-TAGAGACGTTGAAAAAATT-A-TTTTCCTTATA--TATTTCCATTGAAAGCAGGAAGC-ATTTTATGTCG--CTGTTTTATTTCTATTAATGT-TATTTTTGATTT-----ATCTCCATACCATACACCACCCCCACCCAACAAC----TAGCC-TTTATTGGAAAGGTGGATAGACACTATAT--T-------------GTGAAAACTTTAGAACGCAATAA---AATTTTGTTGGATGGTATCCAGGATTCTCGCTCGCTT-CTCTTTT-GGTTTT-AGTCAATACTATAATACCAGATAGTCACTCTT-GTT-----TATAGAC-----AAC-----TGGTAGGACAA-TCTA--ATGAAAAATGGCTTT-AATA-GATCT-ATCACACTTTCCTTTATCGGAGAATGCTTTTAGAG--TACTTAATGT-AATGACTA-ACAA-AGGGATATAGTTAAATACCCAACAACGCGTTCACTTTTAGTATTCAAACATTCTACA-TGGT-TATCTTGGCTCCTCTGAGGGACTCCTA-TGAATAGGAAAAGT-T-ATAATCATCTTCTTCTAAAGACACAATCACTAAACTATTATATAGTCATACATATTTCCAATTTTCTATTTTCTGGAGTTA-TTATTGT--CA-AAGAGTCCGT--TACCGAAAATAGTC--TTC--CCTT-GGT-ATCATTCTC-ATATCA--ACACAGTACTATAGTA-CTCATGCAAGC-TGACTGACG-AATAATATTATGTTTTATAAGGCCCCAGATAA-ATTCGTT-TCTTTCTTCA----AGGAGTTCAACTGTTCTGAT-AG---GGTGCACATGGCAGCGCTATAT-CTG-----TATGGTCAATTAGTATCAATCTACCTGATTCAAT-GAGATGAGCTTCCCATA-CACATTTAGG---AGGTGTCC-AGAAGCTGTATG-TAGGG-TTT--TATGGTC---ATAG-TGTTTTGTA--TAA--TGGT-GTAT--CC---ACCAACAT-------AGCTGA-CCCGCAGT-C-TAC-AGCCCCTTCCATCTTT--GTATAAATTG-TA--A-------AG-GCTA-A-------TATTCATTATTG------ATTAAATGA--TTCAATAAGTCTGTGT---TA----TAGGGAA-TGAAGT-TGCAAA-TTATTG-TTTGATGC--TGT--TTCATTTCTGAg
gi|4 : aattgctgaATAT---TTCTAAAATCCTCATTTTT--GAATTA-TT----TGTCA-AAGA-----TGTTAC---CAA----C--ATCTTCCTTGGGTTATCT--CTC-ATATCAGAACA-------ATACCAACCTA---ATGC-T-ACT---G-GAAA--TTTATG--TTAT-AGACCTCAAATAA-ACT-GTT-TCT---TC------AGGA--TCACCTGT-----G-AGTCGGGTG---------GAGCTTTATTCTATG-CCTATGGTCAAT--GT-TAATTCTACCTGA-TCAAGAGAG---------CTATATCAC----AGGGAAA-GTGTCC--AGAGCTGTATGTTAGGGGTTT-CTGTGGC----ATAG-TG-TTTGTAA-TAAATTGGTGGTAT--CCCCTACCA--GT-------AGCTGAACATGCAGT-CCTAC-A-CCC-TTCCCTCTTT-GGTAT---TTG-TATCA-TG--T-AA-GCTCGATATA--TTATTCATTATTGA----T-TTAAATAAT-TTCAATAAGT-TGTGTTAATAGGCCTAAGGAATTAAAG--TGCAAAATTATTG-TTTGATGCA--AT--TTCATTTCCGA-TA--GTGT-GCAATT-CAACT-AATTT-AT-AACTC--ATTAAC-AT-GATCA-TA--TCAAGTGGAACTCGCA-A-GTTTCACCTCA-GT-T--G-GA--A-T-------TATGACAAAATTA------AC-TCTT-TGTCA-T-T--AAT-TTTCAG--AAT--T-GTTAA-T-----CAA--T----AT-ACAC--ATAGCTACATTG--TA-GAATT----AGTGCTTTAAGATAA------TAAGGAT--ATT--T--------AA-TT---ATATATCT-AAATt
gi|5 : at-TAA--TGGTGGTAT--CCC-TAACA--GTTACATGTAGCTGA-TACGCAAT-C-TACCA-CCCCTTCCCTCTTT-GGTAT---TTGCTATCAATGG-T-AAAGCT--ATATA--TTTATCATTATTAA----T-TTAAATAAT-TTCAATAAGT-TGTGTTA-TA-------GGAATTTAAAGTTGCAAA-TTATTG-TTTGATGCA-T----TTCATTTC--GATA--GTGT-GCAATTTCAA-TTAATTTTATTAACTCTCATCAAC-AT-AA-CA-TA--TCAAGTGGAACT-GAA-ATGTTTCCACTCA-GGTT--G-GAC-ATT-------TATGACAAAATTA------AC-TCTTATATCA-T-T--AAT-TTTCAG--AAT--T-GGTAATC-----CAA--T----AT-AAC---ATAGCTACATTG--TA-G-ATTTTTAAGTGCTTTGAGATAATTGAATT---GAT--ATA-A---------AG-T----ATGT-TTT-AAGTTGTTAAGT-TTTATT------TTATAGCA-CCATTG-AGTTTAGT-AAA-AATAAA---GC----TTTGCTTC-AG-CAAAA-AGT--ATA-TAA--AAAAAATG-TA-AT-TGTAATTGAATTACAATT-ACATTTTCAAG--A-A-TT-GTAAAATCGTAATCAATTA-aatcccttaat
gi|6 : taT-AT-AACTC--ATCAAC-ATGAA-CAGTACTTCAAGTGGA-CTCGACCA-GTTTCACCTCATG--TCTG-GAC-A-TATA----TGTGACAAAATTA------AC-TCTT-TGTCACT-T--AATATTTCAAGCAATGTT-G-----TTTAATCAAATC----AT-ACC----TAG-TACATTG--TA-G-ATT----AGTGCTTTGAGATAA------T---GAT--ATG-ATTATGATTAAA-TA---ATGT-TTTAAAGTTGTTG--TGTTG-TTCACA--TTA-AGCA--CCTTGCAG--TAAT-AAA-ACTAA-------------GC-TC-AGCCAAAA-GCT--ATAGTAATTAAAA---GTTACATCTGTAATTGTATATTGATT-ACATTC--AAG--T-A-TTGGT--AATCGTA--TAATTATCA-TTCAACA-TACGC-AG--TAATTT--ATT-GTAATTT-GTAA-CTGCATGA--T-TCA-TTGTA--CTGTAAATTATATATCGACTTCACTTGAATG-T--AATTCGGACCCCAT-GTCCG
gi|7 : tgCAGAGATTGGGGGTAATCGTAAATCTGTATAT------CGTAACAGCTGTTAATTGAT-TACCATTTTCTGAGTAATCGAAT-TTAATCTGTAATTGTGTATTTTTT-AGTAT-C-ACACTGTAACT-TCAATTGTAA-TCGAT---ATTAATTTT-ACCC-GTAAT---C--AT---G---ATTACATTTTAATAGATTA---CGCTTTTTTGATAC---TGC-ATTCA-TT------T-ATATATTTTTTCATGAC-ACTTT--A-TTAT-CAACATATTTTCCTTCAAAAGTATTTTA-T-----TATT-AGAGTATT-A-TT--CCTTAAA--T---TCGTATAAAAGCAGGT-GCCATTT-TT-TC---TTATTTTAT--CTGT----AT-TATTT---ATTTTTTTTCTTTTT-T----TACA---------------AAA----CAGCC-AT-ATTT-AAAGATGG--ATACACTCTATCAT-------------GTGAAAAC--TAAAGTG----AA---AA--TTGCTG---AGTTT-----ATTCT------CTC-CTCTTTT-Gc
gi|8 : TTTCGCCTCA-G--TA-G-GAC-A-T-------TATGACAAAATTACATGTAAA-TCTT-TATTA-T-TTAAAT-GTTCAG--AAT--T-G-----T-----CAA--TCAGTAT-ACATGTAAAG-TACATTG--TA-G-TTT----AGTGCTTTAAGATAA------T---GAT--ATG-AT--------AAATA---ATGT-TTT-AAGTT-TTG--T-TTT----A-A--TTATAGCA-CCCTTGCAG--TA-T-AAGTAATAAAATAGCT---TT-GA-TC-AG-CAAAAGTAT--ATT-TAA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTA-ATTGATT-ACTTTTCAAAG--T-AATT-GT--AATTGTAATCAATTA-CATTTCAAAA-TG-G--TG--TAATCTTAATT-GTAA-TT-GTAA-T--CATAAATT-TCA-ATGTAATCTGT-AATTATA-ATCGATTACA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCT
gi|9 : cTGTA-CAC----AGG---AAGTGTCT-CAGGGCTGTCTGT--GGG-TTTTCTGTGACC-A--CAG-AG-TTTGTAT--AA--TGGTGATCT--TCG-TAACA--GT-------AGCTGA-CAAACACT-C-TAT-A-CCCCTGCCCTCTTTAGGT-C--AATG-TATCAATG--TAAA-GTTC-ATATA-------CATTATC------TAATAAAAAACATTCAATAATC-TGTGTC--------TTAGGAATTAACT--TGCAAA-TTATTA-TTTGATG---TAT--TTCATTTCTG-ATT--GTGT-GTAATA-CAA-T-AAATT-AT-GATAC--AT
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 666666666666 1 1 1 333 1 1 222 1 111 1 1 333333333333333 11111 222222 1 1 1 33333333 11 22222 111 111111 1 1 1 1 222 11 33333333 111 22222 222222 6666666666666666666666 1 1 1 11 66666666666666666 11 2222 111 11 111 33333 222222 1 1 1 1 1 1 1 22222 77777777777777 1 1 1 1 11 44444444 333333 44444 1 1 222 1 2222 1 2222 1 11 11 11 1 3333333 44444444444 1 2 333333333333 111 22222 1 2222222 1 444444444444444444444444 11 2 222 1 11 33333333 1 111 1111 111 1 11 11 1 1 1 1 33333333333 11 5555555555555555555555555 1 222 11 1 1 111 444444444 1111 22222 11 11 2222 1111 11 3333333333333333333333 2222222 1111 1 22 111 333333333 333333333333 11 2222222 11 111 22222 2222222 222222 1 1111 555555555555555555555555555555555555 1 1111 111111 2222222222222222222 1 22222222222222222222 11 222222222222 1 11 111111 111 1111 111 1111
lowQualScore : 88 3 3 111111111111 3 3 7 0 2 444 7 3 3 222 3 777 7 3 7 0 55 222222222222222 77777 7 111111 5 33 2 0 0 33333333 8 0 8 0 33 8 999 8 0 0 8 8 88 00000 777 8 8 88 666666 1 0 0 0 0 777 33 22222222 777 55555 222222 2222222222222222222222 2 0 0 9 66 1 88888888888888888 33 3 1111 777 33 777 66666 888888 0 0 2 6 3 3 3 3 99999 00000000000000 77 3 1 7 7 3 3 7 3 00 88888888 999999 1 22222 3 3 3 7 1 333 0 6 3 8888 1 2 6 9999 3 7 88 88 33 3 1111111 1 6 6 33333333333 1 3 6 444444444444 6 777 44 1 0 6 11111 0 0 6666666 0 3 444444444444444444444444 33 8 0 777 0 2 33 55555555 0 0 6 777 4 4444 777 0 33 33 0 8 0 0 0 44444444444 0 33 22 0000000000000000000000000 9 0 3 111 33 0 3 2 0 000 000000000 3 8 7777 11111 33 5 44 8 8 2222 5555 22 99 0000000000000000000000 6 5 6 6 77 6 6 1111111 6 7 7777 3 22 3 222 222222222 88 2 6 000000000000 3 1 55 7 6 6 3333333 3 77 11 8 8 8 8 6 6 99 0 8 8 8 8 111 0 99 9999 2 5 99999 5 5 5 8888888 3 555555 6 3 6 3333 6 99 444444444444444444444444444444444444 1 77 5 5 2222 2 444444 888 66 8888888888888888888 5 0 55555555555555555555 00 77 4 6 6 888888888888 6 6 3 00 333333 99 111 6 6 7 6 1 1111 6 6 99 0 3 5 5 7 6 6 6 99 000 6 6 6 3333 6 6 6 6 7 5 5 77 77 5
lowQualScore : .. . . ............ . . . . . ... . . . ... . ... . . . . .. ............... ..... . ...... . .. . . . ........ . . . . .. . ... . . . . . .. ..... ... . . .. ...... . . . . . ... .. ........ ... ..... ...... ...................... . . . . .. . ................. .. . .... ... .. ... ..... ...... . . . . . . . . ..... .............. .. . . . . . . . . .. ........ ...... . ..... . . . . . ... . . . .... . . . .... . . .. .. .. . ....... . . . ........... . . . ............ . ... .. . . . ..... . . ....... . . ........................ .. . . ... . . .. ........ . . . ... . .... ... . .. .. . . . . . ........... . .. .. ......................... . . . ... .. . . . . ... ......... . . .... ..... .. . .. . . .... .... .. .. ...................... . . . . .. . . ....... . . .... . .. . ... ......... .. . . ............ . . .. . . . ....... . .. .. . . . . . . .. . . . . . ... . .. .... . . ..... . . . ....... . ...... . . . .... . .. .................................... . .. . . .... . ...... ... .. ................... . . .................... .. .. . . . ............ . . . .. ...... .. ... . . . . . .... . . .. . . . . . . . . .. ... . . . .... . . . . . . . .. .. .
