lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 22222 222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111111111111 11111 1111111111111111111111111 111111 33333333333333 2222 11 4444444444444 111 4444444 1111 222222222222 6666666666666666 222 333 11 33 1 222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 1 4
lowQualScore : 11111 3 6 999999999 4 3 99999 3 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 000000000000000 55555 1 44444 1 1 33333 22 1 1 4444 33 5555555 3333 22 2222222222222222222222222 77777 3 444 999999 1 0 1 2 555 000000 11111111111111 4 1 5555 55 4444444444444 666 55 888 5 66 5 99 333 99 3333333 6 3333 8 666666666666 1 2 6 3 66 1 6 7 9999999999999999 333 2 000 0 88 00 3 555 2 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 4 6 5 5 6 0
lowQualScore : ..... . . ......... . . ..... . ................................................................ . ............... ..... . ..... . . ..... .. . . .... .. ....... .... .. ......................... ..... . ... ...... . . . . ... ...... .............. . . .... .. ............. ... .. ... . .. . .. ... .. ....... . .... . ............ . . . . .. . . . ................ ... . ... . .. .. . ... . .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . . . . . .
lowQualScore : 00000 0 7 222222222 4 6 11111 3 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 999999999999999 00000 7 33333 5 5 77777 00 4 3 1111 33 9999999 1111 00 1111111111111111111111111 33333 1 222 666666 7 7 7 4 444 555555 55555555555555 4 7 0000 77 0000000000000 111 55 444 0 99 0 00 333 22 6666666 4 6666 0 888888888888 2 5 0 5 88 0 7 7 0000000000000000 555 5 000 7 00 33 3 333 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 0 0 0 0 0 0
consensus : TATGGA-GC-NCNAAAT-TAACNTATAN--TCAA-ATAATT-----G-A--ANAT--A------TN---T--AANT--ATT--------C--GA--ANATTG---CGCG----CATTAATTG---------------AATT---GA-T-----GCGC-GC-A-----TC--A-A-ATT---AA--T-TA----T----T--G-----C---TC-T----C-AT--C-AATTC----A-ATTGAT--G--A-GCG-CATT-AATT---TGATTC-GAT--------TA---TAT-TGCTCGCA--AA--TTCAATT---A-GCTCG-GTA-T-AAATGA-TTT-GAT-GA--TC-TCTTAAATTCAATTGAAGA--TATNT-C---TTTNATTA-TTT-ACAACGATTACG---TATAANGAATTGNTGCGCGCATCANTTCTTTTAAAGAGAGTAAG-GCAACNNTTCAACGAAAGGNATCATTAATTCGATCGTGAAT-ACGTTGAATT-GAA--GATNTCTTTAATCACGTAGT-TGCNCCCCGTN-AAC-G-----GA--------ATTGCGCGCA-TCA-----AA-T-GAA-----A---TT--NT-CGA--T----AT---C-G---TC---AA--------T------T-C----AT-TT---GA--AGAN-A-G-CA----ATAATT-CAN----T---T--ATTG---------CG---CGC----A-TT-AAT-TGGAAT-A--A-T------GC---------GCG--T--T-----TAATT---G--------AAT--T-AT----TGC--TCNC---TTCA-----GT-TGAATT-----GNG-GAG---ATC----A--AT--TT---T--------AAT--TG----T-TG-A--TNTC-A--T--CAATT---CA-NNTGAAGA-GAGCAA--N--AATTC-A-GT-TATA-G--C-GCT-CATCAA-TTC-GC-GAATA-ATT-AA----AA-TG--CTATCA---A--CAAT----TC-ATTTA---ATGCGCGCAAT-GAT-T--CAG-AA-TTGAAGAT---ATCATTNATTAATTTGAAA-AGAT-TTT-AN-TGAATTATTGCGCGCATC-----AA---ATGA---------AT--------CTTCAAATA--ATT----AATA--TCTTCAATTNTCTGAGTTTATGTCTGTTA
Reference ( gi|1 ) : TATGGA-AC-CCAAAAT-TAACTTATAG--TCAA-ATAATT-----G-A--ACAT--A------TG---T--AACT--ATT--------T--AA--AGATTG---CACG----CATTGATTG---------------AATG---GA-T-----GCGC-GC-A-----TC--A-A-ATT---AA--T-CA----T----T--G-----C---TC-T----C-AT--C-AATTC----A-ATTGAT--G--A-GCG-CATT-AATT---TGGTTC-GAT--------TA---TAT-TGCTTGTA--AA--TTCAA-----A-GCTCA-GTA-T-AAATGA-TTT-AAT-GA--TC-TCTTGAATTCAGTTGAAGA--TATA------TTTGATTG-TGT-ACAGCGCTTACA---TATAAGGGATTAATGCGCACATCATTTCTTTTCAAGAGAGCAAGAGCAACAATTCAATGAAATAAATCATTAATTCGATTGTGGAT-TTGTTGAATT-GAA--TATCTCTTTAGT-ATATAGTATGCTCTCTCTCTAACAA-----GAAG------ATTGCGCGCA-TCA-----AA-T-GAA-----A---TT--TT-CGA--T----AT---C-G---TG---AA--------T------T-C----AT-TT---GA--AGAT-A-G-CA----ATAATT-CAG----G---T--ATTG---------CG---CGC----A-TT-GAT-TGGAAT-C--A-T------GC---------GCG--T--T-----TAATT---G--------AAT--C-AT----TGC--TCGC---TTCA-----GT-CGAATT-----GTG-GAG---ATC----A--AT--TT---T--------AAT--TG----T-TG-A--TATC-A--T--CGATT---CA-CATGAAGA-GAGCAA--G--AATTC-A-GT-GATA-G--C-GTT-CATCAA-TCCCGCAGAATA-ATTAAA----AA-TG--CTATCA---A--CAAT----TC-GTTTA---ATGCGAGCAAT-GAT-T--CAG-AA-TTGAAGAT---GCCATTTGTTAAATTGAAA-AGAT-TTTCAA-TAAATTGTTGTGCGCA-------AA---AT-----------AT--------CTTAAAATA--A-T----AATAT-TCTTCGATTTTTTTAGTGTATGTTT-TTA
gi|3 : TATGGAGAG-CCAAATT-TA-CATAAAC--TCAA-AGAACT-----G-A--AGAT--G------TC---TTTGATT--ATT--------T--GA--AAACT-------------ATCAATTC---------------AATATTAAG-T-----GCGC-GC-A-----TC--A-A-ATC---AG--T-TA----T----T--G-----C---TC-T----C-CT--G-AATTG----A-AAGGA------A-GCG-T-TC-AATT---TGAT
gi|13 : TATGGA-GCGCCAAATT-CAACTACTAG--T------AATT-----G-A--AGAT--A------TT---TTTGATT--ATT--------T--GA--AAAT--------------ATCAATTC---------------ATTT---GA-T-----GCGC-GT-A------A--A-A-ATT-------T-AA----T----T--A-----C---TT-T----C-A-----AAT------A-ATTAAT--T--A-----CATC---TT---TAATTCAGAT--------CA----AT-TGCaagcgcaattcagttgatgcgtgcatcaatgtggcgagtcattgttcgcaaaatttcatttggagcaaggccaaaatgaatatacctttcattaatttcattataatgaagtattgtgcgcatcagttctttgaaagaaggcaactttttaatgaaaatatcattaattcgattgtaaatatgttgcattggaagatatctttaatcacgtagttgcacccccttattgggcgccaaattgatattaactcaaatgatgtttaattatttaaagatatcatcaatttaattactgtccccttaatgcgcaaattaaatcaaatgcgagtatgaattcaa
gi|8 : aattctattgttaatgtgcATGGA-GC-GCCAAAT-TAACATATAAACTCAA-ATGA-------A-A--ATAT--C------TT---T--AATT--ATTATTTTCTTC--AATTAAATTAAGACGAG----CAACAATTC---------------ATTT---AA-T-----ACGC-GC-A-----TT--G-A-TTC---AA--T-CA----T----T--G-----C---TC-T----C-AT--G-AAATT----A-TTTAAT--G--C-TCG-CATT-AATG---TGGTAG-AAT-------------TAT-TGCTCGCA--AAATTTTAATTTG-ATGCTCG-GTA-T-AAATGA-TTT-AATAGA--TA-TCT
gi|20 : TGGA-GC-GCCAAAT-TAAAATAAAC--TCAA-ATAATT-----G-A--AGAT--ATC----TT---T--AATT--ATT--------T--Ag
gi|11 : AAAT-GAA-TTATTGC-TCTA-TTAATT-----G-A--AC-T--AAGGGG-TGCAGT--AAATG-AAT--------C--AA--TTATTG---CTCT----CATTAATTC---------------AATT---AA-T-----GCAC-GC-A-----TT--C-A-ATC---AA--T-TA----T----T--G-----C---TC-T----C--T--C-AA
gi|11 : tattgctctccttaattgaactaaggggtgcagtAAATATGACTT-T----TTAATATAATTTGAGAG-A--GCA-----------A---T--AATT--GAT--------T--GA--A---TG---CGTG----CATTAATTG---------------AATT---AA-T-----GAGA-GCAA-----T-----A-ATT---GAT-T-CA----TTTACT--G-----C---AC-C----C-CT--T-AGTTC----A-ATTAAT-----A-GAG-CAAT-AATT---attatattaaaaagtcatatttcactctgtaaattgttcattcatcaa
gi|14 : tattgctctccttaattgaactaaggggtgcagtaaatgCAA-ATAAAT-----G-A--CGAT--A------TC---T--T-CC--ATT--------CGGAA--TGATTG---CACG----CATTAAATG---------------ATTG---GA-T-----------T-A-----TC--G-ATACC---AT--T-CA----T----T--A-----T---TC-T------AT--CGAATTT----A-A-------G--C-GCG-CAAT-AACT---cactctgtaaattgttcattcatcaa
gi|8 : aaccaataattcA-ATAATT-----CTACCACATTAA------TG---C--GAGC--ATT--------A--AA--TAATTT---CATGAGAGCAATGATTG---------------AATC---AA-T-----GCGC-GT-A-----TT--A-A-ATG---AA--T-TG----T----T--G-----C---TCGT----C--T--T-AATTT----A-ATTGAA--G--A-AAA-TAAT-AATT---gagagatcattattgcgcgcatggaactttaaataa
gi|5 : atggagcgccaaattaacatataaactcaaatgaaaatatcttt-ATAA-------G-C--ATAC--A------CG---T--AAAT--ATT--------C--AA--ATATTG---CAGT----CAATTATTGGTGCTGAAATAACTCAATT---GA-T-----GTGC-TC-A-----TC--A-A-GTC---AA--T-TA----T----T--G-----CATACC-T----C-AT--C-AAGTG----A-ATTGAT--G----CCG-CGAC-AATC---TGG----AAT--------TA---Tgctcgcaaaattttaatttgatgctcggtataaatgatttaatagatatctg
gi|6 : AATT-----G-A---TGT--A------TA---C--ATCC--ATT--------G--AA--ATATAG---TGAA----CAATAATTG---------------AAAT---GA-T-----GCATTGC-A-----TCTCA-A-ATT---AA--G-TA----T----T--A-----C---TC-T----C-TT--CTAAATA----T-ATTGAT--G--TTGC--CATC-AAAT---TGCT---GAA--------T----TAT-TGCTCGCA--AA--TTCAATTTGGA-GATCG-ATA-T-AAATGA-TTT-TAT-GATTTC-TTTTG-ATTCAGTTGAAGA--TGTGTCCT--TTTAATTA-TTTAACA-CGATTTCG---TATAAGGAATAACTGCACtgcgccagtattgatttgcccgcgcatcaatttttttttcattgcggacaataaatgatttgataaaccacatcaattgaattgttgcggggaatatttgaattgatgtat
gi|17 : tttgAATT-----G-A--AGAT--AACATTTTA---A--AACT--A-T--------T--AA--AGAT-------------CTTTAATTG---------------AATG---TATT-----ACGC-GC-A-----TT--A-A-AT
gi|12 : g-A--ATAT--AAT----TG---T--AAAT--AAT--------C--AA--AGAT------AT-----CGTTAATTG---------------AATG---GA-A-----GTGA-TC-A-----TC--A-C-ATC---AA--T-ggattaaagatatctttaaataattaaagat
gi|2 : atttagtgttcggtaac---T--AACTGAATT--------T--A------TTG---CG-------ATTTTTTC---------------AATG---AA-TTTGTAGCGC-GC-A-----TC--A-A-TTTAAGAA--T-TG----T----T--G-----A---TG-T----C-AG--T-AATTT----ATTTTGAA--G--A-ATG-CAAT-AATT---gtacaaggagttgatacgcgtatcaattcttttaaagagaataaacaatcaactaaaggaaccattattttaattgtaataacgttgaatggaagat
gi|4 : ctccgtataaatgattttgatgatctcttaactttaattgaattctgtctttagattattccacaacagctagattgcgcccagtatagataattaataatgagagcacaatgtcttatttaaagatgatttccattgtggggtatgtgtgaatttatgcaagctcatgcatataaccggggcatatacagttgtatatgaattttttttcataataaatttttaattcaatggaaggagaacaaataatgcaatgtttagcatgtatttgcgccgcattattatgatgctgcattaatgagaatgtgctagcgat--------T--GA--AAATTG---C--G----TATTATTTC---------------AATT---AA-C-----GTTC-AA-G-----AT--A-A-TTT---AA--T-TA----T----T--G-----C---TC-T----T-TT--C-AATGA----A-ATTAAT--G--A-TGT-CATT-AATT---CAATT--GATGTGCGCAATA---CAT-TACTTcaagtatagcggctcgcaattttcacagaatgatcaaattgcaattgctatcaaaccatttcaatttgatgaggccaacagtagagtagaacacatcattaactcaataaatttt
gi|3 : atcattaattcaatcatgaatatgataaattgaacttatctctaatcataagttgttctctgtaaaatgatttgtaATTG---CTCT----CCTGAATTG---------------AAAG---GA-A-----GCGT----------TC--A-A-TTT---GA--T-AA----G----C--G-----C-------------------AATTC----A-GTTGAT--G--C-GTG-CATC-AATG---TGG--C-GAG--------T----CAT-TGTTCGCA--AAATTTCAtttaaaaatatagcgcactttaattcagcagaataattaatggtattgaatttaacgattcaattatgcgcgcaataattcagaactaatcattgattatttgaagagatctttcattgacgattcagttatatatgcgcgcaataattcagaactgaagatatcatgaattatttgaagaaatctttcgctgttttattgcgcacatcaaatgaattgatgacatattcaaatattattaagatatattcaattatctgagtttatgtctgttaatttggctctccct
gi|11 : tatggagagccaaatttacataaactcaaagaactgaagatgtctttgattatttgaaaactatcaattcaatattaagtgcgcgcatcaaatcagttATTG---CTC-----TATTAATTG---------------AACT---AA-G-----GGGT-GC-A-----GT--A-A-ATG---AA--T-CAATTAT----T--G-----C---TC-T----C-AT--T-AATTC----A-ATTAAT--G--C-ACG-CATTCAA---------TC-AAT-------------TAT-TGCTtttggagcaaggccaaaatgaatatacctttcattaatttcattataatgaagtattgtgcgcatcagttctttgaaagaaggcaactttttaatgaaaatatcattaattcgattgtaaatatgttgcattggaagatatctttaatcacgtagttgcacccccttattgggcgccaaattgatattaactcaaatgatgtttaattatttaaagatatcatcaatttaattactgtccccttaatgcgcaaattaaatcaaatgcgagtatgaattcaa
gi|11 : tattgctctccttaattgaactaaggggtgcagtaaatgaattATTG---CTCT----CCTTAATTG---------------AACT---AA-G-----GGGT-GC-A-----GT--A-A-ATG---AA--T-TA----T----T--G-----C---TC-T------AT--T-AATTG----A-ACTAAG--G--G-GTG-CAGT-AA-A---TGAATC-AAT-------------TAT-TGCTCTCATTAA--TTCAATT---A-ATGCACGCATT-CAATCA-ATT-ATT-GC--TC-TCTCAAATTATATTAAAAAGTCATA------TTTCACTC-TGT-Actctcaaattatattaaaaagtcatatttcactctgtaaattgttcattcatcaa
gi|21 : tATCG---CTCG----CATTAATTG---------------AATT---GA-T-----GGGT-AC-A-----TT----G-ATT---GA--T-aattgttcattcatcaa
gi|3 : gcatcaaTG---CACG----CATCAACTG---------------AAT-------T-----GCGC-TT-A-----TC--A-A-ATT---GA--A-C-------------G-----C---T--T----C-CT------TTC----A-ATTCAG--G--A-GAG-CAAT-AA-C---TGATTT-GAT--------taatt
gi|16 : tatggagagccaaatttacataaactcaaagaactgaagatgtctttgattatttgaaaactatcaattcaatattaagtgcgcgc----CATTAATTG---------------AAT---------------------------------A-ATTC--AA--T-TA----T----T--G-----C---TT-T----C-TT--C-AGTTG----A-ATTAAT--G----GTGTCATT-AATT---tcaatgtggcgagtcattgttcgcaaaatttcatttggagcaaggccaaaatgaatatacctttcattaatttcattataatgaagtattgtgcgcatcagttctttgaaagaaggcaactttttaatgaaaatatcattaattcgattgtaaatatgttgcattggaagatatctttaatcacgtagttgcacccccttattgggcgccaaattgatattaactcaaatgatgtttaattatttaaagatatcatcaatttaattactgtccccttaatgcgcaaattaaatcaaatgcgagtatgaattcaa
gi|9 : tgcacattaattcTAATTG---------------AATT---GA-T-----ATGT-GC-A-----TC--A-A-TTC---AA--T-------T----T--------C---TT-T----C-AT--C-ACTTG----A-ATTG----C--A-ATG-CATC-AATT---ataccgatcaattcatttgaagag
gi|9 : gatttcattttttgaagatattaTAATTG---------------AATG---GC-T-----GCTC-TC-T-----TT--A-A-ATT---AA--C-AA----T----T--G-----A---AT-TGATGC-ATTGC-AATTC----A-AGTGAT--G--A-caattgttaatttaaagagagcagccattcaattatagaacgcatcaattctgctatattacgaattctgataatgtgcgcaataattcagcatttgaagataccattgattatttgaaaagttc
gi|4 : gatttcattttttgaagatattataattgaattgatatgtgcatcaattcaatttcttGATTC---------------AATT----A-T-----GCGC-GC-AATAATTC--AGA-ACT---AA--T-CA----T----T--G--------------------------ATT-----A-TTTGAA--G--A-GAT-CTTT-CATTGA-CGATTC-AGT--------TA---TATATGCGCGCAATAA--TTCAG-----A-AC--------T-GAA------------GA--TA-TCATGAATT-ATTTGAAGA--AATC------TTTCGCTGTTTT-ATTGCGC--ACA---TCAAATGAATTGATG---ACAT-ATTtagaacgcatcaattctgctatattacgaattctgataatgtgcgcaataattcagcatttgaagataccattgattatttgaaaagttc
gi|2 : atcattaattcaatcatgaatatgataaattgaacttatctctaatcataagttgttctctgtaaaatgatttgtaaagtaatgtattgcgcacatcaattgaattaatgacatcattaatttcattgaaaagagcaataattaaattatcttgaacgttaattgaaataatacgcaattttcatttaaaaatatagcgcactttaattcagcagaataattaatggtattgaatttaacTTA---------------AATT---GA-T-----GCGC-GC-T-----AC--A-A-AT--------T-CA----T----T--GAAAAAA---TC-G----CAAT--A-AATTC----A-GTTAATC-GCTA-GCA-CATT-caaatattattaagatatattcaattatctgagtttatgtctgttaatttggctctccct
gi|8 : ctccgtataaatgattttgatgatctcttaactttaattgaattctgtctttagattattccacaacagctagattgcgcccagtatagataattaataatgagagcacaatgtcttatttaaagatgatttccattgtggggtatgtgtgaatttatgcaagctcatgcatataaccggggcatatacagttgtatatgaattttttttcataataaatttttaattcaatggaaggagaacaaataatgcaatgtttagcatgtatttgcgccgcattattatgatgctgcattaatgagCGA-GC-A-----TC--A-A-ATT---AAAAT-T-----T----T--G-----C---GA-G----C-AA--T-AATTCTACCACATTAAT--G--C-GAG-CATT-AAAT---AATTTC--AT--------GAGAGCAA-TGATTG----AA--T-CAA-----T-GCGC--GTA-TTAAATGA-ATT-GTT-GC--TCGTCTT-AATTTAATTGAAGA--gaattgttgatgtcagtaatttattttgaagaatgcaataattcaagtatagcggctcgcaattttcacagaatgatcaaattgcaattgctatcaaaccatttcaatttgatgaggccaacagtagagtagaacacatcattaactcaataaatttt
gi|16 : atggagcgccaaattaacatataaactcaaatgaaaatatctttaattattatttGC-AC-A-----TT--A-A-TTC---AA--T-TA----A----T--G-----A---CA-C----C-AT--T-AATTC----A-ACTGAA--G--A-AAG-CAAT-AATTGAATTATTC-AAT--------TA---gtataaatgatttaatagatatctg
gi|21 : t-GC-A-----TC--A-A-ATC---AA--T-CA----A----T--G-----T---AC-C----C-AT--C-AATTC----A-ATTAATGCG--A-GCG--ATT-AATT---atgataccgatcaattcatttgaagag
gi|5 : C-A-----TC--A-A-TTC---AA--A-TA----T----T--C-----C---CC-G----C-AA--C-AATTC----A-ATTGAT--G--
gi|4 : ataagcatacacgtaaatattcaaatattgcagtcaattattggtgctgaaataactcaattgatgtgctcatcaagtcaattattgcatacctcatcaagtgaattgatgccgcgacaatctggaattattgcgccagtattgatttgcccgcgcatcaatttttttttcattgcggacaataaatgatttgataaacca--A-A-AGT---AA--TGTA----T----T--G-----C---GC-A----C-AT--C-AATTG----A-ATTAAT--G--A-CAT-CATT-AATT---Ttat
gi|21 : atcattaattcaatcatgaatatgataaattgaacttatctctaatcataagttgttctctgtaaaatgatttgt-A-ATT---AA--T-C-------------G-----C---TC-G----C-AT--T-AATTG----A-ATTGAT--G--G-GTA-CATT-GA-T---TGATTT-GAT--------cattgaaaagagcaataattaaattatcttgaacgttaattgaaataatacgcaattttcatttaaaaatatagcgcactttaattcagcagaataattaatggtattgaatttaacgattcaattatgcgcgcaataattcagaactaatcattgattatttgaagagatctttcattgacgattcagttatatatgcgcgcaataattcagaactgaagatatcatgaattatttgaagaaatctttcgctgttttattgcgcacatcaaatgaattgatgacatattcaaatattattaagatatattcaattatctgagtttatgtctgttaatttggctctccct
gi|7 : gc-ATT---AA--T-TA----T----TTGA-----CG--TA-T----C-AT--C-AATTC----A-TTTGAT--G--C-GCG-CAAT-AATC---CAGTTA-GAT--------
gi|12 : ataatcaatcatatgaagagagaaaataactcaattatagcgttgcctcaatcagcggaataataatatcagcaattcattgaatgctcaaaatgattcataaatgaaaataatggtattttgaaagagA--TTTAG-----T-GTTCG-GTA-A-CATTGA-TGT-GAT-GA--TC-ACTTCCATTCAATTAACGA--TATC------TTTGATTA-TTT-ACAA---TTATATTGTACAAGGAGTTGATACGCGTATCAATTCTTTTAAAGAGAATA-----AACAA-TCAACTAAAGGAACCATTATTTTAATTGT-AATAACGTTGAATG-GAA--GATatcttcaatttgctgtctttgcatgcctt
gi|15 : -----A-GTTCG-ATG-C-AAACAAATTT-AAT-GA--TC-TCTTAATTTC---TGGAGA--TACATGCGTCTTTAATCA-TTT-ACAACGATT
gi|2 : caaactcggtggaattgttgttcgcatgttttaacttgCTCC-GTA-T-AAATGA-TTTTGAT-GA--TC-TCTTAACTTTAATTGAAtgta
gi|3 : ---TATAATGAAGTATTGTGCGCATCAGTTCTTT----GAAAG-AAG-GCAACTTTTTAATGAAA-ATATCATTAATTCGATTGTAAAT-ATGTTGCATTGGAA--GATATCTTTAATCACGTAGT-TGCACCCCCTT---------------------ATTGGGCGC---CA-----AATT-GAT-----A---TTAACT-CAA-------AT---G-A---TGTTTAA--------T------T------AT-TT---AA--AGAT-A-T-CA----TCAATT-TAA----T---T--ACTGTCCCCTTAATG---CGC----A----AAT-T-AAAT-CAAA-T------GC---------GAG--TA-T-----GAATT---C--------AAttctgtctttagattattccacaacagctagattgcgcccagtatagataattaataatgagagcacaatgtcttatttaaagatgatttccattgtggggtatgtgtgaatttatgcaagctcatgcatataaccggggcatatacagttgtatatgaattttttttcataataaatttttaattcaatggaaggagaacaaataatgcaatgtttagcatgtatttgcgccgcattattatgatgctgcattaatgagaatgtgctagcgattaactgaatttattgcgattttttcaatgaatttgtagcgcgcatcaatttaagaattgttgatgtcagtaatttattttgaagaatgcaataattcaagtatagcggctcgcaattttcacagaatgatcaaattgcaattgctatcaaaccatttcaatttgatgaggccaacagtagagtagaacacatcattaactcaataaatttt
gi|4 : tatggagagccaaatttacataaactcaaagaactgaagatgtctttgattatttgaaaactatcaattcaatattaagtgcgcgcatcaaatcagttattgctctcctgaattgaaaggaagcgttcaatttgataagcgcaattcagttgatgcgtgcatcaatgtggcgagtcattgttcgcaaaatttcatttggagcaaggccaaaatgaatatacctttcattaatttcatATCATTAATTCAATCATGAAT-ATGATAAATT-GAACTTATCTCT--AATCATA-AGT-TGTTCTCTGTAAAATGATTTGTAAAGTAATGTATTGCGCACA-TCA-----AT-T-GAA---------TT--AA-TGA--C----AT---C-A---TT---AA--------T------TTC----AT-T----GA--AAAG-A-G-CA----ATAATT-AAA----T---T--ATCT---------TG---AAC----G-TT-AAT-TGAAAT-A--A-T------AC---------GCAATT--T-----TCATTTAAA--------AAT----AT----AGC--GCAC---TTT-----------AATT-----CAG-CAG---AAT----A--A----T---T--------AATGGTA----T-TG-A--ATTT-A--A--CGATT---CA--ATTATGC-GCGCAA--T--AATTC-A-G-----A-A--C---T-AATCAT-T------GATTA-TTTGAA----GA--GATCTTTCATTGA--CGAT----TC-AGTTATATATGCGCGCAAT-AAT-T--CAG-AA-CTGAAGAT---ATCATGAATT-ATTTGAAG-AAATCTTTCGC-TGTTTTATTGCGCACATC-----AA---ATGAATTGATGACAT--------ATTCAAATATTATT----AAGATATATTCAATTATCTGAGTTTATGTCTGTTA
gi|7 : TCTAACTG-----GATT------ATTGCGCGCA-TCA-----AA-T-G-A-----A---TT--GA-TGA--T----A----C-G---TC---AA--------A------T-A----AT-Tatttggctctccct
gi|4 : ataatcaatcatatgaagagagaaaataactcaattatagcgttgcctcaatcagcggaataataatatcagcaattcattgaatgctcaaaatgattcataaatgaaaataatggtattttgaaagaga------ATTGCGCGCA-T--------A-T-ATA-----A---CT------GA-------AT---C-G---TC---AA--------TGAAAGAT-C----TC-TT---CA--A-AT-A-ATCA----ATGATT--AGTTCTGAATT--ATTG---------CG---CGC----A--T-AAT-T-GAAT-------------------------CG--T--T-----AAATT---C--------AATACC-AT----TAA--TTA----TTCT-----GC-TGAATTAAA--GTGCGCT---AT-----A--TT--TT---T--------AAA--TGAAAAT-TGCG--TATT-ATTT--CAATT---AA-CGT--------TCAA--GATAATTT-A-AT-TATT-G--C-TCT-TTTCAA-T------GA--A-ATT-------AA-TG--ATGTCA---T--TAAT----TC-AATTG---ATGTGCGCAAT-aatatcttcaatttgctgtctttgcatgcctt
gi|13 : atcattaattcaatcatgaatatgataaattgaacttatctctaatcataagttgttctctgtaaaatgatttgtaaagtaatgtTTACGCGCA-TCA-----AA-T-GAATTGATA---TT--TT-CAA--aattcagaactgaagatatcatgaattatttgaagaaatctttcgctgttttattgcgcacatcaaatgaattgatgacatattcaaatattattaagatatattcaattatctgagtttatgtctgttaatttggctctccct
gi|3 : aattctattgttaatgtgcgcaattgatctgaattaaagatgtaattaattatttgaaagtaattaaatttTGCACGCA-TCA-----AC-T-GAA----------T--TG-CGC--TT---AT---C-AAATTG---AACGCTTCCTT------T-C----AA-TT---CA--GGAG-A-G-CA----ATAACT-GAT----T---T--GATG---------CG---CGC----ACTT-AATATTGAAT-ataatcaaaaatatcttcaattactagtagttgaatttggcgctccata
gi|14 : tatggagagccaaatttacataaactcaaagaactgaagatgtctttgattatttgaaaactatcaTGCGTGCAATCATTCCGAA-T-GGA-----A-----------GA--T----AT---C-G---TC---A---------T------T-T----AT-TT---GG--AGA-------G----ATCATT---------------ATTG---------CG---CGC----A-TG-GAtcaatgtggcgagtcattgttcgcaaaatttcatttggagcaaggccaaaatgaatatacctttcattaatttcattataatgaagtattgtgcgcatcagttctttgaaagaaggcaactttttaatgaaaatatcattaattcgattgtaaatatgttgcattggaagatatctttaatcacgtagttgcacccccttattgggcgccaaattgatattaactcaaatgatgtttaattatttaaagatatcatcaatttaattactgtccccttaatgcgcaaattaaatcaaatgcgagtatgaattcaa
gi|2 : aaccaataattcagttattgcgcgcttaaattcgatagaataatgaatggtatcgataatccaatcatttaaGCGCGCA-TCA-----AT-T-TAAGA---A---TT--GT-TGA--T----GT---CAG---T----AA--------T------T-T----AT-TTT--GA--AGAA-T-G-CA----ATAATT-CAA----G---T--ATAG---------CGGCTCGC----A-actttaaataa
gi|8 : ctccgtataaatgattttgatgatctcttaactttaattgaattctgtctttagattattccacaacagctagattgcgcccagtatagataattaataatgagagcacaatgtcttatttaaagatgatttccattgtggggtatgtgtgaatttatgcaagctcatgcatataaccggggcatatacagttgtatatgaattttttttcataataaatttttaattcaatggaaggagaacaaataatgcaatgtttagcatgtatttgcgccgcattattatgatgctgcattaatgagaatgtgctagcgattaactgaatttattgcgattttttcaatgaatttgtaCGAGCA-TCA-----AA-TTAAA-----A---TT--TTGCGA--GCA--AT--------------AA--------T------T-CTACCACATT---AA--TGCG-A-G-CATTAAATAATTTCA--------------TG---------AG---AGC----A-AT-GAT-TG-AAT-C--AAT------GC---------GCG--TA-T-----TAAAT---G--------AAT--T-GT----TGC--TCGT---CTTA-----AT-TTAATT-----GAA-GAA---AAT----A--A--------T--------AAT--TA----A-AG-A--TATattttcacagaatgatcaaattgcaattgctatcaaaccatttcaatttgatgaggccaacagtagagtagaacacatcattaactcaataaatttt
gi|16 : atggagcgccaaattaacatataaactcaaatgaaaGCACA-TTA-----A--T-TCA-----A---TT--AA-TGA--C----AC---C-A---TT---AA--------T------T-C----AA-CT---GA--AGAA-A-G-CA----ATAATT-GAA----T---T--ATTgtataaatgatttaatagatatctg
gi|8 : t-TCA-----AA-T-GAA-----AATATC--TT-TAA--TTATTATTTTC-T---TC---AA--------T------T-A----AA-TT----A--AGACGA-G-CA----ACAATT-CAT----T---T--AATA---------CG---CGC----A-TT-GAT-T-CAAT-C--A-T-------T---------GC---T--C-----TCATG---A--------AAT--T-ATTTAATGC--TCGC---ATTAATGTGGT-AGAATT-----ATT---G---CTCGCAAA--AT--TT---T--------AAT--------T-TG-A--Tcaattaatgataccgatcaattcatttgaagag
gi|16 : atggagcgccaaattaacatataaac-TCA-----AA-T-GAA-----T---TG--AT-CGG--T----AT---C-A---TT---AA--------T------T-------------------------G--A----ATAATT-CAA----T---T--ATTG---------CT---TTC----T-TC-AGT-TGAATT-A--A-T------G----------GTG--TCAT-----TAATT---G--------AAT--T-AA----TGgctcggtataaatgatttaatagatatctg
gi|7 : tgcaA-----A---TTA-TT-TGACGT----AT---C-A---TC---AA--------T------T-C----AT-TT---GA--TGCG-C-G-CA----ATAATC-CAG----T---T--Aagag
gi|5 : ataatcaatcatatgaagagagaaaataactcaattatagcgttgcctcaatcagcggaataataatatcagcaattcattgaatgctcaaaatgattcataaatgaaaataatggtattttgaaagagatc-CGG--C----AT---C----------AA--------T------T-C----AC-TT---GATGAGGT-ATG-CA----ATAATT-GAC----T---T--GATG---------AG---CAC----A-TC-AAT-TGaatatcttcaatttgctgtctttgcatgcctt
