lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 222 111111111111111111111111111111111111111111111111 1 1 44444444444 66666666666666666666 1 333333333333 111 2222 1111 44444444 111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 11 1 5555555555555555 222222222222 1111 1111 22222 11111 2222222222222222222222222222 1111 1111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 111111 222 1 6666666666666666666 2
lowQualScore : 777 2 2 6 2 5 111 777 2 2 3 3 4 666 4 0 3 333333333333333333333333333333333333333333333333 0 0 3 6 0 22222222222 99 77777777777777777777 6 0 222222222222 8 6 111 99 99 8888 66 0000 5 99999999 55 88888 555555 99 666 4 4 4 4 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 4 4 4 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 8 333 4 5 5 00 4 2 2222222222222222 777777777777 7777 55 3 2 88 2 1111 4 44444 4 00000 4 8888888888888888888888888888 4 55 55 4 7777 4444444444 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 999999 3 3 3 66 66 0 777777 2 555 3 8888888888888888888 4
lowQualScore : ... . . . . . ... ... . . . . . ... . . . ................................................ . . . . . ........... .. .................... . . ............ . . ... .. .. .... .. .... . ........ .. ..... ...... .. ... . . . . ......................................................................... .. . . . .................................................................. . . ... . . . .. . . ................ ............ .... .. . . .. . .... . ..... . ..... . ............................ . .. .. . .... .......... . .................................................................................................................................................................................................................................................. ...... . . . .. .. . ...... . ... . ................... .
lowQualScore : 666 9 9 8 9 7 666 999 9 9 6 6 0 555 0 4 2 000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 2 0 2 88888888888 22 77777777777777777777 7 0 444444444444 2 7 777 22 22 5555 99 6666 0 44444444 55 66666 555555 55 555 0 0 0 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 0 0 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 1 999 4 0 0 66 4 9 4444444444444444 777777777777 7777 00 6 1 77 7 8888 0 11111 0 00000 0 5555555555555555555555555555 0 55 55 0 0000 1111111111 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888888 2 3 3 88 88 0 000000 5 777 3 7777777777777777777 7
consensus : TTTATGCCCC-C-G-GAATCTTCG-ATT-CG--GG---GGC-AT-AT-A-G-TTT-TTGGTC-TGTCCGTCGTTCTGTC----------A--AA---AACTTTA---TGG-GC-CA-T------AG-CTTT-TGAATGGTAAGTGA-NT-----AGGACT--TTCATAT-T-C-AC--ATGTGT-T-A-TTCCTTATG-ACAAGNCCTTT--CTAC--GT--GTGC-C---AAA--AC--TTTN-GACCTCCT--GAC----CTTG-A-----AGGTTTGACC--T-A---CT------TTTC--AAAAAC-T-TT-AAC-A-TTG--G--C--C-ATA--AC------T-T---T-GAATG--A--AG------T----GA---T--A--------GGGC-T-TTCATA-T-------NT-AT---ACA--TGCGTA-TTCCTTATG-AC-A---AG-C-C-T-T-TCTA---CT--G-GTACC---A-AAA-T-TTT--GA-CCTCCTGACCTTGAC----CT----T-AAG-TTTGAC----------C-TAC---TTTTC--A-AAAAC-TTTAACAT-N--G-G-C---ATAA-CTT-----T-TGAATGGT---AAG-TGA-T--A--------GGGCT-TT--CATA--T-T--CAACATG-T--GT---ATTCCTTAT-------------TG---ACAAGNCC------T-TTCNA------CTGG-TTGACN-CAAAAN--TT-T-TG--ACCTN-----NTG--ACCTTGAC-CTTG-AGTTTGAC-C-TACTTTTTC-G-AAAAC-T-TT-AA-CATTGGGC--CATAA--CTT-----T-------TGAA-TTGGT----AAG--T--GA-TC-GGNTT---T------TCATATTCTC---------------ACA-TGC--GTAATC-CTNTTGGNA-GCCC--CT--CCACTGGCATG--TGGAA-TCCGGG-G----CATAGTN-TTTT-CACAAACACATCTTGT
Reference ( gi|1 ) : TTTATGCCTC-C-G-GAATCTTTG-ATT-CG--AG---GGC-AT-AT-A-G-TTT-TAGGTC-TGTCCATTGTTCTGGC----------A--AA---AACTT---------GC-CA-T------AA-CTTT-TGAATGGCAAGTGA-GT-----GGGACT--TTCATAT-TAC-AC--ATGTGT-T-G-TTCCTTATG-ACAAGCCCTTT--CTAC--GT--GTAC-C---AAA--AT--TTTGAGACCTCCT--GAC----CTTG-A-----AGGTTTGACC--T-A---CT------TTTC--AAAAAC-T-TT-AAC-A-T----G--C--C-ATA--A-------T-T---T-GAATG--C--AG------T----GG---T--G--------GGAC-T-TTCATA-T-------AT-AT---ACA--TGTGTG-TTCCTTATG-AC-A---AA-C-C-T-T-TCTA---CT--G-GTACC---A-AAA-T-TTT--GA-CCTCCTGATCTTGAC----CT----TCAAG-TTTGAC----------T-TAA---TTTTC--A-AAAAC-TTTAACAT-T--G-G-C---ATAA-CTT-----T-TGAATGGC---AAG-TGA-T--G--------GGACT-TT--CATA--T-T--CAACATG-T--GT---GTTCCTTAT-------------TG---ACAAGTCC------T-TTCTA------CTAG-CTGACTACAAAAA--TT-T-TA--ACCTA-----CTG--ACCTTGAC-CTTGCAGTTTGAC-T-TACTTTTTC-A-AAAAC-T-TT-AA-CATTGGCC--CATAA--CTT-----T-------TGAA-TTGGT----AAG--T--GA-TC-GATTT---T------TCACATTCTC---------------ACA-TGC--ATAATC-CTTTTGGCA-GCCC--TT--TCACTGGCATG--TGGAA-TCCGGGCG----CACAGTC-TGTT-CACAAACACATCATGT
gi|19 : TTTATGCC-C-C-G-GAATTTTCG-ATT-CG--GG---GGC-ATGAT-A-
gi|8 : TTTATGCCCC-C-G-TGATCGAAG-ATC-GG--GG---GGC-AT-AT-T-G-TGT-TTTGTC-CGT-CGTCATTCTGTC----------A--
gi|14 : tcacattTTATGCCG----G-GAATCTTTG-ATT-CG---G---GGCAAT-AT-A-GTTTT-TTGGTC-TGTCCAcgcccccgtgatcgaagatcggggagcatattgtttttgtcctgtctgtcattctgtcactgtcattctgtt
gi|12 : TTATGTCCT-C-G-GAATCTTTG-ATC-GG--AG---CGC----AT-A-G-TTT-TTAGCC-TGTCCGT
gi|4 : TATG--TC-C-GTGAATCGAAG-AT--CG--TGA--GGC-AT-AT-T-G-TTT----GTCCTGTCTGTCATTCTGTCCTTCTGTTTGA--AATTTAACCTTG-------GC-TA-T------AAACTTT-TGAATGGTTAGT-A-CT-----AGGGCT--TTGATAT-T-------------------------TG-ACATG----------AT--GT--GT-T-C---AAA--ATCTTTT---ACCTCCT--GAC----CTTG-A-----AC-TTTGACC--T-A---CT------TTTC--AAAAACTT-TT-GGC-A-TGA--G--C--C-ATA--GCTTTTGTC-T---T-GAATGGTA--AGT-----T----GA---T--A--------GG---C-TTCATA-T-------TT-TC---ACA--TATGTA-TTCCTTGTG-A--A---AG-CAC-TAT-TTAA---CT--G-GTACCCA-A-AAG-T-TTT--GA-CCTCTTGACCTTGAc
gi|4 : TATGCCTCAC-G---ATCTTCG-ATT-CA--CG---GAC-AT-Atattgagtgatc
gi|15 : TATGCCTCTC-G-GAATCTTCG-ATT-CG--GG---GGC-AT-AT-A-G-TTT-Tttgtttgtcctgtctgtcattctgtccttctgtttgaaatttaaccttggctataaacttttgaatggttagtactagggctttgatatttgacatgatgtgttcaaaatcttttacctcctgaccttgaactttgacctacttttcaaaaacttttggcatgagccatagcttttgtcttgaatggtaagttgataggcttcatattttcacatatgtattccttgtgaaagcactatttaactggtacccaaaagttttgacctcttgaccttgatattgagtgatc
gi|17 : TATGCC-C-C-G-GAATCTTCG-ATT-CG--GG---GGC-AT-ATAA-G-TTT-T-GGTC-TGtttggt
gi|10 : TATGCTTC-C-G-GAATCTTTG-ATT-CA--GG---GGC-AT-AT-ATA-TTT-T-GACC-TGTCAAT
gi|13 : TATGCCCC-CCG-GAATCTT-G-ATT-CG--GG---AGC-A--AT-A-A-TTT---GGTC-TGTCCGTTGct
gi|8 : TATGCCCC-C-C-GA-TCTTCG-ATCACG--GG---GGC-AT-A
gi|9 : tcacattttATGCCCC-C-G-GAATCTTCGAATT-CG--GGCCTAGC--T-AT-A-G-TTTATTGGTC-TGTCCttgtgttttgtccgtcgtcattctgtcacgcccccgtgatcgaagatcggggagcatattgtttttgtcctgtctgtcattctgtcactgtcattctgtt
gi|18 : ATGCCCC-C-C-GA-TCTTCG-ATTACG--GG---GGC-AT-Ag
gi|16 : tcagctttcCCC-C-G-GAATCTTCG-ATT-CGGGAG---AGC-AT-AT-A-G-TTT-TTGGTC-T
gi|5 : atTC-T-TCTGTTGT-CTG-C----------AGAAA---AAATT---------GCACA-TTGCGCAAG-CTTT-TTC-TTGTAATTGA--T-----AGGGCT--TTCATAT-T-T-AC--A-ATGG-T-A-TTCTTTATATACAAGCCCTTT--CCACTAG---GTCC-C---AAA--AC--TTTATGACCTCCT--GAC----TTTG-ACCTT-AAATTTGACC--T-A---CT------TTTC--AAA----C-TT-AAC-ATT----G--G--C-ATA--A-------C-T---TGGAATGGTA--AG------T----GA---T--A--------AGGT-T-TTCATA-T-------ct
gi|2 : ATTAATCT--C----------A--AA---AATTTAACATTGAGGC-CAAT------AG-CTTTATGAATGGTAAAAGATGTACAAAGAAAATTATTCATGT-TACAAC--ATACG--T-A-ATCCTTATG-AGAAtcacagcaagccccttcactggcatgggaatcggggcataagtaatttctcaaacatatctgtta
gi|6 : actttcatatatacacgcatgtgtgttccttattaataatatgttcggaattgaagaatctttaagaccctcttcaatcatagactggaggtgaaccatgtgctcaaagaatgttgagcctcctctgacgctacttgacgatttgaccgataactgC----------A--AA---AACTTTAACATGG-GC-CA-T------AA-CTTT-TGAATGGTAAGT-A-CT------AGACT--TTCATAT-ATC-AT--ATGTGTATAA-TTCCTTATG-GCAAAGCCTTT--CTAC--TG--GTAC-C---AAA--AT--TTTT-GACCTCCT--GAC----CTTG-A-----A-CTTTGACC--T-A---CT------TTTC--AAAATT-T-TT-AAC-A-TTG--G--C--C-ATA--ACT-----T-T---T-GAAT-------------------------------------GAC-T-TTAATT-C-------AT-ATTTCACA--TGagaacctatgtctacaggtccagcgaacgtccaaggaggctaacctgatgaaaaattgttgacacaagaagctgcaatctgatcttgaagtttgacctactgttgcggaaaactgttaaacattggccatcatgcttttgaatggtgaacttgatctagaagtttgactctagtctgctatctcactcctctccacctatcgccagacaatgcgtaatcactattggcaagcccctgtccactggcatgcatggaaatccggggggaaacatagtgtttgcacaaacacatcttgt
gi|7 : gacctcctgaccttgaccttaaagtgtgaattaatacttttGA-AT-----AGGACT--TTGATAT-TTC-A---AT-TAT-G-GATTCCTCCTG-ACCAGGCCTTT--CAAT--TTTGGTGC-C---AAG--AC--TTTTGG-CCTTGT--GAC-----TTG-A-----C--TTTGACC--TTA---CT------TTTC--AAAAAC-T-GT-ACCTA-G----G--T--T-ATAT-AT------T-T---T-GAATA--A--AG------G----GG---cataatc
gi|2 : atcttggctatgtctttttacctaagggACT--TTCATATATAC-ACGCATGTGT---G-TTCCTTATaaagttagaagtagtgatactcccag
gi|3 : ATG-AAGAACCCTTTAGTTTT--GC--GTAC-CGAAAAA--AC--TTTGA--CCTAGT--GAT----CGTGCATT---AGGTT-GAAC--T-A---CT------TTTC--AAACAC-T-TT-GAT-A-T----G--CGGCAATA--T-------T-T---TCAAATG--A--AAGAGGATT----GGGTTT--G--------GCACAT-TTCACA-T-------AT-Ataataatatgttcggaattgaagaatctttaagaccctcttcaatcatagactggaggtgaaccatgtgctcaaagaatgttgagcctcctctgacgctacttgacgatttgaccgataactgattaatctcaaaaatttaacattgaggccaatagctttatgaatggtaaaagatgtacaaagaaaattattcatgttacaacatacgtaatccttatgagaaagaacctatgtctacaggtccagcgaacgtccaaggaggctaacctgatgaaaaattgttgacacaagaagctgcaatctgatcttgaagtttgacctactgttgcggaaaactgttaaacattggccatcatgcttttgaatggtgaacttgatctagaagtttgactctagtctgctatctcactcctctccacctatcgccagacaatgcgtaatcactattggcaagcccctgtccactggcatgcatggaaatccggggggaaacatagtgtttgcacaaacacatcttgt
gi|2 : tagtgactagtgacgttgacctacttttccaaaaaactcttacttgggctatatgatgttgattaaggtgattaggagctttgattttttcagcatatagatgcctcatccatcagacctttgttttgataccacaactttttactgcctagtgacctacgcttacattttactatatttttcagaaaaatttactagggttattagtcttttcgtagattaagatgagaaccactttgattcacacC--AT--GTGCTC---AAAGAAT--GTTGAG-CCTCCTCTGACGCTACTTG-A-----CGATTTGACCGATAA---CTGATTAATCTC--AAAAA--T-TT-AAC-A-TTGAGG--C--CAATA--G-------C-TTTAT-GAATG------G------TAAAAGA---T--GTACAAAGAAAAT-TATTCATGTT-------AC-A----ACA--TACGTA-ATCCTTATG-AG-AAAGAA-C-C-TATGTCTA---CA--G-GT-CC---A-gatactcgctattggta
