lowQualScore : 333 111 111111 1111 11111111111 1111111111 3333333333 111 2222222222 11111111 11 22222222 11111 1111 222222 11 1 11111
lowQualScore : 3 3 3 555 3 6 3 222 2 2 2 555 2 2 2 555 2 5 5 333 2 77 8 2 333333 2 77777 2 2 66 66 2 66 2 2 5 33 2 2 2 33 33 6 6 6 44 9 1111 77 3 6 3 3 3 3 3 888888 22222222222 9999 44 2 555 66 2 2 8 2 2 5 2 5 5 5 66 5 2 5 33 66 33 2 2 2 2 33 2 2 5 66 2222222222 8888 2 3333333333 2 2 66 2 5 66 8888 66 2 9999999 2 555 2 000 2 555 2 2 2 2 3333333333 99 4444 2 33333333 44 2 7777 77 00 2 11111111 2 2 5 66 99 2 2 2 22222 33 5 2 2222 2 2 777777 2 33 555 2 2 2 555 2 5 2 2 2 8888 2 2 2 5 2 8888 66 66 2 2 5 2 99 2 2 666 2 555 2 2 2 2 33 33 33 8888 99999 2 2 2 2 33 2 2 2 33 66 555 888888 2 2 66 2 88 2 2 555 66 44 3 3 77 6 44 3 3 44 3 77777 3 2 44 777 555 3 44 3 3 3 3 666 3 3 44 3 3 44 3 44 00000 6 3 1 3 3 6 3 3 3 3 3 6 3 3 44 44
lowQualScore : . . . ... . . . ... . . . ... . . . ... . . . ... . .. . . ...... . ..... . . .. .. . .. . . . .. . . . .. .. . . . .. . .... .. . . . . . . . ...... ........... .... .. . ... .. . . . . . . . . . . .. . . . .. .. .. . . . . .. . . . .. .......... .... . .......... . . .. . . .. .... .. . ....... . ... . ... . ... . . . . .......... .. .... . ........ .. . .... .. .. . ........ . . . .. .. . . . ..... .. . . .... . . ...... . .. ... . . . ... . . . . . .... . . . . . .... .. .. . . . . .. . . ... . ... . . . . .. .. .. .... ..... . . . . .. . . . .. .. ... ...... . . .. . .. . . ... .. .. . . .. . .. . . .. . ..... . . .. ... ... . .. . . . . ... . . .. . . .. . .. ..... . . . . . . . . . . . . . . .. ..
lowQualScore : 1 1 1 111 1 2 1 222 9 9 9 000 9 9 9 000 9 7 7 666 9 99 6 9 333333 9 11111 9 9 88 88 9 88 9 9 7 99 9 9 9 99 99 2 2 2 66 2 9999 33 1 2 1 1 1 1 1 666666 88888888888 6666 22 9 000 88 9 9 6 9 9 7 9 7 7 7 88 7 9 7 99 88 99 9 9 9 9 99 9 9 7 88 0000000000 9999 9 6666666666 9 9 88 9 7 88 9999 88 9 3333333 9 000 9 777 9 000 9 9 9 9 4444444444 66 8888 9 44444444 77 9 7777 99 77 9 77777777 9 9 7 88 66 9 9 9 00000 99 7 9 9999 9 9 999999 9 99 000 9 9 9 000 9 7 9 9 9 9999 9 9 9 7 9 9999 88 88 9 9 7 9 66 9 9 555 9 000 9 9 9 9 99 99 99 7777 11111 9 9 9 9 99 9 9 9 99 88 000 222222 9 9 88 9 22 9 9 000 88 22 1 1 33 2 22 1 1 22 1 77777 1 3 22 000 444 1 22 1 1 1 1 777 1 1 22 1 1 22 1 22 88888 2 1 5 1 1 2 1 1 1 1 1 2 1 1 22 22
consensus : TGCCA-TACAC-TG-TTCT--AAA-GT-AT-CCGCTT---GCACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GAT-G-TCT----T-AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A-CA-TTT-G--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-AC-C-TTT------TT---AAA----GC--C-A---AAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-G-TT-G-TT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G-TT-ACG--CAAACA--T-T-G---GTA----G-CA---------TT-TC-AT--G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---G-T---GT-GA---C-AC-A-A-CAT-CTT----A-TTTCT--A-T--GG-TAT--A-----T-CAAAAA-A-A--TC--TT--C-C----T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGAT--A-AT-T-ATA---A-G--CTAC-T-C----G-A-GGGCTTA---G--TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-ATC-AA----A-GAG-T-G-TG-AA----AAGTTTG--TC--T-GTA-AGT-T-G--T-A-TA-A-CC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C-T--AC---T-GAT-ACG-G-T-AAGG--AA-TGT-A-TT--G--T---TT------GGG-AA-A--T-CA-AAA-A-G---CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-G-CATG-T-A-AA-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAA-GCC-TT-GA-T-A-TG-GA-G-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
Reference ( gi|108427 ) : TGCCA-TACAC-TG-TTCT--AAA-GT-AT-CCGCTT--TGCACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GAT-G-TCT----T-AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A-CA-TTT-G--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-AC-C-TTT------TT---AAA----GC--C-A---AAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-G-TT-G-TT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G-TT-ACG--CAAACA--T-T-G---GTA----G-C----------TT-TC-AT--G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---G-T---GT-GA---C-AC-A-A-CAT-TCT----T-TTTCT--A-T--GG-TAT--A-----T-CAAAAA-A-A--TC--TT--C-C----T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGAT--A-AT-T-ATA---A-G--CTAC-T-C----G-A-GGGCTTA---G--TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-ATC-AA----A-GAG-T-G-TG-AA----AAGTTTG--TC--T-GTA-AGT-T-G--T-A-TA-A-CC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C-T--AC---T-GAT-ACG-G-T-AAGG--AA-TGT-A-TT--G--T---TT------GGG-AA-A--T-C--AAA-A-G---CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-G-CATG-T-A-AA-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAA-GCC-TT-GA-T-A-TG-GA-G-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
gi|108428 : TGCCA-TACAC-TG-TTC---AAA-GT-AT-CCGCTT---GCACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GAT-G-TCT----T-AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-AA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A-CA-TTTTG--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-G--A-AC-C-TTT------T----AAA----GC--C-A---GAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-G-TTTG-TT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTC---C-AG--A-G-TT-ACG--CAAACA--T-T-T---GTA----G-CA---------TT-TC-AT--G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---G-T---GT-GA---C-AC-A-A-CAT-CTT----A-TTTCT--A-T--GG-TAT--A-----T-CAAAAA-A-AA-TC--TT--C-CC---T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGAT--A-AT-T-ATA---A-G--CTAC-T-C----G-A-GGGCTTA---GG-TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-ATC-AA----A-GAG-T-G-TG-AA----AAGTTTG--TC--T-GTA-AGT-T-GT-T-A-TA-A-CC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C----AC---T-GAT-ACG-G-T-AAGG--AA-TGT-A-TT--G--T---TT------GGG-AA-A--T-C--AAA-A-G---CC--C--T-G-AG--AATAGT--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-G-CATG-T-A-AA-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAA-GCC-TT-GA-T-A-GG-GA-G-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGT
gi|108429 : TGCCA-TACAC-TG-TTCT--AAA-GT-AT-CCGCTT---GCACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GATCG-T-T----T-AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TATG--A--T-A-GCA-CA-TT--G--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A------CTT------TT---AAA----GC--C-A---AAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-G-TT-G-TT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G-TT--CG--CAAACA--T-T-T---GAA----G-C----------AT-TC-AT--G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---G-T---GT-GA---C-AC-A-AACAT-CTT----A-TTTCT--A-T--GG-TAT--A-----T-CAAAA--A-A--TC--TTC-C-C----T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGAT--A-AT-T-ATA---A-G--CTAC-T-C----G-A-GGGC-TA---G--TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-ATC-AA----A-GAG-T-G-TG-AA----AAGTTTG--TC--T-GTA-AGT-T-G--T-A-TA-A-CC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C-T--AC---T-GAT-ACG-G-T-AAGG--AA-TGT-A-TT--G--T---TT------GGG-AA-A--T-CA-AAA-A-G---CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-G-CATGTT-A-AA-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAA-GCCTTT-GA-T-A-T--GA-G-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
gi|108430 : TGCCA-TACAC--G-TTCT--AAA-GT-ATGCCGCTT---GCACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TT-G-CAT---CT-G-AT-AA--C-T--GATTG-TCT----T-AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A-CA-TTT-G--TTGGAA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-AC-T-TTT------TA---AAG----GC--C-A---AAAAA--CATT-CT-T----T-C--T-G-TT-G-TT--G-TTG-A-G--AAA--A-C--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G-TT-ACG--CAAACA--T-TTG---GTA----G-CA---------TT-TC-AT--G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---G-T---GT-GA---C-AC-A-A-CAT-CTT----A-TTTCT--A-T--GG-TATT-A-----T-TCAAAA-A-A--TC--TT--C-CCT--T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGAT--A-AT-TTATAG--A-G--CTAC-T-C----G-A-GGGCTTAG--G--TGA-GGG--AGAA---G-T-A-A-----TGATCA-A-CCC-ATC-AA----A-GAG-T-GTTG-AA----AAGTTT---TC--T-GTA-AGT-T-G--T-A-TA-A-CC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C-TA-AC---TGGAT-ACG-G-T-AAGG--AA-TGT---TT--GT-T---TT------GGG-AA-A--T-CA-AAA-A-G---CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TGAA--TGCC-T-TA---T-G--CA-T---CATG-T---AG-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAA-AGC-TT-GA-T-A-TG-GA-G--C-A-G-GC--AA--ACATTTGTA
gi|108431 : TGCCAATACAC-TG-TTCCTAAAA-GT-AT-TC-CCT--TGCACCT-CTTATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GAT-G-TCT----TGAT-T-----GCTA-C-T--TA--TATTCA--T-TCT-T-TT-A--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A-CAATTT-G--T--GGAAT-G-ATT-GGCA-GG-ATAC-C-TTT------A----AAA----GC--C-A---AAAA---CATT-CC-TG-T-TTC-ATTG-TT-G-TT--G-TTG-AAG--AAAGAAAC--T-TCTGCTTCTCGC-AG--A-G-TTTACGG-CAAACAGTT-T-G---GTA----G-CAA--------TT-TC-AT--G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---G-T---GT-GA---C-AC-A-A-CAT-CTT----A-TTTCT--A-T--G--TAT--A-----T--AAAAA-A-T--TC--TT--C-CC---T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGAT--ATAT-T-ATATAAG-G--TTAC-T-C----G-A-GGGCTTA---GG-TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-ATC-AAG---A-TAG-T-G-TGGAA----AAGTTTG--TCC-T-GTA-AGT-T-G--T-A-TAGA-CC-A---AGTA-A-GCGG-A--G--A--C-T--AC---T-GAT-ACG-G-T-AAGG--AA-TGT-A-TT--G--T---TT------GGG-AA-A--T-C--AAA-A-G---CC--G--T-G-AA--GATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-T-AA---T-G--CA-T-GCCATG-T-A-AA-GCC--GAG-C-A--C-A--C-----TACGCAA-GCC-TTGGA-T-A-TGAGA-G--C-A-GCGC--AATTACATTTGTAA
gi|108433 : TGCCA-TATCC-TGCTTCT--AAA-GT-AT-C-GCTT---GCACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA---CAT---T----AT-AA--C-T--GAT-G-TGC----T-AT-T-----GCTA-CAT--TA--TAT-CAATC-TCT-TATTCA--GAA-A-TA-G--A--T-ATG-A-CAATTT-G--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-AG-G-CT-C-TTT------TTTCTAAA----GC--C-A---AAAAA--CATT-CCCTG-T-T-CGAT-G-TT-G-TT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G--T-ACGCACAAACAATC-T-G---GTA----G-C----------AT-TC-A---G-CTG--AT----G--A-C-------AG-G---G-T---GT-GA---C-AC-AGA-CAC-TTA----T-ATTCT--A----GG-TAT--A-----T-CAAAAATA-A--TC--TTGCC-C----T---GCG-A-GTA-TT-A--GGGATA-A-AT-T-ATA---ACG--CTAC-T-CGA--G-A-GGACTTACGCG--TGA-GGG--AGAA---TCT-A-A---C-TGATCA-A-ACA-ATC-AA----A-GAGCT-G-TG-AA----AAGTTTG--TC--T-GT--AGT-T-G--T-A-TA-A-CC-A---AG-A-AGGCGGTA--G--A--CAT--ACG--T-GAT-ACG-T-T-AAGG--AA-TGTGA-TT--GGTT---TT------GGG-AA-A--T-C--AAA-A-AGCTCC--C--T-G-AG--AATA-A--G-CCT-CC---A-CTA-----G-TGAA--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-C-CATG-T-A-AACG-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAG-CAA-GCC-TT-GA-A-A-TG-GA-G-ACTA-G-G----A--ACA