gi|9 : ataagcatacacgtaaatattcaaatattgcagtcaattattggtgctgaaataactG---AT--------T------T-C----AT-TTTTTGA--AGAT-A-T-TA-----TAATT----------------------------------GA----A-TT-GAT-----------A-T------GT---------GCA--T--C------AATT---C--------AAT-----T----T-C--TTTC---ATCA-----CT-TGAATT-----GCA-ATGC--ATC----A--AT--TC------------AAT--TG----T-TA-A--T--------------T---TA-----AAGA-GAGCAG--C--CATTC-A-AT-TATA-GAAC-G---CATCAA-TTCTGC----TA-------------------TATTA---C--GAAT----TC-TGATA---ATGTGCGCAAT-AAT-T--CAG-CATTTGAAGAT---ACCATTGATT-ATTTGAAA-AGcgacaatctggaattattgcgccagtattgatttgcccgcgcatcaatttttttttcattgcggacaataaatgatttgataaaccacatcaattgaattgttgcggggaatatttgaattgatgtat
gi|11 : ----AT-TT---GA---GAG-A-G-CA----ATAATT---G----A---TTGAATG---------CG---TGC----A-TT-AAT-TGAATT-A--A-T------GA---------GAG--CA-A-----TAATT---G--------ATT--C-ATTTACTGC--ACCC---CTTA-----GT-TCAATTA----ATA-GAG-----C----A--ATAATT---C--------ATT--TA----C-TG-C--ACCC-C--T--TAGTT---CA-ATTAAGGA-GAGCAA--ttc
gi|14 : ta-CA----ATAATT-CAG----T---T--ATTG---------CG---CGCTTAAA-TTCGA--TAGAAT-A--A-T------GA---------ATG--G--TATCGATAATC---C--------AAT--C-ATTTAATGC--GTGCA--ATCA-----TTCCGAATG-----GAA-GAT---ATC----GTCA---TT---T--------ATT--TG----G-AG-A--GATC-A--T--T-ATTGCGCG-CATGGAtatattaaaaagtcatatttcactctgtaaattgttcattcatcaa
gi|11 : aacA----ATGAAT-CAA----T---T--ATTG---------CT---CTC----A-TT-AAT-TCAATT-A--A-T------GC---------ACGCAT--T-----CAATC------------AAT--T-AT----TGC--TCTC---TCAA-----AT-TATATT-----AAA-AAG----TC----AT-AT--TT---CACTCTGTAAAT--TG----T-TC-A--T-TC-A--T--CAAactttaaataa
gi|9 : tattgctctccttaattgaactaaggggtgcagtaaatgaattattgctctattaattgaactaaggggtgcagta---T--ATTG---------CG---CAC----A-TT--AT-CAGAATTC--G-TAATATAGCAGAATTGATGCG--T--TCTA--TAATT---G--------AAT--G-GC----TGC--TCTC---TTTA----------AATT---------------AAC----A--A---TT---G--------AAT--TG----A-TG-------C-A--TTGCAATT---CA-AGTGATGA-AAGAAATTG--AAT------T-GAT--G--C-ACA-TATCAA-TTC
gi|11 : gatttcattttttgaagatattataatt---T--ATTG---------CT---CTC----C-TT-AAT-TGAACT-A--A-G------GG---------GTG--CA-G-----TAAAT---G--------AAT--T-AT----TGC--TCTA---TT-A-----AT-TGAACTAAGGGGTG-CAGTAAATG----A--A----T---C--------AAT--TA----T-TG-C--TCTC-A--T--TAATT---CA--ATTAAT----GCAC--G--CATTC-A-AT---------C-AAT-TATTGC-TCTCTCAAATTATATTAAA----AA-attcagcatttgaagataccattgattatttgaaaagttc
gi|2 : GC----A-TT-AAT-GAGAAT----G-T------GCTA-------GCG--A--T-----TAACT---G--------AAT--TTAT----TGCGATTTT---TTCA-----AT--GAATTT----GTA-GCGCGCATC----A--AT--TTAA-G--------AAT--TG----T-TG-A--TGTC-A--G--TAATT---TATTTTGAAGA-ATGCAA--T--AATTCAA-GT--ATA-G--CGGCT-CG-CAATTTTCACAGAATG-ATCAAATTGCAATTG--CTATCA---AACCATT----TCAATTTG---ATGAGGCCAAC-AGT-----AG-AG-TAGAACAC---ATCATT-----AACTCAAT-AAAT-TTTgtcatatttcactctgtaaattgttcattcatcaa
gi|16 : ctccgtataaatgattttgatgatctcttaactttaattgaattctgtctttagattattccacaacagctagattgcgcccagtatagataattaataatgagagcacaatgtcttatttaaagatgatttccattgtggggtatgtgtgaatttatgcaagctcatgcatataaccggggcatatacagttgtatatgaattttttttcataataaatttttaattcaatggaaggagaacaaataatgcaatgtttagcatgtatttgcgccgcattattatgatgct----A-TT-GAT-CGGTAT-C--A-T-------------------------------TAATT---GAATAATTCAAT--T-AT----TGC--TTTC---TTCA-----GT-TGAATTA----ATG-GTG----TC----A-------T---T--------AAT--TGAA--T-TA-A--TGT
gi|6 : tgcT---G--------AAT--T-AT----TGC--TCGCAAATTC-----------AATT------TG-GAG---ATC----G--AT--ATAAAT--------GAT--TT----TATG-A--TTTCTT--T--TGATT---CA-GTTGAAGA-tcatttgaagag
gi|7 : tttgaattgatgtatacatccattgaaatatagtgaacaataattgaaatgatgcattgcatctcaaattaagtattactctcttctaaatatattgatgttgccatcaaattgcCA-----G--CAAATT-----GAA-GAT---ATT----A--AT--T--------------AT--T-------TG-ACGTATC-A--T--CAATT---CA-TTTGATGC-GCGCAA--T--AATCC-A-GT-tgtgtccttttaattatttaacacgatttcgtataaggaataactgcac
gi|8 : ataatcaatcatatgaagagagaaaataactcaattatagcgttgcctcaatcagcggaataataatatcagcaattcattgaatgctcaaaatgattcataaatgaaaataatggtattttgaaagagatcta--TT---T--------AAT--TA----T-TA-T--TTTC-T--T--CAATT----A-AATTAAGACGAGCAA--C--AATTC-ATTT-AATACG--C-G---CATTGA-TTC-----AATC-AT-----------TG--CTCTCA---T--GAAA----TT-ATTTA---ATGCTCGCATT-AATGTGGTAG-AA-TTtctttgcatgcctt
gi|7 : atggagcgccaaattaacatataaactcaaatgaaaatatcATA-A--T--CAAT----CA-TATGAAGA-GAGAAA--AT-AACTC-A-AT-TATA-G--C-GTTGCCTCAA-TCA-GCGGAATA-AT--------AA-T-----ATCA---G--CAAT----TC-ATTGA---ATGCTCAAAAT-GAT-T--CAT-AA-ATGAAAAT---A--A--TGGTATTTTGAAAGAGAT-CT--AACTGGATTATTGCGCGCATC-----AA---ATGA---------ATTGATGATACGTCAAATA--ATT----AATA--TCTTCAATTTattgctcgcaaaattttaatttgatgctcggtataaatgatttaatagatatctg
gi|14 : CAA--T--AATTC-A-GT-TATT-G--C-GCG-CTTAAA-TTCGATAGAATA-AT---G----AA-TG--GTATCG---A--TAATCCAATC-ATTTA---ATGCGTGCAAT-CAT-T--CCG-AA-TGGAAGATATCGTCATTTAT----TTGGAG-AGAT-C---------ATTATTGCGCGCATG-----GA---A----------------------CTTTAAATA--A-gctgtctttgcatgcctt
gi|3 : aac--AATTC-A-GTTGAT--G--C-GTG-CATCAA-TGTGGC-GAGTC-ATT-----------G--TTCGCA---A--AATT----TC-ATTTG-------GAGCAAG-G---C--CAA-AA-T-GAATAT---ACCTTTCATTAATTTCA--------TTATAA-TGAAGTATTGTGCGCA-------
gi|8 : tatggagagccaaatttacataaactcaaagaactgaagatgtctttgattatttgaaaactatcaattcaatattaagtgcgcgcatcaaatcagttattgctctcctgaattgaaaggaagcgttcaatttgataagcgcA-ATTAAATT--AA-GA--CGAGCA---A--CAAT----TC-ATTTA---ATACGCGCATT-GAT-T--CAtcagttctttgaaagaaggcaactttttaatgaaaatatcattaattcgattgtaaatatgttgcattggaagatatctttaatcacgtagttgcacccccttattgggcgccaaattgatattaactcaaatgatgtttaattatttaaagatatcatcaatttaattactgtccccttaatgcgcaaattaaatcaaatgcgagtatgaattcaa
gi|13 : atggagcgccaaattaacatataaactcaaatgaaaatatctttaattattattttcttcTTA---ATGTGCGCAATTGAT----CTG-AA-TTAAAGAT---GTAATTAATTA--TTTGAA-AG-----TAAT-TAAATTTTTACGCGCATCAAATGAATTGAT-----------AT--------TTTCAAATA--A-TCAAAAATA--TCTTCAATTatcattgctctcatgaaattatttaatgctcgcattaatgtggtagaattattgctcgcaaaattttaatttgatgctcggtataaatgatttaatagatatctg
gi|6 : aattctattgTGCGAGCAAT-AAT-T--CAGCAA-TTactagtagttgaatttggcgctccata
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CAATAATTGAAAAAAATGTAACAATTAATATTTGAATCAATTAATGTGCGCTTCAATTTTGCATGCACGCATTACCCCAAAATTGAAGATTTGAGATATCTTATTGAACGCAAATTAAATGAGTTGATGGTTATCTTGGAATGATTAAAGATATCTTCATGTATTTGAGATGACGATAATTTGTCACTCCATA
Unaligned ( gi|18 ): ATGGAGTGCCAAATTAACCATAAACTCAACTAAATTGAAGACTTTTTAATTATTTG
Unaligned ( gi|19 ): TGAAGCGCCAAATTAACATAAACTTGAATAATGGAAGATATCTTTAATTATTTAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 11 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 2222222222 1111111 11111111 1111 11111 11 555555555555555555555 55555555555555555555 1 222222222 3333333333333333 111 1 11 22222222 111 111 1 1 1 00000000000000000000000000000000000 1 1 333333333 11 11 111 3333333333333333333333 1111111111 11111 444444444444 111 2222222222 444444444444 11 11111 1111111 888888888888888888888888888 222222 1111 1 111 1111111 3333333333 8888888888888888888888888888888 111111 1 11 1
lowQualScore : 1 1 5 1 5 22222 4 6 1 4 88 1 66 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 4 0 6 2 99 66 1111111111 66 888 4444444 66666666 1 6666 77777 5 6 1 66 77 3 222222222222222222222 66 66666666666666666666 2 1 66 5 5 0 3 5 3 0 5 55 666666666 77 6 1 6666666666666666 1 444 33 3 1 0 33 33333333 888 0 666 2 6 0 2 0 2 1 6 888 0 1 2 88888888888888888888888888888888888 2 66 0 5 111111111 0 99 8 33 3 1 1 99 6 5 000 1 5 7777777777777777777777 66 8888888888 0 66 33333 999999999999 888 444 999 77 66 7 3 1111111111 5 77 777777777777 77 0 22 0 22222 66 1 1 8888888 77 777777777777777777777777777 55 444444 5 0000 0 66 888 5 0 5 4 222 9999999 5 6666666666 1 6 1 6666666666666666666666666666666 99 0 666666 0 1 88 5
lowQualScore : . . . . . ..... . . . . .. . .. . ..................................................... ... . . . . .. .. .......... .. ... ....... ........ . .... ..... . . . .. .. . ..................... .. .................... . . .. . . . . . . . . .. ......... .. . . ................ . ... .. . . . .. ........ ... . ... . . . . . . . . ... . . . ................................... . .. . . ......... . .. . .. . . . .. . . ... . . ...................... .. .......... . .. ..... ............ ... ... ... .. .. . . .......... . .. ............ .. . .. . ..... .. . . ....... .. ........................... .. ...... . .... . .. ... . . . . ... ....... . .......... . . . ............................... .. . ...... . . .. .
lowQualScore : 0 0 7 0 7 77777 4 4 0 4 33 0 11 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 777 0 3 7 2 22 44 9999999999 99 888 8888888 55555555 4 6666 55555 0 6 4 99 66 4 999999999999999999999 99 11111111111111111111 2 4 99 0 0 0 6 0 7 3 7 77 777777777 77 7 7 7777777777777777 0 000 88 2 0 0 88 33333333 000 7 777 0 5 0 0 0 5 0 7 777 0 0 0 00000000000000000000000000000000000 5 22 0 5 555555555 8 22 2 00 5 7 0 22 7 7 000 0 0 9999999999999999999999 99 6666666666 8 99 99999 222222222222 888 555 444 99 77 6 6 3333333333 7 99 000000000000 99 7 66 2 77777 00 4 7 3333333 99 444444444444444444444444444 00 666666 0 6666 0 99 888 7 4 0 1 999 4444444 7 5555555555 8 7 0 0000000000000000000000000000000 22 8 000000 0 0 33 0
consensus : TATGGAGCGCCAAATTAA-CAT-ANAC--TCAAAT-AATTGAAGA-TA--TTT--AATTATT--------CGA--------------ANATT----G---C------------GCGC---ANCAATTCANTTGA--TGCGC-GCA----------TC--AAA---TC------AAT-------CATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGAT--GC-GCGCATTAATTTG--GTT----CG-----ATT-AT--ATTGCTCGCAAA--TTC-AATTTG------A-GCTCGG--TATAAATGA-TTT-GAT-GATCTC-TTNAATTCAAT-TGAAGATATAT----C--TTT-GATTATT-TACAAC-----GATTNC-----GTATAAGGAAT---TAATGCGCGCATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAGCAAG-GCAAC--TTCAACGAAANGAATCATTAATTCGATCGTGAAT-ATGTTGAATTG-AANATATCTTTAATCATATAGT-TGCTCTC-CNTTAANT-GA---------------A--TT---GNGCGCATCAAA-TGAAATT--NTC----GATATCATTAATT-CATTTGAAGAGA--GCAAT-AA-T---TCANTT-ATCG---------C--GC-G------CATTA--AT-TGA------AAT--AATG--C--GCG--CA--------TTA---ATT--NAATT-A-TTGC--TC-NCTTCAATTGAATT-GNANAG---ATCA-AT--TT-----------AAT--TGTTGANNTCATCAATTCANNT-GAAGAGAGCAAT-AATTCAGTTATAGC-GCT-CNTCAA--T-TCGC--G-AATAAT---AA----A--TGCTATCA---A--C-AAT----TC-ATT--TA---ATGCGCGCAA-TGATTCAGAATT-GAAGATATCATTNA-TTAA-----TTTGAAA-AGA--TCT---ACTGAAT-TATTGCGCGCATCAAATGA---------AT--------C---------TTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTTCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
Reference ( family-591 ) : TATGGAGCNCNAAATTAA-CNT-ATAN--TCAAAT-AATTGAANA-TA--TNT--AANTATT--------CGA--------------ANATT----G---C------------GCGC---ATTAATTGAATTGA--TGCGC-GCA----------TC--AAA---TT------AAT-------TATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGAT--GA-GCGCATTAATTTG--ATT----CG-----ATT-AT--ATTGCTCGCAAA--TTC-AATT--------A-GCTCGG--TATAAATGA-TTT-GAT-GATCTC-TTAAATTCAAT-TGAAGATATNT----C--TTT-NATTATT-TACAAC-----GATTAC-----GTATAANGAAT---TGNTGCGCGCATCANT-TCT--TTTAAAGAGAGTAAG-GCAACNNTTCAACGAAAGGNATCATTAATTCGATCGTGAAT-ACGTTGAATTG-AAGATNTCTTTAATCACGTAGT-TGCNCCC-CGTNAACG-GA---------------A--TT---GCGCGCATCAAA-TGAAATT--NTC----GATATCGTCAATT-CATTTGAAGANA--GCAAT-AA-T---TCANTT-ATTG---------C--GC-G------CATTA--AT-TGG------AAT--AATG--C--GCG--T---------TTA---ATT--GAATT-A-TTGC--TC-NCTTCAGTTGAATT-GNGGAG---ATCA-AT--TT--T--------AAT--TGTTGATNTCATCAATTCANNT-GAAGAGAGCAAN-AATTCAGTTATAGC-GCT-CATCAA--T-TCGC--G-AATAATT-AAA----A--TGCTATCA---A--C-AAT----TC-ATT--TA---ATGCGCGCAA-TGATTCAGAATT-GAAGATATCATTNA-TTAA-----TTTGAAA-AGA--TTTT--ANTGAAT-TATTGCGCGCATCAAATGA---------AT--------C---------TTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTNTCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
gi|1 : TATGGAACCCAAAATTAA-CTT-ATAG--TCAAAT-AATTGAACA-TA--TGT--AACTATT--------TAA--------------AGATT----G---C------------ACGC---ATTGATTGAATGGA--TGCGC-GCA----------TC--AAA---TT------AAT-------CATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGAT--GA-GCGCATTAATTTG--GTT----CG-----ATT-AT--ATTGCTTGTAAA--TTC-AA----------A-GCTCAG--TATAAATGA-TTT-AAT-GATCTC-TTGAATTCAGT-TGAAGATATAT--------TT-GATTGTG-TACAGC-----GCTTAC-----ATATAAGGGAT---TAATGCGCACATCATT-TCT--TTTCAAGAGAGCAAGAGCAACAATTCAATGAAATAAATCATTAATTCGATTGTGGAT-TTGTTGAATTG-AATATCTCTTTAGT-ATATAGTATGCTCTCTCTCTAACAAGA---------------AGATT---GCGCGCATCAAA-TGAAATT--TTC----GATATCGTGAATT-CATTTGAAGATA--GCAAT-AA-T---TCAGGT-ATTG---------C--GC-G------CATTG--AT-TGG------AAT--CATG--C--GCG--T---------TTA---ATT--GAATC-A-TTGC--TC-GCTTCAGTCGAATT-GTGGAG---ATCA-AT--TT--T--------AAT--TGTTGATATCATCGATTCACAT-GAAGAGAGCAAG-AATTCAGTGATAGC-GTT-CATCAA--TCCCGCA-G-AATAATTAAAA----A--TGCTATCA---A--C-AAT----TC-GTT--TA---ATGCGAGCAA-TGATTCAGAATT-GAAGATGCCATTTG-TTAA-----ATTGAAA-AGA--TTTTC-AATAAAT-TGTTGTGCGCA--AAAT-----------AT--------C---------TTAAAATA--A-T---A--ATATTCTTCGATTTTTTTAGTGT--ATGTTT-TTA
gi|10 : TATGGAGTGACAAATTAT-CGTCAT-C--TCAAAT-ACATGAAGA-TATCTTT--AATCATT--------CCA--------------AGATA----A---C---------------C---ATCAACTCATTTAATTTGCGT-TCAATAAGATATCTC--AAATCTTC------AATTTTGGGGTAATGC---GTGCATG----C-AA---AATTGAA--GC-GCACATTAA-TTG--ATT----CA-----AAT-ATTAATTGTT
gi|11 : caataattgaaaaaaatgtATTTGA-GAGA--GCAAT-AA-T---TGATTG-AATG---------C--GT-G------CATTA--AT-TGA------ATT--AATG--A--GAG--CAATAA----TTG---ATT--CATTT-A-CTGC--AC-CCCTTAGTTCAATT--AATAG---AGCA-ATAATT--C--------ATT--TACTGCACCCCTTAGTTCAATT-AAGGAGAGCAAT-A
gi|11 : T-TGCTCTC-C-TTAATT-GA---------------A--CTAAGGGGTGCAGTAAA-TGAA-TT--ATT----GCTCT-ATTAATT-GAACTAAGGGGT--GCAGT-AAATGAATCAATT-ATTG---------C--TC-T------CATTA--AT-TCA------ATT--AATGCAC--GCA--T---------TCA---ATC---AATT-A-TTGC--TC-TCTCAAATTATATT-AAAAAG----TCATAT--TT--CACTCTGTAAAT--TGTTCAT-TCATCAAtatattaaaaagtcatatttcactctgtaaattgttcattcatcaa
gi|12 : taA--TTT-AGT-----------GTTCGG--TAACATTGA-TGT-GAT-GATCAC-TTCCATTCAAT-TAACGATAT------C--TTT-GATTATT-TACAAT-----TATATT-----GTACAAGGAGT---TGATACGCGTATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAATAA--ACAA----TCAACTAAAGGAACCATTATTTTAATTGT-AATAACGTTGAATGG-AAGAT
gi|13 : -AAT----TCTATTGTTA---ATGTGCGCAATTGA-TCTGAATT-AAAGATGTAATTAA-TT-A-----TTTGAAA-GTA--------ATTAAAT-TTTTACGCGCATCAAATGAATTGAT---AT--------T---------TTCAAATA--ATCAAAA--ATA-TCTTCAATT
gi|14 : CAAT-AATTCAGTTATTGC-GCG-CTTAAA--T-TCGATAG-AATAAT---GA----A--TGGTATCG---A--T-AATCCAATC-ATT--TA---ATGCGTGCAA-TCATTCCGAATG-GAAGATATCG-TCA-TTTA-----TTTGGAG-AGA--TC---------AT-TATTGCGCGCATGGAA----------------------C---------TTTAAATA--Aactagtagttgaatttggcgctccata
gi|15 : aacT--GTTGTTCGCATG--TTTTAACTTG------A-GTTCGA--TGCAAACAAATTT-AAT-GATCTC-TTAATTTC----TGGAGATACATGCGTC--TTT-AATCATT-TACAAC-----GATT
gi|16 : caaactcggtggaat---ATTA-AT--TC-----------AAT--TAATGACACCATTAATTCAACT-GAAGAAAGCAAT-AATTGAATTAT----------TCAA--T-T-----------------A----A--TGATACCG---AT-C-AAT----TC-ATT--TG---Atgta
gi|17 : tgcacGAATT-GAAGATAACATT---TTAAAACTATT---AA-AGA--TCTTTAATTGAATGTATTACGCGCATTAAATGGATTAAAGATAT--------C---------TTTAAATA--ATT---A--Aagag
gi|18 : ATGGAGTGCCAAATTAACCAT-AAAC--TCAACTAAATTGAAGACTT--TTT--AATTATT--------TGagat
gi|19 : TGAAGCGCCAAATTAA-CAT-AAAC--TTGAAT-AATGGAAGA-TATCTTT--AATTATT--------TAA--------------A
gi|2 : CTCCG--TATAAATGA-TTTTGAT-GATCTC-TTAACTTTAAT-TGAAT-TCTGT----C--TTTAGATTATTCCACAACAGCTAGATTGCGCCCAGTATAGATAATTAATAATGAGAGCA-CAATGTCTTATTTAAAGA
gi|2 : AATT-CA-TTGAAAAAATCGCAATAAA-T---TCAGTTAATCG---------CTAGC-ACATTCTCATTA--ATGCAGCATCATAAT--AATG--CG-GCG--CAAATACATGCTAAACATT--GCATT-ATTTGT--TCTCCTTCCATTGAATT-tgatttccattgtggggtatgtgtgaatttatgcaagctcatgcatataaccggggcatatacagttgtatatgaattttttttcataataaatttttaattcaatggaaggagaacaaataatgcaatgtttagcatgtatttgcgccgcattattatgatgctgcattaatgagaatgtgctagcgattaactgaatttattgcgattttttcaatgaatttgtagcgcgcatcaatttaagaattgttgatgtcagtaatttattttgaagaatgcaataattcaagtatagcggctcgcaattttcacagaatgatcaaattgcaattgctatcaaaccatttcaatttgatgaggccaacagtagagtagaacacatcattaactcaataaatttt
gi|2 : ctccgtataaatgattttgatgatctcttaactttaattgaattctgtctttagattattccacaacagctagattgcgcccagtatagataattaataatgagagcacaatgtcttatttaaagatgatttccattgtggggtatgtgtgaatttatgcaagctcatgcatataaccggggcatatacagttgtatatgaattttttttcataataaatttttTT-ATGA---------T--GCTG------CATTA--AT-GAG------AAT--G-TG--CTAGCG--A---------TTA---ACT--GAATTTA-TTGCGATT-TTTTCAAT-GAATTTGTAGCGCGCATCA-AT--TTAAG--------AAT--TGTTGATGTCAGTAATTTATTTTGAAGAATGCAAT-AATTCAAGTATAGCGGCT-CG-CAATTT-TCACA-G-AATGATC-AAATTGCAATTGCTATCA---AACC-ATT----TCAATT--TG---ATGAGGCCAA-CAGT--AGAGTA-GAACACATCATTAACTCAA-----Ttgtagcgcgcatcaatttaagaattgttgatgtcagtaatttattttgaagaatgcaataattcaagtatagcggctcgcaattttcacagaatgatcaaattgcaattgctatcaaaccatttcaatttgatgaggccaacagtagagtagaacacatcattaactcaataaatttt
gi|20 : ctccgtataaatgattttgatgatctcttaactttaattgaattctgtctttagattattccacaacagctagattgcgcccagtatagataattaataatgagagcacaatgtcttatttaaagatgatttccattgtggggtatgtgtgaatttatgcaagctcatgcatataaccggggcatatacagttgtatatgaattttttttcataataaatttttaattcaatggaaggagaacaaataatgcaatgtttagcatgtatttgcgccgcattaTGGAGCGCCAAATTAA-AAT-AAAC--TCAAAT-AATTGAAGA-TATCTTT--AATTATT--------aaatttt
gi|21 : -GCA----------TC--AAA---TC------AAT-------CAATGT---ACCCAT-----C-AATTCAATTAATGCGA-GCG-ATTAATTta
gi|3 : TATGGAGAGCCAAATTTA-CAT-AAAC--TCAAAG-AACTGAAGA-TG--TCTTTGATTATT--------TGAAAACTATCAATTCAATATTAAGTG---C------------GCGC---ATCAAATCAGTTAT--TGCTC-TCC----------T---GAA---TTGAAAGGAAG-------CGTT-CAA-TTTGATAAGCGC-AATTCAGTTGAT--GC-GTGCATCAATGTG--G------CG-----AGT--C--ATTGTTCGCAAA-------ATT------------TC------------A-TTT-G---GAGC-----AAGGCCAAAATGAA--TATAC----C--TTT-CATTAAT-TTCA----------T--------TATAATGAAG---TATTGTGCGCATCAGT-TCT--TTGAAAGA-----AG-GCAACTTTTTAATGAAAA-TATCATTAATTCGATTGTAAAT-ATGTTGCATTGGAAGATATCTTTAATCACGTAGT-TGCACCC-CCTT----------------------A--TT---GGGCGC--CAAATTGATATTAACTCAAATGATGT--TTAATT--ATTTAAAGATA--TCATC-AA-T---TTAATT-ACTGTCCCCTTAAT--GC-G------CA--A--AT-T-A------AATCAAATG--C--GAG--TA--------TGA---ATT--CAA
gi|4 : ATCATTAATTCAATCATGAAT-ATGATAAATTG-AACTTATCTCTAATCATA-AGT-TGTTCTC-TGTAAAAT-GATTTGTAAAGTAATGTA--TT---GCGCACATCAAT-TGAA-TT--AAT----GACATCATTAATTTCATT-GAAAAGA--GCAAT-AA-T---TAAATT-ATCT---------T--GA-A------CGTTA--AT-TGA------AAT--AATA--C--GCAATT---------TTC---ATTTAAAAAT-A-TAGC--GC-ACTTTA-----ATT-CAGCAG---AATA-AT--T------------AATGGTATTGAATTTAACGATTCAATT--ATGCGCGCAAT-AATTCAG----AAC---T-AATCA---T-T-----G-ATTATTT-GAAGAG-A--T-CTTTCATTGA--C-GAT----TC-AGT--TATATATGCGCGCAA-TAATTCAGAACT-GAAGATATCATGAA-TT-A-----TTTGAAG-AAATCTTTC--GCTGTTT-TATTGCGCACATCAAATGA---------AT--------TGATGACATATTCAAATATTATT---AAGATA-TATTCAATTATCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
gi|5 : AT-AA--GCATA-CA--CGT--AAATATT--------CAA--------------ATATT----G---CAGTCAATTATTGGTGCTGAAATAACTCAATTGA--TGTGC-TCA----------TC--AAG---TC------AAT-------TATTGCATACCTCAT-----C-AAGTGAATTGAT--G--CCGCGACAATCTGGAATTATTGCGCCAGTATTGAT---TTGCCCGCGCA---TC-AATTTTTTTTTCA-TTGCGGACAATAAATGA-TTT-GATAAACCAC-ATCAATTGAAT-TGatttggctctccct
gi|5 : CA----------TC--AAT---TC------AAA-------TATTCC---CCGCAA-----C-AATTCAATTGAT--GT-G-GT-TTA--TCA--AAT----C------ATT--T--ATTGTCCGCAAttgcggggaatatttgaattgatgtat
gi|6 : ataagcatacacgtaaatattcaaatattgcagtcaattattggtgctgaaataactcaattgatgtgctcatcaagtcaattattgcatacctcatcaagtgaattgatgccgcgacaatctggaattattgcgccagtattgatttgcccgcgcatcaatttttttttca-AATTGA-TG-TA--TAC--ATCCATT--------GAA--------------ATATA----G---T------------GAAC---AATAATTGAAATGA--TGCATTGCA----------TCTCAAA---TT------AAG-------TATTAC---TCTCTT-----CTAAATATATTGAT--GTTGC-CATCAAATTG--CT------G-----AAT--T--ATTGCTCGCAAA--TTC-AATTTGG-----A-GATCGA--TATAAATGA-TTT-TAT-GATTTCTTTTGATTCAGT-TGAAGATGTGT----CCTTTT-AATTATT-TAACAC-----GATTTC-----GTATAAGGAAT---AACTGCACtat
gi|7 : tttgATCAAT-CATAT-GAAGAGAGAAAATAACTCAATTATAGC-GTTGCCTCAA--T-CAGC--GGAATAAT----A----A--T---ATCA---G--C-AAT----TC-ATT--GA---ATGCTCAAAA-TGATTCATAAAT-GAAAATA--ATGG---TAT-----TTTGAAAGAGA--TCTA--ACTGGAT-TATTGCGCGCATCAAATGA---------ATTGATGATAC---------GTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTGCTGTCTTTGCATGCCT
gi|8 : ataATGGAGCGCCAAATTAA-CAT-ATAAACTCAAAT-GA--AAATA-TC--TTT--AATTATTATTTTCTTCAATT------------AAATT----AAGAC------------GAGC---AACAATTCATTTAA--TACGC-GCA----------TT--GAT---TC------AAT-------CATTGC---TCTCAT-----G-AAATTATTTAAT--GC-TCGCATTAATGTG--GTA----GA-----AT---T--ATTGCTCGCAAAATTTT-AATTTG------ATGCTCGG--TATAAATGA-TTT-AATAGATATC-Tt
gi|9 : -T---TCATTT-TTTG---------A--AG-A------TATTATAAT-TGA------ATT--GATA--T--GTG--CA--------TCA---ATT--CAATT----T-C--TT-TCATCACTTGAATT-GCAATGC--ATCA-AT--TC-----------AAT--TGTT---------AATTTA-----AAGAGAGCAGC-CATTCAATTATAGA-ACG-CATCAA--T-TC------------------------TGCTAT-ATT-A--CGAAT----TC-TGA--TA---ATGTGCGCAA-TAATTCAGCATTTGAAGATACCATTGA-TTA------TTTGAAA-AGg
Alignments
lowQualScore : 22222222222 8888888888888888888888888888888888888888888 222222222222222 11 11111111 1111 11111 55555555555555555555 1111111 22222222222222 1 222222222 11111 1111111 111 1 11 22222222 22222222 1 1 1 999999999999999999999999999 111 1 1 333333333 11 11 111 44444444444444444444444444 222222222222222 2222222222 11 222222 3333333333 111111 11 111111 8888888888888888888888888888888 222222 1111 1 111 1111111 444444 8888888888888888888888888888888 111111 1 11 1
lowQualScore : 5 1 66 555 666 4 99999999999 4 4 0000000000000000000000000000000000000000000 1 0 1 99 66 333333333333333 11 888 66666666 1 6666 77777 5 6 1 555 5 3 22222222222222222222 66 5555555 55555555555555 2 1 66 5 5 0 3 66 0 5 55 777777777 6 6 66666 8888888 6 444 1 3 1 0 33 33333333 88888888 0 44 3 2 6 0 0 1 6 7 0 444444444444444444444444444 777 1 66 0 5 111111111 0 55 33 1 5 8 8 8 444 1 55555555555555555555555555 8 0 6 2 999999999999999 0000000000 6 1 88 6 11 1 3 0 8 1 000000 1 6 6 0000000000 111111 2 33 1 1 66 77 5 1 888888 3 77 3333333333333333333333333333333 11 444444 5 0000 0 66 888 5 0 5 4 222 9999999 5 333333 1 6 1 6666666666666666666666666666666 99 0 666666 0 88 5
lowQualScore : . . .. ... ... . ........... . . ........................................... . . . .. .. ............... .. ... ........ . .... ..... . . . ... . . .................... .. ....... .............. . . .. . . . . .. . . .. ......... . . ..... ....... . ... . . . . .. ........ ........ . .. . . . . . . . . . ........................... ... . .. . . ......... . .. .. . . . . . ... . .......................... . . . . ............... .......... . . .. . .. . . . . . ...... . . . .......... ...... . .. . . .. .. . . ...... . .. ............................... .. ...... . .... . .. ... . . . . ... ....... . ...... . . . ............................... .. . ...... . .. .