gi|6 : actttcatatatacacgcatgtgtgttccttattaataatatgttcggaattgaagaatctttaagaccctcttcaatcatagactggaggtgaacGACCTCCT--GAC----CTTG-ACCTTAAAGTGTGAAT--T-AATACT------TTTC--AAAAAC-T-TT-AAC-A-T----GGGC--C-ATA--ACT-----T-T---T-GAATG--GTAAG------T----AC---T--A--------G-AC-T-TTCATA-T-------ATCAT---ATG--TGTATAATTCCTTATG-GC-A---AAGC-C-T-T-TCTA---CT--G-GTACC---A-AAA-T-TTTT-GA-CCTCCTGACCTTGAA----CT----T-------TGAC----------C-TAC---TTTTC--A-AAATT-TTTAACAT-T--G-GCC---ATAA-CTT-----T-TGAATGACTTTAA------------------------TT--CATA--T-T--TCACATG-gcgaacgtccaaggaggctaacctgatgaaaaattgttgacacaagaagctgcaatctgatcttgaagtttgacctactgttgcggaaaactgttaaacattggccatcatgcttttgaatggtgaacttgatctagaagtttgactctagtctgctatctcactcctctccacctatcgccagacaatgcgtaatcactattggcaagcccctgtccactggcatgcatggaaatccggggggaaacatagtgtttgcacaaacacatcttgt
gi|2 : CT--GAT----CTTG-A-----AG-TTTGACC--T-A---CTG-----TTGCG-GAAAAC-TGTTAAAC-A-TTG--G--C--C-ATC--ATGCT---T-T---T-GAATG--cataatc
gi|4 : actttcatatatacacgcatgtgtgttccttattaataatatgttcggaattgaagaatctttaagaccctcttcaatcatagactggaggtgaaccatgtgctcaaagaatgttgagcctcctctgacgctacttgacgatttgaccgataactgattaatctcaaaaatttaacattgaggccaatagctttatgaatggtaaaagatgtacaaagaaaattattcatgttacaacatacgtaatccttatgagaaagaacctatgtctacaggtccagcgaacgtccaaggaggctaacctgatgaaaaattgttgacacaagaagctgcaatTCTGTCC--T-T---CT------GTTT--GAAA---T-TT-AAC-C-TTG--G--C--T-ATA--AACT----T-T---T-GAATGGTT--AG------T----AC---T--A--------GGGC-T-TTGATA-T-------TT-G----ACA--TG-----------ATG---------------------------T--G-TT--C---A-AAA-TCTTT--TA-CCTCCTGACCTTGAA----CT----T-------TGAC----------C-TAC---TTTTC--A-AAAACTTTTGGCAT-G--A-GCC---ATAG-CTTTTGTCT-TGAATGGT---AAGTTGA-T--A--------GG--C-TT--CATATTT-T--C-ACATA-T--GT---ATTCCTTG--------------TG---A-AAGCAC------TATTTAA------CTGG-T--ACC-CAAAAG--TT-T-TG--ACCTC-----TTG--ACCTTGAT-ATTG-AGTgtgaacttgatctagaagtttgactctagtctgctatctcactcctctccacctatcgccagacaatgcgtaatcactattggcaagcccctgtccactggcatgcatggaaatccggggggaaacatagtgtttgcacaaacacatcttgt
gi|3 : tatgtccgtgaatcgaagatcgtgaggcatattgtttgtcctgtctgtcatTTGACC--T-A---CT------TTTCCAAAAAAC-T-CT-TAC-T-TGG--G--C--T-ATATGA-------TGT---T-GATTA--A--GG------T----GA---TTAG--------GAGC-T-TTGATT-TTTTCAGCAT-AT---AGA--TGCCTC-ATCC--AT---C-A---GA-C-C-T-T-TGTT---TT--G-ATACC---ACAAC-T-TTT--TA-CTGCCTAG---TGAC----CTACGCTTACA-TTTTAC----------TATAT---TTTTC--AGAAAAA-TTTAgatc
gi|5 : tagtgactagtgacg------T----GA---T--A--------GGGC-T-TTCATA-T-------TT-AC---A-A--TG-GTA-TTCTTTATATAC-A---AG-C-CCT-T-TCCA---CTA-G-GTCCC---A-AAA-C-TTTATGA-CCTCCTGACTTTGAC----CT----T-AAA-TTTGAC----------C-TAC---TTTTC--A-AA----CTTAACAT-T--G-G-C---ATAA-CTT-----G--GAATGGT---AAG-TGA-T--A--------AGGTT-TT--CATA--T-T--CActagggttattagtcttttcgtagattaagatgagaaccactttgattcacacatgaagaaccctttagttttgcgtaccgaaaaaactttgacctagtgatcgtgcattaggttgaactacttttcaaacactttgatatgcggcaatattttcaaatgaaagaggattgggtttggcacatttcacatatagatactcgctattggta
gi|7 : tcttctgttgtctgcagaaaaaattgcacattgcgcaagctttttcttgtaat---T--A--------GGAC-T-TTGATA-T-------TT-------CAATTATGGA-TTCCTCCTG-ACCA---GG-C-C-T-T-TCAA---TTTTG-GTGCC---A-AGACT-TTT--GG-CCTTGTGA-CTTGAC----------------TTTGACC---------T-TAC---TTTTC--A-AAAAC-TGT-ACCT-A--G-GTT---ATAT-ATT-----T-TGAATcagcaagccccttcactggcatgggaatcggggcataagtaatttctcaaacatatctgtta
gi|3 : atcttggctatgtctttttacctaaggggaaATG-AA-G---AA-C-C-C-T-T-TAGTTTT--GCGTACCGAAA-AAA-C-TTT--GA-CCTAGTGATCGTG-C----AT----T--AG-GTTGAA----------C-TAC---TTTTC--A-AACAC-TTTGATATGC--G-G-C---AATA-TTT-----T-CAAATGAA---AGA-GGATT--G--------GG--T-TTGGCACA--T-T--TCACATA-TAGAT---ACTCGCTAT-------------TG---aaaggggaaagttagaagtagtgatactcccag
gi|2 : tagtgactagtgacgttgacctacttttccaaaaaactcttacttgggctatatgatgttgattaaggtgattaggagctttgattttttcagcatatagatgcctcatccatcagacctttgttttgataccacaactttttactgcctagtgacctacgcttacattttactatatttttcagaaaaatttactagggttattagtcttttcgtagattaagatgagaaccactttgattcacac---A-GAA-T-GTT--GAGCCTCCT----CTGACGCTACT----TGACGATTTGACCGATAACTGAT-TAA---TCT-C--A-AAAA--TTTAACAT-TGAG-G-CCA-ATAG-CTT-----TATGAATGGT---AAA-AGA-T--GTACAAAGAAAATTATT--CATG--T-TA-CAACATA-C--GT---AATCCTTATGAGAAAGAACCTATGTCTACAGGTCCAGCGAAC-GTCCAAGGAGGCTAACCTGATGA--AAAA--TTGT-TG--ACACAAGAAGCTGCAATCT-GAT-CTTGAAGTTTGAC-C-TACTGTTGCGG-AAAAC-TGTTAAA-CATTGGCCATCAT-G--CTT-----T-------TGAA--TGGT----GAACTT--GA-TC-gta
gi|6 : actttcatatatacacgcatgtgtgttccttattaataatatgttcggaattgaagaatctttaagaccctcttcaatcatagactggaggtgaaccatgtgctcaa--GA-CCTCCTGACCTTGAC----CT----TAAAG-TGTGAA----------T-TAATACTTTTC--A-AAAAC-TTTAACAT-G--G-GCC---ATAA-CTT-----T-TGAATGGT---AAG-T-A-C--T--------AGACT-TT--CATA--TAT--C-ATATG-T--GTATAATTCCTTA--------------TG---GCAAAGCC------T-TTCTA------CTGG-T--AC--CAAAAT--TT-T-TG--ACCTC-----CTG--ACCTTGAA-C------TTTGAC-C-TAC-TTTTC-A-AAATT-T-TT-AA-CATTGG-C--CATAA--CTT-----T-------TGAA-T----------------------GACTTTAAT------TCATATT-TC---------------ACA-TGC--ATAATC-tagaagtttgactctagtctgctatctcactcctctccacctatcgccagacaatgcgtaatcactattggcaagcccctgtccactggcatgcatggaaatccggggggaaacatagtgtttgcacaaacacatcttgt
gi|3 : TTGAC----------C-TAC---TTTTCCAA-AAAAC-TCTTACTT-G--G-G-CTATATGA--TG-----T-TGATTA-----AGG-TGA-TTAG--------GAGCT-TT--GATT--T-TTTCAGCATA-T--AG---ATGCCTCAT-------------CC---ATCAGACC------T-TTGT--------T---TTGA-TACCACAACTTT-T-TACTGCCTA-----GTG--ACCT--ACGCTTACATTTT-AC-TATA-TTTTTC-AGAAAAA-T-TT-AC-TA--GGGT--TATTAGTCTT-----TTCG----TAGA-TTAAG----ATG--A--GA-AC-CACTT---T---------GATTCAC---------------ACA-TGA--AGAACC-CTTT
gi|4 : tagtgactagtgacgTTTG--A-AA----TTTAACCT-T--G-G-CT--ATAAACTT-----T-TGAATGGT---TAG-TAC-T--A--------GGGCT-TT--GATA--T-T--TGACATGAT--GT---GTTC---A---------------------AAATC---------TTTTA------CCTC-CTGAC-----------C-T-TG--A--------------ACTTTGAC-CT---------AC-T------TTTC-A-AAAACTT-TT-GG-CA-TGAGC--CATAG--CTTTTGTCT-------TGAA--TGGT----AAGT-T--GA-TA-GG--C---T------TCATATTTTC---------------ACA-TAT--GTATTC-CTTGTGAAA-GCACTATT--TAACTGGTAagttttgcgtaccgaaaaaactttgacctagtgatcgtgcattaggttgaactacttttcaaacactttgatatgcggcaatattttcaaatgaaagaggattgggtttggcacatttcacatatagatactcgctattggta
gi|5 : tatgtccgtgaatcgaagatcgtgaggcatattgtttgtcctgtctgtcattctgtccttctg--A-AAAAA-TTGCACAT-T--GCG-C---A-AG-CTT-----T-TTC-TTGT---AAT-TGA-T--A--------GGGCT-TT--CATA--T-T--TACAATG----GT---ATTCTTTAT-------------AT---ACAAGCCC------T-TTCCA------CTAG-GT--CC-CAAAAC--TT-TATG--ACCTC-----CTG--ACTTTGAC-CTTA-AATTTGAC-C-TACTTTTC-----AAAC-T-T--AA-CATTGGC----ATAA--CTT--------------GGA-ATGGT----AAG--T--GA-TA-AGGTT---T------TCATAT--TC---------------ACA--GC--A--------------A-GCCC--CT--TCACTGGCATG---GGAA-TCGGGGCA----TA-AGTA-ATTT-CTCAAACATATC-TGTcccaaaagttttgacctcttgaccttgatattgagtgatc
gi|7 : tcttctgttgtctgcagA-T--A--------GGACT-TT--GATA--T-TT-CAAT-TA-T--GG---ATTCCTC-C-------------TG---ACCAGGCC------T-TTCAA------TT---TTGGTGCCAAGAC--TT-T-TG--GCCTT-----GTG--AC-TTGAC--------TTTGACCT-TACTTTT-C-A-AAAAC-T-GT-AC-C--TAGGT--TATAT--ATT-----T-------TGAA-Tta
gi|3 : atcttggctatgtctttttacctaaggggaAAAAA--CT-T-TG--ACCTA-----GTG--ATCGTG-C-ATT--AGGTTGAA-C-TACTTTT-C-A-AACAC-T-TT-GA-TATGCGGC--AATA----TT-----T-------TCAA-ATGAA----AGA--G--GA-TTGGGTTT---G------GCACATT-TC---------------ACA-TATAGATACTCGCTATTGGTA-aaaggggaaagttagaagtagtgatactcccag
gi|2 : tagtgactagtgacgttgacctacttttccaaaaaactcttacttgggctatatgatgttgattaaggtgattaggagctttgattttttcagcatatagatgcctcatccatcagacctttgttttgataccacaactttttactgcctagtgacctacgcttacattttactatatttttcagaaaaatttactagggttattagtcttttcgtagattaagatgagaaccactttgattcacacatgaagaaccctttagttttgcgtaccgaTGAT-CTTGAAGTTTGAC-C-TACTGTTGC-GGAAAAC-TGTT-AAACATTGGCCATCATG---CTT-----TTGAATGGTGAACTTGATCTAGAAG--TTTGACTC-TAGTC---TGCTATCTCAC-TCCTCTCCACCTATCGCCAGACAATGC--GTAATCACTATTGGCAAGCCC--CTGTCCACTGGCATGCATGGAAATCCGGGGGGAAACATAGTG-TTTG-CACAAACACATCTTGT
gi|11 : actttcatatatacacgcatgtgtgttccttattaataatatgttcggaattgaagaatctttaagaccctcttcaatcatagactggaggtgaaccatgtgctcaaagaatgttgagcctcctctgacgctacttgacgatttgaccgataactgattaatctcaaaaatttaacattgaggccaatagctttatgaatggtaaaagatgtacaaagaaaattattcatgttacaacatacgtaatccttatgagaaagaacctatgtctacaggtccagcgaacgtccaaggaggctaacctgatgaaaaattgttgacacaagaagctgcaatcCC--TT--CCACTG-CATG--TGGAA-TACGGG-G----CAT--TCGTGTTTCACAAACACATCTTGT
Alignments
lowQualScore : 8888888888888888888888888 22 22 7777777777777777777 1 11 1 11 222 1 11 1 1 22 55555555555 11 1 1 22 1 11 11111 1 1 1111 111111 1111 11111111 5555555555555555 1 1111111111 11 3333333333333 1111 111111 1111 111 11 4444444444444444 1 11 11111 66666666666666666666 2222222 111 1 111 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222 1 1 11 111 1 1 22222 111 11
lowQualScore : 2 5 1 2 2 2 33 444 2 3 3 6666666666666666666666666 0 22 6 00 1 6 7777777777777777777 4 7 0 88 2 0 44 6 999 0 33 0 0 3 3 22 44444444444 33 0 3 55 1 66 0 33 6 55555 0 3 3 3 4444 0 8 666666 7777 0 88888888 5555555555555555 8 0 7777777777 0 11 8 8 11 8 8888888888888 8 8 0000 888888 1 6666 99 444 1 11 7777777777777777 3 1 6 00 66666 22222222222222222222 1 1111111 7 1 555 3 6 6 111 88 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 88 000 0 6 4 1 0 33 2 777 0 8 0 55555 444 00
lowQualScore : . . . . . . .. ... . . . ......................... . .. . .. . . ................... . . . .. . . .. . ... . .. . . . . .. ........... .. . . .. . .. . .. . ..... . . . . .... . . ...... .... . ........ ................ . . .......... . .. . . .. . ............. . . .... ...... . .... .. ... . .. ................ . . . .. ..... .................... . ....... . . ... . . . ... .. ......................................................................... .. ... . . . . . .. . ... . . . ..... ... ..