lowQualScore : 33 3 3 777777777777 3 3 3 7 0 000 3 3 3 777 3 777 3 3 3 0 88 222222222222222 22222 0 222222 5 55 5 0 0 55555555 0 8 0 8 66 0 666 0 8 8 0 0 66 00000 000 0 0 88 000000 0 0 0 0 0 555 22 22222222 555 00000 222222 8888888888888888888888 5 0 0 0 55 0 00000000000000000 88 2 2222 555 88 555 22222 888888 0 0 0 7 3 3 3 3 77777 00000000000000 77 3 0 3 3 3 3 3 3 33 33333333 777777 0 77777 7 3 3 3 0 333 7 7 3 3333 0 0 7 7777 3 3 33 33 33 3 0000000 0 7 7 33333333333 0 3 7 333333333333 7 555 00 0 2 5 88888 8 0 0000000 0 2 555555555555555555555555 88 8 0 555 0 5 88 88888888 2 0 5 555 2 2222 555 0 88 88 0 8 0 0 0 55555555555 2 88 00 2222222222222222222222222 8 0 2 222 88 0 2 5 0 555 000000000 8 0 0000 00000 00 6 44 0 0 4444 2222 77 22 0000000000000000000000 7 2 7 7 77 7 7 2222222 7 3 5555 3 77 2 333 555555555 33 5 7 333333333333 2 0 88 3 7 7 0000000 7 33 00 0 0 0 0 7 7 22 8 0 0 0 0 888 8 88 3333 7 7 66666 7 7 7 6666666 2 888888 7 3 7 5555 7 22 999999999999999999999999999999999999 4 99 7 7 1111 3 444444 888 99 1111111111111111111 0 0 66666666666666666666 00 99 2 7 7 000000000000 7 7 3 00 777777 22 777 7 7 3 7 0 2222 7 7 22 7 5 2 7 3 7 7 7 22 555 7 7 7 3333 7 7 7 7 3 7 7 99 99 7
consensus : CAGAGAT--GGGGTAATCGTAA-TCTGTA-AT------C-----AGCTGT-AATTGAT-TACAATTTTTCGAGTAATCGAAT-T-AATCTGTAATCGTGTATTTTTT-AG-AT-T-ACA-TGTAATT-T-AATTGTAA-TCGATTACATTAATTTT-ACCCTGTAAT---C--AT---G---ATTACATTT--ATAGATTA---C--TTTTTTGATATACTTGC-ATTCA-TT------T-ATATATTTTT-CATGAC-ATTTT-TA-TTAT-CAACA-ATTTTCCT-CAAAAG-ATTTTA-T-----TATT-AGAGTATT-A-TTT-CCTTATA--T---TTNATTAAAAGCAGGT-GC-ATTT-AT-TC---TTATTTTATT-CTGT----AT-TATTT---ATTT-----ATTTTT-T----TACA---------------AAA----TAGCC-TT-ATTTGAAAGGTGGG-ANACACTATATC-T-------------GTGAAAAC--TAAAGCG----AA---AA--TTGCTG---AGTTTC----ATTCT------CTC-CTCTTTT-GGTTTTCAGTCAAAAC-ATAAAACCAGAT-GTC-CTATT-GTTAA---AATGGAC---TAAACC---ATNGTAGGACAA-TCNATGACGAAAAATGGCTTT-AATA-GATTT-ATCACACCTCC--------GAGAATGCTTTT--AG--TTNTTAATGT-G--GACGA-GCAA-GGGGATATAGTTAAANA---AACAACGCGTT-ACT----GTNTTCAAACATTCTG-A-TGGT-TATCT--GCT--TCTGAGGGAC-CACA-TA---AGGNAAAGTGTGATGATCATCC-------AAGNC-CAATT-CTAAAC----ATATA-TCATAC---TTTCNAACTCCTCATTTTC--GAATTA-TT----T--CA-AAGA-----T--TAC--ACAA----C--TTC--CCTTGGGT-ATC---CTC-ATATCA--ACA-------ATACCA-CCTA---ACGC-T-ACT---G-GATA--ATTATG--TTAT-AGGCCCCAAATAA-ACT-GTT-TCT---TTCA----AGGA--TCNNCTGT-----T-AG---GGTG---------GAGCTATAT-CTATG-CCTATGGTCAAT--GT-TAATTCTACCTGA-TCAAG-GAG---------CTATA-CAC----AGG---A-GTGTCC-CAGAGCTGTATGTTAGGG-TTT-CTGTGGTC-A-ATAG-TG-TTTGTAT-TAA--TGGTGGTAT--CC--TACCA--GT-------AGCTGA-CACGCAGT-C-TAC-A-CCCCTTCCCTCTTT-GGTAT--ATTG-TATCAATG--T-AA-GCTC-ATATA--TTATTCATTATTGA----TATTAAATAAT-TTCAATAAGT-TGTGTTA-TA----TAAGGAATTNAAG--TGCAAA-TTATTG-TTTGATGCA-TAT--TTCATTTCCGAATA--GTGT-GCAATT-CAA-T-AATTT-AT-AACTC--ATCAAC-AT-AA-CA-TA--TCAAGTGGAACTCGAA-A-GTTTCGCCTCA-G--T--G-GAC-A-T-------TATGACAAAATTA------AC-TCTT-TGTCA-T-T--AAT-TTTCAG--AAT--T-G-----T-----CAA--T----AT-ACA---ATAG-TACATTG--TA-G-ATT----AGTGCTTTAAGATAA------T---GAT--ATG-AT--------AA-TA---ATGT-TTT-AAGTTGTTA--T-TTT-TTCA-A--TTATAGCA-CCCTTGCAG--TAAT-AAA-AATAAA---GCT---TTTGC-TC-AG-CAAAA-TAT--ATA-TAA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTATATTGATT-ACATTTCAAAG--T-A-TT-GT--AATCGTAATCAATTA-CATTTCAAAA-TA-GC-TG--TAATCTTAATT-GTAA-TT-GTAA-T--CATGAATT-TCA-ATGTAATCTGT-AATTATA-ATCGATTACA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTG
Reference ( family-1156 ) : CAGAGAT--GGGGTAATCGTAA-TCTGTA-AT------C-----AGCTGT-AATTGAT-TACAATTTTTCGAGTAATCGAAT-T-AATCTGTAATCGTGTATTTTTT-AG-AT-T-ACA-TGTAATT-T-AATTGTAA-TCGATTACATTAATTTT-ACCCTGTAAT---C--AT---G---ATTACATTT--ATAGATTA---C--TTTTTTGATATACTTGC-ATTCA-TT------T-ATATATTTTT-CATGAC-ATTTT-TA-TTAT-CAACA-ATTTTCCT-CAAAAG-ATTTTA-T-----TATT-AGAGTATT-A-TTT-CCTTATA--T---TTNATTAAAAGCAGGT-GC-ATTT-AT-TC---TTATTTTATT-CTGT----AT-TATTT---ATTT-----ATTTTT-T----TACA---------------AAA----TAGCC-TT-ATTTGAAAGGTGGG-ANACACTATATC-T-------------GTGAAAAC--TAAAGCG----AA---AA--TTGCTG---AGTTTC----ATTCT------CTC-CTCTTTT-GGTTTTCAGTCAAAAC-ATAAAACCAGAT-GTC-CTATT-GTTAA---AATGGAC---TAAACC---ATNGTAGGACAA-TCNATGACGAAAAATGGCTTT-AATA-GATTT-ATCACACCTCC--------GAGAATGCTTTT--AG--TTNTTAATGT-G--GACGA-GCAA-GGGGATATAGTTAAANA---AACAACGCGTT-ACT----GTNTTCAAACATTCTG-A-TGGT-TATCT--GCT--TCTGAGGGAC-CACA-TA---AGGNAAAGTGTGATGATCATCC-------AAGNC-CAATT-CTAAAC----ATATA-TCATAC---TTTCNAACTCCTCATTTTC--GAATTA-TT----T--CA-AAGA-----T--TAC--ACAA----C--TTC--CCTTGGGT-ATC---CTC-ATATCA--ACA-------ATACCA-CCTA---ACGC-T-ACT---G-GATA--ATTATG--TTAT-AGGCCCCAAATAA-ACT-GTT-TCT---TTCA----AGGA--TCNNCTGT-----T-AG---GGTG---------GAGCTATAT-CTATG-CCTATGGTCAAT--GT-TAATTCTACCTGA-TCAAG-GAG---------CTATA-CAC----AGG---A-GTGTCC-CAGAGCTGTATGTTAGGG-TTT-CTGTGGTC-A-ATAG-TG-TTTGTAT-TAA--TGGTGGTAT--CC--TACCA--GT-------AGCTGA-CACGCAGT-C-TAC-A-CCCCTTCCCTCTTT-GGTAT--ATTG-TATCAATG--T-AA-GCTC-ATATA--TTATTCATTATTGA----TATTAAATAAT-TTCAATAAGT-TGTGTTA-TA----TAAGGAATTNAAG--TGCAAA-TTATTG-TTTGATGCA-TAT--TTCATTTCCGAATA--GTGT-GCAATT-CAA-T-AATTT-AT-AACTC--ATCAAC-AT-AA-CA-TA--TCAAGTGGAACTCGAA-A-GTTTCGCCTCA-G--T--G-GAC-A-T-------TATGACAAAATTA------AC-TCTT-TGTCA-T-T--AAT-TTTCAG--AAT--T-G-----T-----CAA--T----AT-ACA---ATAG-TACATTG--TA-G-ATT----AGTGCTTTAAGATAA------T---GAT--ATG-AT--------AA-TA---ATGT-TTT-AAGTTGTTA--T-TTT-TTCA-A--TTATAGCA-CCCTTGCAG--TAAT-AAA-AATAAA---GCT---TTTGC-TC-AG-CAAAA-TAT--ATA-TAA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTATATTGATT-ACATTTCAAAG--T-A-TT-GT--AATCGTAATCAATTA-CATTTCAAAA-TA-GC-TG--TAATCTTAATT-GTAA-TT-GTAA-T--CATGAATT-TCA-ATGTAATCTGT-AATTATA-ATCGATTACA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTG
gi|1 : CAGAGAT--GGGGTAATTGTAA-TCTGTA-AT------C-----AGCTGT-AATTGAT-TACAATTTTTCAAGTAATCAAATGT-AATCTGTAATCGTGTATTTTTT-AG-AT-T-ACA-TGTAATT-T-AATTGTAA-TCGATTACATTAATTTT-ACCCTGTAAT---C--AT---G---ATTACATTT--A--GATTA---C--TTTTTTGAT-TACTTGC-ATTCATTT------T-ATATATTTTT-CATGAC-ATTTT-TA-TTAT-CAACA-ATTTTCCT-CAAAAG-ATTTTA-T-----TATT-AGAGTATT-A-TTT-CCTTATA--T---TTCATTAAAAGCAGGT-GC-ATTT-AT-TC---TTATTTTATT-CTGT----ATATATTT---ATTT-----ATTTTT-T----TACA---------------AAA----TAGCCTTT-ATTTAAAAGGTGGG-ATACACTATA---T-------------GTGAAAAC--TAAAGTG----AAATTAA--TTGCCG---AGTTT-----ATTCG------CTC-CTCTTTTAGGTCTTTAGTCAAAAC-AAAAAACCAGAT-GTC-CTATT-GTTAAGACAATGGACGAATAAACCATAATCGTAGGACAA-TCCATGACAAAAAATGGCTTT-AATA-GA-TT-ATCACA---CC--------GAGAATGCTTGT--A---TTGTTAATGTCG--GAAGA-GCAA-GGGGATATAGTAAAACA---AACAATGCTCT-GTT----GTTATTAAACAGTCT--A-TGGT-TA-CT--GCT--TCTGA-GGAC-CACACTA-----GTAAAGTGTGATGATAATCC-------AAGGT-CAATT-TTAA----------A-TCATAC---TTTCTAACTCCTCATTCGT--GAATTATTT----T--CA-A--A-----T--TAT--ACAA----C--TTC--CCTTCGGT-ATC---CTCAATAT-A--ACG-------ATACAA-CCTG---ATGCTT-ATT---G-GATA--ATTATG--TTAT-AAGCCCAAAATAAGACT-ATTATCT---TTCA----AAGG--TACCCTGT-----T-AG---GGT----------TAGCTATAT-CTATGTCCTATGGTCAAT--GT-TAATTCTAC--GA-TCAAG-CAG---------CT-TA-CAC----AGG---A-GTGTCC-CAGA-CTGT-TG-TAGGG-ATT-CTCTAGTC-A-ATAG--G-TGTGTAT-TAA--TGATGGTAT---C--TAC----AT-------AGCTGA-CACACAGTGC-TAC-A-CCCCTTCCGTCTTT-GG-AT--ATTG-TATCAATG--T-AATACTTGATATATTTTATTCATTATTGATCATTATTA---AAT-TTCATTAAGT-T-TGTTG-TA----TAAGGAAGTTAAG--TGC-AA-TTATTGTTTTGATGCACTAT--TCCATTTCCGAATA--GTGTGGCAATT-CAA-T-AATTT-AT-AACTC--ATCAACAAT-AA-CA-T---TCAAGTGGGA-TCGCA-A---TTCACCTCA-G--T--G-GAC-A-T-------TATAA-----------------TCTT-TGTCA-TGT--AAT-TTTC-----------------------CAA--T----AT-ACA---ATAG-T-CAATG--TA-T-ATT-----GTAC---AAAATAA------T---GAT--ATA-A---------AA-TA---ATGT-TTTAAAATTG--A--T-TTT-TTCA-A--TTATA-CA-CCCATGCAT--TAAT-AAA-AATAAA---GCT---TTTGC-TCAAG-CA-----AT--AAC-TAA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTATATTGATT-ACA--TCAAAG--T-A-TT-GT--AATTGTATTAAATAA-CA-TTCAAAACTA-GCTTGCTTAA--ATAATTAGTAA-TT-GTAATT--CATGAATTGTCATATGTAATCTTA-AATTATA-A--GATTACA-TTGAATG-TAAAATT--CCCCCCATAGTCTG
gi|10 : CAGAGAT--GGGGTAATCGTAA-TCTGTA-ATCGTAACC-----AGCTGT-AATTGATATACA--TTTTCAAGTAATC--AT-------TGT-ATCGTGTATTTTTTAAG-ATGTAACA-TGTAATTGT-AA-TGTAATTCGATTACATTAATGTTAACCCTGTAACCTGC--AT---GATCATTACATT----TAGGTTA---C--TTTTTTGAT-TACTTGCTATTCA-TT------TGATATATTTTT-CA-GACTATTTTGTA-TT-T-CAACA-A-ATTCCT-CAAAAC-ATTTTC-T-----TATT---AGTATT-ATTTT-CCTTATAATT---TTAATTAA
gi|11 : AA------T---GAT--ATG-AT--------AAATA---ATGT-TTT-AAATTATTA--TGTTT-TTCA-A--TTATAGCA-CCCTTGCAG--TAATCAAA-AATAAA---GCT---TT-GC-TC-AG-CAAAG-TAT--A---TAA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTA-ATTGATT-ACATTTCAAAG--TAA-TT-GT--AATTGTAATCAATTA-CATTTCAAAA-TA-GC-TG--TAAT-TTAATT-GTAA-TT----------ATG-ATT-TCA-ATGTAATCAGT-AA-TATA-A-CGAT
gi|12 : T-AAA---GTAC-CACAT-G--TA-G-TTT----AGTGCTTTAAGATAA------T---GAA--ATG-AC--------AA-TACACATG--TTT-AAG-----------------------TATAGCA--CCTTGCAG--a
gi|13 : aactctttattatttaacatgttcggaattgtaatagtgatcaccatagggcaaatttattgggagttacgtcTA-CATTTCGAAA-TA-GC-TG--TAATCTTAAT--GTAA-TT-GTAA-T--CATGAATT-CAA-ATTAAATATGT-AATTATA-ATCGATAACA-TCGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTGgttaagcgat
gi|14 : tatcataggactggagtaGTGGAACTCGAA-A-GTTTCACCTCA-G--TC-G-GACTA-T-------TATGtt
gi|15 : ACA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTG
gi|16 : CA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTG
gi|2 : TT-AATGAC-ATTTT-TAATTATTCAACA-ATCT-CCT-CAAAAC-ATTTTCCT-----TATT-A-AGTATTTA-TCT-TATAATA--T---TTAATTAAAATCAGGT-GC-ATTT-AT-TCCTTTTATTTCATT-CTA---------AGTT---ATTT-----ATTATT-T----TACA---------------AAAAAAGTAA---TT-ACTT-AAAGGTGGG-AGGCACTACATC-TTGTAATATTTATTGTGAAACC--TAA-GCC----AA---AA--TTGCTG---AGTTTC----ATTCT------CTCACTCTTTT-GGTTTTCA-TCAAAAC-ATAAAACCAGAT-GTC-CTATTCGTTAA---AATGG-----TA---C---ATT-TAGGACAAATCAATGGCGAAAA-TGGCTTTTAAGACGATTTCAACAAACCTCT--------GAAATTGCTTTT--AAGTTTTTTAATG------ATGATGCAATGGGGA-ATAGTTAAAAA---AACAATG-GTT-ACT----TTGTT--AA-ATTCTG-AGTGGTGTATTT--GCT--TCTGAG--AC-CACA-TA---AGGGAAAGTGTGATGATC---C-------AAGTC-CAATTTCTAAAC----ATATA-T---AC---T--CAAACTTCT--------------A-TG----T--CAGAAGA-----T--TA---ACCA----CGTTTC--CTCTGGGTGATC---TTC-ATATCA--ACA--------TACCA-C-TA---ACTC-T--CT---GCGATA--ATTATG--TTAT-AGGACC-AAATAA-ACT-GTA-TCT---TATAGACCACGA--TCCACTGT-----TGAT---GGTG---------GAGCT-TAT-CTATG--------TCAAT--GT-TAAT-CTACCTGA-CCAAA-AGG---------CTATA-CAC----AGA---A-GTGTCCACAGAG-TGTATGCTACGG-TTT-CTGTGGTCTACATAGTTA-TCTGTATGTAA--TGGTGG-ATCACC--TA-CA--GT-------AGATAT-CG-GCAG--C-TA--A-CCCCTCCTCGCTTT-GGCTC--A-----GTCAATGTAT-AA-GC------TA--TTATTC-TT-TT-A----TA-TAAATAAT-CTCAATAG---TGTGTTA-TA--------GAATTATTG--TGC-AA-TTAATT-CTTGATACA-T-TCATTCATTTCCGACTAGTGTGT-GCCATT---A-T-AATTT-AG-TACTC--ATC-AC-AT-AA-CC-TA--TC-AGTGAA--TCAAA-G-TTTTCGCCTAA-GT-T--GTGAC-A-TTAATATGTATGAC-AAATCAC-----ACGTCTTCTATCA-TGT--AAT-GTTCAG--AAT--TGG-----T-----TAA--TCAA-ATAACGAACATAG-TACATTGCCTATG-ATT----AGTGCTTT-AGATAA------T---GATCAATGAAT--------AA-TATAGATGT-TTC-AAGTTGTTA--T-GTT-TTCG-ATGTCATAGCACCCCTTGCAG--TAGT-AAA-AATAAAC--GTTGAGTCTGC-TC-AGCCAAAG-TATCAATA-TCA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGAATGATGATGAACATTTCAAGGTAT-A-TT-GT--AGATGTAAT-AATTA--ATTTCAAAA-TA-GC-TG--TAATTT--ATT-GTAA-TTGGTAA-T--CATGAATT-TCA-ATGT-ATCTGT-AATTATA-ATCGATTACA-TTGAATGAT--AA-T--GACCCCAT-GTCTG
