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Reference ( family-52 ) : TCGCGGTGGCTCAGTGGT-AGAGCGCTC-GCCTCGTGACCG-GGAGGTC-GTGCGTTC-GAGCCCCGTG------CTCG-GCACC-C-GGCC-GCGTCA--------------------AACCTA--AG----ACGTNA-AA--ATAG--GTAGTGATT--GC--TCCTTCGCCAA-GAGCTCGGCA-TTTA--GAA-GT-G-AG-AATC-AC--GGGTCTTTCGGATGATGAC-CTT-AAAAAC---GGAGGT-C-------C-GTGT-CGCA-GCATGTGT-GGCACG---CAA-AAGG--ACCC-----------TCA-C--TGCT---AGA--G-CCAT-GAGC-GC--T-A-AGCATA-G-GTCTAAATT-T-GCAGTCCTTCAC-CGG--CAA-T-GGT-G---AC--GT-CT-CAATATG--AGTGAAAT-ATT--CT--C--G-A-T-GGGACG-TAAAAC----AATAA--ATAATCAATC
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blockSeqs : . G . . . . . C TGTCAT . . . . A A . C GG . . . . . . A . . . G TG TTT . . . . . T T . . . . TCACTGCCAAAGAG GCAAAC TCT . . . . GCGG . . . . . . T . A . GCCGT T . .
blockSeqs : . T . . . . . C TGCCAT . . . . G T . A AG . . . . . . G . . . G T CTT . . . . . A G . . . . TCACTGCTAAATG CTGGGC TA . . . . CTA . . . . . . C . A . CGAGT A . .
blockSeqs : . T . . . . . C GCATCC . . . . G T . A CG . . . . . . G . . . G T TTT . . . . . A T . . . . TCGCTGCTACGG ATAAGT TA . . . . TGG . . . . . . C . T . CGAGT A . .
blockSeqs : . T . . . . . G CACCC . . . . G G . G TT . . . . . . G . . . . T CGA . . . . . C T . . . . GCCTCTCAGAGG ACGAGT CG . . . . TGA . . . . . . C . A . TGAT T . .
blockSeqs : . G . . . . . A ACCTT . . . . G G . A GG . . . . . . A . . . . . CT . . . . . G A . . . . ACAACCTAAAG ATGAGT TA . . . . TGA . . . . . . C . T . GATC T . .
blockSeqs : . T . . . . . . CACCC . . . . T T . A G . . . . . . . . . . . G . . . . . T G . . . . TCGCTTTTA ATGAGT TA . . . . AGG . . . . . . C . . . CGAC G . .
blockSeqs : . . . . . GAGC . . . . . . . . . . . . . . . . . A G . . . . TTAAAAAAG TGAGT TA . . . . CTA . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . . ACTAAAAG ATA CG . . . . TTG . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . CTAG . CG . . . . CGA . . . . .