lowQualScore : 9 7 7 9 7 7 77 777 7 3 3 2222222222222222222222222 7 33 7 00 0 7 7777777777777777777 0 7 7 33 0 7 33 7 000 0 88 0 8 5 5 00 88888888888 88 0 3 33 0 22 0 88 0 44444 7 3 3 7 8888 8 0 000000 0000 8 22222222 2222222222222222 0 0 2222222222 8 00 0 0 88 0 4444444444444 0 0 0000 444444 0 4444 00 000 0 22 5555555555555555 3 0 7 88 77777 33333333333333333333 0 7777777 3 5 555 3 7 7 777 33 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 88 666 6 0 5 0 0 88 5 000 0 8 0 00000 888 88
consensus : TTTATGCC-CC-CGGAATCTTCG-ATT-CG-G--G---GGCAT-ATAGT-TT-TTGGTCTGTCCGTCGTTCTGTC----------AAATTTAACCTT---GGCTATAA-CTTTTGAACGGTAAGTG-ANTAGGACTTTGATATT-CA--TGTG--GTTCCTC-TGACAAG-CCTTTC-ACGT--GTGCCAAAATTTTT-GACCTCCTGACCTTGAA-CTTTGACC-TACTTTTC--AAAAAC-TTTNACNTGGGCCATAT-ATT------TTGAATG--AAG-TGA-TAGG-GCTTTCATATNTNCA-C--ATGTGTGTTCCTTAT--GACAAAC-CT-TTNTACTGGTACC--A-AAATTTTGA-CCTCC---T--GAC----CTTGAC-CTT-AA-GTTTGACTG-TAA--CT------TTTCA-AAAANTTTAACAT--NG-G-C--ATAA--CTTT-T-GAATGGTAAG-TGAT--------AG-GACT-TTCATAT-T-CA-ACATGCGT---ATTCCTTATNGGCAAG-NCCTT---TCTACT-GGT----TG---A---C-CCAA-AANTTT-TGACCTNCTGA-----CCTTGAC--------CT------TG-AGTTTGA-------CCTACTTTTTC-G-AAAACT-TT-AA-CATTGGGCCATAA--CTTTT-------GAA-TTGGT----AAG--T--GA------TCGGNT-T---T-TCA-TATTCTC-------------ACA-TGC--ATAATC-CTATTGGCA-GCCCCT--CCACTGGCATG--TGGAA-TCCGGG-G-----CA-T-AGTGTTTTCACAAACACATCTTGT
Reference ( family-346 ) : TTTATGCC-CC-CGGAATCTTCG-ATT-CG-G--G---GGCAT-ATAGT-TT-TTGGTCTGTCCGTCGTTCTGTC----------AAA---AACTTTATGGGCCATAG-CTTTTGAATGGTAAGTG-ANTAGGACTTTCATATT-CACATGTGTTATTCCTTATGACAAGNCCTTTCTACGT--GTGCCAAAACTTTN-GACCTCCTGACCTTGAAGGTTTGACC-TACTTTTC--AAAAAC-TTTAACATTGGCCATA--ACT------TTGAATG--AAG-TGA-TAGG-GCTTTCATATNTATA-C--ATGCGTATTCCTTAT--GACAAGC-CT-TTCTACTGGTACC--A-AAATTTTGA-CCTCC---T--GAC----CTTGAC-CTT-AA-GTTTGACC--TA---CT------TTTCA-AAAACTTTAACAT--NG-G-C--ATAA--CTTT-T-GAATGGTAAG-TGAT--------AG-GGCT-TTCATAT-T-CA-ACATGTGT---ATTCCTTATTGACAAG-NCCTT---TCNACT-GGT----TG---A---C-NCAA-AANTTT-TGACCTNNTGA-----CCTTGAC--------CT------TG-AGTTTGA-------CCTACTTTTTC-G-AAAACT-TT-AA-CATTGGGCCATAA--CTTTT-------GAA-TTGGT----AAG--T--GA------TCGGNT-T---T-TCA-TATTCTC-------------ACA-TGC--GTAATC-CTNTTGGNA-GCCCCT--CCACTGGCATG--TGGAA-TCCGGG-G-----CA-T-AGTNTTTTCACAAACACATCTTGT
gi|1 : TTTATGCC-TC-CGGAATCTTTG-ATT-CG-A--G---GGCAT-ATAGT-TT-TAGGTCTGTCCATTGTTCTGGC----------AAA---AACTT-----GCCATAA-CTTTTGAATGGCAAGTG-AGTGGGACTTTCATATTACACATGTGTTGTTCCTTATGACAAGCCCTTTCTACGT--GTACCAAAATTTTGAGACCTCCTGACCTTGAAGGTTTGACC-TACTTTTC--AAAAAC-TTTAACAT--GCCATA--A-T------TTGAATG--CAG-TGG-TGGG-ACTTTCATATATATA-C--ATGTGTGTTCCTTAT--GACAAAC-CT-TTCTACTGGTACC--A-AAATTTTGA-CCTCC---T--GAT----CTTGAC-CTTCAA-GTTTGACT--TA---AT------TTTCA-AAAACTTTAACAT--TG-G-C--ATAA--CTTT-T-GAATGGCAAG-TGAT--------GG-GACT-TTCATAT-T-CA-ACATGTGT---GTTCCTTATTGACAAG-TCCTT---TCTACT-AGC----TG---A---CTACAA-AAATTT-TAACCTACTGA-----CCTTGAC--------CT------TGCAGTTTGA-------CTTACTTTTTC-A-AAAACT-TT-AA-CATTGGCCCATAA--CTTTT-------GAA-TTGGT----AAG--T--GA------TCGATT-T---T-TCA-CATTCTC-------------ACA-TGC--ATAATC-CTTTTGGCA-GCCCTT--TCACTGGCATG--TGGAA-TCCGGGCG-----CA-C-AGTCTGTTCACAAACACATCATGT
gi|10 : TATGCT-TC-CGGAATCTTTG-ATT-CA-G--G---GGCAT-ATATA-TT-TTGACCTGTC
gi|11 : CCTT--CCACTG-CATG--TGGAA-TACGGG-G-----CATT-CGTG-TTTCACAAACACATCTTGTaatct
gi|12 : TTATGTC-CT-CGGAATCTTTG-ATC----G--G---AGCGC-ATAGT-TT-TTAGCCTGTCCGTC
gi|13 : TATGCCCCC-CGGAATCTT-G-ATT-CG-G--G---AGCA--ATAA---T-TTGGTCTGTCCGTTG
gi|14 : TTATGCC-G---GGAATCTTTG-ATT-CG-G--G---GCAAT-ATAGTTTT-TTGGTCTGTCC
gi|15 : TATGCC-TCTCGGAATCTTCG-ATT-CG-G--G---GGCAT-ATAGT-TT-TTa
gi|16 : C-CC-CGGAATCTTCG-ATT-CG-GGAG---AGCAT-ATAGT-TT-TTGGTCTttggt
gi|17 : atTATGCC-CC--GGAATCTTCG-ATT-CG-G--G---GGCAT-ATAAG-TT-TTGGTCTGct
gi|18 : ATGCC-CC-CCGA-TCTTCG-ATTACG-G--G---GGCAT-A
gi|19 : tcagctttcTTTATGCC-CC--GGAATTTTCG-ATT-CG-G--G---GGCATGATA
gi|2 : CTTTCATATATACA-CGCATGTGTGTTCCTTAT--
gi|2 : a--A-GAATGTTGAGCCTCC---TCTGACGCTACTTGAC------G-ATTTGACCGATAA--CTGATTAATCTCA-AAAA-TTTAACATTGAG-G-CCAATAG--CTTTAT-GAATGGTAAA-AGATGTACAAAGAA-AATTATTCATGT-TACA-ACATACGT---AATCCTTATGAGAAAG-AACCTATGTCTACA-GGTCCAGCG---AACGT-CCAA-GGAGGC-TAACCTGATGAAAAATTGTTGACACAAGAAGCTGCAATCTG-ATCTTGAAGTTTGACCTACTGTTGCGG-AAAACTGTTAAA-CATT-GGCCATCATGCTTTT-------GAA--TGGT----GAACTT--GA------TCtaataatatgttcggaattgaagaatctttaagaccctcttcaatcatagactggaggtgaaccatgtgctcaaagaatgttgagcctcctctgacgctacttgacgatttgaccgataactgattaatctcaaaaatttaacattgaggccaatagctttatgaatggtaaaagatgtacaaagaaaattattcatgttacaacatacgtaatccttatgagaaagaacctatgtctacaggtccagcgaacgtccaaggaggctaacctgatgaaaaattgttgacacaagaagctgcaatctgatcttgaagtttgacctactgttgcggaaaactgttaaacattggccatcatgcttttgaatggtgaacttgatctagaagtttgactctagtctgctatctcactcctctccacctatcgccagacaatgcgtaatcactattggcaagcccctgtccactggcatgcatggaaatccggggggaaacatagtgtttgcacaaacacatcttgt
gi|2 : actttcatatatacacgcatgtgtgttccttattaataatatgttcggaattgaagaatctttaagaccctcttcaatcatagactggaggtgaaccatgtgctcaaGT----TG---A---C-ACAAGAAGCTG-CAATCT---GA-----TCTTGA--------------------AGTTTGA-------CCTACTGTTGC-GGAAAACTGTT-AAACATTGG-CCATCATGCTTTTGAATGGTGAACTTGATCTAGAAG--TTTGACTCTAGTCTGCTAT---C-TCACTCCTCTCCACCTATCGCCAGACAATGC--GTAATCACTATTGGCAAGCCCCTGTCCACTGGCATGCATGGAAATCCGGG-GGGAAACA-T-AGTGTTTGCACAAACACATCTTGTtagaagtttgactctagtctgctatctcactcctctccacctatcgccagacaatgcgtaatcactattggcaagcccctgtccactggcatgcatggaaatccggggggaaacatagtgtttgcacaaacacatcttgt
gi|3 : actttcatatatacacgcatgtgtgttccttattaataatatgttcggaattgaagaatctttaagaccctcttcaatcatagactggaggtgaaccatgtgctcaaagaatgttgagcctcctctgacgctacttgacgatttgaccgataactgattaatctcaaaaatttaacattgaggccaatagctttatgaatggtaaaagatgtacaaagaaaattattcatgttacaacatacgtaatccttatgagaaagaacctatgtctacaggtccagcgaacgtccaaggaggctaacctgatgaaaaattTTGACC-TACTTTTCCAAAAAAC-TCTTACTTGGGCTATATGATG------TTGATTA--AGG-TGATTAGGAGCTTTGATTTTTTCAGC--ATATAGATGCCTCATCCATCAGAC-CT-TTGTTTTGATACC--ACAACTTTTTA-CTGCCTAGT--GAC----CT--ACGCTT-AC-ATTTTACTA-TA---TT------TTTCAGAAAAATTTACTAG--GG-T-T--ATTAGTCTTT-TCGTAGATTAAGATGAG--------AACCACT-TT--GAT-T-CACACATG-------------------AAGAACCCT---TTAGTT---T----TGCGTA---C-CGAAAAAACTT-TGACCTAGTGA-----TCGTG-C--------AT------T--AGGTTGA-------ACTAC-TTTTC-A-AACACT-TT-GA-TATGCGGCAATA----TTTT-------CAA-ATGAA----AGA--G--GA------TTGGGT-T---TGGCA-CATT-TC-------------ACA-TATAGATACTCGCTATTGGTA-
gi|4 : tagtgactagtgacgTATGCC-TCACG--ATCTTCG-ATT-CA-C--G---GACAT-A
gi|4 : T-CGTG--A---GGCAT-AT--T-GT-TTGTCCTGTCTGTCATTCTGTCCTTCTGTTTGAAATTTAACCTT---GGCTATAAACTTTTGAATGGTTAGT--ACTAGGGCTTTGATATT-------------------TGACATG--------ATGT--GT-TCAAAATCTTT-TACCTCCTGACCTTGAA-CTTTGACC-TACTTTTC--AAAAACTTTTGGCATGAGCCATA--GCTTTTGTCTTGAATGGTAAGTTGA-TAGG---CTTCATATTTTCA-C--ATATGTATTCCTTGT--GA-AAGCACTATTTAACTGGTACCCAA-AAGTTTTGA-CCTCT---T--GAC----CTTGAT-ATT-GA-GTttgtttgtcctgtctgtcattctgtccttctgtttgaaatttaaccttggctataaacttttgaatggttagtactagggctttgatatttgacatgatgtgttcaaaatcttttacctcctgaccttgaactttgacctacttttcaaaaacttttggcatgagccatagcttttgtcttgaatggtaagttgataggcttcatattttcacatatgtattccttgtgaaagcactatttaactggtacccaaaagttttgacctcttgaccttgatattgagtgatc
gi|5 : tatgtccgtgaatcgaagaA-AAAAATTGCACAT--TGCG-C--A-AG--CTTT-T-TC-TTGTAAT-TGAT--------AG-GGCT-TTCATAT-T-TA-CAATG-GT---ATTCTTTATATACAAG-CCCTT---TCCACTAGGT-------------C-CCAA-AACTTTATGACCTCCTGA-----CTTTGAC--------CT------TA-AATTTGA-------CCTACTTTTC-----AAAC--TT-AA-CATTGG--CATAA--C--TT-------GGA-ATGGT----AAG--T--GA------TAAGGT-T---T-TCA-TAT--TC-------------ACA--GC----------------AA-GCCCCT--TCACTGGCATG---GGAA-T-CGGG-G-----CA-TAAGTAATTTCTCAAACATATCTgatc
gi|6 : tcttctgttgtctgcagGA-CCTCC---T--GAC----CTTGAC-CTT-AAAGTGTGAAT--TAATACT------TTTCA-AAAACTTTAACAT--GG-GCC--ATAA--CTTT-T-GAATGGTAAG-TACT--------A--GACT-TTCATATAT-C--ATATGTGTATAATTCCTTA-TGGCAAA-GCCTT---TCTACT-GGT---------A---C--CAA-AATTTT-TGACCTCCTGA-----CCTTGAA--------C------------TTTGA-------CCTAC-TTTTC-A-AAATTT-TT-AA-CATT-GGCCATAA--CTTTT-------GAA-T--------------------------GACT-TTAAT-TCA-TATT-TC-------------ACA-TGC--ATAATC-gtta
gi|7 : GGCTATGT-CTTTTTACC--TAAGGGGAATAGGACTTTGATATTTCAATTATGG-ATTCCTCCTGACCAGGCCTTTCAATTTTGGTGCCAAGACTTTT-GGCCTTGTGA-CTTGA--CTTTGACCTTACTTTTC--AAAAAC-TGT-ACCTAGGTTATAT-ATT------TTGAATA--AAG-
gi|8 : atcttTTTATGCC-CC-CGTGATCGAAG-ATC-GG-G--G---GGCAT-ATTGT-GT-TTTGTCCGT-CGTCATTCTGTC----------Agggaaagttagaagtagtgatactcccag
gi|8 : tcacattTCACGCC-CC-CGTGATCGAAG-ATC-GG-G--G---AGCAT-ATTGT-TT-TTGTCCTGTCTGTCATTCTGTC----------Acgcccccgtgatcgaagatcggggagcatattgtttttgtcctgtctgtcattctgtcactgtcattctgtt
gi|9 : tcacatttttatgcccccgtgatcgaagatcggggggcatattgtgttttgtccgtcgtcattctgATGCC-CC-CGGAATCTTCGAATT-CG-G--GCCTAGC-T-ATAGT-TTATTGGTCTGTCCGctgtcattctgtt
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111 11111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444 222 1 22 1111111111111111111111 3333333333333333333 1 1 1 1 11 1 1 3333333 11 1 1 22 1 11 11111 1 1 1111 111111 1111 11111111 555555555555555 222222 11 333333333333 11 1 1111 111 111 11 11111111111111111111111111111111 22222222 2222 1 11 1 111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 1 1 11 111 1 1 22222 111 11
lowQualScore : 2 5 1 2 2 2 33 444 2 3 3 3333333333 111 7 3 77 00 1 4444444444444444444444 3333333333333333333 2 3 6 3 0 0 33 0 0 0 1 6 8888888 0 3 33 0 3 55 1 1 0 33 55555 3 3 1 4444 0 8 666666 7777 0 88888888 444444444444444 8 8 1 666666 0 11 8 8 11 8 555555555555 8 8 8 33 1 5555 0 333 3 444 44 66666666666666666666666666666666 1 8 8 99999999 1 0 0 0 0 0000 0 22 88 8 5 5 111 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 88 11 0 0 6 3 0 0 33 2 777 0 8 0 55555 444 00
lowQualScore : . . . . . . .. ... . . . .......... ... . . .. .. . ...................... ................... . . . . . . .. . . . . . ....... . . .. . . .. . . . .. ..... . . . .... . . ...... .... . ........ ............... . . . ...... . .. . . .. . ............ . . . .. . .... . ... . ... .. ................................ . . . ........ . . . . . .... . .. .. . . . ... . ....................................................................... .. .. . . . . . . .. . ... . . . ..... ... ..
