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Reference ( gi|8 ) : TGATTG-ATT-A---TT-T-A-T--TGTTTT--AC--GTC---CC-A-C--C----------GAG-A--ATATTTCACTCAT-A-T--GG-A-GA--CGT-CA--CCA--TTGCCG-G--TG-A-AGG-G--CT-GC-AAA-A-TTT---AGGCC-T--A--TA--CT--CGGC--ACT-C-ATG-CAGGG---CCT-T-TGAG--CAGGGAGG-----GATCT-T-TA--TC-G-T-G-C-------C--A----C-A-C--C---TGC-TGT-GA---CA----------CG-GGA-CC--T----C--GG-TTT-T-TC---CGG-TCTCATC--CG--A---AT---G-AC------------------CG--C-----CCC-ATTCAGT-CGC-CTC-TT----A-C---A----ACA--CG--CAA-GGGGA-T--G-CTGAG-G---A---CC--TA-TTC-T---AAC-CC-GGATCCC
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gi|21 : cctgtcaattgttataattatgctaattctgctcaattaacaatacgatgGATTG-ATT-G---TA-T-A-C--AGTTTA--AC--GTC------------------------------------ACTCAT-A-T--GA-A-GA--CGGACA--CCA--TTGCCG-A--TG-A-AAG-G--CT-GC-AAT-A-TTT---AAGCC-A--G--TG--CT--CGGC--GCT-T-AT-----GG---CCA-T-TGAG--GAAAGAGG-----GGTCA-T-TG--TC-G-T-G-T-------C--A----C-A-C--C---TG--TGC-GA---CA----------CT-CGA-CC--T----C--GG-TTT-T-TTTTGTGA-TCTCATC--CG--A---AG---A-AC------------------CT--C-----CCA-ATTTAGA-CAC-CTC-TT----A-C---G----ACA--AG--CA
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gi|38 : ctctggttgtttataattacatgcattgtttaacgttgagccctggaatctttcaatcacatggagacgtatgctcatctctgacctc---CGG-TCTCATC--CG--A---AG---G-AC------------------CA--C-----CCC-ATTTAGT-C
gi|37 : acgacaacacgtttgatg---CGG-TCTCATC--CG--A---AG---G-AC------------------CA--------CCC-ATTTAa
gi|30 : ggcacgacaaacgtttgatgGG-CTCCATT--CC--A---AG---G-AT------------------CA--C-----CTC-ATTTGAT-CGC-CTC-TT----A-C---G----ACA--AG--AAA-GGGG--T--A-CTAAA-A---A---GC--TA-CTC-T---AAC-CC-GGAGCCCtcac
gi|31 : atgatgtcactaatTCATC--TA--A---AT---G-AT------------------CG--C-----CC--ATTC-GT-CGC-CTCTTT----A-C---G----ACAGGCG--CAA--GGGA-T--G-CTG-G-G---A---CCTTTATTTC-T---AAC-CCTGGACCCCcac
gi|39 : ct--C-----CCC-ATTTAGA-CGT-CTC-TT----G-T---G----ACA--AG--CAA-GGGG--T--A-CTGAG-ccacggtatcc
gi|43 : -TT----A-----A----ATA--TG--CAA-GGGGA-T--G-CTGTG-G---A---CC--TA-TTC-T---A
gi|20 : --CG--CAA-GGCGA-T--G-ATGGG-G---GGGGC----A-ATC-T---AAC-CC-GGACCCC
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6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): TTTTTTGTTTTTGTCATTCTTGAGAATGCCGGGTGAGAATTCTTTCAACTTCTATGAAGCTCGTCAACATTACCGCTGAAGGATAGCAAATTATTGACCTATATCG
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|39 : acgacaacacgtttgatg--C-----CCC-ATTTAGA-CGT-CTCTT------G-TG---ACA--AG--CAA-GGGG--T--A-CTGAG-a
gi|4 : GATTG-ATT-A---TT-T-A-T--TGTTGT--AC--GTC---C--C-A----CT-C--GA---G-A--ATATTTCACTCAT-A-T--GG-A-GA--CGT-CA--CCA--TTGCCG-G--TGA-A-GG-GG-TT-GC-AAT-ATTT---A-GGTA-T--A--TATGCT--CGGC--GCT-C-A---G---GG--CCT-T-TGAG--CAGGAAGG-----G-----ATCT-T-TA--TC-G-T-G-C-------T--A----C-A-C--C---TGC-TGTG-A---CATGGGAGTTGACG-GGA-TC--T----C--GT-TTT-TTTC---CGGT-CTCATC--CG--A---AGG-AC------------------CG--C-----CCC-ATCCAGT-CGC-CTCTT------A-CG---ACA--CG--CAA-GGGGA-T--G-CTGTG-G--G---CC--TA-TTC-C---AAC-CC-GGACC
gi|40 : CC-ATTTAGT-CGT-CTCGT------A-CG---ACA--AG--CAA--TGGA-T--A-CCGAG-G--
gi|43 : ---ATA--TG--CAA-GGGGA-T--G-CTGTG-G--A---CC--TA-TTC-T---A
gi|44 : ttaaGA-T--G-CTGGA-G--G---CC--TA-TTC-T---AAC-CC-GG-TCCC
gi|5 : ATTG-GTA-A---T----A-G--TGTTTTTAAC--GTC---C--C-T----C--TCTGA---G-G--ATAGTT-ATTCATTA-T--GGGA-GAA-CGTTCA--CCAC-TTGCCG-G--TAA-A-GA-G--CT-AC-AAA--TTT---A-CACC-T--G--T--GCT--CGTC---TT-CGAT--G-----------T-CAAT--C-GAAACG-----GTGACTATCT-T-TG--TC-A-T-G-C-------C--A----C-G-C--C---TTT-TGTG-AACATA----------TG-GGA-ACAAC----A--GA-TTT-T-GC---CGGT-CTCATC--CG--A---AGGAACCCA---------------CA--C-----CTC-ATTAAAT-CAC-CTCTT------A-CGAAAATA--AT--TAA-GGGG--T--T-CTGAG-G--A---CC--TA-TTT-T---Aca
