lowQualScore : 33333333333333333333 111
lowQualScore : 4 3 6 555 33 00000000000000000000 33 2 99999 1 33 2 5555 5 66666 5 2 000
lowQualScore : . . . ... .. .................... .. . ..... . .. . .... . ..... . . ...
lowQualScore : 1 1 7 000 99 44444444444444444444 44 5 77777 8 44 5 3333 3 77777 7 9 000
consensus : ACAGAAACTTT-ATTTTACGTC---G--AAT--T----TA-----TAT-T-AA--A-TACA-----AACATAA--GCTCT-GAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-C-AAACAAAGG---TAAAA
Reference ( gi|130429 ) : ACAGAAACTTT-ACTTTACGTC---G--AAT--T----TA-----TAT-T-AA--A-TACA-----AACATAA--GCTCT-GAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-C-AAACAAAGG---TAAAA
gi|130428 : ACAGAAACTTT-ATTTTGCGTC---G--AAT--T----TA-----TAT---AA--A-TACA-----AACATAA--GGTCT-GAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-C-AAACAAAGG---TAAAA
gi|130430 : ACAGAA-CTTT-ATTTTGCGTC---G--AAT--T----TA-----TAT---AA--A-TACA-----A-CATAA--GCTCT-GAAGAGC----TTGTA--T-----TCGA-C-AAACAAAGG---TAAAA
gi|130431 : ACAGAAATTTT-AATTTGCGTC---G--AAT--T----TA-----TAT---AA--A-TACA-----ATCATAA--GCTCT-GAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-C-A
gi|130432 : ACAGAATCTTT-ATTTAACGTC---G--AAT--T-----A-----TTTGT-AA--C-TACA-----AACATAA--GCTCT-GAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGAGA-AAACAAAGG---TAAAA
gi|130433 : ACAGAAACTTT-ATTTTACGTC---G--AAT--TATATTAAACAGTGT-T-AA--A-TACA-----AATATAA--GCTCT-GAAGAGCTCATTTGTA-TT-----TC------AACAAAGG---TAAAA
gi|130435 : ACA-AGACTTT-ATTTTGTTTCTCGG--AAT--T----TA-----TAT-T-AA--A-TACA-----AACATAA--GCTCT--AAGAGC-----TGTATTT-----TCGA-C-AAAC-AATG---TAAAA
gi|130437 : ACCGATACTTT-ATTTTATGTC---A--AAT---------------AT-T-GA--A--ACAGTTACAACATAA--GCGTC-GAAGAGC----TTGCA-TT-----TCGA-C-AAGCAAACGAAATAAAA
gi|130436 : ACAGAAGTCTT-ATTTAACGTC---G--AATAGT----TG-----TA----GA--C-TACA-----G-CATAA--GCTCG-GAGGA-C----TTGTA-TT-----TCGA-C-AAA-AAAGG---
gi|130439 : ACAGAAGCTTT-ATTTTATGTC---G--AAT--A----T------TGG-T-AACAA-TTCA-----A-CATAC--GCTTT-GAACAGT----TTGTA-TT-----TCGACC-AAGTAAGCA---TAAA
gi|130438 : ACAGAATCTTTTATTTAACGTC---A--AAT--T-----A-----TTTGT-AA--C-TACA-----AACATGA--CCTCT-GAAGAGC----TTGTAGTTGTATGTTGA-C-AAA
gi|130440 : ACATAATCATT-ATTTAACATC---A--AAT--T-----A-----TTT-G-AA--ACTACA-----AACATAA--GCTCT-GAAGAGC----TT
gi|130441 : CAAATACTTT-ATTTTATGTC---G--AAT---------------AT-T-GA--A-CAGC-----AACATAA--GCCCT-GAAGAGC----TTGTC-TC-----TCGA-A-AAACAAA
gi|130442 : TTT-ATTTTGCGTC---GGCAAT--T----T------TA----AA--A-TACACA---AACATAACTGCTCTTGAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-CAAAACAAAGG---TAAAA
gi|130443 : TACGTC---G--AGT--A----TA-----TAT-TTAA--A-TACA-----CACATAC--GCTCT-GAAGAGC----TTATA-TT-----TCGA-C-AAACAAAGGT--TAAAA
gi|130434 : ttaT--T----TA-----TATAT-AA--A-TACA-----AATATAA--GCTCT-G-AGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-C-AAACAAAGG---TAAAA
gi|130433 : acagaaac-AA--A-TACA-----AA--TGA--GCTCT-TCAGAGC----TTATA-TT-----T
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222
lowQualScore : 3 2 444 33 00000000000000000000 33 2 99999 1 33 2 5555 5 66666 5 2 999
lowQualScore : . . ... .. .................... .. . ..... . .. . .... . ..... . . ...