lowQualScore : 9 7 7 9 7 7 77 777 7 3 3 8888888888 555 3 3 33 00 0 7777777777777777777777 0000000000000000000 0 3 7 2 0 0 88 0 8 8 0 5 2222222 8 2 88 0 3 33 0 0 0 88 44444 3 3 0 8888 8 0 000000 0000 8 22222222 222222222222222 0 8 0 222222 8 00 0 0 88 0 666666666666 0 0 0 66 4 4444 8 444 8 000 00 88888888888888888888888888888888 0 0 0 00000000 0 8 8 8 8 0000 6 66 88 0 0 0 888 8 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 88 00 8 6 0 5 2 0 88 5 000 0 8 0 00000 888 00
consensus : TTTATGCC-CC-CGGAATCTTCG-ATT-CG-G--G---GGCAT-ATAGT-TT-TTGGTCTGTCCGTCGTTCTGTC----------AAATTTAACCTTGGCTATAA-CTTTTGAACGGTAAGTG-ANTAGGACTTTGATATT---CA--TGTG--G-TTCCTC-TGAC-AGGCC-TTTC-ACGT---GTGCCAAAATTTTT-GACCTCCTGACCTTGAAC-TTTGACCT-ACTTTTC--AAAAAC-TTTNACNTGGGCCATA-----T-ATTTTGAATG--AAG-TGA-TAGG-GCTTTCATATNTNCA-C--ATGTGTGTTCCTTAT--GACAAAC-CT-TTNTACTGGTACC--A-AAATTTTGA-CCTCC---T--GAC----CTTGAC-CTT-AA-GTTTGACTG-TAA--CT------TTTCA-AAAANTTTAACATTG--GCC-ATAA--CTTT-T-GAATGGTAAG-TGAT--------AG-GACT-TTCATAT-T-CA-ACATGCGTAT---TCCTTATAGGCAAGNCCTT---TCTACT-GGT---------------------T-ACC-C----AAAAATT-T-TGAC--------CTNCTGACCTTGACCTTG-A-GTTTGACCTACTTTTTCA-AAAACT-TTAA-CATTGGGCCATAA--CTTTT-------GAA-TTGGT----AAGT--GA------TCGGNT-T---T-TCA-TATTCTC-------------ACA-TGC--ATAATC-CTATTGGCA-GCCCCT--CCACTGGCATG--TGGAA-TCCGGG-G-----CA-T-AGTGTTTTCACAAACACATCTTGT
Reference ( family-346 ) : TTTATGCC-CC-CGGAATCTTCG-ATT-CG-G--G---GGCAT-ATAGT-TT-TTGGTCTGTCCGTCGTTCTGTC----------AAATTTAACCTTGGCTATAA-CTTTTGAACGGTAAGTG-ANTAGGACTTTGATATT---CA--TGTG--G-TTCCTC-TGAC-AAGCC-TTTC-ACGT---GTGCCAAAATTTTT-GACCTCCTGACCTTGAAC-TTTGACCT-ACTTTTC--AAAAAC-TTTNACNTGGGCCATA-----T-ATTTTGAATG--AAG-TGA-TAGG-GCTTTCATATNTNCA-C--ATGTGTGTTCCTTAT--GACAAAC-CT-TTNTACTGGTACC--A-AAATTTTGA-CCTCC---T--GAC----CTTGAC-CTT-AA-GTTTGACTG-TAA--CT------TTTCA-AAAANTTTAACATNG--GC--ATAA--CTTT-T-GAATGGTAAG-TGAT--------AG-GACT-TTCATAT-T-CA-ACATGCGTAT---TCCTTATNGGCAAGNCCTT---TCTACT-GGT---------------------TGACC-C----AAAANTT-T-TGAC--------CTNCTGACCTTGACCTTG-A-GTTTGACCTACTTTTTCG-AAAACT-TTAA-CATTGGGCCATAA--CTTTT-------GAA-TTGGT----AAGT--GA------TCGGNT-T---T-TCA-TATTCTC-------------ACA-TGC--ATAATC-CTATTGGCA-GCCCCT--CCACTGGCATG--TGGAA-TCCGGG-G-----CA-T-AGTGTTTTCACAAACACATCTTGT
gi|1 : TTTATGCC-TC-CGGAATCTTTG-ATT-CG-A--G---GGCAT-ATAGT-TT-TAGGTCTGTCCATTGTTCTGGC----------AAA---AACTT--GCCATAA-CTTTTGAATGGCAAGTG-AGTGGGACTTTCATATTACACA--TGTGTTG-TTCCTTATGAC-AAGCCCTTTCTACGT---GTACCAAAATTTTGAGACCTCCTGACCTTGAAGGTTTGACCT-ACTTTTC--AAAAAC-TTTAACATG--CCATA-------ATTT-GAATG--CAG-TGG-TGGG-ACTTTCATATATATA-C--ATGTGTGTTCCTTAT--GACAAAC-CT-TTCTACTGGTACC--A-AAATTTTGA-CCTCC---T--GAT----CTTGAC-CTTCAA-GTTTGACT--TAA---T------TTTCA-AAAACTTTAACATTG--GC--ATAA--CTTT-T-GAATGGCAAG-TGAT--------GG-GACT-TTCATAT-T-CA-ACATGTGTGT---TCCTTATTGACAAGTCCTT---TCTACT-AGC---------------------TGACTAC----AAAAATT-T-TAAC--------CTACTGACCTTGACCTTGCA-GTTTGACTTACTTTTTCA-AAAACT-TTAA-CATTGGCCCATAA--CTTTT-------GAA-TTGGT----AAGT--GA------TCGATT-T---T-TCA-CATTCTC-------------ACA-TGC--ATAATC-CTTTTGGCA-GCCCTT--TCACTGGCATG--TGGAA-TCCGGGCG-----CA-C-AGTCTGTTCACAAACACATCATGT
gi|10 : TATGCT-TC-CGGAATCTTTG-ATT-CA-G--G---GGCAT-ATATA-TT-TTGACCTGTC
gi|11 : CCTT--CCACTG-CATG--TGGAA-TACGGG-G-----CATT-CGTG-TTTCACAAACACATCTTGTaatct
gi|12 : TTATGTC-CT-CGGAATCTTTG-ATC----G--G---AGCGC-ATAGT-TT-TTAGCCTGTCCGTC
gi|13 : TATGCCCCC-CGGAATCTT-G-ATT-CG-G--G---AGCA--ATAA---T-TTGGTCTGTCCGTTG
gi|14 : TTATGCC-G---GGAATCTTTG-ATT-CG-G--G---GCAAT-ATAGTTTT-TTGGTCTGTCC
gi|15 : TATGCC-TCTCGGAATCTTCG-ATT-CG-G--G---GGCAT-ATAGT-TT-TTa
gi|16 : C-CC-CGGAATCTTCG-ATT-CG-GGAG---AGCAT-ATAGT-TT-TTGGTCTttggt
gi|17 : atTATGCC-CC--GGAATCTTCG-ATT-CG-G--G---GGCAT-ATAAG-TT-TTGGTCTGct
gi|18 : ATGCC-CC-CCGA-TCTTCG-ATTACG-G--G---GGCAT-A
gi|19 : tcagctttcTTTATGCC-CC--GGAATTTTCG-ATT-CG-G--G---GGCATGATA
gi|2 : CTTTCATATATACA-CGCATGTGTGTTCCTTAT--
gi|2 : a--A-GAATGTTGAGCCTCC---TCTGACGCTACTTGAC------G-ATTTGACCGATAA--CTGATTAATCTCA-AAAA-TTTAACATTGAGGCCAATAG--CTTTAT-GAATGGTAAA-AGATGTACAAAGAA-AATTATTCATGT-TACA-ACATACGTAA---TCCTTATGAGAAAGAACCTATGTCTACA-GGTCCAGCGAACGTCCAAGGAGGCTAACC-TGATGAAAAATTGT-TGACACAAGAAGCTGC-AATCT-GATCTTG-AAGTTTGACCTACTGTTGCGGAAAACTGTTAAACATTGG-CCATCATGCTTTTGAATGGTGAACTTGATCTAGAAGTTTGACTCTAGTCTGCTAT---C-TCACTCCTCTCCACCTATCGCCAGACAATGC--GTAATCACTATTGGCAAGCCCCTGTCCACTGGCATGCATGGAAATCCGGG-GGGAAACA-T-AGTGTTTGCACAAACACATCTTGTtaataatatgttcggaattgaagaatctttaagaccctcttcaatcatagactggaggtgaaccatgtgctcaaagaatgttgagcctcctctgacgctacttgacgatttgaccgataactgattaatctcaaaaatttaacattgaggccaatagctttatgaatggtaaaagatgtacaaagaaaattattcatgttacaacatacgtaatccttatgagaaagaacctatgtctacaggtccagcgaacgtccaaggaggctaacctgatgaaaaattgttgacacaagaagctgcaatctgatcttgaagtttgacctactgttgcggaaaactgttaaacattggccatcatgcttttgaatggtgaacttgatctagaagtttgactctagtctgctatctcactcctctccacctatcgccagacaatgcgtaatcactattggcaagcccctgtccactggcatgcatggaaatccggggggaaacatagtgtttgcacaaacacatcttgt
gi|3 : actttcatatatacacgcatgtgtgttccttattaataatatgttcggaattgaagaatctttaagaccctcttcaatcatagactggaggtgaaccatgtgctcaaAC-GTTGACCT-ACTTTTCCAAAAAAC-TCTTACTTGGGCTATA-----TGATGTTGATTA--AGG-TGATTAGGAGCTTTGATTTTTTCAGC--ATATAGATGCCTCATCCATCAGAC-CT-TTGTTTTGATACC--ACAACTTTTTA-CTGCCTAGT--GAC----CT--ACGCTT-AC-ATTTTACTA-T-A--TT------TTTCAGAAAAATTTACTAGGG--TT--ATTAGTCTTT-TCGTAGATTAAGATGAG--------AACCACT-TT--GAT-T-CACACATGAAGAA---CCCTT-TAG---------T---TTTGC---GT-----------------------ACCGA----AAAAACT-T-TGAC--------CTAGTGATCGTG-CATT--A-GGTTGAACTAC-TTTTCA-AACACT-TTGA-TATGCGGCAATA----TTTT-------CAA-ATGAA----AGAG--GA------TTGGGT-T---TGGCA-CATT-TC-------------ACA-TATAGATACTCGCTATTGGTA-
gi|4 : tagtgactagtgTATGCC-TCACG--ATCTTCG-ATT-CA-C--G---GACAT-A
gi|4 : T-CGTG--A---GGCAT-AT--T-GT-TTGTCCTGTCTGTCATTCTGTCCTTCTGTTTGAAATTTAACCTTGGCTATAAACTTTTGAATGGTTAGT--ACTAGGGCTTTGATATT----------------------TGAC-A-------TG-ATGT---GT-TCAAAATCTTT-TACCTCCTGACCTTGAAC-TTTGACCT-ACTTTTC--AAAAACTTTTGGCATGAGCCATAGCTTTT-GTCTTGAATGGTAAGTTGA-TAGG---CTTCATATTTTCA-C--ATATGTATTCCTTGT--GA-AAGCACTATTTAACTGGTACCCAA-AAGTTTTGA-CCTCT---T--GAC----CTTGAT-ATT-GA-GTttgtttgtcctgtctgtcattctgtccttctgtttgaaatttaaccttggctataaacttttgaatggttagtactagggctttgatatttgacatgatgtgttcaaaatcttttacctcctgaccttgaactttgacctacttttcaaaaacttttggcatgagccatagcttttgtcttgaatggtaagttgataggcttcatattttcacatatgtattccttgtgaaagcactatttaactggtacccaaaagttttgacctcttgaccttgatattgagtgatc
gi|5 : tatgtccgtgaatcgaagaA-AAAAATTGCACATTGC-GC--A-AG--CTTT-T-TC-TTGTAAT-TGAT--------AG-GGCT-TTCATAT-T-TA-CAATG-GTAT---TCTTTATATACAAGCCCTT---TCCACTAGGT------------------------CC-C----AAAACTT-TATGAC--------CTCCTGACTTTGACCTTA-A-ATTTGACCTACTTTTC----AAAC--TTAA-CATTGG--CATAA--C--TT-------GGA-ATGGT----AAGT--GA------TAAGGT-T---T-TCA-TAT--TC-------------ACA--GC--A--------------A-GCCCCT--TCACTGGCATG---GGAA-T-CGGG-G-----CA-TAAGTAATTTCTCAAACATATCTgatc
gi|6 : tcttctgttgtctgcagGA-CCTCC---T--GAC----CTTGAC-CTT-AAAGTGTGAAT--TAATACT------TTTCA-AAAACTTTAACATGG--GCC-ATAA--CTTT-T-GAATGGTAAG-TACT--------AG--ACT-TTCATATAT-CA--TATGTGTATAATTCCTTAT-GGCAAAGCCTT---TCTACT-GGT-----------------------ACC------AAAATTT-T-TGAC--------CTCCTGACCTTGAAC-------TTTGACCTAC-TTTTCA-AAATTT-TTAA-CATT-GGCCATAA--CTTTT-------GAA-T------------------------GACT-TTAAT-TCA-TATT-TC-------------ACA-TGC--ATAATC-gtta
gi|7 : ATCTTGGCTATGT-CTTTTTACC--TAAGGGGAATAGGACTTTGATATTT--CAATTATG--GATTCCTCCTGACCAGGCC-TTTC-AATTTTGGTGCCAAGACTTTT-GGCCTTGTGAC-TTGA-C-TTTGACCTTACTTTTC--AAAAAC-TGT-ACCTAGGTTATA-----T-ATTTTGAATA--AAG-
gi|8 : TTTATGCC-CC-CGTGATCGAAG-ATC-GG-G--G---GGCAT-ATTGT-GT-TTTGTCCGT-CGTCATTCTGTC----------Agggaaagttagaagtagtgatactcccag
gi|8 : tcacattTCACGCC-CC-CGTGATCGAAG-ATC-GG-G--G---AGCAT-ATTGT-TT-TTGTCCTGTCTGTCATTCTGTC----------Acgcccccgtgatcgaagatcggggagcatattgtttttgtcctgtctgtcattctgtcactgtcattctgtt
