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Reference ( gi|6 )            : TTTATCG--CTCGGTGA---GTAA-TG-GG--CA-GTC---G------TTGAT-TGGCTT-G-AG--CA---G---T--A----------CTA---TCGTC----T-A-TTC--CTG-AAAA--TGTGGTTGTTCTTTG-GAAAATTTCTCCC-CACCCC-----------C-----------CTTT--------------------GG--------------TACAA----C--A--TAGGA-TC-T-C-CGTA-------ATGG-T---GCA-GTAA-ACG--TGA-ACGTCAGAAT--AT-------AAAAGAAAAA-ATCGGA----GA-GGGC-T-A--CAT-T-A-T-TGCAGCTAATT--AA-T--------CGACACC-GACA--T----C----AAAA----ATCAT-A-AGTCGATGC
gi|4                          : TTT-TCG--CTCGGTTA---GTA--TG-GG--CA-GTG---C------TTGAC-TG-TTT-G-AG--CA---C---T--AGAGA------CTAA--TCGTC----T-A-TTC--ATG-AAAA--TGTGGTTGTTCTTTG-AAAAATT---CTC-CGCCCC-----------T-----------TTTTCGGGGGGGGGGGGG------GG--------------TACAA----C--A--TAGGA-T--T-C-CGTA-------ATGG-T---GCA-GTAA-ATG--TGA-ACGTCAGAAT--AT-------AA---AAAAA-ATCGGA----GA-GGGC-T-A---AT-T-A-T-TGCAGCTAATT--GG-T--------C--CACC--ACA--T----C----AAAA----ATCAC-A-AGTCGA
gi|2                          : TTTTTCGGCCTCGCGGA---GTAA-TG-GGGGCA-GTC----------TTGAC-TGGTTT-GGAG--CACA-G---TG-A----------CTA---TCGTC----T-AATTCA-TTG-AAAA--TGTGGTTGTTCTTTG-GAAAATTTCTTCCATACCCCCGCGG------C-----------CTTTTTTGTTTGGGGGGGGGGGGGGG--------------TA-GG----C--A--AAGGA-T--T-C-CGTAAT-----ATGG-TGGGGCAGGCAAGACA--TGA-ACGTCAAA----AT-------GAAAAAAGGA-ATCGGA----GAGGGGC-TCA--CAT-T-A-T-GGGAG--A--T--AA-T--------CGACAGC-GACT--G----C----AAAC----ATCACAA-AGTCGAGGCgcg
gi|3                          : TTT-TCG--CTCGGTGA---GTAAATG-GG--CAAGTC---C------TTGAC-TGTCT--G-AG--CACAAG---CTAA----------CTA---T--TC----TTA-TTCAGCGG-GAAA--TGTGGTT-TTCTTTGAGAAAAATGCT-CC-CACCCCNNNNNNNNNNNN-----------NNNN--------------------NN--------------NNNNN----N--N--NNNNN-NN-N-N-NNNN-------NNNN-N---NNN-NTAA-ACGGTTGA-ACGTCAGAAT--ATATAAAAAAAAAAAAAAA-ACAAGT----GA--GGC-T-AATCAT-T-ACT-TGCAGCTAATT-----T--------C--CAC---ACA--T----CA---AAAA----ATCAC-A-AGCCggg
gi|10                         : TTT-TCG--CTCGGTGA---ATAA-TG-GG--CA-GTC----------TTGAC-T-GCTT-G-AGCACA---GTC-T--ACTTACTAGGCCTA---TCGTC----T-A-TTC--A-G-AAAA--TGTGGTTagagcc
gi|9                          : TTT-TCA--CTCGGTGATCAGTAA-TG-GA--CA-GTC---C------TTGGCATGCCTT-G-AGCACA---G---T--A----------CTAT--TCGTCTTCTT-A-TTC--ATG-AAAAT-TGTGGTTGtggaggagggggaagcagtaaacgtaaacgtcagaaataaaaaaaatcgagaggctatattgatgtgcagctaattgaccccggcattttaaaaaaaattcgc
gi|5                          :     TCG--CTCGGTGA---GTAA-AG-GG--CA-GTC---T------TTGAC-TGATTT-G-GGGACA---G---G--A----------CTC---TCTTC----T-T-TTC--GTG-AAAA--TGTGGTTGTTCTTTG-GG--------CCC-C-CCCC-----------C-----------CTTTTTTTTTGGGGGGGG------GGC-------------TACAA----C--A--TAGGA-TC-T-C-CGTA-------A-GG-T---GCA-GTAA-AAG--TAA-GCGTCAAAAT--A-----------AAAAAAA-A--GGA----GA-GGGC-T-A--CAT-C-A-T-TGCCGCTAATC--AAAT--------CAACACC-GACA--T----C----AAAA----ATCAC-A-AGTCGAggttgggggggaggggggggggggggggtagtaaacgagacggtcagaaaaaaaaatcatgaagggcttaaattatgcagctagttgaccccgacatttaaaaaaatatcgcaagtcggg
gi|8                          :    tTCA--CTCGGTGA---GTAA-TG-GG--CA-GTCCTTGCATGCCTTGAC-TGGCCT-G-AGCACA---G---T--A----------CTATCCTCCTC----T-G-TT---ATG-AAAA--TGCGgaccg
