lowQualScore                  :                                 1                 1111                                          111                                 
lowQualScore                  :                                 5       2  2      3333 2 33 2  66 33      33   2 5 2   33   33  222  444   66  5  2 2 5555 5  2     
lowQualScore                  :                                 .       .  .      .... . .. .  .. ..      ..   . . .   ..   ..  ...  ...   ..  .  . . .... .  .     
lowQualScore                  :                                 0       9  9      7777 7 77 7  33 44      77   7 3 7   77   33  000  777   33  3  7 7 7777 3  7     
consensus                     :                               CTGATAAACG-AT-GTTCAC----G-A--T-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACA-CG---AT---AAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATA
Reference ( gi|22755 )        :                               CTTATAAACG-AT-GTTCAC----G-A--T-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACA-CG---AT---AAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATA
gi|22753                      :                               CTGATAAACG-AT-GTTCAC----G-A--T-AG--A--CCTGAT--AAC-C-G-CAA--AACA-CG---AT---AAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATA
gi|22756                      :                               CTGATAAACG-AT-GTTCAC----G-A--T-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-AAA--AACA-CA---AT---TAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATAaa
gi|22759                      :                               CTGATAAACG-ATTGTTCAC----GGA--T-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACC-CG---AT---AAA--CG-AT-CGT----T-CA-CGATAaa
gi|22760                      :                               CTGATAACCG-AT-GTTCAC----G-A--T-AG--A--TCTGAT--AAA-T-G-C-A--AACA-CA---AT---AAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATaa
gi|22761                      :                               CTGATAAACG-AT-GTTCAC----G-AGAT-AG--A--CCTGAT--GAA-CAG-CAA--AACA-CG---AT---AAA--CG-ATGC-T----T-CAGCGATAgaa
gi|22763                      :                               CTGATAAAC--AT-GTTCACA---G-A--T-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACC-CGCA-AT---AAA--CGTAT-C-T----TCCA-CGATAaa
gi|22768                      :                               CTGATAAACG-AT-GTTCAC----G-A--T-AG--A--aa
gi|22765                      : gataaacgcaaatcctgataaacgcaaaacCTGATAAACGCAT-GTTCACATCTG-A--T-AACTA--CCTGATTAAGA-A-G-CAA--AACA-CG---AT---AAAGTCA-AT-C-T----T-CA-
gi|22766                      :                               CTGATAAACG-AT-GTTC-C----G-A--T-AGA-A--CCT-AT--AAAGCAG-CAA--AACC-CGAA-AT---AAC--CG-A----T----T-CC-CGATA
gi|22754                      :                                   TAAACG-AT-GTTAACT---G-A--TTAG--A--CCTGAT--AAA-C-GGCAACAAACA-CG---AT---AAC--CG-AT-C-T----TGAA-CGATAaa
gi|22757                      :                               ctgatAAACG-AT-GTTCAC----G-A--T-AG--A--CCTCAT--AAA-C-G-CAA--AACA-CG---AT---AAA--CA-AT-C-T----T-CA-CGATAaa
gi|22758                      :                               ctgaaAAACG-AT-GTTCAC----G-A--T-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACC-CGATAAT---AAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATAaa
gi|22767                      :                              ctgataAAACG-AT-GTTCACC---G-A--T-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACC-CG---AT---AAAC-CG-AT-C-T----T-CA-CGATAaa
gi|22762                      :                                tgataAACG-AT-GTTCAC----G-A--T-AG--ACTCCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACATCG---AT----AA--C--AT-C-T----T-CA-CGATAaa
gi|22764                      :                                           ctgatCAT----G-A--T-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACA-CG---ATAGAAAA--CGAAA-C-TGATAT-CA-CGATAaa
gi|22768                      :                                                ctgataaacgcaaaacaga--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACC-TG---AT---AAA--CG-AT-G-T----T-CA-CGATA





