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lowQualScore : 111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222222 2222222222 33333333333333333333333333333 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 111
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lowQualScore : .... ...... ............................................................................................ .. ...... .. . . . .......... ... . ............................. . .. .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . .. ... ... ... . . .... . ..
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Reference ( gi|7 ) : GGGGGGGG----GGGG------GG-----CA-------TCTAA-A-TA--AGGC-GACAA-GCCAAAAAAA-------AAAA-------AAAT--A-ATAA--ATAAAAA-A---TAAG--TAA------TAGAA--CA-C-TG-AATA-G-----AGGGGG---G-GGG-------G--G-----G-T----A-----A-A--CTTCTAA--------A------CA-A--C-------AAAA------------------AT----C-ACC-A-AACGT---GGG--G-G---GGGG---G--------A---------CT--TTT-AAAAT-----------T--CACT----A-A----A-------TGGGGGGGG-GG-----TG---A------------TC---TAAA--TTA----T--GTGA----------AC----------A--A-AAG--GATAATA-----G-------A-AA-CA-C-T--G--AATG---TGTG------------TGT-G--TG---GG-G-G----------GGGGGCAA-----A-ACTT---TA-AA-AA---TC---ACC--G------AC-AGTGT-GTGT-GT-GTGG-GGGGGGG--GGGG---C---AA---CTTCT-AA-A---TTA-T--GTGACA
gi|2 : GGGGGGGGAATAGGGG------GG-----------------GA-A--A--AAGC-AAAAA----AAAAAAA-------AGAA-------AAAA--A-TTAA--ATAAAAA------AAA--TGA------T--AA--CG-CTTG-AACA-G-----AGGGGGTTTG-GGGCAAGTTTG--G-----G-T----GGGTTTA-A--CTTTTAA--------A------TA------------AAAA------------------AT----CAACCGA-AAAGT---GGG--G-G---GGGGT--G--------A---------CT--TTT-TAAAT-----------T--CACTA---A-A----A-------TGTGGGGGG-GG-----GG---ACT----------TCTTGTAAAATTTA----T--GTGA----------CC----------A--ATAAT--GATAATA-----G-------A-AC-TA-T-T--AGTAATAAATTGTGATGAT-------TGT-GGTTG---GG-G-GGGAAGTGCGAGGAGACAA-----G-ACTTTC-TA-AATAAT--TC---ACC--ATAGGACAC-AGT-C-GTGT-GT-GTGGTGGGGGGG--AGGG---C---AA---CTTCT-AA-A---TTAGT--GTAACA
gi|15 : GGGGGGGG----GGGG------GG-----CT-------TCTAA-AATA--ATGC-GACAA-G-----------------------------AT--A-ATAA--A-AAAAG-A----AGG--TAA------TAGAA--CA-C-TG-AAT------------GG---G-GGG-------A--G-----G-C----A-----A-A--CTTTT-------------------------------AAAA------------------AT----C-AAT-ATAATGG---GGG--G-G---GGGG---at
gi|1 : ttataaatagctgtgactagcaaaaaaaaaaaaggggtggggtatagtctatggGGGGGGGG----AGGA------GGTCGGCCAACT----TCTAA-A-T------C-AACAATGC-------G-------ACAA-------AACT--A-ATT----TAAAAA-A---AAAG--GTA------TAGAAG-CAGC-TG-AATG-GCGTGGAGAGGG---G-GGG-------G--G-----A-C----A-----C-A--CTTCT-----------------------C-------AAAA----------------------------T-A-GATGT---GGG--GGG---GGGG---G--------A---------CT--TCT-AAAA
