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Reference ( gi|67492 )        :   GCGT-TT---C---G----CC-GC---AC--CCCAAC-TCAAAT-G-GAGGAG--TGC-A--CCC-ACT--AGT-C--T-GC---A-GCTT--CA-T-GGCATGAAC-TT-G--AAA---CTT--TG--C-A---GTA-GTGA-T-T-G-TTGA-TT-G--AA-TTG-T--TTTAT-TGA-AGA-C-ATTG-A--TT--TG-TTGGA-C-AATTGA-T-TGATTGA-TTG-TCTT
gi|67485                      :   GCGT-TT---C---G----CC-GC---AC--CCCAAC-TCAAAT-G--AGGAG--TGC-A--CCC-ACT--AGT-C--T-GC---A-GCTT--CATT-GGCATGAAC-TT-G--AAA---CTT--TG--C-A---G-A-GTGA-T-T-G-TTGA-TT-G--AA-TTG-T--TTTAT-TGA-TGA-C-ATTG-A--TT--TG-TTGGA-C-AATTGA-T-TGATTGA-TTG-TCTT
gi|67483                      : ttGCGT-TT---C---G----CC-GC---AC--CCCAAC-TCAAAT-G-GAGGAG--TGC-A--CCC-ACT--AGT-C--T-GC---A-GCTT--CA-T-GGCATGAAC-TT-G--AAA---CTT--TG--C-A---GTA--TGA-T-T-G-TTGA-TT-G--AA-TTG-T--TTTAT-TGA-TGA-C-ATTG-A--TT--TG--TGGA-C-AATTGA-T-TGATTG
gi|67494                      : ttGCGT-TT---C---G----CC-GC---AC--CCCAAC-TCAAAT-G-GAGGAG--TGC-A--CCC-ACT--AGT-C--T-GC---A-GCTT--CA-T-GGCATGAAC-TT-G--AAA---CTT--TA--G-A---GTA--TGA-T-T-G-TTGA-TT-G--AA-TTGTT--TTTAT-TGA-TGA-C-ATTG-A--TT--GT-TTGGA-C-AATTGA---TGATTGA-TTG-TCTtcttt
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gi|67497                      :   GCGT-TT---C---G----C--GC---AC--CCCAACATCAAAA-T-GAGGAGA-TGC-A--CCCCGTT--AGTTC--T-GC---A-G-TT--CA-T-GGCATATGT-AT-A--AAT---GTTGTTG--C-A---G---GTGA-T-T-AATTGAGTT-G--A---TG-T--TTTATATGA-TGATC-ATTG-A--TT--TG-TTGGAGC-AA-TGA-T-TGATTGA-TTG-TCTT
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gi|67484                      :    CGT-TT---C---G----CC-GC---AC--CCCAAC-GCAAAT-G-GAG-----TGC-A--CCC-ACT--ATT-C--T-GC---A-GCTT--CA-T-GACATGAAC-TT-G--AAA---TTT--TG--C-A---TTA-GTGA-T-T-G-TTGA-TT-G--AA-TTG-T--TTTAT-TGA-TGA-T-ATTG-A--AT--TG-TTGGA-C-TATTGA-T-AGAT





Alignments
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Reference ( family-940 )      :    GCGT-TT---C---G----CC-GC---AC--CCCAAC-TCAAAT-G-GAGGAG--TGC-A--CCC-ACT--AGT-C--T-GC---A-GCTT--CA-T-GGCATGAAC-TT-G--AAA---CTT--TG--C-A---GTA-GTGA-T-T-G-TTGA-TT-G------AA-TTG--T--TT-TAT-TGA-T-GA-C-ATTG-A--T--------------T--TG---------TTGGA-C-AATTGA-T-TGATTGA-TTG-TCTT
gi|67483                      :    GCGT-TT---C---G----CC-GC---AC--CCCAAC-TCAAAT-G-GAGGAG--TGC-A--CCC-ACT--AGT-C--T-GC---A-GCTT--CA-T-GGCATGAAC-TT-G--AAA---CTT--TG--C-A---GTA--TGA-T-T-G-TTGA-TT-G------AA-TTG--T--TT-TAT-TGA-T-GA-C-ATTG-A--T--------------T--TG----------TGGA-C-AATTGA-T-TGATTG
gi|67484                      :   ttCGT-TT---C---G----CC-GC---AC--CCCAAC-GCAAAT-G-GAG-----TGC-A--CCC-ACT--ATT-C--T-GC---A-GCTT--CA-T-GACATGAAC-TT-G--AAA---TTT--TG--C-A---TTA-GTGA-T-T-G-TTGA-TT-G------AA-TTG--T--TT-TAT-TGA-T-GA-T-ATTG-A--A--------------T--TG---------TTGGA-C-TATTGA-T-AGATtcttt
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gi|67497                      :    GCGT-TT---C---G----C--GC---AC--CCCAACATCAAAA-T-GAGGAGA-TGC-A--CCCCGTT--AGTTC--T-GC---A-G-TT--CA-T-GGCATATGT-AT-A--AAT---GTTGTTG--C-A---G---GTGA-T-T-AATTGAGTT-G------A---TG--T--TT-TATATGA-T-GATC-ATTG-A--T--------------T--TG---------TTGGAGC-AA-TGA-T-TGATTGA-TTG-TCTT