gi|108432 : TGCTA-TACAC-TT-TCCT--AAAAGT-AT-CCGCTT---GCACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-GAAT-A---CTT--GAT-GCTCT----T-AT-T-----GCTA-C-TAATA--TAT-CT--TGTCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--TCA-G-A-CC-TTTGG--TA-GGA-T-G-ATT-G-CA-AG-A-AG-C-TTT------TTA--AAA----GCCAC-A---AGAAA--CA-T-CC-TGTT-T-C-AT-GTTT-G-TTGAG-TCG-A-G--AAC--AAC--T-CTC-CGTCTC-C-AG--A-GTTT-ACG--C--ACA--T-T-T---GGG----G-C----------AT-TT-TT--G-CGA--CTGAAAG--A-C-------AGAG---G-TA--GT-GA---C-AC-A-A-CAT-CTT----A-TTTCT--A-----G-TATCAG-----T-CAAAAA-A-A--TCTATC--C-C----T---G-G-A-GTA-TTCG--GGGAT--A-AT-T-ATA---A-G--CTAC-T-C----G-ATGGGCTTAG--G--TGA-GGG--AGAA---T-T-ATA---C-TGATCA-G-ACACATC-AA----A-GAG-T-G-TG--A----AAGTTTGATTC--T-GTA-AGT-T-G--T-A-TA-A-CCTA---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C-T--AC---T-GATAACG-G-T--AGG--AA-TGT-A-TT--G--TATATG------GGG-AA-AAGT-CA-AAA-A-G---CCG-C--C-G-AG---ATAGT--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A---GCC-TATA---T-GCACA-T-G-CATG-T-A-AA-G-C--GAG-C-A--C-A--------TAC-AAG-ACC-TT-GA-T-A-TG-GA-G-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
gi|108434 : TGCCA-T-CA--TG-TTCT--AAG----AT-CCGCTT---GCACCT-CT-ATT-GTCA---TTTGTA---CAT---CT-G-AT-A---C-T---AT-G-TCT------AT-T-----GCTA-C-TG-TA--ATT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A--A-TTG-T--T--GGA-T-G-ATT---CA-GA-A------TTT------AT---TAA----GC--C-A---AAAGA---ATT-CC-TG-T-T---AT-G-TT-G-TT--G-T-G-A-G--AAA--A-C--T-TCT-CTTC---C-AG--A-G-TT-ACG--CAAACA--T-T-G---GTA----G-CA---------TT-TC-AT----C-A--CT----G--A-A-------GG-G---GGT---GC-GAAATC-AC-A-A-CAT-TAT----T-T--CT--A-T--GG-TAT--A-----T---AAAA-A-A--TC--TT--C-C----CTG-GCG-A--TA-CTCAT-GGGATT-A-AT-T-ATA---A-G--C-AC-T-C----GCA-GGGCTTA---GG-TGA-GG---AGAA---T---A-A---C--GATCA-G-ACA--TC-AA----G-G---T-G-TG-AA----AAGTTTG--TCCTT-GTA-ATA-T-G--TTA-TA-C-CA-A---AG-A-A-GCGG-A--GTTA--C-TTTAC---C-G-T-ACG-G-T-A-GG--AA-TGT-AATT--G--T---TT------GGG-AA-AC-T-C--AAA-A-G---CC--C--TCG-AG--A-TA-T--G---T-CGA--AGCTA-----G-TG-A--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-G-CATG-T-A-AA-G-C--GAGCC-AGTC-A--C-----TAC-C-A-GCC-TT-GA-T-A-TG-GA---AC-A-G-GC--AA--ACAATTGTAA
gi|108435 : TGCTA-TACAC-TG-TTCT--AA--GT-AT-CTGCGCG-TGCATGT-CT-ATTCGTCA---TTT-TA-G-CAT---TT-GGATGA---C-T--GAT-G-GTT----T-AT-T-----GC-------------AG-TA--T-TCTGTGTTGA--GAA-A-TA-AGAA--TGA-G-ATCAGTTT-GGGT--GGA-TTG-ATT-G-CA-GG-A-AC---TTT------TT---AAAAATGGC--C-A---AAAA---CATT-CC-TGGT-T-C-AT-GGTT-G-TT--G-TTG-G-----AT--AAC--T-TCT-TTCATC-A-AG--AAG-TT-A-G--CAAACA--TGT-T---GTAC---G-A----------TTGTCGAT--GAC-AG-CT----G--A-C-------AG-G---G-G---TT-GA----------A-CAT-CTT----A-TTTCT--A-T--GG-TAT--AAGTAGT-CGAAAA-AGA--TC--TT--CAC----T----CG-A-GTA-TT------GGT--A-AT---ATA---A-G--ATAC-T-C----G-A-GGGCTTAG--G--TGA-GGG--AGAA---T-TAA-A---C-TGATC--G-AC--ATC-AA----A-GAG-T-G-TG-AA----AAGTTTG--TC--T-GTATAGT-TGG--T-A-TA----C-AAAGAG-A-G-GCGG----G--A--C-T---C---T-GA--ACGAG-TGAAGG--AA-TGT-A-TT--G--T---T--------GG-GA-A--T-G--AAA-A-A---AG--C--T-G-AG--AAT--T--A-GAT-CCA--A-CTA-----G-TGTA--TGCT-G-TA---T-G--TA-CAG-CATG-T-A-AA-G-C--GCG-C-A--CAA--C-----TAC-CAA-G-C-TT-GA-T-A-TG-GA-G-ACAA-G-GC--AA--ACATTTGT
gi|108436 : GCCA-TACAC-TG-TTCT--AAA-GT-AT-CCGCTT---GCACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GAT-G-TCT------ATAT-----GCTA-C-T--TA---AT-CA--T-T---T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A--A-TTT----T--G-A-T-GTATT-G-CATGG-A-AC-C-TTT------TT---AAAA---GC--C-A---AAAAAA-CATT-CC-TGCT-T-C-AT-G-TTTG-TTT-G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C--G--A-G-TT-ACG--CAAACAA-T-T-G---GTA----G-CA---------TT-TC-AT--G-C-A--CT----G--A----------G-G---G-T---GT-GA---C-AC-A-A--AT-T-T----A-TTTCT--AAT--GG--AT--A-----TACAAAAA-A-AAATC--TT--C-C----T---GCG-A-GTA-TTCA--GG-AT--A--T-T-ATA---AAG--CTAC-T-C----G-A-GGGCTTAA--G--TGA-GG---AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-ATC-AA----AAGAG-T-G-TG-AA----AAGTTTG--TC--T---A-AGT-T-G--T-A-TA-A-CC-A---AG-A-A--CGG-A--G--A--C-T--AC---T-GAT-ACG---T-AAG---AA-TGT-A-TT--G--T---TT-------GG-AA-A--T-CA-AAA-A-G---CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TGAA--TGCCTT-TA---T-G--CA-T-G-CATG-T-T-AA-A-C--GAG-C-A--T-AACT-----TACGCAA-GCC-TT-GATT-A-TG-GA-GAAC-ATG-GC--AA--ACATTTGT
gi|108437 : GCCA-TACAC-TG-TTTT--AA--GT-AT-CCG--T--TGCACCT-CT-ATT-GTCACATTTT-TAAG-CAT----T-G-AT-A---C-T--GATTG-TCT----T-TA-T-----GCTA-C-T--TAAATAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--GATT-A-G-A-CA-TTG-T--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-CC-C-TTT------TT---AAG--------C-A---AAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-G-TT-G-TT--G-TTG-ACG--AAA--AACCAT-TCT-CTTCTC---AG--A-G-TT-TAG--CACACT--T-T-G---CTA----G-TGCATTCAATGTC-TC-AT--G-C-AACCT----G--AAC-------AG-G---G-T---GT-GA---CTAC-A-A--AT-CTT----T-CATCTTAA-T--GG-TAT--AC----T-AAAAAA-A-A--TC--TT--C-CCGCAT---GCGTA-GTAATTCA--GGGAT--A-AT-T-ATA-----G--CTAC-T-C----G-A-GGGCTTATG-G--TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-T-ATCA-G-ACA-ATC-AA----G-TAG-T-G-TG-AA------GTTTG--TC--T-GTA-AGTCT-G--T-A-TA-AACC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--AAAC-T--AC---T-GAT-ACG-G-T-AAGG--AA-TGT-A-TT--G--T---TT------GGG--A-A--T-C--CAA-A-G----C--C--T-G-AGA-AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-ATCTGCCAT-TA---T-C--AA-T-G-CATG-T----A-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAG-A---TT-GA-T-A-TG-G--G-AC-A-G-GC---A--ACATTTGTAA
gi|108438 : CA-TACAC-TG-T-CT--AAA-GT--T-CCGCCTGCTGCACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-GTCAT---CT-G-AT-A---C-CTCGAT-G-TCT------AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA---TA-G--A--T-A-G-G-AA-TTT----T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-AC-CCTTT------TT---AAG----GC--CCA---AAAAA--CATTTCC-TG-T-T---AT-G-TT-G-TT--GATTGGA-GGAAAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G-TTTACG--CAAACA--T-TTG---GTA----G-CA---------TT-TC-ATT-G-C-A--AT----G--A-CGACAACCAG-TTTCG-T---GT-AA---C-AC-A-A-CGT-CCT----TATTTCTG-A-TAGGG-TATT-A-----T-CAAAAA-A----TC--TT--C-CCA--T---GCA-AAGTA-TTCA--GGGAT--A-ATGT-ATA---AAG--CTACCT-C----G-A-GGGCTTA---G--TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCACG-ACG-ATCCAA----A-GAG-TTG-TG-AA------GTTGG--TC--TTGTA-AGTGT-G--T-A-TA-C-AC-A---AG-A-A-GCG--A--G--A--C-T--AC---T-GA--ACG-G-T-AAGG--AAATGT-A-TT--G--T---TT------GGG-AACA--T-C--AAA-AAG---CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-TATA---TGG--CA-T-G-CATG---A-AA-G-C--GAG-CTA--C-A--C-----TAC-CAACGCC-TT-GA-T-ATTG-GA-G-GC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
gi|108439 : CA-TACACGTG-TTCC--TAA-GTGAT-CCGCTT---GCACCT-CT-AT--GT-A---TTT--A-G-CATTCTCC-G-AT-AA--C-T--GAT-G-TCT----T-AT-T-----GCTA-C-T--TAT-TAT-CAT-T-TCT-T-TTCA--GAAGA-TA-G--A--C-ATGCA-CA-TTT-G--T--GGA-TGG-ATTAG-CA-GGAA-AC-T-TTT------TT---AAA----GC--A-A---AAAAACTCATT-CC-TG-T-T-CAAT-G-TT-GTTT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--TCTCT-TTTCTC-C-AGCCA-G-TT-ACG--CAAATG--TGT-G---GTA----G-C----------AT-T--ATTAG-C-A--CTC---GT-A-C-------AG-G---G-TG--GT-GA---C-AC-A-A-CATCTAT----A-TTTCT--A-T---G-CAT--A-----T-CAAAAA-A-A--TTCATTCAC-C----T---GCG-A-GTATTTCA--GGGATTAA-AT-T-ATA---A-G--CAGC-TACGAGAG-A-GGGCTTAAGTG--TGA-GGG--AGAA---T-T-C-A---CTTGATCGCA-ACA-ATC-AA----A-G-G-T-GTTG-AAC---AAGTTTG--TC--T-GTA-AGT-T-GA-T-ACTA-A-CC-A---GA-T-A-GCGG-ACCG--A--C-T--ACACTT-GAT-ACG-G-T-AAGGCAAA-TGT-A-TT--G--T---TT------GGGAAA-A--T-CAAAAA-A-G---CC--CCAT-G-AGAAAATA-T--GCCCT-TCA--A-CTA-----GTTG-A--TGC----TAATCT-G---A-T-G--ATG-T-AGAA-G-C--GAG-C-A--C-A--CA----TAC-CAA-GCC-TT-GA-TAA-TG-GA-G-AC-A-G-GCAAAA--ACATTTG
gi|108440 : -TACAC-T--TTC---AAA-GTGAT-CCGCTT---GCACCTTCT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CTCG-ATTA---C-T--GAT-G-TCTA---T-AT-T-----GCTAAC-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-T-CAAAGAA-AGTA-G--A--T-A-G-A-AA-TTT-G--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-ACAC-TTTCTTATATT---AAA----GC--C-AAATAAAAA--CAT-----CG-TCT-C-AT-G-TT-GTTT--GTTTG-A-G--AAAC-AAC--T-TCT-CTTCTC-CAAG--A-G-TT-ACG--CAAACA--T-T-T---GTA----GACA---------TT-TC-AT--G-C-A--CT----GATA-C-------AG-G---G-TTCAATGGA---C-ACAA-A-CAT-ACTATTAT-TTTCTA-A-T--GGATAT--A-------AAAAAA-A-A--TC--TT--C-C----CTTAGCG-A-GTA-TTCAGCGGAAT--A-AT-T-ATA---A-G--CTACAT-CT---G-A-GTGCTTA---GGTTGATGGGTAAGAGAGTT-T-A-AATTC-TGATCA-GCCCA-CTC-AGAAACA-GAG-T-G-TG-AAAAATAAGTTTGT-TC--T-GTA-AGT-T-GATT-A-TA-A--C-A---AG-ACA-GCGG-A--G--A--CAT--AC---TCGAT-ACG-GTT-AAGG--AA-TGT-A-TTTAG--T---TTTGAGGAGGA-AA-A--TACA-AAA-A-G---CTCAC--T-GAAG--AATA-TAAA-CCTAACAACA-CTAGAGTCG-TA-A--TGCC-T-TA---T-G--CATT-G-GATG-TGA-AA-G-CCAGAG-C-A----A--CAAACGTAC-CAC-GGC-CT-GACT-T-TG-GATG-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
gi|108441 : CAGCT-CT-AAT-GTGG---TTA-AG-G-CAT---CT-G-AT-AGCTC-TTAGAT---TCTATATT-AT-TTGGATGCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TCCA--GAA-A-TA-G--A--
gi|108442 : -A---AAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-T-TC-A-TT--G-TCT-A-G--AAT--GAT--T-TAT-TTTCTC-A-AG--A-A--T-ACG--CCAAAA--TCT-GCTTGTGTTTTA-C----------TT-TT-AC--G-T-A--CT----G--A-C-------AG-G---A-T---GT-GA---C-AC-C-A-C----CT----------C--A-T--GG-CGT--C-----T-CAAAGA---------------------T---AGG-T-GCA-CTAA----AAT--A-GC-T-AGG---A-GAACTA-----------A-GGGC-CG---G--ACA-GGA--AGAA----------------GA--------A-AGC-GA----G-AAG-T-A-AA-GA----AACTTTG--TC--T-GCA-TGT-T-G--T-A-TA-ATTT-A---AG-------GG-A--C--A--C-G--AC------------------------------------G--T---TT------GGA-AA-A--T-C--AAAGA-G---CC--
Alignments
lowQualScore : 111 1111 11111111111 111111 1111111 111 1111111111111 11 11111111 1111 222222 11 1 11111
lowQualScore : 2 2 2 444 2 5 2 33 2 444 2 2 2 444 2 2 2 444 2 5 5 222 2 77 8 2 888888 2 66666 2 2 66 66 2 66 2 2 5 33 2 2 2 33 33 5 5 5 33 8 0000 66 2 5 2 2 2 2 2 555555 33333333333 6666 33 5 444 33 2 2 8 2 2 5 2 8 2 8 33 5 2 5 33 66 33 2 2 2 2 33 2 2 5 66 2 77 8 5 66 000000 4444444 2 2 2 5 66 8888 99 2 8888888 2 444 000 2 444 2 2 2 2 2 2 33 5555 2 8 33 3333333333333 2 222 77 00 2 99999999 2 2 5 66 2 66 2 2 2 2 77777 33 5 2 2222 2 2 2 222222 2 33 66666 2 2 444 2 5 2 22 2 2 8888 5 2 2 2 8888 66 99 2 5 2 11 2 555 2 444 2 2 2 2 33 33 33 99 2 777 2 2 2 2 2 2 66 5 33 66 444 777777 2 2 33 2 55 33 66 33 2 2 66 5 33 2 2 33 2 77777 2 1 33 555 555 2 33 2 2 2 2 555 2 2 33 2 2 33 2 33 00000 5 2 0 2 2 5 2 2 2 2 2 5 2 2 33 33
lowQualScore : . . . ... . . . .. . ... . . . ... . . . ... . . . ... . .. . . ...... . ..... . . .. .. . .. . . . .. . . . .. .. . . . .. . .... .. . . . . . . . ...... ........... .... .. . ... .. . . . . . . . . . . .. . . . .. .. .. . . . . .. . . . .. . .. . . .. ...... ....... . . . . .. .... .. . ....... . ... ... . ... . . . . . . .. .... . . .. ............. . ... .. .. . ........ . . . .. . .. . . . . ..... .. . . .... . . . ...... . .. ..... . . ... . . . .. . . .... . . . . .... .. .. . . . .. . ... . ... . . . . .. .. .. .. . ... . . . . . . .. . .. .. ... ...... . . .. . .. .. .. .. . . .. . .. . . .. . ..... . . .. ... ... . .. . . . . ... . . .. . . .. . .. ..... . . . . . . . . . . . . . . .. ..