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gi|6 : taggcgtaggtacggtttttGGGGGGG----GGGG------GG-----CACAAATT-TCTAA-ATTA--TTGT-GA-AA-GCAAAAAAAACAACAACAAAA-------AAAC--AGAAAA--AGAAAAAGA---AAAG--TAAAACTAGCAGAA--CA-C-TG-AA-G-G-----GGGGGG---G-GGG-------GCAG-----G-C----A-----A-AACCTTCTAA--------A------TA-T--T-----------------------------GT----G-AC----AAC----------------GGGG---G--------A---------CT--TTTCAAAAA-----------T--CACT----G-A----A-------TGGGGGGGG-GG-----
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gi|1 : attttgaaaGGGGGGG----GGGG------GG-----CAAACT---TCTAA-A-TA--ATGC-GAGAA-GC--AAAAAA-------CAAG-------AAAT----CTAA--ATGAACA-C---TAAG--AAA------AAG-----------------G-----GGGGGG---G-AGG-------A--G-----G-TCGGCC-----A-A--CTTCTAA--------AT-----CA-A--C-------AAcacaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatacttgccctgcccccccccccccccccacctgctcctacgcccat
gi|14 : aagtgagacgtaagaacgatttccataggcgtagggactgtctttacaagaGGGAGGG----GGGG------GG-----CAACT----TCTAAGA-T---ATGC-GAC-A-GCAAAAAATA-------AAAA-------GAATGGA-ACAA--CTAAAtgcgacaaaactaatttaaaaaaaaaggtatagaagcagctgaatggcgtggagagggggggggacacacttctcaaaatagatgtgggggggggggacttctaaaaatttatgtcatgatgcaggaacaaaaaaaatactgaccaaaggggagggaaaagaacaacttttgacttcaattgcctctcccctccacccgctccattacaccattgatttccaaataacggccagca
gi|12 : aggacagagacgtagatattcgtagcgtaggacgtcttgaagcGGGGA----GAGG------GG-----CAAACG---TCTGA-A-TA--ATGT-GACAA-GC-AAAACAA-------AACA-------AAA------------------------AAG--TCACG----TAGA---CA-C-TG-AAGATG-----AGGGGG---GGGGG-------G--C-----G-C----A-----A-A--CTTCTAA--------tgtctgtggggggggggacattatagaattccgacggacaagaaaattaaagaaagatgatagaaaactga
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gi|3 : gtCAA-GCCCAAAAAA-------AAAA-------AAAA--A-AAAA--AAAAAGA-ACAGCAAGCATAAGCTCATTCGAA--CA-C-TG-AA-A-A-----AGTGGG---G-GCC-------G--------------------------CATCT-------------------------------ATAA------------------AT----C-ACTGG-AAAGT---GGG--A-G---GCAA---A--------A---------CT--CTC-AAATT-----------T--CACA----A-A----AACAAAGGTCGGAGGGC-AG-----CG---AC-----------TT---TAAA--Taaaaatttttttgtgtatcttgcagaaaaagttgacttgtgacaaaaaaaaagggggggggtacctcctagcggggggggggtgaccctacgccc
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gi|9 : ggggtggggtggacaaacttctacatagaatggcaagcacAAAAA-A---AAGG--TAA------TAGAA--CA-C-TG-AAT-----------GGG---G-GTG-------G--A-----A-C----A-----A-A--CTTCT-------------------------------AAAA------------------AT----C-ACC---AATGTTTAGGG--G-G---GGGG---G--------aaacgtttttgccaatccccctccttcacaggggagagagggagaattgctcccatgccccctccgcggctcgctacgcggccattgacaacttaccgaagtgttttcaaataaaacaaacgaagaagggataagtaa
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gi|4 : cataggcgtaggactgtcttggattggggggggggggggggagcaaaccattaaataatgtgacaaggaaaaagaggggggagggagaaataagctactggaacaataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng------TAAAA--TA-C-TG-AAGG-G-----GGGGGG---G-GGG-------G--C-----A-T----------A-A--CTTCTAA--------A------