gi|3 : ATTAACTTG-ACC-TGCAAT---CTCATTAAA---ATTGTATTT--ATAG-TCAGCCC--TTTCATGACATATTC----TTCA-TTACTAGCC-AAATTTTTTT-CCTGTC-AT-----A-CCA---AAGA-GTTTTTCT-CAAATG-ATTTTA-TAGAGACGTTGAAAAAATT-A-TTTTCCTTATA--TATTTCCATTGAAAGCAGGAAGC-ATTTTATGTCG--CTGTTTTATTTCTATTAATGT-TATTTTTGATTT-----ATCTCCATACCATACACCACCCCCACCCAACAAC----TAGCC-TTTATTGGAAAGGTGGATAGACACTATAT--T-------------GTGAAAACTTTAGAACGCAATAA---AATTTTGTTGGATGGTATCCAGGATTCTCGCTCGCTT-CTCTTTT-GGTTTT-AGTCAATACTATAATACCAGATAGTCACTCTT-GTT-----TATAGAC-----AAC-----TGGTAGGACAA-TCTA--ATGAAAAATGGCTTT-AATA-GATCT-ATCACACTTTCCTTTATCGGAGAATGCTTTTAGAG--TACTTAATGT-AATGACTA-ACAA-AGGGATATAGTTAAATACCCAACAACGCGTTCACTTTTAGTATTCAAACATTCTACA-TGGT-TATCTTGGCTCCTCTGAGGGACTCCTA-TGAATAGGAAAAGT-T-ATAATCATCTTCTTCTAAAGACACAATCACTAAACTATTATATAGTCATACATATTTCCAATTTTCTATTTTCTGGAGTTA-TTATTGT--CA-AAGAGTCCGT--TACCGAAAATAGTC--TTC--CCTT-GGT-ATCATTCTC-ATATCA--ACACAGTACTATAGTA-CTCATGCAAGC-TGACTGACG-AATAATATTATGTTTTATAAGGCCCCAGATAA-ATTCGTT-TCTTTCTTCA----AGGAGTTCAACTGTTCTGAT-AG---GGTGCACATGGCAGCGCTATAT-CTG-----TATGGTCAATTAGTATCAATCTACCTGATTCAAT-GAGATGAGCTTCCCATA-CACATTTAGG---AGGTGTCC-AGAAGCTGTATG-TAGGG-TTT--TATGGTC---ATAG-TGTTTTGTA--TAA--TGGT-GTAT--CC---ACCAACAT-------AGCTGA-CCCGCAGT-C-TAC-AGCCCCTTCCATCTTT--GTATAAATTG-TA--A-------AG-GCTA-A-------TATTCATTATTG------ATTAAATGA--TTCAATAAGTCTGTGT---TA----TAGGGAA-TGAAGT-TGCAAA-TTATTG-TTTGATGC--TGT--TTCATTTCTGAg
gi|4 : aattgctgaATAT---TTCTAAAATCCTCATTTTT--GAATTA-TT----TGTCA-AAGA-----TGTTAC---CAA----C--ATCTTCCTTGGGTTATCT--CTC-ATATCAGAACA-------ATACCAACCTA---ATGC-T-ACT---G-GAAA--TTTATG--TTAT-AGACCTCAAATAA-ACT-GTT-TCT---TC------AGGA--TCACCTGT-----G-AGTCGGGTG---------GAGCTTTATTCTATG-CCTATGGTCAAT--GT-TAATTCTACCTGA-TCAAGAGAG---------CTATATCAC----AGGGAAA-GTGTCC--AGAGCTGTATGTTAGGGGTTT-CTGTGGC----ATAG-TG-TTTGTAA-TAAATTGGTGGTAT--CCCCTACCA--GT-------AGCTGAACATGCAGT-CCTAC-A-CCC-TTCCCTCTTT-GGTAT---TTG-TATCA-TG--T-AA-GCTCGATATA--TTATTCATTATTGA----T-TTAAATAAT-TTCAATAAGT-TGTGTTAATAGGCCTAAGGAATTAAAG--TGCAAAATTATTG-TTTGATGCA--AT--TTCATTTCCGA-TA--GTGT-GCAATT-CAACT-AATTT-AT-AACTC--ATTAAC-AT-GATCA-TA--TCAAGTGGAACTCGCA-A-GTTTCACCTCA-GT-T--G-GA--A-T-------TATGACAAAATTA------AC-TCTT-TGTCA-T-T--AAT-TTTCAG--AAT--T-GTTAA-T-----CAA--T----AT-ACAC--ATAGCTACATTG--TA-GAATT----AGTGCTTTAAGATAA------TAAGGAT--ATT--T--------AA-TT---ATATATCT-AAATt
gi|5 : at-TAA--TGGTGGTAT--CCC-TAACA--GTTACATGTAGCTGA-TACGCAAT-C-TACCA-CCCCTTCCCTCTTT-GGTAT---TTGCTATCAATGG-T-AAAGCT--ATATA--TTTATCATTATTAA----T-TTAAATAAT-TTCAATAAGT-TGTGTTA-TA-------GGAATTTAAAGTTGCAAA-TTATTG-TTTGATGCA-T----TTCATTTC--GATA--GTGT-GCAATTTCAA-TTAATTTTATTAACTCTCATCAAC-AT-AA-CA-TA--TCAAGTGGAACT-GAA-ATGTTTCCACTCA-GGTT--G-GAC-ATT-------TATGACAAAATTA------AC-TCTTATATCA-T-T--AAT-TTTCAG--AAT--T-GGTAATC-----CAA--T----AT-AAC---ATAGCTACATTG--TA-G-ATTTTTAAGTGCTTTGAGATAATTGAATT---GAT--ATA-A---------AG-T----ATGT-TTT-AAGTTGTTAAGT-TTTATT------TTATAGCA-CCATTG-AGTTTAGT-AAA-AATAAA---GC----TTTGCTTC-AG-CAAAA-AGT--ATA-TAA--AAAAAATG-TA-AT-TGTAATTGAATTACAATT-ACATTTTCAAG--A-A-TT-GTAAAATCGTAATCAATTA-aatcccttaat
gi|6 : taT-AT-AACTC--ATCAAC-ATGAA-CAGTACTTCAAGTGGA-CTCGACCA-GTTTCACCTCATG--TCTG-GAC-A-TATA----TGTGACAAAATTA------AC-TCTT-TGTCACT-T--AATATTTCAAGCAATGTT-G-----TTTAATCAAATC----AT-ACC----TAG-TACATTG--TA-G-ATT----AGTGCTTTGAGATAA------T---GAT--ATG-ATTATGATTAAA-TA---ATGT-TTTAAAGTTGTTG--TGTTG-TTCACA--TTA-AGCA--CCTTGCAG--TAAT-AAA-ACTAA-------------GC-TC-AGCCAAAA-GCT--ATAGTAATTAAAA---GTTACATCTGTAATTGTATATTGATT-ACATTC--AAG--T-A-TTGGT--AATCGTA--TAATTATCA-TTCAACA-TACGC-AG--TAATTT--ATT-GTAATTT-GTAA-CTGCATGA--T-TCA-TTGTA--CTGTAAATTATATATCGACTTCACTTGAATG-T--AATTCGGACCCCAT-GTCCG
gi|7 : tgCAGAGATTGGGGGTAATCGTAAATCTGTATAT------CGTAACAGCTGTTAATTGAT-TACCATTTTCTGAGTAATCGAAT-TTAATCTGTAATTGTGTATTTTTT-AGTAT-C-ACACTGTAACT-TCAATTGTAA-TCGAT---ATTAATTTT-ACCC-GTAAT---C--AT---G---ATTACATTTTAATAGATTA---CGCTTTTTTGATAC---TGC-ATTCA-TT------T-ATATATTTTTTCATGAC-ACTTT--A-TTAT-CAACATATTTTCCTTCAAAAGTATTTTA-T-----TATT-AGAGTATT-A-TT--CCTTAAA--T---TCGTATAAAAGCAGGT-GCCATTT-TT-TC---TTATTTTAT--CTGT----AT-TATTT---ATTTTTTTTCTTTTT-T----TACA---------------AAA----CAGCC-AT-ATTT-AAAGATGG--ATACACTCTATCAT-------------GTGAAAAC--TAAAGTG----AA---AA--TTGCTG---AGTTT-----ATTCT------CTC-CTCTTTT-Gc
gi|8 : TTTCGCCTCA-G--TA-G-GAC-A-T-------TATGACAAAATTACATGTAAA-TCTT-TATTA-T-TTAAAT-GTTCAG--AAT--T-G-----T-----CAA--TCAGTAT-ACATGTAAAG-TACATTG--TA-G-TTT----AGTGCTTTAAGATAA------T---GAT--ATG-AT--------AAATA---ATGT-TTT-AAGTT-TTG--T-TTT----A-A--TTATAGCA-CCCTTGCAG--TA-T-AAGTAATAAAATAGCT---TT-GA-TC-AG-CAAAAGTAT--ATT-TAA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTA-ATTGATT-ACTTTTCAAAG--T-AATT-GT--AATTGTAATCAATTA-CATTTCAAAA-TG-G--TG--TAATCTTAATT-GTAA-TT-GTAA-T--CATAAATT-TCA-ATGTAATCTGT-AATTATA-ATCGATTACA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCT
gi|9 : cTGTA-CAC----AGG---AAGTGTCT-CAGGGCTGTCTGT--GGG-TTTTCTGTGACC-A--CAG-AG-TTTGTAT--AA--TGGTGATCT--TCG-TAACA--GT-------AGCTGA-CAAACACT-C-TAT-A-CCCCTGCCCTCTTTAGGT-C--AATG-TATCAATG--TAAA-GTTC-ATATA-------CATTATC------TAATAAAAAACATTCAATAATC-TGTGTC--------TTAGGAATTAACT--TGCAAA-TTATTA-TTTGATG---TAT--TTCATTTCTG-ATT--GTGT-GTAATA-CAA-T-AAATT-AT-GATAC--AT
blockSeqs : TG A T CGTAACC T A A G TT A A T GTA C GT T T T A CT CTGCATGATC TTAAT G GCCC A AC G T . ACTAGCC T T GT A ATT T T T CC AGAGA GAA T T TT TATT A A C T G CTT TT TTAATGT TTG TTTTT ATACCA CCACCCCCACCCAACAAC C . T G AT G TCTTGTAATATTTATT TT A CAAT . TT GAT CCAGG CGCTCG A . C G T A A C AA ACAAC GG A A T A T C T C CC CTTTATCG AAGT T TAAT T T T T A CCC C C TTTA G C C GAG G T TG CC GG T TGAATA G G G ATCTTCTTCTA T A T ACTATTATATAG C ATA TT A T TTCTG . ATTGT G A GTCCGTTACCGAAAATAGTC TT G G ATT . C GA CAGTACTA A T TGC C TGA GAC C AT TT A C . C . TATAGACC GT CA TCTGATAGGGTGCACATGGCA A T T CC TA A T C T GAG ATGAGCTTC A T ATTT GAAA AC A CT G T TACA TTA TG AT CCCTAACAGTTACATGT A C . C CC G A TATAAAT C A TAT A CG T T GATT CA G C TAATAGGCCTAA T A GT A A . ATTCA C AC GT . T C T T T TC . G T G ACT AC ATG A T GTT T T T TAATATG A CATGTA G C C TTA A GC TGGTTAATCAAATAACGAACA C CC T A TTTA A TTGAAT AAG CA ATTATGATTAAATA A A GTTATGTTTTCGATG CC TT A C T CGTTGAGTCT T . C GT CAATA TT AAT T C T A C TAT A G AA A C T T . C . . CTT . T G CTG . . A T T C A . CG .
