lowQualScore : 11111111111111111 1 1 11 11 33333333333333333333333333
lowQualScore : 2 0 4444 666666 55 99999999999999999 2 2 2 0 333 2 333 22 22 44444 1 333 44 22 3333 22 7 1 22 444 22 66 77777777 3 2 99999999999999999999999999 7777
lowQualScore : . . .... ...... .. ................. . . . . ... . ... .. .. ..... . ... .. .. .... .. . . .. ... .. .. ........ . . .......................... ....
lowQualScore : 5 6 5555 111111 00 77777777777777777 1 1 1 9 333 1 000 44 44 33333 8 222 77 44 7777 44 7 8 66 999 88 11 66666666 9 8 66666666666666666666666666 1111
consensus : TGGATTT-CTCGA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AAGTTTGA---GTTTTCTTTT---AT--T--T-----GAGCAG-T---CAAAATTTG-AGT--A----AAA--TCTCAG-AC--TT-AAG--TC-CAAG--------TTTCGACTTAAGN---T---TG-T-TC----------GAG----AAATCCAGGCC
Reference ( gi|6 ) : TGGATTT-CTCGA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AAGTTTCA---GTTTTCTTCT---AT--T--T-----GAGCAG-T---CAAAATTTT-AGT--A----AAA--TCTCGG-AC--TT-AGG--TG-CAAG--------TTTTGACTTAAGA---T---TG-TATC----------GAG----AAATCCAGGCC
gi|8 : TGGATAT-CTTGG----AG------A--A------------------TTT-TAA-ACTT-AAGTTCGA---AATTTCTTTC---AT--T--T-----AAGCAG-T---CAAAGTTTG-AGC--AAATTAAA--TCTCAG-AT--TT-AGG--TC-CAAG--------TTTCGACTT--GT---T---TC-TTGC----------GAG----AAATCC
gi|4 : tTGGATAT-CTGGA----AG------A--AA-----------------TCA-TAA-CCTT-AAATTTGA---GTTTTCTTTT---AT--T--C-----AAGCAG-T---CAAAATTTG-AGA--A----ACA--TCTTAG-AC--TA-AAG--TA-TAAT--------TTTTAATTCATGAAAGT---TATTTTC----------GAG----AAATCTA
gi|2 : ctTGAATTT-CTTGA----AAGAAAAAA--AA-----------------TTTGCAG-AGTT-GCATCTCAACAGTTTTCTTTT---AA--T--T-----GAGCAG-T---CAAAATTTG-AGT--A----AAC--TTTCAG-ACTTTT-AAA--TC-CAAG--------TTTTGATTCAAGT---T---TG-
gi|5 : ggccTGGATTT-CTCAA----AA------A--AAAAAATTTTTTTTTTAAATCT-CAA-ACTT-GAGTTTGA---ATTTACTT-T---AT--TAAT-----GAGCAG-T---CTAAATTTG-AGT--A----AAATCTCTCAG-AC--TTGAGG--C--CAAG--------TTTCAACTTCAGT---T---Tgctttttttatttttgaaatctaggc
gi|1 : tTGGATTT-CTTGA----AA------A--AA-----------------TCT-TAT-ATTT-TTGTTTTA---GCTTTCTTTT---AC--T--G-----GTACAG-T---CAAAATTTT-ATT--A----AAA--TCCCAGCAC--CT----------AAG--------TTTAGACT
gi|7 : TGAGTTT-CTCGA----AT------A--AA-----------------CCT-CAA-ACTC-----------------CCTTT---AT--T--T-----GAGCAG-T----AAAATATG-GGC--A----AAT--GCTCCG-AC--TT-AAG--TT-CAAG--------TTCCGTCTTAAAA--------G-T-TCCCCCCCCCTAAAG----AAATCCAGGCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagagaaatccaggcct
gi|22 : tTGAATTT-CTTGA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACAT-A--TATAA---GT-----------AT--T---------AGCAG-T---CAAAATTTG-AGT--A----AAA--TCCCagag
gi|3 : cGGATTT-CTTGA----AA------A--AAA----------------TCT-CAA-ACTTTAAGTTTGA---ATTGTCTTTT---AT--T--T-----GAGTAG-T---CAAAATTTG-AGT--A----AAA--TCTCGG-AT--TC-AAG--TC-CAAA--------GTTTGATTTTAGT---T---TG-AACT----------GAA----AAGCCTAcag
gi|12 : GGATTTTCTCAA----AA------AA-AA-----------------TCT-CAATACTT-AGTTTTGA---GTTTTTTGGT---ATTAT--C-----GAGCTG-T---TGAAATTTG-AGC--A----AGA--TCTCAT-AC--TC-TAG--TC-CAAG---------TGTGATTTAAGA---T---Ttggtcc
gi|9 : acttaGATTT-ATCGA----AA------A--TA-----------------TAT-CGA-ACTT-TAGTTTGA---GTTTTATTCT---AT--T--TTTCAAAAACAG-T---CAAAATTCG-AAT--A----AAA--TCTCAG-AC--TT-ACG--TC-CAAG--------T---------AGA---T---TG-T-TT----------GAG----AAACTCTGGCCt
gi|13 : tcATTT-TTTGA----AA------A--AAAA---------------TCT-CCA-AGTG-AAGTTTAA---CTTTTCTTTT---AT--T--T-----GAACAG-T---CAAAATTT----T--G----AAA--TCTCAG-AC--TT-AAC--TC-CAAG--------TTCTGACTtg
gi|14 : cATTT-CGTGA----AA------A--AA-----------------TCC-CAA--TTT-AAGTTTGG---GTTTTCTTTT---TA--T--T-----GAGATG-T---CAAAATTTG-AGT--A----AAA--TCTCAG-AC------GGAATT-CAAG--------TTTggcctggatgtgt
gi|10 : TTT-CTCGACACAAA------A--AA-----------------AAT-CAG-ACTT-AAATTTTA---GCTTTTTT------------T-----AAAT-G-T---CAAAATTTG-AGT--A----AAA--TGTCTG-AC--TT-AAG--TA-AAAG--------TTTCGACATGGGT---T---TA-T-TC----------TAG----AAATTCAAGCCcccctactttttatgaga
gi|16 : ttagTTT-CTTGA----AG------C--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AAGTTTGA---GTTTTTTTTT---A---T--T-----GA-CAG-TTCCCAAA--TTT-AGTAAA----AAA--TCTCAA-A---GT-AGT--CC-CAAG--------TT
gi|17 : tTTC-TTCAA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AGGTTTGA---GTTTTCTTATTTAAT--T--T-----GAGcaacttcactt
gi|24 : ttaaagTT-CTTGA----AA------ATAAA-----------------TAT-CAA-GCTT-GACTTTC---------CTTTT---AT--T--T-----GAGCAG-T---CAATATTTG-AGatatacattctcagtatttgagtcaaacttaaga
gi|16 : A----AA------A--AA-----------------ACT-CAA-ACTT-AAGTTTGA---GATTGCTTC