gi|6 : attcaTGATTA-ATT-A---TT-T-C-T--TGTTTT--AC--GTC---C--C-A----C--CC-GA---G-A--ATATTTCACTCAC-A-TTTGG-A-GA--CGT-CA--CCA--TTACTG-G--TGA-A-GG-G--CT-GC-AAA-ATAT---A-GGCC-T--A--T--GCT--CAGC--ACT-C-A---G---GG--CCT-T-TGAA--CAGGGAGG-----G-----ATCT-T-TT--TC-G-TTG-C-------C--A----C-A-C--T---TGC-TATG-A---CA----------CA-GGA-CC--T----C--GGGTTT-T-TC---CGGT-CTCGTC--CG--A---ATG-AC------------------CG--C-----CCC-ATTCAGT-CGC-CTCTT------A-CG---ACA--CG--CAA-GGGTA-T--G-CTGGG-G--A---CC--TA-TTC-T---AAC-CC-GGATACCt
gi|7 : tTGATTA-ATT-A---TT-T-C-T--TGTTTT--AC--GTC---C--C-A----C--C--GA---G-A--ATATTTCACTCAC-A-TTTGG-A-GA--CGT-CA--CCA--TTACTG-G--TGA-A-GG-G--CT-GC-AAA-ATAT---A-GGCC-T--A--T--GCT--CAGC--ACT-C-A---G---GG--CCT-T-TGAA--CAGGGAGG-----G-----ATCT-T-TT--TC-G-T-G-C-------C--A----C-A-C--T---TGC-TATG-A---CA----------CA-GGA-CC--T----C--GGGTTT-T-TC---CGGT-CTCGTC--CG--A---ATG-AC------------------CG--C-----CCC-ATTCAGT-CGC-CTCTT------A-CG---ACA--CG--CAA-GGGTA-T--G-CTGGG-G--A---CC--TA-TTC-T---AAC-CC-GGATACC
gi|8 : tTGATTG-ATT-A---TT-T-A-T--TGTTTT--AC--GTC---C--C-A----C--C--GA---G-A--ATATTTCACTCAT-A-T--GG-A-GA--CGT-CA--CCA--TTGCCG-G--TGA-A-GG-G--CT-GC-AAA-ATTT---A-GGCC-T--A--T--ACT--CGGC--ACT-C-AT--GCAGGG--CCT-T-TGAG--CAGGGAGG-----G-----ATCT-T-TA--TC-G-T-G-C-------C--A----C-A-C--C---TGC-TGTG-A---CA----------CG-GGA-CC--T----C--GG-TTT-T-TC---CGGT-CTCATC--CG--A---ATG-AC------------------CG--C-----CCC-ATTCAGT-CGC-CTCTT------A-CA---ACA--CG--CAA-GGGGA-T--G-CTGAG-G--A---CC--TA-TTC-T---AAC-CC-GGATCCC
gi|9 : TGATTG-ATT-A---TA-T-A-T--TGTCTA--TC--ACC---C--C-A----CGTC--GA---G-AGAATATTACACTC---------------------CA--CCA--TTGCCG----TGA-AAGG-G--CT-GC-AAA-ATTT---TTGGCC-TCAA--T--GCT--CGGC--ACT-C-AT--T---GC--CTC-T-TGAGA-CAGGGAGG-----G-----ATCT-T-GT--TC-GAT-G-C-------C--A----C-A-C--C---AGCGTGTGGA---CA----------CG-GC--CC--A----C--GG-TTT-T--C---CGGTTCTCATC--CG--A---AGG-AC------------------CA--------CCC-ATTCAGT-CGCTCTCTA------A-CG---ACA--CGGCCAATGGGGAGG--G-CTGGG-A--A---CC--TA--TC-T---AA--CC-GGATCCC
blockSeqs : T . CAA . T A A TA AC GAG AC AACTCC CT AGA T GA T A TT G T AC A AT AA A GT C A T GC C C TG AGC T A CA TC AT CA TAG A G CGCGGAT TA G TC CCTAG TGACT C G AT T T G T TTCTGAA CA TTGC A A CT CCT A G ACA TGGGAGTTGA A CT AA GGGG AG G C T TTG T TA AC ATT A T ATGTGATGAAATTATGGA CTTCCT T C T TGAGAC G AAA GGC GC T AG CA A C TT GGG TT T T CTC A A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . CACT T . . . . A TT . T A T AC C . . . . T G . . TG T T . T . . A A . . TGCAGGG T . A T . A . T . A T . TTCTGAA . . . A . . T . A . . A . . . G . . . . G . C G A CCA GTC . . . C . GA T . T A . . . . . A T . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . CACT T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . G . . TTCGGG T . . T . . . . . . . . . . . . . . . G . C . . G . . . . . . . . . . . T . T CC . . . C . . A . . G . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ACGT C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A . . CCTC T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . A . . . . . . . . . . . G . . C . . . T . . C . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ACT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A . . GAGG T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . G . . C . . . . . . C . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A . . TTGC C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . G . . C . . . . . . C . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ACT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A . . GGG T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . G . . T . . . . . . C . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ACT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A . . GGG T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . C . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ACT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . G . . AGG A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . A . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TCC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A . . GGG T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . . C . . . . . . C . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ACT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A . . TGG T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . . C . . . . . . C . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . G . . GGG A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . C . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . C . . TGG T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . G . . C . . . . . . A . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . C . . GGG T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . A . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . T . . TGG T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . G . . C . . . . . . C . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . G . . GAG T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . . C . . . . . . A . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A . . GAG T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . . C . . . . . . A . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A . . TGG T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . . C . . . . . . C . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . G . . GGG T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . A . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A . . GGG T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . T . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A . . GGG T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . A . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A . . GG T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . C . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A . . TG C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : ** ACT****** A* A** A*
originalCons : TGATTG-ATT-A---TT-T-A-T--TGTTTT--AC--GTC---C--C-A----C--C--GA---G-A--ATATTTCACTCAT-A-T--GG-A-GA--CGT-CA--CCA--TTGCCG-G--TGA-A-GG-G--CT-GC-AAA-ATTT---A-GGCC-T--A--T--GCT--CGGC--GCT-C-AT--G---GG--CCT-T-TGAG--CAGGGAGG-----G-----ATCT-T-TA--TC-G-T-G-C-------C--A----C-A-C--C---TGC-TGTG-A---CA----------CG-GGA-CC--T----C--GG-TTT-T-TC---CGGT-CTCATC--CG--A---AGG-AC------------------CG--C-----CCC-ATTCAGT-CGC-CTCTT------A-CG---ACA--CG--CAA-GGGGA-T--G-CTGGG-G--A---CC--TA-TTC-T---AAC-CC-GGATCCC
finalCons : TGATTG-ATT-A---TT-T-A-T--TGTTTT--AC--GTC---C--CACT------C--GA---G-A--ATATTTCACTCAT-A-T--GG-A-GA--CGT-CA--CCA--TTGCCG-G--TGA-A-GG-G--CT-GC-AAAA-TTT---A-GGCC-T--A--T--GCT--CGGCA--CT-C-AT--G---GG--CCT-T-TGAG--CAGGGAGG-----G-----ATCT-T-TA--TC-G-T-G-C-------C--A----C-A-C--C---TGC-TGTG-A---CA----------CG-GGA-CC--T----C--GG-TTT-T-TC---CGGT-CTCATC--CG--A---AGG-AC------------------CG--C-----CCC-ATTCAGT-CGC-CTCTT------A-CG---ACA--CG--CAA-GGGGA-T--G-CTGGG-G--A---CC--TA-TTC-T---AAC-CC-GGATCCC
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): TTTTTTGTTTTTGTCATTCTTGAGAATGCCGGGTGAGAATTCTTTCAACTTCTATGAAGCTCGTCAACATTACCGCTGAAGGATAGCAAATTATTGACCTATATCG
Unaligned ( gi|35 ): CTTGTTTATTGTTAGCATAGCTGTGCAAGAAACTATTTAAGTACACATGGTCGACT
Unaligned ( gi|36 ): TCATATCAATCATAACTGATAATGGCATGTCCAGCTGGACTATAGTTGATTGAT
Unaligned ( gi|41 ): TAAGTACGCCAGTTTGCGCAGGGTTACCAGTGAATGAT
Unaligned ( gi|42 ): ATATTAACTACGGAACATAATGATCATAGTTTGTATT
Alignments
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lowQualScore : . . ... .. . . .. .. .. .. . .. . . .. ..... . .. . . .. . . .. . .. .. . .. . . . .. . . . ... . . .. .. .. .. .... ... . ..... .. . . .. ..... . ..... . . .. . . . . ....... .. .... . . .. ... . . ... .......... . .. .. .... .. . . . ... . .. .. ... . . .................. ........ . . . ...... . ... ... .. . .. .. . . .. ... .. . . ... . .
