lowQualScore : 2 222
lowQualScore : 1 7 5555 5 5 999 4 444 5 0 5 5555
lowQualScore : . . .... . . ... . ... . . . ....
lowQualScore : 1 3 7777 3 3 333 1 999 3 8 3 7777
consensus : ACAGAATATAGGCGAACACAT----A-G-T---CATATAGCTAACAGA-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA
Reference ( gi|25896 ) : ACAGAATATAGGCGAGCACAT----A-G-T---CATATAGTCTACAGA-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA
gi|25897 : ACAGAATATAGGCGAGCACAT----A-G-T---CATATAGTCTACAGA-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA
gi|25906 : ACAGAATATAGGTGA-CACAT----ATG-T---CATATAG-CAACAGA-ATATAATGAACACA-T----AGTC
gi|25905 : ACAGAATATAGGTGA-CACAT----ATG-T---CATATAG-CAACAGA-ATATAATGAACACA-T----AGTC
gi|25900 : ACAGAATATAG-CGAACACAT----A-G-T---CATATAGCTAACACG-ATATAGTGAACACA-T----AGACA
gi|25902 : ACAGAATATACGTGAACACAT----A-GGT---C-TATAGCTAACAGA-ATATAGCGAACACAGT----AGTCA
gi|25901 : ACAGAATATACGTGAACACAT----A-GGT---C-TATAGCTAACAGA-ATATAGCGAACACAGT----AGTCA
gi|25904 : ACAGAATATAA-TGAACACAT----A-G-T---C-TATAGCTAACAGAGATATAGCGAACACA-T----AGT
gi|25903 : ACAGAATATAA-TGAACACAT----A-G-T---C-TATAGCTAACAGAGATATAGCGAACACA-T----AGT
gi|25907 : ACAGAATATAA-CGAACACATCTCAA-G-T---CATATAGGTAACAGA-ATATAGCG-ACAAA-T----AGTCA
gi|25899 : ACAGAATATAG-CGAG---AT----A-G-TAGACAAATAACATGCATA-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA
gi|25898 : ACAGAATATAG-CGAG---AT----A-G-TAGACAAATAACATGCATA-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA
gi|25909 : CATAATATAG-CGAACACAT----A-G-T---CACAGAG-CTACAGG-ATATAACG---ACA-T----AGT
gi|25908 : CATAATATAG-CGAACACAT----A-G-T---CACAGAG-CTACAGG-ATATAACG---ACA-T----AGT
gi|25910 : CATAATATAG-CAAAAAAAT----A-G-A---CATAAAGCTAACAGA-ATATAACGAACACA-TCTCAAGTCA
gi|25911 : AATATAGA-GAACACAT----A-G-A---CATAGAGCTAACAGG-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA
Alignments
lowQualScore : 1
lowQualScore : 9 5555 5 5 888 3 55 5 0 5 5555
lowQualScore : . .... . . ... . .. . . . ....
