lowQualScore : 11111 1 1
lowQualScore : 3 555 555 33 2 2 2 2 33 22222 2 33 2 44 1 0 44 3
lowQualScore : . ... ... .. . . . . .. ..... . .. . .. . . .. .
lowQualScore : 6 444 000 77 7 7 7 7 77 99999 7 77 7 22 2 2 22 7
consensus : CAAGAGA-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TTTA--TT-CTTTACTTTC--ACCATTTTCAGA--ACTAATATAT
Reference ( gi|101468 ) : CAAGAGA-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CG----AG-TTTA--TT-CTTTACTTTC--ACCATTGTCAAA--ACTAAGATAT
gi|101470 : CAAGAGATAAT---AAATCCC---AAAG--TCTA-GA-T-TTC-A--CAGTCCAG-TTTA--TT-CTTTACTTTC--ACCATCGTCAGA--ACTAATGTAT
gi|101469 : CAAGAGC-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TTTA--TT-CTTGACTTTA--AACATTTTCAGA--ACTAAAATAT
gi|101471 : CAAGAGA-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TGTA--TT-CTT
gi|101472 : CAAGAGC-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AA-ATTA--TT-CTTGACTT
gi|101473 : CAAGGGC-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-G-----------------------A--TT-CTTGACTTTC--ACCATTTTCAAA--ACTA
gi|101474 : AAGAGA-AAT---AA-TCTCGCGAAAGATCCCATGA-CGTTC-A--CA----AG-TTTA--TTACTTTACTTGC--ACCATTTTTCAA--ACTA
gi|101475 : AGAGA-AAT---AAATCC----AAAG--TCCA-GA-T-TTCAA--CA----AGTTTTAATTT-CTATTCTTTC--ACCATCGCC-AG--ACTAA
gi|101476 : AAA-AATGTAAAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-T-C-AAACA----AG-TTCC--TT-CTTTACTTTC--ACCATT-TCCAA--ACTGATACATta
gi|101477 : AGA-CAT---AAATCC----AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TTTA-----CTTTA-------AACATTTTCAGA--A
gi|101478 : A-AAT---AA-TCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TTTA--TT-CTATTCTTTC--ACCATCGCCAGA--GCTAATACAT
gi|101479 : -AGT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TTCA--TT-CTTTACTTTC--ACCATTTTCAGA--ACTGATATAT
gi|101480 : AT---ATATCCC---AAAT--TCCA-GA-T-T------------------------CTTGACTTTC--ACCATTTTCAGA--ACTAA
gi|101481 : T---AAATCCC---CAAG--TCCA-GATT-TTC-A--CA----AG--TCA--TT-TCTTACTTTTCAACTATTTTCAAATGACTAtttat
gi|101482 : TCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----CG-TTTA--TT-CTTTACTTTC--ACAATTTTCAGA--ACTAATATATgtat
gi|101483 : AG--TCCA-GA-G-TTC-A--CA----AG-TTTA--TT-ATTCACTTTC--ACCATTTTCAGA--ATTATTATAT
Alignments
lowQualScore : 3 555 444 33 2 2 2 2 33 5555 2 33 2 33 33
lowQualScore : . ... ... .. . . . . .. .... . .. . .. ..