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consensus : TGATTG-ATT-A---TT-T-A-T--TGTTTT--A--C--GT-CC--C-A-C-TC-----GAG-A--ATATTTCACTCAT-A-T--GG-A-GA--CGT-CA--CCA--TTGCCG-G--TGA-A-GG-G--CT-GC-AAA-ATTT---A-GGCC-T--A--T--GCT--CGG----C--ACTC-A-G---GG--CCT-T-TGAG--CAGGGAG-----G-G-----ATCT-T-TA--TC-G-T-G-C-------C--A----C-A-C--C---TGC-TGTG-A---CA----------CG-GGA-CC--T----C--GG-TTT-T-TC---CGGT-CTCATC--CG--A---AGG-AC------------------CG--C-----CCC-ATTCAGT-CGC-CTCTT------A-CG---ACA--CG--CAA-GGGGA-T--G-CTGGG-G--A---CC--TA-TTC-T---AAC-CC-GGATCCC
Reference ( family-254 ) : TGATTG-ATT-A---TT-T-A-T--TGTTTT--A--C--GT-CC--C-A-C-TC-----GAG-A--ATATTTCACTCAT-A-T--GG-A-GA--CGT-CA--CCA--TTGCCG-G--TGA-A-GG-G--CT-GC-AAA-ATTT---A-GGCC-T--A--T--GCT--CGG----C--ACTC-ATG---GG--CCT-T-TGAG--CAGGGAG-----G-G-----ATCT-T-TA--TC-G-T-G-C-------C--A----C-A-C--C---TGC-TGTG-A---CA----------CG-GGA-CC--T----C--GG-TTT-T-TC---CGGT-CTCATC--CG--A---AGG-AC------------------CG--C-----CCC-ATTCAGT-CGC-CTCTT------A-CG---ACA--CG--CAA-GGGGA-T--G-CTGGG-G--A---CC--TA-TTC-T---AAC-CC-GGATCCC
gi|1 : GATTG-ATTCA---TTGT-A-TAGTGTTTT--A--C--GT-CC--C-T-C-TC-----GAG-G--ATAGTTCATTCAT-A-T--GG-A-GA--CGT-CA--CCA--TTGCCG-G--TAA-A-GA-G--CT-AC-AAA--TTT---A-CACC-T--G--T--GCT--CGT----C---TTCGATG---T---CAA-T-CGAA--CGGTGAC-----T-G-----ATCT-T-TG--TC-A-T-G-C-------C--A----C-G-C--C---TTT-TGTG-A---CA----------TG-GGA-CA--A----C--AG-ATT-T-TG---CGGT-CTCATC--CG--A---AGG-AC------------------CA--C-----CTC-ATTAAGT-CAC-CTCTT------A-CG---ATA--AT--TAA-GGGG--T--T-CTGAG-G--A---CC--TA-TTT-T---ATT-AC-GGATCC
gi|10 : cctgtcaattgttataattatgctaattctgctcaattaacaatacgatgTGATTC-ATT-A---TT-TTA-T--TGTTTT--G--T--GT-CC--CCA-C-TC-----GAGTA--ATATCTCACTCAT-G-T--GG-A-GA--CGT-CA--CCAAATTGCCG-T--TGA-A-TT-G--CT-GC-AAA-ATAT---A-AGCC-T--A--T--GCT--CGC----A--ACTC-A-G---GG--CAT-T-TGAG--CA-GGAG-----G-G-----ATTT-T-TG--TCTG-T-GTC-------C--A----C-A-C--CCCTTG--TGTG-A---CA----------CG-GGA-CC--T----C---G-TTT-T-TC---CGGT-CTCATC--CGACA---AAG-AA------------------CG----------C-AAACATT-CGC-CTCCT------G-TG---A-A--TG--CACTGGAGA-T--G---AGG-GTTA---CC--TA-TT--T---AAC-C
gi|11 : taatTGATT---TC-G---TA-T-A-T--TGTTTA--A--G--GTTCC--C-C-C-TC-----GAG-A-----------TCAC-A-T------------------------TTGCCG-T--TGA---GG-G--CT-GC-AAA-AACTAGCA-GGCCAT--A--T--GCTA-CAGGCTAC--ATTC---G---GG--CTTAC-TGGG--CAGGTAA-----G-G-----ATCT-TGTAT-TC-GTT-G-C-------T--ATTGCC-A-C--C---CGC-CGCG-C---CA----------CGAGGG-CC--T----C--CG-GTT-T-TG---AGGT--TCGTCTACG--AC--AGGTGCT-----------------CGGTC-----CCC-AGTTTGT-CGC-CTCTTC-----A-CGGA-ACA--AG--C-A-GCGGG-T--A-TTGAG-G--A---CCA-AA-TTCTT---AAC-
gi|12 : ttagaGGTTG-ATT-A---TT-T-A-T--TAATTT--A--A--GT-CC--C-A-C--C-----GAG-A--ATATTTTACTCAT-G-C--GG-A-GA--CGT-CA--CCA--ATGCCG-G--TGA-A-GG-G--CT-GA-AAA-ATTT---A-GGCC-T--A--T--GCT--CGC----C--ACTC-A-G---GG--CCT-T-TGAG--CAGGGAG-----G-G-----ATCTCT-TA---C-G-T-G-C-------C--A----T-A-C--C---TGC-TGTG-A---CA----------CG-GGA-CC--T----C--GG-TTT-T-TC---CGGT-CTCATC--CG--A---ATG-AC------------------CA--C-----CCC-ATTCAGT-CGC-TTCTT------A-CG---ACA--CA--CAA-GGGGA-T--G-CTGAG-G--A---CC--TA-TTA-T---AAC-CC-GGATTCC