lowQualScore : 0 0 99 222 222 4 22222222222 4 4 6666666666666666666666666666666666666666666 0 3 0 22 44 555555555555555 99 888 55555555 4 6666 55555 0 6 4 888 0 4 00000000000000000000 99 2222222 00000000000000 2 4 99 0 0 0 6 77 3 7 77 333333333 7 7 77777 7777777 7 000 0 2 2 0 88 00000000 77777777 7 77 2 0 5 0 0 0 7 3 0 888888888888888888888888888 555 0 22 0 5 555555555 8 88 00 4 6 0 0 0 000 0 88888888888888888888888888 0 8 7 5 222222222222222 5555555555 0 0 88 0 00 0 8 8 0 0 333333 0 7 7 8888888888 888888 5 22 6 0 77 77 7 7 111111 0 99 9999999999999999999999999999999 44 666666 0 6666 0 99 888 7 4 0 1 999 4444444 7 555555 8 7 0 0000000000000000000000000000000 22 8 000000 0 33 0
consensus : TATGGAGCGCCAAATTAA-CATAAA--CTCAAAT-AATTGAA--GA-TA--T--T-----TA-ATT-ATT--------CGA--AGATT------------------G---CGCGCANCAATTCANTTGA--TGCGC-GC----A----------TC--AAA---TCAAT-------CATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGATGC-GCGC-ATTAATTTGG--TT----CG-----ATT-AT--ATTGCTCGCAAA--TTC-AA------TTT-G-A-GCTCGG--TATAAATGA-TTT-GAT-GATCTCTTN-AATTCAAT-TGAAGATATAT----C--TTT-GATTATT-TACAAC-----GATTTC-----GT-ATAAGGAAT---TAATGCGCGCATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAGCAAG-GCAAC--TTC--AACGAAANNAATCATTAATTCGATCGTGAAT-ATGTTGAATT-GAANATATCTTTAATCATATAGT-TGCTCTC-CNTTAA-ATGA---------------ATT---GNGCGCATCAAA-TGAAATT--NTC----GATATCATTAATT-CATTTGAAG-AGAGCAA-TAA-T---TCAAT----------TA---TC-GC------GC-GCATTAAT-TGA---------AAT---AATGCGC--G-----C-ATTAATTNAATT-ATTGC--TCTCTTCAATTGAATT-GCAGAG---ATCA-A-TTT---------AA---T--TGTTGA-NTCATCAATTCANNT-GAAGAGAGCAA-TAATTCAGTTATAGC-GCT-CNTCAA--T-TCGC--G-AAT---AAT---AAA-------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-ATT--TA---ATGCGCGCAA-TGATTCAGAA-TTGAAGATATCATTNA-TTAA-----TTTGAAA-AGATCTTT-ACTGAAT-TATTGCGCGCATCAAATGA---------AT--------C---------TTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTTCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
Reference ( family-591 ) : TATGGAGCGCCAAATTAA-CATANA--CTCAAAT-AATTGAA--GA-TA--T--T-----TA-ATT-ATT--------CGA--ANATT------------------G---CGCGCANCAATTCANTTGA--TGCGC-GC----A----------TC--AAA---TCAAT-------CATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGATGC-GCGC-ATTAATTTGG--TT----CG-----ATT-AT--ATTGCTCGCAAA--TTC-AA------TTT-G-A-GCTCGG--TATAAATGA-TTT-GAT-GATCTCTTN-AATTCAAT-TGAAGATATAT----C--TTT-GATTATT-TACAAC-----GATTNC-----GT-ATAAGGAAT---TAATGCGCGCATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAGCAAG-GCAAC--TTC--AACGAAANGAATCATTAATTCGATCGTGAAT-ATGTTGAATT-GAANATATCTTTAATCATATAGT-TGCTCTC-CNTTAA-NTGA---------------ATT---GNGCGCATCAAA-TGAAATT--NTC----GATATCATTAATT-CATTTGAAG-AGAGCAA-TAA-T---TCANT----------TA---TC-GC------GC-GCATTAAT-TGA---------AAT---AATGCGC--G-----C-ATTAATTNAATT-ATTGC--TCNCTTCAATTGAATT-GNANAG---ATCA-A-TTT---------AA---T--TGTTGANNTCATCAATTCANNT-GAAGAGAGCAA-TAATTCAGTTATAGC-GCT-CNTCAA--T-TCGC--G-AAT---AAT---AAA-------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-ATT--TA---ATGCGCGCAA-TGATTCAGAA-TTGAAGATATCATTNA-TTAA-----TTTGAAA-AGATCT---ACTGAAT-TATTGCGCGCATCAAATGA---------AT--------C---------TTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTTCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
gi|1 : TATGGAACCCAAAATTAA-CTTATA--GTCAAAT-AATTGAA--CA-TA--T--G-----TA-ACT-ATT--------TAA--AGATT------------------G---CACGCATTGATTGAATGGA--TGCGC-GC----A----------TC--AAA---TTAAT-------CATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGATGA-GCGC-ATTAATTTGG--TT----CG-----ATT-AT--ATTGCTTGTAAA--TTC-AA------------A-GCTCAG--TATAAATGA-TTT-AAT-GATCTCTTG-AATTCAGT-TGAAGATATA--------TTT-GATTGTG-TACAGC-----GCTTAC-----AT-ATAAGGGAT---TAATGCGCACATCATT-TCT--TTTCAAGAGAGCAAGAGCAACAATTC--AATGAAATAAATCATTAATTCGATTGTGGAT-TTGTTGAATT-GAATATCTCTTTAGT-ATATAGTATGCTCTCTCTCTAACAAGAAG-------------ATT---GCGCGCATCAAA-TGAAATT--TTC----GATATCGTGAATT-CATTTGAAG-ATAGCAA-TAA-T---TCAGG----------TA---TT-GC------GC-GCATTGAT-TGG---------AAT---CATGCGC--G-----T--TTAATTGAATC-ATTGC--TCGCTTCAGTCGAATT-GTGGAG---ATCA-ATTTT---------AA---T--TGTTGATATCATCGATTCACAT-GAAGAGAGCAA-GAATTCAGTGATAGC-GTT-CATCAA--TCCCGCA-G-AAT---AATTAAAAA-------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-GTT--TA---ATGCGAGCAA-TGATTCAGAA-TTGAAGATGCCATTTG-TTAA-----ATTGAAA-AGATTTTC-AATAAAT-TGTTGTGCGCA--AAAT-----------AT--------C---------TTAAAATA--A-T---A--ATATTCTTCGATTTTTTTAGTGT--ATGTTT-TTA
gi|10 : TATGGAGTGACAAATTAT-CGTCAT--CTCAAAT-ACATGAA--GA-TATCT--T-----TA-ATC-ATT--------CCA--AGATA------------------A---C---CATCAACTCATTTAATTTGCGT-TC----AATAAGATATCTC--AAATCTTCAATTTTGGGGTAATGC---GTGCATG----C-AA---AATTGAAGC-GCAC-ATTAA-TTGA--TT----CA-----AAT-ATTAATTGTT
gi|11 : caataattgaaaaaaatgtT-TGCTCTC-C-TTAA-TTGA---------------ACTAAGGGGTGCAGTAAA-TGAA-TT--ATT----GCTCT-ATTAATT-GAACTAAGG-GGTGCAG-TAAATGAATCAAT----------TA---TT-GC------TC-TCATTAAT-TCA---------ATT---AATGCAC--G-----C-ATTCAATCAATT-ATTGC--TCTCTCAAATTATATT-AAAAAG----TCATA-TTTCACTCTGTAAA---T--TGTTCA-TTCATCAA
gi|12 : taA------TTTAG-T-GTTCGG--TAACATTGA-TGT-GAT-GATCACTTC-CATTCAAT-TAACGATAT------C--TTT-GATTATT-TACAAT-----TATATT-----GT-ACAAGGAGT---TGATACGCGTATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAATAA--ACAA----TC--AACTAAAGGAACCATTATTTTAATTGT-AATAACGTTGAATG-GAAGAT
gi|13 : -AAT----TCTATTGTTA---ATGTGCGCAATTGA-TCTGAA-TTAAAGATGTAATTAA-TT-A-----TTTGAAA-GTA------ATTAAAT-TTTTACGCGCATCAAATGAATTGAT---AT--------T---------TTCAAATA--ATCAAAA--ATA-TCTTCAATT
gi|14 : CAA-TAATTCAGTTATTGC-GCG-CTTAAA--T-TCGATAG-AAT---AAT---GAA-------TGGTATCG---A--T-AATCCAATC-ATT--TA---ATGCGTGCAA-TCATTCCGAA-TGGAAGATATCG-TCA-TTTA-----TTTGGAG-AGATC---------AT-TATTGCGCGCATGGAA----------------------C---------TTTAAATA--Aactagtagttgaatttggcgctccata
gi|15 : aacT--GTTGTTCGCATG--TTTTAA------CTT-G-A-GTTCGA--TGCAAACAAATTT-AAT-GATCTCTTA-ATTTC----TGGAGATACATGCGTC--TTT-AATCATT-TACAAC-----GATTT------GT-A
gi|16 : caaactcggtggaat---ATTA-A-TTC---------AA---T--TAATGACACCATTAATTCAACT-GAAGAAAGCAA-TAATTGAATTAT----------TCAA--T-T--------------------AA-------TGATACCG---AT-C-AAT----TC-ATT--TG---A
gi|17 : tgcacGAA-TTGAAGATAACATT---TTAAAACTATT---AA-AGATCTTTAATTGAATGTATTACGCGCATTAAATGGATTAAAGATAT--------C---------TTTAAATA--ATT---A--Aagag
gi|18 : ATGGAGTGCCAAATTAACCATAAA--CTCAACTAAATTGAA--GACTT--T--T-----TA-ATT-ATT--------TGagat
gi|19 : TGAAGCGCCAAATTAA-CATAAA--CTTGAAT-AATGGAA--GA-TATCT--T-----TA-ATT-ATT--------TAA--A
gi|2 : CTCCG--TATAAATGA-TTTTGAT-GATCTCTTA-ACTTTAAT-TGAAT-TCTGT----C--TTTAGATTATTCCACAACAGCTAGATTGCGCCCAGT-ATAGATAATTAATAATGAGAGCA-CAATGTCTTATTTAAAGA
gi|2 : TTAATT-CAATGGAAGGAGAACAAATAA-T---GCAATGTTTAGCATGTA---TTTGC------GCCGCATTATTATGATGCTGCATTAATGAGAATGTGCTAG-----CGATTAACTGAATTTATTGCGATTTTTTCAAT-GAATTTGTAGCGCGCATCA-A-TTT---------AAGAAT--TGTTGATGTCAGTAATTTATTTTGAAGAATGCAA-TAATTCAAGTATAGCGGCT-CG-CAATTT-TCACA-G-AAT---GATC--AAATTGCAATTGCTATCA---AACC-ATT----TCAATT--TG---ATGAGGCCAA-CAGT--AGAG-TAGAACACATCATTAACTCAA-----Ttgatttccattgtggggtatgtgtgaatttatgcaagctcatgcatataaccggggcatatacagttgtatatgaattttttttcataataaatttttaattcaatggaaggagaacaaataatgcaatgtttagcatgtatttgcgccgcattattatgatgctgcattaatgagaatgtgctagcgattaactgaatttattgcgattttttcaatgaatttgtagcgcgcatcaatttaagaattgttgatgtcagtaatttattttgaagaatgcaataattcaagtatagcggctcgcaattttcacagaatgatcaaattgcaattgctatcaaaccatttcaatttgatgaggccaacagtagagtagaacacatcattaactcaataaatttt
gi|20 : ctccgtataaatgattttgatgatctcttaactttaattgaattctgtctttagattattccacaacagctagattgcgcccagtatagataattaataatgagagcacaatgtcttatttaaagatgatttccattgtggggtatgtgtgaatttatgcaagctcatgcatataaccggggcatatacagttgtatatgaattttttttcataataaatttTGGAGCGCCAAATTAA-AATAAA--CTCAAAT-AATTGAA--GA-TATCT--T-----TA-ATT-ATT--------aaatttt
gi|21 : -GC----A----------TC--AAA---TCAAT-------CAATGT---ACCCAT-----C-AATTCAATTAATGC-GAGCGATTAATTta
gi|3 : TATGGAGAGCCAAATTTA-CATAAA--CTCAAAG-AACTGAA--GA-TG--TCTT-----TG-ATT-ATT--------TGA--AAACTATCAATTCAATATTAAGTG---CGCGCATCAAATCAGTTAT--TGCTC-TCCTGAA----------TTG-AAA---GGAAG-------CGTT-CAA-TTTGATAAGCGC-AATTCAGTTGATGC-GTGC-ATCAATGTGG--------CG-----AGT--C--ATTGTTCGCAA-------AA------TTT--------C------------A-TTT-G---GAGC----A-AGGCCAAAATGAA--TATAC----C--TTT-CATTA---------------ATTTC-----ATTATAATGAAG---TATTGTGCGCATCAGT-TCT--TTGAAAGA-----AG-GCAAC--TTTTTAATGAAAATA-TCATTAATTCGATTGTAAAT-ATGTTGCATTGGAAGATATCTTTAATCACGTAGT-TGCACCC-CCTT----------------------ATT---GGGCGC--CAAATTGATATTAACTCAAATGATGT--TTAATT--ATTTAAAG-ATATCAT-CAA-T---TTAAT----------TACTGTC-CCCTTAATGC-GCA--AAT-T-A---------AATCA-AATGCGA--G-----T-ATGAATTCAA
gi|4 : ATCATTAATTCAATCATGAAT-ATGATAAATT-GAACTTATCTCTAATCATA-AGT-TGTTCTC-TGTAAA-ATGATTTGTAAAGTAATGTATT---GCGCACATCAAT-TGAA-TT--AAT----GACATCATTAATTTCATT-GAAA-AGAGCAA-TAA-T---TAAAT----------TA---TC-TT------GA-ACGTTAAT-TGA---------AAT---AATACGC--AATTTTC-ATTTA--AAAAT-ATAGC--GCACTTTAATTCA----GCAGA----AT-A-A-TT----------AA---TGGTATTGAATTTAACGATTCAATT--ATGCGCGCAA-TAATTCAGAACTAA----T-CATTGA--T-T--------ATTTGAAG---AGA-------T-CTTTCATTGA--C-GAT----TC-AGT--TATATATGCGCGCAA-TAATTCAGAA-CTGAAGATATCATGAA-TT-A-----TTTGAAG-AAATCTTTCGCTGTTT-TATTGCGCACATCAAATGA---------AT--------TGATGACATATTCAAATATTATT---AAGATA-TATTCAATTATCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
gi|5 : ATAAG-CATACA--CGTAAAT-A-TTCAA---A-TA--T--TGCAGTCA-ATT-ATT--------GG-------T------------------G---C-TGAAATAACTCAATTGA--TGTGC-TC----A----------TC--AAG---TCAAT-------TATTGCATACCTCAT-----C-AAGTGAATTGATGC--CGC-GACAATCTGGAATTATTGCGCCAGTATTGAT---TTGCCCGCGCA---TC-AATTTTTTTTT-C-A-TTGCGGACAATAAATGA-TTT-GATAAACCACATC-AATTGAAT-TGatttggctctccct
gi|5 : C----A----------TC--AAT---TCAAA-------TATTCC---CCGCAA-----C-AATTCAATTGATGT-G-GT--TTA--TCAA--AT----C------ATT--T--ATTGTCCGCAAttgcggggaatatttgaattgatgtat
gi|6 : ataagcatacacgtaaatattcaaatattgcagtcaattattggtgctgaaataactcaattgatgtgctcatcaagtcaattattgcatacctcatcaagtgaattgatgccgcgacaatctggaattattgcgccagtattgatttgcccgcgcatcaatttttttttcaTTGAATTGA-TG--T--A-----TACATCCATT--------GAA--ATATA------------------G---TGAACAATAATTGAAATGA--TGCATTGC----A----------TCTCAAA---TTAAG-------TATTAC---TCTCTT-----CTAAATATATTGATGTTGC-C-ATCAAATTGC--T------G-----AAT--T--ATTGCTCGCAAA--TTC-AA------TTT-GGA-GATCGA--TATAAATGA-TTT-TAT-GATTTCTTTTGATTCAGT-TGAAGATGTGT----CCTTTT-AATTATT-TAACAC-----GATTTC-----GT-ATAAGGAAT---AACTGCACtat
gi|7 : tATCAAT-CATAT-GAAGAGAGAAAATAACTCAATTATAGC-GTTGCCTCAA--T-CAGC--GGAAT---AAT---AA-----------TATCA---G--C-AAT----TC-ATT--GA---ATGCTCAAAA-TGATTCATAA-ATGAAAATA--ATGG---TAT-----TTTGAAAGAGATCTA--ACTGGAT-TATTGCGCGCATCAAATGA---------ATTGATGATAC---------GTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTGCTGTCTTTGCATGCCT
gi|8 : ataATGGAGCGCCAAATTAA-CATATAAACTCAAAT-----GAA--AA-TA--TCTT-----TA-ATT-ATTATTTTCTTCAATTAAATT------------------AAGACGAGCAACAATTCATTTAA--TACGC-GC----A----------TT--GAT---TCAAT-------CATTGC---TCTCAT-----G-AAATTATTTAATGC-TCGC-ATTAATGTGG--TA----GA-----AT---T--ATTGCTCGCAAAATTTT-AA------TTT-G-ATGCTCGG--TATAAATGA-TTT-AATAGATATCTt
gi|9 : TAAT-TGA---------ATT---GATATGT--G-----C-ATCAATTCAATT--T--C--TTTCATCACTTGAATT-GCAATGC--ATCA-A-TTC---------AA---T--TGTT---------AATT----T-AAAGAGAGCAG-CCATTCAATTATAGA-ACG-CATCAA--T-TC----------------------------TGCTAT-ATT-A--CGAAT----TC-TGA--TA---ATGTGCGCAA-TAATTCAGCATTTGAAGATACCATTGA-TT-A-----TTTGAAA-AGTTCg
Alignments
lowQualScore : 22222 8888888888888888888888888888888888888888888 222222222222222 11 11111111 1111 11111 55555555555555555555 1111111 22222222222222 1 222222222 11111 111111 111 1 11 22222222 22222222 1 1 1 999999999999999999999999999 111 222222222222 1 11 111 333333333333333333333333333333 222222222222222 2222222222 11 222222 3333333333 111111 22222222 11 111111 7777777777777777777777777777777777 222222 1111 1 111 111 1111111 3333333 8888888888888888888888888888888 111111 1 11 1
lowQualScore : 5 66 66 555 66 4 44444 4 4 0000000000000000000000000000000000000000000 1 0 1 99 66 333333333333333 11 888 66666666 1 6666 77777 5 6 1 555 5 3 22222222222222222222 66 5555555 55555555555555 2 1 66 5 5 0 3 66 0 5 55 777777777 6 6 66666 777777 6 444 1 3 1 0 33 33333333 88888888 0 22 3 2 6 0 0 1 6 7 0 333333333333333333333333333 777 1 33 8 444444444444 0 33 3 3 77777 6 6 111 444444444444444444444444444444 5 0 444444444444444 1 0000000000 3 1 6 3 11 1 3 0 8 1 333333 8 8 5555555555 666666 11111111 3 44 77 11 1 6 111111 1 0000000000000000000000000000000000 2 333333 5 2222 1 77 000 66 5 5 4 222 9999999 5 0000000 1 6 1 6666666666666666666666666666666 99 0 666666 0 88 5
lowQualScore : . .. .. ... .. . ..... . . ........................................... . . . .. .. ............... .. ... ........ . .... ..... . . . ... . . .................... .. ....... .............. . . .. . . . . .. . . .. ......... . . ..... ...... . ... . . . . .. ........ ........ . .. . . . . . . . . . ........................... ... . .. . ............ . .. . . ..... . . ... .............................. . . ............... . .......... . . . . .. . . . . . ...... . . .......... ...... ........ . .. .. .. . . ...... . .................................. . ...... . .... . .. ... .. . . . ... ....... . ....... . . . ............................... .. . ...... . .. .