gi|15 : ttttcttA----AA------A--AA-----------------TC---AA-ACTT-AAATTTTA---GCTTTTTT-----AT--T--T-----AAAT-G-T---CAACATTTG-AGT--A----AAA--TGTCTG-AC--TT-AAG--TC-AAAG--------TATCGACATGGGT---T---TA-T-TC----------CAG----AAATttattgacagttcccaaatttagtaaaaaatctcaaagtagtcccaagttcaacttcactt
gi|11 : A----AA------A--AA-----------------TCC-CAA-ACTT-AAATCTGA---GTTGTCTTTT---AT--T--T-----GAGCAG-C---CAAAATT-----T--G----AAG--CCTC----------AGG--TGTCAAGAAAATAATTTTTG--T---GA---C---TG-TATG----------AAGAATAAAATCCAt
gi|23 : tccttgaa---GTTTTTTTAA---AT--T--T-----GAACAG-T---CAAGCTTTTGAGT--A----AAA--TCTCTG-AC--TC-AAG--TC-CA
gi|21 : ttgt---GTTTACTT-T---AA--T--T-----GAGCAGGT---CAAAATTAG-AGT--A----AAG--TCTCAG-CC--TT----------AAG--------TTT----TTAAAA-----------A-C----------GAG----AAAT-CAGACC
gi|25 : TTTTCTTTT---AT--T--T-----GAACAA-T---CGGAATTTG-AGT--A----AAA--TCTTAG-AC--TT-tga
gi|26 : TTTT---AT--T--T-----GAGGAG-T---CAAAATTTG-AGT--A----AAA--TCTCGG-
gi|20 : gttagT---AT--T--T-----GAACAG-T---CAACATTTG-AAT--A----AAA----CCAG-TC--TC-CAG--TC-CAAG--------TTTCGATGTAAGA---TTTCTT-TCTC----------GAA----AAATCCAGG
gi|19 : tctAATTTG-AGT--T----AAA--TAGCAG-AT--TT-AAG--TC-CAAG--------TTTCGACTTAAGT---T---TATTCTC----------CAG----AAAT
gi|18 : ttaagttcgttaatataagttgtcAATTTG-AGT--T----AAA--TAGCAG-AT--TT-AAG--TC-CAAG--------TTTCGACTTAAGT---T---TATTCTC----------CAG----AAAT
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222 22222222222222222222222222222
lowQualScore : 2 4444 666666 22 11111111111111111 2 2 222 333 44444444 1 22 1 222 22 3333 22 3 22 1 66666 66666 2 22222222222222222222222222222
lowQualScore : . .... ...... .. ................. . . ... ... ........ . .. . ... .. .... .. . .. . ..... ..... . .............................
lowQualScore : 4 5555 111111 99 88888888888888888 1 1 999 222 99999999 5 11 5 777 22 4444 22 3 55 9 55555 77777 9 33333333333333333333333333333
consensus : TGGATTT-CTCGA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AAGTTTGA---GTTTTCTTTTATT--T-----GAGCAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAA--TCTCAG-AC--TTAAGT-CCAAGTTTCGACTT----AAG----TT-TG-----T--T-C----------GA-----GAAATCCAGGCC
Reference ( family-1087 ) : TGGATTT-CTCGA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AAGTTTGA---GTTTTCTTTTATT--T-----GAGCAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAA--TCTCAG-AC--TTAAGT-CCAAGTTTCGACTT----AAG----NT-TG-----T--T-C----------GA-----GAAATCCAGGCC
gi|1 : TGGATTT-CTTGA----AA------A--AA-----------------TCT-TAT-ATTT-TTGTTTTA---GCTTTCTTTTACT--G-----GTACAG-T--CAAAATTT-TAT---T--A----AAA--TCCCAGCAC--CTAAGT-
gi|10 : TTT-CTCGACACAAA------A--AA-----------------AAT-CAG-ACTT-AAATTTTA---GCTTTTTTTAAAT-------------G-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAA--TGTCTG-AC--TTAAGT-AAAAGTTTCGACAT----GGG----TT-TA-----T--T-C----------TA-----GAAATTCAAGCCttagactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagagaaatccaggcct
gi|11 : ttagA----AA------A--AA-----------------TCC-CAA-ACTT-AAATCTGA---GTTGTCTTTTATT--T-----GAGCAG-C--CAAAATTT-G-------------AAG--CCTCAG-
gi|12 : tccttgaaGGATTTTCTCAA----AA------A--AAA----------------TCT-CAATACTT-AGTTTTGA---GTTTTTTGGTATTATC-----GAGCTG-T--TGAAATTT-GAG---C--A----AGA--TCTCAT-AC--TCTAGT-CCAAGTGT-GATTT----AAG----AT-Tgtgtcaagaaaataatttttgtgactgtatgaagaataaaatcca
gi|13 : acttaATTT-TTTGA----AA------A--AAAA---------------TCT-CCA-AGTG-AAGTTTAA---CTTTTCTTTTATT--T-----GAACAG-T--CAAAATTT-------T--G----AAA--TCTCAG-AC--TTAACT-CCAAGTTCTGACTt
gi|14 : cATTT-CGTGA----AA------A--AA-----------------TCC-CAA--TTT-AAGTTTGG---GTTTTCTTTTTAT--T-----GAGATG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAA--TCTCAG-AC--GGAA-T-TCAAGTTTCggcctggatgtgt
gi|15 : A----AA------A--AA-----------------TC---AA-ACTT-AAATTTTA---GCTTT--TTTATT--T-----AAAT-G-T--CAACATTT-GAG---T--A----AAA--TGTCTG-AC--TTAAGT-CAAAGTATCGACAT----GGG----TT-TA-----T--T-C----------CA-----GAAATccctactttttatgaga
gi|16 : TTT-CTTGA----AG------C--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AAGTTTGA---GTTTTTTTTTA-T--T-----GA-CAG-TTCCCAAATTT--AG---TAAA----AAA--TCTCAA-AG--T--AGTCCCAAG-TTCAACTT----t
gi|17 : tTTC-TTCAA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AGGTTTGA---GTTTTC--TTATT--T------------------AATTT-GAGATAT--A----CAT--TCTCAGTAT--TTGAGT--CAA------ACTT----AAG----cactt
gi|18 : ttaaagTTAA---GTT--CGTTAATA--T-----AAGTTG-T--CAA--TTT-GAG---T--T----AAA--TAGCAG-AT--TTAAGT-CCAAGTTTCGACTT----AAG----TT-TA-----TTCT-C----------CA-----GAAATa