gi|13 : TGATTG-AAT-A---TT-T-A-A--TGTTTT--A--C--TT-CG--C-A-C-TC-----AAG-G--ATGTTTCACCGAT-A-T--GG-A-AA--CAT-CA--ACA--TTACCA-G--TGA-A-GG-G--TT-GC-AAA-ATTT---A-GGCC-T--A--T--GGT--CGG----T--ACTG-A-A---GG--CCT-T-TGAG--CAGGGAG-----G-G-----ATCT-T-TA--TC-G-T-G-C-------C--A----C-A-C--C---TGC-TGTG-A---CA----------AG-GGG-CC--T----C--GA--TT-T-TC---CGAT-TTCATC--TG--A---A-G-AC------------------CA--C-----GTC-ATTGAAT-CGC-CTCTT------A-CA---ACA--CA--CAA-AGGTG-C--G-CTGGA-G--A---CC--TA-TTC-T---TAC-TT-GGA
gi|14 : TGATTG-ATT-A---GT-T-A-T--TGTTTT--A--C--GT-CC--C-A-C--C-----AAG-A--ATATTTCACTCAT-A-T--TG-A-GA--CGA-CA--CCA--ATTCCG-T--TGA-A-GG-G--CT-AC-AAA-ATTT---A-GACC-T--A--T--GCT--CGG----C--ACTC---G---GG--CCT-A-TGAG--CAAGGGA-----G-G-----ATC--T-TA--TC-G-T-G-C-------C--A----C-A-C--C---TGC-TGTG-A---CA----------CG-GGG-CC--T----C--GG-TTT-T-TT---C-GT-CCCATC--CG--A---AGA-GC------------------CG--C-----TCC-ATTC-GT-CGC-CTC-T------A-CG---ACA--CG--CAA---GGA-T--G-CCGAG-G--A---CA--TA-TTC-T---AAC-CC-GGc
gi|15 : atATTG-ATT-A---TG-T-A-T--TGTTTT--A--C--GT-CC--C-A-A-TC-----GAG-A--ATATTTCACTCGT-A-T--GG-A-GA--CCT-CA--CCA--ATGCCG-G--TGG-A-GG-G--CT-GC-AGA-ATTT---A-GGCC-T--A--T--GCC--CAA----C--ACT----------------T-TGAG--CAGGGAA-----G-C-----ATCT-T-TA--TC-G-T-G-C-------C--A----C-A-T--C---TGT-TGTG-A---CA----------CG-GGG-CC--T----C--GG-TTT-T-CC---CGGT-CTCATC--CG--A---AGG-TT------------------TG--T-----CCC-GTTTAGT-CGC-CTCTT------A-GG---ACA--CG--CAA-GGGGA-T--A-CTGAG-G--A---CC--TA-TTC-T---AAC-CC-GGGTCCCtat
gi|16 : TGATTG-ATT-----TT-T-A-TA-TTTTTT--G--C--AT-CC--CCA-C-TC-----AAG-A--ATATTTCACTC---A-T--GG-A-GG--C-T-CA--CCA--TTGCCG-G--TG--A-GA-G--CT-GC--AA-ATTT---A-GACC-T--G--G--GTC--AGG----C---CTT-ATG---G----CT-T---GG--CAGGGA------G-G-----ATCT-T-TA--TC---T-T-C-------C--A----C-A-C--T---T---TATGAA---CA----------TG-GG--CC--T----T--GG-TTT-T-TC---CGAT--TCATC--CG--A---AGG-A-------------------CG--C-----CCC-ATTCAGT-CGC-CTCTTC-----A-TG---ACA---A--CAA---GGA-T--G-C--GG-G--A---TT--AA-TTC-T---AAC-CC-GGACCCC
gi|17 : gaaTGATTG-ATT-A---TT-T-A-T--TGTTTT--A--C--TT-CC--C-A-C-TC-----AAG-A--ATATTTCACTCAT-A-T--GG-A-GA--GAT-CA--CCA--TTGCCG-G--TGA-A-GT-G--CT-GC-AAA-ATTT---A-GGCC-T--A--T--GCT--CGA----C--ACTC-A-G---GG--CCT-C-TGAG--CAAATAG-----G-G-----ATCT-T-CA--TC-G-T-G-C-------C--A----T-A-C--A---TGC-TGTG-A-----------------------T--T----C--GG-------------GGT-CTCATT--CG--A---AGG-AC------------------CA--C-----CCC-ATTCAGT-CAC-CACTT------A-CG---ACA--CG--CAA-GGGGA-T--A-CTGGG-G--A---CC--TA-TTC-T---GAC-CC-GAATTCCca
gi|18 : -T-A-T--TGTTTT--A--C--GT-CC--C-T-C-TT-----GAG-A--ATATTTCGCTCAA-A-T--GA-A-GA--CGT-CG--CCA--TTGCCG-A--TGA-A-GG-G--CT-GC--AA-ATTT---A-GGCC-T--G--T--CCT--GGG----C--GCTT-AT----GG--CCT-T-TGAG--CTGGGAG-----G-G-----ATCT-T-TA--TC-G-T-A-T-------C--A----C-A-C--C---TGC-TGAG-A---TA----------CA-GGA-CC--T----C--TG-TTT-C-TG---CGGT-CTCATC--TG--A-------AC------------------CG--C-----CCC-ATTTAGT-CGC-CTCTT------G-CT---ACA--AG--CAA-GGGG--C--A-CTGGG-G--A---AC--TT-TTC-T---AAC-CC-AAATCTCca