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gi|15 : tagaaagtgggtggtggtggcgttgggtggggaaggggggacttcttaaaatcactgaaagtgggggggggggggagcaaagcttctaagatactctaATG-G-----GGGGGG---G-GGG-------G--G-----G--------------G--CTTCTAA--------AATAATGCG-A--C-------AAGATAATAAAAAAAGAAGGTAATAGAAC-ACT-G-AA--T---GGG--G-G---GAGGCA-A--------A---------CT--TTT-AAAAA-----------T--CAAT----ATA----A-------TGGGGGGGG-GG-----ttttatgcaaaaaacaattaactagacagagggggggggggggtaacgtacttttgccccactttcaaaaggggggggtgtggtccccttacgtcctacccatg
gi|1 : ttataaatagctgtgactagcaaaaaaaaaaaaggggtggggtatagtctA-G-----AGGGGG---G-GGG-------G--G-----GGC----A-----A-A--CTTCTAA--------A------TA-ATGC-------GAGA------------------AG----C-AAA-A-AACA-----------------AG---A--------A---------AT--CT---AAAT-----------GAACACT----A-AGAAAA-------AGGGGGGGG-GA-----GG---AGGTCGGCCAACTTC---TAAA--TCAACAAT--GCGACAAA------ACTAATTTAAAAA--A-AAA--GGTA-TA-----G-------A-AG-CAGC-T--G--AATG----GCG------------TGGAG--AG---GG-G-G----------GGGGACAC-----A-CTTC---TC-AA-AA---T-------------------AG---------AT-GTGG-GGGGGGG--GG----------A---CTTCT-AA-AAATTTA-T--GTg
gi|5 : aagtgagacgtaagaacgatttccataggcgtagggactgtctttacaGGGGA---A-GGG-------G--G-----G--------------A--CTTCTTA--------A-----------------------A------------------AT----C-ACT-G-AAAGT---GGG--G-G---GGGG---G--------GGGAGCAAAGCT--TCT-AAGATACTCTAAGAAAT--TACTGG--A-A----A-------AGGGGGGGG-GG-----GG---G------------GC---AAAC--TTC----T--A-----------------------------------GATA-T-------------------CA-C-T--G--A--------------------------G--GG---GG-G-G----------TGGGGATA-----A-ACTC---TA-AA-AA---T----ACT--G------A--AGTG----------------GGGGGG--GAGG---C---AAA--TTTCG-AA-A---TTA-T--GTGAcatgatgcaggaacaaaaaaaatactgaccaaaggggagggaaaagaacaacttttgacttcaattgcctctcccctccacccgctccattacaccattgatttccaaataacggccagca
gi|11 : tagaaagtgggtggtggtggcgttgggt----A-A----A-------GGGGGGGGG-GG-----AGCAAACT----------TC---TAAA--T-A----TCAGTGACAAGCAAA--AA----------A--A-AAA--AATAAAA-----GTAACTTCG-AA-CA-CCT--G--AAGG---GGTG--------------------G---GG-G-G----------AGGAGCAA-----A-CCTC---TA-TA-AA---TC---ACT--G------AC-AGTGattttatgcaaaaaacaattaactagacagagggggggggggggtaacgtacttttgccccactttcaaaaggggggggtgtggtccccttacgtcctacccatg
gi|15 : attttg----A-------TGGGGGGGG-GG-----GG---GGGGCT-------TC---TAAA--ATAA---T--GCGACAAGATAATAAA----------A--A-AAGAAGGTAATA-----G-------A-A--CA-C-T--G--AATG--------------------------------G-G-G----------GGAGGCAA-----A-CTTT---TA-AA-AA---TC---A-----------------AT-ATA--AT-GGGG-GGGGGGG--agggaggggcacaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatacttgccctgcccccccccccccccccacctgctcctacgcccat
gi|14 : ttataaatagctgtgactagcaaaaaaaaaaaaggggtggggtatagtctGGGGGGG-GG-----CA---ACT----------TC---TAAG--ATA----T--GCGA-----------C----------AGCA-AAA--AATAAAAAGAATG-------G-AA-CAAC-T--A--AATG---TCTG------------TG----------GG-G-G----------GGGGG----------ACAT---TATAG-AA---TT----CC--G------AC-GG
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gi|9 : TAA----------AA----------A--A-AAA--GGTAATA-----G-------A-A--CA-C-T--G--AATG-------------------------------GG-G-G----------TGGAACAA-----A-CTTC---TA-AA-AA---TC---AC-----------C-AATGT-TTAG-GG-GGGG-GGGGGGG--GGGG---CA--AA---ATTCT--------TTA-T--GTGACAactct
