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Reference ( gi|2 ) : ATATTC-AATCTGATGGGTTACAGAAAGTTGAGAGGTT-CACTG--TATAAGT----CTTAAAGGG-------CACGTTTTGAACTAAAAA-------TGTTCAA-------ATT---G----CCAATGTT-GATGTTTAAAATGCTT-----AATCAAGT-TATTTCTTG--TGGTCAGCA-AAAATTTTGAAAGTCAG-T--TGTTGAGTTACAAGTA------AGATACAGCG-CTC-----ACAAAT---C-TT-CG--CT-ATGTAAACAAGGCCCGAGCCTTGTTTATGTTTACAAAAA--GA--T--TG--CTTC---GT-AGAAAATA---T---GT--T-TA-AAAC--AATATGAGATGTGAGAAACA--------C---TAGACACTGTTTAAT---T-GTGTTTAGAATGA-----ACTTCTAATTTGAAAA--AA--TCTGCTTTAA--ATGGAACGTT-TAGT-AGCATATTCAA--TATATGTTAGCAAAAT-CATGGCTCGGGCCTTGTTTACATAA-CAAAGTA---TTGT---A-AGTGCTATATCT------CACTTGGA-AGTCA-ACAGATGTCA--GAC-TT-TAAAATTTTTC--CTGACCAT-TAGTTGTA-----CCTTA-----GTCAAGCATTGTAAACATTAAAATTGGCAATCT--AAAATTTGAACA-------TTTTTAGTTCAGAACGTGCC-----CATGCCCCTTTAAGC
gi|4 : ATTCTAATCTA------TATAGA---TTAAGAGATTTCATTGGCTACAGATGTTCTTTAAAGGGGCATGGACACGTTCTGAGCTAAAAA-------TGTTCAT-------ATT--------------TTAGAT-TTCCATTTGCTC-----A-------------CTTT--TGGTCAGCA-AATATTT-GAACTTCAT-T--TGTTAAGTTACA-----------------GCA-CTT-----ACAATT---C-TT-CA--CT-ATGTAAACAGTGCTCGAGCCTTGTTTTTGTTTACATAAA--GA--T--TG--CTTC---AC-AGAAAATACCAT---GT--T-TA-AAAT--AAAATGAGACGTGATAATCA--------C---TAGGAACTGTTTAAT---T-GTGTTCAGAATGA-----ACTTGTACTATGAAAA--AAAAT-TGCTTTAA--ACGGAACGTA-TACT-AGCAAATTCAA--TGTAGGTAAACAAAAA-CATGACTCGAGCCTTGCTTACATAG-TGAAGAA---TTGT---A-AGTGATGTATCT------CACTTGCA-A
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gi|12 : tatttAAATAAATA-------TGTTCAA-------ATT---T----TTAAGATT-G----CCAA---GTTT-----GATCAGGTATTTTTCTTT--TAGTCAGCA-AAAAACTTGAAAGGCAGCT--TGTTGAtatcatatgcccctttaaact
gi|11 : AAATAAATA-------TGTTCAA-------ATT---T----TTAAGATT-G----CCAA---GTTT-----GATCAGGTATTTTTCTTT--TAGTCAGCA-AAAAACTTGAAAGGCAGCT--TGTTGAcagtt
gi|5 : TT-----AACTAAGT-T-----TTAGATGGTCA----AAAATTTTGGAAGTTAGAT--TGT---GTAACTA-TA------CAATACAGCA-C-CGTGGAACAAGTTTCC-TT-TG--TT-AAGTAACAAAGGCATGTGCA-TATTT-TGTTTCCATTTA--GA--T--TT--TTTTTAAATAAGAAAATA---TC--AT--TGTAGAAAA--AAAAT--GAT-TGATAAACA--------C----AGAAAT--TTTAAcagtt
gi|3 : aatttaggtcaaaacatatccagtctctt-TATTTCTAA--TGATCAGCA-AAAATTTT-AACGTCAG-TAATGTTGAGTTACAAGTG------AGATACAGC----------ACACAT---------G-------GTAA-CAAAGCTCGTGTCATGT--ATTTCAATATACA--GT--C--TGTACATG---CT-AGTAAACG---TTTCGT--T-TA-AAGCTTAAT-T----TTCAAAAAACAAGTTCATTT---TGAACAC-ATTTAAA---CAGTGTCTAGA--GATTCTCACATCTCATTT-----------TCT--TTTAATTACGGTATTTTCTATTTAGCA-ATC-----TACATGCAAACAAAAA-CATGGCACGAACCCTGTTTACATGG-CAAAGAA---TTGC---T-ACAGCTGTATCTCACGTGCACTTGTA-ACTCA-ACAACT------GACGTT-CAAAATTTTTG--CTGACCAT-TTGAAATC-----CCTTA-----GTTAAG------AAAT-TTAAAA-----AAAAT--AAAATCAGAAAA-------TATTTAGCTTTAAACGTGTCTATCATATGCCCCTTTAAAC