lowQualScore : 3 000 777 44 5 5 5 5 44 3333 5 44 5 99 99
consensus : CAAGAGA-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TTTA--TT-CTTTACTTTC--ACCATTTTCAGA--ACTAATATAT
Reference ( family-945 ) : CAAGAGA-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TTTA--TT-CTTTACTTTC--ACCATTTTCAGA--ACTAATATAT
gi|101468 : CAAGAGA-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CG----AG-TTTA--TT-CTTTACTTTC--ACCATTGTCAAA--ACTAAGATAT
gi|101469 : CAAGAGC-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TTTA--TT-CTTGACTTTA--AACATTTTCAGA--ACTAAAATAT
gi|101470 : CAAGAGATAAT---AAATCCC---AAAG--TCTA-GA-T-TTC-A--CAGTCCAG-TTTA--TT-CTTTACTTTC--ACCATCGTCAGA--ACTAATGTAT
gi|101471 : CAAGAGA-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TGTA--TT-CTT
gi|101472 : CAAGAGC-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AA-ATTA--TT-CTTGACTT
gi|101473 : CAAGGGC-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-G-----------------------A--TT-CTTGACTTTC--ACCATTTTCAAA--ACTA
gi|101474 : AAGAGA-AAT---AA-TCTCGCGAAAGATCCCATGA-CGTTC-A--CA----AG-TTTA--TTACTTTACTTGC--ACCATTTTTCAA--ACTA
gi|101475 : AGAGA-AAT---AAATCC----AAAG--TCCA-GA-T-TTCAA--CA----AGTTTTAATTT-CTATTCTTTC--ACCATCGCCAG---ACTAATA
gi|101476 : AAA-AATGTAAAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-T-C-AAACA----AG-TTCC--TT-CTTTACTTTC--ACCATTTCCA-A--ACTGATACAT
gi|101477 : AGA-CAT---AAATCC----AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TTTA-----CTTTA-------AACATTTTCAGA--
gi|101478 : A-AAT---AA-TCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TTTA--TT-CTATTCTTTC--ACCATCGCCAGA--GCTAATACAT
gi|101479 : -AGT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TTCA--TT-CTTTACTTTC--ACCATTTTCAGA--ACTGATATAT
gi|101480 : AT---ATATCCC---AAAT--TCCA-GA-T-T------------------------CTTGACTTTC--ACCATTTTCAGA--ACTAATTTAT
gi|101481 : T---AAATCCC---CAAG--TCCA-GATT-TTC-A--CA----AG--TCA--TT-TCTTACTTTTCAACTATTTTCAAATGACTAGTAT
gi|101482 : TCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----CG-TTTA--TT-CTTTACTTTC--ACAATTTTCAGA--ACTAATATAT
gi|101483 : AG--TCCA-GA-G-TTC-A--CA----AG-TTTA--TT-ATTCACTTTC--ACCATTTTCAGA--ATTATTATAT
Alignments
lowQualScore : 3 555 444 33 2 2 2 2 33 5555 2 33 2 33 33
lowQualScore : . ... ... .. . . . . .. .... . .. . .. ..
lowQualScore : 3 000 777 44 5 5 5 5 44 3333 5 44 5 99 99
consensus : CAAGAGA-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TTTA--TT-CTTTACTTTC--ACCATTTTCAGA--ACTAATATAT
Reference ( family-945 ) : CAAGAGA-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TTTA--TT-CTTTACTTTC--ACCATTTTCAGA--ACTAATATAT
gi|101468 : CAAGAGA-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CG----AG-TTTA--TT-CTTTACTTTC--ACCATTGTCAAA--ACTAAGATAT
gi|101469 : CAAGAGC-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TTTA--TT-CTTGACTTTA--AACATTTTCAGA--ACTAAAATAT
gi|101470 : CAAGAGATAAT---AAATCCC---AAAG--TCTA-GA-T-TTC-A--CAGTCCAG-TTTA--TT-CTTTACTTTC--ACCATCGTCAGA--ACTAATGTAT
gi|101471 : CAAGAGA-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TGTA--TT-CTT
gi|101472 : CAAGAGC-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AA-ATTA--TT-CTTGACTT
gi|101473 : CAAGGGC-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-G-----------------------A--TT-CTTGACTTTC--ACCATTTTCAAA--ACTA
gi|101474 : AAGAGA-AAT---AA-TCTCGCGAAAGATCCCATGA-CGTTC-A--CA----AG-TTTA--TTACTTTACTTGC--ACCATTTTTCAA--ACTA
gi|101475 : AGAGA-AAT---AAATCC----AAAG--TCCA-GA-T-TTCAA--CA----AGTTTTAATTT-CTATTCTTTC--ACCATCGCCAG---ACTAATA
gi|101476 : AAA-AATGTAAAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-T-C-AAACA----AG-TTCC--TT-CTTTACTTTC--ACCATTTCCA-A--ACTGATACAT
gi|101477 : AGA-CAT---AAATCC----AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TTTA-----CTTTA-------AACATTTTCAGA--
gi|101478 : A-AAT---AA-TCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TTTA--TT-CTATTCTTTC--ACCATCGCCAGA--GCTAATACAT
gi|101479 : -AGT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TTCA--TT-CTTTACTTTC--ACCATTTTCAGA--ACTGATATAT
gi|101480 : AT---ATATCCC---AAAT--TCCA-GA-T-T------------------------CTTGACTTTC--ACCATTTTCAGA--ACTAATTTAT
gi|101481 : T---AAATCCC---CAAG--TCCA-GATT-TTC-A--CA----AG--TCA--TT-TCTTACTTTTCAACTATTTTCAAATGACTAGTAT
gi|101482 : TCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----CG-TTTA--TT-CTTTACTTTC--ACAATTTTCAGA--ACTAATATAT
gi|101483 : AG--TCCA-GA-G-TTC-A--CA----AG-TTTA--TT-ATTCACTTTC--ACCATTTTCAGA--ATTATTATAT
blockSeqs : T GTA GCG AT T T G A AA GTCC T AT A CA TG
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : CAAGAGA-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TTTA--TT-CTTTACTTTC--ACCATTTTCAGA--ACTAATATAT
finalCons : CAAGAGA-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TTTA--TT-CTTTACTTTC--ACCATTTTCAGA--ACTAATATAT
Alignments
lowQualScore : 3 555 444 33 2 2 2 2 33 5555 2 33 2 33 33
lowQualScore : . ... ... .. . . . . .. .... . .. . .. ..