lowQualScore : 9 9 9 111 9 7 9 99 9 777 7 7 7 777 7 7 7 777 7 3 3 777 7 33 0 7 555555 7 77777 7 7 33 33 7 33 7 7 3 77 7 7 7 77 77 7 7 7 66 6 4444 88 9 7 9 9 9 9 9 999999 55555555555 1111 99 3 777 77 7 7 0 7 7 3 7 0 7 0 77 3 7 3 77 33 77 7 7 7 7 77 7 7 3 33 7 33 0 3 33 333333 0000000 7 7 7 3 33 3333 00 7 7777777 7 777 000 7 777 7 7 7 7 7 7 77 7777 7 0 77 0000000000000 7 999 33 00 7 77777777 7 7 3 33 7 33 7 7 7 7 99999 77 3 7 0000 7 7 7 777777 7 77 55555 7 7 777 7 3 7 88 7 7 3333 3 7 7 7 3333 33 00 7 3 7 77 7 555 7 777 7 7 7 7 77 77 77 00 7 333 7 7 7 7 7 7 33 3 77 33 777 777777 7 7 77 7 11 77 33 99 9 9 88 7 99 9 9 99 9 11111 9 4 99 999 000 9 99 9 9 9 9 666 9 9 99 9 9 99 9 99 00000 7 9 7 9 9 7 9 9 9 9 9 7 9 9 99 99
consensus : TGCCA-TACAC-TG-TTCT--AAA-GT-AT-C--CGCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GAT-G-TCT----T-AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A-CA-TTT-G--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-AC-C-TTT------TT---AAA----GC--C-A---AAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-G-TT-G-TT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G-TT-ACG--CAAAC-A--T-T-GGTAG--CA------TT-------TC-AT-G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-A-A-CATC-T-T--A----T-TTCT-AT--GGTAT--A-----T-C--AAAAA-A-A-TC--TT--C-C----T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGA-T--A-AT-T-AT-A---A-G--CTAC-T-C----G-A-GGGCTT-A---G--TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-AT-C-AA----AGAG-TG-T-G-AA----AAGTTTG--TC--TGTA-AGT-T-G--TA-TA-A-CC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C--TA-C---T-G-AT-ACG-G-T-AAGG--AATGT-ATT--G--T---TT------GGG-AA-A--T-C-AAAAAG--CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-G-CATG-T-A-AA-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAA-GCC-TT-GA-T-A-TG-GA-G-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
Reference ( family-943 ) : TGCCA-TACAC-TG-TTCT--AAA-GT-AT-C--CGCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GAT-G-TCT----T-AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A-CA-TTT-G--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-AC-C-TTT------TT---AAA----GC--C-A---AAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-G-TT-G-TT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G-TT-ACG--CAAAC-A--T-T-GGTAG--CA------TT-------TC-AT-G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-A-A-CATC-T-T--A----T-TTCT-AT--GGTAT--A-----T-C--AAAAA-A-A-TC--TT--C-C----T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGA-T--A-AT-T-AT-A---A-G--CTAC-T-C----G-A-GGGCTT-A---G--TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-AT-C-AA----AGAG-TG-T-G-AA----AAGTTTG--TC--TGTA-AGT-T-G--TA-TA-A-CC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C--TA-C---T-G-AT-ACG-G-T-AAGG--AATGT-ATT--G--T---TT------GGG-AA-A--T-C-AAAAAG--CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-G-CATG-T-A-AA-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAA-GCC-TT-GA-T-A-TG-GA-G-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
gi|108427 : TGCCA-TACAC-TG-TTCT--AAA-GT-AT-C--CGCTTTGC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GAT-G-TCT----T-AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A-CA-TTT-G--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-AC-C-TTT------TT---AAA----GC--C-A---AAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-G-TT-G-TT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G-TT-ACG--CAAAC-A--T-T-GGTAG--C-------TT-------TC-AT-G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-A-A-CATT-C-T--T----T-TTCT-AT--GGTAT--A-----T-C--AAAAA-A-A-TC--TT--C-C----T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGA-T--A-AT-T-AT-A---A-G--CTAC-T-C----G-A-GGGCTT-A---G--TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-AT-C-AA----AGAG-TG-T-G-AA----AAGTTTG--TC--TGTA-AGT-T-G--TA-TA-A-CC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C--TA-C---T-G-AT-ACG-G-T-AAGG--AATGT-ATT--G--T---TT------GGG-AA-A--T-C--AAAAG--CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-G-CATG-T-A-AA-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAA-GCC-TT-GA-T-A-TG-GA-G-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
gi|108428 : TGCCA-TACAC-TG-TTC---AAA-GT-AT-C--CGCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GAT-G-TCT----T-AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-AA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A-CA-TTTTG--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-G--A-AC-C-TTT------T----AAA----GC--C-A---GAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-G-TTTG-TT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTC---C-AG--A-G-TT-ACG--CAAAC-A--T-T-TGTAG--CA------TT-------TC-AT-G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-A-A-CATC-T-T--A----T-TTCT-AT--GGTAT--A-----T-C--AAAAA-A-AATC--TT--C-CC---T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGA-T--A-AT-T-AT-A---A-G--CTAC-T-C----G-A-GGGCTT-A---GG-TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-AT-C-AA----AGAG-TG-T-G-AA----AAGTTTG--TC--TGTA-AGT-T-GT-TA-TA-A-CC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C---A-C---T-G-AT-ACG-G-T-AAGG--AATGT-ATT--G--T---TT------GGG-AA-A--T-C--AAAAG--CC--C--T-G-AG--AATAGT--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-G-CATG-T-A-AA-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAA-GCC-TT-GA-T-A-GG-GA-G-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGT
gi|108429 : TGCCA-TACAC-TG-TTCT--AAA-GT-AT-C--CGCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GATCG-T-T----T-AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TATG--A--T-A-GCA-CA-TT--G--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A------CTT------TT---AAA----GC--C-A---AAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-G-TT-G-TT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G-TT--CG--CAAAC-A--T-T-TGAAG--CA------TT--------C-AT-G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-A-AACATC-T-T--A----T-TTCT-AT--GGTAT--A-----T-C--AAAA--A-A-TC--TTC-C-C----T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGA-T--A-AT-T-AT-A---A-G--CTAC-T-C----G-A-GGGC-T-A---G--TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-AT-C-AA----AGAG-TG-T-G-AA----AAGTTTG--TC--TGTA-AGT-T-G--TA-TA-A-CC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C--TA-C---T-G-AT-ACG-G-T-AAGG--AATGT-ATT--G--T---TT------GGG-AA-A--T-C-AAAAAG--CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-G-CATGTT-A-AA-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAA-GCCTTT-GA-T-A-T--GA-G-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
gi|108430 : TGCCA-TACAC--G-TTCT--AAA-GT-ATGC--CGCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TT-G-CAT---CT-G-AT-AA--C-T--GATTG-TCT----T-AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A-CA-TTT-G--TTGGAA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-AC-T-TTT------TA---AAG----GC--C-A---AAAAA--CATT-CT-T----T-C--T-G-TT-G-TT--G-TTG-A-G--AAA--A-C--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G-TT-ACG--CAAAC-A--T-TTGGTAG--CA------TT-------TC-AT-G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-A-A-CATC-T-T--A----T-TTCT-AT--GGTATT-A-----T-T--CAAAA-A-A-TC--TT--C-CCT--T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGA-T--A-AT-TTAT-AG--A-G--CTAC-T-C----G-A-GGGCTT-A---GG-TGA-GGG--AGAA---G-T-A-A-----TGATCA-A-CCC-AT-C-AA----AGAG-TG-TTG-AA----AAGTTT---TC--TGTA-AGT-T-G--TA-TA-A-CC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C--TAAC---T-GGAT-ACG-G-T-AAGG--AATGT--TT--GT-T---TT------GGG-AA-A--T-C-AAAAAG--CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TGAA--TGCC-T-TA---T-G--CA-T---CATG-T---AG-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAA-AGC-TT-GA-T-A-TG-GA-G--C-A-G-GC--AA--ACATTTGTA
gi|108431 : TGCCAATACAC-TG-TTCCTAAAA-GT-AT-T--CCCTT-GC---ACCT-CTTATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GAT-G-TCT----TGAT-T-----GCTA-C-T--TA--TATTCA--T-TCT-T-TT-A--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A-CAATTT-G--T--GGAAT-G-ATT-GGCA-GG-ATAC-C-TTT------A----AAA----GC--C-A---AAAA---CATT-CC-TG-T-TTC-ATTG-TT-G-TT--G-TTG-AAG--AAAGAAAC--T-TCTGCTTCTCGC-AG--A-G-TTTACGG-CAAAC-AGTT-T-GGTAG--CAA-----TT-------TC-AT-G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-A-A-CATC-T-T--A----T-TTCT-AT--G-TAT--A-----T----AAAAA-A-T-TC--TT--C-CC---T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGA-T--ATAT-T-AT-ATAAG-G--TTAC-T-C----G-A-GGGCTT-A---GG-TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-AT-C-AAG---ATAG-TG-T-GGAA----AAGTTTG--TCC-TGTA-AGT-T-G--TA-TAGA-CC-A---AGTA-A-GCGG-A--G--A--C--TA-C---T-G-AT-ACG-G-T-AAGG--AATGT-ATT--G--T---TT------GGG-AA-A--T-C--AAAAG--CC--G--T-G-AA--GATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-T-AA---T-G--CA-T-GCCATG-T-A-AA-GCC--GAG-C-A--C-A--C-----TACGCAA-GCC-TTGGA-T-A-TGAGA-G--C-A-GCGC--AATTACATTTGTAA
gi|108432 : TGCTA-TACAC-TT-TCCT--AAAAGT-AT-C--CGCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-GAAT-A---CTT--GAT-GCTCT----T-AT-T-----GCTA-C-TAATA--TAT-CT--TGTCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--TCA-G-A-CC-TTTGG--TA-GGA-T-G-ATT-G-CA-AG-A-AG-C-TTT------TTA--AAA----GCCAC-A---AGAAA--CA-T-CC-TGTT-T-C-AT-GTTT-G-TTGAG-TCG-A-G--AAC--AAC--T-CTC-CGTCTC-C-AG--A-GTTT-ACG--C--AC-A--T-T-TGGGG--CA------TT-------TT--T-G-CGA--CTGAAAG--A-C-------AGAG---GTA--GT-GA---C-AC-A-A-CATC-T-T--A----T-TTCT-A----GTATCAG-----T-C--AAAAA-A-A-TCTATC--C-C----T---G-G-A-GTA-TTCG--GGGA-T--A-AT-T-AT-A---A-G--CTAC-T-C----G-ATGGGCTT-AG--G--TGA-GGG--AGAA---T-T-ATA---C-TGATCA-G-ACACAT-C-AA----AGAG-TG-T-G--A----AAGTTTGATTC--TGTA-AGT-T-G--TA-TA-A-CCTA---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C--TA-C---T-G-ATAACG-G-T--AGG--AATGT-ATT--G--TATATG------GGG-AA-AAGT-C-AAAAAG--CCG-C--C-G-AG---ATAGT--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A---GCC-TATA---T-GCACA-T-G-CATG-T-A-AA-G-C--GAG-C-A--C-A--------TAC-AAG-ACC-TT-GA-T-A-TG-GA-G-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