gi|9 : tcacatttttatgcccccgtgatcgaagatcggggggcatattgtgttttgtccgtcgtcattctgATGCC-CC-CGGAATCTTCGAATT-CG-G--GCCTAGC-T-ATAGT-TTATTGGTCTGTCCGctgtcattctgtt
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444 222 1 22 1111111111111111111111 1 333333333333333 1 1 1 1 11 1 1 3333333 11 1 1 22 1 11 11111 1 1 1111 111111 1111 11111111 555555555555555 11 111111 33333333333 1111 111111 111 111 1111111111111111111111111111111111 22222222 2222 1 1 111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 1 1 11 111 1 1 22222 111 11
lowQualScore : 2 5 1 2 2 2 33 444 2 3 3 3333333333 111 7 3 77 00 1 4444444444444444444444 3 3 444444444444444 2 3 6 3 0 0 33 0 0 0 1 6 8888888 0 3 33 0 3 55 1 1 0 33 55555 3 3 1 4444 0 8 666666 7777 0 88888888 444444444444444 8 8 11 11 3 333333 8 8 11 8 77777777777 8 8 0000 444444 1 0 333 3 444 8 0000000000000000000000000000000000 1 8 8 99999999 1 0 0 0 0 0000 0 8 8 0 8 5 5 111 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 88 11 0 0 6 3 0 0 33 2 777 0 8 0 55555 444 00
lowQualScore : . . . . . . .. ... . . . .......... ... . . .. .. . ...................... . . ............... . . . . . . .. . . . . . ....... . . .. . . .. . . . .. ..... . . . .... . . ...... .... . ........ ............... . . .. .. . ...... . . .. . ........... . . .... ...... . . ... . ... . .................................. . . . ........ . . . . . .... . . . . . . . ... . ....................................................................... .. .. . . . . . . .. . ... . . . ..... ... ..
lowQualScore : 9 7 7 9 7 7 77 777 7 3 3 8888888888 555 3 3 33 00 0 7777777777777777777777 3 7 333333333333333 0 3 7 2 0 0 88 0 8 8 0 5 2222222 8 2 88 0 3 33 0 0 0 88 44444 3 3 0 8888 8 0 000000 0000 8 22222222 222222222222222 0 8 44 00 2 000000 0 0 88 0 44444444444 0 0 0000 444444 4 8 666 8 000 0 4444444444444444444444444444444444 0 0 0 00000000 0 8 8 8 8 0000 6 0 0 8 0 0 0 888 8 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 88 00 8 6 0 5 2 0 88 5 000 0 8 0 00000 888 00
consensus : TTTATGCC-CC-CGGAATCTTCG-ATT-CG-G--G---GGCAT-ATAGT-TT-TTGGTCTGTCCGTCGTTCTGTC----------AAATTTAACCTTGGCTATAA-CTTTTGAACGGTAAGTG-ANTAGGACTTTGATATT---CA--TGTG--G-TTCCTC-TGAC-ANGCC-TTTC-ACGT---GTGCCAAAATTTTT-GACCTCCTGACCTTGAAC-TTTGACCT-ACTTTTC--AAAAAC-TTTNACNTGGGCCATA-----T-ATTTTGAATG--AAG-TGA-TAGG-GCTTTCATATNTNCA-C--ATGTGTGTTCCTTAT--GACAAAC-CT-TTNTACTGGTACC--A-AAATTTTGA-CCTCC---T--GAC----CTTGAC-CTT-AA-GTTTGACTG-TAA--CT------TTTCA-AAAANTTTAACATTG--GCCA-TAA--CTTT-T-GAATGGTAAG-TGAT--------AG-GACT-TTCATAT-T-CA-ACATGCGT---ATTCCTTATAGGCAAGNCCTT---TCTACT-GGT---------------------T-ACC-C-----AAAAATT-T-TGAC--------CTNCTGACCTTGACCTTG-A-GTTTGACCTACTTTTTCA-AAAACT-TTAA-CATTGGGCCATAA--CTTTT-------GAA-TTGGT----AAGT--GA------TCGGNT-T---T-TCA-TATTCTC-------------ACA-TGC--ATAATC-CTATTGGCA-GCCCCT--CCACTGGCATG--TGGAA-TCCGGG-G-----CA-T-AGTGTTTTCACAAACACATCTTGT
Reference ( family-346 ) : TTTATGCC-CC-CGGAATCTTCG-ATT-CG-G--G---GGCAT-ATAGT-TT-TTGGTCTGTCCGTCGTTCTGTC----------AAATTTAACCTTGGCTATAA-CTTTTGAACGGTAAGTG-ANTAGGACTTTGATATT---CA--TGTG--G-TTCCTC-TGAC-AGGCC-TTTC-ACGT---GTGCCAAAATTTTT-GACCTCCTGACCTTGAAC-TTTGACCT-ACTTTTC--AAAAAC-TTTNACNTGGGCCATA-----T-ATTTTGAATG--AAG-TGA-TAGG-GCTTTCATATNTNCA-C--ATGTGTGTTCCTTAT--GACAAAC-CT-TTNTACTGGTACC--A-AAATTTTGA-CCTCC---T--GAC----CTTGAC-CTT-AA-GTTTGACTG-TAA--CT------TTTCA-AAAANTTTAACATTG--GCCA-TAA--CTTT-T-GAATGGTAAG-TGAT--------AG-GACT-TTCATAT-T-CA-ACATGCGT---ATTCCTTATAGGCAAGNCCTT---TCTACT-GGT---------------------T-ACC-C-----AAAAATT-T-TGAC--------CTNCTGACCTTGACCTTG-A-GTTTGACCTACTTTTTCA-AAAACT-TTAA-CATTGGGCCATAA--CTTTT-------GAA-TTGGT----AAGT--GA------TCGGNT-T---T-TCA-TATTCTC-------------ACA-TGC--ATAATC-CTATTGGCA-GCCCCT--CCACTGGCATG--TGGAA-TCCGGG-G-----CA-T-AGTGTTTTCACAAACACATCTTGT
gi|1 : TTTATGCC-TC-CGGAATCTTTG-ATT-CG-A--G---GGCAT-ATAGT-TT-TAGGTCTGTCCATTGTTCTGGC----------AAA---AACTT--GCCATAA-CTTTTGAATGGCAAGTG-AGTGGGACTTTCATATTACACA--TGTGTTG-TTCCTTATGAC-AAGCCCTTTCTACGT---GTACCAAAATTTTGAGACCTCCTGACCTTGAAGGTTTGACCT-ACTTTTC--AAAAAC-TTTAACATG--CCATA-------ATTT-GAATG--CAG-TGG-TGGG-ACTTTCATATATATA-C--ATGTGTGTTCCTTAT--GACAAAC-CT-TTCTACTGGTACC--A-AAATTTTGA-CCTCC---T--GAT----CTTGAC-CTTCAA-GTTTGACT--TAA---T------TTTCA-AAAACTTTAACATTG--GC-A-TAA--CTTT-T-GAATGGCAAG-TGAT--------GG-GACT-TTCATAT-T-CA-ACATGTGT---GTTCCTTATTGACAAGTCCTT---TCTACT-AGC---------------------TGACTAC-----AAAAATT-T-TAAC--------CTACTGACCTTGACCTTGCA-GTTTGACTTACTTTTTCA-AAAACT-TTAA-CATTGGCCCATAA--CTTTT-------GAA-TTGGT----AAGT--GA------TCGATT-T---T-TCA-CATTCTC-------------ACA-TGC--ATAATC-CTTTTGGCA-GCCCTT--TCACTGGCATG--TGGAA-TCCGGGCG-----CA-C-AGTCTGTTCACAAACACATCATGT
gi|10 : TATGCT-TC-CGGAATCTTTG-ATT-CA-G--G---GGCAT-ATATA-TT-TTGACCTGTC
gi|11 : CCTT--CCACTG-CATG--TGGAA-TACGGG-G-----CATT-CGTG-TTTCACAAACACATCTTGTaatct
gi|12 : TTATGTC-CT-CGGAATCTTTG-ATC----G--G---AGCGC-ATAGT-TT-TTAGCCTGTCCGTC
gi|13 : TATGCCCCC-CGGAATCTT-G-ATT-CG-G--G---AGCA--ATAA---T-TTGGTCTGTCCGTTG
gi|14 : TTATGCC-G---GGAATCTTTG-ATT-CG-G--G---GCAAT-ATAGTTTT-TTGGTCTGTCC
gi|15 : TATGCC-TCTCGGAATCTTCG-ATT-CG-G--G---GGCAT-ATAGT-TT-TTa
gi|16 : C-CC-CGGAATCTTCG-ATT-CG-GGAG---AGCAT-ATAGT-TT-TTGGTCTttggt
gi|17 : atTATGCC-CC--GGAATCTTCG-ATT-CG-G--G---GGCAT-ATAAG-TT-TTGGTCTGct
gi|18 : ATGCC-CC-CCGA-TCTTCG-ATTACG-G--G---GGCAT-A
gi|19 : tcagctttcTTTATGCC-CC--GGAATTTTCG-ATT-CG-G--G---GGCATGATA
gi|2 : CTTTCATATATACA-CGCATGTGTGTTCCTTAT--
gi|2 : a--A-GAATGTTGAGCCTCC---TCTGACGCTACTTGAC------G-ATTTGACCGATAA--CTGATTAATCTCA-AAAA-TTTAACATTGAGGCCAATAG--CTTTAT-GAATGGTAAA-AGATGTACAAAGAA-AATTATTCATGT-TACA-ACATACGT---AATCCTTATGAGAAAGAACCTATGTCTACA-GGTCCAGCGAACGTCCAAGGAGGCT-AAC-CTGATGAAAAATTGT-TGACACAAGAAGCTGC-AATCT-GATCTTG-AAGTTTGACCTACTGTTGCGGAAAACTGTTAAACATTGG-CCATCATGCTTTTGAATGGTGAACTTGATCTAGAAGTTTGACTCTAGTCTGCTAT---C-TCACTCCTCTCCACCTATCGCCAGACAATGC--GTAATCACTATTGGCAAGCCCCTGTCCACTGGCATGCATGGAAATCCGGG-GGGAAACA-T-AGTGTTTGCACAAACACATCTTGTtaataatatgttcggaattgaagaatctttaagaccctcttcaatcatagactggaggtgaaccatgtgctcaaagaatgttgagcctcctctgacgctacttgacgatttgaccgataactgattaatctcaaaaatttaacattgaggccaatagctttatgaatggtaaaagatgtacaaagaaaattattcatgttacaacatacgtaatccttatgagaaagaacctatgtctacaggtccagcgaacgtccaaggaggctaacctgatgaaaaattgttgacacaagaagctgcaatctgatcttgaagtttgacctactgttgcggaaaactgttaaacattggccatcatgcttttgaatggtgaacttgatctagaagtttgactctagtctgctatctcactcctctccacctatcgccagacaatgcgtaatcactattggcaagcccctgtccactggcatgcatggaaatccggggggaaacatagtgtttgcacaaacacatcttgt
gi|3 : actttcatatatacacgcatgtgtgttccttattaataatatgttcggaattgaagaatctttaagaccctcttcaatcatagactggaggtgaaccatgtgctcaaAC-GTTGACCT-ACTTTTCCAAAAAAC-TCTTACTTGGGCTATA-----TGATGTTGATTA--AGG-TGATTAGGAGCTTTGATTTTTTCAGC--ATATAGATGCCTCATCCATCAGAC-CT-TTGTTTTGATACC--ACAACTTTTTA-CTGCCTAGT--GAC----CT--ACGCTT-AC-ATTTTACTA-T-A--TT------TTTCAGAAAAATTTACTA-GG--GTTA-TTAGTCTTT-TCGTAGATTAAGATGAG--------AACCACT-TT--GAT-T-CACACATGAAG---AACCCTT-TAG--------TT---T----T-GCG---------------------T-ACCGA-----AAAAACT-T-TGAC--------CTAGTGATCGTG-CATT--A-GGTTGAACTAC-TTTTCA-AACACT-TTGA-TATGCGGCAATA----TTTT-------CAA-ATGAA----AGAG--GA------TTGGGT-T---TGGCA-CATT-TC-------------ACA-TATAGATACTCGCTATTGGTA-
gi|4 : tagtgactagtgTATGCC-TCACG--ATCTTCG-ATT-CA-C--G---GACAT-A
gi|4 : T-CGTG--A---GGCAT-AT--T-GT-TTGTCCTGTCTGTCATTCTGTCCTTCTGTTTGAAATTTAACCTTGGCTATAAACTTTTGAATGGTTAGT--ACTAGGGCTTTGATATT----------------------TGAC-ATG--------ATGT---GT-TCAAAATCTTT-TACCTCCTGACCTTGAAC-TTTGACCT-ACTTTTC--AAAAACTTTTGGCATGAGCCATAGCTTTT-GTCTTGAATGGTAAGTTGA-TAGG---CTTCATATTTTCA-C--ATATGTATTCCTTGT--GA-AAGCACTATTTAACTGGTACCCAA-AAGTTTTGA-CCTCT---T--GAC----CTTGAT-ATT-GA-GTttgtttgtcctgtctgtcattctgtccttctgtttgaaatttaaccttggctataaacttttgaatggttagtactagggctttgatatttgacatgatgtgttcaaaatcttttacctcctgaccttgaactttgacctacttttcaaaaacttttggcatgagccatagcttttgtcttgaatggtaagttgataggcttcatattttcacatatgtattccttgtgaaagcactatttaactggtacccaaaagttttgacctcttgaccttgatattgagtgatc