gi|19 : GGTTG-ATT-A---TT-T-A-T--TGTTTT--A--C--GT-CC--C-A-C--C-----GAG-A--ATATTTCACTCAT-A-C--GG-A-GA--CGT-CA--CCA--ATGCCG-G--TGA-A-GG-G--CT-GC-AAA-ATTT---A-GGCC-T--A--T--GCT--CGG----C--ACTC-A-G---GG--CCA-T-TGAG--CAGGGAG-----G-G-----ATCT-T-TA--TC-G-T-G-C-------C--A----C-A-C--C---TGC-TGTG-A---CA----------CG-GGA-CC--T----C--GG-TTT-T-TG---CGGT-CTCATC--CG--A---ATG-AC------------------CAC-C-----CCC-ATTCAGT-CGC-CTCTT------A-CG---ACA--CG--CAA-GGGGA-T--G-
gi|2 : ATTGTATT-ACAATT-T-AAT--TGTTTC--A--CACGT-CCACC-AAC-TCCCGAAGAG-A--GTAT--CACTCAT-AAT--GG-ATGA--CGT-CA--CCA---TGCC--G--CAA-G-GA-A--CTCGC-AAA-AATT---A-AGCC-T--ATCT--GCTCACGG----CTAGCTC-ACGC--GGATCCT-T-TCAGTCCTAGGAG-----G-G-----ATCTAT-TGATTC-G-T-G-C-------TCAA----C-A-CCTC---TGCATATG-AC--CA----------CG-GGCTCC--T----C--GG-TTTCT-TC---CGGC-TTCATC--CC--AATTAAG-CT------------------CG--C-----CCCTATTGAGTCCGC-CTCTTTGAGACA-CG---CTA--CA--CAC-GGGAA-CCAG-CTGAGCG--A---CCA-TATTTC-TCTCAAC-CC-GG
gi|20 : TTTT--A--T--GT-CC--C-A-C--C-----AAA-A--ATAATTCACTCAT-A-T--GG-A-GA--CGT-CA--CCG--TTGCCG-G--TGA-C-GG-G--CT-G--AAA-ATTT---A--GCC-T--G--T--GCT--CAG----C--ACTC-A-----GG--CCT-T-TGAA--CAATGA------G-G-----ATCT-T-TA--TC-G-T-G-C-------C--A----C-A-T--C---TGC-TATG-A---CA-----------G-GGA-CC--T--------G-TTT-T-TC---C
gi|20 : ttcaatatactctat--CG--CAA-GGCGA-T--G-ATGGG-G--GGGGC----A-ATC-T---AAC-CC-GGACCCCtgcccgcaaggcgatgatggggggggcaatctaacccggacccccacgata
gi|21 : ttcaatatactctatttttatgtcccaccaaaaataattcactcatatggagacgtcaccgttgccggtgacgggctgaaaatttagcctgtgctcagcactcaggcctttgaacaatgaggatctttatcgtgccacatctgctatgacagggacctgtttttcctgccTCACTCAT-A-T--GA-A-GA--CGGACA--CCA--TTGCCG-A--TGA-A-AG-G--CT-GC-AAT-ATTT---A-AGCC-A--G--T--GCT--CGG----C--GCTT-AT----GG--CCA-T-TGAG--GAAAGAG-----G-G-----GTCA-T-TG--TC-G-T-G-T-------C--A----C-A-C--C---TG--TGCG-A---CA----------CT-CGA-CC--T----C--GG-TTT-T-TTTTGTGAT-CTCATC--CG--A---AGA-AC------------------CT--C-----CCA-ATTTAGA-CAC-CTCTT------A-CG---ACA--AG--CAcacgata
gi|22 : gattgattgtatacagtttaacgT-A-T--GG-A-GA--TGT-CA--CAA--TTGCCG-G--TGA-A-GG-G--CT-GC--AA-ATTT---A------T----------------------------------GG--CCT-T-TGAG--CAAGGAGGCCTAG-G-----GTCT-A-TA--TC-G-T-G-C-------C--A----C-A-C--C---TGC-TGTG-A---CA----------CG-GGA-CC--T----G--GG-TTT-A-TA---AGGT-CTTATC--CA--A---AGT-AC------------------C---CTTCCTCCC-ATTTAGT-CGC-TTCTT------G-CG---ACA--AG--CAA--GGGA-T--A-TTGAG-G--A---CC--TA-TTC-T---AAC-CTAGGGTCCC
gi|23 : TGGTTG-ATA-A---CA-T-A-A--TATTTG--AACC--GT-CA--C-G-C-TCT----AAG-G--CCCTTTCACTCAT-A-T--CG-A-AA--CA---G--GCA--TTG--A-A--TGA-A-AATG--TT-GC-AAATGCTT---A-G-CG-A--A--A--ACC--CGG----C--CCTC-A-G---AG--CC-----------AGGGAA-----GTA-----ATAT-C-TA--TC-G-T-T-TTTCTGAAC--A----C-AAC--C---TGT-TGTG-A---CA----------CG-GG
gi|24 : cagtTGGTTG-ATA-A---CA-T-A-A--TATTTG--AACC--GT-CA--C-G-C-TCT----AAG-G--CCCTTTCACTCAT-A-T--CG-A-AA--CA---G--GCA--TTG--A-A--TGA-A-AATG--TT-GC-AAATGCTT---A-G-CG-A--A--A--ACC--CGG----C--CCTC-A-G---AG--CC-----------AGGGAA-----GTA-----ATAT-C-TA--TC-G-T-T-TTTCTGAAC--A----C-AAC--C---TGT-TGTG-A---CA----------CG-GGc
gi|25 : cagt-A-T--TGTTTA--A--C--GT-TG--A-G-C-CC-----TGG-A--ATCTTTCAATCAC-A-T--GG-A-GA--CGT-c