gi|19 : TTAA---GTT--CGTTAATA--T-----AAGTTG-T--CAA--TTT-GAG---T--T----AAA--TAGCAG-AT--TTAAGT-CCAAGTTTCGACTT----AAG----TT-TA-----TTCT-C----------CA-----GAAAT
gi|2 : TGAATTT-CTTGA----AAGAAAAAA--AA-----------------TTTGCAG-AGTT-GCATCTCAACAGTTTTCTTTTAAT--T-----GAGCAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAC--TTTCAG-ACTTTTAAAT-CCAAGTTTTGATTC----AAG----TT-TGGCTTTT--T-T----------TATTTTTGAAATCTAGGC
gi|20 : ggccTCTTATT--T-----GAACAG-T--CAACATTT-GAA---T--A----AAA----CCAG-TC--TCCAGT-CCAAGTTTCGATGT----AAGATTTCT-TT-----C--T-C----------GA-----AAAATCCAGG
gi|21 : TTTACTTTAAT--T-----GAGCAGGT--CAAAATTA-GAG---T--A----AAG--TCTCAG-CC--TTAAGT-
gi|22 : gTGAATTT-CTTGA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACAT-A--TATAA---G--------TATT---------AGCAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAA--TCCCttttaaaaacgagaaatcagacctga
gi|23 : cTTGT---GTTTTTTTAAATT--T-----GAACAG-T--CAAGCTTTTGAG---T--A----AAA--TCTCTG-AC--TCAAGT-CCAcag
gi|24 : TT-CTTGA----AA------ATAAA-----------------TAT-CAA-GCTT-------GA---CTTTCCTTTTATT--T-----GAGCAG-T--CAATATTT-GAG---
gi|25 : TTTTCTTTTATT--T-----GAACAA-T--CGGAATTT-GAG---T--A----AAA--TCTTAG-AC--TT
gi|26 : TTTTATT--T-----GAGGAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAA--TCTCGG-
gi|3 : gttagGGATTT-CTTGA----AA------A--AAA----------------TCT-CAA-ACTTTAAGTTTGA---ATTGTCTTTTATT--T-----GAGTAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAA--TCTCGG-AT--TCAAGT-CCAAAGTTTGATTT----TAG----TT-TG-----
gi|4 : TGGATAT-CTGGA----AG------A--AA-----------------TCA-TAA-CCTT-AAATTTGA---GTTTTCTTTTATT--C-----AAGCAG-T--CAAAATTT-GAG---A--A----ACA--TCTTAG-AC--TAAAGT-ATAATTTTTAATTCATGAAAG----TTATT-----T--T-C----------GA-----GAAATCTAaactgaaaagcctatggtcc
gi|5 : ctTGGATTT-CTCAA----AA------A--AAAAAATTTTTTTTTTAAATCT-CAA-ACTT-GAGTTTGA---ATTTACTTT-ATTAAT-----GAGCAG-T--CTAAATTT-GAG---T--A----AAATCTCTCAG-AC--TTGAGG-CCAAGTTTCAACTT----CAG----TT-T
gi|6 : tTGGATTT-CTCGA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AAGTTTCA---GTTTTCTTCTATT--T-----GAGCAG-T--CAAAATTT-TAG---T--A----AAA--TCTCGG-AC--TTAGGT-GCAAGTTTTGACTT----AAG----AT-TG-----TA-T-C----------GA-----GAAATCCAGGCC
gi|7 : TGAGTTT-CTCGA----AT------A--AA-----------------CCT-CAA-ACTC-----------------CCTTTATT--T-----GAGCAG-T---AAAATAT-GGG---C--A----AAT--GCTCCG-AC--TTAAGT-TCAAGTTCCGTCTT----AAA----A---G-----T--T-CCCCCCCCCTAAA-----GAAATCCAGGCC
gi|8 : tTGGATAT-CTTGG----AG------A--A------------------TTT-TAA-ACTT-AAGTTCGA---AATTTCTTTCATT--T-----AAGCAG-T--CAAAGTTT-GAG---C--AAATTAAA--TCTCAG-AT--TTAGGT-CCAAGTTTCGACTT------G----TT-TC-----T--TGC----------GA-----GAAATCCagag
gi|9 : tGATTT-ATCGA----AA------A--TA-----------------TAT-CGA-ACTT-TAGTTTGA---GTTTTATTCTATT--TTTCAAAAACAG-T--CAAAATTC-GAA---T--A----AAA--TCTCAG-AC--TTACGT-CCAAGT-------------AG----AT-TG-----T--T-T----------GA-----GAAACTCTGGCC
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222 22222222222222222222222222
lowQualScore : 2 4444 666666 22 11111111111111111 2 2 222 333 44444444 1 22 1 222 22 3333 22 3 22 1 99999 5 2 66666666666666666666666666
lowQualScore : . .... ...... .. ................. . . ... ... ........ . .. . ... .. .... .. . .. . ..... . . ..........................
lowQualScore : 4 5555 111111 99 88888888888888888 1 1 999 222 99999999 5 11 5 777 22 4444 22 3 55 9 99999 3 9 66666666666666666666666666
consensus : TGGATTT-CTCGA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AAGTTTGA---GTTTTCTTTTATT--T-----GAGCAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATCTC--AG-AC--TTAAGT-CCAAGTTTCGACTT----AAG-TT-TN-----T---T-C------GA-----GAAATCCAGGCC
Reference ( family-1087 ) : TGGATTT-CTCGA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AAGTTTGA---GTTTTCTTTTATT--T-----GAGCAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATCTC--AG-AC--TTAAGT-CCAAGTTTCGACTT----AAG-TT-TG-----T---T-C------GA-----GAAATCCAGGCC
gi|1 : TGGATTT-CTTGA----AA------A--AA-----------------TCT-TAT-ATTT-TTGTTTTA---GCTTTCTTTTACT--G-----GTACAG-T--CAAAATTT-TAT---T--A----AAATCCC--AGCAC--CTAAGT-
gi|10 : TTT-CTCGACACAAA------A--AA-----------------AAT-CAG-ACTT-AAATTTTA---GCTTTTTTTAAAT-------------G-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATGTC--TG-AC--TTAAGT-AAAAGTTTCGACAT----GGG-TT-TA-----T---T-C------TA-----GAAATTCAAGCCttagactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagagaaatccaggcct
gi|11 : ttagA----AA------A--AA-----------------TCC-CAA-ACTT-AAATCTGA---GTTGTCTTTTATT--T-----GAGCAG-C--CAAAATTT-G-------------AAGCCTC--AG-