lowQualScore : 1 9 777 77 11111111111111111111 44 5 77777 8 44 5 3333 3 77777 3 7 222
consensus : ACAGAAACTTT-ATTTTACGTC---G--AAT--T----TA-----TAT-T-AA--A-TACA-----AACATAA--GCTCT-GAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-C-AAACAAAGG---TAAAA
Reference ( family-954 ) : ACAGAAACTTT-ATTTTACGTC---G--AAT--T----TA-----TAT-T-AA--A-TACA-----AACATAA--GCTCT-GAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-C-AAACAAAGG---TAAAA
gi|130428 : ACAGAAACTTT-ATTTTGCGTC---G--AAT--T----TA-----TAT---AA--A-TACA-----AACATAA--GGTCT-GAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-C-AAACAAAGG---TAAAA
gi|130429 : ACAGAAACTTT-ACTTTACGTC---G--AAT--T----TA-----TAT-T-AA--A-TACA-----AACATAA--GCTCT-GAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-C-AAACAAAGG---TAAAA
gi|130430 : ACAGAA-CTTT-ATTTTGCGTC---G--AAT--T----TA-----TAT---AA--A-TACA-----A-CATAA--GCTCT-GAAGAGC----TTGTA--T-----TCGA-C-AAACAAAGG---TAAAA
gi|130431 : ACAGAAATTTT-AATTTGCGTC---G--AAT--T----TA-----TAT---AA--A-TACA-----ATCATAA--GCTCT-GAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-C-A
gi|130432 : ACAGAATCTTT-ATTTAACGTC---G--AAT--T-----A-----TTTGT-AA--C-TACA-----AACATAA--GCTCT-GAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGAGA-AAACAAAGG---TAAAA
gi|130433 : ACAGAAACTTT-ATTTTACGTC---G--AAT--TATATTAAACAGTGT-T-AA--A-TACA-----AATATAA--GCTCT-GAAGAGCTCATTTGTA-TT-----TC------AACAAAGG---TAAAA
gi|130434 : T--T----TA-----TATAT-AA--A-TACA-----AATATAA--GCTCT-G-AGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-C-AAACAAAGG---TAAAA
gi|130435 : acagaaacACA-AGACTTT-ATTTTGTTTCTCGG--AAT--T----TA-----TAT-T-AA--A-TACA-----AACATAA--GCTCT--AAGAGC-----TGTATTT-----TCGA-C-AAAC-AATG---TAAAA
gi|130436 : ACAGAAGTCTT-ATTTAACGTC---G--AATAGT----TG-----TA----GA--C-TACA-----G-CATAA--GCTCG-GAGGA-C----TTGTA-TT-----TCGA-C-AAA-AAAGG---
gi|130437 : ACCGATACTTT-ATTTTATGTC---A--A----------A-----TAT-T-GA--A--ACAGTTACAACATAA--GCGTC-GAAGAGC----TTGCA-TT-----TCGA-C-AAGCAAACGAAATAAAA
gi|130438 : ACAGAATCTTTTATTTAACGTC---A--AAT--T-----A-----TTTGT-AA--C-TACA-----AACATGA--CCTCT-GAAGAGC----TTGTAGTTGTATGTTGA-C-AAA
gi|130439 : ACAGAAGCTTT-ATTTTATGTC---G--AAT--A----T------TGG-T-AACAA-TTCA-----A-CATAC--GCTTT-GAACAGT----TTGTA-TT-----TCGACC-AAGTAAGCA---TAAA
gi|130440 : ACATAATCATT-ATTTAACATC---A--AAT--T-----A-----TTT-G-AA--ACTACA-----AACATAA--GCTCT-GAAGAGC----TT
gi|130441 : CAAATACTTT-ATTTTATGTC---G--AAT---------------AT-T-GA--A-CAGC-----AACATAA--GCCCT-GAAGAGC----TTGTC-TC-----TCGA-A-AAACAAA
gi|130442 : TTT-ATTTTGCGTC---GGCAAT--T----T------TA----AA--A-TACACA---AACATAACTGCTCTTGAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-CAAAACAAAGG---TAAAA
gi|130443 : TTATACGTC---G--AGT--A----TA-----TAT-TTAA--A-TACA-----CACATAC--GCTCT-GAAGAGC----TTATA-TT-----TCGA-C-AAACAAAGGT--TAAAA
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222
lowQualScore : 3 2 444 33 00000000000000000000 33 2 99999 1 33 2 5555 5 66666 5 2 999
lowQualScore : . . ... .. .................... .. . ..... . .. . .... . ..... . . ...