gi|11                         :    tTCG--CTTAATGA---GTAA-TG-GG--GA-GTC---T------TTGAC-TGGCTT-G-AGCACA---GTC-T--ACTTACTAGGCCTA---TCGTC----T-A-TTC--ATG-AAAA--TGGGGGGG------G-GNNNNNNNNNNNN-NNNNNN-----------N-----------NNNN--------------------NN--------------NNNNN----N--N--NNNNN-T--------------------G-T---ACACGTAA-A---------CGTCAGAATTGA--------AAAAAAAAAA-ATCGGA----GA--GGC-T-A--TAT-T-A-T-TGCAGtgggggggggctacaacataggatcttccgtaatggtgtagtaaagtagacatcagaataaaaaaaaatcggagaggactacattattgcagctaatccgacatttaaaaaaaatcgcaagtcgggg
gi|1                          :           ttGGTAG---GTAA-TGAGG--CA-GCC----------TTGAC-TGGCTTTG-AG--CA---CATTT--A----------CTA---TCGTC----T-G-TTC--CTT-AAGAAGTGTGGGTGTGCTTTG-GAGAGATTCTCCC-CAACCC-----------C-----------CTTTTTCCGGAGAGGGGGGGGG--GG--------------TACAAG---C--AGCTACGACTC-T-CTCGGAATTCCCCATG------GCA-G-AA-ACG--TGACACGTCAGATA--AT-------AAA--AAAAA-ATCGGATCAGGA-GGGC-T-A--CATCT-A-T-TGCAGCTAAGTGGAA-TGCGTCCTCCGAC-CT-GACT--TAAGGCA---AAAA----ATCAC-ATAGTCGAGGCt
gi|7                          :                                                  ttattccggccagtct--CA---G---T--A----------CTA---TAGTT----T-A-TTC--ATGGAAAA--TGTGGTTGTTCTTTG-GAA--CTTCTCCC--ACCCC-----------CGTTATGGTTTTTTTT--------------------GGGAGGGGGAGGGGGGTACAA----CCAG--TAGGA-ACAT-T-CGTA-------ATGGGT---GCA-GTAA--CG--TGA-ACGTCAGAAT--AT-------AAAAAAAAAAGATC-GA----GA-GGGC-T-A--C-----A-T-TGCAGC----T--AA-T--------CGACACCAGACA--T----C------AA----ATCAC-A-AGTC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                             gagca--------------TACAA----C--A--TAGGA-TC-TTC-CGTA-------ATGG-T---GTA-GTAA-A-G--TAG-ACATCAGAAT--A-----------AAAAAAA-ATCGGA----GA-GGAC-T-A--CAT-T-A-T-TGCAGCTAAT--------------------CC-GACA--T----TTAAAAAAA----ATCGC-A-AGTCGcgagggccggg
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                      ttttttttgcggagagggcGG-G---GTA-GTAA-ACG--AGA-CGGTCAGAA----------------AAAAAA-ATCATG----AA-GGGCTT-A--AAT-T-A---TGCAGCTAGTT---------------GACCCC-GACAT-T----T----AAAAAAATATCGC-A-AGTCG
gi|10                         :                                                                                                                                                              ttttcactcggtgatcagtaatggacagtccttggcatgccttgagcacagtactattcgtcttcttattcatgaaaattgtggttgggttgggggggagggggggggggg---GCA-GTAA-ACG--TAA-ACGTCAGAA---AT-------AA---AAAAA-ATC-GA----GA--GGC-T-A--TAT-TGA-TGTGCAGCTAATT---------------GACCCC-GGCATTT----T----AAAA----Agg
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                ttttcgctcggtgaataatgggcagtcttgactgcttgagcacagtctacttactaggcctatcgtctattcagaaaatgtggtttggaggagggggaaCGTCAGAAT--ATTCA----AAAAAGAAAA-ATCGGA----AA-GAGC-T-A--CAG-T-A-T-TGCAACTAAaaattcgc
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                               ttttttTCAGAAT--A-----------AAAAAAA-ATCGGA----GA-GGGC-T-A--CAG-T-A-T-TGCAGCT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                               gcaataatgtagccctc-------AAAAAAAAAA-ATCGGA----GA-GGGC-T-A--CAT-T-A-T-TGCAGCT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           agAAAA-ATCGGA----GA-GGAC-T-A--TAT-T-A-T-TGCAGCTA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 acTCTGA----GA-GGGC-T-A--CAT-T-A-T-TGC
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TAATATATACACTTTAGCCGTCCTGGTATTGAATAATATCTAATTTCCCACTATAGTCCGTCACAAGATTATGAAATCGACACGGTTTCTAGTGTAAGTAACCAGATGTTTTATATATTAAATCCAGTGATTTTGTTAGCCATCTTGCTAATGATTATTTTAATTTGTTTATTAACAA
Unaligned ( gi|13 ): TCACAATTATGATAATTGAAACGTGGTTGAGCTGATAAAGTCAACCAGATGTTTTATTAATTTTGTTGGCCATCTGTTGAAATATTTGAGTTATTAATTGATTATTAGTTTATAT