gi|12 : tccttgaaGGATTTTCTCAA----AA------A--AAA----------------TCT-CAATACTT-AGTTTTGA---GTTTTTTGGTATTATC-----GAGCTG-T--TGAAATTT-GAG---C--A----AGATCTC--AT-AC--TCTAGT-CCAAGTGT-GATTT----AAGATT-Tgtgtcaagaaaataatttttgtgactgtatgaagaataaaatcca
gi|13 : acttaATTT-TTTGA----AA------A--AAAA---------------TCT-CCA-AGTG-AAGTTTAA---CTTTTCTTTTATT--T-----GAACAG-T--CAAAATTT-------T--G----AAATCTC--AG-AC--TTAACT-CCAAGTTCTGACT
gi|14 : cATTT-CGTGA----AA------A--AA-----------------TCC-CAA--TTT-AAGTTTGG---GTTTTCTTTTTAT--T-----GAGATG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATCTC--AG-AC--GGAA-T-TCAAGTTTCggcctggatgtgt
gi|15 : A----AA------A--AA-----------------TC---AA-ACTT-AAATTTTA---GCTTT--TTTATT--T-----AAAT-G-T--CAACATTT-GAG---T--A----AAATGTC--TG-AC--TTAAGT-CAAAGTATCGACAT----GGG-TT-TA-----T---T-C------CA-----GAAATccctactttttatgaga
gi|16 : TTT-CTTGA----AG------C--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AAGTTTGA---GTTTTTTTTTA-T--T-----GA-CAG-TTCCCAAATTT--AG---TAAA----AAATCTC--AA-AG--T--AGTCCCAAG-TTCAACTT----t
gi|17 : tTTC-TTCAA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AGGTTTGA---GTTTTC--TTATT--T------------------AATTT-GAGATAT--A----CATTCTC--AGTAT--TTGAGT--CAA------ACTT----AAG-cactt
gi|18 : ttaaagTTAA---GTT--CGTTAATA--T-----AAGTTG-T--CAA--TTT-GAG---T--T----AAATAGC--AG-AT--TTAAGT-CCAAGTTTCGACTT----AAG-TT-TA-----TTC-T-C------CA-----GAAATa
gi|19 : TTAA---GTT--CGTTAATA--T-----AAGTTG-T--CAA--TTT-GAG---T--T----AAATAGC--AG-AT--TTAAGT-CCAAGTTTCGACTT----AAG-TT-TA-----TTC-T-C------CA-----GAAAT
gi|2 : TGAATTT-CTTGA----AAGAAAAAA--AA-----------------TTTGCAG-AGTT-GCATCTCAACAGTTTTCTTTTAAT--T-----GAGCAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AACTTTC--AG-ACTTTTAAAT-CCAAGTTTTGATTC----AAG-TT-TGGCTTTT---T-T------TATTTTTGAAATCTAGGC
gi|20 : ggccTCTTATT--T-----GAACAG-T--CAACATTT-GAA---T--A----AAA--CC--AG-TC--TCCAGT-CCAAGTTTCGATGT----AAGATT-TC-----TTTCT-C------GA-----AAAATCCAGG
gi|21 : TTTACTTTAAT--T-----GAGCAGGT--CAAAATTA-GAG---T--A----AAGTCTC--AG-CC--TTAAGT-
gi|22 : gTGAATTT-CTTGA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACAT-A--TATAA---G--------TATT---------AGCAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATCCC--ttttaaaaacgagaaatcagacctga
gi|23 : cTTGT---GTTTTTTTAAATT--T-----GAACAG-T--CAAGCTTTTGAG---T--A----AAATCTC--TG-AC--TCAAGT-CCAcag
gi|24 : TT-CTTGA----AA------ATAAA-----------------TAT-CAA-GCTT-------GA---CTTTCCTTTTATT--T-----GAGCAG-T--CAATATTT-GAG---
gi|25 : TTTTCTTTTATT--T-----GAACAA-T--CGGAATTT-GAG---T--A----AAATCTT--AG-AC--TT
gi|26 : TTTTATT--T-----GAGGAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATCTC--GG-
gi|3 : gttagGGATTT-CTTGA----AA------A--AAA----------------TCT-CAA-ACTTTAAGTTTGA---ATTGTCTTTTATT--T-----GAGTAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATCTC--GG-AT--TCAAGT-CCAAAGTTTGATTT----TAG-TT-TG-----
gi|4 : TGGATAT-CTGGA----AG------A--AA-----------------TCA-TAA-CCTT-AAATTTGA---GTTTTCTTTTATT--C-----AAGCAG-T--CAAAATTT-GAG---A--A----ACATCTT--AG-AC--TAAAGT-ATAATTTTTAATTCATGAAAG-TTATT-----T---T-C------GA-----GAAATCTAaactgaaaagcctatggtcc
gi|5 : ctTGGATTT-CTCAA----AA------A--AAAAAATTTTTTTTTTAAATCT-CAA-ACTT-GAGTTTGA---ATTTACTTT-ATTAAT-----GAGCAG-T--CTAAATTT-GAG---T--A----AAATCTCTCAG-AC--TTGAGG-CCAAGTTTCAACTT----CAG-TT-T
gi|6 : tTGGATTT-CTCGA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AAGTTTCA---GTTTTCTTCTATT--T-----GAGCAG-T--CAAAATTT-TAG---T--A----AAATCTC--GG-AC--TTAGGT-GCAAGTTTTGACTT----AAG-AT-TG-----TA--T-C------GA-----GAAATCCAGGCC
gi|7 : TGAGTTT-CTCGA----AT------A--AA-----------------CCT-CAA-ACTC-----------------CCTTTATT--T-----GAGCAG-T---AAAATAT-GGG---C--A----AATGCTC--CG-AC--TTAAGT-TCAAGTTCCGTCTTAA--AAG-TT-CC-----C---C-CCCCCTAAA-----GAAATCCAGGCC
gi|8 : tTGGATAT-CTTGG----AG------A--A------------------TTT-TAA-ACTT-AAGTTCGA---AATTTCTTTCATT--T-----AAGCAG-T--CAAAGTTT-GAG---C--AAATTAAATCTC--AG-AT--TTAGGT-CCAAGTTTCGACTT------G-TT-TC-----T---TGC------GA-----GAAATCCagag
gi|9 : tGATTT-ATCGA----AA------A--TA-----------------TAT-CGA-ACTT-TAGTTTGA---GTTTTATTCTATT--TTTCAAAAACAG-T--CAAAATTC-GAA---T--A----AAATCTC--AG-AC--TTACGT-CCAAGT-------------AG-AT-TG-----T---T-T------GA-----GAAACTCTGGCC
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222 11111 2222222222222
lowQualScore : 2 4444 666666 22 11111111111111111 2 2 222 333 44444444 1 22 1 222 22 3333 22 3 22 1 00000 5 66666 2 1 1111111111111 88888
lowQualScore : . .... ...... .. ................. . . ... ... ........ . .. . ... .. .... .. . .. . ..... . ..... . . ............. .....