gi|108433 : TGCCA-TATCC-TGCTTCT--AAA-GT-AT-C---GCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA---CAT---T----AT-AA--C-T--GAT-G-TGC----T-AT-T-----GCTA-CAT--TA--TAT-CAATC-TCT-TATTCA--GAA-A-TA-G--A--T-ATG-A-CAATTT-G--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-AG-G-CT-C-TTT------TTTCTAAA----GC--C-A---AAAAA--CATT-CCCTG-T-T-CGAT-G-TT-G-TT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G--T-ACGCACAAAC-AATC-T-GGTAG--CA-------T-------TC-A--G-CTG--AT----G--A-C-------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-AGA-CA-C-T-T--A----TATTCT-A---GGTAT--A-----T-C--AAAAATA-A-TC--TTGCC-C----T---GCG-A-GTA-TT-A--GGGA-TA-A-AT-T-AT-A---ACG--CTAC-T-CGA--G-A-GGACTT-ACGCG--TGA-GGG--AGAA---TCT-A-A---C-TGATCA-A-ACA-AT-C-AA----AGAGCTG-T-G-AA----AAGTTTG--TC--TGT--AGT-T-G--TA-TA-A-CC-A---AG-A-AGGCGGTA--G--A--CA-TA-CG--T-G-AT-ACG-T-T-AAGG--AATGTGATT--GGTT---TT------GGG-AA-A--T-C-AAAAAGCTCC--C--T-G-AG--AATA-A--G-CCT-CC---A-CTA-----G-TGAA--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-C-CATG-T-A-AACG-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAG-CAA-GCC-TT-GA-A-A-TG-GA-G-ACTA-G-G----A--ACA
gi|108434 : TGCCA-T-CA--TG-TTCT--AAG----AT-C--CGCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTTGTA---CAT---CT-G-AT-A---C-T---AT-G-TCT------AT-T-----GCTA-C-TG-TA--ATT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A--A-TTG-T--T--GGA-T-G-ATT---CA-GA-A------TTT------AT---TAA----GC--C-A---AAAGA---ATT-CC-TG-T-T---AT-G-TT-G-TT--G-T-G-A-G--AAA--A-C--T-TCT-CTTC---C-AG--A-G-TT-ACG--CAAAC-A--T-T-GGTAG--CA------TT-------TC-AT---C-A--CT----GA-A-G-------GG-G---GT---GC-GAAATC-AC-A-A-CA---T-T--A----T-TTCT-AT--GGTAT--A-----T-----AAAA-A-A-TC--TT--C-C----CTG-GCG-A--TA-CTCAT-GGGATT--A-AT-T-AT-A---A-G--C-AC-T-C----GCA-GGGCTT-AG--G--TGA--GG--AGAA-----T-A-A---C--GATCA-G-AC--AT-C-AA------GG-TG-T-G-AA----AAGTTTG--TCCTTGTA-ATA-T-GT-TA-TA-C-CA-A---AG-A-A-GCGG-A--GTTA--CTTTA-C---C-G--T-ACG-G-T--AGG--AATGTAATT--G--T---TT------GGG-AA-A--C-T-CAAAAG--CC--C--TCG-AG---ATA-T--G---T-CGA--AGCTA-----G-TG-A--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-G-CATG-T-A-AA-G-C--GAGCC-AGTC-A--C-----TAC-C-A-GCC-TT-GA-T-A-TG-GA---AC-A-G-GC--AA--ACAATTGTAA
gi|108435 : TGCTA-TACAC-TG-TTCT--AA--GT-AT-CTGCGCGT-GC---ATGT-CT-ATTCGTCA---TTT-TA-G-CAT---TT-GGATGA---C-T--GAT-G-GTT----T-AT-T-----GC-------------AG-TA--T-TCTGTGTTGA--GAA-A-TA-AGAA--TGA-G-ATCAGTTT-GGGT--GGA-TTG-ATT-G-CA-GG-A-AC---TTT------TT---AAAAATGGC--C-A---AAAA---CATT-CC-TGGT-T-C-AT-GGTT-G-TT--G-TTG-G-----AT--AAC--T-TCT-TTCATC-A-AG--AAG-TT-A-G--CAAAC-A--TGT-TGTAC--GA------TTG------TCGAT-GAC-AG-CT----G--A-C-------AG-G---GG---TT-GA----------A-CATC-T-T--A----T-TTCT-AT--GGTAT--AAGTAGT-C--GAAAA-AGA-TC--TT--CAC----T----CG-A-GTA-TT------GG-T--A-AT---AT-A---A-G--ATAC-T-C----G-A-GGGCTT-AG--G--TGA-GGG--AGAA---T-TAA-A---C-TGATC--G-AC--AT-C-AA----AGAG-TG-T-G-AA----AAGTTTG--TC--TGTATAGT-TGG--TA-TA----C-AAAGAG-A-G-GCGG----G--A--C--T--C---T-G-A--ACGAG-TGAAGG--AATGT-ATT--G------TT------GGG-AA-T--G-A-AAAAAG------C--T-G-AG--AAT--T--A-GAT-CCA--A-CTA-----G-TGTA--TGCT-G-TA---T-G--TA-CAG-CATG-T-A-AA-G-C--GCG-C-A--CAA--C-----TAC-CAA-G-C-TT-GA-T-A-TG-GA-G-ACAA-G-GC--AA--ACATTTGT
gi|108436 : GCCA-TACAC-TG-TTCT--AAA-GT-AT-C--CGCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GAT-G-TC-----T-ATAT-----GCTA-C-T--TA---AT-CA--T---T-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A--A-TTT----T---GA-T-GTATT-G-CATGG-A-AC-C-TTT------TTA--AAA----GC--CAA---AAAAA--CATT-CC-TGCT-T-C-AT-GTTT-GTTT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C--G--A-G-TT-ACG--CAAACAA--T-T-GGTAG--CA------TT-------TC-AT-G-C-A--CT----G------------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-A-A--AT--T-T--A----T-TTCTAAT--GG-AT--A-----TACAAAAAAA-A-A-TC--TT--C-C----T---GCG-A-GTA-TTCA---GGA-T----AT-T-ATAA---A-G--CTAC-T-C----G-A-GGGCTTAA---G--TGA--GG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-AT-CAAA----AGAG-TG-T-G-AA----AAGTTTG--TC----TA-AGT-T-G--TA-TA-A-CC-A---AG-A-A--CGG-A--G--A--C--TA-C---T-G-AT-AC--G-T-AA-G--AATGT-ATT--G--T---TT-------GG-AA-A--T-C-AAAAAG--CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TGAA--TGCCTT-TA---T-G--CA-T-G-CATG-T-T-AA-A-C--GAG-C-A--T-AACT-----TACGCAA-GCC-TT-GATT-A-TG-GA-GAAC-ATG-GC--AA--ACATTTGT
gi|108437 : GCCA-TACAC-TG-TTTT--AA--GT-AT-C--CG-TT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCACATTTT-TAAG-CAT----T-G-AT-A---C-T--GATTG-TCT----T-TA-T-----GCTA-C-T--TAAATAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--GATT-A-G-A-CA-TTG-T--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-CC-C-TTT------TT---AAG--------C-A---AAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-G-TT-G-TT--G-TTG-ACG--AAA--AACCAT-TCT-CTTCTC---AG--A-G-TT-TAG--CACAC-T--T-T-GCTAGTGCA------TTCAATGTCTC-AT-G-C-AACCT----G--AAC-------AG-G---GT---GT-GA---CTAC-A-A--ATC-T-TTCA----T-CTTA-AT--GGTAT--AC----T-A--AAAAA-A-A-TC--TT--C-CCGCAT---GCGTA-GTAATTCA--GGGA-T--A-AT-T-AT-A-----G--CTAC-T-C----G-A-GGGCTT-ATG-G--TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-T-ATCA-G-ACA-AT-C-AA----GTAG-TG-T-G-AA------GTTTG--TC--TGTA-AGTCT-G--TA-TA-AACC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--AAAC--TA-C---T-G-AT-ACG-G-T-AAGG--AATGT-ATT--G--T---TT------GGG-AA-T--C-C-AAAG-----C--C--T-G-AGA-AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-ATCTGCCAT-TA---T-C--AA-T-G-CATG-T----A-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAG-A---TT-GA-T-A-TG-G--G-AC-A-G-GC---A--ACATTTGTAA
gi|108438 : CA-TACAC-TG-T-CT--AAA-GT--T-C--CGCCT-GCTGCACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-GTCAT---CT-G-AT-A---C-CTCGAT-G-TCT------AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA---TA-G--A--T-A-G-G-AA-TTT----T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-AC-CCTTT------TT---AAG----GC--CCA---AAAAA--CATTTCC-TG-T-T---AT-G-TT-G-TT--GATTGGA-GGAAAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G-TTTACG--CAAAC-A--T-TTGGTAG--CA------TT-------TC-ATTG-C-A--AT----G--A-CGACAACCAG-TTTCGT---GT-AA---C-AC-A-A-CGTCCT-T--A----T-TTCTGATAGGGTATT-A-----T-C--AAAAA-A---TC--TT--C-CCA--T---GCA-AAGTA-TTCA--GGGA-T--A-ATGT-AT-A---AAG--CTACCT-C----G-A-GGGCTT-A---G--TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCACG-ACG-ATCC-AA----AGAGTTG-T-G-------AAGTTGG--TCT-TGTA-AGTGT-G--TA-TA-C-AC-A---AG-A-A-GC-G-A--G--A--C--TA-C---T-G-A--ACG-G-T-AAGGA-AATGT-ATT--G--T---TT------GGG-AACA--T-C-AAAAAG--CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-TATA---TGG--CA-T-G-CATG---A-AA-G-C--GAG-CTA--C-A--C-----TAC-CAACGCC-TT-GA-T-ATTG-GA-G-GC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
gi|108439 : CA-TACACGTG-TTCC--TAA-GTGAT-C--CGCTT-GC---ACCT-CT-AT--GT-A---TTT--A-G-CATTCTCC-G-AT-AA--C-T--GAT-G-TCT----T-AT-T-----GCTA-C-T--TAT-TAT-CAT-T-TCT-T-TTCA--GAAGA-TA-G--A--C-ATGCA-CA-TTT-G--T--GGA-TGG-ATTAG-CA-GGAA-AC-T-TTT------TT---AAA----GC--A-A---AAAAACTCATT-CC-TG-T-T-CAAT-G-TT-GTTT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--TCTCT-TTTCTC-C-AGCCA-G-TT-ACG--CAAAT-G--TGT-GGTAG--CA------TTA------TT-A--G-C-A--CTC---GT-A-C-------AG-G---GTG--GT-GA---C-AC-A-A-CATC-TAT--A----T-TTCT-AT---GCAT--A-----T-C--AAAAA-A-A-TTCATTCAC-C----T---GCG-A-GTATTTCA--GGGA-TTAA-AT-T-AT-A---A-G--CAGC-TACGAGAG-A-GGGCTT-AAGTG--TGA-GGG--AGAA---T-T-C-A---CTTGATCGCA-ACA-AT-C-AA----AG-G-TGTT-G-AAC---AAGTTTG--TC--TGTA-AGT-T-GA-TACTA-A-CC-A---GA-T-A-GCGG-ACCG--A--C--TA-CACTT-G-AT-ACG-G-T-AAGGCAAATGT-ATT--G--T---TT------GGGAAA-A--T-CAAAAAAG--CC--CCAT-G-AGAAAATA-T--GCCCT-TCA--A-CTA-----GTTG-A--TGC----TAATCT-G---A-T-G--ATG-T-AGAA-G-C--GAG-C-A--C-A--CA----TAC-CAA-GCC-TT-GA-TAA-TG-GA-G-AC-A-G-GCAAAA--ACATTTG
gi|108440 : -TACAC-T--TTC---AAA-GTGAT-C--CGCTT-GC---ACCTTCT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CTCG-ATTA---C-T--GAT-G-TCTA---T-AT-T-----GCTAAC-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-T-CAAAGAA-AGTA-G--A--T-A-G-A-AA-TTT-G--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-ACAC-TTTCTTATATT---AAA----GC--C-AAATAAAAA--CAT-----CG-TCT-C-AT-G-TT-GTTT--GTTTG-A-G--AAAC-AAC--T-TCT-CTTCTC-CAAG--A-G-TT-ACG--CAAAC-A--T-T-TGTAGA-CA------TT-------TC-AT-G-C-A--CT----GATA-C-------AG-G---GTTCAATGGA---C-ACAA-A-CATA-C-T--ATTATT-TTCTAAT--GG-AT--A-----TAA--AAAAA-A-A-TC--TT--C-C----CTTAGCG-A-GTA-TTCAGCGGAA-T--A-AT-T-AT-A---A-G--CTACAT-CT---G-A-GTGCTT-A---GGTTGATGGGTAAGAGAGTT-T-A-AATTC-TGATCA-GCCCA-CT-C-AGAAACAGAG-TG-T-G-AAAAATAAGTTTGT-TC--TGTA-AGT-T-GATTA-TA-A--C-A---AG-ACA-GCGG-A--G--A--CA-TA-C---TCG-AT-ACG-GTT-AAGG--AATGT-ATTTAG--T---TTTGAGGAGGA-AA-A--TAC-AAAAAG--CTCAC--T-GAAG--AATA-TAAA-CCTAACAACA-CTAGAGTCG-TA-A--TGCC-T-TA---T-G--CATT-G-GATG-TGA-AA-G-CCAGAG-C-A----A--CAAACGTAC-CAC-GGC-CT-GACT-T-TG-GATG-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
gi|108441 : C---AGCT-CT-AAT-GTGG---TTA-AG-G-CAT---CT-G-AT-AGCTC-TTAGAT---TCTATATT-AT-TTGGATGCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TCCA--GAA-A-TA-G--A--
gi|108442 : -A---AAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-T-TC-A-TT--G-TCT-A-G--AAT--GAT--T-TAT-TTTCTC-A-AG--A-A--T-ACG--CCAAA-A--TCT-GCTTG--TGTTTTACTT-------TT-AC-G-T-A--CT----G--A-C-------AG-G---AT---GT-GA---C-AC-C-A-CCTC------------------AT--GGCGT--C-----T-C--AAAGA--------------------T---AGG-T-GCA-CTAA----AA-T--A-GC-T-AG-G---A-GAACTA-----------A-GGGC-C-G---G--ACA-GGA--AGAA----------------GA--------A-AG-C-GA----GAAG-TA-A-A-GA----AACTTTG--TC--TGCA-TGT-T-G--TA-TA-ATTT-A---AG-------GG-A--C--A--C--GA-C-----------------------------------G--T---TT------GGA-AA-A--T-C-AAAGAG--CC--
Alignments
lowQualScore : 111 1111 11111111111 111111 1111111 111 1111111111111 11 11111111 1111 222222 11 1 11111
lowQualScore : 2 2 2 444 2 5 2 33 2 444 2 2 2 444 2 2 2 444 2 5 5 222 2 77 8 2 888888 2 66666 2 2 66 66 2 66 2 2 5 33 2 2 2 33 33 5 5 5 33 8 0000 66 2 5 2 2 2 2 2 555555 33333333333 6666 33 5 444 33 2 2 8 2 2 5 2 8 2 8 33 5 2 5 33 66 33 2 2 2 2 33 2 2 5 66 2 77 8 5 66 000000 4444444 2 2 2 5 66 8888 99 2 8888888 2 444 000 2 444 2 2 2 2 2 2 33 5555 2 8 33 3333333333333 2 222 77 00 2 99999999 2 2 5 66 2 66 2 2 2 2 77777 33 5 2 2222 2 2 2 222222 2 33 66666 2 2 444 2 5 2 22 2 2 8888 5 2 2 2 8888 66 99 2 5 2 11 2 555 2 444 2 2 2 2 33 33 33 99 2 777 2 2 2 2 2 2 66 5 33 66 444 777777 2 2 33 2 55 33 66 33 2 2 66 5 33 2 2 33 2 77777 2 1 33 555 555 2 33 2 2 2 2 555 2 2 33 2 2 33 2 33 00000 5 2 0 2 2 5 2 2 2 2 2 5 2 2 33 33
lowQualScore : . . . ... . . . .. . ... . . . ... . . . ... . . . ... . .. . . ...... . ..... . . .. .. . .. . . . .. . . . .. .. . . . .. . .... .. . . . . . . . ...... ........... .... .. . ... .. . . . . . . . . . . .. . . . .. .. .. . . . . .. . . . .. . .. . . .. ...... ....... . . . . .. .... .. . ....... . ... ... . ... . . . . . . .. .... . . .. ............. . ... .. .. . ........ . . . .. . .. . . . . ..... .. . . .... . . . ...... . .. ..... . . ... . . . .. . . .... . . . . .... .. .. . . . .. . ... . ... . . . . .. .. .. .. . ... . . . . . . .. . .. .. ... ...... . . .. . .. .. .. .. . . .. . .. . . .. . ..... . . .. ... ... . .. . . . . ... . . .. . . .. . .. ..... . . . . . . . . . . . . . . .. ..