Unaligned ( gi|14 ): TGAAATAATGTAGTCCTCTCTCTCTCTCCCCCCCCCCTTTTTTTTTTGGGGGGGGGGACCAAATTACATAA
Unaligned ( gi|15 ): TGTTAGGCACTACACTTAGAGAGATGCAAAAAGTATAAATTTGGTCAGTCCCCTCCCCCC






Alignments
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lowQualScore                  :                                                                                                      4   11        000    0  0  55  0  000000000 7     0  6   6 6     444 6 1111111111111111   666     7777 6 6     66 6    66               7  6666       333    777777777777777777777777777777777777 0  0000000      55     5555 55 55     0 22 0 0    5555555    77777   9999999999 66   6   00   6         2 00000000000        7      3333  5    5 5 44   5 5 5 5           555555555555555  1  0    777777777777    5555     4 4   4 4     
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gi|3                          :                                                                                                 acTTT-TCG--CTCGGTGA---GTAAATG-GG--CAAGT---------CCTTGAC-TGTCT--G-AGCAC---AAG--CTAA----------CTA---T--TC----TTA-TTCAGCGG-GAAA--TGTGGTT-TTCTTTGAGAAAAATGCTCCC--ACCCC-----N---------N----NNNNN-----------N-NN-------NNNNNN--NNNNN----N--N--NNNNN-NN-N-N-NNNN-------NNNN-N---NNN----------NNNTAA-ACGGTTGA-ACGTCAGAATATATAAAAAAA-AAAAAAAA-ACAAGT----GA--GGC-T-AATCAT-T-ACT-TGCAGCTAATT----T--------C--CAC---ACA--T----CA---AAAA----ATCAC-A-AGC-CAGAG
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gi|5                          :                                                                                                     T-TCG--CTCGGTGA---GTAA-AG-GG--CA-GT---------CTTTGAC-TGATTT-G-GGGAC---A-G--G--A----------CTC---TCTTC----T-T-TTCGT--G-AAAA--TGTGGTTGTTCTTTG-GG--------CCC-C-CCCC-----C---------CTTTTTTTTT-----------G-GG-------GGGGGGGCTACAA----C--A--TAGGA-TC-T-C-CGTA-------A-GG-T---GCA----------G--TAA-AAG--TAA-GCGTCAAAATA--------AA-AAAAAA------GGA----GA-GGGC-T-A--CAT-C-A-T-TGCCGCTAATCA-AAT--------CAACACC-GACA--T----C----AAAA----ATCAC-A-AGT-C-GAGACcg
gi|6                          :                                                                                                   TTTATCG--CTCGGTGA---GTAA-TG-GG--CA-GT---------CGTTGAT-TGGCTT-G-AGCA------G--T--A----------CTA---TCGTC----T-A-TTCCT--G-AAAA--TGTGGTTGTTCTTTG-GAAAATTTCTCCC-CACCCC-----C---------C----TTT----------------------------GG--TACAA----C--A--TAGGA-TC-T-C-CGTA-------ATGG-T---GCA----------G--TAA-ACG--TGA-ACGTCAGAATAT-------AA-AAGAAAAA-ATCGGA----GA-GGGC-T-A--CAT-T-A-T-TGCAGCTAATT--AAT--------CGACACC-GACA--T----C----AAAA----ATCAT-A-AGT-C-GATGCcg
gi|7                          :                                                                                                                                                               -G-AGCAC---A-G--T--A----------CTA---TAGTT----T-A-TTCAT--GGAAAA--TGTGGTTGTTCTTTG-GAA--CTTCTCCC--ACCCC-----CGTTATGGTTT----TTTTT-----------G-GGAGGGGGAGGGGGG--TACAA----CCAG--TAGGA-ACAT-T-CGTA-------ATGGGT---GCA----------G--TAA--CG--TGA-ACGTCAGAATAT-------AA-AAAAAAAAGATC-GA----GA-GGGC-T-A--C-----A-T-TGCAGC----T--AAT--------CGACACCAGACA--T----C------AA----ATCAC-A-AGTCC-GAGG