lowQualScore : 4 5555 111111 99 88888888888888888 1 1 999 222 99999999 5 11 5 777 22 4444 22 3 55 9 33333 0 77777 7 0 4444444444444 33333
consensus : TGGATTT-CTCGA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AAGTTTGA---GTTTTCTTTTATT--T-----GAGCAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATCTC--AG-AC--TTAAGT-CCAAGTTTCGACTT----AAG-T-----T-TNT---T-C------GA-----GAAATCCAGGCC
Reference ( family-1087 ) : TGGATTT-CTCGA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AAGTTTGA---GTTTTCTTTTATT--T-----GAGCAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATCTC--AG-AC--TTAAGT-CCAAGTTTCGACTT----AAG-T-----T-TNT---T-C------GA-----GAAATCCAGGCC
gi|1 : TGGATTT-CTTGA----AA------A--AA-----------------TCT-TAT-ATTT-TTGTTTTA---GCTTTCTTTTACT--G-----GTACAG-T--CAAAATTT-TAT---T--A----AAATCCC--AGCAC--CTAAGT-
gi|10 : TTT-CTCGACACAAA------A--AA-----------------AAT-CAG-ACTT-AAATTTTA---GCTTTTTTTAAAT-------------G-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATGTC--TG-AC--TTAAGT-AAAAGTTTCGACAT----GGG-T-----T-TAT---T-C------TA-----GAAATTCAAGCCttagactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagagaaatccaggcct
gi|11 : ttagA----AA------A--AA-----------------TCC-CAA-ACTT-AAATCTGA---GTTGTCTTTTATT--T-----GAGCAG-C--CAAAATTT-G-------------AAGCCTC--AG-
gi|12 : tccttgaaGGATTTTCTCAA----AA------A--AAA----------------TCT-CAATACTT-AGTTTTGA---GTTTTTTGGTATTATC-----GAGCTG-T--TGAAATTT-GAG---C--A----AGATCTC--AT-AC--TCTAGT-CCAAGTGT-GATTT----AAGAT-----T-Tgtgtcaagaaaataatttttgtgactgtatgaagaataaaatcca
gi|13 : acttaATTT-TTTGA----AA------A--AAAA---------------TCT-CCA-AGTG-AAGTTTAA---CTTTTCTTTTATT--T-----GAACAG-T--CAAAATTT-------T--G----AAATCTC--AG-AC--TTAACT-CCAAGTTCTGACT
gi|14 : cATTT-CGTGA----AA------A--AA-----------------TCC-CAA--TTT-AAGTTTGG---GTTTTCTTTTTAT--T-----GAGATG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATCTC--AG-AC--GGAA-T-TCAAGTTTCCCCT------AC-T-----T-TTT---A-T------GA-----GAggcctggatgtgt
gi|15 : A----AA------A--AA-----------------TC---AA-ACTT-AAATTTTA---GCTTT--TTTATT--T-----AAAT-G-T--CAACATTT-GAG---T--A----AAATGTC--TG-AC--TTAAGT-CAAAGTATCGACAT----GGG-T-----T-TAT---T-C------CA-----GAAAT
gi|16 : TTT-CTTGA----AG------C--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AAGTTTGA---GTTTTTTTTTA-T--T-----GA-CAG-TTCCCAAATTT--AG---TAAA----AAATCTC--AA-AG--T--AGTCCCAAG-TTCAACTT----t
gi|17 : tTTC-TTCAA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AGGTTTGA---GTTTTC--TTATT--T------------------AATTT-GAGATAT--A----CATTCTC--AGTAT--TTGAGT--CAA------ACTT----AAG-cactt
gi|18 : ttaaagTTAA---GTT--CGTTAATA--T-----AAGTTG-T--CAA--TTT-GAG---T--T----AAATAGC--AG-AT--TTAAGT-CCAAGTTTCGACTT----AAG-T-----T-TATTC-T-C------CA-----GAAATa
gi|19 : TTAA---GTT--CGTTAATA--T-----AAGTTG-T--CAA--TTT-GAG---T--T----AAATAGC--AG-AT--TTAAGT-CCAAGTTTCGACTT----AAG-T-----T-TATTC-T-C------CA-----GAAAT
gi|2 : TGAATTT-CTTGA----AAGAAAAAA--AA-----------------TTTGCAG-AGTT-GCATCTCAACAGTTTTCTTTTAAT--T-----GAGCAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AACTTTC--AG-ACTTTTAAAT-CCAAGTTTTGATTC----AAG-TTTGGCT-TTT---T-T------TATTTTTGAAATCTAGGC
gi|20 : ggccTCTTATT--T-----GAACAG-T--CAACATTT-GAA---T--A----AAA--CC--AG-TC--TCCAGT-CCAAGTTTCGATGT----AAGAT-----T-TCTTTCT-C------GA-----AAAATCCAGG
gi|21 : TTTACTTTAAT--T-----GAGCAGGT--CAAAATTA-GAG---T--A----AAGTCTC--AG-CC--TTAAGT-
gi|22 : gTGAATTT-CTTGA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACAT-A--TATAA---G--------TATT---------AGCAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATCCC--ttttaaaaacgagaaatcagacctga
gi|23 : cTTGT---GTTTTTTTAAATT--T-----GAACAG-T--CAAGCTTTTGAG---T--A----AAATCTC--TG-AC--TCAAGT-CCAcag
gi|24 : TT-CTTGA----AA------ATAAA-----------------TAT-CAA-GCTT-------GA---CTTTCCTTTTATT--T-----GAGCAG-T--CAATATTT-GAG---
gi|25 : TTTTCTTTTATT--T-----GAACAA-T--CGGAATTT-GAG---T--A----AAATCTT--AG-AC--TT
gi|26 : TTTTATT--T-----GAGGAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATCTC--GG-
gi|3 : gttagGGATTT-CTTGA----AA------A--AAA----------------TCT-CAA-ACTTTAAGTTTGA---ATTGTCTTTTATT--T-----GAGTAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATCTC--GG-AT--TCAAGT-CCAAAGTTTGATTT----TAG-T-----T-T
gi|4 : TGGATAT-CTGGA----AG------A--AA-----------------TCA-TAA-CCTT-AAATTTGA---GTTTTCTTTTATT--C-----AAGCAG-T--CAAAATTT-GAG---A--A----ACATCTT--AG-AC--TAAAGT-ATAATTTTTAATTCATGAAAG-T-----TATTT---T-C------GA-----GAAATCTAgaactgaaaagcctatggtcc
gi|5 : ctTGGATTT-CTCAA----AA------A--AAAAAATTTTTTTTTTAAATCT-CAA-ACTT-GAGTTTGA---ATTTACTTT-ATTAAT-----GAGCAG-T--CTAAATTT-GAG---T--A----AAATCTCTCAG-AC--TTGAGG-CCAAGTTTCAACTT----CAG-T-----T-T
gi|6 : tTGGATTT-CTCGA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AAGTTTCA---GTTTTCTTCTATT--T-----GAGCAG-T--CAAAATTT-TAG---T--A----AAATCTC--GG-AC--TTAGGT-GCAAGTTTTGACTT----AAG-A-----T-TGTA--T-C------GA-----GAAATCCAGGCC
gi|7 : TGAGTTT-CTCGA----AT------A--AA-----------------CCT-CAA-ACTC-----------------CCTTTATT--T-----GAGCAG-T---AAAATAT-GGG---C--A----AATGCTC--CG-AC--TTAAGT-TCAAGTTCCGTCTTAA--AAG-T-----T-CCC---C-CCCCCTAAA-----GAAATCCAGGCC
gi|8 : tTGGATAT-CTTGG----AG------A--A------------------TTT-TAA-ACTT-AAGTTCGA---AATTTCTTTCATT--T-----AAGCAG-T--CAAAGTTT-GAG---C--AAATTAAATCTC--AG-AT--TTAGGT-CCAAGTTTCGACTT------G-T-----T-TCT---TGC------GA-----GAAATCCagag
gi|9 : tGATTT-ATCGA----AA------A--TA-----------------TAT-CGA-ACTT-TAGTTTGA---GTTTTATTCTATT--TTTCAAAAACAG-T--CAAAATTC-GAA---T--A----AAATCTC--AG-AC--TTACGT-CCAAGT-------------AG-A-----T-TGT---T-T------GA-----GAAACTCTGGCC
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222 11111 2222222222222
lowQualScore : 2 4444 666666 22 11111111111111111 2 2 222 333 44444444 1 22 1 222 22 3333 22 3 22 1 00000 5 66666 2 1 1111111111111 88888
lowQualScore : . .... ...... .. ................. . . ... ... ........ . .. . ... .. .... .. . .. . ..... . ..... . . ............. .....