lowQualScore : 0 99 99 222 11 4 22222 4 4 9999999999999999999999999999999999999999999 0 3 0 22 44 555555555555555 99 888 55555555 4 6666 55555 0 6 4 888 0 4 00000000000000000000 99 2222222 00000000000000 2 4 99 0 0 0 6 77 3 7 77 333333333 7 7 77777 777777 7 000 0 2 2 0 88 00000000 77777777 7 00 2 0 5 0 0 0 7 3 0 888888888888888888888888888 555 0 88 0 222222222222 0 33 7 2 00000 7 7 777 222222222222222222222222222222 7 7 999999999999999 7 4444444444 9 0 7 5 00 0 8 8 0 4 888888 0 0 8888888888 000000 33333333 3 00 66 22 0 7 222222 0 8888888888888888888888888888888888 5 555555 7 1111 4 99 000 11 0 0 1 999 4444444 7 7777777 8 7 0 0000000000000000000000000000000 22 8 000000 0 33 0
consensus : TATGGAGCGCCAAATTAA-CGTA--AAC--TCAAAT-AATTGAA--GA-TA--T--TTA-ATT-ATT--------CGA--AGATT------------------G---CGCGCANCAATTCANTTGA--TGCGC-GC----A----------TC--AAA---TCAAT-------CATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGATGC-GCGC-ATTAATTTGG--TT----CG-----ATT-AT--ATTGCTCGCAAA--TTC-AA------TTT-G-A-GCTCGG--TATAAATGA-TTT-GAT-GATCTCTTN-AATTCAAT-TGAAGATATAT----C--TTT-GATTATT-TACAAC-----GATTTC-----GT-ATAAGGAAT---TAATGCGCGCATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAGCAAG-GCAAC--TTC--AACGAAANNAATCATTAATTCGATCGTGAAT-ATGTTGAATT-GAANATATCTTTAATCATATAGT-TGCTCTC-CNTTAA-ATGA---------------ATT---GNGCGCATCAAA-TGAAATT--ATC----GATATCATTAATT-CATTTGAAG-AGAGCAA-TAA-T---TCAAT----------TA---TC-GC------GC-GCATTAAT-TGA---------ANT---AATGCGC--G-----C-ATTAATTNAATT-ATTGC--TCTCTTCAATTGAATT-GCAGAGC--ATCA-A-TTT---------AA---T--TGTTGA-N-TC-ATCAATTCATNT-GAAGAGAGCAA-TAATTCAGTTATAGC-GCT-CNTCAA--T-TCGC--G-AAT---AAT---AAA-------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-ATT--TA---ATGCGCGCAAT-GATTCAGAA-TTGAAGATATCATTNA-TTAA-----TTTGAAA-AGATCTT--A-CTGAAT-TATTGCGCGCATCAAATGA---------AT--------C---------TTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTTCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
Reference ( family-591 ) : TATGGAGCGCCAAATTAA-CATA--AAC--TCAAAT-AATTGAA--GA-TA--T--TTA-ATT-ATT--------CGA--AGATT------------------G---CGCGCANCAATTCANTTGA--TGCGC-GC----A----------TC--AAA---TCAAT-------CATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGATGC-GCGC-ATTAATTTGG--TT----CG-----ATT-AT--ATTGCTCGCAAA--TTC-AA------TTT-G-A-GCTCGG--TATAAATGA-TTT-GAT-GATCTCTTN-AATTCAAT-TGAAGATATAT----C--TTT-GATTATT-TACAAC-----GATTTC-----GT-ATAAGGAAT---TAATGCGCGCATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAGCAAG-GCAAC--TTC--AACGAAANNAATCATTAATTCGATCGTGAAT-ATGTTGAATT-GAANATATCTTTAATCATATAGT-TGCTCTC-CNTTAA-ATGA---------------ATT---GNGCGCATCAAA-TGAAATT--NTC----GATATCATTAATT-CATTTGAAG-AGAGCAA-TAA-T---TCAAT----------TA---TC-GC------GC-GCATTAAT-TGA---------AAT---AATGCGC--G-----C-ATTAATTNAATT-ATTGC--TCTCTTCAATTGAATT-GCAGAG---ATCA-A-TTT---------AA---T--TGTTGA-N-TC-ATCAATTCANNT-GAAGAGAGCAA-TAATTCAGTTATAGC-GCT-CNTCAA--T-TCGC--G-AAT---AAT---AAA-------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-ATT--TA---ATGCGCGCAAT-GATTCAGAA-TTGAAGATATCATTNA-TTAA-----TTTGAAA-AGATCTTT-A-CTGAAT-TATTGCGCGCATCAAATGA---------AT--------C---------TTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTTCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
gi|1 : TATGGAACCCAAAATTAA-CTTA--TAG--TCAAAT-AATTGAA--CA-TA--T--GTA-ACT-ATT--------TAA--AGATT------------------G---CACGCATTGATTGAATGGA--TGCGC-GC----A----------TC--AAA---TTAAT-------CATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGATGA-GCGC-ATTAATTTGG--TT----CG-----ATT-AT--ATTGCTTGTAAA--TTC-AA------------A-GCTCAG--TATAAATGA-TTT-AAT-GATCTCTTG-AATTCAGT-TGAAGATATA--------TTT-GATTGTG-TACAGC-----GCTTAC-----AT-ATAAGGGAT---TAATGCGCACATCATT-TCT--TTTCAAGAGAGCAAGAGCAACAATTC--AATGAAATAAATCATTAATTCGATTGTGGAT-TTGTTGAATT-GAATATCTCTTTAGT-ATATAGTATGCTCTCTCTCTAACAAGAAG-------------ATT---GCGCGCATCAAA-TGAAATT--TTC----GATATCGTGAATT-CATTTGAAG-ATAGCAA-TAA-T---TCAGG----------TA---TT-GC------GC-GCATTGAT-TGG---------AAT---CATGCGC--G-----T--TTAATTGAATC-ATTGC--TCGCTTCAGTCGAATT-GTGGAG---ATCA-ATTTT---------AA---T--TGTTGATA-TC-ATCGATTCACAT-GAAGAGAGCAA-GAATTCAGTGATAGC-GTT-CATCAA--TCCCGCA-G-AAT---AATTAAAAA-------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-GTT--TA---ATGCGAGCAAT-GATTCAGAA-TTGAAGATGCCATTTG-TTAA-----ATTGAAA-AGATTTTC-A-ATAAAT-TGTTGTGCGCA--AAAT-----------AT--------C---------TTAAAATA--A-T---A--ATATTCTTCGATTTTTTTAGTGT--ATGTTT-TTA
gi|10 : TATGGAGTGACAAATTAT-CGTC--ATC--TCAAAT-ACATGAA--GA-TATCT--TTA-ATC-ATT--------CCA--AGATA------------------A---C---CATCAACTCATTTAATTTGCGT-TC----AATAAGATATCTC--AAATCTTCAATTTTGGGGTAATGC---GTGCATG----C-AA---AATTGAAGC-GCAC-ATTAA-TTGA--TT----CA-----AAT-ATTAATTGTT
gi|11 : caataattgaaaaaaatgtT-TGCTCTC-C-TTAA-TTGA---------------ACTAAGGGGTGCAGTAAA-TGAA-TT--ATT----GCTCT-ATTAATT-GAACTAAGG-GGTGCAG-TAAATGAATCAAT----------TA---TT-GC------TC-TCATTAAT-TCA---------ATT---AATGCAC--G-----C-ATTCAATCAATT-ATTGC--TCTCTCAAATTATATT-AAAAAG----TCATA-TTTCACTCTGTAAA---T--TGTTCA-T-TC-ATCAA
gi|12 : taA------TTTAG-T-GTTCGG--TAACATTGA-TGT-GAT-GATCACTTC-CATTCAAT-TAACGATAT------C--TTT-GATTATT-TACAAT-----TATATT-----GT-ACAAGGAGT---TGATACGCGTATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAATAA--ACAA----TC--AACTAAAGGAACCATTATTTTAATTGT-AATAACGTTGAATG-GAAGAT
gi|13 : -AAT----TCTATTGTTA---ATGTGCGCAATTGAT-CTGAA-TTAAAGATGTAATTAA-TTA------TTTGAAA-GTA------A-TTAAAT-TTTTACGCGCATCAAATGA---------AT--------TGATATT---TTCAAATA--ATCAAAA--ATA-TCTTCAATT
gi|14 : CAA-TAATTCAGTTATTGC-GCG-CTTAAA--T-TCGATAG-AAT---AAT---GAA-------TGGTATCG---A--T-AATCCAATC-ATT--TA---ATGCGTGCAAT-CATTCCGAA-TGGAAGATATCG-TCA-TTTA-----TTTGGAG-AGATC----------AT-TATTGCGCGCATGGAA----------------------C---------TTTAAATA--Aactagtagttgaatttggcgctccata
gi|15 : aacT--GTTGTTCGCATG--TTTTAA------CTT-G-A-GTTCGA--TGCAAACAAATTT-AAT-GATCTCTTA-ATTTC----TGGAGATACATGCGTC--TTT-AATCATT-TACAAC-----GATTT------GT-A
gi|16 : caaactcggtggaatTCAAA-TGAATTG--ATC----GGTATCATTAA------TTG---------AA-TAA-T---TCAAT----------TA---TT-GC------TT-TCTTCAGT-TGA---------ATT---AATG-GT--GT----C-ATTAATTGAATT-AATG
gi|17 : tgcaGAA-TTGAAGATAACATT---TTAAAACTATT---AA-AGATCTTT-AATTGAATGTATTACGCGCATTAAATGGATTAAAGATAT--------C---------TTTAAATA--ATT---A--Aagag
gi|18 : ATGGAGTGCCAAATTAACCATA--AAC--TCAACTAAATTGAA--GACTT--T--TTA-ATT-ATT--------TGagat
gi|19 : TGAAGCGCCAAATTAA-CATA--AAC--TTGAAT-AATGGAA--GA-TATCT--TTA-ATT-ATT--------TAA--A
gi|2 : CTCCG--TATAAATGA-TTTTGAT-GATCTCTTA-ACTTTAAT-TGAAT-TCTGT----C--TTTAGATTATTCCACAACAGCTAGATTGCGCCCAGT-ATAGATAATTAATAATGAGAGCA-CAATGTCTTATTTAAAGA
gi|2 : TTAATT-CAATGGAAGGAGAACAAATAA-T---GCAATGTTTAGCATGTA---TTTGC------GCCGCATTATTATGATGCTGCATTAATGAGAATGTGCTAG-----CGATTAACTGAATTTATTGCGATTTTTTCAAT-GAATTTGTAGCGCGCATCA-A-TTT---------AAGAAT--TGTTGA-TGTC-AGTAATTTATTTTGAAGAATGCAA-TAATTCAAGTATAGCGGCT-CG-CAATTT-TCACA-G-AAT---GATC--AAATTGCAATTGCTATCA---AACC-ATT----TCAATT--TG---ATGAGGCCAAC-AGT--AGAG-TAGAACACATCATTAACTCAA-----Ttgatttccattgtggggtatgtgtgaatttatgcaagctcatgcatataaccggggcatatacagttgtatatgaattttttttcataataaatttttaattcaatggaaggagaacaaataatgcaatgtttagcatgtatttgcgccgcattattatgatgctgcattaatgagaatgtgctagcgattaactgaatttattgcgattttttcaatgaatttgtagcgcgcatcaatttaagaattgttgatgtcagtaatttattttgaagaatgcaataattcaagtatagcggctcgcaattttcacagaatgatcaaattgcaattgctatcaaaccatttcaatttgatgaggccaacagtagagtagaacacatcattaactcaataaatttt
gi|20 : ctccgtataaatgattttgatgatctcttaactttaattgaattctgtctttagattattccacaacagctagattgcgcccagtatagataattaataatgagagcacaatgtcttatttaaagatgatttccattgtggggtatgtgtgaatttatgcaagctcatgcatataaccggggcatatacagttgtatatgaattttttttcataataaatttTGGAGCGCCAAATTAA-AATA--AAC--TCAAAT-AATTGAA--GA-TATCT--TTA-ATT-ATT--------aaatttt
gi|21 : -GC----A----------TC--AAA---TCAAT-------CAATGT---ACCCAT-----C-AATTCAATTAATGC-GAGCGATTAATTta
gi|3 : TATGGAGAGCCAAATTTA-CATA--AAC--TCAAAG-AACTGAA--GA-TG--TCTTTG-ATT-ATT--------TGA--AAACTATCAATTCAATATTAAGTG---CGCGCATCAAATCAGTTAT--TGCTC-TCCTGAA----------TTG-AAA---GGAAG-------CGTT-CAA-TTTGATAAGCGC-AATTCAGTTGATGC-GTGC-ATCAATGTGG--------CG-----AGT--C--ATTGTTCGCAA-------AA------TTT--------C------------A-TTT-G---GAGC----A-AGGCCAAAATGAA--TATAC----C--TTT-CATTA---------------ATTTC-----ATTATAATGAAG---TATTGTGCGCATCAGT-TCT--TTGAAAGA-----AG-GCAAC--TTTTTAATGAAAATA-TCATTAATTCGATTGTAAAT-ATGTTGCATTGGAAGATATCTTTAATCACGTAGT-TGCACCC-CCTT----------------------ATT---GGGCGC--CAAATTGATATTAACTCAAATGATGT--TTAATT--ATTTAAAG-ATATCAT-CAA-T---TTAAT----------TACTGTC-CCCTTAATGC-GCA--AAT-T-A---------AATCA-AATGCGA--G-----T-ATGAATTCAA
gi|4 : ATCATTAATTCAATCATGAAT-ATGATAAATT-GAACTTATCTCTAATCATA-AGT-TGTTCTC-TGTAAA-ATGATTTGTAAAGTAATGTATT---GCGCACATCAAT-TGAA-TT--AAT----GACATCATTAATTTCATT-GAAA-AGAGCAA-TAA-T---TAAAT----------TA---TC-TT------GA-ACGTTAAT-TGA---------AAT---AATACGC--AATTTTC-ATTTA--AAAAT-ATAGC--GCACTTTAATTCA----GCAGA----AT-A-A-TT----------AA---TGGTATTGA-A-TTTAACGATTCAATT--ATGCGCGCAA-TAATTCAGAACTAA----T-CATTGA--T-T--------ATTTGAAG---AGA-------T-CTTTCATTGA--C-GAT----TC-AGT--TATATATGCGCGCAAT-AATTCAGAA-CTGAAGATATCATGAA-TT-A-----TTTGAAG-AAATCTTTCG-CTGTTT-TATTGCGCACATCAAATGA---------AT--------TGATGACATATTCAAATATTATT---AAGATA-TATTCAATTATCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
gi|5 : A-CGTA--AATATTCAAAT-A-TTGCA--G---------TCA-ATT-ATT--------GG-------T------------------G---C-TGAAATAACTCAATTGA--TGTGC-TC----A----------TC--AAG---TCAAT-------TATTGCATACCTCAT-----C-AAGTGAATTGATGC--CGC-GACAATCTGGAATTATTGCGCCAGTATTGAT---TTGCCCGCGCA---TC-AATTTTTTTTT-C-A-TTGCGGACAATAAATGA-TTT-GATAAACCACATC-AATTGAAT-TGatttggctctccct
gi|5 : ataagcatacC----A----------TC--AAT---TCAAA-------TATTCC---CCGCAA-----C-AATTCAATTGATGT-G-GT--TTA--TCAA--AT----C------ATT--T--ATTGTCCGCAAttgcggggaatatttgaattgatgtat
gi|6 : ataagcatacacgtaaatattcaaatattgcagtcaattattggtgctgaaataactcaattgatgtgctcatcaagtcaattattgcatacctcatcaagtgaattgatgccgcgacaatctggaattattgcgccagtattgatttgcccgcgcatcaatttttttttcaTTGAATTGA-TG--T--ATACATCCATT--------GAA--ATATA------------------G---TGAACAATAATTGAAATGA--TGCATTGC----A----------TCTCAAA---TTAAG-------TATTAC---TCTCTT-----CTAAATATATTGATGTTGC-C-ATCAAATTGC--T------G-----AAT--T--ATTGCTCGCAAA--TTC-AA------TTT-GGA-GATCGA--TATAAATGA-TTT-TAT-GATTTCTTTTGATTCAGT-TGAAGATGTGT----CCTTTT-AATTATT-TAACAC-----GATTTC-----GT-ATAAGGAAT---AACTGCACtat
gi|7 : t-ATCAAT-CATAT-GAAGAGAGAAAATAACTCAATTATAGC-GTTGCCTCAA--T-CAGC--GGAAT---AAT---AA-----------TATCA---G--C-AAT----TC-ATT--GA---ATGCTCAAAAT-GATTCATAA-ATGAAAATA--ATGG---TAT-----TTTGAAAGAGATC-TA-A-CTGGAT-TATTGCGCGCATCAAATGA---------ATTGATGATAC---------GTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTGCTGTCTTTGCATGCCT
gi|8 : ataATGGAGCGCCAAATTAA-CATATAAAC--TCAAAT-----GAA--AA-TA--TCTTTA-ATT-ATTATTTTCTTCAATTAAATT------------------AAGACGAGCAACAATTCATTTAA--TACGC-GC----A----------TT--GAT---TCAAT-------CATTGC---TCTCAT-----G-AAATTATTTAATGC-TCGC-ATTAATGTGG--TA----GA-----AT---T--ATTGCTCGCAAAATTTT-AA------TTT-G-ATGCTCGG--TATAAATGA-TTT-AATAGATATCTt
gi|9 : TAAT-TGA---------ATT---GATATGT--G-----C-ATCAATTCAATT--T--C--TTTCATCACTTGAATT-GCAATGC--ATCA-A-TTC---------AA---T--TGTT-----------AATT----T-AAAGAGAGCAG-CCATTCAATTATAGA-ACG-CATCAA--T-TC----------------------------TGCTAT-ATT-A--CGAAT----TC-TGA--TA---ATGTGCGCAAT-AATTCAGCATTTGAAGATACCATTGA-TT-A-----TTTGAAA-AGTTCg
Alignments
lowQualScore : 22222 8888888888888888888888888888888888888888888 222222222222222 11 11111111 1111 11111 55555555555555555555 1111111 22222222222222 1 222222222 11111 111111 111 1 11 22222222 22222222 1 1 1 999999999999999999999999999 111 1 22222222 1 11 111 333333333333333333333333333333 11111 11111 22222222222 11 22222 3333333333 111111 22222222 11 111111 7777777777777777777777777777777777 222222 1111 1 111 111 1111111 333333 8888888888888888888888888888888 111111 1 11 1
lowQualScore : 5 3 66 66 555 66 4 44444 4 4 0000000000000000000000000000000000000000000 1 0 1 99 66 333333333333333 11 888 66666666 1 6666 77777 5 6 1 555 5 3 22222222222222222222 66 5555555 55555555555555 2 1 66 5 5 0 3 66 0 5 55 777777777 6 6 66666 777777 6 444 1 3 1 0 33 33333333 88888888 0 22 3 2 6 0 0 1 6 7 0 333333333333333333333333333 777 1 33 8 5 00000000 0 33 3 3 77777 6 6 111 444444444444444444444444444444 44444 77 1 5 33333 0 88888888888 3 1 6 11 1 3 0 8 1 77777 8 8 5555555555 666666 11111111 3 44 22 8 1 6 111111 1 0000000000000000000000000000000000 2 333333 5 2222 1 77 000 5 0 5 4 222 9999999 5 222222 1 6 1 6666666666666666666666666666666 99 0 666666 0 88 5
lowQualScore : . . .. .. ... .. . ..... . . ........................................... . . . .. .. ............... .. ... ........ . .... ..... . . . ... . . .................... .. ....... .............. . . .. . . . . .. . . .. ......... . . ..... ...... . ... . . . . .. ........ ........ . .. . . . . . . . . . ........................... ... . .. . . ........ . .. . . ..... . . ... .............................. ..... .. . . ..... . ........... . . . .. . . . . . ..... . . .......... ...... ........ . .. .. . . . ...... . .................................. . ...... . .... . .. ... . . . . ... ....... . ...... . . . ............................... .. . ...... . .. .
lowQualScore : 0 1 99 99 222 11 4 22222 4 4 9999999999999999999999999999999999999999999 0 3 0 22 44 555555555555555 99 888 55555555 4 6666 55555 0 6 4 888 0 4 00000000000000000000 99 2222222 00000000000000 2 4 99 0 0 0 6 77 3 7 77 333333333 7 7 77777 777777 7 000 0 2 2 0 88 00000000 77777777 7 00 2 0 5 0 0 0 7 3 0 888888888888888888888888888 555 0 88 0 8 66666666 0 33 7 2 00000 7 7 777 222222222222222222222222222222 33333 99 0 7 99999 4 99999999999 9 0 7 00 0 8 8 0 4 00000 0 0 8888888888 000000 33333333 3 00 44 0 0 7 222222 0 8888888888888888888888888888888888 5 555555 7 1111 4 99 000 7 4 0 1 999 4444444 7 777777 8 7 0 0000000000000000000000000000000 22 8 000000 0 33 0
consensus : TATGGAGCGCCAAATTAA-CGTA--AAC--TCAAAT-AATTGAA--GA-TA--T--TTA-ATT-ATT--------CGA--AGATT------------------G---CGCGCANCAATTCANTTGA--TGCGC-GC----A----------TC--AAA---TCAAT-------CATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGATGC-GCGC-ATTAATTTGG--TT----CG-----ATT-AT--ATTGCTCGCAAA--TTC-AA------TTT-G-A-GCTCGG--TATAAATGA-TTT-GAT-GATCTCTTN-AATTCAAT-TGAAGATATAT----C--TTT-GATTATT-TACAAC-----GATTTC-----GT-ATAAGGAAT---TAATGCGCGCATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAGCAAG-GCAAC--TTC--AACGAAANNAATCATTAATTCGATCGTGAAT-ATGTTGAATT-GAANATATCTTTAATCATATAGT-TGCTCTC-CNTTAA-ATGA---------------ATT---GNGCGCATCAAA-TGAAATTA--TC----GATATCATTAATT-CATTTGAAG-AGAGCAA-TAA-T---TCAAT----------TA---TC-GC------GC-GCATTA-----AT--TGAATT-AATG----CGCG-----C-----ATTAATTNAATT-ATTGC--TCTCTTCAATTGAATT-GCAGAGC--ATCA-A-TTT---------AA---T--TGTTGA-N-TC-ATCAATTCATAT-GAAGAGAGCAA-TAATTCAGTTATAGC-GCT-CNTCAA--T-TCGC--G-AAT---AAT---AAA-------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-ATT--TA---ATGCGCGCAA-TGATTCAGAA-TTGAAGATATCATTNA-TTAA-----TTTGAAA-AGATCTTT-ACTGAAT-TATTGCGCGCATCAAATGA---------AT--------C---------TTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTTCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
Reference ( family-591 ) : TATGGAGCGCCAAATTAA-CGTA--AAC--TCAAAT-AATTGAA--GA-TA--T--TTA-ATT-ATT--------CGA--AGATT------------------G---CGCGCANCAATTCANTTGA--TGCGC-GC----A----------TC--AAA---TCAAT-------CATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGATGC-GCGC-ATTAATTTGG--TT----CG-----ATT-AT--ATTGCTCGCAAA--TTC-AA------TTT-G-A-GCTCGG--TATAAATGA-TTT-GAT-GATCTCTTN-AATTCAAT-TGAAGATATAT----C--TTT-GATTATT-TACAAC-----GATTTC-----GT-ATAAGGAAT---TAATGCGCGCATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAGCAAG-GCAAC--TTC--AACGAAANNAATCATTAATTCGATCGTGAAT-ATGTTGAATT-GAANATATCTTTAATCATATAGT-TGCTCTC-CNTTAA-ATGA---------------ATT---GNGCGCATCAAA-TGAAATTA--TC----GATATCATTAATT-CATTTGAAG-AGAGCAA-TAA-T---TCAAT----------TA---TC-GC------GC-GCATTA-----AT--TGAANT-AATG----CGCG-----C-----ATTAATTNAATT-ATTGC--TCTCTTCAATTGAATT-GCAGAGC--ATCA-A-TTT---------AA---T--TGTTGA-N-TC-ATCAATTCATNT-GAAGAGAGCAA-TAATTCAGTTATAGC-GCT-CNTCAA--T-TCGC--G-AAT---AAT---AAA-------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-ATT--TA---ATGCGCGCAA-TGATTCAGAA-TTGAAGATATCATTNA-TTAA-----TTTGAAA-AGATCTT--ACTGAAT-TATTGCGCGCATCAAATGA---------AT--------C---------TTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTTCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
gi|1 : TATGGAACCCAAAATTAA-CTTA--TAG--TCAAAT-AATTGAA--CA-TA--T--GTA-ACT-ATT--------TAA--AGATT------------------G---CACGCATTGATTGAATGGA--TGCGC-GC----A----------TC--AAA---TTAAT-------CATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGATGA-GCGC-ATTAATTTGG--TT----CG-----ATT-AT--ATTGCTTGTAAA--TTC-AA------------A-GCTCAG--TATAAATGA-TTT-AAT-GATCTCTTG-AATTCAGT-TGAAGATATA--------TTT-GATTGTG-TACAGC-----GCTTAC-----AT-ATAAGGGAT---TAATGCGCACATCATT-TCT--TTTCAAGAGAGCAAGAGCAACAATTC--AATGAAATAAATCATTAATTCGATTGTGGAT-TTGTTGAATT-GAATATCTCTTTAGT-ATATAGTATGCTCTCTCTCTAACAAGAAG-------------ATT---GCGCGCATCAAA-TGAAATTT--TC----GATATCGTGAATT-CATTTGAAG-ATAGCAA-TAA-T---TCAGG----------TA---TT-GC------GC-GCATTG-----AT--TGGAAT-CATG----CGCG-----T------TTAATTGAATC-ATTGC--TCGCTTCAGTCGAATT-GTGGAG---ATCA-ATTTT---------AA---T--TGTTGATA-TC-ATCGATTCACAT-GAAGAGAGCAA-GAATTCAGTGATAGC-GTT-CATCAA--TCCCGCA-G-AAT---AATTAAAAA-------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-GTT--TA---ATGCGAGCAA-TGATTCAGAA-TTGAAGATGCCATTTG-TTAA-----ATTGAAA-AGATTTTC-AATAAAT-TGTTGTGCGCA--AAAT-----------AT--------C---------TTAAAATA--A-T---A--ATATTCTTCGATTTTTTTAGTGT--ATGTTT-TTA
gi|10 : TATGGAGTGACAAATTAT-CGTC--ATC--TCAAAT-ACATGAA--GA-TATCT--TTA-ATC-ATT--------CCA--AGATA------------------A---C---CATCAACTCATTTAATTTGCGT-TC----AATAAGATATCTC--AAATCTTCAATTTTGGGGTAATGC---GTGCATG----C-AA---AATTGAAGC-GCAC-ATTAA-TTGA--TT----CA-----AAT-ATTAATTGTT
gi|11 : caataattgaaaaaaatgtT-TGCTCTC-C-TTAA-TTGA---------------ACTAAGGGGTGCAGTAAA-TGAA-TTA--TT----GCTCT-ATTAATT-GAACTAAGG-GGTGCAG-TAAATGAATCAAT----------TA---TT-GC------TC-TCATTA-----AT--TCAATT-AATG----CACG-----C-----ATTCAATCAATT-ATTGC--TCTCTCAAATTATATT-AAAAAG----TCATA-TTTCACTCTGTAAA---T--TGTTCA-T-TC-ATCAA
gi|12 : taA------TTTAG-T-GTTCGG--TAACATTGA-TGT-GAT-GATCACTTC-CATTCAAT-TAACGATAT------C--TTT-GATTATT-TACAAT-----TATATT-----GT-ACAAGGAGT---TGATACGCGTATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAATAA--ACAA----TC--AACTAAAGGAACCATTATTTTAATTGT-AATAACGTTGAATG-GAAGAT
gi|13 : -AAT----TCTATTGTTA---ATGTGCGCAATTGA-TCTGAA-TTAAAGATGTAATTAA-TT-A-----TTTGAAA-GTA------ATTAAAT-TTTTACGCGCATCAAATGAATTGAT---AT--------T---------TTCAAATA--ATCAAAA--ATA-TCTTCAATT
gi|14 : CAA-TAATTCAGTTATTGC-GCG-CTTAAA--T-TCGATAG-AAT---AAT---GAA-------TGGTATCG---A--T-AATCCAATC-ATT--TA---ATGCGTGCAA-TCATTCCGAA-TGGAAGATATCG-TCA-TTTA-----TTTGGAG-AGATC---------AT-TATTGCGCGCATGGAA----------------------C---------TTTAAATA--Aactagtagttgaatttggcgctccata
gi|15 : aacT--GTTGTTCGCATG--TTTTAA------CTT-G-A-GTTCGA--TGCAAACAAATTT-AAT-GATCTCTTA-ATTTC----TGGAGATACATGCGTC--TTT-AATCATT-TACAAC-----GATTT------GT-A
gi|16 : caaactcggtggaatTCAAA-TGAATTGA--TC----GGTATCATTAA------TTG---------AA-TAA-T---TCAAT----------TA---TT-GC------TT-TCTTCA-----GT--TGAATT-AATG-----GTGT----C-----ATTAATTGAATT-AATG
gi|17 : tgcaGAA-TTGAAGATAACATT---TTAAAACTATT---AA-AGATCTTTAATTGAATGTATTACGCGCATTAAATGGATTAAAGATAT--------C---------TTTAAATA--ATT---A--Aagag
gi|18 : ATGGAGTGCCAAATTAACCATA--AAC--TCAACTAAATTGAA--GACTT--T--TTA-ATT-ATT--------TGagat
gi|19 : TGAAGCGCCAAATTAA-CATA--AAC--TTGAAT-AATGGAA--GA-TATCT--TTA-ATT-ATT--------TAA--A
gi|2 : CTCCG--TATAAATGA-TTTTGAT-GATCTCTTA-ACTTTAAT-TGAAT-TCTGT----C--TTTAGATTATTCCACAACAGCTAGATTGCGCCCAGT-ATAGATAATTAATAATGAGAGCA-CAATGTCTTATTTAAAGA
gi|2 : TTAATT-CAATGGAAGGAGAACAAATAA-T---GCAATGTTTAGCATGTA---TTTGC------GCCGCATTATTATGATGCTGCATT-AATGAGAATGTG-----CTAGCGATTAACTGAATTTATTGCGATTTTTTCAAT-GAATTTGTAGCGCGCATCA-A-TTT---------AAGAAT--TGTTGA-TGTC-AGTAATTTATTTTGAAGAATGCAA-TAATTCAAGTATAGCGGCT-CG-CAATTT-TCACA-G-AAT---GATC--AAATTGCAATTGCTATCA---AACC-ATT----TCAATT--TG---ATGAGGCCAA-CAGT--AGAG-TAGAACACATCATTAACTCAA-----Ttgatttccattgtggggtatgtgtgaatttatgcaagctcatgcatataaccggggcatatacagttgtatatgaattttttttcataataaatttttaattcaatggaaggagaacaaataatgcaatgtttagcatgtatttgcgccgcattattatgatgctgcattaatgagaatgtgctagcgattaactgaatttattgcgattttttcaatgaatttgtagcgcgcatcaatttaagaattgttgatgtcagtaatttattttgaagaatgcaataattcaagtatagcggctcgcaattttcacagaatgatcaaattgcaattgctatcaaaccatttcaatttgatgaggccaacagtagagtagaacacatcattaactcaataaatttt
gi|20 : ctccgtataaatgattttgatgatctcttaactttaattgaattctgtctttagattattccacaacagctagattgcgcccagtatagataattaataatgagagcacaatgtcttatttaaagatgatttccattgtggggtatgtgtgaatttatgcaagctcatgcatataaccggggcatatacagttgtatatgaattttttttcataataaatttTGGAGCGCCAAATTAA-AATA--AAC--TCAAAT-AATTGAA--GA-TATCT--TTA-ATT-ATT--------aaatttt
gi|21 : -GC----A----------TC--AAA---TCAAT-------CAATGT---ACCCAT-----C-AATTCAATTAATGC-GAGCGATTAATTta
gi|3 : TATGGAGAGCCAAATTTA-CATA--AAC--TCAAAG-AACTGAA--GA-TG--TCTTTG-ATT-ATT--------TGA--AAACTATCAATTCAATATTAAGTG---CGCGCATCAAATCAGTTAT--TGCTC-TCCTGAA----------TTG-AAA---GGAAG-------CGTT-CAA-TTTGATAAGCGC-AATTCAGTTGATGC-GTGC-ATCAATGTGG--------CG-----AGT--C--ATTGTTCGCAA-------AA------TTT--------C------------A-TTT-G---GAGC----A-AGGCCAAAATGAA--TATAC----C--TTT-CATTA---------------ATTTC-----ATTATAATGAAG---TATTGTGCGCATCAGT-TCT--TTGAAAGA-----AG-GCAAC--TTTTTAATGAAAATA-TCATTAATTCGATTGTAAAT-ATGTTGCATTGGAAGATATCTTTAATCACGTAGT-TGCACCC-CCTT----------------------ATT---GGGCGC--CAAATTGATATTAACTCAAATGATGT--TTAATT--ATTTAAAG-ATATCAT-CAA-T---TTAAT----------TACTGTC-CCCTTAATGC-GCA--A-----AT--TAAATCAAATG----CGAG-----T-----ATGAATTCAA
gi|4 : ATCATTAATTCAATCATGAAT-ATGATAAATT-GAACTTATCTCTAATCATA-AGT-TGTTCTC-TGTAAA-ATGATTTGTAAAGTAATGTATT---GCGCACATCAAT-TGAA-TTA--AT----GACATCATTAATTTCATT-GAAA-AGAGCAA-TAA-T---TAAAT----------TA---TC-TT------GA-ACGTTA-----AT--TGAAAT-AATA----CGCAATTTTC-----ATTTA--AAAAT-ATAGC--GCACTTTAATTCA----GCAGA----AT-A-A-TT----------AA---TGGTATTGA-A-TTTAACGATTCA-AT-TATGCGCGCAA-TAATTCAGAACTAA----T-CATTGA--T-T--------ATTTGAAG---AGA-------T-CTTTCATTGA--C-GAT----TC-AGT--TATATATGCGCGCAA-TAATTCAGAA-CTGAAGATATCATGAA-TT-A-----TTTGAAG-AAATCTTTCGCTGTTT-TATTGCGCACATCAAATGA---------AT--------TGATGACATATTCAAATATTATT---AAGATA-TATTCAATTATCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
gi|5 : A-CGTA--AATATTCAAAT-A-TTGCA--G---------TCA-ATT-ATT--------GG-------T------------------G---C-TGAAATAACTCAATTGA--TGTGC-TC----A----------TC--AAG---TCAAT-------TATTGCATACCTCAT-----C-AAGTGAATTGATGC--CGC-GACAATCTGGAATTATTGCGCCAGTATTGAT---TTGCCCGCGCA---TC-AATTTTTTTTT-C-A-TTGCGGACAATAAATGA-TTT-GATAAACCACATC-AATTGAAT-TGatttggctctccct
gi|5 : ataagcatacC----A----------TC--AAT---TCAAA-------TATTCC---CCGCAA-----C-AATTCAATTGATGT-G-GT--TTA--TCAA--AT----C------ATT--T--ATTGTCCGCAAttgcggggaatatttgaattgatgtat
gi|6 : ataagcatacacgtaaatattcaaatattgcagtcaattattggtgctgaaataactcaattgatgtgctcatcaagtcaattattgcatacctcatcaagtgaattgatgccgcgacaatctggaattattgcgccagtattgatttgcccgcgcatcaatttttttttcaTTGAATTGA-TG--T--ATACATCCATT--------GAA--ATATA------------------G---TGAACAATAATTGAAATGA--TGCATTGC----A----------TCTCAAA---TTAAG-------TATTAC---TCTCTT-----CTAAATATATTGATGTTGC-C-ATCAAATTGC--T------G-----AAT--T--ATTGCTCGCAAA--TTC-AA------TTT-GGA-GATCGA--TATAAATGA-TTT-TAT-GATTTCTTTTGATTCAGT-TGAAGATGTGT----CCTTTT-AATTATT-TAACAC-----GATTTC-----GT-ATAAGGAAT---AACTGCACtat
gi|7 : t-ATCAAT-CATAT-GAAGAGAGAAAATAACTCAATTATAGC-GTTGCCTCAA--T-CAGC--GGAAT---AAT---AA-----------TATCA---G--C-AAT----TC-ATT--GA---ATGCTCAAAA-TGATTCATAA-ATGAAAATA--ATGG---TAT-----TTTGAAAGAGATCTA--ACTGGAT-TATTGCGCGCATCAAATGA---------ATTGATGATAC---------GTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTGCTGTCTTTGCATGCCT
gi|8 : ataATGGAGCGCCAAATTAA-CATATAAAC--TCAAAT-----GAA--AA-TA--TCTTTA-ATT-ATTATTTTCTTCAATTAAATT------------------AAGACGAGCAACAATTCATTTAA--TACGC-GC----A----------TT--GAT---TCAAT-------CATTGC---TCTCAT-----G-AAATTATTTAATGC-TCGC-ATTAATGTGG--TA----GA-----AT---T--ATTGCTCGCAAAATTTT-AA------TTT-G-ATGCTCGG--TATAAATGA-TTT-AATAGATATCTt
gi|9 : TA-----AT--TGAATT-GATA----TGTG-----C-----ATCAATTCAATT---T-C--TTTCATCACTTGAATT-GCAATGC--ATCA-A-TTC---------AA---T--TGTT-----------AATT----T-AAAGAGAGCAG-CCATTCAATTATAGA-ACG-CATCAA--T-TC----------------------------TGCTAT-ATT-A--CGAAT----TC-TGA--TA---ATGTGCGCAA-TAATTCAGCATTTGAAGATACCATTGA-TT-A-----TTTGAAA-AGTTCg
Alignments
lowQualScore : 22222 8888888888888888888888888888888888888888888 222222222222222 11 11111111 1111 11111 55555555555555555555 1111111 22222222222222 1 222222222 11111 111111 111 1 11 22222222 22222222 1 1 1 999999999999999999999999999 111 1 22222222 1 11 111 111 44444444444444444444 11111 11111 22222222222 11 222222 4444444444 11 2222222 111 111111 7777777777777777777777777777777777 222222 1111 1 111 111 1111111 3333333 8888888888888888888888888888888 111111 1 11 1
lowQualScore : 5 3 66 66 555 66 4 44444 4 4 0000000000000000000000000000000000000000000 1 0 1 99 66 333333333333333 11 888 66666666 1 6666 77777 5 6 1 555 5 3 22222222222222222222 66 5555555 55555555555555 2 1 66 5 5 0 3 66 0 5 55 777777777 6 6 66666 777777 6 444 1 3 1 0 33 33333333 88888888 0 22 3 2 6 0 0 1 6 7 0 333333333333333333333333333 777 1 33 8 5 00000000 0 33 3 3 6 222 6 6 111 111 22222222222222222222 1 77 44444 5 33333 0 88888888888 3 1 5 11 1 0 88 1 333333 8 8 9999999999 11 1111111 3 44 777 1 6 111111 1 0000000000000000000000000000000000 2 333333 5 2222 1 77 000 66 5 5 4 222 9999999 5 0000000 1 6 1 6666666666666666666666666666666 99 0 666666 0 88 5
lowQualScore : . . .. .. ... .. . ..... . . ........................................... . . . .. .. ............... .. ... ........ . .... ..... . . . ... . . .................... .. ....... .............. . . .. . . . . .. . . .. ......... . . ..... ...... . ... . . . . .. ........ ........ . .. . . . . . . . . . ........................... ... . .. . . ........ . .. . . . ... . . ... ... .................... . .. ..... . ..... . ........... . . . .. . . .. . ...... . . .......... .. ....... . .. ... . . ...... . .................................. . ...... . .... . .. ... .. . . . ... ....... . ....... . . . ............................... .. . ...... . .. .