blockSeqs : . . . TC . A . . . . CAG . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : T* TCACCGCTAAAG******************** CGAGC******
originalCons : TCGCGGTGGCTCAGTGGT-AGAGCTCTC-GCCTCGTGATCG-GGAGGTC-GTGCGTTC-GAGC------CCCGTGCTCG-GCACC-C-GGCC-GCGTCA--------------------AACCTA--AG----ACGTNA-AA--ATAG--GTAGTGATT--GC--TCCTTCGCCAA-GAGCTCGGCA-TTTA--GAA-GT-G-AG-AATC-AC--GGGTCTTTCGGATGATGAC-CTT-AAAAAC---GGAGGT-C-------C-GTGT-CGCA-GCANGTGT-GGCACG---CAA-AAGA--ACCC-----------TCA-C--TGCT---AGA--G-CCAT-GAGT-GC--T-A-AGCATA-G-GTCTAAATT-T-GCAGTCCTTCAC-CGG--CAA-T-GGT-G---AC--GT-CT-CAATATG--AGTGAAAT-ATT--CT--C--G-A-T-GGGACG-TAAAAC----AATAA--ATAATCAATC
finalCons : TCGCGGTGGCTCAGTGGT-AGAGCTCTC-GCCTCGTGATCG-GGAGGTC-GTGCGTTC-GAGC------CCCGTGCTCG-GCACC-C-GGCC-GCGTCA--------------------AACCTA--AG----ACGTNA-AA--ATAG--GTAGTGATT--GC--TCCTTCGCCAA-GAGCTCGGCA-TTTA--GAA-GT-G-AG-AATC-AC--GGGTCTTTCGGAT-ATGAC-CTT-AAAAAC---GGAGGT-C-------C-GTGT-CGCA-GCANGTGT-GGCACG---CAA-AAGA--ACCCTCACCGCTAAAG--------------------CCAT-GAGT-GC--T-A-AGCATA-G-GTCTAAATT-T-GCAGTCCTTCAC-CGG--CAA-T-GGT-G---AC--GT-CT-CAATATG--AGTGAAAT-ATT--CTCGAGC------GGGACG-TAAAAC----AATAA--ATAATCAATC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AGTGTTTGTTTCGTAACCTGAGGTCATGAGTTCAAGTCCTGCTTGTGCC
Alignments
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lowQualScore : . . . . . . ...... . . ......... . .................... .. .... . . . ... .... .. .. . . .. . ... . . .. . .. . .. ... . . ....... . . .. . . ... . .. ................................ . ........ ...... . . . . . ...... . . . ... .. . .. .. .. .. .... .. .. . .... .. .
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Reference ( family-52 ) : TCGCGGTGGCTCAGTGGT-AGAGCTCTC-GCCTCGTGATCG-GGAGGTC-GTGCGTTC-GAGC------CCCGTGCTCG-GCACC-C-GGCC-GCGTCA--------------------AACCTA--AG----ACGTNA-AA--ATAG--GTAGTGATT--GC--TCCTTCGCCAA-GAGCTCGGCA-TTTA--GAA-GT-G-AG-AATC-AC--GGGTCTTTCGGAT-ATGAC-CTT-AAAAAC---GGA-GGT-C-------C-GTGT-CGCA-GCANGTGT-GGCACG---CAA-AAGA--ACCC-----------TCAC--C-GCT---AA--A--G-CCAT-GAGT-GC--T-A-AGCATA-G-GTCTAAATT-T-GCAGTCCTTCAC-CGG--CAA-T-GGT-G---AC--GT-CT-CAATATG--AGTGAAAT-ATT--CTCGA-GCG--GGACG-TAAAAC----AATAA--ATAATCAATC