gi|25 : ctctggttgtttataattacatgc---A-GACG-T--A--T--GCT--CAT----C--TCTG-ACC---TC--CCT-T-TGAG--CAGGGAG-----G-G-----ATCT-G-TA--TC-G--------------------------------TGC-TGTG-A---AA----------CG-GTG-CC--T----CAGGG-TTT-T-atgctcatctctgacctccctttgagcagggagggatctgtatcgtgctgtgaaacggtgcctcagggtttt
gi|26 : ctctggttgtttataattacatgcattgtttaacgttgagccctggaatctttcaatcacatggG-A--ACTTTTCACTCAC-AAT--GG-ATGA--CGT-CA--C-A--TTGCCGAG--TTACA-GG-GGCCT-GCCAAA-ATTA---G-GGCC-T--A--T--AC----------------C-AT----------T-T-T-----CA---AG-----G-C-----A------TA--TC-G-A-G-C-------A--A----CAA-C--T---TAC-TGTG-A---CA----------CC-GAA-CA--T----C--GG-TTT-T-T
gi|27 : TGATTG-ATT-G---TA-T-G-T--CGTTTT--A--T--GT-CC--C-T-T-CT-----GGG-A--CTATTTCACCTAA-A-T--GG-A-GA--TGT-CA--CCA--TTGCCG-G--TGG-A-GG-A--CT-AC--AC-ATTA---A-GGCC-T--A--T--GCT--CAG----C--GATC-AT----GG--CCT-T-t
gi|28 : aTGATTG-ATT-A---TT-T-A-C--TGTTTT--A--C--GT-CC--C-A-C-TC-----GAG-A--ATATTTCACTCAT-A-T--GG-A-GA--CGT-CA--CCA--TTAACG-G--TGA-A-GG-G--CT-GC-AAA-ATTT---A-GGGT-T--G--T--GCT--CGga
gi|3 : atTGCTTG-AAT-A---TT---A-T--T--TTT--A--T--GT-CC--C-A-C-TC-----GAG-A--ATATTTCACTCAT-A-T--GG-A-TA---GT-CAATCAA--TTGCCG-G--TGA-A-GG-G--CT-TC-AAA-ATTT---A-GTCC-T--A--T--GCT--CGA----C--ACTC-AGA---GG--CCT-T-TGAG--CAGGGAG-----G-G-----ATCA-T-TA--TC-G-TGG-C-------C--A----C---C--C---TACTTGTG-AT--TA----------CA-GGG-TC--TGGGGC--GG-TTT-T-TC---CGGT-CACATTG-CG--A---ATG-ACATGTGATGAAATTATGGACG---------AC-ATTCAGT-CGC-CTCTT------AGCG---ACA--CG--C-A-GGGGA-T--GACTAGG-G-------C--TA-TTC-T---AACACC-GGATCtggc
gi|30 : GGC-TCCATT--CC--A---AGG-AT------------------CA--C-----CTC-ATTTGAT-CGC-CTCTT------A-CG---ACA--AG--AAA-GGGG--T--A-CTAAA-A--A---GC--TA-CTC-T---AAC-CC-GGAGCCCgc
gi|31 : atgatgtcactaatTCATC--TA--A---ATG-AT------------------CG--C-----CC--ATTC-GT-CGC-CTCTTT-----A-CG---ACAGGCG--CAA-GGG-A-T--G-CT-GG-G--A---CCTTTATTTC-T---AAC-CCTGGACCCCcac
gi|32 : ctT-A-T--GG-A-AAACTAT-CAACTCA--TTACCG-AGTTGA-A-GA-A---T-GT-AAA-ATTTT--ATGGCC-TT-A--T--G-T--CAG-------ACT--AC--------CCT-TGTGAG--CAGGGAG-----G-ccacggtatcc
gi|33 : TTC-ATT-G---TA-T-A-T--TGTTTA--T--C--GT-CC--C-T-C-CC-----GGG-A--ATATTTCACTCAT-A-T--GG-A-GA--CAT-TG--C----TTGTCG-
gi|34 : gGATTG-ATT-A---TT-T-A-T--TGTTTT--A--C--GT-CC--C-A-C--C-----GAG-A--ATATTTCACTCAT-A-T--GG-A-GA--CGT-Ctaagaggtgtc
gi|37 : ---CGGT-CTCATC--CG--A---AGG-AC------------------CA--------CCC-ATTTA
gi|38 : ggcacgacaaacgtttgatg---CGGT-CTCATC--CG--A---AGG-AC------------------CA--C-----CCC-ATTTAGT-Ctcac
gi|39 : acgacaacacgtttgatg--C-----CCC-ATTTAGA-CGT-CTCTT------G-TG---ACA--AG--CAA-GGGG--T--A-CTGAG-a
gi|4 : GATTG-ATT-A---TT-T-A-T--TGTTGT--A--C--GT-CC--C-A-C-TC-----GAG-A--ATATTTCACTCAT-A-T--GG-A-GA--CGT-CA--CCA--TTGCCG-G--TGA-A-GG-GG-TT-GC-AAT-ATTT---A-GGTA-T--A--TATGCT--CGG----C--GCTC-A-G---GG--CCT-T-TGAG--CAGGAAG-----G-G-----ATCT-T-TA--TC-G-T-G-C-------T--A----C-A-C--C---TGC-TGTG-A---CATGGGAGTTGACG-GGA-TC--T----C--GT-TTT-TTTC---CGGT-CTCATC--CG--A---AGG-AC------------------CG--C-----CCC-ATCCAGT-CGC-CTCTT------A-CG---ACA--CG--CAA-GGGGA-T--G-CTGTG-G--G---CC--TA-TTC-C---AAC-CC-GGACC