Alignments
lowQualScore                  :                          1111                                        111                                 
lowQualScore                  :      2   5  7777  2      6666 2  2  55 33      33   2 5 2   33    2  111  444   55  5  2 2 5555 5  2     
lowQualScore                  :      .   .  ....  .      .... .  .  .. ..      ..   . . .   ..    .  ...  ...   ..  .  . . .... .  .     
lowQualScore                  :      5   0  8888  5      2222 5  5  99 44      44   5 0 5   44    5  222  444   99  0  5 5 3333 0  5     
consensus                     : CTGAT-AAA-CG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACA-CG---AT---AAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATA
Reference ( family-946 )      : CTGAT-AAA-CG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACA-CG---AT---AAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATA
gi|22753                      : CTGAT-AAA-CG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--A--CCTGAT--AAC-C-G-CAA--AACA-CG---AT---AAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATA
gi|22754                      : CTGATTAAA-CG----AT-GTTAACT---G-ATTAG--A--CCTGAT--AAA-C-GGCAACAAACA-CG---AT---AAC--CG-AT-C-T----TGAA-CGATAaa
gi|22755                      : CTTAT-AAA-CG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACA-CG---AT---AAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATAaa
gi|22756                      : CTGAT-AAA-CG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-AAA--AACA-CA---AT---TAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATA
gi|22757                      : CTGAA-AAA-CG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--A--CCTCAT--AAA-C-G-CAA--AACA-CG---AT---AAA--CA-AT-C-T----T-CA-CGATAaa
gi|22758                      : CTGAT-AAAACG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACC-CGATAAT---AAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATAaa
gi|22759                      : CTGAT-AAA-CG----ATTGTTCAC----GGAT-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACC-CG---AT---AAA--CG-AT-CGT----T-CA-CGATAaa
gi|22760                      : CTGAT-AAC-CG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--A--TCTGAT--AAA-T-G-C-A--AACA-CA---AT---AAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATaa
gi|22761                      : CTGAT-AAA-CG----AT-GTTCACGA--G-AT-AG--A--CCTGAT--GAA-CAG-CAA--AACA-CG---AT---AAA--CG-ATGC-T----T-CAGCGATAgaa
gi|22762                      : CTGAT-AA--CG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--ACTCCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACATCG---AT----AA--C--AT-C-T----T-CA-CGATAaa
gi|22763                      : CTGAT-AAA-C-----AT-GTTCACA---G-AT-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACC-CGCA-AT---AAA--CGTAT-C-T----TCCA-CGATAaa
gi|22764                      : CTGAT-AAA-CGCAAAAC-AGACAT----G-AT-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACA-CG---ATAGAAAA--CGAAA-C-TGATAT-CA-CGATAaa
gi|22765                      : CTGAT-AAA-CGC---AT-GTTCACATCTG-AT-AACTA--CCTGATTAAGA-A-G-CAA--AACA-CG---AT---AAAGTCA-AT-C-T----T-CA-
gi|22766                      : CTGAT-AAA-CG----AT-GTTC-C----G-AT-AGA-A--CCT-AT--AAAGCAG-CAA--AACC-CGAA-AT---AAC--CG-A----T----T-CC-CGATA
gi|22767                      :  TGAT-AAAACG----AT-GTTCACC---G-AT-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACC-CG---AT---AAAC-CG-AT-C-T----T-CA-CGATAaa
gi|22768                      :   GAT-AAA-CG----------CA-----A-AT--------CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACC-TG---AT---AAA--CG-AT-G-T----T-CA-CGATAaa





Alignments
lowQualScore                  :                          1111                                        111                                 
lowQualScore                  :      2   5  7777  2      6666 2  2  55 33      33   2 5 2   33    2  111  444   55  5  2 2 5555 5  2     
lowQualScore                  :      .   .  ....  .      .... .  .  .. ..      ..   . . .   ..    .  ...  ...   ..  .  . . .... .  .     
lowQualScore                  :      5   0  8888  5      2222 5  5  99 44      44   5 0 5   44    5  222  444   99  0  5 5 3333 0  5     
consensus                     : CTGAT-AAA-CG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACA-CG---AT---AAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATA
Reference ( family-946 )      : CTGAT-AAA-CG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACA-CG---AT---AAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATA
gi|22753                      : CTGAT-AAA-CG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--A--CCTGAT--AAC-C-G-CAA--AACA-CG---AT---AAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATA
gi|22754                      : CTGATTAAA-CG----AT-GTTAACT---G-ATTAG--A--CCTGAT--AAA-C-GGCAACAAACA-CG---AT---AAC--CG-AT-C-T----TGAA-CGATAaa
gi|22755                      : CTTAT-AAA-CG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACA-CG---AT---AAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATAaa
gi|22756                      : CTGAT-AAA-CG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-AAA--AACA-CA---AT---TAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATA
gi|22757                      : CTGAA-AAA-CG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--A--CCTCAT--AAA-C-G-CAA--AACA-CG---AT---AAA--CA-AT-C-T----T-CA-CGATAaa
gi|22758                      : CTGAT-AAAACG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACC-CGATAAT---AAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATAaa
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gi|22760                      : CTGAT-AAC-CG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--A--TCTGAT--AAA-T-G-C-A--AACA-CA---AT---AAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATaa
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gi|22762                      : CTGAT-AA--CG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--ACTCCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACATCG---AT----AA--C--AT-C-T----T-CA-CGATAaa
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gi|22764                      : CTGAT-AAA-CGCAAAAC-AGACAT----G-AT-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACA-CG---ATAGAAAA--CGAAA-C-TGATAT-CA-CGATAaa
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gi|22766                      : CTGAT-AAA-CG----AT-GTTC-C----G-AT-AGA-A--CCT-AT--AAAGCAG-CAA--AACC-CGAA-AT---AAC--CG-A----T----T-CC-CGATA
gi|22767                      :  TGAT-AAAACG----AT-GTTCACC---G-AT-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACC-CG---AT---AAAC-CG-AT-C-T----T-CA-CGATAaa
gi|22768                      :   GAT-AAA-CG----------CA-----A-AT--------CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACC-TG---AT---AAA--CG-AT-G-T----T-CA-CGATAaa