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gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                           T-----------G-GG-------GGGGGGC-TACAA----C--A--TAGGA-TC-TTC-CGTA-------ATGG-T---GTA----------G--TAA-A-G--TAG-ACATCAGAATA------------AAAAAAA-ATCGGA----GA-GGAC-T-A--CAT-T-A-T-TGCAGCTAAT-------------------CC-GACA--T----TTAAAAAAA----ATCGC-A-AGT-C-GGGGtgggggggggctacaacataggatcttccgtaatggtgtagtaaagtagacatcagaataaaaaaaaatcggagaggactacattattgcagctaatccgacatttaaaaaaaatcgcaagtcgggg
gi|9                          :                 ttcactcggtgagtaatgggcagtccttgcatgccttgactggcctgagcacagtactatcctcctctgttatgaaaatgcgTTT-TCA--CTCGGTGATCAGTAA-TG-GA--CA-GT---------CCTTGGCATGCCTT-G-AGCAC---A-G--T--A----------CTAT--TCGTCTTCTT-A-TTCAT--G-AAAAT-TGTGGTTG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GG-G---GTA----------G--TAA-ACG--AGA-CGGTCAGAA---------------AAAAAA-ATCATG----AA-GGGCTT-A--AAT-T-A---TGCAGCTAGTT--------------GACCCC-GACAT-T----T----AAAAAAATATCGC-A-AGT-C-GGGggttgggggggaggggggggggggggggtagtaaacgagacggtcagaaaaaaaaatcatgaagggcttaaattatgcagctagttgaccccgacatttaaaaaaatatcgcaagtcggg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|1                          :                                                                                                               GGTAG---GTAA-TGAGG--CA-G----------CCTTGAC-TGGCTTTG-AGCAC---A-T--TT-A----------CTA---TCGTC----T-G-TTCCT--T-AAGAAGTGTGGGTGTGCTTTG-GAGAGATTCTCCC-CAACCC-----C---------C----TTTTTCCGGAGAGG--G-GG-------GGGGGG--TACAAG---C--AGCTACGACTC-T-CTCGGAATTCCCCATG------GCA----------G---AA-ACG--TGACACGTCAG---AT-------AATAAAAAAAA-ATCGGATCAGGA-GGGC-T-A--CATCT-A-T-TGCAGCTAAGTGGAATGCGTCCTCCGAC-CT-GACT--TAAGGCA---AAAA----ATCAC-ATAGT-C-GAGGC
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tttcgcttaatgagtaatggggagtctttgactggcttgagcacagtctacttactaggcctatcgtctattcatgaaaaCGTCAGAATATTCA----AA-AAAGAAAA-ATCGGA----AA-GAGC-T-A--CAG-T-A-T-TGCAACTAAt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttttttTCTGA----GA-GGGC-T-A--CAT-T-A-T-TGC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TCAGAATA------------AAAAAAA-ATCGGA----GA-GGGC-T-A--CAG-T-A-T-TGCAGCTataaaaaaaaatcggagagggctacagtattgcagct
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                  gcaataatgtagccctc----TTTTT-----------GCGG-------AGAGGGC-TACAAACTCC--A--TAG-A-TC-T-C-CATT-------ATGG-T---GCA----------G--T
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ttt-------AA-AAAAAAAA-ATCGGA----GA-GGGC-T-A--CAT-T-A-T-TGCAGCT
gi|2                          :                                                                                                 agTTT-TCGGCCTCGCGGA---GTAA-TG-GGGGCA-GT---------C-TTGAC-TGGTTT-GGAGCAC---A-G--TG-A----------CTA---TCGTC----T-AATTCATT-G-AAAA--TGTGGTTGTTCTTTG-GAAAATTTCTTCCATACCCCCGCGGC---------C----TTTTTTGTTTGGGGGGG-GG-------GGGGGG--TA-GG----C--A--AAGGA-T--T-C-CGTAAT-----ATGG-TGGGGCAG---------G--CAAGACA--TGA-ACGTCAAA--AT-------GA-AAAAAGGA-ATCGGA----GAGGGGC-TCA--CAT-T-A-T-GGGAG--A--T--AAT--------CGACAGC-GACT--G----C----AAAC----ATCACAA-AGT-C-GAGGC
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tAAAA-ATCGGA----GA-GGAC-T-A--TAT-T-A-T-TGCAGCTAggg