lowQualScore : 9 9 9 111 9 7 9 99 9 777 7 7 7 777 7 7 7 777 7 3 3 777 7 33 0 7 555555 7 77777 7 7 33 33 7 33 7 7 3 77 7 7 7 77 77 7 7 7 66 6 4444 88 9 7 9 9 9 9 9 999999 55555555555 1111 99 3 777 77 7 7 0 7 7 3 7 0 7 0 77 3 7 3 77 33 77 7 7 7 7 77 7 7 3 33 7 33 0 3 33 333333 0000000 7 7 7 3 33 3333 00 7 7777777 7 777 000 7 777 7 7 7 7 7 7 77 7777 7 0 77 0000000000000 7 999 33 00 7 77777777 7 7 3 33 7 33 7 7 7 7 99999 77 3 7 0000 7 7 7 777777 7 77 55555 7 7 777 7 3 7 88 7 7 3333 3 7 7 7 3333 33 00 7 3 7 77 7 555 7 777 7 7 7 7 77 77 77 00 7 333 7 7 7 7 7 7 33 3 77 33 777 777777 7 7 77 7 11 77 33 99 9 9 88 7 99 9 9 99 9 11111 9 4 99 999 000 9 99 9 9 9 9 666 9 9 99 9 9 99 9 99 00000 7 9 7 9 9 7 9 9 9 9 9 7 9 9 99 99
consensus : TGCCA-TACAC-TG-TTCT--AAA-GT-AT-C--CGCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GAT-G-TCT----T-AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A-CA-TTT-G--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-AC-C-TTT------TT---AAA----GC--C-A---AAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-G-TT-G-TT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G-TT-ACG--CAAAC-A--T-T-GGTAG--CA------TT-------TC-AT-G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-A-A-CATC-T-T--A----T-TTCT-AT--GGTAT--A-----T-C--AAAAA-A-A-TC--TT--C-C----T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGA-T--A-AT-T-AT-A---A-G--CTAC-T-C----G-A-GGGCTT-A---G--TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-AT-C-AA----AGAG-TG-T-G-AA----AAGTTTG--TC--TGTA-AGT-T-G--TA-TA-A-CC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C--TA-C---T-G-AT-ACG-G-T-AAGG--AATGT-ATT--G--T---TT------GGG-AA-A--T-C-AAAAAG--CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-G-CATG-T-A-AA-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAA-GCC-TT-GA-T-A-TG-GA-G-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
Reference ( family-943 ) : TGCCA-TACAC-TG-TTCT--AAA-GT-AT-C--CGCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GAT-G-TCT----T-AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A-CA-TTT-G--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-AC-C-TTT------TT---AAA----GC--C-A---AAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-G-TT-G-TT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G-TT-ACG--CAAAC-A--T-T-GGTAG--CA------TT-------TC-AT-G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-A-A-CATC-T-T--A----T-TTCT-AT--GGTAT--A-----T-C--AAAAA-A-A-TC--TT--C-C----T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGA-T--A-AT-T-AT-A---A-G--CTAC-T-C----G-A-GGGCTT-A---G--TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-AT-C-AA----AGAG-TG-T-G-AA----AAGTTTG--TC--TGTA-AGT-T-G--TA-TA-A-CC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C--TA-C---T-G-AT-ACG-G-T-AAGG--AATGT-ATT--G--T---TT------GGG-AA-A--T-C-AAAAAG--CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-G-CATG-T-A-AA-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAA-GCC-TT-GA-T-A-TG-GA-G-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
gi|108427 : TGCCA-TACAC-TG-TTCT--AAA-GT-AT-C--CGCTTTGC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GAT-G-TCT----T-AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A-CA-TTT-G--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-AC-C-TTT------TT---AAA----GC--C-A---AAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-G-TT-G-TT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G-TT-ACG--CAAAC-A--T-T-GGTAG--C-------TT-------TC-AT-G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-A-A-CATT-C-T--T----T-TTCT-AT--GGTAT--A-----T-C--AAAAA-A-A-TC--TT--C-C----T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGA-T--A-AT-T-AT-A---A-G--CTAC-T-C----G-A-GGGCTT-A---G--TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-AT-C-AA----AGAG-TG-T-G-AA----AAGTTTG--TC--TGTA-AGT-T-G--TA-TA-A-CC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C--TA-C---T-G-AT-ACG-G-T-AAGG--AATGT-ATT--G--T---TT------GGG-AA-A--T-C--AAAAG--CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-G-CATG-T-A-AA-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAA-GCC-TT-GA-T-A-TG-GA-G-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
gi|108428 : TGCCA-TACAC-TG-TTC---AAA-GT-AT-C--CGCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GAT-G-TCT----T-AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-AA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A-CA-TTTTG--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-G--A-AC-C-TTT------T----AAA----GC--C-A---GAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-G-TTTG-TT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTC---C-AG--A-G-TT-ACG--CAAAC-A--T-T-TGTAG--CA------TT-------TC-AT-G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-A-A-CATC-T-T--A----T-TTCT-AT--GGTAT--A-----T-C--AAAAA-A-AATC--TT--C-CC---T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGA-T--A-AT-T-AT-A---A-G--CTAC-T-C----G-A-GGGCTT-A---GG-TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-AT-C-AA----AGAG-TG-T-G-AA----AAGTTTG--TC--TGTA-AGT-T-GT-TA-TA-A-CC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C---A-C---T-G-AT-ACG-G-T-AAGG--AATGT-ATT--G--T---TT------GGG-AA-A--T-C--AAAAG--CC--C--T-G-AG--AATAGT--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-G-CATG-T-A-AA-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAA-GCC-TT-GA-T-A-GG-GA-G-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGT
gi|108429 : TGCCA-TACAC-TG-TTCT--AAA-GT-AT-C--CGCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GATCG-T-T----T-AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TATG--A--T-A-GCA-CA-TT--G--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A------CTT------TT---AAA----GC--C-A---AAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-G-TT-G-TT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G-TT--CG--CAAAC-A--T-T-TGAAG--CA------TT--------C-AT-G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-A-AACATC-T-T--A----T-TTCT-AT--GGTAT--A-----T-C--AAAA--A-A-TC--TTC-C-C----T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGA-T--A-AT-T-AT-A---A-G--CTAC-T-C----G-A-GGGC-T-A---G--TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-AT-C-AA----AGAG-TG-T-G-AA----AAGTTTG--TC--TGTA-AGT-T-G--TA-TA-A-CC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C--TA-C---T-G-AT-ACG-G-T-AAGG--AATGT-ATT--G--T---TT------GGG-AA-A--T-C-AAAAAG--CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-G-CATGTT-A-AA-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAA-GCCTTT-GA-T-A-T--GA-G-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
gi|108430 : TGCCA-TACAC--G-TTCT--AAA-GT-ATGC--CGCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TT-G-CAT---CT-G-AT-AA--C-T--GATTG-TCT----T-AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A-CA-TTT-G--TTGGAA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-AC-T-TTT------TA---AAG----GC--C-A---AAAAA--CATT-CT-T----T-C--T-G-TT-G-TT--G-TTG-A-G--AAA--A-C--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G-TT-ACG--CAAAC-A--T-TTGGTAG--CA------TT-------TC-AT-G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-A-A-CATC-T-T--A----T-TTCT-AT--GGTATT-A-----T-T--CAAAA-A-A-TC--TT--C-CCT--T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGA-T--A-AT-TTAT-AG--A-G--CTAC-T-C----G-A-GGGCTT-A---GG-TGA-GGG--AGAA---G-T-A-A-----TGATCA-A-CCC-AT-C-AA----AGAG-TG-TTG-AA----AAGTTT---TC--TGTA-AGT-T-G--TA-TA-A-CC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C--TAAC---T-GGAT-ACG-G-T-AAGG--AATGT--TT--GT-T---TT------GGG-AA-A--T-C-AAAAAG--CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TGAA--TGCC-T-TA---T-G--CA-T---CATG-T---AG-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAA-AGC-TT-GA-T-A-TG-GA-G--C-A-G-GC--AA--ACATTTGTA
gi|108431 : TGCCAATACAC-TG-TTCCTAAAA-GT-AT-T--CCCTT-GC---ACCT-CTTATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GAT-G-TCT----TGAT-T-----GCTA-C-T--TA--TATTCA--T-TCT-T-TT-A--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A-CAATTT-G--T--GGAAT-G-ATT-GGCA-GG-ATAC-C-TTT------A----AAA----GC--C-A---AAAA---CATT-CC-TG-T-TTC-ATTG-TT-G-TT--G-TTG-AAG--AAAGAAAC--T-TCTGCTTCTCGC-AG--A-G-TTTACGG-CAAAC-AGTT-T-GGTAG--CAA-----TT-------TC-AT-G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-A-A-CATC-T-T--A----T-TTCT-AT--G-TAT--A-----T----AAAAA-A-T-TC--TT--C-CC---T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGA-T--ATAT-T-AT-ATAAG-G--TTAC-T-C----G-A-GGGCTT-A---GG-TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-AT-C-AAG---ATAG-TG-T-GGAA----AAGTTTG--TCC-TGTA-AGT-T-G--TA-TAGA-CC-A---AGTA-A-GCGG-A--G--A--C--TA-C---T-G-AT-ACG-G-T-AAGG--AATGT-ATT--G--T---TT------GGG-AA-A--T-C--AAAAG--CC--G--T-G-AA--GATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-T-AA---T-G--CA-T-GCCATG-T-A-AA-GCC--GAG-C-A--C-A--C-----TACGCAA-GCC-TTGGA-T-A-TGAGA-G--C-A-GCGC--AATTACATTTGTAA
gi|108432 : TGCTA-TACAC-TT-TCCT--AAAAGT-AT-C--CGCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-GAAT-A---CTT--GAT-GCTCT----T-AT-T-----GCTA-C-TAATA--TAT-CT--TGTCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--TCA-G-A-CC-TTTGG--TA-GGA-T-G-ATT-G-CA-AG-A-AG-C-TTT------TTA--AAA----GCCAC-A---AGAAA--CA-T-CC-TGTT-T-C-AT-GTTT-G-TTGAG-TCG-A-G--AAC--AAC--T-CTC-CGTCTC-C-AG--A-GTTT-ACG--C--AC-A--T-T-TGGGG--CA------TT-------TT--T-G-CGA--CTGAAAG--A-C-------AGAG---GTA--GT-GA---C-AC-A-A-CATC-T-T--A----T-TTCT-A----GTATCAG-----T-C--AAAAA-A-A-TCTATC--C-C----T---G-G-A-GTA-TTCG--GGGA-T--A-AT-T-AT-A---A-G--CTAC-T-C----G-ATGGGCTT-AG--G--TGA-GGG--AGAA---T-T-ATA---C-TGATCA-G-ACACAT-C-AA----AGAG-TG-T-G--A----AAGTTTGATTC--TGTA-AGT-T-G--TA-TA-A-CCTA---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C--TA-C---T-G-ATAACG-G-T--AGG--AATGT-ATT--G--TATATG------GGG-AA-AAGT-C-AAAAAG--CCG-C--C-G-AG---ATAGT--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A---GCC-TATA---T-GCACA-T-G-CATG-T-A-AA-G-C--GAG-C-A--C-A--------TAC-AAG-ACC-TT-GA-T-A-TG-GA-G-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
gi|108433 : TGCCA-TATCC-TGCTTCT--AAA-GT-AT-C---GCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA---CAT---T----AT-AA--C-T--GAT-G-TGC----T-AT-T-----GCTA-CAT--TA--TAT-CAATC-TCT-TATTCA--GAA-A-TA-G--A--T-ATG-A-CAATTT-G--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-AG-G-CT-C-TTT------TTTCTAAA----GC--C-A---AAAAA--CATT-CCCTG-T-T-CGAT-G-TT-G-TT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G--T-ACGCACAAAC-AATC-T-GGTAG--CA-------T-------TC-A--G-CTG--AT----G--A-C-------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-AGA-CA-C-T-T--A----TATTCT-A---GGTAT--A-----T-C--AAAAATA-A-TC--TTGCC-C----T---GCG-A-GTA-TT-A--GGGA-TA-A-AT-T-AT-A---ACG--CTAC-T-CGA--G-A-GGACTT-ACGCG--TGA-GGG--AGAA---TCT-A-A---C-TGATCA-A-ACA-AT-C-AA----AGAGCTG-T-G-AA----AAGTTTG--TC--TGT--AGT-T-G--TA-TA-A-CC-A---AG-A-AGGCGGTA--G--A--CA-TA-CG--T-G-AT-ACG-T-T-AAGG--AATGTGATT--GGTT---TT------GGG-AA-A--T-C-AAAAAGCTCC--C--T-G-AG--AATA-A--G-CCT-CC---A-CTA-----G-TGAA--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-C-CATG-T-A-AACG-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAG-CAA-GCC-TT-GA-A-A-TG-GA-G-ACTA-G-G----A--ACA
gi|108434 : TGCCA-T-CA--TG-TTCT--AAG----AT-C--CGCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTTGTA---CAT---CT-G-AT-A---C-T---AT-G-TCT------AT-T-----GCTA-C-TG-TA--ATT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A--A-TTG-T--T--GGA-T-G-ATT---CA-GA-A------TTT------AT---TAA----GC--C-A---AAAGA---ATT-CC-TG-T-T---AT-G-TT-G-TT--G-T-G-A-G--AAA--A-C--T-TCT-CTTC---C-AG--A-G-TT-ACG--CAAAC-A--T-T-GGTAG--CA------TT-------TC-AT---C-A--CT----GA-A-G-------GG-G---GT---GC-GAAATC-AC-A-A-CA---T-T--A----T-TTCT-AT--GGTAT--A-----T-----AAAA-A-A-TC--TT--C-C----CTG-GCG-A--TA-CTCAT-GGGATT--A-AT-T-AT-A---A-G--C-AC-T-C----GCA-GGGCTT-AG--G--TGA--GG--AGAA-----T-A-A---C--GATCA-G-AC--AT-C-AA------GG-TG-T-G-AA----AAGTTTG--TCCTTGTA-ATA-T-GT-TA-TA-C-CA-A---AG-A-A-GCGG-A--GTTA--CTTTA-C---C-G--T-ACG-G-T--AGG--AATGTAATT--G--T---TT------GGG-AA-A--C-T-CAAAAG--CC--C--TCG-AG---ATA-T--G---T-CGA--AGCTA-----G-TG-A--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-G-CATG-T-A-AA-G-C--GAGCC-AGTC-A--C-----TAC-C-A-GCC-TT-GA-T-A-TG-GA---AC-A-G-GC--AA--ACAATTGTAA
gi|108435 : TGCTA-TACAC-TG-TTCT--AA--GT-AT-CTGCGCGT-GC---ATGT-CT-ATTCGTCA---TTT-TA-G-CAT---TT-GGATGA---C-T--GAT-G-GTT----T-AT-T-----GC-------------AG-TA--T-TCTGTGTTGA--GAA-A-TA-AGAA--TGA-G-ATCAGTTT-GGGT--GGA-TTG-ATT-G-CA-GG-A-AC---TTT------TT---AAAAATGGC--C-A---AAAA---CATT-CC-TGGT-T-C-AT-GGTT-G-TT--G-TTG-G-----AT--AAC--T-TCT-TTCATC-A-AG--AAG-TT-A-G--CAAAC-A--TGT-TGTAC--GA------TTG------TCGAT-GAC-AG-CT----G--A-C-------AG-G---GG---TT-GA----------A-CATC-T-T--A----T-TTCT-AT--GGTAT--AAGTAGT-C--GAAAA-AGA-TC--TT--CAC----T----CG-A-GTA-TT------GG-T--A-AT---AT-A---A-G--ATAC-T-C----G-A-GGGCTT-AG--G--TGA-GGG--AGAA---T-TAA-A---C-TGATC--G-AC--AT-C-AA----AGAG-TG-T-G-AA----AAGTTTG--TC--TGTATAGT-TGG--TA-TA----C-AAAGAG-A-G-GCGG----G--A--C--T--C---T-G-A--ACGAG-TGAAGG--AATGT-ATT--G------TT------GGG-AA-T--G-A-AAAAAG------C--T-G-AG--AAT--T--A-GAT-CCA--A-CTA-----G-TGTA--TGCT-G-TA---T-G--TA-CAG-CATG-T-A-AA-G-C--GCG-C-A--CAA--C-----TAC-CAA-G-C-TT-GA-T-A-TG-GA-G-ACAA-G-GC--AA--ACATTTGT