lowQualScore : 0 1 99 99 222 11 4 22222 4 4 9999999999999999999999999999999999999999999 0 3 0 22 44 555555555555555 99 888 55555555 4 6666 55555 0 6 4 888 0 4 00000000000000000000 99 2222222 00000000000000 2 4 99 0 0 0 6 77 3 7 77 333333333 7 7 77777 777777 7 000 0 2 2 0 88 00000000 77777777 7 00 2 0 5 0 0 0 7 3 0 888888888888888888888888888 555 0 88 0 8 66666666 0 33 7 2 7 888 7 7 777 777 77777777777777777777 0 99 33333 7 99999 4 99999999999 9 0 7 00 0 8 88 4 444444 0 0 8888888888 00 3333333 3 00 666 0 7 222222 0 8888888888888888888888888888888888 5 555555 7 1111 4 99 000 11 0 0 1 999 4444444 7 7777777 8 7 0 0000000000000000000000000000000 22 8 000000 0 33 0
consensus : TATGGAGCGCCAAATTAA-CGTA--AAC--TCAAAT-AATTGAA--GA-TA--T--TTA-ATT-ATT--------CGA--AGATT------------------G---CGCGCANCAATTCANTTGA--TGCGC-GC----A----------TC--AAA---TCAAT-------CATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGATGC-GCGC-ATTAATTTGG--TT----CG-----ATT-AT--ATTGCTCGCAAA--TTC-AA------TTT-G-A-GCTCGG--TATAAATGA-TTT-GAT-GATCTCTTN-AATTCAAT-TGAAGATATAT----C--TTT-GATTATT-TACAAC-----GATTTC-----GT-ATAAGGAAT---TAATGCGCGCATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAGCAAG-GCAAC--TTC--AACGAAANNAATCATTAATTCGATCGTGAAT-ATGTTGAATT-GAANATATCTTTAATCATATAGT-TGCTCTC-CNTTAA-ATGA---------------ATT---GNGCGCATCAAA-TGAAATTA--TC----GATATCATTAATT-CATTTGAA-GAGAGC-AATAA-T---TCAA---TTA--------TCGC------G-CGCATTA--AT-----TGAATT-AATG----CGCG-----C-----ATTAATTNAA-TTATTGC--TCTCTTCAATTGAA-TTGCA--GAGCATCA-A-TTT-A-------AAT--TGTTGATATC-ATCAATTCA-TATGAAGAGAGCAA-TAATTCAGTTATAGC-GCT-CNTCAA--T-TCGC--G-AAT---AAT---AAA-------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-ATT--TA---ATGCGCGCAAT-GATTCAGAA-TTGAAGATATCATTNA-TTAA-----TTTGAAA-AGATCTT--A-CTGAAT-TATTGCGCGCATCAAATGA---------AT--------C---------TTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTTCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
Reference ( family-591 ) : TATGGAGCGCCAAATTAA-CGTA--AAC--TCAAAT-AATTGAA--GA-TA--T--TTA-ATT-ATT--------CGA--AGATT------------------G---CGCGCANCAATTCANTTGA--TGCGC-GC----A----------TC--AAA---TCAAT-------CATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGATGC-GCGC-ATTAATTTGG--TT----CG-----ATT-AT--ATTGCTCGCAAA--TTC-AA------TTT-G-A-GCTCGG--TATAAATGA-TTT-GAT-GATCTCTTN-AATTCAAT-TGAAGATATAT----C--TTT-GATTATT-TACAAC-----GATTTC-----GT-ATAAGGAAT---TAATGCGCGCATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAGCAAG-GCAAC--TTC--AACGAAANNAATCATTAATTCGATCGTGAAT-ATGTTGAATT-GAANATATCTTTAATCATATAGT-TGCTCTC-CNTTAA-ATGA---------------ATT---GNGCGCATCAAA-TGAAATTA--TC----GATATCATTAATT-CATTTGAA-GAGAGC-AATAA-T---TCAA---TTA--------TCGC------G-CGCATTA--AT-----TGAATT-AATG----CGCG-----C-----ATTAATTNAA-TTATTGC--TCTCTTCAATTGAA-TTGCA--GAGCATCA-A-TTT---------AAT--TGTTGA-NTC-ATCAATTCA-TATGAAGAGAGCAA-TAATTCAGTTATAGC-GCT-CNTCAA--T-TCGC--G-AAT---AAT---AAA-------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-ATT--TA---ATGCGCGCAAT-GATTCAGAA-TTGAAGATATCATTNA-TTAA-----TTTGAAA-AGATCTTT-A-CTGAAT-TATTGCGCGCATCAAATGA---------AT--------C---------TTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTTCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
gi|1 : TATGGAACCCAAAATTAA-CTTA--TAG--TCAAAT-AATTGAA--CA-TA--T--GTA-ACT-ATT--------TAA--AGATT------------------G---CACGCATTGATTGAATGGA--TGCGC-GC----A----------TC--AAA---TTAAT-------CATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGATGA-GCGC-ATTAATTTGG--TT----CG-----ATT-AT--ATTGCTTGTAAA--TTC-AA------------A-GCTCAG--TATAAATGA-TTT-AAT-GATCTCTTG-AATTCAGT-TGAAGATATA--------TTT-GATTGTG-TACAGC-----GCTTAC-----AT-ATAAGGGAT---TAATGCGCACATCATT-TCT--TTTCAAGAGAGCAAGAGCAACAATTC--AATGAAATAAATCATTAATTCGATTGTGGAT-TTGTTGAATT-GAATATCTCTTTAGT-ATATAGTATGCTCTCTCTCTAACAAGAAG-------------ATT---GCGCGCATCAAA-TGAAATTT--TC----GATATCGTGAATT-CATTTGAA-GATAGC-AATAA-T---TCAG---GTA--------TTGC------G-CGCATTG--AT-----TGGAAT-CATG----CGCG-----T------TTAATTGAA-TCATTGC--TCGCTTCAGTCGAA-TTGTG--GAG-ATCA-ATTTT---------AAT--TGTTGATATC-ATCGATTCA-CATGAAGAGAGCAA-GAATTCAGTGATAGC-GTT-CATCAA--TCCCGCA-G-AAT---AATTAAAAA-------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-GTT--TA---ATGCGAGCAAT-GATTCAGAA-TTGAAGATGCCATTTG-TTAA-----ATTGAAA-AGATTTTC-A-ATAAAT-TGTTGTGCGCA--AAAT-----------AT--------C---------TTAAAATA--A-T---A--ATATTCTTCGATTTTTTTAGTGT--ATGTTT-TTA
gi|10 : TATGGAGTGACAAATTAT-CGTC--ATC--TCAAAT-ACATGAA--GA-TATCT--TTA-ATC-ATT--------CCA--AGATA------------------A---C---CATCAACTCATTTAATTTGCGT-TC----AATAAGATATCTC--AAATCTTCAATTTTGGGGTAATGC---GTGCATG----C-AA---AATTGAAGC-GCAC-ATTAA-TTGA--TT----CA-----AAT-ATTAATTGTT
gi|11 : caataattgaaaaaaatgtT-TGCTCTC-C-TTAA-TTGA---------------ACTAAGGGGTGCAGTAAA-TGAA-TTA--TT----GCTCT-ATTAATT-GAACTAAG-GGGTGC-AGTAAATGAATCAA---TTA--------TTGC------T-CTCATTA--AT-----TCAATT-AATG----CACG-----C-----ATTCAATCAA-TTATTGC--TCTCTCAAATTATA-TTAAA--AAG--TCATA-TTTCACTCTGTAAAT--TGTTCA-TTC-ATCAA
gi|12 : taA------TTTAG-T-GTTCGG--TAACATTGA-TGT-GAT-GATCACTTC-CATTCAAT-TAACGATAT------C--TTT-GATTATT-TACAAT-----TATATT-----GT-ACAAGGAGT---TGATACGCGTATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAATAA--ACAA----TC--AACTAAAGGAACCATTATTTTAATTGT-AATAACGTTGAATG-GAAGAT
gi|13 : -AAT----TCTATTGTTA---ATGTGCGCAATTGAT-CTGAA-TTAAAGATGTAATTAA-TTA------TTTGAAA-GTA------A-TTAAAT-TTTTACGCGCATCAAATGA---------AT--------TGATATT---TTCAAATA--ATCAAAA--ATA-TCTTCAATT
gi|14 : CAA-TAATTCAGTTATTGC-GCG-CTTAAA--T-TCGATAG-AAT---AAT---GAA-------TGGTATCG---A--T-AATCCAATC-ATT--TA---ATGCGTGCAAT-CATTCCGAA-TGGAAGATATCG-TCA-TTTA-----TTTGGAG-AGATC----------AT-TATTGCGCGCATGGAA----------------------C---------TTTAAATA--Aactagtagttgaatttggcgctccata
gi|15 : aacT--GTTGTTCGCATG--TTTTAA------CTT-G-A-GTTCGA--TGCAAACAAATTT-AAT-GATCTCTTA-ATTTC----TGGAGATACATGCGTC--TTT-AATCATT-TACAAC-----GATTT------GT-A
gi|16 : caaactcggtggaatTCAAA-TGAATTGA--TC----GGTATCATTAA------TTG----------AATAA-T---TCAA---TTA--------TTGC------T-TTCTTCA--GT-----TGAATT-AATG-----GTGT----C-----ATTAATTGAA-TTAATG
gi|17 : tgcaGAA-TTGAAGATAACATT---TTAAAACTATT---AA-AGATCTTT-AATTGAATGTATTACGCGCATTAAATGGATTAAAGATAT--------C---------TTTAAATA--ATT---A--Aagag
gi|18 : ATGGAGTGCCAAATTAACCATA--AAC--TCAACTAAATTGAA--GACTT--T--TTA-ATT-ATT--------TGagat
gi|19 : TGAAGCGCCAAATTAA-CATA--AAC--TTGAAT-AATGGAA--GA-TATCT--TTA-ATT-ATT--------TAA--A
gi|2 : CTCCG--TATAAATGA-TTTTGAT-GATCTCTTA-ACTTTAAT-TGAAT-TCTGT----C--TTTAGATTATTCCACAACAGCTAGATTGCGCCCAGT-ATAGATAATTAATAATGAGAGCA-CAATGTCTTATTTAAAGA
gi|2 : TTAATT-CAATGGAAGGAGAACAAATAA-T---GCAATGTTTAGCATGTATTTGC------GCCGCATTATTATGATGCTGCATT-AATGAGAATGTG-----CTAGCGATTAACTGAATTTATTGCGATTTTTTCAA-TGAATTTGTAGCGCGCATCA-A-TTTAAG------AAT--TGTTGATGTC-AGTAATTTATTTTGAAGAATGCAA-TAATTCAAGTATAGCGGCT-CG-CAATTT-TCACA-G-AAT---GATC--AAATTGCAATTGCTATCA---AACC-ATT----TCAATT--TG---ATGAGGCCAAC-AGT--AGAG-TAGAACACATCATTAACTCAA-----Ttgatttccattgtggggtatgtgtgaatttatgcaagctcatgcatataaccggggcatatacagttgtatatgaattttttttcataataaatttttaattcaatggaaggagaacaaataatgcaatgtttagcatgtatttgcgccgcattattatgatgctgcattaatgagaatgtgctagcgattaactgaatttattgcgattttttcaatgaatttgtagcgcgcatcaatttaagaattgttgatgtcagtaatttattttgaagaatgcaataattcaagtatagcggctcgcaattttcacagaatgatcaaattgcaattgctatcaaaccatttcaatttgatgaggccaacagtagagtagaacacatcattaactcaataaatttt
gi|20 : ctccgtataaatgattttgatgatctcttaactttaattgaattctgtctttagattattccacaacagctagattgcgcccagtatagataattaataatgagagcacaatgtcttatttaaagatgatttccattgtggggtatgtgtgaatttatgcaagctcatgcatataaccggggcatatacagttgtatatgaattttttttcataataaatttTGGAGCGCCAAATTAA-AATA--AAC--TCAAAT-AATTGAA--GA-TATCT--TTA-ATT-ATT--------aaatttt
gi|21 : -GC----A----------TC--AAA---TCAAT-------CAATGT---ACCCAT-----C-AATTCAATTAATGC-GAGCGATTAATTta
gi|3 : TATGGAGAGCCAAATTTA-CATA--AAC--TCAAAG-AACTGAA--GA-TG--TCTTTG-ATT-ATT--------TGA--AAACTATCAATTCAATATTAAGTG---CGCGCATCAAATCAGTTAT--TGCTC-TCCTGAA----------TTG-AAA---GGAAG-------CGTT-CAA-TTTGATAAGCGC-AATTCAGTTGATGC-GTGC-ATCAATGTGG--------CG-----AGT--C--ATTGTTCGCAA-------AA------TTT--------C------------A-TTT-G---GAGC----A-AGGCCAAAATGAA--TATAC----C--TTT-CATTA---------------ATTTC-----ATTATAATGAAG---TATTGTGCGCATCAGT-TCT--TTGAAAGA-----AG-GCAAC--TTTTTAATGAAAATA-TCATTAATTCGATTGTAAAT-ATGTTGCATTGGAAGATATCTTTAATCACGTAGT-TGCACCC-CCTT----------------------ATT---GGGCGC--CAAATTGATATTAACTCAAATGATGT--TTAATT--ATTTAAA-GATATC-ATCAA-T---TTAA---TTACTG-----TCCCCTTAATG-CGCA--A--AT-----TAAATCAAATG----CGAG-----T-----ATGAATTCAA-
gi|4 : ATCATTAATTCAATCATGAAT-ATGATAAATT-GAACTTATCTCTAATCATA-AGT-TGTTCTC-TGTAAA-ATGATTTGTAAAGTAATGTATT---GCGCACATCAAT-TGAA-TTA--AT----GACATCATTAATTTCATT-GAA-AAGAGC-AATAA-T---TAAA---TTA--------TCTT------G-AACGTTA--AT-----TGAAAT-AATA----CGCAATTTTC-----ATTTA--AAA-ATATAGC--GCACTTTAATTCA----GCA--GA--AT-A-A-TT----------AATGGTATTGA-ATTTAACGATTCA--ATTATGCGCGCAA-TAATTCAGAACTAA----T-CATTGA--T-T--------ATTTGAAG---AGA-------T-CTTTCATTGA--C-GAT----TC-AGT--TATATATGCGCGCAAT-AATTCAGAA-CTGAAGATATCATGAA-TT-A-----TTTGAAG-AAATCTTTCG-CTGTTT-TATTGCGCACATCAAATGA---------AT--------TGATGACATATTCAAATATTATT---AAGATA-TATTCAATTATCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
gi|5 : A-CGTA--AATATTCAAAT-A-TTGCA--G---------TCA-ATT-ATT--------GG-------T------------------G---C-TGAAATAACTCAATTGA--TGTGC-TC----A----------TC--AAG---TCAAT-------TATTGCATACCTCAT-----C-AAGTGAATTGATGC--CGC-GACAATCTGGAATTATTGCGCCAGTATTGAT---TTGCCCGCGCA---TC-AATTTTTTTTT-C-A-TTGCGGACAATAAATGA-TTT-GATAAACCACATC-AATTGAAT-TGatttggctctccct
gi|5 : ataagcatacC----A----------TC--AAT---TCAAA-------TATTCC---CCGCAA-----C-AATTCAATTGATGT-G-GT--TTA--TCAA--AT----C------ATT--T--ATTGTCCGCAAttgcggggaatatttgaattgatgtat
gi|6 : ataagcatacacgtaaatattcaaatattgcagtcaattattggtgctgaaataactcaattgatgtgctcatcaagtcaattattgcatacctcatcaagtgaattgatgccgcgacaatctggaattattgcgccagtattgatttgcccgcgcatcaatttttttttcaTTGAATTGA-TG--T--ATACATCCATT--------GAA--ATATA------------------G---TGAACAATAATTGAAATGA--TGCATTGC----A----------TCTCAAA---TTAAG-------TATTAC---TCTCTT-----CTAAATATATTGATGTTGC-C-ATCAAATTGC--T------G-----AAT--T--ATTGCTCGCAAA--TTC-AA------TTT-GGA-GATCGA--TATAAATGA-TTT-TAT-GATTTCTTTTGATTCAGT-TGAAGATGTGT----CCTTTT-AATTATT-TAACAC-----GATTTC-----GT-ATAAGGAAT---AACTGCACtat
gi|7 : t-ATCAAT-CA-TATGAAGAGAGAAAATAACTCAATTATAGC-GTTGCCTCAA--T-CAGC--GGAAT---AAT---AA-----------TATCA---G--C-AAT----TC-ATT--GA---ATGCTCAAAAT-GATTCATAA-ATGAAAATA--ATGG---TAT-----TTTGAAAGAGATC-TA-A-CTGGAT-TATTGCGCGCATCAAATGA---------ATTGATGATAC---------GTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTGCTGTCTTTGCATGCCT
gi|8 : ataATGGAGCGCCAAATTAA-CATATAAAC--TCAAAT-----GAA--AA-TA--TCTTTA-ATT-ATTATTTTCTTCAATTAAATT------------------AAGACGAGCAACAATTCATTTAA--TACGC-GC----A----------TT--GAT---TCAAT-------CATTGC---TCTCAT-----G-AAATTATTTAATGC-TCGC-ATTAATGTGG--TA----GA-----AT---T--ATTGCTCGCAAAATTTT-AA------TTT-G-ATGCTCGG--TATAAATGA-TTT-AATAGATATCTt
gi|9 : TA--AT-----TGAATT-GATA----TGTG-----C-----ATCAATTCAA-TT--T-C--TTTCATCACTTGAA-TTGCA--ATGCATCA-A-TTC---------AAT--TGTT----------AATT-----TAAAGAGAGCAG-CCATTCAATTATAGA-ACG-CATCAA--T-TC----------------------------TGCTAT-ATT-A--CGAAT----TC-TGA--TA---ATGTGCGCAAT-AATTCAGCATTTGAAGATACCATTGA-TT-A-----TTTGAAA-AGTTCg
Alignments
lowQualScore : 22222 8888888888888888888888888888888888888888888 222222222222222 11 11111111 1111 11111 55555555555555555555 1111111 22222222222222 1 222222222 11111 111111 111 1 11 22222222 22222222 1 1 1 999999999999999999999999999 111 1 22222222 1 11 111 111 44444444444444444444 11111 11111 22222222222 11 222222 555555555555 11 1111 111 111111 7777777777777777777777777777777777 222222 1111 1 111 111 1111111 333333 8888888888888888888888888888888 111111 1 11 1
lowQualScore : 5 3 66 66 555 66 4 44444 4 4 0000000000000000000000000000000000000000000 1 0 1 99 66 333333333333333 11 888 66666666 1 6666 77777 5 6 1 555 5 3 22222222222222222222 66 5555555 55555555555555 2 1 66 5 5 0 3 66 0 5 55 777777777 6 6 66666 777777 6 444 1 3 1 0 33 33333333 88888888 0 22 3 2 6 0 0 1 6 7 0 333333333333333333333333333 777 1 33 8 5 00000000 0 33 3 3 6 222 6 6 111 111 22222222222222222222 1 77 44444 5 33333 0 88888888888 3 1 5 3 11 1 0 88 1 333333 8 444444444444 11 1111 1 3 44 777 1 6 111111 1 0000000000000000000000000000000000 2 333333 5 2222 1 77 000 5 0 5 4 222 9999999 5 222222 1 6 1 6666666666666666666666666666666 99 0 666666 0 88 5
lowQualScore : . . .. .. ... .. . ..... . . ........................................... . . . .. .. ............... .. ... ........ . .... ..... . . . ... . . .................... .. ....... .............. . . .. . . . . .. . . .. ......... . . ..... ...... . ... . . . . .. ........ ........ . .. . . . . . . . . . ........................... ... . .. . . ........ . .. . . . ... . . ... ... .................... . .. ..... . ..... . ........... . . . . .. . . .. . ...... . ............ .. .... . . .. ... . . ...... . .................................. . ...... . .... . .. ... . . . . ... ....... . ...... . . . ............................... .. . ...... . .. .
lowQualScore : 0 1 99 99 222 11 4 22222 4 4 9999999999999999999999999999999999999999999 0 3 0 22 44 555555555555555 99 888 55555555 4 6666 55555 0 6 4 888 0 4 00000000000000000000 99 2222222 00000000000000 2 4 99 0 0 0 6 77 3 7 77 333333333 7 7 77777 777777 7 000 0 2 2 0 88 00000000 77777777 7 00 2 0 5 0 0 0 7 3 0 888888888888888888888888888 555 0 88 0 8 66666666 0 33 7 2 7 888 7 7 777 777 77777777777777777777 0 99 33333 7 99999 4 99999999999 9 0 7 5 00 0 8 88 4 444444 0 666666666666 00 8888 0 3 00 666 0 7 222222 0 8888888888888888888888888888888888 5 555555 7 1111 4 99 000 7 4 0 1 999 4444444 7 777777 8 7 0 0000000000000000000000000000000 22 8 000000 0 33 0
consensus : TATGGAGCGCCAAATTAA-CGTA--AAC--TCAAAT-AATTGAA--GA-TA--T--TTA-ATT-ATT--------CGA--AGATT------------------G---CGCGCANCAATTCANTTGA--TGCGC-GC----A----------TC--AAA---TCAAT-------CATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGATGC-GCGC-ATTAATTTGG--TT----CG-----ATT-AT--ATTGCTCGCAAA--TTC-AA------TTT-G-A-GCTCGG--TATAAATGA-TTT-GAT-GATCTCTTN-AATTCAAT-TGAAGATATAT----C--TTT-GATTATT-TACAAC-----GATTTC-----GT-ATAAGGAAT---TAATGCGCGCATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAGCAAG-GCAAC--TTC--AACGAAANNAATCATTAATTCGATCGTGAAT-ATGTTGAATT-GAANATATCTTTAATCATATAGT-TGCTCTC-CNTTAA-ATGA---------------ATT---GNGCGCATCAAA-TGAAATTA--TC----GATATCATTAATT-CATTTGAA-GAGAGC-AATAA-T---TCAA---TTA--------TCGC------G-CGCATTA--AT-----TGAATT-AATG----CGCG-----C-----ATTAATTNAA-TTATTGC--TCTCTTCAATTGAA-TTGCA--GAGCATCA-ATT--------TA--AAT--TGTTGAT-TCATCAATTCA-TATGAAGAGAGCAA-TAATTCAGTTATAGC-GCT-CNTCAA--T-TCGC--G-AAT---AAT---AAA-------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-ATT--TA---ATGCGCGCAA-TGATTCAGAA-TTGAAGATATCATTNA-TTAA-----TTTGAAA-AGATCTTT-ACTGAAT-TATTGCGCGCATCAAATGA---------AT--------C---------TTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTTCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
Reference ( family-591 ) : TATGGAGCGCCAAATTAA-CGTA--AAC--TCAAAT-AATTGAA--GA-TA--T--TTA-ATT-ATT--------CGA--AGATT------------------G---CGCGCANCAATTCANTTGA--TGCGC-GC----A----------TC--AAA---TCAAT-------CATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGATGC-GCGC-ATTAATTTGG--TT----CG-----ATT-AT--ATTGCTCGCAAA--TTC-AA------TTT-G-A-GCTCGG--TATAAATGA-TTT-GAT-GATCTCTTN-AATTCAAT-TGAAGATATAT----C--TTT-GATTATT-TACAAC-----GATTTC-----GT-ATAAGGAAT---TAATGCGCGCATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAGCAAG-GCAAC--TTC--AACGAAANNAATCATTAATTCGATCGTGAAT-ATGTTGAATT-GAANATATCTTTAATCATATAGT-TGCTCTC-CNTTAA-ATGA---------------ATT---GNGCGCATCAAA-TGAAATTA--TC----GATATCATTAATT-CATTTGAA-GAGAGC-AATAA-T---TCAA---TTA--------TCGC------G-CGCATTA--AT-----TGAATT-AATG----CGCG-----C-----ATTAATTNAA-TTATTGC--TCTCTTCAATTGAA-TTGCA--GAGCATCA-ATT--------TA--AAT--TGTTGATATCATCAATTCA-TATGAAGAGAGCAA-TAATTCAGTTATAGC-GCT-CNTCAA--T-TCGC--G-AAT---AAT---AAA-------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-ATT--TA---ATGCGCGCAA-TGATTCAGAA-TTGAAGATATCATTNA-TTAA-----TTTGAAA-AGATCTT--ACTGAAT-TATTGCGCGCATCAAATGA---------AT--------C---------TTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTTCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
gi|1 : TATGGAACCCAAAATTAA-CTTA--TAG--TCAAAT-AATTGAA--CA-TA--T--GTA-ACT-ATT--------TAA--AGATT------------------G---CACGCATTGATTGAATGGA--TGCGC-GC----A----------TC--AAA---TTAAT-------CATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGATGA-GCGC-ATTAATTTGG--TT----CG-----ATT-AT--ATTGCTTGTAAA--TTC-AA------------A-GCTCAG--TATAAATGA-TTT-AAT-GATCTCTTG-AATTCAGT-TGAAGATATA--------TTT-GATTGTG-TACAGC-----GCTTAC-----AT-ATAAGGGAT---TAATGCGCACATCATT-TCT--TTTCAAGAGAGCAAGAGCAACAATTC--AATGAAATAAATCATTAATTCGATTGTGGAT-TTGTTGAATT-GAATATCTCTTTAGT-ATATAGTATGCTCTCTCTCTAACAAGAAG-------------ATT---GCGCGCATCAAA-TGAAATTT--TC----GATATCGTGAATT-CATTTGAA-GATAGC-AATAA-T---TCAG---GTA--------TTGC------G-CGCATTG--AT-----TGGAAT-CATG----CGCG-----T------TTAATTGAA-TCATTGC--TCGCTTCAGTCGAA-TTGTG--GAG-ATCA-ATT--------TT--AAT--TGTTGATATCATCGATTCA-CATGAAGAGAGCAA-GAATTCAGTGATAGC-GTT-CATCAA--TCCCGCA-G-AAT---AATTAAAAA-------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-GTT--TA---ATGCGAGCAA-TGATTCAGAA-TTGAAGATGCCATTTG-TTAA-----ATTGAAA-AGATTTTC-AATAAAT-TGTTGTGCGCA--AAAT-----------AT--------C---------TTAAAATA--A-T---A--ATATTCTTCGATTTTTTTAGTGT--ATGTTT-TTA
gi|10 : TATGGAGTGACAAATTAT-CGTC--ATC--TCAAAT-ACATGAA--GA-TATCT--TTA-ATC-ATT--------CCA--AGATA------------------A---C---CATCAACTCATTTAATTTGCGT-TC----AATAAGATATCTC--AAATCTTCAATTTTGGGGTAATGC---GTGCATG----C-AA---AATTGAAGC-GCAC-ATTAA-TTGA--TT----CA-----AAT-ATTAATTGTT
gi|11 : caataattgaaaaaaatgtT-TGCTCTC-C-TTAA-TTGA---------------ACTAAGGGGTGCAGTAAA-TGAA-TTA--TT----GCTCT-ATTAATT-GAACTAAG-GGGTGC-AGTAAATGAATCAA---TTA--------TTGC------T-CTCATTA--AT-----TCAATT-AATG----CACG-----C-----ATTCAATCAA-TTATTGC--TCTCTCAAATTATA-TTAAA--AAG--TCATATTTCACTCTGTA--AAT--TGTTCAT-TCATCAA
gi|12 : taA------TTTAG-T-GTTCGG--TAACATTGA-TGT-GAT-GATCACTTC-CATTCAAT-TAACGATAT------C--TTT-GATTATT-TACAAT-----TATATT-----GT-ACAAGGAGT---TGATACGCGTATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAATAA--ACAA----TC--AACTAAAGGAACCATTATTTTAATTGT-AATAACGTTGAATG-GAAGAT
gi|13 : -AAT----TCTATTGTTA---ATGTGCGCAATTGA-TCTGAA-TTAAAGATGTAATTAA-TT-A-----TTTGAAA-GTA------ATTAAAT-TTTTACGCGCATCAAATGAATTGAT---AT--------T---------TTCAAATA--ATCAAAA--ATA-TCTTCAATT
gi|14 : CAA-TAATTCAGTTATTGC-GCG-CTTAAA--T-TCGATAG-AAT---AAT---GAA-------TGGTATCG---A--T-AATCCAATC-ATT--TA---ATGCGTGCAA-TCATTCCGAA-TGGAAGATATCG-TCA-TTTA-----TTTGGAG-AGATC---------AT-TATTGCGCGCATGGAA----------------------C---------TTTAAATA--Aactagtagttgaatttggcgctccata
gi|15 : aacT--GTTGTTCGCATG--TTTTAA------CTT-G-A-GTTCGA--TGCAAACAAATTT-AAT-GATCTCTTA-ATTTC----TGGAGATACATGCGTC--TTT-AATCATT-TACAAC-----GATTT------GT-A
gi|16 : caaactcggtggaatTCAAA-TGAATTGA--TC----GGTATCATTAA------TTG----------AATAA-T---TCAA---TTA--------TTGC------T-TTCTTCA--GT-----TGAATT-AATG-----GTGT----C-----ATTAATTGAA-TTAATG
gi|17 : tgcaGAA-TTGAAGATAACATT---TTAAAACTATT---AA-AGATCTTTAATTGAATGTATTACGCGCATTAAATGGATTAAAGATAT--------C---------TTTAAATA--ATT---A--Aagag
gi|18 : ATGGAGTGCCAAATTAACCATA--AAC--TCAACTAAATTGAA--GACTT--T--TTA-ATT-ATT--------TGagat
gi|19 : TGAAGCGCCAAATTAA-CATA--AAC--TTGAAT-AATGGAA--GA-TATCT--TTA-ATT-ATT--------TAA--A
gi|2 : CTCCG--TATAAATGA-TTTTGAT-GATCTCTTA-ACTTTAAT-TGAAT-TCTGT----C--TTTAGATTATTCCACAACAGCTAGATTGCGCCCAGT-ATAGATAATTAATAATGAGAGCA-CAATGTCTTATTTAAAGA