gi|1 : TCGCGGTGGCTCAGTGGT-AGAGCTCTC-GCCTCGTGATCG-GGAGGTC-GTGCGTTC-GAGC------CCCGTGCTCG-GCACT-C-GGCC-GCGTCA--------------------AACCTA--AG----ACGTGA-AA--ATAG--GTAGTGATT--GC--TCCTTCGCCAA-GAGCTCGGCA-TTTA--GAA-GT-G-AG-AATC-AC--GGGTCTTTCAGATGATGAC-CTT-AAAAAC---GGA-GGT-C-------C-GTGTGCGCA-GCATGTGT-GGCACG---CAA-AAAG--ACCC-----------TCAC--T-GCT---AG--A--G-CCAT-GAGT-AC--T-A-AGCATA-G-GTCTAAATT-T-GCAGCCCTTCAC-CGG--CAA-TGGGT-G---AC--GT-CT-CAATATG--AGTGAAAT-ATT--CTCG--GTG--GGTCG-TAAAAC----AATAA--ATAATCAATC
gi|10 : TCGCGGTAGTTTAGTGATTAGAGCGA-C-GGTTCGCAACCG-GGGAGTC-ATGAATTC-GAGT------CCAG--CTCG---------------TGTCA--------------------ACCCCA--AG----ACGTAA-AA--ACAG--GTAGTGATT--GC--TCCTTCGC
gi|11 : cggCTCTGTGGT--TAGTGTTT-GCTTCATAACAG-GAAGGTT-ATGAGATT-GAGT------CC--TGCCTGTGT-CA-T-GGCT-GCATCA--------------------AACCTC--AA----TCATAT-AC--GTAGTAATAGTGACT--GC--TCCTTTGCCGA-TCACTCAGCA-TTTG--GAA-ATAA-AG-AGTT-AC--AGGTtgaaacgccaaaagctttttcgatggtgaaaccgtgattcatgaaaggtgctttaacgaa
gi|12 : GAC-CT--AAAAACCTCGGA-GGT-C-------CTGTGT-CGTC-GCAAA-------AGG---TTA-AAGA--ACCC-----------ACAA--C--CT---AA--A--G-C---------GC--T-A-AGC-TA-ATGTCTAAATT-C-GCA-------AC----------T-AGT-G---AC--AT-TT-CGATATT--AGTGAAAT--TT--CTTGA--TG--TGACG-TAA-------AAGAA--ACAACCAA
gi|13 : GCAGTAGGTCAGTGGT-A-AGTGTTC-ATTTCCTAACAG-GGAGGTC-GTGAGTTC-GAGT------CCCAT-TT---ATACCAT-GGTC-ACATCA--------------------AAGCTA--AG----GCATAA-A-----------------C--GCCTTCCCTCTACAA-ACACTTGACA-TTTA--GAA-GC-A-AG-GATC-AC--
gi|14 : TCGCGGTGGCTCAGCGGT-AGAGCTCTT-GCCTCATGATCG-GGAGGTC-GTGCGTTCCGAGC------CCCGTGCTCG-GAGC----GGCC-GCGTCA--------------------AACCTA--AG----ACGTTA-AA--ATAG--GTAGTGATT--GC--TCCTTCGCCAA-GAGCTCGGCA-a
gi|15 : gCACA---CTG-ACGA--ACCC-----------TCGC--T-GCT---AC--G--G-CCGC-AAAC-GC--T-A-AGTAAA-G-GTCAAAATC-T-GTGGTACGTCAG-CTA--CAACC-GGT-G---AC--TT-GT-TAATATGACAGTGAA
gi|16 : T-AAGC-GC--C-G-AGCGCA-G-GCCTAAATTGT-GCAGCCCTTCAC-TGG--CAA-T-GGT-G---ACGGGT-CT-CCATATG--AGTG-------T--C----------AGACG-TTAAAC----AATAA--
gi|17 : -C-------C-GTAT-CGCT-GCAAGTGTCGGCATG---CTA-AA----------------------------CT---AG--------CAT-A--------T-A-A---TA-G-GTCTAAATT-T-GTGATACTTCAT-TGA--Ctcaa
gi|18 : aacacggagtcaatctcgaGTTC-GATC------CT--TGCTTGTGC-CA-T-GGCC-TCGTCA--------------------ATCCTA--TGTACAACG--A-AACTATAA--GTAGTGATT--GC--TCCTTC
gi|19 : tg--G-CCCT-GGGC-GC--T-A-AGCATA-G-ATCTAAATT-T-GAGGTACTTCAT-TTGTACAACT-GGT-G---AC--G
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gi|20 : -------C-GTGT-CGCA-GCAGGTGT-GGCACG---CAG-AACA--ACCC-----------TCAC--T-GCT---AA--AT-G-CCAT-AAGT-GC--T-aatca