gi|3                          :                                                                                                 acTTT-TCG--CTCGGTGA---GTAAATG-GG--CAAGT---------CCTTGAC-TGTCT--G-AGCAC---AAG--CTAA----------CTA---T--TC----TTA-TTCAGCGG-GAAA--TGTGGTT-TTCTTTGAGAAAAATGCTCCC--ACCCC-----N---------N----NNNNN-----------N-NN-------NNNNNN--NNNNN----N--N--NNNNN-NN-N-N-NNNN-------NNNN-N---NNN----------NNNTAA-ACGGTTGA-ACGTCAGAATATATAAAAAAA-AAAAAAAA-ACAAGT----GA--GGC-T-AATCAT-T-ACT-TGCAGCTAATT----T--------C--CAC---ACA--T----CA---AAAA----ATCAC-A-AGC-CAGAG
gi|4                          :                                                                                                   TTT-TCG--CTCGGTTA---GTA--TG-GG--CA-GT---------GCTTGAC-TG-TTT-G-AGCACTAGA-G-----A----------CTAA--TCGTC----T-A-TTCAT--G-AAAA--TGTGGTTGTTCTTTG--AAAAATTCTCCG-C----C-----C---------C----TTTTTCGGGGGG----G-GG-------GGGGGG--TACAA----C--A--TAGGA-T--T-C-CGTA-------ATGG-T---GCA----------G--TAA-ATG--TGA-ACGTCAGAATAT-----------AAAAAAA-ATCGGA----GA-GGGC-T-A---AT-T-A-T-TGCAGCTAATT--GGT--------C--CACC--ACA--T----C----AAAA----ATCAC-A-AGT-C-GAGcc
gi|5                          :                                                                                                     T-TCG--CTCGGTGA---GTAA-AG-GG--CA-GT---------CTTTGAC-TGATTT-G-GGGAC---A-G--G--A----------CTC---TCTTC----T-T-TTCGT--G-AAAA--TGTGGTTGTTCTTTG-GG--------CCC-C-CCCC-----C---------CTTTTTTTTT-----------G-GG-------GGGGGGGCTACAA----C--A--TAGGA-TC-T-C-CGTA-------A-GG-T---GCA----------G--TAA-AAG--TAA-GCGTCAAAATA--------AA-AAAAAA------GGA----GA-GGGC-T-A--CAT-C-A-T-TGCCGCTAATCA-AAT--------CAACACC-GACA--T----C----AAAA----ATCAC-A-AGT-C-GAGACcg
gi|6                          :                                                                                                   TTTATCG--CTCGGTGA---GTAA-TG-GG--CA-GT---------CGTTGAT-TGGCTT-G-AGCA------G--T--A----------CTA---TCGTC----T-A-TTCCT--G-AAAA--TGTGGTTGTTCTTTG-GAAAATTTCTCCC-CACCCC-----C---------C----TTT----------------------------GG--TACAA----C--A--TAGGA-TC-T-C-CGTA-------ATGG-T---GCA----------G--TAA-ACG--TGA-ACGTCAGAATAT-------AA-AAGAAAAA-ATCGGA----GA-GGGC-T-A--CAT-T-A-T-TGCAGCTAATT--AAT--------CGACACC-GACA--T----C----AAAA----ATCAT-A-AGT-C-GATGCcg
gi|7                          :                                                                                                                                                               -G-AGCAC---A-G--T--A----------CTA---TAGTT----T-A-TTCAT--GGAAAA--TGTGGTTGTTCTTTG-GAA--CTTCTCCC--ACCCC-----CGTTATGGTTT----TTTTT-----------G-GGAGGGGGAGGGGGG--TACAA----CCAG--TAGGA-ACAT-T-CGTA-------ATGGGT---GCA----------G--TAA--CG--TGA-ACGTCAGAATAT-------AA-AAAAAAAAGATC-GA----GA-GGGC-T-A--C-----A-T-TGCAGC----T--AAT--------CGACACCAGACA--T----C------AA----ATCAC-A-AGTCC-GAGG
gi|8                          :                                                                                                     T-TCA--CTCGGTGA---GTAA-TG-GG--CA-GTCCTTGCATGCCTTGAC-TGGCCT-G-AGCAC---A-G--T--A----------CTATCCTCCTC----T-G-TT-AT--G-AAAA--TGCGgccggg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                           T-----------G-GG-------GGGGGGC-TACAA----C--A--TAGGA-TC-TTC-CGTA-------ATGG-T---GTA----------G--TAA-A-G--TAG-ACATCAGAATA------------AAAAAAA-ATCGGA----GA-GGAC-T-A--CAT-T-A-T-TGCAGCTAAT-------------------CC-GACA--T----TTAAAAAAA----ATCGC-A-AGT-C-GGGGtgggggggggctacaacataggatcttccgtaatggtgtagtaaagtagacatcagaataaaaaaaaatcggagaggactacattattgcagctaatccgacatttaaaaaaaatcgcaagtcgggg