gi|2 : TTAATT-CAATGGAAGGAGAACAAATAA-T---GCAATGTTTAGCATGTATTTGC------GCCGCATTATTATGATGCTGCATT-AATGAGAATGTG-----CTAGCGATTAACTGAATTTATTGCGATTTTTTCAA-TGAATTTGTAGCGCGCATCA-ATT--------TAAGAAT--TGTTGATGTCAGTAATTTATTTTGAAGAATGCAA-TAATTCAAGTATAGCGGCT-CG-CAATTT-TCACA-G-AAT---GATC--AAATTGCAATTGCTATCA---AACC-ATT----TCAATT--TG---ATGAGGCCAA-CAGT--AGAG-TAGAACACATCATTAACTCAA-----Ttgatttccattgtggggtatgtgtgaatttatgcaagctcatgcatataaccggggcatatacagttgtatatgaattttttttcataataaatttttaattcaatggaaggagaacaaataatgcaatgtttagcatgtatttgcgccgcattattatgatgctgcattaatgagaatgtgctagcgattaactgaatttattgcgattttttcaatgaatttgtagcgcgcatcaatttaagaattgttgatgtcagtaatttattttgaagaatgcaataattcaagtatagcggctcgcaattttcacagaatgatcaaattgcaattgctatcaaaccatttcaatttgatgaggccaacagtagagtagaacacatcattaactcaataaatttt
gi|20 : ctccgtataaatgattttgatgatctcttaactttaattgaattctgtctttagattattccacaacagctagattgcgcccagtatagataattaataatgagagcacaatgtcttatttaaagatgatttccattgtggggtatgtgtgaatttatgcaagctcatgcatataaccggggcatatacagttgtatatgaattttttttcataataaatttTGGAGCGCCAAATTAA-AATA--AAC--TCAAAT-AATTGAA--GA-TATCT--TTA-ATT-ATT--------aaatttt
gi|21 : -GC----A----------TC--AAA---TCAAT-------CAATGT---ACCCAT-----C-AATTCAATTAATGC-GAGCGATTAATTta
gi|3 : TATGGAGAGCCAAATTTA-CATA--AAC--TCAAAG-AACTGAA--GA-TG--TCTTTG-ATT-ATT--------TGA--AAACTATCAATTCAATATTAAGTG---CGCGCATCAAATCAGTTAT--TGCTC-TCCTGAA----------TTG-AAA---GGAAG-------CGTT-CAA-TTTGATAAGCGC-AATTCAGTTGATGC-GTGC-ATCAATGTGG--------CG-----AGT--C--ATTGTTCGCAA-------AA------TTT--------C------------A-TTT-G---GAGC----A-AGGCCAAAATGAA--TATAC----C--TTT-CATTA---------------ATTTC-----ATTATAATGAAG---TATTGTGCGCATCAGT-TCT--TTGAAAGA-----AG-GCAAC--TTTTTAATGAAAATA-TCATTAATTCGATTGTAAAT-ATGTTGCATTGGAAGATATCTTTAATCACGTAGT-TGCACCC-CCTT----------------------ATT---GGGCGC--CAAATTGATATTAACTCAAATGATGT--TTAATT--ATTTAAA-GATATC-ATCAA-T---TTAA---TTACTG-----TCCCCTTAATG-CGCA--A--AT-----TAAATCAAATG----CGAG-----T-----ATGAATTCAA-
gi|4 : ATCATTAATTCAATCATGAAT-ATGATAAATT-GAACTTATCTCTAATCATA-AGT-TGTTCTC-TGTAAA-ATGATTTGTAAAGTAATGTATT---GCGCACATCAAT-TGAA-TTA--AT----GACATCATTAATTTCATT-GAA-AAGAGC-AATAA-T---TAAA---TTA--------TCTT------G-AACGTTA--AT-----TGAAAT-AATA----CGCAATTTTC-----ATTTA--AAA-ATATAGC--GCACTTTAATTCA----GCA--GA--AT-A-ATT------------AATGGTATTGAATTTAACGATTCA--ATTATGCGCGCAA-TAATTCAGAACTAA----T-CATTGA--T-T--------ATTTGAAG---AGA-------T-CTTTCATTGA--C-GAT----TC-AGT--TATATATGCGCGCAA-TAATTCAGAA-CTGAAGATATCATGAA-TT-A-----TTTGAAG-AAATCTTTCGCTGTTT-TATTGCGCACATCAAATGA---------AT--------TGATGACATATTCAAATATTATT---AAGATA-TATTCAATTATCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
gi|5 : A-CGTA--AATATTCAAAT-A-TTGCA--G---------TCA-ATT-ATT--------GG-------T------------------G---C-TGAAATAACTCAATTGA--TGTGC-TC----A----------TC--AAG---TCAAT-------TATTGCATACCTCAT-----C-AAGTGAATTGATGC--CGC-GACAATCTGGAATTATTGCGCCAGTATTGAT---TTGCCCGCGCA---TC-AATTTTTTTTT-C-A-TTGCGGACAATAAATGA-TTT-GATAAACCACATC-AATTGAAT-TGatttggctctccct
gi|5 : ataagcatacC----A----------TC--AAT---TCAAA-------TATTCC---CCGCAA-----C-AATTCAATTGATGT-G-GT--TTA--TCAA--AT----C------ATT--T--ATTGTCCGCAAttgcggggaatatttgaattgatgtat
gi|6 : ataagcatacacgtaaatattcaaatattgcagtcaattattggtgctgaaataactcaattgatgtgctcatcaagtcaattattgcatacctcatcaagtgaattgatgccgcgacaatctggaattattgcgccagtattgatttgcccgcgcatcaatttttttttcaTTGAATTGA-TG--T--ATACATCCATT--------GAA--ATATA------------------G---TGAACAATAATTGAAATGA--TGCATTGC----A----------TCTCAAA---TTAAG-------TATTAC---TCTCTT-----CTAAATATATTGATGTTGC-C-ATCAAATTGC--T------G-----AAT--T--ATTGCTCGCAAA--TTC-AA------TTT-GGA-GATCGA--TATAAATGA-TTT-TAT-GATTTCTTTTGATTCAGT-TGAAGATGTGT----CCTTTT-AATTATT-TAACAC-----GATTTC-----GT-ATAAGGAAT---AACTGCACtat
gi|7 : tATAATCAAT-CA-TATGAAGAGAGAAAATAACTCAATTATAGC-GTTGCCTCAA--T-CAGC--GGAAT---AAT---AA-----------TATCA---G--C-AAT----TC-ATT--GA---ATGCTCAAAA-TGATTCATAA-ATGAAAATA--ATGG---TAT-----TTTGAAAGAGATCTA--ACTGGAT-TATTGCGCGCATCAAATGA---------ATTGATGATAC---------GTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTGCTGTCTTTGCATGCCT
gi|8 : ATGGAGCGCCAAATTAA-CATATAAAC--TCAAAT-----GAA--AA-TA--TCTTTA-ATT-ATTATTTTCTTCAATTAAATT------------------AAGACGAGCAACAATTCATTTAA--TACGC-GC----A----------TT--GAT---TCAAT-------CATTGC---TCTCAT-----G-AAATTATTTAATGC-TCGC-ATTAATGTGG--TA----GA-----AT---T--ATTGCTCGCAAAATTTT-AA------TTT-G-ATGCTCGG--TATAAATGA-TTT-AATAGATATCTt
gi|9 : TA--AT-----TGAATT-GATA----TGTG-----C-----ATCAATTCAA-TT-T--C--TTTCATCACTTGAA-TTGCA--ATGCATCA-ATT--------C---AAT--TGTT---------AATT-----TAAAGAGAGCAG-CCATTCAATTATAGA-ACG-CATCAA--T-TC----------------------------TGCTAT-ATT-A--CGAAT----TC-TGA--TA---ATGTGCGCAA-TAATTCAGCATTTGAAGATACCATTGA-TT-A-----TTTGAAA-AGTTCg
Alignments
lowQualScore : 22222 8888888888888888888888888888888888888888888 222222222222222 11 11111111 1111 11111 55555555555555555555 1111111 22222222222222 1 222222222 11111 111111 111 1 11 22222222 22222222 1 1 1 999999999999999999999999999 111 1 22222222 1 11 111 111 44444444444444444444 11111 11111 22222222222 11 222222 555555555555 11 1 111 111111 7777777777777777777777777777777777 222222 1111 1 111 111 1111111 333333 8888888888888888888888888888888 111111 1 11 1
lowQualScore : 5 3 66 66 555 66 4 44444 4 4 0000000000000000000000000000000000000000000 1 0 1 99 66 333333333333333 11 888 66666666 1 6666 77777 5 6 1 555 5 3 22222222222222222222 66 5555555 55555555555555 2 1 66 5 5 0 3 66 0 5 55 777777777 6 6 66666 777777 6 444 1 3 1 0 33 33333333 88888888 0 22 3 2 6 0 0 1 6 7 0 333333333333333333333333333 777 1 33 8 5 00000000 0 33 3 3 6 222 6 6 111 111 22222222222222222222 1 77 44444 5 33333 0 88888888888 3 1 5 3 11 1 0 88 1 333333 8 444444444444 11 8 6 3 3 5 777 1 6 111111 1 0000000000000000000000000000000000 2 333333 5 2222 1 77 000 66 5 5 4 222 9999999 5 000000 1 6 1 6666666666666666666666666666666 99 0 666666 0 88 5
lowQualScore : . . .. .. ... .. . ..... . . ........................................... . . . .. .. ............... .. ... ........ . .... ..... . . . ... . . .................... .. ....... .............. . . .. . . . . .. . . .. ......... . . ..... ...... . ... . . . . .. ........ ........ . .. . . . . . . . . . ........................... ... . .. . . ........ . .. . . . ... . . ... ... .................... . .. ..... . ..... . ........... . . . . .. . . .. . ...... . ............ .. . . . . . ... . . ...... . .................................. . ...... . .... . .. ... .. . . . ... ....... . ...... . . . ............................... .. . ...... . .. .
lowQualScore : 0 1 99 99 222 11 4 22222 4 4 9999999999999999999999999999999999999999999 0 3 0 22 44 555555555555555 99 888 55555555 4 6666 55555 0 6 4 888 0 4 00000000000000000000 99 2222222 00000000000000 2 4 99 0 0 0 6 77 3 7 77 333333333 7 7 77777 777777 7 000 0 2 2 0 88 00000000 77777777 7 00 2 0 5 0 0 0 7 3 0 888888888888888888888888888 555 0 88 0 8 66666666 0 33 7 2 7 888 7 7 777 777 77777777777777777777 0 99 33333 7 99999 4 99999999999 9 0 7 5 00 0 8 88 4 444444 0 666666666666 00 0 0 2 3 6 666 0 7 222222 0 8888888888888888888888888888888888 5 555555 7 1111 4 99 000 11 0 0 1 999 4444444 7 777777 8 7 0 0000000000000000000000000000000 22 8 000000 0 33 0
consensus : TATGGAGCGCCAAATTAA-CGTA--AAC--TCAAAT-AATTGAA--GA-TA--T--TTA-ATT-ATT--------CGA--AGATT------------------G---CGCGCANCAATTCANTTGA--TGCGC-GC----A----------TC--AAA---TCAAT-------CATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGATGC-GCGC-ATTAATTTGG--TT----CG-----ATT-AT--ATTGCTCGCAAA--TTC-AA------TTT-G-A-GCTCGG--TATAAATGA-TTT-GAT-GATCTCTTN-AATTCAAT-TGAAGATATAT----C--TTT-GATTATT-TACAAC-----GATTTC-----GT-ATAAGGAAT---TAATGCGCGCATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAGCAAG-GCAAC--TTC--AACGAAANNAATCATTAATTCGATCGTGAAT-ATGTTGAATT-GAANATATCTTTAATCATATAGT-TGCTCTC-CNTTAA-ATGA---------------ATT---GNGCGCATCAAA-TGAAATTA--TC----GATATCATTAATT-CATTTGAA-GAGAGC-AATAA-T---TCAA---TTA--------TCGC------G-CGCATTA--AT-----TGAATT-AATG----CGCG-----C-----ATTAATTNAA-TTATTGC--TCTCTTCAATTGAA-TTGCA--GAGCATCA-ATT--------TA--AAT--TGTTGA-T-TCATCGATTCA-TATGAAGAGAGCAA-TAATTCAGTTATAGC-GCT-CNTCAA--T-TCGC--G-AAT---AAT---AAA-------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-ATT--TA---ATGCGCGCAAT-GATTCAGAA-TTGAAGATATCATTNA-TTA-----ATTTGAAA-AGATCTT--ACTGAAT-TATTGCGCGCATCAAATGA---------AT--------C---------TTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTTCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
Reference ( family-591 ) : TATGGAGCGCCAAATTAA-CGTA--AAC--TCAAAT-AATTGAA--GA-TA--T--TTA-ATT-ATT--------CGA--AGATT------------------G---CGCGCANCAATTCANTTGA--TGCGC-GC----A----------TC--AAA---TCAAT-------CATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGATGC-GCGC-ATTAATTTGG--TT----CG-----ATT-AT--ATTGCTCGCAAA--TTC-AA------TTT-G-A-GCTCGG--TATAAATGA-TTT-GAT-GATCTCTTN-AATTCAAT-TGAAGATATAT----C--TTT-GATTATT-TACAAC-----GATTTC-----GT-ATAAGGAAT---TAATGCGCGCATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAGCAAG-GCAAC--TTC--AACGAAANNAATCATTAATTCGATCGTGAAT-ATGTTGAATT-GAANATATCTTTAATCATATAGT-TGCTCTC-CNTTAA-ATGA---------------ATT---GNGCGCATCAAA-TGAAATTA--TC----GATATCATTAATT-CATTTGAA-GAGAGC-AATAA-T---TCAA---TTA--------TCGC------G-CGCATTA--AT-----TGAATT-AATG----CGCG-----C-----ATTAATTNAA-TTATTGC--TCTCTTCAATTGAA-TTGCA--GAGCATCA-ATT--------TA--AAT--TGTTGA-T-TCATCAATTCA-TATGAAGAGAGCAA-TAATTCAGTTATAGC-GCT-CNTCAA--T-TCGC--G-AAT---AAT---AAA-------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-ATT--TA---ATGCGCGCAAT-GATTCAGAA-TTGAAGATATCATTNA-TTA-----ATTTGAAA-AGATCTTT-ACTGAAT-TATTGCGCGCATCAAATGA---------AT--------C---------TTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTTCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
gi|1 : TATGGAACCCAAAATTAA-CTTA--TAG--TCAAAT-AATTGAA--CA-TA--T--GTA-ACT-ATT--------TAA--AGATT------------------G---CACGCATTGATTGAATGGA--TGCGC-GC----A----------TC--AAA---TTAAT-------CATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGATGA-GCGC-ATTAATTTGG--TT----CG-----ATT-AT--ATTGCTTGTAAA--TTC-AA------------A-GCTCAG--TATAAATGA-TTT-AAT-GATCTCTTG-AATTCAGT-TGAAGATATA--------TTT-GATTGTG-TACAGC-----GCTTAC-----AT-ATAAGGGAT---TAATGCGCACATCATT-TCT--TTTCAAGAGAGCAAGAGCAACAATTC--AATGAAATAAATCATTAATTCGATTGTGGAT-TTGTTGAATT-GAATATCTCTTTAGT-ATATAGTATGCTCTCTCTCTAACAAGAAG-------------ATT---GCGCGCATCAAA-TGAAATTT--TC----GATATCGTGAATT-CATTTGAA-GATAGC-AATAA-T---TCAG---GTA--------TTGC------G-CGCATTG--AT-----TGGAAT-CATG----CGCG-----T------TTAATTGAA-TCATTGC--TCGCTTCAGTCGAA-TTGTG--GAG-ATCA-ATT--------TT--AAT--TGTTGA-TATCATCGATTCA-CATGAAGAGAGCAA-GAATTCAGTGATAGC-GTT-CATCAA--TCCCGCA-G-AAT---AATTAAAAA-------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-GTT--TA---ATGCGAGCAAT-GATTCAGAA-TTGAAGATGCCATTTG-TTA-----AATTGAAA-AGATTTTC-AATAAAT-TGTTGTGCGCA--AAAT-----------AT--------C---------TTAAAATA--A-T---A--ATATTCTTCGATTTTTTTAGTGT--ATGTTT-TTA
gi|10 : TATGGAGTGACAAATTAT-CGTC--ATC--TCAAAT-ACATGAA--GA-TATCT--TTA-ATC-ATT--------CCA--AGATA------------------A---C---CATCAACTCATTTAATTTGCGT-TC----AATAAGATATCTC--AAATCTTCAATTTTGGGGTAATGC---GTGCATG----C-AA---AATTGAAGC-GCAC-ATTAA-TTGA--TT----CA-----AAT-ATTAATTGTT
gi|11 : caataattgaaaaaaatgtT-TGCTCTC-C-TTAA-TTGA---------------ACTAAGGGGTGCAGTAAA-TGAA-TTA--TT----GCTCT-ATTAATT-GAACTAAG-GGGTGC-AGTAAATGAATCAA---TTA--------TTGC------T-CTCATTA--AT-----TCAATT-AATG----CACG-----C-----ATTCAATCAA-TTATTGC--TCTCTCAAATTATA-TTAAA--AAG--TCATATTTCACTCTGTA--AAT--TGTTCA-T-TCATCAA
gi|12 : taA------TTTAG-T-GTTCGG--TAACATTGA-TGT-GAT-GATCACTTC-CATTCAAT-TAACGATAT------C--TTT-GATTATT-TACAAT-----TATATT-----GT-ACAAGGAGT---TGATACGCGTATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAATAA--ACAA----TC--AACTAAAGGAACCATTATTTTAATTGT-AATAACGTTGAATG-GAAGAT
gi|13 : -AAT----TCTATTGTTA---ATGTGCGCAATTGAT-CTGAA-TTAAAGATGTAATTAA-TTA------TTTGAAA-GTA------ATTAAAT-TTTTACGCGCATCAAATGA---------AT--------TGATATT---TTCAAATA--ATCAAAA--ATA-TCTTCAATT
gi|14 : CAA-TAATTCAGTTATTGC-GCG-CTTAAA--T-TCGATAG-AAT---AAT---GAA-------TGGTATCG---A--T-AATCCAATC-ATT--TA---ATGCGTGCAAT-CATTCCGAA-TGGAAGATATCG-TCA-TTT-----ATTTGGAG-AGATC---------AT-TATTGCGCGCATGGAA----------------------C---------TTTAAATA--Aactagtagttgaatttggcgctccata
gi|15 : aacT--GTTGTTCGCATG--TTTTAA------CTT-G-A-GTTCGA--TGCAAACAAATTT-AAT-GATCTCTTA-ATTTC----TGGAGATACATGCGTC--TTT-AATCATT-TACAAC-----GATTT------GT-A
gi|16 : caaactcggtggaatTCAAA-TGAATTGA--TC----GGTATCATTAA------TTG----------AATAA-T---TCAA---TTA--------TTGC------T-TTCTTCA--GT-----TGAATT-AATG-----GTGT----C-----ATTAATTGAA-TTAATG
gi|17 : tgcaGAA-TTGAAGATAACATT---TTAAAACTATT---AA-AGATCTTTAATTGAATGTATTACGCGCATTAAATGGATTAAAGATAT--------C---------TTTAAATA--ATT---A--Aagag
gi|18 : ATGGAGTGCCAAATTAACCATA--AAC--TCAACTAAATTGAA--GACTT--T--TTA-ATT-ATT--------TGagat
gi|19 : TGAAGCGCCAAATTAA-CATA--AAC--TTGAAT-AATGGAA--GA-TATCT--TTA-ATT-ATT--------TAA--A
gi|2 : CTCCG--TATAAATGA-TTTTGAT-GATCTCTTA-ACTTTAAT-TGAAT-TCTGT----C--TTTAGATTATTCCACAACAGCTAGATTGCGCCCAGT-ATAGATAATTAATAATGAGAGCA-CAATGTCTTATTTAAAGA
gi|2 : TTAATT-CAATGGAAGGAGAACAAATAA-T---GCAATGTTTAGCATGTATTTGC------GCCGCATTATTATGATGCTGCATT-AATGAGAATGTG-----CTAGCGATTAACTGAATTTATTGCGATTTTTTCAA-TGAATTTGTAGCGCGCATCA-ATT--------TAAGAAT--TGTTGA-TGTCAGTAATTTATTTTGAAGAATGCAA-TAATTCAAGTATAGCGGCT-CG-CAATTT-TCACA-G-AAT---GATC--AAATTGCAATTGCTATCA---AACC-ATT----TCAATT--TG---ATGAGGCCAAC-AGT--AGAG-TAGAACACATCATTAACTCA-----ATtgatttccattgtggggtatgtgtgaatttatgcaagctcatgcatataaccggggcatatacagttgtatatgaattttttttcataataaatttttaattcaatggaaggagaacaaataatgcaatgtttagcatgtatttgcgccgcattattatgatgctgcattaatgagaatgtgctagcgattaactgaatttattgcgattttttcaatgaatttgtagcgcgcatcaatttaagaattgttgatgtcagtaatttattttgaagaatgcaataattcaagtatagcggctcgcaattttcacagaatgatcaaattgcaattgctatcaaaccatttcaatttgatgaggccaacagtagagtagaacacatcattaactcaataaatttt
gi|20 : ctccgtataaatgattttgatgatctcttaactttaattgaattctgtctttagattattccacaacagctagattgcgcccagtatagataattaataatgagagcacaatgtcttatttaaagatgatttccattgtggggtatgtgtgaatttatgcaagctcatgcatataaccggggcatatacagttgtatatgaattttttttcataataaatttTGGAGCGCCAAATTAA-AATA--AAC--TCAAAT-AATTGAA--GA-TATCT--TTA-ATT-ATT--------aaatttt
gi|21 : -GC----A----------TC--AAA---TCAAT-------CAATGT---ACCCAT-----C-AATTCAATTAATGC-GAGCGATTAATTta
gi|3 : TATGGAGAGCCAAATTTA-CATA--AAC--TCAAAG-AACTGAA--GA-TG--TCTTTG-ATT-ATT--------TGA--AAACTATCAATTCAATATTAAGTG---CGCGCATCAAATCAGTTAT--TGCTC-TCCTGAA----------TTG-AAA---GGAAG-------CGTT-CAA-TTTGATAAGCGC-AATTCAGTTGATGC-GTGC-ATCAATGTGG--------CG-----AGT--C--ATTGTTCGCAA-------AA------TTT--------C------------A-TTT-G---GAGC----A-AGGCCAAAATGAA--TATAC----C--TTT-CATTA---------------ATTTC-----ATTATAATGAAG---TATTGTGCGCATCAGT-TCT--TTGAAAGA-----AG-GCAAC--TTTTTAATGAAAATA-TCATTAATTCGATTGTAAAT-ATGTTGCATTGGAAGATATCTTTAATCACGTAGT-TGCACCC-CCTT----------------------ATT---GGGCGC--CAAATTGATATTAACTCAAATGATGT--TTAATT--ATTTAAA-GATATC-ATCAA-T---TTAA---TTACTG-----TCCCCTTAATG-CGCA--A--AT-----TAAATCAAATG----CGAG-----T-----ATGAATTCAA-
gi|4 : ATCATTAATTCAATCATGAAT-ATGATAAATT-GAACTTATCTCTAATCATA-AGT-TGTTCTC-TGTAAA-ATGATTTGTAAAGTAATGTATT---GCGCACATCAAT-TGAA-TTA--AT----GACATCATTAATTTCATT-GAA-AAGAGC-AATAA-T---TAAA---TTA--------TCTT------G-AACGTTA--AT-----TGAAAT-AATA----CGCAATTTTC-----ATTTA--AAA-ATATAGC--GCACTTTAATTCA----GCA--GA--AT-A-ATT------------AATGGTATTGAAT-TTAACGATTCA--ATTATGCGCGCAA-TAATTCAGAACTAA----T-CATTGA--T-T--------ATTTGAAG---AGA-------T-CTTTCATTGA--C-GAT----TC-AGT--TATATATGCGCGCAAT-AATTCAGAA-CTGAAGATATCATGAA-TT------ATTTGAAG-AAATCTTTCGCTGTTT-TATTGCGCACATCAAATGA---------AT--------TGATGACATATTCAAATATTATT---AAGATA-TATTCAATTATCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
gi|5 : A-CGTA--AATATTCAAAT-A-TTGCA--G---------TCA-ATT-ATT--------GG-------T------------------G---C-TGAAATAACTCAATTGA--TGTGC-TC----A----------TC--AAG---TCAAT-------TATTGCATACCTCAT-----C-AAGTGAATTGATGC--CGC-GACAATCTGGAATTATTGCGCCAGTATTGAT---TTGCCCGCGCA---TC-AATTTTTTTTT-C-A-TTGCGGACAATAAATGA-TTT-GATAAACCACATC-AATTGAAT-TGatttggctctccct
gi|5 : ataagcatacC----A----------TC--AAT---TCAAA-------TATTCC---CCGCAA-----C-AATTCAATTGATGT-G-GT--TTA--TCAA--AT----C------ATT--T--ATTGTCCGCAAttgcggggaatatttgaattgatgtat
gi|6 : ataagcatacacgtaaatattcaaatattgcagtcaattattggtgctgaaataactcaattgatgtgctcatcaagtcaattattgcatacctcatcaagtgaattgatgccgcgacaatctggaattattgcgccagtattgatttgcccgcgcatcaatttttttttcaTTGAATTGA-TG--T--ATACATCCATT--------GAA--ATATA------------------G---TGAACAATAATTGAAATGA--TGCATTGC----A----------TCTCAAA---TTAAG-------TATTAC---TCTCTT-----CTAAATATATTGATGTTGC-C-ATCAAATTGC--T------G-----AAT--T--ATTGCTCGCAAA--TTC-AA------TTT-GGA-GATCGA--TATAAATGA-TTT-TAT-GATTTCTTTTGATTCAGT-TGAAGATGTGT----CCTTTT-AATTATT-TAACAC-----GATTTC-----GT-ATAAGGAAT---AACTGCACtat
gi|7 : tATCAAT-CA-TATGAAGAGAGAAAATAACTCAATTATAGC-GTTGCCTCAA--T-CAGC--GGAAT---AAT---AA-----------TATCA---G--C-AAT----TC-ATT--GA---ATGCTCAAAAT-GATTCATAA-ATGAAAATA--ATGG---TA-----TTTTGAAAGAGATC-TA-ACTGGAT-TATTGCGCGCATCAAATGA---------ATTGATGATAC---------GTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTGCTGTCTTTGCATGCCT
gi|8 : ataATGGAGCGCCAAATTAA-CATATAAAC--TCAAAT-----GAA--AA-TA--TCTTTA-ATT-ATTATTTTCTTCAATTAAATT------------------AAGACGAGCAACAATTCATTTAA--TACGC-GC----A----------TT--GAT---TCAAT-------CATTGC---TCTCAT-----G-AAATTATTTAATGC-TCGC-ATTAATGTGG--TA----GA-----AT---T--ATTGCTCGCAAAATTTT-AA------TTT-G-ATGCTCGG--TATAAATGA-TTT-AATAGATATCTt
gi|9 : TA--AT-----TGAATT-GATA----TGTG-----C-----ATCAATTCAA-TT-T--C--TTTCATCACTTGAA-TTGCA--ATGCATCA-ATT--------C---AAT--TGTTAA-T-T-------------TAAAGAGAGCAG-CCATTCAATTATAGA-ACG-CATCAA--T-TC----------------------------TGCTAT-ATT-A--CGAAT----TC-TGA--TA---ATGTGCGCAAT-AATTCAGCATTTGAAGATACCATTGA-TT------ATTTGAAA-AGTTCg
Alignments
lowQualScore : 22222 8888888888888888888888888888888888888888888 222222222222222 11 11111111 1111 11111 55555555555555555555 1111111 22222222222222 1 222222222 11111 111111 111 1 11 22222222 22222222 1 1 1 999999999999999999999999999 111 1 22222222 1 11 111 111 44444444444444444444 11111 11111 22222222222 11 222222 555555555555 11 1 111 111111 7777777777777777777777777777777777 222222 1111 1 111 111 1111111 333333 8888888888888888888888888888888 111111 1 11 1
lowQualScore : 5 3 66 66 555 66 4 44444 4 4 0000000000000000000000000000000000000000000 1 0 1 99 66 333333333333333 11 888 66666666 1 6666 77777 5 6 1 555 5 3 22222222222222222222 66 5555555 55555555555555 2 1 66 5 5 0 3 66 0 5 55 777777777 6 6 66666 777777 6 444 1 3 1 0 33 33333333 88888888 0 22 3 2 6 0 0 1 6 7 0 333333333333333333333333333 777 1 33 8 5 00000000 0 33 3 3 6 222 6 6 111 111 22222222222222222222 1 77 44444 5 33333 0 88888888888 3 1 5 11 1 0 88 1 333333 8 444444444444 11 8 6 3 3 2 5 777 1 6 111111 1 0000000000000000000000000000000000 2 333333 5 2222 1 77 000 5 0 5 4 222 9999999 5 222222 1 6 1 6666666666666666666666666666666 99 0 666666 0 88 5
lowQualScore : . . .. .. ... .. . ..... . . ........................................... . . . .. .. ............... .. ... ........ . .... ..... . . . ... . . .................... .. ....... .............. . . .. . . . . .. . . .. ......... . . ..... ...... . ... . . . . .. ........ ........ . .. . . . . . . . . . ........................... ... . .. . . ........ . .. . . . ... . . ... ... .................... . .. ..... . ..... . ........... . . . .. . . .. . ...... . ............ .. . . . . . . ... . . ...... . .................................. . ...... . .... . .. ... . . . . ... ....... . ...... . . . ............................... .. . ...... . .. .