lowQualScore : 1 9 777 77 11111111111111111111 44 5 77777 8 44 5 3333 3 77777 3 7 222
consensus : ACAGAAACTTT-ATTTTACGTC---G--AAT--T----TA-----TAT-T-AA--A-TACA-----AACATAA--GCTCT-GAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-C-AAACAAAGG---TAAAA
Reference ( family-954 ) : ACAGAAACTTT-ATTTTACGTC---G--AAT--T----TA-----TAT-T-AA--A-TACA-----AACATAA--GCTCT-GAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-C-AAACAAAGG---TAAAA
gi|130428 : ACAGAAACTTT-ATTTTGCGTC---G--AAT--T----TA-----TAT---AA--A-TACA-----AACATAA--GGTCT-GAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-C-AAACAAAGG---TAAAA
gi|130429 : ACAGAAACTTT-ACTTTACGTC---G--AAT--T----TA-----TAT-T-AA--A-TACA-----AACATAA--GCTCT-GAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-C-AAACAAAGG---TAAAA
gi|130430 : ACAGAA-CTTT-ATTTTGCGTC---G--AAT--T----TA-----TAT---AA--A-TACA-----A-CATAA--GCTCT-GAAGAGC----TTGTA--T-----TCGA-C-AAACAAAGG---TAAAA
gi|130431 : ACAGAAATTTT-AATTTGCGTC---G--AAT--T----TA-----TAT---AA--A-TACA-----ATCATAA--GCTCT-GAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-C-A
gi|130432 : ACAGAATCTTT-ATTTAACGTC---G--AAT--T-----A-----TTTGT-AA--C-TACA-----AACATAA--GCTCT-GAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGAGA-AAACAAAGG---TAAAA
gi|130433 : ACAGAAACTTT-ATTTTACGTC---G--AAT--TATATTAAACAGTGT-T-AA--A-TACA-----AATATAA--GCTCT-GAAGAGCTCATTTGTA-TT-----TC------AACAAAGG---TAAAA
gi|130434 : T--T----TA-----TATAT-AA--A-TACA-----AATATAA--GCTCT-G-AGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-C-AAACAAAGG---TAAAA
gi|130435 : acagaaacACA-AGACTTT-ATTTTGTTTCTCGG--AAT--T----TA-----TAT-T-AA--A-TACA-----AACATAA--GCTCT--AAGAGC-----TGTATTT-----TCGA-C-AAAC-AATG---TAAAA
gi|130436 : ACAGAAGTCTT-ATTTAACGTC---G--AATAGT----TG-----TA----GA--C-TACA-----G-CATAA--GCTCG-GAGGA-C----TTGTA-TT-----TCGA-C-AAA-AAAGG---
gi|130437 : ACCGATACTTT-ATTTTATGTC---A--A----------A-----TAT-T-GA--A--ACAGTTACAACATAA--GCGTC-GAAGAGC----TTGCA-TT-----TCGA-C-AAGCAAACGAAATAAAA
gi|130438 : ACAGAATCTTTTATTTAACGTC---A--AAT--T-----A-----TTTGT-AA--C-TACA-----AACATGA--CCTCT-GAAGAGC----TTGTAGTTGTATGTTGA-C-AAA
gi|130439 : ACAGAAGCTTT-ATTTTATGTC---G--AAT--A----T------TGG-T-AACAA-TTCA-----A-CATAC--GCTTT-GAACAGT----TTGTA-TT-----TCGACC-AAGTAAGCA---TAAA
gi|130440 : ACATAATCATT-ATTTAACATC---A--AAT--T-----A-----TTT-G-AA--ACTACA-----AACATAA--GCTCT-GAAGAGC----TT
gi|130441 : CAAATACTTT-ATTTTATGTC---G--AAT---------------AT-T-GA--A-CAGC-----AACATAA--GCCCT-GAAGAGC----TTGTC-TC-----TCGA-A-AAACAAA
gi|130442 : TTT-ATTTTGCGTC---GGCAAT--T----T------TA----AA--A-TACACA---AACATAACTGCTCTTGAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-CAAAACAAAGG---TAAAA
gi|130443 : TTATACGTC---G--AGT--A----TA-----TAT-TTAA--A-TACA-----CACATAC--GCTCT-GAAGAGC----TTATA-TT-----TCGA-C-AAACAAAGGT--TAAAA
blockSeqs : A T TCG GC TATATTAAACAGTGTT CA C GTTAC A CT T TCAT T GTATG G A AAA
blockSeqs : A . . . TTATATAT . . CA T . . . G . C . T
blockSeqs : T . . . ATATATTT . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . TTATATT . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . TATTTGT . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . TTATATT . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . AGTTGTA . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . TATTTGT . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . TTATAT . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . TTATAT . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . ATTGGT . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TATTTG . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . ATATT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TTTA . . . . . . . . . . .
blockSeqs : ATT . . . . . . .