blockSeqs                     :      T   A  CAAA  T      ATCT G  T  CT CT      TA   G A G   CA    T  ATA  AGA   GT  T  G G GATA G  G
blockSeqs                     :      .   A  C     .      GA   .  .  A  .       .    . A .   .     .  CA   .     C   A  . . .    C  .
blockSeqs                     :      .   .  .     .      T    .  .  .  .       .    . . .   .     .  AA   .     .   .  . . .    .  .
blockSeqs                     :      .   .  .     .      A    .  .  .  .       .    . . .   .     .  .    .     .   .  . . .    .  .
blockSeqs                     :      .   .  .     .      C    .  .  .  .       .    . . .   .     .  .    .     .   .  . . .    .  .
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blockSeqs                     :      .   .  .     .      .    .  .  .  .       .    . . .   .     .  .    .     .   .  . . .    .  .


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : CTGAT-AAA-CG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACA-CG---AT---AAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATA
finalCons                     : CTGAT-AAA-CG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACA-CG---AT---AAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATA





Alignments
lowQualScore                  :                          1111                                        111                                 
lowQualScore                  :      2   5  7777  2      6666 2  2  55 33      33   2 5 2   33    2  111  444   55  5  2 2 5555 5  2     
lowQualScore                  :      .   .  ....  .      .... .  .  .. ..      ..   . . .   ..    .  ...  ...   ..  .  . . .... .  .     
lowQualScore                  :      5   0  8888  5      2222 5  5  99 44      44   5 0 5   44    5  222  444   99  0  5 5 3333 0  5     
consensus                     : CTGAT-AAA-CG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACA-CG---AT---AAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATA
Reference ( family-946 )      : CTGAT-AAA-CG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACA-CG---AT---AAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATA
gi|22753                      : CTGAT-AAA-CG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--A--CCTGAT--AAC-C-G-CAA--AACA-CG---AT---AAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATA
gi|22754                      : CTGATTAAA-CG----AT-GTTAACT---G-ATTAG--A--CCTGAT--AAA-C-GGCAACAAACA-CG---AT---AAC--CG-AT-C-T----TGAA-CGATAaa
gi|22755                      : CTTAT-AAA-CG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACA-CG---AT---AAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATAaa
gi|22756                      : CTGAT-AAA-CG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-AAA--AACA-CA---AT---TAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATA
gi|22757                      : CTGAA-AAA-CG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--A--CCTCAT--AAA-C-G-CAA--AACA-CG---AT---AAA--CA-AT-C-T----T-CA-CGATAaa
gi|22758                      : CTGAT-AAAACG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACC-CGATAAT---AAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATAaa
gi|22759                      : CTGAT-AAA-CG----ATTGTTCAC----GGAT-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACC-CG---AT---AAA--CG-AT-CGT----T-CA-CGATAaa
gi|22760                      : CTGAT-AAC-CG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--A--TCTGAT--AAA-T-G-C-A--AACA-CA---AT---AAA--CG-AT-C-T----T-CA-CGATaa
gi|22761                      : CTGAT-AAA-CG----AT-GTTCACGA--G-AT-AG--A--CCTGAT--GAA-CAG-CAA--AACA-CG---AT---AAA--CG-ATGC-T----T-CAGCGATAgaa
gi|22762                      : CTGAT-AA--CG----AT-GTTCAC----G-AT-AG--ACTCCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACATCG---AT----AA--C--AT-C-T----T-CA-CGATAaa
gi|22763                      : CTGAT-AAA-C-----AT-GTTCACA---G-AT-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACC-CGCA-AT---AAA--CGTAT-C-T----TCCA-CGATAaa
gi|22764                      : CTGAT-AAA-CGCAAAAC-AGACAT----G-AT-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACA-CG---ATAGAAAA--CGAAA-C-TGATAT-CA-CGATAaa
gi|22765                      : CTGAT-AAA-CGC---AT-GTTCACATCTG-AT-AACTA--CCTGATTAAGA-A-G-CAA--AACA-CG---AT---AAAGTCA-AT-C-T----T-CA-
gi|22766                      : CTGAT-AAA-CG----AT-GTTC-C----G-AT-AGA-A--CCT-AT--AAAGCAG-CAA--AACC-CGAA-AT---AAC--CG-A----T----T-CC-CGATA
gi|22767                      :  TGAT-AAAACG----AT-GTTCACC---G-AT-AG--A--CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACC-CG---AT---AAAC-CG-AT-C-T----T-CA-CGATAaa
gi|22768                      :   GAT-AAA-CG----------CA-----A-AT--------CCTGAT--AAA-C-G-CAA--AACC-TG---AT---AAA--CG-AT-G-T----T-CA-CGATAaa