lowQualScore : 0 1 99 99 222 11 4 22222 4 4 9999999999999999999999999999999999999999999 0 3 0 22 44 555555555555555 99 888 55555555 4 6666 55555 0 6 4 888 0 4 00000000000000000000 99 2222222 00000000000000 2 4 99 0 0 0 6 77 3 7 77 333333333 7 7 77777 777777 7 000 0 2 2 0 88 00000000 77777777 7 00 2 0 5 0 0 0 7 3 0 888888888888888888888888888 555 0 88 0 8 66666666 0 33 7 2 7 888 7 7 777 777 77777777777777777777 0 99 33333 7 99999 4 99999999999 9 0 7 00 0 8 88 4 444444 0 666666666666 00 0 0 2 3 2 6 666 0 7 222222 0 8888888888888888888888888888888888 5 555555 7 1111 4 99 000 7 4 0 1 999 4444444 7 777777 8 7 0 0000000000000000000000000000000 22 8 000000 0 33 0
consensus : TATGGAGCGCCAAATTAA-CGTA--AAC--TCAAAT-AATTGAA--GA-TA--T--TTA-ATT-ATT--------CGA--AGATT------------------G---CGCGCANCAATTCANTTGA--TGCGC-GC----A----------TC--AAA---TCAAT-------CATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGATGC-GCGC-ATTAATTTGG--TT----CG-----ATT-AT--ATTGCTCGCAAA--TTC-AA------TTT-G-A-GCTCGG--TATAAATGA-TTT-GAT-GATCTCTTN-AATTCAAT-TGAAGATATAT----C--TTT-GATTATT-TACAAC-----GATTTC-----GT-ATAAGGAAT---TAATGCGCGCATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAGCAAG-GCAAC--TTC--AACGAAANNAATCATTAATTCGATCGTGAAT-ATGTTGAATT-GAANATATCTTTAATCATATAGT-TGCTCTC-CNTTAA-ATGA---------------ATT---GNGCGCATCAAA-TGAAATTA--TC----GATATCATTAATT-CATTTGAA-GAGAGC-AATAA-T---TCAA---TTA--------TCGC------G-CGCATTA--AT-----TGAATT-AATG----CGCG-----C-----ATTAATTNAA-TTATTGC--TCTCTTCAATTGAA-TTGCA--GAGCATCA-ATT--------TA--AAT--TGTTGA-T-TCATCGATTCA-TATGAAGAGAGCAA-TAATTCAGTTATAGC-GCT-CNTCAA--T-TCGC--G-AAT---AAT---AAA-------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-ATT--TA---ATGCGCGCAA-TGATTCAGAA-TTGAAGATATCATTNA-TTAA-----TTTGAAA-AGATCTTT-ACTGAAT-TATTGCGCGCATCAAATGA---------AT--------C---------TTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTTCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
Reference ( family-591 ) : TATGGAGCGCCAAATTAA-CGTA--AAC--TCAAAT-AATTGAA--GA-TA--T--TTA-ATT-ATT--------CGA--AGATT------------------G---CGCGCANCAATTCANTTGA--TGCGC-GC----A----------TC--AAA---TCAAT-------CATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGATGC-GCGC-ATTAATTTGG--TT----CG-----ATT-AT--ATTGCTCGCAAA--TTC-AA------TTT-G-A-GCTCGG--TATAAATGA-TTT-GAT-GATCTCTTN-AATTCAAT-TGAAGATATAT----C--TTT-GATTATT-TACAAC-----GATTTC-----GT-ATAAGGAAT---TAATGCGCGCATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAGCAAG-GCAAC--TTC--AACGAAANNAATCATTAATTCGATCGTGAAT-ATGTTGAATT-GAANATATCTTTAATCATATAGT-TGCTCTC-CNTTAA-ATGA---------------ATT---GNGCGCATCAAA-TGAAATTA--TC----GATATCATTAATT-CATTTGAA-GAGAGC-AATAA-T---TCAA---TTA--------TCGC------G-CGCATTA--AT-----TGAATT-AATG----CGCG-----C-----ATTAATTNAA-TTATTGC--TCTCTTCAATTGAA-TTGCA--GAGCATCA-ATT--------TA--AAT--TGTTGA-T-TCATCGATTCA-TATGAAGAGAGCAA-TAATTCAGTTATAGC-GCT-CNTCAA--T-TCGC--G-AAT---AAT---AAA-------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-ATT--TA---ATGCGCGCAA-TGATTCAGAA-TTGAAGATATCATTNA-TTAA-----TTTGAAA-AGATCTT--ACTGAAT-TATTGCGCGCATCAAATGA---------AT--------C---------TTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTTCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
gi|1 : TATGGAACCCAAAATTAA-CTTA--TAG--TCAAAT-AATTGAA--CA-TA--T--GTA-ACT-ATT--------TAA--AGATT------------------G---CACGCATTGATTGAATGGA--TGCGC-GC----A----------TC--AAA---TTAAT-------CATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGATGA-GCGC-ATTAATTTGG--TT----CG-----ATT-AT--ATTGCTTGTAAA--TTC-AA------------A-GCTCAG--TATAAATGA-TTT-AAT-GATCTCTTG-AATTCAGT-TGAAGATATA--------TTT-GATTGTG-TACAGC-----GCTTAC-----AT-ATAAGGGAT---TAATGCGCACATCATT-TCT--TTTCAAGAGAGCAAGAGCAACAATTC--AATGAAATAAATCATTAATTCGATTGTGGAT-TTGTTGAATT-GAATATCTCTTTAGT-ATATAGTATGCTCTCTCTCTAACAAGAAG-------------ATT---GCGCGCATCAAA-TGAAATTT--TC----GATATCGTGAATT-CATTTGAA-GATAGC-AATAA-T---TCAG---GTA--------TTGC------G-CGCATTG--AT-----TGGAAT-CATG----CGCG-----T------TTAATTGAA-TCATTGC--TCGCTTCAGTCGAA-TTGTG--GAG-ATCA-ATT--------TT--AAT--TGTTGA-TATCATCGATTCA-CATGAAGAGAGCAA-GAATTCAGTGATAGC-GTT-CATCAA--TCCCGCA-G-AAT---AATTAAAAA-------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-GTT--TA---ATGCGAGCAA-TGATTCAGAA-TTGAAGATGCCATTTG-TTAA-----ATTGAAA-AGATTTTC-AATAAAT-TGTTGTGCGCA--AAAT-----------AT--------C---------TTAAAATA--A-T---A--ATATTCTTCGATTTTTTTAGTGT--ATGTTT-TTA
gi|10 : TATGGAGTGACAAATTAT-CGTC--ATC--TCAAAT-ACATGAA--GA-TATCT--TTA-ATC-ATT--------CCA--AGATA------------------A---C---CATCAACTCATTTAATTTGCGT-TC----AATAAGATATCTC--AAATCTTCAATTTTGGGGTAATGC---GTGCATG----C-AA---AATTGAAGC-GCAC-ATTAA-TTGA--TT----CA-----AAT-ATTAATTGTT
gi|11 : caataattgaaaaaaatgtT-TGCTCTC-C-TTAA-TTGA---------------ACTAAGGGGTGCAGTAAA-TGAA-TTA--TT----GCTCT-ATTAATT-GAACTAAG-GGGTGC-AGTAAATGAATCAA---TTA--------TTGC------T-CTCATTA--AT-----TCAATT-AATG----CACG-----C-----ATTCAATCAA-TTATTGC--TCTCTCAAATTATA-TTAAA--AAG--TCATATTTCACTCTGTA--AAT--TGTTCA-T-TCATCAA
gi|12 : taA------TTTAG-T-GTTCGG--TAACATTGA-TGT-GAT-GATCACTTC-CATTCAAT-TAACGATAT------C--TTT-GATTATT-TACAAT-----TATATT-----GT-ACAAGGAGT---TGATACGCGTATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAATAA--ACAA----TC--AACTAAAGGAACCATTATTTTAATTGT-AATAACGTTGAATG-GAAGAT
gi|13 : -AAT----TCTATTGTTA---ATGTGCGCAATTGA-TCTGAA-TTAAAGATGTAATTAA-TT-A-----TTTGAAA-GTA------ATTAAAT-TTTTACGCGCATCAAATGAATTGAT---AT--------T---------TTCAAATA--ATCAAAA--ATA-TCTTCAATT
gi|14 : CAA-TAATTCAGTTATTGC-GCG-CTTAAA--T-TCGATAG-AAT---AAT---GAA-------TGGTATCG---A--T-AATCCAATC-ATT--TA---ATGCGTGCAA-TCATTCCGAA-TGGAAGATATCG-TCA-TTTA-----TTTGGAG-AGATC---------AT-TATTGCGCGCATGGAA----------------------C---------TTTAAATA--Aactagtagttgaatttggcgctccata
gi|15 : aacT--GTTGTTCGCATG--TTTTAA------CTT-G-A-GTTCGA--TGCAAACAAATTT-AAT-GATCTCTTA-ATTTC----TGGAGATACATGCGTC--TTT-AATCATT-TACAAC-----GATTT------GT-A
gi|16 : caaactcggtggaatTCAAA-TGAATTGA--TC----GGTATCATTAA------TTG----------AATAA-T---TCAA---TTA--------TTGC------T-TTCTTCA--GT-----TGAATT-AATG-----GTGT----C-----ATTAATTGAA-TTAATG
gi|17 : tgcaGAA-TTGAAGATAACATT---TTAAAACTATT---AA-AGATCTTTAATTGAATGTATTACGCGCATTAAATGGATTAAAGATAT--------C---------TTTAAATA--ATT---A--Aagag
gi|18 : ATGGAGTGCCAAATTAACCATA--AAC--TCAACTAAATTGAA--GACTT--T--TTA-ATT-ATT--------TGagat
gi|19 : TGAAGCGCCAAATTAA-CATA--AAC--TTGAAT-AATGGAA--GA-TATCT--TTA-ATT-ATT--------TAA--A
gi|2 : CTCCG--TATAAATGA-TTTTGAT-GATCTCTTA-ACTTTAAT-TGAAT-TCTGT----C--TTTAGATTATTCCACAACAGCTAGATTGCGCCCAGT-ATAGATAATTAATAATGAGAGCA-CAATGTCTTATTTAAAGA
gi|2 : TTAATT-CAATGGAAGGAGAACAAATAA-T---GCAATGTTTAGCATGTATTTGC------GCCGCATTATTATGATGCTGCATT-AATGAGAATGTG-----CTAGCGATTAACTGAATTTATTGCGATTTTTTCAA-TGAATTTGTAGCGCGCATCA-ATT--------TAAGAAT--TGTTGA-TGTCAGTAATTTATTTTGAAGAATGCAA-TAATTCAAGTATAGCGGCT-CG-CAATTT-TCACA-G-AAT---GATC--AAATTGCAATTGCTATCA---AACC-ATT----TCAATT--TG---ATGAGGCCAA-CAGT--AGAG-TAGAACACATCATTAACTCAA-----Ttgatttccattgtggggtatgtgtgaatttatgcaagctcatgcatataaccggggcatatacagttgtatatgaattttttttcataataaatttttaattcaatggaaggagaacaaataatgcaatgtttagcatgtatttgcgccgcattattatgatgctgcattaatgagaatgtgctagcgattaactgaatttattgcgattttttcaatgaatttgtagcgcgcatcaatttaagaattgttgatgtcagtaatttattttgaagaatgcaataattcaagtatagcggctcgcaattttcacagaatgatcaaattgcaattgctatcaaaccatttcaatttgatgaggccaacagtagagtagaacacatcattaactcaataaatttt
gi|20 : ctccgtataaatgattttgatgatctcttaactttaattgaattctgtctttagattattccacaacagctagattgcgcccagtatagataattaataatgagagcacaatgtcttatttaaagatgatttccattgtggggtatgtgtgaatttatgcaagctcatgcatataaccggggcatatacagttgtatatgaattttttttcataataaatttTGGAGCGCCAAATTAA-AATA--AAC--TCAAAT-AATTGAA--GA-TATCT--TTA-ATT-ATT--------aaatttt
gi|21 : -GC----A----------TC--AAA---TCAAT-------CAATGT---ACCCAT-----C-AATTCAATTAATGC-GAGCGATTAATTta
gi|3 : TATGGAGAGCCAAATTTA-CATA--AAC--TCAAAG-AACTGAA--GA-TG--TCTTTG-ATT-ATT--------TGA--AAACTATCAATTCAATATTAAGTG---CGCGCATCAAATCAGTTAT--TGCTC-TCCTGAA----------TTG-AAA---GGAAG-------CGTT-CAA-TTTGATAAGCGC-AATTCAGTTGATGC-GTGC-ATCAATGTGG--------CG-----AGT--C--ATTGTTCGCAA-------AA------TTT--------C------------A-TTT-G---GAGC----A-AGGCCAAAATGAA--TATAC----C--TTT-CATTA---------------ATTTC-----ATTATAATGAAG---TATTGTGCGCATCAGT-TCT--TTGAAAGA-----AG-GCAAC--TTTTTAATGAAAATA-TCATTAATTCGATTGTAAAT-ATGTTGCATTGGAAGATATCTTTAATCACGTAGT-TGCACCC-CCTT----------------------ATT---GGGCGC--CAAATTGATATTAACTCAAATGATGT--TTAATT--ATTTAAA-GATATC-ATCAA-T---TTAA---TTACTG-----TCCCCTTAATG-CGCA--A--AT-----TAAATCAAATG----CGAG-----T-----ATGAATTCAA-
gi|4 : ATCATTAATTCAATCATGAAT-ATGATAAATT-GAACTTATCTCTAATCATA-AGT-TGTTCTC-TGTAAA-ATGATTTGTAAAGTAATGTATT---GCGCACATCAAT-TGAA-TTA--AT----GACATCATTAATTTCATT-GAA-AAGAGC-AATAA-T---TAAA---TTA--------TCTT------G-AACGTTA--AT-----TGAAAT-AATA----CGCAATTTTC-----ATTTA--AAA-ATATAGC--GCACTTTAATTCA----GCA--GA--AT-A-ATT------------AATGGTATTGAAT-TTAACGATTCA--ATTATGCGCGCAA-TAATTCAGAACTAA----T-CATTGA--T-T--------ATTTGAAG---AGA-------T-CTTTCATTGA--C-GAT----TC-AGT--TATATATGCGCGCAA-TAATTCAGAA-CTGAAGATATCATGAA-TT-A-----TTTGAAG-AAATCTTTCGCTGTTT-TATTGCGCACATCAAATGA---------AT--------TGATGACATATTCAAATATTATT---AAGATA-TATTCAATTATCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
gi|5 : A-CGTA--AATATTCAAAT-A-TTGCA--G---------TCA-ATT-ATT--------GG-------T------------------G---C-TGAAATAACTCAATTGA--TGTGC-TC----A----------TC--AAG---TCAAT-------TATTGCATACCTCAT-----C-AAGTGAATTGATGC--CGC-GACAATCTGGAATTATTGCGCCAGTATTGAT---TTGCCCGCGCA---TC-AATTTTTTTTT-C-A-TTGCGGACAATAAATGA-TTT-GATAAACCACATC-AATTGAAT-TGatttggctctccct
gi|5 : ataagcatacC----A----------TC--AAT---TCAAA-------TATTCC---CCGCAA-----C-AATTCAATTGATGT-G-GT--TTA--TCAA--AT----C------ATT--T--ATTGTCCGCAAttgcggggaatatttgaattgatgtat
gi|6 : ataagcatacacgtaaatattcaaatattgcagtcaattattggtgctgaaataactcaattgatgtgctcatcaagtcaattattgcatacctcatcaagtgaattgatgccgcgacaatctggaattattgcgccagtattgatttgcccgcgcatcaatttttttttcaTTGAATTGA-TG--T--ATACATCCATT--------GAA--ATATA------------------G---TGAACAATAATTGAAATGA--TGCATTGC----A----------TCTCAAA---TTAAG-------TATTAC---TCTCTT-----CTAAATATATTGATGTTGC-C-ATCAAATTGC--T------G-----AAT--T--ATTGCTCGCAAA--TTC-AA------TTT-GGA-GATCGA--TATAAATGA-TTT-TAT-GATTTCTTTTGATTCAGT-TGAAGATGTGT----CCTTTT-AATTATT-TAACAC-----GATTTC-----GT-ATAAGGAAT---AACTGCACtat
gi|7 : tATCAAT-CA-TATGAAGAGAGAAAATAACTCAATTATAGC-GTTGCCTCAA--T-CAGC--GGAAT---AAT---AA-----------TATCA---G--C-AAT----TC-ATT--GA---ATGCTCAAAA-TGATTCATAA-ATGAAAATA--ATGG---TAT-----TTTGAAAGAGATCTA--ACTGGAT-TATTGCGCGCATCAAATGA---------ATTGATGATAC---------GTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTGCTGTCTTTGCATGCCT
gi|8 : ataATGGAGCGCCAAATTAA-CATATAAAC--TCAAAT-----GAA--AA-TA--TCTTTA-ATT-ATTATTTTCTTCAATTAAATT------------------AAGACGAGCAACAATTCATTTAA--TACGC-GC----A----------TT--GAT---TCAAT-------CATTGC---TCTCAT-----G-AAATTATTTAATGC-TCGC-ATTAATGTGG--TA----GA-----AT---T--ATTGCTCGCAAAATTTT-AA------TTT-G-ATGCTCGG--TATAAATGA-TTT-AATAGATATCTt
gi|9 : TA--AT-----TGAATT-GATA----TGTG-----C-----ATCAATTCAA-TT--T-C--TTTCATCACTTGAA-TTGCA--ATGCATCA-ATT--------C---AAT--TGTTAA-T-T-------------TAAAGAGAGCAG-CCATTCAATTATAGA-ACG-CATCAA--T-TC----------------------------TGCTAT-ATT-A--CGAAT----TC-TGA--TA---ATGTGCGCAA-TAATTCAGCATTTGAAGATACCATTGA-TT-A-----TTTGAAA-AGTTCg
Alignments
lowQualScore : 22222 8888888888888888888888888888888888888888888 222222222222222 11 11111111 1111 11111 55555555555555555555 1111111 22222222222222 1 222222222 11111 111111 111 1 11 22222222 22222222 1 1 1 999999999999999999999999999 111 1 22222222 1 11 111 111 44444444444444444444 11111 11111 22222222222 11 222222 555555555555 11 1 111 111111 7777777777777777777777777777777777 222222 1111 1 111 111 1111111 333333 8888888888888888888888888888888 111111 1 11 1
lowQualScore : 5 3 66 66 555 66 4 44444 4 4 0000000000000000000000000000000000000000000 1 0 1 99 66 333333333333333 11 888 66666666 1 6666 77777 5 6 1 555 5 3 22222222222222222222 66 5555555 55555555555555 2 1 66 5 5 0 3 66 0 5 55 777777777 6 6 66666 777777 6 444 1 3 1 0 33 33333333 88888888 0 22 3 2 6 0 0 1 6 7 0 333333333333333333333333333 777 1 33 8 5 00000000 0 33 3 3 6 222 6 6 111 111 22222222222222222222 1 77 44444 5 33333 0 88888888888 3 1 5 3 11 1 0 88 1 333333 8 444444444444 11 8 6 3 3 2 5 777 1 6 111111 1 0000000000000000000000000000000000 2 333333 5 2222 1 77 000 66 5 5 4 222 9999999 5 000000 1 6 1 6666666666666666666666666666666 99 0 666666 0 88 5
lowQualScore : . . .. .. ... .. . ..... . . ........................................... . . . .. .. ............... .. ... ........ . .... ..... . . . ... . . .................... .. ....... .............. . . .. . . . . .. . . .. ......... . . ..... ...... . ... . . . . .. ........ ........ . .. . . . . . . . . . ........................... ... . .. . . ........ . .. . . . ... . . ... ... .................... . .. ..... . ..... . ........... . . . . .. . . .. . ...... . ............ .. . . . . . . ... . . ...... . .................................. . ...... . .... . .. ... .. . . . ... ....... . ...... . . . ............................... .. . ...... . .. .
lowQualScore : 0 1 99 99 222 11 4 22222 4 4 9999999999999999999999999999999999999999999 0 3 0 22 44 555555555555555 99 888 55555555 4 6666 55555 0 6 4 888 0 4 00000000000000000000 99 2222222 00000000000000 2 4 99 0 0 0 6 77 3 7 77 333333333 7 7 77777 777777 7 000 0 2 2 0 88 00000000 77777777 7 00 2 0 5 0 0 0 7 3 0 888888888888888888888888888 555 0 88 0 8 66666666 0 33 7 2 7 888 7 7 777 777 77777777777777777777 0 99 33333 7 99999 4 99999999999 9 0 7 5 00 0 8 88 4 444444 0 666666666666 00 0 0 2 3 2 6 666 0 7 222222 0 8888888888888888888888888888888888 5 555555 7 1111 4 99 000 11 0 0 1 999 4444444 7 777777 8 7 0 0000000000000000000000000000000 22 8 000000 0 33 0
consensus : TATGGAGCGCCAAATTAA-CGTA--AAC--TCAAAT-AATTGAA--GA-TA--T--TTA-ATT-ATT--------CGA--AGATT------------------G---CGCGCANCAATTCANTTGA--TGCGC-GC----A----------TC--AAA---TCAAT-------CATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGATGC-GCGC-ATTAATTTGG--TT----CG-----ATT-AT--ATTGCTCGCAAA--TTC-AA------TTT-G-A-GCTCGG--TATAAATGA-TTT-GAT-GATCTCTTN-AATTCAAT-TGAAGATATAT----C--TTT-GATTATT-TACAAC-----GATTTC-----GT-ATAAGGAAT---TAATGCGCGCATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAGCAAG-GCAAC--TTC--AACGAAANNAATCATTAATTCGATCGTGAAT-ATGTTGAATT-GAANATATCTTTAATCATATAGT-TGCTCTC-CNTTAA-ATGA---------------ATT---GNGCGCATCAAA-TGAAATTA--TC----GATATCATTAATT-CATTTGAA-GAGAGC-AATAA-T---TCAA---TTA--------TCGC------G-CGCATTA--AT-----TGAATT-AATG----CGCG-----C-----ATTAATTNAA-TTATTGC--TCTCTTCAATTGAA-TTGCA--GAGCATCA-ATT--------TA--AAT--TGTTGA-T-TCATCGATTCA-TATGAAGAGAGCAA-TAATTCAGTTATAGC-GCT-CNTCAA--T-TCGC--G-AAT---AAT---AAA-------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-ATT--TA---ATGCGCGCAAT-GATTCAGAA-TTGAAGATATCATTNA-TTA-----ATTTGAAA-AGATCTT--ACTGAAT-TATTGCGCGCATCAAATGA---------AT--------C---------TTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTTCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
Reference ( family-591 ) : TATGGAGCGCCAAATTAA-CGTA--AAC--TCAAAT-AATTGAA--GA-TA--T--TTA-ATT-ATT--------CGA--AGATT------------------G---CGCGCANCAATTCANTTGA--TGCGC-GC----A----------TC--AAA---TCAAT-------CATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGATGC-GCGC-ATTAATTTGG--TT----CG-----ATT-AT--ATTGCTCGCAAA--TTC-AA------TTT-G-A-GCTCGG--TATAAATGA-TTT-GAT-GATCTCTTN-AATTCAAT-TGAAGATATAT----C--TTT-GATTATT-TACAAC-----GATTTC-----GT-ATAAGGAAT---TAATGCGCGCATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAGCAAG-GCAAC--TTC--AACGAAANNAATCATTAATTCGATCGTGAAT-ATGTTGAATT-GAANATATCTTTAATCATATAGT-TGCTCTC-CNTTAA-ATGA---------------ATT---GNGCGCATCAAA-TGAAATTA--TC----GATATCATTAATT-CATTTGAA-GAGAGC-AATAA-T---TCAA---TTA--------TCGC------G-CGCATTA--AT-----TGAATT-AATG----CGCG-----C-----ATTAATTNAA-TTATTGC--TCTCTTCAATTGAA-TTGCA--GAGCATCA-ATT--------TA--AAT--TGTTGA-T-TCATCGATTCA-TATGAAGAGAGCAA-TAATTCAGTTATAGC-GCT-CNTCAA--T-TCGC--G-AAT---AAT---AAA-------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-ATT--TA---ATGCGCGCAAT-GATTCAGAA-TTGAAGATATCATTNA-TTA-----ATTTGAAA-AGATCTTT-ACTGAAT-TATTGCGCGCATCAAATGA---------AT--------C---------TTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTTCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
gi|1 : TATGGAACCCAAAATTAA-CTTA--TAG--TCAAAT-AATTGAA--CA-TA--T--GTA-ACT-ATT--------TAA--AGATT------------------G---CACGCATTGATTGAATGGA--TGCGC-GC----A----------TC--AAA---TTAAT-------CATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGATGA-GCGC-ATTAATTTGG--TT----CG-----ATT-AT--ATTGCTTGTAAA--TTC-AA------------A-GCTCAG--TATAAATGA-TTT-AAT-GATCTCTTG-AATTCAGT-TGAAGATATA--------TTT-GATTGTG-TACAGC-----GCTTAC-----AT-ATAAGGGAT---TAATGCGCACATCATT-TCT--TTTCAAGAGAGCAAGAGCAACAATTC--AATGAAATAAATCATTAATTCGATTGTGGAT-TTGTTGAATT-GAATATCTCTTTAGT-ATATAGTATGCTCTCTCTCTAACAAGAAG-------------ATT---GCGCGCATCAAA-TGAAATTT--TC----GATATCGTGAATT-CATTTGAA-GATAGC-AATAA-T---TCAG---GTA--------TTGC------G-CGCATTG--AT-----TGGAAT-CATG----CGCG-----T------TTAATTGAA-TCATTGC--TCGCTTCAGTCGAA-TTGTG--GAG-ATCA-ATT--------TT--AAT--TGTTGA-TATCATCGATTCA-CATGAAGAGAGCAA-GAATTCAGTGATAGC-GTT-CATCAA--TCCCGCA-G-AAT---AATTAAAAA-------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-GTT--TA---ATGCGAGCAAT-GATTCAGAA-TTGAAGATGCCATTTG-TTA-----AATTGAAA-AGATTTTC-AATAAAT-TGTTGTGCGCA--AAAT-----------AT--------C---------TTAAAATA--A-T---A--ATATTCTTCGATTTTTTTAGTGT--ATGTTT-TTA
gi|10 : TATGGAGTGACAAATTAT-CGTC--ATC--TCAAAT-ACATGAA--GA-TATCT--TTA-ATC-ATT--------CCA--AGATA------------------A---C---CATCAACTCATTTAATTTGCGT-TC----AATAAGATATCTC--AAATCTTCAATTTTGGGGTAATGC---GTGCATG----C-AA---AATTGAAGC-GCAC-ATTAA-TTGA--TT----CA-----AAT-ATTAATTGTT
gi|11 : caataattgaaaaaaatgtT-TGCTCTC-C-TTAA-TTGA---------------ACTAAGGGGTGCAGTAAA-TGAA-TTA--TT----GCTCT-ATTAATT-GAACTAAG-GGGTGC-AGTAAATGAATCAA---TTA--------TTGC------T-CTCATTA--AT-----TCAATT-AATG----CACG-----C-----ATTCAATCAA-TTATTGC--TCTCTCAAATTATA-TTAAA--AAG--TCATATTTCACTCTGTA--AAT--TGTTCA-T-TCATCAA
gi|12 : taA------TTTAG-T-GTTCGG--TAACATTGA-TGT-GAT-GATCACTTC-CATTCAAT-TAACGATAT------C--TTT-GATTATT-TACAAT-----TATATT-----GT-ACAAGGAGT---TGATACGCGTATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAATAA--ACAA----TC--AACTAAAGGAACCATTATTTTAATTGT-AATAACGTTGAATG-GAAGAT
gi|13 : -AAT----TCTATTGTTA---ATGTGCGCAATTGAT-CTGAA-TTAAAGATGTAATTAA-TTA------TTTGAAA-GTA------ATTAAAT-TTTTACGCGCATCAAATGA---------AT--------TGATATT---TTCAAATA--ATCAAAA--ATA-TCTTCAATT
gi|14 : CAA-TAATTCAGTTATTGC-GCG-CTTAAA--T-TCGATAG-AAT---AAT---GAA-------TGGTATCG---A--T-AATCCAATC-ATT--TA---ATGCGTGCAAT-CATTCCGAA-TGGAAGATATCG-TCA-TTT-----ATTTGGAG-AGATC---------AT-TATTGCGCGCATGGAA----------------------C---------TTTAAATA--Aactagtagttgaatttggcgctccata
gi|15 : aacT--GTTGTTCGCATG--TTTTAA------CTT-G-A-GTTCGA--TGCAAACAAATTT-AAT-GATCTCTTA-ATTTC----TGGAGATACATGCGTC--TTT-AATCATT-TACAAC-----GATTT------GT-A
gi|16 : caaactcggtggaatTCAAA-TGAATTGA--TC----GGTATCATTAA------TTG----------AATAA-T---TCAA---TTA--------TTGC------T-TTCTTCA--GT-----TGAATT-AATG-----GTGT----C-----ATTAATTGAA-TTAATG
gi|17 : tgcaGAA-TTGAAGATAACATT---TTAAAACTATT---AA-AGATCTTTAATTGAATGTATTACGCGCATTAAATGGATTAAAGATAT--------C---------TTTAAATA--ATT---A--Aagag
gi|18 : ATGGAGTGCCAAATTAACCATA--AAC--TCAACTAAATTGAA--GACTT--T--TTA-ATT-ATT--------TGagat
gi|19 : TGAAGCGCCAAATTAA-CATA--AAC--TTGAAT-AATGGAA--GA-TATCT--TTA-ATT-ATT--------TAA--A
gi|2 : CTCCG--TATAAATGA-TTTTGAT-GATCTCTTA-ACTTTAAT-TGAAT-TCTGT----C--TTTAGATTATTCCACAACAGCTAGATTGCGCCCAGT-ATAGATAATTAATAATGAGAGCA-CAATGTCTTATTTAAAGA
gi|2 : TTAATT-CAATGGAAGGAGAACAAATAA-T---GCAATGTTTAGCATGTATTTGC------GCCGCATTATTATGATGCTGCATT-AATGAGAATGTG-----CTAGCGATTAACTGAATTTATTGCGATTTTTTCAA-TGAATTTGTAGCGCGCATCA-ATT--------TAAGAAT--TGTTGA-TGTCAGTAATTTATTTTGAAGAATGCAA-TAATTCAAGTATAGCGGCT-CG-CAATTT-TCACA-G-AAT---GATC--AAATTGCAATTGCTATCA---AACC-ATT----TCAATT--TG---ATGAGGCCAAC-AGT--AGAG-TAGAACACATCATTAACTCA-----ATtgatttccattgtggggtatgtgtgaatttatgcaagctcatgcatataaccggggcatatacagttgtatatgaattttttttcataataaatttttaattcaatggaaggagaacaaataatgcaatgtttagcatgtatttgcgccgcattattatgatgctgcattaatgagaatgtgctagcgattaactgaatttattgcgattttttcaatgaatttgtagcgcgcatcaatttaagaattgttgatgtcagtaatttattttgaagaatgcaataattcaagtatagcggctcgcaattttcacagaatgatcaaattgcaattgctatcaaaccatttcaatttgatgaggccaacagtagagtagaacacatcattaactcaataaatttt
gi|20 : ctccgtataaatgattttgatgatctcttaactttaattgaattctgtctttagattattccacaacagctagattgcgcccagtatagataattaataatgagagcacaatgtcttatttaaagatgatttccattgtggggtatgtgtgaatttatgcaagctcatgcatataaccggggcatatacagttgtatatgaattttttttcataataaatttTGGAGCGCCAAATTAA-AATA--AAC--TCAAAT-AATTGAA--GA-TATCT--TTA-ATT-ATT--------aaatttt
gi|21 : -GC----A----------TC--AAA---TCAAT-------CAATGT---ACCCAT-----C-AATTCAATTAATGC-GAGCGATTAATTta
gi|3 : TATGGAGAGCCAAATTTA-CATA--AAC--TCAAAG-AACTGAA--GA-TG--TCTTTG-ATT-ATT--------TGA--AAACTATCAATTCAATATTAAGTG---CGCGCATCAAATCAGTTAT--TGCTC-TCCTGAA----------TTG-AAA---GGAAG-------CGTT-CAA-TTTGATAAGCGC-AATTCAGTTGATGC-GTGC-ATCAATGTGG--------CG-----AGT--C--ATTGTTCGCAA-------AA------TTT--------C------------A-TTT-G---GAGC----A-AGGCCAAAATGAA--TATAC----C--TTT-CATTA---------------ATTTC-----ATTATAATGAAG---TATTGTGCGCATCAGT-TCT--TTGAAAGA-----AG-GCAAC--TTTTTAATGAAAATA-TCATTAATTCGATTGTAAAT-ATGTTGCATTGGAAGATATCTTTAATCACGTAGT-TGCACCC-CCTT----------------------ATT---GGGCGC--CAAATTGATATTAACTCAAATGATGT--TTAATT--ATTTAAA-GATATC-ATCAA-T---TTAA---TTACTG-----TCCCCTTAATG-CGCA--A--AT-----TAAATCAAATG----CGAG-----T-----ATGAATTCAA-
gi|4 : ATCATTAATTCAATCATGAAT-ATGATAAATT-GAACTTATCTCTAATCATA-AGT-TGTTCTC-TGTAAA-ATGATTTGTAAAGTAATGTATT---GCGCACATCAAT-TGAA-TTA--AT----GACATCATTAATTTCATT-GAA-AAGAGC-AATAA-T---TAAA---TTA--------TCTT------G-AACGTTA--AT-----TGAAAT-AATA----CGCAATTTTC-----ATTTA--AAA-ATATAGC--GCACTTTAATTCA----GCA--GA--AT-A-ATT------------AATGGTATTGAAT-TTAACGATTCA--ATTATGCGCGCAA-TAATTCAGAACTAA----T-CATTGA--T-T--------ATTTGAAG---AGA-------T-CTTTCATTGA--C-GAT----TC-AGT--TATATATGCGCGCAAT-AATTCAGAA-CTGAAGATATCATGAA-TT------ATTTGAAG-AAATCTTTCGCTGTTT-TATTGCGCACATCAAATGA---------AT--------TGATGACATATTCAAATATTATT---AAGATA-TATTCAATTATCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
gi|5 : A-CGTA--AATATTCAAAT-A-TTGCA--G---------TCA-ATT-ATT--------GG-------T------------------G---C-TGAAATAACTCAATTGA--TGTGC-TC----A----------TC--AAG---TCAAT-------TATTGCATACCTCAT-----C-AAGTGAATTGATGC--CGC-GACAATCTGGAATTATTGCGCCAGTATTGAT---TTGCCCGCGCA---TC-AATTTTTTTTT-C-A-TTGCGGACAATAAATGA-TTT-GATAAACCACATC-AATTGAAT-TGatttggctctccct
gi|5 : ataagcatacC----A----------TC--AAT---TCAAA-------TATTCC---CCGCAA-----C-AATTCAATTGATGT-G-GT--TTA--TCAA--AT----C------ATT--T--ATTGTCCGCAAttgcggggaatatttgaattgatgtat
gi|6 : ataagcatacacgtaaatattcaaatattgcagtcaattattggtgctgaaataactcaattgatgtgctcatcaagtcaattattgcatacctcatcaagtgaattgatgccgcgacaatctggaattattgcgccagtattgatttgcccgcgcatcaatttttttttcaTTGAATTGA-TG--T--ATACATCCATT--------GAA--ATATA------------------G---TGAACAATAATTGAAATGA--TGCATTGC----A----------TCTCAAA---TTAAG-------TATTAC---TCTCTT-----CTAAATATATTGATGTTGC-C-ATCAAATTGC--T------G-----AAT--T--ATTGCTCGCAAA--TTC-AA------TTT-GGA-GATCGA--TATAAATGA-TTT-TAT-GATTTCTTTTGATTCAGT-TGAAGATGTGT----CCTTTT-AATTATT-TAACAC-----GATTTC-----GT-ATAAGGAAT---AACTGCACtat
gi|7 : tATCAAT-CA-TATGAAGAGAGAAAATAACTCAATTATAGC-GTTGCCTCAA--T-CAGC--GGAAT---AAT---AA-----------TATCA---G--C-AAT----TC-ATT--GA---ATGCTCAAAAT-GATTCATAA-ATGAAAATA--ATGG---TA-----TTTTGAAAGAGATC-TA-ACTGGAT-TATTGCGCGCATCAAATGA---------ATTGATGATAC---------GTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTGCTGTCTTTGCATGCCT
gi|8 : ataATGGAGCGCCAAATTAA-CATATAAAC--TCAAAT-----GAA--AA-TA--TCTTTA-ATT-ATTATTTTCTTCAATTAAATT------------------AAGACGAGCAACAATTCATTTAA--TACGC-GC----A----------TT--GAT---TCAAT-------CATTGC---TCTCAT-----G-AAATTATTTAATGC-TCGC-ATTAATGTGG--TA----GA-----AT---T--ATTGCTCGCAAAATTTT-AA------TTT-G-ATGCTCGG--TATAAATGA-TTT-AATAGATATCTt
gi|9 : TA--AT-----TGAATT-GATA----TGTG-----C-----ATCAATTCAA-TT-T--C--TTTCATCACTTGAA-TTGCA--ATGCATCA-ATT--------C---AAT--TGTTAA-T-T-------------TAAAGAGAGCAG-CCATTCAATTATAGA-ACG-CATCAA--T-TC----------------------------TGCTAT-ATT-A--CGAAT----TC-TGA--TA---ATGTGCGCAAT-AATTCAGCATTTGAAGATACCATTGA-TT------ATTTGAAA-AGTTCg
blockSeqs : C G TA AT AAA TT C TCT C C TGAAAACTATCAATTCAATATTAAGTGCGC T T TT TG AATAAGATATC TC TCT TTTTGGGG G ATAC AAGCG T T C TGC G T AATTATTGCGCCAGTATTGA TA AATTTT TTTTTTTTTCA T G AC A T A A TT A GA ATGCGTC A C AGCTA CGCCCA T TAA A T A G TA GAATAA CTTTTT GG A T A A G G C T . TGTAAAATGATTTGTAAAGTAATGT AAG G AG T T ACTCAAAT C TC A T G GTG A A GAA TGT GCATGTATTTGCGC T TT GATGC A AGAAT CTAGCG A C T T GA T AT A GCGCGC T TCACTCTGTA GG A G C T A T TTT T A CGGCT T TTTTCACAGAATGATCAAATTGCAAT G TTGA G CCAA T GT TAT TG T T T AAC AAAACTA G TTTAAT A G C GGATTAAAGATATC TT AAAA . GC G
blockSeqs : . A . . AC . . TCT . . ATTTTCTTCAATTAAATTAAGACGA T G . T CTGAA G . T G AAT G . T C GC . T TTCAAATA . GTTTT TTTAGT T G . . . A T C . GA GTCCT . . . T . . A T A . . AG TC AT A T G . . G C . . CTTAATTGA . G AT . A TT C G A T . GAA . . . . CTGTCCCCTTAATG T . . . C ATTTTC T G . T . T A T ATGC . TAAG . . . C G A T TA C . CGTTG G TTCGATAGAATAATGAA G AAC . . A . . C T . T AA TA . TTTCGC A . G GAATTGATGACATA . AAG . .