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gi|16 : aaattctaatctatatagattaagagatttcattggctacagatgttctttaaaggggcatggacacgttctgagctaaaaatgttcatattttagatttccatttgctcacttttggtcagcaaatatttgaacttcatttgttaagttacagcacttacaattcttcactatgtaaacagtgctcgagccttgtttttgtttacataaagattgcttcacagaaaataccatgtttaaaataaaatgagacgtgataatcactaggaactgtttaattgtgttcagaatgaacttgtactatgaaaaaaaACAAGTA------AGATACAATGCCTC-----ACAAAT---C-TTGCG--CT-ATG
gi|8 : TACAGCG-CTC-----ACAAGT---CGTT-----CTAATGTACACAAGGATTGAGCC
gi|6 : tgtaagtatcgtaaagggacatggacacgttttgagctaaaatttatatttgcgtttttaatgtttaaaatacttaattaagttatttataatggtaagtT-AAGTAGAGAAGGTTCGAACCTTGTTTACATT
gi|15 : tactttaaaggggcatggacacgttctgagctaaaaaaaaaaaataatcaaattctagatttccatttttaatgtttacaatgctcacttagggtatttctaatggtcagcaaaaatttgaacgtcatttgttgagttataagttagatacatcacttacaattcatcacTAAACAAGGCTCGAGCCTTGTTTTTGTTTTCGTAAA--GA--C--TG--CTTC---TC-AGAATATtacgtat
gi|15 : AAACAAGGCTCGAGCCTTGTTTA
gi|10 : T-AAAAAATACCCT---GT--T-TA-AAAC--AAATTGGAATGCGGGAAACA--------C---TAAAAACTAATTACT---T-ATGTTCAGAATAA-----ACTTGTAATTTGA-AA--AA--TCTGTTTTAT--ACGAAACGTT-TATT-Attgttttcgtaaagactgcttctcagaatat
gi|4 : tTATGTAAACAAAAA-CAAGGCTCGAGCACTGTTTACATAG-TGAAGAA---TTGT---A-AGTGCTGTA----------ACTT--------A-ACAAATG-AA--G----T-TCAAATATTTG--CTGACCA----------------------------AAA----GTGAGCA----AAT-GGAAATCT--AAAATATGAACA-------TTTTTAGCTCAGAACGTGTC-----CATGCCCCTTTAAt
gi|15 : aaattctaatctatatagattaagagatttcattggctacagatgttctAACAAAAA-CAAGGCTCGAGCCTTGTTTAaagattgcttcacagaaaataccatgtttaaaataaaatgagacgtgataatcactaggaactgtttaattgtgttcagaatgaacttgtactatgaaaaaaaattgctttaaacggaacgtatactagcaaattcaatgtaggtaaacaaaaacatgactcgagccttgcttacatagtgaagaattgtaagtgatgtatctcacttgcaac
gi|5 : AACAAAAT--ATG-CACATGCCTTTGTTACTTAA-CAAAGGAAACTTGTTCCACGGTGCTGTA------------TTGTATAGTTACACA---ATCT--AAC-TTCCAAAATTTT-----TGACCATCTAA----A-----ACTTA-----GTTAAttcgtaaagactgcttctcagaatat
gi|6 : aatttaggtcaaaacatatccagtctcttttaaaatttctgtgtttatcaatcattttttttctacaatgatattttcttatttaaaaaaaatctaaatggaGGTTCGAACCTTGTTTACATTG-TGATGAA---TTGT---A-AGTGATGTATCT------AACTTATA-ACTCA-ACAAATG------AC-GT-TCAAATTTTTG--CTGACCAT-TAGAAATA-----CCCTA-----AGTGAGCATTGTAAACATTAAAAATGGAAATCT--AGAATTTGATTATTTTTTTTTTTTAGCTCAGAACGTGTC-----CATGCCCCTTTAA