lowQualScore : 1 3333 0 0 888 2 99 0 2 0 3333
consensus : ACAGAATATAGGCGAACACAT----A-G-T---CATATAGCTAACAGA-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA
Reference ( family-958 ) : ACAGAATATAGGCGAACACAT----A-G-T---CATATAGCTAACAGA-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA
gi|25896 : ACAGAATATAGGCGAGCACAT----A-G-T---CATATAGTCTACAGA-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA
gi|25897 : ACAGAATATAGGCGAGCACAT----A-G-T---CATATAGTCTACAGA-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA
gi|25898 : ACAGAATATAG-CGAG---AT----A-G-TAGACAAATAACATGCATA-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA
gi|25899 : ACAGAATATAG-CGAG---AT----A-G-TAGACAAATAACATGCATA-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA
gi|25900 : ACAGAATATAG-CGAACACAT----A-G-T---CATATAGCTAACACG-ATATAGTGAACACA-T----AGACA
gi|25901 : ACAGAATATACGTGAACACAT----A-GGT---C-TATAGCTAACAGA-ATATAGCGAACACAGT----AGTCA
gi|25902 : ACAGAATATACGTGAACACAT----A-GGT---C-TATAGCTAACAGA-ATATAGCGAACACAGT----AGTCA
gi|25903 : ACAGAATATAA-TGAACACAT----A-G-T---C-TATAGCTAACAGAGATATAGCGAACACA-T----AGT
gi|25904 : ACAGAATATAA-TGAACACAT----A-G-T---C-TATAGCTAACAGAGATATAGCGAACACA-T----AGT
gi|25905 : ACAGAATATAGGTG-ACACAT----ATG-T---CATATAGC-AACAGA-ATATAATGAACACA-T----AGTC
gi|25906 : ACAGAATATAGGTG-ACACAT----ATG-T---CATATAGC-AACAGA-ATATAATGAACACA-T----AGTC
gi|25907 : ACAGAATATAA-CGAACACATCTCAA-G-T---CATATAGGTAACAGA-ATATAGCG-ACAAA-T----AGTCA
gi|25908 : CATAATATAG-CGAACACAT----A-G-T---CACAGAGCT-ACAGG-ATATAACG---ACA-T----AGT
gi|25909 : CATAATATAG-CGAACACAT----A-G-T---CACAGAGCT-ACAGG-ATATAACG---ACA-T----AGT
gi|25910 : CATAATATAG-CAAAAAAAT----A-G-A---CATAAAGCTAACAGA-ATATAACGAACACA-TCTCAAGTCA
gi|25911 : AATATAGA-GAACACAT----A-G-A---CATAGAGCTAACAGG-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA
Alignments
lowQualScore : 1
lowQualScore : 9 5555 5 5 888 3 55 5 0 5 5555
lowQualScore : . .... . . ... . .. . . . ....
lowQualScore : 1 3333 0 0 888 2 99 0 2 0 3333
consensus : ACAGAATATAGGCGAACACAT----A-G-T---CATATAGCTAACAGA-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA
Reference ( family-958 ) : ACAGAATATAGGCGAACACAT----A-G-T---CATATAGCTAACAGA-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA
gi|25896 : ACAGAATATAGGCGAGCACAT----A-G-T---CATATAGTCTACAGA-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA
gi|25897 : ACAGAATATAGGCGAGCACAT----A-G-T---CATATAGTCTACAGA-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA
gi|25898 : ACAGAATATAG-CGAG---AT----A-G-TAGACAAATAACATGCATA-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA
gi|25899 : ACAGAATATAG-CGAG---AT----A-G-TAGACAAATAACATGCATA-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA
gi|25900 : ACAGAATATAG-CGAACACAT----A-G-T---CATATAGCTAACACG-ATATAGTGAACACA-T----AGACA
gi|25901 : ACAGAATATACGTGAACACAT----A-GGT---C-TATAGCTAACAGA-ATATAGCGAACACAGT----AGTCA
gi|25902 : ACAGAATATACGTGAACACAT----A-GGT---C-TATAGCTAACAGA-ATATAGCGAACACAGT----AGTCA
gi|25903 : ACAGAATATAA-TGAACACAT----A-G-T---C-TATAGCTAACAGAGATATAGCGAACACA-T----AGT
gi|25904 : ACAGAATATAA-TGAACACAT----A-G-T---C-TATAGCTAACAGAGATATAGCGAACACA-T----AGT
gi|25905 : ACAGAATATAGGTG-ACACAT----ATG-T---CATATAGC-AACAGA-ATATAATGAACACA-T----AGTC
gi|25906 : ACAGAATATAGGTG-ACACAT----ATG-T---CATATAGC-AACAGA-ATATAATGAACACA-T----AGTC
gi|25907 : ACAGAATATAA-CGAACACATCTCAA-G-T---CATATAGGTAACAGA-ATATAGCG-ACAAA-T----AGTCA
gi|25908 : CATAATATAG-CGAACACAT----A-G-T---CACAGAGCT-ACAGG-ATATAACG---ACA-T----AGT
gi|25909 : CATAATATAG-CGAACACAT----A-G-T---CACAGAGCT-ACAGG-ATATAACG---ACA-T----AGT
gi|25910 : CATAATATAG-CAAAAAAAT----A-G-A---CATAAAGCTAACAGA-ATATAACGAACACA-TCTCAAGTCA
gi|25911 : AATATAGA-GAACACAT----A-G-A---CATAGAGCTAACAGG-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA
blockSeqs : G CTCA T G AGA A CT G G CTCA
blockSeqs : G . T G AGA A AT G G .