blockSeqs : . A . . AA . . TCT . . GAAATATAGTGA A A . G A . . G G G . . G G GA . T ATCATT . ATTC TTTGGA C C . . . . T A . GA GTC . . . C . . T . G . . . C . . . C . CCTT . C . . . TC . C T G . TAT . . . . TTGCT G . . . C TC C G . T . A A C AAG . C . . . T A G . A A . CGCG A TCAGCGGAATAATAA G TTA . . . . . A T . A CA AA . TAAC T . T GAATTGATGATAC . A .
blockSeqs : . A . . AA . . TCT . . CCAAGATAAC A A . T A . . T C A . . T C GT . A TAGAAT . ATC TTTGAT T G . . . . A A . T ACC . . . C . . C . . AT . . T T . GAG . . . . TTGCT G . . . C C T C . A . T . C GA . . . . . . T A . . A . AACG C TTATTTGAAGAGA . A . . . . . A T . T AA AT . AT G . C GAATTGATATT . A
blockSeqs : . A . . AA . . TCT . . GGTGCT A T . T A . . A A C . . A A TC . T CGAGT . . CTTGA A G . . . . T A . . C . . . . . . . . . . . . . . TCTTG A . . . T T T A . . . . . T A TTC . G . . . . . G . . T GA A . . . . C C .
blockSeqs : . G . . A . . T . . G A . . G G T . . A T C . . TGAAT . TTT C G . . . . T C . . . . . C . C . . . . . . A . . C G A .
blockSeqs : . A . . . . . T . . A . . T . T . . . . G . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : TCT** GAAATATAGCGC******************************* ATGAGTA************* ATTT*** TTTGGT******** GTC****** ** C*********** *** CGCG** TTCACGGAATAATAA******************* A****** TAC*** GAATTGATGATAC******************
originalCons : TATGGAGCGCCAAATTAA-CGTA--AAC--TCAAAT-AATTGAA--GA-TA--T--TTA-ATT-ATT--------CGA--AGATT------------------G---CGCGCANCAATTCANTTGA--TGCGC-GC----A----------TC--AAA---TCAAT-------CATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGATGC-GCGC-ATTAATTTGG--TT----CG-----ATT-AT--ATTGCTCGCAAA--TTC-AA------TTT-G-A-GCTCGG--TATAAATGA-TTT-GAT-GATCTCTTN-AATTCAAT-TGAAGATATAT----C--TTT-GATTATT-TACAAC-----GATTTC-----GT-ATAAGGAAT---TAATGCGCGCATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAGCAAG-GCAAC--TTC--AACGAAANNAATCATTAATTCGATCGTGAAT-ATGTTGAATT-GAANATATCTTTAATCATATAGT-TGCTCTC-CNTTAA-ATGA---------------ATT---GNGCGCATCAAA-TGAAATTA--TC----GATATCATTAATT-CATTTGAA-GAGAGC-AATAA-T---TCAA---TTA--------TCGC------G-CGCATTA--AT-----TGAATT-AATG----CGCG-----C-----ATTAATTNAA-TTATTGC--TCTCTTCAATTGAA-TTGCA--GAGCATCA-ATT--------TA--AAT--TGTTGA-T-TCATCGATTCA-TATGAAGAGAGCAA-TAATTCAGTTATAGC-GCT-CNTCAA--T-TCGC--G-AAT---AAT---AAA-------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-ATT--TA---ATGCGCGCAAT-GATTCAGAA-TTGAAGATATCATTNA-TTA-----ATTTGAAA-AGATCTT--ACTGAAT-TATTGCGCGCATCAAATGA---------AT--------C---------TTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTTCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
finalCons : TATGGAGCGCCAAATTAA-CGTA--AAC--TCAAAT-AATTGAA--GA-TATCT--TTA-ATT-ATTGAAATATAGCGC-------------------------------GCANCAATTCANTTGA--TGCGC-GC----A----------TC--AAA---TCAAT-------CATTGC---TCTCAT-----C-AATTCAATTGATGC-GCGC-ATTAATTTGGATGAGTA-------------T--ATTGCTCGCAAATTT---AATTTGGT--------GCTCGG--TATAAATGA-TTT-GAT-GATCTCTTN-AATTCAAT-TGAAGATATGTC------TTT-GATTATT-TACAAC-----GATTTC-----GT-ATAAGGAAT---TAATGCGCGCATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAGCAAG-GCAAC--TTC--AACGAAANNAATCATTAATTCGATCGTGAAT-ATGTTGAATT-GAANATATCTTTAATCATATAGT-TGCTCTC-CNTTAA-ATGA---------------ATT---GNGCGCATCAAA-TGAAATTA--TC----GATATCATTAATT--ATTTGAA-GAGAGC-AATAA-T---TCAA---TTA--------TCGC------G-CGCATTA--AT-----TGAATT-AATG----CGCG-----C-----ATTAATTNAA-TTATTGC--TCTCTTCAATTGAA-TTGCA--GAGCATCA-ATTC-----------AAT--TGTTGA-T-TCATCGATTCA---TGAAGAGAGCAA-TAATTCAGTTATAGCGCG--CNTCAATTCACGGAATAATAA-------------------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-ATT--TA---ATGCGCGCAAT-GATTCAGAA-TTGAAGATATCATTNA-TTA------TTTGAAA-AGATCTAC---TGAAT-TATTGCGCGCATCAAATGAATTGATGATAC------------------TTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTTCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
Alignments
lowQualScore : 8888888888888888888888888888888888888888888 1111 11 111 11111 1111111 55555555555555555555 11111111 1111 1111111 1 222222222 11111 111111 111 1 11 22222222 22222222 1 1 1 999999999999999999999999999 111 1 22222222 1 3333333 111 22222222222222222 1111111111 222222 1 333333333 111111 1 222222222 111 11 4444444444444444444444444444444 222222 1111 1 111 11111 4444444 11111111 11 111111 1 11 1
lowQualScore : 5 3 66 66 555 2 2222222222222222222222222222222222222222222 1 0 1 5 0000 11 2 0 0 1 555 0 22222 5 9999 6666666 777 5 66 0 11111111111111111111 5 888 66666666 8888 2 33 6666666 5 5 0 3 5 1 0 5 55 666666666 6 6 66666 777777 6 444 1 3 1 0 33 33333333 88888888 0 22 3 2 6 0 0 1 6 7 0 333333333333333333333333333 777 1 33 8 5 00000000 0 2222222 66 8 444 33333333333333333 3 5 0 9999999999 2 1 888 99 3 0 8 1 555555 0 8 555555555 666666 8 6 3 3 2 999999999 1 6 111 3 44 1 6 9999999999999999999999999999999 6 333333 5 2222 1 77 000 66 5 5 4 66666 5 5 3333333 1 6 0 88888888 11 0 666666 0 88 5
lowQualScore : . . .. .. ... . ........................................... . . . . .... .. . . . . ... . ..... . .... ....... ... . .. . .................... . ... ........ .... . .. ....... . . . . . . . . .. ......... . . ..... ...... . ... . . . . .. ........ ........ . .. . . . . . . . . . ........................... ... . .. . . ........ . ....... .. . ... ................. . . . .......... . . ... .. . . . . ...... . . ......... ...... . . . . . ......... . . ... . .. . . ............................... . ...... . .... . .. ... .. . . . ..... . . ....... . . . ........ .. . ...... . .. .
lowQualScore : 0 1 99 99 222 0 6666666666666666666666666666666666666666666 0 3 0 7 6666 99 4 2 4 4 666 4 55555 0 2222 2222222 888 0 99 5 99999999999999999999 0 888 11111111 6666 2 66 2222222 0 0 0 6 0 0 3 7 77 888888888 7 7 77777 777777 7 000 0 2 2 0 88 00000000 77777777 7 00 2 0 5 0 0 0 7 3 0 888888888888888888888888888 555 0 88 0 8 66666666 0 8888888 00 0 000 22222222222222222 6 0 2 4444444444 2 0 999 22 8 8 0 4 000000 0 0 444444444 000000 0 0 2 3 2 222222222 0 7 777 5 55 0 7 2222222222222222222222222222222 7 555555 7 1111 4 99 000 11 0 0 1 66666 0 7 5555555 8 7 8 66666666 00 8 000000 0 33 0
consensus : TATGGAGCGCCAAATTAA-CGTA--AAC--TCAAAT-AATTGAAGATATCTTTAATTATT-N------------AAA-------------TAT--AG--CGC-GCANCAATTCANTTGATGCGC-GC----ATC--AAATCAATCATTGC---TCTCAT-----C-AA---TTCAAT-------TGATGC-GCGC-ATC--AATTTGGA-----T-G----AGTAT--A-TTGCTCG---CAAA--T-TC-AATTTGGTGCTCGGT-------ATAAATGA-TTT-GAT-GATCTC-TTNAATTCAAT-TGAAGATAT----GTC--TTT-GATTATT-TACAAC-----GATTTC-----GT-ATAAGGAAT---TAATGCGCGCATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAGCAAG-GCAAC--TTC--AACGAAANNAATCATTAATTCGATCGTGAAT-ATGTTGAATT-GAANATATCTTTAATCATATAGT-TGCTCTC-CNTTAA-ATGA---------------ATT---GNGCGCATCAAA-TGAAATTA--TC----GATATCATTAATT--ATTTGAAGANAGCAATAA-T---TCAATTA---TCGC------GC-GCATTAATTGAATT-AATGCGC--G-----C-ATTAATTNAATT-ATTGC--TCTCTTCAATTGAATT-GCAGAG-C--ATCAA-TTC--------AA---T--TGTTGA-T-TCATCGATT--CA-T---GAAGAGAGCAA-TAATTCAG---TTATAGCGC-GCNT-CAA--T-TC-GCGGAATAAT----AA--------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-ATT--TA---ATGCGCGCAAT-GATTCAGAA-TTGAAGATATCATTA----ATT-ATTTGAAA-AGATCTTT-A-CTGAAT-TATTGCGCGCATCAAATGAATTGATGATA-C-TTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTTCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
Reference ( family-591 ) : TATGGAGCGCCAAATTAA-CGTA--AAC--TCAAAT-AATTGAAGATATCTTTAATTATT-G------------AAA-------------TAT--AG--CGC-GCANCAATTCANTTGATGCGC-GC----ATC--AAATCAATCATTGC---TCTCAT-----C-AA---TTCAAT-------TGATGC-GCGC-ATT--AATTTGGA-----T-G----AGTAT--A-TTGCTCG---CAAA--T-TT-AATTTGGTGCTCGGT-------ATAAATGA-TTT-GAT-GATCTC-TTNAATTCAAT-TGAAGATAT----GTC--TTT-GATTATT-TACAAC-----GATTTC-----GT-ATAAGGAAT---TAATGCGCGCATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAGCAAG-GCAAC--TTC--AACGAAANNAATCATTAATTCGATCGTGAAT-ATGTTGAATT-GAANATATCTTTAATCATATAGT-TGCTCTC-CNTTAA-ATGA---------------ATT---GNGCGCATCAAA-TGAAATTA--TC----GATATCATTAATT--ATTTGAAGAGAGCAATAA-T---TCAATTA---TCGC------GC-GCATTAATTGAATT-AATGCGC--G-----C-ATTAATTNAATT-ATTGC--TCTCTTCAATTGAATT-GCAGAG-C--ATCAA-TTC--------AA---T--TGTTGA-T-TCATCGATT--CA-T---GAAGAGAGCAA-TAATTCAG---TTATAGCGC-GCNT-CAA--T-TC-ACGGAATAAT----AA--------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-ATT--TA---ATGCGCGCAAT-GATTCAGAA-TTGAAGATATCATTN----ATT-ATTTGAAA-AGATCT---A-CTGAAT-TATTGCGCGCATCAAATGAATTGATGATA-C-TTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTTCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
gi|1 : TATGGAACCCAAAATTAA-CTTA--TAG--TCAAAT-AATTGAACATATGT--AACTATT-T------------AAA-------------GAT--TG--CAC-GCATTGATTGAATGGATGCGC-GC----ATC--AAATTAATCATTGC---TCTCAT-----C-AA---TTCAAT-------TGATGA-GCGC-ATT--AATTTGGT-----TCG----ATTAT--A-TTGCTTG---TAAA--T-TC-AA-----AGCTCAGT-------ATAAATGA-TTT-AAT-GATCTC-TTGAATTCAGT-TGAAGATAT----A----TTT-GATTGTG-TACAGC-----GCTTAC-----AT-ATAAGGGAT---TAATGCGCACATCATT-TCT--TTTCAAGAGAGCAAGAGCAACAATTC--AATGAAATAAATCATTAATTCGATTGTGGAT-TTGTTGAATT-GAATATCTCTTTAGT-ATATAGTATGCTCTCTCTCTAACAAGAAG-------------ATT---GCGCGCATCAAA-TGAAATTT--TC----GATATCGTGAATTC-ATTTGAAGATAGCAATAA-T---TCAGGTA---TTGC------GC-GCATTGATTGGAAT-CATGCGC--G-----T--TTAATTGAATC-ATTGC--TCGCTTCAGTCGAATT-GTGGAG----ATCAATTTT--------AA---T--TGTTGA-TATCATCGATTCACA-T---GAAGAGAGCAA-GAATTCAG---TGATAGCGT-TCAT-CAA--TCCC-GCAGAATAATTAAAAA--------TGCTATCA---A--C-AAT----TC-GTT--TA---ATGCGAGCAAT-GATTCAGAA-TTGAAGATGCCATTT----GTTAAATTGAAA-AGATTTTC-A-ATAAAT-TGTTGTGCGCA--AAAT--AT---------C-TTAAAATA--A-T---A--ATATTCTTCGATTTTTTTAGTGT--ATGTTT-TTA
gi|10 : TATGGAGTGACAAATTAT-CGTC--ATC--TCAAAT-ACATGAAGATATCTTTAATCATT-C------------CAA-------------GAT--AA--C----CATCAACTCATTTAATTTGC-GT------------TCAATAA--GA---TATC-T-----C-AAATCTTCAATTTTGGGGTAATGC-GTGC-ATGCAAAATTGAA-------G----CGCAC--A-TTAATTGATTCAAA--TATT-AATT
gi|11 : caataattgaaaaaaatgtaacT-TGCTCTC-C-TTAA-TTGA---------------ACTAAGGGGTGCAGTAAA-TGAA-TTA--TT----GCTCT-ATTAATTG-AACTAAGGGGTGCAGTAAATGAATCAATTA---TTGC------TC-TCATTAATTCAATT-AATGCAC--G-----C-ATTCAATCAATT-ATTGC--TCTCTCAAATTATATT-AAAAAGTC--AT-AT-TTCACTCTGTAAA---T--TGTTCA-T-TCATCAA
gi|12 : taATTTAGTGTTCGGT-------AACATTGA-TGT-GAT-GATCAC-TTCCATTCAAT-TAACGATAT------C--TTT-GATTATT-TACAAT-----TATATT-----GT-ACAAGGAGT---TGATACGCGTATCAAT-TCT--TTTAAAGAGAATAA--ACAA----TC--AACTAAAGGAACCATTATTTTAATTGT-AATAACGTTGAATG-GAAGAT
gi|13 : -AAT----TCTATTGTTA---ATGTGCGCAATTGAT-CTGAA-TTAAAGATGTAATTA----ATT-ATTTGAAA-GTA------A-TTAAAT-TTTTACGCGCATCAAATGAATTGAT-AT--T-TTCAAATA--ATCAAAA--ATA-TCTTCAATT
gi|14 : CAA-TAATTCAG---TTATTGCGC-GCTT-AAA--T-TCGATAGAATAATG---AA--------TGGTATCG---A--T-AATCCAATC-ATT--TA---ATGCGTGCAAT-CATTCCGAA-TGGAAGATATCGTCA----TTT-ATTTGGAG-AGATC----------AT-TATTGCGCGCATactagtagttgaatttggcgctccata
gi|15 : aacT--G-TTGTTCG---CATG--T-TTTAACTTGA-GTTCGAT-------GCAAACAAATTT-AAT-GATCTC-TTAATTTC----TGGAGATACATGCGTC--TTT-AATCATT-TACAAC-----GATTT------GT-Aggaactttaaataa
gi|16 : caaactcggtggaatTCAAA-TGAATTGA--TC----GGTATCATTAATT--G------------AATAA-T---TCAATTA---TTGC------TT-TCTTCAGTTGAATT-AATG-GT--GT----C-ATTAATTGAATT-AATG
gi|17 : tgcaGAA-TTGAAGATAACATTTTAAAACT-ATT---AA-AGATCTTTAA-TTGAATGTATTACGCGCATTAAATGGATTAAAGATATC-TTTAAATA--ATT---A--Aagag
gi|18 : ATGGAGTGCCAAATTAACCATA--AAC--TCAACTAAATTGAAGAC-TTTTTAATTATT-agat
gi|19 : TGAAGCGCCAAATTAA-CATA--AAC--TTGAAT-AATGGAAGATATCTTTAATTATT-T------------AAA-------------tg
gi|2 : CTCCGT-------ATAAATGA-TTTTGAT-GATCTC-TTAACTTTAAT-TGAAT-TCT----GTC--TTTAGATTATTCCACAACAGCTAGATTGCGCCCAGT-ATAGATAATTAATAATGAGAGCA-CAATGTCTTATTTAAAGA
gi|2 : ATTA---TGAT------GCTGCATTAAT-GAG---AATGTGCTAG-----CGATTAACTGAATTTATTGCGATTTTTTCAAT-GAATTTGTAGCG-CGCATCAA-TTT--------AAGAAT--TGTTGA-TGTCAGTAATT--TA-TTTTGAAGAATGCAA-TAATTCAA---GTATAGCG--GCTCGCAATTT-TC-ACAGAATGATC---AAATTGCAATTGCTATCA---AACC-ATT----TCAATT--TG---ATGAGGCCAAC-AGT--AGAG-TAGAACACATCATTA----ACT-tgatttccattgtggggtatgtgtgaatttatgcaagctcatgcatataaccggggcatatacagttgtatatgaattttttttcataataaatttttaattcaatggaaggagaacaaataatgcaatgtttagcatgtatttgcgccgcattattatgatgctgcattaatgagaatgtgctagcgattaactgaatttattgcgattttttcaatgaatttgtagcgcgcatcaatttaagaattgttgatgtcagtaatttattttgaagaatgcaataattcaagtatagcggctcgcaattttcacagaatgatcaaattgcaattgctatcaaaccatttcaatttgatgaggccaacagtagagtagaacacatcattaactcaataaatttt
gi|20 : ctccgtataaatgattttgatgatctcttaactttaattgaattctgtctttagattattccacaacagctagattgcgcccagtatagataattaataatgagagcacaatgtcttatttaaagatgatttccattgtggggtatgtgtgaatttatgcaagctcatgcatataaccggggcatatacagttgtatatgaattttttttcataataaatttttaattcaatggaaggagaacaaataatgcaatgtttagcatgtatttgcgccgcattTGGAGCGCCAAATTAA-AATA--AAC--TCAAAT-AATTGAAGATATCTTTAATTATT-caataaatttt
gi|21 : -GC----ATC--AAATCAATCAATGT---ACCCAT-----C-AA---TTCAAT-------TAATGC-GAGCGATT--AATTta
gi|3 : TATGGAGAGCCAAATTTA-CATA--AAC--TCAAAG-AACTGAAGATGTCTTTGATTATTTG------------AAAACTATCAATTCAATATTAAGTGCGC-GCATCAAATCAGTTATTGCTC-TCCTGAATTG-AAAGGAAGCGTT-CAA-TTTGATAAGCGC-AA---TTCAGT-------TGATGC-GTGC-ATC--AATGTGG------C-G----AGT-C--A-TTGTTCG---CAA--------AATT------TC-----------------A-TTT-G---GAGC-----AAGGCCAAAATGAA--TAT----ACC--TTT-CATTA---------------ATTTC-----ATTATAATGAAG---TATTGTGCGCATCAGT-TCT--TTGAAAGA-----AG-GCAAC--TTTTTAATGAAAATA-TCATTAATTCGATTGTAAAT-ATGTTGCATTGGAAGATATCTTTAATCACGTAGT-TGCACCC-CCTT----------------------ATT---GGGCGC--CAAATTGATATTAACTCAAATGATGT--TTAATT--ATTTAAAGATATCATCAA-T---TTAATTACTGTCCCCTTAATGC-GCA--AATTAAATCAAATGCGA--G-----T-ATGAATTCAA
gi|4 : ATCATTAATTCAATCATGAAT-ATGATAAATT-GAACTTATCTCTAATCATA-AGT-TGTTCTC-TGTAAA-ATGATTTGTAAAGTAATGTATT---GCGCACATCAAT-TGAA-TTA--AT----GACATCATTAATTTCATT-GAAAAGAGCAATAA-T---TAAATTA---TCTT------GA-ACGTTAATTGAAAT-AATACGC--AATTTTC-ATTTA--AAAAT-ATAGC--GCACTTTAATTCA----GCAGA-----AT-AA-TT---------AA---TGGTATTGAAT-TTAACGATT--CAAT---TATGCGCGCAA-TAATTCAGAACTAAT-------CAT-TGA--T-TA-TTTGAAGAG------A--------T-CTTTCATTGA--C-GAT----TC-AGT--TATATATGCGCGCAAT-AATTCAGAA-CTGAAGATATCATGA----ATT-ATTTGAAG-AAATCTTTCG-CTGTTT-TATTGCGCACATCAAATGAATTGATGACA-TATTCAAATATTATT---AAGATA-TATTCAATTATCTGAGTTT--ATGTCTGTTA
gi|5 : A-CGTA--AATATTCAAAT-A-TTGCAG------TCAATTATT-G----------------------------------G--TGCTGAAATAACTCAATTGATGTGC-TC----ATC--AAGTCAATTATTGCATACCTCAT-----C-AA---GTGAAT-------TGATGC--CGC-GAC--AATCTGGAATTATT-GCGCCAGTATTGATTTGCCCG---CGCA----TC-AATTTTTTTTTCATTGCGGACAATAAATGA-TTT-GATAAACCAC-ATCAATTGAAT-TGatttggctctccct
gi|5 : ataagcatacC----ATC--AATTCAAATATTCC---CCGCAA-----C-AA---TTCAAT-------TGATGT-G-GT--TT--A--TCAAA-----T-C----ATT-T--A-TTGTCCG---CAAttgcggggaatatttgaattgatgtat
gi|6 : ataagcatacacgtaaatattcaaatattgcagtcaattattggtgctgaaataactcaattgatgtgctcatcaagtcaattattgcatacctcatcaagtgaattgatgccgcgacaatctggaattattgcgccagtattgatttgcccgcgcatcaatttttttttcaATT-G------------AAA-------------TAT--AG--TGA-ACAATAATTGAAATGATGCATTGC----ATCTCAAATTAAGTATTAC---TCTCTT-----CTAA---ATATAT-------TGATGTTGC-C-ATC--AAATTGC------T-G----AAT-T--A-TTGCTCG---CAAA--T-TC-AATTTGGAGATCGAT-------ATAAATGA-TTT-TAT-GATTTCTTTTGATTCAGT-TGAAGATGT----GTCCTTTT-AATTATT-TAACAC-----GATTTC-----GT-ATAAGGAAT---AACTGCACtat
gi|7 : tttgaattgatgtatacatccATCAATCA-TA-T---GAAGAGAGAAAATAACTCAA---TTATAGCGTTGCCT-CAA--T-CA-GCGGAATAAT----AA--------T---ATCA---G--C-AAT----TC-ATT--GA---ATGCTCAAAAT-GATTCATAA-ATGAAAATA--ATGGT---ATT---TTGAAAGAGATCT---AACTGGAT-TATTGCGCGCATCAAATGAATTGATGATA-C-GTCAAATA--ATT---A--ATA-TCTTCAATTTGCTGTCTTTGCATGCCT
gi|8 : ataATGGAGCGCCAAATTAA-CATATAAAC--TCAAAT-----GAAAATATCTTTAATTATT-ATTTTCTTCAATTAAA-------------TTA--AGA-CGA-GCAACAATTCATTTAATACGC-GC----ATT--GATTCAATCATTGC---TCTCAT-----G-AA---ATTATT-------TAATGC-TCGC-ATT--AATGTGGT-----A-G----AAT-T--A-TTGCTCG---CAAAATT-TT-AATTTGATGCTCGGT-------ATAAATGA-TTT-AATAGATATC-Tt
gi|9 : AATTGAATT-GATGCAC--A-----T-ATCAATTCAATT-A-TAA--TATCTTCAAg
gi|9 : gatttcattttTAATTGAATT-GATATGT--G-----C-ATCAATTCAATT---T-C--TTTCATCACTTGAATT-GCAATG-C--ATCAA-TTC--------AA---T--TGTTAA-T-T-------------T---AAAGAGAGCAG-CCATTCAA---TTATAGAAC-GCAT-CAA--T-TC-------------------------TGCTAT-ATT-A--CGAAT----TC-TGA--TA---ATGTGCGCAAT-AATTCAGCATTTGAAGATACCATTG----ATT-ATTTGAAA-AGTTCtctttcatcacttgaattgcaatgcatcaattcaattgttaatttaaagagagcagccattcaattatagaacgcatcaattctgctatattacgaattctgataatgtgcgcaataattcagcatttgaagataccattgattatttgaaaagttc