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gi|67499                      :     CGT-TT---C---G----CC-GC---AC--CCCAAC-TCAAATTG-GAGGAG--TGC-A--CCC-ACTTTAGT-T--T-GC---A-GCTT--CA-T-GGCATGAAC-TT-G--AAA---CTT--TG--C-A---GTA-GTGATT-T-G-TTGA-TT-GA-----AA-TTGT-T--TT-TAT-TGA-T-GA-C-ATTG-A-----------------T--TG---------TTGGA-C-AATTGATT-TGATTGATTTG-TCTT





Alignments
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lowQualScore                  :        .  ... ... ....  .  ...  ..      .      . .      ..   . ..   .   ..   .... .  ... .    ..  . .         .  . ..   ...   ..  .. . ...   ..   . . . .    .  . ......  .   .. ..  .   .   . .  ...    . ................. ..  .........     . .  .   . .       .   .    
lowQualScore                  :        4  111 555 0000  4  555  22      4      4 4      99   4 66   4   22   4444 4  111 4    22  4 4         4  4 22   111   22  22 4 111   66   4 4 4 7    4  4 444444  7   99 22  4   4   4 4  555    4 99999999999999999 22  888888888     4 4  5   4 4       1   6    
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Reference ( family-940 )      :    GCGT-TT---C---G----CC-GC---AC--CCCAAC-TCAAAT-G-GAGGAG--TGC-A--CCC-ACT--AGT-C--T-GC---A-GCTT--CA-T-GGCATGAAC-TT-G--AAA---CTT--TG--C-A---GTA-GTGA-T-T-G-TTGA-TT-G------AA-TTG--T--TT-TAT-TGA-T-GA-C-ATTG-A--T--------------T--TG---------TTGGA-C-AATTGA-T-TGATTGA-TTG-TCTT
gi|67483                      :    GCGT-TT---C---G----CC-GC---AC--CCCAAC-TCAAAT-G-GAGGAG--TGC-A--CCC-ACT--AGT-C--T-GC---A-GCTT--CA-T-GGCATGAAC-TT-G--AAA---CTT--TG--C-A---GTA--TGA-T-T-G-TTGA-TT-G------AA-TTG--T--TT-TAT-TGA-T-GA-C-ATTG-A--T--------------T--TG----------TGGA-C-AATTGA-T-TGATTG
gi|67484                      :   ttCGT-TT---C---G----CC-GC---AC--CCCAAC-GCAAAT-G-GAG-----TGC-A--CCC-ACT--ATT-C--T-GC---A-GCTT--CA-T-GACATGAAC-TT-G--AAA---TTT--TG--C-A---TTA-GTGA-T-T-G-TTGA-TT-G------AA-TTG--T--TT-TAT-TGA-T-GA-T-ATTG-A--A--------------T--TG---------TTGGA-C-TATTGA-T-AGATtcttt
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gi|67494                      :    GCGT-TT---C---G----CC-GC---AC--CCCAAC-TCAAAT-G-GAGGAG--TGC-A--CCC-ACT--AGT-C--T-GC---A-GCTT--CA-T-GGCATGAAC-TT-G--AAA---CTT--TA--G-A---GTA--TGA-T-T-G-TTGA-TT-G------AA-TTGT-T--TT-TAT-TGA-T-GA-C-ATTG-A--T--------------T--GT---------TTGGA-C-AATTGA---TGATTGA-TTG-TCT
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gi|67497                      :    GCGT-TT---C---G----C--GC---AC--CCCAACATCAAAA-T-GAGGAGA-TGC-A--CCCCGTT--AGTTC--T-GC---A-G-TT--CA-T-GGCATATGT-AT-A--AAT---GTTGTTG--C-A---G---GTGA-T-T-AATTGAGTT-G------A---TG--T--TT-TATATGA-T-GATC-ATTG-A--T--------------T--TG---------TTGGAGC-AA-TGA-T-TGATTGA-TTG-TCTT
gi|67498                      :    GCGTGTT---C---G----TC-GC---AC--CCCAAT-TCAACT-G-GAGGAG--TG-----CCT-ATA--AATAT--T-GC---A-AA----CA-T-GGGATA----TT-G--GCC---CCT--TAATC-A---TTA--TGA---T-A-TTGG-CT-GTC----AA------C--TT-TGT-TG----------TTT-A--T--------------T-------------TTGG-----ATTGA-T-TGA---A-TTG-TTTT
gi|67499                      :     CGT-TT---C---G----CC-GC---AC--CCCAAC-TCAAATTG-GAGGAG--TGC-A--CCC-ACTTTAGT-T--T-GC---A-GCTT--CA-T-GGCATGAAC-TT-G--AAA---CTT--TG--C-A---GTA-GTGATT-T-G-TTGA-TT-GA-----AA-TTGT-T--TT-TAT-TGA-T-GA-C-ATTG-A-----------------T--TG---------TTGGA-C-AATTGATT-TGATTGATTTG-TCTT