gi|3 : CGCGGTGGCTCAGTGGT-AGAGCTCTC-GCCTCGTGATCG-GGAGGTC-GTGCGTTT-GAACCTCGTGCTCGTGCTCG-GCATC-C-GGCA-AAGTCA--------------------AACCTA--AG----ACGTGA-AG--ATAT--TTAGTGATT--GC--TCCTTCGCCAA-GAGCTCGGCT-TTT------------AG-AATC-AC--GGGTCTTTCTAAT-ATGAC-CTTAAAAAAC---GGA-GG------------------------ATGTGT-GGCACG---CAA-ACGA--ACCC-----------TCAC--T-GCC---AAAGA--G-CCAC-GAGT-GC--TAA-AGCATA-G-ATCTAAATT-T-GCAG-CTTT--C-CGAT-CCA-T-GGCGG---AC--GTCCT-CAATATG--AGT-ACAT-ATC--TTCGC-ACG--GGACG-AAAAAC----AATAA--ATTATAAATC
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gi|5 : CGTGGTAGAT-AGTGGT-AGAACGTTC-CTTTTGAAACCG-ATAGGTC-TTGATTTC-GAGC------TCAGCTTTT----ACC-TTAGCT-GTGTCA--------------------GACC---------------------ATA------------------CCCTTCGTCAA-ATGCTCGACA-TTTGTTGAT-AT-G-TG-AGTC-AA--GG----TTC------TGACACTT-AAAAAC---GGA-GGT-CTTGTGATC-GTGT-CACG-ACAA------GCACGATTCAT-AAGA--ACCC-----------TC-------------------------------------A-AGCATT-G-GCCTACATC-T-GTAGTACTTTAC-CTA--TAG-CGGGT-A---AC--GT-CT-CAATA-G--AGGGGAA--ATT--TCCTG-CCGTTGGATG-TAAAAC----AAaag
gi|6 : cctgcCACGGTGGCTCAGTGGT-AGAGCTCTT-GCGTCATGATCG-GGGAGTC-CTGCGTTC-GAAC------CC-GTGCTCG--CACC-C-GGCT-GCGTCA--------------------AACCTA--AG----ATTTTA-AA--TT-G--GTAGTGATT--TC--TCCTTCGCCAA-GAGTTCTGTA-TGTA--GAA-GT-G-AG-ATTC-AT--GGGTCTTTCGGAT-ATGAC-CTT-AAAACC---GGA-GGTCC-------C-GTGT-CGCT-GCAG--------AC----TAA-A--------------------------------------A--G-CCAT-GAGT-GC--T-A-AGCATA-G-GTCTACATT-T-GCAGTCCTTGAC-TTG--CAA-T-GGT-G---acgacttagtatc
gi|7 : gg-AAAACC---GAA-GGC-C-------C-GT---CACA-GCAGGTGT-GGCACGGT-TAA-AAGATCACCCGTTAATAAGTTCCAT--CTGCTTCAGG--A--G-CC-T-GAGT--C--C-G-AGCACAAG-GCCTAAATT-TTGTAGTCCT-CACGCGG--TAA-T-GGT-GGTGAC--GT-CC----TATG--AGAGAAAT-ATT--TTCGA-GTG--GGACG-TAAAAC----AAAGAATATAATCAATCtc
gi|8 : aggatgaggacgaTTA--GAA-GT-A-AACAATC-ACACGGGTCTTT--GA--ATGAC-TTT-TAAAAC---GGA-GGT-C-------CCATGT-CGCA-G-ATGTGT-GGCACG---CAA-AAGT--ACCC-----------TTAA--A-------AA--A--G-CCAT-GAGT-GC--T-CTAGCATG-G-GTCTAAATT-T-GCAACCATTCCC-CGA--CAA-T-CGT-G---AC--GT-CT--AA-ATG--AGTGAAAT-TTT--CTCCACATG--GAACG-GGAGAA----TATAA----AATCAATaatc
gi|9 : GAC-CGA-AAAAGC---CGA-GCC-C-------C-GTGT-CACAAGCCAGTGT-GGCACG---ATA-AAGAT-ACCC-----------GCCT--C-TCA---GA--G--G-CCCT-GAGTTGC--C-G-AACA-----GCCTAAATT-TAGTAGTCCTTCAC-CAG--GAA-T-GGT-G---AC--GT-CT-CCATATG--AGAGAAATCATT--TTCGA-GTG--GGACGTTAAAACGCAAGAGAA--AT-ATCAATC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AGTGTTTGTTTCGTAACCTGAGGTCATGAGTTCAAGTCCTGCTTGTGCC