gi|9                          :                 ttcactcggtgagtaatgggcagtccttgcatgccttgactggcctgagcacagtactatcctcctctgttatgaaaatgcgTTT-TCA--CTCGGTGATCAGTAA-TG-GA--CA-GT---------CCTTGGCATGCCTT-G-AGCAC---A-G--T--A----------CTAT--TCGTCTTCTT-A-TTCAT--G-AAAAT-TGTGGTTG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GG-G---GTA----------G--TAA-ACG--AGA-CGGTCAGAA---------------AAAAAA-ATCATG----AA-GGGCTT-A--AAT-T-A---TGCAGCTAGTT--------------GACCCC-GACAT-T----T----AAAAAAATATCGC-A-AGT-C-GGGggttgggggggaggggggggggggggggtagtaaacgagacggtcagaaaaaaaaatcatgaagggcttaaattatgcagctagttgaccccgacatttaaaaaaatatcgcaagtcggg


blockSeqs                     :                                                                                                      A   GC        TCA    A  .  GG  A  CCTTGCATG       A  G   . G     TAG A TCTACTTACTAGGC     TCC     TTCT T A     CG G    T                A  AAAT       ATA    CGCGGCCTTTTTTGTTTGGGGGG              C  AGGGGGA      GC     ACTC CA .      . CA T .    AT         TGGG    NNNNNNNNNT NN   G   GT   .         T TATAAAAAAA         G      .     G    T C AT   . G C G           AAATCA           C  A    TTTAAA          AAAT     A .   C A
blockSeqs                     :                                                                                                      .   .         .      .  .  .   .  .               .  G   . .     .   . TCTACTTACTAGGC     A       .    . .     T  .    .                .  AAAA       CA     CGTTATGGTTTTTTTT                     .  .            C      .    .  .      . N  . .    .          GT      G          .    .   .    .         T TTCAAA             .      .     .    . . .    . . . .           AATCG            A  .    TTTT            .        . .   . .
blockSeqs                     :                                                                                                      .   .         .      .  .  .   .  .               .  G   . .     .   . CTAA               T       .    . .     .  .    .                .  AAAA       A      CCTTTTTCGGGGGG                       .  .            C      .    .  .      . C  . .    .          N       .          .    .   .    .         T TGAAA              .      .     .    . . .    . . . .           AATCG            A  .    TCA             .        . .   . .
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finalCons                     :                                                                                                   TTT-TCG--CTCGGTGA---GTAA-TG-GG--CA-GT---------CCTTGAC-TGGCTT-G-AGCAC---A-GTA--------------CTA---TCGTC----T-A-TTCAT--G-AAAA--TGTGGTTGTTCTTTG-GAAAANTTCTCCCN--CCCC-----C---------C----TTTTT-----------G-GG-------GGGGGG--TACAA----C--A--TAGGA-TC-T-C-CGTA-------ATGGT----GCA----------G--TAA-ACG--TGA-ACGTCAGAATATAA--------AAAAAAAA-ATCGGA----GA-GGGC-T-A--CAT-T-A-T-TGCAGCTAATTAATCG----------ACACC-GACATC----------AAAA----ATCAC-A-AGT-C-GAGGC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TAATATATACACTTTAGCCGTCCTGGTATTGAATAATATCTAATTTCCCACTATAGTCCGTCACAAGATTATGAAATCGACACGGTTTCTAGTGTAAGTAACCAGATGTTTTATATATTAAATCCAGTGATTTTGTTAGCCATCTTGCTAATGATTATTTTAATTTGTTTATTAACAA
Unaligned ( gi|13 ): TCACAATTATGATAATTGAAACGTGGTTGAGCTGATAAAGTCAACCAGATGTTTTATTAATTTTGTTGGCCATCTGTTGAAATATTTGAGTTATTAATTGATTATTAGTTTATAT
Unaligned ( gi|14 ): TGAAATAATGTAGTCCTCTCTCTCTCTCCCCCCCCCCTTTTTTTTTTGGGGGGGGGGACCAAATTACATAA