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blockSeqs                     :        .  .   .   .     .  .    .       .      . .      A    . .    .   .    TC   .  .   .    .   . .         .  . .    .     .   .  . .     G    . . . .    .  . A       .   T  .   .   .   . .  T      . A                 .   .             . .      . .       .   .
blockSeqs                     :        .  .   .   .     .  .    .       .      . .      .    . .    .   .    AT   .  .   .    .   . .         .  . .    .     .   .  . .     G    . . . .    .  . .       .   .  .   .   .   . .  C      . T                 .   .             . .      . .       .   .
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blockSeqs                     :        .  .   .   .     .  .    .       .      . .      .    . .    .   .    C    .  .   .    .   . .         .  . .    .     .   .  . .     G    . . . .    .  . .       .   .  .   .   .   . .  C      . T                 .   .             . .      . .            
blockSeqs                     :        .  .   .   .     .  .    .       .      . .      .    . .    .   .    C    .  .   .    .   . .         .  . .    .     .   .  . .     G    . . . .    .  . .       .   .  .   .   .   . .  C      . T                 .   .             . .      . .            
blockSeqs                     :        .  .   .   .     .  .    .       .      . .      .    . .    .   .    A    .  .   .    .   . .         .  . .    .     .   .  . .     .    . . . .    .  . .       .   .  .   .   .   . .  .      . .                 .   .             . .      . .            
blockSeqs                     :        .  .   .   .     .  .    .       .      . .      .    . .    .   .    T    .  .   .    .   . .         .  . .    .     .   .  . .     .    . . . .    .  . .       .   .  .   .   .   . .  .      . .                 .   .             . .      . .            


blockSeqCons                  :                                                                                                                                              G*
originalCons                  :    GCGT-TT---C---G----CC-GC---AC--CCCAAC-TCAAAT-G-GAGGAG--TGC-A--CCC-ACT--AGT-C--T-GC---A-GCTT--CA-T-GGCATGAAC-TT-G--AAA---CTT--TG--C-A---GTA-GTGA-T-T-G-TTGA-TT-G------AA-TTG--T--TT-TAT-TGA-T-GA-C-ATTG-A--T--------------T--TG---------TTGGA-C-AATTGA-T-TGATTGA-TTG-TCTT
finalCons                     :    GCGT-TT---C---G----CC-GC---AC--CCCAAC-TCAAAT-G-GAGGAG--TGC-A--CCC-ACT--AGT-C--T-GC---A-GCTT--CA-T-GGCATGAAC-TT-G--AAA---CTT--TG--C-A---GTAG-TGA-T-T-G-TTGA-TT-G------AA-TTG--T--TT-TAT-TGA-T-GA-C-ATTG-A--T--------------T--TG---------TTGGA-C-AATTGA-T-TGATTGA-TTG-TCTT





Alignments
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lowQualScore                  :        2  444 666 5555  2  666  33      2      2 2      77   2 55   2   33   7777 2  444 2    33  2 2         2  2 33   444   33  33 2 444   22   2 2 2 4    2  2 222222  4   77 33  2   2   2 2  222    2 66666666666666666 33  111111111     2 2  0   2 2       3   3    
lowQualScore                  :        .  ... ... ....  .  ...  ..      .      . .      ..   . ..   .   ..   .... .  ... .    ..  . .         .  . ..   ...   ..  .. . ...   ..   . . . .    .  . ......  .   .. ..  .   .   . .  ...    . ................. ..  .........     . .  .   . .       .   .    