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gi|7 : accttaaaaggacatggacacgttttgagctaaaaatgttcaatttttagattttcatttttaatgtttacaatgctctgctcatttagggtatttctaatggtcagcaaaaatttgaagttcagttgttgagttgcatgtgagctacagcactttcaattcttcgccatgtaaacaatgcttgaaccatgtttttgttacctatattgaatatgctagtatacgtttcgtttaaagcaattttgcaaagtacaagttcattctgaacacatttattaaacagtttctagacgtgtttttcacatctcattttgttttaaacatggtattttttgtgaaacaatatcTGCA-ACTCA-ACAAATG------AC-GT-TCAAATTTTTTTGCTGACCAT-TA----TAAATTCCCTAA-----GT-GAGCATTGTAAACATTTA--------------AAAATATGAACA--------TTTTAGCTCAGAACGTGTC-----CATGCCCCTTTAAtacgccggtttcgagatacgtgtgagttacttcccttttaggaattctcgtacacacagtactatggcgcgaaacgaggtgtttgcgtgaaggggcaaaccattgagtaagtgattgta
gi|8 : ttaaatagacccaagcgcttgtgggctttcgta--CTTACCAT-TATAAATA-----ACTTA-----ATTAAGTATTTTAAACATTAAAAACGCAAATAT--AAA-----------------TTTTAGCTCAAAACGTGTC-----CATGTCCCTTTAtaacccgggtgatcaaatacg
gi|12 : tgtaagtatcgATCAAACTTGGCAATCTTAAAAATTTGAACA-------TATTTATTTttacagcgctcacaagtcgttctaatgtacacaaggattgagcc
gi|11 : ATCAAACTTGGCAATCTTAAAAATTTGAACA-------TATTTATTTcaggtatttttcttttagtcagcaaaaaacttgaaaggcagcttgttgacagtt
gi|17 : AGTTCAGAACGTGTC-----CATGTCCCTTTAAcaggtatttttcttttagtcagcaaaaaacttgaaaggcagcttgttgacagtt
gi|18 : AGCTCAGAACGTGTT-----CATGCCCCTTTAAatatg
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AATACGCCGGTTTTGAGATACATTACGAGTTATTTCCCTTTGGAGAATTCTCGTACAGAGTAAGGTGCAAAGTGACTGATAGTGAGAGTTACTGAGTGCGAGGGAGCGAATGAGTGAATGTGAGTGAGTGT
Unaligned ( gi|13 ): TTGGTTTTGAAAAATCAAAAATGCAAAATATAGAATTTTAGCTTCAACACACGTGTCCATGTCCAGTTTAATTTGTTTCGAGAT
Unaligned ( gi|14 ): ATTAAATACGCCGGTTCGATGCGTACGAGTTTATTCCCTTTGGAGAATCTTGTGATA
Alignments
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Reference ( family-463 ) : NNATTCTAATCTA------TATAGA---TTAAGAGATTTCATTGGCTGCAGGTGTTCCGTAAAGGGGCATG-----GACACGT---TCTGAGCTAAAAATGTTC-ANATTTT-CATTTTTGATGTTTAAAATGCTTAATTAGGNTATTTCTA-ATGGTCAGC-AAAAATTTTGAACGTCAG-TTGT-TGAGT-TACAA------GTGAGATACAGCG-CTC-----ACAANT---C-TT-CG--CT-ATGTAAACAAGGCTCGAGCCTTGTTTNTGTTTACATANAGAT--TGCTT---NAT-AGAAAATACC--TGT--TTAAAACAAAATGAGATGCGANAAACAC---TAGAAACTGTTTAAT---TGTGTTCAGAATGAACTTGTANTTTGAAAA--AA--TCTGCTTTAAACGAAACGTTTACTAGCATATTCAA--TGTATGTAAACAAAAACATGGCTCGAGCCTTGTTTACATAGCGAAGAATTGTAAGTGCTGTATCTCACTTGTAACTCAACA--AATG---GACGTTNAAATTTTT-GCTGACCATTAGAAA--TACCTTA-----GTTAAGCATTGTAAACATTAAAANTGGAAATCT--AAAATTTGAACA-------TTTTTAGCTCAGAACGTGTCCATGCCCCTTTAAGC