gi|108436 : GCCA-TACAC-TG-TTCT--AAA-GT-AT-C--CGCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GAT-G-TC-----T-ATAT-----GCTA-C-T--TA---AT-CA--T---T-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A--A-TTT----T---GA-T-GTATT-G-CATGG-A-AC-C-TTT------TTA--AAA----GC--CAA---AAAAA--CATT-CC-TGCT-T-C-AT-GTTT-GTTT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C--G--A-G-TT-ACG--CAAACAA--T-T-GGTAG--CA------TT-------TC-AT-G-C-A--CT----G------------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-A-A--AT--T-T--A----T-TTCTAAT--GG-AT--A-----TACAAAAAAA-A-A-TC--TT--C-C----T---GCG-A-GTA-TTCA---GGA-T----AT-T-ATAA---A-G--CTAC-T-C----G-A-GGGCTTAA---G--TGA--GG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-AT-CAAA----AGAG-TG-T-G-AA----AAGTTTG--TC----TA-AGT-T-G--TA-TA-A-CC-A---AG-A-A--CGG-A--G--A--C--TA-C---T-G-AT-AC--G-T-AA-G--AATGT-ATT--G--T---TT-------GG-AA-A--T-C-AAAAAG--CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TGAA--TGCCTT-TA---T-G--CA-T-G-CATG-T-T-AA-A-C--GAG-C-A--T-AACT-----TACGCAA-GCC-TT-GATT-A-TG-GA-GAAC-ATG-GC--AA--ACATTTGT
gi|108437 : GCCA-TACAC-TG-TTTT--AA--GT-AT-C--CG-TT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCACATTTT-TAAG-CAT----T-G-AT-A---C-T--GATTG-TCT----T-TA-T-----GCTA-C-T--TAAATAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--GATT-A-G-A-CA-TTG-T--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-CC-C-TTT------TT---AAG--------C-A---AAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-G-TT-G-TT--G-TTG-ACG--AAA--AACCAT-TCT-CTTCTC---AG--A-G-TT-TAG--CACAC-T--T-T-GCTAGTGCA------TTCAATGTCTC-AT-G-C-AACCT----G--AAC-------AG-G---GT---GT-GA---CTAC-A-A--ATC-T-TTCA----T-CTTA-AT--GGTAT--AC----T-A--AAAAA-A-A-TC--TT--C-CCGCAT---GCGTA-GTAATTCA--GGGA-T--A-AT-T-AT-A-----G--CTAC-T-C----G-A-GGGCTT-ATG-G--TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-T-ATCA-G-ACA-AT-C-AA----GTAG-TG-T-G-AA------GTTTG--TC--TGTA-AGTCT-G--TA-TA-AACC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--AAAC--TA-C---T-G-AT-ACG-G-T-AAGG--AATGT-ATT--G--T---TT------GGG-AA-T--C-C-AAAG-----C--C--T-G-AGA-AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-ATCTGCCAT-TA---T-C--AA-T-G-CATG-T----A-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAG-A---TT-GA-T-A-TG-G--G-AC-A-G-GC---A--ACATTTGTAA
gi|108438 : CA-TACAC-TG-T-CT--AAA-GT--T-C--CGCCT-GCTGCACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-GTCAT---CT-G-AT-A---C-CTCGAT-G-TCT------AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA---TA-G--A--T-A-G-G-AA-TTT----T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-AC-CCTTT------TT---AAG----GC--CCA---AAAAA--CATTTCC-TG-T-T---AT-G-TT-G-TT--GATTGGA-GGAAAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G-TTTACG--CAAAC-A--T-TTGGTAG--CA------TT-------TC-ATTG-C-A--AT----G--A-CGACAACCAG-TTTCGT---GT-AA---C-AC-A-A-CGTCCT-T--A----T-TTCTGATAGGGTATT-A-----T-C--AAAAA-A---TC--TT--C-CCA--T---GCA-AAGTA-TTCA--GGGA-T--A-ATGT-AT-A---AAG--CTACCT-C----G-A-GGGCTT-A---G--TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCACG-ACG-ATCC-AA----AGAGTTG-T-G-------AAGTTGG--TCT-TGTA-AGTGT-G--TA-TA-C-AC-A---AG-A-A-GC-G-A--G--A--C--TA-C---T-G-A--ACG-G-T-AAGGA-AATGT-ATT--G--T---TT------GGG-AACA--T-C-AAAAAG--CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-TATA---TGG--CA-T-G-CATG---A-AA-G-C--GAG-CTA--C-A--C-----TAC-CAACGCC-TT-GA-T-ATTG-GA-G-GC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
gi|108439 : CA-TACACGTG-TTCC--TAA-GTGAT-C--CGCTT-GC---ACCT-CT-AT--GT-A---TTT--A-G-CATTCTCC-G-AT-AA--C-T--GAT-G-TCT----T-AT-T-----GCTA-C-T--TAT-TAT-CAT-T-TCT-T-TTCA--GAAGA-TA-G--A--C-ATGCA-CA-TTT-G--T--GGA-TGG-ATTAG-CA-GGAA-AC-T-TTT------TT---AAA----GC--A-A---AAAAACTCATT-CC-TG-T-T-CAAT-G-TT-GTTT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--TCTCT-TTTCTC-C-AGCCA-G-TT-ACG--CAAAT-G--TGT-GGTAG--CA------TTA------TT-A--G-C-A--CTC---GT-A-C-------AG-G---GTG--GT-GA---C-AC-A-A-CATC-TAT--A----T-TTCT-AT---GCAT--A-----T-C--AAAAA-A-A-TTCATTCAC-C----T---GCG-A-GTATTTCA--GGGA-TTAA-AT-T-AT-A---A-G--CAGC-TACGAGAG-A-GGGCTT-AAGTG--TGA-GGG--AGAA---T-T-C-A---CTTGATCGCA-ACA-AT-C-AA----AG-G-TGTT-G-AAC---AAGTTTG--TC--TGTA-AGT-T-GA-TACTA-A-CC-A---GA-T-A-GCGG-ACCG--A--C--TA-CACTT-G-AT-ACG-G-T-AAGGCAAATGT-ATT--G--T---TT------GGGAAA-A--T-CAAAAAAG--CC--CCAT-G-AGAAAATA-T--GCCCT-TCA--A-CTA-----GTTG-A--TGC----TAATCT-G---A-T-G--ATG-T-AGAA-G-C--GAG-C-A--C-A--CA----TAC-CAA-GCC-TT-GA-TAA-TG-GA-G-AC-A-G-GCAAAA--ACATTTG
gi|108440 : -TACAC-T--TTC---AAA-GTGAT-C--CGCTT-GC---ACCTTCT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CTCG-ATTA---C-T--GAT-G-TCTA---T-AT-T-----GCTAAC-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-T-CAAAGAA-AGTA-G--A--T-A-G-A-AA-TTT-G--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-ACAC-TTTCTTATATT---AAA----GC--C-AAATAAAAA--CAT-----CG-TCT-C-AT-G-TT-GTTT--GTTTG-A-G--AAAC-AAC--T-TCT-CTTCTC-CAAG--A-G-TT-ACG--CAAAC-A--T-T-TGTAGA-CA------TT-------TC-AT-G-C-A--CT----GATA-C-------AG-G---GTTCAATGGA---C-ACAA-A-CATA-C-T--ATTATT-TTCTAAT--GG-AT--A-----TAA--AAAAA-A-A-TC--TT--C-C----CTTAGCG-A-GTA-TTCAGCGGAA-T--A-AT-T-AT-A---A-G--CTACAT-CT---G-A-GTGCTT-A---GGTTGATGGGTAAGAGAGTT-T-A-AATTC-TGATCA-GCCCA-CT-C-AGAAACAGAG-TG-T-G-AAAAATAAGTTTGT-TC--TGTA-AGT-T-GATTA-TA-A--C-A---AG-ACA-GCGG-A--G--A--CA-TA-C---TCG-AT-ACG-GTT-AAGG--AATGT-ATTTAG--T---TTTGAGGAGGA-AA-A--TAC-AAAAAG--CTCAC--T-GAAG--AATA-TAAA-CCTAACAACA-CTAGAGTCG-TA-A--TGCC-T-TA---T-G--CATT-G-GATG-TGA-AA-G-CCAGAG-C-A----A--CAAACGTAC-CAC-GGC-CT-GACT-T-TG-GATG-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
gi|108441 : C---AGCT-CT-AAT-GTGG---TTA-AG-G-CAT---CT-G-AT-AGCTC-TTAGAT---TCTATATT-AT-TTGGATGCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TCCA--GAA-A-TA-G--A--
gi|108442 : -A---AAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-T-TC-A-TT--G-TCT-A-G--AAT--GAT--T-TAT-TTTCTC-A-AG--A-A--T-ACG--CCAAA-A--TCT-GCTTG--TGTTTTACTT-------TT-AC-G-T-A--CT----G--A-C-------AG-G---AT---GT-GA---C-AC-C-A-CCTC------------------AT--GGCGT--C-----T-C--AAAGA--------------------T---AGG-T-GCA-CTAA----AA-T--A-GC-T-AG-G---A-GAACTA-----------A-GGGC-C-G---G--ACA-GGA--AGAA----------------GA--------A-AG-C-GA----GAAG-TA-A-A-GA----AACTTTG--TC--TGCA-TGT-T-G--TA-TA-ATTT-A---AG-------GG-A--C--A--C--GA-C-----------------------------------G--T---TT------GGA-AA-A--T-C-AAAGAG--CC--
blockSeqs : A G C CTA A G G TG . TGC T T C CAT G A T TCT C A G GCT T TC C C ATATT A TGGAT A A AA AA T AT G G A AA G G T GA AT C T C TC A GGG TG A T T A G T A TACC CTTATATT AATG CA A AAT CT T C T C T G T T T T GA A G A GA GA CA C G G A CC A T T CA A GT G T TG TTTTAC CAATGTC G T A G AC GAAA AT A GACAACC A TTC TCA G AAT T A G A C A TC TTAT A A AG AAGTAGTC T AA TA GC A CGCAT T A A GC T TA T G T A TAAG AA C A GAGA C T A CGCG T TA AGTT A T ATT T C C AC C A AAAC C T T G AAAT AT CT T C G AT C GA T AAG T C G T CC TT AA TT A ACT C G A A T G CA G TA GT ATA TGAGGA A C AG A AA CT CA CA C A AA G AA C A AC G GAGTC T A TC TA ATC G CA T A C T AG C C CA C T GT A AC AAACG G C T G T A T A T A T T C AA TT
blockSeqs : . . . T . G . . . . . . . . . . . . . G T A . TA T . TG . . . . G T . T . . G . . . . . . G T C C A TG A . G . . . . . ACCC TTTCT . . C . . . . G . . A . G . T . T . C . C . . . . . . . . T G . AT G T A A G . . . T G C A . . . . A . . . . . . . . . . . G . ATACAA . GA CA CA . CTTA . . T T . A . . . . GA . A . GA . . . AGTG . . TC . . . . C . A . . G T . . . C T C . G . T . AA . . . . . . . . . A . G . . . . . . A A . T . . . . . . A . G . . . A G . . . . . . . A . TT . . . . . . . GA . . . . . . . . A G . . . C . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C G GG . . . . . . . . ACAC TTA . . . . . . . C . . . . T . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . A . . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . A . CAGTC . A . C . CTT . . . . . . . . . . AC . . . T . . . TGG . . T . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . T . AT . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . T . AT . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . G . . . . . . . . ACC TTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TATT . A . . . CTG . . . . . . . . . . AA . . . . . . . GGT . . T . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . TA . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . G . . . . . . . . ACT TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACTA . T . . . CAT . . . . . . . . . . A . . . . . . . GG . . G . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . G . . . . . . . . AGC TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TATC . A . . . CT . . . . . . . . . . A . . . . . . . GG . . T . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . G . . . . . . . . CTC AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATAA . A . . . CT . . . . . . . . . . A . . . . . . . GG . . T . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . T . . . . . . . . ACC TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATC . A . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . . . GG . . T . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . T . . . . . . . . CCC TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATC . A . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . . . GG . . T . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . G . . . . . . . . ACT TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATC . A . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . . . GG . . T . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . G . . . . . . . . AC TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATC . A . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . . . G . . T . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CTC . A . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . . . G . . T . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : GG**** A*
originalCons : TGCCA-TACAC-TG-TTCT--AAA-GT-AT-C--CGCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GAT-G-TCT----T-AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A-CA-TTT-G--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-AC-C-TTT------TT---AAA----GC--C-A---AAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-G-TT-G-TT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G-TT-ACG--CAAAC-A--T-T-GGTAG--CA------TT-------TC-AT-G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-A-A-CATC-T-T--A----T-TTCT-AT--GGTAT--A-----T-C--AAAAA-A-A-TC--TT--C-C----T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGA-T--A-AT-T-AT-A---A-G--CTAC-T-C----G-A-GGGCTT-A---G--TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-AT-C-AA----AGAG-TG-T-G-AA----AAGTTTG--TC--TGTA-AGT-T-G--TA-TA-A-CC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C--TA-C---T-G-AT-ACG-G-T-AAGG--AATGT-ATT--G--T---TT------GGG-AA-A--T-C-AAAAAG--CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-G-CATG-T-A-AA-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAA-GCC-TT-GA-T-A-TG-GA-G-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
finalCons : TGCCA-TACAC-TG-TTCT--AAA-GT-AT-C--CGCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GAT-G-TCT----T-AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A-CA-TTT-G--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-AC-C-TTT------TT---AAA----GC--C-A---AAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-G-TT-G-TT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G-TT-ACG--CAAAC-A--T-T-GGTAG--CA------TT-------TC-AT-G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-A-A-CATC-T-T--A----T-TTCT-AT--GGTAT--A-----T-C--AAAAA-A-A-TC--TT--C-C----T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGA-T--A-AT-T-AT-A---A-G--CTAC-T-C----G-A-GGGCTT-AGG----TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-AT-C-AA----AGAG-TG-T-G-AA----AAGTTTG--TC--TGTA-AGT-T-G--TA-TA-A-CC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C--TA-C---T-G-AT-ACG-G-T-AAGG--AATGT-ATT--G--T---TT------GGG-AA-A--T-CA-AAAAG--CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-G-CATG-T-A-AA-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAA-GCC-TT-GA-T-A-TG-GA-G-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
Alignments
lowQualScore : 111 1111 11111111111 111111 1111111 111 1111111111111 22222222 1111 11 1 11111
lowQualScore : 2 2 2 444 2 5 2 33 2 444 2 2 2 444 2 2 2 444 2 5 5 222 2 77 8 2 888888 2 66666 2 2 66 66 2 66 2 2 5 33 2 2 2 33 33 5 5 5 33 8 0000 66 2 5 2 2 2 2 2 555555 33333333333 6666 33 5 444 33 2 2 8 2 2 5 2 8 2 8 33 5 2 5 33 66 33 2 2 2 2 33 2 2 5 66 2 77 8 5 66 000000 4444444 2 2 2 5 66 8888 99 2 8888888 2 444 000 2 444 2 2 2 2 2 2 33 5555 2 8 33 3333333333333 2 666 77 77 2 22222222 2 2 5 66 2 66 2 2 2 2 77777 33 5 2 2222 2 2 8888 2 2 33 66666 2 2 444 2 5 2 22 5 8888 2 2 2 2 2 8888 66 66 2 2 5 2 11 2 555 2 444 2 2 2 2 33 33 33 99 2 777 2 2 2 2 2 2 33 2 5 33 66 444 777777 2 2 33 2 55 33 66 33 2 2 66 5 33 2 2 33 2 77777 2 1 33 555 555 2 33 2 2 2 2 555 2 2 33 2 2 33 2 33 00000 5 2 0 2 2 5 2 2 2 2 2 5 2 2 33 33
lowQualScore : . . . ... . . . .. . ... . . . ... . . . ... . . . ... . .. . . ...... . ..... . . .. .. . .. . . . .. . . . .. .. . . . .. . .... .. . . . . . . . ...... ........... .... .. . ... .. . . . . . . . . . . .. . . . .. .. .. . . . . .. . . . .. . .. . . .. ...... ....... . . . . .. .... .. . ....... . ... ... . ... . . . . . . .. .... . . .. ............. . ... .. .. . ........ . . . .. . .. . . . . ..... .. . . .... . . .... . . .. ..... . . ... . . . .. . .... . . . . . .... .. .. . . . . .. . ... . ... . . . . .. .. .. .. . ... . . . . . . .. . . .. .. ... ...... . . .. . .. .. .. .. . . .. . .. . . .. . ..... . . .. ... ... . .. . . . . ... . . .. . . .. . .. ..... . . . . . . . . . . . . . . .. ..