Unaligned ( gi|15 ): TGTTAGGCACTACACTTAGAGAGATGCAAAAAGTATAAATTTGGTCAGTCCCCTCCCCCC






Alignments
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lowQualScore                  :                                                                                                      4   11        000    0  0  55  0  000000000 7     0  6   6 6     444 6 1111111111111111   666     7777 6 6     66 6    66               7  6666    0   6666    4444444444444444444444444444444444444 6  8888888      33     5555 55 55     0 22 0 0    5555555    77777   9999999999 66   6   00   6         2 00000000000        7      3333  5    5 5 44   5 5 5 5           555555555555555  1  0    777777777777    5555     4 4   4 4     
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Reference ( family-1141 )     :                                                                                                   TTT-TCG--CTCGGTGA---GTAA-TG-GG--CA-GT---------CCTTGAC-TGGCTT-G-AGCAC---A-G--T--A----------CTA---TCGTC----T-A-TTCAT--G-AAAA--TGTGGTTGTTCTTTG-GAAAANTTCT-CCC--N-CCCC-----C---------C-----TTTTT-----------G-GG-------GGGGGG--TACAA----C--A--TAGGA-TC-T-C-CGTA-------ATGG-T---GCA----------G--TAA-ACG--TGA-ACGTCAGAATAT-------AA-AAAAAAAA-ATCGGA----GA-GGGC-T-A--CAT-T-A-T-TGCAGCTAATT--AAT--------CGACACC-GACA--T----C----AAAA----ATCAC-A-AGT-C-GAGGC
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gi|2                          :                                                                                                 agTTT-TCGGCCTCGCGGA---GTAA-TG-GGGGCA-GT---------C-TTGAC-TGGTTT-GGAGCAC---A-G--TG-A----------CTA---TCGTC----T-AATTCATT-G-AAAA--TGTGGTTGTTCTTTG-GAAAATTTCT-TCCATA-CCCCCGCGGC---------C-----TTTTTTGTTTGGGGGGG-GG-------GGGGGG--TA-GG----C--A--AAGGA-T--T-C-CGTAAT-----ATGG-TGGGGCAG---------G--CAAGACA--TGA-ACGTCAAA--AT-------GA-AAAAAGGA-ATCGGA----GAGGGGC-TCA--CAT-T-A-T-GGGAG--A--T--AAT--------CGACAGC-GACT--G----C----AAAC----ATCACAA-AGT-C-GAGGC
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gi|3                          :                                                                                                 acTTT-TCG--CTCGGTGA---GTAAATG-GG--CAAGT---------CCTTGAC-TGTCT--G-AGCAC---AAG--CTAA----------CTA---T--TC----TTA-TTCAGCGG-GAAA--TGTGGTT-TTCTTTGAGAAAAATGCT-CCC--A-CCCC-----N---------N-----NNNNN-----------N-NN-------NNNNNN--NNNNN----N--N--NNNNN-NN-N-N-NNNN-------NNNN-N---NNN----------NNNTAA-ACGGTTGA-ACGTCAGAATATATAAAAAAA-AAAAAAAA-ACAAGT----GA--GGC-T-AATCAT-T-ACT-TGCAGCTAATT----T--------C--CAC---ACA--T----CA---AAAA----ATCAC-A-AGC-CAGAG
gi|4                          :                                                                                                   TTT-TCG--CTCGGTTA---GTA--TG-GG--CA-GT---------GCTTGAC-TG-TTT-G-AGCACTAGA-G-----A----------CTAA--TCGTC----T-A-TTCAT--G-AAAA--TGTGGTTGTTCTTT--GAAAAATTCT-C------CGCC-----C---------C-----TTTTTCGGGGGG----G-GG-------GGGGGG--TACAA----C--A--TAGGA-T--T-C-CGTA-------ATGG-T---GCA----------G--TAA-ATG--TGA-ACGTCAGAATAT-----------AAAAAAA-ATCGGA----GA-GGGC-T-A---AT-T-A-T-TGCAGCTAATT--GGT--------C--CACC--ACA--T----C----AAAA----ATCAC-A-AGT-C-GAGcc