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gi|11 : tTCAACA--AGCT---GCCTTTCAAGTTTTTTGCTGACTAAAAGAAAAATACCT-----------------G-----ATCAAACTTGGCAATCTTAAAAATTTGAACA-------TATTTA
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gi|13 : aaaGGACATG-----GACACGTGTGTTGAAGCTAAAA---TTCTATATTTTGCATTTTTGATTTTTCAAAcagtt
gi|15 : ttggtTAAACAAGGCTCGAGCCTTGTTTTTGTTTTCGTAAAGAC--TGCTT---CTC-AGAATATagtttaatttgtttcgagat
gi|16 : ACAA------GTAAGATACAATGCCTC-----ACAAAT---C-TTGCG--CT-ATG
gi|17 : AGTTCAGAACGTGTCCATGTCCCTTTAA
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consensus : NNATTCTAATCTGATGGGTTACAGAAAGTTGAGAGGTTTCACTGGCTATAAGTGTC--TTAAAG-GGGCATG-----GACACGT---TCTGAGCTAAAAA----------T---GTTC-ATATTTT-CATTTTTAATGTTTAAAATGCTTAACTAAGGTATTTCTA-ATGGTCAGC-AAAAATTTTGAACGTCAG-TTGTTGAGTTACAAGTA------AGATACAGCG-CTC-----ACAANT---C-TT-CG--CT-ATGTAAACAAGGCTCGAGCCTTGTTTTTGTTTNCATAAAGAT--TGCTTC---AC-AGAAAATACCATGTTTA-AAACAAAATGAGATGTGAGAAACAC---TAGAAACTGTTTAAT---TGTGTTCAGAATGAACTTGTANTTTG--AAAA--AATCTGCTTTAAACGAAACGTTTACTAGCATATTCAA--TGTANGTNAGCAAAAACATGGCTCGAGCCTTGTTTACATAGCGAAGAATTGTAAGTGCTGTATCTCACTTGCAACTCAACA--AG---CTGACTTTCAAATTTTTTGCTGACCATTAGAAAAATACC-----T----------------G----------------CATCAAANTTGGCAATCTTAAAAATTTGAACATNTTTAGCTCAGAACGTGCCCATGCCCCTTTAAGC
Reference ( family-463 ) : NNATTCTAATCTGATGGGTTACAGAAAGTTGAGAGGTTTCACTGGCTATAAGTGTC--TTAAAG-GGGCATG-----GACACGT---TCTGAGCTAAAAA----------T---GTTC-ATATTTT-CATTTTTAATGTTTAAAATGCTTAACTAAGNTATTTCTA-ATGGTCAGC-AAAAATTTTGAACGTCAG-TTGTTGAGTTACAAGTA------AGATACAGCG-CTC-----ACAANT---C-TT-CG--CT-ATGTAAACAAGGCTCGAGCCTTGTTTTTGTTTNCATAAAGAT--TGCTTC---AC-AGAAAATACCATGTTTA-AAACAAAATGAGATGTGAGAAACAC---TAGAAACTGTTTAAT---TGTGTTCAGAATGAACTTGTANTTTG--AAAA--AATCTGCTTTAAACGAAACGTTTACTAGCATATTCAA--TGTANGTNAGCAAAAACATGGCTCGAGCCTTGTTTACATAGCGAAGAATTGTAAGTGCTGTATCTCACTTGCAACTCAACA--AG---CTGACTTTCAAA-TTTTTGCTGACCATTAG--AAATACC-----T----------------G----------------CATTAAAATTGGCAATCT--AAAATTTGAACATTTTTAGCTCAGAACGTGTCCATGCCCCTTTAAGC
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AATACGCCGGTTTTGAGATACATTACGAGTTATTTCCCTTTGGAGAATTCTCGTACAGAGTAAGGTGCAAAGTGACTGATAGTGAGAGTTACTGAGTGCGAGGGAGCGAATGAGTGAATGTGAGTGAGTGT
Unaligned ( gi|14 ): ATTAAATACGCCGGTTCGATGCGTACGAGTTTATTCCCTTTGGAGAATCTTGTGATA