lowQualScore : 9 9 9 111 9 7 9 99 9 777 7 7 7 777 7 7 7 777 7 3 3 777 7 33 0 7 555555 7 77777 7 7 33 33 7 33 7 7 3 77 7 7 7 77 77 7 7 7 66 6 4444 88 9 7 9 9 9 9 9 999999 55555555555 1111 99 3 777 77 7 7 0 7 7 3 7 0 7 0 77 3 7 3 77 33 77 7 7 7 7 77 7 7 3 33 7 33 0 3 33 333333 0000000 7 7 7 3 33 3333 00 7 7777777 7 777 000 7 777 7 7 7 7 7 7 77 7777 7 0 77 0000000000000 7 222 33 33 7 33333333 7 7 3 33 7 33 7 7 7 7 99999 77 3 7 0000 7 7 2222 7 7 77 55555 7 7 777 7 3 7 88 3 3333 7 7 7 7 7 3333 33 33 7 7 3 7 77 7 555 7 777 7 7 7 7 77 77 77 00 7 333 7 7 7 7 7 7 77 7 3 77 33 777 777777 7 7 77 7 11 77 33 99 9 9 88 7 99 9 9 99 9 11111 9 4 99 999 000 9 99 9 9 9 9 666 9 9 99 9 9 99 9 99 00000 7 9 7 9 9 7 9 9 9 9 9 7 9 9 99 99
consensus : TGCCA-TACAC-TG-TTCT--AAA-GT-AT-C--CGCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GAT-G-TCT----T-AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A-CA-TTT-G--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-AC-C-TTT------TT---AAA----GC--C-A---AAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-G-TT-G-TT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G-TT-ACG--CAAAC-A--T-T-GGTAG--CA------TT-------TC-AT-G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-A-A-CATC-T-T--A----T-TTCT-AT--GGTAT--A-----T-C--AAAAA-A-A-TC--TT--C-CC---T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGA-T--A-AT-T-AT-A---A-G--CTAC-T-C----G-A-GGGCTTA-G--G-TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-ATC-AA----AGAG-T-G-T-G-AA----AAGTTTG--TC--T-GTA-AGT-T-G--TA-TA-A-CC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C--TA-C---T-G-AT-ACG-G-T-AAGG--AA-TGT-ATT--G--T---TT------GGG-AA-A--T-C-AAAAAG--CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-G-CATG-T-A-AA-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAA-GCC-TT-GA-T-A-TG-GA-G-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
Reference ( family-943 ) : TGCCA-TACAC-TG-TTCT--AAA-GT-AT-C--CGCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GAT-G-TCT----T-AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A-CA-TTT-G--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-AC-C-TTT------TT---AAA----GC--C-A---AAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-G-TT-G-TT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G-TT-ACG--CAAAC-A--T-T-GGTAG--CA------TT-------TC-AT-G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-A-A-CATC-T-T--A----T-TTCT-AT--GGTAT--A-----T-C--AAAAA-A-A-TC--TT--C-C----T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGA-T--A-AT-T-AT-A---A-G--CTAC-T-C----G-A-GGGCTTA-G--G-TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-ATC-AA----AGAG-T-G-T-G-AA----AAGTTTG--TC--T-GTA-AGT-T-G--TA-TA-A-CC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C--TA-C---T-G-AT-ACG-G-T-AAGG--AA-TGT-ATT--G--T---TT------GGG-AA-A--T-C-AAAAAG--CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-G-CATG-T-A-AA-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAA-GCC-TT-GA-T-A-TG-GA-G-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
gi|108427 : TGCCA-TACAC-TG-TTCT--AAA-GT-AT-C--CGCTTTGC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GAT-G-TCT----T-AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A-CA-TTT-G--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-AC-C-TTT------TT---AAA----GC--C-A---AAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-G-TT-G-TT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G-TT-ACG--CAAAC-A--T-T-GGTAG--C-------TT-------TC-AT-G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-A-A-CATT-C-T--T----T-TTCT-AT--GGTAT--A-----T-C--AAAAA-A-A-TC--TT--C-C----T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGA-T--A-AT-T-AT-A---A-G--CTAC-T-C----G-A-GGGCTTA----G-TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-ATC-AA----AGAG-T-G-T-G-AA----AAGTTTG--TC--T-GTA-AGT-T-G--TA-TA-A-CC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C--TA-C---T-G-AT-ACG-G-T-AAGG--AA-TGT-ATT--G--T---TT------GGG-AA-A--T-C--AAAAG--CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-G-CATG-T-A-AA-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAA-GCC-TT-GA-T-A-TG-GA-G-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
gi|108428 : TGCCA-TACAC-TG-TTC---AAA-GT-AT-C--CGCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GAT-G-TCT----T-AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-AA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A-CA-TTTTG--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-G--A-AC-C-TTT------T----AAA----GC--C-A---GAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-G-TTTG-TT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTC---C-AG--A-G-TT-ACG--CAAAC-A--T-T-TGTAG--CA------TT-------TC-AT-G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-A-A-CATC-T-T--A----T-TTCT-AT--GGTAT--A-----T-C--AAAAA-A-AATC--TT--C-CC---T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGA-T--A-AT-T-AT-A---A-G--CTAC-T-C----G-A-GGGCTTA-G--G-TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-ATC-AA----AGAG-T-G-T-G-AA----AAGTTTG--TC--T-GTA-AGT-T-GT-TA-TA-A-CC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C---A-C---T-G-AT-ACG-G-T-AAGG--AA-TGT-ATT--G--T---TT------GGG-AA-A--T-C--AAAAG--CC--C--T-G-AG--AATAGT--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-G-CATG-T-A-AA-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAA-GCC-TT-GA-T-A-GG-GA-G-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGT
gi|108429 : TGCCA-TACAC-TG-TTCT--AAA-GT-AT-C--CGCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GATCG-T-T----T-AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TATG--A--T-A-GCA-CA-TT--G--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A------CTT------TT---AAA----GC--C-A---AAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-G-TT-G-TT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G-TT--CG--CAAAC-A--T-T-TGAAG--CA------TT--------C-AT-G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-A-AACATC-T-T--A----T-TTCT-AT--GGTAT--A-----T-C--AAAAA-A---TC--TT--C-CC---T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGA-T--A-AT-T-AT-A---A-G--CTAC-T-C----G-A-GGGCT---A--G-TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-ATC-AA----AGAG-T-G-T-G-AA----AAGTTTG--TC--T-GTA-AGT-T-G--TA-TA-A-CC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C--TA-C---T-G-AT-ACG-G-T-AAGG--AA-TGT-ATT--G--T---TT------GGG-AA-A--T-C-AAAAAG--CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-G-CATGTT-A-AA-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAA-GCCTTT-GA-T-A-T--GA-G-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
gi|108430 : TGCCA-TACAC--G-TTCT--AAA-GT-ATGC--CGCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TT-G-CAT---CT-G-AT-AA--C-T--GATTG-TCT----T-AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A-CA-TTT-G--TTGGAA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-AC-T-TTT------TA---AAG----GC--C-A---AAAAA--CATT-CT-T----T-C--T-G-TT-G-TT--G-TTG-A-G--AAA--A-C--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G-TT-ACG--CAAAC-A--T-TTGGTAG--CA------TT-------TC-AT-G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-A-A-CATC-T-T--A----T-TTCT-AT--GGTATT-A-----T-T--CAAAA-A-A-TC--TT--C-CCT--T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGA-T--A-AT-TTAT-AG--A-G--CTAC-T-C----G-A-GGGCTTA-G--G-TGA-GGG--AGAA---G-T-A-A-----TGATCA-A-CCC-ATC-AA----AGAG-T-G-TTG-AA----AAGTTT---TC--T-GTA-AGT-T-G--TA-TA-A-CC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C--TAAC---T-GGAT-ACG-G-T-AAGG--AA-TGT--TT--GT-T---TT------GGG-AA-A--T-C-AAAAAG--CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TGAA--TGCC-T-TA---T-G--CA-T---CATG-T---AG-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAA-AGC-TT-GA-T-A-TG-GA-G--C-A-G-GC--AA--ACATTTGTA
gi|108431 : TGCCAATACAC-TG-TTCCTAAAA-GT-AT-T--CCCTT-GC---ACCT-CTTATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GAT-G-TCT----TGAT-T-----GCTA-C-T--TA--TATTCA--T-TCT-T-TT-A--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A-CAATTT-G--T--GGAAT-G-ATT-GGCA-GG-ATAC-C-TTT------A----AAA----GC--C-A---AAAA---CATT-CC-TG-T-TTC-ATTG-TT-G-TT--G-TTG-AAG--AAAGAAAC--T-TCTGCTTCTCGC-AG--A-G-TTTACGG-CAAAC-AGTT-T-GGTAG--CAA-----TT-------TC-AT-G-C-A--CT----G--A-C-------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-A-A-CATC-T-T--A----T-TTCT-AT--G-TAT--A-----T----AAAAA-A-T-TC--TT--C-CC---T---GCG-A-GTA-TTCA--GGGA-T--ATAT-T-AT-ATAAG-G--TTAC-T-C----G-A-GGGCTTA-G--G-TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-ATC-AAG---ATAG-T-G-T-GGAA----AAGTTTG--TCC-T-GTA-AGT-T-G--TA-TAGA-CC-A---AGTA-A-GCGG-A--G--A--C--TA-C---T-G-AT-ACG-G-T-AAGG--AA-TGT-ATT--G--T---TT------GGG-AA-A--T-C--AAAAG--CC--G--T-G-AA--GATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-T-AA---T-G--CA-T-GCCATG-T-A-AA-GCC--GAG-C-A--C-A--C-----TACGCAA-GCC-TTGGA-T-A-TGAGA-G--C-A-GCGC--AATTACATTTGTAA
gi|108432 : TGCTA-TACAC-TT-TCCT--AAAAGT-AT-C--CGCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-GAAT-A---CTT--GAT-GCTCT----T-AT-T-----GCTA-C-TAATA--TAT-CT--TGTCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--TCA-G-A-CC-TTTGG--TA-GGA-T-G-ATT-G-CA-AG-A-AG-C-TTT------TTA--AAA----GCCAC-A---AGAAA--CA-T-CC-TGTT-T-C-AT-GTTT-G-TTGAG-TCG-A-G--AAC--AAC--T-CTC-CGTCTC-C-AG--A-GTTT-ACG--C--AC-A--T-T-TGGGG--CA------TT-------TT--T-G-CGA--CTGAAAG--A-C-------AGAG---GTA--GT-GA---C-AC-A-A-CATC-T-T--A----T-TTCT-A----GTATCAG-----T-C--AAAAA-A-A-TCTATC--C-C----T---G-G-A-GTA-TTCG--GGGA-T--A-AT-T-AT-A---A-G--CTAC-T-C----G-ATGGGCTTA-G--G-TGA-GGG--AGAA---T-T-ATA---C-TGATCA-G-ACACATC-AA----AGAG-T-G-T-G--A----AAGTTTGATTC--T-GTA-AGT-T-G--TA-TA-A-CCTA---AG-A-A-GCGG-A--G--A--C--TA-C---T-G-ATAACG-G-T--AGG--AA-TGT-ATT--G--TATATG------GGG-AA-AAGT-C-AAAAAG--CCG-C--C-G-AG---ATAGT--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A---GCC-TATA---T-GCACA-T-G-CATG-T-A-AA-G-C--GAG-C-A--C-A--------TAC-AAG-ACC-TT-GA-T-A-TG-GA-G-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