gi|5 : tatgtccgtgaatcgaagaA-AAAAATTGCACATTG--CGCA--AG--CTTT-T-TC-TTGTAAT-TGAT--------AG-GGCT-TTCATAT-T-TA-CAATG-GT---ATTCTTTATATACAAGCCCTT---TCCACTAGGT------------------------CC-C-----AAAACTT-TATGAC--------CTCCTGACTTTGACCTTA-A-ATTTGACCTACTTTTC----AAACT-T-AA-CATTGG--CATAA--CTT---------GGA-ATGGT----AAGT--GA------TAAGGT-T---T-TCA-TATTC---------------ACA--GC--A--------------A-GCCCCT--TCACTGGCATG---GGAA-T-CGGG-G-----CA-TAAGTAATTTCTCAAACATATCTgatc
gi|6 : tcttctgttgtctgcagGA-CCTCC---T--GAC----CTTGAC-CTT-AAAGTGTGAAT--TAATACT------TTTCA-AAAACTTTAACATGG--GCCA-TAA--CTTT-T-GAATGGTAAG-TACT--------A--GACT-TTCATATAT-C--ATATGTGTATAATTCCTTAT-GGCAAAGCCTT---TCTACT-GG----------------------T-A-C-C-----AAAATTT-T-TGAC--------CTCCTGACCTTGAAC-------TTTGACCTAC-TTTTCA-AAATTT-TTAA-CATT-GGCCATAA--CTTTT-------GAA-T------------------------GACT-TTAAT-TCA-TATT-TC-------------ACA-TGC--ATAATC-gtta
gi|7 : ATCTTGGCTATGT-CTTTTTACC--TAAGGGGAATAGGACTTTGATATTT--CAATTATG--GATTCCTCCTGACCAGGCC-TTTC-AATTTTGGTGCCAAGACTTTT-GGCCTTGTGAC-TTGA-C-TTTGACCTTACTTTTC--AAAAAC-TGT-ACCTAGGTTATA-----T-ATTTTGAATA--AAG-
gi|8 : TTTATGCC-CC-CGTGATCGAAG-ATC-GG-G--G---GGCAT-ATTGT-GT-TTTGTCCGT-CGTCATTCTGTC----------Agggaaagttagaagtagtgatactcccag
gi|8 : tcacattTCACGCC-CC-CGTGATCGAAG-ATC-GG-G--G---AGCAT-ATTGT-TT-TTGTCCTGTCTGTCATTCTGTC----------Acgcccccgtgatcgaagatcggggagcatattgtttttgtcctgtctgtcattctgtcactgtcattctgtt
gi|9 : tcacatttttatgcccccgtgatcgaagatcggggggcatattgtgttttgtccgtcgtcattctgATGCC-CC-CGGAATCTTCGAATT-CG-G--GCCTAGC-T-ATAGT-TTATTGGTCTGTCCGctgtcattctgtt
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444 222 1 22 1111111111111111111111 1 333333333333333 1 1 1 1 11 1 1 3333333 11 1 1 22 1 11 11111 1 1 1111 111111 1111 11111111 555555555555555 11 111111 33333333333 1111 111111 111 111 1111111111111111111111111111111111 22222222 2222 2 1 111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 1 1 11 111 1 1 22222 111 11
lowQualScore : 2 5 1 2 2 2 33 444 2 3 3 3333333333 111 7 3 77 00 1 4444444444444444444444 3 1 444444444444444 2 3 6 3 0 0 33 0 0 0 1 6 8888888 0 3 33 0 3 55 1 1 0 33 55555 3 3 1 4444 0 8 666666 7777 0 88888888 444444444444444 8 8 11 11 3 333333 8 8 11 8 77777777777 8 8 0000 444444 1 0 333 3 444 8 0000000000000000000000000000000000 1 8 8 99999999 1 0 0 0 0 0000 0 8 66 8 8 5 5 111 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 88 11 0 0 6 3 0 0 33 2 777 0 8 0 55555 444 00
lowQualScore : . . . . . . .. ... . . . .......... ... . . .. .. . ...................... . . ............... . . . . . . .. . . . . . ....... . . .. . . .. . . . .. ..... . . . .... . . ...... .... . ........ ............... . . .. .. . ...... . . .. . ........... . . .... ...... . . ... . ... . .................................. . . . ........ . . . . . .... . . .. . . . . ... . ....................................................................... .. .. . . . . . . .. . ... . . . ..... ... ..
lowQualScore : 9 7 7 9 7 7 77 777 7 3 3 8888888888 555 3 3 33 00 0 7777777777777777777777 3 0 333333333333333 0 3 7 2 0 0 88 0 8 8 0 5 2222222 8 2 88 0 3 33 0 0 0 88 44444 3 3 0 8888 8 0 000000 0000 8 22222222 222222222222222 0 8 44 00 2 000000 0 0 88 0 44444444444 0 0 0000 444444 4 8 666 8 000 0 4444444444444444444444444444444444 0 0 0 00000000 0 8 8 8 8 0000 4 0 66 0 0 0 0 888 8 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 88 00 8 6 0 5 2 0 88 5 000 0 8 0 00000 888 00
consensus : TTTATGCC-CC-CGGAATCTTCG-ATT-CG-G--G---GGCAT-ATAGT-TT-TTGGTCTGTCCGTCGTTCTGTC----------AAATTTAACCTTGGCTATAA-CTTTTGAACGGTAAGTG-ANTAGGACTTTGATATT---CA--TGTG--G-TTCCTC-TGAC-ANGCC-TTTC-ACGT---GTGCCAAAATTTTT-GACCTCCTGACCTTGAAC-TTTGACCT-ACTTTTC--AAAAAC-TTTNACNTGGGCCATA-----T-ATTTTGAATG--AAG-TGA-TAGG-GCTTTCATATNTNCA-C--ATGTGTGTTCCTTAT--GACAAAC-CT-TTNTACTGGTACC--A-AAATTTTGA-CCTCC---T--GAC----CTTGAC-CTT-AA-GTTTGACTG-TAA--CT------TTTCA-AAAANTTTAACATTG--GCCA-TAA--CTTT-T-GAATGGTAAG-TGAT--------AG-GACT-TTCATAT-T-CA-ACATGCGT---ATTCCTTATAGGCAAGNCCTT---TCTACT-GGT---------------------T-ACC-C-----AAAAATT-T-TGAC--------CTNCTGACCTTGACCTTG-A-GTTTGACCTACTTTTTCA-AAAACT-TTAA-CATTGGGCCATAA--CTTTT-------GAA-TTGGT----AAGT--GA------TCGGNT-T---T-TCA-TATTCTC-------------ACA-TGC--ATAATC-CTATTGGCA-GCCCCT--CCACTGGCATG--TGGAA-TCCGGG-G-----CA-T-AGTGTTTTCACAAACACATCTTGT
Reference ( family-346 ) : TTTATGCC-CC-CGGAATCTTCG-ATT-CG-G--G---GGCAT-ATAGT-TT-TTGGTCTGTCCGTCGTTCTGTC----------AAATTTAACCTTGGCTATAA-CTTTTGAACGGTAAGTG-ANTAGGACTTTGATATT---CA--TGTG--G-TTCCTC-TGAC-ANGCC-TTTC-ACGT---GTGCCAAAATTTTT-GACCTCCTGACCTTGAAC-TTTGACCT-ACTTTTC--AAAAAC-TTTNACNTGGGCCATA-----T-ATTTTGAATG--AAG-TGA-TAGG-GCTTTCATATNTNCA-C--ATGTGTGTTCCTTAT--GACAAAC-CT-TTNTACTGGTACC--A-AAATTTTGA-CCTCC---T--GAC----CTTGAC-CTT-AA-GTTTGACTG-TAA--CT------TTTCA-AAAANTTTAACATTG--GCCA-TAA--CTTT-T-GAATGGTAAG-TGAT--------AG-GACT-TTCATAT-T-CA-ACATGCGT---ATTCCTTATAGGCAAGNCCTT---TCTACT-GGT---------------------T-ACC-C-----AAAAATT-T-TGAC--------CTNCTGACCTTGACCTTG-A-GTTTGACCTACTTTTTCA-AAAACT-TTAA-CATTGGGCCATAA--CTTTT-------GAA-TTGGT----AAGT--GA------TCGGNT-T---T-TCA-TATTCTC-------------ACA-TGC--ATAATC-CTATTGGCA-GCCCCT--CCACTGGCATG--TGGAA-TCCGGG-G-----CA-T-AGTGTTTTCACAAACACATCTTGT
gi|1 : TTTATGCC-TC-CGGAATCTTTG-ATT-CG-A--G---GGCAT-ATAGT-TT-TAGGTCTGTCCATTGTTCTGGC----------AAA---AACTT--GCCATAA-CTTTTGAATGGCAAGTG-AGTGGGACTTTCATATTACACA--TGTGTTG-TTCCTTATGAC-AAGCCCTTTCTACGT---GTACCAAAATTTTGAGACCTCCTGACCTTGAAGGTTTGACCT-ACTTTTC--AAAAAC-TTTAACATG--CCATA-------ATTT-GAATG--CAG-TGG-TGGG-ACTTTCATATATATA-C--ATGTGTGTTCCTTAT--GACAAAC-CT-TTCTACTGGTACC--A-AAATTTTGA-CCTCC---T--GAT----CTTGAC-CTTCAA-GTTTGACT--TAA---T------TTTCA-AAAACTTTAACATTG--GC-A-TAA--CTTT-T-GAATGGCAAG-TGAT--------GG-GACT-TTCATAT-T-CA-ACATGTGT---GTTCCTTATTGACAAGTCCTT---TCTACT-AGC---------------------TGACTAC-----AAAAATT-T-TAAC--------CTACTGACCTTGACCTTGCA-GTTTGACTTACTTTTTCA-AAAACT-TTAA-CATTGGCCCATAA--CTTTT-------GAA-TTGGT----AAGT--GA------TCGATT-T---T-TCA-CATTCTC-------------ACA-TGC--ATAATC-CTTTTGGCA-GCCCTT--TCACTGGCATG--TGGAA-TCCGGGCG-----CA-C-AGTCTGTTCACAAACACATCATGT
gi|10 : TATGCT-TC-CGGAATCTTTG-ATT-CA-G--G---GGCAT-ATATA-TT-TTGACCTGTC
gi|11 : CCTT--CCACTG-CATG--TGGAA-TACGGG-G-----CATT-CGTG-TTTCACAAACACATCTTGTaatct
gi|12 : TTATGTC-CT-CGGAATCTTTG-ATC----G--G---AGCGC-ATAGT-TT-TTAGCCTGTCCGTC
gi|13 : TATGCCCCC-CGGAATCTT-G-ATT-CG-G--G---AGCA--ATAA---T-TTGGTCTGTCCGTTG
gi|14 : TTATGCC-G---GGAATCTTTG-ATT-CG-G--G---GCAAT-ATAGTTTT-TTGGTCTGTCC
gi|15 : TATGCC-TCTCGGAATCTTCG-ATT-CG-G--G---GGCAT-ATAGT-TT-TTa
gi|16 : C-CC-CGGAATCTTCG-ATT-CG-GGAG---AGCAT-ATAGT-TT-TTGGTCTttggt
gi|17 : atTATGCC-CC--GGAATCTTCG-ATT-CG-G--G---GGCAT-ATAAG-TT-TTGGTCTGct
gi|18 : ATGCC-CC-CCGA-TCTTCG-ATTACG-G--G---GGCAT-A
gi|19 : tcagctttcTTTATGCC-CC--GGAATTTTCG-ATT-CG-G--G---GGCATGATA
gi|2 : CTTTCATATATACA-CGCATGTGTGTTCCTTAT--
gi|2 : a--A-GAATGTTGAGCCTCC---TCTGACGCTACTTGAC------G-ATTTGACCGATAA--CTGATTAATCTCA-AAAA-TTTAACATTGAGGCCAATAG--CTTTAT-GAATGGTAAA-AGATGTACAAAGAA-AATTATTCATGT-TACA-ACATACGT---AATCCTTATGAGAAAGAACCTATGTCTACA-GGTCCAGCGAACGTCCAAGGAGGCT-AAC-CTGATGAAAAATTGT-TGACACAAGAAGCTGC-AATCT-GATCTTG-AAGTTTGACCTACTGTTGCGGAAAACTGTTAAACATTGG-CCATCATGCTTTTGAATGGTGAACTTGATCTAGAAGTTTGACTCTAGTCTGCTAT---C-TCACTCCTCTCCACCTATCGCCAGACAATGC--GTAATCACTATTGGCAAGCCCCTGTCCACTGGCATGCATGGAAATCCGGG-GGGAAACA-T-AGTGTTTGCACAAACACATCTTGTtaataatatgttcggaattgaagaatctttaagaccctcttcaatcatagactggaggtgaaccatgtgctcaaagaatgttgagcctcctctgacgctacttgacgatttgaccgataactgattaatctcaaaaatttaacattgaggccaatagctttatgaatggtaaaagatgtacaaagaaaattattcatgttacaacatacgtaatccttatgagaaagaacctatgtctacaggtccagcgaacgtccaaggaggctaacctgatgaaaaattgttgacacaagaagctgcaatctgatcttgaagtttgacctactgttgcggaaaactgttaaacattggccatcatgcttttgaatggtgaacttgatctagaagtttgactctagtctgctatctcactcctctccacctatcgccagacaatgcgtaatcactattggcaagcccctgtccactggcatgcatggaaatccggggggaaacatagtgtttgcacaaacacatcttgt