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gi|12 : gtggggcacaaactttctaaattatgttgacaagcaaaaaaaaaaaaagaaaaaaaaaaaaaaccacagagggggggttacgaaccactgaaagattgtgggggccatgacatttcacaCAA-----A-AC------A-AA-AAAG-TC---ACGTAG------AC-ACTGA-AGAT-GA-G-GG-GGGGGGG--GCGC---A---AA---CTTCT-A--------A-T--GTGACgatgattgaaaaattgtaatatgaaaaatttttttgtgtatcttgcagaaaaagttgacttgtgacaaaaaaaaagggggggggtacctcctagcggggggggggtgaccctacgccc
gi|15 : taggcgtaggactgtttctgaaagggtggcggggacatctgaattatgtgacaaacaaaaaccagacaaaatagacacatacgcacttccctgttttgaagtggggagaggggcaaacgtctgaataatgtgacaagcaaaaGT-CT-ATGG-GGGGGGG--GGGG---G---GG---CTTCTAAA-A---TAA-T--GCGACA
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gi|10 : attttgaaaGG-GGGGGGG--GAGG---G---GA---CTTCT-AA-A---TTA-T--GTGACAagcaaaaaaaaaaaataaaagtaacttcgaacacctgaaggggtggggggaggagcaaacctctataaatcactgacagtgagggaggggcacaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatacttgccctgcccccccccccccccccacctgctcctacgcccat
gi|12 : cataggcgtaggactgtcttggattggggggggggggggggagcaaaccattaaataatgtgacaaggaaaaagaggggggagggagaaataagctactggaacaataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtaatagaacactgaatgggggggg-GGGGAGA--GGGG---C---AAA--CGTCT-GA-A---TAA-T--GTGACAtactgccccaaaaaattgaccaaaagtggggcggg
gi|8 : taggcgtaggactgtttctgaaagggtggcggggacatctgaattatgtgacaaacaaaaaccagacaaaatagacacatacgcacttccctgttttgaagtGGGGGT--GGGG---C---AA---CTTCT-AA-A---agcaaaacaaaacaaaaaagtcacgtagacactgaagatgagggggggggggcgcaaacttctaatgtgac
gi|22 : ggggtggggtggacaaacttctacatagaatggcaagcacattaaaagggaggaatagaacactgaaaGGAG--GGGG---C---AAA--CTTCT-AA-A---TAA-T--GTAACAgacccaaaagggggggcatggggtgagaaaaaagttacttgacaaaaagtgtgggggaggggcgaaaacgtttttgccaatccccctccttcacaggggagagagggagaattgctcccatgccccctccgcggctcgctacgcggccattgacaacttaccgaagtgttttcaaataaaacaaacgaagaagggataagtaa
gi|18 : ttaacaaaaaggtaGGGG--GGTG---C---AAA--CTTCT-AACA---TTA-T--GTGAagcaaa
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): ACCGTAAGATAATTTCCCATAGGCGATAAGGACTGTCTTTGAGAGGGGAGGGGACTGCAAACTTTCTAAGTAATGCAACACAAACATCAAAAAAAAACGCTAATGGAACATTAAATGTGTGTGGGGGAACTTATAAAATAACGCAGACAAAGGAAAAATTAAGAAATATAGGGGTACAGAA
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gi|5 : gtTGGGTGGGGA---AGGG-------G--G-----G----------A--CTTCTTA---------A-----------------AA----------T-------------CA-CTG-AA-----A-GTGGG--GG---GGGG---GGGGAGCAAAGC-----T--TCT-AAGATACTCTAAGAAAT--TACTGGA-A-A----A-------GG-GGGGGGGGG--GGGCAA-A---------------------CTTC---TAGA----TA----T-----------------------------------------------------------------CA-CTG-A------------G-G---GGGGG--------TGGGG---ATA-----AAC--TCTAAA-AA---T----ACTG------A--AGT----------------GGGGGGG--GAGG---CA--AA---TTTCGAA-A---TTA-TGTGAaatttttttgtgtatcttgcagaaaaagttgacttgtgacaaaaaaaaagggggggggtacctcctagcggggggggggtgaccctacgccc