gi|5                          :                                                                                                     T-TCG--CTCGGTGA---GTAA-AG-GG--CA-GT---------CTTTGAC-TGATTT-G-GGGAC---A-G--G--A----------CTC---TCTTC----T-T-TTCGT--G-AAAA--TGTGGTTGTTCTTTG-GG---------CCC--C-CCCC-----C---------CTTTT-TTTTT-----------G-GG-------GGGGGGGCTACAA----C--A--TAGGA-TC-T-C-CGTA-------A-GG-T---GCA----------G--TAA-AAG--TAA-GCGTCAAAATA--------AA-AAAAAA------GGA----GA-GGGC-T-A--CAT-C-A-T-TGCCGCTAATCA-AAT--------CAACACC-GACA--T----C----AAAA----ATCAC-A-AGT-C-GAGACcg
gi|6                          :                                                                                                   TTTATCG--CTCGGTGA---GTAA-TG-GG--CA-GT---------CGTTGAT-TGGCTT-G-AGCA------G--T--A----------CTA---TCGTC----T-A-TTCCT--G-AAAA--TGTGGTTGTTCTTTG-GAAAATTTCT-CCC--CACCCC-----C---------C-----TTT----------------------------GG--TACAA----C--A--TAGGA-TC-T-C-CGTA-------ATGG-T---GCA----------G--TAA-ACG--TGA-ACGTCAGAATAT-------AA-AAGAAAAA-ATCGGA----GA-GGGC-T-A--CAT-T-A-T-TGCAGCTAATT--AAT--------CGACACC-GACA--T----C----AAAA----ATCAT-A-AGT-C-GATGCcg
gi|7                          :                                                                                                                                                               -G-AGCAC---A-G--T--A----------CTA---TAGTT----T-A-TTCAT--GGAAAA--TGTGGTTGTTCTTTG-GAA--CTTCT-CCC--A-CCCC-----CGTTATGGTTT-----TTTTT-----------G-GGAGGGGGAGGGGGG--TACAA----CCAG--TAGGA-ACAT-T-CGTA-------ATGGGT---GCA----------G--TAA--CG--TGA-ACGTCAGAATAT-------AA-AAAAAAAAGATC-GA----GA-GGGC-T-A--C-----A-T-TGCAGC----T--AAT--------CGACACCAGACA--T----C------AA----ATCAC-A-AGTCC-GAGG
gi|8                          :                                                                                                     T-TCA--CTCGGTGA---GTAA-TG-GG--CA-GTCCTTGCATGCCTTGAC-TGGCCT-G-AGCAC---A-G--T--A----------CTATCCTCCTC----T-G-TT-AT--G-AAAA--TGCGgccggg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                              T-----------G-GG-------GGGGGGC-TACAA----C--A--TAGGA-TC-TTC-CGTA-------ATGG-T---GTA----------G--TAA-A-G--TAG-ACATCAGAATA------------AAAAAAA-ATCGGA----GA-GGAC-T-A--CAT-T-A-T-TGCAGCTAAT-------------------CC-GACA--T----TTAAAAAAA----ATCGC-A-AGT-C-GGGGtgggggggggctacaacataggatcttccgtaatggtgtagtaaagtagacatcagaataaaaaaaaatcggagaggactacattattgcagctaatccgacatttaaaaaaaatcgcaagtcgggg
gi|9                          :                 ttcactcggtgagtaatgggcagtccttgcatgccttgactggcctgagcacagtactatcctcctctgttatgaaaatgcgTTT-TCA--CTCGGTGATCAGTAA-TG-GA--CA-GT---------CCTTGGCATGCCTT-G-AGCAC---A-G--T--A----------CTAT--TCGTCTTCTT-A-TTCAT--G-AAAAT-TGTGGTTG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GG-G---GTA----------G--TAA-ACG--AGA-CGGTCAGAA---------------AAAAAA-ATCATG----AA-GGGCTT-A--AAT-T-A---TGCAGCTAGTT--------------GACCCC-GACAT-T----T----AAAAAAATATCGC-A-AGT-C-GGGggttgggggggaggggggggggggggggtagtaaacgagacggtcagaaaaaaaaatcatgaagggcttaaattatgcagctagttgaccccgacatttaaaaaaatatcgcaagtcggg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TAATATATACACTTTAGCCGTCCTGGTATTGAATAATATCTAATTTCCCACTATAGTCCGTCACAAGATTATGAAATCGACACGGTTTCTAGTGTAAGTAACCAGATGTTTTATATATTAAATCCAGTGATTTTGTTAGCCATCTTGCTAATGATTATTTTAATTTGTTTATTAACAA
Unaligned ( gi|13 ): TCACAATTATGATAATTGAAACGTGGTTGAGCTGATAAAGTCAACCAGATGTTTTATTAATTTTGTTGGCCATCTGTTGAAATATTTGAGTTATTAATTGATTATTAGTTTATAT
Unaligned ( gi|15 ): TGTTAGGCACTACACTTAGAGAGATGCAAAAAGTATAAATTTGGTCAGTCCCCTCCCCCC