gi|3 : actttcatatatacacgcatgtgtgttccttattaataatatgttcggaattgaagaatctttaagaccctcttcaatcatagactggaggtgaaccatgtgctcaaAC-GTTGACCT-ACTTTTCCAAAAAAC-TCTTACTTGGGCTATA-----TGATGTTGATTA--AGG-TGATTAGGAGCTTTGATTTTTTCAGC--ATATAGATGCCTCATCCATCAGAC-CT-TTGTTTTGATACC--ACAACTTTTTA-CTGCCTAGT--GAC----CT--ACGCTT-AC-ATTTTACTA-T-A--TT------TTTCAGAAAAATTTACTA-GG--GTTA-TTAGTCTTT-TCGTAGATTAAGATGAG--------AACCACT-TT--GAT-T-CACACATGAAG---AACCCTT-TAG--------TT---T----T-GCG---------------------T-ACCGA-----AAAAACT-T-TGAC--------CTAGTGATCGTG-CATT--A-GGTTGAACTAC-TTTTCA-AACACT-TTGA-TATGCGGCAATA----TTTT-------CAA-ATGAA----AGAG--GA------TTGGGT-T---TGGCA-CATT-TC-------------ACA-TATAGATACTCGCTATTGGTA-
gi|4 : tagtgactagtgTATGCC-TCACG--ATCTTCG-ATT-CA-C--G---GACAT-A
gi|4 : T-CGTG--A---GGCAT-AT--T-GT-TTGTCCTGTCTGTCATTCTGTCCTTCTGTTTGAAATTTAACCTTGGCTATAAACTTTTGAATGGTTAGT--ACTAGGGCTTTGATATT----------------------TGAC-ATG--------ATGT---GT-TCAAAATCTTT-TACCTCCTGACCTTGAAC-TTTGACCT-ACTTTTC--AAAAACTTTTGGCATGAGCCATAGCTTTT-GTCTTGAATGGTAAGTTGA-TAGG---CTTCATATTTTCA-C--ATATGTATTCCTTGT--GA-AAGCACTATTTAACTGGTACCCAA-AAGTTTTGA-CCTCT---T--GAC----CTTGAT-ATT-GA-GTttgtttgtcctgtctgtcattctgtccttctgtttgaaatttaaccttggctataaacttttgaatggttagtactagggctttgatatttgacatgatgtgttcaaaatcttttacctcctgaccttgaactttgacctacttttcaaaaacttttggcatgagccatagcttttgtcttgaatggtaagttgataggcttcatattttcacatatgtattccttgtgaaagcactatttaactggtacccaaaagttttgacctcttgaccttgatattgagtgatc
gi|5 : tatgtccgtgaatcgaagaA-AAAAATTGCACATTG--CGCA--AG--CTTT-T-TC-TTGTAAT-TGAT--------AG-GGCT-TTCATAT-T-TA-CAATG-GT---ATTCTTTATATACAAGCCCTT---TCCACTAGGT------------------------CC-C-----AAAACTT-TATGAC--------CTCCTGACTTTGACCTTA-A-ATTTGACCTAC-TTTTCA-AA---C-TTAA-CATTGG--CATAA--C--TT-------GGA-ATGGT----AAGT--GA------TAAGGT-T---T-TCA-TAT--TC-------------ACA--GC--A--------------A-GCCCCT--TCACTGGCATG---GGAA-T-CGGG-G-----CA-TAAGTAATTTCTCAAACATATCTgatc
gi|6 : tcttctgttgtctgcagGA-CCTCC---T--GAC----CTTGAC-CTT-AAAGTGTGAAT--TAATACT------TTTCA-AAAACTTTAACATGG--GCCA-TAA--CTTT-T-GAATGGTAAG-TACT--------A--GACT-TTCATATAT-C--ATATGTGTATAATTCCTTAT-GGCAAAGCCTT---TCTACT-GG----------------------T-A-C-C-----AAAATTT-T-TGAC--------CTCCTGACCTTGAAC-------TTTGACCTAC-TTTTCA-AAATTT-TTAA-CATT-GGCCATAA--CTTTT-------GAA-T------------------------GACT-TTAAT-TCA-TATT-TC-------------ACA-TGC--ATAATC-gtta
gi|7 : ATCTTGGCTATGT-CTTTTTACC--TAAGGGGAATAGGACTTTGATATTT--CAATTATG--GATTCCTCCTGACCAGGCC-TTTC-AATTTTGGTGCCAAGACTTTT-GGCCTTGTGAC-TTGA-C-TTTGACCTTACTTTTC--AAAAAC-TGT-ACCTAGGTTATA-----T-ATTTTGAATA--AAG-
gi|8 : TTTATGCC-CC-CGTGATCGAAG-ATC-GG-G--G---GGCAT-ATTGT-GT-TTTGTCCGT-CGTCATTCTGTC----------Agggaaagttagaagtagtgatactcccag
gi|8 : tcacattTCACGCC-CC-CGTGATCGAAG-ATC-GG-G--G---AGCAT-ATTGT-TT-TTGTCCTGTCTGTCATTCTGTC----------Acgcccccgtgatcgaagatcggggagcatattgtttttgtcctgtctgtcattctgtcactgtcattctgtt
gi|9 : tcacatttttatgcccccgtgatcgaagatcggggggcatattgtgttttgtccgtcgtcattctgATGCC-CC-CGGAATCTTCGAATT-CG-G--GCCTAGC-T-ATAGT-TTATTGGTCTGTCCGctgtcattctgtt
blockSeqs : C T T A A T GA CCT G T A CTTCTGTTTG TTT T A TG GG C TCAATTATGGATTCCTCC C T CCTTTCAATTTTG G . C A . T CA T T T G GCTTTT T GT T T AG A A G GC CCATC A A G CAA G TAGT GCTA GCTTAC GATAACTGATTAA G A TT AG C TTAGT A C AA A GTACAAAGAA A A ACA TGTATA A GAG A ATG A TCCAGCGAACGTCCAAGGAGGCTAACCTGATG A G A ACAAGAAG G GAA T G AA G A G G ATG GAATGGTGAACTTGATCTAGAAGTTTGACTCTAGTCTGCTATCTCACTCCTCTCCACCTATCGCCAG AT AG A A A GT G CAT A A . GGAAA TT GT
blockSeqs : . A T . . . . . . . . . T . C . A . . G ATGT . . . A . . . . G A A TG T . . . . T T . . GA . . T AC . TCT . CTTAAA TAATACT . A TT . T ATAG . . TA . AAC . . CAC CGT A ATA C . . GTACCGA A . . . A AA . . CA . . C G A CAAATGAAAGAGGATTGGGTTTGGCACATTTC T . G A . . G T . C . . TA AA
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . . . . C G T T . . T T . . A . T . ATTGA ATATT . C TG . C TAA . . AA . AG . . TA AAG T AG G . . TCCC C . . . C A . . AT . . G . A GGAATGGTAAGTGATAAGGTTTTCATATTC T . . . . . . . . . . . T G
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . T . G . . G . C AG . . C . A . . C GT T GG . . . TACC T . . . C . . . . . . . . . GAATGACTTTAATTCATATTTC . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : TAG*** AG********* CA** TACCG***************************** A***
originalCons : TTTATGCC-CC-CGGAATCTTCG-ATT-CG-G--G---GGCAT-ATAGT-TT-TTGGTCTGTCCGTCGTTCTGTC----------AAATTTAACCTTGGCTATAA-CTTTTGAACGGTAAGTG-ANTAGGACTTTGATATT---CA--TGTG--G-TTCCTC-TGAC-ANGCC-TTTC-ACGT---GTGCCAAAATTTTT-GACCTCCTGACCTTGAAC-TTTGACCT-ACTTTTC--AAAAAC-TTTNACNTGGGCCATA-----T-ATTTTGAATG--AAG-TGA-TAGG-GCTTTCATATNTNCA-C--ATGTGTGTTCCTTAT--GACAAAC-CT-TTNTACTGGTACC--A-AAATTTTGA-CCTCC---T--GAC----CTTGAC-CTT-AA-GTTTGACTG-TAA--CT------TTTCA-AAAANTTTAACATTG--GCCA-TAA--CTTT-T-GAATGGTAAG-TGAT--------AG-GACT-TTCATAT-T-CA-ACATGCGT---ATTCCTTATAGGCAAGNCCTT---TCTACT-GGT---------------------T-ACC-C-----AAAAATT-T-TGAC--------CTNCTGACCTTGACCTTG-A-GTTTGACCTACTTTTTCA-AAAACT-TTAA-CATTGGGCCATAA--CTTTT-------GAA-TTGGT----AAGT--GA------TCGGNT-T---T-TCA-TATTCTC-------------ACA-TGC--ATAATC-CTATTGGCA-GCCCCT--CCACTGGCATG--TGGAA-TCCGGG-G-----CA-T-AGTGTTTTCACAAACACATCTTGT
finalCons : TTTATGCC-CC-CGGAATCTTCG-ATT-CG-G--G---GGCAT-ATAGT-TT-TTGGTCTGTCCGTCGTTCTGTC----------AAATTTAACCTTGGCTATAA-CTTTTGAACGGTAAGTG-ANTAGGACTTTGATATT---CA--TGTG--G-TTCCTC-TGAC-ANGCC-TTTC-ACGT---GTGCCAAAATTTTT-GACCTCCTGACCTTGAAC-TTTGACCT-ACTTTTC--AAAAAC-TTTNACNTGGGCCATA-----T-ATTTTGAATG--AAG-TGA-TAGG-GCTTTCATATNTNCA-C--ATGTGTGTTCCTTAT--GACAAAC-CT-TTNTACTGGTACC--A-AAATTTTGA-CCTCC---T--GAC----CTTGAC-CTT-AA-GTTTGACTG-TAA--CT------TTTCA-AAAANTTTAACATTG--GCCATAG---CTTT-T-GAATGGTAAG-TGATAG---------GACT-TTCATAT-TCA--ACATGCGT---ATTCCTTATAGGCAAGNCCTT---TCTACT-GGTACCG-----------------------------AAAAATT-T-TGAC--------CTNCTGACCTTGACCTTA---GTTTGACCTACTTTTTCA-AAAACT-TTAA-CATTGGGCCATAA--CTTTT-------GAA-TTGGT----AAGT--GA------TCGGNT-T---T-TCA-TATTCTC-------------ACA-TGC--ATAATC-CTATTGGCA-GCCCCT--CCACTGGCATG--TGGAA-TCCGGG-G-----CA-T-AGTGTTTTCACAAACACATCTTGT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444 222 1 22 1111111111111111111111 1 333333333333333 1 1 11 1 11 1 1 3333333 11 1 1 22 1 11 11111 1 1 1111 111111 1111 11111111 555555555555555 1111 11 333333333333 11 1 1111 111 111 111111111111111111111111111111111111111111 22222222 1111 111111 1111 2 111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 1 1 11 111 1 1 22222 111 11
lowQualScore : 2 5 1 2 2 2 33 444 2 3 3 3333333333 111 7 3 77 00 1 4444444444444444444444 3 1 444444444444444 2 3 6 33 0 33 0 0 0 1 66 8888888 44 33 0 3 55 1 1 0 33 55555 3 3 1 4444 0 8 666666 7777 0 88888888 444444444444444 8 8 11 4444 66 8 8 8 11 8 555555555555 8 8 8 33 1 5555 0 333 3 444 333333333333333333333333333333333333333333 1 8 8 99999999 1 7777 55 888888 0 5555 8 0 8 5 111 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 88 11 0 0 6 3 0 0 33 2 777 0 8 0 55555 444 00
lowQualScore : . . . . . . .. ... . . . .......... ... . . .. .. . ...................... . . ............... . . . .. . .. . . . . .. ....... .. .. . . .. . . . .. ..... . . . .... . . ...... .... . ........ ............... . . .. .... .. . . . .. . ............ . . . .. . .... . ... . ... .......................................... . . . ........ . .... .. ...... . .... . . . . ... . ...................................................................... .. .. . . . . . . .. . ... . . . ..... ... ..