gi|5 : tagaaagtgggtggtggtggcgtA---------GAAATTA-CT-GGA--AAAGG-GGGGG---GGGG-------G--G-----GCA-----A--A--CTTCTAG---------AT-----------------A----------T-------------CA-CTG-AG-----G-G-GGG--GT---GGGGATAA---------AC-----T--CTA-AAAAT---------------ACTG---A-A----G-------TG-GGGGGGGAGGCAA-----A---------------------TTTC---GAAA---TTA----TG--TGA--------------ATTTTATGCAAA-AAACAATTAACTA-G----------------ACA---G-AG-----------G-G---GGGGG--------GGGGG---TAA-----attttatgcaaaaaacaattaactagacagagggggggggggggtaacgtacttttgccccactttcaaaaggggggggtgtggtccccttacgtcctacccatg
gi|6 : tagaaagtgggtggtggtggcgttgggtggggaaggggggacttcttaaaatcactgaaagtgggggggggggggagcaaagcttctaagatactctaGGGGGGG----GGGG------G---GC-ACAA-AT-TT-C-TAAA-TTA-TT-GT-GA---AAG----C--AAAAA--------AAACAACAACAAAAAAACAGA------AAAAGAAAAAGAA-AA-------------G-TAAAACTAGCA---------GAA--CA-CT-G-A--A-GGG-GGGGG---GGGG-------GCAG-----GCA-----A--AACCTTCTAA---------AT-A--------T-----TG----------T-------------GA-C---AA-----C-------------GGGG---G---------AC-----T--TTTCAAAAA-----------T--CACT----G-A----A-------TG-GGGGGGGGG--GG-----GGTGGGGGCCCGGGCGGCAAACCTTC---TAAA-----A----AA--CAA--------------A--------AAA-AA----------------CA-----------ACA-TTG-AATG---------G-G---GAGGG--------GAGGGATTCAA-----AAcgtacttttgccccactttcaaaaggggggggtgtggtccccttacgtcctacccatg
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gi|9 : taGGGGGGGG----GGGG------G---GCAA--A-AT-T--C-T----TTA-T--GT-GA--CATGGTGCC--AGGAA--------AAA--------AAtggtgccaggaaaaaaagttattttgacaaaaagtgagggggcaaaatcataacttatccccccccccccccccccccccccccgaggctcctagtctatgcccatcggatagtacaaatcttgattaagttggttaaaagattaatggcgaggtagggataatgta
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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lowQualScore : .... ...... ... .. . . . ...... .. .. . ........ .......... . ......... ....... . .................... .. . . . .. ........ . .................... ....... ... ..... ...... .. .. .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . .. . ....... .. ..... .
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gi|11 : cataggcgtaggactgtcttggattggggggggggggggggagcaaaccattaaataatgtgacaaggaaaaagaggggggagggagaaataagctactggaacaataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngGGGGGGG----GGGG------A---GCA--A-ACTT-CTAAA-T-A-TCAGT-GA--CAA-G----C---AAAAAA----------AAAAAA-T-------------------AA-AAG-----------TAACT----TCGAA--CACC-TG-A--AGGG-----G-TGGGG--------------------GGAG-------G---A-----GCA-----A--A--CCTCT------------------------AT-AAA----------T----C-ACT-G-ACA-----GT-GAG--GG---AGGG---G---------
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gi|9 : GGGGGGGG----GGGG------G---GCA--A-AATT-CT----TTA-T--GT-GA--CAT-GGTGCC---AGGAAA----------AAAAtggtgccaggaaaaaaagttattttgacaaaaagtgagggggcaaaatcataacttatccccccccccccccccccccccccccgaggctcctagtctatgcccatcggatagtacaaatcttgattaagttggttaaaagattaatggcgaggtagggataatgta
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