blockSeqCons : TTATATT*************
originalCons : ACAGAAACTTT-ATTTTACGTC---G--AAT--T----TA-----TAT-T-AA--A-TACA-----AACATAA--GCTCT-GAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-C-AAACAAAGG---TAAAA
finalCons : ACAGAAACTTT-ATTTTACGTC---G--AATTTATATT-------------AA--A-TACA-----AACATAA--GCTCT-GAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-C-AAACAAAGG---TAAAA
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222
lowQualScore : 3 2 444 33 00000000000000000000 33 2 99999 1 33 2 5555 5 66666 5 2 999
lowQualScore : . . ... .. .................... .. . ..... . .. . .... . ..... . . ...
lowQualScore : 1 9 777 77 11111111111111111111 44 5 77777 8 44 5 3333 3 77777 3 7 222
consensus : ACAGAAACTTT-ATTTTACGTC---G--AAT--T----TA-----TAT-T-AA--A-TACA-----AACATAA--GCTCT-GAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-C-AAACAAAGG---TAAAA
Reference ( family-954 ) : ACAGAAACTTT-ATTTTACGTC---G--AAT--T----TA-----TAT-T-AA--A-TACA-----AACATAA--GCTCT-GAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-C-AAACAAAGG---TAAAA
gi|130428 : ACAGAAACTTT-ATTTTGCGTC---G--AAT--T----TA-----TAT---AA--A-TACA-----AACATAA--GGTCT-GAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-C-AAACAAAGG---TAAAA
gi|130429 : ACAGAAACTTT-ACTTTACGTC---G--AAT--T----TA-----TAT-T-AA--A-TACA-----AACATAA--GCTCT-GAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-C-AAACAAAGG---TAAAA
gi|130430 : ACAGAA-CTTT-ATTTTGCGTC---G--AAT--T----TA-----TAT---AA--A-TACA-----A-CATAA--GCTCT-GAAGAGC----TTGTA--T-----TCGA-C-AAACAAAGG---TAAAA
gi|130431 : ACAGAAATTTT-AATTTGCGTC---G--AAT--T----TA-----TAT---AA--A-TACA-----ATCATAA--GCTCT-GAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-C-A
gi|130432 : ACAGAATCTTT-ATTTAACGTC---G--AAT--T-----A-----TTTGT-AA--C-TACA-----AACATAA--GCTCT-GAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGAGA-AAACAAAGG---TAAAA
gi|130433 : ACAGAAACTTT-ATTTTACGTC---G--AAT--TATATTAAACAGTGT-T-AA--A-TACA-----AATATAA--GCTCT-GAAGAGCTCATTTGTA-TT-----TC------AACAAAGG---TAAAA
gi|130434 : T--T----TA-----TATAT-AA--A-TACA-----AATATAA--GCTCT-G-AGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-C-AAACAAAGG---TAAAA
gi|130435 : acagaaacACA-AGACTTT-ATTTTGTTTCTCGG--AAT--T----TA-----TAT-T-AA--A-TACA-----AACATAA--GCTCT--AAGAGC-----TGTATTT-----TCGA-C-AAAC-AATG---TAAAA
gi|130436 : ACAGAAGTCTT-ATTTAACGTC---G--AATAGT----TG-----TA----GA--C-TACA-----G-CATAA--GCTCG-GAGGA-C----TTGTA-TT-----TCGA-C-AAA-AAAGG---
gi|130437 : ACCGATACTTT-ATTTTATGTC---A--A----------A-----TAT-T-GA--A--ACAGTTACAACATAA--GCGTC-GAAGAGC----TTGCA-TT-----TCGA-C-AAGCAAACGAAATAAAA
gi|130438 : ACAGAATCTTTTATTTAACGTC---A--AAT--T-----A-----TTTGT-AA--C-TACA-----AACATGA--CCTCT-GAAGAGC----TTGTAGTTGTATGTTGA-C-AAA
gi|130439 : ACAGAAGCTTT-ATTTTATGTC---G--AAT--A----T------TGG-T-AACAA-TTCA-----A-CATAC--GCTTT-GAACAGT----TTGTA-TT-----TCGACC-AAGTAAGCA---TAAA
gi|130440 : ACATAATCATT-ATTTAACATC---A--AAT--T-----A-----TTT-G-AA--ACTACA-----AACATAA--GCTCT-GAAGAGC----TT
gi|130441 : CAAATACTTT-ATTTTATGTC---G--AAT---------------AT-T-GA--A-CAGC-----AACATAA--GCCCT-GAAGAGC----TTGTC-TC-----TCGA-A-AAACAAA
gi|130442 : TTT-ATTTTGCGTC---GGCAAT--T----T------TA----AA--A-TACACA---AACATAACTGCTCTTGAAGAGC----TTGTA-TT-----TCGA-CAAAACAAAGG---TAAAA
gi|130443 : TTATACGTC---G--AGT--A----TA-----TAT-TTAA--A-TACA-----CACATAC--GCTCT-GAAGAGC----TTATA-TT-----TCGA-C-AAACAAAGGT--TAAAA