lowQualScore : 3 000 777 44 5 5 5 5 44 3333 5 44 5 99 99
consensus : CAAGAGA-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TTTA--TT-CTTTACTTTC--ACCATTTTCAGA--ACTAATATAT
Reference ( family-945 ) : CAAGAGA-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TTTA--TT-CTTTACTTTC--ACCATTTTCAGA--ACTAATATAT
gi|101468 : CAAGAGA-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CG----AG-TTTA--TT-CTTTACTTTC--ACCATTGTCAAA--ACTAAGATAT
gi|101469 : CAAGAGC-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TTTA--TT-CTTGACTTTA--AACATTTTCAGA--ACTAAAATAT
gi|101470 : CAAGAGATAAT---AAATCCC---AAAG--TCTA-GA-T-TTC-A--CAGTCCAG-TTTA--TT-CTTTACTTTC--ACCATCGTCAGA--ACTAATGTAT
gi|101471 : CAAGAGA-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TGTA--TT-CTT
gi|101472 : CAAGAGC-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AA-ATTA--TT-CTTGACTT
gi|101473 : CAAGGGC-AAT---AAATCCC---AAAG--TCCA-G-----------------------A--TT-CTTGACTTTC--ACCATTTTCAAA--ACTA
gi|101474 : AAGAGA-AAT---AA-TCTCGCGAAAGATCCCATGA-CGTTC-A--CA----AG-TTTA--TTACTTTACTTGC--ACCATTTTTCAA--ACTA
gi|101475 : AGAGA-AAT---AAATCC----AAAG--TCCA-GA-T-TTCAA--CA----AGTTTTAATTT-CTATTCTTTC--ACCATCGCCAG---ACTAATA
gi|101476 : AAA-AATGTAAAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-T-C-AAACA----AG-TTCC--TT-CTTTACTTTC--ACCATTTCCA-A--ACTGATACAT
gi|101477 : AGA-CAT---AAATCC----AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TTTA-----CTTTA-------AACATTTTCAGA--
gi|101478 : A-AAT---AA-TCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TTTA--TT-CTATTCTTTC--ACCATCGCCAGA--GCTAATACAT
gi|101479 : -AGT---AAATCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----AG-TTCA--TT-CTTTACTTTC--ACCATTTTCAGA--ACTGATATAT
gi|101480 : AT---ATATCCC---AAAT--TCCA-GA-T-T------------------------CTTGACTTTC--ACCATTTTCAGA--ACTAATTTAT
gi|101481 : T---AAATCCC---CAAG--TCCA-GATT-TTC-A--CA----AG--TCA--TT-TCTTACTTTTCAACTATTTTCAAATGACTAGTAT
gi|101482 : TCCC---AAAG--TCCA-GA-T-TTC-A--CA----CG-TTTA--TT-CTTTACTTTC--ACAATTTTCAGA--ACTAATATAT
gi|101483 : AG--TCCA-GA-G-TTC-A--CA----AG-TTTA--TT-ATTCACTTTC--ACCATTTTCAGA--ATTATTATAT