lowQualScore : 4 5555 111111 99 88888888888888888 1 1 999 222 99999999 5 11 5 777 22 4444 22 3 55 9 33333 0 77777 7 0 4444444444444 33333
consensus : TGGATTT-CTCGA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AAGTTTGA---GTTTTCTTTTATT--T-----GAGCAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATCTC--AG-AC--TTAAGT-CCAAGTTTCGACTT----AAG-T-----T-TNT---T-C------GA-----GAAATCCAGGCC
Reference ( family-1087 ) : TGGATTT-CTCGA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AAGTTTGA---GTTTTCTTTTATT--T-----GAGCAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATCTC--AG-AC--TTAAGT-CCAAGTTTCGACTT----AAG-T-----T-TNT---T-C------GA-----GAAATCCAGGCC
gi|1 : TGGATTT-CTTGA----AA------A--AA-----------------TCT-TAT-ATTT-TTGTTTTA---GCTTTCTTTTACT--G-----GTACAG-T--CAAAATTT-TAT---T--A----AAATCCC--AGCAC--CTAAGT-
gi|10 : TTT-CTCGACACAAA------A--AA-----------------AAT-CAG-ACTT-AAATTTTA---GCTTTTTTTAAAT-------------G-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATGTC--TG-AC--TTAAGT-AAAAGTTTCGACAT----GGG-T-----T-TAT---T-C------TA-----GAAATTCAAGCCttagactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagagaaatccaggcct
gi|11 : ttagA----AA------A--AA-----------------TCC-CAA-ACTT-AAATCTGA---GTTGTCTTTTATT--T-----GAGCAG-C--CAAAATTT-G-------------AAGCCTC--AG-
gi|12 : tccttgaaGGATTTTCTCAA----AA------A--AAA----------------TCT-CAATACTT-AGTTTTGA---GTTTTTTGGTATTATC-----GAGCTG-T--TGAAATTT-GAG---C--A----AGATCTC--AT-AC--TCTAGT-CCAAGTGT-GATTT----AAGAT-----T-Tgtgtcaagaaaataatttttgtgactgtatgaagaataaaatcca
gi|13 : acttaATTT-TTTGA----AA------A--AAAA---------------TCT-CCA-AGTG-AAGTTTAA---CTTTTCTTTTATT--T-----GAACAG-T--CAAAATTT-------T--G----AAATCTC--AG-AC--TTAACT-CCAAGTTCTGACT
gi|14 : cATTT-CGTGA----AA------A--AA-----------------TCC-CAA--TTT-AAGTTTGG---GTTTTCTTTTTAT--T-----GAGATG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATCTC--AG-AC--GGAA-T-TCAAGTTTCCCCT------AC-T-----T-TTT---A-T------GA-----GAggcctggatgtgt
gi|15 : A----AA------A--AA-----------------TC---AA-ACTT-AAATTTTA---GCTTT--TTTATT--T-----AAAT-G-T--CAACATTT-GAG---T--A----AAATGTC--TG-AC--TTAAGT-CAAAGTATCGACAT----GGG-T-----T-TAT---T-C------CA-----GAAAT
gi|16 : TTT-CTTGA----AG------C--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AAGTTTGA---GTTTTTTTTTA-T--T-----GA-CAG-TTCCCAAATTT--AG---TAAA----AAATCTC--AA-AG--T--AGTCCCAAG-TTCAACTT----t
gi|17 : tTTC-TTCAA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AGGTTTGA---GTTTTC--TTATT--T------------------AATTT-GAGATAT--A----CATTCTC--AGTAT--TTGAGT--CAA------ACTT----AAG-cactt
gi|18 : ttaaagTTAA---GTT--CGTTAATA--T-----AAGTTG-T--CAA--TTT-GAG---T--T----AAATAGC--AG-AT--TTAAGT-CCAAGTTTCGACTT----AAG-T-----T-TATTC-T-C------CA-----GAAATa
gi|19 : TTAA---GTT--CGTTAATA--T-----AAGTTG-T--CAA--TTT-GAG---T--T----AAATAGC--AG-AT--TTAAGT-CCAAGTTTCGACTT----AAG-T-----T-TATTC-T-C------CA-----GAAAT
gi|2 : TGAATTT-CTTGA----AAGAAAAAA--AA-----------------TTTGCAG-AGTT-GCATCTCAACAGTTTTCTTTTAAT--T-----GAGCAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AACTTTC--AG-ACTTTTAAAT-CCAAGTTTTGATTC----AAG-TTTGGCT-TTT---T-T------TATTTTTGAAATCTAGGC
gi|20 : ggccTCTTATT--T-----GAACAG-T--CAACATTT-GAA---T--A----AAA--CC--AG-TC--TCCAGT-CCAAGTTTCGATGT----AAGAT-----T-TCTTTCT-C------GA-----AAAATCCAGG
gi|21 : TTTACTTTAAT--T-----GAGCAGGT--CAAAATTA-GAG---T--A----AAGTCTC--AG-CC--TTAAGT-
gi|22 : gTGAATTT-CTTGA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACAT-A--TATAA---G--------TATT---------AGCAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATCCC--ttttaaaaacgagaaatcagacctga
gi|23 : cTTGT---GTTTTTTTAAATT--T-----GAACAG-T--CAAGCTTTTGAG---T--A----AAATCTC--TG-AC--TCAAGT-CCAcag
gi|24 : TT-CTTGA----AA------ATAAA-----------------TAT-CAA-GCTT-------GA---CTTTCCTTTTATT--T-----GAGCAG-T--CAATATTT-GAG---