gi|40 : CC-ATTTAGT-CGT-CTCGT------A-CG---ACA--AG--CAA--TGGA-T--A-CCGAG-G--
gi|43 : ---ATA--TG--CAA-GGGGA-T--G-CTGTG-G--A---CC--TA-TTC-T---A
gi|44 : ttaaGA-T--G-CTGGA-G--G---CC--TA-TTC-T---AAC-CC-GG-TCCC
gi|5 : ATTG-GTA-A---T----A-G--TGTTTTTAA--C--GT-CC--C-T-C-TCT----GAG-G--ATAGTT-ATTCATTA-T--GGGA-GAA-CGTTCA--CCAC-TTGCCG-G--TAA-A-GA-G--CT-AC-AAA--TTT---A-CACC-T--G--T--GCT--CGT----C---TTCGATG-----------T-CAAT--C-GAAAC-----G-GTGACTATCT-T-TG--TC-A-T-G-C-------C--A----C-G-C--C---TTT-TGTG-AACATA----------TG-GGA-ACAAC----A--GA-TTT-T-GC---CGGT-CTCATC--CG--A---AGGAACCCA---------------CA--C-----CTC-ATTAAAT-CAC-CTCTT------A-CGAAAATA--AT--TAA-GGGG--T--T-CTGAG-G--A---CC--TA-TTT-T---Aca
gi|6 : attcaTGATTA-ATT-A---TT-T-C-T--TGTTTT--A--C--GT-CC--C-A-C-CC-----GAG-A--ATATTTCACTCAC-A-TTTGG-A-GA--CGT-CA--CCA--TTACTG-G--TGA-A-GG-G--CT-GC-AAA-ATAT---A-GGCC-T--A--T--GCT--CAG----C--ACTC-A-G---GG--CCT-T-TGAA--CAGGGAG-----G-G-----ATCT-T-TT--TC-G-TTG-C-------C--A----C-A-C--T---TGC-TATG-A---CA----------CA-GGA-CC--T----C--GGGTTT-T-TC---CGGT-CTCGTC--CG--A---ATG-AC------------------CG--C-----CCC-ATTCAGT-CGC-CTCTT------A-CG---ACA--CG--CAA-GGGTA-T--G-CTGGG-G--A---CC--TA-TTC-T---AAC-CC-GGATACCt
gi|7 : tTGATTA-ATT-A---TT-T-C-T--TGTTTT--A--C--GT-CC--C-A-C--C-----GAG-A--ATATTTCACTCAC-A-TTTGG-A-GA--CGT-CA--CCA--TTACTG-G--TGA-A-GG-G--CT-GC-AAA-ATAT---A-GGCC-T--A--T--GCT--CAG----C--ACTC-A-G---GG--CCT-T-TGAA--CAGGGAG-----G-G-----ATCT-T-TT--TC-G-T-G-C-------C--A----C-A-C--T---TGC-TATG-A---CA----------CA-GGA-CC--T----C--GGGTTT-T-TC---CGGT-CTCGTC--CG--A---ATG-AC------------------CG--C-----CCC-ATTCAGT-CGC-CTCTT------A-CG---ACA--CG--CAA-GGGTA-T--G-CTGGG-G--A---CC--TA-TTC-T---AAC-CC-GGATACC
gi|8 : tTGATTG-ATT-A---TT-T-A-T--TGTTTT--A--C--GT-CC--C-A-C--C-----GAG-A--ATATTTCACTCAT-A-T--GG-A-GA--CGT-CA--CCA--TTGCCG-G--TGA-A-GG-G--CT-GC-AAA-ATTT---A-GGCC-T--A--T--ACT--CGG----C--ACTC-ATGCAGGG--CCT-T-TGAG--CAGGGAG-----G-G-----ATCT-T-TA--TC-G-T-G-C-------C--A----C-A-C--C---TGC-TGTG-A---CA----------CG-GGA-CC--T----C--GG-TTT-T-TC---CGGT-CTCATC--CG--A---ATG-AC------------------CG--C-----CCC-ATTCAGT-CGC-CTCTT------A-CA---ACA--CG--CAA-GGGGA-T--G-CTGAG-G--A---CC--TA-TTC-T---AAC-CC-GGATCCC
gi|9 : TGATTG-ATT-A---TA-T-A-T--TGTCTA--T--C--AC-CC--C-A-CGTC-----GAG-AGAATATTACACTC---------------------CA--CCA--TTGCCG----TGA-AAGG-G--CT-GC-AAA-ATTT---TTGGCC-TCAA--T--GCT--CGG----C--ACTC-ATT---GC--CTC-T-TGAGA-CAGGGAG-----G-G-----ATCT-T-GT--TC-GAT-G-C-------C--A----C-A-C--C---AGCGTGTGGA---CA----------CG-GC--CC--A----C--GG-TTT-T--C---CGGTTCTCATC--CG--A---AGG-AC------------------CA--------CCC-ATTCAGT-CGCTCTCTA------A-CG---ACA--CGGCCAATGGGGAGG--G-CTGGG-A--A---CC--TA--TC-T---AA--CC-GGATCCC
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): TTTTTTGTTTTTGTCATTCTTGAGAATGCCGGGTGAGAATTCTTTCAACTTCTATGAAGCTCGTCAACATTACCGCTGAAGGATAGCAAATTATTGACCTATATCG
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Unaligned ( gi|36 ): TCATATCAATCATAACTGATAATGGCATGTCCAGCTGGACTATAGTTGATTGAT
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