lowQualScore                  :        4  111 555 0000  4  555  22      4      4 4      99   4 66   4   22   4444 4  111 4    22  4 4         4  4 22   111   22  22 4 111   66   4 4 4 7    4  4 444444  7   99 22  4   4   4 4  555    4 99999999999999999 22  888888888     4 4  5   4 4       1   6    
consensus                     :    GCGT-TT---C---G----CC-GC---AC--CCCAAC-TCAAAT-G-GAGGAG--TGC-A--CCC-ACT--AGT-C--T-GC---A-GCTT--CA-T-GGCATGAAC-TT-G--AAA---CTT--TG--C-A---GTA-GTGA-T-T-G-TTGA-TT-G------AA-TTG--T--TT-TAT-TGA-T-GA-C-ATTG-A--T--------------T--TG---------TTGGA-C-AATTGA-T-TGATTGA-TTG-TCTT
Reference ( family-940 )      :    GCGT-TT---C---G----CC-GC---AC--CCCAAC-TCAAAT-G-GAGGAG--TGC-A--CCC-ACT--AGT-C--T-GC---A-GCTT--CA-T-GGCATGAAC-TT-G--AAA---CTT--TG--C-A---GTA-GTGA-T-T-G-TTGA-TT-G------AA-TTG--T--TT-TAT-TGA-T-GA-C-ATTG-A--T--------------T--TG---------TTGGA-C-AATTGA-T-TGATTGA-TTG-TCTT
gi|67483                      :    GCGT-TT---C---G----CC-GC---AC--CCCAAC-TCAAAT-G-GAGGAG--TGC-A--CCC-ACT--AGT-C--T-GC---A-GCTT--CA-T-GGCATGAAC-TT-G--AAA---CTT--TG--C-A---GTA--TGA-T-T-G-TTGA-TT-G------AA-TTG--T--TT-TAT-TGA-T-GA-C-ATTG-A--T--------------T--TG----------TGGA-C-AATTGA-T-TGATTG
gi|67484                      :   ttCGT-TT---C---G----CC-GC---AC--CCCAAC-GCAAAT-G-GAG-----TGC-A--CCC-ACT--ATT-C--T-GC---A-GCTT--CA-T-GACATGAAC-TT-G--AAA---TTT--TG--C-A---TTA-GTGA-T-T-G-TTGA-TT-G------AA-TTG--T--TT-TAT-TGA-T-GA-T-ATTG-A--A--------------T--TG---------TTGGA-C-TATTGA-T-AGATtcttt
gi|67485                      : tttGCGT-TT---C---G----CC-GC---AC--CCCAAC-TCAAAT-G--AGGAG--TGC-A--CCC-ACT--AGT-C--T-GC---A-GCTT--CATT-GGCATGAAC-TT-G--AAA---CTT--TG--C-A---G-A-GTGA-T-T-G-TTGA-TT-G------AA-TTG--T--TT-TAT-TGA-T-GA-C-ATTG-A--T--------------T--TG---------TTGGA-C-AATTGA-T-TGATTGA-TTG-TCTT
gi|67486                      :  ttGCGT-TT---C---G----CC-GC---AC--CCCAAC-TCAAAT-G-GAGGAG--TGC-A--CCC-ACT--ATT-C--T-GC---A-GCAT--CA-T-GGCATGAAC-TT-G--AAA---CTT--TT--C-A---GTA-GTGA-T-T-G-TTGA-TT-G------AA-TTG--T--TT-TAT-TTA-T-GA-C-ATTG-A--T--------------TGACA---------TT-GA-C-AATTGA-T-TG
gi|67487                      :  ttGCGT-TT---C---G----CC-GC---AC--CCCA-C-TCAA-T-G--AGGAG--TGC-A--CCC-ACT--AGT-TCTT-GC---A-GCTTGTCA-T-G-CATGAAC-TT-G--AAA---CTT--TG--CCA---GTA-GTGA-T-TGG-TTGA--T-G------AATTTG--G--TT-TAT-TGA-T-GA---ATTG-A--T--------------T--TG---------TTGGA-C-AATTGA-TGTGATTGA-TTGTTCTT
gi|67488                      :  ttGCGT-TT---C---G----CC-GC---AC--CACCGC-TCAAAG-G-AAGGAG--TGC-A--CCC-ACT--AGT-C--T-GC---A-GCTT--CA-T-GGAATGACCTTT-G--AAA---CTT--TG--C-A---GT--GTGA-TGT-G-TTG--TT-G------AA-TTG--TTGTT-TAT-TGATT-GA-C--TTG-ATTT--------------T--TG---------TTGGA-C--ATTGA-T-TGATTGA-TT