gi|25 : TTTTCTTTTATT--T-----GAACAA-T--CGGAATTT-GAG---T--A----AAATCTT--AG-AC--TT
gi|26 : TTTTATT--T-----GAGGAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATCTC--GG-
gi|3 : gttagGGATTT-CTTGA----AA------A--AAA----------------TCT-CAA-ACTTTAAGTTTGA---ATTGTCTTTTATT--T-----GAGTAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATCTC--GG-AT--TCAAGT-CCAAAGTTTGATTT----TAG-T-----T-T
gi|4 : TGGATAT-CTGGA----AG------A--AA-----------------TCA-TAA-CCTT-AAATTTGA---GTTTTCTTTTATT--C-----AAGCAG-T--CAAAATTT-GAG---A--A----ACATCTT--AG-AC--TAAAGT-ATAATTTTTAATTCATGAAAG-T-----TATTT---T-C------GA-----GAAATCTAgaactgaaaagcctatggtcc
gi|5 : ctTGGATTT-CTCAA----AA------A--AAAAAATTTTTTTTTTAAATCT-CAA-ACTT-GAGTTTGA---ATTTACTTT-ATTAAT-----GAGCAG-T--CTAAATTT-GAG---T--A----AAATCTCTCAG-AC--TTGAGG-CCAAGTTTCAACTT----CAG-T-----T-T
gi|6 : tTGGATTT-CTCGA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AAGTTTCA---GTTTTCTTCTATT--T-----GAGCAG-T--CAAAATTT-TAG---T--A----AAATCTC--GG-AC--TTAGGT-GCAAGTTTTGACTT----AAG-A-----T-TGTA--T-C------GA-----GAAATCCAGGCC
gi|7 : TGAGTTT-CTCGA----AT------A--AA-----------------CCT-CAA-ACTC-----------------CCTTTATT--T-----GAGCAG-T---AAAATAT-GGG---C--A----AATGCTC--CG-AC--TTAAGT-TCAAGTTCCGTCTTAA--AAG-T-----T-CCC---C-CCCCCTAAA-----GAAATCCAGGCC
gi|8 : tTGGATAT-CTTGG----AG------A--A------------------TTT-TAA-ACTT-AAGTTCGA---AATTTCTTTCATT--T-----AAGCAG-T--CAAAGTTT-GAG---C--AAATTAAATCTC--AG-AT--TTAGGT-CCAAGTTTCGACTT------G-T-----T-TCT---TGC------GA-----GAAATCCagag
gi|9 : tGATTT-ATCGA----AA------A--TA-----------------TAT-CGA-ACTT-TAGTTTGA---GTTTTATTCTATT--TTTCAAAAACAG-T--CAAAATTC-GAA---T--A----AAATCTC--AG-AC--TTACGT-CCAAGT-------------AG-A-----T-TGT---T-T------GA-----GAAACTCTGGCC
blockSeqs : T CACA GAAAAA TA AAAATTTTTTTTTTAAA G T TAA ACA TTTCAA G TC T ATA AA AATT TC T TT C ATGAA A TTGGC A T CCCCCCTAA TTTTT
blockSeqs : . . . . AA . . AA . ATC . . . . . . . . . . AAA A . . A TTCTCG .
blockSeqs : . . . . A . . AA . AAT . . . . . . . . . . A . . . A TCTCC .
blockSeqs : . . . . A . . AG . T . . . . . . . . . . G . . . A TCTCC .
blockSeqs : . . . . . . . AA . T . . . . . . . . . . A . . . T ATCG .
blockSeqs : . . . . . . . AA . T . . . . . . . . . . A . . . C TGCG .
blockSeqs : . . . . . . . AA . T . . . . . . . . . . A . . . T ATG .
blockSeqs : . . . . . . . AA . T . . . . . . . . . . A . . . G TCC .
blockSeqs : . . . . . . . AG . T . . . . . . . . . . A . . . C TTT .
blockSeqs : . . . . . . . GC . T . . . . . . . . . . T . . . C TCG .
blockSeqs : . . . . . . . AA . T . . . . . . . . . . C . . . G TTG .
blockSeqs : . . . . . . . GA . T . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . AA . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . AA . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TA . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TGGATTT-CTCGA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AAGTTTGA---GTTTTCTTTTATT--T-----GAGCAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATCTC--AG-AC--TTAAGT-CCAAGTTTCGACTT----AAG-T-----T-TNT---T-C------GA-----GAAATCCAGGCC
finalCons : TGGATTT-CTCGA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AAGTTTGA---GTTTTCTTTTATT--T-----GAGCAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATCTC--AG-AC--TTAAGT-CCAAGTTTCGACTT----AAG-T-----T-TNT---T-C------GA-----GAAATCCAGGCC
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222 11111 2222222222222
lowQualScore : 2 4444 666666 22 11111111111111111 2 2 222 333 44444444 1 22 1 222 22 3333 22 3 22 1 00000 5 66666 2 1 1111111111111 88888
lowQualScore : . .... ...... .. ................. . . ... ... ........ . .. . ... .. .... .. . .. . ..... . ..... . . ............. .....