blockSeqs : G . . . . A AT . . .
blockSeqs : G . . . . A TA . . .
blockSeqs : G . . . . A TA . . .
blockSeqs : A . . . . A TA . . .
blockSeqs : . . . . . A TA . . .
blockSeqs : . . . . . A TA . . .
blockSeqs : . . . . . A TA . . .
blockSeqs : . . . . . A TA . . .
blockSeqs : . . . . . A TA . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . .
blockSeqCons :
originalCons : ACAGAATATAGGCGAACACAT----A-G-T---CATATAGCTAACAGA-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA
finalCons : ACAGAATATAGGCGAACACAT----A-G-T---CATATAGCTAACAGA-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA
Alignments
lowQualScore : 1
lowQualScore : 9 5555 5 5 888 3 55 5 0 5 5555
lowQualScore : . .... . . ... . .. . . . ....
lowQualScore : 1 3333 0 0 888 2 99 0 2 0 3333
consensus : ACAGAATATAGGCGAACACAT----A-G-T---CATATAGCTAACAGA-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA
Reference ( family-958 ) : ACAGAATATAGGCGAACACAT----A-G-T---CATATAGCTAACAGA-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA
gi|25896 : ACAGAATATAGGCGAGCACAT----A-G-T---CATATAGTCTACAGA-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA
gi|25897 : ACAGAATATAGGCGAGCACAT----A-G-T---CATATAGTCTACAGA-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA
gi|25898 : ACAGAATATAG-CGAG---AT----A-G-TAGACAAATAACATGCATA-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA
gi|25899 : ACAGAATATAG-CGAG---AT----A-G-TAGACAAATAACATGCATA-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA
gi|25900 : ACAGAATATAG-CGAACACAT----A-G-T---CATATAGCTAACACG-ATATAGTGAACACA-T----AGACA
gi|25901 : ACAGAATATACGTGAACACAT----A-GGT---C-TATAGCTAACAGA-ATATAGCGAACACAGT----AGTCA
gi|25902 : ACAGAATATACGTGAACACAT----A-GGT---C-TATAGCTAACAGA-ATATAGCGAACACAGT----AGTCA
gi|25903 : ACAGAATATAA-TGAACACAT----A-G-T---C-TATAGCTAACAGAGATATAGCGAACACA-T----AGT
gi|25904 : ACAGAATATAA-TGAACACAT----A-G-T---C-TATAGCTAACAGAGATATAGCGAACACA-T----AGT
gi|25905 : ACAGAATATAGGTG-ACACAT----ATG-T---CATATAGC-AACAGA-ATATAATGAACACA-T----AGTC
gi|25906 : ACAGAATATAGGTG-ACACAT----ATG-T---CATATAGC-AACAGA-ATATAATGAACACA-T----AGTC
gi|25907 : ACAGAATATAA-CGAACACATCTCAA-G-T---CATATAGGTAACAGA-ATATAGCG-ACAAA-T----AGTCA
gi|25908 : CATAATATAG-CGAACACAT----A-G-T---CACAGAGCT-ACAGG-ATATAACG---ACA-T----AGT
gi|25909 : CATAATATAG-CGAACACAT----A-G-T---CACAGAGCT-ACAGG-ATATAACG---ACA-T----AGT
gi|25910 : CATAATATAG-CAAAAAAAT----A-G-A---CATAAAGCTAACAGA-ATATAACGAACACA-TCTCAAGTCA
gi|25911 : AATATAGA-GAACACAT----A-G-A---CATAGAGCTAACAGG-ATATAGCGAACACA-T----AGTCA