gi|108433 : TGCCA-TATCC-TGCTTCT--AAA-GT-AT-C---GCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA---CAT---T----AT-AA--C-T--GAT-G-TGC----T-AT-T-----GCTA-CAT--TA--TAT-CAATC-TCT-TATTCA--GAA-A-TA-G--A--T-ATG-A-CAATTT-G--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-AG-G-CT-C-TTT------TTTCTAAA----GC--C-A---AAAAA--CATT-CCCTG-T-T-CGAT-G-TT-G-TT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G--T-ACGCACAAAC-AATC-T-GGTAG--CA-------T-------TC-A--G-CTG--AT----G--A-C-------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-AGA-CA-C-T-T--A----TATTCT-A---GGTAT--A-----T-C--AAAAATA-A-TC--TTGCC-C----T---GCG-A-GTA-TT-A--GGGA-TA-A-AT-T-AT-A---ACG--CTAC-T-CGA--G-A-GGACTTACGC-G-TGA-GGG--AGAA---TCT-A-A---C-TGATCA-A-ACA-ATC-AA----AGAGCT-G-T-G-AA----AAGTTTG--TC--T-GT--AGT-T-G--TA-TA-A-CC-A---AG-A-AGGCGGTA--G--A--CA-TA-CG--T-G-AT-ACG-T-T-AAGG--AA-TGTGATT--GGTT---TT------GGG-AA-A--T-C-AAAAAGCTCC--C--T-G-AG--AATA-A--G-CCT-CC---A-CTA-----G-TGAA--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-C-CATG-T-A-AACG-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAG-CAA-GCC-TT-GA-A-A-TG-GA-G-ACTA-G-G----A--ACA
gi|108434 : TGCCA-T-CA--TG-TTCT--AAG----AT-C--CGCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTTGTA---CAT---CT-G-AT-A---C-T---AT-G-TCT------AT-T-----GCTA-C-TG-TA--ATT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A--A-TTG-T--T--GGA-T-G-ATT---CA-GA-A------TTT------AT---TAA----GC--C-A---AAAGA---ATT-CC-TG-T-T---AT-G-TT-G-TT--G-T-G-A-G--AAA--A-C--T-TCT-CTTC---C-AG--A-G-TT-ACG--CAAAC-A--T-T-GGTAG--CA------TT-------TC-AT---C-A--CT----GA-A-G-------GG-G---GT---GC-GAAATC-AC-A-A-CA---T-T--A----T-TTCT-AT--GGTAT--A-----T-----AAAA-A-A-TC--TT--C-C----CTG-GCG-A--TA-CTCAT-GGGATT--A-AT-T-AT-A---A-G--C-AC-T-C----GCA-GGGCTTA-G--G-TGA--GG--AGAA-----T-A-A---C--GATCA-G-AC--ATC-AA------GG-T-G-T-G-AA----AAGTTTG--TCCTT-GTA-ATA-T-GT-TA-TA-C-CA-A---AG-A-A-GCGG-A--GTTA--CTTTA-C---C-G--T-ACG-G-T--AGG--AA-TGTAATT--G--T---TT------GGG-AA-A--C-T-CAAAAG--CC--C--TCG-AG---ATA-T--G---T-CGA--AGCTA-----G-TG-A--TGCC-T-TA---T-G--CA-T-G-CATG-T-A-AA-G-C--GAGCC-AGTC-A--C-----TAC-C-A-GCC-TT-GA-T-A-TG-GA---AC-A-G-GC--AA--ACAATTGTAA
gi|108435 : TGCTA-TACAC-TG-TTCT--AA--GT-AT-CTGCGCGT-GC---ATGT-CT-ATTCGTCA---TTT-TA-G-CAT---TT-GGATGA---C-T--GAT-G-GTT----T-AT-T-----GC-------------AG-TA--T-TCTGTGTTGA--GAA-A-TA-AGAA--TGA-G-ATCAGTTT-GGGT--GGA-TTG-ATT-G-CA-GG-A-AC---TTT------TT---AAAAATGGC--C-A---AAAA---CATT-CC-TGGT-T-C-AT-GGTT-G-TT--G-TTG-G-----AT--AAC--T-TCT-TTCATC-A-AG--AAG-TT-A-G--CAAAC-A--TGT-TGTAC--GA------TTG------TCGAT-GAC-AG-CT----G--A-C-------AG-G---GG---TT-GA----------A-CATC-T-T--A----T-TTCT-AT--GGTAT--AAGTAGT-C--GAAAA-AGA-TC--TT--CAC----T----CG-A-GTA-TT------GG-T--A-AT---AT-A---A-G--ATAC-T-C----G-A-GGGCTTA-G--G-TGA-GGG--AGAA---T-TAA-A---C-TGATC--G-AC--ATC-AA----AGAG-T-G-T-G-AA----AAGTTTG--TC--T-GTATAGT-TGG--TA-TA----C-AAAGAG-A-G-GCGG----G--A--C--T--C---T-G-A--ACGAG-TGAAGG--AA-TGT-ATT--G------TT------GGG-AA-T--G-A-AAAAAG------C--T-G-AG--AAT--T--A-GAT-CCA--A-CTA-----G-TGTA--TGCT-G-TA---T-G--TA-CAG-CATG-T-A-AA-G-C--GCG-C-A--CAA--C-----TAC-CAA-G-C-TT-GA-T-A-TG-GA-G-ACAA-G-GC--AA--ACATTTGT
gi|108436 : GCCA-TACAC-TG-TTCT--AAA-GT-AT-C--CGCTT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CT-G-AT-A---C-T--GAT-G-TC-----T-ATAT-----GCTA-C-T--TA---AT-CA--T---T-T-TTCA--GAA-A-TA-G--A--T-A-G-A--A-TTT----T---GA-T-GTATT-G-CATGG-A-AC-C-TTT------TTA--AAA----GC--CAA---AAAAA--CATT-CC-TGCT-T-C-AT-GTTT-GTTT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C--G--A-G-TT-ACG--CAAACAA--T-T-GGTAG--CA------TT-------TC-AT-G-C-A--CT----G------------AG-G---GT---GT-GA---C-AC-A-A--AT--T-T--A----T-TTCTAAT--GG-AT--A-----TACAAAAAAA-A-A-TC--TT--C-C----T---GCG-A-GTA-TTCA---GGA-T----AT-T-ATAA---A-G--CTAC-T-C----G-A-GGGCTTA-A--G-TGA--GG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCA-G-ACA-ATCAAA----AGAG-T-G-T-G-AA----AAGTTTG--TC-----TA-AGT-T-G--TA-TA-A-CC-A---AG-A-A--CGG-A--G--A--C--TA-C---T-G-AT-AC--G-T-AA-G--AA-TGT-ATT--G--T---TT-------GG-AA-A--T-C-AAAAAG--CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TGAA--TGCCTT-TA---T-G--CA-T-G-CATG-T-T-AA-A-C--GAG-C-A--T-AACT-----TACGCAA-GCC-TT-GATT-A-TG-GA-GAAC-ATG-GC--AA--ACATTTGT
gi|108437 : GCCA-TACAC-TG-TTTT--AA--GT-AT-C--CG-TT-GC---ACCT-CT-ATT-GTCACATTTT-TAAG-CAT----T-G-AT-A---C-T--GATTG-TCT----T-TA-T-----GCTA-C-T--TAAATAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA-A-TA-G--GATT-A-G-A-CA-TTG-T--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-CC-C-TTT------TT---AAG--------C-A---AAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-G-TT-G-TT--G-TTG-ACG--AAA--AACCAT-TCT-CTTCTC---AG--A-G-TT-TAG--CACAC-T--T-T-GCTAGTGCA------TTCAATGTCTC-AT-G-C-AACCT----G--AAC-------AG-G---GT---GT-GA---CTAC-A-A--ATC-T-TTCA----T-CTTA-AT--GGTAT--AC----T-A--AAAAA-A-A-TC--TT--C-CCGCAT---GCGTA-GTAATTCA--GGGA-T--A-AT-T-AT-A-----G--CTAC-T-C----G-A-GGGCTTATG--G-TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-T-ATCA-G-ACA-ATC-AA----GTAG-T-G-T-G-AA------GTTTG--TC--T-GTA-AGTCT-G--TA-TA-AACC-A---AG-A-A-GCGG-A--G--AAAC--TA-C---T-G-AT-ACG-G-T-AAGG--AA-TGT-ATT--G--T---TT------GGG-AA-T--C-C-AAAG-----C--C--T-G-AGA-AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-ATCTGCCAT-TA---T-C--AA-T-G-CATG-T----A-G-C--GAG-C-A--C-A--C-----TAC-CAG-A---TT-GA-T-A-TG-G--G-AC-A-G-GC---A--ACATTTGTAA
gi|108438 : CA-TACAC-TG-T-CT--AAA-GT--T-C--CGCCT-GCTGCACCT-CT-ATT-GTCA---TTT-TA-GTCAT---CT-G-AT-A---C-CTCGAT-G-TCT------AT-T-----GCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TTCA--GAA---TA-G--A--T-A-G-G-AA-TTT----T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-AC-CCTTT------TT---AAG----GC--CCA---AAAAA--CATTTCC-TG-T-T---AT-G-TT-G-TT--GATTGGA-GGAAAA--AAC--T-TCT-CTTCTC-C-AG--A-G-TTTACG--CAAAC-A--T-TTGGTAG--CA------TT-------TC-ATTG-C-A--AT----G--A-CGACAACCAG-TTTCGT---GT-AA---C-AC-A-A-CGTCCT-T--A----T-TTCTGATAGGGTATT-A-----T-C--AAAAA-A---TC--TT--C-CCA--T---GCA-AAGTA-TTCA--GGGA-T--A-ATGT-AT-A---AAG--CTACCT-C----G-A-GGGCTTA-G----TGA-GGG--AGAA---T-T-A-A---C-TGATCACG-ACG-ATCCAA----AGAG-TTG-T-G-AA------GTTGG--TC--TTGTA-AGTGT-G--TA-TA-C-AC-A---AG-A-A-GCG--A--G--A--C--TA-C---T-G-A--ACG-G-T-AAGG--AAATGT-ATT--G--T---TT------GGG-AACA--T-C-AAAAAG--CC--C--T-G-AG--AATA-T--G-CCT-CCA--A-CTA-----G-TG-A--TGCC-TATA---TGG--CA-T-G-CATG---A-AA-G-C--GAG-CTA--C-A--C-----TAC-CAACGCC-TT-GA-T-ATTG-GA-G-GC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
gi|108439 : CA-TACACGTG-TTCC--TAA-GTGAT-C--CGCTT-GC---ACCT-CT-AT--GT-A---TTT--A-G-CATTCTCC-G-AT-AA--C-T--GAT-G-TCT----T-AT-T-----GCTA-C-T--TAT-TAT-CAT-T-TCT-T-TTCA--GAAGA-TA-G--A--C-ATGCA-CA-TTT-G--T--GGA-TGG-ATTAG-CA-GGAA-AC-T-TTT------TT---AAA----GC--A-A---AAAAACTCATT-CC-TG-T-T-CAAT-G-TT-GTTT--G-TTG-A-G--AAA--AAC--TCTCT-TTTCTC-C-AGCCA-G-TT-ACG--CAAAT-G--TGT-GGTAG--CA------TTA------TT-A--G-C-A--CTC---GT-A-C-------AG-G---GTG--GT-GA---C-AC-A-A-CATC-TAT--A----T-TTCT-AT---GCAT--A-----T-C--AAAAA-A-A-TTCATTCAC-C----T---GCG-A-GTATTTCA--GGGA-TTAA-AT-T-AT-A---A-G--CAGC-TACGAGAG-A-GGGCTTA-AGTG-TGA-GGG--AGAA---T-T-C-A---CTTGATCGCA-ACA-ATC-AA----AG-G-T-GTT-G-AAC---AAGTTTG--TC--T-GTA-AGT-T-GA-TACTA-A-CC-A---GA-T-A-GCGG-ACCG--A--C--TA-CACTT-G-AT-ACG-G-T-AAGGCAAA-TGT-ATT--G--T---TT------GGGAAA-A--T-CAAAAAAG--CC--CCAT-G-AGAAAATA-T--GCCCT-TCA--A-CTA-----GTTG-A--TGC----TAATCT-G---A-T-G--ATG-T-AGAA-G-C--GAG-C-A--C-A--CA----TAC-CAA-GCC-TT-GA-TAA-TG-GA-G-AC-A-G-GCAAAA--ACATTTG
gi|108440 : -TACAC-T--TTC---AAA-GTGAT-C--CGCTT-GC---ACCTTCT-ATT-GTCA---TTT-TA-G-CAT---CTCG-ATTA---C-T--GAT-G-TCTA---T-AT-T-----GCTAAC-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-T-CAAAGAA-AGTA-G--A--T-A-G-A-AA-TTT-G--T--GGA-T-G-ATT-G-CA-GG-A-ACAC-TTTCTTATATT---AAA----GC--C-AAATAAAAA--CAT-----CG-TCT-C-AT-G-TT-GTTT--GTTTG-A-G--AAAC-AAC--T-TCT-CTTCTC-CAAG--A-G-TT-ACG--CAAAC-A--T-T-TGTAGA-CA------TT-------TC-AT-G-C-A--CT----GATA-C-------AG-G---GTTCAATGGA---C-ACAA-A-CATA-C-T--ATTATT-TTCTAAT--GG-AT--A-----TAA--AAAAA-A-A-TC--TT--C-C----CTTAGCG-A-GTA-TTCAGCGGAA-T--A-AT-T-AT-A---A-G--CTACAT-CT---G-A-GTGCTTA-G--GTTGATGGGTAAGAGAGTT-T-A-AATTC-TGATCA-GCCCA-CTC-AGAAACAGAG-T-G-T-G-AAAAATAAGTTTGT-TC--T-GTA-AGT-T-GATTA-TA-A--C-A---AG-ACA-GCGG-A--G--A--CA-TA-C---TCG-AT-ACG-GTT-AAGG--AA-TGT-ATTTAG--T---TTTGAGGAGGA-AA-A--TAC-AAAAAG--CTCAC--T-GAAG--AATA-TAAA-CCTAACAACA-CTAGAGTCG-TA-A--TGCC-T-TA---T-G--CATT-G-GATG-TGA-AA-G-CCAGAG-C-A----A--CAAACGTAC-CAC-GGC-CT-GACT-T-TG-GATG-AC-A-G-GC--AA--ACATTTGTAA
gi|108441 : C---AGCT-CT-AAT-GTGG---TTA-AG-G-CAT---CT-G-AT-AGCTC-TTAGAT---TCTATATT-AT-TTGGATGCTA-C-T--TA--TAT-CA--T-TCT-T-TCCA--GAA-A-TA-G--A--
gi|108442 : -A---AAAAA--CATT-CC-TG-T-T-C-AT-T-TC-A-TT--G-TCT-A-G--AAT--GAT--T-TAT-TTTCTC-A-AG--A-A--T-ACG--CCAAA-A--TCT-GCTTG--TGTTTTACTT-------TT-AC-G-T-A--CT----G--A-C-------AG-G---AT---GT-GA---C-AC-C-A-CCTC------------------AT--GGCGT--C-----T-C--AAAGA--------------------T---AGG-T-GCA-CTAA----AA-T--A-GC-T-AG-G---A-GAACTA-----------A-GGGCC---G--G-ACA-GGA--AGAA----------------GA--------A-AGC-GA----GAAG-T-A-A-A-GA----AACTTTG--TC--T-GCA-TGT-T-G--TA-TA-ATTT-A---AG-------GG-A--C--A--C--GA-C------------------------------------G--T---TT------GGA-AA-A--T-C-AAAGAG--CC--