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gi|67492                      :   tGCGT-TT---C---G----CC-GC---AC--CCCAAC-TCAAAT-G-GAGGAG--TGC-A--CCC-ACT--AGT-C--T-GC---A-GCTT--CA-T-GGCATGAAC-TT-G--AAA---CTT--TG--C-A---GTA-GTGA-T-T-G-TTGA-TT-G------AA-TTG--T--TT-TAT-TGA-A-GA-C-ATTG-A--T--------------T--TG---------TTGGA-C-AATTGA-T-TGATTGA-TTG-TCTTaattctt
gi|67493                      :    GCGT-TT---C---A----CC-GC---AC--CCCAAC-TCAAAT-G-GAGGAG--TGC-A--CCA-ACT--ATC-C--T-GC---A-GATT--CA-T-GGCATGAAC-AT-G--AAA---TTT--TG--C-A---GTA-GTGA-T-T-G-TTGA-TT-G------AA-TTG--T--TT-TAT-TGA-T-GC-A-ATTG-A--A--------------T--TG---------TTGGA-C-AATTGA-T-TGAGTGA-TTG-TCTT
gi|67494                      :    GCGT-TT---C---G----CC-GC---AC--CCCAAC-TCAAAT-G-GAGGAG--TGC-A--CCC-ACT--AGT-C--T-GC---A-GCTT--CA-T-GGCATGAAC-TT-G--AAA---CTT--TA--G-A---GTA--TGA-T-T-G-TTGA-TT-G------AA-TTGT-T--TT-TAT-TGA-T-GA-C-ATTG-A--T--------------T--GT---------TTGGA-C-AATTGA---TGATTGA-TTG-TCT
gi|67495                      :    GCGT-TT---C---C----CC-GCCCCAC--CCCAAC-TCAAAT-G-GAGGAGCCTGC-A--CCC-ACT--AGT-C--TTGCCCCA-GCTT--CA-TGGGCATGAAC-TT-G--AAA---C-T--TG--C-A---GTA-TTGA-T-T-G-TTGA-TT-G------AA-TTG--T--TT-TAT-TGA-T-GA-C-ATTG-A--T--------------T--TGC--------TTGGA-C-AA-------TGATTGA-TTG-TCTT
gi|67496                      :    GCGT-TT---TT--G----CCCGC---AC--CC-AAC-TCAAAT-G-GAGGAG--TGC-AC-CCC-ACT--CGT-A--T-GC---A-GCTT--CA-T-GGC-T--AC-TTGG--AAA---CTT--TG--G-C---GTA-GTGA-T-T-G-TTGA-TTCG------AC-TTG--T--TT-TAT-TGA-T-GA-C-ATGA-A--------------------TG---------TTGGA-C-AACTGA-T-TGATTGA-TTG-TC
gi|67497                      :    GCGT-TT---C---G----C--GC---AC--CCCAACATCAAAA-T-GAGGAGA-TGC-A--CCCCGTT--AGTTC--T-GC---A-G-TT--CA-T-GGCATATGT-AT-A--AAT---GTTGTTG--C-A---G---GTGA-T-T-AATTGAGTT-G------A---TG--T--TT-TATATGA-T-GATC-ATTG-A--T--------------T--TG---------TTGGAGC-AA-TGA-T-TGATTGA-TTG-TCTT
gi|67498                      :    GCGTGTT---C---G----TC-GC---AC--CCCAAT-TCAACT-G-GAGGAG--TG-----CCT-ATA--AATAT--T-GC---A-AA----CA-T-GGGATA----TT-G--GCC---CCT--TAATC-A---TTA--TGA---T-A-TTGG-CT-GTC----AA------C--TT-TGT-TG----------TTT-A--T--------------T-------------TTGG-----ATTGA-T-TGA---A-TTG-TTTT
gi|67499                      :     CGT-TT---C---G----CC-GC---AC--CCCAAC-TCAAATTG-GAGGAG--TGC-A--CCC-ACTTTAGT-T--T-GC---A-GCTT--CA-T-GGCATGAAC-TT-G--AAA---CTT--TG--C-A---GTA-GTGATT-T-G-TTGA-TT-GA-----AA-TTGT-T--TT-TAT-TGA-T-GA-C-ATTG-A-----------------T--TG---------TTGGA-C-AATTGATT-TGATTGATTTG-TCTT