blockSeqs : . . . CGTAAC . . . . . . . . C . TC . . . . T CTCATTAAA TAT A CGC A AT G . . TG . . T . AT . . . C . AG . . T ATT A . . . . G T TAT . . T AAAAAAG C . . . G G TCAT . A . . . . C . . . . . . . . . . TAC T . T . . . . T . CT . AGAG C . C . . . T . . . . A . . ACA . T . . G . TAA A . . C A . A ACATATA . . TC C C TTT . TGT . A TTAACCACGT . G T T . C . A . C . A TA . . . . . C . . . TTCTTCA . AA GAGTCGGGTG T . T . . . T C . AA . A . . AG A A TT . . A TGT A . CCCCTACCAGT . T . . C . . CTCA . A GT . A T T AATT T G . TATAG T G T A . . TGT T GA . . . . . . . . . . . . A AC CAG G . TCT . . . ATA A C . A . GT . . GTTGTTTAATCAAATCATACC C . . . . A . . . AATAATATAG . . GTTGTGTTGTTCACA C . G . . ATAGCTTT . . C T ATAG . . . . T . C TA . . . A C . T . . . . CTT . . . T . . . . T . . . . .
blockSeqs : . C CATG T . C . . . . . T . . . . T . . . A . A . . T T C . . . . . . . . . T AAA . . . . . T TT . . . . . . . . . . . . A . . . T . A TGTTACCAAC . . . . . C . . . . . T T . . . . . . . . . TC . AC TGATGGTG . . . . . . . C . TG . A . . AA C A T . . A TG T . CACCTACAGT . C . . C . . TATT . A TA . C T T ATA T G . TATA T A . A . . AAT C A . . . . . . . . . . . . A AC AG A . TC . . . . A . . . . T . . TGTCAATCAGTATACATGTA . . . . . G . . . ACAATACAC . . ATTATGTTTTTCAA C . G . . GCTTT . . . T ATA . . . . T . T A . . . A T . T . . . . TT . . . T . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . A . . . . . T G G . . A . C T . . A AG . . CCACCAACAT . A . . T . . TATT . . T . . . . GAT T T . TATA T T . A . . TAT T A . . . . . . . . . . . . A C GT C . TT . . . . A . . . . T . . TGTTAATCAATATACACA . . . . . G . . . ATAAATA . . GTTAAGTTTTATT C . A . . GCTTT . . . A ATT . . . . . . C T . . . A C . T . . . . TT . . . T . . . . T . . . . .
blockSeqs : . TCGTAACAGT . . . . . . . TCAA . . . . . . . TAA . . . CTTA . A . . . . AT . . . . . AG A . TT . . . . . . . . . T . . TGGTAATCCAATATAACA . . . . . A . . . ATAAATA . . TTGTTTTAA . . . . . . . . . G A . . . . . . . T . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . TA . . . . . . . . . . . . . TAATT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . AAGT . .
blockSeqCons : ** AT* A** AA*** A*** TG** CCGCNACAGT************ T*** ** T** NAA****** TATA******** TAT**** A** AC AG** TT*** T*** TGTTAATCAATATACACA****************** ATAAATA************ GTTATGTTTTTAA******* GCTTT******* N* ** T*** **
originalCons : CAGAGAT--GGGGTAATCGTAA-TCTGTA-AT------C-----AGCTGT-AATTGAT-TACAATTTTTCGAGTAATCGAAT-T-AATCTGTAATCGTGTATTTTTT-AG-AT-T-ACA-TGTAATT-T-AATTGTAA-TCGATTACATTAATTTT-ACCCTGTAAT---C--AT---G---ATTACATTT--ATAGATTA---C--TTTTTTGATATACTTGC-ATTCA-TT------T-ATATATTTTT-CATGAC-ATTTT-TA-TTAT-CAACA-ATTTTCCT-CAAAAG-ATTTTA-T-----TATT-AGAGTATT-A-TTT-CCTTATA--T---TTNATTAAAAGCAGGT-GC-ATTT-AT-TC---TTATTTTATT-CTGT----AT-TATTT---ATTT-----ATTTTT-T----TACA---------------AAA----TAGCC-TT-ATTTGAAAGGTGGG-ANACACTATATC-T-------------GTGAAAAC--TAAAGCG----AA---AA--TTGCTG---AGTTTC----ATTCT------CTC-CTCTTTT-GGTTTTCAGTCAAAAC-ATAAAACCAGAT-GTC-CTATT-GTTAA---AATGGAC---TAAACC---ATNGTAGGACAA-TCNATGACGAAAAATGGCTTT-AATA-GATTT-ATCACACCTCC--------GAGAATGCTTTT--AG--TTNTTAATGT-G--GACGA-GCAA-GGGGATATAGTTAAANA---AACAACGCGTT-ACT----GTNTTCAAACATTCTG-A-TGGT-TATCT--GCT--TCTGAGGGAC-CACA-TA---AGGNAAAGTGTGATGATCATCC-------AAGNC-CAATT-CTAAAC----ATATA-TCATAC---TTTCNAACTCCTCATTTTC--GAATTA-TT----T--CA-AAGA-----T--TAC--ACAA----C--TTC--CCTTGGGT-ATC---CTC-ATATCA--ACA-------ATACCA-CCTA---ACGC-T-ACT---G-GATA--ATTATG--TTAT-AGGCCCCAAATAA-ACT-GTT-TCT---TTCA----AGGA--TCNNCTGT-----T-AG---GGTG---------GAGCTATAT-CTATG-CCTATGGTCAAT--GT-TAATTCTACCTGA-TCAAG-GAG---------CTATA-CAC----AGG---A-GTGTCC-CAGAGCTGTATGTTAGGG-TTT-CTGTGGTC-A-ATAG-TG-TTTGTAT-TAA--TGGTGGTAT--CC--TACCA--GT-------AGCTGA-CACGCAGT-C-TAC-A-CCCCTTCCCTCTTT-GGTAT--ATTG-TATCAATG--T-AA-GCTC-ATATA--TTATTCATTATTGA----TATTAAATAAT-TTCAATAAGT-TGTGTTA-TA----TAAGGAATTNAAG--TGCAAA-TTATTG-TTTGATGCA-TAT--TTCATTTCCGAATA--GTGT-GCAATT-CAA-T-AATTT-AT-AACTC--ATCAAC-AT-AA-CA-TA--TCAAGTGGAACTCGAA-A-GTTTCGCCTCA-G--T--G-GAC-A-T-------TATGACAAAATTA------AC-TCTT-TGTCA-T-T--AAT-TTTCAG--AAT--T-G-----T-----CAA--T----AT-ACA---ATAG-TACATTG--TA-G-ATT----AGTGCTTTAAGATAA------T---GAT--ATG-AT--------AA-TA---ATGT-TTT-AAGTTGTTA--T-TTT-TTCA-A--TTATAGCA-CCCTTGCAG--TAAT-AAA-AATAAA---GCT---TTTGC-TC-AG-CAAAA-TAT--ATA-TAA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTATATTGATT-ACATTTCAAAG--T-A-TT-GT--AATCGTAATCAATTA-CATTTCAAAA-TA-GC-TG--TAATCTTAATT-GTAA-TT-GTAA-T--CATGAATT-TCA-ATGTAATCTGT-AATTATA-ATCGATTACA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTG
finalCons : CAGAGAT--GGGGTAATCGTAA-TCTGTA-AT------C-----AGCTGT-AATTGAT-TACAATTTTTCGAGTAATCGAAT-T-AATCTGTAATCGTGTATTTTTT-AG-AT-T-ACA-TGTAATT-T-AATTGTAA-TCGATTACATTAATTTT-ACCCTGTAAT---C--AT---G---ATTACATTT--ATAGATTA---C--TTTTTTGATATACTTGC-ATTCA-TT------T-ATATATTTTT-CATGAC-ATTTT--A-TTAT-CAACA-ATTTTCCT-CAAAAG-ATTTTA-T-----TATTA--AGTATT-A-TTT-CCTTATA--T---TTNATTAAAAGCAGGT-GC-ATTT-AT-TC---TTATTTTATT-CTGT----AT-TATTT---ATTT-----ATTTTT-T----TACA---------------AAA----TAGCC-TT-ATTTGAAAGGTGGG-ANACACTATATC-T-------------GTGAAAAC--TAAAGCG----AA---AA--TTGCTG---AGTTTC----ATTCT------CTC-CTCTTTT-GGTTTTCAGTCAAAAC-ATAAAACCAGAT-GTC-CTATT-GTTAA---AATGGAC---TAAACC---ATNGTAGGACAA-TCNATGACGAAAAATGGCTTT-AATA-GATTT-ATCACACCTCC--------GAGAATGCTTTT--AG--TTNTTAATGT-G--GACGA-GCAA-GGGGATATAGTTAAANA---AACAACGCGTT-ACT----GTNTTCAAACATTCTG-A-TGGT-TATCT--GCT--TCTGAGGGAC-CACA-TA---AGGNAAAGTGTGATGATCATCC-------AAGNC-CAATT-CTAAAC----ATATA-TCATAC---TTTCNAACTCCTCATTTTC--GAATTA-TT----T--CA-AAGA-----T--TAC--ACAA----C--TTC--CCTTGGGT-ATC---CTC-ATATCA--ACA-------ATACCA-CCTA---ACGC-T-ACT---G-GATA--ATTATG--TTAT-AGGCCCCAAATAA-ACT-GTT-TCT---TTCA----AGGA--TCNNCTGT-----T-AG---GGTG---------GAGCTATAT-CTATG-CCTATGGTCAAT--GT-TAATTCTACCTGA-TCAAG-GAG---------CTATA-CAC----AGGAA---GTGTCC-CAGAGCTGTATGTTAGGG-TTT-CTGTGGTCA---TAGTG--TTTGTAT-TAA--TGGTGGTATCCGCNACAGT------------AGCTGA-CACGCAGT-C-TAC-A-CCCCTTCCCTCTTT-GGTAT--ATTG-TATCAATGT---AA-GCT--ATATAT--TATTCATTATTNAA------TAAATAAT-TTCAATAAGT-TGTGTTATA--------GGAATTNAAG--TGCAAA-TTATTG-TTTGATGCTAT----TTCATTTCCGAATA--GTGT-GCAATT-CAA-T-AATTT-AT-AACTC--ATCAAC-AT-AA-CA-TA--TCAAGTGGAACTCGAAAG--TTTCGCCTCA-GTT---G-GAC-A-T-------TATGACAAAATTA------AC-TCTT-TGTCA-TT---AAT-TTTCAG--AATTGTTAATCAATATACACA------------------TAG-TACATTG--TA-G-ATT----AGTGCTTTAAGATAA------T---GAT--ATGATAAATA------------ATGT-TTT-AAGTTGTTATGTTTTTAA-------TTATAGCA-CCCTTGCAG--TAAT-AAA-AATAAAGCTTT-------GC-TC-AG-CAAAAN-AT--ATA-TAA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTATATTGATT-ACATTTCAAAG--T-A-TT-GT--AATCGTAATCAATTA-CATTTCAAAA-TA-GC-TG--TAATCTTAATT-GTAA-TT-GTAAT---CATGAATT-TCA-ATGTAATCTGT-AATTATA-ATCGATTACA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTG
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 666666666666 1 1 1 333 1 1 222 1 111 1 1 333333333333333 11111 222222 1 1 44444444 22222 22222 2222 111111 1 1 1 1 222 1 33333333 333333333 222222 6666666666666666666666 2 1 1 7777777777777777 11 2222 222222 111 33333 222222 1 1 1 1 1 1 1 22222 666666666666666666 1 1 1 22 66666666666 333333 44444 1 1 222 1 2222 1 2222 1 11 11 22 1 3333333 44444444444 1 2 44444444444 111 22222 55555555555555555555555555555555555555 11 2 222 1 11 33333333 1 111 2222222 1 11 11 1 1 1 1 33333333333 11 44444444444444444444444444 1 222 11 1 1 111 444444444 1111 11 11 11 111 1111 11 33333333333 11 2222222 22222222 11 11111 111 222222222222 11 11 222 111 11 111 1 111 1111111 222222 1 1111 222222222 111111 4444444444444444444444444 1111 2222222222 1 1 11111111 111 1111111 222222 111 111 1111
lowQualScore : 88 3 3 111111111111 3 3 7 0 2 444 7 3 3 222 3 777 7 3 7 0 55 222222222222222 77777 7 111111 5 33 2 0 33333333 8 0 8 0 55555 999 8 0 0 8 8 88 00000 7777 8 88 8 666666 1 0 0 0 0 777 3 0 22222222 333333333 222222 2222222222222222222222 2 0 9 2 0 1 7777777777777777 33 3 1111 222222 777 66666 888888 0 0 2 6 3 3 3 3 99999 777777777777777777 3 1 7 7 3 3 00 33333333333 999999 1 22222 3 3 3 7 1 333 0 6 3 8888 1 2 6 9999 3 7 88 88 11 3 1111111 1 6 6 33333333333 1 3 6 33333333333 6 777 44 1 0 6 11111 0 33333333333333333333333333333333333333 33 8 0 777 0 2 33 55555555 0 0 6 777 4 5555555 0 33 33 0 8 0 0 0 44444444444 0 33 22 66666666666666666666666666 9 0 3 111 33 0 3 2 0 000 000000000 3 8 7777 11 3 33 5 44 8 8 3 444 8 5555 22 99 44444444444 6 33 6 5 6 6 77 6 6 1111111 6 7 888 66666666 55 3 3 55 77777 555 2 6 222222222222 1 55 44 6 000 111 3 9 99 8 8 8 6 6 99 0 8 8 8 8 111 0 99 9999 2 1 99 5 5 5 000 8888888 3 222222 5 1 5 8888 5 77 0 77 77 000000000 5 55 5 777777 3 6666666666666666666666666 5 5 77 5 5 2222 5 888 66 2222222222 0 0 5 5 5 44 5555 66666666 4 5 77 4 6 6 111 8888888 6 6 6 6 6 888888 6 99 111 6 6 7 6 1 6 6 99 6 99 0 3 5 5 7 6 6 6 99 000 6 6 6 3333 6 6 7 6 6 7 5 5 77 77 5
lowQualScore : .. . . ............ . . . . . ... . . . ... . ... . . . . .. ............... ..... . ...... . .. . . ........ . . . . ..... ... . . . . . .. ..... .... . .. . ...... . . . . . ... . . ........ ......... ...... ...................... . . . . . . ................ .. . .... ...... ... ..... ...... . . . . . . . . ..... .................. . . . . . . .. ........... ...... . ..... . . . . . ... . . . .... . . . .... . . .. .. .. . ....... . . . ........... . . . ........... . ... .. . . . ..... . ...................................... .. . . ... . . .. ........ . . . ... . ....... . .. .. . . . . . ........... . .. .. .......................... . . . ... .. . . . . ... ......... . . .... .. . .. . .. . . . ... . .... .. .. ........... . .. . . . . .. . . ....... . . ... ........ .. . . .. ..... ... . . ............ . .. .. . ... ... . . .. . . . . . .. . . . . . ... . .. .... . . .. . . . ... ....... . ...... . . . .... . .. . .. .. ......... . .. . ...... . ......................... . . .. . . .... . ... .. .......... . . . . . .. .... ........ . . .. . . . ... ....... . . . . . ...... . .. ... . . . . . . . .. . .. . . . . . . . . .. ... . . . .... . . . . . . . . .. .. .
lowQualScore : 33 3 3 777777777777 3 3 3 7 0 000 3 3 3 777 3 777 3 3 3 0 88 222222222222222 22222 0 222222 5 55 5 0 55555555 0 8 0 8 88888 666 0 8 8 0 0 66 00000 8888 0 88 0 000000 0 0 0 0 0 555 2 0 22222222 555555555 222222 8888888888888888888888 5 0 0 5 0 0 0000000000000000 88 2 2222 222222 555 22222 888888 0 0 0 7 3 3 3 3 77777 777777777777777777 3 0 3 3 3 3 77 00000000000 777777 0 77777 7 3 3 3 0 333 7 7 3 3333 0 0 7 7777 3 3 33 33 77 3 0000000 0 7 7 33333333333 0 3 7 33333333333 7 555 00 0 2 5 88888 8 00000000000000000000000000000000000000 88 8 0 555 0 5 88 88888888 2 0 5 555 2 8888888 0 88 88 0 8 0 0 0 55555555555 2 88 00 55555555555555555555555555 8 0 2 222 88 0 2 5 0 555 000000000 8 0 0000 00 8 00 6 44 0 0 8 000 0 2222 77 22 00000000000 7 33 7 2 7 7 77 7 7 2222222 7 3 333 00000000 88 2 3 00 55555 000 5 7 000000000000 0 88 00 7 888 777 7 8 00 0 0 0 7 7 22 8 0 0 0 0 888 8 88 3333 7 4 66 7 7 7 000 6666666 2 111111 7 4 7 1111 7 00 1 99 99 111111111 7 99 7 333333 0 7777777777777777777777777 7 7 99 7 7 1111 0 888 99 1111111111 0 0 0 0 0 44 7777 77777777 3 7 99 2 7 7 777 3333333 7 7 7 7 7 000000 7 22 777 7 7 3 7 0 7 7 22 7 22 7 5 2 7 3 7 7 7 22 555 7 7 7 3333 7 7 3 7 7 3 7 7 99 99 7
consensus : CAGAGAT--GGGGTAATCGTAA-TCTGTA-AT------C-----AGCTGT-AATTGAT-TACAATTTTTCGAGTAATCGAAT-T-AATCTGTAATCGTGTATTTTTT-AG-AT-T-ACA-TGTAATT-T-AATTGTAA-TCGATTACATTAATTTT-ACCCTGTAAT---C--AT---G---ATTACATTT--ATAGATTA---C--TTTTTTGATATACTTGC-ATTCATT------T-ATATATTTTT-CATGAC-ATTT--TT-ATTAT-CAACA-ATTTTCCT-CAAAAG-ATTTTA-T-----TATT--AGAGTATT-A-TTT-CCTTATA--T---TTNATTAAAAGCAGGT-G-CATTT-AT-TC---TTATTTTATT-CTGT----AT-TATTT---A-----TTTATTTTT-T----TACA---------------AAA----TAGCCTTTATTTGAAAGGTGGG-ANACACTATATC-T-------------GTGAAAAC--TAAAGCG----AAA---A--TTGCTG---AGTTTC----ATTCT------CTC-CTCTTTT-GGTTTTCAGTCAAAAC-ATAAAACCAGAT-GTC-CTATT-GTTAA---AATGGAC---TAAACCATN---GTAGGACAA-TCNATGACGAAAAATGGCTTT-AATA-GATTT-ATCACACCTCC--------GAGAATGCTTTT--AG--TTNTTAATGT-G--GACGA-GCAA-GGGGATATAGTTAAANA---AACAACGCGTT-ACT----GTNTTCAAACATTCTG-A-TGGT-TATCT--GCT--TCTGAGG-AC-CACA-TA---AGGNAAAGTGTGATGATCATCC-------AAGNC-CAATT-CTAAAC----ATATA-TCATAC---TTTCNAACTCCTCATTTTC--GAATTATT----T--CA-AAGA-----T--TAC--ACAA----C--TTC--CCTTGGGT-ATC---CTCA-TATCA--ACA-------ATACCA-CCTA---ACGCT-ACT---G-GATA--ATTATG--TTAT-AGGCCCCAAATAA-ACT-GTT-TCT---TTCA----AGGA--TCNNCTGT-----T-AG---GGTG---------GAGCTATAT-CTATG-CCTATGGTCAAT--GT-TAATTCTACCTGA-TCAAG-GAG---------CTATA-CAC----AGG--AAGTGTCC-CAGAGCTGTATGTTAGGG-TTT-CTGTGGTC---A-TAGT-G-TTTGTAT-TAA--TGGTGGTATCC------G-CTAC-A-GTAGCTGA-CACGCAGT-C-TAC-A-CCCCTTCCCTCTTT-GGTAT--ATTG-TATCAATG-T-A--A-----GCT--ATATATTATTCATTATTGA--NT-AAATAA-T-TTCAATAAGT-TGTGTTA-------TA---GGAATTNAAG--TGCAAA-TTATTGTTT-GATGC--TATT---TCATTTCCGAATAGTGTG--CAATT-CAA-T-AATTT-AT-AACTC--ATCAACA-T-AA-CA-TA--TCAAGTGGAACTCGAA-A-GTTTCGCCTCA-GT-TG-GAC-A-T---TA-------TGACAAAATTA------AC-TCTT-TGTCA-T-T--A-AT-TTTCAG--AAT--TG-T-----T-AAT-CAA-TAT-A---C--ACAT--------------------A--G-TAC-AT-TG--TA-G-ATT----AGTGCTTTAAGATAA-T---GAT--ATG--A-------TAA-ATA-ATGT-TTT-AAG-TTGTTATGTT-TTC-A-AT--TATAGCACCC-TTGCAG--TAAT-AAA-AATAAA---GCTT-----T-GC-TCA-G-C-AA-AAN-AT--ATA-TAA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTATATTGATTA-CATTTCAAAGT-A-T--T-GT--AATCGTAATCAATTA-CATTTCAAAA-TA-GC-TG--TAATCTTAATT-GTAA-TTG-TAA-T--CATGAATT-TCA-ATGTAATCTGT-AATTATA-ATCGATTACA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTG
Reference ( family-1156 ) : CAGAGAT--GGGGTAATCGTAA-TCTGTA-AT------C-----AGCTGT-AATTGAT-TACAATTTTTCGAGTAATCGAAT-T-AATCTGTAATCGTGTATTTTTT-AG-AT-T-ACA-TGTAATT-T-AATTGTAA-TCGATTACATTAATTTT-ACCCTGTAAT---C--AT---G---ATTACATTT--ATAGATTA---C--TTTTTTGATATACTTGC-ATTCATT------T-ATATATTTTT-CATGAC-ATTT--T--ATTAT-CAACA-ATTTTCCT-CAAAAG-ATTTTA-T-----TATT--A-AGTATT-A-TTT-CCTTATA--T---TTNATTAAAAGCAGGT-G-CATTT-AT-TC---TTATTTTATT-CTGT----AT-TATTT---A-----TTTATTTTT-T----TACA---------------AAA----TAGCCTT-ATTTGAAAGGTGGG-ANACACTATATC-T-------------GTGAAAAC--TAAAGCG----AAA---A--TTGCTG---AGTTTC----ATTCT------CTC-CTCTTTT-GGTTTTCAGTCAAAAC-ATAAAACCAGAT-GTC-CTATT-GTTAA---AATGGAC---TAAACCATN---GTAGGACAA-TCNATGACGAAAAATGGCTTT-AATA-GATTT-ATCACACCTCC--------GAGAATGCTTTT--AG--TTNTTAATGT-G--GACGA-GCAA-GGGGATATAGTTAAANA---AACAACGCGTT-ACT----GTNTTCAAACATTCTG-A-TGGT-TATCT--GCT--TCTGAGGGAC-CACA-TA---AGGNAAAGTGTGATGATCATCC-------AAGNC-CAATT-CTAAAC----ATATA-TCATAC---TTTCNAACTCCTCATTTTC--GAATTATT----T--CA-AAGA-----T--TAC--ACAA----C--TTC--CCTTGGGT-ATC---CTCA-TATCA--ACA-------ATACCA-CCTA---ACGCT-ACT---G-GATA--ATTATG--TTAT-AGGCCCCAAATAA-ACT-GTT-TCT---TTCA----AGGA--TCNNCTGT-----T-AG---GGTG---------GAGCTATAT-CTATG-CCTATGGTCAAT--GT-TAATTCTACCTGA-TCAAG-GAG---------CTATA-CAC----AGG--AAGTGTCC-CAGAGCTGTATGTTAGGG-TTT-CTGTGGTC---A-TAGT-G-TTTGTAT-TAA--TGGTGGTATCC------G-CNAC-A-GTAGCTGA-CACGCAGT-C-TAC-A-CCCCTTCCCTCTTT-GGTAT--ATTG-TATCAATG-T-A--A-----GCT--ATATATTATTCATTATTNA--AT-AAATAA-T-TTCAATAAGT-TGTGTTA-------TA---GGAATTNAAG--TGCAAA-TTATTGTTT-GATGC--TATT---TCATTTCCGAATAGTGTG--CAATT-CAA-T-AATTT-AT-AACTC--ATCAACA-T-AA-CA-TA--TCAAGTGGAACTCGAA-A-GTTTCGCCTCA-GT-TG-GAC-A-T---TA-------TGACAAAATTA------AC-TCTT-TGTCA-T-T--A-AT-TTTCAG--AAT--TG-T-----T-AAT-CAA-TAT-A---C--ACAT--------------------A--G-TAC-AT-TG--TA-G-ATT----AGTGCTTTAAGATAA-T---GAT--ATG--A-------TAA-ATA-ATGT-TTT-AAG-TTGTTATGTT-TTT-A-AT--TATAGCACCC-TTGCAG--TAAT-AAA-AATAAA---GCTT-----T-GC-TCA-G-C-AA-AAN-AT--ATA-TAA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTATATTGATTA-CATTTCAAAGT-A-T--T-GT--AATCGTAATCAATTA-CATTTCAAAA-TA-GC-TG--TAATCTTAATT-GTAA-TTG-TAA-T--CATGAATT-TCA-ATGTAATCTGT-AATTATA-ATCGATTACA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTG
gi|1 : CAGAGAT--GGGGTAATTGTAA-TCTGTA-AT------C-----AGCTGT-AATTGAT-TACAATTTTTCAAGTAATCAAATGT-AATCTGTAATCGTGTATTTTTT-AG-AT-T-ACA-TGTAATT-T-AATTGTAA-TCGATTACATTAATTTT-ACCCTGTAAT---C--AT---G---ATTACATTT--A--GATTA---C--TTTTTTGAT-TACTTGC-ATTCATT------TTATATATTTTT-CATGAC-ATTT--TT-ATTAT-CAACA-ATTTTCCT-CAAAAG-ATTTTA-T-----TATT--AGAGTATT-A-TTT-CCTTATA--T---TTCATTAAAAGCAGGT-G-CATTT-AT-TC---TTATTTTATT-CTGT----ATATATTT---A-----TTTATTTTT-T----TACA---------------AAA----TAGCCTTTATTTAAAAGGTGGG-ATACACTATAT----------------GTGAAAAC--TAAAGTG----AAATTAA--TTGCCG---AGTTT-----ATTCG------CTC-CTCTTTTAGGTCTTTAGTCAAAAC-AAAAAACCAGAT-GTC-CTATT-GTTAAGACAATGGACGAATAAACCATAATCGTAGGACAA-TCCATGACAAAAAATGGCTTT-AATA-GATT--ATCACACC-----------GAGAATGCTTGT--A---TTGTTAATGTCG--GAAGA-GCAA-GGGGATATAGTAAAACA---AACAATGCTCT-GTT----GTTATTAAACAGTCT--A-TGGT-TA-CT--GCT--TCTGAGG-AC-CACACTA-----GTAAAGTGTGATGATAATCC-------AAGGT-CAATT-TTAAA-----------TCATAC---TTTCTAACTCCTCATTCGT--GAATTATT----TT-CA-AA-------T--TAT--ACAA----C--TTC--CCTTCGGT-ATC---CTCAATAT-A--ACG-------ATACAA-CCTG---ATGCTTATT---G-GATA--ATTATG--TTAT-AAGCCCAAAATAAGACT-ATTATCT---TTCA----AAGG--TACCCTGT-----T-AG---GGTT----------AGCTATAT-CTATGTCCTATGGTCAAT--GT-TAATTCTAC--GA-TCAAG-CAG---------CT-TA-CAC----AGG--A-GTGTCC-CAGA-CTGT-TGT-AGGG-ATT-CTCTAGTC---AATAG--G-TGTGTAT-TAA--TGATGGTATC----------TAC-A--TAGCTGA-CACACAGTGC-TAC-A-CCCCTTCCGTCTTT-GG-AT--ATTG-TATCAATG-T-A--ATACTTGAT--ATATTTTATTCATTATTGATCAT-TATTAAAT-TTCATTAAGT-T-TGTTG-------TATAAGGAAGTTAAG--TGCAA--TTATTGTTTTGATGCACTATT---CCATTTCCGAATAGTGTGG-CAATT-CAA-T-AATTT-AT-AACTC--ATCAACAAT-AA-CA-T---TCAAGTGGGA-TCGCA-A---TTCACCTCA-GT--G-GAC-A-T---TA-------TAA-----------------TCTT-TGTCA-TGT--A-AT-TTTC------------------------CAA-TAT-A---C--A-AT--------------------A--G-T-C-AA-TG--TA-T-ATT-----GTAC---AAAATAA-T---GAT--ATA--A---------A-ATA-ATGT-TTT-AAAATTG--ATTTT-TTC-A-AT--TATA-CACCC-ATGCAT--TAAT-AAA-AATAAA---GCTT-----TTGC-TCAAG-C-AATAAC---------TAA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTATATTGATTA-CA--TCAAAGT-A-T--T-GT--AATTGTATTAAATAA-CA-TTCAAAACTA-GCTTGCTTAA--ATAATTAGTAA-TTG-TAATT--CATGAATTGTCATATGTAATCTTA-AATTATA-A--GATTACA-TTGAATG-TAAAATT--CCCCCCATAGTCTG
gi|10 : CAGAGAT--GGGGTAATCGTAA-TCTGTA-ATCGTAACC-----AGCTGT-AATTGATATACA--TTTTCAAGTAATC--AT-------TGT-ATCGTGTATTTTTTAAG-ATGTAACA-TGTAATTGT-AA-TGTAATTCGATTACATTAATGTTAACCCTGTAACCTGC--AT---GATCATTACATT----TAGGTTA---C--TTTTTTGAT-TACTTGCTATTCATT------TGATATATTTTT-CA-GACTATTTTGT--ATT-T-CAACA-A-ATTCCT-CAAAAC-ATTTTC-T-----TATT----AGTATT-ATTTT-CCTTATAATT---TTAATTAA
gi|11 : AA-T---GAT--ATG--A-------TAA-ATA-ATGT-TTT-AAA-TTATTATGTT-TTTCA-AT--TATAGCACCC-TTGCAG--TAATCAAA-AATAAA---GCTT-----T-GC-TCA-G-C-AA-AG---T--ATA-TAA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTA-ATTGATTA-CATTTCAAAGTAA-T--T-GT--AATTGTAATCAATTA-CATTTCAAAA-TA-GC-TG--TAAT-TTAATT-GTAA-TT----------ATG-ATT-TCA-ATGTAATCAGT-AA-TATA-A-CGAT
gi|12 : A------AC-TCTT-TATTA-T-TTAACAT-GTTCGG--AAT--TG-TAATAGT-GAT-CAC-CAT-AGGGC--AAATTTATTGGGAGTTACGTCTAAA--G-TACCACATG--TA-G-TTT----AGTGCTTTAAGATAA-T---GAA--ATG--A-------CAATACACATG--TTT-AAG----------------------TATAGCA-CC-TTGCAG--a
gi|13 : TA-CATTTCGAAA-TA-GC-TG--TAATCTTAAT--GTAA-TTG-TAA-T--CATGAATT-CAA-ATTAAATATGT-AATTATA-ATCGATAACA-TCGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTGgttaagcgat
gi|14 : tatcataggactggagtaGTGGAACTCGAA-A-GTTTCACCTCA-GT-CG-GACTA-T---TA-------TGtt
gi|15 : ACA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTG
gi|16 : CA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCTG
gi|2 : TT-AATGAC-ATTT--TTAATTATTCAACA-ATCT-CCT-CAAAAC-ATTTTCCT-----TATT--A-AGTATTTA-TCT-TATAATA--T---TTAATTAAAATCAGGT-G-CATTT-AT-TCCTTTTATTTCATT-CTA---------AGTT---A-----TTTATTATT-T----TACA---------------AAAAAAGTAA--TT-ACTT-AAAGGTGGG-AGGCACTACATC-TTGTAATATTTATTGTGAAACC--TAA-GCC----AAA---A--TTGCTG---AGTTTC----ATTCT------CTCACTCTTTT-GGTTTTCA-TCAAAAC-ATAAAACCAGAT-GTC-CTATTCGTTAA---AATGG-----TA---CATT----TAGGACAAATCAATGGCGAAAA-TGGCTTTTAAGACGATTTCAACAAACCTCT--------GAAATTGCTTTT--AAGTTTTTTAATG------ATGATGCAATGGGGA-ATAGTTAAAAA---AACAATG-GTT-ACT----TTGTT--AA-ATTCTG-AGTGGTGTATTT--GCT--TCTGAG--AC-CACA-TA---AGGGAAAGTGTGATGATC---C-------AAGTC-CAATTTCTAAAC----ATATA-T---AC---T--CAAACTTCT--------------ATG----T--CAGAAGA-----T--TA---ACCA----CGTTTC--CTCTGGGTGATC---TTCA-TATCA--ACA--------TACCA-C-TA---ACTCT--CT---GCGATA--ATTATG--TTAT-AGGACC-AAATAA-ACT-GTA-TCT---TATAGACCACGA--TCCACTGT-----TGAT---GGTG---------GAGCT-TAT-CTATG--------TCAAT--GT-TAAT-CTACCTGA-CCAAA-AGG---------CTATA-CAC----AG---AAGTGTCCACAGAG-TGTATGCTACGG-TTT-CTGTGGTCTACA-TAGTTA-TCTGTATGTAA--TGGTGG-ATCA------C-CTAC-A-GTAGATAT-CG-GCAG--C-TA--A-CCCCTCCTCGCTTT-GGCTC--A-----GTCAATG-T-ATAA-----GCT--AT-TATTCTT--TTAT-----AT-AAATAA-T-CTCAATAG---TGTGTTA-------TA---G-AATTATTG--TGCAA--TTAATTCTT-GATAC---ATTCATTCATTTCCGACTAGTGTGTGCCATT---A-T-AATTT-AG-TACTC--ATCA-CA-T-AA-CC-TA--TCA-GTGAA--TCAAA-G-TTTTCGCCTAA-GT-TGTGAC-A-T---TAATATGTATGACAAA-TCAC-----ACGTCTTCTATCA-TGT--A-AT-GTTCAG--AAT--TGGT-----T-AAT-CAAATA--A---CGAACAT--------------------A--G-TAC-AT-TGCCTATG-ATT----AGTGCTTTA-GATAA-T---GATCAATG--AA------TAATATAGATGT-TTC-AAG-TTGTTATGTT-TTC-G-ATGTCATAGCACCCCTTGCAG--TAGT-AAA-AATAAA---CGTTGAGTCT-GC-TCA-G-CCAA-AGT-ATCAATA-TCA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGAATGATGATGAACATTTCAAGGT-A-TATT-GT--AGATGTAAT-AATTA--ATTTCAAAA-TA-GC-TG--TAATTT--ATT-GTAA-TTGGTAA-T--CATGAATT-TCA-ATGTA-TCTGT-AATTATA-ATCGATTACA-TTGAATGAT--AA-T--GACCCCAT-GTCTG
gi|3 : ATTAACTTG-ACC-TGCAAT---CTCATTAAA---ATTGTATTT--ATAG-TCAGCCC--TTTCATGACATATTC----TTCATTACTAGCC-AAATTTTTTT-CCTGTC-AT-------ACCA---AAGA-GTTTTTCT-CAAATG-ATTTTA-TAGAGACGTTGAA-AAAATT-A-TTTTCCTTATA--TATTTCCATTGAAAGCAGGAAG-CATTTTATGTCG--CTGTTTTATTTCTATTAATGT-TATTTTTGA-----TTTATCTCCATACCATACACCACCCCCACCCAACAAC----TAGCCTTTATTGGAAAGGTGGATAGACACTATAT--T-------------GTGAAAACTTTAGAACGCAATAAA---ATTTTGTTGGATGGTATCCAGGATTCTCGCTCGCTT-CTCTTTT-GGTTTT-AGTCAATACTATAATACCAGATAGTCACTCTT-GTT-----TATAGAC-----AAC--TG---GTAGGACAA-TCTA--ATGAAAAATGGCTTT-AATA-GATCT-ATCACACTTTCCTTTATCGGAGAATGCTTTTAGAG--TACTTAATGT-AATGACTA-ACAA-AGGGATATAGTTAAATACCCAACAACGCGTTCACTTTTAGTATTCAAACATTCTACA-TGGT-TATCTTGGCTCCTCTGAGGGACTCCTA-TGAATAGGAAAAGT-T-ATAATCATCTTCTTCTAAAGACACAATCACTAAACTATTATATAGTCATACATATTTCCAATTTTCTATTTTCTGGAGTTATTATTGT--CA-AAGAGTCCGT--TACCGAAAATAGTC--TTC--CCTT-GGT-ATCATTCTCA-TATCA--ACACAGTACTATAGTA-CTCATGCAAGCTGACTGACG-AATAATATTATGTTTTATAAGGCCCCAGATAA-ATTCGTT-TCTTTCTTCA----AGGAGTTCAACTGTTCTGAT-AG---GGTGCACATGGCAGCGCTATAT-CTG-----TATGGTCAATTAGTATCAATCTACCTGATTCAAT-GAGATGAGCTTCCCATA-CACATTTAGG--AGGTGTCC-AGAAGCTGTATG-TAGGG-TTT--TATGGTC---A-TAGT-GTTTTGTA--TAA--TGGT-GTATCC------ACCAAC-A--TAGCTGA-CCCGCAGT-C-TAC-AGCCCCTTCCATCTTT--GTATAAATTG-TA--A------A--G-----GCT--A-A---TATTCATTATTGA--TT-AAATGA---TTCAATAAGTCTGTGTTA-------TA---GGGAATGAAGT-TGCAAA-TTATTGTTT-GATGC--TGTT---TCATTTCTGAg
gi|4 : aattgctgaATAT---TTCTAAAATCCTCATTTTT--GAATTATT----TGTCA-AAGA-----TGTTAC---CAA----C--ATCTTCCTTGGGTTATCT--CTCA-TATCAGAACA-------ATACCAACCTA---ATGCT-ACT---G-GAAA--TTTATG--TTAT-AGACCTCAAATAA-ACT-GTT-TCT---TC------AGGA--TCACCTGT-----G-AGTCGGGTG---------GAGCTTTATTCTATG-CCTATGGTCAAT--GT-TAATTCTACCTGA-TCAAGAGAG---------CTATATCAC----AGGGAAAGTGTCC--AGAGCTGTATGTTAGGGGTTT-CTGTGG-C---A-TAGT-G-TTTGTAA-TAAATTGGTGGTATCC------C-CTACCA-GTAGCTGAACATGCAGT-CCTAC-A-CCC-TTCCCTCTTT-GGTAT---TTG-TATCA-TG-T-A--A-----GCTCGATATATTATTCATTATTGA--TTTAAATAA-T-TTCAATAAGT-TGTGTTAATAGGCCTAA--GGAATTAAAG--TGCAAAATTATTGTTT-GATGC--AATT---TCATTTCCG-ATAGTGTG--CAATT-CAACT-AATTT-AT-AACTC--ATTAACA-T-GATCA-TA--TCAAGTGGAACTCGCA-A-GTTTCACCTCA-GT-TG-GA--A-T---TA-------TGACAAAATTA------AC-TCTT-TGTCA-T-T--A-AT-TTTCAG--AAT--TG-T-----T-AAT-CAA-TAT-A---C--ACAT--------------------A--GCTAC-AT-TG--TA-GAATT----AGTGCTTTAAGATAA-TAAGGAT--AT-----------TTA-ATT-ATATATCT-AAA-Tt
gi|5 : at-TAA--TGGTGGTATCCCTAACAG-TTAC-ATGTAGCTGA-TACGCAAT-C-TACCA-CCCCTTCCCTCTTT-GGTAT---TTGCTATCAATGGT-A--AA----GCT--ATATATTTATCATTATTAA--TTTAAATAA-T-TTCAATAAGT-TGTGTTA-------TA---GGAATTTAAAGTTGCAAA-TTATTGTTT-GATGC---ATT---TCATTTC--GATAGTGTG--CAATTTCAA-TTAATTTTATTAACTCTCATCAACA-T-AA-CA-TA--TCAAGTGGAACT-GAA-ATGTTTCCACTCAGGT-TG-GAC-ATT---TA-------TGACAAAATTA------AC-TCTTATATCA-T-T--A-AT-TTTCAG--AAT--TG-G-----T-AATCCAA-TAT-A------ACAT--------------------A--GCTAC-AT-TG--TA-G-ATTTTTAAGTGCTTTGAGATAATT---GAA--TTGATA-------TAA-AGT-ATGT-TTT-AAG-TTGTTAAGTT-TTA-T-TT--TATAGCACCA-TTG-AGTTTAGT-AAA-AATAAA---GCTT-----T-GCTTCA-G-C-AA-AAA-GT--ATA-TAA--AAAAAATG-TA-AT-TGTAATTGAATTACAATTA-CATTTTCAAGA-A-T--T-GTAAAATCGTAATCAATTA-aatcccttaat
gi|6 : taT-AT-AACTC--ATCAACA-TGAA-CAGTACTTCAAGTGGA-CTCGACCA-GTTTCACCTCATGTCTG-GAC-A-TATATG-------TGACAAAATTA------AC-TCTT-TGTCACT-T--A-ATATTTCAAGCAATGTTG-T-----TTAAT-CAA--ATCA---T--ACCT--------------------A--G-TAC-AT-TG--TA-G-ATT----AGTGCTTTGAGATAA-T---GAT--ATG--ATTATGATTAA-ATA-ATGT-TTTAAAG-TTGTTGTGTTGTTC-ACAT--TA-AGCA-CC-TTGCAG--TAAT-AAA-ACTAA---------------GC-TCA-GCC-AA-AAG-CT--ATAGTAATTAAAA---GTTACATCTGTAATTGTATATTGATTA-CATTC--AAGT-A-T--TGGT--AATCGTA--TAATTATCA-TTCAACA-TACGC-AG--TAATTT--ATT-GTAATTTG-TAA-CTGCATGA--T-TCA-TTGTA--CTGTAAATTATATATCGACTTCACTTGAATG-T--AATTCGGACCCCAT-GTCCG
gi|7 : tgCAGAGATTGGGGGTAATCGTAAATCTGTATAT------CGTAACAGCTGTTAATTGAT-TACCATTTTCTGAGTAATCGAAT-TTAATCTGTAATTGTGTATTTTTT-AGTAT-C-ACACTGTAACT-TCAATTGTAA-TCGAT---ATTAATTTT-ACCC-GTAAT---C--AT---G---ATTACATTTTAATAGATTA---CGCTTTTTTGATAC---TGC-ATTCATT------T-ATATATTTTTTCATGAC-ACTT--T--ATTAT-CAACATATTTTCCTTCAAAAGTATTTTA-T-----TATT--AGAGTATT-A--TT-CCTTAAA--T---TCGTATAAAAGCAGGT-GCCATTT-TT-TC---TTATTTTA-T-CTGT----AT-TATTT---ATTTTTTTTCTTTTT-T----TACA---------------AAA----CAGCCAT-ATTT-AAAGAT-GG-ATACACTCTATCAT-------------GTGAAAAC--TAAAGTG----AAA---A--TTGCTG---AGTTT-----ATTCT------CTC-CTCTTTT-Gc
gi|8 : TTTCGCCTCA-GT-AG-GAC-A-T---TA-------TGACAAAATTACATGTAAA-TCTT-TATTA-T-TTAA-AT-GTTCAG--AAT--TG-T-----C-AAT-CAG-TAT-A---C--ATGT--------------------AAAG-TAC-AT-TG--TA-G-TTT----AGTGCTTTAAGATAA-T---GAT--ATG--A-------TAA-ATA-ATGT-TTT-AAG-TT-TTGT----TTT-A-AT--TATAGCACCC-TTGCAG--TA-T-AAGTAATAAAATAGCTT-----T-GA-TCA-G-C-AA-AAGTAT--ATT-TAA--AAAA---G-TA-ATCTGTAATTGTA-ATTGATTA-CTTTTCAAAGT-AAT--T-GT--AATTGTAATCAATTA-CATTTCAAAA-TG-G--TG--TAATCTTAATT-GTAA-TTG-TAA-T--CATAAATT-TCA-ATGTAATCTGT-AATTATA-ATCGATTACA-TTGAATG-T--AATT--GACCCCAT-GTCT
gi|9 : cTGTA-CAC----AGG--AAGTGTCT-CAGGGCTGTCTGT--GGG-TTTTCTGTGACC---A-CAGA-G-TTTGTAT--AA--TGGTGATCTTC------G-TAAC-A-GTAGCTGA-CAAACACT-C-TAT-A-CCCCTGCCCTCTTTAGGT-C--AATG-TATCAATG-TAA--A-----GTTC-ATATA-----CATTATCTA--AT-AAAAAA-CATTCAATAATC-TGTGTCT-------TA---GGAATTAACT--TGCAAA-TTATTATTT-GATG---TATT---TCATTTCTG-ATTGTGTG--TAATA-CAA-T-AAATT-AT-GATAC--AT