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Reference ( gi|2309 )         :   GAACA-AG---AA-CCGTT---G-GGT---CT--TGCT-C----TC-ATGT-CG-ATT--CT-----GTGA-TAT---G----TTTTT-AG-C-ACAC--G--C--AAGGCATCAA-GG---C----T----ATAAGCCGA-AGGA
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Reference ( family-953 )      :       GAACA-AG---AA-CCGTT---G-GGT---CT--TGCT-C----T-C-ATGT-C--GC-T---T--C-T---GTGA-TAT--GG---TTTTT-AGC-ACA--CG--C--AAGGCATCAA-GG---C----T----ATAAGCCGA-AGGA
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Reference ( family-953 )      :       GAACA-AG---AA-CCGTT---G-GGT---CT--TGCT-C----T-C-ATGT-C--GC-T---T--C-T---GTGA-TAT--GG---TTTTT-AGC-ACA--CG--C--AAGGCATCAA-GG---C----T----ATAAGCCGA-AGGA
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blockSeqs                     :            .  .    .     .   .   .    .     . .    . .    . .   . .   .  . .      .   .   .       .   .   .   .  .           .  .   T                 .
blockSeqs                     :            .  .    .     .   .   .    .     . .    . .    . .   . .   .  . .      .   .   .       .   .   .   .  .           .  .   T                 .
blockSeqs                     :            .  .    .     .   .   .    .     . .    . .    . .   . .   .  . .      .   .   .       .   .   .   .  .           .  .   T                 .
blockSeqs                     :            .  .    .     .   .   .    .     . .    . .    . .   . .   .  . .      .   .   .       .   .   .   .  .           .  .   T                 .
blockSeqs                     :            .  .    .     .   .   .    .     . .    . .    . .   . .   .  . .      .   .   .       .   .   .   .  .                                     
blockSeqs                     :            .  .    .     .   .   .    .     . .    . .    . .   . .   .  . .      .   .   .       .   .   .   .  .                                     
blockSeqs                     :            .  .    .     .   .   .    .     . .    . .    . .   . .   .  . .      .   .   .       .   .   .   .  .                                     
blockSeqs                     :            .  .    .     .   .   .    .     . .    . .    . .   . .   .  . .      .   .   .       .   .   .   .  .                                     
blockSeqs                     :                                       .     . .    . .    . .   . .   .  . .                                                                           


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originalCons                  :       GAACA-AG---AA-CCGTT---G-GGT---CT--TGCT-C----T-C-ATGT-C--GC-T---T--C-T---GTGA-TAT--GG---TTTTT-AGC-ACA--CG--C--AAGGCATCAA-GG---C----T----ATAAGCCGA-AGGA
finalCons                     :       GAACA-AG---AA-CCGTT---G-GGT---CT--TGCT-C----T-C-ATGT-C--GC-T---T--C-T---GTGA-TAT--GG---TTTTT-AGC-ACA--CG--C--AAGGCATCAA-GG---C----T----ATAAGCCGA-AGGA





Alignments
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lowQualScore                  :            .  ...  .     ... .   ...  ..    . .... . .    . ..  . ... .. . ...    .   ..  ...     .   .   ..  .. ..          .  ... .........         .    
lowQualScore                  :            7  777  7     333 3   333  44    5 3333 5 5    5 44  5 444 44 5 888    7   77  333     7   7   33  77 33          6  444 888888888         6    
consensus                     :       GAACA-AG---AA-CCGTT---G-GGT---CT--TGCT-C----T-C-ATGT-C--GC-T---T--C-T---GTGA-TAT--GG---TTTTT-AGC-ACA--CG--C--AAGGCATCAA-GG---C----T----ATAAGCCGA-AGGA
Reference ( family-953 )      :       GAACA-AG---AA-CCGTT---G-GGT---CT--TGCT-C----T-C-ATGT-C--GC-T---T--C-T---GTGA-TAT--GG---TTTTT-AGC-ACA--CG--C--AAGGCATCAA-GG---C----T----ATAAGCCGA-AGGA
gi|2295                       :       GAACA-AG---AA-CCGTT---G-GGT---CT--TGCT-C----T-C--TGT-C--GC-T---T--C-T---GTGA-TAT--GG---TTTTT-AAC-ACA--CG--C--AAGGCATCAA-GG---C----T----ATAA-CCGA-AGGA
gi|2296                       :     agGAACA-AG---AA-CCGTT---G-GGT---CT--TGCT-T----C-T-ATGT-C--GC-T---T--C-T---GTGA-TAT--GG---TTTTT-ACA-ACA--CG--C--AAGGC-TCAA-GG---C----T----ATAAGCCGA-AGAA
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gi|2298                       :     agGAACA-AG---AA-CCGTT---G-G-C---CT--TGCT-C----TTC-ACGT-C--GC-T---T--C-T---GTGA-TAT--GG---TTT---AGC-ACA--CG--C--AAGGCATTAA-GG---C----T----ATAAGCGGA-AGGA
gi|2299                       :     agGAACA-GA---AA-CCGTT---GCGGT---CT--TGCTTC----T-C-ATGT-C--GC-T---T--C-T---GTGA-TAT--GG---TTTTTAAGC-GCA--CG--C--AAGGCATCAAGGG---C----C----ATAAGCCGA-AGGA
gi|2300                       :     aaGAACA-AG---AAACCGTTTT-G-GGT---CTAATGCT-C----T-C-ATGT-C--GC-T---T--T-TCTTGTGA-TAT--GGG--TTTTT-AGC-ACA--CG--C--AAGGCATCAA-GG---CTTTTT----CTAAGCCGA-AGG
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gi|2302                       :     agGAACA-AG---AA-CTGTT---G-GGT---CT--TGCT-C----T-C-ATGTCC--GC-T---T--C-TTG-GTGATTAT--GG---TTTTT-AGCAACA--CG--C--CAAGCATTAA-GG---C----TAGTAATAAGCGGACAGGA
gi|2303                       :     agGAACA-AT---AA-CCGTT---G-GGT---AT--TGCT-C----T-C-ATGT-C--GC-T---T--C-T---GTGA-TAT--GG---TTTTT-AGC-ACA--CG--A--AAGGCA
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gi|2305                       :     agGAACA-AAGAAAA-CCGTT---G-GGTT--CT--TACT-CGAGAT-C-ATGT-C--GC-T---T--C-T---GTGA-TAT--GG---TTTTT-AGT-ACA--CGGCC--AAGGTATCAG-AGTTTT----T----AAAAGTCGA-AGGA
gi|2306                       :        agCA-AG---AA-CCGTT---G-GGT---AT--TGCT-C----T-C-ATGT-C--GC-T---T--C-T---GTGA-TACGGGG---TTTTT-AGC--CAC-CG--C--AAGGCA
gi|2307                       : aggaaacAACA-AG---AA-CCGTT---GAAGT---CT--TGCT-T----T-CAATGT-C--ACGT---T--C-T---GTG
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gi|2309                       :      gGAACA-AG---AA-CCGTT---G-GGT---CT--TGCT-C----T-C-ATGT-C--GA-T---T--C-T---GTGA-TAT---G---TTTTT-AGC-ACA--CG--C--AAGGCATCAA-GG---C----T----ATAAGCCGA-AGGA
gi|2310                       :                                       --TGCT-T----T-C-ATGT-TCGGC-T---T----T---GTGA-TAT--GGAAGTTGTT-AGC-ACA--CG--CCAAGGGCATCAA-GG---C----T----AAGAGCCGA-AGGA