lowQualScore : 9 7 7 9 7 7 77 777 7 3 3 8888888888 555 3 3 33 00 0 7777777777777777777777 3 0 333333333333333 0 3 7 22 0 88 0 8 8 0 88 2222222 00 88 0 3 33 0 0 0 88 44444 3 3 0 8888 8 0 000000 0000 8 22222222 222222222222222 0 8 44 2222 88 0 0 0 88 0 666666666666 0 0 0 66 4 4444 8 666 8 000 000000000000000000000000000000000000000000 0 0 0 00000000 0 0000 88 666666 8 4444 0 8 0 0 888 8 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 88 00 8 6 0 5 2 0 88 5 000 0 8 0 00000 888 00
consensus : TTTATGCC-CC-CGGAATCTTCG-ATT-CG-G--G---GGCAT-ATAGT-TT-TTGGTCTGTCCGTCGTTCTGTC----------AAATTTAACCTTGGCTATAA-CTTTTGAACGGTAAGTG-ANTAGGACTTTGATATT---CA--TGTG--G-TTCCTC-TGAC-ANGCC-TTTC-ACGT---GTGCCAAAATTTTT-GACCTCCTGACCTTGAA-CTTTGACCT-ACTTTTC--AAAAAC-TTTNACNTGGGCCATA-----T-ATTTTGAATG--AAG-TGA-TAGG-GCTTTCATATNTNCA-C--ATGTGTGTTCCTTAT--GACAAAC-CT-TTNTACTGGTACC--A-AAATTTTGA-CCTCC---T--GAC----CTTGAC-CTT-AA-GTTTGACTG-TAA--CT------TTTCA-AAAANTTTAACATTG--GCCA-TAG-CTTT-T-GAATGGTAAG-TGAT--------AG-GACT-TTCATAT-T-CA-ACATGCGTAT---TCCTTATAGGCAAGNCCTT---TCTACT-GG-----T-----------------------ACC----G-AAAAATT-T-TGAC--------CTNC----TGACCTTGACCTT--AG-TTTGACCTACTTTTTCA-AAAACT-TTAA-CATTGG-CCATAA--CTTTT-------GAA-TTGGT----AAGT--GA------TCGGNT-TT---TCA-TATTCTC-------------ACA-TGC--ATAATC-CTATTGGCA-GCCCCT--CCACTGGCATG--TGGAA-TCCGGG-G-----CA-T-AGTGTTTTCACAAACACATCTTGT
Reference ( family-346 ) : TTTATGCC-CC-CGGAATCTTCG-ATT-CG-G--G---GGCAT-ATAGT-TT-TTGGTCTGTCCGTCGTTCTGTC----------AAATTTAACCTTGGCTATAA-CTTTTGAACGGTAAGTG-ANTAGGACTTTGATATT---CA--TGTG--G-TTCCTC-TGAC-ANGCC-TTTC-ACGT---GTGCCAAAATTTTT-GACCTCCTGACCTTGAA-CTTTGACCT-ACTTTTC--AAAAAC-TTTNACNTGGGCCATA-----T-ATTTTGAATG--AAG-TGA-TAGG-GCTTTCATATNTNCA-C--ATGTGTGTTCCTTAT--GACAAAC-CT-TTNTACTGGTACC--A-AAATTTTGA-CCTCC---T--GAC----CTTGAC-CTT-AA-GTTTGACTG-TAA--CT------TTTCA-AAAANTTTAACATTG--GCCA-TAG-CTTT-T-GAATGGTAAG-TGAT--------AG-GACT-TTCATAT-T-CA-ACATGCGTAT---TCCTTATAGGCAAGNCCTT---TCTACT-GG-----T-----------------------ACC----G-AAAAATT-T-TGAC--------CTNC----TGACCTTGACCTT--AG-TTTGACCTACTTTTTCA-AAAACT-TTAA-CATTGGGCCATAA--CTTTT-------GAA-TTGGT----AAGT--GA------TCGGNT-TT---TCA-TATTCTC-------------ACA-TGC--ATAATC-CTATTGGCA-GCCCCT--CCACTGGCATG--TGGAA-TCCGGG-G-----CA-T-AGTGTTTTCACAAACACATCTTGT
gi|1 : TTTATGCC-TC-CGGAATCTTTG-ATT-CG-A--G---GGCAT-ATAGT-TT-TAGGTCTGTCCATTGTTCTGGC----------AAA---AACTT--GCCATAA-CTTTTGAATGGCAAGTG-AGTGGGACTTTCATATTACACA--TGTGTTG-TTCCTTATGAC-AAGCCCTTTCTACGT---GTACCAAAATTTTGAGACCTCCTGACCTTGAAGGTTTGACCT-ACTTTTC--AAAAAC-TTTAACAT--GCCATA-------A-TTTGAATG--CAG-TGG-TGGG-ACTTTCATATATATA-C--ATGTGTGTTCCTTAT--GACAAAC-CT-TTCTACTGGTACC--A-AAATTTTGA-CCTCC---T--GAT----CTTGAC-CTTCAA-GTTTGACT--TAA---T------TTTCA-AAAACTTTAACATTG--G-CA-TAA-CTTT-T-GAATGGCAAG-TGAT--------GG-GACT-TTCATAT-T-CA-ACATGTGTGT---TCCTTATTGACAAGTCCTT---TCTACT-AGCTGACT-----------------------AC-------AAAAATT-T-TAAC--------CTAC----TGACCTTGACCTTGCAG-TTTGACTTACTTTTTCA-AAAACT-TTAA-CATTGGCCCATAA--CTTTT-------GAA-TTGGT----AAGT--GA------TCGATT-TT---TCA-CATTCTC-------------ACA-TGC--ATAATC-CTTTTGGCA-GCCCTT--TCACTGGCATG--TGGAA-TCCGGGCG-----CA-C-AGTCTGTTCACAAACACATCATGT
gi|10 : TATGCT-TC-CGGAATCTTTG-ATT-CA-G--G---GGCAT-ATATA-TT-TTGACCTGTC
gi|11 : CCTT--CCACTG-CATG--TGGAA-TACGGG-G-----CATT-CGTG-TTTCACAAACACATCTTGTaatct
gi|12 : TTATGTC-CT-CGGAATCTTTG-ATC----G--G---AGCGC-ATAGT-TT-TTAGCCTGTCCGTC
gi|13 : TATGCCCCC-CGGAATCTT-G-ATT-CG-G--G---AGCA--ATAA---T-TTGGTCTGTCCGTTG
gi|14 : TTATGCC-G---GGAATCTTTG-ATT-CG-G--G---GCAAT-ATAGTTTT-TTGGTCTGTCC
gi|15 : TATGCC-TCTCGGAATCTTCG-ATT-CG-G--G---GGCAT-ATAGT-TT-TTa
gi|16 : C-CC-CGGAATCTTCG-ATT-CG-GGAG---AGCAT-ATAGT-TT-TTGGTCTttggt
gi|17 : atTATGCC-CC--GGAATCTTCG-ATT-CG-G--G---GGCAT-ATAAG-TT-TTGGTCTGct
gi|18 : ATGCC-CC-CCGA-TCTTCG-ATTACG-G--G---GGCAT-A
gi|19 : tcagctttcTTTATGCC-CC--GGAATTTTCG-ATT-CG-G--G---GGCATGATA
gi|2 : CTTTCATATATACA-CGCATGTGTGTTCCTTAT--
gi|2 : a--A-GAATGTTGAGCCTCC---TCTGACGCTACTTGAC------G-ATTTGACCGATAA--CTGATTAATCTCA-AAAA-TTTAACATTGAGGCCAATAG-CTTTAT-GAATGGTAAA-AGATGTACAAAGAA-AATTATTCATGT-TACA-ACATACGTAA---TCCTTATGAGAAAGAACCTATGTCTACA-GG-----TCCAGCGAACGTCCAAGGAGGCTAACCTGATG-AAAAATTGT-TGACACAAGAAGCTGCAATCTGATCTTGA------AG-TTTGACCTACTGTTGCGGAAAACTGTTAAACATTGG-CCATCATGCTTTTGAATGGTGAACTTGATCTAGAAGTTTGACTCTAGTCTGCTATC---TCACTCCTCTCCACCTATCGCCAGACAATGC--GTAATCACTATTGGCAAGCCCCTGTCCACTGGCATGCATGGAAATCCGGG-GGGAAACA-T-AGTGTTTGCACAAACACATCTTGTtaataatatgttcggaattgaagaatctttaagaccctcttcaatcatagactggaggtgaaccatgtgctcaaagaatgttgagcctcctctgacgctacttgacgatttgaccgataactgattaatctcaaaaatttaacattgaggccaatagctttatgaatggtaaaagatgtacaaagaaaattattcatgttacaacatacgtaatccttatgagaaagaacctatgtctacaggtccagcgaacgtccaaggaggctaacctgatgaaaaattgttgacacaagaagctgcaatctgatcttgaagtttgacctactgttgcggaaaactgttaaacattggccatcatgcttttgaatggtgaacttgatctagaagtttgactctagtctgctatctcactcctctccacctatcgccagacaatgcgtaatcactattggcaagcccctgtccactggcatgcatggaaatccggggggaaacatagtgtttgcacaaacacatcttgt
gi|3 : actttcatatatacacgcatgtgtgttccttattaataatatgttcggaattgaagaatctttaagaccctcttcaatcatagactggaggtgaaccatgtgctcaaA-CGTTGACCT-ACTTTTCCAAAAAAC-TCTTACTTGGGCTATA-----TGATGTTGATTA--AGG-TGATTAGGAGCTTTGATTTTTTCAGC--ATATAGATGCCTCATCCATCAGAC-CT-TTGTTTTGATACC--ACAACTTTTTA-CTGCCTAGT--GAC----CT--ACGCTT-AC-ATTTTACTA-T-A--TT------TTTCAGAAAAATTTACTA-GG--GTTATTAGTCTTT-TCGTAGATTAAGATGAG--------AACCACT-TT--GAT-T-CACACATGAAGAA---CCCTT-TAG---------T---TTTGC---G-----T-----------------------ACC----GAAAAAACT-T-TGAC--------CTAG----TGATCGTG-CATT--AG-GTTGAACTAC-TTTTCA-AACACT-TTGA-TATGCGGCAATA----TTTT-------CAA-ATGAA----AGAG--GA------TTGGGT-TTG--GCA-CATT-TC-------------ACA-TATAGATACTCGCTATTGGTA-
gi|4 : tagtgactagtgTATGCC-TCACG--ATCTTCG-ATT-CA-C--G---GACAT-A
gi|4 : T-CGTG--A---GGCAT-AT--T-GT-TTGTCCTGTCTGTCATTCTGTCCTTCTGTTTGAAATTTAACCTTGGCTATAAACTTTTGAATGGTTAGT--ACTAGGGCTTTGATATT----------------------TGAC-ATG--------ATGT---GT-TCAAAATCTTT-TACCTCCTGACCTTGAA-CTTTGACCT-ACTTTTC--AAAAACTTTTGGCATGAGCCATAGCTTTT-GTCTTGAATGGTAAGTTGA-TAGG---CTTCATATTTTCA-C--ATATGTATTCCTTGT--GA-AAGCACTATTTAACTGGTACCCAA-AAGTTTTGA-CCTCT---T--GAC----CTTGAT-ATT-GA-GTttgtttgtcctgtctgtcattctgtccttctgtttgaaatttaaccttggctataaacttttgaatggttagtactagggctttgatatttgacatgatgtgttcaaaatcttttacctcctgaccttgaactttgacctacttttcaaaaacttttggcatgagccatagcttttgtcttgaatggtaagttgataggcttcatattttcacatatgtattccttgtgaaagcactatttaactggtacccaaaagttttgacctcttgaccttgatattgagtgatc
gi|5 : tatgtccgtgaatcgaagaA-AAAAATTGCACATTG--CGCA--AG-CTTT-T-TC-TTGTAAT-TGAT--------AG-GGCT-TTCATAT-T-TA-CAATG-GTAT---TCTTTATATACAAGCCCTT---TCCACTAGG-----T-----------------------CCC------AAAACTT-TATGAC--------CTCC----TGACTTTGACCTT--AAATTTGACCTACTTTTC----AAACT-T-AA-CATTGG--CATAA--CTT---------GGA-ATGGT----AAGT--GA------TAAGGT-TT---TCA-TAT--TC-------------ACA--GC--A--------------A-GCCCCT--TCACTGGCATG---GGAA-T-CGGG-G-----CA-TAAGTAATTTCTCAAACATATCTgatc
gi|6 : tcttctgttgtctgcagGA-CCTCC---T--GAC----CTTGAC-CTT-AAAGTGTGAAT--TAATACT------TTTCA-AAAACTTTAACATGG--GCCA-TAA-CTTT-T-GAATGGTAAG-TACT--------AG--ACT-TTCATATAT-CA--TATGTGTATAATTCCTTAT-GGCAAAGCCTT---TCTACT-GG-----T-----------------------ACC------AAAATTT-T-TGAC--------CTCC----TGACCTTGAACTT-------TGACCTACTTTT-CA-AAATTT-TTAA-CATTGG-CCATAA--CTTTT-------GAA-T------------------------GACT-TTAATTCA-TATT-TC-------------ACA-TGC--ATAATC-gtta
gi|7 : ATCTTGGCTATGT-CTTTTTACC--TAAGGGGAATAGGACTTTGATATTT--CAATTATG--GATTCCTCCTGACCAGGCC-TTTC-AATTTTGGTGCCAAGACTTTT-GGCCTTGTGAC-TTGA--CTTTGACCTTACTTTTC--AAAAAC-TGT-ACCTAGGTTATA-----T-ATTTTGAATA--AAG-
gi|8 : TTTATGCC-CC-CGTGATCGAAG-ATC-GG-G--G---GGCAT-ATTGT-GT-TTTGTCCGT-CGTCATTCTGTC----------Agggaaagttagaagtagtgatactcccag
gi|8 : tcacattTCACGCC-CC-CGTGATCGAAG-ATC-GG-G--G---AGCAT-ATTGT-TT-TTGTCCTGTCTGTCATTCTGTC----------Acgcccccgtgatcgaagatcggggagcatattgtttttgtcctgtctgtcattctgtcactgtcattctgtt
gi|9 : tcacatttttatgcccccgtgatcgaagatcggggggcatattgtgttttgtccgtcgtcattctgATGCC-CC-CGGAATCTTCGAATT-CG-G--GCCTAGC-T-ATAGT-TTATTGGTCTGTCCGctgtcattctgtt