lowQualScore : 4 5555 111111 99 88888888888888888 1 1 999 222 99999999 5 11 5 777 22 4444 22 3 55 9 33333 0 77777 7 0 4444444444444 33333
consensus : TGGATTT-CTCGA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AAGTTTGA---GTTTTCTTTTATT--T-----GAGCAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATCTC--AG-AC--TTAAGT-CCAAGTTTCGACTT----AAG-T-----T-TNT---T-C------GA-----GAAATCCAGGCC
Reference ( family-1087 ) : TGGATTT-CTCGA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AAGTTTGA---GTTTTCTTTTATT--T-----GAGCAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATCTC--AG-AC--TTAAGT-CCAAGTTTCGACTT----AAG-T-----T-TNT---T-C------GA-----GAAATCCAGGCC
gi|1 : TGGATTT-CTTGA----AA------A--AA-----------------TCT-TAT-ATTT-TTGTTTTA---GCTTTCTTTTACT--G-----GTACAG-T--CAAAATTT-TAT---T--A----AAATCCC--AGCAC--CTAAGT-
gi|10 : TTT-CTCGACACAAA------A--AA-----------------AAT-CAG-ACTT-AAATTTTA---GCTTTTTTTAAAT-------------G-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATGTC--TG-AC--TTAAGT-AAAAGTTTCGACAT----GGG-T-----T-TAT---T-C------TA-----GAAATTCAAGCCttagactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagagaaatccaggcct
gi|11 : ttagA----AA------A--AA-----------------TCC-CAA-ACTT-AAATCTGA---GTTGTCTTTTATT--T-----GAGCAG-C--CAAAATTT-G-------------AAGCCTC--AG-
gi|12 : tccttgaaGGATTTTCTCAA----AA------A--AAA----------------TCT-CAATACTT-AGTTTTGA---GTTTTTTGGTATTATC-----GAGCTG-T--TGAAATTT-GAG---C--A----AGATCTC--AT-AC--TCTAGT-CCAAGTGT-GATTT----AAGAT-----T-Tgtgtcaagaaaataatttttgtgactgtatgaagaataaaatcca
gi|13 : acttaATTT-TTTGA----AA------A--AAAA---------------TCT-CCA-AGTG-AAGTTTAA---CTTTTCTTTTATT--T-----GAACAG-T--CAAAATTT-------T--G----AAATCTC--AG-AC--TTAACT-CCAAGTTCTGACT
gi|14 : cATTT-CGTGA----AA------A--AA-----------------TCC-CAA--TTT-AAGTTTGG---GTTTTCTTTTTAT--T-----GAGATG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATCTC--AG-AC--GGAA-T-TCAAGTTTCCCCT------AC-T-----T-TTT---A-T------GA-----GAggcctggatgtgt
gi|15 : A----AA------A--AA-----------------TC---AA-ACTT-AAATTTTA---GCTTT--TTTATT--T-----AAAT-G-T--CAACATTT-GAG---T--A----AAATGTC--TG-AC--TTAAGT-CAAAGTATCGACAT----GGG-T-----T-TAT---T-C------CA-----GAAAT
gi|16 : TTT-CTTGA----AG------C--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AAGTTTGA---GTTTTTTTTTA-T--T-----GA-CAG-TTCCCAAATTT--AG---TAAA----AAATCTC--AA-AG--T--AGTCCCAAG-TTCAACTT----t
gi|17 : tTTC-TTCAA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AGGTTTGA---GTTTTC--TTATT--T------------------AATTT-GAGATAT--A----CATTCTC--AGTAT--TTGAGT--CAA------ACTT----AAG-cactt
gi|18 : ttaaagTTAA---GTT--CGTTAATA--T-----AAGTTG-T--CAA--TTT-GAG---T--T----AAATAGC--AG-AT--TTAAGT-CCAAGTTTCGACTT----AAG-T-----T-TATTC-T-C------CA-----GAAATa
gi|19 : TTAA---GTT--CGTTAATA--T-----AAGTTG-T--CAA--TTT-GAG---T--T----AAATAGC--AG-AT--TTAAGT-CCAAGTTTCGACTT----AAG-T-----T-TATTC-T-C------CA-----GAAAT
gi|2 : TGAATTT-CTTGA----AAGAAAAAA--AA-----------------TTTGCAG-AGTT-GCATCTCAACAGTTTTCTTTTAAT--T-----GAGCAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AACTTTC--AG-ACTTTTAAAT-CCAAGTTTTGATTC----AAG-TTTGGCT-TTT---T-T------TATTTTTGAAATCTAGGC
gi|20 : ggccTCTTATT--T-----GAACAG-T--CAACATTT-GAA---T--A----AAA--CC--AG-TC--TCCAGT-CCAAGTTTCGATGT----AAGAT-----T-TCTTTCT-C------GA-----AAAATCCAGG
gi|21 : TTTACTTTAAT--T-----GAGCAGGT--CAAAATTA-GAG---T--A----AAGTCTC--AG-CC--TTAAGT-
gi|22 : gTGAATTT-CTTGA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACAT-A--TATAA---G--------TATT---------AGCAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATCCC--ttttaaaaacgagaaatcagacctga
gi|23 : cTTGT---GTTTTTTTAAATT--T-----GAACAG-T--CAAGCTTTTGAG---T--A----AAATCTC--TG-AC--TCAAGT-CCAcag
gi|24 : TT-CTTGA----AA------ATAAA-----------------TAT-CAA-GCTT-------GA---CTTTCCTTTTATT--T-----GAGCAG-T--CAATATTT-GAG---
gi|25 : TTTTCTTTTATT--T-----GAACAA-T--CGGAATTT-GAG---T--A----AAATCTT--AG-AC--TT
gi|26 : TTTTATT--T-----GAGGAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATCTC--GG-
gi|3 : gttagGGATTT-CTTGA----AA------A--AAA----------------TCT-CAA-ACTTTAAGTTTGA---ATTGTCTTTTATT--T-----GAGTAG-T--CAAAATTT-GAG---T--A----AAATCTC--GG-AT--TCAAGT-CCAAAGTTTGATTT----TAG-T-----T-T
gi|4 : TGGATAT-CTGGA----AG------A--AA-----------------TCA-TAA-CCTT-AAATTTGA---GTTTTCTTTTATT--C-----AAGCAG-T--CAAAATTT-GAG---A--A----ACATCTT--AG-AC--TAAAGT-ATAATTTTTAATTCATGAAAG-T-----TATTT---T-C------GA-----GAAATCTAgaactgaaaagcctatggtcc
gi|5 : ctTGGATTT-CTCAA----AA------A--AAAAAATTTTTTTTTTAAATCT-CAA-ACTT-GAGTTTGA---ATTTACTTT-ATTAAT-----GAGCAG-T--CTAAATTT-GAG---T--A----AAATCTCTCAG-AC--TTGAGG-CCAAGTTTCAACTT----CAG-T-----T-T
gi|6 : tTGGATTT-CTCGA----AA------A--AA-----------------TCT-CAA-ACTT-AAGTTTCA---GTTTTCTTCTATT--T-----GAGCAG-T--CAAAATTT-TAG---T--A----AAATCTC--GG-AC--TTAGGT-GCAAGTTTTGACTT----AAG-A-----T-TGTA--T-C------GA-----GAAATCCAGGCC
gi|7 : TGAGTTT-CTCGA----AT------A--AA-----------------CCT-CAA-ACTC-----------------CCTTTATT--T-----GAGCAG-T---AAAATAT-GGG---C--A----AATGCTC--CG-AC--TTAAGT-TCAAGTTCCGTCTTAA--AAG-T-----T-CCC---C-CCCCCTAAA-----GAAATCCAGGCC
gi|8 : tTGGATAT-CTTGG----AG------A--A------------------TTT-TAA-ACTT-AAGTTCGA---AATTTCTTTCATT--T-----AAGCAG-T--CAAAGTTT-GAG---C--AAATTAAATCTC--AG-AT--TTAGGT-CCAAGTTTCGACTT------G-T-----T-TCT---TGC------GA-----GAAATCCagag
gi|9 : tGATTT-ATCGA----AA------A--TA-----------------TAT-CGA-ACTT-TAGTTTGA---GTTTTATTCTATT--TTTCAAAAACAG-T--CAAAATTC-GAA---T--A----AAATCTC--AG-AC--TTACGT-CCAAGT-------------AG-A-----T-TGT---T-T------GA-----GAAACTCTGGCC